lowQualScore : 22222 111111 22 22222 11111111 33333333333333 11111111111 11111
lowQualScore : 4 55555 0 000000 00 77 2 0 2 7 2 22222 3333 999999999 2 4444 88888888 4444 22222222222222 77777777777 22 77777 4444 2 2 99999 2 66 00000 33 7 2 2 33 6 0 2 3 3 3 4
lowQualScore : . ..... . ...... .. .. . . . . . ..... .... ......... . .... ........ .... .............. ........... .. ..... .... . . ..... . .. ..... .. . . . .. . . . . . . .
lowQualScore : 4 77777 8 888888 22 11 5 4 4 5 4 33333 5555 999999999 0 2222 22222222 5555 77777777777777 77777777777 99 00000 0000 0 1 99999 4 88 22222 44 1 7 7 77 2 6 6 3 3 6 3
consensus : TAATAAAAC-AATTAA---T-CAC---TCNTCATGAGG-TCAA-CATGGTGAAAT-AAGGACC-CN-NGACCCGG-CCCACNCG-----NTGAC-C----TGACCT-----C-GGC----CG----A----T----GGCC----NC-----G--G-----TCA----G-GTC-ACCTC-GT-GGGCCGGGNCTC-G--GGTCCTTATTTCACCATG-TT-GAC--CTCATGAAGGG-T-G-ATTAATTGTATA
Reference ( gi|6 ) : TAATAAAAC-AATTAA---A-CAC---TCATCATTCGG-CCAA-CATGGTAAAAT-AATGACC-CT-CGCCCCGA-CCCACTCG-----CTGAC-C----TGACCT-----C-GGC----CG----A----T----GGCC----TC-----G--G-----TCA----G-GTC-ACCTC-GT-GGGTTGGGGCTT-G--GGTCATTATTTCACCATG-TT-GAC--CTCAAGAAGAG-T-G-ATTAATTATATAG
gi|5 : TAATAAAACCAATTAA---AACAC---TCATCATTCGG-CCAA-CAT-GTAAAAT-AATGACC-CT-CGCCCCGACCCCACTCG-----CTGAC-C----TGACCT-----C-GGC----CG----A----T----GGTC----TC-----G--G-----TCA----G-GTC-AC--C-GT-GGGTT-TGGCTT-G--GGTCATTATTTCACCATG-TT-GAC--CTCAAGAAGAG-T-G-ATTAAT
gi|4 : gtaTAATAAAAC-AATTAATTTA-C-C---T--TTATGGGG-TCAA-CATGGTGAAAC-AAGGACC-CT-GGACCTGG-CTCACCCG-----CTAAC-C----TGACCT-----T-GGC----CA----C----T----A--C----TC-----G--GTCAGATCA----G-GTC-ACCTT-GA-AGGCTAGGTCTC-G--GGTCCTTATTTCACCATGCTT-GAC--CTCATAAAGGGTT-A-ATTAATTGTATAgtaata
gi|12 : aaTAATAAAAC-AATTGA---T-CAC---CTATCATCAGT-TCAA-CATGG-AAAAT-GAGAACC-CT-CGACCGAG-TCCACTTT-----CTGAC-CAGAATGACCG-----C-GGC----CG----C----TACGCGACC----TT-----G--G-----TCA----G-Gat
gi|16 : ggtaAATAAAAC-AATTGA---T-CACCGTTGATCAGTTG----AT-CATGGAAAAAT-TAGAACC-CT-TGACCTGG-TCCACTCG-----CTGAC-C----TGACCT-----
gi|9 : gtataTAATAT-AATTAA---T-C-C---TCTTCTTGAGGTCCAA-CATGGTGAAAT-AA----C-CC-AACCCCAA-CCCACGAG-----GAGACTC----TGACG------A-GGC----------A----C----GGCC-----C-----GAGG-----TCA----G-GT--AGCGA-GT-GGGTCGGGCGTA-G--GGTCATTATTT
gi|14 : AC-AATTAA---T-CAC---TCTTCTTGAGG-TCAA-CATGGTGAAAT-AATGACC-TA-AGCCCCGA-CCCACGAG-----GTGAT-C----TGACCG-----A-GGC----CA----T----C----GGCC----GA-----G--G-----TCA----G-GTC-a
gi|4 : AC-AATTAATT-A--AC---CCTTTATGAGG-TCAAGCATGGTGAAAT-AAGGACC-CG-AGACCTAG-CCTTCAAG-----GTGAC-C----TGATCT-------GAC----CG----AGTAGT----GGCC----AA-----G--G-----TCA----G-GTT-AGCGG-GT-GAGCCAGGTCCA-G--GGTCCTTGTTTCACCATG-TT-GAC--CCCATAAAG-G-TAA-ATTAATTGata
gi|10 : aataataaaAC-AATTAA---T-CAC---CCGTCATCAGG-TCAA-CATGGGAAAAT-GAGAACC-CG-AGACCGGG-TCCATGAG-----GTGAC-C----TGACCCGACCAC-GGTCACGCA----G----T----GGCC----AC-----G--G-----GCA----G-ATC-ACataat
gi|18 : gtccactccAC-AATTAA---T-TAC---CCCTTATAAGG-TCAA-TATGGTGAAAT-CAGGACC-CG-AGACCTGG-CCgtat
gi|5 : ATTAA---T-CAC---TCTTCTTGAGG-TCAA-CATGGTGAAAT-AATGACC-CA-AG-CCAAA-CCCA--CG-----GTGAC-C----TGACCG-----A-GAC----CA----T----C----GGCC----GA-----G--G-----TCA----G-GTC-AGCGA-GTGGGGTCGGGGCGA-G--GGTCATTATTTTA-CATG-TT-GGC--CGAATGATGAG-T-GTTTTAATTat
