lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 55555555555555555 111111 111 111111 1111 1111 33333333333333333333333333333333333 6666666666666666666666666666666666666666666666666 5555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333333333333333 1 111 444444444444444444444444444 44444444444444444444 2222222222 11111 111 1 1 222222222 11 2222222 111 1 11 3333333 111 111 1 1 1111111 1 111 2222 1 2222 1111 1111 11 1111111 22222 3333333 111 111 1111 11111 11111 111 2222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 77777 1111 1 6666666666666666666666666666666666666666 2 44444 111 666666
lowQualScore : 7 22222222222222222 3 000000 5 222 2 33 66666 222222 3 777777 0000 1 2 333 9999 999 22 2 11111111111111111111111111111111111 44444 1 1 1 222 5555555555555555555555555555555555555555555555555 6666666 1 5555 22 2 9999999999 2 6666666666666666666666666666666666666666666666 6 2 222222222222222222222222 55 3 2 888 777777777777777777777777777 0 0 88888888888888888888 6 7777777777 0 3 2 6 66666 99 000 9 3 5 5 1 0 4 5 8 333333333 6 2 00 6666666 1 6 111 5 7 8 11 8 4 7777777 2 777 3 777 2 0 0 3 3 0 8888888 0 8 8 111 7777 5 0 2222 1 1 55 8888 8 8 8 0 7777 5 22 11 1 0 7777777 8 99 99 00000 6666666 7 8 5 000 1 6 77 66 333 5555 5 888 22222 5 77777 5 66 1 5 111 2222222222222222222222222222222222222222222222 6 5 1 5 33333 4444 5 9999999999999999999999999999999999999999 8 6 1 8 88888 333 888888 8
lowQualScore : . ................. . ...... . ... . .. ..... ...... . ...... .... . . ... .... ... .. . ................................... ..... . . . ... ................................................. ....... . .... .. . .......... . .............................................. . . ........................ .. . . ... ........................... . . .................... . .......... . . . . ..... .. ... . . . . . . . . . ......... . . .. ....... . . ... . . . .. . . ....... . ... . ... . . . . . . ....... . . . ... .... . . .... . . .. .... . . . . .... . .. .. . . ....... . .. .. ..... ....... . . . ... . . .. .. ... .... . ... ..... . ..... . .. . . ... .............................................. . . . . ..... .... . ........................................ . . . . ..... ... ...... .
lowQualScore : 3 22222222222222222 6 555555 5 444 5 44 11111 444444 1 888888 0000 9 0 555 0000 555 99 1 00000000000000000000000000000000000 55555 7 7 7 999 5555555555555555555555555555555555555555555555555 2222222 9 5555 88 1 2222222222 1 9999999999999999999999999999999999999999999999 1 5 444444444444444444444444 00 3 3 888 888888888888888888888888888 7 1 66666666666666666666 7 7777777777 7 5 5 7 77777 22 222 0 8 0 0 0 0 4 8 0 555555555 5 2 22 6666666 0 7 777 0 8 0 00 0 2 5555555 5 555 0 000 5 0 0 2 2 8 5555555 0 0 0 888 4444 0 8 6666 4 4 22 2222 0 0 0 8 0000 0 88 00 0 6 6666666 0 22 22 00000 6666666 0 3 7 000 4 0 99 99 888 6666 0 888 55555 0 55555 0 99 7 7 777 0000000000000000000000000000000000000000000000 7 5 0 0 33333 2222 0 3333333333333333333333333333333333333333 0 0 6 0 00000 444 888888 0
consensus : NNNNNNGACGACATT-------GTCG-T---GCCTGCA-TTG------GACGACTC-CA-T--A----CT------GGNCCA------AT---GCC-TGC-ATTG---A---ATCAG---TT--TA-T-------------------------A--G-TCGN-C-----C-AAT-G-CCTG---CATTGG------A------TG---A---CAT----G-TC-------G-N------C-------CA-A---TGC--CTGC-AT----------T-G-A--CAGA------A-ATC-A-----TA-TT--CTN--N-T-----AATGCC-TGCATTGGCC--G--TTCAN---A-GAN----TC--GT-CCAATGCCNGCATTGGCT--C---T-TG-AA-ATAGTG---T---CCAACGCCTGCATTGG----C-T-A--T----TG--TGACAGAG-T-TGGGC--AACGCCTGCATT-GG----CTC--TTG--ATATAGTCGAGTGGTCCAATGCCNGCAT-TG--NC-CG--TTGANAGTCG-CCCAGT------NTGTGC-AT---TGACTCTCGAGAGATTTGTAC-AAGGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATC-AAAGAATAG------TTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAANAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATACCCATG--CAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-C-ATTGCTA-A-CTCATTC-AAATTCCTCATGTTA--AAATCATGTTATGTAATAATTATT--ATC-GGAT-TC-CATT----ACGCAAAAAC--ATATATACCAATTTCA-AGCGCAC--TTGTA--ATT-----AGC---AATAAAAAGAATTG-C---AAAATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----GT-ACATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACAT-AGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGATA------ACT---------------CGTA-TGATTAAAAACAACTTTTATGATAAATT-AA----CTCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------T------------TCTTAAT-ACATTGATCGAATATTATGAA-AAAATAAT-ATTTGGA-CCAAAAATTTTTTAG-TTCAGAGTGCA
Reference ( gi|3 ) : AATCAAGATGACATT-------GTCGTT---ACCTGCA-TTG------GACGACGC-CA-T--A----CT------GGTCCA------AT---ACC-TGC-ATTG---A---TTCAG---TT--TA-T-------------------------A--G-TAGA-C-----C-AAT-G-CCTG---CATTGG------A------TG---A---CAT----G-TC-------G-C------C-------CA-A---CGC--CTGC-AT----------T-G-A--CAGA------A-ATC-A-----TA-TT--CTC--A-T-----AACGCC-TGCATTGGCT--G--TTCAG---A-GAT----TC--AT-CCAAAGCCTTCATTGGCT--C---T-TG-AA-ATAGTGT--T---CCAACGCCTGCATTGG----C-T-A--T----TG--TGACAGAG-T-TGGGT--AACGTCTGTATT-GG----CTC--TTG--ATATAGTCGAGTGGTCTACTGCCAGAAT-TG--TC-CA--TTGAGAATCG-CCCAGT------ATGTAC-AT---TGACTCTCGAGATATTTGTGC-AAGGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATC-AAGGAATAC------TTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATACCCATG--CAGGATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-C-ATTGCTA-A-CTCATTC-TATTTCGTCATGTT---AAATCATGTTATGTAATAATTATT--TTC-GGAT-TC-CATT----ACGCAAAAAC--ATATATACTAATTTCA-AGCGCAC--TTGTA--ATT-----AGC---AATGAAAATATTTG-C---AAAATGGATAAAAGTTGCAGCA--AT--TA---TAATCAACA----GT-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACAT-ATATTAA---------------------A------ACT---------------CATA-TGATTAAAAACAACTTTTAGGATA-----AA----CTCAGTTTGTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------C------------TCTTAAT-ACATCGATCGAATATTTTGAA-AAAAAAACGATTTGGA-CAAAAAA-----TAG-TTCAGAGTGCA
gi|2 : GATGAC-TT-------GTCGCCCACGCCTGTAATTG------AAAGAAAT-CAAT--A----TT------CTCCTA------AC---GCC-TGC-ATTG---GCTGTTCAGAGATT--CA-T-------------------------G---------C-----C-AAA-G-CCAG---CATTGG------CTCT---TG---A----AT----A-GT-------G-T------C-------CA-A---CG---CTGC-ATTGGCTTTTTGT-G-A--CAGA-------------------G-TT--TGG--G-T-----AATGCC-TGTATTGG
gi|7 : gctccatagtcggccaatgcctgcattgaatcagttattagtagaccaatgcctgcattgGACGACATTCGAGTCGGTCAGT---GCCTGCA-TTG------GACGACTC-CA-C--A-------------GTTCACCAATGAT---GCCATAC--TCGGCCA---ATCAG---TT--TA-T-------------------------A--G-TCGC-C-----C-AAT-G-CATG---TATTAG------A------TG---ACACCAT----ACTC-------G-G------C-------CA-A---TGC--CTGC-AT----------T-G-A--ATGA------C-GCC-A-----TA-CT---TG--ACC-----AATGCC-TGTATTGAATCAG--TTTAT---A-TGG----TC--GG-CCAATGCCTGCATTGGgctcttgaaatctagtcgagtggtctactgccagtatatgtctcattgatagccgtctcagtctgtgcattgactctcgagagatttgtacaaaggctaaagccacgatatgctggtatttgatcaaagaaatagttataaatttctgcattggctttaaaatgaacagaatttttgtactattgtagattctttgtgagaaatacccatagccagtatttcatttcgtattagtggttgctgcaattgctacatttcattcaaattcctaatgttaaaaaatcatgatttgtgttaattatgatcgggattccatacgcattaacatatataccaatttcatagcgcacttgtaattagcttaaaaagaattgcaagaaaatggataaaagttgcaacaattaatttaatcaacaggtacatttatgtttcaataccaactttcgctgaccatttttgtgatacatagattaaaccaaatcctttcaatctgataactccgtattgattaaaacaagttttatgataaattaactcagtttttatcattttgagagtaaaagtcaatattcttattcataaattcttaataacattgatcgaatattaatgaaaaaataatttgaaccaaaaattttttagattcagagtgcatatat
gi|11 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacagcatttgtttttcagttcgtcaatgttaggattaattttactttaaaatgtaaatgcctgcactgATT-------GTC--------CTGCA-TTGACGAATGACGTCTC-TA-C--A----CT------GGGCCA------ATGC-ACC-TGC-ATTG---A---ATCAGTTTTT--TA-T-------------------------A--C-TTCA-C-----CAAAT-G-TCTGTGCCATTGacgacgccacactgggccaatgcct
gi|7 : ccaatgccttgcagttgaatcaaatgtacaatacagtaccgccaactactgcgattgcgcacatgacgtctataatggggcccatagccttgccatgagatccaccagtcctatccagtcaccaT---GCCTGCA-TTG------AATGACGC-CA-T--A----CT------TGACCA------AT---GCC-TGT-ATTG---A---ATCAG---TT--TA-T-------------------------ATGG-TCGG-C-----C-AAT-G-CCTG---CATTGG------A------CG---A---C------G-CC-------A-CACTGGGC-------CA-A---TGC--CTccaactgatggaacggtttaatcactgggcacaatgcccttgctcattgaatcagctttgtagtcgccgcaatactgcattga
gi|8 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacagcatttgtttttcagttcgtcaatgttaggattaattttactttaaaatgtaaatgcctgcactggacgacattcgagtcggtcagtgcctgcattggacgactccacagttcaccaatgatgccatactcggccaatcagtttatagtcgcccaatgcatgtattagatgacaccatactcggccaaT---GCCTGCA-TTG------AATCAGTT-CA-T--A----AT------CAGCCA------AT---GTC-TGC-AATA---A---ATGAC---TC--CA-T-------------------------A--G-TCGG-C-----C-AAT-G-CCTG---CGTTGA------A------
gi|20 : aaacaatgtttaaatattgctatactattgatctatatcactattttgcaggaaaagcactggaaggggctaaacataattggaatagagagggggacactgtggtcatatcctgcagcagatatctgtattgtttttattaaaatcataatgcctttaatgaacacaagaattagtcggttttattttcttgatgaacaaaaattacagtcttcgaattgatgataaaagaggaaaatatatctaacgaaactaaacgtaatgcattggcactttaagagtggtccaatgcatgcgttggctcttcacaaattgatccaaT---GCCTGCA-TTG------AATCAGTT-TA-T--A----AT------AGACCA------AT---GCC-TGC-ATTG---
gi|4 : ccaaT---GCCTGCA-TTG------GATGATTC-CA-T--A----CTCC----GGTCAA------AT---GCC-TGC-ATTG---A---tacaaggctaaagccccgatatgctggtatttgatcaaat
gi|1 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatattgcctgccattgaattagttctatatcctcatctctatgatatgacttcataacaccaagttgattgcattaaacgactccaactacttccattgcatgggatctattataatagtctaattatcatgtgaatcagtttcatatactcggcctattgcctgccattgaattcagtttacatcgctattctcatgacacgctggcctatatctcatctccattgataagtttatagtcgccaaaCCTGCA-TTG------AA-GACTCGCA-T--A----CTCTGGGGGGGCCA------A----GCT-TGC-ATTG---A---ATCAGC--TT--TA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA--G-TAGG-T-----C-AAT-G-CCTA---CATTGG------A------TG---A---TTT----G-TC----------------C-------AA-A---CGC--CTGC-AT----------T-G-A--AAGA------A-ATC-C-----TA-TT--CTC--C-T-----AATGCC-TGCATTGGCT--C--TTGAG---A-GAT----TC--AT-CCAAAGCCAGCATTGGCT--C---T-TG-AA-ATAGTGG--T---CCCACGCTTGCATTGA----C-T-T--T----TG--TGACAGAG-T-TGGGC--AATTCCTGCATT-TG----CTC--CTG--AAATAGTCGAGTGGACTAATGCCAGTAT-TG--AC-CA--TTGAGAGTCG-CCAAGT------ATGTAC-AT---TGACTCTCGAGAGATTTATCC-AAGATTATAAAGCCAAGGTATGCGGGTATTTGATC-AAAGAATACTTGTAGTTATAAATTTCTGCATTGG-TTTAATGCAATGAAAAG---TTTTCCTA-TATTGTA-A-TATTGGCGAGA----------------ATTTCATTTCGTATTAGTGGTTTGCTGTC-ATTGCTA-A-CTCATTCAGATTTCCCC-----------TCATGTTATGT-ATAATGATTGATAC-GGATCTC-CATT----ACGCAAAAACATATATATACCAATTTCA-AGCGCAT--TTGAA--Aaatcgttctaataga
gi|25 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggcgcccaattgcctgcattgaattcagtgttgtagtcagaccgccaatgccttttggtctgcattgatgactccataactcggccaatgtacctgaattgaatcagtttctatatagtcggcggaggtggccaatcgtctgtattgtcgaatgacccataaagcctttttccaatgcctttcatgaagatcagtctatagtagacccaatgctgcattgacgaacgccatactggtccaatgcctgcatttgaatcgtttgtagtcgccgctgccatgtctgcatatggatgacgccataaactccgggccatgccttgcattggaatcagttgtgtagtcgcaccaatgcCTGTA-TTG------AATGACGC-CA-T--A----CT------TGGCCA------AT---GCC-TG
gi|7 : GCA-TTG------GCCGAC---CA-T--ATAAACT------GATTCA------AT---ACA-GGC-ATTG---G---TCAAG---TA--TG-G-------------------------C--G-TCAT-T-----C-AAT-G-CAGG---CATTGGCCGAGTA------TG--------GT----G-TC-------A-T------C-------TA-A---TAC--ATGC-AT----------T-G-
gi|8 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacagcatttgtttttcagttcgtcaatgttaggattaattttactttaaaatgtaaatgcctgcactggacgacattcgagtcggtcagtgcctgcattggacgactccacagttcaccaatgatgccatactcggccaatcagtttatagtcgccCA-TTG------GCTGAT---TA-TGAA----CT------GATTCA------AT---GCA-GGC-ATTG---G---ATCAA---TT--TG-T----------------------------G-AAGAGC-----C-AAC-G-CATG---CATTGG------A------ctgcattggacgacgccacactgggccaatgcct
gi|22 : aaacaatgtttaaatattgctatactattgatctatatcactattttgcaggaaaagcactggaaggggctaaacataattggaatagagagggggacactgtggtcatatcctgcagcagatatctgtattgtttttattaaaatcataatgcctttaatgaacacaagaattagtcggttttattttcttgatgaacaaaaattacagtcttcgaattgatgataaaagaggaaaatatatctaacgaaactaaacgtaatgcattggcactttaagagtggCGC-CA-T--A----TT------GGTCCA------AT---GCC-TGC-ATTG---A---AGCAG---TT--Ttctgcaataaatgactccatagtcggccaatgcctgcgttgaa
gi|2 : C-CA-T--A----GT------CGGCCA------AT---GCC-TGC-ATTG---A---ATCAG---TT--AT-T-------------------------A--G-TAGA-C-----C-AAT-G-CCTG---CATTGG------A------TG---A---CTT----G-TC-------G-C------C-------C--A---CGC--CTGTAAT----------T-G-A--AAGA------A-ATCAA-----TA-TT--CTC--C-T-----AACGCC-TGCATTGGCT--G--TTCAG---A-GAT----TC--ATGCCAAAGCCAGCATTGGCT--C---T-TG--A-ATAGTG---T---CCAACG-CTGCATTGG----CTT-T--T----TG--TGACAGAGTT-TGGGT--AATGCCTGTATTGGG----CTC--TTGAAATCTAGTCGAGTGGTCTACTGCCAGTATATG--TCTCA--TTGATAGCCGTCTCAGT------CTGTGC-AT---TGACTCTCGAGAGATTTGTACAAAGGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAAATAG------TTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAACAGAATTTTTG-TACTATTGTAGATTCTTTGTGAGAAATACCCATAGCCAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CAATTGCTACATTTCATTC-AAATTCCTAATGTTAAAAAATCATGATTTGTGTTAATTATG--ATCGGGAT-TC-CA-T----ACGCATTAAC--ATATATACCAATTTCATAGCGCAC--TTGTA--ATT-----AGC----TTAAAAAGAATTG-CAAGAAAATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TAATTTAATCAACAG---GT-ACATTTATGTTTCAATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--G-A-TACAT-AGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGATA------ACTC--------------CGTATTGATT-AAAACAAGTTTTATGATAAATT-AA----CTCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------ATTCTTATTCATAAAT------------TCTTAATAACATTGATCGAATATT---AATGAAAAAATAATTTGAA-CCAAAAATTTTTTAGATTCAGAGTGCAgcattcgccca
gi|8 : gct-CA-A--A----TT------GATCCA------AT---GCC-TGC-ATTG---A---ATCAG---TT--CA-T-------------------------A--A-TCAG-C-----C-AAT-G-TCTG---CAATAA------A------TG---ACTCCATA---G-TC-------G-G------C-------CA-A---TGC--CTGC-GT----------T-G-A--tatat
gi|4 : aaacaatgtttaaatattgctatactattgatctatatcactattttgcaggaaaagcactggaaggggctaaacataattggaatagagagggggacactgtggtcatatcctgcagcagatatctgtattgtttttattaaaatcataatgcctttaatgaacacaagaattagtcggttttattttcttgatgaacaaaaattacagtcttcgaattgatgataaaagaggaaaatatatctaacgaaactaaacgtaatgcattggcactttaagagtggtccaatgcatgcgttggctcttca-CA-C--G----CT------GGCCTAT-----ATCTCATC-TCC-ATTG---A---T-AAG---TT--TA-T-------------------------A--G-TCGC-C-----A-AAT-G-CCTG---CATTGG------A------TG---ATTCCAT----ACTCCG-----G-T------C-------AA-A---TGC--CTGC-AT----------T--------GA------A-ATC--------G-TT--CTA--A-T-----Aa
gi|4 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatattgcctgccattgaattagttctatatcctcatctctatgatatgacttcataacaccaagttgattgcattaaacgactccaactacttccattgcatgggatctattataatagtctaattatcatgtgaatcagtttcatatactcggcctattgcctgccattgaattcagtttacatcgctattctcatgaA-T--A----CTC-----GGCCTA------TT---GCC-TGCCATTG---AA--TTCAG---TT--TA-C-------------------------A----TCG--------C-TAT-T-CTC----------------A------TG---A---CAC----GCTG-------G-C------C-------TATATCTCAT--CTCC-AT----------T-G-A--TA-A------G-TTT-A-----TA-GT--CGC--C-A-----AATGCC-TGCATTGGAT--GA-TTC-C---A-TAC----TCCGGT-CAAATGCCTGCATTGga
gi|8 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatattgcctgccattgaattagttctatatcctcatctctatgatatgacttcataacaccaagttgattgcattaaacgactccaactacttccattgcatgggatctattataatagtctaattatcatgtgaatcagtttcatT------GGTCCA------AT---GCA-TGC-GTTG---G---CTC-----TT--CA-C-------------------------A--AATTGATC-----C-AAT-G-CCTG---CATTGA------A------TC---AGTTCATA---A-TC-------A-G------C-------CA-A---TGT--CTGC-AA----------T-A-A--ATGA------C-TCC-A-----TA-GT--CGG--C-C-----AATGCC-TGCGTTGaaatcgttctaataga
gi|7 : aaacaatgtttaaatattgctatactattgatctatatcactattttgcaggaaaagcactggaaggggctaaacataattggaatagagagggggacactgtggtcatatcctgcagcagatatctgtattgtttttattaaaatcataatgcctttaatgaacacaagaattagtcggttttattttcttgatgaacaaaaattacagtcttcgaattgatgataaaagaggaaaatatatctaacgaaactaaacgtaatgcattggcactttaagagGTCCA------AT---GCA-GGC-ATTG---G-----CCG---AC--CA-T-------------------------A----TAAA-CTGATTC-AAT-A-CAGG---CATTGGTCAAGTA------TG---G---C------G-TC-------A-T------T-------CA-A---TGC--AGGC-AT----------T-G-G--CCGA------GTATG-G-----TG-TC--ATC----T-----AATACA-TGCATTGGaa
gi|20 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacagcatttgtttttcagttcgtcaatgttaggattaattttactttaaaatgtaaatgcctgcactggacgacattcgagtcggtcagtgcctgcattggacgactccacagttcaccaatgatgccatactcggccaatcagtttatagtcgcCCA------AT---GCC-TGC-ATTG---A---ATCAG---TT--TA-T-------------------------A--A-TAGA-C-----C-AAT-G-CCTG---CATTGgacgccacactgggccaatgcct
gi|18 : CA------AT---GCC-TTC-ATTA---A---ATCAG---TT--TG-T-------------------------A--G-TCGC-C-----C-AAT-G-TCTG---CATtacaaggctaaagccccgatatgctggtatttgatcaaat
gi|8 : aatcagtttatatagtcggccaatgtctgtgttaaatgtctccatagccttccatg-TGC-ATTG---G-----CAC---TT--TAAG-------------------------A--G-TGGT-C-----C-AAT-G-CATG---CGTTGG------CTCT---TC---A---CAA----A-TT-------GAT------C-------CA-A---TGC--CTGC-AT----------T-G-AATCAG---------TTC-A-----TA-AT--CAG--C-C-----AATGTC-TGCAATAAAT--GACTCCAT---A-G------TC--GG-CCAATGCCTGCGTTG
gi|18 : aaacaatgtttaaatattgctatactattgatctatatcactattttgcaggaaaagcactggaaggggctaaacataattggaatagagagggggacactgtggtcatatcctgcagcagatatctgtattgtttttattaaaatcataatgcctttaatgaacacaagaattagtcggttttattttcttgatgaacaaaaattacagtcttcgaattgatgataaaagaggaaaatatatctaacgaaactaaacgtaaTCAG---TTTATA-T-------------------------A--G-TCGG-C-----C-AAT-G-TCTG---TGTTAA------A------TGTCTC---CAT----A----------G-C------CTTCCATGCA-A---TGC--CTTC-AT----------T---------A------A-ATC-AGTTTGTA-GT--CGC--C-C-----AATGTC-TGCATaa
gi|22 : aaA-T-------------------------A--T-TGGT-C-----C-AAT-G-CCTG---CATTGA------AGCAGTTTG-------CAT------TC-------G-C------C-------CA-
gi|1 : cgccAGAGC-----C-AAT-G-CTGG---CTTTGG------A------TG---A----AT----C-TC-------T-CAAGAG-C-------CA-A---TGC--AGGC-AT----------T-A-G--GAGA------ATAGG-A-----T--TT--CTT--T-C-----AA-----TGCA--GGC---G--TTTGG---ACAAA----TC--AT-CCAA
gi|11 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggcgcccaattgcctgcattgaattcagtgttgtagtcagaccgccaatgccttttggtctgcattgatgactccataactcggccaatgtacctgaattgaatcagtttctatatagtcggcggaggtggccaatcgtctgtattgtcgaatgacccataaagcctttttccaatgcctttcatgaagatcagtctatagtagacccaatgctgcattgacgaacgccatactggtccaatgcctgcatttgaatcgtttgtagtcgccgctgccatgtctgcatatggatgacgccataaactccgggccatgccttgcattggaatcagttgtgtagtcgcaccaatgccctgcattgaagactcgcatactctgggggggccaagcttgcattgaatcagctttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtaggtcaatgcctacaA-C-----C-AATTGTCCTG---CATTGACGA---A------TG---A---CGT----C-TCTACACTGG-G------C-------CA-A---TGCACCTGC-AT----------T-G--------------A-ATC-A-----GT-TT--TTT--A-T-----Atgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|20 : ccaatgccttgcagttgaatcaaatgtacaatacagtaccgccaactactgcgattgcgcacatgacgtctataatggggcccatagccttgccatgagatccaccagtcctatccagtc-C-----C-AAT-G-CCTG---CATTGA------A------TC---AGTTTATA---A-TA-------G-A------C-------CA-A---TGC--CTGC-AT----------T-GTA--CActtcaccaaatgtctgtgccattgccaactgatggaacggtttaatcactgggcacaatgcccttgctcattgaatcagctttgtagtcgccgcaatactgcattga
gi|7 : -AAT-G-CCTG---CACTGG------A------CG---A---CATTCGAG-TC-------G-G------T-------CA-G---TGC--CTGC-AT----------TGG-A--C-GA------C-TCC-A-----CAGTT--CACCAA-T-----GATGCCATAC-TCGGCC--A--ATCAGTTTA-TAG----TC--GC-CCAATGCATGTATTAGA---------TG-AC-ACCATAC--TCGGCCAATGCCTGCATTGA--------A--T----GA--CGCCATAC-T-TGACC--AATGCCTGTATT-GA----ATCAGTTT--ATATGGTCGG-----CCAATGCCTGCAT-TG--aggctaaagccccgatatgctggtatttgatcaaat
gi|7 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacagcatttgtttttcagttcgtcaatgttaggattaattttactttaaaatgtaG---CATTGGCCCAGTG------TG---G---C------G-TC-------G-T------C-------CA-A---TGC--AGGC-AT----------T-G-G--CCGA---------CC-A-----TA-TAAACTG--A-TTC---AATACA-GGCATTGG--------TCAA---G-TATGGCGTC--AT-TCAATGCAGGCATTGGCC---------G-AGTATGGTGTCAT---CTAATACATGCATTGGGCGAC-T-A--TAAACTGATTGGCCGAG-TATGG------CATC---ATT-GG----------TG--A-ACTGTGGAGTCGTCCAATGCAGGCAC-TG--AC-CGACTCGAATGTCG-TCCAGTGCAGGCATTTAC-AT---Tgacgacgccacactgggccaatgcct
gi|20 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacagcatttgtttttcagttcgtcaatgttaggattaattttactttaa------C-------CA-A---TGC--CTGC-AT----------T-G--------------A-ATC-A-----GT-TT--ATA--A-TAGACCAATGCC-TGCATTGct
gi|8 : -------CA-A---CGC--AGGC-AT----------T-G-G--CCGACTATGGA-GTC-A-----T-------TT--A-T-------TGCA-GACATTGGCT--G--ATTAT---G-AAC----TG--AT-TCAATGCAGGCATTGGAT--CAATT-TGTGA-AGAG---------CCAACGCATGCATTGG----tacaaggctaaagccccgatatgctggtatttgatcaaat
gi|8 : aaacaatgtttaaatattgctatactattgatctatatcactattttgcaggaaaagcactggaaggggctaaacataattggaatagagagggggacactgtggtcatatcctgcagcagatatctgtattgtttttattaaaatcataatgcctttaatgaacacaagaattagtcggttttattttcttgatgaacaaaaattacagtcttcgaattgatgataaaagaggaaaatatatctaacgaaactaaacgtaatgcattggcactttaagagtggt-----AACGCA-GGCATTGGCC--G--ACTAT---G-GAG----TC--AT-TTATTGCAGACATTGGCTGAT---TATG-A----ACTGA--T---TCAATGCAGGCATTGG----A-TCAATT----TG--TGA-AGAG-C-----C--AACGCATGCATT-GGACCACTC--TTA--Aaa
gi|8 : aaacaatgtttaaatattgctatactattgatctatatcactattttgcaggaaaagcactggaaggggctaaacataattggaatagagagggggacactgtggtcatatcctgcagcagatatctgtattgtttttattaaaatcataatgcctttaatgaacacaagaattagtcggttttattttcttgatgaacaaaaattacagtcttcgaattgatgataaaagaggaaaatatatctaacgaaactaaacgtaatgcattggcact-TGCATTGGCA--C--TTTA----A-GAG----TG--GT-CCAATGCATGCGTTGGCT--C---T-TC-AC-AAATTGA--T---CCAATGCCTGCATTGgaa
gi|20 : aaacaatgtttaaatattgctatactattgatctatatcactattttgcaggaaaagcactggaaggggctaaacataattggaatagagagggggacactgtggtcatatcctgcagcagatatctgtattgtttttattaaaatcataatgcctttaatgaacacaagaattagtcggttttattttcttgatgaacaaaaattacagtcttcgaattgatgataaaagaggaaaatatatctaacgaaactaaacgtaa-CCAATGCCTGCATTGAAT--CAGTT-TA-TA-ATAGA--------CCAATGCCTGCATTGaatcagttcataatcagccaatgtctgcaataaatgactccatagtcggccaatgcctgcgttgaa
gi|22 : -ATATTGG--T---CCAATGCCTGCATTGtacaaggctaaagccccgatatgctggtatttgatcaaat
gi|8 : cgccTGCATTGG----C---A--C----TT--TAA--GAG-T---GGTCCAATGCATGCGTT-GG----CTC--TTC--ACA-AAT----TGATCCAATGCCTGCAT-TGAATC-AG--TTCATAATCA-GCCAAT------GTCTGCAATAAATGACTCaagcagtttgcattcgccca
gi|5 : aaacaatgtttaaatattgctatactattgatctatatcactattttgcaggaaaagcactggaaggggctaaacataattggaatagagagggggacactgtggtcatatcctgcagcagatatctgtattgtttttattaaaatcataatgcctttaatgaacacaagaattagtcggttttattttcttgatgaacaaaaattacagtcttcgaattgatgataaaagaggaaaatatatctaacgaaactaaacgtaaCAGT------CTGTGC-AT---TGACTCTCGAGAGATTTGTAC-AAGGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATC-AAAGAATAG------TTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAACAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGTGAGAAATACCCATG--CAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-C-ATTGCTA-C-CTCATTC-AAATTCCTAATGTTA--AAATCATGATTTGTATTAATTATG--ATC-GGAT-TC-CATT----ACGCATTAAC--ATATATACCAATTTCA-AGCGCAC--TGGT---ATT-----AGCTTTAA--AAAAGAATTG-C---AAAATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----GT-ACATTTATGTTT-CATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACAT-AGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGATA------ACT---------------CGTA-TGATT-AAAACAAGTTTTATGATAATATTAA----CTCAGTT--TATCA--TTGAGAGTAAAAGTCAAT------------ATTCCATTTCAAATAT------------TCTTAAT-ACATTGATCGAATATTATGAA-AAAATAAT--TTTGAA-CCAAAAATTTTTTAG-TTCAGAGTGCAcatagtcggccaatgcctgcgttgaa
gi|6 : TGTGC-AT---TGATTCGAGAGAGATGTGTAC-AAGGC--TAAAGCCACGGTATTCTGGTATTTGATC-AACGAATAG------TTATGAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATGCCCATG--CAGTATTTCACTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-C-ATTGCTA-A-CTCATTC-AAATTCCTCATTTT---AAATCATGTTATGTAATAATTATT--ATC-GGAT-TC-CATT----ACCCAAAAA-----------------CA-AGCGCAC--TTGTA--ATT-----AGC---AATAAAAAGAATTG-C---AAAATGGATTTAAATTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----GT-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTTG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACAT-AGATTAAACTAAATCCTATCAATTTGATA------ACT---------------CATA-TGATT-AAAACAATTTTTTTTATAAATT-AA----CTCAGTTTTTATCATTTTGGGAGTAAAAGTCAATATTCCATTTCAAAT-------------C------------TTTTAAT-ACATTGATCGAATATTATGAA-AAAATA---ATTTGGA--AAAAAATAAATTAG-TTCAGAGTGCAtt
gi|20 : TTGTAC-AAGGC--TAAAGCCCCGATATGCTGGTATTTGATC-AActat
gi|21 : ccaatgcctgcattgaatcagtttataatagaccaatgcctgcaG-C-ATTGCTA-A-CTCATTC-AAATTCTTCATGTT---CAATCATGTTATGTAATAATat
gi|15 : TTATT--TTG-GGAT-ACTCATTTTAAAC---AAAAC--ATTCAGA--------A-CGCGCACAATTGTATCATTGGTTTAGC---AA-GAGCATATTTA-C---ACA-TGGATAATAGTTGCAACATTATTATA---TAATCAACA----GTAACGTTGATGTTGCT-TATAAA---CAATATTTCCGACTGATCCCTTAGT-TTCTGTTGAAA-TACATAATAT
gi|12 : CAT--TTGTA--ATT-----AGC---TTTAAAAAGAATTG-C---AAAATGGATAAAAGTTGCAATA--AT--TA---TTATCAACA----GT-ACATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGATC-----ATGTTTTGT--GAA-TACAT-CGATTAA---------------------ACCAAATACTTTCAATCTGATAAGACATA-TGATTAAAGACAACTTTTATGATAAAAT-AA----ATCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAATTTTCCATTTCAAAT-------------A------------TCTTAAT-ACATTGATCGAATATTATGAA-AAAATA---ATTTGGT-CCAGAAA------AG-TTcta
gi|19 : TATTTGTC---AAGCTAGATGAGATTTGCCACA--AT--CAC--TGATAAATACTAAGT-GCAGTGACTCTTCCATATCAAATTC-----TCTTG-CTGACCA----AC-TTATGT--Ggttttca
gi|10 : -C---AATATGGATAAAAGCTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----GT-ACATTGACGTTTCCATACCAA---C-----TTTCT-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAATTACAT-AGATTAA---------------------A------
gi|16 : acga--TA---TAATCAACA----GT-GCATTGATGCTTCCATATCAA---C-----TTTCG-CCGACC-----AT-TTTTGT--TTA-TACAT-AGATGAAACCAAATCCTTTCAATCTGATA------ACT---------------CATA-TAATTAAAAACAACTTTTATTATAAATT-AA----CTAAGTTTTTATCATTTTGAAAGTAAAAGTCAGT------------AT-------------ccaaatcctttcaatataaaatggcgaagtaacaaagtagtatctgataactcatatgattaaaaacaacttttatgacaaattaactcaggttttatcattttgagagtaaaagtcaatattccatttcaaatttcttaatacattgatcgaatataatgaaaaaaataatttggaccaaaaaattagttccgagtgcatt
gi|10 : ---------------------A------ACT---------------CATA-TGATTAAAAACAACTTTTATGACA-----AATTAACTCAGGTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------TCCATTTCAAATTTCTTAAT-ACATTGATCGAATATAATGAA-AAAAATA--ATTTGGACCAAAAAAT----TAG-TTCCGAGTGCAtccatttcaa
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TGGAGTGTTAAATGTAATTTCCTTTGTCCAATCTATTTTTTAATCAAGTAATAACAACTTTTAAACCGTGTATTACAAATATCTTATTGTCAAGATTTCAAAAAAATGATGCACTGTGCAAAATTGTAATGACATTTTTTGGCAATTCAAATATTAGCAAAATATAGATGTTTTGGTGAACTAATAAAATTTCATATCCAAATTGGCGAATTTTTAACATAAATATATATAGATTTAGAATATTTAAATCTGCATTAAGGTAATGTTGAAAACTATCTAACTGTGTACACTGATGCAGTTGATTTAGATTTAACTTTTTTTGCAGTTTGTCAA
Unaligned ( gi|13 ): GAATGAACTATTTTTTTATTTGTCCAGTCTATTGTTTTCTTGAAATAGCGACTTTTCAGACATATATTGTGAATATCTTATTCTTAAGATTGCAAAAAAGTCTGAGGCATTGTGCACAATTATTATGATATTTTATGGCAATTTAAATATGTGCAAAATATGGACCTTCTGGTAAGCCAATGAAATTTTGTATCCATATCGGCAGAT
Unaligned ( gi|14 ): TAATATATTAAGATTTATGGCAAATTCAATTTTATTGAGCAAAAATATGGACACTTATTTGAAGTAAAGGCGAATTGTGAAATCTTTGTTTCCAAATTTCAGCATATTTGCAAATCGGAAAAAATAATTTAATTCAATTGAATAATAGAAAAATTATAAAATTGACATTATCATTGAGGCAAATGTTGAAAAAACATTCCCACA
Unaligned ( gi|17 ): GAGGCATTGCTTAAAATTATATTGATATTTTATGGCAATTTAAATATGAGCAAAATATGGACCTTTTGGTAAGCCAATGAAATCTTGTATCCAAATCAGCAGATTACTAACCGAAATATTTACACATTTAGAATATCTAAATCTGCATTGAGGCAATGTT
Unaligned ( gi|23 ): AATTTCAATATGAGTATGGACCTTATGGTAAGCCAATGAAATCTT
Unaligned ( gi|24 ): TTCAATAATATGCTGTAGGGGGGCATTAGTGTATCGCAATC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222 11 1111111111111 2222222222222222222222222 1111111111111111 7777777777777777777777777777777777777 11111 333333333333333 11111111111111 11111111 2222222222222222 2222222222222222222 444444444444444444444444444444444 444444444444444444444444444444444444 1111 444444444444444444444444444444444 111111111111 1 333333 111 111 11 111111 11 11111 1111 111 11111 11111 2222222222 44444444444444444444 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111 333 2222
lowQualScore : 6666666 99 4 44 888888 3 9999999 2 1 7777 33 2 4444444444444 33 8888888 4 777 666 22 55 6 55 555 77777 2 2 777 4 8888 3333333333333333333333333 77 3333333333333333 2 22 4 9999999999 2 666 2 99999999 5555 6666666666666666666666666666666666666 2 2 33 33 00000 2 777777777777777 99999999999999 3 66666666 0000000000000000 44 8888888888888888888 44 3 77 1 3 1 444444444444444444444444444444444 0 4 000000000000000000000000000000000000 0 0000 3 66 0 4 4 777 111111111111111111111111111111111 33 4 4 55 55 999999999999 999 1 0 4 1 5 77 5 99 111111 444 1 111 8 8 0 0 11 0 8 6 6 6 6 6 777777 1 88 8 8 8 0 22 11 0 8 77 77 66666 7777 5 888 0 66 66 222 9999 4 4 777 11111 4 55555 4 66 0 5 5555555555 22222222222222222222 1 5 2 5 1 4444444444444444444444444444444444444444444444444 6 6 444 6 5555 6
lowQualScore : ....... .. . .. ...... . ....... . . .... .. . ............. .. ....... . ... ... .. .. . .. ... ..... . . ... . .... ......................... .. ................ . .. . .......... . ... . ........ .... ..................................... . . .. .. ..... . ............... .............. . ........ ................ .. ................... .. . .. . . . ................................. . . .................................... . .... . .. . . . ... ................................. .. . . .. .. ............ ... . . . . . .. . .. ...... ... . ... . . . . .. . . . . . . . ...... . .. . . . . .. .. . . .. .. ..... .... . ... . .. .. ... .... . . ... ..... . ..... . .. . . .......... .................... . . . . . ................................................. . . ... . .... .
