lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111111111111
lowQualScore : 1 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 444444444444 11 1 00000000000000000000000000 1 2222 333 5555555 1 1 44444444444 1 2222 1 1 44444444444 44444444444444 22 333 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 2 222 22 1 1 5555555 11 1 2222 33333333333333333 333333 1 1 222 1 1 1 3333 1 11 1 444 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 88888888888888888888888888 333333 1 2 6666666666666666 1111 2222222222222222 22222 33333 2222222 1 1 22
lowQualScore : 5 6 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 333333333333 88 55 6 3 6 7 33333333333333333333333333 3 2222 6 9 000 7 7777777 3 6 5 44444444444 3 7777 3 6 3 44444444444 6 88888888888888 9 88 333 3 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 0 6 000 6 55 6 66 6 5 5 2222222 88 8 7 4 6 0 3 6 5 6 6666 6 6 44444444444444444 222222 6 6 5 6 5 6 6 6 999 7 7 6 5 3333 6 5 6 22 7 000 6 7 6 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6 3 11111111111111111111111111 888888 7 1 2 5555555555555555 3333 6 5555555555555555 11111 22 33333 2222222 3 6 6 9 5 2 11 2 6
lowQualScore : . . ..................................................................................................................... ............ .. .. . . . . .......................... . .... . . ... . ....... . . . ........... . .... . . . ........... . .............. . .. ... . ...................................................................................................................... . . . ... . .. . .. . . . ....... .. . . . . . . . . . .... . . ................. ...... . . . . . . . . ... . . . . .... . . . .. . ... . . . ............................................................. . . .......................... ...... . . . ................ .... . ................ ..... .. ..... ....... . . . . . . .. . .
lowQualScore : 0 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 000000000000 55 55 0 3 7 3 33333333333333333333333333 3 0000 7 7 333 3 3333333 3 0 0 00000000000 3 3333 3 7 3 00000000000 7 33333333333333 0 33 333 3 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 0 555 0 00 0 00 0 0 0 5555555 33 3 0 0 7 7 0 0 0 0 0000 0 0 00000000000000000 000000 0 0 0 0 0 0 0 0 000 0 0 0 0 0000 0 0 0 00 0 000 0 0 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 77777777777777777777777777 333333 3 2 5 0000000000000000 7777 0 3333333333333333 44444 88 88888 2222222 2 0 6 0 0 2 00 2 0
consensus : GTTTCATTTAATACGCATTAGCTATTTTAGTTTACCAACTTCCGGAAGTCAAGTATTTGTTAAGNTAC-AATCACA--TA-ATA-ATCGCGGNTTCCCC-G-AGGNGGGCTCACCTCAT------TCGTCGTCAGTCNNTGGTATGGGTGGATTCNNCACGTCTGGTGCCTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCGGCCTGCGCCGGCCC-GAACCTGCAACAAA-CA--AAGAC-----GGG----CG--TAA-GCCCTCC-CAGAACATC--CGGGATACAAAAAAAA---AC--CGGCTGAG-CCGAAGCCCG-CAGAAAAAAG-GGCGAC-G-GCGCG-AGCG-CCCGTCT-ACGAACGGGA-AAG--CAAGGG---CGGTCCGGGT--CG-TG--TAA--TCCAGTAGGGTC-AATCC--NCGGAGCGGT-AGGAC-TA-CACTCGCGATCCTCGTATACTCAAAGGGTGTCCGAGGGATCCGGGCTCTGGCGGGTACTCAGAGCACATAACCCTCTCCAGCATGTGGCCGGGGGGCGTCCCTCGGCTGCTCAGAGGTACTCCATCACACCGGTCCCACTCAACCANATGCCCTNNAGGCCATCCTTCCAAAGTGTGGGTCTCTTCGTCAACATCCAGCAGGGTCCACATCCCTC--GCGGGAGCAGGTCCTCCGTATGCCCCATCCGGAAAACAAGCTTCCGGAACNGAGGCTAGTGGTGAAGGGGTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCACCTCGGAA----TAGCTTG--AACAGAAAGCGACAGAGATGCATCTGACCAGACAGCACCCAGACCCATACACGGAGGGCAGATGTACTGGTCCAAGCCCGACAAATCGTCAACCGTAACCTCTTCACAAGCCTTTTAATACCACTCATCACACTGGTCAAACTGAACCATGAGCCTACCATCATCAAGTGTACGACAGATGCAGTAAGCATCTGAATCGNATAAGGGGTCAAGGTC---------AGC---------ACTTGAGTCTGG------AGAATGCTCCTTAACCTTACGGGGCCTACCTCGCCGGCGTCGGT-----------GATCCGGGACCACCCCTTCNCCCCTGGGAACTGGCTAGGGTTCTGGGACCCAGAAGGCGGGTCCGGAGAAAGCCCCCTCACTTTCAGTAGCACACCTACCACCCACCTCCCCCGTA
Reference ( gi|1 ) : GTTTCCTTCA-TA-GTACCAGTTATC--AGTTAATTAACT------A---AAGTATTTATTGAGTTACTAATTACA--TA-ATATACCGCGGGTACCCC-G-AGGTTGGCTCACCACAT------TGGTCGTC--TCGCTGGTATGGGTGGATTCTGCACGTCTGATGCCTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCGCCGGTCTGCGCCGGCCC-AAACCTGCAACAAACCA--AGGA------GGA----CA-GTAA-GCCCTCC-CACAATATC--CGGGATACAAAAAAAA---AC--CGGCTGAG-CCAAAGCCCGCCAGAAAAAAGTGGCGACAGAGCGCA-AGCG-CCTGTCT-ACGAATGGGA-AAGTCCAAGGGG--CGGTCCGGGT--CG-TG--TAA--TCCAATAGGGTA-AATCCT-TCGGAGCGGT-AGGACATACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGTACTCCATCACACCGGT-CCGCTCAACCACATATCCTGCAAGCCATCCTTCTAAAGTGTGAGTCTCTTCGTCAACATCCAGCAGGGTCCTCACTCCTC--ATGGGTGCAGGTCCTACATATGCCCCATCCGGAAACCAGGCTTCCGGAACAGGGGCTACTGGCGACAGTGTCCAAGCCGGTGAGGGCTCCCTCCTGGTTTCCAAGCTCTCTTCAGCTTCTCTCGAGGTCCGTTTCATCCCGGAACGGGTAACTGGCTGATTGAAATCCAAGGAGATACGTCGGATCCGGCAGTACCCAGGCCTGAACTCGGTGGGCAAAGGTACTGGTCGGGACCCAACAAATCGTCAACAGTGACCTCCCCACTAGCCCAATGATTCCGCTCATCACAATA-------TGAACCATGGGTCTAC---CATCAGATTTGCGA------------------GAGTCGTATAAAGGGTCAAGGTC---------AGC---------ACAAAAGTCTGG------AGAATGCTCTTTAACCTTACGGCGCCTACCTTGCCGGCGCCGCTTTGGCTACAAAGATCTGAAACTACCCCTCCCCCCCTGGGGACTTGCTAGGCTTCAGGGACCTGGACGGTGGG-CTAAACAAAGCCCCCTCACTTTTAGAAGCACAACTACAATCAGCCTCCTCCATA
gi|2 : GTTTCATTTAATACGCATTAGCTATTTTAGTTTACCAACTTCCGGAAGTCAAGTATTTATTCAGAT-CTA-TCAAA--GA-ATA---CGCAGTCACTC--G-AGGTTGG------------------GTCATC--TCGC-GGTATGGGTGGATTCTGCACGTCTGATGCTT
gi|3 : agttgtaaacctgtcaaaaCT------A---AAGTATTTACT-AG--AC-AA--ACA---A-ATACACTGTGGGTTCCCT-C-AAGAGGGCTCACCTCATCATATATCGTCGTCAGTCTGTG----GGGTAG--TCGTCACGTCTGGTACCTCCcagaccggtagttccgagtgcggggtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgccggcccgaaaccagcacaaaacaaagagaaggcgcataacgcctccatacaacatcgggatataaaaaaaacgacggctgagtccgaagcccgcagaaaaaggggcgaccatgcgcgcagcgacccgtctgacgaacgggaaagccaggggggtccgggttacgctgtaatttccagtatggtctaattctgccggagcggtaggactacactcgcgatcctcgtatactcaaagggtgtccgagggatccgggctctggcgggtactcagagcacataaccctctccagcatgtggccggggggcgtccctcggctgctcagaggtatccatcacaccggtcccactcaacgatgcccttgaggccatccttcaaatgtgggttcttgtcaacatccagcag
gi|9 : AGTATTTGTTAAAGTAC-AAT-ACAAGTA-AT---TCGTGGTTTCCCCTG-AGGGGGGCTCACCTCAT------agcatgtagacttcaagtgcggaattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctgccggcctgcgccgacacgaacctgcaacaaatcattaagatgggcacgtaacgccttcccagaacatccgggatacaaaaaaacccaccggctgagccgaagcccgctagaaaaaaggggcgacagggcgcaagcgcccgtctacgtatggctaggcaaggccggtccgggtcgtgtctaatccagtagggtcaatccgacaaagcggtaggacct
gi|16 : GTATTTGTTAAGTTAC--AGTATA--TATATAAATT-CGGGTTCTCC-GGAGG--GGCTCACCTCAaatcaacgtctggtcaattctagggtcttctgtagctctgtagtcttcttacgtcagctcctagacttcaagtgccggggtt
gi|3 : GCCGGCCTGCGCCGACAC-GAACCTGCAACAAATCATTAAGAT-----GGG----CACGTAACGCCTTCC-CAGAACATC--CGGGATACAAAAAAACCC-AC--CGGCTGAG-CCGAAGCCCGCTAGAAAAAAGGGGCGACAGGGCGCA-AGCG-CCCGTCT-ACGTATGGCT-AGG--CAA-GGC--CGGTCCGGGT--CG-TGTCTAA--TCCAGTAGGGTC-AATCCG-ACAAAGCGGT-AGGAC
gi|8 : ctaaagtatttactagacaaacaaatacactgtgggttccctcaagagggctcacctcatcatatatcgtcgtcagtctgtggggtagtcgtcacgtctggtacctccagcatgtagacttcaagtgcggaattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctGGTCTGCGCCGGCCC-AAG--TGCAACAAA--A--AACACCGGCTGGG----CG---AA-GCCCG----AGAAAACTAATGGGA-ACAAAAAAAAAACAC--AGGCTGAG-CCGAAGCCCCGCAGAAAAAA--------------CA-AACG---GGTCT-AC-AATAGGATAAGT-CAAGGCGTCCGGTCT-GGT--TG-T-----------ACTGGGGTC-AATCC--TCGGAGCGGTAAGGACct
gi|2 : CGCCGGCCCGAAACCAGCA-CAAAACA--AAGA------GAAGGCGCA--TAA-CGCCTCCATACAACATC---GGGATATAAAAAAAA----CGACGGCTGAGTCCGAAGCCCG-CAGAAAAAGG-GGCGACCATGCGCGCAGCGACCCGTCTGACGAACGGGA-AAG-CCAGGGG----GGTCCGGGTTACGCTG--TAATTTCCAGTATGGTCTAATTCTGCCGGAGCGGT-AGGAC-TA-CACTCGCGATCCTCGTATACTCAAAGGGTGTCCGAGGGATCCGGGCTCTGGCGGGTACTCAGAGCACATAACCCTCTCCAGCATGTGGCCGGGGGGCGTCCCTCGGCTGCTCAGAGGTA-TCCATCACACCGGTCCCACTCAAC--GATGCCCTTGAGGCCATCCTTC--AAATGTGGGT-TCTT-GTCAACATCCAGCAGctctac
gi|7 : agttgtaaacctgtcaaaagtttcatttaatacgcattagctattttagtttaccaacttccggaagtcaagtatttattcagatctatcaaagaatacgcagtcactcgaggttgggtcatctcgcggtatgggtggattctgcacgtctgatgcttcagaccggtagttccgagtgcggggtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGGTACTCCATCACACCGGT-CCACTCAACCACATGTCCTGCAGGCCATCCTTCCAAAGTGTGGGTCTCTTCGTCAACATCCAGCAGGG-------TCCTC--ATGGGTGCAGGTCCTACATATGCCCCATCCGGAATCCAAGCTTCCGGA
gi|12 : catatgccctctccagcatatggccggggggttatccctcgggctgctccGTCCACATCCCTCTAACTGGAGCAGGTCGTCCGTATGCCCCATCAGGAAAACAGTCTTCCAGAACA
gi|14 : ggggtgtggattccccC--GTGAGAGTAGATCCTCCCCGTGTCCCATCCGGTAAACAAGCTTTCGAAACCGAGGCTAGTGGTGAAGGGGTCC
gi|4 : TCACCTCGGAA----TAGCTTG--AACAGAAAGCGACAGAGATGCATCTGACCAGACAGCACCCAGACCCATACACGGAGGGCAGATGTACTGGTCCAAGCCCGACAAATCGTCAACCGTAACCTCTTCACAAGCCTTTTAATACCACTCATCACACTGGTCAAACTGAACCATGAGCCTACCATCATCAAGTGTACGACAGATGCAGTAAGCATCTGAATCAGATAAGGAGTCAAGGTCGAAGGACTTAGC---------ATTTGAGTCTGGAGACTCAGAATTCTGCTTAACCTTACGAGGCCTACCTCGCCGGCGTCAGT-----------GATCCAGGACCAACCCTTCATGCC-GGGAACTGGCTAGGGTTCTGAAACCCA---GGTGGGTCCGAAGAAA-CCCCCTCACTTTCAGAAGCACACCTACCACCCACCTCCCCTGTA
gi|13 : ggttcctcctatcatcactttatccccacactgggcGTATAAAGGGTCAAGGTC---------AGCGGACTTCGCACAAAAGTCTGG------AAAATGCCCCTTAACCTTACAGGGCCTACCTTGCCGGCg
gi|11 : tTT---------AGC---------ACTTGAGTCTGG------AGAATGCTC-----CTTCAAGG-GCCTATCTTGCCGGCGTCGGT-----------GAACCAGGACCACCCCT-TTCTTCTGGGGACTGGCTAGGGTTCTGTGACC
gi|10 : cTTAACCTTACAGGGCCTACCTCTCCG-----GTTCTGGT------GATCCGAGACCACCCCTTCCCC-------A------AGGT----GGCACACAGAAGGTGGT-C----CAGAATCCCCTCACTTCCAATAGCACGCCTACCACCCACCTCCCCCc
gi|5 : CCCTGGA-ACTGGCTAGGGTTCTGGGACCCAGAAGGCGGG-CTAGAGGAAGCTCCCCCACTTTCAGTAGCACAACGTCCATCCACCTCCCCCGTAg
gi|15 : GGGAACTGGCTAGGGTTCTGAAACCCAG---GTGGGTCCGAAGAAA-CCCCCTCACTTTCAGAAGCACgaattgggtctgtgtaccctaaccttctcttgacagtgggacaaccataagggatatccctagtcccatcaccccttcatatattcatgattaaccaccataacaaaccacttggtcttaacccggtagagctgggattagagttttttcagaataataccaggaccctttgaacagggagggggataacttcctaaatttgcccttca
gi|6 : cCGGCGGG-CTAGAAGAAGCCCCCTCACTTTCAGTAGCACACCTACCACCCACCTCCTC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 11 4444444444 11 1 3333 555555555555555555555555555 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 22222 444444444444444444 1 11 222 3333333333 1 1 1 1 11111 1 44444 11 1 1 1 11 1 11 1 11 11 1 3333 1 1 2 1 1 1 11 1 222222222 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4444 22 3333333 222 666666666666666666 444444444 11 3333333 222222 44444444444 111 1 1
lowQualScore : 3 5 5 88 4 0000000000 77 0 8 99 5 8 1111 8 8 8 0 1 0 888888888888888888888888888 7 22 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 22 33333 666666666666666666 0 2 00 2 0 000 3 4444444444 0 0 0 0 55555 0 11111 2 44 0 0 0 2 2 0 33 3 0 2 2 33 0 33 3 33 0 0 4444 0 0 0 3 3 3 22 6 6 6 6 1 0 22 2 6 6 8 666666666 4 2 4 3 1 2 3 2 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222 3 77 4 2 2 2 3 3 4 4 4 3 2 2 4 88 4 2 2222222 111 2 222222222222222222 1 0 000000000 33 2222222 888888 77777777777 33 3 5 2 444 0 5 88 0 4
lowQualScore : . . . .. . .......... .. . . .. . . .... . . . . . . ........................... . .. . ...................................................................................................................................................... . .. ..... .................. . . .. . . ... . .......... . . . . ..... . ..... . .. . . . . . . .. . . . . .. . .. . .. . . .... . . . . . . .. . . . . . . .. . . . . ......... . . . . . . . . ............................................................ .... . .. . . . . . . . . . . . . . .. . . ....... ... . .................. . . ......... .. ....... ...... ........... .. . . . ... . . .. . .
