lowQualScore                  :         2  5  88888888     22    1       33       1   1  555     5555 2 1 1 2   333  1  66666   222 3  1 55   1 1              
lowQualScore                  :         .  .  ........     ..    .       ..       .   .  ...     .... . . . .   ...  .  .....   ... .  . ..   . .              
lowQualScore                  :         5  3  33333333     99    2       22       2   2  222     2222 4 2 3 7   777  4  44444   777 1  2 88   5 5              
consensus                     :  GCGACTT-GTTTT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTT-CCG-TA-T-GGAGT----G-C-C-C-TGG--GAC-CA--T--AAG---T-CAGG--AGG-C-GCACAAGGAGCTGA
Reference ( gi|10 )           :  GCGACTT-GTCTT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTT-CCG-TA-T-GGAGT----G-C-C-C-TGG--GAC-CA--T--AAG---T-CAAG--AAG-C-GCACAAGGAGCTGA
gi|17                         :  GCGACTTTGTCTT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTT-CCG-TA---GGAGT----G-C-C-C-TGG--GA--CA--T--AAG---T-CAAG---AG-C-GCACAAGGAGCTGA
gi|15                         :  GCGACTTTGTCTT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTT-CCG-TA---GGAGT----G-C-C-C-TGG--GA--CA--T--AAG---T-CAAG---AG-C-GCACAAGGAGCTG
gi|3                          : cGCGACTT-GTTTTCATGTTTCAGGCG--CAGC-AAAGCTG--GGAATTT-CCG-TA-T-GGAGT----G-C-T-C-TGG--AAC-CA--T--AAG---T-CAGG--AAG-C-GCACAAGGAGCTGA
gi|4                          :  GCGACTT-GTCTTT-------AGGTGGCTGGCGAAAGCTG--GGAA-TT-CCGTTATT-GGAGT----G-CAC-C-TGG--GAC-CA--TTGAAC---T-CAAGA-AAG-CGGCACAAGGAGCTGc
gi|26                         :  GCGACTT-GT--T--------GAGTGG-CGGC-AAAG------GA---T-TCG--A-T-GG--T----G-C-CGC-TGG--GAC-CA------A------CAGG--AAA-C-A-ACAAGGAGCTG
gi|6                          :   CGACTT-GTTTT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTT-CCG-TA-T-GGATT----G-C-C-C-TGG--GAC-CA--C--AAG---T-CAGG--AAG-C-GCACAAGGAGCTAAgcggcac
gi|9                          :   CGACTT-GTATT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTT-CCG-TA-T-GGACT----G-C-T-C-TTG--GAC-TA--T--AAG---T-CAGG--AAG-C-GCACAAGAAGCTGAc
gi|8                          :   CGACTT-GTTTT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGCATTC-TCG-TA-T-GGAAT----A-C-C-C-TGG--CAC-CA--T--AAG---T-CAGG--AGG-C-GAACAAGGAGCTGAt
gi|2                          :  tCGACTT-GTTTTT-------AGGTG--CGGC-AAAGCTGCCGGAATTT-CCG-TA-TGGGAGT----ACC-C-C-TGG--GAC-CATCT--AAG---TCCAAGCCAAG-C-GCACAAGGAGCTGA
gi|1                          :   CGACTT-GTTTTT-------AGGTG--CGGC-AAAGCTGCCGGAATTT-CCG-TA-TGGGAGT----ACC-C-C-TGG--GAC-CATCT--AAG---TCCAAGCCAAG-C-GCACAAGGAGCTGAcg
gi|11                         :   CGACTT-GTTTT--------AAGCG--CAGC-AAAGCTG--AGAATTT-CCG-TA-T-GGAGT----G-C-C-G-TGT--CAC-AA--T--AAG---T-CAGG--AGG-C-AAACAAGGAGCTGcg
gi|20                         :  cCGACTA-GTTTT--------AGATG--CGTC-AAAGCTG--GAAATTC-CCG-TA-T-GGAGT----T-C-C-CATGG--GAC-CA--C--ATG---T-CAGG--AAG-C-GCACAAGGA
gi|5                          :   CGACTT-GTTTT--------AAATG--CAAC-AAAGTTG--GGAATTT-CCT-TA-T-GGAGT----G-C-C-C-TGG--CAT-CA--T--TAG---T-C-AG--AAGAC-AAACAAGGAGCTAA
gi|18                         : ccCGACAT-GTTTT--------AAGTG--TAGT-AAAGCTG--GCAATTC-CCA-TA-T-GGAGT----A-C-T-C-TAG--CAC-CA--T--GAG---T-------AGG-C-ACACAAGGAGCTGA
