lowQualScore : 88888888888888888888888 111111 1111111111111
lowQualScore : 3 1 8888 33333333333333333333333 0 000000 4444444444444 4 4 55
lowQualScore : . . .... ....................... . ...... ............. . . ..
lowQualScore : 2 1 5555 22222222222222222222222 7 444444 7777777777777 1 5 55
consensus : ATATTACAGTCTACTCCGGATATAT----TGAA--ATTCAGG-GACC-----N-G-CCTGAATTGTTCATTAT-----AT----CC-A-----AAGTTCAATATAACCGA--TGTTGAACTATATA
Reference ( gi|13 ) : ATATTACAGTCTACTCCGGATATAT----TGAA-CACTCTGG-GACT-----TTG-CCTGAATTGTTCATTAC-----AT----CC-A-----AAGTTCAGTATAACCAA--TGTTGAACTATATA
gi|4 : ATAT-ACAGTGTACTCTGGATATATATATTGAAATAC---AG-GAGA-----ATGACCTGGATTTTTCATTACGGTATAT----CC-A-----AAGTTCAGTATAACTGA--TATTAAACCATATA
gi|16 : ATAT-ACAGTCTACTCTGGAATTGT----TGAA--ATTCAGG-GACC-----A-A-CCGGAATTGTTCATGAT-----AT----CC-A-----AAGTTCAATGTgataaagttacaggggatttattaacaggtagttgaatatgagaaaatacagtataaa
gi|14 : TAATACAGTGTACTCCAGATATAC----TGA--CATTCTGGTGACC-------GACCTGAACTGATAATTAT-----AT----CC-A-----AAGTTCAATATAATCGA--TGTTGAACTt
gi|12 : TAGTAAAGTCTACTTCAGATATAT----TGAA--ATTCAGGAGACTGA---TT----TGACTTGTTCATTGT-----AT----GG-A-----AAATTCGATATAAATGA--TGTTGAACTATAg
gi|18 : acttgATTACAGTCTACTCCGCATATAT----TGAA--ATTCAGG-GAAC-----TGA-CCTGCATTGTTCAAAAT-----AT----CCAA-----AAGTTCA
gi|1 : ATTACAGTCTACCCTGGATGTAT----TGGA--ATCCAGG-GACTCGGACTGG-CCTGATTTGTTTGTT-------AT----CC-G-----GAGTTCAACATAACTGAACTGTTGtt
gi|5 : aTACAGTATAATCCGGATATAT----TGAA--ATTCAGG-G-------------------T-TTCATTAT-----AT----C--A-----AGGTTCAATATAACCAA--TGGTGAAGTGTATAgctttgatagaattaaatctgatacattcatataacaaaatagttcaaataataagtgaagtcaatataacagattaagtttcaaatatacagatgacttcaatataacagatagttcaatattaaggttgacttca
gi|6 : taTACAGTGTACTTCAAATATAT------GA-TAC-----------------G----GAATTGTTCATTAT-----ATATAACC-A-----AAGTTCGATATAACTGA--TATTAAAaataatgctaatggggatttatttttaatttcacagaaacagatagttcaatatgaaagatttcaataaaagtgat
gi|3 : acaAGTCTACTTCAGATATTT----TAAA--ATCAAAG-AACT-----AAA-CC--GATTCTTCATTAT-----AT----TA-A-----AAGTTCAAGGTAACCGA--CGCTAAATTACATAaaacattaatttttaatactgaaaatttatttatagatagttcaatataaccaatgttacactata
gi|7 : acttggtacagtcaaATCTAT----TGAA--ATTCAGG-GAAA-----TGA-CCTCAATTGTTCATTAT-----GT----AC-A-----AAGTTT------ACTGA--TGTTAAACTAAATctattattgtggacgaatttttacttcaatataacaagtagttcattataagcaactgta
gi|17 : G-CATGAATTTTTTATTAT-----AT----CA-A-----AAGTTCAATATAACTGA--TGTTGAACCATATgaataatgtaactgggatttatatttacttcaatgtaacaaacagttcaatataagtgactccagtataa
