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gi|7 : acaaatgagtcaactattatttttatatttttgtaatatataatttattgataataacaacttttctaatttattttcataaaattattgagattcaattttttacaccgttaacaacatttaatatctgtagtttatggtctcagtgcccccccccccccccccccccccacacacacacacacatacacccatatacatatcatatggctgtaagaacagcacaccttaagaatttcgttcctctcttacaaaggA-ACTT------ATCA-A-G--AT-TCAA-TTTATGGT-GCT----GC-C-TGTACAC---------------------G-T-GTTTGTA-GTTT-----TGGTGT-----GA---GCAGTGTCTTGT-C----TTTTTCC--C----------------CAT-------------AC--CAGTCAT-------T-CAC-A-T-AA--TA-T---------A---TGGTTGCA---AGAA------------------TTA----AGG--TTTT-CGT---TCC-AC--TCTT------ATA-------------------GTA-A----------ATT-G--AA----T-G-CTA-AAAG----------TT--AG-TG-T-T-----CAAGT---TTCA-AAA------GTCA---C----A------T-A-TTTCT-GC---A-----A---TT------GTTGGTAA--GT--TTT--A-------ACA-----ATC-A-TTAA-G-A-TGATTT-AC----AA-TC--AGA-TA-T-TT---TG-TA----A-T----A-CATTG---T--A------AAT---------TAAA----ACTT-----G-----AGCA----AAAAG-GACTT-GGAAAGATT----------GCTCGAA-C-------AGGATATTTTTCA-TTG-AAATAT----C------TAGa
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lowQualScore : 6 6 6 00 6 3 3 4 666666 3 77777 1 1 1 66666666666 9 7 3333333 777 7 7 7 33333 9999999999999999999 7 7777 77 88888888888888888888888888888888 7 88888888 9 9 9 99 9 444444444 000 000 2 7 7 44444 3333 7777 4 88 9 000 9 99 777777 4 11 9 8888888 4 6666666666 4 22 99999999 4 3333333333 22 5 5 5 22222 888 2 444444 00000000000000000 1 1 1 777 33333 777 222222 1 3 11 11 2222222 99999 4 4 88 4 1 5 0000 3 333 00 3 5 444 99 3333 0 44 4 111 22 888888 111 22 2222 0 7777 66666 7777 3 4 9999999999 7 7777 3 7 3 000000000000 000000
consensus : AACCACCTCTC-T-AAGTT-AGTT--T-CATTA-ACTT------ACCA-A-G--CC-TCAA-TTTATAGT-A------AA-T-TTTACACCATTAAC-A-G-AA--A---AA-T-ATCTGCA-GTTTA----TGGTCT-----TG---G--------TGT-C----TTTTTCT--C----------------CNT-------------AAA-CAGCCAT-------TACAC-A-T-AT--TA-T---------A---TGACTGTA---AGAA-CACCAC----ACA---CTCA----AAG--TTTT-CGT---TTC-TC--TCTT------ACAAA-GGA--TTATAT---AAGGA-A----------ATG-G--AA----C-T-CTA-AAAG----------TT--GA-TG-T-T-----AAAGT---TTCA-TCA------GT-----C----A------T-A-TTTCT-GC---A-----A---TT------GTTGGCAAAGGT--TTT--A-------AAA-----ATC-A-TGAT-T-A-CAATTT-AT----GC-CT--AGG-TG-T-TT---CA-GA----A-T--AAA-CGTTT---T--A------GATT---TC--ATAAA----AGTT----AG-----AGCA----AAANT-GAGTTCAGAATGCTT----------GTTCAAA-CA----A-AGGATGTTTTTCA-ATG-AAATAT----A------TAGCGTA------AAATGTG
Reference ( family-228 ) : AACCACCTCTC-T-AAGTT-AGTT--T-CATTA-ACTT------ACCA-A-G--CC-TCAA-TTTATAGT-A------AA-T-TTTACACCATTAAC-A-G-AA--A---AA-T-ATCTGCA-GTTTA----TGGTCT-----TG---G--------TGT-C----TTTTTCT--C----------------CNT-------------AAA-CAGCCAT-------TACAC-A-T-AT--TA-T---------A---TGACTGTA---AGAA-CACCAC----ACA---CTCA----AAG--TTTT-CGT---TTC-TC--TCTT------ACAAA-GGA--TTATAT---AAGGA-A----------ATG-G--AA----C-T-CTA-AAAG----------TT--GA-TG-T-T-----AAAGT---TTCA-TCA------GT-----C----A------T-A-TTTCT-GC---A-----A---TT------GTTGGCAAAGGT--TTT--A-------AAA-----ATC-A-TGAT-T-A-CAATTT-AT----GC-CT--AGG-TG-T-TT---CA-GA----A-T--AAA-CGTTT---T--A------GATT---TC--ATAAA----AGTT----AG-----AGCA----AAANT-GAGTTCAGAATGCTT----------GTTCAAA-CA----A-AGGATGTTTTTCA-ATG-AAATAT----A------TAGCGTA------AAATGTG
