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Reference ( gi|4 )            :          TCTCCATAT-CTACATTTTGTCTTCTCTG---AA-----ATCATTATGAC--GGGTG-TA-------T---AAT--ACTATGTTGG-CATTGTTGC
gi|15                         :          TCTC--TAT-CTACATTCTGTCTTCCCTG---AA-----ATAATTATGAC---GATG-TT-------T---AAT--GCTA
gi|14                         :         tTCTTTATAT-CTACATTCTGTC-TCACTG---AAATATTATTATTATGAC--GGGTG-TA-------C---A
gi|21                         :         tTCTCTGTAT-CTACATTCTGTCTTATCTG---AA-----ATAATTATGA
gi|2                          :          tCTCCATAT-CTACATTTTGTCTTCTCTA---AA-----ATCATTATGAC--GGGTG-TA-------T---AAT--ACTATGCTGG-CATTGTTGCa
gi|3                          :           CTCTCTAT-TTACATTCTGTCTTTTCTG---AA-----ATAATTTTGAT--TGGTA-TA-------T---AGT--GCTATGTTGG-CATTGtct
gi|20                         :           CTTTATGT-CTACACTCTGTCTTCTCTG---AA-----ATAATAATGAC--AGgtttta
gi|5                          :             CTATAT-TTACATTCTGTGTTCTCTG---AA-----ATAATTATGAC--GGGTG-TA-------T---AAT--GTTATGTTGG-CGT
gi|9                          :             CTATAT-CTACATTCTGTCTTCTCTG---AA-----AT-ATTAAGACAAGGGGG-TT-------T---AAT--GCTATGTTGG-CGTTagctttt
gi|1                          :              CATATACT-CATTCTGTCTTCTCTG---AA-----ATAATTATGAC--AGGTG-TA-------TATAAAT--GCTATGTTGG-CATTGC
gi|18                         :         tcttgtATAT-TTACATTCTGTCTTCTCTG---AA-----ATAATTATGAC--AGGCG-TA-------C---AAT--ctt
gi|7                          :               aTGT-CTACATGCTGTCTTCTTTT---AA-----ATAATTACTAT--GGGCT-TA-------T---AAT--GCTATGTTGG-CATTGCg
gi|12                         :                TAT-CTACATTCTGTCTTCTCTG---AA-----ATAATCATAAT--GGGCT-TA-------C---AAG--GCTACATTGG-ttt
gi|10                         :                 AT-TTACTTTCTGTCTTCTCTT---AA-----ATAATTCTGAC--AGACG-CA-------T---AAT--ACTACATTGG-CCTTGCtg
gi|16                         :                  T-CTACATTCTGTCTTCTCTG---AA-----ATAATTATAAC--GGACG-TA-------T---AAT--GCTACGTT
gi|8                          :                  T-CTATAT---ATCTTCT--G---AA-----ATAATTATGAC--GTGCGTTA-------T---AAT--GCTACGTTGG-CGTTGtg
gi|6                          :                  cttcACATTCTGTCTTCTCTA---AA-----TTGATTATGAT--GGACG-TG-------T---TATGCACTACATTGG-CATTGCccttt
gi|13                         :                   tgatgtaTCTGTCTTCTCTG---AA-----ATAATTATGAC--GGGct
gi|11                         : tgccttaagttatacactagcacttttcGTCTTCTCTGCGAAA-----AAAA--ATGAC--AGGCG-CACGTACTGT---AAT--GCTAGGTTGG-CATTGCc
gi|17                         :                             ccCTTCTCTG---AA-----ATAATTATGAT--GGGCG-TA-------T---AAT--GCTGTGTTGG----TGTTGC
gi|19                         :                                 cCTCTG---AA-----ATCATTATGA---GGGTG-TA-------T---AA---GCTACATTGGACATTGtc





Alignments
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lowQualScore                  :                                                         333     88888        88      2 2222222 999    22   2     9 9       
consensus                     :                             TCTCTATATCTACATTCTGTCTTCTCTG---AAATA-----ATTATGAC--GGGCGT-A-------T---AATG--CTACGTTGG-CGTTGCTGC
Reference ( family-2179 )     :                             TCTCTATATCTACATTCTGTCTTCTCTG---AAATA-----ATTATGAC--GGGCGT-A-------T---AATG--CTACGTTGG-CGTTGCTGC
gi|1                          :                                 TATA-CT-CATTCTGTCTTCTCTG---AAATA-----ATTATGAC--AGGTGT-A-------TATAAATG--CTATGTTGG-CATTGCT
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gi|11                         :                                             CCGTCTTCTCTGCGAAAAAA-----A--ATGAC--AGGCGC-ACGTACTGT---AATG--CTAGGTTGG-CATTGCT
gi|12                         :                                   TATCTACATTCTGTCTTCTCTG---AAATA-----ATCATAAT--GGGCTT-A-------C---AAGG--CTACATTGG-TG