gi|11 : gtataataaaaccGG-TCAA-CATGGTGAAAT-AATGACC-CA-AGCCCCAA-CCCAGCAG-----GTG---------GACCT-------GGA----CG----A---------GGCCA---TCGCGA-G--G-----TCA----G-GTC-AGCGA-GT-GGGTgtaata
gi|7 : aacattatacaattaatcactcttcttgGG-TCAA-CATGGTGAAAC-AAGGACC-AT-CGACCTGG-GCCACTTG-----CTGAC-C----TGACCT-----T-AGC----CATGT-A----TC---GGTC----TC-----G--G-----TCA----G-GTC-ACATC-GT-GGGACATGTCTC-G--GGTCCTTATTTCACGATT-TT-GACTTCTTAAG--GGC-T-A-ATCAATTG
gi|15 : cttatatGG-TCAA-CATGGTGAAAC-AACGACCTCT-C---------CCACTCGCTGACCTGAC-C----TGACCT-----C-AGC----CG----T----T----A--C----TCGGTCAG--G-----TCA----G-GTC-ACCTC-GT-GG
gi|2 : aGG-TCAA-CATTGTAAATC-AAGGACC-CG-AAACCTCA-CCCA---------CTGAC-C----TGAACT--------GT----CC----A----T----GACC----GC--------G-----TCA----
gi|7 : ctgttatatttaaactttccttcttctcgaacacctctaaactgattattgcagtgttctatataatttgtaaaatgtacattaaaaatgaagtgaaaactttcaaatattattttattccggtatgataaaacaacccttatgtggataagtcattgaggtgacctgacctcagctttgtaccctttatgaG-TCAA-AATCGTGAAAT-AAGGACC-CG-AGACATGT-CCCACGAT-----GTGAC-C----TGACCG-----A-GAC----CG----A----TACATGGCT----AA-----G--G-----TCA----G-GTC-AGCAA-GT-GGCCCAGG--TC-GATGGTCCTTGTTTCACCATG-TT-GAC--C
gi|11 : cttatatAA-CATTATACAATTAATCACT-CT-T--CTTGA-CCCACTCG-----CTGAC-C----TGACCT-----C-G------CG----A----T----GGCC----TC-----G--T-----CCA----G-GTCCACCTG-CT-GGGTTGGGGCTT-G--GGTCATTATTTCACCATG-TT-GAC--Cttcttaagggctaatcaattgt
gi|9 : AAAT-AATGACC-CTACG-CCCGA-CCCACTCG-----CT-AC-C----TGACCT-----CGGGC----CG---------T-----GCC----TC--------G-----TCA----GAGTC-TCCTC-GT-GGGTTGGGG-TT-G--GG---TTATTTCACCATG-TTGGAC--CTCAAGAAGAG---G-ATTAATTATAT
gi|10 : CCACTCC-----GTGAT-C----TGCCCG-----T-GGC----CACTGCG----T----GACCGTGGTC-----G--GG----TCA----G-GTC-ACCTC-AT-GGACCCGGTCTC-G--GGTTCTCATTTTCCCATG-TT-GAC--CTGATGACGGG-T-G-ATTAATTGTGTAtaa
gi|15 : gtCCACGAG-----GTGAC-C----TGACCT-------GAC----CG----AGTAAC----GGCT----GA-----G--G-----TCA----G-GTC-AGGTCAGC-GAGTGGGAG----A--GGTCGTTGTTTCACCATG-TT-GAC--CTt
gi|14 : GAC-C----TGACCT-----C-GGC----CG----A----T----GGCC----TC-----G--G-----TCA----G-ATC-ACCTC-GT-GGGTCGGGGCTT-A--GGTCATTATTTCACCATG-TT-GAC--CTCAAGAAGAG-T-G-ATTAATTGTATA
gi|12 : C-C----TGACCA-----A-GGT----CGCGTAG----C----GGCC----GC-----G--G-----TCATTCTG-GTC-AGAAA-GT-GGACTCGGTCGA-G--GGTTCTCATTTT-CCATG-TT-GAA--CTGATGATAGG-T-G-ATCAATTG
gi|2 : ggtataataaa-----TCA----G-GTC-A-----GT-GGGT-GAGGTTTCG--GGTCCTTGATTTACAATG-TT-GAC--CTCATAAAGGG-T-
gi|17 : ctgttatatttaaactttccttcttctcgaacacctctaaactgattattgcagtgttctatataatttgtaaaatgtacattaaaaatgaagtgaaaactttcaaatattattttattccggtatgataaaacaacccttatgtggataagtcattgaggtgacctgacctcagctttgtA----G-GCC-ACTTC-GT-GGACCTGGTATT-G--GGTTTTCATTTCTGCATG-TT-GAC--TTactgtccatgaccgcgtca
gi|18 : gtccgatGGCCAGGTCTC-G--GGTCCTGATTTCACCATA-TT-GAC--CTTATAAGGGG-T-A-ATTAATTGTATgatg
gi|11 : TCAAGAAGAG-T-G-ATTAATTGTATA
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): ACATGGCAGAATTTGAGTACAAAAATGATAGCTAGCAAAGGAACAAAACCACGGAAGTCTAAAATTGGTCTTTGATCCATAATCATTGCTTATACAAAGTTATTTCTAATGAATTTGTTTGTTGTTACATTTAATATACATGTATCCTTGTTAAAACTAATACCTATACACTGAATATTGCAGTATTCTGTAATTTTTAAAGTGTAGATTAAATATAAAGTGAAACCTCTCAGATAGTATTTCATATCGGTATAATAAAAGAATCAATTATGTTTTATAAGGTATGCGACCTCGATCA
Unaligned ( gi|3 ): CGTGACGCAAATTGGGTACAAAAACTGATGACGTAGCGTCTATATTGATCTAGCAACCTCGGAAGCATAAGATCGAGGTTTGGGCTTTTGCTCACTCGATGTAATCATTTATTTTTAATCAATTTGTTTGCTGGTATGTTTAATATACTCTGGTTATTTAATACATATATGTATACTGAATATTGAAGTATTCTGTTATT
