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Reference ( family-2243 ) : TATAACCAT-AT-AAT-CTTAT-TAC-AT------A------AAT-GCG-A--------T-CTTAA--TCAAAACCAAACTGTGATGTGACTGTGATAT--T-TA-TTTT-----G-ATTT----AATAT--A-T---------G-TTG-------TTTTTAGTG-TCC-AA-T-----A-T---GTG-A--TGTGA-TA----A-AA--TG-CT-G----AA---A-TC------TNT-GTATCT----GCCAAA-AAT-CTA-TGT----GAAAC--------------ATGTG-AG-ATTGACAA----A--AT-T-TT-AT-TAT------GT-AT-AA-TTTGT-TTGT-A-TTAT----GCGTATAAT--GTGT-----T-GAGTCCTT----A--A-ATA-AAAT
gi|1 : AT-ATTAATTCTTATATAC-AT------A------CAT-GTA-AGTGTTGACT-CTTAGGTTTAAAAACATATT---------CT-TGATATG-T-TACTTTT-----G-ACTT----AACAT--A-TTGGTTTGTGG-TT--------TTTTTAGTGCTCC-AA-T-----AAT---GTG-A--TGTGA-AA----A-AA--TA-CT-G----AA---A-TC------T-------------GCCAAA-AAT-CTA-TGT----GAAATTGTTTTATCTTAA-ATGCG-AG-TTTG-TAA----A--ATAT-TT-AT-TAT------GT-TT-AA-------TTGT-G-TTAT-------T---AT--GTGT-----T-GAGTCC---------A-ACA-AAA
gi|10 : ttatggtttatccttaggatacttaaatattttactatagagtgttcaTAATGTGACTATGAAATAATATA-TTTT-----G-ATTT----AAAAC----T---------T-TTGGGGGA--TTTTTA-TG-CCCGAA-TTG---A-T---GGGGA--TG-GA-TA----A-AA--TA-ATCG----AACAAG-TC------TTTAGTAGCT----GCCAAA-AAT-CT---GT----GGAACTGTTTTAATCTTAAATGTG-AG-ATTGACAA----A--AT-TCTT-AT-TAT------TT-A--AA-TTT-T-TTGTCA-TTAT----GC------------T-----T-GAGTCCTT----A--AGATA-AAGT
gi|11 : gatcaaaattggaacgtccatcT-TTC-AT------A------AAT-GCG-A--------T-CTTAA--TCAAAACCAAACTATGATGTGACTGTGATAT--T-TA-TTTTT----G-ATTTTTAAAATAT----T---------G-TT--------TTTTTAGTG-TCC-AA-T-----A-T---GTG-A--TGTAA-TA----A-AA--TG-CT-G----AA---A-TA------TCT-GTATCTACCAGCCAAA-TAT-CTA-TAT------------------------TGTG-AG-ATTGACAA----AATAT-T-TT-AT-TAT------GT-AT-CA-TTTGT-TTGT-A-TTAT----GTGTA-----------------GAGACCTT----A--A-ATA-AAATtca
gi|12 : tAT-AT------A------AAT-ACG-A--------T-CTTAA--TCAAAACCAAACTGTGATGTGACTGTGATAT--T-TA-TTTTATTTTG-ATTT----AATAT----T---------G-TTGGTTTTTTTTTTTAGTG-TCC-AA-T-----A-T---GTG-A--TGTGA-TA----A-AA--TA-CT-G----AA---A-TC------CAT-GTATCT----GCCAAA-AAT-TTA-TGT----GAAA---------------ATGTG-AG-ATTGACAA----A--AT-T-TT-AT-TAT------GT-AT-GA-TTTGT-TTGT-A-TTAT----GCGTATAAT--GTGT-----T-GAGTCCtca
gi|13 : cATAACTGT-AT-AAA-CTTAT-TAC-AT------C------A-T-GCG-A--------T-CTTAA--TCAAAACCAAACAGTGATGTGACTGTGATAT--T-CA-TTTT-----G-ATTT----GATA-----------------TTG-------TTTTTAATG-TAC-AA-T-----A-T---GTG-A--TGTGA-TA----A-AA--TG-CT-A----AA---A-TC------TCT-GTATCT----GCCAAA-----------------------------------------AG-GCTGACAC----A--AT-T-TT-AT-TAT------GT-AT-AA-TTTGT-TTGT-A-TT-------------AT--GTGT-----T-GAGTCCTTTTAAA--A-ATA-AAA
