lowQualScore : 11111111 22222222222222222222 11 222 2222222 1111 222222222222
lowQualScore : 55 33333333 2 55555 77777777777777777777 00 555 1 1 11 2222 22 1 3333 555555 4 222 1 88888 8 444 4 444 1 2 3 11 77777 4444 3333 55555 8888888 11 1 44 11 11 4444 2 1 444444 2 1 0 666666666666 4444 1 6 5555 3
lowQualScore : .. ........ . ..... .................... .. ... . . .. .... .. . .... ...... . ... . ..... . ... . ... . . . .. ..... .... .... ..... ....... .. . .. .. .. .... . . ...... . . . ............ .... . . .... .
lowQualScore : 33 44444444 2 00000 99999999999999999999 66 444 3 2 77 5555 55 9 2222 000000 5 000 1 44444 0 333 4 222 1 2 7 66 88888 7777 2222 99999 1111111 44 0 44 44 99 7777 7 3 000000 8 4 3 666666666666 5555 5 4 2222 2
consensus : ACTAGCCTATTT--TATAC-----GTA-AGATA-----TA-TATA-C-A----C------TTACTGATAT-TT---AAAGTATTTTG-TCT-C--AT----T--ATTT-ATA----CA------CNTACTGATA--AT-TN----AA-G---TA-T---T-T-TGTCT--C-----A----T----T-----AT-----AC--A-CN-TACT--GATA--AT-TNAA-G-TA------T-T-TTTGTTCACTGAAT-T-------A----TTGATTTG-TTACGCA----AGCGTGA
Reference ( gi|2 ) : ACTAGCCTATTT--TACAC-----GTA-AGATA-----TA-CATA-A-A----C------TTACTGATAA-TT---AAAGTATTTTG-TCT-C--AT----T--ATTT-ATA----CA------CTTACTGATG--AT-TT----AA-G---TA-T---T-T-TGTCT--C-----A----T----T-----AT-----AC--A-CT-TACT--GATA--AT-TTAA-G-TA------T-T-TTTGTTCACTGTAA-T-------A----TTGATTTG-TTATGCA----AGTGTGA
gi|37 : ACTAGCCTATTT--TGTGC-----GTA-AGATA-----TA-TATATATA----C------TCACTGAT---T-----AAGAAGTTTG--CT-C--AT----T--A
gi|32 : ACTAGCCCATTT---ATA------GTA-ACATA-----TG-TACA-A------C------TT-CTGATA--TTCC-AAAGTATTTTA-TCT-C--AT----T--ATT
gi|18 : ataGCTTATTT--CATAC-----GGA-AGATA-----TA---TA-C-A----C------TTACTGATAA-TT---AAAATACTTTG-TTT-C--AT----T--ATTT-Agcatgca
gi|34 : GCTTATTT--TATAC-----GTA-AGATA-----TA---TA-C-A----C------TTGCTGATAA-TT---AAAGTTTTTCA-CTT-A--AT----T--GTTG-ATctgaattatttttttttttttttgcgcaaccgtgatcatgaaatagcgctagtcatttc
gi|5 : CCTATTT--TATAT-----GTA-A--TA-----TA-TATA-A-CGGCCC------TTACTGATAT-TT---AAAATATTTCG-TCT-T--AT----T--ATTT-ATG----CA------CATATTAATA--AT-TC----AA-G---TA-TA--T-T-TGTct
gi|10 : CCTATTTCATACACTAGATATATATATA-----TA-TATA-C-A----C------TTACTGATAT-TTTAAAAAGTATTTTG-TCT-C--AT----T--ATTT-ATA----CA------CTAACTGATA--AT-GT----AT-G---AA-T---TAT-TGATT--T-----G----T----C-----AC-----AC--A-Cgtactgaattattgatttgttacgcaagcatgattttaaaatagcgcgtcatttacaac
gi|21 : CCTATTT--TATTC-----ATA-AGATA-----TG-TGTC-C-A----C------TTACCAATAA-TC---AAAGAATTTCG-TCT-C--AT----T--ATTT-ATA----CA------TATACTGATATTATATC----AA-G---TA-T---T-T-TTTCA--CTGA--A----T----T-----AT-----acgattgtgaagtagtaattttacaacac
gi|7 : CTTATTTA-TACGCCA---GCA-AGCTA-----TA---TA-A-A----C------TTACTGA-AA-TT---AA-GTATTTTG-TCT-C--AT----T--ATTTAAAA----CAG-----CATACTGAtga
gi|17 : CCTATTT--TATAC-----GTA-AGATA-----T---ATG-C-A----C------TTGTTGGAAA-TT---AAAA-ATTTctagctcaatgaactatttgatttgttactttccccaaagcatgatcgtgaaaatagcgcaagtcattttacaa
gi|11 : CTATTT--TAT-------GTA-AGATA-----TA---TA-C-G----C------TTAGTGATAT-TT---AAAATATTTTG-ATT-C--AT----T--ATTC-ATA----CA------CATACCGATA--AT-CA----AA-G---TA-TT--T-T-TGT-T--C-----A----C----T-----G----------A-AT-TATT--GATctgcacttgaagctaattaaactttttgaattattgatttgttacgaatgcgtgatcatgcaatagtcattttacaaca
gi|4 : CTATTT--TATAC-----GTA-AGATACATTGTA-TATA-C-A----C------GTACTGATAA-TT---AAAATAGTTTT-TCT-C--AT----T--ATTT-ATC----TA------CTTACTGATA--A---T----AA-A---TA-TATAT-T-TGT-T--CACTGAA----T----T-----AT-----TC--A-TT-Tctgttacgcaagcgtcaccgtgaaaaagtgcgagtcattt
gi|30 : CTAATT--CATTT-----GTA-AGATA-----TA---TA-C-A----C------TTACTGATAT-TT---AACGTATTTTA-TCT-C--AT----T--ATTT-ATA----CA------CATACTGATgttacgcgagcatgattgtgacatatcgcgagccattttacagc
gi|3 : CTATTT--TATATT----GTA-A--TA-----TA-TATA-A-CGGCCC------TTACTGATAT-TT---AAAATATTTCG-TCT-CTTAT----T--ATTTAATG----CA------CATATTAATA--AT-TC----AA-GCTATA-T---G-T-TGTtac
gi|14 : CTATTT--TA-AC-----ATG-AGATA-----TAGCA----------C------TCACTGATAT-CT---AAATAAATATG-TCC-C--AT----T--ATTT-ATG----C-------CATACTGAT---AT-Tgtactggaactattatttgatttgattaccaagaccatgattttacaaatagcgcgtcatttacaa
gi|9 : TACTT--TATAT-----GTA-ATATA-----T--------------C------TTACTAATAT-TT---AAAGCAATTTG-TCT----AT----T--ATTT-ATA----CA------CATACTGATA--AT-TA----AA-A---GA-T---T-T-TTCTT--C-----A----C----T-----G----------A-AT-TATT--GATgttcactaaattattgatgtattacgcacagcgtaatcatgaaatagcggaagtcattta
gi|13 : TATTT--TATAC-----GCA-AGATA-----GA-TATA-C-A------------TACTGACAT-TC---AAAGTATTTTG-TCT-C--AA----T--AATT-ATA----CA------AATACTGATA--AT-TA----AA-G---TA-T---T-T-Tttgttacacaaacgtgatcgtgaaatagcgcgagtcatttacaaca
gi|15 : ATTT--TAAAC-----ATG-AGATA-----TA---TG-C-A----C------TCACTGATAT-CT---AAATAAATATG-TCC-C--AT----T--ATTT-ATG----CC------CATACTGAT---AT-Tcactgaattatttgttacgcaaacgtgatcgcgaaatagcgttagtcatttacaaca
gi|1 : TT--TCTAC-----GTA-AGATA-----TA--ATA-A-A----CTCAGCTTTAGTGATAAGTT---AAAAAGTTTTGTTCT-A--AT----T--GTTT-ATA----CA---------A------------T----NN-N---NN-N---N-N-NNNNN--N-----N----N----N-----NN-----NN--N-NN-NGCT--GATA--AA-TGAA-G-TA------C-T-TTAATTCCCTGAAT-T-------A----TTTATTTG-TTA-GCA----AGCATGAgttcactaaattattgatgtattacgcaagcgtaatcatgaaatagcgggagtcatttt
gi|12 : cATA-----TG-TACA-A-A------------TACTGATAT-TT---AAAGTATTTTG-TCT-C--AT----T--ATCT-ATA----CA------CATACTGATA--AT-TA----AA-G---TA-T---T-T-TGT-T--C-----A----C----T-----G----------A-AT-TATT--GATtcgtgaaatagtgcaattcatttcacaacac
gi|8 : tatatacA-----TA-CATA-C-A----T------TTACTGGTAT-TT---AAAGTCTTTTG-TCT-C--AT----T--ATTT-ATA----CA------CAAACTGATA--AT-TA----AA-G---TA-T---T-T-TTATT--C-----A----C----T-----G----------A-AT-TATT--GAT---TT-TTAA-G-ctgttacgcaagtttgatgcggtgaaatagcgctaataatttacaaca
gi|28 : tattctatatagATA-C-A----C------TTACTGATAA-TT---AAAATATTTTG-T-T-C--AC----TG-AGTT-ATgaagcgtgaacgtgaaatagtacgagtgatttacaac
gi|6 : -A----C------TTACTAATAT-TG---AAAGTATTTTG-TCT-C--AT----T--ATTT-ATA----CA------CATACTGATA--AA-AA----AA-G---TA-T---T-T-Ttgattcgtcacgcaagtgtaatcgtgaaatagtgagagtcattttacaaca
gi|16 : ctatttttttttgtttgatttatgcACTGATAT-TT---AAAGTATTTTG-CCT-----T----T--ATCT-ACA----CA------tgttcactgaattaattatttgttacgcaagtatgactgtaaaatatcgtgaatcatttacaata
gi|6 : TATTTTT-TTT-T--GT----TTGATTT-ATG----CA------CTTACTAAT---AT-TG----AAAG---TA-T---T-T-TGTCT--C-----A----T----T-----ATTTAT-AC--A-CA-TACT--GATA--AA-AAAA-G-TA------T-T-TTTGTTCACTG-AA-TTA-----A----TT-ATTTG-TTACGCA----AGTATGAaatactgataaaaaagtagttttgcttaatgaatcagaattattgatttgttacgcaagcgtgatcatgaaatagcgcgagtcatttacaac
gi|11 : cTATTTTA-TGT-A--AG-------ATAT-ATA----CG------CTTAGTGAT---AT-TT----AA-AA--TA-T---T-T-TGATT--C-----A----T----T-----ATTCAT-AC--A-CA-TACC--GATA--AT-CAAA-G-TA------T-T-TTTGTTCACTGAAT-T-------A----TTGATCTG-TTACGCA----AGCGTctgtaaaatatcgtgaatcatttacaata
gi|5 : cTATTTTA-TATGT--AA----T--ATAT-ATAACGGCC------CTTACTGAT---AT-TT----AA-AA--TA-T---T-T-CGTCT--T-----A----T----T-----ATTTAT-GC--A-CA-TATT--AATA--AT-TCAA-G-TA------T-A-TTTGTGTACTGAAT-T-------A----TTGATTTG-TTACGCA----AGCATGAcaccgtgaaaaagtgcgagtcattt
gi|21 : ccTATTTTA-T-T-C--ATAAGAT--ATGT-GTC----CA------CTTACCAATA--AT-CA----AA-G---AA-T---T-T-CGTCT--C-----A----T----T-----ATTTAT-AC--A-TA-TACT--GATATTATATCAA-G-TA------T-T-TT--TTCACTGAAT-T-------A----TTGAttttaaaatagcgcgtcatttacaac
gi|3 : ccTATTTTA-TAT-T--GT----A--ATAT-ATA----TAACGGCCCTTACTGAT---AT-TTA---AA-A---TA-T---T-T-CGTCT--CTT---A----T----TATTTAAT-----GC--A-CA-TATT--AATA--AT-TCAA-GCTA------TAT-GTTGTGTACTGGAACT-------ATTATTTGATTTGATTAC-CA----AG
gi|19 : cTTATG-TCT-C--AT----T--ATTT-ATA----CC------CTTACTGATA--AT-TA----AT-G---TATT---T-T-TGT-T--C-----A----C----TGA---AT------C--A-TT-TATT--accatgattttacaaatagcgcgtcatttacaa
gi|23 : ctaatttttaagatatatacac-TCT-C--AT----T--ATTT-ATA----CA------CATACTGATT--AT-GG----AA-G---TATT---T-T-TGT-T--C-----A----C----T-----G----------A-AT-TATT--GATtgttatgcaagcgtgattgtgaattttacaacacc
gi|22 : -TTT-C--AT----T--ATTT-ATG----TA------CATACTGATA--AT-TA----AA-G---TATT---T-T-TGT-T--C-----C----T----T-----G----------A-AT-TATT--GATttgttacgcaagagtgattgtgaaatagagtgagtgatttacaaa
gi|4 : -C--AT----T--GTAT-ATA----CA------CGTACTGATA--AT-TA----AA-A---TA-G---T-T-TTTCT--C-----A----T----T-----ATTT---ATCTA-CT-TACT--GATA--A---TAA-A-TA------TATATTTGTTCACTGAAT-T-------A----TTCATTTG-TTACGCG----AGCATGAttattacgcaaacgtgatcgtcaaatagcgcaagtcatttacaaca
