lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333333 11111 11111 1 222222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 111111111 1 11111111 1111111111 1111 33333333333333333333333333333 11111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 66666666666666666666 1
lowQualScore : 77777777777 1 66666 66 5 3 333 6666 6 99999 8888 6 2 2 2 4 2 33 8 555555 2 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 2 6 2 888 999999999 2 999 2 2 888888888 33333333 22 1111111111 1 1 44 2222 333 11111111111111111111111111111 33 33 7 99 5555 3 2 00000 4 7 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 3 5 1 77 0 3 3 22222222222222222222 2 99 6 4 6 66 1 6
lowQualScore : ........... . ..... .. . . ... .... . ..... .... . . . . . . .. . ...... . ............................................................................................... . . . . ... ......... . ... . . ......... ........ .. .......... . . .. .... ... ............................. .. .. . .. .... . . ..... . . ............................................................... . . . . .. . . . .................... . .. . . . .. . .
lowQualScore : 55555555555 0 99999 99 0 6 777 5555 2 22222 9999 0 9 9 9 4 7 77 0 888888 9 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 2 6 2 222 000000000 5 666 5 0 000000000 88888888 66 6666666666 9 9 88 9999 999 66666666666666666666666666666 22 22 1 99 0000 6 2 11111 7 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7 4 7 5 55 4 1 3 00000000000000000000 4 44 0 5 4 11 8 0
consensus : AATGATAACTTCG-AAAGAAAAANTT--AA--T-TCAAAG-A-TTCA----CAG-TAACA-AT---TTTAGAA-GC-A-AAATGT-TTC--C-AA-CC-G-CC-AA--ATGGTAAGATG--CCTGT--TGG-----------CTC-TGTAGTTT-AA-AC-TGA-TT--AAG-T----A-GTTC---ATTAT-TG-T----TTTTTGTCAGA-CTCGAGG-TT-A-ATAACA----GT--CTGGCCATCATCGGACGCCAT-CTTG---------TC--------CC--TT---G------TGCATG-TA-TA--AATA-ATA---AGTTCA-----G-G-TA----------AAGC--C--C--A-ATGTA-TTTT----ACCAAA-CCT---G-AT-TTN--AAAAAA---A-------------A-----AAAC--T----------------ATCG----AACCGAAAAT-CGAG-GCAATGAATCGAACA-TTGAATCG-AGCGTTT----ATATTGAAC---A---GTATCGATG-TTTCGGTGAATNG--TTTCAGCCC
Reference ( gi|4 ) : AATGATCACTTTG-AAAGAAAAAATT--AA--T-TCAAAG-A-TCCA----CAG-TTATG-AC---TTCAGAA-GC-A-ACATGT-TTC--C-AA-TC-A-CC-AA--TTGGCGAGTTA--CCTGT--TGG-----------CTC-TGTAGGTT-AA-AT-TGA-TT--AAG-TAATTA-GTTCCATATTATATGCT----TTTTTGTCAGA-CTCGTGG-TT-G-ATAACA----AT--ATGGCCATCACCAGAGGCCAT-CTTG---------TC--------CC--TT---G------TGCATG-TA-TA--AATG-ACA---AGTTTA-----A-G-TA----------AAGA--C--C--A-ATGTA-CTTT----ACCAAA-CGT---G-AT-TTA--AAAAAA---A-------------A-----AAAC--T----------------ATCG----AACCGAAAAT-CAAG-GCAAGGAATCGAACA-TTGAATCG-AGCGTTT--AGATATTG------A---GTATCGATG-TTCCGATGAATCG--TTACGGCCC
gi|7 : AATGAT-ATTTCGTCGAGAATAATTT--AAATT-TCAAGG-A-TTCA----CAG-TAATA-AT---TTTAAAA-GC-A-AAATGT-TTC--C-AAACC-A-CC-AA--ATGGTAAGATG--CCCAT--TGG-----------CTC-TGCAGTTT-AA-AC-TGC-TTTTAA---AAATA------ACATTAT-TG------TTTCTGTCAGAACTAGAGG-TTTA-ATAACA----GT--CCGGCCATCATCAGATGACAT-CTTG---------TC--------CC--TT---G------TT--TG-TG-TA--AAT
gi|32 : aaaaacaAATGATAACT-----AAGACCAA--T--AA--T-ACAA-G-A-TTCA----CAG-TAACA-AT---GTTTGAA-GC-A-AAATGT-TTC--C-AA-ACTA-CC-AA--ATGtgtaaagcagcaactaattctgtgttgattttaaaaac
gi|2 : aaaaccgTTTG-AT-GAAAGAGTTTTAA--T-TCAAAG-A-TTCAGGACTGG-TAACA-AC---TTTAGAC-GG-AGATGTGT-TTC--A-AC-GC-A-CA-AA--TTGGCCA-------------TGG-----------TT---------T-AA-A-----------AG-T--TCA-GTT----ATTAT-TTTT----TTTTTA-CAGA-CCCAAGA-TT-A-ATA-CA----GT--CTGACCATCATCAATGTCAAT-CTTG---------TCAACTTCT-CC--TCTTAA------TGCATGTTATTA--AATA-ACA---AGTTCA-----G-C-TG----------AGGAG-C--C--C-ATGTG-TTTT----A--AAA---------AT-T------------------------------------C--G----------------TTCG----AACCAAAAAT-CGA--CCAAG----C------CTGAATAG-AGCGCCT---TATATTG------AAT-GTATCAAC--TTTCGGGAAATCGTTTTACAGTCCatatgac
gi|5 : tatcaccagtcgtctcgaatccagcatttggacgcatttcattgcgcttttgttttcactacgtaatcttcgttgattacagcgaaaccttgtgattttttaaatggctgaaacgaatgcgtacaagacttcatgatcacatgacccgtaattgcaataacttgtgccattaagttcagtattcaatacgaatataatggctattttaagtacaaccacgataaTTTG-AA-GAAAATTTT--AA--TCTCAAAG-ATTCTA----CAGACTGTA-ACAATTTTAGAC-GC-A-AAATGTGTTC--A-AA-CC-C-CCGAA--GTGGCA--------------TGG-----------TT----TAAATTAAA-AT-TGA-TT--AAG-Ttaaattcattttatataaaccttaagttgtaagatagaaaagtgaaaaaataacaatttgtaaaattcgacaggattcgggggcatacactacgcataaggcgggcccatttttaccgtttcctgtaacgggaaaaaatctaaaacgcaacactgatttgcaactacgggatgaaactcctcagctgccctaaagtatctaaatgcgtattatataaaaaaaaaaaaggctttaaaagatttctgtgcaacgttctaacacgaaacaaagatgtttgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntact
gi|31 : ttaacccccatcctcgcaatcacgcactttaacgcatataccttatcctccccttcacgcattttaacgcatataccgtgtcctcgcaatcacgcactttaacgcaaattcattgcgctttggttaactaaaacgtcaaatctcgttgataagcgacaatgttgattttttttatggctgaaacttgcggaacacttcatgattacagactcgtttgcaaactgtgccagattcagtatttcaatttaaaagAAAAA----AA--T-TCAGAG----TCA----CCG-TAACA-AT---TTTAGAA-GC-A-AAATGT-TAC--CAAA-CC-G-CA-AA--ATGATAAGATA--CCT
gi|13 : tgaacTT--GA--T-TCAAAG-A-TTCA----CAG-TAACA-AT---CTTAGAA-AC-A-AAATGT-TTC--CAAA-CC-G-CC-AA--ACGGTAATATG--TTTAT--TGG-----------TTC-TGTAGTTT-AA-AC-TGA-catatgcatataga
gi|1 : atTT--AA--T-TCAAAG-A-TTCA----CAGACTGTACAT---TTTAGACCGG-A-AAATGT-TTTTTC-AA-AC-GGCC-AACATTG-------A--CATGT--T--------------TC-T--AAATT-AATATCTGA-TG--AAG-T--------TC---ATTAT----------------CAGA-CCCGAGA-TC-A-ATAAC-----------------CAC-AGATGCCAT-CTTGTTCACCTTCTC--------CC--TT---A------TGCACG-TA-TAACAATA-ATA---AGTTAC-----A-GCTG----------GAGC--C--C--C-ATGTG-TTTT----AAAAAT-CGTATCG-AA-TCA--AAAAaataacagtctggcaatcatcagacatcatcttgtcccttgtacatgtataaatgataagttcaagtaaagctcaatgtatttttccaatcctgattttaaaaaaaaatctctaaccgaaaatcgaggcaatg
gi|39 : ttaacccccatcctcgcaatcacgcatttaacgcatataccttatccttcgccgcacgcatttttaacgcatatacctgtgtcctcgccaatcacgccattttaacgcaattcattgcgcttttgttttcactacgttatatcgttgcactacagcgaaaattgctgatttttattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--AA--T-TTGAAG-A--CCA----CAG-TCACA-AT---TTTAAAA-GTAA-AAATGT-TTC--C-AA----A-CC-Atccacacttgaatgagtgctttcaacgtttaaaggtgatcatttcagtctaattcttttattatgaaccttgggtttgtaagaattagaaagtacaaactaacagatttctgtaaaattttcgacaggattcgtgggatacactacgcataattcttttactgtgttccatctaacgcaacactgacttcaacacggggatcactatcagctgcctaagaatatttcttaaatcgcgtaattttaaaaaaaaaaaaaaaaaagatgtcttgtgcaaggttaacacaaaaaacgcatcttttgggagagagagagagagagcagagagagtactactccttatgtatacataaatgtatatgtgtgcatatcttcatatgtttctctacaacatggaattagtttgtagta
gi|19 : AAGCA-TTCA----CAG-TAACA-AT---TTTAGAG-GC-A-AAATGT-TTC--C-AAACC-G-CC-AA--ATAGTAAGCTG--CCTGT--TGA-----------CTC-TGTAGTTT-AA-AC-TTA-TT--G--------A-GTTCATTATTAT-TG------TTGTTGTCAGA-C-------TT-G-ATGTTA----AT--AT----ATAA-------------TTG---------TC--------CC--TT---G------TGCATG-CA-tataatgg
gi|21 : tAAA-A-TTCA----CAG-TAACA-AT---TTTAGAA-AC-A-AAATGT-TTC--C-AA----A-CC-A-------CGA---A--ATTGTAATGG-----------TT---------T-AA-AC-TGA-TT--AAG-T--------TC---ACTAT-TGCT----TTT--GTCAGA-CTC-TAG-AT-GAATGACA----GT--CTGGCCATCTTCAGA
gi|20 : actctgaagAAG-A-TTCA----CAG-TATTA-AT---TTTATAA-GC-A-AAATGT-TCC--C-AAACC-A-CC-AA--ATGGTATGATG--CCTGT--TGGTTACAGATGCACTT-TTTA---T-AA-AC-TGA-TT--CAGTTCATTA--TTTAATATTG----------TTCCTGTCAGG-CTCGAGG-TT-A-ATc
gi|9 : gaag-TTCA----CAG-TAACA-AT---TTTAGAA-AC-A-AAATGT-TTC--CGAA-CT-G-CC-AA--ATAGTAAGATATGCCTAT--TGG-----------CTCATGTA-----AA-AC-TTA-TC--AAG-T--------TC---ATTAT-TGCT----TTT--GTCAGA-CT---------------------AT--CTGGCCATTATCGGACGCCAT-CTTG---------TC--------CC--TT---G------TGCATA-TA-TA--AATA-AAA---AGTTAA-----G-G-TA----------AAGC--C--C--A-ATGTA-TTTT----ACCAAA-CCT---G-AT-TTT--AAAAAA---T-------------G-----TACC--T----------------ACCGGGGTAATCAAAAAT-CGAG-GCAATGAATTGAACA-TT
gi|40 : A----CAA-TTA---AT---TTTAGAA-GC-A-AAATGT-TTC--C-AA-
gi|3 : attactgtaGAA-AC-A-AAATGT-TTT--C-AA-AC-C-CC-AA--TTGGC------------------------------------ATGTT-TA-AT-TGACTT--A---TAA----GTT----ATTAT-TG------TTTTTGTCAAA-CTCG-AT-TT-A-ATAACA-----T--CTAACCATAATT-GATGCTAT-CTTG---------TC--------CC--TT---A------TGCATG-TA-AA--ATTA-ATA---AGT--------A-G-TA----------AATGCCC--C--A-GTGTG-TTTT----ATTAAACCAT---ATAT-CTACTAAAGAA---C-------------A-----AAAC--TTATAACAATAAATAAAACCGTATCAACCTAAAAT-ACAG-ATAAT--ATCGACCA--TGAATCGCAGGGTT-----ATATTG------A---accgc
gi|6 : caattttacattcaagatttcactaataagtaacaagttttattT-TTC--C-AAACC-G-CC-AA--GTGGTAAGATG--CTTTT--GGG-----------CTC-TGTAGTCT-AA-AC-TGA-------G-TAC----GTTC---ATTAT-TG------TTTTTGTCAGA-CTCGAGG-TT-A-A---------GT--CTGGACATCATCAGATGCCAG-CTTG---------TC--------CC--TT---G------TGCATG-TA-TA--AATA-ATA---CATTCA-----G-G-TATGAAT-----AATA--CGTT--ACATGTA-TTTT----ACCATA-CCT---G-AC-TT--------C---A-------------A-----AAACG-T----------------TTCG----AA-TGAAAAT-CAAG-GCAATGAATCGAATA-TTGAATCA-AGCGTTTCAATATATTAAAC---A---GTAACGATG-TTTCGGTGAATTG--CTacagtcattaatcgtgtgcggtgcatgacttcagtcctacaggactctcatctactcattctgtgtgtaagatctaaaaagtgacaaatacaacaatttgtaaaaattcgacagaacaataacaccagacttcggacatacacgacacaaaccggtcca
gi|12 : GG-----------TTT-TGTAGTTT-AA-AT-TGA-TC----------CA-GTTC---ATTAT-TG-------TTTTGTCGGA-ATCAAGA-CT-A-ATTACC----AT--GTAAT-GTTATCCGACGCCAT-GCTG---------TC--------CTCATC---G------T---TA-TA-TA--AATG-ATA---AATTCA-----T-G-CA----------AAGT--T--T--A-ATATA-TTTT----AACGAA-CCC---G-ATCTT-------AT---A-------------T-----AAACG-T----------------ATGG----AACCGAGGAT-CGTGAGC-ATGACTCAGACG-TTAAATCG-AGCGATT----ATACTGAAC---A---GTATCGATATTTTTGGTGAATAG--TTtc
gi|8 : TT-TGTAGTTT-AA-CT-TGA-TC----------CA-GTTC---ATTATTTG-------TTTTGTCGGA-ATCGAAGACT-A-ATTACA----ATGTATG----TTATCCGACGCCAT-GCTG---------TC--------C---TC---A------TCTTTA-TA-TA--AATGAATA---AGTTCAT----T-G-CA----------AATT--T--T--A-ATATA-TTTT----AACTAA-CCC---G-ATCTTA--TATAAT---C-------------A-----------T----------------ATGGA---AACCGAGGAT-CGTGAGC-ATGAATTAAACG-TTAAATCG-AGCGATT----ATACTGAAAACAA---GTATCGATATTTTTGGTGAATAG--TTtc
gi|14 : -TATGGTTT-AA-AT-TGA-CT--A---TAA----GTT---TAGTAT-TG------TTTTTGTCAAA-CTCGATG-TT-A-ATAACA----AT--CTAACCATAATCGGATGTTAT-ATTG---------TC--------CC--TT---A------TGCATG-TA-TA--AATA-ATA---AGTTCA-----G-G-TA----------AAGC--C--C--C-ATGTG-TTTT----ATTAAA-CCT---G-AT-TTAT-AAAAAAAATA-------------A-----AAACCGT----------------ATCG----AACCAAAAATACGAG-GTAAtcatcc
gi|10 : ttttcaaaccgccaaattagAGTTT-GA-AC-TGA-TT--AGG-T--------TCTTTA--ATTTG-T----TTTCTCTTTGA-CTCGAGG-TT-A-ATAACA----TG--CTGACCATTATTGGGTGCCAT-TTTG---------TT--------AC--TT---G------TGCATG-TG-AA--AATC-ATA---AGTTCA-----G-G-TC----------GTG---C--C--AGATATA-TTTT----ACTGAA-CCC---A-AT-TTT--TAAAAA---A-------------A-----TG----T----------------ATTG----AACTGAAGAT-CGAG-GCAATGAATGGACCA-TTGAATTG-AGCATTT--ATA-ATTGAAA---A---GTATTGATA-TATTGGTGAATAG--TTTCAGCC
gi|28 : TT-AA-AT-TAA-----AAT-TTATTAAGTTC---ATTA-ATGTT----TTTTTTCCAGA-CCCCAGA-TT-A-ATAAC--------------CGTCTT-----GTCAC-CTTC---------TC--------CC--TT---A------TGCATG-TA-TA--