gi|1 : AACCACCTCTC-T-GTGTT-AGTC--T-CATTA-ACTTTAACTTACCC-A-C--CCCTCAA-CTTATAGT-A------AAAT-TTTACACC-TTAAC-A-G-AA--A---AAAT-ATCTGCG-GTTTGAATTTGGTCT-----TG---A--------TGT-C----TTTTTCT--T----------------TCTGCGAGTATTATTAAAA-CAGC-AT-------TATCT-A-TCAT--TA-TTTTTATAAAA---TGACTGTATAAAGAAATACCAA----ACAATACTTACAATAAG--TTTT-TATGTTTTC-TCATCCTTTAATAAACAAAAGGAATTTA-AT---A--GA-A----------ATG-G--AAACTTC-T-CCA-AAAG----------TTTAGA-TG-TAT-----AAAGTAATTTCA-TCATCTAAAGTATATAC----A------T-ACTTTCTTGTGAAA-----A---TTTTGAGAGTTGGCAAATGA--TTT--ATTTATAAAAA-----ATCTA-TGAT-TTA-CAAATT-ATTA--GCACT--AAG-TG-T-TTATTCAAGA----A-CTAAAA-AGTTT---T--A------GATT---TCTAATAAA----ACTTTATAAGTAAGTAGCA----AAAATAGAGTTCAG-ATACTTTCTTATTACATTTCAAATCAAAACA-AGGATGTTTTTCATATGTAAATA-----A------TA---TA------AGATGT
gi|10 : cC-TCAA-TAGTTAGT-A------AC-T-TTTACACCATTAAC-A-------------------TACA-GTTTC----TGTTCT------A---C--------TTC-C----CCGCTCG--C----------------CCT-------------AAA-CATCCAC--------ACAC-A-T-AT--CA-T---------AATTTGACTGTC---AGAA-CACCAC----AC-----TCA----AGG--ATTT-TGT---TCC-AC--TCTT------ATAAA-GGA--TTATAT---A-------------------------------T-C-A-AAAGTTAATGTTAGTT--AA-TG-T-T-----AAAGT---TTCA-TTA------GT-----C----A------T-A-TTTCT-GC---A-----AATTTT------GTTGTTAAAAAT--TAT--A-------AAA-----ATC-A-TGAA-T-A-GAATAT-AT----GA-C---AGA-TATT-TT---CG-TA----A-T--AAA-TATTT---T--A------GATT---TC--ATTAA----AATT----AG-----AGCA----AAAAT-GAGTACAGAATGCGT----------GTTGAAA-AA----A-aaatttgtgaaa
gi|11 : ccagaatcaACCACCTCTC-T-ATGT---GTTATT-CAATATA--T------ACCA-A-CACCC-TCAAATTTATAGTTA------AA-TATTTACACCCGTAAC-A-G-AATAA---AA-T-ATCTGCGTGTTTA----TGGTCT-----TG---A--------T-T-C----TTTTTCT--CT---------------CAT-------------AAACCAGCACT-------TACAC---T-ATCATA-T---------A---TGAC-GTA---A-AG-CA-CAC----ACA---CTCA----AAGCTTTTT-TGT---TTC-T---TCTT------ACAA---GA--TTA-AT---AAGAA-AT---------ATG-G--AA----C-C-ACA-AAAG----------TT--
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gi|13 : -TT---CA--A----A-T--ATA---TTT---T--A------GATT---TC--ATATT----AATT----AG-----AACT----GAAAT-GTGTTCAGAATGATC----------GTAAAAA-CA----A-AGGATATTTTTTG-ATG-AA--AT----A------TAGTGTA------AAAaaaaacaaaggatattttttgatgaaatatagtgtaaaagt
gi|14 : agcaccacactcaaggttttcgttcctttctttaatttggagaggggacactgtaaagttgatattacgtaaaagttgaataaatgatttttgT--TA-T---------A---TGACTGTA---AGAA-CATCAT----ACG---C--A----ATG--TTCT-TGT---TTC-AC--TCTC------ATAAA-GGA--TTATA-----------------------------A----C-T---A-ACAG----------TT--TA-TG-T-T-----AAAGC---TGTA-TTA------GT-----C----A------T-A-TATCC-GC---A-----A---TT------GTTGGTAAAAGT--TTT--A-------TAG-----ATC-A-TTAA-T-A-----TT-AT-------CT------TG---TC---CA-GA----AGT--AGA-C----------------------------------------------------AGCA----AAAAT-TAGTTCAGAATA-TT----------G---AAA-CA----AGAGGgt
