lowQualScore : 111111111111111111111111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 4 1 1 11111 222 1 2 1 222 999999999 1 1 1 444 11 222 333333333333333333333333333333333 1 1 666 4 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 1 3333333333 33333333 1
lowQualScore : 0 6 6 6 4 3 4 2 4 3 3 0 22222 888 2 5 2 2 7 5 6 2 222 333333333 7 6 6 6 6 6 5 6 7 6 6 999 22 6 6 6 333 222222222222222222222222222222222 5 5 6 111 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 66666 8 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 9 4 77777 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 44 33 444 2 3333 33 2 8888 2 888 2 33 2 4 2 7 0000000000 88888888 4 5
lowQualScore : . . . . . . . . . . . . ..... ... . . . . . . . . ... ......... . . . . . . . . . . . ... .. . . . ... ................................. . . . ... . ........................................................... ..... . ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . . ..... .............................................................................................................. .. .. ... . .... .. . .... . ... . .. . . . . .......... ........ . .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 0 0 5 0 3 3 7 88888 555 5 0 5 5 5 5 0 5 000 000000000 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 000 00 0 0 0 000 000000000000000000000000000000000 0 0 0 000 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 00000 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 1 11111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 44 444 5 6666 77 3 9999 9 999 9 99 9 3 4 1 1111111111 00000000 0 5
consensus : AAC-AACCACCTGGATACTACCCTCTGGCCTNGGGTCATGGNAANGGNGTGCGTAGGANTGCGAAGCTGCACTAC-AAAGTACGGNNNCAGTGNGANCCTNCGANAAGAACTGGGCAAGGGGGGGGNTGCTGGAACTATTGAATGCCA-GAGGGAAAACCCATTTCCAGCAGTATGATAAGTAAGGGATGTGATTCAGAATTCAGATACGCAGTGAAGATATTTGATAATTTGG-GAAATCCTATGGCATCCAATCGACATGAGCA-ACATCTGACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCCACGGGGG--ATGAG-TATTCATCAGCC--AACC-TATCT--AAGTCC-C--AAA---C--TG-GTG-TAT--CGTG---NCTAGATTTTTA-T-C-TTG-GTGAAG---ACNAAG-CT-AATC-GAG-CGTTTCCTGAGA-ACTA-AAGTGGTAAC--AAATAAACCT-C-ACACC----ACCA---TTGGC-ACT--CCNA--AANCCCG-GGCGCCTC-CCCTAT--AAAAGC--GAATGACCGAGT----TGAAT----TAATTG------TCCAGTAAATATTATTTATACAAGCTTCATCATTACTGCTACCGTGAGNCACTCACAAANTGATGGGTGNANGACNANTGCACTCCGGAGGTAAGCCGAAAATAAANCA-ACAGACGAACAAGTCAGTTTCCGTCGTGCTGNGC-GCCATAAAGCATCACACCATTTATT-AAAATAATACACATATCAGGAAGT---CAAAACCTTCAGAGAGGCAACAG-GTGG-TGNCTACAGGCCCGCAGNAACTGAGGGCGCGGAAATTGGNGGNNNTCCGTTTNNGGGNCGCCTCGTCTGTCGGTCCGGNATNCTTCATTN--TTGA-T-CTCCTTC--AA-GGTTAAG-TTGTTATTAAC-C--A-C--CTT-GT-T-TGA-CCTTCAT-G-TGCGGAAAT-TAG--A-A--TT--T--CA-AGGTGAGCTAAATT---N-NC-TTT-A--AGGG------C---TAT--GC-----G--AC-C--C-C-----A-TT------A---AT--N-A---CT---CTA-TCCGT--N----T-A---------------G----T--GT---TG-T--T----T-CTTGCCC------TTTA---T-----C-----T------G---T-----T----T-CATTCCAT-CA--CCACCNTAN-TT--C-A-T-AGTTA-TA---G--GGGTC-T----GAAAT----G-C--GGC-CCCACCC-T-CTTGG--G-G-CCC------A--C-GGTG--TTACCCTA-AGCGCCGCA--AA-CT-GAGG-GCGGAAANTGGNAG----TCG----TTNT--GAGCAA-G--CCTC-TCGT-GACCT----T---CGTA--CTTC-TTTCGTTGACTCTTC-----AA---GG-N-T---AAGT-TG-TN----TTA---A-------------CC-TTC-----GT--T-T-G-A---C------C--T-T--AT--GTTGT-AGAA----TATGG-AAA-CTTTC--AGGTGAGCT---AA-ATTGCCTT--TNAG---G-G--CCTA-CG--CA-A-CCCATTTAATGA-----NT---CTTTAGG-CT-GTNTGGTCGTGGCCT
Reference ( gi|1 ) : AACGAACCACCTGGGTGCTACCCCCTGGCCTAGGGTCATGGAAATGGGGTGCATAGGATTGCAAAGCTGCTCTAC-AAGGTACAGGTACAG-AGGACCCTGCGAGAAGAACGGGGCAAGGGGGAGACTGCTGGATCGATTGAAT--TATGGGCGAAATCCTATCTTCAACAATAGGGTAAGAAGGGGATATGATTCAGAATAGTGATGTGCAATGAGGATGTTTGATATTGTGGAGGATTCCCAT---AACTAATT-ATGTGA-CATACCTCTGACATGAGCAGGTCTCGATGTCTGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTCGTGCTGAACATCATACATTCTACCCCATACATCGACGGAGAGCATGAGCTATTCATC-GCA--AACCATATC---GAGTCC-C--AAG---C--TGTGTGATAT--CATG---TC-AGATTTTTA-T-C-TTG-GTAAAG---ACTAA--CT-AATC-AAG-CGTTTCCTGAGAGACTA-AAGT-ATAAC--AAATAAACCTGC-ACACCCTTAGCCAC--TTGGC-ACT--CCCA--AATCTCGCAACACCTC-CTTTATAAAAAAGC--GAATGCAAGAGTGTGGTGATT----TAATTG------CCCAGC-----------------GCT--ATCATTAC-ACTAC-GTGAGTCACTCACAAATTGA-A-ATGAACGACCAGTACACTCCAGAGA-AAGCCAAAA--AAATCACACAAA--ATTAAG-CA-TTTTCGTTGTGTTGAGCGGCCA-AAAGCA----ACCCTTCATTCAGAATATCACAGA-GTCACAAAGTCGCCAAAAC--TCAGAGAGGC--CAGTATAGATGACCACAG-CCC---AAAACTGAGAGCACAGAAAT---GAGAAGTCC---TCCGAGGC-CCATATCT-TCAGTCTTCCATACGTCATTC--TTGA-T-CTCCTTC--AA-GGTTAAGATTGTTGTTGAAGCTAAACTGCCTGGT-T-TGA-CCGTCAT-AATGTAGGGAT-TAG--A-A--TA--T--CA-AGGTGAGCTAAATT---T-GC-TTT-A--AGG-------C---TA---GC-----G--AC-C--C-C-----A-TT------A---AC--A-A---CT---CCA-TCTGT--A----T-A---------------G----T--GT---TG-T--T----T-CTTGCCC------ATTA---T-----C-----C------G---T-----T----T-CATTCCAT-CA--CCACCTTAA-TT--C-A-T-AGTTA-TA---G--GGGTC-T----GAAAT----A-TA-GGC-CCCATCC-T-CTTGG--G-G--CT------A--T-GGTA--TTACCCTA-AGCGTCGC---AA-CTGGAGGAGCGGGAATTGATAG----TCA----TTGT--GAGCAA----CCTATTCAT-GACCT----T---TATAAACTTCATTTCGTTGACTCTTC-----AA---GG-A-T---AA---TG-TC----TTA---A-------------CC-TTC-----AT--T-T-G-A---C------A--T-T--AT--GTTGT-AGAG----TATGA-AAA-CTTTC--AGGTGAGCT---AA-ATTGCCTT--TTAT---G-G--TCTA-TG--CA-A-CCCATTTAACGA-----TT---CTTTAGGACTCATTTGATCGTGACCTGTCAATGGTAGTTG
gi|2 : AAC-AACCACCTGGATACTACCCTCTGGCCTTGGATCATAGCAATGGGGTGCATAGGAATGCAAAGCTACACTAC-AAGGTATGGTTTCAATGGGAACCTCCGATAAGAATTGAGCAAGGGAGGGGGTGCTGGAACTATTAAATGCCA-GAGGGAAAACCCATTTCCAGCAGTATGATAAGTAAGGGATGTGATTCAGAATTCAGATACGCAGTGAAGATATTTGATAATTTGG-GAAATCCTATGGCATCCAATCGACATGAGCA-ACATCTGACA
gi|33 : AAGGTCATGGAAAAGGTGTGTGTAGGATTGCGAAACTGCACTGC-ATAGTACAGaacgaaataccttcaatccacgggggatgagtattcatcaaccaacctaaaagtccataaacatagatatgtcttggctagatttttagatttggtgaagtgaagctactctgggtgtcctgagatataaaatgttgaaaaaaacatcaataattctcactcctagaaatcaaaaacaccctaaaaagcaaggattgagtgaattgattgccctaattagatattcccagtaaatattatttatacaagcttcatcattactgccgtggacattcacaaagtgatggtgtaagacgattgcactggaggtaagcagaaaataaagcaacagacgaacaaatagtttccgtcgtgctgtgtgccaaaaacatcacaccatttattaaaataatacacatatcaggaagtcaaaaccttcagaaggccctaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgttgactttttaatgttaagctgttattaaccctaattttcaccttcatacgtgaaaatgagaaaatttcaggtgatcttaattccgtttaagtgtataagcaaacccatttaattaatctttaagcttaattttgttgtagccttgcccttcattactgttgtttcattacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttatagagtttgaattccgctatctagtccgcaaactcatttcgagaactcttcaaaggtgaagtttttattaacctactttttgactttcatgcgtgaaaattataaactttcaagtaagcaaaattactttcaagag
gi|30 : AGCTGCCCTACCAAAGTAC-GGAACAG-GCGACC-TGTGAGAAGAAC-GGGC-AGGGGAGGACTGCTGGAACTATTG
gi|2 : ATCCACGGGGG--ATGAG-TATTCATC------AACCA-ACCTAAAAGTCCAT--AAA---C---ATA-GATATGTCTTG---GCTAGATTTTTA-GAT-TTG-GTGAAG---TGAAG--CT-ACTC-TGG--GTGTCCTGAGATA-TA-AAAT-GT--T--GAAAAAA------ACATCAATAA------TTCTC-ACT--CCTAGAAATC-AAAAACACC---CT-----AAAAAGCAAGGATT---GAGTGAATTGATTGCCCTAATTAGATATTCCCAGTAAATATTATTTATACAAGCTTCATCATTACTGC--C-GTG-GACATTCACAAAGTGATG-GTGTAAGACGATTGCACT--GGAGGTAAGCAGAAAATAAAGCA-ACAGACGAACAAA-TAGTTTCCGTCGTGCTGTGT-GCCA-AAAACATCACACCATTTATT-AAAATAATACACATATCAGGAAGT---CAAAACCTTCAGA-AGGC--C
gi|21 : aacaaccacctggatactaccctctggccttggatcatagcaatggggtgcataggaatgcaaagctacactacaaggtatggtttcaatgggaacctccgataagaattgagcaagggagggggtgctggaactattaaatgccagagggaaaacccatttccagcagtatgataagtaagggatgtgattcagaattcagatacgcagtgaagatatttgataatttgggaaatcctatggcatccaatcgacatgagcaacatctgacaaacgaaataccttcaATGAG-TATTCATCAGCC--AACC-TATCT--AAGTCC-CC-AAG---CCTTG-GTG-TAT--CATG---TCTAGATTTTTA-T-C-TTGCGTAAAG----CTAAG-CT-AATC-AAGACGTTTCCTGAGAG-CTA-AAGTGGTAAC--AAATAAACCT-C-ACACCCT--ACCA---TTGGctaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgttgactttttaatgttaagctgttattaaccctaattttcaccttcatacgtgaaaatgagaaaatttcaggtgatcttaattccgtttaagtgtataagcaaacccatttaattaatctttaagcttaattttgttgtagccttgcccttcattactgttgtttcattacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttatagagtttgaattccgctatctagtccgcaaactcatttcgagaactcttcaaaggtgaagtttttattaacctactttttgactttcatgcgtgaaaattataaactttcaagtaagcaaaattactttcaagag
gi|5 : gATGAG-TATTTATCAGTC--AACC-TATCT--AAGTCC-C--AAAAGAC--TTGGTG-TAT--CGTG---GCTAGATTTTTA-T-CTTTG-GTGAAG-----TGAATCT-TATCTGAG-TCTTT--TGAGA-ACTA-AAGTGATAAT--AAA-ACATCT-C-ACACC-----CCACAATTGGC-ACT--ACCA--AAACCC-CGGCCTCTC-C-CTAT--AAAAGC---AATGACCGA-----GTGAAT----TAATTG------TCC
gi|6 : aacaatatacctatgtacatcatatctaATGAG-TATTTATC-ACGTCAACCCTATC---AAGTCC-CAAAAA---C--TG-GTG-TAT--CGTGGCCTT-AGATTTTTATT-C-TTG-GTGAAGTGAATCTA--CT-AGTC-------TTT--TGAGA-ATCA-AAGTGATAACCTAAA-ACATCTTCAACACC-----CCAA--TTGGCAACTTACCAA--AACCCCG----GCCTCTCCCTAT---AAAGC--AATTGACCGAGT----TGAAT----TAATTG------TCCtaatcagatgttccaagttaaaaacatctccaacctgacccttatcatttctgccgggggtactcacatattaaaatgaaggtgtaaggtgagtacactgcatgtagggaaaaca
gi|31 : -AGATTCTTA-C-C-CTT-GTAAAG---ACGAAG-CTAAACC-AAA-TGTCTCC-GAGA-ACTACAAGTGGTGAC----ATAAACttatcagggattgtttccaagttaaaaacatctccaaccgaccccacattttctgcccggggtactcacatattaaaatgaagggtgtaaaggagtacactcgcatgtagggaaaac
gi|23 : CTACCGTGAGTC-CTCACAAATTGA-AGATGAACGACCAGTACACTCCAGAGA-AAGCCAAAA--AAATCA-ACAAATCAATAAGTCA-TTTTCGTTGTGTTGAGC-GCCATAAAGC
gi|3 : tcatctttGAGGCAACAG-GTGG-TGCCTACAG-CCC---GCAACTGAGGGCGCA--AAT---TGGTAGTC----TGGGAGCC-TC---TCTGTCGG-CTGGCATTCTT--TTG--TTGA-TACTC------AA-GGTTA--ATTGTT
gi|4 : accttcatgttgcagaattataaactttcaggtgagctaaattacgtttaattgcctatgcaacccttttttaatgactatccgcttgacttcgttgttgccttgccttaacgtttatcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtttactcttcaaaggttaagttgttatataccttctttttgaccttcatgttgcagaattggacactttcagttgagctgaatcacatttaagggcttatgcaaatggcaagccgcgataatgaaacctattcgttgactttgttgttgttattgctctttattattattaggtttattgtttcccctatttgtcaatattattagggtcgtgaattgtggcgcccacgcatttACTACAGGCCCGCAAAAACTGAGGG--CGGAAATTGGGAGATTTCCGTTTTCGGAGCGCCTCGTCT-T--ATCCT-GATAC-TCATTTCGTTGACT-CTCTTTTAAAA-GGTTGAGTTTGTTTTTAAaccttatcaggtgctaaaatatgattgcatagcattttaagtaatttaatatggaaaaactagatttatt
gi|8 : tttgattccatgactcctactttactagttataggggtctgaactgtggccccaccctcttgggaccccaaatggtacccctacatccccaaagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagcgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttgttactttcaaagtacagcttgtaatttactttccgttatgactttgttattagcttgtaaagttcaaacttcaggtcagctaaattatcttaggcctaggaacccattttatggatctatgcctgagtcgtctgtttgtgttgtcggcttattaatatttgttctgattccatgacccttaccttactaattatattgggagtcttaactgtgtcctccaccctcttaggtgccccagttggtaccttATTC--GTGA-----CCTTC--AA-GCTAAAGGT-GT-ATTGA----------CCTCGT-TATGAACCTTTATTCGTGTAAA-AT-CA---A-A--C---T--CA--GGTACGCTAAATG---A-AC-TTT-A--GGC-------C---TGT--GG-----G--AC-C--C-T-------TT------AATGAC--ATA---CT---GC--TTTGA--C----T-C---------------G----T--G----TG-C--T-------TTGCCC------TTTA---TAA---A-----T------G---TTG---T----T-GATTTCATACC--CTACCGTA------C---T-AGTTA-TA---G--GGccttcgttattgacgctttaat
gi|2 : --TTGA-C-TT--TTT--AA-TGTTAAG-CTGTTATTAACCCTAA------T--T-T-TCA-CCTTCAT-A-CGTGAAAAT-GAG--A-A--AA--TTTCA--GGTGATCTTAATT---C-CG-TTT-A--AGT-------G---TATAAGC-----A--AA-C--C-C-----A-TT-----------T--A-A---TT---A-A-TCTTT--AAGCTT-A---------------A----T--TT---TG-T--TGTAGC-CTTGCCCTTC---ATTA---C-----TGT---T------G---T-----T----T-CATTACAT-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttctacttc
gi|3 : aacaaccacctggatactaccctctggccttggatcatagcaatggggtgcataggaatgcaaagctacactacaaggtatggtttcaatgggaacctccgataagaattgagcaagggagggggtgctggaactattaaatgccagagggaaaacccatttccagcagtatgataagtaagggatgtgattcagaattcagatacgcagtgaagatatttgataatttgggaaatcctatggcatccaatcgacatgagcaacatctgacaaacgaaataccttcaatccacgggggatgagtattcatcaaccaacctaaaagtccataaacatagatatgtcttggctagatttttagatttggtgaagtgaagctactctgggtgtcctgagatataaaatgttgaaaaaaacatcaataattctcactcctagaaatcaaaaacaccctaaaaagcaaggattgagtgaattgattgccctaattagatattcccagtaaatattatttatacaagcttcatcattactgccgtggacattcacaaagtgatggtgtaagacgattgcactggaggtaagcagaaaataaagcaacagacgaacaaatagtttccgtcgtgctgtgtgccaaaaacatcacaccatttattaaaataatacacatatcaggaagtcaaaaccttcagaaggccctaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgCTTC--AAAGGTTAAG-TTGTTAT--ATAC----CTTCTT--T-T-TGA-CCTTCAT-GTTGCAGA-AT-TGG--ACA--CT--T--TC-AGTTGAGCTGAATC-----ACATTT-A--AGGGCTTATGCAAATG---GC-----A--AG-C--CGC-----G-AT------A---ATGAA-A---C----CTA-TTCGTTGA----C-T---------------T----T--GT---TG-T--TGT--T-ATTGCTCTTTATTATTA---T-----T-----A------G---G-----T----T-TATTGTTT-C------CCCTAT-TTGTC-AAT-A-TTA-TT---A--GGGTCGT----GAATT----G-T--GGCGCCCACGC-A-TTTGA--G-G--CA------A--CAGGTG--GTGCC-TACAGC-CCGC---AA-CT-GAGG-GCGCAAATTGGTAG----TC------TGG--GAG-------CCTCTCTGTCGGC------T---GGCA---TTC-TTTTGTTGA-TACTC-----AA---GG-T-T---AA---T--TG----TT----A-------------CC-TTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttatagagtttgaattccgctatctagtccgcaaactcatttcgagaactcttcaaaggtgaagtttttattaacctactttttgactttcatgcgtgaaaattataaactttcaagtaagcaaaattactttcaagag
gi|7 : accttcatgttgcagaattataaactttcaggtgagctaaattacgtttaattgcctatgcaacccttttttaatgactatccgcttgacttcgttgttgccttgccttaacgtttatcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtttactTTAA-ATTGTTATT-------AAC--CTTTGTAT-TGA-CCTTCAT-GATACAGA-AC-TAGGAA-A--T---T--CC-AGGTGAGTTAAATT---G-GC-atcaggtgctaaaatatgattgcatagcattttaagtaatttaatatggaaaaactagatttatt
gi|14 : caaccttgtttgattgatatctttgttttcttgccctttatcactgttattttattccataaaccctatttcaataggtatagggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaataTGTT-T-TGA-CCTTC-T---TGTGGAAATATAA--A-A--TT--T--CA--GGTAAGCTAAATT---A-CC-TTT-G--AGGGA-----C---TA---CA-----GA-AC-C--C-C-----A-TTC-----A---AT--G-A---GT-----A-TCTGC----------------------------------T---TGAT--T----T-------C------GTTG---T------------------G---T-----T----GACATT-TAT-CA--CTG--TTGC-TT--C-A-T------------------TC-T----AAAAT----A-T--GGC-CCCACCC-T-CTTG
gi|13 : ttaaccttT-T-TGA-CCTTTAT----GCAAA-AT-TGG--A-AACTT--T--CA--GGTGAGCTAAAGT---A-CC-TTA-A--AGGAC-----C---TAT--GC-----A--AT-C--C-C-----ATTT------A---AT--T-A---CT---ACA-CCCGC--T----TGA---------------T----T--TT---TG-TGAT----A-TTTGCAC------TGTA---T-----CACTGTT------G---T-----T----T-CATTTCAT-TA--T--CCTTGT-TT--CAA-T-GGTTA-Tcgtttgtatt
gi|19 : atgctattaaccttcttTGTTGAAAT-TGA--A-AC-TT--T--CA-AG-TGAGCTAAATT---A-TC-TTTAA--AGG-------CT--TAC--AC-----A--AC-C--C-C-----A-TTC-----C---AC--T-A---CT---ATA-TGTGC--T----T-G---------------A----C--GTTTATG-T--T----GACTTGCCC------TTTT---TCAAGGC-----T------G---T-----G----C-CATTGCGT-TT--C--CCCTAC-TT--CAA-T-AGTTG-TA---G--G
gi|11 : tAT-TAG--A-A--AACTT--CA--GATGAGCTAAATTAATT-AC-CGT-A--AGGGT-----C---TATT-GC-----A--CC-C--C-C-----A-TTT-----A---AT--G-A---CT-----A-TCCGC--T----T-G---------------ACTTTT--GC---TGAT--C----T-TTTGCCC------TTTA---T-----C-----CACTGTTG---T-----T----T-CATTTCAT-T----CACCCTAT-TT--T-AAT-AGTAT-TA---G--AGTTC-C----GAAAT----G-CT-GGC-CCCACCC-T-CTTGA--A-G--Cat
gi|17 : cgtcaaaggtttacttgtgtcatcaaccttccttttgatctgcatgttggaaaaaaAT-TAG--G-AACTT--T--CA--GGTGAGCTCAATT---TCCC-TTT-G--AGG-------C---CT---AT-----G--AT-CTAC-C-------TT------A---AG--G-G---TT---CTA-CATGT--A----T-ATGCCCGACTCTATTGG----T--GTC--TA-T--C----T-CTTGATC------CTT----T-----T-----T------G---T-----T----T-TGCTCGAT-CA--CC-CCAT-A-TT--C-A-actattgatcggtcacccccta
gi|24 : atgtccctgtgtgatctaaa--T--CA-AG-TAAGATGAATT---G-CC-TTT-A--AGGGT-----C---TAT--GC-----A--AC-C--C-C-----G-TTT-----A---AT--G-A---CTTG-CC--TTTGT------------------------------T--G-----G-T--C----T-CTTGCCC------TTTA---T-----C-----A------A---TTTGGAT----T-CATTCAAT-CA---CACCTat
gi|18 : actt--T--CATAGGTGAGC-AAA-T---T-ACATTT-ATTAGGGCAC---C---T----GC-----GGAAC-C--C-C-----A--T------G---GT--T-A---CT---CTA-TCTGT--T----T-A---------------G----TA-GT---Taca
gi|4 : ttcgtggactcttcaatacggtaaagtgataattagatacctttcgtggatatgacctttcatgtgtgaaaatttcgaaactt-AGGTCAGCTAAATT-----AT-CTT-A--GGC-------C---TA---G------G--AA-C--C-C-----A-TTTTATGGA---TC--T-ATGCCTGAGTCG-TCTGT--T----T-----------------G----T--GT---TG-T--C----G----GCTT------ATTAATAT-----T-----T------G---T-----TC---T-GATTCCAT-GA--C--CCTTAC-CT--T-ACT-AATTA-TATTGG--GAGTC-T----TAACT----G-TG-TCC-TCCACCC-T-CTTAG--GTGCCCC------AGTT-GGTACCTTACTACA-GGC-CCGCAAAAA-CT-GAGG-GCGGAAATTGGGAGATTTCCG----TTTTCGGAGC-G----CCTCGTC-T-TATCC----T---GATA---CTCATTTCGTTGACTCTCTTTTAAAA---GG-T-T---GAGTTTGTTT----TTA---A-------------CC-TTC-----GTTAT-T-G-A---C------c
gi|20 : tttgattccatgactcctactttactagttataggggtctgaactgtggccccaccctcttgggaccccaaatggtacccctacatccccaaagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagcgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttgttactttcaaagtacagcttgtaatttactttccgttatgactttgttattagcttgtaaagttcaaacttc-AGGTGAGCTAATAT---A-AC-TTT-AG-GGG-------C---CA---TG-----G--ACAC--T-T-----T-TT------A---AT--A-A---CT---CTAGTCTGgctttaat
gi|12 : attcgtgactcatcaaagttagagttgtatttaccttcgtctaataccttttccttgaagttcgcaaatctttc-A--AAG-------C---TA---GCTTTATG--AC-C--C-CCTTTTA-TT-----------T--G-G---TT---CTA-TCCGTT-A----G-A---------------G----TACGT---CG-T--TC---T-CTATCCC------TTTA---T-----CAGTTTT------G---T-----T----T-CATTCGAT-CACCCCATCTCCA-AT--C-ATT-AGATA-TA-------GGTC-TTCGGGAAAC----ACCA-GGT-GCTATCC-C-C--GG--T-G--CT------A--T---CA--T--CTATA----GTCCCA--AA-CT--AAGTGCGGAAAATGAAAGTC--TCAAGATTTCT--TATCAACGTGCCTA-TCTT-G-CCT----G---CAT----TTCCTTTCGCAGACTCTTacgtgaccttcgttgttgtt
gi|26 : aC-----A--AC-C--C-C-----A-TT------T---ATT-A-A---TT---CTA-ACAGC--T----T-G---------------GCTT-T--GT---TG-T--T----GACTTGCCC------TTTA---T-----TAA---T------GATTT-----T----T-TATTCCAT-TA--CC--CCTAT-TT--C-ACT-AGTTA-TA---G--GGGTC-
gi|15 : ata-TCTGT--A----T----------------------T--GT---T-----C----T-CTTGCCC------TTTA---T-----------C------G---T-----TTTTCT-CATTTGAT-CA--CC-CC--AA-AT--C-A---AATTATTA---ATTAGGTC-T----GAAATGCCAA-TGTGGC-TCCACCC-T-C--GGAAG-GCCCT------A----GGTG--TTACCC
gi|7 : ttgaagactaatgcatggtT---TG-T--T----TTCTTGCCC------TTTA---T-----CACTGTT------A---T-----T----T-TATTCCAT-AA----ACCCTAT-TT--CAA-T-AGGTA-TA---G--GGcttcaaccctaaactgagaccagaaaataa
gi|10 : caaccttgtttgattgatatct------G---T-----T----T-CATTCTGT--A--GCACCG-AA-TT--C-AAT-CATTA-TT---G--GAATC-T----GATAT----G-T--GAA-CCCACCCAT-ATTTA--G-GTCCC------A--C-G-TG--GTACCTTA---CG--GN---NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNN----NNNN--NNNNNN----NNNNNNNNN-NNNNN----N---NNNNNNNNTC-----GTGGACTCTTC-----AA------A-T---AT---TG-TTGTTATTA---A-------------CC-ATC-----GT--TAT-G-AT--C------T--T-T--AT--GTT-T-AGAA----ATTAA-AAA-CTTTC--AGGTGAGCT---TC-ATTG-CTT--TTAT---A-GT-TCTA-TG--CA-A-CCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaatattaaattgttattaacctttgtattgaccttcatgatacagaactaggaaattccaggtgagttaaattggc
gi|27 : att------G---T-----T----T-GAT-CCAT-GA--CC-CCATAACTT--T-A-CGAGTTT-TA---G--GG-TC------GAAAT----G-CT-GGC-CCCACCC-TATTTGG--G-G--CCTCCAGAG--T-GGTA--CTTCCCTA-
gi|16 : tTACCCTA-AA-GCCCC---AAACTG-AGG-GCAGAAAGTGATAG------------------AACAAGGCACCT---TGT-G---T----C---TATG--CTCC-TTTCGTTGACTCTTC-----AA---c
gi|9 : ttgattgcttttctttcattttataaccctatgctcagtgaaatgtggttctacactcggtaagccgggccccgtgtggT-GACCTAGCCT---CGTAA--CTCGTTTCATGGATTCTTC-----AA---GG-AGT---AAGT-TG-TTG---TTA---AATAATCAATATGACC-TCC-----AT--TAT-G-ATCCC------A--T-G--A---GATGT-AAAA----T-TAG-GAA-CTTTC--GGGTAAACTTTAAA-ATTGCCGT--CTAa
gi|28 : ttcccACCT----TGTGTCTATGCTTC-TTTCGTTGACCCTTC-----AA---AG-A-T---gactctccctctccgactcccttataagagtcctgtatggcaatccgtattgttttctttattttgaattttgatcatttttgttttattccaacccatatctaattactatacaaatgaccctacactcggga
gi|35 : ccccaaattccaaacttgggacaggaaaataattcaagaggtatcctTACACTCC-TTTTGTTGACTCTTC-----AA---GT-A-G---AT---TG-TA----TTA---A-------------CC-ttga
gi|25 : ccttgtgtcTCATTTCGTTGACTCTTC-----AA------A-TTTTAAGT-TG-TTA---TCA---A-------------TTATTC-----GT--TAT-G-A---C------A--T-T--AT------T--GAG----TAT---------TTC--AGGTGAGCT---TA-ACTGCATT--TAAT---G-G--TCTT-TG--CA-A-CC
gi|4 : acATTTTGTT-ACT-TTC-----AA---AGTA-C---AGCT-TG-TAA---TTT---A-------------CT-TTCC----GT--TAT-G-A---CTTTGTTA--T-T--AG--CTTGT-AAAG----T-TCA-AA---CTTC--AGGTCAGCT---AA-ATTATC----TTA----G-G--CCTA--G--GA-A-CCCATTTTATGG-----AT---CT
gi|20 : tttgattccatgactcctactttactagttataggggtctgaactgtggccccaccctcttgggaccccaaatggtacccctacatccccaaagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagcgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCGT-GACTCATC-----AA---AG-T-T---AGAGTTG-TA----TTT---A-------------CC-TTC-----GT--C-T-A-A---T------ACCT-T--TT--CCT-T-GAAG----TTCGC-AAATCTTTC--AGGTGAGCT---AATATAAC--T--TTAG---G-G--GCCA-TG--GA-C-ACTTTTTAATAA----------CTCTAG------TCTGA-CGTGACCTatgcctgagtcgtctgtttgtgttgtcggcttattaatatttgttctgattccatgacccttaccttactaattatattgggagtcttaactgtgtcctccaccctcttaggtgccccagttggtaccttactacaggcccgcaaaaactgagggcggaaattgggagatttccgttttcggagcgcctcgtcttatcctgatactcatttcgttgactctcttttaaaaggttgagtttgtttttaaccttcgttattgacgctttaat
gi|8 : aTTCGT-GAC-CTTC-----AA----G-C-T---AAAGGTG-TA----TTG---A-------------CC--TC-----GT--TAT-G-AAC-C------T--T-T--ATTCG-TGT-AAAA----T---C-AAA-C--TC--AGGTACGCT---AA-A-TGAACT--TTA----G-G--CCTG-TG--GG-A-CCC-TTTAATGACATACTG---CTTT--GACTCGTGTGtcgttgttgtt
gi|18 : aTTCGTGGACTCTTC-----AATACGG---T---AA---AG-TGATAATTAGATA-------------CC-TTTCGTGGAT--A-T-G-A---C------C--T-TTCAT--GT-GTGAAAA----TTTCG-AAA-CTTTCATAGGTGAGC----AA-ATTACATTTATTAG---G-GCACCTG-CG--GA-A-CCCctttgccctttataaatgttgttgatttcataccctaccgtactagttatagggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttctacttc
gi|2 : TCGTTGACTTTTT-----AA---TG-T-T---AAGC-TG-TTA---TTA---A-------------CC-CTA-----AT--T-T-TCA---C------C--T-TC-AT--AC-GT--GAA----AATGAGAAA-ATTTC--AGGTGATCT---TA-ATT-CCGT--TTAA---GTG--TATA-AG--CA-AACCCATTTAATTA-----AT---CTTTAAGCTTAATTTTGTTGTAGCCTcatggttactctatctgtttagtagttc
gi|3 : aacaaccacctggatactaccctctggccttggatcatagcaatggggtgcataggaatgcaaagctacactacaaggtatggtttcaatgggaacctccgataagaattgagcaagggagggggtgctggaactattaaatgccagagggaaaacccatttccagcagtatgataagtaagggatgtgattcagaattcagatacgcagtgaagatatttgataatttgggaaatcctatggcatccaatcgacatgagcaacatctgacaaacgaaataccttcaatccacgggggatgagtattcatcaaccaacctaaaagtccataaacatagatatgtcttggctagatttttagatttggtgaagtgaagctactctgggtgtcctgagatataaaatgttgaaaaaaacatcaataattctcactcctagaaatcaaaaacaccctaaaaagcaaggattgagtgaattgattgccctaattagatattcccagtaaatattatttatacaagcttcatcattactgccgtggacattcacaaagtgatggtgtaagacgattgcactggaggtaagcagaaaataaagcaacagacgaacaaatagtttccgtcgtgctgtgtgccaaaaacatcacaccatttattaaaataatacacatatcaggaagtcaaaaccttcagaaggccctaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGTTTACTCTTC-----AAA--GG-T-T---AAGT-TG-TT----ATAT--A-------------CC-TTC-----TT--T-TTG-A---C------C--T-TC-AT--GTTGC-AGAA----T-TGG-ACA-CTTTC--AGTTGAGCT---GA-ATCACATT--TAAG---G-G--CTTA-TG--CA-A-tgcccttcattactgttgtttcattacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttatagagtttgaattccgctatctagtccgcaaactcatttcgagaactcttcaaaggtgaagtttttattaacctactttttgactttcatgcgtgaaaattataaactttcaagtaagcaaaattactttcaagag
gi|11 : accttcatgttgcagaattataaactttcaggtgagctaaattacgtttaattgcctatgcaacccttttttaatgactatccgcttgacttcgttgttgccttgccttaacgtttatcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnc---TG-TCA---TCA---A-------------CC-TTC-----CT--T-TTG-A---T------C--TGC--AT--GTTGG-AAAAAAATTA-GA-AAA-CTT-C--AGATGAGCT---AA-ATTAATTA--CCGTAAGG-G--TCTATTG--CACC-CCCATTTAATGA-----CT---atggcaagccgcgataatgaaacctattcgttgactttgttgttgttattgctctttattattattaggtttattgtttcccctatttgtcaatattattagggtcgtgaattgtggcgcccacgcatttgaggcaacaggtggtgcctacagcccgcaactgagggcgcaaattggtagtctgggagcctctctgtcggctggcattcttttgttgatactcaaggttaattgttaccttatcaggtgctaaaatatgattgcatagcattttaagtaatttaatatggaaaaactagatttatt
gi|13 : cgtcaaaggtttacttg----TTA---A-------------CC-TTC-----TT--T-TTG-A---C------C--T-T---T--AT-GC-AAAA----T-TGG-AAA-CTTTC--AGGTGAGCT---AA-AGTACCTT--AAAG---G-A--CCTA-TG--CA-ATCCCATTTAAatccgcttgacttttgctgatcttttgccctttatccactgttgtttcatttcattcaccctattttaatagtattagagttccgaaatgctggccccaccctcttgaagcactattgatcggtcacccccta
gi|14 : atgcta----TTA---A-------------CC-TTT-----GT--T-TTG-A---C------C--T-T--CT----TGT-GGAAA---TATAA-AA---TTTC--AGGTAAGCT---AA-ATTACCTT--TGAG---G-G--ACTA-CA--GA-ACCCCATTCAATGA-----ttactacacccgcttgatttttgtgatatttgcactgtatcactgttgtttcatttcattatccttgtttcaatggttat
gi|7 : ----TTA---A-------------CC-TTT-----GTA-T-T-G-A---C------C--T-TC-AT--GATAC-AGAAC---TAGGA-AA---TTCC--AGGTGAGTT---AA-ATTGgtatctgcttgatttcgttgtgttgacatttatcactgttgcttcattctaaaatatggccccaccctcttgcgtttgtatt
gi|19 : caaccttgtttgattgatatctttgttttcttgccctttatcactgttattttattccataaaccctatttcaataggtatagggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaatattaaattgttaTTGT-TGAA-----ATTG-AAA-CTTTC--AAGTGAGCT---AA-ATTATCTT--TAAA---G-G--CTTA-CA--CA-ACCCCATTgc
gi|17 : AA-CTTTC--AGGTGAGCT---CA-ATTTCCCT--TTGA---G-G--CCTA-TGATCT-A-CC---TTAAGGG-----TT---CTccactactatatgtgcttgacgtttatgttgacttgccctttttcaaggctgtgccattgcgtttcccctacttcaatagttgtaggat
gi|24 : atgtccctgtgtgatctaaaattaggA-CTTTC--AAGTAAGAT---GA-ATTGCCTT--TAAG---G-G--TCTA-TG--CA-ACCCCGTTTAATGA-----CTTGCCTTTacatgtatatgcccgactctattggtgtctatctcttgatcctttttgttttgctcgatcaccccatattcaat
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): CAGGTGAGCTTGTCATCAAAAGCCATCATGACTCTTTTTAATATTCCATTCATTTGTATTTATATTGTTATCTATCTCTTGATAACTTTTGTTTCATTCAATGGCCCGTATCCAGTCATTAA
Unaligned ( gi|29 ): TGATTACTATTGAACCCCCTACTTTACTAGTATAGAGTTACTGAAATGTGACCCGACCCTCGTTGGTCCCCAGAGGTA
Unaligned ( gi|32 ): ATAGCCCAACTGAGGCGAAATAAATGACATTCTGGGACCATTATCTGCCTGCGATA
Unaligned ( gi|34 ): AACTCGAGGCGGGAAATGATGTCTGGACTTCTATTATTTGACATGCATAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2 1 111 222 1 1 11 2 111 2 222 1 1 2 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 1 1 4444444 111 1 2 11 11 111 1 33333333333 1 22 5555555555 111 1 33333 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44444 33 2 1 11 22 1 11 2222 1 2 2222 2 1 333 11 1 22222222222222222222222222222 22 5555555555555555555555555555555555555 1111 1 111 1 111 3333333333333333333333333 2222222222 11111 22 11 11 11111111 1111111 111 4444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 444444444444 33333333 22222 2222222 2222222222222222222 111111 44444444 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222222222222222222 1111 22222222222222222222222 1111 1111 55555555
lowQualScore : 0 1 1 1 1 0 1 0 3 0 666 000 4 1 1 5 7 11 77 2 0 4 3 4 000 4 3 0 4 000 4 5 5 0 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 11 8 88 6 0 5 999 0000000 8 8 8 1 1 111 3 6 6 3 1 6 99 33 33 6 6 6 7 000 1 8 22222222222 5 8 0 33 1 1 6666666666 3 777 9 00 66666 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 6 1 0 00000 1 77 1 1 1 1 2 0 0 55 22 1 3 0 88 0 8888 0 0 0 1 3 3 3333 3 0 4 2 5 2 555 88 5 66666666666666666666666666666 6 6 6 11 77 333 6666666666666666666666666666666666666 7777 6 555 3 0 000 0000000000000000000000000 4 3 3 7777777777 00000 3 555 3 22 88 0 2 77777 44 3 33 6 2 33 777777 00000000 33 0000000 555 1 4444444444444444444444444444444444444444444444444 5 2 33 77777 33 2 33 66666 66666 000000000000 444 99999 7777 2 2 00000000 1 66 33 7 22222 2 2 555555 1 3 3 7777 2222222 3 3 3 7777 0000000000000000000 44 8 777 333333 66666666 4 66 5 5 5 1 55 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5555 8 1 99999 66 4 9999 8 777777777777777777 4 6666 4 66 4 99999999999999999999999 5 2222 0 1 1 3 7 77 5 6666 1 3 33333333 1 88 0