gi|38 : ccaaattggcatgtt-AA-AT-TGA-CT--A--------A-GTTC---ATTAT-TGTTTTTGTTTTTTTCAGA-CCCGAGA-TT-A-ATAACA----GT--
gi|24 : ATTAT---TT----TTTTTTTCAGA-GCCAAGA-TT-A-ATAACATGCAGT--CTGACCATCATCAGATGTCATTCTTG---------TCACCTTCTCCT--TT---A------TGCATG-TA-TA--t
gi|27 : tcaaaccgccaaattggcatggtttaaatttc----TTTCTGTCAGA-CTAGAGG-TT-A-ATAACA----GT--CCGGCCATCATCAGATGACAT-CTTG---------TC--------CC--TT---G------TTTGTG-TA--A--AATT-GTA---AG
gi|15 : tgTTTGTCAAA-CTTGAGG-TT-G-ATAACA----GT--CTGACCATCATCGGATGTCAT-CTTG---------TC--------CC--TT---G------TGCATG-TA-TA--AATA-ATAATTAGTTCA-----T-G-TA----------AAGC--C--C--A-ATGTA-TTTC----ACCAAG-CCT---G-AT-T----------------------------------------------------------------AACCAAAAAT-TGAG-GCAATGAATCGAACA-TTGAATCG-AGCGTTT----ATATTGAAC---A---GTACTGATG-TTTCGGTGAATGG--TTcagcaactaattctgtgttgattttaaaa
gi|13 : -ATAACA----GT--CTGGCAATCATCAGACATCAT-CTTG---------TC--------CC--TT---G------TACATG-TA-TA--AATG-ATA---AGTTCA-----A-G-TA----------AAGC--T--C--A-ATGTA-TTTT----TCCAAT-CCT---G-AT-TTT--AAAAAA---A-------------A-----A-----T----------------CTCT----AACCGAAAAT-CGAG-GCAAtcag
gi|23 : atttgattcaaagattcacagtaacaatcttagaaacaaaatgtttccaaaccgccaaacggtaatatgtttattggttctgtagtttaaactgaaAACA----GT--CTGGCTA-CATCAGACACTAT-CTTG---------TC--------CC--TT---GGGCATATACATG-CA-TA--AATA-ATA---AAATCA-----G-G-TAGAATTGACAGAAGC--C--C--A-GTGCA-TTTT----ACCAAA-CCT---A-AT-TTT--AAAAAA---tg
gi|26 : AACA----GT--CTGGCTAT-ATC-GACACTAT-CTTG---------TC--------CC--TT---GGGCATATACATG-CA-TA--AAT---TA---A-TTTATAATCA-G-TAGAATGACAG-AAGC--C--C--A-GTGCC-ATTT----ACCAAA-CCT---G-AT-TTgcgtgttgacta
gi|25 : taGACGCCAT-GCTG---------TC--------C---TC---A------TCTTTA-TA-TA--AATG-ATA---AGTTCA-----T-G-CA----------AAAT--T--T--A-ATATA-TTTT----AACTAA-CCC---G-ATCTTA--TATAAT---C-------------A-----------T----------------ATGG----AACCGAGGAT-Ctttaa
gi|18 : tatccAGACCAC-TTTG---------TC--------CC--TT---C------CGCATG-TA------------A---AGTACA-----A-G-TC----------GCGC--C--C--A-ATGTA-TTTTAATAACCAAA-gtgagcatgaatt
gi|22 : gattcacaattttaatttagatgcaaactgtttcaaacctgcaaaacagtgaagatgctagtagcctctgtcgttcaaatt--TT---G------TGCATG-TA-TAT-AAT---------TTTT--------G-TA----------AAGC--C--CCAA-ATGTA--TTT----ACAAAC-CGT---GCAT-TTC--ATAAGA-----------------------------C----------------ATTC----AACCAAAAGT-CGAG-GCAA-----CGTGCATTTGAATCT-AGTGTTT----ACATTGAAC---A---GTA-CGATG-TTTCGGTGAAacctgaattttta
gi|17 : ---AGTTTA-----ATG-CA----------AA----T--C--ACATGGAACTTT----A--AGA-TTT---G-AT-TTG--AAAAAA---ATGAGCATGTAAACATTGTTAAACG-T----------------ATCG----AACCGAAA-T-CGAG-GTAATGAATCGAACA-TTGAAT-G-AGCGTTT----ATATCGAC----A---GTATCGATA-TTTCGGTGAATCG--TTTCAGCCC
gi|35 : aatcaatcaatatcA-TGT---G-TT-TTA--AAAA-------------------------------------------------TCG----TATCGAA--T-CAAA-AC------TCGATCT-TTGAATCG-AGCGCTT--t
gi|33 : cAACA-T----------------ATCT----AACCAAAAAT-TAAG-AAAATGAATTGAACA-TTGAATCA-AG----------TATTGAAC---A---GTATTGATG-TTTCTGTGAATTG--TTTCAGCtcaacgtttcggtga
gi|34 : CA-TTGAATTG-AGTGTTT--A--TATCG------AATAGTAGCGATG-TTTCGATGAATTG--TTTCAGCCC
8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TTTCAGTCCTAAGTCTTTTCATTATCATATTGTGTTGTAAGATAAAAAGTGACAAGAATGAACAATTTGTAAAATTCGATAGATGTGAATACACAGATTCGGGGGATACACTACGCAGAAAGCGGATCCAATCTTTGTCGTGTTCCTGCGAATAATCTAACGCAACACTAATTCAATCACAGGATGACTATTCATCAAACAAAATATGGATTTTTAAAAAATAGAATTCTTGTGAGAGTTTAACACA
Unaligned ( gi|16 ): TTAACCCCCATCCTCGCAATCACGCATTTTAACGCATATACCTTATCCTCGCCGTCACGCATTTTAACGCATATACCGTGTCCTCGCAATCACGCACTTTAACGCAATTTCATTGCGCTTTTGTTTTCACTACGTTATCTCGTTGATACAGCAAAAATTGATGATTTTTTATAGCTGAAAC
Unaligned ( gi|29 ): CACGGGATGACTATCAGCTGCCTAAAAAATATCTAAATGCGTATTTTTAAATAAAAAGGTCTTTAAAAAAATTCTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
Unaligned ( gi|30 ): GGGTTGTAAGTCAAATAAGTGACAAAAATGAACAATTTCCTAGATTTGATTGATAATGCCGACTGTTGCGAATATATGAATTCAGGGGAGACA
Unaligned ( gi|36 ): ATCTCGCATTTTAACATATTATAACGAATCTCGCATATACCGTGTCCTCGCAATCACGCACT
Unaligned ( gi|37 ): AAACCCCCATCCTCGCAAATCACGCATTTTAACGCATATATTAACCTTATCCTCGCCGTCA
Unaligned ( gi|41 ): CGGGCCCATTCTTTATCGTGTTCCTGTAACGGGAAA
Unaligned ( gi|42 ): AAAATGGAATGAGTTCCTTGTATTTTCAATT
Alignments
lowQualScore : 3333333 1111 1 2222222222222222222222 3333333333333333333 111111 111111111 1111111111 2222222222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111
lowQualScore : 3 0000000 3333 4 55 4 2 2 5555 66666 8888 2 2 5555 33 2 2 4 333 3 8 2 2 2 444 2 3 2 1111111111111111111111 2 4444 2 2 6666666666666666666 444 33 7777 2 2 2 444444 2 2 4 6666 1 0 5 0 1 1 444444444 6666666 8888 22 3333333333 1 1 22 999999 666 2 55 1111111111 33 888888 2 33 4444 444 4 4 33 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0000 2 2 7 0 2 2 3 0 44 6666 44 3 44 3 3 888 3 1 55
lowQualScore : . ....... .... . .. . . . .... ..... .... . . .... .. . . . ... . . . . . ... . . . ...................... . .... . . ................... ... .. .... . . . ...... . . . .... . . . . . . ......... ....... .... .. .......... . . .. ...... ... . .. .......... .. ...... . .. .... ... . . .. ....................................................... .... . . . . . . . . .. .... .. . .. . . ... . . ..
lowQualScore : 2 5555555 1111 0 55 0 9 5 3333 22222 8888 5 5 3333 44 5 5 4 999 3 9 2 2 4 111 4 1 5 9999999999999999999999 1 7777 1 1 9999999999999999999 111 22 4444 4 2 1 666666 1 1 2 7777 9 7 2 8 9 9 555555555 2222222 1111 55 7777777777 8 7 55 222222 222 2 88 7777777777 11 666666 2 11 7777 777 4 4 11 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6666 5 4 5 7 9 9 1 2 11 5555 22 1 22 1 1 000 1 0 00
consensus : AATGATAACTT--CG-AAAGAANAATTTA-A--T-TCAAAG-ATTC-A----C-----AG----TA-ACAA-TT----TTA--GAA-GC-AAAATGT-TT---CC-AA-CC-GC-C-A---A-ATGGT-AAGAT--GCCTGTTGGCT-C---TGTAGTT----TAA-A-CTGATT----A-AGT--A----GTTC---ATTA--T----TG-TT-TT-T-----TGTC-AG-ACTCGAGG-TTAATAACA----GTCTGGCCATCATCGGACGCC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TGCATG-TA-TA--AAT--A---ATA---AGTT-CAG-GTA----------A--A------G-CCC--AATGTATTTT----ACC-AAACC-TG-A--TTT--TAAAAAA---A-------------A-----AA-C--T----------------ATCG----AA-CCGAAAAT-CGAG-GCAATGAA-TCGAACATT-GAATCG-AGCG-TT----T--AT-ATTG--AAC-AGT-ATCGAT-G-T-TTCGGTGAATNGTTT--CAGCCC
Reference ( family-2248 ) : AATGATAACTT--CG-AAAGAAAAANTTA-A--T-TCAAAG-ATTC-A----C-----AG----TA-ACAA-TT----TTA--GAA-GC-AAAATGT-TT---CC-AA-CC-GC-C-A---A-ATGGT-AAGAT--GCCTGTTGGCT-C---TGTAGTT----TAA-A-CTGATT----A-AGT--A----GTTC---ATTA--T----TG-TT-TT-T-----TGTC-AG-ACTCGAGG-TTAATAACA----GTCTGGCCATCATCGGACGCC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TGCATG-TA-TA--AAT--A---ATA---AGTT-CAG-GTA----------A--A------G-CCC--AATGTATTTT----ACC-AAACC-TG-A--TTT--NAAAAAA---A-------------A-----AAAC--T----------------ATCG----AA-CCGAAAAT-CGAG-GCAATGAA-TCGAACATT-GAATCG-AGCG-TT----T--AT-ATTG--AAC-AGT-ATCGAT-G-T-TTCGGTGAATNGTTT--CAGCCC
gi|1 : TTA-A--T-TCAAAG-ATTC-A----C-----AGAC--TGTACA--TT----TTA--GACCGG-AAAATGT-TTTTTCA-AA-CG-GC-C-A---ACAT--T-GA------CATGTT---T-C---TAAA--T----TAATATCTGATG----A-AGT---------TC---ATTA--T----------------------C-AG-ACCCGAGA-TCAATAAC---------------CA-CAGATGCC-A-TCTTGTTCACCTTCTC-------C----C--TT---A------TGCACG-TA-TAACAAT--A---ATA---AGTTACAG-CTG----------G--A------G-CCC--CATGTGTTTT-------------------------------A---A-------------A-----AATCG-T----------------ATCG----AA-TCAAAAAT-C
gi|10 : ttaacccccatcctcgcaatcacgcatttaacgcatataccttatccttcgccgcacgcatttttaacgcatatacctgtgtcctcgccaatcacgccattttaacgcaattcattgcgcttttgttttcactacgttatatcgttgcactacagcgaaaattgctgatttttattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGTT----TGA-A-CTGATT----A-GGT---------TC---TTTAATT----TG-TT-TT-C-----TCTT-TG-ACTCGAGG-TTAATAACA----TGCTGACCATTATTGGGTGCC-A-TTTTG---------TT-------A----C--TT---G------TGCATG-TG-AA--AAT--C---ATA---AGTT-CAG-GTC----------G--T------G-CCA--GATATATTTT----ACT-GAACC-CA-A--TTT--TTAAAAA---A-------------A-----TG----T----------------ATTG----AA-CTGAAGAT-CGAG-GCAATGAA-TGGACCATT-GAATTG-AGCA-TT----T--ATAATTG--AAA-AGT-ATTGAT-A-T-ATTGGTGAATAGTTT--CAGCCcacacttgaatgagtgctttcaacgtttaaaggtgatcatttcagtctaattcttttattatgaaccttgggtttgtaagaattagaaagtacaaactaacagatttctgtaaaattttcgacaggattcgtgggatacactacgcataattcttttactgtgttccatctaacgcaacactgacttcaacacggggatcactatcagctgcctaagaatatttcttaaatcgcgtaattttaaaaaaaaaaaaaaaaaagatgtcttgtgcaaggttaacacaaaaaacgcatcttttgggagagagagagagagagcagagagagtactactccttatgtatacataaatgtatatgtgtgcatatcttcatatgtttctctacaacatggaattagtttgtagta
gi|12 : GGTT-T---TGTAGTT----TAA-A-TTGATC--------C--A----GTTC---ATTA--T----TG-TT-TT--------GTC-GG-AATCAAGA-CTAATTACC----ATGTAAT-GTTATCCGACGCC-A-TGCTG---------TC-------C----TCATC---G------T---TA-TA-TA--AAT--G---ATA---AATT-CAT-GCA----------A--A------G-TTT--AATATATTTT----AAC-GAACC-CG-A--TCT--TATATAA---A----------------------CG-T----------------ATGG----AA-CCGAGGAT-CGTGAGCA-TGAC-TCAGACGTT-AAATCG-AGCG-AT----T--AT-ACTG--AAC-AGT-ATCGAT-ATT-TTTGGTGAATAGTTT--
gi|13 : ATTTG-A--T-TCAAAG-ATTC-A----C-----AG----TA-ACAA-TC----TTA--GAA-AC-AAAATGT-TT---CCAAA-CC-GC-C-A---A-ACGGT-AATAT--GTTTATTGGTT-C---TGTAGTT----TAA-A-CTGA
gi|13 : AATAACA----GTCTGGCAATCATCAGACATC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TACATG-TA-TA--AAT--G---ATA---AGTT-CAA-GTA----------A--A------G-CTC--AATGTATTTT----TCC-AATCC-TG-A--TTT--TAAAAAA---A-------------A-----A-----T----------------CTCT----AA-CCGAAAAT-CGAG-GCAATGaataacagtctggcaatcatcagacatcatcttgtcccttgtacatgtataaatgataagttcaagtaaagctcaatgtatttttccaatcctgattttaaaaaaaaatctctaaccgaaaatcgaggcaatg
gi|14 : atttgattcaaagattcacagtaacaatcttagaaacaaaatgtttccaaaccgccaaacggtaatatgtttattggttctgtagtttaaactgaT-TT---CA-AA-CC-GC-C-A---A-AT--T-AGTAT--G-------------------GTT----TAA-A-TTGACT----ATA----A----GTTT---AGTA--T----TG-TT-TT-T------GTC-AA-ACTCGATG-TTAATAACA----ATCTAACCATAATCGGATGTT-A-TATTG---------TC-------C----C--TT---A------TGCATG-TA-TA--AAT--A---ATA---AGTT-CAG-GTA----------A--A------G-CCC--CATGTGTTTT----ATT-AAACC-TG-A--TTTA-TAAAAAAAATA-------------A-----AAACCGT----------------ATCG----AA-CCAAAAATACGAG-GTAA
gi|15 : tT-T-----TGTC-AA-ACTTGAGG-TTGATAACA----GTCTGACCATCATCGGATGTC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TGCATG-TA-TA--AAT--A---ATAATTAGTT-CAT-GTA----------A--A------G-CCC--AATGTATTTC----ACC-AAGCC-TG-A--TT----------------------------------------------------------------AA-CCAAAAAT-TGAG-GCAATGAA-TCGAACATT-GAATCG-AGCG-TT----T--AT-ATTG--AAC-AGT-ACTGAT-G-T-TTCGGTGAATGGTTT--CAG
gi|17 : A-TC--AATC-A---ATATC-AGTT-TAATGCA----------A--A------T-CAC--ATGGAACTTT----A---AGATT-TG-A--TTT--GAAAAAA---ATGAGCATGTAAACATTGTTAAACG-T----------------ATCG----AA-CCGAAA-T-CGAG-GTAATGAA-TCGAACATT-GAAT-G-AGCG-TT----T--AT-ATCG--A-C-AGT-ATCGAT-A-T-TTCGGTGAATCGTTT--CAGCCC