gi|22                         :  cCAACTT-GTTTT--------ATGAG--CGGC-AAAGCCA--GGCATTT-CCA-TA-G-GGAGT----G-C-C-C-TAG--CAC-CA--G--AAG---T-CAGG--AGG-C-TCCCAAGG
gi|7                          :  cCGACTT-GTTTT--------AGGTG--TGAC-AAAGCAG--GACATTG-CCG-TA-T-GTAGT----C-C-C-A-TGC--G-C-AA--T--AAG---T-CAAG---GG-C-GCACAA-GAGCTGA
gi|16                         : ccCGACTT-GTTTT--------AAATG--CGCC-AAAGCTT--GACATTT-CCC-TA-G-GGAGT----A-T-C-C-TGG--CAC-CA--A--AAG---T-CAAG--AGA-C-GCATATGGAGcg
gi|23                         :  cCGACTT-GTTTT--------AGGTG--CG-C-AAAGCTA--GTA-TTT-CCA------GGAGT----T-C-C-T-TG-----CACA--T--AAG---T-CAGA--AGG-C-GCACAAGGAGTTGAgt
gi|31                         :   CGACTT-GTTTT----------------GGC-AAAGCTG--GGAATTT-CTG-TA-T-GGAGT----A-T-C-T-TGG--CAC-CA--T--Ac
gi|33                         :  tCGACTT-TTTTC--------AAGTG--CAGC-AAAGCTG--GAAATTT-CCG-TA-T-GGAGT----G-C-C-
gi|24                         : ctCAACTT-GTTTA--------AAGTG--CGAC-AAAGCTT--GGCAGTC-CTT-AA-G-GGAAT----G-T-C-C-TGG--AAC-CA--G--AGG---T-CAGG--AGG-C-GTACAAGG
gi|13                         :   CGACAT-GCTTC--------AAGTG--TGGG-AAAGCCG--GGCATCT-CCG-TA-G-GGAGTACGTG-C-C-C-TGT--CAC-C-------AGTTTT-CAGG--AGG-C-ACACCAGGA
gi|29                         :  cCAACTT-GTTTT--------AGGTG--CA-T-AAATCTG--GGCATTT-C---------AAAC----G---------G--GAC-TA--G--AAG---T-AAGG--AGG-T-GCACAAGGAGCTG
gi|25                         :   CGACAT-GCTTC--------AAGTG--TGGG-AAAGCCG--GGCATCT-CCG-TA-G-GGAGTACGTG-C-C-C-TGT--CAC-CA--G--TTG---T-CAGG--AGG-C-ACA
gi|34                         :  cCAACTT-GTTTT--------AGGTG--CGAC-AAAGCTG--TAAATGT-CCC-TA-T-GG
gi|19                         :    GACTT-GTCTT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTT-CCG-TA-T-GGAGT----G-C-C-C-TGG--GAC-CA--T--AAG---T-CAAG--AAG-C-GCACAAGGAGCT
gi|28                         :    GACTT-GTTTT--------AAGTG--CAGC-AAAGCTG--GAAATAT-CCG-TA-------T----G-C-----------GC-CA--C--AAG---T-CAGG--AGG-C-GTACACGGAGCTGA
gi|30                         :    GACTT-GTTTT--------AGGTG--TGGC-AAAACCG--GGGATTT-CCG-TA-T-GGAGT----A-C-C-C-TGG--c
gi|21                         :    tACTT-GTTTT--------AGGTG--CG-C-AAAGCTG--GGA-TTT-CCG-TA-T-GGAGT----G-T-C-C-TGG--GAC-CA--T--GGG---T-CAGG--AAG-C-GCAC-AGAAACTGAca
gi|32                         :     ACTT-GTTAT--------AAGTG--CAGC-AAAGGTG--TGAATTT-CCG-TA-T-GGAGT----G-C-C-A-TGG--c
gi|27                         :       cT-GTTTC--------AAGCG--TGGG-AAACCCG--GGCATTT-CCG-TA-G-GGAGT----G-C-T-C-TGG--CAC-CA--ca
gi|14                         :   cgagaT-GTTTC--------AAGTG--TGGG-AAACCCG--GGCACTT-CCG-TA-G-GGAGT----G-C-actgtccggatgcacaac
gi|35                         :                     tagaGTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTA-CCG-TA-T-GGAGT----G-tgacagtgctctggcaccagctgtcccgatgcacaccg
gi|12                         :                                    AAGCTG--GGAATTTCCCG-CA-T-GGAGT----G-T-T-CATGGCAGAT-CA--C--AAG---T-CAGG--AAG-C-AAACAAGAAGCTGA





Alignments
lowQualScore                  :            2  1   66666666     22    1       33         1 1  444     5555 2 1 1 2   333  1  77777    555 1   33 2  1              
lowQualScore                  :            .  .   ........     ..    .       ..         . .  ...     .... . . . .   ...  .  .....    ... .   .. .  .              