lowQualScore : . . . . . . . . . . ... ... . . . . . .. .. . . . . . ... . . . . ... . . . . . ................................................................................... . .. . .. . . . ... ....... . . . . . ... . . . . . . .. .. .. . . . . ... . . ........... . . . .. . . .......... . ... . .. ..... ......................................................................................... . . . . ..... . .. . . . . . . . .. .. . . . .. . .... . . . . . . .... . . . . . . ... .. . ............................. . . . .. .. ... ..................................... .... . ... . . ... ......................... . . . .......... ..... . ... . .. .. . . ..... .. . .. . . .. ...... ........ .. ....... ... . ................................................. . . .. ..... .. . .. ..... ..... ............ ... ..... .... . . ........ . .. .. . ..... . . ...... . . . .... ....... . . . .... ................... .. . ... ...... ........ . .. . . . . .. ....................................................... .... . . ..... .. . .... . .................. . .... . .. . ....................... . .... . . . . . .. . .... . . ........ . .. .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 7 0 7 5 0 000 000 0 0 0 3 3 77 55 5 0 0 0 0 555 0 0 0 0 000 0 0 0 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 00 0 88 0 8 8 222 2222222 0 0 0 4 0 888 3 7 7 7 0 7 88 00 00 7 7 7 8 222 7 0 88888888888 0 0 0 88 0 0 0000000000 2 000 0 55 88888 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8 8 0 8 00000 0 00 0 0 0 0 8 0 6 00 22 0 3 7 77 7 3333 7 7 7 0 3 7 5555 0 0 0 5 5 5 000 00 0 00000000000000000000000000000 0 0 0 00 00 000 5555555555555555555555555555555555555 3333 0 777 8 0 000 8888888888888888888888888 0 6 6 2222222222 00000 1 444 1 55 44 1 9 00000 22 1 33 2 9 00 111111 44444444 99 2222222 333 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000 0 7 77 22222 77 7 77 77777 77777 444444444444 111 11111 4444 6 4 77777777 8 55 22 1 44444 5 5 555555 8 3 1 1111 3333333 3 3 3 2222 6666666666666666666 66 7 888 000000 88888888 3 99 0 0 0 0 00 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6666 0 2 11111 44 0 9999 9 111111111111111111 4 0000 4 11 4 11111111111111111111111 0 5555 2 4 0 4 3 99 7 4444 0 2 33333333 0 00 7
consensus : AACGAACCACCTGGGTGCTACCCCCTGGCCTNGGGTCATGGAAATGGGGTGCGTAGGATTGCGAAGCTGCNCTAC-AAGGTACGGNT-CAG-G-GA-CCTGCGAGAAGAAC-GGGCAAGGGGGGGACTGCTGGAACTATTGAATGCCANGGGCGAAANCCCATCTCCAGCAGTANGGTAAGNAGGGGATGTGATTCAGAATNNNGATGCGCAGTGAGGATGTTTGATANTNTGGAGGANTCCCATGGCANCCAATCGACGTGAGCATACNTCTGACATGAGCAGGTCTCGATGTCTGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTCGTGCTGAACATCATACATTCTACCCCATACATCNACGGGGG--ATGAG-TATTCATCA-GCCAACC-TATCTAAGTCC-C-AAAA---C--T-G-GTG-TATCGTGGC--TAGATTTTTAT-C-TTG-GTGAAG-CGAAGCTAA-TC-NAG-CGTTTCCTGAGA-ACTA-AAGTGGTAAC--AAATAAACCT-CA-CA--CCCT--ACAA-TTGGCA-CT--CCNAAACCCCG-AA-ACCTCTCCCTATAAAA--GCGAATGACCGAGT----TGAATTAATTG---------------CCCT-AGC-AGATATT---ATTT--AAG------TACAAGCT-----TCATCATTACCG------------CTACCGTGGGNCACTCACATATTAAANTGA-AGGTGTAAGACGAGTACACTCCGGAGGTAAGCCGAAAACAAATCA-ACAAAC-AATAAGTCA-TTTTCGTCGTGTTGAGCG-CCA-AAAGCATCACACCNTTCATTCAGAATANCACANATGTCACGAAGTCGCCAAAACCTTCAGAGAGGC--CAGTATAGATGACCACAG-CCCA---AAACTGAGAGCACAGAAATGAGAAGTCCTCCG------AGGC-CCATATCTATCTAGTCCGCNATACNTCATTCNT-GA-CTCCTTCAA---GGTNAAG-TTGT--TATT-------AACCTCCTT--GT---T-T-GA-CCTT-CATG-T--GC--G-GAAA----T-T---AGA-A--TTTCA-AGGTGAGCTAAA-TTAC---CTTTA--A-GGG-C-T-AT-G--CG--A--------CCC--C-----A-TT-A-ATGA--C-T-CTA----------T---C----CG--TT-T-A---G----T--GT-TG-T--T--T-CT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----C------TG---T-----T----TCATTC-CAT-C--ACCACCCTAC-TT--C-A-----T-AGTTAT-A---G--GGGT-C-T----GAAATGT------GGC-C-CCACCC-T-C-TTGG-------G-GC---C-CACG-GTGGTA---CC--C---TA----AG--CCGCAAA--CT-GAGG-GC-GGAAANTGATAG----TC----G--TTNT--GAGCAA---GCC-T--C-TC-GT-GACCT----TNAT--ACTCC-TTTCGTTGACTCTTC-----AAGG-NT-A-AG-TTG-TT-TTA-------------ACC-TTCGT--TATG-A--C-CTT-AT--GT--TGTAGAAT-ATG-GAAA-CTTTCAGGTGAGCT---NAATTGCCTTTAANGGCCTATG--C-AACCC--NTTTAATGACTCTTTAGG-CTC-GTTTGATCGTGACCT
Reference ( family-2198 ) : AAC-AACCACCTGGATACTACCCTCTGGCCTNGGGTCATGGNAANGGNGTGCGTAGGANTGCGAAGCTGCACTAC-AAAGTACGGNNNCAGTGNGANCCTNCGANAAGAACTGGGCAAGGGGGGGGNTGCTGGAACTATTGAATGCCAGAGG-GAAAACCCATTTCCAGCAGTATGATAAGTAAGGGATGTGATTCAGAATTCAGATACGCAGTGAAGATATTTGATAATTTGG-GAAATCCTATGGCATCCAATCGACATGAGCA-ACATCTGACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCCACGGGGG--ATGAG-TATTCATCA-GCCAACC-TATCTAAGTCC-C-AAA----C--T-G-GTG-TATCGTGNC--TAGATTTTTAT-C-TTG-GTGAAGACNAAGCTAA-TC-GAG-CGTTTCCTGAGA-ACTA-AAGTGGTAAC--AAATAAACCT-CA-CA--CC----ACCA-TTGGCA-CT--CCNAAANCCCG-GGCGCCTC-CCCTATAAAA--GCGAATGACCGAGT----TGAATTAATTG---------------TCC--AGT-AAATATT---ATTT--A--------TACAAGCT-----TCATCATTACTG------------CTACCGTGAGNCACTCAC-----AAANTGATGGGTGNANGACNANTGCACTCCGGAGGTAAGCCGAAAATAAANCA-ACAGACGAACAAGTCAGTTTCCGTCGTGCTGNGCG-CCATAAAGCATCACACCATTTATT-AAAATAATACACATATCAGGAAGTC---AAAACCTTCAGAGAGGCAACAG-GTGG-TGNCTACAGGCCCGCAGNAACTGAGGGCGCGGAAATTGGNGGNNNTCCGTTTNNGGGNCGCCTCGTCTGTC-GGTCCGGNATNCTTCATTNTT-GATCTCCTTCAA---GGTTAAG-TTGT--TATT-------AACCACCTT--GT---T-T-GA-CCTT-CATG-T--GC--G-GAAA----T-T---AGA-A--TTTCA-AGGTGAGCTAAA-TTNN---CTTTA--A-GGG-C-T-AT-G--CG--A--------CCC--C-----A-TT-A-ATNA--C-T-CTA----------T---C----CG--TN-T-A---G----T--GT-TG-T--T--T-CT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----C------TG---T-----T----TCATTC-CAT-C--ACCACCNTAN-TT--C-A-----T-AGTTAT-A---G--GGGT-C-T----GAAATGC------GGC-C-CCACCC-T-C-TTGG-------G-GC---C-CACG-GTGTTA---CC--C---TA----AGCGCCGCAAA--CT-GAGG-GC-GGAAANTGGNAG----TC----G--TTNT--GAGCAA---GCC-T--C-TC-GT-GACCT----TCGT--ACTTC-TTTCGTTGACTCTTC-----AAGG-NT-A-AG-TTG-TN-TTA-------------ACC-TTCGT--T-TG-A--C-CTT-AT--GT--TGTAGAAT-ATG-GAAA-CTTTCAGGTGAGCT---AAATTGCCTTTNAGGGCCTACG--C-AACCC--ATTTAATGANTCTTTAGG-CT--GTNTGGTCGTGGCCT
gi|1 : AACGAACCACCTGGGTGCTACCCCCTGGCCTAGGGTCATGGAAATGGGGTGCATAGGATTGCAAAGCTGCTCTAC-AAGGTACAGGTACAGAG-GACCCTGCGAGAAGAACGGGGCAAGGGGGAGACTGCTGGATCGATTGAAT--TATGGGCGAAATCCTATCTTCAACAATAGGGTAAGAAGGGGATATGATTCAGAATAGTGATGTGCAATGAGGATGTTTGATATTGTGGAGGATTCCCAT---AACTAATT-ATGTGA-CATACCTCTGACATGAGCAGGTCTCGATGTCTGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTCGTGCTGAACATCATACATTCTACCCCATACATCGACGGAGAGCATGAGCTATTCATC--GCAAACCATATC-GAGTCC-C-AAG----C--T-GTGTGATATCATGTC---AGATTTTTAT-C-TTG-GTAAAGACTAA-CTAA-TC-AAG-CGTTTCCTGAGAGACTA-AAGTA-TAAC--AAATAAACCTGCA-CA--CCCTTAGCCACTTGGCA-CT--CCCAAATCTCGCAACACCTC-CTTTATAAAAAAGCGAATGCAAGAGTGTGGTGATTTAATTG---------------CCC--AGC-------------------------------GCT-------ATCATTAC-A------------CTAC-GTGAGTCACTCAC-----AAATTGA--AATGAACGACCAGTACACTCCAGAGA-AAGCCAAAAA--AATCACACAAA--ATTAAG-CA-TTTTCGTTGTGTTGAGCGGCCA-AAAGCA----ACCCTTCATTCAGAATATCACAGA-GTCACAAAGTCGCCAAAAC--TCAGAGAGGC--CAGTATAGATGACCACAG-CCCA---AAACTGAGAGCACAGAAATGAGAAGTCCTCCG------AGGC-CCATATCT-TC-AGTCTTCCATACGTCATTCTT-GATCTCCTTCAA---GGTTAAGATTGT--TGTTGAAGCTAAACTGCCTG--GT---T-T-GA-CCGT-CATAAT--GT--A-GGGA----T-T---AGA-A--TATCA-AGGTGAGCTAAA-TTTG---CTTTA--A-GG--C-T-A--G--CG--A--------CCC--C-----A-TT-A-ACAA--C-T-CCA----------T---C----TG--TA-T-A---G----T--GT-TG-T--T--T-CT--TG-CC--C-----AT-----TAT-----C------CG---T-----T----TCATTC-CAT-C--ACCACCTTAA-TT--C-A-----T-AGTTAT-A---G--GGGT-C-T----GAAATATA-----GGC-C-CCATCC-T-C-TTGG-------G-G----C-TATG-GTATTA---CC--C---TA----AGCGTCGC-AA--CTGGAGGAGC-GGGAATTGATAG----TC----A--TTGT--GAGCAA----CC-TA-T-TC-AT-GACCT----TTATAAACTTCATTTCGTTGACTCTTC-----AAGG-AT-A-A---TG-TC-TTA-------------ACC-TTCAT--T-TG-A--C-ATT-AT--GT--TGTAGAGT-ATG-AAAA-CTTTCAGGTGAGCT---AAATTGCCTTTTATGGTCTATG--C-AACCC--ATTTAACGATTCTTTAGGACTC-ATTTGATCGTGACCT
gi|10 : ------TG---T-----T----TCATTC-TGT----AGCACCG-AA-TT--C-AA----T-CATTAT-T---G--GAAT-C-T----GATATGT------GAA-C-CCACCCATAT-TTAG-------G-TC---C-CACG--TGGTA---CC--T---TA---------CGGNNN--NN-NNNN-NN-NNNNNNNNNNNN----NN----N--NNNN--NNNNNN---NNN-N--N-NN-NN-NNNNN----NNNN--NNNNN-NNTCGTGGACTCTTC-----AAAT-AT-T--G-TTG-TTATTA-------------ACC-ATCGT--TATG-A--T-CTTTAT--GT--T-TAGAAA-TTA-AAAA-CTTTCAGGTGAGCT---TCATTGCTTTTATAGTTCTATG--C-AACCC--gtcaatggtagttg
gi|11 : atAA---GGTTTAC-TTGTGTCATC-------AACCTTCCT---T---T-T-GA-TCTG-CATG-T---T--G-GAAAAAAAT-T---AGA-AAACTTCA--GATGAGCTAAA-TTAATTACCGTA--A-GGGTC-T-ATTG--CA--C--------CCC--C-----A-TTTA-ATGA--C-T---A----------T---C----CG--CT-T-G---ACTTTT--GC-TGAT--C--T-TT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----CCACTGTTG---T-----T----TCATTT-CAT-T----CACCCTAT-TT--T-AA----T-AGTATT-A---G--AGTT-C-C----GAAATGCT-----GGC-C-CCACCC-T-C-TTGA-------A-GC---
gi|12 : cgtcaG-C-T-TT-A--TG--A--------CCC--CCTTTTA-TT----TGG--T-T-CTA----------T---C----CG--TTAG-A---G----TACGT-CG-T--TC-T-CT--AT-CC--C-----TT-----TAT-----CAGTTT-TG---T-----T----TCATTC-GAT-C--ACC-CCAT-C-TC--C-AATCATT-AGATAT-A-------GGT-C-TTCGGGAAA-----------C-A-CCA----------GG-------T-GCTATC-CCCG-GTGCTA---TCATC---TAT---AGT-CC-CAAA--CT-AAGT-GC-GGAAAATGAAAG----TCTCAAGATTTCT--TATCAACGTGCC-T--A-TC-TT-G-CCT----GCAT---TTCC-TTTCGCAGACTCTTactattgatcggtcacccccta
gi|13 : aaaagctaTGC--TATT-------AACCTTCTT---T---T-T-GA-CCTT-TATG-C--A------AAA----T-T---GGA-AACTTTCA--GGTGAGCTAAA-GTAC---CTTAA--A-GGACC-T-AT-G--CA--A--------TCC--C-----ATTT-A-ATTA--C-T-ACA----------C---C----CG--CT-TGA---T----T--TT-TG-TGAT--A-TT--TG-CA--C-----TG-----TAT-----CACTGT-TG---T-----T----TCATTT-CAT-T--AT--CCTTGT-TT--CAA-----T-GGTTAT-
gi|14 : aTT-------AACC--TTT--GT---T-TTGA-CCTT-CTTG-T--G-----GAAA----TAT---AAA-A--TTTCA--GGTAAGCTAAA-TTAC---CTTTG--A-GGGAC-T-AC-A--GA--A--------CCC--C-----A-TTCA-ATGA--G-T---A----------T---C----TG--CT-T-G---A----T--TT-CG-T--TG-T-GT--TG-AC--A-----TT-----TAT-----CAC----TG---T-----T----GC-----------------------TT--C-A-----T------------------T-C-T----AAAATAT------GGC-C-CCACCC-T-C-TTG
gi|15 : ---G----T--AT-TG-T--TC-T-CT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----C-------G---T-----T----T--TTCTCAT-TTGATCACCCCAA-AT--C-A-------AATTATTA---ATTAGGT-C-T----GAAATGCCAATGTGGC-T-CCACCC-T-C---GGAA-----G-GC---C-CTAG-GTGTTA---CC--CCTTCA----A---CCCTAAA--CT-GAGA-CC-AGAAAATcgtttgtatt
gi|16 : ttgaagactaatgcatggttct-T----GAAATGT------GGT-T-CTACAC-T-C---GGTAAGCCGG-GC---C-C-CGTGTGGTA---CC--C---TA----AA-GCCCCAAA--CT-GAGG-GC-AGAAAGTGATAG--------------------AACAA---GGCAC--C-TT-GT-G---T----CTAT--GCTCC-TTTCGTTGACTCTTC-----AAaa
gi|17 : ttgattgcttttctttcattttataaccctatgctcag-TG-T--C-CCT-GT--GTGATCTAAAAT--TA-GGAA-CTTTCAGGTGAGCT---CAATTTCCCTTTGAGGCCTATGATC-TACC-----TTAAGGGTTCTa
gi|17 : aAAA----T-T---AGG-AACTTTCA--GGTGAGCTCAATTTCC---CTTTG--A-GGC-C-T-AT-GATCT--A--------CC-----------TT-A-AGGG--T-T-CTACATGTATATGC---C----CGACTC-T-ATTGG----T--GTCTA-T--C--T-CT--TGATC--C-----TT-------T-----T------TG---T-----T----TTGCTC-GAT-C--ACC-CCATA--TT--C-A-----acatgtatatgcccgactctattggtgtctatctcttgatcctttttgttttgctcgatcaccccatattcaat
gi|18 : atgtccctgtgtgatctaCTTCAATACGGTAAAG-TGAT--AATT-------AGATACCTTTCGTGGATAT-GA-CCTTTCATG-T--GT--G-AAAA----T-TTCGAAA-C--TTTCATAGGTGAGC-AAA-TTAC---ATTTATTA-GGG-CAC-CT-G--CGGAA--------CCC--C-----A-T--G-GTTA--C-T-CTA----------T---C----TG--TT-T-A---G----TA-GT-Tat
gi|19 : ttcgtggact-GAAA----T-T---GAA-AC-TTTCA-AG-TGAGCTAAA-TTAT---CTTTA--A-AGG-CTT-AC-A--CA--A--------CCC--C-----A-TTCC-ACTA--C-T-ATA----------TGTGCTTGACG--TT-T-A--------T--GT-TG-------A-CT--TG-CC--C-----TT-----TTTCAAGGC------TG---T-----G----CCATTG-CGT-T--TC--CCCTAC-TT--CAA-----T-AGTTGT-A---G--Gc
gi|2 : ttgttAAC-AACCACCTGGATACTACCCTCTGGCCTTGGATCATAGCAATGGGGTGCATAGGAATGCAAAGCTACACTAC-AAGGTATGGTTTCAATGGGAACCTCCGATAAGAATTGAGCAAGGGAGGGGGTGCTGGAACTATTAAATGCCAGAGG-GAAAACCCATTTCCAGCAGTATGATAAGTAAGGGATGTGATTCAGAATTCAGATACGCAGTGAAGATATTTGATAATTTGG-GAAATCCTATGGCATCCAATCGACATGAGCA-ACATCTGACAat
gi|2 : ATCCACGGGGG--ATGAG-TATTCATCA-ACCAACC-TA--AAAGTCCAT-AAA----CA-TAG-ATA-TGTCTTGGC--TAGATTTTTAGAT-TTG-GTGAAG-TGAAGCTAC-TC-TGG--GTGTCCTGAGA-TATA-AAATGTTGA---AAA-AAACAT-CA-----------ATAA-TTCTCA-CT--CCTAGAAATCA-AAAAC--A-CCCTA-AAAA--GC-AAGGATTGAG-----TGAATTGATTGCCCTAATTAGATATTCCC--AGT-AAATATT---ATTT--A--------TACAAGCT-----TCATCATTACTG---------------CCGTG-GACATTCAC-----AAAGTGAT-GGTGTAAGACGATTGCACT--GGAGGTAAGCAGAAAATAAAGCA-ACAGACGAACAAAT-AGTTTCCGTCGTGCTGTGTG-CCA-AAAACATCACACCATTTATT-AAAATAATACACATATCAGGAAGTC---AAAACCTTCAGA-AGGCaacgaaataccttcaatccacgggggatgagtattcatcaaccaacctaaaagtccataaacatagatatgtcttggctagatttttagatttggtgaagtgaagctactctgggtgtcctgagatataaaatgttgaaaaaaacatcaataattctcactcctagaaatcaaaaacaccctaaaaagcaaggattgagtgaattgattgccctaattagatattcccagtaaatattatttatacaagcttcatcattactgccgtggacattcacaaagtgatggtgtaagacgattgcactggaggtaagcagaaaataaagcaacagacgaacaaatagtttccgtcgtgctgtgtgccaaaaacatcacaccatttattaaaataatacacatatcaggaagtcaaaaccttcagaaggccctaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgttgactttttaatgttaagctgttattaaccctaattttcaccttcatacgtgaaaatgagaaaatttcaggtgatcttaattccgtttaagtgtataagcaaacccatttaattaatctttaagcttaattttgttgtagccttgcccttcattactgttgtttcattacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttatagagtttgaattccgctatctagtccgcaaactcatttcgagaactcttcaaaggtgaagtttttattaacctactttttgactttcatgcgtgaaaattataaactttcaagtaagcaaaattactttcaagag
gi|2 : aacaaccacctggatactaccctctggccttggatcatagcaatggggtgcataggaatgcaaagctacactacaaggtatggtttcaatgggaacctccgataagaattgagcaagggagggggtgctggaactattaaatgccagagggaaaacccatttccagcagtatgataagtaagggatgtgattcagaattcagatacgcagtgaagatatttgataatttgggaaatcctatggcatccaatcgacatgagcaacatctgacaaacgaaataccttcaTCGTTGACTTTTT-----AATG-TT-A-AG-CTG-TTATTA-------------ACC-CTAAT--T-TTCA--C-CTTCAT--AC---GT-GAAA-ATGAGAAA-ATTTCAGGTGATCT---TAATTCCGTTTAAGTGTATAAG--CAAACCC--ATTTAATTAATCTTTAAG-CTTAATTTTGTTGTAGCCTcctaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgttgactttttaatgttaagctgttattaaccctaattttcaccttcatacgtgaaaatgagaaaatttcaggtgatcttaattccgtttaagtgtataagcaaacccatttaattaatctttaagcttaattttgttgtagccttgcccttcattactgttgtttcattacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttatagagtttgaattccgctatctagtccgcaaactcatttcgagaactcttcaaaggtgaagtttttattaacctactttttgactttcatgcgtgaaaattataaactttcaagtaagcaaaattactttcaagag
gi|2 : aacaaccacctggatactaccctctggccttggatcatagcaatggggtgcataggaatgcaaagctacactacaaggtatggtttcaatgggaacctccgataagaattgagcaagggagggggtgctggaactattaaatgccagagggaaaacccatttccagcagtatgataagtaagggatgtgattcagaattcagatacgcagtgaagatatttgataatttgggaaatcctatggcatccaatcgacatgagcaacatctgacaaacgaaataccttcaatccacgggggatgagtattcatcaaccaacctaaaagtccataaacatagatatgtcttggctagatttttagatttggtgaagtgaagctactctgggtgtcctgagatataaaatgttgaaaaaaacatcaataattctcactcctagaaatcaaaaacaccctaaaaagcaaggattgagtgaattgattgccctaattagatattcccagtaaatattatttatacaagcttcatcattactgccgtggacattcacaaagtgatggtgtaagacgattgcactggaggtaagcagaaaataaagcaacagacgaacaaatagtttccgtcgtgctgtgtgccaaaaacatcacaccatttattaaaataatacacatatcaggaagtcaaaaccttcagaaggccctaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTATCTAGTCCGCAA-ACT-CATTTCGAGAACTCTTCAAA---GGTGAAG-TTTT--TATT-------AACCTACTT---T---T-T-GA-CTTT-CATG-C--GT--G-AAAA----T-T---ATA-AACTTTCA-A-GTAAGCAAAA-TTAC---TTTCA--A-GAG-tgcccttcattactgttgtttcattacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttatagagtttgaattccgctatctagtccgcaaactcatttcgagaactcttcaaaggtgaagtttttattaacctactttttgactttcatgcgtgaaaattataaactttcaagtaagcaaaattactttcaagag
gi|20 : aacaaccacctggatactaccctctggccttggatcatagcaatggggtgcataggaatgcaaagctacactacaaggtatggtttcaatgggaacctccgataagaattgagcaagggagggggtgctggaactattaaatgccagagggaaaacccatttccagcagtatgataagtaagggatgtgattcagaattcagatacgcagtgaagatatttgataatttgggaaatcctatggcatccaatcgacatgagcaacatctgacaaacgaaataccttcaatccacgggggatgagtattcatcaaccaacctaaaagtccataaacatagatatgtcttggctagatttttagatttggtgaagtgaagctactctgggtgtcctgagatataaaatgttgaaaaaaacatcaataattctcactcctagaaatcaaaaacaccctaaaaagcaaggattgagtgaattgattgccctaattagatattcccagtaaatattatttatacaagcttcatcattactgccgtggacattcacaaagtgatggtgtaagacgattgcactggaggtaagcagaaaataaagcaacagacgaacaaatagtttccgtcgtgctgtgtgccaaaaacatcacaccatttattaaaataatacacatatcaggaagtcaaaaccttcagaaggccctaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgttgactttttaatgttaagctgttattaaccctaattttcaccttcatacgtgaaaatgagaaaatttcaggtgatcttaattccgtttaagtgtataagcaaacccatttaattaatctttaagcttaattttgttgtagccttgcccttcattactgttgtttcattacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttatagagtttgaattccgTTCGT-GACTCATC-----AAAG-TT-AGAG-TTG-TA-TTT-------------ACC-TTCGT--C-TA-ATAC-CTT-TT--CC--T-TGAAGT-TCG-CAAATCTTTCAGGTGAGCT---AATATAACTTTAGGGGCC-ATG--G-ACACT--TTTTAATAACTC--TA-------GTCTGA-CGTGACCT
gi|21 : aG--ATGAG-TATTCATCA-GCCAACC-TATCTAAGTCC-CCAAG----CCTT-G-GTG-TATCATGTC--TAGATTTTTAT-C-TTGCGTAAAG-CTAAGCTAA-TC-AAGACGTTTCCTGAGA-GCTA-AAGTGGTAAC--AAATAAACCT-CA-CA--CCCT--ACCA-TTGGtcgttgttgtt
gi|23 : -----TCATCTTT----------------CTACCGTGAGTC-CTCAC-----AAATTGA-AGATGAACGACCAGTACACTCCAGAGA-AAGCCAAAAA--AATCA-ACAAATCAATAAGTCA-TTTTCGTTGTGTTGAGCG-CCATAAAGC
gi|24 : --TTTCA-AG-TAAGATGAA-TTGC---CTTTA--A-GGGTC-T-AT-G--CA--A--------CCC--C-----G-TTTA-ATGA--C-T--------------T---G----CC--TT-T-G---T----T--G---G-T--C--T-CT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----C------AA---TTTGGAT----TCATTC-AAT-C--A-CACC
gi|25 : ac--ACTCA-TTTCGTTGACTCTTC-----AAAT-TTTA-AG-TTG-TTATCA-------------ATTATTCGT--TATG-A--C-ATT-AT--------T-GAGT-AT---------TTCAGGTGAGCT---TAACTGCATTTAATGGTCTTTG--C-AACCtaca
gi|26 : -AT-A--CA--A--------CCC--C-----A-TT-T-ATTAA-T-T-CTA----------A---C----AG--CT-T-G---GCTT-T--GT-TG-T--T--GACT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----TAA----TGATTT-----T----TTATTC-CAT-T--ACC--CCTAT-TT--C-AC----T-AGTTAT-A---G--GGGT-C-
gi|27 : ------TG---T-----T----TGAT-C-CAT-G--ACC-CCATAACTT--T-A-----CGAGTTTT-A---G--GG-T-C------GAAATGCT-----GGC-C-CCACCC-TAT-TTGG-------G-GCCT-C-CAGA-GTGGTACTTCC--C---TA----
gi|28 : CAAA--CT-TGGG-ACAGGAAAAT---AA----T--------TCAA--GAGGTA---TCC-TACC-TT-GT-G---T----CTAT--GCTTC-TTTCGTTGACCCTTC-----AAAG-AT-c
gi|29 : ccccaaattc--ACC-CCCTAC-TT--T-AC----T-AGT-AT-A---G--AGTTAC-T----GAAATGT------GAC-C-CGACCC-T-CGTTGG-------T-CC---C-CAttga
gi|3 : tgattactattga-A--C-CTTCAT--GT--TGCAGAATTAT---AAA-CTTTCAGGTGAGCT---AAATTACGTTTAATTGCCTATG--C-AACCCTTTTTTAATGACTgaggta
gi|3 : A-CCTT-CATG-TT-GC--A-GAA-----T-T---ATA-AACTTTCA--GGTGAGCTAAA-TTAC---GTTTA--ATTGC-C-T-AT-G--CA--A--------CCCTTT-----T-TT-A-ATGA------CTA----------T---C----CG--CT-TGA---C----TTCGT-TG-T--TG-C-CT--TG-CC--TTAACGTT-----TAT-----C------atccgcttgacttcgttgttgccttgccttaacgtttatcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtttactcttcaaaggttaagttgttatataccttctttttgaccttcatgttgcagaattggacactttcagttgagctgaatcacatttaagggcttatgcaaatggcaagccgcgataatgaaacctattcgttgactttgttgttgttattgctctttattattattaggtttattgtttcccctatttgtcaatattattagggtcgtgaattgtggcgcccacgcatttgaggcaacaggtggtgcctacagcccgcaactgagggcgcaaattggtagtctgggagcctctctgtcggctggcattcttttgttgatactcaaggttaattgttaccttatcaggtgctaaaatatgattgcatagcattttaagtaatttaatatggaaaaactagatttatt
gi|3 : CTTCAAA--GGTTAAG-TTGT--TATA-------TACCTTCTT---T---T-T-GA-CCTT-CATG-TT-GC--A-GAA-----T-T---GGACA--CTTTC-AGTTGAGCTGAA-TCAC---ATTTA--A-GGG-C-TTAT-G--CA--AATGGCAAGCCG--C-----G-AT-A-ATGAAAC---CTA----------T---T----CG--TT-G-A---C----TTTGT-TG-T--TGTT-AT--TG-CT--C-----TT-----TAT-----TAT----TA---T-----TAGGTTTATTG-TTT-C------CCCTAT-TTGTC-AA----T-A-TTAT-T---A--GGGT-CGT----GAATTGT------GGCGC-CCACGC-A-T-TTGA-------G-GC---AACA-G-GTGGTG---CC------TAC---AGC-CCGCAA---CT-GAGG-GC-GCAAATTGGTAG----TC----------T--GGG--A---GCC-T--C-TCTGTCGGC------TGGC--A-TTC-TTTTGTTGA-TACTC-----AAGG-TT-A-A--TTG-TT-----------------ACC-TTacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtttactcttcaaaggttaagttgttatataccttctttttgaccttcatgttgcagaattggacactttcagttgagctgaatcacatttaagggcttatgcaaatggcaagccgcgataatgaaacctattcgttgactttgttgttgttattgctctttattattattaggtttattgtttcccctatttgtcaatattattagggtcgtgaattgtggcgcccacgcatttgaggcaacaggtggtgcctacagcccgcaactgagggcgcaaattggtagtctgggagcctctctgtcggctggcattcttttgttgatactcaaggttaattgttaccttatcaggtgctaaaatatgattgcatagcattttaagtaatttaatatggaaaaactagatttatt
gi|30 : accttcatgttgcagaattataaactttcaggtgagctaaattacgtttaattgcctatgcaacccttttttaatgactatccgcttgacttcgttgttgccttgccttaacgtttatcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtttactAGCTGCCCTACCAAAGTACGGAA-CAG-GCGA-CCTGTGAGAAGAAC-GGGCA-GGGGAGGACTGCTGGAACTATTGatcaggtgctaaaatatgattgcatagcattttaagtaatttaatatggaaaaactagatttatt
gi|31 : AGATTCTTAC-C-CTT-GTAAAGACGAAGCTAAACC-AAA-TGTCTCC-GAGA-ACTACAAGTGGTGAC----ATAAAC
gi|33 : GGTCATGGAAAAGGTGTGTGTAGGATTGCGAAACTGCACTGC-ATAGTACAG
gi|35 : aa--ACTCC-TTTTGTTGACTCTTC-----AAG---T-A-GA-TTG-TA-TTA-------------ACC-
gi|4 : ccttgtgtctac---T-----T----TGATTC-CAT-G--ACT--CCTAC-TT--T-AC----T-AGTTAT-A---G--GGGT-C-T----GAACTGT------GGC-C-CCACCC-T-C-TTGG-------G-AC---C-CCAA-ATGGTA---CC--C---
gi|4 : CTTTCAA---AGTACAGCTTGT--AATT----------TACTTTCCGT---TAT-GA-CTTT-GTTA-TTAGCTTG-TAAAG---T-T---CAA-A--CTTCA--GGTCAGCTAAA-TTAT---CTT----A-GGC-C-T-A--G---G--A--------ACC--C-----A-TT-TTATGG--A-T-CTA----------T---G----CC--TG---A---G----TC-GTCTG-T--T--T-GTGTTG-TCGGC-----TTATTAATAT-----T------TG---T-----TC---TGATTC-CAT-G--ACC--CTTAC-CT--T-AC----T-AATTAT-ATTGG--GAGT-C-T----TAACTGT------GTC-CTCCACCC-T-C-TTAG-------GTGC---C-CCAG-TTGGTA---CC--T---TACTACAGGCCCGCAAAAACT-GAGG-GC-GGAAATTGGGAGATTTCC----G--TTTTCGGAGC-----GCC-T--CGTC--T-TATCC----TGAT--ACTCA-TTTCGTTGACTCTCTTTTAAAAGG-TT-G-AGTTTGTTT-TTA-------------ACC-TTCGTTAT-TG-A--CGCTT-ctacatccccaaagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagcgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttgttactttcaaagtacagcttgtaatttactttccgttatgactttgttattagcttgtaaagttcaaacttcaggtcagctaaattatcttaggcctaggaacccattttatggatctatgcctgagtcgtctgtttgtgttgtcggcttattaatatttgttctgattccatgacccttaccttactaattatattgggagtcttaactgtgtcctccaccctcttaggtgccccagttggtaccttactacaggcccgcaaaaactgagggcggaaattgggagatttccgttttcggagcgcctcgtcttatcctgatactcatttcgttgactctcttttaaaaggttgagtttgtttttaaccttcgttattgacgctttaat
gi|5 : tttgattccatgactcctactttactagttataggggtctgaactgtggccccaccctcttgggaccccaaatggtacccctacatccccaaagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagcgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttgtta--ATGAG-TATTTATCA-GTCAACC-TATCTAAGTCC-C-AAAAGACT--T-G-GTG-TATCGTGGC--TAGATTTTTAT-CTTTG-GTGAAG-TGAATCTTA-TCTGAG-TCTTT--TGAGA-ACTA-AAGTGATAAT--AAA-ACATCT-CA-CACCCC----ACAA-TTGGCA-CTA-CCAAAACCCCG----GCCTCTCCCTATAAAA--GC-AATGACCGAG-----TGAATTAATTG---------------TCCT-AATCAGATGTTCCAAGTT--AAAAACATCTCCAACCTGACCCTTATCATTTCTG---------------CCG-GGGGTACTCACATATTAAAATGA-AGGTGTAAGGTGAGTACACT--GCATGTAGG--GAAAACAtaat
gi|6 : aacaatatacctatgtacatcatatcta--ATGAG-TATTTATCACGTCAACCCTATC-AAGTCC-C-AAAAA--C--T-G-GTG-TATCGTGGCCTTAGATTTTTATTC-TTG-GTGAAG-TGAATCTA---C-TAG-TCTTT--TGAGA-ATCA-AAGTGATAACCTAAAACATCTT-CAACA--CC----CCAA-TTGGCAACTTACCAAAACCCCG-G---CCTCTCCCTATAAA---GCAATTGACCGAGT----TGAATTAATTG---------------TCCTTATC-AGGGATT---GTTTCCAAGT-----TAAAAACA-----TCTCCA--ACCGACCCCACATTTTCTGCC-CGGGGTACTCACATATTAAAATGAAGGGTGTAA-AGGAGTACACT-CGCATGTAGG--GAAAA
gi|7 : T-TG-T--T--TTCT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----CACTGT-TA---T-----T----TTATTC-CAT-A--A--ACCCTAT-TT--CAA-----T-AGGTAT-A---G--GGc
gi|7 : caaccttgtttgattgatatctTTAAA-TTGT--TATT-------AAC--CTTT--GTA--T-T-GA-CCTT-CATGAT--AC--A-GAAC----T-A---GGA-A--ATTCC-AGGTGAGTTAAA-TTGG---Cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaatattaaattgttattaacctttgtattgaccttcatgatacagaactaggaaattccaggtgagttaaattggc
gi|8 : caaccttgtttgattgatatctttgttttcttgccctttatcactgttattttattccataaaccctatttcaataggtatagggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaataATTCGT-GA---CCTTCAA---GCTAAAG-GTGT---ATT-------GACC---TC--GT---TAT-GAACCTT-TATT-C--GT--GTAAAA----T-C---AAA-----CTCA--GGTACGCTAAA-TGAA---CTTTA----GGC-C-T-GT-G--GG--A--------CCC--T-------TT-A-ATGA--CATACTGC---------T---T----TG--AC-T-C---G----T--GT--G-C--T--T-----TG-CC--C-----TT-----TATAA---A------TG---TTG---T----TGATTT-CATAC--CCTACCGTAC-------------T-AGTTAT-A---G--GG
gi|9 : T-GACCTAGCCTCGT--AACTCGTTTCATGGATTCTTC-----AAGGAGT-A-AG-TTGTTG-TTAAATAATCAATATGACC-TCCAT--TATG-A--T-CCC-ATGAGA--TGTAAAAT--TA-GGAA-CTTTCGGGTAAACTTTAAAATTGCCGTCTAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttctacttc
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): CAGGTGAGCTTGTCATCAAAAGCCATCATGACTCTTTTTAATATTCCATTCATTTGTATTTATATTGTTATCTATCTCTTGATAACTTTTGTTTCATTCAATGGCCCGTATCCAGTCATTAA
Unaligned ( gi|32 ): ATAGCCCAACTGAGGCGAAATAAATGACATTCTGGGACCATTATCTGCCTGCGATA
Unaligned ( gi|34 ): AACTCGAGGCGGGAAATGATGTCTGGACTTCTATTATTTGACATGCATAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 3333333333333 1 1 1 11 1 1 222 1 1 1 2222222222222222222222222 2 1 11111111 1 1 3333333 111 111 1 11 111 1 22222 1 22 1 22 1 11 1 222222 1 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22222 2 1 11 11 1 333 1 1 2222 1 1 222 11 1 1 1 1 2 1 1 111 1 111 11111111111 22222222 2222222222 11111 22 11 11 11111111 1111111 111 333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111 444444444444 1111111111 3333333 22222 111111 2222222222222222222 111 222222222222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 2222222222222 222222222222222222222 1111 1111 444444444 11
lowQualScore : 5 1 0 0 1 0 5555555555555 3 3 3 7 77 1 5 1 1 1 333 1 1 5 1 000 1 5 5 5 1 5555555555555555555555555 4 3 0 2 2 5 1 66666666 8 88 6 5 1 8888888 8 8 8 1 111 000 6 6 3 6 6 3 22 44 1 6 6 7 000 1 8 8 33333 0 33 1 0 0 44 99 0 66 33 9 00 777777 0 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22 3 1 0 11111 1 8 0 1 55 0 0 55 66 3 333 7 0 3 3 3333 1 5 1 1 5 2 000 88 5 5 5 2 1 5 0 0 1 6 8 0 6 000 1 0 000 77777777777 33333333 3 7 3 3 3 9999999999 00000 3 555 3 22 88 0 2 6666 4444 3 33 6 2 33 777777 00000000 33 0000000 555 2 888888888888888888888888888888888888888888888888 5 2 8888888 33 2 33 66666 66666 000000000000 444 1111111111 4 2 3333333 33 7777 22222 2 2 555555 1 3 3 7777 666666 3 3 3 3 6 3 1111111111111111111 4 000 99999 999999999999999 66 5 5 5 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 1 99999 66 4 9999 4 7 4444444444444 4 5 55 4 999999999999999999999 5 4444 5 0 1 1 77 5 4444 1 3 333333333 44
lowQualScore : . . . . . . ............. . . . . .. . . . . . ... . . . . ... . . . . . ......................... . . . . . . . ........ . .. . . . ....... . . . . ... ... . . . . . . .. .. . . . . ... . . . ..... . .. . . . .. .. . .. .. . .. ...... . . .......................................................................... .. . . . ..... . . . . .. . . .. .. . ... . . . . .... . . . . . . ... .. . . . . . . . . . . . . . ... . . ... ........... ........ . . . . . .......... ..... . ... . .. .. . . .... .... . .. . . .. ...... ........ .. ....... ... . ................................................ . . ....... .. . .. ..... ..... ............ ... .......... . . ....... .. .... ..... . . ...... . . . .... ...... . . . . . . ................... . ... ..... ............... .. . . . . ............................................................ . . ..... .. . .... . . ............. . . .. . ..................... . .... . . . . .. . .... . . ......... ..
