lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111
lowQualScore : 2 11 111111 111 33333333 1111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 333333333333333333333333333 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111111111 111111111111111111111 444 1111 1111111 11 4444 1111111111 111111111 222
lowQualScore : 2 1 9 66 2 2 88 2 2 2 8888 2 66666 2 2 000000 444 333 5555 1 2 2 44444444 2 2 55 5555 2 2 2 2 777777 88888 444 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 3 999999999999999999999999999 55 666 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 66666666666666 88888 66 5555 444 4 555 2 444 000000000000000000000 2 222 2 2 0 2 2 2 22 2 888888 333 55 2 22 2 1 7777 2 2 2 333 666666 666666 2 2 666 2 2 2 2 1111111 2 33 6 5555 33 2 666666 2 2 55555 2 2 7777 2 2 2 2 2 5555 2 44 2 2 9 2 33 55555 0 0 2 2 2 8888 99999 3 22 99999999 2 2 33 2 2 1 6666 8888 4444444444 2 2 000000000 999 3 777 5
lowQualScore : . . . .. . . .. . . . .... . ..... . . ...... ... ... .... . . . ........ . . .. .... . . . . ...... ..... ... .......................................................................................................... . . ........................... .. ... ............................................................................ .............. ..... .. .... ... . ... . ... ..................... . ... . . . . . . .. . ...... ... .. . .. . . .... . . . ... ...... ...... . . ... . . . . ....... . .. . .... .. . ...... . . ..... . . .... . . . . . .... . .. . . . . .. ..... . . . . . .... ..... . .. ........ . . .. . . . .... .... .......... . . ......... ... . ... .
lowQualScore : 9 5 5 66 9 9 00 7 7 7 3333 7 77777 7 7 333333 777 111 7777 8 5 5 11111111 5 5 66 9999 5 5 5 5 222222 55555 444 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 6 555555555555555555555555555 00 444 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222 22222 55 0000 444 9 555 7 777 333333333333333333333 9 444 7 4 3 4 2 1 99 1 222222 333 00 1 99 1 4 0000 2 2 9 999 444444 444444 2 2 222 2 2 2 2 1111111 2 11 9 0000 22 4 888888 4 4 99999 4 4 4444 4 4 4 4 4 0000 4 33 4 5 9 5 44 77777 1 4 5 5 5 8888 77777 2 22 11111111 5 7 77 7 7 2 1111 3333 3333333333 7 7 777777777 333 3 444 0
consensus : CTTTAAT-TTGAA-CACT-CACG-C-CAGTT-AAT-AT-C-C----G-T-----AA-A-TA------AAT---A--NTTT----TTCTAAT-TGG-TA-----TC-ACT-TCC-AGTT-AC-AA-T-CC-T-T-TGTCGCT------TA----CAT---TTA---A-TT------A-----TC------GA-T-TT--CTAA---CG------T--A--------N------------A-----C--------------A-------AC-T-AAGTGGCTTC----TG--------CG-----------CTC--GC---GC---C-CGGG---T------------TT--CATAGGATGA--A--GA------G-------AA--------------CTTC--------------GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAGC--G-A---CAT---ACTTTCGCTT-C--GCAGAA-GCCACTT--TAGT-TGTCCAT-TGG-G-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GA-AAT--TG-ATTAAGCCAA---TAA-AT-GTA---A------GCG------A-CAAAAG-AT-T-GTAA-CT-GGA-AGT-GAT-A----C-C--AATNAGAA----AAATT--ATT-T------A-T-TT-----A-C-G----G-AT-ATTAA-CTG-G-CGT----GAG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG-TG--AG----AAAATAGCG-G-T-T----GAAGC-----GAGCGGGTAT-GCAAA--------ATG-G-C--GTCT-T-CCCTT---GTTG-TGTATTTTTAC---T--A-G-G-GG---------TG---TCTTGATTTTTTT-TTTT-TA-CACAAGCCC
Reference ( gi|5 ) : CTTTAAT-TTGAAACACC-CACG-C-CAGTA-AAT-AT-C-C----G-T-----AA-A-TA------AAT---A--TTTT----TTCTAAT-TGG-TA-----T--ACT-TCC-AGTT-AC-AC-T-CC-T-T-TGTCGCT------TA----TAT---TTA---A-TT------A-----TT------GA-T-TT--CTAA---TG------T--A--------C------------A-----C--------------A-------AC-T-AAGTGGCTTC----T---------CG-----------CTC--GC---GC------------T------------TT--CATAGGATGA--A--GA------G-----------------------CTTC--------------GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCACGAGT--G-A---CAT---ACTTTCGCTTGC-TGCAGAA-GCCACTTTATAGT-TGTCCAT-TGG-G-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GA-AAT--TG-ATTAAGCCAA---GAA-AT-GCA---A------GCG------A-CAAAAG-AT-T-GTAA-CT-GGA-AGT-GAT-A----C-C--AATGAGAA----AAATT--ATT-T------A-T-TT-----A-C-G----G-AT-ATTAA-CTG-G-CGT----GAG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATCTTAAG-TG--AG----AAAATAGCG-G-T-T----GAAGC-----GAACGGGTAT-CCAAA--------ATG-G-C--GTCT-T-CCCTTCAAGTTG-TGTATTTTTAC---T--A-G-G-GG---------TG---TTTTGATTTTTTT-TTTTGTA-CACAAGCCC
gi|3 : CTTTAAT-T--GAACACC-CACG-C-CAGTA-AATTAT-C-C----G-T-----AA-AATA------AAT---A--TTTT----TTCTAAT-TGG-TA-----TCTACT-TCC-AGTT-AC-AC-T-CC-T-T-TGTCGCT------TA----CAT---TTA---A-TT------A-----TT------GAAT-TT--CTAA---TG------T--A--------C------------A-----C--------------A-------AC-T-AAGTGGCTT-----T---------CG-----------CTC--GCACGGC------------T------------TT--CATAGGATGA--A--GA------G-----------------------CTTC--------------GTC-----CTATGGAAAA--ACC----CGAGAG---AGCACGAGT--A-G---CAT---ACTTTCGCTTGCTTGCAGAA-GCCACTTTATGTT-TGTCCAT-TGG-G-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GA-AAT--TG-ATTAAG-CAA---GAA-AT-GCA---A------GCG------A-CAAAAG-AT-T-GTAA-CT-GGA-AGT-GAT-A----C-C--AATGAGAA----AAATT--ATT-T------A-T-TT-----A-C-G----G-AT-ATTAA-CTG-G-CGT----GAG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATCTTAAG-TG--AG----AAAATAGCG-G-T-T----GAAGC-----GAACGGGTAT-CCAAA--------ATG-G-C--GTCT-T-CCCTTCAAGTTG-TGTATTTTTAC---T--A-G-G-GG---------TG---TTTTGA-TTTTTT-TTTTGTA-CACAAGCCC
gi|3 : CTTTAAT-TTGAA-CACT-CACG-C-CAGTT-AAT-AT-C-C----G-T-----AA-A-TA------AAT---A--ATTT----TTCTCAT-TGG-TA-----TC-ACT-TCC-AGTT-AC-AA-T-CT-T-T-TGTCGCT------TG----CATTTCTTG---C-TTA-----A-----TC------AA-T-TT--CTAA---CG------T--A--------A------------A-----CTTCCCCAATGGACAA-------ACATAAAGTGGCTTC----TGCAAGCAAGCGAAAGTATGCTACTC--GT---GCTCTCTCGGGTTTT------------TC--CATAGGACGA--A--GC------T-----------------------CTTC--------------ATC-----CTATGAAAG-----C----CGTG---------CGAGC--G-A---------------------------AA-GCCACT---TAGT-TG------TG--------------TA------C-A-TTA--GA-AAT--TC-AATAATT-------AA-AT-GTA---A------GCG------A-CAAAGG-AG-T-GTAA-CT-GGA-AGTAGAT-A----C-C--AATTAGAA----AAAAT--ATT-T------ATT-TT-----A-C-G----G-ATAATTTA-CTG-G-CGT----GGG-TGTTC--A-ATTAAA-Gct
gi|2 : CTTTAAT-T--GAACACT-CACG-C-CAGTT-AAT-TT-C-CC---G-T-----AA-A-TA------GATTAAA--TTTT----TTCTAATGTGT-TT-----T--ACT-TCC-AGTT-AC-AA-T-CC-T-T-TGTTGCTAGTGCTTA----CAT---TTATGGG-TT------AAAAAGTT------G----TT--C-AA---CG------T--A--------T------------A-----C--------------A-------AC-T-AAGTG-TTTC----TGT-------CG-----------CTC--GC---GC------------TCTCTTCGGGTTTTT--CATAGGATGA--A--GA------GTTCTAAAAAAAAATC--------CTCCT-------------GTCTTGGTCTGTGAAAAAAACCC----CGAAAG---AAC-CGAGT--G-A---TATTATACTT-CGCTTTC-TGTAGA--TCCATTCT-TAGT-TGTCCAT-TGG-G-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GA-AAT--TG-ATTAGGTCAA---TAA-AT-GTA---A------GCG------ACCAACAG-ACGC-GT-A-CT-GAA-AGT-GAT-AT---C-T--AGTAGGAA----AG--C--ATC-T------A-T-TT-----A-C-GA---G-AT-ATTAA-TTG-G-CGT----GA---GTTC--A-ATTAAA-GAT-TTAAG-TG--AG------AAT-GAG-G-TAT----GAAGC-----GAGCGGGTATGCC--A--------ATG-G-A--GTTTAT-CC-----ACTTG-TTTATTTTTAC---T----T-G-GG---------TG---GTTTTATTTTTTT-TCTatcttaagtgagaaaatagcggttgaagcgaacgggtatccaaaatggcgtcttcccttcaagttgtgtatttttactaggggtgttttgattttttttttgtacacaagcccct
gi|2 : CTTTAAT-T-GAA---CT-CACG-C-CAATT-AAT-AT-CTC----G-T-----AA-A-TA------GAT---G---CTT----TCCTACT-AGA-TA-----TC-ACT-TTC-AG-T-AC-GCGT-CTGT-T-GGTCGCT------TA----CAT---TT----A-TTGACCTAA-----TC------AA-T-TT--CTAA---CG------T--A--------A------------A-----C--------------
gi|7 : ctttaattgaacactcacgccagttaatttcccgtaaatagattaaattttttctaatgtgttttacttccagttacaatcctttgttgctagtgcttacatttatgggttaaaaagttgttcaacgtatacaactaagtgtttctgtcgctcgcgctctcttcgggtttttcataggatgaagagttctaaaaaaaaatcctcctgtcttggtctgtgaaaaaaaccccgaaagaaccgagtgatattatacttcgctttctgtagatccattcttagttgtccattggggaaCTTTAAT-TTGAA-CACT-CACG-C-CCGTT-AAT-AT-C-C----GTT-----AA-A-TAG-----AAT---AATTTTC----TTCTA----GA-TC-----TC-ACTGTTC-AGTT--C-CC-TGTC-TGT-TGTCGTT------GA----CAT---TTATTGACTT------A-----AT------CA-T-TT--CTAACCCTAAACC--T--A--------CCAAATG------A-----C--------------A-------AC-T-AAGTGGCTTCTGTGT---------CA-----------CTC--GC---GCGTTCTCGGGGTTT------------TT--CATAAGATAA--A--GA------GAGTTCTAAAAAAAAATCCTGT--CTTG--------------GTC-----CTATGAAAAC--CCC----CGatttaagtgagaatgaggtatgaagcgagcgggtatgccaatggagtttatccacttgtttatttttacttgggtggttttattttttttct
gi|11 : CTTTAAT-TTGAA-CACT-CACG-C-CATTT-AAT-TT-C-G----G-T-----AA-A-TA------GAT---A--ATTT----TTCTAAT-TGG-AAT----T--ACT-TCC-AGTT-AC-AA-T-CC-T-T-TGTCGCA------TA----CAT---TTA---A-TG------G-----CTTTAAAAAA-T-TTCACAAA---TG------------------G------------A-----C--------------A-------AC-A-AAGTGGCTTCTG--T---------CG-----------CTC--GC---GCTCTCTCGGGGTTT------------TT--CAAAGGATGA--A--GA------G-----------------------agttaagtgagaaaagagcgcgttgaagcgagagggtatgcaaaatggcgtctcccttgtttatttttactagcgggcaggtttttggtttttttctaca
gi|10 : tttaaactCTTTAAT-TTGAA-CACT-CACG-C-CAATTTAAT-TT-C-G----G-T-----AATA-TA------GAT---A--ATTT----TTCTAAT-TGG-GAAT---T--ACT-TCCAAGTT-AC-AA-T-CC-T-TCTGTCGCA------TA----CAT---TTA---A-TG------G-----CTTTAAAAAA-T-TTCACAAA---TG------G--A--------CA-----------A-----C--------------A-------A----AAGTGCTTTCTGG-T---------CG-----------CTC--GC---GC------------T------------CT--Cattttaagtgagaaaatagcggttgaagcaagcgcttccaaaatgtgtatttttgattttttctacacaagcgcct
gi|13 : aaacttcttcatctctttgaaaaacccagaTTTGAT-TTGAA-CACT-CACG-T-CAGTT-AAT-AT-C-C----G-T-----AA-A-TA------AAT---A--ATTT----GTCTCAT-TGG-TA-----TC-ACT-TCC-AGTT-AC-AA-T-CT-T-T-TGTCGCT------TG----CAT---TT----A-TTGGCTTAA-----TC------AA-T-TT--CTAA---TG------T--A--------A------------A-----C--------------attttaagtgagaaatagcggttgaagcaagcgcttccaaaatgttgtatttttgattttttctacacaagcgccttg
gi|9 : gtccattggggaaTTTGAT-TTGAA-CATCTCACGGT-CAGTT-AAT-ATTC-C----G-TTTTTCAG-A-TA------AAT---A--ATATGTAGTCCTCAT-TGG-TA-----TC-ACT-CCC-AGTTTACTAA-T-CT-T-T-TGTCGCT------TG----CAT---------G-TT------A-----TT------GG-C-TT--tattttaagtgagaaaatagcggttgaagtgagcgggtatgcaaaatggcgtcttcccttttgtagttttgaatttttgtttctacacaagcccc
gi|6 : tattgtccattggggaaaagttctaaattaagaaatgctgtattTTAAT-TTGAG-CACT-CACG-T-CAGTT-AAT-AT-C-C----G-T-----AA-A-TA------AAT---A--CTTT----TCCTTCT-AGA-TC-----TC-ACT-TTC-AGTT-CC-G--T-CT-G-T-TGTCGCT------TA----CAT---TTATTGA-CTTA----A-----TC------AA-T-TT--CTAA---CG------T--AAACCTACCC------------AATGGAC--------------A-------AC-T-AAGTGGCTTC----TGT-------CA-----------TTC--GC---GCGCTCTCGGGGT-T------------TT--CATAGGATAA--A--GA------GAGTTCTTAAAAAAAACCTCCTTTCTTG--------------GTC-----CTATGAAAAC--CCC----CAA-AG---AGCAAGGAT--G-A---TATCAAACTTTCGCTTTC--GCAGAA--CCACTT---AGT-TGTCCAC-TGG-G-GA-A--GTT-TA------C-G-GTA---A-GAT--TG-Ataattttaagatgagataagcggattgaagtgattggaaggggtattcaaaatgcacgtcttccttttctgtagtgttatgttgaatttgttctacatcaagcgcccttgtt
gi|4 : cacgaggggcttgtgtagaaaaaaatcaaaacacccctagtaaataaacaagggaagacgccattttgcatacccgctcgcttcaaccgcttttctcacttaaaatcTTAGT-TTGAA-CACT-CGCG-C-CAGTT-AAT-TT-C-C----G-T-----TA-A-CA------GAT---A--ATTT----TTCTAAT-TGG-TA-----TT-ACT-TCC-AGTT-AC-AA-T-CC-T-T-TGTCGCT------TA----CAT---TTA---A-TG------G-----CT------GA---------AA---AG------TT-G--------G------------A-----C--------------A-------AC-T-AAGTGGCTTC----TGT-------CG-----------CTC--GC---AC------------TCTCTCGGGGTTTTT--CATAGAATGA--A--GA------GAGTTCTAAAAAAACTCTCCTGT-CTTG--------------GTC-----CTATGAAAAA--CTC----CGAAAG---AGCACGAGG--G-ATATCAT---ACTTTCGCTTTC-CGCAGAA-GCCACTT---AGT-TGTCCAT-TGGTG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GA-AAT--TG-ATTAAGTCAA---TAA-AT-GTA---A------GCG------A-CAACAG-AC-A-GGAA-CT-GAA-AGT-GAG-A----T-C--TAGTAGGA----TAAGG--ATT-T------A-T-TT-----A-C-G----G-GT-ATattgaattgaagcggacacagacgg
gi|1 : TTAATATTGAA-CACT-CACG-TGCAGTT-ATT-AT-T-TAAGTG-T-----AA-A-TGGAAGCGAAT---A--AATT----TTCTAAC-TGG-GAGTTCTT--ACT-T-C-AGTT----------T-T-T-TGTTGCT------TA----CAA---TTT---A-TT------GCTT--TT------CA-TATT--CTAA---CAGAAAACT--ATCGCC---C------------A-----C--------------ATGGACATAC-T-AAGTGGCTTT----C---------TG-----------Cgatgttaagtgagaaaatagcggttgaagcgagcgggtatgcaaaatggcgtcttcccttgtttatttttactagggggtgtttcaatttttttttctacacaagcccctg
gi|15 : aggggcttgtgtagaaaaagaaattccaagacaccccttgagtcaaaatacatcagaagggaagatcggccattttgcataaccactcgcttcaaaaccgcttttctgaaacaaaaaaTAAT-TTGAA-CACT-CACG-C-CAATT-AAT-AT-C-C----G-T-----AA-A-TA------AAT---A--CTTT----TCCTATT-AGA-TC-----TC-ACT-TTT-AGTC-CC-CG-T-CT-G-T-TGTCGCT------TACAATTAT---TGA---A-TTA-----A-----TC------AA-T-TT--CTAA---CG------T--A--------A------------A-----C--------------agaagcgaaagtatgacgtactcgcgctctcctctcgcgaagggtttttttcataggaggaagacaaagggatttttttttttaactctcatcatcgtatgaaaaaacccgagagagtgcaagcgacaaaagccacttagttgtccgaacgtttaaagctgcgttaatgaaagtgattaagcaaatataaattggagatagcaaaaggagatagtgtggcgtggggtgtgaaaaatagttcattacgagtggagtgccgtgtgcgagtgggcgcgattaaagatttagtgaggaatagaatagcggtttggagaggtgagagagggtatgcaaaaagatattatggcgtcttaccgttgttgtattttttacgtaggcggtcatgcagttgtcttgatttttttgttcttcagcaaaagcccc
gi|14 : ttggggaaAT-TTTTAATATT-CACG-C-CAGTT-TAT-AT-T-C----G-T-----AA-A-T-------ATT---T--TTTT----TTCTATT-TAGTTA-----TC-ACT-TTC-AG---AC-AA-T-CC-T-T-T-TTGCA------TG----TAG---TTAC--ATTT------A-----TT------GG-C-TT--
gi|4 : aagttacgctcgaaattgattAT-AC-C-C----G-T-----AA-A-TA------AAT---C--CTTA----TCCTACT-AGA-TC-----TC-ACT-TTC-AGTT-CC-TG-T-CT-G-T-TGTCGCT------TA----CAT---TTATTGA-CTTA----A-----TC------AA-T-TT--CTAA---CG------TAAA--------CTTCCACCAATGGA-----C--------------A-------AC-T-AAGTGGCTTC----T---------attaagtgagaaaataagatttgaaggaaacgggtatgcaaaatggtgtatttttttgtgtatttttctaggggtgtcttatttttt
gi|12 : CTAAC-TGA-TA-----TC-ACT-TCC-AGAT-CC-AA-T-CT-T-T-TGTCTCC------AA----TAT---TTA---T-TTGCTTA-A-----TC------AA-T-TT--TTAG---CG------T--gcggaaagcgaaagtatgatatccctcgtgctctttcggagtttttcataggaccaagacaggagagtttttttagaactctcttcattctatgaaaaaccccgagagagtgcgagcgacagaagccacttagttgtccaacttttcagccattaaatgtaagcgacaaaggattgtaactggaagtaataccaattagaaaaattatctgttaacggaaattaactggcgcgagtgttcaaactaagatgttaagtgagaaaatagcggttgaagcgagcgggtatgcaaaatggcgtcttcccttgtttatttttactagggggtgtttcaatttttttttctacacaagcccctg
gi|1 : gaagttta------------A-----C--------------A-------AC-T-AAGTGGCTTT----TGT-------CG-----------CTT--GC---AC------------TCTCTCGGGTTTTTT--CATACGATGATGA--GA------GTTAAAAAAAAAAATCCCTTTGT-CTTC--------------CTC-----CTATGAAAAAAACCCTTCGCGAGAGGAGAGCGCGAGTACG-T---CAT---ACTTTCGCTT-C-TGCAGAAAGCCACTT---AGTATGTCCATGTGG-GCGATA--GTT-TT------CTG-TTA--GA-ATA--TG-A--AAAGCAA---TAA-ATTGTA---A------GCA------A-CAAAA---------AA-CT-G-A-AGT-AAG-AACTCC-C--AGTTAGAA----AATTT--ATT-CGCTTCCA-T-TT-----A-C-ACTTAA-AT-AATAA-CTGCA-CGT----GAG-TGTTCA-ATATTAA----TTTTTTG-TTTCAG----AAAA--GCG-G-T-TTT--GAAGC-----GAGTGGTTAT-GCAAA--------ATG-G-CCGATCT-T-CCCTTC----TGATGTATTTTGAC---TCAA-G-G-GG---------TG---TCTTGGAATTTCT-TTTTCTA-CACAAGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatttttactagggggtgtcttgatttttttgttctacacaagcccc
gi|17 : agC----T---------CT-----------CTC--GG---GC------------T------------TTTTCATAGGATAA--ATAGA------GTTCTAAAAAGCTCTTCGT-----CTTC--------------GTC-----CTATGAAAAA--GCC----AGAGCG---A-CAT------------CAT---ACTTTCGCTTTC-TGCAGccgaacgtttaaagctgcgttaatgaaagtgattaagcaaatataaattggagatagcaaaaggagatagtgtggcgtggggtgtgaaaaatagttcattacgagtggagtgccgtgtgcgagtgggcgcgattaaagatttagtgaggaatagaatagcggtttggagaggtgagagagggtatgcaaaaagatattatggcgtcttaccgttgttgtattttttacgtaggcggtcatgcagttgtcttgatttttttgttcttcagcaaaagcccc
gi|17 : taa----T---------CG-----------CTCTGGC---TT------------T------------TT--CATAGGACGA--A--GACGAAGAG-----------------------CTTTTTAGAACTCTATTTATC-----CTATGAAAAA--GCC----CGAGAG---AG
gi|2 : taa-----------------------CTTC--------------ATC-----CTATGAAAAA--CCC----GAAGAG---AGCGCGAGC--G-A---CA---------------------GAA-AC-ACTT---AGT-TGT--------------A------TA------C-G-TTG--AACAAC--TT-TTTAACCCA----TAA-AT-GTA---A------GCACTAGCAA-CAAAGG-AT-T-GTAA-CT-GGA-AGT-AAA-A----CAC--ATTAGAAA----AAATTTAATC-T------A-T-TT-----A-CGG----G-AA-ATTAA-CTG-G-CGT----GAG-TGTTC--A-ATTAAA-Gcatcatactttcgctttctgcag
gi|6 : -----------------------CTTT--------------ATC-----CTATGAAAA---CCC----CGAGAG---CGCGCGAAT--G-A---CA---------------------GAA-GCCACTT---AGT-TGTCCAT-TGG-G-TA-G--GTT-TA------C-G-TTA--GA-AAT--TG-ATTAAGTCAA---TAA-AT-GTA---A------GCG------A-CAACAG-A--C-GGAA-CT-GAA-AGT-GAG-A----T-C--TAGAAGGA----AAAGT--ATT-T------A-T-TT-----A-C-G----G-AT-ATTAA-CTG-A-CGT----GAG-TGCTCA-A-ATT-AA-GATTTTAAG-TG--AG----AAA--AGCG-G-T-T----GAAGC-----GAGCGGGTAT-GCAAA--------ATG-G-C--GTCT-T-CCCTT---GTT----TA--TTTAC---T--A-G-G-GG---------TG---TTTTGATTTTTTT-C----TA-CACAAGCCCagttctaaaaaaaaatcctcctgtcttggtctgtgaaaaaaaccccgaaagaaccgagtgatattatacttcgctttctgtagatccattcttagttgtccattggggaagtttacgttagaaattgattaggtcaataaatgtaagcgaccaacagacgcgtactgaaagtgatatctagtaggaaagcatctatttacgagatattaattggcgtgagttcaattaaagatttaagtgagaatgaggtatgaagcgagcgggtatgccaatggagtttatccacttgtttatttttacttgggtggttttattttttttct
gi|4 : cacgag-----------------------CTTC--------------ATT-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGTGCGAGC--G-A---CA---------------------GAA-GCCACTT---AGT-TGTCCA-------------------A------C-------------T--T---TTCAGCCAT---TAA-AT-GTA---A------GCG------A-CAAAGG-AT-T-GTAA-CT-GGA-AGT-AAT-A----C-C--AATTAGAA----AAATT--ATC-T------G-T-TA-----A-C-G----G-AA-ATTAA-CTG-G-CGC----GAG-TGTTCA-A-ACT-AA-GATGTTAAG-TG--AG----AAAATAGCG-G-T-T----GAAGC-----GAGCGGGTAT-GCAAA--------ATG-G-C--GTCT-T-CCCTT---GTT----TATTTTTAC---T--AGG-G-GG---------TG---TTTCAATTTTTTT-TTC--TA-CACAAGCCCagagttcttaaaaaaaacctcctttcttggtcctatgaaaacccccaaagagcaaggatgatatcaaactttcgctttcgcagaaccacttagttgtccactggggaagtttacggtaagattgaattgaattgaagcggacacagacgg
gi|7 : atacccgtaaataaatccttatcctactagatctcactttcagttcctgtctgttgtcgcttacatttattgacttaatcaatttctaacgtaaacttccaccaatggacaactaagtggcttctgcggaaagcgaaagtatgatatccctcgtgctctttcggagtttttcataggaccaagacaggagagtttttttagaactct-----------------------CTTT--------------ATC-----TTATGAAAAA--CCC----CGAGAA---CGCGCGAGT--G-A---CA-------------------CAGAA-GCCACTT---AGT-TGTC-AT-TTG-G-TA-G--GTT-TA------G-GGTTA--GA-AAT---G-ATTAAGTCAA---TAA-AT-GTC---A------ACG------A-CAACAG-ACAG-GGAA-CT-GAACAGT-GAG-A----T-C--TA-GAAGA----AAATT--ATTCT------A-T-TT-----AAC-G----G-AT-ATTAA-CGG-G-CGT----GAG-TGTTCA-A-ATTAAA-GA-GTTAAG-TG--AG----AAAAGAGCGCG-T-T----GAAGC-----GAGAGGGTAT-GCAAA--------ATG-G-C--GTCT-C-CC-------TTG-TTTATTTTTAC---T--A-GCG-GG---------CAGGTTTTTGGTTTTTTT-CTctg
gi|11 : cgggggttttcataggaccaagacaggatttttttttagaactct-----------------------CTTC--------------ATC-----CTTTGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAGC--G-A---CA---------------------GAA-GCCACTTT---GT-TGTCCAT-TTG-T-GA-A--ATT-T---------------------T--TT-A--AAGCCAT---TAA-AT-GTA---T------GCG------A-CAAAGG-AT-T-GTAA-CT-GGA-AGT-AAT-T----C-C--AATTAGAA----AAATT--ATC-T------A-T-TT-----A-C-C----G-AA-ATTAA-ATG-G-CGT----GAG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG-TG--AG----AAAATAGCG-G-T-T----GAAGC-----AAGC--GCTT-CCAAA--------ATG-aca
gi|10 : tttaaactct-----------------------CTTC--------------ATCT----CTTTGAAAAA--CCC----AGAGAG---AGCGCGAGC--G-A---C--------------------CAGAA-AGCACTTT-T-GT-TGTCCAT-TTG-T-GA-A--ATT-T---------------------T--TT-A--AAGCCAT---TAA-AT-GTA---T------GCG------A-CAGAAGGAT-T-GTAA-CTTGGA-AGT-AATTC----C-C--AATTAGAA----AAATT--ATC-T------A-TATT-----A-C-C----G-AA-ATTAAATTG-G-CGT----GAG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG-TG--AG-----AAATAGCG-G-T-T----GAAGC-----AAGC--GCTT-CCAAA--------ATG-T-T--GTAT-T-tgtatttttgattttttctacacaagcgcct
gi|8 : aaacttTTT--------------GTT-----GTACCGAAAA--CCC----CGAGAG---AGAGAGAGG--GTG---CAA---GTCATCG-TTAT-T-CAATT-GACATCTTTTTGC-TTTCCAT-TTT-G-GC-A--GTT-TA------A-T-TTA--GA-AGT--AA-ACT--GCCAA---TCA-AT-ACA---C------GTA------A-CAATGT-AT-T-GTAA-T----A-AAT--AT------C-T--AGTAAGAA----AA-TT--AAT-C------A-T-TT-----A-G-G----A-AC-AGTAC-CTG-G-CGT----TAG-TATTCA-A-ATTAAA-GATATTAAA-TA--AG----AAAAGAGTG-G-T-A----GATGA-----CAGCGGATAT--CGAA--------ATG-ACC--ATCT-T---CTTTAATTTT-T---TTTTTCCG--T--G-A-C-GG---------TA---ACTTGATTTTTCT-tttgattttttctacacaagcgccttg
gi|1 : ttttgtagagaaaaaaagttctggaaaacagcctttgttTC--------------ATC-----GTATGAAAAA--ACC----CGAGAG---AGTGCAAGC--G-A---CA---------------------AAA-GCCACT---TAGT-TGTCC-------G-AA-C--GTT-TAAAGCTGC-G-TTAATGA-AAG--TG-ATTAAGCAAATATAAA-TT-GGAGATA------GCA------A-AAGGAG-AT-A-GTG---T-GG--CGT-GG------------GGTGTGAA----AAATA--GTT-C------A---TT-----A-C-G----A-GT-G--GA-GTG-C-CGTGTGCGAG-TGGGCGCG-ATTAAA-GATTT--AG-TG--AGGAATAGAATAGCG-G-T-TTGGAGAGGTGA---GAGAGGGTAT-GCAAAAAGATATTATG-G-C--GTCT-TACCGTT---GTTG-TAT-TTTTTACG--T--A-G-GCGGTCATGCAGTTG---TCTTGATTTTTTTGTTCTTCAGCAAAAGCCCacac
gi|9 : aggggcttgtgtagaaaaagaaattccaagacaccccttgagtcaaaatacatcagaagggaagatcggccattttgcataaccactcgcttcaaaaccgcttttctgaaacaaaaaattaatattgaacactcacgtgcagttattatttaagtgtaaatggaagcgaataaattttctaactgggagttcttacttcagttttttgttgcttacaatttattgcttttcatattctaacagaaaactatcgcccacatggacatactaagtggctttctgcagaagcgaaagtatgacgtactcgcgctctcctctcgcgaagggtttttttcataggaggaagacaaagggatttttttttttaactctcaT-TGTCCAT-TGG-G-GA-AAAGTTCTA------A-A-TTAA-GA-AATGCTGTATTAAGCCAA---TAACAT-GCA---A------GCG------A-CAAAAG-AT-TAGTAAACT-GGG-AGT-GAT-A----C-C--AATGAGGACTACATATT--ATT-T------A-T-CTGAAAAA-C-G----GAAT-ATTAA-CTG-ACCGT----GAGATGTTCA-A-ATCAAATAATTTTAAGATG--AG----ATA--AGCG-GAT-T----GAAGTGATTGGAAGGGGTAT-TCAAA--------ATGCA-C--GTCT-T-CCTTTTCTGTAG-TGTc
gi|13 : taGTCCAT-TGG-G-GA-A--GTT-TA------C-A-TTA--GA-AAT--TG-ATTAAGCCAA---TAA-AT-GCA---A------GCG------A-CAAAAG-AT-T-GTAA-CT-GGA-AGT-GAT-A----C-C--AATGAGAC----AAATT--ATT-T------A-T-TT-----A-C-G----G-AT-ATTAA-CTG-A-CGT----GAG-TGTTCA-A-ATCAAA-TATTTTAAG-TG--AG----AAAATAGCG-G-T-T----GAAGT-----GAGCGGGTAT-GCAAA--------ATG-G-C--GTCT-T-CCCTT----TTG-TA---------------------------------G---TTTTGAATTTTTG-TTTC-TA-CACAAGCCCtatgttgaatttgttctacatcaagcgcccttgtt
gi|15 : T-TGG-G-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GA-AAT--TG-ATTAATTCAA---TAA-TT-GTA---A------GCG------A-CAACAG-AC-G-GGGA-CT-AAA-AGT-GAG-AT---C-T--AAT-AGGA----AAAGT--ATT-T------A-T-TT-----A-C-G----G-AT-ATTAA-TTG-G-CGT----GAG-TGTTCA-A-ATTAc
gi|12 : -GA-A--GTT-TAA-----C-G-CTA--AA-AAT--TG-ATTAAGCAAA---TAA-AT-ATT---G------GAG------A-CAAAAG-AT-T-GGAT-CT-GGA-AGT-GAT-A----T-C--AGTTAG
gi|14 : A-A--GTT--A------C-G-CTC--GA-AAT--TG-ATTAAGCCAA---TAA-AT-GTA---ACTACATGCA------A--AAAGG-AT-T-GT---CT-GAA-AGT-GAT-A----A-CTAAATAGAAA----AAAAA--AT---------A-T-TT-----A-C-G----A-AT-ATAAA-CTG-G-CGT----GAA-T--------ATTAAA-AATATTAAG-TG--AG----AAAATAAGA-T-T-T----GAAGG-----AAACGGGTAT-GCAAA--------ATG-G-T--GTAT-T---TTT----TTG-TGTATTTTT-C---T--A-G-G-GG---------TG---TCTT-ATTTTTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatttttactagggggtgtcttgatttttttgttctacacaagcccc
gi|16 : TAA-CTG-G-CGT----CAA-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAA-CG--AC----TAAATAAGG-G-T-T----GATGC-----GAGCGGGTAT--AAAA--------ATG-A-T--GTCT-T-CCCTC--------TGGATTTTT-CTTGT--G-G-G-AG---------TG---TCTTGATTT
gi|19 : cTTAAG-TG--AG----TAAATAAGG-G-T-T----GATGC-----GAGAGGGTA--CTAAA--------ATG-A-T--GTCT-T-CCCTCTGGATT--T---TTTTTA----T--G-G-G-GG---------TG---TCTTGATTTT
gi|18 : -TG--AA----AAAATAG-G-G-T-T----GAAGC-----GAGTGAGTAT-GCAAA--------AAG-G-C--ATCT-T-CCCTTGAA--TG-TTTATCT-------T--G-G-G-GG---------TGGGTCCTTGATTTTTCT-
gi|20 : -TGTATTTTTAT---A--G-G-G-GG---------TA---TCTTGATTTTTTT-TC---TA-CACAAGCaca
gi|12 : TATTTTTAC---T--AGG-G-GG---------TG---TCTTGATTTTTTT-GTTC-TA-CACAAGCCC
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 111 1 1 2222 222222 111 1111111 11111 111111 55555555555555555555555 55555555555555555555555555555555555555 11 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111 999999999999999999999 1111 1111111111 111111 22222222222 11111111111 1111111111111
lowQualScore : 666 0 0 4 8 5555 8 333333 444 1 5555555 99999 999999 99 6 00000000000000000000000 3 11111111111111111111111111111111111111 5 5 22 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 11111 99 7777 555 44 3 777777777777777777777 3 3 3 9999 3 3 555 2 0 2 2 55 2 2222222222 55 33 2 1 33 2 5 8888888888 2 2 88 2 2 2 2 2 111111 5 5555 0 2 777777 2 66666 2 8888 2 2 2 2 5555 2 2 2 2 55 0 5555 2 55 2 5555 666666 33 4 88888888 2 2 33 2 2 2 44444444444 22222222222 2 2 2 1111111111111 2 2 2 77 55
lowQualScore : ... . . . . .... . ...... ... . ....... ..... ...... .. . ....................... . ...................................... . . .. ............................................................................................................................................................... .. ..... .. .... ... .. . ..................... . . . .... . . ... . . . . .. . .......... .. .. . . .. . . .......... . . .. . . . . . ...... . .... . . ...... . ..... . .... . . . . .... . . . . .. . .... . .. . .... ...... .. . ........ . . .. . . . ........... ........... . . . ............. . . . .. ..
