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lowQualScore                  :          .         ...  .....            .    .  ............      .. . .    .. .....        .........   .   .      ..........................                .       ............         . .   ....................................................................        ..      ..   .         ..    .......................       .   .       . .    . ..   .     .     .   ....   .     .    .  .  .                     ..     .       ....... .           .  ..         ..          .  . ..    ...     .  .  .................    ..   .       ..                   .          ..       .......   .. . .  .             .    ........       .  .           . .............    .             ..    .              .       . ....     ..       .      .    .........                     ....... .         .  . .  .  .      .  
lowQualScore                  :          8         888  66666            2    3  777777777777      22 3 0    55 33333        333333333   0   0      00000000000000000000000000                0       000000000000         0 0   00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000        00      00   0         00    00000000000000000000000       0   0       0 0    0 00   0     0     0   0000   0     0    0  0  0                     00     0       0000000 0           0  00         00          5  0 55    000     7  3  00000000000000000    77   0       33                   7          33       0000000   33 7 0  7             3    77777777       0  0           0 0000000000000    0             33    3              0       7 3333     00       3      3    000000000                     5555555 2         5  0 2  2  0      2  
consensus                     :         CATGGCACGAG---CG-----GGGCTCGAACTCACGAC-CT---------CCCGGTTGC-GAAG-CGAA--CA-CTCTAACCACT-TA-G-TTGGACCGGTTGGATCTNAANTCGTTATATNAATATCNAAACGCAGTGTGAAAGTTTATTCTTGTGTGTTAGAGATTGGATGAAACTGGTCACT-----TCGCTTTTATAGATATAACTCAACCGGTATTGTGAGAAGTT-----------TTAAGAATATGAATGGGTTCGAAAAAT-AATTCTATTTCATTTGTGCATGATTATTCCCATCTGTTCTTG-ATGGATAGAATATCCCGTCAC-CAGACACATCTTGTATAGCCTTATCTGGATGTGAAGGTGTCGCTTGTACCTTCGGTTGTGACGTCTGACAGACCTTGTGTGGTGAGTGAAATCT-ATGGACGTCTCATACAGTGGTGGACTCTTTACCGGACACNCGCTNNACGACAAACTGAAAGGTA----CA-GNCCGG----ATGGNCTACAGGGAATC--ACACCGTCACAGAGGACGGGGACCTCCTGT--TTATAGACGA-CGCAATNAANTCCGTAAGTTAACATCAGACGGG----A---TCACCACAACTCCTCACAACAGACNNNGNAGCANGNCTGTATTCCACTCCTCCCG--CATT-AACGGCGACATACTGGTGGGGAGTC-TGATGGGAGAGTGACGAGGTACG-ACAG-----GAC-GGACGGGAACTCCAGGTCATT----GAGAGGGACGATAAGGGACAGAGTT-TGTATGGAA
Reference ( gi|2 )            :         CGTGGCACGAG---CG-----GGGCTCGAACTCGCGAC-CT---------CAGGGTTGC-AATG-CGAA--CT-CCGTAACCACT-TA-G-TTAGACAGGT-AGATTTT--TTT--TATATC--TACTGAA---CAGTGTGAAAGTTTATCCTTGTGT-----AGCTTG-ATGAAACTGATTACTGTTAGTTACCTGTATATAGATA--CCAACCAGCATTAT-AGAAGTTATGAACTTTCTTTAAAGA----AATGGGTTATAAAAATTGATTTTATTTCATTATTGCA-GATCCT--CCATTT--TCTTATATGGATA-AATCTCCCGTCGCGCAGATA--TCTAGTATAACCTTACCTG--T-TGATGGTGTTGCTTTTATCT-CGGTTGTGACGTCTGACAGAC--TGTGT-GTGAGTG-GTTCTGACGGACGTCTCATGCA--GGTGGACTC--TACCGGACACGTGATACATGAAAGACTGAGAGATA----CA-GTCTTGGG--ATGGCTTACTGGGAATC--ACACCGTCACAGAGGACGGAGACCTCCTGT--TTATAGAGAATTACAATAGAGTACGCAAGTTAACATCAGACGGG----A---TCACCAC-ACCCCTCACAACAGGCAGGTTTCCAT-TATGTA-TCCACTCCTCCCG--CATT-AACGGCGACATACTAGTGGGGAGTTCTGATGGGAGAGTGACGCGGTACG-ACAG-----GACTGGACGGGAACTCCAGGTCATT----GCGAAGGACGATAAGGGTCAGAGTT-TGTATGAAA
gi|16                         :         CATGGCATGAG---CG-----GAGCTCGAACTCACAAC-CT---------CTTGGTTGC-GAAG-TGAA--
gi|20                         :      agcCATGGCACGAG---AGT----GGGCTCGAACTCACGAA-CT---------CCCGGTTGC-GAT
gi|22                         :        cCATGTCACGAG---CG-----GGGTTCGAACTCGCAAC-C
gi|12                         : gacgcggcCATGGCACGAGGCTCGGAGAAGGGCTCAAACTCACAAT-CT---------CCCGGTTAC-GAAG-CAAA--C
gi|1                          :        gtGTGGCACAGG---TG-----GG-CT-GGACTC-CGAAACT---------CCCGGTTTC-AATGTCGAA--ATGCTGTAACAACTGTATG-TT-GACCGGTTAGATCTT--TTTGTTA-ATCAATATCAAAACGCAGTGTGAAAGTTTATTCTTGTGTGTTAGAGATTGGATGAAACTGGTCACT-----TCGCTTTTATAGATATAACTCAACCGGTATTGTGAGAAGTT-----------TTAAGAATATGAATGGGTTCGAAAAAT-AATTCTATTTCATTTGTGCATGATTATTCCCATCTGTTCTTG-ATGGATAGAATATCCCGTCAC-CAGACACATCTTGTATAGCCTTATCTGGATGTGAAGGTGTCGCTTGTACCTTCGGTTGTGACGTCTGACAGACCTTGTGTGGTGAGTGAAATCT-ATGGACGTCTCATACAGTGGTGGACTCTTTACCGGACACTCGCTTCATGACA-ACTGAAAG-TG----CCTGTCCAAAGATATGGTCGGCAGGGAATTCAATACCGTCACAGTGGACGGTGACCTCCTATTATTATAGA----CGCACCTGAATACGCAAGTTAACATCAA--GGGTACCG---TCACCACAACTCCTCACAACAAACACTATAGCATGTCTGTATTCCACTCCTCTCGGTAATTAAACTGTGACATACTGGTGGGGA-TTTT-ATGGG---GTGACG-AGTACGAACAG-----GAC-GGACGGGAACTCCAGGTCATTTTGAGC-AAGGACGATAA-GGTC-GAGTTCTGTATAGAA
gi|7                          :     acagctTGGCACGAG---TG-----GGGCTTAGACTCACGAC-CTCCCCGTTACCATGGTTAC-GAAG-CGAA--CA-CTTT-ACCAC
gi|19                         :           TGACACGAG---CG-----CGGCTCAAACTCACATC-CT---------CTCGGTCAC-GAAG-CGAA--Cgcagattcc
gi|6                          :            GACATGAG---TG-----GGGCTCGAACTCGCAAC-CT---------CCTGATTGC-AAAG-CAAA--CA-CTCTAACCACT----G---GGACTGGT-GGATTTGAAATC--TATATA--TATTCAA---Cg
gi|13                         :                        G-----GGATTCGAACGCACGGC-CT---------TTTTGTTGC-AAAG-CGAA--CA-CTCTACCCACT-GA-G-ttat
gi|15                         :                              aGACTCGAACTGACAAC-CT---------CTCCGCTAC-GAAG-CGAA--CA-CTTTAACCACT-caacc
