lowQualScore                  :                       2222                                                                                                                      111111   22222222222222222        222222         111  
lowQualScore                  :           2  2    2   2222 2  2     0    2 44  2  22 33      3333    1 1 1 22  1 22 1  1  1    1  333     66  777   2 44  2  4  22  2 2         000000   77777777777777777    66  111111      2  444  
lowQualScore                  :           .  .    .   .... .  .     .    . ..  .  .. ..      ....    . . . ..  . .. .  .  .    .  ...     ..  ...   . ..  .  .  ..  . .         ......   .................    ..  ......      .  ...  
lowQualScore                  :           5  5    2   8888 2  2     9    0 88  0  88 88      9999    9 9 9 66  9 66 9  9  9    8  222     55  000   0 88  0  0  88  0 0         111111   77777777777777777    33  000000      9  777  
consensus                     :  NGGGACACG-GC-GGCA-GTA--CCA-GC-CTGGCGCGAC-A--GT-CG--CC-CAACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-TC-GC-ACAA-CA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-CA--TT-T-TCGCGGCCC--C---GCG----GG-A--A------GGGA--GAN---AGCTCGCA-CGGGTTC
Reference ( gi|5 )            :  CGGGACACG-GC-GGCA-GTA--C-A-GC-CTGGCGCGAC-A--GT-CG--CT-CAACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-TC-GC-ACAA-CA---TTACGA-TC---AGC-C--GT-GC-CA--TT-T-TCGCGGCCC--T---GCG----TG-T--A------GGGA--GAT---AACTCGCA-CGAACTC
gi|14                         :   GGGACACG-GC-GGCA-GTA--CCA-GC-CTGGCGCGAC-A--GT-CG--CC-CAATTA----CAGC-A-C-C--AC-A--C-TC-GC-ACAA-CA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-CA--TT-T-TCTCGGCCC--C---ACG----GG-A--A------GGG
gi|6                          :   GAGGCACG-GC-GGCA-GTA--CCA-GC-CTGGCGCGAC-A--GT-CG--CC-GAACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-TC-GT-ACAA-CA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-TA--TT-T-TCGCAGTCC--C---GCG----GG-A--A------GGGG--AAG---AGCTCTCA-CGGGTTCgaaaagc
gi|3                          :   GGGGCACG-GA-GACA-GTC--C-A-GC-ATGGCACGAC-A--GT-CA--CC-CACCTG----CAAC-A-C-C--AC-A--C-TC-CC-ACAA-CA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-CA--AT-T-TCGCGGCCC--TCACGCGA---TG-C--G------GGAA--GGTTAGAGCTCGCG-CG
gi|2                          :  gGGGGCACG-GA-GACA-GTA--CCA-GC-ATGGCACGAC-A--GT-CA--CC-CACCTG----CAAC-A-C-C--AC-A--C-TCCAC-ACAAACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-CA--AT-T-TCGCGGCCCCTC---ACG----CGAT--C------GGGAAGGGTTAGAGCTCGCG-CGtgtt
gi|10                         : ggGGGGCACG-GC-GG---ATC--C-A-GCTCTGGCGCGAT-A--GT-C---CC-CAATTATGTACAGC-A-C-A--AC-A--A----GC-ACAA-CA---T-ACGG-TC---AGC-C--GTCGC-CT--TT-T-TCGCGGCCC--T---GCG----GA-A--A------GGGAT-GAT-----CTCGTA-
gi|18                         : ggGGGACATG-AC-GGCA-GTA--CTG-GC-CTGGCACAAC-A--TTACG--GT-CAGCCG----TA
gi|1                          :  ggGGATACGTGC-AGCAAGTAG-C-A-AC-CTGGCAC-AC-AA-GT-CGTCCT-CAATTG----CAGC-A-C-T--ACAA--G-TT-GCTACAA-AATAGTTACGG-TC---AGC-CT-GT-GCGCA--TTGT-TCGCGGCCTCGT---GCGATGATA-G--A------GGGA--GAT---G--TCGCAGCGAcaatttgcggccctgtgtagggagagagttcgtacgggttctgaa
gi|4                          :     GACACG-GC-ACCA-GTAG-T-A-GC-CTGGCGCCAC-A--GT-CG--CT-CAACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-TC-GC-GCAA-CA---TTACGA-TC---AGC-C--GT-AC-CA--TT-T-TCGCGGCCC--T---GTG----GG-A--ATTCGATGGGA--GAG---AGCTCGCA-CGGGTTCggtt
gi|8                          :     GATACG-GC-AGCA-GTAT-C-A-AC-CTGGCACGAC-A--GT-CG--CT-CAATTG----CAGC-A-C-T--AC-A--A-TT-GC-ACAA-TA---TTACGG-TC---AGC-T--GT-GC-CA--TT-T-TCGCGGCCC--T---GCA----TG-TAGA------GGGA--GAT---G--TCGCA-CGAt
gi|7                          :     GACATA-GA-GGCA-TTA--CCA-GC-CTGGCGCGAC-A--GT-CG--CC-CAACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--T-TC-GC-ACAA-CA---TTACGG-TC---AGA-C--GT-GC-CA--TT-T-TCTCGGCCC--C---GCA----GG-A--A------GGGG--GAT---AGCTCGCA-TGgtt
gi|12                         :     GACACG-GC-GGCA-GTA--CCA-AC-CTGGCGCGAC-A--GT-CG--CC-CAACTG----CAGC-A-T-C--AC-A--C-TC-GC-G----------TACGG-TC---AGC-T--GT-AC-CA--TA-T-TCGCGACCC--C---GCA----GG-A--A------GAGG--GAA---AGCTCGCA-CGGGTTCggttt
gi|19                         :       CACG-GA-GGCA-GTA--CCA-GC-ATGGCACGAC-A--GT-CA--CC-CACCTG----CAAC-A-C-C--AC-A--C-TC-CC-ACAA-CA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-CA--AT-T-TC
gi|20                         :       gACG-GC-GG-A-GTA--C-A-GC--TGTCACGATTA--GT-CG--CT-CA-CTG----CAGC-A-C-C--AC-A--A-TC-G--ACAT-CA---TTATG
gi|11                         :     ggggCG-GCTAGCA-GTATGC-A-AC-CTGGCAC-AC-A--GT-CG--TTTCAATTG----CAGC-AAC-T--AC-AAGT-TT-GC-ACAA-TA---GTACGG-TC---AGC-CCTGT-GCGCGAGTG-TGTCGCGGCCC--G---GCGATGATA-G--A------GGGA--GA
gi|9                          :           -GC-GGCA-GTAT-C-A-GT-CTGGCACAAC-A--GT-CA--CC-CAACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-TC-GC-ACAA-CA---TTACGG-TTCTAAGA-C--AT-GT-CA--TT-T-TCAAGGTCC--
gi|13                         :           -GC-GGCA-GTAT-C-A-GT-CTGGC---AC-A--GT-CA--CC-CAACCG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-TC-GC-AC-A-CA---TTACGG-TTCTAAGA-C--AT-GT-CA--TT-T-TCAAGGTCC--aactggaaaagcaagagcttgcgcgggttcg
gi|23                         :                  A-GTA--C-CCGC-CTGGTTCGAC-A--GT-CA--CT-CAACTG----CAGC-A-C-C--GC-A--C-TC-GC-ACAA-CA---TTAaactggaaaagcaagagcttgcgcgggtt