gi|35 : ctattttatacgtaagata-C--AT----C--ATTT-ATA----CA------CATACTGATA--AT-TTA---AA-G---TA-T---T-T-T---T--G-----A----T----C-----AC-----AG--A-AT-CATT--GATttgtgacatatcgcgagccattttacagc
gi|26 : T----T--ATTT-ATA----CA------CTTTCTGATA--AT-TG----AA-A---TATT---T-T-TGTCT--ttgttacgc
gi|10 : ----T--ATAT-ATA----CA------CTTACTGAT---AT-TTTAAAAA-G---TA-T---T-T-TGTCT--C-----A----T----T-----ATTTAT-AC--A-CT-AACT--GATA--AT------G-TA-------------------TGAAT-T-------A----TTGATTTG-TCACACACACGATTGTGAactgaattattgatttgttacgcaagcgtgatcgtgaaatagcgaaagtcattctacaac
gi|12 : cctatttcatacactagatatatata--ATAT-GTA----CA------AATACTGAT---AT-TT----AAAG---TA-T---T-T-TGTCT--C-----A----T----T-----ATCTAT-AC--A-CA-TACT--GATA--AT-TAAA-G-TA------T-T-TT-GTTCACTGAAT-T-------A----TTGATCTG-TTACGCA----AGTTTGAagtagtaattttacaacac
gi|30 : tatatac--ATAT-ATA----CA------CTTACTGAT---AT-TT----AACG---TA-T---T-T-TATCT--C-----ATTATT----T-----AT-----AC--A-CA-TACT--GATtgcggtgaaatagcgctaataatttacaaca
gi|18 : ctaattcatttgtaag--ATAT-ATA----CA------CTTACTGATA--AT-TA----AA-A---TA-C---T-T-TGTTT--C-----A----T----T-----AT------------T-TACT--G--A--AT--------TA------T-T-TTTTTTtac
gi|15 : gcttatttcatacggaag--ATAT-ATG----CA------CTCACTGAT---AT-CT----AA-A---TA-A---A-TATGTCC--C-----A----T----T-----ATTTAT-GC--C-CA-TACT--GATA-------------------------TTGTTCACTAAAT-T-------A----TTGATGTA-TTACGCA----AGCGTAAtttttttgcgcaaccgtgatcatgaaatagcgctagtcatttc
gi|13 : attttaaacatgagT-ATA----CA--------TACTGAC---AT-TC----AAAG---TA-T---T-T-TGTCT--C-----AATAAT----T-----AT-----AC--A-AA-TACT--GATA--AT-TAAA-G-TA------T-T-----TTCACTG-AA-T------------T--ATTTG-TTACGCA----AACGTGAtcatgaaatagcgggagtcatttt
gi|7 : tattttatacgcaagatagaT-ATA----AA------CTTACTGA----AA-TT----AA-G---TA-T---T-T-TGTCT--C-----A----T----T-----ATTTAAAAC--AGCA-TACT--GA-------CTA-------------------GCTCAATGAAC-T-------AT---TTGATTTG-TTAtcgcgaaatagcgttagtcatttacaaca
gi|14 : cttatttatacgccagcaagctaT-ATAG---CA------CTCACTGAT---AT-CT----AA-A---TA-A---A-TATGTCC--C-----A----T----T-----ATTT---AT--G-CCATACT--GATA-------------------------TTGTTCACTAAAT-T-------A----TTGATGTA-TTACGCAC---AGCGTAActttccccaaagcatgatcgtgaaaatagcgcaagtcattttacaa
gi|8 : ctattttaacatgaga-ATA----CA------TTTACTGGT---AT-TT----AAAG---TC-T---T-T-TGTCT--C-----A----T----T-----ATTTAT-AC--A-CA-AACT--GATA--AT-TAAA-G-TA------T-T-TTTATTCACTGAAT-T-------A----TTGATTT--TTAAGGA----AGCGTGAtcatgaaatagcggaagtcattta
gi|9 : tattctatatagatac-ATA----TAT-----CTTACTAAT---AT-TT----AAAG---CA-A---T-T-TGTCTATT-----A----T----TT----AT-----AC--A-CA-TACT--GATA--AT-TAAA-A-GA------T-T-TTTCTTCACTGAAT-T-------A----TTGATTTG-TTACACA----AACGTGAacgtgaaatagtacgagtgatttacaac
gi|28 : tactttatatgta-ATA----CA------CTTACTGATA--AT-TA----AA-A---TA-T---T-T-TGT-T--C-----A----C----T-----G----------A-GT-TATT--GATtcgtgaaatagcgcgagtcatttacaaca
gi|16 : ACTGAT---AT-TT----AAAG---TA-T---T-T-TGCCT--TT----A----TC---T-----AC-----AC--A-AA-TACT--GATA--AA-A-AA-G-TA------G-T-TTTGCTTAATG-AA-TCAGAATTA----TTGATTTG-TTACGCA----AGCGTGAtcgtcacgcaagtgtaatcgtgaaatagtgagagtcattttacaaca
gi|19 : -T---T-A-TGTCT--C-----A----T----T-----ATTTAT-AC--C-CT-TACT--GATA--AT-TAAT-G-TA------T-T-TTTGTTCACTG-AA-TC------A----TTTATTTG-TTATGCA----AGCGTGAtcatgaaatagcgcgagtcatttacaac
gi|20 : ctaatttttaagatatatacac-TGTCT--C-----A----TCACCT-----AC-----AC--G-CC-TACTCAGATA--AT-TAAA-G-TACATGTAT-A-TCTGTTCACTGAAT-T-------A----TGGATTTG-TTATGCA----GTCGTGAttgtgaattttacaacacc
gi|23 : TCT--C-----A----T----T-----ATTTAT-AC--A-CA-TACT--GATT--AT-GGAA-G-TA------T-T-TTTGTTCACTGAAT-T-------A----TTGATTTG-TTACGCA----AGAGTGAtcgtgaaatatcgcgagtcatttacaacac
gi|35 : T--C-----A----T----TT----AT-----AC--A-CA-TACT--GATA--AT-TTAAAG-TA------T-T-TTTGATCACAG-AA-TC------A----TTGATTTG-TTACGCttgtgaaatagagtgagtgatttacaaa
gi|26 : ca----T----T-----AT-----AC--A-CT-TTCT--GATA--AT-TGAA-A-TA------T-T-TTTGTCTACTGAAT-T-------A----TTGATTTG-TTACGCA----AGCGTGA
gi|22 : ttat----T----T-----AT-----GT--A-CA-TACT--GATA--AT-TAAA-G-TA------T-T-TTTGTTCCTTGAAT-T-------A----TTGATTTA-TTACGCA----AACGTGAtcgtgaaatagcgaaagtcattctacaac
gi|30 : tttcattat----T-----AT-----AC--A-CT-TACT--GAT---AT-TTAACG-TA------T-T-TTtcgtcaaatagcgcaagtcatttacaaca
gi|18 : ctaattcatttgtaagata----T-----AT-----AC--A-CT-TACT--GATA--AT-TAAA-A-TA------C-T-TTGTTTCATTAT-T-T-------A----CTGAATTA-TTatctcattatttatacacatactgattac
gi|25 : gcttatttcatacggaagata----T-----AT-----AC--A-CA-TACT--AATA--A-----A-G-GA------T-T-GTTGTCCACTGAAT-T-------A----TTGATTTG-TGAAACA----AATATGAtttttttttttttgcgcaaccgtgatcatgaaatagcgctagtcatttc
gi|28 : tactctttcattacc-----AT-----AC--A-CT-TACT--GATA--AT-TAAA-A-TA------T-T-TT-GTTCACTGAGT-T-------A----TTGATTCG-TCACGCA----AGTGTAAtcatgaaacaacgcaagtcatttac
gi|24 : --A-CT-TACT--GAAA--AA-TGAA-G-TA------T-T-TTTGTTCACTGAAT-T-------A----ATGATTCG-TTATGCA----AGCATGAtcgtgaaatagtgagagtcattttacaaca
gi|31 : A-G-TA------T-T-TTTCTTCACTGAAT-T-------A----TTAACTTG-CCACGCA----AGCGTGAtcatgatatagcgcgagtgaatagtgcaagtcattttaaaa
gi|33 : tTTGTTCACTAAAT-T-------A----TTGATGTA-TTACGCA----AGCGTAAtcgtgaaatagcgcgagtcattttacaacac
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TTAAAGTATTTTTCTTCACTGAATTCATGATAGTTGTTCAAGTGTAAATTAATGATTTGTTACTCGAGCGTGATTGTGAAATAGCGCGAGTCATTTAC
Unaligned ( gi|29 ): TTTATATACACGATATTTAATTAGTATTATTGTTTACTGAATTGTTACGCAAGAGTGGTTGTGAAACAATGCAAGTCATTTACAAAA
Unaligned ( gi|36 ): GGATTATGAACTGTGTTGCTACGCAAGTGTGATTGTGAAATAGCGCGAGTCATTTACAACAC
Unaligned ( gi|38 ): TTATTGATTTTTTACGCAAGTGTAATCATGAAATAGCGCAAGCTTTTATAGAGC
Unaligned ( gi|39 ): GCAATTGTGATCGTGAAATGGTGGGATTCATTTTACAACACCG
Alignments
lowQualScore : 111111111 1111111 22222
lowQualScore : 2 77 77 000000000 555 888888 33 777 666666 2 2 1 22 22 0 3 3333 666666 1 1 1111111 444 3 222 222 1 3 22 666 3333 4444 66666 88888 11 1 22 22 555 1 1 333333 1 222 1 333333 4444 11 1 22
lowQualScore : . .. .. ......... ... ...... .. ... ...... . . . .. .. . . .... ...... . . ....... ... . ... ... . . .. ... .... .... ..... ..... .. . .. .. ... . . ...... . ... . ...... .... .. . ..
lowQualScore : 9 99 99 444444444 000 222222 99 333 111111 1 0 9 66 22 3 0 4444 222222 6 5 7777777 222 0 888 777 5 0 33 999 3333 5555 22222 88888 99 4 44 00 777 3 3 888888 4 333 3 888888 2222 88 3 00
consensus : ACTAGCCTATTTTATAC-GTAAG--ATATATATA--------CA---CT------TACTGATA-TTT---AAAGTAT------TT-TGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------CNTACTGA-TA------AT---TAAAG---TAT---T-T-TGTCT--C---A----T----T-----AT-----AC--A-CA-TACT--GATAAT-TAAA-G-TA------T-TTTTGTTCAC---T-GAAT------TA----TTGAT--TTG-TTACGCAAG--CGTGA
Reference ( family-2135 ) : ACTAGCCTATTTTATAC-GTAAG--ATATATATA--------CA---CT------TACTGATA-TTT---AAAGTAT------TT-TGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------CNTACTGA-TA------AT---TNAAG---TAT---T-T-TGTCT--C---A----T----T-----AT-----AC--A-CN-TACT--GATAAT-TNAA-G-TA------T-TTTTGTTCAC---T-GAAT------TA----TTGAT--TTG-TTACGCAAG--CGTGA
gi|1 : TTTCTAC-GTAAG--ATATA-ATA--------AA---CTCAGCTTTAGTGATAAGTT---AAAAAGT------TT-TGTTCT-A--ATT--GTTT-ATA----CA-----------------------AT---NNNNN---NNN---N-N-NNNNN--N---N----N----N-----NN-----NN--N-NG---CT--GATAAA-TGAA-G-TA------C-TTTAATTCCC---T-GAAT------TA----TTTAT--TTG-TTA-GCAAG--CATGA
gi|10 : cCCTATTTCATAC-ACTAG--ATATATATATATATATACA---CT------TACTGATA-TTTTAAAAAGTAT------TT-TGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------CTAACTGA-TA------ATGTATGAAT---TATTGAT-T-TGTC------------------------------AC--A-CA-CAC---GAT--TGTGAA-G-TA------tcgtgaaatagtgcaattcatttcacaacac
gi|11 : TAT------TT-TAT-GT-A--AG---ATAT-ATA----CG------CTTAGTGA-TA------TT---TAAAA---TAT---T-T-TGATT--C---A----T----T-----ATTCAT-AC--A-CA-TACC--GATAAT-CAAA-G-TA------T-TTTTGTTCAC---T-GAAT------TA----TTGAT--CTG-TTACGCAAG--CGTgtaattttacaacac
gi|12 : c--ATAT-GTA----CA------AATACTGA-TA------TT---TAAAG---TAT---T-T-TGTCT--C---A----T----T-----ATCTAT-AC--A-CA-TACT--GATAAT-TAAA-G-TA------T-TTT-GTTCAC---T-GAAT------TA----TTGAT--CTG-TTACGCAAG--TTTGAcaccgtgaaaaagtgcgagtcattt
gi|13 : tatatacTATTTTATAC-GCAAG--ATAGATATA--------CA-----------TACTGACA-TTC---AAAGTAT------TT-TGT-CT-C--AAT--AATT-ATA----CA------AATACTGA-TA------AT---TAAAG---TAT---T-T-Ttgcggtgaaatagcgctaataatttacaaca
gi|13 : -ATA----TA------CATACTGA-CA------TT---CAAAG---TAT---T-T-TGTCT--C---AATAAT----T-----AT-----AC--A-AA-TACT--GATAAT-TAAA-G-TA------T-T----TTCAC---T-GAAT------T--------AT--TTG-TTACGCAAA--CGTGAcactgaattatttgttacgcaaacgtgatcgcgaaatagcgttagtcatttacaaca