gi|15 : AACCACTTTTA-T-GAATT-ATTT--TTCATAA-ACTT------ATCA-AAG--AT-TCAT-TTGATAGC-A------A--C-CTGGCACCATTAAC-A-ACAC--A---AA-TAATTTGC------A----TGGTCT----------------------------------T--C----------------CTA-------------AAA-CAGCTA--------TACAA-A-T-
gi|16 : cagcatagtgccaaaatattatattttactgtatgattcatctgaaacaAA-AAA--TTATATTATAACGAGA----------ATG----------C-TTCTA-AAGA----------TT--AA------------AAAGGA--TTTA-TCA------GT-----CC---A------T-A-T--CT-GC---A-----A---TTT-----GTTG--AAAAGT--ATT--G-------AAAGAAATACA-A-TGAT-T-AACAATTA-ATCTTAGT-CTCAAGA-TGAT-TT---CG-TA----G-T--AAAATGTTT---T--C------GATT----C--ATA---------T----AG-----AGCA----AAATT-GAGTgccttat
gi|17 : --TTATAT---AATGA-A----------ATG-G--AA----A-TGCTA-A-----------------GA-TG-T-G-----A---------TA-TCA------GG-----C-------------------T-AC---A-----A---TT------GTTGTTAAAAGT--TTCAAA-------AAA-----ATC-ATTGA--T-A-TAATTTAATG---GCACT---------T-TC---CA-AATGCTG-T--GAA-AGTTTAGGT--A------GATTTGATC--CTAAAAT--AATT----AG-----TTCA----AAA
gi|18 : -TTTACACCAGTAAC-ATG-AA--A------T-GTGCGCA-TTTTC----TGGTCT-----TG---G--------CGTAC----TTTTTTTGGT----------------CCT-------------GAA-GTGTCAT-------------A-T-A---TA-T---------A---TAACTGTG---AAAA-CACC
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gi|2 : tggtgccaaaatgagtcaatttctatatattttaccacaacgtacatgtatgtagtccattgaaTT----AA-----AGCT----AAAAA-GACTTCAGACTGATT----------GTTCAAA-C-----A-AGAATATTTTCCC-ATGAAAATATATAAA------TAGCATAGGAGGGAAATGTGttaaagctaaaaagacttcagactgattgttcaaacaagaatattttcccatgaaaatatataaatagcataggagggaaatgtgga
gi|20 : tggtgccaaaatgagtcaatttctatatattttaccacaacgtacatgtatgtagtccattgaaaaccacttttctaaatcattgtcataaacagatgaagattcaattcatagtaccgggtaacctttcactatcaacggcataaatatttgcagcttctgatatacagtgtcttatttttcctgtatagccacaagcatcatatgaatgtaataacaaaaacctctttttctttccactcttacaaaggattatcggaggaaatggtaaatgctaaaagtttatatcaaagtttcattagtcatgccggtatttctgcaattgtttgtaaatgttttagatctcataatcaACAACCTTAAC-A-T-AA--A---AC-T-ATCTGTA-GTTTA----TGGTCC-----TG---G--------TGT-C----TTTTCCC--C----------------CAT-------------AAA-CAACCAT-------TGCAC-A-T-AG--TA-T---------A---TGACTATA---AGAA-CAC--C----ACA---CTCA----Aga
gi|21 : C----ACA---CTCA----AAG--TTTT-CGT---TTC-TC--TCTT------AAAAA-AGA--TTATAT---AAGGA-A----------ATG-G--AA----T-C-CTA-AAAT----------TT--GA-TG-T-T-----CAAGT---TTCA-TCA------GT-----C----A------T-A-TTTCT-GC---A-----A---TT------AT
gi|22 : AA-CGTTT---T--A------GATT---TC--ATAAA----AATT----AG-----AGCATCTGGAATT-GAGTTCAGAATACTT----------CTTCAAA-CA----A-AAGATATTTTTCA-ATG-AAATAT----A------TAGCGTA------AAAT
gi|23 : CAAA-GGA--TTATAT---AAGGA-A----------ATG-G--AT----C-T-CTA-TAAG----------TT--GA-AG-T-T-----AAAGT---TTCA-CCA------GT-----C----A------T-A-TTTCT-GC---T-----A---TT------GTTGGCAAAGGT--TTT--A-------AAA-----ATC-A-TGA
gi|25 : ------ACAAA-GGA--TTATA-----GGGA-A----------ATG-G--CG----T-T-ATA-AAAA----------TT--GA-TT-T-T-----AATGT---TTCA-TCA------GT-----CATGTA------T-A-TTTCT-GA---A-----A---TT------GTTGGCAAAGGT--TTT--A-------