lowQualScore : 0 5 0 55 0 0000000000 00 8 0 00 4 0 8888 8 0 0 8 0 8 888888888888888888888888888 3 00 7 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 55 22222 222222222222222222 0 5 22 5 2 222 2 5555555555 0 0 0 0 00000 0 55555 5 22 0 2 0 5 0 0 88 0 0 5 5 88 0 88 2 88 2 0 8888 0 0 0 3 3 3 77 7 7 7 7 0 7 00 0 7 7 3 222222222 0 5 2 0 0 5 0 5 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5555 0 55 0 5 5 5 0 0 0 0 0 0 5 5 0 00 0 5 0000000 000 5 555555555555555555 0 7 000000000 88 5555555 888888 55555555555 55 2 6 5 222 7 5 55 8 0
consensus : GTTTCNTTCAATACGCACCAGCTATCTTAGTTNACCAACTTCCGGAAGTCAAGTATTTATTAAGNTAC-AAT-ACATA-ATA-A-CCGCGGGTTC-CCC-GAGGNGGGCTCACCTCAT-A----TCGTCGTC-GGTCGGTGGTATGGGTGGATTCTGCACGTCTGATGCCTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCGCCGGTCTGCGCCGGCCCGAA-CCTGCAACAAA-CA--AAGAC-----G--GGCA-G--TAA-GCCCTCC-CANAACATC--CGGGATACAAAAAAAA--AC--C---GGCTGAG-CCGAAG-CCCG-C-AGAAAAAAG-GG-C-GACAGG--GCGCG-AGCG-CCCGTCT-ACGAATGGGA-AAG--CNA-GGGCGGTCCGGGT--CG-TG--TAAT--CCAGTAGGGTC-AATCC-T--CGGAGCGGT-AGGAC-TACCACTCGCGATCCTCGTATACTCAAAGGGTGTCCGAGGGATCCGGGCTCTGGCGGGTACTCAGAGCACATA-GCCCTCTCCAGCATGTGGCCGGGGGGC-GTCCCTCGG-CTGCTCNGAGGTACTCCATCACACCGGTCCCACTCAACCACATGTCCTGCAGGCCATCCTTCCAAAGTGTGGGTCTCTTCGTCAACATCCAGCAGGGTCCTCATCCCTC--GCGGGNGCAGGTCCTNCGTATGCCCCATCCGGAAANCAGGCTTCCGGAACNGGGGCTANTGGCGACGGNGTCCAAGCCGGTGAGGGCTCCCTCCTGGTTTCCAAGCTCTCTTCAGCTTCTCTCGAGGTCCGTTTCACCCCGGAACGGGTAGCTNGCTGACNGAAANCNACGGAGATGCGTCNGACCNGGCAGCACCCAGGCCCGNACNCGGNGGGCAGANGTACTGGTCCGGGCCCGACAAATCGTCAACNGTGACCTCCCCACNAGCCCNNTGATNCCGCTCATCACANTGGTCAAACTGAACCATGGGCCTACCATCATCAGGTNTGCGACAGATGCAGTAAGCATCTGAGTCGTATAAAGGGTCAAGGTC---------AGC--ACTT-------GAGTCTGG------AGAATGCTCCTTAACCTTACGGGGCCTACCTCGCCGGCGCCGGT-----------GATCCGGGACCACCCCTTCCCCCCTGGGAACTGGCTAGGGTTCTGGGACCCGGAAGGCGGGTCCGAAGAAAGCCCCCTCACTTTCAGNAGCACACCTACCACCCACCTCCCCCGTA
Reference ( family-2093 ) : GTTTCATTTAATACGCATTAGCTATTTTAGTTTACCAACTTCCGGAAGTCAAGTATTTGTTAAGNTAC-AATCACATA-ATA-A-TCGCGGNTTC-CCC-GAGGNGGGCTCACCTCAT------TCGTCGTC-AGTCNNTGGTATGGGTGGATTCNNCACGTCTGGTGCCTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCGGCCTGCGCCGGCCCGAA-CCTGCAACAAA-CA--AAGAC-----G--GGC--G--TAA-GCCCTCC-CAGAACATC--CGGGATACAAAAAAAA--AC--C---GGCTGAG-CCGAAG-CCCG-C-AGAAAAAAG-GG-C-GAC--G--GCGCG-AGCG-CCCGTCT-ACGAACGGGA-AAG--CAA-GGGCGGTCCGGGT--CG-TG--TAAT--CCAGTAGGGTC-AATCC-N--CGGAGCGGT-AGGAC-TA-CACTCGCGATCCTCGTATACTCAAAGGGTGTCCGAGGGATCCGGGCTCTGGCGGGTACTCAGAGCACATA-ACCCTCTCCAGCATGTGGCCGGGGGGC-GTCCCTCGG-CTGCTCAGAGGTACTCCATCACACCGGTCCCACTCAACCANATGCCCTNNAGGCCATCCTTCCAAAGTGTGGGTCTCTTCGTCAACATCCAGCAGGGTCCACATCCCTC--GCGGGAGCAGGTCCTCCGTATGCCCCATCCGGAAAACAAGCTTCCGGAACNGAGGCTAGTGGTGAAGGGGTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCACCTCGGAA----TAGCTTG--AACAGAAAGCGACAGAGATGCATCTGACCAGACAGCACCCAGACCCATACACGGAGGGCAGATGTACTGGTCCAAGCCCGACAAATCGTCAACCGTAACCTCTTCACAAGCCTTTTAATACCACTCATCACACTGGTCAAACTGAACCATGAGCCTACCATCATCAAGTGTACGACAGATGCAGTAAGCATCTGAATCGNATAAGGGGTCAAGGTC---------AGC--ACTT-------GAGTCTGG------AGAATGCTCCTTAACCTTACGGGGCCTACCTCGCCGGCGTCGGT-----------GATCCGGGACCACCCCTTCNCCCCTGGGAACTGGCTAGGGTTCTGGGACCCAGAAGGCGGGTCCGGAGAAAGCCCCCTCACTTTCAGTAGCACACCTACCACCCACCTCCCCCGTA
gi|1 : GTTTCCTTCA-TA-GTACCAGTTATC--AGTTAATTAACT------A---AAGTATTTATTGAGTTACTAATTACATA-ATATA-CCGCGGGTAC-CCC-GAGGTTGGCTCACCACAT------TGGTCGTC---TCGCTGGTATGGGTGGATTCTGCACGTCTGATGCCTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCGCCGGTCTGCGCCGGCCCAAA-CCTGCAACAAA-CC--AAGGA-----G--GACA-G--TAA-GCCCTCC-CACAATATC--CGGGATACAAAAAAAA--AC--C---GGCTGAG-CCAAAG-CCCGCC-AGAAAAAAGTGG-C-GACAGA--GCGCA-AGCG-CCTGTCT-ACGAATGGGA-AAGTCCAAGGGGCGGTCCGGGT--CG-TG--TAAT--CCAATAGGGTA-AATCCTT--CGGAGCGGT-AGGACATACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNAGGTACTCCATCACACCGGT-CCGCTCAACCACATATCCTGCAAGCCATCCTTCTAAAGTGTGAGTCTCTTCGTCAACATCCAGCAGGGTCCTCACTCCTC--ATGGGTGCAGGTCCTACATATGCCCCATCCGGAAACCAGGCTTCCGGAACAGGGGCTACTGGCGACAGTGTCCAAGCCGGTGAGGGCTCCCTCCTGGTTTCCAAGCTCTCTTCAGCTTCTCTCGAGGTCCGTTTCATCCCGGAACGGGTAACTGGCTGATTGAAATCCAAGGAGATACGTCGGATCCGGCAGTACCCAGGCCTGAACTCGGTGGGCAAAGGTACTGGTCGGGACCCAACAAATCGTCAACAGTGACCTCCCCACTAGCCCAATGATTCCGCTCATCACAATA-------TGAACCATGGGTCTAC---CATCAGATTTGCGA------------------GAGTCGTATAAAGGGTCAAGGTC---------AGC--ACAA-------AAGTCTGG------AGAATGCTCTTTAACCTTACGGCGCCTACCTTGCCGGCGCCGCTTTGGCTACAAAGATCTGAAACTACCCCTCCCCCCCTGGGGACTTGCTAGGCTTCAGGGACCTGGACGGTGGG-CTAAACAAAGCCCCCTCACTTTTAGAAGCACAACTACAATCAGCCTCCTCCATA
gi|10 : TTAACCTTACAGGGCCTACCTCTCCGGTTCTGGT-----------GATCCGAGACCACCCCTTCCCC--------------AAGGT---GGCACACAGAAGGTGG-TCC--AGAA--TCCCCTCACTTCCAATAGCACGCCTACCACCCACCTCCCCCG
gi|11 : TT---------AGC--ACTT-------GAGTCTGG------AGAATGCTCCTTCA------AGGGCCTATCTTGCCGGCGTCGGT-----------GAACCAGGACCACCCCTT-TCTTCTGGGGACTGGCTAGGGTTCTGTGACCC
gi|12 : cGTCCACATCCCTCTAACTGGAGCAGGTCGTCCGTATGCCCCATCAGGAAAACAGTCTTCCAGAAC
gi|13 : ggggtgtggattccccGTATAAAGGGTCAAGGTC---------AGCGGACTTCGCACAAAAGTCTGG------AAAATGCCCCTTAACCTTACAGGGCCTACCTTGCCGGCa
gi|14 : tC--GTGAGAGTAGATCCTCCCCGTGTCCCATCCGGTAAACAAGCTTTCGAAACCGAGGCTAGTGGTGAAGGGGTCC
gi|15 : GGGAACTGGCTAGGGTTCTGAAACCC---AGGTGGGTCCGAAGAAA-CCCCCTCACTTTCAGAAGCAC
gi|16 : cGTATTTGTTAAGTTAC-AGT-ATATATATA-A-ATTCGGGTTC-TCC-G-GAGGGGCTCACCTCA
gi|2 : GTTTCATTTAATACGCATTAGCTATTTTAGTTTACCAACTTCCGGAAGTCAAGTATTTATTCAGAT-C-TATCAAAGA-ATA----CGCAG--TCACTC-GAGGTTGGGTCATCTC----------------------GCGGTATGGGTGGATTCTGCACGTCTGATGCTTC
gi|2 : agttgtaaacctgtcaaaaCGCCGGCCCGAAACCAGCACAAAA-CA--AAGA------GAAGGC--GCATAA-CGCCTCCATACAACATC---GGGATATAAAAAAAA---CGAC---GGCTGAGTCCGAAG-CCCG-C-AGAAAAAGG-GG-C-GAC--CATGCGCGCAGCGACCCGTCTGACGAACGGGA-AAG--CCA-GGGGGGTCCGGGTTACGCTG--TAATTTCCAGTATGGTCTAATTC-TGCCGGAGCGGT-AGGAC-TA-CACTCGCGATCCTCGTATACTCAAAGGGTGTCCGAGGGATCCGGGCTCTGGCGGGTACTCAGAGCACATA-ACCCTCTCCAGCATGTGGCCGGGGGGC-GTCCCTCGG-CTGCTCAGAGGTA-TCCATCACACCGGTCCCACTCAAC--GATGCCCTTGAGGCCATCCTTC--AAATGTGGGT-TCTT-GTCAACATCCAGCAGagaccggtagttccgagtgcggggtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgccggcccgaaaccagcacaaaacaaagagaaggcgcataacgcctccatacaacatcgggatataaaaaaaacgacggctgagtccgaagcccgcagaaaaaggggcgaccatgcgcgcagcgacccgtctgacgaacgggaaagccaggggggtccgggttacgctgtaatttccagtatggtctaattctgccggagcggtaggactacactcgcgatcctcgtatactcaaagggtgtccgagggatccgggctctggcgggtactcagagcacataaccctctccagcatgtggccggggggcgtccctcggctgctcagaggtatccatcacaccggtcccactcaacgatgcccttgaggccatccttcaaatgtgggttcttgtcaacatccagcag
gi|3 : agttgtaaacctgtcaaaagtttcatttaatacgcattagctattttagtttaccaacttccggaagtcaagtatttattcagatctatcaaagaatacgcagtcactcgaggttgggtcatctcgcggtatgggtggattctgcacgtctgatgcttcagaccggtagttccgagtgcggggtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGTATTTACTAG---AC-AA--ACA-A-ATACA-CTGTGGGTTC-CCT-CAAGAGGGCTCACCTCATCATATATCGTCGTC-AGTCTGTG----GGGTAG--TCGTCACGTCTGGTACCTCC
gi|3 : ctaGCCGGCCTGCGCCGACACGAA-CCTGCAACAAATCATTAAGAT-----G--GGCACG--TAACGCCTTCC-CAGAACATC--CGGGATACAAAAAAACCCAC--C---GGCTGAG-CCGAAG-CCCG-CTAGAAAAAAG-GGGC-GACAGG--GCGCA-AGCG-CCCGTCT-ACGTATGGCT-AGG--CAA-GGCCGGTCCGGGT--CG-TGTCTAAT--CCAGTAGGGTC-AATCCGA--CAAAGCGGT-AGGAC-agcatgtagacttcaagtgcggaattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctgccggcctgcgccgacacgaacctgcaacaaatcattaagatgggcacgtaacgccttcccagaacatccgggatacaaaaaaacccaccggctgagccgaagcccgctagaaaaaaggggcgacagggcgcaagcgcccgtctacgtatggctaggcaaggccggtccgggtcgtgtctaatccagtagggtcaatccgacaaagcggtaggacct