gi|14 : tattttatacgcaagatagCTATTTTA-AC-ATGAG--ATATA---G--------CA---CT------CACTGATA-TCT---AAATAAA------TA-TGT-CC-C--ATT--ATTT-ATG----C-------CATACTGA-TATTGTTCAC---TAAAT---TAT---T-GATGT--------A----T----T-----AC-----GC--A-Ctcgcgaaatagcgttagtcatttacaaca
gi|15 : --ATAT-ATG----CA------CTCACTGA-TA-------T---CTAAA---TAA---A-TATGTCC--C---A----T----T-----ATTTAT-GC--C-CA-TACT--GATA----------------------TTGTTCAC---T-AAAT------TA----TTGAT--GTA-TTACGCAAG--CGTAAagcgtaatcatgaaatagcggaagtcattta
gi|16 : attttaaacatgagACTGA-TA------TT---TAAAG---TAT---T-T-TGCCT--TT--A----TC---T-----AC-----AC--A-AA-TACT--GATAAA--AAA-G-TA------G-TTTTGCTTAA---T-GAATCAGAATTA----TTGAT--TTG-TTACGCAAG--CGTGAtcatgaaatagcgggagtcatttt
gi|17 : CCTATTTTATAC-GTAAG----ATATATG--------CA---CT------TGTTGGAA-ATT---AAAA-AT------TT-tcatgaaatagcgcgagtcatttacaac
gi|17 : --ATAT-ATG----CA------CTTGTTGG-AA------AT---TAAAA----AT---T-T-C---------------------------T-----GC--A-CT-TGAA--GCTAAT-TAAA-----------C-TTTT---------T-GAAT------TA----TTGAT--TTG-TTACGAATG--CGTGActgcacttgaagctaattaaactttttgaattattgatttgttacgaatgcgtgatcatgcaatagtcattttacaaca
gi|18 : cctattttatacgtaagGCTTATTTCATAC-GGAAG--ATAT--ATA--------CA---CT------TACTGATA-ATT---AAAATAC------TT-TGT-TT-C--ATT--ATTT-Atcatgcaatagtcattttacaaca
gi|18 : --ATAT-ATA----CA------CTTACTGA-TA------AT---TAAAA---TAC---T-T-TGTTT--C---A----T----T-----AT------------T-TACT--G--AAT--------TA------T-TTTTTTTT---------------------------T--TTT-TTGCGCAAC--CGTGActgaattatttttttttttttttgcgcaaccgtgatcatgaaatagcgctagtcatttc
gi|19 : gcttatttcatacggaagCTAATT-TTT---AAGATATATACACTTATGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CC------CTTACTGA-TA------AT---TAATG---TAT---T-T-Ttcatgaaatagcgctagtcatttc
gi|19 : T---T-A-TGTCT--C---A----T----T-----ATTTAT-AC--C-CT-TACT--GATAAT-TAAT-G-TA------T-TTTTGTTCAC---T-GAAT------CA----TTTAT--TTG-TTATGCAAG--CGTGAtgttcactgaatcatttatttgttatgcaagcgtgattgtgaattttacaacacc
gi|2 : ctaatttttaagatatatacacACTAGCCTATTTTACAC-GTAAG--ATATACATA--------AA---CT------TACTGATA-ATT---AAAGTAT------TT-TGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------CTTACTGA-TG------AT---TTAAG---TAT---T-T-TGTCT--C---A----T----T-----AT-----AC--A-CT-TACT--GATAAT-TTAA-G-TA------T-TTTTGTTCAC---T-GTAA------TA----TTGAT--TTG-TTATGCAAG--TGTGAttgtgaattttacaacacc
gi|20 : -TGTCT--C---A----TCACCT-----AC-----AC--G-CC-TACTCAGATAAT-TAAA-G-TACATGTAT-ATCTGTTCAC---T-GAAT------TA----TGGAT--TTG-TTATGCAGT--CGTGA
gi|21 : CCTATTTTATTC-ATAAG--ATATGTGTC--------CA---CT------TACCAATA-ATC---AAAGAAT------TT-CGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------TATACTGA-TATT----ATA--TCAAG---TAT---T-T-TTTCA--CTGAA----T----T-----AT-----tcgtgaaatatcgcgagtcatttacaacac
gi|22 : T-TT-C--ATT--ATTT-ATG----TA------CATACTGA-TA------AT---TAAAG---TAT---T-T-Ttga
gi|22 : ----T----T-----AT-----GT--A-CA-TACT--GATAAT-TAAA-G-TA------T-TTTTGTTCCT---T-GAAT------TA----TTGAT--TTA-TTACGCAAA--CGTGAtgttccttgaattattgatttattacgcaaacgtgatcgtcaaatagcgcaagtcatttacaaca
gi|23 : tttcattatTCT--C---A----T----T-----ATTTAT-AC--A-CA-TACT--GATTAT-GGAA-G-TA------T-TTTTGTTCAC---T-GAAT------TA----TTGAT--TTG-TTACGCAAG--AGTGAtcgtcaaatagcgcaagtcatttacaaca
gi|24 : --A-CT-TACT--GAAAAA-TGAA-G-TA------T-TTTTGTTCAC---T-GAAT------TA----ATGAT--TCG-TTATGCAAG--CATGAttgtgaaatagagtgagtgatttacaaa
gi|25 : T-TT-C--ATT--ACCT-ATA----CA------CATACTAA-TA-------------AAG---GAT---TGT-TGTCtcatgatatagcgcgagtgaatagtgcaagtcattttaaaa
gi|25 : tactc----T-----AT-----AC--A-CA-TACT--AATAA-----A-G-GA------T-TGTTGTCCAC---T-GAAT------TA----TTGAT--TTG-TGAAACAAA--TATGAcactgaattattgatttgtgaaacaaatatgatcatgaaacaacgcaagtcatttac
gi|26 : tactctttcattacc----T----T-----AT-----AC--A-CT-TTCT--GATAAT-TGAA-A-TA------T-TTTTGTCTAC---T-GAAT------TA----TTGAT--TTG-TTACGCAAG--CGTGAtcatgaaacaacgcaagtcatttac
gi|27 : ttatT-TAAA-G-TA------T-TTTTCTTCAC---T-GAAT------TC----ATGATAGTTG-TT---CAAG--TGTAAtcgtgaaatagcgaaagtcattctacaac
gi|27 : T---TAAAG---TAT---T-T-T-TCT------------------------------------T-CACT--GA--AT-TCAT-G--A------T-AGTTGTTCAAGTGT-AAAT------TA----ATGAT--TTG-TTACTCGAG--CGTGAattaatgatttgttactcgagcgtgattgtgaaatagcgcgagtcatttac
gi|28 : -----AT-----AC--A-CT-TACT--GATAAT-TAAA-A-TA------T-TTT-GTTCAC---T-GAGT------TA----TTGAT--TCG-TCACGCAAG--TGTAAttgtgaaatagcgcgagtcatttac
gi|29 : ----T-----AT-----AC--A-CGATATT----TAAT-T--A-G-TA------T-TATTGTTTAC---T-GAA--------------------TTG-TTACGCAAG--AGTGtcgtgaaatagtgagagtcattttacaaca
gi|3 : tttaCTATTTTATATTGTAAT--ATATATA-A--------CGGCCCT------TACTGATA-TTT---AAAATAT------TT-CGT-CT-CTTATT--ATTTAATG----CA------CATATTAA-TA------AT---TCAAGCTATAT---G-T-TGTgttgtgaaacaatgcaagtcatttacaaaa
gi|3 : TAT------TT-TAT-AT-T--GTA--ATAT-ATA----TAACGGCCCTTACTGA-TA------TT---TAAAA---TAT---T-T-CGTCT--CTT-A----T----TATTTAAT-----GC--A-CA-TATT--AATAAT-TCAA-GCTA------TATGTTGTGTAC---TGGAAC------TATTATTTGAT--TTGATTAC-CAAGACCATGAgtactggaactattatttgatttgattaccaagaccatgattttacaaatagcgcgtcatttacaa
gi|30 : cCTAATTCATTT-GTAAG--ATAT--ATA--------CA---CT------TACTGATA-TTT---AACGTAT------TT-TAT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------CATACTGA-Tttttacaaatagcgcgtcatttacaa
gi|31 : A-G-TA------T-TTTTCTTCAC---T-GAAT------TA----TTAAC--TTG-CCACGCAAG--CGTGAtac
gi|32 : tACTAGCCCATTT-ATA--GTAAC--ATATGTACA---------A---CT------T-CTGATA-TTCC--AAAGTAT------TT-TAT-CT-C--ATT--ATTtcgtgaaatagcgcgagtcattttacaacac
gi|33 : ataTTGTTCAC---T-AAAT------TA----TTGAT--GTA-TTACGCAAG--CGTAAgcatgca
gi|34 : ctgataGCTTATTTTATAC-GTAAG--ATAT--ATA--------CA---CT------TGCTGATA-ATT---AAAGTTT------TT-CAC-TT-A--ATT--GTTG-ATtcatgaaatagcgggagtcattttac
gi|35 : T--C---A----T----TT----AT-----AC--A-CA-TACT--GATAAT-TTAAAG-TA------T-TTTTGATCAC---A-GAAT------CA----TTGAT--TTG-TTACGCct
gi|37 : caACTAGCCTATTTTGTGC-GTAAGATATATATATA--------TA---CT------CACTGAT--T------AAGAAG------TT-TG--CT-C--ATT--A
gi|4 : -C--ATT--GTAT-ATA----CA------CGTACTGA-TA------AT---TAAAA---TAG---T-T-TTTCT--C---A----T----T-----ATTT---ATCTA-CT-TACT--GATAAT-AAAT-A-TA------T-ATTTGTTCAC---T-GAAT------TA----TTCAT--TTG-TTACGCGAG--CATGA
gi|5 : ctattttatacgtaagataTAT------TT-TAT-ATGT--AAT--ATAT-ATAACGGCC------CTTACTGA-TA------TT---TAAAA---TAT---T-T-CGTCT--T---A----T----T-----ATTTAT-GC--A-CA-TATT--AATAAT-TCAA-G-TA------T-ATTTGTGTAC---T-GAAT------TA----TTGAT--TTG-TTACGCAAG--CATGAttgtgacatatcgcgagccattttacagc
gi|6 : ccTAT------TT-TTT-TT-T--GTTTGATTT-ATG----CA------CTTACTAA-TA------TT---GAAAG---TAT---T-T-TGTCT--C---A----T----T-----ATTTAT-AC--A-CA-TACT--GATAAA-AAAA-G-TA------T-TTTTGTTCAC---T-GAAT------TA----ATTAT--TTG-TTACGCAAG--TATGAttttaaaatagcgcgtcatttacaac
gi|7 : cTTTATAC-GCCAGCAAGCTATATA--------AA---CT------TACTGAAA-TT-----AAGTAT------TT-TGT-CT-C--ATT--ATTTAAAA----CAG-----CATACTGACTA------GC---TCAActgtaaaatatcgtgaatcatttacaata
gi|7 : cttaT-ATA----AA------CTTACTGA--A------AT---T-AAG---TAT---T-T-TGTCT--C---A----T----T-----ATTTAAAAC--AGCA-TACT--GAC-----------TA------------GCTCAA---T-GAAC------TAT---TTGAT--TTG-TTACtgaactatttgatttgttactttccccaaagcatgatcgtgaaaatagcgcaagtcattttacaa
gi|8 : cttatttatacgccagcaagcta-ATA----CA------TTTACTGG-TA------TT---TAAAG---TCT---T-T-TGTCT--C---A----T----T-----ATTTAT-AC--A-CA-AACT--GATAAT-TAAA-G-TA------T-TTTTATTCAC---T-GAAT------TA----TTGAT--TT--TTAAGGAAG--CGTGAtttccccaaagcatgatcgtgaaaatagcgcaagtcattttacaa
gi|9 : tattctatatagatacT-ATA----T-------CTTACTAA-TA------TT---TAAAG---CAA---T-T-TGTCTATT---A----T----TT----AT-----AC--A-CA-TACT--GATAAT-TAAA-A-GA------T-TTTTCTTCAC---T-GAAT------TA----TTGAT--TTG-TTACACAAA--CGTGAacgtgaaatagtacgagtgatttacaac
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): GGATTATGAACTGTGTTGCTACGCAAGTGTGATTGTGAAATAGCGCGAGTCATTTACAACAC
Unaligned ( gi|38 ): TTATTGATTTTTTACGCAAGTGTAATCATGAAATAGCGCAAGCTTTTATAGAGC
Unaligned ( gi|39 ): GCAATTGTGATCGTGAAATGGTGGGATTCATTTTACAACACCG
Alignments
lowQualScore : 111111111 22222
lowQualScore : 2 77 77 000000000 555 888888 33 777 666666 2 1 1 22 22 3 3333 666666 1 7777777 222 3333 222 222 1 1 22 777 3333 1 66666 11 88888 11 1 3333 22 222 1 11 1 333333 1 4444444 222 1 333333 77777 11 1 22
lowQualScore : . .. .. ......... ... ...... .. ... ...... . . . .. .. . .... ...... . ....... ... .... ... ... . . .. ... .... . ..... .. ..... .. . .... .. ... . .. . ...... . ....... ... . ...... ..... .. . ..