lowQualScore : 555 0 0 0 0 0000 0 000000 000 0 5555555 77777 222222 22 7 88888888888888888888888 5 99999999999999999999999999999999999999 7 7 11 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 44 77777 22 1111 888 66 3 666666666666666666666 6 6 6 7777 3 1 444 9 7 7 5 99 5 3333333333 99 44 5 1 44 5 0 2222222222 5 5 44 5 5 5 5 5 555555 9 7777 3 7 777777 7 77777 7 3333 7 5 5 5 3333 5 5 5 7 66 7 0000 4 66 4 0000 888888 22 2 55555555 4 4 22 4 4 4 99999999999 11111111111 4 4 4 9999999999999 4 7 9 99 55
consensus : CTTTAAT-TTGAA-CACCCACGC-CAGTNAAT-ATCC----GTAAA-TA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----TC-ACTTCCAGTT-ACA-TCCTTTGTCGCT------TA--CA-TTTA---ATT--A-----TCG--A-T-TTCTAACG-----------------T--GNAC--------------A-ACTAAGTGGCTT-CTG-CG-AA----AA-------------CTCGCGC-TCTC----------GGG---TTTTT--CATAGGACGA--AG-----------------A----------------G-----------A------------A------------------C----T----TC-GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAG--CG-ACAT---ACTTTCGCTT---T--GCAGAA-GCCA-CT-TTA--GT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATNAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT---G-TTGT-GTATTTTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TCTT-GATTTTTTT-TTTC-T--ACACAAGCCC
Reference ( family-2094 ) : CTTTAAT-TTGAA-CACTCACGC-CAGTTAAT-ATCC----GTAAA-TA------AAT---ANTTTTTCTAATTGGTA----TC-ACTTCCAGTT-ACAATCCTTTGTCGCT------TA--CA-TTTA---ATT--A-----TCG--A-T-TTCTAACG-----------------T--ANAC--------------A-ACTAAGTGGCTT-CTG-CG----------------------CTCGCGC-CC------------GGG---TTT----CATAGGATGA--AG-----------------A----------------G-----------A------------A------------------C----T----TC-GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAG--CG-ACAT---ACTTTCGCTT---C--GCAGAA-GCCA-CT-TTA--GT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATNAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT---G-TTGT-GTATTTTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TCTT-GATTTTTTT-TTTT-T--ACACAAGCCC
gi|1 : TTGCTA----TC----TCCAATTTATA----TTTG---CT------TAATCACTTTC---ATT--A-----ACGCAG-C-TTTAAACG-----------------TTCGGAC--------------A-ACTAAGTGGCTT-TTGTCG----------------------CTTGCAC-TCTCTC--------GGG---TTTTTT-CATACGATGATGAG-----------------A----------------GTTAAAAAAAAAA------------ATCCCTTTGT---------C----T----TC-CTC-----CTATGAAAAAAACCCTTCGCGAGAGGAGAGCGCGAGTACG-TCAT---ACTTTCGCTT---CT-GCAGAAAGCCA-CT-T-A--GTAT-G---TCCATGTGGGCGATA--GTT-TT------CTG-TTA--GAATA--TG-A--AAAGCAATA--A-ATTGTA---A------GCAA-CAAAA----------AA-C-T-G-A-AGTAAG-AACTCCCAGTTAGAA----AATTTATT-CGCTTCCAT-TT-----A-CACTTAA-ATAATAA-CTGCA-CGTG----AG-TGTTCA-ATATTA----ATTTTTTGTTTCAGAAA------AGCG-GTTT-T----GAAGCG------AGTG--GTTATGCAAAA--------TG-G-CCGATCT-TCC-C-TT---C-TGAT-GTATTTTGAC---TCAA--G-G-GG-T---------G---TCTTGGAATTTCTT-TTTC-T--ACACAAGCCC
gi|1 : agTTAATATTGAA-CACTCACGTGCAGTTATT-ATTTAAGTGTAAA-TGGAAGCGAAT---AAATTTTCTAACTGGGAGTTCTT-ACTTC-AGTT-------TTTTGTTGCT------TA--CA-ATTT---ATT--GCTTT-TC---A-TATTCTAACAGAAAACTATCGCCCACAT--GGAC--------------ATACTAAGTGGCTTTCTG-CAGAAGCGAAAGTATGACGTA---CTCGCGC-TCTCCTCTCGCGAAGGG---TTTTTTTCATAGGAGGA--AG-----------------ACAAAGG----------G-----------ATTTTTTTTTTTAA------------------C----TCTCATC-ATC-----GTATGAAAAA--ACC----CGAGAG---AGTGCAAG--CG-ACA-----------------------AAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TCC--------GA-AC-GTT-TAAAGCTGC-G-TTAATGAAAG--TG-ATTAAGCAAATATAA-ATTGGAGATA------GCAA-AAGGAG-ATAGT-GTGG-CGT-GGG--GTG------------T--GAA----AAATAGTT-C------AT-T------A-CG----A-GTG--GA-GTG-C-CGTGTGCGAG-TGGGCGCG-ATTAAA-GATTT--AG--TGAGGAATAGAATAGCG-G--T-TTGGAGAGGTG------AGAGAGGGTATGCAAAAAGATATTATG-G-C--GTCT-TAC-CGTT---G-TTGT-AT-TTTTTACG--T--A--G-GCGG-TCATGCAGTTG---TCTT-GATTTTTTTGTTCT-TCAGCAAAAGCCCaaggagatagtgtggcgtggggtgtgaaaaatagttcattacgagtggagtgccgtgtgcgagtgggcgcgattaaagatttagtgaggaatagaatagcggtttggagaggtgagagagggtatgcaaaaagatattatggcgtcttaccgttgttgtattttttacgtaggcggtcatgcagttgtcttgatttttttgttcttcagcaaaagcccc
gi|10 : aggggcttgtgtagaaaaagaaattccaagacaccccttgagtcaaaatacatcagaagggaagatcggccattttgcataaccactcgcttcaaaaccgcttttctgaaacaaaaaa------------------C----T----TC-ATCT----CTTTGAAAAA--CCC----AGAGAG---AGCGCGAG--CG-AC----------------------CAGAA-AGCA-CT-TTT--GT-T-G---TCCAT-TTGT-GA-A--ATT-T--------------------T--TT-A--AAGCCATTA--A-AT-GTA---T------GCGA-CAGAAGGAT--T-GTAA-C-TTGGA-AGTAATTC----CCAATTAGAA----AAATTATC-T------ATATT-----A-CC----G-AAATTAAATTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAG-AA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCA------AGC----GCTTCCAAAA--------TG-T-T--GTAT-T---T-TT---G--------ATTTTTTC---T--A--c
gi|11 : aaactt------------------C----T----TC-ATC-----CTTTGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAG--CG-ACA-----------------------GAA-GCCA-CT-TT---GT-T-G---TCCAT-TTGT-GA-A--ATT-T--------------------T--TT-A--AAGCCATTA--A-AT-GTA---T------GCGA-CAAAGG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTAAT-T----CCAATTAGAA----AAATTATC-T------AT-TT-----A-CC----G-AAATTAA-ATG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCA------AGC----GCTTCCAAAA-----------------------------------TGT-GTATTT------------------------------------TT-GA----TTT-TTTC-T--ACACAAGCcacaagcgccttg
gi|12 : tttaaactct-GA-A--GTT-TAA-----C-G-CTA--AAAAT--TG-ATTAAGCAAATA--A-AT-ATT---G------GAGA-CAAAAG-AT--T-GGAT-C-T-GGA-AGTGAT-A----TCAGTTAGgcct
gi|12 : TATTTTTAC---T--A--G-G-GGGT---------G---TCTT-GATTTTTTT-GTTC-T--ACACAAGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatttttactagggggtgtcttgatttttttgttctacacaagcccc
gi|13 : gaagtttaacgctaaaaattgattaagcaaataaatattggagacaaaagattggatctggaagtgatatcagttagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-A-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATGAGAC----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-A-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATCAAA-TATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGTG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT-----TTGT-A-----------------------------------G---TTTT-GAATTTTTG-TTTC-T--ACACAAGCCCc
gi|14 : A-A--GTT--A------C-G-CTC--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GTA---ACTACATGCAA--AAAGG-AT--T-GT---C-T-GAA-AGTGAT-AA---CTAAATAGAA----AAAAAAAT--------AT-TT-----A-CG----A-ATATAAA-CTG-G-CGTG----AA-T--------ATTAAA-AATATTAAG--TGAGAAA----ATAAGA-T--T-T----GAAGGA------AACG--GGTATGCAAAA--------TG-G-T--GTAT-T-----TT---T-TTGT-GTATTTTT-C---T--A--G-G-GG-T---------G---TCTT--ATTTTTTc
gi|15 : T-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAATTCAATA--A-TT-GTA---A------GCGA-CAACAG-AC--G-GGGA-C-T-AAA-AGTGAG-AT---CTAAT-AGGA----AAAGTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-TTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTA
gi|16 : TAA-CTG-G-CGTC----AA-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAA--CGACTAA----ATAAGG-G--T-T----GATGCG------AGCG--GGTATA-AAAA--------TG-A-T--GTCT-TCC-C-TC--------T-GGATTTTT-CTTGT--G--G-G-AG-T---------G---TCTT-GATTT
gi|17 : cC-TC------------GGGCTTTTT----CATAGGATAA--AT-----------------A----------------G-----------A------------GTTCTAAAAAGCTCTTCGTC----T----TC-GTC-----CTATGAAAAA--GCC--------AG---AGCG---A--CA-TCAT---ACTTTCGCTTTC-T--GCAG
gi|18 : taactct--TGAAAAA----ATAG-G-G--T-T----GAAGCG------AGTG--AGTATGCAAAA--------AG-G-C--ATCT-TCC-C-TT---GAATGT-TTATCT-------T--G--G-G-GG-T---------GGGTCCTT-GATTTTTCT-
gi|19 : TTAAG--TGAGTAA----ATAAGG-G--T-T----GATGCG------AGAG--GGTAC-TAAAA--------TG-A-T--GTCT-TCC-C-TC--------T-GGATTTTTTT---T--ATGG-G-GG-T---------G---TCTT-GATTTTaca
gi|2 : CTTTAAT-T-GAA-CACTCACGC-CAGTTAAT-TTCCC---GTAAA-TA------GATTAAATTTTTTCTAATGTGTT----TT-ACTTCCAGTT-ACAATCCTTTGTTGCTAGTGCTTA--CA-TTTATGGGTT--AAAAAGTTG------TTC-AACG-----------------T--ATAC--------------A-ACTAAGTG-TTT-CTGTCG----------------------CTCGCGC-TCTCTTC-------GGG---TTTTT--CATAGGATGA--AG-----------------A----------------GTTCTAAAAAAAA------------ATC----------------C----T----CCTGTCTTGGTCTGTGAAAAAAACCC----CGAAAG---AAC-CGAG--TG-ATATTATACTT-CGCTT---TCTGTAGA--TCCA-TTCTTA--GT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAGGTCAATA--A-AT-GTA---A------GCGACCAACAG-ACG-C-GT-A-C-T-GAA-AGTGAT-A----TCTAGTAGGA----AAG-CATC-T------AT-TT-----A-CGA---G-ATATTAA-TTG-G-CGTG----A---GTTC--A-ATTAAA-GA-TTTAAG--TGAG--A----AT-GAG-G--TAT----GAAGCG------AGCG--GGTATGC-CAA--------TG-G-A--GTTTATCCAC-TT---G-TT----TATTTTTAC---T-----T-G-GG-T---------G---GTTT-TATTTTTTT-TCT
gi|20 : T-GTATTTTTAT---A--G--G-G-GG-T---------A---TCTT-GATT--TTT-TTTC-T--ACACAAGC
gi|3 : CTTTAAT-T-GAA-CACCCACGC-CAGTAAATTATCC----GTAAAATA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----TCTACTTCCAGTT-ACACTCCTTTGTCGCT------TA--CA-TTTA---ATT--A-----TTG--AAT-TTCTAATG-----------------T--ACAC--------------A-ACTAAGTGGCTT-T---CG----------------------CTCGCAC---------------GGC---TTT----CATAGGATGA--AG-----------------A----------------G-------------------------------------------C----T----TC-GTC-----CTATGGAAAA--ACC----CGAGAG---AGCACGAG--TA-GCAT---ACTTTCGCTTGCTT--GCAGAA-GCCA-CT-TTAT-GT-TTG---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGC-AAGA--A-AT-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATGAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATCTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AACG--GGTATCCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TTCAAG-TTGT-GTATTTTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TTTT-GATTTTTTT-TTTG-T--ACACAAGCCC
gi|4 : AT-ACCC----GTAAA-TA------AAT---CCTTATCCTACTAGATC----TC-ACTTTCAGTT-CCTGTCTGTTGTCGCT------TA--CA-TTTATTGACTTAA-----TCA--A-T-TTCTAACG-----------------T--AAACTTCCACCAATGGACA-ACTAAGTGGCTT-CTG-CGGAAAGCGAAAGTATGATATCC-CTCGTGC-TCTTTCG-------GAG---TTTTT--CATAGGACCA--AG-----------------ACAGGAGAGTTTTTTTAG-----------A------------A------------------C----TCTCTTC-ATT-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGTGCGAG--CG-ACA-----------------------GAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TCCA------------------A------C------------T--T---TTCAGCCATTA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAAAGG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTAAT-A----CCAATTAGAA----AAATTATC-T------GT-TA-----A-CG----G-AAATTAA-CTG-G-CGCG----AG-TGTTCA-A-ACT-AA-GATGTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT---G-TT----TATTTTTAC---T--AG-G-G-GG-T---------G---TTTC-AA-TTTTTT-TTTC-T--ACACAAGCCCct
gi|5 : CTTTAAT-TTGAAACACCCACGC-CAGTAAAT-ATCC----GTAAA-TA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----T--ACTTCCAGTT-ACACTCCTTTGTCGCT------TA--TA-TTTA---ATT--A-----TTG--A-T-TTCTAATG-----------------T--ACAC--------------A-ACTAAGTGGCTT-CT--CG----------------------CTCGCGC---------------------TTT----CATAGGATGA--AG-----------------A----------------G-------------------------------------------C----T----TC-GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCACGAG--TG-ACAT---ACTTTCGCTTGC-T--GCAGAA-GCCA-CT-TTATAGT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAAGA--A-AT-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATGAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATCTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AACG--GGTATCCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TTCAAG-TTGT-GTATTTTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TTTT-GATTTTTTT-TTTTGT--ACACAAGCCCctg
gi|6 : G-----------------T--GGAC--------------A-ACTAAGTGG-TT-CTG-CGAAAGCGAAAGTTTGATATCATCCTTGCTCTTT------------GGGGGTTTT----CATAGGACCA--AGAAAGGAGGTTTTTTTTAA----------------G-----------A------------A------------------CTCTCT----TT-ATC-----CTATG-AAAA--CCC----CGAGAG---CGCGCGAA--TG-A-----------------------CAGAA-GCCA-C--TTA--GT-T-G---TCCAT-TGGG-TA-G--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGTCAATA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAACAG-A---C-GGAA-C-T-GAA-AGTGAG-A----TCTAGAAGGA----AAAGTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-A-CGTG----AG-TGCTCA-A-ATT-AA-GATTTTAAG--TGAGAAA------AGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT---G-TT----TA--TTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TTTT-GA---TTTT-TTTC-T--ACACAAGCCC
gi|7 : cacgag------------GGT---TTT----CATAGGACCA--AG-----------------ACAGGATTTTTTTTTA-G-----------A------------A------------------C----TCTCTTT-ATC-----TTATGAAAAA--CCC----CGAGAA---CGCGCGAG--TG-ACA---------------------CAGAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TC-AT-TTGG-TA-G--GTT-TA------G-GGTTA--GAAAT---G-ATTAAGTCAATA--A-AT-GTC---A------ACGA-CAACAG-ACA-G-GGAA-C-T-GAACAGTGAG-A----TCTAGAAGAA----AA-TTATTCT------AT-TT-----AACG----G-ATATTAA-CGG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GA-GTTAAG--TGAGAAA----AGAGCGCG--T-T----GAAGCG------AGAG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTC--TCC-C-TT---G-TT----TATTTTTAC---T--A--GCG-GG-C---------AGGTTTTT-GGTTTTTTT-CTtggggaagtttacggtaagattgaattgaattgaagcggacacagacgg
gi|8 : cggg----T----TT-GTT-----GTACCGAAAA--CCC----CGAGAG---AGAGAGAG--GGTGCAA---GTCATCGTTA---T--TCAATT-GACATCT-TT----T-T-GCTTTCCAT-TTTG-GC-A--GTT-TA------A-T-TTA--GAAGT--AA-ACT--GCCAATC--A-AT-ACA---C------GTAA-CAATGT-AT--T-GTAA-T-----A-AAT-AT------CTAGTAAGAA----AA-TTAAT-C------AT-TT-----A-GG----A-ACAGTAC-CTG-G-CGTT----AG-TATTCA-A-ATTAAA-GATATTAAA--TAAGAAA----AGAGTG-G--T-A----GATGAC------AGCG--GATAT-CGAAA--------TG-ACC--ATCT-TCT-T-TA---A-TT-T-TT-TTTTTCCG--T--G--A-C-GG-T---------A---ACTT-GATTTTTCT-aca
gi|9 : ttttgtagagaaaaaaagttctggaaaacagcctttgttT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-AAAGTTCTA------A-A-TTAA-GAAATGCTGTATTAAGCCAATA--ACAT-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--TAGTAAAC-T-GGG-AGTGAT-A----CCAATGAGGACTACATATTATT-T------AT-CTGAAAAA-CG----GAATATTAA-CTG-ACCGTG----AGATGTTCA-A-ATCAAATAATTTTAAGA-TGAGATA------AGCG-GA-T-T----GAAGTGATTGGAAG-G--GGTATTCAAAA--------TGCA-C--GTCT-TCC-T-TT---T-CTGTAGTGTTacac
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 111 1 1 2222 222222 111 1111111 333333 111111 55555555555555555555555 77777777777777777777777777777777 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 999999999999999999999 2222 1111111111 111111 22222222 11111111111 111111111
lowQualScore : 666 0 0 1 8 5555 8 333333 444 5555555 000000 2 999999 99 6 00000000000000000000000 3 22222222222222222222222222222222 1 5 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33 11111 99 7777 555 44 3 333333333333333333333 3 3 3 4444 3 3 555 2 0 2 2 55 2 2222222222 55 33 2 1 33 2 5 8888888888 2 2 88 2 2 2 2 2 111111 5 5555 0 2 777777 2 66666 2 8888 2 2 2 2 5555 2 2 2 2 55 0 5555 2 55 2 5555 666666 33 4 88888888 2 2 33 2 2 2 44444444 0 88888888888 2 2 2 111111111 333 2 9 1 2 555 2
lowQualScore : ... . . . . .... . ...... ... ....... ...... . ...... .. . ....................... . ................................ . . . .............................................................................................................................................................................. .. ..... .. .... ... .. . ..................... . . . .... . . ... . . . . .. . .......... .. .. . . .. . . .......... . . .. . . . . . ...... . .... . . ...... . ..... . .... . . . . .... . . . . .. . .... . .. . .... ...... .. . ........ . . .. . . . ........ . ........... . . . ......... ... . . . . ... .