gi|4 : ctaaagtatttactagacaaacaaatacactgtgggttccctcaagagggctcacctcatcatatatcgtcgtcagtctgtggggtagtcgtcacgtctggtacctccagcatgtagacttcaagtgcggaattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctTCACCTCGGAA----TAGCTTG--AACAGAAAGCGACAGAGATGCATCTGACCAGACAGCACCCAGACCCATACACGGAGGGCAGATGTACTGGTCCAAGCCCGACAAATCGTCAACCGTAACCTCTTCACAAGCCTTTTAATACCACTCATCACACTGGTCAAACTGAACCATGAGCCTACCATCATCAAGTGTACGACAGATGCAGTAAGCATCTGAATCAGATAAGGAGTCAAGGTCGAAGGACTTAGC--ATTT-------GAGTCTGGAGACTCAGAATTCTGCTTAACCTTACGAGGCCTACCTCGCCGGCGTCAGT-----------GATCCAGGACCAACCCTTCATGCC-GGGAACTGGCTAGGGTTCTGAAACCC---AGGTGGGTCCGAAGAAA-CCCCCTCACTTTCAGAAGCACACCTACCACCCACCTCCCCTGTAct
gi|5 : ggttcctcctatcatcactttatccccacactgggcCCCTGG-AACTGGCTAGGGTTCTGGGACCCAGAAGGCGGG-CTAGAGGAAGCTCCCCCACTTTCAGTAGCACAACGTCCATCCACCTCCCCCGTAg
gi|6 : GGCGGG-CTAGAAGAAGCCCCCTCACTTTCAGTAGCACACCTACCACCCACCTCCTCTGgaattgggtctgtgtaccctaaccttctcttgacagtgggacaaccataagggatatccctagtcccatcaccccttcatatattcatgattaaccaccataacaaaccacttggtcttaacccggtagagctgggattagagttttttcagaataataccaggaccctttgaacagggagggggataacttcctaaatttgcccttca
gi|7 : actcCATATGCCCTCTCCAGCATATGGCCGGGGGGTTATCCCTCGGGCTGCTCC-AGGTACTCCATCACACCGGTCC-ACTCAACCACATGTCCTGCAGGCCATCCTTCCAAAGTGTGGGTCTCTTCGTCAACATCCAGCAGGGTCCTCAT---------GGGTGCAGGTCCTACATATGCCCCATCCGGAATCCAAGCTTCCGGAcgtcaacttctctcgataatgggacaaccataagatgatgtcccggtctcgataccccttcaaacggtcatggttaaccaccataacagaagacttagtattaaccagatagaagtgggggctgaatttcttcaggatgatgccagggcccttccaggagtaggataacgtcattcactagcccttcactt
gi|8 : GGTCTGCGCCGGCCCAAG---TGCAACAAA--A--AACACCGGCTG--GGC--G---AA-GCCCG----AGAAAACTAATGGGA-ACAAAAAAAA--AA--CACAGGCTGAG-CCGAAGCCCCG-C-AGAAAAAA-----CAAAC--G--G-------------GTCT-AC-AATAGGATAAG--TCA-AGGC-GTCC-GGT--CT-GG--T--T--GTACTGGGGTC-AATCC-T--CGGAGCGGTAAGGAC-
gi|9 : AGTATTTGTTAAAGTAC-AAT-ACA-A-GTA-ATTCGTGGTTTC-CCCTGAGGGGGGCTCACCTCATAA----TCAACGTCTGGTCAATTCTA-GGGTctctac
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 11 4444444444 11 1 2222 555555555555555555555555555555 111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 22222 444444 1 22 1 11 11 11 3333333333 1 1 2 11111 11 11 1 1 11 1 11 1 11 11 1 33 1 1 1 1 1 1 11 2 1 222222222 2222 11 3333333 222 666666666666666666 444444444 11 3333333 222222 44444444444 111 11
lowQualScore : 1 5 5 88 1 0000000000 77 8 11 5 8 8888 5 8 8 0 1 444444444444444444444444444444 222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22 33333 555555 0 55 0 66 1 33 11 3 4444444444 0 0 0 55555 999 22 22 0 0 2 0 33 1 0 2 2 33 0 33 3 33 0 0 33 0 0 5 3 3 3 11 6 3 6 2 6 6 666666666 1 1 4 1 1 1 2 1 2222 1 88 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 2 1 1 22 1 1 2222222 111 1 222222222222222222 000000000 33 2222222 888888 77777777777 22 3 5 2 777 0 9 3 88 1
lowQualScore : . . . .. . .......... .. . .. . . .... . . . . . .............................. ... ................................................................................................................................................... .. ..... ...... . .. . .. . .. .. . .......... . . . ..... ... .. .. . . . . .. . . . . .. . .. . .. . . .. . . . . . . .. . . . . . . ......... . . . . . . . . .... . .. . . . . . . . . . . . . . .. . . ....... ... . .................. ......... .. ....... ...... ........... .. . . . ... . . . .. .
lowQualScore : 0 5 0 55 0 0000000000 00 0 88 4 0 0000 0 0 0 8 0 333333333333333333333333333333 000 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55 22222 222222 0 00 0 55 0 88 22 2 5555555555 0 0 0 00000 888 00 55 2 0 5 0 88 0 0 5 5 88 0 88 2 88 2 0 88 0 0 0 3 3 3 33 7 3 7 0 7 7 222222222 0 0 2 0 0 0 5 0 5555 0 00 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 5 0 0 00 0 0 0000000 000 0 555555555555555555 000000000 88 5555555 888888 55555555555 88 2 6 5 000 7 8 7 22 0
consensus : GTTTCNTTCAATACGCACCAGCTATCTTAGTTNACCAACTTCCGGAAGTCAAGTATTTATTAAGNTAC-AAT-ACATA-ATA-A-CCGCGGGTTC-CCC-GAGGNGGGCTCACCTC-----AT-ATCGTCGTC-GGTCGGTGGTATGGGTGGATTCTGCACGTCTGATGCCTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCGCCGGTCTGCGCCGGCCCGAA-CCTGCAACAAA-CA--AAGAN-G---GG-GCA-GTAA-GCCCTCC-CANAAC--ATCCGGGATACAAAAAAAA--AC--C---GGCTGAG-CCGAAG-CCCGCCAGAAAAAAG-GG-CGACAGNGCGCA-AGCG-CCCGTCT-ACGAATGGGA-AAG--CNAGGG-CGGTCCGGGT--CG-TG--TAAT--CCAGTAGGGTC-AATCCTN-CGGAGCGGT-AGGAC-TACCACTCGCGATCCTCGTATACTCAAAGGGTGTCCGAGGGATCCGGGCTCTGGCGGGTACTCAGAGCACATA-GCCCTCTCCAGCATGTGGCCGGGGGGC-GTCCCTCGG-CTGCTCNGAGGTACTCCATCACACCGGTCC-GCTCAACCACATGTCCTGCAGGCCATCCTTCCAAAGTGTGGGTCTCTTCGTCAACATCCAGCAGGGTCCTCATCCCTC--GCGGGNGCAGGTCCTNCGTATGCCCCATCCGGAAANCAGGCTTCCGGAACNGGGGCTANTGGCGACGGNGTCCAAGCCGGTGAGGGCTCCCTCCTGGTTTCCAAGCTCTCTTCAGCTTCTCTCGAGGTCCGTTTCACCCCGGAACGGGTAGCTNGCTGACNGAAANCNACGGAGATGCGTCNGACCNGGCAGCACCCAGGCCCGNACNCGGNGGGCAGANGTACTGGTCCGGGCCCGACAAATCGTCAACNGTGACCTCCCCACNAGCCCNNTGATNCCGCTCATCACANTGGTCAAACTGAACCATGGGCCTACCATCATCAGGTNTGCGACAGATGCAGTAAGCATCTGAGTCGTATAAAGGGTCAAGGTC---------AGC--ACTT-------GAGTCTGG------AGAATGCTCCTTAACCTTACGGGGCCTACCTCGCCGGCGCCGGT-----------GATCCGGGACCACCCCTTCCCCCCTGGGAACTGGCTAGGGTTCTGGGACCCGGAAGGCGGGTCCGAAGAAAGCCCCCTCACTTTCAGNAGCACACCTACCACCCACCTCCCCCGTA
Reference ( family-2093 ) : GTTTCNTTCAATACGCACCAGCTATCTTAGTTNACCAACTTCCGGAAGTCAAGTATTTATTAAGNTAC-AAT-ACATA-ATA-A-CCGCGGGTTC-CCC-GAGGNGGGCTCACCTC-----AT-ATCGTCGTC-GGTCGGTGGTATGGGTGGATTCTGCACGTCTGATGCCTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCGCCGGTCTGCGCCGGCCCGAA-CCTGCAACAAA-CA--AAGAC-----GG-GCA-GTAA-GCCCTCC-CANAAC--ATCCGGGATACAAAAAAAA--AC--C---GGCTGAG-CCGAAG-CCCGC-AGAAAAAAG-GG-CGACAGGGCGCG-AGCG-CCCGTCT-ACGAATGGGA-AAG--CNAGGG-CGGTCCGGGT--CG-TG--TAAT--CCAGTAGGGTC-AATCCT--CGGAGCGGT-AGGAC-TACCACTCGCGATCCTCGTATACTCAAAGGGTGTCCGAGGGATCCGGGCTCTGGCGGGTACTCAGAGCACATA-GCCCTCTCCAGCATGTGGCCGGGGGGC-GTCCCTCGG-CTGCTCNGAGGTACTCCATCACACCGGTCCCACTCAACCACATGTCCTGCAGGCCATCCTTCCAAAGTGTGGGTCTCTTCGTCAACATCCAGCAGGGTCCTCATCCCTC--GCGGGNGCAGGTCCTNCGTATGCCCCATCCGGAAANCAGGCTTCCGGAACNGGGGCTANTGGCGACGGNGTCCAAGCCGGTGAGGGCTCCCTCCTGGTTTCCAAGCTCTCTTCAGCTTCTCTCGAGGTCCGTTTCACCCCGGAACGGGTAGCTNGCTGACNGAAANCNACGGAGATGCGTCNGACCNGGCAGCACCCAGGCCCGNACNCGGNGGGCAGANGTACTGGTCCGGGCCCGACAAATCGTCAACNGTGACCTCCCCACNAGCCCNNTGATNCCGCTCATCACANTGGTCAAACTGAACCATGGGCCTACCATCATCAGGTNTGCGACAGATGCAGTAAGCATCTGAGTCGTATAAAGGGTCAAGGTC---------AGC--ACTT-------GAGTCTGG------AGAATGCTCCTTAACCTTACGGGGCCTACCTCGCCGGCGCCGGT-----------GATCCGGGACCACCCCTTCCCCCCTGGGAACTGGCTAGGGTTCTGGGACCCGGAAGGCGGGTCCGAAGAAAGCCCCCTCACTTTCAGNAGCACACCTACCACCCACCTCCCCCGTA