lowQualScore : 9 99 99 444444444 000 222222 99 333 111111 1 9 8 55 22 0 4444 222222 6 6666666 888 4444 888 777 5 5 44 222 4444 4 22222 99 88888 99 4 3333 00 555 4 88 3 888888 3 2222222 333 3 888888 55555 88 3 00
consensus : ACTAGCCTATTTTATAC-GTAAG--ATATATATA--------CA---CT------TACTGATA-TTT---AAAGTAT------TT-TGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------CNTACTGATA------NT---TA----AAG---TAT---T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--T-----AC--A-C-A--TACT--GA---TAATT-AA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACGCAAG--CGTGA
Reference ( family-2135 ) : ACTAGCCTATTTTATAC-GTAAG--ATATATATA--------CA---CT------TACTGATA-TTT---AAAGTAT------TT-TGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------CNTACTGATA------AT---TA----AAG---TAT---T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--T-----AC--A-C-A--TACT--GA---TAATT-AA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACGCAAG--CGTGA
gi|1 : TTTCTAC-GTAAG--ATATA-ATA--------AA---CTCAGCTTTAGTGATAAGTT---AAAAAGT------TT-TGTTCT-A--ATT--GTTT-ATA----CA----------------------AT---NN----NNN---NNN---N-N-NNNNN--N---N----N-N-----N--N-----NN--N-N-G----CT--GA---TAAAT-GA--AG-TA------C-TT-------TAATTCCC---T-GAAT------TA-----TTTAT--TTG-TTA-GCAAG--CATGA
gi|10 : cCCTATTTCATAC-ACTAG--ATATATATATATATATACA---CT------TACTGATA-TTTTAAAAAGTAT------TT-TGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------CTAACTGATA------ATGTATG----AAT---TATTGAT-T-TGTC-----------------------------AC--A-C-A--CAC---GA---TTGTG-AAGTAG-TA------A-TT-------TTtcgtgaaatagtgcaattcatttcacaacac
gi|11 : TAT------TT-TAT-GT-A--AG---ATAT-ATA----CG------CTTAGTGATA------TT---TA----AAA---TAT---T-T-TGATT--C---A----T-T-----A--TTCAT-AC--A-C-A--TACC--GA---TAATC-AA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--CTG-TTACGCAAG--CGTacaacac
gi|12 : c--ATAT-GTA----CA------AATACTGATA------TT---TA----AAG---TAT---T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--TCTAT-AC--A-C-A--TACT--GA---TAATT-AA--AG-TA------T-TT-------T-GTTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--CTG-TTACGCAAG--TTTGAcaccgtgaaaaagtgcgagtcattt
gi|13 : tatatacTATTTTATAC-GCAAG--ATAGATATA--------CA-----------TACTGACA-TTC---AAAGTAT------TT-TGT-CT-C--AAT--AATT-ATA----CA------AATACTGATA------AT---TA----AAG---TAT---T-T-Ttgcggtgaaatagcgctaataatttacaaca
gi|13 : -ATA----TA------CATACTGACA------TT---CA----AAG---TAT---T-T-TGTCT--C---AATAAT-T-----A--T-----AC--A-A-A--TACT--GA---TAATT-AA--AG-TA------T-T-----------TTCAC---T-GAAT------T---------AT--TTG-TTACGCAAA--CGTGAcactgaattatttgttacgcaaacgtgatcgcgaaatagcgttagtcatttacaaca
gi|14 : tattttatacgcaagatagCTATTTTA-AC-ATGAG--ATATA---G--------CA---CT------CACTGATA-TCT---AAATAAA------TA-TGT-CC-C--ATT--ATTT-ATG----C-------CATACTGATATTGTTCAC---TA----AAT---TAT---T-GATGT--------A----T-T-----A--C-----GC--A-C-A--tcgcgaaatagcgttagtcatttacaaca
gi|15 : --ATAT-ATG----CA------CTCACTGATA------TC---TA----AAT---AAA---T-A-TGTCC--C---A----T-T-----A--TTTAT-GC--C-C-A--TACT--GA---TA------------------------------TTGTTCAC---T-AAAT------TA-----TTGAT--GTA-TTACGCAAG--CGTAAgcgtaatcatgaaatagcggaagtcattta
gi|16 : attttaaacatgagACTGATA------TT---TA----AAG---TAT---T-T-TGCCT--TT--A----TCT-----A--C-----AC--A-A-A--TACT--GA---TAAA--AA--AG-TA------G-TT-------TTGCTTAA---T-GAATCAGAATTA-----TTGAT--TTG-TTACGCAAG--CGTGAtcatgaaatagcgggagtcatttt
gi|17 : CCTATTTTATAC-GTAAG----ATATATG--------CA---CT------TGTTGGAA-ATT---AAAA---------------------------ATTT-CTG----CA------CTTGAAGCTA------AT---TA----AAC---T-T---T-T-TGtcatgaaatagcgcgagtcatttacaac
gi|17 : --ATAT-ATG----CA------CTTGTTGGAA------AT---TA----AAA----AT---T-T-C--------------------------T-----GC--A-C------TT--GAAGCTAATT-AA--A----------C-TT-------TT---------T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACGAATG--CGTGAaattattgatttgttacgaatgcgtgatcatgcaatagtcattttacaaca
gi|18 : cctattttatacgtaagGCTTATTTCATAC-GGAAG--ATAT--ATA--------CA---CT------TACTGATA-ATT---AAAATAC------TT-TGT-TT-C--ATT--ATTT-Atcatgcaatagtcattttacaaca
gi|18 : -T-----A--T-----AC--A-C-T--TACT--GA---TAATT-AA--AA-TA------C-TTTGTTTCATTATTTAC---T-GAAT------TATTTTTTTTTT--TTT-TTGCGCAAC--CGTGActgaattatttttttttttttttgcgcaaccgtgatcatgaaatagcgctagtcatttc
gi|19 : gcttatttcatacggaagataCTAATT-TTT---AAGATATATACACTTATGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CC------CTTACTGATA------AT---TA----ATG---TAT---T-T-Ttcatgaaatagcgctagtcatttc
gi|19 : T---T-A-TGTCT--C---A----T-T-----A--TTTAT-AC--C-C-T--TACT--GA---TAATT-AA--TG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------CA-----TTTAT--TTG-TTATGCAAG--CGTGAtgttcactgaatcatttatttgttatgcaagcgtgattgtgaattttacaacacc
gi|2 : ctaatttttaagatatatacacACTAGCCTATTTTACAC-GTAAG--ATATACATA--------AA---CT------TACTGATA-ATT---AAAGTAT------TT-TGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------CTTACTGATG------AT---TT----AAG---TAT---T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--T-----AC--A-C-T--TACT--GA---TAATT-TA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GTAA------TA-----TTGAT--TTG-TTATGCAAG--TGTGAttgtgaattttacaacacc
gi|20 : -TGTCT--C---A----T-C-----ACCT-----AC--A-C-GCCTACTCAGA---TAATT-AA--AG-TACATGTAT-AT-------CTGTTCAC---T-GAAT------TA-----TGGAT--TTG-TTATGCAGT--CGTGA
gi|21 : CCTATTTTATTC-ATAAG--ATATGTGTC--------CA---CT------TACCAATA-ATC---AAAGAAT------TT-CGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------TATACTGAT-------AT---TATATCAAG---TAT---T-T-TTTCA--CTGAA----T-T-----A--T-----tcgtgaaatatcgcgagtcatttacaacac
gi|22 : T-TT-C--ATT--ATTT-ATG----TA------CATACTGATA------AT---TA----AAG---TAT---T-T-Ttga
gi|22 : ----T-T-----A--T-----GT--A-C-A--TACT--GA---TAATT-AA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCCT---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTA-TTACGCAAA--CGTGAtgttccttgaattattgatttattacgcaaacgtgatcgtcaaatagcgcaagtcatttacaaca
gi|23 : tttcattatTCT--C---A----T-T-----A--TTTAT-AC--A-C-A--TACT--GA---TTATG-GA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACGCAAG--AGTGAtcgtcaaatagcgcaagtcatttacaaca
gi|24 : --A-C-T--TACT--GA---AAAAT-GA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----ATGAT--TCG-TTATGCAAG--CATGAttgtgaaatagagtgagtgatttacaaa
gi|25 : T-TT-C--ATT--ACCT-ATA----CA------CATACTAA-------------TA----AAG---GAT---TGT-TGTCtcatgatatagcgcgagtgaatagtgcaagtcattttaaaa
gi|25 : tactc-T-----A--T-----AC--A-C-A--TACT--AA---TAA-------AG-GA------T-TG-------TTGTCCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TGAAACAAA--TATGAcactgaattattgatttgtgaaacaaatatgatcatgaaacaacgcaagtcatttac
gi|26 : tactctttcattacc----T-T-----A--T-----AC--A-C-T--TTCT--GA---TAATT-GA--AA-TA------T-TT-------TTGTCTAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACGCAAG--CGTGAtcatgaaacaacgcaagtcatttac
gi|27 : ttatTT-AA--AG-TA------T-TT-------TTCTTCAC---T-GAAT------TC-----ATGATAGTTG-TT---CAAG--TGTAAtcgtgaaatagcgaaagtcattctacaac
gi|27 : T---TA----AAG---TAT---T-T-TTCTT--C---A----C-T-----G--A-----AT--T-C-A--T-----GA---TAGTT-----------------------------GTTCAAGTGT-AAAT------TA-----ATGAT--TTG-TTACTCGAG--CGTGAattaatgatttgttactcgagcgtgattgtgaaatagcgcgagtcatttac
gi|28 : -----A--T-----AC--A-C-T--TACT--GA---TAATT-AA--AA-TA------T-TT-------T-GTTCAC---T-GAGT------TA-----TTGAT--TCG-TCACGCAAG--TGTAAttgtgaaatagcgcgagtcatttac
gi|29 : -T-----A--T-----AC--A-CGA--TATT-------TAATT-A----G-TA------T-TA-------TTGTTTAC---T-GAA---------------------TTG-TTACGCAAG--AGTGtcgtgaaatagtgagagtcattttacaaca
gi|3 : tttaCTATTTTATATTGTAAT--ATATATA-A--------CGGCCCT------TACTGATA-TTT---AAAATAT------TT-CGT-CT-CTTATT--ATTTAATG----CA------CATATTAATA------AT---TC----AAGCTATAT---G-T-TGTgttgtgaaacaatgcaagtcatttacaaaa
gi|3 : TAT------TT-TAT-AT-T--GTA--ATAT-ATA----TAACGGCCCTTACTGATA------TT---TA----AAA---TAT---T-T-CGTCT--CTT-A----T-TATTTAA--T-----GC--A-C-A--TATT--AA---TAATT-CA--AGCTA------TATG-------TTGTGTAC---TGGAAC------TATTAT-TTGAT--TTGATTAC-CAAGACCATGAgtactggaactattatttgatttgattaccaagaccatgattttacaaatagcgcgtcatttacaa
gi|30 : cCTAATTCATTT-GTAAG--ATAT--ATA--------CA---CT------TACTGATA-TTT---AACGTAT------TT-TAT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------CATACTGATttttacaaatagcgcgtcatttacaa
gi|31 : --AG-TA------T-TT-------TTCTTCAC---T-GAAT------TA-----TTAAC--TTG-CCACGCAAG--CGTGAtac
gi|32 : tACTAGCCCATTT-ATA--GTAAC--ATATGTACA---------A---CT------T-CTGATA-TTCC--AAAGTAT------TT-TAT-CT-C--ATT--ATTtcgtgaaatagcgcgagtcattttacaacac
gi|33 : ata-------TTGTTCAC---T-AAAT------TA-----TTGAT--GTA-TTACGCAAG--CGTAAgcatgca
gi|34 : ctgataGCTTATTTTATAC-GTAAG--ATAT--ATA--------CA---CT------TGCTGATA-ATT---AAAGTTT------TT-CAC-TT-A--ATT--GTTG-ATtcatgaaatagcgggagtcattttac
gi|35 : T--C---A----T-TT----A--T-----AC--A-C-A--TACT--GA---TAATTTAA--AG-TA------T-TT-------TTGATCAC---A-GAAT------CA-----TTGAT--TTG-TTACGCct
gi|37 : caACTAGCCTATTTTGTGC-GTAAGATATATATATA--------TA---CT------CACTGAT--T------AAGAAG------TT-TG--CT-C--ATT--A
gi|4 : -C--ATT--GTAT-ATA----CA------CGTACTGATA------AT---TA----AAA---TAG---T-T-TTTCT--C---A----T-T-----A--TTT---ATCTA-C-T--TACT--GA---TAATA-AA--TA-TA------T-AT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----TTCAT--TTG-TTACGCGAG--CATGA
gi|5 : ctattttatacgtaagataTAT------TT-TAT-ATGT--AAT--ATAT-ATAACGGCC------CTTACTGATA------TT---TA----AAA---TAT---T-T-CGTCT--T---A----T-T-----A--TTTAT-GC--A-C-A--TATT--AA---TAATT-CA--AG-TA------T-AT-------TTGTGTAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACGCAAG--CATGAttgtgacatatcgcgagccattttacagc
gi|6 : ccTAT------TT-TTT-TT-T--GTTTGATTT-ATG----CA------CTTACTAATA------TT---GA----AAG---TAT---T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--TTTAT-AC--A-C-A--TACT--GA---TAAAA-AA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----ATTAT--TTG-TTACGCAAG--TATGAttttaaaatagcgcgtcatttacaac
gi|7 : cTTTATAC-GCCAGCAAGCTATATA--------AA---CT------TACTGAAA-TT-----AAGTAT------TT-TGT-CT-C--ATT--ATTTAAAA----CAG-----CATACTGActgtaaaatatcgtgaatcatttacaata
gi|7 : cttaT-ATA----AA------CTTACTGA-A------AT---TA----A-G---TAT---T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--TTTAAAAC--AGC-A--TACT--G------ACT-A---------------------------GCTCAA---T-GAAC------TAT----TTGAT--TTG-TTACctagctcaatgaactatttgatttgttactttccccaaagcatgatcgtgaaaatagcgcaagtcattttacaa
gi|8 : cttatttatacgccagcaagcta-ATA----CA------TTTACTGGTA------TT---TA----AAG---TCT---T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--TTTAT-AC--A-C-A--AACT--GA---TAATT-AA--AG-TA------T-TT-------TTATTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TT--TTAAGGAAG--CGTGAtttccccaaagcatgatcgtgaaaatagcgcaagtcattttacaa
gi|9 : tattctatatagatacT-ATA----T-------CTTACTAATA------TT---TA----AAG---CAA---T-T-TGTCTATT---A----T-TT----A--T-----AC--A-C-A--TACT--GA---TAATT-AA--AA-GA------T-TT-------TTCTTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACACAAA--CGTGAacgtgaaatagtacgagtgatttacaac
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): GGATTATGAACTGTGTTGCTACGCAAGTGTGATTGTGAAATAGCGCGAGTCATTTACAACAC
Unaligned ( gi|38 ): TTATTGATTTTTTACGCAAGTGTAATCATGAAATAGCGCAAGCTTTTATAGAGC
Unaligned ( gi|39 ): GCAATTGTGATCGTGAAATGGTGGGATTCATTTTACAACACCG
Alignments
lowQualScore : 111111111 22222
lowQualScore : 2 77 77 000000000 555 888888 44 777 2 2 22 22 3 3333 666666 1 1 999999 22 222 777777 1 3 22 777 3333 1 66666 11 88888 11 1 3333 22 222 1 11 1 333333 1 4444444 222 1 333333 77777 11 1 22
lowQualScore : . .. .. ......... ... ...... .. ... . . .. .. . .... ...... . . ...... .. ... ...... . . .. ... .... . ..... .. ..... .. . .... .. ... . .. . ...... . ....... ... . ...... ..... .. . ..