gi|10                         :                                agtCGATCTCACGAC-CT---------CCCGGTTGC-GAAG-CAAAGGCT-C--TAACTACA-TG-GATTGGAga
gi|14                         :                          atgccacgaCGAATTCACGAC-CT---------CCATGTTGTGAACG-C-AA--CG-CTCTAACCACT-aat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CCGGACACGTACTAAACGACAAACTAAAAGATAGAACCA-GGCT------ATGGCCTACAGCGAATC--ACACCGTCACAGAGGACGGGGACCTCCTGT--TTATAGATAA--A-AATGAACTCCGTAAGTTAACATCAGACGGG----ACCGTCACCAC-ACTCCTCACAACAGACTGGGGAGCAA-ACTGTA-TCCACTCCTCCCG--CATT-AACGGCGACATACTGGTGGGGAGTCATGTTGGGAGAGTGACGAGGTACG-ACAGGACAG-----GACGGGAACTCCAGGTCATT----GAGAGGGACGATAAGGGACAGAGTT-TGTATGAgaactggcg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GAGAGGTA----GA-ACCTGGTC--ATGGATTACAGGGAGTC--ACACTGTAACAGAGGAAGGGGACCTTCTGT--TCACAGACGACTTCGATAAAGTCCGTAAGTTAACATCAGACGGG----A---t
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CCCA--CATT-AACGGCGACATACTGGTGGGGAGT---AATACGAAAGTGACGAGGTACG-ATAG-----GACAGGACGGGAACTACAGGTCATT----GAGAGGGACAATAAGGGACAGCCAT-TGTATGGAAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GGGAACTCCAGGTCATT----GAGAGGGACGATAAGGGGCATAATT-TGTACGG
9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): CGAGCAGGACTCAAACTCACAACCTCCTGGTTGCGAAACGAATGTTCTAACCAATGACCTACCGCGA
Unaligned ( gi|9 ): GCACAAGCGGGACTTGAGCCCATAATCTCCCGATAGTGAGGCAAAAATTCTAACCTCTGGGCTATC
Unaligned ( gi|11 ): ATGACAAGAGTAGAGATCGAATTCAACGACCTCCGGTTGCGAAATGAAAGCTCTAGCCACT
Unaligned ( gi|17 ): GCACAAGGGGGACACAAACTCACGACCTCCATCTTACGGTTACGAAGCGA
Unaligned ( gi|21 ): GTTACCAAGCGAACGCTTTACCACCGAGATACCATGACCGG
Unaligned ( gi|23 ): ATGCCACGAGTGGGGCCAAATTCACGACTTCCACGCTA
Unaligned ( gi|24 ): CTCTAGATAACCATAATTGCGTCCGGTGGAGGTTTTG
Unaligned ( gi|25 ): AACTCAAATTCTATGTTCACTGAGCAGGTGT
Unaligned ( gi|26 ): TCACGACCTCCCGGTTGCGAAGCGAAGG






Alignments
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consensus                     :        CATGGCACGAG---CG-G-----GGCTCGAACTCA-CGAC-CTCC------C---------GGTTGCGAAG-CG-AA-CGCTCTAACCACT-TA-G-TTGGACCGG-TAGATTT----TT-TTATATC-ATATCGAAACGCAGTGTGAAAGTTTATCCTTGTGTGTTAGAGNTTGGATGAAACTGGTCACTGTTAGTCGCCTNTATANANATAACCCAACCGGCATTGTGAGAAGTTATGAACTTTCTTTAAGGATATGAATGGGTTNNAAAAATTGATTCTATTTCATTNNTGCATGATCNTTCCCATCTGTTCTTGTATGGATAGAATNTCCCGTCGCGCAGACACATCTNGTATAGCCTTACCTGGATGTGANGGTGTCGCTTNTACCTTCGGTTGTGACGTCTGACAGACCTTGTGTGGTGAGTGAGNTCTGACGGACGTCTCATGCAGTGGTGGACTCTTTACCGGACACGCGCTACACGACAAACTGAGAGATANAGCCC--GGNN--ATGGCCTACAGGGAATC--ACACCGTCACAGAGGACGGGGACCTCCTGT--TTATAGACGA--C-NCAATAGAGTNCGCAAGTTAACATCAGACGGG----A---TCACCAC-ACTCCTCACAACAGACAGGNTAGCAT-TCTGTA-TCCACTCCTCCCG--CATT-AACGGCGACATACTGGTGGGGAG-TC-TGATGGGAGAGTGACGAGGTACG-ACAGGACAGGACGGGAACTCCAGGTCA--TTGAG-AGGGACGATAAGGGACAGAGTT-TGTATGGAA
Reference ( family-2239 )     :        CATGGCACGAG---CG-G-----GGCTCGAACTCA-CGAC-CTCC------C---------GGTTGCGAAG-CG-AA-CACTCTAACCACT-TA-G-TTGGACCGGTTGGATCTNAANTCGTTATATNAATATCNAAACGCAGTGTGAAAGTTTATTCTTGTGTGTTAGAGATTGGATGAAACTGGTCACT-----TCGCTTTTATAGATATAACTCAACCGGTATTGTGAGAAGT-----------TTTAAGAATATGAATGGGTTCGAAAAA-TAATTCTATTTCATTTGTGCATGATTATTCCCATCTGTTCTTG-ATGGATAGAATATCCCGTCAC-CAGACACATCTTGTATAGCCTTATCTGGATGTGAAGGTGTCGCTTGTACCTTCGGTTGTGACGTCTGACAGACCTTGTGTGGTGAGTGAAATCT-ATGGACGTCTCATACAGTGGTGGACTCTTTACCGGACACNCGCTNNACGACAAACTGAAAGGTACAGNCC--GG----ATGGNCTACAGGGAATC--ACACCGTCACAGAGGACGGGGACCTCCTGT--TTATAGACGA--C-GCAATNAANTCCGTAAGTTAACATCAGACGGG----A---TCACCACAACTCCTCACAACAGACNNNGNAGCANGNCTGTATTCCACTCCTCCCG--CATT-AACGGCGACATACTGGTGGGGAG-TC-TGATGGGAGAGTGACGAGGTACG-ACAGGAC-GGACGGGAACTCCAGGTCA--TTGAG-AGGGACGATAAGGGACAGAGTT-TGTATGGAA
gi|1                          :          TGGCACAGG---TG-G-----G-CT-GGACTC--CGAAACTCC------C---------GGTTTCAATGTCG-AAATGCTGTAACAACTGTATG-TTG-ACCGGTTAGATCTT--TTTGTTA-ATCAATATCAAAACGCAGTGTGAAAGTTTATTCTTGTGTGTTAGAGATTGGATGAAACTGGTCACT-----TCGCTTTTATAGATATAACTCAACCGGTATTGTGAGAAGT-----------TTTAAGAATATGAATGGGTTCGAAAAA-TAATTCTATTTCATTTGTGCATGATTATTCCCATCTGTTCTTG-ATGGATAGAATATCCCGTCAC-CAGACACATCTTGTATAGCCTTATCTGGATGTGAAGGTGTCGCTTGTACCTTCGGTTGTGACGTCTGACAGACCTTGTGTGGTGAGTGAAATCT-ATGGACGTCTCATACAGTGGTGGACTCTTTACCGGACACTCGCTTCATGAC-AACTGAAAGTGCCTGTCC--AAAGATATGGTCGGCAGGGAATTCAATACCGTCACAGTGGACGGTGACCTCCTATTATTATA---GA--C-GCACCTGAATACGCAAGTTAACATCAA--GGGTACCG---TCACCACAACTCCTCACAACAAACACTATAGCATGTCTGTATTCCACTCCTCTCGGTAATTAAACTGTGACATACTGGTGGGGA--TT-TTATGGG---GTGACGA-GTACGAACAGGAC-GGACGGGAACTCCAGGTCATTTTGAGCAAGGACGATAAGG--TCGAGTTCTGTATAGAA
gi|10                         :  acagctgATGCCACGA-----------------CGATCTCA-CGAC-CTCC------C---------GGTTGCGAAG-CA-AA-GGCTCTAACTACA-TG-GATTGGA
gi|11                         :         ATGACAAGAG---TA-G-----AGATCGAATTCAACGAC-CTCC----------------GGTTGCGAAA-TG-AA-AGCTCTAGCCACT-aat
gi|12                         :        CATGGCACGAGGCTCG-GAGAAGGGCTCAAACTCA-CAAT-CTCC------C---------GGTTACGAAG-CA-AA-C
gi|13                         :                     gtG-G-----GATTCGAACGCA-CGGC-CTTT------T---------TGTTGCAAAG-CG-AA-CACTCTACCCACT-GA-G-
gi|14                         :                                  aCGAATTCA-CGAC-CTCC------A---------TGTTGTGAA--CGCAA-CGCTCTAACCACT-GA-A-CTGGcaacc
gi|15                         :                          -----GACTCGAACTGA-CAAC-CTCT------C---------CGCTACGAAG-CG-AA-CACTTTAACCACT-cg
gi|16                         :     agtCATGGCATGAG---CG-G-----AGCTCGAACTCA-CAAC-CTCT------T---------GGTTGCGAAG-TG-AA-ga
gi|17                         :         agcGCACAAG---GG-G-----GACACAAACTCA-CGAC-CTCCATCTTAC---------GGTTACGAAG-CG-A
