lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 44444444444444 22222 1111111 22 1 33 22222 222 222222222 2222222222222222222222222222222222222222222222 22 111111 333 3333333 2222222222 11111 222222 111 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 4 1 22 4444 22222 11 1 999999999999999999999999999 11 1 11111 2222222 1111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 22 1 5555555555 222222222222 2222 1 33333 555 11111 2222222222 2222222222222222222222222 1 4444444444444444444444 11 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111
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Reference ( gi|1 ) : CTTTTAAATCACAG------------C-AGA-C--ATTTGGTTCG-GACAGA-TTAAA-------AGAT-T-TTGTTCAGACCAGACAAAGTTTTGGTCAG-----ACCAGGA-AC-ATGT-G-T-GCA-AAAAAAAAACCAAACT---AATAAACAAAAAAAACCCAAAACCAAAACCTACGACAAA-ATGTCTTTTTATTGTTTTT------AACAAT--TAAT-G-CTCTAC--CA-TAAT-ATCTAGCC-A--A-T--GTG--GTAA-----GTT------TTCA-A---CC-GTCTTGGAA-TTCATAAACACCAC-GTGTGGCCTTAGA--AATCGTG-TTAA--------AAGAT---G-GT---AG--C-A---AGTT--GTCCTG-TTTCTT--ACCAT----T--TGATACTAGGTCGT-GTTTGTT--TTACA---CCA-C------CAG--CAGGAAAAATTC-CCCT-CATA---GGAGACGTTA-CC-CGCTA-AGG--TAAA-GTACCACG-------GA--------TATAGGCCAATGCTCTTGAGGG----GGTTCTGTATGAA---TGTCTTGTCGTGACAGTTCTGCGA---TCATGAT-ACCTCCGTTATTTAAGTCCAGAACCCTGACTCAGTCACATGTATCAACA-----AA--TGCGGAGCG--T--GATGAAC--GGT-ATAGGTCAGCTG--ACACAGCT-AAGATAAAAGCTG-A-GC-TCGAAA-------TCA--A-GACC---------A---CCC--AGT------TTTCA--AAAAG--AACGTGGTC---------TT-C-C----------ACTGA-----TC-TACG-------CACGGCAGGTCT-GCG-GACG-TGACCTTGC--------AC--AT-GCGGCCA--TGT-T--CT-TTTTA---GTGACCTTCA----C-T-GTGCAT--CT-GATCCCGGAGGTTC--TTAGAT-----AA--GAT---G-ATCACGTCCAATA-TTTTT-AA-----T------CAGT-----CAT--TTAG-AC-CG--AC-----G--T--T---CCAGGCTAG-TTGTCGGTCCCAG-GGA----TA-TTT----A-TCGGCC--C--CT--TG-------C-------------A------GAC----AG--TTTT--CGACAACTCTG
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gi|14 : caaaattcttatttcaACAGAAAAGA---AAAAG-AACACC-AC--CAAA-ATATCTTT--ATTGATTTTGTCATGAACAG----AAT-G-C------------AT--TCTAGCC-A--AGC--GTG--GTCA-----GTT------TTCCCA---CC-ATTTTGGAA-TTCACAAACACCAC-AGAT-GCCTTCAT--AAT--TT-TTAA--------AA------G-GT---A---C-AGG-AGTT--GT-----TTTATG--GCCAT----T--t