gi|26 : -T-A-CAATTT-AT----GT-CT--AGG-TG-T-TT---CA-GA----A-T--AAC-CGTTT---T--A------GATT---TC--ATAAA----A--------------AGCA----AAATT-GAGTTCAGAATGCTT----------GTTCAAT-CA----A-AGGAT
gi|27 : A-TTA------GT-----C----A------T-A-TTTCT-GC---A-----A---TT----------------GT--TTT--A-------AAA-----AC----TGAT-T-T-C-ATTT-A
gi|27 : GTTT---T--AAAAACTGATT---TC--ATTTA----AAT------------AACG----AAAAT-GAAATCAGAATGATT----------GTTCAAA-CA----A-AGaataacgaaaatgaaatcagaatgattgttcaaacaaagagt
gi|3 : attagtcatatttctgcaattAACCACCTCTCTT-GTGTT-AGTC--T-CATTA---TT------ACCACA-C--CC-TCAA-CTTATAGT-A------AA-A-TTTACACC-TTAAC-A-GAAA--A---AA-T-ATCTGCG-GTTTA----T-GTCT-----TG---A--------TGT-C----TTTTTCT--C----------------CAT-------------AAA-CAGCACT-------TACACTA-T-AT--TATT---------A---TGACTGTA---A-AG-CACAAC----ACA---CTCA----AAGT-TTTT-TGT---TTT-TC--TCTT------ACAAG-GAC--TTA-AT---AA-GA-A----------ATATG--AA----CAT-C---AAAA----------TT--GATTGTT-T-----AAAGTC--TTCATTCC------GT-----C----A------T-A-TTTCT--C---A-----A---TT------GTT-GCAAAAGTTGTTT--A-------AAA-----ATC-A-TTATGT-ACCAATTT-AT----GC-CT--AAGCTG-T-TC---CA-GA----AGT--TAA-CGTTT-------------AATT---TC--ATAAACATTAGTA----AG-----AGCA----AAA-T-GAGTTC--AATACTT----------CTTCAAA-CA----ATAGGATGTagt
gi|4 : gtgccgaatgagttcaacttttatttgttttactgctataattcattgaacaacaaAACCACTGCTC-TTAAATTCAGTT----CATTA-ACTT------ACCA-A-A--CC-TCAA-TTGATAGT-A------AA-T-T--ACATCATTAAC-A-G-AA--A---TA-T-ATCTGCA-GTTTA----TGGTCT-----TG---G--------TGT-C----TTTTTCT--C----------------CAT-------------AAA-CAGCCAT-------TACAC-A-T-AT--TG-T---------A---TGACTGTA---AATA-CACCA-----A-A---CTCA----A-G--TTTT-CGT---TTC-TC--TCTT------ACAAA-GGA--TTATAT---AAGGA-ATCCCTCTGAAATG-G--AAAGTTC-T-CTA-AAAG----------TT--GA-TG-T-T-----AAAGT---TTCA-TCA------GT-----C----A------T-A-TTTCT-GC---A-----A---TT------GTTGGCAAAGGT--TTT--A-------AAA-----AGC-A-TGAT-T-A-CAATAT-AT----GC-CT--AGG-TG-T-TT---CA-GA----A-T--AAA-CTTTT---TTAA------AATT---TC--ATAAA----AGTT----TG-----AACA----AAATT-GAGTTTAGAATGCTT----------GTTGAAA-CA----A-AAGATGT
gi|5 : gtgccataaatgaggtcaaactttatttttactatataattatgaaaacAACCACCTCTC-T-AAGTT-AGTT--T-CATTG-ACTT------ACCA-A-G--CC-TCAA-TTTATAGT-A------AA-T-CTTACATCATTAGC-A-G-AA--A---AA-T-ATCTGCG-GTTAA----TGGTCT-----TG---G--------TGT-C----TTTTTCT--C----------------CCT-------------AAA-CAGCCAT-------TACAC-A-T-AT--TA-T---------A---TGACTGTA---CGAA-CACCACTGTGACA---CTCA----AAG--TTTT-CGT---TTC-TC--TCTC------ACGAA-GAA--TTATAT---AAGGA-A----------ATG-G--AA----C-T-CTA-AAAC----------TT--GA-TG-T-T-----AAAGT---TTCA-TCA------GT-----C----A------T-A-TTTCT-GT---A-----A---TT------GTTGGCAAAGGT--TTT--A-------AAA-----TTC-A-TGGT-T-A-CAATTT-AT----GC-CT--AGT-TG-T-TT---CA-GA----A-T--AAA-CGTTT---T--C------AATT---TC--ATAAA----AGTT----AG-----AGCA----AAATT-GAGTTCAGAATGCTT----------GTTCAAA-CA----A-AGGATGTTTTTCA-ATT-AAATAC----ATGTCTTTAGCGTA------AAATGTG