lowQualScore : 555 0 0 0 0 0000 0 000000 000 5555555 888888 5 222222 22 7 88888888888888888888888 5 44444444444444444444444444444444 0 7 7 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 44 77777 22 1111 888 66 3 555555555555555555555 6 6 6 2222 3 1 444 9 7 7 5 99 5 3333333333 99 44 5 1 44 5 0 2222222222 5 5 44 5 5 5 5 5 555555 9 7777 3 7 777777 7 77777 7 3333 7 5 5 5 3333 5 5 5 7 66 7 0000 4 66 4 0000 888888 22 2 55555555 4 4 22 4 4 4 11111111 1 44444444444 1 1 1 333333333 777 1 2 2 9 000 9
consensus : CTTTAAT-TTGAA-CACCCACGC-CAGTNAAT-ATCC----GTAAA-TA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----TC-ACTTCCAGTT-AC-A-TCCTTTGTCGCT------TA--CA-TTTA---ATT--A-----TCG--A-T-TTCTAACG-----------------T--------------GGACA-ACTAAGTGGCTT-CTG-C------G-AA---------------------------C------------------TCGCGCTCT--C----------GG-G-TTTTT--CATAGGACGA--AGA-AGG-------------G-----------A------------A------------------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAG--CG-ACAT---ACTTTCGCTT---T--GCAGAA-GCCA-CT-TTA--GT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATNAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT---G-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TCTT-GATTTTTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
Reference ( family-2094 ) : CTTTAAT-TTGAA-CACCCACGC-CAGTNAAT-ATCC----GTAAA-TA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----TC-ACTTCCAGTT-AC-A-TCCTTTGTCGCT------TA--CA-TTTA---ATT--A-----TCG--A-T-TTCTAACG-----------------T--------------GNACA-ACTAAGTGGCTT-CTG-C------GAAA---------A-----------------C------------------TCGCGCTCT--C----------GG-G-TTTTT--CATAGGACGA--AGA-----------------G-----------A------------A------------------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAG--CG-ACAT---ACTTTCGCTT---T--GCAGAA-GCCA-CT-TTA--GT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATNAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT---G-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TCTT-GATTTTTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
gi|1 : TTGCTA----TC----TCCAATTTAT-A-T------TTGCT------TAATCACTTTC---ATT--A-----ACGCAG-C-TTTAAACG-----------------TTC------------GGACA-ACTAAGTGGCTT-TTGTC------G------------------------------C------------------TTGCACTCT--CTC--------GG-G-TTTTTT-CATACGATGATGAGA-----------------GTTAAAAAAAAAA------------ATCCCTTTGT---------CT----TC-CTC-----CTATGAAAAAAACCCTTCGCGAGAGGAGAGCGCGAGTACG-TCAT---ACTTTCGCTTC--T--GCAGAAAGCCA-CT-T-A--GTAT-G---TCCATGTGGGCGATA--GTT-TT------CTG-TTA--GAATA--TG-A--AAAGCAATA--A-ATTGTA---A------GCAA-CAAAA----------AA-C-T-G-A-AGTAAG-AACTCCCAGTTAGAA----AATTTATT-CGCTTCCAT-TT-----A-CACTTAA-ATAATAA-CTGCA-CGTG----AG-TGTTCA-ATATTA----ATTTTTTGTTTCAGAAA------AGCG-GTTT-T----GAAGCG------AGTG--GTTATGCAAAA--------TG-G-CCGATCT-TCC-C-TT---C-TGATGTATTTTGAC---TCAA--G-G-GG-T---------G---TCTTGGAATTTCTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
gi|1 : agTTAATATTGAA-CACTCACGTGCAGTTATT-ATTTAAGTGTAAA-TGGAAGCGAAT---AAATTTTCTAACTGGGAGTTCTT-ACTTC-AGTT--------TTTTGTTGCT------TA--CA-ATTT---ATT--GCTTT-TC---A-TATTCTAACAGAAAACTATCGCCCACAT--------------GGACATACTAAGTGGCTTTCTG-CAGAAGCGAAAGTATGACGTA-----------------C------------------TCGCGCTCT--CCTCTCGCGAAGG-G-TTTTTTTCATAGGAGGA--AGACAAAGG-----------G-----------ATTTTTTTTTTTAA------------------CTCTCATC-ATC-----GTATGAAAAA--ACC----CGAGAG---AGTGCAAG--CG-ACA-----------------------AAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TCC--------GA-AC-GTT-TAAAGCTGC-G-TTAATGAAAG--TG-ATTAAGCAAATATAA-ATTGGAGATA------GCAA-AAGGAG-ATAGT-GTGG-CGT-GGG--GTG------------T--GAA----AAATAGTT-C------AT-T------A-CG----A-GTG--GA-GTG-C-CGTGTGCGAG-TGGGCGCG-ATTAAA-GATTT--AG--TGAGGAATAGAATAGCG-G--T-TTGGAGAGGTG------AGAGAGGGTATGCAAAAAGATATTATG-G-C--GTCT-TAC-CGTT---G-TTGTAT-TTTTTACG--T--A--G-GCGG-TCATGCAGTTG---TCTT-GATTTTTTTGTTC-TTCAGCA-AAAGCCCaaggagatagtgtggcgtggggtgtgaaaaatagttcattacgagtggagtgccgtgtgcgagtgggcgcgattaaagatttagtgaggaatagaatagcggtttggagaggtgagagagggtatgcaaaaagatattatggcgtcttaccgttgttgtattttttacgtaggcggtcatgcagttgtcttgatttttttgttcttcagcaaaagcccc
gi|10 : aggggcttgtgtagaaaaagaaattccaagacaccccttgagtcaaaatacatcagaagggaagatcggccattttgcataaccactcgcttcaaaaccgcttttctgaaacaaaaaa------------------CT----TC-ATCT----CTTTGAAAAA--CCC----AGAGAG---AGCGCGAG--CG-AC----------------------CAGAA-AGCA-CT-TTT--GT-T-G---TCCAT-TTGT-GA-A--ATT-T--------------------T--TT-A--AAGCCATTA--A-AT-GTA---T------GCGA-CAGAAGGAT--T-GTAA-C-TTGGA-AGTAATTC----CCAATTAGAA----AAATTATC-T------ATATT-----A-CC----G-AAATTAAATTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAG-AA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCA------AGC----GCTTCCAAAA--------T-------GT-------------------TGTATTT------------------------------------TT-GA----TTTTTTC-T---ACA-CAAGCc
gi|11 : aaactt------------------CT----TC-ATC-----CTTTGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAG--CG-ACA-----------------------GAA-GCCA-CT-TT---GT-T-G---TCCAT-TTGT-GA-A--ATT-T--------------------T--TT-A--AAGCCATTA--A-AT-GTA---T------GCGA-CAAAGG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTAAT-T----CCAATTAGAA----AAATTATC-T------AT-TT-----A-CC----G-AAATTAA-ATG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCA------AGC----GCTTCCAAAA-----------------------------------TGTGTATTT------------------------------------TT-GA----TTTTTTC-T---ACA-CAAGCgccttg
gi|12 : tttaaactct-GA-A--GTT-TAA-----C-G-CTA--AAAAT--TG-ATTAAGCAAATA--A-AT-ATT---G------GAGA-CAAAAG-AT--T-GGAT-C-T-GGA-AGTGAT-A----TCAGTTAGgcct
gi|12 : TATTTTTAC---T--A--G-G-GGGT---------G---TCTT-GATTTTTTTGTTC-T---ACA-CAAGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatttttactagggggtgtcttgatttttttgttctacacaagcccc
gi|13 : gaagtttaacgctaaaaattgattaagcaaataaatattggagacaaaagattggatctggaagtgatatcagttagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-A-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATGAGAC----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-A-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATCAAA-TATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGTG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT-----TTGTA-----------------------------------G---TTTT-GAATTTTTGTTTC-T---ACA-CAAGCCCc
gi|14 : A-A--GTT--A------C-G-CTC--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GTA---ACTACATGCAA--AAAGG-AT--T-GT---C-T-GAA-AGTGAT-AA---CTAAATAGAA----AAAAAAAT--------AT-TT-----A-CG----A-ATATAAA-CTG-G-CGTG----AA-T--------ATTAAA-AATATTAAG--TGAGAAA----ATAAGA-T--T-T----GAAGGA------AACG--GGTATGCAAAA--------TG-G-T--GTAT-T-----TT---T-TTGTGTATTTTT-C---T--A--G-G-GG-T---------G---TCTT--ATTTTTTc
gi|15 : T-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAATTCAATA--A-TT-GTA---A------GCGA-CAACAG-AC--G-GGGA-C-T-AAA-AGTGAG-AT---CTAAT-AGGA----AAAGTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-TTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTA
gi|16 : TAA-CTG-G-CGTC----AA-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAA--CGACTAA----ATAAGG-G--T-T----GATGCG------AGCG--GGTATA-AAAA--------TG-A-T--GTCT-TCC-C-TC--------TGGATTTTT-CTTGT--G--G-G-AG-T---------G---TCTT-GATTT
gi|17 : cCTCT--C----------GG-GCTTTTT--CATAGGATAA--ATA-----------------G-----------A------------GTTCTAAAAAGCTCTTCGTCT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--GCC--------AG---AGCG---A--CA-TCAT---ACTTTCGCTTTC-T--GCAG
gi|18 : taact--TGAAAAA----ATAG-G-G--T-T----GAAGCG------AGTG--AGTATGCAAAA--------AG-G-C--ATCT-TCC-C-TT---GAATGTTTATCT-------T--G--G-G-GG-T---------GGGTCCTT-GATTTTTCT
gi|19 : TTAAG--TGAGTAA----ATAAGG-G--T-T----GATGCG------AGAG--GGTAC-TAAAA--------TG-A-T--GTCT-TCC-C-TC--------TGGATTTTTTT---T--ATGG-G-GG-T---------G---TCTT-GATTTTaca
gi|2 : CTTTAAT-T-GAA-CACTCACGC-CAGTTAAT-TTCCC---GTAAA-TA------GATTAAATTTTTTCTAATGTGTT----TT-ACTTCCAGTT-AC-AATCCTTTGTTGCTAGTGCTTA--CA-TTTATGGGTT--AAAAAGTTG------TTC-AACG-----------------T--------------ATACA-ACTAAGTG-TTT-CTGTC------G------------------------------C------------------TCGCGCTCT--CTTC-------GG-G-TTTTT--CATAGGATGA--AGA-----------------GTTCTAAAAAAAA------------ATC----------------CT----CCTGTCTTGGTCTGTGAAAAAAACCC----CGAAAG---AAC-CGAG--TG-ATATTATACTT-CGCTT---TCTGTAGA--TCCA-TTCTTA--GT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAGGTCAATA--A-AT-GTA---A------GCGACCAACAG-ACG-C-GT-A-C-T-GAA-AGTGAT-A----TCTAGTAGGA----AAG-CATC-T------AT-TT-----A-CGA---G-ATATTAA-TTG-G-CGTG----A---GTTC--A-ATTAAA-GA-TTTAAG--TGAG--A----AT-GAG-G--TAT----GAAGCG------AGCG--GGTATGC-CAA--------TG-G-A--GTTTATCCAC-TT---G-TT---TATTTTTAC---T-----T-G-GG-T---------G---GTTT-TATTTTTTTTCT
gi|20 : TGTATTTTTAT---A--G--G-G-GG-T---------A---TCTT-GATT--TTTTTTC-T---ACA-CAAGC
gi|3 : CTTTAAT-T-GAA-CACCCACGC-CAGTAAATTATCC----GTAAAATA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----TCTACTTCCAGTT-AC-ACTCCTTTGTCGCT------TA--CA-TTTA---ATT--A-----TTG--AAT-TTCTAATG-----------------T--------------ACACA-ACTAAGTGGCTT-TCG-C--------------------------------------------------------TCGCAC-----------------G-G-CTTT---CATAGGATGA--AGA-----------------G-------------------------------------------CT----TC-GTC-----CTATGGAAAA--ACC----CGAGAG---AGCACGAG--TA-GCAT---ACTTTCGCTTGCTT--GCAGAA-GCCA-CT-TTAT-GT-TTG---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGC-AAGA--A-AT-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATGAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATCTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AACG--GGTATCCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TTCAAG-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TTTT-GATTTTTTTTTTG-T---ACA-CAAGCCC
gi|4 : AT-ACCC----GTAAA-TA------AAT---CCTTATCCTACTAGATC----TC-ACTTTCAGTT-CCTG-TCTGTTGTCGCT------TA--CA-TTTATTGACTTAA-----TCA--A-T-TTCTAACG-----------------TAAACTTCCACCAATGGACA-ACTAAGTGGCTT-CTG-C------GGAA---------AGCGAAAGTATGATATCCC------------------TCGTGCTCTTTC----------GGAG-TTTTT--CATAGGACCA--AGACAGGAGAGTTTTTTTA-G-----------A------------A------------------CTCTCTTC-ATT-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGTGCGAG--CG-ACA-----------------------GAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TCCA------------------A------C------------T--T---TTCAGCCATTA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAAAGG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTAAT-A----CCAATTAGAA----AAATTATC-T------GT-TA-----A-CG----G-AAATTAA-CTG-G-CGCG----AG-TGTTCA-A-ACT-AA-GATGTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT---G-TT---TATTTTTAC---T--AG-G-G-GG-T---------G---TTTC-AA-TTTTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCCct
gi|5 : CTTTAAT-TTGAAACACCCACGC-CAGTAAAT-ATCC----GTAAA-TA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----T--ACTTCCAGTT-AC-ACTCCTTTGTCGCT------TA--TA-TTTA---ATT--A-----TTG--A-T-TTCTAATG-----------------T--------------ACACA-ACTAAGTGGCTT-CT--C------G------------------------------C------------------TCGCGCT-----------------------TT--CATAGGATGA--AGA-----------------G-------------------------------------------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCACGAG--TG-ACAT---ACTTTCGCTTGC-T--GCAGAA-GCCA-CT-TTATAGT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAAGA--A-AT-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATGAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATCTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AACG--GGTATCCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TTCAAG-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TTTT-GATTTTTTTTTTTGT---ACA-CAAGCCCctg
gi|6 : G-----------------T--------------GGACA-ACTAAGTGG-TT-CTG-C------GAAA---------G-----------------CGAAAGTTTGATATCATCCTTGCTCTTT--G----------GG-G-GTTTT--CATAGGACCA--AGAAAGGAGGTTTTTTTTAAG-----------A------------A------------------CTCTCTTT-ATC-----CTATGAAAA---CCC----CGAGAG---CGCGCGAA--TG-ACA-----------------------GAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TCCAT-TGGG-TA-G--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGTCAATA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAACAG-A---C-GGAA-C-T-GAA-AGTGAG-A----TCTAGAAGGA----AAAGTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-A-CGTG----AG-TGCTCA-A-ATT-AA-GATTTTAAG--TGAGAAA------AGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT---G-TT---TA--TTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TTTT-GA---TTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
gi|7 : cacgag----------GG-G-GTTTT--CATAGGACCA--AGACAGGATTTTTTTTTA--G-----------A------------A------------------CTCTCTTT-ATC-----TTATGAAAAA--CCC----CGAGAA---CGCGCGAG--TG-ACA---------------------CAGAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TC-AT-TTGG-TA-G--GTT-TA------G-GGTTA--GAAAT---G-ATTAAGTCAATA--A-AT-GTC---A------ACGA-CAACAG-ACA-G-GGAA-C-T-GAACAGTGAG-A----TCTAGAAGAA----AA-TTATTCT------AT-TT-----AACG----G-ATATTAA-CGG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GA-GTTAAG--TGAGAAA----AGAGCGCG--T-T----GAAGCG------AGAG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTC--TCC-C-TT---G-TT---TATTTTTAC---T--A--GCG-GG-CAG-------G---TTTT---TGGTTTTTTTC-T---ACA-tggggaagtttacggtaagattgaattgaattgaagcggacacagacgg
gi|8 : cgT----TT-GTT-----GTACCGAAAA--CCC----CGAGAG---AGAGAGAG--GGTGCAA---GTCATCGTTA---T--TCAATT-GACATCT-TT----T-T-GCTTTCCAT-TTTG-GC-A--GTT-TA------A-T-TTA--GAAGT--AA-ACT--GCCAATC--A-AT-ACA---C------GTAA-CAATGT-AT--T-GTAA-T-----A-AAT-AT------CTAGTAAGAA----AA-TTAAT-C------AT-TT-----A-GG----A-ACAGTAC-CTG-G-CGTT----AG-TATTCA-A-ATTAAA-GATATTAAA--TAAGAAA----AGAGTG-G--T-A----GATGAC------AGCG--GATAT-CGAAA--------TG-ACC--ATCT-TCT-T-TA---A-TT-TTT-TTTTTCCG--T--G--A-C-GG-T---------A---ACTT-GA-----TTTTTC-T---ACA-
gi|9 : ttttgtagagaaaaaaagttctggaaaacagcctttgttT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-AAAGTTCTA------A-A-TTAA-GAAATGCTGTATTAAGCCAATA--ACAT-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--TAGTAAAC-T-GGG-AGTGAT-A----CCAATGAGGACTACATATTATT-T------AT-CTGAAAAA-CG----GAATATTAA-CTG-ACCGTG----AGATGTTCA-A-ATCAAATAATTTTAAGA-TGAGATA------AGCG-GA-T-T----GAAGTGATTGGAAG-G--GGTATTCAAAA--------TGCA-C--GTCT-TCC-T-T------TTCTGTAGTGTTA-----------------T---------G-----TT-GA---ATTTGTTC-T---ACATCAAGC
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 111 1 1 2222 222222 111 1111111 333333 111111 55555555555555555555555 77777777777777777777777777777777 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 999999999999999999999 2222 1111111111 111111 22222222 11111111111 111111111
lowQualScore : 666 0 0 1 8 5555 8 333333 444 5555555 000000 2 999999 99 6 00000000000000000000000 3 22222222222222222222222222222222 0 5 5 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 11111 99 7777 555 44 3 333333333333333333333 3 3 3 4444 3 3 555 2 0 2 2 55 2 2222222222 55 33 2 1 33 2 5 8888888888 2 2 88 2 2 2 2 2 111111 5 5555 0 2 777777 2 66666 2 8888 2 2 2 2 5555 2 2 2 2 55 0 5555 2 55 2 5555 666666 33 4 88888888 2 2 33 2 2 2 44444444 0 88888888888 2 2 2 111111111 333 2 9 1 2 555 2
lowQualScore : ... . . . . .... . ...... ... ....... ...... . ...... .. . ....................... . ................................ . . . .................................................................................................................................................................. .. ..... .. .... ... .. . ..................... . . . .... . . ... . . . . .. . .......... .. .. . . .. . . .......... . . .. . . . . . ...... . .... . . ...... . ..... . .... . . . . .... . . . . .. . .... . .. . .... ...... .. . ........ . . .. . . . ........ . ........... . . . ......... ... . . . . ... .
lowQualScore : 555 0 0 0 0 0000 0 000000 000 5555555 888888 5 222222 22 7 88888888888888888888888 5 44444444444444444444444444444444 7 7 7 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 44 77777 22 1111 888 66 3 555555555555555555555 6 6 6 2222 3 1 444 9 7 7 5 99 5 3333333333 99 44 5 1 44 5 0 2222222222 5 5 44 5 5 5 5 5 555555 9 7777 3 7 777777 7 77777 7 3333 7 5 5 5 3333 5 5 5 7 66 7 0000 4 66 4 0000 888888 22 2 55555555 4 4 22 4 4 4 11111111 1 44444444444 1 1 1 333333333 777 1 2 2 9 000 9
consensus : CTTTAAT-TTGAA-CACCCACGC-CAGTNAAT-ATCC----GTAAA-TA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----TC-ACTTCCAGTT-AC-A-TCCTTTGTCGCT------TA--CA-TTTA---ATT--A-----TCG--A-T-TTCTAACG-----------------T--------------GGACA-ACTAAGTGGCTT-CTG-C--------------G----A--------------------CTCGCGCTCT--C----------GG-G-TTTTT--CATAGGACGA----------AGA--------AGG------------GA------------A------------------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAG--CG-ACAT---ACTTTCGCTT---T--GCAGAA-GCCA-CT-TTA--GT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATNAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT---G-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TCTT-GATTTTTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
Reference ( family-2094 ) : CTTTAAT-TTGAA-CACCCACGC-CAGTNAAT-ATCC----GTAAA-TA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----TC-ACTTCCAGTT-AC-A-TCCTTTGTCGCT------TA--CA-TTTA---ATT--A-----TCG--A-T-TTCTAACG-----------------T--------------GGACA-ACTAAGTGGCTT-CTG-C--------------GA---A--------------------CTCGCGCTCT--C----------GG-G-TTTTT--CATAGGACGA----------AGA--------AGG------------GA------------A------------------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAG--CG-ACAT---ACTTTCGCTT---T--GCAGAA-GCCA-CT-TTA--GT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATNAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT---G-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TCTT-GATTTTTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
gi|1 : TTGCTA----TC----TCCAATTTAT-A-T------TTGCT------TAATCACTTTC---ATT--A-----ACGCAG-C-TTTAAACG-----------------TTC------------GGACA-ACTAAGTGGCTT-TTGTC--------------G-------------------------CTTGCACTCT--CTC--------GG-G-TTTTTT-CATACGATGATGAGAGTTAAAAA--------AAA------------AA------------ATCCCTTTGT---------CT----TC-CTC-----CTATGAAAAAAACCCTTCGCGAGAGGAGAGCGCGAGTACG-TCAT---ACTTTCGCTTC--T--GCAGAAAGCCA-CT-T-A--GTAT-G---TCCATGTGGGCGATA--GTT-TT------CTG-TTA--GAATA--TG-A--AAAGCAATA--A-ATTGTA---A------GCAA-CAAAA----------AA-C-T-G-A-AGTAAG-AACTCCCAGTTAGAA----AATTTATT-CGCTTCCAT-TT-----A-CACTTAA-ATAATAA-CTGCA-CGTG----AG-TGTTCA-ATATTA----ATTTTTTGTTTCAGAAA------AGCG-GTTT-T----GAAGCG------AGTG--GTTATGCAAAA--------TG-G-CCGATCT-TCC-C-TT---C-TGATGTATTTTGAC---TCAA--G-G-GG-T---------G---TCTTGGAATTTCTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
gi|1 : agTTAATATTGAA-CACTCACGTGCAGTTATT-ATTTAAGTGTAAA-TGGAAGCGAAT---AAATTTTCTAACTGGGAGTTCTT-ACTTC-AGTT--------TTTTGTTGCT------TA--CA-ATTT---ATT--GCTTT-TC---A-TATTCTAACAGAAAACTATCGCCCACAT--------------GGACATACTAAGTGGCTTTCTG-CAGAAGCGAAAGTATGACGTA--------------------CTCGCGCTCT--CCTCTCGCGAAGG-G-TTTTTTTCATAGGAGGA----------AGACAA-----AGG------------GATTTTTTTTTTTAA------------------CTCTCATC-ATC-----GTATGAAAAA--ACC----CGAGAG---AGTGCAAG--CG-ACA-----------------------AAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TCC--------GA-AC-GTT-TAAAGCTGC-G-TTAATGAAAG--TG-ATTAAGCAAATATAA-ATTGGAGATA------GCAA-AAGGAG-ATAGT-GTGG-CGT-GGG--GTG------------T--GAA----AAATAGTT-C------AT-T------A-CG----A-GTG--GA-GTG-C-CGTGTGCGAG-TGGGCGCG-ATTAAA-GATTT--AG--TGAGGAATAGAATAGCG-G--T-TTGGAGAGGTG------AGAGAGGGTATGCAAAAAGATATTATG-G-C--GTCT-TAC-CGTT---G-TTGTAT-TTTTTACG--T--A--G-GCGG-TCATGCAGTTG---TCTT-GATTTTTTTGTTC-TTCAGCA-AAAGCCCaaggagatagtgtggcgtggggtgtgaaaaatagttcattacgagtggagtgccgtgtgcgagtgggcgcgattaaagatttagtgaggaatagaatagcggtttggagaggtgagagagggtatgcaaaaagatattatggcgtcttaccgttgttgtattttttacgtaggcggtcatgcagttgtcttgatttttttgttcttcagcaaaagcccc
gi|10 : aggggcttgtgtagaaaaagaaattccaagacaccccttgagtcaaaatacatcagaagggaagatcggccattttgcataaccactcgcttcaaaaccgcttttctgaaacaaaaaa------------------CT----TC-ATCT----CTTTGAAAAA--CCC----AGAGAG---AGCGCGAG--CG-AC----------------------CAGAA-AGCA-CT-TTT--GT-T-G---TCCAT-TTGT-GA-A--ATT-T--------------------T--TT-A--AAGCCATTA--A-AT-GTA---T------GCGA-CAGAAGGAT--T-GTAA-C-TTGGA-AGTAATTC----CCAATTAGAA----AAATTATC-T------ATATT-----A-CC----G-AAATTAAATTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAG-AA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCA------AGC----GCTTCCAAAA--------T-------GT-------------------TGTATTT------------------------------------TT-GA----TTTTTTC-T---ACA-CAAGCc
gi|11 : aaactt------------------CT----TC-ATC-----CTTTGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAG--CG-ACA-----------------------GAA-GCCA-CT-TT---GT-T-G---TCCAT-TTGT-GA-A--ATT-T--------------------T--TT-A--AAGCCATTA--A-AT-GTA---T------GCGA-CAAAGG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTAAT-T----CCAATTAGAA----AAATTATC-T------AT-TT-----A-CC----G-AAATTAA-ATG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCA------AGC----GCTTCCAAAA-----------------------------------TGTGTATTT------------------------------------TT-GA----TTTTTTC-T---ACA-CAAGCgccttg
gi|12 : tttaaactct-GA-A--GTT-TAA-----C-G-CTA--AAAAT--TG-ATTAAGCAAATA--A-AT-ATT---G------GAGA-CAAAAG-AT--T-GGAT-C-T-GGA-AGTGAT-A----TCAGTTAGgcct
gi|12 : TATTTTTAC---T--A--G-G-GGGT---------G---TCTT-GATTTTTTTGTTC-T---ACA-CAAGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatttttactagggggtgtcttgatttttttgttctacacaagcccc
gi|13 : gaagtttaacgctaaaaattgattaagcaaataaatattggagacaaaagattggatctggaagtgatatcagttagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-A-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATGAGAC----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-A-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATCAAA-TATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGTG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT-----TTGTA-----------------------------------G---TTTT-GAATTTTTGTTTC-T---ACA-CAAGCCCc
gi|14 : A-A--GTT--A------C-G-CTC--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GTA---ACTACATGCAA--AAAGG-AT--T-GT---C-T-GAA-AGTGAT-AA---CTAAATAGAA----AAAAAAAT--------AT-TT-----A-CG----A-ATATAAA-CTG-G-CGTG----AA-T--------ATTAAA-AATATTAAG--TGAGAAA----ATAAGA-T--T-T----GAAGGA------AACG--GGTATGCAAAA--------TG-G-T--GTAT-T-----TT---T-TTGTGTATTTTT-C---T--A--G-G-GG-T---------G---TCTT--ATTTTTTc
gi|15 : T-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAATTCAATA--A-TT-GTA---A------GCGA-CAACAG-AC--G-GGGA-C-T-AAA-AGTGAG-AT---CTAAT-AGGA----AAAGTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-TTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTA
gi|16 : TAA-CTG-G-CGTC----AA-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAA--CGACTAA----ATAAGG-G--T-T----GATGCG------AGCG--GGTATA-AAAA--------TG-A-T--GTCT-TCC-C-TC--------TGGATTTTT-CTTGT--G--G-G-AG-T---------G---TCTT-GATTT
gi|17 : cCTCT--C----------GG-GCTTTTT--CATAGGATAA----------ATA--------GAGTTCT--------AA------------AAAGCTCTTCGT-------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--GCC--------AG---AGCG---A--CA-TCAT---ACTTTCGCTTTC-T--GCAG
gi|18 : taact--TGAAAAA----ATAG-G-G--T-T----GAAGCG------AGTG--AGTATGCAAAA--------AG-G-C--ATCT-TCC-C-TT---GAATGTTTATCT-------T--G--G-G-GG-T---------GGGTCCTT-GATTTTTCT
gi|19 : TTAAG--TGAGTAA----ATAAGG-G--T-T----GATGCG------AGAG--GGTAC-TAAAA--------TG-A-T--GTCT-TCC-C-TC--------TGGATTTTTTT---T--ATGG-G-GG-T---------G---TCTT-GATTTTaca
gi|2 : CTTTAAT-T-GAA-CACTCACGC-CAGTTAAT-TTCCC---GTAAA-TA------GATTAAATTTTTTCTAATGTGTT----TT-ACTTCCAGTT-AC-AATCCTTTGTTGCTAGTGCTTA--CA-TTTATGGGTT--AAAAAGTTG------TTC-AACG-----------------T--------------ATACA-ACTAAGTG-TTT-CTGTC--------------G-------------------------CTCGCGCTCT--CTTC-------GG-G-TTTTT--CATAGGATGA----------AGAGTTCTAAAAAA------------AA------------ATC----------------CT----CCTGTCTTGGTCTGTGAAAAAAACCC----CGAAAG---AAC-CGAG--TG-ATATTATACTT-CGCTT---TCTGTAGA--TCCA-TTCTTA--GT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAGGTCAATA--A-AT-GTA---A------GCGACCAACAG-ACG-C-GT-A-C-T-GAA-AGTGAT-A----TCTAGTAGGA----AAG-CATC-T------AT-TT-----A-CGA---G-ATATTAA-TTG-G-CGTG----A---GTTC--A-ATTAAA-GA-TTTAAG--TGAG--A----AT-GAG-G--TAT----GAAGCG------AGCG--GGTATGC-CAA--------TG-G-A--GTTTATCCAC-TT---G-TT---TATTTTTAC---T-----T-G-GG-T---------G---GTTT-TATTTTTTTTCT
gi|20 : TGTATTTTTAT---A--G--G-G-GG-T---------A---TCTT-GATT--TTTTTTC-T---ACA-CAAGC
gi|3 : CTTTAAT-T-GAA-CACCCACGC-CAGTAAATTATCC----GTAAAATA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----TCTACTTCCAGTT-AC-ACTCCTTTGTCGCT------TA--CA-TTTA---ATT--A-----TTG--AAT-TTCTAATG-----------------T--------------ACACA-ACTAAGTGGCTT-TCG-C-----------------------------------------TCGCAC-----------------G-G-CTTT---CATAGGATGA----------AGA--------G-----------------------------------------------CT----TC-GTC-----CTATGGAAAA--ACC----CGAGAG---AGCACGAG--TA-GCAT---ACTTTCGCTTGCTT--GCAGAA-GCCA-CT-TTAT-GT-TTG---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGC-AAGA--A-AT-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATGAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATCTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AACG--GGTATCCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TTCAAG-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TTTT-GATTTTTTTTTTG-T---ACA-CAAGCCC
gi|4 : AT-ACCC----GTAAA-TA------AAT---CCTTATCCTACTAGATC----TC-ACTTTCAGTT-CCTG-TCTGTTGTCGCT------TA--CA-TTTATTGACTTAA-----TCA--A-T-TTCTAACG-----------------TAAACTTCCACCAATGGACA-ACTAAGTGGCTT-CTG-C--------------GG---AAAGCGAAAGTATGATATCC-CTCGTGCTCTTTC----------GGAG-TTTTT--CATAGGACCA----------AGAC-------AGGAGAGTTTTTTTAGA------------A------------------CTCTCTTC-ATT-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGTGCGAG--CG-ACA-----------------------GAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TCCA------------------A------C------------T--T---TTCAGCCATTA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAAAGG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTAAT-A----CCAATTAGAA----AAATTATC-T------GT-TA-----A-CG----G-AAATTAA-CTG-G-CGCG----AG-TGTTCA-A-ACT-AA-GATGTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT---G-TT---TATTTTTAC---T--AG-G-G-GG-T---------G---TTTC-AA-TTTTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCCct
gi|5 : CTTTAAT-TTGAAACACCCACGC-CAGTAAAT-ATCC----GTAAA-TA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----T--ACTTCCAGTT-AC-ACTCCTTTGTCGCT------TA--TA-TTTA---ATT--A-----TTG--A-T-TTCTAATG-----------------T--------------ACACA-ACTAAGTGGCTT-CT--C--------------G-------------------------CTCGCGCT-----------------------TT--CATAGGATGA----------AGA--------G-----------------------------------------------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCACGAG--TG-ACAT---ACTTTCGCTTGC-T--GCAGAA-GCCA-CT-TTATAGT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAAGA--A-AT-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATGAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATCTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AACG--GGTATCCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TTCAAG-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TTTT-GATTTTTTTTTTTGT---ACA-CAAGCCCctg
gi|6 : G-----------------T--------------GGACA-ACTAAGTGG-TT-CTG-C--------------GA---AAGCGAAAGTTTGATATCATCCTTGCTCTTT--G----------GG-G-GTTTT--CATAGGACCA----------AGA--------AAG------------GA------------GGTTTTTTTTAAGAACTCTCT----TT-ATC-----CTATGAAAA---CCC----CGAGAG---CGCGCGAA--TG-ACA-----------------------GAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TCCAT-TGGG-TA-G--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGTCAATA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAACAG-A---C-GGAA-C-T-GAA-AGTGAG-A----TCTAGAAGGA----AAAGTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-A-CGTG----AG-TGCTCA-A-ATT-AA-GATTTTAAG--TGAGAAA------AGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT---G-TT---TA--TTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TTTT-GA---TTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
gi|7 : cacgag----------GG-G-GTTTT--CATAGGACCA----------AGAC-------AGGATTTTTTTTTA-GA------------A------------------CTCTCTTT-ATC-----TTATGAAAAA--CCC----CGAGAA---CGCGCGAG--TG-ACA---------------------CAGAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TC-AT-TTGG-TA-G--GTT-TA------G-GGTTA--GAAAT---G-ATTAAGTCAATA--A-AT-GTC---A------ACGA-CAACAG-ACA-G-GGAA-C-T-GAACAGTGAG-A----TCTAGAAGAA----AA-TTATTCT------AT-TT-----AACG----G-ATATTAA-CGG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GA-GTTAAG--TGAGAAA----AGAGCGCG--T-T----GAAGCG------AGAG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTC--TCC-C-TT---G-TT---TATTTTTAC---T--A--GCG-GG-CAG-------G---TTTT---TGGTTTTTTTC-T---ACA-tggggaagtttacggtaagattgaattgaattgaagcggacacagacgg
gi|8 : cgT----TT-GTT-----GTACCGAAAA--CCC----CGAGAG---AGAGAGAG--GGTGCAA---GTCATCGTTA---T--TCAATT-GACATCT-TT----T-T-GCTTTCCAT-TTTG-GC-A--GTT-TA------A-T-TTA--GAAGT--AA-ACT--GCCAATC--A-AT-ACA---C------GTAA-CAATGT-AT--T-GTAA-T-----A-AAT-AT------CTAGTAAGAA----AA-TTAAT-C------AT-TT-----A-GG----A-ACAGTAC-CTG-G-CGTT----AG-TATTCA-A-ATTAAA-GATATTAAA--TAAGAAA----AGAGTG-G--T-A----GATGAC------AGCG--GATAT-CGAAA--------TG-ACC--ATCT-TCT-T-TA---A-TT-TTT-TTTTTCCG--T--G--A-C-GG-T---------A---ACTT-GA-----TTTTTC-T---ACA-
gi|9 : ttttgtagagaaaaaaagttctggaaaacagcctttgttT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-AAAGTTCTA------A-A-TTAA-GAAATGCTGTATTAAGCCAATA--ACAT-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--TAGTAAAC-T-GGG-AGTGAT-A----CCAATGAGGACTACATATTATT-T------AT-CTGAAAAA-CG----GAATATTAA-CTG-ACCGTG----AGATGTTCA-A-ATCAAATAATTTTAAGA-TGAGATA------AGCG-GA-T-T----GAAGTGATTGGAAG-G--GGTATTCAAAA--------TGCA-C--GTCT-TCC-T-T------TTCTGTAGTGTTA-----------------T---------G-----TT-GA---ATTTGTTC-T---ACATCAAGC
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 111 1 1 2222 222222 111 1111111 333333 111111 55555555555555555555555 77777777777777777777777777777777 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 999999999999999999999 2222 1111111111 111111 22222222 11111111111 111111111
lowQualScore : 666 0 0 1 8 5555 8 333333 444 5555555 000000 2 999999 99 6 00000000000000000000000 3 22222222222222222222222222222222 0 5 5 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 33 11111 99 7777 555 44 3 333333333333333333333 3 3 3 4444 3 3 555 2 0 2 2 55 2 2222222222 55 33 2 1 33 2 5 8888888888 2 2 88 2 2 2 2 2 111111 5 5555 0 2 777777 2 66666 2 8888 2 2 2 2 5555 2 2 2 2 55 0 5555 2 55 2 5555 666666 33 4 88888888 2 2 33 2 2 2 44444444 0 88888888888 2 2 2 111111111 333 2 9 1 2 555 2
lowQualScore : ... . . . . .... . ...... ... ....... ...... . ...... .. . ....................... . ................................ . . . ................................................................................................................................................................. .. ..... .. .... ... .. . ..................... . . . .... . . ... . . . . .. . .......... .. .. . . .. . . .......... . . .. . . . . . ...... . .... . . ...... . ..... . .... . . . . .... . . . . .. . .... . .. . .... ...... .. . ........ . . .. . . . ........ . ........... . . . ......... ... . . . . ... .