gi|1 : GTTTCCTTCA-TA-GTACCAGTTATC--AGTTAATTAACT------A---AAGTATTTATTGAGTTACTAATTACATA-ATATA-CCGCGGGTAC-CCC-GAGGTTGGCTCACCAC-----AT--TGGTCGTC---TCGCTGGTATGGGTGGATTCTGCACGTCTGATGCCTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCGCCGGTCTGCGCCGGCCCAAA-CCTGCAACAAA-CC--AAGGA-----GG-ACA-GTAA-GCCCTCC-CACAAT--ATCCGGGATACAAAAAAAA--AC--C---GGCTGAG-CCAAAG-CCCGCCAGAAAAAAGTGG-CGACAGAGCGCA-AGCG-CCTGTCT-ACGAATGGGA-AAGTCCAAGGGGCGGTCCGGGT--CG-TG--TAAT--CCAATAGGGTA-AATCCTT-CGGAGCGGT-AGGACATACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNAGGTACTCCATCACACCGGTCC-GCTCAACCACATATCCTGCAAGCCATCCTTCTAAAGTGTGAGTCTCTTCGTCAACATCCAGCAGGGTCCTCACTCCTC--ATGGGTGCAGGTCCTACATATGCCCCATCCGGAAACCAGGCTTCCGGAACAGGGGCTACTGGCGACAGTGTCCAAGCCGGTGAGGGCTCCCTCCTGGTTTCCAAGCTCTCTTCAGCTTCTCTCGAGGTCCGTTTCATCCCGGAACGGGTAACTGGCTGATTGAAATCCAAGGAGATACGTCGGATCCGGCAGTACCCAGGCCTGAACTCGGTGGGCAAAGGTACTGGTCGGGACCCAACAAATCGTCAACAGTGACCTCCCCACTAGCCCAATGATTCCGCTCATCACAATA-------TGAACCATGGGTCTAC---CATCAGATTTGCGA------------------GAGTCGTATAAAGGGTCAAGGTC---------AGC--ACAA-------AAGTCTGG------AGAATGCTCTTTAACCTTACGGCGCCTACCTTGCCGGCGCCGCTTTGGCTACAAAGATCTGAAACTACCCCTCCCCCCCTGGGGACTTGCTAGGCTTCAGGGACCTGGACGGTGGG-CTAAACAAAGCCCCCTCACTTTTAGAAGCACAACTACAATCAGCCTCCTCCATA
gi|10 : TTAACCTTACAGGGCCTACCTCTCCGGTTCTGGT-----------GATCCGAGACCACCCCTTCCCC--------------AAGG---TGGCACACAGAAGGT-GGTCC--AGAA--TCCCCTCACTTCCAATAGCACGCCTACCACCCACCTCCCCCG
gi|11 : TT---------AGC--ACTT-------GAGTCTGG------AGAATGCTCCTTCA------AGGGCCTATCTTGCCGGCGTCGGT-----------GAACCAGGACCACCCCTT-TCTTCTGGGGACTGGCTAGGGTTCTGTGACCC
gi|12 : cGTCCACATCCCTCTAACTGGAGCAGGTCGTCCGTATGCCCCATCAGGAAAACAGTCTTCCAGAAC
gi|13 : ggggtgtggattccccGTATAAAGGGTCAAGGTC---------AGCGGACTTCGCACAAAAGTCTGG------AAAATGCCCCTTAACCTTACAGGGCCTACCTTGCCGGCa
gi|14 : tC--GTGAGAGTAGATCCTCCCCGTGTCCCATCCGGTAAACAAGCTTTCGAAACCGAGGCTAGTGGTGAAGGGGTCC
gi|15 : GGGAACTGGCTAGGGTTCTGAAACCC---AGGTGGGTCCGAAGAAA-CCCCCTCACTTTCAGAAGCAC
gi|16 : cGTATTTGTTAAGTTAC-AGT-ATATATATA-A-ATTCGGGTTC-TCC-G-GAGGGGCTCACCTC-----A
gi|2 : GTTTCATTTAATACGCATTAGCTATTTTAGTTTACCAACTTCCGGAAGTCAAGTATTTATTCAGATCT-ATC-AAAGA-ATA----CGCAG--TCACTC-GAGGTTGGGTCATCTC-----------------------GCGGTATGGGTGGATTCTGCACGTCTGATGCTTC
gi|2 : agttgtaaacctgtcaaaaCGCCGGCCCGAAACCAGCACAAAA-CA--AAGAGAA---GGCGCA--TAA-CGCCTCCATACAAC--ATC-GGGATATAAAAAAAA---CGAC---GGCTGAGTCCGAAG-CCCGC-AGAAAAAGG-GG-CGACCATGCGCGCAGCGACCCGTCTGACGAACGGGA-AAG--CCAGGG-GGGTCCGGGTTACGCTG--TAATTTCCAGTATGGTCTAATTCTGCCGGAGCGGT-AGGAC-TAC-ACTCGCGATCCTCGTATACTCAAAGGGTGTCCGAGGGATCCGGGCTCTGGCGGGTACTCAGAGCACATA-ACCCTCTCCAGCATGTGGCCGGGGGGC-GTCCCTCGG-CTGCTCAGAGGTA-TCCATCACACCGGTCCCACTCAAC--GATGCCCTTGAGGCCATCCTTC--AAATGTGGGT-TCTT-GTCAACATCCAGCAGagaccggtagttccgagtgcggggtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgccggcccgaaaccagcacaaaacaaagagaaggcgcataacgcctccatacaacatcgggatataaaaaaaacgacggctgagtccgaagcccgcagaaaaaggggcgaccatgcgcgcagcgacccgtctgacgaacgggaaagccaggggggtccgggttacgctgtaatttccagtatggtctaattctgccggagcggtaggactacactcgcgatcctcgtatactcaaagggtgtccgagggatccgggctctggcgggtactcagagcacataaccctctccagcatgtggccggggggcgtccctcggctgctcagaggtatccatcacaccggtcccactcaacgatgcccttgaggccatccttcaaatgtgggttcttgtcaacatccagcag
gi|3 : agttgtaaacctgtcaaaagtttcatttaatacgcattagctattttagtttaccaacttccggaagtcaagtatttattcagatctatcaaagaatacgcagtcactcgaggttgggtcatctcgcggtatgggtggattctgcacgtctgatgcttcagaccggtagttccgagtgcggggtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGTATTTACTAG---AC-AA--ACA-A-ATACA-CTGTGGGTTC-CCT-CAAGAGGGCTCACCTCATCATAT-ATCGTCGTC-AGTCTGTG----GGGTAG--TCGTCACGTCTGGTACCTCC
gi|3 : ctaGCCGGCCTGCGCCGACACGAA-CCTGCAACAAATCATTAAGAT-----GG-GCACGTAACGCCTTCC-CAGAAC--ATCCGGGATACAAAAAAACCCAC--C---GGCTGAG-CCGAAG-CCCGCTAGAAAAAAG-GGGCGACAGGGCGCA-AGCG-CCCGTCT-ACGTATGGCT-AGG--CAAGGC-CGGTCCGGGT--CG-TGTCTAAT--CCAGTAGGGTC-AATCCGA-CAAAGCGGT-AGGAC-agcatgtagacttcaagtgcggaattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctgccggcctgcgccgacacgaacctgcaacaaatcattaagatgggcacgtaacgccttcccagaacatccgggatacaaaaaaacccaccggctgagccgaagcccgctagaaaaaaggggcgacagggcgcaagcgcccgtctacgtatggctaggcaaggccggtccgggtcgtgtctaatccagtagggtcaatccgacaaagcggtaggacct
gi|4 : ctaaagtatttactagacaaacaaatacactgtgggttccctcaagagggctcacctcatcatatatcgtcgtcagtctgtggggtagtcgtcacgtctggtacctccagcatgtagacttcaagtgcggaattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctTCACCTCGGAA----TAGCTTG--AACAGAAAGCGACAGAGATGCATCTGACCAGACAGCACCCAGACCCATACACGGAGGGCAGATGTACTGGTCCAAGCCCGACAAATCGTCAACCGTAACCTCTTCACAAGCCTTTTAATACCACTCATCACACTGGTCAAACTGAACCATGAGCCTACCATCATCAAGTGTACGACAGATGCAGTAAGCATCTGAATCAGATAAGGAGTCAAGGTCGAAGGACTTAGC--ATTT-------GAGTCTGGAGACTCAGAATTCTGCTTAACCTTACGAGGCCTACCTCGCCGGCGTCAGT-----------GATCCAGGACCAACCCTTCATGCC-GGGAACTGGCTAGGGTTCTGAAACCC---AGGTGGGTCCGAAGAAA-CCCCCTCACTTTCAGAAGCACACCTACCACCCACCTCCCCTGTAct
gi|5 : ggttcctcctatcatcactttatccccacactgggcCCCTGG-AACTGGCTAGGGTTCTGGGACCCAGAAGGCGGG-CTAGAGGAAGCTCCCCCACTTTCAGTAGCACAACGTCCATCCACCTCCCCCGTAg
gi|6 : GGCGGGCTAGAAGAA-GCCCCCTCACTTTCAGTAGCACACCTACCACCCACCTCCTCTGgaattgggtctgtgtaccctaaccttctcttgacagtgggacaaccataagggatatccctagtcccatcaccccttcatatattcatgattaaccaccataacaaaccacttggtcttaacccggtagagctgggattagagttttttcagaataataccaggaccctttgaacagggagggggataacttcctaaatttgcccttca
gi|7 : actcCATATGCCCTCTCCAGCATATGGCCGGGGGGTTATCCCTCGGGCTGCTCC-AGGTACTCCATCACACCGGTCC-ACTCAACCACATGTCCTGCAGGCCATCCTTCCAAAGTGTGGGTCTCTTCGTCAACATCCAGCAGGGTCCTCAT---------GGGTGCAGGTCCTACATATGCCCCATCCGGAATCCAAGCTTCCGGAcgtcaacttctctcgataatgggacaaccataagatgatgtcccggtctcgataccccttcaaacggtcatggttaaccaccataacagaagacttagtattaaccagatagaagtgggggctgaatttcttcaggatgatgccagggcccttccaggagtaggataacgtcattcactagcccttcactt
gi|8 : GGTCTGCGCCGGCCCAAG---TGCAACAAA--A--AACACCGGCTGG-GCG---AA-GCCCGAG--AAAACTAAT--GGGA-ACAAAAAAAA--AA--CACAGGCTGAG-CCGAAGCCCCGC-AGAAAAAA---------------CA-AACG---GGTCT-AC-AATAGGATAAG--TCAAGG-C-GTCC-GGT--CT-GG--T--T--GTACTGGGGTC-AATCCT--CGGAGCGGTAAGGAC-
gi|9 : AGTATTTGTTAAAGTAC-AAT-ACA-A-GTA-ATTCGTGGTTTC-CCCTGAGGGGGGCTCACCTC-----ATAATCAACGTCTGGTCAATTCTA-GGGT--CTTCTGTAGCTCTGctctac
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 11 4444444444 11 1 2222 555555555555555555555555555555 111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 3333333333333333333333 1 11 11 11 3333333333 1 11111 1 11 1 1 11 1 11 1 11 11 1 1 1 1 1 1 1 1 1 11 1 1 222222222 2222 11 3333333 222 666666666666666666 444444444 11 3333333 222222 44444444444 111 11
lowQualScore : 1 5 5 88 1 0000000000 77 8 11 5 8 8888 5 8 8 0 1 444444444444444444444444444444 222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22 4444444444444444444444 0 66 1 33 11 3 4444444444 0 6 55555 777 0 22 0 0 2 0 33 1 0 2 2 33 0 33 3 33 0 0 0 0 0 0 5 3 3 3 11 6 3 0 6 2 6 6 666666666 1 1 4 1 1 1 2 1 2222 1 88 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 2 1 1 22 1 1 2222222 111 1 222222222222222222 000000000 33 2222222 888888 77777777777 22 3 5 2 777 0 9 3 88 1
lowQualScore : . . . .. . .......... .. . .. . . .... . . . . . .............................. ... ................................................................................................................................................... .. ...................... . .. . .. .. . .......... . . ..... ... . .. . . . . .. . . . . .. . .. . .. . . . . . . . . . . .. . . . . . . . ......... . . . . . . . . .... . .. . . . . . . . . . . . . . .. . . ....... ... . .................. ......... .. ....... ...... ........... .. . . . ... . . . .. .