gi|18 : aG-ATTC-A----C-----AA----TT-TTAA-TT----T-A--GAT-GC-AAACTGT-TT---CA-AA-CCTGC-A-A---A-ACAGTGAAGAT--GCTAGTAGCCT-C---TGTCGTT----CAA-A-TTt
gi|18 : CC-A-CTTTG---------TC-------C----C--TT---C------CGCATG-TA----------------A---AGTA-CAA-GTC----------G--C------G-CCC--AATGTATTTTAATAACCAAAACC-TG-AATTTT--TAagaccactttgtcccttccgcatgtaaagtacaagtcgcgcccaatgtattttaataaccaaaacctgaattttta
gi|19 : gattcacaattttaatttagatgcaaactgtttcaaacctgcaaaacagtgaagatgctagtagcctctgtcgttcaaattagaAAGCATTC-A----C-----AG----TA-ACAA-TT----TTA--GAG-GC-AAAATGT-TT---CC-AAACC-GC-C-A---A-ATAGT-AAGCT--GCCTGTTGACT-C---TGTAGTT----TAA-A-CTTATT----G------A----GTTC---ATTA--T----TA-TTGTTGT-----TGTC-AG-ACTTGATG-TTAATA--------------TATAA--------------TTG---------TC-------C----C--TT---G------TGCATG-CA-
gi|2 : tACGATAATTTGATG-AAAGAGT--TTTA-A--T-TCAAAG-ATTC-AGGACT-----GG----TA-ACAA-CT----TTA--GAC-G--GAGATGTGTT---TC-AA-C--GCAC-A---A-AT-----------------TGGCC-A---TG--GTT----TAA-A-------------AGTTCA----GTT----ATTA--T----TT-TT-TT-T-----TTAC-AG-ACCCAAGA-TTAATA-CA----GTCTGACCATCATC-AATGTCAA-TCTTG---------TCAACTTCTC----C--TCTTAA------TGCATGTTATTA--AAT--A---ACA---AGTT-CAG-CTG----------AGGA------G-CCC---ATGTGTTTT----A---AAA------A--TTC--G-----------------------------------T-----------------TCG----AA-CCAAAAAT-CG----------A-CCAAGC-CT-GAATAG-AGCGCCT----T--AT-ATTG--AAT--GT-ATCAAC---T-TTCGGGAAATCGTTTTACAGTCC
gi|20 : tatcaccagtcgtctcgaatccagcatttggacgcatttcattgcgcttttgttttcactacgtaatcttcgttgattacagcgaaaccttgtgattttttaaatggctgaaacgaatgcgtacaagacttcatgatcacatgacccgtaattgcaataacttgtgccattaagttcagtattcaatacgaatataatggctattttaagtacaaccAAG-ATTC-A----C-----AG----TA-TTAA-TT----TTA--TAA-GC-AAAATGT-TC---CCAAA-CC-AC-C-A---A-ATGGT-ATGAT--GCCTGTTGGTTACAGATGCACTTTTTATAA-A-CTGATT--------C--A----GTTC---ATTA--TTTAATA-TT-GT-TCC---TGTC-AG-GCTCGAGG-TTAATtaaattcattttatataaaccttaagttgtaagatagaaaagtgaaaaaataacaatttgtaaaattcgacaggattcgggggcatacactacgcataaggcgggcccatttttaccgtttcctgtaacgggaaaaaatctaaaacgcaacactgatttgcaactacgggatgaaactcctcagctgccctaaagtatctaaatgcgtattatataaaaaaaaaaaaggctttaaaagatttctgtgcaacgttctaacacgaaacaaagatgtttgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntact
gi|21 : gaagAAA-ATTC-A----C-----AG----TA-ACAA-TT----TTA--GAA-AC-AAAATGT-TT---CC-AAACC-AC-G-A---A-ATTGT-AA-----------------------TGGTT----TAA-A-CTGATT----A-AGT---------TC---ACTA--T----TG-CT-TT-T------GTC-AG-ACTCTAGA-TGAATGACA----GTCTGGCCATCTTCAGAC
gi|22 : actctgaag--TT---G------TGCATG-TA-TA----T--A---AT------TT-T-T-GTA----------A--A------G-CCCCAAATGTATTT-----AC--AAACCGTGCA--TTT--CATAAGA-----------------------------C----------------ATTC----AA-CCAAAAGT-CGAG-GCAA------CGTGCATTTGAATCT-AGTG-TT----T--AC-ATTG--AAC-AGT-A-CGAT-G-T-TTCGGTGAA
gi|23 : AACA----GTCTGGCTA-CATCAGACACT-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---GGGCATATACATG-CA-TA--AAT--A---ATA---AAAT-CAG-GTAGAATTGACAGA--A------G-CCC--AGTGCATTTT----ACC-AAACC-TA-A--TTT--TAAAAAA---
gi|24 : TT----A-AAT--------TTC---ATTA--T----TT-TT-TT-T-----T-TC-AG-AGCCAAGA-TTAATAACATGCAGTCTGACCATCATCAGATGTC-ATTCTTGTCACCTTC-TC-------C----T--TT---A------TGCATG-TA-TA--gcgtgttgacta
gi|25 : tcaaaccgccaaattggcatggtATCCGACGCC-A-TGCTG---------TC-------CTCATC--TT--------------TA-TA-TA--AAT--G---ATA---AGTT-CAT-GCA----------A--A------A-TTT--AATATATTTT----AAC-TAACC-CG-A--TCT--TATATAA---T-------------C-----A-----T----------------ATGG----AA-CCGAGGAT-CGTGAGC-ATGAA-T
gi|26 : tAACA----GTCTGGCTAT-ATCG-ACACT-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---GGGCATATACATG-CA-TA--AATTAATTTATA---A--T-CAG--TAGAATGACAG-A--A------G-CCC--AGTGCCATTT----ACC-AAACC-TG-A--TTT--t
gi|27 : taT-TT-C-----TGTC-AG-ACTAGAGG-TTAATAACA----GTCCGGCCATCATCAGATGAC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TTTGTG-TA--A--AAT--T---GTA---AGtttaa
gi|28 : tgAATT----AAA-A-TTTATT----A-AGT---------TC---ATTA--A----TG-TT-TT-T-----TTTCCAG-ACCCCAGA-TTAATAACC----GTCT-------------TGTC-A-CCTTC---------TC-------C----C--TT---A------TGCATG-TA-TA--cagcaactaattctgtgttgattttaaaa
gi|3 : ccaaattggcatgttttaTTACA--T-TCAAGA-TTTC-A----CTAATAAG----TA-ACAAGTT----TTATTGAA-AC-AAAATGT-TT---TC-AA-AC-CC-C-A---A-TTGGC-A---------TGTT-----------TAATT------G-A-CTTAT-----A-AGT----------T---ATTA--T----TG-TT-TT-T------GTC-AA-ACTCGAT--TTAATAACA-----TCTAACCATAATTG-ATGCT-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---A------TGCATG-TA-AA--ATT--A---ATA---AGT----A-GTA----------A--AT-----GCCCC--AGTGTGTTTT----ATT-AAACCATATA--TCTACTAAAGAA---C-------------A-----AAAC--TTATAACAATAAATAAAACCGTATCAA-CCTAAAAT-ACAG-ATAAT--A-TCGACCA-T-GAATCGCAG-G-GT----T--AT-ATTG--AAC-AGTCATTAATCG-TGTGCGGTGCATGACTT--CAGTCC
gi|31 : caattAACAAAAA---A-A--T-TCAGAG---TC-A----C-----CG----TA-ACAA-TT----TTA--GAA-GC-AAAATGT-TA---CCAAA-CC-GC-A-A---A-ATGAT-AAGAT--ACCTtacaggactctcatctactcattctgtgtgtaagatctaaaaagtgacaaatacaacaatttgtaaaaattcgacagaacaataacaccagacttcggacatacacgacacaaaccggtcca
gi|32 : tgAATGATAACT-------AAGACCAA--TA-A--T-ACAA-G-ATTC-A----C-----AG----TA-ACAA-TG----TTT--GAA-GC-AAAATGT-TT---CCAAA-CT-AC-C-A---A-ATGAT-ATGAcatatgcatataga
gi|33 : aaaaccgAACA-T----------------ATCT----AA-CCAAAAAT-TAAG-AAAATGAA-TTGAACATT-GAATCA-AG-------------T-ATTG--AAC-AGT-ATTGAT-G-T-TTCTGTGAATTGTTT--CAGCc
gi|34 : CATT-GAATTG-AGTG-TT----T--AT-ATCG--AAT-AGT-AGCGAT-G-T-TTCGATGAATTGTTT--CAGCCC
gi|35 : tcgtaaggccacctAT-CGAA-TCAA--AACTCGATCTTT-GAATCG-AGCG-CT----T--------------------TCAAC-G-T-TTCGGTGAaa
gi|38 : catgtgttttaaaaatcgtAA-A-TTGACT----A-AGT---------TC---ATTA--T----TG-TT-TT-TGTTTTTTTC-AG-ACCCGAGA-TTAATAACA----GT
gi|39 : A-A--T-TTGAAG-AC-C-A----C-----AG----TC-ACAA-TT----TTA--AAA-GTAAAAATGT-TT---CC-AA----AC-C-ATATA-ATGGt
gi|4 : AATGATCACTT--TG-AAAGAAAAAATTA-A--T-TCAAAG-ATCC-A----C-----AG----TT-ATGA-CT----TCA--GAA-GC-AACATGT-TT---CC-AA-TC-AC-C-A---A-TTGGC-GAGTT--ACCTGTTGGCT-C---TGTAGGT----TAA-A-TTGATT----A-AGT--AATTAGTTCCATATTA--TA---TGCTT-TT-T-----TGTC-AG-ACTCGTGG-TTGATAACA----ATATGGCCATCACCAGAGGCC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TGCATG-TA-TA--AAT--G---ACA---AGTT-TAA-GTA----------A--A------G-ACC--AATGTACTTT----ACC-AAACG-TG-A--TTT--AAAAAAA---A-------------A-----AAAC--T----------------ATCG----AA-CCGAAAAT-CAAG-GCAAGGAA-TCGAACATT-GAATCG-AGCG-TT----TAGAT-ATTG------AGT-ATCGAT-G-T-TCCGATGAATCGTTA--CGGCCC
gi|40 : TT-A----C-----TG----TA-ACAA-TTAATTTTA--GAA-GC-AAAATGT-TT---CCAAA-CC-GC-
gi|5 : aAAGAAAATTTTA-A--TCTCAAAG-ATTCTA----C-----AGACTGTA-ACAA-TT----TTA--GAC-GC-AAAATGTGTT---CA-AA-CC-CC-CGA---A-GTGGC-A------------TGG-T-T---TA-AATT----AAA-A-TTGATT----A-AGT--
gi|6 : ttaacccccatcctcgcaatcacgcactttaacgcatataccttatcctccccttcacgcattttaacgcatataccgtgtcctcgcaatcacgcactttaacgcaaattcattgcgctttggttaactaaaacgtcaaatctcgttgataagcgacaatgttgattttttttatggctgaaacttgcggaacacttcatgattacagactcgtttgcaaactgtgccagattcagtatttcaatttaaaagtttgT-TT---CC-AAACC-GC-C-A---A-GTGGT-AAGAT--GCTTTTGGGCT-C---TGTAGTC----TAA-A-CTGA---------GT--AC---GTTC---ATTA--T----TG-TT-TT-T------GTC-AG-ACTCGAGG-TTAA---------GTCTGGACATCATCAGATGCC-A-GCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TGCATG-TA-TA--AAT--A---ATA---CATT-CAG-GTATG--------A--ATAATACG-TTA--CATGTATTTT----ACC-ATACC-TG-A--CTT--C---------A-------------A-----AAACG-T----------------TTCG----AA--TGAAAAT-CAAG-GCAATGAA-TCGAATATT-GAATCA-AGCG-TTTCAAT--AT-ATTA--AAC-AGT-AACGAT-G-T-TTCGGTGAATTGCTT--
gi|7 : AATGATA-TTT--CGTCGAGAATAATTTA-AATT-TCAAGG-ATTC-A----C-----AG----TA-ATAA-TT----TTA--AAA-GC-AAAATGT-TT---CC-AAACC-AC-C-A---A-ATGGT-AAGAT--GCCCATTGGCT-C---TGCAGTT----TAA-A-CTGCTTTTAAA-AAT--A----A--C---ATTA--T----TG--T-TT-C-----TGTC-AGAACTAGAGGTTTAATAACA----GTCCGGCCATCATCAGATGAC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TT--TG-TG-TA--AAT--T---GTA---A
gi|8 : aaaaacaT-T---TGTAGTT----TAA-C-TTGATC--------C--A----GTTC---ATTA--T----T--TG-TT-T-----TGTC-GG-AATCGAAGACTAATTACAAT--GTATG----TTATCCGACGCC-A-TGCTG---------TC-------CTCATC--TT--------------TA-TA-TA--AATG-A---ATA---AGTT-CATTGCA----------A--A------T-TTT--AATATATTTT----AAC-TAACC-CG-A--TCT--TATATAA---T-------------C-----A-----T----------------ATGG----AAACCGAGGAT-CGTGAGCA-TGAA-TTAAACGTT-AAATCG-AGCG-AT----T--AT-ACTGAAAACAAGT-ATCGAT-ATT-TTTGGTGAATAGTTT--CATCCagcagcaactaattctgtgttgattttaaaaac
gi|9 : TTC-A----C-----AG----TA-ACAA-TT----TTA--GAA-AC-AAAATGT-TT---CCGAA-CT-GC-C-A---A-ATAGT-AAGATATGCCTATTGGCT-CA--TGTA--------AA-A-CTTATC----A-AGT---------TC---ATTA--T----TG-CT-TT-T------GTC-AG-ACT-------------------ATCTGGCCATTATCGGACGCC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TGCATA-TA-TA--AAT--A---AAA---AGTT-AAG-GTA----------A--A------G-CCC--AATGTATTTT----ACC-AAACC-TG-A--TTT--TAAAAAA---T-------------G-----TACC--T----------------ACCGGGGTAA-TCAAAAAT-CGAG-GCAATGAA-TTGAACATT-
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TTTCAGTCCTAAGTCTTTTCATTATCATATTGTGTTGTAAGATAAAAAGTGACAAGAATGAACAATTTGTAAAATTCGATAGATGTGAATACACAGATTCGGGGGATACACTACGCAGAAAGCGGATCCAATCTTTGTCGTGTTCCTGCGAATAATCTAACGCAACACTAATTCAATCACAGGATGACTATTCATCAAACAAAATATGGATTTTTAAAAAATAGAATTCTTGTGAGAGTTTAACACA
Unaligned ( gi|16 ): TTAACCCCCATCCTCGCAATCACGCATTTTAACGCATATACCTTATCCTCGCCGTCACGCATTTTAACGCATATACCGTGTCCTCGCAATCACGCACTTTAACGCAATTTCATTGCGCTTTTGTTTTCACTACGTTATCTCGTTGATACAGCAAAAATTGATGATTTTTTATAGCTGAAAC
Unaligned ( gi|29 ): CACGGGATGACTATCAGCTGCCTAAAAAATATCTAAATGCGTATTTTTAAATAAAAAGGTCTTTAAAAAAATTCTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
Unaligned ( gi|30 ): GGGTTGTAAGTCAAATAAGTGACAAAAATGAACAATTTCCTAGATTTGATTGATAATGCCGACTGTTGCGAATATATGAATTCAGGGGAGACA
Unaligned ( gi|36 ): ATCTCGCATTTTAACATATTATAACGAATCTCGCATATACCGTGTCCTCGCAATCACGCACT
Unaligned ( gi|37 ): AAACCCCCATCCTCGCAAATCACGCATTTTAACGCATATATTAACCTTATCCTCGCCGTCA
Unaligned ( gi|41 ): CGGGCCCATTCTTTATCGTGTTCCTGTAACGGGAAA
Unaligned ( gi|42 ): AAAATGGAATGAGTTCCTTGTATTTTCAATT
Alignments
lowQualScore : 3333333 1 2222222222222222222222 3333333333333333333 111111 111111111 1111111111 2222222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111
lowQualScore : 3 0000000 1 0 4 55 4 2 2 5555 66666 8888 2 2 5555 33 2 2 4 333 3 8 2 2 2 444 2 3 2 1111111111111111111111 2 4444 2 2 6666666666666666666 444 33 7777 2 2 2 444444 2 2 4 6666 1 0 5 0 1 1 444444444 6666666 8888 22 3333333333 1 1 22 999999 666 2 555 1111111111 33 888888 2 33 4444 444 4 4 33 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3333 2 7 0 2 2 3 0 44 6666 44 3 44 3 3 888 3 1 55
lowQualScore : . ....... . . . .. . . . .... ..... .... . . .... .. . . . ... . . . . . ... . . . ...................... . .... . . ................... ... .. .... . . . ...... . . . .... . . . . . . ......... ....... .... .. .......... . . .. ...... ... . ... .......... .. ...... . .. .... ... . . .. ......................................................... .... . . . . . . . .. .... .. . .. . . ... . . ..