lowQualScore : 0 0 7 7 0 0 0000000000000 3 3 3 3 55 0 0 0 0 0 000 0 0 5 0 000 0 0 0 5 0 0000000000000000000000000 0 0 0 5 5 0 0 66666666 0 88 0 4 0 0000000 0 0 0 4 888 888 7 7 3 7 7 2 77 55 0 7 7 8 222 7 0 0 44444 0 88 0 0 2 55 55 0 55 88 0 55 888888 0 2 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 66 8 0 8 22222 0 0 8 0 66 0 6 00 22 3 333 3 7 3 3 5555 0 0 0 0 5 5 000 00 0 5 5 5 0 5 5 0 0 0 0 8 3 000 0 0 000 77777777777 88888888 6 3 6 3 3 9999999999 00000 1 444 1 55 44 1 9 5555 8888 1 33 2 9 00 111111 44444444 99 2222222 333 9 999999999999999999999999999999999999999999999999 0 7 6666666 77 7 77 77777 77777 888888888888 111 8888888888 1 4 2222222 11 4444 44444 5 5 555555 8 3 1 1111 222222 3 3 3 3 7 2 4444444444444444444 0 000 22222 222222222222222 11 0 0 0 0 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 2 11111 44 0 9999 4 8 4444444444444 4 7 44 4 111111111111111111111 0 6666 0 2 4 0 99 7 0000 4 2 777777777 77
consensus : AACGAACCACCTGGGTGCTACCCCCTGGCCTNGGGTCATGGAAATGGGGTGCGTAGGATTGCGAAGCTGCNCTAC-AAGGTACGG-NT-CA---G-G-GACC-TGCGAGAAGAA-CGGG-CAAGGGGGGGACTGCTGGAACTATTGAATGCCANGGGCGAAANCCCATCTCCAGCAGTANGGTAAGNAGGGGATGTGATTCAGAATNNNGATGCGCAGTGAGGATGTTTGATANTNTGGAGGANTCCCATGGCANCCAATCGACGTGAGCATACNTCTGACATGAGCAGGTCTCGATGTCTGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTCGTGCTGAACANCATACNTATNTACNCCATACATCNACGGGGG--ATGAG-TATTCATCA-GCCAACC-TATCTAAGTCCCAAAA---C--TG-G-TG-TATCGTGGC--TAGATTTTTA-T-C-TTG-GTGAAG-CGAAGCT-AATCNAG-CGTTTCCTGAGA-ACTA-AAGTGGTAAC--AAATAAACCT-C-ACACCCT-A--CAATTGGC-ACT--CCNA-AACCCCG-AGCNTCTCCCT-ATAAAA--GCGAATGACCGAGT----TGAATTAATTG-CCCTA--------------G-CAGATATT---ATTT--AAG-TACA-----AGCTTCATCATTACCG------------CTGCCGTGGGNCACTCACATATTAAAATGAA-GGTGTAAGACGAGTACACTCCGGAGGTAAGCCGAAAACAAATCA-ACAAA-C-AATAAGTCGTTTTCGTCGTGTTGAGCG-CCA-AAAGCATCACACCNTTCATTCAGAATANCACANATGTCACGAAGTCGCCAAAACCTTCAGAGAGGCCAGTATAGATGACCACAGCCCAAAACTGAGAGCACAGAAATGAGAAGTCCTCCGAGGCCCATATCTATCTAGTCCGCNATACGTCA-TTCGTG-A-CTCTTTCAA---GGTNAAG-TTGT--TATT-------A---ACCTT-CTTG--T-T-T-GA-CCTT-CATG-T--GC--G-GAAA----T-T---AGA-A--TTTCA-AGGTGAGCTAAA-TTA----CCTTTA--A-GGG-C-T-AT-G--CG--A--------CCC--C-----A-TT-A-AT-GA--CTCTA----------T---C----CG--C---T-T--AG----T--GT-TG-T--T--T-CT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----C------TG---T-----T----TCATTC-CATC--ACCACCCTA-CTT--C-A-----T-AGTTAT-A---G--GGGT-C-T----GAAATG------T-GGC-C-CCACCC-T-CTTGG-------G-GC---C-CNCG-GTGGTA---CC--C--TA----A-G--C--C-CCAAA--CT-GAGG-GC-GGAAANTGATAG----TC----G--TTNT--GAGCAA---GCCT--C-TC-GT-GACCT----CTAT--A-CTCC-TTTCGTTGACTCTTC-----AAGGN-T-A-AG-TTG-TT-TTAA-------------CC-TTCGT-TA-TGAC-CTT-ATGT--TGTAGAAT-ATG-GAAA-CTTTCAGGTGAGCT---NAAT-TGCCTTTAANGGCCTATG--C-AACCC--NTTTAATGACTCTTTAGG-CTCG--TTTGATCGTGACCT
Reference ( family-2198 ) : AACGAACCACCTGGGTGCTACCCCCTGGCCTNGGGTCATGGAAATGGGGTGCGTAGGATTGCGAAGCTGCNCTAC-AAGGTACGG-NT-CA---G-G-GACC-TGCGAGAAGAA-CGGG-CAAGGGGGGGACTGCTGGAACTATTGAATGCCANGGGCGAAANCCCATCTCCAGCAGTANGGTAAGNAGGGGATGTGATTCAGAATNNNGATGCGCAGTGAGGATGTTTGATANTNTGGAGGANTCCCATGGCANCCAATCGACGTGAGCATACNTCTGACATGAGCAGGTCTCGATGTCTGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTCGTGCTGAACATCATACAT-TCTACCCCATACATCNACGGGGG--ATGAG-TATTCATCA-GCCAACC-TATCTAAGTCCCAAAA---C--TG-G-TG-TATCGTGGC--TAGATTTTTA-T-C-TTG-GTGAAG-CGAAGCT-AATCNAG-CGTTTCCTGAGA-ACTA-AAGTGGTAAC--AAATAAACCT-C-ACACCCT-A--CAATTGGC-ACT--CCNA-AACCCCGAAACCTCTCCCT-ATAAAA--GCGAATGACCGAGT----TGAATTAATTG-CCCTA--------------G-CAGATATT---ATTT--AAG-TACA-----AGCTTCATCATTACCG------------CTACCGTGGGNCACTCACATATTAAANTGAA-GGTGTAAGACGAGTACACTCCGGAGGTAAGCCGAAAACAAATCA-ACAAA-C-AATAAGTCATTTTCGTCGTGTTGAGCG-CCA-AAAGCATCACACCNTTCATTCAGAATANCACANATGTCACGAAGTCGCCAAAACCTTCAGAGAGGCCAGTATAGATGACCACAGCCCAAAACTGAGAGCACAGAAATGAGAAGTCCTCCGAGGCCCATATCTATCTAGTCCGCNATACNTCA-TTCNTG-A-CTCCTTCAA---GGTNAAG-TTGT--TATT-------A---ACCTC-CTTG--T-T-T-GA-CCTT-CATG-T--GC--G-GAAA----T-T---AGA-A--TTTCA-AGGTGAGCTAAA-TTA----CCTTTA--A-GGG-C-T-AT-G--CG--A--------CCC--C-----A-TT-A-AT-GA--CTCTA----------T---C----CG--T---T-T--AG----T--GT-TG-T--T--T-CT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----C------TG---T-----T----TCATTC-CATC--ACCACCCTA-CTT--C-A-----T-AGTTAT-A---G--GGGT-C-T----GAAATG------T-GGC-C-CCACCC-T-CTTGG-------G-GC---C-CACG-GTGGTA---CC--C--TA----A-G--C--C-GCAAA--CT-GAGG-GC-GGAAANTGATAG----TC----G--TTNT--GAGCAA---GCCT--C-TC-GT-GACCT----TNAT--A-CTCC-TTTCGTTGACTCTTC-----AAGGN-T-A-AG-TTG-TT-TTAA-------------CC-TTCGT-TA-TGAC-CTT-ATGT--TGTAGAAT-ATG-GAAA-CTTTCAGGTGAGCT---NAAT-TGCCTTTAANGGCCTATG--C-AACCC--NTTTAATGACTCTTTAGG-CTCG--TTTGATCGTGACCT
gi|1 : AACGAACCACCTGGGTGCTACCCCCTGGCCTAGGGTCATGGAAATGGGGTGCATAGGATTGCAAAGCTGCTCTAC-AAGGTACAG-GTACA---GAG-GACCCTGCGAGAAGAA-CGGGGCAAGGGGGAGACTGCTGGATCGATTGAAT--TATGGGCGAAATCCTATCTTCAACAATAGGGTAAGAAGGGGATATGATTCAGAATAGTGATGTGCAATGAGGATGTTTGATATTGTGGAGGATTCCCAT---AACTAATT-ATGTGA-CATACCTCTGACATGAGCAGGTCTCGATGTCTGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTCGTGCTGAACATCATACAT-TCTACCCCATACATCGACGGAGAGCATGAGCTATTCATC--GCAAACCATATC-GAGTCCCAAG----C--TGTG-TGATATCATGTC---AGATTTTTA-T-C-TTG-GTAAAGACTAA-CT-AATCAAG-CGTTTCCTGAGAGACTA-AAGTA-TAAC--AAATAAACCTGC-ACACCCTTAGCCACTTGGC-ACT--CCCA-AATCTCGCAACACCTCCTTTATAAAAAAGCGAATGCAAGAGTGTGGTGATTTAATTG-CCC-A--------------G-C------------------------------GCT--ATCATTAC-A------------CTAC-GTGAGTCACTCACAAATTGAAATGAA-CG------ACCAGTACACTCCAGAGA-AAGCCAAAAA--AATCACACAAA---ATTAAG-CATTTTCGTTGTGTTGAGCGGCCA-AAAGCA----ACCCTTCATTCAGAATATCACAGA-GTCACAAAGTCGCCAAAAC--TCAGAGAGGCCAGTATAGATGACCACAGCCCAAAACTGAGAGCACAGAAATGAGAAGTCCTCCGAGGCCCATATCT-TC-AGTCTTCCATACGTCA-TTCTTG-ATCTCCTTCAA---GGTTAAGATTGT--TGTTGAAGCTAA---ACTGC-CTGG--T-T-T-GA-CCGT-CATAAT--GT--A-GGGA----T-T---AGA-A--TATCA-AGGTGAGCTAAA-TTT----GCTTTA--A-GG--C-T-A--G--CG--A--------CCC--C-----A-TT-A-AC-AA--CTCCA----------T---C----TG--T---A-T--AG----T--GT-TG-T--T--T-CT--TG-CC--C-----AT-----TAT-----C------CG---T-----T----TCATTC-CATC--ACCACCTTA-ATT--C-A-----T-AGTTAT-A---G--GGGT-C-T----GAAATA------TAGGC-C-CCATCC-T-CTTGG-------G-G----C-TATG-GTATTA---CC--C--TA----A-G--CGTC-GC-AA--CTGGAGGAGC-GGGAATTGATAG----TC----A--TTGT--GAGCAA----CCTA-T-TC-AT-GACCT----TTATAAA-CTTCATTTCGTTGACTCTTC-----AAGGA-T-A-A---TG-TC-TTAA-------------CC-TTCAT-T--TGAC-ATT-ATGT--TGTAGAGT-ATG-AAAA-CTTTCAGGTGAGCT---AAAT-TGCCTTTTATGGTCTATG--C-AACCC--ATTTAACGATTCTTTAGGACTCA--TTTGATCGTGACCT
gi|10 : ------TG---T-----T----TCATTC-TGT---AGCACCGAA-TTC--A-A-----T-CATTAT-T---G--GAAT-C-T----GATATG------T-GAA-C-CCACCCATATTTAG-------G-TC---C-CACG--TGGTA---CC--T--TA------------C-GGNNN--NN-NNNN-NN-NNNNNNNNNNNN----NN----N--NNNN--NNNNNN---NNNN--N-NN-NN-NNNNN----NNNN--N-NNNN-NNTCGTGGACTCTTC-----AAATA-T-T--G-TTG-TTATTAA-------------CC-ATCGT-TA-TGAT-CTTTATGT--T-TAGAAA-TTA-AAAA-CTTTCAGGTGAGCT---TCAT-TGCTTTTATAGTTCTATG--C-AACCC--gtcaatggtagttg
gi|11 : atAA---GGTTTAC-TTGTGTCATC-------A---ACCTT-CCT---T-T-T-GA-TCTG-CATG-T---T--G-GAAAAAAAT-T---AGA-AAACTTCA--GATGAGCTAAA-TTAATTACCGT-A--A-GGGTC-T-ATTG--CA--C--------CCC--C-----A-TTTA-AT-GA--CT--A----------T---C----CG--C---T-T--GACTTTT--GC-TGAT--C--T-TT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----CCACTGTTG---T-----T----TCATTT-CATT----CACCCTA-TTT--T-AA----T-AGTATT-A---G--AGTT-C-C----GAAATGC-----T-GGC-C-CCACCC-T-CTTGA-------A-GC---
gi|12 : cgtcaG-C-T-TT-A--TG--A--------CCC--CCTTTTA-TT----T-GG--TTCTA----------T---C----CG--T---TAG--AG----TACGT-CG-T--TC-T-CT--AT-CC--C-----TT-----TAT-----CAGTTT-TG---T-----T----TCATTC-GATC--ACC-CCAT--CTC--C-AATCATT-AGATAT-A-------GGT-C-TTCGGGAAA------------C-A-CCA---------GG-------T-GCTATC-CCCG-GTGCTA---TCATC--TAT---A-G--T--C-CCAAA--CT-AAGT-GC-GGAAAATGAAAG----TCTCAAGATTTCT--TATCAACGTGCCT--A-TC-TT-G-CCT----GCAT----TTCC-TTTCGCAGACTCTTactattgatcggtcacccccta
gi|13 : aaaagctaTGC--TATT-------A---ACCTT-CTT---T-T-T-GA-CCTT-TATG-C--A------AAA----T-T---GGA-AACTTTCA--GGTGAGCTAAA-GTA----CCTTAA--A-GGACC-T-AT-G--CA--A--------TCC--C-----ATTT-A-AT-TA--CTACA----------C---C----CG--C---T-TG-AT----T--TT-TG-TGAT--A-TT--TG-CA--C-----TG-----TAT-----CACTGT-TG---T-----T----TCATTT-CATT--AT--CCTTG-TTT--CAA-----T-GGTTAT-
gi|14 : aTT-------A---ACCT---TTG--T-T-TTGA-CCTT-CTTG-T--G-----GAAA----TAT---AAA-A--TTTCA--GGTAAGCTAAA-TTA----CCTTTG--A-GGGAC-T-AC-A--GA--A--------CCC--C-----A-TTCA-AT-GA----GTA----------T---C----TG--C---T-T--GA----T--TT-CG-T--TG-T-GT--TG-AC--A-----TT-----TATCA---C------TG---T------------------------------TG-CTT--C-A-----T------------------T-C-T----AAAATA------T-GGC-C-CCACCC-T-CTTG
gi|15 : G--T---T-C--TG----T--AT-TG-T--TC-T-CT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----C-------G---T-----T----T--TTCTCATTTGATCACCCCA-AAT--C-A-------AATTATTA---ATTAGGT-C-T----GAAATGCCAATGT-GGC-T-CCACCC-T-C--GGAA-----G-GC---C-CTAG-GTGTTA---CC--CCTTC----A-A--C--C-CTAAA--CT-GAGA-CC-AGAAAATAAcgtttgtatt
gi|16 : ttgaagactaatgcatg-T----GAAATG------T-GGT-T-CTACAC-T-C--GGTAAGCCGG-GC---C-C-CGTGTGGTA---CC--C--TA----AAG--C--C-CCAAA--CT-GAGG-GC-AGAAAGTGATA--------------------GAACAAG--GCAC--C-TT-GT-G---T----CTAT--G-CTCC-TTTCGTTGACTCTTC-----AA
gi|17 : ttgattgcttttctttcattttataaccctatgctcagA-TGTC-CCT-GTGTGATCTAAAAT--TA-GGAA-CTTTCAGGTGAGCT---CAAT-TTCCCTTTGAGGCCTATGATC-TACC-----TTAAGGGTTCTa
gi|17 : TC-CCTG--T-G-T-GA-TCT----------------AAAA----T-T---AGG-AACTTTCA--GGTGAGCTCAATTTC----CCTTTG--A-GGC-C-T-AT-GATCT--A--------CC-----------TT-A-AG-GG--TTCTACATGTATATGC---C----CGACTCTAT-T--GG----T--GTCTA-T--C--T-CT--TGATC--C-----TT-------T-----T------TG---T-----T----TTGCTC-GATC--ACC-CCATA--TT--C-A-----acatgtatatgcccgactctattggtgtctatctcttgatcctttttgttttgctcgatcaccccatattcaat
gi|18 : atg-TTCGTGGA-CTC-TTCAATACGGTAAAG-TGAT--AATT-------AGATACCTTTCGTGGAT-A-T-GA-CCTTTCATG-T--GT--G-AAAA----T-TTCGAAA-C--TTTCATAGGTGAGC-AAA-TTA----CATTTATTA-GGG-CAC-CT-G--CGGAA--------CCC--C-----A-T--G-GT-TA--CTCTA----------T---C----TG--T---T-T--AG----TA-GT-Tat
gi|19 : -GAAA----T-T---GAA-AC-TTTCA-AG-TGAGCTAAA-TTA----TCTTTA--A-AGG-CTT-AC-A--CA--A--------CCC--C-----A-TTCC-AC-TA--CTATA----------TGTGCTTGACG--T---T-T--A-----T--GT-TG-------A-CT--TG-CC--C-----TT-----TTTCAAGGC------TG---T-----G----CCATTG-CGTT--TC--CCCTA-CTT--CAA-----T-AGTTGT-A---G--Gc
gi|2 : ttgttAAC-AACCACCTGGATACTACCCTCTGGCCTTGGATCATAGCAATGGGGTGCATAGGAATGCAAAGCTACACTAC-AAGGTATGGTTT-CAATGG-G-AACC-TCCGATAAGAATTGAG-CAAGGGAGGGGGTGCTGGAACTATTAAATGCCAGAGG-GAAAACCCATTTCCAGCAGTATGATAAGTAAGGGATGTGATTCAGAATTCAGATACGCAGTGAAGATATTTGATAATTTGG-GAAATCCTATGGCATCCAATCGACATGAGCA-ACATCTGACAat
gi|2 : ATCCACGGGGG--ATGAG-TATTCATCA-ACCAACC-TAA--AAGTCCATAAA---CA-TA-GATA-TGTCTTGGC--TAGATTTTTA-GAT-TTG-GTGAAG-TGAAGCT-ACTCTGG--GTGTCCTGAGA-TATA-AAATGTTGA---AAA-AAACAT-C-A-------A--TAATTCTC-ACT--CCTAGAAATCAAAAACA---CCCT-A-AAAA--GC-AAGGATTGAGT-----GAATTGATTG-CCCTAATTAGATATTCCCAG-TAAATATT---ATTT--A---TACA-----AGCTTCATCATTACTG------------C---CGTGG-ACATTCACA-----AAGTGAT-GGTGTAAGACGATTGCACT--GGAGGTAAGCAGAAAATAAAGCA-ACAGA-CGAACAAATAGTTTCCGTCGTGCTGTGTG-CCA-AAAACATCACACCATTTATT-AAAATAATACACATATCAGGAAGT---CAAAACCTTCAGA-AGGCCaacgaaataccttcaatccacgggggatgagtattcatcaaccaacctaaaagtccataaacatagatatgtcttggctagatttttagatttggtgaagtgaagctactctgggtgtcctgagatataaaatgttgaaaaaaacatcaataattctcactcctagaaatcaaaaacaccctaaaaagcaaggattgagtgaattgattgccctaattagatattcccagtaaatattatttatacaagcttcatcattactgccgtggacattcacaaagtgatggtgtaagacgattgcactggaggtaagcagaaaataaagcaacagacgaacaaatagtttccgtcgtgctgtgtgccaaaaacatcacaccatttattaaaataatacacatatcaggaagtcaaaaccttcagaaggccctaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgttgactttttaatgttaagctgttattaaccctaattttcaccttcatacgtgaaaatgagaaaatttcaggtgatcttaattccgtttaagtgtataagcaaacccatttaattaatctttaagcttaattttgttgtagccttgcccttcattactgttgtttcattacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttatagagtttgaattccgctatctagtccgcaaactcatttcgagaactcttcaaaggtgaagtttttattaacctactttttgactttcatgcgtgaaaattataaactttcaagtaagcaaaattactttcaagag
gi|2 : aacaaccacctggatactaccctctggccttggatcatagcaatggggtgcataggaatgcaaagctacactacaaggtatggtttcaatgggaacctccgataagaattgagcaagggagggggtgctggaactattaaatgccagagggaaaacccatttccagcagtatgataagtaagggatgtgattcagaattcagatacgcagtgaagatatttgataatttgggaaatcctatggcatccaatcgacatgagcaacatctgacaaacgaaataccttcaTCGTTGACTTTTT-----AATGT-T-A-AG-CTG-TTATTAA-------------CC-CTAAT-TT-TCAC-CTTCATAC---GT-GAAA-ATGAGAAA-ATTTCAGGTGATCT---TAAT-TCCGTTTAAGTGTATAAG--CAAACCC--ATTTAATTAATCTTTAAG-CTTAATTTTG-TTGTAGCCTctaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgttgactttttaatgttaagctgttattaaccctaattttcaccttcatacgtgaaaatgagaaaatttcaggtgatcttaattccgtttaagtgtataagcaaacccatttaattaatctttaagcttaattttgttgtagccttgcccttcattactgttgtttcattacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttatagagtttgaattccgctatctagtccgcaaactcatttcgagaactcttcaaaggtgaagtttttattaacctactttttgactttcatgcgtgaaaattataaactttcaagtaagcaaaattactttcaagag
gi|2 : aacaaccacctggatactaccctctggccttggatcatagcaatggggtgcataggaatgcaaagctacactacaaggtatggtttcaatgggaacctccgataagaattgagcaagggagggggtgctggaactattaaatgccagagggaaaacccatttccagcagtatgataagtaagggatgtgattcagaattcagatacgcagtgaagatatttgataatttgggaaatcctatggcatccaatcgacatgagcaacatctgacaaacgaaataccttcaatccacgggggatgagtattcatcaaccaacctaaaagtccataaacatagatatgtcttggctagatttttagatttggtgaagtgaagctactctgggtgtcctgagatataaaatgttgaaaaaaacatcaataattctcactcctagaaatcaaaaacaccctaaaaagcaaggattgagtgaattgattgccctaattagatattcccagtaaatattatttatacaagcttcatcattactgccgtggacattcacaaagtgatggtgtaagacgattgcactggaggtaagcagaaaataaagcaacagacgaacaaatagtttccgtcgtgctgtgtgccaaaaacatcacaccatttattaaaataatacacatatcaggaagtcaaaaccttcagaaggccctaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTATCTAGTCCGCAA-AC-TCATTTCGAGAA-CTCTTCAAA---GGTGAAG-TTTT--TATT-------A---ACCTA-CTT---T-T-T-GA-CTTT-CATG-C--GT--G-AAAA----T-T---ATA-AACTTTCA-A-GTAAGCAAAA-TTA----CTTTCA--A-GAG-tgcccttcattactgttgtttcattacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttatagagtttgaattccgctatctagtccgcaaactcatttcgagaactcttcaaaggtgaagtttttattaacctactttttgactttcatgcgtgaaaattataaactttcaagtaagcaaaattactttcaagag
gi|20 : aacaaccacctggatactaccctctggccttggatcatagcaatggggtgcataggaatgcaaagctacactacaaggtatggtttcaatgggaacctccgataagaattgagcaagggagggggtgctggaactattaaatgccagagggaaaacccatttccagcagtatgataagtaagggatgtgattcagaattcagatacgcagtgaagatatttgataatttgggaaatcctatggcatccaatcgacatgagcaacatctgacaaacgaaataccttcaatccacgggggatgagtattcatcaaccaacctaaaagtccataaacatagatatgtcttggctagatttttagatttggtgaagtgaagctactctgggtgtcctgagatataaaatgttgaaaaaaacatcaataattctcactcctagaaatcaaaaacaccctaaaaagcaaggattgagtgaattgattgccctaattagatattcccagtaaatattatttatacaagcttcatcattactgccgtggacattcacaaagtgatggtgtaagacgattgcactggaggtaagcagaaaataaagcaacagacgaacaaatagtttccgtcgtgctgtgtgccaaaaacatcacaccatttattaaaataatacacatatcaggaagtcaaaaccttcagaaggccctaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgttgactttttaatgttaagctgttattaaccctaattttcaccttcatacgtgaaaatgagaaaatttcaggtgatcttaattccgtttaagtgtataagcaaacccatttaattaatctttaagcttaattttgttgtagccttgcccttcattactgttgtttcattacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttatagagtttgaattccgTTCGT-GACTCATC-----AAAGT-T-AGAG-TTG-TA-TTTA-------------CC-TTCGTCTA-ATAC-CTT-TTCC--T-TGAAGT-TCG-CAAATCTTTCAGGTGAGCT----AATATAACTTTAGGGGCC-ATG--G-ACACT--TTTTAATAACTC--TA------G--TCTGA-CGTGACCT
gi|21 : aG--ATGAG-TATTCATCA-GCCAACC-TATCTAAGTCCCCAAG---CCTTG-G-TG-TATCATGTC--TAGATTTTTA-T-C-TTGCGTAAAG-CTAAGCT-AATCAAGACGTTTCCTGAGA-GCTA-AAGTGGTAAC--AAATAAACCT-C-ACACCCT-A--CCATTGGtcgttgttgtt
gi|23 : TCATCTTT----------------CTACCGTGAGTC-CTCACA-----AATTGAA-GATGAACGACCAGTACACTCCAGAGA-AAGCCAAAAA--AATCA-ACAAATC-AATAAGTCATTTTCGTTGTGTTGAGCG-CCATAAAGC
gi|24 : --TTTCA-AG-TAAGATGAA-TTG----CCTTTA--A-GGGTC-T-AT-G--CA--A--------CCC--C-----G-TTTA-AT-GA--CT-------------T---G----CC--T---T-T--GT----T--G---G-T--C--T-CT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----C------AA---TTTGGAT----TCATTC-AATC--A-CA-CCTA-C
gi|25 : ac--A-CTCA-TTTCGTTGACTCTTC-----AAATT-TTA-AG-TTG-TTATCAA-------------TTATTCGT-TA-TGAC-ATT-AT------T-GAGT-AT---------TTCAGGTGAGCT---TAAC-TGCATTTAATGGTCTTTG--C-AACCa
gi|26 : -AT-A--CA--A--------CCC--C-----A-TT-T-ATTAA--TTCTA----------A---C----AG--C---T-T--GGCTT-T--GT-TG-T--T--GACT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----TAA----TGATTT-----T----TTATTC-CATT--ACC--CCTA-TTT--C-AC----T-AGTTAT-A---G--GGGT-C-
gi|27 : ------TG---T-----T----TGAT-C-CATG--ACC-CCATAACTT--T-A-----CGAGTTTT-A---G--GG-T-C------GAAATGC-----T-GGC-C-CCACCC-TATTTGG-------G-GCCT-C-CAGA-GTGGTACTTCC--C--TA----
gi|28 : ---CC--C--CA----A-A--T--T-CCAAA--CT-TGGG-ACAGGAAAATAAT---------------TCAA--GAGGTA---TCCTACC-TT-GT-G---T----CTAT--G-CTTC-TTTCGTTGACCCTTC-----AAAGA-T-c
gi|29 : --ACC-CCCTA-CTT--T-AC----T-AGT-AT-A---G--AGTTAC-T----GAAATG------T-GAC-C-CGACCC-T-CGTTG-------G-TC---C-C-CA-GAGGTA---ttga
gi|3 : tgattactattgaAC-CTTCATGT--TGCAGAATTAT---AAA-CTTTCAGGTGAGCT---AAAT-TACGTTTAATTGCCTATG--C-AACCCTTTTTTAATGACT
gi|3 : A-CCTT-CATG-TT-GC--A-GAA-----T-T---ATA-AACTTTCA--GGTGAGCTAAA-TTA----CGTTTA--ATTGC-C-T-AT-G--CA--A--------CCCTTT-----T-TT-A-AT-GA----CTA----------T---C----CG--C---T-TG-AC----TTCGT-TG-T--TG-C-CT--TG-CC--TTAACGTT-----TAT-----C------atccgcttgacttcgttgttgccttgccttaacgtttatcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtttactcttcaaaggttaagttgttatataccttctttttgaccttcatgttgcagaattggacactttcagttgagctgaatcacatttaagggcttatgcaaatggcaagccgcgataatgaaacctattcgttgactttgttgttgttattgctctttattattattaggtttattgtttcccctatttgtcaatattattagggtcgtgaattgtggcgcccacgcatttgaggcaacaggtggtgcctacagcccgcaactgagggcgcaaattggtagtctgggagcctctctgtcggctggcattcttttgttgatactcaaggttaattgttaccttatcaggtgctaaaatatgattgcatagcattttaagtaatttaatatggaaaaactagatttatt
gi|3 : -A-CTCTTCAAA---GGTTAAG-TTGT--TATA-------T---ACCTT-CTT---T-T-T-GA-CCTT-CATG-TT-GC--A-GAA-----T-T---GGACA--CTTTC-AGTTGAGCTGAA-TCA----CATTTA--A-GGG-C-TTAT-G--CA--AATGGCAAGCCG--C-----G-AT-A-AT-GAAAC-CTA----------T---T----CG--T---T-G--AC----TTTGT-TG-T--TGTT-AT--TG-CT--C-----TT-----TAT-----TAT----TA---T-----TAGGTTTATTG-TTTC------CCCTA-TTTGTC-AA----T-A-TTAT-T---A--GGGT-CGT----GAATTG------T-GGCGC-CCACGC-A-TTTGA-------G-GC---AACA-G-GTGGTG---CC-----TAC---A-G--C--CCGCAA---CT-GAGG-GC-GCAAATTGGTAG----TC----------T--GGG--A---GCCT--C-TCTGTCGGC------TGGC--A--TTC-TTTTGTTGA-TACTC-----AAGGT-T-A-A--TTG-TT----A-------------CC-TTacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtttactcttcaaaggttaagttgttatataccttctttttgaccttcatgttgcagaattggacactttcagttgagctgaatcacatttaagggcttatgcaaatggcaagccgcgataatgaaacctattcgttgactttgttgttgttattgctctttattattattaggtttattgtttcccctatttgtcaatattattagggtcgtgaattgtggcgcccacgcatttgaggcaacaggtggtgcctacagcccgcaactgagggcgcaaattggtagtctgggagcctctctgtcggctggcattcttttgttgatactcaaggttaattgttaccttatcaggtgctaaaatatgattgcatagcattttaagtaatttaatatggaaaaactagatttatt
gi|30 : accttcatgttgcagaattataaactttcaggtgagctaaattacgtttaattgcctatgcaacccttttttaatgactatccgcttgacttcgttgttgccttgccttaacgtttatcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtttAGCTGCCCTACCAAAGTACGG-AA-CA---G-GCGACC-TGTGAGAAGAA-CGGG-C-AGGGGAGGACTGCTGGAACTATTGatcaggtgctaaaatatgattgcatagcattttaagtaatttaatatggaaaaactagatttatt
gi|31 : AGATTCTTA-C-C-CTT-GTAAAGACGAAGCTAAACCAAA-TGTCTCC-GAGA-ACTACAAGTGGTGAC----ATAAAC
gi|33 : GGTCATGGAAAAGGTGTGTGTAGGATTGCGAAACTGCACTGC-ATAGTACAG-
gi|35 : aa--C-TT-GT-G---T----CTAC--A-CTCC-TTTTGTTGACTCTTC-----AAG---T-A-GA-TTG-TA-TTAA-------------CC-
gi|4 : c---T-----T----TGATTC-CATG--ACT--CCTA-CTT--T-AC----T-AGTTAT-A---G--GGGT-C-T----GAACTG------T-GGC-C-CCACCC-T-CTTGG-------G-AC---C-CCAA-ATGGTAC--CC--C--TAC---A-T--C--C-CCAAA--
gi|4 : CTTTCAA---AGTACAGCTTGT--AATT-------T---ACTTT-CC-G--T-TAT-GA-CTTT-GTTA-TTAGCTTG-TAAAG---T-T---CAA-A--CTTCA--GGTCAGCTAAA-TTA----TCTT----A-GGC-C-T-A--G---G--A--------ACC--C-----A-TT-TTAT-GG--ATCTA----------TG--C----C-------T-G--AG----TC-GTCTG-T--T--T-GTGTTG-TCGGC-----TTATTAATAT-----T------TG---T-----TC---TGATTC-CATG--ACC--CTTA-CCT--T-AC----T-AATTAT-ATTGG--GAGT-C-T----TAACTG------T-GTC-CTCCACCC-T-CTTAG-------GTGC---C-CCAG-TTGGTA---CC--T--TACTACA-GGCC--C-GCAAAAACT-GAGG-GC-GGAAATTGGGAGATTTCC----G--TTTTCGGAGC-----GCCT--CGTC-TT--ATCC----TGAT--A-CTCA-TTTCGTTGACTCTCTTTTAAAAGGT-T-G-AGTTTGTTT-TTAA-------------CC-TTCGT-TATTGACGCTT-gcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagcgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttgttactttcaaagtacagcttgtaatttactttccgttatgactttgttattagcttgtaaagttcaaacttcaggtcagctaaattatcttaggcctaggaacccattttatggatctatgcctgagtcgtctgtttgtgttgtcggcttattaatatttgttctgattccatgacccttaccttactaattatattgggagtcttaactgtgtcctccaccctcttaggtgccccagttggtaccttactacaggcccgcaaaaactgagggcggaaattgggagatttccgttttcggagcgcctcgtcttatcctgatactcatttcgttgactctcttttaaaaggttgagtttgtttttaaccttcgttattgacgctttaat
gi|5 : tttgattccatgactcctactttactagttataggggtctgaactgtggccccaccctcttgggaccccaaatggtacccctacatccccaaagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagcgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttgttaAACAATATACCTATGTACATCATA--TCTA--------ATGAG-TATTTATCA-GTCAACC-TATCTAAGTCCCAAAAGACT--TG-G-TG-TATCGTGGC--TAGATTTTTA-T-CTTTG-GTGAAG-TGAATCT-TATCT-G-AGTCTTTTGAGA-ACTA-AAGTGATAAT--AAA-ACATCT-C-ACACCCC-A--CAATTGGC-ACTA-CCAA-AACCCCG--GCCTCTCCCT-ATAAAA--GC-AATGACCGAG-----TGAATTAATTG-TCCTA--------------ATCAGATGTTCCAAGTT--AAA-AACATCTCCAACCTGACCCTTATCATTT---------CTGCCG-GGGGTACTCACATATTAAAATGAA-GGTGTAAGGTGAGTACACT--GCATGTAGG--GAAAACAtaat
gi|6 : --ATGAG-TATTTATCACGTCAACCCTATC-AAGTCCCAAAAA--C--TG-G-TG-TATCGTGGCCTTAGATTTTTATT-C-TTG-GTGAAG-TGAATCT-A--CTAG-TCTTT--TGAGA-ATCA-AAGTGATAACCTAAAACATCTT-CAACACCC-----CAATTGGCAACTTACCAA-AACCCCG--GCCTCTCCCT-AT-AAA--GCAATTGACCGAGT----TGAATTAATTGTCCTTA--------------T-CAGGGATT---GTTTCCAAGTTAAA-----AACATCTCCA--ACCGACCCCACATTTTCTGCC-CGGGGTACTCACATATTAAAATGAAGGGTGTAA-AGGAGTACACT-CGCATGTAGG--GAAAAC
gi|7 : T-TG-T--T--TTCT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----CACTGT-TA---T-----T----TTATTC-CATA--A--ACCCTA-TTT--CAA-----T-AGGTAT-A---G--GG
gi|7 : caaccttgtttgattgatatctTTAAA-TTGT--TATT-------A---ACCT---TTG--TAT-T-GA-CCTT-CATGAT--AC--A-GAAC----T-A---GGA-A--ATTCC-AGGTGAGTTAAA-TTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaatattaaattgttattaacctttgtattgaccttcatgatacagaactaggaaattccaggtgagttaaattggc
gi|8 : caaccttgtttgattgatatctttgttttcttgccctttatcactgttattttattccataaaccctatttcaataggtatagggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaataA-TTCGTG-A-C--CTTCAA---GCTAAAG-GTGT---ATT-------G---ACCTC----G--T-TAT-GAACCTT-TATT-C--GT--GTAAAA----T-C---AAA-----CTCA--GGTACGCTAAA-TGA----ACTTT---A-GGC-C-T-GT-G--GG--A--------CCC--T-------TT-A-AT-GA--C---A----------TA--C----TG--C---T-TTGAC----T--CG-TG-T--G--C-TT--TG-CC--C-----TT-----TATAA---A------TG---TTG---T----TGATTT-CAT------ACCCTA-CCG--T-AC----T-AGTTAT-A---G--GGggc
gi|9 : T-GACCTAGCCTCGT--AACTCG-TTTCATGGATTCTTC-----AAGGAGT-A-AG-TTG-TTGTTAAATAATCAATATGACC-TCCAT-TA-TGAT-CCC-ATGAGATGTAAAAT--TA-GGAA-CTTTCGGGTAAACTTTAAAAT-TGCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttctacttc
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): CAGGTGAGCTTGTCATCAAAAGCCATCATGACTCTTTTTAATATTCCATTCATTTGTATTTATATTGTTATCTATCTCTTGATAACTTTTGTTTCATTCAATGGCCCGTATCCAGTCATTAA
Unaligned ( gi|32 ): ATAGCCCAACTGAGGCGAAATAAATGACATTCTGGGACCATTATCTGCCTGCGATA
Unaligned ( gi|34 ): AACTCGAGGCGGGAAATGATGTCTGGACTTCTATTATTTGACATGCATAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 3333333333333 1 1 1 11 1 1 222 1 1 1 2222222222222222222222222 444444 11111111 1 1 3333333 111 1 1 11 111 1 22222 1 22 11 22 1 111 1 222222 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 2 1 11 11 1 333 1 1 2222 1 1 222 11 1 1 1 1 1 1 1 11111111111 22222222 2222222222 22 11 11 1111111 111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 444444444444 1111111111 3333333 22222 111111 111111 111 2222 111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 111111 1 2222222222222 1 222222 22222 1111 1111 11 444444 1
lowQualScore : 5 1 0 0 1 0 5555555555555 3 3 3 7 77 1 5 1 1 1 333 1 1 5 1 000 1 5 5 5 1 5555555555555555555555555 1 7 1 7 1 44 000000 1 66666666 8 88 6 5 1 8888888 8 8 8 1 111 3 777 3 6 6 3 22 44 1 6 6 7 000 1 8 8 33333 0 33 1 33 0 55 88 0 3 777 9 00 777777 0 3 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 1 0 1 8 8 0 1 55 0 0 55 66 3 333 7 0 0 3 3 3333 1 5 1 1 5 2 000 88 5 5 5 2 1 5 5 0 8 3 6 66 888 1 8 888 55555555555 88888888 3 7 3 3 3 4444444444 8888 2 5555555 2 11 66 2 6666 0 33 2 11 5 2 666666666 99999999 33 1111111 333 2 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33 2 33 66666 66666 555555555555 333 0000000000 3 2 3333333 33 7777 22222 2 2 444 33 3 3 3 7777 666666 3 3 3 777777 555555 3 666 8888 4 000 99999 0000 4 000000 5 5 5 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777 66 2 00000 888 444444 5 5 7777777777777 5 6 5 5 0 222222 0 77777 5 6666 5 11 99 8888 0 00 555555 5
lowQualScore : . . . . . . ............. . . . . .. . . . . . ... . . . . ... . . . . . ......................... . . . . . .. ...... . ........ . .. . . . ....... . . . . ... . ... . . . . .. .. . . . . ... . . . ..... . .. . .. . .. .. . . ... . .. ...... . . .......................................................................... . . . . . . . . .. . . .. .. . ... . . . . . .... . . . . . . ... .. . . . . . . . . . . . .. ... . . ... ........... ........ . . . . . .......... .... . ....... . .. .. . .... . .. . .. . . ......... ........ .. ....... ... . .............................................................. .. . .. ..... ..... ............ ... .......... . . ....... .. .... ..... . . ... .. . . . .... ...... . . . ...... ...... . ... .... . ... ..... .... . ...... . . . . ...................................................... .. . ..... ... ...... . . ............. . . . . . ...... . ..... . .... . .. .. .... . .. ...... .
