lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 3 11 33 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 222 5555555555 8888888 2 5555 1 2
lowQualScore : 1 5 11 11 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 888 4444444444 77 666 7777777 5 5 1 77 77 1 5555 5 0
lowQualScore : . . .. .. .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . ... .......... .. ... ....... . . . .. .. . .... . .
lowQualScore : 8 7 99 44 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 222 8888888888 99 111 7777777 7 7 7 99 99 8 5555 0 0
consensus : NNNAAATAGGCATAT-TT-GAGNTAAATTGCTTGTTCAAT---TTTCATC-AAA----ACTTA-G-AT-TAA--GA--ATGCGTCTT-GTGATT-AAAATGT-ATTCGAGTA-GTT-TAGATGCTGA-AATAT---GATATGAT----T---ACGATAT--TAATA-TGG--TATGATATGGTATGATACGAT-T-T--TATT-TATG-AC-ATT-A-ATGAT-ACGATATTATA------CGAT-ATGGTATTGATAT--TATACGA----A---TATTA--TAC-GAATATATGG---TA-AT----CGATAT----CA----ATA--G-TAT-TATA--AATATGG-TATG-A-TGT----CGATA----ATTATAC----CTA-----TACGATATTGGT---ATATGATA---TGA----TTTT--GGT---------GGT-ATGAT---------TATGA-------TAT----TATTA-TGAT-TGATGGTAT-ATAT----CGATA--T---A-TGGTT-TTA----TAG-TAATATGATTATA-A-TAT--TAC-TATGAATA---------T-TGGTAATT--GAT---AT-ATAN-NAC--TATTAT-CGACTAG--AAT-GATACACCGCATATGA---ATACCGA--AATATG--AGTGAT-G-AATA-----------T-GATAT-GATAT---TAT--A------T-A--T--TA-----T---T---G--G-ATATGAT-T---ACA----------ATG--------GT-----TAT---A--T--GAT-ATG-GT---AT-G--T---AT-A---T--TAT-ACTGATATGGTATT--A-----TAC--GAT-A-T--GGT-NTG--A-----TATG---------N-------TA-C-G-A-TATTATACG-------A----T-------------T---ATG--GT-A-TGAT---A-T----AT------TATGAT---A-------A--CGAT--TA-GTG-T-ATGA-T--------TACG-ATATGGTAT-GGTA--T---TG-N-------GAT--A-TG-TAT-NT-GATA-TAGATGT--TAT---A--A-TATG-------A---CGA------TA------TG-ATAT--GGT-AGTTTGNTAA--CGA-TATTATATAA---------CG----ATATGG--CG-TATTATACGATA--ATGATA-TG-----T-TA-ATATG--ATAAT---T-GT-TAN--ATGAT---A----TATTAT-TN--TATGA-TATGA-ATATA----ATATTATATGAT-------T---TTATGATGTATTATATTAT-AC--TATATG-TAT----TGAATA-CGATA-TAT---TNTA-ATA--T--TA-GATATTG-TATG-GA-----T--ATGATATT-ATA----AC-GATAT----GGTAT----TGA----TA-CG-------N-TAT-----T--TA-------A--TACA-------A-----ATATGG-----TATGAT---G---C------ATACGATATA-T---T---ATTATATT-T--AATG--TATGATACGATATN---TGGTATG------TTA-GATACGA-T--ATGGT-NTGATA--ATGA-TTATTACNCGAATA-TGGTTTGATATGGAAATTANAATATTATNNGATATGTTATTGATTNNGATATTANACCGATNTAGGTTGATNCNATATAGGGTAACGATANAATATGGTCGANATGNTNCATAATATTTATGGTATGATACGATATTATATGATAT-GGTAT-GATA----T-TAT-CGA-T-G--A--TAT---------T-TA---T-ATCGA--TT----A-T--G------T------ATGA---TA-CGA--------AT----ATGGTATGATATTG-A-----GGTGTATGA----TA----TAT---TATA-C---A--TA-T-----GG-T-ATGATACGATA-T-A-TATTA-----ACGA-----TAT-G--GTA-TGA----GTG-TG--AT-TTA-A--------C-T----C----GAT-ATTA--------GTTATGATATG--T-TTA-TTA-----TACGATATGAT--CGT----TGGT----TATGATAT--------T----GA---TATTATACGATAT----T-G---------AT----A----------T------AT----AC-AATATGGT--------TATGATA----ACGATATG---CGA-TAT-TG---T--AT-ACGAT--ATTAT--ATTTA----TNGTACCGTACAATGTGTATATGA--TACGGTATGGT----ATNG---GATATGGTATTATACG----------ATATGA--TATTT-ATGG----ATAC-TT-C--GATATTATATCGA--------TATGGTA---CGA---GATATTATACGATATGGTATTATACAATATGGTNT--GATGCGTTAC---AATAT-TATNNTANNACGTGGTAATGGNG---AT---TATG--TTG-TATGATATGAT----TATTGAT-AC-AT--ATG------ATGATATGATATTACA-----CGATA-TGGTT----ATGAT-ACGA-AT---T---AT----ACGATATTGT----ATA----T-G-----TATG---A-AT------TA--TAG--TAT-AT------TAT-AC---------G-ATATG----A--TACG---AT---TATGGNTA---T-ATNGGA---TATGGT-T---TTG-A-ATATNA-TACTT-ATGT-ATATGATNNAAT-TNATA--TG-----A---ATATGGT-T----TGA-----ATGG----A-NATT-A--------C--TA-TTAT-CGAT----TACGATA-------TAT--TATAC--TATGAT-------TACGAN-T--TG-G-AT--GGT----T-ATGATACAATAT-TGTATTGAT---T--ATG---G-TATTG-ATT---ACAAT--ATCATA-CGA-TATGGTATA-ATA--CGAT---ATGGTAA------TA-TGGGTA-TGATA-TGAT---ATAC-GAGTTATA--TATT---ATAA-ATTATATTAATANTAA--CATCA--ATCATNTATAT--TATCAATGA-ATC-AT--C---ATAAATATG-GATNT-TT--TA-ATAA--TATAT-TATATCC----A-TATTA-T-AT---CCTATAGTAT-AATAGATA-AT--CATAATCATA-TGTATT-ATAAT-A-T-AT-AATAT-AGAT-TTAT-ATTATNTACAATTAT-G---AT-AA-TTTTTTTAGT-ACTTGT--GTAAT-ATGA--TAAAG--TGTA-ATGG-AT---GGAAAATCC-TGTGG-GCTAAAATATAAAGC-ATAAAATATAAT--A-A-TGGTGCCA-TA-T-AAAAG-GT-GTTGCCC--CGTC--GAGGTGA-GCTTTG-T--TAATCTTTGGTT
Reference ( gi|1 ) : TTTAAATAGGCATATATT-GAATTA--TTGCTTGTTCAACTTGTTTCATCTAAAAAATACTTATGCATATAACTGATTATGCATCTTAGTGATTTAAAATGTAATTTGACTATGTT-TAGATGCTGAGAATAT---GATATAAT----T---ACGAAAT--TAATGTCGGCCTGTGA-ATGGTCTTATATGATTT-T--TATT-TATG-ACCATTAA-ATGATCACGAT-TTATA------CAGT-ATGGTATTGATAT--TTTATGA----A---TATTA--TAC-GGATATATGG---GA-AT----CGATAC----CA----ACAC-G-TAT-TACA--AATATGGCTATG-A-TGT----CGATA----ATTATAC----CTA-----TACGATATTGGC---ATATGATA--GTGAGGGCTTTTCCGGT---------GGT-ATGAT---------TATGAC------TAT----TATTA-TGAT-TGATGGTAT-ATAT----CGATA--T---A-TGGTT-TTG----TAG-TAGTGTGATTACA-AATAT--TAC-TATGAATA---------T-TGGTAATT--GAT---GT-ATAC-TAC--TATTAT-TTACTAG--AATTGCTCCATCGCGTATGA---ATACCCA--AACATA--AGTGGT-G-AACA-----------T-GATAT-GATAT---TAT--A------T-A--T--TA-----T---T---G--G-ATATGAT-T---ACA----------ATG--------GT-----TAT-G-A--T--GAT-ATG-GT---AT-G--T---AT-A---T--TAT-ACTGATATGGTATT--A-----TAC--GAT-A-T--GGT-TTG--A-----TATG---------T-------TA-C-G-A-TATTATACA-------A----T-------------T---ATG--GT-A-TGAT---A-T----AT------TATGAT---A-------A--CAAT--TA-GTG-C-ATGA-T-C------TGCA-ATATGGTATCGGTA--T---TG-A-------GAT--A-TG-TAT-CT-GATA-TAGATGT--TCT---A--A-TATG-------A---CGA------T-------TG-ATAT--GGT-AGTTTGCTAACTCGACTCTTATATAA--------GCG----ATATGAC-CG-TACTTTAGGATA--GTGATG-TG-----T-TA-ATATG--ATAATT--TCGTTTAG--ATGAC---A----TATTAT-TT--TATGA-AATGA-ATATAGA-GATTCCATATGGT-------T---TTATGATGTATTTTCTTATGAC--TATATG-TAT----TGAATA-TGACG-TAT---TCTA-AAA--T--CA-AATATTG-TATA-GC-----T--ATGATATT-ATA----AC-GATAT----GGTAT----TGA----TA-TA-------G-TAT-----T--TA-------A--TACA-------A-----ATATGG-----TATGAT---G---C------ACACGATACACT---TA--ATTACATTCT-CAAT---TACTATACGA-ATT---TGGTATG------TTA-GATATGA-TTAATGGT-TCGATA-GATGAATTATTACTCGGATAATGGTGTG-TATAGAAATTAGAA----ATAGAATATG------ATTTTGAT--TAAACCAATTTAGG--GAGCCCATATAAGG-GACGATACAA----GTCAAGA-GATACATA-TA---A----AAGAGAAAATGTTATATGATATTGGTGT-GATA----T-TAT-CGT-T-A--A--TAT---------T-TA---T-ATCG---TT----A-T--G------T------ATGA---TA-CGA--------AT----ATGGTAGGATATTG-AA----GGTGTATGG----TG----TAT---GATA-C---A--TA-T-----GG-T-ATGATACGATA-T-G-TATTA----GACAA-----TAT-G--AT--TGA----GTG-TG--AT-TTA-A--------C-T----C----GAT-ATTA--------GTTATGATATG--T-TTACTTA-C---TACGA-ATGATGGCGT----TGGT----TGTGATAT--------T----GA---TATTATATGATAT----T-G---------AT----A----------T------AT----CC-AATATGGC--------TATGATA----ACGATATG---CGAGTAT-TG---T--AT-ACAA---ATCAT--GTTTA----TCA-ACCACATACTGCGTGCGTGAAGTACACTGCGG-----ATCA---AATATGGTATTATAC-----------ATATGAAATATTT-ATGG----ACACCTT-C--GATATTATATTGA--------TATGGTAAACCGA---GATTTTATACGATCC----TTATCT--TA-GGTTTTAGGTGAGTGACTCAAATATCTCTTTTAAAA----GTAATGAGAATCATTATTATG--TTG-TCTGTTATGAT----TATTGGT-GC-AT--GTG------ATGGTATGATCTGAC------CGATA-TGGTT----ATGAT-ACAA-AT---T---AT----ACGATCTTGT----ATA----T-G-----TATG---G-AT------TA--CAG--TAT-AT------TAT-ATA--------G-ATATG----A--TACG---AT---TATGGGTA---T-ATCGGACT-TATGGT-T--CTTG-A-ATATCA-TACTCCATGT-ATATGA-AC----TCATAG-TG-----A---GTATCGT-T----T-------ATGG----A-AATT-A--------C--TAGTCAT-CGAT----TACGAT--------TAT--TATTC--TATGAT-------TACAAC-TTGTG-G-AT--GGT----T-ATGATACAATAT-TGTATTGAT---T--ATG--AG-TATTG-ACT-C-ACAAT--ATCATAACGAATATGGTATA-ATA--CGA----ATAGTAA------GACCGGATA-TAAT--TGACTTCATACTGAGTTATA--TAT----ATAATATTATATTAATAATAATTCATAA--ATTATATATAT--TATCACTGATATT-ATACCTTGATAAATATGCAATGTGTTAGTA-ATAA--TATAT-TATATC-----A-TATTAGT-AT---CCTATATTATAAATAGATA-ATTGCATAATTATAGTGTATT-ATAAT-ACT-ATAAATAT-AGAT-TTAT-ATTATGTACAGTTAT-G---AT-A--TTTTGTTCGTCACTTGCTCGTAAT-ATGA-CTAAAGGTTGTA-ATGGGATTTCGAAAAATCCATGTGGAGTTAAAATACAAAGCGATAAAATATAAT--A-A-TGGTGCCACTAGTGAAAAG-GT-GTTGCCC--CGTC--GAGGTGAGGCTTTG-TGTTAATCGTT-ATTTTTTACC
gi|18 : AAATAGGCA-ATATTTGAGTCA--TTGCTTGTTCAA--TCTTTCATC-AA-----ACTTA-G---ATAA--GA--ATGCGTCTT-GTGATTT-AAATGT-ATTTGAGTA-GTT-TAGATGCTG
gi|14 : cATAGGCATAT-TT-GAGATAAATTGCTTGTTCAAT---TTTCATC-AAA
gi|13 : ATAGGCATAT-TT-GAGATAAATTGCTTGTTCAAT---TTTCATC-AAActtagattaagattgcgtcttgtttttatcatctaaatgtttttttcagtagtttaaa
gi|15 : TAGGCATAT-TT-GAGATAAATTGCTTGTTCAAT---TTTCATC-AAActtagattaagattgcgtcttgtttttatcatctaaatgtttttttcagtagtttaaat
gi|16 : TAGGCATAT-TT-GAGATAAATTGCTTGTTCAAT---TTTCATC-AA-----ACTTA---AT-TAA--GAT--TGCGTCTTcttaagttaagattgcgtcttgtttttatcatctaaatgtttttttcagtagtttaaat
gi|29 : AGGCATAT-TT-GAGTTA--TTGCTTGTTCAAT---TTTCATC-AAAgtttttatcatctaaatgtttttttcagtagtttaaat
gi|6 : TT-GAGTTA--TTGTTTGTTCAATTT---TAATC-----AAC-CTTA-G-AT-TAA---AAAATGCGTCTT-GTGATC-AAAATGTA-TTCGAGTA-GTT-TAGATGCTG---GTAT---GATGTGAT-------------AT--TAA---------ACGATATGGTATGATATGG------------TATG-ATAATT---ATGGT-A-----TTATA------CAAT-ATGTTA-TGATATGATATACGAT---A---TATGATTTTN-NNNNNNNNNN---NN-NN----NNNNNN----NN----NNNN-N-NNN-NNNN--NNNNNNNNNNNN-N-NNN----NNNNN----NNNNNNN----NTA-----TACGAT-TTGGTTTGATATGATA-----------TTTC--AT---------GAT-ACGATTTTA-----TATGA-------TAT----GGTT--TGATGTGATATTAT-A-------CGATA--T---cttagat
gi|5 : tTGATT-ACAATATTATATGA-TATGTTATTGATTTAGATATTATACCGATATGGT----TGATACAATATGGTAATGATAGAAT-----ATGGT-TGATATGATATATAATATT-TATG-GT-------ATGAT-ACAATGTTATA------TGAT-ATGGTA-TGATAT--TATACGATATGG---TATTA--TAC-A---ATATGGTTTGATATGTTACAATATTATACA----ATATGG-TAT-GATA--CATATGG-TATG-A-TAT------ATT----ATGATAC----AAA-----TATGGTA-TG-----ATACGATATGGTAATGGTATGAATG-----------GGT-ATGA----------TAAGA-------TAT----TA-TA-TG-T-T-ATGGTATGATA-----CGATA--T---ggaatgatacgatattatttggtatgata
gi|8 : taatgatattgtatgacattatatgatacgatatgtatgatatttttatgatattatactgaataatgggtatgatacaaatattatacaatatggtatgatgcgatattatactaatacgataatggggtatggattgatttggtatgaattgatattattgataatggtattatacgaatatggtttgataTT-TAGATG-TGG---TAT---GATATAATATTAT---ACGATAT---------GG--TAT----TGATATT-TATGAT-------ATTGTATG-AC-ATTAT-ATGAT-ACGATATTATA------CA-T-ATGGTAT-GATAT--TTTATG-----A---TATTA--TAC-G---ATATTG---GA-------TGATA-----CA----ATA----TA--TAC---AATATGG-TATG-A-TG-----CGATA----TTTATA-----CTA-----TATTACATTtataatgaatatggta
gi|3 : ATGATAACAATAT---GGTATGAT--------ATGATAT--TATTAGTAGTTT-----ATGGTATGATACAATGT-T--TATT-GAT---------A-ATGGTAATGATATTATA------CGAT-ATGGTATTAA
gi|3 : tggtGAACAT---ATTATAAT----T-----GATAT--T-AT---------TGATATGG-----TATGATTT-G--T----------------A-ATGAT-ATGATATTATA------CGATGATGGTAT--ATA-----TATG-----A---TATTA--TAC-GACTA---GG---TA-AT-----GATA-----CA----ATA----TAA-TATC--AATATGGTGATGAA-TGT----TGAT-----ACTATACGT--CTA-----TA-GATA---GT---AGATGATA---TGA----TTTT--GGTAATGGATAAGGT-ATGA----------TACG-T------TAT----TA-TA-TGAT---ATGGTGT-ATA-----CGATA--T--------TA-TTA----TA--TGGTAT---------ATA---TAC-T---AATA-----------TGGTA--T--GAT---ATGATACGCGC--TATGAT-atacgatatggtttgataattacgatatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgatacgatattatatgaatatgggtagacacgatatatatcgagtcggtatgatattgatgttatagaagtgtattgtatgaacatattataattgatattattgatatggtatgatttgtaatgatatgatattatacgatgatggtatatatatgatattatacgactaggtaatgatacaatataatatcaatatggtgatgaatgttgatactatacgtctatagatagtagatgatatgattttggtaatggataaggtatgatacgttattatatgatatggtgtatacgatattattatatggtatatatactaatatggtatgatatgatacgcgctatgatacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgattattaatgatatgtaggatattattacgatatggtatgaatgcaatattataatgaatcaatatggtatgattgttatgggtatgatacgatatgtatgaatacaatattatacgatgtggtattgatatcaatattttatatgatatgatcataatgtatacgatatggtttgaatatcatagcaattatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattgtttgattgtaatgatacaatatcaatacaatatggtatatacgatatgggtataataatgattatagcgatatatattattataaattatattaataattatcaattatgtatatcaatgatattcatataaatattatttttatataaattattttatatttttaaatattatatctatattataatagataatcataatatatgtattaataaataatatagatgttataattattacttatgataatttttttagtattgtgtaataatgataaagtgtaagtgatgaaatcctgtgggtttaaaataaatagcagtaaatataatatactggtgccatatataaggtggttgcccgtcgggaggttgagcttgatagatcttttgat
gi|7 : tggtatgataacaatatggtatgatatgatattattagtagtttatggtatgatacaatgtttattgataatggtaatgatattatacgatatggtattaaatacgatatggtttgataattacgatatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgatacgatattatatgaatatgggtagacacgatatatatcgagtcggtatgatattgatgttatagaagtgtattgtatATAT---GATATGAT----A---AGGTA----TGATA-CGATATATGATATGGTATTATACGA------------TATG-GT--TTGATATGAT-ACAATATTACA------CGAT-ATGGTA--GATAT--T----------A---TATTA--TAC--AATGTATGA---TA-------CGATAT-------------G-G-TAT-TATGC-GATATGGTT-TG-A-acaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgattattaatgatatgtaggatattattacgatatggtatgaatgcaatattataatgaatcaatatggtatgattgttatgggtatgatacgatatgtatgaatacaatattatacgatgtggtattgatatcaatattttatatgatatgatcataatgtatacgatatggtttgaatatcatagcaattatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattgtttgattgtaatgatacaatatcaatacaatatggtatatacgatatgggtataataatgattatagcgatatatattattataaattatattaataattatcaattatgtatatcaatgatattcatataaatattatttttatataaattattttatatttttaaatattatatctatattataatagataatcataatatatgtattaataaataatatagatgttataattattacttatgataatttttttagtattgtgtaataatgataaagtgtaagtgatgaaatcctgtgggtttaaaataaatagcagtaaatataatatactggtgccatatataaggtggttgcccgtcgggaggttgagcttgatagatcttttgat
gi|22 : ttatattatacaatatggtatgatgtgatattatactataag-ATGGTATGATATGATTT-TA-TACA-TATGTACAAT----ATGGT-ATGATATTATA------CGAT-ATGATA-TGATAT--TATACG-----A---TATTA--Taatcttaatatgccagcttgttggttagctatgataaatttattatctatgatac
gi|5 : atacgat--TATTGTATG-AC-ATTAT-ATGAT-ACGAT---AT---------GT-ATGATATT-------TTTATGA--------TATTA--TACTGAATA-ATGG---GT-AT-----GATAC----AA----A------TAT-TATAC-AATATGG-TATG-A-TG-----CGATA-----TTATAC----TAA-----TACGATAATGGG---GTATGG-A--TTGA------TT----T---------GGT-ATGAA---------T-TGA-------TAT----TATT---GAT--AATGGTAT--TATA---CGA-A--T---A-TGGTT-TGA----TA-------TGATTACA-A-TAT--TA--TATGA-TA---------T---GTTATT--GAT---TT-AGA-------TATTAT-------------------ACCG-ATATGGTTGATAC-----AATATGGTAATGATAG-AATA-----------T-GGT-T-GATAT---GAT--A------T-A--TAATA-----T---TTATG--G--TATGAT-----ACA----------ATG---------T-----TAT---A--T--GAT-ATG-GT---AT-G------AT-A---T--TAT-AC-GATATGGTATT--A-----TAC--AAT-A-T--GGT-TTG--A-----TATG---------T-------TA-C-A-A-TATTATACA-------A----TATGGTATGATACAT---ATG--GT-A-TGAT---A-T----AT------TATGAT-----------A--CAAA--TA-TGG-T-ATGA----------TACG-ATATGGTAATGGTA--TGAATG---------GGT--A-TG--AT-AA-GATATTATATGT--TAT---G--G-TATGAT-----A---CGA------TATTATAATGAATAT--GGT-Agtta
gi|3 : taatgaA-ATGAT-ATGATATTATA------CGATGATGGTAT--ATAT-----ATGA--------TATTA--TAC-GACTA---GG---TA-AT-----GATAC-----A----ATA----TAA-TATC--AATATGGTGATG-AATGT----TGATA-----CTATACGT--CTA-----TA-GATAGTAG------ATGATA---TGA----TTTT--GGTAATGGATAAGGT-ATGATACGTTATTATATGATATGGTGTATACGATATTA-TTAT---ATGGTAT-ATATA---CTA-A--T---A-TGGT
gi|3 : tggtatgataacaatatggtatgatatgatattattagtagtttatggtatgatacaatgtttattgataatggtaatgatattatacgatatggtattaaatacgatatggtttgataattacgatatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgatacgatattatatgaatatgggtagacacgatatatatcgagtcggtatgatattgatgttatagaagtgtattgtatgaacatattataattgatattattgatatggtatgatttgtCACGAT-ATATATCGAGTCGGT-ATGATATTGATGT--TATA-GA----AGTGTATTG--TAT-GAACATATTA---TA-AT----TGATAT-----------------TAT-T-----GATATGG-TATG-A-T-T----TG-TA----ATGATATGATATTA-----TACGATGATGGT---ATAT-ATA---TGATA--TTATACGACTA-------GGTAATGATACAA-----TATAA-------TAT----CAATA-TGG--TGATGA----ATGT----TGATAC-T---A-TACGT-CTA----TAGATAGTA-GATGA--------------TATG-ATT---------T-TGGTAATG--GATAAGGT-ATGA-TACGTTATTAT-atgatatgatacgcgctatgatacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgattattaatgatatgtaggatattattacgatatggtatgaatgcaatattataatgaatcaatatggtatgattgttatgggtatgatacgatatgtatgaatacaatattatacgatgtggtattgatatcaatattttatatgatatgatcataatgtatacgatatggtttgaatatcatagcaattatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattgtttgattgtaatgatacaatatcaatacaatatggtatatacgatatgggtataataatgattatagcgatatatattattataaattatattaataattatcaattatgtatatcaatgatattcatataaatattatttttatataaattattttatatttttaaatattatatctatattataatagataatcataatatatgtattaataaataatatagatgttataattattacttatgataatttttttagtattgtgtaataatgataaagtgtaagtgatgaaatcctgtgggtttaaaataaatagcagtaaatataatatactggtgccatatataaggtggttgcccgtcgggaggttgagcttgatagatcttttgat
gi|22 : tggtatgataacaatatggtatgatatgatattattagtagtttatggtatgatacaatgtttattgataatggtaatgatattatacgatatggtattaaatacgatatggtttgataattacgatatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgatacgatattatatgaatatgggtagaA--TAC-G---ATATGG---TA-------TGATAT----GATTTTATAC-A-TATGTACA--A-TATGG-TATG-A-TATTATACGATATGATATGATAT-----TA-----TACGATATTatgatatggtgtatacgatattattatatggtatatatactaatatggtatgatatgatacgcgctatgatacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgattattaatgatatgtaggatattattacgatatggtatgaatgcaatattataatgaatcaatatggtatgattgttatgggtatgatacgatatgtatgaatacaatattatacgatgtggtattgatatcaatattttatatgatatgatcataatgtatacgatatggtttgaatatcatagcaattatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattgtttgattgtaatgatacaatatcaatacaatatggtatatacgatatgggtataataatgattatagcgatatatattattataaattatattaataattatcaattatgtatatcaatgatattcatataaatattatttttatataaattattttatatttttaaatattatatctatattataatagataatcataatatatgtattaataaataatatagatgttataattattacttatgataatttttttagtattgtgtaataatgataaagtgtaagtgatgaaatcctgtgggtttaaaataaatagcagtaaatataatatactggtgccatatataaggtggttgcccgtcgggaggttgagcttgatagatcttttgat
gi|3 : ----ATAC-GATAT-TATATGAATATGGGTA-G-A-CA-----CGATA------TATAT----CGAGTCGGTATGATATTG-----ATGTTATA--G-AAGTGTATT----------------GT-ATGA--------------AC-------AT-----ATTA-TAAT-TGAT---AT--TAT----TGATA--TGGTA-TGATT-T-G----TAA-TGATATGAT-----ATTAT---AC-GATGA--------------TGGTA-------T---AT-ATAT-GA---TATTATACGACTAGGTAAT-GATACA----ATAT-A---ATATC----AATATG---GTGAT-G-AATG-----------TTGATAC-TATACGTCTAT--A------G-A--T--AG-----T---A---GATG-ATATGAT-TTTGGTA----------ATG--------G-------AT-A-A-----GGT-ATG-AT---AC-G--T----T-A---T--TAT-A-TGATATGGTGT---A-----TAC--GAT-A-T--TAT-T----A-----TATG---------G-------TA-------TAT-ATACT-------A----A-------------T---ATG--GT-A-TGAT---A-TG---ATACGCGCTATGAT-----------A--CAAatgtta
gi|3 : tggtatgataacaatatggtatgatatgatattattagtagtttatggtatgatacaatgtttattgataatggtaatgatattatacgatatggtattaaatacgatatggtttgataattacgatatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgT---------GGT-ATGAT----------ATGA-------TAT----TATTAGTAGT-TTATGGTAT----------GATA--C---AATGTTTATTGATAATGG-TAATGATATTATACGATATGGTAT-TA--AATACGATATGGTT-TGATAATTACGAT---AT-TTNN-NNN--NNNNNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNN--NNNNNN--NNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNGTT-GATAC-GATAT---TAT--A------TGA--A--TA-----TGGGT---A--G-ACACGATAT---ATATCGAGTCGGTATGATATTGATGT-----TATAG-AAGT--G-T-ATT-GT---AT-GAAC---AT-A---T--TATAATTGATAT--TATTG-A-----TAT--GGT-A-T--GAT-TTG--T-----AATG---------A-------TA-T-G-A-TATTATACG-------A----T-------------G---ATG--GT-A-T-AT---A-T----ATGA----TATTAT-----------A--CGAC--TA-GGT-A-ATGA----------TACA-ATATAATATCAATA--T---GG-T-------GATGAA-TG-T----T-GATACTATACG---TCT------A-TA-G-------A---TAG------TAGA----TG-ATAT--GAT---TTTGGTAA---------TGGATAA----------G----GTATGATACGTTATTATATGATA---TGGTG-TA-----TACG-ATATT--ATTATA--TGGTATAT--AT-AC--------TAATAT-GG--TATGA-TATGA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgattattaatgatatgtaggatattattacgatatggtatgaatgcaatattataatgaatcaatatggtatgattgttatgggtatgatacgatatgtatgaatacaatattatacgatgtggtattgatatcaatattttatatgatatgatcataatgtatacgatatggtttgaatatcatagcaattatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattgtttgattgtaatgatacaatatcaatacaatatggtatatacgatatgggtataataatgattatagcgatatatattattataaattatattaataattatcaattatgtatatcaatgatattcatataaatattatttttatataaattattttatatttttaaatattatatctatattataatagataatcataatatatgtattaataaataatatagatgttataattattacttatgataatttttttagtattgtgtaataatgataaagtgtaagtgatgaaatcctgtgggtttaaaataaatagcagtaaatataatatactggtgccatatataaggtggttgcccgtcgggaggttgagcttgatagatcttttgat
gi|6 : tggtatgataacaataT---------GGT-ATGAT----------GTGA-------TAT----TAA-A-CGAT---ATGGTATGATATGGTATGATAATT---A-TGGTA-TTA----TA--CAATATG-TTATG-A-TAT--GATATACGA-TA---------TATGATTTTN--NNN---NN-NNNN-NNN--NNNNNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNN--NNNNNN--NNNNNT-A-TACGATT--------T-GGTTT-GATAT---GAT--A------T-T--T--CA-----T----------G-ATACGAT-T----------------------------T-----TAT---A--T--GAT-ATG-GTTTGAT-G--TG--AT-A---T--TAT-AC-GATATGGAATG--A-----TAC--GAT-A-T--TAT-TTG--G-----TATG---------A-------TA-tacgcgctatgatacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgattattaatgatatgtaggatattattacgatatggtatgaatgcaatattataatgaatcaatatggtatgattgttatgggtatgatacgatatgtatgaatacaatattatacgatgtggtattgatatcaatattttatatgatatgatcataatgtatacgatatggtttgaatatcatagcaattatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattgtttgattgtaatgatacaatatcaatacaatatggtatatacgatatgggtataataatgattatagcgatatatattattataaattatattaataattatcaattatgtatatcaatgatattcatataaatattatttttatataaattattttatatttttaaatattatatctatattataatagataatcataatatatgtattaataaataatatagatgttataattattacttatgataatttttttagtattgtgtaataatgataaagtgtaagtgatgaaatcctgtgggtttaaaataaatagcagtaaatataatatactggtgccatatataaggtggttgcccgtcgggaggttgagcttgatagatcttttgat
gi|4 : tttgagttattgtttgttcaattttaatcaaccttagattaaaaaatgcgtcttgtgatcaaaatgtattcgagtagtttagatgcGCGTATGA----TACCGACTATTATA-------T-G-A-TA-----------T-GGTAT-GATAT---TAT--A------C-G------A-----T---A---A--G-GTATGA--T---GCA----------AT---------AT-----TAT-A-T--T--GAT------T---AT-G--T---ATGA---T--TCT-AC-AATAT----TT--G-----T----GATAA-T--GGT-CT---A-----TATA---------T----------C-G-A-TCTCAC-CA-------A----T-------------T---AT
gi|23 : tattatacaatatcgatttgTGGT-ATAATA-----------C-GATAT-GGTAT---GAT--A------T-A--T--CT-----T---T---C--G-ATATGA--T---ATA----------AT----------------------A--T--GAA-ATG-GT---ATGG--T---AT-A---T--CAT-AC-GATATGGtctatacaatgtcatccatggactgctttccatggtatgtacgatcgtcgtcactctatttgggaagtatgtggtgtctatcttatgatacgaaatacttatgaatatcagtctgggttattgtatacacaattcacctcgacgtaataatattgtataacgattatggggttactatgattacatcattatgtatgatgagcatcttaactggttagtatatatgtgattagttagcctatatctaatttatatattgggcttgatatgacctacatatattattatcgtattgatggttatgatacccgattatgcgttatgatagataagatatttataaacaatatttgcgttattgacgtacaacatggtttatgatacaatgtctgtgttcttatttgctatattacaattatcatacattatgtatagataaccgactttatggtagtaatactgattaaacaattatatatataaatactgatattacataatcatcatatatatgatattaatgaatcatcataaaatgaatgtttataaaattatctatatcagtattatttattcgccttagtattaatatatgttaatcatatatgtcatcgtcattgattaatatagagtattattagttaccattatgtgaataatttttttagtacttagtataatgatctaaatgtacatcgatgataaattctgtgggcaatactataagcccatcaaatataataatggtgccatataaagagtgtgcccctccgtcatggtgatgctttgatgtaatctttgtat
gi|3 : ataA-----------T-GATATTGATGT---TAT--AGAAGTGT-A--T--TG-----TA--T---G--A-ACAT-AT-T---ATA----------ATT--------GA-----TAT-T-A--TT-GAT-ATG-GT---AT-G------AT-----T--TGT-AATGATATGATATT--A-----TAC--GATGA-T--GGT------A-----TATA---------T--------A-T-G-A-TATTATACG-------A----C-------------T---A-G--GTAA-TGAT---A-C----AA------TATAAT---A-------T--CAATA-TG-GTG---ATGA-----------------ATG---TTGATA--C---T-----------AT--A-CG-TCT-ATAGATAGTAGATGA--TAT---G--ATTTTG-------G---TAA------T-------GG-ATAA--GGT-A---TGATA---CG-TTATTATAT------------G----ATATGG--TG-TA---TACGATATTATTATA-TG-----G-TATATATA--CTAATA--TGGT------ATGAT---A----T
gi|3 : tggtatgataacaatatggtatgatatgatattattagtagtttatggtatgatacaatgtttattgataatggtaatgatattatacgatatggtattaaatacgatatggtttgataattacgatatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgatacgatattatatgaatatgggtagacacgatatatatcgagtcggtA-----------T-GATAT-GATAT---TATTAG------T-AGTT--TA-----T----------G-GTATGA--T---ACA----------ATG--------TT-----TAT------T--GATAATG-GTA--AT-G------AT-A---T--TAT-AC-GATATGGTATTAAA-----TAC--GAT-A-T--GGT-TTG--A-----TA-A---------T-------TA-C-G-A-TATT-TNNN-------N----N-------------N---NNN--NN-N-NNNN---N-N----NN------NNNNNN---N-------N--NNNN--NN-NNN-N-NNNN-N-N------NNNN-NNNNNNNNNNNNNN--N---NN-N-------NNN--N-NG-T----T-GATA-C-GATAT--TATATGA--A-TATGGGTAGACA---CGA------T-------AT-ATATCGAGTCGGTATGATA--TTGA-TGTTATAGAA--------GTGTATTGTATGAA-CA-TA--TTATAAT----TGATATTA-----T-TG-ATATGGTATGATT--T-GT---A--ATGAT---A----TGATAT-TA--TACGATGATGGTATATATATGATATTATACGAC-------TAGGTAATGATACAATATAATATCAA--TATG-G-TGA----TGAATGTTGATACTATACGTCTA---------TA-GATA--G-TAGATGA-----T--ATGATTTTGGTA----ATGGATAA----GGTA-----TGA----TA-CG-------T-TAT-----T-------------------------------ATATGA-----TATGGT---G---T------ATACGATA---T---T---ATTATATGGT--A-----TA-TATACTA-ATA---TGGTAT-----------GATATGA-Tgatacgcgctatgatacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgattattaatgatatgtaggatattattacgatatggtatgaatgcaatattataatgaatcaatatggtatgattgttatgggtatgatacgatatgtatgaatacaatattatacgatgtggtattgatatcaatattttatatgatatgatcataatgtatacgatatggtttgaatatcatagcaattatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattgtttgattgtaatgatacaatatcaatacaatatggtatatacgatatgggtataataatgattatagcgatatatattattataaattatattaataattatcaattatgtatatcaatgatattcatataaatattatttttatataaattattttatatttttaaatattatatctatattataatagataatcataatatatgtattaataaataatatagatgttataattattacttatgataatttttttagtattgtgtaataatgataaagtgtaagtgatgaaatcctgtgggtttaaaataaatagcagtaaatataatatactggtgccatatataaggtggttgcccgtcgggaggttgagcttgatagatcttttgat
gi|7 : tggtatgataacaatatggtA-----------T-GATGT-GATAT-----T--A------T-A--C--TA-----T---A---A--G-ATATGAT------------------------------------------A--T--GAT-AAG-GT---AT-G------AT-A---CGATAT-A-TGATATGGTATT--A-----TAC--GAT-A-T--GGT-TTG--A-----TATG---------A-------TA-C-A-A-TATTACACG-------A------------------T---ATG--GT-A--GAT---A-T----TA------TATTAT-----------A--CAA-------TG-T-ATGA----------TACG-ATATGGTAT---TA------TG-C-------GAT--A-TG--GT-TT-GAAA-------T--CTT---A--A-TATG-------C---CAG------C-------T-----T--GTT-GGTTAGCTAacgcgctatgatacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgattattaatgatatgtaggatattattacgatatggtatgaatgcaatattataatgaatcaatatggtatgattgttatgggtatgatacgatatgtatgaatacaatattatacgatgtggtattgatatcaatattttatatgatatgatcataatgtatacgatatggtttgaatatcatagcaattatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattgtttgattgtaatgatacaatatcaatacaatatggtatatacgatatgggtataataatgattatagcgatatatattattataaattatattaataattatcaattatgtatatcaatgatattcatataaatattatttttatataaattattttatatttttaaatattatatctatattataatagataatcataatatatgtattaataaataatatagatgttataattattacttatgataatttttttagtattgtgtaataatgataaagtgtaagtgatgaaatcctgtgggtttaaaataaatagcagtaaatataatatactggtgccatatataaggtggttgcccgtcgggaggttgagcttgatagatcttttgat
gi|22 : ttatattatacaatatggtA-----------T-GATAT-GATTT---TAT--A------C---------------------------ATATG---T---ACA----------AT----------------------A--T--GGT-ATG-AT---AT----T---AT-A---C--GAT-A-TGATATGATATT--A-----TAC--GAT-A-T-----------------TATG---------T-------TA-tgataaatttattatctatgatac
gi|20 : atacgatatggtA-----------T-GATAC-GATAT---TAT--A------C-G--T--TA-----T----------G-ATATGA--T---ACA---------------------GA-----TAT-A-A-----GAT-ATG-GT---AT-GA-TAAGAT-A---T--TAT-A
gi|6 : atatgtatatatgattatggtaatagatg-----------T-GGTAT-GATGT---GAT--A------T-------TA------------------A-ACGAT------------------ATG--------GT-----------A--T--GAT-ATG-GT---AT-G------AT-A-------AT------TATGGTATT--A-----TAC--AAT-A-T--GTT-ATG--A-----TATGA--------TA------TA-C-G-A-TAT
gi|8 : tttgagttattgtttgttcaattttaatcaaccttagattaaaaaatgcgtcttgtgatcaaaatgtattcgagtagtttagatgc-GATGT-GGTAT---GAT--A------T-A--A--TA-----T---T--------ATACGAT------------------ATG--------GTATTGATAT-TTA--T--GAT-ATT-GT---AT-G------AC-A---T--TAT-A-TGATACGATATT--A-----TAC---AT-A-T--GGT-ATG--A-----TATT---------T-------TA-T-G-A-TATTATACG-------A------------------T---ATT--GG-A-TGAT---A-C----AA------TAT-AT-----------A--CAATA-TG-GT----ATGA----------TGCG-ATATatgattttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatacgatttggtttgatatgatatttcatgatacgattttatatgatatggtttgatgtgatattatacgatatggaatgatacgatattatttggtatgata
gi|4 : tttaTAT---TAT--A------C-A--A--TATCGATT---T---G--GCGTATGAT-A---CCG----------ACT--------AT-----TAT---A--T--GAT-ATG-GT---AT-G------AT-A---T--TAT-AC-GATAAGGTATG--A-----TGC--AAT-A-T--TATATTG--AT----TATG---------TATGATTCTA-C-A-A-TATT-TGTG-------A----T-------------A---ATG--GT-C-T-AT---A-T----AT--------CGATCTCA-------C--CAAT--TA-ttatactatattacatt
gi|20 : --A------T-A--TG-TA-----T------------ATATGAT-T---A-------------TG--------GT-----AATAG-A--T--GAT---G-AT---AC-G------AT-A---T--TAT-AC-GTTATGATATG--A-----TACA-GAT-A-TAAGAT-ATG--G-----TATG---------A-------TA-A-G-A-TATTATAttctatacaatgtcatccatggactgctttccatggtatgtacgatcgtcgtcactctatttgggaagtatgtggtgtctatcttatgatacgaaatacttatgaatatcagtctgggttattgtatacacaattcacctcgacgtaataatattgtataacgattatggggttactatgattacatcattatgtatgatgagcatcttaactggttagtatatatgtgattagttagcctatatctaatttatatattgggcttgatatgacctacatatattattatcgtattgatggttatgatacccgattatgcgttatgatagataagatatttataaacaatatttgcgttattgacgtacaacatggtttatgatacaatgtctgtgttcttatttgctatattacaattatcatacattatgtatagataaccgactttatggtagtaatactgattaaacaattatatatataaatactgatattacataatcatcatatatatgatattaatgaatcatcataaaatgaatgtttataaaattatctatatcagtattatttattcgccttagtattaatatatgttaatcatatatgtcatcgtcattgattaatatagagtattattagttaccattatgtgaataatttttttagtacttagtataatgatctaaatgtacatcgatgataaattctgtgggcaatactataagcccatcaaatataataatggtgccatataaagagtgtgcccctccgtcatggtgatgctttgatgtaatctttgtat
gi|5 : --TA-----T---T---G-----TATGA-------CA----------------------T-----TAT---A--T--GAT-ACG-AT---AT-G--T---AT-G-------AT-ATTTTTATGATATT--A-----TACTGAAT-AAT--GG-------G-----TATG---------A-------TA-C-A-AATATTATACA-------A----T-----------------ATG--GT-A-TGATGCGA-T----AT------TATACT---A-------ATACGATAATG-GGG-T-ATGG-A-T------TG---ATTTGGTAT--GAA--T---TG-ATATTATTGAT--AATGGTAT-T---ATA-CGAATATGGTTT---G--A-TATG-------ATTACAA------TA------TT-ATAT--GAT-ATGTTATTGATTTAGATATTATAC-----------CG----ATATGGT-TGATACAATATGGTA--ATGATA--G--------A-ATATG------------GTTGAT--ATGAT---A----TATAATATT--TATGG-TATGA--TACA----ATGTTATATGAT-------------ATG--GTATGATATTAT-AC--GATATGGTAT----T--ATA-CAATA-TGG---TTTG-ATA--TGTTACAATATTA-TACA-A------T--ATGGTATG-ATA-----C--ATAT----GGTAT-----GA----TA-TA-------T-TAT---------G-------A--TACA-------A-----ATATGG-----TATGAT----------------ACGATATG-G---TA--ATGGTA---T-GAATGGGTATGATAAGATATT-----ATATG------TTATGGTATGA-T--ACGAT-ATTATA--ATGAAT
gi|22 : taatga-ATACGAT------------------ATG--------GTATGA-TAT-G-A--T--TTT-ATACAT---AT-G--T---AC-A-------AT-A-TGGTATGATATT--A-----TAC--GAT-A-T--GAT-ATG--A-----TATT---------A-------TA-C-G-A-TATTATatggta
gi|23 : ----------ATG--------GT------AT-A-A--TACGAT-ATG-GT---AT-GA-T---AT-A---T--CTT-TC-GATATGATATA--A-----TAT--GAA-A-T--GGT-ATG--G-----TATA---------TCA-----TA-C-G-A-TATgtta
gi|20 : at-----TAT-G-A--T----T-ATG-GT---A---------AT-A---G---AT-GATGATACGATATT--A-----TAC--GTT-A---------TG--A-----TATG---------A-------TA-CAG-A-TATAAGA----------------------------T---ATG--GT-A-TGATAAGA-T----AT------TATgg
gi|8 : atatgtataAT-G----T--GGT-ATG-AT---AT-A------AT-A---T--TAT-AC-GATATGGTATT--GATATTTAT--GAT-A-T--TGT-ATG--ACATTATATG---------A-------TA-C-G-A-TATTATACA--------------------------T---ATG--GT-A-TGAT---A-T----TT------TATGAT---ATTAT---A--CGAT---A-TTG-G-ATGA-TACAATATATACA-ATATGGTAT-GA--------TG-C-------GAT--A-TT-TATACT--ATA-Ta
gi|22 : tttag-A--C--GAT-ATG-GT---AT-GA-T---AT-GATTT--TAT-AC--ATATG-------------TAC--AAT-A-T--GGT-ATG--A-----TATT---------A-------TA-C-G-A-TATGATATG-------A------------------T---ATT--AT-A-CG-----A-T----AT------TATGTT---A-------tacatt
gi|28 : atT-ATG-AT---AC-G------AT-C---T--TAT-A-TGACATGATATT--A-----TAC--GAT-A-T--GGT-ATT--A-----TA
gi|4 : T-A---T--GAT-ACCGAC----TATT--A-----TAT--GAT-A-T--GG----------------------------------TA-T-G-A-TATTATACG-------A------------------T---AAG--GT-A-TGAT---G-C----AA------TATTAT---A-------T--TGAT--TA--TG-T-ATGATT-C------TACA-ATAT
gi|9 : tattatacaatatcgatttggcgTGATATCATATT--A-----TAC--GAT-A-T--AGT-GTT--A-----CATG---------A-------TA-T-G-T-TATTATACAAAATGATA----T-------------T---ATGCTAT-A-TGAT---A-TTCACAG------TGTAAT---AGGGT---A--CAAT-----ATG-CTATT--T-T------TACA-ATATGATATT-GTA--T--------------AAT--A-TT-AAT-CT-Gttgtgataatggtctatatatcgatctcaccaattattctatacaatgtcatccatggactgctttccatggtatgtacgatcgtcgtcactctatttgggaagtatgtggtgtctatcttatgatacgaaatacttatgaatatcagtctgggttattgtatacacaattcacctcgacgtaataatattgtataacgattatggggttactatgattacatcattatgtatgatgagcatcttaactggttagtatatatgtgattagttagcctatatctaatttatatattgggcttgatatgacctacatatattattatcgtattgatggttatgatacccgattatgcgttatgatagataagatatttataaacaatatttgcgttattgacgtacaacatggtttatgatacaatgtctgtgttcttatttgctatattacaattatcatacattatgtatagataaccgactttatggtagtaatactgattaaacaattatatatataaatactgatattacataatcatcatatatatgatattaatgaatcatcataaaatgaatgtttataaaattatctatatcagtattatttattcgccttagtattaatatatgttaatcatatatgtcatcgtcattgattaatatagagtattattagttaccattatgtgaataatttttttagtacttagtataatgatctaaatgtacatcgatgataaattctgtgggcaatactataagcccatcaaatataataatggtgccatataaagagtgtgcccctccgtcatggtgatgctttgatgtaatctttgtat
gi|6 : taTGATGTGATATT--A-----AAC--GAT-A-T--GGT-ATG--A-----TATGGTATGATAAT-------TA-T-G-G-TATTATACA-------ATATGT-------------T---ATG--AT-A-TGAT---A-T----ACGATA--TATGAT---T-------T--TNNN--NN-NNN-N-NNNN-N-N------NNNN-NNNNNNNNNNNNNN--N---NN-N-------NNN--N-NN-NNN-NN-NNNN-NNNNNNN--NNN---N--N-TAT--------A---CGATTTGGTT-------TG-ATAT--GAT-A-TTTCATGATACGA-TTTTATAT------------G----ATATGG--------TTT--GAT---GTGATA-T------T----ATACG--ATA----------TGGA-ATGATACGA----TATTAT-TTGGTATGA-gactaatgtgtaat
gi|23 : tttgagttattgtttgttcaattttaatcaaccttagattaaaaaatgcgtcttgtgatcaaaatgtattcgagtagtttagatgctggtaATATGGTATA--A-----TAC--GAT-A-T--GGT-ATG--A-----TATATC-------T-------TT-C-G-A-TATGATATA-------A----TA------------TGAAATG--GT-A-TGGT---A-T----ATCA----TACGAT---A-------ta
gi|7 : TATT--A-----TAC--AAT-A-T--GGT-ATG--A-----TGT-----------------------G-A-TATTATACT-------A------------------T---AAG--AT-A-TGA-------------------TATGAT---A-----------------A-G-G-T-ATGA-T-A------CGAT-ATATGATAT-GGTA--T---TATAC------GAT--A-TG--GT-TT-GATA-T-GATA-----C---A--A-TATT-------A---CA---------------CG-ATAT--GGT-AG-ATATTA-------TATTATACAATGTATGATACG----ATATG----G-TATTATGCGATA---TGGTT-TGAAATCT-TA-ATATG--CCAGCTTGTTGGTTAGCTATGAT---AAATTTATTA--TC--TATGA-tgg
gi|4 : ttaTATT--A-----TAC--AAT-A-TC-GAT-TTGGCG-----TATG---------A-------TACC-G-ACTATTATATG-------A------------------T---ATG--GT-A-TG-----A-T----AT------TAT--------------A--CGAT--AA-G-G-T-ATGA----------TGCA-ATAT--TA----TA--T---TG-A-------T-T--A-TG-TAT-tac
gi|22 : --A-----TAC--GAT-A-T--GGT-ATG--A-----TATGATT------T-------TA-T-ACA-TA-TGTACA-------A------------------T---ATG--GT-A-TGAT---ATT----ATACGA--TATGAT---A-------gattctacaatatttgtgataatggtctatatatcgatctcaccaattattctatacaatgtcatccatggactgctttccatggtatgtacgatcgtcgtcactctatttgggaagtatgtggtgtctatcttatgatacgaaatacttatgaatatcagtctgggttattgtatacacaattcacctcgacgtaataatattgtataacgattatggggttactatgattacatcattatgtatgatgagcatcttaactggttagtatatatgtgattagttagcctatatctaatttatatattgggcttgatatgacctacatatattattatcgtattgatggttatgatacccgattatgcgttatgatagataagatatttataaacaatatttgcgttattgacgtacaacatggtttatgatacaatgtctgtgttcttatttgctatattacaattatcatacattatgtatagataaccgactttatggtagtaatactgattaaacaattatatatataaatactgatattacataatcatcatatatatgatattaatgaatcatcataaaatgaatgtttataaaattatctatatcagtattatttattcgccttagtattaatatatgttaatcatatatgtcatcgtcattgattaatatagagtattattagttaccattatgtgaataatttttttagtacttagtataatgatctaaatgtacatcgatgataaattctgtgggcaatactataagcccatcaaatataataatggtgccatataaagagtgtgcccctccgtcatggtgatgctttgatgtaatctttgtat
gi|28 : -----TAT--GAT-A-C--GAT-CTT--A-----TATG---------A-------CA-T-G-A-TATTATACG-------A------------------T---ATG--GT-A-TTAT---A-tgatattatacgatattatgtta
gi|8 : --GAT-G-T--GGT-ATG--A-----TATA------------------------A-TATTATACG-------A------------------T---ATG--GT-ATTGAT---A-T-----T------TATGAT---ATTGTATGA--C-AT--TATATGAT-ACGA-TAT------TATACATATGGTAT-GATATTT---TA-T-------GAT--A-T--TAT-AC-GATATTGGATGA--TAC---A--A-TATAT------A---CAA------TA------TG-GTAT--GAT-
gi|22 : tttaATACG-------A----T-----------------ATG--GT-A-TGAT---A-TG---AT------T----------------------T--TA--TA-C-AT-A-T-G------TACA-ATATGGTAT-GATA--T---T-----------AT--A-CG--AT-AT-GATA-T-GATAT--TAT---ACGA-TATgcgatatttatactatattacatt
gi|8 : --TATGA-TAT-A-ATAT----TATACGATATGGTATTGATAT---TTATGAT--ATTGT---ATGACATTATATG-----------ATA-CGA---TAT---TATA---------CA---TATGG-TATG-ATATTT-T--ATGATATT-ATA-----C-GATAT----TGGAT-----GA----TA-CA-------A-TAT-----------------A--TACA-------A------TATGG-----TATGAT---G---CG-----ATATT-TATACT---AT--ATTACATTtatgtta
gi|2 : tttagatgtggCATATA-------------TTATGATGTA-TCTATTAT-AC--TATAGG-TATAATATGGATA-TAATA-T-T---TATATAAA--T--C--CATA-TA-TATA-GA-----TTCATGATA-T-ATA----A------------ATAT----TGA----TATTA-------G-TAT-----TAATA-------ATTTATA-------ATAATTATATCG-----TAT-AT-------C------ATACTAT
gi|7 : cattatttgaaaataacgtagatgtctggtatgatataatttatacatagtgcgtgatgatattagatatgtgacattacagataccatattaagatcgaatggtgatatattatgataataatacgatatggtatgatacaatatattaaacatcggataagcgatttatatctataacaatgtattatagattggttgcataatatctcatatggaatggtataagtcgatatgtttgagtaagacaattattatatagaattggatgatacatatataccatatgagatacaatatggtatgataaattatggtatgatataacaatacctatggtatgaacaagtatatcttggaaatatattatatatggtatataacgatatttgttttgattaatgttacggatatattatcaatagtatgatatattatgtacatatggtatgaaagatagttatgatatggtctgatacgaatatatgatggtatgacaacgatatatacataatgggtctgatatgatgttatactgataatgatacatattatatgaaattaattgaataaatggtatatttatgatttgaatgatatatacatatggtagatatcaatataatcacaattagttatgatgcgattactatactatacgatatgtaatatgattggtagatataaaggatatcctattatatatatgggtatattgaatatgtgtacgttattaatgatcatggataattcaatagtcaatatcatatggtgaacaatatatacatacgcgtatgatacgatatgtggtattatacaatagaatatggtatatacgaattatatgataatgattatagcgataatgggtgaataaaccgatatatagtgatatgatacaatactggatgatacatatgtagatacaatattataacaataggtatgatcaatgtgtaatacaatataattctattgatacgcaattatccatatatgcagataattatcacgatatggtaatgcatcaatattaatacagaatcaatatgtatgatatgttcatggtatatacgacatgtatatcttatacgatatatgtatatgatacaatatgatatgatcgatatggtatacgatatggttgtacattcacacttatattacgatactggtattataccagatgtattgctacaaatactattatgatacaatatggatgatacatattgttgatatcaacgtatggtataatacactatggta--TATAT--TAT----ACAATA-TG--G-TATGA-TGTG-ATA--T--TA---TACTA-TA-A-GA-----T--ATGATATG-ATAAGGTAT-GATAC----GATATA---TGA----TA-TG-------G-TAT-----T-----------A--TAC--------G-----ATATGGTTTGATATGAT---A---CAATATTACACGATATGGTAGAT---ATTATATTATACAATG--TATGATACG--ATA---TGGTAT-------T----ATGCGA-T--ATGGT-TTGAtattataatatataatattagctttatattatgtacattattgataatttttttagtatttgtaaaatatcataaagtgtctaatggatgaaaatcctgtggtaaaatataagcataacatataatttattggtgcatattaggtgttgccccgtcgaggtgagcttgtaaatt
gi|5 : tATGATAT----TG--TA-TGAC---AT---TATA-TGA--T--AC-GATAT-G-TATG-ATATTTTT--ATGATATT-ATA----CT-GA-ATAATGGGTAT-----GA----TA-CA-------AATAT-----T-----------A--TACA-------A------TATGG-----TATGAT---G---C----------GATA------------TTATACT----AAT----ACGATA----ATG---GGGTATGGATTGATTT-GGTATGAATTGATATTATTGATA--ATGG--TATTATACGAATA-TGGTTTGATATG---ATTACAATATTATATGATATGTTATTGATTTAGATATTATACCGATAT-GGTTGATACAATAT--GGTAATGATAGAATATGGTTGATATGATATATAATATTTATGGTATGATACAATGTTATATGATAT-GGTAT-GATA----T-TATACGA-T-ATGG--TAT---------TATACAAT-ATGG---TTTGATA-T--G------TTACAATATTA---TA-C-A--------AT----ATGGTATGATACAT-AT----GGT--ATGA----TA----TATTATGATA-C---AAATA-T-----GG-T-ATGATACGATA-T-GGTAATG----G---------TAT-G--AA--TGG----GTA-TG--AT---A-A--------------------GAT-ATTA---------------TATG--T-Taatcttaatatgccagcttgttggttagctatgataaatttattatctatgatac
gi|6 : taATG-TAT---TCGA-GTAGTT--TA-GATGCTGGTAT--GA-----T--GTGATATT-A-A----AC-GATAT----GGTA-----TGA----TA-TG-------G-TATGATAAT--TATGGTATTA--TAC--------A-----ATATGT-----TATGATATGA---T------ATACGATATAatggtatgatacgatattataatgaatatggta
gi|8 : tttgagttattgtttgttcaattttaatcaaccttagattaaaaaatgcgtcttgtgatcaaa--T--TA-GATGTGG-TAT--GA-----T--ATAATATT-ATA-----C-GATAT----GGTAT----TGATATTTA-TG-------A-TAT-----TG-TA-------T--GACAT------T-----ATATGA-----TACGAT----------------ATTATACATA---TGGTATGATATTTT---ATGA-TATTATACGATATTGGATGATACA------ATA-TATACAA-T--ATGGT-ATGATGCGAT-ATTTA-TACTtgattttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatacgatttggtttgatatgatatttcatgatacgattttatatgatatggtttgatgtgatattatacgatatggaatgatacgatattatttggtatgata
gi|28 : tATCTTA-TATG-AC--------ATGATATT-ATA-----C-GATAT----GGTAT----T-A----TA-atattacatt
gi|23 : tatgatacg-----T--ATGGTATA-ATA-----C-GATAT----GGTA-----TGA----TA-TATCTTTCGA-TATGA---TA-TA-------A--TATG-------A-----A-ATGG-----TATGGT---ATATC------ATACGATA
gi|9 : a-----T--ATGATATC-ATATTATAC-GATAT----AGTGTTACATGA----TA-TG-------T-TAT-----T-----------A--TACA-------A-----A-ATGA-----TATTAT---G---CT-----ATATGATAtgg
gi|22 : ----AC-GATAT----GGTAT-----GA----TA-TG----------AT-----T--TT-------A--TACATATGTACA-----ATATGG-----TATGAT---AT--T------ATACGATAttcacagtgtaatagggtacaatatgctatttttacaatatgatattgtataatattaatctggactaatgtgtaat
gi|24 : atTAGAA--TAGAAT---ATTGAAT-TG------ATTGT-AT--TAAACCAATTTAGG--G--TCCAT-TAGGG---C-ATACAA----GTCAAGA-GTTCCATA-TA---A----Atgatatgatattatacgatattatgtta
gi|7 : AAGATATGATATGATA-AGGTAT-GATA----C-GAT-ATA-T-G--A--TATGGTA-----T-TA---T-A-CG---AT----A-T--GGTTTGAT------ATGA---TA-C-A--------AT----ATTACACGATAT---------GGTAGATAT----TA----TAT---TATA-C---A---A-T------G-T-ATGATACGATA-TGG-TATTA----TGCGA-----TAT-G--GT--T-------TG-AA--ATCTTA-ATATGCCAGC-T----T----GTTGGTTA--------GCTATGATAAA--T-TTA-TTATC---TATGA-
gi|8 : ttatattatacaatatggtatgatgtgatattatactatAATATTATACGATAT-GGTATTGATAT---T-TA------T-G--A--TAT---------TGTA---T-GACA---TT----A-----------T------ATGA---TA-CGATATTATACAT----ATGGTATGATATT----------T-TATG------A----TAT---TATA-CG--A--TA-T-----TG-G-ATGATACAATA-T-A-T---------ACAA-----TAT-G--GTA-TGA-----TG-CGATAT-TTATA--------C-T----------AT-ATTA--------tac
gi|4 : tttagatgtggtatgatatTATTATATGATAT-GGTAT-GATA----T-TATACGA-T-A--AGGTATGATGCAATAT-TA---T-ATTGA--TT----A-T--G------T------ATGATTCTA-C-A--------AT----ATcatt
gi|3 : tattatacaatatcgatttggcgtatgataccgacTATGATATTGATGT-TATAGAAGTGTAT-TGTATGA--A--CATA--------T-TA---TAATTGATATT----A-TTGA------T------ATGG---TA-TGA--------TTTGTAATGATATGATATTATAC----GATG-ATGGTATATA----TAT---GATATT---A--TA-CGACTAGG-TAATGATACAATA-TAA-TAT--------CAA-----TAT-G--GTGATGA----ATGTTG--ATACTATA--------CGT----CTATAGAT-AGTA--------G--ATGATATGATT-TTGGTAA-TGGATAAGGTATGAT-ACGT----TATTA---TATGATATGGTGTATAC----GATATTATTATATGGTAT----------------AT----A----------T------A-----CT-AATATGG---------TATGAT-----ATGATACG---CG-CTA--TG------AT-ACAA---ttgtgataatggtctatatatcgatctcaccaattattctatacaatgtcatccatggactgctttccatggtatgtacgatcgtcgtcactctatttgggaagtatgtggtgtctatcttatgatacgaaatacttatgaatatcagtctgggttattgtatacacaattcacctcgacgtaataatattgtataacgattatggggttactatgattacatcattatgtatgatgagcatcttaactggttagtatatatgtgattagttagcctatatctaatttatatattgggcttgatatgacctacatatattattatcgtattgatggttatgatacccgattatgcgttatgatagataagatatttataaacaatatttgcgttattgacgtacaacatggtttatgatacaatgtctgtgttcttatttgctatattacaattatcatacattatgtatagataaccgactttatggtagtaatactgattaaacaattatatatataaatactgatattacataatcatcatatatatgatattaatgaatcatcataaaatgaatgtttataaaattatctatatcagtattatttattcgccttagtattaatatatgttaatcatatatgtcatcgtcattgattaatatagagtattattagttaccattatgtgaataatttttttagtacttagtataatgatctaaatgtacatcgatgataaattctgtgggcaatactataagcccatcaaatataataatggtgccatataaagagtgtgcccctccgtcatggtgatgctttgatgtaatctttgtat
gi|5 : tggtatgataacaatatggtatgatatgatattattagtagtttatggtatgatacaatgtttattgataatggtaatgatattatacgatatggtattaaatacgatatggtttgataattacgatatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgatacgatattatatgaatatgggtagacacgatatatatcgagtcggATGATATTG-TAT-GACA----T-TAT----------A--TG-------------A---T-A-CG---AT----A-T--G------T------ATGA---TA-TTT--------TT----ATGATATTATACTG-AATAATGG-GTATGA----TACAAATAT---TATA-C---AA-TA-T-----GG-T-ATGATGCGATATT-A-TACTAATACGATAATGGGGTATGG--AT--TGA-----TT-TG--GT-ATG-A--------A-T----T----GAT-ATTA--------TTGATAATG-G--TATTA---------TACGA-AT-ATGGTTTGATATGAT----TACAATAT--------T-----A---TATGATATGTTAT----T-G---------ATTTAGA----------T------ATTATACC-GATATGGTTGATACAATATGGTA----ATGATA------GAATAT-GG---TTGAT-ATGATATATAAT--ATTTA----TGGTATGATACAATGT-TATATGA--TATGGTATGAT----ATTATACGATATGGTATTATACA----------ATATG----GTTT----G----ATATGTTAC--AATATTATA-CAA--------TATGGTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgattattaatgatatgtaggatattattacgatatggtatgaatgcaatattataatgaatcaatatggtatgattgttatgggtatgatacgatatgtatgaatacaatattatacgatgtggtattgatatcaatattttatatgatatgatcataatgtatacgatatggtttgaatatcatagcaattatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattgtttgattgtaatgatacaatatcaatacaatatggtatatacgatatgggtataataatgattatagcgatatatattattataaattatattaataattatcaattatgtatatcaatgatattcatataaatattatttttatataaattattttatatttttaaatattatatctatattataatagataatcataatatatgtattaataaataatatagatgttataattattacttatgataatttttttagtattgtgtaataatgataaagtgtaagtgatgaaatcctgtgggtttaaaataaatagcagtaaatataatatactggtgccatatataaggtggttgcccgtcgggaggttgagcttgatagatcttttgat
gi|5 : ta-T-G--A--TAT---------TGTA---T-GACA---TT----A-T----------------ATGA---TA-CGA---------T----ATG-TATGATATT----------TTTATGA----T------AT---TATA-CTGAA--TAAT-----GGGT-ATGATACAA-----A-TATTA----TACAA-----TAT-G--GTA-TGA-----TG-CG--ATATTATA--------C-TAATAC----GAT-AATG--------G----GGTATG-------------------GA-TTGAT----T----TGGT-----ATGA-AT--------T----GA---TATTAT-TGATAA----T-G---------GT----A----------TT-----AT----ACGAATATGGT--------T-TGATA-----TGAT-TA---CAA-TAT-TA---T--ATGATAT---GTTATTGATTTAGATATTATACCG-ATA-TG-GT---TGA--TACAATATGGTAATGATAG---AATATGGT-TGATATG----------ATATATAATATTT-ATGGTATGATAC-------AATGTTATAT-GA--------TATGGTAT--------GATATTATACGATATGGTATTATACAATATGGTTT--GATATGTTAC---AATAT----TATACAATATGGTA-TGATA--CAT----ATG----G-TATGATAT-AT----TAT-GAT-AC-AA--AT-------ATGGTATGAT---AC-------GATA-TGGTA----ATGGT-ATGA-ATGGGTATGAT----AAGATATTAT----ATG----T-------TATG---GTAT------GA--TAC--GAT-AT------TATAATG--------A-ATATG----G--TAtgatacatatggtatgatatattatgatacaaatatggtatgatacgatatggtaatggtatgaatgggtatgataagatattatatgttatggtatgatacgatattataatgaatatggta
gi|4 : taaA---T-ATCGAT-TT----GGC--G------T------ATGA---TACCGA--------CT----ATTATATGATA-TG----------GTATG------A----TAT---TATA-CG--A--TA-A-----GG-T-ATGATGCAATA-T---TAT----------A-----T-T-G--AT--TAT----GTA-TG--AT-T------------C-TA---C----AAT-ATTT--------GTGATAAT
gi|22 : tattatacaA---TA-CGA---------T----ATGGTATGATAT-G-A------------------------TTT---TATA-C---A--TA-T-----G--T-ACAATATGGTA-T-GATATTA----TACGA-----TAT-G--AT-----------A-TG--AT-ATT-A--------T-A----C----GAT-ATTAT-------GTTAggtctatatatcgatctcaccaattattctatacaatgtcatccatggactgctttccatggtatgtacgatcgtcgtcactctatttgggaagtatgtggtgtctatcttatgatacgaaatacttatgaatatcagtctgggttattgtatacacaattcacctcgacgtaataatattgtataacgattatggggttactatgattacatcattatgtatgatgagcatcttaactggttagtatatatgtgattagttagcctatatctaatttatatattgggcttgatatgacctacatatattattatcgtattgatggttatgatacccgattatgcgttatgatagataagatatttataaacaatatttgcgttattgacgtacaacatggtttatgatacaatgtctgtgttcttatttgctatattacaattatcatacattatgtatagataaccgactttatggtagtaatactgattaaacaattatatatataaatactgatattacataatcatcatatatatgatattaatgaatcatcataaaatgaatgtttataaaattatctatatcagtattatttattcgccttagtattaatatatgttaatcatatatgtcatcgtcattgattaatatagagtattattagttaccattatgtgaataatttttttagtacttagtataatgatctaaatgtacatcgatgataaattctgtgggcaatactataagcccatcaaatataataatggtgccatataaagagtgtgcccctccgtcatggtgatgctttgatgtaatctttgtat