gi|8 : aaattgaagagacga-CCTGAAATCTTCATTAT-----AT----CC-G-----TAGTTAAATATAACCGA--TGTTGAGCCATATtgaaa
gi|9 : tgaaa-CCTGAATTGTTCATTGC-----AT----AC-ATAAATAAGTTCAGgaataatgttaactaaagtttctttttactccaatataacagatatattactataagcaactttgatttaagtggaat
gi|10 : taagtgaaatacactnaagggggaccga-CCTGAATTGTTCATTGC-----AT----AT-ATAAATAAGTTCAgggatttatttttacttcaacacaatagatagttcaatataagtga
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): TAAATACAGTCTACTTTGCGTATACTTAAATTCATGGACCCGAAATTCAATATAACCGATCATAAGTAATATTACTGGTGATAGTGATTAATTATTTTTTATTTCATTATAATAGATATTGGAATATAACAGACAGTTCAATATAACAGATACATATAGTTCAATATAACAGATAGTTCAATATAAGTGA
Unaligned ( gi|11 ): TATACGTGTATTGAAATTCAGGGGGACTGACCTTAATTGTTCACTTAAGTTCAATACACTACAGAAATAATATTACTGGGGTTCATTTATTCTTCAATAT
Unaligned ( gi|15 ): GGATATACCAGGGGGTATTGAAAATCAGGGGAGCGACCAGAATTATTCATCATGAATATCACAGAAACAATGTTACTGGG
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111111111
lowQualScore : 0 5555 2 777777777 9 33 00000 0 88888888 4444444444444 44
lowQualScore : . .... . ......... . .. ..... . ........ ............. ..
lowQualScore : 8 3333 4 222222222 4 22 11111 6 44444444 3333333333333 22
consensus : ATATTACAGTCTACTCCGGATATAT----TGAA-ATTCA--G------G-G--ACCG-G-CCTGAATTGTTCATT--A-----TAT----CC-A-----AAGTTCAATATAACCGA--TGTTGAACTATATA
Reference ( family-2064 ) : ATATTACAGTCTACTCCGGATATAT----TGAA-ATTCA--G------G-G--ACCN-G-CCTGAATTGTTCATT--A-----TAT----CC-A-----AAGTTCAATATAACCGA--TGTTGAACTATATA
gi|1 : ATTACAGTCTACCCTGGATGTAT----TGGA-ATCCA--GGGACTCG-G--ACTG-G-CCTGATTTGTTTGT---------TAT----CC-G-----GAGTTCAACATAACTGAACTGTTG
gi|10 : aAT----TGAA-TTTTA--G------G-GGGACCG-A-CCTGAATTGTTCATTGCA-----TAT----AT-AAAT--AAGTTCAAgctttgatagaattaaatctgatacattcatataacaaaatagttcaaataataagtgaagtcaatataacagattaagtttcaaatatacagatgacttcaatataacagatagttcaatattaaggttgacttca
gi|11 : TGTAT----TGAA-ATTCAGGG------G-G--ACTG-A-CCTTAATTGTTCACT--------T---------------AAGTTCAATACAgggatttatttttacttcaacataatagatagttcaatataagtga
gi|12 : tatacgTAGTAAAGTCTACTTCAGATATAT----TGAA-ATTCA--G------GAG--ACTG-A-TTTGACTTGTTCATT--G-----TAT----GG-A-----AAATTCGATATAAATGA--TGTTGAACTATActacagaaataatattactggggttcatttattcttcaatat
gi|13 : acttgATATTACAGTCTACTCCGGATATAT----TGAACACTCT--G------G-G--ACTTTG-CCTGAATTGTTCATT--A-----CAT----CC-A-----AAGTTCAGTATAACCAA--TGTTGAACTATATA
gi|14 : TAATACAGTGTACTCCAGATATAC----TGAC-ATTCT--G------GTG--ACCG-A-CCTGAACTGATAATT--A-----TAT----CC-A-----AAGTTCAATATAATCGA--TGTTGAACT