gi|6 : AACAACTTTTC-T-AATTT-ATTT--T-CATAA-AATT------ATTG-A-G--AT-TCAA-TTT------------------TTTACACCGTTAAC-A---AC--ATTTAA-T-ATCTGTA-GTTTA----TGGTCT-----CA---G--------TGC-C----CCCCCCC--CCCCCCCCCCCCCCACACAC-------------ACA-CACACATACACCCATATAC-A-T-AT--CA-T---------A---TGGCTGTA---AGAA-CAGCAC----AC----CTTA----AGA--ATTT-CGT---TCC-TC--TCTT------ACAAA-GGA--
gi|6 : acaaatgagtcaactattatttttatatttttgtaatatataatttattgataatAGT---TTCT-TCA------GT-----T----C------T-A-TTTCT-GC---ATAATTA---TT------GTTGTTAAGAGT--TTT--A-------AAA-----ATC-A-TGAG-T-A-GAATTT-AT----GT-AC--AAA-TG-T-TT---TG-TA----A-T--AAA-TGTTT---T--A------GA-T---TC--AAAAG----AGCT----AG-----TGCA----AAAAT-AAGTTCAGAATGCTT----------G-TCAAA-CA----A-AGGATgtttcttcagttctatttctgcataattattgttgttaagagttttaaaaatcatgagtagaatttatgtacaaatgttttgtaataaatgttttagattcaaaagagctagtgcaaaaataagttcagaatgcttgtcaaacaaaggata
gi|7 : acaaatgagtcaactattatttttatatttttgtaatatataatttattgataataacaacttttctaatttattttcataaaattattgagattcaattttttacaccgttaacaacatttaatatctgtagtttatggtctcagtgcccccccccccccccccccccccacacacacacacacatacacccatatacatatcatatggctgtaagaacagcacaccttaagaatttcgttcctctcttacaaaggA-ACTT------ATCA-A-G--AT-TCAA-TTTATGGT-GCT----GC-C-TGTACAC---------------------G-T-GTTTGTA-GTTT-----TGGTGT-----GA---GCAGTGTCTTGT-C----TTTTTCC--C----------------CAT-------------AC--CAGTCAT-------T-CAC-A-T-AA--TA-T---------A---TGGTTGCA---AGAA------------------TTA----AGG--TTTT-CGT---TCC-AC--TCTT------ATA-------------------GTA-A----------ATT-G--AA----T-G-CTA-AAAG----------TT--AG-TG-T-T-----CAAGT---TTCA-AAA------GTCA---C----A------T-A-TTTCT-GC---A-----A---TT------GTTGGTAA--GT--TTT--A-------ACA-----ATC-A-TTAA-G-A-TGATTT-AC----AA-TC--AGA-TA-T-TT---TG-TA----A-T----A-CATTG---T--A------AAT---------TAAA----ACTT-----G-----AGCA----AAAAG-GACTT-GGAAAGATT----------GCTCGAA-C-------AGGATATTTTTCA-TTG-AAATAT----C------TAGa
gi|8 : atgggtcgatttaaaactattcattttactacctatagattagttcattgaaaacaaccaccttacgAACCACCTCTC-T-AAGTT-AGTT--T-CATTA-ACTT------ACCA-A-A--CC-TCAA-TTTATAGT-A------AA-T-TTTACATCATTAAC-A-G-TA--A---AA-T-ATCTGCA-GTTTA----TGGTCT-----TG---G--------TAT-C----TTTTTCT--C----------------CAT-------------GAA-CAGCCAT-------TACAC-A-T-AT--AA-T---------A---TGACTGTA---AGAA-CACCAA----AAG---GTCA----GAG--TTTTACGT---TTCTTT--TTTT------ACAAA-GGA--TTATA-------GG-A----------ATG-G--AA----C-T-CTA-AAAG----------TT--GA-TG-T-T-----AAAGT---TTCA-TCA------GT-----C----A------TAA-TTTCA-GC---------A---TT------GTTGGCAAAGG---TTT--A-------AAA-----ATC-A-TGAT-T-ACCAATTT-AT----GC-CT--AGG-TG-T-TT---CA-GA----A-T--AAA-CATTT---T--A------GATT---TC--ATAAA----AGTT----AA-----AGC-----AAATT-GAGTTCAGAATGCGT----------GTTCAAA-CA----A-AAG
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blockSeqs : . . . . . . . . GC . . . AAT A . GAA . . . . A TGA . . . CCT . T . . . . . . . . G . A C A . A . . . . . . . . T TAAG . . . . CT . . . . . . . . . . CA . . . . . . . G G . . . . . . T . . . . . T G . . . G . . . . . . . . . . G . . . T . . . . .