lowQualScore : 0 5 0 55 0 0000000000 00 0 88 4 0 0000 0 0 0 8 0 333333333333333333333333333333 000 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55 2222222222222222222222 0 55 0 88 22 2 5555555555 0 5 00000 888 0 55 2 0 5 0 88 0 0 5 5 88 0 88 2 88 2 0 8 0 0 0 0 3 3 3 33 7 3 7 7 0 7 7 222222222 0 0 2 0 0 0 5 0 5555 0 00 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 5 0 0 00 0 0 0000000 000 0 555555555555555555 000000000 88 5555555 888888 55555555555 88 2 6 5 000 7 8 7 22 0
consensus : GTTTCNTTCAATACGCACCAGCTATCTTAGTTNACCAACTTCCGGAAGTCAAGTATTTATTAAGNTAC-AAT-ACATA-ATA-AC-CGCGGGTTC-CCC-GAGGNGGGCTCACCTC-----AT-ATCGTCGTC-GGTCGGTGGTATGGGTGGATTCTGCACGTCTGATGCCTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCGCCGGTCTGCGCCGGCCCGAA-CCTGCAACAAA-CA--AA----GGNGGGGCGCGTAA-GCCCTCC-CANAAC--ATCCGGGATACAAAAAAAA--AC--C---GGCTGAG-CCGAAGCCCGCCAGAAAAAAG-GG-CGACAGNGCGCA-AGCG-CCCGTCT-ACGAATGGGA-AAG--CNAGGG-CGGTCCGGGT--CG-TG--TAAT--CCAGTAGGGTC-AATCCTNC-GGAGCGGT-AGGAC-TACCACTCGCGATCCTCGTATACTCAAAGGGTGTCCGAGGGATCCGGGCTCTGGCGGGTACTCAGAGCACATA-GCCCTCTCCAGCATGTGGCCGGGGGGC-GTCCCTCGG-CTGCTCNGAGGTACTCCATCACACCGGT-CCGCTCAACCACATGTCCTGCAGGCCATCCTTCCAAAGTGTGGGTCTCTTCGTCAACATCCAGCAGGGTCCTCATCCCTC--GCGGGNGCAGGTCCTNCGTATGCCCCATCCGGAAANCAGGCTTCCGGAACNGGGGCTANTGGCGACGGNGTCCAAGCCGGTGAGGGCTCCCTCCTGGTTTCCAAGCTCTCTTCAGCTTCTCTCGAGGTCCGTTTCACCCCGGAACGGGTAGCTNGCTGACNGAAANCNACGGAGATGCGTCNGACCNGGCAGCACCCAGGCCCGNACNCGGNGGGCAGANGTACTGGTCCGGGCCCGACAAATCGTCAACNGTGACCTCCCCACNAGCCCNNTGATNCCGCTCATCACANTGGTCAAACTGAACCATGGGCCTACCATCATCAGGTNTGCGACAGATGCAGTAAGCATCTGAGTCGTATAAAGGGTCAAGGTC---------AGC--ACTT-------GAGTCTGG------AGAATGCTCCTTAACCTTACGGGGCCTACCTCGCCGGCGCCGGT-----------GATCCGGGACCACCCCTTCCCCCCTGGGAACTGGCTAGGGTTCTGGGACCCGGAAGGCGGGTCCGAAGAAAGCCCCCTCACTTTCAGNAGCACACCTACCACCCACCTCCCCCGTA
Reference ( family-2093 ) : GTTTCNTTCAATACGCACCAGCTATCTTAGTTNACCAACTTCCGGAAGTCAAGTATTTATTAAGNTAC-AAT-ACATA-ATA-AC-CGCGGGTTC-CCC-GAGGNGGGCTCACCTC-----AT-ATCGTCGTC-GGTCGGTGGTATGGGTGGATTCTGCACGTCTGATGCCTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCGCCGGTCTGCGCCGGCCCGAA-CCTGCAACAAA-CA--AA----GANGGGGCA-GTAA-GCCCTCC-CANAAC--ATCCGGGATACAAAAAAAA--AC--C---GGCTGAG-CCGAAGCCCGCCAGAAAAAAG-GG-CGACAGNGCGCA-AGCG-CCCGTCT-ACGAATGGGA-AAG--CNAGGG-CGGTCCGGGT--CG-TG--TAAT--CCAGTAGGGTC-AATCCTNC-GGAGCGGT-AGGAC-TACCACTCGCGATCCTCGTATACTCAAAGGGTGTCCGAGGGATCCGGGCTCTGGCGGGTACTCAGAGCACATA-GCCCTCTCCAGCATGTGGCCGGGGGGC-GTCCCTCGG-CTGCTCNGAGGTACTCCATCACACCGGT-CCGCTCAACCACATGTCCTGCAGGCCATCCTTCCAAAGTGTGGGTCTCTTCGTCAACATCCAGCAGGGTCCTCATCCCTC--GCGGGNGCAGGTCCTNCGTATGCCCCATCCGGAAANCAGGCTTCCGGAACNGGGGCTANTGGCGACGGNGTCCAAGCCGGTGAGGGCTCCCTCCTGGTTTCCAAGCTCTCTTCAGCTTCTCTCGAGGTCCGTTTCACCCCGGAACGGGTAGCTNGCTGACNGAAANCNACGGAGATGCGTCNGACCNGGCAGCACCCAGGCCCGNACNCGGNGGGCAGANGTACTGGTCCGGGCCCGACAAATCGTCAACNGTGACCTCCCCACNAGCCCNNTGATNCCGCTCATCACANTGGTCAAACTGAACCATGGGCCTACCATCATCAGGTNTGCGACAGATGCAGTAAGCATCTGAGTCGTATAAAGGGTCAAGGTC---------AGC--ACTT-------GAGTCTGG------AGAATGCTCCTTAACCTTACGGGGCCTACCTCGCCGGCGCCGGT-----------GATCCGGGACCACCCCTTCCCCCCTGGGAACTGGCTAGGGTTCTGGGACCCGGAAGGCGGGTCCGAAGAAAGCCCCCTCACTTTCAGNAGCACACCTACCACCCACCTCCCCCGTA
gi|1 : GTTTCCTTCA-TA-GTACCAGTTATC--AGTTAATTAACT------A---AAGTATTTATTGAGTTACTAATTACATA-ATATAC-CGCGGGTAC-CCC-GAGGTTGGCTCACCAC-----AT--TGGTCGTC---TCGCTGGTATGGGTGGATTCTGCACGTCTGATGCCTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCGCCGGTCTGCGCCGGCCCAAA-CCTGCAACAAA-CC--AA----GGAGGA-CA-GTAA-GCCCTCC-CACAAT--ATCCGGGATACAAAAAAAA--AC--C---GGCTGAG-CCAAAGCCCGCCAGAAAAAAGTGG-CGACAGAGCGCA-AGCG-CCTGTCT-ACGAATGGGA-AAGTCCAAGGGGCGGTCCGGGT--CG-TG--TAAT--CCAATAGGGTA-AATCCTTC-GGAGCGGT-AGGACATACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNAGGTACTCCATCACACCGGT-CCGCTCAACCACATATCCTGCAAGCCATCCTTCTAAAGTGTGAGTCTCTTCGTCAACATCCAGCAGGGTCCTCACTCCTC--ATGGGTGCAGGTCCTACATATGCCCCATCCGGAAACCAGGCTTCCGGAACAGGGGCTACTGGCGACAGTGTCCAAGCCGGTGAGGGCTCCCTCCTGGTTTCCAAGCTCTCTTCAGCTTCTCTCGAGGTCCGTTTCATCCCGGAACGGGTAACTGGCTGATTGAAATCCAAGGAGATACGTCGGATCCGGCAGTACCCAGGCCTGAACTCGGTGGGCAAAGGTACTGGTCGGGACCCAACAAATCGTCAACAGTGACCTCCCCACTAGCCCAATGATTCCGCTCATCACAATA-------TGAACCATGGGTCTAC---CATCAGATTTGCGA------------------GAGTCGTATAAAGGGTCAAGGTC---------AGC--ACAA-------AAGTCTGG------AGAATGCTCTTTAACCTTACGGCGCCTACCTTGCCGGCGCCGCTTTGGCTACAAAGATCTGAAACTACCCCTCCCCCCCTGGGGACTTGCTAGGCTTCAGGGACCTGGACGGTGGG-CTAAACAAAGCCCCCTCACTTTTAGAAGCACAACTACAATCAGCCTCCTCCATA
gi|10 : TTAACCTTACAGGGCCTACCTCTCCGGTTCTGGT-----------GATCCGAGACCACCCCTTCCCC--------------AAGG---TGGCACACAGAAGGT-GGTCC--AGAA--TCCCCTCACTTCCAATAGCACGCCTACCACCCACCTCCCCCG
gi|11 : TT---------AGC--ACTT-------GAGTCTGG------AGAATGCTCCTTCA------AGGGCCTATCTTGCCGGCGTCGGT-----------GAACCAGGACCACCCCTT-TCTTCTGGGGACTGGCTAGGGTTCTGTGACCC
gi|12 : cGTCCACATCCCTCTAACTGGAGCAGGTCGTCCGTATGCCCCATCAGGAAAACAGTCTTCCAGAAC
gi|13 : ggggtgtggattccccGTATAAAGGGTCAAGGTC---------AGCGGACTTCGCACAAAAGTCTGG------AAAATGCCCCTTAACCTTACAGGGCCTACCTTGCCGGCa
gi|14 : tC--GTGAGAGTAGATCCTCCCCGTGTCCCATCCGGTAAACAAGCTTTCGAAACCGAGGCTAGTGGTGAAGGGGTCC
gi|15 : GGGAACTGGCTAGGGTTCTGAAACCC---AGGTGGGTCCGAAGAAA-CCCCCTCACTTTCAGAAGCAC
gi|16 : cGTATTTGTTAAGTTAC-AGT-ATATATATA-AA-TTCGGGTTC-TCC-G-GAGGGGCTCACCTC-----A
gi|2 : GTTTCATTTAATACGCATTAGCTATTTTAGTTTACCAACTTCCGGAAGTCAAGTATTTATTCAGATCT-ATC-AAAGA-ATA----CGCAG--TCACTC-GAGGTTGGGTCATCTC-----------------------GCGGTATGGGTGGATTCTGCACGTCTGATGCTTC
gi|2 : agttgtaaacctgtcaaaaCGCCGGCCCGAAACCAGCACAAAA-CA--AA----GAGAAGGCGCATAA-CGCCTCCATACAAC--ATC-GGGATATAAAAAAAA---CGAC---GGCTGAGTCCGAAGCCCGC-AGAAAAAGG-GG-CGACCATGCGCGCAGCGACCCGTCTGACGAACGGGA-AAG--CCAGGG-GGGTCCGGGTTACGCTG--TAATTTCCAGTATGGTCTAATTCTGCCGGAGCGGT-AGGAC-TAC-ACTCGCGATCCTCGTATACTCAAAGGGTGTCCGAGGGATCCGGGCTCTGGCGGGTACTCAGAGCACATA-ACCCTCTCCAGCATGTGGCCGGGGGGC-GTCCCTCGG-CTGCTCAGAGGTA-TCCATCACACCGGTCCCACTCAAC--GATGCCCTTGAGGCCATCCTTC--AAATGTGGGT-TCTT-GTCAACATCCAGCAGagaccggtagttccgagtgcggggtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgccggcccgaaaccagcacaaaacaaagagaaggcgcataacgcctccatacaacatcgggatataaaaaaaacgacggctgagtccgaagcccgcagaaaaaggggcgaccatgcgcgcagcgacccgtctgacgaacgggaaagccaggggggtccgggttacgctgtaatttccagtatggtctaattctgccggagcggtaggactacactcgcgatcctcgtatactcaaagggtgtccgagggatccgggctctggcgggtactcagagcacataaccctctccagcatgtggccggggggcgtccctcggctgctcagaggtatccatcacaccggtcccactcaacgatgcccttgaggccatccttcaaatgtgggttcttgtcaacatccagcag
gi|3 : agttgtaaacctgtcaaaagtttcatttaatacgcattagctattttagtttaccaacttccggaagtcaagtatttattcagatctatcaaagaatacgcagtcactcgaggttgggtcatctcgcggtatgggtggattctgcacgtctgatgcttcagaccggtagttccgagtgcggggtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGTATTTACTAG---AC-AA--ACA-A-ATACAC-TGTGGGTTC-CCT-CAAGAGGGCTCACCTCATCATAT-ATCGTCGTC-AGTCTGTG----GGGTAG--TCGTCACGTCTGGTACCTCC
gi|3 : ctaGCCGGCCTGCGCCGACACGAA-CCTGCAACAAATCATTAA----GATGGG-CACGTAACGCCTTCC-CAGAAC--ATCCGGGATACAAAAAAACCCAC--C---GGCTGAG-CCGAAGCCCGCTAGAAAAAAG-GGGCGACAGGGCGCA-AGCG-CCCGTCT-ACGTATGGCT-AGG--CAAGGC-CGGTCCGGGT--CG-TGTCTAAT--CCAGTAGGGTC-AATCCGAC-AAAGCGGT-AGGAC-agcatgtagacttcaagtgcggaattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctgccggcctgcgccgacacgaacctgcaacaaatcattaagatgggcacgtaacgccttcccagaacatccgggatacaaaaaaacccaccggctgagccgaagcccgctagaaaaaaggggcgacagggcgcaagcgcccgtctacgtatggctaggcaaggccggtccgggtcgtgtctaatccagtagggtcaatccgacaaagcggtaggacct
gi|4 : ctaaagtatttactagacaaacaaatacactgtgggttccctcaagagggctcacctcatcatatatcgtcgtcagtctgtggggtagtcgtcacgtctggtacctccagcatgtagacttcaagtgcggaattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctTCACCTCGGAA----TAGCTTG--AACAGAAAGCGACAGAGATGCATCTGACCAGACAGCACCCAGACCCATACACGGAGGGCAGATGTACTGGTCCAAGCCCGACAAATCGTCAACCGTAACCTCTTCACAAGCCTTTTAATACCACTCATCACACTGGTCAAACTGAACCATGAGCCTACCATCATCAAGTGTACGACAGATGCAGTAAGCATCTGAATCAGATAAGGAGTCAAGGTCGAAGGACTTAGC--ATTT-------GAGTCTGGAGACTCAGAATTCTGCTTAACCTTACGAGGCCTACCTCGCCGGCGTCAGT-----------GATCCAGGACCAACCCTTCATGCC-GGGAACTGGCTAGGGTTCTGAAACCC---AGGTGGGTCCGAAGAAA-CCCCCTCACTTTCAGAAGCACACCTACCACCCACCTCCCCTGTAct
gi|5 : ggttcctcctatcatcactttatccccacactgggcCCCTGG-AACTGGCTAGGGTTCTGGGACCCAGAAGGCGGG-CTAGAGGAAGCTCCCCCACTTTCAGTAGCACAACGTCCATCCACCTCCCCCGTAg
gi|6 : GGCGGGCTAGAAGAA-GCCCCCTCACTTTCAGTAGCACACCTACCACCCACCTCCTCTGgaattgggtctgtgtaccctaaccttctcttgacagtgggacaaccataagggatatccctagtcccatcaccccttcatatattcatgattaaccaccataacaaaccacttggtcttaacccggtagagctgggattagagttttttcagaataataccaggaccctttgaacagggagggggataacttcctaaatttgcccttca
gi|7 : actcCATATGCCCTCTCCAGCATATGGCCGGGGGGTTATCCCTCGGGCTGCTCC-AGGTACTCCATCACACCGGT-CCACTCAACCACATGTCCTGCAGGCCATCCTTCCAAAGTGTGGGTCTCTTCGTCAACATCCAGCAGGGTCCTCAT---------GGGTGCAGGTCCTACATATGCCCCATCCGGAATCCAAGCTTCCGGAcgtcaacttctctcgataatgggacaaccataagatgatgtcccggtctcgataccccttcaaacggtcatggttaaccaccataacagaagacttagtattaaccagatagaagtgggggctgaatttcttcaggatgatgccagggcccttccaggagtaggataacgtcattcactagcccttcactt
gi|8 : GGTCTGCGCCGGCCCAAG---TGCAACAAA--A--AACACCGGCTGGGCG---AA-GCCCGAG--AAAACTAAT--GGGA-ACAAAAAAAA--AA--CACAGGCTGAG-CCGAAGCCCCGCAGAAAAAA---------------CA-AACG---GGTCT-AC-AATAGGATAAG--TCAAGG-C-GTCC-GGT--CT-GG--T--T--GTACTGGGGTC-AATCCT-C-GGAGCGGTAAGGAC-
gi|9 : AGTATTTGTTAAAGTAC-AAT-ACA-A-GTA-ATTCGTGGTTTC-CCCTGAGGGGGGCTCACCTC-----ATAATCAACGTCTGGTCAATTCTA-GGGT--CTTCTGTAGCTCTGctctac
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 11 4444444444 11 1 2222 555555555555555555555555555555 111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 22222222222 11111 1 11 11 11 3333333333 1 11111 1 11 1 1 11 1 11 1 11 11 1 1 1 1 1 1 1 1 1 11 1 1 222222222 2222 11 3333333 222 666666666666666666 444444444 11 3333333 222222 44444444444 111 11
lowQualScore : 1 5 5 88 1 0000000000 77 8 11 5 8 8888 5 8 8 0 1 444444444444444444444444444444 222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22 66666666666 11 88888 0 66 1 33 11 3 4444444444 0 6 55555 777 0 22 0 0 2 0 33 1 0 2 2 33 0 33 3 33 0 0 0 0 0 0 5 3 3 3 11 6 3 0 6 2 6 6 666666666 1 1 4 1 1 1 2 1 2222 1 88 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 2 1 1 22 1 1 2222222 111 1 222222222222222222 000000000 33 2222222 888888 77777777777 22 3 5 2 777 0 9 3 88 1
lowQualScore : . . . .. . .......... .. . .. . . .... . . . . . .............................. ... ................................................................................................................................................... .. ........... .. ..... . .. . .. .. . .......... . . ..... ... . .. . . . . .. . . . . .. . .. . .. . . . . . . . . . . .. . . . . . . . ......... . . . . . . . . .... . .. . . . . . . . . . . . . . .. . . ....... ... . .................. ......... .. ....... ...... ........... .. . . . ... . . . .. .