lowQualScore : 9 99 99 444444444 000 222222 99 999 1 0 88 44 2 7777 777777 6 6 444444 33 999 777777 7 2 44 222 4444 4 22222 99 88888 99 4 6666 00 555 4 88 3 888888 3 2222222 333 3 888888 55555 88 3 00
consensus : ACTAGCCTATTTTATAC-GTAAG--ATATATATA--------CA---CT------TACTGATA-NTT---AAAGTATTTTGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------CNTACTGATATT------TA--AAG---TAT------T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--T-----AC--A-C-A--TACT--GA---TAATT-AA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACGCAAG--CGTGA
Reference ( family-2135 ) : ACTAGCCTATTTTATAC-GTAAG--ATATATATA--------CA---CT------TACTGATA-TTT---AAAGTATTTTGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------CNTACTGATANT------TA--AAG---TAT------T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--T-----AC--A-C-A--TACT--GA---TAATT-AA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACGCAAG--CGTGA
gi|1 : TTTCTAC-GTAAG--ATATA-ATA--------AA---CTCAGCTTTAGTGATAAGTT---AAAAAGTTTTGTTCT-A--ATT--GTTT-ATA----CA-------------ATNNN------NN--NNN---NNN------N-N-NNNNN--N---N----N-N-----N--N-----N-----------GCT--GA---TAAAT-GA--AG-TA------C-TT-------TAATTCCC---T-GAAT------TA-----TTTAT--TTG-TTA-GCAAG--CATGA
gi|10 : cCCTATTTCATAC-ACTAG--ATATATATATATATATACA---CT------TACTGATA-TTTTAAAAAGTATTTTGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------CTAACTGATAATGTA---TG--AAT---TATTGA---T-T-TGTC-----------------------------AC--A-C-A--CAC---GA---TTGTG-AAGTAG-TA------A-TT-------TTtcgtgaaatagtgcaattcatttcacaacac
gi|11 : TATTTTAT-GT-A--AG---ATAT-ATA----CG------CTTAGTGATATT------TA--AAA---TAT------T-T-TGATT--C---A----T-T-----A--TTCAT-AC--A-C-A--TACC--GA---TAATC-AA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--CTG-TTACGCAAG--CGTacaacac
gi|12 : c--ATAT-GTA----CA------AATACTGATATT------TA--AAG---TAT------T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--TCTAT-AC--A-C-A--TACT--GA---TAATT-AA--AG-TA------T-TT-------T-GTTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--CTG-TTACGCAAG--TTTGAcaccgtgaaaaagtgcgagtcattt
gi|13 : tatatacTATTTTATAC-GCAAG--ATAGATATA--------CA-----------TACTGACA-TTC---AAAGTATTTTGT-CT-C--AAT--AATT-ATA----CA------AATACTGATAAT------TA--AAG---TAT------T-T-Ttgcggtgaaatagcgctaataatttacaaca
gi|13 : -ATA----TA------CATACTGACATT------CA--AAG---TAT------T-T-TGTCT--C---AATAAT-T-----A--T-----AC--A-A-A--TACT--GA---TAATT-AA--AG-TA------T-T-----------TTCAC---T-GAAT------T---------AT--TTG-TTACGCAAA--CGTGAcactgaattatttgttacgcaaacgtgatcgcgaaatagcgttagtcatttacaaca
gi|14 : tattttatacgcaagatagCTATTTTA-AC-ATGAG--ATATA---G--------CA---CT------CACTGATA-TCT---AAATAAATATGT-CC-C--ATT--ATTT-ATG----C-------CATACTGATATTGTTCACTA--AAT---TAT------T-GATGT--------A----T-T-----A--C-----GC--A-C-A--tcgcgaaatagcgttagtcatttacaaca
gi|15 : --ATAT-ATG----CA------CTCACTGATATC------TA--AAT---AAA------T-A-TGTCC--C---A----T-T-----A--TTTAT-GC--C-C-A--TACT--GA---TA------------------------------TTGTTCAC---T-AAAT------TA-----TTGAT--GTA-TTACGCAAG--CGTAAgcgtaatcatgaaatagcggaagtcattta
gi|16 : attttaaacatgagACTGATATT------TA--AAG---TAT------T-T-TGCCT--TT--A----TCT-----A--C-----AC--A-A-A--TACT--GA---TAAA--AA--AG-TA------G-TT-------TTGCTTAA---T-GAATCAGAATTA-----TTGAT--TTG-TTACGCAAG--CGTGAtcatgaaatagcgggagtcatttt
gi|17 : CCTATTTTATAC-GTAAG----ATATATG--------CA---CT------TGTTGGAA-ATT---AAAA-ATTTtcatgaaatagcgcgagtcatttacaac
gi|17 : --ATAT-ATG----CA------CTTGTTGGAAAT------TA--AAA----AT------T-T-C--------------------------T-----GC--A-C------TT--GAAGCTAATT-AA--A----------C-TT-------TT---------T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACGAATG--CGTGActgcacttgaagctaattaaactttttgaattattgatttgttacgaatgcgtgatcatgcaatagtcattttacaaca
gi|18 : cctattttatacgtaagGCTTATTTCATAC-GGAAG--ATAT--ATA--------CA---CT------TACTGATA-ATT---AAAATACTTTGT-TT-C--ATT--ATTT-Atcatgcaatagtcattttacaaca
gi|18 : -T-----A--T-----AC--A-C-T--TACT--GA---TAATT-AA--AA-TA------C-TTTGTTTCATTATTTAC---T-GAAT------TATTTTTTTTTT--TTT-TTGCGCAAC--CGTGActgaattatttttttttttttttgcgcaaccgtgatcatgaaatagcgctagtcatttc
gi|19 : gcttatttcatacggaagataCTAATTTT------TA--AGA---TATATACACT-TATGTCT--C---A----T-T-----A--TTTAT-AC--C-C-T--TACT--GA---TAATT-AA--TG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------CA-----TTTAT--TTG-TTATGCAAG--CGTGAtcatgaaatagcgctagtcatttc
gi|2 : ACTAGCCTATTTTACAC-GTAAG--ATATACATA--------AA---CT------TACTGATA-ATT---AAAGTATTTTGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------CTTACTGATGAT------TT--AAG---TAT------T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--T-----AC--A-C-T--TACT--GA---TAATT-TA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GTAA------TA-----TTGAT--TTG-TTATGCAAG--TGTGAttgtgaattttacaacacc
gi|20 : -TGTCT--C---A----T-C-----ACCT-----AC--A-C-GCCTACTCAGA---TAATT-AA--AG-TACATGTAT-AT-------CTGTTCAC---T-GAAT------TA-----TGGAT--TTG-TTATGCAGT--CGTGA
gi|21 : CCTATTTTATTC-ATAAG--ATATGTGTC--------CA---CT------TACCAATA-ATC---AAAGAATTTCGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------TATACTGATATTA-----TATCAAG---TAT------T-T-TTTCA--CTGAA----T-T-----A--T-----tcgtgaaatatcgcgagtcatttacaacac
gi|22 : T-TT-C--ATT--ATTT-ATG----TA------CATACTGATAAT------TA--AAG---TAT------T-T-Ttga
gi|22 : ----T-T-----A--T-----GT--A-C-A--TACT--GA---TAATT-AA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCCT---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTA-TTACGCAAA--CGTGAtgttccttgaattattgatttattacgcaaacgtgatcgtcaaatagcgcaagtcatttacaaca
gi|23 : tttcattatTCT--C---A----T-T-----A--TTTAT-AC--A-C-A--TACT--GA---TTATG-GA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACGCAAG--AGTGAtcgtcaaatagcgcaagtcatttacaaca
gi|24 : --A-C-T--TACT--GA---AAAAT-GA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----ATGAT--TCG-TTATGCAAG--CATGAttgtgaaatagagtgagtgatttacaaa
gi|25 : T-TT-C--ATT--ACCT-ATA----CA------CATACTAA----------TA--AAG---GAT------TGT-TGTCtcatgatatagcgcgagtgaatagtgcaagtcattttaaaa
gi|25 : tactc-T-----A--T-----AC--A-C-A--TACT--AA---TAA-------AG-GA------T-TG-------TTGTCCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TGAAACAAA--TATGAcactgaattattgatttgtgaaacaaatatgatcatgaaacaacgcaagtcatttac
gi|26 : tactctttcattacc----T-T-----A--T-----AC--A-C-T--TTCT--GA---TAATT-GA--AA-TA------T-TT-------TTGTCTAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACGCAAG--CGTGAtcatgaaacaacgcaagtcatttac
gi|27 : ttatTT-AA--AG-TA------T-TT-------TTCTTCAC---T-GAAT------TC-----ATGATAGTTG-TT---CAAG--TGTAAtcgtgaaatagcgaaagtcattctacaac
gi|27 : T------TA--AAG---TAT------T-T-TTCTT--C---A----C-T-----G--A-----AT--T-C-A--T-----GA---TAGTT-----------------------------GTTCAAGTGT-AAAT------TA-----ATGAT--TTG-TTACTCGAG--CGTGAattaatgatttgttactcgagcgtgattgtgaaatagcgcgagtcatttac
gi|28 : -----A--T-----AC--A-C-T--TACT--GA---TAATT-AA--AA-TA------T-TT-------T-GTTCAC---T-GAGT------TA-----TTGAT--TCG-TCACGCAAG--TGTAAttgtgaaatagcgcgagtcatttac
gi|29 : -T-----A--T-----AC--A-CGA--TATT-------TAATT-A----G-TA------T-TA-------TTGTTTAC---T-GAA---------------------TTG-TTACGCAAG--AGTGtcgtgaaatagtgagagtcattttacaaca
gi|3 : tttaCTATTTTATATTGTAAT--ATATATA-A--------CGGCCCT------TACTGATA-TTT---AAAATATTTCGT-CT-CTTATT--ATTTAATG----CA------CATATTAATAAT------TC--AAGCTATAT------G-T-TGTgttgtgaaacaatgcaagtcatttacaaaa
gi|3 : TATTTTAT-AT-T--GTA--ATAT-ATA----TAACGGCCCTTACTGATATT------TA--AAA---TAT------T-T-CGTCT--CTT-A----T-TATTTAA--T-----GC--A-C-A--TATT--AA---TAATT-CA--AGCTA------TATG-------TTGTGTAC---TGGAAC------TATTAT-TTGAT--TTGATTAC-CAAGACCATGAgtactggaactattatttgatttgattaccaagaccatgattttacaaatagcgcgtcatttacaa
gi|30 : cCTAATTCATTT-GTAAG--ATAT--ATA--------CA---CT------TACTGATA-TTT---AACGTATTTTAT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------CATACTGATttttacaaatagcgcgtcatttacaa
gi|31 : --AG-TA------T-TT-------TTCTTCAC---T-GAAT------TA-----TTAAC--TTG-CCACGCAAG--CGTGAtac
gi|32 : tACTAGCCCATTT-ATA--GTAAC--ATATGTACA---------A---CT------T-CTGATA-TTCC--AAAGTATTTTAT-CT-C--ATT--ATTtcgtgaaatagcgcgagtcattttacaacac
gi|33 : ata-------TTGTTCAC---T-AAAT------TA-----TTGAT--GTA-TTACGCAAG--CGTAAgcatgca
gi|34 : ctgataGCTTATTTTATAC-GTAAG--ATAT--ATA--------CA---CT------TGCTGATA-ATT---AAAGTTTTTCAC-TT-A--ATT--GTTG-ATtcatgaaatagcgggagtcattttac
gi|35 : T--C---A----T-TT----A--T-----AC--A-C-A--TACT--GA---TAATTTAA--AG-TA------T-TT-------TTGATCAC---A-GAAT------CA-----TTGAT--TTG-TTACGCct
gi|37 : caACTAGCCTATTTTGTGC-GTAAGATATATATATA--------TA---CT------CACTGAT--T------AAGAAGTTTG--CT-C--ATT--A
gi|4 : -C--ATT--GTAT-ATA----CA------CGTACTGATAAT------TA--AAA---TAG------T-T-TTTCT--C---A----T-T-----A--TTT---ATCTA-C-T--TACT--GA---TAATA-AA--TA-TA------T-AT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----TTCAT--TTG-TTACGCGAG--CATGA
gi|5 : ctattttatacgtaagataTATTTTAT-ATGT--AAT--ATAT-ATAACGGCC------CTTACTGATATT------TA--AAA---TAT------T-T-CGTCT--T---A----T-T-----A--TTTAT-GC--A-C-A--TATT--AA---TAATT-CA--AG-TA------T-AT-------TTGTGTAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACGCAAG--CATGAttgtgacatatcgcgagccattttacagc
gi|6 : ccTATTTTTT-TT-T--GTTTGATTT-ATG----CA------CTTACTAATATT------GA--AAG---TAT------T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--TTTAT-AC--A-C-A--TACT--GA---TAAAA-AA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----ATTAT--TTG-TTACGCAAG--TATGAttttaaaatagcgcgtcatttacaac
gi|7 : cTTTATAC-GCCAGCAAGCTATATA--------AA---CT------TACTGAAA-TT-----AAGTATTTTGT-CT-C--ATT--ATTTAAAA----CAG-----CATACTGActgtaaaatatcgtgaatcatttacaata
gi|7 : cttaT-ATA----AA------CTTACTGA-AAT------TA--A-G---TAT------T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--TTTAAAAC--AGC-A--TACT--G------ACT-A---------------------------GCTCAA---T-GAAC------TAT----TTGAT--TTG-TTACctagctcaatgaactatttgatttgttactttccccaaagcatgatcgtgaaaatagcgcaagtcattttacaa
gi|8 : cttatttatacgccagcaagcta-ATA----CA------TTTACTGGTATT------TA--AAG---TCT------T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--TTTAT-AC--A-C-A--AACT--GA---TAATT-AA--AG-TA------T-TT-------TTATTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TT--TTAAGGAAG--CGTGAtttccccaaagcatgatcgtgaaaatagcgcaagtcattttacaa
gi|9 : tattctatatagatacT-ATA----T-------CTTACTAATATT------TA--AAG---CAA------T-T-TGTCTATT---A----T-TT----A--T-----AC--A-C-A--TACT--GA---TAATT-AA--AA-GA------T-TT-------TTCTTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACACAAA--CGTGAacgtgaaatagtacgagtgatttacaac
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): GGATTATGAACTGTGTTGCTACGCAAGTGTGATTGTGAAATAGCGCGAGTCATTTACAACAC
Unaligned ( gi|38 ): TTATTGATTTTTTACGCAAGTGTAATCATGAAATAGCGCAAGCTTTTATAGAGC
Unaligned ( gi|39 ): GCAATTGTGATCGTGAAATGGTGGGATTCATTTTACAACACCG
Alignments
lowQualScore : 111111111 22222
lowQualScore : 3 88 66 222222222 555 888888 55 888 2 2 22 22 3 5555 777777 1 1 333 1 22 333 888888 1 1 22 777 3333 1 66666 22 99999 22 333 2222 22 1 11 1 333333 1 4444444 222 1 333333 77777 11 1 1 11
lowQualScore : . .. .. ......... ... ...... .. ... . . .. .. . .... ...... . . ... . .. ... ...... . . .. ... .... . ..... .. ..... .. ... .... .. . .. . ...... . ....... ... . ...... ..... .. . . ..