lowQualScore                  :            4  2   66666666     77    1       11         1 1  888     0000 4 2 2 6   222  4  22222    444 4   99 2  4              
consensus                     :     GCGACTT-GT-TTT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTTCC-G-TA-T-GGAGT----G-C-C-C-TGG--GAC-CA--T--AAGT---C-AGG--AGGC-GCACAAGGAGCTGA
Reference ( family-2307 )     :     GCGACTT-GT-TTT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTTCC-G-TA-T-GGAGT----G-C-C-C-TGG--GAC-CA--T--AAGT---C-AGG--AGGC-GCACAAGGAGCTGA
gi|1                          :      CGACTT-GT-TTTT-------AGGTG--CGGC-AAAGCTGCCGGAATTTCC-G-TA-TGGGAGT----ACC-C-C-TGG--GAC-CATCT--AAGTC--C-AAGCCAAGC-GCACAAGGAGCTGA
gi|10                         :     GCGACTT-GT-CTT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTTCC-G-TA-T-GGAGT----G-C-C-C-TGG--GAC-CA--T--AAGT---C-AAG--AAGC-GCACAAGGAGCTGAcg
gi|11                         :      CGACTT-GT-TTT--------AAGCG--CAGC-AAAGCTG--AGAATTTCC-G-TA-T-GGAGT----G-C-C-G-TGT--CAC-AA--T--AAGT---C-AGG--AGGC-AAACAAGGAGCTG
gi|12                         :             cT-TTA--------AAGTG--CAAA-CAAGCTG--GGAATTTCCCG-CA-T-GGAGT----G-T-T-CATGGCAGAT-CA--C--AAGT---C-AGG--AAGC-AAACAAGAAGCTGA
gi|13                         :    gcCGACAT-GC-TTC--------AAGTG--TGGG-AAAGCCG--GGCATCTCC-G-TA-G-GGAGTACGTG-C-C-C-TGT--CAC-CA-------GTTTTC-AGG--AGGC-ACACCAGGAc
gi|14                         :          cT-GT-TTC--------AAGTG--TGGG-AAACCCG--GGCACTTCC-G-TA-G-GGAGT----G-C-
gi|15                         : tagaGCGACTTTGT-CTT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTTCC-G-TA---GGAGT----G-C-C-C-TGG--GA--CA--T--AAGT---C-AAG--A-GC-GCACAAGGAGCTGtgacagtgctctggcaccagctgtcccgatgcacaccg
gi|16                         :     cCGACTT-GT-TTT--------AAATG--CGCC-AAAGCTT--GACATTTCC-C-TA-G-GGAGT----A-T-C-C-TGG--CAC-CA--A--AAGT---C-AAG--AGAC-GCATATGGAG
gi|17                         :    cGCGACTTTGT-CTT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTTCC-G-TA---GGAGT----G-C-C-C-TGG--GA--CA--T--AAGT---C-AAG--A-GC-GCACAAGGAGCTGAgt
gi|18                         :      CGACAT-GT-TTT--------AAGTG--TAGT-AAAGCTG--GCAATTCCC-A-TA-T-GGAGT----A-C-T-C-TAG--CAC-CA--T--GAGT----------AGGC-ACACAAGGAGCTGA
gi|19                         :      cGACTT-GT-CTT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTTCC-G-TA-T-GGAGT----G-C-C-C-TGG--GAC-CA--T--AAGT---C-AAG--AAGC-GCACAAGGAGCT
gi|2                          :      CGACTT-GT-TTTT-------AGGTG--CGGC-AAAGCTGCCGGAATTTCC-G-TA-TGGGAGT----ACC-C-C-TGG--GAC-CATCT--AAGTC--C-AAGCCAAGC-GCACAAGGAGCTGA
gi|20                         :      CGACTA-GT-TTT--------AGATG--CGTC-AAAGCTG--GAAATTCCC-G-TA-T-GGAGT----T-C-C-CATGG--GAC-CA--C--ATGT---C-AGG--AAGC-GCACAAGGAcg
gi|21                         :        ACTT-GT-TTT--------AGGTG--CG-C-AAAGCTG--GGA-TTTCC-G-TA-T-GGAGT----G-T-C-C-TGG--GAC-CA--T--GGGT---C-AGG--AAGC-GCAC-AGAAACTGA
gi|22                         :      CAACTT-GT-TTT--------ATGAG--CGGC-AAAGCCA--GGCATTTCC-A-TA-G-GGAGT----G-C-C-C-TAG--CAC-CA--G--AAGT---C-AGG--AGGC-TCCCAAGGc
gi|23                         :     cCGACTT-GT-TTT--------AGGTG--CG-C-AAAGCTA--GTA-TTTCC-A------GGAGT----T-C-C-T-TG-----CACA--T--AAGT---C-AGA--AGGC-GCACAAGGAGTTGA