lowQualScore : 0 0 7 7 0 0 0000000000000 3 3 3 3 55 0 0 0 0 0 000 0 0 5 0 000 0 0 0 5 0 0000000000000000000000000 0 3 0 3 0 77 000000 0 66666666 0 88 0 4 0 0000000 0 0 0 4 888 3 555 3 7 7 2 77 55 0 7 7 8 222 7 0 0 44444 0 88 0 88 2 55 00 0 2 000 0 55 888888 0 2 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8 0 8 2 6 0 8 0 66 0 6 00 22 3 333 3 7 7 3 3 5555 0 0 0 0 5 5 000 00 0 5 5 5 0 5 0 0 0 3 7 66 888 0 9 111 33333333333 00000000 6 3 6 3 3 2222222222 9999 9 2222222 9 00 55 7 1111 9 99 9 77 7 7 999999999 77777777 77 6666666 777 7 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44 5 44 22222 22222 111111111111 999 6666666666 3 2 2222222 11 4444 44444 5 5 777 77 8 3 1 1111 222222 3 3 3 888888 555555 6 444 1111 0 000 22222 5555 4 333333 0 0 0 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55 2 00000 111 111111 0 0 5555555555555 0 7 7 0 0 666666 1 77777 7 6666 7 33 22 7777 8 33 555555 5
consensus : AACGAACCACCTGGGTGCTACCCCCTGGCCTNGGGTCATGGAAATGGGGTGCGTAGGATTGCGAAGCTGCNCTAC-AAGGTACGG-NT-CA---G-G-GACC-TGCGAGAAGAA-CGGG-CAAGGGGGGGACTGCTGGAACTATTGAATGCCANGGGCGAAANCCCATCTCCAGCAGTANGGTAAGNAGGGGATGTGATTCAGAATNNNGATGCGCAGTGAGGATGTTTGATANTNTGGAGGANTCCCATGGCANCCAATCGACGTGAGCATACNTCTGACATGAGCAGGTCTCGATGTCTGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTCGTGCTGAACAACATACNTACGTACGNCATAC-----ATCNACGGGGG--ATGAG-TATTCATCA-GCCAACC-TATCTAAGTCCCAAAA---C--TG-G-TG-TATCGTGGC--TAGATTTTTAT-CTT-G-GTGAAG-CGAAGCT-AATCNAG-CGTTTCCTGAGA-ACTA-AAGTGGTAAC--AAATAAACCT-CA-CACCCT-A--CAATTGGCA-CT--CCNA--AACCCCG-AGCNTCTCCCT-ATAAAA--GCGAATGACCGAGT----TGAATTAATTG-CCCTA--------------G-CAGATATT---ATTT--AAG-TACA-----AGCTTCATCATTACCA------------CTGCCGTGGGNCACTCACANATTAAAATGAA-GGTGTAAGACGAGTACACTCCGGAGGTAAGCCGAAAACAAATCA-ACAAA-C-AATAAGTCGTTTTCGTCGTGTTGAGCG-CCA-AAAGCATCACACCNTTCATTCAGAATANCACANATGTCACGAAGTCGCCAAAACCTTCAGAGAGGCCAGTATAGATGACCACAGCCCAAAACTGAGAGCACAGAAATGAGAAGTCCTCCGAGGCCCATATCTATCTAGTCCGCNATACGTCA-TTCGT-G-A-CTCTTTCAA---GGTNAAG-TTGT--TATT-------A---ACCTT-CTTG--T-T-T-GA-CCTT-CATG-C--GC--G-GAAA----T-T---AG--A-A--TTTCA-AGGTGAGCTAAA-TTA----CCTTTA--A-GGG-C-T-AT--G--CG--A--------CCC--C-----A-TT-A-AT-GA--CTCTA----------T-CCG----C----TT--AG----T--GT---TG-T--T----T-CT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----C------TG---T-----T----TCATTC-CATC--ACCACCCTA-CTT--C-A-----T-AGTTAT-A---G--GGGT-C-T----GAAATG------T-GGC-C-CCACCC-T-C-TTGG------G-GC---CCCC--G-GTGGTA---CC--C--TA----A-GCCCC----A-AACT-GAGG-GC-GGAAANTGATAG----TC----G--TTNT--GAGCAA---GCCT--C-TCGTG-CCTC-TAT--ACTCC-TTTCGTTGACTCTTC-----AAGGN-T-A-AG-TTG-TT-TTAA-------------CC-TTCGT-TA-TGAC-CTT-ATGT--TGTAGAGT-ATAGAAA-CTTTCAGGTGAGCT---NAAT-TGCCTTTAANGGCCTATG--CAACCC--TTTTAACGACTCTTTAGGACTCGTCTGATCGTGACCT
Reference ( family-2198 ) : AACGAACCACCTGGGTGCTACCCCCTGGCCTNGGGTCATGGAAATGGGGTGCGTAGGATTGCGAAGCTGCNCTAC-AAGGTACGG-NT-CA---G-G-GACC-TGCGAGAAGAA-CGGG-CAAGGGGGGGACTGCTGGAACTATTGAATGCCANGGGCGAAANCCCATCTCCAGCAGTANGGTAAGNAGGGGATGTGATTCAGAATNNNGATGCGCAGTGAGGATGTTTGATANTNTGGAGGANTCCCATGGCANCCAATCGACGTGAGCATACNTCTGACATGAGCAGGTCTCGATGTCTGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTCGTGCTGAACANCATACNTATNTACNCCATAC-----ATCNACGGGGG--ATGAG-TATTCATCA-GCCAACC-TATCTAAGTCCCAAAA---C--TG-G-TG-TATCGTGGC--TAGATTTTTAT-CTT-G-GTGAAG-CGAAGCT-AATCNAG-CGTTTCCTGAGA-ACTA-AAGTGGTAAC--AAATAAACCT-CA-CACCCT-A--CAATTGGCA-CT--CCNA--AACCCCG-AGCNTCTCCCT-ATAAAA--GCGAATGACCGAGT----TGAATTAATTG-CCCTA--------------G-CAGATATT---ATTT--AAG-TACA-----AGCTTCATCATTACCG------------CTGCCGTGGGNCACTCACATATTAAAATGAA-GGTGTAAGACGAGTACACTCCGGAGGTAAGCCGAAAACAAATCA-ACAAA-C-AATAAGTCGTTTTCGTCGTGTTGAGCG-CCA-AAAGCATCACACCNTTCATTCAGAATANCACANATGTCACGAAGTCGCCAAAACCTTCAGAGAGGCCAGTATAGATGACCACAGCCCAAAACTGAGAGCACAGAAATGAGAAGTCCTCCGAGGCCCATATCTATCTAGTCCGCNATACGTCA-TTCGT-G-A-CTCTTTCAA---GGTNAAG-TTGT--TATT-------A---ACCTT-CTTG--T-T-T-GA-CCTT-CATG-T--GC--G-GAAA----T-T---AG--A-A--TTTCA-AGGTGAGCTAAA-TTA----CCTTTA--A-GGG-C-T-AT--G--CG--A--------CCC--C-----A-TT-A-AT-GA--CTCTA----------T-CCG----C----TT--AG----T--GT---TG-T--T----T-CT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----C------TG---T-----T----TCATTC-CATC--ACCACCCTA-CTT--C-A-----T-AGTTAT-A---G--GGGT-C-T----GAAATG------T-GGC-C-CCACCC-T-C-TTGG------G-GC---CCNC--G-GTGGTA---CC--C--TA----A-GCCCC----A-AACT-GAGG-GC-GGAAANTGATAG----TC----G--TTNT--GAGCAA---GCCT--C-TCGTGACCTC-TAT--ACTCC-TTTCGTTGACTCTTC-----AAGGN-T-A-AG-TTG-TT-TTAA-------------CC-TTCGT-TA-TGAC-CTT-ATGT--TGTAGAAT-ATGGAAA-CTTTCAGGTGAGCT---NAAT-TGCCTTTAANGGCCTATG--CAACCC--NTTTAATGACTCTTTAGG-CTCGTTTGATCGTGACCT
gi|1 : AACGAACCACCTGGGTGCTACCCCCTGGCCTAGGGTCATGGAAATGGGGTGCATAGGATTGCAAAGCTGCTCTAC-AAGGTACAG-GTACA---GAG-GACCCTGCGAGAAGAA-CGGGGCAAGGGGGAGACTGCTGGATCGATTGAAT--TATGGGCGAAATCCTATCTTCAACAATAGGGTAAGAAGGGGATATGATTCAGAATAGTGATGTGCAATGAGGATGTTTGATATTGTGGAGGATTCCCAT---AACTAATT-ATGTGA-CATACCTCTGACATGAGCAGGTCTCGATGTCTGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTCGTGCTGAACATCATACAT-TCTACCCCATAC-----ATCGACGGAGAGCATGAGCTATTCATC--GCAAACCATATC-GAGTCCCAAG----C--TGTG-TGATATCATGTC---AGATTTTTAT-CTT-G-GTAAAGACTAA-CT-AATCAAG-CGTTTCCTGAGAGACTA-AAGTA-TAAC--AAATAAACCTGCA-CACCCTTAGCCACTTGGCA-CT--CCCA--AATCTCGCAACACCTCCTTTATAAAAAAGCGAATGCAAGAGTGTGGTGATTTAATTG-CCC-A--------------G-C------------------------------GCT--ATCATTAC-A------------CTAC-GTGAGTCACTCACAAATTGAAATGAA-CG------ACCAGTACACTCCAGAGA-AAGCCAAAAA--AATCACACAAA---ATTAAG-CATTTTCGTTGTGTTGAGCGGCCA-AAAGCA----ACCCTTCATTCAGAATATCACAGA-GTCACAAAGTCGCCAAAAC--TCAGAGAGGCCAGTATAGATGACCACAGCCCAAAACTGAGAGCACAGAAATGAGAAGTCCTCCGAGGCCCATATCT-TC-AGTCTTCCATACGTCA-TTCTT-G-ATCTCCTTCAA---GGTTAAGATTGT--TGTTGAAGCTAA---ACTGC-CTGG--T-T-T-GA-CCGT-CATAAT--GT--A-GGGA----T-T---AG--A-A--TATCA-AGGTGAGCTAAA-TTT----GCTTTA--A-GG--C-T-A---G--CG--A--------CCC--C-----A-TT-A-AC-AA--CTCCA----------T-CTG----T----AT--AG----T--GT---TG-T--T----T-CT--TG-CC--C-----AT-----TAT-----C------CG---T-----T----TCATTC-CATC--ACCACCTTA-ATT--C-A-----T-AGTTAT-A---G--GGGT-C-T----GAAATA------TAGGC-C-CCATCC-T-C-TTGG------G-G----CTAT--G-GTATTA---CC--C--TA----A-GCGTC----GCAACTGGAGGAGC-GGGAATTGATAG----TC----A--TTGT--GAGCAA----CCTA-T-TCATGACCTT-TATAAACTTCATTTCGTTGACTCTTC-----AAGGA-T-A-A---TG-TC-TTAA-------------CC-TTCAT-T--TGAC-ATT-ATGT--TGTAGAGT-ATGAAAA-CTTTCAGGTGAGCT---AAAT-TGCCTTTTATGGTCTATG--CAACCC--ATTTAACGATTCTTTAGGACTCATTTGATCGTGACCT
gi|10 : ------TG---T-----T----TCATTC-TGT---AGCACCGAA-TTC--A-A-----T-CATTAT-T---G--GAAT-C-T----GATATG------T-GAA-C-CCACCCATAT-TTAG------G-TC---CCAC--G--TGGTA---CC--T--TA----C-GGNNN----N-NNNN-NNNN-NN-NNNNNNNNNNNN----NN----N--NNNN--NNNNNN---NNNN--N-NNNNNNNNNN-NNN--NNNN----TCGTGGACTCTTC-----AAATA-T-T--G-TTG-TTATTAA-------------CC-ATCGT-TA-TGAT-CTTTATGT--T-TAGAAA-TTAAAAA-CTTTCAGGTGAGCT---TCAT-TGCTTTTATAGTTCTATG--CAACCC--gtcaatggtagttg
gi|11 : atAA---GGTTTAC-TTGTGTCATC-------A---ACCTT-CCT---T-T-T-GA-TCTG-CATG-T---T--G-GAAAAAAAT-T---AG--A-AAACTTCA--GATGAGCTAAA-TTAATTACCGT-A--A-GGGTC-T-ATT-G--CA--C--------CCC--C-----A-TTTA-AT-GA--CT--A----------T-CCG----C----TT--GACTTTT--GC---TGAT--C----T-TT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----CCACTGTTG---T-----T----TCATTT-CATT----CACCCTA-TTT--T-AA----T-AGTATT-A---G--AGTT-C-C----GAAATGC-----T-GGC-C-CCACCC-T-C-TTGA------A-GC---
gi|12 : cgtcaG-C-T-TT--A--TG--A--------CCC--CCTTTTA-TT----T-GG--TTCTA----------T-CCG---------TT--AGAGTAC--GT---CG-T--TC---T-CT--AT-CC--C-----TT-----TAT-----CAGTTT-TG---T-----T----TCATTC-GATC--ACC-CCAT--CTC--C-AATCATT-AGATAT-A---G--G--T-C-TTCGGGAAA-----------------CACCA-------GG------T-GCTATCCCC--G-GTGCTA---TCATC--TAT---A-GTCCC----A-AACT-AAGT-GC-GGAAAATGAAAG----TCTCAAGATTTCT--TATCAACGTGCCT--A-TCTTG-CCTG-CAT---TTCC-TTTCGCAGACTCTTactattgatcggtcacccccta
gi|13 : aaaagctaTGC--TATT-------A---ACCTT-CTT---T-T-T-GA-CCTT-TATG-C--A------AAA----T-T---GG--A-AACTTTCA--GGTGAGCTAAA-GTA----CCTTAA--A-GGACC-T-AT--G--CA--A--------TCC--C-----ATTT-A-AT-TA--CTACA----------C-CCG----C----TTG-AT----T--TT---TG-TGAT----A-TT--TG-CA--C-----TG-----TAT-----CACTGT-TG---T-----T----TCATTT-CATT--AT--CCTTG-TTT--CAA-----T-GGTTAT-
gi|14 : aTT-------A---ACCTT---TG--T-T-TTGA-CCTT-CTTG-T--G-----GAAA----TAT---AA--A-A--TTTCA--GGTAAGCTAAA-TTA----CCTTTG--A-GGGAC-T-AC--A--GA--A--------CCC--C-----A-TTCA-AT-GA----GTA----------T-CTG----C----TT--GA----T--TT---CG-T--TG---T-GT--TG-AC--A-----TT-----TATCA---C------TG---T------------------------------TG-CTT--C-A-----T------------------T-C-T----AAAATA------T-GGC-C-CCACCC-T-C-TTG
gi|15 : G----T--AT---TG-T--TC---T-CT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----C-------G---T-----T----T--TTCTCATTTGATCACCCCA-AAT--C-A-------AATTATTA---ATTAGGT-C-T----GAAATGCCAATGT-GGC-T-CCACCC-T-C---GGAA----G-GC---CCTA--G-GTGTTA---CC--CCTTC----A-ACCCT----A-AACT-GAGA-CC-AGAAAATAAcgtttgtatt
gi|16 : ttgaagactaatgcatggttct-T----GAAATG------T-GGT-T-CTACAC-T-C---GGTAAGCCG-GG---CCCC--GTGTGGTA---CC--C--TA----AAGCCCC----A-AACT-GAGG-GC-AGAAAGTGATA--------------------GAACAAG--GCAC--C-TTGTG---TC-TAT--GCTCC-TTTCGTTGACTCTTC-----AA
gi|17 : ttgattgcttttctttcattttataaccctatgctcagA-TGTC-CCT-GTGTGATCTAAAAT--TAGGAA-CTTTCAGGTGAGCT---CAAT-TTCCCTTTGAGGCCTATGATCTACC-----TTAAGGGTTCTa
gi|17 : AAA----T-T---AG--G-AACTTTCA--GGTGAGCTCAATTTC----CCTTTG--A-GGC-C-T-AT--GATCT--A--------CC-----------TT-A-AG-GG--TTCTACATGTATATGC-CCGA---CTCTATT--GG----T--GTC--TA-T--C----T-CT--TGATC--C-----TT-------T-----T------TG---T-----T----TTGCTC-GATC--ACC-CCATA--TT--C-A-----acatgtatatgcccgactctattggtgtctatctcttgatcctttttgttttgctcgatcaccccatattcaat
gi|18 : atgtccctgtgtgatcta-TTCGT-GGA-CTCTT-CAATACGGTAAAG-TGAT--AATT-------AGATACCTTTCGTGGAT-A-T-GA-CCTTTCATG-T--GT--G-AAAA----T-TTCGAA--A-C--TTTCATAGGTGAGC-AAA-TTA----CATTTATTA-GGG-CAC-CT--G--CGGAA--------CCC--C-----A--T-G-GT-TA--CTCTA----------T-CTG----T----TT--AG----TA-GT---Tat
gi|19 : -GAAA----T-T---GA--A-AC-TTTCA-AG-TGAGCTAAA-TTA----TCTTTA--A-AGG-CTT-AC--A--CA--A--------CCC--C-----A-TTCC-AC-TA--CTATA----------T-GTG----C----TT--GA----C--GTTTATG-T--T----GACT--TG-CC--C-----TT-----TTTCAAGGC------TG---T-----G----CCATTG-CGTT--TC--CCCTA-CTT--CAA-----T-AGTTGT-A---G--Gc
gi|2 : ttgttAAC-AACCACCTGGATACTACCCTCTGGCCTTGGATCATAGCAATGGGGTGCATAGGAATGCAAAGCTACACTAC-AAGGTATGGTTT-CAATGG-G-AACC-TCCGATAAGAATTGAG-CAAGGGAGGGGGTGCTGGAACTATTAAATGCCAGAGG-GAAAACCCATTTCCAGCAGTATGATAAGTAAGGGATGTGATTCAGAATTCAGATACGCAGTGAAGATATTTGATAATTTGG-GAAATCCTATGGCATCCAATCGACATGAGCA-ACATCTGACAat
gi|2 : TGAGCAACAT-CTGACAAACGAAATACCTTCAATCCACGGGGG--ATGAG-TATTCATCA-ACCAACC-TAA--AAGTCCATAAA---CA-TA-GATA-TGTCTTGGC--TAGATTTTTAGATTT-G-GTGAAG-TGAAGCT-ACTCTGG--GTGTCCTGAGA-TATA-AAATGTTGA---AAA-AAACAT-CA--------A--TAATTCTCA-CT--CCTAGAAATCAAA-AACA---CCCT-A-AAAA--GC-AAGGATTGAGT-----GAATTGATTG-CCCTAATTAGATATTCCCAG-TAAATATT---ATTT--A---TACA-----AGCTTCATCATTAC---------------TGCCGTGG-ACATTCACA-----AAGTGAT-GGTGTAAGACGATTGCACT--GGAGGTAAGCAGAAAATAAAGCA-ACAGA-CGAACAAATAGTTTCCGTCGTGCTGTGTG-CCA-AAAACATCACACCATTTATT-AAAATAATACACATATCAGGAAGT---CAAAACCTTCAGA-AGGCCaacgaaataccttcaatccacgggggatgagtattcatcaaccaacctaaaagtccataaacatagatatgtcttggctagatttttagatttggtgaagtgaagctactctgggtgtcctgagatataaaatgttgaaaaaaacatcaataattctcactcctagaaatcaaaaacaccctaaaaagcaaggattgagtgaattgattgccctaattagatattcccagtaaatattatttatacaagcttcatcattactgccgtggacattcacaaagtgatggtgtaagacgattgcactggaggtaagcagaaaataaagcaacagacgaacaaatagtttccgtcgtgctgtgtgccaaaaacatcacaccatttattaaaataatacacatatcaggaagtcaaaaccttcagaaggccctaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgttgactttttaatgttaagctgttattaaccctaattttcaccttcatacgtgaaaatgagaaaatttcaggtgatcttaattccgtttaagtgtataagcaaacccatttaattaatctttaagcttaattttgttgtagccttgcccttcattactgttgtttcattacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttatagagtttgaattccgctatctagtccgcaaactcatttcgagaactcttcaaaggtgaagtttttattaacctactttttgactttcatgcgtgaaaattataaactttcaagtaagcaaaattactttcaagag
gi|2 : aacaaccacctggatactaccctctggccttggatcatagcaatggggtgcataggaatgcaaagctacactacaaggtatggtttcaatgggaacctccgataagaattgagcaagggagggggtgctggaactattaaatgccagagggaaaacccatttccagcagtatgataagtaagggatgtgattcagaattcagatacgcagtgaagatatttgataatttgggaaatcctatggcatccaatcgacaTCGTTG-A-CTTTTT-AA---TGTTAAG-CTGT--TATT-------A---ACCCT-AAT---T-T-T-CA-CCTT-CATA-C--GT--G-AAAA----T-G---AGAAA-A--TTTC--AGGTGATCTTAA-TTC----CGTTTA--A-GTG---T-ATAAG--CA--A--------ACC--C-----ATTT-A-AT-TA--ATCTT----------T-AAG----C----TT--AA----T--TT---TG-T--TGTAGC-CT--TG-CC--C-----TT-----CATTACTGT------TG---T-----T----TCATTA-CATctaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgttgactttttaatgttaagctgttattaaccctaattttcaccttcatacgtgaaaatgagaaaatttcaggtgatcttaattccgtttaagtgtataagcaaacccatttaattaatctttaagcttaattttgttgtagccttgcccttcattactgttgtttcattacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttatagagtttgaattccgctatctagtccgcaaactcatttcgagaactcttcaaaggtgaagtttttattaacctactttttgactttcatgcgtgaaaattataaactttcaagtaagcaaaattactttcaagag
gi|2 : aacaaccacctggatactaccctctggccttggatcatagcaatggggtgcataggaatgcaaagctacactacaaggtatggtttcaatgggaacctccgataagaattgagcaagggagggggtgctggaactattaaatgccagagggaaaacccatttccagcagtatgataagtaagggatgtgattcagaattcagatacgcagtgaagatatttgataatttgggaaatcctatggcatccaatcgacatgagcaacatctgacaaacgaaataccttcaatccacgggggatgagtattcatcaaccaacctaaaagtccataaacatagatatgtcttggctagatttttagatttggtgaagtgaagctactctgggtgtcctgagatataaaatgttgaaaaaaacatcaataattctcactcctagaaatcaaaaacaccctaaaaagcaaggattgagtgaattgattgccctaattagatattcccagtaaatattatttatacaagcttcatcattactgccgtggacattcacaaagtgatggtgtaagacgattgcactggaggtaagcagaaaataaagcaacagacgaacaaatagtttccgtcgtgctgtgtgccaaaaacatcacaccatttattaaaataatacacatatcaggaagtcaaaaccttcagaaggccctaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTATCTAGTCCGCAA-AC-TCATTTCGA-GAA-CTCTTCAAA---GGTGAAG-TTTT--TATT-------A---ACCTA-CTT---T-T-T-GA-CTTT-CATG-C--GT--G-AAAA----T-T---AT--A-AACTTTCA-A-GTAAGCAAAA-TTA----CTTTCA--A-GAG-tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttatagagtttgaattccgctatctagtccgcaaactcatttcgagaactcttcaaaggtgaagtttttattaacctactttttgactttcatgcgtgaaaattataaactttcaagtaagcaaaattactttcaagag
gi|20 : aacaaccacctggatactaccctctggccttggatcatagcaatggggtgcataggaatgcaaagctacactacaaggtatggtttcaatgggaacctccgataagaattgagcaagggagggggtgctggaactattaaatgccagagggaaaacccatttccagcagtatgataagtaagggatgtgattcagaattcagatacgcagtgaagatatttgataatttgggaaatcctatggcatccaatcgacatgagcaacatctgacaaacgaaataccttcaatccacgggggatgagtattcatcaaccaacctaaaagtccataaacatagatatgtcttggctagatttttagatttggtgaagtgaagctactctgggtgtcctgagatataaaatgttgaaaaaaacatcaataattctcactcctagaaatcaaaaacaccctaaaaagcaaggattgagtgaattgattgccctaattagatattcccagtaaatattatttatacaagcttcatcattactgccgtggacattcacaaagtgatggtgtaagacgattgcactggaggtaagcagaaaataaagcaacagacgaacaaatagtttccgtcgtgctgtgtgccaaaaacatcacaccatttattaaaataatacacatatcaggaagtcaaaaccttcagaaggccctaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgttgactttttaatgttaagctgttattaaccctaattttcaccttcatacgtgaaaatgagaaaatttcaggtgatcttaattccgtttaagtgtataagcaaacccatttaattaatctttaagcttaattttgttgtagccttgcccttcattactgttgtttcattacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttatagagtttgaattccgTTCGT-GACTCATC-----AAAGT-T-AGAG-TTG-TA-TTTA-------------CC-TTCGTCTA-ATAC-CTT-TTCC--T-TGAAGT-TCGCAAATCTTTCAGGTGAGCT----AATATAACTTTAGGGGCC-ATG--GACACT--TTTTAATAACTC--TA------GTCTGA-CGTGACCT
gi|21 : aG--ATGAG-TATTCATCA-GCCAACC-TATCTAAGTCCCCAAG---CCTTG-G-TG-TATCATGTC--TAGATTTTTAT-CTT-GCGTAAAG-CTAAGCT-AATCAAGACGTTTCCTGAGA-GCTA-AAGTGGTAAC--AAATAAACCT-CA-CACCCT-A--CCATTGGtcgttgttgtt
gi|23 : TCATCTTT----------------CTACCGTGAGTC-CTCACAAATT-----GAA-GATGAACGACCAGTACACTCCAGAGA-AAGCCAAAAA--AATCA-ACAAATC-AATAAGTCATTTTCGTTGTGTTGAGCG-CCATAAAGC
gi|24 : --TTTCA-AG-TAAGATGAA-TTG----CCTTTA--A-GGGTC-T-AT--G--CA--A--------CCC--C-----G-TTTA-AT-GA--CT-------------T-GC-----C----TT--------T--GT---TGGT--C----T-CT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----C------AA---TTTGGAT----TCATTC-AATC--A-CA-CCTA-C
gi|25 : ac--ACTCA-TTTCGTTGACTCTTC-----AAATT-TTA-AG-TTG-TTATCAA-------------TTATTCGT-TA-TGAC-ATT-AT------T-GAGT-AT--------TTCAGGTGAGCT---TAAC-TGCATTTAATGGTCTTTG--CAACCa
gi|26 : -AT--A--CA--A--------CCC--C-----A-TT-T-ATTAA--TTCTA----------A-CAG----C----TT--GGCTT-T--GT---TG-T--T----GACT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----TAA----TGATTT-----T----TTATTC-CATT--ACC--CCTA-TTT--C-AC----T-AGTTAT-A---G--GGGT-C-
gi|27 : ------TG---T-----T----TGAT-C-CATG--ACC-CCATAACTT--T-A-----CGAGTTTT-A---G--GG-T-C------GAAATGC-----T-GGC-C-CCACCC-TAT-TTGG------G-GC---CTCCAGA-GTGGTACTTCC--C--TA----
gi|28 : ---CC--C--CA----A-ATTCC----A-AACT-TGGG-ACAGGAAAATAAT---------------TCAA--GAGGTA---TCCTACC-TTGTG---TC-TAT--GCTTC-TTTCGTTGACCCTTC-----AAAGA-T-c
gi|29 : --ACC-CCCTA-CTT--T-AC----T-AGT-AT-A---G--AGTTAC-T----GAAATG------T-GAC-C-CGACCC-T-CGTT--------G-GT---CCCC--A-GAGGTA---ttga
gi|3 : tgattactattgaAC-CTTCATGT--TGCAGAATTAT--AAA-CTTTCAGGTGAGCT---AAAT-TACGTTTAATTGCCTATG--CAACCCTTTTTTAATGACT
gi|3 : A-CCTT-CATG-TT-GC--A-GAA-----T-T---AT--A-AACTTTCA--GGTGAGCTAAA-TTA----CGTTTA--ATTGC-C-T-AT--G--CA--A--------CCCTTT-----T-TT-A-AT-GA----CTA----------T-CCG----C----TTG-AC----TTCGT---TG-T--TG---C-CT--TG-CC--TTAACGTT-----TAT-----C------atccgcttgacttcgttgttgccttgccttaacgtttatcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtttactcttcaaaggttaagttgttatataccttctttttgaccttcatgttgcagaattggacactttcagttgagctgaatcacatttaagggcttatgcaaatggcaagccgcgataatgaaacctattcgttgactttgttgttgttattgctctttattattattaggtttattgtttcccctatttgtcaatattattagggtcgtgaattgtggcgcccacgcatttgaggcaacaggtggtgcctacagcccgcaactgagggcgcaaattggtagtctgggagcctctctgtcggctggcattcttttgttgatactcaaggttaattgttaccttatcaggtgctaaaatatgattgcatagcattttaagtaatttaatatggaaaaactagatttatt
gi|3 : -A-CTCTTCAAA---GGTTAAG-TTGT--TATA-------T---ACCTT-CTT---T-T-T-GA-CCTT-CATG-TT-GC--A-GAA-----T-T---GG--ACA--CTTTC-AGTTGAGCTGAA-TCA----CATTTA--A-GGG-C-TTAT--G--CA--AATGGCAAGCCG--C-----G-AT-A-AT-GAAAC-CTA----------T-TCGTTGAC----TT--------T--GT---TG-T--TGT--T-AT--TG-CT--C-----TT-----TAT-----TAT----TA---T-----TAGGTTTATTG-TTTC------CCCTA-TTTGTC-AA----T-A-TTAT-T---A--GGGT-CGT----GAATTG------T-GGCGC-CCACGC-A-T-TTGA------G-GC---AACA--G-GTGGTG---CC-----TAC---A-GCCCG----C-AACT-GAGG-GC-GCAAATTGGTAG----TC----------T--GGG--A---GCCT--C-TC-TGTCGGC-TGG--CATTC-TTTTGTTGA-TACTC-----AAGGT-T-A-A--TTG-TT----A-------------CC-TTacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtttactcttcaaaggttaagttgttatataccttctttttgaccttcatgttgcagaattggacactttcagttgagctgaatcacatttaagggcttatgcaaatggcaagccgcgataatgaaacctattcgttgactttgttgttgttattgctctttattattattaggtttattgtttcccctatttgtcaatattattagggtcgtgaattgtggcgcccacgcatttgaggcaacaggtggtgcctacagcccgcaactgagggcgcaaattggtagtctgggagcctctctgtcggctggcattcttttgttgatactcaaggttaattgttaccttatcaggtgctaaaatatgattgcatagcattttaagtaatttaatatggaaaaactagatttatt
gi|30 : accttcatgttgcagaattataaactttcaggtgagctaaattacgtttaattgcctatgcaacccttttttaatgactatccgcttgacttcgttgttgccttgccttaacgtttatcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtttAGCTGCCCTACCAAAGTACGG-AA-CA---G-GCGACC-TGTGAGAAGAA-CGGG-C-AGGGGAGGACTGCTGGAACTATTGatcaggtgctaaaatatgattgcatagcattttaagtaatttaatatggaaaaactagatttatt
gi|31 : AGATTCTTAC-CCT-T-GTAAAGACGAAGCTAAACCAAA-TGTCTCC-GAGA-ACTACAAGTGGTGAC----ATAAAC
gi|33 : GGTCATGGAAAAGGTGTGTGTAGGATTGCGAAACTGCACTGC-ATAGTACAG-
gi|35 : aa--C-TTGTG---TC-TAC--ACTCC-TTTTGTTGACTCTTC-----AAG---T-A-GA-TTG-TA-TTAA-------------CC-
gi|4 : c---T-----T----TGATTC-CATG--ACT--CCTA-CTT--T-AC----T-AGTTAT-A---G--GGGT-C-T----GAACTG------T-GGC-C-CCACCC-T-C-TTGG------G-AC---CCCA--A-ATGGTAC--CC--C--TAC---A-TCCCC----A-AA
gi|4 : CTTTCAA---AGTACAGCTTGT--AATT-------T---ACTTT-CC-G--T-TAT-GA-CTTT-GTTA-TTAGCTTG-TAAAG---T-T---CA--A-A--CTTCA--GGTCAGCTAAA-TTA----TCTT----A-GGC-C-T-A---G---G--A--------ACC--C-----A-TT-TTAT-GG--ATCTA----------T-GC-----C----TG--AG----TC-GTC--TG-T--T----T-GTGTTG-TCGGC-----TTATTAATAT-----T------TG---T-----TC---TGATTC-CATG--ACC--CTTA-CCT--T-AC----T-AATTAT-ATTGG--GAGT-C-T----TAACTG------T-GTC-CTCCACCC-T-C-TTAG------GTGC---CCCA--G-TTGGTA---CC--T--TACTACA-GGCCCGCAAA-AACT-GAGG-GC-GGAAATTGGGAGATTTCC----G--TTTTCGGAGC-----GCCT--CGTCTTATCCTG--AT--ACTCA-TTTCGTTGACTCTCTTTTAAAAGGT-T-G-AGTTTGTTT-TTAA-------------CC-TTCGT-TATTGACGCTT-gcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagcgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttgttactttcaaagtacagcttgtaatttactttccgttatgactttgttattagcttgtaaagttcaaacttcaggtcagctaaattatcttaggcctaggaacccattttatggatctatgcctgagtcgtctgtttgtgttgtcggcttattaatatttgttctgattccatgacccttaccttactaattatattgggagtcttaactgtgtcctccaccctcttaggtgccccagttggtaccttactacaggcccgcaaaaactgagggcggaaattgggagatttccgttttcggagcgcctcgtcttatcctgatactcatttcgttgactctcttttaaaaggttgagtttgtttttaaccttcgttattgacgctttaat
gi|5 : tttgattccatgactcctactttactagttataggggtctgaactgtggccccaccctcttgggaccccaaatggtacccctacatccccaaagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagcgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttgttaAACAATATACCTATGTACATCATA-------TCTA--------ATGAG-TATTTATCA-GTCAACC-TATCTAAGTCCCAAAAGACT--TG-G-TG-TATCGTGGC--TAGATTTTTAT-CTTTG-GTGAAG-TGAATCT-TATCT-G-AGTCTTTTGAGA-ACTA-AAGTGATAAT--AAA-ACATCT-CA-CACCCC-A--CAATTGGCA-CTA-CCAA--AACCCCG--GCCTCTCCCT-ATAAAA--GC-AATGACCGAG-----TGAATTAATTG-TCCTA--------------ATCAGATGTTCCAAGTT--AAA-AACATCTCCAACCTGACCCTTATCATTT---------CTGCCG-GGGGTACTCACATATTAAAATGAA-GGTGTAAGGTGAGTACACT--GCATGTAGG--GAAAACAtaat
gi|6 : --ATGAG-TATTTATCACGTCAACCCTATC-AAGTCCCAAAAA--C--TG-G-TG-TATCGTGGCCTTAGATTTTTATTCTT-G-GTGAAG-TGAATCT-A--CTAG-TCTTT--TGAGA-ATCA-AAGTGATAACCTAAAACATCTT-CAACACCC-----CAATTGGCAACTTACCAA--AACCCCG--GCCTCTCCCT-ATAAA---GCAATTGACCGAGT----TGAATTAATTGTCCTTA--------------T-CAGGGATT---GTTTCCAAGTTAAA-----AACATCTCCA--ACCGACCCCACATTTTCTGCC-CGGGGTACTCACATATTAAAATGAAGGGTGTAA-AGGAGTACACT-CGCATGTAGG--GAAAAC
gi|7 : T---TG-T--T----TTCT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----CACTGT-TA---T-----T----TTATTC-CATA--A--ACCCTA-TTT--CAA-----T-AGGTAT-A---G--GG
gi|7 : caaccttgtttgattgatatctTTAAA-TTGT--TATT-------A---ACCT---TTG--TAT-T-GA-CCTT-CATGAT--AC--A-GAAC----T-A---GG--A-A--ATTCC-AGGTGAGTTAAA-TTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaatattaaattgttattaacctttgtattgaccttcatgatacagaactaggaaattccaggtgagttaaattggc
gi|8 : caaccttgtttgattgatatctttgttttcttgccctttatcactgttattttattccataaaccctatttcaataggtatagggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaataA-TTCGT-G-A-CC--TTCAA---GCTAAAG-GTGT---ATT-------G---ACCTC----G--T-TAT-GAACCTT-TATT-C--GT--GTAAAA----T-C---AA--A-----CTCA--GGTACGCTAAA-TGA----ACTTT---A-GGC-C-T-GT--G--GG--A--------CCC--T-------TT-A-AT-GA--C---A----------TACTG----C----TTTGAC----T--CG---TG-T--G----C-TT--TG-CC--C-----TT-----TATAA---A------TG---TTG---T----TGATTT-CAT------ACCCTA-CCG--T-AC----T-AGTTAT-A---G--GGggc
gi|9 : CCTCGTA---ACTCG-TTTCATGGATTCTTC-----AAGGAGT-A-AG-TTG-TTGTTAAATAATCAATATGACC-TCCAT-TA-TGAT-CCC-ATGAGATGTAAAAT--TAGGAA-CTTTCGGGTAAACTTTAAAAT-TGCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttctacttc
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): CAGGTGAGCTTGTCATCAAAAGCCATCATGACTCTTTTTAATATTCCATTCATTTGTATTTATATTGTTATCTATCTCTTGATAACTTTTGTTTCATTCAATGGCCCGTATCCAGTCATTAA
Unaligned ( gi|32 ): ATAGCCCAACTGAGGCGAAATAAATGACATTCTGGGACCATTATCTGCCTGCGATA
Unaligned ( gi|34 ): AACTCGAGGCGGGAAATGATGTCTGGACTTCTATTATTTGACATGCATAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 3333333333333 1 1 1 11 1 1 222 1 1 1 2222222222222222222222222 1 444444 11111111 1 1 3333333 111 1 1 11 111 1 22222 1 22 11 22 1 111 1 222222 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 1 11 11 1 333 1 1 2222 1 1 222 11 1 1 1 1 1 1 1 11111111111 22222222 2222222 22 11 11 1111111 111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 444444444444 1111111111 3333333 22222 111111 111111 11111 111 2222 111111 666666666666666666666666666666 1111 1111 11111 111111 33333333333333333 1 22222222 2222 1111 1111 11 222222 1
lowQualScore : 5 1 0 0 1 0 5555555555555 3 3 3 7 77 1 5 1 1 1 333 1 1 5 1 000 1 5 5 5 1 5555555555555555555555555 7 1 2 44 000000 1 66666666 8 88 6 5 1 8888888 8 8 8 1 111 3 777 3 6 6 3 22 44 1 6 6 7 000 1 8 8 33333 0 33 1 33 0 55 88 0 3 777 9 00 777777 0 3 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 1 0 8 8 8 0 1 55 0 0 55 66 3 333 7 0 0 3 3 3333 1 5 1 1 5 2 000 88 5 5 5 2 1 5 5 0 8 3 6 66 888 1 8 888 55555555555 88888888 3 7 3 3 77 44 1111111 8888 2 5555555 2 11 66 2 6666 0 33 2 11 5 2 666666666 99999999 33 1111111 333 2 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33 2 33 66666 66666 555555555555 333 0000000000 3 2 3333333 33 7777 22222 2 2 444 33 3 3 3 7777 666666 3 3 3 555555 555555 3 666 00000 000 99999 0000 4 000000 5 5 5 1 555555555555555555555555555555 3333 5 9999 4 9999 4 2 00000 888 444444 5 22222222222222222 5 6 5 5 0 22222222 0 0000 5 6666 5 11 99 7777 4 00 888888 5
lowQualScore : . . . . . . ............. . . . . .. . . . . . ... . . . . ... . . . . . ......................... . . . .. ...... . ........ . .. . . . ....... . . . . ... . ... . . . . .. .. . . . . ... . . . ..... . .. . .. . .. .. . . ... . .. ...... . . .......................................................................... . . . . . . . . .. . . .. .. . ... . . . . . .... . . . . . . ... .. . . . . . . . . . . . .. ... . . ... ........... ........ . . . . .. .. ....... .... . ....... . .. .. . .... . .. . .. . . ......... ........ .. ....... ... . .............................................................. .. . .. ..... ..... ............ ... .......... . . ....... .. .... ..... . . ... .. . . . .... ...... . . . ...... ...... . ... ..... ... ..... .... . ...... . . . . .............................. .... . .... . .... . . ..... ... ...... . ................. . . . . . ........ . .... . .... . .. .. .... . .. ...... .