lowQualScore : 2 5555555 0 4 0 55 0 9 5 3333 22222 8888 5 5 3333 44 5 5 4 999 3 9 2 2 4 111 4 1 5 9999999999999999999999 1 7777 1 1 9999999999999999999 111 22 4444 4 2 1 666666 1 1 2 7777 9 7 2 8 9 9 555555555 2222222 1111 55 7777777777 8 7 55 222222 222 2 888 7777777777 11 666666 2 11 7777 777 4 4 11 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 4 5 7 9 9 1 2 11 5555 22 1 22 1 1 000 1 0 00
consensus : AATGATAACTT--CG-AAAGAANAATTTA-A--T-TCAAAG-ATTC-A----C-----AG----TA-ACAA-TT----TTA--GAA-GC-AAAATGT-TT---CC-AA-CC-GC-C-A---A-ATGGT-AAGAT--GCCTGTTGGCT-C---TGTAGTT----TAA-A-CTGATT----A-AGT--A----GTTC---ATTA--T----TG-TT-TT-T-----TGTC-AG-ACTCGAGG-TTAATAACA----GTCTGGCCATCATCGGACGCC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TGCATG-TA-TA--AAT--A---ATA---AGTT-CA-G-GTA----------A--A------G-CCC--AATGTATTTT----ACC-AAACC-TG-A--TTT--TAAAAA----A-A-------------------AAAC--T----------------ATCG----AACCGAAAAT-CGAG-GCAATGAA-TCGAACATT-GAATCG-AGCG-TT----T--AT-ATTG--AAC-AGT-ATCGAT-G-T-TTCGGTGAATNGTTT--CAGCCC
Reference ( family-2248 ) : AATGATAACTT--CG-AAAGAANAATTTA-A--T-TCAAAG-ATTC-A----C-----AG----TA-ACAA-TT----TTA--GAA-GC-AAAATGT-TT---CC-AA-CC-GC-C-A---A-ATGGT-AAGAT--GCCTGTTGGCT-C---TGTAGTT----TAA-A-CTGATT----A-AGT--A----GTTC---ATTA--T----TG-TT-TT-T-----TGTC-AG-ACTCGAGG-TTAATAACA----GTCTGGCCATCATCGGACGCC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TGCATG-TA-TA--AAT--A---ATA---AGTT-CA-G-GTA----------A--A------G-CCC--AATGTATTTT----ACC-AAACC-TG-A--TTT--TAAAAA----A-A-------------------AAAC--T----------------ATCG----AACCGAAAAT-CGAG-GCAATGAA-TCGAACATT-GAATCG-AGCG-TT----T--AT-ATTG--AAC-AGT-ATCGAT-G-T-TTCGGTGAATNGTTT--CAGCCC
gi|1 : TTA-A--T-TCAAAG-ATTC-A----C-----AGAC--TGTACA--TT----TTA--GACCGG-AAAATGT-TTTTTCA-AA-CG-GC-C-A---ACAT--T-GA------CATGTT---T-C---TAAA--T----TAATATCTGATG----A-AGT---------TC---ATTA--T----------------------C-AG-ACCCGAGA-TCAATAAC---------------CA-CAGATGCC-A-TCTTGTTCACCTTCTC-------C----C--TT---A------TGCACG-TA-TAACAAT--A---ATA---AGTTACA-G-CTG----------G--A------G-CCC--CATGTGTTTT------------------------------A----A-A-------------------AATCG-T----------------ATCG----AATCAAAAAT-C
gi|10 : ttaacccccatcctcgcaatcacgcatttaacgcatataccttatccttcgccgcacgcatttttaacgcatatacctgtgtcctcgccaatcacgccattttaacgcaattcattgcgcttttgttttcactacgttatatcgttgcactacagcgaaaattgctgatttttattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGTT----TGA-A-CTGATT----A-GGT---------TC---TTTAATT----TG-TT-TT-C-----TCTT-TG-ACTCGAGG-TTAATAACA----TGCTGACCATTATTGGGTGCC-A-TTTTG---------TT-------A----C--TT---G------TGCATG-TG-AA--AAT--C---ATA---AGTT-CA-G-GTC----------G--T------G-CCA--GATATATTTT----ACT-GAACC-CA-A--TTT--TTAAAA----A-A-------------------ATG---T----------------ATTG----AACTGAAGAT-CGAG-GCAATGAA-TGGACCATT-GAATTG-AGCA-TT----T--ATAATTG--AAA-AGT-ATTGAT-A-T-ATTGGTGAATAGTTT--CAGCCcacacttgaatgagtgctttcaacgtttaaaggtgatcatttcagtctaattcttttattatgaaccttgggtttgtaagaattagaaagtacaaactaacagatttctgtaaaattttcgacaggattcgtgggatacactacgcataattcttttactgtgttccatctaacgcaacactgacttcaacacggggatcactatcagctgcctaagaatatttcttaaatcgcgtaattttaaaaaaaaaaaaaaaaaagatgtcttgtgcaaggttaacacaaaaaacgcatcttttgggagagagagagagagagcagagagagtactactccttatgtatacataaatgtatatgtgtgcatatcttcatatgtttctctacaacatggaattagtttgtagta
gi|12 : GGTT-T---TGTAGTT----TAA-A-TTGATC--------C--A----GTTC---ATTA--T----TG-TT-TT--------GTC-GG-AATCAAGA-CTAATTACC----ATGTAAT-GTTATCCGACGCC-A-TGCTG---------TC-------C----TCATC---G------T---TA-TA-TA--AAT--G---ATA---AATT-CA-T-GCA----------A--A------G-TTT--AATATATTTT----AAC-GAACC-CG-A--TCT--TATATA----A-A----------------------CG-T----------------ATGG----AACCGAGGAT-CGTGAGCA-TGAC-TCAGACGTT-AAATCG-AGCG-AT----T--AT-ACTG--AAC-AGT-ATCGAT-ATT-TTTGGTGAATAGTTT--
gi|13 : ATTTG-A--T-TCAAAG-ATTC-A----C-----AG----TA-ACAA-TC----TTA--GAA-AC-AAAATGT-TT---CCAAA-CC-GC-C-A---A-ACGGT-AATAT--GTTTATTGGTT-C---TGTAGTT----TAA-A-CTGA
gi|13 : AATAACA----GTCTGGCAATCATCAGACATC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TACATG-TA-TA--AAT--G---ATA---AGTT-CA-A-GTA----------A--A------G-CTC--AATGTATTTT----TCC-AATCC-TG-A--TTT--TAAAAA----A-A-------------------AA----T----------------CTCT----AACCGAAAAT-CGAG-GCAATGaataacagtctggcaatcatcagacatcatcttgtcccttgtacatgtataaatgataagttcaagtaaagctcaatgtatttttccaatcctgattttaaaaaaaaatctctaaccgaaaatcgaggcaatg
gi|14 : atttgattcaaagattcacagtaacaatcttagaaacaaaatgtttccaaaccgccaaacggtaatatgtttattggttctgtagtttaaactgaT-TT---CA-AA-CC-GC-C-A---A-AT--T-AGTAT--G-------------------GTT----TAA-A-TTGACT----ATA----A----GTTT---AGTA--T----TG-TT-TT-T------GTC-AA-ACTCGATG-TTAATAACA----ATCTAACCATAATCGGATGTT-A-TATTG---------TC-------C----C--TT---A------TGCATG-TA-TA--AAT--A---ATA---AGTT-CA-G-GTA----------A--A------G-CCC--CATGTGTTTT----ATT-AAACC-TG-A--TTTA-TAAAAAAAATA-A-------------------AAACCGT----------------ATCG----AACCAAAAATACGAG-GTAA
gi|15 : tT-T-----TGTC-AA-ACTTGAGG-TTGATAACA----GTCTGACCATCATCGGATGTC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TGCATG-TA-TA--AAT--A---ATAATTAGTT-CA-T-GTA----------A--A------G-CCC--AATGTATTTC----ACC-AAGCC-TG-A--TT------------------------------------------------------------------AACCAAAAAT-TGAG-GCAATGAA-TCGAACATT-GAATCG-AGCG-TT----T--AT-ATTG--AAC-AGT-ACTGAT-G-T-TTCGGTGAATGGTTT--CAG
gi|17 : A-TC--AATC-A---ATATC-AGTT-TA-ATGCA----------A--A------T-CAC--ATGGAACTTT----A---AGATT-TG-A--TTT--GAAAAA----A-ATGAGCATGTAAACATTGTTAAACG-T----------------ATCG----AACCGAAA-T-CGAG-GTAATGAA-TCGAACATT-GAAT-G-AGCG-TT----T--AT-ATCG--A-C-AGT-ATCGAT-A-T-TTCGGTGAATCGTTT--CAGCCC
gi|18 : aG-ATTC-A----C-----AA----TT-TTAA-TT----T-A--GAT-GC-AAACTGT-TT---CA-AA-CCTGC-A-A---A-ACAGTGAAGAT--GCTAGTAGCCT-C---TGTCGTT----CAA-A-TTt
gi|18 : CC-A-CTTTG---------TC-------C----C--TT---C------CGCATG-TA----------------A---AGTA-CA-A-GTC----------G--C------G-CCC--AATGTATTTTAATAACCAAAACC-TG-AATTTT--TAagaccactttgtcccttccgcatgtaaagtacaagtcgcgcccaatgtattttaataaccaaaacctgaattttta
gi|19 : gattcacaattttaatttagatgcaaactgtttcaaacctgcaaaacagtgaagatgctagtagcctctgtcgttcaaattagaAAGCATTC-A----C-----AG----TA-ACAA-TT----TTA--GAG-GC-AAAATGT-TT---CC-AAACC-GC-C-A---A-ATAGT-AAGCT--GCCTGTTGACT-C---TGTAGTT----TAA-A-CTTATT----G------A----GTTC---ATTA--T----TA-TTGTTGT-----TGTC-AG-ACTTGATG-TTAATA--------------TATAA--------------TTG---------TC-------C----C--TT---G------TGCATG-CA-
gi|2 : tACGATAATTTGATG-AAAGAGT--TTTA-A--T-TCAAAG-ATTC-AGGACT-----GG----TA-ACAA-CT----TTA--GAC-G--GAGATGTGTT---TC-AA-C--GCAC-A---A-AT-----------------TGGCC-A---TG--GTT----TAA-A-------------AGTTCA----GTT----ATTA--T----TT-TT-TT-T-----TTAC-AG-ACCCAAGA-TTAATA-CA----GTCTGACCATCATC-AATGTCAA-TCTTG---------TCAACTTCTC----C--TCTTAA------TGCATGTTATTA--AAT--A---ACA---AGTT-CA-G-CTG----------AGGA------G-CCC---ATGTGTTTT----A---AAA------A--TT--------------------------------------C--G----------------TTCG----AACCAAAAAT-CG----------A-CCAAGC-CT-GAATAG-AGCGCCT----T--AT-ATTG--AAT--GT-ATCAAC---T-TTCGGGAAATCGTTTTACAGTCC
gi|20 : tatcaccagtcgtctcgaatccagcatttggacgcatttcattgcgcttttgttttcactacgtaatcttcgttgattacagcgaaaccttgtgattttttaaatggctgaaacgaatgcgtacaagacttcatgatcacatgacccgtaattgcaataacttgtgccattaagttcagtattcaatacgaatataatggctattttaagtacaaccAAG-ATTC-A----C-----AG----TA-TTAA-TT----TTA--TAA-GC-AAAATGT-TC---CCAAA-CC-AC-C-A---A-ATGGT-ATGAT--GCCTGTTGGTTACAGATGCACTTTTTATAA-A-CTGATT--------C--A----GTTC---ATTA--TTTAATA-TT-GT-TCC---TGTC-AG-GCTCGAGG-TTAATtaaattcattttatataaaccttaagttgtaagatagaaaagtgaaaaaataacaatttgtaaaattcgacaggattcgggggcatacactacgcataaggcgggcccatttttaccgtttcctgtaacgggaaaaaatctaaaacgcaacactgatttgcaactacgggatgaaactcctcagctgccctaaagtatctaaatgcgtattatataaaaaaaaaaaaggctttaaaagatttctgtgcaacgttctaacacgaaacaaagatgtttgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntact
gi|21 : gaagAAA-ATTC-A----C-----AG----TA-ACAA-TT----TTA--GAA-AC-AAAATGT-TT---CC-AAACC-AC-G-A---A-ATTGT-AA-----------------------TGGTT----TAA-A-CTGATT----A-AGT---------TC---ACTA--T----TG-CT-TT-T------GTC-AG-ACTCTAGA-TGAATGACA----GTCTGGCCATCTTCAGAC
gi|22 : actctgaag--TT---G------TGCATG-TA-TA----T--A---AT------TT-T--T-GTA----------A--A------G-CCCCAAATGTATTT-----AC--AAACCGTGCA--TTT--CATAAG----A---------------------------C----------------ATTC----AACCAAAAGT-CGAG-GCAA------CGTGCATTTGAATCT-AGTG-TT----T--AC-ATTG--AAC-AGT-A-CGAT-G-T-TTCGGTGAA
gi|23 : AACA----GTCTGGCTA-CATCAGACACT-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---GGGCATATACATG-CA-TA--AAT--A---ATA---AAAT-CA-G-GTAGAATTGACAGA--A------G-CCC--AGTGCATTTT----ACC-AAACC-TA-A--TTT--TAAAAA----A-
gi|24 : TT----A-AAT--------TTC---ATTA--T----TT-TT-TT-T-----T-TC-AG-AGCCAAGA-TTAATAACATGCAGTCTGACCATCATCAGATGTC-ATTCTTGTCACCTTC-TC-------C----T--TT---A------TGCATG-TA-TA--gcgtgttgacta
gi|25 : tcaaaccgccaaattggcatggtATCCGACGCC-A-TGCTG---------TC-------CTCATC--TT--------------TA-TA-TA--AAT--G---ATA---AGTT-CA-T-GCA----------A--A------A-TTT--AATATATTTT----AAC-TAACC-CG-A--TCT--TATATA----A-T-------------------CA----T----------------ATGG----AACCGAGGAT-CGTGAGC-ATGAA-T
gi|26 : tAACA----GTCTGGCTAT-ATCG-ACACT-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---GGGCATATACATG-CA-TA--AATTAATTTATA---A--T-CA-G--TAGAATGACAG-A--A------G-CCC--AGTGCCATTT----ACC-AAACC-TG-A--TTT--Tt
gi|27 : taT-TT-C-----TGTC-AG-ACTAGAGG-TTAATAACA----GTCCGGCCATCATCAGATGAC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TTTGTG-TA--A--AAT--T---GTA---AGttaa
gi|28 : tgAATT----AAA-A-TTTATT----A-AGT---------TC---ATTA--A----TG-TT-TT-T-----TTTCCAG-ACCCCAGA-TTAATAACC----GTCT-------------TGTC-A-CCTTC---------TC-------C----C--TT---A------TGCATG-TA-TA--cagcaactaattctgtgttgattttaaaa
gi|3 : ccaaattggcatgttttaTTTACA--T-TCAAGA-TTTC-A----CTAATAAG----TA-ACAAGTT----TTATTGAA-AC-AAAATGT-TT---TC-AA-AC-CC-C-A---A-TTGGC-A---------TGTT-----------TAATT------G-A-CTTAT-----A-AGT----------T---ATTA--T----TG-TT-TT-T------GTC-AA-ACTCGAT--TTAATAACA-----TCTAACCATAATTG-ATGCT-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---A------TGCATG-TA-AA--ATT--A---ATA---AGT-----A-GTA----------A--AT-----GCCCC--AGTGTGTTTT----ATT-AAACCATATA--TCTACTAAAGA----ACA-------------------AAAC--TTATAACAATAAATAAAACCGTATCAACCTAAAAT-ACAG-ATAAT--A-TCGACCA-T-GAATCGCAG-G-GT----T--AT-ATTG--AAC-AGTCATTAATCG-TGTGCGGTGCATGACTT--CAGTCC
gi|31 : caatAACAAAAA---A-A--T-TCAGAG---TC-A----C-----CG----TA-ACAA-TT----TTA--GAA-GC-AAAATGT-TA---CCAAA-CC-GC-A-A---A-ATGAT-AAGAT--ACCTtacaggactctcatctactcattctgtgtgtaagatctaaaaagtgacaaatacaacaatttgtaaaaattcgacagaacaataacaccagacttcggacatacacgacacaaaccggtcca