gi|15 : TAT----TGAA-AATCAG-G------G-G--AGCG-A-CCAGAATTATTCATC--A-----Tg
gi|16 : ggatataccagggggATAT-ACAGTCTACTCTGGAATTGT----TGAA-ATTCA--G------G-G--ACCA-A-CCGGAATTGTTCATG--A-----TAT----CC-A-----AAGTTCAATGTgaatatcacagaaacaatgttactggg
gi|17 : AA-ATTGA--A------GAG--ACGA-G-CATGAATTTTTTATT--A-----TAT----CA-A-----AAGTTCAATATAACTGA--TGTTGAACCATATt
gi|18 : ATTACAGTCTACTCCGCATATAT----TGAA-ATTCA--G------G-G--AACT-GACCTGCATTGTTCAAA--A-----TAT----CCAA-----AAGTTCAtgaaa
gi|2 : TACAGTCTACTTTGCGTATAC----TTAA-ATTCA--T------G-G--ACCC-G----------------------------------------AAATTCAATATAACCGA--tt
gi|3 : taaaAGTCTACTTCAGATATTT----TAAA-ATCAA--A------G-A--ACTA-A-ACCGA-TTCTTCATT--A-----TAT----TA-A-----AAGTTCAAGGTAACCGA--CGCTAAATTACATAcataagtaatattactggtgatagtgattaattattttttatttcattataatagatattggaatataacagacagttcaatataacagatacatatagttcaatataacagatagttcaatataagtga
gi|4 : acttggtacagtcaaATAT-ACAGTGTACTCTGGATATATATATTGAA-ATACA--G------GAG--AATG-A-CCTGGATTTTTCATT--ACGGTATAT----CC-A-----AAGTTCAGTATAACTGA--TATTAAACCATATActattattgtggacgaatttttacttcaatataacaagtagttcattataagcaactgta
gi|5 : TACAGTATAATCCGGATATAT----TGAA-ATTCA--G------G-G----------------T-TTCATT--A-----TAT----C--A-----AGGTTCAATATAACCAA--TGGTGAAGTGTATAgataaagttacaggggatttattaacaggtagttgaatatgagaaaatacagtataaa
gi|6 : taTACAGTGTACTTCAAATATAT-------------------------G--ATAC-G----GAATTGTTCATT--A-----TATATAACC-A-----AAGTTCGATATAACTGA--TATTAAAaataatgctaatggggatttatttttaatttcacagaaacagatagttcaatatgaaagatttcaataaaagtgat
gi|6 : acaTTTATT--------TAT----AG-A-----TAGTTCAATATAACCAA--TGTTACACTATAaaacattaatttttaatactgaaaatttatttatagatagttcaatataaccaatgttacactata
gi|7 : acatacagtgtacttcaaatatatgatacggaattgttcattatatataaccaaagttcgatataactgatattaaaaaacattaatttttaatactgaaaaATCTAT----TGAA-ATTCA--G------G-G--AAAT-GACCTCAATTGTTCATT--A-----TGT----AC-A-----AAGTTT------ACTGA--TGTTAAACTAAAT
gi|8 : -CCTGAAATCTTCATT--A-----TAT----CC-G-----TAGTTAAATATAACCGA--TGTTGAGCCATATgaataatgtaactgggatttatatttacttcaatgtaacaaacagttcaatataagtgactccagtataa
gi|9 : tgaaaATACAC----TNAA-G---G--G------G-G--ACCG-A-CCTGAATTGTTCATT--G-----CAT----AC-ATAAATAAGTTCAgaataatgttaactaaagtttctttttactccaatataacagatatattactataagcaactttgatttaagtggaat
Alignments
lowQualScore : 11111111111 1111111111111
lowQualScore : 0 5555 2 2 666666 11111111111 0 88888888 1111111111111 44
lowQualScore : . .... . . ...... ........... . ........ ............. ..