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blockSeqCons : ****** AAT******** A**** CNT***************************** ********* *** A*** **** *** ** ****** ** TAAG*** CT****** ** *** ****** CA*************** *** ****** ******* **** *** G* ** ** **** ***** ********** **** TA**********
originalCons : AACCACCTCTC-T-AAGTT-AGTT--T-CATTA-ACTT------ACCA-A-G--CC-TCAA-TTTATAGT-A------AA-T-TTTACACCATTAAC-A-G-AA--A---AA-T-ATCTGCA-GTTTA----TGGTCT-----TG---G--------TGT-C----TTTTTCT--C----------------CNT-------------AAA-CAGCCAT-------TACAC-A-T-AT--TA-T---------A---TGACTGTA---AGAA-CACCAC----ACA---CTCA----AAG--TTTT-CGT---TTC-TC--TCTT------ACAAA-GGA--TTATAT---AAGGA-A----------ATG-G--AA----C-T-CTA-AAAG----------TT--GA-TG-T-T-----AAAGT---TTCA-TCA------GT-----C----A------T-A-TTTCT-GC---A-----A---TT------GTTGGCAAAGGT--TTT--A-------AAA-----ATC-A-TGAT-T-A-CAATTT-AT----GC-CT--AGG-TG-T-TT---CA-GA----A-T--AAA-CGTTT---T--A------GATT---TC--ATAAA----AGTT----AG-----AGCA----AAANT-GAGTTCAGAATGCTT----------GTTCAAA-CA----A-AGGATGTTTTTCA-ATG-AAATAT----A------TAGCGTA------AAATGTG
finalCons : AACCACCTCTC-T-AAGTT-AGTT--T-CATTA-ACTT------ACCA-A-G--CC-TCAA-TTTATAGT-AAAT--------TTTACACCATTAAC-A-G-AA--A---AA-T-ATCTGCA-GTTTA----TGGTCT-----TG---G--------TGT-C----TTTTTCT--CCNT-----------------------------AAA-CAGCCAT-------TACAC-A-T-AT--TA-T---------A---TGACTGTA---AGAA-CACCAC----ACA---CTCA----AAG--TTTT-CGT---TTC-TC--TCTT------ACAAA-GGA--TTATATAAG---GA-A----------ATG-G--AACT------CTA-AAAG----------TT--GA-TG-T-T-----AAAGT---TTCA-TCA------GTCA---------------T-A-TTTCT-GC---A-----A---TT------GTTGGCAAAGGT--TTT--A-------AAA-----ATC-A-TGAT-T-A-CAATTT-AT----GC-CT--AGG-TG-T-TT---CAG-A----A-T--AAA-CGTTT---T--A------GATT---TC--ATAAA----AGTT----AG-----AGCA----AAANT-GAGTTCAGAATGCTT----------GTTCAAA-CA----A-AGGATGTTTTTCA-ATG-AAATATA----------TAGCGTA------AAATGTG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|28 ): TGCCTGAATGAGTTCAACTTTTATATTGTTTTACTGATAATTCATTGAAGCAACAAA
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Reference ( family-228 ) : AACCACCTCTC-T-AAGTT-AGTT--T-CATTA-ACTT------ACCA-A-G--CC-TCAA-TTTATAGT-A------AA-T-TTTACACCATTAAC-A-G-AA--A---AA-T-ATCTGCA-GTTTA----TGGTCT-----TG---G--------TGT-C----TTTTTCT--C----------------CNT-------------AAA-CAGCCAT-------TACAC-A-T-AT--TA-T---------A---TGACTGTA---AGAA-CACCAC----ACA---CTCA----AAG--TTTT-CGT---TTC-TC--TCTT------ACAAA-GGA--TTATAT---AAGGA-A----------ATG-G--AA----C-T-CTA-AAAG----------TT--GA-TG-T-T-----AAAGT---TTCA-TCA------GT-----C----A------T-A-TTTCT-GC---A-----A---TT------GTTGGCAAAGGT--TTT--A-------AAA-----ATC-A-TGAT-T-A-CAATTT-AT----GC-CT--AGG-TG-T-TT---CA-GA----A-T--AAA-CGTTT---T--A------GATT---TC--ATAAA----AGTT----AG-----AGCA----AAANT-GAGTTCAGAATGCTT----------GTTCAAA-CA----A-AGGATGTTTTTCA-ATG-AAATAT----A------TAGCGTA------AAATGTG