gi|7 : ----TA----TAT---TATA-C---AA-TA-T-----GG-T-ATGATGTGATA-TTA-TACTA----TAAGA-----TAT-G--ATA-TGATAAGGTA-TG--AT-----A--------C-----------GAT-AT-------------ATGATATG--G-T-A-TTA-----TACGATATG-----GT----TTGA----TATGATAC-------------AA---TATTACACGATATGG--TAG---------AT----A----------TTATATTAT----AC-AATGT------------ATGATA-----CGATATG------GTAT-TA---T--
gi|8 : tTA-G---A--TG-T-----GG-T-ATGATATAATA-T---TAT-------ACGA-----TAT-GGTAT--TGA--------T---AT-TTA-----------------T----GAT-ATTG----------TATGACAT------TATATG-A---TACGATATTATA-CATA---TGGT-----ATGATAT--------TTTATGA---TATTATACGATAT----T-GGATGATACAAT----A----------T------AT----AC-AATATGG---------TATGAT-----GCGATATgcgatatggtttgaaatcttaatatgccagcttgttggttagctatgataaatttattatctatgatac
gi|6 : tt-T-----GG-T-ATGATGTGATA-T------TA----AACGA-----TAT-G--GTA-TGATATGGTA-TG--AT---A-A--------T-TA---T----GGT-ATTATACAATATGTTATGATATG--ttatactatattacatt
gi|6 : tttgagttattgtttgttcaattttaatcaaccttagattaaaaaatgcgtcttgtgatcaaaatgtattcgagtagtttagatgcGC----TGGTATGATGTGATAT--------TAAACGA---TATGGTATGATATGGTAT-G---------AT----AATTATGGTATT------AT----AC-AATATG-T--------TATGATA-----TGATATA---CGA-TATATGATTT--TN-NNNN---NNNNN--NNNNN----NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNN---NNNNNNNNNNTATACGATTTGGTTTGATATGA--TATTTCATG-----ATAC-------GATTTTATAT-GA--------TATGGT---TTGATGTGATATTATACGATatatacgatatatgattttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatacgatttggtttgatatgatatttcatgatacgattttatatgatatggtttgatgtgatattatacgatatggaatgatacgatattatttggtatgata
gi|22 : tttgagttattgtttgttcaattttaatcaaccttagattaaaaaatgcgtcttgtgatcaaaatgtattcgagtagtttagatGATAT-------------GG---TATGATATGATTT----T-ATAC------AT----A----------T------GT----AC-AATATGG---------TATGATATTATACGATATGATATGA-TAT------T--AT-ACGAT--ATTAT--GTTatggaatgatacgatattatttggtatgata
gi|5 : atacTATGACATTATATG----------ATACGA--TATGT-ATG-----ATATTTT-TATGATATTATACTGAATAATGGGTATGATA---CAA----ATATTATACAA--------TAT-------GGTAT--GATGCG--------ATAT-TATACTAATACG--ATAATGGGG--------TATGGATTGATTTGGTATGA------ATTGAT-ATTATTGATA------ATGGTATTATACGA---------ATA-TGGTTTGATATGATTACAATAT---T---AT----ATGAT---------ATG----T-------TATT---G-AT------T---TAG---AT-AT------TAT-ACC--------G-ATATGGTTGA--TACA---AT----ATGGTAA---TGATAGAA---TATGGT-TGATATG-ATATATAA-TATTT-ATG--GTATGATACAATGTTATA--TG-----A----TATGGT--------------ATG-----A-TATT-A-----------TA------CGAT-----ATGGT---------AT--TATACAATATGGT-------T---------TG-ATAT--GTTACAAT-ATTATACAATAT-GGTAT-GATACAT--ATG---G-TAT-G-AT----ATATT--ATGATA-CAAATATGGTATG-ATA--CGAT---ATGGTAATGGTATGAATGGGTA-TGATA-AGATATTATAT---GTTATG---GT----ATGATACGATATT-ATAATGAa
gi|5 : taatgatattgATGATTACAATA--TTA-TATGATATG-T----TATTGAT-TT-A--------------GATATTAT---AC------CGATA-TGGTT------GAT-ACAA------T---ATGGTAATGATA--GA----ATA----T-GGTTGATATG-----ATA-----TA--TAA--TAT--T------TAT------------G-GTATG----A--TACA---AT-------GTTA---T-AT--GA---TATGGT-A----TG-A--TATTA-TAC-----G--ATATGG-TA----TTATAC--------A---ATATGGT-T----TGAT----ATG---------TT-A--------CAATA-TTATACAATATGGTATGATACATATGGTATGATATAT--TATGAT--------ACAAA-T-------AT--GGT------ATGATACGATAT-GGTAATGGTA--TGAATG--GG-TAT-G-AT----AAGAT--ATTATA-TGT-TATGGTATG-ATA--CGA----atatggta
gi|22 : taatgatattgtatgacattatatgatacgatatgtatgatatttttatgatattatactgaataatgggtatgatacaaatattatacaatatggtatgatgcgatattatactaatacgataatggggtatggattgatttggtatgaattgatattattgataatggtattatacgaatatggtttgatTATG----G-TATGATATGAT----T-TTA-T-AC-AT--ATGTACAATATGGTATGATATTATA-----CGATA-TGAT-----ATGAT-A-----T---T---AT----ACGATATTAT----GTtattataatgaatatggta
gi|7 : atacgaTGATATGATAAGGTAT-GAT-ACGAT--AT-------ATGATATGGTATTATA-----CGATA-TGGTTTGATATGAT-ACAATAT---T---AC----ACGATATGGT----AGA----T-A-----T-------------------------TAT-AT------TAT-ACA--------ATGTATG----A--TACG---A----TAT-GGTAT--T-ATGCGA---TATGGT-----TTG-A-A-ATCT-TAta
gi|3 : ttatattatacaatatggtatgatgtgatattatactataagataTATGAT----TATTAAT-G--AT--ATGT-----AGGATATTATT--AC-------GATA-TGGT-----ATGA----------------AT----GCAATATTAT----A-A----T-G-----AATC---A-AT-------A--TGG--TATGAT------TGTTATG--------G-GTATG----A--TACG---ATATGTATGAATACAAT-ATTATACGATGTGGT----ATTG-A--TATCAATATTTTATATGATATGA-------TCATAA-TGTATACG---ATATGGT-T----TGAATATCATAG----C-AATT-ATANNNNNNN--NNNNNNN-NNNN----NNNNNN--------NNN--NNNNN--NNNNNN-------NNNNNN-NNNNN-N-NN--NNN----N-NNNNNNNATTAT-TGT-TTGAT---T--------G-TAATG-AT----ACAAT--ATCAATAC-AATATGGTATA--TA--CGA--------TA----------TGGGTA-TAATAATGATT--ATAGCGA--TATA--TATTATTATAA-ATTATATTAATAA----TTATCA--ATTATGTA-----TATCAATGATATTCAT------ATAAATAT----TATTTT--TATATAAATTATTT-TATATTTTTAAA-TATTA-T-AT----CTATATTAT-AATAGATA-AT--CATAA-TATA-TGTATTAATAA------AT-AATAT-AGATGTTATAATTAT-TAC--TTAT-G---ATAA--TTTTTTTAGT-A-TTG--TGTAATAATGA--TAAAG--TGTA-A-GTGAT-----GAAATCC-TGTGGGTTTAAAATAAATAGCAGT-AAATATAAT--ATACTGGTGCCA-TA-T-ATAAG-GTGGTTG-CC--CGTCGGGAGGTTGAGCTTatatgccagcttgttggttagctatgataaatttattatctatgatac
gi|20 : tggtatgataacaatatggtatgatatgatattattagtagtttatggtatgatacaatgtttattgataatggtaatgatattatacgatatggtattaaatacgatatggtttgataattacgatatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgatacgatattatatgaatatgggtagacacgatatatatcgagtcggtatgatattgatgttatagaagtgtattgtatgaacatattataattgatattattgatatggtatgatttgtaatgatatgatattatacgatgatggtatatatatgatattatacgactaggtaatgatacaatataatatcaatatggtgatgaatgttgatactatacgtctatagatagtagatgatatgattttggtaatggataaggtatgatacgttattatatgatatggtgtatacgatattattatatggtatatatactaatatggtatgatatgatacgcgctatgatacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATGAT----TA-TGGTAAT-AG--ATG------ATGATACGATATTATA-----CGTTA-TGA-T----ATGAT-ACAG-A----T---AT----AAGATATGGT----ATgatagatcttttgat
gi|2 : atatgtata-AT--ATA------GTGATATGAT---AC-------AATACTGG------ATGAT-ACAT-ATG--TAG-AT----ACAATATTATAACAATA----G-G-----TATGATCA-ATGTGTAATA--CAA--TATAAT------TCT-ATT--------G-ATACG---------CA---AT---TATCCATA---T-ATgataagatattata
gi|8 : cattatttgaaaataacgtagatgtctggtatgatataatttatacatagtgcgtgatgatattagatatgtgacattacagataccatattaagatcgaatggtgatatattatgataataatacgatatggtatgatacaatatattaaacatcggataagcgatttatatctataacaatgtattatagattggttgcataatatctcatatggaatggtataagtcgatatgtttgagtaagacaattattatatagaattggatgatacatatataccatatgagatacaatatggtatgataaattatggtatgatataacaatacctatggtatgaacaagtatatcttggaaatatattatatatggtatataacgatatttgttttgattaatgttacggatatattatcaatagtatgatatattatgtacatatggtatgaaagatagttatgatatggtctgatacgaatatatgatggtatgacaacgatatatacataatgggtctgatatgatgttatactgataatgatacatattatatgaaattaattgaataaatggtatatttatgatttgaatgatatatacatatggtagatatcaatataatcacaattagttatgatgcgattactatactatacgatatgtaatatgattggtagatataaaggatatcctattatatatatgggtatattgaatatgtgtacgttattaatgatcatggataattcaatagtcaatatcatatggtgaacaatatatacatacgcgtatgatacgatatgtggtattatacaatagaatatggtatatacgaattatatgataatgattatagcgataatgggtgaataaaccgat-AT--GTGGT----ATGATATAATATTATA-----CGATA-TGGTA----TTGAT------AT---T----T----ATGATATTGT----ATGACATT-A-----TATG---A---------TA--CG----AT-AT------TAT-AC-----------ATATG----G--TATG---AT---gcagataattatcacgatatggtaatgcatcaatattaatacagaatcaatatgtatgatatgttcatggtatatacgacatgtatatcttatacgatatatgtatatgatacaatatgatatgatcgatatggtatacgatatggttgtacattcacacttatattacgatactggtattataccagatgtattgctacaaatactattatgatacaatatggatgatacatattgttgatatcaacgtatggtataatacactatggtaatagtatgatatacgatataattattataaattattaatactaatatcaatatttatatatcatgaatctatatatatggatttatataaatattatatccatattatacctatagtataatagatacatcataatatatgtattataatatataatattagctttatattatgtacattattgataatttttttagtatttgtaaaatatcataaagtgtctaatggatgaaaatcctgtggtaaaatataagcataacatataatttattggtgcatattaggtgttgccccgtcgaggtgagcttgtaaatt
gi|6 : tttagTG------CTGGTATGATGTGATATTAAACGATA-TGG-T----ATGAT------AT---G---GT----ATGA-----T----A-A----T-------TATG---GTATTA----TA--CAA--TAT-GT------TAT------------G-ATATGAT--A--TACG---ATA--TATGattttatgatattatacgatattggatgatacaatatatacaatatggtatgatgcgatatttatactatattacatt
gi|22 : tttgagttattgtttgttcaattttaatcaaccttagattaaaaaatgcgtcttgtgatcaaaatgtattcgagtagtttaga------CGATA-TGG-T----ATGAT-ATGATTT---T---AT----AC-ATA-TGTACA-ATA----TGG-----TATG---ATAT------TA--TAC--GAT-AT------GAT-AT---------G-ATATT----A--TACGAT-AT---TATGattttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatacgatttggtttgatatgatatttcatgatacgattttatatgatatggtttgatgtgatattatacgatatggaatgatacgatattatttggtatgata
gi|8 : ataGATG-TGGT-----ATGAT-ATAATAT---T---AT----ACGATATGGT----AT-----T-GA----TATT---T-AT------GA--TAT--TGT-AT------GAC-AT---------T-ATATG----A--TACGAT-AT---TAT--ACA---T-AT-GG----TATGATAT--TTTATG-ATATTA-TACtta
gi|2 : tttaA-AT---T---ATC---ACGATATGGT----A-A----T-G-----CATC---A-ATATTAA-TA--CAG---A--AT------CA--ATA--------T-GTATG----A--TATG---TT---CATGG-TA---T-ATACGACA-TGTATA-T--CTT----ATACGA-TAT---ATGT-ATATGATACAATATGATA--TG-----ATCGATATGGTATACGAT-------ATGGTTGTA-CATTCA--------C---ACTTAT---AT----TACGATACTGG---TAT--TATAC--CA-GATGTATTGCTACAAA-T-------AC--TAT----T-ATGATACAATAT--G----GAT---G--ATA--CA-TATTG---T-T-G--AT--ATCA--ACG--TATGGTATA-ATA--CACT---ATGGTAA------TA----GTA-TGAT---------ATAC-GA--TATAATTATT---ATAA-ATTAT--TAATACTAAT--ATCA--AT-ATTTATAT---ATCA-TGA-------ATCT--ATATATATG-GATTTAT------ATAA---ATAT-TATATCC----A-TATTA-T-A----CCTATAGTATAA-TAGATACAT--CATAAT-ATA-TGTATT-ATAAT-A-T-ATAA-TATTAGCT-TTAT-ATTATGTACA-TTATTG---AT-AA-TTTTTTTAGT-ATTTGT--AAAAT-ATCA--TAAAGTGTCTA-ATGG-AT----GAAAATCC-TGTGG---TAAAATATAA-GC-ATAACATATAATTTA-T-TGGTGC-A-TATT----AG-GT-GTTGCCC--CGTC--GAGGTGA-GCTTgatattggatgatacaatatatacaatatggtatgatgcgatatttatactatattacatt
gi|4 : cattatttgaaaataacgtagatgtctggtatgatataatttatacatagtgcgtgatgatattagatatgtgacattacagataccatattaagatcgaatggtgatatattatgataataatacgatatggtatgatacaatatattaaacatcggataagcgatttatatctataacaatgtattatagattggttgcataatatctcatatggaatggtataagtcgatatgtttgagtaagacaattattatatagaattggatgatacatatataccatatgagatacaatatggtatgataaattatggtatgatataacaatacctatggtatgaacaagtatatcttggaaatatattatatatggtatataacgatatttgttttgattaatgttacggatatattatcaatagtatgatatattatgtacatatggtatgaaagatagttatgatatggtctgatacgaatatatgatggtatgacaacgatatatacataatgggtctgatatgatgttatactgataatgatacatattatatgaaattaattgaataaatggtatatttatgatttgaatgatatatacatatggtagatatcaatataatcacaattagttatgatgcgattactatactatacgatatgtaatatgattggtagatataaaggatatcctattatatatatgggtatattgaatatgtgtacgttattaatgatcatggataattcaatagtcaatatcatatggtgaacaatatatacatacgcgtatgatacgatatgtggtattatacaatagaatatggtatatacgaattatatgataatgattatagcgataatgggtgaataaaccgatatatagtgatatgatacaatactggatgatacatatgtagatacaatattataacaataggtatgatcaatgtgtaatacaatataattctattgatacgcaattatccatatatgcagatGT----ATA----T-A-----TGTG-----AT------TAGTTAGCCTAT-ATCTAATTTAT-ATATTGGGCTTG-ATATG----ACCTACATATAT---TAT--------T-ATCGTATT-GATGGT-T-----------ATGA-TACCCGAT-T-ATGCGT-TA----TGATAGATA-----A---G-AT-AT-T----T-------ATAA----ACAAT-------------------AT----T----TGCG-T--------TAT--TG------ACG---------TACAAC---------AT--GGT----TTATGATACAATGTCTGTGTTC-T---T--ATT--TGCTAT---ATT---ACAATT-ATCATA-C-ATTATG-TATAGATAACCGACTTTATGGTAG------TA----ATACTGAT--TAA------AC--AATTATA--TAT----ATAA----ATACTGATATTA---CATAATCATCATATATATGATATTAATGA-ATC-AT--C---ATAAA-ATG-AATGT-TTA-TA-A-AA--T-TATCTATATC-----AGTATTATTTATTCGCCT-TAGTATTAATA--TA---TGT-TAATCATA-TATGTC-ATCGTCATTGATTAATAT-AGAG-TATT-ATTAGTTACCATTAT-GTGAAT-AA-TTTTTTTAGT-ACTTA---GTATA-ATGATCTAAA---TGTACATCG-AT---GATAAATTC-TGTGG-GCAATACTATAAGCCCATCAAATATAAT--A-A-TGGTGCCA-TA-TAAAGAGTGT-GCCCCTC--CGTC--ATGGTGATGCTTTGATG-TAATCTTT-GTgtaaatt
gi|7 : tattatacaatatcgatttggcgtatgataccgactattatatgatatggtatgatattatacgataaggtatgatgcaatattatattgattatgtatgattctacaatatttgtgataatggtctatatatcgatctcaccaattattctatacaatgtcatccatggactgctttccatggtatgtacgatcgtcgtcactctatttgggaagtatgtggtgtctatcttatgatacgaaatacttatgaatatcagtctgggttattgtatacacaattcacctcgacgtaataatattgtataacgattatggggttactatgattacatcattatgtatgatgagcatcttaactggtta----TACGATA-------TATGATATGG--TATTAT--------ACGA---TATG-G-TT--TGA----T-ATGATACAATAT-TACAC-GAT------ATGGTAGATATTATATTAT-ACAATGTATGATA-CGA-TATGGTATT-ATG--CGAT---ATGGTat
gi|4 : ttatattatacaatatggtatgatgtgatattatactataagatatgatatgataaggtatgaCGAC--------TAT--TAT-----ATGATATGG---TATGATATTATACG-ATAAGGT------ATGATGCAATAT-TATATTGAT---T--AT----G-TA-TG-ATT-CTACAAT--ATttgaaatcttaatatgccagcttgttggttagctatgataaatttattatctatgatac
gi|11 : tattatacaatatcgatttggcgtatgatacTAT-ATCATATACAAT-AT-G---AT-AAATTCTTTTAGT---TTGT--GTAAT-A-GA---GAAAGTGGTG-GTAACAT---GAAAATTCC-TGTGG-GCTAAAACA----------AAAT----T--A-A-TACTGCCA----TAAAAGG-GT-GTTGTCCATGGTC--GAGGTGttgtgataatggtctatatatcgatctcaccaattattctatacaatgtcatccatggactgctttccatggtatgtacgatcgtcgtcactctatttgggaagtatgtggtgtctatcttatgatacgaaatacttatgaatatcagtctgggttattgtatacacaattcacctcgacgtaataatattgtataacgattatggggttactatgattacatcattatgtatgatgagcatcttaactggttagtatatatgtgattagttagcctatatctaatttatatattgggcttgatatgacctacatatattattatcgtattgatggttatgatacccgattatgcgttatgatagataagatatttataaacaatatttgcgttattgacgtacaacatggtttatgatacaatgtctgtgttcttatttgctatattacaattatcatacattatgtatagataaccgactttatggtagtaatactgattaaacaattatatatataaatactgatattacataatcatcatatatatgatattaatgaatcatcataaaatgaatgtttataaaattatctatatcagtattatttattcgccttagtattaatatatgttaatcatatatgtcatcgtcattgattaatatagagtattattagttaccattatgtgaataatttttttagtacttagtataatgatctaaatgtacatcgatgataaattctgtgggcaatactataagcccatcaaatataataatggtgccatataaagagtgtgcccctccgtcatggtgatgctttgatgtaatctttgtat
gi|19 : GTA-ATGG-AT----GAAAATCC-TGTG-AGCTAAAGTA--AAGC-ATAAA-TATAAT--A-A-TTATGCCA-TA-T--AAAG-GT-GTAGCCC--CGTC--AAGGTGAGA-TCTG----TAATCttgtcctttga
gi|25 : AAATATAAT--A-A-TGGTGCCA-TA-T--AAAG-GT-GTTGCTC--CGTC--GAGGTGA-GCTTTG----TAATCTTTGATTt
gi|27 : gcatATAAT--A-A-TGGTGCCA-TA-T--AAAG-AT-GTTGTCC--CGTC--AAGGTGA-GCTTTG-Tacc
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TATGTATCATATTATATCATATACAATGTACAATAGAAAATCTTATTATATACATGTATCATAATGTTATATTATGCACAATATAAATTGTGATTTTTTTATGTTGTACGTGTAACATAATAAAGTGTACTGGATGAAAATCTTGT
Unaligned ( gi|12 ): TAGGCATATTTGAGATAAATTGCTTGTTCAATTTTCATCAAACTTAGATTAAGATTGCGTCTTGTTTTTTATCATCTAAATGTTTTTTTCAGTAGTTTAAAT
Unaligned ( gi|17 ): TAGGCATATTTGAGATAAATTGCTTGTTCAATTTTCATCAAACTTAGATTAAGATTGCGTCTTGTTTTATCATCTAAATGTTTTTTTCAGTAGTTTAAAT
Unaligned ( gi|21 ): GCTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTAATAAGGCATGGTCAGTATATTATACTATATGTACGATATA
Unaligned ( gi|26 ): ATTTTCATCAAACTTAGATCTATATAAATGTATTTGTTAATGAGTAGTTTAGATGCTGGTATGAT
Unaligned ( gi|30 ): TATACTTAGTATGACCATCGAGGTTCGACATA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 33333 111 1111 88888888888888888888888888888888 222222222222222222222222222 77777777 4444444444444 22222 1 444444444444444444444444 1 4444444 222 222 999999999999999999 2 2 1 3333333 44444444 77777777777777777 4 1 2 1 222 22 333 222 666666666666666666666 333 1 1 33333333333 3333333333333 1 111 1 222 1 11 555555555 11 222222222222222222222222222222222 111 1 77777777777777777 111 1 22222 1 1111111 444444444 1 22222222222 1 111 1111111111 2222222222222222222222222222222 2222222222222 11 111111 11 111 22 11111111111 2 111 33333333333 111111111111111111111111111111111111111111111111111111 33333333 2222222222 111 4444 1 1 222 1 333 111 1111 1111111 1 1111 1 333333 3333 111 44444 1 2 1 44444 888888888888888888888888888 44444444444 5555555555 2222 22 1 2222222 111 1 2222222222222 2222 555555555 1 222 11 2222 22 11 2222 1 44444444444444444444 1 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 11 444444444444444 2222222 4444444444444444 1 22222222222 3333 2222 111 11 222222 4444444444444 111 2222222222222 333333333333 1 3333 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 333333333333333333 11 1 222 11 11 11 2222 888888888888888888888888888 1 1 22 1111 1 2222 11 1 222 4444444444444 33333333333333 2222 222222 1111111 1111 1 111 11 2 11111111 1 11111111 1111 111111 1111 22222 111 22222222 1 1 1111
lowQualScore : 4 4 1 11 3 666 44444 3 3 3 000 55 6666 4 11111111111111111111111111111111 4 666666666666666666666666666 22222222 4 4444444444444 7 11111 2 0 555555555555555555555555 5 5 5 3 0 3333333 4 111 111 2 555555555555555555 0 0 4 5 3333333 99999999 11111111111111111 0 4 3 5 0 3 5 111 2 66 22 4 555 88 111 999999999999999999999 333 5 1 99999999999 7777777777777 5 0 5 5 1 3 1 3 999 0 999 0 55 22 000000000 33 1 3 0 22 444444444444444444444444444444444 66 66 33 444 3 3 0 22222222222222222 3 0 000 0 33333 3 9999999 7 888888888 1 0 33333333333 0 222 9999999999 8888888888888888888888888888888 9999999999999 77 222222 11 44 111 44 99999999999 7 333 44444444444 2 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 99999999 5555555555 777 0000 77 3 3 222 2 777 222 7 6666 7777777 8888 7 3 88 1 3333 1 1 3 222222 0 1 4444 1 555 1 7 33333 66 2 0 0 0 2 3 11111 555555555555555555555555555 44444444444 2 3 3333333333 7 6666 33 3 0 3 4444444 2 3 666 5 9999999999999 4444 111111111 3 0 555 88 8888 1 00 22 8888 3 7 11111111111111111111 6 3 3 3 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 8888 3 66 11 0 8 888 1 666666666666666 3 6666666 8 0000000000000000 8 3 0 0 0 9 33333333333 0 1111 8 4444 0 444 3 11 888888 99 0000000000000 333 1 5555555555555 333333333333 0 1111 2 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 555555555555555555 3 33 7 2 0 333 99 2 33 33 0000 777777777777777777777777777 0 0 44 4444 66 0 3 44 1 6666 2 33 0 1 999 9 4444444444444 3 66666666666666 3 0000 8 888888 8 6666666 5 0 7777 6 444 8 11 0 0 1 8 8 8 77777777 0 8 88 999 6 7 1 6 66666666 1 6 4444 111111 99 999 6 6 99 77 5 5 2222 55555 5 111 5 00000000 5 66 5 5 5 777 3 5 0 888 66 66 5 0 0 66 8888 6
lowQualScore : . . . .. . ... ..... . . . ... .. .... . ................................ . ........................... ........ . ............. . ..... . . ........................ . . . . . ....... . ... ... . .................. . . . . ....... ........ ................. . . . . . . . ... . .. .. . ... .. ... ..................... ... . . ........... ............. . . . . . . . . ... . ... . .. .. ......... .. . . . .. ................................. .. .. .. ... . . . ................. . . ... . ..... . ....... . ......... . . ........... . ... .......... ............................... ............. .. ...... .. .. ... .. ........... . ... ........... . ...................................................... . ........ .......... ... .... .. . . ... . ... ... . .... ....... .... . . .. . .... . . . ...... . . .... . ... . . ..... .. . . . . . . ..... ........................... ........... . . .......... . .... .. . . . ....... . . ... . ............. .... ......... . . ... .. .... . .. .. .... . . .................... . . . . ............................................................................................................................................................................................................................................................ .... . .. .. . . ... . ............... . ....... . ................ . . . . . . ........... . .... . .... . ... . .. ...... .. ............. ... . ............. ............ . .... . . ............................................................................................................... . .................. . .. . . . ... .. . .. .. .... ........................... . . .. .... .. . . .. . .... . .. . . ... . ............. . .............. . .... . ...... . ....... . . .... . ... . .. . . . . . . ........ . . .. ... . . . . ........ . . .... ...... .. ... . . .. .. . . .... ..... . ... . ........ . .. . . . ... . . . ... .. .. . . . .. .... .
lowQualScore : 4 0 0 22 6 444 44444 6 6 6 000 55 1111 0 55555555555555555555555555555555 0 555555555555555555555555555 55555555 0 8888888888888 3 55555 0 0 888888888888888888888888 8 8 2 0 7 3333333 0 555 555 5 555555555555555555 0 0 0 0 0000000 00000000 00000000000000000 0 0 0 5 0 0 0 000 5 00 00 0 000 55 000 555555555555555555555 000 5 5 00000000000 5555555555555 8 0 2 2 0 2 0 2 222 0 222 0 22 00 222222222 22 2 2 8 88 555555555555555555555555555555555 22 55 22 555 2 2 0 22222222222222222 2 8 888 0 33333 3 0000000 0 555555555 0 0 88888888888 5 888 2222222222 9999999999999999999999999999999 4444444444444 00 888888 00 00 222 22 88888888888 8 000 22222222222 5 222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 77777777 7777777777 777 0000 77 3 3 333 3 333 000 3 0000 0000000 3333 3 3 33 0 0000 0 0 3 777777 7 0 0000 0 000 0 3 77777 22 2 0 0 0 5 2 22222 555555555555555555555555555 55555555555 5 2 5555555555 0 8888 88 2 0 2 2222222 0 2 555 0 5555555555555 2222 777777777 2 0 888 00 3333 0 77 77 3333 3 7 00000000000000000000 7 3 3 7 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222 0 22 00 8 0 222 8 888888888888888 2 2222222 0 2222222222222222 0 2 6 6 8 0 22222222222 8 0000 0 6666 8 000 2 00 888888 88 8888888888888 222 0 2222222222222 555555555555 0 0000 5 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 555555555555555555 2 22 0 5 0 222 88 5 22 88 8888 000000000000000000000000000 0 0 88 8888 55 0 2 00 0 2222 5 88 5 0 222 2 0000000000000 2 88888888888888 2 2222 0 444444 0 8888888 0 8 0000 0 000 0 00 8 8 4 0 0 0 66666666 8 0 88 222 7 5 3 7 88888888 7 7 2222 888888 22 000 7 7 22 99 7 7 1111 44444 7 777 7 44444444 0 99 0 0 0 111 1 0 2 888 99 99 0 0 1 99 7777 0
consensus : NNNAAATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT---TAA--GA--T-TGCGTCTT-G----TTNTT-ATCATCTAAATGTTTTT-TTCGAGTA-GTTTAAATGCTG---------------A-AA--------TATGATATGGTATGATAATTACGGNATTATACAATGTCGN--TACGATATGGTATG----ATATGATTTT-AT--NTATG-AC-ATTAA-TGGT-ACGATATTATACGATATGGTATTGATATTNTACGAATAT-------TATACGGNTATATGGNAATCGATACGATATTTCACGCGTACGATTTTACATGATATGGCTNTGATGTCGATAATTATACCTATACGATATGGAATGGCATACGATAGTNAGGGCTTTTCCGGTGGTATGATTATGACTATTATTATGATTGATGGTATATATCGATATATGGTNTNGTAGCAGTGTGGTTACGAATATNACTATGAATATTGGTAGTTNATGGTATGNTACNATGTTTATTNACTAGAATTGNTNCATCGCGTATGATATTATACCCAGACATGAGTGNTGAATACGATATGATATTATACATTA------TTGGATATGATTACAATGGTNAT-ATGATATGGTATGTATATTATAC-TGATATGGTATTATACGATATGGTTTGGTATGATACGATATTATACGA-TATGG-TA--TGAT-ATANTATGATA-CGA-TAGTGTATGAT-TACGATATGGTAT-NGTATTGAGAT---ATGTGTNTGATATANATNTTATAATATGACAATAT-GATATGG-TAGCT-TGATA-A--ATA-TATTATATAA-CG-ATATGA-CGTATTATA-CGATAACGATGTATTA--ATACGATA-ATT--G-TTACATGA-TA--TATTATT-TACGAAATGAATATA-ANACT--A-TATGGT-TTTATGA-TGTATNATA-TTAT-AC---TATAT-G-TATT----GGATACGATAT-AT-TATA--ATATTAGATATNGTATGGATATGATATT--ATAATGATATGGTAT-GATACAA-TATT--ATACAAATATGGTATGATGC-ATAC-GA-TATACT--ATTATAT----CAATA-G---TATGATACGAT--ATTTGGTATGT--GATACGAT--AT--GNTTCGAT-A-ATG-GT-ATTACNCGA-AT-ATGGTN--TGGTATG---ATTA-AATATTATATA-ATATG-TATTGATTTAGATA-TTATACCGATATGGGCTGATACGA-TATA-GGTGACGATACGACA--GTCGATATGATACATAATA--TATGGTATGATATAATGTTATA-TGATA-TGGTA-TGATATTAT-CG--ATGATATTGTATA-------TCGATTATG------TATGATACGA--------ATATGGTATGATAT-TG-AGGT-TATGATATATT---ATACG-ATATGGTATGATA-CGATATATATTA-ACGATATGGT-ATGAGTGCG--ATTTA-ACT-GATATTA---GTTACGATATGT-TA-TTA-TACGATAT-GAT--CGTTGGN-TAT----GATATCGA-TATTATATGATAT----TGATAT-ATNCGATATG-----GTTATG-TAACGAT-ATGCGA-TA-TTNTATA--CGATATCATAT-TATGAT-C-GNACAATATGTGCGTGA--TACG--TACGGTATNA-ATAT-GGT-------ATTATACGATA-----CG--GT---ATTTATGGA-TN-CTTCGATA----TTATAT----CGATA-TGGTA---CGA--GATATCATNCGATAT-----GGNAT-AT-CAGTA-TGG--T--GGTGCGT--------AC---AATAT-TATNATAANA---GGTAATGANN------ATTATGTTGTNTGATATGATT--ATTG-AT-ACACA--------TGACG-TATGATATTAT-A---CGAT-ATGG--TTATGATACGAATTAT-ACGATATTGTATATGTATGA-A----TTA--TAGTATA----TTA-TAT-GATATGATACGAT---TATGGNTA------TATNCGA--TATG---GTN-TTGAATATCG-TACT-T-ATGT-ATATGATCN-A-AT-TNATA-TGA---NTATNGT-TT--GA-A-----TGG----NNAT--T-A----------CN--A-TTAT-CGATTACGATA---G---TATT-ATA--CNATGAT-------TACGAN-T--TGG--------ACGGTT-ATGATACAATAT-TGTGTTG--ATTATG-GTATTGA-TTACAAT-ATCA-T-ACG-ATATGGTATA-ATA--CGA---TATGGTAATA----ATA-TAATA-TGA---T-ATA-C-GA-TTATA--T-ATTATAA-ATTATATTAATANTAA--CATNA--ATTATATATAT--TATCAATGATAT-CAT-C----ATAAATATG-AATGT-TTA-TA-ATAA--TATAT-TATATCC----ATATTA-T--AT---CCTATA----GTAT-AATAGAT---A-AT--CATAATTATA-TGT-AT-TATAAT--A-TAT-AATA-TAGAT-TTATA-TTATGTACAATTA-TG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-ACTT-G--TGTAAT-ATGA-TA-AAG--TG--TA-AT-GG----AT---GAAAAATCC-TGTGG-G-CTAAAATA-AAAGC--ATAAAATATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAAAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGA-GCTT--TG-T-TAATCTTTGATT
Reference ( family-2335 ) : NNNAAATAGGCA-TAT-TTGAGNTAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC----AAA-ACTTA-G-AT---TAA--GA--A-TGCGTCTT-G----TGATT-A------AAATG---TA-TTCGAGTA-GTTTAGATGCTG---------------A-AA--------TATGATATG--------ATTACGATATTA----ATAT-GG--TATGATATGGTATG----ATACGATTTT-AT--TTATG-AC-ATTAA-TGAT-ACGATATTATACGATATGGTATTGATATTATACGAATAT-------TATACGAATATATGGTAATCGATATCA------ATA-GTA-----TTATA-AATATGG-TATGATGTCGATAATTATACCTATACGATAT----TGGTATATGATA-TGA----TTTT--GGTGGTATGATTATGA-TATTATTATGATTGATGGTATATATCGATATATGGTTTTATAGTAATATGATTATAA-TATTACTATGAATATTGGTAATTGATA-TATANNACTAT---TATCGACTAGAAT-GATACACCGCATATGA----ATACCGAAATATGAGTGATGAATATGATATGATATTATATATTA------TTGGATATGATTACAATGGTTAT-ATGATATGGTATGTATATTATAC-TGATATGGTATTATACGATATGGTNTGATATGNTACGATATTATACGATTATGG-TA--TGAT-ATATTATGATAACGATTAGTGTATGAT-TACGATATGGTAT-GGTATTGNGAT---ATGTATNTGATATAGATGTTATAATATGACGATAT-GATATGG-TAGTT-TGNTA-A--CGA-TATTATATAA-CG-ATATGG-CGTATTATA-CGATAATGATATGTTA--ATATGATA-ATT--G-TTANATGA-TA--TATTATTNTATGATATGAATATA-ATATT--A-TATGAT-TTTATGA-TGTATTATA-TTAT-AC---TATAT-G-TATT----GAATACGATAT-AT-TNTA--ATATTAGATATTGTATGGATATGATATT--ATAACGATATGGTATTGATACGN-TATTTAATACAAATATGGTATGATGC-ATAC-GA-TATATT--ATTATAT--T-TAATG-----TATGATACGAT--ATNTGGTATGTTAGATACGAT--AT--GGTNTGAT-A-ATG-ATTATTACNCGA-AT-ATGGTT--TGATATGGAAATTANAATATTATNNG-ATATGTTATTGATTNNGATA-TTANACCGATNTAGGTTGATNCNA-TATAGGGTAACGATANAATATGGTCGANATGNTNCATAATATTTATGGTATGATACGATATTATA-TGATA-TGGTA-TGATATTAT-CG--ATGATATT-TATA-------TCGATTATG------TATGATACGA--------ATATGGTATGATAT-TG-AGGTGTATGATATATT---ATAC--ATATGGTATGATA-CGATATATATTA-ACGATATGGT-ATGAGTGTG--ATTTA-ACTCGATATTA---GTTATGATATGTTTA-TTA-TACGATAT-GAT--CGTTGGT-TAT----GATATTGA-TATTATACGATAT----TGATAT-ATACAATATG-----GTTATGATAACGAT-ATGCGA-TA-TTGTATA--CGATATTATATTTATNGTACCGTACAATGTGTATATGA--TACG-GTATGGTATNGGATAT-GGT-------ATTATACGATA-----TG--AT---ATTTATGGA-TA-CTTCGATA----TTATAT----CGATA-TGGTA---CGA--GATATTATACGATAT-----GGTATTATACAATA-TGGTNT--GATGCGT-------TAC---AATAT-TATNNTANNACGTGGTAATGGNG------ATTATGTTGTATGATATGATT--ATTG-AT-ACATA--------TGATGATATGATATTAC-A---CGAT-ATGG--TTATGATACGAATTAT-ACGATATTGTATATGTATGA-A----TTA--TAGTATA----TTA-TAC-GATATGATACGAT---TATGGNTA------TATNGGA--TATG---GTT-TTGAATATNA-TACT-T-ATGT-ATATGATNN-A-AT-TNATA-TGA---ATATGGT-TT--GA-A-----TGG----ANAT--T-A----------CT--A-TTAT-CGATTACGATA-------TATT-ATA--CTATGAT-------TACGAN-T--TGG--------ATGGTT-ATGATACAATAT-TGTATTG--ATTATG-GTATTGA-TTACAAT-ATCA-T-ACG-ATATGGTATA-ATA--CGA---TATGGTAATA-TGGGTA-TGATA-TGA---T-ATA-C-GAGTTATA--T-ATTATAA-ATTATATTAATANTAA--CATCA--ATCATNTATAT--TATCAATGA-AT-CAT-C----ATAAATATG-GATNT-TT--TA-ATAA--TATAT-TATATCC----ATATTA-T--AT---CCTATA----GTAT-AATAGAT---A-AT--CATAATCATA-TGT-AT-TATAAT--A-TAT-AATA-TAGAT-TTATA-TTATNTACAATTA-TG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-ACTT-G--TGTAAT-ATGA-TA-AAG--TG--TA-AT-GG----AT---GGAAAATCC-TGTGG-G-CTAAAATATAAAGC--ATAAAATATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAAAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGA-GCTT--TG-T-TAATCTTTGGTT
gi|1 : AAATAGGCA-TATATTGAATTA--TTGCTTGTTCAAC-TTGTTTCATCTAAAAAATACTTATGCATA--TAACTGATTA-TGCATCTTAG----TGATTTA------AAATG---TAATTTGACTATGTTTAGATGCTG---------------AGAA--------TATGATATA--------ATTACGAAATTA----ATGTCGGCCTGTGA-ATGGTCTT----ATATGATTTTTAT--TTATG-ACCATTAAATGATCACGAT-TTATACAGTATGGTATTGATATTTTATGAATAT-------TATACGGATATATGGGAATCGATACCA------ACACGTA-----TTACA-AATATGGCTATGATGTCGATAATTATACCTATACGATAT----TGGCATATGATAGTGAGGGCTTTTCCGGTGGTATGATTATGACTATTATTATGATTGATGGTATATATCGATATATGGTTTTGTAGTAGTGTGATTACAAATATTACTATGAATATTGGTAATTGATG-TATACTACTAT---TATTTACTAGAATTGCTCCATCGCGTATGA----ATACCCAAACATAAGTGGTGAACATGATATGATATTATATATTA------TTGGATATGATTACAATGGTTATGATGATATGGTATGTATATTATAC-TGATATGGTATTATACGATATGGTTTGATATGTTACGATATTATACAATTATGG-TA--TGAT-ATATTATGATAACAATTAGTGCATGATCTGCAATATGGTATCGGTATTGAGAT---ATGTATCTGATATAGATGTTCTAATATGACGAT-T-GATATGG-TAGTT-TGCTA-ACTCGACTCTTATATAAGCG-ATATGACCGTACTTTA-GGATAGTGATGTGTTA--ATATGATA-ATTTCGTTTAGATGA-CA--TATTATTTTATGAAATGAATATAGAGATTCCA-TATGGT-TTTATGA-TGTATTTTC-TTATGAC---TATAT-G-TATT----GAATATGACGT-AT-TCTA--AAATCAAATATTGTATAGCTATGATATT--ATAACGATATGGTATTGATATAG-TATTTAATACAAATATGGTATGATGC-ACAC-GA-TACACTTAATTACATTCT-CAAT------TACTATACGA---ATTTGGTATGTTAGATATGATTAAT--GGTTCGAT-AGATGAATTATTACTCGG-ATAATGGTG--TG-TATAGAAATTAGAA----ATAGA-ATA------TGATTTTG--A-TTAAACCAATTTAGG--GAGCCCA-TATAAGG-GACGATACAA----GTCAAGA-GATACAT-ATA---A----AAGAGAAAATGTTATA-TGATATTGGTG-TGATATTAT-CG--TTAATATT-TATA-------TCG-TTATG------TATGATACGA--------ATATGGTAGGATAT-TGAAGGTGTATGGTGTATG---ATAC--ATATGGTATGATA-CGATATGTATTAGACAATATGAT--TGAGTGTG--ATTTA-ACTCGATATTA---GTTATGATATGTTTACTTACTACGA-AT-GATGGCGTTGGT-TGT----GATATTGA-TATTATATGATAT----TGATAT-ATCCAATATG-----GCTATGATAACGAT-ATGCGAGTA-TTGTATA--CAA-ATCATGTTTATCA-ACCACATACTGCGTGCGTGAAGTACA-CTGCGG-ATCAAATAT-GGT-------ATTATAC-ATA-----TGAAAT---ATTTATGGA-CACCTTCGATA----TTATAT----TGATA-TGGTAAACCGA--GATTTTATACGAT---------CCTTATCT--TA--GGTTTTAGGTGAGT-------GACTCAAATATCTCTTTTAAAA----GTAATGAGAATCATTATTATGTTGTCTGTTATGATT--ATTG-GT-GCATG--------TGATGGTATGATCTGAC-----CGAT-ATGG--TTATGATACAAATTAT-ACGATCTTGTATATGTATGG-A----TTA--CAGTATA----TTA-TATAGATATGATACGAT---TATGGGTA------TATCGGACTTATG---GTTCTTGAATATCA-TACTCC-ATGT-ATATG-----A-AC-TCATAGTGA---GTATCGT-TT-----A-----TGG----AAAT--T-A----------CT--AGTCAT-CGATTACGAT--------TATT-ATT--CTATGAT-------TACAAC-TTGTGG--------ATGGTT-ATGATACAATAT-TGTATTG--ATTATGAGTATTGACTCACAAT-ATCA-TAACGAATATGGTATA-ATA--CGA----ATAGTAAGACCGGATA-TAAT--TGACTTC-ATA-CTGAGTTATA--T-A-TATAATATTATATTAATAATAATTCATAA--ATTATATATAT--TATCACTGATAT-TATACCTTGATAAATATGCAATGTGTTAGTA-ATAA--TATAT-TATAT-C----ATATTAGT--AT---CCTATA----TTATAAATAGAT---A-ATTGCATAATTATAGTGT-AT-TATAAT--ACTATAAATA-TAGAT-TTATA-TTATGTACAGTTA-TG---A----T-A-TTTTGTTC----GTCACTT-GCTCGTAAT-ATGACTA-AAGGTTG--TA-ATGGG----ATTTCGAAAAATCCATGTGGAG-TTAAAATACAAAGCG-ATAAAATATAA--TA-A-TGGTGCCACTAGTGAAAAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGAGGCTTTGTG-T-TAATCGTT
gi|10 : ttt-TGTATC-----ATATTA-T--AT---CATATACAATGTAC-AATAGAA---A-AT--C-TTATTATA-TAC-ATGTAT-------CAT-AATG-------TTATA-TTATGCACAA-TA-TA---AATTGTGA-TTTTTTTATGTTGT-AC---G--TGTAAC-ATAA-TA-AAG--TG--TA-CT-GG----AT----GAAAATCT-TGTattttttacc
gi|11 : taTATA-TCATATACAAT-A-TG---A----TAAATTCTTTTA----GT---TT-G--TGTAAT-A-GA-GA-AAG--TG-----GT-GGTAACAT---GAAAATTCC-TGTGG-G-CTAAA-----------ACAAAAT------TA-A-TACTGCCA-TA---AAAGGGT-GTTGTC---CATGGTC--GAGG-TG-----T--TG-T----CCTTTG
gi|12 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT---TAA--GA--T-TGCGTCTT-GTTTTTTATC-ATCT---AAATGTTTTT-TTC-AGTA-GTTTAAATa
gi|13 : ATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT---TAA--GA--T-TGCGTCTT-G----TTTTT-ATCATCTAAATGTTTTT-TTC-AGTA-GTTTAAAT
gi|14 : ATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT---TAA--GA--T-TGCGTCTT-G----TTTTT-ATCATCTAAATGTTTTT-TTC-AGTA-GTTTAAA
gi|15 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-A-GT---TAA--GA--T-TGCGTCTT-G----TTTTT-ATCATCTAAATGTTTTT-TTC-AGTA-GTTTAAAT
gi|16 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA---AT---TAA--GA--T-TGCGTCTT-G----TTTTT-ATCATCTAAATGTTTTT-TTC-AGTA-GTTTAAAT
gi|17 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT---TAA--GA--T-TGCGTCTT-GTT--TTATC-ATCT---AAATGTTTTT-TTC-AGTA-GTTTAAAT
gi|18 : AAATAGGCAATAT-TTGAGTCA--TTGCTTGTTCAATCTT---TCATC----AAA--CTTA-G-AT----AA--GA--A-TGCGTCTT-G----TGATT-T------AAATG---TA-TTTGAGTA-GTTTAGATGCTG---------------
gi|19 : cG--TA-AT-GG----AT---G-AAAATCC-TGTGA-G-CTAAAGTA--AAGC--ATAAA-TATAA--TA-A-TTATGCCA-TA-T-AAA-GGT-GTAGCC---C--CGTC--AAGG-TGA-GATC--TG---TAATCT
gi|2 : GTCTGGTATGATATAAT-TTATAC----ATAG-TGCGTGATGATATTA-GATA--------TGTGACAT-TACA----GATAC-CATATTAAGATCGAATG---GTGATATA----TTATGATA--ATAATAC-GATATGG-TA----TGATACA--ATA-TATTAAACAT-CGGATA-AG-CGATTTATATCTATAACAATGTATTA---TA-GAT---TG--G-TTGCATAA-TA--TCTCAT---ATGGAATGG-TATA-AGTCG--A-TATG----TT-TGA--GTAAGACAATTAT------TATATAG-AATT----GGAT--GATAC-ATATATACCATATGAGATACAATATGG-TATGATA------AAT--TATGGTAT-GATATAA-CA----ATACC--TATGGTATGA------AC-AAGTATATC---TTGGA------AATA-----TAT--TA---T--ATATGGTATAT---A-ACGAT--ATTTGTTTTGATTA-ATG-----TTACG-GATAT-ATTATCAATAGTATG---AT----ATATTATGTACATATGGTAT-GA--AAGATAGTTAT---GATATGGTCTGATACGAATATA---TGATGGTATGACAA---CGATAT-ATACATAATG-----GGTCTGATATGATGTTATACTGATAATGATA-C-ATATTAT-----ATGAAATT--A-A-------TTGA--ATA------AATGGTA------------TATT-TATGAT-T-TG-A-----ATGATATAT------AC--ATATGGTA-GATATCAATATA-ATCA--CAAT-TAGTTATGA-TGCG--ATT---ACT--ATACTA-----TACGATATGT-----------AATAT-GAT--TGGTAGA-TATAAAGGATATCC--TATTATAT-ATAT----GGGTAT-ATTGAATATGTGTACGTTAT--TAATGATCATG-GA-TAATTCAATAGTCAATATCATAT----GGT---GAACAATATATACAT-----ACGCGTATGATACGATATGT-GGT-------ATTATACAATAGAATATG--GT---ATATACGAA-TT-ATATGATAATGATTATAG----CGATAATGG-G---TGA---ATA--AACCGATATATAGTGATATGATACAATACTGG-AT--GATACATATGTAGATAC---AATAT-TATAACAATA---GGTA-TGATC------AATGTGTAATACAATATAATTCTATTG-AT-ACGCA---------------AT--TATC-C-A---T-AT-ATG----CA-GATA---ATTATCACGATATGGTA-ATGCATCA-A----TAT--TAATACAGAA-TCAATAT-G-TATGATATGTT---CATGG-TA------TATACGA--CATGTATATC-TT--ATACGA-TA---T-ATGT-ATATGATAC-A-ATATGATA-TGATCGATATGGT-ATACGATA-----TGGTTGTACAT--TCA----------CA--C-TTAT---ATTACGATACTGG---TATT-ATA--CCA-GATGTATTGCTACAAA-T-------------ACTATT-ATGATACAATAT--G----G--ATGATACATATTG--TTG--AT-ATCA---ACG--TATGGTATA-ATA--CAC---TATGGTAATA----------GTA-TGA---T-ATA-C-GA--TATAATT-ATTATAA-ATTAT--TAATACTAA--TATCA--AT-ATTTATAT---ATCA-TGA-AT-C---T----ATATATATG-GATTT-AT-----ATAA---ATAT-TATATCC----ATATTA-T--A----CCTATA----GTAT-AATAGAT---ACAT--CATAAT-ATA-TGT-AT-TATAAT--A-TAT-AATATTAGCT-TTATA-TTATGTAC-ATTATTG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-ATTT-G--TAAAAT-ATCA-TA-AAG--TGTCTA-AT-GG----AT----GAAAATCC-TGTGG----TAAAATAT-AAGC--ATAACATATAATTTA-T-TGGTG-CA-TA-T---TAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGA-GC-T--TG-T-AAAT
gi|20 : cattatttgaaaataacgtagatTGTAT-ATATGATT--A-TG-GTAATAGA--------TGATGATACGATATTAT-A---CGTT-ATGA---TATGATACAGA-TAT-AAGATATGGTATG-ATAAGATA----TTA--TAt
gi|21 : ataGTAAT-AAGGCATGGTCAGTATATTATAC-T-ATATG------TACGATAT
gi|22 : gctggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--TACGATATGGTATG----ATATGATTTT-ATACATATGTAC-AAT-A-TGGT-ATGATATTATACGATATGATA-TGATATTATACG-ATAT-------TATa
gi|23 : aATAT-GGT-------ATAATACGATA-----TG--GT---A-TGATATA-TC-TTTCGATA----TGATATAATATGAAA-TGGTA---TGG--TATATCATACGATAT-----GGgtta
gi|25 : GC--ATAAA-TATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAA-GGT-GTTGCT---C--CGTC--GAGG-TGA-GCTT--TG---TAATCTTTGATT
gi|26 : AT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-ATCTATAT--AA--A-TGTAT-TT-G-------TT-A------A------------TGAGTA-GTTTAGATGCTG------------------G--------TATGATacc
gi|27 : ATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAA-GAT-GTTGTC---C--CGTC--AAGG-TGA-GCTT--TG-T-
gi|28 : TATG----ATACGATCTT-AT----ATG-AC-AT-----------GATATTATACGATATGGTATT-ATA
gi|29 : AGGCA-TAT-TTGAGTTA--TTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT---
gi|3 : TGGTATGATAACAATATGGT-ATGA-TATGA-TAT---TATTAGTAGTTTATGGTATGATACAATGTTTATTGAT---AAT-GGTA--------ATGATATTATAC---GATATG-GTATTAAATACGATATGGTTTGATA-ATTACGATATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT-TGATACGATATTATATGAATATGGGTA---GAC-ACGATAT-ATATCGAGTCG-GTATGAT-ATTGATGT--TAT-AGAAGTG---T---AT-TGTATGA---ACATATTATAAT-TGATATTATTGATATGG-TA----TG------------ATT-TGTAA-TG-ATATGA---TATTATA-CGATGATGGTATAT----ATATGATA--------TTATACGACTAGGTA-------ATGATAC-AATATA-ATATC--AATATGGT-G--ATGAATGT-TGATA-CTAT-ACGTCTATAG-A-TAGT----AGAT--GATATGAT-TTTG--GTAATGGATAAGGTATG-ATACGTTATT--ATA-TGATATGGTGT--ATACGA-TATT--ATT---ATATGGTAT-AT---ATACTAA-TATGGT--ATGATAT-----GATACGCGCTATGATACAA
gi|3 : TATGATT--ATTA-AT-G-ATA--------TG----TAGGATATTATTA---CGAT-ATGG--T-ATGA--------AT-GCAATATTATA-ATGAATCA-A----T-A--TGGTATGATTGTTA-TG--GGTATGATACGATATGTATGAATACAATATTATACGA--TGTG---GTA-TTGA-TATCAATATT-TTATATGATATGATCATA-AT-GTATA-CGA----TATGGT-TT--GA-ATATCATAG----CAAT--T-ATANNNNNNNNNN--N-NNNN-NNNNNNNNNNN-------NNNN-NNN--NNNNNNN-------NNNNNN-N--NNN--------NNNNNN-NNNNNNNATTAT-TGT-TTG--ATT----GTAATGA-T-ACAAT-ATCAAT-ACA-ATATGGTATA--TA--CGA---TATGG---------GTA-TAATAATGA---TTATAGC-GATATATA--TTATTATAA-ATTATATTAATAAT----TATCA--ATTATGTATAT-----CAATGATATTCAT------ATAAATATT--AT-T-TT--TATATAAATTATTT-TATATTTTTAAATATTA-T--AT---C-TATA----TTAT-AATAGAT---A-AT--CATAAT-ATA-TGT-AT-TA--AT--A-AAT-AATA-TAGATGTTATAATTAT-TAC--TTA-TG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-A-TT-G--TGTAATAATGA-TA-AAG--TG--TA-AG-TG----AT---G--AAATCC-TGTGG-GTTTAAAATAAATAGC--AGTAAATATAA--TATACTGGTGCCA-TA-T-ATAAGGTGGTTG-C---C--CGTCGGGAGGTTGA-GCTT--GA-T-AGATCTTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgattattaatgatatgtaggatattattacgatatggtatgaatgcaatattataatgaatcaatatggtatgattgttatgggtatgatacgatatgtatgaatacaatattatacgatgtggtattgatatcaatattttatatgatatgatcataatgtatacgatatggtttgaatatcatagcaattatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattgtttgattgtaatgatacaatatcaatacaatatggtatatacgatatgggtataataatgattatagcgatatatattattataaattatattaataattatcaattatgtatatcaatgatattcatataaatattatttttatataaattattttatatttttaaatattatatctatattataatagataatcataatatatgtattaataaataatatagatgttataattattacttatgataatttttttagtattgtgtaataatgataaagtgtaagtgatgaaatcctgtgggtttaaaataaatagcagtaaatataatatactggtgccatatataaggtggttgcccgtcgggaggttgagcttgatagatcttttgat
gi|4 : tggtatgataacaatatggtatgatatgatattattagtagtttatggtatgatacaatgtttattgataatggtaatgatattatacgatatggtattaaatacgatatggtttgataattacgatatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgatacgatattatatgaatatgggtagacacgatatatatcgagtcggtatgatattgatgttatagaagtgtattgtatgaacatattataattgatattattgatatggtatgatttgtaatgatatgatattatacgatgatggtatatatatgatattatacgactaggtaatgatacaatataatatcaatatggtgatgaatgttgatactatacgtctatagatagtagatgatatgattttggtaatggataaggtatgatacgttattatatgatatggtgtatacgatattattatatggtatatatactaatatggtatgatatgatacgcgctatgatacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTA-TTA-TACAATATCGAT----TTGGCGTAT----GATACCGACTATTATATGATATGGTATGATATTATACGATAAG-----GT-ATG---------ATGCAA-TA-TTATAT---TGAT----TATGTATGATTC--TACAATAT-T-TGTGA--TA-----ATGGTCTAT-ATATCGATCTCACCAATTATTCTATA-----CA--ATGTCATCCATGGACTG-CTT----------TCCAT-----GGTA-TG-TA---CGATCGTCGTCACTCTATTT-----GGGA------AGTA-TG---T--GGTGTCT--------------ATCT-TATGATACGAAATACTTATGAAT------ATCA----GTCTG----GGTT--ATTGTAT-ACACAATTCACCTCGACGTAATAATATTGT-ATAACGATTATGGGGTTAC--TATGA-TTAC-AT--CATTATGTATG-ATGA-GCATCTTAACTGGT-TA----GTA-TAT--ATGTGAT-TAGT---TA-GCCTA------TATCTAA--T----------TTATATATTG-GGCT-T-G----ATATGACCT-ACAT---ATA-TTA---TTATCGTATT--GA-------TGG----TTATGAT-A----------CCCGA-TTATGCG-TTATGATAGATAAGATATTTATAAACAATATT-------TGCGTTAT--TGACGTACAACATGGTTTATGATACAATGTCTGTGTTCTTATT-TG-CTAT--A-TTACAATTATCA-T-ACA-TTATG-TATAGATAACCGACTTTATGGTAGTA----ATACTGAT--------T-AAA-C-AA-TTATA--T-AT-ATAA-AT---ACTGATATTA---CATAATCATCATATATATGATATTAATGA-AT-CAT-C----ATAAA-ATG-AATGT-TTA-TA-A-AA--T-TATCTATATCA----GTATTA-TTTATTCGCCT-TA----GTATTAATATATGTTA-AT--CATA----TA-TGTCAT-CGTCATTGA-T-T-AATA-TAGAG-TATTA-TTAGTTACCATTA-TGTGAA----TAA-TTTTTTTA----GT-ACTTAG--TATAAT---GA-TCTAAA--TG--TACAT-CG----AT---GATAAATTC-TGTGG-G-CAATACTATAA-GCCCATCAAATATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAAGAGT-G-TGCCCCTC--CGTC--ATGG-TGATGCTT--TGATGTAATCTTTGtgat
gi|5 : ATGA-T--ATTGTA-TGAC-AT---TATAT-G-----------ATACGATAT-GT--ATG--ATATT-----TT-TATG-ATATTATACTGAATAATG----GGTAT-GATACAAATATT--ATACAA-TATGGTATGATGCGATAT----TATACT--A--ATAC--GATAATGGGG--TATG----GATTGATTTGGTATG---AAT-TGAT--AT--TAT-TGAT-A-ATG-GT-ATTATACGA-AT-ATGGTT--TGATATG---ATTACAATATTATATG-ATATGTTATTGATTTAGATA-TTATACCGATAT-GGTTGATACAA-TAT--GGTAATGATAGAATATGGTTGATATGATATATAATATTTATGGTATGATACAATGTTATA-TGATA-TGGTA-TGATATTATACGATATGGTATTATACAATATGGTTTGA-TATGTTACAATATTATAC-A--------ATATGGTATGATACATA-TGGT--ATGATATATTATGATACAAATATGGTATGATA-CG--ATATGGTA-ATGGTATGA--ATGGGTATG--A--TA-A---GATATTATATGTTATGGTATG-------A-TACGATAT-TAT--tat
gi|6 : taT-TTGAGTTA--TTGTTTGTTCAAT-TT---TAATC----AAC--CTTA-G-AT---TAA--AA--AATGCGTCTT-G----TGATC-A------AAATG---TA-TTCGAGTA-GTTTAGATGCTGGTATGATGTGATATTA-AACGATATGGTATGATATGGTATGATAATTATGGTATTATACAATAT-GT--TATGATATGATATACGATATATGATTTT-NN--NNNNN-NN-NNNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATACGATT---TGGT--TTGATATGATATTTCATG-ATACGATTTTATATGATATGG-TTTGATGT-GATA-------TTATACGATATGGAATG--ATACGATA-TTA----TTT------GGTATGATaatgaatatggta
gi|7 : TATA----TTA-TAC-AATATGGTATGAT---a
gi|7 : tTATGATGTGATATTATAC--TA------TAAGATATGAT-------------ATGATAAGGTATG-ATACGATATATGATATGGTATTATACGATATGGTTTGATATGATACAATATTACACGA-TATGG-TA---GAT-ATTATATTATA-----CAATGTATGA--TACGATATGGTAT---TA-TGCGAT---ATG-GTTTG----AAATCT--TAATATGCCAGCTT-G-T-TGGTTAGCTATGATA-A--ATT-TATTATCT-A-TG-ATAgtgatattatactataagatatgatatgataaggtatgatacgatatatgatatggtattatacgatatggtttgatatgatacaatattacacgatatggtagatattatattatacaatgtatgatacgatatggtattatgcgatatggtttgaaatcttaatatgccagcttgttggttagctatgataaatttattatctatgatac
gi|8 : ttatattatacaatatggTGTGGTATGATATAATATTATA-CGATA-TGGTATTGATATT-T-----ATGATATTGTATG-------AC-ATTA--------TATGATACGATATTATACATATGGTATGATAT-T-----T-TATG--ATATT---ATACG-ATATTGGATGATA-CAATATAT-----ACAATATGGT-ATGA-TGCGATATTTATACT--ATATTA---c
gi|9 : tttagaATGATATCATATTATACGATATAGT--G-TTACATGA-TA--TGTTATTATACAAAATG-ATATT-ATGCT--A-TATGATATTCACAG-TGTA--ATA-GGGT-AC---AATAT-GCTATTTTTACAATATGATAT-TG-TATA--ATATTAcatt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TAGAATAGAATATTGAATTGATTGTATTAAACCAATTTAGGGTCCATTAGGGCATACAAGTCAAGAGTTCCATATAAA
Unaligned ( gi|30 ): TATACTTAGTATGACCATCGAGGTTCGACATA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1111 2222 555555555555555555555555555555555555555555 2222 22222 22222 777777777777777777777777777777777 1 222 111 333333333333333333 1 1 1 3333333 2222 11 1 333333333333 4 777 2222 2222 44444444 11 33333 111 1 1 111 1 11 111 1 4444444444444 22 333 222 22 2222222 1 1 2222 1 3333 222 1 33 11 2 1 333333333 2222 11 222222 222 11 1 1111 222 22222 11 11 111111111 22 2222 22 1 2222222 22 33333333333 88888888888888888888888888888888 44444444 111111 1 111 333 1 1 22222 22222222 111 222 1 1 22 1 222 333333333 1 11 44444444 2 1 888888888888888888888888 33333333333 5555555555 11 1 3333333 11 222222222222222222 222222222 444444444444444444444444444 1111 22222 222222 11111 2 1111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111 11 66666666666666 22222 3333333333333333 1 1 1 33333333333333333333333333333333 111 11 222222 3333333333333 111 222222222222222 333333333333 1 2222 1 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 44444444444444444444444444444444444 1 222 11 11 11 2222 2222 7777777777777 1 1 1111 1111 1 2222 11 222 1 4444444444 1 111 1 22222222 222222 1111111 1111 1 111 11 1 11111111 1 11111111 1111 111111 1111 111 1 111 11 1 1 1111
lowQualScore : 4 4 1 11 3 666 99999 3 3 3 3 4 55 55 0000 0 4 4 2222 4 666666666666666666666666666666666666666666 1 4444 44444 0 7 11111 333333333333333333333333333333333 5 5 5 1 0 1 111 999 2 888888888888888888 5 5 1 5 3333333 3333 77 5 1 333333333333 1 1 6 6 6 1 6 1 0 77 1 000 1 1 1 4444 6666 00000000 6 88 4 55555 4 000 0 1 5 555 6 3 0 33 1 0 3 666 7 3 1 9999999999999 00 88 111 7 333 77 1 7 3333333 7 6 7 7 3 2222 3 1111 000 3 4 55 88 4 77 4 88 3 2 999999999 4 5555 0 99 888888 4 444 7 7 44 0 7777 222 33333 77 1 33 33 333333333 22 9999 22 3 0 5555555 22 11111111111 6 99999999999999999999999999999999 7 00000000 888888 1 2 777 000 77 3 3 22222 77777777 666 7 666 3 7 7 3 7 77 0 0 222 444444444 55 0 33 00000000 2 8 88 4 6 0 444444444444444444444444 0 55555555555 1 2222222222 44 7 5 2 888 0000000 1 2 0 00 888888888888888888 888888888 666666666666666666666666666 99 7777 00000 333333 77777 4 66 7777 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 8 6666666 8 8 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 66 1 7777 11 8 8 333 44444444444444 88 0 77777 8 8 3333333333333333 0 6 5 3 2 77777777777777777777777777777777 3 1 777 3 11 888888 11 8888888888888 333 777777777777777 111111111111 0 8888 1 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 22222222222222222222222222222222222 2 0 333 99 2 33 33 0000 1111 2222222222222 0 0 4444 4444 66 0 3 44 1 6666 1 33 7 1 999 9 5 2222222222 3 0 3 555 0 11111111 8 888888 8 6666666 5 0 7777 6 444 8 11 0 0 5 8 8 8 77777777 0 8 88 999 6 5 1 6 66666666 1 6 4444 111111 99 999 6 6 99 77 5 5 2222 000 2 1 5 111 6 6 33 1 8 66 5 5 5 777 3 5 0 888 66 66 5 0 0 66 8888 6
lowQualScore : . . . .. . ... ..... . . . . . .. .. .... . . . .... . .......................................... . .... ..... . . ..... ................................. . . . . . . ... ... . .................. . . . . ....... .... .. . . ............ . . . . . . . . . .. . ... . . . .... .... ........ . .. . ..... . ... . . . ... . . . .. . . . ... . . . ............. .. .. ... . ... .. . . ....... . . . . . .... . .... ... . . .. .. . .. . .. . . ......... . .... . .. ...... . ... . . .. . .... ... ..... .. . .. .. ......... .. .... .. . . ....... .. ........... . ................................ . ........ ...... . . ... ... .. . . ..... ........ ... . ... . . . . . .. . . ... ......... .. . .. ........ . . .. . . . ........................ . ........... . .......... .. . . . ... ....... . . . .. .................. ......... ........................... .. .... ..... ...... ..... . .. .... ........................................................................................................... . ....... . . .............................................................................................................................................................................................. . .. . .... .. . . ... .............. .. . ..... . . ................ . . . . . ................................ . . ... . .. ...... .. ............. ... ............... ............ . .... . . ........................................................................................................ . ................................... . . ... .. . .. .. .... .... ............. . . .... .... .. . . .. . .... . .. . . ... . . .......... . . . ... . ........ . ...... . ....... . . .... . ... . .. . . . . . . ........ . . .. ... . . . . ........ . . .... ...... .. ... . . .. .. . . .... ... . . . ... . . .. . . .. . . . ... . . . ... .. .. . . . .. .... .