Unaligned ( gi|8 ): GCTTAAATACAAAGATATTTCTAATCAATTCGTTTGTTGTTACATTTAATATATCCTTGTATTTTAATACCTCTACACTGAATATTGCAGAATTCTGTAATTTGTAAAGTGTAGTGAAAACTTTCAAATCTTATTTCATATTG
Unaligned ( gi|13 ): TATTTCTAATCAATTTGTTTGCTGTTACGCTTAATATACCCTGGTTATCTAATGCCTAAACACTTAATTTTGCAGTTGTATGTTATTAGTCAAGTGTAGATTA
Unaligned ( gi|19 ): TCAGGTCAGCGAGGTCACCTCATGGACCCGGTCTTGGTTTCTCGTGTT
Unaligned ( gi|20 ): TGTAATGAATTAACAATTCCCAATATAAATATTTACAGTGACC
Alignments
lowQualScore : 111 11 111111 44444444444444444444 11
lowQualScore : 8 777 6 1 11 1 2 3333 2 4 1 111111 7777 3 22222222222222222222 00 0 3 3 0 3 4 2 1 3 3 1 4
lowQualScore : . ... . . .. . . .... . . . ...... .... . .................... .. . . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 0 444 8 0 55 7 5 2222 2 0 0 000000 7777 6 00000000000000000000 66 5 1 3 1 7 2 2 8 6 6 4 0
consensus : TAATAAAAC-AATTAA-T-CACCCATCATCGGGTCAACATGGTGAAATAANGACCCTCGACCCGGCCC-ACTCG-----CTGACC----TGACCTCGG-CC-------G---A---T----GGCCTCGGTCAG-GTC-ACCTCGTGGGCCGGGTCTCGGGTCCTTATTTCACCATG-TT-GACCTCATGAAGGG-TGATTAATTGTATA
Reference ( family-2190 ) : TAATAAAAC-AATTAA-T-CACTCNTCATGAGGTCAACATGGTGAAATAAGGACCCNNGACCCGGCCC-ACNCG-----NTGACC----TGACCTCGG-CC-------G---A---T----GGCCNCGGTCAG-GTC-ACCTCGTGGGCCGGGNCTCGGGTCCTTATTTCACCATG-TT-GACCTCATGAAGGG-TGATTAATTGTATA
gi|10 : GTCC-ACTCC-----GTGATC----TGCCCGTGG-CCACTGCGTG---ACCGT----GGTCG-GGTCAG-GTC-ACCTCATGGACCCGGTCTCGGGTTCTCATTTTCCCATG-TT-GACCTGATGACGGG-TGATTAATTGTGTA
gi|11 : GAAGAG-TGATTAATTGTATAt
gi|11 : aacatGACCC-ACTCG-----CTGACC----TGACCTCG---C-------G---A---T----GGCCTCGTCCAG-GTCCACCTGCTGGGTTGGGGCTTGGGTCATTATTTCACCATG-TT-GACCttgacccactcgctgacctgacctcgcgatggcctcgtccaggtccacctgctgggttggggcttgggtcattatttcaccatgttgacc
gi|12 : aacattatacaattaatcactcttcttTAATAAAAC-AATTGA-T-CACCTATCATCAGTTCAACATGG-AAAATGAGAACCCTCGACCGAGTCC-ACTTT-----CTGACCAGAATGACCGCGG-CC-------G---C---TACGCGACCTTGGTCAG-G
gi|14 : ggtaGACC----TGACCTCGG-CC-------G---A---T----GGCCTCGGTCAG-ATC-ACCTCGTGGGTCGGGGCTTAGGTCATTATTTCACCATG-TT-GACCTCAAGAAGAG-TGATTAATTGTATA
gi|15 : AGGTCAACATGGTGAAACAACGACCTCT-------CCC-ACTCGCTGACCTGACC----TGACCTCAG-CC-------G---T---TACTCGGTCA-GGTCAG-GTC-ACCTCGTGG
gi|16 : AATAAAAC-AATTGA-T-CACCGTTGATCAGTTGATCATGGAAAAATTAGAACCCTTGACCTGGTCC-ACTCG-----CTGACC----TGACCT
gi|17 : gtataAG-GCC-ACTTCGTGGACCTGGTATTGGGTTTTCATTTCTGCATG-TT-GACTTGATG
gi|18 : gtccgatGGCCAGGTCTCGGGTCCTGATTTCACCATA-TT-GACCTTATAAGGGG-TAATTAATTGTAT
gi|19 : AG-GTC-ACCTCATGGACCCGGTCTTGGTTTCT
gi|2 : tcaggtcagcgCGG-TC-----------A---T----GGACA-GTTCAG-GTC-A----GTGGGTGAGGTTTCGGGTCCTTGATTTACAATG-TT-GACCTCATAAAGGG-cgtgtt
gi|4 : ctgttatatttaaactttccttcttctcgaacacctctaaactgattattgcagtgttctatataatttgtaaaatgtacattaaaaatgaagtgaaaactttcaaatattattttattccggtatgataaaacaacccttatgtggataagtcattgaggtgacctgacctcagctttgtTAATAAAAC-AATTAATT-TAC-CTTTATGGGGTCAACATGGTGAAACAAGGACCCTGGACCTGGCTC-ACCCG-----CTAACC----TGACCTTGG-CC-------A---C---TACTCGGTCA-GATCAG-GTC-ACCTTGAAGGCTAGGTCTCGGGTCCTTATTTCACCATGCTT-GACCTCATAAAGGGTTAATTAATTGTATAcgtca
gi|5 : aaTAATAAAACCAATTAA-AACACTCATCATTCGGCCAACATG-TAAAATAATGACCCTCGCCCCGACCCCACTCG-----CTGACC----TGACCTCGG-CC-------G---A---T----GGTCTCGGTCAG-GTC-AC--CGTGGGTTTGG-CTTGGGTCATTATTTCACCATG-TT-GACCTCAAGAAGAG-TGATTAA-TGTAat