gi|13                         :                                            TCTGTCTTCTCTG---AAATA-----ATTATGAC--GGGC
gi|14                         : tgccttaagttatacactagcacttttcTCTTTATATCTACATTCTGTC-TCACTG---AAATATTATTATTATGAC--GGGTGT-A-------C---A
gi|15                         :                              tTCTCTATCTACATTCTGTCTTCCCTG---AAATA-----ATTATGAC---GATGT-T-------T---AATG--CTA
gi|16                         :                                    tTCTACATTCTGTCTTCTCTG---AAATA-----ATTATAAC--GGACGT-A-------T---AATG--CTACGTT
gi|17                         :                                                 CTTCTCTG---AAATA-----ATTATGAT--GGGCGT-A-------T---AATG--CTGTGTTGG-TGTTGCTtg
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gi|19                         :                                                   aCTCTG---AAATC-----ATTATGA---GGGTGT-A-------T---AA-G--CTACATTGGACATTG
gi|2                          :                              CTCCATATCTACATTTTGTCTTCTCTA---AAATC-----ATTATGAC--GGGTGT-A-------T---AATA--CTATGCTGG-CATTGTTGC
gi|20                         :                              CTTTATGTCTACACTCTGTCTTCTCTG---AAATA-----ATAATGAC--AGtct
gi|21                         :                             TCTCTGTATCTACATTCTGTCTTATCTG---AAATA-----ATTATGA
gi|3                          :                             tCTCTCTATTTACATTCTGTCTTTTCTG---AAATA-----ATTTTGAT--TGGTAT-A-------T---AGTG--CTATGTTGG-CATTGa
gi|4                          :                             TCTCCATATCTACATTTTGTCTTCTCTG---AAATC-----ATTATGAC--GGGTGT-A-------T---AATA--CTATGTTGG-CATTGTTGCgtttta
gi|5                          :                                CTATATTTACATTCTGTGTTCTCTG---AAATA-----ATTATGAC--GGGTGT-A-------T---AATG--TTATGTTGG-CGTAGCT
gi|6                          :                                        ACATTCTGTCTTCTCTA---AATTG-----ATTATGAT--GGACGT-G-------T---TATGCACTACATTGG-CATTGCTttt
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gi|9                          :                              ctCTATATCTACATTCTGTCTTCTCTG---AAAT------ATTAAGACAAGGGGGT-T-------T---AATG--CTATGTTGG-CGTTcttt





Alignments
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lowQualScore                  :                                                         333     88888        88      2 2222222 999    22   2     9 9       
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Reference ( family-2179 )     :                             TCTCTATATCTACATTCTGTCTTCTCTG---AAATA-----ATTATGAC--GGGCGT-A-------T---AATG--CTACGTTGG-CGTTGCTGC
gi|1                          :                                 TATA-CT-CATTCTGTCTTCTCTG---AAATA-----ATTATGAC--AGGTGT-A-------TATAAATG--CTATGTTGG-CATTGCT
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gi|13                         :                                            TCTGTCTTCTCTG---AAATA-----ATTATGAC--GGGC
gi|14                         : tgccttaagttatacactagcacttttcTCTTTATATCTACATTCTGTC-TCACTG---AAATATTATTATTATGAC--GGGTGT-A-------C---A
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gi|19                         :                                                   aCTCTG---AAATC-----ATTATGA---GGGTGT-A-------T---AA-G--CTACATTGGACATTG
gi|2                          :                              CTCCATATCTACATTTTGTCTTCTCTA---AAATC-----ATTATGAC--GGGTGT-A-------T---AATA--CTATGCTGG-CATTGTTGC
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gi|21                         :                             TCTCTGTATCTACATTCTGTCTTATCTG---AAATA-----ATTATGA
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gi|4                          :                             TCTCCATATCTACATTTTGTCTTCTCTG---AAATC-----ATTATGAC--GGGTGT-A-------T---AATA--CTATGTTGG-CATTGTTGCgtttta