lowQualScore : 8 3333 4 4 888888 99999999999 6 44444444 1111111111111 22
consensus : ATATTACAGTCTACTCCGGATATAT----TGAA-ATTCA-G------G-G--AC-CG-ACCTGAATTGTTCATT--A-----TAT----CC-A-----AAGTTCAATATAACCGA--TGTTGAACTATATA
Reference ( family-2064 ) : ATATTACAGTCTACTCCGGATATAT----TGAA-ATTCA-G------G-G--AC-CG-GCCTGAATTGTTCATT--A-----TAT----CC-A-----AAGTTCAATATAACCGA--TGTTGAACTATATA
gi|1 : ATTACAGTCTACCCTGGATGTAT----TGGA-ATCCA-GGGACTCG-G--AC-TG-GCCTGATTTGTTTGT---------TAT----CC-G-----GAGTTCAACATAACTGAACTGTTG
gi|10 : aAT----TGAA-TTTTA-G------G-GGGAC-CG-ACCTGAATTGTTCATTGCA-----TAT----AT-AAAT--AAGTTCAAgctttgatagaattaaatctgatacattcatataacaaaatagttcaaataataagtgaagtcaatataacagattaagtttcaaatatacagatgacttcaatataacagatagttcaatattaaggttgacttca
gi|11 : TGTAT----TGAA-ATTCA-G------G-GGGAC-TG-ACCTTAATTGTTCACT--------T---------------AAGTTCAATACAgggatttatttttacttcaacataatagatagttcaatataagtga
gi|12 : tatacgTAGTAAAGTCTACTTCAGATATAT----TGAA-ATTCA-G------GAG--AC-TG-ATTTGACTTGTTCATT--G-----TAT----GG-A-----AAATTCGATATAAATGA--TGTTGAACTATActacagaaataatattactggggttcatttattcttcaatat
gi|13 : acttgATATTACAGTCTACTCCGGATATAT----TGAACACTCT-G------G-G--AC-TTTGCCTGAATTGTTCATT--A-----CAT----CC-A-----AAGTTCAGTATAACCAA--TGTTGAACTATATA
gi|14 : TAATACAGTGTACTCCAGATATAC----TGAC-ATTCT-G------GTG--AC-CG-ACCTGAACTGATAATT--A-----TAT----CC-A-----AAGTTCAATATAATCGA--TGTTGAACT
gi|15 : TAT----TGAA-AATCAGG------G-G--AG-CG-ACCAGAATTATTCATC--A-----Tg
gi|16 : ggatataccagggggATAT-ACAGTCTACTCTGGAATTGT----TGAA-ATTCA-G------G-G--AC-CA-ACCGGAATTGTTCATG--A-----TAT----CC-A-----AAGTTCAATGTgaatatcacagaaacaatgttactggg
gi|17 : AA-ATTGA-A------GAG--AC-GA-GCATGAATTTTTTATT--A-----TAT----CA-A-----AAGTTCAATATAACTGA--TGTTGAACCATATt
gi|18 : ATTACAGTCTACTCCGCATATAT----TGAA-ATTCA-G------G-GA-AC-TG-ACCTGCATTGTTCAAA--A-----TAT----CCAA-----AAGTTCAtgaaa
gi|2 : TACAGTCTACTTTGCGTATAC----TTAA-ATTCA-T------G-G--AC-----------------------------------CC-G-----AAATTCAATATAACCGA--tt
gi|3 : taaaAGTCTACTTCAGATATTT----TAAA-ATCAA-A------G-A--AC-TA-AACCGA-TTCTTCATT--A-----TAT----TA-A-----AAGTTCAAGGTAACCGA--CGCTAAATTACATAcataagtaatattactggtgatagtgattaattattttttatttcattataatagatattggaatataacagacagttcaatataacagatacatatagttcaatataacagatagttcaatataagtga
gi|4 : acttggtacagtcaaATAT-ACAGTGTACTCTGGATATATATATTGAA-ATACA-G------GAG--AA-TG-ACCTGGATTTTTCATT--ACGGTATAT----CC-A-----AAGTTCAGTATAACTGA--TATTAAACCATATActattattgtggacgaatttttacttcaatataacaagtagttcattataagcaactgta