lowQualScore : 0000000 22 4 66 888888 1 8888888 2 0 4444 11 2 4444444444444 11 9999999 2 999 666 99 00 3 33 888 44444 1 1 999 2 7777 9999999999999999999999999 99 2222222222222222 1 99 4 8888888888 2 111 2 66666666 7777 5555555555555555555555555555555555555 7 7 77 77 00000 9 000000000000000 55555555555555 6 88888888 4444444444444444 22 4444444444444444444 22 1 33 0 1 6 444444444444444444444444444444444 5 0 333333333333333333333333333333333333 1 4444 9 99 9 4 4 888 222222222222222222222222222222222 00 0 0 00 55 333333333333 444 0 0 4 0 7 99 7 22 000000 000 0 888 0 0 8 8 00 6 0 7 7 7 7 7 777777 7 66 0 0 0 8 88 00 8 0 99 99 77777 7777 0 888 1 99 11 222 4444 4 4 888 11111 4 66666 4 11 4 0 0000000000 66666666666666666666 4 7 0 7 4 7777777777777777777777777777777777777777777777777 7 7 333 7 7777 7
consensus : NNNNNNGACGACGTT-------GTC-GT-GCC--TGC------AT-TG------GACGACTC----CA--T-A----CT------GGN-C-------CA-AT---G---C--C--T-GC--ATTG---A-----A-T-CAG---T-T----TAT-------------------------A--GTC---------G----N-C-CA--AT-G-C--------C-TG---CAT-T---GG---ATG----ACTC-CAT------------G------TC-------GGCC-AA-TG--C--CTG-----CA-TTGA----A-----G---AAATCA---TATTCT---CCTAAC-GC--------CTG----------------CATTG--G--C---CG-TTCATA-GANTC--GT-CCAATG--CCTGCA-TTGGCT---C--TTGA---AATAGT---G-T-C----C-AACGCC-TGCAT-----T--GG--------CT--ATT-GT-GACA---GAGT-C-GGGCAA-TGCC-TGC-AT---TGG----CTC--TTG----A--TATAGT---CG-ANTGGTCCAATG-C-C-NGC--AT-T--GA--C-C-GTTN--ATAGTCG-CC-CAGTNCGTGCATTGACTCT--CGAGAGATTTGTACAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAA------TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATACCCATG--CAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCCTCATGTTAAAA--TCATGTTATGTAATAATTATT-AT-CGG-AT-TCCATTACGCAAAAAC--ATATATACCAATTTCA-AGCGCAC--TTGTA--ATT-----AGCNAT-AAAAAGAATTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------T-CGTA-TGATTAAAAACAACTTTTATGATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------T-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATAAT-ATTTGGACCA-AAAATTTNTTAG-TTCAGAGTGCA
Reference ( family-215 ) : NNNNNNGACGACATT-------GTC-GT-GCC--TGC------AT-TG------GACGACTC----CA--T-A----CT------GGN-C-------CA-AT---G---C--C--T-GC--ATTG---A-----A-T-CAG---T-T----TAT-------------------------A--GTC---------G----N-C-CA--AT-G-C--------C-TG---CAT-T---GG---ATG----A----CAT------------G------TC-------GNCC-AA-TG--C--CTG-----CA-TTGA---CA-----G---AAATCA---TATTCT---NNTAAT-GC--------CTG----------------CATTG--G--C---CG-TTCANA-GANTC--GT-CCAATG--CCNGCA-TTGGCT---C--TTGA---AATAGT---G-T-C----C-AACGCC-TGCAT-----T--GG--------CT--ATT-GT-GACA---GAGT-T-GGGCAA-CGCC-TGC-AT---TGG----CTC--TTG----A--TATAGT---CG-AGTGGTCCAATG-C-C-NGC--AT-T--GN--C-C-GTTG--ANAGTCG-CC-CAGTNTGTGCATTGACTCT--CGAGAGATTTGTACAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAA------TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAANAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATACCCATG--CAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCCTCATGTTAAAA--TCATGTTATGTAATAATTATT-AT-CGG-AT-TCCATTACGCAAAAAC--ATATATACCAATTTCA-AGCGCAC--TTGTA--ATT-----AGCAAT-AAAAAGAATTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-ACATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------T-CGTA-TGATTAAAAACAACTTTTATGATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------T-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATAAT-ATTTGGACCA-AAAATTTTTTAG-TTCAGAGTGCA
gi|1 : ------AT-TG------AATGACTC----CA--T-AAG--CT--------T-C-------CATAT---G---C--C--TTGC--ATTG---AT----A-T-CAG---T-T----TGT-------------------------A--GTC---------G------C-CATGAG-G-T--------C-TG----AT-T----G---ATGCGCCATTT-CATCTCTTCGGGCGGG------GC-------GCCC-AATTG--C--CTG-----CA-TTGAATTCAGTGTTG---TAGTCA---GA--CC---GCCAAT-GCCTTTTGGTCTG----------------CATTGATG--A---C--TCCATA--ACTC--GG-CCAATGTACCTGAA-TTGAAT---C------------AGT---T-T-C----T-A------------------------------T--ATA-GTCGGCG---GAGG-T-GGCCAATCGTC-TGT-AT---TGT----CGA--ATGACCCA--TAAAGC---C---TTTTTCCAATG-C-CTTTC--AT-GAAGA--T-CAGTCT--ATAGTAGACC-CAATGC-TGCATTGAC
gi|1 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttGC-C-------CA-ATT--G---C--C--T-GC--ATTG---A-----ATT-CAG---TGT----TGT-------------------------A--GTC---------AGACCG-C-CA--AT-G-CCTTTTGGTC-TG---CAT-T----G---ATG----ACTC-CAT------------AAC----TC-------GGCC-AA-TGTAC--CTG-----AA-TTG----------------AATCA---GTTTCTA--TATAGTCGG--------CGG----------------AGGTG--G--C---CA-ATCGTCTGTATT--GT-CGAATGA-CCCATA-AAGCCT---T--TT----------------T-C----C-AATGCCTTTCATGAAGATCAGT--------CT--ATA-GT----A---GACC------CAA-TG-C-TGC-AT---TGA----C------G----A---AC-GC---CATACTGGTCCAATG-C-C-TGC--AT-TTGAA--T-C-GTTT--GTAGTCG-CC-gaacgccatactggtccaatgcctgcatttgaatcgtttgtagtcgccgctgccatgtctgcatatggatgacgccataaactccgggccatgccttgcattggaatcagttgtgtagtcgcaccaatgccctgcattgaagactcgcatactctgggggggccaagcttgcattgaatcagctttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtaggtcaatgcctacattggatgatttgtccaaacgcctgcattgaaagaaatcctattctcctaatgcctgcattggctcttgagagattcatccaaagccagcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|1 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggc-GTC--TGC------AT-TG-------ATGACTC----CA--T-AA---CT------CGG-C-------CA-AT---GTA-C--C--T-GA--ATTG---A-----A-T-CAG---T-TTCTATAT-------------------------A--GTCGGCGGAGGTG----G-C-CA--ATCG-T--------C-TG---TAT-TGTCGA---ATG----ACC--CAT------------AAAGCCTTT-------TTCC-AA-TG--C--CT---------TTCA---TG-----A---AGATCAGTCTATAGTAGACCCAAT-G---------CTG----------------CATTG--A--CGAACG--CCAT---ACTG--GT-CCAATG--CCTGCATTTGAAT---CGTTTG------TAGTC--G-C-CGCTGC-CATGTC-TGCATA----T--GG--------AT--GAC-GC-CATA---AACTCC-GGGCCA-TGCCTTGC-AT---TGGA---ATCAGTTG-------TGTAGT---CGCA-----CCAATGCC-C-TGC--AT-T--Ggctgccatgtctgcatatggatgacgccataaactccgggccatgccttgcattggaatcagttgtgtagtcgcaccaatgccctgcattgaagactcgcatactctgggggggccaagcttgcattgaatcagctttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtaggtcaatgcctacattggatgatttgtccaaacgcctgcattgaaagaaatcctattctcctaatgcctgcattggctcttgagagattcatccaaagccagcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|1 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggcgcccaattgcctgcattgaattcagtgttgtagtcagaccgccaatgccttttgCGCCGCT-------GCC-AT-GTC--TGC------ATATG------GATGACGC----CA--T-AAACTCC------GGG-C-------CA--T---G---C--C--TTGC--ATTGG--A-----A-T-CAG---T-TG---TGT-------------------------A--GTC---------G----CAC-CA--AT-G-C--------CCTG---CAT-T---GA---A-G----ACTCGCAT------------AC-----TCTGGGGG-GGCC-AA--G--C--TTG-----CA-TTG----------------AATCA----GCTTT---ANNNNN-NN--------NNN----------------NNNNN--N--N---NN-NNNNNN-AAGTA--GG-TCAATG--CCTACA-TTGGAT-------------GAT-TT---G-T-C----CAAACGCC-TGCAT-----T--GAAAGAAATCCT--ATT-CT---C-------C-T-----AA-TGCC-TGC-AT---TGG----CTC--TTG----A--GA--------G-ATTCATCCAAAG-C-C-AGC--AT-T--GG--C-T-CTTGAAATAGTGGTCC-CACGCT-TGCATTGACTTTTGTGACAGAGTTGGGCAA-aagactcgcatactctgggggggccaagcttgcattgaatcagctttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtaggtcaatgcctacattggatgatttgtccaaacgcctgcattgaaagaaatcctattctcctaatgcctgcattggctcttgagagattcatccaaagccagcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|1 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggcgcccaattgcctgcattgaattcagtgttgtagtcagaccgccaatgccttttggtctgcattgatgactccataactcggccaatgtacctgaattgaatcagtttctatatagtcggcggaggtggccaatcgtctgtattgtcgaatgacccataaagcctttttccaatgcctttcatgaagatcagtctatagtagacccaatgctgcattgacgaacgccatactggtccaatgcctgcatttgaatcgtttgtagtCC--TGC------AT-TG------AA-GACTCG---CA--T-A----CTCTGGGGGGG-C-------CA-A----G---C--T--T-GC--ATTG---A-----A-T-CAGC--T-T----TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA--GTA---------G----G-T-CA--AT-G-C--------C-TA---CAT-T---GG---ATG----A----TTT------------G------TC---------CA-AA-CG--C--CTG-----CA-TTGA---AA-----G---AAATCC---TATTCT---CCTAAT-GC--------CTG----------------CATTG--G--C---TC-TTGAGA-GATTC--AT-CCAAAG--CCAGCA-TTGGCT---C--TTGA---AATAGT---GGT-C----C-CACGCT-TGCAT-----T--GA--------CT--TTT-GT-GACA---GAGT-T-GGGCAA-TTCC-TGC-AT---TTG----CTC--CTG----A--AATAGT---CG-AGTGGACTAATG-C-C-AGT--AT-T--GA--C-C-ATTG--AGAGTCG-CC-AAGTATGTACATTGACTCT--CGAGAGATTTATCCAA-GATTATAAAGCCAAGGTATGCGGGTATTTGATCAAAGAATACTTGTAGTTATAAATTTCTGCATTGG-TTTAATGCAATGAAAAG---TTTTCCTA-TATTGTA-A-TATTGGCGAGA----------------ATTTCATTTCGTATTAGTGGTTTGCTGTCA-TTGCTA-ACT-CATTCAGATTTCCCC-----------TCATGTTATGT-ATAATGATTGATACGG-ATCTCCATTACGCAAAAACATATATATACCAATTTCA-AGCGCAT--TTGAA--Attcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|10 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggcgcccaattgcctgcattgaattcagtgttgtagtcagaccgccaatgccttttggtctgcattgatgactccataactcggccaatgtacctgaattgaatcagtttctatatagtcggcggaggtggccaatcgtctgtattgtcgaatgacccataaagcctttttccaatgcctttcatgaagatcagtctatagtagacccaatgctgcattgacgaacgccatactggtccaatgcctgcatttgaatcgtttgtagtcgccgctgccatgtctgcatatggatgacgccataaactccgggccatgccttgcattggaatcagttgtgtagtcgcaccaatgc-CAA---TATGGATAAAAGCTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-ACATTGACGTTTCCATACCAA---C-----TTTCT-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAATTACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATATAAAATGGCGAAGTAACAAAGTAGTATCTGATAACT-CATA-TGATTAAAAACAACTTTTATGACAA-ATTAACTCAGGTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAATATTCCATTTCAAAT-------------T-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATA-ATGAAAAA--AATAATTTGGACCA-AAAA---ATTAG-TTCCGAGTGCA
gi|11 : acga------GACG--TC----TA--T-A----AT------GGGGC-------CC-ATA--G---C--C--TTGC--CATG---AGATCCA-C-CAG---T-CC---TATCC-----------------------A--GTC--------------A-C-CA--ATTGTC--------C-TG---CAT-T---GACGAATG----A----CGT------------C------TCTACACTGGGCC-AA-TG--CACCTG-----CA-TTGA---tt
gi|11 : ccaatgccttgcagttgaatcaaatgtacaatacagtaccgccaactactgcgattgcgcacatATT-------GTC------C--TGC------AT-TGACGAATGACGTCTC----TA--C-A----CT------GGG-C-------CA-AT---G---CACC--T-GC--ATTG---A-----A-T-CAGTTTT-T----TAT-------------------------AC-TTC---------A----C-C-AA--AT-G-T--------C-TGTGCCAT-T---Gatcagttttttatacttcaccaaatgtctgtgccattgccaactgatggaacggtttaatcactgggcacaatgcccttgctcattgaatcagctttgtagtcgccgcaatactgcattga
gi|11 : ccaatgccttgcagttgaatcaaatgtacaatacagtaccgccaactactgcgattgcgcacatgacgtctataatggggcccatagccttgccatgagatccaccagtcctatccagtcaccaT-------GTCTGT-GCCATTGCCAACTGAT-GG------AACGGTTT----AA--TCA----CT------GGG-CA------CA-AT---G---C--CCTT-GCTCATTG---A-----A-T-CAGC--T-T----TGT-------------------------A--GTC---------G----C-CGCA--AT-A----------C-TG---CAT-T---Gccaactgatggaacggtttaatcactgggcacaatgcccttgctcattgaatcagctttgtagtcgccgcaatactgcattga
gi|12 : ccaatgccttgcagttgaatcaaatgtacaatacagtaccgccaactactgcgattgcgcacatgacgtctataatggggcccatagccttgccatgagatccaccagtcctatccagtcaccaattgtcctgcattgacgaatgacgtctctacactgggccaatgcacctgcattgaatcagttttttatacttcaccaaaCAT--TTGTA--ATT-----AGCTTT-AAAAAGAATTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAATA--AT--TA---TTATCAACA----G-T-ACATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGATC-----ATGTTTTGT--GAA-TACATCGATTAAACCAAATACTTTCAATCTGA----------TAAG------------------A-CATA-TGATTAAAGACAACTTTTATGATAA-AATAAATCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAATTTTCC-------AT-------------TTCAAATATC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATA---ATTTGGTCCAGAAAAGTTGTT---TTCAa
gi|15 : GCGCACAATTGTATCATTGGTTTAGCAA--GAGCATATTTA-CAC---A-TGGATAATAGTTGCAACATTATTATA---TAATCAACA----G-TAACGTTGATGTTGCT-TATAAA---CAATATTTCCGACTGATCCCTTAGT-TTCTGTTGAAA-TACATA
gi|16 : ttattttgggatactcattttaaacaaaacattcagaac--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGCTTCCATATCAA---C-----TTTCG-CCGACC-----AT-TTTTGT--TTA-TACATAGATGAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------T-CATA-TAATTAAAAACAACTTTTATTATAA-ATTAACTAAGTTTTTATCATTTTGAAAGTAAAAGTCAGT------------AT-------------T-------CC------------atatcta
gi|18 : ---A-----A-T-CAG---T-T----TAT-------------------------ATAGTC---------G----G-C-CA--AT-G-T--------C-TG---TGT-T---------------A----AAT------------G------TC--------TCC-AT-AG--C--CTT-----C------------------------CA---T---------GCAAT-GC--------CTT----------------CATTA--AATC---AG-TTTGTA-G--TC--GC-CCAATG--TCTGCA-Tatttcaa
gi|18 : T-GTC--TGT------GT-TA------AATGTCTC----CA--T-A-------------GC-CTTCCATGCA-AT---G---C--C--T-TC--ATTA---A-----A-T-CAG---T-T----TGT-------------------------A--GTC---------G----C-C-CA--AT-G-T--------C-TG---CAT-
gi|19 : aatcagtttatatagtcggccaaTTGTCAA---GCTAGATGAGATTTGCCACA--AT--CAC--TGATAAATACTAAG-T-GCAGTGACTCTTCCATATCAAATTC-----TCTTG-CTGACCA----AC-TTATGT--G
gi|2 : tatCTC----CA--T-A----GT------CGG-C-------CA-AT---G---C--C--T-GC--ATTG---A-----A-T-CAG---T-T----ATT-------------------------A--GTA---------G----A-C-CA--AT-G-C--------C-TG---CAT-T---GG---ATG----A----CTT------------G------TC-------GCCC-A--CG--C--CTG-----TAATTGA---AA-----G---AAATCAA--TATTCT---CCTAAC-GC--------CTG----------------CATTG--G--C---TG-TTCAGA-GATTC--ATGCCAAAG--CCAGCA-TTGGCT---C--TTGA---A-TAGT---G-T-C----C-AACGC--TGCAT-----T--GG--------CT--TTTTGT-GACA---GAGT-TTGGGTAA-TGCC-TGT-AT---TGGG---CTC--TTG----AAATCTAGT---CG-AGTGGTCTACTG-C-C-AGT--ATAT--GT--CTC-ATTG--ATAGCCG-TCTCAGTCTGTGCATTGACTCT--CGAGAGATTTGTACAAAGGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAAA-----TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAACAGAATTTTTG-TACTATTGTAGATTCTTTGTGAGAAATACCCATAGCCAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CAATTGCTACATTTCATTCAAA-TTCCTAATGTTAAAAAATCATGATTTGTGTTAATTATG-AT-CGGGAT-TCCAT-ACGCATTAAC--ATATATACCAATTTCATAGCGCAC--TTGTA--ATT-----AGCT-T-AAAAAGAATTG-CAAGAAAATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TAATTTAATCAACA----GGT-ACATTTATGTTTCAATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--G-A-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------TCCGTATTGATT-AAAACAAGTTTTATGATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------ATTCTTATTCATAAAT-------TC------------TTAATAACATTGATCGAATATTAATGAAAAAATA---ATTTGAACCA-AAAATTTTTTAGATTCAGAGTGCA
gi|20 : gCCAATG-C-C-TGC--AT-T--GAATC-A-GTTT--ATAATAG-AC-CAATGCCTGCATTG------------------TACAA-GGC--TAAAGCCCCGATATGCTGGTATTTGATCAAAtatat
gi|21 : G-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCTTCATGTT-CAA--TCATGTTATGTAATAATt
gi|22 : C----CA--T-A----TT------GGT-C-------CA-AT---G---C--C--T-GC--ATTG---A-----A-G-CAG---T-T----TGC-------------------------A--TTC---------G----C-C-CA--
gi|25 : cgC--TGT------AT-TG------AATGACGC----CA--T-A----CT------TGG-C-------CA-AT---G---C--C--T-G
gi|3 : GATGACATT-------GTC-GTTACC--TGC------AT-TG------GACGACGC----CA--T-A----CT------GGT-C-------CA-AT---A---C--C--T-GC--ATTG---A-----T-T-CAG---T-T----TAT-------------------------A--GTA---------G----A-C-CA--AT-G-C--------C-TG---CAT-T---GG---ATG----A----CAT------------G------TC-------GCCC-AA-CG--C--CTG-----CA-TTGA---CA-----G---AAATCA---TATTCT---CATAAC-GC--------CTG----------------CATTG--G--C---TG-TTCAGA-GATTC--AT-CCAAAG--CCTTCA-TTGGCT---C--TTGA---AATAGT---G-TTC----C-AACGCC-TGCAT-----T--GG--------CT--ATT-GT-GACA---GAGT-T-GGGTAA-CGTC-TGT-AT---TGG----CTC--TTG----A--TATAGT---CG-AGTGGTCTACTG-C-C-AGA--AT-T--GT--C-C-ATTG--AGAATCG-CC-CAGTATGTACATTGACTCT--CGAGATATTTGTGCAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAGGAA------TACTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATACCCATG--CAGGATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCTAT-TTCGTCATGTT-AAA--TCATGTTATGTAATAATTATT-TT-CGG-AT-TCCATTACGCAAAAAC--ATATATACTAATTTCA-AGCGCAC--TTGTA--ATT-----AGCAAT-GAAAATATTTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAGCA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATATATTAA-------------------------------AAC------------------T-CATA-TGATTAAAAACAACTTTTAGGATA-----AACTCAGTTTGTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------C-------TC------------TTAAT-ACATCGATCGAATATT-TTGAAAAAAAAACGATTTGGACAA-AAAA-----TAG-TTCAGAGTGCA
gi|4 : aatcaa--TGC------AT-TA------AACGACTC----CAACT-A----CT--------T-C-------CA-------------T--T-GC--ATGG---G-----A-T-C-----TAT----TAT-------------------------A--ATA---------G----T-C-TA--AT--------------TAT--CATGT---GA---ATC----AGTTTCAT------------ATAC---TC-------GGCCTAT-TG--C--CTGC----CA-TTGAATTCA-----GTTTACATCGC--TATTCT---CATGAC-ACG-------CTGGCCTATATCTCATCTCCATTG--A--TA--AG-TTTATA-G--TC--GC-CAAATG--CCTGCA-TTGGA--------TGATTCCATACTCCGG-T-C----A-AATGCC-TGCAT-----T--G
gi|4 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatattgcctgccattgaattagttctatatcctcatctctatgatatgacttcataacaccaagttgatA--T-A----CTC-----GGC-C-------TA-TT---G---C--C--T-GCC-ATTG---A-----A-TTCAG---T-T----TAC-------------------------A---TC---------G----C-T-----AT-T-C--------T-C-----------------ATG----A----CAC------------G------CT-------GGCC-TA-TA--T--CTCATCTCCA-TTGA---TA---------AGTTTA---TAGTCG---CCAAAT-GC--------CTG----------------CATTG--G--A---TGATTC-CA-TACTCCGGT-CAAATG--CCTGCA-TTGaaatcgttctaataga
gi|4 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatattgcctgccattgaattagttctatatcctcatctctatgatatgacttcataacaccaagttgattgcattaaacgactccaactacttccattgcatgggatctattataatagtctaattatcatgtgaatcagtttcat----CA--C-G----CT------GGC-C-------TATATCTCA---T--C--T-CC--ATTG---A-------T-AAG---T-T----TAT-------------------------A--GTC---------G----C-C-AA--AT-G-C--------C-TG---CAT-T---GG---ATG----ATTC-CAT------------AC-----TCCG-----GTCA-AA-TG--C--CTG-----CA-TT------------G---AAATC-----GTTCT---AATAaaatcgttctaataga
gi|5 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatattgcctgccattgaattagttctatatcctcatctctatgatatgacttcataacaccaagttgattgcattaaacgactccaactacttccattgcatgggatctattataatagtctaattatcatgtgaatcagtttcatatactcggcctattgcctgccattgaattcagtttacatcgctattctcatga-CAGTCTGTGCATTGACTCT--CGAGAGATTTGTACAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAA------TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAACAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGTGAGAAATACCCATG--CAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-CCT-CATTCAAA-TTCCTAATGTTAAAA--TCATGATTTGTATTAATTATG-AT-CGG-AT-TCCATTACGCATTAAC--ATATATACCAATTTCA-AGCGCAC--TGGT---ATT-----AGCTTTAAAAAAGAATTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-ACATTTATGTTT-CATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------T-CGTA-TGATT-AAAACAAGTTTTATGATAATATTAACTCAG--TTTATCA--TTGAGAGTAAAAGTCAAT------------ATTCCATTTCAAATAT-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATAAT--TTTGAACCA-AAAATTTTTTAG-TTCAGAGTGCAga
gi|6 : TGTGCATTGATTCG--AGAGAGATGTGTACAA-GGC--TAAAGCCACGGTATTCTGGTATTTGATCAACGAA------TAGTTATGAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATGCCCATG--CAGTATTTCACTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCCTCATTTTAAA---TCATGTTATGTAATAATTATT-AT-CGG-AT-TCCATTACCCAAAAAC--A----------------AGCGCAC--TTGTA--ATT-----AGCAAT-AAAAAGAATTG-CAA---AATGGATTTAAATTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTTG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACTAAATCCTATCAATTTGA----------TAAC------------------T-CATA-TGATT-AAAACAATTTTTTTTATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGGGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------T-------CCATTTCAAATCTTTTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATA---ATTTGGA-AA-AAAATAAATTAG-TTCAGAGTGCAtt
gi|7 : G----------------CATTT--G--T---TT-TTCAG----TTC--GT-C-AATG--TTAGGA-TTAATTTTAC--TTTA---AA--AT---G-T-A------AATGCC-TGCAC-----T--GG----------------AC-GACATTCGAGT-C-GGTCAG-TGCC-TGC-AT---TGGACGACTC--C----------ACAGTTCACC-AATGATGCCATA-CTC-GGCCAAT--------C-A-GTTT--ATAGTCG-CC-CAATGCATGTATTctat
gi|7 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacaGACGACATTCGAGTCGGTCAGT-GCC--TGC------AT-TG------GACGACTC----CA--C-A----GT------TCA-C-------CA-AT---GATGC--CA-T-AC---TCGGCCA-----A-T-CAG---T-T----TAT-------------------------A--GTC---------G----C-C-CA--AT-G-C--------A-TG---TAT-T---AG---ATG----ACAC-CAT------------AC-----TC-------GGCC-AA-TG--C--CTG-----CA-TTGA---AT-----G---ACGCCA---TACTTG---ACCAAT-GC--------CTG----------------TATTG--AATC---AG-TTTATA-TGGTC--GG-CCAATG--CCTGCA-TTGGagatgacaccatactcggccaatgcctgcattgaatgacgccatacttgaccaatgcctgtattgaatcagtttatatggtcggccaatgcctgcattggacgacgccacactgggccaatgcct
gi|7 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacagcatttgtttttcagttcgtcaatgttaggattaattttactttaaaatgtaaatgcctgcactgT-GCC--TGC------AT-TG------AATGACGC----CA--T-A----CT------TGA-C-------CA-AT---G---C--C--T-GT--ATTG---A-----A-T-CAG---T-T----TAT-------------------------ATGGTC---------G----G-C-CA--AT-G-C--------C-TG---CAT-T---GG---ACG----A----C--------------G------CCACACTG-GGCC-AA-TG--C--CTacgacgccacactgggccaatgcct
gi|8 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacagcatttgtttttcagttcgtcaatgttaggattaattttactttaaaatgtaaatgcctgcactggacgacattcgagtcggtcagtgcctgcattggacgactccacagttcaccaatgatgccatactcggccaatcagtttatagtcgcccaatgcatgtattagatgacaccatactcggccaaTG----------------CATTG--G--C---AC-TTTA-A-GAGTG--GT-CCAATG--CATGCG-TTGGCT---C--TTCA---CAAATT---GAT-C----C-AATGCC-TGCAT-----T--GA--------ATCAGTT------CA---TAAT-C-AGCCAA-TGTC-TGCAATAAATGA----CTC------------CATAGT---CG-G-----CCAATG-C-C-TGC--GT-T--G
gi|8 : aaacaatgtttaaatattgctatactattgatctatatcactattttgcaggaaaagcactggaaggggctaaacataattggaatagagagggggacactgtggtcatatcctgcagcagatatctgtattgtttttattaaaatcataatgcctttaatgaacacaagaattagtcggttttattttcttgatgaacaaaaattacagtcttcgaattgatgataaaagaggaaaatatatctaacgaaactaaacgtaaT-GCA--TGC------GT-TG------G----CTCTTCACA--A-A----TT------GAT-C-------CA-AT---G---C--C--T-GC--ATTG---A-----A-T-CAG---T-T----CAT-------------------------A--ATC---------A----G-C-CA--AT-G-T--------C-TG---CAA-T---AA---ATG----ACTC-CATA-----------G------TC-------GGCC-AA-TG--C--CTG-----CG-TTGA---aa
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TGGAGTGTTAAATGTAATTTCCTTTGTCCAATCTATTTTTTAATCAAGTAATAACAACTTTTAAACCGTGTATTACAAATATCTTATTGTCAAGATTTCAAAAAAATGATGCACTGTGCAAAATTGTAATGACATTTTTTGGCAATTCAAATATTAGCAAAATATAGATGTTTTGGTGAACTAATAAAATTTCATATCCAAATTGGCGAATTTTTAACATAAATATATATAGATTTAGAATATTTAAATCTGCATTAAGGTAATGTTGAAAACTATCTAACTGTGTACACTGATGCAGTTGATTTAGATTTAACTTTTTTTGCAGTTTGTCAA
Unaligned ( gi|13 ): GAATGAACTATTTTTTTATTTGTCCAGTCTATTGTTTTCTTGAAATAGCGACTTTTCAGACATATATTGTGAATATCTTATTCTTAAGATTGCAAAAAAGTCTGAGGCATTGTGCACAATTATTATGATATTTTATGGCAATTTAAATATGTGCAAAATATGGACCTTCTGGTAAGCCAATGAAATTTTGTATCCATATCGGCAGAT
Unaligned ( gi|14 ): TAATATATTAAGATTTATGGCAAATTCAATTTTATTGAGCAAAAATATGGACACTTATTTGAAGTAAAGGCGAATTGTGAAATCTTTGTTTCCAAATTTCAGCATATTTGCAAATCGGAAAAAATAATTTAATTCAATTGAATAATAGAAAAATTATAAAATTGACATTATCATTGAGGCAAATGTTGAAAAAACATTCCCACA
Unaligned ( gi|17 ): GAGGCATTGCTTAAAATTATATTGATATTTTATGGCAATTTAAATATGAGCAAAATATGGACCTTTTGGTAAGCCAATGAAATCTTGTATCCAAATCAGCAGATTACTAACCGAAATATTTACACATTTAGAATATCTAAATCTGCATTGAGGCAATGTT
Unaligned ( gi|23 ): AATTTCAATATGAGTATGGACCTTATGGTAAGCCAATGAAATCTT
Unaligned ( gi|24 ): TTCAATAATATGCTGTAGGGGGGCATTAGTGTATCGCAATC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333 1 1111111 11111111111111 111111 2222222222222222222222222 1111111111111111 111111111111 11111111 111111 44444444444444444444444444444 11111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111 2222222222222222 333333 111 111 11 111111 11 11 11111 111 11111 11111 2222222222 44444444444444444444 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111 333 2222
lowQualScore : 0 2222222 6 4 33 777777 2 1111111 0 6666 44 2 77777777777777 22 7777777 3 666 555 22 44 7 1 66 1 555 66666 44 1 666 3 000000 3333 0000000000000000000000000 5555 1 0000000000000000 1 22 111111111111 1 555 1 1 44444444 6666 2 222222 00000000000000000000000000000 4444 4 2 2 33 55 2 22222 4 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 2 00 2 2 2 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 77 44 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5555555555 1 44 3 44 1111111111111111 7777 1 3 55 1 555 66 5 99 111111 444 0 111 8 8 0 0 11 0 8 6 6 6 6 6 777777 1 88 8 8 8 0 22 11 0 8 77 77 77 6 44444 5 888 0 66 66 222 9999 4 4 777 11111 4 55555 4 66 0 5 5555555555 22222222222222222222 1 5 2 5 1 4444444444444444444444444444444444444444444444444 6 6 444 6 1111 6
lowQualScore : . ....... . . .. ...... . ....... . .... .. . .............. .. ....... . ... ... .. .. . . .. . ... ..... .. . ... . ...... .... ......................... .... . ................ . .. ............ . ... . . ........ .... . ...... ............................. .... . . . .. .. . ..... . ............................................................................................................................................ . . .. . . . .......................................................................................................................................................... . .. .. .................................................................. .......... . .. . .. ................ .... . . .. . ... .. . .. ...... ... . ... . . . . .. . . . . . . . ...... . .. . . . . .. .. . . .. .. .. . ..... . ... . .. .. ... .... . . ... ..... . ..... . .. . . .......... .................... . . . . . ................................................. . . ... . .... .