lowQualScore : 0 5 0 55 0 0000000000 00 0 88 4 0 0000 0 0 0 8 0 333333333333333333333333333333 000 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55 55555555555 22 22222 0 55 0 88 22 2 5555555555 0 5 00000 888 0 55 2 0 5 0 88 0 0 5 5 88 0 88 2 88 2 0 8 0 0 0 0 3 3 3 33 7 3 7 7 0 7 7 222222222 0 0 2 0 0 0 5 0 5555 0 00 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 5 0 0 00 0 0 0000000 000 0 555555555555555555 000000000 88 5555555 888888 55555555555 88 2 6 5 000 7 8 7 22 0
consensus : GTTTCNTTCAATACGCACCAGCTATCTTAGTTNACCAACTTCCGGAAGTCAAGTATTTATTAAGNTAC-AAT-ACATA-ATA-AC-CGCGGGTTC-CCC-GAGGNGGGCTCACCTC-----AT-ATCGTCGTC-GGTCGGTGGTATGGGTGGATTCTGCACGTCTGATGCCTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCGCCGGTCTGCGCCGGCCCGAA-CCTGCAACAAA-CA--AA----GGNGGGGCGCGTAA-GCCCTCC-CANAAC--ATCCGGGATACAAAAAAAA--AC--C---GGCTGAG-CCGAAGCCCGCCAGAAAAAAG-GG-CGACAGNGCGCA-AGCG-CCCGTCT-ACGAATGGGA-AAG--CNAGGG-CGGTCCGGGT--CG-TG--TAAT--CCAGTAGGGTC-AATCCTNC-GGAGCGGT-AGGAC-TACCACTCGCGATCCTCGTATACTCAAAGGGTGTCCGAGGGATCCGGGCTCTGGCGGGTACTCAGAGCACATA-GCCCTCTCCAGCATGTGGCCGGGGGGC-GTCCCTCGG-CTGCTCNGAGGTACTCCATCACACCGGT-CCGCTCAACCACATGTCCTGCAGGCCATCCTTCCAAAGTGTGGGTCTCTTCGTCAACATCCAGCAGGGTCCTCATCCCTC--GCGGGNGCAGGTCCTNCGTATGCCCCATCCGGAAANCAGGCTTCCGGAACNGGGGCTANTGGCGACGGNGTCCAAGCCGGTGAGGGCTCCCTCCTGGTTTCCAAGCTCTCTTCAGCTTCTCTCGAGGTCCGTTTCACCCCGGAACGGGTAGCTNGCTGACNGAAANCNACGGAGATGCGTCNGACCNGGCAGCACCCAGGCCCGNACNCGGNGGGCAGANGTACTGGTCCGGGCCCGACAAATCGTCAACNGTGACCTCCCCACNAGCCCNNTGATNCCGCTCATCACANTGGTCAAACTGAACCATGGGCCTACCATCATCAGGTNTGCGACAGATGCAGTAAGCATCTGAGTCGTATAAAGGGTCAAGGTC---------AGC--ACTT-------GAGTCTGG------AGAATGCTCCTTAACCTTACGGGGCCTACCTCGCCGGCGCCGGT-----------GATCCGGGACCACCCCTTCCCCCCTGGGAACTGGCTAGGGTTCTGGGACCCGGAAGGCGGGTCCGAAGAAAGCCCCCTCACTTTCAGNAGCACACCTACCACCCACCTCCCCCGTA
Reference ( family-2093 ) : GTTTCNTTCAATACGCACCAGCTATCTTAGTTNACCAACTTCCGGAAGTCAAGTATTTATTAAGNTAC-AAT-ACATA-ATA-AC-CGCGGGTTC-CCC-GAGGNGGGCTCACCTC-----AT-ATCGTCGTC-GGTCGGTGGTATGGGTGGATTCTGCACGTCTGATGCCTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCGCCGGTCTGCGCCGGCCCGAA-CCTGCAACAAA-CA--AA----GGNGGGGCGCGTAA-GCCCTCC-CANAAC--ATCCGGGATACAAAAAAAA--AC--C---GGCTGAG-CCGAAGCCCGCCAGAAAAAAG-GG-CGACAGNGCGCA-AGCG-CCCGTCT-ACGAATGGGA-AAG--CNAGGG-CGGTCCGGGT--CG-TG--TAAT--CCAGTAGGGTC-AATCCTNC-GGAGCGGT-AGGAC-TACCACTCGCGATCCTCGTATACTCAAAGGGTGTCCGAGGGATCCGGGCTCTGGCGGGTACTCAGAGCACATA-GCCCTCTCCAGCATGTGGCCGGGGGGC-GTCCCTCGG-CTGCTCNGAGGTACTCCATCACACCGGT-CCGCTCAACCACATGTCCTGCAGGCCATCCTTCCAAAGTGTGGGTCTCTTCGTCAACATCCAGCAGGGTCCTCATCCCTC--GCGGGNGCAGGTCCTNCGTATGCCCCATCCGGAAANCAGGCTTCCGGAACNGGGGCTANTGGCGACGGNGTCCAAGCCGGTGAGGGCTCCCTCCTGGTTTCCAAGCTCTCTTCAGCTTCTCTCGAGGTCCGTTTCACCCCGGAACGGGTAGCTNGCTGACNGAAANCNACGGAGATGCGTCNGACCNGGCAGCACCCAGGCCCGNACNCGGNGGGCAGANGTACTGGTCCGGGCCCGACAAATCGTCAACNGTGACCTCCCCACNAGCCCNNTGATNCCGCTCATCACANTGGTCAAACTGAACCATGGGCCTACCATCATCAGGTNTGCGACAGATGCAGTAAGCATCTGAGTCGTATAAAGGGTCAAGGTC---------AGC--ACTT-------GAGTCTGG------AGAATGCTCCTTAACCTTACGGGGCCTACCTCGCCGGCGCCGGT-----------GATCCGGGACCACCCCTTCCCCCCTGGGAACTGGCTAGGGTTCTGGGACCCGGAAGGCGGGTCCGAAGAAAGCCCCCTCACTTTCAGNAGCACACCTACCACCCACCTCCCCCGTA
gi|1 : GTTTCCTTCA-TA-GTACCAGTTATC--AGTTAATTAACT------A---AAGTATTTATTGAGTTACTAATTACATA-ATATAC-CGCGGGTAC-CCC-GAGGTTGGCTCACCAC-----AT--TGGTCGTC---TCGCTGGTATGGGTGGATTCTGCACGTCTGATGCCTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCGCCGGTCTGCGCCGGCCCAAA-CCTGCAACAAA-CC--AA----GGAGGA-CA-GTAA-GCCCTCC-CACAAT--ATCCGGGATACAAAAAAAA--AC--C---GGCTGAG-CCAAAGCCCGCCAGAAAAAAGTGG-CGACAGAGCGCA-AGCG-CCTGTCT-ACGAATGGGA-AAGTCCAAGGGGCGGTCCGGGT--CG-TG--TAAT--CCAATAGGGTA-AATCCTTC-GGAGCGGT-AGGACATACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNAGGTACTCCATCACACCGGT-CCGCTCAACCACATATCCTGCAAGCCATCCTTCTAAAGTGTGAGTCTCTTCGTCAACATCCAGCAGGGTCCTCACTCCTC--ATGGGTGCAGGTCCTACATATGCCCCATCCGGAAACCAGGCTTCCGGAACAGGGGCTACTGGCGACAGTGTCCAAGCCGGTGAGGGCTCCCTCCTGGTTTCCAAGCTCTCTTCAGCTTCTCTCGAGGTCCGTTTCATCCCGGAACGGGTAACTGGCTGATTGAAATCCAAGGAGATACGTCGGATCCGGCAGTACCCAGGCCTGAACTCGGTGGGCAAAGGTACTGGTCGGGACCCAACAAATCGTCAACAGTGACCTCCCCACTAGCCCAATGATTCCGCTCATCACAATA-------TGAACCATGGGTCTAC---CATCAGATTTGCGA------------------GAGTCGTATAAAGGGTCAAGGTC---------AGC--ACAA-------AAGTCTGG------AGAATGCTCTTTAACCTTACGGCGCCTACCTTGCCGGCGCCGCTTTGGCTACAAAGATCTGAAACTACCCCTCCCCCCCTGGGGACTTGCTAGGCTTCAGGGACCTGGACGGTGGG-CTAAACAAAGCCCCCTCACTTTTAGAAGCACAACTACAATCAGCCTCCTCCATA
gi|10 : TTAACCTTACAGGGCCTACCTCTCCGGTTCTGGT-----------GATCCGAGACCACCCCTTCCCC--------------AAGG---TGGCACACAGAAGGT-GGTCC--AGAA--TCCCCTCACTTCCAATAGCACGCCTACCACCCACCTCCCCCG
gi|11 : TT---------AGC--ACTT-------GAGTCTGG------AGAATGCTCCTTCA------AGGGCCTATCTTGCCGGCGTCGGT-----------GAACCAGGACCACCCCTT-TCTTCTGGGGACTGGCTAGGGTTCTGTGACCC
gi|12 : cGTCCACATCCCTCTAACTGGAGCAGGTCGTCCGTATGCCCCATCAGGAAAACAGTCTTCCAGAAC
gi|13 : ggggtgtggattccccGTATAAAGGGTCAAGGTC---------AGCGGACTTCGCACAAAAGTCTGG------AAAATGCCCCTTAACCTTACAGGGCCTACCTTGCCGGCa
gi|14 : tC--GTGAGAGTAGATCCTCCCCGTGTCCCATCCGGTAAACAAGCTTTCGAAACCGAGGCTAGTGGTGAAGGGGTCC
gi|15 : GGGAACTGGCTAGGGTTCTGAAACCC---AGGTGGGTCCGAAGAAA-CCCCCTCACTTTCAGAAGCAC
gi|16 : cGTATTTGTTAAGTTAC-AGT-ATATATATA-AA-TTCGGGTTC-TCC-G-GAGGGGCTCACCTC-----A
gi|2 : GTTTCATTTAATACGCATTAGCTATTTTAGTTTACCAACTTCCGGAAGTCAAGTATTTATTCAGATCT-ATC-AAAGA-ATA----CGCAG--TCACTC-GAGGTTGGGTCATCTC-----------------------GCGGTATGGGTGGATTCTGCACGTCTGATGCTTC
gi|2 : agttgtaaacctgtcaaaaCGCCGGCCCGAAACCAGCACAAAA-CA--AA----GAGAAGGCGCATAA-CGCCTCCATACAAC--ATC-GGGATATAAAAAAAA---CGAC---GGCTGAGTCCGAAGCCCGC-AGAAAAAGG-GG-CGACCATGCGCGCAGCGACCCGTCTGACGAACGGGA-AAG--CCAGGG-GGGTCCGGGTTACGCTG--TAATTTCCAGTATGGTCTAATTCTGCCGGAGCGGT-AGGAC-TAC-ACTCGCGATCCTCGTATACTCAAAGGGTGTCCGAGGGATCCGGGCTCTGGCGGGTACTCAGAGCACATA-ACCCTCTCCAGCATGTGGCCGGGGGGC-GTCCCTCGG-CTGCTCAGAGGTA-TCCATCACACCGGTCCCACTCAAC--GATGCCCTTGAGGCCATCCTTC--AAATGTGGGT-TCTT-GTCAACATCCAGCAGagaccggtagttccgagtgcggggtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgccggcccgaaaccagcacaaaacaaagagaaggcgcataacgcctccatacaacatcgggatataaaaaaaacgacggctgagtccgaagcccgcagaaaaaggggcgaccatgcgcgcagcgacccgtctgacgaacgggaaagccaggggggtccgggttacgctgtaatttccagtatggtctaattctgccggagcggtaggactacactcgcgatcctcgtatactcaaagggtgtccgagggatccgggctctggcgggtactcagagcacataaccctctccagcatgtggccggggggcgtccctcggctgctcagaggtatccatcacaccggtcccactcaacgatgcccttgaggccatccttcaaatgtgggttcttgtcaacatccagcag
gi|3 : agttgtaaacctgtcaaaagtttcatttaatacgcattagctattttagtttaccaacttccggaagtcaagtatttattcagatctatcaaagaatacgcagtcactcgaggttgggtcatctcgcggtatgggtggattctgcacgtctgatgcttcagaccggtagttccgagtgcggggtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGTATTTACTAG---AC-AA--ACA-A-ATACAC-TGTGGGTTC-CCT-CAAGAGGGCTCACCTCATCATAT-ATCGTCGTC-AGTCTGTG----GGGTAG--TCGTCACGTCTGGTACCTCC
gi|3 : ctaGCCGGCCTGCGCCGACACGAA-CCTGCAACAAATCATTAA----GATGGG-CACGTAACGCCTTCC-CAGAAC--ATCCGGGATACAAAAAAACCCAC--C---GGCTGAG-CCGAAGCCCGCTAGAAAAAAG-GGGCGACAGGGCGCA-AGCG-CCCGTCT-ACGTATGGCT-AGG--CAAGGC-CGGTCCGGGT--CG-TGTCTAAT--CCAGTAGGGTC-AATCCGAC-AAAGCGGT-AGGAC-agcatgtagacttcaagtgcggaattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctgccggcctgcgccgacacgaacctgcaacaaatcattaagatgggcacgtaacgccttcccagaacatccgggatacaaaaaaacccaccggctgagccgaagcccgctagaaaaaaggggcgacagggcgcaagcgcccgtctacgtatggctaggcaaggccggtccgggtcgtgtctaatccagtagggtcaatccgacaaagcggtaggacct