gi|16                         :                 gg-GTA--CCA-GC-CTGGCGCGAC-A--GT-CG--CC-CAACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-TC-CC-ACAA-CA---TTACGG-TC---AGC-T--GT-GC-CA--TT-T-TAGCGG-----------------G-A--A------GGGG--GAG---AACTTGCA-C
gi|21                         :                                  GGCGGGAC-A------------CGGCGG----CAGTTA-C-C--AC-A--CCTC-GC-ACAA-AA---TTACGATTC---AGCGT--GT-GC-CA--TT-T-Ttggttc
gi|15                         :                                gtgGCGGGAC-ACGGT-CG--CA-CAACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-TC-GC-ACAA-CA---TTACGG-TT---AGC-C--GT-GC-CA--TT-T-TCGCGGCCC--T---GCG----TG-T--A------AGGA--GAA---AACTTGCG-CGGGTTC
gi|18                         :                                                          ACGG----CAGT-A-C-T--GG-C--C-TG-GC-ACAA-CA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-AC-AA--TT-T---GCGGCCC--T-----G----TG-T--A------GGGA--GAG---AGTTCGTA-CGGGTTCt
gi|17                         :                                                   gggggacatgG----CGGC-A-CACTGAC-A--C-TC-GC-ACAA-CA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-CA--TT-T-TCGCGGTCC--T---TCA----GG-A--A------GGGG--GAG---AGCTCGCA-CGGGTTCtgaa
gi|22                         :                                                                                   tgggaagacgcgA-CA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GT-CA--TT-T-TTGCGGCCC--C---GTG----GG-A--A------GGGG--GAG---AGCTCGCA-CGGGTTCtgaa





Alignments
lowQualScore                  :                     2  2    2    2    2     0    1 44      2 22     3333    1 1 1 22  1 22 1 1   1  1    333      1  666   1 44  1  3 22  1 1          99999 4444  4444 2  999999 666666   44  1        2  2     
lowQualScore                  :                     .  .    .    .    .     .    . ..      . ..     ....    . . . ..  . .. . .   .  .    ...      .  ...   . ..  .  . ..  . .          ..... ....  .... .  ...... ......   ..  .        .  .     
lowQualScore                  :                     4  4    1    1    1     4    9 55      0 88     9999    8 8 8 55  8 55 8 8   8  8    000      9  777   9 55  9  8 66  9 9          33333 5555  5555 1  777777 111111   77  0        4  5     
consensus                     :            NGGGACACG-GC-GGCA-GTAC-CAGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AT-T-TTCGCGGCCC----CG----CG----G-GA------A------GGGG-GAGAGCTCGCA-CG-GGTTC
Reference ( family-2330 )     :            NGGGACACG-GC-GGCA-GTAC-CAGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AT-T-TTCGCGGCCC----CG----CG----G-GA------A------GGGA-GANAGCTCGCA-CG-GGTTC
gi|1                          :              GGATACGTGC-AGCAAGTAG-CAAC-CTGGCAC-AC-AA-GTCGTC-CTCAATTG----CAGC-A-C-T--ACAA--G-T-TGCTAC-AAAATAGTTACGG-TC---AGC-CT-GT-GCGC--AT-TGTTCGCGGCCT----CG----TG----C-GATGATAGA------GGGA-GATG--TCGCAGCGAGGTT
gi|10                         :             GGGGCACG-GC-GG---AT-C-CAGCTCTGGCGCGAT-A--GTC-CC-C--AATTATGTACAGC-A-C-A--AC-A--A----GC-AC-AACA---T-ACGG-TC---AGC-C--GTCGC-C--TT-T-TTCGCGGCCC----TG----CG----G-AA------A------GGGATGAT--CTCGTA-
gi|11                         :                 ggCG-GCTAGCA-GTATGCAAC-CTGGCAC-AC-A--GTCGTTTC--AATTG----CAGC-AAC-T--AC-AAGT-T-TGC-AC-AATA---GTACGG-TC---AGC-CCTGT-GCGCGAGTGT-GTCGCGGCCC----GG----CG----ATGATAG---A------GGGA-GA
gi|12                         :               GACACG-GC-GGCA-GTAC-CAAC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-C--AACTG----CAGC-A-T-C--AC-A--C-T-CGC-G----------TACGG-TC---AGC-T--GT-AC-C--AT-A-TTCGCGACCC----CG----CA----G-GA------A------GAGG-GAAAGCTCGCA-CG-GGTTC
gi|13                         :                     -GC-GGCA-GTAT-CAGT-CTGGC---AC-A--GTCACC-C--AACCG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC--ACA---TTACGG-TTCTAAGA-C--AT-GT-C--AT-T-TTCAAGGTCC----AA----CT----G-GA------A------AAGC-AAGAGCTTGCG-CG-GGTT
gi|14                         :             GGGACACG-GC-GGCA-GTAC-CAGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-C--AATTA----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AT-T-TTCTCGGCCC----CA----CG----G-GA------A------GGGG-AAAAGC
gi|15                         :                                           GCGGGAC-ACGGTCGCA-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TT---AGC-C--GT-GC-C--AT-T-TTCGCGGCCC----TG----CG----T-GT------A------AGGA-GAAAACTTGCG-CG-GGTTC
gi|16                         :                             -GTAC-CAGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CCC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-T--GT-GC-C--AT-T-TT------------AG----CG----G-GA------A------GGGG-GAGAACTTGCA-CT-GGTTCt
gi|17                         :                                                                    G----CGGC-A-CACTGAC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AT-T-TTCGCGGTCC----TT----CA----G-GA------A------GGGG-GAGAGCTCGCA-CG-GGTTC
gi|18                         : tgggaagacgcgGGGACATG-AC-GGCA-GTAC-TGGC-CTGGCACAAC-A--tgaa