gi|6 : gtaTAATAAAAC-AATTAA-A-CACTCATCATTCGGCCAACATGGTAAAATAATGACCCTCGCCCCGACCC-ACTCG-----CTGACC----TGACCTCGG-CC-------G---A---T----GGCCTCGGTCAG-GTC-ACCTCGTGGGTTGGGGCTTGGGTCATTATTTCACCATG-TT-GACCTCAAGAAGAG-TGATTAATTATATAata
gi|7 : GGTCAACATGGTGAAACAAGGACCATCGACCTGGGCC-ACTTG-----CTGACC----TGACCTTAG-CC-------ATGTA---TC---GGTCTCGGTCAG-GTC-ACATCGTGGGACATGTCTCGGGTCCTTATTTCACGATT-TT-GACTTCTTAAGGGC-TAATCAATTGTg
gi|9 : cttatatAAATAATGACCCTACGCCCGACCC-ACTCG-----CT-ACC----TGACCTCGGGCC-------G-------T----G-CCTCG-TCAGAGTC-TCCTCGTGGGTTGGGGTT-GGGT---TATTTCACCATG-TTGGACCTCAAGAAGAG--GATTAATTATAT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): ACATGGCAGAATTTGAGTACAAAAATGATAGCTAGCAAAGGAACAAAACCACGGAAGTCTAAAATTGGTCTTTGATCCATAATCATTGCTTATACAAAGTTATTTCTAATGAATTTGTTTGTTGTTACATTTAATATACATGTATCCTTGTTAAAACTAATACCTATACACTGAATATTGCAGTATTCTGTAATTTTTAAAGTGTAGATTAAATATAAAGTGAAACCTCTCAGATAGTATTTCATATCGGTATAATAAAAGAATCAATTATGTTTTATAAGGTATGCGACCTCGATCA
Unaligned ( gi|3 ): CGTGACGCAAATTGGGTACAAAAACTGATGACGTAGCGTCTATATTGATCTAGCAACCTCGGAAGCATAAGATCGAGGTTTGGGCTTTTGCTCACTCGATGTAATCATTTATTTTTAATCAATTTGTTTGCTGGTATGTTTAATATACTCTGGTTATTTAATACATATATGTATACTGAATATTGAAGTATTCTGTTATT
Unaligned ( gi|8 ): GCTTAAATACAAAGATATTTCTAATCAATTCGTTTGTTGTTACATTTAATATATCCTTGTATTTTAATACCTCTACACTGAATATTGCAGAATTCTGTAATTTGTAAAGTGTAGTGAAAACTTTCAAATCTTATTTCATATTG
Unaligned ( gi|13 ): TATTTCTAATCAATTTGTTTGCTGTTACGCTTAATATACCCTGGTTATCTAATGCCTAAACACTTAATTTTGCAGTTGTATGTTATTAGTCAAGTGTAGATTA
Unaligned ( gi|20 ): TGTAATGAATTAACAATTCCCAATATAAATATTTACAGTGACC
Alignments
lowQualScore : 111 11 222222222222 111111111111
lowQualScore : 8 777 7 00 0 4 1 4 9999 3 0 3 99999 7777 3 000000000000 7777 000000000000 3 3 0 3 5 1 3 3 1 4
lowQualScore : . ... . .. . . . . .... . . . ..... .... . ............ .... ............ . . . . . . . . . .
lowQualScore : 0 444 8 00 7 0 0 0 3333 9 4 6 11111 1111 6 999999999999 1111 999999999999 1 3 1 7 2 8 6 6 4 4
consensus : TAATAAAAC-AATTAA-T-CACCCATCATCGGGTCAACATGGTAAAAT-AANGACC-CT-CGACCCGGCCC-ACTCG-----CTGACC----TGACCTC-GGCCG----AT----GGCC----TC-----GG-----TCAG-GTC-ACCTCGTGGGCCGGGTCTCGGGTCCTTATTTCACCATG-TT-GACCTCATGAAGGG-TGATTAATTGTATA
Reference ( family-2190 ) : TAATAAAAC-AATTAA-T-CACCCATCATCGGGTCAACATGGTGAAAT-AANGACC-CT-CGACCCGGCCC-ACTCG-----CTGACC----TGACCTC-GGCCG----AT----GGCC----TC-----GG-----TCAG-GTC-ACCTCGTGGGCCGGGTCTCGGGTCCTTATTTCACCATG-TT-GACCTCATGAAGGG-TGATTAATTGTATA
gi|10 : GTCC-ACTCC-----GTGATC----TGCCCGT-GGCCACTGCGT----GACCGTGGTC-----GGG----TCAG-GTC-ACCTCATGGACCCGGTCTCGGGTTCTCATTTTCCCATG-TT-GACCTGATGACGGG-TGATTAATTGTGTA
gi|11 : AACATTATACAATTAATCACT-CT-T--CTTGACCC-ACTCG-----CTGACC----TGACCTC-G--CG----AT----GGCC----TC-----GT-----CCAG-GTCCACCTGCTGGGTTGGGGCTTGGGTCATTATTTCACCATG-TT-GACCt
gi|12 : TAATAAAAC-AATTGA-T-CACCTATCATCAGTTCAACATGG-AAAAT-GAGAACC-CT-CGACCGAGTCC-ACTTT-----CTGACCAGAATGACCGC-GGCCG----CTACGCGACC----TT-----GG-----TCAG-G
gi|14 : ggtaGACC----TGACCTC-GGCCG----AT----GGCC----TC-----GG-----TCAG-ATC-ACCTCGTGGGTCGGGGCTTAGGTCATTATTTCACCATG-TT-GACCTCAAGAAGAG-TGATTAATTGTATA
gi|15 : GGTCAACATGGTGAAAC-AACGACCTCT-C--------CC-ACTCGCTGACCTGACC----TGACCTC-AGCCG----TT----A--C----TCGGTCAGG-----TCAG-GTC-ACCTCGTGG