gi|32 : tgAATGATAACT-------AAGACCAAT--A-A--T-ACAA-G-ATTC-A----C-----AG----TA-ACAA-TG----TTT--GAA-GC-AAAATGT-TT---CCAAA-CT-AC-C-A---A-ATGAT-ATGAcatatgcatataga
gi|33 : aaaaccgAACA-T----------------ATCT----AACCAAAAAT-TAAG-AAAATGAA-TTGAACATT-GAATCA-AG-------------T-ATTG--AAC-AGT-ATTGAT-G-T-TTCTGTGAATTGTTT--CAGCc
gi|34 : CATT-GAATTG-AGTG-TT----T--AT-ATCG--AAT-AGT-AGCGAT-G-T-TTCGATGAATTGTTT--CAGCCC
gi|35 : tcgtaaggccacctAT-CGAA-TCAA--AACTCGATCTTT-GAATCG-AGCG-CT----T--------------------TCAAC-G-T-TTCGGTGAaa
gi|38 : catgtgttttaaaaatcgtAA-A-TTGACT----A-AGT---------TC---ATTA--T----TG-TT-TT-TGTTTTTTTC-AG-ACCCGAGA-TTAATAACA----GT
gi|39 : A-A--T-TTGAAG-AC-C-A----C-----AG----TC-ACAA-TT----TTA--AAA-GTAAAAATGT-TT---CC-AA----AC-C-ATATA-ATGGt
gi|4 : AATGATCACTT--TG-AAAGAAAAAATTA-A--T-TCAAAG-ATCC-A----C-----AG----TT-ATGA-CT----TCA--GAA-GC-AACATGT-TT---CC-AA-TC-AC-C-A---A-TTGGC-GAGTT--ACCTGTTGGCT-C---TGTAGGT----TAA-A-TTGATT----A-AGT--AATTAGTTCCATATTA--TA---TGCTT-TT-T-----TGTC-AG-ACTCGTGG-TTGATAACA----ATATGGCCATCACCAGAGGCC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TGCATG-TA-TA--AAT--G---ACA---AGTT-TA-A-GTA----------A--A------G-ACC--AATGTACTTT----ACC-AAACG-TG-A--TTTA-AAAAAA----A-A-------------------AAAC--T----------------ATCG----AACCGAAAAT-CAAG-GCAAGGAA-TCGAACATT-GAATCG-AGCG-TT----TAGAT-ATTG------AGT-ATCGAT-G-T-TCCGATGAATCGTTA--CGGCCC
gi|40 : TT-A----C-----TG----TA-ACAA-TTAATTTTA--GAA-GC-AAAATGT-TT---CCAAA-CC-GC-
gi|5 : aAAGAAAATTTTA-A--TCTCAAAG-ATTCTA----C-----AGACTGTA-ACAA-TT----TTA--GAC-GC-AAAATGTGTT---CA-AA-CC-CC-CGA---A-GTGGC-A------------TGG-T-T---TA-AATT----AAA-A-TTGATT----A-AGT--
gi|6 : ttaacccccatcctcgcaatcacgcactttaacgcatataccttatcctccccttcacgcattttaacgcatataccgtgtcctcgcaatcacgcactttaacgcaaattcattgcgctttggttaactaaaacgtcaaatctcgttgataagcgacaatgttgattttttttatggctgaaacttgcggaacacttcatgattacagactcgtttgcaaactgtgccagattcagtatttcaatttaaaagtttgT-TT---CC-AAACC-GC-C-A---A-GTGGT-AAGAT--GCTTTTGGGCT-C---TGTAGTC----TAA-A-CTGA---------GT--AC---GTTC---ATTA--T----TG-TT-TT-T------GTC-AG-ACTCGAGG-TTAA---------GTCTGGACATCATCAGATGCC-A-GCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TGCATG-TA-TA--AAT--A---ATA---CATT-CA-G-GTATG--------A--ATAATACG-TTA--CATGTATTTT----ACC-ATACC-TG-A--CTT--C---------A-A-------------------AAACG-T----------------TTCG----AA-TGAAAAT-CAAG-GCAATGAA-TCGAATATT-GAATCA-AGCG-TTTCAAT--AT-ATTA--AAC-AGT-AACGAT-G-T-TTCGGTGAATTGCTT--
gi|7 : AATGATA-TTT--CGTCGAGAATAATTTA-AATT-TCAAGG-ATTC-A----C-----AG----TA-ATAA-TT----TTA--AAA-GC-AAAATGT-TT---CC-AAACC-AC-C-A---A-ATGGT-AAGAT--GCCCATTGGCT-C---TGCAGTT----TAA-A-CTGCTTTTAAA-AAT--A----A--C---ATTA--T----TG--T-TT-C-----TGTC-AGAACTAGAGGTTTAATAACA----GTCCGGCCATCATCAGATGAC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TT--TG-TG-TA--AAT--T---GTA---A
gi|8 : aaaaacaT-T---TGTAGTT----TAA-C-TTGATC--------C--A----GTTC---ATTA--T----T--TG-TT-T-----TGTC-GG-AATCGAAGACTAATTACAAT--GTATG----TTATCCGACGCC-A-TGCTG---------TC-------CTCATC--TT--------------TA-TA-TA--AATG-A---ATA---AGTT-CATT-GCA----------A--A------T-TTT--AATATATTTT----AAC-TAACC-CG-A--TCT--TATATA----A-T-------------------CA----T----------------ATGGA---AACCGAGGAT-CGTGAGC-ATGAA-TTAAACGTT-AAATCG-AGCG-AT----T--AT-ACTGAAAACAAGT-ATCGAT-ATT-TTTGGTGAATAGTTT--CATCCagcagcaactaattctgtgttgattttaaaaac
gi|9 : TTC-A----C-----AG----TA-ACAA-TT----TTA--GAA-AC-AAAATGT-TT---CCGAA-CT-GC-C-A---A-ATAGT-AAGATATGCCTATTGGCT-CA--TGTA--------AA-A-CTTATC----A-AGT---------TC---ATTA--T----TG-CT-TT-T------GTC-AG-ACT-------------------ATCTGGCCATTATCGGACGCC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TGCATA-TA-TA--AAT--A---AAA---AGTT-AA-G-GTA----------A--A------G-CCC--AATGTATTTT----ACC-AAACC-TG-A--TTT--TAAAAA----ATG-------------------TACC--T----------------ACCGGGGTAATCAAAAAT-CGAG-GCAATGAA-TTGAACATT-
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TTTCAGTCCTAAGTCTTTTCATTATCATATTGTGTTGTAAGATAAAAAGTGACAAGAATGAACAATTTGTAAAATTCGATAGATGTGAATACACAGATTCGGGGGATACACTACGCAGAAAGCGGATCCAATCTTTGTCGTGTTCCTGCGAATAATCTAACGCAACACTAATTCAATCACAGGATGACTATTCATCAAACAAAATATGGATTTTTAAAAAATAGAATTCTTGTGAGAGTTTAACACA
Unaligned ( gi|16 ): TTAACCCCCATCCTCGCAATCACGCATTTTAACGCATATACCTTATCCTCGCCGTCACGCATTTTAACGCATATACCGTGTCCTCGCAATCACGCACTTTAACGCAATTTCATTGCGCTTTTGTTTTCACTACGTTATCTCGTTGATACAGCAAAAATTGATGATTTTTTATAGCTGAAAC
Unaligned ( gi|29 ): CACGGGATGACTATCAGCTGCCTAAAAAATATCTAAATGCGTATTTTTAAATAAAAAGGTCTTTAAAAAAATTCTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
Unaligned ( gi|30 ): GGGTTGTAAGTCAAATAAGTGACAAAAATGAACAATTTCCTAGATTTGATTGATAATGCCGACTGTTGCGAATATATGAATTCAGGGGAGACA
Unaligned ( gi|36 ): ATCTCGCATTTTAACATATTATAACGAATCTCGCATATACCGTGTCCTCGCAATCACGCACT
Unaligned ( gi|37 ): AAACCCCCATCCTCGCAAATCACGCATTTTAACGCATATATTAACCTTATCCTCGCCGTCA
Unaligned ( gi|41 ): CGGGCCCATTCTTTATCGTGTTCCTGTAACGGGAAA
Unaligned ( gi|42 ): AAAATGGAATGAGTTCCTTGTATTTTCAATT
Alignments
lowQualScore : 3333333 1 2222222222222222222222 3333333333333333333 111111 111111111 1111111111 2222222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111
lowQualScore : 3 0000000 1 0 4 55 4 2 2 5555 66666 8888 2 2 5555 33 2 2 4 333 3 8 2 2 2 444 2 3 2 1111111111111111111111 2 4444 2 2 6666666666666666666 444 33 7777 2 2 2 444444 2 2 4 6666 1 0 5 0 1 1 444444444 6666666 8888 22 3333333333 1 1 22 999999 666 2 555 1111111111 33 888888 2 33 4444 444 4 4 33 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3333 2 7 0 2 2 3 0 44 6666 44 3 44 3 3 888 3 1 55
lowQualScore : . ....... . . . .. . . . .... ..... .... . . .... .. . . . ... . . . . . ... . . . ...................... . .... . . ................... ... .. .... . . . ...... . . . .... . . . . . . ......... ....... .... .. .......... . . .. ...... ... . ... .......... .. ...... . .. .... ... . . .. ......................................................... .... . . . . . . . .. .... .. . .. . . ... . . ..
lowQualScore : 2 5555555 0 4 0 55 0 9 5 3333 22222 8888 5 5 3333 44 5 5 4 999 3 9 2 2 4 111 4 1 5 9999999999999999999999 1 7777 1 1 9999999999999999999 111 22 4444 4 2 1 666666 1 1 2 7777 9 7 2 8 9 9 555555555 2222222 1111 55 7777777777 8 7 55 222222 222 2 888 7777777777 11 666666 2 11 7777 777 4 4 11 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 4 5 7 9 9 1 2 11 5555 22 1 22 1 1 000 1 0 00
consensus : AATGATAACTT--CG-AAAGAANAATTTA-A--T-TCAAAG-ATTC-A----C-----AG----TA-ACAA-TT----TTA--GAA-GC-AAAATGT-TT---CC-AA-CC-GC-C-A---A-ATGGT-AAGAT--GCCTGTTGGCT-C---TGTAGTT----TAA-A-CTGATT----A-AGT--A----GTTC---ATTA--T----TG-TT-TT-T-----TGTC-AG-ACTCGAGG-TTAATAACA----GTCTGGCCATCATCGGACGCC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TGCATG-TA-TA--AAT--A---ATA---AGTT-CA-G-GTA----------A--A------G-CCC--AATGTATTTT----ACC-AAACC-TG-A--TTT--TAAAAA----A-A-------------------AAAC--T----------------ATCG----AACCGAAAAT-CGAG-GCAATGAA-TCGAACATT-GAATCG-AGCG-TT----T--AT-ATTG--AAC-AGT-ATCGAT-G-T-TTCGGTGAATNGTTT--CAGCCC
Reference ( family-2248 ) : AATGATAACTT--CG-AAAGAANAATTTA-A--T-TCAAAG-ATTC-A----C-----AG----TA-ACAA-TT----TTA--GAA-GC-AAAATGT-TT---CC-AA-CC-GC-C-A---A-ATGGT-AAGAT--GCCTGTTGGCT-C---TGTAGTT----TAA-A-CTGATT----A-AGT--A----GTTC---ATTA--T----TG-TT-TT-T-----TGTC-AG-ACTCGAGG-TTAATAACA----GTCTGGCCATCATCGGACGCC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TGCATG-TA-TA--AAT--A---ATA---AGTT-CA-G-GTA----------A--A------G-CCC--AATGTATTTT----ACC-AAACC-TG-A--TTT--TAAAAA----A-A-------------------AAAC--T----------------ATCG----AACCGAAAAT-CGAG-GCAATGAA-TCGAACATT-GAATCG-AGCG-TT----T--AT-ATTG--AAC-AGT-ATCGAT-G-T-TTCGGTGAATNGTTT--CAGCCC
gi|1 : TTA-A--T-TCAAAG-ATTC-A----C-----AGAC--TGTACA--TT----TTA--GACCGG-AAAATGT-TTTTTCA-AA-CG-GC-C-A---ACAT--T-GA------CATGTT---T-C---TAAA--T----TAATATCTGATG----A-AGT---------TC---ATTA--T----------------------C-AG-ACCCGAGA-TCAATAAC---------------CA-CAGATGCC-A-TCTTGTTCACCTTCTC-------C----C--TT---A------TGCACG-TA-TAACAAT--A---ATA---AGTTACA-G-CTG----------G--A------G-CCC--CATGTGTTTT------------------------------A----A-A-------------------AATCG-T----------------ATCG----AATCAAAAAT-C
gi|10 : ttaacccccatcctcgcaatcacgcatttaacgcatataccttatccttcgccgcacgcatttttaacgcatatacctgtgtcctcgccaatcacgccattttaacgcaattcattgcgcttttgttttcactacgttatatcgttgcactacagcgaaaattgctgatttttattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGTT----TGA-A-CTGATT----A-GGT---------TC---TTTAATT----TG-TT-TT-C-----TCTT-TG-ACTCGAGG-TTAATAACA----TGCTGACCATTATTGGGTGCC-A-TTTTG---------TT-------A----C--TT---G------TGCATG-TG-AA--AAT--C---ATA---AGTT-CA-G-GTC----------G--T------G-CCA--GATATATTTT----ACT-GAACC-CA-A--TTT--TTAAAA----A-A-------------------ATG---T----------------ATTG----AACTGAAGAT-CGAG-GCAATGAA-TGGACCATT-GAATTG-AGCA-TT----T--ATAATTG--AAA-AGT-ATTGAT-A-T-ATTGGTGAATAGTTT--CAGCCcacacttgaatgagtgctttcaacgtttaaaggtgatcatttcagtctaattcttttattatgaaccttgggtttgtaagaattagaaagtacaaactaacagatttctgtaaaattttcgacaggattcgtgggatacactacgcataattcttttactgtgttccatctaacgcaacactgacttcaacacggggatcactatcagctgcctaagaatatttcttaaatcgcgtaattttaaaaaaaaaaaaaaaaaagatgtcttgtgcaaggttaacacaaaaaacgcatcttttgggagagagagagagagagcagagagagtactactccttatgtatacataaatgtatatgtgtgcatatcttcatatgtttctctacaacatggaattagtttgtagta
gi|12 : GGTT-T---TGTAGTT----TAA-A-TTGATC--------C--A----GTTC---ATTA--T----TG-TT-TT--------GTC-GG-AATCAAGA-CTAATTACC----ATGTAAT-GTTATCCGACGCC-A-TGCTG---------TC-------C----TCATC---G------T---TA-TA-TA--AAT--G---ATA---AATT-CA-T-GCA----------A--A------G-TTT--AATATATTTT----AAC-GAACC-CG-A--TCT--TATATA----A-A----------------------CG-T----------------ATGG----AACCGAGGAT-CGTGAGCA-TGAC-TCAGACGTT-AAATCG-AGCG-AT----T--AT-ACTG--AAC-AGT-ATCGAT-ATT-TTTGGTGAATAGTTT--
gi|13 : ATTTG-A--T-TCAAAG-ATTC-A----C-----AG----TA-ACAA-TC----TTA--GAA-AC-AAAATGT-TT---CCAAA-CC-GC-C-A---A-ACGGT-AATAT--GTTTATTGGTT-C---TGTAGTT----TAA-A-CTGA
gi|13 : AATAACA----GTCTGGCAATCATCAGACATC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TACATG-TA-TA--AAT--G---ATA---AGTT-CA-A-GTA----------A--A------G-CTC--AATGTATTTT----TCC-AATCC-TG-A--TTT--TAAAAA----A-A-------------------AA----T----------------CTCT----AACCGAAAAT-CGAG-GCAATGaataacagtctggcaatcatcagacatcatcttgtcccttgtacatgtataaatgataagttcaagtaaagctcaatgtatttttccaatcctgattttaaaaaaaaatctctaaccgaaaatcgaggcaatg
gi|14 : atttgattcaaagattcacagtaacaatcttagaaacaaaatgtttccaaaccgccaaacggtaatatgtttattggttctgtagtttaaactgaT-TT---CA-AA-CC-GC-C-A---A-AT--T-AGTAT--G-------------------GTT----TAA-A-TTGACT----ATA----A----GTTT---AGTA--T----TG-TT-TT-T------GTC-AA-ACTCGATG-TTAATAACA----ATCTAACCATAATCGGATGTT-A-TATTG---------TC-------C----C--TT---A------TGCATG-TA-TA--AAT--A---ATA---AGTT-CA-G-GTA----------A--A------G-CCC--CATGTGTTTT----ATT-AAACC-TG-A--TTTA-TAAAAAAAATA-A-------------------AAACCGT----------------ATCG----AACCAAAAATACGAG-GTAA