gi|4 : ctaaagtatttactagacaaacaaatacactgtgggttccctcaagagggctcacctcatcatatatcgtcgtcagtctgtggggtagtcgtcacgtctggtacctccagcatgtagacttcaagtgcggaattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctTCACCTCGGAA----TAGCTTG--AACAGAAAGCGACAGAGATGCATCTGACCAGACAGCACCCAGACCCATACACGGAGGGCAGATGTACTGGTCCAAGCCCGACAAATCGTCAACCGTAACCTCTTCACAAGCCTTTTAATACCACTCATCACACTGGTCAAACTGAACCATGAGCCTACCATCATCAAGTGTACGACAGATGCAGTAAGCATCTGAATCAGATAAGGAGTCAAGGTCGAAGGACTTAGC--ATTT-------GAGTCTGGAGACTCAGAATTCTGCTTAACCTTACGAGGCCTACCTCGCCGGCGTCAGT-----------GATCCAGGACCAACCCTTCATGCC-GGGAACTGGCTAGGGTTCTGAAACCC---AGGTGGGTCCGAAGAAA-CCCCCTCACTTTCAGAAGCACACCTACCACCCACCTCCCCTGTAct
gi|5 : ggttcctcctatcatcactttatccccacactgggcCCCTGG-AACTGGCTAGGGTTCTGGGACCCAGAAGGCGGG-CTAGAGGAAGCTCCCCCACTTTCAGTAGCACAACGTCCATCCACCTCCCCCGTAg
gi|6 : GGCGGGCTAGAAGAA-GCCCCCTCACTTTCAGTAGCACACCTACCACCCACCTCCTCTGgaattgggtctgtgtaccctaaccttctcttgacagtgggacaaccataagggatatccctagtcccatcaccccttcatatattcatgattaaccaccataacaaaccacttggtcttaacccggtagagctgggattagagttttttcagaataataccaggaccctttgaacagggagggggataacttcctaaatttgcccttca
gi|7 : actcCATATGCCCTCTCCAGCATATGGCCGGGGGGTTATCCCTCGGGCTGCTCC-AGGTACTCCATCACACCGGT-CCACTCAACCACATGTCCTGCAGGCCATCCTTCCAAAGTGTGGGTCTCTTCGTCAACATCCAGCAGGGTCCTCAT---------GGGTGCAGGTCCTACATATGCCCCATCCGGAATCCAAGCTTCCGGAcgtcaacttctctcgataatgggacaaccataagatgatgtcccggtctcgataccccttcaaacggtcatggttaaccaccataacagaagacttagtattaaccagatagaagtgggggctgaatttcttcaggatgatgccagggcccttccaggagtaggataacgtcattcactagcccttcactt
gi|8 : GGTCTGCGCCGGCCCAAG---TGCAACAAA--A--AACACCGGCTGGGCG---AA-GCCCGAG--AAAACTAAT--GGGA-ACAAAAAAAA--AA--CACAGGCTGAG-CCGAAGCCCCGCAGAAAAAA---------------CA-AACG---GGTCT-AC-AATAGGATAAG--TCAAGG-C-GTCC-GGT--CT-GG--T--T--GTACTGGGGTC-AATCCT-C-GGAGCGGTAAGGAC-
gi|9 : AGTATTTGTTAAAGTAC-AAT-ACA-A-GTA-ATTCGTGGTTTC-CCCTGAGGGGGGCTCACCTC-----ATAATCAACGTCTGGTCAATTCTA-GGGT--CTTCTGTAGCTCTGctctac
blockSeqs : A A C TT T TCCGGAAGTC GT . T T T CAC G A T G ATCATATATCGTCGTCAGTCTGTG GGA AC TCATTAA GA GCGCA C AT C TA CC T AACACA T T GGGG CAT C AC G G T . C . G G TA C TC A TT T G C A . . T T G AG C C C C C C CCCTCTAAC A C G A C G A G . T . A G G C T A T A A T C C A TT A C GTCAAAC CAT G CAGATGCAGTAAGCATCT GAAGGACTT GG CGCACAA AGACTC . CC T T G AGA T G AG T
blockSeqs : GA . C G . ATT G . . T ATAATCAACGTCTGGTCAATTCTA AG C AAACACC TG CACG . C G . C T CCACC . C GGG AGG . C . G . . A . G G . . . A . . A . . . . . . C . . . . . . . A C C A . . . . . CA C T G AGA T G A A
blockSeqs : AG . T . . AA T . . A GCGGTAT C . CAAA CT GCG . . A . . . CGAC . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . T A A C . . . . . T C . G . T A A A
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . . . C G G T
blockSeqs : . . . . T
blockSeqCons : T* *** A*
originalCons : GTTTCNTTCAATACGCACCAGCTATCTTAGTTNACCAACTTCCGGAAGTCAAGTATTTATTAAGNTAC-AAT-ACATA-ATA-AC-CGCGGGTTC-CCC-GAGGNGGGCTCACCTC-----AT-ATCGTCGTC-GGTCGGTGGTATGGGTGGATTCTGCACGTCTGATGCCTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCGCCGGTCTGCGCCGGCCCGAA-CCTGCAACAAA-CA--AA----GGNGGGGCGCGTAA-GCCCTCC-CANAAC--ATCCGGGATACAAAAAAAA--AC--C---GGCTGAG-CCGAAGCCCGCCAGAAAAAAG-GG-CGACAGNGCGCA-AGCG-CCCGTCT-ACGAATGGGA-AAG--CNAGGG-CGGTCCGGGT--CG-TG--TAAT--CCAGTAGGGTC-AATCCTNC-GGAGCGGT-AGGAC-TACCACTCGCGATCCTCGTATACTCAAAGGGTGTCCGAGGGATCCGGGCTCTGGCGGGTACTCAGAGCACATA-GCCCTCTCCAGCATGTGGCCGGGGGGC-GTCCCTCGG-CTGCTCNGAGGTACTCCATCACACCGGT-CCGCTCAACCACATGTCCTGCAGGCCATCCTTCCAAAGTGTGGGTCTCTTCGTCAACATCCAGCAGGGTCCTCATCCCTC--GCGGGNGCAGGTCCTNCGTATGCCCCATCCGGAAANCAGGCTTCCGGAACNGGGGCTANTGGCGACGGNGTCCAAGCCGGTGAGGGCTCCCTCCTGGTTTCCAAGCTCTCTTCAGCTTCTCTCGAGGTCCGTTTCACCCCGGAACGGGTAGCTNGCTGACNGAAANCNACGGAGATGCGTCNGACCNGGCAGCACCCAGGCCCGNACNCGGNGGGCAGANGTACTGGTCCGGGCCCGACAAATCGTCAACNGTGACCTCCCCACNAGCCCNNTGATNCCGCTCATCACANTGGTCAAACTGAACCATGGGCCTACCATCATCAGGTNTGCGACAGATGCAGTAAGCATCTGAGTCGTATAAAGGGTCAAGGTC---------AGC--ACTT-------GAGTCTGG------AGAATGCTCCTTAACCTTACGGGGCCTACCTCGCCGGCGCCGGT-----------GATCCGGGACCACCCCTTCCCCCCTGGGAACTGGCTAGGGTTCTGGGACCCGGAAGGCGGGTCCGAAGAAAGCCCCCTCACTTTCAGNAGCACACCTACCACCCACCTCCCCCGTA
finalCons : GTTTCNTTCAATACGCACCAGCTATCTTAGTTNACCAACTTCCGGAAGTCAAGTATTTATTAAGNTAC-AAT-ACATA-ATA-AC-CGCGGGTTC-CCC-GAGGNGGGCTCACCTC-----AT-ATCGTCGTC-GGTCGGTGGTATGGGTGGATTCTGCACGTCTGATGCCTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCGCCGGTCTGCGCCGGCCCGAA-CCTGCAACAAA-CA--AA----GGNGGGGCGCGTAA-GCCCTCC-CANAAC--ATCCGGGATACAAAAAAAA--AC--C---GGCTGAG-CCGAAGCCCGCCAGAAAAAAG-GG-CGACAGNGCGCA-AGCG-CCCGTCT-ACGAATGGGA-AAG--CNAGGG-CGGTCCGGGT--CG-TG--TAAT--CCAGTAGGGTC-AATCCTNC-GGAGCGGT-AGGAC-TACCACTCGCGATCCTCGTATACTCAAAGGGTGTCCGAGGGATCCGGGCTCTGGCGGGTACTCAGAGCACATA-GCCCTCTCCAGCATGTGGCCGGGGGGC-GTCCCTCGG-CTGCTCNGAGGTACTCCATCACACCGGT-CCGCTCAACCACATGTCCTGCAGGCCATCCTTCCAAAGTGTGGGTCTCTTCGTCAACATCCAGCAGGGTCCTCATCCCTC--GCGGGNGCAGGTCCTNCGTATGCCCCATCCGGAAANCAGGCTTCCGGAACNGGGGCTANTGGCGACGGNGTCCAAGCCGGTGAGGGCTCCCTCCTGGTTTCCAAGCTCTCTTCAGCTTCTCTCGAGGTCCGTTTCACCCCGGAACGGGTAGCTNGCTGACNGAAANCNACGGAGATGCGTCNGACCNGGCAGCACCCAGGCCCGNACNCGGNGGGCAGANGTACTGGTCCGGGCCCGACAAATCGTCAACNGTGACCTCCCCACNAGCCCNNTGATNCCGCTCATCACANTGGTCAAACTGAACCATGGGCCTACCATCATCAGGTNTGCGACAGATGCAGTAAGCATCTGAGTCGTATAAAGGGTCAAGGTC---------AGC--ACTT-------GAGTCTGG------AGAATGCTCCTTAACCTTACGGGGCCTACCTCGCCGGCGCCGGT-----------GATCCGGGACCACCCCTTCCCCCCTGGGAACTGGCTAGGGTTCTGGGACCC---AGGCGGGTCCGAAGAAA-CCCCCTCACTTTCAGNAGCACACCTACCACCCACCTCCCCCGTA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 11 4444444444 11 1 2222 555555555555555555555555555555 111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 22222222222 11111 1 11 11 11 3333333333 1 11111 1 11 1 1 11 1 11 1 11 11 1 1 1 1 1 1 1 1 1 11 1 1 222222222 2222 11 3333333 222 666666666666666666 444444444 11 3333333 222222 44444444444 111 11
lowQualScore : 1 5 5 88 1 0000000000 77 8 11 5 8 8888 5 8 8 0 1 444444444444444444444444444444 222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22 66666666666 11 88888 0 66 1 33 11 3 4444444444 0 6 55555 777 0 22 0 0 2 0 33 1 0 2 2 33 0 33 3 33 0 0 0 0 0 0 5 3 3 3 11 6 3 0 6 2 6 6 666666666 1 1 4 1 1 1 2 1 2222 1 88 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 2 1 1 22 1 1 2222222 111 1 222222222222222222 000000000 33 2222222 888888 77777777777 22 3 5 2 111 88 22 6 1
lowQualScore : . . . .. . .......... .. . .. . . .... . . . . . .............................. ... ................................................................................................................................................... .. ........... .. ..... . .. . .. .. . .......... . . ..... ... . .. . . . . .. . . . . .. . .. . .. . . . . . . . . . . .. . . . . . . . ......... . . . . . . . . .... . .. . . . . . . . . . . . . . .. . . ....... ... . .................. ......... .. ....... ...... ........... .. . . . ... .. .. . .