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GGGAACTCCAGGTCA--TTGAG-AGGGACGATAAGGGGCATAATT-TGTACGGA
gi|19                         :          TGACACGAG---CG-C-----GGCTCAAACTCA-CATC-CTCT------C---------GGTCACGAAG-CG-AA-C
gi|2                          :        CGTGGCACGAG---CG-G-----GGCTCGAACTCG-CGAC-CTCA------G---------GGTTGCAATG-CG-AA-CTCCGTAACCACT-TA-G-TTAGACAGG-TAGATTT----TTTTTATATC--TACTGAA---CAGTGTGAAAGTTTATCCTTGTGT-----AGCTT-GATGAAACTGATTACTGTTAGTTACCTGTATATAGATA--CCAACCAGCATTAT-AGAAGTTATGAACTTTCTTTAAAGA----AATGGGTTATAAAAATTGATTTTATTTCATTATTGCA-GATCCT--CCATT--TTCTTATATGGATA-AATCTCCCGTCGCGCAG--ATATCTAGTATAACCTTACCTG--T-TGATGGTGTTGCTTTTATC-TCGGTTGTGACGTCTGACAGAC--TGTGT-GTGAGTG-GTTCTGACGGACGTCTCATGCA--GGTGGACTC--TACCGGACACGTGATACATGAAAGACTGAGAGATACAGTCTTGGG----ATGGCTTACTGGGAATC--ACACCGTCACAGAGGACGGAGACCTCCTGT--TTATAGA-GAATT-ACAATAGAGTACGCAAGTTAACATCAGACGGG----A---TCACCAC-ACCCCTCACAACAGGCAGGTTTCCAT-TATGTA-TCCACTCCTCCCG--CATT-AACGGCGACATACTAGTGGGGAGTTC-TGATGGGAGAGTGACGCGGTACG-ACAGGACTGGACGGGAACTCCAGGTCA--TTGCG-AAGGACGATAAGGGTCAGAGTT-TGTATGAAAg
gi|20                         :        CATGGCACGAG---AGTG-----GGCTCGAACTCA-CGAA-CTCC------C---------GGTTGCGA
gi|22                         :       cCATGTCACGAG---CG-G-----GGTTCGAACTCG-CAAC-Ct
gi|23                         : gacgcggcATGCCACGAG---TG-G-----GGC-CAAATTCA-CGAC-TTCC------
gi|26                         :                                        TCA-CGAC-CTCC------C---------GGTTGCGAAG-CG-AA-acgcta
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CCGGACACGTACTAAACGACAAACTAAAAGATAGAACCA--GGCT--ATGGCCTACAGCGAATC--ACACCGTCACAGAGGACGGGGACCTCCTGT--TTATAGATAA--A---AATGAACTCCGTAAGTTAACATCAGACGGG----ACCGTCACCAC-ACTCCTCACAACAGACTGGGGAGCAA-ACTGTA-TCCACTCCTCCCG--CATT-AACGGCGACATACTGGTGGGGAG-TCATGTTGGGAGAGTGACGAGGTACG-ACAGGACAGGACGGGAACTCCAGGTCA--TTGAG-AGGGACGATAAGGGACAGAGTT-TGTATGAAgg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GAGAGGTAGAACCT--GGTC--ATGGATTACAGGGAGTC--ACACTGTAACAGAGGAAGGGGACCTTCTGT--TCACAGACGA--CTTCGATAAAGTCCGTAAGTTAACATCAGACGGG----A---t
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CCCA--CATT-AACGGCGACATACTGGTGGGGAG-T---AATACGAAAGTGACGAGGTACG-ATAGGACAGGACGGGAACTACAGGTCA--TTGAG-AGGGACAATAAGGGACAGCCAT-TGTATGGAAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|6                          :           GACATGAG---TG-G-----GGCTCGAACTCG-CAAC-CTCC------T---------GATTGCAAAG-CA-AA-CACTCTAACCACT----G---GGACTGG-TGGATTTGAAATC--TATAT--ATATTCAA
gi|7                          :          TGGCACGAG---TG-G-----GGCTTAGACTCA-CGAC-CTCC------CCGTTACCATGGTTACGAAG-CG-AA-CACTTT-ACCACcttat
gi|8                          :               CGAG---CA-G-----GACTCAAACTCA-CAAC-CTCC------T---------GGTTGCGAAA-CG-AA-TGTTCTAACCAgcagattcc
gi|9                          :            GCACAAG---CG-G-----GACTTGAGCCCA-TAAT-CTCC------C---------GATAGTGAGG-CA-AA-AATTCTAACCTCT-atgacctaccgcga
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GTTACCAAGCGAACGCTTTACCACCGAGATACCATGACCGG
Unaligned ( gi|24 ): CTCTAGATAACCATAATTGCGTCCGGTGGAGGTTTTG
Unaligned ( gi|25 ): AACTCAAATTCTATGTTCACTGAGCAGGTGT






Alignments
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consensus                     :        CATGGCACGAG---CG-G-----GGCTCGAACTCA-CGAC-CTCC------C---------GGTTGCGAAG-CG-AA-CGCTCTAACCACT-TA-G-TTGGACCGGT-AGATTTT---TTT-AT--ATCA-TATCGAAACGCAGTGTGAAAGTTTATCCTTGTGTGTTAGAGNTTGGATGAAACTGGTCACTGTTAGTCGCCTNTATANANATAACCCAACCGGCATTGTGAGAAGTTATGAACTTTCTTTAAGGATATGAATGGGTTNNAAAAATTGATTCTATTTCATTNNTGCATGATCNTTCCCATCTGTTCTTGTATGGATAGAATNTCCCGTCGCGCAGACACATCTNGTATAGCCTTACCTGGATGTGANGGTGTCGCTTNTACCTTCGGTTGTGACGTCTGACAGACCTTGTGTGGTGAGTGAGNTCTGACGGACGTCTCATGCAGTGGTGGACTCTTTACCGGACACGCGCTACACGACAAACTGAGAGATAGAGCCTG------GNTATGGCCTACAGGGAATC--ACACCGTCACAGAGGACGGGGACCTCCTGT--TTATAGACG-A--C-NCAATAGAGTNCGCAAGTTAACATCAGACGGG----A---TCACCAC-ACTCCTCACAACAGACAGGNTAGCAT-TCTGTA-TCCACTCCTCCCG--CATT-AACGGCGACATACTGGTGGGGAG-TC-TGATGGGAGAGTGACGAGGTACG-ACAGGACAGGACGGGAACTCCAGGTCA--TTGAG-AGGGACGATAAGGGACAGAGTT-TGTATGGAA
Reference ( family-2239 )     :        CATGGCACGAG---CG-G-----GGCTCGAACTCA-CGAC-CTCC------C---------GGTTGCGAAG-CG-AA-CGCTCTAACCACT-TA-G-TTGGACCGGT-AGATTTT---TTT-AT--ATCA-TATCGAAACGCAGTGTGAAAGTTTATCCTTGTGTGTTAGAGNTTGGATGAAACTGGTCACTGTTAGTCGCCTNTATANANATAACCCAACCGGCATTGTGAGAAGTTATGAACTTTCTTTAAGGATATGAATGGGTTNNAAAAATTGATTCTATTTCATTNNTGCATGATCNTTCCCATCTGTTCTTGTATGGATAGAATNTCCCGTCGCGCAGACACATCTNGTATAGCCTTACCTGGATGTGANGGTGTCGCTTNTACCTTCGGTTGTGACGTCTGACAGACCTTGTGTGGTGAGTGAGNTCTGACGGACGTCTCATGCAGTGGTGGACTCTTTACCGGACACGCGCTACACGACAAACTGAGAGATANAGCCCG------GNNATGGCCTACAGGGAATC--ACACCGTCACAGAGGACGGGGACCTCCTGT--TTATAGACG-A--C-NCAATAGAGTNCGCAAGTTAACATCAGACGGG----A---TCACCAC-ACTCCTCACAACAGACAGGNTAGCAT-TCTGTA-TCCACTCCTCCCG--CATT-AACGGCGACATACTGGTGGGGAG-TC-TGATGGGAGAGTGACGAGGTACG-ACAGGACAGGACGGGAACTCCAGGTCA--TTGAG-AGGGACGATAAGGGACAGAGTT-TGTATGGAA
gi|1                          :          TGGCACAGG---TG-G-----G-CT-GGACTC--CGAAACTCC------C---------GGTTTCAATGTCG-AAATGCTGTAACAACTGTATG-TTG-ACCGGTTAGATCTT---TTT-GTTAATCAATATCAAAACGCAGTGTGAAAGTTTATTCTTGTGTGTTAGAGATTGGATGAAACTGGTCACT-----TCGCTTTTATAGATATAACTCAACCGGTATTGTGAGAAGTT-----------TTAAGAATATGAATGGGTTCGAAAAAT-AATTCTATTTCATTTGTGCATGATTATTCCCATCTGTTCTTG-ATGGATAGAATATCCCGTCAC-CAGACACATCTTGTATAGCCTTATCTGGATGTGAAGGTGTCGCTTGTACCTTCGGTTGTGACGTCTGACAGACCTTGTGTGGTGAGTGAAATCT-ATGGACGTCTCATACAGTGGTGGACTCTTTACCGGACACTCGCTTCATGAC-AACTGAAAG-T---GCCTGTCCAAAGATATGGTCGGCAGGGAATTCAATACCGTCACAGTGGACGGTGACCTCCTATTATTATAGACGCA--C-CT----GAATACGCAAGTTAACATCAA--GGGTACCG---TCACCACAACTCCTCACAACAAACACTATAGCATGTCTGTATTCCACTCCTCTCGGTAATTAAACTGTGACATACTGGTGGGGA--TT-TTATGGG---GTGACGA-GTACGAACAGGAC-GGACGGGAACTCCAGGTCATTTTGAGCAAGGACGATAAGG--TCGAGTTCTGTATAGAA