lowQualScore : 7 5555555 0 4 99 777777 7 7777777 7 6666 88 0 11111111111111 88 7777777 6 555 444 44 11 0 8 44 9 000 44444 33 8 888 6 777777 9999 7777777777777777777777777 1111 8 8888888888888888 8 55 000000000000 9 222 9 9 22222222 9999 2 222222 77777777777777777777777777777 7777 4 2 2 11 33 2 22222 4 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 7 00 7 7 7 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 33 22 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0000000000 0 22 1 22 8888888888888888 5555 8 3 00 0 666 99 7 22 000000 000 6 888 0 0 8 8 00 6 0 7 7 7 7 7 777777 7 66 0 0 0 8 88 00 8 0 99 99 00 7 33333 0 888 1 99 11 222 4444 4 4 888 11111 4 66666 4 11 4 0 0000000000 66666666666666666666 4 7 0 7 4 7777777777777777777777777777777777777777777777777 7 7 333 7 3333 7
consensus : NNNNNNGACGACGTT-------GTC-GT-GCC--TGC------AT-TG------GACGACTC----CA--T-A-----CT------GGN-C-------CA-AT---G---C--C--T-G-C--A-TTG---A-----A--T-CAG---T-T------T----AT-------------------------A--G-T-CG----N-C---------C-A--AT-G-C--------C-TG---C-AT-TG---G---ATG----A-C---TC-CAT-------A------TC------GG-----C----C-AA-T-G--C--CT-G-----CA-TTGA----A---------G---A------AG----T-C---A-----TA------TTC--T---C--CCA--A-C-G-C--------CTG----------------C-AT-TG---G--C------CG--TTCATA-GACTC--GT-CCA-ATG--CC-T-GCA-TTG-----G-N-T---C----TTGA----ATAGT--------G-T--C----C-A--A-CG-C---C-TG---CAT-----T--G-------G--------C-T-ATT--G-T-------G--AC----A---G---AG------T-C---G-GG--CAAT-GCC--TG--CATTG-----G----CT---C--T----------------TGA---------TATAGT---C-G-ANTGGTCCAATG-C--------CNGC--AT-T--GA--C---CG--TT--NATA--G-TCGCC-CA--GTGCG--TGCATTGACTCT--CGAGAGATTTGTACAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAA------TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATACCCATG--CAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCCTCATGTTAAAA--TCATGTTATGTAATAATTATT-AT-CGG-AT-TCCATTACGCAAAAAC--ATATATACCAATTTCA-AGCGCAC--TTGTA--ATTAGCT-T-AAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------T-CGTA-TGATTAAAAACAACTTTTATGATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------T-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATAAT-ATTTGGACCA-AAAATTTNTTAG-TTCAGAGTGCA
Reference ( family-215 ) : NNNNNNGACGACGTT-------GTC-GT-GCC--TGC------AT-TG------GACGACTC----CA--T-A-----CT------GGN-C-------CA-AT---G---C--C--T-G-C--A-TTG---A-----A--T-CAG---T-T------T----AT-------------------------A--G-T-CG----N-C---------C-A--AT-G-C--------C-TG---C-AT-TG---G---ATG----A-C---TC-CAT-------G------TC------GG-----C----C-AA-T-G--C--CT-G-----CA-TTGA----A---------G---A------AA----T-C---A-----TA------TTC--T---C--CTA--A-C-G-C--------CTG----------------C-AT-TG---G--C------CG--TTCATA-GANTC--GT-CCA-ATG--CC-T-GCA-TTG-----G-C-T---C----TTGA---AATAGT--------G-T--C----C-A--A-CG-C---C-TG---CAT-----T--G-------G--------C-T-ATT--G-T-------G--AC----A---G---AG------T-C---G-GG--CAAT-GCC--TG--CATTG-----G----CT---C--T----------------TGA---------TATAGT---C-G-ANTGGTCCAATG-C--------CNGC--AT-T--GA--C---CG--TT--NATA--G-TCGCC-CA--GTNCG--TGCATTGACTCT--CGAGAGATTTGTACAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAA------TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATACCCATG--CAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCCTCATGTTAAAA--TCATGTTATGTAATAATTATT-AT-CGG-AT-TCCATTACGCAAAAAC--ATATATACCAATTTCA-AGCGCAC--TTGTA--ATTAGCNAT-AAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------T-CGTA-TGATTAAAAACAACTTTTATGATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------T-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATAAT-ATTTGGACCA-AAAATTTNTTAG-TTCAGAGTGCA
gi|1 : C------GG-----C----C-AA-T-G--CT-CT-GA----TA-TTGA----A---------T---C------AG----T-TTATA-----TAGTTCGGTTC--T---C--ACC--A-T-G-TTT------CTG----------------TTAT-TG---A--A------TGACTCCATA-AGCT----T-CCATATG--CC-TTGCA-TTG-----A-TAT---CAGT-TTG------TAGT--------C-G--C----C-ATGA-GG-T---C-TG----AT-----T--GATGC---G--------C-C-ATTTCA-TCTCTTCGG--GC----G---G---GG--------C---G-CC--CAATTGCC--TG--CATTG-----A----AT---T--CAG--------------TGT---------TGTAGT---CAG-ACCG--CCAATG-CCTTTTGGTCTGC--AT-T--GA------TGACTC--CATA--ACTCGGC-CAATGTACC--TGAATTGAATC
gi|1 : c------AT-TG------AATGACTC----CA--T-AAG---CT--------T-C-------CATAT---G---C--C--TTG-C--A-TTG---AT----A--T-CAG---T-T------T----GT-------------------------A--G-T-CG------C---------C-ATGAG-G-T--------C-TG-----AT-T----G---ATGCGCCA-T---TT-CATCTCTTCGG------GC------GGGGCGCC----C-AATT-G--C--CT-G-----CA-TTGA----ATTCAGTGTTG---T------AG----T-C---A-----GA--------C--C---G--CCA--A-T-G-CCTTTTGGTCTG----------------C-AT-TGAT-G--A------C---TCCATA--ACTC--GG-CCA-ATGTACC-T-GAA-TTG-----A-A-T---CAGTTTCTA---TATAGTCGGCGGAGG-TGGC----C-A--ATCG-T---C-TG---TAT-----T--G-------T--------C-G-A----A-T-------G--ACCCATA---A---AGCCTTTTT-C---------CAAT-GCC--T------------------TT---C--A----------------TGAAGATCAGTCTATAGT---A-G-AC----CCAATG----------CTGC--AT-T--GA--CGAACG---C--CATA--C-TGGTC-CA--ATGCC--TGCATTagtttctatatagtcggcggaggtggccaatcgtctgtattgtcgaatgacccataaagcctttttccaatgcctttcatgaagatcagtctatagtagacccaatgctgcattgacgaacgccatactggtccaatgcctgcatttgaatcgtttgtagtcgccgctgccatgtctgcatatggatgacgccataaactccgggccatgccttgcattggaatcagttgtgtagtcgcaccaatgccctgcattgaagactcgcatactctgggggggccaagcttgcattgaatcagctttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtaggtcaatgcctacattggatgatttgtccaaacgcctgcattgaaagaaatcctattctcctaatgcctgcattggctcttgagagattcatccaaagccagcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|1 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttGC-C-------CA-ATT--G---C--C--T-G-C--A-TTG---A-----AT-T-CAG---TGT------T----GT-------------------------A--G-T-CAGACCG-C---------C-A--AT-G-CCTTTTGGTC-TG---C-AT-T----G---ATG----A-C---TC-CAT-------AAC----TC------GG-----C----C-AA-T-GTAC--CT-G-----AA-TTG--------------------------AA----T-C---A-----GT------TTC--TA--T--ATA--GTC-G-G--------CGG----------------A-GG-TG---G--C------CA--ATCGTCTGTATT--GT-CGA-ATGA-CC-C-ATA-AAG-----C-C-T---T----TT---------------------T--C----C-A--A-TG-C---CTTT---CATGAAGATCAG-------T--------C-T-ATA--G-T----------------A---G---AC------C-C----------AAT-G-C--TG--CATTG-----A----C-------------------------GA----------AC-GC---C-ATACTGGTCCAATG-C--------CTGC--AT-TTGAA--T---CG--TT--TGTA--G-TCGCC-tgaatcgtttgtagtcgccgctgccatgtctgcatatggatgacgccataaactccgggccatgccttgcattggaatcagttgtgtagtcgcaccaatgccctgcattgaagactcgcatactctgggggggccaagcttgcattgaatcagctttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtaggtcaatgcctacattggatgatttgtccaaacgcctgcattgaaagaaatcctattctcctaatgcctgcattggctcttgagagattcatccaaagccagcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|1 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggc-GTC--TGC------AT-TG-------ATGACTC----CA--T-AA----CT------CGG-C-------CA-AT---GTA-C--C--T-G-A--A-TTG---A-----A--T-CAG---T-T------TCTATAT-------------------------A--G-T-CG----G-CGGAGGTGGCC-A--ATCG-T--------C-TG---T-AT-TGTCGA---ATG----A-C----C-CAT-------AAAGCCTTT------TT-----C----C-AA-T-G--C--CT-TT----CA-T-GA----A---------G---ATC----AG----T-C---------TA------TAG--TAGAC--CCA--A-T-G-C---------TG----------------C-AT-TG---A--CGAA---CG--C-CATA---CTG--GT-CCA-ATG--CC-T-GCATTTG-----A-A-T---CGT--TTG------TAGTC-------G-C--CGCTGC-C--A-TG-T---C-TG---CATA----T--G-------G--------A-T-GAC--G-C-------C--AT----A---A---AC------TCC---G-GG--CCAT-GCCT-TG--CATTG-----GA---AT---CAGT----------------TG----------TGTAGT---C-G-CA----CCAATGCC--------CTGC--AT-T--GA--gctgccatgtctgcatatggatgacgccataaactccgggccatgccttgcattggaatcagttgtgtagtcgcaccaatgccctgcattgaagactcgcatactctgggggggccaagcttgcattgaatcagctttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtaggtcaatgcctacattggatgatttgtccaaacgcctgcattgaaagaaatcctattctcctaatgcctgcattggctcttgagagattcatccaaagccagcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|1 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggcgcccaattgcctgcattgaattcagtgttgtagtcagaccgccaatgccttttgTC-GT---C--TGT------AT-TGTCG---AATGAC-C----CA--T-AAAGCCTT------TTT-C-------CA-AT---G---C--C--T-TTC--A-T-G---A-----AGAT-CAG---T-C------T----AT-------------------------A--G-T-AG----A-C---------CCA--AT-G-C----------TG---C-AT-T----G---ACGA---A-C---GC-CAT-------A------CT------GGT----C----C-AA-T-G--C--CT-G-----CATTTGA----A---------T---C------GT----T-T---G-----TA------GTC--G---CCGCTGCCA-T-G-T--------CTG----------------C-ATATGGATG--A------CG---CCATA-AACTCCGGG-CC--ATG--CCTT-GCA-TTG-----GAA-T---CAG--TTG----TGTAGTC-------G-CA-C----C-A--A-TGCC---C-TG---CAT-----T--GAAGACTCG--------CAT-ACT--C-T-------G------------G---GG------------G-GG--CCAA-GCT--TG--CATTGAATCAG----CT---T--TANNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNNNNN---N-A-AGTAGGTCAATG-C--------CTAC--AT-T--G--------G--AT--GAT-----TTGTC-CA--A-ACGCCTGCATTGAagactcgcatactctgggggggccaagcttgcattgaatcagctttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtaggtcaatgcctacattggatgatttgtccaaacgcctgcattgaaagaaatcctattctcctaatgcctgcattggctcttgagagattcatccaaagccagcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|1 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggcgcccaattgcctgcattgaattcagtgttgtagtcagaccgccaatgccttttggtctgcattgatgactccataactcggccaatgtacctgaattgaatcagtttctatatagtcggcggaggtggccaaCGCCGCT-------GCC-AT-GTC--TGC------ATATG------GATGACGC----CA--T-AAACT-CC------GGG-C-------CA--T---G---C--C--TTG-C--A-TTGG--A-----A--T-CAG---T-TG-----T----GT-------------------------A--G-T-CG----CAC---------C-A--AT-G-C--------CCTG---C-AT-TG---A---A-G----A-C---TCGCAT-------AC-----TCTGGGGGGG-----C----C-AA---G--C--TT-G-----CA-TTG--------------------------AA----T-C---A------G------CTT--T---A--NNN--N-N-N-N--------NNN----------------N-NN-NN---N--N------NN--NNNNNN-AAGTA--GG-TCA-ATG--CC-T-ACA-TTG-----G-A-T---------------GAT-TT--------G-T--C----CAA--A-CG-C---C-TG---CAT-----T--G-------AAAGAAATCC-T-ATT--C-T--------------------------------C-C---------TAAT-GCC--TG--CATTG-----G----CT---C--T----------------TGA---------GA---------G-ATTCATCCAAAG-C--------CAGC--AT-T--GG--C---TC--TTGAAATA--G-TGGTC-CC--ACGCT--TGCATTGACTTTTGTGACAGAGTTGGGCAA-aagaaatcctattctcctaatgcctgcattggctcttgagagattcatccaaagccagcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|1 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggcgcccaattgcctgcattgaattcagtgttgtagtcagaccgccaatgccttttggtctgcattgatgactccataactcggccaatgtacctgaattgaatcagtttctatatagtcggcggaggtggccaatcgtctgtattgtcgaatgacccataaagcctttttccaatgcctttcatgaagatcagtctatagtagacccaatgctgcattgacgaacgccatactggtccaatgcctgcatttgaatcgtttgtagtCC--TGC------AT-TG------AA-GACTCG---CA--T-A-----CTCTGGGGGGG-C-------CA-A----G---C--T--T-G-C--A-TTG---A-----A--T-CAGC--T-T------T----ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA--G-T-AG----G-T---------C-A--AT-G-C--------C-TA---C-AT-TG---G---ATG----A-T---T----T-------G------TC-------------C----A-AA-C-G--C--CT-G-----CA-TTGA----AA--------G---A------AA----T-C---C-----TA------TTC--T---C--CTA--A-T-G-C--------CTG----------------C-AT-TG---G--C------TC--TTGAGA-GATTC--AT-CCA-AAG--CC-A-GCA-TTG-----G-C-T---C----TTGA---AATAGT--------GGT--C----C-C--A-CG-C---T-TG---CAT-----T--G-------A--------C-T-TTT--G-T-------G--AC----A---G---AG------T-T---G-GG--CAAT-TCC--TG--CATTT-----G----CT---C--C----------------TGA---------AATAGT---C-G-AGTGGACTAATG-C--------CAGT--AT-T--GA--C---CA--TT--GAGA--G-TCGCC-AA--GTATG--TACATTGACTCT--CGAGAGATTTATCCAA-GATTATAAAGCCAAGGTATGCGGGTATTTGATCAAAGAATACTTGTAGTTATAAATTTCTGCATTGG-TTTAATGCAATGAAAAG---TTTTCCTA-TATTGTA-A-TATTGGCGAGA----------------ATTTCATTTCGTATTAGTGGTTTGCTGTCA-TTGCTA-ACT-CATTCAGATTTCCCC-----------TCATGTTATGT-ATAATGATTGATACGG-ATCTCCATTACGCAAAAACATATATATACCAATTTCA-AGCGCAT--TTGAA--Attcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|10 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggcgcccaattgcctgcattgaattcagtgttgtagtcagaccgccaatgccttttggtctgcattgatgactccataactcggccaatgtacctgaattgaatcagtttctatatagtcggcggaggtggccaatcgtctgtattgtcgaatgacccataaagcctttttccaatgcctttcatgaagatcagtctatagtagacccaatgctgcattgacgaacgccatactggtccaatgcctgcatttgaatcgtttgtagtcgccgctgccatgtctgcatatggatgacgccataaactccgggccatgccttgcattggaatcagttgtgtagtcgcaccaatgc-CAA---TATGGATAAAAGCTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-ACATTGACGTTTCCATACCAA---C-----TTTCT-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAATTACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATATAAAATGGCGAAGTAACAAAGTAGTATCTGATAACT-CATA-TGATTAAAAACAACTTTTATGACAA-ATTAACTCAGGTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAATATTCCATTTCAAAT-------------T-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATA-ATGAAAAA--AATAATTTGGACCA-AAAA---ATTAG-TTCCGAGTGCA
gi|11 : acga-C-------CA-AT---G---C--C--TTG-C--AGTTG---A-----A--T-CAA---A-TGTACAAT----AC-------------------------A--G-TACC----G-C---------C-A--AC-T-A--------C-TG---CGAT-TGC--GCACATG----A-CG--TC-TAT-------A------AT------GGGG---C----C-CA-TAG--C--CTTG-----CC-ATGA--------------G---ATCCACCAG----T-C---C-----TA------TCCAGT---CA-CCA--A-TTGTC--------CTG----------------C-AT-TG---A--CGAATGACG--TCTCTA-CACTG--GG-CCA-ATGCACC-T-GCA-TTGAATCAG-T-T---T----TTT-----ATACTTC------A-C--C----A-A--A-TG-T---C-TGTGCCAT-----T--G-------C--------C-A-ACT--GAT-------GGAAC----G---GTTTAA------T-CACTG-GGCACAAT-GCCCTTGCTCATTG-----A----ATCAGC--T----------------T-----------TGTAGT---C-G--CCG---CAATA----------CTGC--AT-T--GA--tt
gi|11 : ------GACG--TC----TA--T-A-----AT------GGGGC-------CC-ATA--G---C--C--TTG-C--C-ATG---AGATCCA--C-CAG---T-CC-----T----ATCC-----------------------A--G-T-C-----A-C---------C-A--ATTGTC--------C-TG---C-AT-TG---ACGAATG----A-CGTCTC-TAC-------AC-----TG------GG-----C----C-AA-T-G--CACCT-G-----CA-TTGA----A---------T---C------AGTTTTT-T---A-----TAC-----TTC--A---C--CAA--A-T-G-T--------CTGTGC-------------C-AT-TG---C--C------AA--CTGATG-GAACG--GT-TTA-ATC--AC-T-G-----G-----G-C------------------ACAAT--------G-C--C----C----T-TG-CTCAT-TG---AAT-----C--A-------G--------C-T--TT--G-T------------------------AG------T-C---GCCG--CAAT-A-C--TG--CATTG-----
gi|11 : ccaatgccttgcagttgaatcaaatgtacaatacagtaccgccaactactgcgattgcgcacatCC--TGC------AT-TGACGAATGACGTCTC----TA--C-A-----CT------GGG-C-------CA-AT---G---CACC--T-G-C--A-TTG---A-----A--T-CAGTTTT-T------T----AT-------------------------AC-T-T-CA----C-C---------A-A--AT-G-T--------C-TGTGCC-AT-TG---a
gi|11 : ccaatgccttgcagttgaatcaaatgtacaatacagtaccgccaactactgcgattgcgcacatgacgtctataatggggcccatagccttgccatgagatccaccagtcctatccagtcaccaattgtT-------GTCTGT-GCCATTGCCAACTGAT-GG------AACGGTTT----AA--TCA-----CT------GGG-CA------CA-AT---G---C--CCTT-G-CTCA-TTG---A-----A--T-CAGC--T-T------T----GT-------------------------A--G-T-CG----C-CG--------C-A--AT-A----------C-TG---C-AT-TG---ccaactgatggaacggtttaatcactgggcacaatgcccttgctcattgaatcagctttgtagtcgccgcaatactgcattga
gi|12 : ccaatgccttgcagttgaatcaaatgtacaatacagtaccgccaactactgcgattgcgcacatgacgtctataatggggcccatagccttgccatgagatccaccagtcctatccagtcaccaattgtcctgcattgacgaatgacgtctctacactgggccaatgcacctgcattgaatcagttttttatacttcaccaaaCAT--TTGTA--ATTAGCTTT-AAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAATA--AT--TA---TTATCAACA----G-T-ACATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGATC-----ATGTTTTGT--GAA-TACATCGATTAAACCAAATACTTTCAATCTGA----------TAAG------------------A-CATA-TGATTAAAGACAACTTTTATGATAA-AATAAATCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAATTTTCC-------AT-------------TTCAAATATC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATA---ATTTGGTCCAGAAAAGTTGTT---TTCAa
gi|15 : GCGCACAATTGTATCATTGGTT-T-AGCAAGAGCATATTTA-CAC---A-TGGATAATAGTTGCAACATTATTATA---TAATCAACA----G-TAACGTTGATGTTGCT-TATAAA---CAATATTTCCGACTGATCCCTTAGT-TTCTGTTGAAA-TACATA
gi|16 : ttattttgggatactcattttaaacaaaacattcagaac--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGCTTCCATATCAA---C-----TTTCG-CCGACC-----AT-TTTTGT--TTA-TACATAGATGAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------T-CATA-TAATTAAAAACAACTTTTATTATAA-ATTAACTAAGTTTTTATCATTTTGAAAGTAAAAGTCAGT------------AT-------------T-------CC------------atatcta
gi|18 : ---A-----A--T-CAG---T-T------T----AT-------------------------ATAG-T-CG----G-C---------C-A--AT-G-T--------C-TG---T-GT-TA---A---ATG----T-C---TC-CATA------G------CC------TT-----CCATGC-AA-T-G--C--CT-T-----CA-TT--------------------A------AA----T-C---AGTTTGTA------GTC--G---C--CCA--A-T-G-T--------CTG----------------C-AT-atttcaa
gi|18 : T-GTC--TGT------GT-TA------AATGTCTC----CA--T-A--------------GC-CTTCCATGCA-AT---G---C--C--T-T-C--A-TTA---A-----A--T-CAG---T-T------T----GT-------------------------A--G-T-CG----C-C---------C-A--AT-G-T--------C-TG---C-AT-
gi|19 : aatcagtttatatagtcggccaa-----TTGTCAA---GCTAGATGAGATTTGCCACA--AT--CAC--TGATAAATACTAAG-T-GCAGTGACTCTTCCATATCAAATTC-----TCTTG-CTGACCA----AC-TTATGT--G
gi|2 : tatCTC----CA--T-A-----GT------CGG-C-------CA-AT---G---C--C--T-G-C--A-TTG---A-----A--T-CAG---T-T------A----TT-------------------------A--G-T-AG----A-C---------C-A--AT-G-C--------C-TG---C-AT-TG---G---ATG----A-C---T----T-------G------TC------GC-----C----C-A--C-G--C--CT-G-----TAATTGA----AA--------G---A------AA----T-C---AA----TA------TTC--T---C--CTA--A-C-G-C--------CTG----------------C-AT-TG---G--C------TG--TTCAGA-GATTC--ATGCCA-AAG--CC-A-GCA-TTG-----G-C-T---C----TTGA---A-TAGT--------G-T--C----C-A--A-CG-C-----TG---CAT-----T--G-------G--------C-T-TTTT-G-T-------G--AC----A---G---AG------T-TT--G-GG--TAAT-GCC--TG--TATTG-----GG---CT---C--T----------------TGAAA-------TCTAGT---C-G-AGTGGTCTACTG-C--------CAGT--ATAT--GT--CT--CA--TT--GATA--G-CCGTCTCA--GTCTG--TGCATTGACTCT--CGAGAGATTTGTACAAAGGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAAA-----TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAACAGAATTTTTG-TACTATTGTAGATTCTTTGTGAGAAATACCCATAGCCAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CAATTGCTACATTTCATTCAAA-TTCCTAATGTTAAAAAATCATGATTTGTGTTAATTATG-AT-CGGGAT-TCCAT-ACGCATTAAC--ATATATACCAATTTCATAGCGCAC--TTGTA--ATTAGCT-T-AAAAAGAA-----TTG-CAAGAAAATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TAATTTAATCAACA----GGT-ACATTTATGTTTCAATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--G-A-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------TCCGTATTGATT-AAAACAAGTTTTATGATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------ATTCTTATTCATAAAT-------TC------------TTAATAACATTGATCGAATATTAATGAAAAAATA---ATTTGAACCA-AAAATTTTTTAGATTCAGAGTGCA
gi|20 : gCCAATG-C--------CTGC--AT-T--GAATC---AG--TT--TATA--A-TAGAC-CA--ATGCC--TGCATTG------------------TACAA-GGC--TAAAGCCCCGATATGCTGGTATTTGATCAAAtatat
gi|21 : G-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCTTCATGTT-CAA--TCATGTTATGTAATAATt
gi|22 : C----CA--T-A-----TT------GGT-C-------CA-AT---G---C--C--T-G-C--A-TTG---A-----A--G-CAG---T-T------T----GC-------------------------A--T-T-CG----C-C---------C-A--
gi|25 : cgC--TGT------AT-TG------AATGACGC----CA--T-A-----CT------TGG-C-------CA-AT---G---C--C--T-G-
gi|3 : GATGACATT-------GTC-GTTACC--TGC------AT-TG------GACGACGC----CA--T-A-----CT------GGT-C-------CA-AT---A---C--C--T-G-C--A-TTG---A-----T--T-CAG---T-T------T----AT-------------------------A--G-T-AG----A-C---------C-A--AT-G-C--------C-TG---C-AT-TG---G---ATG----A-C-------AT-------G------TC------GC-----C----C-AA-C-G--C--CT-G-----CA-TTGAC---A---------G---A------AA----T-C---A-----TA------TTC--T---C--ATA--A-C-G-C--------CTG----------------C-AT-TG---G--C------TG--TTCAGA-GATTC--AT-CCA-AAG--CC-T-TCA-TTG-----G-C-T---C----TTGA---AATAGT--------G-TT-C----C-A--A-CG-C---C-TG---CAT-----T--G-------G--------C-T-ATT--G-T-------G--AC----A---G---AG------T-T---G-GG--TAAC-GTC--TG--TATTG-----G----CT---C--T----------------TGA---------TATAGT---C-G-AGTGGTCTACTG-C--------CAGA--AT-T--GT--C---CA--TT--GAGA--A-TCGCC-CA--GTATG--TACATTGACTCT--CGAGATATTTGTGCAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAGGAA------TACTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATACCCATG--CAGGATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCTAT-TTCGTCATGTT-AAA--TCATGTTATGTAATAATTATT-TT-CGG-AT-TCCATTACGCAAAAAC--ATATATACTAATTTCA-AGCGCAC--TTGTA--ATTAGCAAT-GAAAATAT-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAGCA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATATATTAA-------------------------------AAC------------------T-CATA-TGATTAAAAACAACTTTTAGGATA-----AACTCAGTTTGTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------C-------TC------------TTAAT-ACATCGATCGAATATT-TTGAAAAAAAAACGATTTGGACAA-AAAA-----TAG-TTCAGAGTGCA
gi|4 : aatcaaT---G---C--C--T-G-CC-A-TTG---A-----A--T-TAG---T-TC-----T----AT-------------------------A----T-CC----T-C--------------AT------------C-TC---T-AT-GA---T---ATG----A-C---TT-CAT-------
gi|4 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatat--TGC------AT-TA------AACGACTC----CAACT-A-----CT--------T-C-------CA-------------T--T-G-C--A-TGG---G-----A--T-C-----TAT------T----AT-------------------------A--A-T-AG----T-C---------T-A--AT--------------TAT--C-ATGTG---A---ATC----AGT---TT-CAT-------ATAC---TC------GG-----C----CTAT-T-G--C--CT-GC----CA-TTGAATTCA---------GTTTA------CA----T-C---GC----TA------TTC--T---C--ATG--A-C-A-CG-------CTGGCCTATATCTCATCTCC-AT-TG---A--TA-----AG--TTTATA-G--TC--GC-CAA-ATG--CC-T-GCA-TTG-----G-A-----------TGATTCCATACTCCG-----G-T--C----A-A--A-TG-C---C-TG---CAT-----T--G-------aacaccaagttgattgcattaaacgactccaactacttccattgcatgggatctattataatagtctaattatcatgtgaatcagtttcatatactcggcctattgcctgccattgaattcagtttacatcgctattctcatgacacgctggcctatatctcatctccattgataagtttatagtcgccaaatgcctgcattggatgattccatactccggtcaaatgcctgcattgaaatcgttctaataga
gi|4 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatattgcctgccattgaattagttctatatcctcatctctatgatatgacttcataacaccaagttgatA--T-A-----CTC-----GGC-C-------TA-TT---G---C--C--T-G-CC-A-TTG---A-----A--TTCAG---T-T------T----AC-------------------------A----T-CG----C-T--------------AT-T-C--------T-C------------------ATG----A-C-------AC-------G------CT------GG-----C----C-TA-T-A--T--CT-CATCTCCA-TTGA----T---------A---A------GT----T-T---A-----TA------GTC--G---C--CAA--A-T-G-C--------CTG----------------C-AT-TG---G--A------TGATTCCAT---ACTCCGGT-CAA-ATG--CC-T-GCA-TTG-----aaatcgttctaataga
gi|4 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatattgcctgccattgaattagttctatatcctcatctctatgatatgacttcataacaccaagttgattgcattaaacgactccaactacttccattgcatgggatctattataatagtctaattatcatgtgaatcagtttcat----CA--C-G-----CT------GGC-C-------TATATCTCA---T--C--T-C-C--A-TTG---A--------T-AAG---T-T------T----AT-------------------------A--G-T-CG----C-C---------A-A--AT-G-C--------C-TG---C-AT-TG---G---ATG----A-T---TC-CAT-------ACT----CC------GG-----T----CAAA-T-G--C--CT-G-----CA-TTGA----A---------aaatcgttctaataga
gi|5 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatattgcctgccattgaattagttctatatcctcatctctatgatatgacttcataacaccaagttgattgcattaaacgactccaactacttccattgcatgggatctattataatagtctaattatcatgtgaatcagtttcatatactcggcctattgcctgccattgaattcagtttacatcgctattctcatga-CA--GTCTG--TGCATTGACTCT--CGAGAGATTTGTACAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAA------TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAACAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGTGAGAAATACCCATG--CAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-CCT-CATTCAAA-TTCCTAATGTTAAAA--TCATGATTTGTATTAATTATG-AT-CGG-AT-TCCATTACGCATTAAC--ATATATACCAATTTCA-AGCGCAC--TGGT---ATTAGCTTTAAAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-ACATTTATGTTT-CATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------T-CGTA-TGATT-AAAACAAGTTTTATGATAATATTAACTCAG--TTTATCA--TTGAGAGTAAAAGTCAAT------------ATTCCATTTCAAATAT-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATAAT--TTTGAACCA-AAAATTTTTTAG-TTCAGAGTGCAatcgttctaataga
gi|6 : G--TGCATTGATTCG--AGAGAGATGTGTACAA-GGC--TAAAGCCACGGTATTCTGGTATTTGATCAACGAA------TAGTTATGAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATGCCCATG--CAGTATTTCACTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCCTCATTTTAAA---TCATGTTATGTAATAATTATT-AT-CGG-AT-TCCATTACCCAAAAAC--A----------------AGCGCAC--TTGTA--ATTAGCAAT-AAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATTTAAATTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTTG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACTAAATCCTATCAATTTGA----------TAAC------------------T-CATA-TGATT-AAAACAATTTTTTTTATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGGGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------T-------CCATTTCAAATCTTTTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATA---ATTTGGA-AA-AAAATAAATTAG-TTCAGAGTGCAtt
gi|7 : tG----------------C-AT-TT---G--T------TT--TTCA----GTTC--GT-C-A-ATG--TT-A-GGA-TTA-----A-T-TTTAC----TTTA---AA--AT--------G-T--A------A--A-TG-C---C-TG---CAC-----T--G-------G-----------------A-C-------G--AC----ATTCG---AG------T-C---G-GT--CAGT-GCC--TG--CATTG-----GACGACT---C-------------------------------CACAGTTCAC-C-AATGATGCCATA-CT-------CGGCCAAT--------C---AG--TT--TATA--G-TCGCC-CA--ATGCA--TGTATTctat
gi|7 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacaGACGACATTCGAGTCGGTCAGT-GCC--TGC------AT-TG------GACGACTC----CA--C-A-----GT------TCA-C-------CA-AT---GATGC--CA-T-A-C----TCGGCCA-----A--T-CAG---T-T------T----AT-------------------------A--G-T-CG----C-C---------C-A--AT-G-C--------A-TG---T-AT-TA---G---ATG----A-C---AC-CAT-------AC-----TC------GG-----C----C-AA-T-G--C--CT-G-----CA-TTGA----AT--------G---A------CG----C-C---A-----TA------CTT--G---A--CCA--A-T-G-C--------CTG----------------T-AT-TG---AATC------AG--TTTATA-TGGTC--GG-CCA-ATG--CC-T-GCA-TTG-----G-agatgacaccatactcggccaatgcctgcattgaatgacgccatacttgaccaatgcctgtattgaatcagtttatatggtcggccaatgcctgcattggacgacgccacactgggccaatgcct
gi|7 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacagcatttgtttttcagttcgtcaatgttaggattaattttactttaaaatgtaaatgcctgcactgG---CAT-----T--G-------G--------C-CCAGT--G-T-------G--GC-------------G------T-C---G-TC--CAAT-GCA--GG--CATTG-----G----CC---G--A----------------CCA---------TATA-------A-ACTGATTCAATA-C--------AGGC--AT-T--GG--T---CA--AG--TATGGCG-TCATT-CA--ATGCA--GGCATTGGC-----CGAGacgacgccacactgggccaatgcct
gi|7 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacagcatttgtttttcagttcgtcaatgttaggattaattttactttaaaatgtaaatgcctgcactggacgacattcgagtcggtcagtgcctgcattggacgactccacagttcaccaatgatgccatactcggccaatcagtttatagtcgcccaatgcatgtattagatgacaccataT-GCC--TGC------AT-TG------GACGACGC----CA--C-A-----CT------GGG-C-------CA-AT---G---C--C--T-ct
gi|8 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacagcatttgtttttcagttcgtcaatgttaggattaattttactttaaaatgtaaatgcctgcactggacgacattcgagtcggtcagtgcctgcattggacgactccacagttcaccaatgatgccatactcggccaatcagtttatagtcgcccaatgcatgtattagatgacaccatactcggccaatgcctgcattgaatgacgccatacttgaccaatgcctgtattgaatcagtttatatggtcggccaa--TGC------AT-TG------G-C-ACTT----TAA-G-A-----GT------GGT-C-------CA-AT---G---C--A--T-G-C--G-TTG---G-----C--T-C-----T-T------C----AC-------------------------A--AAT-TG----ATC---------C-A--AT-G-C--------C-TG---C-AT-TG---A---ATC----A-G---TT-CATA------A------TC------AG-----C----C-AA-T-G--T--CT-G-----CA-ATAA----A---------T---G------AC----TCC---A-----TA------GTC--G---G--CCA--A-T-G-C--------CTG----------------C-GT-TG---
gi|8 : aaacaatgtttaaatattgctatactattgatctatatcactattttgcaggaaaagcactggaaggggctaaacataattggaatagagagggggacactgtggtcatatcctgcagcagatatctgtattgtttttattaaaatcataatgcctttaatgaacacaagaattagtcggttttattttcttgatgaacaaaaattacagtcttcgaattgatgataaaagaggaaaatatatctaacgaaactaaacgtaaT-GCA--TGC------GT-TG------G----CTCTTCACA--A-A-----TT------GAT-C-------CA-AT---G---C--C--T-G-C--A-TTG---A-----A--T-CAG---T-T------C----AT-------------------------A--A-T-CA----G-C---------C-A--AT-G-T--------C-TG---C-AA-TA---A---ATG----A-C---TC-CATA------G------TC------GG-----C----C-AA-T-G--C--CT-G-----CG-TTGA----A---------aa
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TGGAGTGTTAAATGTAATTTCCTTTGTCCAATCTATTTTTTAATCAAGTAATAACAACTTTTAAACCGTGTATTACAAATATCTTATTGTCAAGATTTCAAAAAAATGATGCACTGTGCAAAATTGTAATGACATTTTTTGGCAATTCAAATATTAGCAAAATATAGATGTTTTGGTGAACTAATAAAATTTCATATCCAAATTGGCGAATTTTTAACATAAATATATATAGATTTAGAATATTTAAATCTGCATTAAGGTAATGTTGAAAACTATCTAACTGTGTACACTGATGCAGTTGATTTAGATTTAACTTTTTTTGCAGTTTGTCAA
Unaligned ( gi|13 ): GAATGAACTATTTTTTTATTTGTCCAGTCTATTGTTTTCTTGAAATAGCGACTTTTCAGACATATATTGTGAATATCTTATTCTTAAGATTGCAAAAAAGTCTGAGGCATTGTGCACAATTATTATGATATTTTATGGCAATTTAAATATGTGCAAAATATGGACCTTCTGGTAAGCCAATGAAATTTTGTATCCATATCGGCAGAT
Unaligned ( gi|14 ): TAATATATTAAGATTTATGGCAAATTCAATTTTATTGAGCAAAAATATGGACACTTATTTGAAGTAAAGGCGAATTGTGAAATCTTTGTTTCCAAATTTCAGCATATTTGCAAATCGGAAAAAATAATTTAATTCAATTGAATAATAGAAAAATTATAAAATTGACATTATCATTGAGGCAAATGTTGAAAAAACATTCCCACA
Unaligned ( gi|17 ): GAGGCATTGCTTAAAATTATATTGATATTTTATGGCAATTTAAATATGAGCAAAATATGGACCTTTTGGTAAGCCAATGAAATCTTGTATCCAAATCAGCAGATTACTAACCGAAATATTTACACATTTAGAATATCTAAATCTGCATTGAGGCAATGTT
Unaligned ( gi|23 ): AATTTCAATATGAGTATGGACCTTATGGTAAGCCAATGAAATCTT
Unaligned ( gi|24 ): TTCAATAATATGCTGTAGGGGGGCATTAGTGTATCGCAATC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444 1 111111 11111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111 1111111111111 4444444444444444444444444444 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111111111 4444444444444444444444444444 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 33333333333333333 111111 333333 111 111 11 111111 11 111111 11111 111 11111 11111 2222222222 44444444444444444444 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111 333 2222
lowQualScore : 0 3333333 0 5 3 444444 0 7777 55 88888888888888888 4 555 666 22 2 8 2 4 2 555 77777 22 2 2 555 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 22 44444 2 777 2 2 44444444444444 3333333333333 2 8888888888888888888888888888 4 2 22 5555 22 22 44 2 44 2 4 2 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 8888888888888888 2 4444444444444444444444444444 77 2 2 55555 2 2 2 2 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 3 77 44 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 44444444 44 44 3 44 44444444444444444 8888 444444 66 3 3 44 6 66 5 99 111111 444 0 111 8 8 0 0 11 0 8 6 6 6 6 6 777777 1 88 8 8 8 0 22 11 0 8 77 77 999999 44444 5 888 0 66 66 222 9999 4 4 777 11111 4 55555 4 66 0 5 5555555555 22222222222222222222 1 5 2 5 1 4444444444444444444444444444444444444444444444444 6 6 444 6 1111 6
lowQualScore : . ....... . . . ...... . .... .. ................. . ... ... .. . . . . . ... ..... .. . . ... ......................................................... . .. ..... . ... . . .............. ............. . ............................ . . .. .... .. .. .. . .. . . . ........................................................................ . ................ . ............................ .. . . ..... . . . . .................................................................................................................................. . . .. .. ............................................................... . ........ .. .. . .. ................. .... ...... .. . . .. . .. . .. ...... ... . ... . . . . .. . . . . . . . ...... . .. . . . . .. .. . . .. .. ...... ..... . ... . .. .. ... .... . . ... ..... . ..... . .. . . .......... .................... . . . . . ................................................. . . ... . .... .
lowQualScore : 7 3333333 0 7 3 222222 7 8888 66 00000000000000000 4 888 666 99 1 4 2 4 2 888 44444 99 1 1 888 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 88 44444 0 555 0 0 99999999999999 1111111111111 0 4444444444444444444444444444 0 0 88 7777 88 88 88 0 88 1 2 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 6666666666666666 2 4444444444444444444444444444 33 7 1 11111 7 7 7 7 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 1 33 22 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 22222222 11 22 1 22 44444444444444444 2222 222222 22 1 1 22 6 99 7 22 000000 000 6 888 0 0 8 8 00 6 0 7 7 7 7 7 777777 7 66 0 0 0 8 88 00 8 0 99 99 888888 33333 0 888 1 99 11 222 4444 4 4 888 11111 4 66666 4 11 4 0 0000000000 66666666666666666666 4 7 0 7 4 7777777777777777777777777777777777777777777777777 7 7 333 7 3333 7
consensus : NNNNNNGACGACGTT-------GTC-GT-GCCTGCAT-TG------GACGACTC----CA--TA-----CT------GGN-CCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TTG---A-----A--T-C-AG---TT------TAT-------------------------A--G-T-C---------GN----CC-A--AT-G-C-C-TG---C-AT-T---G------G---ATG----A-C---TC-CAT-A------T---C------GG---------C-C-A--A--T-G--C--C--T-G--C-A-TTGA-A---------G-N------AG----T---CG-T----A-NT-C--N---C-C----CA-AT-G-C--------C-TG----------------CAT-TG---G---C------C-G--TTCATAGACTC--GT-CCAATG--C--C-TG-CA-T-TG-----G-AT---C----TTGA-A-TAGT---G-T-C----C-AACG-C---C--TG---CAT-TG---------------G--------C-T-ATT---G-T-G--ACG---G---AGT-C---G-GG--CAA-T-GCC--TG--CATTG-----G----CT---C--T----------------TG----A--TATAGT---C--GANTGGTCCAATG-C--------C-NGC--AT-T--GA----C-C-G--TT--NATA--G-TC------G-CC-C-A--ATGCGTGCATTGACTCT--CGAGAGATTTGTACAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAA------TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATACCCATG--CAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCCTCATGTTAAAA--TCATGTTATGTAATAATTATT-AT-CGG-AT-TCCATTACGCAAAAAC--ATATATACCAATTTCA-AGCGCAC--TTGTA--ATTAGC-T-T--AAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------T-CGTA-TGATTAAAAACAACTTTTATGATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------T-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATAAT-ATTTGGACCA-AAAATTTNTTAG-TTCAGAGTGCA
Reference ( family-215 ) : NNNNNNGACGACGTT-------GTC-GT-GCCTGCAT-TG------GACGACTC----CA--TA-----CT------GGN-CCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TTG---A-----A--T-C-AG---TT------TAT-------------------------A--G-T-C---------GN----CC-A--AT-G-C-C-TG---C-AT-T---G------G---ATG----A-C---TC-CAT-A------T---C------GG---------C-C-A--A--T-G--C--C--T-G--C-A-TTGA-A---------G-A------AG----T---CA-T----A-TT-C--T---C-C----CA-AC-G-C--------C-TG----------------CAT-TG---G---C------C-G--TTCATAGACTC--GT-CCAATG--C--C-TG-CA-T-TG-----G-NT---C----TTGA-A-TAGT---G-T-C----C-AACG-C---C--TG---CAT-TG---------------G--------C-T-ATT---G-T-G--ACA---G---AGT-C---G-GG--CAA-T-GCC--TG--CATTG-----G----CT---C--T----------------TG----A--TATAGT---C--GANTGGTCCAATG-C--------C-NGC--AT-T--GA----C-C-G--TT--NATA--G-TC------G-CC-C-A--GTGCGTGCATTGACTCT--CGAGAGATTTGTACAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAA------TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATACCCATG--CAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCCTCATGTTAAAA--TCATGTTATGTAATAATTATT-AT-CGG-AT-TCCATTACGCAAAAAC--ATATATACCAATTTCA-AGCGCAC--TTGTA--ATTAGC-T-T--AAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------T-CGTA-TGATTAAAAACAACTTTTATGATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------T-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATAAT-ATTTGGACCA-AAAATTTNTTAG-TTCAGAGTGCA
gi|1 : -C---------GG----CC-A--AT-G-CTC-TGA--T-AT-T---G------A---ATC----A-G---TT-TAT-ATAGT--T---C------GGTTC------T-C-ACCA--T-GTTT--C--T-GT-T-A-TTGA-AT--------G-A------CT----C---CA-T----A-AG-C--T---T-C----CATAT-G-C--------CTTG----------------CAT-TG---ATATC------A-G--TTTGTAG--TC--GC-C--ATG----------------A-----G-GT---C-----TGA-T-TGAT---G------------CG-C---CATTT---CAT---------------------------C-T-CTT---C-G-G--GCG---G---GG--C---G-CC--CAATT-GCC--TG--CATTG-----A----AT---T--CAG--------------TG----T--TGTAGT---CA-GACCG--CCAATG-CCTTTTGGTC-TGC--AT-T--GA------T-GACTC--CATA--ACTC------G-GC-C-AATGTACCTGAATTGAATC