gi|24                         :      CAACTT-GT-TTA--------AAGTG--CGAC-AAAGCTT--GGCAGTCCT-T-AA-G-GGAAT----G-T-C-C-TGG--AAC-CA--G--AGGT---C-AGG--AGGC-GTACAAGGc
gi|25                         :      CGACAT-GC-TTC--------AAGTG--TGGG-AAAGCCG--GGCATCTCC-G-TA-G-GGAGTACGTG-C-C-C-TGT--CAC-CA--G--TTGT---C-AGG--AGGC-ACA
gi|26                         :    cGCGACTT-GT-T----------GAGTGG-CGGC-AAAG------GA---TTC-G--A-T-GG--T----G-C-CGC-TGG--GAC-CA------A-----C-AGG--AAAC-A-ACAAGGAGCTG
gi|27                         :           T-GT-TTC--------AAGCG--TGGG-AAACCCG--GGCATTTCC-G-TA-G-GGAGT----G-C-T-C-TGG--CAC-CA--A--CTGT---C-CGG--A--T-GCACAAgcggcac
gi|28                         :  cgagaGACTT-GT-TTT--------AAGTG--CAGC-AAAGCTG--GAAATATCC-G-TA-------T----G-C-----------GC-CA--C--AAGT---C-AGG--AGGC-GTACACGGAGCTGAc
gi|29                         :      CAACTT-GT-TTT--------AGGTG--CA-T-AAATCTG--GGCATTTC----------AAAC----G---------G--GAC-TA--G--AAGT---A-AGG--AGGT-GCACAAGGAGCTGc
gi|3                          :     GCGACTT-GT-TTTCATGTTTCAGGCG--CAGC-AAAGCTG--GGAATTTCC-G-TA-T-GGAGT----G-C-T-C-TGG--AAC-CA--T--AAGT---C-AGG--AAGC-GCACAAGGAGCTGA
gi|30                         :       GACTT-GT-TTT--------AGGTG--TGGC-AAAACCG--GGGATTTCC-G-TA-T-GGAGT----A-C-C-C-TGG--c
gi|31                         :     tCGACTT-GT-TTT----------------GGC-AAAGCTG--GGAATTTCT-G-TA-T-GGAGT----A-T-C-T-TGG--CAC-CA--T--Aca
gi|32                         :       tACTT-GT-TAT--------AAGTG--CAGC-AAAGGTG--TGAATTTCC-G-TA-T-GGAGT----G-C-C-A-TGG--
gi|33                         :     cCGACTT-TT-TTC--------AAGTG--CAGC-AAAGCTG--GAAATTTCC-G-TA-T-GGAGT----G-C-C-ca
gi|34                         :    ctCAACTT-GT-TTT--------AGGTG--CGAC-AAAGCTG--TAAATGTCC-C-TA-T-GG
gi|35                         :                             GTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTACC-G-TA-T-GGAGT----G-
gi|4                          :     GCGACTT-GTCTTT--------AGGTGGCTGGCGAAAGCTG--GGAA-TTCC-GTTATT-GGAGT----G-CAC-C-TGG--GAC-CA--TTGAACT---CAAGA--AAGCGGCACAAGGAGCTG
gi|5                          :      CGACTT-GT-TTT--------AAATG--CAAC-AAAGTTG--GGAATTTCC-T-TA-T-GGAGT----G-C-C-C-TGG--CAT-CA--T--TAGT---C-AGA--AGAC-AAACAAGGAGCTAA
gi|6                          :    ccCGACTT-GT-TTT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTTCC-G-TA-T-GGATT----G-C-C-C-TGG--GAC-CA--C--AAGT---C-AGG--AAGC-GCACAAGGAGCTAA
gi|7                          :      CGACTT-GT-TTT--------AGGTG--TGAC-AAAGCAG--GACATTGCC-G-TA-T-GTAGT----C-C-C-A-TGC--G-C-AA--T--AAGT---C-AAG---GGC-GCACAA-GAGCTGAc
gi|8                          :    ccCGACTT-GT-TTT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGCATTCTC-G-TA-T-GGAAT----A-C-C-C-TGG--CAC-CA--T--AAGT---C-AGG--AGGC-GAACAAGGAGCTGAcg
gi|9                          :     tCGACTT-GT-ATT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTTCC-G-TA-T-GGACT----G-C-T-C-TTG--GAC-TA--T--AAGT---C-AGG--AAGC-GCACAAGAAGCTGA





Alignments
lowQualScore                  :            2  1   66666666     22    1       33         1 1  444     5555 2 1 1 2   333  1  77777    555 1   33 2  1              
lowQualScore                  :            .  .   ........     ..    .       ..         . .  ...     .... . . . .   ...  .  .....    ... .   .. .  .              