gi|10                         :  acagctgATGCCACGA-----------------CGATCTCA-CGAC-CTCC------C---------GGTTGCGAAG-CA-AA-GGCTCTAACTACA-TG-GATTGGA
gi|11                         :         ATGACAAGAG---TA-G-----AGATCGAATTCAACGAC-CTCC----------------GGTTGCGAAA-TG-AA-AGCTCTAGCCACT-aat
gi|12                         :        CATGGCACGAGGCTCG-GAGAAGGGCTCAAACTCA-CAAT-CTCC------C---------GGTTACGAAG-CA-AA-C
gi|13                         :                     gtG-G-----GATTCGAACGCA-CGGC-CTTT------T---------TGTTGCAAAG-CG-AA-CACTCTACCCACT-GA-G-
gi|14                         :                                  aCGAATTCA-CGAC-CTCC------A---------TGTTGTGAA--CGCAA-CGCTCTAACCACT-GA-A-CTGGcaacc
gi|15                         :                          -----GACTCGAACTGA-CAAC-CTCT------C---------CGCTACGAAG-CG-AA-CACTTTAACCACT-cg
gi|16                         :     agtCATGGCATGAG---CG-G-----AGCTCGAACTCA-CAAC-CTCT------T---------GGTTGCGAAG-TG-AA-ga
gi|17                         :         agcGCACAAG---GG-G-----GACACAAACTCA-CGAC-CTCCATCTTAC---------GGTTACGAAG-CG-A
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GGGAACTCCAGGTCA--TTGAG-AGGGACGATAAGGGGCATAATT-TGTACGGA
gi|19                         :          TGACACGAG---CG-C-----GGCTCAAACTCA-CATC-CTCT------C---------GGTCACGAAG-CG-AA-CG
gi|2                          :        CGTGGCACGAG---CG-G-----GGCTCGAACTCG-CGAC-CTCA------G---------GGTTGCAATG-CG-AA-CTCCGTAACCACT-TA-G-TTAGACAGGT-AGATTTT---TTTTAT--ATC--TACTGAA---CAGTGTGAAAGTTTATCCTTGTGT-----AGCTTG-ATGAAACTGATTACTGTTAGTTACCTGTATATAGATA--CCAACCAGCATTAT-AGAAGTTATGAACTTTCTTTAAAGA----AATGGGTTATAAAAATTGATTTTATTTCATTATTGCA-GATCCT--CCATTT--TCTTATATGGATA-AATCTCCCGTCGCGCAGATA--TCTAGTATAACCTTACCTG--T-TGATGGTGTTGCTTTTATCT-CGGTTGTGACGTCTGACAGAC--TGTGTG-TGAGTG-GTTCTGACGGACGTCTCATGCAG--GTGGACTCT--ACCGGACACGTGATACATGAAAGACTGAGAGATACAGTCTT------GGGATGGCTTACTGGGAATC--ACACCGTCACAGAGGACGGAGACCTCCTGT--TTATAGA-G-AATT-ACAATAGAGTACGCAAGTTAACATCAGACGGG----A---TCACCAC-ACCCCTCACAACAGGCAGGTTTCCAT-TATGTA-TCCACTCCTCCCG--CATT-AACGGCGACATACTAGTGGGGAGTTC-TGATGGGAGAGTGACGCGGTACG-ACAGGACTGGACGGGAACTCCAGGTCA--TTGCG-AAGGACGATAAGGGTCAGAGTT-TGTATGAAA
gi|20                         :        CATGGCACGAG---AGTG-----GGCTCGAACTCA-CGAA-CTCC------C---------GGTTGCGA
gi|22                         :       cCATGTCACGAG---CG-G-----GGTTCGAACTCG-CAAC-Ct
gi|23                         : gacgcggcATGCCACGAG---TG-G-----GGC-CAAATTCA-CGAC-TTCC------
gi|26                         :                                        TCA-CGAC-CTCC------C---------GGTTGCGAAG-CG-AA-acgcta
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            CCGGACACGTACTAAACGACAAACTAAAAGATAGAACCAG------GCTATGGCCTACAGCGAATC--ACACCGTCACAGAGGACGGGGACCTCCTGT--TTATAGATA-A--A---AATGAACTCCGTAAGTTAACATCAGACGGG----ACCGTCACCAC-ACTCCTCACAACAGACTGGGGAGCAA-ACTGTA-TCCACTCCTCCCG--CATT-AACGGCGACATACTGGTGGGGAG-TCATGTTGGGAGAGTGACGAGGTACG-ACAGGACAGGACGGGAACTCCAGGTCA--TTGAG-AGGGACGATAAGGGACAGAGTT-TGTATGAAgg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GAGAGGTAGAACCTG------GTCATGGATTACAGGGAGTC--ACACTGTAACAGAGGAAGGGGACCTTCTGT--TCACAGACG-A--CTTCGATAAAGTCCGTAAGTTAACATCAGACGGG----A---t
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CCCA--CATT-AACGGCGACATACTGGTGGGGAG-T---AATACGAAAGTGACGAGGTACG-ATAGGACAGGACGGGAACTACAGGTCA--TTGAG-AGGGACAATAAGGGACAGCCAT-TGTATGGAAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|6                          :           GACATGAG---TG-G-----GGCTCGAACTCG-CAAC-CTCC------T---------GATTGCAAAG-CA-AA-CACTCTAACCACT----G---GGACTGGT-GGATTTGAAATCT-AT--AT-A-TAT
gi|7                          :          TGGCACGAG---TG-G-----GGCTTAGACTCA-CGAC-CTCC------CCGTTACCATGGTTACGAAG-CG-AA-CACTTT-ACCACtcaacttat
gi|8                          :               CGAG---CA-G-----GACTCAAACTCA-CAAC-CTCC------T---------GGTTGCGAAA-CG-AA-TGTTCTAACCAgcagattcc
gi|9                          :            GCACAAG---CG-G-----GACTTGAGCCCA-TAAT-CTCC------C---------GATAGTGAGG-CA-AA-AATTCTAACCTCT-atgacctaccgcga
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GTTACCAAGCGAACGCTTTACCACCGAGATACCATGACCGG
Unaligned ( gi|24 ): CTCTAGATAACCATAATTGCGTCCGGTGGAGGTTTTG
Unaligned ( gi|25 ): AACTCAAATTCTATGTTCACTGAGCAGGTGT






Alignments
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lowQualScore                  :                   .... . .....            .    .    ................          .  .  .             .......     .   .       ................       ...                        .....  .   .               .....      .    . .   ..              .       ...........       ....        ..      .              ..    .    . ..      ..     .       .   .         .      ..   .               ....   .          .     .                     ..      .      . .   .                 ..         ..          .      .   .         . ..      ...... ..    .            ..                   .          ..       ...........  .  . .                .    ........       .                   .      .      .             ..    .                      ..... .     ..        .     .       .                   ..     .              .       .         