lowQualScore : 0 0 7 7 0 0 0000000000000 3 3 3 3 55 0 0 0 0 0 000 0 0 5 0 000 0 0 0 5 0 0000000000000000000000000 3 0 0 77 000000 0 66666666 0 88 0 4 0 0000000 0 0 0 4 888 3 555 3 7 7 2 77 55 0 7 7 8 222 7 0 0 44444 0 88 0 88 2 55 00 0 2 000 0 55 888888 0 2 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 0 8 8 6 0 8 0 66 0 6 00 22 3 333 3 7 7 3 3 5555 0 0 0 0 5 5 000 00 0 5 5 5 0 5 0 0 0 3 7 66 888 0 9 111 33333333333 00000000 6 3 6 3 99 66 8888888 9999 9 2222222 9 00 55 7 1111 9 99 9 77 7 7 999999999 77777777 77 6666666 777 7 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44 5 44 22222 22222 111111111111 999 6666666666 3 2 2222222 11 4444 44444 5 5 777 77 8 3 1 1111 222222 3 3 3 222222 555555 6 444 99999 000 22222 5555 4 333333 0 0 0 0 777777777777777777777777777777 4444 9 9999 4 7777 0 2 00000 111 111111 0 88888888888888888 0 7 7 0 0 66666666 1 1111 7 6666 7 33 22 7777 2 33 555555 5
consensus : AACGAACCACCTGGGTGCTACCCCCTGGCCTNGGGTCATGGAAATGGGGTGCGTAGGATTGCGAAGCTGCNCTAC-AAGGTACGG-NT-CA---G-G-GACC-TGCGAGAAGAA-CGGG-CAAGGGGGGGACTGCTGGAACTATTGAATGCCANGGGCGAAANCCCATCTCCAGCAGTANGGTAAGNAGGGGATGTGATTCAGAATNNNGATGCGCAGTGAGGATGTTTGATANTNTGGAGGANTCCCATGGCANCCAATCGACGTGAGCATACNTCTGACATGAGCAGGTCTCGATGTCTGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTCGTGCTGAACAACATACNTACGTACGNCATAC-----ATCNACGGGGG--ATGAG-TATTCATCA-GCCAACC-TATCTAAGTCCCAAAA---C--TG-G-TG-TATCGTGGC--TAGATTTTTAT-CTT-G-GTGAAG-CGAAGCT-AATCNAG-CGTTTCCTGAGA-ACTA-AAGTGGTAAC--AAATAAACCT-CA-CACCCT-A--CAATTGGCA-CT--CCNA--AACCCCG-AGCNTCTCCCT-ATAAAA--GCGAATGACCGAGT----TGAATTAATTG-CCCTA--------------G-CAGATATT---ATTT--AAG-TACA-----AGCTTCATCATTACCA------------CTGCCGTGGGNCACTCACANATTAAAATGAA-GGTGTAAGACGAGTACACTCCGGAGGTAAGCCGAAAACAAATCA-ACAAA-C-AATAAGTCGTTTTCGTCGTGTTGAGCG-CCA-AAAGCATCACACCNTTCATTCAGAATANCACANATGTCACGAAGTCGCCAAAACCTTCAGAGAGGCCAGTATAGATGACCACAGCCCAAAACTGAGAGCACAGAAATGAGAAGTCCTCCGAGGCCCATATCTATCTAGTCCGCNATACGTCA-TTCGT-G-A-CTCTTTCAA---GGTNAAG-TTGT--TATT-------A---ACCTT-CTTG--T-T-T-GA-CCTT--CAT--G-C-GCG-GAAA----T-T---AG--A-A--TTTCA-AGGTGAGCTAAA-TTA----CCTTTA--A-GGG-C-T-AT--G--CG--A--------CCC--C-----A-TT-A-AT-GA--CTCTA----------T-CCG----C----TT--AG----T--GT---TG-T--T----T-CT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----C------TG---T-----T----TCATTC-CATC--ACCACCCTA-CTT--C-A-----T-AGTTAT-A---G--GGGT-C-T----GAAATG------T-GGC-C-CCACCC-T-C-TTGG------G-GC---CCCC--G-GTGGTA---CC--C--TA----A-GCCCC----A-AACT-GAGG-GC-GGAAANTGATAG----TC----G--TTNT--GAGCAA---GCCT--C-TCGTG-CC-TC-TAT--ACTCC-TTTCGTTGACTCTTC-----AAGG-NT-A-AG-TTG-TT-TTA-------------ACC-TTCGT-TA-TGAC-CTT-AT--GT--TGTAGAGT-TANAAA-CTTTCAGGTGAGCT---NAAT-TGCCTTTAANGGCCTATG--CAACCC--TTTTAACGACTCTTTAGGACTCGTCTGATCGTGACCT
Reference ( family-2198 ) : AACGAACCACCTGGGTGCTACCCCCTGGCCTNGGGTCATGGAAATGGGGTGCGTAGGATTGCGAAGCTGCNCTAC-AAGGTACGG-NT-CA---G-G-GACC-TGCGAGAAGAA-CGGG-CAAGGGGGGGACTGCTGGAACTATTGAATGCCANGGGCGAAANCCCATCTCCAGCAGTANGGTAAGNAGGGGATGTGATTCAGAATNNNGATGCGCAGTGAGGATGTTTGATANTNTGGAGGANTCCCATGGCANCCAATCGACGTGAGCATACNTCTGACATGAGCAGGTCTCGATGTCTGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTCGTGCTGAACAACATACNTACGTACGNCATAC-----ATCNACGGGGG--ATGAG-TATTCATCA-GCCAACC-TATCTAAGTCCCAAAA---C--TG-G-TG-TATCGTGGC--TAGATTTTTAT-CTT-G-GTGAAG-CGAAGCT-AATCNAG-CGTTTCCTGAGA-ACTA-AAGTGGTAAC--AAATAAACCT-CA-CACCCT-A--CAATTGGCA-CT--CCNA--AACCCCG-AGCNTCTCCCT-ATAAAA--GCGAATGACCGAGT----TGAATTAATTG-CCCTA--------------G-CAGATATT---ATTT--AAG-TACA-----AGCTTCATCATTACCA------------CTGCCGTGGGNCACTCACANATTAAAATGAA-GGTGTAAGACGAGTACACTCCGGAGGTAAGCCGAAAACAAATCA-ACAAA-C-AATAAGTCGTTTTCGTCGTGTTGAGCG-CCA-AAAGCATCACACCNTTCATTCAGAATANCACANATGTCACGAAGTCGCCAAAACCTTCAGAGAGGCCAGTATAGATGACCACAGCCCAAAACTGAGAGCACAGAAATGAGAAGTCCTCCGAGGCCCATATCTATCTAGTCCGCNATACGTCA-TTCGT-G-A-CTCTTTCAA---GGTNAAG-TTGT--TATT-------A---ACCTT-CTTG--T-T-T-GA-CCTT--CAT--G-C-GCG-GAAA----T-T---AG--A-A--TTTCA-AGGTGAGCTAAA-TTA----CCTTTA--A-GGG-C-T-AT--G--CG--A--------CCC--C-----A-TT-A-AT-GA--CTCTA----------T-CCG----C----TT--AG----T--GT---TG-T--T----T-CT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----C------TG---T-----T----TCATTC-CATC--ACCACCCTA-CTT--C-A-----T-AGTTAT-A---G--GGGT-C-T----GAAATG------T-GGC-C-CCACCC-T-C-TTGG------G-GC---CCCC--G-GTGGTA---CC--C--TA----A-GCCCC----A-AACT-GAGG-GC-GGAAANTGATAG----TC----G--TTNT--GAGCAA---GCCT--C-TCGTG-CC-TC-TAT--ACTCC-TTTCGTTGACTCTTC-----AAGG-NT-A-AG-TTG-TT-TTA-------------ACC-TTCGT-TA-TGAC-CTT-AT--GT--TGTAGAGTATAGAAA-CTTTCAGGTGAGCT---NAAT-TGCCTTTAANGGCCTATG--CAACCC--TTTTAACGACTCTTTAGGACTCGTCTGATCGTGACCT
gi|1 : AACGAACCACCTGGGTGCTACCCCCTGGCCTAGGGTCATGGAAATGGGGTGCATAGGATTGCAAAGCTGCTCTAC-AAGGTACAG-GTACA---GAG-GACCCTGCGAGAAGAA-CGGGGCAAGGGGGAGACTGCTGGATCGATTGAAT--TATGGGCGAAATCCTATCTTCAACAATAGGGTAAGAAGGGGATATGATTCAGAATAGTGATGTGCAATGAGGATGTTTGATATTGTGGAGGATTCCCAT---AACTAATT-ATGTGA-CATACCTCTGACATGAGCAGGTCTCGATGTCTGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTCGTGCTGAACATCATACATTC-TACCCCATAC-----ATCGACGGAGAGCATGAGCTATTCATC--GCAAACCATATC-GAGTCCCAAG----C--TGTG-TGATATCATGTC---AGATTTTTAT-CTT-G-GTAAAGACTAA-CT-AATCAAG-CGTTTCCTGAGAGACTA-AAGTA-TAAC--AAATAAACCTGCA-CACCCTTAGCCACTTGGCA-CT--CCCA--AATCTCGCAACACCTCCTTTATAAAAAAGCGAATGCAAGAGTGTGGTGATTTAATTG-CCC-A--------------G-C------------------------------GCT--ATCATTAC-A------------CTAC-GTGAGTCACTCACAAATTGAAATGAA-CG------ACCAGTACACTCCAGAGA-AAGCCAAAAA--AATCACACAAA---ATTAAG-CATTTTCGTTGTGTTGAGCGGCCA-AAAGCA----ACCCTTCATTCAGAATATCACAGA-GTCACAAAGTCGCCAAAAC--TCAGAGAGGCCAGTATAGATGACCACAGCCCAAAACTGAGAGCACAGAAATGAGAAGTCCTCCGAGGCCCATATCT-TC-AGTCTTCCATACGTCA-TTCTT-G-ATCTCCTTCAA---GGTTAAGATTGT--TGTTGAAGCTAA---ACTGC-CTGG--T-T-T-GA-CCGT--CAT--AAT-GTA-GGGA----T-T---AG--A-A--TATCA-AGGTGAGCTAAA-TTT----GCTTTA--A-GG--C-T-A---G--CG--A--------CCC--C-----A-TT-A-AC-AA--CTCCA----------T-CTG----T----AT--AG----T--GT---TG-T--T----T-CT--TG-CC--C-----AT-----TAT-----C------CG---T-----T----TCATTC-CATC--ACCACCTTA-ATT--C-A-----T-AGTTAT-A---G--GGGT-C-T----GAAATA------TAGGC-C-CCATCC-T-C-TTGG------G-G----CTAT--G-GTATTA---CC--C--TA----A-GCGTC----GCAACTGGAGGAGC-GGGAATTGATAG----TC----A--TTGT--GAGCAA----CCTA-T-TCATGACC-TT-TATAAACTTCATTTCGTTGACTCTTC-----AAGG-AT-A-A---TG-TC-TTA-------------ACC-TTCAT-T--TGAC-ATT-AT--GT--TGTAGAGTATGAAAA-CTTTCAGGTGAGCT---AAAT-TGCCTTTTATGGTCTATG--CAACCC--ATTTAACGATTCTTTAGGACTCATTTGATCGTGACCT
gi|10 : ------TG---T-----T----TCATTC-TGT---AGCACCGAA-TTC--A-A-----T-CATTAT-T---G--GAAT-C-T----GATATG------T-GAA-C-CCACCCAT-A-TTTA------G-GT---CCCA--C-GTGGTA---CC--T--TA----C-GGNNN----N-NNNN-NNNN-NN-NNNNNNNNNNNN----NN----N--NNNN--NNNNNN---NNNN--N-NNNNN-NN-NN-NNN--NNNNN-T--CGTGGACTCTTC-----AAAT-AT-T--G-TTG-TTATTA-------------ACC-ATCGT-TA-TGAT-CTTTAT--GT--T-TAGAAATTAAAAA-CTTTCAGGTGAGCT---TCAT-TGCTTTTATAGTTCTATG--CAACCC--gtcaatggtagttg
gi|11 : atAA---GGTTTAC-TTGTGTCATC-------A---ACCTT-CCT---T-T-T-GA-TCTG--CAT--G-T--TG-GAAAAAAAT-T---AG--A-AAACTTCA--GATGAGCTAAA-TTAATTACCGT-A--A-GGGTC-T-ATT-G--CA--C--------CCC--C-----A-TTTA-AT-GA--CT--A----------T-CCG----C----TT--GACTTTT--GC---TGAT--C----T-TT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----CCACTGTTG---T-----T----TCATTT-CATT----CACCCTA-TTT--T-AA----T-AGTATT-A---G--AGTT-C-C----GAAATGC-----T-GGC-C-CCACCC-T-C-TTGA------A-GC---
gi|12 : cgtcaG-C-T-TT--A--TG--A--------CCC--CCTTTTA-TT----T-GG--TTCTA----------T-CCG---------TT--AGAGTAC--GT---CG-T--TC---T-CT--AT-CC--C-----TT-----TAT-----CAGTTT-TG---T-----T----TCATTC-GATC--ACC-CCAT--CTC--C-AATCATT-AGATAT-A---G--G--T-C-TTCGGGAAA-----------------CACCA-------GG------T-GCTATCCCC--G-GTGCTA---TCATC--TAT---A-GTCCC----A-AACT-AAGT-GC-GGAAAATGAAAG----TCTCAAGATTTCT--TATCAACGTGCCT--A-TCTTG-CC-TG-CAT---TTCC-TTTCGCAGACTCTTactattgatcggtcacccccta
gi|13 : aaaagctaTGC--TATT-------A---ACCTT-CTT---T-T-T-GA-CCTT--TAT--G-C-A----AAA----T-T---GG--A-AACTTTCA--GGTGAGCTAAA-GTA----CCTTAA--A-GGACC-T-AT--G--CA--A--------TCC--C-----ATTT-A-AT-TA--CTACA----------C-CCG----C----TTG-AT----T--TT---TG-TGAT----A-TT--TG-CA--C-----TG-----TAT-----CACTGT-TG---T-----T----TCATTT-CATT--AT--CCTTG-TTT--CAA-----T-GGTTAT-
gi|14 : aTT-------A---ACCTT---TG--T-T-TTGA-CCTT--CTT--G-T-G---GAAA----TAT---AA--A-A--TTTCA--GGTAAGCTAAA-TTA----CCTTTG--A-GGGAC-T-AC--A--GA--A--------CCC--C-----A-TTCA-AT-GA----GTA----------T-CTG----C----TT--GA----T--TT---CG-T--TG---T-GT--TG-AC--A-----TT-----TATCA---C------TG---T------------------------------TG-CTT--C-A-----T------------------T-C-T----AAAATA------T-GGC-C-CCACCC-T-C-TTG
gi|15 : G----T--AT---TG-T--TC---T-CT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----C-------G---T-----T----T--TTCTCATTTGATCACCCCA-AAT--C-A-------AATTATTA---ATTAGGT-C-T----GAAATGCCAATGT-GGC-T-CCACCC-T-C---GGAA----G-GC---CCTA--G-GTGTTA---CC--CCTTC----A-ACCCT----A-AACT-GAGA-CC-AGAAAATAAcgtttgtatt
gi|16 : ttgaagactaatgcatggttct-T----GAAATG------T-GGT-T-CTACAC-T-C---GGTAAGCCG-GG---CCCC--GTGTGGTA---CC--C--TA----AAGCCCC----A-AACT-GAGG-GC-AGAAAGTGATA--------------------GAACAAG--GCAC--C-TTGTG----TC-TAT--GCTCC-TTTCGTTGACTCTTC-----AA
gi|17 : ttgattgcttttctttcattttataaccctatgctcagA-TGTC-CCT-GT--GTGATCTAAAAT-TAGGAA-CTTTCAGGTGAGCT---CAAT-TTCCCTTTGAGGCCTATGATCTACC-----TTAAGGGTTCTa
gi|17 : AAA----T-T---AG--G-AACTTTCA--GGTGAGCTCAATTTC----CCTTTG--A-GGC-C-T-AT--GATCT--A--------CC-----------TT-A-AG-GG--TTCTACATGTATATGC-CCGA---CTCTATT--GG----T--GTC--TA-T--C----T-CT--TGATC--C-----TT-------T-----T------TG---T-----T----TTGCTC-GATC--ACC-CCATA--TT--C-A-----acatgtatatgcccgactctattggtgtctatctcttgatcctttttgttttgctcgatcaccccatattcaat
gi|18 : atgtccctgtgtgatcta-TTCGT-GGA-CTCTT-CAATACGGTAAAG-TGAT--AATT-------AGATACCTTTCGTGGAT-A-T-GA-CCTTT-CAT--G-T-GTG-AAAA----T-TTCGAA--A-C--TTTCATAGGTGAGC-AAA-TTA----CATTTATTA-GGG-CAC-CT--G--CGGAA--------CCC--C-----A-T--G-GT-TA--CTCTA----------T-CTG----T----TT--AG----TA-GT---Tat
gi|19 : -GAAA----T-T---GA--A-AC-TTTCA-AG-TGAGCTAAA-TTA----TCTTTA--A-AGG-CTT-AC--A--CA--A--------CCC--C-----A-TTCC-AC-TA--CTATA----------T-GTG----C----TT--GA----C--GTTTATG-T--T----GACT--TG-CC--C-----TT-----TTTCAAGGC------TG---T-----G----CCATTG-CGTT--TC--CCCTA-CTT--CAA-----T-AGTTGT-A---G--Gc
gi|2 : ttgttAAC-AACCACCTGGATACTACCCTCTGGCCTTGGATCATAGCAATGGGGTGCATAGGAATGCAAAGCTACACTAC-AAGGTATGGTTT-CAATGG-G-AACC-TCCGATAAGAATTGAG-CAAGGGAGGGGGTGCTGGAACTATTAAATGCCAGAGG-GAAAACCCATTTCCAGCAGTATGATAAGTAAGGGATGTGATTCAGAATTCAGATACGCAGTGAAGATATTTGATAATTTGG-GAAATCCTATGGCATCCAATCGACATGAGCA-ACATCTGACAat
gi|2 : TGAGCAACAT-CTGACAAACGAAATACCTTCAATCCACGGGGG--ATGAG-TATTCATCA-ACCAACC-TAA--AAGTCCATAAA---CA-TA-GATA-TGTCTTGGC--TAGATTTTTAGATTT-G-GTGAAG-TGAAGCT-ACTCTGG--GTGTCCTGAGA-TATA-AAATGTTGA---AAA-AAACAT-CA--------A--TAATTCTCA-CT--CCTAGAAATCAAA-AACA---CCCT-A-AAAA--GC-AAGGATTGAGT-----GAATTGATTG-CCCTAATTAGATATTCCCAG-TAAATATT---ATTT--A---TACA-----AGCTTCATCATTAC---------------TGCCGTGG-ACATTCACA-----AAGTGAT-GGTGTAAGACGATTGCACT--GGAGGTAAGCAGAAAATAAAGCA-ACAGA-CGAACAAATAGTTTCCGTCGTGCTGTGTG-CCA-AAAACATCACACCATTTATT-AAAATAATACACATATCAGGAAGT---CAAAACCTTCAGA-AGGCCaacgaaataccttcaatccacgggggatgagtattcatcaaccaacctaaaagtccataaacatagatatgtcttggctagatttttagatttggtgaagtgaagctactctgggtgtcctgagatataaaatgttgaaaaaaacatcaataattctcactcctagaaatcaaaaacaccctaaaaagcaaggattgagtgaattgattgccctaattagatattcccagtaaatattatttatacaagcttcatcattactgccgtggacattcacaaagtgatggtgtaagacgattgcactggaggtaagcagaaaataaagcaacagacgaacaaatagtttccgtcgtgctgtgtgccaaaaacatcacaccatttattaaaataatacacatatcaggaagtcaaaaccttcagaaggccctaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgttgactttttaatgttaagctgttattaaccctaattttcaccttcatacgtgaaaatgagaaaatttcaggtgatcttaattccgtttaagtgtataagcaaacccatttaattaatctttaagcttaattttgttgtagccttgcccttcattactgttgtttcattacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttatagagtttgaattccgctatctagtccgcaaactcatttcgagaactcttcaaaggtgaagtttttattaacctactttttgactttcatgcgtgaaaattataaactttcaagtaagcaaaattactttcaagag
gi|2 : aacaaccacctggatactaccctctggccttggatcatagcaatggggtgcataggaatgcaaagctacactacaaggtatggtttcaatgggaacctccgataagaattgagcaagggagggggtgctggaactattaaatgccagagggaaaacccatttccagcagtatgataagtaagggatgtgattcagaattcagatacgcagtgaagatatttgataatttgggaaatcctatggcatccaatcgacaTCGTTG-A-CTTTTT-AA---TGTTAAG-CTGT--TATT-------A---ACCCT-AAT---T-T-T-CA-CCTT--CAT--A-C-GTG-AAAA----T-G---AGAAA-A--TTTC--AGGTGATCTTAA-TTC----CGTTTA--A-GTG---T-ATAAG--CA--A--------ACC--C-----ATTT-A-AT-TA--ATCTT----------T-AAG----C----TT--AA----T--TT---TG-T--TGTAGC-CT--TG-CC--C-----TT-----CATTACTGT------TG---T-----T----TCATTA-CATctaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgttgactttttaatgttaagctgttattaaccctaattttcaccttcatacgtgaaaatgagaaaatttcaggtgatcttaattccgtttaagtgtataagcaaacccatttaattaatctttaagcttaattttgttgtagccttgcccttcattactgttgtttcattacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttatagagtttgaattccgctatctagtccgcaaactcatttcgagaactcttcaaaggtgaagtttttattaacctactttttgactttcatgcgtgaaaattataaactttcaagtaagcaaaattactttcaagag
gi|2 : aacaaccacctggatactaccctctggccttggatcatagcaatggggtgcataggaatgcaaagctacactacaaggtatggtttcaatgggaacctccgataagaattgagcaagggagggggtgctggaactattaaatgccagagggaaaacccatttccagcagtatgataagtaagggatgtgattcagaattcagatacgcagtgaagatatttgataatttgggaaatcctatggcatccaatcgacatgagcaacatctgacaaacgaaataccttcaatccacgggggatgagtattcatcaaccaacctaaaagtccataaacatagatatgtcttggctagatttttagatttggtgaagtgaagctactctgggtgtcctgagatataaaatgttgaaaaaaacatcaataattctcactcctagaaatcaaaaacaccctaaaaagcaaggattgagtgaattgattgccctaattagatattcccagtaaatattatttatacaagcttcatcattactgccgtggacattcacaaagtgatggtgtaagacgattgcactggaggtaagcagaaaataaagcaacagacgaacaaatagtttccgtcgtgctgtgtgccaaaaacatcacaccatttattaaaataatacacatatcaggaagtcaaaaccttcagaaggccctaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTATCTAGTCCGCAA-AC-TCATTTCGA-GAA-CTCTTCAAA---GGTGAAG-TTTT--TATT-------A---ACCTA-CTT---T-T-T-GA-CTTT--CAT--G-C-GTG-AAAA----T-T---AT--A-AACTTTCA-A-GTAAGCAAAA-TTA----CTTTCA--A-GAG-tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttatagagtttgaattccgctatctagtccgcaaactcatttcgagaactcttcaaaggtgaagtttttattaacctactttttgactttcatgcgtgaaaattataaactttcaagtaagcaaaattactttcaagag
gi|20 : aacaaccacctggatactaccctctggccttggatcatagcaatggggtgcataggaatgcaaagctacactacaaggtatggtttcaatgggaacctccgataagaattgagcaagggagggggtgctggaactattaaatgccagagggaaaacccatttccagcagtatgataagtaagggatgtgattcagaattcagatacgcagtgaagatatttgataatttgggaaatcctatggcatccaatcgacatgagcaacatctgacaaacgaaataccttcaatccacgggggatgagtattcatcaaccaacctaaaagtccataaacatagatatgtcttggctagatttttagatttggtgaagtgaagctactctgggtgtcctgagatataaaatgttgaaaaaaacatcaataattctcactcctagaaatcaaaaacaccctaaaaagcaaggattgagtgaattgattgccctaattagatattcccagtaaatattatttatacaagcttcatcattactgccgtggacattcacaaagtgatggtgtaagacgattgcactggaggtaagcagaaaataaagcaacagacgaacaaatagtttccgtcgtgctgtgtgccaaaaacatcacaccatttattaaaataatacacatatcaggaagtcaaaaccttcagaaggccctaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgttgactttttaatgttaagctgttattaaccctaattttcaccttcatacgtgaaaatgagaaaatttcaggtgatcttaattccgtttaagtgtataagcaaacccatttaattaatctttaagcttaattttgttgtagccttgcccttcattactgttgtttcattacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttatagagtttgaattccgTTCGT-GACTCATC-----AAAG-TT-AGAG-TTG-TA-TTT-------------ACC-TTCGTCTA-ATAC-CTT-TT--CC--T-TGAAGTTCGCAAATCTTTCAGGTGAGCT----AATATAACTTTAGGGGCC-ATG--GACACT--TTTTAATAACTC--TA------GTCTGA-CGTGACCT
gi|21 : aG--ATGAG-TATTCATCA-GCCAACC-TATCTAAGTCCCCAAG---CCTTG-G-TG-TATCATGTC--TAGATTTTTAT-CTT-GCGTAAAG-CTAAGCT-AATCAAGACGTTTCCTGAGA-GCTA-AAGTGGTAAC--AAATAAACCT-CA-CACCCT-A--CCATTGGtcgttgttgtt
gi|23 : TCATCTTT----------------CTACCGTGAGTC-CTCACAAATT-----GAA-GATGAACGACCAGTACACTCCAGAGA-AAGCCAAAAA--AATCA-ACAAATC-AATAAGTCATTTTCGTTGTGTTGAGCG-CCATAAAGC
gi|24 : --TTTCA-AG-TAAGATGAA-TTG----CCTTTA--A-GGGTC-T-AT--G--CA--A--------CCC--C-----G-TTTA-AT-GA--CT-------------T-GC-----C----TT--------T--GT---TGGT--C----T-CT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----C------AA---TTTGGAT----TCATTC-AATC--A-CA-CCTA-C
gi|25 : ac--ACTCA-TTTCGTTGACTCTTC-----AAAT-TTTA-AG-TTG-TTATCA-------------ATTATTCGT-TA-TGAC-ATT-AT--------T-GAGTAT--------TTCAGGTGAGCT---TAAC-TGCATTTAATGGTCTTTG--CAACCa
gi|26 : -AT--A--CA--A--------CCC--C-----A-TT-T-ATTAA--TTCTA----------A-CAG----C----TT--GGCTT-T--GT---TG-T--T----GACT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----TAA----TGATTT-----T----TTATTC-CATT--ACC--CCTA-TTT--C-AC----T-AGTTAT-A---G--GGGT-C-
gi|27 : ------TG---T-----T----TGAT-C-CATG--ACC-CCATAACTT--T-A-----CGAGTTTT-A---G--GG-T-C------GAAATGC-----T-GGC-C-CCACCC-TAT-TTGG------G-GC---CTCCAGA-GTGGTACTTCC--C--TA----
gi|28 : ---CC--C--CA----A-ATTCC----A-AACT-TGGG-ACAGGAAAATAAT---------------TCAA--GAGGTA---TCCTACC-TTGTG----TC-TAT--GCTTC-TTTCGTTGACCCTTC-----AAAG-AT-c
gi|29 : --ACC-CCCTA-CTT--T-AC----T-AGT-AT-A---G--AGTTAC-T----GAAATG------T-GAC-C-CGACCC-T-CGTT--------G-GT---CCCC--A-GAGGTA---ttga
gi|3 : tgattactattgaAC-CTTCAT--GT--TGCAGAAT-TATAAA-CTTTCAGGTGAGCT---AAAT-TACGTTTAATTGCCTATG--CAACCCTTTTTTAATGACT
gi|3 : A-CCTT--CAT--G-TTGCA-GAA-----T-T---AT--A-AACTTTCA--GGTGAGCTAAA-TTA----CGTTTA--ATTGC-C-T-AT--G--CA--A--------CCCTTT-----T-TT-A-AT-GA----CTA----------T-CCG----C----TTG-AC----TTCGT---TG-T--TG---C-CT--TG-CC--TTAACGTT-----TAT-----C------atccgcttgacttcgttgttgccttgccttaacgtttatcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtttactcttcaaaggttaagttgttatataccttctttttgaccttcatgttgcagaattggacactttcagttgagctgaatcacatttaagggcttatgcaaatggcaagccgcgataatgaaacctattcgttgactttgttgttgttattgctctttattattattaggtttattgtttcccctatttgtcaatattattagggtcgtgaattgtggcgcccacgcatttgaggcaacaggtggtgcctacagcccgcaactgagggcgcaaattggtagtctgggagcctctctgtcggctggcattcttttgttgatactcaaggttaattgttaccttatcaggtgctaaaatatgattgcatagcattttaagtaatttaatatggaaaaactagatttatt
gi|3 : -A-CTCTTCAAA---GGTTAAG-TTGT--TATA-------T---ACCTT-CTT---T-T-T-GA-CCTT--CAT--G-TTGCA-GAA-----T-T---GG--ACA--CTTTC-AGTTGAGCTGAA-TCA----CATTTA--A-GGG-C-TTAT--G--CA--AATGGCAAGCCG--C-----G-AT-A-AT-GAAAC-CTA----------T-TCGTTGAC----TT--------T--GT---TG-T--TGT--T-AT--TG-CT--C-----TT-----TAT-----TAT----TA---T-----TAGGTTTATTG-TTTC------CCCTA-TTTGTC-AA----T-A-TTAT-T---A--GGGT-CGT----GAATTG------T-GGCGC-CCACGC-A-T-TTGA------G-GC---AACA--G-GTGGTG---CC-----TAC---A-GCCCG----C-AACT-GAGG-GC-GCAAATTGGTAG----TC----------T--GGG--A---GCCT--C-TC-TG-TCGGC-TGG--CATTC-TTTTGTTGA-TACTC-----AAGG-TT-A-A--TTG-TT-----------------ACC-TTacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtttactcttcaaaggttaagttgttatataccttctttttgaccttcatgttgcagaattggacactttcagttgagctgaatcacatttaagggcttatgcaaatggcaagccgcgataatgaaacctattcgttgactttgttgttgttattgctctttattattattaggtttattgtttcccctatttgtcaatattattagggtcgtgaattgtggcgcccacgcatttgaggcaacaggtggtgcctacagcccgcaactgagggcgcaaattggtagtctgggagcctctctgtcggctggcattcttttgttgatactcaaggttaattgttaccttatcaggtgctaaaatatgattgcatagcattttaagtaatttaatatggaaaaactagatttatt
gi|30 : accttcatgttgcagaattataaactttcaggtgagctaaattacgtttaattgcctatgcaacccttttttaatgactatccgcttgacttcgttgttgccttgccttaacgtttatcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtttAGCTGCCCTACCAAAGTACGG-AA-CA---G-GCGACC-TGTGAGAAGAA-CGGG-C-AGGGGAGGACTGCTGGAACTATTGatcaggtgctaaaatatgattgcatagcattttaagtaatttaatatggaaaaactagatttatt
gi|31 : AGATTCTTAC-CCT-T-GTAAAGACGAAGCTAAACCAAA-TGTCTCC-GAGA-ACTACAAGTGGTGAC----ATAAAC
gi|33 : GGTCATGGAAAAGGTGTGTGTAGGATTGCGAAACTGCACTGC-ATAGTACAG-
gi|35 : aa--C-TTGTG----TC-TAC--ACTCC-TTTTGTTGACTCTTC-----AAG---T-A-GA-TTG-TA-TTA-------------ACC-
gi|4 : c---T-----T----TGATTC-CATG--ACT--CCTA-CTT--T-AC----T-AGTTAT-A---G--GGGT-C-T----GAACTG------T-GGC-C-CCACCC-T-C-TTGG------G-AC---CCCA--A-ATGGTAC--CC--C--TAC---A-TCCCC----A-AA
gi|4 : CTTTCAA---AGTACAGCTTGT--AATT-------T---ACTTT-CC-G--T-TAT-GA-CTTTGTTATTAG-C-TTG-TAAAG---T-T---CA--A-A--CTTCA--GGTCAGCTAAA-TTA----TCTT----A-GGC-C-T-A---G---G--A--------ACC--C-----A-TT-TTAT-GG--ATCTA----------T-GC-----C----TG--AG----TC-GTC--TG-T--T----T-GTGTTG-TCGGC-----TTATTAATAT-----T------TG---T-----TC---TGATTC-CATG--ACC--CTTA-CCT--T-AC----T-AATTAT-ATTGG--GAGT-C-T----TAACTG------T-GTC-CTCCACCC-T-C-TTAG------GTGC---CCCA--G-TTGGTA---CC--T--TACTACA-GGCCCGCAAA-AACT-GAGG-GC-GGAAATTGGGAGATTTCC----G--TTTTCGGAGC-----GCCT--CGTCTTA-TC-CT-GAT--ACTCA-TTTCGTTGACTCTCTTTTAAAAGG-TT-G-AGTTTGTTT-TTA-------------ACC-TTCGT-TATTGACGCTT-gcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagcgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttgttactttcaaagtacagcttgtaatttactttccgttatgactttgttattagcttgtaaagttcaaacttcaggtcagctaaattatcttaggcctaggaacccattttatggatctatgcctgagtcgtctgtttgtgttgtcggcttattaatatttgttctgattccatgacccttaccttactaattatattgggagtcttaactgtgtcctccaccctcttaggtgccccagttggtaccttactacaggcccgcaaaaactgagggcggaaattgggagatttccgttttcggagcgcctcgtcttatcctgatactcatttcgttgactctcttttaaaaggttgagtttgtttttaaccttcgttattgacgctttaat
gi|5 : tttgattccatgactcctactttactagttataggggtctgaactgtggccccaccctcttgggaccccaaatggtacccctacatccccaaagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagcgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttgttaAACAATATACCTATGTACATCATA-------TCTA--------ATGAG-TATTTATCA-GTCAACC-TATCTAAGTCCCAAAAGACT--TG-G-TG-TATCGTGGC--TAGATTTTTAT-CTTTG-GTGAAG-TGAATCT-TATCT-G-AGTCTTTTGAGA-ACTA-AAGTGATAAT--AAA-ACATCT-CA-CACCCC-A--CAATTGGCA-CTA-CCAA--AACCCCG--GCCTCTCCCT-ATAAAA--GC-AATGACCGAG-----TGAATTAATTG-TCCTA--------------ATCAGATGTTCCAAGTT--AAA-AACATCTCCAACCTGACCCTTATCATTT---------CTGCCG-GGGGTACTCACATATTAAAATGAA-GGTGTAAGGTGAGTACACT--GCATGTAGG--GAAAACAtaat
gi|6 : --ATGAG-TATTTATCACGTCAACCCTATC-AAGTCCCAAAAA--C--TG-G-TG-TATCGTGGCCTTAGATTTTTATTCTT-G-GTGAAG-TGAATCT-A--CTAG-TCTTT--TGAGA-ATCA-AAGTGATAACCTAAAACATCTT-CAACACCC-----CAATTGGCAACTTACCAA--AACCCCG--GCCTCTCCCT-ATAAA---GCAATTGACCGAGT----TGAATTAATTGTCCTTA--------------T-CAGGGATT---GTTTCCAAGTTAAA-----AACATCTCCA--ACCGACCCCACATTTTCTGCC-CGGGGTACTCACATATTAAAATGAAGGGTGTAA-AGGAGTACACT-CGCATGTAGG--GAAAAC
gi|7 : T---TG-T--T----TTCT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----CACTGT-TA---T-----T----TTATTC-CATA--A--ACCCTA-TTT--CAA-----T-AGGTAT-A---G--GG
gi|7 : caaccttgtttgattgatatctTTAAA-TTGT--TATT-------A---ACCT---TTG--TAT-T-GA-CCTT--CAT--GAT-ACA-GAAC----T-A---GG--A-A--ATTCC-AGGTGAGTTAAA-TTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaatattaaattgttattaacctttgtattgaccttcatgatacagaactaggaaattccaggtgagttaaattggc
gi|8 : caaccttgtttgattgatatctttgttttcttgccctttatcactgttattttattccataaaccctatttcaataggtatagggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaataA-TTCGT-G-A-CC--TTCAA---GCTAAAG-GTGT---ATT-------G---ACCTC----G--T-TAT-GAACCTT--TAT--T-C-GTGTAAAA----T-C---AA--A-----CTCA--GGTACGCTAAA-TGA----ACTTT---A-GGC-C-T-GT--G--GG--A--------CCC--T-------TT-A-AT-GA--C---A----------TACTG----C----TTTGAC----T--CG---TG-T--G----C-TT--TG-CC--C-----TT-----TATAA---A------TG---TTG---T----TGATTT-CAT------ACCCTA-CCG--T-AC----T-AGTTAT-A---G--GGggc
gi|9 : G-CC-TCGTA---ACTCG-TTTCATGGATTCTTC-----AAGGAGT-A-AG-TTG-TTGTTAAATAATCAATATGACC-TCCAT-TA-TGAT-CCC-ATGAGA--TGTAAAAT-TAGGAA-CTTTCGGGTAAACTTTAAAAT-TGCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttctacttc
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): CAGGTGAGCTTGTCATCAAAAGCCATCATGACTCTTTTTAATATTCCATTCATTTGTATTTATATTGTTATCTATCTCTTGATAACTTTTGTTTCATTCAATGGCCCGTATCCAGTCATTAA
Unaligned ( gi|32 ): ATAGCCCAACTGAGGCGAAATAAATGACATTCTGGGACCATTATCTGCCTGCGATA
Unaligned ( gi|34 ): AACTCGAGGCGGGAAATGATGTCTGGACTTCTATTATTTGACATGCATAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 3333333333333 1 1 1 11 1 1 222 1 1 1 2222222222222222222222222 1 444444 11111111 1 1 3333333 111 1 1 11 111 1 22222 1 22 11 22 1 111 1 222222 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 1 11 11 1 333 1 1 2222 1 1 222 11 1 1 1 1 1 1 1 11111111111 22222222 2222222 22 11 11 1111111 111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 444444444444 1111111111 3333333 22222 111111 111111 11111 111 2222 111111 666666666666666666666666666666 1111 1111 11111 111111 33333333333333333 1 22222222 11111 1111 1111 11 222222 1
lowQualScore : 5 1 0 0 1 0 5555555555555 3 3 3 7 77 1 5 1 1 1 333 1 1 5 1 000 1 5 5 5 1 5555555555555555555555555 7 1 2 44 000000 1 66666666 8 88 6 5 1 8888888 8 8 8 1 111 3 777 3 6 6 3 22 44 1 6 6 7 000 1 8 8 33333 0 33 1 33 0 55 88 0 3 777 9 00 777777 0 3 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 1 0 8 8 8 0 1 55 0 0 55 66 3 333 7 0 0 3 3 3333 1 5 1 1 5 2 000 88 5 5 5 2 1 5 5 0 8 3 6 66 888 1 8 888 55555555555 88888888 3 7 3 3 77 44 1111111 8888 2 5555555 2 11 66 2 6666 0 33 2 11 5 2 666666666 99999999 33 1111111 333 2 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33 2 33 66666 66666 555555555555 333 0000000000 3 2 3333333 33 7777 22222 2 2 444 33 3 3 3 7777 666666 3 3 3 555555 555555 3 666 00000 000 99999 0000 4 000000 5 5 5 1 555555555555555555555555555555 3333 5 9999 4 9999 4 2 00000 888 444444 5 22222222222222222 5 6 5 5 0 22222222 0 5 11111 5 6666 5 11 99 7777 4 00 888888 5
lowQualScore : . . . . . . ............. . . . . .. . . . . . ... . . . . ... . . . . . ......................... . . . .. ...... . ........ . .. . . . ....... . . . . ... . ... . . . . .. .. . . . . ... . . . ..... . .. . .. . .. .. . . ... . .. ...... . . .......................................................................... . . . . . . . . .. . . .. .. . ... . . . . . .... . . . . . . ... .. . . . . . . . . . . . .. ... . . ... ........... ........ . . . . .. .. ....... .... . ....... . .. .. . .... . .. . .. . . ......... ........ .. ....... ... . .............................................................. .. . .. ..... ..... ............ ... .......... . . ....... .. .... ..... . . ... .. . . . .... ...... . . . ...... ...... . ... ..... ... ..... .... . ...... . . . . .............................. .... . .... . .... . . ..... ... ...... . ................. . . . . . ........ . . ..... . .... . .. .. .... . .. ...... .