gi|1 : cAT-TG------AATGACTC----CA--TAAG---CT--------T-CCATAT---G---C--C-TTG-C-A-TTG---AT----A--T-C-AG---TT------TGT-------------------------A--G-T-C---------G-----CC-ATGAG-G-T-C-TG-----AT-T----------G---ATGCGCCA-T---TT-CAT-CTCT---T---C------GGGCGGGGCGCC-C-A--AT-T-G--C--C--T-G--C-A-TTGA-ATTCAGTGTTG-T------AG----T---CA-G----A----C--C---G-C----CA-AT-G-CCTTTTGGTC-TG----------------CAT-TGAT-G---A------C----TCCATA-ACTC--GG-CCAATGTAC--C-TG-AA-T-TG-----A-AT---C------------AGT---T-T-C----T-A------------------------------------------------T-ATA---G-TCG--GCG---G---AGG-T---G-GC--CAA-TCGTC--TG--TATTG-----T----CG---A--A----------------TGACCCA--TAAAGC---C----TTTTTCCAATG-C--------CTTTC--AT-GAAGA----T-CAG--TC--TATA--G-TA------GACC-C-A--ATGC-TGCATTGACagtttctatatagtcggcggaggtggccaatcgtctgtattgtcgaatgacccataaagcctttttccaatgcctttcatgaagatcagtctatagtagacccaatgctgcattgacgaacgccatactggtccaatgcctgcatttgaatcgtttgtagtcgccgctgccatgtctgcatatggatgacgccataaactccgggccatgccttgcattggaatcagttgtgtagtcgcaccaatgccctgcattgaagactcgcatactctgggggggccaagcttgcattgaatcagctttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtaggtcaatgcctacattggatgatttgtccaaacgcctgcattgaaagaaatcctattctcctaatgcctgcattggctcttgagagattcatccaaagccagcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|1 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgtt-GTCTGCAT-TG-------ATGACTC----CA--TAA----CT------CGG-CCA-AT---GTA-C--C-T-G-A-A-TTG---A-----A--T-C-AG---TTTCTA--TAT-------------------------A--G-T-CGGCGGAGGTGG----CC-A--ATCG-T-C-TG---T-AT-TGTCG------A---ATG----A-C----C-CAT-AAAGCCTT---T------TT---------C-C-A--A--T-G--C--CT-T-T--C-A--TGA-A---------G-ATC----AG----T---C--T----A-TA-G--TAGAC-C----CA-AT-G----------C-TG----------------CAT-TG---A---CGAA---C-G---CCAT--ACTG--GT-CCAATG--C--C-TG-CATT-TG-----A-AT---CGT--TTG----TAGTC--G-C-CGCTGC-CATG-T---C--TG---CATATG---------------G--------A-T-GAC---G-C-C--ATA---A---ACTCC---G-GG--CCA-T-GCCT-TG--CATTG-----GA---AT---CAGT----------------TG-------TGTAGT---C--GCA----CCAATGCC--------C-TGC--AT-T--GAAGACT-C-G------CATA--C-TCTGGGGGG-GC-C-A--A-GCTTGCATTGAATCgaacgccatactggtccaatgcctgcatttgaatcgtttgtagtcgccgctgccatgtctgcatatggatgacgccataaactccgggccatgccttgcattggaatcagttgtgtagtcgcaccaatgccctgcattgaagactcgcatactctgggggggccaagcttgcattgaatcagctttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtaggtcaatgcctacattggatgatttgtccaaacgcctgcattgaaagaaatcctattctcctaatgcctgcattggctcttgagagattcatccaaagccagcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|1 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggcgcccaattgcctgcattgaattcagtgttgtagtcagaccgccaatgccttttgTC-GT---CTGTAT-TGTCG---AATGAC-C----CA--TAAAGCCTT------TTT-CCA-AT---G---C--C-T-TTC-A-T-G---A-----AGAT-C-AG---TC------TAT-------------------------A--G-T-A---------GA----CCCA--AT-G-C---TG---C-AT-T----------G---ACGA---A-C---GC-CAT-A------C---T------GGT--------C-C-A--A--T-G--C--C--T-G--C-ATTTGA-A---------T-C------GT----T---TG-T----A-GT-C--G---C-CGCTGCC-AT-G-T--------C-TG----------------CATATGGATG---A------C-G---CCATAAACTCCGGG-CC-ATG--C--CTTG-CA-T-TG-----GAAT---CAG--TTGT-G-TAGTC--G-CAC----C-AATGCC---C--TG---CAT-TGAAGACTC--------G--------CAT-ACT---C-T-G--------G---GG------G-GG--CCA-A-GCT--TG--CATTGAATCAG----CT---T--TANNNNNNNNNNNNNNNNN----N--NNNNNN---N--AAGTAGGTCAATG-C--------C-TAC--AT-T--G---------G--AT--GAT-----TT------G-TC-CAA--ACGCCTGCATTGAagctttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtaggtcaatgcctacattggatgatttgtccaaacgcctgcattgaaagaaatcctattctcctaatgcctgcattggctcttgagagattcatccaaagccagcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|1 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggcgcccaattgcctgcattgaattcagtgttgtagtcagaccgccaatgccttttggtctgcattgatgactccataactcggccaatgtacctgaattgaatcagtttctatatagtcggcggaggtggccaaCGCCGCT-------GCC-AT-GTCTGCATATG------GATGACGC----CA--TAAACT-CC------GGG-CCA--T---G---C--C-TTG-C-A-TTGG--A-----A--T-C-AG---TTG-----TGT-------------------------A--G-T-C---------GCA---CC-A--AT-G-C-CCTG---C-AT-T---G------A---A-G----A-C---TCGCAT-AC-----T---CTGGGGGGG---------C-C-A--A----G--C--T--T-G--C-A-TTGA-A---------T-C------AG----C---TT-T----A-NN-N--N---N-N----NN-NN-N-N--------N-NN----------------NNN-NN---N---N------N-N--NAAGTAG------GT--CAATG--C--C-TA-CA-T-TG-----G-A----------TGA-T-T--T---G-T-C----CAAACG-C---C--TG---CAT-TG---------------AAAGAAATCC-T-ATT---C-T----------------C-C---------TAA-T-GCC--TG--CATTG-----G----CT---C--T----------------TG----A--GA----------GATTCATCCAAAG-C--------C-AGC--AT-T--GG----C-T-C--TTGAAATA--G-TG------G-TC-C-C--ACGCTTGCATTGACTTTTGTGACAGAGTTGGGCAA-aagaaatcctattctcctaatgcctgcattggctcttgagagattcatccaaagccagcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|1 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggcgcccaattgcctgcattgaattcagtgttgtagtcagaccgccaatgccttttggtctgcattgatgactccataactcggccaatgtacctgaattgaatcagtttctatatagtcggcggaggtggccaatcgtctgtattgtcgaatgacccataaagcctttttccaatgcctttcatgaagatcagtctatagtagacccaatgctgcattgacgaacgccatactggtccaatgcctgcatttgaatcgtttgtagtCCTGCAT-TG------AA-GACTCG---CA--TA-----CTCTGGGGGGG-CCA-A----G---C--T-T-G-C-A-TTG---A-----A--T-C-AGC--TT------TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA--G-T-A---------GG----TC-A--AT-G-C-C-TA---C-AT-T---G------G---ATG----A-T---T----T-G------T---C-----------------C-A-A--A--C-G--C--C--T-G--C-A-TTGA-AA--------G-A------AA----T---CC-T----A-TT-C--T---C-C----TA-AT-G-C--------C-TG----------------CAT-TG---G---C------T-C--TTGAGAGATTC--AT-CCAAAG--C--C-AG-CA-T-TG-----G-CT---C----TTGA-AATAGT---GGT-C----C-CACG-C---T--TG---CAT-TG---------------A--------C-T-TTT---G-T-G--ACA---G---AGT-T---G-GG--CAA-T-TCC--TG--CATTT-----G----CT---C--C----------------TG----A--AATAGT---C--GAGTGGACTAATG-C--------C-AGT--AT-T--GA----C-C-A--TT--GAGA--G-TC------G-CC-A-A--GTATGTACATTGACTCT--CGAGAGATTTATCCAA-GATTATAAAGCCAAGGTATGCGGGTATTTGATCAAAGAATACTTGTAGTTATAAATTTCTGCATTGG-TTTAATGCAATGAAAAG---TTTTCCTA-TATTGTA-A-TATTGGCGAGA----------------ATTTCATTTCGTATTAGTGGTTTGCTGTCA-TTGCTA-ACT-CATTCAGATTTCCCC-----------TCATGTTATGT-ATAATGATTGATACGG-ATCTCCATTACGCAAAAACATATATATACCAATTTCA-AGCGCAT--TTGAA--Attcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|10 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggcgcccaattgcctgcattgaattcagtgttgtagtcagaccgccaatgccttttggtctgcattgatgactccataactcggccaatgtacctgaattgaatcagtttctatatagtcggcggaggtggccaatcgtctgtattgtcgaatgacccataaagcctttttccaatgcctttcatgaagatcagtctatagtagacccaatgctgcattgacgaacgccatactggtccaatgcctgcatttgaatcgtttgtagtcgccgctgccatgtctgcatatggatgacgccataaactccgggccatgccttgcattggaatcagttgtgtagtcgcaccaatgc-CAA---TATGGATAAAAGCTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-ACATTGACGTTTCCATACCAA---C-----TTTCT-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAATTACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATATAAAATGGCGAAGTAACAAAGTAGTATCTGATAACT-CATA-TGATTAAAAACAACTTTTATGACAA-ATTAACTCAGGTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAATATTCCATTTCAAAT-------------T-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATA-ATGAAAAA--AATAATTTGGACCA-AAAA---ATTAG-TTCCGAGTGCA
gi|11 : acga-CCA-AT---G---C--C-TTG-C-AGTTG---A-----A--T-C-AA---ATGTACAATAC-------------------------A--G-TAC---------CG----CC-A--AC-T-A-C-TG---CGAT-T---GC-----GCACATG----A-CG--TC-TAT-A------A---T------GGGG-------C-C-C--A--TAG--C--C--TTG--C-C-ATGA-----------G-ATCCACCAG----T---CC-T----A-TC-CAGT---CAC----CA-ATTGTC--------C-TG----------------CAT-TG---A---CGAATGAC-G--TCTCTACACTG--GG-CCAATG--CACC-TG-CA-T-TG-----A-AT---CAGTTTTTT-A-TACTTC-A-C-C----A-AATG-T---C--TGTGCCAT-TG---------------C--------C-A-ACT---GAT-GGAACG---GTTTAAT-CACTG-GGCACAA-T-GCCCTTGCTCATTG-----A----ATCAGC--T----------------T--------TGTAGT---C--G-CCG---CAATA----------C-TGC--AT-T--GA----tt
gi|11 : ------GACG--TC----TA--TA-----AT------GGGGCCC-ATA--G---C--C-TTG-C-C-ATG---AGATCCA--C-C-AG---TCC-----TATCC-----------------------A--G-T-C----------A----CC-A--ATTGTC-C-TG---C-AT-T---G------ACGAATG----A-CGTCTC-TAC-AC-----T---G------GG---------C-C-A--A--T-G--CACC--T-G--C-A-TTGA-A---------T-C------AGTTTTT---TA-T----ACTT-C--A---C-C----AA-AT-G-T--------C-TGTGC-------------CAT-TG---C---C------A-A--CTGATGGAACG--GT-TTAAT-----------CA-C-TG-----G-------------GC-A-CAAT---G-C-C----C--TTG-CTCAT--TG---AAT-CA---------------G--------C-T--TT---G-T--------------AGT-C---GCCG--CAA-T-A-C--TG--CATTG-----
gi|11 : ccaatgccttgcagttgaatcaaatgtacaatacagtaccgccaactactgcgattgcgcacatCCTGCAT-TGACGAATGACGTCTC----TA--CA-----CT------GGG-CCA-AT---G---CACC-T-G-C-A-TTG---A-----A--T-C-AGTTTTT------TAT-------------------------AC-T-T-C---------AC----CA-A--AT-G-T-C-TGTGCC-AT-T---GCCAACTG---ATGGA--A-CGG-TT-TA--A------T---CACTG--GG---------CAC-A--A--T-G--C--CCTT-GCTC-A-TTGA-A---------T-C------AGCT--T---TG-T----A-GT-C--G---C-CG---CA-AT-A----------C-TG----------------CAT-TG---a
gi|12 : ccaatgccttgcagttgaatcaaatgtacaatacagtaccgccaactactgcgattgcgcacatgacgtctataatggggcccatagccttgccatgagatccaccagtcctatccagtcaccaattgtCAT--TTGTA--ATTAGC-T-TT-AAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAATA--AT--TA---TTATCAACA----G-T-ACATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGATC-----ATGTTTTGT--GAA-TACATCGATTAAACCAAATACTTTCAATCTGA----------TAAG------------------A-CATA-TGATTAAAGACAACTTTTATGATAA-AATAAATCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAATTTTCC-------AT-------------TTCAAATATC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATA---ATTTGGTCCAGAAAAGTTGTT---TTCAa
gi|15 : GCGCACAATTGTATCATTGGT-T-T--AGCAAGAGCATATTTA-CAC---A-TGGATAATAGTTGCAACATTATTATA---TAATCAACA----G-TAACGTTGATGTTGCT-TATAAA---CAATATTTCCGACTGATCCCTTAGT-TTCTGTTGAAA-TACATA
gi|16 : ttattttgggatactcattttaaacaaaacattcagaac--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGCTTCCATATCAA---C-----TTTCG-CCGACC-----AT-TTTTGT--TTA-TACATAGATGAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------T-CATA-TAATTAAAAACAACTTTTATTATAA-ATTAACTAAGTTTTTATCATTTTGAAAGTAAAAGTCAGT------------AT-------------T-------CC------------atatcta
gi|18 : ---A-----A--T-C-AG---TT------TAT-------------------------ATAG-T-C---------GG----CC-A--AT-G-T-C-TG---T-GT-T---A------A---ATG----T-C---TC-CAT-AGCCT--T---C------CA---------TGC-A--A--T-G--C--C--T-T--C-A-TTAA-A---------T-C------AGT---T---TG-T----A-GT-C--G---C-C----CA-AT-G-T--------C-TG----------------CAT-atttcaa
gi|19 : -----TTGTCAA---GCTAGATGAGATTTGCCACA--AT--CAC--TGATAAATACTAAG-T-GCAGTGACTCTTCCATATCAAATTC-----TCTTG-CTGACCA----AC-TTATGT--G
gi|2 : tatCTC----CA--TA-----GT------CGG-CCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TTG---A-----A--T-C-AG---TT------ATT-------------------------A--G-T-A---------GA----CC-A--AT-G-C-C-TG---C-AT-T---G------G---ATG----A-C---T----T-G------T---C------GC---------C-C-A-----C-G--C--C--T-G--T-AATTGA-AA--------G-A------AA----T---CAAT----A-TT-C--T---C-C----TA-AC-G-C--------C-TG----------------CAT-TG---G---C------T-G--TTCAGAGATTC--ATGCCAAAG--C--C-AG-CA-T-TG-----G-CT---C----TTGA-A-TAGT---G-T-C----C-AACG-C------TG---CAT-TG---------------G--------C-T-TTTT--G-T-G--ACA---G---AGT-TT--G-GG--TAA-T-GCC--TG--TATTG-----GG---CT---C--T----------------TG----AAATCTAGT---C--GAGTGGTCTACTG-C--------C-AGT--ATAT--GT----CTC-A--TT--GATA--G-CC------G-TCTC-A--GTCTGTGCATTGACTCT--CGAGAGATTTGTACAAAGGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAAA-----TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAACAGAATTTTTG-TACTATTGTAGATTCTTTGTGAGAAATACCCATAGCCAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CAATTGCTACATTTCATTCAAA-TTCCTAATGTTAAAAAATCATGATTTGTGTTAATTATG-AT-CGGGAT-TCCAT-ACGCATTAAC--ATATATACCAATTTCATAGCGCAC--TTGTA--ATTAGC-T-T--AAAAAGAA-----TTG-CAAGAAAATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TAATTTAATCAACA----GGT-ACATTTATGTTTCAATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--G-A-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------TCCGTATTGATT-AAAACAAGTTTTATGATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------ATTCTTATTCATAAAT-------TC------------TTAATAACATTGATCGAATATTAATGAAAAAATA---ATTTGAACCA-AAAATTTTTTAGATTCAGAGTGCA
gi|20 : gCCAATG-C--------C-TGC--AT-T--GAAT--C-A-G--TT--TATA--A-TA------G-AC-C-A--ATGCCTGCATTG------------------TACAA-GGC--TAAAGCCCCGATATGCTGGTATTTGATCAAAtatat
gi|21 : G-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCTTCATGTT-CAA--TCATGTTATGTAATAATt
gi|22 : C----CA--TA-----TT------GGT-CCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TTG---A-----A--G-C-AG---TT------TGC-------------------------A--T-T-C---------GC----CC-A--
gi|25 : cg-C-TG---T-AT-T---G------A---ATG----A-C---GC-CAT-AC-----T---T------GG---------C-C-A--A--T-G--C--C--T-G--
gi|3 : GATGACATT-------GTC-GTTACCTGCAT-TG------GACGACGC----CA--TA-----CT------GGT-CCA-AT---A---C--C-T-G-C-A-TTG---A-----T--T-C-AG---TT------TAT-------------------------A--G-T-A---------GA----CC-A--AT-G-C-C-TG---C-AT-T---G------G---ATG----A-C-------AT-G------T---C------GC---------C-C-A--A--C-G--C--C--T-G--C-A-TTGACA---------G-A------AA----T---CA-T----A-TT-C--T---C-A----TA-AC-G-C--------C-TG----------------CAT-TG---G---C------T-G--TTCAGAGATTC--AT-CCAAAG--C--C-TT-CA-T-TG-----G-CT---C----TTGA-AATAGT---G-TTC----C-AACG-C---C--TG---CAT-TG---------------G--------C-T-ATT---G-T-G--ACA---G---AGT-T---G-GG--TAA-C-GTC--TG--TATTG-----G----CT---C--T----------------TG----A--TATAGT---C--GAGTGGTCTACTG-C--------C-AGA--AT-T--GT----C-C-A--TT--GAGA--A-TC------G-CC-C-A--GTATGTACATTGACTCT--CGAGATATTTGTGCAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAGGAA------TACTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATACCCATG--CAGGATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCTAT-TTCGTCATGTT-AAA--TCATGTTATGTAATAATTATT-TT-CGG-AT-TCCATTACGCAAAAAC--ATATATACTAATTTCA-AGCGCAC--TTGTA--ATTAGCAA-T--GAAAATAT-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAGCA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATATATTAA-------------------------------AAC------------------T-CATA-TGATTAAAAACAACTTTTAGGATA-----AACTCAGTTTGTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------C-------TC------------TTAAT-ACATCGATCGAATATT-TTGAAAAAAAAACGATTTGGACAA-AAAA-----TAG-TTCAGAGTGCA
gi|4 : aatcaaT---G---C--C-T-G-CCA-TTG---A-----A--T-T-AG---TTC-----TAT-------------------------A----T-C---------CT----C-----AT-----C-TC---T-AT-G---A------T---ATG----A-C---TT-CAT-A------A---C-------A---------C-C-A--AGTT-G--A--T--T-G--C-A-TTAA-A---------C-G------AC----T---CC-A----A-CTAC--T---T-C----CA---------------T-TG----------------CAT-GG---GAT-C------T-A--TT-ATAA--TA--GT-CTAAT--------TATCA-TGTG-----A-AT---CAGT-TTCATA-TACTCG-G-C-C----T-ATTG-C---C--TGC--CAT-TGAATTCAGTTTACATCG--------C-T-ATTCTCA-T-G--ACA-------CGC-T---G-GC--CTA-T-ATC--T---CAT------------CT---CCAT----------------TG----A--TA-AGT---TTATAGTCGCCAAATG-C--------C-TGC--AT-T--GG----A-T-GATTC--CATA--C-TCCG----G-TC-A-A--ATGCCTGCATTGA
gi|4 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatatTGCAT-TA------AACGACTC----CAACTA-----CT--------T-CCA-------------T-T-G-C-A-TGG---G-----A--T-CTA-----T------TAT-------------------------A--A-T-A---------GT----CT-A--AT-------TAT--C-ATGT---G------A---ATC----AGT---TT-CAT-A------TACTC------GG---------C-C-T--A--TTG--C--C--T-G--CCA-TTGA-A---------TTC------AG----TTTACA-TCGCTA-TT-C--T---C-A----TG-AC-A-CG-------C-TGGCCTATATCTCATCTCCAT-TG---A---T------AAG--TTTATAG--TC--GC-CAAATG--C--C-TG-CA-T-TG-----G-ATG--A----TTCC-A-TACTCCGG-T-C----A-AATG-C---C--TG---CAT-TG---------------aatcgttctaataga
gi|4 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatattgcctgccattgaattagttctatatcctcatctctatgatatgacttcataacaccaagttgatA--TA-----CTC-----GGC-CTA-TT---G---C--C-T-G-CCA-TTG---A-----A--TTC-AG---TT------TAC-------------------------A----T-C---------GCTATTCT-C--AT-G-A-C--A---C-GC-T---G------G----------------CC-TAT-A------T---C-----------------T-C-A----------T--C--T-C--C-A-TTGA-T---------A-A------GT----T---TA-T----A-GT-C--G---C-C----AA-AT-G-C--------C-TG----------------CAT-TG---G---A------T-GATTCCAT--ACTCCGGT-CAAATG--C--C-TG-CA-T-TGAAATCG-TT---C----T--A-A-TAGaaatcgttctaataga
gi|4 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatattgcctgccattgaattagttctatatcctcatctctatgatatgacttcataacaccaagttgattgcattaaacgactccaactacttccattgcatgggatctattataatagtctaattatcatgtgaatcagtttcat----CA--CG-----CT------GGC-CTATATCTCA---T--C-T-C-C-A-TTG---A--------T-A-AG---TT------TAT-------------------------A--G-T-C---------GC----CA-A--AT-G-C-C-TG---C-AT-T---G------G---ATG----A-T---TC-CAT-ACT----C---C------GG---------T-CAA--A--T-G--C--C--T-G--C-A-TTGA-A---------a
gi|5 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatattgcctgccattgaattagttctatatcctcatctctatgatatgacttcataacaccaagttgattgcattaaacgactccaactacttccattgcatgggatctattataatagtctaattatcatgtgaatcagtttcatatactcggcctattgcctgccattgaattcagtttacatcgctattctcatga-C-A--GTCTGTGCATTGACTCT--CGAGAGATTTGTACAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAA------TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAACAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGTGAGAAATACCCATG--CAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-CCT-CATTCAAA-TTCCTAATGTTAAAA--TCATGATTTGTATTAATTATG-AT-CGG-AT-TCCATTACGCATTAAC--ATATATACCAATTTCA-AGCGCAC--TGGT---ATTAGC-T-TTAAAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-ACATTTATGTTT-CATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------T-CGTA-TGATT-AAAACAAGTTTTATGATAATATTAACTCAG--TTTATCA--TTGAGAGTAAAAGTCAAT------------ATTCCATTTCAAATAT-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATAAT--TTTGAACCA-AAAATTTTTTAG-TTCAGAGTGCAatcgttctaataga
gi|6 : GTGCATTGATTCG--AGAGAGATGTGTACAA-GGC--TAAAGCCACGGTATTCTGGTATTTGATCAACGAA------TAGTTATGAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATGCCCATG--CAGTATTTCACTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCCTCATTTTAAA---TCATGTTATGTAATAATTATT-AT-CGG-AT-TCCATTACCCAAAAAC--A----------------AGCGCAC--TTGTA--ATTAGC-AAT--AAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATTTAAATTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTTG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACTAAATCCTATCAATTTGA----------TAAC------------------T-CATA-TGATT-AAAACAATTTTTTTTATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGGGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------T-------CCATTTCAAATCTTTTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATA---ATTTGGA-AA-AAAATAAATTAG-TTCAGAGTGCAtt
gi|7 : tG----------------CAT-TT---G---T------T-T--TTCA---GTTC--GT-C-AATG--T--T-AG-GA-T-TA-----A-TTTTAC----TTTA-A--AAT---G-T-A------AATG-C---C--TG---CAC-TG---------------G------------------A-C-G--ACATTCG---AGT-C---G-GT--CAG-T-GCC--TG--CATTG-----GACGACT---C--C--------------------------ACAGTTCAC--CAATGATGCCATA-CT-------C-GGCCAAT----------C-A-G--TT--TATA--G-TC------G-CC-C-A--ATGCATGTATTctat
gi|7 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacaGACGACATTCGAGTCGGTCAGT-GCCTGCAT-TG------GACGACTC----CA--CA-----GT------TCA-CCA-AT---GATGC--CAT-A-C---TCGGCCA-----A--T-C-AG---TT------TAT-------------------------A--G-T-C---------GC----CC-A--AT-G-C-A-TG---T-AT-T---A------G---ATG----A-C---AC-CAT-AC-----T---C------GG---------C-C-A--A--T-G--C--C--T-G--C-A-TTGA-AT--------G-A------CG----C---CA-T----A-CT-T--G---A-C----CA-AT-G-C--------C-TG----------------TAT-TG---AAT-C------A-G--TTTATATGGTC--GG-CCAATG--C--C-TG-CA-T-TG-----G-agatgacaccatactcggccaatgcctgcattgaatgacgccatacttgaccaatgcctgtattgaatcagtttatatggtcggccaatgcctgcattggacgacgccacactgggccaatgcct
gi|7 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacagcatttgtttttcagttcgtcaatgttaggattaattttactttaaaatgtaaatgcctgcactgG---CAT-TG---------------G--------C-CCAGT---G-T-G--GC---------GT-C---G-TC--CAA-T-GCA--GG--CATTG-----G----CC---G--A----------------CC----A--TATA--------AACTGATTCAATA-C--------A-GGC--AT-T--GG----T-C-A--AG--TATGGCG-TC------A-TT-C-A--ATGCAGGCATTGGC-----CGAGacgacgccacactgggccaatgcct
gi|7 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacagcatttgtttttcagttcgtcaatgttaggattaattttactttaaaatgtaaatgcctgcactggacgacattcgagtcggtcagtgcctgcattggacgactccacagttcaccaatgatgccatactcggccaatcagtttatagtcgcccaatgcatgtattagatgacaccataT-GCCTGCAT-TG------GACGACGC----CA--CA-----CT------GGG-CCA-AT---G---C--C-T-ct
gi|8 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacagcatttgtttttcagttcgtcaatgttaggattaattttactttaaaatgtaaatgcctgcactggacgacattcgagtcggtcagtgcctgcattggacgactccacagttcaccaatgatgccatactcggccaatcagtttatagtcgcccaatgcatgtattagatgacaccatactcggccaatgcctgcattgaatgacgccatacttgaccaatgcctgtattgaatcagtttatatggtcggccaaTGCAT-TG------G-C-ACTT----TAA-GA-----GT------GGT-CCA-AT---G---C--A-T-G-C-G-TTG---G-----C--T-C------TT------CAC-------------------------A--AAT-T---------GAT---CC-A--AT-G-C-C-TG---C-AT-T---G------A---ATC----A-G---TT-CATAA------T---C------AG---------C-C-A--A--T-G--T--C--T-G--C-A-ATAA-AT--------G-A------CT----C---CA-T----A-GT-C--G---G-C----CA-AT-G-C--------C-TG----------------CGT-TG---
gi|8 : aaacaatgtttaaatattgctatactattgatctatatcactattttgcaggaaaagcactggaaggggctaaacataattggaatagagagggggacactgtggtcatatcctgcagcagatatctgtattgtttttattaaaatcataatgcctttaatgaacacaagaattagtcggttttattttcttgatgaacaaaaattacagtcttcgaattgatgataaaagaggaaaatatatctaacgaaactaaacgtaaT-GCATGCGT-TG------G----CTCTTCACA--AA-----TT------GAT-CCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TTG---A-----A--T-C-AG---TT------CAT-------------------------A--A-T-C---------AG----CC-A--AT-G-T-C-TG---C-AA-T---A------A---ATG----A-C---TC-CAT-AG-----T---C------GG---------C-C-A--A--T-G--C--C--T-G--C-G-TTGA-A---------aa
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TGGAGTGTTAAATGTAATTTCCTTTGTCCAATCTATTTTTTAATCAAGTAATAACAACTTTTAAACCGTGTATTACAAATATCTTATTGTCAAGATTTCAAAAAAATGATGCACTGTGCAAAATTGTAATGACATTTTTTGGCAATTCAAATATTAGCAAAATATAGATGTTTTGGTGAACTAATAAAATTTCATATCCAAATTGGCGAATTTTTAACATAAATATATATAGATTTAGAATATTTAAATCTGCATTAAGGTAATGTTGAAAACTATCTAACTGTGTACACTGATGCAGTTGATTTAGATTTAACTTTTTTTGCAGTTTGTCAA
Unaligned ( gi|13 ): GAATGAACTATTTTTTTATTTGTCCAGTCTATTGTTTTCTTGAAATAGCGACTTTTCAGACATATATTGTGAATATCTTATTCTTAAGATTGCAAAAAAGTCTGAGGCATTGTGCACAATTATTATGATATTTTATGGCAATTTAAATATGTGCAAAATATGGACCTTCTGGTAAGCCAATGAAATTTTGTATCCATATCGGCAGAT
Unaligned ( gi|14 ): TAATATATTAAGATTTATGGCAAATTCAATTTTATTGAGCAAAAATATGGACACTTATTTGAAGTAAAGGCGAATTGTGAAATCTTTGTTTCCAAATTTCAGCATATTTGCAAATCGGAAAAAATAATTTAATTCAATTGAATAATAGAAAAATTATAAAATTGACATTATCATTGAGGCAAATGTTGAAAAAACATTCCCACA
Unaligned ( gi|17 ): GAGGCATTGCTTAAAATTATATTGATATTTTATGGCAATTTAAATATGAGCAAAATATGGACCTTTTGGTAAGCCAATGAAATCTTGTATCCAAATCAGCAGATTACTAACCGAAATATTTACACATTTAGAATATCTAAATCTGCATTGAGGCAATGTT
Unaligned ( gi|23 ): AATTTCAATATGAGTATGGACCTTATGGTAAGCCAATGAAATCTT
Unaligned ( gi|24 ): TTCAATAATATGCTGTAGGGGGGCATTAGTGTATCGCAATC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 6666666 1 1111111 11111111111111 111111 222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111 11111111111 33333333333333333333333333 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111111 333333333333333333 111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 77777777777777777777777777777777777777777777 111111111111 11111111 3333333333333 111111 333333 111 111 11 111111 11 111111 11111 111 11111 11111 2222222222 44444444444444444444 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111 333 2222
lowQualScore : 6 5555555 3 77 9999999 0 3 0 8888 55 33333333333333 1 4 333 666 33 2 4 2 4 2 2 333 2 33 2 2 666 333333 666666666666666666666666666666666666666666666666 4444 2 33 2 1 666 2 4 22222222222222 11111111111 2 99999999999999999999999999 4 2 2 4 2 55 4 55 2 4 2 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 9999999999 66666 2 2 999999999999999999 999 777777777 3 0 44 44 333 3 77 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 888 7 88 55 88888888888888888888888888888888888888888888 2 111111111111 3 3 55555555 44 44 5555 4444444444444 1 9999 000000 44 3 3 44 5 5 77 111111 444 0 111 8 8 0 0 11 0 8 6 6 6 6 6 777777 1 88 8 8 8 0 22 11 0 8 77 77 999999 44444 5 888 0 66 66 222 9999 4 4 777 11111 4 55555 4 66 0 5 5555555555 22222222222222222222 1 5 2 5 1 4444444444444444444444444444444444444444444444444 6 6 444 6 1111 6
lowQualScore : . ....... . .. ....... . . . .... .. .............. . . ... ... .. . . . . . . ... . .. . . ... ...... ................................................ .... . .. . . ... . . .............. ........... . .......................... . . . . . .. . .. . . . ................................................................. .......... ..... . . .................. ... ......... . . .. .. ... . .. ...................................................................................................... ... . .. .. ............................................ . ............ . . ........ .. .. .... ............. . .... ...... .. . . .. . . .. ...... ... . ... . . . . .. . . . . . . . ...... . .. . . . . .. .. . . .. .. ...... ..... . ... . .. .. ... .... . . ... ..... . ..... . .. . . .......... .................... . . . . . ................................................. . . ... . .... .
lowQualScore : 0 0000000 3 77 1111111 2 1 3 3333 99 11111111111111 0 7 999 999 11 2 4 4 7 4 4 999 2 11 2 2 111 333333 333333333333333333333333333333333333333333333333 7777 2 11 4 5 111 2 4 22222222222222 77777777777 2 33333333333333333333333333 4 2 2 4 2 33 4 33 4 7 4 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6666666666 22222 5 5 999999999999999999 777 444444444 1 8 22 22 222 1 44 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 666 3 66 00 55555555555555555555555555555555555555555555 6 222222222222 3 3 44444444 33 66 0000 0000000000000 0 8888 555555 88 3 3 66 9 7 99 000000 000 6 888 0 0 8 8 00 6 0 7 7 7 7 7 777777 7 66 0 0 0 8 88 00 8 0 99 99 888888 33333 0 888 1 99 11 222 4444 4 4 888 11111 4 66666 4 11 4 0 0000000000 66666666666666666666 4 7 0 7 4 7777777777777777777777777777777777777777777777777 7 7 333 7 3333 7
consensus : NNNNNNGACGACATTCGAGTCGGTC-GT-GCCTGCATTG------GACGA-CTC----CA--TA-----CT------GGNCCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TT-G---A-A--T-C-AG---TT------TAT-------------------------A--G-T-C---------GN----C----C-A--AT-GCCTG---C-AT-T---G------G---ATG----A-C--TCCAT-A------T---C----GG---------C-C-AA-T-GC-C--T-G--C-A-TTG-A-----A-N--C-AG--T------C------G-T---AG----TC--GC------------C----CAATG-C--------CTG-----C-AT-TG---G--C------C-G--TCCATAGACTC------GT-CCA-ATG--C--C-T-GCA-TTGG-AT----C----TTG-A-TAGT---G-T-C----CA--ACG-CCTG---CAT-TG-------GC-T-ATT--G-T-------G--ACG-----G---AGT-C---GGN--CAAT-GCC--TG--CATTG-----G----CT---C--T----------------TG----A--TATAGT---C-GANTGGTCC-AATG-C--------C-TGC--AT-T--GA----C-C-G--TTNATA--G-TC------G-CC-C-AATG--CGTGCATTGACTCTCGAGAGATTTGTACAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAA------TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATACCCATG--CAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCCTCATGTTAAAA--TCATGTTATGTAATAATTATT-AT-CGG-AT-TCCATTACGCAAAAAC--ATATATACCAATTTCA-AGCGCAC--TTGTA--ATTAGC-T-T--AAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------T-CGTA-TGATTAAAAACAACTTTTATGATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------T-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATAAT-ATTTGGACCA-AAAATTTNTTAG-TTCAGAGTGCA
Reference ( family-215 ) : NNNNNNGACGACGTT-------GTC-GT-GCCTGCATTG------GACGA-CTC----CA--TA-----CT------GGNCCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TT-G---A-A--T-C-AG---TT------TAT-------------------------A--G-T-C---------GN----C----C-A--AT-GCCTG---C-AT-T---G------G---ATG----A-C--TCCAT-A------T---C----GG---------C-C-AA-T-GC-C--T-G--C-A-TTG-A-----A-G--N-AG--T------C------G-T---AN----TC--NC------------C----CAATG-C--------CTG-----C-AT-TG---G--C------C-G--TTCATAGACTC------GT-CCA-ATG--C--C-T-GCA-TTGG-AT----C----TTGAA-TAGT---G-T-C----CA--ACG-CCTG---CAT-TG-------GC-T-ATT--G-T-------G--ACG-----G---AGT-C---GGG--CAAT-GCC--TG--CATTG-----G----CT---C--T----------------TG----A--TATAGT---C-GANTGGTCC-AATG-C--------C-NGC--AT-T--GA----C-C-G--TTNATA--G-TC------G-CC-C-AATG--CGTGCATTGACTCTCGAGAGATTTGTACAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAA------TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATACCCATG--CAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCCTCATGTTAAAA--TCATGTTATGTAATAATTATT-AT-CGG-AT-TCCATTACGCAAAAAC--ATATATACCAATTTCA-AGCGCAC--TTGTA--ATTAGC-T-T--AAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------T-CGTA-TGATTAAAAACAACTTTTATGATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------T-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATAAT-ATTTGGACCA-AAAATTTNTTAG-TTCAGAGTGCA
gi|1 : ---C----GG---------C-C-AA-T-GCTC--T-GA-T-A-TTG-A-----A-T--C-AG--T------TTATATAG-TTCGGT----TC--TC------------A----CCATG-TTT------CTG-----TTAT-TG---A--A------T-GACTCCATAAGCT--------T-CCATATG--C--C-TTGCA-TTGATAT----CAGT-TTG---TAGT---C-G-C----CATGAGG-TCTG----AT-TGATGC---GC-C-ATTTCA-TCTCTTCGG--GCG-----G---GG--C---GCC--CAATTGCC--TG--CATTG-----A----AT---T--CAG--------------TG----T--TGTAGT---CAGACCG--CC-AATG-CCTTTTGGTC-TGC--AT-T--GA------T-GACTCCATA--ACTC------G-GC-C-AATGTACCTGAATTGAATC
gi|1 : cATTG------AATGA-CTC----CA--TAAG---CT--------TCCATAT---G---C--C-TTG-C-A-TT-G---ATA--T-C-AG---TT------TGT-------------------------A--G-T-C---------G-----C----C-ATGAG-GTCTG-----AT-T----------G---ATGCGCCA-T--TTCAT-CTCT---T---C----GGGCGGGGCGCC-C-AATT-GC-C--T-G--C-A-TTG-AATTC-A-G--T--G--T------T------G-T---AG----TCAGACCG----------C----CAATG-CCTTTTGGTCTG-----C-AT-TGAT-G--A------C----TCCATA-ACTC------GG-CCA-ATGTAC--C-T-GAA-TTGA-AT----C-----------AGT---T-T-C----TA-----------------------------T-ATA--G-TC------G--GCG-----G---AGG-T---GGC--CAATCGTC--TG--TATTG-----T----CG---A--A----------------TGACCCA--TAAAGC---C---TTTTTCC-AATG-C--------CTTTC--AT-GAAGA----T-CAG--TCTATA--G-TA------GACC-C-AATG--C-TGCATTGACagtttctatatagtcggcggaggtggccaatcgtctgtattgtcgaatgacccataaagcctttttccaatgcctttcatgaagatcagtctatagtagacccaatgctgcattgacgaacgccatactggtccaatgcctgcatttgaatcgtttgtagtcgccgctgccatgtctgcatatggatgacgccataaactccgggccatgccttgcattggaatcagttgtgtagtcgcaccaatgccctgcattgaagactcgcatactctgggggggccaagcttgcattgaatcagctttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtaggtcaatgcctacattggatgatttgtccaaacgcctgcattgaaagaaatcctattctcctaatgcctgcattggctcttgagagattcatccaaagccagcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|1 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgtt-GTCTGCATTG-------ATGA-CTC----CA--TAA----CT------CGGCCA-AT---GTA-C--C-T-G-A-A-TT-G---A-A--T-C-AG---TTTCTA--TAT-------------------------A--G-T-CGGCGGAGGTGG----C----C-A--ATCGTCTG---T-AT-TGTCG------A---ATG----A-C---CCAT-AAAGCCTT---T----TT---------C-C-AA-T-GC-CT-T-T--C-A--TG-A-----A-GATC-AG--T------CTATA--G-T---AG--------AC------------C----CAATG----------CTG-----C-AT-TG---A--CGAA---C-G---CCAT--ACTG------GT-CCA-ATG--C--C-T-GCATTTGA-AT----CGT--TTG---TAGTC--G-C-CGCTGCC--ATG-TCTG---CATATG-------G---------A-T-------G--ACGCCATAA---ACTCC---GGG--CCAT-GCCT-TG--CATTG-----GA---AT---CAGT----------------TG-------TGTAGT---C-GCA----CC-AATGCC--------C-TGC--AT-T--GAAGACT-C-G----CATA--C-TCTGGGGGG-GC-C-AA-G--CTTGCATTGAATCgaacgccatactggtccaatgcctgcatttgaatcgtttgtagtcgccgctgccatgtctgcatatggatgacgccataaactccgggccatgccttgcattggaatcagttgtgtagtcgcaccaatgccctgcattgaagactcgcatactctgggggggccaagcttgcattgaatcagctttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtaggtcaatgcctacattggatgatttgtccaaacgcctgcattgaaagaaatcctattctcctaatgcctgcattggctcttgagagattcatccaaagccagcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|1 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggcgcccaattgcctgcattgaattcagtgttgtagtcagaccgccaatgccttttgTC-GT---CTGTATTGTCG---AATGA-C-C----CA--TAAAGCCTT------TTTCCA-AT---G---C--C-T-TTC-A-T--G---A-AGAT-C-AG---TC------TAT-------------------------A--G-T-A---------GA----C----CCA--AT-GC-TG---C-AT-T----------G---ACGA---A-C--GCCAT-A------C---T----GGT--------C-C-AA-T-GC-C--T-G--C-ATTTG-A-----A-T--C-GT--T------T------G-T---AG----TC--GC------------CGCTGCCATG-T--------CTG-----C-ATATGGATG--A------C-G---CCATAAACTCCG----GG-CC--ATG--C--CTT-GCA-TTGGAAT----CAG--TTGTG-TAGTC--G-CAC----CA--ATGCCCTG---CAT-TGAAGACTCGCAT-ACT--C-T-------G----G-----G---GG------GGC--CAA--GCT--TG--CATTGAATCAG----CT---T--TANNNNNNNNNNNNNNNNN----N--NNNNNN---N-AAGTAGGTC-AATG-C--------C-TAC--AT-T--G---------G--ATGAT-----TT------G-TC-CAAACG--CCTGCATTGAagctttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtaggtcaatgcctacattggatgatttgtccaaacgcctgcattgaaagaaatcctattctcctaatgcctgcattggctcttgagagattcatccaaagccagcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|1 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggcgcccaattgcctgcattgaattcagtgttgtagtcagaccgccaatgccttttggtctgcattgatgactccataactcggccaatgtacctgaattgaatcagtttctatatagtcggcggaggtggccaaCTGCATTG-------ACGAACGC----CA--TA-----CT------GGTCCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TTTG---A-A--T-C--G---TT------TGT-------------------------A--G-T-C---------GC----CGCTGC-C--AT-GTCTG---C-ATAT---G------G---ATG----A-C--GCCAT-AAAC---T---CCG--GG---------C-C-A--T-GC-C--TTG--C-A-TTGGA-----A-T--C-AG--T------T------G-TGT-AG----TC--GCA-----------C----CAATGCC--------CTG-----C-AT-TG---A--A------G-A--CTCGCATACTCTGGGGGGG-CCA-A-G--C--T-T-GCA-TTGA-AT----C-----------AGC---T-T-T----AN--NNN-NNNN---NNN-NN-------NN-N-NNN--N-N-------N--NNN-----A---AGT-A---GGT--CAAT-GCC--TA--CATTG------------------------------------G----A--T----------GATTTGTCCAAACG-C--------C-TGC--AT-T--GA----A-A-GAAATCCTA--T-TC------T-CC-T-AATG--CCTGCATTGGCTCTTGAGAGATTCATCCAA-AGC--CAaagaaatcctattctcctaatgcctgcattggctcttgagagattcatccaaagccagcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|1 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggcgcccaattgcctgcattgaattcagtgttgtagtcagaccgccaatgccttttggtctgcattgatgactccataactcggccaatgtacctgaattgaatcagtttctatatagtcggcggaggtggccaatcgtctgtattgtcgaatgacccataaagcctttttccaatgcctttcatgaagatcagtctatagtagacccaatgCCTGCATTG------AA-GA-CTCG---CA--TA-----CTCTGGGGGGGCCA-A----G---C--T-T-G-C-A-TT-G---A-A--T-C-AGC--TT------TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA--G-T-A---------GG----T----C-A--AT-GCCTA---C-AT-T---G------G---ATG----A-T--T---T-G------T---C---------------C-A-AA-C-GC-C--T-G--C-A-TTG-A-----AAG--A-AA--T------C------C-T---AT----TC--TC------------C----TAATG-C--------CTG-----C-AT-TG---G--C------T-C--TTGAGAGATTC------AT-CCA-AAG--C--C-A-GCA-TTGG-CT----C----TTGAAATAGT---GGT-C----CC--ACG-CTTG---CAT-TG-------AC-T-TTT--G-T-------G--ACA-----G---AGT-T---GGG--CAAT-TCC--TG--CATTT-----G----CT---C--C----------------TG----A--AATAGT---C-GAGTGGACT-AATG-C--------C-AGT--AT-T--GA----C-C-A--TTGAGA--G-TC------G-CC-A-AGTA--TGTACATTGACTCTCGAGAGATTTATCCAA-GATTATAAAGCCAAGGTATGCGGGTATTTGATCAAAGAATACTTGTAGTTATAAATTTCTGCATTGG-TTTAATGCAATGAAAAG---TTTTCCTA-TATTGTA-A-TATTGGCGAGA----------------ATTTCATTTCGTATTAGTGGTTTGCTGTCA-TTGCTA-ACT-CATTCAGATTTCCCC-----------TCATGTTATGT-ATAATGATTGATACGG-ATCTCCATTACGCAAAAACATATATATACCAATTTCA-AGCGCAT--TTGAA--Agcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|10 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggcgcccaattgcctgcattgaattcagtgttgtagtcagaccgccaatgccttttggtctgcattgatgactccataactcggccaatgtacctgaattgaatcagtttctatatagtcggcggaggtggccaatcgtctgtattgtcgaatgacccataaagcctttttccaatgcctttcatgaagatcagtctatagtagacccaatgctgcattgacgaacgccatactggtccaatgcctgcatttgaatcgtttgtagtcgccgctgccatgtctgcatatggatgacgccataaactccgggccatgccttgcattggaatcagttgtgtagtcgcaccaatgc-CAA---TATGGATAAAAGCTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-ACATTGACGTTTCCATACCAA---C-----TTTCT-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAATTACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATATAAAATGGCGAAGTAACAAAGTAGTATCTGATAACT-CATA-TGATTAAAAACAACTTTTATGACAA-ATTAACTCAGGTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAATATTCCATTTCAAAT-------------T-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATA-ATGAAAAA--AATAATTTGGACCA-AAAA---ATTAG-TTCCGAGTGCA
gi|11 : acgaCCA-AT---G---C--C-TTG-C-AGTT-G---A-A--T-C-AA---ATGTACAATAC-------------------------A--G-TAC---------CG----C----C-A--AC-TACTG---CGAT-T---GC-----GCACATG----A-CG-TCTAT-A------A---T----GGGG-------C-C-CA-TAGC-C--TTG--C-C-ATG-AGATCCA-C--C-AG--T------C------C-T---ATCCAGTC--AC------------C----AATTGTC--------CTG-----C-AT-TG---A--CGAATGAC-G--TCTCTACACTG------GG-CCA-ATG--CACC-T-GCA-TTGA-AT----CAGTTTTTTA-TACTTC-A-C-C----AA--ATG-TCTGTGCCAT-TG-------CC-A-ACT--GAT-------GGAACG-----GTTTAAT-CACTGGGCACAAT-GCCCTTGCTCATTG-----A----ATCAGC--T----------------T--------TGTAGT---C-G-CCG---C-AATA----------C-TGC--AT-T--GA----tt
gi|11 : CCTGCATTGACGAATGACGT-CTC----TA--CA-----CT------GGGCCA-AT---G---CACC-T-G-C-A-TT-G---A-A--T-C-AGTTTTT------TAT-------------------------AC-T-T-C---------AC----C----A-A--AT-GTCTGTGCC-AT-T---GCCAACTG---ATGGA--A-CGGTTTA--A------T---CACTGGG---------CAC-AA-T-GC-CCTT-GCTC-A-TTG-A-----A-T--C-AGCTT------T------G-T---AG----TC--GC------------CG---CAATA----------CTG-----C-AT-TG---
gi|12 : ccaatgccttgcagttgaatcaaatgtacaatacagtaccgccaactactgcgattgcgcacatgacgtctataatggggcccatagccttgccatgagatccaccagtcctatccagtcaccaattgtCAT--TTGTA--ATTAGC-T-TT-AAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAATA--AT--TA---TTATCAACA----G-T-ACATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGATC-----ATGTTTTGT--GAA-TACATCGATTAAACCAAATACTTTCAATCTGA----------TAAG------------------A-CATA-TGATTAAAGACAACTTTTATGATAA-AATAAATCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAATTTTCC-------AT-------------TTCAAATATC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATA---ATTTGGTCCAGAAAAGTTGTT---TTCAa
gi|15 : GCGCACAATTGTATCATTGGT-T-T--AGCAAGAGCATATTTA-CAC---A-TGGATAATAGTTGCAACATTATTATA---TAATCAACA----G-TAACGTTGATGTTGCT-TATAAA---CAATATTTCCGACTGATCCCTTAGT-TTCTGTTGAAA-TACATA
gi|16 : ttattttgggatactcattttaaacaaaacattcagaac--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGCTTCCATATCAA---C-----TTTCG-CCGACC-----AT-TTTTGT--TTA-TACATAGATGAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------T-CATA-TAATTAAAAACAACTTTTATTATAA-ATTAACTAAGTTTTTATCATTTTGAAAGTAAAAGTCAGT------------AT-------------T-------CC------------atatcta
gi|18 : ---A-A--T-C-AG---TT------TAT-------------------------ATAG-T-C---------GG----C----C-A--AT-GTCTG---T-GT-T---A------A---ATG----T-C--TCCAT-AGCCT--T---C----CA---------TGC-AA-T-GC-C--T-T--C-A-TTA-A-----A-T--C-AGT-T------T------G-T---AG----TC--GC------------C----CAATG-T--------CTG-----C-AT-atttcaa
gi|19 : -----TTGTCAA---GCTAGATGAGATTTGCCACA--AT--CAC--TGATAAATACTAAG-T-GCAGTGACTCTTCCATATCAAATTC-----TCTTG-CTGACCA----AC-TTATGT--G
gi|2 : tat-CTC----CA--TA-----GT------CGGCCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TT-G---A-A--T-C-AG---TT------ATT-------------------------A--G-T-A---------GA----C----C-A--AT-GCCTG---C-AT-T---G------G---ATG----A-C--T---T-G------T---C----GC---------C-C-A--C-GC-C--T-G--T-AATTG-A-----AAG--A-AA--T------C------AAT---AT----TC--TC------------C----TAACG-C--------CTG-----C-AT-TG---G--C------T-G--TTCAGAGATTC------ATGCCA-AAG--C--C-A-GCA-TTGG-CT----C----TTGAA-TAGT---G-T-C----CA--ACG-C-TG---CAT-TG-------GC-T-TTTT-G-T-------G--ACA-----G---AGT-TT--GGG--TAAT-GCC--TG--TATTG-----GG---CT---C--T----------------TG----AAATCTAGT---C-GAGTGGTCT-ACTG-C--------C-AGT--ATAT--GT----CTC-A--TTGATA--G-CC------G-TCTC-AGTC--TGTGCATTGACTCTCGAGAGATTTGTACAAAGGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAAA-----TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAACAGAATTTTTG-TACTATTGTAGATTCTTTGTGAGAAATACCCATAGCCAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CAATTGCTACATTTCATTCAAA-TTCCTAATGTTAAAAAATCATGATTTGTGTTAATTATG-AT-CGGGAT-TCCAT-ACGCATTAAC--ATATATACCAATTTCATAGCGCAC--TTGTA--ATTAGC-T-T--AAAAAGAA-----TTG-CAAGAAAATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TAATTTAATCAACA----GGT-ACATTTATGTTTCAATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--G-A-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------TCCGTATTGATT-AAAACAAGTTTTATGATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------ATTCTTATTCATAAAT-------TC------------TTAATAACATTGATCGAATATTAATGAAAAAATA---ATTTGAACCA-AAAATTTTTTAGATTCAGAGTGCA
gi|20 : gCC-AATG-C--------C-TGC--AT-T--GAAT--C-A-G--TTTATA--A-TA------G-AC-C-AATG--CCTGCATTG----------------TACAA-GGC--TAAAGCCCCGATATGCTGGTATTTGATCAAAtatat
gi|21 : G-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCTTCATGTT-CAA--TCATGTTATGTAATAATt
gi|22 : C----CA--TA-----TT------GGTCCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TT-G---A-A--G-C-AG---TT------TGC-------------------------A--T-T-C---------GC----C----C-A--
gi|25 : cgCTG---T-AT-T---G------A---ATG----A-C--GCCAT-AC-----T---T----GG---------C-C-AA-T-GC-C--T-G--