lowQualScore : 4 0 4 22 6 444 11111 6 6 6 6 0 55 55 6666 7 0 0 1111 0 888888888888888888888888888888888888888888 0 0000 33333 7 3 55555 555555555555555555555555555555555 8 8 2 0 7 0 555 555 5 555555555555555555 5 0 0 0 0000000 5555 55 0 0 000000000000 0 0 0 0 0 0 0 0 0 00 0 000 0 0 0 5555 5555 00000000 0 55 0 33333 5 888 0 2 5 888 5 0 0 88 2 2 2 333 3 3 0 0000000000000 77 00 000 3 333 33 0 3 0000000 3 0 3 3 3 7777 3 3333 333 3 0 55 00 0 00 7 00 7 0 333333333 0 0000 7 77 333333 0 333 3 3 22 0 0000 555 88888 55 2 22 88 777777777 00 7777 00 3 7 0000000 77 00000000000 7 77777777777777777777777777777777 3 77777777 777777 0 0 777 333 77 3 3 33333 33333333 777 3 333 3 3 3 3 3 00 2 0 222 000000000 88 0 22 00000000 2 0 88 0 0 8 222222222222222222222222 8 44444444444 4 6666666666 22 6 4 8 888 4444444 8 8 4 88 222222222222222222 222222222 333333333333333333333333333 00 0000 88888 000000 88888 0 00 0000 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 0000000 2 0 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 55 0 5555 00 0 0 444 00000000000000 66 6 66666 0 0 3333333333333333 0 5 5 5 5 00000000000000000000000000000000 2 2 555 2 00 888888 22 0000000000000 222 555555555555555 555555555555 0 2222 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 88888888888888888888888888888888888 5 0 222 88 5 22 88 8888 2222 0000000000000 0 0 2222 8888 55 0 2 00 0 2222 0 88 0 2 222 2 5 0000000000 2 0 2 888 0 00000000 0 444444 0 8888888 0 8 0000 0 000 0 00 8 8 4 0 0 0 66666666 8 0 88 222 7 2 3 7 88888888 7 7 2222 888888 22 000 7 7 22 99 7 7 1111 000 0 7 7 777 7 7 66 6 4 99 0 0 0 111 1 0 2 888 99 99 0 0 1 99 7777 7
consensus : NNNAAATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-T-AA--GATT--GCGTCTTG-TTTTTATCATCTAAA-TGT-TTTTTT--CGAGTA-GTTTAAATGCTGG--------GATAT-----GATATGGTATGATATGGTATGATAATTACGGNATTATACAATGTCGN--TACGATATGGTATG----ATATGATTTTT------AT--NTATG-AC-ATTAA-TGGT-ACGATATTATACGATATGGTATTGATATTNTACGAATATTATACGGNTATATGGNAATCGATACGATATTTCACGCGTACGATTTTACATGATATGGCTNTGATGTCGATAATTATACCTATACGATATGGAATGGCATACGATAGTNAGGGCTTTTCCGGTGGTATGATTATGACTATTATTATGATTGATGGTATATATCGATATATGGTTTTGTAGTAGTGTGATTACAAATATTACTATGAATATTGGTAATTGAT-GTATACTACTA---TTATTTACTAGAATTGCTCCATCGCGTATGATATTATACCCAAACATGGGTGGTGAACATGATGTGATATTATACATTATNGGATATGATTA---TGGTAAT-ATGAT-ATGGTACGTATATTATAC-TGATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGGTATGATACGATATTATACGA-TATGGTATGAT-ATATTAT-AT-ACGA-TAGTGTATGAT-TACGATATGGTAC--GTATTGAGAT---ATG-GTNTGATATAGAT-TT-TAATATGACGAT-CGATATGG-TAGCT-TGATA-AAT--A-TATTATATAA-CG-ATANGACCGNNCTNTA-CGATANCGATGTATTA-TACGATA-ATT--G-TTACATGATATNTTA-TT-TACGAAATGGATATA-AGN--CNATATGGT-TTTACGATGTATGATA-TTGT-ACNATAT-G-TATT----CGATACGATATAT-TATA--ATATTAGATATTGTATGG-TATGATACT--ATAATG-TATGGTA-TGATATAA-TATT--ATACAA-TATGGTATGATGC-ACACGA-TATACT--ATTANA----CAATA-TANTATACG-AT--ATTTGGTATGT--AAT-CGAT--AT--GNTTCGAT-A-ATGG--TATTACNCGA-AT-ATGGTN--TGGTATGATTA-GATATTATATA-ATATG-T-AT-TGATTTAGATA-TTATACCGATATGG-CTGATACGA-TATAGGTGACGATACGATA--GTCGATATGATAC-AT-AATA---T--ATGGTATGATACAATGTT-ATA-TGATAATGGTA-TGATATTAT--ACGATATTGTATATCGATTATGTATGATACGA--------ATATGGTATGATATTG-A-GT-TACGATATATTATACGATATGGTATGATA-CGATATATATTA-ACGATATGGT-ATGA-TGCG--ATTTA-ACT-GATATTAGTTAC----GATATG-NTA-TTA-TACGA-TAT-GAT---GNTGGN-TAT----GATATCGA-TATTA------TATGATAT----TGATATTATACGA----TATG-----GTTATG-TAACG-AT-ATG-----CGA-TA-TTAT--ATA--CGATATCATA-T-TGT-GATNATACAATAT-ATGCG-TGA--TACG-TACGGTAT-AN-ATAT-GGT-------ATTATACGA-TA-----CG--GT---ATN-TATGGA-T-NCTTCGATA----TTATAT----CGATA-TGG-----T-AAACCGA-----GATATCATACG---AT--ATGG-----GATATCANTA-TGG-T----GGTG-----NGT-A--------C---GATA--T-TATNATAANAGGTA---ATG------ATTATTATGTTGTNC--GATATGATT--AT-TG-ATACACA--------TGAC--GTA-TGATATTAT-A---CG-AT-ATG-G--TTATGATACGAATTAT-ACGATATTGTATATGNATNAA----TTA--TGGTAT-A---TTA-T-AT-GA-TATGATACGAT---TATGGNTA------TATNCGA--TATG---G-TCTTGAATATCG-TACT-T-ATGT-ATATGATCN-A-AT-TNATA-TGAT---TATNGT-TT--GA-ATGGTT----AT--T-ACN--A-TTATG--CGATTACGATA---G------TATT-ATA--CNATGAT-------TACGANT--TNGACG---------GTT-ATGATACAATAT-TGTGTTG--ATTATG-GTATTGA-TT--------ACAAT-ATCA-T-ACG-ATATGGTATA-ATA--CGA---TATGGTAATA----ATAT----TGA---TTATA-C-GA-T-TATA--T-ATTATAA-ATTATATTAATANTAA--CATNA--ATTATATATAT--TATCAATGATAT-CAT-C----ATAAATATG-AATGT-TTA-TAATAA--TATAT-TATATCC----ATATTA-T--AT---CCTATA----GTAT-AATAGAT---A-AT--CATAATTATA-TGT-AT-TATAAT--A-TAT-AATAT-AGAT-TTATA-TTATGTACAATTA-TG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-ACTT-G--TGTAAT-ATGA-TA-AAG--TG--TA-AT-GG----AT---GAAAAATCC-TGTGG-G-CTAAAATA-AA-AGC--ATAAAATATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAAAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGA-GCTT--TG-T-TAATC-TTTGATT
Reference ( family-2335 ) : NNNAAATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-T-AA--GATT--GCGTCTTG-TTNTTATCATCTAAA-TGT-TTTTTT--CGAGTA-GTTTAAATGCTGA--------AATAT-----GATATGGTAT----------GATAATTACGGNATTATACAATGTCGN--TACGATATGGTATG----ATATGATTTT-------AT--NTATG-AC-ATTAA-TGGT-ACGATATTATACGATATGGTATTGATATTNTACGAATATTATACGGNTATATGGNAATCGATACGATATTTCACGCGTACGATTTTACATGATATGGCTNTGATGTCGATAATTATACCTATACGATATGGAATGGCATACGATAGTNAGGGCTTTTCCGGTGGTATGATTATGACTATTATTATGATTGATGGTATATATCGATATATGGTNTNGTAGCAGTGTGGTTACGAATATNACTATGAATATTGGTAGTTNATGGTATGNTACNATGTTTATTNACTAGAATTGNTNCATCGCGTATGATATTATACCCAGACATGAGTGNTGAATACGATATGATATTATACATTATTGGATATGATTACAATGGTNAT-ATGAT-ATGGTATGTATATTATAC-TGATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGGTATGATACGATATTATACGA-TATGGTATGAT-ATANTATGAT-ACGA-TAGTGTATGAT-TACGATATGGTAT-NGTATTGAGAT---ATGTGTNTGATATANATNTTATAATATGACAATATGATATGG-TAGCT-TGATA-AAT--A-TATTATATAA-CG-ATATGA-CGTATTATA-CGATAACGATGTATTAATACGATA-ATT--G-TTACATGATATATTA-TT-TACGAAATGAATATA-ANA--CTATATGGT-TTTATGATGTATNATA-TTAT-ACTATAT-G-TATT----GGATACGATATAT-TATA--ATATTAGATATNGTATGGATATGATATT--ATAATGATATGGTA-TGATACAA-TATT--ATACAAATATGGTATGATGC-ATACGA-TATACT--ATTATA---TCAATAGTATGATACG-AT--ATTTGGTATGT--GATACGAT--AT--GNTTCGAT-A-ATGG--TATTACNCGA-AT-ATGGTN--TGGTATGATTA-AATATTATATA-ATATG-T-AT-TGATTTAGATA-TTATACCGATATGGGCTGATACGA-TATAGGTGACGATACGACA--GTCGATATGATAC-AT-AATA---T--ATGGTATGATATAATGTT-ATA-TGATA-TGGTA-TGATATTATCGATGATATTGTATATCGATTATGTATGATACGA--------ATATGGTATGATATTG-AGGT-TATGATATATTATACGATATGGTATGATA-CGATATATATTA-ACGATATGGT-ATGAGTGCG--ATTTA-ACT-GATATTAGTTAC----GATATG-TTA-TTA-TACGA-TAT-GAT--CGTTGGN-TAT----GATATCGA-TATTA------TATGATAT----TGATAT-ATNCGA----TATG-----GTTATG-TAACG-AT-ATG-----CGA-TA-TTNT--ATA--CGATATCATA-T-TAT-GATCGNACAATAT-GTGCG-TGA--TACG-TACGGTAT-NA-ATAT-GGT-------ATTATACGA-TA-----CG--GT---ATT-TATGGA-T-NCTTCGATA----TTATAT----CGATA-TGG-----T-A---CGA-----GATATCATNCG---AT--ATGG-----NATATCAGTA-TGG-T----GGTG-----CGT-A--------C---AATA--T-TATNATAANAGGTA---ATG------ANNATTATGTTGTNT--GATATGATT--AT-TG-ATACACA--------TGAC--GTA-TGATATTAT-A---CG-AT-ATG-G--TTATGATACGAATTAT-ACGATATTGTATATGTATGAA----TTA--TAGTAT-A---TTA-T-AT-GA-TATGATACGAT---TATGGNTA------TATNCGA--TATG---G-TNTTGAATATCG-TACT-T-ATGT-ATATGATCN-A-AT-TNATA-TGAN---TATNGT-TT--GA-ATGGNN----AT--T-ACN--A-TTAT---CGATTACGATA---G------TATT-ATA--CNATGAT-------TACGANT--TGGACG---------GTT-ATGATACAATAT-TGTGTTG--ATTATG-GTATTGA-TT--------ACAAT-ATCA-T-ACG-ATATGGTATA-ATA--CGA---TATGGTAATA----ATATAATATGA---T-ATA-C-GA-T-TATA--T-ATTATAA-ATTATATTAATANTAA--CATNA--ATTATATATAT--TATCAATGATAT-CAT-C----ATAAATATG-AATGT-TTA-TAATAA--TATAT-TATATCC----ATATTA-T--AT---CCTATA----GTAT-AATAGAT---A-AT--CATAATTATA-TGT-AT-TATAAT--A-TAT-AATAT-AGAT-TTATA-TTATGTACAATTA-TG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-ACTT-G--TGTAAT-ATGA-TA-AAG--TG--TA-AT-GG----AT---GAAAAATCC-TGTGG-G-CTAAAATA-AA-AGC--ATAAAATATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAAAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGA-GCTT--TG-T-TAATC-TTTGATT
gi|1 : AAATAGGCA-TATATTGAATTA--TTGCTTGTTCAAC-TTGTTTCATCTAAAAAATACTTATGCATAT-AACTGATTATGCATCTTA-GTG-----ATTTAAAATGT-AATTT----GACTATGTTTAGATGCTGAG-------AATAT-----GATAT------------------AATTACGAAATTA----ATGTCGGCCTGTGA-ATGGTCTT----ATATGATTTTT------AT--TTATG-ACCATTAAATGATCACGAT-TTATACAGTATGGTATTGATATTTTATGAATATTATACGGATATATGGGAATCGATACCA------ACACGTA-----TTACA-AATATGGCTATGATGTCGATAATTATACCTATACGATAT----TGGCATATGATAGTGAGGGCTTTTCCGGTGGTATGATTATGACTATTATTATGATTGATGGTATATATCGATATATGGTTTTGTAGTAGTGTGATTACAAATATTACTATGAATATTGGTAATTGAT-GTATACTACTA---TTATTTACTAGAATTGCTCCATCGCGTATGA----ATACCCAAACATAAGTGGTGAACATGATATGATATTATATATTATTGGATATGATTACAATGGTTATGATGAT-ATGGTATGTATATTATAC-TGATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGATATGTTACGATATTATACAATTATGGTATGAT-ATATTATGATAACAATTAGTGCATGATCTGCAATATGGTATCGGTATTGAGAT---ATGTATCTGATATAGATGTTCTAATATGACGAT-TGATATGG-TAGTT-TGCTA-ACTCGACTCTTATATAAGCG-ATATGACCGTACTTTA-GGATAGTGATGTGTTAATATGATA-ATTTCGTTTAGATGACATATTATTT-TATGAAATGAATATAGAGATTCCATATGGT-TTTATGATGTATTTTC-TTATGACTATAT-G-TATT----GAATATGACGTAT-TCTA--AAATCAAATATTGTATAGCTATGATATT--ATAACGATATGGTATTGATATAG-TATTTAATACAAATATGGTATGATGC-ACACGA-TACACTTAATTACATTCTCAAT--TACTATACG-A---ATTTGGTATGTTAGATATGATTAAT--GGTTCGAT-AGATGAATTATTACTCGG-ATAATGGTG--T-GTA----TA-GAAATTAGA-A-ATA-G-A-ATATGATTTTG--A-TTAAACCAATTTAGG--GAGCCCA-TATAAGGGACGATACA--A--GTCAAGA-GATAC-AT--ATA------A----AAGAGAAAATGTT-ATA-TGATATTGGTG-TGATATTATCGTTAATATT-TATATCG-TTATGTATGATACGA--------ATATGGTAGGATATTGAAGGTGTATGGTGTATGATAC-ATATGGTATGATA-CGATATGTATTAGACAATATGAT--TGAGTGTG--ATTTA-ACTCGATATTAGTTAT----GATATGTTTACTTACTACGA--AT-GATGGCGTTGGT-TGT----GATATTGA-TATTA------TATGATAT----TGATAT-ATCCAA----TATG-----GCTATGATAACG-AT-ATG-----CGAGTA-TTGT--ATA--CAA-ATCATGTT-TATCAACCACATACTGC-GTGCG-TGAAGTACACTGCGG-ATCAA-ATAT-GGT-------ATTATAC-A-TA-----TGAAAT---ATT-TATGGA-CACCTTCGATA----TTATAT----TGATA-TGG-----T-AAACCGA-----GATTTTATACG---AT-----C-----CTTATC-TTA--GG-TTTTAGGTG-----AGTGA--------CTCAAATA--TCTCTTTTAAAA-GTA---ATGAGAATCATTATTATGTTGTCT--GTTATGATT--AT-TG-GTGCATG--------TGATG-GTA-TGATCTGAC-----CG-AT-ATG-G--TTATGATACAAATTAT-ACGATCTTGTATATGTATGGA----TTA--CAGTAT-A---TTA-T-ATAGA-TATGATACGAT---TATGGGTA------TATCGGACTTATG---GTTCTTGAATATCA-TACTCC-ATGT-ATATG-----A-AC-TCATAGTGAG---TATCGT-TT-----ATGGAA----AT--T-ACT--AGTCAT---CGATTACGAT-----------TATT-ATT--CTATGAT-------TACAACTTGTGGATG---------GTT-ATGATACAATAT-TGTATTG--ATTATGAGTATTGACTC--------ACAAT-ATCA-TAACGAATATGGTATA-ATA--CGA----ATAGTAAGACCGGATATAAT-TGACTTC-ATA-CTGAGT-TATA--T-A-TATAATATTATATTAATAATAATTCATAA--ATTATATATAT--TATCACTGATAT-TATACCTTGATAAATATGCAATGTGTTAGTAATAA--TATAT-TATAT-C----ATATTAGT--AT---CCTATA----TTATAAATAGAT---A-ATTGCATAATTATAGTGT-AT-TATAAT--ACTATAAATAT-AGAT-TTATA-TTATGTACAGTTA-TG---A----T-A-TTTTGTTC----GTCACTT-GCTCGTAAT-ATGACTA-AAGGTTG--TA-ATGGG----ATTTCGAAAAATCCATGTGGAG-TTAAAATACAA-AGCG-ATAAAATATAA--TA-A-TGGTGCCACTAGTGAAAAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGAGGCTTTGTG-T-TAATC-GTT-ATT
gi|10 : ttt-TGTATC-----ATATTA-T--AT---CATATACAATGTAC-AATAGAA---A-AT--C-TTATTATA-TAC-ATGTAT-------CAT-AATG-------TTATA-TTATGCACAA-TA-TA---AATTGTGA-TTTTTTTATGTTGT-AC---G--TGTAAC-ATAA-TA-AAG--TG--TA-CT-GG----AT---G-AAAATCT-TGTttttacc
gi|11 : taTATA-TCATATACAAT-A-TG---A----TAAATTCTTTTA----GT---TT-G--TGTAAT-A-GA-GA-AAG--TG-----GT-GGTAACAT---GAAAATTCC-TGTGG-G-CTAAAACA-AA-A------------T----TA-A-TACTGCCA-TA---AAAGGGT-GTTGTC---CATGGTC--GAGG-TG-----T--TG-T----CC-TTTGA
gi|12 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-T-AA--GATT--GCGTCTTGTTTTTTATCATCTAAA-TGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|13 : ATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-T-AA--GATT--GCGTCTTG-TTTTTATCATCTAAA-TGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|14 : ATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-T-AA--GATT--GCGTCTTG-TTTTTATCATCTAAA-TGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAA
gi|15 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-A-GT-T-AA--GATT--GCGTCTTG-TTTTTATCATCTAAA-TGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|16 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA---AT-T-AA--GATT--GCGTCTTG-TTTTTATCATCTAAA-TGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|17 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-T-AA--GATT--GCGTCTTG-TT-TTATCATCTAAA-TGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|18 : AAATAGGCAATAT-TTGAGTCA--TTGCTTGTTCAATCTT---TCATC-----AA-ACTTA-G-A--T-AA--GAAT--GCGTCTTG-TGATT------TAAA-TGT-ATTT-----GAGTA-GTTTAGATGCTG
gi|19 : cG--TA-AT-GG----AT---GAAAA-TCC-TGTGA-G-CTAAAGTA-AA--GC--ATAAA-TATAA--TA-A-TTATGCCA-TA-T-AAA-GGT-GTAGCC---C--CGTC--AAGG-TGA-GATC--TG---TAATC-
gi|2 : GTCTGGTATGATATAAT-TTATAC-A-TAGTGCGTGATGATATTA-------GA-TA-TGTGACAT-TACA----GATAC-CATATTAAGATCGAATG---GTGATATA----TTATGATA--ATAATACGATATGG-TA----TGATACAAT--A-TATTAAACAT-CGGATAAG--CGATTTATATCTATAACAATGTATTA-TA-GAT---TG--G-TTGCATAATATCTCA-T---ATGGAATGG-TATA-AGT--CGATATG----TT-TGA-GTAAGACAATTAT---TATATAG-AATT----GGAT--GATACATATATACCATATGAGATACAATATGG-TATGATA------AAT--TATGGTA-TGATATAA-CA----ATACC--TATGGTATGA------ACAAGTATA-T--CTTGGA-----AATA-TATTATA----T--AT--GGTATAT--AA--CGAT--ATTTGTTTTGATTA-ATG-----TTACG-GATAT-ATTATCAATAGTATGAT----ATATTATGTACATATGGT-AT-GAA---AGATAGTTAT---GATATGGTCTGATACGAATATA--TGATGGTATGACA--A-CGATAT-ATAC-AT-AATG--------GGTCTGATATGATGTT-ATACTGATAATGATA-C-ATATTAT--ATGAAATTA---ATTGA--ATAAATGGTA------------TATT-TATGAT-TTG-A-----ATGATATAT---AC-ATATGGTA-GATATCAATATA-ATCA--CAAT-TAGTTATGA-TGCG--ATT---ACT--ATACTA--TAC----GATATG-T----------AA-TAT-GAT--TGGTAGA-TATAAAGGATATCC--TATTA------TAT-ATAT----GGGTAT-ATTGAA----TATGTGTACGTTAT--TAATG-ATCATG------GA-TAATTCA--ATAGTCAATATCATA-T-GGT-GA----ACAATAT-ATACA-T-A--CGCG-TATGATAC-GATATGT-GGT-------ATTATACAA-TAGAATATG--GT---ATA-TACGAA-T-TATATGATAATGATTATAG----CGATAATGGGTGAAT-AAACCGA-----TATATAGT--G---AT--ATG-------ATA-CAATACTGGAT----GATA-----CAT-ATGTAGATAC---AATA--T-TATAACAATAGGTA----TG------ATCAATGTGTAATAC--AATATAATTCTAT-TG-ATACGCA----------------------ATTAT-C---CATAT-ATG-----CA-GATA---ATTATCACGATATGGTA-ATGCATCAA----TAT--TAATAC-AGAATCAAT-AT-G--TATGATATGTT---CATGG-TA------TATACGA--CATGTATA-TCTT--ATACGA-TA---T-ATGT-ATATGATAC-A-ATATGATA-TGATCGATATGGT-ATACGATATGGTTGTACAT--TCACA--C-TTAT-----ATTACGATACTGG------TATT-ATA--CCA-GATGTATTGCTACAAAT-----ACT---------ATT-ATGATACAATAT----G--G--ATGATACATATTG--TT--------G--AT-ATCA---ACG--TATGGTATA-ATA--CAC---TATGGTAATA----GTAT-----GA---T-ATA-C-GA-T--ATAATT-ATTATAA-ATTAT--TAATACTAA--TATCA--AT-ATTTATAT---ATCA-TGA-AT-C---T----ATATATATG-GAT---TTA-TA-TAA---ATAT-TATATCC----ATATTA-T--A----CCTATA----GTAT-AATAGAT---ACAT--CATAAT-ATA-TGT-AT-TATAAT--A-TAT-AATATTAGCT-TTATA-TTATGTAC-ATTATTG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-ATTT-G--TAAAAT-ATCA-TA-AAG--TGTCTA-AT-GG----AT---G-AAAATCC-TGTGG----TAAAATA-TA-AGC--ATAACATATAATTTA-T-TGGTG-CA-TA-T---TAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGA-GC-T--TG-T-AAAT
gi|20 : cattatttgaaaataacgtagatATATGATTA---TGGTAAT-A-GATGATGATACG-ATATTATAC--GTTATGATATGATACAGATATAAGATATGGTATGATAAGATATTATAt
gi|21 : atatgtatGTAAT-AAGGC-ATGGTCAGTATATTATAC-T-ATATG------TAC-GATAT--
gi|22 : gctggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--TACGATATGGTATG----ATATGATTTT-------ATACATATGTAC-AAT-A-TGGT-ATGATATTATACGATATGATA-TGATATTATACG-ATATTATa
gi|23 : a-ATAT-GGT-------ATAATACGA-TA-----TG--GT---ATGATAT--A-T-CTTTCGATA----TGATATAATATGAAA-TGG-----T-A---TGG-----TATATCATACG---AT--ATGG-----gtta
gi|25 : GC--ATAAA-TATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAA-GGT-GTTGCT---C--CGTC--GAGG-TGA-GCTT--TG---TAATC-TTTGATT
gi|26 : AT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-----------------CT-----------ATATAAA-TGTATTTGTTAATGAGTA-GTTTAGATGCTG----------GTAT-----GATacc
gi|27 : ATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAA-GAT-GTTGTC---C--CGTC--AAGG-TGA-GCTT--TG-T-
gi|28 : TATG----ATACGATCTT-------AT----ATG-AC-AT-----------GATATTATACGATATGGTATT-ATA
gi|29 : AGGCA-TAT-TTGAGTTA--TTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-
gi|3 : GG-TAT-GATAACAATATGGTA----TGATATGATATTATTAGTAGTTT--ATGGTATGATACAATGTTTAT--TGATAATGGTAATGATATTAT--ACGATATGGTAT----------TA-AATACGA---------TATGGTTTGATA------AT-TACGATATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNN--NNNNN-NNN-NNNNNNNNNNNNNGTTGATACG-ATA-TTA-TATGAATAT-G-----GGTAGA-CAC----GATAT--A-TATCGAGTCGGTATGATAT----TGATGTTATA-GAAGTGTATT-----GT-ATG--AAC--AT-ATTATAATTGA-TA-TTATTGATA--TGGTATGAT--T-TGT-AATGATATGATATTATACGATGA--T-------GGTAT-AT-ATAT-GAT-------ATTATACGACTA------G--GT---A----AT-GA-T-A---CAATA----TAATAT----CAATA-TGG-----TGA---TGAATGTTGATACTATACGTCTATAGATAGTAGATGATATGATTT-TGG-T----AATGGATAAGGT-A--------T---GATACGT-TATTAT-----------ATG------A----TATGGTGTATACGATATTATT--ATATG-GTATATA--------T-ACTAATA-TGGTATGAT-A---TG-AT-ACGCG--CTATGATACAA
gi|3 : tTATGATT--AT-TA-ATG---A--------T-AT--GTA-GGATATTATTA---CG-AT-ATG-G--T-ATGA--------AT-GCAATATTATA-ATGAATCAA----T-A--TGGTATGA---TTG-TTAT-GGGTATGATACGATATGTATGAATACAATATTATACGA--TGTG---G-TATTGA-TATCAATATT-TTATATGATATGATCATA-AT-GTATA-CGA----TATGGT-TT--GA-ATA-TC----AT--A-GCA--A-TTATANNNNNNNNNNNNN---N------NNNN-NNN--NNNNNNN-------NNNNNNN--NNNNNN---------NNN-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNN--ATTATT-GT-TTGA-TTGTAATGATACAAT-ATCAAT-ACA-ATATGGTATA--TA--CGA---TATGGGTATA----ATA----ATGA---TTATAGC-GA-TATATA--TTATTATAA-ATTATATTAATAAT----TATCA--ATTATGTATAT-----CAATGATATTCAT------ATAAATATT-A-TTT-TTA-TA-TAAATTATTT-TATATTTTTAAATATTA-T--AT---C-TATA----TTAT-AATAGAT---A-AT--CATAAT-ATA-TGT-AT-TA--AT--A-AAT-AATAT-AGATGTTATAATTAT-TAC--TTA-TG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-A-TT-G--TGTAATAATGA-TA-AAG--TG--TA-AG-TG----AT---G--AAATCC-TGTGG-GTTTAAAATA-AATAGC--AGTAAATATAA--TATACTGGTGCCA-TA-T-ATAAGGTGGTTG-C---C--CGTCGGGAGGTTGA-GCTT--GA-T-AGATCTTTTGATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgattattaatgatatgtaggatattattacgatatggtatgaatgcaatattataatgaatcaatatggtatgattgttatgggtatgatacgatatgtatgaatacaatattatacgatgtggtattgatatcaatattttatatgatatgatcataatgtatacgatatggtttgaatatcatagcaattatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattgtttgattgtaatgatacaatatcaatacaatatggtatatacgatatgggtataataatgattatagcgatatatattattataaattatattaataattatcaattatgtatatcaatgatattcatataaatattatttttatataaattattttatatttttaaatattatatctatattataatagataatcataatatatgtattaataaataatatagatgttataattattacttatgataatttttttagtattgtgtaataatgataaagtgtaagtgatgaaatcctgtgggtttaaaataaatagcagtaaatataatatactggtgccatatataaggtggttgcccgtcgggaggttgagcttgatagatcttttgat
gi|4 : tggtatgataacaatatggtatgatatgatattattagtagtttatggtatgatacaatgtttattgataatggtaatgatattatacgatatggtattaaatacgatatggtttgataattacgatatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgatacgatattatatgaatatgggtagacacgatatatatcgagtcggtatgatattgatgttatagaagtgtattgtatgaacatattataattgatattattgatatggtatgatttgtaatgatatgatattatacgatgatggtatatatatgatattatacgactaggtaatgatacaatataatatcaatatggtgatgaatgttgatactatacgtctatagatagtagatgatatgattttggtaatggataaggtatgatacgttattatatgatatggtgtatacgatattattatatggtatatatactaatatggtatgatatgatacgcgctatgatacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTA-TTA-TACAA-TATCGAT----TTGGCGTAT----GATACCGACTATTA------TATGATATGGTATGATATTATACGA----TAAG-----GT-ATG----------ATG-----CAA-TA-TTAT--AT---TGAT----TA-TGTAT-GATTCTACAATAT-TTG---TGA--TA----ATGGTCT-AT-ATATCGATCTCACCAATTATTCTA-TA-----CA--ATGTCATC-CATGGACT-GCTT----------TCCAT-----GGTA-TG------T-A---CGATC---GTCGTCACTCT---AT--TTGG-----GA----AGTA-TG--T----GGTG-----TCT-A--------------TC--T-TATGATACGAAATACTTATG------AATATCA----GTCT--G----GGTT--AT-TGTATACACAATTCACCTCGAC--GTAATAATATTGT-ATAACG-ATTATG-GGGTTAC--TATGA-TTAC-AT--CATTATGTATG-ATGAGCATCTTAACTGGT-T-A---GTA-T-AT--A-TGTGAT-TAGT---TA-GCCTA------TATCTAA--T----------TTATATATTG-GGCT-T-G----ATATGACCT-ACAT---ATA-TTAT---TATCGTATT--GA--TGGTT----ATGAT-ACCCGA-TTATG--CG-TTATGATA---GATAAGATATTTATAAACAATATT-------TGCGTTA--TTGACGTACAACATGGTTTATGATACAATGTCTGTGTTCTTATT-TG-CTAT--A-TT--------ACAATTATCA-T-ACA-TTATG-TATAGATAACCGACTTTATGGTAGTA----ATAC----TGA---TTAAA-C-AA-T-TATA--T-AT-ATAA-AT---ACTGATATTA---CATAATCATCATATATATGATATTAATGA-AT-CAT-C----ATAAA-ATG-AATGT-TTA-TAA-AA--T-TATCTATATCA----GTATTA-TTTATTCGCCT-TA----GTATTAATATATGTTA-AT--CATA----TA-TGTCAT-CGTCATTGA-T-T-AATAT-AGAG-TATTA-TTAGTTACCATTA-TGTGAA----TAA-TTTTTTTA----GT-ACTTAG--TATAAT---GA-TCTAAA--TG--TACAT-CG----AT---GATAAATTC-TGTGG-G-CAATACTA-TA-AGCCCATCAAATATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAAGAGT-G-TGCCCCTC--CGTC--ATGG-TGATGCTT--TGATGTAATC-TTTG
gi|5 : ATGATA-TTGT-ATGACAT---TATA----TGATACGATATGT--ATG--ATATT-----TT-TATG-ATATTATACTGAATAATG----GGTA-TGATACAAATATT--ATACAA-TATGGTATGATGCGATAT---TATACT--A--ATA----CGATAATGGGGTATGGATTGATTTGGTATG---AAT-TGAT--AT--TATT-GAT-A-ATGG--TATTATACGA-AT-ATGGTT--TGATATGATTACAATATTATATG-ATATG-TTAT-TGATTTAGATA-TTATACCGATATGG-TTGATACAA-TAT-GGTAATGATAGAATATGGTTGATATGATAT-AT-AATA---TTTATGGTATGATACAATGTT-ATA-TGATA-TGGTA-TGATATTAT--ACGATA-TG------------GTATTATAC-A--------ATATGGTTTGATAT-----GT-TACA--ATATTATACAATATGGTATGATA-C---ATATGGT--ATGATATATT-ATGA-TACA--A-ATA---T-GGTATGA--TAC----GATATG-GTA------ATGG-TAT-GA-----ATGGG-TAT----GATA-AGA-TATTA------TATGTTA-----TGGTATGATACGA----TAT----------TA-TAATGAAT-ATG-----tat
gi|6 : taT-TTGAGTTA--TTGTTTGTTCAAT-TT---TAATC-----AA-CCTTA-G-AT-TAAA--AAAT--GCGTCTTG----TGATCA---AAA-TG----TATT--CGAGTA-GTTTAGATGCTGGTATGATGTGATATTAAACGATATGGTATGATATGGTATGATAATTATGGTATTATACAATAT-GT--TATGATATGATATACGATATATGATTTTNNNNNNNNN--NNNNN-NN-NNNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATACGATT---TGGT--TTGATATGATATTTCATG-ATACGATTTTATATGATATGG-TTTGATGT-GATA-------TTATACGATATGGAATG--ATACGATA-TTA----TT------TGGTATGATgta
gi|7 : ATATTATAC---AATATGG--------TATGATGTGATATTATAC--TATAAGATATGAT-------------ATGAT-AAGGTATG-ATACGATATATGATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGATATGATACAATATTACACGA-TATGGTA-GAT-ATTATATTAT-AC----AATGTATGA--TACGATATGGTAT---TA-TGCGAT---ATG-GTTTG----AAATCT--TAATATGCCAGCTTG-T-TGGTTAGCTATGATA-AAT--T-TATTATCT-A-TG-ATAa
gi|8 : ttA---T--GTGGTATGATATAATATT-ATA-CGATA-TGGTATTGATATT-T--ATGATATTGTATGAC-ATTA--TATGATACGATATTATACATATGGTATGATATT-----T-TATG--ATATTATACGATATTGGATGATA-CAATATAT-----ACAATATGGT-ATGA-TGCGATATTTATACT--ATATTAc
gi|9 : tttagTA-TGATATCA---TATTA-TACGATATAGT--G-TTACATGATATGTTA-TTATACAAAATG-ATATT-ATG--CTATATGATATTCACAGTGTA--ATA-GGGT-ACAATAT-GCTATTTTTACAATATGATATTG-TATA--ATATTAcatt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TAGAATAGAATATTGAATTGATTGTATTAAACCAATTTAGGGTCCATTAGGGCATACAAGTCAAGAGTTCCATATAAA
Unaligned ( gi|30 ): TATACTTAGTATGACCATCGAGGTTCGACATA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111111 22222 11111111111111111111111111111 222 2222 22222 33333 555555 2222222222 1 1 1 1 222 111 333333333333333333 1 1 1 3333333 2222 11 1 333333333333 2222 222 33333333 11 3333 2222 1 11 11 1 11 111 111 5555555555 1 22 1 33333333 222 222222222222222 11111 1 3333 33333333 4444444444444444444444 11 1 1 11 2222222 1 1 3333 1 222222222 1 111 2222222 222222222222 11 11 111111111 1 222222222222 11 1 1111 22 1111 111 55555555555555555 44444444444 1 444444444444 11111 11 1 1 1 222 22222 1 333333333333333333333 111 2222222222222222222 1 1 11 3333 444444444444 333333333 11 11 33333 11 111 666666666666666 33333333333 1 55555555 111 1 444444 11 1 3333333333333 33 55555555555555555555555555 1111 11111 222222 1 333333333333333333333 111 11 111111 4444444444 6666666666666666666666666666 1 3333333 333333 2222222 11 11111 1 2222 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 1 4444444444444 1111 1 11 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1 1 333333333333333333 1 1 2222 111 11 222222 33333333333 111 222222222222222 333333333333 1 2222 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 11111 444444444444444444444444 1 222 11 11 11 2222 22222222222 111 1 1 222 222222 1111 2222 11 2222 1 4444444444 1111111 11111 2222 222222 11 1111 1111 111 111 11 11111111 1 11111111 1111 111111 1111 111 1 111 11111 1 1 1111
lowQualScore : 4 4 1 11 3 666 99999 3 3 3 3 55 4 55 444444 4 22222 4 11111111111111111111111111111 111 1 4444 44444 0 7 22222 111111 1 4444444444 3 0 0 1 0 1 111 999 2 888888888888888888 5 5 1 5 3333333 3333 77 5 1 333333333333 4444 000 44444444 88 1 0000 6666 0 0 33 3 11 6 3 0 33 1 0 3 666 7 999 4444444444 2 00 3 44444444 7 333 777777777777777 4 3 88888 3 3 0 4444 88888888 4444444444444444444444 1 44 0 55 7 0 33 4444444 0 3 8 0 2222 2 5 999999999 1 2 0 444 55 9 1 3333333 1 333333333333 66 1 00 11 111111111 0 666666666666 33 0 4444 33 3 6666 222 00000000000000000 7 1 11111111111 0 111111111111 88888 11 66 0 0 0 444 00000 0 444444444444444444444 555 5555555555555555555 3 0 3 8 0 33 4444 4 3 777777777777 2 222222222 3 55 99 00000 11 4 3 0 8 66 8 8 0 0 444 0 888888888888888 8 0 00000000000 0 0 00000000 999 000 8 3 0 8 6 555555 2 3 00 3 0 1111111111111 00 66666666666666666666666666 99 7777 55555 333333 0 1 999999999999999999999 6 777 88 777777 8888888888 2222222222222222222222222222 1 0 2222222 777777 2 0000000 11 22 66666 0 1111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 1 1 2 1111111111111 2222 11 6 33 0 333 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 6 5 0 1 666666666666666666 0 0 9999 3 1 777 3 11 888888 11 66666666666 2 333 777777777777777 111111111111 0 0000 1 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 55 33333 888888888888888888888888 0 333 99 2 33 33 0000 99999999999 777 0 0 333 111111 9999 1 6666 1 33 3 1 0000 3 5 2222222222 3 4444444 00000 0000 8 888888 99 4444 5 0 7777 000 444 8 11 222 66 8 8 8 77777777 0 8 88 999 6 5 1 6 66666666 1 6 4444 111111 99 6 6 6 99 77 5 5 2222 000 2 1 5 111 6 00000 5 1 8 66 5 5 5 777 3 5 0 888 66 66 5 0 0 66 8888 6
lowQualScore : . . . .. . ... ..... . . . . .. . .. ...... . ..... . ............................. ... . .... ..... . . ..... ...... . .......... . . . . . . ... ... . .................. . . . . ....... .... .. . . ............ .... ... ........ .. . .... .... . . .. . .. . . . .. . . . ... . ... .......... . .. . ........ . ... ............... . . ..... . . . .... ........ ...................... . .. . .. . . .. ....... . . . . .... . . ......... . . . ... .. . . ....... . ............ .. . .. .. ......... . ............ .. . .... .. . .... ... ................. . . ........... . ............ ..... .. .. . . . ... ..... . ..................... ... ................... . . . . . .. .... . . ............ . ......... . .. .. ..... .. . . . . .. . . . . ... . ............... . . ........... . . ........ ... ... . . . . . ...... . . .. . . ............. .. .......................... .. .... ..... ...... . . ..................... . ... .. ...... .......... ............................ . . ....... ...... . ....... .. .. ..... . .... ....................................................................................... . . . . ............. .... .. . .. . ... ....................................................... . . . . . .................. . . .... . . ... . .. ...... .. ........... . ... ............... ............ . .... . . .......................................................................................................... .. ..... ........................ . ... .. . .. .. .... ........... ... . . ... ...... .... . .... . .. . . .... . . .......... . ....... ..... .... . ...... .. .... . . .... ... ... . .. ... .. . . . ........ . . .. ... . . . . ........ . . .... ...... .. . . . .. .. . . .... ... . . . ... . ..... . . . .. . . . ... . . . ... .. .. . . . .. .... .