lowQualScore                  :                   0000 5 99999            1    1    4444444444444444          5  5  7             9999999     7   3       3333333333333333       555                        55555  0   0               55555      0    0 0   00              0       00000000000       0000        00      5              00    5    0 00      00     5       0   0         0      00   0               0000   0          0     5                     00      0      5 0   0                 00         55          7      7   3         0 88      888888 88    2            88                   2          88       55555555555  8  2 0                2    55555555       3                   0      3      3             88    0                      00000 2     55        5     0       8                   00     0              0       0         
consensus                     :        CATGGCACGAG---CG-G-----GGCTCGAACTCA-CGAC-CTCC------C---------GGTTGCGAAG-CG-AA-CGCTCTAACCACT-TA-G-TTGGACCGGT-AGATTTT---TTT-AT--ATCA-TATCGAAACGCAGTGTGAAAGTTTATCCTTGTGTGTTAGAGNTTGGATGAAACTGGTCACTGTTAGTCGCCTNTATANANATAACCCAACCGGCATTGTGAGAAGTTATGAACTTTCTTTAAGGATATGAATGGGTTNNAAAAATTGATTCTATTTCATTNNTGCATGATCNTTCCCATCTGTTCTTGTATGGATAGAATNTCCCGTCGCGCAGACACATCTNGTATAGCCTTACCTGGATGTGANGGTGTCGCTTNTACCTTCGGTTGTGACGTCTGACAGACCTTGTGTGGTGAGTGAGNTCTGACGGACGTCTCATGCAGTGGTGGACTCTTTACCGGACACGCGCTACACGACAAACTGAGAGATAGAGCCTG------GNTATGGCCTACAGGGAATC--ACACCGTCACAGAGGACGGGGACCTCCTGT--TTATAGACG-A--C-NCGATAGAGTNCGCAAGTTAACATCAGACGGG----A---TCACCAC-ACTCCTCACAACAGACAGGNTAGCAT-TCTGTA-TCCACTCCTCCCG--CATT-AACGGCGACATACTGGTGGGGAG-TC-TGATGGGAGAGTGACGAGGTACG-ACAGGACAGGACGGGAACTCCAGGTCA--TTGAG-AGGGACGATAAGGGACAGAGTT-TGTATGGAA
Reference ( family-2239 )     :        CATGGCACGAG---CG-G-----GGCTCGAACTCA-CGAC-CTCC------C---------GGTTGCGAAG-CG-AA-CGCTCTAACCACT-TA-G-TTGGACCGGT-AGATTTT---TTT-AT--ATCA-TATCGAAACGCAGTGTGAAAGTTTATCCTTGTGTGTTAGAGNTTGGATGAAACTGGTCACTGTTAGTCGCCTNTATANANATAACCCAACCGGCATTGTGAGAAGTTATGAACTTTCTTTAAGGATATGAATGGGTTNNAAAAATTGATTCTATTTCATTNNTGCATGATCNTTCCCATCTGTTCTTGTATGGATAGAATNTCCCGTCGCGCAGACACATCTNGTATAGCCTTACCTGGATGTGANGGTGTCGCTTNTACCTTCGGTTGTGACGTCTGACAGACCTTGTGTGGTGAGTGAGNTCTGACGGACGTCTCATGCAGTGGTGGACTCTTTACCGGACACGCGCTACACGACAAACTGAGAGATAGAGCCTG------GNTATGGCCTACAGGGAATC--ACACCGTCACAGAGGACGGGGACCTCCTGT--TTATAGACG-A--C-NCAATAGAGTNCGCAAGTTAACATCAGACGGG----A---TCACCAC-ACTCCTCACAACAGACAGGNTAGCAT-TCTGTA-TCCACTCCTCCCG--CATT-AACGGCGACATACTGGTGGGGAG-TC-TGATGGGAGAGTGACGAGGTACG-ACAGGACAGGACGGGAACTCCAGGTCA--TTGAG-AGGGACGATAAGGGACAGAGTT-TGTATGGAA
gi|1                          :          TGGCACAGG---TG-G-----G-CT-GGACTC--CGAAACTCC------C---------GGTTTCAATGTCG-AAATGCTGTAACAACTGTATG-TTG-ACCGGTTAGATCTT---TTT-GTTAATCAATATCAAAACGCAGTGTGAAAGTTTATTCTTGTGTGTTAGAGATTGGATGAAACTGGTCACT-----TCGCTTTTATAGATATAACTCAACCGGTATTGTGAGAAGTT-----------TTAAGAATATGAATGGGTTCGAAAAAT-AATTCTATTTCATTTGTGCATGATTATTCCCATCTGTTCTTG-ATGGATAGAATATCCCGTCAC-CAGACACATCTTGTATAGCCTTATCTGGATGTGAAGGTGTCGCTTGTACCTTCGGTTGTGACGTCTGACAGACCTTGTGTGGTGAGTGAAATCT-ATGGACGTCTCATACAGTGGTGGACTCTTTACCGGACACTCGCTTCATGAC-AACTGAAAG-T---GCCTGTCCAAAGATATGGTCGGCAGGGAATTCAATACCGTCACAGTGGACGGTGACCTCCTATTATTATAGACGCA--C-CT----GAATACGCAAGTTAACATCAA--GGGTACCG---TCACCACAACTCCTCACAACAAACACTATAGCATGTCTGTATTCCACTCCTCTCGGTAATTAAACTGTGACATACTGGTGGGGA--TT-TTATGGG---GTGACGA-GTACGAACAGGAC-GGACGGGAACTCCAGGTCATTTTGAGCAAGGACGATAAGG--TCGAGTTCTGTATAGAA
gi|10                         :  acagctgATGCCACGA-----------------CGATCTCA-CGAC-CTCC------C---------GGTTGCGAAG-CA-AA-GGCTCTAACTACA-TG-GATTGGA
gi|11                         :         ATGACAAGAG---TA-G-----AGATCGAATTCAACGAC-CTCC----------------GGTTGCGAAA-TG-AA-AGCTCTAGCCACT-aat
gi|12                         :        CATGGCACGAGGCTCG-GAGAAGGGCTCAAACTCA-CAAT-CTCC------C---------GGTTACGAAG-CA-AA-C
gi|13                         :                     gtG-G-----GATTCGAACGCA-CGGC-CTTT------T---------TGTTGCAAAG-CG-AA-CACTCTACCCACT-GA-G-
gi|14                         :                                  aCGAATTCA-CGAC-CTCC------A---------TGTTGTGAA--CGCAA-CGCTCTAACCACT-GA-A-CTGGcaacc
gi|15                         :                          -----GACTCGAACTGA-CAAC-CTCT------C---------CGCTACGAAG-CG-AA-CACTTTAACCACT-cg
gi|16                         :     agtCATGGCATGAG---CG-G-----AGCTCGAACTCA-CAAC-CTCT------T---------GGTTGCGAAG-TG-AA-ga
gi|17                         :         agcGCACAAG---GG-G-----GACACAAACTCA-CGAC-CTCCATCTTAC---------GGTTACGAAG-CG-A
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GGGAACTCCAGGTCA--TTGAG-AGGGACGATAAGGGGCATAATT-TGTACGGA
gi|19                         :          TGACACGAG---CG-C-----GGCTCAAACTCA-CATC-CTCT------C---------GGTCACGAAG-CG-AA-CG
gi|2                          :        CGTGGCACGAG---CG-G-----GGCTCGAACTCG-CGAC-CTCA------G---------GGTTGCAATG-CG-AA-CTCCGTAACCACT-TA-G-TTAGACAGGT-AGATTTT---TTTTAT--ATC--TACTGAA---CAGTGTGAAAGTTTATCCTTGTGT-----AGCTTG-ATGAAACTGATTACTGTTAGTTACCTGTATATAGATA--CCAACCAGCATTAT-AGAAGTTATGAACTTTCTTTAAAGA----AATGGGTTATAAAAATTGATTTTATTTCATTATTGCA-GATCCT--CCATTT--TCTTATATGGATA-AATCTCCCGTCGCGCAGATA--TCTAGTATAACCTTACCTG--T-TGATGGTGTTGCTTTTATCT-CGGTTGTGACGTCTGACAGAC--TGTGTG-TGAGTG-GTTCTGACGGACGTCTCATGCAG--GTGGACTCT--ACCGGACACGTGATACATGAAAGACTGAGAGATACAGTCTT------GGGATGGCTTACTGGGAATC--ACACCGTCACAGAGGACGGAGACCTCCTGT--TTATAGA-G-AATT-ACAATAGAGTACGCAAGTTAACATCAGACGGG----A---TCACCAC-ACCCCTCACAACAGGCAGGTTTCCAT-TATGTA-TCCACTCCTCCCG--CATT-AACGGCGACATACTAGTGGGGAGTTC-TGATGGGAGAGTGACGCGGTACG-ACAGGACTGGACGGGAACTCCAGGTCA--TTGCG-AAGGACGATAAGGGTCAGAGTT-TGTATGAAA
gi|20                         :        CATGGCACGAG---AGTG-----GGCTCGAACTCA-CGAA-CTCC------C---------GGTTGCGA
gi|22                         :       cCATGTCACGAG---CG-G-----GGTTCGAACTCG-CAAC-Ct
gi|23                         : gacgcggcATGCCACGAG---TG-G-----GGC-CAAATTCA-CGAC-TTCC------
gi|26                         :                                        TCA-CGAC-CTCC------C---------GGTTGCGAAG-CG-AA-acgcta
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            CCGGACACGTACTAAACGACAAACTAAAAGATAGAACCAG------GCTATGGCCTACAGCGAATC--ACACCGTCACAGAGGACGGGGACCTCCTGT--TTATAGATA-A-----AAATGAACTCCGTAAGTTAACATCAGACGGG----ACCGTCACCAC-ACTCCTCACAACAGACTGGGGAGCAA-ACTGTA-TCCACTCCTCCCG--CATT-AACGGCGACATACTGGTGGGGAG-TCATGTTGGGAGAGTGACGAGGTACG-ACAGGACAGGACGGGAACTCCAGGTCA--TTGAG-AGGGACGATAAGGGACAGAGTT-TGTATGAAgg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GAGAGGTAGAACCTG------GTCATGGATTACAGGGAGTC--ACACTGTAACAGAGGAAGGGGACCTTCTGT--TCACAGACG-A--CTTCGATAAAGTCCGTAAGTTAACATCAGACGGG----A---t
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CCCA--CATT-AACGGCGACATACTGGTGGGGAG-T---AATACGAAAGTGACGAGGTACG-ATAGGACAGGACGGGAACTACAGGTCA--TTGAG-AGGGACAATAAGGGACAGCCAT-TGTATGGAAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|6                          :           GACATGAG---TG-G-----GGCTCGAACTCG-CAAC-CTCC------T---------GATTGCAAAG-CA-AA-CACTCTAACCACT----G---GGACTGGT-GGATTTGAAATCT-AT--AT-A-TAT
gi|7                          :          TGGCACGAG---TG-G-----GGCTTAGACTCA-CGAC-CTCC------CCGTTACCATGGTTACGAAG-CG-AA-CACTTT-ACCACtcaacttat
gi|8                          :               CGAG---CA-G-----GACTCAAACTCA-CAAC-CTCC------T---------GGTTGCGAAA-CG-AA-TGTTCTAACCAgcagattcc
gi|9                          :            GCACAAG---CG-G-----GACTTGAGCCCA-TAAT-CTCC------C---------GATAGTGAGG-CA-AA-AATTCTAACCTCT-atgacctaccgcga
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GTTACCAAGCGAACGCTTTACCACCGAGATACCATGACCGG
Unaligned ( gi|24 ): CTCTAGATAACCATAATTGCGTCCGGTGGAGGTTTTG
Unaligned ( gi|25 ): AACTCAAATTCTATGTTCACTGAGCAGGTGT






Alignments
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lowQualScore                  :                   .... . .....            .    .    ................          .  .  .             .......     .   .       ................       ...                        .....  .   .               .....      .    . .   ..              .       ...........       ....        ..      .              ..    .    . ..      ..     .       .   .         .      ..   .               ....   .          .     .                     ..      .      . .   .                 ..         ..          .      .   .         . ..      ...... ..    .            ..                   .          ..       ...........  .  . .                .    ........       .                   .      .      .             ..    .                      ..... .     ..        .     .       .                   ..     .              .       .         