gi|1 : AACCACCTCTC-T-GTGTT-AGTC--T-CATTA-ACTTTAACTTACCC-A-C--CCCTCAA-CTTATAGT-A------AAAT-TTTACACC-TTAAC-A-G-AA--A---AAAT-ATCTGCG-GTTTGAATTTGGTCT-----TG---A--------TGT-C----TTTTTCT--T----------------TCTGCGAGTATTATTAAAA-CAGC-AT-------TATCT-A-TCAT--TA-TTTTTATAAAA---TGACTGTATAAAGAAATACCAA----ACAATACTTACAATAAG--TTTT-TATGTTTTC-TCATCCTTTAATAAACAAAAGGAATTTA-AT---A--GA-A----------ATG-G--AAACTTC-T-CCA-AAAG----------TTTAGA-TG-TAT-----AAAGTAATTTCA-TCATCTAAAGTATATAC----A------T-ACTTTCTTGTGAAA-----A---TTTTGAGAGTTGGCAAATGA--TTT--ATTTATAAAAA-----ATCTA-TGAT-TTA-CAAATT-ATTA--GCACT--AAG-TG-T-TTATTCAAGA----A-CTAAAA-AGTTT---T--A------GATT---TCTAATAAA----ACTTTATAAGTAAGTAGCA----AAAATAGAGTTCAG-ATACTTTCTTATTACATTTCAAATCAAAACA-AGGATGTTTTTCATATGTAAATA-----A------TA---TA------AGATGT
gi|10 : cC-TCAA-TAGTTAGT-A------AC-T-TTTACACCATTAAC-A-------------------TACA-GTTTC----TGTTCT------A---C--------TTC-C----CCGCTCG--C----------------CCT-------------AAA-CATCCAC--------ACAC-A-T-AT--CA-T---------AATTTGACTGTC---AGAA-CACCAC----AC-----TCA----AGG--ATTT-TGT---TCC-AC--TCTT------ATAAA-GGA--TTATAT---A-------------------------------T-C-A-AAAGTTAATGTTAGTT--AA-TG-T-T-----AAAGT---TTCA-TTA------GT-----C----A------T-A-TTTCT-GC---A-----AATTTT------GTTGTTAAAAAT--TAT--A-------AAA-----ATC-A-TGAA-T-A-GAATAT-AT----GA-C---AGA-TATT-TT---CG-TA----A-T--AAA-TATTT---T--A------GATT---TC--ATTAA----AATT----AG-----AGCA----AAAAT-GAGTACAGAATGCGT----------GTTGAAA-AA----A-aaatttgtgaaa
gi|11 : ccagaatcaACCACCTCTC-T-ATGT---GTTATT-CAATATA--T------ACCA-A-CACCC-TCAAATTTATAGTTA------AA-TATTTACACCCGTAAC-A-G-AATAA---AA-T-ATCTGCGTGTTTA----TGGTCT-----TG---A--------T-T-C----TTTTTCT--CT---------------CAT-------------AAACCAGCACT-------TACAC---T-ATCATA-T---------A---TGAC-GTA---A-AG-CA-CAC----ACA---CTCA----AAGCTTTTT-TGT---TTC-T---TCTT------ACAA---GA--TTA-AT---AAGAA-AT---------ATG-G--AA----C-C-ACA-AAAG----------TT--
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gi|13 : ggcctgcaatagtgctggaaatatcagtcaatttctactttttaacgatcgaattctttggaagcaatcattttttgAG-CACCAC----AC-----TCA----AGG--TTTT-CGT---TCC-TT--TCT------------------TTA-AT---TTGGA-G----------AGG-G--GA----C-A-CTGTAAAG----------TT--GA-TA-T-TACGTAAAAGT---TGAA-TAA------AT-----G----A------T-T-TTTGT-TC---A-----A---AT------AT--------AT--TTT--A-------GAT-----TTC-A-T-AT-T----AATTA-GA----AC-TG--AAA-TG-TGTT---CA-GA----A-T--GAT-CGTtgc
gi|13 : -TT---CA--A----A-T--ATA---TTT---T--A------GATT---TC--ATATT----AATT----AG-----AACT----GAAAT-GTGTTCAGAATGATC----------GTAAAAA-CA----A-AGGATATTTTTTG-ATG-AA--AT----A------TAGTGTA------AAAaaaaacaaaggatattttttgatgaaatatagtgtaaaagt
gi|14 : agcaccacactcaaggttttcgttcctttctttaatttggagaggggacactgtaaagttgatattacgtaaaagttgaataaatgatttttgT--TA-T---------A---TGACTGTA---AGAA-CATCAT----ACG---C--A----ATG--TTCT-TGT---TTC-AC--TCTC------ATAAA-GGA--TTATA-----------------------------A----C-T---A-ACAG----------TT--TA-TG-T-T-----AAAGC---TGTA-TTA------GT-----C----A------T-A-TATCC-GC---A-----A---TT------GTTGGTAAAAGT--TTT--A-------TAG-----ATC-A-TTAA-T-A-----TT-AT-------CT------TG---TC---CA-GA----AGT--AGA-C----------------------------------------------------AGCA----AAAAT-TAGTTCAGAATA-TT----------G---AAA-CA----AGAGGgt