gi|18                         :                                                               ggACGG----CAGT-A-C-T--GG-C--C-T-GGC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-AC-A--AT-T-T--GCGGCCC----TG----TG----T---------A------GGGA-GAGAGTTCGTA-CG-GGTTCttacggtcagccgtacaatttgcggccctgtgtagggagagagttcgtacgggttctgaa
gi|19                         :       gggggacatgCACG-GA-GGCA-GTAC-CAGC-ATGGCACGAC-A--GTCACC-C--ACCTG----CAAC-A-C-C--AC-A--C-T-CCC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AA-T-TTCtgaa
gi|2                          :            gGGGGCACG-GA-GACA-GTAC-CAGC-ATGGCACGAC-A--GTCACC-C--ACCTG----CAAC-A-C-C--AC-A--C-TCCAC-ACAAACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AA-T-TTCGCGGCCCCTCACGCGATCG----G-GA------A------GGGT-TAGAGCTCGCG-CG-
gi|20                         :                ggACG-GC-GG-A-GTAC--AGC--TGTCACGATTA--GTCGCT-C--A-CTG----CAGC-A-C-C--AC-A--A-T-CG--AC-ATCA---TTATG
gi|21                         :                                      ggggGGCGGGAC-A---------C--GGCGG----CAGTTA-C-C--AC-A--CCT-CGC-AC-AAAA---TTACGATTC---AGCGT--GT-GC-C--AT-T-TT
gi|22                         :                                                                                                    gtgACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GT-C--AT-T-TTTGCGGCCC----CG----TG----G-GA------A------GGGG-GAGAGCTCGCA-CG-GGTTC
gi|23                         :                            A-GTAC-CCGC-CTGGTTCGAC-A--GTCACT-C--AACTG----CAGC-A-C-C--GC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTAt
gi|3                          :           ggGGGGCACG-GA-GACA-GT-C-CAGC-ATGGCACGAC-A--GTCACC-C--ACCTG----CAAC-A-C-C--AC-A--C-T-CCC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AA-T-TTCGCGGCCCTCA-CG----CGATGCG-GG------A------AGGT-TAGAGCTCGCG-CG-TGTT
gi|4                          :              gGACACG-GC-ACCA-GTAG-TAGC-CTGGCGCCAC-A--GTCGCT-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-GC-AACA---TTACGA-TC---AGC-C--GT-AC-C--AT-T-TTCGCGGCCC----TG----TG----G-GA------ATTCGATGGGA-GAGAGCTCGCA-CG-GGTTC
gi|5                          :             GGGACACG-GC-GGCA-GTAC--AGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCT-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGA-TC---AGC-C--GT-GC-C--AT-T-TTCGCGGCCC----TG----CG----T-GT------A------GGGA-GATAACTCGCA-CG-AACTCt
gi|6                          :            cGAGGCACG-GC-GGCA-GTAC-CAGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-G--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGT-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-T--AT-T-TTCGCAGTCC----CG----CG----G-GA------A------GGGG-AAGAGCTCTCA-CG-GGTTC
gi|7                          :               GACATA-GA-GGCA-TTAC-CAGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--T-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGA-C--GT-GC-C--AT-T-TTCTCGGCCC----CG----CA----G-GA------A------GGGG-GATAGCTCGCA-TG-GGTT
gi|8                          :               GATACG-GC-AGCA-GTAT-CAAC-CTGGCACGAC-A--GTCGCT-C--AATTG----CAGC-A-C-T--AC-A--A-T-TGC-AC-AATA---TTACGG-TC---AGC-T--GT-GC-C--AT-T-TTCGCGGCCC----TG----CA----T-GT------A------GAGG-GAGATGTCGCA-CG-AGTTt
gi|9                          :                     -GC-GGCA-GTAT-CAGT-CTGGCACAAC-A--GTCACC-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TTCTAAGA-C--AT-GT-C--AT-T-TTCAAGGTCC----AA----CT----G-GA------A------AAGC-AAGAGCTTGCG-CG-GGTTC





Alignments
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lowQualScore                  :                     .  .    .    .    .     .    . ..      . ..     ....    . . . ..  . .. . .   .  .    ...      .  ...   . ..  .  . ..  . .          ..... ....  .... .  .... ......               .  .     
lowQualScore                  :                     4  4    1    1    1     4    9 55      0 88     9999    8 8 8 55  8 55 8 8   8  8    000      9  777   9 55  9  8 66  9 9          33333 5555  5555 1  6666 111111               5  5     
consensus                     :            NGGGACACG-GC-GGCA-GTAC-CAGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AT-T-TTCGCGGCCC----CG----CG----G-GA----A------GGGGGAGAGCTCGCG-CG-GGTTC
Reference ( family-2330 )     :            NGGGACACG-GC-GGCA-GTAC-CAGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AT-T-TTCGCGGCCC----CG----CG----G-GA----A------GGGGGAGAGCTCGCA-CG-GGTTC
gi|1                          :              GGATACGTGC-AGCAAGTAG-CAAC-CTGGCAC-AC-AA-GTCGTC-CTCAATTG----CAGC-A-C-T--ACAA--G-T-TGCTAC-AAAATAGTTACGG-TC---AGC-CT-GT-GCGC--AT-TGTTCGCGGCCT----CG----TG----C-GATGATA------GAGGGAGATGTCGCAGCGAGGTT
gi|10                         :             GGGGCACG-GC-GG---AT-C-CAGCTCTGGCGCGAT-A--GTC-CC-C--AATTATGTACAGC-A-C-A--AC-A--A----GC-AC-AACA---T-ACGG-TC---AGC-C--GTCGC-C--TT-T-TTCGCGGCCC----TG----CG----G-AA----A------GGG
gi|11                         :                 ggCG-GCTAGCA-GTATGCAAC-CTGGCAC-AC-A--GTCGTTTC--AATTG----CAGC-AAC-T--AC-AAGT-T-TGC-AC-AATA---GTACGG-TC---AGC-CCTGT-GCGCGAGTGT-GTCGCGGCCC----GG----CG----ATGAT---A------GAGGGAGAatgatctcgta
gi|12                         :               GACACG-GC-GGCA-GTAC-CAAC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-C--AACTG----CAGC-A-T-C--AC-A--C-T-CGC-G----------TACGG-TC---AGC-T--GT-AC-C--AT-A-TTCGCGACCC----CG----CA----G-GA----A------GAGGGAAAGCTCGCA-CG-GGTTC