lowQualScore                  :                   0000 5 99999            1    1    4444444444444444          5  5  7             9999999     7   3       3333333333333333       555                        55555  0   0               55555      0    0 0   00              0       00000000000       0000        00      5              00    5    0 00      00     5       0   0         0      00   0               0000   0          0     5                     00      0      5 0   0                 00         55          7      7   3         0 88      888888 88    2            88                   2          88       88888888888  8  2 0                2    55555555       3                   0      3      3             88    0                      00000 2     55        5     0       8                   00     0              0       0         
consensus                     :        CATGGCACGAG---CG-G-----GGCTCGAACTCA-CGAC-CTCC------C---------GGTTGCGAAG-CG-AA-CGCTCTAACCACT-TA-G-TTGGACCGGT-AGATTTT---TTT-AT--ATCA-TATCGAAACGCAGTGTGAAAGTTTATCCTTGTGTGTTAGAGNTTGGATGAAACTGGTCACTGTTAGTCGCCTNTATANANATAACCCAACCGGCATTGTGAGAAGTTATGAACTTTCTTTAAGGATATGAATGGGTTNNAAAAATTGATTCTATTTCATTNNTGCATGATCNTTCCCATCTGTTCTTGTATGGATAGAATNTCCCGTCGCGCAGACACATCTNGTATAGCCTTACCTGGATGTGANGGTGTCGCTTNTACCTTCGGTTGTGACGTCTGACAGACCTTGTGTGGTGAGTGAGNTCTGACGGACGTCTCATGCAGTGGTGGACTCTTTACCGGACACGCGCTACACGACAAACTGAGAGATAGAGCCTG------GNTATGGCCTACAGGGAATC--ACACCGTCACAGAGGACGGGGACCTCCTGT--TTATAGACG-A--C-NCGATAGAGTNCGCAAGTTAACATCAGACGGG----A---TCACCAC-ACTCCTCACAACAGACAGGNTAGCAT-TCTGTA-TCCACTCCTCCCG--CATT-AACGGCGACATACTGGTGGGGAG-TC-TGATGGGAGAGTGACGAGGTACG-ACAGGACAGGACGGGAACTCCAGGTCA--TTGAG-AGGGACGATAAGGGACAGAGTT-TGTATGGAA
Reference ( family-2239 )     :        CATGGCACGAG---CG-G-----GGCTCGAACTCA-CGAC-CTCC------C---------GGTTGCGAAG-CG-AA-CGCTCTAACCACT-TA-G-TTGGACCGGT-AGATTTT---TTT-AT--ATCA-TATCGAAACGCAGTGTGAAAGTTTATCCTTGTGTGTTAGAGNTTGGATGAAACTGGTCACTGTTAGTCGCCTNTATANANATAACCCAACCGGCATTGTGAGAAGTTATGAACTTTCTTTAAGGATATGAATGGGTTNNAAAAATTGATTCTATTTCATTNNTGCATGATCNTTCCCATCTGTTCTTGTATGGATAGAATNTCCCGTCGCGCAGACACATCTNGTATAGCCTTACCTGGATGTGANGGTGTCGCTTNTACCTTCGGTTGTGACGTCTGACAGACCTTGTGTGGTGAGTGAGNTCTGACGGACGTCTCATGCAGTGGTGGACTCTTTACCGGACACGCGCTACACGACAAACTGAGAGATAGAGCCTG------GNTATGGCCTACAGGGAATC--ACACCGTCACAGAGGACGGGGACCTCCTGT--TTATAGACG-A--C-NCGATAGAGTNCGCAAGTTAACATCAGACGGG----A---TCACCAC-ACTCCTCACAACAGACAGGNTAGCAT-TCTGTA-TCCACTCCTCCCG--CATT-AACGGCGACATACTGGTGGGGAG-TC-TGATGGGAGAGTGACGAGGTACG-ACAGGACAGGACGGGAACTCCAGGTCA--TTGAG-AGGGACGATAAGGGACAGAGTT-TGTATGGAA
gi|1                          :          TGGCACAGG---TG-G-----G-CT-GGACTC--CGAAACTCC------C---------GGTTTCAATGTCG-AAATGCTGTAACAACTGTATG-TTG-ACCGGTTAGATCTT---TTT-GTTAATCAATATCAAAACGCAGTGTGAAAGTTTATTCTTGTGTGTTAGAGATTGGATGAAACTGGTCACT-----TCGCTTTTATAGATATAACTCAACCGGTATTGTGAGAAGTT-----------TTAAGAATATGAATGGGTTCGAAAAAT-AATTCTATTTCATTTGTGCATGATTATTCCCATCTGTTCTTG-ATGGATAGAATATCCCGTCAC-CAGACACATCTTGTATAGCCTTATCTGGATGTGAAGGTGTCGCTTGTACCTTCGGTTGTGACGTCTGACAGACCTTGTGTGGTGAGTGAAATCT-ATGGACGTCTCATACAGTGGTGGACTCTTTACCGGACACTCGCTTCATGAC-AACTGAAAG-T---GCCTGTCCAAAGATATGGTCGGCAGGGAATTCAATACCGTCACAGTGGACGGTGACCTCCTATTATTATAGACGCA--C-CT----GAATACGCAAGTTAACATCAA--GGGTACCG---TCACCACAACTCCTCACAACAAACACTATAGCATGTCTGTATTCCACTCCTCTCGGTAATTAAACTGTGACATACTGGTGGGGA--TT-TTATGGG---GTGACGA-GTACGAACAGGAC-GGACGGGAACTCCAGGTCATTTTGAGCAAGGACGATAAGG--TCGAGTTCTGTATAGAA
gi|10                         :  acagctgATGCCACGA-----------------CGATCTCA-CGAC-CTCC------C---------GGTTGCGAAG-CA-AA-GGCTCTAACTACA-TG-GATTGGA
gi|11                         :         ATGACAAGAG---TA-G-----AGATCGAATTCAACGAC-CTCC----------------GGTTGCGAAA-TG-AA-AGCTCTAGCCACT-aat
gi|12                         :        CATGGCACGAGGCTCG-GAGAAGGGCTCAAACTCA-CAAT-CTCC------C---------GGTTACGAAG-CA-AA-C
gi|13                         :                     gtG-G-----GATTCGAACGCA-CGGC-CTTT------T---------TGTTGCAAAG-CG-AA-CACTCTACCCACT-GA-G-
gi|14                         :                                  aCGAATTCA-CGAC-CTCC------A---------TGTTGTGAA--CGCAA-CGCTCTAACCACT-GA-A-CTGGcaacc
gi|15                         :                          -----GACTCGAACTGA-CAAC-CTCT------C---------CGCTACGAAG-CG-AA-CACTTTAACCACT-cg
gi|16                         :     agtCATGGCATGAG---CG-G-----AGCTCGAACTCA-CAAC-CTCT------T---------GGTTGCGAAG-TG-AA-ga
gi|17                         :         agcGCACAAG---GG-G-----GACACAAACTCA-CGAC-CTCCATCTTAC---------GGTTACGAAG-CG-A
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GGGAACTCCAGGTCA--TTGAG-AGGGACGATAAGGGGCATAATT-TGTACGGA
gi|19                         :          TGACACGAG---CG-C-----GGCTCAAACTCA-CATC-CTCT------C---------GGTCACGAAG-CG-AA-CG
gi|2                          :        CGTGGCACGAG---CG-G-----GGCTCGAACTCG-CGAC-CTCA------G---------GGTTGCAATG-CG-AA-CTCCGTAACCACT-TA-G-TTAGACAGGT-AGATTTT---TTTTAT--ATC--TACTGAA---CAGTGTGAAAGTTTATCCTTGTGT-----AGCTTG-ATGAAACTGATTACTGTTAGTTACCTGTATATAGATA--CCAACCAGCATTAT-AGAAGTTATGAACTTTCTTTAAAGA----AATGGGTTATAAAAATTGATTTTATTTCATTATTGCA-GATCCT--CCATTT--TCTTATATGGATA-AATCTCCCGTCGCGCAGATA--TCTAGTATAACCTTACCTG--T-TGATGGTGTTGCTTTTATCT-CGGTTGTGACGTCTGACAGAC--TGTGTG-TGAGTG-GTTCTGACGGACGTCTCATGCAG--GTGGACTCT--ACCGGACACGTGATACATGAAAGACTGAGAGATACAGTCTT------GGGATGGCTTACTGGGAATC--ACACCGTCACAGAGGACGGAGACCTCCTGT--TTATAGA-G-AATT-ACAATAGAGTACGCAAGTTAACATCAGACGGG----A---TCACCAC-ACCCCTCACAACAGGCAGGTTTCCAT-TATGTA-TCCACTCCTCCCG--CATT-AACGGCGACATACTAGTGGGGAGTTC-TGATGGGAGAGTGACGCGGTACG-ACAGGACTGGACGGGAACTCCAGGTCA--TTGCG-AAGGACGATAAGGGTCAGAGTT-TGTATGAAA
gi|20                         :        CATGGCACGAG---AGTG-----GGCTCGAACTCA-CGAA-CTCC------C---------GGTTGCGA
gi|22                         :       cCATGTCACGAG---CG-G-----GGTTCGAACTCG-CAAC-Ct
gi|23                         : gacgcggcATGCCACGAG---TG-G-----GGC-CAAATTCA-CGAC-TTCC------
gi|26                         :                                        TCA-CGAC-CTCC------C---------GGTTGCGAAG-CG-AA-acgcta
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            CCGGACACGTACTAAACGACAAACTAAAAGATAGAACCAG------GCTATGGCCTACAGCGAATC--ACACCGTCACAGAGGACGGGGACCTCCTGT--TTATAGATA-A--A-A--ATGAACTCCGTAAGTTAACATCAGACGGG----ACCGTCACCAC-ACTCCTCACAACAGACTGGGGAGCAA-ACTGTA-TCCACTCCTCCCG--CATT-AACGGCGACATACTGGTGGGGAG-TCATGTTGGGAGAGTGACGAGGTACG-ACAGGACAGGACGGGAACTCCAGGTCA--TTGAG-AGGGACGATAAGGGACAGAGTT-TGTATGAAgg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GAGAGGTAGAACCTG------GTCATGGATTACAGGGAGTC--ACACTGTAACAGAGGAAGGGGACCTTCTGT--TCACAGACG-A--CTTCGATAAAGTCCGTAAGTTAACATCAGACGGG----A---t