gi|15 : AACCACTTTTA-T-GAATT-ATTT--TTCATAA-ACTT------ATCA-AAG--AT-TCAT-TTGATAGC-A------A--C-CTGGCACCATTAAC-A-ACAC--A---AA-TAATTTGC------A----TGGTCT----------------------------------T--C----------------CTA-------------AAA-CAGCTA--------TACAA-A-T-
gi|16 : cagcatagtgccaaaatattatattttactgtatgattcatctgaaacaAA-AAA--TTATATTATAACGAGA----------ATG----------C-TTCTA-AAGA----------TT--AA------------AAAGGA--TTTA-TCA------GT-----CC---A------T-A-T--CT-GC---A-----A---TTT-----GTTG--AAAAGT--ATT--G-------AAAGAAATACA-A-TGAT-T-AACAATTA-ATCTTAGT-CTCAAGA-TGAT-TT---CG-TA----G-T--AAAATGTTT---T--C------GATT----C--ATA---------T----AG-----AGCA----AAATT-GAGTgccttat
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gi|20 : tggtgccaaaatgagtcaatttctatatattttaccacaacgtacatgtatgtagtccattgaaaaccacttttctaaatcattgtcataaacagatgaagattcaattcatagtaccgggtaacctttcactatcaacggcataaatatttgcagcttctgatatacagtgtcttatttttcctgtatagccacaagcatcatatgaatgtaataacaaaaacctctttttctttccactcttacaaaggattatcggaggaaatggtaaatgctaaaagtttatatcaaagtttcattagtcatgccggtatttctgcaattgtttgtaaatgttttagatctcataatcaACAACCTTAAC-A-T-AA--A---AC-T-ATCTGTA-GTTTA----TGGTCC-----TG---G--------TGT-C----TTTTCCC--C----------------CAT-------------AAA-CAACCAT-------TGCAC-A-T-AG--TA-T---------A---TGACTATA---AGAA-CAC--C----ACA---CTCA----Aga
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gi|27 : GTTT---T--AAAAACTGATT---TC--ATTTA----AAT------------AACG----AAAAT-GAAATCAGAATGATT----------GTTCAAA-CA----A-AGaataacgaaaatgaaatcagaatgattgttcaaacaaagagt
gi|3 : attagtcatatttctgcaattAACCACCTCTCTT-GTGTT-AGTC--T-CATTA---TT------ACCACA-C--CC-TCAA-CTTATAGT-A------AA-A-TTTACACC-TTAAC-A-GAAA--A---AA-T-ATCTGCG-GTTTA----T-GTCT-----TG---A--------TGT-C----TTTTTCT--C----------------CAT-------------AAA-CAGCACT-------TACACTA-T-AT--TATT---------A---TGACTGTA---A-AG-CACAAC----ACA---CTCA----AAGT-TTTT-TGT---TTT-TC--TCTT------ACAAG-GAC--TTA-AT---AA-GA-A----------ATATG--AA----CAT-C---AAAA----------TT--GATTGTT-T-----AAAGTC--TTCATTCC------GT-----C----A------T-A-TTTCT--C---A-----A---TT------GTT-GCAAAAGTTGTTT--A-------AAA-----ATC-A-TTATGT-ACCAATTT-AT----GC-CT--AAGCTG-T-TC---CA-GA----AGT--TAA-CGTTT-------------AATT---TC--ATAAACATTAGTA----AG-----AGCA----AAA-T-GAGTTC--AATACTT----------CTTCAAA-CA----ATAGGATGTagt
gi|4 : gtgccgaatgagttcaacttttatttgttttactgctataattcattgaacaacaaAACCACTGCTC-TTAAATTCAGTT----CATTA-ACTT------ACCA-A-A--CC-TCAA-TTGATAGT-A------AA-T-T--ACATCATTAAC-A-G-AA--A---TA-T-ATCTGCA-GTTTA----TGGTCT-----TG---G--------TGT-C----TTTTTCT--C----------------CAT-------------AAA-CAGCCAT-------TACAC-A-T-AT--TG-T---------A---TGACTGTA---AATA-CACCA-----A-A---CTCA----A-G--TTTT-CGT---TTC-TC--TCTT------ACAAA-GGA--TTATAT---AAGGA-ATCCCTCTGAAATG-G--AAAGTTC-T-CTA-AAAG----------TT--GA-TG-T-T-----AAAGT---TTCA-TCA------GT-----C----A------T-A-TTTCT-GC---A-----A---TT------GTTGGCAAAGGT--TTT--A-------AAA-----AGC-A-TGAT-T-A-CAATAT-AT----GC-CT--AGG-TG-T-TT---CA-GA----A-T--AAA-CTTTT---TTAA------AATT---TC--ATAAA----AGTT----TG-----AACA----AAATT-GAGTTTAGAATGCTT----------GTTGAAA-CA----A-AAGATGT
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