gi|15 : tT-T-----TGTC-AA-ACTTGAGG-TTGATAACA----GTCTGACCATCATCGGATGTC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TGCATG-TA-TA--AAT--A---ATAATTAGTT-CA-T-GTA----------A--A------G-CCC--AATGTATTTC----ACC-AAGCC-TG-A--TT------------------------------------------------------------------AACCAAAAAT-TGAG-GCAATGAA-TCGAACATT-GAATCG-AGCG-TT----T--AT-ATTG--AAC-AGT-ACTGAT-G-T-TTCGGTGAATGGTTT--CAG
gi|17 : A-TC--AATC-A---ATATC-AGTT-TA-ATGCA----------A--A------T-CAC--ATGGAACTTT----A---AGATT-TG-A--TTT--GAAAAA----A-ATGAGCATGTAAACATTGTTAAACG-T----------------ATCG----AACCGAAA-T-CGAG-GTAATGAA-TCGAACATT-GAAT-G-AGCG-TT----T--AT-ATCG--A-C-AGT-ATCGAT-A-T-TTCGGTGAATCGTTT--CAGCCC
gi|18 : aG-ATTC-A----C-----AA----TT-TTAA-TT----T-A--GAT-GC-AAACTGT-TT---CA-AA-CCTGC-A-A---A-ACAGTGAAGAT--GCTAGTAGCCT-C---TGTCGTT----CAA-A-TTt
gi|18 : CC-A-CTTTG---------TC-------C----C--TT---C------CGCATG-TA----------------A---AGTA-CA-A-GTC----------G--C------G-CCC--AATGTATTTTAATAACCAAAACC-TG-AATTTT--TAagaccactttgtcccttccgcatgtaaagtacaagtcgcgcccaatgtattttaataaccaaaacctgaattttta
gi|19 : gattcacaattttaatttagatgcaaactgtttcaaacctgcaaaacagtgaagatgctagtagcctctgtcgttcaaattagaAAGCATTC-A----C-----AG----TA-ACAA-TT----TTA--GAG-GC-AAAATGT-TT---CC-AAACC-GC-C-A---A-ATAGT-AAGCT--GCCTGTTGACT-C---TGTAGTT----TAA-A-CTTATT----G------A----GTTC---ATTA--T----TA-TTGTTGT-----TGTC-AG-ACTTGATG-TTAATA--------------TATAA--------------TTG---------TC-------C----C--TT---G------TGCATG-CA-
gi|2 : tACGATAATTTGATG-AAAGAGT--TTTA-A--T-TCAAAG-ATTC-AGGACT-----GG----TA-ACAA-CT----TTA--GAC-G--GAGATGTGTT---TC-AA-C--GCAC-A---A-AT-----------------TGGCC-A---TG--GTT----TAA-A-------------AGTTCA----GTT----ATTA--T----TT-TT-TT-T-----TTAC-AG-ACCCAAGA-TTAATA-CA----GTCTGACCATCATC-AATGTCAA-TCTTG---------TCAACTTCTC----C--TCTTAA------TGCATGTTATTA--AAT--A---ACA---AGTT-CA-G-CTG----------AGGA------G-CCC---ATGTGTTTT----A---AAA------A--TT--------------------------------------C--G----------------TTCG----AACCAAAAAT-CG----------A-CCAAGC-CT-GAATAG-AGCGCCT----T--AT-ATTG--AAT--GT-ATCAAC---T-TTCGGGAAATCGTTTTACAGTCC
gi|20 : tatcaccagtcgtctcgaatccagcatttggacgcatttcattgcgcttttgttttcactacgtaatcttcgttgattacagcgaaaccttgtgattttttaaatggctgaaacgaatgcgtacaagacttcatgatcacatgacccgtaattgcaataacttgtgccattaagttcagtattcaatacgaatataatggctattttaagtacaaccAAG-ATTC-A----C-----AG----TA-TTAA-TT----TTA--TAA-GC-AAAATGT-TC---CCAAA-CC-AC-C-A---A-ATGGT-ATGAT--GCCTGTTGGTTACAGATGCACTTTTTATAA-A-CTGATT--------C--A----GTTC---ATTA--TTTAATA-TT-GT-TCC---TGTC-AG-GCTCGAGG-TTAATtaaattcattttatataaaccttaagttgtaagatagaaaagtgaaaaaataacaatttgtaaaattcgacaggattcgggggcatacactacgcataaggcgggcccatttttaccgtttcctgtaacgggaaaaaatctaaaacgcaacactgatttgcaactacgggatgaaactcctcagctgccctaaagtatctaaatgcgtattatataaaaaaaaaaaaggctttaaaagatttctgtgcaacgttctaacacgaaacaaagatgtttgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntact
gi|21 : gaagAAA-ATTC-A----C-----AG----TA-ACAA-TT----TTA--GAA-AC-AAAATGT-TT---CC-AAACC-AC-G-A---A-ATTGT-AA-----------------------TGGTT----TAA-A-CTGATT----A-AGT---------TC---ACTA--T----TG-CT-TT-T------GTC-AG-ACTCTAGA-TGAATGACA----GTCTGGCCATCTTCAGAC
gi|22 : actctgaag--TT---G------TGCATG-TA-TA----T--A---AT------TT-T--T-GTA----------A--A------G-CCCCAAATGTATTT-----AC--AAACCGTGCA--TTT--CATAAG----A---------------------------C----------------ATTC----AACCAAAAGT-CGAG-GCAA------CGTGCATTTGAATCT-AGTG-TT----T--AC-ATTG--AAC-AGT-A-CGAT-G-T-TTCGGTGAA
gi|23 : AACA----GTCTGGCTA-CATCAGACACT-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---GGGCATATACATG-CA-TA--AAT--A---ATA---AAAT-CA-G-GTAGAATTGACAGA--A------G-CCC--AGTGCATTTT----ACC-AAACC-TA-A--TTT--TAAAAA----A-
gi|24 : TT----A-AAT--------TTC---ATTA--T----TT-TT-TT-T-----T-TC-AG-AGCCAAGA-TTAATAACATGCAGTCTGACCATCATCAGATGTC-ATTCTTGTCACCTTC-TC-------C----T--TT---A------TGCATG-TA-TA--gcgtgttgacta
gi|25 : tcaaaccgccaaattggcatggtATCCGACGCC-A-TGCTG---------TC-------CTCATC--TT--------------TA-TA-TA--AAT--G---ATA---AGTT-CA-T-GCA----------A--A------A-TTT--AATATATTTT----AAC-TAACC-CG-A--TCT--TATATA----A-T-------------------CA----T----------------ATGG----AACCGAGGAT-CGTGAGC-ATGAA-T
gi|26 : tAACA----GTCTGGCTAT-ATCG-ACACT-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---GGGCATATACATG-CA-TA--AATTAATTTATA---A--T-CA-G--TAGAATGACAG-A--A------G-CCC--AGTGCCATTT----ACC-AAACC-TG-A--TTT--Tt
gi|27 : taT-TT-C-----TGTC-AG-ACTAGAGG-TTAATAACA----GTCCGGCCATCATCAGATGAC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TTTGTG-TA--A--AAT--T---GTA---AGttaa
gi|28 : tgAATT----AAA-A-TTTATT----A-AGT---------TC---ATTA--A----TG-TT-TT-T-----TTTCCAG-ACCCCAGA-TTAATAACC----GTCT-------------TGTC-A-CCTTC---------TC-------C----C--TT---A------TGCATG-TA-TA--cagcaactaattctgtgttgattttaaaa
gi|3 : ccaaattggcatgttttaTTTACA--T-TCAAGA-TTTC-A----CTAATAAG----TA-ACAAGTT----TTATTGAA-AC-AAAATGT-TT---TC-AA-AC-CC-C-A---A-TTGGC-A---------TGTT-----------TAATT------G-A-CTTAT-----A-AGT----------T---ATTA--T----TG-TT-TT-T------GTC-AA-ACTCGAT--TTAATAACA-----TCTAACCATAATTG-ATGCT-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---A------TGCATG-TA-AA--ATT--A---ATA---AGT-----A-GTA----------A--AT-----GCCCC--AGTGTGTTTT----ATT-AAACCATATA--TCTACTAAAGA----ACA-------------------AAAC--TTATAACAATAAATAAAACCGTATCAACCTAAAAT-ACAG-ATAAT--A-TCGACCA-T-GAATCGCAG-G-GT----T--AT-ATTG--AAC-AGTCATTAATCG-TGTGCGGTGCATGACTT--CAGTCC
gi|31 : caatAACAAAAA---A-A--T-TCAGAG---TC-A----C-----CG----TA-ACAA-TT----TTA--GAA-GC-AAAATGT-TA---CCAAA-CC-GC-A-A---A-ATGAT-AAGAT--ACCTtacaggactctcatctactcattctgtgtgtaagatctaaaaagtgacaaatacaacaatttgtaaaaattcgacagaacaataacaccagacttcggacatacacgacacaaaccggtcca
gi|32 : tgAATGATAACT-------AAGACCAAT--A-A--T-ACAA-G-ATTC-A----C-----AG----TA-ACAA-TG----TTT--GAA-GC-AAAATGT-TT---CCAAA-CT-AC-C-A---A-ATGAT-ATGAcatatgcatataga
gi|33 : aaaaccgAACA-T----------------ATCT----AACCAAAAAT-TAAG-AAAATGAA-TTGAACATT-GAATCA-AG-------------T-ATTG--AAC-AGT-ATTGAT-G-T-TTCTGTGAATTGTTT--CAGCc
gi|34 : CATT-GAATTG-AGTG-TT----T--AT-ATCG--AAT-AGT-AGCGAT-G-T-TTCGATGAATTGTTT--CAGCCC
gi|35 : tcgtaaggccacctAT-CGAA-TCAA--AACTCGATCTTT-GAATCG-AGCG-CT----T--------------------TCAAC-G-T-TTCGGTGAaa
gi|38 : catgtgttttaaaaatcgtAA-A-TTGACT----A-AGT---------TC---ATTA--T----TG-TT-TT-TGTTTTTTTC-AG-ACCCGAGA-TTAATAACA----GT
gi|39 : A-A--T-TTGAAG-AC-C-A----C-----AG----TC-ACAA-TT----TTA--AAA-GTAAAAATGT-TT---CC-AA----AC-C-ATATA-ATGGt
gi|4 : AATGATCACTT--TG-AAAGAAAAAATTA-A--T-TCAAAG-ATCC-A----C-----AG----TT-ATGA-CT----TCA--GAA-GC-AACATGT-TT---CC-AA-TC-AC-C-A---A-TTGGC-GAGTT--ACCTGTTGGCT-C---TGTAGGT----TAA-A-TTGATT----A-AGT--AATTAGTTCCATATTA--TA---TGCTT-TT-T-----TGTC-AG-ACTCGTGG-TTGATAACA----ATATGGCCATCACCAGAGGCC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TGCATG-TA-TA--AAT--G---ACA---AGTT-TA-A-GTA----------A--A------G-ACC--AATGTACTTT----ACC-AAACG-TG-A--TTTA-AAAAAA----A-A-------------------AAAC--T----------------ATCG----AACCGAAAAT-CAAG-GCAAGGAA-TCGAACATT-GAATCG-AGCG-TT----TAGAT-ATTG------AGT-ATCGAT-G-T-TCCGATGAATCGTTA--CGGCCC
gi|40 : TT-A----C-----TG----TA-ACAA-TTAATTTTA--GAA-GC-AAAATGT-TT---CCAAA-CC-GC-
gi|5 : aAAGAAAATTTTA-A--TCTCAAAG-ATTCTA----C-----AGACTGTA-ACAA-TT----TTA--GAC-GC-AAAATGTGTT---CA-AA-CC-CC-CGA---A-GTGGC-A------------TGG-T-T---TA-AATT----AAA-A-TTGATT----A-AGT--
gi|6 : ttaacccccatcctcgcaatcacgcactttaacgcatataccttatcctccccttcacgcattttaacgcatataccgtgtcctcgcaatcacgcactttaacgcaaattcattgcgctttggttaactaaaacgtcaaatctcgttgataagcgacaatgttgattttttttatggctgaaacttgcggaacacttcatgattacagactcgtttgcaaactgtgccagattcagtatttcaatttaaaagtttgT-TT---CC-AAACC-GC-C-A---A-GTGGT-AAGAT--GCTTTTGGGCT-C---TGTAGTC----TAA-A-CTGA---------GT--AC---GTTC---ATTA--T----TG-TT-TT-T------GTC-AG-ACTCGAGG-TTAA---------GTCTGGACATCATCAGATGCC-A-GCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TGCATG-TA-TA--AAT--A---ATA---CATT-CA-G-GTATG--------A--ATAATACG-TTA--CATGTATTTT----ACC-ATACC-TG-A--CTT--C---------A-A-------------------AAACG-T----------------TTCG----AA-TGAAAAT-CAAG-GCAATGAA-TCGAATATT-GAATCA-AGCG-TTTCAAT--AT-ATTA--AAC-AGT-AACGAT-G-T-TTCGGTGAATTGCTT--
gi|7 : AATGATA-TTT--CGTCGAGAATAATTTA-AATT-TCAAGG-ATTC-A----C-----AG----TA-ATAA-TT----TTA--AAA-GC-AAAATGT-TT---CC-AAACC-AC-C-A---A-ATGGT-AAGAT--GCCCATTGGCT-C---TGCAGTT----TAA-A-CTGCTTTTAAA-AAT--A----A--C---ATTA--T----TG--T-TT-C-----TGTC-AGAACTAGAGGTTTAATAACA----GTCCGGCCATCATCAGATGAC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TT--TG-TG-TA--AAT--T---GTA---A
gi|8 : aaaaacaT-T---TGTAGTT----TAA-C-TTGATC--------C--A----GTTC---ATTA--T----T--TG-TT-T-----TGTC-GG-AATCGAAGACTAATTACAAT--GTATG----TTATCCGACGCC-A-TGCTG---------TC-------CTCATC--TT--------------TA-TA-TA--AATG-A---ATA---AGTT-CATT-GCA----------A--A------T-TTT--AATATATTTT----AAC-TAACC-CG-A--TCT--TATATA----A-T-------------------CA----T----------------ATGGA---AACCGAGGAT-CGTGAGC-ATGAA-TTAAACGTT-AAATCG-AGCG-AT----T--AT-ACTGAAAACAAGT-ATCGAT-ATT-TTTGGTGAATAGTTT--CATCCagcagcaactaattctgtgttgattttaaaaac
gi|9 : TTC-A----C-----AG----TA-ACAA-TT----TTA--GAA-AC-AAAATGT-TT---CCGAA-CT-GC-C-A---A-ATAGT-AAGATATGCCTATTGGCT-CA--TGTA--------AA-A-CTTATC----A-AGT---------TC---ATTA--T----TG-CT-TT-T------GTC-AG-ACT-------------------ATCTGGCCATTATCGGACGCC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TGCATA-TA-TA--AAT--A---AAA---AGTT-AA-G-GTA----------A--A------G-CCC--AATGTATTTT----ACC-AAACC-TG-A--TTT--TAAAAA----ATG-------------------TACC--T----------------ACCGGGGTAATCAAAAAT-CGAG-GCAATGAA-TTGAACATT-
blockSeqs : A TCGTC A C AT C C T GGAC TAATA ACTG . G AATT TT . A G . A A T A G TAT . G G TGATGCCTGTTGGTTACAGA T TTTA . . TAAGTAATTAGT CAT AT TTAA C G G GTTTTT C A T TGCA A G A T TCACCTTC AACTTCT TCAT CA GGGCATA T T . TAATTT ATT . AT GAATTGACAG GG TAATAC C CA AATA CCA G C AT GAAAAAAATGAGCATGTAAACATTGTTAAACGT TATC A A C T C CC TCAA AG . AA A C AT G A TA