lowQualScore : 1 55 11 000000000 444 888888 22 555 2 1 99 66 3 7777 000000 6 7 222 7 44 000 000000 7 7 55 555 5555 5 44444 00 88888 00 999 3333 00 3 88 3 777777 3 1111111 333 3 777777 33333 88 3 4 99
consensus : ACTAGCCTATTTTATAC-GTAAG--ATATATATA--------CA---CT------TACTGATAA-TT---AAAGTATTTTGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------CNTACTGAT-A---TT-TA--AAG---TAT------T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--T-----AC--A---C-A--TACT--GATAATT-AA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACGCA-AG--CGTGA
Reference ( family-2135 ) : ACTAGCCTATTTTATAC-GTAAG--ATATATATA--------CA---CT------TACTGATAN-TT---AAAGTATTTTGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------CNTACTGAT-A---TT-TA--AAG---TAT------T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--T-----AC--A---C-A--TACT--GATAATT-AA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACGCA-AG--CGTGA
gi|1 : TTTCTAC-GTAAG--ATATA-ATA--------AA---CTCAGCTTTAGTGATAAGTT---AAAAAGTTTTGTTCT-A--ATT--GTTT-ATA----CA----------------A---TN-NN--NNN---NNN------N-N-NNNNN--N---N----N-N-----N--N-----NN--N---------GCT--GATAAAT-GA--AG-TA------C-TT-------TAATTCCC---T-GAAT------TA-----TTTAT--TTG-TTA-GCA-AG--CATGA
gi|10 : cCCTATTTCATAC-ACTAG--ATATATATATATATATACA---CT------TACTGATAT-TTTAAAAAGTATTTTGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------CTAACTGAT-AATGTA-TG--AAT---TATTGA---T-T-TGTC-----------------------------AC--A---C-A--CAC---GATTGTG-AAGTAG-TA------A-TT-------TTtcgtgaaatagtgcaattcatttcacaacac
gi|11 : TATTTTAT-GT-A--AG---ATAT-ATA----CG------CTTAGTGAT-A---TT-TA--AAA---TAT------T-T-TGATT--C---A----T-T-----A--TTCAT-AC--A---C-A--TACC--GATAATC-AA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--CTG-TTACGCA-AG--CGTacaacac
gi|12 : c--ATAT-GTA----CA------AATACTGAT-A---TT-TA--AAG---TAT------T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--TCTAT-AC--A---C-A--TACT--GATAATT-AA--AG-TA------T-TT-------T-GTTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--CTG-TTACGCA-AG--TTTGAcaccgtgaaaaagtgcgagtcattt
gi|13 : tatatacTATTTTATAC-GCAAG--ATAGATATA--------CA-----------TACTGACAT-TC---AAAGTATTTTGT-CT-C--AAT--AATT-ATA----CA------AATACTGAT-A---AT-TA--AAG---TAT------T-T-Ttgcggtgaaatagcgctaataatttacaaca
gi|13 : -ATA----TA------CATACTGAC-A---TT-CA--AAG---TAT------T-T-TGTCT--C---AATAAT-T-----A--T-----AC--A---A-A--TACT--GATAATT-AA--AG-TA------T-T-----------TTCAC---T-GAAT------T---------AT--TTG-TTACGCA-AA--CGTGAcactgaattatttgttacgcaaacgtgatcgcgaaatagcgttagtcatttacaaca
gi|14 : tattttatacgcaagatagT-ATAG---CA------CTCACTGAT-A---TC-TA--AAT---AAA------T-A-TGTCC--C---A----T-T-----A--T-----TT--ATGCC-A--TACT--GATA------------------------------TTGTTCAC---T-AAAT------TA-----TTGAT--GTA-TTACGCACAG--CGTAAtcgcgaaatagcgttagtcatttacaaca
gi|15 : ctattttaacatgaga--ATAT-ATG----CA------CTCACTGAT-A---TC-TA--AAT---AAA------T-A-TGTCC--C---A----T-T-----A--TTTAT-GC--C---C-A--TACT--GATA------------------------------TTGTTCAC---T-AAAT------TA-----TTGAT--GTA-TTACGCA-AG--CGTAAtcatgaaatagcggaagtcattta
gi|16 : attttaaacatgagACTGAT-A---TT-TA--AAG---TAT------T-T-TGCCT--TT--A----TCT-----A--C-----AC--A---A-A--TACT--GATAAA--AA--AG-TA------G-TT-------TTGCTTAA---T-GAATCAGAATTA-----TTGAT--TTG-TTACGCA-AG--CGTGAtcatgaaatagcgggagtcatttt
gi|17 : CCTATTTTATAC-GTAAG----ATATATG--------CA---CT------TGTTGGAAA-TT---AAAA-ATTTtcatgaaatagcgcgagtcatttacaac
gi|17 : TAATT-AA--A----------C-TT-------TT---------T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACGAA-TG--CGTGActgcacttgaagctaattaaactttttgaattattgatttgttacgaatgcgtgatcatgcaatagtcattttacaaca
gi|18 : cctattttatacgtaagatatatgcacttgttggaaattaaaaatttctgcacttgaagcGCTTATTTCATAC-GGAAG--ATAT--ATA--------CA---CT------TACTGATAA-TT---AAAATACTTTGT-TT-C--ATT--ATTT-Atcatgcaatagtcattttacaaca
gi|18 : -T-----A--T-----AC--A---C-T--TACT--GATAATT-AA--AA-TA------C-TTTGTTTCATTATTTAC---T-GAAT------TATTTTTTTTTT--TTT-TTGCGCA-AC--CGTGActgaattatttttttttttttttgcgcaaccgtgatcatgaaatagcgctagtcatttc
gi|19 : gcttatttcatacggaagataCTAAT-T---TT-TA--AGA---TATATACACT-TATGTCT--C---A----T-T-----A--TTTAT-AC--C---C-T--TACT--GATAATT-AA--TG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------CA-----TTTAT--TTG-TTATGCA-AG--CGTGAtcatgaaatagcgctagtcatttc
gi|2 : ACTAGCCTATTTTACAC-GTAAG--ATATACATA--------AA---CT------TACTGATAA-TT---AAAGTATTTTGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------CTTACTGATGA---TT-T---AAG---TAT------T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--T-----AC--A---C-T--TACT--GATAATT-TA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GTAA------TA-----TTGAT--TTG-TTATGCA-AG--TGTGAttgtgaattttacaacacc
gi|20 : -TGTCT--C---A----T-C-----ACCT-----AC--A---C-GCCTACTCAGATAATT-AA--AG-TACATGTAT-AT-------CTGTTCAC---T-GAAT------TA-----TGGAT--TTG-TTATGCA-GT--CGTGA
gi|21 : CCTATTTTATTC-ATAAG--ATATGTGTC--------CA---CT------TACCAATAA-TC---AAAGAATTTCGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------TATACTGAT-A---TTATATCAAG---TAT------T-T-TTTCA--CTGAA----T-T-----A--T-----tcgtgaaatatcgcgagtcatttacaacac
gi|22 : T-TT-C--ATT--ATTT-ATG----TA------CATACTGAT-A---AT-TA--AAG---TAT------T-T-Ttga
gi|22 : ----T-T-----A--T-----GT--A---C-A--TACT--GATAATT-AA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCCT---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTA-TTACGCA-AA--CGTGAtgttccttgaattattgatttattacgcaaacgtgatcgtcaaatagcgcaagtcatttacaaca
gi|23 : tttcattatTCT--C---A----T-T-----A--TTTAT-AC--A---C-A--TACT--GATTATG-GA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACGCA-AG--AGTGAtcgtcaaatagcgcaagtcatttacaaca
gi|24 : --A---C-T--TACT--GAAAAAT-GA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----ATGAT--TCG-TTATGCA-AG--CATGAttgtgaaatagagtgagtgatttacaaa
gi|25 : T-TT-C--ATT--ACCT-ATA----CA------CATACTAA---------TA--AAG---GAT------TGT-TGTCtcatgatatagcgcgagtgaatagtgcaagtcattttaaaa
gi|25 : tactc-T-----A--T-----AC--A---C-A--TACT--AATAA-------AG-GA------T-TG-------TTGTCCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TGAAACA-AA--TATGAcactgaattattgatttgtgaaacaaatatgatcatgaaacaacgcaagtcatttac
gi|26 : tactctttcattacc----T-T-----A--T-----AC--A---C-T--TTCT--GATAATT-GA--AA-TA------T-TT-------TTGTCTAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACGCA-AG--CGTGAtcatgaaacaacgcaagtcatttac
gi|27 : ttatTT-AA--AG-TA------T-TT-------TTCTTCAC---T-GAAT------TC-----ATGATAGTTG-TT---CA-AG--TGTAAtcgtgaaatagcgaaagtcattctacaac
gi|27 : T-TA--AAG---TAT------T-T-TTCTT--C---A----C-T-----G--A-----AT--T---C-A--T-----GATAGTT-----------------------------GTTCAAGTGT-AAAT------TA-----ATGAT--TTG-TTACTCG-AG--CGTGAattaatgatttgttactcgagcgtgattgtgaaatagcgcgagtcatttac
gi|28 : -----A--T-----AC--A---C-T--TACT--GATAATT-AA--AA-TA------T-TT-------T-GTTCAC---T-GAGT------TA-----TTGAT--TCG-TCACGCA-AG--TGTAAttgtgaaatagcgcgagtcatttac
gi|29 : -T-----A--T-----AC--A---CGA--TATT----TAATT-A----G-TA------T-TA-------TTGTTTAC---T-GAA---------------------TTG-TTACGCA-AG--AGTGtcgtgaaatagtgagagtcattttacaaca
gi|3 : tttaCTATTTTATATTGTAAT--ATATATA-A--------CGGCCCT------TACTGATAT-TT---AAAATATTTCGT-CT-CTTATT--ATTTAATG----CA------CATATTAAT-A---AT-TC--AAGCTATAT------G-T-TGTgttgtgaaacaatgcaagtcatttacaaaa
gi|3 : TATTTTAT-AT-T--GTA--ATAT-ATA----TAACGGCCCTTACTGAT-A---TT-TA--AAA---TAT------T-T-CGTCT--CTT-A----T-TATTTAA--T-----GC--A---C-A--TATT--AATAATT-CA--AGCTA------TATG-------TTGTGTAC---TGGAAC------TATTAT-TTGAT--TTGATTAC-CA-AGACCATGAgtactggaactattatttgatttgattaccaagaccatgattttacaaatagcgcgtcatttacaa
gi|30 : cCTAATTCATTT-GTAAG--ATAT--ATA--------CA---CT------TACTGATAT-TT---AACGTATTTTAT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------CATACTGAT-ttttacaaatagcgcgtcatttacaa
gi|31 : --AG-TA------T-TT-------TTCTTCAC---T-GAAT------TA-----TTAAC--TTG-CCACGCA-AG--CGTGAtac
gi|32 : tACTAGCCCATTT-ATA--GTAAC--ATATGTACA---------A---CT------T-CTGATAT-TCC--AAAGTATTTTAT-CT-C--ATT--ATTtcgtgaaatagcgcgagtcattttacaacac
gi|33 : ata-------TTGTTCAC---T-AAAT------TA-----TTGAT--GTA-TTACGCA-AG--CGTAAgcatgca
gi|34 : ctgataGCTTATTTTATAC-GTAAG--ATAT--ATA--------CA---CT------TGCTGATAA-TT---AAAGTTTTTCAC-TT-A--ATT--GTTG-ATtcatgaaatagcgggagtcattttac
gi|35 : T--C---A----T-TT----A--T-----AC--A---C-A--TACT--GATAATTTAA--AG-TA------T-TT-------TTGATCAC---A-GAAT------CA-----TTGAT--TTG-TTACGCct
gi|37 : caACTAGCCTATTTTGTGC-GTAAGATATATATATA--------TA---CT------CACTGAT---T-----AAGAAGTTTG--CT-C--ATT--A
gi|4 : -C--ATT--GTAT-ATA----CA------CGTACTGAT-A---AT-TA--AAA---TAG------T-T-TTTCT--C---A----T-T-----A--TTT---ATCTA---C-T--TACT--GATAATA-AA--TA-TA------T-AT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----TTCAT--TTG-TTACGCG-AG--CATGA
gi|5 : ctattttatacgtaagataTATTTTAT-ATGT--AAT--ATAT-ATAACGGCC------CTTACTGAT-A---TT-TA--AAA---TAT------T-T-CGTCT--T---A----T-T-----A--TTTAT-GC--A---C-A--TATT--AATAATT-CA--AG-TA------T-AT-------TTGTGTAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACGCA-AG--CATGAttgtgacatatcgcgagccattttacagc
gi|6 : ccTATTTTTT-TT-T--GTTTGATTT-ATG----CA------CTTACTAAT-A---TT-GA--AAG---TAT------T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--TTTAT-AC--A---C-A--TACT--GATAAAA-AA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----ATTAT--TTG-TTACGCA-AG--TATGAttttaaaatagcgcgtcatttacaac
gi|7 : cTTTATAC-GCCAGCAAGCTATATA--------AA---CT------TACTGA-AA-TT----AAGTATTTTGT-CT-C--ATT--ATTTAAAA----CAG-----CATACTGActgtaaaatatcgtgaatcatttacaata
gi|7 : cttaT-ATA----AA------CTTACTGAA-A---TT-----AAG---TAT------T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--TTTAAAAC--AG--C-A--TACT--G---ACT-A---------------------------GCTCAA---T-GAAC------TAT----TTGAT--TTG-TTACctagctcaatgaactatttgatttgttactttccccaaagcatgatcgtgaaaatagcgcaagtcattttacaa
gi|8 : cttatttatacgccagcaagcta-ATA----CA------TTTACTGGT-A---TT-TA--AAG---TCT------T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--TTTAT-AC--A---C-A--AACT--GATAATT-AA--AG-TA------T-TT-------TTATTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TT--TTAAGGA-AG--CGTGAtttccccaaagcatgatcgtgaaaatagcgcaagtcattttacaa
gi|9 : tattctatatagatacT-ATA----T-------CTTACTAAT-A---TT-TA--AAG---CAA------T-T-TGTCTATT---A----T-TT----A--T-----AC--A---C-A--TACT--GATAATT-AA--AA-GA------T-TT-------TTCTTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACACA-AA--CGTGAacgtgaaatagtacgagtgatttacaac
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): GGATTATGAACTGTGTTGCTACGCAAGTGTGATTGTGAAATAGCGCGAGTCATTTACAACAC
Unaligned ( gi|38 ): TTATTGATTTTTTACGCAAGTGTAATCATGAAATAGCGCAAGCTTTTATAGAGC
Unaligned ( gi|39 ): GCAATTGTGATCGTGAAATGGTGGGATTCATTTTACAACACCG
Alignments
lowQualScore : 111111111 22222
lowQualScore : 3 88 66 222222222 555 888888 77 999 2 2 22 22 3 5555 777777 1 1 333 1 22 333 888888 1 1 22 777 3333 1 66666 22 99999 22 333 2222 22 1 11 1 333333 1 4444444 222 1 333333 77777 11 1 1 11
lowQualScore : . .. .. ......... ... ...... .. ... . . .. .. . .... ...... . . ... . .. ... ...... . . .. ... .... . ..... .. ..... .. ... .... .. . .. . ...... . ....... ... . ...... ..... .. . . ..