gi|16 : aAATAAAAC-AATTGA-T-CACCGTTGATCAGTTGATCATGGAAAAAT-TAGAACC-CT-TGACCTGGTCC-ACTCG-----CTGACC----TGACCT
gi|17 : gtataAG-GCC-ACTTCGTGGACCTGGTATTGGGTTTTCATTTCTGCATG-TT-GACTTGATG
gi|18 : gtccgatGGCCAGGTCTCGGGTCCTGATTTCACCATA-TT-GACCTTATAAGGGG-TAATTAATTGTAT
gi|19 : ----TC-----AG-----CGAG-GTC-ACCTCATGGACCCGGTCTTGGTTTCT
gi|2 : tcagg-----TCAG-GTC-A----GTGGGTGAGGTTTCGGGTCCTTGATTTACAATG-TT-GACCTCATAAAGGG-cgtgtt
gi|2 : ctgttatatttaaactttccttcttctcgaacacctctaaactgattattgcagtgttctatataatttgtaaaatgtacattaaaaatgaagtgaaaactttcaaatattattttattccggtatgataaaacaacccttatgtggataagtcattgaggtgacctgacctcagctttgtACCCTTTATGAGGTCAACATTGTAAATC-AAGGACC-CG-AAAC----CTC-ACCCA-----CTGACC----TGAACT---GTCC----AT----GACC----GC------G-----TCAactgtccatgaccgcgtca
gi|4 : ctgttatatttaaactttccttcttctcgaacacctctaaactgattattgcagtgttctatataatttgtaaaatgtacattaaaaatgaagtgaaaactttcaaatattattttattccggtatgataaaacaacccttatgtggataagtcattgaggtgacctgacctcagctttgtTAATAAAAC-AATTAATT-TACCT-TTATGGGGTCAACATGGTGAAAC-AAGGACC-CT-GGACCTGGCTC-ACCCG-----CTAACC----TGACCTT-GGCCA----CT----A--C----TC-----GGTCAGATCAG-GTC-ACCTTGAAGGCTAGGTCTCGGGTCCTTATTTCACCATGCTT-GACCTCATAAAGGGTTAATTAATTGTATA
gi|5 : aaTAATAAAACCAATTAA-AACACTCATCATTCGGCCAACATG-TAAAAT-AATGACC-CT-CGCCCCGACCCCACTCG-----CTGACC----TGACCTC-GGCCG----AT----GGTC----TC-----GG-----TCAG-GTC-AC--CGTGGGTTTGG-CTTGGGTCATTATTTCACCATG-TT-GACCTCAAGAAGAG-TGATTAA-TGTAat
gi|6 : gtaTAATAAAAC-AATTAA-A-CACTCATCATTCGGCCAACATGGTAAAAT-AATGACC-CT-CGCCCCGACCC-ACTCG-----CTGACC----TGACCTC-GGCCG----AT----GGCC----TC-----GG-----TCAG-GTC-ACCTCGTGGGTTGGGGCTTGGGTCATTATTTCACCATG-TT-GACCTCAAGAAGAG-TGATTAATTATATAata
gi|7 : GGTCAACATGGTGAAAC-AAGGACC-AT-CGACCTGGGCC-ACTTG-----CTGACC----TGACCTT-AGCCATGT-ATC---GGTC----TC-----GG-----TCAG-GTC-ACATCGTGGGACATGTCTCGGGTCCTTATTTCACGATT-TT-GACTTCTTAAGGGC-TAATCAATTGTg
gi|9 : cttatatAAAT-AATGACC-CTACG-CCCGACCC-ACTCG-----CT-ACC----TGACCTCGGGCCG-----T-----GCC----TC------G-----TCAGAGTC-TCCTCGTGGGTTGGG-GTTGGG---TTATTTCACCATG-TTGGACCTCAAGAAGAG--GATTAATTATAT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): ACATGGCAGAATTTGAGTACAAAAATGATAGCTAGCAAAGGAACAAAACCACGGAAGTCTAAAATTGGTCTTTGATCCATAATCATTGCTTATACAAAGTTATTTCTAATGAATTTGTTTGTTGTTACATTTAATATACATGTATCCTTGTTAAAACTAATACCTATACACTGAATATTGCAGTATTCTGTAATTTTTAAAGTGTAGATTAAATATAAAGTGAAACCTCTCAGATAGTATTTCATATCGGTATAATAAAAGAATCAATTATGTTTTATAAGGTATGCGACCTCGATCA
Unaligned ( gi|3 ): CGTGACGCAAATTGGGTACAAAAACTGATGACGTAGCGTCTATATTGATCTAGCAACCTCGGAAGCATAAGATCGAGGTTTGGGCTTTTGCTCACTCGATGTAATCATTTATTTTTAATCAATTTGTTTGCTGGTATGTTTAATATACTCTGGTTATTTAATACATATATGTATACTGAATATTGAAGTATTCTGTTATT
Unaligned ( gi|8 ): GCTTAAATACAAAGATATTTCTAATCAATTCGTTTGTTGTTACATTTAATATATCCTTGTATTTTAATACCTCTACACTGAATATTGCAGAATTCTGTAATTTGTAAAGTGTAGTGAAAACTTTCAAATCTTATTTCATATTG
Unaligned ( gi|13 ): TATTTCTAATCAATTTGTTTGCTGTTACGCTTAATATACCCTGGTTATCTAATGCCTAAACACTTAATTTTGCAGTTGTATGTTATTAGTCAAGTGTAGATTA
Unaligned ( gi|20 ): TGTAATGAATTAACAATTCCCAATATAAATATTTACAGTGACC
Alignments
lowQualScore : 111 11 222222222222 111111111111
lowQualScore : 8 777 7 00 4 1 4 9999 3 0 3 99999 7777 3 000000000000 7777 000000000000 3 3 0 3 5 1 3 3 1 4
lowQualScore : . ... . .. . . . .... . . . ..... .... . ............ .... ............ . . . . . . . . . .