lowQualScore : 4 0 4 22 6 444 11111 6 6 6 6 55 0 55 000000 0 88888 0 55555555555555555555555555555 000 0 0000 33333 7 3 00000 777777 0 7777777777 3 7 7 0 7 0 555 555 5 555555555555555555 5 0 0 0 0000000 5555 55 0 0 000000000000 5555 555 55555555 55 0 7777 0000 0 2 22 2 88 5 0 0 88 2 2 2 333 3 777 3333333333 0 77 3 00000000 3 333 333333333333333 7 2 22222 2 2 0 5555 55555555 0000000000000000000000 0 22 8 22 0 0 88 0000000 0 2 8 8 5555 5 5 555555555 0 5 0 222 88 0 0 4444444 0 000000000000 44 2 88 00 666666666 0 888888888888 22 0 0000 22 2 0000 000 00000000000000000 0 0 22222222222 0 555555555555 55555 22 00 0 0 0 222 88888 0 222222222222222222222 555 5555555555555555555 2 0 2 8 0 22 2222 2 2 222222222222 0 000000000 2 88 22 88888 00 6 2 8 0 88 0 0 8 8 000 8 000000000000000 0 8 66666666666 0 8 66666666 888 000 0 2 8 0 4 555555 0 2 22 2 0 2222222222222 33 88888888888888888888888888 00 0000 66666 444444 6 0 333333333333333333333 7 777 33 777777 3333333333 7777777777777777777777777777 0 0 5555555 888888 0 2222222 00 88 00000 0 2222 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 0 0 0 0000000000000 3333 77 0 88 0 555 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 5 5 8 0 555555555555555555 0 0 5555 2 2 555 2 00 888888 22 55555555555 5 222 555555555555555 555555555555 0 8888 0 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 88 00000 555555555555555555555555 0 222 88 5 22 88 8888 00000000000 000 0 0 222 222222 5555 0 2222 0 88 2 2 2222 2 5 0000000000 2 8888888 88888 2222 0 444444 00 8888 0 8 0000 000 000 0 00 666 44 0 0 0 66666666 8 0 88 222 7 2 3 7 88888888 7 7 2222 888888 22 7 7 7 22 99 7 7 1111 000 0 7 7 777 7 88888 7 6 4 99 0 0 0 111 1 0 2 888 99 99 0 0 1 99 7777 7
consensus : NNNAAATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--CGAGTA-GTTTAAATGCTGG--------GATAT-----GATATGGTATGATATGGTATGATAATTACGGNATTATACAATGTCGN--TACGATATGGTATN----ATATGATTTTA-----TACNTATG-AC-ANTAA-TGGT-ACGATATTATACGGTATGGTATTGATATTNTACGAATATTATACGGNTATATGGNAATCGATACGATATTTCACGCGTACGATTTTACATGATATGGCTNTGATGTCGATAATTATACCTATACGATATGGAATGGCATACGATAGTNAGGGCTTTTCCGGTGGTATGATTATGACTATTATTATGATTGATGGTATATATCGATATATGGTTTTGTAGTAGTGTGATTACAAATATTACTATGAATATTGGTAATTGATGTATACTACTATTATTTACTAGAATTGCTCCATCGCGTATGATATTATACCCAAACATGGGTGGTGAACATGATGTGATATTATACATTATNGGATATGATT---ATGGTAAT-A-GGT-ATGGTACG-TATATTATACTGATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGGTATGATACGATATTATACGA-TATGGTATGAT-ATATTAT-AT---NA-TAGTGTATGAT-TAC-GATACGGTAC--GTATTGAGAT---ATG-GTCTGATATAGA--TTNTAATATGAC-GAT-CGATATGG-TAGCT-TGATA-AAT--A-TATTATATAA-C-GAT--ATG--CG--CTNTA-CGATANCGATGTATT-ATACGATA-ATN--G-TTACATGATATNTTA-TT-TACGAAATGGATAT--A-AN--NCNATATGGT-TTNACGATGTACGATATT----GT-ACGATAT-G-TATT----CGATACGATATNT-TATA--ATATTAGATATTGTATGG-TATGATACT--ATAATG-TATGGTA-TGATACAA-TATT--ATACGAATATGGTATGATGC-ACACGATATACT--ATT-AN-A----CAATATGNTATGCGAT--ATT-TGGTA-TGT--A----AT-CGAT--A--TGNTTCGA-TA-AT-GA--TATTACNCGG-AT-ATGGT--ATGGT-----ATGATTA-GATATTATACG-AT-AT-G-T-AT-TGATTTA-GATA-TTATACCGA-TAT-GG-T--TGATACGATATA----------GGTGATGATACGATA--GTCGATATGATACATA-ATA--TATGGTA--TGATACGATGTTATA-TGATAATGG-TAT-GATATTATACG---ATATTGTATATCGATTATGTATG-ATACGA--------ATATGGTATGATATTGA--GT-TATGATATATTA-TACGATATGGTATGATA-CGATATATATT--ACGATATGG-TATGA-TGCG--ATTTA-ACT-GATATTA--TACGATATG--TA-TTA-TACGATAT-GAT---GNTGGN-TAT----GATATCGA-TATTATATGATAT----TGATATTATACGATATG-----GTTATG-TAACG-AT-ATGCGA-T-ATT--ATAT-CGATATCATAT-TGTGATC--ACAATATA-----TGCGTGA--TACG-TACGGTAT-ATATAT-GGT-------ATTATAC-----GATACG--GT---ATN-TATGGA-T-CCTT-CGAT----ATTATATA---CGAT-ATGG-----TAAACCGA--------GATATCATACGAT-N-TGG--GATA-CA-TATG-T----GGTGNGT-AC---AATAT-TATNATAANAGGTA---ATG------ATTATTATGT-GTCCG-TATGAT--TATTG-ATGCGCA--------TGAC-GTA-TGATATTAT-A---CG-AT-ATGG--TTACGATACGAATTAT-ACGATATTGTATATGNATNAA----TTA--TGGTATG--ATT-AT-AT-GA-TATGATACGAT---TATGGNTA------TATNCGA--TATG---G-TCTTGAATATCG-TACT-T-ATGT-ATATGATCN-A-AT-TNATA-TGAT---TATNGT-TT--GA-ATGGTT----AT--T-A--CGA-TTAT--GCGATTACGATA---G-TA------TTAT--ACNATGAT-------TACGANT--TNGACG--------G--TTATGATACAATAT-TGTGTTGATTA--TG-GTATTGA-TT--------ACAA-TATCA-T-ACG-ATATGGTATA-ATA--CGA---TATGGTAATA----AT---ANTGA--TTATA-C-GA-T-TATA--T-ATTATAA-ATTATATTAATANTAA--CATNA--ATTATATATAT--TATCAATGATAT-CAT-C----ATAAATATG-AATGT-TTA-TAATAA--TATAT-TATATCC----ATATTA--TAT---CCTATA----GTA-T-AATAGA---TA-AT--CATAATTATA-TGT-AT-TATAAT--A-TAT-AATA-TAGAT-TTATA-TTATGTACAATTA-TG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-ACTT-G--TGTAAT-ATGA-TA-AAG--TG--TA-AT-GG----AT---GAAAAATCC-TGTGG-G-CTAAAATA-AA-AG--C-ATAAAATATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAAAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGA-GCTT--TG-T-TAATC-TTTGATT
Reference ( family-2335 ) : NNNAAATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--CGAGTA-GTTTAAATGCTGG--------GATAT-----GATATGGTATGATATGGTATGATAATTACGGNATTATACAATGTCGN--TACGATATGGTATG----ATATGATTTT------TATNTATG-AC-ATTAA-TGGT-ACGATATTATACGATATGGTATTGATATTNTACGAATATTATACGGNTATATGGNAATCGATACGATATTTCACGCGTACGATTTTACATGATATGGCTNTGATGTCGATAATTATACCTATACGATATGGAATGGCATACGATAGTNAGGGCTTTTCCGGTGGTATGATTATGACTATTATTATGATTGATGGTATATATCGATATATGGTTTTGTAGTAGTGTGATTACAAATATTACTATGAATATTGGTAATTGATGTATACTACTATTATTTACTAGAATTGCTCCATCGCGTATGATATTATACCCAAACATGGGTGGTGAACATGATGTGATATTATACATTATNGGATATGATT---ATGGTAAT-ATGAT-ATGGTACG-TATATTATACTGATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGGTATGATACGATATTATACGA-TATGGTATGAT-ATATTAT-AT-ACGA-TAGTGTATGAT-TAC-GATATGGTAC--GTATTGAGAT---ATG-GTNTGATATAGA--TTTTAATATGAC-GAT-CGATATGG-TAGCT-TGATA-AAT--A-TATTATATAA-C-GAT--ANGACCGNNCTNTA-CGATANCGATGTATT-ATACGATA-ATT--G-TTACATGATATNTTA-TT-TACGAAATGGATAT--A-AG--NCNATATGGT-TTTACGATGTATGATATT----GT-ACNATAT-G-TATT----CGATACGATATAT-TATA--ATATTAGATATTGTATGG-TATGATACT--ATAATG-TATGGTA-TGATATAA-TATT--ATAC-AATATGGTATGATGC-ACACGATATACT--ATT-AN-A----CAATATANTATACGAT--ATT-TGGTA-TGT--A----AT-CGAT--A--TGNTTCGA-TA-AT-GG--TATTACNCGA-AT-ATGGT--NTGGT-----ATGATTA-GATATTATATA-AT-AT-G-T-AT-TGATTTA-GATA-TTATACCGA-TAT-GG-C--TGATACGATATA----------GGTGACGATACGATA--GTCGATATGATACATA-ATA--TATGGTA--TGATACAATGTTATA-TGATAATGG-TAT-GATATTATACG---ATATTGTATATCGATTATGTATG-ATACGA--------ATATGGTATGATATTGA--GT-TACGATATATTA-TACGATATGGTATGATA-CGATATATATTA-ACGATATGG-TATGA-TGCG--ATTTA-ACT-GATATTAGTTACGATATG-NTA-TTA-TACGATAT-GAT---GNTGGN-TAT----GATATCGA-TATTATATGATAT----TGATATTATACGATATG-----GTTATG-TAACG-AT-ATGCGA-T-ATT--ATATACGATATCATAT-TGTGATNATACAATATA-----TGCGTGA--TACG-TACGGTAT-ANATAT-GGT-------ATTATAC-----GATACG--GT---ATN-TATGGA-T-NCTT-CGAT----ATTATAT----CGAT-ATGG-----TAAACCGA--------GATATCATACGAT-A-TGG--GATATCANTATGGT----GGTGNGT-AC---GATAT-TATNATAANAGGTA---ATG------ATTATTATGTTGTNCGATATGAT--TATTG-ATACACA--------TGAC-GTA-TGATATTAT-A---CG-AT-ATGG--TTATGATACGAATTAT-ACGATATTGTATATGNATNAA----TTA--TGGTAT---ATT-AT-AT-GA-TATGATACGAT---TATGGNTA------TATNCGA--TATG---G-TCTTGAATATCG-TACT-T-ATGT-ATATGATCN-A-AT-TNATA-TGAT---TATNGT-TT--GA-ATGGTT----AT--T-A--CNA-TTAT--GCGATTACGATA---G-TA------TTAT--ACNATGAT-------TACGANT--TNGACG--------G--TTATGATACAATAT-TGTGTTGATTA--TG-GTATTGA-TT--------ACAA-TATCA-T-ACG-ATATGGTATA-ATA--CGA---TATGGTAATA----AT---ATTGA--TTATA-C-GA-T-TATA--T-ATTATAA-ATTATATTAATANTAA--CATNA--ATTATATATAT--TATCAATGATAT-CAT-C----ATAAATATG-AATGT-TTA-TAATAA--TATAT-TATATCC----ATATTA--TAT---CCTATA----GTA-T-AATAGA---TA-AT--CATAATTATA-TGT-AT-TATAAT--A-TAT-AATA-TAGAT-TTATA-TTATGTACAATTA-TG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-ACTT-G--TGTAAT-ATGA-TA-AAG--TG--TA-AT-GG----AT---GAAAAATCC-TGTGG-G-CTAAAATA-AA-AG--C-ATAAAATATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAAAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGA-GCTT--TG-T-TAATC-TTTGATT
gi|1 : AAATAGGCA-TATATTGAATTA--TTGCTTGTTCAAC-TTGTTTCATCTAAAAAATACTTATGCATATAACTGAT-TATGCATCTTA-GTGATTTA------AAATGT-AATTT----GACTATGTTTAGATGCTGA--------GA-------------------ATATGATAT---AATTACGAAATTA----ATGTCGGCCTGTGA-ATGGTCTT----ATATGATTTT------TATTTATG-ACCATTAAATGATCACGAT-TTATACAGTATGGTATTGATATTTTATGAATATTATACGGATATATGGGAATCGATACCA------ACACGTA-----TTACA-AATATGGCTATGATGTCGATAATTATACCTATACGATAT----TGGCATATGATAGTGAGGGCTTTTCCGGTGGTATGATTATGACTATTATTATGATTGATGGTATATATCGATATATGGTTTTGTAGTAGTGTGATTACAAATATTACTATGAATATTGGTAATTGATGTATACTACTATTATTTACTAGAATTGCTCCATCGCGTATGA----ATACCCAAACATAAGTGGTGAACATGATATGATATTATATATTATTGGATATGATTACAATGGTTATGATGAT-ATGGTATG-TATATTATACTGATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGATATGTTACGATATTATACAATTATGGTATGAT-ATATTATGATAACAATTAGTGCATGATCTGC-AATATGGTATCGGTATTGAGAT---ATGTATCTGATATAGATGTTCTAATATGAC-GAT-TGATATGG-TAGTT-TGCTA-ACTCGACTCTTATATAAGC-GAT--ATGACCGTACTTTA-GGATAGTGATGTGTTAATATGATA-ATTTCGTTTAGATGACATATTATTT-TATGAAATGAATAT--AGAGATTCCATATGGT-TTTATGATGTATTTTCTT----ATGACTATAT-G-TATT----GAATATGACGTAT-TCTA--AAATCAAATATTGTATAGCTATGATATT--ATAACGATATGGTATTGATATAG-TATTTAATACAAATATGGTATGATGC-ACACGATACACTTAATT-AC-ATTCTCAAT-TACTATACGA---ATT-TGGTA-TGTTAG----ATATGATTAA--TGGTTCGA-TAGAT-GAATTATTACTCGG-ATAATGGT--GT-GT-----A----TA-GAAATTAGA-A-AT-A--G-A-ATATGATTTT-G--A-TTAAACCAA-TTTAGG-----GAGCCCATATA----------AGGGACGATACA--A--GTCAAGA-GATACAT--ATA---A----A--AGAGAAAATGTTATA-TGATATTGG-TGT-GATATTAT-CGTTAATATT-TATATCG-TTATGTATG-ATACGA--------ATATGGTAGGATATTGAAGGTGTATGGTGTATGA-TAC-ATATGGTATGATA-CGATATGTATTAGACAATATGA-T-TGAGTGTG--ATTTA-ACTCGATATTAGTTATGATATGTTTACTTACTACGA-AT-GATGGCGTTGGT-TGT----GATATTGA-TATTATATGATAT----TGATA-TATCCAATATG-----GCTATGATAACG-AT-ATGCGAGT-ATT--GTATACAA-ATCATGT-T-T-ATCA-ACCACATACTGCGTGCGTGAAGTACACTGCGG-ATCAAATAT-GGT-------ATTATAC------ATATGAAAT---ATT-TATGGA-CACCTT-CGAT----ATTATAT----TGAT-ATGG-----TAAACCGA--------GATTTTATACGATCC-T------TATC-TTA-GGTTTTAGGTGAGTGACTCAAATATCTCTTTTAAAA-GTA---ATGAGAATCATTATTATGTTGTCTGTTATGAT--TATTG-GTGCATG--------TGATGGTA-TGATCTGAC-----CG-AT-ATGG--TTATGATACAAATTAT-ACGATCTTGTATATGTATGGA----TTA--CAGTAT---ATT-AT-ATAGA-TATGATACGAT---TATGGGTA------TATCGGACTTATG---GTTCTTGAATATCA-TACTCC-ATGT-ATATG-----A-AC-TCATAGTGAG---TATCGT-TT-----ATGGAA----AT--T-A--CTAGTCAT---CGATTACGAT------TA------TTAT--TCTATGAT-------TACAACTTGTGGATG--------G--TTATGATACAATAT-TGTATTGATTA--TGAGTATTGACTC--------ACAA-TATCA-TAACGAATATGGTATA-ATA--CGA----ATAGTAAGACCGGATATAATTGACTTCATA-CTGAGT-TATA--T-A-TATAATATTATATTAATAATAATTCATAA--ATTATATATAT--TATCACTGATAT-TATACCTTGATAAATATGCAATGTGTTAGTAATAA--TATAT-TATAT-C----ATATTAG-TAT---CCTATA----TTA-TAAATAGA---TA-ATTGCATAATTATAGTGT-AT-TATAAT--ACTATAAATA-TAGAT-TTATA-TTATGTACAGTTA-TG---A----T-A-TTTTGTTC----GTCACTT-GCTCGTAAT-ATGACTA-AAGGTTG--TA-ATGGG----ATTTCGAAAAATCCATGTGGAG-TTAAAATACAA-AG--CGATAAAATATAA--TA-A-TGGTGCCACTAGTGAAAAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGAGGCTTTGTG-T-TAATC-GTT-ATT
gi|10 : ttt-TGTATC-----ATATTA--TAT---CATATACAATGTA-C-AATAGA---AA-AT--C-TTATTATA-TAC-ATGTAT-------CAT-AATG-------TTATA-TTATGCACAA-TA-TA---AATTGTGA-TTTTTTTATGTTGT-AC---G--TGTAAC-ATAA-TA-AAG--TG--TA-CT-GG----AT---G-AAAATCT-TGTttttacc
gi|11 : taTATA-TCATATACAAT-A-TG---A----TAAATTCTTTTA----GT---TT-G--TGTAAT-A-GA-GA-AAG--TG-----GT-GGTAACAT---GAAAATTCC-TGTGG-G-CTAAAACA-AA-A-------------T----TA-A-TACTGCCA-TA---AAAGGGT-GTTGTC---CATGGTC--GAGG-TG-----T--TG-T----CC-TTTGA
gi|12 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTGTTT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|13 : ATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|14 : ATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAA
gi|15 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-A-GT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|16 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA---AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|17 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG--T--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|18 : AAATAGGCAATAT-TTGAGTCA--TTGCTTGTTCAATCTT---TCATC-----AA-ACTTA-G-A--TAA--GAA-T--GCGTCTTG---------TGATTTAAATGT-ATTT-----GAGTA-GTTTAGATGCTG
gi|19 : cG--TA-AT-GG----AT---GAAAA-TCC-TGTGA-G-CTAAAGTA-AA--G--C-ATAAA-TATAA--TA-A-TTATGCCA-TA-T-AAA-GGT-GTAGCC---C--CGTC--AAGG-TGA-GATC--TG---TAATC-
gi|2 : GTCTGGTATGATATAAT-TTATAC-A-TAGTGCGTGATGATATTA-------GA-TA-TGTGACAT-TACAGATAC----C--ATATTAAGATCGAATG-G--TGATAT--A--TTATGATA--AT-AATACGATATGG-TA----TGATACAAT--A-TATTAAACAT-CGGAT--AAG--CGATTTATATCTATAACAATGTATT-ATA-GAT---TG--G-TTGCATAATATCTCA----TATGGAATGG-TAT--A-AG--TCGATAT-GT-TT---GA-GTAAGACAAT-----T-ATTATATAG-AATT----GGAT--GATACATATATACCATATGAGATACAATATGG-TATGATA------AAT--TATGGTA-TGATATAA-CA----ATAC--CTATGGTATGA----ACAAG-TATA-T--CTT-GG-A-----AATATATTAT---AT--A---TGGTA-TAT--A----A--CGAT--ATTTGTTTTGATTA-AT-G-----TTACG-GATAT-ATTATCAATAGT-----ATGAT----ATATTATGTACAT-ATGG-T-AT-GAA---A-GATAGTTAT---GA-TAT-GGTC--TGATACGA-ATA----------TATGATGGTATGACA--A-CGATAT-ATACATA-ATG-----GGTC--TGATATGATGTTATACTGATAATGA-TAC--ATATTATATG---AAATTA---ATTGA--ATAAATG-GT------------ATAT-TTATGAT-TTGA------ATGATA---TA-TAC-ATATGGTA-GATATCAATATA-ATC--ACAAT-TAGTTATGA-TGCG--ATT---ACT--ATACTA--TACGATATG--TA---A-TATGAT-----T---GGTAGA-TATAAAGGATATC-C-TATTATAT-ATAT----GGGTA-TATTGAATATGTGTACGTTAT--TAATG-ATCATG-GA-TAATTCAATAGTCAATATCATAT-GGTGA----ACAATATA-----TACAT-A--CGCG-TATGATACGATATGT-GGT-------ATTATACAATAGAATATG--GT---ATA-TACGAA-T-TATA-TGATAATGATTATAG----CGATAATGGGTGAATAAACCGATATATAGTGATATGATACAAT-ACTGGATGATA-CA-TAT--------GTAGAT-AC---AATAT-TATAACAATAGGT----ATG------ATCAATGTGTAATACAATATAATTCTATTG-ATACGCA---------------------ATTAT-C---CATAT-ATG----CA-GAT---AATTATCACGATATGGTA-ATGCATCAA----TAT--TAATACAGAATCAAT-AT-G--TATGATATGTT---CATGG-TA------TATACGA--CATGTATA-TCTT--ATACGA-TA---T-ATGT-ATATGATAC-A-ATATGATA-TGATCGATATGGT-ATACGATATGGTTGTACAT--TCA--CAC-TTAT-----ATTACGATACTGG-TA------TTAT--ACCA-GATGTATTGCTACAAAT-----ACT--------A--TTATGATACAATA--TG----GATGA--TACATATTG--TT----------GA-TATCA---ACG--TATGGTATA-ATA--CAC---TATGGTAATA----GT---A-TGA---TATA-C-GA---TATAATT-ATTATAA-AT--TATTAATACTAA--TATCA--A-TATTTATA---TATC-ATGA-AT-C---T----ATATATATG-GA--T-TTA-T-ATAA---ATAT-TATATCC----ATATTA--TA----CCTATA----GTA-T-AATAGA---TACAT--CATAA-TATA-TGT-AT-TATAAT--A-TAT-AATATTAGCT-TTATA-TTATGTAC-ATTATTG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-ATTT-G--TAAAAT-ATCA-TA-AAG--TGTCTA-AT-GG----AT---G-AAAATCC-TGTGG----TAAAATA-TA-AG--C-ATAACATATAATTTA-T-TGGTG-CA-TA-T---TAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGA-GC-T--TG-T-AAAT
gi|20 : cattatttgaaaataacgtagatATATGATT---ATGGTAAT-A-GATGATGATACG--ATATTATAC-GTTATGATATGATACAGATATAAGATATGGTATGATAAGATATTATAt
gi|21 : atatgtatGTAAT-AAGGC-ATGGTCAG-TATATTATACT-ATATG------TAC-GATAT--
gi|22 : gctggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--TACGATATGGTATG----ATATGATTTTA-----TACATATGTAC-AAT-A-TGGT-ATGATATTATACGATATGATA-TGATATTATACG-ATATTATa
gi|23 : aATAT-GGT-------ATAATAC-----GATATG--GT---ATGATAT--A-T-CTTT-CGAT----ATGATATAATATGAA-ATGG-----TA---TGG--------TATATCATACGAT-A-TGG--gtta
gi|25 : G--C-ATAAA-TATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAA-GGT-GTTGCT---C--CGTC--GAGG-TGA-GCTT--TG---TAATC-TTTGATT
gi|26 : AT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-----------------CT-------------ATATAAATGTATTTGTTAATGAGTA-GTTTAGATGCTGG----------TAT-----GATacc
gi|27 : ATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAA-GAT-GTTGTC---C--CGTC--AAGG-TGA-GCTT--TG-T-
gi|28 : -TAT----GATA-CGA-TCTTATATGACAT-----GATATTATACGATATG-----GT
gi|29 : AGGCA-TAT-TTGAGTTA--TTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-attata
gi|3 : TATGAT-AA--CAATATGG-TA----TGATA---TG-A-TATTAT-TAG-T-AGTTTATG--------GTA-TGATA-CAATGT-TT-AT-TGATA-ATG--G-T-A-ATGATAT--TA-T---ACGATATGG-TATTAA-AT--ACGATATGGT-TTGATAAT-TACGATATTTNNNNN-NNNNNNN-N-NNNN----NNNNNNNNNNNNN-NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN--NNNNNN-NNNNGT--TGATACGA-TATT--ATATGAATATGG----GTAG-ACACGATATA-T--ATCGAG-T----CGGTATGATAT-TGAT--GTTATAGAAGTGT--ATTGTAT-GAAC--A--TATT---A-TA-ATTGA--TATTATT--G-AT-ATGGT--ATGATTTGTAATGATAT-GATATTATACG-ATGAT-GGT-AT---ATATATGATA-TTATAC-GACTA--GG-TAATGATACAATATAATATCAATATGGTGATGA----AT---GTTGATACTATACGTCTATA--GATAGTAGATGATATGAT-TT----TGGTAATGGATAA-GGTATGATACG---TTATTATAT---GAT-ATG-GTGTATACGA---------TAT--TATTATATGG------TAT-ATATACTAATATGGTATGATATGATA-CG
gi|3 : tggTATGAT--TATTA-ATG---A--------T-AT-GTA-GGATATTATTA---CG-AT-ATGG--T-ATGA--------AT-GCAATATTATA-ATGAATCAA----T-A--TGGTATG--ATT-GTTAT-GGGTATGATACGATATGTATGAATACAATATTATACGA--TGTG---G-TATTGA-TATCAATATT-TTATATGATATGATCATA-AT-GTATA-CGAT----ATGGT-TT--GA-ATA-TC----AT--A-G--CAA-TTATANNNNNNNNNNNNN---N-NN------NNNN--NNNNNNNN-------NNNNNNN--NNNNNN--------N--NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNATTA--TT-GT-TTGA-TTGTAATGATACAA-TATCAAT-ACA-ATATGGTATA--TA--CGA---TATGGGTATA----AT---AATGA--TTATAGC-GA-TATATA--TTATTATAA-ATTATATTAATAAT----TATCA--ATTATGTATAT-----CAATGATATTCAT------ATAAATATT-A-TTT-TTA-TA-TAAATTATTT-TATATTTTTAAATATTA--TAT---C-TATA----TTA-T-AATAGA---TA-AT--CATAAT-ATA-TGT-AT-TA--AT--A-AAT-AATA-TAGATGTTATAATTAT-TAC--TTA-TG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-A-TT-G--TGTAATAATGA-TA-AAG--TG--TA-AG-TG----AT---G--AAATCC-TGTGG-GTTTAAAATA-AATAG--C-AGTAAATATAA--TATACTGGTGCCA-TA-T-ATAAGGTGGTTG-C---C--CGTCGGGAGGTTGA-GCTT--GA-T-AGATCTTTTGATcgctatgatacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgattattaatgatatgtaggatattattacgatatggtatgaatgcaatattataatgaatcaatatggtatgattgttatgggtatgatacgatatgtatgaatacaatattatacgatgtggtattgatatcaatattttatatgatatgatcataatgtatacgatatggtttgaatatcatagcaattatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattgtttgattgtaatgatacaatatcaatacaatatggtatatacgatatgggtataataatgattatagcgatatatattattataaattatattaataattatcaattatgtatatcaatgatattcatataaatattatttttatataaattattttatatttttaaatattatatctatattataatagataatcataatatatgtattaataaataatatagatgttataattattacttatgataatttttttagtattgtgtaataatgataaagtgtaagtgatgaaatcctgtgggtttaaaataaatagcagtaaatataatatactggtgccatatataaggtggttgcccgtcgggaggttgagcttgatagatcttttgat
gi|4 : tggtatgataacaatatggtatgatatgatattattagtagtttatggtatgatacaatgtttattgataatggtaatgatattatacgatatggtattaaatacgatatggtttgataattacgatatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgatacgatattatatgaatatgggtagacacgatatatatcgagtcggtatgatattgatgttatagaagtgtattgtatgaacatattataattgatattattgatatggtatgatttgtaatgatatgatattatacgatgatggtatatatatgatattatacgactaggtaatgatacaatataatatcaatatggtgatgaatgttgatactatacgtctatagatagtagatgatatgattttggtaatggataaggtatgatacgttattatatgatatggtgtatacgatattattatatggtatatatactaatatggtatgatatgatacgcgctatgatacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTA-TTA-TACAATATCGAT----TTGGCGTAT----GATACCGACTATTATATGATATGGTATGATATTATACGATAAG-----GT-ATG----------ATGCAA-T-ATT--ATAT-TGAT----TATGTATGATTCTACAATATT-----TG--TGA--TA----ATGGTCT-ATATATCGATCTCACCAATTATTC-----TATACA--ATGTCATC-CATGGACT-GCTTTCCAT----GGTATGTA---CGAT-C--G-----T----CG-------------TCACTCTAT-T-TGG--GA----AGTATG-T----GGTGT----C---TATCT-TATGATACGAAATACTTATG------AATATCA----GTCTG----GGT--TATTGTATACACAATTCACCTCGAC-GTAATAATATTGT-ATAACG-ATTATGGGGTTAC--TATGA-TTAC-AT--CATTATGTATG-ATGAGCATCTTAACTGGT-T---AGT-AT-AT--A-TGTGAT-TAGT---TA-GCCTA------TATCTAA--T----------TTATATATTG-GGCT-T-G----ATATGACCT-ACAT---ATA-TTAT---TATCGTATT--GA--TGGTT----ATGAT-ACCCGA-TTAT--GCG-TTATGATA---GATAAGATATTTATAAACAATATT-------TGCGTTA--TTGACGTACAACATGGTTTATGATACAATGTCTGTGTT-CTTATTTG-CTAT--A-TT--------ACAATTATCA-T-ACA-TTAT-GTATAGATAACCGACTTTATGGTAGTA----AT---ACTGA--TTAAA-C-AA-T-TATA--T-A-TATAA----ATACTGATATT-A--CATAATCATCATATATATGATATTAATGA-AT-CAT-C----ATAAA-ATG-AATGT-TTA-TAA-AA--T-TATCTATATCA----GTATTATTTATTCGCCT-TA----GTATT-AATATATGTTA-AT--CA----TATA-TGTCAT-CGTCATTGA-T-T-AATA-TAGAG-TATTA-TTAGTTACCATTA-TGTGAA----TAA-TTTTTTTA----GT-ACTTAG--TATA---ATGA-TCTAAA--TG--TACAT-CG----AT---GATAAATTC-TGTGG-G-CAATACTA-TA-AGCCC-ATCAAATATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAAGAGT-G-TGCCCCTC--CGTC--ATGG-TGATGCTT--TGATGTAATC-TTTG
gi|5 : ATGATATT----GT-ATGACAT---TATA----TGATACGATATGT--ATG--ATATT-----TT-TATGA-TATTATACTGAATAATG----GGTA-TGATACAAATATT--ATAC-AATATGGTATGATGCGATAT--TATACT--AAT-ACGA----TAATGGGGTATG-GATTGATT-TGGTA-TG---A----AT-TGAT--A--TTATT-GA-TA-AT-GG--TATTATACGA-AT-ATGGT--TTGAT-----ATGATTACAATATTATATG-AT-AT-G-TTAT-TGATTTA-GATA-TTATACCGA-TAT-GG-T--TGATACAATAT-----------GGTAATGATAGAATATGGTTGATATGATATATA-ATATTTATGGTA--TGATACAATGTTATA-TGAT-ATGG-TAT-GATATTATACG---ATA-TG------------GTATT-ATAC-A--------ATATGGTTTGATAT-----GT-TACA--ATATTA-TACAATATGGTATGATA-C---ATATGGT--ATGATATAT-TATGA-TACA--A-ATA---T-GGTATGA--TACGATATG-GTA------ATGGTAT-GA-----ATGGG-TAT----GATA-AGA-TATTATATGTTA-----TGGTATGATACGATAT----------TA-TAATGAAT-ATGtat
gi|6 : taT-TTGAGTTA--TTGTTTGTTCAAT-TT---TAATC-----AA-CCTTA-G-AT-TAA--AAAAT--GCGTCTTG-TG-----ATCA---AAATGT-ATT-----CGAGTA-GTTTAGATGCTGGTATGATGTGATATTAAACGATATGGTATGATATGGTATGATAATTATGGTATTATACAATAT-GT--TATGATATGATATACGATATATGATTTTNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATACGATT---TGGT--TTGATATGATATTTCATG-ATACGATTTTATATGATATGG-TTTGATGT-GATA-------TTATACGATATGGAATG--ATACGATA-TTA----TT------TGGTATGATgta
gi|7 : ATATTATAC---AATATGG--------TATGATGTGATATTATAC--TATAAGATATGAT----ATGATAA----GGT-ATGATACGATATAT------GATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGATATGATACAATATTACACGA-TATGGTA-G---ATATTAT-AT-TATA-CAATGTATGA--TAC-GATATGGTAT---TA-TGCGAT---ATG-GTTTG----AAA--TCTTAATATGCCAGCT-TG-T-TGGTTAGCTATGATA-AAT--T-TATTATCT-A-T-GAT--Aa
gi|8 : ttA--TGTGGTA--TGATATAATATTATA-CGATA-TGG-TATTGATATT-TATG---ATATTGTATGAC-ATTAT--ATG-ATACGATATTATACATATGGTATGATATT-----T-TATGATAT--TA-TACGATATTGGATGATA-CAATATAT-----ACAATATGG-TATGA-TGCGATATTTATACT--ATATTAc
gi|9 : tttagTA-TGATATCA---TATT-ATACGATATAGT--G-TTACATGATATGTTA-TTATACAAAAT-GATAT--T-AT--GCTATATGATATTCACAGTGTA--ATAGG----GT-ACAATAT-GCTATTTTTACAATATGATATTG-TATA--ATATTAcatt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TAGAATAGAATATTGAATTGATTGTATTAAACCAATTTAGGGTCCATTAGGGCATACAAGTCAAGAGTTCCATATAAA
Unaligned ( gi|30 ): TATACTTAGTATGACCATCGAGGTTCGACATA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111111 22222 11111111111111111111111111111 222 2222 22222 22222 444444 2222222222 1 1 1 1 222 111 333333333333333333 1 1 1 3333333 2222 11 1 333333333333 2222 222 33333333 11 3333 2222 1 11 11 1 11 111 111 555555555555555 22 1 333333333 222 1 1 2222 11111 11 1 2222 1 3333 222 1 333333333333333 1 1 444444444 2222 222 111 111 11 1 222 22222 11 111 11 1 3333333333333333 1 1 11111 22 1 1 2222 111 11 55555555 4444444444444444 222222222 111111 11111111 1 2222222222 1111 444444444444444444444444444 1 1 2222 1 666666666666666666666666666666666666666666666 3333333 222222 111 5555555555555555 33333333333 55555555555 1 222222222 1 2222222 11 333333333333 11 1 222222222 22222222222222 1111 22222 22222 333333333333333333 1 1 11 11111111 6666666666666666666666666666666666666666666666 1 3333333 1 44444444444444 22 3333333 1111 11 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 1 44444444444444444444444444444 111 11 3333333333 33333333333 111 222222222222222 333333333333 1 2222 1 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 44444444444444444444444444444444444 1 222 11 11 11 2222 22222222222 11 1 1 1111 1111 1 2222 11 222 1 4444444444 1 111 1 22222222 222222 1111111 1111 1 111 11 1 11111111 1 11111111 1111 111111 1111 111 1 111 11 1 1 1111
lowQualScore : 4 4 1 11 3 666 99999 3 3 3 3 55 4 55 444444 4 22222 4 11111111111111111111111111111 111 1 4444 44444 0 7 99999 444444 1 2222222222 3 0 0 1 0 1 111 999 2 888888888888888888 5 5 1 5 3333333 3333 77 5 1 333333333333 4444 000 44444444 88 1 0000 7777 0 0 33 3 11 6 3 0 33 1 0 3 666 7 999 111111111111111 00 3 444444444 7 333 3 2 7 9999 1 33333 44 7 7 3 2222 3 1111 000 3 4 888888888888888 1 88 3 2 111111111 1 5555 0 999 333 22 1 666 1 999 99 777 0 6 222 77777 77 1 88 11 555 00 0 9999999999999999 0 0 77777 66 0 0 3333 222 8 33 11111111 77 1 3333333333333333 444444444 444444 1 9 66666666 0 8888888888 8888 111111111111111111111111111 3 0 666 0 6666 0 0 0 222222222222222222222222222222222222222222222 55 3 3 7777777 55 8 333333 8 0 0 444 8 0 8888888888888888 00000000000 0 8 22222222222 3 777 0 6 999999999 8 1 7777777 3 88 999 8 11 0 444444444444 0 11 0 8 777777777 11 44444444444444 4444 33333 11111 44 3 000000000000000000 8 2 0 0 33 66666666 7777777777777777777777777777777777777777777777 0 2222222 2 11111111111111 88 0 33 4 2222222 5555 33 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 5 0 1 44444444444444444444444444444 3 777 33 1111111111 11 66666666666 2 333 777777777777777 111111111111 0 0000 1 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 22222222222222222222222222222222222 2 0 333 99 2 33 33 0000 66666666666 33 7 0 0 4444 4444 66 0 3 44 1 6666 1 33 7 1 999 9 5 2222222222 3 0 3 555 0 11111111 8 888888 8 6666666 5 0 7777 6 444 8 11 0 0 5 8 8 8 77777777 0 8 88 999 6 5 1 6 66666666 1 6 4444 111111 99 999 6 6 99 77 5 5 2222 000 2 1 5 111 6 6 33 1 8 66 5 5 5 777 3 5 0 888 66 66 5 0 0 66 8888 6
lowQualScore : . . . .. . ... ..... . . . . .. . .. ...... . ..... . ............................. ... . .... ..... . . ..... ...... . .......... . . . . . . ... ... . .................. . . . . ....... .... .. . . ............ .... ... ........ .. . .... .... . . .. . .. . . . .. . . . ... . ... ............... .. . ......... . ... . . . .... . ..... .. . . . .... . .... ... . . ............... . .. . . ......... . .... . ... ... .. . ... . ... .. ... . . ... ..... .. . .. .. ... .. . ................ . . ..... .. . . .... ... . .. ........ .. . ................ ......... ...... . . ........ . .......... .... ........................... . . ... . .... . . . ............................................. .. . . ....... .. . ...... . . . ... . . ................ ........... . . ........... . ... . . ......... . . ....... . .. ... . .. . ............ . .. . . ......... .. .............. .... ..... ..... .. . .................. . . . . .. ........ .............................................. . ....... . .............. .. . .. . ....... .... .. ............................................................................................................................................................................................................. . . . . ............................. . ... .. .......... .. ........... . ... ............... ............ . .... . . ........................................................................................................ . ................................... . . ... .. . .. .. .... ........... .. . . . .... .... .. . . .. . .... . .. . . ... . . .......... . . . ... . ........ . ...... . ....... . . .... . ... . .. . . . . . . ........ . . .. ... . . . . ........ . . .... ...... .. ... . . .. .. . . .... ... . . . ... . . .. . . .. . . . ... . . . ... .. .. . . . .. .... .
lowQualScore : 4 0 4 22 6 444 11111 6 6 6 6 55 0 55 000000 0 88888 0 55555555555555555555555555555 000 0 0000 33333 7 3 33333 000000 0 7777777777 3 7 7 0 7 0 555 555 5 555555555555555555 5 0 0 0 0000000 5555 55 0 0 000000000000 5555 555 55555555 55 0 7777 8888 0 2 22 2 88 5 0 0 88 2 2 2 333 3 777 333333333333333 77 3 777777777 3 333 3 0 3 3333 0 33333 00 3 3 3 7777 3 3333 333 3 0 555555555555555 0 00 3 0 333333333 0 0000 7 333 333 00 0 333 0 777 22 000 0 5 555 88888 55 0 88 00 444 00 0 0000000000000000 0 0 22222 00 0 0 8888 000 8 88 88888888 88 0 5555555555555555 555555555 555555 0 2 55555555 8 2222222222 2222 888888888888888888888888888 2 0 000 0 2222 8 2 0 555555555555555555555555555555555555555555555 88 2 2 0000000 44 0 888888 0 8 8 000 0 8 4444444444444444 44444444444 8 0 88888888888 8 444 8 4 888888888 0 4 8888888 2 88 666 0 00 8 444444444444 6 00 0 0 888888888 66 33333333333333 2222 22222 77777 88 3 555555555555555555 0 5 0 0 88 00000000 0000000000000000000000000000000000000000000000 0 5555555 8 22222222222222 00 2 88 2 0000000 0000 22 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 5 8 0 88888888888888888888888888888 2 555 88 5555555555 22 55555555555 5 222 555555555555555 555555555555 0 8888 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 88888888888888888888888888888888888 5 0 222 88 5 22 88 8888 22222222222 88 0 0 0 2222 8888 55 0 2 00 0 2222 0 88 0 2 222 2 5 0000000000 2 0 2 888 0 00000000 0 444444 0 8888888 0 8 0000 0 000 0 00 8 8 4 0 0 0 66666666 8 0 88 222 7 2 3 7 88888888 7 7 2222 888888 22 000 7 7 22 99 7 7 1111 000 0 7 7 777 7 7 66 6 4 99 0 0 0 111 1 0 2 888 99 99 0 0 1 99 7777 7
consensus : NNNAAATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--CGAGTA-GTTTAAATGCTGG--------GATAT-----GATATGGTATGATATGGTATGATAATTACGGNATTATACAATGTCGN--TACGATATGGTAT----TATATGATTTT-----ATACNTATG-AC-ANTAA-TGGT-ACGATATTATACGGTATGGTATTGATATTNTACGAATATTATACGGNTATATGGNAATCGATACGATATTTCACGCGTACGATTTTACATGATATGGCTNTGATGTCGATAATTATACCTATACGATATGGAATGGCATACGATAGTNAGGGCTTTTCCGGTGGTATGATTATGACTATTATTATGATTGATGGTATATATCGATATATGGTTTTGTAGTAGTGTGATTACAAATATTACTATGAATATTGGTAATTGATGTATACTACTATTATTTACTAGAATTGCTCCATCGCGTATGATATTATACCCAAACATGGGTGGTGAACATGATGTGATATTATACATTATNGGATATGATT---ATGGTAATAA-GGT-ATGGTACG-TATATTATACTGATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGGTATGATACGATATTATACGA-TATGGTATGAT-ATATTAT-ATNA----T--AGTGTATGAT-TAC-GATACGGTAC--GTATTGAGAT---ATG-GTCTGATATAGA--TTNTAATATGAC-GAT-CGATATGG-TAGCT-TGATA-AAT--A-TATTATATAA-CG-ATANGACCGTANTTTA---CGATANCGATGTATT-ATACGATA-A--TCG-TTACATGATATNTTA-TT-TACGAAATGGATATA---ATTCNATATGGT-TTNACGGTGTATGATANTGT-ACGATAT-G-TATT----CGATACGATATAT-TATA--ATATCAGATATNGTATGG-TATGATATT--AT----AATG-TATGGTA-TGATACAA-TATT--ATACCGATA-TGGTA-TGATGC-ACACGATATACT--ATTAC-A----CAATATGNTATG---CGAT--ATTT--GGTATGT--AAT-CGAT--AT--GNTTCGATA-ATGA--TATTACNCGGATATGNTAT----GGTATGATTA-GATATTAT--ACGATATG-T-A---T-TGATTTA-GATA-TTATACCGATAT-GGT-T-GATACGA-TATA---------GGTGATGATAC-GAT--------A--GTCGAT---ATGATACATAATA--TA--TGGTATGATACGATGTTATA-TGAT----AATGGTAT-GATATTATACG---AT-ATTGTATATCGATTATG-TATGATACGA--------ATATGGT-ATGATATTGA--GT-TACGATATATTATACGATATGGTA--------TGATA-CGATATATAT-T--ACGATA-TAGT-ATGA-TGCG--ATT----TA-ACT-GATATTA--TACGATAT-G-TATTA-----TACGATAT-GAT---GTTGGN-TAT----GATATCGA-TATTATATGATAT----TGATATTATACGATATG-----GTTATG-TAATG-AT-ATGCGA-TA-TT--ATA-T-CGATATCATAT-TGTGATC--ACAATATA-----TGCGTGA--TACG-TACGGTAT-ATATAT-GGT-------ATTATACGATA-----CG--GT---ATNTATGGAC--CTTTCGATA----T--TAT-ATACGATA-TGG-----TAAACCGA--------GATATCATACGAT-N-TGG--GATA-CGTATGT----GGTG-NT-AC---AATAT-TATNATAANAGGTA---ATG------ATTATCATG-TGT----CTG-TATGATT--ATTG-ATGCGCA--------TGAC-GTA-TGATATTAT-A---CG-AT-ATGG--TTACGATACGAATTAT-ACGATATTGTATATGNATNAAT-----TACGGTA--TGATTA-T-AT-GA-TATGATACGAT---TA--TGGN-TA------TATNCGA--TATG---G-TCTTGAATATCG-TACT-T-ATGT-ATATGATCN-A-AT-TNATA-TGAT---TATNGT-TT--GA-ATGGTT----AT--T-AC--GA-TTAT--GCGATTACGATA---G------TATT-ATA--CNATGAT-------TACGANT--TNGACG---------GTT-ATGATACAATAT-TGTGTTG--ATTATG-GTATTGA-TT--------ACAAT-ATCA-T-ACG-ATATGGTATA-ATA--CGA---TATGGTAATA----AT---ANTGA--TTATA-C-GA-T-TATA--T-ATTATAA-ATTATATTAATANTAA--CATNA--ATTATATATAT--TATCAATGATAT-CAT-C----ATAAATATG-AATGT-TTA-TAATAA--TATAT-TATATCC----ATATTA-T--AT---CCTATA----GTAT-AATAGAT---A-AT--CATAATTATA-TGT-AT-TATAAT--A-TAT-AATAT-AGAT-TTATA-TTATGTACAATTA-TG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-ACTT-G--TGTAAT-ATGA-TA-AAG--TG--TA-AT-GG----AT---GAAAAATCC-TGTGG-G-CTAAAATA-AA-AGC--ATAAAATATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAAAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGA-GCTT--TG-T-TAATC-TTTGATT
Reference ( family-2335 ) : NNNAAATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--CGAGTA-GTTTAAATGCTGG--------GATAT-----GATATGGTATGATATGGTATGATAATTACGGNATTATACAATGTCGN--TACGATATGGTAT----NATATGATTTT-----ATACNTATG-AC-ANTAA-TGGT-ACGATATTATACGGTATGGTATTGATATTNTACGAATATTATACGGNTATATGGNAATCGATACGATATTTCACGCGTACGATTTTACATGATATGGCTNTGATGTCGATAATTATACCTATACGATATGGAATGGCATACGATAGTNAGGGCTTTTCCGGTGGTATGATTATGACTATTATTATGATTGATGGTATATATCGATATATGGTTTTGTAGTAGTGTGATTACAAATATTACTATGAATATTGGTAATTGATGTATACTACTATTATTTACTAGAATTGCTCCATCGCGTATGATATTATACCCAAACATGGGTGGTGAACATGATGTGATATTATACATTATNGGATATGATT---ATGGTAATA--GGT-ATGGTACG-TATATTATACTGATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGGTATGATACGATATTATACGA-TATGGTATGAT-ATATTAT-ATNA----T--AGTGTATGAT-TAC-GATACGGTAC--GTATTGAGAT---ATG-GTCTGATATAGA--TTNTAATATGAC-GAT-CGATATGG-TAGCT-TGATA-AAT--A-TATTATATAA-CG-ATATG--CG--CTNTA---CGATANCGATGTATT-ATACGATA-A--TNG-TTACATGATATNTTA-TT-TACGAAATGGATATA---ANNCNATATGGT-TTNACGATGTACGATATTGT-ACGATAT-G-TATT----CGATACGATATNT-TATA--ATATTAGATATTGTATGG-TATGATACT--AT----AATG-TATGGTA-TGATACAA-TATT--ATACGAATA-TGGTA-TGATGC-ACACGATATACT--ATTAN-A----CAATATGNTATG---CGAT--ATTT--GGTATGT--AAT-CGAT--AT--GNTTCGATA-ATGA--TATTACNCGGATATGGTAT----GGTATGATTA-GATATTAT--ACGATATG-T-A---T-TGATTTA-GATA-TTATACCGATAT-GGT-T-GATACGA-TATA---------GGTGATGATAC-GAT--------A--GTCGAT---ATGATACATAATA--TA--TGGTATGATACGATGTTATA-TGAT----AATGGTAT-GATATTATACG---AT-ATTGTATATCGATTATG-TATGATACGA--------ATATGGT-ATGATATTGA--GT-TATGATATATTATACGATATGGTA--------TGATA-CGATATATAT-T--ACGATA-TGGT-ATGA-TGCG--ATT----TA-ACT-GATATTA--TACGATAT-G-TATTA-----TACGATAT-GAT---GNTGGN-TAT----GATATCGA-TATTATATGATAT----TGATATTATACGATATG-----GTTATG-TAACG-AT-ATGCGA-TA-TT--ATA-T-CGATATCATAT-TGTGATC--ACAATATA-----TGCGTGA--TACG-TACGGTAT-ATATAT-GGT-------ATTATACGATA-----CG--GT---ATNTATGGAT--CCTTCGATA----T--TAT-ATACGATA-TGG-----TAAACCGA--------GATATCATACGAT-N-TGG--GATA-CATATGT----GGTGNGT-AC---AATAT-TATNATAANAGGTA---ATG------ATTATTATG-TGT----CCG-TATGATT--ATTG-ATGCGCA--------TGAC-GTA-TGATATTAT-A---CG-AT-ATGG--TTACGATACGAATTAT-ACGATATTGTATATGNATNAAT-----TATGGTA--TGATTA-T-AT-GA-TATGATACGAT---TA--TGGN-TA------TATNCGA--TATG---G-TCTTGAATATCG-TACT-T-ATGT-ATATGATCN-A-AT-TNATA-TGAT---TATNGT-TT--GA-ATGGTT----AT--T-AC--GA-TTAT--GCGATTACGATA---G------TATT-ATA--CNATGAT-------TACGANT--TNGACG---------GTT-ATGATACAATAT-TGTGTTG--ATTATG-GTATTGA-TT--------ACAAT-ATCA-T-ACG-ATATGGTATA-ATA--CGA---TATGGTAATA----AT---ANTGA--TTATA-C-GA-T-TATA--T-ATTATAA-ATTATATTAATANTAA--CATNA--ATTATATATAT--TATCAATGATAT-CAT-C----ATAAATATG-AATGT-TTA-TAATAA--TATAT-TATATCC----ATATTA-T--AT---CCTATA----GTAT-AATAGAT---A-AT--CATAATTATA-TGT-AT-TATAAT--A-TAT-AATAT-AGAT-TTATA-TTATGTACAATTA-TG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-ACTT-G--TGTAAT-ATGA-TA-AAG--TG--TA-AT-GG----AT---GAAAAATCC-TGTGG-G-CTAAAATA-AA-AGC--ATAAAATATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAAAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGA-GCTT--TG-T-TAATC-TTTGATT
gi|1 : AAATAGGCA-TATATTGAATTA--TTGCTTGTTCAAC-TTGTTTCATCTAAAAAATACTTATGCATATAACTGAT-TATGCATCTTA-GTGATTTA------AAATGT-AATTT----GACTATGTTTAGATGCTGA--------GA-------------------ATATGATAT---AATTACGAAATTA----ATGTCGGCCTGTGA-ATGGTCT----TATATGATTTT------TATTTATG-ACCATTAAATGATCACGAT-TTATACAGTATGGTATTGATATTTTATGAATATTATACGGATATATGGGAATCGATACCA------ACACGTA-----TTACA-AATATGGCTATGATGTCGATAATTATACCTATACGATAT----TGGCATATGATAGTGAGGGCTTTTCCGGTGGTATGATTATGACTATTATTATGATTGATGGTATATATCGATATATGGTTTTGTAGTAGTGTGATTACAAATATTACTATGAATATTGGTAATTGATGTATACTACTATTATTTACTAGAATTGCTCCATCGCGTATGA----ATACCCAAACATAAGTGGTGAACATGATATGATATTATATATTATTGGATATGATTACAATGGTTATGATGAT-ATGGTATG-TATATTATACTGATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGATATGTTACGATATTATACAATTATGGTATGAT-ATATTATGATAACAATT--AGTGCATGATCTGC-AATATGGTATCGGTATTGAGAT---ATGTATCTGATATAGATGTTCTAATATGAC-GAT-TGATATGG-TAGTT-TGCTA-ACTCGACTCTTATATAAGCG-ATATGACCGTACTTTA---GGATAGTGATGTGTTAATATGATA-ATTTCGTTTAGATGACATATTATTT-TATGAAATGAATATAGAGATTCCATATGGT-TTTATGATGTATTTTCTTATGACTATAT-G-TATT----GAATATGACGTAT-TCTA--AAATCAAATATTGTATAGCTATGATATT--AT----AACGATATGGTATTGATATAG-TATTTAATACAAATA-TGGTA-TGATGC-ACACGATACACTTAATTAC-ATTCTCAAT-TACTATA---CGA---ATTT--GGTATGTTAGATATGATTAAT--GGTTCGATAGATGAATTATTACTCGGATA----AT----GGTGTGTATA-GAAATTAG--A-AATA-G-A-A---TATGATTTT-G--A-TTAAACCAATTTAGG----GAGCCCA-TATA---------AGGGACGATAC-A----------A--GTCAAG---A-GATACAT-ATA---A------AAGAGAAAATGTTATA-TGAT----ATTGGTGT-GATATTAT-CGTTAAT-ATT-TATATCG-TTATG-TATGATACGA--------ATATGGT-AGGATATTGAAGGTGTATGGTGTATGATAC-ATATGGTA--------TGATA-CGATATGTAT-TAGACAATA-TGAT--TGAGTGTG--ATT----TA-ACTCGATATTAGTTATGATAT-G-T-TTACTTACTACGA-AT-GATGGCGTTGGT-TGT----GATATTGA-TATTATATGATAT----TGATA-TATCCAATATG-----GCTATGATAACG-AT-ATGCGAGTA-TT--GTA-TACAA-ATCATGT-T-T-ATCA-ACCACATACTGCGTGCGTGAAGTACACTGCGG-ATCAAATAT-GGT-------ATTATAC-ATA-----TGAAAT---ATTTATGGACA-CCTTCGATA----T--TAT-AT-TGATA-TGG-----TAAACCGA--------GATTTTATACGATCC-T------TATCTTAGGTTTTAGGTGAGTGACTCAAATATCTCTTTTAAAA-GTA---ATGAGAATCATTATTATGTTGT----CTGTTATGATT--ATTG-GTGCATG--------TGATGGTA-TGATCTGAC-----CG-AT-ATGG--TTATGATACAAATTAT-ACGATCTTGTATATGTATGGAT-----TACAGTA--T-ATTA-T-ATAGA-TATGATACGAT---TA--TGGG-TA------TATCGGACTTATG---GTTCTTGAATATCA-TACTCC-ATGT-ATATG-----A-AC-TCATAGTGAG---TATCGT-TT-----ATGGAA----AT--T-AC--TAGTCAT---CGATTACGAT-----------TATT-ATT--CTATGAT-------TACAACTTGTGGATG---------GTT-ATGATACAATAT-TGTATTG--ATTATGAGTATTGACTC--------ACAAT-ATCA-TAACGAATATGGTATA-ATA--CGA----ATAGTAAGACCGGATATAATTGACTTCATA-CTGAGT-TATA--T-A-TATAATATTATATTAATAATAATTCATAA--ATTATATATAT--TATCACTGATAT-TATACCTTGATAAATATGCAATGTGTTAGTAATAA--TATAT-TATAT-C----ATATTAGT--AT---CCTATA----TTATAAATAGAT---A-ATTGCATAATTATAGTGT-AT-TATAAT--ACTATAAATAT-AGAT-TTATA-TTATGTACAGTTA-TG---A----T-A-TTTTGTTC----GTCACTT-GCTCGTAAT-ATGACTA-AAGGTTG--TA-ATGGG----ATTTCGAAAAATCCATGTGGAG-TTAAAATACAA-AGCG-ATAAAATATAA--TA-A-TGGTGCCACTAGTGAAAAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGAGGCTTTGTG-T-TAATC-GTT-ATT
gi|10 : ttt-TGTATC-----ATATTA-T--AT---CATATACAATGTAC-AATAGAA---A-AT--C-TTATTATA-TAC-ATGTAT-------CAT-AATG-------TTATA-TTATGCACAA-TA-TA---AATTGTGA-TTTTTTTATGTTGT-AC---G--TGTAAC-ATAA-TA-AAG--TG--TA-CT-GG----AT---G-AAAATCT-TGTttttacc
gi|11 : taTATA-TCATATACAAT-A-TG---A----TAAATTCTTTTA----GT---TT-G--TGTAAT-A-GA-GA-AAG--TG-----GT-GGTAACAT---GAAAATTCC-TGTGG-G-CTAAAACA-AA-A------------T----TA-A-TACTGCCA-TA---AAAGGGT-GTTGTC---CATGGTC--GAGG-TG-----T--TG-T----CC-TTTGA
gi|12 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTGTTT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|13 : ATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|14 : ATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAA
gi|15 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-A-GT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|16 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA---AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|17 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG--T--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|18 : AAATAGGCAATAT-TTGAGTCA--TTGCTTGTTCAATCTT---TCATC-----AA-ACTTA-G-A--TAA--GAA-T--GCGTCTTG---------TGATTTAAATGT-ATTT-----GAGTA-GTTTAGATGCTG
gi|19 : cG--TA-AT-GG----AT---GAAAA-TCC-TGTGA-G-CTAAAGTA-AA--GC--ATAAA-TATAA--TA-A-TTATGCCA-TA-T-AAA-GGT-GTAGCC---C--CGTC--AAGG-TGA-GATC--TG---TAATC-
gi|2 : GTCTGGTATGATATAAT-TTATAC-A-TAGTGCGTGATGATATTA----GA----T--A-TGTGACAT-TACAGATAC----C--ATATTAAGATCGAATG-GT--GATATA----TTATGATA--AT-AATACGATATGG-TA----TGATACAAT--A-TATTAAACAT-CGGATAAG--CG--ATTTATATCTATAACAATGTATT-ATA-GAT-----TGG-TTGCATAATATCTCA-T---ATGGAATGG-TATA---AGTCGATATG-T-TTGA----GTAAGACAAT-T-ATTATATAG-AATT----GGAT--GATACATATATACCATATGAGATACAATATGG-TATGATA----------AAT--TATGGTA-TGATATAA-CA----ATACC--TA-TGGTA-TGA----ACAAG-TATA-T--CTTGG-A-----AATATATTAT------AT--AT----GGTATAT--AA--CGAT--ATTTGTTTTGAT---TAA--TGTTAC--GGATATATTATCAATAGTATGAT----ATATTATGTAC-ATATGGT-A---T-GAA---A-GATAGTTAT---GATAT-GGTCT-GATACGAATATA-----------TGATGGTAT-GAC--------A--A-CGAT---AT-ATACATAATG-------GGTCTGATATGATGTTATACTGAT----AATGATAC--ATATTATATG---AA-ATTA---ATTGA--ATA-AATGGTA------------TATT-T-ATGAT-TTGA------ATGATATAT---AC-ATATGGTA---------GATATCAATATA-AT-C--ACAAT--TAGTTATGA-TGCG--ATT-------ACT--ATACTA--TACGATAT-G-TA--A-----TATGAT-----T---GGTAGA-TATAAAGGATATCC--TATTATAT-ATAT----GGGTAT-ATTGAATATGTGTACGTTAT--TAATG-ATCATG-GA-TAATTCAATAGT-CAATATCATAT-GGTGA----ACAATATA-----TACAT-A--CGCG-TATGATACGATATGT-GGT-------ATTATACAATAGAATATG--GT---ATATACGAAT--TATATGATAATGAT--TAT-A-GCGATAATGGGTGAATAAACCGATATATAGTGATATGATACAAT-ACTGGATGATA-CATATGT----AG---AT-AC---AATAT-TATAACAATAGGTA----TG------ATCA--ATG-TGTAATACAA-TATAATTCTATTG-ATACGCA---------------------ATTAT-C---CATAT-ATG----CA-GATA---ATTATCACGATATGGTA-ATGCATCAATATTAATACAGAA--TCA--A-T-AT-G--TATGATATGTT---CA--TGG--TA------TATACGA--CATGTATA-TCTT--ATACGA-TA---T-ATGT-ATATGATAC-A-ATATGATA-TGATCGATATGGT-ATACGATATGGTTGTACAT--TCAC--AC-TTAT-----ATTACGATACTGG------TATT-ATA--CCA-GATGTATTGCTACAAAT-----ACT---------ATT-ATGATACAATAT----G--G--ATGATACATATTG--TT--------G--AT-ATCA---ACG--TATGGTATA-ATA--CAC---TATGGTAATA----GT---A-TGA--T-ATA-C-GA-T--ATAATT-ATTATAA-ATTAT--TAATACTAA--TATCA--AT-ATTTATAT---ATCA-TGA-AT-C---T----ATATATATG-GAT---TTA-TA-TAA---ATAT-TATATCC----ATATTA-T--A----CCTATA----GTAT-AATAGAT---ACAT--CATAAT-ATA-TGT-AT-TATAAT--A-TAT-AATATTAGCT-TTATA-TTATGTAC-ATTATTG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-ATTT-G--TAAAAT-ATCA-TA-AAG--TGTCTA-AT-GG----AT---G-AAAATCC-TGTGG----TAAAATA-TA-AGC--ATAACATATAATTTA-T-TGGTG-CA-TA-T---TAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGA-GC-T--TG-T-AAAT
gi|20 : cattatttgaaaataacgtagatATATGATT---ATGGTAATA--GATGATGATACG--ATATTATAC-GTTATGATATGATACAGATATAAGATATGGTATGATAAGATATTATAt
gi|21 : atatgtatGTAATAA-GGC-ATGGTCAG-TATATTATACT-ATATG------TAC-GATAT--
gi|22 : gctggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--TACGATATGGTAT----GATATGATTTT-----ATACATATGTAC-AAT-A-TGGT-ATGATATTATACGATATGATA-TGATATTATACG-ATATTATa
gi|23 : aATAT-GGT-------ATAATACGATA-----TG--GT---ATG-ATATAT--CTTTCGATA----TGATATAATATGAAA-TGG-----TA---TGG--------TATATCATACGAT-A-TGG--gtta
gi|25 : GC--ATAAA-TATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAA-GGT-GTTGCT---C--CGTC--GAGG-TGA-GCTT--TG---TAATC-TTTGATT
gi|26 : AT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-----------------CT-------------ATATAAATGTATTTGTTAATGAGTA-GTTTAGATGCTGG----------TAT-----GATacc
gi|27 : ATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAA-GAT-GTTGTC---C--CGTC--AAGG-TGA-GCTT--TG-T-
gi|28 : -TAT----GATA-CGA-TCTTATATGACAT-----GATATTATACGATATG-----GT
gi|29 : AGGCA-TAT-TTGAGTTA--TTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-attata
gi|3 : -TATG--ATAACA-ATATGGTATGA-TATGATATT--ATTAGTAGTT-TATGGTA-TGATACAA-TGTT---TATTGATAATGGTAATGATATTATACGATATGGT--ATTA--------AATACGATATGGTTTGAT--AATTACGATATTT--NNN-NNNN--NN--NNNNNNNNN-NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNNNNNNN-N-NNNGT-TGAT--ACGATA-TTATATGAATAT-GGG-TAGACACGA-TATATATCGAGTCGGT-ATGATATTGATGTTATAGAA--GTGTATTGTATGA-ACATATTA--TAATTGATATTAT-TGATATGGTA-TGATTTGTAATGATAT-GATATTATACG---ATGATGGTATAT--A-TATGATATTATACGA--------CTA-GGTAATGA-----------TACAATATAATAT-CAATATGGTGATGAATGTTGATA-CTATACGTCTAT--A-GATAGTAG--ATGA-TATG--ATTTTGGTA-ATG-GATAAGG--TATGATAC-GTTATTA-----TATGATAT-GGT---GT---A-TAC----GATAT----TATTATATGGTAT----ATATACTA----ATATG-----G-TATG-ATATG-AT-ACGCGC-TA-TG--ATA-
gi|3 : tgg-TATGATT--ATTA-ATG---A--------T-AT-GTA-GGATATTATTA---CG-AT-ATGG--T------ATGAAT----GCAATATTATA-ATGAATCAAT------ATGGTA--TGATTG-TTAT-GGGTATGATACGATATGTA--TGAA-TACAATATTATACGA--TGTG---G-TATTGA-TATCAATATT-TTATATGATATGATCATA-AT-GTATA-CGAT----ATGGT-TT--GA-ATA-TC----AT--A-GC--AA-TTATANNNNNNNNNNNNN---N------NNNN-NNN--NNNNNNN-------NNNNNNN--NNNNNN---------NNN-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNN--ATTATT-GT-TTGA-TTGTAATGATACAAT-ATCAAT-ACA-ATATGGTATA--TA--CGA---TATGGGTATA----AT---AATGA--TTATAGC-GA-TATATA--TTATTATAA-ATTATATTAATAAT----TATCA--ATTATGTATAT-----CAATGATATTCAT------ATAAATATT-A-TTT-TTA-TA-TAAATTATTT-TATATTTTTAAATATTA-T--AT---C-TATA----TTAT-AATAGAT---A-AT--CATAAT-ATA-TGT-AT-TA--AT--A-AAT-AATAT-AGATGTTATAATTAT-TAC--TTA-TG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-A-TT-G--TGTAATAATGA-TA-AAG--TG--TA-AG-TG----AT---G--AAATCC-TGTGG-GTTTAAAATA-AATAGC--AGTAAATATAA--TATACTGGTGCCA-TA-T-ATAAGGTGGTTG-C---C--CGTCGGGAGGTTGA-GCTT--GA-T-AGATCTTTTGATcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgattattaatgatatgtaggatattattacgatatggtatgaatgcaatattataatgaatcaatatggtatgattgttatgggtatgatacgatatgtatgaatacaatattatacgatgtggtattgatatcaatattttatatgatatgatcataatgtatacgatatggtttgaatatcatagcaattatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattgtttgattgtaatgatacaatatcaatacaatatggtatatacgatatgggtataataatgattatagcgatatatattattataaattatattaataattatcaattatgtatatcaatgatattcatataaatattatttttatataaattattttatatttttaaatattatatctatattataatagataatcataatatatgtattaataaataatatagatgttataattattacttatgataatttttttagtattgtgtaataatgataaagtgtaagtgatgaaatcctgtgggtttaaaataaatagcagtaaatataatatactggtgccatatataaggtggttgcccgtcgggaggttgagcttgatagatcttttgat
gi|4 : tggtatgataacaatatggtatgatatgatattattagtagtttatggtatgatacaatgtttattgataatggtaatgatattatacgatatggtattaaatacgatatggtttgataattacgatatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgatacgatattatatgaatatgggtagacacgatatatatcgagtcggtatgatattgatgttatagaagtgtattgtatgaacatattataattgatattattgatatggtatgatttgtaatgatatgatattatacgatgatggtatatatatgatattatacgactaggtaatgatacaatataatatcaatatggtgatgaatgttgatactatacgtctatagatagtagatgatatgattttggtaatggataaggtatgatacgttattatatgatatggtgtatacgatattattatatggtatatatactaatatggtatgatatgatacgcgctatgatacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-TATTA-----TACAATATCGAT----TTGGCGTAT----GATACCGACTATTATATGATATGGTATGATATTATACGATAAG-----GT-ATG----------ATGCAA-TA-TT--ATA-T-TGAT----TATGTATGATTCTACAATATT-----TG--TGA--TA----ATGGTCT-ATATATCGATCTCACCAATTATTCTATA-----CA--ATGTCATCCATGGACTGCTTTCCATG----G--TAT-GTACGATC---G-----T----CG-------------TCACTCTAT-T-TGG--GA-A--GTATGT----GGTGTCT-A------TCT-TATGATACGAAATACTTATG------AATATCA----GT----CTG----GGTT--ATTGTATACACAATTCACCTCGAC-GTAATAATATTGT-ATAACG-ATTATGGGGTTAC--TATGA-TTAC-AT--CATTATGTATG-ATGAGC------ATCTTAACTGGTTAGT-AT--A-TATG---TGAT---TAGTTAGCCTA------TATCTAA--T----------TTATATATTG-GGCT-T-G----ATATGACCT-ACAT---ATA-TTAT---TATCGTATT--GA--TGGTT----ATGAT-ACCCGA-TTAT--GCG-TTATGATA---GATAAGATATTTATAAACAATATT-------TGCGTTA--TTGACGTACAACATGGTTTATGATACAATGTCTGTGTTCTTATT-TG-CTAT--A-TT--------ACAATTATCA-T-ACA-TTATG-TATAGATAACCGACTTTATGGTAGTA----AT---ACTGA--TTAAA-C-AA-T-TATA--T-AT-ATAA-AT---ACTGATATTA---CATAATCATCATATATATGATATTAATGA-AT-CAT-C----ATAAA-ATG-AATGT-TTA-TAA-AA--T-TATCTATATCA----GTATTA-TTTATTCGCCT-TA----GTATTAATATATGTTA-AT--CATA----TA-TGTCAT-CGTCATTGA-T-T-AATAT-AGAG-TATTA-TTAGTTACCATTA-TGTGAA----TAA-TTTTTTTA----GT-ACTTAG--TATAAT---GA-TCTAAA--TG--TACAT-CG----AT---GATAAATTC-TGTGG-G-CAATACTA-TA-AGCCCATCAAATATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAAGAGT-G-TGCCCCTC--CGTC--ATGG-TGATGCTT--TGATGTAATC-TTTG
gi|5 : ATGATATTGT-ATGACAT---TATA----TGATACGATATGT--ATG--ATATT-----TT-TATGA-TATTATACTGAAT----AATG----GGTA-TGATACAAATATT--ATAC-AATA-TGGTA-TGATGCGATAT--TATACT--AATACGA----TAATGGGGTATG----GATTGATTT--GGTATG---AAT-TGAT--AT--TATT-GATA-ATGG--TATTATACGAATATGGTTT----GATATGATTACAATATTAT--ATGATATG-TTA---T-TGATTTA-GATA-TTATACCGATAT-GGT-T-GATACAA-TAT----------GGTAATGATAG-AAT--------ATGGTTGAT---ATGATATATAATATTTA--TGGTATGATACAATGTTATA-TGAT-----ATGGTAT-GATATTATACG---AT-A-TG------------G-TATTATAC-A--------ATATGGT-TTGATAT-----GT-TACA--ATATTATACAATATGGTA--------TGATA-C---ATATGG-T--ATGATA-TATT-ATGA-TACA--A-A----TA---T-GGTATGA--TACGATATGG-TA---------ATGGTAT-GA-----ATGGG-TAT----GATA-AGA-TATTATATGTTA-----TGGTATGATACGATAT----------TA-TAATGAAT-ATGtat
gi|6 : taT-TTGAGTTA--TTGTTTGTTCAAT-TT---TAATC-----AA-CCTTA-G-AT-TAA--AAAAT--GCGTCTTG-TG-----ATCA---AAATGT-ATT-----CGAGTA-GTTTAGATGCTGGTATGATGTGATATTAAACGATATGGTATGATATGGTATGATAATTATGGTATTATACAATAT-GT--TATGATATGATATACGATATATGATTTTNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATACGATT---TGGT--TTGATATGATATTTCATG-ATACGATTTTATATGATATGG-TTTGATGT-GATA-------TTATACGATATGGAATG--ATACGATA-TTA----TT------TGGTATGATgta
gi|7 : ATATTATAC---AATATGG--------TATGATGTGATATTATAC--TATAAGATATGAT----ATGATAA----GGT-ATGATACGATATAT------GATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGATATGATACAATATTACACGA-TATGGTA-G---ATATTAT-ATTA----TACAATGTATGA--TAC-GATATGGTAT---TA-TGCGAT---ATG-GTTTG----AAA--TCTTAATATGCCAGCT-TG-T-TGGTTAGCTATGATA-AAT--T-TATTATCT-A-TG-ATAa
gi|8 : ttA--TG--TGGTATGATATAATATTATA-CGAT----A-TGGTATTGATATT-TATG---AT-ATTGTATGAC-ATTAT---ATGATACGATATTATACATATGGT-ATGATATT-----T-TATGATAT--TATACGATATTGGA--------TGATA-CAATATA----T--ACAATA-TGGT-ATGA-TGCGATATT----TATACT--ATATTA--CAc
gi|9 : tttagTA---TGATATCA---TATT-ATACGATATA--GTG-TTACATGATATGTTA-TTATACAAAAT-GATATT---ATGCTATATGATATTCACAGTGTA--ATAGGGT-ACAATAT-GCTATTTTTACAATATGATATTG-TATA--ATATTAtt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TAGAATAGAATATTGAATTGATTGTATTAAACCAATTTAGGGTCCATTAGGGCATACAAGTCAAGAGTTCCATATAAA
Unaligned ( gi|30 ): TATACTTAGTATGACCATCGAGGTTCGACATA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111111 22222 11111111111111111111111111111 222 2222 22222 2222 444444 2222222222 1 1 1 1 222 111 333333333333333333 1 1 1 3333333 2222 11 1 333333333333 2222 222 33333333 11 3333 1 1 11 11 1 11 111 111 555555555555555 22 1 333333333 222 1 1 2222 11111 11 1 2222 1 3333 222 1 11 111 2222 1 1 444444444 2222 222 111 111 11 1 222 22222 111 11 111 1 3333333333333333 1 1 11111 111 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 11 1 22222222222 2222222 2222222222 1111 22222 2 1 1 1 11 1 11111 3333333 444444 11 11 111 1111 22222 11111111 666666666666666666 33333333333 77777777777777777777777777777 1 22222222 111 3333333333333 11 111 1 555555555555555555555555555555555555555 1111 11111 222222 11 3333333333333 1 11 1 1 11 1111 666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 3333333 1 44444444444444 22 3333333 1111 11 6666666666666666666666 55555555555555555555 333333333 1 1 55555555555555555555555555555 11 11 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1 555555555555555555555555555555555 111 11 3333333333 33333333333 111 222222222222222 333333333333 1 2222 1 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 44444444444444444444444444444444444 1 222 11 11 11 2222 22222222222 11 1 1 1111 1111 1 2222 11 222 1 4444444444 1 111 1 22222222 222222 1111111 1111 1 111 11 1 11111111 1 11111111 1111 111111 1111 111 1 111 11 1 1 1111
lowQualScore : 4 4 1 11 3 666 99999 3 3 3 3 55 4 55 444444 4 22222 4 11111111111111111111111111111 111 1 4444 44444 0 7 8888 444444 1 2222222222 3 0 0 1 0 1 111 999 2 888888888888888888 5 5 1 5 3333333 3333 77 5 1 333333333333 4444 000 44444444 88 1 0000 2 3 7 0 0 0 33 3 11 6 3 0 33 1 0 3 666 7 999 111111111111111 00 3 444444444 7 333 3 2 7 9999 1 33333 44 7 7 3 2222 3 1111 000 3 1 88 999 7777 1 88 3 2 444444444 1 5555 0 999 333 1 666 1 999 22 1 6 0 6 222 77777 77 888 11 666 11 0 5555555555555555 0 0 77777 777 0 3 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 33 1 0 11111111111 2222222 7777777777 8888 55555 5 0 0 5 5 0 5 0 33 0 0 77777 7 3333333 33 0 99 3 222222 22 11 000 7777 22222 0 55555555 222222222222222222 88888888888 0 3 0 88888888888888888888888888888 0 5 3 8 0 8 0 8 9 66666666 2 0 444 8 3 2222222222222 11 777 0 555555555555555555555555555555555555555 77 4444 99999 444444 00 4444444444444 6 88 22 0 0 33 7777 66 2 777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 2222222 2 11111111111111 88 0 33 1 2222222 5555 33 3333333333333333333333 3 0 0 55555555555555555555 333333333 3 1 1 2 77777777777777777777777777777 33 33 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 5 0 1 444444444444444444444444444444444 3 777 33 1111111111 11 66666666666 2 333 777777777777777 111111111111 0 0000 1 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 22222222222222222222222222222222222 2 0 333 99 2 33 33 0000 66666666666 33 7 0 0 4444 4444 66 0 3 44 1 6666 1 33 7 1 999 9 5 2222222222 3 0 3 555 0 11111111 8 888888 8 6666666 5 0 7777 6 444 8 11 0 0 5 8 8 8 77777777 0 8 88 999 6 5 1 6 66666666 1 6 4444 111111 99 999 6 6 99 77 5 5 2222 000 2 1 5 111 6 6 33 1 8 66 5 5 5 777 3 5 0 888 66 66 5 0 0 66 8888 6
lowQualScore : . . . .. . ... ..... . . . . .. . .. ...... . ..... . ............................. ... . .... ..... . . .... ...... . .......... . . . . . . ... ... . .................. . . . . ....... .... .. . . ............ .... ... ........ .. . .... . . . . . . .. . .. . . . .. . . . ... . ... ............... .. . ......... . ... . . . .... . ..... .. . . . .... . .... ... . . .. ... .... . .. . . ......... . .... . ... ... . ... . ... .. . . . . ... ..... .. ... .. ... .. . ................ . . ..... ... . . ................................................................ .. .. . . ........... ....... .......... .... ..... . . . . . . . . .. . . ..... . ....... .. . .. . ...... .. .. ... .... ..... . ........ .................. ........... . . . ............................. . . . . . . . . . ........ . . ... . . ............. .. ... . ....................................... .. .... ..... ...... .. ............. . .. .. . . .. .... .. . ................................................... . ....... . .............. .. . .. . ....... .... .. ...................... . . . .................... ......... . . . . ............................. .. .. . ................................................................ . . . . ................................. . ... .. .......... .. ........... . ... ............... ............ . .... . . ........................................................................................................ . ................................... . . ... .. . .. .. .... ........... .. . . . .... .... .. . . .. . .... . .. . . ... . . .......... . . . ... . ........ . ...... . ....... . . .... . ... . .. . . . . . . ........ . . .. ... . . . . ........ . . .... ...... .. ... . . .. .. . . .... ... . . . ... . . .. . . .. . . . ... . . . ... .. .. . . . .. .... .