lowQualScore : 1 55 11 000000000 444 888888 77 666 2 1 99 66 3 7777 000000 6 7 222 7 44 000 000000 7 7 55 555 5555 5 44444 00 88888 00 999 3333 00 3 88 3 777777 3 1111111 333 3 777777 33333 88 3 4 99
consensus : ACTAGCCTATTTTATAC-GTAAG--ATATATATA--------CA---CT------TACTGATAA-TT---AAAGTATTTTGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------CNTACTGAT-A---TT-TA--AAG---TAT------T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--T-----AC--A---C-A--TACT--GATAATT-AA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACGCA-AG--CGTGA
Reference ( family-2135 ) : ACTAGCCTATTTTATAC-GTAAG--ATATATATA--------CA---CT------TACTGATAA-TT---AAAGTATTTTGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------CNTACTGAT-A---TT-TA--AAG---TAT------T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--T-----AC--A---C-A--TACT--GATAATT-AA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACGCA-AG--CGTGA
gi|1 : TTTCTAC-GTAAG--ATATA-ATA--------AA---CTCAGCTTTAGTGATAAGTT---AAAAAGTTTTGTTCT-A--ATT--GTTT-ATA----CA----------------A---TN-NN--NNN---NNN------N-N-NNNNN--N---N----N-N-----N--N-----NN--N---------GCT--GATAAAT-GA--AG-TA------C-TT-------TAATTCCC---T-GAAT------TA-----TTTAT--TTG-TTA-GCA-AG--CATGA
gi|10 : cCCTATTTCATAC-ACTAG--ATATATATATATATATACA---CT------TACTGATAT-TTTAAAAAGTATTTTGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------CTAACTGAT-AATGTA-TG--AAT---TATTGA---T-T-TGTC-----------------------------AC--A---C-A--CAC---GATTGTG-AAGTAG-TA------A-TT-------TTtcgtgaaatagtgcaattcatttcacaacac
gi|11 : TATTTTAT-GT-A--AG---ATAT-ATA----CG------CTTAGTGAT-A---TT-TA--AAA---TAT------T-T-TGATT--C---A----T-T-----A--TTCAT-AC--A---C-A--TACC--GATAATC-AA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--CTG-TTACGCA-AG--CGTacaacac
gi|12 : c--ATAT-GTA----CA------AATACTGAT-A---TT-TA--AAG---TAT------T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--TCTAT-AC--A---C-A--TACT--GATAATT-AA--AG-TA------T-TT-------T-GTTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--CTG-TTACGCA-AG--TTTGAcaccgtgaaaaagtgcgagtcattt
gi|13 : tatatacTATTTTATAC-GCAAG--ATAGATATA--------CA-----------TACTGACAT-TC---AAAGTATTTTGT-CT-C--AAT--AATT-ATA----CA------AATACTGAT-A---AT-TA--AAG---TAT------T-T-Ttgcggtgaaatagcgctaataatttacaaca
gi|13 : -ATA----TA------CATACTGAC-A---TT-CA--AAG---TAT------T-T-TGTCT--C---AATAAT-T-----A--T-----AC--A---A-A--TACT--GATAATT-AA--AG-TA------T-T-----------TTCAC---T-GAAT------T---------AT--TTG-TTACGCA-AA--CGTGAcactgaattatttgttacgcaaacgtgatcgcgaaatagcgttagtcatttacaaca
gi|14 : tattttatacgcaagatagT-ATAG---CA------CTCACTGAT-A---TC-TA--AAT---AAA------T-A-TGTCC--C---A----T-T-----A--T-----TT--ATGCC-A--TACT--GATA------------------------------TTGTTCAC---T-AAAT------TA-----TTGAT--GTA-TTACGCACAG--CGTAAtcgcgaaatagcgttagtcatttacaaca
gi|15 : ctattttaacatgaga--ATAT-ATG----CA------CTCACTGAT-A---TC-TA--AAT---AAA------T-A-TGTCC--C---A----T-T-----A--TTTAT-GC--C---C-A--TACT--GATA------------------------------TTGTTCAC---T-AAAT------TA-----TTGAT--GTA-TTACGCA-AG--CGTAAtcatgaaatagcggaagtcattta
gi|16 : attttaaacatgagACTGAT-A---TT-TA--AAG---TAT------T-T-TGCCT--TT--A----TCT-----A--C-----AC--A---A-A--TACT--GATAAA--AA--AG-TA------G-TT-------TTGCTTAA---T-GAATCAGAATTA-----TTGAT--TTG-TTACGCA-AG--CGTGAtcatgaaatagcgggagtcatttt
gi|17 : CCTATTTTATAC-GTAAG----ATATATG--------CA---CT------TGTTGGAAA-TT---AAAA-ATTTtcatgaaatagcgcgagtcatttacaac
gi|17 : TAATT-AA--A----------C-TT-------TT---------T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACGAA-TG--CGTGActgcacttgaagctaattaaactttttgaattattgatttgttacgaatgcgtgatcatgcaatagtcattttacaaca
gi|18 : cctattttatacgtaagatatatgcacttgttggaaattaaaaatttctgcacttgaagcGCTTATTTCATAC-GGAAG--ATAT--ATA--------CA---CT------TACTGATAA-TT---AAAATACTTTGT-TT-C--ATT--ATTT-Atcatgcaatagtcattttacaaca
gi|18 : -T-----A--T-----AC--A---C-T--TACT--GATAATT-AA--AA-TA------C-TTTGTTTCATTATTTAC---T-GAAT------TATTTTTTTTTT--TTT-TTGCGCA-AC--CGTGActgaattatttttttttttttttgcgcaaccgtgatcatgaaatagcgctagtcatttc
gi|19 : gcttatttcatacggaagataCTAAT-T---TT-TA--AGA---TATATACACT-TATGTCT--C---A----T-T-----A--TTTAT-AC--C---C-T--TACT--GATAATT-AA--TG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------CA-----TTTAT--TTG-TTATGCA-AG--CGTGAtcatgaaatagcgctagtcatttc
gi|2 : ACTAGCCTATTTTACAC-GTAAG--ATATACATA--------AA---CT------TACTGATAA-TT---AAAGTATTTTGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------CTTACTGATGA---TT-T---AAG---TAT------T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--T-----AC--A---C-T--TACT--GATAATT-TA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GTAA------TA-----TTGAT--TTG-TTATGCA-AG--TGTGAttgtgaattttacaacacc
gi|20 : -TGTCT--C---A----T-C-----ACCT-----AC--A---C-GCCTACTCAGATAATT-AA--AG-TACATGTAT-AT-------CTGTTCAC---T-GAAT------TA-----TGGAT--TTG-TTATGCA-GT--CGTGA
gi|21 : CCTATTTTATTC-ATAAG--ATATGTGTC--------CA---CT------TACCAATAA-TC---AAAGAATTTCGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------TATACTGAT-A---TTATATCAAG---TAT------T-T-TTTCA--CTGAA----T-T-----A--T-----tcgtgaaatatcgcgagtcatttacaacac
gi|22 : T-TT-C--ATT--ATTT-ATG----TA------CATACTGAT-A---AT-TA--AAG---TAT------T-T-Ttga
gi|22 : ----T-T-----A--T-----GT--A---C-A--TACT--GATAATT-AA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCCT---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTA-TTACGCA-AA--CGTGAtgttccttgaattattgatttattacgcaaacgtgatcgtcaaatagcgcaagtcatttacaaca
gi|23 : tttcattatTCT--C---A----T-T-----A--TTTAT-AC--A---C-A--TACT--GATTATG-GA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACGCA-AG--AGTGAtcgtcaaatagcgcaagtcatttacaaca
gi|24 : --A---C-T--TACT--GAAAAAT-GA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----ATGAT--TCG-TTATGCA-AG--CATGAttgtgaaatagagtgagtgatttacaaa
gi|25 : T-TT-C--ATT--ACCT-ATA----CA------CATACTAA---------TA--AAG---GAT------TGT-TGTCtcatgatatagcgcgagtgaatagtgcaagtcattttaaaa
gi|25 : tactc-T-----A--T-----AC--A---C-A--TACT--AATAA-------AG-GA------T-TG-------TTGTCCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TGAAACA-AA--TATGAcactgaattattgatttgtgaaacaaatatgatcatgaaacaacgcaagtcatttac
gi|26 : tactctttcattacc----T-T-----A--T-----AC--A---C-T--TTCT--GATAATT-GA--AA-TA------T-TT-------TTGTCTAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACGCA-AG--CGTGAtcatgaaacaacgcaagtcatttac
gi|27 : ttatTT-AA--AG-TA------T-TT-------TTCTTCAC---T-GAAT------TC-----ATGATAGTTG-TT---CA-AG--TGTAAtcgtgaaatagcgaaagtcattctacaac
gi|27 : T-TA--AAG---TAT------T-T-TTCTT--C---A----C-T-----G--A-----AT--T---C-A--T-----GATAGTT-----------------------------GTTCAAGTGT-AAAT------TA-----ATGAT--TTG-TTACTCG-AG--CGTGAattaatgatttgttactcgagcgtgattgtgaaatagcgcgagtcatttac
gi|28 : -----A--T-----AC--A---C-T--TACT--GATAATT-AA--AA-TA------T-TT-------T-GTTCAC---T-GAGT------TA-----TTGAT--TCG-TCACGCA-AG--TGTAAttgtgaaatagcgcgagtcatttac
gi|29 : -T-----A--T-----AC--A---CGA--TATT----TAATT-A----G-TA------T-TA-------TTGTTTAC---T-GAA---------------------TTG-TTACGCA-AG--AGTGtcgtgaaatagtgagagtcattttacaaca
gi|3 : tttaCTATTTTATATTGTAAT--ATATATA-A--------CGGCCCT------TACTGATAT-TT---AAAATATTTCGT-CT-CTTATT--ATTTAATG----CA------CATATTAAT-A---AT-TC--AAGCTATAT------G-T-TGTgttgtgaaacaatgcaagtcatttacaaaa
gi|3 : TATTTTAT-AT-T--GTA--ATAT-ATA----TAACGGCCCTTACTGAT-A---TT-TA--AAA---TAT------T-T-CGTCT--CTT-A----T-TATTTAA--T-----GC--A---C-A--TATT--AATAATT-CA--AGCTA------TATG-------TTGTGTAC---TGGAAC------TATTAT-TTGAT--TTGATTAC-CA-AGACCATGAgtactggaactattatttgatttgattaccaagaccatgattttacaaatagcgcgtcatttacaa
gi|30 : cCTAATTCATTT-GTAAG--ATAT--ATA--------CA---CT------TACTGATAT-TT---AACGTATTTTAT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------CATACTGAT-ttttacaaatagcgcgtcatttacaa
gi|31 : --AG-TA------T-TT-------TTCTTCAC---T-GAAT------TA-----TTAAC--TTG-CCACGCA-AG--CGTGAtac
gi|32 : tACTAGCCCATTT-ATA--GTAAC--ATATGTACA---------A---CT------T-CTGATA--TTCC-AAAGTATTTTAT-CT-C--ATT--ATTtcgtgaaatagcgcgagtcattttacaacac
gi|33 : ata-------TTGTTCAC---T-AAAT------TA-----TTGAT--GTA-TTACGCA-AG--CGTAAgcatgca
gi|34 : ctgataGCTTATTTTATAC-GTAAG--ATAT--ATA--------CA---CT------TGCTGATAA-TT---AAAGTTTTTCAC-TT-A--ATT--GTTG-ATtcatgaaatagcgggagtcattttac
gi|35 : T--C---A----T-TT----A--T-----AC--A---C-A--TACT--GATAATTTAA--AG-TA------T-TT-------TTGATCAC---A-GAAT------CA-----TTGAT--TTG-TTACGCct
gi|37 : caACTAGCCTATTTTGTGC-GTAAGATATATATATA--------TA---CT------CACTGAT---T-----AAGAAGTTTG--CT-C--ATT--A
gi|4 : -C--ATT--GTAT-ATA----CA------CGTACTGAT-A---AT-TA--AAA---TAG------T-T-TTTCT--C---A----T-T-----A--TTT---ATCTA---C-T--TACT--GATAATA-AA--TA-TA------T-AT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----TTCAT--TTG-TTACGCG-AG--CATGA
gi|5 : ctattttatacgtaagataTATTTTAT-ATGT--AAT--ATAT-ATAACGGCC------CTTACTGAT-A---TT-TA--AAA---TAT------T-T-CGTCT--T---A----T-T-----A--TTTAT-GC--A---C-A--TATT--AATAATT-CA--AG-TA------T-AT-------TTGTGTAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACGCA-AG--CATGAttgtgacatatcgcgagccattttacagc
gi|6 : ccTATTTTTT-TT-T--GTTTGATTT-ATG----CA------CTTACTAAT-A---TT-GA--AAG---TAT------T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--TTTAT-AC--A---C-A--TACT--GATAAAA-AA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----ATTAT--TTG-TTACGCA-AG--TATGAttttaaaatagcgcgtcatttacaac
gi|7 : cTTTATAC-GCCAGCAAGCTATATA--------AA---CT------TACTGA-AA-TT---AA-GTATTTTGT-CT-C--ATT--ATTTAAAA----CAG-----CATACTGActgtaaaatatcgtgaatcatttacaata
gi|7 : cttaT-ATA----AA------CTTACTGAA-A---TT-----AAG---TAT------T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--TTTAAAAC--AG--C-A--TACT--G---ACT-A---------------------------GCTCAA---T-GAAC------TAT----TTGAT--TTG-TTACctagctcaatgaactatttgatttgttactttccccaaagcatgatcgtgaaaatagcgcaagtcattttacaa
gi|8 : cttatttatacgccagcaagcta-ATA----CA------TTTACTGGT-A---TT-TA--AAG---TCT------T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--TTTAT-AC--A---C-A--AACT--GATAATT-AA--AG-TA------T-TT-------TTATTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TT--TTAAGGA-AG--CGTGAtttccccaaagcatgatcgtgaaaatagcgcaagtcattttacaa
gi|9 : tattctatatagatacT-ATA----T-------CTTACTAAT-A---TT-TA--AAG---CAA------T-T-TGTCTATT---A----T-TT----A--T-----AC--A---C-A--TACT--GATAATT-AA--AA-GA------T-TT-------TTCTTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACACA-AA--CGTGAacgtgaaatagtacgagtgatttacaac
blockSeqs : T AT AT TATATATAC GCC . T TAA . G TT TG A ACGG ACGGCC T G ATG A TC CTA ATACAC G A AT TGA ATAA C ATTTA CC TTAAA CT TGC GCC CA T GT C CATGTA A TGTTTCA GTG G CAGAAT TTTTT AG A C AC
blockSeqs : . CA AT C . . T CC . . . . A G G T . . . . . TGA . . . TT . . T . TCAT . G GA . . . . . . . . . . TTAT . . . .
blockSeqs : . . AT C . . A . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . . T . CTAT . . A . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . AC C . . A . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . TTAT . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . GT A . . A . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . TTAT . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . AT C . . A . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . TTAT . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . GT C . . T . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . TTAT . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . AT C . . T . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . TTAT . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . AT C . . A . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . TTAT . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . A . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . TT . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : AT ****** A* A***
originalCons : ACTAGCCTATTTTATAC-GTAAG--ATATATATA--------CA---CT------TACTGATAA-TT---AAAGTATTTTGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------CNTACTGAT-A---TT-TA--AAG---TAT------T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--T-----AC--A---C-A--TACT--GATAATT-AA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACGCA-AG--CGTGA
finalCons : ACTAGCCTATTTTATAC-GTAAG--ATATATATA--------CA---CT------TACTGATAA-TT---AAAGTATTTTGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------CNTACTGAT-A---TT-TA--AAG---TAT------T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--T-----AC--A---CA---TACT--GATAATT-AA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACGCA-AG--CGTGA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): GGATTATGAACTGTGTTGCTACGCAAGTGTGATTGTGAAATAGCGCGAGTCATTTACAACAC
Unaligned ( gi|38 ): TTATTGATTTTTTACGCAAGTGTAATCATGAAATAGCGCAAGCTTTTATAGAGC
Unaligned ( gi|39 ): GCAATTGTGATCGTGAAATGGTGGGATTCATTTTACAACACCG
Alignments
lowQualScore : 111111111 22222
lowQualScore : 3 88 66 222222222 555 888888 77 999 2 2 22 22 3 5555 777777 1 1 333 1 22 333 888888 1 1 22 777 3333 1 66666 22 99999 22 333 2222 22 1 11 1 333333 1 4444444 222 1 333333 77777 11 1 1 11
lowQualScore : . .. .. ......... ... ...... .. ... . . .. .. . .... ...... . . ... . .. ... ...... . . .. ... .... . ..... .. ..... .. ... .... .. . .. . ...... . ....... ... . ...... ..... .. . . ..