lowQualScore : 555 0 0 0 0 0000 0 000000 000 5555555 888888 5 222222 22 7 88888888888888888888888 5 44444444444444444444444444444444 7 7 7 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44 77777 22 1111 888 66 3 555555555555555555555 6 6 6 2222 3 1 444 9 7 7 5 99 5 3333333333 99 44 5 1 44 5 0 2222222222 5 5 44 5 5 5 5 5 555555 9 7777 3 7 777777 7 77777 7 3333 7 5 5 5 3333 5 5 5 7 66 7 0000 4 66 4 0000 888888 22 2 55555555 4 4 22 4 4 4 11111111 1 44444444444 1 1 1 333333333 777 1 2 2 9 000 9
consensus : CTTTAAT-TTGAA-CACCCACGC-CAGTNAAT-ATCC----GTAAA-TA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----TC-ACTTCCAGTT-AC-A-TCCTTTGTCGCT------TA--CA-TTTA---ATT--A-----TCG--A-T-TTCTAACG-----------------T--------------GGACA-ACTAAGTGGCTT-CTGCG------------------G---------------------CTCGCGCTCT--C----------GG-G-TTTTT--CATAGGACGA----------AGA--------AGG------------GA------------A------------------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAG--CG-ACAT---ACTTTCGCTT---T--GCAGAA-GCCA-CT-TTA--GT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATNAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT---G-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TCTT-GATTTTTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
Reference ( family-2094 ) : CTTTAAT-TTGAA-CACCCACGC-CAGTNAAT-ATCC----GTAAA-TA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----TC-ACTTCCAGTT-AC-A-TCCTTTGTCGCT------TA--CA-TTTA---ATT--A-----TCG--A-T-TTCTAACG-----------------T--------------GGACA-ACTAAGTGGCTT-CTGCG------------------A---------------------CTCGCGCTCT--C----------GG-G-TTTTT--CATAGGACGA----------AGA--------AGG------------GA------------A------------------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAG--CG-ACAT---ACTTTCGCTT---T--GCAGAA-GCCA-CT-TTA--GT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATNAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT---G-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TCTT-GATTTTTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
gi|1 : TTGCTA----TC----TCCAATTTAT-A-T------TTGCT------TAATCACTTTC---ATT--A-----ACGCAG-C-TTTAAACG-----------------TTC------------GGACA-ACTAAGTGGCTT-TTGTC------------------G---------------------CTTGCACTCT--CTC--------GG-G-TTTTTT-CATACGATGATGAGAGTTAAAAA--------AAA------------AA------------ATCCCTTTGT---------CT----TC-CTC-----CTATGAAAAAAACCCTTCGCGAGAGGAGAGCGCGAGTACG-TCAT---ACTTTCGCTTC--T--GCAGAAAGCCA-CT-T-A--GTAT-G---TCCATGTGGGCGATA--GTT-TT------CTG-TTA--GAATA--TG-A--AAAGCAATA--A-ATTGTA---A------GCAA-CAAAA----------AA-C-T-G-A-AGTAAG-AACTCCCAGTTAGAA----AATTTATT-CGCTTCCAT-TT-----A-CACTTAA-ATAATAA-CTGCA-CGTG----AG-TGTTCA-ATATTA----ATTTTTTGTTTCAGAAA------AGCG-GTTT-T----GAAGCG------AGTG--GTTATGCAAAA--------TG-G-CCGATCT-TCC-C-TT---C-TGATGTATTTTGAC---TCAA--G-G-GG-T---------G---TCTTGGAATTTCTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
gi|1 : agTTAATATTGAA-CACTCACGTGCAGTTATT-ATTTAAGTGTAAA-TGGAAGCGAAT---AAATTTTCTAACTGGGAGTTCTT-ACTTC-AGTT--------TTTTGTTGCT------TA--CA-ATTT---ATT--GCTTT-TC---A-TATTCTAACAGAAAACTATCGCCCACAT--------------GGACATACTAAGTGGCTTTCTGCAGAAGCGAAAGTATGACGTA---------------------CTCGCGCTCT--CCTCTCGCGAAGG-G-TTTTTTTCATAGGAGGA----------AGACAA-----AGG------------GATTTTTTTTTTTAA------------------CTCTCATC-ATC-----GTATGAAAAA--ACC----CGAGAG---AGTGCAAG--CG-ACA-----------------------AAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TCC--------GA-AC-GTT-TAAAGCTGC-G-TTAATGAAAG--TG-ATTAAGCAAATATAA-ATTGGAGATA------GCAA-AAGGAG-ATAGT-GTGG-CGT-GGG--GTG------------T--GAA----AAATAGTT-C------AT-T------A-CG----A-GTG--GA-GTG-C-CGTGTGCGAG-TGGGCGCG-ATTAAA-GATTT--AG--TGAGGAATAGAATAGCG-G--T-TTGGAGAGGTG------AGAGAGGGTATGCAAAAAGATATTATG-G-C--GTCT-TAC-CGTT---G-TTGTAT-TTTTTACG--T--A--G-GCGG-TCATGCAGTTG---TCTT-GATTTTTTTGTTC-TTCAGCA-AAAGCCCaaggagatagtgtggcgtggggtgtgaaaaatagttcattacgagtggagtgccgtgtgcgagtgggcgcgattaaagatttagtgaggaatagaatagcggtttggagaggtgagagagggtatgcaaaaagatattatggcgtcttaccgttgttgtattttttacgtaggcggtcatgcagttgtcttgatttttttgttcttcagcaaaagcccc
gi|10 : aggggcttgtgtagaaaaagaaattccaagacaccccttgagtcaaaatacatcagaagggaagatcggccattttgcataaccactcgcttcaaaaccgcttttctgaaacaaaaaa------------------CT----TC-ATCT----CTTTGAAAAA--CCC----AGAGAG---AGCGCGAG--CG-AC----------------------CAGAA-AGCA-CT-TTT--GT-T-G---TCCAT-TTGT-GA-A--ATT-T--------------------T--TT-A--AAGCCATTA--A-AT-GTA---T------GCGA-CAGAAGGAT--T-GTAA-C-TTGGA-AGTAATTC----CCAATTAGAA----AAATTATC-T------ATATT-----A-CC----G-AAATTAAATTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAG-AA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCA------AGC----GCTTCCAAAA--------T-------GT-------------------TGTATTT------------------------------------TT-GA----TTTTTTC-T---ACA-CAAGCc
gi|11 : aaactt------------------CT----TC-ATC-----CTTTGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAG--CG-ACA-----------------------GAA-GCCA-CT-TT---GT-T-G---TCCAT-TTGT-GA-A--ATT-T--------------------T--TT-A--AAGCCATTA--A-AT-GTA---T------GCGA-CAAAGG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTAAT-T----CCAATTAGAA----AAATTATC-T------AT-TT-----A-CC----G-AAATTAA-ATG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCA------AGC----GCTTCCAAAA-----------------------------------TGTGTATTT------------------------------------TT-GA----TTTTTTC-T---ACA-CAAGCgccttg
gi|12 : tttaaactct-GA-A--GTT-TAA-----C-G-CTA--AAAAT--TG-ATTAAGCAAATA--A-AT-ATT---G------GAGA-CAAAAG-AT--T-GGAT-C-T-GGA-AGTGAT-A----TCAGTTAGgcct
gi|12 : TATTTTTAC---T--A--G-G-GGGT---------G---TCTT-GATTTTTTTGTTC-T---ACA-CAAGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatttttactagggggtgtcttgatttttttgttctacacaagcccc
gi|13 : gaagtttaacgctaaaaattgattaagcaaataaatattggagacaaaagattggatctggaagtgatatcagttagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-A-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATGAGAC----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-A-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATCAAA-TATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGTG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT-----TTGTA-----------------------------------G---TTTT-GAATTTTTGTTTC-T---ACA-CAAGCCCc
gi|14 : A-A--GTT--A------C-G-CTC--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GTA---ACTACATGCAA--AAAGG-AT--T-GT---C-T-GAA-AGTGAT-AA---CTAAATAGAA----AAAAAAAT--------AT-TT-----A-CG----A-ATATAAA-CTG-G-CGTG----AA-T--------ATTAAA-AATATTAAG--TGAGAAA----ATAAGA-T--T-T----GAAGGA------AACG--GGTATGCAAAA--------TG-G-T--GTAT-T-----TT---T-TTGTGTATTTTT-C---T--A--G-G-GG-T---------G---TCTT--ATTTTTTc
gi|15 : T-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAATTCAATA--A-TT-GTA---A------GCGA-CAACAG-AC--G-GGGA-C-T-AAA-AGTGAG-AT---CTAAT-AGGA----AAAGTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-TTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTA
gi|16 : TAA-CTG-G-CGTC----AA-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAA--CGACTAA----ATAAGG-G--T-T----GATGCG------AGCG--GGTATA-AAAA--------TG-A-T--GTCT-TCC-C-TC--------TGGATTTTT-CTTGT--G--G-G-AG-T---------G---TCTT-GATTT
gi|17 : cCTCT--C----------GG-GCTTTTT--CATAGGATAA----------ATA--------GAGTTCT--------AA------------AAAGCTCTTCGT-------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--GCC--------AG---AGCG---A--CA-TCAT---ACTTTCGCTTTC-T--GCAG
gi|18 : taact--TGAAAAA----ATAG-G-G--T-T----GAAGCG------AGTG--AGTATGCAAAA--------AG-G-C--ATCT-TCC-C-TT---GAATGTTTATCT-------T--G--G-G-GG-T---------GGGTCCTT-GATTTTTCT
gi|19 : TTAAG--TGAGTAA----ATAAGG-G--T-T----GATGCG------AGAG--GGTAC-TAAAA--------TG-A-T--GTCT-TCC-C-TC--------TGGATTTTTTT---T--ATGG-G-GG-T---------G---TCTT-GATTTTaca
gi|2 : CTTTAAT-T-GAA-CACTCACGC-CAGTTAAT-TTCCC---GTAAA-TA------GATTAAATTTTTTCTAATGTGTT----TT-ACTTCCAGTT-AC-AATCCTTTGTTGCTAGTGCTTA--CA-TTTATGGGTT--AAAAAGTTG------TTC-AACG-----------------T--------------ATACA-ACTAAGTG-TTT-CTGTC------------------G---------------------CTCGCGCTCT--CTTC-------GG-G-TTTTT--CATAGGATGA----------AGAGTTCTAAAAAA------------AA------------ATC----------------CT----CCTGTCTTGGTCTGTGAAAAAAACCC----CGAAAG---AAC-CGAG--TG-ATATTATACTT-CGCTT---TCTGTAGA--TCCA-TTCTTA--GT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAGGTCAATA--A-AT-GTA---A------GCGACCAACAG-ACG-C-GT-A-C-T-GAA-AGTGAT-A----TCTAGTAGGA----AAG-CATC-T------AT-TT-----A-CGA---G-ATATTAA-TTG-G-CGTG----A---GTTC--A-ATTAAA-GA-TTTAAG--TGAG--A----AT-GAG-G--TAT----GAAGCG------AGCG--GGTATGC-CAA--------TG-G-A--GTTTATCCAC-TT---G-TT---TATTTTTAC---T-----T-G-GG-T---------G---GTTT-TATTTTTTTTCT
gi|20 : TGTATTTTTAT---A--G--G-G-GG-T---------A---TCTT-GATT--TTTTTTC-T---ACA-CAAGC
gi|3 : CTTTAAT-T-GAA-CACCCACGC-CAGTAAATTATCC----GTAAAATA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----TCTACTTCCAGTT-AC-ACTCCTTTGTCGCT------TA--CA-TTTA---ATT--A-----TTG--AAT-TTCTAATG-----------------T--------------ACACA-ACTAAGTGGCTT-TCGC------------------------------------------TCGCAC-----------------G-G-CTTT---CATAGGATGA----------AGA--------G-----------------------------------------------CT----TC-GTC-----CTATGGAAAA--ACC----CGAGAG---AGCACGAG--TA-GCAT---ACTTTCGCTTGCTT--GCAGAA-GCCA-CT-TTAT-GT-TTG---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGC-AAGA--A-AT-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATGAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATCTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AACG--GGTATCCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TTCAAG-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TTTT-GATTTTTTTTTTG-T---ACA-CAAGCCC
gi|4 : AT-ACCC----GTAAA-TA------AAT---CCTTATCCTACTAGATC----TC-ACTTTCAGTT-CCTG-TCTGTTGTCGCT------TA--CA-TTTATTGACTTAA-----TCA--A-T-TTCTAACG-----------------TAAACTTCCACCAATGGACA-ACTAAGTGGCTT-CTGCG------------------GAAAGCGAAAGTATGATATCC-CTCGTGCTCTTTC----------GGAG-TTTTT--CATAGGACCA----------AGAC-------AGGAGAGTTTTTTTAGA------------A------------------CTCTCTTC-ATT-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGTGCGAG--CG-ACA-----------------------GAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TCCA------------------A------C------------T--T---TTCAGCCATTA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAAAGG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTAAT-A----CCAATTAGAA----AAATTATC-T------GT-TA-----A-CG----G-AAATTAA-CTG-G-CGCG----AG-TGTTCA-A-ACT-AA-GATGTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT---G-TT---TATTTTTAC---T--AG-G-G-GG-T---------G---TTTC-AA-TTTTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCCct
gi|5 : CTTTAAT-TTGAAACACCCACGC-CAGTAAAT-ATCC----GTAAA-TA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----T--ACTTCCAGTT-AC-ACTCCTTTGTCGCT------TA--TA-TTTA---ATT--A-----TTG--A-T-TTCTAATG-----------------T--------------ACACA-ACTAAGTGGCTT-CT-CG----------------------------------------CTCGCGCT-----------------------TT--CATAGGATGA----------AGA--------G-----------------------------------------------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCACGAG--TG-ACAT---ACTTTCGCTTGC-T--GCAGAA-GCCA-CT-TTATAGT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAAGA--A-AT-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATGAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATCTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AACG--GGTATCCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TTCAAG-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TTTT-GATTTTTTTTTTTGT---ACA-CAAGCCCctg
gi|6 : G-----------------T--------------GGACA-ACTAAGTGG-TT-CTGCG------------------AAAGCGAAAGTTTGATATCATCCTTGCTCTTT--G----------GG-G-GTTTT--CATAGGACCA----------AGA--------AAG------------GA------------GGTTTTTTTTAAGAACTCTCT----TT-ATC-----CTATGAAAA---CCC----CGAGAG---CGCGCGAA--TG-ACA-----------------------GAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TCCAT-TGGG-TA-G--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGTCAATA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAACAG-A---C-GGAA-C-T-GAA-AGTGAG-A----TCTAGAAGGA----AAAGTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-A-CGTG----AG-TGCTCA-A-ATT-AA-GATTTTAAG--TGAGAAA------AGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT---G-TT---TA--TTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TTTT-GA---TTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
gi|7 : cacgag----------GG-G-GTTTT--CATAGGACCA----------AGAC-------AGGATTTTTTTTTA-GA------------A------------------CTCTCTTT-ATC-----TTATGAAAAA--CCC----CGAGAA---CGCGCGAG--TG-ACA---------------------CAGAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TC-AT-TTGG-TA-G--GTT-TA------G-GGTTA--GAAAT---G-ATTAAGTCAATA--A-AT-GTC---A------ACGA-CAACAG-ACA-G-GGAA-C-T-GAACAGTGAG-A----TCTAGAAGAA----AA-TTATTCT------AT-TT-----AACG----G-ATATTAA-CGG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GA-GTTAAG--TGAGAAA----AGAGCGCG--T-T----GAAGCG------AGAG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTC--TCC-C-TT---G-TT---TATTTTTAC---T--A--GCG-GG-CAG-------G---TTTT---TGGTTTTTTTC-T---ACA-tggggaagtttacggtaagattgaattgaattgaagcggacacagacgg
gi|8 : cgT----TT-GTT-----GTACCGAAAA--CCC----CGAGAG---AGAGAGAG--GGTGCAA---GTCATCGTTA---T--TCAATT-GACATCT-TT----T-T-GCTTTCCAT-TTTG-GC-A--GTT-TA------A-T-TTA--GAAGT--AA-ACT--GCCAATC--A-AT-ACA---C------GTAA-CAATGT-AT--T-GTAA-T-----A-AAT-AT------CTAGTAAGAA----AA-TTAAT-C------AT-TT-----A-GG----A-ACAGTAC-CTG-G-CGTT----AG-TATTCA-A-ATTAAA-GATATTAAA--TAAGAAA----AGAGTG-G--T-A----GATGAC------AGCG--GATAT-CGAAA--------TG-ACC--ATCT-TCT-T-TA---A-TT-TTT-TTTTTCCG--T--G--A-C-GG-T---------A---ACTT-GA-----TTTTTC-T---ACA-
gi|9 : ttttgtagagaaaaaaagttctggaaaacagcctttgttT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-AAAGTTCTA------A-A-TTAA-GAAATGCTGTATTAAGCCAATA--ACAT-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--TAGTAAAC-T-GGG-AGTGAT-A----CCAATGAGGACTACATATTATT-T------AT-CTGAAAAA-CG----GAATATTAA-CTG-ACCGTG----AGATGTTCA-A-ATCAAATAATTTTAAGA-TGAGATA------AGCG-GA-T-T----GAAGTGATTGGAAG-G--GGTATTCAAAA--------TGCA-C--GTCT-TCC-T-T------TTCTGTAGTGTTA-----------------T---------G-----TT-GA---ATTTGTTC-T---ACATCAAGC
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 111 1 1 2222 222222 111 1111111 333333 111111 55555555555555555555555 77777777777777777777777777777777 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 999999999999999999999 2222 1111111111 111111 22222222 11111111111 111111111
lowQualScore : 666 0 0 1 8 5555 8 333333 444 5555555 000000 2 999999 99 6 00000000000000000000000 3 22222222222222222222222222222222 0 5 5 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33 11111 99 7777 555 44 3 333333333333333333333 3 3 3 4444 3 3 555 2 0 2 2 55 2 2222222222 55 33 2 1 33 2 5 8888888888 2 2 88 2 2 2 2 2 111111 5 5555 0 2 777777 2 66666 2 8888 2 2 2 2 5555 2 2 2 2 55 0 5555 2 55 2 5555 666666 33 4 88888888 2 2 33 2 2 2 44444444 0 88888888888 2 2 2 111111111 333 2 9 1 2 555 2
lowQualScore : ... . . . . .... . ...... ... ....... ...... . ...... .. . ....................... . ................................ . . . ............................................................................................................................................... .. ..... .. .... ... .. . ..................... . . . .... . . ... . . . . .. . .......... .. .. . . .. . . .......... . . .. . . . . . ...... . .... . . ...... . ..... . .... . . . . .... . . . . .. . .... . .. . .... ...... .. . ........ . . .. . . . ........ . ........... . . . ......... ... . . . . ... .