gi|5                          :                                CTATATTTACATTCTGTGTTCTCTG---AAATA-----ATTATGAC--GGGTGT-A-------T---AATG--TTATGTTGG-CGTAGCT
gi|6                          :                                        ACATTCTGTCTTCTCTA---AATTG-----ATTATGAT--GGACGT-G-------T---TATGCACTACATTGG-CATTGCTttt
gi|7                          :                            tgatgtaTGTCTACATGCTGTCTTCTTTT---AAATA-----ATTACTAT--GGGCTT-A-------T---AATG--CTATGTTGG-CATTGCTct
gi|8                          :                             TCTCTATAT---------ATCTTCT--G---AAATA-----ATTATGAC--GTGCGTTA-------T---AATG--CTACGTTGG-CGTTGCttt
gi|9                          :                              ctCTATATCTACATTCTGTCTTCTCTG---AAAT------ATTAAGACAAGGGGGT-T-------T---AATG--CTATGTTGG-CGTTcttt


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blockSeqs                     :                                                         .       .            .       . .       .      .          .
blockSeqs                     :                                                         .       .            .       . .       .      .          .
blockSeqs                     :                                                         .       .            .       . .       .      .          .
blockSeqs                     :                                                         .       .            .       . .       .      .          .
blockSeqs                     :                                                         .       .            .       . .       .      .          .
blockSeqs                     :                                                         .       .            .       . .       .      .          .
blockSeqs                     :                                                         .       .            .       . .       .      .          .
blockSeqs                     :                                                         .       .            .       . .       .      .          .
blockSeqs                     :                                                         .       .            .       . .       .      .          .
blockSeqs                     :                                                         .       .            .       . .       .      .           
blockSeqs                     :                                                         .       .            .       . .       .      .           
blockSeqs                     :                                                         .       .            .       . .       .      .           
blockSeqs                     :                                                         .       .            .       . .       .                  
blockSeqs                     :                                                         .       .            .                                    
blockSeqs                     :                                                         .       .            .                                    
blockSeqs                     :                                                         .       .                                                 


blockSeqCons                  :                                                                                                ***
originalCons                  :                             TCTCTATATCTACATTCTGTCTTCTCTG---AAATA-----ATTATGAC--GGGCGT-A-------T---AATG--CTACGTTGG-CGTTGCTGC
finalCons                     :                             TCTCTATATCTACATTCTGTCTTCTCTG---AAATA-----ATTATGAC--GGGCGT-A-------T---AATG--CTACGTTGG-CGTTGCTGC





Alignments
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lowQualScore                  :                                                         ...     .....        ..      . ....... ...    ..   .     . .       