lowQualScore                  :            4  2   66666666     77    1       11         1 1  888     0000 4 2 2 6   222  4  22222    444 4   99 2  4              
consensus                     :     GCGACTT-GT-TTT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTTCC-G-TA-T-GGAGT----G-C-C-C-TGG--GAC-CA--T--AAGT---C-AGG--AGGC-GCACAAGGAGCTGA
Reference ( family-2307 )     :     GCGACTT-GT-TTT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTTCC-G-TA-T-GGAGT----G-C-C-C-TGG--GAC-CA--T--AAGT---C-AGG--AGGC-GCACAAGGAGCTGA
gi|1                          :      CGACTT-GT-TTTT-------AGGTG--CGGC-AAAGCTGCCGGAATTTCC-G-TA-TGGGAGT----ACC-C-C-TGG--GAC-CATCT--AAGTC--C-AAGCCAAGC-GCACAAGGAGCTGA
gi|10                         :     GCGACTT-GT-CTT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTTCC-G-TA-T-GGAGT----G-C-C-C-TGG--GAC-CA--T--AAGT---C-AAG--AAGC-GCACAAGGAGCTGAcg
gi|11                         :      CGACTT-GT-TTT--------AAGCG--CAGC-AAAGCTG--AGAATTTCC-G-TA-T-GGAGT----G-C-C-G-TGT--CAC-AA--T--AAGT---C-AGG--AGGC-AAACAAGGAGCTG
gi|12                         :             cT-TTA--------AAGTG--CAAA-CAAGCTG--GGAATTTCCCG-CA-T-GGAGT----G-T-T-CATGGCAGAT-CA--C--AAGT---C-AGG--AAGC-AAACAAGAAGCTGA
gi|13                         :    gcCGACAT-GC-TTC--------AAGTG--TGGG-AAAGCCG--GGCATCTCC-G-TA-G-GGAGTACGTG-C-C-C-TGT--CAC-CA-------GTTTTC-AGG--AGGC-ACACCAGGAc
gi|14                         :          cT-GT-TTC--------AAGTG--TGGG-AAACCCG--GGCACTTCC-G-TA-G-GGAGT----G-C-
gi|15                         : tagaGCGACTTTGT-CTT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTTCC-G-TA---GGAGT----G-C-C-C-TGG--GA--CA--T--AAGT---C-AAG--A-GC-GCACAAGGAGCTGtgacagtgctctggcaccagctgtcccgatgcacaccg
gi|16                         :     cCGACTT-GT-TTT--------AAATG--CGCC-AAAGCTT--GACATTTCC-C-TA-G-GGAGT----A-T-C-C-TGG--CAC-CA--A--AAGT---C-AAG--AGAC-GCATATGGAG
gi|17                         :    cGCGACTTTGT-CTT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTTCC-G-TA---GGAGT----G-C-C-C-TGG--GA--CA--T--AAGT---C-AAG--A-GC-GCACAAGGAGCTGAgt
gi|18                         :      CGACAT-GT-TTT--------AAGTG--TAGT-AAAGCTG--GCAATTCCC-A-TA-T-GGAGT----A-C-T-C-TAG--CAC-CA--T--GAGT----------AGGC-ACACAAGGAGCTGA
gi|19                         :      cGACTT-GT-CTT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTTCC-G-TA-T-GGAGT----G-C-C-C-TGG--GAC-CA--T--AAGT---C-AAG--AAGC-GCACAAGGAGCT
gi|2                          :      CGACTT-GT-TTTT-------AGGTG--CGGC-AAAGCTGCCGGAATTTCC-G-TA-TGGGAGT----ACC-C-C-TGG--GAC-CATCT--AAGTC--C-AAGCCAAGC-GCACAAGGAGCTGA
gi|20                         :      CGACTA-GT-TTT--------AGATG--CGTC-AAAGCTG--GAAATTCCC-G-TA-T-GGAGT----T-C-C-CATGG--GAC-CA--C--ATGT---C-AGG--AAGC-GCACAAGGAcg
gi|21                         :        ACTT-GT-TTT--------AGGTG--CG-C-AAAGCTG--GGA-TTTCC-G-TA-T-GGAGT----G-T-C-C-TGG--GAC-CA--T--GGGT---C-AGG--AAGC-GCAC-AGAAACTGA
gi|22                         :      CAACTT-GT-TTT--------ATGAG--CGGC-AAAGCCA--GGCATTTCC-A-TA-G-GGAGT----G-C-C-C-TAG--CAC-CA--G--AAGT---C-AGG--AGGC-TCCCAAGGc
gi|23                         :     cCGACTT-GT-TTT--------AGGTG--CG-C-AAAGCTA--GTA-TTTCC-A------GGAGT----T-C-C-T-TG-----CACA--T--AAGT---C-AGA--AGGC-GCACAAGGAGTTGA
gi|24                         :      CAACTT-GT-TTA--------AAGTG--CGAC-AAAGCTT--GGCAGTCCT-T-AA-G-GGAAT----G-T-C-C-TGG--AAC-CA--G--AGGT---C-AGG--AGGC-GTACAAGGc
gi|25                         :      CGACAT-GC-TTC--------AAGTG--TGGG-AAAGCCG--GGCATCTCC-G-TA-G-GGAGTACGTG-C-C-C-TGT--CAC-CA--G--TTGT---C-AGG--AGGC-ACA
gi|26                         :    cGCGACTT-GT-T----------GAGTGG-CGGC-AAAG------GA---TTC-G--A-T-GG--T----G-C-CGC-TGG--GAC-CA------A-----C-AGG--AAAC-A-ACAAGGAGCTG
gi|27                         :           T-GT-TTC--------AAGCG--TGGG-AAACCCG--GGCATTTCC-G-TA-G-GGAGT----G-C-T-C-TGG--CAC-CA--A--CTGT---C-CGG--A--T-GCACAAgcggcac
gi|28                         :  cgagaGACTT-GT-TTT--------AAGTG--CAGC-AAAGCTG--GAAATATCC-G-TA-------T----G-C-----------GC-CA--C--AAGT---C-AGG--AGGC-GTACACGGAGCTGAc
gi|29                         :      CAACTT-GT-TTT--------AGGTG--CA-T-AAATCTG--GGCATTTC----------AAAC----G---------G--GAC-TA--G--AAGT---A-AGG--AGGT-GCACAAGGAGCTGc
gi|3                          :     GCGACTT-GT-TTTCATGTTTCAGGCG--CAGC-AAAGCTG--GGAATTTCC-G-TA-T-GGAGT----G-C-T-C-TGG--AAC-CA--T--AAGT---C-AGG--AAGC-GCACAAGGAGCTGA
gi|30                         :       GACTT-GT-TTT--------AGGTG--TGGC-AAAACCG--GGGATTTCC-G-TA-T-GGAGT----A-C-C-C-TGG--c