lowQualScore : 0 0 7 7 0 0 0000000000000 3 3 3 3 55 0 0 0 0 0 000 0 0 5 0 000 0 0 0 5 0 0000000000000000000000000 3 0 0 77 000000 0 66666666 0 88 0 4 0 0000000 0 0 0 4 888 3 555 3 7 7 2 77 55 0 7 7 8 222 7 0 0 44444 0 88 0 88 2 55 00 0 2 000 0 55 888888 0 2 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 0 8 8 6 0 8 0 66 0 6 00 22 3 333 3 7 7 3 3 5555 0 0 0 0 5 5 000 00 0 5 5 5 0 5 0 0 0 3 7 66 888 0 9 111 33333333333 00000000 6 3 6 3 99 66 8888888 9999 9 2222222 9 00 55 7 1111 9 99 9 77 7 7 999999999 77777777 77 6666666 777 7 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44 5 44 22222 22222 111111111111 999 6666666666 3 2 2222222 11 4444 44444 5 5 777 77 8 3 1 1111 222222 3 3 3 222222 555555 6 444 99999 000 22222 5555 4 333333 0 0 0 0 777777777777777777777777777777 4444 9 9999 4 7777 0 2 00000 111 111111 0 88888888888888888 0 7 7 0 0 66666666 1 7 11111 7 6666 7 33 22 7777 2 33 555555 5
consensus : AACGAACCACCTGGGTGCTACCCCCTGGCCTNGGGTCATGGAAATGGGGTGCGTAGGATTGCGAAGCTGCNCTAC-AAGGTACGG-NT-CA---G-G-GACC-TGCGAGAAGAA-CGGG-CAAGGGGGGGACTGCTGGAACTATTGAATGCCANGGGCGAAANCCCATCTCCAGCAGTANGGTAAGNAGGGGATGTGATTCAGAATNNNGATGCGCAGTGAGGATGTTTGATANTNTGGAGGANTCCCATGGCANCCAATCGACGTGAGCATACNTCTGACATGAGCAGGTCTCGATGTCTGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTCGTGCTGAACAACATACNTACGTACGNCATAC-----ATCNACGGGGG--ATGAG-TATTCATCA-GCCAACC-TATCTAAGTCCCAAAA---C--TG-G-TG-TATCGTGGC--TAGATTTTTAT-CTT-G-GTGAAG-CGAAGCT-AATCNAG-CGTTTCCTGAGA-ACTA-AAGTGGTAAC--AAATAAACCT-CA-CACCCT-A--CAATTGGCA-CT--CCNA--AACCCCG-AGCNTCTCCCT-ATAAAA--GCGAATGACCGAGT----TGAATTAATTG-CCCTA--------------G-CAGATATT---ATTT--AAG-TACA-----AGCTTCATCATTACCA------------CTGCCGTGGGNCACTCACANATTAAAATGAA-GGTGTAAGACGAGTACACTCCGGAGGTAAGCCGAAAACAAATCA-ACAAA-C-AATAAGTCGTTTTCGTCGTGTTGAGCG-CCA-AAAGCATCACACCNTTCATTCAGAATANCACANATGTCACGAAGTCGCCAAAACCTTCAGAGAGGCCAGTATAGATGACCACAGCCCAAAACTGAGAGCACAGAAATGAGAAGTCCTCCGAGGCCCATATCTATCTAGTCCGCNATACGTCA-TTCGT-G-A-CTCTTTCAA---GGTNAAG-TTGT--TATT-------A---ACCTT-CTTG--T-T-T-GA-CCTT--CAT--G-C-GCG-GAAA----T-T---AG--A-A--TTTCA-AGGTGAGCTAAA-TTA----CCTTTA--A-GGG-C-T-AT--G--CG--A--------CCC--C-----A-TT-A-AT-GA--CTCTA----------T-CCG----C----TT--AG----T--GT---TG-T--T----T-CT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----C------TG---T-----T----TCATTC-CATC--ACCACCCTA-CTT--C-A-----T-AGTTAT-A---G--GGGT-C-T----GAAATG------T-GGC-C-CCACCC-T-C-TTGG------G-GC---CCCC--G-GTGGTA---CC--C--TA----A-GCCCC----A-AACT-GAGG-GC-GGAAANTGATAG----TC----G--TTNT--GAGCAA---GCCT--C-TCGTG-CC-TC-TAT--ACTCC-TTTCGTTGACTCTTC-----AAGG-NT-A-AG-TTG-TT-TTA-------------ACC-TTCGT-TA-TGAC-CTT-AT--GT--TGTAGAG-T-T-ANAAA-CTTTCAGGTGAGCT---NAAT-TGCCTTTAANGGCCTATG--CAACCC--TTTTAACGACTCTTTAGGACTCGTCTGATCGTGACCT
Reference ( family-2198 ) : AACGAACCACCTGGGTGCTACCCCCTGGCCTNGGGTCATGGAAATGGGGTGCGTAGGATTGCGAAGCTGCNCTAC-AAGGTACGG-NT-CA---G-G-GACC-TGCGAGAAGAA-CGGG-CAAGGGGGGGACTGCTGGAACTATTGAATGCCANGGGCGAAANCCCATCTCCAGCAGTANGGTAAGNAGGGGATGTGATTCAGAATNNNGATGCGCAGTGAGGATGTTTGATANTNTGGAGGANTCCCATGGCANCCAATCGACGTGAGCATACNTCTGACATGAGCAGGTCTCGATGTCTGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTCGTGCTGAACAACATACNTACGTACGNCATAC-----ATCNACGGGGG--ATGAG-TATTCATCA-GCCAACC-TATCTAAGTCCCAAAA---C--TG-G-TG-TATCGTGGC--TAGATTTTTAT-CTT-G-GTGAAG-CGAAGCT-AATCNAG-CGTTTCCTGAGA-ACTA-AAGTGGTAAC--AAATAAACCT-CA-CACCCT-A--CAATTGGCA-CT--CCNA--AACCCCG-AGCNTCTCCCT-ATAAAA--GCGAATGACCGAGT----TGAATTAATTG-CCCTA--------------G-CAGATATT---ATTT--AAG-TACA-----AGCTTCATCATTACCA------------CTGCCGTGGGNCACTCACANATTAAAATGAA-GGTGTAAGACGAGTACACTCCGGAGGTAAGCCGAAAACAAATCA-ACAAA-C-AATAAGTCGTTTTCGTCGTGTTGAGCG-CCA-AAAGCATCACACCNTTCATTCAGAATANCACANATGTCACGAAGTCGCCAAAACCTTCAGAGAGGCCAGTATAGATGACCACAGCCCAAAACTGAGAGCACAGAAATGAGAAGTCCTCCGAGGCCCATATCTATCTAGTCCGCNATACGTCA-TTCGT-G-A-CTCTTTCAA---GGTNAAG-TTGT--TATT-------A---ACCTT-CTTG--T-T-T-GA-CCTT--CAT--G-C-GCG-GAAA----T-T---AG--A-A--TTTCA-AGGTGAGCTAAA-TTA----CCTTTA--A-GGG-C-T-AT--G--CG--A--------CCC--C-----A-TT-A-AT-GA--CTCTA----------T-CCG----C----TT--AG----T--GT---TG-T--T----T-CT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----C------TG---T-----T----TCATTC-CATC--ACCACCCTA-CTT--C-A-----T-AGTTAT-A---G--GGGT-C-T----GAAATG------T-GGC-C-CCACCC-T-C-TTGG------G-GC---CCCC--G-GTGGTA---CC--C--TA----A-GCCCC----A-AACT-GAGG-GC-GGAAANTGATAG----TC----G--TTNT--GAGCAA---GCCT--C-TCGTG-CC-TC-TAT--ACTCC-TTTCGTTGACTCTTC-----AAGG-NT-A-AG-TTG-TT-TTA-------------ACC-TTCGT-TA-TGAC-CTT-AT--GT--TGTAGAG-T-T-ANAAA-CTTTCAGGTGAGCT---NAAT-TGCCTTTAANGGCCTATG--CAACCC--TTTTAACGACTCTTTAGGACTCGTCTGATCGTGACCT
gi|1 : AACGAACCACCTGGGTGCTACCCCCTGGCCTAGGGTCATGGAAATGGGGTGCATAGGATTGCAAAGCTGCTCTAC-AAGGTACAG-GTACA---GAG-GACCCTGCGAGAAGAA-CGGGGCAAGGGGGAGACTGCTGGATCGATTGAAT--TATGGGCGAAATCCTATCTTCAACAATAGGGTAAGAAGGGGATATGATTCAGAATAGTGATGTGCAATGAGGATGTTTGATATTGTGGAGGATTCCCAT---AACTAATT-ATGTGA-CATACCTCTGACATGAGCAGGTCTCGATGTCTGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTCGTGCTGAACATCATACATTC-TACCCCATAC-----ATCGACGGAGAGCATGAGCTATTCATC--GCAAACCATATC-GAGTCCCAAG----C--TGTG-TGATATCATGTC---AGATTTTTAT-CTT-G-GTAAAGACTAA-CT-AATCAAG-CGTTTCCTGAGAGACTA-AAGTA-TAAC--AAATAAACCTGCA-CACCCTTAGCCACTTGGCA-CT--CCCA--AATCTCGCAACACCTCCTTTATAAAAAAGCGAATGCAAGAGTGTGGTGATTTAATTG-CCC-A--------------G-C------------------------------GCT--ATCATTAC-A------------CTAC-GTGAGTCACTCACAAATTGAAATGAA-CG------ACCAGTACACTCCAGAGA-AAGCCAAAAA--AATCACACAAA---ATTAAG-CATTTTCGTTGTGTTGAGCGGCCA-AAAGCA----ACCCTTCATTCAGAATATCACAGA-GTCACAAAGTCGCCAAAAC--TCAGAGAGGCCAGTATAGATGACCACAGCCCAAAACTGAGAGCACAGAAATGAGAAGTCCTCCGAGGCCCATATCT-TC-AGTCTTCCATACGTCA-TTCTT-G-ATCTCCTTCAA---GGTTAAGATTGT--TGTTGAAGCTAA---ACTGC-CTGG--T-T-T-GA-CCGT--CAT--AAT-GTA-GGGA----T-T---AG--A-A--TATCA-AGGTGAGCTAAA-TTT----GCTTTA--A-GG--C-T-A---G--CG--A--------CCC--C-----A-TT-A-AC-AA--CTCCA----------T-CTG----T----AT--AG----T--GT---TG-T--T----T-CT--TG-CC--C-----AT-----TAT-----C------CG---T-----T----TCATTC-CATC--ACCACCTTA-ATT--C-A-----T-AGTTAT-A---G--GGGT-C-T----GAAATA------TAGGC-C-CCATCC-T-C-TTGG------G-G----CTAT--G-GTATTA---CC--C--TA----A-GCGTC----GCAACTGGAGGAGC-GGGAATTGATAG----TC----A--TTGT--GAGCAA----CCTA-T-TCATGACC-TT-TATAAACTTCATTTCGTTGACTCTTC-----AAGG-AT-A-A---TG-TC-TTA-------------ACC-TTCAT-T--TGAC-ATT-AT--GT--TGTAGAG-TAT-GAAAA-CTTTCAGGTGAGCT---AAAT-TGCCTTTTATGGTCTATG--CAACCC--ATTTAACGATTCTTTAGGACTCATTTGATCGTGACCT
gi|10 : ------TG---T-----T----TCATTC-TGT---AGCACCGAA-TTC--A-A-----T-CATTAT-T---G--GAAT-C-T----GATATG------T-GAA-C-CCACCCAT-A-TTTA------G-GT---CCCA--C-GTGGTA---CC--T--TA----C-GGNNN----N-NNNN-NNNN-NN-NNNNNNNNNNNN----NN----N--NNNN--NNNNNN---NNNN--N-NNNNN-NN-NN-NNN--NNNNN-T--CGTGGACTCTTC-----AAAT-AT-T--G-TTG-TTATTA-------------ACC-ATCGT-TA-TGAT-CTTTAT--GT--T-TAGAAAT-T-AAAAA-CTTTCAGGTGAGCT---TCAT-TGCTTTTATAGTTCTATG--CAACCC--gtcaatggtagttg
gi|11 : atAA---GGTTTAC-TTGTGTCATC-------A---ACCTT-CCT---T-T-T-GA-TCTG--CAT--G-T--TG-GAAAAAAAT-T---AG--A-AAACTTCA--GATGAGCTAAA-TTAATTACCGT-A--A-GGGTC-T-ATT-G--CA--C--------CCC--C-----A-TTTA-AT-GA--CT--A----------T-CCG----C----TT--GACTTTT--GC---TGAT--C----T-TT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----CCACTGTTG---T-----T----TCATTT-CATT----CACCCTA-TTT--T-AA----T-AGTATT-A---G--AGTT-C-C----GAAATGC-----T-GGC-C-CCACCC-T-C-TTGA------A-GC---
gi|12 : cgtcaG-C-T-TT--A--TG--A--------CCC--CCTTTTA-TT----T-GG--TTCTA----------T-CCG---------TT--AGAGTAC--GT---CG-T--TC---T-CT--AT-CC--C-----TT-----TAT-----CAGTTT-TG---T-----T----TCATTC-GATC--ACC-CCAT--CTC--C-AATCATT-AGATAT-A---G--G--T-C-TTCGGGAAA-----------------CACCA-------GG------T-GCTATCCCC--G-GTGCTA---TCATC--TAT---A-GTCCC----A-AACT-AAGT-GC-GGAAAATGAAAG----TCTCAAGATTTCT--TATCAACGTGCCT--A-TCTTG-CC-TG-CAT---TTCC-TTTCGCAGACTCTTactattgatcggtcacccccta
gi|13 : aaaagctaTGC--TATT-------A---ACCTT-CTT---T-T-T-GA-CCTT--TAT--G-C-A----AAA----T-T---GG--A-AACTTTCA--GGTGAGCTAAA-GTA----CCTTAA--A-GGACC-T-AT--G--CA--A--------TCC--C-----ATTT-A-AT-TA--CTACA----------C-CCG----C----TTG-AT----T--TT---TG-TGAT----A-TT--TG-CA--C-----TG-----TAT-----CACTGT-TG---T-----T----TCATTT-CATT--AT--CCTTG-TTT--CAA-----T-GGTTAT-
gi|14 : aTT-------A---ACCTT---TG--T-T-TTGA-CCTT--CTT--G-T-G---GAAA----TAT---AA--A-A--TTTCA--GGTAAGCTAAA-TTA----CCTTTG--A-GGGAC-T-AC--A--GA--A--------CCC--C-----A-TTCA-AT-GA----GTA----------T-CTG----C----TT--GA----T--TT---CG-T--TG---T-GT--TG-AC--A-----TT-----TATCA---C------TG---T------------------------------TG-CTT--C-A-----T------------------T-C-T----AAAATA------T-GGC-C-CCACCC-T-C-TTG
gi|15 : G----T--AT---TG-T--TC---T-CT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----C-------G---T-----T----T--TTCTCATTTGATCACCCCA-AAT--C-A-------AATTATTA---ATTAGGT-C-T----GAAATGCCAATGT-GGC-T-CCACCC-T-C---GGAA----G-GC---CCTA--G-GTGTTA---CC--CCTTC----A-ACCCT----A-AACT-GAGA-CC-AGAAAATAAcgtttgtatt
gi|16 : ttgaagactaatgcatggttct-T----GAAATG------T-GGT-T-CTACAC-T-C---GGTAAGCCG-GG---CCCC--GTGTGGTA---CC--C--TA----AAGCCCC----A-AACT-GAGG-GC-AGAAAGTGATA--------------------GAACAAG--GCAC--C-TTGTG----TC-TAT--GCTCC-TTTCGTTGACTCTTC-----AA
gi|17 : ttgattgcttttctttcattttataaccctatgctcagA-TGTC-CCT-GT--GTGATCTAAAA-T-T-AGGAA-CTTTCAGGTGAGCT---CAAT-TTCCCTTTGAGGCCTATGATCTACC-----TTAAGGGTTCTa
gi|17 : AAA----T-T---AG--G-AACTTTCA--GGTGAGCTCAATTTC----CCTTTG--A-GGC-C-T-AT--GATCT--A--------CC-----------TT-A-AG-GG--TTCTACATGTATATGC-CCGA---CTCTATT--GG----T--GTC--TA-T--C----T-CT--TGATC--C-----TT-------T-----T------TG---T-----T----TTGCTC-GATC--ACC-CCATA--TT--C-A-----acatgtatatgcccgactctattggtgtctatctcttgatcctttttgttttgctcgatcaccccatattcaat
gi|18 : atgtccctgtgtgatcta-TTCGT-GGA-CTCTT-CAATACGGTAAAG-TGAT--AATT-------AGATACCTTTCGTGGAT-A-T-GA-CCTTT-CAT--G-T-GTG-AAAA----T-TTCGAA--A-C--TTTCATAGGTGAGC-AAA-TTA----CATTTATTA-GGG-CAC-CT--G--CGGAA--------CCC--C-----A-T--G-GT-TA--CTCTA----------T-CTG----T----TT--AG----TA-GT---Tat
gi|19 : -GAAA----T-T---GA--A-AC-TTTCA-AG-TGAGCTAAA-TTA----TCTTTA--A-AGG-CTT-AC--A--CA--A--------CCC--C-----A-TTCC-AC-TA--CTATA----------T-GTG----C----TT--GA----C--GTTTATG-T--T----GACT--TG-CC--C-----TT-----TTTCAAGGC------TG---T-----G----CCATTG-CGTT--TC--CCCTA-CTT--CAA-----T-AGTTGT-A---G--Gc
gi|2 : ttgttAAC-AACCACCTGGATACTACCCTCTGGCCTTGGATCATAGCAATGGGGTGCATAGGAATGCAAAGCTACACTAC-AAGGTATGGTTT-CAATGG-G-AACC-TCCGATAAGAATTGAG-CAAGGGAGGGGGTGCTGGAACTATTAAATGCCAGAGG-GAAAACCCATTTCCAGCAGTATGATAAGTAAGGGATGTGATTCAGAATTCAGATACGCAGTGAAGATATTTGATAATTTGG-GAAATCCTATGGCATCCAATCGACATGAGCA-ACATCTGACAat
gi|2 : TGAGCAACAT-CTGACAAACGAAATACCTTCAATCCACGGGGG--ATGAG-TATTCATCA-ACCAACC-TAA--AAGTCCATAAA---CA-TA-GATA-TGTCTTGGC--TAGATTTTTAGATTT-G-GTGAAG-TGAAGCT-ACTCTGG--GTGTCCTGAGA-TATA-AAATGTTGA---AAA-AAACAT-CA--------A--TAATTCTCA-CT--CCTAGAAATCAAA-AACA---CCCT-A-AAAA--GC-AAGGATTGAGT-----GAATTGATTG-CCCTAATTAGATATTCCCAG-TAAATATT---ATTT--A---TACA-----AGCTTCATCATTAC---------------TGCCGTGG-ACATTCACA-----AAGTGAT-GGTGTAAGACGATTGCACT--GGAGGTAAGCAGAAAATAAAGCA-ACAGA-CGAACAAATAGTTTCCGTCGTGCTGTGTG-CCA-AAAACATCACACCATTTATT-AAAATAATACACATATCAGGAAGT---CAAAACCTTCAGA-AGGCCaacgaaataccttcaatccacgggggatgagtattcatcaaccaacctaaaagtccataaacatagatatgtcttggctagatttttagatttggtgaagtgaagctactctgggtgtcctgagatataaaatgttgaaaaaaacatcaataattctcactcctagaaatcaaaaacaccctaaaaagcaaggattgagtgaattgattgccctaattagatattcccagtaaatattatttatacaagcttcatcattactgccgtggacattcacaaagtgatggtgtaagacgattgcactggaggtaagcagaaaataaagcaacagacgaacaaatagtttccgtcgtgctgtgtgccaaaaacatcacaccatttattaaaataatacacatatcaggaagtcaaaaccttcagaaggccctaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgttgactttttaatgttaagctgttattaaccctaattttcaccttcatacgtgaaaatgagaaaatttcaggtgatcttaattccgtttaagtgtataagcaaacccatttaattaatctttaagcttaattttgttgtagccttgcccttcattactgttgtttcattacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttatagagtttgaattccgctatctagtccgcaaactcatttcgagaactcttcaaaggtgaagtttttattaacctactttttgactttcatgcgtgaaaattataaactttcaagtaagcaaaattactttcaagag
gi|2 : aacaaccacctggatactaccctctggccttggatcatagcaatggggtgcataggaatgcaaagctacactacaaggtatggtttcaatgggaacctccgataagaattgagcaagggagggggtgctggaactattaaatgccagagggaaaacccatttccagcagtatgataagtaagggatgtgattcagaattcagatacgcagtgaagatatttgataatttgggaaatcctatggcatccaatcgacaTCGTTG-A-CTTTTT-AA---TGTTAAG-CTGT--TATT-------A---ACCCT-AAT---T-T-T-CA-CCTT--CAT--A-C-GTG-AAAA----T-G---AGAAA-A--TTTC--AGGTGATCTTAA-TTC----CGTTTA--A-GTG---T-ATAAG--CA--A--------ACC--C-----ATTT-A-AT-TA--ATCTT----------T-AAG----C----TT--AA----T--TT---TG-T--TGTAGC-CT--TG-CC--C-----TT-----CATTACTGT------TG---T-----T----TCATTA-CATctaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgttgactttttaatgttaagctgttattaaccctaattttcaccttcatacgtgaaaatgagaaaatttcaggtgatcttaattccgtttaagtgtataagcaaacccatttaattaatctttaagcttaattttgttgtagccttgcccttcattactgttgtttcattacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttatagagtttgaattccgctatctagtccgcaaactcatttcgagaactcttcaaaggtgaagtttttattaacctactttttgactttcatgcgtgaaaattataaactttcaagtaagcaaaattactttcaagag
gi|2 : aacaaccacctggatactaccctctggccttggatcatagcaatggggtgcataggaatgcaaagctacactacaaggtatggtttcaatgggaacctccgataagaattgagcaagggagggggtgctggaactattaaatgccagagggaaaacccatttccagcagtatgataagtaagggatgtgattcagaattcagatacgcagtgaagatatttgataatttgggaaatcctatggcatccaatcgacatgagcaacatctgacaaacgaaataccttcaatccacgggggatgagtattcatcaaccaacctaaaagtccataaacatagatatgtcttggctagatttttagatttggtgaagtgaagctactctgggtgtcctgagatataaaatgttgaaaaaaacatcaataattctcactcctagaaatcaaaaacaccctaaaaagcaaggattgagtgaattgattgccctaattagatattcccagtaaatattatttatacaagcttcatcattactgccgtggacattcacaaagtgatggtgtaagacgattgcactggaggtaagcagaaaataaagcaacagacgaacaaatagtttccgtcgtgctgtgtgccaaaaacatcacaccatttattaaaataatacacatatcaggaagtcaaaaccttcagaaggccctaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTATCTAGTCCGCAA-AC-TCATTTCGA-GAA-CTCTTCAAA---GGTGAAG-TTTT--TATT-------A---ACCTA-CTT---T-T-T-GA-CTTT--CAT--G-C-GTG-AAAA----T-T---AT--A-AACTTTCA-A-GTAAGCAAAA-TTA----CTTTCA--A-GAG-tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttatagagtttgaattccgctatctagtccgcaaactcatttcgagaactcttcaaaggtgaagtttttattaacctactttttgactttcatgcgtgaaaattataaactttcaagtaagcaaaattactttcaagag
gi|20 : aacaaccacctggatactaccctctggccttggatcatagcaatggggtgcataggaatgcaaagctacactacaaggtatggtttcaatgggaacctccgataagaattgagcaagggagggggtgctggaactattaaatgccagagggaaaacccatttccagcagtatgataagtaagggatgtgattcagaattcagatacgcagtgaagatatttgataatttgggaaatcctatggcatccaatcgacatgagcaacatctgacaaacgaaataccttcaatccacgggggatgagtattcatcaaccaacctaaaagtccataaacatagatatgtcttggctagatttttagatttggtgaagtgaagctactctgggtgtcctgagatataaaatgttgaaaaaaacatcaataattctcactcctagaaatcaaaaacaccctaaaaagcaaggattgagtgaattgattgccctaattagatattcccagtaaatattatttatacaagcttcatcattactgccgtggacattcacaaagtgatggtgtaagacgattgcactggaggtaagcagaaaataaagcaacagacgaacaaatagtttccgtcgtgctgtgtgccaaaaacatcacaccatttattaaaataatacacatatcaggaagtcaaaaccttcagaaggccctaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgttgactttttaatgttaagctgttattaaccctaattttcaccttcatacgtgaaaatgagaaaatttcaggtgatcttaattccgtttaagtgtataagcaaacccatttaattaatctttaagcttaattttgttgtagccttgcccttcattactgttgtttcattacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttatagagtttgaattccgTTCGT-GACTCATC-----AAAG-TT-AGAG-TTG-TA-TTT-------------ACC-TTCGTCTA-ATAC-CTT-TT--CC--T-TGAAG-T-TCGCAAATCTTTCAGGTGAGCT----AATATAACTTTAGGGGCC-ATG--GACACT--TTTTAATAACTC--TA------GTCTGA-CGTGACCT
gi|21 : aG--ATGAG-TATTCATCA-GCCAACC-TATCTAAGTCCCCAAG---CCTTG-G-TG-TATCATGTC--TAGATTTTTAT-CTT-GCGTAAAG-CTAAGCT-AATCAAGACGTTTCCTGAGA-GCTA-AAGTGGTAAC--AAATAAACCT-CA-CACCCT-A--CCATTGGtcgttgttgtt
gi|23 : TCATCTTT----------------CTACCGTGAGTC-CTCACAAATT-----GAA-GATGAACGACCAGTACACTCCAGAGA-AAGCCAAAAA--AATCA-ACAAATC-AATAAGTCATTTTCGTTGTGTTGAGCG-CCATAAAGC
gi|24 : --TTTCA-AG-TAAGATGAA-TTG----CCTTTA--A-GGGTC-T-AT--G--CA--A--------CCC--C-----G-TTTA-AT-GA--CT-------------T-GC-----C----TT--------T--GT---TGGT--C----T-CT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----C------AA---TTTGGAT----TCATTC-AATC--A-CA-CCTA-C
gi|25 : ac--ACTCA-TTTCGTTGACTCTTC-----AAAT-TTTA-AG-TTG-TTATCA-------------ATTATTCGT-TA-TGAC-ATT-AT--------T-GAG-T-------A--TTTCAGGTGAGCT---TAAC-TGCATTTAATGGTCTTTG--CAACCa
gi|26 : -AT--A--CA--A--------CCC--C-----A-TT-T-ATTAA--TTCTA----------A-CAG----C----TT--GGCTT-T--GT---TG-T--T----GACT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----TAA----TGATTT-----T----TTATTC-CATT--ACC--CCTA-TTT--C-AC----T-AGTTAT-A---G--GGGT-C-
gi|27 : ------TG---T-----T----TGAT-C-CATG--ACC-CCATAACTT--T-A-----CGAGTTTT-A---G--GG-T-C------GAAATGC-----T-GGC-C-CCACCC-TAT-TTGG------G-GC---CTCCAGA-GTGGTACTTCC--C--TA----
gi|28 : ---CC--C--CA----A-ATTCC----A-AACT-TGGG-ACAGGAAAATAAT---------------TCAA--GAGGTA---TCCTACC-TTGTG----TC-TAT--GCTTC-TTTCGTTGACCCTTC-----AAAG-AT-c
gi|29 : --ACC-CCCTA-CTT--T-AC----T-AGT-AT-A---G--AGTTAC-T----GAAATG------T-GAC-C-CGACCC-T-CGTT--------G-GT---CCCC--A-GAGGTA---ttga
gi|3 : tgattactattgaAC-CTTCAT--GT--TGCAGAA-T-T-ATAAA-CTTTCAGGTGAGCT---AAAT-TACGTTTAATTGCCTATG--CAACCCTTTTTTAATGACT
gi|3 : A-CCTT--CAT--G-TTGCA-GAA-----T-T---AT--A-AACTTTCA--GGTGAGCTAAA-TTA----CGTTTA--ATTGC-C-T-AT--G--CA--A--------CCCTTT-----T-TT-A-AT-GA----CTA----------T-CCG----C----TTG-AC----TTCGT---TG-T--TG---C-CT--TG-CC--TTAACGTT-----TAT-----C------atccgcttgacttcgttgttgccttgccttaacgtttatcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtttactcttcaaaggttaagttgttatataccttctttttgaccttcatgttgcagaattggacactttcagttgagctgaatcacatttaagggcttatgcaaatggcaagccgcgataatgaaacctattcgttgactttgttgttgttattgctctttattattattaggtttattgtttcccctatttgtcaatattattagggtcgtgaattgtggcgcccacgcatttgaggcaacaggtggtgcctacagcccgcaactgagggcgcaaattggtagtctgggagcctctctgtcggctggcattcttttgttgatactcaaggttaattgttaccttatcaggtgctaaaatatgattgcatagcattttaagtaatttaatatggaaaaactagatttatt
gi|3 : -A-CTCTTCAAA---GGTTAAG-TTGT--TATA-------T---ACCTT-CTT---T-T-T-GA-CCTT--CAT--G-TTGCA-GAA-----T-T---GG--ACA--CTTTC-AGTTGAGCTGAA-TCA----CATTTA--A-GGG-C-TTAT--G--CA--AATGGCAAGCCG--C-----G-AT-A-AT-GAAAC-CTA----------T-TCGTTGAC----TT--------T--GT---TG-T--TGT--T-AT--TG-CT--C-----TT-----TAT-----TAT----TA---T-----TAGGTTTATTG-TTTC------CCCTA-TTTGTC-AA----T-A-TTAT-T---A--GGGT-CGT----GAATTG------T-GGCGC-CCACGC-A-T-TTGA------G-GC---AACA--G-GTGGTG---CC-----TAC---A-GCCCG----C-AACT-GAGG-GC-GCAAATTGGTAG----TC----------T--GGG--A---GCCT--C-TC-TG-TCGGC-TGG--CATTC-TTTTGTTGA-TACTC-----AAGG-TT-A-A--TTG-TT-----------------ACC-TTacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtttactcttcaaaggttaagttgttatataccttctttttgaccttcatgttgcagaattggacactttcagttgagctgaatcacatttaagggcttatgcaaatggcaagccgcgataatgaaacctattcgttgactttgttgttgttattgctctttattattattaggtttattgtttcccctatttgtcaatattattagggtcgtgaattgtggcgcccacgcatttgaggcaacaggtggtgcctacagcccgcaactgagggcgcaaattggtagtctgggagcctctctgtcggctggcattcttttgttgatactcaaggttaattgttaccttatcaggtgctaaaatatgattgcatagcattttaagtaatttaatatggaaaaactagatttatt
gi|30 : accttcatgttgcagaattataaactttcaggtgagctaaattacgtttaattgcctatgcaacccttttttaatgactatccgcttgacttcgttgttgccttgccttaacgtttatcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtttAGCTGCCCTACCAAAGTACGG-AA-CA---G-GCGACC-TGTGAGAAGAA-CGGG-C-AGGGGAGGACTGCTGGAACTATTGatcaggtgctaaaatatgattgcatagcattttaagtaatttaatatggaaaaactagatttatt
gi|31 : AGATTCTTAC-CCT-T-GTAAAGACGAAGCTAAACCAAA-TGTCTCC-GAGA-ACTACAAGTGGTGAC----ATAAAC
gi|33 : GGTCATGGAAAAGGTGTGTGTAGGATTGCGAAACTGCACTGC-ATAGTACAG-
gi|35 : aa--C-TTGTG----TC-TAC--ACTCC-TTTTGTTGACTCTTC-----AAG---T-A-GA-TTG-TA-TTA-------------ACC-
gi|4 : c---T-----T----TGATTC-CATG--ACT--CCTA-CTT--T-AC----T-AGTTAT-A---G--GGGT-C-T----GAACTG------T-GGC-C-CCACCC-T-C-TTGG------G-AC---CCCA--A-ATGGTAC--CC--C--TAC---A-TCCCC----A-AA
gi|4 : CTTTCAA---AGTACAGCTTGT--AATT-------T---ACTTT-CC-G--T-TAT-GA-CTTTGTTATTAG-C-TTG-TAAAG---T-T---CA--A-A--CTTCA--GGTCAGCTAAA-TTA----TCTT----A-GGC-C-T-A---G---G--A--------ACC--C-----A-TT-TTAT-GG--ATCTA----------T-GC-----C----TG--AG----TC-GTC--TG-T--T----T-GTGTTG-TCGGC-----TTATTAATAT-----T------TG---T-----TC---TGATTC-CATG--ACC--CTTA-CCT--T-AC----T-AATTAT-ATTGG--GAGT-C-T----TAACTG------T-GTC-CTCCACCC-T-C-TTAG------GTGC---CCCA--G-TTGGTA---CC--T--TACTACA-GGCCCGCAAA-AACT-GAGG-GC-GGAAATTGGGAGATTTCC----G--TTTTCGGAGC-----GCCT--CGTCTTA-TC-CT-GAT--ACTCA-TTTCGTTGACTCTCTTTTAAAAGG-TT-G-AGTTTGTTT-TTA-------------ACC-TTCGT-TATTGACGCTT-gcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagcgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttgttactttcaaagtacagcttgtaatttactttccgttatgactttgttattagcttgtaaagttcaaacttcaggtcagctaaattatcttaggcctaggaacccattttatggatctatgcctgagtcgtctgtttgtgttgtcggcttattaatatttgttctgattccatgacccttaccttactaattatattgggagtcttaactgtgtcctccaccctcttaggtgccccagttggtaccttactacaggcccgcaaaaactgagggcggaaattgggagatttccgttttcggagcgcctcgtcttatcctgatactcatttcgttgactctcttttaaaaggttgagtttgtttttaaccttcgttattgacgctttaat
gi|5 : tttgattccatgactcctactttactagttataggggtctgaactgtggccccaccctcttgggaccccaaatggtacccctacatccccaaagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagcgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttgttaAACAATATACCTATGTACATCATA-------TCTA--------ATGAG-TATTTATCA-GTCAACC-TATCTAAGTCCCAAAAGACT--TG-G-TG-TATCGTGGC--TAGATTTTTAT-CTTTG-GTGAAG-TGAATCT-TATCT-G-AGTCTTTTGAGA-ACTA-AAGTGATAAT--AAA-ACATCT-CA-CACCCC-A--CAATTGGCA-CTA-CCAA--AACCCCG--GCCTCTCCCT-ATAAAA--GC-AATGACCGAG-----TGAATTAATTG-TCCTA--------------ATCAGATGTTCCAAGTT--AAA-AACATCTCCAACCTGACCCTTATCATTT---------CTGCCG-GGGGTACTCACATATTAAAATGAA-GGTGTAAGGTGAGTACACT--GCATGTAGG--GAAAACAtaat
gi|6 : --ATGAG-TATTTATCACGTCAACCCTATC-AAGTCCCAAAAA--C--TG-G-TG-TATCGTGGCCTTAGATTTTTATTCTT-G-GTGAAG-TGAATCT-A--CTAG-TCTTT--TGAGA-ATCA-AAGTGATAACCTAAAACATCTT-CAACACCC-----CAATTGGCAACTTACCAA--AACCCCG--GCCTCTCCCT-ATAAA---GCAATTGACCGAGT----TGAATTAATTGTCCTTA--------------T-CAGGGATT---GTTTCCAAGTTAAA-----AACATCTCCA--ACCGACCCCACATTTTCTGCC-CGGGGTACTCACATATTAAAATGAAGGGTGTAA-AGGAGTACACT-CGCATGTAGG--GAAAAC
gi|7 : T---TG-T--T----TTCT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----CACTGT-TA---T-----T----TTATTC-CATA--A--ACCCTA-TTT--CAA-----T-AGGTAT-A---G--GG
gi|7 : caaccttgtttgattgatatctTTAAA-TTGT--TATT-------A---ACCT---TTG--TAT-T-GA-CCTT--CAT--GAT-ACA-GAAC----T-A---GG--A-A--ATTCC-AGGTGAGTTAAA-TTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaatattaaattgttattaacctttgtattgaccttcatgatacagaactaggaaattccaggtgagttaaattggc
gi|8 : caaccttgtttgattgatatctttgttttcttgccctttatcactgttattttattccataaaccctatttcaataggtatagggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaataA-TTCGT-G-A-CC--TTCAA---GCTAAAG-GTGT---ATT-------G---ACCTC----G--T-TAT-GAACCTT--TAT--T-C-GTGTAAAA----T-C---AA--A-----CTCA--GGTACGCTAAA-TGA----ACTTT---A-GGC-C-T-GT--G--GG--A--------CCC--T-------TT-A-AT-GA--C---A----------TACTG----C----TTTGAC----T--CG---TG-T--G----C-TT--TG-CC--C-----TT-----TATAA---A------TG---TTG---T----TGATTT-CAT------ACCCTA-CCG--T-AC----T-AGTTAT-A---G--GGggc
gi|9 : G-CC-TCGTA---ACTCG-TTTCATGGATTCTTC-----AAGGAGT-A-AG-TTG-TTGTTAAATAATCAATATGACC-TCCAT-TA-TGAT-CCC-ATGAGA--TGTAAAA-T-T-AGGAA-CTTTCGGGTAAACTTTAAAAT-TGCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttctacttc
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): CAGGTGAGCTTGTCATCAAAAGCCATCATGACTCTTTTTAATATTCCATTCATTTGTATTTATATTGTTATCTATCTCTTGATAACTTTTGTTTCATTCAATGGCCCGTATCCAGTCATTAA
Unaligned ( gi|32 ): ATAGCCCAACTGAGGCGAAATAAATGACATTCTGGGACCATTATCTGCCTGCGATA
Unaligned ( gi|34 ): AACTCGAGGCGGGAAATGATGTCTGGACTTCTATTATTTGACATGCATAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 3333333333333 1 1 1 11 1 1 222 1 1 1 2222222222222222222222222 1 444444 11111111 1 1 3333333 111 1 1 11 111 1 22222 1 22 11 22 1 111 1 222222 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 1 11 11 1 333 1 1 2222 1 1 222 11 1 1 1 1 1 1 1 11111111111 22222222 2222222 22 11 11 1111111 111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 444444444444 1111111111 3333333 22222 111111 111111 11111 111 2222 111111 666666666666666666666666666666 1111 1111 11111 111111 33333333333333333 1 22222222 11111 1111 1111 11 222222 1
lowQualScore : 5 1 0 0 1 0 5555555555555 3 3 3 7 77 1 5 1 1 1 333 1 1 5 1 000 1 5 5 5 1 5555555555555555555555555 7 1 2 44 000000 1 66666666 8 88 6 5 1 8888888 8 8 8 1 111 3 777 3 6 6 3 22 44 1 6 6 7 000 1 8 8 33333 0 33 1 33 0 55 88 0 3 777 9 00 777777 0 3 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 1 0 8 8 8 0 1 55 0 0 55 66 3 333 7 0 0 3 3 3333 1 5 1 1 5 2 000 88 5 5 5 2 1 5 5 0 8 3 6 66 888 1 8 888 55555555555 88888888 3 7 3 3 77 44 1111111 8888 2 5555555 2 11 66 2 6666 0 33 2 11 5 2 666666666 99999999 33 1111111 333 2 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33 2 33 66666 66666 555555555555 333 0000000000 3 2 3333333 33 7777 22222 2 2 444 33 3 3 3 7777 666666 3 3 3 555555 555555 3 666 00000 000 99999 0000 4 000000 5 5 5 1 555555555555555555555555555555 3333 5 9999 4 9999 4 2 00000 888 444444 5 22222222222222222 5 6 5 5 0 22222222 0 5 11111 5 6666 5 11 99 7777 4 00 888888 5
lowQualScore : . . . . . . ............. . . . . .. . . . . . ... . . . . ... . . . . . ......................... . . . .. ...... . ........ . .. . . . ....... . . . . ... . ... . . . . .. .. . . . . ... . . . ..... . .. . .. . .. .. . . ... . .. ...... . . .......................................................................... . . . . . . . . .. . . .. .. . ... . . . . . .... . . . . . . ... .. . . . . . . . . . . . .. ... . . ... ........... ........ . . . . .. .. ....... .... . ....... . .. .. . .... . .. . .. . . ......... ........ .. ....... ... . .............................................................. .. . .. ..... ..... ............ ... .......... . . ....... .. .... ..... . . ... .. . . . .... ...... . . . ...... ...... . ... ..... ... ..... .... . ...... . . . . .............................. .... . .... . .... . . ..... ... ...... . ................. . . . . . ........ . . ..... . .... . .. .. .... . .. ...... .