blockSeqs : A TTGA C . . . . . . . . . . . . . . G . A A . . . . . A . AGATATGCCTATTGGCTCA T . . . TTTAAAAATAA . . A . . . CCT . . A AT A C . . . . TCAT . GGGCATA . . . CA TC . TT GAATGACAG . T . . . CT A T . ACTAAAGAACAAAACTTATAACAATAAATAAA GGGT . A . . . A . . . . . . CG . G .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . A . ATATGTTTATTGGTTC T . . . AGTTCAGT . . . . . . T . . . . G A . . . . . . TTAA . . . GA . . G TG . . . . . AC . . . ATAAAAAAAATAAAAACCGT A . A . . . T . . . . . . AT . C .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . G . AGATGCTAGTAGCCTC T . . . TATAAGT . . . . . . T . . . . A G . . . . . . G . . . C . . T . . . . . . CC . . . AAAAAAAAAAAACT . . . . . . T . . . . . . G . C .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . T . AGCTGCCTGTTGACTC C . . . TAAATT . . . . . . T . . . . A G . . . . . . G . . . G . . A . . . . . . TT . . . TAAAAAATGTACCT . . . . . . T . . . . . . A . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . G . AGTTACCTGTTGGCTC T . . . GTACGT . . . . . . T . . . . A A . . . . . . G . . . G . . G . . . . . . CC . . . TTAAAAAAATGT . . . . . . G . . . . . . G . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . AGATGCTTTTGGGCTC T . . . TAGGT . . . . . . T . . . . G A . . . . . . A . . . A . . T . . . . . . CC . . . TATATAAACGT . . . . . . T . . . . . . G . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . AGATGCCCATTGGCTC T . . . CCAGT . . . . . . T . . . . G A . . . . . . G . . . A . . A . . . . . . AC . . . TAAAAAAAAAT . . . . . . C . . . . . . G . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . TGGCCA T . . . TGAGT . . . . . . T . . . . A C . . . . . . C . . . A . . G . . . . . . CC . . . TATATAATCAT . . . . . . T . . . . . . G . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . GTATG C . . . TCAGT . . . . . . T . . . . G G . . . . . . G . . . A . . T . . . . . . TT . . . TATATAATCAT . . . . . . T . . . . . . G . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . TGGTT T . . . TAAGT . . . . . . T . . . . G A . . . . . . G . . . A . . G . . . . . . CC . . . CAAAAACGT . . . . . . A . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . TGTT T . . . TAAGT . . . . . . T . . . . A G . . . . . . A . . . G . . T . . . . . . CC . . . CATAAGAC . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . A . . . . TAAGT . . . . . . . . . . . G A . . . . . . G . . . T . . G . . . . . . AC . . . CG . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . CCAGT . . . . . . . . . . . G A . . . . . . A . . . A . . A . . . . . . CC . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CAAGT . . . . . . . . . . . G A . . . . . . A . . . G . . A . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . AAGT . . . . . . . . . . . G C . . . . . . G . . . A . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . G . . . T . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : **** *** AGATGCCTGTTGGCTC****** T***** ********* ** CC*
originalCons : AATGATAACTT--CG-AAAGAANAATTTA-A--T-TCAAAG-ATTC-A----C-----AG----TA-ACAA-TT----TTA--GAA-GC-AAAATGT-TT---CC-AA-CC-GC-C-A---A-ATGGT-AAGAT--GCCTGTTGGCT-C---TGTAGTT----TAA-A-CTGATT----A-AGT--A----GTTC---ATTA--T----TG-TT-TT-T-----TGTC-AG-ACTCGAGG-TTAATAACA----GTCTGGCCATCATCGGACGCC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TGCATG-TA-TA--AAT--A---ATA---AGTT-CA-G-GTA----------A--A------G-CCC--AATGTATTTT----ACC-AAACC-TG-A--TTT--TAAAAA----A-A-------------------AAAC--T----------------ATCG----AACCGAAAAT-CGAG-GCAATGAA-TCGAACATT-GAATCG-AGCG-TT----T--AT-ATTG--AAC-AGT-ATCGAT-G-T-TTCGGTGAATNGTTT--CAGCCC
finalCons : AATGATAACTT--CG-AAAGAANAATTTA-A--T-TCAAAG-ATTC-A----C-----AG----TA-ACAA-TT----TTA--GAA-GC-AAAATGT-TT---CC-AA-CC-GC-C-A---A-ATGGT-AAGATGCCTGTTGGCTC------TGTAGTT----TAA-A-CTGATT----A-AGT--A----GTTC---ATTA--T----TG-TT-TT-TT-----GTC-AG-ACTCGAGG-TTAATAACA----GTCTGGCCATCATCGGACGCC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TGCATG-TA-TA--AAT--A---ATA---AGTT-CA-G-GTA----------A--A------G-CCC--AATGTATTTT----ACC-AAACC-TG-A--TTT--TAAAAA----A-A-------------------AAAC--T----------------ATCG----AACCGAAAAT-CGAG-GCAATGAA-TCGAACATT-GAATCG-AGCG-TT----T--AT-ATTG--AAC-AGT-ATCGAT-G-T-TTCGGTGAATNGTTT--CAGCCC
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TTTCAGTCCTAAGTCTTTTCATTATCATATTGTGTTGTAAGATAAAAAGTGACAAGAATGAACAATTTGTAAAATTCGATAGATGTGAATACACAGATTCGGGGGATACACTACGCAGAAAGCGGATCCAATCTTTGTCGTGTTCCTGCGAATAATCTAACGCAACACTAATTCAATCACAGGATGACTATTCATCAAACAAAATATGGATTTTTAAAAAATAGAATTCTTGTGAGAGTTTAACACA
Unaligned ( gi|16 ): TTAACCCCCATCCTCGCAATCACGCATTTTAACGCATATACCTTATCCTCGCCGTCACGCATTTTAACGCATATACCGTGTCCTCGCAATCACGCACTTTAACGCAATTTCATTGCGCTTTTGTTTTCACTACGTTATCTCGTTGATACAGCAAAAATTGATGATTTTTTATAGCTGAAAC
Unaligned ( gi|29 ): CACGGGATGACTATCAGCTGCCTAAAAAATATCTAAATGCGTATTTTTAAATAAAAAGGTCTTTAAAAAAATTCTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
Unaligned ( gi|30 ): GGGTTGTAAGTCAAATAAGTGACAAAAATGAACAATTTCCTAGATTTGATTGATAATGCCGACTGTTGCGAATATATGAATTCAGGGGAGACA
Unaligned ( gi|36 ): ATCTCGCATTTTAACATATTATAACGAATCTCGCATATACCGTGTCCTCGCAATCACGCACT
Unaligned ( gi|37 ): AAACCCCCATCCTCGCAAATCACGCATTTTAACGCATATATTAACCTTATCCTCGCCGTCA
Unaligned ( gi|41 ): CGGGCCCATTCTTTATCGTGTTCCTGTAACGGGAAA
Unaligned ( gi|42 ): AAAATGGAATGAGTTCCTTGTATTTTCAATT
Alignments
lowQualScore : 3333333 1 2222222222222222222222 3333333333333333333 111111 111111111 1111111111 2222222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111
lowQualScore : 3 0000000 1 0 4 55 4 2 2 5555 66666 8888 2 2 5555 33 2 2 4 333 3 8 2 2 2 444 2 3 2 1111111111111111111111 2 4444 2 2 6666666666666666666 444 33 7777 2 2 2 444444 2 2 4 6666 1 0 5 0 1 1 444444444 6666666 8888 22 3333333333 1 1 22 999999 666 2 555 1111111111 33 888888 2 33 4444 444 4 4 33 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3333 2 7 0 2 2 3 0 44 6666 44 3 44 3 3 888 3 1 55
lowQualScore : . ....... . . . .. . . . .... ..... .... . . .... .. . . . ... . . . . . ... . . . ...................... . .... . . ................... ... .. .... . . . ...... . . . .... . . . . . . ......... ....... .... .. .......... . . .. ...... ... . ... .......... .. ...... . .. .... ... . . .. ......................................................... .... . . . . . . . .. .... .. . .. . . ... . . ..
lowQualScore : 2 5555555 0 4 0 55 0 9 5 3333 22222 8888 5 5 3333 44 5 5 4 999 3 9 2 2 4 111 4 1 5 9999999999999999999999 1 7777 1 1 9999999999999999999 111 22 4444 4 2 1 666666 1 1 2 7777 9 7 2 8 9 9 555555555 2222222 1111 55 7777777777 8 7 55 222222 222 2 888 7777777777 11 666666 2 11 7777 777 4 4 11 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 4 5 7 9 9 1 2 11 5555 22 1 22 1 1 000 1 0 00
consensus : AATGATAACTT--CG-AAAGAANAATTTA-A--T-TCAAAG-ATTC-A----C-----AG----TA-ACAA-TT----TTA--GAA-GC-AAAATGT-TT---CC-AA-CC-GC-C-A---A-ATGGT-AAGAT--GCCTGTTGGCT-C---TGTAGTT----TAA-A-CTGATT----A-AGT--A----GTTC---ATTA--T----TG-TT-TT-T-----TGTC-AG-ACTCGAGG-TTAATAACA----GTCTGGCCATCATCGGACGCC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TGCATG-TA-TA--AAT--A---ATA---AGTT-CA-G-GTA----------A--A------G-CCC--AATGTATTTT----ACC-AAACC-TG-A--TTT--TAAAAA----A-A-------------------AAAC--T----------------ATCG----AACCGAAAAT-CGAG-GCAATGAA-TCGAACATT-GAATCG-AGCG-TT----T--AT-ATTG--AAC-AGT-ATCGAT-G-T-TTCGGTGAATNGTTT--CAGCCC
Reference ( family-2248 ) : AATGATAACTT--CG-AAAGAANAATTTA-A--T-TCAAAG-ATTC-A----C-----AG----TA-ACAA-TT----TTA--GAA-GC-AAAATGT-TT---CC-AA-CC-GC-C-A---A-ATGGT-AAGAT--GCCTGTTGGCT-C---TGTAGTT----TAA-A-CTGATT----A-AGT--A----GTTC---ATTA--T----TG-TT-TT-T-----TGTC-AG-ACTCGAGG-TTAATAACA----GTCTGGCCATCATCGGACGCC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TGCATG-TA-TA--AAT--A---ATA---AGTT-CA-G-GTA----------A--A------G-CCC--AATGTATTTT----ACC-AAACC-TG-A--TTT--TAAAAA----A-A-------------------AAAC--T----------------ATCG----AACCGAAAAT-CGAG-GCAATGAA-TCGAACATT-GAATCG-AGCG-TT----T--AT-ATTG--AAC-AGT-ATCGAT-G-T-TTCGGTGAATNGTTT--CAGCCC
gi|1 : TTA-A--T-TCAAAG-ATTC-A----C-----AGAC--TGTACA--TT----TTA--GACCGG-AAAATGT-TTTTTCA-AA-CG-GC-C-A---ACAT--T-GA------CATGTT---T-C---TAAA--T----TAATATCTGATG----A-AGT---------TC---ATTA--T----------------------C-AG-ACCCGAGA-TCAATAAC---------------CA-CAGATGCC-A-TCTTGTTCACCTTCTC-------C----C--TT---A------TGCACG-TA-TAACAAT--A---ATA---AGTTACA-G-CTG----------G--A------G-CCC--CATGTGTTTT------------------------------A----A-A-------------------AATCG-T----------------ATCG----AATCAAAAAT-C
gi|10 : ttaacccccatcctcgcaatcacgcatttaacgcatataccttatccttcgccgcacgcatttttaacgcatatacctgtgtcctcgccaatcacgccattttaacgcaattcattgcgcttttgttttcactacgttatatcgttgcactacagcgaaaattgctgatttttattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGTT----TGA-A-CTGATT----A-GGT---------TC---TTTAATT----TG-TT-TT-C-----TCTT-TG-ACTCGAGG-TTAATAACA----TGCTGACCATTATTGGGTGCC-A-TTTTG---------TT-------A----C--TT---G------TGCATG-TG-AA--AAT--C---ATA---AGTT-CA-G-GTC----------G--T------G-CCA--GATATATTTT----ACT-GAACC-CA-A--TTT--TTAAAA----A-A-------------------ATG---T----------------ATTG----AACTGAAGAT-CGAG-GCAATGAA-TGGACCATT-GAATTG-AGCA-TT----T--ATAATTG--AAA-AGT-ATTGAT-A-T-ATTGGTGAATAGTTT--CAGCCcacacttgaatgagtgctttcaacgtttaaaggtgatcatttcagtctaattcttttattatgaaccttgggtttgtaagaattagaaagtacaaactaacagatttctgtaaaattttcgacaggattcgtgggatacactacgcataattcttttactgtgttccatctaacgcaacactgacttcaacacggggatcactatcagctgcctaagaatatttcttaaatcgcgtaattttaaaaaaaaaaaaaaaaaagatgtcttgtgcaaggttaacacaaaaaacgcatcttttgggagagagagagagagagcagagagagtactactccttatgtatacataaatgtatatgtgtgcatatcttcatatgtttctctacaacatggaattagtttgtagta
gi|12 : GGTT-T---TGTAGTT----TAA-A-TTGATC--------C--A----GTTC---ATTA--T----TG-TT-TT--------GTC-GG-AATCAAGA-CTAATTACC----ATGTAAT-GTTATCCGACGCC-A-TGCTG---------TC-------C----TCATC---G------T---TA-TA-TA--AAT--G---ATA---AATT-CA-T-GCA----------A--A------G-TTT--AATATATTTT----AAC-GAACC-CG-A--TCT--TATATA----A-A----------------------CG-T----------------ATGG----AACCGAGGAT-CGTGAGCA-TGAC-TCAGACGTT-AAATCG-AGCG-AT----T--AT-ACTG--AAC-AGT-ATCGAT-ATT-TTTGGTGAATAGTTT--
gi|13 : ATTTG-A--T-TCAAAG-ATTC-A----C-----AG----TA-ACAA-TC----TTA--GAA-AC-AAAATGT-TT---CCAAA-CC-GC-C-A---A-ACGGT-AATAT--GTTTATTGGTT-C---TGTAGTT----TAA-A-CTGA
gi|13 : AATAACA----GTCTGGCAATCATCAGACATC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TACATG-TA-TA--AAT--G---ATA---AGTT-CA-A-GTA----------A--A------G-CTC--AATGTATTTT----TCC-AATCC-TG-A--TTT--TAAAAA----A-A-------------------AA----T----------------CTCT----AACCGAAAAT-CGAG-GCAATGaataacagtctggcaatcatcagacatcatcttgtcccttgtacatgtataaatgataagttcaagtaaagctcaatgtatttttccaatcctgattttaaaaaaaaatctctaaccgaaaatcgaggcaatg
gi|14 : atttgattcaaagattcacagtaacaatcttagaaacaaaatgtttccaaaccgccaaacggtaatatgtttattggttctgtagtttaaactgaT-TT---CA-AA-CC-GC-C-A---A-AT--T-AGTAT--G-------------------GTT----TAA-A-TTGACT----ATA----A----GTTT---AGTA--T----TG-TT-TT-T------GTC-AA-ACTCGATG-TTAATAACA----ATCTAACCATAATCGGATGTT-A-TATTG---------TC-------C----C--TT---A------TGCATG-TA-TA--AAT--A---ATA---AGTT-CA-G-GTA----------A--A------G-CCC--CATGTGTTTT----ATT-AAACC-TG-A--TTTA-TAAAAAAAATA-A-------------------AAACCGT----------------ATCG----AACCAAAAATACGAG-GTAA
