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blockSeqs : T . TT CA C T . C T C G CT T AC T GT G CTG TTA TG GGG TAGCG AAG A . G AC A TC C . AT TG G C C TAATTA G . A T T T A . A AATGATG AGTG T A AG A A T CC CA T A C C G
blockSeqs : . . . T . T . . T A . T . . . . . . A TA . . G A . . . . . . . . . . . . AAGT . . . . . . . . . G . . . . . . . TT C T . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . T A . T . . . . . . A CG . . G . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . A A . T . . . . . . A TG . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . T A . T . . . . . . A TT . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . T A . T . . . . . . A CA . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . T A . T . . . . . . A TG . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T A . T . . . . . . A TC . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . A A . T . . . . . . A CG . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . A CG . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A CT . . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A G . . . . . . . . . . . . . . . . CA . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : **** *** ** ** ** ** ** ****
originalCons : TGACT-CTT-C--A--AAG-GTAA-AGG-T-GTTATTAAC-CT-TCGTT-A--T----G--AC-C---TTT--ATGCGTGA---AA-----A---TT-C--GAAA-C--TT-T--C-AG-G--T--GAG-C--TAA-AT--A--A--CCTTT-AAGG-G-C-CT-G-TGG-AA--C-CCCAT-------T----TAAT--G-AC--TC----T-ATCTGC-TTGA--GTTC-G-TTG-TT-GTCTTGTCCTT-TAT
finalCons : TGACT-CTT-C--A--AAG-GTAA-AGG-T-GTTATTAAC-CT-TCGTT-A--T----G--AC-C---TTT--ATGCGTGA---AA-----A---TT-C--GAAA-C--TT-T--C-AG-G--T--GAG-C--TAA-AT--A--A--CCTTT-AAGG-G-C-CT-G-TGG-AA--C-CCCAT-------T----TAAT--G-AC--TC----T-ATCTGC-TTGA--GTTC-G-TTG-TT-GTCTTGTCCTT-TAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TGTTGATTCCAGGCCCTACTGTTATACTAAGTTTTTTATGAGGGGTGCCTGTATAATGTCTTGGCCTTCAGCTCGTTTGTTGGTCCCCTTGTGGGTATCCTCAACAGACCCAAACTCGAGGCGGGAAATGATGTCTGGACTTCTATTATTTGACATGCATACTCTATTCGTGACT
Unaligned ( gi|16 ): GGTGATTAGTGGGCTGGGTGGGGTCTTAGTTTTGTCTTGATTACTATTGAACCCCCTACTTTACTAGTATA
Unaligned ( gi|19 ): GCCTGCATATTCATTTCGTTGATTCTTCAAAGGTTAACTTGTTATT
Alignments
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lowQualScore : . . .. .. . . . . . . . .. . .. .... .. . ... ... .. ... ..... ... . .. . .. . .. . . .. .. . .. . ........ . . . . . . . .. . ....... .... .. . .. .... . . .. .. . . . . .
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Reference ( family-2197 ) : TGACT-CTT-C--A--AAG-GTAA-AGG-T-GTTATTAAC-CT-TCGTT-A--T----G--AC-C---TTT--ATGCGTGA---AA-----A---TT-C--GAAA-C--TT-T--C-AG-G--T--GAG-C--TAA-AT--A--A--CCTTT-AAGG-G-C-CT-G-TGG-AA--C-CCCAT-------T----TAAT--G-AC--TC----T-ATCTGC-TTGA--GTTC-G-TTG-TT-GTCTTGTCCTT-TAT
gi|1 : --A--AAG-GTAA-AGGGTAGTTATTA-C-CT-TC-TT-A--TAGATG--AC-C---TTT--A-GTGTGAT--AA-----A---TT-CCTGAAA-G--TT-T--C-CGTGC-T--GAT-CCCTAATAT--A--C--CTTCT-AAGGCG-A-CT-G-TGG-AAGCC-CCCAT-------T----TAGTCTG-AC--TTCTCTT-ATCTGC-TTGA--GTGC-G-TTGATT-GTCTTGGTCTT-TAT
gi|1 : TGACT-CTTTC--AT-AAG-GAAC-AGG-T-GTTATTACC-CT---GTT-GACT----G--AC-C---TGT--ATGTGTGGGGGAATAGCGA---TTAC--GAAA-CACTTAT--C-AG-GATT--GAG-CC-TAA-AT--T--A--CTTTT-AAGG-G-T-CTTG-TGG-AA--C-CCCACAATGATGT----TATTT-G-ACAGTCA---T-ATCTGC-TTGA--GTTC-G-TTG-TTCGTCTtaaggttcggtttgattccatgaccctactttgcttggtgataggggttgaatggtgcacctgaccctcttgggccccaggtaggggtacccctacgagccgccacaactgacggcggagtacatacgatatcctgggcagttgcagccctactcttacacatgaggtcaagtactcatttcgttgactctttcataaggaacaggtgttattaccctgttgactgacctgtatgtgtgggggaatagcgattacgaaacacttatcaggattgagcctaaattacttttaagggtcttgtggaaccccacaatgatgttatttgacagtcatatctgcttgagttcgttgttcgtctgaggccattattaataaaggtctgtttatcgccaatgaccgc
gi|10 : aaaggtaaagggtagttattaccttcttatagatgacctttagtgtgataaattcctgaaagtttccgtgctgatccctaatataccttctaaggcgactgtggaagcccccatttagtctgacttctcttatctgcttgagtgcgttgattgtcttggtctttattaaggttcggtttgattccatgaccctactttgcttggtgataggggttgaatggtgcacctgaccctcttgggccccaggtaggggtacccctacgagccgccacaactgacggcggagtacatacgatatcctgggcagttgcagccctactcttacacatgaggtcaagtactcatttcgtTGACT-CTT-C--A--ATG-GTAA-AGG-T-GTTATTAAC-TT-TCGTT-A--T----G--AC-C---TTT--ATGTATGA---AA-----A----T-C--GAAA-C--TT-T--C-AG-G--T--GAG-C--TAA-AT--T--A--CCTTT-AAGG-G-C-CT-G-TGG-AA--G-ACCAT-------T----TGTT--G-AT--TC----T-gaggccattattaataaaggtctgtttatcgccaatgaccgc
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