lowQualScore : 4 0 4 22 6 444 11111 6 6 6 6 55 0 55 000000 0 88888 0 55555555555555555555555555555 000 0 0000 33333 7 3 3333 000000 0 7777777777 3 7 7 0 7 0 555 555 5 555555555555555555 5 0 0 0 0000000 5555 55 0 0 000000000000 5555 555 55555555 55 0 7777 5 5 0 0 0 2 22 2 88 5 0 0 88 2 2 2 333 3 777 333333333333333 77 3 777777777 3 333 3 0 3 3333 0 33333 00 3 3 3 7777 3 3333 333 3 0 00 555 0000 0 00 3 0 000000000 0 0000 7 333 333 0 333 0 333 22 0 5 0 5 555 88888 55 555 00 888 22 0 5555555555555555 0 0 22222 222 0 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 88 88 0 5 22222222222 2222222 5555555555 2222 88888 8 0 0 8 8 0 8 0 22 2 0 22222 0 0000000 55 8 55 2 222222 66 88 666 0000 00000 8 44444444 888888888888888888 22222222222 8 2 8 22222222222222222222222222222 8 6 2 0 8 0 8 0 6 88888888 8 8 444 0 2 8888888888888 00 555 0 222222222222222222222222222222222222222 77 2222 22222 777777 55 9999999999999 0 88 55 0 0 88 5555 55 5 111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 5555555 8 22222222222222 00 2 88 2 0000000 0000 22 8888888888888888888888 5 2 2 22222222222222222222 333333333 3 0 0 0 00000000000000000000000000000 22 88 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 5 8 0 888888888888888888888888888888888 2 555 88 5555555555 22 55555555555 5 222 555555555555555 555555555555 0 8888 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 88888888888888888888888888888888888 5 0 222 88 5 22 88 8888 22222222222 88 0 0 0 2222 8888 55 0 2 00 0 2222 0 88 0 2 222 2 5 0000000000 2 0 2 888 0 00000000 0 444444 0 8888888 0 8 0000 0 000 0 00 8 8 4 0 0 0 66666666 8 0 88 222 7 2 3 7 88888888 7 7 2222 888888 22 000 7 7 22 99 7 7 1111 000 0 7 7 777 7 7 66 6 4 99 0 0 0 111 1 0 2 888 99 99 0 0 1 99 7777 7
consensus : NNNAAATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--CGAGTA-GTTTAAATGCTGG--------GATAT-----GATATGGTATGATATGGTATGATAATTACGGNATTATACAATGTCGN--TACGATATGGTAT----TATATGATTTT-----ATACNTATG-AC-ANTAA-TGGT-ACGATATTATACGGTATGGTATTGATATTNTACGAATATTATACGGNTATATGGNAATCGATACGATATTTCACGCGTACGATTTTACATGATATGGCTNTGATGTCGATAATTATACCTATACGATATGGAATGGCATACGATAGTNAGGGCTTTTCCGGTGGTATGATTATGACTATTATTATGATTGATGGTATATATCGATATATGGTTTTGTAGTAGTGTGATTACAAATATTACTATGAATATTGGTAATTGATGTATACTACTATTATTTACTAGAATTGCTCCATCGCGTATGATATTATACCCAAACATGGGTGGTGAACATGATGTGATATTATACATTATNGGATATGATT---ATGGTAATAA-GGT-ATGGTACG-TATATTATACTGATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGGTATGATACGATATTATACGA-TATGGTATGAT-ATATTAT-ATNA----T--AGTGTATGAT-TAC-GATACGGTAC--GTATTGAGAT---ATG-GTCTGATATAGA--TTNTAATATGAC-GAT-CGATATGG-TAGCT-TGATA-AAT--A-TATTATATAA-CG-ATANGACCGTANTTTA---CGATANCGATGTATT-ATACGATA-A--TCG-TTACATGATATNTTA-TT-TACGAAATGGATATA---ATTCNATATGGT-TTNACGGTGTATGATANTGT-ACGATAT-G-TATT----CGATACGATATAT-TATA--ATATCAGATATNGTATGG-TATGATATT--AT----AATG-TATGGTA-TGATAC-AATATT--ATACCGATA-TGGTATGATGC-ACATGATATACT--ATTAC-A----CAATATGNTATG-GAT--ATTTGGTATGT--AATACGAT--AT--GGTTCGATA-AT---GA--TATT----ACNCGGATATGNTAT----GGTATGATTA-GATATTAT--ACGATATG-TAT-TGATTTAGATA-TTATACCGATAT-GGT-TGATACGA-TA-TANGTGACGATACGACA--GTCGATATGATACATAACG--TGT-GGTATGATA-CGATGTTATA-TGATAATG----GTAT-G---ATATTATA--CG---ATATTGTATATCGATTAT-GTATGATACGA--------ATATGGTATGATATTGA--GT-TACGAT---------------ATATTATACGA-TATGGT-ATGATA-CAATAT-ATATT--ACAATATGGT-ATGA-TGCG--ATTTA-ACT-GATATTA--TACG---ATAT-GTATTA-----TACGATAT-GAT---GTTG-----------GN-TAT----GATATCGA-TATTATATGATAT----TGGTATTATACGATATG-----GTTATA-TAATG-AT-ATGC-GA-TA-TT--GTA-T-CGATATCATA----T-TATGATC--ACAATATA-----TGCGTGA--TACG-TACGGTAT-ATATAT-GGT-------ATTATACGATA-----CG--GT---ATNTATGGAC--CTTTCGATA----T--TAT-ATACGATA-TGG-----TAAACCGA--------GATATCATACGAT-------N-TGG--GATA-NTATGTG-GTGAC-C-AATAT-TATNATAANAGGTA---ATG------ATTATCATG-TGT----CTG-TATGATT--ATTG-ATGCGCA--------TGAC-GTA-TGATATTAT-A---CG-AT-ATGG--TTACGATACGAATTAT-ACGATATTGTATATGNATNAA----T-----TA-CGGTATGATTA-T-AT-GA-TATGATACGAT---TA--TGGN-TA------TATNCGA--TATG---G-TCTTGAATATCG-TACT-T-ATGT-ATATGATCN-A-AT-TNATA-TGAT---TATNGT-TT--GA-ATGGTT----AT--T-AC--GA-TTAT--GCGATTACGATA---G------TATT-ATA--CNATGAT-------TACGANT--TNGACG---------GTT-ATGATACAATAT-TGTGTTG--ATTATG-GTATTGA-TT--------ACAAT-ATCA-T-ACG-ATATGGTATA-ATA--CGA---TATGGTAATA----AT---ANTGA--TTATA-C-GA-T-TATA--T-ATTATAA-ATTATATTAATANTAA--CATNA--ATTATATATAT--TATCAATGATAT-CAT-C----ATAAATATG-AATGT-TTA-TAATAA--TATAT-TATATCC----ATATTA-T--AT---CCTATA----GTAT-AATAGAT---A-AT--CATAATTATA-TGT-AT-TATAAT--A-TAT-AATAT-AGAT-TTATA-TTATGTACAATTA-TG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-ACTT-G--TGTAAT-ATGA-TA-AAG--TG--TA-AT-GG----AT---GAAAAATCC-TGTGG-G-CTAAAATA-AA-AGC--ATAAAATATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAAAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGA-GCTT--TG-T-TAATC-TTTGATT
Reference ( family-2335 ) : NNNAAATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--CGAGTA-GTTTAAATGCTGG--------GATAT-----GATATGGTATGATATGGTATGATAATTACGGNATTATACAATGTCGN--TACGATATGGTAT----TATATGATTTT-----ATACNTATG-AC-ANTAA-TGGT-ACGATATTATACGGTATGGTATTGATATTNTACGAATATTATACGGNTATATGGNAATCGATACGATATTTCACGCGTACGATTTTACATGATATGGCTNTGATGTCGATAATTATACCTATACGATATGGAATGGCATACGATAGTNAGGGCTTTTCCGGTGGTATGATTATGACTATTATTATGATTGATGGTATATATCGATATATGGTTTTGTAGTAGTGTGATTACAAATATTACTATGAATATTGGTAATTGATGTATACTACTATTATTTACTAGAATTGCTCCATCGCGTATGATATTATACCCAAACATGGGTGGTGAACATGATGTGATATTATACATTATNGGATATGATT---ATGGTAATAA-GGT-ATGGTACG-TATATTATACTGATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGGTATGATACGATATTATACGA-TATGGTATGAT-ATATTAT-ATNA----T--AGTGTATGAT-TAC-GATACGGTAC--GTATTGAGAT---ATG-GTCTGATATAGA--TTNTAATATGAC-GAT-CGATATGG-TAGCT-TGATA-AAT--A-TATTATATAA-CG-ATANGACCGTANTTTA---CGATANCGATGTATT-ATACGATA-A--TCG-TTACATGATATNTTA-TT-TACGAAATGGATATA---ATTCNATATGGT-TTNACGGTGTATGATANTGT-ACGATAT-G-TATT----CGATACGATATAT-TATA--ATATCAGATATNGTATGG-TATGATATT--AT----AATG-TATGGTA-TGATAC-AATATT--ATACCGATA-TGGTATGATGC-ACACGATATACT--ATTAC-A----CAATATGNTATGCGAT--ATTTGGTATGT--AAT-CGAT--AT--GNTTCGATA-AT---GA--TATT----ACNCGGATATGNTAT----GGTATGATTA-GATATTAT--ACGATATG-TAT-TGATTTAGATA-TTATACCGATAT-GGT-TGATACGA-TA-TAGGTGATGATACGATA--GTCGATATGATACATAATA--TAT-GGTATGATA-CGATGTTATA-TGATAATG----GTAT-G---ATATTATA--CG---ATATTGTATATCGATTAT-GTATGATACGA--------ATATGGTATGATATTGA--GT-TACGAT---------------ATATTATACGA-TATGGT-ATGATA-CGATAT-ATATT--ACGATATAGT-ATGA-TGCG--ATTTA-ACT-GATATTA--TACG---ATAT-GTATTA-----TACGATAT-GAT---GTTG-----------GN-TAT----GATATCGA-TATTATATGATAT----TGATATTATACGATATG-----GTTATG-TAATG-AT-ATGC-GA-TA-TT--ATA-T-CGATATCATA----T-TGTGATC--ACAATATA-----TGCGTGA--TACG-TACGGTAT-ATATAT-GGT-------ATTATACGATA-----CG--GT---ATNTATGGAC--CTTTCGATA----T--TAT-ATACGATA-TGG-----TAAACCGA--------GATATCATACGAT-------N-TGG--GATACGTATGTG-GTGNTAC-AATAT-TATNATAANAGGTA---ATG------ATTATCATG-TGT----CTG-TATGATT--ATTG-ATGCGCA--------TGAC-GTA-TGATATTAT-A---CG-AT-ATGG--TTACGATACGAATTAT-ACGATATTGTATATGNATNAA----T-----TA-CGGTATGATTA-T-AT-GA-TATGATACGAT---TA--TGGN-TA------TATNCGA--TATG---G-TCTTGAATATCG-TACT-T-ATGT-ATATGATCN-A-AT-TNATA-TGAT---TATNGT-TT--GA-ATGGTT----AT--T-AC--GA-TTAT--GCGATTACGATA---G------TATT-ATA--CNATGAT-------TACGANT--TNGACG---------GTT-ATGATACAATAT-TGTGTTG--ATTATG-GTATTGA-TT--------ACAAT-ATCA-T-ACG-ATATGGTATA-ATA--CGA---TATGGTAATA----AT---ANTGA--TTATA-C-GA-T-TATA--T-ATTATAA-ATTATATTAATANTAA--CATNA--ATTATATATAT--TATCAATGATAT-CAT-C----ATAAATATG-AATGT-TTA-TAATAA--TATAT-TATATCC----ATATTA-T--AT---CCTATA----GTAT-AATAGAT---A-AT--CATAATTATA-TGT-AT-TATAAT--A-TAT-AATAT-AGAT-TTATA-TTATGTACAATTA-TG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-ACTT-G--TGTAAT-ATGA-TA-AAG--TG--TA-AT-GG----AT---GAAAAATCC-TGTGG-G-CTAAAATA-AA-AGC--ATAAAATATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAAAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGA-GCTT--TG-T-TAATC-TTTGATT
gi|1 : AAATAGGCA-TATATTGAATTA--TTGCTTGTTCAAC-TTGTTTCATCTAAAAAATACTTATGCATATAACTGAT-TATGCATCTTA-GTGATTTA------AAATGT-AATTT----GACTATGTTTAGATGCTGA--------GA-------------------ATATGATAT---AATTACGAAATTA----ATGTCGGCCTGTGA-ATGGTCT----TATATGATTTT------TATTTATG-ACCATTAAATGATCACGAT-TTATACAGTATGGTATTGATATTTTATGAATATTATACGGATATATGGGAATCGATACCA------ACACGTA-----TTACA-AATATGGCTATGATGTCGATAATTATACCTATACGATAT----TGGCATATGATAGTGAGGGCTTTTCCGGTGGTATGATTATGACTATTATTATGATTGATGGTATATATCGATATATGGTTTTGTAGTAGTGTGATTACAAATATTACTATGAATATTGGTAATTGATGTATACTACTATTATTTACTAGAATTGCTCCATCGCGTATGA----ATACCCAAACATAAGTGGTGAACATGATATGATATTATATATTATTGGATATGATTACAATGGTTATGATGAT-ATGGTATG-TATATTATACTGATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGATATGTTACGATATTATACAATTATGGTATGAT-ATATTATGATAACAATT--AGTGCATGATCTGC-AATATGGTATCGGTATTGAGAT---ATGTATCTGATATAGATGTTCTAATATGAC-GAT-TGATATGG-TAGTT-TGCTA-ACTCGACTCTTATATAAGCG-ATATGACCGTACTTTA---GGATAGTGATGTGTTAATATGATA-ATTTCGTTTAGATGACATATTATTT-TATGAAATGAATATAGAGATTCCATATGGT-TTTATGATGTATTTTCTTATGACTATAT-G-TATT----GAATATGACGTAT-TCTA--AAATCAAATATTGTATAGCTATGATATT--AT----AACGATATGGTATTGATAT-AGTATTTAATACAAATA-TGGTATGATGC-ACACGATACACTTAATTAC-ATTCTCAAT-TACTATACGA---ATTTGGTATGTTAGATATGATTAAT--GGTTCGATAGAT---GAATTATT----ACTCGGATA----AT----GGTGTGTATA-GAAATTAG--A-AATA-G-AATATGATTTTG--A-TTAAACCAATTTAGG---GAGCCCA-TA-TAAGGGACGATACA--A--GTCAAGA-GATACAT-ATA---A-----AAGAGA-AAATGTTATA-TGATATTG----GTGT-G---ATATTAT---CGTTAATATT-TATATCG-TTAT-GTATGATACGA--------ATATGGTAGGATATTGAAGGTGTATGGT---------------GTATGATAC-A-TATGGT-ATGATA-CGATAT-GTATTAGACAATATGAT--TGAGTGTG--ATTTA-ACTCGATATTAGTTATG---ATAT-GT-TTACTTACTACGA-AT-GATGGCGTTG-----------GT-TGT----GATATTGA-TATTATATGATAT----TGATA-TATCCAATATG-----GCTATGATAACG-AT-ATGC-GAGTA-TT--GTA-TACAA-ATCATG----T-T-T-ATCA-ACCACATACTGCGTGCGTGAAGTACACTGCGG-ATCAAATAT-GGT-------ATTATAC-ATA-----TGAAAT---ATTTATGGACA-CCTTCGATA----T--TAT-AT-TGATA-TGG-----TAAACCGA--------GATTTTATACGATCCTTATCT-TAG--GTT--TTAGGTGAGTGACTCAAATATCTCTTTTAAAA-GTA---ATGAGAATCATTATTATGTTGT----CTGTTATGATT--ATTG-GTGCATG--------TGATGGTA-TGATCTGAC-----CG-AT-ATGG--TTATGATACAAATTAT-ACGATCTTGTATATGTATGGA----T-----TA-CAGTAT-ATTA-T-ATAGA-TATGATACGAT---TA--TGGG-TA------TATCGGACTTATG---GTTCTTGAATATCA-TACTCC-ATGT-ATATG-----A-AC-TCATAGTGAG---TATCGT-TT-----ATGGAA----AT--T-AC--TAGTCAT---CGATTACGAT-----------TATT-ATT--CTATGAT-------TACAACTTGTGGATG---------GTT-ATGATACAATAT-TGTATTG--ATTATGAGTATTGACTC--------ACAAT-ATCA-TAACGAATATGGTATA-ATA--CGA----ATAGTAAGACCGGATATAATTGACTTCATA-CTGAGT-TATA--T-A-TATAATATTATATTAATAATAATTCATAA--ATTATATATAT--TATCACTGATAT-TATACCTTGATAAATATGCAATGTGTTAGTAATAA--TATAT-TATAT-C----ATATTAGT--AT---CCTATA----TTATAAATAGAT---A-ATTGCATAATTATAGTGT-AT-TATAAT--ACTATAAATAT-AGAT-TTATA-TTATGTACAGTTA-TG---A----T-A-TTTTGTTC----GTCACTT-GCTCGTAAT-ATGACTA-AAGGTTG--TA-ATGGG----ATTTCGAAAAATCCATGTGGAG-TTAAAATACAA-AGCG-ATAAAATATAA--TA-A-TGGTGCCACTAGTGAAAAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGAGGCTTTGTG-T-TAATC-GTT-ATT
gi|10 : ttt-TGTATC-----ATATTA-T--AT---CATATACAATGTAC-AATAGAA---A-AT--C-TTATTATA-TAC-ATGTAT-------CAT-AATG-------TTATA-TTATGCACAA-TA-TA---AATTGTGA-TTTTTTTATGTTGT-AC---G--TGTAAC-ATAA-TA-AAG--TG--TA-CT-GG----AT---G-AAAATCT-TGTttttacc
gi|11 : taTATA-TCATATACAAT-A-TG---A----TAAATTCTTTTA----GT---TT-G--TGTAAT-A-GA-GA-AAG--TG-----GT-GGTAACAT---GAAAATTCC-TGTGG-G-CTAAAACA-AA-A------------T----TA-A-TACTGCCA-TA---AAAGGGT-GTTGTC---CATGGTC--GAGG-TG-----T--TG-T----CC-TTTGA
gi|12 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTGTTT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|13 : ATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|14 : ATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAA
gi|15 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-A-GT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|16 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA---AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|17 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG--T--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|18 : AAATAGGCAATAT-TTGAGTCA--TTGCTTGTTCAATCTT---TCATC-----AA-ACTTA-G-A--TAA--GAA-T--GCGTCTTG---------TGATTTAAATGT-ATTT-----GAGTA-GTTTAGATGCTG
gi|19 : cG--TA-AT-GG----AT---GAAAA-TCC-TGTGA-G-CTAAAGTA-AA--GC--ATAAA-TATAA--TA-A-TTATGCCA-TA-T-AAA-GGT-GTAGCC---C--CGTC--AAGG-TGA-GATC--TG---TAATC-
gi|2 : GTCTGGTATGATATAAT-TTATAC-A-TAGTGCGTGATGATATTA----GA----T--A-TGTGACAT-TACAGATAC----C--ATATTAAGATCGAATG-GT--GATATA----TTATGATA--AT-AATACGATATGG-TA----TGATACAAT--A-TATTAAACAT-CGGATAAG--CG--ATTTATATCTATAACAATGTATT-ATA-GAT-----TGG-TTGCATAATATCTCA-T---ATGGAATGG-TATA---AGTCGATATG-T-TTGA----GTAAGACAAT-T-ATTATATAG-AATT----GGAT--GATACATATATACCATATGAGATACAATATGG-TATGATA----------AAT--TATGGTA-TGATAT-AACA----ATACC--TA-TGGTATGA----ACAAG-TATA-T--CTTGG-A-----AATATATTAT---AT--AT--GGTATAT--AA--CGAT--ATTTGTTTTGAT---T---AA--TGTT----AC--GGATATATTATCAATAGTATGAT----ATATTATGTAC-ATATGGTAT-GAA---AGATAGTTAT---GATAT-GGTCTGATACGAATA-TA--TGATGGTATGACA--A-CGATAT-ATACATAATG------GGTCTGATA-TGATGTTATACTGATAATG----ATAC-----ATATTATA--TG---AAATTA---ATTGA--AT-AAATGGTA------------TATT-TATGAT-TTGA--AT----GAT---------------ATAT---AC-A-TATGGT-A-GATATCAATAT-A-ATC--ACAAT-TAGTTATGA-TGCG--ATT---ACT--ATACTA--TACG---ATAT-GTA--A-----TATGAT-----T---GGTA-----------GA-TATAAAGGATATCC--TATTATAT-ATAT----GGGTAT-ATTGAATATGTGTACGTTAT--TAATG-ATCATG--GA-TAATTCAATAGT-CAATATCATA----T-GGTGA----ACAATATA-----TACAT-A--CGCG-TATGATACGATATGT-GGT-------ATTATACAATAGAATATG--GT---ATATACGAAT--TATATGATAATGAT--TAT-A-GCGATAATGGGTGAATAAACCGATATATAGTGATATGATACAAT-------ACTGGATGATACATATGTA-G--ATAC-AATAT-TATAACAATAGGTA----TG------ATCA--ATG-TGTAATACAA-TATAATTCTATTG-ATACGCA---------------------ATTAT-C---CATAT-ATG----CA-GATA---ATTATCACGATATGGTA-ATGCATCAA----TATTAATA-CAGAATCA--A-T-AT-G--TATGATATGTT---CA--TGG--TA------TATACGA--CATGTATA-TCTT--ATACGA-TA---T-ATGT-ATATGATAC-A-ATATGATA-TGATCGATATGGT-ATACGATATGGTTGTACAT--TCAC--AC-TTAT-----ATTACGATACTGG------TATT-ATA--CCA-GATGTATTGCTACAAAT-----ACT---------ATT-ATGATACAATAT----G--G--ATGATACATATTG--TT--------G--AT-ATCA---ACG--TATGGTATA-ATA--CAC---TATGGTAATA----GT---A-TGA--T-ATA-C-GA-T--ATAATT-ATTATAA-ATTAT--TAATACTAA--TATCA--AT-ATTTATAT---ATCA-TGA-AT-C---T----ATATATATG-GAT---TTA-TA-TAA---ATAT-TATATCC----ATATTA-T--A----CCTATA----GTAT-AATAGAT---ACAT--CATAAT-ATA-TGT-AT-TATAAT--A-TAT-AATATTAGCT-TTATA-TTATGTAC-ATTATTG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-ATTT-G--TAAAAT-ATCA-TA-AAG--TGTCTA-AT-GG----AT---G-AAAATCC-TGTGG----TAAAATA-TA-AGC--ATAACATATAATTTA-T-TGGTG-CA-TA-T---TAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGA-GC-T--TG-T-AAAT
gi|20 : cattatttgaaaataacgtagatATATGATT---ATGGTAAT-A-GATGATGATACG--ATATTATAC-GTTATGATATGATACAGATATAAGATATGGTATGATAAGATATTATAt
gi|21 : atatgtatGTAATAA-GGC-ATGGTCAG-TATATTATACT-ATATG------TAC-GATAT--
gi|22 : gctggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--TACGATATGGTAT----GATATGATTTT-----ATACATATGTAC-AAT-A-TGGT-ATGATATTATACGATATGATA-TGATATTATACG-ATATTATa
gi|23 : aATAT-GGT-------ATAATACGATA-----TG--GT---ATG-ATATAT--CTTTCGATA----TGATATAATATGAAA-TGG-----TA---TGG--------TATATCATACGAT-------A-TGG--gtta
gi|25 : GC--ATAAA-TATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAA-GGT-GTTGCT---C--CGTC--GAGG-TGA-GCTT--TG---TAATC-TTTGATT
gi|26 : AT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-----------------CT-------------ATATAAATGTATTTGTTAATGAGTA-GTTTAGATGCTGG----------TAT-----GATacc
gi|27 : ATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAA-GAT-GTTGTC---C--CGTC--AAGG-TGA-GCTT--TG-T-
gi|28 : -TAT----GATA-CGA-TCTTATATGACAT-----GATATTATACGATATG-----GT
gi|29 : AGGCA-TAT-TTGAGTTA--TTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-attata
gi|3 : -TATG--ATAACA-ATATGGTATGA-TATGATATT--ATTAGTAGTT-TATGGTA-TGATAC-AATGTT---TATTGATAATGGTA---------ATGATAT-------TAT-A----CGATATGGTAT-------------TA-----AATACGAT--AT--GGTTTGATA-ATTACGA--TATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NGT-TGATACGA-TATTATATGA--ATATG--G--GTAGACACGATATATATCG--AGTCGGTATGATATTGATGTTATA--GA-AGTGTATTGTAT-GAACATATTATAATTG---ATAT----TATTGA-TATGGTATGATTTGT--------A-ATGATATGATATTA------TACGATGATGGTATATATATGATATTATACGACTA-GGTAATGATA-CAATATAATAT----CAATATGG---TGA-TG-A--ATGT----T-GATACTA--TACGTCTATAG-ATAGTA-----GATGATAT-GAT---TTTGGTAATGGATAAGG-TAT----GATA-CGT-TATTATATGATA-----TGGTG-TATACGATATT-----ATTATA-TGGTATAT-ATACTAA-TA-TG--GTA-T--GATATGATACGCGC-TATGAT---ACAA
gi|3 : tgg-TATGATT--ATTA-ATG---A--------T-AT-GTA-GGATATTATTA---CG-AT-ATGG--T------ATGAAT----GCAATATTATA-ATGAATCAA----T------A-TGGTATGATTG-TTAT-GGGTATGATACGATATGTA--TGAA-TACAATATTATACGA--TGTG---G-TATTGA-TATCAATATT-TTATATGATATGATCATA-AT-GTATA-CGAT----ATGGT-TT--GA-ATA-TC----AT--A-GC--AA-TTATANNNNNNNNNNNNN---N------NNNN-NNN--NNNNNNN-------NNNNNNN--NNNNNN---------NNN-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNN--ATTATT-GT-TTGA-TTGTAATGATACAAT-ATCAAT-ACA-ATATGGTATA--TA--CGA---TATGGGTATA----AT---AATGA--TTATAGC-GA-TATATA--TTATTATAA-ATTATATTAATAAT----TATCA--ATTATGTATAT-----CAATGATATTCAT------ATAAATATT-A-TTT-TTA-TA-TAAATTATTT-TATATTTTTAAATATTA-T--AT---C-TATA----TTAT-AATAGAT---A-AT--CATAAT-ATA-TGT-AT-TA--AT--A-AAT-AATAT-AGATGTTATAATTAT-TAC--TTA-TG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-A-TT-G--TGTAATAATGA-TA-AAG--TG--TA-AG-TG----AT---G--AAATCC-TGTGG-GTTTAAAATA-AATAGC--AGTAAATATAA--TATACTGGTGCCA-TA-T-ATAAGGTGGTTG-C---C--CGTCGGGAGGTTGA-GCTT--GA-T-AGATCTTTTGATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgattattaatgatatgtaggatattattacgatatggtatgaatgcaatattataatgaatcaatatggtatgattgttatgggtatgatacgatatgtatgaatacaatattatacgatgtggtattgatatcaatattttatatgatatgatcataatgtatacgatatggtttgaatatcatagcaattatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattgtttgattgtaatgatacaatatcaatacaatatggtatatacgatatgggtataataatgattatagcgatatatattattataaattatattaataattatcaattatgtatatcaatgatattcatataaatattatttttatataaattattttatatttttaaatattatatctatattataatagataatcataatatatgtattaataaataatatagatgttataattattacttatgataatttttttagtattgtgtaataatgataaagtgtaagtgatgaaatcctgtgggtttaaaataaatagcagtaaatataatatactggtgccatatataaggtggttgcccgtcgggaggttgagcttgatagatcttttgat
gi|4 : tggtatgataacaatatggtatgatatgatattattagtagtttatggtatgatacaatgtttattgataatggtaatgatattatacgatatggtattaaatacgatatggtttgataattacgatatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgatacgatattatatgaatatgggtagacacgatatatatcgagtcggtatgatattgatgttatagaagtgtattgtatgaacatattataattgatattattgatatggtatgatttgtaatgatatgatattatacgatgatggtatatatatgatattatacgactaggtaatgatacaatataatatcaatatggtgatgaatgttgatactatacgtctatagatagtagatgatatgattttggtaatggataaggtatgatacgttattatatgatatggtgtatacgatattattatatggtatatatactaatatggtatgatatgatacgcgctatgatacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATTA-----TACAATATCGAT----TTG-----------GCGTAT----GATACCGACTATTATATGATATGGTATGATATTATACGATAAG-----GT-------ATG-AT---GC-AA-TA-TT--ATA-T-TGAT----TA----TGTATGATTCTACAATATT-----TG--TGA--TA----ATGGTCT-ATATATCGATCTCACCAATTATTCTATA-----CA--ATGTCATCCATGGACTGCTTTCCATG----G--TAT-GTACGATC---G-----T----CG-------------TCACTCTAT-------T-TGG--GA-A-GTATGTG-GTGT--C-TATCT-TATGATACGAAATACTTATG------AATATCA----GT----CTG----GGTT--ATTGTATACACAATTCACCTCGAC-GTAATAATATTGT-ATAACG-ATTATGGGGTTAC--TATGA-TTAC-AT--CATTATGTATG-ATGAGCATCT-----TAAC----TGGTTAGT-AT--A-TATG---TGAT---TAGTTAGCCTA------TATCTAA--T----------TTATATATTG-GGCT-T-G----ATATGACCT-ACAT---ATA-TTAT---TATCGTATT--GA--TGGTT----ATGAT-ACCCGA-TTAT--GCG-TTATGATA---GATAAGATATTTATAAACAATATT-------TGCGTTA--TTGACGTACAACATGGTTTATGATACAATGTCTGTGTTCTTATT-TG-CTAT--A-TT--------ACAATTATCA-T-ACA-TTATG-TATAGATAACCGACTTTATGGTAGTA----AT---ACTGA--TTAAA-C-AA-T-TATA--T-AT-ATAA-AT---ACTGATATTA---CATAATCATCATATATATGATATTAATGA-AT-CAT-C----ATAAA-ATG-AATGT-TTA-TAA-AA--T-TATCTATATCA----GTATTA-TTTATTCGCCT-TA----GTATTAATATATGTTA-AT--CATA----TA-TGTCAT-CGTCATTGA-T-T-AATAT-AGAG-TATTA-TTAGTTACCATTA-TGTGAA----TAA-TTTTTTTA----GT-ACTTAG--TATAAT---GA-TCTAAA--TG--TACAT-CG----AT---GATAAATTC-TGTGG-G-CAATACTA-TA-AGCCCATCAAATATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAAGAGT-G-TGCCCCTC--CGTC--ATGG-TGATGCTT--TGATGTAATC-TTTG
gi|5 : ATGATATTGT-ATGACAT---TATA----TGATACGATATG--TATG--ATAT------TTTTATGA-TATTATACTGAAT----AATG----GGTA-TGATACAAATATT--ATA-CAATA-TGGTATGATGCGATAT--TATACT--AATACGA----TAATGGGGTATG-GATTGATTTGGTATG---AAT-TGAT--AT--TATT-GATA-AT---GG--TATT----ATACGAATATGGTTT----GATATGATTACAATATTAT--ATGATATGTTAT-TGATTTAGATA-TTATACCGATAT-GGT-TGATACAA-TA-T-GGTAATGATAGAATATGGTTGATATGATATATAATATTTAT-GGTATGATA-CAATGTTATA-TGAT-ATG----GTAT-G---ATATTATA--CG---ATA-TG-------------GTATTATAC-A--------ATATGGTTTGATAT-----GT-TACA-----------------ATATTATACAA-TATGGT-ATGATA-C---AT-ATGGT--ATGATATATT-ATGA-TACA--A-ATA---T-GGTATGA--TACG---ATATGGTA---------ATGGTAT-GA-----ATG-----------GG-TAT----GATA-AGA-TATTATATGTTA-----TGGTATGATACGATAT----------TA-TAATGAAT-ATGtat
gi|6 : taT-TTGAGTTA--TTGTTTGTTCAAT-TT---TAATC-----AA-CCTTA-G-AT-TAA--AAAAT--GCGTCTTG-TG-----ATCA---AAATGT-ATT-----CGAGTA-GTTTAGATGCTGGTATGATGTGATATTAAACGATATGGTATGATATGGTATGATAATTATGGTATTATACAATAT-GT--TATGATATGATATACGATATATGATTTTNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATACGATT---TGGT--TTGATATGATATTTCATG-ATACGATTTTATATGATATGG-TTTGATGT-GATA-------TTATACGATATGGAATG--ATACGATA-TTA----TT------TGGTATGATgta
gi|7 : ATATTATAC---AATATGG--------TATGATGTGATATTATAC--TATAAGATATGAT----ATG---ATAA-GGT-ATGATACGATATAT------GATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGATATGATACAATATTACACGA-TATGGTA-G---ATATTAT-ATTA----TACAATGTATGA--TAC-GATATGGTAT---TA-TGCGAT---ATG-GTTTG----AAA--TCTTAATATGCCAGCT-TG-T-TGGTTAGCTATGATA-AAT--T-TATTATCT-A-TG-ATAa
gi|8 : ttA--TGT-GGTATGATA-TAATATTATA-CGATA-TG----GTATTG---ATATT-TA--TG---ATATTGTATGAC-ATTAT---ATGATACGATATTATACATATGGTATGATATT-----T-TATGAT---------------AT--TATACGA-TATTGG-ATGATA-CAATAT-A---T--ACAATATGGT-ATGA-TGCGATATTTATACT--ATATTA--CAc
gi|9 : tttagTA---TGATATCA---TATT-ATACGATATA--GTG-TTACATGATATGTTA-TTATACAAAAT-GATATT---ATGCTATATGATATTCACAGTGTA--ATAGGGT-ACAATAT-GCTATTTTTACAATATGATATTG-TATA--ATATTAtt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TAGAATAGAATATTGAATTGATTGTATTAAACCAATTTAGGGTCCATTAGGGCATACAAGTCAAGAGTTCCATATAAA
Unaligned ( gi|30 ): TATACTTAGTATGACCATCGAGGTTCGACATA
Alignments
lowQualScore : 11 111 111111 22222 999999999999999999 4444444444444 2222 33333 2222 444444 222222222 1 1 1 1 222 111 333333333333333333 1 1 1 3333333 2222 11 1 333333333333 2222 222 33333333 11 3333 1 1 11 11 1 11 111 111 555555555555555 22 1 333333333 222 1 1 2222 11111 11 1 3333 2222222222 222222 1 1111 2222 22222 1 11 2222222 1 1 22222 1 222222 1 111 2222222 222222222222 11 11 111 1 222222222222 11 1 1111 22 1111 111 55555555555555555 2222222 11 1 4444444444444444444444444 11 1 11 11 222222222222 2222 11111 1 33333333333333 1 1 11 222 1111111 444444444 444444444 1 111 4444444444444444 44444444444 333333333 1111 5555555555555 2222222222222 11 1 3333333333333 11 1 55555555555555555555555555 11 2222 11111 22222 11 5555555555555 1 11 1 1 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 3333333 1 44444444444444 22 3333333 1111 11 6666666666666666666666 55555555555555555555 1 333 1 1 55555555555555555555555555555 11 11 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1 555555555555555555555555555555555 111 11 3333333333 33333333333 111 222222222222222 333333333333 1 2222 1 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 44444444444444444444444444444444444 1 222 11 11 11 2222 22222222222 11 1 1 1111 1111 1 2222 11 222 1 4444444444 1 111 1 22222222 222222 1111111 1111 1 111 11 1 11111111 1 11111111 1111 111111 1111 111 1 111 11 1 1 1111
lowQualScore : 4 4 1 11 000 3 99999 3 3 3 55 99 444444 4 22222 4 222222222222222222 9999999999999 1 4444 33333 0 7 8888 444444 1 888888888 3 0 0 1 0 1 111 999 2 888888888888888888 5 5 1 5 3333333 3333 77 5 1 333333333333 4444 000 44444444 88 1 0000 2 3 7 0 0 0 33 3 11 6 3 0 33 1 0 3 666 7 999 111111111111111 00 3 444444444 7 333 3 2 7 9999 1 33333 44 7 7 0 4444 4444444444 0 444444 0 1 9999 7 1 1111 22222 55 7 0 33 7777777 0 3 8 0 99999 2 5 888888 3 1 6 0 1 999 2 9 1 3333333 5 333333333333 66 1 00 11 111 44 0 777777777777 33 0 4444 99 3 6666 666 11111111111111111 7 1 7777777 33 0 4444444444444444444444444 33 0 33 99 888 999999999999 3333 77777 0 3 11111111111111 3 0 3 8 0 33 777 4 3 8888888 777777777 55 6 222222222 5 88 4 3 6 3 3 111 6666666666666666 00000000000 3 0 333333333 1 3 0000 4444444444444 0 8 6 8888888888888 3 0 33 0 1111111111111 33 3 88888888888888888888888888 11 1111 66666 2 44444 22 3 3333333333333 0 33 6 3 3 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 2222222 2 11111111111111 88 0 33 1 2222222 5555 33 3333333333333333333333 3 0 0 00000000000000000000 3 555 7 3 1 1 2 77777777777777777777777777777 33 33 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 5 0 1 444444444444444444444444444444444 3 777 33 1111111111 11 66666666666 2 333 777777777777777 111111111111 0 0000 1 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 22222222222222222222222222222222222 2 0 333 99 2 33 33 0000 66666666666 33 7 0 0 4444 4444 66 0 3 44 1 6666 1 33 7 1 999 9 5 2222222222 3 0 3 555 0 11111111 8 888888 8 6666666 5 0 7777 6 444 8 11 0 0 5 8 8 8 77777777 0 8 88 999 6 5 1 6 66666666 1 6 4444 111111 99 999 6 6 99 77 5 5 2222 000 2 1 5 111 6 6 33 1 8 66 5 5 5 777 3 5 0 888 66 66 5 0 0 66 8888 6
lowQualScore : . . . .. ... . ..... . . . .. .. ...... . ..... . .................. ............. . .... ..... . . .... ...... . ......... . . . . . . ... ... . .................. . . . . ....... .... .. . . ............ .... ... ........ .. . .... . . . . . . .. . .. . . . .. . . . ... . ... ............... .. . ......... . ... . . . .... . ..... .. . . . .... .......... . ...... . . .... . . .... ..... .. . . .. ....... . . . . ..... . . ...... . . . . . ... . . . ....... . ............ .. . .. .. ... .. . ............ .. . .... .. . .... ... ................. . . ....... .. . ......................... .. . .. .. ... ............ .... ..... . . .............. . . . . . .. ... . . ....... ......... .. . ......... . .. . . . . . ... ................ ........... . . ......... . . .... ............. . . . ............. . . .. . ............. .. . .......................... .. .... ..... . ..... .. . ............. . .. . . . ................................................................ . ....... . .............. .. . .. . ....... .... .. ...................... . . . .................... . ... . . . . . ............................. .. .. . ................................................................ . . . . ................................. . ... .. .......... .. ........... . ... ............... ............ . .... . . ........................................................................................................ . ................................... . . ... .. . .. .. .... ........... .. . . . .... .... .. . . .. . .... . .. . . ... . . .......... . . . ... . ........ . ...... . ....... . . .... . ... . .. . . . . . . ........ . . .. ... . . . . ........ . . .... ...... .. ... . . .. .. . . .... ... . . . ... . . .. . . .. . . . ... . . . ... .. .. . . . .. .... .
lowQualScore : 4 0 4 22 000 6 11111 6 6 6 55 55 000000 0 88888 0 777777777777777777 5555555555555 0 0000 55555 7 3 3333 000000 0 333333333 3 7 7 0 7 0 555 555 5 555555555555555555 5 0 0 0 0000000 5555 55 0 0 000000000000 5555 555 55555555 55 0 7777 5 5 0 0 0 2 22 2 88 5 0 0 88 2 2 2 333 3 777 333333333333333 77 3 777777777 3 333 3 0 3 3333 0 33333 00 3 3 0 5555 0000000000 8 888888 0 0 7777 3 0 8888 22222 22 0 0 88 5555555 0 2 8 8 55555 5 5 888888 5 0 5 0 0 000 5 0 0 4444444 4 000000000000 44 2 88 00 222 00 0 000000000000 22 0 0000 55 2 0000 888 55555555555555555 0 0 0000000 22 0 0000000000000000000000000 22 0 88 55 000 222222222222 5555 88888 0 2 22222222222222 2 0 2 8 0 22 000 2 2 8888888 000000000 88 5 555555555 2 33 2 2 7 2 2 777 8888888888888888 66666666666 2 8 444444444 4 8 2222 2222222222222 8 0 8 2222222222222 2 2 22 0 2222222222222 88 3 22222222222222222222222222 00 2222 88888 5 55555 55 5 0000000000000 0 22 7 3 3 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 5555555 8 22222222222222 00 2 88 2 0000000 0000 22 8888888888888888888888 5 2 2 99999999999999999999 3 777 3 3 0 0 0 00000000000000000000000000000 22 88 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 5 8 0 888888888888888888888888888888888 2 555 88 5555555555 22 55555555555 5 222 555555555555555 555555555555 0 8888 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 88888888888888888888888888888888888 5 0 222 88 5 22 88 8888 22222222222 88 0 0 0 2222 8888 55 0 2 00 0 2222 0 88 0 2 222 2 5 0000000000 2 0 2 888 0 00000000 0 444444 0 8888888 0 8 0000 0 000 0 00 8 8 4 0 0 0 66666666 8 0 88 222 7 2 3 7 88888888 7 7 2222 888888 22 000 7 7 22 99 7 7 1111 000 0 7 7 777 7 7 66 6 4 99 0 0 0 111 1 0 2 888 99 99 0 0 1 99 7777 7
consensus : NNNAAATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT---TTTCATC-AA-----ACTTA-G-AT-TAA--GAT--TGCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--CGAGTA-GTTTAAATGCTGG--------GATAT-----GATATGGTATGATATGGTATGATAATTACGGNATTATACAATGTCGGCCTACGATATGGTAT----TATATGATTTT-----ATACNTATG-A-CANT-AATGGT-ACGATATTATACGGTATGGTATTGATATTNTACGAATATTATACGGNTATATGGNAATCGATACGATATTTCACGCGTACGATTTTACATGATATGGCTNTGATGTCGATAATTATACCTATACGATATGGAATGGCATACGATAGTNAGGGCTTTTCCGGTGGTATGATTATGACTATTATTATGATTGATGGTATATATCGATATATGGTTTTGTAGTAGTGTGATTACAAATATTACTATGAATATTGGTAATTGATGTATACTACTATTATTTACTAGAATTGCTCCATCGCGTATGATATTATACCCAAACATGGGTGGTGAACATGATGTGATATTATACATTATNGGATATGATT---ATGGTAATAA-GGT-ATGGTACG-TATATTATACTGATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGGTATGATACGATATTATACGA-TATGGTATGAT-ATATTAT-ATNA----T--AGTGTATGAT-TAC-GATACGGTAC--GTATTGAGAT---ATG-GTCTGATATAGA--TTNTAATATGAC-GAT-CGATATGG-TAGCT-TGATA-A--AT--A-TATTAT-ATAA-CG-ATATGACC-GTANTTTA---CGATAN----CGATGTATT-ATACGATA-A--TNG-TTACATGATATNTTA-TT-TACGAAATGGATAT--A---ATNCNATATGGT-TTNATAATGTACGATATT----GT-ACGATAT-G-TATT----CGATACGATATNT-TATA--ATATNAGATATTNTATGG-TATGATACT--ATAATG-TATGGTA-TGATACAA-TATT--ATACGAATATGGTATGATGC-ACACGATATACT--ATT-AN-A----CAATATGNTATN-GAT--ATT-TGGTA-TGT--A--ATATGA-T--AT--GNTTCGATA-AT-GA--TATTACTCGGATATGGTAT----GGT-----ATGATTA-GATATTAT--ACGAT-ATGGT-AT-TGATTTA-GATA-TTATACCGA-TAT-GGT--TGATACGATATANGTGACGATACGACA--GTCGATATGATACAT-AATG--T-TGGTATGATACGATGTTATA-TGATA-TGGTAT-GATATTATACG---ATATTG-TATATCGATTATGTATGATACGA--------ATATGGTATGATATTGA--GT-TACGATAT-ATTATACG------------ATATGGTATGATA-CGATA-----TATGNT--ACAATATGGT-ATGA-TGCG--ATTTA-ACT-GATATTA--TACGATAT-GTATTA-----TACGATAT-GAT---GNTGGN-TAT----GATATCGA-TATTATATGATAT----TGGTATTATNCGATATG-----GTTAT-ATAATG-AT-ATGCGA-TA-TT--ATA-T-CGATATCATA-T-TAT-GACC--ACA-A-TATNTGCGTGA--TACG-TACGGTAT-ATATAT-GGT-------ATTATACGATA-----CG--GT---ATNTATGGAC--CTTTCGATA----T--TAT-ATACGATA-TGG-----TAAACCGA--------GATATCATACGAT-------N-TGG--GATAN-TATGTG-GTGACT--AATAT-TATNATAANAGGTA---ATG------ATTATCATG-TGT----CTG-TATGATT--ATTG-ATGCGCA--------TGAC-GTA-TGATATTAT-A---CG-AT-ATGG--TTACGATACGAATTAT-ACGATATTGTATATGNATNAA----T-----TA-CGGTATGATTA-T-AT-GA-TATGATACGAT---TA--TGGN-TA------TATNCGA--TATG---G-TCTTGAATATCG-TACT-T-ATGT-ATATGATCN-A-AT-TNATA-TGAT---TATNGT-TT--GA-ATGGTT----AT--T-AC--GA-TTAT--GCGATTACGATA---G------TATT-ATA--CNATGAT-------TACGANT--TNGACG---------GTT-ATGATACAATAT-TGTGTTG--ATTATG-GTATTGA-TT--------ACAAT-ATCA-T-ACG-ATATGGTATA-ATA--CGA---TATGGTAATA----AT---ANTGA--TTATA-C-GA-T-TATA--T-ATTATAA-ATTATATTAATANTAA--CATNA--ATTATATATAT--TATCAATGATAT-CAT-C----ATAAATATG-AATGT-TTA-TAATAA--TATAT-TATATCC----ATATTA-T--AT---CCTATA----GTAT-AATAGAT---A-AT--CATAATTATA-TGT-AT-TATAAT--A-TAT-AATAT-AGAT-TTATA-TTATGTACAATTA-TG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-ACTT-G--TGTAAT-ATGA-TA-AAG--TG--TA-AT-GG----AT---GAAAAATCC-TGTGG-G-CTAAAATA-AA-AGC--ATAAAATATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAAAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGA-GCTT--TG-T-TAATC-TTTGATT
Reference ( family-2335 ) : NNNAAATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT---TTTCATC-AA-----ACTTA-G-AT-TAA--GAT--TGCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--CGAGTA-GTTTAAATGCTGG--------GATAT-----GATATGGTATGATATGGTATGATAATTACGGNATTATACAATGTCG--NTACGATATGGTAT----TATATGATTTT-----ATACNTATG-A-CANT-AATGGT-ACGATATTATACGGTATGGTATTGATATTNTACGAATATTATACGGNTATATGGNAATCGATACGATATTTCACGCGTACGATTTTACATGATATGGCTNTGATGTCGATAATTATACCTATACGATATGGAATGGCATACGATAGTNAGGGCTTTTCCGGTGGTATGATTATGACTATTATTATGATTGATGGTATATATCGATATATGGTTTTGTAGTAGTGTGATTACAAATATTACTATGAATATTGGTAATTGATGTATACTACTATTATTTACTAGAATTGCTCCATCGCGTATGATATTATACCCAAACATGGGTGGTGAACATGATGTGATATTATACATTATNGGATATGATT---ATGGTAATAA-GGT-ATGGTACG-TATATTATACTGATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGGTATGATACGATATTATACGA-TATGGTATGAT-ATATTAT-ATNA----T--AGTGTATGAT-TAC-GATACGGTAC--GTATTGAGAT---ATG-GTCTGATATAGA--TTNTAATATGAC-GAT-CGATATGG-TAGCT-TGATA-A--AT--A-TATTAT-ATAA-CG-ATANGACC-GTANTTTA---CGATAN----CGATGTATT-ATACGATA-A--TCG-TTACATGATATNTTA-TT-TACGAAATGGATAT--A---ATTCNATATGGT-TTNACGGTGTATGATANT----GT-ACGATAT-G-TATT----CGATACGATATAT-TATA--ATATCAGATATNGTATGG-TATGATATT--ATAATG-TATGGTA-TGATACAA-TATT--ATACCGATATGGTATGATGC-ACATGATATACT--ATT-AC-A----CAATATGNTATG-GAT--ATT-TGGTA-TGT--A--ATACGA-T--AT--GGTTCGATA-AT-GA--TATTACNCGGATATGNTAT----GGT-----ATGATTA-GATATTAT--ACGAT-ATG-T-AT-TGATTTA-GATA-TTATACCGA-TAT-GGT--TGATACGATATANGTGACGATACGACA--GTCGATATGATACAT-AACG--TGTGGTATGATACGATGTTATA-TGATAATGGTAT-GATATTATACG---ATATTG-TATATCGATTATGTATGATACGA--------ATATGGTATGATATTGA--GT-TACGATAT-ATTATACG------------ATATGGTATGATA-CAATA-----TATATT--ACAATATGGT-ATGA-TGCG--ATTTA-ACT-GATATTA--TACGATAT-GTATTA-----TACGATAT-GAT---GTTGGN-TAT----GATATCGA-TATTATATGATAT----TGGTATTATACGATATG-----GTTAT-ATAATG-AT-ATGCGA-TA-TT--GTA-T-CGATATCATA-T-TAT-GATC--ACA-A-TATATGCGTGA--TACG-TACGGTAT-ATATAT-GGT-------ATTATACGATA-----CG--GT---ATNTATGGAC--CTTTCGATA----T--TAT-ATACGATA-TGG-----TAAACCGA--------GATATCATACGAT-------N-TGG--GATAN-TATGTG-GTGACC--AATAT-TATNATAANAGGTA---ATG------ATTATCATG-TGT----CTG-TATGATT--ATTG-ATGCGCA--------TGAC-GTA-TGATATTAT-A---CG-AT-ATGG--TTACGATACGAATTAT-ACGATATTGTATATGNATNAA----T-----TA-CGGTATGATTA-T-AT-GA-TATGATACGAT---TA--TGGN-TA------TATNCGA--TATG---G-TCTTGAATATCG-TACT-T-ATGT-ATATGATCN-A-AT-TNATA-TGAT---TATNGT-TT--GA-ATGGTT----AT--T-AC--GA-TTAT--GCGATTACGATA---G------TATT-ATA--CNATGAT-------TACGANT--TNGACG---------GTT-ATGATACAATAT-TGTGTTG--ATTATG-GTATTGA-TT--------ACAAT-ATCA-T-ACG-ATATGGTATA-ATA--CGA---TATGGTAATA----AT---ANTGA--TTATA-C-GA-T-TATA--T-ATTATAA-ATTATATTAATANTAA--CATNA--ATTATATATAT--TATCAATGATAT-CAT-C----ATAAATATG-AATGT-TTA-TAATAA--TATAT-TATATCC----ATATTA-T--AT---CCTATA----GTAT-AATAGAT---A-AT--CATAATTATA-TGT-AT-TATAAT--A-TAT-AATAT-AGAT-TTATA-TTATGTACAATTA-TG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-ACTT-G--TGTAAT-ATGA-TA-AAG--TG--TA-AT-GG----AT---GAAAAATCC-TGTGG-G-CTAAAATA-AA-AGC--ATAAAATATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAAAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGA-GCTT--TG-T-TAATC-TTTGATT
gi|1 : AAATAGGCA-TATATTGAATTA--TTGCTTGTTCAACTTGTTTCATCTAAAAAATACTTATGCATATAACTGATTATGCATCTTA-GTGATTTA------AAATGT-AATTT----GACTATGTTTAGATGCTGA--------GA---------ATATGAT-------------ATAATTACGAAATT----AATGTCGGCCTGTGA-ATGGTCT----TATATGATTTT------TATTTATG-ACCATTAAATGATCACGAT-TTATACAGTATGGTATTGATATTTTATGAATATTATACGGATATATGGGAATCGATACCA------ACACGTA-----TTACA-AATATGGCTATGATGTCGATAATTATACCTATACGATAT----TGGCATATGATAGTGAGGGCTTTTCCGGTGGTATGATTATGACTATTATTATGATTGATGGTATATATCGATATATGGTTTTGTAGTAGTGTGATTACAAATATTACTATGAATATTGGTAATTGATGTATACTACTATTATTTACTAGAATTGCTCCATCGCGTATGA----ATACCCAAACATAAGTGGTGAACATGATATGATATTATATATTATTGGATATGATTACAATGGTTATGATGAT-ATGGTATG-TATATTATACTGATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGATATGTTACGATATTATACAATTATGGTATGAT-ATATTATGATAACAATT--AGTGCATGATCTGC-AATATGGTATCGGTATTGAGAT---ATGTATCTGATATAGATGTTCTAATATGAC-GAT-TGATATGG-TAGTT-TGCTA-A--CTCGACTCTTAT-ATAAGCG-ATATGACC-GTACTTTA---GGATAG----TGATGTGTTAATATGATA-ATTTCGTTTAGATGACATATTATTT-TATGAAATGAATAT--AGAGATTCCATATGGT-TTTATGATGTATTTTCTT----ATGACTATAT-G-TATT----GAATATGACGTAT-TCTA--AAATCAAATATTGTATAGCTATGATATT--ATAACGATATGGTATTGATATAG-TATTTAATACAAATATGGTATGATGC-ACACGATACACTTAATT-AC-ATTCTCAAT-TACTATACGA---ATT-TGGTA-TGTTAG--ATATGA-TTAAT--GGTTCGATAGAT-GAATTATTACTCGGATA----AT----GGT-----GTGTATA-GAAATTAG--A-AAT-A-G-A-ATATGATTTT-G--A-TTAAACCAA-TTTAGG----GAGCCCATATAAGGGACGATACA--A--GTCAAGA-GATACAT-A-------TAA-AAGAGAAAATGTTATA-TGATATTGGTGT-GATATTAT-CGTTAATATT--TATATCG-TTATGTATGATACGA--------ATATGGTAGGATATTGAAGGTGTATGGTGT-ATGATAC-------------ATATGGTATGATA-CGATA-----TGTATTAGACAATATGAT--TGAGTGTG--ATTTA-ACTCGATATTAGTTATGATAT-GT-TTACTTACTACGA-AT-GATGGCGTTGGT-TGT----GATATTGA-TATTATATGATAT----TGATA-TATCCAATATG-----GCTATGATAACG-AT-ATGCGAGTA-TT--GTA-TACAA-ATCATGTT-TATCAACC--ACATACTGCGTGCGTGAAGTACACTGCGG-ATCAAATAT-GGT-------ATTATAC-ATA-----TGAAAT---ATTTATGGACA-CCTTCGATA----T--TAT-AT-TGATA-TGG-----TAAACCGA--------GATTTTATACGATCCTTATCT-TAG--G-TTT-TAGGTGAGTGACTCAAATATCTCTTTTAAAA-GTA---ATGAGAATCATTATTATGTTGT----CTGTTATGATT--ATTG-GTGCATG--------TGATGGTA-TGATCTGAC-----CG-AT-ATGG--TTATGATACAAATTAT-ACGATCTTGTATATGTATGGA----T-----TA-CAGTAT-ATTA-T-ATAGA-TATGATACGAT---TA--TGGG-TA------TATCGGACTTATG---GTTCTTGAATATCA-TACTCC-ATGT-ATATG-----A-AC-TCATAGTGAG---TATCGT-TT-----ATGGAA----AT--T-AC--TAGTCAT---CGATTACGAT-----------TATT-ATT--CTATGAT-------TACAACTTGTGGATG---------GTT-ATGATACAATAT-TGTATTG--ATTATGAGTATTGACTC--------ACAAT-ATCA-TAACGAATATGGTATA-ATA--CGA----ATAGTAAGACCGGATATAATTGACTTCATA-CTGAGT-TATA--T-A-TATAATATTATATTAATAATAATTCATAA--ATTATATATAT--TATCACTGATAT-TATACCTTGATAAATATGCAATGTGTTAGTAATAA--TATAT-TATAT-C----ATATTAGT--AT---CCTATA----TTATAAATAGAT---A-ATTGCATAATTATAGTGT-AT-TATAAT--ACTATAAATAT-AGAT-TTATA-TTATGTACAGTTA-TG---A----T-A-TTTTGTTC----GTCACTT-GCTCGTAAT-ATGACTA-AAGGTTG--TA-ATGGG----ATTTCGAAAAATCCATGTGGAG-TTAAAATACAA-AGCG-ATAAAATATAA--TA-A-TGGTGCCACTAGTGAAAAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGAGGCTTTGTG-T-TAATC-GTT-ATT
gi|10 : ttt-TGTATC-----ATATTA-T--AT---CATATACAATGTAC-AATAGAA---A-AT--C-TTATTATA-TAC-ATGTAT-------CAT-AATG-------TTATA-TTATGCACAA-TA-TA---AATTGTGA-TTTTTTTATGTTGT-AC---G--TGTAAC-ATAA-TA-AAG--TG--TA-CT-GG----AT---G-AAAATCT-TGTttttacc
gi|11 : taTATA-TCATATACAAT-A-TG---A----TAAATTCTTTTA----GT---TT-G--TGTAAT-A-GA-GA-AAG--TG-----GT-GGTAACAT---GAAAATTCC-TGTGG-G-CTAAAACA-AA-A------------T----TA-A-TACTGCCA-TA---AAAGGGT-GTTGTC---CATGGTC--GAGG-TG-----T--TG-T----CC-TTTGA
gi|12 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT---TTTCATC-AA-----ACTTA-G-AT-TAA--GAT--TGCGTCTTGTTT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|13 : ATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT---TTTCATC-AA-----ACTTA-G-AT-TAA--GAT--TGCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|14 : ATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT---TTTCATC-AA-----ACTTA-G-AT-TAA--GAT--TGCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAA
gi|15 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT---TTTCATC-AA-----ACTTA-A-GT-TAA--GAT--TGCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|16 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT---TTTCATC-AA-----ACTTA---AT-TAA--GAT--TGCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|17 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT---TTTCATC-AA-----ACTTA-G-AT-TAA--GAT--TGCGTCTTG--T--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|18 : AAATAGGCAATAT-TTGAGTCA--TTGCTTGTTCAATC--TTTCATC-AA-----ACTTA-G-A--TAA--GAA--TGCGTCTTG---------TGATTTAAATGT-ATTT-----GAGTA-GTTTAGATGCTG
gi|19 : cG--TA-AT-GG----AT---GAAAA-TCC-TGTGA-G-CTAAAGTA-AA--GC--ATAAA-TATAA--TA-A-TTATGCCA-TA-T-AAA-GGT-GTAGCC---C--CGTC--AAGG-TGA-GATC--TG---TAATC-
gi|2 : GTCTGGTATGATATAAT-TTATAC-A-TAGTGCGTGATGATATTA----GA----T--A-TGTGACAT-TACAGATAC----C--ATATTAAGATCGAATG-GT--GATATA----TTATGATA--AT-AATACGATATGG-TA----TGATACA--AT--A-TATTAA-ACAT-CGGATAAG--C-G--ATTTATATCTATAA----CAATGTATT-ATA-GAT-----TGG-TTGCATAATATCTCA-T---ATGGAATGG-TAT--A---AGTCGATATG-T-TTGA----GTAAGACAAT-----T-ATTATATAG-AATT----GGAT--GATACATATATACCATATGAGATACAATATGG-TATGATA------AAT--TATGGTA-TGATATAA-CA----ATACC--TATGGTATGA----ACAAG-TATA-T--CTT-GG-A-----AATATATTAT---AT--AT---GGTA-TAT--A--A--CGA-T--ATTTGTTTTGAT---T-AA--TGTTAC--GGATATATTATCAATAGT-----ATGAT----ATATTATGTAC-AT-ATGGT-AT-GAA---A-GATAGTTAT---GA-TAT-GGTC-TGATACGA-ATATATGATGGTATGACA--A-CGATAT-ATACAT-AATG-----GGTCTGATATGATGTTATACTGATAATGATAC--ATATTATATG---AAATTA----ATTGA--ATAAATGGTA------------TATT-TATGAT-TTGA--AT----GATAT-AT---AC-------------ATATGGTA-GATATCAATA-----TA-ATC--ACAAT-TAGTTATGA-TGCG--ATT---ACT--ATACTA--TACGATAT-GTA--A-----TATGAT-----T---GGTAGA-TATAAAGGATATCC--TATTATAT-ATAT----GGGTAT-ATTGAATATGTGTACGTTAT--TAATG-ATCATG-GA-TAATTCAATAGT-CAATATCATA-T-GGT-GA----ACA-A-TATATACAT-A--CGCG-TATGATACGATATGT-GGT-------ATTATACAATAGAATATG--GT---ATATACGAAT--TATATGATAATGAT--TAT-A-GCGATAATGGGTGAATAAACCGATATATAGTGATATGATACAAT-------ACTGGATGATACATATGTA-GATAC---AATAT-TATAACAATAGGTA----TG------ATCA--ATG-TGTAATACAA-TATAATTCTATTG-ATACGCA---------------------ATTAT-C---CATAT-ATG----CA-GATA---ATTATCACGATATGGTA-ATGCATCAA----TATTAATA-CAGAATCA--A-T-AT-G--TATGATATGTT---CA--TGG--TA------TATACGA--CATGTATA-TCTT--ATACGA-TA---T-ATGT-ATATGATAC-A-ATATGATA-TGATCGATATGGT-ATACGATATGGTTGTACAT--TCAC--AC-TTAT-----ATTACGATACTGG------TATT-ATA--CCA-GATGTATTGCTACAAAT-----ACT---------ATT-ATGATACAATAT----G--G--ATGATACATATTG--TT--------G--AT-ATCA---ACG--TATGGTATA-ATA--CAC---TATGGTAATA----GT---A-TGA--T-ATA-C-GA-T--ATAATT-ATTATAA-ATTAT--TAATACTAA--TATCA--AT-ATTTATAT---ATCA-TGA-AT-C---T----ATATATATG-GAT---TTA-TA-TAA---ATAT-TATATCC----ATATTA-T--A----CCTATA----GTAT-AATAGAT---ACAT--CATAAT-ATA-TGT-AT-TATAAT--A-TAT-AATATTAGCT-TTATA-TTATGTAC-ATTATTG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-ATTT-G--TAAAAT-ATCA-TA-AAG--TGTCTA-AT-GG----AT---G-AAAATCC-TGTGG----TAAAATA-TA-AGC--ATAACATATAATTTA-T-TGGTG-CA-TA-T---TAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGA-GC-T--TG-T-AAAT
gi|20 : cattatttgaaaataacgtagatATATGATT---ATGGTAAT-A-GATGATGATACG--ATATTATAC-GTTATGATATGATACAGATATAAGATATGGTATGATAAGATATTATAt
gi|21 : atatgtatGTAATAA-GGC-ATGGTCAG-TATATTATACT-ATATG------TAC-GATAT--
gi|22 : gctggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACGATATGGTAT----GATATGATTTT-----ATACATATGTA-CAAT--ATGGT-ATGATATTATACGATATGATA-TGATATTATACG-ATATTATa
gi|23 : aATAT-GGT-------ATAATACGATA-----TG--GT---ATG-ATATAT--CTTTCGATA----TGATATAATATGAAA-TGG-----TA---TGG--------TATATCATACGAT-------A-TGG--gtta
gi|25 : GC--ATAAA-TATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAA-GGT-GTTGCT---C--CGTC--GAGG-TGA-GCTT--TG---TAATC-TTTGATT
gi|26 : AT---TTTCATC-AA-----ACTTA-G-AT----------------CT-------------ATATAAATGTATTTGTTAATGAGTA-GTTTAGATGCTGG----------TAT-----GATacc
gi|27 : ATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAA-GAT-GTTGTC---C--CGTC--AAGG-TGA-GCTT--TG-T-
gi|28 : TATGATACGATCTTATA-TGACA------T-GATATTATACG---ATATGG-TAT
gi|29 : AGGCA-TAT-TTGAGTTA--TTGCTTGTTCAAT---TTTCATC-AA-----ACTTA-G-AT-tata
gi|3 : TGG-TA----TGATA-ACAAT--A-TGGTATGATA--TG-ATATTATTAGTAGTTTA---TGGTATGATACAATGT-TT-AT-TGATA-A--TGG-T-A-ATGATAT--TA-T---ACGATATGG-TATTAA---ATACGATATGGT-TTGATAAT-TACGATATTTNNNNN-NNNNNNN-N-NNNN----NNNNNNNNNNNNN-NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN--NNNNNN-NNNNGT--TGATACGA-TATT--ATATGAATATGG----GTAG-ACACGATATA-T--ATCGAG-T----CGGTATGATATT-GAT--GTTATAGAAGTGT--ATTGTATGAAC--AT--A-TT--ATA-ATTGA--TATTATT--GATATGGTAT----GATTTGTAATGATAT-GATATTAT--ACGATGATGGT-AT---ATATATGATA-TTATAC-GACTA--GGTAATGATACAATATA-------ATA--------TCAATATGGTG-ATGAATG--T-TGATACTATACG-T-CTATA--GATAGTAG-AT-GATAT-----G---ATTTTGGTA-ATGGATAAGGTATGATACGT---------TATTATATGATATGGT--GTATACGATATTATTATATGGTATATATACTAATATGGTATGATA-TGATACGCGCTATGAT--ACAA
gi|3 : -TATGATT--ATTA-ATG---A--------T-AT-GTA-GGATATTATTA---CG-AT-ATGG--T------ATGAAT----GCAATATTATA-ATGAATCAA----T------A-TGGTATGATTG-TTAT-GGGTATGATACGATATGTA--TGAA-TACAATATTATACGA--TGTG---G-TATTGA-TATCAATATT-TTATATGATATGATCATA-AT-GTATA-CGAT----ATGGT-TT--GA-ATA-TC----AT--A-GC--AA-TTATANNNNNNNNNNNNN---N------NNNN-NNN--NNNNNNN-------NNNNNNN--NNNNNN---------NNN-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNN--ATTATT-GT-TTGA-TTGTAATGATACAAT-ATCAAT-ACA-ATATGGTATA--TA--CGA---TATGGGTATA----AT---AATGA--TTATAGC-GA-TATATA--TTATTATAA-ATTATATTAATAAT----TATCA--ATTATGTATAT-----CAATGATATTCAT------ATAAATATT-A-TTT-TTA-TA-TAAATTATTT-TATATTTTTAAATATTA-T--AT---C-TATA----TTAT-AATAGAT---A-AT--CATAAT-ATA-TGT-AT-TA--AT--A-AAT-AATAT-AGATGTTATAATTAT-TAC--TTA-TG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-A-TT-G--TGTAATAATGA-TA-AAG--TG--TA-AG-TG----AT---G--AAATCC-TGTGG-GTTTAAAATA-AATAGC--AGTAAATATAA--TATACTGGTGCCA-TA-T-ATAAGGTGGTTG-C---C--CGTCGGGAGGTTGA-GCTT--GA-T-AGATCTTTTGATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgattattaatgatatgtaggatattattacgatatggtatgaatgcaatattataatgaatcaatatggtatgattgttatgggtatgatacgatatgtatgaatacaatattatacgatgtggtattgatatcaatattttatatgatatgatcataatgtatacgatatggtttgaatatcatagcaattatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattgtttgattgtaatgatacaatatcaatacaatatggtatatacgatatgggtataataatgattatagcgatatatattattataaattatattaataattatcaattatgtatatcaatgatattcatataaatattatttttatataaattattttatatttttaaatattatatctatattataatagataatcataatatatgtattaataaataatatagatgttataattattacttatgataatttttttagtattgtgtaataatgataaagtgtaagtgatgaaatcctgtgggtttaaaataaatagcagtaaatataatatactggtgccatatataaggtggttgcccgtcgggaggttgagcttgatagatcttttgat
gi|4 : tggtatgataacaatatggtatgatatgatattattagtagtttatggtatgatacaatgtttattgataatggtaatgatattatacgatatggtattaaatacgatatggtttgataattacgatatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgatacgatattatatgaatatgggtagacacgatatatatcgagtcggtatgatattgatgttatagaagtgtattgtatgaacatattataattgatattattgatatggtatgatttgtaatgatatgatattatacgatgatggtatatatatgatattatacgactaggtaatgatacaatataatatcaatatggtgatgaatgttgatactatacgtctatagatagtagatgatatgattttggtaatggataaggtatgatacgttattatatgatatggtgtatacgatattattatatggtatatatactaatatggtatgatatgatacgcgctatgatacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATTA-----TACAATATCGAT----TTGGCGTAT----GATACCGACTATTATATGATATGGTATGATATTATACGATAAG-----GT-------ATG-AT---GCAA-TA-TT--ATA-T-TGAT----TA-TGTAT-GATTCTACA-A-TATTTG--TGA--TA----ATGGTCT-ATATATCGATCTCACCAATTATTCTATA-----CA--ATGTCATCCATGGACTGCTTTCCATG----G--TAT-GTACGATC---G-----T----CG-------------TCACTCTAT-------T-TGG--GA-AG-TATGTG-GTGTCT--A-TCT-TATGATACGAAATACTTATG------AATATCA----GT----CTG----GGTT--ATTGTATACACAATTCACCTCGAC-GTAATAATATTGT-ATAACG-ATTATGGGGTTAC--TATGA-TTAC-AT--CATTATGTATG-ATGAGCATCT-----TAAC----TGGTTAGT-AT--A-TATG---TGAT---TAGTTAGCCTA------TATCTAA--T----------TTATATATTG-GGCT-T-G----ATATGACCT-ACAT---ATA-TTAT---TATCGTATT--GA--TGGTT----ATGAT-ACCCGA-TTAT--GCG-TTATGATA---GATAAGATATTTATAAACAATATT-------TGCGTTA--TTGACGTACAACATGGTTTATGATACAATGTCTGTGTTCTTATT-TG-CTAT--A-TT--------ACAATTATCA-T-ACA-TTATG-TATAGATAACCGACTTTATGGTAGTA----AT---ACTGA--TTAAA-C-AA-T-TATA--T-AT-ATAA-AT---ACTGATATTA---CATAATCATCATATATATGATATTAATGA-AT-CAT-C----ATAAA-ATG-AATGT-TTA-TAA-AA--T-TATCTATATCA----GTATTA-TTTATTCGCCT-TA----GTATTAATATATGTTA-AT--CATA----TA-TGTCAT-CGTCATTGA-T-T-AATAT-AGAG-TATTA-TTAGTTACCATTA-TGTGAA----TAA-TTTTTTTA----GT-ACTTAG--TATAAT---GA-TCTAAA--TG--TACAT-CG----AT---GATAAATTC-TGTGG-G-CAATACTA-TA-AGCCCATCAAATATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAAGAGT-G-TGCCCCTC--CGTC--ATGG-TGATGCTT--TGATGTAATC-TTTG
gi|5 : ATGATATT----GT-ATGACAT---TATA----TGATACGATATGT--ATG--ATAT------TTTTATGA-TATTATACTGAATAATG----GGTA-TGATACAAATATT--ATAC-AATATGGTATGATGCGATAT--TATACT--AAT-ACGA----TAATGGGGTATG-GATTGATT-TGGTA-TG---A--AT-TGA-T--AT--TATT-GATA-AT-GG--TATTATACGAATATGGTTT----GAT-----ATGATTACAATATTAT--ATGAT-ATG-TTAT-TGATTTA-GATA-TTATACCGA-TAT-GGT--TGATACAATAT-GGTAATGATAGAATATGGTTGATATGATATAT-AATATTTATGGTATGATACAATGTTATA-TGAT-ATGGTAT-GATATTATACG---ATA-TG-------------GTATTATAC-A--------ATATGGTTTGATAT-----GT-TACA--AT-ATTATACA------------ATATGGTATGATA-C---A-----TATGGT--ATGATATATT-ATGA-TACA--A-ATA---T-GGTATGA--TACGATATGGTA---------ATGGTAT-GA-----ATGGG-TAT----GATA-AGA-TATTATATGTTA-----TGGTATGATACGATAT----------T-ATAATGAAT-ATGtat
gi|6 : taT-TTGAGTTA--TTGTTTGTTCAAT---TTTAATC-AA-----CCTTA-G-AT-TAA--AAAA-TGCGTCTTG-TG-----ATCA---AAATGT-ATT-----CGAGTA-GTTTAGATGCTGGTATGATGTGATATTAAACGATATGGTATGATATGGTATGATAATTATGGTATTATACAATAT-G--TTATGATATGATATACGATATATGATTTTNNNNNNNNNNNNNN-N-NNNN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATACGATT---TGGT--TTGATATGATATTTCATG-ATACGATTTTATATGATATGG-TTTGATGT-GATA-------TTATACGATATGGAATG--ATACGATA-TTA----TT------TGGTATGATgta
gi|7 : ATATTATAC---AATATGG--------TATGATGTGATATTATAC--TATAAGATATGAT----ATG---ATAA-GGT-ATGATACGATATAT------GATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGATATGATACAATATTACACGA-TATGGTA-G---ATATTAT-ATTA----TACAATGTATGA--TAC-GATATGGTAT---TA-TGCGAT---ATG-GTTTG----AAA--TCTTAATATGCCAGCT-TG-T-TGGTTAGCTATGATA-A--AT--T-TATTAT-CT-A-TG-ATAa
gi|8 : tt--TGTGGTATGATATAATATTATA-CGATA-TGGTATTGATATT-TATG---ATATTG-TATGAC-ATTAT--ATGATACGATATTATACATATGGTATGATATT-----T-TATGATAT---TATACG------------ATATTGGATGATA-CAATA-----TA---T--ACAATATGGT-ATGA-TGCGATATTTATACT--ATATTA--CAc
gi|9 : tttagaTA---TGATAT----CA---TATT-ATACGATATA--GTG-TTACATGATATGTTA-TTATACAAAAT-GATAT--T---ATGCTATATGATATTCACAGTGTA--ATAGG----GT-ACAATAT-GCTATTTTTACAATATGATATTG-TATA--ATATTAtt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TAGAATAGAATATTGAATTGATTGTATTAAACCAATTTAGGGTCCATTAGGGCATACAAGTCAAGAGTTCCATATAAA
Unaligned ( gi|30 ): TATACTTAGTATGACCATCGAGGTTCGACATA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111111 22222 11111111111111111111111111111 222 2222 2222 2222 444444 2222222222 1 1 1 1 222 111 333333333333333333 1 1 1 3333333 2222 11 1 333333333333 2222 222 33333333 11 222 1 1 11 11 1 11 1 1 111 555555555555555 22 1 333333333 222 1111 111111 11 11111 11 1 2222 1 3333 222 111 2222 1 1 3333333 1 22222 222 1 222 11 1 222 22222 11 11 111 1 333333333333 1 2222222 2 1111 222 5555555555555555555555555555555 3333333 22222 1 22 11 11 44444444 2222 333333 1 22 1 22 333333 11 33333333 111 55555555555555555555555555555555 44444444 111 1 1 1 1111111 2222222222222 11 1 555555555555555555555555555 1111 11111 222222 11 333333333333 11 111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2222222 333333 111111 2222222 11111111 11111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 11111 444444444444444444444444 1 222 11 11 11 2222 22222222222 111 1 1 222 222222 1111 2222 11 2222 1 4444444444 1111111 11111 2222 222222 11 1111 1111 111 111 11 11111111 1 11111111 1111 111111 1111 111 1 111 11111 1 1 1111
lowQualScore : 4 4 1 11 3 666 99999 3 3 3 3 55 4 55 444444 4 22222 4 11111111111111111111111111111 111 1 4444 2222 0 7 8888 444444 1 2222222222 3 0 0 1 0 1 111 999 2 888888888888888888 5 5 1 5 3333333 3333 77 5 1 333333333333 4444 000 44444444 88 1 7 333 2 3 7 0 0 0 33 3 11 6 3 0 33 1 0 3 2 3 7 999 111111111111111 00 3 444444444 7 333 9999 555555 88 1 33333 44 7 7 3 2222 3 1111 000 7 2 999 7777 1 88 3 2 8888888 3 1 44444 0 999 333 1 1 6 3 1 000 99 777 0 6 222 77777 77 1 33 33 111 1 3 222222222222 3 0 5555555 8 7777 555 6 1111111111111111111111111111111 7 5555555 77777 1 2 00 88 99 55555555 3333 555555 3 7 00 7 3 00 3 7 88 0 44 222222 44 66666666 0 1 8 88 8 8 0 0 444 0 99999999999999999999999999999999 2 3 44444444 2 7 555 9 3 0 0 9999999 0 8 0 8 5555555555555 11 0 444444444444444444444444444 99 7777 44444 333333 66 11 1 999999999999 8 33 2 111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 8 6666666 000000 1 888888 99 6666666 1 77777777 66666 8 0 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55 33333 888888888888888888888888 0 333 99 2 33 33 0000 66666666666 777 0 0 333 111111 9999 1 6666 1 33 3 1 0000 3 5 2222222222 3 4444444 00000 0000 8 888888 99 4444 5 0 7777 000 444 8 11 222 66 8 8 8 77777777 0 8 88 999 6 5 1 6 66666666 1 6 4444 111111 99 6 6 6 99 77 5 5 2222 000 2 1 5 111 6 00000 5 1 8 66 5 5 5 777 3 5 0 888 66 66 5 0 0 66 8888 6
lowQualScore : . . . .. . ... ..... . . . . .. . .. ...... . ..... . ............................. ... . .... .... . . .... ...... . .......... . . . . . . ... ... . .................. . . . . ....... .... .. . . ............ .... ... ........ .. . . ... . . . . . . .. . .. . . . .. . . . . . . ... ............... .. . ......... . ... .... ...... .. . ..... .. . . . .... . .... ... . . ... .... . .. . . ....... . . ..... . ... ... . . . . . ... .. ... . . ... ..... .. . .. .. ... . . ............ . . ....... . .... ... . ............................... . ....... ..... . . .. .. .. ........ .... ...... . . .. . . .. . . .. . .. ...... .. ........ . . . .. . . . . ... . ................................ . . ........ . . ... . . . . ....... . . . . ............. .. . ........................... .. .... ..... ...... .. .. . ............ . .. . ... ................................................................ . ....... ...... . ...... .. ....... . ........ ..... . . .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... .. ..... ........................ . ... .. . .. .. .... ........... ... . . ... ...... .... . .... . .. . . .... . . .......... . ....... ..... .... . ...... .. .... . . .... ... ... . .. ... .. . . . ........ . . .. ... . . . . ........ . . .... ...... .. . . . .. .. . . .... ... . . . ... . ..... . . . .. . . . ... . . . ... .. .. . . . .. .... .