gi|5 : TACAGTATAATCCGGATATAT----TGAA-ATTCA-G------G-G----------------T-TTCATT--A-----TAT----C--A-----AGGTTCAATATAACCAA--TGGTGAAGTGTATAgataaagttacaggggatttattaacaggtagttgaatatgagaaaatacagtataaa
gi|6 : taTACAGTGTACTTCAAATATAT-----GAT-A--------------------CG-G----AATTGTTCATT--A-----TATATAACC-A-----AAGTTCGATATAACTGA--TATTAAAaataatgctaatggggatttatttttaatttcacagaaacagatagttcaatatgaaagatttcaataaaagtgat
gi|6 : acaTTTATT--------TAT----AG-A-----TAGTTCAATATAACCAA--TGTTACACTATAaaacattaatttttaatactgaaaatttatttatagatagttcaatataaccaatgttacactata
gi|7 : acatacagtgtacttcaaatatatgatacggaattgttcattatatataaccaaagttcgatataactgatattaaaaaacattaatttttaatactgaaaaATCTAT----TGAA-ATTCA-G------G-G--AAATG-ACCTCAATTGTTCATT--A-----TGT----AC-A-----AAGTTT------ACTGA--TGTTAAACTAAAT
gi|8 : CCTGAAATCTTCATT--A-----TAT----CC-G-----TAGTTAAATATAACCGA--TGTTGAGCCATATgaataatgtaactgggatttatatttacttcaatgtaacaaacagttcaatataagtgactccagtataa
gi|9 : tgaaaATACAC----TNAA-G---G-G------G-G--AC-CG-ACCTGAATTGTTCATT--G-----CAT----AC-ATAAATAAGTTCAgaataatgttaactaaagtttctttttactccaatataacagatatattactataagcaactttgatttaagtggaat
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111111111111
lowQualScore : 0 5555 2 2 666666 1111111111 2 0 88888888 1111111111111 44
lowQualScore : . .... . . ...... .......... . . ........ ............. ..
lowQualScore : 8 3333 4 4 888888 8888888888 2 6 44444444 1111111111111 22
consensus : ATATTACAGTCTACTCCGGATATAT----TGAA-ATTCA-G------G-G--AC-C--GACC-TGAATTGTTCATT--A-----TAT----CC-A-----AAGTTCAATATAACCGA--TGTTGAACTATATA
Reference ( family-2064 ) : ATATTACAGTCTACTCCGGATATAT----TGAA-ATTCA-G------G-G--AC-C--GACC-TGAATTGTTCATT--A-----TAT----CC-A-----AAGTTCAATATAACCGA--TGTTGAACTATATA
gi|1 : ATTACAGTCTACCCTGGATGTAT----TGGA-ATCCA-GGGACTCG-G--AC-T--GGCC-TGATTTGTTTGT---------TAT----CC-G-----GAGTTCAACATAACTGAACTGTTG
gi|10 : aAT----TGAA-TTTTA-G------G-GGGAC-C--GACC-TGAATTGTTCATTGCA-----TAT----AT-AAAT--AAGTTCAAgctttgatagaattaaatctgatacattcatataacaaaatagttcaaataataagtgaagtcaatataacagattaagtttcaaatatacagatgacttcaatataacagatagttcaatattaaggttgacttca
gi|11 : TGTAT----TGAA-ATTCA-G------G-GGGAC-T--GACC-TTAATTGTTCACT--------T---------------AAGTTCAATACAgggatttatttttacttcaacataatagatagttcaatataagtga
gi|12 : tatacgTAGTAAAGTCTACTTCAGATATAT----TGAA-ATTCA-G------GAG--AC-T--GATT-TGACTTGTTCATT--G-----TAT----GG-A-----AAATTCGATATAAATGA--TGTTGAACTATActacagaaataatattactggggttcatttattcttcaatat