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CCCA--CATT-AACGGCGACATACTGGTGGGGAG-T---AATACGAAAGTGACGAGGTACG-ATAGGACAGGACGGGAACTACAGGTCA--TTGAG-AGGGACAATAAGGGACAGCCAT-TGTATGGAAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|6                          :           GACATGAG---TG-G-----GGCTCGAACTCG-CAAC-CTCC------T---------GATTGCAAAG-CA-AA-CACTCTAACCACT----G---GGACTGGT-GGATTTGAAATCT-AT--AT-A-TAT
gi|7                          :          TGGCACGAG---TG-G-----GGCTTAGACTCA-CGAC-CTCC------CCGTTACCATGGTTACGAAG-CG-AA-CACTTT-ACCACtcaacttat
gi|8                          :               CGAG---CA-G-----GACTCAAACTCA-CAAC-CTCC------T---------GGTTGCGAAA-CG-AA-TGTTCTAACCAgcagattcc
gi|9                          :            GCACAAG---CG-G-----GACTTGAGCCCA-TAAT-CTCC------C---------GATAGTGAGG-CA-AA-AATTCTAACCTCT-atgacctaccgcga


blockSeqs                     :                   GCTC T AGAAG            A    .    CCGTTACCAT                .  C  .             TGGAT       A   .       AAATCTATATA            .                          .      C   .               GTTAG      G    T G   .               .       ATGAACTTTCT       .           AT      T              AT    .    C .       .      T       .   C         G      .    A               T      T          T     .                     .       .      . T   G                 .          .                      A         A AC      .      GG                 .                               .        GAATTACA          A                A    ACCG           .                   T      .      .             .     .                      GTTC        AG        G     .       T                   .      .              G       .
blockSeqs                     :                   T    . .                .    .    ATCTTAC                   .  .  .             GAAC        T   .       TTTTATATC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            A         A AG      .      CT                 .                               .        CGACTTCG          C                A    A              .                   G      .      .             .     .                      GTCA        AG        G     .       A                   .      .              T       .
blockSeqs                     :                   C    . .                .    .    C                         .  .  .             TAGT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   G AG      .      TC                 .                               .        TAAAA             C                A    A                                                              .     .                      GT          AA        G     .       A                   .      .              A       .
blockSeqs                     :                   G    . .                .    .    C                         .  .  .             G                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               .      .              A       .
blockSeqs                     :                   C    . .                .    .    T                         .  .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :                   C    . .                .    .    A                         .  .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :                   A    . .                .    .    C                         .  .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :                   C    . .                .    .    T                         .  .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :                   T    . .                .    .    C                         .  .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :                   T    . .                .    .    G                         .  .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :                   T    . .                .    .    C                         .  .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|24 ): CTCTAGATAACCATAATTGCGTCCGGTGGAGGTTTTG
Unaligned ( gi|25 ): AACTCAAATTCTATGTTCACTGAGCAGGTGT






Alignments
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lowQualScore                  :                   5555 2 55555            2    2    5555555555555555          2  2  2            3  77777777777   0   3       9999999999999999       000                        66666  1   5               66666      1    1 1   88              5       44444444444       4444        22      5              22    5    1 88      88     5       5   1         5      88   1               4444   1          1     5                     88      5      5 1   5                 88         88          0      0   7         7 55      888888 11    0            33                   0          33       55555555555  0  0 1                3    33333333       3                   1      3      3             33    0                      00000 0     33        2     0       9                   11     8              4       8         
lowQualScore                  :                   .... . .....            .    .    ................          .  .  .            .  ...........   .   .       ................       ...                        .....  .   .               .....      .    . .   ..              .       ...........       ....        ..      .              ..    .    . ..      ..     .       .   .         .      ..   .               ....   .          .     .                     ..      .      . .   .                 ..         ..          .      .   .         . ..      ...... ..    .            ..                   .          ..       ...........  .  . .                .    ........       .                   .      .      .             ..    .                      ..... .     ..        .     .       .                   ..     .              .       .         
lowQualScore                  :                   0000 5 99999            1    1    4444444444444444          4  4  5            3  77777777777   2   3       3333333333333333       555                        55555  0   0               55555      0    0 0   00              0       00000000000       0000        00      5              00    5    0 00      00     5       0   0         0      00   0               0000   0          0     5                     00      0      5 0   0                 00         55          7      7   3         0 88      888888 88    2            88                   2          88       88888888888  8  2 0                2    55555555       3                   0      3      3             88    0                      00000 2     55        5     0       8                   00     0              0       0         