lowQualScore                  :                                                         333     88888        88      2 2222222 999    22   2     9 9       
consensus                     :                             TCTCTATATCTACATTCTGTCTTCTCTG---AAATA-----ATTATGAC--GGGCGT-A-------T---AATG--CTACGTTGG-CGTTGCTGC
Reference ( family-2179 )     :                             TCTCTATATCTACATTCTGTCTTCTCTG---AAATA-----ATTATGAC--GGGCGT-A-------T---AATG--CTACGTTGG-CGTTGCTGC
gi|1                          :                                 TATA-CT-CATTCTGTCTTCTCTG---AAATA-----ATTATGAC--AGGTGT-A-------TATAAATG--CTATGTTGG-CATTGCT
gi|10                         :                            tcttgtcaATTTACTTTCTGTCTTCTCTT---AAATA-----ATTCTGAC--AGACGC-A-------T---AATA--CTACATTGG-CCTTGCTctt
gi|11                         :                                             CCGTCTTCTCTGCGAAAAAA-----A--ATGAC--AGGCGC-ACGTACTGT---AATG--CTAGGTTGG-CATTGCT
gi|12                         :                                   TATCTACATTCTGTCTTCTCTG---AAATA-----ATCATAAT--GGGCTT-A-------C---AAGG--CTACATTGG-TG
gi|13                         :                                            TCTGTCTTCTCTG---AAATA-----ATTATGAC--GGGC
gi|14                         : tgccttaagttatacactagcacttttcTCTTTATATCTACATTCTGTC-TCACTG---AAATATTATTATTATGAC--GGGTGT-A-------C---A
gi|15                         :                              tTCTCTATCTACATTCTGTCTTCCCTG---AAATA-----ATTATGAC---GATGT-T-------T---AATG--CTA
gi|16                         :                                    tTCTACATTCTGTCTTCTCTG---AAATA-----ATTATAAC--GGACGT-A-------T---AATG--CTACGTT
gi|17                         :                                                 CTTCTCTG---AAATA-----ATTATGAT--GGGCGT-A-------T---AATG--CTGTGTTGG-TGTTGCTtg
gi|18                         :                                 cATATTTACATTCTGTCTTCTCTG---AAATA-----ATTATGAC--AGGCGT-A-------C---AATG--c
gi|19                         :                                                   aCTCTG---AAATC-----ATTATGA---GGGTGT-A-------T---AA-G--CTACATTGGACATTG
gi|2                          :                              CTCCATATCTACATTTTGTCTTCTCTA---AAATC-----ATTATGAC--GGGTGT-A-------T---AATA--CTATGCTGG-CATTGTTGC
gi|20                         :                              CTTTATGTCTACACTCTGTCTTCTCTG---AAATA-----ATAATGAC--AGtct
gi|21                         :                             TCTCTGTATCTACATTCTGTCTTATCTG---AAATA-----ATTATGA
gi|3                          :                             tCTCTCTATTTACATTCTGTCTTTTCTG---AAATA-----ATTTTGAT--TGGTAT-A-------T---AGTG--CTATGTTGG-CATTGa
gi|4                          :                             TCTCCATATCTACATTTTGTCTTCTCTG---AAATC-----ATTATGAC--GGGTGT-A-------T---AATA--CTATGTTGG-CATTGTTGCgtttta
gi|5                          :                                CTATATTTACATTCTGTGTTCTCTG---AAATA-----ATTATGAC--GGGTGT-A-------T---AATG--TTATGTTGG-CGTAGCT
gi|6                          :                                        ACATTCTGTCTTCTCTA---AATTG-----ATTATGAT--GGACGT-G-------T---TATGCACTACATTGG-CATTGCTttt
gi|7                          :                            tgatgtaTGTCTACATGCTGTCTTCTTTT---AAATA-----ATTACTAT--GGGCTT-A-------T---AATG--CTATGTTGG-CATTGCTct
gi|8                          :                             TCTCTATAT---------ATCTTCT--G---AAATA-----ATTATGAC--GTGCGTTA-------T---AATG--CTACGTTGG-CGTTGCttt
gi|9                          :                              ctCTATATCTACATTCTGTCTTCTCTG---AAAT------ATTAAGACAAGGGGGT-T-------T---AATG--CTATGTTGG-CGTTcttt