gi|13                         :                     -GC-GGCA-GTAT-CAGT-CTGGC---AC-A--GTCACC-C--AACCG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC--ACA---TTACGG-TTCTAAGA-C--AT-GT-C--AT-T-TTCAAGGTCC----AA----CT----G-GA----A------AAGCAAGAGCTTGCG-CG-GGTT
gi|14                         :             GGGACACG-GC-GGCA-GTAC-CAGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-C--AATTA----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AT-T-TTCTCGGCCC----CA----CG----G-GA----A------GGGGAAAAGC
gi|15                         :                                           GCGGGAC-ACGGTCGCA-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TT---AGC-C--GT-GC-C--AT-T-TTCGCGGCCC----TG----CG----T-GT----A------AGGAGAAAACTTGCG-CG-GGTTC
gi|16                         :                             -GTAC-CAGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CCC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-T--GT-GC-C--AT-T-TT------------AG----CG----G-GA----A------GGGGGAGAACTTGCA-CT-GGTTCt
gi|17                         :                                                                    G----CGGC-A-CACTGAC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AT-T-TTCGCGGTCC----TT----CA----G-GA----A------GGGGGAGAGCTCGCA-CG-GGTTC
gi|18                         : tgggaagacgcgGGGACATG-AC-GGCA-GTAC-TGGC-CTGGCACAAC-A--tgaa
gi|18                         :                                                               ggACGG----CAGT-A-C-T--GG-C--C-T-GGC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-AC-A--AT-T-T--GCGGCCC----TG----TG----T-------A------GGGAGAGAGTTCGTA-CG-GGTTCttacggtcagccgtacaatttgcggccctgtgtagggagagagttcgtacgggttctgaa
gi|19                         :       gggggacatgCACG-GA-GGCA-GTAC-CAGC-ATGGCACGAC-A--GTCACC-C--ACCTG----CAAC-A-C-C--AC-A--C-T-CCC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AA-T-TTCtgaa
gi|2                          :            gGGGGCACG-GA-GACA-GTAC-CAGC-ATGGCACGAC-A--GTCACC-C--ACCTG----CAAC-A-C-C--AC-A--C-TCCAC-ACAAACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AA-T-TTCGCGGCCCCTCACGCGATCG----G-GA----A------GGGTTAGAGCTCGCG-CG-
gi|20                         :                ggACG-GC-GG-A-GTAC--AGC--TGTCACGATTA--GTCGCT-C--A-CTG----CAGC-A-C-C--AC-A--A-T-CG--AC-ATCA---TTATG
gi|21                         :                                      ggggGGCGGGAC-A---------C--GGCGG----CAGTTA-C-C--AC-A--CCT-CGC-AC-AAAA---TTACGATTC---AGCGT--GT-GC-C--AT-T-TT
gi|22                         :                                                                                                    gtgACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GT-C--AT-T-TTTGCGGCCC----CG----TG----G-GA----A------GGGGGAGAGCTCGCA-CG-GGTTC
gi|23                         :                            A-GTAC-CCGC-CTGGTTCGAC-A--GTCACT-C--AACTG----CAGC-A-C-C--GC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTAt
gi|3                          :           ggGGGGCACG-GA-GACA-GT-C-CAGC-ATGGCACGAC-A--GTCACC-C--ACCTG----CAAC-A-C-C--AC-A--C-T-CCC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AA-T-TTCGCGGCCCTCA-CG----CGATGCG-GG----A------AGGTTAGAGCTCGCG-CG-TGTT
gi|4                          :              gGACACG-GC-ACCA-GTAG-TAGC-CTGGCGCCAC-A--GTCGCT-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-GC-AACA---TTACGA-TC---AGC-C--GT-AC-C--AT-T-TTCGCGGCCC----TG----TG----G-GA----ATTCGATGGGAGAGAGCTCGCA-CG-GGTTC
gi|5                          :             GGGACACG-GC-GGCA-GTAC--AGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCT-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGA-TC---AGC-C--GT-GC-C--AT-T-TTCGCGGCCC----TG----CG----T-GT----A------GGGAGATAACTCGCA-CG-AACTCt
gi|6                          :            cGAGGCACG-GC-GGCA-GTAC-CAGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-G--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGT-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-T--AT-T-TTCGCAGTCC----CG----CG----G-GA----A------GGGGAAGAGCTCTCA-CG-GGTTC
gi|7                          :               GACATA-GA-GGCA-TTAC-CAGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--T-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGA-C--GT-GC-C--AT-T-TTCTCGGCCC----CG----CA----G-GA----A------GGGGGATAGCTCGCA-TG-GGTT
gi|8                          :               GATACG-GC-AGCA-GTAT-CAAC-CTGGCACGAC-A--GTCGCT-C--AATTG----CAGC-A-C-T--AC-A--A-T-TGC-AC-AATA---TTACGG-TC---AGC-T--GT-GC-C--AT-T-TTCGCGGCCC----TG----CA----T-GT----A------GAGGGAGATGTCGCA-CG-AGTTt
gi|9                          :                     -GC-GGCA-GTAT-CAGT-CTGGCACAAC-A--GTCACC-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TTCTAAGA-C--AT-GT-C--AT-T-TTCAAGGTCC----AA----CT----G-GA----A------AAGCAAGAGCTTGCG-CG-GGTTC





Alignments
lowQualScore                  :                     2  2    2    2    2     0    1 44      2 22     3333    1 1 1 22  1 22 1 1   1  1    333      1  666   1 44  1  3 22  1 1          99999 4444  4444 2  6666 666666              2   2     
lowQualScore                  :                     .  .    .    .    .     .    . ..      . ..     ....    . . . ..  . .. . .   .  .    ...      .  ...   . ..  .  . ..  . .          ..... ....  .... .  .... ......              .   .     