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gi|15 : -ATTT----AAT-T--G-----------G-TTG-------ATTTGTGTG-TCC-AA-T-----A-----G-G-A--TGT-A-TA----A-AAAATG-CT-TCT--AA---A-TCG-----TTC-GTATCTT---GCCAACTAAT-CTA-TGT----TAA-C--------------ATGTG-AGCATTGACAA----C--AT-T-TT-AT-TAT----------C-AA-TTAGT-CGGT-A-TAATTACATCATTTAGT--GTATTAGTAT-GAGTCCTT----A--A-g
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gi|17 : taatgtgtaaattctagatagaataatgtagaaagtttgatttata----AA---C-TC------TCT-CTATCT----GCCATT-ATT-CTA-TGT----GAAAC--------------ATGTG-AG-ATTGACAA----A--AG-T-TT-AT-AAT------GT-AT-AA-TTTGT-GTGT-A-TTAT----GTGTA-----------------GAGTCCTG----A--A-ATA-AAca
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gi|4 : tttatgggttattccttggatacctgaacatacacagtgctTATAACAAT-AC-AAT-CTTAT-TAC-AT------G------ATT-GTG-A--------T-CTTAA--TTGAAAACATACTCTGATGTGATTGTG------T-TA-T----------A-------AAT-T--A-T-----------TTG-------TTTT-AGTG-TCC-AA-T-----A-TTATGTG-A--CGTGA-TA----A-AA--TA-CT-G----AA---A-TC------TTT-GGATCT----GCCAAA-AAT-CTA-CGT----GAAAC--------------ATGTG-AG-ATTGACAA----A--AT-T-TT-AT-TAT------CG-AT-AA-TTTGT-TTGC-A-TT-------------AT--GTGT-----T-GAATCCTT----A--A-ATT-AAATtc
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gi|8 : TAT-TAC-AT------A------AAT-GTG-A--------T-CTTAA--TCAAAACCAAACTGTGATGTGACTGTGATAT--T-TA-TTTT-----G-ATTT----AATAT--T-T---------G-TT---------TTTTAGTG-TCC-GA-T-----A-T---GTG-A--TATGA-TA----A-AA--T---------------------------------CT----GCAAAA-AAT-CGA-TGT----GGAAC----------------GTG-AG-ATTGACAA----A--AT-T-TT-AT-TAT------GT-GT-AA-TT--T-TTGT-A-TTAT----GT-TAT--T--GTGT-----T-GAGTTTTT----ATTA-ATA-AA
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Alignments
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Reference ( family-2243 ) : TATAACCAT-AT-AAT-CTTAT-TAC-AT------A------AAT-GCG-A--------T-CTTAA--TCAAAACCAAACTGTGATGTGACTGTGATAT--T-TA-TTTT-----G-ATTT----AA--TAT--T-G---TTG-------T-----TTTTAGTG-TCC-AA-T-----A-T---GTG-A--TGTGA-TA----A-AA--TG-CT-G----AA---A-TC------TNT-GTATCT----GCCAAA-AAT-CTA-TGT----GAAAC--------------ATGTG-AG-ATTGACAA----A--AT-T-TT-AT-TAT------GT-AT-AA-TTTGT-TTGT-A-TTAT----GCGTATAAT--GTGT-----T-GAGTCCTT----A--A-ATA-AAAT
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gi|23 : TTGTTAA----A--AT-T-CT-ATATAT------GTTAT-AA-TTTGT-TTGT-ATTTAT----GTGT----------T-----T-GAGTCCTT----A--A-ATATAAATtca
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gi|25 : tgaTGT-A-TTAT----GCGTATAAT--GTGT-----T-GAGTCACT----A--A-ATA-AAtca