lowQualScore : 0 444 8 00 0 0 0 3333 9 4 6 11111 1111 6 999999999999 1111 999999999999 1 3 1 7 2 8 6 6 4 4
consensus : TAATAAAAC-AATTAA-T-CACCCATCATCGGGTCAACATGGTAAAAT-AANGACC-CT-CGACCCGGCCC-ACTCG-----CTGACC----TGACCTC-GGCCG----AT----GGCC----TC-----GG-----TCAG-GTC-ACCTCGTGGGCCGGGTCTCGGGTCCTTATTTCACCATG-TT-GACCTCATGAAGGG-TGATTAATTGTATA
Reference ( family-2190 ) : TAATAAAAC-AATTAA-T-CACCCATCATCGGGTCAACATGGTAAAAT-AANGACC-CT-CGACCCGGCCC-ACTCG-----CTGACC----TGACCTC-GGCCG----AT----GGCC----TC-----GG-----TCAG-GTC-ACCTCGTGGGCCGGGTCTCGGGTCCTTATTTCACCATG-TT-GACCTCATGAAGGG-TGATTAATTGTATA
gi|10 : GTCC-ACTCC-----GTGATC----TGCCCGT-GGCCACTGCGT----GACCGTGGTC-----GGG----TCAG-GTC-ACCTCATGGACCCGGTCTCGGGTTCTCATTTTCCCATG-TT-GACCTGATGACGGG-TGATTAATTGTGTA
gi|11 : AACATTATACAATTAATCACT-CT-T--CTTGACCC-ACTCG-----CTGACC----TGACCTC-G--CG----AT----GGCC----TC-----GT-----CCAG-GTCCACCTGCTGGGTTGGGGCTTGGGTCATTATTTCACCATG-TT-GACCt
gi|12 : TAATAAAAC-AATTGA-T-CACCTATCATCAGTTCAACATGG-AAAAT-GAGAACC-CT-CGACCGAGTCC-ACTTT-----CTGACCAGAATGACCGC-GGCCG----CTACGCGACC----TT-----GG-----TCAG-G
gi|14 : ggtaGACC----TGACCTC-GGCCG----AT----GGCC----TC-----GG-----TCAG-ATC-ACCTCGTGGGTCGGGGCTTAGGTCATTATTTCACCATG-TT-GACCTCAAGAAGAG-TGATTAATTGTATA
gi|15 : GGTCAACATGGTGAAAC-AACGACCTCT-C--------CC-ACTCGCTGACCTGACC----TGACCTC-AGCCG----TT----A--C----TCGGTCAGG-----TCAG-GTC-ACCTCGTGG
gi|16 : aAATAAAAC-AATTGA-T-CACCGTTGATCAGTTGATCATGGAAAAAT-TAGAACC-CT-TGACCTGGTCC-ACTCG-----CTGACC----TGACCT
gi|17 : gtataAG-GCC-ACTTCGTGGACCTGGTATTGGGTTTTCATTTCTGCATG-TT-GACTTGATG
gi|18 : gtccgatGGCCAGGTCTCGGGTCCTGATTTCACCATA-TT-GACCTTATAAGGGG-TAATTAATTGTAT
gi|19 : ----TC-----AG-----CGAG-GTC-ACCTCATGGACCCGGTCTTGGTTTCT
gi|2 : tcagg-----TCAG-GTC-A----GTGGGTGAGGTTTCGGGTCCTTGATTTACAATG-TT-GACCTCATAAAGGG-cgtgtt
gi|2 : ctgttatatttaaactttccttcttctcgaacacctctaaactgattattgcagtgttctatataatttgtaaaatgtacattaaaaatgaagtgaaaactttcaaatattattttattccggtatgataaaacaacccttatgtggataagtcattgaggtgacctgacctcagctttgtACCCTTTATGAGGTCAACATTGTAAATC-AAGGACC-CG-AAAC----CTC-ACCCA-----CTGACC----TGAACT---GTCC----AT----GACC----GC------G-----TCAactgtccatgaccgcgtca
gi|4 : ctgttatatttaaactttccttcttctcgaacacctctaaactgattattgcagtgttctatataatttgtaaaatgtacattaaaaatgaagtgaaaactttcaaatattattttattccggtatgataaaacaacccttatgtggataagtcattgaggtgacctgacctcagctttgtTAATAAAAC-AATTAATT-TACCT-TTATGGGGTCAACATGGTGAAAC-AAGGACC-CT-GGACCTGGCTC-ACCCG-----CTAACC----TGACCTT-GGCCA----CT----A--C----TC-----GGTCAGATCAG-GTC-ACCTTGAAGGCTAGGTCTCGGGTCCTTATTTCACCATGCTT-GACCTCATAAAGGGTTAATTAATTGTATA
gi|5 : aaTAATAAAACCAATTAA-AACACTCATCATTCGGCCAACATG-TAAAAT-AATGACC-CT-CGCCCCGACCCCACTCG-----CTGACC----TGACCTC-GGCCG----AT----GGTC----TC-----GG-----TCAG-GTC-AC--CGTGGGTTTGG-CTTGGGTCATTATTTCACCATG-TT-GACCTCAAGAAGAG-TGATTAA-TGTAat
gi|6 : gtaTAATAAAAC-AATTAA-A-CACTCATCATTCGGCCAACATGGTAAAAT-AATGACC-CT-CGCCCCGACCC-ACTCG-----CTGACC----TGACCTC-GGCCG----AT----GGCC----TC-----GG-----TCAG-GTC-ACCTCGTGGGTTGGGGCTTGGGTCATTATTTCACCATG-TT-GACCTCAAGAAGAG-TGATTAATTATATAata
gi|7 : GGTCAACATGGTGAAAC-AAGGACC-AT-CGACCTGGGCC-ACTTG-----CTGACC----TGACCTT-AGCCATGT-ATC---GGTC----TC-----GG-----TCAG-GTC-ACATCGTGGGACATGTCTCGGGTCCTTATTTCACGATT-TT-GACTTCTTAAGGGC-TAATCAATTGTg
gi|9 : cttatatAAAT-AATGACC-CTACG-CCCGACCC-ACTCG-----CT-ACC----TGACCTCGGGCCG-----T-----GCC----TC------G-----TCAGAGTC-TCCTCGTGGGTTGGG-GTTGGG---TTATTTCACCATG-TTGGACCTCAAGAAGAG--GATTAATTATAT
blockSeqs : C TT T CA . G T CGA G C CTGAC AGAA G CTACGCGA . GGTCAGG A C G G A C G A T
blockSeqs : . AA T GA . C . TGA T . . . . TGTATCGG . GGTCAGA . . G G A . . T .