gi|31                         :     tCGACTT-GT-TTT----------------GGC-AAAGCTG--GGAATTTCT-G-TA-T-GGAGT----A-T-C-T-TGG--CAC-CA--T--Aca
gi|32                         :       tACTT-GT-TAT--------AAGTG--CAGC-AAAGGTG--TGAATTTCC-G-TA-T-GGAGT----G-C-C-A-TGG--
gi|33                         :     cCGACTT-TT-TTC--------AAGTG--CAGC-AAAGCTG--GAAATTTCC-G-TA-T-GGAGT----G-C-C-ca
gi|34                         :    ctCAACTT-GT-TTT--------AGGTG--CGAC-AAAGCTG--TAAATGTCC-C-TA-T-GG
gi|35                         :                             GTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTACC-G-TA-T-GGAGT----G-
gi|4                          :     GCGACTT-GTCTTT--------AGGTGGCTGGCGAAAGCTG--GGAA-TTCC-GTTATT-GGAGT----G-CAC-C-TGG--GAC-CA--TTGAACT---CAAGA--AAGCGGCACAAGGAGCTG
gi|5                          :      CGACTT-GT-TTT--------AAATG--CAAC-AAAGTTG--GGAATTTCC-T-TA-T-GGAGT----G-C-C-C-TGG--CAT-CA--T--TAGT---C-AGA--AGAC-AAACAAGGAGCTAA
gi|6                          :    ccCGACTT-GT-TTT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTTCC-G-TA-T-GGATT----G-C-C-C-TGG--GAC-CA--C--AAGT---C-AGG--AAGC-GCACAAGGAGCTAA
gi|7                          :      CGACTT-GT-TTT--------AGGTG--TGAC-AAAGCAG--GACATTGCC-G-TA-T-GTAGT----C-C-C-A-TGC--G-C-AA--T--AAGT---C-AAG---GGC-GCACAA-GAGCTGAc
gi|8                          :    ccCGACTT-GT-TTT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGCATTCTC-G-TA-T-GGAAT----A-C-C-C-TGG--CAC-CA--T--AAGT---C-AGG--AGGC-GAACAAGGAGCTGAcg
gi|9                          :     tCGACTT-GT-ATT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTTCC-G-TA-T-GGACT----G-C-T-C-TTG--GAC-TA--T--AAGT---C-AGG--AAGC-GCACAAGAAGCTGA


blockSeqs                     :            T  C   CATGTTTC     GC    G       CC         C T  TG      ACGT C A G A   CAG  A  TCT      TTT A   CC A  G
blockSeqs                     :            T  .   T            G     .       .          . .  TT      ACGT . . . A   G    .  TTG      C   .   .  G  .
blockSeqs                     :            .  .   .            .     .       .          . .  T       .    . . . .   C    .  T        .   .   .  A  .
blockSeqs                     :            .  .   .            .     .       .          . .  T       .    . . . .   C    .  T        .   .   .  G  .
blockSeqs                     :            .  .   .            .     .       .          . .  T       .    . . . .   G    .  C        .   .   .  G  .
blockSeqs                     :            .  .   .            .     .       .          . .  G       .    . . . .   C    .  T        .   .   .  G  .
blockSeqs                     :            .  .   .            .     .       .          . .  G       .    . . . .   G    .  A        .   .   .  A  .
blockSeqs                     :            .  .   .            .     .       .          . .  G       .    . . . .   C    .  T        .   .   .  A  .
blockSeqs                     :            .  .   .            .     .       .          . .  T       .    . . . .   G    .  T        .   .   .  A  .
blockSeqs                     :            .  .   .            .     .       .          . .  T       .    . . . .   G    .  T        .   .   .  A  .
blockSeqs                     :            .  .   .            .     .       .          . .  T       .    . . . .   G    .  C        .   .   .  G  .
blockSeqs                     :            .  .   .            .     .       .          . .  T       .    . . . .   G    .  T        .   .   .  G  .
blockSeqs                     :            .  .   .            .     .       .          . .  G       .    . . . .   C    .  G        .   .   .  G  .
blockSeqs                     :            .  .   .            .     .       .          . .  G       .    . . . .   A    .  T        .   .   .  G  .
blockSeqs                     :            .  .   .            .     .       .          . .  G       .    . . . .   C    .  G        .   .   .  A  .
blockSeqs                     :            .  .   .            .     .       .          . .  T       .    . . . .   G    .  G        .   .   .  G  .
blockSeqs                     :            .  .   .            .     .       .          . .  G       .    . . . .   C    .  A        .   .   .  G  .
blockSeqs                     :            .  .   .            .     .       .          . .  T       .    . . . .   G    .  C        .   .   .  A  .
blockSeqs                     :            .  .   .            .     .       .          . .  T       .    . . . .   A    .  G        .   .   .  A  .