lowQualScore : 555 0 0 0 0 0000 0 000000 000 5555555 888888 5 222222 22 7 88888888888888888888888 5 44444444444444444444444444444444 7 7 7 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 44 77777 22 1111 888 66 3 555555555555555555555 6 6 6 2222 3 1 444 9 7 7 5 99 5 3333333333 99 44 5 1 44 5 0 2222222222 5 5 44 5 5 5 5 5 555555 9 7777 3 7 777777 7 77777 7 3333 7 5 5 5 3333 5 5 5 7 66 7 0000 4 66 4 0000 888888 22 2 55555555 4 4 22 4 4 4 11111111 1 44444444444 1 1 1 333333333 777 1 2 2 9 000 9
consensus : CTTTAAT-TTGAA-CACCCACGC-CAGTNAAT-ATCC----GTAAA-TA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----TC-ACTTCCAGTT-AC-A-TCCTTTGTCGCT------TA--CA-TTTA---ATT--A-----TCG--A-T-TTCTAACG-----------------T--------------GGACA-ACTAAGTGGCTT-CTGCGGAA----AA-------------CTCGCGCTCT--C----------GG-G-TTTTT--CATAGGACGA----------AGA--------AGG------------GA------------A------------------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAG--CG-ACAT---ACTTTCGCTT---T--GCAGAA-GCCA-CT-TTA--GT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATNAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT---G-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TCTT-GATTTTTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
Reference ( family-2094 ) : CTTTAAT-TTGAA-CACCCACGC-CAGTNAAT-ATCC----GTAAA-TA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----TC-ACTTCCAGTT-AC-A-TCCTTTGTCGCT------TA--CA-TTTA---ATT--A-----TCG--A-T-TTCTAACG-----------------T--------------GGACA-ACTAAGTGGCTT-CTGCGG---------------------CTCGCGCTCT--C----------GG-G-TTTTT--CATAGGACGA----------AGA--------AGG------------GA------------A------------------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAG--CG-ACAT---ACTTTCGCTT---T--GCAGAA-GCCA-CT-TTA--GT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATNAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT---G-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TCTT-GATTTTTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
gi|1 : TTGCTA----TC----TCCAATTTAT-A-T------TTGCT------TAATCACTTTC---ATT--A-----ACGCAG-C-TTTAAACG-----------------TTC------------GGACA-ACTAAGTGGCTT-TTGTCG---------------------CTTGCACTCT--CTC--------GG-G-TTTTTT-CATACGATGATGAGAGTTAAAAA--------AAA------------AA------------ATCCCTTTGT---------CT----TC-CTC-----CTATGAAAAAAACCCTTCGCGAGAGGAGAGCGCGAGTACG-TCAT---ACTTTCGCTTC--T--GCAGAAAGCCA-CT-T-A--GTAT-G---TCCATGTGGGCGATA--GTT-TT------CTG-TTA--GAATA--TG-A--AAAGCAATA--A-ATTGTA---A------GCAA-CAAAA----------AA-C-T-G-A-AGTAAG-AACTCCCAGTTAGAA----AATTTATT-CGCTTCCAT-TT-----A-CACTTAA-ATAATAA-CTGCA-CGTG----AG-TGTTCA-ATATTA----ATTTTTTGTTTCAGAAA------AGCG-GTTT-T----GAAGCG------AGTG--GTTATGCAAAA--------TG-G-CCGATCT-TCC-C-TT---C-TGATGTATTTTGAC---TCAA--G-G-GG-T---------G---TCTTGGAATTTCTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
gi|1 : agTTAATATTGAA-CACTCACGTGCAGTTATT-ATTTAAGTGTAAA-TGGAAGCGAAT---AAATTTTCTAACTGGGAGTTCTT-ACTTC-AGTT--------TTTTGTTGCT------TA--CA-ATTT---ATT--GCTTT-TC---A-TATTCTAACAGAAAACTATCGCCCACAT--------------GGACATACTAAGTGGCTTTCTGCAGAAGCGAAAGTATGACGTA---CTCGCGCTCT--CCTCTCGCGAAGG-G-TTTTTTTCATAGGAGGA----------AGACAA-----AGG------------GATTTTTTTTTTTAA------------------CTCTCATC-ATC-----GTATGAAAAA--ACC----CGAGAG---AGTGCAAG--CG-ACA-----------------------AAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TCC--------GA-AC-GTT-TAAAGCTGC-G-TTAATGAAAG--TG-ATTAAGCAAATATAA-ATTGGAGATA------GCAA-AAGGAG-ATAGT-GTGG-CGT-GGG--GTG------------T--GAA----AAATAGTT-C------AT-T------A-CG----A-GTG--GA-GTG-C-CGTGTGCGAG-TGGGCGCG-ATTAAA-GATTT--AG--TGAGGAATAGAATAGCG-G--T-TTGGAGAGGTG------AGAGAGGGTATGCAAAAAGATATTATG-G-C--GTCT-TAC-CGTT---G-TTGTAT-TTTTTACG--T--A--G-GCGG-TCATGCAGTTG---TCTT-GATTTTTTTGTTC-TTCAGCA-AAAGCCCaaggagatagtgtggcgtggggtgtgaaaaatagttcattacgagtggagtgccgtgtgcgagtgggcgcgattaaagatttagtgaggaatagaatagcggtttggagaggtgagagagggtatgcaaaaagatattatggcgtcttaccgttgttgtattttttacgtaggcggtcatgcagttgtcttgatttttttgttcttcagcaaaagcccc
gi|10 : aggggcttgtgtagaaaaagaaattccaagacaccccttgagtcaaaatacatcagaagggaagatcggccattttgcataaccactcgcttcaaaaccgcttttctgaaacaaaaaa------------------CT----TC-ATCT----CTTTGAAAAA--CCC----AGAGAG---AGCGCGAG--CG-AC----------------------CAGAA-AGCA-CT-TTT--GT-T-G---TCCAT-TTGT-GA-A--ATT-T--------------------T--TT-A--AAGCCATTA--A-AT-GTA---T------GCGA-CAGAAGGAT--T-GTAA-C-TTGGA-AGTAATTC----CCAATTAGAA----AAATTATC-T------ATATT-----A-CC----G-AAATTAAATTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAG-AA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCA------AGC----GCTTCCAAAA--------T-------GT-------------------TGTATTT------------------------------------TT-GA----TTTTTTC-T---ACA-CAAGCc
gi|11 : aaactt------------------CT----TC-ATC-----CTTTGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAG--CG-ACA-----------------------GAA-GCCA-CT-TT---GT-T-G---TCCAT-TTGT-GA-A--ATT-T--------------------T--TT-A--AAGCCATTA--A-AT-GTA---T------GCGA-CAAAGG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTAAT-T----CCAATTAGAA----AAATTATC-T------AT-TT-----A-CC----G-AAATTAA-ATG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCA------AGC----GCTTCCAAAA-----------------------------------TGTGTATTT------------------------------------TT-GA----TTTTTTC-T---ACA-CAAGCgccttg
gi|12 : tttaaactct-GA-A--GTT-TAA-----C-G-CTA--AAAAT--TG-ATTAAGCAAATA--A-AT-ATT---G------GAGA-CAAAAG-AT--T-GGAT-C-T-GGA-AGTGAT-A----TCAGTTAGgcct
gi|12 : TATTTTTAC---T--A--G-G-GGGT---------G---TCTT-GATTTTTTTGTTC-T---ACA-CAAGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatttttactagggggtgtcttgatttttttgttctacacaagcccc
gi|13 : gaagtttaacgctaaaaattgattaagcaaataaatattggagacaaaagattggatctggaagtgatatcagttagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-A-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATGAGAC----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-A-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATCAAA-TATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGTG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT-----TTGTA-----------------------------------G---TTTT-GAATTTTTGTTTC-T---ACA-CAAGCCCc
gi|14 : A-A--GTT--A------C-G-CTC--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GTA---ACTACATGCAA--AAAGG-AT--T-GT---C-T-GAA-AGTGAT-AA---CTAAATAGAA----AAAAAAAT--------AT-TT-----A-CG----A-ATATAAA-CTG-G-CGTG----AA-T--------ATTAAA-AATATTAAG--TGAGAAA----ATAAGA-T--T-T----GAAGGA------AACG--GGTATGCAAAA--------TG-G-T--GTAT-T-----TT---T-TTGTGTATTTTT-C---T--A--G-G-GG-T---------G---TCTT--ATTTTTTc
gi|15 : T-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAATTCAATA--A-TT-GTA---A------GCGA-CAACAG-AC--G-GGGA-C-T-AAA-AGTGAG-AT---CTAAT-AGGA----AAAGTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-TTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTA
gi|16 : TAA-CTG-G-CGTC----AA-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAA--CGACTAA----ATAAGG-G--T-T----GATGCG------AGCG--GGTATA-AAAA--------TG-A-T--GTCT-TCC-C-TC--------TGGATTTTT-CTTGT--G--G-G-AG-T---------G---TCTT-GATTT
gi|17 : cCTCT--C----------GG-GCTTTTT--CATAGGATAA----------ATA--------GAGTTCT--------AA------------AAAGCTCTTCGT-------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--GCC--------AG---AGCG---A--CA-TCAT---ACTTTCGCTTTC-T--GCAG
gi|18 : taact--TGAAAAA----ATAG-G-G--T-T----GAAGCG------AGTG--AGTATGCAAAA--------AG-G-C--ATCT-TCC-C-TT---GAATGTTTATCT-------T--G--G-G-GG-T---------GGGTCCTT-GATTTTTCT
gi|19 : TTAAG--TGAGTAA----ATAAGG-G--T-T----GATGCG------AGAG--GGTAC-TAAAA--------TG-A-T--GTCT-TCC-C-TC--------TGGATTTTTTT---T--ATGG-G-GG-T---------G---TCTT-GATTTTaca
gi|2 : CTTTAAT-T-GAA-CACTCACGC-CAGTTAAT-TTCCC---GTAAA-TA------GATTAAATTTTTTCTAATGTGTT----TT-ACTTCCAGTT-AC-AATCCTTTGTTGCTAGTGCTTA--CA-TTTATGGGTT--AAAAAGTTG------TTC-AACG-----------------T--------------ATACA-ACTAAGTG-TTT-CTGTCG---------------------CTCGCGCTCT--CTTC-------GG-G-TTTTT--CATAGGATGA----------AGAGTTCTAAAAAA------------AA------------ATC----------------CT----CCTGTCTTGGTCTGTGAAAAAAACCC----CGAAAG---AAC-CGAG--TG-ATATTATACTT-CGCTT---TCTGTAGA--TCCA-TTCTTA--GT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAGGTCAATA--A-AT-GTA---A------GCGACCAACAG-ACG-C-GT-A-C-T-GAA-AGTGAT-A----TCTAGTAGGA----AAG-CATC-T------AT-TT-----A-CGA---G-ATATTAA-TTG-G-CGTG----A---GTTC--A-ATTAAA-GA-TTTAAG--TGAG--A----AT-GAG-G--TAT----GAAGCG------AGCG--GGTATGC-CAA--------TG-G-A--GTTTATCCAC-TT---G-TT---TATTTTTAC---T-----T-G-GG-T---------G---GTTT-TATTTTTTTTCT
gi|20 : TGTATTTTTAT---A--G--G-G-GG-T---------A---TCTT-GATT--TTTTTTC-T---ACA-CAAGC
gi|3 : CTTTAAT-T-GAA-CACCCACGC-CAGTAAATTATCC----GTAAAATA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----TCTACTTCCAGTT-AC-ACTCCTTTGTCGCT------TA--CA-TTTA---ATT--A-----TTG--AAT-TTCTAATG-----------------T--------------ACACA-ACTAAGTGGCTT-TCGC------------------------TCGCAC-----------------G-G-CTTT---CATAGGATGA----------AGA--------G-----------------------------------------------CT----TC-GTC-----CTATGGAAAA--ACC----CGAGAG---AGCACGAG--TA-GCAT---ACTTTCGCTTGCTT--GCAGAA-GCCA-CT-TTAT-GT-TTG---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGC-AAGA--A-AT-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATGAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATCTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AACG--GGTATCCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TTCAAG-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TTTT-GATTTTTTTTTTG-T---ACA-CAAGCCC
gi|4 : AT-ACCC----GTAAA-TA------AAT---CCTTATCCTACTAGATC----TC-ACTTTCAGTT-CCTG-TCTGTTGTCGCT------TA--CA-TTTATTGACTTAA-----TCA--A-T-TTCTAACG-----------------TAAACTTCCACCAATGGACA-ACTAAGTGGCTT-CTGCGGAAAGCGAAAGTATGATATCC-CTCGTGCTCTTTC----------GGAG-TTTTT--CATAGGACCA----------AGAC-------AGGAGAGTTTTTTTAGA------------A------------------CTCTCTTC-ATT-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGTGCGAG--CG-ACA-----------------------GAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TCCA------------------A------C------------T--T---TTCAGCCATTA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAAAGG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTAAT-A----CCAATTAGAA----AAATTATC-T------GT-TA-----A-CG----G-AAATTAA-CTG-G-CGCG----AG-TGTTCA-A-ACT-AA-GATGTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT---G-TT---TATTTTTAC---T--AG-G-G-GG-T---------G---TTTC-AA-TTTTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCCct
gi|5 : CTTTAAT-TTGAAACACCCACGC-CAGTAAAT-ATCC----GTAAA-TA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----T--ACTTCCAGTT-AC-ACTCCTTTGTCGCT------TA--TA-TTTA---ATT--A-----TTG--A-T-TTCTAATG-----------------T--------------ACACA-ACTAAGTGGCTT-CT-CG----------------------CTCGCGCT-----------------------TT--CATAGGATGA----------AGA--------G-----------------------------------------------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCACGAG--TG-ACAT---ACTTTCGCTTGC-T--GCAGAA-GCCA-CT-TTATAGT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAAGA--A-AT-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATGAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATCTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AACG--GGTATCCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TTCAAG-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TTTT-GATTTTTTTTTTTGT---ACA-CAAGCCCctg
gi|6 : G-----------------T--------------GGACA-ACTAAGTGG-TT-CTGCGAAAGCGAAAGTTTGATATCATCCTTGCTCTTT--G----------GG-G-GTTTT--CATAGGACCA----------AGA--------AAG------------GA------------GGTTTTTTTTAAGAACTCTCT----TT-ATC-----CTATGAAAA---CCC----CGAGAG---CGCGCGAA--TG-ACA-----------------------GAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TCCAT-TGGG-TA-G--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGTCAATA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAACAG-A---C-GGAA-C-T-GAA-AGTGAG-A----TCTAGAAGGA----AAAGTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-A-CGTG----AG-TGCTCA-A-ATT-AA-GATTTTAAG--TGAGAAA------AGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT---G-TT---TA--TTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TTTT-GA---TTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
gi|7 : cacgag----------GG-G-GTTTT--CATAGGACCA----------AGAC-------AGGATTTTTTTTTA-GA------------A------------------CTCTCTTT-ATC-----TTATGAAAAA--CCC----CGAGAA---CGCGCGAG--TG-ACA---------------------CAGAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TC-AT-TTGG-TA-G--GTT-TA------G-GGTTA--GAAAT---G-ATTAAGTCAATA--A-AT-GTC---A------ACGA-CAACAG-ACA-G-GGAA-C-T-GAACAGTGAG-A----TCTAGAAGAA----AA-TTATTCT------AT-TT-----AACG----G-ATATTAA-CGG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GA-GTTAAG--TGAGAAA----AGAGCGCG--T-T----GAAGCG------AGAG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTC--TCC-C-TT---G-TT---TATTTTTAC---T--A--GCG-GG-CAG-------G---TTTT---TGGTTTTTTTC-T---ACA-tggggaagtttacggtaagattgaattgaattgaagcggacacagacgg
gi|8 : cgT----TT-GTT-----GTACCGAAAA--CCC----CGAGAG---AGAGAGAG--GGTGCAA---GTCATCGTTA---T--TCAATT-GACATCT-TT----T-T-GCTTTCCAT-TTTG-GC-A--GTT-TA------A-T-TTA--GAAGT--AA-ACT--GCCAATC--A-AT-ACA---C------GTAA-CAATGT-AT--T-GTAA-T-----A-AAT-AT------CTAGTAAGAA----AA-TTAAT-C------AT-TT-----A-GG----A-ACAGTAC-CTG-G-CGTT----AG-TATTCA-A-ATTAAA-GATATTAAA--TAAGAAA----AGAGTG-G--T-A----GATGAC------AGCG--GATAT-CGAAA--------TG-ACC--ATCT-TCT-T-TA---A-TT-TTT-TTTTTCCG--T--G--A-C-GG-T---------A---ACTT-GA-----TTTTTC-T---ACA-
gi|9 : ttttgtagagaaaaaaagttctggaaaacagcctttgttT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-AAAGTTCTA------A-A-TTAA-GAAATGCTGTATTAAGCCAATA--ACAT-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--TAGTAAAC-T-GGG-AGTGAT-A----CCAATGAGGACTACATATTATT-T------AT-CTGAAAAA-CG----GAATATTAA-CTG-ACCGTG----AGATGTTCA-A-ATCAAATAATTTTAAGA-TGAGATA------AGCG-GA-T-T----GAAGTGATTGGAAG-G--GGTATTCAAAA--------TGCA-C--GTCT-TCC-T-T------TTCTGTAGTGTTA-----------------T---------G-----TT-GA---ATTTGTTC-T---ACATCAAGC
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 111 1 1 2222 222222 111 1111111 333333 111111 55555555555555555555555 77777777777777777777777777777777 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 999999999999999999999 2222 1111111111 111111 22222222 11111111111 111111111
lowQualScore : 666 0 0 1 8 5555 8 333333 444 5555555 000000 2 999999 99 6 00000000000000000000000 3 22222222222222222222222222222222 0 5 5 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33 11111 99 7777 555 44 3 333333333333333333333 3 3 3 4444 3 3 555 2 0 2 2 55 2 2222222222 55 33 2 1 33 2 5 8888888888 2 2 88 2 2 2 2 2 111111 5 5555 0 2 777777 2 66666 2 8888 2 2 2 2 5555 2 2 2 2 55 0 5555 2 55 2 5555 666666 33 4 88888888 2 2 33 2 2 2 44444444 0 88888888888 2 2 2 111111111 333 2 9 1 2 555 2
lowQualScore : ... . . . . .... . ...... ... ....... ...... . ...... .. . ....................... . ................................ . . . ............................................................................................................................................................................... .. ..... .. .... ... .. . ..................... . . . .... . . ... . . . . .. . .......... .. .. . . .. . . .......... . . .. . . . . . ...... . .... . . ...... . ..... . .... . . . . .... . . . . .. . .... . .. . .... ...... .. . ........ . . .. . . . ........ . ........... . . . ......... ... . . . . ... .
lowQualScore : 555 0 0 0 0 0000 0 000000 000 5555555 888888 5 222222 22 7 88888888888888888888888 5 44444444444444444444444444444444 7 7 7 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 44 77777 22 1111 888 66 3 555555555555555555555 6 6 6 2222 3 1 444 9 7 7 5 99 5 3333333333 99 44 5 1 44 5 0 2222222222 5 5 44 5 5 5 5 5 555555 9 7777 3 7 777777 7 77777 7 3333 7 5 5 5 3333 5 5 5 7 66 7 0000 4 66 4 0000 888888 22 2 55555555 4 4 22 4 4 4 11111111 1 44444444444 1 1 1 333333333 777 1 2 2 9 000 9
consensus : CTTTAAT-TTGAA-CACCCACGC-CAGTNAAT-ATCC----GTAAA-TA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----TC-ACTTCCAGTT-AC-A-TCCTTTGTCGCT------TA--CA-TTTA---ATT--A-----TCG--A-T-TTCTAACG-----------------T--------------GGACA-ACTAAGTGGCTT-CTG-CG-----GAA----------------------------C----------------TCGCGCTCT--C----------GG-G-TTTTT--CATAGGACGA----------AGA--------AGG------------GA------------A------------------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAG--CG-ACAT---ACTTTCGCTT---T--GCAGAA-GCCA-CT-TTA--GT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATNAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT---G-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TCTT-GATTTTTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
Reference ( family-2094 ) : CTTTAAT-TTGAA-CACCCACGC-CAGTNAAT-ATCC----GTAAA-TA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----TC-ACTTCCAGTT-AC-A-TCCTTTGTCGCT------TA--CA-TTTA---ATT--A-----TCG--A-T-TTCTAACG-----------------T--------------GGACA-ACTAAGTGGCTT-CTG-CG-----GAAA--------------A------------C----------------TCGCGCTCT--C----------GG-G-TTTTT--CATAGGACGA----------AGA--------AGG------------GA------------A------------------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAG--CG-ACAT---ACTTTCGCTT---T--GCAGAA-GCCA-CT-TTA--GT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATNAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT---G-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TCTT-GATTTTTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
gi|1 : TTGCTA----TC----TCCAATTTAT-A-T------TTGCT------TAATCACTTTC---ATT--A-----ACGCAG-C-TTTAAACG-----------------TTC------------GGACA-ACTAAGTGGCTT-TTGTCG------------------------------------C----------------TTGCACTCT--CTC--------GG-G-TTTTTT-CATACGATGATGAGAGTTAAAAA--------AAA------------AA------------ATCCCTTTGT---------CT----TC-CTC-----CTATGAAAAAAACCCTTCGCGAGAGGAGAGCGCGAGTACG-TCAT---ACTTTCGCTTC--T--GCAGAAAGCCA-CT-T-A--GTAT-G---TCCATGTGGGCGATA--GTT-TT------CTG-TTA--GAATA--TG-A--AAAGCAATA--A-ATTGTA---A------GCAA-CAAAA----------AA-C-T-G-A-AGTAAG-AACTCCCAGTTAGAA----AATTTATT-CGCTTCCAT-TT-----A-CACTTAA-ATAATAA-CTGCA-CGTG----AG-TGTTCA-ATATTA----ATTTTTTGTTTCAGAAA------AGCG-GTTT-T----GAAGCG------AGTG--GTTATGCAAAA--------TG-G-CCGATCT-TCC-C-TT---C-TGATGTATTTTGAC---TCAA--G-G-GG-T---------G---TCTTGGAATTTCTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
gi|1 : agTTAATATTGAA-CACTCACGTGCAGTTATT-ATTTAAGTGTAAA-TGGAAGCGAAT---AAATTTTCTAACTGGGAGTTCTT-ACTTC-AGTT--------TTTTGTTGCT------TA--CA-ATTT---ATT--GCTTT-TC---A-TATTCTAACAGAAAACTATCGCCCACAT--------------GGACATACTAAGTGGCTTTCTG-CA-----GAAGCGAAAGTATGACGTA------------C----------------TCGCGCTCT--CCTCTCGCGAAGG-G-TTTTTTTCATAGGAGGA----------AGACAA-----AGG------------GATTTTTTTTTTTAA------------------CTCTCATC-ATC-----GTATGAAAAA--ACC----CGAGAG---AGTGCAAG--CG-ACA-----------------------AAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TCC--------GA-AC-GTT-TAAAGCTGC-G-TTAATGAAAG--TG-ATTAAGCAAATATAA-ATTGGAGATA------GCAA-AAGGAG-ATAGT-GTGG-CGT-GGG--GTG------------T--GAA----AAATAGTT-C------AT-T------A-CG----A-GTG--GA-GTG-C-CGTGTGCGAG-TGGGCGCG-ATTAAA-GATTT--AG--TGAGGAATAGAATAGCG-G--T-TTGGAGAGGTG------AGAGAGGGTATGCAAAAAGATATTATG-G-C--GTCT-TAC-CGTT---G-TTGTAT-TTTTTACG--T--A--G-GCGG-TCATGCAGTTG---TCTT-GATTTTTTTGTTC-TTCAGCA-AAAGCCCaaggagatagtgtggcgtggggtgtgaaaaatagttcattacgagtggagtgccgtgtgcgagtgggcgcgattaaagatttagtgaggaatagaatagcggtttggagaggtgagagagggtatgcaaaaagatattatggcgtcttaccgttgttgtattttttacgtaggcggtcatgcagttgtcttgatttttttgttcttcagcaaaagcccc
gi|10 : aggggcttgtgtagaaaaagaaattccaagacaccccttgagtcaaaatacatcagaagggaagatcggccattttgcataaccactcgcttcaaaaccgcttttctgaaacaaaaaa------------------CT----TC-ATCT----CTTTGAAAAA--CCC----AGAGAG---AGCGCGAG--CG-AC----------------------CAGAA-AGCA-CT-TTT--GT-T-G---TCCAT-TTGT-GA-A--ATT-T--------------------T--TT-A--AAGCCATTA--A-AT-GTA---T------GCGA-CAGAAGGAT--T-GTAA-C-TTGGA-AGTAATTC----CCAATTAGAA----AAATTATC-T------ATATT-----A-CC----G-AAATTAAATTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAG-AA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCA------AGC----GCTTCCAAAA--------T-------GT-------------------TGTATTT------------------------------------TT-GA----TTTTTTC-T---ACA-CAAGCc
gi|11 : aaactt------------------CT----TC-ATC-----CTTTGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAG--CG-ACA-----------------------GAA-GCCA-CT-TT---GT-T-G---TCCAT-TTGT-GA-A--ATT-T--------------------T--TT-A--AAGCCATTA--A-AT-GTA---T------GCGA-CAAAGG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTAAT-T----CCAATTAGAA----AAATTATC-T------AT-TT-----A-CC----G-AAATTAA-ATG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCA------AGC----GCTTCCAAAA-----------------------------------TGTGTATTT------------------------------------TT-GA----TTTTTTC-T---ACA-CAAGCgccttg
gi|12 : tttaaactct-GA-A--GTT-TAA-----C-G-CTA--AAAAT--TG-ATTAAGCAAATA--A-AT-ATT---G------GAGA-CAAAAG-AT--T-GGAT-C-T-GGA-AGTGAT-A----TCAGTTAGgcct
gi|12 : TATTTTTAC---T--A--G-G-GGGT---------G---TCTT-GATTTTTTTGTTC-T---ACA-CAAGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatttttactagggggtgtcttgatttttttgttctacacaagcccc
gi|13 : gaagtttaacgctaaaaattgattaagcaaataaatattggagacaaaagattggatctggaagtgatatcagttagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-A-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATGAGAC----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-A-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATCAAA-TATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGTG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT-----TTGTA-----------------------------------G---TTTT-GAATTTTTGTTTC-T---ACA-CAAGCCCc
gi|14 : A-A--GTT--A------C-G-CTC--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GTA---ACTACATGCAA--AAAGG-AT--T-GT---C-T-GAA-AGTGAT-AA---CTAAATAGAA----AAAAAAAT--------AT-TT-----A-CG----A-ATATAAA-CTG-G-CGTG----AA-T--------ATTAAA-AATATTAAG--TGAGAAA----ATAAGA-T--T-T----GAAGGA------AACG--GGTATGCAAAA--------TG-G-T--GTAT-T-----TT---T-TTGTGTATTTTT-C---T--A--G-G-GG-T---------G---TCTT--ATTTTTTc
gi|15 : T-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAATTCAATA--A-TT-GTA---A------GCGA-CAACAG-AC--G-GGGA-C-T-AAA-AGTGAG-AT---CTAAT-AGGA----AAAGTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-TTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTA
gi|16 : TAA-CTG-G-CGTC----AA-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAA--CGACTAA----ATAAGG-G--T-T----GATGCG------AGCG--GGTATA-AAAA--------TG-A-T--GTCT-TCC-C-TC--------TGGATTTTT-CTTGT--G--G-G-AG-T---------G---TCTT-GATTT
gi|17 : cCTCT--C----------GG-GCTTTTT--CATAGGATAA----------ATA--------GAGTTCT--------AA------------AAAGCTCTTCGT-------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--GCC--------AG---AGCG---A--CA-TCAT---ACTTTCGCTTTC-T--GCAG
gi|18 : taact--TGAAAAA----ATAG-G-G--T-T----GAAGCG------AGTG--AGTATGCAAAA--------AG-G-C--ATCT-TCC-C-TT---GAATGTTTATCT-------T--G--G-G-GG-T---------GGGTCCTT-GATTTTTCT
gi|19 : TTAAG--TGAGTAA----ATAAGG-G--T-T----GATGCG------AGAG--GGTAC-TAAAA--------TG-A-T--GTCT-TCC-C-TC--------TGGATTTTTTT---T--ATGG-G-GG-T---------G---TCTT-GATTTTaca
gi|2 : CTTTAAT-T-GAA-CACTCACGC-CAGTTAAT-TTCCC---GTAAA-TA------GATTAAATTTTTTCTAATGTGTT----TT-ACTTCCAGTT-AC-AATCCTTTGTTGCTAGTGCTTA--CA-TTTATGGGTT--AAAAAGTTG------TTC-AACG-----------------T--------------ATACA-ACTAAGTG-TTT-CTGTCG------------------------------------C----------------TCGCGCTCT--CTTC-------GG-G-TTTTT--CATAGGATGA----------AGAGTTCTAAAAAA------------AA------------ATC----------------CT----CCTGTCTTGGTCTGTGAAAAAAACCC----CGAAAG---AAC-CGAG--TG-ATATTATACTT-CGCTT---TCTGTAGA--TCCA-TTCTTA--GT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAGGTCAATA--A-AT-GTA---A------GCGACCAACAG-ACG-C-GT-A-C-T-GAA-AGTGAT-A----TCTAGTAGGA----AAG-CATC-T------AT-TT-----A-CGA---G-ATATTAA-TTG-G-CGTG----A---GTTC--A-ATTAAA-GA-TTTAAG--TGAG--A----AT-GAG-G--TAT----GAAGCG------AGCG--GGTATGC-CAA--------TG-G-A--GTTTATCCAC-TT---G-TT---TATTTTTAC---T-----T-G-GG-T---------G---GTTT-TATTTTTTTTCT
gi|20 : TGTATTTTTAT---A--G--G-G-GG-T---------A---TCTT-GATT--TTTTTTC-T---ACA-CAAGC
gi|3 : CTTTAAT-T-GAA-CACCCACGC-CAGTAAATTATCC----GTAAAATA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----TCTACTTCCAGTT-AC-ACTCCTTTGTCGCT------TA--CA-TTTA---ATT--A-----TTG--AAT-TTCTAATG-----------------T--------------ACACA-ACTAAGTGGCTT-TCG-C------------------------------------------------------TCGCAC-----------------G-G-CTTT---CATAGGATGA----------AGA--------G-----------------------------------------------CT----TC-GTC-----CTATGGAAAA--ACC----CGAGAG---AGCACGAG--TA-GCAT---ACTTTCGCTTGCTT--GCAGAA-GCCA-CT-TTAT-GT-TTG---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGC-AAGA--A-AT-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATGAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATCTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AACG--GGTATCCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TTCAAG-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TTTT-GATTTTTTTTTTG-T---ACA-CAAGCCC
gi|4 : AT-ACCC----GTAAA-TA------AAT---CCTTATCCTACTAGATC----TC-ACTTTCAGTT-CCTG-TCTGTTGTCGCT------TA--CA-TTTATTGACTTAA-----TCA--A-T-TTCTAACG-----------------TAAACTTCCACCAATGGACA-ACTAAGTGGCTT-CTG-CG-----GAAA--------------G------------CGAAAGTATGATATCCCTCGTGCTCTTTC----------GGAG-TTTTT--CATAGGACCA----------AGAC-------AGGAGAGTTTTTTTAGA------------A------------------CTCTCTTC-ATT-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGTGCGAG--CG-ACA-----------------------GAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TCCA------------------A------C------------T--T---TTCAGCCATTA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAAAGG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTAAT-A----CCAATTAGAA----AAATTATC-T------GT-TA-----A-CG----G-AAATTAA-CTG-G-CGCG----AG-TGTTCA-A-ACT-AA-GATGTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT---G-TT---TATTTTTAC---T--AG-G-G-GG-T---------G---TTTC-AA-TTTTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCCct
gi|5 : CTTTAAT-TTGAAACACCCACGC-CAGTAAAT-ATCC----GTAAA-TA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----T--ACTTCCAGTT-AC-ACTCCTTTGTCGCT------TA--TA-TTTA---ATT--A-----TTG--A-T-TTCTAATG-----------------T--------------ACACA-ACTAAGTGGCTT-CT--CG------------------------------------C----------------TCGCGCT-----------------------TT--CATAGGATGA----------AGA--------G-----------------------------------------------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCACGAG--TG-ACAT---ACTTTCGCTTGC-T--GCAGAA-GCCA-CT-TTATAGT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAAGA--A-AT-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATGAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATCTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AACG--GGTATCCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TTCAAG-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TTTT-GATTTTTTTTTTTGT---ACA-CAAGCCCctg
gi|6 : G-----------------T--------------GGACA-ACTAAGTGG-TT-CTG-CGAAAGCGAAA--------------GTTTGATATCATCC----------------TTGCTCTTT--G----------GG-G-GTTTT--CATAGGACCA----------AGA--------AAG------------GA------------GGTTTTTTTTAAGAACTCTCT----TT-ATC-----CTATGAAAA---CCC----CGAGAG---CGCGCGAA--TG-ACA-----------------------GAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TCCAT-TGGG-TA-G--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGTCAATA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAACAG-A---C-GGAA-C-T-GAA-AGTGAG-A----TCTAGAAGGA----AAAGTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-A-CGTG----AG-TGCTCA-A-ATT-AA-GATTTTAAG--TGAGAAA------AGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT---G-TT---TA--TTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TTTT-GA---TTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
gi|7 : cacgag----------GG-G-GTTTT--CATAGGACCA----------AGAC-------AGGATTTTTTTTTA-GA------------A------------------CTCTCTTT-ATC-----TTATGAAAAA--CCC----CGAGAA---CGCGCGAG--TG-ACA---------------------CAGAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TC-AT-TTGG-TA-G--GTT-TA------G-GGTTA--GAAAT---G-ATTAAGTCAATA--A-AT-GTC---A------ACGA-CAACAG-ACA-G-GGAA-C-T-GAACAGTGAG-A----TCTAGAAGAA----AA-TTATTCT------AT-TT-----AACG----G-ATATTAA-CGG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GA-GTTAAG--TGAGAAA----AGAGCGCG--T-T----GAAGCG------AGAG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTC--TCC-C-TT---G-TT---TATTTTTAC---T--A--GCG-GG-CAG-------G---TTTT---TGGTTTTTTTC-T---ACA-tggggaagtttacggtaagattgaattgaattgaagcggacacagacgg
gi|8 : cgT----TT-GTT-----GTACCGAAAA--CCC----CGAGAG---AGAGAGAG--GGTGCAA---GTCATCGTTA---T--TCAATT-GACATCT-TT----T-T-GCTTTCCAT-TTTG-GC-A--GTT-TA------A-T-TTA--GAAGT--AA-ACT--GCCAATC--A-AT-ACA---C------GTAA-CAATGT-AT--T-GTAA-T-----A-AAT-AT------CTAGTAAGAA----AA-TTAAT-C------AT-TT-----A-GG----A-ACAGTAC-CTG-G-CGTT----AG-TATTCA-A-ATTAAA-GATATTAAA--TAAGAAA----AGAGTG-G--T-A----GATGAC------AGCG--GATAT-CGAAA--------TG-ACC--ATCT-TCT-T-TA---A-TT-TTT-TTTTTCCG--T--G--A-C-GG-T---------A---ACTT-GA-----TTTTTC-T---ACA-
gi|9 : ttttgtagagaaaaaaagttctggaaaacagcctttgttT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-AAAGTTCTA------A-A-TTAA-GAAATGCTGTATTAAGCCAATA--ACAT-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--TAGTAAAC-T-GGG-AGTGAT-A----CCAATGAGGACTACATATTATT-T------AT-CTGAAAAA-CG----GAATATTAA-CTG-ACCGTG----AGATGTTCA-A-ATCAAATAATTTTAAGA-TGAGATA------AGCG-GA-T-T----GAAGTGATTGGAAG-G--GGTATTCAAAA--------TGCA-C--GTCT-TCC-T-T------TTCTGTAGTGTTA-----------------T---------G-----TT-GA---ATTTGTTC-T---ACATCAAGC
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 111 1 1 2222 222222 111 1111111 333333 111111 55555555555555555555555 77777777777777777777777777777777 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 999999999999999999999 2222 1111111111 111111 22222222 11111111111111111111111111
lowQualScore : 666 0 0 1 8 5555 8 333333 444 5555555 000000 2 999999 99 6 00000000000000000000000 3 22222222222222222222222222222222 0 5 5 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 33 11111 99 7777 555 44 3 333333333333333333333 3 3 3 4444 3 3 555 2 0 2 2 55 2 2222222222 55 33 2 1 2 2 33 2 8888888888 2 2 88 2 2 2 2 2 333333 4 5555 0 2 777777 2 66666 2 8888 2 2 2 2 5555 2 2 2 2 55 5555 2 55 2 5555 33 666666 4 88888888 2 2 33 2 2 2 44444444 0 88888888888888888888888888 22 333 2 9 1 2 555 2
lowQualScore : ... . . . . .... . ...... ... ....... ...... . ...... .. . ....................... . ................................ . . . ................................................................................................................................................. .. ..... .. .... ... .. . ..................... . . . .... . . ... . . . . .. . .......... .. .. . . . . .. . .......... . . .. . . . . . ...... . .... . . ...... . ..... . .... . . . . .... . . . . .. .... . .. . .... .. ...... . ........ . . .. . . . ........ . .......................... .. ... . . . . ... .