lowQualScore : 0 5 0 55 0 0000000000 00 0 88 4 0 0000 0 0 0 8 0 333333333333333333333333333333 000 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55 55555555555 22 22222 0 55 0 88 22 2 5555555555 0 5 00000 888 0 55 2 0 5 0 88 0 0 5 5 88 0 88 2 88 2 0 8 0 0 0 0 3 3 3 33 7 3 7 7 0 7 7 222222222 0 0 2 0 0 0 5 0 5555 0 00 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 5 0 0 00 0 0 0000000 000 0 555555555555555555 000000000 88 5555555 888888 55555555555 88 2 6 5 777 33 00 7 0
consensus : GTTTCNTTCAATACGCACCAGCTATCTTAGTTNACCAACTTCCGGAAGTCAAGTATTTATTAAGNTAC-AAT-ACATA-ATA-AC-CGCGGGTTC-CCC-GAGGNGGGCTCACCTC-----AT-ATCGTCGTC-GGTCGGTGGTATGGGTGGATTCTGCACGTCTGATGCCTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCGCCGGTCTGCGCCGGCCCGAA-CCTGCAACAAA-CA--AA----GGNGGGGCGCGTAA-GCCCTCC-CANAAC--ATCCGGGATACAAAAAAAA--AC--C---GGCTGAG-CCGAAGCCCGCCAGAAAAAAG-GG-CGACAGNGCGCA-AGCG-CCCGTCT-ACGAATGGGA-AAG--CNAGGG-CGGTCCGGGT--CG-TG--TAAT--CCAGTAGGGTC-AATCCTNC-GGAGCGGT-AGGAC-TACCACTCGCGATCCTCGTATACTCAAAGGGTGTCCGAGGGATCCGGGCTCTGGCGGGTACTCAGAGCACATA-GCCCTCTCCAGCATGTGGCCGGGGGGC-GTCCCTCGG-CTGCTCNGAGGTACTCCATCACACCGGT-CCGCTCAACCACATGTCCTGCAGGCCATCCTTCCAAAGTGTGGGTCTCTTCGTCAACATCCAGCAGGGTCCTCATCCCTC--GCGGGNGCAGGTCCTNCGTATGCCCCATCCGGAAANCAGGCTTCCGGAACNGGGGCTANTGGCGACGGNGTCCAAGCCGGTGAGGGCTCCCTCCTGGTTTCCAAGCTCTCTTCAGCTTCTCTCGAGGTCCGTTTCACCCCGGAACGGGTAGCTNGCTGACNGAAANCNACGGAGATGCGTCNGACCNGGCAGCACCCAGGCCCGNACNCGGNGGGCAGANGTACTGGTCCGGGCCCGACAAATCGTCAACNGTGACCTCCCCACNAGCCCNNTGATNCCGCTCATCACANTGGTCAAACTGAACCATGGGCCTACCATCATCAGGTNTGCGACAGATGCAGTAAGCATCTGAGTCGTATAAAGGGTCAAGGTC---------AGC--ACTT-------GAGTCTGG------AGAATGCTCCTTAACCTTACGGGGCCTACCTCGCCGGCGCCGGT-----------GATCCGGGACCACCCCTTCCCCCCTGGGAACTGGCTAGGGTTCTGGGACCCAG---GCG--GGTCCGAAGAAA-CCCCCTCACTTTCAGNAGCACACCTACCACCCACCTCCCCCGTA
Reference ( family-2093 ) : GTTTCNTTCAATACGCACCAGCTATCTTAGTTNACCAACTTCCGGAAGTCAAGTATTTATTAAGNTAC-AAT-ACATA-ATA-AC-CGCGGGTTC-CCC-GAGGNGGGCTCACCTC-----AT-ATCGTCGTC-GGTCGGTGGTATGGGTGGATTCTGCACGTCTGATGCCTCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCGCCGGTCTGCGCCGGCCCGAA-CCTGCAACAAA-CA--AA----GGNGGGGCGCGTAA-GCCCTCC-CANAAC--ATCCGGGATACAAAAAAAA--AC--C---GGCTGAG-CCGAAGCCCGCCAGAAAAAAG-GG-CGACAGNGCGCA-AGCG-CCCGTCT-ACGAATGGGA-AAG--CNAGGG-CGGTCCGGGT--CG-TG--TAAT--CCAGTAGGGTC-AATCCTNC-GGAGCGGT-AGGAC-TACCACTCGCGATCCTCGTATACTCAAAGGGTGTCCGAGGGATCCGGGCTCTGGCGGGTACTCAGAGCACATA-GCCCTCTCCAGCATGTGGCCGGGGGGC-GTCCCTCGG-CTGCTCNGAGGTACTCCATCACACCGGT-CCGCTCAACCACATGTCCTGCAGGCCATCCTTCCAAAGTGTGGGTCTCTTCGTCAACATCCAGCAGGGTCCTCATCCCTC--GCGGGNGCAGGTCCTNCGTATGCCCCATCCGGAAANCAGGCTTCCGGAACNGGGGCTANTGGCGACGGNGTCCAAGCCGGTGAGGGCTCCCTCCTGGTTTCCAAGCTCTCTTCAGCTTCTCTCGAGGTCCGTTTCACCCCGGAACGGGTAGCTNGCTGACNGAAANCNACGGAGATGCGTCNGACCNGGCAGCACCCAGGCCCGNACNCGGNGGGCAGANGTACTGGTCCGGGCCCGACAAATCGTCAACNGTGACCTCCCCACNAGCCCNNTGATNCCGCTCATCACANTGGTCAAACTGAACCATGGGCCTACCATCATCAGGTNTGCGACAGATGCAGTAAGCATCTGAGTCGTATAAAGGGTCAAGGTC---------AGC--ACTT-------GAGTCTGG------AGAATGCTCCTTAACCTTACGGGGCCTACCTCGCCGGCGCCGGT-----------GATCCGGGACCACCCCTTCCCCCCTGGGAACTGGCTAGGGTTCTGGGACCCAG---GCG--GGTCCGAAGAAA-CCCCCTCACTTTCAGNAGCACACCTACCACCCACCTCCCCCGTA
gi|1 : GTTTCCTTCA-TA-GTACCAGTTATC--AGTTAATTAACT------A---AAGTATTTATTGAGTTACTAATTACATA-ATATAC-CGCGGGTAC-CCC-GAGGTTGGCTCACCAC-----AT--TGGTCGTC---TCGCTGGTATGGGTGGATTCTGCACGTCTGATGCCTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCGCCGGTCTGCGCCGGCCCAAA-CCTGCAACAAA-CC--AA----GGAGGA-CA-GTAA-GCCCTCC-CACAAT--ATCCGGGATACAAAAAAAA--AC--C---GGCTGAG-CCAAAGCCCGCCAGAAAAAAGTGG-CGACAGAGCGCA-AGCG-CCTGTCT-ACGAATGGGA-AAGTCCAAGGGGCGGTCCGGGT--CG-TG--TAAT--CCAATAGGGTA-AATCCTTC-GGAGCGGT-AGGACATACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNAGGTACTCCATCACACCGGT-CCGCTCAACCACATATCCTGCAAGCCATCCTTCTAAAGTGTGAGTCTCTTCGTCAACATCCAGCAGGGTCCTCACTCCTC--ATGGGTGCAGGTCCTACATATGCCCCATCCGGAAACCAGGCTTCCGGAACAGGGGCTACTGGCGACAGTGTCCAAGCCGGTGAGGGCTCCCTCCTGGTTTCCAAGCTCTCTTCAGCTTCTCTCGAGGTCCGTTTCATCCCGGAACGGGTAACTGGCTGATTGAAATCCAAGGAGATACGTCGGATCCGGCAGTACCCAGGCCTGAACTCGGTGGGCAAAGGTACTGGTCGGGACCCAACAAATCGTCAACAGTGACCTCCCCACTAGCCCAATGATTCCGCTCATCACAATA-------TGAACCATGGGTCTAC---CATCAGATTTGCGA------------------GAGTCGTATAAAGGGTCAAGGTC---------AGC--ACAA-------AAGTCTGG------AGAATGCTCTTTAACCTTACGGCGCCTACCTTGCCGGCGCCGCTTTGGCTACAAAGATCTGAAACTACCCCTCCCCCCCTGGGGACTTGCTAGGCTTCAGGGACCTGG---ACGGTGGGCTAAACAAAGCCCCCTCACTTTTAGAAGCACAACTACAATCAGCCTCCTCCATA
gi|10 : TTAACCTTACAGGGCCTACCTCTCCGGTTCTGGT-----------GATCCGAGACCACCCCTTCCCC--------------AAGG---TGGCACACAG---AAGGTGGTCC--AG-AA-TCCCCTCACTTCCAATAGCACGCCTACCACCCACCTCCCCCG
gi|11 : TT---------AGC--ACTT-------GAGTCTGG------AGAATGCTCCTTCA------AGGGCCTATCTTGCCGGCGTCGGT-----------GAACCAGGACCACCCCTT-TCTTCTGGGGACTGGCTAGGGTTCTGTGACCC
gi|12 : cGTCCACATCCCTCTAACTGGAGCAGGTCGTCCGTATGCCCCATCAGGAAAACAGTCTTCCAGAAC
gi|13 : ggggtgtggattccccGTATAAAGGGTCAAGGTC---------AGCGGACTTCGCACAAAAGTCTGG------AAAATGCCCCTTAACCTTACAGGGCCTACCTTGCCGGCa
gi|14 : tC--GTGAGAGTAGATCCTCCCCGTGTCCCATCCGGTAAACAAGCTTTCGAAACCGAGGCTAGTGGTGAAGGGGTCC
gi|15 : GGGAACTGGCTAGGGTTCTGAAACCCAG---GTG--GGTCCGAAGAAA-CCCCCTCACTTTCAGAAGCAC
gi|16 : cGTATTTGTTAAGTTAC-AGT-ATATATATA-AA-TTCGGGTTC-TCC-G-GAGGGGCTCACCTC-----A
gi|2 : GTTTCATTTAATACGCATTAGCTATTTTAGTTTACCAACTTCCGGAAGTCAAGTATTTATTCAGATCT-ATC-AAAGA-ATA----CGCAG--TCACTC-GAGGTTGGGTCATCTC-----------------------GCGGTATGGGTGGATTCTGCACGTCTGATGCTTC
gi|2 : agttgtaaacctgtcaaaaCGCCGGCCCGAAACCAGCACAAAA-CA--AA----GAGAAGGCGCATAA-CGCCTCCATACAAC--ATC-GGGATATAAAAAAAA---CGAC---GGCTGAGTCCGAAGCCCGC-AGAAAAAGG-GG-CGACCATGCGCGCAGCGACCCGTCTGACGAACGGGA-AAG--CCAGGG-GGGTCCGGGTTACGCTG--TAATTTCCAGTATGGTCTAATTCTGCCGGAGCGGT-AGGAC-TAC-ACTCGCGATCCTCGTATACTCAAAGGGTGTCCGAGGGATCCGGGCTCTGGCGGGTACTCAGAGCACATA-ACCCTCTCCAGCATGTGGCCGGGGGGC-GTCCCTCGG-CTGCTCAGAGGTA-TCCATCACACCGGTCCCACTCAAC--GATGCCCTTGAGGCCATCCTTC--AAATGTGGGT-TCTT-GTCAACATCCAGCAGagaccggtagttccgagtgcggggtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgccggcccgaaaccagcacaaaacaaagagaaggcgcataacgcctccatacaacatcgggatataaaaaaaacgacggctgagtccgaagcccgcagaaaaaggggcgaccatgcgcgcagcgacccgtctgacgaacgggaaagccaggggggtccgggttacgctgtaatttccagtatggtctaattctgccggagcggtaggactacactcgcgatcctcgtatactcaaagggtgtccgagggatccgggctctggcgggtactcagagcacataaccctctccagcatgtggccggggggcgtccctcggctgctcagaggtatccatcacaccggtcccactcaacgatgcccttgaggccatccttcaaatgtgggttcttgtcaacatccagcag
gi|3 : agttgtaaacctgtcaaaagtttcatttaatacgcattagctattttagtttaccaacttccggaagtcaagtatttattcagatctatcaaagaatacgcagtcactcgaggttgggtcatctcgcggtatgggtggattctgcacgtctgatgcttcagaccggtagttccgagtgcggggtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGTATTTACTAG---AC-AA--ACA-A-ATACAC-TGTGGGTTC-CCT-CAAGAGGGCTCACCTCATCATAT-ATCGTCGTC-AGTCTGTG----GGGTAG--TCGTCACGTCTGGTACCTCC
gi|3 : ctaGCCGGCCTGCGCCGACACGAA-CCTGCAACAAATCATTAA----GATGGG-CACGTAACGCCTTCC-CAGAAC--ATCCGGGATACAAAAAAACCCAC--C---GGCTGAG-CCGAAGCCCGCTAGAAAAAAG-GGGCGACAGGGCGCA-AGCG-CCCGTCT-ACGTATGGCT-AGG--CAAGGC-CGGTCCGGGT--CG-TGTCTAAT--CCAGTAGGGTC-AATCCGAC-AAAGCGGT-AGGAC-agcatgtagacttcaagtgcggaattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctgccggcctgcgccgacacgaacctgcaacaaatcattaagatgggcacgtaacgccttcccagaacatccgggatacaaaaaaacccaccggctgagccgaagcccgctagaaaaaaggggcgacagggcgcaagcgcccgtctacgtatggctaggcaaggccggtccgggtcgtgtctaatccagtagggtcaatccgacaaagcggtaggacct
gi|4 : ctaaagtatttactagacaaacaaatacactgtgggttccctcaagagggctcacctcatcatatatcgtcgtcagtctgtggggtagtcgtcacgtctggtacctccagcatgtagacttcaagtgcggaattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctTCACCTCGGAA----TAGCTTG--AACAGAAAGCGACAGAGATGCATCTGACCAGACAGCACCCAGACCCATACACGGAGGGCAGATGTACTGGTCCAAGCCCGACAAATCGTCAACCGTAACCTCTTCACAAGCCTTTTAATACCACTCATCACACTGGTCAAACTGAACCATGAGCCTACCATCATCAAGTGTACGACAGATGCAGTAAGCATCTGAATCAGATAAGGAGTCAAGGTCGAAGGACTTAGC--ATTT-------GAGTCTGGAGACTCAGAATTCTGCTTAACCTTACGAGGCCTACCTCGCCGGCGTCAGT-----------GATCCAGGACCAACCCTTCATGCC-GGGAACTGGCTAGGGTTCTGAAACCCAG---GTG--GGTCCGAAGAAA-CCCCCTCACTTTCAGAAGCACACCTACCACCCACCTCCCCTGTAct
gi|5 : ggttcctcctatcatcactttatccccacactgggcCCCTGG-AACTGGCTAGGGTTCTGGGACCCAGAAGGCG--GGCTAGAGGAAG-CTCCCCCACTTTCAGTAGCACAACGTCCATCCACCTCCCCCGTAg
gi|6 : G---GCG--GGCTAGAAGAAG-CCCCCTCACTTTCAGTAGCACACCTACCACCCACCTCCTCTGgaattgggtctgtgtaccctaaccttctcttgacagtgggacaaccataagggatatccctagtcccatcaccccttcatatattcatgattaaccaccataacaaaccacttggtcttaacccggtagagctgggattagagttttttcagaataataccaggaccctttgaacagggagggggataacttcctaaatttgcccttca
gi|7 : actcCATATGCCCTCTCCAGCATATGGCCGGGGGGTTATCCCTCGGGCTGCTCC-AGGTACTCCATCACACCGGT-CCACTCAACCACATGTCCTGCAGGCCATCCTTCCAAAGTGTGGGTCTCTTCGTCAACATCCAGCAGGGTCCTCAT---------GGGTGCAGGTCCTACATATGCCCCATCCGGAATCCAAGCTTCCGGAcgtcaacttctctcgataatgggacaaccataagatgatgtcccggtctcgataccccttcaaacggtcatggttaaccaccataacagaagacttagtattaaccagatagaagtgggggctgaatttcttcaggatgatgccagggcccttccaggagtaggataacgtcattcactagcccttcactt
gi|8 : GGTCTGCGCCGGCCCAAG---TGCAACAAA--A--AACACCGGCTGGGCG---AA-GCCCGAG--AAAACTAAT--GGGA-ACAAAAAAAA--AA--CACAGGCTGAG-CCGAAGCCCCGCAGAAAAAA---------------CA-AACG---GGTCT-AC-AATAGGATAAG--TCAAGG-C-GTCC-GGT--CT-GG--T--T--GTACTGGGGTC-AATCCT-C-GGAGCGGTAAGGAC-
gi|9 : AGTATTTGTTAAAGTAC-AAT-ACA-A-GTA-ATTCGTGGTTTC-CCCTGAGGGGGGCTCACCTC-----ATAATCAACGTCTGGTCAATTCTA-GGGT--CTTCTGTAGCTCTGctctac