blockSeqs : . T A GG . G . AAA T . . . . ATGG . GT . . T T T . . T .
blockSeqs : . A A TC . G . GGA C . . . . ATGG . GG . . A T C . . T .
blockSeqs : . TC . G . CGC C . . . . ATGA . GG . . C T C . . T .
blockSeqs : . T . CGC T . . . . ATGG . AG . . A T C . . A .
blockSeqs : . T . CGA C . . . . ATGG . GG . . A T C . . A .
blockSeqs : . G . ACG . . . . . TTA . GG . . T G A . . T .
blockSeqs : . T . C . . . . . CTA . GG . . G T A . . A
blockSeqs : . . . . TG . G . . A . C . .
blockSeqs : . . G . . G . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : A** CGA* ATGG******** **** GG**********
originalCons : TAATAAAAC-AATTAA-T-CACCCATCATCGGGTCAACATGGTAAAAT-AANGACC-CT-CGACCCGGCCC-ACTCG-----CTGACC----TGACCTC-GGCCG----AT----GGCC----TC-----GG-----TCAG-GTC-ACCTCGTGGGCCGGGTCTCGGGTCCTTATTTCACCATG-TT-GACCTCATGAAGGG-TGATTAATTGTATA
finalCons : TAATAAAAC-AATTAAA--CACCCATCATCGGGTCAACATGGTAAAAT-AANGACC-CTCGA-CCCGGCCC-ACTCG-----CTGACC----TGACCTC-GGCCGATGG--------CC----TCGG----------TCAG-GTC-ACCTCGTGGGCCGGGTCTCGGGTCCTTATTTCACCATG-TT-GACCTCATGAAGGG-TGATTAATTGTATA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): ACATGGCAGAATTTGAGTACAAAAATGATAGCTAGCAAAGGAACAAAACCACGGAAGTCTAAAATTGGTCTTTGATCCATAATCATTGCTTATACAAAGTTATTTCTAATGAATTTGTTTGTTGTTACATTTAATATACATGTATCCTTGTTAAAACTAATACCTATACACTGAATATTGCAGTATTCTGTAATTTTTAAAGTGTAGATTAAATATAAAGTGAAACCTCTCAGATAGTATTTCATATCGGTATAATAAAAGAATCAATTATGTTTTATAAGGTATGCGACCTCGATCA
Unaligned ( gi|3 ): CGTGACGCAAATTGGGTACAAAAACTGATGACGTAGCGTCTATATTGATCTAGCAACCTCGGAAGCATAAGATCGAGGTTTGGGCTTTTGCTCACTCGATGTAATCATTTATTTTTAATCAATTTGTTTGCTGGTATGTTTAATATACTCTGGTTATTTAATACATATATGTATACTGAATATTGAAGTATTCTGTTATT
Unaligned ( gi|8 ): GCTTAAATACAAAGATATTTCTAATCAATTCGTTTGTTGTTACATTTAATATATCCTTGTATTTTAATACCTCTACACTGAATATTGCAGAATTCTGTAATTTGTAAAGTGTAGTGAAAACTTTCAAATCTTATTTCATATTG
Unaligned ( gi|13 ): TATTTCTAATCAATTTGTTTGCTGTTACGCTTAATATACCCTGGTTATCTAATGCCTAAACACTTAATTTTGCAGTTGTATGTTATTAGTCAAGTGTAGATTA
Unaligned ( gi|20 ): TGTAATGAATTAACAATTCCCAATATAAATATTTACAGTGACC
Alignments
lowQualScore : 222 11 222222222222 111111111111
lowQualScore : 8 222 7 00 4 1 4 9999 3 0 3 99999 7777 3 000000000000 7777 000000000000 3 3 0 3 5 1 3 3 1 4
lowQualScore : . ... . .. . . . .... . . . ..... .... . ............ .... ............ . . . . . . . . . .
lowQualScore : 0 666 8 00 0 0 0 3333 9 4 6 11111 1111 6 999999999999 1111 999999999999 1 3 1 7 2 8 6 6 4 4
consensus : TAATAAAAC-AATTAA-T-CACCCATCATCGGGTCAACATGGTAAAAT-AANGACC-CT-CGACCCGGCCC-ACTCG-----CTGACC----TGACCTC-GGCCG----AT----GGCC----TC-----GG-----TCAG-GTC-ACCTCGTGGGCCGGGTCTCGGGTCCTTATTTCACCATG-TT-GACCTCATGAAGGG-TGATTAATTGTATA
Reference ( family-2190 ) : TAATAAAAC-AATTAA-A-CACCCATCATCGGGTCAACATGGTAAAAT-AANGACC-CT-CGACCCGGCCC-ACTCG-----CTGACC----TGACCTC-GGCCG----AT----GGCC----TC-----GG-----TCAG-GTC-ACCTCGTGGGCCGGGTCTCGGGTCCTTATTTCACCATG-TT-GACCTCATGAAGGG-TGATTAATTGTATA
gi|10 : GTCC-ACTCC-----GTGATC----TGCCCGT-GGCCACTGCGT----GACCGTGGTC-----GGG----TCAG-GTC-ACCTCATGGACCCGGTCTCGGGTTCTCATTTTCCCATG-TT-GACCTGATGACGGG-TGATTAATTGTGTA
gi|11 : AACATTATACAATTAATCACT-CT-T--CTTGACCC-ACTCG-----CTGACC----TGACCTC-G--CG----AT----GGCC----TC-----GT-----CCAG-GTCCACCTGCTGGGTTGGGGCTTGGGTCATTATTTCACCATG-TT-GACCt
gi|12 : TAATAAAAC-AATTGA-T-CACCTATCATCAGTTCAACATGG-AAAAT-GAGAACC-CT-CGACCGAGTCC-ACTTT-----CTGACCAGAATGACCGC-GGCCG----CTACGCGACC----TT-----GG-----TCAG-G