lowQualScore : 555 0 0 0 0 0000 0 000000 000 5555555 888888 5 222222 22 7 88888888888888888888888 5 44444444444444444444444444444444 7 7 7 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 44 77777 22 1111 888 66 3 555555555555555555555 6 6 6 2222 3 1 444 9 7 7 5 99 5 3333333333 99 44 5 1 5 5 44 5 2222222222 5 5 44 5 5 5 5 5 111111 3 7777 3 7 777777 7 77777 7 3333 7 5 5 5 3333 5 5 5 7 66 0000 4 66 4 0000 22 888888 2 55555555 4 4 22 4 4 4 11111111 1 55555555555555555555555555 99 777 1 2 2 9 000 9
consensus : CTTTAAT-TTGAA-CACCCACGC-CAGTNAAT-ATCC----GTAAA-TA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----TC-ACTTCCAGTT-AC-A-TCCTTTGTCGCT------TA--CA-TTTA---ATT--A-----TCG--A-T-TTCTAACG-----------------T--------------GGACA-ACTAAGTGGCTT-CTG-CG-AA----AA-------------CTCGCGCTCT--C----------GG-G-TTTTT--CATAGGACGA----------AGA--------AGG------------GA------------A------------------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAG--CG-ACAT---ACTTTCGCTT---T--GCAGAA-GCCA-CT-TTA--GT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA-A-A--T-GTA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATNAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGT----GAG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAG----AAAATAGCG-G--T-T----GAAGC--G------AGCGGGTATGCAAA--------ATG-G-C--GTCT-T-CC-CTT---G-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG---------T--G---TCTT-GATTTTTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
Reference ( family-2094 ) : CTTTAAT-TTGAA-CACCCACGC-CAGTNAAT-ATCC----GTAAA-TA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----TC-ACTTCCAGTT-AC-A-TCCTTTGTCGCT------TA--CA-TTTA---ATT--A-----TCG--A-T-TTCTAACG-----------------T--------------GGACA-ACTAAGTGGCTT-CTG-CGGAA-------------------CTCGCGCTCT--C----------GG-G-TTTTT--CATAGGACGA----------AGA--------AGG------------GA------------A------------------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAG--CG-ACAT---ACTTTCGCTT---T--GCAGAA-GCCA-CT-TTA--GT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA-A-A--T-GTA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATNAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGT----GAG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAG----AAAATAGCG-G--T-T----GAAGC--G------AGCGGGTATGCAAA--------ATG-G-C--GTCT-T-CC-CTT---G-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG---------T--G---TCTT-GATTTTTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
gi|1 : TTGCTA----TC----TCCAATTTAT-A-T------TTGCT------TAATCACTTTC---ATT--A-----ACGCAG-C-TTTAAACG-----------------TTC------------GGACA-ACTAAGTGGCTT-TTGTCG----------------------CTTGCACTCT--CTC--------GG-G-TTTTTT-CATACGATGATGAGAGTTAAAAA--------AAA------------AA------------ATCCCTTTGT---------CT----TC-CTC-----CTATGAAAAAAACCCTTCGCGAGAGGAGAGCGCGAGTACG-TCAT---ACTTTCGCTTC--T--GCAGAAAGCCA-CT-T-A--GTAT-G---TCCATGTGGGCGATA--GTT-TT------CTG-TTA--GAATA--TG-A--AAAGCAATA-A-A--TTGTA---A------GCAA-CAAAA----------AA-C-T-G-A-AGTAAG-AACTCCCAGTTAGAA----AATTTATT-CGCTTCCAT-TT-----A-CACTTAA-ATAATAA-CTGCA-CGT----GAG-TGTTCA-ATATTA----ATTTTTTGTTTCAG----AAA--AGCG-GTTT-T----GAAGC--G------AGTGGTTATGCAAA--------ATG-G-CCGATCT-T-CC-CTT---C-TGATGTATTTTGAC---TCAA--G-G-GG---------T--G---TCTTGGAATTTCTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
gi|1 : agTTAATATTGAA-CACTCACGTGCAGTTATT-ATTTAAGTGTAAA-TGGAAGCGAAT---AAATTTTCTAACTGGGAGTTCTT-ACTTC-AGTT--------TTTTGTTGCT------TA--CA-ATTT---ATT--GCTTT-TC---A-TATTCTAACAGAAAACTATCGCCCACAT--------------GGACATACTAAGTGGCTTTCTG-CAGAAGCGAAAGTATGACGTA---CTCGCGCTCT--CCTCTCGCGAAGG-G-TTTTTTTCATAGGAGGA----------AGACAA-----AGG------------GATTTTTTTTTTTAA------------------CTCTCATC-ATC-----GTATGAAAAA--ACC----CGAGAG---AGTGCAAG--CG-ACA-----------------------AAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TCC--------GA-AC-GTT-TAAAGCTGC-G-TTAATGAAAG--TG-ATTAAGCAAATATA-AATT-GGAGATA------GCAA-AAGGAG-ATAGT-GTGG-CGT-GG--GGTG-T-------------GAA----AAATAGTT-C------A--TT-----A-CG----A-GTG--GA-GTG-C-CGTGTGCGAG-TGGGCGCG-ATTAAA-GATTT--AG--TGAGGAATAGAATAGCG-G--T-TTGGAGAGGTGAG------AGAGGGTATGCAAAAAGATATTATG-G-C--GTCT-TACC-GTT---G-TTGTAT-TTTTTACG--T--A--G-GCGGTCATGCAGTT--G---TCTT-GATTTTTTTGTTC-TTCAGCA-AAAGCCCaaggagatagtgtggcgtggggtgtgaaaaatagttcattacgagtggagtgccgtgtgcgagtgggcgcgattaaagatttagtgaggaatagaatagcggtttggagaggtgagagagggtatgcaaaaagatattatggcgtcttaccgttgttgtattttttacgtaggcggtcatgcagttgtcttgatttttttgttcttcagcaaaagcccc
gi|10 : aggggcttgtgtagaaaaagaaattccaagacaccccttgagtcaaaatacatcagaagggaagatcggccattttgcataaccactcgcttcaaaaccgcttttctgaaacaaaaaa------------------CT----TC-ATCT----CTTTGAAAAA--CCC----AGAGAG---AGCGCGAG--CG-AC----------------------CAGAA-AGCA-CT-TTT--GT-T-G---TCCAT-TTGT-GA-A--ATT-T--------------------T--TT-A--AAGCCATTA-A-A--T-GTA---T------GCGA-CAGAAGGAT--T-GTAA-C-TTGGA-AGTAATTC----CCAATTAGAA----AAATTATC-T------ATATT-----A-CC----G-AAATTAAATTG-G-CGT----GAG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAG-----AAATAGCG-G--T-T----GAAGC--A------AGC--GCTTCCAAA--------AT-------GT-------------------TGTATTT-------------------------------------TT-GA----TTTTTTC-T---ACA-CAAGCc
gi|11 : aaactt------------------CT----TC-ATC-----CTTTGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAG--CG-ACA-----------------------GAA-GCCA-CT-TT---GT-T-G---TCCAT-TTGT-GA-A--ATT-T--------------------T--TT-A--AAGCCATTA-A-A--T-GTA---T------GCGA-CAAAGG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTAAT-T----CCAATTAGAA----AAATTATC-T------AT-TT-----A-CC----G-AAATTAA-ATG-G-CGT----GAG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAG----AAAATAGCG-G--T-T----GAAGC--A------AGC--GCTTCCAAA--------A---------------------------TGTGTATTT-------------------------------------TT-GA----TTTTTTC-T---ACA-CAAGCgccttg
gi|12 : tttaaactct-GA-A--GTT-TAA-----C-G-CTA--AAAAT--TG-ATTAAGCAAATA-A-A--T-ATT---G------GAGA-CAAAAG-AT--T-GGAT-C-T-GGA-AGTGAT-A----TCAGTTAGgcct
gi|12 : TATTTTTAC---T--A--G-G-GGG--------T--G---TCTT-GATTTTTTTGTTC-T---ACA-CAAGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatttttactagggggtgtcttgatttttttgttctacacaagcccc
gi|13 : gaagtttaacgctaaaaattgattaagcaaataaatattggagacaaaagattggatctggaagtgatatcagttagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-A-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA-A-A--T-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATGAGAC----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-A-CGT----GAG-TGTTCA-A-ATCAAA-TATTTTAAG--TGAG----AAAATAGCG-G--T-T----GAAGT--G------AGCGGGTATGCAAA--------ATG-G-C--GTCT-T-CC-CTT-----TTGTA------------------------------------G---TTTT-GAATTTTTGTTTC-T---ACA-CAAGCCCc
gi|14 : A-A--GTT--A------C-G-CTC--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA-A-A--T-GTA---ACTACATGCAA--AAAGG-AT--T-GT---C-T-GAA-AGTGAT-AA---CTAAATAGAA----AAAAAAAT--------AT-TT-----A-CG----A-ATATAAA-CTG-G-CGT----GAA-T--------ATTAAA-AATATTAAG--TGAG----AAAATAAGA-T--T-T----GAAGG--A------AACGGGTATGCAAA--------ATG-G-T--GTAT-T-----TT---T-TTGTGTATTTTT-C---T--A--G-G-GG---------T--G---TCTT--ATTTTTTc
gi|15 : T-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAATTCAATA-A-T--T-GTA---A------GCGA-CAACAG-AC--G-GGGA-C-T-AAA-AGTGAG-AT---CTAAT-AGGA----AAAGTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-TTG-G-CGT----GAG-TGTTCA-A-ATTA
gi|16 : TAA-CTG-G-CGT----CAA-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAA--CGAC----TAAATAAGG-G--T-T----GATGC--G------AGCGGGTATA-AAA--------ATG-A-T--GTCT-T-CC-CTC--------TGGATTTTT-CTTGT--G--G-G-AG---------T--G---TCTT-GATTT
gi|17 : cCTCT--C----------GG-GCTTTTT--CATAGGATAA----------ATA--------GAGTTCT--------AA------------AAAGCTCTTCGT-------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--GCC--------AG---AGCG---A--CA-TCAT---ACTTTCGCTTTC-T--GCAG
gi|18 : taact--TGAA----AAAATAG-G-G--T-T----GAAGC--G------AGTGAGTATGCAAA--------AAG-G-C--ATCT-T-CC-CTT---GAATGTTTATCT-------T--G--G-G-GG---------T--GGGTCCTT-GATTTTTCT
gi|19 : TTAAG--TGAG----TAAATAAGG-G--T-T----GATGC--G------AGAGGGTAC-TAAA--------ATG-A-T--GTCT-T-CC-CTC--------TGGATTTTTTT---T--ATGG-G-GG---------T--G---TCTT-GATTTTaca
gi|2 : CTTTAAT-T-GAA-CACTCACGC-CAGTTAAT-TTCCC---GTAAA-TA------GATTAAATTTTTTCTAATGTGTT----TT-ACTTCCAGTT-AC-AATCCTTTGTTGCTAGTGCTTA--CA-TTTATGGGTT--AAAAAGTTG------TTC-AACG-----------------T--------------ATACA-ACTAAGTG-TTT-CTGTCG----------------------CTCGCGCTCT--CTTC-------GG-G-TTTTT--CATAGGATGA----------AGAGTTCTAAAAAA------------AA------------ATC----------------CT----CCTGTCTTGGTCTGTGAAAAAAACCC----CGAAAG---AAC-CGAG--TG-ATATTATACTT-CGCTT---TCTGTAGA--TCCA-TTCTTA--GT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAGGTCAATA-A-A--T-GTA---A------GCGACCAACAG-ACG-C-GT-A-C-T-GAA-AGTGAT-A----TCTAGTAGGA----AAG-CATC-T------AT-TT-----A-CGA---G-ATATTAA-TTG-G-CGT----GA---GTTC--A-ATTAAA-GA-TTTAAG--TGAG------AAT-GAG-G--TAT----GAAGC--G------AGCGGGTATGC-CA--------ATG-G-A--GTTTAT-CCACTT---G-TT---TATTTTTAC---T-----T-G-GG---------T--G---GTTT-TATTTTTTTTCT
gi|20 : TGTATTTTTAT---A--G--G-G-GG---------T--A---TCTT-GATT--TTTTTTC-T---ACA-CAAGC
gi|3 : CTTTAAT-T-GAA-CACCCACGC-CAGTAAATTATCC----GTAAAATA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----TCTACTTCCAGTT-AC-ACTCCTTTGTCGCT------TA--CA-TTTA---ATT--A-----TTG--AAT-TTCTAATG-----------------T--------------ACACA-ACTAAGTGGCTT-TCG-C------------------------TCGCAC-----------------G-G-CTTT---CATAGGATGA----------AGA--------G-----------------------------------------------CT----TC-GTC-----CTATGGAAAA--ACC----CGAGAG---AGCACGAG--TA-GCAT---ACTTTCGCTTGCTT--GCAGAA-GCCA-CT-TTAT-GT-TTG---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGC-AAGA-A-A--T-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATGAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGT----GAG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATCTTAAG--TGAG----AAAATAGCG-G--T-T----GAAGC--G------AACGGGTATCCAAA--------ATG-G-C--GTCT-T-CC-CTTCAAG-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG---------T--G---TTTT-GATTTTTTTTTTG-T---ACA-CAAGCCC
gi|4 : AT-ACCC----GTAAA-TA------AAT---CCTTATCCTACTAGATC----TC-ACTTTCAGTT-CCTG-TCTGTTGTCGCT------TA--CA-TTTATTGACTTAA-----TCA--A-T-TTCTAACG-----------------TAAACTTCCACCAATGGACA-ACTAAGTGGCTT-CTG-CGGAAAGCGAAAGTATGATATCC-CTCGTGCTCTTTC----------GGAG-TTTTT--CATAGGACCA----------AGAC-------AGGAGAGTTTTTTTAGA------------A------------------CTCTCTTC-ATT-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGTGCGAG--CG-ACA-----------------------GAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TCCA------------------A------C------------T--T---TTCAGCCATTA-A-A--T-GTA---A------GCGA-CAAAGG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTAAT-A----CCAATTAGAA----AAATTATC-T------GT-TA-----A-CG----G-AAATTAA-CTG-G-CGC----GAG-TGTTCA-A-ACT-AA-GATGTTAAG--TGAG----AAAATAGCG-G--T-T----GAAGC--G------AGCGGGTATGCAAA--------ATG-G-C--GTCT-T-CC-CTT---G-TT---TATTTTTAC---T--AG-G-G-GG---------T--G---TTTC-AA-TTTTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCCct
gi|5 : CTTTAAT-TTGAAACACCCACGC-CAGTAAAT-ATCC----GTAAA-TA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----T--ACTTCCAGTT-AC-ACTCCTTTGTCGCT------TA--TA-TTTA---ATT--A-----TTG--A-T-TTCTAATG-----------------T--------------ACACA-ACTAAGTGGCTT-CT--CG----------------------CTCGCGCT-----------------------TT--CATAGGATGA----------AGA--------G-----------------------------------------------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCACGAG--TG-ACAT---ACTTTCGCTTGC-T--GCAGAA-GCCA-CT-TTATAGT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAAGA-A-A--T-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATGAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGT----GAG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATCTTAAG--TGAG----AAAATAGCG-G--T-T----GAAGC--G------AACGGGTATCCAAA--------ATG-G-C--GTCT-T-CC-CTTCAAG-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG---------T--G---TTTT-GATTTTTTTTTTTGT---ACA-CAAGCCCctg
gi|6 : G-----------------T--------------GGACA-ACTAAGTGG-TT-CTG-CGAAAGCGAAAGTTTGATATCATCCTTGCTCTTT--G----------GG-G-GTTTT--CATAGGACCA----------AGA--------AAG------------GA------------GGTTTTTTTTAAGAACTCTCT----TT-ATC-----CTATGAAAA---CCC----CGAGAG---CGCGCGAA--TG-ACA-----------------------GAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TCCAT-TGGG-TA-G--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGTCAATA-A-A--T-GTA---A------GCGA-CAACAG-A---C-GGAA-C-T-GAA-AGTGAG-A----TCTAGAAGGA----AAAGTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-A-CGT----GAG-TGCTCA-A-ATT-AA-GATTTTAAG--TGAG----AAA--AGCG-G--T-T----GAAGC--G------AGCGGGTATGCAAA--------ATG-G-C--GTCT-T-CC-CTT---G-TT---TA--TTTAC---T--A--G-G-GG---------T--G---TTTT-GA---TTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
gi|7 : cacgag----------GG-G-GTTTT--CATAGGACCA----------AGAC-------AGGATTTTTTTTTA-GA------------A------------------CTCTCTTT-ATC-----TTATGAAAAA--CCC----CGAGAA---CGCGCGAG--TG-ACA---------------------CAGAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TC-AT-TTGG-TA-G--GTT-TA------G-GGTTA--GAAAT---G-ATTAAGTCAATA-A-A--T-GTC---A------ACGA-CAACAG-ACA-G-GGAA-C-T-GAACAGTGAG-A----TCTAGAAGAA----AA-TTATTCT------AT-TT-----AACG----G-ATATTAA-CGG-G-CGT----GAG-TGTTCA-A-ATTAAA-GA-GTTAAG--TGAG----AAAAGAGCGCG--T-T----GAAGC--G------AGAGGGTATGCAAA--------ATG-G-C--GTC--T-CC-CTT---G-TT---TATTTTTAC---T--A--GCG-GG---------CAGG---TTTT---TGGTTTTTTTC-T---ACA-tggggaagtttacggtaagattgaattgaattgaagcggacacagacgg
gi|8 : cgT----TT-GTT-----GTACCGAAAA--CCC----CGAGAG---AGAGAGAG--GGTGCAA---GTCATCGTTA---T--TCAATT-GACATCT-TT----T-T-GCTTTCCAT-TTTG-GC-A--GTT-TA------A-T-TTA--GAAGT--AA-ACT--GCCAATC-A-A--T-ACA---C------GTAA-CAATGT-AT--T-GTAA-T-----A-AAT-AT------CTAGTAAGAA----AA-TTAAT-C------AT-TT-----A-GG----A-ACAGTAC-CTG-G-CGT----TAG-TATTCA-A-ATTAAA-GATATTAAA--TAAG----AAAAGAGTG-G--T-A----GATGA--C------AGCGGATAT-CGAA--------ATG-ACC--ATCT-T-CT-TTA---A-TT-TTT-TTTTTCCG--T--G--A-C-GG---------T--A---ACTT-GA-----TTTTTC-T---ACA-
gi|9 : ttttgtagagaaaaaaagttctggaaaacagcctttgttT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-AAAGTTCTA------A-A-TTAA-GAAATGCTGTATTAAGCCAATA-ACA--T-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--TAGTAAAC-T-GGG-AGTGAT-A----CCAATGAGGACTACATATTATT-T------AT-CTGAAAAA-CG----GAATATTAA-CTG-ACCGT----GAGATGTTCA-A-ATCAAATAATTTTAAGA-TGAG----ATA--AGCG-GA-T-T----GAAGT--GATTGGAAG-GGGTATTCAAA--------ATGCA-C--GTCT-T-CC-TT------TTCTGTAGTGTTA-------------------------T--G-----TT-GA---ATTTGTTC-T---ACATCAAGC
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 111 1 1 2222 222222 111 1111111 333333 111111 55555555555555555555555 77777777777777777777777777777777 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 999999999999999999999 2222 1111111111 111111 22222222 11111111111 111111111
lowQualScore : 666 0 0 1 8 5555 8 333333 444 5555555 000000 2 999999 99 6 00000000000000000000000 3 22222222222222222222222222222222 0 5 5 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33 11111 99 7777 555 44 3 333333333333333333333 3 3 3 4444 3 3 555 2 0 2 2 55 2 2222222222 55 33 2 1 33 2 5 8888888888 2 2 88 2 2 2 2 2 111111 5 5555 0 2 777777 2 66666 2 8888 2 2 2 2 5555 2 2 2 2 55 0 5555 2 55 2 5555 666666 33 4 88888888 2 2 33 2 2 2 44444444 0 88888888888 2 2 2 111111111 333 2 9 1 2 555 2
lowQualScore : ... . . . . .... . ...... ... ....... ...... . ...... .. . ....................... . ................................ . . . ................................................................................................................................................................................. .. ..... .. .... ... .. . ..................... . . . .... . . ... . . . . .. . .......... .. .. . . .. . . .......... . . .. . . . . . ...... . .... . . ...... . ..... . .... . . . . .... . . . . .. . .... . .. . .... ...... .. . ........ . . .. . . . ........ . ........... . . . ......... ... . . . . ... .