lowQualScore                  :                     4  4    1    1    1     4    9 55      0 88     9999    8 8 8 55  8 55 8 8   8  8    000      9  777   9 55  9  8 66  9 9          33333 5555  5555 1  6666 111111              5   5     
consensus                     :            NGGGACACG-GC-GGCA-GTAC-CAGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AT-T-TTCGCGGCCC----CG----CG----G-GA----A------GGGGGAGAGCTCGC-GCG-GGTTC
Reference ( family-2330 )     :            NGGGACACG-GC-GGCA-GTAC-CAGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AT-T-TTCGCGGCCC----CG----CG----G-GA----A------GGGGGAGAGCTCGC-GCG-GGTTC
gi|1                          :              GGATACGTGC-AGCAAGTAG-CAAC-CTGGCAC-AC-AA-GTCGTC-CTCAATTG----CAGC-A-C-T--ACAA--G-T-TGCTAC-AAAATAGTTACGG-TC---AGC-CT-GT-GCGC--AT-TGTTCGCGGCCT----CG----TG----C-GATGATA------GAGGGAGATGTCGCAGCGAGGTT
gi|10                         :             GGGGCACG-GC-GG---AT-C-CAGCTCTGGCGCGAT-A--GTC-CC-C--AATTATGTACAGC-A-C-A--AC-A--A----GC-AC-AACA---T-ACGG-TC---AGC-C--GTCGC-C--TT-T-TTCGCGGCCC----TG----CG----G-AA----A------GGG
gi|11                         :                 ggCG-GCTAGCA-GTATGCAAC-CTGGCAC-AC-A--GTCGTTTC--AATTG----CAGC-AAC-T--AC-AAGT-T-TGC-AC-AATA---GTACGG-TC---AGC-CCTGT-GCGCGAGTGT-GTCGCGGCCC----GG----CG----ATGAT---A------GAGGGAGAatgatctcgta
gi|12                         :               GACACG-GC-GGCA-GTAC-CAAC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-C--AACTG----CAGC-A-T-C--AC-A--C-T-CGC-G----------TACGG-TC---AGC-T--GT-AC-C--AT-A-TTCGCGACCC----CG----CA----G-GA----A------GAGGGAAAGCTCGC-ACG-GGTTC
gi|13                         :                     -GC-GGCA-GTAT-CAGT-CTGGC---AC-A--GTCACC-C--AACCG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC--ACA---TTACGG-TTCTAAGA-C--AT-GT-C--AT-T-TTCAAGGTCC----AA----CT----G-GA----A------AAGCAAGAGCTTGC-GCG-GGTT
gi|14                         :             GGGACACG-GC-GGCA-GTAC-CAGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-C--AATTA----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AT-T-TTCTCGGCCC----CA----CG----G-GA----A------GGGGAAAAGC
gi|15                         :                                           GCGGGAC-ACGGTCGCA-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TT---AGC-C--GT-GC-C--AT-T-TTCGCGGCCC----TG----CG----T-GT----A------AGGAGAAAACTTGC-GCG-GGTTC
gi|16                         :                             -GTAC-CAGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CCC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-T--GT-GC-C--AT-T-TT------------AG----CG----G-GA----A------GGGGGAGAACTTGC-ACT-GGTTCt
gi|17                         :                                                                    G----CGGC-A-CACTGAC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AT-T-TTCGCGGTCC----TT----CA----G-GA----A------GGGGGAGAGCTCGC-ACG-GGTTC
gi|18                         : tgggaagacgcgGGGACATG-AC-GGCA-GTAC-TGGC-CTGGCACAAC-A--tgaa
gi|18                         :                                                               ggACGG----CAGT-A-C-T--GG-C--C-T-GGC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-AC-A--AT-T-T--GCGGCCC----TG----TG----T-------A------GGGAGAGAGTTCGT-ACG-GGTTCttacggtcagccgtacaatttgcggccctgtgtagggagagagttcgtacgggttctgaa
gi|19                         :       gggggacatgCACG-GA-GGCA-GTAC-CAGC-ATGGCACGAC-A--GTCACC-C--ACCTG----CAAC-A-C-C--AC-A--C-T-CCC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AA-T-TTCtgaa
gi|2                          :            gGGGGCACG-GA-GACA-GTAC-CAGC-ATGGCACGAC-A--GTCACC-C--ACCTG----CAAC-A-C-C--AC-A--C-TCCAC-ACAAACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AA-T-TTCGCGGCCCCTCACGCGATCG----G-GA----A------GGGTTAGAGCTCGC-GCG-
gi|20                         :                ggACG-GC-GG-A-GTAC--AGC--TGTCACGATTA--GTCGCT-C--A-CTG----CAGC-A-C-C--AC-A--A-T-CG--AC-ATCA---TTATG
gi|21                         :                                      ggggGGCGGGAC-A---------C--GGCGG----CAGTTA-C-C--AC-A--CCT-CGC-AC-AAAA---TTACGATTC---AGCGT--GT-GC-C--AT-T-TT
gi|22                         :                                                                                                    gtgACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GT-C--AT-T-TTTGCGGCCC----CG----TG----G-GA----A------GGGGGAGAGCTCGC-ACG-GGTTC
gi|23                         :                            A-GTAC-CCGC-CTGGTTCGAC-A--GTCACT-C--AACTG----CAGC-A-C-C--GC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTAt
gi|3                          :           ggGGGGCACG-GA-GACA-GT-C-CAGC-ATGGCACGAC-A--GTCACC-C--ACCTG----CAAC-A-C-C--AC-A--C-T-CCC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AA-T-TTCGCGGCCCTCA-CG----CGATGCG-GG----A------AGGTTAGAGCTCGC-GCG-TGTT
gi|4                          :              gGACACG-GC-ACCA-GTAG-TAGC-CTGGCGCCAC-A--GTCGCT-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-GC-AACA---TTACGA-TC---AGC-C--GT-AC-C--AT-T-TTCGCGGCCC----TG----TG----G-GA----ATTCGATGGGAGAGAGCTCGC-ACG-GGTTC
gi|5                          :             GGGACACG-GC-GGCA-GTAC--AGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCT-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGA-TC---AGC-C--GT-GC-C--AT-T-TTCGCGGCCC----TG----CG----T-GT----A------GGGAGATAACTCGC-ACG-AACTCt
gi|6                          :            cGAGGCACG-GC-GGCA-GTAC-CAGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-G--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGT-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-T--AT-T-TTCGCAGTCC----CG----CG----G-GA----A------GGGGAAGAGCTCTC-ACG-GGTTC
gi|7                          :               GACATA-GA-GGCA-TTAC-CAGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--T-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGA-C--GT-GC-C--AT-T-TTCTCGGCCC----CG----CA----G-GA----A------GGGGGATAGCTCGC-ATG-GGTT
gi|8                          :               GATACG-GC-AGCA-GTAT-CAAC-CTGGCACGAC-A--GTCGCT-C--AATTG----CAGC-A-C-T--AC-A--A-T-TGC-AC-AATA---TTACGG-TC---AGC-T--GT-GC-C--AT-T-TTCGCGGCCC----TG----CA----T-GT----A------GAGGGAGATGTCGC-ACG-AGTTt
gi|9                          :                     -GC-GGCA-GTAT-CAGT-CTGGCACAAC-A--GTCACC-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TTCTAAGA-C--AT-GT-C--AT-T-TTCAAGGTCC----AA----CT----G-GA----A------AAGCAAGAGCTTGC-GCG-GGTTC





Alignments
lowQualScore                  :                     2  2    2    2    2     0    1 44      2 22     3333    1 1 1 22  1 22 1 1   1  1    333      1  666   1 44  1  3 22  1 1          99999 4444  4444 2  6666 666666              2   2     
lowQualScore                  :                     .  .    .    .    .     .    . ..      . ..     ....    . . . ..  . .. . .   .  .    ...      .  ...   . ..  .  . ..  . .          ..... ....  .... .  .... ......              .   .     