lowQualScore : 0 0 7 7 0 0 0000000000000 3 3 3 3 55 0 0 0 0 0 000 0 0 5 0 000 0 0 0 5 0 0000000000000000000000000 3 0 0 77 000000 0 66666666 0 88 0 4 0 0000000 0 0 0 4 888 3 555 3 7 7 2 77 55 0 7 7 8 222 7 0 0 44444 0 88 0 88 2 55 00 0 2 000 0 55 888888 0 2 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 0 8 8 6 0 8 0 66 0 6 00 22 3 333 3 7 7 3 3 5555 0 0 0 0 5 5 000 00 0 5 5 5 0 5 0 0 0 3 7 66 888 0 9 111 33333333333 00000000 6 3 6 3 99 66 8888888 9999 9 2222222 9 00 55 7 1111 9 99 9 77 7 7 999999999 77777777 77 6666666 777 7 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44 5 44 22222 22222 111111111111 999 6666666666 3 2 2222222 11 4444 44444 5 5 777 77 8 3 1 1111 222222 3 3 3 222222 555555 6 444 99999 000 22222 5555 4 333333 0 0 0 0 777777777777777777777777777777 4444 9 9999 4 7777 0 2 00000 111 111111 0 88888888888888888 0 7 7 0 0 66666666 1 7 11111 7 6666 7 33 22 7777 2 33 555555 5
consensus : AACGAACCACCTGGGTGCTACCCCCTGGCCTNGGGTCATGGAAATGGGGTGCGTAGGATTGCGAAGCTGCNCTAC-AAGGTACGG-NT-CA---G-G-GACC-TGCGAGAAGAA-CGGG-CAAGGGGGGGACTGCTGGAACTATTGAATGCCANGGGCGAAANCCCATCTCCAGCAGTANGGTAAGNAGGGGATGTGATTCAGAATNNNGATGCGCAGTGAGGATGTTTGATANTNTGGAGGANTCCCATGGCANCCAATCGACGTGAGCATACNTCTGACATGAGCAGGTCTCGATGTCTGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTCGTGCTGAACAACATACNTACGTACGNCATAC-----ATCNACGGGGG--ATGAG-TATTCATCA-GCCAACC-TATCTAAGTCCCAAAA---C--TG-G-TG-TATCGTGGC--TAGATTTTTAT-CTT-G-GTGAAG-CGAAGCT-AATCNAG-CGTTTCCTGAGA-ACTA-AAGTGGTAAC--AAATAAACCT-CA-CACCCT-A--CAATTGGCA-CT--CCNA--AACCCCG-AGCNTCTCCCT-ATAAAA--GCGAATGACCGAGT----TGAATTAATTG-CCCTA--------------G-CAGATATT---ATTT--AAG-TACA-----AGCTTCATCATTACCA------------CTGCCGTGGGNCACTCACANATTAAAATGAA-GGTGTAAGACGAGTACACTCCGGAGGTAAGCCGAAAACAAATCA-ACAAA-C-AATAAGTCGTTTTCGTCGTGTTGAGCG-CCA-AAAGCATCACACCNTTCATTCAGAATANCACANATGTCACGAAGTCGCCAAAACCTTCAGAGAGGCCAGTATAGATGACCACAGCCCAAAACTGAGAGCACAGAAATGAGAAGTCCTCCGAGGCCCATATCTATCTAGTCCGCNATACGTCA-TTCGT-G-A-CTCTTTCAA---GGTNAAG-TTGT--TATT-------A---ACCTT-CTTG--T-T-T-GA-CCTT--CAT--G-C-GCG-GAAA----T-T---AG--A-A--TTTCA-AGGTGAGCTAAA-TTA----CCTTTA--A-GGG-C-T-AT--G--CG--A--------CCC--C-----A-TT-A-AT-GA--CTCTA----------T-CCG----C----TT--AG----T--GT---TG-T--T----T-CT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----C------TG---T-----T----TCATTC-CATC--ACCACCCTA-CTT--C-A-----T-AGTTAT-A---G--GGGT-C-T----GAAATG------T-GGC-C-CCACCC-T-C-TTGG------G-GC---CCCC--G-GTGGTA---CC--C--TA----A-GCCCC----A-AACT-GAGG-GC-GGAAANTGATAG----TC----G--TTNT--GAGCAA---GCCT--C-TCGTG-CC-TC-TAT--ACTCC-TTTCGTTGACTCTTC-----AAGG-NT-A-AG-TTG-TT-TTA-------------ACC-TTCGT-TA-TGAC-CTT-AT--GT--TGTAGAG-T-T-ANAAA-CTTTCAGGTGAGCT---NAAT-TGCCTTTAANGGCCTATG--CAACCC--TTTTAACGACTCTTTAGGACTCGTCTGATCGTGACCT
Reference ( family-2198 ) : AACGAACCACCTGGGTGCTACCCCCTGGCCTNGGGTCATGGAAATGGGGTGCGTAGGATTGCGAAGCTGCNCTAC-AAGGTACGG-NT-CA---G-G-GACC-TGCGAGAAGAA-CGGG-CAAGGGGGGGACTGCTGGAACTATTGAATGCCANGGGCGAAANCCCATCTCCAGCAGTANGGTAAGNAGGGGATGTGATTCAGAATNNNGATGCGCAGTGAGGATGTTTGATANTNTGGAGGANTCCCATGGCANCCAATCGACGTGAGCATACNTCTGACATGAGCAGGTCTCGATGTCTGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTCGTGCTGAACAACATACNTACGTACGNCATAC-----ATCNACGGGGG--ATGAG-TATTCATCA-GCCAACC-TATCTAAGTCCCAAAA---C--TG-G-TG-TATCGTGGC--TAGATTTTTAT-CTT-G-GTGAAG-CGAAGCT-AATCNAG-CGTTTCCTGAGA-ACTA-AAGTGGTAAC--AAATAAACCT-CA-CACCCT-A--CAATTGGCA-CT--CCNA--AACCCCG-AGCNTCTCCCT-ATAAAA--GCGAATGACCGAGT----TGAATTAATTG-CCCTA--------------G-CAGATATT---ATTT--AAG-TACA-----AGCTTCATCATTACCA------------CTGCCGTGGGNCACTCACANATTAAAATGAA-GGTGTAAGACGAGTACACTCCGGAGGTAAGCCGAAAACAAATCA-ACAAA-C-AATAAGTCGTTTTCGTCGTGTTGAGCG-CCA-AAAGCATCACACCNTTCATTCAGAATANCACANATGTCACGAAGTCGCCAAAACCTTCAGAGAGGCCAGTATAGATGACCACAGCCCAAAACTGAGAGCACAGAAATGAGAAGTCCTCCGAGGCCCATATCTATCTAGTCCGCNATACGTCA-TTCGT-G-A-CTCTTTCAA---GGTNAAG-TTGT--TATT-------A---ACCTT-CTTG--T-T-T-GA-CCTT--CAT--G-C-GCG-GAAA----T-T---AG--A-A--TTTCA-AGGTGAGCTAAA-TTA----CCTTTA--A-GGG-C-T-AT--G--CG--A--------CCC--C-----A-TT-A-AT-GA--CTCTA----------T-CCG----C----TT--AG----T--GT---TG-T--T----T-CT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----C------TG---T-----T----TCATTC-CATC--ACCACCCTA-CTT--C-A-----T-AGTTAT-A---G--GGGT-C-T----GAAATG------T-GGC-C-CCACCC-T-C-TTGG------G-GC---CCCC--G-GTGGTA---CC--C--TA----A-GCCCC----A-AACT-GAGG-GC-GGAAANTGATAG----TC----G--TTNT--GAGCAA---GCCT--C-TCGTG-CC-TC-TAT--ACTCC-TTTCGTTGACTCTTC-----AAGG-NT-A-AG-TTG-TT-TTA-------------ACC-TTCGT-TA-TGAC-CTT-AT--GT--TGTAGAG-T-T-ANAAA-CTTTCAGGTGAGCT---NAAT-TGCCTTTAANGGCCTATG--CAACCC--TTTTAACGACTCTTTAGGACTCGTCTGATCGTGACCT
gi|1 : AACGAACCACCTGGGTGCTACCCCCTGGCCTAGGGTCATGGAAATGGGGTGCATAGGATTGCAAAGCTGCTCTAC-AAGGTACAG-GTACA---GAG-GACCCTGCGAGAAGAA-CGGGGCAAGGGGGAGACTGCTGGATCGATTGAAT--TATGGGCGAAATCCTATCTTCAACAATAGGGTAAGAAGGGGATATGATTCAGAATAGTGATGTGCAATGAGGATGTTTGATATTGTGGAGGATTCCCAT---AACTAATT-ATGTGA-CATACCTCTGACATGAGCAGGTCTCGATGTCTGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTCGTGCTGAACATCATACATTC-TACCCCATAC-----ATCGACGGAGAGCATGAGCTATTCATC--GCAAACCATATC-GAGTCCCAAG----C--TGTG-TGATATCATGTC---AGATTTTTAT-CTT-G-GTAAAGACTAA-CT-AATCAAG-CGTTTCCTGAGAGACTA-AAGTA-TAAC--AAATAAACCTGCA-CACCCTTAGCCACTTGGCA-CT--CCCA--AATCTCGCAACACCTCCTTTATAAAAAAGCGAATGCAAGAGTGTGGTGATTTAATTG-CCC-A--------------G-C------------------------------GCT--ATCATTAC-A------------CTAC-GTGAGTCACTCACAAATTGAAATGAA-CG------ACCAGTACACTCCAGAGA-AAGCCAAAAA--AATCACACAAA---ATTAAG-CATTTTCGTTGTGTTGAGCGGCCA-AAAGCA----ACCCTTCATTCAGAATATCACAGA-GTCACAAAGTCGCCAAAAC--TCAGAGAGGCCAGTATAGATGACCACAGCCCAAAACTGAGAGCACAGAAATGAGAAGTCCTCCGAGGCCCATATCT-TC-AGTCTTCCATACGTCA-TTCTT-G-ATCTCCTTCAA---GGTTAAGATTGT--TGTTGAAGCTAA---ACTGC-CTGG--T-T-T-GA-CCGT--CAT--AAT-GTA-GGGA----T-T---AG--A-A--TATCA-AGGTGAGCTAAA-TTT----GCTTTA--A-GG--C-T-A---G--CG--A--------CCC--C-----A-TT-A-AC-AA--CTCCA----------T-CTG----T----AT--AG----T--GT---TG-T--T----T-CT--TG-CC--C-----AT-----TAT-----C------CG---T-----T----TCATTC-CATC--ACCACCTTA-ATT--C-A-----T-AGTTAT-A---G--GGGT-C-T----GAAATA------TAGGC-C-CCATCC-T-C-TTGG------G-G----CTAT--G-GTATTA---CC--C--TA----A-GCGTC----GCAACTGGAGGAGC-GGGAATTGATAG----TC----A--TTGT--GAGCAA----CCTA-T-TCATGACC-TT-TATAAACTTCATTTCGTTGACTCTTC-----AAGG-AT-A-A---TG-TC-TTA-------------ACC-TTCAT-T--TGAC-ATT-AT--GT--TGTAGAG-TAT-GAAAA-CTTTCAGGTGAGCT---AAAT-TGCCTTTTATGGTCTATG--CAACCC--ATTTAACGATTCTTTAGGACTCATTTGATCGTGACCT
gi|10 : ------TG---T-----T----TCATTC-TGT---AGCACCGAA-TTC--A-A-----T-CATTAT-T---G--GAAT-C-T----GATATG------T-GAA-C-CCACCCAT-A-TTTA------G-GT---CCCA--C-GTGGTA---CC--T--TA----C-GGNNN----N-NNNN-NNNN-NN-NNNNNNNNNNNN----NN----N--NNNN--NNNNNN---NNNN--N-NNNNN-NN-NN-NNN--NNNNN-T--CGTGGACTCTTC-----AAAT-AT-T--G-TTG-TTATTA-------------ACC-ATCGT-TA-TGAT-CTTTAT--GT--T-TAGAAAT-T-AAAAA-CTTTCAGGTGAGCT---TCAT-TGCTTTTATAGTTCTATG--CAACCC--gtcaatggtagttg
gi|11 : atAA---GGTTTAC-TTGTGTCATC-------A---ACCTT-CCT---T-T-T-GA-TCTG--CAT--G-T--TG-GAAAAAAAT-T---AG--A-AAACTTCA--GATGAGCTAAA-TTAATTACCGT-A--A-GGGTC-T-ATT-G--CA--C--------CCC--C-----A-TTTA-AT-GA--CT--A----------T-CCG----C----TT--GACTTTT--GC---TGAT--C----T-TT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----CCACTGTTG---T-----T----TCATTT-CATT----CACCCTA-TTT--T-AA----T-AGTATT-A---G--AGTT-C-C----GAAATGC-----T-GGC-C-CCACCC-T-C-TTGA------A-GC---
gi|12 : cgtcaG-C-T-TT--A--TG--A--------CCC--CCTTTTA-TT----T-GG--TTCTA----------T-CCG---------TT--AGAGTAC--GT---CG-T--TC---T-CT--AT-CC--C-----TT-----TAT-----CAGTTT-TG---T-----T----TCATTC-GATC--ACC-CCAT--CTC--C-AATCATT-AGATAT-A---G--G--T-C-TTCGGGAAA-----------------CACCA-------GG------T-GCTATCCCC--G-GTGCTA---TCATC--TAT---A-GTCCC----A-AACT-AAGT-GC-GGAAAATGAAAG----TCTCAAGATTTCT--TATCAACGTGCCT--A-TCTTG-CC-TG-CAT---TTCC-TTTCGCAGACTCTTactattgatcggtcacccccta
gi|13 : aaaagctaTGC--TATT-------A---ACCTT-CTT---T-T-T-GA-CCTT--TAT--G-C-A----AAA----T-T---GG--A-AACTTTCA--GGTGAGCTAAA-GTA----CCTTAA--A-GGACC-T-AT--G--CA--A--------TCC--C-----ATTT-A-AT-TA--CTACA----------C-CCG----C----TTG-AT----T--TT---TG-TGAT----A-TT--TG-CA--C-----TG-----TAT-----CACTGT-TG---T-----T----TCATTT-CATT--AT--CCTTG-TTT--CAA-----T-GGTTAT-
gi|14 : aTT-------A---ACCTT---TG--T-T-TTGA-CCTT--CTT--G-T-G---GAAA----TAT---AA--A-A--TTTCA--GGTAAGCTAAA-TTA----CCTTTG--A-GGGAC-T-AC--A--GA--A--------CCC--C-----A-TTCA-AT-GA----GTA----------T-CTG----C----TT--GA----T--TT---CG-T--TG---T-GT--TG-AC--A-----TT-----TATCA---C------TG---T------------------------------TG-CTT--C-A-----T------------------T-C-T----AAAATA------T-GGC-C-CCACCC-T-C-TTG
gi|15 : G----T--AT---TG-T--TC---T-CT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----C-------G---T-----T----T--TTCTCATTTGATCACCCCA-AAT--C-A-------AATTATTA---ATTAGGT-C-T----GAAATGCCAATGT-GGC-T-CCACCC-T-C---GGAA----G-GC---CCTA--G-GTGTTA---CC--CCTTC----A-ACCCT----A-AACT-GAGA-CC-AGAAAATAAcgtttgtatt
gi|16 : ttgaagactaatgcatggttct-T----GAAATG------T-GGT-T-CTACAC-T-C---GGTAAGCCG-GG---CCCC--GTGTGGTA---CC--C--TA----AAGCCCC----A-AACT-GAGG-GC-AGAAAGTGATA--------------------GAACAAG--GCAC--C-TTGTG----TC-TAT--GCTCC-TTTCGTTGACTCTTC-----AA
gi|17 : ttgattgcttttctttcattttataaccctatgctcagA-TGTC-CCT-GT--GTGATCTAAAA-T-T-AGGAA-CTTTCAGGTGAGCT---CAAT-TTCCCTTTGAGGCCTATGATCTACC-----TTAAGGGTTCTa
gi|17 : AAA----T-T---AG--G-AACTTTCA--GGTGAGCTCAATTTC----CCTTTG--A-GGC-C-T-AT--GATCT--A--------CC-----------TT-A-AG-GG--TTCTACATGTATATGC-CCGA---CTCTATT--GG----T--GTC--TA-T--C----T-CT--TGATC--C-----TT-------T-----T------TG---T-----T----TTGCTC-GATC--ACC-CCATA--TT--C-A-----acatgtatatgcccgactctattggtgtctatctcttgatcctttttgttttgctcgatcaccccatattcaat
gi|18 : atgtccctgtgtgatcta-TTCGT-GGA-CTCTT-CAATACGGTAAAG-TGAT--AATT-------AGATACCTTTCGTGGAT-A-T-GA-CCTTT-CAT--G-T-GTG-AAAA----T-TTCGAA--A-C--TTTCATAGGTGAGC-AAA-TTA----CATTTATTA-GGG-CAC-CT--G--CGGAA--------CCC--C-----A-T--G-GT-TA--CTCTA----------T-CTG----T----TT--AG----TA-GT---Tat
gi|19 : -GAAA----T-T---GA--A-AC-TTTCA-AG-TGAGCTAAA-TTA----TCTTTA--A-AGG-CTT-AC--A--CA--A--------CCC--C-----A-TTCC-AC-TA--CTATA----------T-GTG----C----TT--GA----C--GTTTATG-T--T----GACT--TG-CC--C-----TT-----TTTCAAGGC------TG---T-----G----CCATTG-CGTT--TC--CCCTA-CTT--CAA-----T-AGTTGT-A---G--Gc
gi|2 : ttgttAAC-AACCACCTGGATACTACCCTCTGGCCTTGGATCATAGCAATGGGGTGCATAGGAATGCAAAGCTACACTAC-AAGGTATGGTTT-CAATGG-G-AACC-TCCGATAAGAATTGAG-CAAGGGAGGGGGTGCTGGAACTATTAAATGCCAGAGG-GAAAACCCATTTCCAGCAGTATGATAAGTAAGGGATGTGATTCAGAATTCAGATACGCAGTGAAGATATTTGATAATTTGG-GAAATCCTATGGCATCCAATCGACATGAGCA-ACATCTGACAat
gi|2 : TGAGCAACAT-CTGACAAACGAAATACCTTCAATCCACGGGGG--ATGAG-TATTCATCA-ACCAACC-TAA--AAGTCCATAAA---CA-TA-GATA-TGTCTTGGC--TAGATTTTTAGATTT-G-GTGAAG-TGAAGCT-ACTCTGG--GTGTCCTGAGA-TATA-AAATGTTGA---AAA-AAACAT-CA--------A--TAATTCTCA-CT--CCTAGAAATCAAA-AACA---CCCT-A-AAAA--GC-AAGGATTGAGT-----GAATTGATTG-CCCTAATTAGATATTCCCAG-TAAATATT---ATTT--A---TACA-----AGCTTCATCATTAC---------------TGCCGTGG-ACATTCACA-----AAGTGAT-GGTGTAAGACGATTGCACT--GGAGGTAAGCAGAAAATAAAGCA-ACAGA-CGAACAAATAGTTTCCGTCGTGCTGTGTG-CCA-AAAACATCACACCATTTATT-AAAATAATACACATATCAGGAAGT---CAAAACCTTCAGA-AGGCCaacgaaataccttcaatccacgggggatgagtattcatcaaccaacctaaaagtccataaacatagatatgtcttggctagatttttagatttggtgaagtgaagctactctgggtgtcctgagatataaaatgttgaaaaaaacatcaataattctcactcctagaaatcaaaaacaccctaaaaagcaaggattgagtgaattgattgccctaattagatattcccagtaaatattatttatacaagcttcatcattactgccgtggacattcacaaagtgatggtgtaagacgattgcactggaggtaagcagaaaataaagcaacagacgaacaaatagtttccgtcgtgctgtgtgccaaaaacatcacaccatttattaaaataatacacatatcaggaagtcaaaaccttcagaaggccctaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgttgactttttaatgttaagctgttattaaccctaattttcaccttcatacgtgaaaatgagaaaatttcaggtgatcttaattccgtttaagtgtataagcaaacccatttaattaatctttaagcttaattttgttgtagccttgcccttcattactgttgtttcattacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttatagagtttgaattccgctatctagtccgcaaactcatttcgagaactcttcaaaggtgaagtttttattaacctactttttgactttcatgcgtgaaaattataaactttcaagtaagcaaaattactttcaagag
gi|2 : aacaaccacctggatactaccctctggccttggatcatagcaatggggtgcataggaatgcaaagctacactacaaggtatggtttcaatgggaacctccgataagaattgagcaagggagggggtgctggaactattaaatgccagagggaaaacccatttccagcagtatgataagtaagggatgtgattcagaattcagatacgcagtgaagatatttgataatttgggaaatcctatggcatccaatcgacaTCGTTG-A-CTTTTT-AA---TGTTAAG-CTGT--TATT-------A---ACCCT-AAT---T-T-T-CA-CCTT--CAT--A-C-GTG-AAAA----T-G---AGAAA-A--TTTC--AGGTGATCTTAA-TTC----CGTTTA--A-GTG---T-ATAAG--CA--A--------ACC--C-----ATTT-A-AT-TA--ATCTT----------T-AAG----C----TT--AA----T--TT---TG-T--TGTAGC-CT--TG-CC--C-----TT-----CATTACTGT------TG---T-----T----TCATTA-CATctaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgttgactttttaatgttaagctgttattaaccctaattttcaccttcatacgtgaaaatgagaaaatttcaggtgatcttaattccgtttaagtgtataagcaaacccatttaattaatctttaagcttaattttgttgtagccttgcccttcattactgttgtttcattacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttatagagtttgaattccgctatctagtccgcaaactcatttcgagaactcttcaaaggtgaagtttttattaacctactttttgactttcatgcgtgaaaattataaactttcaagtaagcaaaattactttcaagag
gi|2 : aacaaccacctggatactaccctctggccttggatcatagcaatggggtgcataggaatgcaaagctacactacaaggtatggtttcaatgggaacctccgataagaattgagcaagggagggggtgctggaactattaaatgccagagggaaaacccatttccagcagtatgataagtaagggatgtgattcagaattcagatacgcagtgaagatatttgataatttgggaaatcctatggcatccaatcgacatgagcaacatctgacaaacgaaataccttcaatccacgggggatgagtattcatcaaccaacctaaaagtccataaacatagatatgtcttggctagatttttagatttggtgaagtgaagctactctgggtgtcctgagatataaaatgttgaaaaaaacatcaataattctcactcctagaaatcaaaaacaccctaaaaagcaaggattgagtgaattgattgccctaattagatattcccagtaaatattatttatacaagcttcatcattactgccgtggacattcacaaagtgatggtgtaagacgattgcactggaggtaagcagaaaataaagcaacagacgaacaaatagtttccgtcgtgctgtgtgccaaaaacatcacaccatttattaaaataatacacatatcaggaagtcaaaaccttcagaaggccctaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTATCTAGTCCGCAA-AC-TCATTTCGA-GAA-CTCTTCAAA---GGTGAAG-TTTT--TATT-------A---ACCTA-CTT---T-T-T-GA-CTTT--CAT--G-C-GTG-AAAA----T-T---AT--A-AACTTTCA-A-GTAAGCAAAA-TTA----CTTTCA--A-GAG-tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttatagagtttgaattccgctatctagtccgcaaactcatttcgagaactcttcaaaggtgaagtttttattaacctactttttgactttcatgcgtgaaaattataaactttcaagtaagcaaaattactttcaagag
gi|20 : aacaaccacctggatactaccctctggccttggatcatagcaatggggtgcataggaatgcaaagctacactacaaggtatggtttcaatgggaacctccgataagaattgagcaagggagggggtgctggaactattaaatgccagagggaaaacccatttccagcagtatgataagtaagggatgtgattcagaattcagatacgcagtgaagatatttgataatttgggaaatcctatggcatccaatcgacatgagcaacatctgacaaacgaaataccttcaatccacgggggatgagtattcatcaaccaacctaaaagtccataaacatagatatgtcttggctagatttttagatttggtgaagtgaagctactctgggtgtcctgagatataaaatgttgaaaaaaacatcaataattctcactcctagaaatcaaaaacaccctaaaaagcaaggattgagtgaattgattgccctaattagatattcccagtaaatattatttatacaagcttcatcattactgccgtggacattcacaaagtgatggtgtaagacgattgcactggaggtaagcagaaaataaagcaacagacgaacaaatagtttccgtcgtgctgtgtgccaaaaacatcacaccatttattaaaataatacacatatcaggaagtcaaaaccttcagaaggccctaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgttgactttttaatgttaagctgttattaaccctaattttcaccttcatacgtgaaaatgagaaaatttcaggtgatcttaattccgtttaagtgtataagcaaacccatttaattaatctttaagcttaattttgttgtagccttgcccttcattactgttgtttcattacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttatagagtttgaattccgTTCGT-GACTCATC-----AAAG-TT-AGAG-TTG-TA-TTT-------------ACC-TTCGTCTA-ATAC-CTT-TT--CC--T-TGAAG-T-TCGCAAATCTTTCAGGTGAGCT----AATATAACTTTAGGGGCC-ATG--GACACT--TTTTAATAACTC--TA------GTCTGA-CGTGACCT
gi|21 : aG--ATGAG-TATTCATCA-GCCAACC-TATCTAAGTCCCCAAG---CCTTG-G-TG-TATCATGTC--TAGATTTTTAT-CTT-GCGTAAAG-CTAAGCT-AATCAAGACGTTTCCTGAGA-GCTA-AAGTGGTAAC--AAATAAACCT-CA-CACCCT-A--CCATTGGtcgttgttgtt
gi|23 : TCATCTTT----------------CTACCGTGAGTC-CTCACAAATT-----GAA-GATGAACGACCAGTACACTCCAGAGA-AAGCCAAAAA--AATCA-ACAAATC-AATAAGTCATTTTCGTTGTGTTGAGCG-CCATAAAGC
gi|24 : --TTTCA-AG-TAAGATGAA-TTG----CCTTTA--A-GGGTC-T-AT--G--CA--A--------CCC--C-----G-TTTA-AT-GA--CT-------------T-GC-----C----TT--------T--GT---TGGT--C----T-CT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----C------AA---TTTGGAT----TCATTC-AATC--A-CA-CCTA-C
gi|25 : ac--ACTCA-TTTCGTTGACTCTTC-----AAAT-TTTA-AG-TTG-TTATCA-------------ATTATTCGT-TA-TGAC-ATT-AT--------T-GAG-T-------A--TTTCAGGTGAGCT---TAAC-TGCATTTAATGGTCTTTG--CAACCa
gi|26 : -AT--A--CA--A--------CCC--C-----A-TT-T-ATTAA--TTCTA----------A-CAG----C----TT--GGCTT-T--GT---TG-T--T----GACT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----TAA----TGATTT-----T----TTATTC-CATT--ACC--CCTA-TTT--C-AC----T-AGTTAT-A---G--GGGT-C-
gi|27 : ------TG---T-----T----TGAT-C-CATG--ACC-CCATAACTT--T-A-----CGAGTTTT-A---G--GG-T-C------GAAATGC-----T-GGC-C-CCACCC-TAT-TTGG------G-GC---CTCCAGA-GTGGTACTTCC--C--TA----
gi|28 : ---CC--C--CA----A-ATTCC----A-AACT-TGGG-ACAGGAAAATAAT---------------TCAA--GAGGTA---TCCTACC-TTGTG----TC-TAT--GCTTC-TTTCGTTGACCCTTC-----AAAG-AT-c
gi|29 : --ACC-CCCTA-CTT--T-AC----T-AGT-AT-A---G--AGTTAC-T----GAAATG------T-GAC-C-CGACCC-T-CGTT--------G-GT---CCCC--A-GAGGTA---ttga
gi|3 : tgattactattgaAC-CTTCAT--GT--TGCAGAA-T-T-ATAAA-CTTTCAGGTGAGCT---AAAT-TACGTTTAATTGCCTATG--CAACCCTTTTTTAATGACT
gi|3 : A-CCTT--CAT--G-TTGCA-GAA-----T-T---AT--A-AACTTTCA--GGTGAGCTAAA-TTA----CGTTTA--ATTGC-C-T-AT--G--CA--A--------CCCTTT-----T-TT-A-AT-GA----CTA----------T-CCG----C----TTG-AC----TTCGT---TG-T--TG---C-CT--TG-CC--TTAACGTT-----TAT-----C------atccgcttgacttcgttgttgccttgccttaacgtttatcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtttactcttcaaaggttaagttgttatataccttctttttgaccttcatgttgcagaattggacactttcagttgagctgaatcacatttaagggcttatgcaaatggcaagccgcgataatgaaacctattcgttgactttgttgttgttattgctctttattattattaggtttattgtttcccctatttgtcaatattattagggtcgtgaattgtggcgcccacgcatttgaggcaacaggtggtgcctacagcccgcaactgagggcgcaaattggtagtctgggagcctctctgtcggctggcattcttttgttgatactcaaggttaattgttaccttatcaggtgctaaaatatgattgcatagcattttaagtaatttaatatggaaaaactagatttatt
gi|3 : -A-CTCTTCAAA---GGTTAAG-TTGT--TATA-------T---ACCTT-CTT---T-T-T-GA-CCTT--CAT--G-TTGCA-GAA-----T-T---GG--ACA--CTTTC-AGTTGAGCTGAA-TCA----CATTTA--A-GGG-C-TTAT--G--CA--AATGGCAAGCCG--C-----G-AT-A-AT-GAAAC-CTA----------T-TCGTTGAC----TT--------T--GT---TG-T--TGT--T-AT--TG-CT--C-----TT-----TAT-----TAT----TA---T-----TAGGTTTATTG-TTTC------CCCTA-TTTGTC-AA----T-A-TTAT-T---A--GGGT-CGT----GAATTG------T-GGCGC-CCACGC-A-T-TTGA------G-GC---AACA--G-GTGGTG---CC-----TAC---A-GCCCG----C-AACT-GAGG-GC-GCAAATTGGTAG----TC----------T--GGG--A---GCCT--C-TC-TG-TCGGC-TGG--CATTC-TTTTGTTGA-TACTC-----AAGG-TT-A-A--TTG-TT-----------------ACC-TTacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtttactcttcaaaggttaagttgttatataccttctttttgaccttcatgttgcagaattggacactttcagttgagctgaatcacatttaagggcttatgcaaatggcaagccgcgataatgaaacctattcgttgactttgttgttgttattgctctttattattattaggtttattgtttcccctatttgtcaatattattagggtcgtgaattgtggcgcccacgcatttgaggcaacaggtggtgcctacagcccgcaactgagggcgcaaattggtagtctgggagcctctctgtcggctggcattcttttgttgatactcaaggttaattgttaccttatcaggtgctaaaatatgattgcatagcattttaagtaatttaatatggaaaaactagatttatt
gi|30 : accttcatgttgcagaattataaactttcaggtgagctaaattacgtttaattgcctatgcaacccttttttaatgactatccgcttgacttcgttgttgccttgccttaacgtttatcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtttAGCTGCCCTACCAAAGTACGG-AA-CA---G-GCGACC-TGTGAGAAGAA-CGGG-C-AGGGGAGGACTGCTGGAACTATTGatcaggtgctaaaatatgattgcatagcattttaagtaatttaatatggaaaaactagatttatt
gi|31 : AGATTCTTAC-CCT-T-GTAAAGACGAAGCTAAACCAAA-TGTCTCC-GAGA-ACTACAAGTGGTGAC----ATAAAC
gi|33 : GGTCATGGAAAAGGTGTGTGTAGGATTGCGAAACTGCACTGC-ATAGTACAG-
gi|35 : aa--C-TTGTG----TC-TAC--ACTCC-TTTTGTTGACTCTTC-----AAG---T-A-GA-TTG-TA-TTA-------------ACC-
gi|4 : c---T-----T----TGATTC-CATG--ACT--CCTA-CTT--T-AC----T-AGTTAT-A---G--GGGT-C-T----GAACTG------T-GGC-C-CCACCC-T-C-TTGG------G-AC---CCCA--A-ATGGTAC--CC--C--TAC---A-TCCCC----A-AA
gi|4 : CTTTCAA---AGTACAGCTTGT--AATT-------T---ACTTT-CC-G--T-TAT-GA-CTTTGTTATTAG-C-TTG-TAAAG---T-T---CA--A-A--CTTCA--GGTCAGCTAAA-TTA----TCTT----A-GGC-C-T-A---G---G--A--------ACC--C-----A-TT-TTAT-GG--ATCTA----------T-GC-----C----TG--AG----TC-GTC--TG-T--T----T-GTGTTG-TCGGC-----TTATTAATAT-----T------TG---T-----TC---TGATTC-CATG--ACC--CTTA-CCT--T-AC----T-AATTAT-ATTGG--GAGT-C-T----TAACTG------T-GTC-CTCCACCC-T-C-TTAG------GTGC---CCCA--G-TTGGTA---CC--T--TACTACA-GGCCCGCAAA-AACT-GAGG-GC-GGAAATTGGGAGATTTCC----G--TTTTCGGAGC-----GCCT--CGTCTTA-TC-CT-GAT--ACTCA-TTTCGTTGACTCTCTTTTAAAAGG-TT-G-AGTTTGTTT-TTA-------------ACC-TTCGT-TATTGACGCTT-gcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagcgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttgttactttcaaagtacagcttgtaatttactttccgttatgactttgttattagcttgtaaagttcaaacttcaggtcagctaaattatcttaggcctaggaacccattttatggatctatgcctgagtcgtctgtttgtgttgtcggcttattaatatttgttctgattccatgacccttaccttactaattatattgggagtcttaactgtgtcctccaccctcttaggtgccccagttggtaccttactacaggcccgcaaaaactgagggcggaaattgggagatttccgttttcggagcgcctcgtcttatcctgatactcatttcgttgactctcttttaaaaggttgagtttgtttttaaccttcgttattgacgctttaat
gi|5 : tttgattccatgactcctactttactagttataggggtctgaactgtggccccaccctcttgggaccccaaatggtacccctacatccccaaagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagcgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttgttaAACAATATACCTATGTACATCATA-------TCTA--------ATGAG-TATTTATCA-GTCAACC-TATCTAAGTCCCAAAAGACT--TG-G-TG-TATCGTGGC--TAGATTTTTAT-CTTTG-GTGAAG-TGAATCT-TATCT-G-AGTCTTTTGAGA-ACTA-AAGTGATAAT--AAA-ACATCT-CA-CACCCC-A--CAATTGGCA-CTA-CCAA--AACCCCG--GCCTCTCCCT-ATAAAA--GC-AATGACCGAG-----TGAATTAATTG-TCCTA--------------ATCAGATGTTCCAAGTT--AAA-AACATCTCCAACCTGACCCTTATCATTT---------CTGCCG-GGGGTACTCACATATTAAAATGAA-GGTGTAAGGTGAGTACACT--GCATGTAGG--GAAAACAtaat
gi|6 : --ATGAG-TATTTATCACGTCAACCCTATC-AAGTCCCAAAAA--C--TG-G-TG-TATCGTGGCCTTAGATTTTTATTCTT-G-GTGAAG-TGAATCT-A--CTAG-TCTTT--TGAGA-ATCA-AAGTGATAACCTAAAACATCTT-CAACACCC-----CAATTGGCAACTTACCAA--AACCCCG--GCCTCTCCCT-ATAAA---GCAATTGACCGAGT----TGAATTAATTGTCCTTA--------------T-CAGGGATT---GTTTCCAAGTTAAA-----AACATCTCCA--ACCGACCCCACATTTTCTGCC-CGGGGTACTCACATATTAAAATGAAGGGTGTAA-AGGAGTACACT-CGCATGTAGG--GAAAAC
gi|7 : T---TG-T--T----TTCT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----CACTGT-TA---T-----T----TTATTC-CATA--A--ACCCTA-TTT--CAA-----T-AGGTAT-A---G--GG
gi|7 : caaccttgtttgattgatatctTTAAA-TTGT--TATT-------A---ACCT---TTG--TAT-T-GA-CCTT--CAT--GAT-ACA-GAAC----T-A---GG--A-A--ATTCC-AGGTGAGTTAAA-TTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaatattaaattgttattaacctttgtattgaccttcatgatacagaactaggaaattccaggtgagttaaattggc
gi|8 : caaccttgtttgattgatatctttgttttcttgccctttatcactgttattttattccataaaccctatttcaataggtatagggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaataA-TTCGT-G-A-CC--TTCAA---GCTAAAG-GTGT---ATT-------G---ACCTC----G--T-TAT-GAACCTT--TAT--T-C-GTGTAAAA----T-C---AA--A-----CTCA--GGTACGCTAAA-TGA----ACTTT---A-GGC-C-T-GT--G--GG--A--------CCC--T-------TT-A-AT-GA--C---A----------TACTG----C----TTTGAC----T--CG---TG-T--G----C-TT--TG-CC--C-----TT-----TATAA---A------TG---TTG---T----TGATTT-CAT------ACCCTA-CCG--T-AC----T-AGTTAT-A---G--GGggc
gi|9 : G-CC-TCGTA---ACTCG-TTTCATGGATTCTTC-----AAGGAGT-A-AG-TTG-TTGTTAAATAATCAATATGACC-TCCAT-TA-TGAT-CCC-ATGAGA--TGTAAAA-T-T-AGGAA-CTTTCGGGTAAACTTTAAAAT-TGCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttctacttc
blockSeqs : . T A C TTTCAATGGG . T . A GC G . A T T TCA A T . A GGC T G G . A A T A GA CCTTCA C CGGGGG . AC C T T AGACT . A . T CTT A GC A G A C TG AC C . C T CCT T . A TA A TA T GA A CT . T A A TT T T TCAGGGATTGTTTCCAAGTTAAAAACATCTCCAACCGACCCCACATTTT T A A A G T AG C T CA TA . CG T . T TCAC A . A C T G . CT . A T G A . . T T G . CA TAC T C GTC AGAT TTCGTGGA A A T A GT TA TTGCA AAAA A TCGAA C AA TA T ATTA TT T GT A T GATCT ATGGCAAG TT CTTTTA TA T TTCTACATGTATATGCCCGACTCTATTGGTGTCTATCT GT A GG TAACG ATTAA CCACTGT ATT TTGGAT C T TTGATCA AC GTC ATCAT G T TTG TT A A G TCGG CCAATG . G T ATAT TAAGCC T TAT CAGA CTT ATC CTAC A GCAAA . . A N GTCTCAAGATTTCTTATCAACGTG ACC N TCG G NN . G TTTAA GAG AGAG T GTTAAATAATCAATATG A C T G T GTGATC A TCGC T TTAA A TA AT CTTT G . . .
blockSeqs : C . AACAGGC . . . . . C G AT . T . . A . T C GCCT . . . A T T TG . G . A AA T C . . G C T . . CA . A A . . CT . T A . T . T ATCAGATGTTCCAAGTTAAAAACATCTCCAACCTGACCCTTATCATTT T T T A . A CG . T CC CA . TC T . . . . A . CA . A . T A TCCT . A . . T . TTGCA G . AGAA . AC A . . . . AC T . GCGGA . . AT CA . AACCTATTCGTTGACTTTGTTGTTGTT . . . . . CAGTTT . TAGGT C . AGCA T CA A . . . . T . . . C . . . TATT AA . . CGT C CCT T . N . . . A GATTTCCGTTTTCGGAGCG CG T NN . TG . A . TA TAAG . ATTA . . . . C GAGATG . TAA . T . GA . TT T
blockSeqs : A . . A . . A ACA . . . G T . G . G . A AA A C . . G C A . . A . . A . . A . . . . T . T ATTAGATATTCCCAGTAAATATTATTTATACAAGCTTCATCATTAC C G T . . T AG . T . . . . . . TC . T . A A TCTT . . . . . . ATACA . . AG . AC A . . . . GA . . AAGCA . . AT CC . TTCTATCCGTTAGAGTACGTCGTTCT . . . . . CACTGT . TGT C . CACC T CA C . . . . G . . . C . . . TCGT . . . AC . T C . A . . . A NNNNNNNNNNNNNNN N G CC . TG . T . GT GAGT . ATCA . . . . . GTTG . TAG . C . GG . . T
blockSeqs : . A . . A AAC . . . G T . T . T . A TA T T . . A T . . . . . G . . . T A . . . . . . TC . G . T A TAAT . . . . . . CGTGT . . GG . AC A . . . . GT . . TGCA . . A TA . CTATATGTGCTTGACGTTTATGTTGA . . . . . CAAGGC . TC C . CACC C CA C . . . . G . . . . . . . TCT . . . CG . C C . A . . . G TCAAGAGGTAT A G TC . GC . T . TT AGA . TTT . . . . . GTT . TAT . T . AT .
blockSeqs : . G . T . . T . . . . A . . . . C . T . T A ACTT . . . . . . TGTG . . AA . AC A . . . . G . . ATG . . A TT . ATCTTTAAGCTTAATTTTGTTGTAGC . . . . . TACTGT . T T . CACA T A A . . . . T . . . . . . . TCT . . . AG . C . . A . . . A GTCTGGGAG C G CC . CA . T . GA AAG . TTA . . . . . CCT . TAG . A . AT .
blockSeqs : T . A . T A TCTT . . . . . . CGTG . . AG . C A . . . . C . . GCA . . A A . TTCTAACAGCTTGGCTTTGTTGTTGA . . . . . CACTGT . T C . TACC C T C . . . . G . . . . . . . ATT . . . CA . C . . A . . . T GAACAAGG C T . . TA . T . GT TG . TTA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . A T TCCG . . . . . . CGTG . . GA . . A . . . . G . . AGA . . A A . CTATCCGCTTGACTTTTGCTGATCT . . . . . CAC . T C . GACC A C C . . . . G . . . . . . . TCT . . . AG . C . . C . . . T C . . . T . T . GT AA . . . . .
blockSeqs : A . T T TTG . . . . . . CTTG . . AT . . . . . . . G . . ACA . . G G . CTACACCCGCTTGATTTTTGTGATA . . . . . TAA . T C . GACT C C C . . . . G . . . . . . . TCT . . . AA . T . . A . . A . T . .
blockSeqs : . A TTG . . . . . . TTG . . AT . . . . . . . G . . GCA . . A A . CTATCCGCTTGACTTCGTTGTTGC . . . . . TAT . T T . GACC C C . . . . . . . . . . . . . TC . . . AG . . . . G .
blockSeqs : G CG . . . . . . CA . . GG . . . . . . . G . . ACA . . T T . ATCTATGCCTGAGTCGTCTGTTT . . . . . AAA . T G . TCA T C . . . . . . . . . . . . . TC . . . . .
blockSeqs : . . . TG . . CA . . . . . . . C . . GCA . . G A . CATACTGCTTTGACTCGTGTGC . . . . . C . G T . TAT C C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . GG . . . . . . . G . . GCA . . A A . GTATCTGCTTGATTTCGTTGT . . . . . T . T G . TTC T T . . . . . .
blockSeqs : . . AA . . . . . . . C . . GGG . . . A . CTTGCCTTTGTTGGTCT . . . . . C . T G . AAA C T . . . . .
blockSeqs : . . . C . GG . . . . . . . . . . C . T T . C C T . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . T G . A T T . . .
blockSeqs : . T . . . C T .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : A* AAC**** T** A**** AG C* A********** TCTT**** CGCG*** A* G* CAT********* NACC*** A***** GTCCAGGACG******************** C*** CC** CG** AAG*** GTT***** TAG**
originalCons : AACGAACCACCTGGGTGCTACCCCCTGGCCTNGGGTCATGGAAATGGGGTGCGTAGGATTGCGAAGCTGCNCTAC-AAGGTACGG-NT-CA---G-G-GACC-TGCGAGAAGAA-CGGG-CAAGGGGGGGACTGCTGGAACTATTGAATGCCANGGGCGAAANCCCATCTCCAGCAGTANGGTAAGNAGGGGATGTGATTCAGAATNNNGATGCGCAGTGAGGATGTTTGATANTNTGGAGGANTCCCATGGCANCCAATCGACGTGAGCATACNTCTGACATGAGCAGGTCTCGATGTCTGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTCGTGCTGAACAACATACNTACGTACGNCATAC-----ATCNACGGGGG--ATGAG-TATTCATCA-GCCAACC-TATCTAAGTCCCAAAA---C--TG-G-TG-TATCGTGGC--TAGATTTTTAT-CTT-G-GTGAAG-CGAAGCT-AATCNAG-CGTTTCCTGAGA-ACTA-AAGTGGTAAC--AAATAAACCT-CA-CACCCT-A--CAATTGGCA-CT--CCNA--AACCCCG-AGCNTCTCCCT-ATAAAA--GCGAATGACCGAGT----TGAATTAATTG-CCCTA--------------G-CAGATATT---ATTT--AAG-TACA-----AGCTTCATCATTACCA------------CTGCCGTGGGNCACTCACANATTAAAATGAA-GGTGTAAGACGAGTACACTCCGGAGGTAAGCCGAAAACAAATCA-ACAAA-C-AATAAGTCGTTTTCGTCGTGTTGAGCG-CCA-AAAGCATCACACCNTTCATTCAGAATANCACANATGTCACGAAGTCGCCAAAACCTTCAGAGAGGCCAGTATAGATGACCACAGCCCAAAACTGAGAGCACAGAAATGAGAAGTCCTCCGAGGCCCATATCTATCTAGTCCGCNATACGTCA-TTCGT-G-A-CTCTTTCAA---GGTNAAG-TTGT--TATT-------A---ACCTT-CTTG--T-T-T-GA-CCTT--CAT--G-C-GCG-GAAA----T-T---AG--A-A--TTTCA-AGGTGAGCTAAA-TTA----CCTTTA--A-GGG-C-T-AT--G--CG--A--------CCC--C-----A-TT-A-AT-GA--CTCTA----------T-CCG----C----TT--AG----T--GT---TG-T--T----T-CT--TG-CC--C-----TT-----TAT-----C------TG---T-----T----TCATTC-CATC--ACCACCCTA-CTT--C-A-----T-AGTTAT-A---G--GGGT-C-T----GAAATG------T-GGC-C-CCACCC-T-C-TTGG------G-GC---CCCC--G-GTGGTA---CC--C--TA----A-GCCCC----A-AACT-GAGG-GC-GGAAANTGATAG----TC----G--TTNT--GAGCAA---GCCT--C-TCGTG-CC-TC-TAT--ACTCC-TTTCGTTGACTCTTC-----AAGG-NT-A-AG-TTG-TT-TTA-------------ACC-TTCGT-TA-TGAC-CTT-AT--GT--TGTAGAG-T-T-ANAAA-CTTTCAGGTGAGCT---NAAT-TGCCTTTAANGGCCTATG--CAACCC--TTTTAACGACTCTTTAGGACTCGTCTGATCGTGACCT
finalCons : AACGAACCACCTGGGTGCTACCCCCTGGCCTNGGGTCATGGAAATGGGGTGCGTAGGATTGCGAAGCTGCNCTAC-AAGGTACGG-NT-CA---G-G-GACC-TGCGAGAAGAA-CGGG-CAAGGGGGGGACTGCTGGAACTATTGAATGCCANGGGCGAAANCCCATCTCCAGCAGTANGGTAAGNAGGGGATGTGATTCAGAATNNNGATGCGCAGTGAGGATGTTTGATANTNTGGAGGANTCCCATGGCANCCAATCGACGTGAGCATACNTCTGACATGAGCAGGTCTCGATGTCTGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTCGTGCTGAACAACATACNTACGTACGNCATAC-----ATCNACGGGGG--ATGAG-TATTCATCA-GCCAACC-TATCTAAGTCCCAAAAAC----TG-G-TG-TATCGTGGCT--AGATTTTTAT-CTT-G-GTGAAG-CGAAGCT-AATCNAG-CGTTTCCTGAGA-ACTA-AAGTGGTAAC--AAATAAACCT-CA-CACCCA----CAATTGGCA-CT--CCNA--AACCCCG-AGCNTCTCCCT-ATAAAA--GCGAATGACCGAGT----TGAATTAATTG-CCCTA--------------G-CAGATATT---ATTT--AAG-TACA-----AGCTTCATCATTACCA------------CTGCCGTGGGNCACTCACANATTAAAATGAA-GGTGTAAGACGAGTACACTCCGGAGGTAAGC-GAAAACAAATCA-ACAAA-C-AATAAGTCGTTTTCGTCGTGTTGAGCG-CCA-AAAGCATCACACCNTTCATTCAGAATANCACANATGTCACGAAGTCGCCAAAACCTTCAGAGAGGCCAGTATAGATGACCACAGCCCAAAACTGAGAGCACAGAAATGAGAAGTCCTCCGAGGCCCATATCTATCTAGTCCGCNATACGTCA-TTCGT-G-A-CTCTTTCAA---GGTNAAG-TTGT--TATTA----------ACCTTCTT----T-T-T-GA-CCTT--CAT--GCGCG---GAAA----T-T---AG--A-A--TTTCAA-GGTGAGCTAAA-TTA----CCTTTA--A-GGG-C-T-AT--G--CG--A--------CCC--C-----A-TT-A-AT-GA--CTCTA----------T-CCG----C----TT--AG----T--GT---TG-T--T----T-CT--TG-CC--C-----TT-----TATCAT---------TG---T-----T----TCATTC-CATNACC---CCCTA-CTT--C-A-----T-AGTTAT-A---G--GGGT-C-T----GAAATG------T-GGC-C-CCACCC-T-C-TTGG------G-GC---CCCC--G-GTGGTA---CC--C--TA----A-GCCCCA-----AACT-GAGG-GC-GGAAANTGATAGTCCAGGACG--------------------CCTC---TCGTGCC--TC-TACG--CTCC-TTTCGTTGACTCTTC-----AAGG-NTAAG---TTG-TT-TTA-------------ACC-TTCGT-TA-TGAC-CTT-ATGTT-----TAGAG-TTAG--AAA-CTTTCAGGTGAGCT---NAAT-TGCCTTTAANGGCCTATG--CAACCC--TTTTAACGACTCTTTAGGACTCGTCTGATCGTGACCT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): CAGGTGAGCTTGTCATCAAAAGCCATCATGACTCTTTTTAATATTCCATTCATTTGTATTTATATTGTTATCTATCTCTTGATAACTTTTGTTTCATTCAATGGCCCGTATCCAGTCATTAA
Unaligned ( gi|32 ): ATAGCCCAACTGAGGCGAAATAAATGACATTCTGGGACCATTATCTGCCTGCGATA
Unaligned ( gi|34 ): AACTCGAGGCGGGAAATGATGTCTGGACTTCTATTATTTGACATGCATAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 3333333333333 1 1 1 11 1 1 222 1 1 1 2222222222222222222222222 1 444444 11111111 1 1 222222 111 111 1 11 111 1 33333 1 22 11 22 1 11 1 222222 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 1 11 1 1 333 1 1 2222 1 1 222 11 1 1 1 111 1 33333333333333333333 111 333333333333 11 111 111111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222222222 11111 22222222 111111 111111 11111 111 2222 111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111 111111 1 2222222222222 1 2222222222 11111 1111 1111 11 222222 1
lowQualScore : 5 1 0 0 1 0 5555555555555 3 3 3 7 77 1 5 1 1 1 333 1 1 5 1 000 1 5 5 5 1 5555555555555555555555555 7 1 2 44 000000 1 66666666 8 88 6 5 8 222222 8 8 1 111 000 6 6 3 6 6 3 22 44 1 6 6 7 000 1 8 8 8 00000 0 33 1 33 0 55 88 0 66 33 9 00 777777 0 3 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 1 0 8 8 8 0 1 55 0 0 88 3 3 333 7 0 0 3 3 3333 1 5 1 1 5 2 000 88 5 7 7 3 1 2 6 111 6 1 5 0 33 777 4 1 8 666 00000000000000000000 555 000 3 77 44 000000000000 2 2 444 77 2 99 666 55555555 2 33 2 999999999 55555555555 99999999 33 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33 2 33 55555 2 777777777 777 9999 4 0 0 666 2 11111 22 33 22222222 2 444 2 3 3 7777 666666 3 3 3 3 4444 555555 3 666 44444 000 55 55 7777 4 000000 5 5 5 5 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 4 2 00000 888 444444 5 5 7777777777777 5 6 5 5 0 8888888888 0 5 11111 5 6666 5 11 99 7777 4 00 888888 5
lowQualScore : . . . . . . ............. . . . . .. . . . . . ... . . . . ... . . . . . ......................... . . . .. ...... . ........ . .. . . . ...... . . . ... ... . . . . . . .. .. . . . . ... . . . . ..... . .. . .. . .. .. . .. .. . .. ...... . . .......................................................................... . . . . . . . . .. . . .. . . ... . . . . . .... . . . . . . ... .. . . . . . . . ... . . . . .. ... . . . ... .................... ... ... . .. .. ............ . . ... .. . .. ... ........ . .. . ......... ........... ........ .. ........................................................................................ .. . .. ..... . ......... ... .... . . . ... . ..... .. .. ........ . ... . . . .... ...... . . . . .... ...... . ... ..... ... .. .. .... . ...... . . . . ................................................................ . . . ..... ... ...... . . ............. . . . . . .......... . . ..... . .... . .. .. .... . .. ...... .