gi|14 : ggtaGACC----TGACCTC-GGCCG----AT----GGCC----TC-----GG-----TCAG-ATC-ACCTCGTGGGTCGGGGCTTAGGTCATTATTTCACCATG-TT-GACCTCAAGAAGAG-TGATTAATTGTATA
gi|15 : GGTCAACATGGTGAAAC-AACGACCTCT-C--------CC-ACTCGCTGACCTGACC----TGACCTC-AGCCG----TT----A--C----TCGGTCAGG-----TCAG-GTC-ACCTCGTGG
gi|16 : aAATAAAAC-AATTGA-T-CACCGTTGATCAGTTGATCATGGAAAAAT-TAGAACC-CT-TGACCTGGTCC-ACTCG-----CTGACC----TGACCT
gi|17 : gtataAG-GCC-ACTTCGTGGACCTGGTATTGGGTTTTCATTTCTGCATG-TT-GACTTGATG
gi|18 : gtccgatGGCCAGGTCTCGGGTCCTGATTTCACCATA-TT-GACCTTATAAGGGG-TAATTAATTGTAT
gi|19 : ----TC-----AG-----CGAG-GTC-ACCTCATGGACCCGGTCTTGGTTTCT
gi|2 : tcagg-----TCAG-GTC-A----GTGGGTGAGGTTTCGGGTCCTTGATTTACAATG-TT-GACCTCATAAAGGG-cgtgtt
gi|2 : ctgttatatttaaactttccttcttctcgaacacctctaaactgattattgcagtgttctatataatttgtaaaatgtacattaaaaatgaagtgaaaactttcaaatattattttattccggtatgataaaacaacccttatgtggataagtcattgaggtgacctgacctcagctttgtACCCTTTATGAGGTCAACATTGTAAATC-AAGGACC-CG-AAAC----CTC-ACCCA-----CTGACC----TGAACT---GTCC----AT----GACC----GC------G-----TCAactgtccatgaccgcgtca
gi|4 : ctgttatatttaaactttccttcttctcgaacacctctaaactgattattgcagtgttctatataatttgtaaaatgtacattaaaaatgaagtgaaaactttcaaatattattttattccggtatgataaaacaacccttatgtggataagtcattgaggtgacctgacctcagctttgtTAATAAAAC-AATTAATT-TACCT-TTATGGGGTCAACATGGTGAAAC-AAGGACC-CT-GGACCTGGCTC-ACCCG-----CTAACC----TGACCTT-GGCCA----CT----A--C----TC-----GGTCAGATCAG-GTC-ACCTTGAAGGCTAGGTCTCGGGTCCTTATTTCACCATGCTT-GACCTCATAAAGGGTTAATTAATTGTATA
gi|5 : aaTAATAAAACCAATTAA-AACACTCATCATTCGGCCAACATG-TAAAAT-AATGACC-CT-CGCCCCGACCCCACTCG-----CTGACC----TGACCTC-GGCCG----AT----GGTC----TC-----GG-----TCAG-GTC-AC--CGTGGGTTTGG-CTTGGGTCATTATTTCACCATG-TT-GACCTCAAGAAGAG-TGATTAA-TGTAat
gi|6 : gtaTAATAAAAC-AATTAA-A-CACTCATCATTCGGCCAACATGGTAAAAT-AATGACC-CT-CGCCCCGACCC-ACTCG-----CTGACC----TGACCTC-GGCCG----AT----GGCC----TC-----GG-----TCAG-GTC-ACCTCGTGGGTTGGGGCTTGGGTCATTATTTCACCATG-TT-GACCTCAAGAAGAG-TGATTAATTATATAata
gi|7 : GGTCAACATGGTGAAAC-AAGGACC-AT-CGACCTGGGCC-ACTTG-----CTGACC----TGACCTT-AGCCATGT-ATC---GGTC----TC-----GG-----TCAG-GTC-ACATCGTGGGACATGTCTCGGGTCCTTATTTCACGATT-TT-GACTTCTTAAGGGC-TAATCAATTGTg
gi|9 : cttatatAAAT-AATGACC-CTACG-CCCGACCC-ACTCG-----CT-ACC----TGACCTCGGGCCG-----T-----GCC----TC------G-----TCAGAGTC-TCCTCGTGGGTTGGG-GTTGGG---TTATTTCACCATG-TTGGACCTCAAGAAGAG--GATTAATTATAT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): ACATGGCAGAATTTGAGTACAAAAATGATAGCTAGCAAAGGAACAAAACCACGGAAGTCTAAAATTGGTCTTTGATCCATAATCATTGCTTATACAAAGTTATTTCTAATGAATTTGTTTGTTGTTACATTTAATATACATGTATCCTTGTTAAAACTAATACCTATACACTGAATATTGCAGTATTCTGTAATTTTTAAAGTGTAGATTAAATATAAAGTGAAACCTCTCAGATAGTATTTCATATCGGTATAATAAAAGAATCAATTATGTTTTATAAGGTATGCGACCTCGATCA
Unaligned ( gi|3 ): CGTGACGCAAATTGGGTACAAAAACTGATGACGTAGCGTCTATATTGATCTAGCAACCTCGGAAGCATAAGATCGAGGTTTGGGCTTTTGCTCACTCGATGTAATCATTTATTTTTAATCAATTTGTTTGCTGGTATGTTTAATATACTCTGGTTATTTAATACATATATGTATACTGAATATTGAAGTATTCTGTTATT
Unaligned ( gi|8 ): GCTTAAATACAAAGATATTTCTAATCAATTCGTTTGTTGTTACATTTAATATATCCTTGTATTTTAATACCTCTACACTGAATATTGCAGAATTCTGTAATTTGTAAAGTGTAGTGAAAACTTTCAAATCTTATTTCATATTG
Unaligned ( gi|13 ): TATTTCTAATCAATTTGTTTGCTGTTACGCTTAATATACCCTGGTTATCTAATGCCTAAACACTTAATTTTGCAGTTGTATGTTATTAGTCAAGTGTAGATTA
Unaligned ( gi|20 ): TGTAATGAATTAACAATTCCCAATATAAATATTTACAGTGACC