gi|7 : gaccagacacgcgtacgaagttttgcAAAACTT-CACCAAA-ATGTCTTTT-ATTGTTTTT------AACAATG-TAAT-G-TTCTCC--CACTATT-ATCCAGCC-A--AAT--GTG--GTAA-----GTT------TTCA-A---CC-ATCTTGGAA-TTCATGAACACCGC-ATGT-ACATCACA--ATTT----TTAG--------GTGGTTCAG-GTTC-AG--C-A---AGTT---TTCT--TTTCTT--ACCA-----C--TGATGCAAGGTC---GTTTGTG--TTACG---TC--C------TGG--CAGGAAANNNNN-NNNN-NNNN---NNNNNNNNNN-NN-NNNNN-NNN--NNNN-NNNNNNNNNNNATTTGA--------TATAGGCCAATGCTTT---GGG----GGTTCT-TATGggggtttttttttcacc
gi|8 : acgtgtattgcaaagaaaagggaaAA-ATGTCTTTT-ATTGTTTTT------AGCAAAAATAAT-A-CTTTCC--CACTAAT-ATCCAAC--A--A-CCAGTG--ATCA-----GTT------TTCT-A---TCTATCTTGGAA-TTCATTAACACCAC-ATGT-GCCT--------TCATGATTTC--------CAGGT---G-GT----T--C-A---AGTTCAGCATTGTTTTCTT--TTCGTAACAC--TAATATTAATT--T-GCTCAAT--TTACG---CAA-TTATGTACAG--CAGGGAAATTTT-CCCG-CAT
gi|11 : attttatcaaaccggaataatgacaaaatttcgtcagatcaaacacatgtatgccttgcaaagaaaaagggggaaaagtgtactgTTTT------AATATG--TAAT-G-CTCTGCGACA-TA-T-ATCTAGCCAA--A-T--GTG--GTAA-----G-T------ATCA-A---CC-GTCTTGGAA-TTCAT-AACA-CACGGTGTG--CTT--A--AATT-TA-TTAGATGCGT--AAGAT---G-GTTCAAG--C-A---AGTT---TCTTG-GTTCTT--ACCA-----T--TGATACTATGTC---GTTTGTTTATTAT----CCAGC------CGG--CAGG-AAATTTC-CCCT-CATATTTGAGGACGTTA-CTAAGCTA-AGGC-TAAA-GT-CCA--------------------------CAATGCTTTGGAGGGC---GGTT
gi|15 : T------AATAATG-TAATTG-CTCTGC--CACTAAT-ATTCAGCC-A--AAT--GTGCCG-AA-----GCTA-----TTCA-AAA-CC-GTCTTGGAATTTCAT-AACACCAC-GTGC-GCCTT--A--AATT-TA-TTAGATGCCGGTAAGAT---GCGTTC-AG--CAA---AGTT---TCCAT-TTTCTT--ACCAT----T--GAATACTATGTC---GTTTGTT--ATAT----CCA-C------CGGCCCAGGAA
gi|2 : GG--TAAATGTACCACA-------TAGTGCCTATTATAGGCCAATGCT-TTGAGGGTCAGGGGTCT-CATGAAGTCTGCTTTTTCGTGACA------CGAACATCACGATGATCTCCGTT-TTAAAGGTCAGAACCTTGACTCAG--ACA--TATCAACACATTTAACTTGCCAAGCGTTT--GACGAG---GGTGAT-GGTC--CTG--ACAC-GCT-A--GTAAAAGCTG-ACGC-TTGAAA-------TCACCATGACC---------T---CCC--TGG------TTTCGTCAAAAGTAAACGT--TCTAATGTAATTT-C-CGGGCGCGGGGACTGATTTGTTC-TCCGGCTAGTCCACGGCAGGTCT-GCGTGACG-TG-CCTTGCGTGTTCGAAC--ATGGCAGCCATCTGT-T--TT-TTTTAAGCGTGACCTTTAGCACC-T-GTGCATGCCT-GATCTCTAA--TTCGTTTAAATACATAAA--TAT---GTATCGT-TTCGATAGTTTTT-AAATTGGT------CAGT-----CGTCATTGGCACTCG--ACGATTTG--T--C---CCAG--TAGATTGTCG--TCCAG-GGGGAT-TG-TTTC---ATTCGGTC--C--CTGCCGCTAGGACC-------------A------AGC----AG--TTTTCCCGACAA-TCTG