gi|3 : GATGACATT-------GTC-GTTACCTGCATTG------GACGA-CGC----CA--TA-----CT------GGTCCA-AT---A---C--C-T-G-C-A-TT-G---A-T--T-C-AG---TT------TAT-------------------------A--G-T-A---------GA----C----C-A--AT-GCCTG---C-AT-T---G------G---ATG----A-C-----AT-G------T---C----GC---------C-C-AA-C-GC-C--T-G--C-A-TTG-AC----A-G--A-AA--T------C------A-T---AT----TC--TC------------A----TAACG-C--------CTG-----C-AT-TG---G--C------T-G--TTCAGAGATTC------AT-CCA-AAG--C--C-T-TCA-TTGG-CT----C----TTGAAATAGT---G-TTC----CA--ACG-CCTG---CAT-TG-------GC-T-ATT--G-T-------G--ACA-----G---AGT-T---GGG--TAAC-GTC--TG--TATTG-----G----CT---C--T----------------TG----A--TATAGT---C-GAGTGGTCT-ACTG-C--------C-AGA--AT-T--GT----C-C-A--TTGAGA--A-TC------G-CC-C-AGTA--TGTACATTGACTCTCGAGATATTTGTGCAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAGGAA------TACTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATACCCATG--CAGGATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCTAT-TTCGTCATGTT-AAA--TCATGTTATGTAATAATTATT-TT-CGG-AT-TCCATTACGCAAAAAC--ATATATACTAATTTCA-AGCGCAC--TTGTA--ATTAGCAA-T--GAAAATAT-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAGCA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATATATTAA-------------------------------AAC------------------T-CATA-TGATTAAAAACAACTTTTAGGATA-----AACTCAGTTTGTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------C-------TC------------TTAAT-ACATCGATCGAATATT-TTGAAAAAAAAACGATTTGGACAA-AAAA-----TAG-TTCAGAGTGCA
gi|4 : aatcaaT---G---C--C-T-G-CCA-TT-G---A-A--T-T-AG---TTC-----TAT-------------------------A----T-C---------CT----C---------AT---CTC---T-AT-G---A------T---ATG----A-C--TTCAT-A------
gi|4 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatatTGCATTA------AACGA-CTC----CAACTA-----CT--------TCCA-------------T-T-G-C-A-TG-G---G-A--T-CTA-----T------TAT-------------------------A--A-T-A---------GT----C----T-A--AT----TAT--C-ATGT---G------A---ATC----AGT--TTCAT-A------TACTC----GG---------C-C-TA-TTGC-C--T-G--CCA-TTG-A-----A-T--TCAG--TTTACATC------GCT---AT----TC--TCATGACACGCTGGC----CTATA-T--------CTCATCTCC-AT-TG---A--T------AAG--TTTATAG--TC------GC-CAA-ATG--C--C-T-GCA-TTGG-ATG---A----TTCCA-TACTCCGG-T-C----AA--ATG-CCTG---CAT-TG-------acaccaagttgattgcattaaacgactccaactacttccattgcatgggatctattataatagtctaattatcatgtgaatcagtttcatatactcggcctattgcctgccattgaattcagtttacatcgctattctcatgacacgctggcctatatctcatctccattgataagtttatagtcgccaaatgcctgcattggatgattccatactccggtcaaatgcctgcattgaaatcgttctaataga
gi|4 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatattgcctgccattgaattagttctatatcctcatctctatgatatgacttcataacaccaagttgatA--TA-----CTC-----GGCCTA-TT---G---C--C-T-G-CCA-TT-G---A-A--TTC-AG---TT------TAC-------------------------A----T-C---------GCTATTC----T-C--AT-GAC-A---C-GC-T---G------G---------------CCTAT-A------T---C---------------T-C-A-----T-C--T-C--C-A-TTG-ATA---A-G--T-----T------T------A-T---AG----TC--GC------------C----AAATG-C--------CTG-----C-AT-TG---G--A------T-GATTCCAT--ACTCCG----GT-CAA-ATG--C--C-T-GCA-TTGA-Aaaatcgttctaataga
gi|4 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatattgcctgccattgaattagttctatatcctcatctctatgatatgacttcataacaccaagttgattgcattaaacgactccaactacttccattgcatgggatctattataatagtctaattatcatgtgaatcagtttcat----CA--CG-----CT------GGCCTATATCTCA---T--C-T-C-C-A-TT-G---A----T-A-AG---TT------TAT-------------------------A--G-T-C---------GC----C----A-A--AT-GCCTG---C-AT-T---G------G---ATG----A-T--TCCAT-ACT----C---C----GG---------T-CAAA-T-GC-C--T-G--C-A-TTG-A-----A-A--T-CG--T------T------C-T---AA----Tatcgttctaataga
gi|5 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatattgcctgccattgaattagttctatatcctcatctctatgatatgacttcataacaccaagttgattgcattaaacgactccaactacttccattgcatgggatctattataatagtctaattatcatgtgaatcagtttcatatactcggcctattgcctgccattgaattcagtttacatcgctattctcatga-C-AGTC--TGTGCATTGACTCTCGAGAGATTTGTACAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAA------TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAACAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGTGAGAAATACCCATG--CAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-CCT-CATTCAAA-TTCCTAATGTTAAAA--TCATGATTTGTATTAATTATG-AT-CGG-AT-TCCATTACGCATTAAC--ATATATACCAATTTCA-AGCGCAC--TGGT---ATTAGC-T-TTAAAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-ACATTTATGTTT-CATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------T-CGTA-TGATT-AAAACAAGTTTTATGATAATATTAACTCAG--TTTATCA--TTGAGAGTAAAAGTCAAT------------ATTCCATTTCAAATAT-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATAAT--TTTGAACCA-AAAATTTTTTAG-TTCAGAGTGCAaga
gi|6 : GTGCATTGATTCGAGAGAGATGTGTACAA-GGC--TAAAGCCACGGTATTCTGGTATTTGATCAACGAA------TAGTTATGAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATGCCCATG--CAGTATTTCACTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCCTCATTTTAAA---TCATGTTATGTAATAATTATT-AT-CGG-AT-TCCATTACCCAAAAAC--A----------------AGCGCAC--TTGTA--ATTAGC-AAT--AAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATTTAAATTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTTG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACTAAATCCTATCAATTTGA----------TAAC------------------T-CATA-TGATT-AAAACAATTTTTTTTATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGGGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------T-------CCATTTCAAATCTTTTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATA---ATTTGGA-AA-AAAATAAATTAG-TTCAGAGTGCAtt
gi|7 : tG-----C-AT-TT---G--T------T-T--TTCA---GTTC------GT-C-A-ATG--T--T-A-GGA-TTA--ATTTTAC----TTTAA--AAT---G-T-A-----A--ATG-CCTG---CAC-TG-------G---------A-C-------G--ACATTC--G---AGT-C---GGT--CAGT-GCC--TG--CATTG-----GACGACT---C----------------------------CACAGTTCAC-CAATGATGC-CATA-CT-------C-GGCCAAT----------C-A-G--TTTATA--G-TC------G-CC-C-AATG--CATGTATTctat
gi|7 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacaGACGACATTCGAGTCGGTCAGT-GCCTGCATTG------GACGA-CTC----CA--CA-----GT------TCACCA-AT---GATGC--CAT-A-C---TC-GGCCA-A--T-C-AG---TT------TAT-------------------------A--G-T-C---------GC----C----C-A--AT-GCATG---T-AT-T---A------G---ATG----A-C--ACCAT-AC-----T---C----GG---------C-C-AA-T-GC-C--T-G--C-A-TTG-A-----ATG--A-CG--C------C------A-T---AC----TT--GA------------C----CAATG-C--------CTG-----T-AT-TG---AATC------A-G--TTTATATGGTC------GG-CCA-ATG--C--C-T-GCA-TTGG-Aagatgacaccatactcggccaatgcctgcattgaatgacgccatacttgaccaatgcctgtattgaatcagtttatatggtcggccaatgcctgcattggacgacgccacactgggccaatgcct
gi|7 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacagcatttgtttttcagttcgtcaatgttaggattaattttactttaaaatgtaaatgcctgcactgG---CAT-TG-------GC-CCAGT--G-T-------G--GCG-----T---CGT-C--------CAAT-GCA--GG--CATTG-----G----CC---G--A----------------CC----A--TATA-------AACTGATTC-AATA-C--------A-GGC--AT-T--GG----T-C-A--AGTATGGCG-TC------A-TT-C-AATG--CAGGCATTGGC---CGAGcgacgccacactgggccaatgcct
gi|7 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacagcatttgtttttcagttcgtcaatgttaggattaattttactttaaaatgtaaatgcctgcactggacgacattcgagtcggtcagtgcctgcattggacgactccacagttcaccaatgatgccatactcggccaatcagtttatagtcgcccaatgcatgtattagatgacaccataT-GCCTGCATTG------GACGA-CGC----CA--CA-----CT------GGGCCA-AT---G---C--C-T-ct
gi|8 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacagcatttgtttttcagttcgtcaatgttaggattaattttactttaaaatgtaaatgcctgcactggacgacattcgagtcggtcagtgcctgcattggacgactccacagttcaccaatgatgccatactcggccaatcagtttatagtcgcccaatgcatgtattagatgacaccatactcggccaatgcctgcattgaatgacgccatacttgaccaatgcctgtattgaatcagtttatatggtcggccaaTGCATTG------G-C-A-CTT----TAA-GA-----GT------GGTCCA-AT---G---C--A-T-G-C-G-TT-G---G-C--T-C------TT------CAC-------------------------A--AAT-T---------GAT---C----C-A--AT-GCCTG---C-AT-T---G------A---ATC----A-G--TTCATAA------T---C----AG---------C-C-AA-T-GT-C--T-G--C-A-ATA-A-----A-T--G-AC--TC-----C------A-T---AG----TC--GG------------C----CAATG-C--------CTG-----C-GT-TG---
gi|8 : aaacaatgtttaaatattgctatactattgatctatatcactattttgcaggaaaagcactggaaggggctaaacataattggaatagagagggggacactgtggtcatatcctgcagcagatatctgtattgtttttattaaaatcataatgcctttaatgaacacaagaattagtcggttttattttcttgatgaacaaaaattacagtcttcgaattgatgataaaagaggaaaatatatctaacgaaactaaacgtaaT-GCATGCGTTG------G-----CTCTTCACA--AA-----TT------GATCCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TT-G---A-A--T-C-AG---TT------CAT-------------------------A--A-T-C---------AG----C----C-A--AT-GTCTG---C-AA-T---A------A---ATG----A-C--TCCAT-AG-----T---C----GG---------C-C-AA-T-GC-C--T-G--C-G-TTG-A-----A-aa
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TGGAGTGTTAAATGTAATTTCCTTTGTCCAATCTATTTTTTAATCAAGTAATAACAACTTTTAAACCGTGTATTACAAATATCTTATTGTCAAGATTTCAAAAAAATGATGCACTGTGCAAAATTGTAATGACATTTTTTGGCAATTCAAATATTAGCAAAATATAGATGTTTTGGTGAACTAATAAAATTTCATATCCAAATTGGCGAATTTTTAACATAAATATATATAGATTTAGAATATTTAAATCTGCATTAAGGTAATGTTGAAAACTATCTAACTGTGTACACTGATGCAGTTGATTTAGATTTAACTTTTTTTGCAGTTTGTCAA
Unaligned ( gi|13 ): GAATGAACTATTTTTTTATTTGTCCAGTCTATTGTTTTCTTGAAATAGCGACTTTTCAGACATATATTGTGAATATCTTATTCTTAAGATTGCAAAAAAGTCTGAGGCATTGTGCACAATTATTATGATATTTTATGGCAATTTAAATATGTGCAAAATATGGACCTTCTGGTAAGCCAATGAAATTTTGTATCCATATCGGCAGAT
Unaligned ( gi|14 ): TAATATATTAAGATTTATGGCAAATTCAATTTTATTGAGCAAAAATATGGACACTTATTTGAAGTAAAGGCGAATTGTGAAATCTTTGTTTCCAAATTTCAGCATATTTGCAAATCGGAAAAAATAATTTAATTCAATTGAATAATAGAAAAATTATAAAATTGACATTATCATTGAGGCAAATGTTGAAAAAACATTCCCACA
Unaligned ( gi|17 ): GAGGCATTGCTTAAAATTATATTGATATTTTATGGCAATTTAAATATGAGCAAAATATGGACCTTTTGGTAAGCCAATGAAATCTTGTATCCAAATCAGCAGATTACTAACCGAAATATTTACACATTTAGAATATCTAAATCTGCATTGAGGCAATGTT
Unaligned ( gi|23 ): AATTTCAATATGAGTATGGACCTTATGGTAAGCCAATGAAATCTT
Unaligned ( gi|24 ): TTCAATAATATGCTGTAGGGGGGCATTAGTGTATCGCAATC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 2222 2222222 11111111111111 111111 22222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111 11111111111 4444444444444444444444444444 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111111 444444444444444444444444444444444444444 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 66666666666666666666666666666666666666 11111111 444444444444444 333333 111 111 11 111111 11 111111 11111 111 11111 11111 2222222222 44444444444444444444 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111 333 2222
lowQualScore : 5 5 3333 77 1111111 1 3 1 8888 33 44444444444444 1 5 444 777 33 2 4 2 5 2 2 444 2 33 2 2 666 444444 44444444444444444444444444444444444444444444444 555555 33 222 666 2 4 33333333333333 22222222222 0000000000000000000000000000 2 7 2 55 4 55 2 5 2 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 66 555 8888888888 2 2 2 777777777777777777777777777777777777777 3 1 44 44 3 3 3 6 55 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 00 4 88888888888888888888888888888888888888 4 0 77 1 44 3 3 3 22222222 77 44 3 44 333333333333333 1 0 6666 888888 55 5 2 33 8 1 5 66 111111 444 0 111 8 8 0 0 11 0 8 6 6 6 6 6 777777 1 88 8 8 8 0 22 11 0 8 77 77 999999 44444 5 888 0 66 66 222 9999 4 4 777 11111 4 55555 4 66 0 5 5555555555 22222222222222222222 1 5 2 5 1 4444444444444444444444444444444444444444444444444 6 6 444 6 1111 6
lowQualScore : . . .... .. ....... . . . .... .. .............. . . ... ... .. . . . . . . ... . .. . . ... ...... ............................................... ...... .. ... ... . . .............. ........... ............................ . . . .. . .. . . . .................................................................. .. ... .......... . . . ....................................... . . .. .. . . . . .. ........................................................................................ . .. . ...................................... . . .. . .. . . . ........ .. .. . .. ............... . . .... ...... .. . . .. . . . .. ...... ... . ... . . . . .. . . . . . . . ...... . .. . . . . .. .. . . .. .. ...... ..... . ... . .. .. ... .... . . ... ..... . ..... . .. . . .......... .................... . . . . . ................................................. . . ... . .... .
lowQualScore : 0 0 4444 77 7777777 2 3 1 9999 77 22222222222222 0 0 111 444 22 4 7 5 0 5 5 111 4 22 4 4 555 111111 11111111111111111111111111111111111111111111111 111111 22 666 555 4 7 22222222222222 22222222222 6666666666666666666666666666 4 1 4 66 7 66 5 0 5 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 88 000 9999999999 9 9 9 333333333333333333333333333333333333333 3 6 66 66 3 3 3 7 55 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 33 0 66666666666666666666666666666666666666 9 2 22 0 88 6 3 3 11111111 33 22 1 22 333333333333333 0 3 8888 888888 77 7 9 99 8 9 0 99 000000 000 6 888 0 0 8 8 00 6 0 7 7 7 7 7 777777 7 66 0 0 0 8 88 00 8 0 99 99 888888 33333 0 888 1 99 11 222 4444 4 4 888 11111 4 66666 4 11 4 0 0000000000 66666666666666666666 4 7 0 7 4 7777777777777777777777777777777777777777777777777 7 7 333 7 3333 7
consensus : NNNNNNGACGACATTCGAGTCGGTC--G-T-GCCTGCATTG------GACGA-CTC----CA--TA-----CT------GGNCCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TT-G---A-A--T-C-AG---TT------TAT-------------------------A--GT-C---------GN----C----C-A--AT-GCCTG---C-AT-T---G------G---ATG----A-C--TCCATA------T---C---------GG--C---C-AAT-GC-C--T-G--C-A-TTG-A-----A-T-CA--G--T------C---G-T--A----GT-C-------------G---C--C----CA--AT---G-C--------C-TGC-AT-TG---G--C------C-G--TC-CATAGACTC------GN-CCA-ATG--C--C-T-GCA-TTGG-AT--C-----TTG-A--TAGT---G-T-C----CA--ACG-CCTGCAT-TG-------GC-T-ATT--GT-------GGCG-----GAGT-C-GGCCAAT-GCC-TGCATTG-----G-CTC--T----------------TG----A--TATAGTC-GANTGGTC-C-AATG-C--------C--TG--CAT-T--G-A----C--C-G--TTNATA--G-TC------G-CC-C-AATG--CGTGCATTGACTCTCGAGAGATTTGTNCAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAA------TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATACCCATG--CAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCCTCATGTTAAAA--TCATGTTATGTAATAATTATT-AT-CGG-AT-TCCATTACGCAAAAAC--ATATATACCAATTTCA-AGCGCAC--TTGTA--ATTAGC-T-T--AAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------T-CGTA-TGATTAAAAACAACTTTTATGATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------T-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATAAT-ATTTGGACCA-AAAATTTNTTAG-TTCAGAGTGCA
Reference ( family-215 ) : NNNNNNGACGACATTCGAGTCGGTC--G-T-GCCTGCATTG------GACGA-CTC----CA--TA-----CT------GGNCCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TT-G---A-A--T-C-AG---TT------TAT-------------------------A--GT-C---------GN----C----C-A--AT-GCCTG---C-AT-T---G------G---ATG----A-C--TCCATA------T---C---------GG--C---C-AAT-GC-C--T-G--C-A-TTG-A-----A-N-CA--G--T------C---G-T--A----GT-C-------------G---C--C----CA--AT---G-C--------C-TGC-AT-TG---G--C------C-G--TC-CATAGACTC------GT-CCA-ATG--C--C-T-GCA-TTGG-AT--C-----TTG-A--TAGT---G-T-C----CA--ACG-CCTGCAT-TG-------GC-T-ATT--GT-------GACG-----GAGT-C-GGNCAAT-GCC-TGCATTG-----G-CTC--T----------------TG----A--TATAGTC-GANTGGTC-C-AATG-C--------C--TG--CAT-T--G-A----C--C-G--TTNATA--G-TC------G-CC-C-AATG--CGTGCATTGACTCTCGAGAGATTTGTACAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAA------TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATACCCATG--CAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCCTCATGTTAAAA--TCATGTTATGTAATAATTATT-AT-CGG-AT-TCCATTACGCAAAAAC--ATATATACCAATTTCA-AGCGCAC--TTGTA--ATTAGC-T-T--AAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------T-CGTA-TGATTAAAAACAACTTTTATGATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------T-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATAAT-ATTTGGACCA-AAAATTTNTTAG-TTCAGAGTGCA
gi|1 : ---C---------GG--C---C-AAT-GCTC--T-GA-T-A-TTG-A-----A-T-CA--G--T------TTATA-T--A----GTTC-------------GGTTC--T----CACCAT---G-TTT------C-TGTTAT-TG---A--A------T-GACTC-CATAAGCT--------T-CCATATG--C--C-TTGCA-TTGATAT--CAGT--TTG----TAGT---C-G-C----CATGAGG-TCTG-AT-TGATGC---GC-C-ATTTCATCTCTTCGGGCG-----GGG--C-GCCCAATTGCC-TGCATTG-----A-ATT--CAG--------------TG----T--TGTAGTCAGACCG--C-C-AATG-CCTTTTGGTC--TG--CAT-T--G-A-------T-GACTCCATA--ACTC------G-GC-C-AATGTACCTGAATTGAATC
gi|1 : cATTG------AATGA-CTC----CA--TAAG---CT--------TCCATAT---G---C--C-TTG-C-A-TT-G---ATA--T-C-AG---TT------TGT-------------------------A--GT-C---------G-----C----C-ATGAG-GTCTG-----AT-T---G----------ATGCGCCA-T--TTCATC------T---CTTCGGGCGGGG--CGCCC-AATTGC-C--T-G--C-A-TTG-A-----ATT-CAGTG--T------T---G-T--A----GT-CAG-----------A---CCGC----CA--AT---G-CCTTTTGGTC-TGC-AT-TGAT-G--A------C----TC-CATA-ACTC------GG-CCA-ATGTAC--C-T-GAA-TTGA-AT--C-------------AGT---T-T-C----TA--------------------------T-ATA--GTC------GGCG-----GAGG-T-GGCCAATCGTC-TGTATTG-----T-CGA--A----------------TGACCCA--TAAAGCC---TTTTTC-C-AATG-C--------CT-TT--CAT-GAAG-A----T--CAG--TCTATA--G-TA------GACC-C-AATG--C-TGCATTGACagtttctatatagtcggcggaggtggccaatcgtctgtattgtcgaatgacccataaagcctttttccaatgcctttcatgaagatcagtctatagtagacccaatgctgcattgacgaacgccatactggtccaatgcctgcatttgaatcgtttgtagtcgccgctgccatgtctgcatatggatgacgccataaactccgggccatgccttgcattggaatcagttgtgtagtcgcaccaatgccctgcattgaagactcgcatactctgggggggccaagcttgcattgaatcagctttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtaggtcaatgcctacattggatgatttgtccaaacgcctgcattgaaagaaatcctattctcctaatgcctgcattggctcttgagagattcatccaaagccagcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|1 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgtt-GTCTGCATTG-------ATGA-CTC----CA--TAA----CT------CGGCCA-AT---GTA-C--C-T-G-A-A-TT-G---A-A--T-C-AG---TTTCTA--TAT-------------------------A--GT-CGGCGGAGGTGG----C----C-A--ATCGTCTG---T-AT-TGTCG------A---ATG----A-C---CCATAAAGCCTT---T---------TT--C---C-AAT-GC-CT-T-T--C-A--TG-AAG---A-T-CA--G--T------CT--A-T--A----GT-A-------------GA--C--C----CA--AT---G----------C-TGC-AT-TG---A--CGAA---C-G---C-CAT--ACTG------GT-CCA-ATG--C--C-T-GCATTTGA-AT--CGT---TTG----TAGTC--G-C-CGCTGCC--ATG-TCTGCATATG-------G---------AT-------GACGCCATAAACTCC-GGGCCAT-GCCTTGCATTG-----GAATCAGT----------------TG-------TGTAGTC-GCA----C-C-AATGCC--------C--TG--CAT-T--G-AAGACT--C-G----CATA--C-TCTGGGGGG-GC-C-AA-G--CTTGCATTGAATCgaacgccatactggtccaatgcctgcatttgaatcgtttgtagtcgccgctgccatgtctgcatatggatgacgccataaactccgggccatgccttgcattggaatcagttgtgtagtcgcaccaatgccctgcattgaagactcgcatactctgggggggccaagcttgcattgaatcagctttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtaggtcaatgcctacattggatgatttgtccaaacgcctgcattgaaagaaatcctattctcctaatgcctgcattggctcttgagagattcatccaaagccagcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|1 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggcgcccaattgcctgcattgaattcagtgttgtagtcagaccgccaatgccttttgGCCAATC--G-T---CTGTATTGTCG---AATGA-C-C----CA--TAAAGCCTT------TTTCCA-AT---G---C--C-T-TTC-A-T--G---A-AGAT-C-AG---TC------TAT-------------------------A--GT-A---------GA----C----CCA--AT-GC-TG---C-AT-T----------G---ACGA---A-C--GCCATA------C---T---------GGT-C---C-AAT-GC-C--T-G--C-ATTTG-A-----A-T-CG--T--T------T---G-T--A----GT-C-------------G---C--CGCTGCC--AT---G-T--------C-TGC-ATATGGATG--A------C-G---C-CATAAACTCCG----GG-CC--ATG--C--CTT-GCA-TTGGAAT--CAG---TTGTG--TAGTC--G-CAC----CA--ATGCCCTGCAT-TGAAGACTCGCAT-ACT--CT-------G--G-----GGG----GGCCAA--GCT-TGCATTGAATCAG-CTT--TANNNNNNNNNNNNNNNNN----N--NNNNNNN-AAGTAGGT-C-AATG-C--------C--TA--CAT-T--G-----------G--ATGAT-----TT------G-TC-CAAACG--CCTGCATTGAagctttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtaggtcaatgcctacattggatgatttgtccaaacgcctgcattgaaagaaatcctattctcctaatgcctgcattggctcttgagagattcatccaaagccagcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|1 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggcgcccaattgcctgcattgaattcagtgttgtagtcagaccgccaatgccttttggtctgcattgatgactccataactcggccaatgtacctgaattgaatcagtttctatatagtcggcggaggtgCTGCATTG-------ACGAACGC----CA--TA-----CT------GGTCCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TTTG---A-A--T-C--G---TT------TGT-------------------------A--GT-C---------GC----CGCTGC-C--AT-GTCTG---C-ATAT---G------G---ATG----A-C--GCCATAAAC---T---CCG-------GG--C---C-A-T-GC-C--TTG--C-A-TTGGA-----A-T-CA--G--T------T---G-TGTA----GT-C-------------G---CA-C----CA--AT---G-C--------CCTGC-AT-TGAA-G--A------C----TCGCATA--CTCTGGGGGGG-CCA-A-G--C--T-T-GCA-TTGA-AT--C-------------AGC---T-T-T----AN--NNN-NNNNNNN-NN-------NN-N-NNN--NN-------NNNN-----AAGT-A-GGTCAAT-GCC-TACATTG------------------------------G----A--T-------GATTTGTC-CAAACG-C--------C--TG--CAT-T--G-A----A--A-GAAATCCTA--T-TC------T-CC-T-AATG--CCTGCATTGGCTCTTGAGAGATTCATCCAA-AGC--CAaagaaatcctattctcctaatgcctgcattggctcttgagagattcatccaaagccagcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|1 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggcgcccaattgcctgcattgaattcagtgttgtagtcagaccgccaatgccttttggtctgcattgatgactccataactcggccaatgtacctgaattgaatcagtttctatatagtcggcggaggtggccaatcgtctgtattgtcgaatgacccataaagcctttttccaatgcctttcatgaagatcagtctatagtagacccaatgCCTGCATTG------AA-GA-CTCG---CA--TA-----CTCTGGGGGGGCCA-A----G---C--T-T-G-C-A-TT-G---A-A--T-C-AGC--TT------TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA--GT-A---------GG----T----C-A--AT-GCCTA---C-AT-T---G------G---ATG----A-T--T---TG------T---C-------------C---A-AAC-GC-C--T-G--C-A-TTG-A-----A-A-GA--AA-T------C---C-T--A----TT-C-------------T---C--C----TA--AT---G-C--------C-TGC-AT-TG---G--C------T-C--TT-GAGAGATTC------AT-CCA-AAG--C--C-A-GCA-TTGG-CT--C-----TTG-AAATAGT---GGT-C----CC--ACG-CTTGCAT-TG-------AC-T-TTT--GT-------GACA-----GAGT-T-GGGCAAT-TCC-TGCATTT-----G-CTC--C----------------TG----A--AATAGTC-GAGTGGAC-T-AATG-C--------C--AG--TAT-T--G-A----C--C-A--TTGAGA--G-TC------G-CC-A-AGTA--TGTACATTGACTCTCGAGAGATTTATCCAA-GATTATAAAGCCAAGGTATGCGGGTATTTGATCAAAGAATACTTGTAGTTATAAATTTCTGCATTGG-TTTAATGCAATGAAAAG---TTTTCCTA-TATTGTA-A-TATTGGCGAGA----------------ATTTCATTTCGTATTAGTGGTTTGCTGTCA-TTGCTA-ACT-CATTCAGATTTCCCC-----------TCATGTTATGT-ATAATGATTGATACGG-ATCTCCATTACGCAAAAACATATATATACCAATTTCA-AGCGCAT--TTGAA--Agcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|10 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggcgcccaattgcctgcattgaattcagtgttgtagtcagaccgccaatgccttttggtctgcattgatgactccataactcggccaatgtacctgaattgaatcagtttctatatagtcggcggaggtggccaatcgtctgtattgtcgaatgacccataaagcctttttccaatgcctttcatgaagatcagtctatagtagacccaatgctgcattgacgaacgccatactggtccaatgcctgcatttgaatcgtttgtagtcgccgctgccatgtctgcatatggatgacgccataaactccgggccatgccttgcattggaatcagttgtgtagtcgcaccaatgc-CAA---TATGGATAAAAGCTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-ACATTGACGTTTCCATACCAA---C-----TTTCT-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAATTACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATATAAAATGGCGAAGTAACAAAGTAGTATCTGATAACT-CATA-TGATTAAAAACAACTTTTATGACAA-ATTAACTCAGGTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAATATTCCATTTCAAAT-------------T-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATA-ATGAAAAA--AATAATTTGGACCA-AAAA---ATTAG-TTCCGAGTGCA
gi|11 : acgaCCA-AT---G---C--C-TTG-C-AGTT-G---A-A--T-C-AA---ATGTACAATAC-------------------------A--GTAC---------CG----C----C-A--AC-TACTG---CGAT-T---GC-----GCACATG----A-CG-TCTATA------A---T---------GGGGC---C-CATAGC-C--TTG--C-C-ATG-AGATCCA-C-CA--G--T------C---C-T--ATCCAGT-C-------------A---C--C----AA--TT---GTC--------C-TGC-AT-TG---A--CGAATGAC-G--TC-TCTACACTG------GG-CCA-ATG--CACC-T-GCA-TTGA-AT--CAGTTTTTT-A--TACTTC-A-C-C----AA--ATG-TCTGT------------GC-C-ATT----------------------------GCCAA----C-TG-A-TG-----G-AAC--------------------G----G--TTTAATC--ACTGGGCAC-AATG-C--------CCTTGCTCAT-T--G-AAT--C--A-GC-TTTGTA--G-TC------G-CCGC-AATA--C-TGCATTGAtt
gi|11 : CCTGCATTGACGAATGACGT-CTC----TA--CA-----CT------GGGCCA-AT---G---CACC-T-G-C-A-TT-G---A-A--T-C-AGTTTTT------TAT-------------------------AC-TT-C---------AC----C----A-A--AT-GTCTGTGCC-AT-T---GCCAACTG---ATGGA--A-CGGTTTA-A------T---CACTG-----GG--CA--C-AAT-GC-CCTT-GCTC-A-TTG-A-----A-T-CA--GCTT------T---G-T--A----GT-C-------------G---C--CG---CA--AT---A----------C-TGC-AT-TG---
gi|12 : ccaatgccttgcagttgaatcaaatgtacaatacagtaccgccaactactgcgattgcgcacatgacgtctataatggggcccatagccttgccatgagatccaccagtcctatccagtcaccaattgtCAT--TTGTA--ATTAGC-T-TT-AAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAATA--AT--TA---TTATCAACA----G-T-ACATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGATC-----ATGTTTTGT--GAA-TACATCGATTAAACCAAATACTTTCAATCTGA----------TAAG------------------A-CATA-TGATTAAAGACAACTTTTATGATAA-AATAAATCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAATTTTCC-------AT-------------TTCAAATATC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATA---ATTTGGTCCAGAAAAGTTGTT---TTCAa
gi|15 : GCGCACAATTGTATCATTGGT-T-T--AGCAAGAGCATATTTA-CAC---A-TGGATAATAGTTGCAACATTATTATA---TAATCAACA----G-TAACGTTGATGTTGCT-TATAAA---CAATATTTCCGACTGATCCCTTAGT-TTCTGTTGAAA-TACATA
gi|16 : ttattttgggatactcattttaaacaaaacattcagaac--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGCTTCCATATCAA---C-----TTTCG-CCGACC-----AT-TTTTGT--TTA-TACATAGATGAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------T-CATA-TAATTAAAAACAACTTTTATTATAA-ATTAACTAAGTTTTTATCATTTTGAAAGTAAAAGTCAGT------------AT-------------T-------CC------------atatcta
gi|18 : ---A-A--T-C-AG---TT------TAT-------------------------ATAGT-C---------GG----C----C-A--AT-GTCTG---T-GT-T---A------A---ATG----T-C--TCCATAGCCT--T---C---------CA--TG--C-AAT-GC-C--T-T--C-A-TTA-A-----A-T-CA--GT-T------T---G-T--A----GT-C-------------G---C--C----CA--AT---G-T--------C-TGC-AT-atttcaa
gi|19 : -----TTGTCAA---GCTAGATGAGATTTGCCACA--AT--CAC--TGATAAATACTAAG-T-GCAGTGACTCTTCCATATCAAATTC-----TCTTG-CTGACCA----AC-TTATGT--G
gi|2 : tat-CTC----CA--TA-----GT------CGGCCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TT-G---A-A--T-C-AG---TT------ATT-------------------------A--GT-A---------GA----C----C-A--AT-GCCTG---C-AT-T---G------G---ATG----A-C--T---TG------T---C---------GC--C---C-A-C-GC-C--T-G--T-AATTG-A-----A-A-GA--AA-T------C---AAT--A----TT-C-------------T---C--C----TA--AC---G-C--------C-TGC-AT-TG---G--C------T-G--TT-CAGAGATTC------ATGCCA-AAG--C--C-A-GCA-TTGG-CT--C-----TTG-AA-TAGT---G-T-C----CA--ACG-C-TGCAT-TG-------GC-T-TTTT-GT-------GACA-----GAGT-TTGGGTAAT-GCC-TGTATTG-----GGCTC--T----------------TG----AAATCTAGTC-GAGTGGTC-T-ACTG-C--------C--AG--TATAT--G-T----CT-C-A--TTGATA--G-CC------G-TCTC-AGTC--TGTGCATTGACTCTCGAGAGATTTGTACAAAGGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAAA-----TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAACAGAATTTTTG-TACTATTGTAGATTCTTTGTGAGAAATACCCATAGCCAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CAATTGCTACATTTCATTCAAA-TTCCTAATGTTAAAAAATCATGATTTGTGTTAATTATG-AT-CGGGAT-TCCAT-ACGCATTAAC--ATATATACCAATTTCATAGCGCAC--TTGTA--ATTAGC-T-T--AAAAAGAA-----TTG-CAAGAAAATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TAATTTAATCAACA----GGT-ACATTTATGTTTCAATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--G-A-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------TCCGTATTGATT-AAAACAAGTTTTATGATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------ATTCTTATTCATAAAT-------TC------------TTAATAACATTGATCGAATATTAATGAAAAAATA---ATTTGAACCA-AAAATTTTTTAGATTCAGAGTGCA
gi|20 : gC-C-AATG-C--------C--TG--CAT-T--G-AAT--C--A-G--TTTATA--A-TA------G-AC-C-AATG--CCTGCATTG----------------TACAA-GGC--TAAAGCCCCGATATGCTGGTATTTGATCAAAtatat
gi|21 : G-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCTTCATGTT-CAA--TCATGTTATGTAATAATt
gi|22 : C----CA--TA-----TT------GGTCCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TT-G---A-A--G-C-AG---TT------TGC-------------------------A--TT-C---------GC----C----C-A--
gi|25 : cgCTG---T-AT-T---G------A---ATG----A-C--GCCATAC-----T---T---------GG--C---C-AAT-GC-C--T-G--
gi|3 : GATGACATT-------GTC--G-TTACCTGCATTG------GACGA-CGC----CA--TA-----CT------GGTCCA-AT---A---C--C-T-G-C-A-TT-G---A-T--T-C-AG---TT------TAT-------------------------A--GT-A---------GA----C----C-A--AT-GCCTG---C-AT-T---G------G---ATG----A-C-----ATG------T---C---------GC--C---C-AAC-GC-C--T-G--C-A-TTG-AC----A-G-AA--A--T------C---A-T--A----TT-C-------------T---C--A----TA--AC---G-C--------C-TGC-AT-TG---G--C------T-G--TT-CAGAGATTC------AT-CCA-AAG--C--C-T-TCA-TTGG-CT--C-----TTG-AAATAGT---G-TTC----CA--ACG-CCTGCAT-TG-------GC-T-ATT--GT-------GACA-----GAGT-T-GGGTAAC-GTC-TGTATTG-----G-CTC--T----------------TG----A--TATAGTC-GAGTGGTC-T-ACTG-C--------C--AG--AAT-T--G-T----C--C-A--TTGAGA--A-TC------G-CC-C-AGTA--TGTACATTGACTCTCGAGATATTTGTGCAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAGGAA------TACTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATACCCATG--CAGGATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCTAT-TTCGTCATGTT-AAA--TCATGTTATGTAATAATTATT-TT-CGG-AT-TCCATTACGCAAAAAC--ATATATACTAATTTCA-AGCGCAC--TTGTA--ATTAGCAA-T--GAAAATAT-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAGCA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATATATTAA-------------------------------AAC------------------T-CATA-TGATTAAAAACAACTTTTAGGATA-----AACTCAGTTTGTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------C-------TC------------TTAAT-ACATCGATCGAATATT-TTGAAAAAAAAACGATTTGGACAA-AAAA-----TAG-TTCAGAGTGCA
gi|4 : aatcaaT---G---C--C-T-G-CCA-TT-G---A-A--T-T-AG---TTC-----TAT-------------------------A---T-C---------CT----C---------AT---CTC---T-AT-G---A------T---ATG----A-C--TTCATA------
gi|4 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatatTGCATTA------AACGA-CTC----CAACTA-----CT--------TCCA-------------T-T-G-C-A-TG-G---G-A--T-CTA-----T------TAT-------------------------A--AT-A---------GT----C----T-A--AT----TAT--C-ATGT---G------A---ATC----AGT--TTCATA------TACTC---------GG--C---C-TATTGC-C--T-G--CCA-TTG-A-----A-TTCA--G--TTTACATC---GCT--A----TT-CTCATGACACGCTGG---C--C----TAT-ATCTCA-T--------C-TCC-AT-TG---A--T------AAG--TT-TATAG--TC------GC-CAA-ATG--C--C-T-GCA-TTGG-ATGAT-----TCC-A--TACTCCGG-T-C----AA--ATG-CCTGCAT-TG-------acaccaagttgattgcattaaacgactccaactacttccattgcatgggatctattataatagtctaattatcatgtgaatcagtttcatatactcggcctattgcctgccattgaattcagtttacatcgctattctcatgacacgctggcctatatctcatctccattgataagtttatagtcgccaaatgcctgcattggatgattccatactccggtcaaatgcctgcattgaaatcgttctaataga
gi|4 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatattgcctgccattgaattagttctatatcctcatctctatgatatgacttcataacaccaagttgatA--TA-----CTC-----GGCCTA-TT---G---C--C-T-G-CCA-TT-G---A-A--TTC-AG---TT------TAC-------------------------A---T-C---------GCTATTC----T-C--AT-GAC-A---C-GC-T---G------G---------------CCTATA------T---C-------------T---C-A----T-C--T-C--C-A-TTG-A-------T-AA--G--T------TT--A-T--A----GT-C-------------G---C--C----AA--AT---G-C--------C-TGC-AT-TG---G--A------T-GATTC-CAT--ACTCCG----GT-CAA-ATG--C--C-T-GCA-TTGA-Aaaatcgttctaataga
gi|4 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatattgcctgccattgaattagttctatatcctcatctctatgatatgacttcataacaccaagttgattgcattaaacgactccaactacttccattgcatgggatctattataatagtctaattatcatgtgaatcagtttcat----CA--CG-----CT------GGCCTATATCTCA---T--C-T-C-C-A-TT-G---A----T-A-AG---TT------TAT-------------------------A--GT-C---------GC----C----A-A--AT-GCCTG---C-AT-T---G------G---ATG----A-T--TCCATACT----C---C---------GG--T---CAAAT-GC-C--T-G--C-A-TTG-A-----A-A--------T------C---G-T--atcgttctaataga
gi|5 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatattgcctgccattgaattagttctatatcctcatctctatgatatgacttcataacaccaagttgattgcattaaacgactccaactacttccattgcatgggatctattataatagtctaattatcatgtgaatcagtttcatatactcggcctattgcctgccattgaattcagtttacatcgctattctcatga-C-AGTC--TGTGCATTGACTCTCGAGAGATTTGTACAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAA------TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAACAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGTGAGAAATACCCATG--CAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-CCT-CATTCAAA-TTCCTAATGTTAAAA--TCATGATTTGTATTAATTATG-AT-CGG-AT-TCCATTACGCATTAAC--ATATATACCAATTTCA-AGCGCAC--TGGT---ATTAGC-T-TTAAAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-ACATTTATGTTT-CATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------T-CGTA-TGATT-AAAACAAGTTTTATGATAATATTAACTCAG--TTTATCA--TTGAGAGTAAAAGTCAAT------------ATTCCATTTCAAATAT-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATAAT--TTTGAACCA-AAAATTTTTTAG-TTCAGAGTGCAtctaataga
gi|6 : GTGCATTGATTCGAGAGAGATGTGTACAA-GGC--TAAAGCCACGGTATTCTGGTATTTGATCAACGAA------TAGTTATGAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATGCCCATG--CAGTATTTCACTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCCTCATTTTAAA---TCATGTTATGTAATAATTATT-AT-CGG-AT-TCCATTACCCAAAAAC--A----------------AGCGCAC--TTGTA--ATTAGC-AAT--AAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATTTAAATTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTTG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACTAAATCCTATCAATTTGA----------TAAC------------------T-CATA-TGATT-AAAACAATTTTTTTTATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGGGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------T-------CCATTTCAAATCTTTTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATA---ATTTGGA-AA-AAAATAAATTAG-TTCAGAGTGCAtt
gi|7 : t-AATG-C--------C--TG--CAC-T--GGA----CGAC-A--TTCG-A--G-TC------G-GT-C-AGTG--CCTGCATTGctat
gi|7 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacagcatttgtttttcagttcgtcaatgttaggattaattttactttaaaatgtaGACGACATTCGAGTCGGTCA-G-T-GCCTGCATTG------GACGA-CTC----CA--CA-----GT------TCACCA-AT---GATGC--CAT-A-C---TC-GGCCA-A--T-C-AG---TT------TAT-------------------------A--GT-C---------GC----C----C-A--AT-GCATG---T-AT-T---A------G---ATG----A-C--ACCATAC-----T---C---------GG--C---C-AAT-GC-C--T-G--C-A-TTG-A-----A-T-GAC-G--C------C---A-T--A----CT-T-------------G---A--C----CA--AT---G-C--------C-TGT-AT-TG---AATC------A-G--TT-TATATGGTC------GG-CCA-ATG--C--C-T-GCA-TTGG-Agacgactccacagttcaccaatgatgccatactcggccaatcagtttatagtcgcccaatgcatgtattagatgacaccatactcggccaatgcctgcattgaatgacgccatacttgaccaatgcctgtattgaatcagtttatatggtcggccaatgcctgcattggacgacgccacactgggccaatgcct
gi|7 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacagcatttgtttttcagttcgtcaatgttaggattaattttactttaaaatgtaaatgcctgcactgGCAT-TG-------GC-CCAGT--GT-------GGCG--------T-C-GTCCAAT-GCA-GGCATTG-----G-CCG--A----------------CC----A--TATA----AACTGATT-C-AATA-C--------A--GG--CAT-T--G-G----T--C-A--AGTATGGCG-TC------A-TT-C-AATG--CAGGCATTGGC---CGAGcgacgccacactgggccaatgcct
gi|7 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacagcatttgtttttcagttcgtcaatgttaggattaattttactttaaaatgtaaatgcctgcactggacgacattcgagtcggtcagtgcctgcattggacgactccacagttcaccaatgatgccatactcggccaatcagtttatagtcgcccaatgcatgtattagatgacaccataGTCGGCC--AAT-GCCTGCATTG------GACGA-CGC----CA--CA-----CT------GGGCCA-AT---G---C--C-T-ct
gi|8 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacagcatttgtttttcagttcgtcaatgttaggattaattttactttaaaatgtaaatgcctgcactggacgacattcgagtcggtcagtgcctgcattggacgactccacagttcaccaatgatgccatactcggccaatcagtttatagtcgcccaatgcatgtattagatgacaccatactcggccaatgcctgcattgaatgacgccatacttgaccaatgcctgtattgaatcagtttatatg--TG--CAT-T--G-G----CA-C-T--TTAAGA--G-TG------G-TC-C-AATG--CATGCGTTGGCTCTTCACAAATTGATCCAA-TGC--
gi|8 : aaacaatgtttaaatattgctatactattgatctatatcactattttgcaggaaaagcactggaaggggctaaacataattggaatagagagggggacactgtggtcatatcctgcagcagatatctgtattgtttttattaaaatcataatgcctttaatgaacacaagaattagtcggttttattttcttgatgaacaaaaattacagtcttcgaattgatgataaaagaggaaaatatatctaacgaaactaaacgtaaGAGT-GGTCCAA-T-GCATGCGTTG------G-----CTCTTCACA--AA-----TT------GATCCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TT-G---A-A--T-C-AG---TT------CAT-------------------------A--AT-C---------AG----C----C-A--AT-GTCTG---C-AA-T---A------A---ATG----A-C--TCCATAG-----T---C---------GG--C---C-AAT-GC-C--T-G--C-G-TTG-A-----A-ctgcattgaatcagttcataatcagccaatgtctgcaataaatgactccatagtcggccaatgcctgcgttgaa
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TGGAGTGTTAAATGTAATTTCCTTTGTCCAATCTATTTTTTAATCAAGTAATAACAACTTTTAAACCGTGTATTACAAATATCTTATTGTCAAGATTTCAAAAAAATGATGCACTGTGCAAAATTGTAATGACATTTTTTGGCAATTCAAATATTAGCAAAATATAGATGTTTTGGTGAACTAATAAAATTTCATATCCAAATTGGCGAATTTTTAACATAAATATATATAGATTTAGAATATTTAAATCTGCATTAAGGTAATGTTGAAAACTATCTAACTGTGTACACTGATGCAGTTGATTTAGATTTAACTTTTTTTGCAGTTTGTCAA
Unaligned ( gi|13 ): GAATGAACTATTTTTTTATTTGTCCAGTCTATTGTTTTCTTGAAATAGCGACTTTTCAGACATATATTGTGAATATCTTATTCTTAAGATTGCAAAAAAGTCTGAGGCATTGTGCACAATTATTATGATATTTTATGGCAATTTAAATATGTGCAAAATATGGACCTTCTGGTAAGCCAATGAAATTTTGTATCCATATCGGCAGAT
Unaligned ( gi|14 ): TAATATATTAAGATTTATGGCAAATTCAATTTTATTGAGCAAAAATATGGACACTTATTTGAAGTAAAGGCGAATTGTGAAATCTTTGTTTCCAAATTTCAGCATATTTGCAAATCGGAAAAAATAATTTAATTCAATTGAATAATAGAAAAATTATAAAATTGACATTATCATTGAGGCAAATGTTGAAAAAACATTCCCACA
Unaligned ( gi|17 ): GAGGCATTGCTTAAAATTATATTGATATTTTATGGCAATTTAAATATGAGCAAAATATGGACCTTTTGGTAAGCCAATGAAATCTTGTATCCAAATCAGCAGATTACTAACCGAAATATTTACACATTTAGAATATCTAAATCTGCATTGAGGCAATGTT
Unaligned ( gi|23 ): AATTTCAATATGAGTATGGACCTTATGGTAAGCCAATGAAATCTT
Unaligned ( gi|24 ): TTCAATAATATGCTGTAGGGGGGCATTAGTGTATCGCAATC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 2222 2222222 11111111111111 111111 22222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111 11111111111 4444444444444444444444444444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111111 444444444444444444 111111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 66666666666666666666666666666666666666 11111111 444444444444444 333333 111 111 11 111111 11 111111 11111 111 11111 11111 2222222222 44444444444444444444 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111 333 2222
lowQualScore : 5 5 3333 77 1111111 1 3 1 8888 33 44444444444444 1 5 444 777 33 2 4 2 5 2 2 444 2 33 2 2 666 444444 44444444444444444444444444444444444444444444444 555555 33 222 666 2 4 33333333333333 22222222222 2222222222222222222222222222 2 33 6 2 55 4 55 2 4 2 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 555 8888888888 2 2 2 666666666666666666 3 9 999999999 3 1 44 44 3 3 3 6 55 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 00 4 88888888888888888888888888888888888888 4 0 77 1 44 3 3 3 22222222 77 44 3 44 333333333333333 1 0 6666 888888 55 5 2 33 8 1 5 66 111111 444 0 111 8 8 0 0 11 0 8 6 6 6 6 6 777777 1 88 8 8 8 0 22 11 0 8 77 77 999999 44444 5 888 0 66 66 222 9999 4 4 777 11111 4 55555 4 66 0 5 5555555555 22222222222222222222 1 5 2 5 1 4444444444444444444444444444444444444444444444444 6 6 444 6 1111 6
lowQualScore : . . .... .. ....... . . . .... .. .............. . . ... ... .. . . . . . . ... . .. . . ... ...... ............................................... ...... .. ... ... . . .............. ........... ............................ . .. . . .. . .. . . . ....................................................................... .. ... .......... . . . .................. . . ......... . . .. .. . . . . .. ........................................................................................ .. . ...................................... . . .. . .. . . . ........ .. .. . .. ............... . . .... ...... .. . . .. . . . .. ...... ... . ... . . . . .. . . . . . . . ...... . .. . . . . .. .. . . .. .. ...... ..... . ... . .. .. ... .... . . ... ..... . ..... . .. . . .......... .................... . . . . . ................................................. . . ... . .... .