consensus                     :        CATGGCACGAG---CG-G-----GGCTCGAACTCA-CGAC-CTCC------C---------GGTTGCGAAG-CG-AA-CGCTCTAACCAC-TGA--GTTG----GACCGGT-AGATTTT---TTT-AT--ATCA-TATCGAAACGCAGTGTGAAAGTTTATCCTTGTGTGTTAGAGNTTGGATGAAACTGGTCACTGTTAGTCGCCTNTATANANATAACCCAACCGGCATTGTGAGAAGTTATGAACTTTCTTTAAGGATATGAATGGGTTNNAAAAATTGATTCTATTTCATTNNTGCATGATCNTTCCCATCTGTTCTTGTATGGATAGAATNTCCCGTCGCGCAGACACATCTNGTATAGCCTTACCTGGATGTGANGGTGTCGCTTNTACCTTCGGTTGTGACGTCTGACAGACCTTGTGTGGTGAGTGAGNTCTGACGGACGTCTCATGCAGTGGTGGACTCTTTACCGGACACGCGCTACACGACAAACTGAGAGATAGAGCCTG------GNTATGGCCTACAGGGAATC--ACACCGTCACAGAGGACGGGGACCTCCTGT--TTATAGACG-A--C-NCGATAGAGTNCGCAAGTTAACATCAGACGGG----A---TCACCAC-ACTCCTCACAACAGACAGGNTAGCAT-TCTGTA-TCCACTCCTCCCG--CATT-AACGGCGACATACTGGTGGGGAG-TC-TGATGGGAGAGTGACGAGGTACG-ACAGGACAGGACGGGAACTCCAGGTCA--TTGAG-AGGGACGATAAGGGACAGAGTT-TGTATGGAA
Reference ( family-2239 )     :        CATGGCACGAG---CG-G-----GGCTCGAACTCA-CGAC-CTCC------C---------GGTTGCGAAG-CG-AA-CGCTCTAACCAC-TGG--GTTG----GACCGGT-AGATTTT---TTT-AT--ATCA-TATCGAAACGCAGTGTGAAAGTTTATCCTTGTGTGTTAGAGNTTGGATGAAACTGGTCACTGTTAGTCGCCTNTATANANATAACCCAACCGGCATTGTGAGAAGTTATGAACTTTCTTTAAGGATATGAATGGGTTNNAAAAATTGATTCTATTTCATTNNTGCATGATCNTTCCCATCTGTTCTTGTATGGATAGAATNTCCCGTCGCGCAGACACATCTNGTATAGCCTTACCTGGATGTGANGGTGTCGCTTNTACCTTCGGTTGTGACGTCTGACAGACCTTGTGTGGTGAGTGAGNTCTGACGGACGTCTCATGCAGTGGTGGACTCTTTACCGGACACGCGCTACACGACAAACTGAGAGATAGAGCCTG------GNTATGGCCTACAGGGAATC--ACACCGTCACAGAGGACGGGGACCTCCTGT--TTATAGACG-A--C-NCGATAGAGTNCGCAAGTTAACATCAGACGGG----A---TCACCAC-ACTCCTCACAACAGACAGGNTAGCAT-TCTGTA-TCCACTCCTCCCG--CATT-AACGGCGACATACTGGTGGGGAG-TC-TGATGGGAGAGTGACGAGGTACG-ACAGGACAGGACGGGAACTCCAGGTCA--TTGAG-AGGGACGATAAGGGACAGAGTT-TGTATGGAA
gi|1                          :          TGGCACAGG---TG-G-----G-CT-GGACTC--CGAAACTCC------C---------GGTTTCAATGTCG-AAATGCTGTAACAAC-TGTATGTTG-----ACCGGTTAGATCTT---TTT-GTTAATCAATATCAAAACGCAGTGTGAAAGTTTATTCTTGTGTGTTAGAGATTGGATGAAACTGGTCACT-----TCGCTTTTATAGATATAACTCAACCGGTATTGTGAGAAGTT-----------TTAAGAATATGAATGGGTTCGAAAAAT-AATTCTATTTCATTTGTGCATGATTATTCCCATCTGTTCTTG-ATGGATAGAATATCCCGTCAC-CAGACACATCTTGTATAGCCTTATCTGGATGTGAAGGTGTCGCTTGTACCTTCGGTTGTGACGTCTGACAGACCTTGTGTGGTGAGTGAAATCT-ATGGACGTCTCATACAGTGGTGGACTCTTTACCGGACACTCGCTTCATGAC-AACTGAAAG-T---GCCTGTCCAAAGATATGGTCGGCAGGGAATTCAATACCGTCACAGTGGACGGTGACCTCCTATTATTATAGACGCA--C-CT----GAATACGCAAGTTAACATCAA--GGGTACCG---TCACCACAACTCCTCACAACAAACACTATAGCATGTCTGTATTCCACTCCTCTCGGTAATTAAACTGTGACATACTGGTGGGGA--TT-TTATGGG---GTGACGA-GTACGAACAGGAC-GGACGGGAACTCCAGGTCATTTTGAGCAAGGACGATAAGG--TCGAGTTCTGTATAGAA
gi|10                         :  acagctgATGCCACGA-----------------CGATCTCA-CGAC-CTCC------C---------GGTTGCGAAG-CA-AA-GGCTCTAACTACATGG--ATTG----GA
gi|11                         :         ATGACAAGAG---TA-G-----AGATCGAATTCAACGAC-CTCC----------------GGTTGCGAAA-TG-AA-AGCTCTAGCCAC-Taat
gi|12                         :        CATGGCACGAGGCTCG-GAGAAGGGCTCAAACTCA-CAAT-CTCC------C---------GGTTACGAAG-CA-AA-C
gi|13                         :                     gtG-G-----GATTCGAACGCA-CGGC-CTTT------T---------TGTTGCAAAG-CG-AA-CACTCTACCCAC-TGA--G
gi|14                         :                                  aCGAATTCA-CGAC-CTCC------A---------TGTTGTGAA--CGCAA-CGCTCTAACCAC-TGA--ACTG----Gcaacc
gi|15                         :                          -----GACTCGAACTGA-CAAC-CTCT------C---------CGCTACGAAG-CG-AA-CACTTTAACCAC-TGcg
gi|16                         :     agtCATGGCATGAG---CG-G-----AGCTCGAACTCA-CAAC-CTCT------T---------GGTTGCGAAG-TG-AA-a
gi|17                         :         agcGCACAAG---GG-G-----GACACAAACTCA-CGAC-CTCCATCTTAC---------GGTTACGAAG-CG-A
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GGGAACTCCAGGTCA--TTGAG-AGGGACGATAAGGGGCATAATT-TGTACGGA
gi|19                         :          TGACACGAG---CG-C-----GGCTCAAACTCA-CATC-CTCT------C---------GGTCACGAAG-CG-AA-CG
gi|2                          :        CGTGGCACGAG---CG-G-----GGCTCGAACTCG-CGAC-CTCA------G---------GGTTGCAATG-CG-AA-CTCCGTAACCAC-TTA--GTTA----GACAGGT-AGATTTT---TTTTAT--ATC--TACTGAA---CAGTGTGAAAGTTTATCCTTGTGT-----AGCTTG-ATGAAACTGATTACTGTTAGTTACCTGTATATAGATA--CCAACCAGCATTAT-AGAAGTTATGAACTTTCTTTAAAGA----AATGGGTTATAAAAATTGATTTTATTTCATTATTGCA-GATCCT--CCATTT--TCTTATATGGATA-AATCTCCCGTCGCGCAGATA--TCTAGTATAACCTTACCTG--T-TGATGGTGTTGCTTTTATCT-CGGTTGTGACGTCTGACAGAC--TGTGTG-TGAGTG-GTTCTGACGGACGTCTCATGCAG--GTGGACTCT--ACCGGACACGTGATACATGAAAGACTGAGAGATACAGTCTT------GGGATGGCTTACTGGGAATC--ACACCGTCACAGAGGACGGAGACCTCCTGT--TTATAGA-G-AATT-ACAATAGAGTACGCAAGTTAACATCAGACGGG----A---TCACCAC-ACCCCTCACAACAGGCAGGTTTCCAT-TATGTA-TCCACTCCTCCCG--CATT-AACGGCGACATACTAGTGGGGAGTTC-TGATGGGAGAGTGACGCGGTACG-ACAGGACTGGACGGGAACTCCAGGTCA--TTGCG-AAGGACGATAAGGGTCAGAGTT-TGTATGAAA
gi|20                         :        CATGGCACGAG---AGTG-----GGCTCGAACTCA-CGAA-CTCC------C---------GGTTGCGA
gi|21                         :                                                                     cGTTACCAAG-CG-AA-CGCTTT-ACCAC-CGA--GATACCATGACCGGt
gi|22                         :        CATGTCACGAG---CG-G-----GGTTCGAACTCG-CAAC-C
gi|23                         : gacgcggcATGCCACGAG---TG-G-----GGC-CAAATTCA-CGAC-TTCC------
gi|26                         :                                        TCA-CGAC-CTCC------C---------GGTTGCGAAG-CG-AA-acgcta
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CCGGACACGTACTAAACGACAAACTAAAAGATAGAACCAG------GCTATGGCCTACAGCGAATC--ACACCGTCACAGAGGACGGGGACCTCCTGT--TTATAGATA-A--A-A--ATGAACTCCGTAAGTTAACATCAGACGGG----ACCGTCACCAC-ACTCCTCACAACAGACTGGGGAGCAA-ACTGTA-TCCACTCCTCCCG--CATT-AACGGCGACATACTGGTGGGGAG-TCATGTTGGGAGAGTGACGAGGTACG-ACAGGACAGGACGGGAACTCCAGGTCA--TTGAG-AGGGACGATAAGGGACAGAGTT-TGTATGAAgg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GAGAGGTAGAACCTG------GTCATGGATTACAGGGAGTC--ACACTGTAACAGAGGAAGGGGACCTTCTGT--TCACAGACG-A--CTTCGATAAAGTCCGTAAGTTAACATCAGACGGG----A---t
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CCCA--CATT-AACGGCGACATACTGGTGGGGAG-T---AATACGAAAGTGACGAGGTACG-ATAGGACAGGACGGGAACTACAGGTCA--TTGAG-AGGGACAATAAGGGACAGCCAT-TGTATGGAAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|6                          :           GACATGAG---TG-G-----GGCTCGAACTCG-CAAC-CTCC------T---------GATTGCAAAG-CA-AA-CACTCTAACCAC-TG------G----GACTGGT-GGATTTGAAATCT-AT--AT-A-TAT
gi|7                          :          TGGCACGAG---TG-G-----GGCTTAGACTCA-CGAC-CTCC------CCGTTACCATGGTTACGAAG-CG-AA-CACTTT-ACCAC-tcaacttat
gi|8                          :               CGAG---CA-G-----GACTCAAACTCA-CAAC-CTCC------T---------GGTTGCGAAA-CG-AA-TGTTCTAACCAA-TGgcagattcc
gi|9                          :            GCACAAG---CG-G-----GACTTGAGCCCA-TAAT-CTCC------C---------GATAGTGAGG-CA-AA-AATTCTAACCTC-TGG--GCTacctaccgcga
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): CTCTAGATAACCATAATTGCGTCCGGTGGAGGTTTTG
Unaligned ( gi|25 ): AACTCAAATTCTATGTTCACTGAGCAGGTGT