gi|6 : TCACTCAC-T-TATCAACA-----AA--TGCCGAGCG--TTCGAGGAAG--GAT-ATAG-TC---TG--ACAC-GCT-TTGTGAGAAGCTG-A-AC-TCGAAA-------TCA--C-GACC---------T---TCC---GT------TTACA--AAAGG--AACGC--TC---------AA-C-C----------ACTGA-----TC-TAC--------CAC------TCT-TCA-TACG-TAACCTTTT--------AC--AC-ACGGCCA--TGCAT--TT-TTTTA---GTGACCTTCAC---C-T-GTGCATC-CC-GAACCCG--AGTTC--TAAAAT-----AA--TAC---G-ATCACATCCGATA-TTTTC-GA-----TATGTTACCGT------AT--TTGG-AC-CG--AC-----GTTT--T---CCA-GCAAG-TTGTAGG-ACCAGTGGA----TT-TTTG---A-GCGG----C--CT--TG-------CCGATA--------A------GACTGATAG--TTTT--CTTCAACTCTG
gi|13 : ctTCACAT--ATCACAA-----AA--TGCCGAGCG--TTTGAC-AAG--GGT-AT--GTT--CTGGAACACAGCT-AAAGTAAAAGCTGCA-GCCTCGAAA-------TCA--A-GACCTCTCCTGGCA---CTCTTGGC------TTTCA--AAAGG--AACGTT-TC---------TA-C-C----------ACTGA-----TCTTAC--------CACGCCAGGTCT-GCGCTACGCTGACCTT-C--------ACCTAT-GCGa
gi|17 : tcgacTCACAT--ATCGACA-----AA--TGCCGAGCG--T----TGAACAGGGA-GTAGGT---CTG--ACACAGCTAAAGGT--AAGCTG-A-GC-TCG-CA-------TCA--A-GACC---------GTCTCCT--GGCTCTTGGTTTCA--AAAGGA-AACGT--TC---------TTACGC----------ACTAT-----TC-TACC-------CGC--CAGGTCTGGCG-TACGTTGACCTTT----------C--AT-GCGcagggctcgacattaactttttacccacttgtccat
gi|5 : gctttggagggcggttcgacTG--ACACAGCT-AAGGTAGAAATTG-A-GC-TCGAAAGTGGAAATCA--C-AACC---------T---CCC--GGT------TG-CA--AAAGG--AACGT------------------------------------------TAC--------CACGACAGGTCT-TCG-TACG-TGACCTTTA--------AC--AG-GCGGCCA---AT-T---T-TTTAA---GTGACCTTAAC---C-T-GTGCATC-CC-GATTCCG--AGTTC--TAAAAT-----AA--TAC---G-ATCACGTCCGATA-TTTTT-GA-----T------AATT-----TAC--TAGG-AC-CG--AC-----GTTT--T---CTA-GCAAG-TTATCAGT-CCAGTGGA----TCTTTT----A-TCAGAA--C--AT-------------------------G------GAC----TG--TTTT--CGACAACTCTGc
gi|3 : tggtgACG-TGACCTT-T--------AA--AC-GCGGCCA--TTT-TTTCT-TCTTA---GTGACCTTCA----CCT-GTGCAT--CTTGATTCCGA--GTTC--TAAAAC-----AT--TATTACG-ATCACGTCCGCTA-TTTTT-GA-----T------AATT-----CA---TTGG-AC-CG--AC-----GTTT--T---CTAGGA-AA-TTGTCAAGTCCAGTGGATTTTTT-TTT----A-TCAGAA--C-------A-------C-------------G------GAC----AG--TTTT--CGACGACTcaccaatgtgactagatctttattaaatcaatgtttgaggtcattgtgcgatcattcaagcgcttttgcgataggaat
gi|18 : agtatccct--AT-GTGGCCA--TG-----CTATTTGA---GTGGCCTTCA----C-AAGCACAT--CCCAATCCTGA--GCTC--TGGAAT-----AA--TTC---C-ATCATGTGCGATA-TTTTT-CA-----CA-----CAAT-----TAT--TTTG-AC-CACTAT-----T--T--T---CTAG---AA-TTATCCGTCC----GAA----CA-TCT----T-TTTGCCAAT--CT--TG-------TCAACTGGCACGCGA------GAC----AG--TTTT--TGACAACTTTGatatctttgttaaattaacgtttgaggtcattgcgcgatcattcaagcgcttttgcgataggaattttaggaaaataatgattcaaaccggaactgactgacaacagaaatccggaatagtcggtagatgaagtcgctaaaaattgcgagcatatgacgcaatgcactcgctaaaatatatttatggtcgcatttagcgagtatttccacttaattttgaacccc