lowQualScore                  :                     4  4    1    1    1     4    9 55      0 88     9999    8 8 8 55  8 55 8 8   8  8    000      9  777   9 55  9  8 66  9 9          33333 5555  5555 1  6666 111111              5   5     
consensus                     :            NGGGACACG-GC-GGCA-GTAC-CAGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AT-T-TTCGCGGCCC----CG----CG----G-GA----A------GGGGGAGAGCTCGC-GCG-GGTTC
Reference ( family-2330 )     :            NGGGACACG-GC-GGCA-GTAC-CAGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AT-T-TTCGCGGCCC----CG----CG----G-GA----A------GGGGGAGAGCTCGC-GCG-GGTTC
gi|1                          :              GGATACGTGC-AGCAAGTAG-CAAC-CTGGCAC-AC-AA-GTCGTC-CTCAATTG----CAGC-A-C-T--ACAA--G-T-TGCTAC-AAAATAGTTACGG-TC---AGC-CT-GT-GCGC--AT-TGTTCGCGGCCT----CG----TG----C-GATGATA------GAGGGAGATGTCGCAGCGAGGTT
gi|10                         :             GGGGCACG-GC-GG---AT-C-CAGCTCTGGCGCGAT-A--GTC-CC-C--AATTATGTACAGC-A-C-A--AC-A--A----GC-AC-AACA---T-ACGG-TC---AGC-C--GTCGC-C--TT-T-TTCGCGGCCC----TG----CG----G-AA----A------GGG
gi|11                         :                 ggCG-GCTAGCA-GTATGCAAC-CTGGCAC-AC-A--GTCGTTTC--AATTG----CAGC-AAC-T--AC-AAGT-T-TGC-AC-AATA---GTACGG-TC---AGC-CCTGT-GCGCGAGTGT-GTCGCGGCCC----GG----CG----ATGAT---A------GAGGGAGAatgatctcgta
gi|12                         :               GACACG-GC-GGCA-GTAC-CAAC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-C--AACTG----CAGC-A-T-C--AC-A--C-T-CGC-G----------TACGG-TC---AGC-T--GT-AC-C--AT-A-TTCGCGACCC----CG----CA----G-GA----A------GAGGGAAAGCTCGC-ACG-GGTTC
gi|13                         :                     -GC-GGCA-GTAT-CAGT-CTGGC---AC-A--GTCACC-C--AACCG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC--ACA---TTACGG-TTCTAAGA-C--AT-GT-C--AT-T-TTCAAGGTCC----AA----CT----G-GA----A------AAGCAAGAGCTTGC-GCG-GGTT
gi|14                         :             GGGACACG-GC-GGCA-GTAC-CAGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-C--AATTA----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AT-T-TTCTCGGCCC----CA----CG----G-GA----A------GGGGAAAAGC
gi|15                         :                                           GCGGGAC-ACGGTCGCA-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TT---AGC-C--GT-GC-C--AT-T-TTCGCGGCCC----TG----CG----T-GT----A------AGGAGAAAACTTGC-GCG-GGTTC
gi|16                         :                             -GTAC-CAGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CCC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-T--GT-GC-C--AT-T-TT------------AG----CG----G-GA----A------GGGGGAGAACTTGC-ACT-GGTTCt
gi|17                         :                                                                    G----CGGC-A-CACTGAC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AT-T-TTCGCGGTCC----TT----CA----G-GA----A------GGGGGAGAGCTCGC-ACG-GGTTC
gi|18                         : tgggaagacgcgGGGACATG-AC-GGCA-GTAC-TGGC-CTGGCACAAC-A--tgaa
gi|18                         :                                                               ggACGG----CAGT-A-C-T--GG-C--C-T-GGC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-AC-A--AT-T-T--GCGGCCC----TG----TG----T-------A------GGGAGAGAGTTCGT-ACG-GGTTCttacggtcagccgtacaatttgcggccctgtgtagggagagagttcgtacgggttctgaa
gi|19                         :       gggggacatgCACG-GA-GGCA-GTAC-CAGC-ATGGCACGAC-A--GTCACC-C--ACCTG----CAAC-A-C-C--AC-A--C-T-CCC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AA-T-TTCtgaa
gi|2                          :            gGGGGCACG-GA-GACA-GTAC-CAGC-ATGGCACGAC-A--GTCACC-C--ACCTG----CAAC-A-C-C--AC-A--C-TCCAC-ACAAACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AA-T-TTCGCGGCCCCTCACGCGATCG----G-GA----A------GGGTTAGAGCTCGC-GCG-
gi|20                         :                ggACG-GC-GG-A-GTAC--AGC--TGTCACGATTA--GTCGCT-C--A-CTG----CAGC-A-C-C--AC-A--A-T-CG--AC-ATCA---TTATG
gi|21                         :                                      ggggGGCGGGAC-A---------C--GGCGG----CAGTTA-C-C--AC-A--CCT-CGC-AC-AAAA---TTACGATTC---AGCGT--GT-GC-C--AT-T-TT
gi|22                         :                                                                                                    gtgACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GT-C--AT-T-TTTGCGGCCC----CG----TG----G-GA----A------GGGGGAGAGCTCGC-ACG-GGTTC
gi|23                         :                            A-GTAC-CCGC-CTGGTTCGAC-A--GTCACT-C--AACTG----CAGC-A-C-C--GC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTAt
gi|3                          :           ggGGGGCACG-GA-GACA-GT-C-CAGC-ATGGCACGAC-A--GTCACC-C--ACCTG----CAAC-A-C-C--AC-A--C-T-CCC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AA-T-TTCGCGGCCCTCA-CG----CGATGCG-GG----A------AGGTTAGAGCTCGC-GCG-TGTT
gi|4                          :              gGACACG-GC-ACCA-GTAG-TAGC-CTGGCGCCAC-A--GTCGCT-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-GC-AACA---TTACGA-TC---AGC-C--GT-AC-C--AT-T-TTCGCGGCCC----TG----TG----G-GA----ATTCGATGGGAGAGAGCTCGC-ACG-GGTTC
gi|5                          :             GGGACACG-GC-GGCA-GTAC--AGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCT-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGA-TC---AGC-C--GT-GC-C--AT-T-TTCGCGGCCC----TG----CG----T-GT----A------GGGAGATAACTCGC-ACG-AACTCt
gi|6                          :            cGAGGCACG-GC-GGCA-GTAC-CAGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-G--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGT-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-T--AT-T-TTCGCAGTCC----CG----CG----G-GA----A------GGGGAAGAGCTCTC-ACG-GGTTC