lowQualScore : 1 55 11 000000000 444 888888 77 666 2 1 99 66 3 7777 000000 6 7 222 7 44 000 000000 7 7 55 555 5555 5 44444 00 88888 00 999 3333 00 3 88 3 777777 3 1111111 333 3 777777 33333 88 3 4 99
consensus : ACTAGCCTATTTTATAC-GTAAG--ATATATATA--------CA---CT------TACTGATAA-TT---AAAGTATTTTGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------CNTACTGAT-A---TT-TA--AAG---TAT------T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--T-----AC--A---C-A--TACT--GATAATT-AA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACGCA-AG--CGTGA
Reference ( family-2135 ) : ACTAGCCTATTTTATAC-GTAAG--ATATATATA--------CA---CT------TACTGATAA-TT---AAAGTATTTTGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------CNTACTGAT-A---TT-TA--AAG---TAT------T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--T-----AC--A---C-A--TACT--GATAATT-AA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACGCA-AG--CGTGA
gi|1 : TTTCTAC-GTAAG--ATATA-ATA--------AA---CTCAGCTTTAGTGATAAGTT---AAAAAGTTTTGTTCT-A--ATT--GTTT-ATA----CA----------------A---TN-NN--NNN---NNN------N-N-NNNNN--N---N----N-N-----N--N-----NN--N---------GCT--GATAAAT-GA--AG-TA------C-TT-------TAATTCCC---T-GAAT------TA-----TTTAT--TTG-TTA-GCA-AG--CATGA
gi|10 : cCCTATTTCATAC-ACTAG--ATATATATATATATATACA---CT------TACTGATAT-TTTAAAAAGTATTTTGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------CTAACTGAT-AATGTA-TG--AAT---TATTGA---T-T-TGTC-----------------------------AC--A---C-A--CAC---GATTGTG-AAGTAG-TA------A-TT-------TTtcgtgaaatagtgcaattcatttcacaacac
gi|11 : TATTTTAT-GT-A--AG---ATAT-ATA----CG------CTTAGTGAT-A---TT-TA--AAA---TAT------T-T-TGATT--C---A----T-T-----A--TTCAT-AC--A---C-A--TACC--GATAATC-AA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--CTG-TTACGCA-AG--CGTacaacac
gi|12 : c--ATAT-GTA----CA------AATACTGAT-A---TT-TA--AAG---TAT------T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--TCTAT-AC--A---C-A--TACT--GATAATT-AA--AG-TA------T-TT-------T-GTTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--CTG-TTACGCA-AG--TTTGAcaccgtgaaaaagtgcgagtcattt
gi|13 : tatatacTATTTTATAC-GCAAG--ATAGATATA--------CA-----------TACTGACAT-TC---AAAGTATTTTGT-CT-C--AAT--AATT-ATA----CA------AATACTGAT-A---AT-TA--AAG---TAT------T-T-Ttgcggtgaaatagcgctaataatttacaaca
gi|13 : -ATA----TA------CATACTGAC-A---TT-CA--AAG---TAT------T-T-TGTCT--C---AATAAT-T-----A--T-----AC--A---A-A--TACT--GATAATT-AA--AG-TA------T-T-----------TTCAC---T-GAAT------T---------AT--TTG-TTACGCA-AA--CGTGAcactgaattatttgttacgcaaacgtgatcgcgaaatagcgttagtcatttacaaca
gi|14 : tattttatacgcaagatagT-ATAG---CA------CTCACTGAT-A---TC-TA--AAT---AAA------T-A-TGTCC--C---A----T-T-----A--T-----TT--ATGCC-A--TACT--GATA------------------------------TTGTTCAC---T-AAAT------TA-----TTGAT--GTA-TTACGCACAG--CGTAAtcgcgaaatagcgttagtcatttacaaca
gi|15 : ctattttaacatgaga--ATAT-ATG----CA------CTCACTGAT-A---TC-TA--AAT---AAA------T-A-TGTCC--C---A----T-T-----A--TTTAT-GC--C---C-A--TACT--GATA------------------------------TTGTTCAC---T-AAAT------TA-----TTGAT--GTA-TTACGCA-AG--CGTAAtcatgaaatagcggaagtcattta
gi|16 : attttaaacatgagACTGAT-A---TT-TA--AAG---TAT------T-T-TGCCT--TT--A----TCT-----A--C-----AC--A---A-A--TACT--GATAAA--AA--AG-TA------G-TT-------TTGCTTAA---T-GAATCAGAATTA-----TTGAT--TTG-TTACGCA-AG--CGTGAtcatgaaatagcgggagtcatttt
gi|17 : CCTATTTTATAC-GTAAG----ATATATG--------CA---CT------TGTTGGAAA-TT---AAAA-ATTTtcatgaaatagcgcgagtcatttacaac
gi|17 : TAATT-AA--A----------C-TT-------TT---------T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACGAA-TG--CGTGActgcacttgaagctaattaaactttttgaattattgatttgttacgaatgcgtgatcatgcaatagtcattttacaaca
gi|18 : cctattttatacgtaagatatatgcacttgttggaaattaaaaatttctgcacttgaagcGCTTATTTCATAC-GGAAG--ATAT--ATA--------CA---CT------TACTGATAA-TT---AAAATACTTTGT-TT-C--ATT--ATTT-Atcatgcaatagtcattttacaaca
gi|18 : -T-----A--T-----AC--A---C-T--TACT--GATAATT-AA--AA-TA------C-TTTGTTTCATTATTTAC---T-GAAT------TATTTTTTTTTT--TTT-TTGCGCA-AC--CGTGActgaattatttttttttttttttgcgcaaccgtgatcatgaaatagcgctagtcatttc
gi|19 : gcttatttcatacggaagataCTAAT-T---TT-TA--AGA---TATATACACT-TATGTCT--C---A----T-T-----A--TTTAT-AC--C---C-T--TACT--GATAATT-AA--TG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------CA-----TTTAT--TTG-TTATGCA-AG--CGTGAtcatgaaatagcgctagtcatttc
gi|2 : ACTAGCCTATTTTACAC-GTAAG--ATATACATA--------AA---CT------TACTGATAA-TT---AAAGTATTTTGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------CTTACTGATGA---TT-T---AAG---TAT------T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--T-----AC--A---C-T--TACT--GATAATT-TA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GTAA------TA-----TTGAT--TTG-TTATGCA-AG--TGTGAttgtgaattttacaacacc
gi|20 : -TGTCT--C---A----T-C-----ACCT-----AC--A---C-GCCTACTCAGATAATT-AA--AG-TACATGTAT-AT-------CTGTTCAC---T-GAAT------TA-----TGGAT--TTG-TTATGCA-GT--CGTGA
gi|21 : CCTATTTTATTC-ATAAG--ATATGTGTC--------CA---CT------TACCAATAA-TC---AAAGAATTTCGT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------TATACTGAT-A---TTATATCAAG---TAT------T-T-TTTCA--CTGAA----T-T-----A--T-----tcgtgaaatatcgcgagtcatttacaacac
gi|22 : T-TT-C--ATT--ATTT-ATG----TA------CATACTGAT-A---AT-TA--AAG---TAT------T-T-Ttga
gi|22 : ----T-T-----A--T-----GT--A---C-A--TACT--GATAATT-AA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCCT---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTA-TTACGCA-AA--CGTGAtgttccttgaattattgatttattacgcaaacgtgatcgtcaaatagcgcaagtcatttacaaca
gi|23 : tttcattatTCT--C---A----T-T-----A--TTTAT-AC--A---C-A--TACT--GATTATG-GA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACGCA-AG--AGTGAtcgtcaaatagcgcaagtcatttacaaca
gi|24 : --A---C-T--TACT--GAAAAAT-GA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----ATGAT--TCG-TTATGCA-AG--CATGAttgtgaaatagagtgagtgatttacaaa
gi|25 : T-TT-C--ATT--ACCT-ATA----CA------CATACTAA---------TA--AAG---GAT------TGT-TGTCtcatgatatagcgcgagtgaatagtgcaagtcattttaaaa
gi|25 : tactc-T-----A--T-----AC--A---C-A--TACT--AATAA-------AG-GA------T-TG-------TTGTCCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TGAAACA-AA--TATGAcactgaattattgatttgtgaaacaaatatgatcatgaaacaacgcaagtcatttac
gi|26 : tactctttcattacc----T-T-----A--T-----AC--A---C-T--TTCT--GATAATT-GA--AA-TA------T-TT-------TTGTCTAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACGCA-AG--CGTGAtcatgaaacaacgcaagtcatttac
gi|27 : ttatTT-AA--AG-TA------T-TT-------TTCTTCAC---T-GAAT------TC-----ATGATAGTTG-TT---CA-AG--TGTAAtcgtgaaatagcgaaagtcattctacaac
gi|27 : T-TA--AAG---TAT------T-T-TTCTT--C---A----C-T-----G--A-----AT--T---C-A--T-----GATAGTT-----------------------------GTTCAAGTGT-AAAT------TA-----ATGAT--TTG-TTACTCG-AG--CGTGAattaatgatttgttactcgagcgtgattgtgaaatagcgcgagtcatttac
gi|28 : -----A--T-----AC--A---C-T--TACT--GATAATT-AA--AA-TA------T-TT-------T-GTTCAC---T-GAGT------TA-----TTGAT--TCG-TCACGCA-AG--TGTAAttgtgaaatagcgcgagtcatttac
gi|29 : -T-----A--T-----AC--A---CGA--TATT----TAATT-A----G-TA------T-TA-------TTGTTTAC---T-GAA---------------------TTG-TTACGCA-AG--AGTGtcgtgaaatagtgagagtcattttacaaca
gi|3 : tttaCTATTTTATATTGTAAT--ATATATA-A--------CGGCCCT------TACTGATAT-TT---AAAATATTTCGT-CT-CTTATT--ATTTAATG----CA------CATATTAAT-A---AT-TC--AAGCTATAT------G-T-TGTgttgtgaaacaatgcaagtcatttacaaaa
gi|3 : TATTTTAT-AT-T--GTA--ATAT-ATA----TAACGGCCCTTACTGAT-A---TT-TA--AAA---TAT------T-T-CGTCT--CTT-A----T-TATTTAA--T-----GC--A---C-A--TATT--AATAATT-CA--AGCTA------TATG-------TTGTGTAC---TGGAAC------TATTAT-TTGAT--TTGATTAC-CA-AGACCATGAgtactggaactattatttgatttgattaccaagaccatgattttacaaatagcgcgtcatttacaa
gi|30 : cCTAATTCATTT-GTAAG--ATAT--ATA--------CA---CT------TACTGATAT-TT---AACGTATTTTAT-CT-C--ATT--ATTT-ATA----CA------CATACTGAT-ttttacaaatagcgcgtcatttacaa
gi|31 : --AG-TA------T-TT-------TTCTTCAC---T-GAAT------TA-----TTAAC--TTG-CCACGCA-AG--CGTGAtac
gi|32 : tACTAGCCCATTT-ATA--GTAAC--ATATGTACA---------A---CT------T-CTGATA--TTCC-AAAGTATTTTAT-CT-C--ATT--ATTtcgtgaaatagcgcgagtcattttacaacac
gi|33 : ata-------TTGTTCAC---T-AAAT------TA-----TTGAT--GTA-TTACGCA-AG--CGTAAgcatgca
gi|34 : ctgataGCTTATTTTATAC-GTAAG--ATAT--ATA--------CA---CT------TGCTGATAA-TT---AAAGTTTTTCAC-TT-A--ATT--GTTG-ATtcatgaaatagcgggagtcattttac
gi|35 : T--C---A----T-TT----A--T-----AC--A---C-A--TACT--GATAATTTAA--AG-TA------T-TT-------TTGATCAC---A-GAAT------CA-----TTGAT--TTG-TTACGCct
gi|37 : caACTAGCCTATTTTGTGC-GTAAGATATATATATA--------TA---CT------CACTGAT---T-----AAGAAGTTTG--CT-C--ATT--A
gi|4 : -C--ATT--GTAT-ATA----CA------CGTACTGAT-A---AT-TA--AAA---TAG------T-T-TTTCT--C---A----T-T-----A--TTT---ATCTA---C-T--TACT--GATAATA-AA--TA-TA------T-AT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----TTCAT--TTG-TTACGCG-AG--CATGA
gi|5 : ctattttatacgtaagataTATTTTAT-ATGT--AAT--ATAT-ATAACGGCC------CTTACTGAT-A---TT-TA--AAA---TAT------T-T-CGTCT--T---A----T-T-----A--TTTAT-GC--A---C-A--TATT--AATAATT-CA--AG-TA------T-AT-------TTGTGTAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACGCA-AG--CATGAttgtgacatatcgcgagccattttacagc
gi|6 : ccTATTTTTT-TT-T--GTTTGATTT-ATG----CA------CTTACTAAT-A---TT-GA--AAG---TAT------T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--TTTAT-AC--A---C-A--TACT--GATAAAA-AA--AG-TA------T-TT-------TTGTTCAC---T-GAAT------TA-----ATTAT--TTG-TTACGCA-AG--TATGAttttaaaatagcgcgtcatttacaac
gi|7 : cTTTATAC-GCCAGCAAGCTATATA--------AA---CT------TACTGA-AA-TT---AA-GTATTTTGT-CT-C--ATT--ATTTAAAA----CAG-----CATACTGActgtaaaatatcgtgaatcatttacaata
gi|7 : cttaT-ATA----AA------CTTACTGAA-A---TT-----AAG---TAT------T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--TTTAAAAC--AG--C-A--TACT--G---ACT-A---------------------------GCTCAA---T-GAAC------TAT----TTGAT--TTG-TTACctagctcaatgaactatttgatttgttactttccccaaagcatgatcgtgaaaatagcgcaagtcattttacaa
gi|8 : cttatttatacgccagcaagcta-ATA----CA------TTTACTGGT-A---TT-TA--AAG---TCT------T-T-TGTCT--C---A----T-T-----A--TTTAT-AC--A---C-A--AACT--GATAATT-AA--AG-TA------T-TT-------TTATTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TT--TTAAGGA-AG--CGTGAtttccccaaagcatgatcgtgaaaatagcgcaagtcattttacaa
gi|9 : tattctatatagatacT-ATA----T-------CTTACTAAT-A---TT-TA--AAG---CAA------T-T-TGTCTATT---A----T-TT----A--T-----AC--A---C-A--TACT--GATAATT-AA--AA-GA------T-TT-------TTCTTCAC---T-GAAT------TA-----TTGAT--TTG-TTACACA-AA--CGTGAacgtgaaatagtacgagtgatttacaac
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): GGATTATGAACTGTGTTGCTACGCAAGTGTGATTGTGAAATAGCGCGAGTCATTTACAACAC
Unaligned ( gi|38 ): TTATTGATTTTTTACGCAAGTGTAATCATGAAATAGCGCAAGCTTTTATAGAGC
Unaligned ( gi|39 ): GCAATTGTGATCGTGAAATGGTGGGATTCATTTTACAACACCG