lowQualScore : 555 0 0 0 0 0000 0 000000 000 5555555 888888 5 222222 22 7 88888888888888888888888 5 44444444444444444444444444444444 7 7 7 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 44 77777 22 1111 888 66 3 555555555555555555555 6 6 6 2222 3 1 444 9 7 7 5 99 5 3333333333 99 44 5 1 44 5 0 2222222222 5 5 44 5 5 5 5 5 555555 9 7777 3 7 777777 7 77777 7 3333 7 5 5 5 3333 5 5 5 7 66 7 0000 4 66 4 0000 888888 22 2 55555555 4 4 22 4 4 4 11111111 1 44444444444 1 1 1 333333333 777 1 2 2 9 000 9
consensus : CTTTAAT-TTGAA-CACCCACGC-CAGTNAAT-ATCC----GTAAA-TA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----TC-ACTTCCAGTT-AC-A-TCCTTTGTCGCT------TA--CA-TTTA---ATT--A-----TCG--A-T-TTCTAACG-----------------T--------------GGACA-ACTAAGTGGCTT-CTG-C------G-AA---------------------------C------------------TCGCGCTCT--C----------GG-G-TTTTT--CATAGGACGA----------AGA--------AGG------------GA------------A------------------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAG--CG-ACAT---ACTTTCGCTT---T--GCAGAA-GCCA-CT-TTA--GT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATNAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT---G-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TCTT-GATTTTTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
Reference ( family-2094 ) : CTTTAAT-TTGAA-CACCCACGC-CAGTNAAT-ATCC----GTAAA-TA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----TC-ACTTCCAGTT-AC-A-TCCTTTGTCGCT------TA--CA-TTTA---ATT--A-----TCG--A-T-TTCTAACG-----------------T--------------GGACA-ACTAAGTGGCTT-CTG-C------GAAA---------A-----------------C------------------TCGCGCTCT--C----------GG-G-TTTTT--CATAGGACGA----------AGA--------AGG------------GA------------A------------------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAG--CG-ACAT---ACTTTCGCTT---T--GCAGAA-GCCA-CT-TTA--GT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATNAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT---G-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TCTT-GATTTTTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
gi|1 : TTGCTA----TC----TCCAATTTAT-A-T------TTGCT------TAATCACTTTC---ATT--A-----ACGCAG-C-TTTAAACG-----------------TTC------------GGACA-ACTAAGTGGCTT-TTGTC------G------------------------------C------------------TTGCACTCT--CTC--------GG-G-TTTTTT-CATACGATGATGAGAGTTAAAAA--------AAA------------AA------------ATCCCTTTGT---------CT----TC-CTC-----CTATGAAAAAAACCCTTCGCGAGAGGAGAGCGCGAGTACG-TCAT---ACTTTCGCTTC--T--GCAGAAAGCCA-CT-T-A--GTAT-G---TCCATGTGGGCGATA--GTT-TT------CTG-TTA--GAATA--TG-A--AAAGCAATA--A-ATTGTA---A------GCAA-CAAAA----------AA-C-T-G-A-AGTAAG-AACTCCCAGTTAGAA----AATTTATT-CGCTTCCAT-TT-----A-CACTTAA-ATAATAA-CTGCA-CGTG----AG-TGTTCA-ATATTA----ATTTTTTGTTTCAGAAA------AGCG-GTTT-T----GAAGCG------AGTG--GTTATGCAAAA--------TG-G-CCGATCT-TCC-C-TT---C-TGATGTATTTTGAC---TCAA--G-G-GG-T---------G---TCTTGGAATTTCTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
gi|1 : agTTAATATTGAA-CACTCACGTGCAGTTATT-ATTTAAGTGTAAA-TGGAAGCGAAT---AAATTTTCTAACTGGGAGTTCTT-ACTTC-AGTT--------TTTTGTTGCT------TA--CA-ATTT---ATT--GCTTT-TC---A-TATTCTAACAGAAAACTATCGCCCACAT--------------GGACATACTAAGTGGCTTTCTG-CAGAAGCGAAAGTATGACGTA-----------------C------------------TCGCGCTCT--CCTCTCGCGAAGG-G-TTTTTTTCATAGGAGGA----------AGACAA-----AGG------------GATTTTTTTTTTTAA------------------CTCTCATC-ATC-----GTATGAAAAA--ACC----CGAGAG---AGTGCAAG--CG-ACA-----------------------AAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TCC--------GA-AC-GTT-TAAAGCTGC-G-TTAATGAAAG--TG-ATTAAGCAAATATAA-ATTGGAGATA------GCAA-AAGGAG-ATAGT-GTGG-CGT-GGG--GTG------------T--GAA----AAATAGTT-C------AT-T------A-CG----A-GTG--GA-GTG-C-CGTGTGCGAG-TGGGCGCG-ATTAAA-GATTT--AG--TGAGGAATAGAATAGCG-G--T-TTGGAGAGGTG------AGAGAGGGTATGCAAAAAGATATTATG-G-C--GTCT-TAC-CGTT---G-TTGTAT-TTTTTACG--T--A--G-GCGG-TCATGCAGTTG---TCTT-GATTTTTTTGTTC-TTCAGCA-AAAGCCCaaggagatagtgtggcgtggggtgtgaaaaatagttcattacgagtggagtgccgtgtgcgagtgggcgcgattaaagatttagtgaggaatagaatagcggtttggagaggtgagagagggtatgcaaaaagatattatggcgtcttaccgttgttgtattttttacgtaggcggtcatgcagttgtcttgatttttttgttcttcagcaaaagcccc
gi|10 : aggggcttgtgtagaaaaagaaattccaagacaccccttgagtcaaaatacatcagaagggaagatcggccattttgcataaccactcgcttcaaaaccgcttttctgaaacaaaaaa------------------CT----TC-ATCT----CTTTGAAAAA--CCC----AGAGAG---AGCGCGAG--CG-AC----------------------CAGAA-AGCA-CT-TTT--GT-T-G---TCCAT-TTGT-GA-A--ATT-T--------------------T--TT-A--AAGCCATTA--A-AT-GTA---T------GCGA-CAGAAGGAT--T-GTAA-C-TTGGA-AGTAATTC----CCAATTAGAA----AAATTATC-T------ATATT-----A-CC----G-AAATTAAATTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAG-AA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCA------AGC----GCTTCCAAAA--------T-------GT-------------------TGTATTT------------------------------------TT-GA----TTTTTTC-T---ACA-CAAGCc
gi|11 : aaactt------------------CT----TC-ATC-----CTTTGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAG--CG-ACA-----------------------GAA-GCCA-CT-TT---GT-T-G---TCCAT-TTGT-GA-A--ATT-T--------------------T--TT-A--AAGCCATTA--A-AT-GTA---T------GCGA-CAAAGG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTAAT-T----CCAATTAGAA----AAATTATC-T------AT-TT-----A-CC----G-AAATTAA-ATG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCA------AGC----GCTTCCAAAA-----------------------------------TGTGTATTT------------------------------------TT-GA----TTTTTTC-T---ACA-CAAGCgccttg
gi|12 : tttaaactct-GA-A--GTT-TAA-----C-G-CTA--AAAAT--TG-ATTAAGCAAATA--A-AT-ATT---G------GAGA-CAAAAG-AT--T-GGAT-C-T-GGA-AGTGAT-A----TCAGTTAGgcct
gi|12 : TATTTTTAC---T--A--G-G-GGGT---------G---TCTT-GATTTTTTTGTTC-T---ACA-CAAGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatttttactagggggtgtcttgatttttttgttctacacaagcccc
gi|13 : gaagtttaacgctaaaaattgattaagcaaataaatattggagacaaaagattggatctggaagtgatatcagttagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-A-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATGAGAC----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-A-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATCAAA-TATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGTG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT-----TTGTA-----------------------------------G---TTTT-GAATTTTTGTTTC-T---ACA-CAAGCCCc
gi|14 : A-A--GTT--A------C-G-CTC--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GTA---ACTACATGCAA--AAAGG-AT--T-GT---C-T-GAA-AGTGAT-AA---CTAAATAGAA----AAAAAAAT--------AT-TT-----A-CG----A-ATATAAA-CTG-G-CGTG----AA-T--------ATTAAA-AATATTAAG--TGAGAAA----ATAAGA-T--T-T----GAAGGA------AACG--GGTATGCAAAA--------TG-G-T--GTAT-T-----TT---T-TTGTGTATTTTT-C---T--A--G-G-GG-T---------G---TCTT--ATTTTTTc
gi|15 : T-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAATTCAATA--A-TT-GTA---A------GCGA-CAACAG-AC--G-GGGA-C-T-AAA-AGTGAG-AT---CTAAT-AGGA----AAAGTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-TTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTA
gi|16 : TAA-CTG-G-CGTC----AA-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAA--CGACTAA----ATAAGG-G--T-T----GATGCG------AGCG--GGTATA-AAAA--------TG-A-T--GTCT-TCC-C-TC--------TGGATTTTT-CTTGT--G--G-G-AG-T---------G---TCTT-GATTT
gi|17 : cCTCT--C----------GG-GCTTTTT--CATAGGATAA----------ATA--------GAGTTCT--------AA------------AAAGCTCTTCGT-------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--GCC--------AG---AGCG---A--CA-TCAT---ACTTTCGCTTTC-T--GCAG
gi|18 : taact--TGAAAAA----ATAG-G-G--T-T----GAAGCG------AGTG--AGTATGCAAAA--------AG-G-C--ATCT-TCC-C-TT---GAATGTTTATCT-------T--G--G-G-GG-T---------GGGTCCTT-GATTTTTCT
gi|19 : TTAAG--TGAGTAA----ATAAGG-G--T-T----GATGCG------AGAG--GGTAC-TAAAA--------TG-A-T--GTCT-TCC-C-TC--------TGGATTTTTTT---T--ATGG-G-GG-T---------G---TCTT-GATTTTaca
gi|2 : CTTTAAT-T-GAA-CACTCACGC-CAGTTAAT-TTCCC---GTAAA-TA------GATTAAATTTTTTCTAATGTGTT----TT-ACTTCCAGTT-AC-AATCCTTTGTTGCTAGTGCTTA--CA-TTTATGGGTT--AAAAAGTTG------TTC-AACG-----------------T--------------ATACA-ACTAAGTG-TTT-CTGTC------G------------------------------C------------------TCGCGCTCT--CTTC-------GG-G-TTTTT--CATAGGATGA----------AGAGTTCTAAAAAA------------AA------------ATC----------------CT----CCTGTCTTGGTCTGTGAAAAAAACCC----CGAAAG---AAC-CGAG--TG-ATATTATACTT-CGCTT---TCTGTAGA--TCCA-TTCTTA--GT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAGGTCAATA--A-AT-GTA---A------GCGACCAACAG-ACG-C-GT-A-C-T-GAA-AGTGAT-A----TCTAGTAGGA----AAG-CATC-T------AT-TT-----A-CGA---G-ATATTAA-TTG-G-CGTG----A---GTTC--A-ATTAAA-GA-TTTAAG--TGAG--A----AT-GAG-G--TAT----GAAGCG------AGCG--GGTATGC-CAA--------TG-G-A--GTTTATCCAC-TT---G-TT---TATTTTTAC---T-----T-G-GG-T---------G---GTTT-TATTTTTTTTCT
gi|20 : TGTATTTTTAT---A--G--G-G-GG-T---------A---TCTT-GATT--TTTTTTC-T---ACA-CAAGC
gi|3 : CTTTAAT-T-GAA-CACCCACGC-CAGTAAATTATCC----GTAAAATA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----TCTACTTCCAGTT-AC-ACTCCTTTGTCGCT------TA--CA-TTTA---ATT--A-----TTG--AAT-TTCTAATG-----------------T--------------ACACA-ACTAAGTGGCTT-TCG-C--------------------------------------------------------TCGCAC-----------------G-G-CTTT---CATAGGATGA----------AGA--------G-----------------------------------------------CT----TC-GTC-----CTATGGAAAA--ACC----CGAGAG---AGCACGAG--TA-GCAT---ACTTTCGCTTGCTT--GCAGAA-GCCA-CT-TTAT-GT-TTG---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGC-AAGA--A-AT-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATGAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATCTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AACG--GGTATCCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TTCAAG-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TTTT-GATTTTTTTTTTG-T---ACA-CAAGCCC
gi|4 : AT-ACCC----GTAAA-TA------AAT---CCTTATCCTACTAGATC----TC-ACTTTCAGTT-CCTG-TCTGTTGTCGCT------TA--CA-TTTATTGACTTAA-----TCA--A-T-TTCTAACG-----------------TAAACTTCCACCAATGGACA-ACTAAGTGGCTT-CTG-C------GGAA---------AGCGAAAGTATGATATCCC------------------TCGTGCTCTTTC----------GGAG-TTTTT--CATAGGACCA----------AGAC-------AGGAGAGTTTTTTTAGA------------A------------------CTCTCTTC-ATT-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGTGCGAG--CG-ACA-----------------------GAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TCCA------------------A------C------------T--T---TTCAGCCATTA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAAAGG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTAAT-A----CCAATTAGAA----AAATTATC-T------GT-TA-----A-CG----G-AAATTAA-CTG-G-CGCG----AG-TGTTCA-A-ACT-AA-GATGTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT---G-TT---TATTTTTAC---T--AG-G-G-GG-T---------G---TTTC-AA-TTTTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCCct
gi|5 : CTTTAAT-TTGAAACACCCACGC-CAGTAAAT-ATCC----GTAAA-TA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----T--ACTTCCAGTT-AC-ACTCCTTTGTCGCT------TA--TA-TTTA---ATT--A-----TTG--A-T-TTCTAATG-----------------T--------------ACACA-ACTAAGTGGCTT-CT--C------G------------------------------C------------------TCGCGCT-----------------------TT--CATAGGATGA----------AGA--------G-----------------------------------------------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCACGAG--TG-ACAT---ACTTTCGCTTGC-T--GCAGAA-GCCA-CT-TTATAGT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAAGA--A-AT-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATGAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATCTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AACG--GGTATCCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TTCAAG-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TTTT-GATTTTTTTTTTTGT---ACA-CAAGCCCctg
gi|6 : G-----------------T--------------GGACA-ACTAAGTGG-TT-CTG-C------GAAA---------G-----------------CGAAAGTTTGATATCATCCTTGCTCTTT--G----------GG-G-GTTTT--CATAGGACCA----------AGA--------AAG------------GA------------GGTTTTTTTTAAGAACTCTCT----TT-ATC-----CTATGAAAA---CCC----CGAGAG---CGCGCGAA--TG-ACA-----------------------GAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TCCAT-TGGG-TA-G--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGTCAATA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAACAG-A---C-GGAA-C-T-GAA-AGTGAG-A----TCTAGAAGGA----AAAGTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-A-CGTG----AG-TGCTCA-A-ATT-AA-GATTTTAAG--TGAGAAA------AGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT---G-TT---TA--TTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TTTT-GA---TTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
gi|7 : cacgag----------GG-G-GTTTT--CATAGGACCA----------AGAC-------AGGATTTTTTTTTA-GA------------A------------------CTCTCTTT-ATC-----TTATGAAAAA--CCC----CGAGAA---CGCGCGAG--TG-ACA---------------------CAGAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TC-AT-TTGG-TA-G--GTT-TA------G-GGTTA--GAAAT---G-ATTAAGTCAATA--A-AT-GTC---A------ACGA-CAACAG-ACA-G-GGAA-C-T-GAACAGTGAG-A----TCTAGAAGAA----AA-TTATTCT------AT-TT-----AACG----G-ATATTAA-CGG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GA-GTTAAG--TGAGAAA----AGAGCGCG--T-T----GAAGCG------AGAG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTC--TCC-C-TT---G-TT---TATTTTTAC---T--A--GCG-GG-CAG-------G---TTTT---TGGTTTTTTTC-T---ACA-tggggaagtttacggtaagattgaattgaattgaagcggacacagacgg
gi|8 : cgT----TT-GTT-----GTACCGAAAA--CCC----CGAGAG---AGAGAGAG--GGTGCAA---GTCATCGTTA---T--TCAATT-GACATCT-TT----T-T-GCTTTCCAT-TTTG-GC-A--GTT-TA------A-T-TTA--GAAGT--AA-ACT--GCCAATC--A-AT-ACA---C------GTAA-CAATGT-AT--T-GTAA-T-----A-AAT-AT------CTAGTAAGAA----AA-TTAAT-C------AT-TT-----A-GG----A-ACAGTAC-CTG-G-CGTT----AG-TATTCA-A-ATTAAA-GATATTAAA--TAAGAAA----AGAGTG-G--T-A----GATGAC------AGCG--GATAT-CGAAA--------TG-ACC--ATCT-TCT-T-TA---A-TT-TTT-TTTTTCCG--T--G--A-C-GG-T---------A---ACTT-GA-----TTTTTC-T---ACA-
gi|9 : ttttgtagagaaaaaaagttctggaaaacagcctttgttT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-AAAGTTCTA------A-A-TTAA-GAAATGCTGTATTAAGCCAATA--ACAT-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--TAGTAAAC-T-GGG-AGTGAT-A----CCAATGAGGACTACATATTATT-T------AT-CTGAAAAA-CG----GAATATTAA-CTG-ACCGTG----AGATGTTCA-A-ATCAAATAATTTTAAGA-TGAGATA------AGCG-GA-T-T----GAAGTGATTGGAAG-G--GGTATTCAAAA--------TGCA-C--GTCT-TCC-T-T------TTCTGTAGTGTTA-----------------T---------G-----TT-GA---ATTTGTTC-T---ACATCAAGC
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 111 1 1 2222 222222 111 1111111 333333 111111 55555555555555555555555 77777777777777777777777777777777 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 999999999999999999999 2222 1111111111 111111 22222222 11111111111 111111111
lowQualScore : 666 0 0 1 8 5555 8 333333 444 5555555 000000 2 999999 99 6 00000000000000000000000 3 22222222222222222222222222222222 0 5 5 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 11111 99 7777 555 44 3 333333333333333333333 3 3 3 4444 3 3 555 2 0 2 2 55 2 2222222222 55 33 2 1 33 2 5 8888888888 2 2 88 2 2 2 2 2 111111 5 5555 0 2 777777 2 66666 2 8888 2 2 2 2 5555 2 2 2 2 55 0 5555 2 55 2 5555 666666 33 4 88888888 2 2 33 2 2 2 44444444 0 88888888888 2 2 2 111111111 333 2 9 1 2 555 2
lowQualScore : ... . . . . .... . ...... ... ....... ...... . ...... .. . ....................... . ................................ . . . .................................................................................................................................................................. .. ..... .. .... ... .. . ..................... . . . .... . . ... . . . . .. . .......... .. .. . . .. . . .......... . . .. . . . . . ...... . .... . . ...... . ..... . .... . . . . .... . . . . .. . .... . .. . .... ...... .. . ........ . . .. . . . ........ . ........... . . . ......... ... . . . . ... .
lowQualScore : 555 0 0 0 0 0000 0 000000 000 5555555 888888 5 222222 22 7 88888888888888888888888 5 44444444444444444444444444444444 7 7 7 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 44 77777 22 1111 888 66 3 555555555555555555555 6 6 6 2222 3 1 444 9 7 7 5 99 5 3333333333 99 44 5 1 44 5 0 2222222222 5 5 44 5 5 5 5 5 555555 9 7777 3 7 777777 7 77777 7 3333 7 5 5 5 3333 5 5 5 7 66 7 0000 4 66 4 0000 888888 22 2 55555555 4 4 22 4 4 4 11111111 1 44444444444 1 1 1 333333333 777 1 2 2 9 000 9
consensus : CTTTAAT-TTGAA-CACCCACGC-CAGTNAAT-ATCC----GTAAA-TA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----TC-ACTTCCAGTT-AC-A-TCCTTTGTCGCT------TA--CA-TTTA---ATT--A-----TCG--A-T-TTCTAACG-----------------T--------------GGACA-ACTAAGTGGCTT-CTG-C--------------G----A--------------------CTCGCGCTCT--C----------GG-G-TTTTT--CATAGGACGA----------AGA--------AGG------------GA------------A------------------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAG--CG-ACAT---ACTTTCGCTT---T--GCAGAA-GCCA-CT-TTA--GT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATNAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT---G-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TCTT-GATTTTTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
Reference ( family-2094 ) : CTTTAAT-TTGAA-CACCCACGC-CAGTNAAT-ATCC----GTAAA-TA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----TC-ACTTCCAGTT-AC-A-TCCTTTGTCGCT------TA--CA-TTTA---ATT--A-----TCG--A-T-TTCTAACG-----------------T--------------GGACA-ACTAAGTGGCTT-CTG-C--------------GA---A--------------------CTCGCGCTCT--C----------GG-G-TTTTT--CATAGGACGA----------AGA--------AGG------------GA------------A------------------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAG--CG-ACAT---ACTTTCGCTT---T--GCAGAA-GCCA-CT-TTA--GT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATNAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT---G-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TCTT-GATTTTTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
gi|1 : TTGCTA----TC----TCCAATTTAT-A-T------TTGCT------TAATCACTTTC---ATT--A-----ACGCAG-C-TTTAAACG-----------------TTC------------GGACA-ACTAAGTGGCTT-TTGTC--------------G-------------------------CTTGCACTCT--CTC--------GG-G-TTTTTT-CATACGATGATGAGAGTTAAAAA--------AAA------------AA------------ATCCCTTTGT---------CT----TC-CTC-----CTATGAAAAAAACCCTTCGCGAGAGGAGAGCGCGAGTACG-TCAT---ACTTTCGCTTC--T--GCAGAAAGCCA-CT-T-A--GTAT-G---TCCATGTGGGCGATA--GTT-TT------CTG-TTA--GAATA--TG-A--AAAGCAATA--A-ATTGTA---A------GCAA-CAAAA----------AA-C-T-G-A-AGTAAG-AACTCCCAGTTAGAA----AATTTATT-CGCTTCCAT-TT-----A-CACTTAA-ATAATAA-CTGCA-CGTG----AG-TGTTCA-ATATTA----ATTTTTTGTTTCAGAAA------AGCG-GTTT-T----GAAGCG------AGTG--GTTATGCAAAA--------TG-G-CCGATCT-TCC-C-TT---C-TGATGTATTTTGAC---TCAA--G-G-GG-T---------G---TCTTGGAATTTCTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
gi|1 : agTTAATATTGAA-CACTCACGTGCAGTTATT-ATTTAAGTGTAAA-TGGAAGCGAAT---AAATTTTCTAACTGGGAGTTCTT-ACTTC-AGTT--------TTTTGTTGCT------TA--CA-ATTT---ATT--GCTTT-TC---A-TATTCTAACAGAAAACTATCGCCCACAT--------------GGACATACTAAGTGGCTTTCTG-CAGAAGCGAAAGTATGACGTA--------------------CTCGCGCTCT--CCTCTCGCGAAGG-G-TTTTTTTCATAGGAGGA----------AGACAA-----AGG------------GATTTTTTTTTTTAA------------------CTCTCATC-ATC-----GTATGAAAAA--ACC----CGAGAG---AGTGCAAG--CG-ACA-----------------------AAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TCC--------GA-AC-GTT-TAAAGCTGC-G-TTAATGAAAG--TG-ATTAAGCAAATATAA-ATTGGAGATA------GCAA-AAGGAG-ATAGT-GTGG-CGT-GGG--GTG------------T--GAA----AAATAGTT-C------AT-T------A-CG----A-GTG--GA-GTG-C-CGTGTGCGAG-TGGGCGCG-ATTAAA-GATTT--AG--TGAGGAATAGAATAGCG-G--T-TTGGAGAGGTG------AGAGAGGGTATGCAAAAAGATATTATG-G-C--GTCT-TAC-CGTT---G-TTGTAT-TTTTTACG--T--A--G-GCGG-TCATGCAGTTG---TCTT-GATTTTTTTGTTC-TTCAGCA-AAAGCCCaaggagatagtgtggcgtggggtgtgaaaaatagttcattacgagtggagtgccgtgtgcgagtgggcgcgattaaagatttagtgaggaatagaatagcggtttggagaggtgagagagggtatgcaaaaagatattatggcgtcttaccgttgttgtattttttacgtaggcggtcatgcagttgtcttgatttttttgttcttcagcaaaagcccc
gi|10 : aggggcttgtgtagaaaaagaaattccaagacaccccttgagtcaaaatacatcagaagggaagatcggccattttgcataaccactcgcttcaaaaccgcttttctgaaacaaaaaa------------------CT----TC-ATCT----CTTTGAAAAA--CCC----AGAGAG---AGCGCGAG--CG-AC----------------------CAGAA-AGCA-CT-TTT--GT-T-G---TCCAT-TTGT-GA-A--ATT-T--------------------T--TT-A--AAGCCATTA--A-AT-GTA---T------GCGA-CAGAAGGAT--T-GTAA-C-TTGGA-AGTAATTC----CCAATTAGAA----AAATTATC-T------ATATT-----A-CC----G-AAATTAAATTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAG-AA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCA------AGC----GCTTCCAAAA--------T-------GT-------------------TGTATTT------------------------------------TT-GA----TTTTTTC-T---ACA-CAAGCc
gi|11 : aaactt------------------CT----TC-ATC-----CTTTGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAG--CG-ACA-----------------------GAA-GCCA-CT-TT---GT-T-G---TCCAT-TTGT-GA-A--ATT-T--------------------T--TT-A--AAGCCATTA--A-AT-GTA---T------GCGA-CAAAGG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTAAT-T----CCAATTAGAA----AAATTATC-T------AT-TT-----A-CC----G-AAATTAA-ATG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCA------AGC----GCTTCCAAAA-----------------------------------TGTGTATTT------------------------------------TT-GA----TTTTTTC-T---ACA-CAAGCgccttg
gi|12 : tttaaactct-GA-A--GTT-TAA-----C-G-CTA--AAAAT--TG-ATTAAGCAAATA--A-AT-ATT---G------GAGA-CAAAAG-AT--T-GGAT-C-T-GGA-AGTGAT-A----TCAGTTAGgcct
gi|12 : TATTTTTAC---T--A--G-G-GGGT---------G---TCTT-GATTTTTTTGTTC-T---ACA-CAAGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatttttactagggggtgtcttgatttttttgttctacacaagcccc
gi|13 : gaagtttaacgctaaaaattgattaagcaaataaatattggagacaaaagattggatctggaagtgatatcagttagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-A-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATGAGAC----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-A-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATCAAA-TATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGTG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT-----TTGTA-----------------------------------G---TTTT-GAATTTTTGTTTC-T---ACA-CAAGCCCc
gi|14 : A-A--GTT--A------C-G-CTC--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GTA---ACTACATGCAA--AAAGG-AT--T-GT---C-T-GAA-AGTGAT-AA---CTAAATAGAA----AAAAAAAT--------AT-TT-----A-CG----A-ATATAAA-CTG-G-CGTG----AA-T--------ATTAAA-AATATTAAG--TGAGAAA----ATAAGA-T--T-T----GAAGGA------AACG--GGTATGCAAAA--------TG-G-T--GTAT-T-----TT---T-TTGTGTATTTTT-C---T--A--G-G-GG-T---------G---TCTT--ATTTTTTc
gi|15 : T-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAATTCAATA--A-TT-GTA---A------GCGA-CAACAG-AC--G-GGGA-C-T-AAA-AGTGAG-AT---CTAAT-AGGA----AAAGTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-TTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTA
gi|16 : TAA-CTG-G-CGTC----AA-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAA--CGACTAA----ATAAGG-G--T-T----GATGCG------AGCG--GGTATA-AAAA--------TG-A-T--GTCT-TCC-C-TC--------TGGATTTTT-CTTGT--G--G-G-AG-T---------G---TCTT-GATTT
gi|17 : cCTCT--C----------GG-GCTTTTT--CATAGGATAA----------ATA--------GAGTTCT--------AA------------AAAGCTCTTCGT-------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--GCC--------AG---AGCG---A--CA-TCAT---ACTTTCGCTTTC-T--GCAG
gi|18 : taact--TGAAAAA----ATAG-G-G--T-T----GAAGCG------AGTG--AGTATGCAAAA--------AG-G-C--ATCT-TCC-C-TT---GAATGTTTATCT-------T--G--G-G-GG-T---------GGGTCCTT-GATTTTTCT
gi|19 : TTAAG--TGAGTAA----ATAAGG-G--T-T----GATGCG------AGAG--GGTAC-TAAAA--------TG-A-T--GTCT-TCC-C-TC--------TGGATTTTTTT---T--ATGG-G-GG-T---------G---TCTT-GATTTTaca
gi|2 : CTTTAAT-T-GAA-CACTCACGC-CAGTTAAT-TTCCC---GTAAA-TA------GATTAAATTTTTTCTAATGTGTT----TT-ACTTCCAGTT-AC-AATCCTTTGTTGCTAGTGCTTA--CA-TTTATGGGTT--AAAAAGTTG------TTC-AACG-----------------T--------------ATACA-ACTAAGTG-TTT-CTGTC--------------G-------------------------CTCGCGCTCT--CTTC-------GG-G-TTTTT--CATAGGATGA----------AGAGTTCTAAAAAA------------AA------------ATC----------------CT----CCTGTCTTGGTCTGTGAAAAAAACCC----CGAAAG---AAC-CGAG--TG-ATATTATACTT-CGCTT---TCTGTAGA--TCCA-TTCTTA--GT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAGGTCAATA--A-AT-GTA---A------GCGACCAACAG-ACG-C-GT-A-C-T-GAA-AGTGAT-A----TCTAGTAGGA----AAG-CATC-T------AT-TT-----A-CGA---G-ATATTAA-TTG-G-CGTG----A---GTTC--A-ATTAAA-GA-TTTAAG--TGAG--A----AT-GAG-G--TAT----GAAGCG------AGCG--GGTATGC-CAA--------TG-G-A--GTTTATCCAC-TT---G-TT---TATTTTTAC---T-----T-G-GG-T---------G---GTTT-TATTTTTTTTCT
gi|20 : TGTATTTTTAT---A--G--G-G-GG-T---------A---TCTT-GATT--TTTTTTC-T---ACA-CAAGC
gi|3 : CTTTAAT-T-GAA-CACCCACGC-CAGTAAATTATCC----GTAAAATA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----TCTACTTCCAGTT-AC-ACTCCTTTGTCGCT------TA--CA-TTTA---ATT--A-----TTG--AAT-TTCTAATG-----------------T--------------ACACA-ACTAAGTGGCTT-TCG-C-----------------------------------------TCGCAC-----------------G-G-CTTT---CATAGGATGA----------AGA--------G-----------------------------------------------CT----TC-GTC-----CTATGGAAAA--ACC----CGAGAG---AGCACGAG--TA-GCAT---ACTTTCGCTTGCTT--GCAGAA-GCCA-CT-TTAT-GT-TTG---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGC-AAGA--A-AT-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATGAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATCTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AACG--GGTATCCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TTCAAG-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TTTT-GATTTTTTTTTTG-T---ACA-CAAGCCC
gi|4 : AT-ACCC----GTAAA-TA------AAT---CCTTATCCTACTAGATC----TC-ACTTTCAGTT-CCTG-TCTGTTGTCGCT------TA--CA-TTTATTGACTTAA-----TCA--A-T-TTCTAACG-----------------TAAACTTCCACCAATGGACA-ACTAAGTGGCTT-CTG-C--------------GG---AAAGCGAAAGTATGATATCC-CTCGTGCTCTTTC----------GGAG-TTTTT--CATAGGACCA----------AGAC-------AGGAGAGTTTTTTTAGA------------A------------------CTCTCTTC-ATT-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGTGCGAG--CG-ACA-----------------------GAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TCCA------------------A------C------------T--T---TTCAGCCATTA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAAAGG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTAAT-A----CCAATTAGAA----AAATTATC-T------GT-TA-----A-CG----G-AAATTAA-CTG-G-CGCG----AG-TGTTCA-A-ACT-AA-GATGTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT---G-TT---TATTTTTAC---T--AG-G-G-GG-T---------G---TTTC-AA-TTTTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCCct
gi|5 : CTTTAAT-TTGAAACACCCACGC-CAGTAAAT-ATCC----GTAAA-TA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----T--ACTTCCAGTT-AC-ACTCCTTTGTCGCT------TA--TA-TTTA---ATT--A-----TTG--A-T-TTCTAATG-----------------T--------------ACACA-ACTAAGTGGCTT-CT--C--------------G-------------------------CTCGCGCT-----------------------TT--CATAGGATGA----------AGA--------G-----------------------------------------------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCACGAG--TG-ACAT---ACTTTCGCTTGC-T--GCAGAA-GCCA-CT-TTATAGT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAAGA--A-AT-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATGAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATCTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AACG--GGTATCCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TTCAAG-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TTTT-GATTTTTTTTTTTGT---ACA-CAAGCCCctg
gi|6 : G-----------------T--------------GGACA-ACTAAGTGG-TT-CTG-C--------------GA---AAGCGAAAGTTTGATATCATCCTTGCTCTTT--G----------GG-G-GTTTT--CATAGGACCA----------AGA--------AAG------------GA------------GGTTTTTTTTAAGAACTCTCT----TT-ATC-----CTATGAAAA---CCC----CGAGAG---CGCGCGAA--TG-ACA-----------------------GAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TCCAT-TGGG-TA-G--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGTCAATA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAACAG-A---C-GGAA-C-T-GAA-AGTGAG-A----TCTAGAAGGA----AAAGTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-A-CGTG----AG-TGCTCA-A-ATT-AA-GATTTTAAG--TGAGAAA------AGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT---G-TT---TA--TTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TTTT-GA---TTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
gi|7 : cacgag----------GG-G-GTTTT--CATAGGACCA----------AGAC-------AGGATTTTTTTTTA-GA------------A------------------CTCTCTTT-ATC-----TTATGAAAAA--CCC----CGAGAA---CGCGCGAG--TG-ACA---------------------CAGAA-GCCA-CT-T-A--GT-T-G---TC-AT-TTGG-TA-G--GTT-TA------G-GGTTA--GAAAT---G-ATTAAGTCAATA--A-AT-GTC---A------ACGA-CAACAG-ACA-G-GGAA-C-T-GAACAGTGAG-A----TCTAGAAGAA----AA-TTATTCT------AT-TT-----AACG----G-ATATTAA-CGG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GA-GTTAAG--TGAGAAA----AGAGCGCG--T-T----GAAGCG------AGAG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTC--TCC-C-TT---G-TT---TATTTTTAC---T--A--GCG-GG-CAG-------G---TTTT---TGGTTTTTTTC-T---ACA-tggggaagtttacggtaagattgaattgaattgaagcggacacagacgg
gi|8 : cgT----TT-GTT-----GTACCGAAAA--CCC----CGAGAG---AGAGAGAG--GGTGCAA---GTCATCGTTA---T--TCAATT-GACATCT-TT----T-T-GCTTTCCAT-TTTG-GC-A--GTT-TA------A-T-TTA--GAAGT--AA-ACT--GCCAATC--A-AT-ACA---C------GTAA-CAATGT-AT--T-GTAA-T-----A-AAT-AT------CTAGTAAGAA----AA-TTAAT-C------AT-TT-----A-GG----A-ACAGTAC-CTG-G-CGTT----AG-TATTCA-A-ATTAAA-GATATTAAA--TAAGAAA----AGAGTG-G--T-A----GATGAC------AGCG--GATAT-CGAAA--------TG-ACC--ATCT-TCT-T-TA---A-TT-TTT-TTTTTCCG--T--G--A-C-GG-T---------A---ACTT-GA-----TTTTTC-T---ACA-
gi|9 : ttttgtagagaaaaaaagttctggaaaacagcctttgttT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-AAAGTTCTA------A-A-TTAA-GAAATGCTGTATTAAGCCAATA--ACAT-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--TAGTAAAC-T-GGG-AGTGAT-A----CCAATGAGGACTACATATTATT-T------AT-CTGAAAAA-CG----GAATATTAA-CTG-ACCGTG----AGATGTTCA-A-ATCAAATAATTTTAAGA-TGAGATA------AGCG-GA-T-T----GAAGTGATTGGAAG-G--GGTATTCAAAA--------TGCA-C--GTCT-TCC-T-T------TTCTGTAGTGTTA-----------------T---------G-----TT-GA---ATTTGTTC-T---ACATCAAGC
blockSeqs : TT A . T T C A . TAA GTTCTT ACAA C AGTGCT . . TGGGTTAAAAAGTTG T GAAAACTATCGCCCACAT T T CAGAAGCGAAAGTATGACGTACTCGCGCTCTCCTCTCGCGAAGGGTTTTTTTCATAGGAGGAAGACAAAGGGATTTTTTTTTTTAACTCTCA TG TTGGT AA . . . T TTATACTTCGCTTTCTG . T C TATA . T CTT . . . AA C AAGCTGCG AT GC T T TA C T ACTACAT C G AG A A G T C TC T CTAC C . A GAAAA A A A A . C TGCG A C . T A TAGA C A A TGGA ATTGGA AG G AGATATTA C C . A A G CAAGTTG CTTGTG C C G CATGCAGTT GGT . T T G TCA T
blockSeqs : T . . A . . . . . TCT ACAC C . . . TTGACTTAATCAAT T TAAACTTCCACCAAT . . CGGAAAGCGAAAGTATGATATCCCTCGTGCTCTTTCGGAGTTTTTCATAGGACCAAGACAGGAGAGTTTTTTTAGAACTCTCT A T . . . . . TACTTTCGCTTGCTTG . . . TAT . . . . . . C . ACG A . . T . . . GATA . . G . . . . . AA T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . CAAGTTG TTTATG . . . AG . . T T . . .