gi|19 : CGGCCA--TGT-T-----TTTTA---GTGACCTTCA----C-T-GTACAT--CCCGATCCCCGA--TTC--TTAAAT-----AA--TAT---G-ATTACGTCCGATA-TTTTT-GA-----T------CGGT-----CAT--TT-G-AC-CG--AC-----G--T--TTTCCCCAGCTAG-GTGTCGGT-CCAGCGTT----TT-TTT----A-TCGGCC--T--CT--GA-------C-------------AGGGACCGAC----AGTTTTTT--CGACAACTCT
gi|20 : gcGGCCA--TGT-T---T-TTTTA---GTGACCTTCA----CCT-GTACAT--CCCGATCCCGA--GTTC--TTAAAT-----AA--TAT---G-ATCACGTCCGATA-TTTTTTGA-----T------CGGT-----CAT--TTGG-AC-CG--AC-----GTTT--T---CCA-GCTAG-TTGTCGGT-CCAG-GGCTT--TT-TTT----A-TCGGCC--CTGCT--GA-------C-------------AGGACC-GAC----AG--TTTT--CGACAACT
gi|16 : TTA---TTGACCTTCAC---C-T-GGGCATA-CT-GATCATGAA--CTC--TGGAAT-----AATCGTT------TCACACCCAATA-T
gi|33 : agcgaaacaaatccaaccctagcgtttaccaggtgaatgctcaaccattgagctaccagtaccatgtatgatattttcttgttaggtagagagagactgacaaattttcaagatcatgttgaaGTTC--TAAAAT-----AA--TAC---G-ATCACGTCCGATA-CTCTT-GA-----T------CTGTTACCGTAT--TTGG-AC-
gi|28 : a-CG--AC-----G--TATT---CTAG-CAAG-TTGTCAGTCATGG-GGA----TA-TTTTTTAA-TCAGTC--C--
12 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TCGACAACCAATTTGACTATTATCTTTGTTAAATAACGTTTGAGGTCATTTGCGCATCAGTTCAAGTGCTTTTGCGATAGGAAATTTTAGGAAAATAATGAATTCAAACCGAAACGACTGACAACAAAAATCCGGAATAGTCGGTAGATGAAGTCGCTAAATTGCGAGCATATGACGCATGGCACTCGCTAAAATATATTTTAAGGTTTGCAATTTAGCGAGTATTTCCACTTAATTTTGAACCC
Unaligned ( gi|12 ): TCCCCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGGTGTGACACAGCTGTGGTAGAGATGGAATCAACGACCTCACCGGTTGCAA
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7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|12 : -T-AT-GGT-G---TG--ACACAGCT-GTGGTAGA----G-A-----T-------GGAATCA--ACGAC----------CTCACC-GG----------TT---G-CAA
gi|13 : tccccaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACTCACAT--ATCACAA-----AA--TGCCGAGCGTTTGAC-AAG-GG-T-AT-GTT-C---TGGAACACAGCT-AAAGTAAAAGCTGCA-GCCTC-------GAAATCA--A-GACCT--------CTC-CT-GGCACTCTTGGCTT---T-CAAAAG-G-AACGTT--TC---------TAC-C----------ACTGAT-----------CTTA--C-CAC-GCCAGGTCT-GCGCT-ACGCTGACC-TTCACCTATGC---------GCAGGGCTCGA--CAT-TAACT-TTTT-------ACC-----CACTTGTCCAT-