lowQualScore : 4 0 4 22 6 444 11111 6 6 6 6 55 0 55 000000 0 88888 0 55555555555555555555555555555 000 0 0000 5555 7 3 3333 000000 0 7777777777 3 7 7 0 7 0 555 555 5 555555555555555555 5 0 0 0 0000000 5555 55 0 0 000000000000 5555 555 55555555 55 0 3 333 5 5 0 0 0 2 22 2 88 5 0 0 88 2 2 2 0 3 3 777 333333333333333 77 3 777777777 3 333 7777 333333 33 0 33333 00 3 3 3 7777 3 3333 333 3 5 555 0000 0 00 3 0 0000000 3 0 00000 7 333 333 0 0 7 3 0 333 22 000 0 5 555 88888 55 0 22 88 444 0 3 777777777777 3 7 0000000 7 3333 777 7 0000000000000000000000000000000 3 3333333 77777 0 0 77 33 77 00000000 3333 000000 3 3 77 3 3 77 7 3 33 7 33 000000 00 55555555 8 4 0 88 0 0 8 8 000 8 33333333333333333333333333333333 5 2 55555555 0 0 555 0 2 0 5 8888888 8 0 8 0 2222222222222 00 0 666666666666666666666666666 00 0000 22222 444444 44 00 0 444444444444 0 66 5 000 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0000000 444444 8 000000 66 6666666 0 88888888 00000 0 8 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 88 00000 555555555555555555555555 0 222 88 5 22 88 8888 22222222222 000 0 0 222 222222 5555 0 2222 0 88 2 2 2222 2 5 0000000000 2 8888888 88888 2222 0 444444 00 8888 0 8 0000 000 000 0 00 666 44 0 0 0 66666666 8 0 88 222 7 2 3 7 88888888 7 7 2222 888888 22 7 7 7 22 99 7 7 1111 000 0 7 7 777 7 88888 7 6 4 99 0 0 0 111 1 0 2 888 99 99 0 0 1 99 7777 7
consensus : NNNAAATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--CGAGTA-GTTTAAATGCTGG--------GATAT-----GATATGGTATGATATGGTATGATAATTACGGNATTATACAATGTCGGCCTACGATATGGTAT----TATATGATTTT-----ATACNTATG-AC-ANTAA-TGGT-ACGATATTATACGGTATGGTATTGATATTNTACGAATATTATACGGNTATATGGNAATCGATACGATATTTCACGCGTACGATTTTACATGATATGGCTNTGATGTCGATAATTATACCTATACGATATGGAATGGCATACGATAGTNAGGGCTTTTCCGGTGGTATGATTATGACTATTATTATGATTGATGGTATATATCGATATATGGTTTTGTAGTAGTGTGATTACAAATATTACTATGAATATTGGTAATTGATGTATACTACTATTATTTACTAGAATTGCTCCATCGCGTATGATATTATACCCAAACATGGGTGGTGAACATGATGTGATATTATACATTATNGGATATGATTA---TGGTAATAA-GGT-ATGGTACG-TATATTATACTGATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGGTATGATACGATATTATACGAT-ATGGTATGAT-ATATTAT-ATNA----T--AGTGTATGAT-TAC-GATACGGTAC--GTATTGAGAT---ATG-GTCTGATATAGAT--TNTAATATGAC-GAT-CGATATGG-TAGCT-TGATA-AAT--A-TATTATATAA-CGATATGANCGTANTTTA---CGATANCGATGTATTA-TACGATA-ATT--GTT-ACATGATATNTTATT-T-ACGAAATGGATATA---ATTCNATATGGT-TTNACGGTGTATGATANTGT-ACGATAT-G-TATT----CGATACGATATAT-TATA--ATATNAGATATTNTATGG-TATGATACT--ATAATG-TATGGTAT-GATATAA-TATT--ATAC-AATATGGTATGATGC-ACANG-TATACT--ATTAC-A----CAATGTANTATG-GAT--ATTTGGTATGT--AATACGAT--A--TGNTTCGATA-ATGA--TATTAC-CGGATATG-T----ATGGTATGATTA-GATATTA--TACGATATGGTAT-TGATTTAGATA-TTATACCGATAT-GGT-TGATACGATATANGTGACGATACGACA--GTCGATATGATACATAATGT---TGGTATGATACGATGTTATA-TGAT-AT-GGTAT-GATATTATACG---ATATTGTATATCGATTATGTATGATACGA--------ATATGGTATGATATTGA--GT-TACGATATATTATACGATATGGTATGATA-CGATATATGNTA--CAATATGG-TATGA-TGCG--ATTTA-ACT-GATATTA--TACGATAT-GTATTA-----TACGATAT-GATGN---TGGN-TAT----GATATCGA-TATTATATGATAT----TGGTATTA--TACGATATG-----GTTAT-ATAATG-AT-ATGCGA-T-ATT--ATA-T-CGATATCATAT-T-AT-GA--CCACA-A-TATNTGCGTGA--TACG-TACGGTAT-ATATAT-GGT-------ATTATAC-----GATACGG--T---ATNTATGGAC--CTTTCGAT----AT--TAT-ATGCGAT-ATGGG----TAAAC-CGA--------NATATCATACGAT-C-------TGG---GATA-NT-ATGT------G-GTG-ACT--AATAT-----TATNATAANAGGTA---ATGA------TTATT-ATGT-GT----CTGT-ATGAT--TATTG-ATGCACA--------TGAC-GTA-TGATATTAT-A---CGAT-ATGG--T-TAC-GATACGA-ATTAT-ACGA-----TATTG------TATATGTATCAA----T-----TA-CGGT-ATGATTA-T-AT-GA-TATGATACGAT---TA--TGGA-TA------TATACGA--TATG---G-TCTTGAATATCG-TACT-T-ATGT-ATATGATC--A-AT-TNATA-CGAT---TATCGT-TT--GATATGGT-T----AT--T-A--CGA-TTAT---CGATTACGATA---G-TA------T-TAT--ACNATGATG------TACGANN--TGG-ACG--------G--TTATGATACAATAT-TGTGTTGATTA--TG-GTATTGA-TT--------ACAA-TATCA-T-ACG-ATATGGTATA-ATA--CGA---TATGGTAATA----AT---ANTGA--TTATA-C-GA-T-TATA--T-ATTATAA-ATTATATTAATANTAA--CATNA--ATTATATATAT--TATCAATGATAT-CAT-C----ATAAATATG-AATGT-TTA-TAATAA--TATAT-TATATCC----ATATTA--TAT---CCTATA----GTA-T-AATAGA---TA-AT--CATAATTATA-TGT-AT-TATAAT--A-TAT-AATA-TAGAT-TTATA-TTATGTACAATTA-TG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-ACTT-G--TGTAAT-ATGA-TA-AAG--TG--TA-AT-GG----AT---GAAAAATCC-TGTGG-G-CTAAAATA-AA-AG--C-ATAAAATATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAAAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGA-GCTT--TG-T-TAATC-TTTGATT
Reference ( family-2335 ) : NNNAAATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--CGAGTA-GTTTAAATGCTGG--------GATAT-----GATATGGTATGATATGGTATGATAATTACGGNATTATACAATGTCGGCCTACGATATGGTAT----TATATGATTTT-----ATACNTATG-AC-ANTAA-TGGT-ACGATATTATACGGTATGGTATTGATATTNTACGAATATTATACGGNTATATGGNAATCGATACGATATTTCACGCGTACGATTTTACATGATATGGCTNTGATGTCGATAATTATACCTATACGATATGGAATGGCATACGATAGTNAGGGCTTTTCCGGTGGTATGATTATGACTATTATTATGATTGATGGTATATATCGATATATGGTTTTGTAGTAGTGTGATTACAAATATTACTATGAATATTGGTAATTGATGTATACTACTATTATTTACTAGAATTGCTCCATCGCGTATGATATTATACCCAAACATGGGTGGTGAACATGATGTGATATTATACATTATNGGATATGATTA---TGGTAATAA-GGT-ATGGTACG-TATATTATACTGATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGGTATGATACGATATTATACGAT-ATGGTATGAT-ATATTAT-ATNA----T--AGTGTATGAT-TAC-GATACGGTAC--GTATTGAGAT---ATG-GTCTGATATAGAT--TNTAATATGAC-GAT-CGATATGG-TAGCT-TGATA-AAT--A-TATTATATAA-CGATATGACCGTANTTTA---CGATANCGATGTATTA-TACGATA-ATN--GTT-ACATGATATNTTATT-T-ACGAAATGGATATA---ATNCNATATGGT-TTNATAATGTACGATATTGT-ACGATAT-G-TATT----CGATACGATATNT-TATA--ATATNAGATATTNTATGG-TATGATACT--ATAATG-TATGGTAT-GATACAA-TATT--ATACGAATATGGTATGATGC-ACACGATATACT--ATTAN-A----CAATATGNTATN-GAT--ATTTGGTATGT--AATATGAT--A--TGNTTCGATA-ATGA--TATTACTCGGATATGGT----ATGGTATGATTA-GATATTA--TACGATATGGTAT-TGATTTAGATA-TTATACCGATAT-GGT-TGATACGATATANGTGACGATACGACA--GTCGATATGATACATAATGT---TGGTATGATACGATGTTATA-TGAT-AT-GGTAT-GATATTATACG---ATATTGTATATCGATTATGTATGATACGA--------ATATGGTATGATATTGA--GT-TACGATATATTATACGATATGGTATGATA-CGATATATGNTA--CAATATGG-TATGA-TGCG--ATTTA-ACT-GATATTA--TACGATAT-GTATTA-----TACGATAT-GATGN---TGGN-TAT----GATATCGA-TATTATATGATAT----TGGTATTA--TNCGATATG-----GTTAT-ATAATG-AT-ATGCGA-T-ATT--ATA-T-CGATATCATAT-T-AT-GA--CCACA-A-TATNTGCGTGA--TACG-TACGGTAT-ATATAT-GGT-------ATTATAC-----GATACGG--T---ATNTATGGAC--CTTTCGAT----AT--TAT-ATACGAT-ATGG-----TAAAC-CGA--------GATATCATACGAT-N-------TGG---GATA-NT-ATGT------G-GTG-ACT--AATAT-----TATNATAANAGGTA---ATGA------TTATC-ATGT-GT----CTGT-ATGAT--TATTG-ATGCGCA--------TGAC-GTA-TGATATTAT-A---CGAT-ATGG--T-TAC-GATACGA-ATTAT-ACGA-----TATTG------TATATGNATNAA----T-----TA-CGGT-ATGATTA-T-AT-GA-TATGATACGAT---TA--TGGN-TA------TATNCGA--TATG---G-TCTTGAATATCG-TACT-T-ATGT-ATATGATCN-A-AT-TNATA-TGAT---TATNGT-TT--GA-ATGGT-T----AT--T-A--CGA-TTAT--GCGATTACGATA---G-TA------T-TAT--ACNATGAT-------TACGANT--TNG-ACG--------G--TTATGATACAATAT-TGTGTTGATTA--TG-GTATTGA-TT--------ACAA-TATCA-T-ACG-ATATGGTATA-ATA--CGA---TATGGTAATA----AT---ANTGA--TTATA-C-GA-T-TATA--T-ATTATAA-ATTATATTAATANTAA--CATNA--ATTATATATAT--TATCAATGATAT-CAT-C----ATAAATATG-AATGT-TTA-TAATAA--TATAT-TATATCC----ATATTA--TAT---CCTATA----GTA-T-AATAGA---TA-AT--CATAATTATA-TGT-AT-TATAAT--A-TAT-AATA-TAGAT-TTATA-TTATGTACAATTA-TG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-ACTT-G--TGTAAT-ATGA-TA-AAG--TG--TA-AT-GG----AT---GAAAAATCC-TGTGG-G-CTAAAATA-AA-AG--C-ATAAAATATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAAAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGA-GCTT--TG-T-TAATC-TTTGATT
gi|1 : AAATAGGCA-TATATTGAATTA--TTGCTTGTTCAAC-TTGTTTCATCTAAAAAATACTTATGCATATAACTGAT-TATGCATCTTA-GTGATTTA------AAATGT-AATTT----GACTATGTTTAGATGCTGA--------GA-------------------ATATGATAT---AATTACGAAATTA----ATGTCGGCCTGTGA-ATGGTCT----TATATGATTTT------TATTTATG-ACCATTAAATGATCACGAT-TTATACAGTATGGTATTGATATTTTATGAATATTATACGGATATATGGGAATCGATACCA------ACACGTA-----TTACA-AATATGGCTATGATGTCGATAATTATACCTATACGATAT----TGGCATATGATAGTGAGGGCTTTTCCGGTGGTATGATTATGACTATTATTATGATTGATGGTATATATCGATATATGGTTTTGTAGTAGTGTGATTACAAATATTACTATGAATATTGGTAATTGATGTATACTACTATTATTTACTAGAATTGCTCCATCGCGTATGA----ATACCCAAACATAAGTGGTGAACATGATATGATATTATATATTATTGGATATGATTACAATGGTTATGATGAT-ATGGTATG-TATATTATACTGATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGATATGTTACGATATTATACAATTATGGTATGAT-ATATTATGATAACAATT--AGTGCATGATCTGC-AATATGGTATCGGTATTGAGAT---ATGTATCTGATATAGATGTTCTAATATGAC-GAT-TGATATGG-TAGTT-TGCTA-ACTCGACTCTTATATAAGCGATATGACCGTACTTTA---GGATAGTGATGTGTTAATATGATA-ATTTCGTTTAGATGACATATTATT-TTATGAAATGAATATAGAGATTCCATATGGT-TTTATGATGTATTTTCTTATGACTATAT-G-TATT----GAATATGACGTAT-TCTA--AAATCAAATATTGTATAGCTATGATATT--ATAACGATATGGTATTGATATAG-TATTTAATACAAATATGGTATGATGC-ACACGATACACTTAATTAC-ATTCTCAAT-TACTATACGA---ATTTGGTATGTTAGATATGATTAA--TGGTTCGATAGATGAATTATTACTCGGATA--------ATGGTGTGTATA-GAAATTA-----GAAATAGAATATGATTTTGAT---TAAACCAATTTAGG---GAGCCCATATAAGGGACGATACAA----GTCAAGA-GATACATA-------TAAAA-GAGAAAATGTTATA-TGAT-ATTGGTGT-GATATTAT-CGTTAATATT-TATATCG-TTATGTATGATACGA--------ATATGGTAGGATATTGAAGGTGTATGGTGTATGATAC-ATATGGTATGATA-CGATATGTATTAGACAATATGA-T-TGAGTGTG--ATTTA-ACTCGATATTAGTTATGATAT-GT-TTACTTACTACGA-AT-GATGGCGTTGGT-TGT----GATATTGA-TATTATATGATAT----TGATAT-A--TCCAATATG-----GCTATGATAACG-AT-ATGCGAGT-ATT--GTA-TACAA-ATCATGT-TTATCAA--CCACATACTGCGTGCGTGAAGTACACTGCGG-ATCAAATAT-GGT-------ATTATAC------ATATGAAAT---ATTTATGGACA-CCTTCGAT----AT--TAT-AT-TGAT-ATGG-----TAAAC-CGA--------GATTTTATACGAT-CCTTATCTTAG---GTT--TT-AGGT------GAGTG-ACTCAAATATC----TCTTTTAAAAG-TA---ATGAGAATCATTATT-ATGTTGT----CTGTTATGAT--TATTG-GTGCATG--------TGATGGTA-TGATCTGAC-----CGAT-ATGG--T-TAT-GATACAA-ATTAT-ACGA-----TCTTG------TATATGTATGGA----T-----TA-CAGT-AT-ATTA-T-ATAGA-TATGATACGAT---TA--TGGG-TA------TATCGGACTTATG---GTTCTTGAATATCA-TACTCC-ATGT-ATATG-----A-AC-TCATAGTGAG---TATCGT-TT-----ATGGA-A----AT--T-A--CTAGTCAT---CGATTACGAT------TA------T-TAT--TCTATGAT-------TACAACTTGTGG-ATG--------G--TTATGATACAATAT-TGTATTGATTA--TGAGTATTGACTC--------ACAA-TATCA-TAACGAATATGGTATA-ATA--CGA----ATAGTAAGACCGGATATAATTGACTTCATA-CTGAGT-TATA--T-A-TATAATATTATATTAATAATAATTCATAA--ATTATATATAT--TATCACTGATAT-TATACCTTGATAAATATGCAATGTGTTAGTAATAA--TATAT-TATAT-C----ATATTAG-TAT---CCTATA----TTA-TAAATAGA---TA-ATTGCATAATTATAGTGT-AT-TATAAT--ACTATAAATA-TAGAT-TTATA-TTATGTACAGTTA-TG---A----T-A-TTTTGTTC----GTCACTT-GCTCGTAAT-ATGACTA-AAGGTTG--TA-ATGGG----ATTTCGAAAAATCCATGTGGAG-TTAAAATACAA-AG--CGATAAAATATAA--TA-A-TGGTGCCACTAGTGAAAAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGAGGCTTTGTG-T-TAATC-GTT-ATT
gi|10 : ttt-TGTATC-----ATATTA--TAT---CATATACAATGTA-C-AATAGA---AA-AT--C-TTATTATA-TAC-ATGTAT-------CAT-AATG-------TTATA-TTATGCACAA-TA-TA---AATTGTGA-TTTTTTTATGTTGT-AC---G--TGTAAC-ATAA-TA-AAG--TG--TA-CT-GG----AT---G-AAAATCT-TGTttttacc
gi|11 : taTATA-TCATATACAAT-A-TG---A----TAAATTCTTTTA----GT---TT-G--TGTAAT-A-GA-GA-AAG--TG-----GT-GGTAACAT---GAAAATTCC-TGTGG-G-CTAAAACA-AA-A-------------T----TA-A-TACTGCCA-TA---AAAGGGT-GTTGTC---CATGGTC--GAGG-TG-----T--TG-T----CC-TTTGA
gi|12 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTGTTT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|13 : ATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|14 : ATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAA
gi|15 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-A-GT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|16 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA---AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|17 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG--T--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|18 : AAATAGGCAATAT-TTGAGTCA--TTGCTTGTTCAATCTT---TCATC-----AA-ACTTA-G-A--TAA--GAA-T--GCGTCTTG---------TGATTTAAATGT-ATTT-----GAGTA-GTTTAGATGCTG
gi|19 : cG--TA-AT-GG----AT---GAAAA-TCC-TGTGA-G-CTAAAGTA-AA--G--C-ATAAA-TATAA--TA-A-TTATGCCA-TA-T-AAA-GGT-GTAGCC---C--CGTC--AAGG-TGA-GATC--TG---TAATC-
gi|2 : GTCTGGTATGATATAAT-TTATAC-AT-AGTGCGTGATGATATTA----GA----T--A-TGTGACAT-TACAGATAC----C--ATATTAAGATCGAATG-G--TGATAT--AT--TATGATA--AT-AATACGATATGG-TA----TGATACAAT--A-TATTAAACAT-CGG-ATAAGCG--ATTTATATCTATAACAATGTATTA-TA-GAT---TG--GTT-GCATAATATCTCA---T-ATGGAATGG-TATA---AGTCGATAT-GT-TTGA----GTAAGACAAT-T-ATTATATAG-AATT----GGAT--GATACATATATACCATATGAGATACAATATGG-TATGATA------AAT--TATGGTAT-GATATAA-CA----ATAC--CTATGGTATGA----ACAAG-TATA-T--CTTGG-A-----AATATATTAT---AT--A--TGGTATAT--A--ACGAT--ATTTGTTTTGAT---TAA--TGTTA--CGGATATATTATCAATAGTATGAT----ATATTATGTAC-ATATGGTAT-GAA---AGATAGTTAT---GATAT-GGTCTGATACGA-ATATATGATGGTATGACA--A-CGATAT-ATACATAATG-----GGTCTGATATGATGTTATACTGATAAT-GATAC--ATATTATATG---AAATTA---ATTGA--ATAAATGGT------------ATAT-TTATGAT-TTGA------ATGATA---TATAC-ATATGGTA-GATATCAATATA-ATCA--CAAT-TAGTTATGA-TGCG--ATT---ACT--ATACTA--TACGATAT-GTA--A-----TATGAT-----TGG---TAGA-TATAAAGGATATC-C-TATTATAT-ATAT----GGGTA-TA--TTGAATATGTGTACGTTAT--TAATG-ATCATG-GA-TAATTCAATAGT-CAATATCATAT-G-GT-GA----ACA-A-TATATACAT-A--CGCG-TATGATACGATATGT-GGT-------ATTATACAATAGAATATGG--T---ATATACGAAT--TATATGATAATGAT--TAT-A-GCGATAATGGGTGAATAAAC-CGATATATAGTGATATGATACAATAC-------TGGAT-GATACAT-ATGT------A-GAT-AC---AATAT-----TATAACAATAGGT----ATGA------TCA---ATGT-GTAATACAAT-ATAATTCTATTG-ATACGCA---------------------ATTAT-----CCAT-ATA-----TGCAGAT---A-ATTATCACGA-----TATGG------TA-ATGCATCAA----TATTAATA-CAGA-ATCA--A-T-AT-G--TATGATATGTT---CA--TGG--TA------TATACGA--CATGTATA-TCTT--ATACGA-TA---T-ATGT-ATATGATAC-A-ATATGATA-TGATCGATATGGT-ATACGATATGGT-TGTACAT--TCA--CAC-TTAT-----ATTACGATACTGG-TA------T-TAT--ACCA-GATGTATTGCTACAAAT------ACT--------A--TTATGATACAATA--TG----GATGA--TACATATTG--TT----------GA-TATCA---ACG--TATGGTATA-ATA--CAC---TATGGTAATA----GT---A-TGA---TATA-C-GA---TATAATT-ATTATAA-AT--TATTAATACTAA--TATCA--A-TATTTATA---TATC-ATGA-AT-C---T----ATATATATG-GA--T-TTA-T-ATAA---ATAT-TATATCC----ATATTA--TA----CCTATA----GTA-T-AATAGA---TACAT--CATAA-TATA-TGT-AT-TATAAT--A-TAT-AATATTAGCT-TTATA-TTATGTAC-ATTATTG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-ATTT-G--TAAAAT-ATCA-TA-AAG--TGTCTA-AT-GG----AT---G-AAAATCC-TGTGG----TAAAATA-TA-AG--C-ATAACATATAATTTA-T-TGGTG-CA-TA-T---TAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGA-GC-T--TG-T-AAAT
gi|20 : cattatttgaaaataacgtagatATATGATTA---TGGTAAT-A-GATGATGATACG--ATATTATAC-GTTATGATATGATACAGATATAAGATATGGTATGATAAGATATTATAt
gi|21 : atatgtatGTAATAA-GGC-ATGGTCAG-TATATTATACT-ATATG------TAC-GATAT--
gi|22 : gctggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACGATATGGTAT----GATATGATTTT-----ATACATATGTAC-AAT-A-TGGT-ATGATATTATACGATATGATA-TGATATTATACG-ATATTATa
gi|23 : aATAT-GGT-------ATAATAC-----GATATGG--T---ATG-ATATAT--CTTTCGAT----ATGATATAATATGAA-ATGG-----TA----TGG--------TATATCATACGAT-A-------TGG---gtta
gi|25 : G--C-ATAAA-TATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAA-GGT-GTTGCT---C--CGTC--GAGG-TGA-GCTT--TG---TAATC-TTTGATT
gi|26 : AT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-----------------CT-------------ATATAAATGTATTTGTTAATGAGTA-GTTTAGATGCTGG----------TAT-----GATacc
gi|27 : ATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAA-GAT-GTTGTC---C--CGTC--AAGG-TGA-GCTT--TG-T-
gi|28 : TATGATACGATCTTATA-TGA-------CAT-GATATTATACG---ATATGGTAT
gi|29 : AGGCA-TAT-TTGAGTTA--TTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-tata
gi|3 : TATGATAA-CAATATGG-TATGA-TATG--ATATT-ATT-AGTAGTT--TATGGTAT-G----A-----TACAATGT-T-TAT---TGAT-AAT----GGTAATGA-TATTATACGATAT-----GGTATTAAATACGATATG-----GTTTG-ATAAT------TACGA-T-ATT---TN-N-NNNNNNNNNNN-N-NN-NN--NNNNN-N-NNNNNNNNNNN--NNNN-NNNNNNNN-NNNNNN-NNN-------NNNNNNN-----NNNNNNN--N---GTTGATA---------CGAT----AT--TAT-ATG-AAT-ATGGG----TAGACACGA--------TATAT-AT-CGAG-T-------CGGTATGATA-TTGATGTTATAGAA-GTGTATT--G-TATGAACATATTATAAT---TG---AT-A------TTATTGATAT-G-------GT-ATGAT--T------TGTA-A--------TGA---TA-TGATATTAT-A---CGATGATGG--TATAT--ATATGATATTAT-ACGACTAGGTAATGATACAATATA-ATATCAA----------TA-TGGTGATGAATG-T--T-GA-TACTATACGTC---TA--TAGA-TAG-----TAGATGA--TATG---A-TTTTG------G-TA-----ATGG-ATAAGGT---A----TGATA-CG-T---TATTAT-AT--GATATGGTGT----A---T-A--CGA--TAT----TATTAT-ATG---G-TA------TATAT--ACTAATATGG-----TATGATA--TGATACGC-------G--CTATGATACAA
gi|3 : tggT-ATGAT--TATTA-ATG---A--------T-AT-GTA-GGATATTATTA---CGAT-ATGG--T--------ATGA-AT----GCAA-----TATTA------TA-ATGAATCAA----T------A-TGGT-ATGATTG-TTAT-GGGTATGATACGATATGTA--TGAA-TACAATATTATACGA--TGTG---G-TATTGA-TATCAATATT-TTATATGATATGATCATA-AT-GTATA-CGAT----ATGGT-TT--GA-ATA-T-C----AT--A-G--CAA-TTATANNNNNNNNNNNNN---N-NN------N-NNN--NNNNNNNN-------NNNNNNN--NNN-NNN--------N--NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNATTA--TT-GT-TTGA-TTGTAATGATACAA-TATCAAT-ACA-ATATGGTATA--TA--CGA---TATGGGTATA----AT---AATGA--TTATAGC-GA-TATATA--TTATTATAA-ATTATATTAATAAT----TATCA--ATTATGTATAT-----CAATGATATTCAT------ATAAATATT-A-TTT-TTA-TA-TAAATTATTT-TATATTTTTAAATATTA--TAT---C-TATA----TTA-T-AATAGA---TA-AT--CATAAT-ATA-TGT-AT-TA--AT--A-AAT-AATA-TAGATGTTATAATTAT-TAC--TTA-TG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-A-TT-G--TGTAATAATGA-TA-AAG--TG--TA-AG-TG----AT---G--AAATCC-TGTGG-GTTTAAAATA-AATAG--C-AGTAAATATAA--TATACTGGTGCCA-TA-T-ATAAGGTGGTTG-C---C--CGTCGGGAGGTTGA-GCTT--GA-T-AGATCTTTTGATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgattattaatgatatgtaggatattattacgatatggtatgaatgcaatattataatgaatcaatatggtatgattgttatgggtatgatacgatatgtatgaatacaatattatacgatgtggtattgatatcaatattttatatgatatgatcataatgtatacgatatggtttgaatatcatagcaattatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattgtttgattgtaatgatacaatatcaatacaatatggtatatacgatatgggtataataatgattatagcgatatatattattataaattatattaataattatcaattatgtatatcaatgatattcatataaatattatttttatataaattattttatatttttaaatattatatctatattataatagataatcataatatatgtattaataaataatatagatgttataattattacttatgataatttttttagtattgtgtaataatgataaagtgtaagtgatgaaatcctgtgggtttaaaataaatagcagtaaatataatatactggtgccatatataaggtggttgcccgtcgggaggttgagcttgatagatcttttgat
gi|4 : tggtatgataacaatatggtatgatatgatattattagtagtttatggtatgatacaatgtttattgataatggtaatgatattatacgatatggtattaaatacgatatggtttgataattacgatatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgatacgatattatatgaatatgggtagacacgatatatatcgagtcggtatgatattgatgttatagaagtgtattgtatgaacatattataattgatattattgatatggtatgatttgtaatgatatgatattatacgatgatggtatatatatgatattatacgactaggtaatgatacaatataatatcaatatggtgatgaatgttgatactatacgtctatagatagtagatgatatgattttggtaatggataaggtatgatacgttattatatgatatggtgtatacgatattattatatggtatatatactaatatggtatgatatgatacgcgctatgatacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATTA-----TACAATATCGAT-T---TGGCGTAT----GATACCGACTATTATATGATATGGTATGATATTA--TACGATAAG-----GT-------ATG-AT---GCAA-T-ATT--ATA-T-TGAT----TATGT-AT-GATTCTACA-A-TATTTG--TGA--TA----ATGGTCT-ATATATCGATCTCACCAATTATTC-----TATACAA--TGTCATCCATGGACTGCTTTCCAT----GG--TAT-GTACGAT-C--G-----T-----CG-------------TCACTCTAT-T-------TGG---GA-A-GT-ATGT------G-GTG-TCT--A-TCT-----TATGATACGAAATACTTATGA------ATATC-A----GT----CTG----GGT--TATTGTATACACAATTCACCTCGAC-GTAATAATATTGT-ATAACGATTATGGGGT-TAC---TATGA--TTAC-AT-------CATTA------TGTATG-ATGAGCATCT-----TAAC-----TGGTTAGT-AT--A-TATG---TGAT---TAGTTAGCCTA------TATCTAA--T----------TTATATATTG-GGCT-T-G----ATATGACCT-ACAT---ATA-TTAT---TATCGTATT--GA--TGGT-T----ATGAT-ACCCGA-TTAT--GCG-TTATGATA---GATAAGATATT-TATAAACAATATT-------TGCGTTA--TTG-ACGTACAACATGGTTTATGATACAATGTCTGTGTT-CTTATTTG-CTAT--A-TT--------ACAATTATCA-T-ACA-TTAT-GTATAGATAACCGACTTTATGGTAGTA----AT---ACTGA--TTAAA-C-AA-T-TATA--T-A-TATAA----ATACTGATATT-A--CATAATCATCATATATATGATATTAATGA-AT-CAT-C----ATAAA-ATG-AATGT-TTA-TAA-AA--T-TATCTATATCA----GTATTATTTATTCGCCT-TA----GTATT-AATATATGTTA-AT--CA----TATA-TGTCAT-CGTCATTGA-T-T-AATA-TAGAG-TATTA-TTAGTTACCATTA-TGTGAA----TAA-TTTTTTTA----GT-ACTTAG--TATA---ATGA-TCTAAA--TG--TACAT-CG----AT---GATAAATTC-TGTGG-G-CAATACTA-TA-AGCCC-ATCAAATATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAAGAGT-G-TGCCCCTC--CGTC--ATGG-TGATGCTT--TGATGTAATC-TTTG
gi|5 : ATGATATTGT-ATGACAT---TATA----TGATACGATATGT--ATG--ATAT------TTTTATGA-TATTATACTGAATAATG----GGTAT-GATACAAATATT--ATAC-AATATGGTATGATGCGATAT--TATACT--AATACGA----TAATGGGGTATG-GATTGATTTGGTATG---AAT-TGAT--A--TTATT-GATA-ATGG--TATTATACGAATATGGT----TTGATATGATTACAATATTA--TATGATATGTTAT-TGATTTAGATA-TTATACCGATAT-GGT-TGATACAATAT-GGTAATGATAGAATATGGTTGATATGATATATAATATTTATGGTATGATACAATGTTATA-TGAT-AT-GGTAT-GATATTATACG---ATA-TG------------GTATTATAC-A--------ATATGGTTTGATAT-----GT-TACA--ATATTATACAATATGGTATGATA-C---ATATGGTA--TGATATAT-TATGA-TACA--A-ATA---T-GGTATGA--TACGATATGGTA---------ATGGTAT-GA--A---TGGG-TAT----GATA-AGA-TATTATATGTTA-----TGGTATGA--TACGATAT----------T-ATAATGAAT-ATGtat
gi|6 : taT-TTGAGTTA--TTGTTTGTTCAAT-TT---TAATC-----AA-CCTTA-G-AT-TAA--AAAAT--GCGTCTTG-TG-----ATCA---AAATGT-ATT-----CGAGTA-GTTTAGATGCTGGTATGATGTGATATTAAACGATATGGTATGATATGGTATGATAATTATGGTATTATACAATAT-G--TTATGATATGATATACGATATATGATTTTNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATACGATT---TGGT--TTGATATGATATTTCATG-ATACGATTTTATATGATATGG-TTTGATGT-GATA-------TTATACGATATGGAATG--ATACGATA-TTA----TT------TGGTATGATgta
gi|7 : ATATTATAC---AATATGG--------TATGATGTGATATTATAC--TATAAGATATGAT-A---TG---ATAA-GGT-ATGATACGATATAT------GATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGATATGATACAATATTACACGAT-ATGGTA-G---ATATTAT-ATTA----TACAATGTATGA--TAC-GATATGGTAT---TA-TGCGAT---ATG-GTTTG----AAAT--CTTAATATGCCAGCT-TG-T-TGGTTAGCTATGATA-AAT--T-TATTATCT-A-TGATAa
gi|8 : ttATGT----GGTATGATATAATATTATA-CGAT-AT-GGTATTGATATT-TATG---ATATTGTATGAC-ATTAT--ATGATACGATATTATACATATGGTATGATATT-----T-TATGATAT--TATACGATATTGGATGATA-CAATATA---TA--CAATATGG-TATGA-TGCGATATTTATACT--ATATTA--CAc
gi|9 : tttagTA---TGATATCA---TATTA-TACGATATAGT--GTT-ACATGATATGTTATTAT-ACAAAAT-GATATT---ATGCTATATGATATTCACAGTGTA--ATAGGGT-ACAATAT-GCTATTTTTACAATATGATATTG-TATA--ATATTAtt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TAGAATAGAATATTGAATTGATTGTATTAAACCAATTTAGGGTCCATTAGGGCATACAAGTCAAGAGTTCCATATAAA
Unaligned ( gi|30 ): TATACTTAGTATGACCATCGAGGTTCGACATA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111111 22222 11111111111111111111111111111 222 2222 2222 2222 444444 2222222222 1 1 1 1 222 111 333333333333333333 1 1 1 3333333 2222 11 1 333333333333 2222 222 33333333 11 222 1 1 11 11 1 11 1 1 111 555555555555555 22 1 333333333 222 1111 111111 11 11111 11 1 2222 1 3333 222 111 2222 1 1 3333333 1 22222 222 1 111 11 1 222 22222 11 11 111 1 444444444444 1 1 1111 2222222222 1 111 55555555555555 11 3333333333 2222 11111 1 22222222222 55555555555555555555555 1111 222222 1 11 1 11 1 1 3333333 444444444 222222 11111 111 5555555555555555555555555555555555 44444444 11111 2 2222222 111 11 44444444444444444 11 111 1 555555555555555555555555555555555555555 1111 22222 22222 11 3333333333333 1 11 111 11 1111 44444444444444444 111 11 4444444444444444 1 3333333 333333 222222 22 2222 222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 222 1 333333 5555555555555555555555 11 11 1 7777777777777777777777777777777 1 44444444444444 1111 22 111 4444444444444444444444444444 111 11 3333333333 33333333333 111 222222222222222 222222222222 11 2222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 2222222 33333 11111 1 222 11 11 11 2222 22222222222 111 1 1 222 1111 1 11 2222 11 2222 1 4444444444 1111111 11111 2222 222222 1111111 1111 1 111 11 111 11111111 1 11111111 1111 111111 1111 111 1 111 11 1 1 1111
lowQualScore : 4 4 1 11 3 666 99999 3 3 3 3 55 4 55 444444 4 22222 4 11111111111111111111111111111 111 1 4444 2222 0 7 8888 444444 1 2222222222 3 0 0 1 0 1 111 999 2 888888888888888888 5 5 1 5 3333333 3333 77 5 1 333333333333 4444 000 44444444 88 1 7 333 2 3 7 0 0 0 33 3 11 6 3 0 33 1 0 3 2 3 7 999 111111111111111 00 3 444444444 7 333 9999 555555 88 1 33333 44 7 7 3 2222 3 1111 000 7 1 999 7777 1 88 3 2 6666666 3 1 44444 0 999 333 1 6 3 1 999 22 1 6 0 6 222 77777 77 1 33 33 111 1 0 444444444444 0 0 4444 1111111111 33 0 6 333 6 77777777777777 66 1 8888888888 3333 333 88888 1 0 11111111111 33333333333333333333333 8888 777777 0 5 55 5 0 33 0 3 0 44 0 2222222 33 0 99 44 000000000 88 88 000000 6 66666 99 111 4444444444444444444444444444444444 0 0 99999999 3 66666 3 0 8 2222222 0 555 11 0 99 0 8 8 11111111111111111 11 777 0 555555555555555555555555555555555555555 99 7777 00000 77777 66 1 7777777777777 6 88 22 111 33 7777 66 2 66666666666666666 111 1 00 6 4444444444444444 0 2222222 777777 2 222222 88 0 33 1 1111 222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 555 7 3 1 1 333333 4444444444444444444444 33 33 0 333 8888888888888888888888888888888 0 44444444444444 3 1111 0 3 55 888 7 2222222222222222222222222222 3 777 33 3333333333 33 66666666666 2 333 777777777777777 555555555555 22 0000 2 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 33 0000000 33333 3 44444 0 333 99 2 33 33 0000 66666666666 777 0 0 333 4444 66 0 88 1 6666 1 33 3 1 0000 3 5 2222222222 3 4444444 00000 0000 8 888888 8 6666666 5 0 7777 6 444 8 11 0 222 8 8 8 77777777 0 8 88 999 6 5 1 6 66666666 1 6 4444 111111 99 999 6 6 99 77 5 5 2222 000 2 1 5 111 6 6 33 1 8 66 5 5 5 777 3 5 0 888 66 66 5 0 0 66 8888 6
lowQualScore : . . . .. . ... ..... . . . . .. . .. ...... . ..... . ............................. ... . .... .... . . .... ...... . .......... . . . . . . ... ... . .................. . . . . ....... .... .. . . ............ .... ... ........ .. . . ... . . . . . . .. . .. . . . .. . . . . . . ... ............... .. . ......... . ... .... ...... .. . ..... .. . . . .... . .... ... . . ... .... . .. . . ....... . . ..... . ... ... . . . . ... .. . . . . ... ..... .. . .. .. ... . . ............ . . .... .......... .. . . ... . .............. .. . .......... .... ... ..... . . ........... ....................... .... ...... . . .. . . .. . . . .. . ....... .. . .. .. ......... .. .. ...... . ..... .. ... .................................. . . ........ . ..... . . . ....... . ... .. . .. . . . ................. .. ... . ....................................... .. .... ..... ..... .. . ............. . .. .. ... .. .... .. . ................. ... . .. . ................ . ....... ...... . ...... .. . .. . .... ... ............................................................... . ... . . . . ...... ...................... .. .. . ... ............................... . .............. . .... . . .. ... . ............................ . ... .. .......... .. ........... . ... ............... ............ .. .... . .................................................................................................................... .. ....... ..... . ..... . ... .. . .. .. .... ........... ... . . ... .... .. . .. . .... . .. . . .... . . .......... . ....... ..... .... . ...... . ....... . . .... . ... . .. . ... . . . ........ . . .. ... . . . . ........ . . .... ...... .. ... . . .. .. . . .... ... . . . ... . . .. . . .. . . . ... . . . ... .. .. . . . .. .... .