blockSeqs : T . . A . . . . . TT CCTG C . . . ATTGCTTTTCATA T T . . CGAAAGCGAAAGTTTGATATCATCCTTGCTCTTTGGGGGTTTTCATAGGACCAAGAAAGGAGGTTTTTTTTAAGAACTCTCT A . . . . . . TACTTTCGCTTTCTG . . . TT . . . . . . . . GGG . . . T . . . T . . A . . . . . AT T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . GAATG ACGTA . . . . . . A T . . .
blockSeqs : . . . . . TC ACAC C . . . ATTATTGAAT T T . . TCGCTCGCGCTCTCTTCGGGTTTTTCATAGGATGAAGAGTTCTAAAAAAAAATCCT A . . . . . . TACTTTCGCTTGCTG . . . TA . . . . . . . . CA . . . T . . . T . . . . . . . . T G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . GTTG ACTAG . . . . . . T T . . .
blockSeqs : T . . . . . ATTATTGAT . T . . CTCGCACGGCTTTCATAGGATGAAGAGCT G . . . . . . AGTCATCGTTATT . . . A . . . . . . . . CG . . . T . . . G . . . . . . . . A T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . TTTG CCGTG . . . . . . T T . . .
blockSeqs : T . . CGCTCGCGCTTTCATAGGATGAAGAGCT G . . . . . . . . . . T . . . . . . . . CG . . . T . . . A . . . . . . . . A T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . TTG ACTA . . . . . . T T . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . A . . . . . . . . CG . . . T . . . A . . . . . . . . A G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . GTT ATAG . . . . . . T T . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . A . . . . . . . . CG . . . T . . . A . . . . . . . . A T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . GTT ACTA . . . . . . T T . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . A . . . . . . . . CG . . . T . . . A . . . . . . . . A G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . GTT ACTA . . . . . . T T . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . T . . . . . . . . CG . . . T . . . A . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . GTT ACTA . . . . . . T T . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . T . . . A . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . ATT ACTA . . . . . . T T . . .
blockSeqs : . . . . . . . AA . . . C . . . A . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . TTC CTA . . . . . . T G . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . T . . . A . . . . . . . . A G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . TG ACT . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . TG . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons : **** ****** ** TGATTATCGAT************ T******************************* ** **** *** ** ********************* CG******** A***** ****** **** ** ** ** GTTG**** ACTA*******
originalCons : CTTTAAT-TTGAA-CACCCACGC-CAGTNAAT-ATCC----GTAAA-TA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----TC-ACTTCCAGTT-AC-A-TCCTTTGTCGCT------TA--CA-TTTA---ATT--A-----TCG--A-T-TTCTAACG-----------------T--------------GGACA-ACTAAGTGGCTT-CTG-C--------------G----A--------------------CTCGCGCTCT--C----------GG-G-TTTTT--CATAGGACGA----------AGA--------AGG------------GA------------A------------------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAG--CG-ACAT---ACTTTCGCTT---T--GCAGAA-GCCA-CT-TTA--GT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-G-TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATNAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TT---G-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG-T---------G---TCTT-GATTTTTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
finalCons : CTTTAAT-TTGAA-CACCCACGC-CAGTNAAT-ATCC----GTAAA-TA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----TC-ACTTCCAGTT-AC-A-TCCTTTGTCGCT------TA--CA-TTTATGATTATCGAT------------TTCTAACGT-------------------------------GGACA-ACTAAGTGGCTT-CTG-C--------------G----A--------------------CTCGCGCTCT--C----------GG-G-TTTTT--CATAGGACGA----------AGA--------AGG------------GA------------A------------------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAG--CG-ACA---------------------CAGAA-GCCA-CT-TTA--GT-T-G---TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TACG--------TTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA--A-AT-GTA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGATA-----CCAATNAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----A-CG----G-ATATTAA-CTG-G-CGTG----AG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAGAAA----ATAGCG-G--T-T----GAAGCG------AGCG--GGTATGCAAAA--------TG-G-C--GTCT-TCC-C-TTGTTG----TGTATTTTTACTA-------G-G-GG-T---------G---TCTT-GATTTTTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 111 1 1 2222 222222 111 1111111 3333333333 111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 99999999999999999 111111111111 11111111111111 11111111 111111 22222222 11111111111111111111111111
lowQualScore : 666 0 0 1 8 5555 8 333333 444 5555555 1111111111 999999 6 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 5 5 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 44 11111 99 7777 555 666 0 33333333333333333 3 55 555555555555 3 3 88888888888888 2 0 2 2 33 2 22222222 55 33 2 1 2 2 33 2 8888888888 2 2 88 2 2 2 2 2 333333 4 5555 2 777777 2 99999 8888 2 2 2 2 5555 2 2 2 2 55 5555 2 55 2 5555 33 666666 4 88888888 2 2 33 2 2 2 44444444 0 88888888888888888888888888 22 333 2 9 1 2 555 2
lowQualScore : ... . . . . .... . ...... ... ....... .......... ...... . .............................................................. . . . ...................................................................................................................................................................... .. ..... .. .... ... ... . ................. . .. ............ . . .............. . . . . .. . ........ .. .. . . . . .. . .......... . . .. . . . . . ...... . .... . ...... . ..... .... . . . . .... . . . . .. .... . .. . .... .. ...... . ........ . . .. . . . ........ . .......................... .. ... . . . . ... .
lowQualScore : 555 0 0 0 0 0000 0 000000 000 5555555 8888888888 222222 7 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 7 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 88 77777 22 1111 888 888 5 22222222222222222 6 00 888888888888 3 1 11111111111111 9 7 7 5 44 5 55555555 99 44 5 1 5 5 44 5 2222222222 5 5 44 5 5 5 5 5 111111 3 7777 7 777777 7 33333 3333 7 5 5 5 3333 5 5 5 7 66 0000 4 66 4 0000 22 888888 2 55555555 4 4 22 4 4 4 11111111 1 55555555555555555555555555 99 777 1 2 2 9 000 9
consensus : CTTTAAT-TTGAA-CACCCACGC-CAGTNAAT-ATCC----GTAAA-TA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----TC-ACTTCCAGTT-AC-A-TC--CTTTGTCGCT------TACA-TTTAT-GA-TT--A-----TCGA-T-TTCTAACG-----------------T--------------GGACA-ACTAAGTGGCTT-CTGCG------------------G---------------------CTCGCGCTCT--C----------GG-GTTTTT--CATAGGACGA----------AGAC-------AG------G------------GA------------A------------------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAG--CGACA--------C-------CAGAA-G--CCAC-----T-TTA--GT-T-G--------------TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-GTTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA-A-A--T-GTA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATNAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----ACG----G-ATATTAA-CTG-G-CGT----GAG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAG----AAAATAGCG-G--T-T----GAAGC--G------AGCGGGTATGCAAA--------ATG-G-C--GTCT-T-CC-CTT---G-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG---------T--G---TCTT-GATTTTTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
Reference ( family-2094 ) : CTTTAAT-TTGAA-CACCCACGC-CAGTNAAT-ATCC----GTAAA-TA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----TC-ACTTCCAGTT-AC-A-TC--CTTTGTCGCT------TACA-TTTAT-GA-TT--A-----TCGA-T-TTCTAACG-----------------T--------------GGACA-ACTAAGTGGCTT-CTGCG------------------A---------------------CTCGCGCTCT--C----------GG-GTTTTT--CATAGGACGA----------AGA--------AG------G------------GA------------A------------------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAG--CGACA----------------CAGAA-G--CCAC-----T-TTA--GT-T-G--------------TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-GTTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA-A-A--T-GTA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATNAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----ACG----G-ATATTAA-CTG-G-CGT----GAG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAG----AAAATAGCG-G--T-T----GAAGC--G------AGCGGGTATGCAAA--------ATG-G-C--GTCT-T-CC-CTT---G-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG---------T--G---TCTT-GATTTTTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
gi|1 : TTGCTA----TC----TCCAATTTAT-A-TTTGCTTAATCACT------TTCA-TTAAC-G-------------CAG-C-TTTAAACG-----------------TTC------------GGACA-ACTAAGTGGCTT-TTGTC------------------G---------------------CTTGCACTCT--CTC--------GG-GTTTTTT-CATACGATGATGAGAGTTAAAAA--------AA------A------------AA------------ATCCCTTTGT---------CT----TC-CTC-----CTATGAAAAAAACCCTTCGCGAGAGGAGAGCGCGAGTACGTCATACTTTCGCTTCTG--CAGAAAG--CCAC-----T-T-A--GTAT-G--------------TCCATGTGGGCGATA--GTT-TT------CTGTTA--GAATA--TG-A--AAAGCAATA-A-A--TTGTA---A------GCAA-CAAAA----------AA-C-T-G-A-AGTAAG-AACTCCCAGTTAGAA----AATTTATT-CGCTTCCAT-TT-----ACACTTAA-ATAATAA-CTGCA-CGT----GAG-TGTTCA-ATATTA----ATTTTTTGTTTCAG----AAA--AGCG-GTTT-T----GAAGC--G------AGTGGTTATGCAAA--------ATG-G-CCGATCT-T-CC-CTT---C-TGATGTATTTTGAC---TCAA--G-G-GG---------T--G---TCTTGGAATTTCTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
gi|1 : agTTAATATTGAA-CACTCACGTGCAGTTATT-ATTTAAGTGTAAA-TGGAAGCGAAT---AAATTTTCTAACTGGGAGTTCTT-ACTTC-AGTT----------TTTTGTTGCT------TACAATTTATTGC-TT--T-----TC-A-TATTCTAACAGAAAACTATCGCCCACAT--------------GGACATACTAAGTGGCTTTCTGCAGAAGCGAAAGTATGACGTA---------------------CTCGCGCTCT--CCTCTCGCGAAGG-GTTTTTTTCATAGGAGGA----------AGACAA-----AG------G------------GATTTTTTTTTTTAA------------------CTCTCATC-ATC-----GTATGAAAAA--ACC----CGAGAG---AGTGCAAG--CG--A----------------CAAAA-G--CCAC-------TTA--GT-T-G--------------TCC------G-AA-C--GTT-TAAAGCTGC-GTTAATGAAAG--TG-ATTAAGCAAATATA-AATT-GGAGATA------GCAA-AAGGAG-ATAGT-GTGG-CGT-GG--GGTG-T-------------GAA----AAATAGTT-C------A--TT-----ACG----A-GTG--GA-GTG-C-CGTGTGCGAG-TGGGCGCG-ATTAAA-GATTT--AG--TGAGGAATAGAATAGCG-G--T-TTGGAGAGGTGAG------AGAGGGTATGCAAAAAGATATTATG-G-C--GTCT-TACC-GTT---G-TTGTAT-TTTTTACG--T--A--G-GCGGTCATGCAGTT--G---TCTT-GATTTTTTTGTTC-TTCAGCA-AAAGCCCaaggagatagtgtggcgtggggtgtgaaaaatagttcattacgagtggagtgccgtgtgcgagtgggcgcgattaaagatttagtgaggaatagaatagcggtttggagaggtgagagagggtatgcaaaaagatattatggcgtcttaccgttgttgtattttttacgtaggcggtcatgcagttgtcttgatttttttgttcttcagcaaaagcccc
gi|10 : aggggcttgtgtagaaaaagaaattccaagacaccccttgagtcaaaatacatcagaagggaagatcggccattttgcataaccactcgcttcaaaaccgcttttctgaaacaaaaaa------------------CT----TC-ATCT----CTTTGAAAAA--CCC----AGAGAG---AGCGCGAG--CGAC-----------------CAGAA-A--GCAC-----T-TTT--GT-T-G--------------TCCAT-TTGT-GA-A--ATT-T-------------------T--TT-A--AAGCCATTA-A-A--T-GTA---T------GCGA-CAGAAGGAT--T-GTAA-C-TTGGA-AGTAATTC----CCAATTAGAA----AAATTATC-T------ATATT-----ACC----G-AAATTAAATTG-G-CGT----GAG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAG-----AAATAGCG-G--T-T----GAAGC--A------AGC--GCTTCCAAA--------AT-------GT-------------------TGTATTT-------------------------------------TT-GA----TTTTTTC-T---ACA-CAAGCc
gi|11 : aaactt------------------CT----TC-ATC-----CTTTGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCGCGAG--CGACA------------------GAA-G--CCAC-----T-TT---GT-T-G--------------TCCAT-TTGT-GA-A--ATT-T-------------------T--TT-A--AAGCCATTA-A-A--T-GTA---T------GCGA-CAAAGG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTAAT-T----CCAATTAGAA----AAATTATC-T------AT-TT-----ACC----G-AAATTAA-ATG-G-CGT----GAG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAG--TGAG----AAAATAGCG-G--T-T----GAAGC--A------AGC--GCTTCCAAA--------A---------------------------TGTGTATTT-------------------------------------TT-GA----TTTTTTC-T---ACA-CAAGCgccttg
gi|12 : tttaaactct-GA-A--GTT-TAA-----C-GCTA--AAAAT--TG-ATTAAGCAAATA-A-A--T-ATT---G------GAGA-CAAAAG-AT--T-GGAT-C-T-GGA-AGTGAT-A----TCAGTTAGgcct
gi|12 : TATTTTTAC---T--A--G-G-GGG--------T--G---TCTT-GATTTTTTTGTTC-T---ACA-CAAGCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatttttactagggggtgtcttgatttttttgttctacacaagcccc
gi|13 : gaagtttaacgctaaaaattgattaagcaaataaatattggagacaaaagattggatctggaagtgatatcagttagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-G--------------TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-ATTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA-A-A--T-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATGAGAC----AAATTATT-T------AT-TT-----ACG----G-ATATTAA-CTG-A-CGT----GAG-TGTTCA-A-ATCAAA-TATTTTAAG--TGAG----AAAATAGCG-G--T-T----GAAGT--G------AGCGGGTATGCAAA--------ATG-G-C--GTCT-T-CC-CTT-----TTGTA------------------------------------G---TTTT-GAATTTTTGTTTC-T---ACA-CAAGCCCc
gi|14 : A-A--GTT--A------C-GCTC--GAAAT--TG-ATTAAGCCAATA-A-A--T-GTA---ACTACATGCAA--AAAGG-AT--T-GT---C-T-GAA-AGTGAT-AA---CTAAATAGAA----AAAAAAAT--------AT-TT-----ACG----A-ATATAAA-CTG-G-CGT----GAA-T--------ATTAAA-AATATTAAG--TGAG----AAAATAAGA-T--T-T----GAAGG--A------AACGGGTATGCAAA--------ATG-G-T--GTAT-T-----TT---T-TTGTGTATTTTT-C---T--A--G-G-GG---------T--G---TCTT--ATTTTTTc
gi|15 : T-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-GTTA--GAAAT--TG-ATTAATTCAATA-A-T--T-GTA---A------GCGA-CAACAG-AC--G-GGGA-C-T-AAA-AGTGAG-AT---CTAAT-AGGA----AAAGTATT-T------AT-TT-----ACG----G-ATATTAA-TTG-G-CGT----GAG-TGTTCA-A-ATTA
gi|16 : TAA-CTG-G-CGT----CAA-TGTTCA-A-ATTAAA-GATTTTAAA--CGAC----TAAATAAGG-G--T-T----GATGC--G------AGCGGGTATA-AAA--------ATG-A-T--GTCT-T-CC-CTC--------TGGATTTTT-CTTGT--G--G-G-AG---------T--G---TCTT-GATTT
gi|17 : cCGCTCT-------------GG-CTTTTT--CATAGGACGA----------AGACGAAG---AGCTTTTTA------------GA------------A------------------CTCTATTT-ATC-----CTATGAAAAA--GCC----CGAGAG---AG
gi|18 : taa--TGAA----AAAATAG-G-G--T-T----GAAGC--G------AGTGAGTATGCAAA--------AAG-G-C--ATCT-T-CC-CTT---GAATGTTTATCT-------T--G--G-G-GG---------T--GGGTCCTT-GATTTTTCTacatcatactttcgctttctgcag
gi|19 : TTAAG--TGAG----TAAATAAGG-G--T-T----GATGC--G------AGAGGGTAC-TAAA--------ATG-A-T--GTCT-T-CC-CTC--------TGGATTTTTTT---T--ATGG-G-GG---------T--G---TCTT-GATTTTaca
gi|2 : CTTTAAT-T-GAA-CACTCACGC-CAGTTAAT-TTCCC---GTAAA-TA------GATTAAATTTTTTCTAATGTGTT----TT-ACTTCCAGTT-AC-AATC--CTTTGTTGCTAGTGCTTACA-TTTAT-GGGTT--AAAAAGTTG----TTC-AACG-----------------T--------------ATACA-ACTAAGTG-TTT-CTGTC------------------G---------------------CTCGCGCTCT--CTTC-------GG-GTTTTT--CATAGGATGA----------AGAGTTCTAAAAA------A------------AA------------ATC----------------CT----CCTGTCTTGGTCTGTGAAAAAAACCC----CGAAAG---AAC-CGAG--TGATATTATACTTCGCTTT--CTGTA-GATCCAT-----TCTTA--GT-T-G--------------TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-GTTA--GAAAT--TG-ATTAGGTCAATA-A-A--T-GTA---A------GCGACCAACAG-ACG-C-GT-A-C-T-GAA-AGTGAT-A----TCTAGTAGGA----AAG-CATC-T------AT-TT-----ACGA---G-ATATTAA-TTG-G-CGT----GA---GTTC--A-ATTAAA-GA-TTTAAG--TGAG------AAT-GAG-G--TAT----GAAGC--G------AGCGGGTATGC-CA--------ATG-G-A--GTTTAT-CCACTT---G-TT---TATTTTTAC---T-----T-G-GG---------T--G---GTTT-TATTTTTTTTCT
gi|20 : TGTATTTTTAT---A--G--G-G-GG---------T--A---TCTT-GATT--TTTTTTC-T---ACA-CAAGC
gi|3 : CTTTAAT-T-GAA-CACCCACGC-CAGTAAATTATCC----GTAAAATA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----TCTACTTCCAGTT-AC-ACTC--CTTTGTCGCT------TACA-TTTA---A-TT--A-----TTGAAT-TTCTAATG-----------------T--------------ACACA-ACTAAGTGGCTT-TCGC------------------------------------------TCGCAC-----------------G-GCTTT---CATAGGATGA----------AGA--------G-----------------------------------------------------CT----TC-GTC-----CTATGGAAAA--ACC----CGAGAG---AGCACGAG--TAGCATACTTTCGCTTGCTTGCAGAA-G--CCAC-----T-TTAT-GT-TTG--------------TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-GTTA--GAAAT--TG-ATTAAGC-AAGA-A-A--T-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATGAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----ACG----G-ATATTAA-CTG-G-CGT----GAG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATCTTAAG--TGAG----AAAATAGCG-G--T-T----GAAGC--G------AACGGGTATCCAAA--------ATG-G-C--GTCT-T-CC-CTTCAAG-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG---------T--G---TTTT-GATTTTTTTTTTG-T---ACA-CAAGCCC
gi|4 : AT-ACCC----GTAAA-TA------AAT---CCTTATCCTACTAGATC----TC-ACTTTCAGTT-CCTG-TC--TGTTGTCGCT------TACA-TTTATTGA-CTTAA-----TCAA-T-TTCTAACG-----------------TAAACTTCCACCAATGGACA-ACTAAGTGGCTT-CTGCG------------------GAAAGCGAAAGTATGATATCC-CTCGTGCTCTTTC----------GGAGTTTTT--CATAGGACCA----------AGAC-------AG------GAGAGTTTTTTTAGA------------A------------------CTCTCTTC-ATT-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGTGCGAG--CGACA------------------GAA-G--CCAC-----T-T-A--GT-T-G--------------TCCA------------------A------C-----------T--T---TTCAGCCATTA-A-A--T-GTA---A------GCGA-CAAAGG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTAAT-A----CCAATTAGAA----AAATTATC-T------GT-TA-----ACG----G-AAATTAA-CTG-G-CGC----GAG-TGTTCA-A-ACT-AA-GATGTTAAG--TGAG----AAAATAGCG-G--T-T----GAAGC--G------AGCGGGTATGCAAA--------ATG-G-C--GTCT-T-CC-CTT---G-TT---TATTTTTAC---T--AG-G-G-GG---------T--G---TTTC-AA-TTTTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCCct
gi|5 : CTTTAAT-TTGAAACACCCACGC-CAGTAAAT-ATCC----GTAAA-TA------AAT---ATTTTTTCTAATTGGTA----T--ACTTCCAGTT-AC-ACTC--CTTTGTCGCT------TATA-TTTA---A-TT--A-----TTGA-T-TTCTAATG-----------------T--------------ACACA-ACTAAGTGGCTT-CT-CG----------------------------------------CTCGCGCT----------------------TT--CATAGGATGA----------AGA--------G-----------------------------------------------------CT----TC-GTC-----CTATGAAAAA--CCC----CGAGAG---AGCACGAG--TGACATACTTTCGCTTGCTG-CAGAA-G--CCAC-----T-TTATAGT-T-G--------------TCCAT-TGGG-GA-A--GTT-TA------C-GTTA--GAAAT--TG-ATTAAGCCAAGA-A-A--T-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--T-GTAA-C-T-GGA-AGTGAT-A----CCAATGAGAA----AAATTATT-T------AT-TT-----ACG----G-ATATTAA-CTG-G-CGT----GAG-TGTTCA-A-ATTAAA-GATCTTAAG--TGAG----AAAATAGCG-G--T-T----GAAGC--G------AACGGGTATCCAAA--------ATG-G-C--GTCT-T-CC-CTTCAAG-TTGTGTATTTTTAC---T--A--G-G-GG---------T--G---TTTT-GATTTTTTTTTTTGT---ACA-CAAGCCCctg
gi|6 : G-----------------T--------------GGACA-ACTAAGTGG-TT-CTGCG------------------AAAGCGAAAGTTTGATATCATCCTTGCTCTTT--G----------GG-GGTTTT--CATAGGACCA----------AGA--------AA------G------------GA------------GGTTTTTTTTAAGAACTCTCT----TT-ATC-----CTATGAAAA---CCC----CGAGAG---CGCGCGAA--TGACA------------------GAA-G--CCAC-----T-T-A--GT-T-G--------------TCCAT-TGGG-TA-G--GTT-TA------C-GTTA--GAAAT--TG-ATTAAGTCAATA-A-A--T-GTA---A------GCGA-CAACAG-A---C-GGAA-C-T-GAA-AGTGAG-A----TCTAGAAGGA----AAAGTATT-T------AT-TT-----ACG----G-ATATTAA-CTG-A-CGT----GAG-TGCTCA-A-ATT-AA-GATTTTAAG--TGAG----AAA--AGCG-G--T-T----GAAGC--G------AGCGGGTATGCAAA--------ATG-G-C--GTCT-T-CC-CTT---G-TT---TA--TTTAC---T--A--G-G-GG---------T--G---TTTT-GA---TTTTTTTC-T---ACA-CAAGCCC
gi|7 : cacgag----------GG-GGTTTT--CATAGGACCA----------AGAC-------AG------GATTTTTTTTTA-GA------------ACTCT--------------CT----TT-ATC-----TTATGAAAAA--CCC----CGAGAA---CGCGCGAG--TGACA----------------CAGAA-G--CCAC-------TTA--GT-T-G--------------T-CAT-TTGG-TA-G--GTT-TAG-----G-GTTA--GAAA---TG-ATTAAGTCAATA-A-A--T-GTC---A------ACGA-CAACAG-ACA-G-GGAA-C-T-GAACAGTGAG-A----TCTAGAAG-A----AAATTATTCT------AT-TTA----ACG----G-ATATTAA-CGG-G-CGT----GAG-TGTTCA-A-ATTAAA-GA-GTTAAG--TGAG----AAAAGAGCGCG--T-T----GAAGC--G------AGAGGGTATGCAAA--------ATG-G-C--GTC--T-CC-CTT---G-TT---TATTTTTAC---T--A--GCG-GG---------CAGG---TTTT---TGGTTTTTTTC-T---ACA-tggggaagtttacggtaagattgaattgaattgaagcggacacagacgg
gi|8 : cgT----TT-GTT-----GTACCGAAAA--CCC----CGAGAG---AGAGAGAG---GGTG----------------CA--A-G--TCATCGTTAT-TCA--AT-T-GACATCTTTTTGCTTTCCAT-TTTG-GC-A--GTT-TA------A-TTTA--GAAGT--AA-ACT--GCCAATC-A-A--T-ACA---C------GTAA-CAATGT-AT--T-GTAA-T-----A-AAT-AT------CTAGTAAGAA----AA-TTAAT-C------AT-TT-----AGG----A-ACAGTAC-CTG-G-CGT----TAG-TATTCA-A-ATTAAA-GATATTAAA--TAAG----AAAAGAGTG-G--T-A----GATGA--C------AGCGGATAT-CGAA--------ATG-ACC--ATCT-T-CT-TTA---A-TT-TTT-TTTTTCCG--T--G--A-C-GG---------T--A---ACTT-GA-----TTTTTC-T---ACA-
gi|9 : ttttgtagagaaaaaaagttctggaaaacagcctttgttT-T-G--------------TCCAT-TGGG-GA-AAAGTTCTA------A-ATTAA-GAAATGCTGTATTAAGCCAATA-ACA--T-GCA---A------GCGA-CAAAAG-AT--TAGTAAAC-T-GGG-AGTGAT-A----CCAATGAGGACTACATATTATT-T------AT-CTGAAAAACG----GAATATTAA-CTG-ACCGT----GAGATGTTCA-A-ATCAAATAATTTTAAGA-TGAG----ATA--AGCG-GA-T-T----GAAGT--GATTGGAAG-GGGTATTCAAA--------ATGCA-C--GTCT-T-CC-TT------TTCTGTAGTGTTA-------------------------T--G-----TT-GA---ATTTGTTC-T---ACATCAAGC