gi|7                          :               GACATA-GA-GGCA-TTAC-CAGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--T-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGA-C--GT-GC-C--AT-T-TTCTCGGCCC----CG----CA----G-GA----A------GGGGGATAGCTCGC-ATG-GGTT
gi|8                          :               GATACG-GC-AGCA-GTAT-CAAC-CTGGCACGAC-A--GTCGCT-C--AATTG----CAGC-A-C-T--AC-A--A-T-TGC-AC-AATA---TTACGG-TC---AGC-T--GT-GC-C--AT-T-TTCGCGGCCC----TG----CA----T-GT----A------GAGGGAGATGTCGC-ACG-AGTTt
gi|9                          :                     -GC-GGCA-GTAT-CAGT-CTGGCACAAC-A--GTCACC-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TTCTAAGA-C--AT-GT-C--AT-T-TTCAAGGTCC----AA----CT----G-GA----A------AAGCAAGAGCTTGC-GCG-GGTTC


blockSeqs                     :                     .  T    .    G    T          T CG      T .      TGTA    T A A TG  . AG C C   .  A    .        T  CTA   G CT  C  G GA  G .          CTCAC CGAT  ATGC T  T    TTCGAT              .   .
blockSeqs                     :                     .  .    .    .    .          . .       . .      .       . . . .   . .  . .   .  .    .        .  CTA   . .   .  . .   . .          TCAC  .     .    .  .    .                   .   .
blockSeqs                     :                     .  .    .    .    .          . .       . .      .       . . . .   . .  . .   .  .    .        .  .     . .   .  . .   . .          T     .     .    .  .    .                   .   .
blockSeqs                     :                     .  .    .    .    .          . .       . .      .       . . . .   . .  . .   .  .    .        .  .     . .   .  . .   . .          G     .     .    .  .    .                   .   .
blockSeqs                     :                     .  .    .    .    .          . .       . .      .       . . . .   . .  . .   .  .    .        .  .     . .   .  . .   . .          C     .     .    .  .    .                   .   .
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blockSeqs                     :                     .  .    .    .    .          . .       . .      .       . . . .   . .  . .   .  .    .        .  .     . .   .  . .   . .          C     .     .    .  .    .                   .   .
blockSeqs                     :                     .  .    .    .    .          . .       . .      .       . . . .   . .  . .   .  .    .        .  .     . .   .  . .   . .          T     .     .    .  .    .                   .   .
blockSeqs                     :                     .  .    .    .    .          . .       . .      .       . . . .   . .  . .   .  .    .        .  .     . .   .  . .   . .          T     .     .    .  .    .                   .   .
blockSeqs                     :                     .  .    .    .    .          . .       . .      .       . . . .   . .  . .   .  .    .        .  .     . .   .  . .   . .          C     .     .    .  .    .                   .   .
blockSeqs                     :                     .  .    .    .    .          . .       . .      .       . . . .   . .  . .   .  .    .        .  .     . .   .  . .   . .          C     .     .    .  .    .                        
blockSeqs                     :                             .    .    .          . .       . .      .       . . . .   . .  . .   .  .    .        .  .     . .   .  . .   . .          T     .     .    .  .    .                        
blockSeqs                     :                             .    .    .          . .       . .      .       . . . .   . .  . .   .  .    .        .  .     . .   .  . .   . .          A     .     .    .  .    .                        
blockSeqs                     :                                                  . .       . .      .       . . . .   . .  . .   .  .    .        .  .     . .   .  . .   . .                                                            
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blockSeqs                     :                                                                     .       . . . .   . .  . .   .  .    .                                                                                               
blockSeqs                     :                                                                                                          .                                                                                               


blockSeqCons                  :                                                    **        **                                          ***                 **                                            ****
originalCons                  :            NGGGACACG-GC-GGCA-GTAC-CAGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AT-T-TTCGCGGCCC----CG----CG----G-GA----A------GGGGGAGAGCTCGC-GCG-GGTTC
finalCons                     :            NGGGACACG-GC-GGCA-GTAC-CAGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AT-T-TTCGCGGCCC----CG----CG----G-GA----A------GGGGGAGAGCTCGC-GCG-GGTTC





Alignments
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lowQualScore                  :                     .  .    .    .    .     .    . ..      . ..     ....    . . . ..  . .. . .   .  .    ...      .  ...   . ..  .  . ..  . .          ..... ....  .... .  .... ......              .   .     