gi|14 : tcgG-----ACCA-GACAC-GCGT-A-------C-----GAAGTTTTGCACAG-----------AAAAG----------AAAAAG----AAC-----AC---CAC--CAAA-ATAT---------CTTT--ATTGATTTTGTCATGAACAG----AAT-GC----------AT--TCTAGCCAA-GC--GTG--GTCA-----GTT------TTCCCA---CC-ATTTTGGAA-TTCACAAACACCAC-AGATG-C-CT--TC-AT-A--AT--T---T-TTAA--A-------------A----G----GTAC-AG--G-A-GTT---G-T-TTTATG--GCCATT-G-
gi|15 : T------AATAATG-TAATTGCTCTGCCACTAAT-ATTCAGCCAA-AT--GTGCCG-AA-----GCTA-----TTCA-AAA-CC-GTCTTGGAATTTCAT-AACACCAC-GTGCG-C-CT--T--A--A--AT--T---TATTAG--AT--G---CCGGTAA----GATGCGTTC-AGCAA-A-GTT-TCCAT-TTTCTT--ACCATT-GAAT-AC-----TATGTCGT--TTGTT--ATATC----CA-C------CGGCCCAGGAAgggtttttttttcacc
gi|16 : TTA---TTGACCTT---CACCTGGGCAT-ACTGATCATG--AACTC--TGGAA---T-----AAT-CGTTTCACACCCAATA-T
gi|17 : agcgaaacaaatccaaccctagcgtttaccaggtgaatgctcaaccattgagctaccagtaccatgtatgatattttcttgttaggtagagagagactgacaaattttcaagatcatgttgaaACTCACAT--ATCGACA-----AA--TGCCGAGCGTTGAACAGGG-AG-T-A--GGT-C---TG--ACACAGCTAAAGGT--AAGCTG-A-G-CTC-------G-CATCA--A-GACCGTCTCCTGGCTC-TT-GG----------TT---T-CAAAAG-GAAACG-T--TCT--------TACGC----------ACTATT-----------C-TA--C-C-C-GCCAGGTCTGGCG-T-ACGTTGACCTTTCAT----GC---------GC--
gi|18 : gctttggagggcggttcg---------GT--GGCC--A--TG-----CTATTTGA---GTGGCCTT---CACAAGCACAT-CCCAATCCTG--AGCTC--TGGAA---T-----AATTCC-ATCATGTGCGATA-TTT-----TTCACA-----CAAT-----TAT--TTTG-AC-CACTATTTT---CTA-G--AATTATCCGTCCGAACATC----T--TTTT---G-CCAA--TCTTGTCAACTG----------GCACG---CGAGA-CAG--TTTT--TGACAACTTTG
gi|19 : atC--GGCC--A--TGT-T-----TTTTA---GTGACCTT---CAC-TGTACAT-CCCGATCCCC--GATTC--TTAAA---T-----AATATG-ATTACGTCCGATA-TTT-----TTGAT------CGGT-----CAT--TT-G-AC-CGACGTTTTCC-CCA-GCTAGGTGTCGGT-CCAGCGTT----T--TTTT---A-TCGG--CCT------CTG----------ACAGGGACC--GA-CAGTTTTTT--CGACAACTCT
gi|2 : gc-TAAATGTACCACATAG---TGCCTATTATAGGCCAATGCT-TT-GAGGGTCAGGGGTCT-CATGAAGTCTGCTTTTTCGTGACA------CGAACATCACGATGATCTCCGTT-TTAAAGGTCAGAACCTTGACTCA--GACAT--ATCAACACATTTAACTTGCCAAGCGTTTGAC-GAG-GG-TGAT-GGTCC---TG--ACAC-GCT-A--GTAAAAGCTG-ACG-CTT-------GAAATCACCATGAC----------CTC-CCTGG----------TTTCGT-CAAAAGTA-AACG-T--TCTAATGTAATTTC-CGGGCGCGGGGACTGATTTGTTCTCCGGC-TAGTC-CACGG-CAGGTCT-GCG-TGACG-TG-CCTTGCGT----GTTCGAACATGGC--AGCC--ATCTGT-T--TT-TTTTAAGCGTGACCTTTAGCACCTGTGCATGCCTGATCTCT--AATTCGTTTAAA---TACATAAATATGTATCGT-TTCGATAGTTTTTAAATTGGT------CAGT-----CGTCATTGGCACTCGACGATTTGTCCCA-GTAGATTGTC-GTCCAGGGGGA----TTGTTTC---ATTCGGT-CCCTG----CCG----------CTAGGAC-C--AAGCAG--TTTTCCCGACAA-TCTG