lowQualScore : 0 0 4444 77 7777777 2 3 1 9999 77 22222222222222 0 0 111 444 22 4 7 5 0 5 5 111 4 22 4 4 555 111111 11111111111111111111111111111111111111111111111 111111 22 666 555 4 7 22222222222222 22222222222 2222222222222222222222222222 2 11 7 2 33 4 33 4 7 4 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 88 000 9999999999 9 9 9 000000000000000000 3 3 222222222 3 6 66 66 3 3 3 7 55 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33 0 66666666666666666666666666666666666666 9 2 22 0 88 6 3 3 11111111 33 22 1 22 333333333333333 0 3 8888 888888 77 7 9 99 8 0 0 99 000000 000 6 888 0 0 8 8 00 6 0 7 7 7 7 7 777777 7 66 0 0 0 8 88 00 8 0 99 99 888888 33333 0 888 1 99 11 222 4444 4 4 888 11111 4 66666 4 11 4 0 0000000000 66666666666666666666 4 7 0 7 4 7777777777777777777777777777777777777777777777777 7 7 333 7 3333 7
consensus : NNNNNNGACGACATTCGAGTCGGTC--G-T-GCCTGCATTG------GACGA-CTC----CA--TA-----CT------GGNCCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TT-G---A-A--T-C-AG---TT------TAT-------------------------A--GT-C---------GN----C----C-A--AT-GCCTG---C-AT-T---G------G---ATG----A-C--TCCATA------T---C---------GG--C---C-AA--T-GC-C--T-G--C-A-TTG-A-----A-----T-CA--G---T------C---G-T--A----GT-C-------------G---C--C----CA--AT---G-C--------C-TGC-AT-TG---G--C------C-G--TC-CATAGACTC------GN-CCA-ATG--C--C-T-GCA-TTGG-AT--C-----TTG-A--TAGT---G-T-C----CA--ACG-CCTGCAT-TG-------GC-T-ATT--GT-------GGCG-----GAGTC--GGCCAAT-GCC-TGCATTG-----G-CTC--T----------------TG----A--TATAGTC-GANTGGTC-C-AATG-C--------C--TG--CAT-T--G-A----C--C-G--TTNATA--G-TC------G-CC-C-AATG--CGTGCATTGACTCTCGAGAGATTTGTNCAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAA------TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATACCCATG--CAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCCTCATGTTAAAA--TCATGTTATGTAATAATTATT-AT-CGG-AT-TCCATTACGCAAAAAC--ATATATACCAATTTCA-AGCGCAC--TTGTA--ATTAGC-T-T--AAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------T-CGTA-TGATTAAAAACAACTTTTATGATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------T-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATAAT-ATTTGGACCA-AAAATTTNTTAG-TTCAGAGTGCA
Reference ( family-215 ) : NNNNNNGACGACATTCGAGTCGGTC--G-T-GCCTGCATTG------GACGA-CTC----CA--TA-----CT------GGNCCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TT-G---A-A--T-C-AG---TT------TAT-------------------------A--GT-C---------GN----C----C-A--AT-GCCTG---C-AT-T---G------G---ATG----A-C--TCCATA------T---C---------GG--C---C-AA--T-GC-C--T-G--C-A-TTG-A-----A-----T-CA--G---T------C---G-T--A----GT-C-------------G---C--C----CA--AT---G-C--------C-TGC-AT-TG---G--C------C-G--TC-CATAGACTC------GN-CCA-ATG--C--C-T-GCA-TTGG-AT--C-----TTG-A--TAGT---G-T-C----CA--ACG-CCTGCAT-TG-------GC-T-ATT--GT-------GGCG-----GAGTC--GGCCAAT-GCC-TGCATTG-----G-CTC--T----------------TG----A--TATAGTC-GANTGGTC-C-AATG-C--------C--TG--CAT-T--G-A----C--C-G--TTNATA--G-TC------G-CC-C-AATG--CGTGCATTGACTCTCGAGAGATTTGTNCAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAA------TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATACCCATG--CAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCCTCATGTTAAAA--TCATGTTATGTAATAATTATT-AT-CGG-AT-TCCATTACGCAAAAAC--ATATATACCAATTTCA-AGCGCAC--TTGTA--ATTAGC-T-T--AAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------T-CGTA-TGATTAAAAACAACTTTTATGATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------T-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATAAT-ATTTGGACCA-AAAATTTNTTAG-TTCAGAGTGCA
gi|1 : ---C---------GG--C---C-AA--T-GCTC--T-GA-T-A-TTG-A-----A-----T-CA--G---T------TTATA-T--A----GTTC-------------GGTTC--T----CACCAT---G-TTT------C-TGTTAT-TG---A--A------T-GACTC-CATAAGCT--------T-CCATATG--C--C-TTGCA-TTGATAT--CAGT--TTG----TAGT---C-G-C----CATGAGG-TCTG-AT-TGATGC---GC-C-ATTTCATCTCTTCGGGCG-----GGG-C--GCCCAATTGCC-TGCATTG-----A-ATT--CAG--------------TG----T--TGTAGTCAGACCG--C-C-AATG-CCTTTTGGTC--TG--CAT-T--G-A-------T-GACTCCATA--ACTC------G-GC-C-AATGTACCTGAATTGAATC
gi|1 : cATTG------AATGA-CTC----CA--TAAG---CT--------TCCATAT---G---C--C-TTG-C-A-TT-G---ATA--T-C-AG---TT------TGT-------------------------A--GT-C---------G-----C----C-ATGAG-GTCTG-----AT-T---G----------ATGCGCCA-T--TTCATC------T---CTTCGGGCGGGG--CGCCC-AA--TTGC-C--T-G--C-A-TTG-A-----AT----T-CAGTG---T------T---G-T--A----GT-CAG-----------A---CCGC----CA--AT---G-CCTTTTGGTC-TGC-AT-TGAT-G--A------C----TC-CATA-ACTC------GG-CCA-ATGTAC--C-T-GAA-TTGA-AT--C-------------AGT---T-T-C----TA--------------------------T-ATA--GTC------GGCG-----GAGGT--GGCCAATCGTC-TGTATTG-----T-CGA--A----------------TGACCCA--TAAAGCC---TTTTTC-C-AATG-C--------CT-TT--CAT-GAAG-A----T--CAG--TCTATA--G-TA------GACC-C-AATG--C-TGCATTGACagtttctatatagtcggcggaggtggccaatcgtctgtattgtcgaatgacccataaagcctttttccaatgcctttcatgaagatcagtctatagtagacccaatgctgcattgacgaacgccatactggtccaatgcctgcatttgaatcgtttgtagtcgccgctgccatgtctgcatatggatgacgccataaactccgggccatgccttgcattggaatcagttgtgtagtcgcaccaatgccctgcattgaagactcgcatactctgggggggccaagcttgcattgaatcagctttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtaggtcaatgcctacattggatgatttgtccaaacgcctgcattgaaagaaatcctattctcctaatgcctgcattggctcttgagagattcatccaaagccagcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|1 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgtt-GTCTGCATTG-------ATGA-CTC----CA--TAA----CT------CGGCCA-AT---GTA-C--C-T-G-A-A-TT-G---A-A--T-C-AG---TTTCTA--TAT-------------------------A--GT-CGGCGGAGGTGG----C----C-A--ATCGTCTG---T-AT-TGTCG------A---ATG----A-C---CCATAAAGCCTT---T---------TT--C---C-AA--T-GC-CT-T-T--C-A--TG-AAG---A-----T-CA--G---T------CT--A-T--A----GT-A-------------GA--C--C----CA--AT---G----------C-TGC-AT-TG---A--CGAA---C-G---C-CAT--ACTG------GT-CCA-ATG--C--C-T-GCATTTGA-AT--CGT---TTG----TAGTC--G-C-CGCTGCC--ATG-TCTGCATATG-------G---------AT-------GACGCCATAAACTCCGGGCC-AT-GCCTTGCATTG-----GAATCAGT----------------TG-------TGTAGTC-GCA----C-C-AATGCC--------C--TG--CAT-T--G-AAGACT--C-G----CATA--C-TCTGGGGGG-GC-C-AA-G--CTTGCATTGAATCgaacgccatactggtccaatgcctgcatttgaatcgtttgtagtcgccgctgccatgtctgcatatggatgacgccataaactccgggccatgccttgcattggaatcagttgtgtagtcgcaccaatgccctgcattgaagactcgcatactctgggggggccaagcttgcattgaatcagctttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtaggtcaatgcctacattggatgatttgtccaaacgcctgcattgaaagaaatcctattctcctaatgcctgcattggctcttgagagattcatccaaagccagcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|1 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggcgcccaattgcctgcattgaattcagtgttgtagtcagaccgccaatgccttttgGCCAATC--G-T---CTGTATTGTCG---AATGA-C-C----CA--TAAAGCCTT------TTTCCA-AT---G---C--C-T-TTC-A-T--G---A-AGAT-C-AG---TC------TAT-------------------------A--GT-A---------GA----C----CCA--AT-GC-TG---C-AT-T----------G---ACGA---A-C--GCCATA------C---T---------GGT-C---C-AA--T-GC-C--T-G--C-ATTTG-A-----A-----T-CG--T---T------T---G-T--A----GT-C-------------G---C--CGCTGCC--AT---G-T--------C-TGC-ATATGGATG--A------C-G---C-CATAAACTCCG----GG-CC--ATG--C--CTT-GCA-TTGGAAT--CAG---TTGTG--TAGTC--G-CAC----CA--ATGCCCTGCAT-TGAAGACTCGCAT-ACT--CT-------GGGG-----G------GGCCAA--GCT-TGCATTGAATCAG-CTT--TANNNNNNNNNNNNNNNNN----N--NNNNNNN-AAGTAGGT-C-AATG-C--------C--TA--CAT-T--G-----------G--ATGAT-----TT------G-TC-CAAACG--CCTGCATTGAagctttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtaggtcaatgcctacattggatgatttgtccaaacgcctgcattgaaagaaatcctattctcctaatgcctgcattggctcttgagagattcatccaaagccagcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|1 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggcgcccaattgcctgcattgaattcagtgttgtagtcagaccgccaatgccttttggtctgcattgatgactccataactcggccaatgtacctgaattgaatcagtttctatatagtcggcggaggtgCTGCATTG-------ACGAACGC----CA--TA-----CT------GGTCCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TTTG---A-A--T-C--G---TT------TGT-------------------------A--GT-C---------GC----CGCTGC-C--AT-GTCTG---C-ATAT---G------G---ATG----A-C--GCCATAAAC---T---CCG-------GG--C---C-A---T-GC-C--TTG--C-A-TTGGA-----A-----T-CA--G---T------T---G-TGTA----GT-C-------------G---CA-C----CA--AT---G-C--------CCTGC-AT-TGAA-G--A------C----TCGCATA--CTCTGGGGGGG-CCA-A-G--C--T-T-GCA-TTGA-AT--C-------------AGC---T-T-T----AN--NNN-NNNNNNN-NN-------NN-N-NNN--NN-------NNNN-----AAGTA--GGTCAAT-GCC-TACATTG------------------------------G----A--T-------GATTTGTC-CAAACG-C--------C--TG--CAT-T--G-A----A--A-GAAATCCTA--T-TC------T-CC-T-AATG--CCTGCATTGGCTCTTGAGAGATTCATCCAA-AGC--CAaagaaatcctattctcctaatgcctgcattggctcttgagagattcatccaaagccagcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|1 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggcgcccaattgcctgcattgaattcagtgttgtagtcagaccgccaatgccttttggtctgcattgatgactccataactcggccaatgtacctgaattgaatcagtttctatatagtcggcggaggtggccaatcgtctgtattgtcgaatgacccataaagcctttttccaatgcctttcatgaagatcagtctatagtagacccaatgCCTGCATTG------AA-GA-CTCG---CA--TA-----CTCTGGGGGGGCCA-A----G---C--T-T-G-C-A-TT-G---A-A--T-C-AGC--TT------TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA--GT-A---------GG----T----C-A--AT-GCCTA---C-AT-T---G------G---ATG----A-T--T---TG------T---C-------------C---A-AA--C-GC-C--T-G--C-A-TTG-A-----A--------A--GAAAT------C---C-T--A----TT-C-------------T---C--C----TA--AT---G-C--------C-TGC-AT-TG---G--C------T-C--TT-GAGAGATTC------AT-CCA-AAG--C--C-A-GCA-TTGG-CT--C-----TTG-AAATAGT---GGT-C----CC--ACG-CTTGCAT-TG-------AC-T-TTT--GT-------GACA-----GAGTT--GGGCAAT-TCC-TGCATTT-----G-CTC--C----------------TG----A--AATAGTC-GAGTGGAC-T-AATG-C--------C--AG--TAT-T--G-A----C--C-A--TTGAGA--G-TC------G-CC-A-AGTA--TGTACATTGACTCTCGAGAGATTTATCCAA-GATTATAAAGCCAAGGTATGCGGGTATTTGATCAAAGAATACTTGTAGTTATAAATTTCTGCATTGG-TTTAATGCAATGAAAAG---TTTTCCTA-TATTGTA-A-TATTGGCGAGA----------------ATTTCATTTCGTATTAGTGGTTTGCTGTCA-TTGCTA-ACT-CATTCAGATTTCCCC-----------TCATGTTATGT-ATAATGATTGATACGG-ATCTCCATTACGCAAAAACATATATATACCAATTTCA-AGCGCAT--TTGAA--Agcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|10 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggcgcccaattgcctgcattgaattcagtgttgtagtcagaccgccaatgccttttggtctgcattgatgactccataactcggccaatgtacctgaattgaatcagtttctatatagtcggcggaggtggccaatcgtctgtattgtcgaatgacccataaagcctttttccaatgcctttcatgaagatcagtctatagtagacccaatgctgcattgacgaacgccatactggtccaatgcctgcatttgaatcgtttgtagtcgccgctgccatgtctgcatatggatgacgccataaactccgggccatgccttgcattggaatcagttgtgtagtcgcaccaatgc-CAA---TATGGATAAAAGCTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-ACATTGACGTTTCCATACCAA---C-----TTTCT-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAATTACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATATAAAATGGCGAAGTAACAAAGTAGTATCTGATAACT-CATA-TGATTAAAAACAACTTTTATGACAA-ATTAACTCAGGTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAATATTCCATTTCAAAT-------------T-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATA-ATGAAAAA--AATAATTTGGACCA-AAAA---ATTAG-TTCCGAGTGCA
gi|11 : acgaCCA-AT---G---C--C-TTG-C-AGTT-G---A-A--T-C-AA---ATGTACAATAC-------------------------A--GTAC---------CG----C----C-A--AC-TACTG---CGAT-T---GC-----GCACATG----A-CG-TCTATA------A---T---------GGGGC---C-CA--TAGC-C--TTG--C-C-ATG-AGATCCA-----C-CA--G---T------C---C-T--ATCCAGT-C-------------A---C--C----AA--TT---GTC--------C-TGC-AT-TG---A--CGAATGAC-G--TC-TCTACACTG------GG-CCA-ATG--CACC-T-GCA-TTGA-AT--CAGTTTTTT-A--TACTTC-A-C-C----AA--ATG-TCTGT------------GC-C-ATT----------------------------GCCAA----C-TG-A-TG-----G-AAC--------------------G----G--TTTAATC--ACTGGGCAC-AATG-C--------CCTTGCTCAT-T--G-AAT--C--A-GC-TTTGTA--G-TC------G-CCGC-AATA--C-TGCATTGAtt
gi|11 : CCTGCATTGACGAATGACGT-CTC----TA--CA-----CT------GGGCCA-AT---G---CACC-T-G-C-A-TT-G---A-A--T-C-AGTTTTT------TAT-------------------------AC-TT-C---------AC----C----A-A--AT-GTCTGTGCC-AT-T---GCCAACTG---ATGGA--A-CGGTTTA-A------T---CACTG-----GG--CA--C-AA--T-GC-CCTT-GCTC-A-TTG-A-----A-----T-CA--GCT-T------T---G-T--A----GT-C-------------G---C--CG---CA--AT---A----------C-TGC-AT-TG---
gi|12 : ccaatgccttgcagttgaatcaaatgtacaatacagtaccgccaactactgcgattgcgcacatgacgtctataatggggcccatagccttgccatgagatccaccagtcctatccagtcaccaattgtCAT--TTGTA--ATTAGC-T-TT-AAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAATA--AT--TA---TTATCAACA----G-T-ACATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGATC-----ATGTTTTGT--GAA-TACATCGATTAAACCAAATACTTTCAATCTGA----------TAAG------------------A-CATA-TGATTAAAGACAACTTTTATGATAA-AATAAATCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAATTTTCC-------AT-------------TTCAAATATC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATA---ATTTGGTCCAGAAAAGTTGTT---TTCAa
gi|15 : GCGCACAATTGTATCATTGGT-T-T--AGCAAGAGCATATTTA-CAC---A-TGGATAATAGTTGCAACATTATTATA---TAATCAACA----G-TAACGTTGATGTTGCT-TATAAA---CAATATTTCCGACTGATCCCTTAGT-TTCTGTTGAAA-TACATA
gi|16 : ttattttgggatactcattttaaacaaaacattcagaac--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGCTTCCATATCAA---C-----TTTCG-CCGACC-----AT-TTTTGT--TTA-TACATAGATGAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------T-CATA-TAATTAAAAACAACTTTTATTATAA-ATTAACTAAGTTTTTATCATTTTGAAAGTAAAAGTCAGT------------AT-------------T-------CC------------atatcta
gi|18 : ---A-A--T-C-AG---TT------TAT-------------------------ATAGT-C---------GG----C----C-A--AT-GTCTG---T-GT-T---A------A---ATG----T-C--TCCATAGCCT--T---C---------CA--TG--C-AA--T-GC-C--T-T--C-A-TTA-A-----A-----T-CA--GT--T------T---G-T--A----GT-C-------------G---C--C----CA--AT---G-T--------C-TGC-AT-atttcaa
gi|19 : -----TTGTCAA---GCTAGATGAGATTTGCCACA--AT--CAC--TGATAAATACTAAG-T-GCAGTGACTCTTCCATATCAAATTC-----TCTTG-CTGACCA----AC-TTATGT--G
gi|2 : tat-CTC----CA--TA-----GT------CGGCCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TT-G---A-A--T-C-AG---TT------ATT-------------------------A--GT-A---------GA----C----C-A--AT-GCCTG---C-AT-T---G------G---ATG----A-C--T---TG------T---C---------GC--C---C-A---C-GC-C--T-G--T-AATTG-A-----AAGAAAT-CA--A---T---------------A----TT-C-------------T---C--C----TA--AC---G-C--------C-TGC-AT-TG---G--C------T-G--TT-CAGAGATTC------ATGCCA-AAG--C--C-A-GCA-TTGG-CT--C-----TTG-AA-TAGT---G-T-C----CA--ACG-C-TGCAT-TG-------GC-T-TTTT-GT-------GACA-----GAGTTT-GGGTAAT-GCC-TGTATTG-----GGCTC--T----------------TG----AAATCTAGTC-GAGTGGTC-T-ACTG-C--------C--AG--TATAT--G-T----CT-C-A--TTGATA--G-CC------G-TCTC-AGTC--TGTGCATTGACTCTCGAGAGATTTGTACAAAGGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAAA-----TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAACAGAATTTTTG-TACTATTGTAGATTCTTTGTGAGAAATACCCATAGCCAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CAATTGCTACATTTCATTCAAA-TTCCTAATGTTAAAAAATCATGATTTGTGTTAATTATG-AT-CGGGAT-TCCAT-ACGCATTAAC--ATATATACCAATTTCATAGCGCAC--TTGTA--ATTAGC-T-T--AAAAAGAA-----TTG-CAAGAAAATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TAATTTAATCAACA----GGT-ACATTTATGTTTCAATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--G-A-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------TCCGTATTGATT-AAAACAAGTTTTATGATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------ATTCTTATTCATAAAT-------TC------------TTAATAACATTGATCGAATATTAATGAAAAAATA---ATTTGAACCA-AAAATTTTTTAGATTCAGAGTGCA
gi|20 : gC-C-AATG-C--------C--TG--CAT-T--G-AAT--C--A-G--TTTATA--A-TA------G-AC-C-AATG--CCTGCATTG----------------TACAA-GGC--TAAAGCCCCGATATGCTGGTATTTGATCAAAtatat
gi|21 : G-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCTTCATGTT-CAA--TCATGTTATGTAATAATt
gi|22 : C----CA--TA-----TT------GGTCCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TT-G---A-A--G-C-AG---TT------TGC-------------------------A--TT-C---------GC----C----C-A--
gi|25 : cgCTG---T-AT-T---G------A---ATG----A-C--GCCATAC-----T---T---------GG--C---C-AA--T-GC-C--T-G--
gi|3 : GATGACATT-------GTC--G-TTACCTGCATTG------GACGA-CGC----CA--TA-----CT------GGTCCA-AT---A---C--C-T-G-C-A-TT-G---A-T--T-C-AG---TT------TAT-------------------------A--GT-A---------GA----C----C-A--AT-GCCTG---C-AT-T---G------G---ATG----A-C-----ATG------T---C---------GC--C---C-AA--C-GC-C--T-G--C-A-TTG-A-------------CA--GAAAT------C---A-T--A----TT-C-------------T---C--A----TA--AC---G-C--------C-TGC-AT-TG---G--C------T-G--TT-CAGAGATTC------AT-CCA-AAG--C--C-T-TCA-TTGG-CT--C-----TTG-AAATAGT---G-TTC----CA--ACG-CCTGCAT-TG-------GC-T-ATT--GT-------GACA-----GAGTT--GGGTAAC-GTC-TGTATTG-----G-CTC--T----------------TG----A--TATAGTC-GAGTGGTC-T-ACTG-C--------C--AG--AAT-T--G-T----C--C-A--TTGAGA--A-TC------G-CC-C-AGTA--TGTACATTGACTCTCGAGATATTTGTGCAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAGGAA------TACTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATACCCATG--CAGGATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCTAT-TTCGTCATGTT-AAA--TCATGTTATGTAATAATTATT-TT-CGG-AT-TCCATTACGCAAAAAC--ATATATACTAATTTCA-AGCGCAC--TTGTA--ATTAGCAA-T--GAAAATAT-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAGCA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATATATTAA-------------------------------AAC------------------T-CATA-TGATTAAAAACAACTTTTAGGATA-----AACTCAGTTTGTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------C-------TC------------TTAAT-ACATCGATCGAATATT-TTGAAAAAAAAACGATTTGGACAA-AAAA-----TAG-TTCAGAGTGCA
gi|4 : aatcaaT---G---C--C-T-G-CCA-TT-G---A-A--T-T-AG---TTC-----TAT-------------------------A---T-C---------CT----C---------AT---CTC---T-AT-G---A------T---ATG----A-C--TTCATA------A---C----------A--C---C-AAGTT-GA-T--T-G--C-A-TTA-A-----A-----
gi|4 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatatTGCATTA------AACGA-CTC----CAACTA-----CT--------TCCA-------------T-T-G-C-A-TG-G---G-A--T-CTA-----T------TAT-------------------------A--AT-A---------GT----C----T-A--AT----TAT--C-ATGT---G------A---ATC----AGT--TTCATA------TACTC---------GG--C---C-TA--TTGC-C--T-G--CCA-TTG-A-----A-----TTCA--G---TTTACATC---GCT--A----TT-CTCATGACACGCTGG---C--C----TAT-ATCTCA-T--------C-TCC-AT-TG---A--T------AAG--TT-TATAG--TC------GC-CAA-ATG--C--C-T-GCA-TTGG-ATGAT-----TCC-A--TACTCCGG-T-C----AA--ATG-CCTGCAT-TG-------cgactccaactacttccattgcatgggatctattataatagtctaattatcatgtgaatcagtttcatatactcggcctattgcctgccattgaattcagtttacatcgctattctcatgacacgctggcctatatctcatctccattgataagtttatagtcgccaaatgcctgcattggatgattccatactccggtcaaatgcctgcattgaaatcgttctaataga
gi|4 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatattgcctgccattgaattagttctatatcctcatctctatgatatgacttcataacaccaagttgatA--TA-----CTC-----GGCCTA-TT---G---C--C-T-G-CCA-TT-G---A-A--TTC-AG---TT------TAC-------------------------A---T-C---------GCTATTC----T-C--AT-GAC-A---C-GC-T---G------G---------------CCTATA------T---C-------------T---C-A------T-C--T-C--C-A-TTG-A-----------T-AA--G---T------TT--A-T--A----GT-C-------------G---C--C----AA--AT---G-C--------C-TGC-AT-TG---G--A------T-GATTC-CAT--ACTCCG----GT-CAA-ATG--C--C-T-GCA-TTGA-Aaaatcgttctaataga
gi|4 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatattgcctgccattgaattagttctatatcctcatctctatgatatgacttcataacaccaagttgattgcattaaacgactccaactacttccattgcatgggatctattataatagtctaattatcatgtgaatcagtttcat----CA--CG-----CT------GGCCTATATCTCA---T--C-T-C-C-A-TT-G---A----T-A-AG---TT------TAT-------------------------A--GT-C---------GC----C----A-A--AT-GCCTG---C-AT-T---G------G---ATG----A-T--TCCATACT----C---C---------GG--T---CAAA--T-GC-C--T-G--C-A-TTG-A-----A-----atcgttctaataga
gi|5 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatattgcctgccattgaattagttctatatcctcatctctatgatatgacttcataacaccaagttgattgcattaaacgactccaactacttccattgcatgggatctattataatagtctaattatcatgtgaatcagtttcatatactcggcctattgcctgccattgaattcagtttacatcgctattctcatga-C-AGTC--TGTGCATTGACTCTCGAGAGATTTGTACAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAA------TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAACAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGTGAGAAATACCCATG--CAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-CCT-CATTCAAA-TTCCTAATGTTAAAA--TCATGATTTGTATTAATTATG-AT-CGG-AT-TCCATTACGCATTAAC--ATATATACCAATTTCA-AGCGCAC--TGGT---ATTAGC-T-TTAAAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-ACATTTATGTTT-CATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------T-CGTA-TGATT-AAAACAAGTTTTATGATAATATTAACTCAG--TTTATCA--TTGAGAGTAAAAGTCAAT------------ATTCCATTTCAAATAT-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATAAT--TTTGAACCA-AAAATTTTTTAG-TTCAGAGTGCAatcgttctaataga
gi|6 : GTGCATTGATTCGAGAGAGATGTGTACAA-GGC--TAAAGCCACGGTATTCTGGTATTTGATCAACGAA------TAGTTATGAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATGCCCATG--CAGTATTTCACTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCCTCATTTTAAA---TCATGTTATGTAATAATTATT-AT-CGG-AT-TCCATTACCCAAAAAC--A----------------AGCGCAC--TTGTA--ATTAGC-AAT--AAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATTTAAATTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTTG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACTAAATCCTATCAATTTGA----------TAAC------------------T-CATA-TGATT-AAAACAATTTTTTTTATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGGGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------T-------CCATTTCAAATCTTTTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATA---ATTTGGA-AA-AAAATAAATTAG-TTCAGAGTGCAtt
gi|7 : t-AATG-C--------C--TG--CAC-T--GGA----CGAC-A--TTCG-A--G-TC------G-GT-C-AGTG--CCTGCATTGctat
gi|7 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacagcatttgtttttcagttcgtcaatgttaggattaattttactttaaaatgtaGACGACATTCGAGTCGGTCA-G-T-GCCTGCATTG------GACGA-CTC----CA--CA-----GT------TCACCA-AT---GATGC--CAT-A-C---TC-GGCCA-A--T-C-AG---TT------TAT-------------------------A--GT-C---------GC----C----C-A--AT-GCATG---T-AT-T---A------G---ATG----A-C--ACCATAC-----T---C---------GG--C---C-AA--T-GC-C--T-G--C-A-TTG-A-----A-----T-GAC-G---C------C---A-T--A----CT-T-------------G---A--C----CA--AT---G-C--------C-TGT-AT-TG---AATC------A-G--TT-TATATGGTC------GG-CCA-ATG--C--C-T-GCA-TTGG-Agacgactccacagttcaccaatgatgccatactcggccaatcagtttatagtcgcccaatgcatgtattagatgacaccatactcggccaatgcctgcattgaatgacgccatacttgaccaatgcctgtattgaatcagtttatatggtcggccaatgcctgcattggacgacgccacactgggccaatgcct
gi|7 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacagcatttgtttttcagttcgtcaatgttaggattaattttactttaaaatgtaaatgcctgcactgGCAT-TG-------GC-CCAGT--GT-------GGCG--------TC--GTCCAAT-GCA-GGCATTG-----G-CCG--A----------------CC----A--TATA----AACTGATT-C-AATA-C--------A--GG--CAT-T--G-G----T--C-A--AGTATGGCG-TC------A-TT-C-AATG--CAGGCATTGGC---CGAGcgacgccacactgggccaatgcct
gi|7 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacagcatttgtttttcagttcgtcaatgttaggattaattttactttaaaatgtaaatgcctgcactggacgacattcgagtcggtcagtgcctgcattggacgactccacagttcaccaatgatgccatactcggccaatcagtttatagtcgcccaatgcatgtattagatgacaccataGTCGGCC--AAT-GCCTGCATTG------GACGA-CGC----CA--CA-----CT------GGGCCA-AT---G---C--C-T-ct
gi|8 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacagcatttgtttttcagttcgtcaatgttaggattaattttactttaaaatgtaaatgcctgcactggacgacattcgagtcggtcagtgcctgcattggacgactccacagttcaccaatgatgccatactcggccaatcagtttatagtcgcccaatgcatgtattagatgacaccatactcggccaatgcctgcattgaatgacgccatacttgaccaatgcctgtattgaatcagtttatatg--TG--CAT-T--G-G----CA-C-T--TTAAGA--G-TG------G-TC-C-AATG--CATGCGTTGGCTCTTCACAAATTGATCCAA-TGC--
gi|8 : aaacaatgtttaaatattgctatactattgatctatatcactattttgcaggaaaagcactggaaggggctaaacataattggaatagagagggggacactgtggtcatatcctgcagcagatatctgtattgtttttattaaaatcataatgcctttaatgaacacaagaattagtcggttttattttcttgatgaacaaaaattacagtcttcgaattgatgataaaagaggaaaatatatctaacgaaactaaacgtaaGAGT-GGTCCAA-T-GCATGCGTTG------G-----CTCTTCACA--AA-----TT------GATCCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TT-G---A-A--T-C-AG---TT------CAT-------------------------A--AT-C---------AG----C----C-A--AT-GTCTG---C-AA-T---A------A---ATG----A-C--TCCATAG-----T---C---------GG--C---C-AA--T-GC-C--T-G--C-G-TTG-A-----A-----ctgcattgaatcagttcataatcagccaatgtctgcaataaatgactccatagtcggccaatgcctgcgttgaa
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TGGAGTGTTAAATGTAATTTCCTTTGTCCAATCTATTTTTTAATCAAGTAATAACAACTTTTAAACCGTGTATTACAAATATCTTATTGTCAAGATTTCAAAAAAATGATGCACTGTGCAAAATTGTAATGACATTTTTTGGCAATTCAAATATTAGCAAAATATAGATGTTTTGGTGAACTAATAAAATTTCATATCCAAATTGGCGAATTTTTAACATAAATATATATAGATTTAGAATATTTAAATCTGCATTAAGGTAATGTTGAAAACTATCTAACTGTGTACACTGATGCAGTTGATTTAGATTTAACTTTTTTTGCAGTTTGTCAA
Unaligned ( gi|13 ): GAATGAACTATTTTTTTATTTGTCCAGTCTATTGTTTTCTTGAAATAGCGACTTTTCAGACATATATTGTGAATATCTTATTCTTAAGATTGCAAAAAAGTCTGAGGCATTGTGCACAATTATTATGATATTTTATGGCAATTTAAATATGTGCAAAATATGGACCTTCTGGTAAGCCAATGAAATTTTGTATCCATATCGGCAGAT
Unaligned ( gi|14 ): TAATATATTAAGATTTATGGCAAATTCAATTTTATTGAGCAAAAATATGGACACTTATTTGAAGTAAAGGCGAATTGTGAAATCTTTGTTTCCAAATTTCAGCATATTTGCAAATCGGAAAAAATAATTTAATTCAATTGAATAATAGAAAAATTATAAAATTGACATTATCATTGAGGCAAATGTTGAAAAAACATTCCCACA
Unaligned ( gi|17 ): GAGGCATTGCTTAAAATTATATTGATATTTTATGGCAATTTAAATATGAGCAAAATATGGACCTTTTGGTAAGCCAATGAAATCTTGTATCCAAATCAGCAGATTACTAACCGAAATATTTACACATTTAGAATATCTAAATCTGCATTGAGGCAATGTT
Unaligned ( gi|23 ): AATTTCAATATGAGTATGGACCTTATGGTAAGCCAATGAAATCTT
Unaligned ( gi|24 ): TTCAATAATATGCTGTAGGGGGGCATTAGTGTATCGCAATC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 2222 2222222 11111111111111 111111 22222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111 11111111111 4444444444444444444444444444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111111 444444444444444444 111111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 66666666666666666666666666666666666666 11111111 444444444444444 333333 111 111 11 111111 11 111111 11111 111 11111 11111 2222222222 44444444444444444444 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111 333 2222
lowQualScore : 5 5 3333 77 1111111 1 3 1 8888 33 44444444444444 1 5 444 777 33 2 4 2 5 2 2 444 2 33 2 2 666 444444 44444444444444444444444444444444444444444444444 555555 33 222 666 2 4 33333333333333 22222222222 2222222222222222222222222222 2 33 6 2 55 4 55 2 4 2 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 555 8888888888 2 2 2 666666666666666666 3 9 999999999 3 1 44 44 3 3 3 6 55 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 00 4 88888888888888888888888888888888888888 4 0 77 1 44 3 3 3 22222222 77 44 3 44 333333333333333 1 0 6666 888888 55 5 2 33 8 1 5 66 111111 444 0 111 8 8 0 0 11 0 8 6 6 6 6 6 777777 1 88 8 8 8 0 22 11 0 8 77 77 999999 44444 5 888 0 66 66 222 9999 4 4 777 11111 4 55555 4 66 0 5 5555555555 22222222222222222222 1 5 2 5 1 4444444444444444444444444444444444444444444444444 6 6 444 6 1111 6
lowQualScore : . . .... .. ....... . . . .... .. .............. . . ... ... .. . . . . . . ... . .. . . ... ...... ............................................... ...... .. ... ... . . .............. ........... ............................ . .. . . .. . .. . . . ....................................................................... .. ... .......... . . . .................. . . ......... . . .. .. . . . . .. ........................................................................................ .. . ...................................... . . .. . .. . . . ........ .. .. . .. ............... . . .... ...... .. . . .. . . . .. ...... ... . ... . . . . .. . . . . . . . ...... . .. . . . . .. .. . . .. .. ...... ..... . ... . .. .. ... .... . . ... ..... . ..... . .. . . .......... .................... . . . . . ................................................. . . ... . .... .