lowQualScore                  :                     4  4    1    1    1     4    9 55      0 88     9999    8 8 8 55  8 55 8 8   8  8    000      9  777   9 55  9  8 66  9 9          33333 5555  5555 1  6666 111111              5   5     
consensus                     :            NGGGACACG-GC-GGCA-GTAC-CAGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AT-T-TTCGCGGCCC----CG----CG----G-GA----A------GGGGGAGAGCTCGC-GCG-GGTTC
Reference ( family-2330 )     :            NGGGACACG-GC-GGCA-GTAC-CAGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AT-T-TTCGCGGCCC----CG----CG----G-GA----A------GGGGGAGAGCTCGC-GCG-GGTTC
gi|1                          :              GGATACGTGC-AGCAAGTAG-CAAC-CTGGCAC-AC-AA-GTCGTC-CTCAATTG----CAGC-A-C-T--ACAA--G-T-TGCTAC-AAAATAGTTACGG-TC---AGC-CT-GT-GCGC--AT-TGTTCGCGGCCT----CG----TG----C-GATGATA------GAGGGAGATGTCGCAGCGAGGTT
gi|10                         :             GGGGCACG-GC-GG---AT-C-CAGCTCTGGCGCGAT-A--GTC-CC-C--AATTATGTACAGC-A-C-A--AC-A--A----GC-AC-AACA---T-ACGG-TC---AGC-C--GTCGC-C--TT-T-TTCGCGGCCC----TG----CG----G-AA----A------GGG
gi|11                         :                 ggCG-GCTAGCA-GTATGCAAC-CTGGCAC-AC-A--GTCGTTTC--AATTG----CAGC-AAC-T--AC-AAGT-T-TGC-AC-AATA---GTACGG-TC---AGC-CCTGT-GCGCGAGTGT-GTCGCGGCCC----GG----CG----ATGAT---A------GAGGGAGAatgatctcgta
gi|12                         :               GACACG-GC-GGCA-GTAC-CAAC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-C--AACTG----CAGC-A-T-C--AC-A--C-T-CGC-G----------TACGG-TC---AGC-T--GT-AC-C--AT-A-TTCGCGACCC----CG----CA----G-GA----A------GAGGGAAAGCTCGC-ACG-GGTTC
gi|13                         :                     -GC-GGCA-GTAT-CAGT-CTGGC---AC-A--GTCACC-C--AACCG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC--ACA---TTACGG-TTCTAAGA-C--AT-GT-C--AT-T-TTCAAGGTCC----AA----CT----G-GA----A------AAGCAAGAGCTTGC-GCG-GGTT
gi|14                         :             GGGACACG-GC-GGCA-GTAC-CAGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-C--AATTA----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AT-T-TTCTCGGCCC----CA----CG----G-GA----A------GGGGAAAAGC
gi|15                         :                                           GCGGGAC-ACGGTCGCA-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TT---AGC-C--GT-GC-C--AT-T-TTCGCGGCCC----TG----CG----T-GT----A------AGGAGAAAACTTGC-GCG-GGTTC
gi|16                         :                             -GTAC-CAGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CCC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-T--GT-GC-C--AT-T-TT------------AG----CG----G-GA----A------GGGGGAGAACTTGC-ACT-GGTTCt
gi|17                         :                                                                    G----CGGC-A-CACTGAC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AT-T-TTCGCGGTCC----TT----CA----G-GA----A------GGGGGAGAGCTCGC-ACG-GGTTC
gi|18                         : tgggaagacgcgGGGACATG-AC-GGCA-GTAC-TGGC-CTGGCACAAC-A--tgaa
gi|18                         :                                                               ggACGG----CAGT-A-C-T--GG-C--C-T-GGC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-AC-A--AT-T-T--GCGGCCC----TG----TG----T-------A------GGGAGAGAGTTCGT-ACG-GGTTCttacggtcagccgtacaatttgcggccctgtgtagggagagagttcgtacgggttctgaa
gi|19                         :       gggggacatgCACG-GA-GGCA-GTAC-CAGC-ATGGCACGAC-A--GTCACC-C--ACCTG----CAAC-A-C-C--AC-A--C-T-CCC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AA-T-TTCtgaa
gi|2                          :            gGGGGCACG-GA-GACA-GTAC-CAGC-ATGGCACGAC-A--GTCACC-C--ACCTG----CAAC-A-C-C--AC-A--C-TCCAC-ACAAACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AA-T-TTCGCGGCCCCTCACGCGATCG----G-GA----A------GGGTTAGAGCTCGC-GCG-
gi|20                         :                ggACG-GC-GG-A-GTAC--AGC--TGTCACGATTA--GTCGCT-C--A-CTG----CAGC-A-C-C--AC-A--A-T-CG--AC-ATCA---TTATG
gi|21                         :                                      ggggGGCGGGAC-A---------C--GGCGG----CAGTTA-C-C--AC-A--CCT-CGC-AC-AAAA---TTACGATTC---AGCGT--GT-GC-C--AT-T-TT
gi|22                         :                                                                                                    gtgACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GT-C--AT-T-TTTGCGGCCC----CG----TG----G-GA----A------GGGGGAGAGCTCGC-ACG-GGTTC
gi|23                         :                            A-GTAC-CCGC-CTGGTTCGAC-A--GTCACT-C--AACTG----CAGC-A-C-C--GC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTAt
gi|3                          :           ggGGGGCACG-GA-GACA-GT-C-CAGC-ATGGCACGAC-A--GTCACC-C--ACCTG----CAAC-A-C-C--AC-A--C-T-CCC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-C--AA-T-TTCGCGGCCCTCA-CG----CGATGCG-GG----A------AGGTTAGAGCTCGC-GCG-TGTT
gi|4                          :              gGACACG-GC-ACCA-GTAG-TAGC-CTGGCGCCAC-A--GTCGCT-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-GC-AACA---TTACGA-TC---AGC-C--GT-AC-C--AT-T-TTCGCGGCCC----TG----TG----G-GA----ATTCGATGGGAGAGAGCTCGC-ACG-GGTTC
gi|5                          :             GGGACACG-GC-GGCA-GTAC--AGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCT-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGA-TC---AGC-C--GT-GC-C--AT-T-TTCGCGGCCC----TG----CG----T-GT----A------GGGAGATAACTCGC-ACG-AACTCt
gi|6                          :            cGAGGCACG-GC-GGCA-GTAC-CAGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-G--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGT-AC-AACA---TTACGG-TC---AGC-C--GT-GC-T--AT-T-TTCGCAGTCC----CG----CG----G-GA----A------GGGGAAGAGCTCTC-ACG-GGTTC
gi|7                          :               GACATA-GA-GGCA-TTAC-CAGC-CTGGCGCGAC-A--GTCGCC-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--T-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TC---AGA-C--GT-GC-C--AT-T-TTCTCGGCCC----CG----CA----G-GA----A------GGGGGATAGCTCGC-ATG-GGTT
gi|8                          :               GATACG-GC-AGCA-GTAT-CAAC-CTGGCACGAC-A--GTCGCT-C--AATTG----CAGC-A-C-T--AC-A--A-T-TGC-AC-AATA---TTACGG-TC---AGC-T--GT-GC-C--AT-T-TTCGCGGCCC----TG----CA----T-GT----A------GAGGGAGATGTCGC-ACG-AGTTt
gi|9                          :                     -GC-GGCA-GTAT-CAGT-CTGGCACAAC-A--GTCACC-C--AACTG----CAGC-A-C-C--AC-A--C-T-CGC-AC-AACA---TTACGG-TTCTAAGA-C--AT-GT-C--AT-T-TTCAAGGTCC----AA----CT----G-GA----A------AAGCAAGAGCTTGC-GCG-GGTTC