gi|20 : gg--GGCC--A--TGT-T---T-TTTTA---GTGACCTT---CACCTGTACAT-CCCGATCCCG--AGTTC--TTAAA---T-----AATATG-ATCACGTCCGATATTTT-----TTGAT------CGGT-----CAT--TTGG-AC-CGACGTTTT---CCA-GCTAGTTGTCGGT-CCAG-GGCTT--T--TTTT---A-TCGG--CCCTG----CTG----------ACAGGAC-C--GA-CAG--TTTT--CGACAACT
gi|23 : AAAAATTGAAAA-----A-----------AA-ATGTGCTAATTACCTTTT-GTTGTATTT------AACA--G-TA-------TTCCA------ATCTAAC--------GCG--GTCA-----TTTG-----TCCA-A---TC-ATCC--------CACGAACACCAG-GTATA-CTCG--T--A--A------T---T-TTAGCTAT--C---T-----A----A----GTTC-AGC-A-A-TTT-TTC-T-TT
gi|24 : ttacatAAA-----ATT--GAA--AAAA-ATGTGCTAATTACCTTTT-GTTGTATTT------AACA--G-TA-------TTCCA----T-ATCTAAC--------GCG--GTCA-----TTTG-----TCCA-A---TC-ATC---------CACGAACACCAG-GTATA-C-CTCGT--A--A------T---T-TTAGCTAT--C---T-----A----A----GTTC-AGC-A-A-TTT-TTC-T-TT
gi|25 : CTCAAATCACAG-----------TTAGA-CCAGTTTGGT-C-CAGACAGA-ATTAA-------AGATGTAT-TGT-CAGACCAAA-------CAA--TTATG-TCAG-----AC-A-GACAC-ATGT-AT----TGCATAAAAAAA----AAAAAA-----------AACAA----------AAAAAACCGGAA
gi|26 : cgaaattcttaaaaCAGA-C--ATGCGGT-C-T-GACAGAATTAAACAGTTAGAAAT-T-C-TGT-CAGACCAGA-------C-AAGTTTCG-TCAG-----ACCCTGACAC-ATGT-AT----
gi|27 : caaaattcttatttcaTAAATCACAG-----------TCAGAAC--ATTTGGT-C-C-GACAGA-TTAAA-------A-AT-T-CTTGT-CAGACC-GA-------CCAAGTTTTG-TCAG-----ACCA-GACAC-ATGgt
gi|28 : cgaaattctga-CGACGTATT---CTA-GCAAGTTGTCAGTCATGG-GGA----TA-TTTTTTAA-TCAG--TCCTG----CCGGTGACCAGCAACACG------GA-CAG--TTTc
gi|29 : GCAGGAGCGG-G-G-CTC-------GAACTCA--T-GAC----------CTC-CT-GC----------AT---A-CAAAGC-A-AACG-C--TT---------TGT-T----------ACTGAC-----------C-TA--C-CAC-
gi|3 : att-T-ACG-TGACCTTTAA-----AC---------GC--GGCC--A--TTT-TTTCT-TCTTA---GTGACCTT---CACCTGTGCAT-CTTGATTCCG--AGTTC--TAAAACATT-----ATTACG-ATCACGTCCGCTA-TTT-----TTGAT------AATT-----CA---TTGG-AC-CGACGTTTT---CTA-GGAAATTGTCAAGTCCAGTGGATTTTT--TTTT---A-TCAG-------------A----------ACACG------GA-CAG--TTTT--CGACGACT
gi|30 : agtatcccTCTTAAACCAAAG-----------TCAGA-C--ATTTGGT-C-C-AACAGA-TTTAA-------AGAT-T-C-TGT-CAGACCAGA-------Catatctttgttaaattaacgtttgaggtcattgcgcgatcattcaagcgcttttgcgataggaattttaggaaaataatgattcaaaccggaactgactgacaacagaaatccggaatagtcggtagatgaagtcgctaaaaattgcgagcatatgacgcaatgcactcgctaaaatatatttatggtcgcatttagcgagtatttccacttaattttgaacccc