lowQualScore : 0 0 4444 77 7777777 2 3 1 9999 77 22222222222222 0 0 111 444 22 4 7 5 0 5 5 111 4 22 4 4 555 111111 11111111111111111111111111111111111111111111111 111111 22 666 555 4 7 22222222222222 22222222222 2222222222222222222222222222 2 11 7 2 33 4 33 4 7 4 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 88 000 9999999999 9 9 9 000000000000000000 3 3 222222222 3 6 66 66 3 3 3 7 55 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33 0 66666666666666666666666666666666666666 9 2 22 0 88 6 3 3 11111111 33 22 1 22 333333333333333 0 3 8888 888888 77 7 9 99 8 0 0 99 000000 000 6 888 0 0 8 8 00 6 0 7 7 7 7 7 777777 7 66 0 0 0 8 88 00 8 0 99 99 888888 33333 0 888 1 99 11 222 4444 4 4 888 11111 4 66666 4 11 4 0 0000000000 66666666666666666666 4 7 0 7 4 7777777777777777777777777777777777777777777777777 7 7 333 7 3333 7
consensus : NNNNNNGACGACATTCGAGTCGGTC--G-T-GCCTGCATTG------GACGA-CTC----CA--TA-----CT------GGNCCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TT-G---A-A--T-C-AG---TT------TAT-------------------------A--GT-C---------GN----C----C-A--AT-GCCTG---C-AT-T---G------G---ATG----A-C--TCCATA------T---C---------GG--C---C-AA--T-GC-C--T-G--C-A-TTG-A-----A-----T-CA--G---T------C---G-T--A----GT-C-------------G---C--C----CA--AT---G-C--------C-TGC-AT-TG---G--C------C-G--TC-CATAGACTC------GN-CCA-ATG--C--C-T-GCA-TTGG-AT--C-----TTG-A--TAGT---G-T-C----CA--ACG-CCTGCAT-TG-------GC-T-ATT--GT-------GGCG-----GAGTC--GGCCAAT-GCC-TGCATTG-----G-CTC--T----------------TG----A--TATAGTC-GANTGGTC-C-AATG-C--------C--TG--CAT-T--G-A----C--C-G--TTNATA--G-TC------G-CC-C-AATG--CGTGCATTGACTCTCGAGAGATTTGTNCAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAA------TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATACCCATG--CAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCCTCATGTTAAAA--TCATGTTATGTAATAATTATT-AT-CGG-AT-TCCATTACGCAAAAAC--ATATATACCAATTTCA-AGCGCAC--TTGTA--ATTAGC-T-T--AAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------T-CGTA-TGATTAAAAACAACTTTTATGATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------T-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATAAT-ATTTGGACCA-AAAATTTNTTAG-TTCAGAGTGCA
Reference ( family-215 ) : NNNNNNGACGACATTCGAGTCGGTC--G-T-GCCTGCATTG------GACGA-CTC----CA--TA-----CT------GGNCCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TT-G---A-A--T-C-AG---TT------TAT-------------------------A--GT-C---------GN----C----C-A--AT-GCCTG---C-AT-T---G------G---ATG----A-C--TCCATA------T---C---------GG--C---C-AA--T-GC-C--T-G--C-A-TTG-A-----A-----T-CA--G---T------C---G-T--A----GT-C-------------G---C--C----CA--AT---G-C--------C-TGC-AT-TG---G--C------C-G--TC-CATAGACTC------GN-CCA-ATG--C--C-T-GCA-TTGG-AT--C-----TTG-A--TAGT---G-T-C----CA--ACG-CCTGCAT-TG-------GC-T-ATT--GT-------GGCG-----GAGTC--GGCCAAT-GCC-TGCATTG-----G-CTC--T----------------TG----A--TATAGTC-GANTGGTC-C-AATG-C--------C--TG--CAT-T--G-A----C--C-G--TTNATA--G-TC------G-CC-C-AATG--CGTGCATTGACTCTCGAGAGATTTGTNCAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAA------TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATACCCATG--CAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCCTCATGTTAAAA--TCATGTTATGTAATAATTATT-AT-CGG-AT-TCCATTACGCAAAAAC--ATATATACCAATTTCA-AGCGCAC--TTGTA--ATTAGC-T-T--AAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------T-CGTA-TGATTAAAAACAACTTTTATGATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------T-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATAAT-ATTTGGACCA-AAAATTTNTTAG-TTCAGAGTGCA
gi|1 : ---C---------GG--C---C-AA--T-GCTC--T-GA-T-A-TTG-A-----A-----T-CA--G---T------TTATA-T--A----GTTC-------------GGTTC--T----CACCAT---G-TTT------C-TGTTAT-TG---A--A------T-GACTC-CATAAGCT--------T-CCATATG--C--C-TTGCA-TTGATAT--CAGT--TTG----TAGT---C-G-C----CATGAGG-TCTG-AT-TGATGC---GC-C-ATTTCATCTCTTCGGGCG-----GGG-C--GCCCAATTGCC-TGCATTG-----A-ATT--CAG--------------TG----T--TGTAGTCAGACCG--C-C-AATG-CCTTTTGGTC--TG--CAT-T--G-A-------T-GACTCCATA--ACTC------G-GC-C-AATGTACCTGAATTGAATC
gi|1 : cATTG------AATGA-CTC----CA--TAAG---CT--------TCCATAT---G---C--C-TTG-C-A-TT-G---ATA--T-C-AG---TT------TGT-------------------------A--GT-C---------G-----C----C-ATGAG-GTCTG-----AT-T---G----------ATGCGCCA-T--TTCATC------T---CTTCGGGCGGGG--CGCCC-AA--TTGC-C--T-G--C-A-TTG-A-----AT----T-CAGTG---T------T---G-T--A----GT-CAG-----------A---CCGC----CA--AT---G-CCTTTTGGTC-TGC-AT-TGAT-G--A------C----TC-CATA-ACTC------GG-CCA-ATGTAC--C-T-GAA-TTGA-AT--C-------------AGT---T-T-C----TA--------------------------T-ATA--GTC------GGCG-----GAGGT--GGCCAATCGTC-TGTATTG-----T-CGA--A----------------TGACCCA--TAAAGCC---TTTTTC-C-AATG-C--------CT-TT--CAT-GAAG-A----T--CAG--TCTATA--G-TA------GACC-C-AATG--C-TGCATTGACagtttctatatagtcggcggaggtggccaatcgtctgtattgtcgaatgacccataaagcctttttccaatgcctttcatgaagatcagtctatagtagacccaatgctgcattgacgaacgccatactggtccaatgcctgcatttgaatcgtttgtagtcgccgctgccatgtctgcatatggatgacgccataaactccgggccatgccttgcattggaatcagttgtgtagtcgcaccaatgccctgcattgaagactcgcatactctgggggggccaagcttgcattgaatcagctttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtaggtcaatgcctacattggatgatttgtccaaacgcctgcattgaaagaaatcctattctcctaatgcctgcattggctcttgagagattcatccaaagccagcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|1 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgtt-GTCTGCATTG-------ATGA-CTC----CA--TAA----CT------CGGCCA-AT---GTA-C--C-T-G-A-A-TT-G---A-A--T-C-AG---TTTCTA--TAT-------------------------A--GT-CGGCGGAGGTGG----C----C-A--ATCGTCTG---T-AT-TGTCG------A---ATG----A-C---CCATAAAGCCTT---T---------TT--C---C-AA--T-GC-CT-T-T--C-A--TG-AAG---A-----T-CA--G---T------CT--A-T--A----GT-A-------------GA--C--C----CA--AT---G----------C-TGC-AT-TG---A--CGAA---C-G---C-CAT--ACTG------GT-CCA-ATG--C--C-T-GCATTTGA-AT--CGT---TTG----TAGTC--G-C-CGCTGCC--ATG-TCTGCATATG-------G---------AT-------GACGCCATAAACTCCGGGCC-AT-GCCTTGCATTG-----GAATCAGT----------------TG-------TGTAGTC-GCA----C-C-AATGCC--------C--TG--CAT-T--G-AAGACT--C-G----CATA--C-TCTGGGGGG-GC-C-AA-G--CTTGCATTGAATCgaacgccatactggtccaatgcctgcatttgaatcgtttgtagtcgccgctgccatgtctgcatatggatgacgccataaactccgggccatgccttgcattggaatcagttgtgtagtcgcaccaatgccctgcattgaagactcgcatactctgggggggccaagcttgcattgaatcagctttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtaggtcaatgcctacattggatgatttgtccaaacgcctgcattgaaagaaatcctattctcctaatgcctgcattggctcttgagagattcatccaaagccagcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|1 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggcgcccaattgcctgcattgaattcagtgttgtagtcagaccgccaatgccttttgGCCAATC--G-T---CTGTATTGTCG---AATGA-C-C----CA--TAAAGCCTT------TTTCCA-AT---G---C--C-T-TTC-A-T--G---A-AGAT-C-AG---TC------TAT-------------------------A--GT-A---------GA----C----CCA--AT-GC-TG---C-AT-T----------G---ACGA---A-C--GCCATA------C---T---------GGT-C---C-AA--T-GC-C--T-G--C-ATTTG-A-----A-----T-CG--T---T------T---G-T--A----GT-C-------------G---C--CGCTGCC--AT---G-T--------C-TGC-ATATGGATG--A------C-G---C-CATAAACTCCG----GG-CC--ATG--C--CTT-GCA-TTGGAAT--CAG---TTGTG--TAGTC--G-CAC----CA--ATGCCCTGCAT-TGAAGACTCGCAT-ACT--CT-------GGGG-----G------GGCCAA--GCT-TGCATTGAATCAG-CTT--TANNNNNNNNNNNNNNNNN----N--NNNNNNN-AAGTAGGT-C-AATG-C--------C--TA--CAT-T--G-----------G--ATGAT-----TT------G-TC-CAAACG--CCTGCATTGAagctttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtaggtcaatgcctacattggatgatttgtccaaacgcctgcattgaaagaaatcctattctcctaatgcctgcattggctcttgagagattcatccaaagccagcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|1 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggcgcccaattgcctgcattgaattcagtgttgtagtcagaccgccaatgccttttggtctgcattgatgactccataactcggccaatgtacctgaattgaatcagtttctatatagtcggcggaggtgCTGCATTG-------ACGAACGC----CA--TA-----CT------GGTCCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TTTG---A-A--T-C--G---TT------TGT-------------------------A--GT-C---------GC----CGCTGC-C--AT-GTCTG---C-ATAT---G------G---ATG----A-C--GCCATAAAC---T---CCG-------GG--C---C-A---T-GC-C--TTG--C-A-TTGGA-----A-----T-CA--G---T------T---G-TGTA----GT-C-------------G---CA-C----CA--AT---G-C--------CCTGC-AT-TGAA-G--A------C----TCGCATA--CTCTGGGGGGG-CCA-A-G--C--T-T-GCA-TTGA-AT--C-------------AGC---T-T-T----AN--NNN-NNNNNNN-NN-------NN-N-NNN--NN-------NNNN-----AAGTA--GGTCAAT-GCC-TACATTG------------------------------G----A--T-------GATTTGTC-CAAACG-C--------C--TG--CAT-T--G-A----A--A-GAAATCCTA--T-TC------T-CC-T-AATG--CCTGCATTGGCTCTTGAGAGATTCATCCAA-AGC--CAaagaaatcctattctcctaatgcctgcattggctcttgagagattcatccaaagccagcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|1 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggcgcccaattgcctgcattgaattcagtgttgtagtcagaccgccaatgccttttggtctgcattgatgactccataactcggccaatgtacctgaattgaatcagtttctatatagtcggcggaggtggccaatcgtctgtattgtcgaatgacccataaagcctttttccaatgcctttcatgaagatcagtctatagtagacccaatgCCTGCATTG------AA-GA-CTCG---CA--TA-----CTCTGGGGGGGCCA-A----G---C--T-T-G-C-A-TT-G---A-A--T-C-AGC--TT------TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA--GT-A---------GG----T----C-A--AT-GCCTA---C-AT-T---G------G---ATG----A-T--T---TG------T---C-------------C---A-AA--C-GC-C--T-G--C-A-TTG-A-----A--------A--GAAAT------C---C-T--A----TT-C-------------T---C--C----TA--AT---G-C--------C-TGC-AT-TG---G--C------T-C--TT-GAGAGATTC------AT-CCA-AAG--C--C-A-GCA-TTGG-CT--C-----TTG-AAATAGT---GGT-C----CC--ACG-CTTGCAT-TG-------AC-T-TTT--GT-------GACA-----GAGTT--GGGCAAT-TCC-TGCATTT-----G-CTC--C----------------TG----A--AATAGTC-GAGTGGAC-T-AATG-C--------C--AG--TAT-T--G-A----C--C-A--TTGAGA--G-TC------G-CC-A-AGTA--TGTACATTGACTCTCGAGAGATTTATCCAA-GATTATAAAGCCAAGGTATGCGGGTATTTGATCAAAGAATACTTGTAGTTATAAATTTCTGCATTGG-TTTAATGCAATGAAAAG---TTTTCCTA-TATTGTA-A-TATTGGCGAGA----------------ATTTCATTTCGTATTAGTGGTTTGCTGTCA-TTGCTA-ACT-CATTCAGATTTCCCC-----------TCATGTTATGT-ATAATGATTGATACGG-ATCTCCATTACGCAAAAACATATATATACCAATTTCA-AGCGCAT--TTGAA--Agcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|10 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggcgcccaattgcctgcattgaattcagtgttgtagtcagaccgccaatgccttttggtctgcattgatgactccataactcggccaatgtacctgaattgaatcagtttctatatagtcggcggaggtggccaatcgtctgtattgtcgaatgacccataaagcctttttccaatgcctttcatgaagatcagtctatagtagacccaatgctgcattgacgaacgccatactggtccaatgcctgcatttgaatcgtttgtagtcgccgctgccatgtctgcatatggatgacgccataaactccgggccatgccttgcattggaatcagttgtgtagtcgcaccaatgc-CAA---TATGGATAAAAGCTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-ACATTGACGTTTCCATACCAA---C-----TTTCT-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAATTACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATATAAAATGGCGAAGTAACAAAGTAGTATCTGATAACT-CATA-TGATTAAAAACAACTTTTATGACAA-ATTAACTCAGGTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAATATTCCATTTCAAAT-------------T-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATA-ATGAAAAA--AATAATTTGGACCA-AAAA---ATTAG-TTCCGAGTGCA
gi|11 : acgaCCA-AT---G---C--C-TTG-C-AGTT-G---A-A--T-C-AA---ATGTACAATAC-------------------------A--GTAC---------CG----C----C-A--AC-TACTG---CGAT-T---GC-----GCACATG----A-CG-TCTATA------A---T---------GGGGC---C-CA--TAGC-C--TTG--C-C-ATG-AGATCCA-----C-CA--G---T------C---C-T--ATCCAGT-C-------------A---C--C----AA--TT---GTC--------C-TGC-AT-TG---A--CGAATGAC-G--TC-TCTACACTG------GG-CCA-ATG--CACC-T-GCA-TTGA-AT--CAGTTTTTT-A--TACTTC-A-C-C----AA--ATG-TCTGT------------GC-C-ATT----------------------------GCCAA----C-TG-A-TG-----G-AAC--------------------G----G--TTTAATC--ACTGGGCAC-AATG-C--------CCTTGCTCAT-T--G-AAT--C--A-GC-TTTGTA--G-TC------G-CCGC-AATA--C-TGCATTGAtt
gi|11 : CCTGCATTGACGAATGACGT-CTC----TA--CA-----CT------GGGCCA-AT---G---CACC-T-G-C-A-TT-G---A-A--T-C-AGTTTTT------TAT-------------------------AC-TT-C---------AC----C----A-A--AT-GTCTGTGCC-AT-T---GCCAACTG---ATGGA--A-CGGTTTA-A------T---CACTG-----GG--CA--C-AA--T-GC-CCTT-GCTC-A-TTG-A-----A-----T-CA--GCT-T------T---G-T--A----GT-C-------------G---C--CG---CA--AT---A----------C-TGC-AT-TG---
gi|12 : ccaatgccttgcagttgaatcaaatgtacaatacagtaccgccaactactgcgattgcgcacatgacgtctataatggggcccatagccttgccatgagatccaccagtcctatccagtcaccaattgtCAT--TTGTA--ATTAGC-T-TT-AAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAATA--AT--TA---TTATCAACA----G-T-ACATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGATC-----ATGTTTTGT--GAA-TACATCGATTAAACCAAATACTTTCAATCTGA----------TAAG------------------A-CATA-TGATTAAAGACAACTTTTATGATAA-AATAAATCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAATTTTCC-------AT-------------TTCAAATATC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATA---ATTTGGTCCAGAAAAGTTGTT---TTCAa
gi|15 : GCGCACAATTGTATCATTGGT-T-T--AGCAAGAGCATATTTA-CAC---A-TGGATAATAGTTGCAACATTATTATA---TAATCAACA----G-TAACGTTGATGTTGCT-TATAAA---CAATATTTCCGACTGATCCCTTAGT-TTCTGTTGAAA-TACATA
gi|16 : ttattttgggatactcattttaaacaaaacattcagaac--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGCTTCCATATCAA---C-----TTTCG-CCGACC-----AT-TTTTGT--TTA-TACATAGATGAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------T-CATA-TAATTAAAAACAACTTTTATTATAA-ATTAACTAAGTTTTTATCATTTTGAAAGTAAAAGTCAGT------------AT-------------T-------CC------------atatcta
gi|18 : ---A-A--T-C-AG---TT------TAT-------------------------ATAGT-C---------GG----C----C-A--AT-GTCTG---T-GT-T---A------A---ATG----T-C--TCCATAGCCT--T---C---------CA--TG--C-AA--T-GC-C--T-T--C-A-TTA-A-----A-----T-CA--GT--T------T---G-T--A----GT-C-------------G---C--C----CA--AT---G-T--------C-TGC-AT-atttcaa
gi|19 : -----TTGTCAA---GCTAGATGAGATTTGCCACA--AT--CAC--TGATAAATACTAAG-T-GCAGTGACTCTTCCATATCAAATTC-----TCTTG-CTGACCA----AC-TTATGT--G
gi|2 : tat-CTC----CA--TA-----GT------CGGCCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TT-G---A-A--T-C-AG---TT------ATT-------------------------A--GT-A---------GA----C----C-A--AT-GCCTG---C-AT-T---G------G---ATG----A-C--T---TG------T---C---------GC--C---C-A---C-GC-C--T-G--T-AATTG-A-----AAGAAAT-CA--A---T---------------A----TT-C-------------T---C--C----TA--AC---G-C--------C-TGC-AT-TG---G--C------T-G--TT-CAGAGATTC------ATGCCA-AAG--C--C-A-GCA-TTGG-CT--C-----TTG-AA-TAGT---G-T-C----CA--ACG-C-TGCAT-TG-------GC-T-TTTT-GT-------GACA-----GAGTTT-GGGTAAT-GCC-TGTATTG-----GGCTC--T----------------TG----AAATCTAGTC-GAGTGGTC-T-ACTG-C--------C--AG--TATAT--G-T----CT-C-A--TTGATA--G-CC------G-TCTC-AGTC--TGTGCATTGACTCTCGAGAGATTTGTACAAAGGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAAA-----TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAACAGAATTTTTG-TACTATTGTAGATTCTTTGTGAGAAATACCCATAGCCAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CAATTGCTACATTTCATTCAAA-TTCCTAATGTTAAAAAATCATGATTTGTGTTAATTATG-AT-CGGGAT-TCCAT-ACGCATTAAC--ATATATACCAATTTCATAGCGCAC--TTGTA--ATTAGC-T-T--AAAAAGAA-----TTG-CAAGAAAATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TAATTTAATCAACA----GGT-ACATTTATGTTTCAATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--G-A-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------TCCGTATTGATT-AAAACAAGTTTTATGATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------ATTCTTATTCATAAAT-------TC------------TTAATAACATTGATCGAATATTAATGAAAAAATA---ATTTGAACCA-AAAATTTTTTAGATTCAGAGTGCA
gi|20 : gC-C-AATG-C--------C--TG--CAT-T--G-AAT--C--A-G--TTTATA--A-TA------G-AC-C-AATG--CCTGCATTG----------------TACAA-GGC--TAAAGCCCCGATATGCTGGTATTTGATCAAAtatat
gi|21 : G-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCTTCATGTT-CAA--TCATGTTATGTAATAATt
gi|22 : C----CA--TA-----TT------GGTCCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TT-G---A-A--G-C-AG---TT------TGC-------------------------A--TT-C---------GC----C----C-A--
gi|25 : cgCTG---T-AT-T---G------A---ATG----A-C--GCCATAC-----T---T---------GG--C---C-AA--T-GC-C--T-G--
gi|3 : GATGACATT-------GTC--G-TTACCTGCATTG------GACGA-CGC----CA--TA-----CT------GGTCCA-AT---A---C--C-T-G-C-A-TT-G---A-T--T-C-AG---TT------TAT-------------------------A--GT-A---------GA----C----C-A--AT-GCCTG---C-AT-T---G------G---ATG----A-C-----ATG------T---C---------GC--C---C-AA--C-GC-C--T-G--C-A-TTG-A-------------CA--GAAAT------C---A-T--A----TT-C-------------T---C--A----TA--AC---G-C--------C-TGC-AT-TG---G--C------T-G--TT-CAGAGATTC------AT-CCA-AAG--C--C-T-TCA-TTGG-CT--C-----TTG-AAATAGT---G-TTC----CA--ACG-CCTGCAT-TG-------GC-T-ATT--GT-------GACA-----GAGTT--GGGTAAC-GTC-TGTATTG-----G-CTC--T----------------TG----A--TATAGTC-GAGTGGTC-T-ACTG-C--------C--AG--AAT-T--G-T----C--C-A--TTGAGA--A-TC------G-CC-C-AGTA--TGTACATTGACTCTCGAGATATTTGTGCAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAGGAA------TACTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATACCCATG--CAGGATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCTAT-TTCGTCATGTT-AAA--TCATGTTATGTAATAATTATT-TT-CGG-AT-TCCATTACGCAAAAAC--ATATATACTAATTTCA-AGCGCAC--TTGTA--ATTAGCAA-T--GAAAATAT-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAGCA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATATATTAA-------------------------------AAC------------------T-CATA-TGATTAAAAACAACTTTTAGGATA-----AACTCAGTTTGTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------C-------TC------------TTAAT-ACATCGATCGAATATT-TTGAAAAAAAAACGATTTGGACAA-AAAA-----TAG-TTCAGAGTGCA
gi|4 : aatcaaT---G---C--C-T-G-CCA-TT-G---A-A--T-T-AG---TTC-----TAT-------------------------A---T-C---------CT----C---------AT---CTC---T-AT-G---A------T---ATG----A-C--TTCATA------A---C----------A--C---C-AAGTT-GA-T--T-G--C-A-TTA-A-----A-----
gi|4 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatatTGCATTA------AACGA-CTC----CAACTA-----CT--------TCCA-------------T-T-G-C-A-TG-G---G-A--T-CTA-----T------TAT-------------------------A--AT-A---------GT----C----T-A--AT----TAT--C-ATGT---G------A---ATC----AGT--TTCATA------TACTC---------GG--C---C-TA--TTGC-C--T-G--CCA-TTG-A-----A-----TTCA--G---TTTACATC---GCT--A----TT-CTCATGACACGCTGG---C--C----TAT-ATCTCA-T--------C-TCC-AT-TG---A--T------AAG--TT-TATAG--TC------GC-CAA-ATG--C--C-T-GCA-TTGG-ATGAT-----TCC-A--TACTCCGG-T-C----AA--ATG-CCTGCAT-TG-------cgactccaactacttccattgcatgggatctattataatagtctaattatcatgtgaatcagtttcatatactcggcctattgcctgccattgaattcagtttacatcgctattctcatgacacgctggcctatatctcatctccattgataagtttatagtcgccaaatgcctgcattggatgattccatactccggtcaaatgcctgcattgaaatcgttctaataga
gi|4 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatattgcctgccattgaattagttctatatcctcatctctatgatatgacttcataacaccaagttgatA--TA-----CTC-----GGCCTA-TT---G---C--C-T-G-CCA-TT-G---A-A--TTC-AG---TT------TAC-------------------------A---T-C---------GCTATTC----T-C--AT-GAC-A---C-GC-T---G------G---------------CCTATA------T---C-------------T---C-A------T-C--T-C--C-A-TTG-A-----------T-AA--G---T------TT--A-T--A----GT-C-------------G---C--C----AA--AT---G-C--------C-TGC-AT-TG---G--A------T-GATTC-CAT--ACTCCG----GT-CAA-ATG--C--C-T-GCA-TTGA-Aaaatcgttctaataga
gi|4 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatattgcctgccattgaattagttctatatcctcatctctatgatatgacttcataacaccaagttgattgcattaaacgactccaactacttccattgcatgggatctattataatagtctaattatcatgtgaatcagtttcat----CA--CG-----CT------GGCCTATATCTCA---T--C-T-C-C-A-TT-G---A----T-A-AG---TT------TAT-------------------------A--GT-C---------GC----C----A-A--AT-GCCTG---C-AT-T---G------G---ATG----A-T--TCCATACT----C---C---------GG--T---CAAA--T-GC-C--T-G--C-A-TTG-A-----A-----atcgttctaataga
gi|5 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatattgcctgccattgaattagttctatatcctcatctctatgatatgacttcataacaccaagttgattgcattaaacgactccaactacttccattgcatgggatctattataatagtctaattatcatgtgaatcagtttcatatactcggcctattgcctgccattgaattcagtttacatcgctattctcatga-C-AGTC--TGTGCATTGACTCTCGAGAGATTTGTACAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAA------TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAACAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGTGAGAAATACCCATG--CAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-CCT-CATTCAAA-TTCCTAATGTTAAAA--TCATGATTTGTATTAATTATG-AT-CGG-AT-TCCATTACGCATTAAC--ATATATACCAATTTCA-AGCGCAC--TGGT---ATTAGC-T-TTAAAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-ACATTTATGTTT-CATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------T-CGTA-TGATT-AAAACAAGTTTTATGATAATATTAACTCAG--TTTATCA--TTGAGAGTAAAAGTCAAT------------ATTCCATTTCAAATAT-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATAAT--TTTGAACCA-AAAATTTTTTAG-TTCAGAGTGCAatcgttctaataga
gi|6 : GTGCATTGATTCGAGAGAGATGTGTACAA-GGC--TAAAGCCACGGTATTCTGGTATTTGATCAACGAA------TAGTTATGAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATGCCCATG--CAGTATTTCACTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCCTCATTTTAAA---TCATGTTATGTAATAATTATT-AT-CGG-AT-TCCATTACCCAAAAAC--A----------------AGCGCAC--TTGTA--ATTAGC-AAT--AAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATTTAAATTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTTG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACTAAATCCTATCAATTTGA----------TAAC------------------T-CATA-TGATT-AAAACAATTTTTTTTATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGGGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------T-------CCATTTCAAATCTTTTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATA---ATTTGGA-AA-AAAATAAATTAG-TTCAGAGTGCAtt
gi|7 : t-AATG-C--------C--TG--CAC-T--GGA----CGAC-A--TTCG-A--G-TC------G-GT-C-AGTG--CCTGCATTGctat
gi|7 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacagcatttgtttttcagttcgtcaatgttaggattaattttactttaaaatgtaGACGACATTCGAGTCGGTCA-G-T-GCCTGCATTG------GACGA-CTC----CA--CA-----GT------TCACCA-AT---GATGC--CAT-A-C---TC-GGCCA-A--T-C-AG---TT------TAT-------------------------A--GT-C---------GC----C----C-A--AT-GCATG---T-AT-T---A------G---ATG----A-C--ACCATAC-----T---C---------GG--C---C-AA--T-GC-C--T-G--C-A-TTG-A-----A-----T-GAC-G---C------C---A-T--A----CT-T-------------G---A--C----CA--AT---G-C--------C-TGT-AT-TG---AATC------A-G--TT-TATATGGTC------GG-CCA-ATG--C--C-T-GCA-TTGG-Agacgactccacagttcaccaatgatgccatactcggccaatcagtttatagtcgcccaatgcatgtattagatgacaccatactcggccaatgcctgcattgaatgacgccatacttgaccaatgcctgtattgaatcagtttatatggtcggccaatgcctgcattggacgacgccacactgggccaatgcct
gi|7 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacagcatttgtttttcagttcgtcaatgttaggattaattttactttaaaatgtaaatgcctgcactgGCAT-TG-------GC-CCAGT--GT-------GGCG--------TC--GTCCAAT-GCA-GGCATTG-----G-CCG--A----------------CC----A--TATA----AACTGATT-C-AATA-C--------A--GG--CAT-T--G-G----T--C-A--AGTATGGCG-TC------A-TT-C-AATG--CAGGCATTGGC---CGAGcgacgccacactgggccaatgcct
gi|7 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacagcatttgtttttcagttcgtcaatgttaggattaattttactttaaaatgtaaatgcctgcactggacgacattcgagtcggtcagtgcctgcattggacgactccacagttcaccaatgatgccatactcggccaatcagtttatagtcgcccaatgcatgtattagatgacaccataGTCGGCC--AAT-GCCTGCATTG------GACGA-CGC----CA--CA-----CT------GGGCCA-AT---G---C--C-T-ct
gi|8 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacagcatttgtttttcagttcgtcaatgttaggattaattttactttaaaatgtaaatgcctgcactggacgacattcgagtcggtcagtgcctgcattggacgactccacagttcaccaatgatgccatactcggccaatcagtttatagtcgcccaatgcatgtattagatgacaccatactcggccaatgcctgcattgaatgacgccatacttgaccaatgcctgtattgaatcagtttatatg--TG--CAT-T--G-G----CA-C-T--TTAAGA--G-TG------G-TC-C-AATG--CATGCGTTGGCTCTTCACAAATTGATCCAA-TGC--
gi|8 : aaacaatgtttaaatattgctatactattgatctatatcactattttgcaggaaaagcactggaaggggctaaacataattggaatagagagggggacactgtggtcatatcctgcagcagatatctgtattgtttttattaaaatcataatgcctttaatgaacacaagaattagtcggttttattttcttgatgaacaaaaattacagtcttcgaattgatgataaaagaggaaaatatatctaacgaaactaaacgtaaGAGT-GGTCCAA-T-GCATGCGTTG------G-----CTCTTCACA--AA-----TT------GATCCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TT-G---A-A--T-C-AG---TT------CAT-------------------------A--AT-C---------AG----C----C-A--AT-GTCTG---C-AA-T---A------A---ATG----A-C--TCCATAG-----T---C---------GG--C---C-AA--T-GC-C--T-G--C-G-TTG-A-----A-----ctgcattgaatcagttcataatcagccaatgtctgcaataaatgactccatagtcggccaatgcctgcgttgaa
blockSeqs : C C CAA TA ACGAATG T A T TTCA AC CTCTGGGGG G T CTC ATG AC A T T C G T GCC . GA T T TTT GTACAA NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGTAGG GCTGC . CGT TGC G A GCCAACTG GAACGGTT AAGCCTTTTTC A GT T . CT T CT C T G ATTCAGTTTACATCGCTATTCTCATGACACGCTGGCC T CTC CCTTTTGGT C . A ACGAATGACG G A TGGGGGGG . T TA AC T . T A GA AGTTGTGTAGTCGCACCAATGCCCTGCATTGAAGACTCGCATACTCTGGGGG TC T AATCAGCTTTANNNNNNNNNNNNNNNNNN A G T TT A A C . CT CT A AA AAGACTCG T GCG TGGGGG AC G A . T C A TA A . AAT C G GC . . A C T . AAAAAA G G . G . TT . T AA TC TTTA CATAT T GAA TT TA ATT CTAA G A ATT AATAT A CCTTA G TG . . TC A T A T T ATTCTTATTCATAAATTC A A ACG G GTTG A
blockSeqs : C AG G TCGA T . G G . AAGCCTTT T . . TA . . . . C . . . . . . . C TCTA AGTCGGCGGAGGTGG CC . GC T . G GCGCAC AACGC AACTCCGGGC . . A . T T . . A . GATCCACCAGTCCTATCCAGTCACC . . TC . . . ACGAACG . G CGGG . T . . . . . . . GTTTGTAGTCGCCGCTGCCATGTCTGCATATGGATGACGCCATAAACTCCG T . TCGAATGACCCA G A A GG . . . . T . . . AATCAGCT C G . G T . . C A . . . . A . . . . . . . . . AAAA A T . . . AA . . . . AAT . . . . . C . . . . . . A . . . . A A . A . T ATTCCATTTCAAATATTC . . AT . TTTT .
blockSeqs : . AA G A C . T . . ACTC T . . . . . . . . . . . . . . . . C ATCGCTATT C . GT . . . GTCGA ACGTC TCACTGGGCA . . T . . . . . . . ATTCAGTGTTGTAGTCAGACCGC . . T . . . GATGACG . C CGGT . T . . . . . . . TTGAAATAGTGGTCCCACGCTTGCATTGACTTTTGTGACAGAGTT T . GGCTCTTGAAA N G G GT . . . . . . . . GACGACAT G C . T . . . C A . . . . A . . . . . . . . . CAA A G . . . TT . . . . AAT . . . . . . . . . . . . . . . . . T G . A . T TTTCCATTTCAAATATC . . . . TTTT .
blockSeqs : . G G G C . T . . CTCG G . . . . . . . . . . . . . . . . . ATAGTCGG C . GC . . . GG AGTTT GCCTTCCATG . . . . . . . . . . AGATCAGTCTATAGTAGACC . . C . . . GATGAT . G ATG . A . . . . . . . TTGAAATAGTGTTCCAACGCCTGCATTGGCTATTGTGACAGAGTT T . GAATCAGTTG A G T GA . . . . . . . . AAAGAAA C T . C . . . G G . . . . A . . . . . . . . . AAA A T . . . AA . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . T A . . . T ATTCCATTTCAAATCTT . . . . TAAA .
blockSeqs : . A C . T . . CTG G . . . . . . . . . . . . . . . . . AGTACCG C . TA . . . GG ACGC TACTCGGC . . . . . . . . . . ATCGTTTGTAGTCGCCGCTG . . C . . . AATCAG . G GG . T . . . . . . . TTGAATAGTGTCCAACGCTGCATTGGCTTTTTGTGACAGAGTTT T . GCTCCTGA T G G GG . . . . . . . . AATCAGT G G . C . . . G A . . . . . . . AAA A . . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . T G . . . T ATTCC . . . . . .
blockSeqs : G C . G . . CTG G . . . . . . . . . . . . . . . . . ACTTCAC A . GT . . . AA TCTC ATGGGGC . . . . . . . . . . ATCAGTTGTGTAGTCGCAC . . T . . . ATGAC . G GT . A . . . . . . . AGCTTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGTA C . GCTCTTGA C G C GT . . . . . . . . ATCAGT T G . C . . . C A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T A . . . . ATCTC
blockSeqs : G C . T . . GTC T . . . . . . . . . . . . . . . . . AGTAGA C . GT . . . GG ACGC CTCCGGT . . . . . . . . . . ATCAGCTTTGTAGTCGCCG . . C . . . AAGAC . T AT . A . . . . . . . AGTTTTTTATACTTCACCAAATGTCTGTGCCATT T . GCCGACCA A A G GT . . . . . . . . TCTCAT G G . T . . . G C . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G C . T . . TTG T . . . . . . . . . . . . . . . . . AGTCGC C . GC . . . GA ACTT CTGGTC . . . . . . . . . . AAGAAATCAATATTCTCC . . C . . . ATAAG . . GG . T . . . . . . . AGTTTCTATATAGTCGGCGGAGGT . . GAACGG A . G AT . . . . . . . . GCACTT T A . A . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . CTG T . . . . . . . . . . . . . . . . . AGTAGA C . GC . . . GG ATTC CTTGGC . . . . . . . . . . AAGAAATCCTATTCTCC . . T . . . GCTC . . AT . T . . . . . . . . . GA . . C . . . . . . . . . ACCAT G A . C . . . G
blockSeqs : . . . T . . CTG C . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTCGC C . GA . . . AT ACAC CTCGGC . . . . . . . . . . ATCAGTTTGTAGTCGCC . . C . . . GCTG . . GC . T . . . . . . . . . . . . . . TCCAT C G . G . . . C
blockSeqs : . . . . GTT C . . . . . . . . . . . . . . . . . AGTAGA T . GC . . . GA ACTC GTCGGC . . . . . . . . . . CAGAAATCATATTCTCA . . C . . . GCTG . . GG . . . . . . . . . . . . . . . GTCAA T G . T . . . A
blockSeqs : . . CTG A . . . . . . . . . . . . . . . . . AATAGT T . GC . . . GG ACC TCGCC . . . . . . . . . . ATGACGCCATACTTGAC . . . . . . . . . . GA A . . T . . . A
blockSeqs : . . TTG G . . . . . . . . . . . . . . . . . AGTCGC A . GT . . . GG ATT TCGCC . . . . . . . . . . TAAGTTTATAGTCGCC . . . . . . . . . .