lowQualScore : 4 0 4 22 6 444 11111 6 6 6 6 55 0 55 000000 0 88888 0 55555555555555555555555555555 000 0 0000 5555 7 3 3333 000000 0 7777777777 3 7 7 0 7 0 555 555 5 555555555555555555 5 0 0 0 0000000 5555 55 0 0 000000000000 5555 555 55555555 55 0 3 333 5 5 0 0 0 2 22 2 88 5 0 0 88 2 2 2 0 3 3 777 333333333333333 77 3 777777777 3 333 7777 333333 33 0 33333 00 3 3 3 7777 3 3333 333 3 0 555 0000 0 00 3 0 0000000 3 0 00000 7 333 333 0 7 3 0 333 22 0 5 0 5 555 88888 55 2 22 88 444 0 0 555555555555 0 0 0000 2222222222 55 0 5 555 5 22222222222222 55 0 2222222222 8888 555 55555 0 5 22222222222 88888888888888888888888 2222 222222 0 8 88 8 0 22 2 2 0 22 5 8888888 55 8 55 11 444444444 88 33 000000 7 77777 22 777 5555555555555555555555555555555555 8 8 00000000 8 88888 2 8 0 2222222 8 888 00 8 44 8 0 0 44444444444444444 00 555 0 222222222222222222222222222222222222222 00 0000 88888 66666 22 0 6666666666666 0 88 55 000 88 5555 55 5 88888888888888888 000 0 33 7 0000000000000000 0 5555555 888888 0 222222 00 2 88 2 2222 555 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 777 3 3 0 0 777777 7777777777777777777777 22 88 0 555 2222222222222222222222222222222 0 00000000000000 2 0000 2 5 55 888 0 5555555555555555555555555555 2 555 88 8888888888 22 55555555555 5 222 555555555555555 555555555555 00 8888 5 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22 0000000 00000 2 55555 0 222 88 5 22 88 8888 22222222222 000 0 0 222 8888 55 0 55 0 2222 0 88 2 2 2222 2 5 0000000000 2 8888888 88888 2222 0 444444 0 8888888 0 8 0000 0 000 0 00 8 000 0 0 0 66666666 8 0 88 222 7 2 3 7 88888888 7 7 2222 888888 22 000 7 7 22 99 7 7 1111 000 0 7 7 777 7 7 66 6 4 99 0 0 0 111 1 0 2 888 99 99 0 0 1 99 7777 7
consensus : NNNAAATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--CGAGTA-GTTTAAATGCTGG--------GATAT-----GATATGGTATGATATGGTATGATAATTACGGNATTATACAATGTCGGCCTACGATATGGTAT----TATATGATTTT-----ATACNTATG-AC-ANTAA-TGGT-ACGATATTATACGGTATGGTATTGATATTNTACGAATATTATACGGNTATATGGNAATCGATACGATATTTCACGCGTACGATTTTACATGATATGGCTNTGATGTCGATAATTATACCTATACGATATGGAATGGCATACGATAGTNAGGGCTTTTCCGGTGGTATGATTATGACTATTATTATGATTGATGGTATATATCGATATATGGTTTTGTAGTAGTGTGATTACAAATATTACTATGAATATTGGTAATTGATGTATACTACTATTATTTACTAGAATTGCTCCATCGCGTATGATATTATACCCAAACATGGGTGGTGAACATGATGTGATATTATACATTATNGGATATGATTA---TGGTAATAA-GGT-ATGGTACG-TATATTATACTGATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGGTATGATACGATATTATACGAT-ATGGTATGAT-ATATTAT-ATNA----T--AGTGTATGAT-TAC-GATACGGTAC--GTATTGAGAT---ATG-GTCTGATATAGAT--TNTAATATGAC-GAT-CGATATGG-TAGCT-TGATA-AAT--A-TATTATATAA-CGATATGANCGTANTTTA---CGATANCGATGTATTA-TACGATA-ATT--GTT-ACATGATATNTTATT-T-ACGAAATGGATATA---ATTCNATATGGT-TTNACGGTGTATGATANTGT-ACGATAT-G-TATT----CGATACGATATAT-TATA--ATATNAGATATTNTATGG-TATGATACT--ATAATG-TATGGTAT-GATATAA-TATT--AT--ACAA-T--ATGGTATGATGC-ACATG-TATACT--ATTAC-G----TAATG-TATTATACGAT--ATTTGGTATGT--AATACGAT--A--TGGTTCGATA-AT---GA--TATT-----AC-CGGATATG-T-----ATGGTATGATTA-GATATTA--TACGATATGGTAT-TGATTTAGATA-TTATACCGATAT-GGT-TGATACGATA-TANGTGACGATACGACG--GTCGATATGATACATAAT---GT---CGGTATGATA-CGATGTTATA-TGA----T-AT-GGTAT-G---ATATTATA--CG---ATATTGTATATCGATTAT-GTATGATACGA--------ATATGGTATGATATTGA--GT-TACGAT-ATATTATAC-ATATGGTATGATA-CGA-----TATATGNTA--CAATATAG-TAT-GA-TGCG--AT--TTA-A--CT-GATATTA--TACG---ATAT-GTATTA-----TACGATAT-GATGN---TG-----------GN-TAT----GATATCGA-TATTATATGATAT----TGGTATTATACGATATG-----GTTAT-ATAATG-AT-ATGC-GA-T-ATT--GTA-T-CGATATCATA----T-T-AT-GA--CTACA-A-TATNTGCGTGA--TACG-TACGGTAT-ATATAT-GGT-------ATTATAC-----GATACGG--T---ATNTATGGAC--CTTTCGAT----ATTATATGCGAT-ATG----GG----TAAACCGATATA---TCATACGAT------C-------TGG--GATA-NTATGTG-GTGACT--AATAT-TATNATAANAGGTA---ATGA------TTATCATGT-GT----CTGT-ATGAT--TATTG-ATGCGCA--------TGAC-GTA-TGATATTAT-A---CGAT-ATGG--TTAC-GATACGAATTAT-ACGATNTTGTAT-ATG--CATCGAT-----TA-CGGTATGATTA-T-AT-GA-TATGATACGAT---TA--TGGN-TA------TATNCGA--TATG---G-TCTTGAATATCG-TACT-T-ATGT-ATATGAT-CA--AC-GTATA-TGAT---TATNGT-TT--GA----TATGG---TT----ATGA---T-AC--GA-TTAT-CGATTACGATA---G------TATT-ATA--CNAT------------GATGTA---CAA--CGTGGACGNTTATGATACAATAT-TGTGTTG--ATTATG-GTATTGA-TTACAAT-ATCA-T-ACG-ATATGGTATA-ATA--CGA---TATGGTAATA----AT---ANTGA--TTATA-C-GA-T-TATA--T-ATTATAA-ATTATATTAATANTAA--CATNA--ATTATATATAT--TATCAATGATAT-CAT-C----ATAAATATG-AATGT-TTA-TAATAA--TATAT-TATATCC----ATATTA-T--AT---CCTATA----GTAT-AATAGAT---A-AT--CATAATTATA-TGT-AT-TATAAT--A-TAT-AATA-TAGAT-TTATA-TTATGTACAATTA-TG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-ACTT-G--TGTAAT-ATGA-TA-AAG--TG--TA-AT-GG----AT---GAAAAATCC-TGTGG-G-CTAAAATA-AA-AGC--ATAAAATATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAAAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGA-GCTT--TG-T-TAATC-TTTGATT
Reference ( family-2335 ) : NNNAAATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--CGAGTA-GTTTAAATGCTGG--------GATAT-----GATATGGTATGATATGGTATGATAATTACGGNATTATACAATGTCGGCCTACGATATGGTAT----TATATGATTTT-----ATACNTATG-AC-ANTAA-TGGT-ACGATATTATACGGTATGGTATTGATATTNTACGAATATTATACGGNTATATGGNAATCGATACGATATTTCACGCGTACGATTTTACATGATATGGCTNTGATGTCGATAATTATACCTATACGATATGGAATGGCATACGATAGTNAGGGCTTTTCCGGTGGTATGATTATGACTATTATTATGATTGATGGTATATATCGATATATGGTTTTGTAGTAGTGTGATTACAAATATTACTATGAATATTGGTAATTGATGTATACTACTATTATTTACTAGAATTGCTCCATCGCGTATGATATTATACCCAAACATGGGTGGTGAACATGATGTGATATTATACATTATNGGATATGATTA---TGGTAATAA-GGT-ATGGTACG-TATATTATACTGATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGGTATGATACGATATTATACGAT-ATGGTATGAT-ATATTAT-ATNA----T--AGTGTATGAT-TAC-GATACGGTAC--GTATTGAGAT---ATG-GTCTGATATAGAT--TNTAATATGAC-GAT-CGATATGG-TAGCT-TGATA-AAT--A-TATTATATAA-CGATATGANCGTANTTTA---CGATANCGATGTATTA-TACGATA-ATT--GTT-ACATGATATNTTATT-T-ACGAAATGGATATA---ATTCNATATGGT-TTNACGGTGTATGATANTGT-ACGATAT-G-TATT----CGATACGATATAT-TATA--ATATNAGATATTNTATGG-TATGATACT--ATAATG-TATGGTAT-GATATAA-TATT--AT--ACAA-T--ATGGTATGATGC-ACANG-TATACT--ATTAC-A----CAATG-TANTATG-GAT--ATTTGGTATGT--AATACGAT--A--TGNTTCGATA-AT---GA--TATT-----AC-CGGATATG-T-----ATGGTATGATTA-GATATTA--TACGATATGGTAT-TGATTTAGATA-TTATACCGATAT-GGT-TGATACGATA-TANGTGACGATACGACA--GTCGATATGATACATAAT---GT---TGGTATGATA-CGATGTTATA-TGA----T-AT-GGTAT-G---ATATTATA--CG---ATATTGTATATCGATTAT-GTATGATACGA--------ATATGGTATGATATTGA--GT-TACGAT-ATATTATACGATATGGTATGATA-CGA-----TATATGNTA--CAATATGG-TAT-GA-TGCG--AT--TTA-A--CT-GATATTA--TACG---ATAT-GTATTA-----TACGATAT-GATGN---TG-----------GN-TAT----GATATCGA-TATTATATGATAT----TGGTATTATACGATATG-----GTTAT-ATAATG-AT-ATGC-GA-T-ATT--ATA-T-CGATATCATA----T-T-AT-GA--CCACA-A-TATNTGCGTGA--TACG-TACGGTAT-ATATAT-GGT-------ATTATAC-----GATACGG--T---ATNTATGGAC--CTTTCGAT----ATTATATGCGAT-ATG----GG----TAAACCGANATA---TCATACGAT------C-------TGG--GATA-NTATGTG-GTGACT--AATAT-TATNATAANAGGTA---ATGA------TTATTATGT-GT----CTGT-ATGAT--TATTG-ATGCACA--------TGAC-GTA-TGATATTAT-A---CGAT-ATGG--TTAC-GATACGAATTAT-ACGATATTGTAT-ATG--TATCAAT-----TA-CGGTATGATTA-T-AT-GA-TATGATACGAT---TA--TGGA-TA------TATACGA--TATG---G-TCTTGAATATCG-TACT-T-ATGT-ATATGAT-CA--AT-TNATA-CGAT---TATCGT-TT--GA----TATGG---TT----AT-----T-AC--GA-TTAT-CGATTACGATA---G------TATT-ATA--CNAT------------GATGTA---CGA--NNTGGACGGTTATGATACAATAT-TGTGTTG--ATTATG-GTATTGA-TTACAAT-ATCA-T-ACG-ATATGGTATA-ATA--CGA---TATGGTAATA----AT---ANTGA--TTATA-C-GA-T-TATA--T-ATTATAA-ATTATATTAATANTAA--CATNA--ATTATATATAT--TATCAATGATAT-CAT-C----ATAAATATG-AATGT-TTA-TAATAA--TATAT-TATATCC----ATATTA-T--AT---CCTATA----GTAT-AATAGAT---A-AT--CATAATTATA-TGT-AT-TATAAT--A-TAT-AATA-TAGAT-TTATA-TTATGTACAATTA-TG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-ACTT-G--TGTAAT-ATGA-TA-AAG--TG--TA-AT-GG----AT---GAAAAATCC-TGTGG-G-CTAAAATA-AA-AGC--ATAAAATATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAAAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGA-GCTT--TG-T-TAATC-TTTGATT
gi|1 : AAATAGGCA-TATATTGAATTA--TTGCTTGTTCAAC-TTGTTTCATCTAAAAAATACTTATGCATATAACTGAT-TATGCATCTTA-GTGATTTA------AAATGT-AATTT----GACTATGTTTAGATGCTGA--------GA-------------------ATATGATAT---AATTACGAAATTA----ATGTCGGCCTGTGA-ATGGTCT----TATATGATTTT------TATTTATG-ACCATTAAATGATCACGAT-TTATACAGTATGGTATTGATATTTTATGAATATTATACGGATATATGGGAATCGATACCA------ACACGTA-----TTACA-AATATGGCTATGATGTCGATAATTATACCTATACGATAT----TGGCATATGATAGTGAGGGCTTTTCCGGTGGTATGATTATGACTATTATTATGATTGATGGTATATATCGATATATGGTTTTGTAGTAGTGTGATTACAAATATTACTATGAATATTGGTAATTGATGTATACTACTATTATTTACTAGAATTGCTCCATCGCGTATGA----ATACCCAAACATAAGTGGTGAACATGATATGATATTATATATTATTGGATATGATTACAATGGTTATGATGAT-ATGGTATG-TATATTATACTGATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGATATGTTACGATATTATACAATTATGGTATGAT-ATATTATGATAACAATT--AGTGCATGATCTGC-AATATGGTATCGGTATTGAGAT---ATGTATCTGATATAGATGTTCTAATATGAC-GAT-TGATATGG-TAGTT-TGCTA-ACTCGACTCTTATATAAGCGATATGACCGTACTTTA---GGATAGTGATGTGTTAATATGATA-ATTTCGTTTAGATGACATATTATT-TTATGAAATGAATATAGAGATTCCATATGGT-TTTATGATGTATTTTCTTATGACTATAT-G-TATT----GAATATGACGTAT-TCTA--AAATCAAATATTGTATAGCTATGATATT--ATAACGATATGGTATTGATATAG-TATTTAAT--ACAAAT--ATGGTATGATGC-ACACGATACACTTAATTAC-ATTCTCAAT--TACTATACGA---ATTTGGTATGTTAGATATGATTAA--TGGTTCGATAGAT---GAATTATT-----ACTCGGATA---------ATGGTGTGTATA-GAAATTA-----GAAATAGAATATGATTTTGAT---TAAACCAATTTAGG---GAGCCCATA-TAAGGGACGATACAA----GTCAAGA-GATACATA----------TAAAA-GAGA-AAATGTTATA-TGA----T-ATTGGTGT-G---ATATTAT---CGTTAATATT-TATATCG-TTAT-GTATGATACGA--------ATATGGTAGGATATTGAAGGTGTATGGT-GTATGATAC-ATATGGTATGATA-CGA-----TATGTATTAGACAATATGA-T-T-GAGTGTG--AT--TTA-A--CTCGATATTAGTTATG---ATAT-GT-TTACTTACTACGA-AT-GATGGCGTTG-----------GT-TGT----GATATTGA-TATTATATGATAT----TGATAT-ATCCAATATG-----GCTATGATAACG-AT-ATGC-GAGT-ATT--GTA-TACAA-ATCATG----T-TTATCAA--CCACATACTGCGTGCGTGAAGTACACTGCGG-ATCAAATAT-GGT-------ATTATAC------ATATGAAAT---ATTTATGGACA-CCTTCGAT----ATTATAT-TGAT-ATG----G-----TAAACCGAGATT---TTATACGAT------CCTTATCTTAG--GTT--TTAGGTGAGTGACTCAAATATCTCTTTTAAAAG-TA---ATGAGAATCATTATTATGTTGT----CTGTTATGAT--TATTG-GTGCATG--------TGATGGTA-TGATCTGAC-----CGAT-ATGG--TTAT-GATACAAATTAT-ACGATCTTGTAT-ATG--TATGGAT-----TA-CAGTAT-ATTA-T-ATAGA-TATGATACGAT---TA--TGGG-TA------TATCGGACTTATG---GTTCTTGAATATCA-TACTCC-ATGT-ATATG----A--AC-TCATAGTGAG---TATCGT-T---------TATGG---AA----AT-----T-AC--TAGTCAT-CGATTACGAT-----------TATT-ATT--CTAT------------GAT-TA---CAACTTGTGGATGGTTATGATACAATAT-TGTATTG--ATTATGAGTATTGACTCACAAT-ATCA-TAACGAATATGGTATA-ATA--CGA----ATAGTAAGACCGGATATAATTGACTTCATA-CTGAGT-TATA--T-A-TATAATATTATATTAATAATAATTCATAA--ATTATATATAT--TATCACTGATAT-TATACCTTGATAAATATGCAATGTGTTAGTAATAA--TATAT-TATAT-C----ATATTAGT--AT---CCTATA----TTATAAATAGAT---A-ATTGCATAATTATAGTGT-AT-TATAAT--ACTATAAATA-TAGAT-TTATA-TTATGTACAGTTA-TG---A----T-A-TTTTGTTC----GTCACTT-GCTCGTAAT-ATGACTA-AAGGTTG--TA-ATGGG----ATTTCGAAAAATCCATGTGGAG-TTAAAATACAA-AGCG-ATAAAATATAA--TA-A-TGGTGCCACTAGTGAAAAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGAGGCTTTGTG-T-TAATC-GTT-ATT
gi|10 : ttt-TGTATC-----ATATTA-T--AT---CATATACAATGTAC-AATAGAA---A-AT--C-TTATTATA-TAC-ATGTAT-------CAT-AATG-------TTATA-TTATGCACAA-TA-TA---AATTGTGA-TTTTTTTATGTTGT-AC---G--TGTAAC-ATAA-TA-AAG--TG--TA-CT-GG----AT---G-AAAATCT-TGTttttacc
gi|11 : taTATA-TCATATACAAT-A-TG---A----TAAATTCTTTTA----GT---TT-G--TGTAAT-A-GA-GA-AAG--TG-----GT-GGTAACAT---GAAAATTCC-TGTGG-G-CTAAAACA-AA-A------------T----TA-A-TACTGCCA-TA---AAAGGGT-GTTGTC---CATGGTC--GAGG-TG-----T--TG-T----CC-TTTGA
gi|12 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTGTTT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|13 : ATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|14 : ATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAA
gi|15 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-A-GT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|16 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA---AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|17 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG--T--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|18 : AAATAGGCAATAT-TTGAGTCA--TTGCTTGTTCAATCTT---TCATC-----AA-ACTTA-G-A--TAA--GAA-T--GCGTCTTG---------TGATTTAAATGT-ATTT-----GAGTA-GTTTAGATGCTG
gi|19 : cG--TA-AT-GG----AT---GAAAA-TCC-TGTGA-G-CTAAAGTA-AA--GC--ATAAA-TATAA--TA-A-TTATGCCA-TA-T-AAA-GGT-GTAGCC---C--CGTC--AAGG-TGA-GATC--TG---TAATC-
gi|2 : GTCTGGTATGATATAAT-TTATAC-AT-AGTGCGTGATGATATTA----GA----T--A-TGTGACAT-TACAGATAC----C--ATATTAAGATCGAATG-G--TGATAT--AT--TATGATA--AT-AATACGATATGG-TA----TGATACAAT--A-TATTAAACAT-CGG-ATAAGCG--ATTTATATCTATAACAATGTATTA-TA-GAT---TG--GTT-GCATAATATCTCA---T-ATGGAATGG-TATA---AGTCGATAT-GT-TTGA----GTAAGACAAT-T-ATTATATAG-AATT----GGAT--GATACATATATACCATATGAGATACAATATGG-TATGATA------AAT--TATGGTAT-GATATAA-CA----AT--AC-C-T--ATGGTATGA----ACAAG-TATA-T--CTTGG-A-----AATA-TATTAT---AT--A--TGGTATAT--A--ACGAT--ATTTGTTTTGAT---T---AA--TGTT-----A--CGGATATA-TTATCAATAGTATGAT----ATATTATGTAC-ATATGGTAT-GAA---AGATAGTTAT---GATAT-GGTCTGATACGA-A-TATATGATGGTATGACA--A-CGATAT-ATACATAAT---G-----GGTCTGATA-TGATGTTATACTGA----TAAT-GATAC-----ATATTATA--TG---AAATTA---ATTGA--AT-AAATGGT------------ATAT-TTATGAT-TTGA------ATGAT-A---TATAC-ATATGGTA-GATATCAA-----TATA-ATCA--CAAT-TAGTTAT-GA-TGCG--AT--T---A--CT--ATACTA--TACG---ATAT-GTA--A-----TATGAT-----TGG---TA-----------GA-TATAAAGGATATC-C-TATTATAT-ATAT----GGGTA-TATTGAATATGTGTACGTTAT--TAATG-ATCATG--GA-TAATTCAATAGT-CAATATCATA----T-G-GT-GA----ACA-A-TATATACAT-A--CGCG-TATGATACGATATGT-GGT-------ATTATACAATAGAATATGG--T---ATATACGAAT--TATATGATAATGATTATA-GCGATAATG----GGTGAATAAACCGATATATAGTGATATGATACAATAC-------TGGATGATACATATGTA-GATAC---AATAT-TATAACAATAGGT----ATGA------TCA--ATGT-GTAATACAAT-ATAATTCTATTG-ATACGCA---------------------ATTAT-----CCAT-ATA----TGCAGAT---AATTATCACGATATGGTA--ATG--CATCAATATTAATA-CAGAATCA--A-T-AT-G--TATGATATGTT---CA--TGG--TA------TATACGA--CATGTATA-TCTT--ATACGA-TA---T-ATGT-ATATGATACA--ATATGATA-TGATCGATATGGT-ATACGA----TATGG---TTGTACAT-----TCAC--AC-TTAT---ATTACGATACTGG------TATT-ATA--CCA-------------GATGTATTGCTA--CAAATACTATTATGATACAATA--TG----G--ATGATACATATTG--TT--GAT-ATCA---ACG--TATGGTATA-ATA--CAC---TATGGTAATA----GT---A-TGA---TATA-C-GA---TATAATT-ATTATAA-AT--TATTAATACTAA--TATCA--A-TATTTATA---TATC-ATGA-AT-C---T----ATATATATG-GA--T-TTA-T-ATAA---ATAT-TATATCC----ATATTA-T--A----CCTATA----GTAT-AATAGAT---ACAT--CATAA-TATA-TGT-AT-TATAAT--A-TAT-AATATTAGCT-TTATA-TTATGTAC-ATTATTG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-ATTT-G--TAAAAT-ATCA-TA-AAG--TGTCTA-AT-GG----AT---G-AAAATCC-TGTGG----TAAAATA-TA-AGC--ATAACATATAATTTA-T-TGGTG-CA-TA-T---TAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGA-GC-T--TG-T-AAAT
gi|20 : cattatttgaaaataacgtagatATATGATTA---TGGTAAT-A-GATGATGATACG--ATATTATAC-GTTATGATATGATACAGATATAAGATATGGTATGATAAGATATTATAt
gi|21 : atatgtatGTAATAA-GGC-ATGGTCAG-TATATTATACT-ATATG------TAC-GATAT--
gi|22 : gctggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACGATATGGTAT----GATATGATTTT-----ATACATATGTAC-AAT-A-TGGT-ATGATATTATACGATATGATA-TGATATTATACG-ATATTATa
gi|23 : aATAT-GGT-------ATAATAC-----GATATGG--T---ATG-ATATAT--CTTTCGAT----ATGATAT--AAT-ATGAAATGG----TA---TGGTATA---TCATACGAT------A-------TGG--gtta
gi|25 : GC--ATAAA-TATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAA-GGT-GTTGCT---C--CGTC--GAGG-TGA-GCTT--TG---TAATC-TTTGATT
gi|26 : AT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-----------------CT-------------ATATAAATGTATTTGTTAATGAGTA-GTTTAGATGCTGG----------TAT-----GATacc
gi|27 : ATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAA-GAT-GTTGTC---C--CGTC--AAGG-TGA-GCTT--TG-T-
gi|28 : TATGATA-CGATCTTATA-TGA-----------CAT-G---ATATTATA--CG---ATATGGTAT
gi|29 : AGGCA-TAT-TTGAGTTA--TTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-tata
gi|3 : TGG-TATGATA----ACAAT---ATGGTAT-GATATGA-TATT--ATTAGTAG-TTTATGGTATGATAC-A-ATG-TTTATTG-ATAAT-GG---TAATGATATTATACGAT--AT--GGTATTA--AATACGAT--A--TGGTTTGATA-ATTACGA--TATTTNNNNNN-NNNNNNNN-N-----NNNNNNNNNNNN-NNNNNNN--NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NGT-TGATACGATATTATATGA--ATATG--G--GTAGACACGATATAT-ATCGAGT---CGGTATGATATTGATGTTATA--GAAGTGT-AT-TGTAT-GAACATATTATAATTG---ATAT----TATTGA-TATGGTATGATTTGT--------A-ATGATATGATATTA------TACGATGATGGTATAT-ATATGATATTATA-CGACTAGGTA-ATGATA--CAATATAA-TATCAA-TATG--GTGATGA-ATGTT-GATACTA--TACGTCTATAG-ATAGTA-----GATGATAT-GATTT---TGGTAATGGATAAGG-TAT----GATA-CGT-TATTATATGATA-----TGGTG-TATACGATATT-----ATTAT-ATGGTATAT-ATACTAA-T-ATG--GTA-T--GATATGATACGCGC-T-AT-GA---TACA-A-
gi|3 : T-ATGAT--TATTA-ATG---A--------T-AT-GTA-GGATATTATTA---CGAT-ATGG--T-------ATGAAT----GCAATATTATA--ATG--AATCAAT------A-TGGTATGATTG-TTAT-GGGTATGATACGATATGTA--TGAA-TACAATATTATACGA--TGTG---G-TATTGA-TATCAATATT-TTATATGATATGAT-CATAAT-GTATA-CGAT----ATGGT-TT--GAATATCATAGCAATT----ATANNNNN-NN--NN-NNNN-NNNNNNNNNNN---N------NNNN-NNN--NNNN------------NNNNNN---NNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNATTAT-TGT-TTG--ATT----GTAATGA-T-ACAAT-ATCAAT-ACA-ATATGGTATA--TA--CGA---TATGGGTATA----AT---AATGA--TTATAGC-GA-TATATA--TTATTATAA-ATTATATTAATAAT----TATCA--ATTATGTATAT-----CAATGATATTCAT------ATAAATATT-A-TTT-TTA-TA-TAAATTATTT-TATATTTTTAAATATTA-T--AT---C-TATA----TTAT-AATAGAT---A-AT--CATAAT-ATA-TGT-AT-TA--AT--A-AAT-AATA-TAGATGTTATAATTAT-TAC--TTA-TG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-A-TT-G--TGTAATAATGA-TA-AAG--TG--TA-AG-TG----AT---G--AAATCC-TGTGG-GTTTAAAATA-AATAGC--AGTAAATATAA--TATACTGGTGCCA-TA-T-ATAAGGTGGTTG-C---C--CGTCGGGAGGTTGA-GCTT--GA-T-AGATCTTTTGATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgattattaatgatatgtaggatattattacgatatggtatgaatgcaatattataatgaatcaatatggtatgattgttatgggtatgatacgatatgtatgaatacaatattatacgatgtggtattgatatcaatattttatatgatatgatcataatgtatacgatatggtttgaatatcatagcaattatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattgtttgattgtaatgatacaatatcaatacaatatggtatatacgatatgggtataataatgattatagcgatatatattattataaattatattaataattatcaattatgtatatcaatgatattcatataaatattatttttatataaattattttatatttttaaatattatatctatattataatagataatcataatatatgtattaataaataatatagatgttataattattacttatgataatttttttagtattgtgtaataatgataaagtgtaagtgatgaaatcctgtgggtttaaaataaatagcagtaaatataatatactggtgccatatataaggtggttgcccgtcgggaggttgagcttgatagatcttttgat
gi|4 : tggtatgataacaatatggtatgatatgatattattagtagtttatggtatgatacaatgtttattgataatggtaatgatattatacgatatggtattaaatacgatatggtttgataattacgatatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgatacgatattatatgaatatgggtagacacgatatatatcgagtcggtatgatattgatgttatagaagtgtattgtatgaacatattataattgatattattgatatggtatgatttgtaatgatatgatattatacgatgatggtatatatatgatattatacgactaggtaatgatacaatataatatcaatatggtgatgaatgttgatactatacgtctatagatagtagatgatatgattttggtaatggataaggtatgatacgttattatatgatatggtgtatacgatattattatatggtatatatactaatatggtatgatatgatacgcgctatgatacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATTA-----TACAATATCGAT-T---TG-----------GCGTAT----GATACCGACTATTATATGATATGGTATGATATTATACGATAAG-----GT-------ATG-AT---GC-AA-T-ATT--ATA-T-TGAT----TA----TGT-AT-GATTCTACA-A-TATTTG--TGA--TA----ATGGTCT-ATATATCGATCTCACCAATTATTC-----TATACAA--TGTCATCCATGGACTGCTTTCCAT----GGTATGTACGAT-C-------G----T----CG--------TCACTCTAT------T-------TGG--GA-A-GTATGTG-GTGTCT--A-TCT-TATGATACGAAATACTTATGA------ATATCA----GT----CTG----GGT--TATTGTATACACAATTCACCTCGAC-GTAATAATATTGT-ATAACGATTATGGGGTTAC---TATGA-TTAC-ATCATTATGTATGATGAGCATC--T-----TAAC----TGGTTAGT-AT--A-TATG---TGAT---TAGTTAGCCTA------TATCTAA--T----------TTATATATTG-GGCT-T-G----ATATGAC-CT--AC-ATATA-TTAT---TATCGTATT--GA----T--GG---TT----ATGA---T-ACCCGA-TTATGCG-TTATGATA---GATAAGATATTTATAAACAATATTTGCGTTATTGACGTA---CAA--CATGG---TTTATGATACAATGTCTGTGTTCTTATT-TG-CTAT--A-TTACAATTATCA-T-ACA-TTATG-TATAGATAACCGACTTTATGGTAGTA----AT---ACTGA--TTAAA-C-AA-T-TATA--T-AT-ATAA-AT---ACTGATATTA---CATAATCATCATATATATGATATTAATGA-AT-CAT-C----ATAAA-ATG-AATGT-TTA-TAA-AA--T-TATCTATATCA----GTATTA-TTTATTCGCCT-TA----GTATTAATATATGTTA-AT--CATA----TA-TGTCAT-CGTCATTGA-T-T-AATA-TAGAG-TATTA-TTAGTTACCATTA-TGTGAA----TAA-TTTTTTTA----GT-ACTTAG--TATAAT---GA-TCTAAA--TG--TACAT-CG----AT---GATAAATTC-TGTGG-G-CAATACTA-TA-AGCCCATCAAATATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAAGAGT-G-TGCCCCTC--CGTC--ATGG-TGATGCTT--TGATGTAATC-TTTG
gi|5 : ATGATATTGT-ATGACAT---TATA----TGATACGATATGT--ATG--ATAT------TTTTATGA-TATTATACTGAATAATG----GGTAT-GATACAAATATT--AT--ACAA-T--ATGGTATGATGCGATAT--TATACT--AATACGA----TAATG-GGGTATG-GATTGATTTGGTATG---AAT-TGAT--A--TTATT-GATA-AT---GG--TATT-----ATACGAATATGGT-----TTGATATGATTACAATATTA--TATGATATGTTAT-TGATTTAGATA-TTATACCGATAT-GGT-TGATACAATA-T-GGTAATGATAGAATATGGTTGATATGATATATAAT---ATTTATGGTATGATA-CAATGTTATA-TGA----T-AT-GGTAT-G---ATATTATA--CG---ATA-TG-------------GTATTATAC-A--------ATATGGTTTGATAT-----GT-TACA---ATATTATACAATATGGTATGATA-C--------ATATGGTA--TGATATAT-TAT-GA-TACA--A---ATA-----T-GGTATGA--TACG---ATATGGTA---------ATGGTAT-GA--A---TG-----------GG-TAT----GATA-AGA-TATTATATGTTA-----TGGTATGATACGATAT----------T-ATAATGAAT-ATGtat
gi|6 : taT-TTGAGTTA--TTGTTTGTTCAAT-TT---TAATC-----AA-CCTTA-G-AT-TAA--AAAAT--GCGTCTTG-TG-----ATCA---AAATGT-ATT-----CGAGTA-GTTTAGATGCTGGTATGATGTGATATTAAACGATATGGTATGATATGGTATGATAATTATGGTATTATACAATAT-G--TTATGATATGATATACGATATATGATTTTNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATACGATT---TGGT--TTGATATGATATTTCATG-ATACGATTTTATATGATATGG-TTTGATGT-GATA-------TTATACGATATGGAATG--ATACGATA-TTA----TT------TGGTATGATgta
gi|7 : ATATTATAC---AATATGG--------TATGATGTGATATTATAC--TATAAGATATGAT-A---TG---ATAA-GGT-ATGATACGATATAT------GATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGATATGATACAATATTACACGAT-ATGGTA-G---ATATTAT-ATTA----TACAATGTATGA--TAC-GATATGGTAT---TA-TGCGAT---ATG-GTTTG----AAAT--CTTAATATGCCAGCT-TG-T-TGGTTAGCTATGATA-AAT--T-TATTATCT-A-TGATAa
gi|8 : ttAT---GT----GGTATGATA-TAATATTATA-CGA----T-AT-GGTATTG---ATATT-TA--TG---ATATTGTATGAC-ATTAT---ATGATACGATATTATACATATGGTATGATATT-----T-TATGAT-AT--TATACGATATTGGATGATA-CAA-----TATA---TA--CAATATGG-TAT-GA-TGCGATAT--TTATA--CT--ATATTA--CAc
gi|9 : tttagTA---TGATATCA---TATTA-TACGATATAGT--GTT-ACATGATATGTTATTAT-ACAAAAT-GATATT---ATGCTATATGATATTCACAGTGTA--ATAGGGT-ACAATAT-GCTATTTTTACAATATGATATTG-TATA--ATATTAtt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TAGAATAGAATATTGAATTGATTGTATTAAACCAATTTAGGGTCCATTAGGGCATACAAGTCAAGAGTTCCATATAAA
Unaligned ( gi|30 ): TATACTTAGTATGACCATCGAGGTTCGACATA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111111 22222 11111111111111111111111111111 222 2222 2222 2222 444444 2222222222 1 1 1 1 222 111 333333333333333333 1 1 1 3333333 2222 11 1 333333333333 2222 222 33333333 11 3333 1 1 11 11 1 11 111 111 555555555555555 22 1 333333333 222 1 1 2222 11111 11 1 2222 1 3333 222 111 2222 1 1 333333333 2222 222 111 111 11 1 222 22222 11 11 111 1 444444444444 1 1 1111 2222222222 1 111 44444444444444 11 2222222222 2222 11 11 11 1 22222222222 55555555555555555555555 1111 222222 1 1 1 11 1 1 33333333 444444444 2222222 111 111 555555555555555 33333333333 555555555555555 1 22222222222222222 44444444444444444 11 111 1 555555555555555555555555555555555555555 1111 22222 22222 11 3333333333333 1 11 1 1 11 1111 4444444444444444 111 11 4444444444444444 1 3333333 1 44444444444444 22 2222 222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 3333 1 1 55555555555555555555555555555 11 11 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111 22 11 1 4444444444444444444444444444 111 11 3333333333 33333333333 111 222222222222222 2222222 1 1 2222 555555555555 3333333333333 2222 8888888888888888888888888888888888888 111 22222222 444444444444444444444444444 11 1 222 11 11 11 2222 22222222222 11 1 1 1111 222222 11 2222 11 222 1 4444444444 1 111 1 22222222 222222 11 1111 1111 111 111 11 1 11111111 1 11111111 1111 111111 1111 111 1 111 11111 1 1 1111
lowQualScore : 4 4 1 11 3 666 99999 3 3 3 3 55 4 55 444444 4 22222 4 11111111111111111111111111111 111 1 4444 2222 0 7 8888 444444 1 2222222222 3 0 0 1 0 1 111 999 2 888888888888888888 5 5 1 5 3333333 3333 77 5 1 333333333333 4444 000 44444444 88 1 0000 2 3 7 0 0 0 33 3 11 6 3 0 33 1 0 3 666 7 999 111111111111111 00 3 444444444 7 333 3 2 7 9999 1 33333 44 7 7 3 2222 3 1111 000 7 1 999 7777 1 88 3 2 999999999 1 5555 0 999 333 1 666 1 999 22 1 6 0 6 222 77777 77 1 33 33 111 1 0 444444444444 0 0 4444 1111111111 33 0 6 333 6 99999999999999 66 0 5555555555 3333 22 33 33 0 0 11111111111 33333333333333333333333 8888 777777 0 5 5 0 5 0 33 0 3 0 44 0 88888888 33 0 99 44 555555555 99 88 88 1111111 6 111 99 111 888888888888888 88888888888 0 3 0 000000000000000 5 6 0 8 44444444444444444 0 1 88 8 8 11111111111111111 11 777 0 555555555555555555555555555555555555555 99 7777 00000 77777 66 1 7777777777777 6 88 22 0 0 33 7777 66 2 3333333333333333 111 1 00 6 4444444444444444 0 2222222 2 11111111111111 88 0 33 1 1111 222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 3333 3 1 1 2 77777777777777777777777777777 33 33 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111 0 1 55 33 0 0 2222222222222222222222222222 3 777 33 1111111111 11 66666666666 2 333 777777777777777 1111111 4 0 0 0000 1 222222222222 55 4444444444444 0000 0000000000000000000000000000000000000 5 777 55555555 1 000000000000000000000000000 3 33 7 2 0 333 99 2 33 33 0000 66666666666 33 7 0 0 4444 111111 33 44 1 6666 1 33 7 1 999 9 5 2222222222 3 0 3 555 0 11111111 8 888888 99 4444 5 0 7777 000 444 8 11 222 0 8 8 8 77777777 0 8 88 999 6 5 1 6 66666666 1 6 4444 111111 99 6 6 6 99 77 5 5 2222 000 2 1 5 111 6 00000 5 1 8 66 5 5 5 777 3 5 0 888 66 66 5 0 0 66 8888 6
lowQualScore : . . . .. . ... ..... . . . . .. . .. ...... . ..... . ............................. ... . .... .... . . .... ...... . .......... . . . . . . ... ... . .................. . . . . ....... .... .. . . ............ .... ... ........ .. . .... . . . . . . .. . .. . . . .. . . . ... . ... ............... .. . ......... . ... . . . .... . ..... .. . . . .... . .... ... . . ... .... . .. . . ......... . .... . ... ... . ... . ... .. . . . . ... ..... .. . .. .. ... . . ............ . . .... .......... .. . . ... . .............. .. . .......... .... .. .. .. . . ........... ....................... .... ...... . . . . . . .. . . . .. . ........ .. . .. .. ......... .. .. .. ....... . ... .. ... ............... ........... . . . ............... . . . . ................. . . .. . . ................. .. ... . ....................................... .. .... ..... ..... .. . ............. . .. .. . . .. .... .. . ................ ... . .. . ................ . ....... . .............. .. . .. . .... ... .............................................................. . .... . . . . ............................. .. .. . ......................................................... .... . . .. .. . . ............................ . ... .. .......... .. ........... . ... ............... ....... . . . .... . ............ .. ............. .... ..................................... . ... ........ . ........................... . .. . . . ... .. . .. .. .... ........... .. . . . .... ...... .. .. . .... . .. . . ... . . .......... . . . ... . ........ . ...... .. .... . . .... ... ... . .. ... . . . . ........ . . .. ... . . . . ........ . . .... ...... .. . . . .. .. . . .... ... . . . ... . ..... . . . .. . . . ... . . . ... .. .. . . . .. .... .
lowQualScore : 4 0 4 22 6 444 11111 6 6 6 6 55 0 55 000000 0 88888 0 55555555555555555555555555555 000 0 0000 5555 7 3 3333 000000 0 7777777777 3 7 7 0 7 0 555 555 5 555555555555555555 5 0 0 0 0000000 5555 55 0 0 000000000000 5555 555 55555555 55 0 7777 5 5 0 0 0 2 22 2 88 5 0 0 88 2 2 2 333 3 777 333333333333333 77 3 777777777 3 333 3 0 3 3333 0 33333 00 3 3 3 7777 3 3333 333 3 0 555 0000 0 00 3 0 333333333 0 0000 7 333 333 0 333 0 333 22 0 5 0 5 555 88888 55 2 22 88 444 0 0 555555555555 0 0 0000 2222222222 55 0 5 888 5 88888888888888 55 8 8888888888 8888 55 88 88 2 5 22222222222 88888888888888888888888 2222 222222 0 8 8 0 8 0 22 2 2 0 22 5 22222222 55 8 55 11 000000000 22 88 33 7777777 7 777 22 777 999999999999999 22222222222 8 2 8 888888888888888 6 0 8 0 66666666666666666 8 4 88 0 0 44444444444444444 00 555 0 222222222222222222222222222222222222222 00 0000 88888 66666 22 0 6666666666666 0 88 55 0 0 88 5555 55 5 2222222222222222 000 0 33 7 0000000000000000 0 5555555 8 22222222222222 00 2 88 2 2222 555 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 0000 3 0 0 0 00000000000000000000000000000 22 88 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0000 2 0 55 88 2 5 5555555555555555555555555555 2 555 88 5555555555 22 55555555555 5 222 555555555555555 5555555 2 0 0 8888 0 000000000000 22 5555555555555 0000 0000000000000000000000000000000000000 2 555 22222222 0 888888888888888888888888888 2 22 0 5 0 222 88 5 22 88 8888 22222222222 88 0 0 0 2222 222222 22 00 0 2222 0 88 0 2 222 2 5 0000000000 2 0 2 888 0 00000000 0 444444 00 8888 0 8 0000 000 000 0 00 666 6 0 0 0 66666666 8 0 88 222 7 2 3 7 88888888 7 7 2222 888888 22 7 7 7 22 99 7 7 1111 000 0 7 7 777 7 88888 7 6 4 99 0 0 0 111 1 0 2 888 99 99 0 0 1 99 7777 7
consensus : NNNAAATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--CGAGTA-GTTTAAATGCTGG--------GATAT-----GATATGGTATGATATGGTATGATAATTACGGNATTATACAATGTCGGCCTACGATATGGTAT----TATATGATTTT-----ATACNTATG-AC-ANTAA-TGGT-ACGATATTATACGGTATGGTATTGATATTNTACGAATATTATACGGNTATATGGNAATCGATACGATATTTCACGCGTACGATTTTACATGATATGGCTNTGATGTCGATAATTATACCTATACGATATGGAATGGCATACGATAGTNAGGGCTTTTCCGGTGGTATGATTATGACTATTATTATGATTGATGGTATATATCGATATATGGTTTTGTAGTAGTGTGATTACAAATATTACTATGAATATTGGTAATTGATGTATACTACTATTATTTACTAGAATTGCTCCATCGCGTATGATATTATACCCAAACATGGGTGGTGAACATGATGTGATATTATACATTATNGGATATGATT---ATGGTAATAA-GGT-ATGGTACG-TATATTATACTGATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGGTATGATACGATATTATACGA-TATGGTATGAT-ATATTAT-ATNA----T--AGTGTATGAT-TAC-GATACGGTAC--GTATTGAGAT---ATG-GTCTGATATAGA--TTNTAATATGAC-GAT-CGATATGG-TAGCT-TGATA-AAT--A-TATTATATAA-CGATATGANCGTANTTTA---CGATANCGATGTATT-ATACGATA-ATT--G-TTACATGATATNTTA-TT-TACGAAATGGATATA---ATTCNATATGGT-TTNACGGTGTATGATANTGT-ACGATAT-G-TATT----CGATACGATATAT-TATA--ATATNAGATATTNTATGG-TATGATACT--ATAATG-TATGGTA-TGATATAA-TATT--AT--AC-AAT--ATGGTATGATGC-ACATG-TATACT--ATTACGGT----AATG-TATTATACGAT--ATTTGGTATGT--AATACGAT--AT--GGTTCGATA-AT---GA--TATT-----AC-CGGATATG-T-----ATGGTATGATTA-GATATTAT--ACGATATGGTAT-TGATTTAGATA-TTATACCGATAT-GGT-TGATACGATA-TANGTGACGATACG---ACGGTCGATATGATACATAAT---GT----GGT--ATGATA-CGATGTTATA-TGA----TA-TGGTA-TG---ATATTATA--CG---ATATTGTATATCGATTAT-GTATGATACGA--------ATATGGTATGATATTGA--GT-TACGAT-ATATTATAC-ATATGGTATGATA-CGA-----TATATGNT--ACAATATAGT-AT-GA-TGCG--AT--TTA-A--CT-GATATTA--TACG---ATAT-GTATTA-----TACGATAT-GAT---GTTG-----------GN-TAT----GATATCGA-TATTATATGATAT----TGGTATTATACGATATG-----GTTAT-ATAATG-AT-ATGC-GA-TA-TT--GTA-T-CGATATCATAC---T-TAT-GA--CTACA-A-TATNTGCGTGA--TACG-TACGGTAT-ATATAT-GGT-------ATTATACGATA-----CG--GT---ATNTATGGAC--CTTTCGATA----TTATATGCGATA-TG----GGT----AAACCGATATATC--------ATACGAT-C-------TGG--GATAN-TATGTG-GTGACT--AATAT-TATNATAANAGGTA---ATG------ATTATCATG-TGT----CTG-TATGATT--ATTG-ATGCGCA--------TGAC-GT-ATGATATTAT---ACG-A-TAT--GGTTACGATACGAATTAT-ACGATNTTGTAT-AT--GCATCGAT-----T-ACGGTATGATTA-T-AT-GA-TATGATACGAT---TA--TGG-NTA------TATNCGA--TATG---G-TCTTGAATATCG-TACT-T-ATGT-ATATGAT-CA--ACGT-ATA-TGAT---TATNGT-TT--GA----TATGGTNATN-AT--A--CGA-TTAT-CGATTACGATA---G-TA------TTAT--ACNA------------TGATGTA---CAAC--GTGNACGNTTATGATACAA------TAT-TGTGTTGATTA--TG-GTATTGA-TTACAA-TATCA-T-ACG-ATATGGTATA-ATA--CGA---TATGGTAATA----AT---ANTGA--TTATA-C-GA-T-TATA--T-ATTATAA-ATTATATTAATANTAA--CATNA--ATTATATATAT--TATCAATGATAT-CAT-C----ATAAATATG-AATGT-TTA-TAATAA--TATAT-TATATCC----ATATTA--TAT---CCTATA----GTA-T-AATAGA---TA-AT--CATAATTATA-TGT-AT-TATAAT--A-TAT-AATAT-AGAT-TTATA-TTATGTACAATTA-TG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-ACTT-G--TGTAAT-ATGA-TA-AAG--TG--TA-AT-GG----AT---GAAAAATCC-TGTGG-G-CTAAAATA-AA-AG--C-ATAAAATATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAAAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGA-GCTT--TG-T-TAATC-TTTGATT
Reference ( family-2335 ) : NNNAAATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--CGAGTA-GTTTAAATGCTGG--------GATAT-----GATATGGTATGATATGGTATGATAATTACGGNATTATACAATGTCGGCCTACGATATGGTAT----TATATGATTTT-----ATACNTATG-AC-ANTAA-TGGT-ACGATATTATACGGTATGGTATTGATATTNTACGAATATTATACGGNTATATGGNAATCGATACGATATTTCACGCGTACGATTTTACATGATATGGCTNTGATGTCGATAATTATACCTATACGATATGGAATGGCATACGATAGTNAGGGCTTTTCCGGTGGTATGATTATGACTATTATTATGATTGATGGTATATATCGATATATGGTTTTGTAGTAGTGTGATTACAAATATTACTATGAATATTGGTAATTGATGTATACTACTATTATTTACTAGAATTGCTCCATCGCGTATGATATTATACCCAAACATGGGTGGTGAACATGATGTGATATTATACATTATNGGATATGATT---ATGGTAATAA-GGT-ATGGTACG-TATATTATACTGATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGGTATGATACGATATTATACGA-TATGGTATGAT-ATATTAT-ATNA----T--AGTGTATGAT-TAC-GATACGGTAC--GTATTGAGAT---ATG-GTCTGATATAGA--TTNTAATATGAC-GAT-CGATATGG-TAGCT-TGATA-AAT--A-TATTATATAA-CGATATGANCGTANTTTA---CGATANCGATGTATT-ATACGATA-ATT--G-TTACATGATATNTTA-TT-TACGAAATGGATATA---ATTCNATATGGT-TTNACGGTGTATGATANTGT-ACGATAT-G-TATT----CGATACGATATAT-TATA--ATATNAGATATTNTATGG-TATGATACT--ATAATG-TATGGTA-TGATATAA-TATT--AT--AC-AAT--ATGGTATGATGC-ACATG-TATACT--ATTACG-T----AATG-TATTATACGAT--ATTTGGTATGT--AATACGAT--AT--GGTTCGATA-AT---GA--TATT-----AC-CGGATATG-T-----ATGGTATGATTA-GATATTAT--ACGATATGGTAT-TGATTTAGATA-TTATACCGATAT-GGT-TGATACGATA-TANGTGACGATACG---ACGGTCGATATGATACATAAT---GT---CGGT--ATGATA-CGATGTTATA-TGA----TA-TGGTA-TG---ATATTATA--CG---ATATTGTATATCGATTAT-GTATGATACGA--------ATATGGTATGATATTGA--GT-TACGAT-ATATTATAC-ATATGGTATGATA-CGA-----TATATGNT--ACAATATAGT-AT-GA-TGCG--AT--TTA-A--CT-GATATTA--TACG---ATAT-GTATTA-----TACGATAT-GAT---GNTG-----------GN-TAT----GATATCGA-TATTATATGATAT----TGGTATTATACGATATG-----GTTAT-ATAATG-AT-ATGC-GA-TA-TT--GTA-T-CGATATCATA----T-TAT-GA--CTACA-A-TATNTGCGTGA--TACG-TACGGTAT-ATATAT-GGT-------ATTATACGATA-----CG--GT---ATNTATGGAC--CTTTCGATA----TTATATGCGATA-TG----GGT----AAACCGATATATC--------ATACGAT-C-------TGG--GATAN-TATGTG-GTGACT--AATAT-TATNATAANAGGTA---ATG------ATTATCATG-TGT----CTG-TATGATT--ATTG-ATGCGCA--------TGAC-GT-ATGATATTAT---ACG-A-TAT--GGTTACGATACGAATTAT-ACGATNTTGTAT-AT--GCATCGAT-----T-ACGGTATGATTA-T-AT-GA-TATGATACGAT---TA--TGG-NTA------TATNCGA--TATG---G-TCTTGAATATCG-TACT-T-ATGT-ATATGAT-CA--ACGT-ATA-TGAT---TATNGT-TT--GA----TATGGTTATG-AT--A--CGA-TTAT-CGATTACGATA---G-TA------TTAT--ACNA------------TGATGTA---CAAC--GTGGACGNTTATGATACAA------TAT-TGTGTTGATTA--TG-GTATTGA-TTACAA-TATCA-T-ACG-ATATGGTATA-ATA--CGA---TATGGTAATA----AT---ANTGA--TTATA-C-GA-T-TATA--T-ATTATAA-ATTATATTAATANTAA--CATNA--ATTATATATAT--TATCAATGATAT-CAT-C----ATAAATATG-AATGT-TTA-TAATAA--TATAT-TATATCC----ATATTA--TAT---CCTATA----GTA-T-AATAGA---TA-AT--CATAATTATA-TGT-AT-TATAAT--A-TAT-AATAT-AGAT-TTATA-TTATGTACAATTA-TG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-ACTT-G--TGTAAT-ATGA-TA-AAG--TG--TA-AT-GG----AT---GAAAAATCC-TGTGG-G-CTAAAATA-AA-AG--C-ATAAAATATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAAAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGA-GCTT--TG-T-TAATC-TTTGATT
gi|1 : AAATAGGCA-TATATTGAATTA--TTGCTTGTTCAAC-TTGTTTCATCTAAAAAATACTTATGCATATAACTGAT-TATGCATCTTA-GTGATTTA------AAATGT-AATTT----GACTATGTTTAGATGCTGA--------GA-------------------ATATGATAT---AATTACGAAATTA----ATGTCGGCCTGTGA-ATGGTCT----TATATGATTTT------TATTTATG-ACCATTAAATGATCACGAT-TTATACAGTATGGTATTGATATTTTATGAATATTATACGGATATATGGGAATCGATACCA------ACACGTA-----TTACA-AATATGGCTATGATGTCGATAATTATACCTATACGATAT----TGGCATATGATAGTGAGGGCTTTTCCGGTGGTATGATTATGACTATTATTATGATTGATGGTATATATCGATATATGGTTTTGTAGTAGTGTGATTACAAATATTACTATGAATATTGGTAATTGATGTATACTACTATTATTTACTAGAATTGCTCCATCGCGTATGA----ATACCCAAACATAAGTGGTGAACATGATATGATATTATATATTATTGGATATGATTACAATGGTTATGATGAT-ATGGTATG-TATATTATACTGATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGATATGTTACGATATTATACAATTATGGTATGAT-ATATTATGATAACAATT--AGTGCATGATCTGC-AATATGGTATCGGTATTGAGAT---ATGTATCTGATATAGATGTTCTAATATGAC-GAT-TGATATGG-TAGTT-TGCTA-ACTCGACTCTTATATAAGCGATATGACCGTACTTTA---GGATAGTGATGTGTTAATATGATA-ATTTCGTTTAGATGACATATTATTT-TATGAAATGAATATAGAGATTCCATATGGT-TTTATGATGTATTTTCTTATGACTATAT-G-TATT----GAATATGACGTAT-TCTA--AAATCAAATATTGTATAGCTATGATATT--ATAACGATATGGTATTGATATAG-TATTTAAT--ACAAAT--ATGGTATGATGC-ACACGATACACTTAATTACA-TTCTCAAT--TACTATACGA---ATTTGGTATGTTAGATATGATTAAT--GGTTCGATAGAT---GAATTATT-----ACTCGGATA---------ATGGTGTGTATA-GAAATTA-----GAAATAGAATATGATTTTG--A-TTAAACCAATTTAGG---GAGCCCATA-TAAGGGACGATACA---A--GTCAAGA-GATACATA-------------TAAAAGAGA-AAATGTTATA-TGA----TATTGGTG-TG---ATATTAT---CGTTAATATT-TATATCG-TTAT-GTATGATACGA--------ATATGGTAGGATATTGAAGGTGTATGGT-GTATGATAC-ATATGGTATGATA-CGA-----TATGTATTAGACAATATGAT--T-GAGTGTG--AT--TTA-A--CTCGATATTAGTTATG---ATAT-GT-TTACTTACTACGA-AT-GATGGCGTTG-----------GT-TGT----GATATTGA-TATTATATGATAT----TGATA-TATCCAATATG-----GCTATGATAACG-AT-ATGC-GAGTA-TT--GTA-TACAA-ATCATGT---T-TATCAA--CCACATACTGCGTGCGTGAAGTACACTGCGG-ATCAAATAT-GGT-------ATTATAC-ATA-----TGAAAT---ATTTATGGACA-CCTTCGATA----TTATAT-TGATA-T-----GGT----AAACCGAGATTTT--------ATACGAT-CCTTATCTTAG--G-TTT-TAGGTGAGTGACTCAAATATCTCTTTTAAAA-GTA---ATGAGAATCATTATTATGTTGT----CTGTTATGATT--ATTG-GTGCATG--------TGATGGT-ATGATCTGAC----CG-A-TAT--GGTTATGATACAAATTAT-ACGATCTTGTAT-AT--GTATGGAT-----T-ACAGTAT-ATTA-T-ATAGA-TATGATACGAT---TA--TGG-GTA------TATCGGACTTATG---GTTCTTGAATATCA-TACTCC-ATGT-ATATG----A--ACTC-ATAGTGAG---TATCGT-T---------TATGGAAAT---T--A--CTAGTCAT-CGATTACGAT------TA------TTAT--TCTA------------TGAT-TA---CAACTTGTGGATGGTTATGATACAA------TAT-TGTATTGATTA--TGAGTATTGACTCACAA-TATCA-TAACGAATATGGTATA-ATA--CGA----ATAGTAAGACCGGATATAATTGACTTCATA-CTGAGT-TATA--T-A-TATAATATTATATTAATAATAATTCATAA--ATTATATATAT--TATCACTGATAT-TATACCTTGATAAATATGCAATGTGTTAGTAATAA--TATAT-TATAT-C----ATATTAG-TAT---CCTATA----TTA-TAAATAGA---TA-ATTGCATAATTATAGTGT-AT-TATAAT--ACTATAAATAT-AGAT-TTATA-TTATGTACAGTTA-TG---A----T-A-TTTTGTTC----GTCACTT-GCTCGTAAT-ATGACTA-AAGGTTG--TA-ATGGG----ATTTCGAAAAATCCATGTGGAG-TTAAAATACAA-AG--CGATAAAATATAA--TA-A-TGGTGCCACTAGTGAAAAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGAGGCTTTGTG-T-TAATC-GTT-ATT
gi|10 : ttt-TGTATC-----ATATTA--TAT---CATATACAATGTA-C-AATAGA---AA-AT--C-TTATTATA-TAC-ATGTAT-------CAT-AATG-------TTATA-TTATGCACAA-TA-TA---AATTGTGA-TTTTTTTATGTTGT-AC---G--TGTAAC-ATAA-TA-AAG--TG--TA-CT-GG----AT---G-AAAATCT-TGTttttacc
gi|11 : taTATA-TCATATACAAT-A-TG---A----TAAATTCTTTTA----GT---TT-G--TGTAAT-A-GA-GA-AAG--TG-----GT-GGTAACAT---GAAAATTCC-TGTGG-G-CTAAAACA-AA-A-------------T----TA-A-TACTGCCA-TA---AAAGGGT-GTTGTC---CATGGTC--GAGG-TG-----T--TG-T----CC-TTTGA
gi|12 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTGTTT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|13 : ATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|14 : ATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAA
gi|15 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-A-GT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|16 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA---AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|17 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG--T--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--C-AGTA-GTTTAAAT
gi|18 : AAATAGGCAATAT-TTGAGTCA--TTGCTTGTTCAATCTT---TCATC-----AA-ACTTA-G-A--TAA--GAA-T--GCGTCTTG---------TGATTTAAATGT-ATTT-----GAGTA-GTTTAGATGCTG
gi|19 : cG--TA-AT-GG----AT---GAAAA-TCC-TGTGA-G-CTAAAGTA-AA--G--C-ATAAA-TATAA--TA-A-TTATGCCA-TA-T-AAA-GGT-GTAGCC---C--CGTC--AAGG-TGA-GATC--TG---TAATC-
gi|2 : GTCTGGTATGATATAAT-TTATAC-A-TAGTGCGTGATGATATTA----GA----T--A-TGTGACAT-TACAGATAC----C--ATATTAAGATCGAATG-GT--GATATA----TTATGATA--AT-AATACGATATGG-TA----TGATACAAT--A-TATTAAACAT-CGG-ATAAGCG--ATTTATATCTATAACAATGTATT-ATA-GAT---TG--G-TTGCATAATATCTCA-T---ATGGAATGG-TATA---AGTCGATATG-T-TTGA----GTAAGACAAT-T-ATTATATAG-AATT----GGAT--GATACATATATACCATATGAGATACAATATGG-TATGATA------AAT--TATGGTA-TGATATAA-CA----AT--AC-C-T--ATGGTATGA----ACAAG-TATA-T--CTTG-G-A----AATA-TATTATA---T--AT--GGTATAT--AA--CGAT--ATTTGTTTTGAT---T---AA--TGTT-----AC--GGATATA-TTATCAATAGTATGAT----ATATTATGTAC-ATATGGTAT-GAA---AGATAGTTAT---GATAT-GGTCTGATACGA-A-TATATGATGGTATG---ACAA-CGATAT-ATACATAAT---G-----GGT--CTGATA-TGATGTTATACTGA----TAATGATA-C----ATATTATA--TG---AAATTA---ATTGA--AT-AAATGGTA------------TATT-TATGAT-TTGA--AT----GAT-ATAT---AC-ATATGGTA-GATATCAA-----TATA-ATC--ACAAT-TAGTTAT-GA-TGCG--AT--T---A--CT--ATACTA--TACG---ATAT-GTA--A-----TATGAT-----T---GGTA-----------GA-TATAAAGGATATCC--TATTATAT-ATAT----GGGTAT-ATTGAATATGTGTACGTTAT--TAATG-ATCATG--GA-TAATTCAATAGT-CAATATCATA----T-GGT-GA----ACA-A-TATATACAT-A--CGCG-TATGATACGATATGT-GGT-------ATTATACAATAGAATATG--GT---ATATACGAAT--TATATGATAATGATTATA-GCGATAATG----GGTGAATAAACCGATATATAGTGATATGATACAATAC-------TGGATGATACATATGTA-GATAC---AATAT-TATAACAATAGGTA----TG------ATCA--ATG-TGTAATACAA-TATAATTCTATTG-ATACGCA---------------------ATTAT---CCATA-TAT--G--CA-GATA---ATTATCACGATATGGTA--AT--GCATCAATATTAAT-ACAGAATCA--A-T-AT-G--TATGATATGTT---CA--TGG--TA------TATACGA--CATGTATA-TCTT--ATACGA-TA---T-ATGT-ATATGATACA--ATATGATA-TGATCGATATGGT-ATACGA----TATGGTTGTACATTCA--CAC-TTAT---ATTACGATACTGG-TA------TTAT--ACCA-------------GATGTATTGCTAC--AAATACTATTATGATACAA------TAT----G--GATGA--TACATATTG--TTG--A-TATCA---ACG--TATGGTATA-ATA--CAC---TATGGTAATA----GT---A-TGA--T-ATA-C-GA-T--ATAATT-ATTATAA-ATTAT--TAATACTAA--TATCA--AT-ATTTATAT---ATCA-TGA-AT-C---T----ATATATATG-GAT---TTA-TA-TAA---ATAT-TATATCC----ATATTA--TA----CCTATA----GTA-T-AATAGA---TACAT--CATAAT-ATA-TGT-AT-TATAAT--A-TAT-AATATTAGCT-TTATA-TTATGTAC-ATTATTG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-ATTT-G--TAAAAT-ATCA-TA-AAG--TGTCTA-AT-GG----AT---G-AAAATCC-TGTGG----TAAAATA-TA-AG--C-ATAACATATAATTTA-T-TGGTG-CA-TA-T---TAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGA-GC-T--TG-T-AAAT
gi|20 : cattatttgaaaataacgtagatATATGATT---ATGGTAAT-A-GATGATGATACG--ATATTATAC-GTTATGATATGATACAGATATAAGATATGGTATGATAAGATATTATAt
gi|21 : atatgtatGTAATAA-GGC-ATGGTCAG-TATATTATACT-ATATG------TAC-GATAT--
gi|22 : gctggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACGATATGGTAT----GATATGATTTT-----ATACATATGTAC-AAT-A-TGGT-ATGATATTATACGATATGATA-TGATATTATACG-ATATTATa
gi|23 : aATAT-GGT-------ATAATACGATA-----TG--GT---ATG-ATATAT--CTTTCGATA----TGATAT--AATA-TGAAATGGT----A---TGGTATATC--------ATACGAT-A-------TGG--gtta
gi|25 : G--C-ATAAA-TATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAA-GGT-GTTGCT---C--CGTC--GAGG-TGA-GCTT--TG---TAATC-TTTGATT
gi|26 : AT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-----------------CT-------------ATATAAATGTATTTGTTAATGAGTA-GTTTAGATGCTGG----------TAT-----GATacc
gi|27 : ATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAA-GAT-GTTGTC---C--CGTC--AAGG-TGA-GCTT--TG-T-
gi|28 : T--ATGATA-CGATCTTATA-TGA----------CA-TG---ATATTATA--CG---ATATGGTAT
gi|29 : AGGCA-TAT-TTGAGTTA--TTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-tata
gi|3 : TGG-TATGATA----ACAAT---ATGGTA-TGATATGA-TATT--ATTAGT-AGTTTATGGTATGATAC-A-ATG-TTTATTG-ATAATGGT----AATGATATTATACGAT--AT--GGTATTA--AATACGAT--AT--GGTTTGATA-ATTACGA--TATTTNNNNNN-NNNNNNNN-N-----NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NGT-TGATACGATATTATATGA--ATATG-----GGTAGACACGATATAT-ATCGAGT---CGGT--ATGATATTGATGTTATA--GAAGTGTA-TTGTA-TGAACATATTATAATTG---ATAT----TATTGA-TATGGTATGATTTGT--------A-ATGATATGATATTA------TACGATGATGGTATAT-ATATGATATTATA-CGACTAGGTA-ATGAT--ACAATATAAT-ATCAA-TATG--GTGATGA-ATGTT-GATACTA--TACGTCTATAG-ATAGTA-----GATGATAT-GAT---TTTGGTAATGGATAAGG-TAT----GATA-CGT-TATTATATGATA-----TGGTG-TATACGATATT-----ATTAT-ATGGTATAT-ATACTAA-TA-TG--GTA-T--GATATGATACGCGC-TAT-GA---TACA-A-
gi|3 : -TATGATT--ATTA-ATG---A--------T-AT-GT-AGGATATTATT--ACG-A-TAT--GGT------ATGAAT----GCAATATTATA--AT--GAATCAAT-------ATGGTATGATTG-TTAT-GGGTATGATACGATATGTA--TGA-ATACAATATTATACGA--TGTG---G-TATTGA-TATCAATATT-TTATATGATATGAT-CATAATGT-ATA-CGAT----ATGGT-TT--GAATATCATAGCAATT-AT--A--NNN-NNNN-NNNNNNNNNNN---N-NN------NNNN--NNNN------------NNNNNNN---NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTAT-TGT-TTGATT------GTAATGA-T-ACAA-TATCAAT-ACA-ATATGGTATA--TA--CGA---TATGGGTATA----AT---AATGA--TTATAGC-GA-TATATA--TTATTATAA-ATTATATTAATAAT----TATCA--ATTATGTATAT-----CAATGATATTCAT------ATAAATATT-A-TTT-TTA-TA-TAAATTATTT-TATATTTTTAAATATTA--TAT---C-TATA----TTA-T-AATAGA---TA-AT--CATAAT-ATA-TGT-AT-TA--AT--A-AAT-AATAT-AGATGTTATAATTAT-TAC--TTA-TG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-A-TT-G--TGTAATAATGA-TA-AAG--TG--TA-AG-TG----AT---G--AAATCC-TGTGG-GTTTAAAATA-AATAG--C-AGTAAATATAA--TATACTGGTGCCA-TA-T-ATAAGGTGGTTG-C---C--CGTCGGGAGGTTGA-GCTT--GA-T-AGATCTTTTGATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgattattaatgatatgtaggatattattacgatatggtatgaatgcaatattataatgaatcaatatggtatgattgttatgggtatgatacgatatgtatgaatacaatattatacgatgtggtattgatatcaatattttatatgatatgatcataatgtatacgatatggtttgaatatcatagcaattatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattgtttgattgtaatgatacaatatcaatacaatatggtatatacgatatgggtataataatgattatagcgatatatattattataaattatattaataattatcaattatgtatatcaatgatattcatataaatattatttttatataaattattttatatttttaaatattatatctatattataatagataatcataatatatgtattaataaataatatagatgttataattattacttatgataatttttttagtattgtgtaataatgataaagtgtaagtgatgaaatcctgtgggtttaaaataaatagcagtaaatataatatactggtgccatatataaggtggttgcccgtcgggaggttgagcttgatagatcttttgat
gi|4 : tggtatgataacaatatggtatgatatgatattattagtagtttatggtatgatacaatgtttattgataatggtaatgatattatacgatatggtattaaatacgatatggtttgataattacgatatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgatacgatattatatgaatatgggtagacacgatatatatcgagtcggtatgatattgatgttatagaagtgtattgtatgaacatattataattgatattattgatatggtatgatttgtaatgatatgatattatacgatgatggtatatatatgatattatacgactaggtaatgatacaatataatatcaatatggtgatgaatgttgatactatacgtctatagatagtagatgatatgattttggtaatggataaggtatgatacgttattatatgatatggtgtatacgatattattatatggtatatatactaatatggtatgatatgatacgcgctatgatacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATTA-----TACAATATCGAT----TTG-----------GCGTAT----GATACCGACTATTATATGATATGGTATGATATTATACGATAAG-----GT-------ATG-AT---GC-AA-TA-TT--ATA-T-TGAT----TA----TGTAT-GATTCTACA-A-TATTTG--TGA--TA----ATGGTCT-ATATATCGATCTCACCAATTATTCTATA-----CA--ATGTCATCCATGGACTGCTTTCCATG----GTATGTACGATC--------GT--------CG-----TC--------ACTCTAT-T-------TGG--GA-AG-TATGTG-GTGTCT---ATCT-TATGATACGAAATACTTATG------AATATCA----GT----CTG----GGTT--ATTGTATACACAATTCACCTCGAC-GTAATAATATTGTATAACG-ATTATGGGGTTAC--TATG-ATTAC-ATCATTATGTATGATGAGCATC--T-----TAAC----TGGTTAGT-AT--A-TATG---TGAT---TAGTTAGCCTA------TATCTAA--T----------TTATATATTG-GGCT-T-G----ATATGAC-CT--ACAT-ATA-TTAT---TATCGTATT--G------ATGGTTATG-AT--ACCCGA-TTATGCG-TTATGATA---GATAAGATATTTATAAACAATATTTGCGTTATTGACGTA---CAAC--ATG---GTTTATGATACAA------TGTCTGTGTT-CTTATTTG-CTAT--A-TTACAATTATCA-T-ACA-TTAT-GTATAGATAACCGACTTTATGGTAGTA----AT---ACTGA--TTAAA-C-AA-T-TATA--T-A-TATAA----ATACTGATATT-A--CATAATCATCATATATATGATATTAATGA-AT-CAT-C----ATAAA-ATG-AATGT-TTA-TAA-AA--T-TATCTATATCA----GTATTATTTATTCGCCT-TA----GTATT-AATATATGTTA-AT--CA----TATA-TGTCAT-CGTCATTGA-T-T-AATAT-AGAG-TATTA-TTAGTTACCATTA-TGTGAA----TAA-TTTTTTTA----GT-ACTTAG--TATA---ATGA-TCTAAA--TG--TACAT-CG----AT---GATAAATTC-TGTGG-G-CAATACTA-TA-AGCCC-ATCAAATATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAAGAGT-G-TGCCCCTC--CGTC--ATGG-TGATGCTT--TGATGTAATC-TTTG
gi|5 : ATGATATTGT-ATGACAT---TATA----TGATACGATATGT--ATG--ATAT------TTTTATGA-TATTATACTGAATAATG----GGTA-TGATACAAATATT--AT--AC-AAT--ATGGTATGATGCGATAT--TATACT--AATACGAT----AATG-GGGTATG-GATTGATTTGGTATG---AAT-TGAT--AT--TATT-GATA-AT---GG--TATT-----ATACGAATATGGT-----TTGATATGATTACAATATTAT--ATGATATGTTAT-TGATTTAGATA-TTATACCGATAT-GGT-TGATACAATA-T-GGTAATGATA-GAATATGGTTGATATGATATATAAT---ATTTATGGT--ATGATA-CAATGTTATA-TGA----TA-TGGTA-TG---ATATTATA--CG---ATA-TG-------------GTATTATAC-A--------ATATGGTTTGATAT-----GT-TACA---ATATTATACAATATGGTATGATA-C--------ATATGGT--ATGATATATT-AT-GA-TACA--A---ATA-----T-GGTATGA--TACG---ATATGGTA---------ATGGTAT-GA-----ATG-----------GG-TAT----GATA-AGA-TATTATATGTTA-----TGGTATGATACGATAT----------T-ATAATGAAT-ATGtat
gi|6 : taT-TTGAGTTA--TTGTTTGTTCAAT-TT---TAATC-----AA-CCTTA-G-AT-TAA--AAAAT--GCGTCTTG-TG-----ATCA---AAATGT-ATT-----CGAGTA-GTTTAGATGCTGGTATGATGTGATATTAAACGATATGGTATGATATGGTATGATAATTATGGTATTATACAATAT-G--TTATGATATGATATACGATATATGATTTTNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATACGATT---TGGT--TTGATATGATATTTCATG-ATACGATTTTATATGATATGG-TTTGATGT-GATA-------TTATACGATATGGAATG--ATACGATA-TTA----TT------TGGTATGATgta
gi|7 : ATATTATAC---AATATGG--------TATGATGTGATATTATAC--TATAAGATATGAT----ATG---ATAA-GGT-ATGATACGATATAT------GATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGATATGATACAATATTACACGA-TATGGTA-G---ATATTAT-ATTA----TACAATGTATGA--TAC-GATATGGTAT---TA-TGCGAT---ATG-GTTTG----AAA--TCTTAATATGCCAGCT-TG-T-TGGTTAGCTATGATA-AAT--T-TATTATCT-A-TGATAa
gi|8 : ttAT---GT----GGT--ATGATA-TAATATTATA-CGA----TA-TGGTATTG---ATATT-TA--TG---ATATTGTATGAC-ATTA---TATGATACGATATTATACATATGGTATGATATT-----T-TATG---ATATTATACGATATTGGATGATA-CAA-----TATA---T--ACAATATGGT-AT-GA-TGCGATAT--TTATA--CT--ATATTA--CAc
gi|9 : tttagTA---TGATATCA---TATT-ATACGATATAGT--G-TTACATGATATGTTA-TTATACAAAAT-GATATT---ATGCTATATGATATTCACAGTGTA--ATAGGGT-ACAATAT-GCTATTTTTACAATATGATATTG-TATA--ATATTAtt
blockSeqs : A . A AA C . . . . . . . A . TTTT A TAATG . TATGATGTGATATTAAACGATATGGTATG GAT T TACA G T ACGA NNNNNN A TACAATA . A N A N T . T G TATTTCATGATACGATT T . T . . GGAA . . T TT TATT . . . A T G A A . G AT T G A G A AA C A GA T ATG TATTATACAA T A TGGTAT T CGA . T A AA A TGCCA AC A A T GCTA C A AT T G A TATC A AA . C ATAGTG C TTA GG . G ATA G CAG AG A G . T AG TTTAC AC A AT CC GAG A . CTGAATAATG . A TT TAGTAGTTT TA G C AG T GATAATGGT GA GATTGATTT AT TA . TT T AATTACGA TNNNNNNNNNNNNNNN TACA TGTAC . N A G N . TC T T AT T GAATATG TA CG AA CGAGTC . TT CT AGTGTA T AAC AT . TGTATGACATTA CGATATTATAC A TATACGATG T A T GACTAGGTAATGAT G TA C . GTGATGAATGTTG . TCT G AGTAGATGATATGATTTTGGTAATGGATAA CG AAAG CCGAC TGGTA TT T GTGTACGTTAT T CA CT . A CA GTC TA C CGCGCTATGAT A A CA G CGCGTATGATACG C CTCACCA A GAATATGGT AT TG A ATGA TAC ATGGGTGAATAAACCGATATATAGTGATATGATACAATACTGGATGATACA . A . A T G TGATCAATGTGTAATA T CT T CACAATTCACCTCGACGTAATAATATTGTATAACGATTATGGGGTTACTATG TATC A TG GA A ATTAATACAGAATCAATATG A ATG GT ATACAATAT AC CATGTATA C ATA CAATATTTTATATG ATCATA A G . CGAT G TTGAATATC TT ACATTCACAC NNN AGATAAGATATTTATAAACAATATTTGCGTTATT G TTG AAATAC A NNNNATTATTGTTTGATTG T A T C T AT A G GA AC CTTT ATAA . T G . TAT ATTAT A AT C AA C TC T T GAT A T TCAT T . A TT . TAAATTA C TTTTAA TT TTCG A CAAT TT TGT C . ATA T . C G TCATTGA . TT ATG A G A T AATTG G A TGTT ACTTA . A . T . TC C . TAAC . A A . GT . AGCC . A A TT T C . T G G CCT AT GG T T . ATGT T
blockSeqs : . . A AA . . . . . . . . . . TTT . TC . T . A N NNNNNNN . N . N . . G A A . . T T T G T . . A A A . . GATA . . CCA . . . . . . T AT T . . . . . T A . T T A . . TGG G T GA . T T C . TG T G . G GC G AT G T . . T . ACAAT . . TT ACAAT TG . T TG C AATACGAT A CGATAT TA T . . T AATGG ACGGATATATTATCA NNN NNNN . T N . A . T T . AT T TGACA TT TG AA ATTTAT . T T TAA . . . . TATTGATATG TGT G TGAATGAT T G . AATATAATC A A . . ATATTTATACT . . . ATTATACAATATCGATTTG A . TCC T TG A TATTATA A A C . . . TT TA G TGTATGATTCT A T . . TAATGGTCT . . G CAATGTC CC . T . GC GTCGTCACTCTATTTGGGAAG . T . G G A CTTATGAATATCAGT T . . ATATGTAGGATATTATTACGATATGGTATGA TAC A . . A ATGGTATGATTGTTATGGG A . . CCTA AC TGTGG A GA GATATATGT ATACA G . . T G ATACGAT CA GATACCCGA GCG ACTGGTATTATACCA N . NNNNNN N TGTCTGTGTTCTTATTTGC T A T C . T T G A . T ATAC . T . . TT TTAT A AC A A C . C G . A . CATC T . A GT . TAAA . CC . T C . C . . . ATA T . . . TAATA . T CT . A A . TGAA A . . ATTT . . . . . . . . . . A T . G . TAG . A A . . . . T A . . . . . . . TA .