blockSeqs                     :            .  .   .            .     .       .          . .  T       .    . . . .   C    .  T        .   .   .  G  .
blockSeqs                     :            .  .   .            .     .       .          . .  T       .    . . . .   G    .  T        .   .   .  A  .
blockSeqs                     :            .  .   .            .     .       .          . .  T       .    . . . .   C    .  T        .   .   .  G  .
blockSeqs                     :            .  .   .            .     .       .          . .  T       .    . . . .   G    .  C        .   .   .  G  .
blockSeqs                     :            .  .   .            .     .       .          . .  T       .    . . . .   G    .  T        .   .   .  A  .
blockSeqs                     :            .  .   .            .     .       .          . .  T       .    . . . .   C    .  T        .   .   .  .  .
blockSeqs                     :            .  .   .            .     .       .          . .  T       .    . . . .   G    .  T        .   .   .  .  .
blockSeqs                     :            .  .   .            .     .       .          . .  T       .    . . . .   .    .  .        .   .   .  .  .
blockSeqs                     :            .  .   .            .     .       .          . .  T       .    . . . .   .    .  .                       
blockSeqs                     :            .  .   .            .     .       .          . .  T       .    . . . .                                   
blockSeqs                     :            .  .   .            .     .       .          . .  .       .    . . . .                                   
blockSeqs                     :            .  .   .            .     .       .          . .  .       .    . . .                                     
blockSeqs                     :            .  .   .            .     .       .          . .  .       .    . .                                       
blockSeqs                     :               .   .            .     .       .          . .  .       .    .                                         
blockSeqs                     :                                .     .       .          . .  .                                                      


blockSeqCons                  :                   ********                   **              T**                            T****    ***     **
originalCons                  :     GCGACTT-GT-TTT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTTCC-G-TA-T-GGAGT----G-C-C-C-TGG--GAC-CA--T--AAGT---C-AGG--AGGC-GCACAAGGAGCTGA
finalCons                     :     GCGACTT-GT-TTT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTTCC-G-TAT--GGAGT----G-C-C-C-TGG--GAC-CAT----AAGT---C-AGG--AGGC-GCACAAGGAGCTGA





Alignments
lowQualScore                  :            2  1   66666666     22    1       33         1 1  444     5555 2 1 1 2   333  1  77777    555 1   33 2  1              
lowQualScore                  :            .  .   ........     ..    .       ..         . .  ...     .... . . . .   ...  .  .....    ... .   .. .  .              
lowQualScore                  :            4  2   66666666     77    1       11         1 1  888     0000 4 2 2 6   222  4  22222    444 4   99 2  4              
consensus                     :     GCGACTT-GT-TTT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTTCC-G-TA-T-GGAGT----G-C-C-C-TGG--GAC-CA--T--AAGT---C-AGG--AGGC-GCACAAGGAGCTGA
Reference ( family-2307 )     :     GCGACTT-GT-TTT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTTCC-G-TA-T-GGAGT----G-C-C-C-TGG--GAC-CA--T--AAGT---C-AGG--AGGC-GCACAAGGAGCTGA
gi|1                          :      CGACTT-GT-TTTT-------AGGTG--CGGC-AAAGCTGCCGGAATTTCC-G-TA-TGGGAGT----ACC-C-C-TGG--GAC-CATCT--AAGTC--C-AAGCCAAGC-GCACAAGGAGCTGA
gi|10                         :     GCGACTT-GT-CTT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTTCC-G-TA-T-GGAGT----G-C-C-C-TGG--GAC-CA--T--AAGT---C-AAG--AAGC-GCACAAGGAGCTGAcg
gi|11                         :      CGACTT-GT-TTT--------AAGCG--CAGC-AAAGCTG--AGAATTTCC-G-TA-T-GGAGT----G-C-C-G-TGT--CAC-AA--T--AAGT---C-AGG--AGGC-AAACAAGGAGCTG