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gi|4 : tttatgggttattccttggatacctgaacatacacagtgctTATAACAAT-AC-AAT-CTTAT-TAC-AT------G------ATT-GTG-A--------T-CTTAA--TTGAAAACATACTCTGATGTGATTGTG------T-TA-T------------------AA---AT--T-A---TTT-------G-----TTTTAGTG-TCC-AA-T-----A-TTATGTG-A--CGTGA-TA----A-AA--TA-CT-G----AA---A-TC------TTT-GGATCT----GCCAAA-AAT-CTA-CGT----GAAAC--------------ATGTG-AG-ATTGACAA----A--AT-T-TT-AT-TAT------CG-AT-AA-TTTGT-TTGC-A-TT-------------AT--GTGT-----T-GAATCCTT----A--A-ATT-AAATtc
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Reference ( family-2243 ) : TATAACCAT-AT-AAT-CTTAT-TAC-AT------A------AAT-GCG-A--------T-CTTAA--TCAAAACCAAACTGTGATGTGACTGTGATAT--T-TA-TTTT-----G-ATTT----AA--T--ATT-G--------T-T--------T--TTTTAGTG-TCC-AA-T-----A-T---GTG-A--TGTGA-TA----A-AA--TG-CT-G----AA---A-TC------TNT-GTATCT----GCCAAA-AAT-CTA-TGT----GAAAC--------------ATGTG-AG-ATTGACAA----A--AT-T-TT-AT-TAT------GT-AT-AA-TTTGT-TTGT-A-TTAT----GCGTATAAT--GTGT-----T-GAGTCCTT----A--A-ATA-AAAT
gi|1 : AT-ATTAATTCTTATATAC-AT------A------CAT-GTA-AGTGTTGACT-CTTAGGTTTAAAAACATATT---------CT-TGATATG-T-TACTTTT-----G-ACTT----AACAT--ATT-GGTTTGTGGT-T--------T--TTTTAGTGCTCC-AA-T-----AAT---GTG-A--TGTGA-AA----A-AA--TA-CT-G----AA---A-TC------T-------------GCCAAA-AAT-CTA-TGT----GAAATTGTTTTATCTTAA-ATGCG-AG-TTTG-TAA----A--ATAT-TT-AT-TAT------GT-TT-AA-------TTGT-G-TTAT-------T---AT--GTGT-----T-GAGTCC---------A-ACA-AAA
gi|10 : ttatggtttatccttaggatacttaaatattttactatagagtgttcaTAATGTGACTATGAAATAATATA-TTTT-----G-ATTT----AA--A--ACT-T--------T-TGGGGGA--T--TTTTA-TG-CCCGAA-TTG---A-T---GGGGA--TG-GA-TA----A-AA--TA-ATCG----AACAAG-TC------TTTAGTAGCT----GCCAAA-AAT-CT---GT----GGAACTGTTTTAATCTTAAATGTG-AG-ATTGACAA----A--AT-TCTT-AT-TAT------TT-A--AA-TTT-T-TTGTCA-TTAT----GC------------T-----T-GAGTCCTT----A--AGATA-AAGT
gi|11 : gatcaaaattggaacgtccatcT-TTC-AT------A------AAT-GCG-A--------T-CTTAA--TCAAAACCAAACTATGATGTGACTGTGATAT--T-TA-TTTTT----G-ATTTTTAAAA--T--ATT-G--------T-T--------T--TTTTAGTG-TCC-AA-T-----A-T---GTG-A--TGTAA-TA----A-AA--TG-CT-G----AA---A-TA------TCT-GTATCTACCAGCCAAA-TAT-CTA-TAT------------------------TGTG-AG-ATTGACAA----AATAT-T-TT-AT-TAT------GT-AT-CA-TTTGT-TTGT-A-TTAT----GTGTA-----------------GAGACCTT----A--A-ATA-AAATtca
gi|12 : tAT-AT------A------AAT-ACG-A--------T-CTTAA--TCAAAACCAAACTGTGATGTGACTGTGATAT--T-TA-TTTTATTTTG-ATTT----AA--T--ATT-G--------T-TGGTTTTTTT--TTTTAGTG-TCC-AA-T-----A-T---GTG-A--TGTGA-TA----A-AA--TA-CT-G----AA---A-TC------CAT-GTATCT----GCCAAA-AAT-TTA-TGT----GAAA---------------ATGTG-AG-ATTGACAA----A--AT-T-TT-AT-TAT------GT-AT-GA-TTTGT-TTGT-A-TTAT----GCGTATAAT--GTGT-----T-GAGTCCtca
gi|13 : cATAACTGT-AT-AAA-CTTAT-TAC-AT------C------A-T-GCG-A--------T-CTTAA--TCAAAACCAAACAGTGATGTGACTGTGATAT--T-CA-TTTT-----G-ATTT----GA--T--ATT-G-------------------T--TTTTAATG-TAC-AA-T-----A-T---GTG-A--TGTGA-TA----A-AA--TG-CT-A----AA---A-TC------TCT-GTATCT----GCCAAA-----------------------------------------AG-GCTGACAC----A--AT-T-TT-AT-TAT------GT-AT-AA-TTTGT-TTGT-A-TT-------------AT--GTGT-----T-GAGTCCTTTTAAA--A-ATA-AAA