lowQualScore : 0 0 7 7 0 0 0000000000000 3 3 3 3 55 0 0 0 0 0 000 0 0 5 0 000 0 0 0 5 0 0000000000000000000000000 3 0 0 77 000000 0 66666666 0 88 0 4 0 666666 0 0 4 888 888 7 7 3 7 7 2 77 55 0 7 7 8 222 7 0 0 0 88888 0 88 0 88 2 55 00 0 55 88 0 55 888888 0 2 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 0 8 8 6 0 8 0 66 0 6 00 2 3 333 3 7 7 3 3 5555 0 0 0 0 5 5 000 00 0 3 3 3 0 3 7 777 7 4 7 2 44 888 0 0 0 555 33333333333333333333 222 444 3 33 22 444444444444 7 7 777 33 7 77 000 77777777 5 77 7 555555555 22222222222 11111111 44 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 4 22 99999 4 222222222 000 0000 0 2 2 888 0 99999 44 11 44444444 4 444 8 1 1 1111 222222 3 3 3 3 7777 555555 6 444 33333 000 55 55 5555 4 333333 0 0 0 9 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 0 2 00000 111 111111 0 0 5555555555555 0 7 7 0 0 7777777777 1 7 11111 7 6666 7 33 22 7777 2 33 555555 5
consensus : AACGAACCACCTGGGTGCTACCCCCTGGCCTNGGGTCATGGAAATGGGGTGCGTAGGATTGCGAAGCTGCNCTAC-AAGGTACGG-NT-CA---G-G-GACC-TGCGAGAAGAA-CGGG-CAAGGGGGGGACTGCTGGAACTATTGAATGCCANGGGCGAAANCCCATCTCCAGCAGTANGGTAAGNAGGGGATGTGATTCAGAATNNNGATGCGCAGTGAGGATGTTTGATANTNTGGAGGANTCCCATGGCANCCAATCGACGTGAGCATACNTCTGACATGAGCAGGTCTCGATGTCTGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTCGTGCTGAACAACATACNTACGTACGNCATAC-----ATCNACGGGGG--ATGAG-TATTCATCA-GCCAACC-TATCTAAGTCC-CAAAA-ACTTG-GTG-TATCGTGGC--TAGATTTTTA-T-C-TTG-GTGAAG-CGAAGCT-AATCNAG-CGTTTCCTGAGA-ACTA-AAGTGGTAAC--AAATAAACCT-C-ACA-CCCT-A--CAATTGGC-ACT--CCNA--AACCCCG-AGCNTCTCCCT-ATAAAA--GCGAATGACCGAGT----TGAATTAATTG-CCCTA--------------G-CAGATATT---ATTT--AAG-TACA-----AGCTTCATCATTACCA------------CTGCCGTGGGNCACTCACANATTAAAATGAA-GGTGTAAGACGAGTACACTCCGGAGGTAAGC-GAAAACAAATCA-ACAAA-C-AATAAGTCGTTTTCGTCGTGTTGAGCG-CCA-AAAGCATCACACCNTTCATTCAGAATANCACANATGTCACGAAGTCGCCAAAACCTTCAGAGAGGCCAGTATAGATGACCACAGCCCAAAACTGAGAGCACAGAAATGAGAAGTCCTCCGAGGCCCATATCTATCTAGTC-CGCAACACGTCA-TTCGT-G-A-CTCTTTCAA---GG-TTAAG-TTGT--TATT------A-------------ACCTT-CNT---TT-TGACCTT--CAT--G-C-GCG-G----AAA-T-T---AG--A-A--TTTCA-AGGTGAGCT---A----AA-TTACCTTTA--A-GG-----G-C-TA-T--G--CG--A--------CCC--C-----A-TT-A-AT-G--ACTCT---------A----------T-CCG----C----TT--AG----T--GT---TG-T--T----T-CT--TG-CC--C-----TTT-ATC----A----TTG---T----T-TCATTCCATNACC-CC----CTA-CT--TC-A-----T-AGTTATA---GGGGT-C-T----GAAATG------T-GGC-C-CCACCC-T-C-TTGG------G-GC---CCCA--G-GTGGTA---CC--C--TAC---A-GCCCC----A-AACTG-AGG-GC-GGAAANTGATAG---TC-C-----G-----GGA-------------CG---CCT--C-TCGTG-CC-TC-TATG--C-TCC-TTTCGTTGACTCTTC-----AAGGN-T-A-AG-TTG-TT-TTAA-------------CC-TTCGT-TA-TGAC-CTT-ATG---T---T-TAGAG-T-TAG-AAA-CTTTCAGGTGAGCT---NAAT-TGCCTTTAANGGCCTATG--CAACCC--TTTTAACGACTCTTTAGGACTCGTCTGATCGTGACCT
Reference ( family-2198 ) : AACGAACCACCTGGGTGCTACCCCCTGGCCTNGGGTCATGGAAATGGGGTGCGTAGGATTGCGAAGCTGCNCTAC-AAGGTACGG-NT-CA---G-G-GACC-TGCGAGAAGAA-CGGG-CAAGGGGGGGACTGCTGGAACTATTGAATGCCANGGGCGAAANCCCATCTCCAGCAGTANGGTAAGNAGGGGATGTGATTCAGAATNNNGATGCGCAGTGAGGATGTTTGATANTNTGGAGGANTCCCATGGCANCCAATCGACGTGAGCATACNTCTGACATGAGCAGGTCTCGATGTCTGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTCGTGCTGAACAACATACNTACGTACGNCATAC-----ATCNACGGGGG--ATGAG-TATTCATCA-GCCAACC-TATCTAAGTCC-CAAAA-ACT-G-GTG-TATCGTGGC--TAGATTTTTA-T-C-TTG-GTGAAG-CGAAGCT-AATCNAG-CGTTTCCTGAGA-ACTA-AAGTGGTAAC--AAATAAACCT-C-ACA-CCC--A--CAATTGGC-ACT--CCNA--AACCCCG-AGCNTCTCCCT-ATAAAA--GCGAATGACCGAGT----TGAATTAATTG-CCCTA--------------G-CAGATATT---ATTT--AAG-TACA-----AGCTTCATCATTACCA------------CTGCCGTGGGNCACTCACANATTAAAATGAA-GGTGTAAGACGAGTACACTCCGGAGGTAAGC-GAAAACAAATCA-ACAAA-C-AATAAGTCGTTTTCGTCGTGTTGAGCG-CCA-AAAGCATCACACCNTTCATTCAGAATANCACANATGTCACGAAGTCGCCAAAACCTTCAGAGAGGCCAGTATAGATGACCACAGCCCAAAACTGAGAGCACAGAAATGAGAAGTCCTCCGAGGCCCATATCTATCTAGTC-CGCNATACGTCA-TTCGT-G-A-CTCTTTCAA---GG-TNAAG-TTGT--TATT------A-------------ACCTT-CTT---TT-TGACCTT--CAT--G-C-GCG-G----AAA-T-T---AG--A-A--TTTCA-AGGTGAGCT---A----AA-TTACCTTTA--A-GG-----G-C-TA-T--G--CG--A--------CCC--C-----A-TT-A-AT-G--ACTCT---------A----------T-CCG----C----TT--AG----T--GT---TG-T--T----T-CT--TG-CC--C-----TTT-ATC----A----TTG---T----T-TCATTCCATNACC-CC----CTA-CT--TC-A-----T-AGTTATA---GGGGT-C-T----GAAATG------T-GGC-C-CCACCC-T-C-TTGG------G-GC---CCCC--G-GTGGTA---CC--C--TA----A-GCCCC----A-AACTG-AGG-GC-GGAAANTGATAG---TC-C-----A-----GGA-------------CG---CCT--C-TCGTG-CC-TC-TACG--C-TCC-TTTCGTTGACTCTTC-----AAGGN-T-A-AG-TTG-TT-TTAA-------------CC-TTCGT-TA-TGAC-CTT-ATG---T---T-TAGAG-T-TAG-AAA-CTTTCAGGTGAGCT---NAAT-TGCCTTTAANGGCCTATG--CAACCC--TTTTAACGACTCTTTAGGACTCGTCTGATCGTGACCT
gi|1 : AACGAACCACCTGGGTGCTACCCCCTGGCCTAGGGTCATGGAAATGGGGTGCATAGGATTGCAAAGCTGCTCTAC-AAGGTACAG-GTACA---GAG-GACCCTGCGAGAAGAA-CGGGGCAAGGGGGAGACTGCTGGATCGATTGAAT--TATGGGCGAAATCCTATCTTCAACAATAGGGTAAGAAGGGGATATGATTCAGAATAGTGATGTGCAATGAGGATGTTTGATATTGTGGAGGATTCCCAT---AACTAATT-ATGTGA-CATACCTCTGACATGAGCAGGTCTCGATGTCTGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTCGTGCTGAACATCATACATTC-TACCCCATAC-----ATCGACGGAGAGCATGAGCTATTCATC--GCAAACCATATC-GAGTCC-CAAG---CT-GTGTGATATCATGTC---AGATTTTTA-T-C-TTG-GTAAAGACTAA-CT-AATCAAG-CGTTTCCTGAGAGACTA-AAGTA-TAAC--AAATAAACCTGC-ACA-CCCTTAGCCACTTGGC-ACT--CCCA--AATCTCGCAACACCTCCTTTATAAAAAAGCGAATGCAAGAGTGTGGTGATTTAATTG-CCC-A--------------G-C------------------------------GCT--ATCATTAC-A------------CTAC-GTGAGTCACTCACAAATTGAAATGAA-CG------ACCAGTACACTCCAGAGA-AAGC-CAAAA-AAATCACACAAA---ATTAAG-CATTTTCGTTGTGTTGAGCGGCCA-AAAGCA----ACCCTTCATTCAGAATATCACAGA-GTCACAAAGTCGCCAAAAC--TCAGAGAGGCCAGTATAGATGACCACAGCCCAAAACTGAGAGCACAGAAATGAGAAGTCCTCCGAGGCCCATATCT-TC-AGTC-TTCCATACGTCA-TTCTT-G-ATCTCCTTCAA---GG-TTAAGATTGT--TGTTGAAGCTA-------------AACTG-CCTGG-TT-TGACCGT--CAT--AAT-GTA-G----GGA-T-T---AG--A-A--TATCA-AGGTGAGCT---A----AA-TTTGCTTTA--A-GG-------C-TA----G--CG--A--------CCC--C-----A-TT-A-AC-A--ACTCC---------A----------T-CTG----T----AT--AG----T--GT---TG-T--T----T-CT--TG-CC--C-----ATT-ATC----------CG---T----T-TCATTCCATCACCACC----TTA-AT--TC-A-----T-AGTTATA---GGGGT-C-T----GAAATA------TAGGC-C-CCATCC-T-C-TTGG------G-GC---TAT---G-GTATTA---CC--C--TA----A-GCGTC----GCAACTGGAGGAGC-GGGAATTGATAG---TC-ATTGTGA-----GCA--------------A---CCTA-T-TCATGACC-TT-TATAAAC-TTCATTTCGTTGACTCTTC-----AAGGA-T-A-A---TG-TC-TTAA-------------CC-TTCAT-T--TGAC-ATT-ATG---T---TGTAGAG-TATGA-AAA-CTTTCAGGTGAGCT---AAAT-TGCCTTTTATGGTCTATG--CAACCC--ATTTAACGATTCTTTAGGACTCATTTGATCGTGACCT
gi|10 : ----A----TTG---T----T-TCATTCTGTAGCA-CC----GAA-TT--CA-A-----T-CATTATT---GGAAT-C-T----GATATG------T-GAA-C-CCACCCAT-A-TTTA------G-GT---CCCA--C-GTGGTA---CC--T--TACGG-N-NNNNN----N-NNNNN-NNN-NN-NNNNNNNNNNNN---NN-N-----N-----NNN-------------NN---NNN--N-NNNNN-NN-NN-NNNN--N-NNN-NNTCGTGGACTCTTC-----AAATA-T-T--G-TTG-TTATTAA-------------CC-ATCGT-TA-TGAT-CTTTATG---T---T-TAGAAAT-TAA-AAA-CTTTCAGGTGAGCT---TCAT-TGCTTTTATAGTTCTATG--CAACCC--gtcaatggtagttg
gi|11 : AA---GG-TTTAC-TTGTGTCATC------A-------------ACCTT-CCT---TT-TGATCTG--CAT--G-T--TG-GAAAAAAA-T-T---AGAAA-A--CTTC--AGATGAGCT---AAATTAA-TTACC-GTA--A-GG-----GTC-TATT--G--CA--C--------CCC--C-----ATTT-A-AT-G--A--CT---------A----------T-CCG----C----TT--GACTTTT--GC---TGAT--C----T-TT--TG-CC--C-----TTT-ATCCACTG----TTG---T----T-TCATTTCATT-CA-CC----CTA-TT--TTAA-----T-AGTATTA---GAGTT-C-C----GAAATGC-----T-GGC-C-CCACCC-T-C-TTGA------A-GC---
gi|12 : cgtca-----G-C-TT-T--A--TG--A--------CCC--CCTTTTA-TT----T-G--GTTCT---------A----------T-CCG---------TT--AGAGTAC--GT---CG-T--TC---T-CT--AT-CC--C-----TTT-ATC----AGTT-TTG---T----T-TCATTCGATCACC-CC----AT--CT--CC-AATCATT-AGATATA-----GGT-C-TTCGGGAAA------------C-A-CCA----------GG------T-GCTATCCCC--G-GTGCTA---TCATC--TAT---A-GTCCC----A-AACTA-AGT-GC-GGAAAATGAAAG---TCTC-----A-----AGATTTCTTATCAACGTG---CCT--A-TCTTG-CC-TG-CAT---T-TCC-TTTCGCAGACTCTTactattgatcggtcacccccta
gi|13 : aaaagctaTGC--TATT------A-------------ACCTT-CTT---TT-TGACCTT--TAT--G-C-----A----AAA-T-T---GG--A-AACTTTC--AGGTGAGCT---A----AA-GTACCTTAA--A-GG-----ACC-TA-T--G--CA--A--------TCC--C-----ATTT-A-AT-T--ACTAC---------A----------C-CCG----C----TTG-AT----T--TT---TG-TGAT----A-TT--TG-CA--C-----TGT-ATC----ACTG-TTG---T----T-TCATTTCATTA-T-CC----TTG-TT--TCAA-----T-GGTTAT
gi|14 : aTT------A-------------ACCTT-TGT---TT-TGACCTT--CTT--G-T-G---G----AAA-TAT---AA--A-A--TTTCA--GGTAAGCT---A----AA-TTACCTTTG--A-GG-----GAC-TA-C--A--GA--A--------CCC--C-----A-TTCA-AT-G--A--GT---------A----------T-CTG----C----TT--GA----T--TT---CG-T--TG---T-GT--TG-AC--A-----TTT-ATC----A----CTG---T---------------------------TG-CT--TC-A-----T---------------T-C-T----AAAATA------T-GGC-C-CCACCC-T-C-TTG
gi|15 : G----T--AT---TG-T--TC---T-CT--TG-CC--C-----TTT-ATC----G----TTT---T----TCTCATTTGATCACC-CCAAATCAA-AT--TA-T-----T-AATTA-------GGT-C-T----GAAATGCCAATGT-GGC-T-CCACCC-T-C---GGAA----G-GC---CCTA--G-GTGTTA---CC--CCTTC----A-ACCCT----A-AACTG-AGA-CC-AGAAAATAAcgtttgtatt
gi|16 : ttgaagactaatgcatggttct----TTC---T----T-TCATTTTATAACC-CT----ATG-CT--C----------------A---G-------T----GAAATG------T-GGT-T-CTACAC-T-C---GGTAAGCCG-GG---CCCC--GTGTGGTA---CC--C--TA----AAGCCCC----A-AACTG-AGG-GC-AGAAAGTGATAG---AA-C-----A-----AGG-------------CA---C----C-TTGTG----TC-TATG--C-TCC-TTTCGTTGACTCTTC-----AA
gi|17 : ttgattgcttA-TGTC-CCT-GTG---TGATC-TAAAA-T-TAG-GAA-CTTTCAGGTGAGCT---CAAT-TTCCCTTTGAGGCCTATGATCTACC-----TTAAGGGTTCTa
gi|17 : ----AAA-T-T---AG--G-AACTTTCA--GGTGAGCT---C----AATTTCCCTTTG--A-GG-----C-C-TA-T--GATCT--A--------CC-----------TT-A-AG-G--GTTCT---------ACATGTATATGC-CCGA---CTCTATT--GG----T--GTC--TA-T--C----T-CT--TGATC--C-----TTT-------------TTG---T----T-TTGCTCGATCACC-CC----ATA--T--TC-A-----acatgtatatgcccgactctattggtgtctatctcttgatcctttttgttttgctcgatcaccccatattcaat
gi|18 : atgtccctgtgtgatcta-TTCGT-GGA-CTCTT-CAATACGG-TAAAG-TGAT--AATT------AGAT----------ACCTTTCGTGGATA-TGACCTTT-CAT--G-T-GTG-A----AAA-T-TTCGAA--A-C--TTTCATAGGTGAGC----A----AA-TTACATTTATTA-GG-----G-CACC-T--G--CGGAA--------CCC--C-----A-T--G-GT-T--ACTCT---------A----------T-CTG----T----TT--AG----TA-GT---Tat
gi|19 : -G----AAA-T-T---GA--A-AC-TTTCA-AG-TGAGCT---A----AA-TTATCTTTA--A-AG-----G-CTTA-C--A--CA--A--------CCC--C-----A-TTCC-AC-T--ACTAT---------A----------T-GTG----C----TT--GA----C--GTTTATG-T--T----GACT--TG-CC--C-----TTT-TTC----AAGG-CTG---T----G-CCATTGCGTT-TC-CC----CTA-CT--TCAA-----T-AGTTGTA---GGc
gi|2 : ttgttAAC-AACCACCTGGATACTACCCTCTGGCCTTGGATCATAGCAATGGGGTGCATAGGAATGCAAAGCTACACTAC-AAGGTATGGTTT-CAATGG-G-AACC-TCCGATAAGAATTGAG-CAAGGGAGGGGGTGCTGGAACTATTAAATGCCAGAGG-GAAAACCCATTTCCAGCAGTATGATAAGTAAGGGATGTGATTCAGAATTCAGATACGCAGTGAAGATATTTGATAATTTGG-GAAATCCTATGGCATCCAATCGACATGAGCA-ACATCTGACAat
gi|2 : TGAGCAACAT-CTGACAAACGAAATACCTTCAATCCACGGGGG--ATGAG-TATTCATCA-ACCAACC-TAA--AAGTCCATAAAC-ATA-G-ATA-TGTCTTGGC--TAGATTTTTA-GAT-TTG-GTGAAG-TGAAGCT-ACTCTGG--GTGTCCTGAGA-TATA-AAATGTTGA---AAA-AAACAT-C-A--------A--TAATTCTC-ACT--CCTAGAAATCAAA-AACA---CCCT-A-AAAA--GC-AAGGATTGAGT-----GAATTGATTG-CCCTAATTAGATATTCCCAG-TAAATATT---ATTT--A---TACA-----AGCTTCATCATTAC---------------TGCCGTGG-ACATTCACA-----AAGTGAT-GGTGTAAGACGATTGCACT--GGAGGTAAGCAGAAAATAAAGCA-ACAGA-CGAACAAATAGTTTCCGTCGTGCTGTGTG-CCA-AAAACATCACACCATTTATT-AAAATAATACACATATCAGGAAGT---CAAAACCTTCAGA-AGGCCaacgaaataccttcaatccacgggggatgagtattcatcaaccaacctaaaagtccataaacatagatatgtcttggctagatttttagatttggtgaagtgaagctactctgggtgtcctgagatataaaatgttgaaaaaaacatcaataattctcactcctagaaatcaaaaacaccctaaaaagcaaggattgagtgaattgattgccctaattagatattcccagtaaatattatttatacaagcttcatcattactgccgtggacattcacaaagtgatggtgtaagacgattgcactggaggtaagcagaaaataaagcaacagacgaacaaatagtttccgtcgtgctgtgtgccaaaaacatcacaccatttattaaaataatacacatatcaggaagtcaaaaccttcagaaggccctaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgttgactttttaatgttaagctgttattaaccctaattttcaccttcatacgtgaaaatgagaaaatttcaggtgatcttaattccgtttaagtgtataagcaaacccatttaattaatctttaagcttaattttgttgtagccttgcccttcattactgttgtttcattacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttatagagtttgaattccgctatctagtccgcaaactcatttcgagaactcttcaaaggtgaagtttttattaacctactttttgactttcatgcgtgaaaattataaactttcaagtaagcaaaattactttcaagag
gi|2 : aacaaccacctggatactaccctctggccttggatcatagcaatggggtgcataggaatgcaaagctacactacaaggtatggtttcaatgggaacctccgataagaattgagcaagggagggggtgctggaactattaaatgccagagggaaaacccatttccagcagtatgataagtaagggatgtgattcagaattcagatacgcagtgaagatatttgataatttgggaaatcctatggcatccaatcgacaTCGTTG-A-CTTTTT-AA---TG-TTAAG-CTGT--TATT------A-------------ACCCT-AAT---TT-TCACCTT--CAT--A-C-GTG-A----AAA-T-G---AGAAA-A--TTTC--AGGTGATCT---T----AA-TTCCGTTTA--A-GT-----G---TA-TAAG--CA--A--------ACC--C-----ATTT-A-AT-T--AATCT---------T----------T-AAG----C----TT--AA----T--TT---TG-T--TGTAGC-CT--TG-CC--C-----TTC-ATT----ACTG-TTG---T----T-TCATTACATctaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgttgactttttaatgttaagctgttattaaccctaattttcaccttcatacgtgaaaatgagaaaatttcaggtgatcttaattccgtttaagtgtataagcaaacccatttaattaatctttaagcttaattttgttgtagccttgcccttcattactgttgtttcattacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttatagagtttgaattccgctatctagtccgcaaactcatttcgagaactcttcaaaggtgaagtttttattaacctactttttgactttcatgcgtgaaaattataaactttcaagtaagcaaaattactttcaagag
gi|2 : aacaaccacctggatactaccctctggccttggatcatagcaatggggtgcataggaatgcaaagctacactacaaggtatggtttcaatgggaacctccgataagaattgagcaagggagggggtgctggaactattaaatgccagagggaaaacccatttccagcagtatgataagtaagggatgtgattcagaattcagatacgcagtgaagatatttgataatttgggaaatcctatggcatccaatcgacatgagcaacatctgacaaacgaaataccttcaatccacgggggatgagtattcatcaaccaacctaaaagtccataaacatagatatgtcttggctagatttttagatttggtgaagtgaagctactctgggtgtcctgagatataaaatgttgaaaaaaacatcaataattctcactcctagaaatcaaaaacaccctaaaaagcaaggattgagtgaattgattgccctaattagatattcccagtaaatattatttatacaagcttcatcattactgccgtggacattcacaaagtgatggtgtaagacgattgcactggaggtaagcagaaaataaagcaacagacgaacaaatagtttccgtcgtgctgtgtgccaaaaacatcacaccatttattaaaataatacacatatcaggaagtcaaaaccttcagaaggccctaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTATCTAGTC-CGCAA-AC-TCATTTCGA-GAA-CTCTTCAAA---GG-TGAAG-TTTT--TATT------A-------------ACCTA-CTT---TT-TGACTTT--CAT--G-C-GTG-A----AAA-T-T---AT--A-AACTTTCA-A-GTAAGCA---A----AA-TTACTTTCA--A-GA-----G-tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttatagagtttgaattccgctatctagtccgcaaactcatttcgagaactcttcaaaggtgaagtttttattaacctactttttgactttcatgcgtgaaaattataaactttcaagtaagcaaaattactttcaagag
gi|20 : aacaaccacctggatactaccctctggccttggatcatagcaatggggtgcataggaatgcaaagctacactacaaggtatggtttcaatgggaacctccgataagaattgagcaagggagggggtgctggaactattaaatgccagagggaaaacccatttccagcagtatgataagtaagggatgtgattcagaattcagatacgcagtgaagatatttgataatttgggaaatcctatggcatccaatcgacatgagcaacatctgacaaacgaaataccttcaatccacgggggatgagtattcatcaaccaacctaaaagtccataaacatagatatgtcttggctagatttttagatttggtgaagtgaagctactctgggtgtcctgagatataaaatgttgaaaaaaacatcaataattctcactcctagaaatcaaaaacaccctaaaaagcaaggattgagtgaattgattgccctaattagatattcccagtaaatattatttatacaagcttcatcattactgccgtggacattcacaaagtgatggtgtaagacgattgcactggaggtaagcagaaaataaagcaacagacgaacaaatagtttccgtcgtgctgtgtgccaaaaacatcacaccatttattaaaataatacacatatcaggaagtcaaaaccttcagaaggccctaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgttgactttttaatgttaagctgttattaaccctaattttcaccttcatacgtgaaaatgagaaaatttcaggtgatcttaattccgtttaagtgtataagcaaacccatttaattaatctttaagcttaattttgttgtagccttgcccttcattactgttgtttcattacattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttatagagtttgaattccgTTCGT-GACTCATC-----AAAGT-T-AGAG-TTG-TA-TTTA-------------CC-TTCGTCTA-ATAC-CTT-TTC---C---T-TGAAG-T-TCGCAAATCTTTCAGGTGAGCT----AATATAACTTTAGGGGCC-ATG--GACACT--TTTTAATAACTC--TA------GTCTGA-CGTGACCT
gi|21 : aG--ATGAG-TATTCATCA-GCCAACC-TATCTAAGTCC-CCAAG-CCTTG-GTG-TATCATGTC--TAGATTTTTA-T-C-TTGCGTAAAG-CTAAGCT-AATCAAGACGTTTCCTGAGA-GCTA-AAGTGGTAAC--AAATAAACCT-C-ACA-CCCT-A--CCATTGGtcgttgttgtt
gi|23 : TCATCTTT----------------CTACCGTGAGTC-CTCACAAATT-----GAA-GATGAACGACCAGTACACTCCAGAGA-AAGC-CAAAA-AAATCA-ACAAATC-AATAAGTCATTTTCGTTGTGTTGAGCG-CCATAAAGC
gi|24 : --TTTCA-AG-TAAGAT---G----AA-TTGCCTTTA--A-GG-----GTC-TA-T--G--CA--A--------CCC--C-----G-TTTA-AT-G--ACT----------------------T-GC-----C----TT--------T--GT---TGGT--C----T-CT--TG-CC--C-----TTT-ATC----AAT--TTG---GA---T-TCATTCAATCA-C-AC----CTA-C
gi|25 : ac--C-TCA-TTTCGTTGACTCTTC-----AAATT-TTA-AG-TTG-TTATCAA-------------TTATTCGT-TA-TGAC-ATT-AT----------T-GAG-T-------A--TTTCAGGTGAGCT---TAAC-TGCATTTAATGGTCTTTG--CAACCa
gi|26 : aA-T--A--CA--A--------CCC--C-----A-TT-T-ATTA--ATTCT---------A----------A-CAG----C----TT--GGCTT-T--GT---TG-T--T----GACT--TG-CC--C-----TTT-ATT----A----ATGATTT----T-TTATTCCATTACC-CC-----TA-TT--TC-AC----T-AGTTATA---GGGGT-C-
gi|27 : TG---T----T-TGAT-CCATGACC-CC----ATAACT--TT-A-----CGAGTTTTA---GGG-T-C------GAAATGC-----T-GGC-C-CCACCC-TAT-TTGG------G-GC---CTCCAGA-GTGGTACTTCC--C--TA----
gi|28 : ---CC--C--CA----A-ATTCC----A-AACTT-GGG-ACAGGAAA---ATAA---TT-C-----A-----AGA-------------GGTATCCTACC-TTGTG----TC-TATG--C-TTC-TTTCGTTGACCCTTC-----AAAGA-T-c
gi|29 : ACC-CC----CTA-CT--TT-AC----T-AGT-ATA---GAGTTAC-T----GAAATG------T-GAC-C-CGACCC-T-CGTT--------G-GT---CCCC--A-GAGGTA---ttga
gi|3 : tgattactattgaAC-CTTCATG---T---TGCAGAA-T-TAT-AAA-CTTTCAGGTGAGCT---AAAT-TACGTTTAATTGCCTATG--CAACCCTTTTTTAATGACT
gi|3 : ACCTT--CAT--G-TTGCA-G----AA--T-T---AT--A-AACTTTCA--GGTGAGCT---A----AA-TTACGTTTA--ATTG-----C-C-TA-T--G--CA--A--------CCCTTT-----T-TT-A-AT-G--A--CT---------A----------T-CCG----C----TTG-AC----TTCGT---TG-T--TG---C-CT--TG-CC--TTAACGTTT-ATC----A----atccgcttgacttcgttgttgccttgccttaacgtttatcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtttactcttcaaaggttaagttgttatataccttctttttgaccttcatgttgcagaattggacactttcagttgagctgaatcacatttaagggcttatgcaaatggcaagccgcgataatgaaacctattcgttgactttgttgttgttattgctctttattattattaggtttattgtttcccctatttgtcaatattattagggtcgtgaattgtggcgcccacgcatttgaggcaacaggtggtgcctacagcccgcaactgagggcgcaaattggtagtctgggagcctctctgtcggctggcattcttttgttgatactcaaggttaattgttaccttatcaggtgctaaaatatgattgcatagcattttaagtaatttaatatggaaaaactagatttatt
gi|3 : -A-CTCTTCAAA---GG-TTAAG-TTGT--TATA------T-------------ACCTT-CTT---TT-TGACCTT--CAT--GTT-GCA-G-----AA-T-T---GG--ACA--CTTTC-AGTTGAGCT---G----AA-TCACATTTA--A-GG-----G-CTTA-T--G--CA--AATGGCAAGCCG--C-----G-AT-A-AT-GAAAC-CT---------A----------T-TCGTTGAC----TT--------T--GT---TG-TTGT----T-AT--TG-CT--C-----TTT-ATT----A----TTA---TTAGGT-TTATT--GTT-TC-CC----CTA-TTTGTCAA-----T-A-TTATT---AGGGT-CGT----GAATTG------T-GGCGC-CCACGC-A-T-TTGA------G-GC---AACA--G-GTGGTG----C--C--TAC---A-GCCCG----C-AACTG-AGG-GC-GCAAATTGGTAG---TC-T-----G-----GGA--------------G---CCT--C-TC-TG-TCGGC-TG-G--CATTC-TTTTGTTGA-TACTC-----AAGGT-T-A-A--TTG-TT----A-------------CC-TTcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtttactcttcaaaggttaagttgttatataccttctttttgaccttcatgttgcagaattggacactttcagttgagctgaatcacatttaagggcttatgcaaatggcaagccgcgataatgaaacctattcgttgactttgttgttgttattgctctttattattattaggtttattgtttcccctatttgtcaatattattagggtcgtgaattgtggcgcccacgcatttgaggcaacaggtggtgcctacagcccgcaactgagggcgcaaattggtagtctgggagcctctctgtcggctggcattcttttgttgatactcaaggttaattgttaccttatcaggtgctaaaatatgattgcatagcattttaagtaatttaatatggaaaaactagatttatt
gi|30 : accttcatgttgcagaattataaactttcaggtgagctaaattacgtttaattgcctatgcaacccttttttaatgactatccgcttgacttcgttgttgccttgccttaacgtttatcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtttAGCTGCCCTACCAAAGTACGG-AA-CA---G-GCGACC-TGTGAGAAGAA-CGGG-C-AGGGGAGGACTGCTGGAACTATTGatcaggtgctaaaatatgattgcatagcattttaagtaatttaatatggaaaaactagatttatt
gi|31 : AGATTCTTA-C-C-CTT-GTAAAGACGAAGCTAAACCAAA-TGTCTCC-GAGA-ACTACAAGTGGTGAC----ATAAAC
gi|33 : GGTCATGGAAAAGGTGTGTGTAGGATTGCGAAACTGCACTGC-ATAGTACAG-
gi|35 : aa--C-TTGTG----TC-TACA--C-TCC-TTTTGTTGACTCTTC-----AAG---T-A-GA-TTG-TA-TTAA-------------CC-
gi|4 : c---T----T-TGATTCCATGACT-CC-----TA-CT--TT-AC----T-AGTTATA---GGGGT-C-T----GAACTG------T-GGC-C-CCACCC-T-C-TTGG------G-AC---CCCA--A-ATGGTAC--CC--C--TAC---A-TCCCC----A-AA
gi|4 : CTTTCAA---AG-TACAGCTTGT--AATT------T-------------ACTTT-CCG---TTATGACTTTGTTATTAG-C-TTG-T----AAAGT-T---CA--A-A--CTTCA--GGTCAGCT---A----AA-TTATCTT----A-GG-----C-C-TA----G---G--A--------ACC--C-----A-TT-TTAT-G--GATCT---------A----------T-GC-----C----TG--AG----TC-GTC--TG-T--T----T-GTGTTG-TCGGC-----TT--ATT----AATATTTG---T----TCTGATTCCATGACC-CT-----TA-CC--TT-AC----T-AATTATATTGGGAGT-C-T----TAACTG------T-GTC-CTCCACCC-T-C-TTAG------GTGC---CCCA--G-TTGGTA---CC--T--TACTACA-GGCCCGCAAA-AACTG-AGG-GC-GGAAATTGGGAGATTTC-C-----GTTTTCGGAG------------CG---CCT--CGTCTTA-TC-CT-GATA--C-TCA-TTTCGTTGACTCTCTTTTAAAAGGT-T-G-AGTTTGTTT-TTAA-------------CC-TTCGT-TATTGACGCTT-gcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagcgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttgttactttcaaagtacagcttgtaatttactttccgttatgactttgttattagcttgtaaagttcaaacttcaggtcagctaaattatcttaggcctaggaacccattttatggatctatgcctgagtcgtctgtttgtgttgtcggcttattaatatttgttctgattccatgacccttaccttactaattatattgggagtcttaactgtgtcctccaccctcttaggtgccccagttggtaccttactacaggcccgcaaaaactgagggcggaaattgggagatttccgttttcggagcgcctcgtcttatcctgatactcatttcgttgactctcttttaaaaggttgagtttgtttttaaccttcgttattgacgctttaat
gi|5 : tttgattccatgactcctactttactagttataggggtctgaactgtggccccaccctcttgggaccccaaatggtacccctacatccccaaagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagcgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttgttaAACAATATACCTATGTACATCATA-------TCTA--------ATGAG-TATTTATCA-GTCAACC-TATCTAAGTCC-CAAAAGACTTG-GTG-TATCGTGGC--TAGATTTTTA-T-CTTTG-GTGAAG-TGAATCT-TATCT-G-AGTCTTTTGAGA-ACTA-AAGTGATAAT--AAA-ACATCT-C-ACACCCC--A--CAATTGGC-ACTA-CCAA--AACCCCG--GCCTCTCCCT-ATAAAA--GC-AATGACCGAG-----TGAATTAATTG-TCCTA--------------ATCAGATGTTCCAAGTT--AAA-AACATCTCCAACCTGACCCTTATCATTT---------CTGCCG-GGGGTACTCACATATTAAAATGAA-GGTGTAAGGTGAGTACACT--GCATGTAGG--GAAAACAtaat
gi|6 : --ATGAG-TATTTATCACGTCAACCCTATC-AAGTCC-CAAAA-ACT-G-GTG-TATCGTGGCCTTAGATTTTTATT-C-TTG-GTGAAG-TGAATCT-A--CTAG-TCTTT--TGAGA-ATCA-AAGTGATAACCTAAAACATCTT-CAACA-CCC-----CAATTGGCAACTTACCAA--AACCCCG--GCCTCTCCCT-AT-AAA--GCAATTGACCGAGT----TGAATTAATTGTCCTTA--------------T-CAGGGATT---GTTTCCAAGTTAAA-----AACATCTCCA--ACCGACCCCACATTTTCTGCC-CGGGGTACTCACATATTAAAATGAAGGGTGTAA-AGGAGTACACT-CGCATGTAGG--GAAAAC
gi|7 : T---TG-T--T----TTCT--TG-CC--C-----TTT-ATC----A----CTGTTAT----T-TTATTCCATAA-A-CC----CTA-TT--TCAA-----T-AGGTATA---GGG
gi|7 : caaccttgtttgattgatatct-TTAAA-TTGT--TATT------A-------------ACCTT-TGT---AT-TGACCTT--CAT--GAT-ACA-G----AAC-T-A---GG--A-A--ATTCC-AGGTGAGTT---A----AA-TTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaatattaaattgttattaacctttgtattgaccttcatgatacagaactaggaaattccaggtgagttaaattggc
gi|8 : caaccttgtttgattgatatctttgttttcttgccctttatcactgttattttattccataaaccctatttcaataggtatagggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaataA-TTCGT-G-A-CC--TTCAA---GC-TAAAG-GTGT---ATT------G-------------ACCTC-GTT---AT-GAACCTT--TAT--T-C-GTGTA----AAA-T-C---AA--A-----CTCA--GGTACGCT---A----AA-TGAACTTT---A-GG-----C-C-TG-T--G--GG--A--------CCC--T-------TT-A-AT-G--AC------------A----------TACTG----C----TTTGAC----T--CG---TG-T--G----C-TT--TG-CC--C-----TTT-ATA----A----ATG---TTG--T-TGATTTCATA----CC----CTA-CC--GT-AC----T-AGTTATA---GGGggc
gi|9 : ACCTAGCCTCGTAACTCGT---TTCAT-G-G-ATTCTTCAA---GGAGTAAG-TTGT--TGTT------AAATAATCAATATGACCTC-CAT---TA-TGATC-C--CAT--G-A-GAT-GTA--AAA-T-T---AG--G-AACTTTC--GGGTAAACTTTAA----AA-TTGCCGTCT--A-GACTCTCC-C-TC-T--C--CG--A--------CTC--C-----C-TT-ATAA-G--AGTCCTGTATGGCAA----------T-CCG----T----AT--TG----T--TT---TC-T--TTA--T-TT--TG-AA--T-----TTTGATC----ATTT-TTG---T----T-TTATTCCA--ACC-Cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttctacttc
gi|9 : ttccctgG-CC-TCGTA-A--C-TCG-TTTCATGGATTCTTC-----AAGGAGT-A-AG-TTG-TTGTTAAATAATCAATATGACC-TCCAT-TA-TGAT-CCC-ATGAGAT---G-TAAAA-T-TAG-GAA-CTTTCGGGTAAACTTTAAAAT-TGCCatatctaattactatacaaatgaccctacactcggga
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): CAGGTGAGCTTGTCATCAAAAGCCATCATGACTCTTTTTAATATTCCATTCATTTGTATTTATATTGTTATCTATCTCTTGATAACTTTTGTTTCATTCAATGGCCCGTATCCAGTCATTAA
Unaligned ( gi|32 ): ATAGCCCAACTGAGGCGAAATAAATGACATTCTGGGACCATTATCTGCCTGCGATA
Unaligned ( gi|34 ): AACTCGAGGCGGGAAATGATGTCTGGACTTCTATTATTTGACATGCATAC