blockSeqs : . . A AA . . . . . . . . . . TTT . TC . . . . . . . . G . . . . T . . G . . A . T . T . . . AATT . . . ACCT . . . T . CTTGGA G TAT G . . . . TAA ATACGAATATGGT . TATG . . A . . . T . . G . TGG C T A GT . C T TA . . . . TAATTGAAT CA G GTTACA T . . ATATGGT T A . . ATTACT . . . AATATGATTGGTA G . CGT . T A GGT . A . . . . T T . TGGTGA A . . T TGGT G . T . T . . . CGCAATTATCCATATATGCAGATA . T . . . TAACTGGTTAGTATA . . . TA CT T . A TGGGCTTG ACCT A . . . C ATTG TT TATANNN A NNNNNNNNNNNNN G . ATG T TATGGATGATACA . . . . . . . . . . T GTA . . . . T TA . . T . A . . A . . . CT . . . . . AAAT . CA . T C . T . . . TT . . . . ATA . T AG . G C . A A . . ATT . . . . . . . . . . A A . G . AG . A A . . . . T A . . . . . . . TA .
blockSeqs : . . A AA . . . . . . . . . . TTT . TC . G . C C TA . . . . TG . . TTTATG . . . AATATAT G A . . AATATG . AATGGTATGAATG G . AGA . T A TA . . . C . . . . T . . . A . . . . T . . . . T . . A A . . AC . . . . . . . . . . . A . G . A . T . . . . . T G . . . . . . . T .
blockSeqs : . . A AA . . . . . . . . . . TTT . TC . . T . . . . . . . . . . A A . . TT . . . . . . . . . . . A . . . G . C . . . . . T . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . A AA . . . . . . . . . . TT . TC . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . T
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . TG . TC . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . . CG .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : AA *** ***** ** ** TTT*** TC*** GT******* ** TA***** *** TGTTGAATG****** TNTACG********* AATATAGT********* A* ATATATT********** ** ATAACGATATGATTGTG********************** CGN** T**** TGT********** C***** ** T** ** TATA**** ACTT** ** ** *** G** AG*** T** ** TA**
originalCons : NNNAAATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTTTTT--CGAGTA-GTTTAAATGCTGG--------GATAT-----GATATGGTATGATATGGTATGATAATTACGGNATTATACAATGTCGGCCTACGATATGGTAT----TATATGATTTT-----ATACNTATG-AC-ANTAA-TGGT-ACGATATTATACGGTATGGTATTGATATTNTACGAATATTATACGGNTATATGGNAATCGATACGATATTTCACGCGTACGATTTTACATGATATGGCTNTGATGTCGATAATTATACCTATACGATATGGAATGGCATACGATAGTNAGGGCTTTTCCGGTGGTATGATTATGACTATTATTATGATTGATGGTATATATCGATATATGGTTTTGTAGTAGTGTGATTACAAATATTACTATGAATATTGGTAATTGATGTATACTACTATTATTTACTAGAATTGCTCCATCGCGTATGATATTATACCCAAACATGGGTGGTGAACATGATGTGATATTATACATTATNGGATATGATT---ATGGTAATAA-GGT-ATGGTACG-TATATTATACTGATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGGTATGATACGATATTATACGA-TATGGTATGAT-ATATTAT-ATNA----T--AGTGTATGAT-TAC-GATACGGTAC--GTATTGAGAT---ATG-GTCTGATATAGA--TTNTAATATGAC-GAT-CGATATGG-TAGCT-TGATA-AAT--A-TATTATATAA-CGATATGANCGTANTTTA---CGATANCGATGTATT-ATACGATA-ATT--G-TTACATGATATNTTA-TT-TACGAAATGGATATA---ATTCNATATGGT-TTNACGGTGTATGATANTGT-ACGATAT-G-TATT----CGATACGATATAT-TATA--ATATNAGATATTNTATGG-TATGATACT--ATAATG-TATGGTA-TGATATAA-TATT--AT--AC-AAT--ATGGTATGATGC-ACATG-TATACT--ATTACGGT----AATG-TATTATACGAT--ATTTGGTATGT--AATACGAT--AT--GGTTCGATA-AT---GA--TATT-----AC-CGGATATG-T-----ATGGTATGATTA-GATATTAT--ACGATATGGTAT-TGATTTAGATA-TTATACCGATAT-GGT-TGATACGATA-TANGTGACGATACG---ACGGTCGATATGATACATAAT---GT----GGT--ATGATA-CGATGTTATA-TGA----TA-TGGTA-TG---ATATTATA--CG---ATATTGTATATCGATTAT-GTATGATACGA--------ATATGGTATGATATTGA--GT-TACGAT-ATATTATAC-ATATGGTATGATA-CGA-----TATATGNT--ACAATATAGT-AT-GA-TGCG--AT--TTA-A--CT-GATATTA--TACG---ATAT-GTATTA-----TACGATAT-GAT---GTTG-----------GN-TAT----GATATCGA-TATTATATGATAT----TGGTATTATACGATATG-----GTTAT-ATAATG-AT-ATGC-GA-TA-TT--GTA-T-CGATATCATAC---T-TAT-GA--CTACA-A-TATNTGCGTGA--TACG-TACGGTAT-ATATAT-GGT-------ATTATACGATA-----CG--GT---ATNTATGGAC--CTTTCGATA----TTATATGCGATA-TG----GGT----AAACCGATATATC--------ATACGAT-C-------TGG--GATAN-TATGTG-GTGACT--AATAT-TATNATAANAGGTA---ATG------ATTATCATG-TGT----CTG-TATGATT--ATTG-ATGCGCA--------TGAC-GT-ATGATATTAT---ACG-A-TAT--GGTTACGATACGAATTAT-ACGATNTTGTAT-AT--GCATCGAT-----T-ACGGTATGATTA-T-AT-GA-TATGATACGAT---TA--TGG-NTA------TATNCGA--TATG---G-TCTTGAATATCG-TACT-T-ATGT-ATATGAT-CA--ACGT-ATA-TGAT---TATNGT-TT--GA----TATGGTNATN-AT--A--CGA-TTAT-CGATTACGATA---G-TA------TTAT--ACNA------------TGATGTA---CAAC--GTGNACGNTTATGATACAA------TAT-TGTGTTGATTA--TG-GTATTGA-TTACAA-TATCA-T-ACG-ATATGGTATA-ATA--CGA---TATGGTAATA----AT---ANTGA--TTATA-C-GA-T-TATA--T-ATTATAA-ATTATATTAATANTAA--CATNA--ATTATATATAT--TATCAATGATAT-CAT-C----ATAAATATG-AATGT-TTA-TAATAA--TATAT-TATATCC----ATATTA--TAT---CCTATA----GTA-T-AATAGA---TA-AT--CATAATTATA-TGT-AT-TATAAT--A-TAT-AATAT-AGAT-TTATA-TTATGTACAATTA-TG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-ACTT-G--TGTAAT-ATGA-TA-AAG--TG--TA-AT-GG----AT---GAAAAATCC-TGTGG-G-CTAAAATA-AA-AG--C-ATAAAATATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAAAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGA-GCTT--TG-T-TAATC-TTTGATT
finalCons : NNNAAATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTGTTT---TTATCATCTAAATGT-TTTTTTC---AGTA-GTTTAAATGCTGG--------GATAT-----GATATGGTATGATATGGTATGATAATTACGGNATTATACAATGTCGGCCTACGATATGGTAT----TATATGATTTT-----ATACNTATG-AC-ANTAA-TGGT-ACGATATTATACGGTATGGTATTGATATTNTACGAATATTATACGGNTATATGGNAATCGATACGATATTTCACGCGTACGATTTTACATGATATGGCTNTGATGTCGATAATTATACCTATACGATATGGAATGGCATACGATAGTNAGGGCTTTTCCGGTGGTATGATTATGACTATTATTATGATTGATGGTATATATCGATATATGGTTTTGTAGTAGTGTGATTACAAATATTACTATGAATATTGGTAATTGATGTATACTACTATTATTTACTAGAATTGCTCCATCGCGTATGATATTATACCCAAACATGGGTGGTGAACATGATGTGATATTATACATTATNGGATATGATT---ATGGTAATAA-GGT-ATGGTACG-TATATTATACTGATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGGTATGATACGATATTATACGA-TATGGTATGAT-ATATTAT-ATNA----T--AGTGTATGAT-TAC-GATACGGTAC--GTATTGAGAT---ATG-GTCTGATATAGA--TTNTAATATGAC-GAT-CGATATGG-TAGCT-TGATA-AAT--A-TATTATATAA-CGATATGANCGTANTTTA---CGATANCGATGTATT-ATACGATA-ATT--G-TTACATGATATNTTA-TT-TACGAAATGGATATA---ATTCNATATGGT-TTNACGGTGTATGATANTGT-ACGATAT-G-TATT----CGATACGATATAT-TATA--ATATNAGATATTNTATGG-TATGATACT--ATAATG-TATGGTA-TGATATAA-TATT--AT--AC-AAT--ATGGTATGATGC-ACATG-TATACT--ATTACGGT----AATG-TATTATACGAT--ATTTGGTATGT--AATACGAT--AT--GGTTCGATA-AT---GA--TATT-----AC-CGGATATG-T-----ATGGTATGATTA-GATATTAT--ACGATATGGTAT-TGATTTAGATA-TTATACCGATAT-GGT-TGATACGATA-TANGTGACGATACG---ACGGTCGATATGATACATAATGT-------GGT--ATGATA-CGATGTTATA-TGATA-----TGGTA-TG---ATATTATA--CG---ATATTGTTGAATG------GTATGATACGA--------ATATGGTATGATATTNTACG---------ATATTATAC-ATATGGTATGATA-CAATATAGT---------ACAATATAGTA-T-GA-TGCGATATATT----------ATATTA--TACG---ATAT-GTATAACGATATGATTGTG----------------------GN-TAT----GATACGN--TATTATATGATAT----TGGTATTATACGATATTGT----------TAATG-AT-ATGC-GA-TA-TT--GTA-T-CGATATCATAC---T-TAT-GA--CTACA-A-TATNTGCGTGA--TACG-TACGGTAT-ATATAT-GGT-------ATTATACGATA-----CG--GT---ATNTATGGAC--CTTTCGATA----TTATATGCGATA-TG----GGT----AAACCGATATATC--------ATACGAT-C-------TGG--GATAN-TATGTG-GTGACT--AATAT-TATNATAANAGGTA---ATG------ATTATCATG-TGT----CTG-TATGATT--ATTG-ATGCGCA--------TGAC-GT-ATGATATTAT---ACG-A-TAT--GGTTACGATACGAATTAT-ACGATNTTGTAT-AT--GCATCGAT-----T-ACGGTATGATTA-T-AT-GA-TATGATACGAT---TA--TGG-NTA------TATNCGA--TATG---G-TCTTGAATATCG-TACT-T-ATGT-ATATGAT-CA--ACGT-ATA-TGAT---TATNGT-TT--GA----TATGGTNATN-AT--A--CGA-TTAT-CGATTACGATA---G-TA------TTAT--ACNA------------TGATGTA---CAAC--GTGNACGNTTATGATACAA------TAT-TGTGTTGATTA--TG-GTATTGA-TTACAA-TATCA-T-ACG-ATATGGTATA-ATA--CGA---TATGGTAATA----AT---ANTGA--TTATA-C-GA-T-TATA--T-ATTATAA-ATTATATTAATANTAA--CATNA--ATTATATATAT--TATCAATGATAT-CAT-C----ATAAATATG-AATGT-TTA-TAATAA--TATAT-TATATC-----ATATTA--TAT---CCTATA----GTAT--AATAGA---TA-AT--CATAATTATA-TGT-AT-TATATA----TAT-AATAT-AGAT-TTATA-TTATGTACAATTA-TG---A----TAA-TTTTTTTA----GTACTT--G--TGTAAT-ATGA-TA-AAG--TG--TA-AT-GG----AT---GAAAAATCC-TGTGGG--CTAAAATA-AAAG---C-ATAAAATATAA--TA-A-TGGTGCCA-TAT--AAAAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGA-GCTT--TGTA--AATC-TTTGATT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TAGAATAGAATATTGAATTGATTGTATTAAACCAATTTAGGGTCCATTAGGGCATACAAGTCAAGAGTTCCATATAAA
Unaligned ( gi|30 ): TATACTTAGTATGACCATCGAGGTTCGACATA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111111 11111111111111111111111111111 222 2222 2222 2222 444444 2222222222 1 1 1 1 222 111 333333333333333333 1 1 1 3333333 2222 11 1 333333333333 2222 222 33333333 11 222 1 1 11 11 1 11 1 1 111 555555555555555 22 1 333333333 222 1 1 22222 11111 11 1 2222 1 3333 222 111 2222 1 1 3333333 1 3333 222 111 111 11 1 222 22222 11 11 111 1 444444444444 1 1 1111 11 22222 1 111 2222222222222 11 2222222222 2222 11 11 11 1 22222222222 55555555555555555555555 1111 222222 1 11 1 11 1 1 33333333 33333333333 111111111 11111 3333333333333333333333 33333333333 2222222 11 111 1 33333333333333333 111 33333333333 111 9999999999999999999999999999999999999999 1111 222 22222 22222222 22222222222 2222 11 1 1 11 1111 333333333333333 111 11 4444444444444444 1 3333333 1 44444444444444 22 2222 222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 222 1 1 55555555555555555555555555555 11 11 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22 111 1 4444444444444444444444444444 111 11 3333333333 3333333333333 111 22222222222222 333333 1 1 2222 1 444444444444444444444444444444 2222 8888888888888888888888888888888888888 111 22222222 444444444444444444444444444 11 1 222 11 11 11 2222 22222222222 11 1 1 1111 1111 1 2222 11 222 1 4444444444 1 111 1 22222222 22222 1111111 1111 1 111 11 222 2222222222 1 1 11111111 1111 111111 1111 111 1 111 11 1 1 222
lowQualScore : 4 4 1 11 3 666 99999 3 3 3 3 55 4 55 444444 4 4 55 4 4 11111111111111111111111111111 111 1 4444 2222 0 7 8888 444444 1 2222222222 3 0 0 1 0 1 111 999 2 888888888888888888 5 5 1 5 3333333 3333 77 5 1 333333333333 4444 000 44444444 88 1 7 333 2 3 7 0 0 0 33 3 11 6 3 0 33 1 0 3 2 3 7 999 111111111111111 00 3 444444444 7 333 3 2 7 00000 1 33333 44 7 7 3 2222 3 1111 000 7 1 999 7777 1 88 3 2 6666666 3 1 3333 0 999 333 1 666 1 999 22 1 6 0 6 222 77777 77 1 33 33 111 1 0 444444444444 0 0 4444 33 11111 33 0 6 333 6 8888888888888 66 0 5555555555 3333 22 33 33 0 0 11111111111 33333333333333333333333 8888 777777 0 5 55 5 0 33 0 3 0 44 0 88888888 33 0 99 77777777777 88 88 666666666 66666 99 3333333333333333333333 77 88888888888 0 3 0 4444444 99 666 6 0 8 6 77777777777777777 0 1 88 8 8 444 22222222222 99 444 0000000000000000000000000000000000000000 1 7777 000 1 77777 99999999 8 66666666666 5555 88 22 0 0 33 7777 66 2 666666666666666 111 1 00 6 4444444444444444 0 2222222 2 11111111111111 88 0 33 1 1111 222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 555 7 3 1 1 2 77777777777777777777777777777 33 33 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 1 55 444 0 2222222222222222222222222222 3 777 33 1111111111 11 6666666666666 333 77777777777777 000000 4 0 0 0000 1 0 000000000000000000000000000000 0000 0000000000000000000000000000000000000 5 777 44444444 1 000000000000000000000000000 3 33 7 2 0 333 99 2 33 33 0000 66666666666 33 7 0 0 4444 4444 66 0 3 44 1 6666 1 33 7 1 999 9 5 2222222222 3 0 3 555 0 11111111 8 88888 8 8 6666666 5 0 7777 6 444 8 11 111 8 8 9999999999 11 88 6 6 5 1 7 6 66666666 1 6 4444 111111 99 999 6 6 99 77 5 5 2222 000 2 1 5 111 6 6 33 1 8 66 5 5 5 777 3 5 0 888 66 66 5 0 0 5 999 6
lowQualScore : . . . .. . ... ..... . . . . .. . .. ...... . . .. . . ............................. ... . .... .... . . .... ...... . .......... . . . . . . ... ... . .................. . . . . ....... .... .. . . ............ .... ... ........ .. . . ... . . . . . . .. . .. . . . .. . . . . . . ... ............... .. . ......... . ... . . . ..... . ..... .. . . . .... . .... ... . . ... .... . .. . . ....... . . .... . ... ... . ... . ... .. . . . . ... ..... .. . .. .. ... . . ............ . . .... .. ..... .. . . ... . ............. .. . .......... .... .. .. .. . . ........... ....................... .... ...... . . .. . . .. . . . .. . ........ .. . .. ........... .. .. ......... ..... .. ...................... .. ........... . . . ....... .. ... . . . . ................. . . .. . . ... ........... .. ... ........................................ . .... ... . ..... ........ . ........... .... .. .. . . .. .... .. . ............... ... . .. . ................ . ....... . .............. .. . .. . .... ... .............................................................. . ... . . . . . ............................. .. .. . ................................................................ . . .. ... . ............................ . ... .. .......... .. ............. ... .............. ...... . . . .... . . .............................. .... ..................................... . ... ........ . ........................... . .. . . . ... .. . .. .. .... ........... .. . . . .... .... .. . . .. . .... . .. . . ... . . .......... . . . ... . ........ . ..... . . ....... . . .... . ... . .. ... . . .......... .. .. . . . . . . ........ . . .... ...... .. ... . . .. .. . . .... ... . . . ... . . .. . . .. . . . ... . . . ... .. .. . . . . ... .
lowQualScore : 4 0 4 22 6 444 11111 6 6 6 6 55 0 55 000000 0 0 55 0 0 55555555555555555555555555555 000 0 0000 5555 7 3 3333 000000 0 7777777777 3 7 7 0 7 0 555 555 5 555555555555555555 5 0 0 0 0000000 5555 55 0 0 000000000000 5555 555 55555555 55 0 3 333 5 5 0 0 0 2 22 2 88 5 0 0 88 2 2 2 0 3 3 777 333333333333333 77 3 777777777 3 333 3 0 3 33333 0 33333 00 3 3 3 7777 3 3333 333 3 0 555 0000 0 00 3 0 0000000 3 0 0000 7 333 333 0 333 0 333 22 0 5 0 5 555 88888 55 2 22 88 444 0 0 555555555555 0 0 0000 88 88888 55 0 5 888 5 5555555555555 55 8 8888888888 8888 55 88 88 2 5 22222222222 88888888888888888888888 2222 222222 0 8 88 8 0 22 2 2 0 22 5 22222222 55 8 55 88888888888 88 33 777777777 77777 22 9999999999999999999999 22 22222222222 8 2 8 0000000 00 666 0 8 0 8 22222222222222222 8 4 88 0 0 000 44444444444 22 000 8888888888888888888888888888888888888888 0 0000 444 0 66666 44444444 0 00000000000 0000 88 55 0 0 88 5555 55 5 000000000000000 000 0 33 7 0000000000000000 0 5555555 8 22222222222222 00 2 88 2 2222 555 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 777 3 3 0 0 0 00000000000000000000000000000 22 88 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 0 55 000 5 5555555555555555555555555555 2 555 88 5555555555 22 0000000000000 222 55555555555555 555555 2 0 0 8888 0 0 000000000000000000000000000000 0000 0000000000000000000000000000000000000 2 555 55555555 0 888888888888888888888888888 2 22 0 5 0 222 88 5 22 88 8888 22222222222 88 0 0 0 2222 8888 55 0 2 00 0 2222 0 88 0 2 222 2 5 0000000000 2 0 2 888 0 00000000 0 00000 0 0 8888888 0 8 0000 0 000 0 00 888 0 0 8888888888 66 88 0 7 2 3 3 7 88888888 7 7 2222 888888 22 000 7 7 22 99 7 7 1111 000 0 7 7 777 7 7 66 6 4 99 0 0 0 111 1 0 2 888 99 99 0 0 1 0 999 7
consensus : NNNAAATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTT-TT--TC-AGTA-GTTTAAATGCTGG--------GATAT-----GATATGGTATGATATGGTATGATAATTACGGNATTATACAATGTCGGCCTACGATATGGTAT----TATATGATTTT-----ATACNTATG-AC-ANTAA-TGGT-ACGATATTATACGGTATGGTATTGATATTNTACGAATATTATACGGNTATATGGNAATCGATACGATATTTCACGCGTACGATTTTACATGATATGGCTNTGATGTCGATAATTATACCTATACGATATGGAATGGCATACGATAGTNAGGGCTTTTCCGGTGGTATGATTATGACTATTATTATGATTGATGGTATATATCGATATATGGTTTTGTAGTAGTGTGATTACAAATATTACTATGAATATTGGTAATTGATGTATACTACTATTATTTACTAGAATTGCTCCATCGCGTATGATATTATACCCAAACATGGGTGGTGAACATGATGTGATATTATACATTATNGGATATGATTA---TGGTAATAA-GGT-ATGGTACG-TATATTATACTGATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGGTATGATACGATATTATACGAT-ATGGTATGAT-ATATTAT-ATNA----T--AGTGTATGAT-TAC-GATACGGTAC--GTATTGAGAT---ATG-GTCTGATATAGAT--TNTAATATGAC-GAT-CGATATGG-TAGCT-TGATA-AAT--A-TATTATATAA-CGATATGANCGTANTTTA---CGATANCGATGTATTA-TACGATA-ATT--GTT-ACATGATATNTTATT-T-ACGAAATGGATATA---ATTCNATATGGT-TTNACGGTGTATGATANTGT-ACGATAT-G-TATT----CGATACGATATAT-TATA--ATATNAGATATTNTATGG-TATGATACT--ATAATG-TATGGTAT-GATATAA-TATT--AT--ACAA-T--ATGGTATGATGC-ACATG-TATACT--ATTACGGT---AATG-TATTATACGAT--ATTTGGTATGT--AATACGAT--AT--GGTTCGATA-AT---GA--TATT-----AC-CGGATATG-T-----ATGGTATGATTA-GATATTAT--ACGATATGGTAT-TGATTTAGATA-TTATACCGATAT-GGT-TGATACGATA-TANGTGACGATACG---ACGGTCGATATGATACATAA----TG---TGGTATGATA-CGATGTTATA-TGA----TA-T-GGTAT-G---ATATTATA--CG---------ATATTG-T-TGA-ATGGTATGATACGA--------ATATGGTATGATATTN------TACGATG-AT--TATAC-ATATGGTATGATA-CGAT------AT-----AGT-ACAATATAGT-AT-GA-T---GCGAT--ATA--TTGATACTA--TACG---ATATGTA-TA------ACGATATGATTG---TG-----------GGTAT----GATAC--GNTATTATATGATAT----TGGTAT------TATACG-ATAT-----TATTA-ATG----AT-ATGC-GA-TA-TT--GTA-T-CGATATCATAT---TTAT-GA--CTACA-A-TATNTGCGTGA--TACG-TACGGTAT-ATATAT-GGT-------ATTATACGATA-----CGG--T---ATNTATGGAC--CTTTCGATA----TTATATGCGATA-TG----GGT----AAACCGATATATC--------ATACGAT-C-------TGG--GATAN-TATGTG-GTGACT--AATAT-TATNATAANAGGTA---ATGA------TTATCATGT-GT----CTGT-ATGATT--ATTG-ATGCGCA--------TGACG-TA-TGATATTAT-A---CG-AT-ATGG--TTACGATACGAATTAT-ACGATNTTGTAT-ATG--CATCGAT-----TA-CGGTATGATTA-T-AT-GA-TATGATACGAT---TA--TGGN-TA------TATNCGA--TATG---GT-CTTGAATATCG-TACTTCATGT-ATATGAT-CA--ACGT-ATA-TGAT---TATNGT-TT--GA----TATGGTNATN-AT--AC--GA-TTAT-CGATTACGATA---G------TATT-ATA--CNAT------------GATGTA---CAAC--GTGNACGNTTATGATACAA------TAT-TGTGTTG--ATTATG-GTATTGA-TTACAAT-ATCA-T-ACG-ATATGGTATA-ATA--CGA---TATGGTAATA----AT---ANTGA--TTATA-C-GA-T-TATA--T-ATTATAA-ATTATATTAATANTAA--CATNA--ATTATATATAT--TATCAATGATAT-CAT-C----ATAAATATG-AATGT-TTA-TAATAA--TATAT-TATATC-----A-TATTA-T--AT---CCTATA----GTAT-AATAGAT---A-AT--CATAATTATA-TGT-ATTAT-AA---T--ATATAATAT-AGATGTTATA-TTATGTACAATTA-TG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-ACTT-G--TGTAAT-ATGA-TA-AAG--TG--TA-AT-GG----AT---GAAAAATCC-TGTGG-G-CTAAAATA-AA-AGC--ATAAAATATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAAAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGA-GCTTTG-TG--AATC-TTTGATT
Reference ( family-2335 ) : NNNAAATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTT-TT--TC-AGTA-GTTTAAATGCTGG--------GATAT-----GATATGGTATGATATGGTATGATAATTACGGNATTATACAATGTCGGCCTACGATATGGTAT----TATATGATTTT-----ATACNTATG-AC-ANTAA-TGGT-ACGATATTATACGGTATGGTATTGATATTNTACGAATATTATACGGNTATATGGNAATCGATACGATATTTCACGCGTACGATTTTACATGATATGGCTNTGATGTCGATAATTATACCTATACGATATGGAATGGCATACGATAGTNAGGGCTTTTCCGGTGGTATGATTATGACTATTATTATGATTGATGGTATATATCGATATATGGTTTTGTAGTAGTGTGATTACAAATATTACTATGAATATTGGTAATTGATGTATACTACTATTATTTACTAGAATTGCTCCATCGCGTATGATATTATACCCAAACATGGGTGGTGAACATGATGTGATATTATACATTATNGGATATGATTA---TGGTAATAA-GGT-ATGGTACG-TATATTATACTGATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGGTATGATACGATATTATACGAT-ATGGTATGAT-ATATTAT-ATNA----T--AGTGTATGAT-TAC-GATACGGTAC--GTATTGAGAT---ATG-GTCTGATATAGAT--TNTAATATGAC-GAT-CGATATGG-TAGCT-TGATA-AAT--A-TATTATATAA-CGATATGANCGTANTTTA---CGATANCGATGTATTA-TACGATA-ATT--GTT-ACATGATATNTTATT-T-ACGAAATGGATATA---ATTCNATATGGT-TTNACGGTGTATGATANTGT-ACGATAT-G-TATT----CGATACGATATAT-TATA--ATATNAGATATTNTATGG-TATGATACT--ATAATG-TATGGTAT-GATATAA-TATT--AT--ACAA-T--ATGGTATGATGC-ACATG-TATACT--ATTACGGT---AATG-TATTATACGAT--ATTTGGTATGT--AATACGAT--AT--GGTTCGATA-AT---GA--TATT-----AC-CGGATATG-T-----ATGGTATGATTA-GATATTAT--ACGATATGGTAT-TGATTTAGATA-TTATACCGATAT-GGT-TGATACGATA-TANGTGACGATACG---ACGGTCGATATGATACATAA----TG---TGGTATGATA-CGATGTTATA-TGA----TA-T-GGTAT-G---ATATTATA--CG---------ATATTG-T-TGA-ATGGTATGATACGA--------ATATGGTATGATATTN------TACGAT--AT--TATAC-ATATGGTATGATA-CAAT------AT-----AGT-ACAATATAGT-AT-GA-T---GCGAT--ATA--TT-ATATTA--TACG---ATATGTA-TA------ACGATATGATTG---TG-----------GNTAT----GATAC--GNTATTATATGATAT----TGGTAT------TATACG-ATAT-----TGTTA-ATG----AT-ATGC-GA-TA-TT--GTA-T-CGATATCATAC---TTAT-GA--CTACA-A-TATNTGCGTGA--TACG-TACGGTAT-ATATAT-GGT-------ATTATACGATA-----CGG--T---ATNTATGGAC--CTTTCGATA----TTATATGCGATA-TG----GGT----AAACCGATATATC--------ATACGAT-C-------TGG--GATAN-TATGTG-GTGACT--AATAT-TATNATAANAGGTA---ATGA------TTATCATGT-GT----CTGT-ATGATT--ATTG-ATGCGCA--------TGACG-TA-TGATATTAT-A---CG-AT-ATGG--TTACGATACGAATTAT-ACGATNTTGTAT-ATG--CATCGAT-----TA-CGGTATGATTA-T-AT-GA-TATGATACGAT---TA--TGGN-TA------TATNCGA--TATG---GT-CTTGAATATCG-TACTT-ATGT-ATATGAT-CA--ACGT-ATA-TGAT---TATNGT-TT--GA----TATGGTNATN-AT--AC--GA-TTAT-CGATTACGATA---G------TATT-ATA--CNAT------------GATGTA---CAAC--GTGNACGNTTATGATACAA------TAT-TGTGTTG--ATTATG-GTATTGA-TTACAAT-ATCA-T-ACG-ATATGGTATA-ATA--CGA---TATGGTAATA----AT---ANTGA--TTATA-C-GA-T-TATA--T-ATTATAA-ATTATATTAATANTAA--CATNA--ATTATATATAT--TATCAATGATAT-CAT-C----ATAAATATG-AATGT-TTA-TAATAA--TATAT-TATATC-----A-TATTA-T--AT---CCTATA----GTAT-AATAGAT---A-AT--CATAATTATA-TGT-ATTAT-A----T--ATATAATAT-AGAT-TTATA-TTATGTACAATTA-TG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-ACTT-G--TGTAAT-ATGA-TA-AAG--TG--TA-AT-GG----AT---GAAAAATCC-TGTGG-G-CTAAAATA-AA-AGC--ATAAAATATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAAAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGA-GCTTTG-TA--AATC-TTTGATT
gi|1 : AAATAGGCA-TATATTGAATTA--TTGCTTGTTCAAC-TTGTTTCATCTAAAAAATACTTATGCATATAACTGAT-TATGCATCTTA-GTGATTTA------AAATGT-AAT-TT--G--ACTATGTTTAGATGCTGA--------GA-------------------ATATGATAT---AATTACGAAATTA----ATGTCGGCCTGTGA-ATGGTCT----TATATGATTTT------TATTTATG-ACCATTAAATGATCACGAT-TTATACAGTATGGTATTGATATTTTATGAATATTATACGGATATATGGGAATCGATACCA------ACACGTA-----TTACA-AATATGGCTATGATGTCGATAATTATACCTATACGATAT----TGGCATATGATAGTGAGGGCTTTTCCGGTGGTATGATTATGACTATTATTATGATTGATGGTATATATCGATATATGGTTTTGTAGTAGTGTGATTACAAATATTACTATGAATATTGGTAATTGATGTATACTACTATTATTTACTAGAATTGCTCCATCGCGTATGA----ATACCCAAACATAAGTGGTGAACATGATATGATATTATATATTATTGGATATGATTACAATGGTTATGATGAT-ATGGTATG-TATATTATACTGATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGATATGTTACGATATTATACAATTATGGTATGAT-ATATTATGATAACAATT--AGTGCATGATCTGC-AATATGGTATCGGTATTGAGAT---ATGTATCTGATATAGATGTTCTAATATGAC-GAT-TGATATGG-TAGTT-TGCTA-ACTCGACTCTTATATAAGCGATATGACCGTACTTTA---GGATAGTGATGTGTTAATATGATA-ATTTCGTTTAGATGACATATTATT-TTATGAAATGAATATAGAGATTCCATATGGT-TTTATGATGTATTTTCTTATGACTATAT-G-TATT----GAATATGACGTAT-TCTA--AAATCAAATATTGTATAGCTATGATATT--ATAACGATATGGTATTGATATAG-TATTTAAT--ACAAAT--ATGGTATGATGC-ACACGATACACTTAATTACATTCTCAAT--TACTATACGA---ATTTGGTATGTTAGATATGATTAAT--GGTTCGATAGAT---GAATTATT-----ACTCGGATA---------ATGGTGTGTATA-GAAATTA-----GAAATAGAATATGATTTTGAT---TAAACCAATTTAGG---GAGCCCATA-TAAGGGACGATACA---A--GTCAAGA-GATACATA----------TAAAA-GAGA-AAATGTTATA-TGA----TA-TTGGTGT-G---ATATTAT---CGTTAATATTTATATCG-T-T---ATG-TATGATACGA--------ATATGGTAGGATATTGAAGGTGTATGGTGTAT--GATAC-ATATGGTATGATA-CGAT------ATGTATTAG--ACAATATGAT--T-GAGT---GTGAT--TTAACTCGATATTAGTTATG---ATATGTT-TACTTACTACGA-ATGATGGCGTTG-----------GTTGT----GATATT-GATATTATATGATAT----TGATAT-------ATCCA-ATATGGCTATGATA-ACG----AT-ATGC-GAGTA-TT--GTA-TACAA-ATCATGT---TTATCAA--CCACATACTGCGTGCGTGAAGTACACTGCGG-ATCAAATAT-GGT-------ATTATAC-ATA-----TGAAAT---ATTTATGGACA-CCTTCGATA----TTATAT-TGATA-TG----G-T----AAACCGAGATTTT--------ATACGAT-CCTTATCTTAG--GTT-T-TAGGTGAGTGACTCAAATATCTCTTTTAAAAG-TA---ATGAGAATCATTATTATGTTGT----CTGTTATGATT--ATTG-GTGCATG--------TGATGGTA-TGATCTGAC-----CG-AT-ATGG--TTATGATACAAATTAT-ACGATCTTGTAT-ATG--TATGGAT-----TA-CAGTAT-ATTA-T-ATAGA-TATGATACGAT---TA--TGGG-TA------TATCGGACTTATG---GTTCTTGAATATCA-TACTCCATGT-ATATGA------ACTC-ATAGTGAG---TATCGT-TT---------ATGGAAAT---T--AC--TAGTCAT-CGATTACGAT-----------TATT-ATT--CTAT------------GAT-TA---CAACTTGTGGATGGTTATGATACAA------TAT-TGTATTG--ATTATGAGTATTGACTCACAAT-ATCA-TAACGAATATGGTATA-ATA--CGA----ATAGTAAGACCGGATATAATTGACTTCATA-CTGAGT-TATA--T-A-TATAATATTATATTAATAATAATTCATAA--ATTATATATAT--TATCACTGATAT-TATACCTTGATAAATATGCAATGTGTTAGTAATAA--TATAT-TATATC-----A-TATTAGT--AT---CCTATA----TTATAAATAGAT---A-ATTGCATAATTATAGTGT-ATTAT-AATACT--ATA-AATAT-AGAT-TTATA-TTATGTACAGTTA-TG---A----T-A-TTTTGTTC----GTCACTT-GCTCGTAAT-ATGACTA-AAGGTTG--TA-ATGGG----ATTTCGAAAAATCCATGTGGAG-TTAAAATACAA-AGCG-ATAAAATATAA--TA-A-TGGTGCCACTAGTGAAAAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGAGGCTTTG-TGTTAATC-GTT-ATT
gi|10 : ttt-TGTATC-----A-TATTA-T--AT---CATATACAATGTAC-AATAGAA---A-AT--CTTA-TTATA-T------AC-A----T--GTATCATA----ATGTTATA-TTATGCACAAT-A-TA---AATTGTGA-TTTTTTTATGTTGT-AC---G--TGTAAC-ATAA-TA-AAG--TG--TA-CT-GG----AT---G-AAAATCT-TGTttttacc
gi|11 : taTATA-TCATATACAAT-A-TG---A----TAAATTCTTTTA----GT---TT-G--TGTAAT-A-GA-GA-AAG--TG-----GT-GGTAACAT---GAAAATTCC-TGTGG-G-CTAAAACA-AA-A------------T----TA-A-TACTGCCA-TA---AAAGGGT-GTTGTC---CATGGTC--GAGG-TG-----TTG-T-----CC-TTTGA
gi|12 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTGTTT--TTTATCATCTAAATGT-TTT-TT--TC-AGTA-GTTTAAAT
gi|13 : ATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTT-TT--TC-AGTA-GTTTAAAT
gi|14 : ATAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTT-TT--TC-AGTA-GTTTAAA
gi|15 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-A-GT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTT-TT--TC-AGTA-GTTTAAAT
gi|16 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA---AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG-TT--TTTATCATCTAAATGT-TTT-TT--TC-AGTA-GTTTAAAT
gi|17 : TAGGCA-TAT-TTGAGATAAATTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-TAA--GAT-T--GCGTCTTG--T--TTTATCATCTAAATGT-TTT-TT--TC-AGTA-GTTTAAAT
gi|18 : AAATAGGCAATAT-TTGAGTCA--TTGCTTGTTCAATCTT---TCATC-----AA-ACTTA-G-A--TAA--GAA-T--GCGTCTTG---------TGATTTAAATG---TA-TT--TG-AGTA-GTTTAGATGCTG
gi|19 : cG--TA-AT-GG----AT---GAAAA-TCC-TGTGA-G-CTAAAGTA-AA--GC--ATAAA-TATAA--TA-A-TTATGCCA-TA-T-AAA-GGT-GTAGCC---C--CGTC--AAGG-TGA-GATCTG-T---AATC-
gi|2 : GTCTGGTATGATATAAT-TTATAC-AT-AGTGCGTGATGATATTA----GA----T--A-TGTGACAT-TACAGATAC----C--ATATTAAGATCGAATG-GT--GATATA--T--TATGATA--AT-AATACGATATGG-TA----TGATACAAT--A-TATTAAACAT-CGG-ATAAGCG--ATTTATATCTATAACAATGTATTA-TA-GAT---TG--GTT-GCATAATATCTCAT----ATGGAATGG-TATA---AGTCGATATG-T-TTGA----GTAAGACAAT-T-ATTATATAG-AATT----GGAT--GATACATATATACCATATGAGATACAATATGG-TATGATA------AAT--TATGGTAT-GATATAA-CA----AT--ACC--T--ATGGTATGA----ACAAG-TATA-T--CTT--GGA---AATA-TATTATA---T--AT--GGTATAT--AA--CGAT--ATTTGTTTTGAT---T---AA--TGTT-----AC--GGATATA-TTATCAATAGTATGAT----ATATTATGTAC-ATATGGTAT-GAA---AGATAGTTAT---GATAT-GGTCTGATACGA-A-TATATGATGGTATG---ACAA-CGATAT-ATACATAA----TG----GGTCTGATA-TGATGTTATACTGA----TAAT-GATAC-----ATATTATA--TG---------AAATTAAT-TGA-ATAA-ATGGTA------------TATT-TATGAT-TTG------AATGAT--AT---ATAC-ATATGGTA-GATATCAAT------AT-----AATCACAAT-TAGTTAT-GA-T---GCGAT---TA--CT-ATACTA--TACG---ATATGTA------------ATATGATTGG--TA-----------GATATAAAGGATAT--CCTATTATAT-ATAT----GGGTATATTGAATATGTGTACGT-----TATTA-ATG----ATCATG--GA-TAATTCAATAGT-CAATATCATA----TGGT-GA----ACA-A-TATATACAT-A--CGCG-TATGATACGATATGT-GGT-------ATTATACAATAGAATATGG--T---ATATACGAAT--TATATGATAATGATTATA-GCGATAATG----GGTGAATAAACCGATATATAGTGATATGATACAATAC-------TGGATGATACATATGTA-GATAC---AATAT-TATAACAATAGGTA----TGA------TCA--ATGT-GTAATACAAT-ATAATTCTATTG-ATACGCA---------------------ATTAT-C---CATAT-ATG----CA-GATA---ATTATCACGATATGGTA--ATG--CATCAATATTAATA-CAGAATCA--A-T-AT-G--TATGATATGTT---CA--TGG--TA------TATACGA--CATGTATAT-CTT--ATACGA-TA--T-ATGT-ATATGATACA--ATATGATA-TGATCGATATGGT-ATACGA----TATGGTTGTACATTCAC--AC-TTAT---ATTACGATACTGG------TATT-ATA--CCA-------------GATGTATTGCTAC--AAATACTATTATGATACAA------TAT----G--G--ATGATACATATTG--TTG--AT-ATCA---ACG--TATGGTATA-ATA--CAC---TATGGTAATA----GT---A-TGA--T-ATA-C-GA-T--ATAATT-ATTATAA-ATTAT--TAATACTAA--TATCA--AT-ATTTATAT---ATCA-TGA-AT-C---T----ATATATATG-GAT---TTA-TA-TAA---ATAT-TATATCC----A-TATTA-T--A----CCTATA----GTAT-AATAGAT---ACAT--CATAAT-ATA-TGT-ATTAT-AA---T--ATATAATATTAGCT-TTATA-TTATGTAC-ATTATTG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-ATTT-G--TAAAAT-ATCA-TA-AAG--TGTCTA-AT-GG----AT---G-AAAATCC-TGTGG----TAAAATA-TA-AGC--ATAACATATAATTTA-T-TGGTG-CA-TA-T---TAGGT-GTTGCC---C--CGTC--GAGG-TGA-GC-TTG-TA--AAT
gi|20 : cattatttgaaaataacgtagatATATGATTA---TGGTAAT-A-GATGATGATACG--ATATTATAC-GTTATGATATGATACAGATATAAGATATGGTATGATAAGATATTATAt
gi|21 : atatgtatGTAATAA-GGC-ATGGTCAG-TATATTATACT-ATATG------TAC-GATAT--
gi|22 : gctggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACGATATGGTAT----GATATGATTTT-----ATACATATGTAC-AAT-A-TGGT-ATGATATTATACGATATGATA-TGATATTATACG-ATATTATa
gi|23 : aATAT-GGT-------ATAATACGATA-----TGG--T---ATG-ATATAT--CTTTCGATA----TGATAT--AATA-TGAAATGGT----A---TGGTATATC--------ATACGAT-A-------TGG--gtta
gi|25 : GC--ATAAA-TATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAA-GGT-GTTGCT---C--CGTC--GAGG-TGA-GCTTTG-T---AATC-TTTGATT
gi|26 : AT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-----------------CT-------------ATATAAATGTATTTGTTAATG-AGTA-GTTTAGATGCTGG----------TAT-----GATacc
gi|27 : ATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAA-GAT-GTTGTC---C--CGTC--AAGG-TGA-GCTTTG-T
gi|28 : TATGATA-CGATCTTATA-TGA-----------CAT-G---ATATTATA--CG---------ATATGG-T-
gi|29 : AGGCA-TAT-TTGAGTTA--TTGCTTGTTCAAT-TT---TCATC-----AA-ACTTA-G-AT-attata
gi|3 : TGG-TATGATA----ACAAT---ATGGTAT-GATATGA-TATT--ATTAGTAG-TTTATGGTATGATAC-A-ATG-TTTATTG-ATAATGGT---AATGATATTATACGAT--AT--GGTATTA--AATACGAT--AT--GGTTTGATA-ATTACGA--TATTTNNNNNN-NNNNNNNN-N-----NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NGT-TGATACGATATTATATGA--ATATG-----GGTAGACACGATATATAT----CGAGTCGGTATGATATTGATGTTATA--GAAGTGTA-T-TGTAT-GAACATATTATAATTG---------ATATTA-T-TGATATGGTATGATTTGT--------A-ATGATATGATATTA------TACGATG-ATGGTATAT-ATATGATATTATA-CGACTAGGTAAT-----GAT-ACAATATAAT-ATCAA-TATGGTGATGAATG--TTGATACTA--TACGTCTATAGATAGTAG-----ATGATATGATTT---TGGTAATGGATAAGGTAT----GATAC--GTTATTATATGATA-----TGGTG-------TATACG-ATAT-----TATTATATGGTATAT-ATACTAA-TA-TG--GTA-T--GATATGATACGCGCTAT-GA---TACA-A-
gi|3 : T-ATGATT--ATTA-ATG---A--------T-ATG-TA-GGATATTATTA---CG-AT-ATGG--T------ATGAAT----GCAATATTATA--ATG--AATCAAT------A-TGGTATGATTG-TTAT-GGGTATGATACGATATGTA--TGAA-TACAATATTATACGA--TGTG---GT-ATTGA-TATCAATATTTTATATGATATGAT-CATAATGT-ATA-CGAT----ATGGT-TT--GAATATCATAGCAATT-AT--AN--NN-NNNN-NNNNNNNNNNN---N------NNNN-NNN--NNNN------------NNNNNN---NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTAT-TGT-TTG--ATT----GTAATGA-T-ACAAT-ATCAAT-ACA-ATATGGTATA--TA--CGA---TATGGGTATA----AT---AATGA--TTATAGC-GA-TATATA--TTATTATAA-ATTATATTAATAAT----TATCA--ATTATGTATAT-----CAATGATATTCAT------ATAAATATT-A-TTT-TTA-TA-TAAATTATTT-TATATTTTTAAA-TATTA-T--AT---C-TATA----TTAT-AATAGAT---A-AT--CATAAT-ATA-TGT-ATTA--A----T--AAATAATAT-AGATGTTATAATTAT-TAC--TTA-TG---A----TAA-TTTTTTTA----GT-A-TT-G--TGTAATAATGA-TA-AAG--TG--TA-AG-TG----AT---G--AAATCC-TGTGG-GTTTAAAATA-AATAGC--AGTAAATATAA--TATACTGGTGCCA-TA-T-ATAAGGTGGTTG-C---C--CGTCGGGAGGTTGA-GCTTGA-TA--GATCTTTTGATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgattattaatgatatgtaggatattattacgatatggtatgaatgcaatattataatgaatcaatatggtatgattgttatgggtatgatacgatatgtatgaatacaatattatacgatgtggtattgatatcaatattttatatgatatgatcataatgtatacgatatggtttgaatatcatagcaattatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattgtttgattgtaatgatacaatatcaatacaatatggtatatacgatatgggtataataatgattatagcgatatatattattataaattatattaataattatcaattatgtatatcaatgatattcatataaatattatttttatataaattattttatatttttaaatattatatctatattataatagataatcataatatatgtattaataaataatatagatgttataattattacttatgataatttttttagtattgtgtaataatgataaagtgtaagtgatgaaatcctgtgggtttaaaataaatagcagtaaatataatatactggtgccatatataaggtggttgcccgtcgggaggttgagcttgatagatcttttgat
gi|4 : tggtatgataacaatatggtatgatatgatattattagtagtttatggtatgatacaatgtttattgataatggtaatgatattatacgatatggtattaaatacgatatggtttgataattacgatatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgatacgatattatatgaatatgggtagacacgatatatatcgagtcggtatgatattgatgttatagaagtgtattgtatgaacatattataattgatattattgatatggtatgatttgtaatgatatgatattatacgatgatggtatatatatgatattatacgactaggtaatgatacaatataatatcaatatggtgatgaatgttgatactatacgtctatagatagtagatgatatgattttggtaatggataaggtatgatacgttattatatgatatggtgtatacgatattattatatggtatatatactaatatggtatgatatgatacgcgctatgatacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATTA--TACA---ATAT-------------CGAT----TTG----G-----------CGTAT----GATACCGACTATTATATGATATGGTATGATAT------TATACG-ATAA-----GGT---ATG----AT---GC-AA-TA-TT--ATA-T-TGAT----TAT---GTAT-GATTCTACA-A-TATTTG--TGA--TA----ATGGTCT-ATATATCGATCTCACCAATTATTCTATA-----CAA--TGTCATCCATGGACTGCTTTCCATG----GTATGTACGATC--------GT--------CG-----TC--------ACTCTAT-T-------TGG--GA-AG-TATGTG-GTGTCT--A-TCT-TATGATACGAAATACTTATGA------ATATCA----GT----CTG----GGTT--ATTGTATACACAATTCACCTCGACG-TAATAATATTGT-ATAACG-ATTATGGGGTTAC--TATGA-TTAC-ATCATTATGTATGATGAGCATC--T-----TAAC----TGGTTAGT-AT--A-TATG---TGAT---TAGTTAGCCTA------TATCTAA--T----------TTATATATTG-GGCTT-G----ATATGAC-CT--ACAT-ATA-TTAT---TATCGTATT--GA----T--GGTTATG-AT--ACCCGA-TTATGCG-TTATGATA---GATAAGATATTTATAAACAATATTTGCGTTATTGACGTA---CAAC--ATG---GTTTATGATACAA------TGTCTGTGTTCTTATT-TG-CTAT--A-TTACAATTATCA-T-ACA-TTATG-TATAGATAACCGACTTTATGGTAGTA----AT---ACTGA--TTAAA-C-AA-T-TATA--T-AT-ATAA-AT---ACTGATATTA---CATAATCATCATATATATGATATTAATGA-AT-CAT-C----ATAAA-ATG-AATGT-TTA-TAA-AA--T-TATCTATATC-----AGTATTA-TTTATTCGCCT-TA----GTATTAATATATGTTA-AT--CATA----TA-TGTCATCGTCA----TTGAT-TAATAT-AGAG-TATTA-TTAGTTACCATTA-TGTGAA----TAA-TTTTTTTA----GT-ACTTAG--TATAAT---GA-TCTAAA--TG--TACAT-CG----AT---GATAAATTC-TGTGG-G-CAATACTA-TA-AGCCCATCAAATATAA--TA-A-TGGTGCCA-TA-T-AAAGAGT-G-TGCCCCTC--CGTC--ATGG-TGATGCTTTGATGT-AATC-TTTG
gi|5 : ATGATATTGT-ATGACAT---TATA----TGATACGATATGT--ATG--ATAT------TTTTATGA-TATTATACTGAATAATG----GGTAT-GATACAAATATT--AT--ACAA-T--ATGGTATGATGCGATAT--TATACT--AATACGAT---AATG-GGGTATG-GATTGATTTGGTATG---AAT-TGAT--AT--TATT-GATA-AT---GG--TATT-----ATACGAATATGGT-----TTGATATGATTACAATATTAT--ATGATATGTTAT-TGATTTAGATA-TTATACCGATAT-GGT-TGATACAATA-T-GGTAATGATA-GAATATGGTTGATATGATATATAATATTTA---TGGTATGATA-CAATGTTATA-TGA----TA-T-GGTAT-G---ATATTATA--CG---------AT-----------ATGGTATTATAC-A--------ATATGGTTTGATATGT------TACAAT--AT--TATACAATATGGTATGATA-C-AT------AT-----GGT-ATGATATATT-AT-GA-T---ACAA---ATA--TG-GTATGA--TACG---ATATG-G-TA------ATGGTATGA--A---TG-----------GGTAT----GATAA--GATATTATATGTTA-----TGGTAT------GATACG-ATAT-----TA-TA-ATGA---AT-ATGtat
gi|6 : taT-TTGAGTTA--TTGTTTGTTCAAT-TT---TAATC-----AA-CCTTA-G-AT-TAA--AAAAT--GCGTCTTG-TG-----ATCA---AAATGT-ATT------CGAGTA-GTTTAGATGCTGGTATGATGTGATATTAAACGATATGGTATGATATGGTATGATAATTATGGTATTATACAATAT-G--TTATGATATGATATACGATATATGATTTTNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATACGATT---TGGT--TTGATATGATATTTCATG-ATACGATTTTATATGATATGG-TTTGATGT-GATA-------TTATACGATATGGAATG--ATACGATA-TTA----TT------TGGTATGATgta
gi|7 : ATATTATAC---AATATGG--------TATGATGTGATATTATAC--TATAAGATATGAT-A---TG---ATAA-GGT-ATGATACGATATAT------GATATGGTATTATAC-GATAT--GGTTTGATATGATACAATATTACACGAT-ATGGTA-G---ATATTAT-ATTA----TACAATGTATGA--TAC-GATATGGTAT---TA-TGCGAT---ATG-GTTTG----AAAT--CTTAATATGCCAGCT-TG-T-TGGTTAGCTATGATA-AAT--T-TATTATCT-A-TGATAa
gi|8 : ttA----TG---TGGTATGATA-TAATATTATA-CGA----TA-T-GGTATTG---ATATT-TA--TG---------ATATTG-TATGACATTATATGATACGATATTATACATATGGTATGATATTT------TATGAT--AT--TATACGATATTGGATGATA-CAAT------AT-----A-T-ACAATATGGT-AT-GA-T---GCGAT--AT---TT-ATACTA--TAc
gi|9 : tttagTA---TGATATCA---TATTA-TACGATATAGT--GTT-ACATGATATGTTATTAT-ACAAAAT-GATATT---ATGCTATATGATATTCACAGTGTA--ATAGGGT-ACAATAT-GCTATTTTTACAATATGATATTG-TATA--ATATTAttacatt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TAGAATAGAATATTGAATTGATTGTATTAAACCAATTTAGGGTCCATTAGGGCATACAAGTCAAGAGTTCCATATAAA
Unaligned ( gi|30 ): TATACTTAGTATGACCATCGAGGTTCGACATA