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gi|15 : -ATTT----AA--TTGGTT-G--------A-T--------T--TGT--GTG-TCC-AA-T-----A-----G-G-A--TGT-A-TA----A-AAAATG-CT-TCT--AA---A-TCG-----TTC-GTATCTT---GCCAACTAAT-CTA-TGT----TAA-C--------------ATGTG-AGCATTGACAA----C--AT-T-TT-AT-TAT----------C-AA-TTAGT-CGGT-A-TAATTACATCATTTAGT--GTATTAGTAT-GAGTCCTT----A--A-g
gi|16 : CAAA-AATTCTA-AGT----GAAAC--------------ATGCG-AG-ATTGACAA----A--TT-T-TT-AT-TATGTACTAGT-AT-AA-TTTGT-TTGC-A-TTGT----GTGTATTAT--ATGT-----T-AAGTCCTT----A--A-ATtga
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gi|20 : ttatggtttatccttaggatacttaaaatattttactatagagtgcttG-TCC-AA-T-----A-T---GTG-A--TGTGA-TA----A-AA--TG-CT-G----AA---T-TC------TCT-GTATCT----GCCAAA-AAT-CTA-CGT----GAAAC--------------ATGAGCGG-ATCTTCAAGACTA--AT-T-TTGAT-TAaac
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gi|24 : -TAT------GC-AT-A--TTTGTATTGT-A-TT-T----ATGTATTATCAGTGT-----T-GAGTCCTT----A--A-ATA-AAATtc
gi|25 : tgaTGT-A-TTAT----GCGTATAAT--GTGT-----T-GAGTCACT----A--A-ATA-AAtca
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gi|4 : tttatgggttattccttggatacctgaacatacacagtgctTATAACAAT-AC-AAT-CTTAT-TAC-AT------G------ATT-GTG-A--------T-CTTAA--TTGAAAACATACTCTGATGTGATTGTG------T-TA-T------------------AA-----ATT-A--------T-T--------TG-TTTTAGTG-TCC-AA-T-----A-TTATGTG-A--CGTGA-TA----A-AA--TA-CT-G----AA---A-TC------TTT-GGATCT----GCCAAA-AAT-CTA-CGT----GAAAC--------------ATGTG-AG-ATTGACAA----A--AT-T-TT-AT-TAT------CG-AT-AA-TTTGT-TTGC-A-TT-------------AT--GTGT-----T-GAATCCTT----A--A-ATT-AAATtc
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gi|7 : TATAACCAT-AT-AAT-CTTAT-TAC-AT------A------AAT-GCG-A--------T-CTTAA--TCAAAATCAAACTGTGTTGTGACTGTGATAT--T-TA-TTTTATTTTG-ATAT----AA--T--ATT-G--------T-T--------T--TT--AGTG-CCC-AA-T-----A-T---GTG-A--TGTGA-TA----A-AA--AG-CT-G----AA---A-TC------CAC-GTATCT----GCCAAA-AAT-CTA-TGT----GAAAC--------------ATGTG-AG-ATTGACAA----C--AT-T-TT-AT-TAT------GT-AT-GA-TTTGT-TTGT-A-TTAT----GCGTATAAT--GTGT-----T-GAGTCCTT----A--A-ATA-AAATtc
gi|8 : TAT-TAC-AT------A------AAT-GTG-A--------T-CTTAA--TCAAAACCAAACTGTGATGTGACTGTGATAT--T-TA-TTTT-----G-ATTT----AA--T--ATT-T--------G-T--------T--TTTTAGTG-TCC-GA-T-----A-T---GTG-A--TATGA-TA----A-AA--T---------------------------------CT----GCAAAA-AAT-CGA-TGT----GGAAC----------------GTG-AG-ATTGACAA----A--AT-T-TT-AT-TAT------GT-GT-AA-TT--T-TTGT-A-TTAT----GT-TAT--T--GTGT-----T-GAGTTTTT----ATTA-ATA-AA
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