gi|15 : tT-T-----TGTC-AA-ACTTGAGG-TTGATAACA----GTCTGACCATCATCGGATGTC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TGCATG-TA-TA--AAT--A---ATAATTAGTT-CA-T-GTA----------A--A------G-CCC--AATGTATTTC----ACC-AAGCC-TG-A--TT------------------------------------------------------------------AACCAAAAAT-TGAG-GCAATGAA-TCGAACATT-GAATCG-AGCG-TT----T--AT-ATTG--AAC-AGT-ACTGAT-G-T-TTCGGTGAATGGTTT--CAG
gi|17 : A-TC--AATC-A---ATATC-AGTT-TA-ATGCA----------A--A------T-CAC--ATGGAACTTT----A---AGATT-TG-A--TTT--GAAAAA----A-ATGAGCATGTAAACATTGTTAAACG-T----------------ATCG----AACCGAAA-T-CGAG-GTAATGAA-TCGAACATT-GAAT-G-AGCG-TT----T--AT-ATCG--A-C-AGT-ATCGAT-A-T-TTCGGTGAATCGTTT--CAGCCC
gi|18 : aG-ATTC-A----C-----AA----TT-TTAA-TT----T-A--GAT-GC-AAACTGT-TT---CA-AA-CCTGC-A-A---A-ACAGTGAAGAT--GCTAGTAGCCT-C---TGTCGTT----CAA-A-TTt
gi|18 : CC-A-CTTTG---------TC-------C----C--TT---C------CGCATG-TA----------------A---AGTA-CA-A-GTC----------G--C------G-CCC--AATGTATTTTAATAACCAAAACC-TG-AATTTT--TAagaccactttgtcccttccgcatgtaaagtacaagtcgcgcccaatgtattttaataaccaaaacctgaattttta
gi|19 : gattcacaattttaatttagatgcaaactgtttcaaacctgcaaaacagtgaagatgctagtagcctctgtcgttcaaattagaAAGCATTC-A----C-----AG----TA-ACAA-TT----TTA--GAG-GC-AAAATGT-TT---CC-AAACC-GC-C-A---A-ATAGT-AAGCT--GCCTGTTGACT-C---TGTAGTT----TAA-A-CTTATT----G------A----GTTC---ATTA--T----TA-TTGTTGT-----TGTC-AG-ACTTGATG-TTAATA--------------TATAA--------------TTG---------TC-------C----C--TT---G------TGCATG-CA-
gi|2 : tACGATAATTTGATG-AAAGAGT--TTTA-A--T-TCAAAG-ATTC-AGGACT-----GG----TA-ACAA-CT----TTA--GAC-G--GAGATGTGTT---TC-AA-C--GCAC-A---A-AT-----------------TGGCC-A---TG--GTT----TAA-A-------------AGTTCA----GTT----ATTA--T----TT-TT-TT-T-----TTAC-AG-ACCCAAGA-TTAATA-CA----GTCTGACCATCATC-AATGTCAA-TCTTG---------TCAACTTCTC----C--TCTTAA------TGCATGTTATTA--AAT--A---ACA---AGTT-CA-G-CTG----------AGGA------G-CCC---ATGTGTTTT----A---AAA------A--TT--------------------------------------C--G----------------TTCG----AACCAAAAAT-CG----------A-CCAAGC-CT-GAATAG-AGCGCCT----T--AT-ATTG--AAT--GT-ATCAAC---T-TTCGGGAAATCGTTTTACAGTCC
gi|20 : tatcaccagtcgtctcgaatccagcatttggacgcatttcattgcgcttttgttttcactacgtaatcttcgttgattacagcgaaaccttgtgattttttaaatggctgaaacgaatgcgtacaagacttcatgatcacatgacccgtaattgcaataacttgtgccattaagttcagtattcaatacgaatataatggctattttaagtacaaccAAG-ATTC-A----C-----AG----TA-TTAA-TT----TTA--TAA-GC-AAAATGT-TC---CCAAA-CC-AC-C-A---A-ATGGT-ATGAT--GCCTGTTGGTTACAGATGCACTTTTTATAA-A-CTGATT--------C--A----GTTC---ATTA--TTTAATA-TT-GT-TCC---TGTC-AG-GCTCGAGG-TTAATtaaattcattttatataaaccttaagttgtaagatagaaaagtgaaaaaataacaatttgtaaaattcgacaggattcgggggcatacactacgcataaggcgggcccatttttaccgtttcctgtaacgggaaaaaatctaaaacgcaacactgatttgcaactacgggatgaaactcctcagctgccctaaagtatctaaatgcgtattatataaaaaaaaaaaaggctttaaaagatttctgtgcaacgttctaacacgaaacaaagatgtttgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntact
gi|21 : gaagAAA-ATTC-A----C-----AG----TA-ACAA-TT----TTA--GAA-AC-AAAATGT-TT---CC-AAACC-AC-G-A---A-ATTGT-AA-----------------------TGGTT----TAA-A-CTGATT----A-AGT---------TC---ACTA--T----TG-CT-TT-T------GTC-AG-ACTCTAGA-TGAATGACA----GTCTGGCCATCTTCAGAC
gi|22 : actctgaag--TT---G------TGCATG-TA-TA----T--A---AT------TT-T--T-GTA----------A--A------G-CCCCAAATGTATTT-----AC--AAACCGTGCA--TTT--CATAAG----A---------------------------C----------------ATTC----AACCAAAAGT-CGAG-GCAA------CGTGCATTTGAATCT-AGTG-TT----T--AC-ATTG--AAC-AGT-A-CGAT-G-T-TTCGGTGAA
gi|23 : AACA----GTCTGGCTA-CATCAGACACT-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---GGGCATATACATG-CA-TA--AAT--A---ATA---AAAT-CA-G-GTAGAATTGACAGA--A------G-CCC--AGTGCATTTT----ACC-AAACC-TA-A--TTT--TAAAAA----A-
gi|24 : TT----A-AAT--------TTC---ATTA--T----TT-TT-TT-T-----T-TC-AG-AGCCAAGA-TTAATAACATGCAGTCTGACCATCATCAGATGTC-ATTCTTGTCACCTTC-TC-------C----T--TT---A------TGCATG-TA-TA--gcgtgttgacta
gi|25 : tcaaaccgccaaattggcatggtATCCGACGCC-A-TGCTG---------TC-------CTCATC--TT--------------TA-TA-TA--AAT--G---ATA---AGTT-CA-T-GCA----------A--A------A-TTT--AATATATTTT----AAC-TAACC-CG-A--TCT--TATATA----A-T-------------------CA----T----------------ATGG----AACCGAGGAT-CGTGAGC-ATGAA-T
gi|26 : tAACA----GTCTGGCTAT-ATCG-ACACT-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---GGGCATATACATG-CA-TA--AATTAATTTATA---A--T-CA-G--TAGAATGACAG-A--A------G-CCC--AGTGCCATTT----ACC-AAACC-TG-A--TTT--Tt
gi|27 : taT-TT-C-----TGTC-AG-ACTAGAGG-TTAATAACA----GTCCGGCCATCATCAGATGAC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TTTGTG-TA--A--AAT--T---GTA---AGttaa
gi|28 : tgAATT----AAA-A-TTTATT----A-AGT---------TC---ATTA--A----TG-TT-TT-T-----TTTCCAG-ACCCCAGA-TTAATAACC----GTCT-------------TGTC-A-CCTTC---------TC-------C----C--TT---A------TGCATG-TA-TA--cagcaactaattctgtgttgattttaaaa
gi|3 : ccaaattggcatgttttaTTTACA--T-TCAAGA-TTTC-A----CTAATAAG----TA-ACAAGTT----TTATTGAA-AC-AAAATGT-TT---TC-AA-AC-CC-C-A---A-TTGGC-A---------TGTT-----------TAATT------G-A-CTTAT-----A-AGT----------T---ATTA--T----TG-TT-TT-T------GTC-AA-ACTCGAT--TTAATAACA-----TCTAACCATAATTG-ATGCT-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---A------TGCATG-TA-AA--ATT--A---ATA---AGT-----A-GTA----------A--AT-----GCCCC--AGTGTGTTTT----ATT-AAACCATATA--TCTACTAAAGA----ACA-------------------AAAC--TTATAACAATAAATAAAACCGTATCAACCTAAAAT-ACAG-ATAAT--A-TCGACCA-T-GAATCGCAG-G-GT----T--AT-ATTG--AAC-AGTCATTAATCG-TGTGCGGTGCATGACTT--CAGTCC
gi|31 : caatAACAAAAA---A-A--T-TCAGAG---TC-A----C-----CG----TA-ACAA-TT----TTA--GAA-GC-AAAATGT-TA---CCAAA-CC-GC-A-A---A-ATGAT-AAGAT--ACCTtacaggactctcatctactcattctgtgtgtaagatctaaaaagtgacaaatacaacaatttgtaaaaattcgacagaacaataacaccagacttcggacatacacgacacaaaccggtcca
gi|32 : tgAATGATAACT-------AAGACCAAT--A-A--T-ACAA-G-ATTC-A----C-----AG----TA-ACAA-TG----TTT--GAA-GC-AAAATGT-TT---CCAAA-CT-AC-C-A---A-ATGAT-ATGAcatatgcatataga
gi|33 : aaaaccgAACA-T----------------ATCT----AACCAAAAAT-TAAG-AAAATGAA-TTGAACATT-GAATCA-AG-------------T-ATTG--AAC-AGT-ATTGAT-G-T-TTCTGTGAATTGTTT--CAGCc
gi|34 : CATT-GAATTG-AGTG-TT----T--AT-ATCG--AAT-AGT-AGCGAT-G-T-TTCGATGAATTGTTT--CAGCCC
gi|35 : tcgtaaggccacctAT-CGAA-TCAA--AACTCGATCTTT-GAATCG-AGCG-CT----T--------------------TCAAC-G-T-TTCGGTGAaa
gi|38 : catgtgttttaaaaatcgtAA-A-TTGACT----A-AGT---------TC---ATTA--T----TG-TT-TT-TGTTTTTTTC-AG-ACCCGAGA-TTAATAACA----GT
gi|39 : A-A--T-TTGAAG-AC-C-A----C-----AG----TC-ACAA-TT----TTA--AAA-GTAAAAATGT-TT---CC-AA----AC-C-ATATA-ATGGt
gi|4 : AATGATCACTT--TG-AAAGAAAAAATTA-A--T-TCAAAG-ATCC-A----C-----AG----TT-ATGA-CT----TCA--GAA-GC-AACATGT-TT---CC-AA-TC-AC-C-A---A-TTGGC-GAGTT--ACCTGTTGGCT-C---TGTAGGT----TAA-A-TTGATT----A-AGT--AATTAGTTCCATATTA--TA---TGCTT-TT-T-----TGTC-AG-ACTCGTGG-TTGATAACA----ATATGGCCATCACCAGAGGCC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TGCATG-TA-TA--AAT--G---ACA---AGTT-TA-A-GTA----------A--A------G-ACC--AATGTACTTT----ACC-AAACG-TG-A--TTTA-AAAAAA----A-A-------------------AAAC--T----------------ATCG----AACCGAAAAT-CAAG-GCAAGGAA-TCGAACATT-GAATCG-AGCG-TT----TAGAT-ATTG------AGT-ATCGAT-G-T-TCCGATGAATCGTTA--CGGCCC
gi|40 : TT-A----C-----TG----TA-ACAA-TTAATTTTA--GAA-GC-AAAATGT-TT---CCAAA-CC-GC-
gi|5 : aAAGAAAATTTTA-A--TCTCAAAG-ATTCTA----C-----AGACTGTA-ACAA-TT----TTA--GAC-GC-AAAATGTGTT---CA-AA-CC-CC-CGA---A-GTGGC-A------------TGG-T-T---TA-AATT----AAA-A-TTGATT----A-AGT--
gi|6 : ttaacccccatcctcgcaatcacgcactttaacgcatataccttatcctccccttcacgcattttaacgcatataccgtgtcctcgcaatcacgcactttaacgcaaattcattgcgctttggttaactaaaacgtcaaatctcgttgataagcgacaatgttgattttttttatggctgaaacttgcggaacacttcatgattacagactcgtttgcaaactgtgccagattcagtatttcaatttaaaagtttgT-TT---CC-AAACC-GC-C-A---A-GTGGT-AAGAT--GCTTTTGGGCT-C---TGTAGTC----TAA-A-CTGA---------GT--AC---GTTC---ATTA--T----TG-TT-TT-T------GTC-AG-ACTCGAGG-TTAA---------GTCTGGACATCATCAGATGCC-A-GCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TGCATG-TA-TA--AAT--A---ATA---CATT-CA-G-GTATG--------A--ATAATACG-TTA--CATGTATTTT----ACC-ATACC-TG-A--CTT--C---------A-A-------------------AAACG-T----------------TTCG----AA-TGAAAAT-CAAG-GCAATGAA-TCGAATATT-GAATCA-AGCG-TTTCAAT--AT-ATTA--AAC-AGT-AACGAT-G-T-TTCGGTGAATTGCTT--
gi|7 : AATGATA-TTT--CGTCGAGAATAATTTA-AATT-TCAAGG-ATTC-A----C-----AG----TA-ATAA-TT----TTA--AAA-GC-AAAATGT-TT---CC-AAACC-AC-C-A---A-ATGGT-AAGAT--GCCCATTGGCT-C---TGCAGTT----TAA-A-CTGCTTTTAAA-AAT--A----A--C---ATTA--T----TG--T-TT-C-----TGTC-AGAACTAGAGGTTTAATAACA----GTCCGGCCATCATCAGATGAC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TT--TG-TG-TA--AAT--T---GTA---A
gi|8 : aaaaacaT-T---TGTAGTT----TAA-C-TTGATC--------C--A----GTTC---ATTA--T----T--TG-TT-T-----TGTC-GG-AATCGAAGACTAATTACAAT--GTATG----TTATCCGACGCC-A-TGCTG---------TC-------CTCATC--TT--------------TA-TA-TA--AATG-A---ATA---AGTT-CATT-GCA----------A--A------T-TTT--AATATATTTT----AAC-TAACC-CG-A--TCT--TATATA----A-T-------------------CA----T----------------ATGGA---AACCGAGGAT-CGTGAGC-ATGAA-TTAAACGTT-AAATCG-AGCG-AT----T--AT-ACTGAAAACAAGT-ATCGAT-ATT-TTTGGTGAATAGTTT--CATCCagcagcaactaattctgtgttgattttaaaaac
gi|9 : TTC-A----C-----AG----TA-ACAA-TT----TTA--GAA-AC-AAAATGT-TT---CCGAA-CT-GC-C-A---A-ATAGT-AAGATATGCCTATTGGCT-CA--TGTA--------AA-A-CTTATC----A-AGT---------TC---ATTA--T----TG-CT-TT-T------GTC-AG-ACT-------------------ATCTGGCCATTATCGGACGCC-A-TCTTG---------TC-------C----C--TT---G------TGCATA-TA-TA--AAT--A---AAA---AGTT-AA-G-GTA----------A--A------G-CCC--AATGTATTTT----ACC-AAACC-TG-A--TTT--TAAAAA----ATG-------------------TACC--T----------------ACCGGGGTAATCAAAAAT-CGAG-GCAATGAA-TTGAACATT-
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TTTCAGTCCTAAGTCTTTTCATTATCATATTGTGTTGTAAGATAAAAAGTGACAAGAATGAACAATTTGTAAAATTCGATAGATGTGAATACACAGATTCGGGGGATACACTACGCAGAAAGCGGATCCAATCTTTGTCGTGTTCCTGCGAATAATCTAACGCAACACTAATTCAATCACAGGATGACTATTCATCAAACAAAATATGGATTTTTAAAAAATAGAATTCTTGTGAGAGTTTAACACA
Unaligned ( gi|16 ): TTAACCCCCATCCTCGCAATCACGCATTTTAACGCATATACCTTATCCTCGCCGTCACGCATTTTAACGCATATACCGTGTCCTCGCAATCACGCACTTTAACGCAATTTCATTGCGCTTTTGTTTTCACTACGTTATCTCGTTGATACAGCAAAAATTGATGATTTTTTATAGCTGAAAC
Unaligned ( gi|29 ): CACGGGATGACTATCAGCTGCCTAAAAAATATCTAAATGCGTATTTTTAAATAAAAAGGTCTTTAAAAAAATTCTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
Unaligned ( gi|30 ): GGGTTGTAAGTCAAATAAGTGACAAAAATGAACAATTTCCTAGATTTGATTGATAATGCCGACTGTTGCGAATATATGAATTCAGGGGAGACA
Unaligned ( gi|36 ): ATCTCGCATTTTAACATATTATAACGAATCTCGCATATACCGTGTCCTCGCAATCACGCACT
Unaligned ( gi|37 ): AAACCCCCATCCTCGCAAATCACGCATTTTAACGCATATATTAACCTTATCCTCGCCGTCA
Unaligned ( gi|41 ): CGGGCCCATTCTTTATCGTGTTCCTGTAACGGGAAA
Unaligned ( gi|42 ): AAAATGGAATGAGTTCCTTGTATTTTCAATT