gi|32 : tcgaaatTCTTAAATCACAG---------------A-C--ATTTGGT-C-T-GACAGA-TTTAA-------AGGT-T-C-TGT-CAGACCAGA-------C
gi|33 : gaaat--AGTTC--TAAAA---T-----AATACG-ATCACGTCCGATA-CTC-----TTGAT------CTGTTACCGTAT--TTGG-AC-
gi|37 : GG-AC-CGACGTTTT---CTA-GGAAGTTGTC
gi|4 : TTAAATCACAGGTCTGCACATGTCAGA-C----TTG-T-CGC-GACAGA-TT-AA-------AGAT-T-C-TGTTCAGACCAGA-------CCAAGTTTTG-TCAGCGATGACCA-GACACGATGTCAT----T-T-----GAAC----AAACAG-----------CCCCGCTCTCGGTTCAAAAAA---AAAA-----ACTGTCAT--CAAAGATGTT--------CTTTA-ATTGATTT-------AACAATG-TA-T-G-TCT-CAACTAATGATCCAGCAAGGAT--GTG--GTAACAATAGTA------TTCA-AATGCC-GTCTTGGAA-T-CATAAAC-CCA--GTGTG-C-CT--T--A--G--AT--TAATT-TTAG--AT--G---T-----------------CC-AGC-A-AAGTT-TCC-T-TTTCTTTGAACATT-G-ATGACAGAAGTTAGTCGT--TTGTA--TTACATGTCCACC------CGG--CGG---AATTTCGCCCTCCATA---TAAG-C-TTATCC-CGCTATAGGCACAAA-ATAACACA--G---T---TGATATGTGTCAATGaagt
gi|5 : tctgaatT-GGT-G---TG--ACACAGCT-AAGGTAGAAATTG-A-G-CTCGAAAGTGGAAATCA--C-AAC----------CTC-CC-GG----------TT---G-CAAAAG-G-AACG-T-----------------------------------------------TA--C-CAC-GACAGGTCT-TCG-T-ACG-TGACCTTTAAC----AG---------GC--GGCC--A---AT-T---T-TTTAA---GTGACCTT---AACCTGTGCAT-CCCGATTCCG--AGTTC--TAAAA---T-----AATACG-ATCACGTCCGATA-TTT-----TTGAT------AATT-----TAC--TAGG-AC-CGACGTTTT---CTA-GCAAGTTATCAGT-CCAGTGGA----TC-TTTT---A-TCAG-------------A----------ACATG------GA-CTG--TTTT--CGACAACTCTG
gi|6 : TCACTCACTT--ATCAACA-----AA--TGCCGAGCGTTCGAG-GAA-GGAT-AT-AGT-C---TG--ACAC-GCT-TTGTGAGAAGCTG-A-A-CTC-------GAAATCA--C-GAC----------CTT-CC-GT----------TT---A-CAAAAG-G-AACG-C--TC---------AAC-C----------ACTGAT-----------C-TA--C-CAC-------TCT-TCA-T-ACG-TAACCTTTTAC----AC---------AC--GGCC--A--TGCAT--TT-TTTTA---GTGACCTT---CACCTGTGCAT-CCCGAACCCG--AGTTC--TAAAA---T-----AATACG-ATCACATCCGATA-TTT-----TCGATATGTTACCGT------AT--TTGG-AC-CGACGTTTT---CCA-GCAAGTTGTAGG-ACCAGTGGA----T--TTTTG--A-GCGG--CCTTG----CCG----------ATAAGAC-T--GA-TAG--TTTT--CTTCAACTCTGcaccaatgtgactagatctttattaaatcaatgtttgaggtcattgtgcgatcattcaagcgcttttgcgataggaat