blockSeqs : . CT T . . . . . . . . . . . . . . . . . AGTCGC C . . . . . AG ACT ACAC . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . AATCAG C . . . . . AA AC TCC . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . ATCCT . . . . . G CC TCT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : AG** CTG*********** AGTCGN***************************************** ** GG************ ACTC******* CTCGGC********************** ** ** C********* GATGACG*********** GN******* T* GCTCNTGA****************************** G* GT ******** GATCAT********* G*** ** ****** *** A** AAA*** N* ** NAT*** ********** T******************* *** TTTN
originalCons : NNNNNNGACGACATTCGAGTCGGTC--G-T-GCCTGCATTG------GACGA-CTC----CA--TA-----CT------GGNCCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TT-G---A-A--T-C-AG---TT------TAT-------------------------A--GT-C---------GN----C----C-A--AT-GCCTG---C-AT-T---G------G---ATG----A-C--TCCATA------T---C---------GG--C---C-AA--T-GC-C--T-G--C-A-TTG-A-----A-----T-CA--G---T------C---G-T--A----GT-C-------------G---C--C----CA--AT---G-C--------C-TGC-AT-TG---G--C------C-G--TC-CATAGACTC------GN-CCA-ATG--C--C-T-GCA-TTGG-AT--C-----TTG-A--TAGT---G-T-C----CA--ACG-CCTGCAT-TG-------GC-T-ATT--GT-------GGCG-----GAGTC--GGCCAAT-GCC-TGCATTG-----G-CTC--T----------------TG----A--TATAGTC-GANTGGTC-C-AATG-C--------C--TG--CAT-T--G-A----C--C-G--TTNATA--G-TC------G-CC-C-AATG--CGTGCATTGACTCTCGAGAGATTTGTNCAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAA------TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATACCCATG--CAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCCTCATGTTAAAA--TCATGTTATGTAATAATTATT-AT-CGG-AT-TCCATTACGCAAAAAC--ATATATACCAATTTCA-AGCGCAC--TTGTA--ATTAGC-T-T--AAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------T-CGTA-TGATTAAAAACAACTTTTATGATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------T-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATAAT-ATTTGGACCA-AAAATTTNTTAG-TTCAGAGTGCA
finalCons : NNNNNNGACGACATTCGAGTCGGTCAG--T-GCCTGCATTG------GACGA-CTC----CA--TACTG-----------GNCCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TT-G---A-A--T-C-AG---TT------TATAGTCGN-----------------------------------------C----C-A--AT-GCCTG---C-AT-TGG------------ATGACTC-------CATACTCGGC----------------------C-AA--T-GC-C--T-G--C-A-TTG-A-----A-----T-CA--G---T------C---G-T--A----GT-C-------------G---C--C----CA--AT---GC---------C-TGC-AT-TGGATGACG-----------TC-CATAGACTCGN-------CCA-ATG--C--C-T-GCA-TTGG-AT--C-----TTG-A--TAGT---G-T-C----CA--ACG-CCTGCAT-TG-------GC-T-ATT--GT-------GGCG-----GAGTC--GGCCAAT-GCC-TGCATTGGCTCNTGA------------------------------TATAGTCG-ANTGGTC-C-AATG-C--------C--TG--CAT-T--GGATCAT---------TNATAG---TC------G-CC-C-AATG--CGTGCATTGACTCTCGAGAGATTTGTNCAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAA------TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATACCCATG--CAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCCTCATGTTAAA---TCATGTTATGTAATAATTATN-AT-CGG-AT-TCCATTACGCAAAAAC--ATATATACCAATTTCA-AGCGCAC--TTGTA--ATTAGCNAT---AAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAACT-------------------CGTA-TGATTAAAAACAACTTTTATGATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------T-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATGAAAAAATA---ATTTGGACCA-AAAATTTNTTAG-TTCAGAGTGCA
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TGGAGTGTTAAATGTAATTTCCTTTGTCCAATCTATTTTTTAATCAAGTAATAACAACTTTTAAACCGTGTATTACAAATATCTTATTGTCAAGATTTCAAAAAAATGATGCACTGTGCAAAATTGTAATGACATTTTTTGGCAATTCAAATATTAGCAAAATATAGATGTTTTGGTGAACTAATAAAATTTCATATCCAAATTGGCGAATTTTTAACATAAATATATATAGATTTAGAATATTTAAATCTGCATTAAGGTAATGTTGAAAACTATCTAACTGTGTACACTGATGCAGTTGATTTAGATTTAACTTTTTTTGCAGTTTGTCAA
Unaligned ( gi|13 ): GAATGAACTATTTTTTTATTTGTCCAGTCTATTGTTTTCTTGAAATAGCGACTTTTCAGACATATATTGTGAATATCTTATTCTTAAGATTGCAAAAAAGTCTGAGGCATTGTGCACAATTATTATGATATTTTATGGCAATTTAAATATGTGCAAAATATGGACCTTCTGGTAAGCCAATGAAATTTTGTATCCATATCGGCAGAT
Unaligned ( gi|14 ): TAATATATTAAGATTTATGGCAAATTCAATTTTATTGAGCAAAAATATGGACACTTATTTGAAGTAAAGGCGAATTGTGAAATCTTTGTTTCCAAATTTCAGCATATTTGCAAATCGGAAAAAATAATTTAATTCAATTGAATAATAGAAAAATTATAAAATTGACATTATCATTGAGGCAAATGTTGAAAAAACATTCCCACA
Unaligned ( gi|17 ): GAGGCATTGCTTAAAATTATATTGATATTTTATGGCAATTTAAATATGAGCAAAATATGGACCTTTTGGTAAGCCAATGAAATCTTGTATCCAAATCAGCAGATTACTAACCGAAATATTTACACATTTAGAATATCTAAATCTGCATTGAGGCAATGTT
Unaligned ( gi|23 ): AATTTCAATATGAGTATGGACCTTATGGTAAGCCAATGAAATCTT
Unaligned ( gi|24 ): TTCAATAATATGCTGTAGGGGGGCATTAGTGTATCGCAATC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111111 11111 1111111 2222222222222222222222222 1111111111 111111111111111 222222222222222222 11111 1111111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222222222222222222222222 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 666666666666666666666666666666666666666 11111111 111111111111 333333 111 111 11 111 11 11 11111 111 11111 11111 2222222222 44444444444444444444 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111 111 2222
lowQualScore : 5 5 6 5 5 5 4 9999999 0 3 2 9999 33 11111 3333333 1 5 666 444 33 2 4 2 5 2 2 444 2 55 2 2 666 2 999999 3333333333333333333333333 666 2 88888 777777 33 88888888 77777 4 5555555555 111111111111111 000000000000000000 2 666 2 2 7 33 2 33 4 11111 2 5 2 2222222222222 66 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 2 2 555 555 888888888888888888888888888 3 0 88 9 6666 55 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 888 3 3 55 333333333333333333333333333333333333333 0 77 1 22 3 3 22222222 77 44 6 666666666666 1 1 6666 33 6 44 8 1 5 66 111111 444 0 111 8 8 0 0 11 0 8 6 6 6 6 6 6 111 1 8 1 8 8 8 0 22 11 0 8 77 77 77 6 44444 5 888 0 66 66 222 9999 4 4 777 11111 4 55555 4 66 0 5 5555555555 22222222222222222222 1 5 2 5 1 4444444444444444444444444444444444444444444444444 6 6 6 111 6 6 1111 6
lowQualScore : . . . . . . . ....... . . . .... .. ..... ....... . . ... ... .. . . . . . . ... . .. . . ... . ...... ......................... ... . ..... ...... .. ........ ..... . .......... ............... .................. . ... . . . .. . .. . ..... . . . ............. .. .............................................................................. . . . ... ... ........................... . . .. . .... .. ............................................................................... ... . . .. ....................................... . .. . .. . . ........ .. .. . ............ . . .... .. . .. . . . .. ...... ... . ... . . . . .. . . . . . . . . ... . . . . . . . .. .. . . .. .. .. . ..... . ... . .. .. ... .... . . ... ..... . ..... . .. . . .......... .................... . . . . . ................................................. . . . ... . . .... .
lowQualScore : 0 2 7 7 0 7 4 9999999 7 6 0 6666 99 11111 6666666 0 0 555 111 22 4 7 5 0 5 5 111 4 66 4 4 555 4 111111 5555555555555555555555555 333 4 33333 111111 22 55555555 00000 7 8888888888 888888888888888 666666666666666666 4 555 4 4 1 22 4 22 7 55555 5 0 5 3333333333333 88 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 9 7 7 000 444 555555555555555555555555555 1 8 55 2 5555 00 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 555 6 6 00 222222222222222222222222222222222222222 2 22 0 44 6 3 11111111 33 22 2 666666666666 0 1 1111 66 2 22 4 0 0 99 000000 000 6 888 0 0 8 8 00 6 0 7 7 7 7 7 7 777 7 0 0 0 0 0 8 88 00 8 0 99 99 00 7 33333 0 888 1 99 11 222 4444 4 4 888 11111 4 66666 4 11 4 0 0000000000 66666666666666666666 4 7 0 7 4 7777777777777777777777777777777777777777777777777 7 7 7 777 7 7 3333 7
consensus : NNNNNNGACGACATTCGAGTCG-GCC-AAT-GCC-TGCATTG------GACGA-CTC----CA--TA-----CT------GGNCCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TT-G---A-A--T-C-AG---T-T------TAT-------------------------A--GT-CG----NC----C-A--ATGC--------CTG---C-AT-TG------G---ATG----A--C---TC-CAT-A--CT--C---------GG-C---C-AA-T-G--C-C--T-G-----C-A-TTG-A-----A-----T-CA--G---T------C-G-T--A----G-TC-------------G---C--------C----CA--AT---G--C--------C-TG-CAT-T---GG---ATGAC-TC-CATAGA---CTC------GT-CCA-ATG--CC-TGCATTG--G-AT--CAG---TTG---A--TAGT---GT-CCA--ACG-CCTGCATTG-------G-C-C-ATT--GT-------GGCGGAGTC-GGCCAA-T-GC-CTGCA-TT--G-----G-CT----------------C-GT--G----A--TATAGTC-GANTGGTC-CAA-TGC--------C--TG--CAT-TG---GAT--CA--TTNATA--G-TCG-CC-CAATG--CGTGCATTGACTCTCGAGAGATTTGTNCAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAA------TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATACCCATG--CAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCCTCATGTT-AAA---TCATGTTATGTAATAATTA-TGAT-CGG-AT-TCCATTACGCAAAAAC--ATATATACCAATTTCA-AGCGCAC--TTGTA--ATTAGCT-T-AAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------T-CGTA-TGATTAAAAACAACTTTTATGATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------T-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATG-AAAAAATA---A-TTTGGACCA-AAAATTTNTTAG-TTCAGAGTGCA
Reference ( family-215 ) : NNNNNNGACGACATTCGAGTCG-GTC-AGT-GCC-TGCATTG------GACGA-CTC----CA--TA-----CT------GGNCCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TT-G---A-A--T-C-AG---T-T------TAT-------------------------A--GT-CG----NC----C-A--ATGC--------CTG---C-AT-TG------G---ATG----A--C---TC-CAT-A--CT--C---------GG-C---C-AA-T-G--C-C--T-G-----C-A-TTG-A-----A-----T-CA--G---T------C-G-T--A----G-TC-------------G---C--------C----CA--AT---G--C--------C-TG-CAT-T---GG---ATGACGTC-CATAGA---CTC------GN-CCA-ATG--CC-TGCATTG--G-AT--C-----TTG---A--TAGT---GT-CCA--ACG-CCTGCATTG-------G-C-T-ATT--GT-------GGCGGAGTC-GGCCAA-T-GC-CTGCA-TT--G-----G-CT----------------C-NT--G----A--TATAGTC-GANTGGTC-CAA-TGC--------C--TG--CAT-TG---GAT--CA--TTNATA--G-TCG-CC-CAATG--CGTGCATTGACTCTCGAGAGATTTGTNCAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAA------TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATACCCATG--CAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCCTCATGTT-AAA---TCATGTTATGTAATAATTA-TNAT-CGG-AT-TCCATTACGCAAAAAC--ATATATACCAATTTCA-AGCGCAC--TTGTA--ATTAGCNAT-AAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------T-CGTA-TGATTAAAAACAACTTTTATGATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------T-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATG-AAAAAATA---A-TTTGGACCA-AAAATTTNTTAG-TTCAGAGTGCA
gi|1 : --C---------GG-C---C-AA-T-G--CTC--T-GA----T-A-TTG-A-----A-----T-CA--G---TTTA---T-A-T--A----GTTC-------------GGTTC--------T----CACCAT---GTTT--------C-TGTTAT-T---GA---ATGAC-TC-CATAAG---CT--------T-CCATATG--CCTTGCATTG--ATAT--CAGT--TTG------TAGT---CG-CCATGAGG-TCTG-ATTGATGC---G-C-C-ATTTCATCTCTTCGGGCGGGG-C-GCCCAATT-GC-CTGCA-TT--GA----A-TT----------------CAGT--G----T--TGTAGTCAGACCG--C-CAA-TGCCTTTTGGTC--TG--CAT-T----GAT--GAC-TCCATA--ACTCG-GC-CAATGTACCTGAATTGAATC
gi|1 : cATTG------AATGA-CTC----CA--TAAG---CT--------TCCATAT---G---C--C-TTG-C-A-TT-G---ATA--T-C-AG---T-T------TGT-------------------------A--GT-CG-----C----C-ATGAGGT--------CTG-----AT-TG----------ATGCGCCA--T---TT-CAT----CT--CTTCGGGCGGGG-CGCCC-AA-TTG--C-C--T-G-----C-A-TTG-A-----AT----T-CAGTG---T------T-G-T--A----G-TCAG-----------A---CCG------C----CA--AT---G--CCTTTTGGTC-TG-CAT-T----G---ATGAC-TC-CATA-A---CTC------GG-CCA-ATGTACC-TGAATTG--A-AT--C---------------AGT---TT-CTA--------------------------T-ATA--GTC------GGCGGAGGT-GGCCAA-TCGT-CTGTA-TT--G-----T-CG----------------A-AT--GACCCA--TAAAGCC---TTTTTC-CAA-TGC--------CT-TT--CA--TGAA-GAT--CAG-TCTATA--G-TAGACC-CAATG--C-TGCATTGACagtttctatatagtcggcggaggtggccaatcgtctgtattgtcgaatgacccataaagcctttttccaatgcctttcatgaagatcagtctatagtagacccaatgctgcattgacgaacgccatactggtccaatgcctgcatttgaatcgtttgtagtcgccgctgccatgtctgcatatggatgacgccataaactccgggccatgccttgcattggaatcagttgtgtagtcgcaccaatgccctgcattgaagactcgcatactctgggggggccaagcttgcattgaatcagctttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtaggtcaatgcctacattggatgatttgtccaaacgcctgcattgaaagaaatcctattctcctaatgcctgcattggctcttgagagattcatccaaagccagcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|1 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttGCCCA-ATT--G---C--C-T-G-C-A-TT-G---A-AT-T-C-AG---TGT------TGT-------------------------A--GT-CAGACCGC----C-A--ATGCCTTTTGGTCTG---C-AT-T-------G---ATG----A--C---TC-CATAA--CT--C---------GG-C---C-AA-T-GTAC-C--T-G-----A-A-TTG-A-----A-----T-CA--G---TTTCTA-T-A-T--A----G-TCG------------G---CGGAGGTGGC----CA--ATC--G--T--------C-TG-TAT-TGTCGA---ATGAC--C-CATAAAGCCTTT------TT-CCA-ATG--CCTTTCA-TGAAG-AT--CAG---TCT---A--TAGTAG-AC-CCA--ATG--CTGCATTG-------A-C-G-A----AC-------GCCATACTG-GTCCAA-T-GC-CTGCATTT--G-----A-AT----------------C-GT--T-------TGTAGTC-G-CCGCTG-CCA-TGT--------C--TG--CATATG---GAT--gaacgccatactggtccaatgcctgcatttgaatcgtttgtagtcgccgctgccatgtctgcatatggatgacgccataaactccgggccatgccttgcattggaatcagttgtgtagtcgcaccaatgccctgcattgaagactcgcatactctgggggggccaagcttgcattgaatcagctttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtaggtcaatgcctacattggatgatttgtccaaacgcctgcattgaaagaaatcctattctcctaatgcctgcattggctcttgagagattcatccaaagccagcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|1 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggcGAGGTG-GCC-AATCGTC-TGTATTGTCG---AATGA-C-C----CA--TAAAGCCTT------TTTCCA-AT---G---C--C-T-TTC-A-T--G---A-AGAT-C-AG---T-C------TAT-------------------------A--GT-AG----AC----CCA--ATGC---------TG---C-AT-TG----------ACG----AA-C---GC-CAT-A--CT--G---------GT-C---C-AA-T-G--C-C--T-G-----C-ATTTG-A-----A-----T-CG--T---T------T-G-T--A----G-TC-------------G---C--------CGCTGCC--AT---G--T--------C-TG-CATAT---GG---ATGACG-C-CATAAA---CTCCG----GG-CC--ATG--CCTTGCATTG--GAAT--CAG---TTGT--G--TAGTC--GCACCA--ATGCCCTGCATTGAAGACTCG-CAT-ACT--CT-------GGGGG-----GGCCAA---GC-TTGCA-TT--GAATCAG-CTTTANNNNNNNNNNNNNN-NN--N----N--NNNNNNN-AAGTAGGT-CAA-TGC--------C--TA--CAT-TG---GAT--GA--TTTGT---------CC-AAACG--CCTGCATTGAgacgccataaactccgggccatgccttgcattggaatcagttgtgtagtcgcaccaatgccctgcattgaagactcgcatactctgggggggccaagcttgcattgaatcagctttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtaggtcaatgcctacattggatgatttgtccaaacgcctgcattgaaagaaatcctattctcctaatgcctgcattggctcttgagagattcatccaaagccagcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|1 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggcgcccaattgcctgcattgaattcagtgttgtagtcagaccgccaatgccttttggtctgcattgatgactccataactcggccaatgtacctgaattgaatcagtttctatatagtcggcgC-AAT-GC--TGCATTG-------ACGAACGC----CA--TA-----CT------GGTCCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TTTG---A-A--T-C--G---T-T------TGT-------------------------A--GT-CG----CCGCTGC-C--ATGT--------CTG---C-ATATG------G---ATG----A--C---GC-CAT-AAACT--CCG-------GG-C---C-A--T-G--C-C--TTG-----C-A-TTGGA-----A-----T-CA--G---T------T-G-TGTA----G-TC-------------G---CA-------C----CA--AT---G--C--------CCTG-CAT-T---GA---A-GAC-TCGCATA-----CTCTGGGGGGG-CCA-A-G--CT-TGCATTG--A-AT--C---------------AGC---TT-TAN--NNN-NNNNNNNNN-------N-N-N-NNN--NN-------NNNNAAGTA-GGTCAA-T-GC-CTACA-TT--G-----G----------------------------------AT-----GATTTGTC-CAAACGC--------C--TG--CAT-TGAAAGA----A--ATCCTA--T-TCT-CC-TAATG--CCTGCATTGGCTCTTGAGAGATTCATCCAA-AGC--CAaagaaatcctattctcctaatgcctgcattggctcttgagagattcatccaaagccagcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|1 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggcgcccaattgcctgcattgaattcagtgttgtagtcagaccgccaatgccttttggtctgcattgatgactccataactcggccaatgtacctgaattgaatcagtttctatatagtcggcggaggtggccaatcgtctgtattgtcgaatgacccataaagcctttttccaatgcctttcatgaagatcagtctatagtagaccAGTCGCACC-AAT-GCCCTGCATTG------AA-GA-CTCG---CA--TA-----CTCTGGGGGGGCCA-A----G---C--T-T-G-C-A-TT-G---A-A--T-C-AGC--T-T------TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA--GT-AG----GT----C-A--ATGC--------CTA---C-AT-TG------G---ATG----A--T---TT----------------------GT-C---C-AAAC-G--C-C--T-G-----C-A-TTG-A-----A--------A--GAAAT------C-C-T--A----T-TC-------------T---C--------C----TA--AT---G--C--------C-TG-CAT-T---GG---CT--C-TT-GAGAGA---TTC------AT-CCA-AAG--CC-AGCATTG--G-CT--C-----TTGAA-A--TAGTG--GT-CCC--ACG-CTTGCATTG-------A-C-T-TTT--GT-------GACAGAGTT-GGGCAA-T-TC-CTGCA-TT--T-----G-CT----------------C-CT--G----A--AATAGTC-GAGTGGAC-TAA-TGC--------C--AG--TAT-T----GAC--CA--TTGAGA--G-TCG-CC-AAGTA--TGTACATTGACTCTCGAGAGATTTATCCAA-GATTATAAAGCCAAGGTATGCGGGTATTTGATCAAAGAATACTTGTAGTTATAAATTTCTGCATTGG-TTTAATGCAATGAAAAG---TTTTCCTA-TATTGTA-A-TATTGGCGAGA----------------ATTTCATTTCGTATTAGTGGTTTGCTGTCA-TTGCTA-ACT-CATTCAGATTTCCCC------------TCATGTTATGT-ATAATGATTGATACGG-ATCTCCATTACGCAAAAACATATATATACCAATTTCA-AGCGCAT--TTGAA--Agcattggctcttgaaatagtggtcccacgcttgcattgacttttgtgacagagttgggcaattcctgcatttgctcctgaaatagtcgagtggactaatgccagtattgaccattgagagtcgccaagtatgtacattgactctcgagagatttatccaagattataaagccaaggtatgcgggtatttgatcaaagaatacttgtagttataaatttctgcattggtttaatgcaatgaaaagttttcctatattgtaatattggcgagaatttcatttcgtattagtggtttgctgtcattgctaactcattcagatttcccctcatgttatgtataatgattgatacggatctccattacgcaaaaacatatatataccaatttcaagcgcatttgaaa
gi|10 : ccggccaatgctctgatattgaatcagtttatatagttcggttctcaccatgtttctgttattgaatgactccataagcttccatatgccttgcattgatatcagtttgtagtcgccatgaggtctgattgatgcgccatttcatctcttcgggcggggcgcccaattgcctgcattgaattcagtgttgtagtcagaccgccaatgccttttggtctgcattgatgactccataactcggccaatgtacctgaattgaatcagtttctatatagtcggcggaggtggccaatcgtctgtattgtcgaatgacccataaagcctttttccaatgcctttcatgaagatcagtctatagtagacccaatgctgcattgacgaacgccatactggtccaatgcctgcatttgaatcgtttgtagtcgccgctgccatgtctgcatatggatgacgccataaactccgggccatgccttgcattggaatcagttgtgt-CAA---TATGGATAAAAGCTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-ACATTGACGTTTCCATACCAA---C-----TTTCT-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAATTACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATATAAAATGGCGAAGTAACAAAGTAGTATCTGATAACT-CATA-TGATTAAAAACAACTTTTATGACAA-ATTAACTCAGGTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAATATTCCATTTCAAAT-------------T-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATA-ATGAAAAAAATA---A-TTTGGACCA-AAAA---ATTAG-TTCCGAGTGCA
gi|11 : acgaCCA-AT---G---C--C-TTG-C-AGTT-G---A-A--T-C-AA---A-TGTACAATAC-------------------------A--GTACC----GC----C-A--ACTA--------CTG---CGAT-TGC-----GCACATG----A--CG--TC-TAT-A--AT--G---------GGGC---C-CA-TAG--C-C--TTG-----C-C-ATG-AGATCCA-----C-CA--G---T------C-C-T--ATCCAG-TC-------------A---C--------C----AA--TT---GT-C--------C-TG-CAT-T---GACGAATGACGTC-TCTACA---CTG------GG-CCA-ATGCACC-TGCATTG--A-AT--CAGTTTTTT---A--TACTTC-AC-CAA--ATG-TCTGT-----------G-C-C-ATT----------------------GCCAA------CTG-A-TG--G-----A---------------------AC--G----G--TTTAATC--ACTGGGCACAA-TGC--------CCTTGCTCAT-TG---AAT--CAGCTTTGTA--G-TCG-CCGCAATA--C-TGCATTGAtt
gi|11 : CC-TGCATTGACGAATGACGT-CTC----TA--CA-----CT------GGGCCA-AT---G---CACC-T-G-C-A-TT-G---A-A--T-C-AGTTTT-T------TAT-------------------------AC-TT-CA----CC----A-A--ATGT--------CTGTGCC-AT-TGCCAACTG---ATGGA--A--CGGTTT-AATCA--CT--G---------GG-CA--C-AA-T-G--C-CCTT-GCT---C-A-TTG-A-----A-----T-CA--GCT-T------T-G-T--A----G-TC-------------G---C--------CG---CA--AT---A-----------C-TG-CAT-T---G
gi|12 : ccaatgccttgcagttgaatcaaatgtacaatacagtaccgccaactactgcgattgcgcacatgacgtctataatggggcccatagccttgccatgagatccaccagtcctatccagtcaccaattgtCAT--TTGTA--ATTAGCTTT-AAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAATA--AT--TA---TTATCAACA----G-T-ACATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGATC-----ATGTTTTGT--GAA-TACATCGATTAAACCAAATACTTTCAATCTGA----------TAAG------------------A-CATA-TGATTAAAGACAACTTTTATGATAA-AATAAATCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAATTTTCC-------AT-------------TTCAAATATC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATG-AAAAAATA---A-TTTGGTCCAGAAAAGTTGTT---TTCAa
gi|15 : GCGCACAATTGTATCATTGGTT-T-AGCAAGAGCATATTTA-CAC---A-TGGATAATAGTTGCAACATTATTATA---TAATCAACA----G-TAACGTTGATGTTGCT-TATAAA---CAATATTTCCGACTGATCCCTTAGT-TTCTGTTGAAA-TACATA
gi|16 : ttattttgggatactcattttaaacaaaacattcagaac--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGCTTCCATATCAA---C-----TTTCG-CCGACC-----AT-TTTTGT--TTA-TACATAGATGAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------T-CATA-TAATTAAAAACAACTTTTATTATAA-ATTAACTAAGTTTTTATCATTTTGAAAGTAAAAGTCAGT------------AT-------------T-------CC------------atatcta
gi|18 : ---A-A--T-C-AG---T-T------TAT-------------------------ATAGT-CG----GC----C-A--ATGT--------CTG---T-GT-TA------A---ATG----T--C---TC-CAT-AGCCTTCC---------AT-G---C-AA-T-G--C-C--T-T-----C-A-TTA-A-----A-----T-CA--GT--T------T-G-T--A----G-TC-------------G---C--------C----CA--AT---G--T--------C-TG-CAT-atttcaa
gi|19 : -----TTGTCAA---GCTAGATGAGATTTGCCACA--AT--CAC--TGATAAATACTAAG-T-GCAGTGACTCTTCCATATCAAATTC-----TCTTG-CTGACCA----AC-TTATGT--G
gi|2 : tat-CTC----CA--TA-----GT------CGGCCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TT-G---A-A--T-C-AG---T-T------ATT-------------------------A--GT-AG----AC----C-A--ATGC--------CTG---C-AT-TG------G---ATG----A--C---T----T-G---T--C---------GC-C---C-A--C-G--C-C--T-G-----T-AATTG-A-----AAGAAAT-CA--A---T-------------A----T-TC-------------T---C--------C----TA--AC---G--C--------C-TG-CAT-T---GG---CTG---TT-CAGAGA---TTC------ATGCCA-AAG--CC-AGCATTG--G-CT--C-----TTG---AA-TAGT---GT-CCA--ACG-C-TGCATTG-------G-C-T-TTTT-GT-------GACAGAGTTTGGGTAA-T-GC-CTGTA-TT--G-----GGCT----------------C-TT--G----AAATCTAGTC-GAGTGGTC-TAC-TGC--------C--AG--TATATG---TCT--CA--TTGATA--G-CCG-TCTCAGTC--TGTGCATTGACTCTCGAGAGATTTGTACAAAGGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAAA-----TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAACAGAATTTTTG-TACTATTGTAGATTCTTTGTGAGAAATACCCATAGCCAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CAATTGCTACATTTCATTCAAA-TTCCTAATGTT-AAAAAATCATGATTTGTGTTAATTA-TGAT-CGGGAT-TCCAT-ACGCATTAAC--ATATATACCAATTTCATAGCGCAC--TTGTA--ATTAGCT-T-AAAAAGAA-----TTG-CAAGAAAATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TAATTTAATCAACA----GGT-ACATTTATGTTTCAATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--G-A-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------TCCGTATTGATT-AAAACAAGTTTTATGATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------ATTCTTATTCATAAAT-------TC------------TTAATAACATTGATCGAATATTAATG-AAAAAATA---A-TTTGAACCA-AAAATTTTTTAGATTCAGAGTGCA
gi|20 : gC-CAA-TGC--------C--TG--CAT-TG---AAT--CAG-TTTATA--A-TAG-AC-CAATG--CCTGCATTG----------------TACAA-GGC--TAAAGCCCCGATATGCTGGTATTTGATCAAAtatat
gi|21 : G-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCTTCATGTT-CAA---TCATGTTATGTAATAATt
gi|22 : C----CA--TA-----TT------GGTCCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TT-G---A-A--G-C-AG---T-T------TGC-------------------------A--TT-CG----CC----C-A--
gi|25 : cg--------CTG---T-AT-TG------A---ATG----A--C---GC-CAT-A--CT--T---------GG-C---C-AA-T-G--C-C--T-G-----
gi|3 : GATGACATT--------GTC-GTT-ACC-TGCATTG------GACGA-CGC----CA--TA-----CT------GGTCCA-AT---A---C--C-T-G-C-A-TT-G---A-T--T-C-AG---T-T------TAT-------------------------A--GT-AG----AC----C-A--ATGC--------CTG---C-AT-TG------G---ATG----A--C-------AT-G---T--C---------GC-C---C-AA-C-G--C-C--T-G-----C-A-TTG-A-------------CA--GAAAT------C-A-T--A----T-TC-------------T---C--------A----TA--AC---G--C--------C-TG-CAT-T---GG---CTG---TT-CAGAGA---TTC------AT-CCA-AAG--CC-TTCATTG--G-CT--C-----TTG---AAATAGT---GTTCCA--ACG-CCTGCATTG-------G-C-T-ATT--GT-------GACAGAGTT-GGGTAA-C-GT-CTGTA-TT--G-----G-CT----------------C-TT--G----A--TATAGTC-GAGTGGTC-TAC-TGC--------C--AG--AAT-TG---T-C--CA--TTGAGA--A-TCG-CC-CAGTA--TGTACATTGACTCTCGAGATATTTGTGCAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAGGAA------TACTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATACCCATG--CAGGATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCTAT-TTCGTCATGTT-AAA---TCATGTTATGTAATAATTA-TTTT-CGG-AT-TCCATTACGCAAAAAC--ATATATACTAATTTCA-AGCGCAC--TTGTA--ATTAGCAAT-GAAAATAT-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAGCA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATATATTAA-------------------------------AAC------------------T-CATA-TGATTAAAAACAACTTTTAGGATA-----AACTCAGTTTGTATCATTTTGAGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------C-------TC------------TTAAT-ACATCGATCGAATATT-TTG-AAAAAAAAACGA-TTTGGACAA-AAAA-----TAG-TTCAGAGTGCA
gi|4 : aatcaaT---G---C--C-T-G-CCA-TT-G---A-A--T-T-AG---T-TC-----TAT-------------------------A---T-CC----TC---------AT----------CTC---T-AT-GA------T---ATG----A--C---TT-CAT-A--
gi|4 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatat-TGCATTA------AACGA-CTC----CAACTA-----CT--------TCCA-------------T-T-G-C-A-TG-G---G-A--T-CTA------T------TAT-------------------------A--AT-AG----TC----T-A--AT-----------TAT--C-ATGTG------A---ATC----AGTT---TCATAT-A--CT--C---------GG-C---C-TA-TTG--C-C--T-G-----CCA-TTG-A-----A-----TTCA--G---TTTACATC-GCT--A----T-TCTCATGACACGCTGG---C--------C----TAT-ATCTCA--T--------C-TC-CAT-T---G----ATAA-GTT-TATAG-----TC------GC-CAA-ATG--CC-TGCATTG--G-ATGAT-----TCC---A--TACTCCGGT-CAA--ATG-CCTGCATTG-------acaccaagttgattgcattaaacgactccaactacttccattgcatgggatctattataatagtctaattatcatgtgaatcagtttcatatactcggcctattgcctgccattgaattcagtttacatcgctattctcatgacacgctggcctatatctcatctccattgataagtttatagtcgccaaatgcctgcattggatgattccatactccggtcaaatgcctgcattgaaatcgttctaataga
gi|4 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatattgcctgccattgaattagttctatatcctcatctctatgatatgacttcataacaccaagttgatA--TA-----CTC-----GGCCTA-TT---G---C--C-T-G-CCA-TT-G---A-A--TTC-AG---T-T------TAC-------------------------A---T-CG----CT---------ATTC--------TC---------------------ATG----A--C-------AC-G--CT------------GG-C---C-TA-T-A--T-C--T-CATCTCC-A-TTG-A-----------T-AA--G---T------TTA-T--A----G-TC-------------G---C--------C----AA--AT---G--C--------C-TG-CAT-T---GG---ATGAT-TC-CAT--A---CTCCG----GT-CAA-ATG--CC-TGCATTG--A-Aaaatcgttctaataga
gi|4 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatattgcctgccattgaattagttctatatcctcatctctatgatatgacttcataacaccaagttgattgcattaaacgactccaactacttccattgcatgggatctattataatagtctaattatcatgtgaatcagtttcat----CA--CG-----CT------GGCCTATATCTCA---T--C-T-C-C-A-TT-G---A----T-A-AG---T-T------TAT-------------------------A--GT-CG----CC----A-A--ATGC--------CTG---C-AT-TG------G---ATG----A--T---TC-CAT-A--CTC-C---------GG-T---CAAA-T-G--C-C--T-G-----C-A-TTG-A-----A-----atcgttctaataga
gi|5 : atgcagtgtgaaactatttttttttatttgtctcaatctattttattccaataaactactttttagacacataatgttatgttatatatcatatattgatgtttgctatatgaattataatatattttatggcaatcaatgtatggagcaaaaaataatggaaccttttggtaagccaatgataatctggttccaaaacagcagatttcaatctaaatattcacattttataatatttaaatctgcatttgaggcaatgttggaaaaacattcacatatgcacgattgatactgtgatgtagacagctaatacacaattttttactttaaatttaaaatgcctccacagttcaccaagcccgcattaattcatcgtatatctaatattgcctgccattgaattagttctatatcctcatctctatgatatgacttcataacaccaagttgattgcattaaacgactccaactacttccattgcatgggatctattataatagtctaattatcatgtgaatcagtttcatatactcggcctattgcctgccattgaattcagtttacatcgctattctcatga-CAGTC--TGTGCATTGACTCTCGAGAGATTTGTACAA-GGC--TAAAGCCACGATATGCTGGTATTTGATCAAAGAA------TAGTTATAAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAACAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGTGAGAAATACCCATG--CAGTATTTCATTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-CCT-CATTCAAA-TTCCTAATGTTAAAA---TCATGATTTGTATTAATTA-TGAT-CGG-AT-TCCATTACGCATTAAC--ATATATACCAATTTCA-AGCGCAC--TGGT---ATTAGCTTTAAAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATAAAAGTTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-ACATTTATGTTT-CATACCAA---C-----TTTCG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACCAAATCCTTTCAATCTGA----------TAAC------------------T-CGTA-TGATT-AAAACAAGTTTTATGATAATATTAACTCAG--TTTATCA--TTGAGAGTAAAAGTCAAT------------ATTCCATTTCAAATAT-------TC------------TTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATG-AAAAAATA---ATTTTGAACCA-AAAATTTTTTAG-TTCAGAGTGCAatcgttctaataga
gi|6 : GTGCATTGATTCGAGAGAGATGTGTACAA-GGC--TAAAGCCACGGTATTCTGGTATTTGATCAACGAA------TAGTTATGAATTTCTGCATTGGCTTTAA---AATGAAAAGA--TTTTGCTA-TATTGTA-ATTCTTTGCGAGAAATGCCCATG--CAGTATTTCACTTCGTATTAGTGG-TTGCTG-CA-TTGCTA-ACT-CATTCAAA-TTCCTCATTTT-AAA---TCATGTTATGTAATAATTA-TTAT-CGG-AT-TCCATTACCCAAAAAC--A----------------AGCGCAC--TTGTA--ATTAGCAAT-AAAAAGAA-----TTG-CAA---AATGGATTTAAATTGCAACA--AT--TA---TAATCAACA----G-T-GCATTGATGTTTCCATACCAA---C-----TTTTG-CTGACC-----AT-TTTTGT--GAA-TACATAGATTAAACTAAATCCTATCAATTTGA----------TAAC------------------T-CATA-TGATT-AAAACAATTTTTTTTATAA-ATTAACTCAGTTTTTATCATTTTGGGAGTAAAAGTCAAT------------AT-------------T-------CCATTTCAAATCTTTTAAT-ACATTGATCGAATATT-ATG-AAAAAATA---A-TTTGGA-AA-AAAATAAATTAG-TTCAGAGTGCAtt
gi|7 : tAA-TGC--------C--TG--CAC-TG---GACGACA--TTCG-A--G-TCG-GT-CAGTG--CCTGCATTGctat
gi|7 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacagcatttgtttttcagttcgtcaatgttaggattaattttactttaaaatgtaGACGACATTCGAGTCG-GTC-AGT-GCC-TGCATTG------GACGA-CTC----CA--CA-----GT------TCACCA-AT---GATGC--CAT-A-C---TC-GGCCA-A--T-C-AG---T-T------TAT-------------------------A--GT-CG----CC----C-A--ATGC--------ATG---T-AT-TA------G---ATG----A--C---AC-CAT-A--CT--C---------GG-C---C-AA-T-G--C-C--T-G-----C-A-TTG-A-----A-----T-GAC-G---C------C-A-T--A----C-TT-------------G---A--------C----CA--AT---G--C--------C-TG-TAT-T---GA---ATCA-GTT-TATATG---GTC------GG-CCA-ATG--CC-TGCATTG--G-Agacgactccacagttcaccaatgatgccatactcggccaatcagtttatagtcgcccaatgcatgtattagatgacaccatactcggccaatgcctgcattgaatgacgccatacttgaccaatgcctgtattgaatcagtttatatggtcggccaatgcctgcattggacgacgccacactgggccaatgcct
gi|7 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacagcatttgtttttcagttcgtcaatgttaggattaattttactttaaaatgtaaatgcctgcactgGCATTG-------G-C-CCAGT--GT-------GGCG---TC-GTCCAA-T-GC-AGGCA-TT--G-----G-CC----------------G-AC--C----A--TATA----AACTGATT-CAA-TAC--------A--GG--CAT-TG---G-T--CA--AGTATGGCG-TCA-TT-CAATG--CAGGCATTGGC---CGAGcgacgccacactgggccaatgcct
gi|7 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacagcatttgtttttcagttcgtcaatgttaggattaattttactttaaaatgtaaatgcctgcactggacgacattcgagtcggtcagtgcctgcattggacgactccacagttcaccaatgatgccatactcggccaatcagtttatagtcgcccaatgcatgtattagatgacaccataGTCG-GCC-AAT-GCC-TGCATTG------GACGA-CGC----CA--CA-----CT------GGGCCA-AT---G---C--C-T-ct
gi|8 : tataatatattttatggcaaattcaatatgagcaaaatatggaccttttgataagccaatgaaatcttgtttccaaatcagcatatttgcaatcgaatatttacacatttatgatatttaaatctgcatatcattgaggcaatgttgaaaacattccacatatgcaaattcatgcagatgatatagacagcatttgtttttcagttcgtcaatgttaggattaattttactttaaaatgtaaatgcctgcactggacgacattcgagtcggtcagtgcctgcattggacgactccacagttcaccaatgatgccatactcggccaatcagtttatagtcgcccaatgcatgtattagatgacaccatactcggccaatgcctgcattgaatgacgccatacttgaccaatgcctgtattgaatcagtttatatg-CAT-T---GG---CTGAT----TATGAA---CTG------AT-TCA-ATG--CA-GGCATTG--G-AT--CAAT--TTGTGAA--GAG-------CCA--ACG-CATGCATTG-------GAC-C-ACT--CT---------TAAAGT---GCCAA-T-GCATTACG-TTTAG-----T-TT----------------C-GTTAG----A--TATA
gi|8 : aaacaatgtttaaatattgctatactattgatctatatcactattttgcaggaaaagcactggaaggggctaaacataattggaatagagagggggacactgtggtcatatcctgcagcagatatctgtattgtttttattaaaatcataatgcctttaatgaacacaagaattagtcggttttattttcttgatgaacaaaaattacagtcttcgaattgatgataaaagaggaaaa--TG--CAT-TG---GCA--CT--TTAAGA--G-TGG-TC-CAATG--CATGCGTTGGCTCTTCACAAATTGATCCAA-TGC--tctgcaataaatgactccatagtcggccaatgcctgcgttgaa
gi|8 : aaacaatgtttaaatattgctatactattgatctatatcactattttgcaggaaaagcactggaaggggctaaacataattggaatagagagggggacactgtggtcatatcctgcagcagatatctgtattgtttttattaaaatcataatgcctttaatgaacacaagaattagtcggttttattttcttgatgaacaaaaattacagtcttcgaattgatgataaaagaggaaaatatatctaacgaaactaaacgtaaGAGT-G-GTCCAAT-GCA-TGCGTTG------G-----CTCTTCACA--AA-----TT------GATCCA-AT---G---C--C-T-G-C-A-TT-G---A-A--T-C-AG---T-T------CAT-------------------------A--AT-CA----GC----C-A--ATGT--------CTG---C-AA-TA------A---ATG----A--C---TC-CAT-A--GT--C---------GG-C---C-AA-T-G--C-C--T-G-----C-G-TTG-A-----A-----ctgcattgaatcagttcataatcagccaatgtctgcaataaatgactccatagtcggccaatgcctgcgttgaa
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TGGAGTGTTAAATGTAATTTCCTTTGTCCAATCTATTTTTTAATCAAGTAATAACAACTTTTAAACCGTGTATTACAAATATCTTATTGTCAAGATTTCAAAAAAATGATGCACTGTGCAAAATTGTAATGACATTTTTTGGCAATTCAAATATTAGCAAAATATAGATGTTTTGGTGAACTAATAAAATTTCATATCCAAATTGGCGAATTTTTAACATAAATATATATAGATTTAGAATATTTAAATCTGCATTAAGGTAATGTTGAAAACTATCTAACTGTGTACACTGATGCAGTTGATTTAGATTTAACTTTTTTTGCAGTTTGTCAA
Unaligned ( gi|13 ): GAATGAACTATTTTTTTATTTGTCCAGTCTATTGTTTTCTTGAAATAGCGACTTTTCAGACATATATTGTGAATATCTTATTCTTAAGATTGCAAAAAAGTCTGAGGCATTGTGCACAATTATTATGATATTTTATGGCAATTTAAATATGTGCAAAATATGGACCTTCTGGTAAGCCAATGAAATTTTGTATCCATATCGGCAGAT
Unaligned ( gi|14 ): TAATATATTAAGATTTATGGCAAATTCAATTTTATTGAGCAAAAATATGGACACTTATTTGAAGTAAAGGCGAATTGTGAAATCTTTGTTTCCAAATTTCAGCATATTTGCAAATCGGAAAAAATAATTTAATTCAATTGAATAATAGAAAAATTATAAAATTGACATTATCATTGAGGCAAATGTTGAAAAAACATTCCCACA
Unaligned ( gi|17 ): GAGGCATTGCTTAAAATTATATTGATATTTTATGGCAATTTAAATATGAGCAAAATATGGACCTTTTGGTAAGCCAATGAAATCTTGTATCCAAATCAGCAGATTACTAACCGAAATATTTACACATTTAGAATATCTAAATCTGCATTGAGGCAATGTT
Unaligned ( gi|23 ): AATTTCAATATGAGTATGGACCTTATGGTAAGCCAATGAAATCTT
Unaligned ( gi|24 ): TTCAATAATATGCTGTAGGGGGGCATTAGTGTATCGCAATC