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gi|13                         :    gcCGACAT-GC-TTC--------AAGTG--TGGG-AAAGCCG--GGCATCTCC-G-TA-G-GGAGTACGTG-C-C-C-TGT--CAC-CA-------GTTTTC-AGG--AGGC-ACACCAGGAc
gi|14                         :          cT-GT-TTC--------AAGTG--TGGG-AAACCCG--GGCACTTCC-G-TA-G-GGAGT----G-C-
gi|15                         : tagaGCGACTTTGT-CTT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTTCC-G-TA---GGAGT----G-C-C-C-TGG--GA--CA--T--AAGT---C-AAG--A-GC-GCACAAGGAGCTGtgacagtgctctggcaccagctgtcccgatgcacaccg
gi|16                         :     cCGACTT-GT-TTT--------AAATG--CGCC-AAAGCTT--GACATTTCC-C-TA-G-GGAGT----A-T-C-C-TGG--CAC-CA--A--AAGT---C-AAG--AGAC-GCATATGGAG
gi|17                         :    cGCGACTTTGT-CTT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTTCC-G-TA---GGAGT----G-C-C-C-TGG--GA--CA--T--AAGT---C-AAG--A-GC-GCACAAGGAGCTGAgt
gi|18                         :      CGACAT-GT-TTT--------AAGTG--TAGT-AAAGCTG--GCAATTCCC-A-TA-T-GGAGT----A-C-T-C-TAG--CAC-CA--T--GAGT----------AGGC-ACACAAGGAGCTGA
gi|19                         :      cGACTT-GT-CTT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTTCC-G-TA-T-GGAGT----G-C-C-C-TGG--GAC-CA--T--AAGT---C-AAG--AAGC-GCACAAGGAGCT
gi|2                          :      CGACTT-GT-TTTT-------AGGTG--CGGC-AAAGCTGCCGGAATTTCC-G-TA-TGGGAGT----ACC-C-C-TGG--GAC-CATCT--AAGTC--C-AAGCCAAGC-GCACAAGGAGCTGA
gi|20                         :      CGACTA-GT-TTT--------AGATG--CGTC-AAAGCTG--GAAATTCCC-G-TA-T-GGAGT----T-C-C-CATGG--GAC-CA--C--ATGT---C-AGG--AAGC-GCACAAGGAcg
gi|21                         :        ACTT-GT-TTT--------AGGTG--CG-C-AAAGCTG--GGA-TTTCC-G-TA-T-GGAGT----G-T-C-C-TGG--GAC-CA--T--GGGT---C-AGG--AAGC-GCAC-AGAAACTGA
gi|22                         :      CAACTT-GT-TTT--------ATGAG--CGGC-AAAGCCA--GGCATTTCC-A-TA-G-GGAGT----G-C-C-C-TAG--CAC-CA--G--AAGT---C-AGG--AGGC-TCCCAAGGc
gi|23                         :     cCGACTT-GT-TTT--------AGGTG--CG-C-AAAGCTA--GTA-TTTCC-A------GGAGT----T-C-C-T-TG-----CACA--T--AAGT---C-AGA--AGGC-GCACAAGGAGTTGA
gi|24                         :      CAACTT-GT-TTA--------AAGTG--CGAC-AAAGCTT--GGCAGTCCT-T-AA-G-GGAAT----G-T-C-C-TGG--AAC-CA--G--AGGT---C-AGG--AGGC-GTACAAGGc
gi|25                         :      CGACAT-GC-TTC--------AAGTG--TGGG-AAAGCCG--GGCATCTCC-G-TA-G-GGAGTACGTG-C-C-C-TGT--CAC-CA--G--TTGT---C-AGG--AGGC-ACA
gi|26                         :    cGCGACTT-GT-T----------GAGTGG-CGGC-AAAG------GA---TTC-G--A-T-GG--T----G-C-CGC-TGG--GAC-CA------A-----C-AGG--AAAC-A-ACAAGGAGCTG
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gi|28                         :  cgagaGACTT-GT-TTT--------AAGTG--CAGC-AAAGCTG--GAAATATCC-G-TA-------T----G-C-----------GC-CA--C--AAGT---C-AGG--AGGC-GTACACGGAGCTGAc
gi|29                         :      CAACTT-GT-TTT--------AGGTG--CA-T-AAATCTG--GGCATTTC----------AAAC----G---------G--GAC-TA--G--AAGT---A-AGG--AGGT-GCACAAGGAGCTGc
gi|3                          :     GCGACTT-GT-TTTCATGTTTCAGGCG--CAGC-AAAGCTG--GGAATTTCC-G-TA-T-GGAGT----G-C-T-C-TGG--AAC-CA--T--AAGT---C-AGG--AAGC-GCACAAGGAGCTGA
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gi|31                         :     tCGACTT-GT-TTT----------------GGC-AAAGCTG--GGAATTTCT-G-TA-T-GGAGT----A-T-C-T-TGG--CAC-CA--T--Aca
gi|32                         :       tACTT-GT-TAT--------AAGTG--CAGC-AAAGGTG--TGAATTTCC-G-TA-T-GGAGT----G-C-C-A-TGG--
gi|33                         :     cCGACTT-TT-TTC--------AAGTG--CAGC-AAAGCTG--GAAATTTCC-G-TA-T-GGAGT----G-C-C-ca
gi|34                         :    ctCAACTT-GT-TTT--------AGGTG--CGAC-AAAGCTG--TAAATGTCC-C-TA-T-GG
gi|35                         :                             GTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTACC-G-TA-T-GGAGT----G-
gi|4                          :     GCGACTT-GTCTTT--------AGGTGGCTGGCGAAAGCTG--GGAA-TTCC-GTTATT-GGAGT----G-CAC-C-TGG--GAC-CA--TTGAACT---CAAGA--AAGCGGCACAAGGAGCTG
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gi|8                          :    ccCGACTT-GT-TTT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGCATTCTC-G-TA-T-GGAAT----A-C-C-C-TGG--CAC-CA--T--AAGT---C-AGG--AGGC-GAACAAGGAGCTGAcg
gi|9                          :     tCGACTT-GT-ATT--------AGGTG--CGGC-AAAGCTG--GGAATTTCC-G-TA-T-GGACT----G-C-T-C-TTG--GAC-TA--T--AAGT---C-AGG--AAGC-GCACAAGAAGCTGA