gi|7 : ctAC-GTGT-AT----TGC-----AAAG----AAAAGG---------------G----------AAAAAACT------------T--CAC--CAAA-ATGT---------CTTTT-ATTGTTTTT------AACAATG-TAAT-GTTCTCCCACTATT-ATCCAGCCAA-AT--GTG--GTAA-----GTT------TTCA-A---CC-ATCTTGGAA-TTCATGAACACCGC-ATGTA-C-AT--C--AC-A--AT--T---T-TTAG--GT--GGTTC-----A----G----GTTC-AGC-A-A-GTT-TTC-T-TTTCTT--ACCACT-G-AT-GC-----AAGGTCGT--TTGTG--TTACG----T-CC------TGG--CAGGAAANNNNN-NNNNN-NNN---NNNNNNNNNN-NN-NNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNN--NNATT---TGATATAGGCCAATGCT-TT-GGG------GGTTCT-TATGa
gi|8 : AT-T-T-TAT-CAAACCGGAATAATGACAAAATTTCG-TCAG-----ATCA-AACAC-ATGT-ATGCCTTGC-----AAAG----AAAAAG-----------GG--G------------------GAAAA-----GTG--TAC--TGAA-ATGT---------CTTTT-ATTGTTTTT------AGCAAAAATAAT-ACTTTCCCACTAAT-ATCCAAC--A-ACCAGTG--ATCA-----GTT------TTCT-A---TCTATCTTGGAA-TTCATTAACACCAC-ATGTG-C-CT--T--C--ATGAT--T---T-CCAG--GT--GGTTC-----A----A----GTTC-AGC-ATT-GTT-TTC-T-TTTCGT--AACACT-A-AT-AT-----TAATTTGC--TCAAT--TTACG----CAATTATGTACAG--CAGGGAAATTTT-CCCGC-AT
gi|9 : ATTACAC-----------TCAGA-T--ATTTGGT-C-T-GACAGA-ATAAA-------AGAT-T-C-TGT-CAGACAAGA-------CAAAGTTTCA-TCAG-----ATCA-GATAC-ATGC-AT----TGC-----AGAG----AAAAG---------------AG----------GGAAAACTG--------------TAC--CAAA-ATGT---------CTTTT-ATTGTTTTT------AGCAATG-TATT-GCTCTCCCACTAAT-ATCCAGCCAA-AT--GTG--CTAA-----GTTTTCAAGTTCA-A---CC-ACCTTGGGA-TTCATGAACAGCAC-ACGTG-C-CT--TCCA--A--AT--T---T-TGAG--TG--G---TTC---A----A----GTTC-ATT-G-A-GTT-TTC-T-TTTCTT--ACCACT-G-AT-AC-----
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TCGACAACCAATTTGACTATTATCTTTGTTAAATAACGTTTGAGGTCATTTGCGCATCAGTTCAAGTGCTTTTGCGATAGGAAATTTTAGGAAAATAATGAATTCAAACCGAAACGACTGACAACAAAAATCCGGAATAGTCGGTAGATGAAGTCGCTAAATTGCGAGCATATGACGCATGGCACTCGCTAAAATATATTTTAAGGTTTGCAATTTAGCGAGTATTTCCACTTAATTTTGAACCC
Unaligned ( gi|21 ): GAATTTTAGGAAGATAATAATTCAAGCCAGAACTTGACTAACAATAGAAATCCGGAATGGTCTGTATAGTCGATATAATTTTCGAGCACAAAACCAGCATTCGCTTAAAATACATTTATGGTCCGCATTTAGCGGATTTCCAAATTAAGTTTTTAACC
Unaligned ( gi|22 ): GAATTTTAGGAAGATAATAATTCAAGCCAGAACTGACTAACAATAGAAATCCGGAATGGTCTGTATAGTCGATATAATTTTCGAGCACAAAACGCAATGCATTCGCTAATACATTTATGGTCGCATTTAGCGAGTATTTCCAATTAAGTTTTGAACC
Unaligned ( gi|31 ): GCGAGACTCGTGCCCATGACCTTCGGTTCACAAAACGGACGCTCTAACCATTGATCCAC
Unaligned ( gi|34 ): TTTTCTTACTGTGGAGAGAAACTTTCACAAATTTGATCGG
Unaligned ( gi|35 ): TGCAGGGCTCGATATTAACTTTTTTACCCACTTGTCCATT
Unaligned ( gi|36 ): GCATTTTAGCGAGTATTTCCACTTAATTTTGAACC