gi|13 : acttgATATTACAGTCTACTCCGGATATAT----TGAACACTCT-G------G-G--AC-TTTG-CC-TGAATTGTTCATT--A-----CAT----CC-A-----AAGTTCAGTATAACCAA--TGTTGAACTATATA
gi|14 : TAATACAGTGTACTCCAGATATAC----TGAC-ATTCT-G------GTG--AC-C--GACC-TGAACTGATAATT--A-----TAT----CC-A-----AAGTTCAATATAATCGA--TGTTGAACT
gi|15 : TAT----TGAA-AATCAGG------G-G--AG-C--GACC-AGAATTATTCATC--A-----Tg
gi|16 : ggatataccagggggATAT-ACAGTCTACTCTGGAATTGT----TGAA-ATTCA-G------G-G--AC-C--AACC-GGAATTGTTCATG--A-----TAT----CC-A-----AAGTTCAATGTgaatatcacagaaacaatgttactggg
gi|17 : AA-ATTGA-A------G-A--GA-C--GAGCATGAATTTTTTATT--A-----TAT----CA-A-----AAGTTCAATATAACTGA--TGTTGAACCATATt
gi|18 : ATTACAGTCTACTCCGCATATAT----TGAA-ATTCA-G------G-GA-AC-T--GACC-TGCATTGTTCAAA--A-----TAT----CCAA-----AAGTTCAtgaaa
gi|2 : TACAGTCTACTTTGCGTATAC----TTAA-ATTCA-T------G-G--AC-------------------------------------CC-G-----AAATTCAATATAACCGA--tt
gi|3 : taaaAGTCTACTTCAGATATTT----TAAA-ATCAA-A------G-A--AC-T--AAAC-CGA-TTCTTCATT--A-----TAT----TA-A-----AAGTTCAAGGTAACCGA--CGCTAAATTACATAcataagtaatattactggtgatagtgattaattattttttatttcattataatagatattggaatataacagacagttcaatataacagatacatatagttcaatataacagatagttcaatataagtga
gi|4 : acttggtacagtcaaATAT-ACAGTGTACTCTGGATATATATATTGAA-ATACA-G------GAG--AA-T--GACC-TGGATTTTTCATT--ACGGTATAT----CC-A-----AAGTTCAGTATAACTGA--TATTAAACCATATActattattgtggacgaatttttacttcaatataacaagtagttcattataagcaactgta
gi|5 : TACAGTATAATCCGGATATAT----TGAA-ATTCA-G------G-G------------------T-TTCATT--A-----TAT----C--A-----AGGTTCAATATAACCAA--TGGTGAAGTGTATAgataaagttacaggggatttattaacaggtagttgaatatgagaaaatacagtataaa
gi|6 : taTACAGTGTACTTCAAATATAT-----GAT-A--------------------C--G-----GAATTGTTCATT--A-----TATATAACC-A-----AAGTTCGATATAACTGA--TATTAAAaataatgctaatggggatttatttttaatttcacagaaacagatagttcaatatgaaagatttcaataaaagtgat
gi|6 : acaTTTATT--------TAT----AG-A-----TAGTTCAATATAACCAA--TGTTACACTATAaaacattaatttttaatactgaaaatttatttatagatagttcaatataaccaatgttacactata
gi|7 : acatacagtgtacttcaaatatatgatacggaattgttcattatatataaccaaagttcgatataactgatattaaaaaacattaatttttaatactgaaaaATCTAT----TGAA-ATTCA-G------G-G--AAAT--GACC-TCAATTGTTCATT--A-----TGT----AC-A-----AAGTTT------ACTGA--TGTTAAACTAAAT
gi|8 : ACC-TGAAATCTTCATT--A-----TAT----CC-G-----TAGTTAAATATAACCGA--TGTTGAGCCATATgaataatgtaactgggatttatatttacttcaatgtaacaaacagttcaatataagtgactccagtataa
gi|9 : tgaaATACAC----TNAA-G---G-G------G-G--AC-C--GACC-TGAATTGTTCATT--G-----CAT----AC-ATAAATAAGTTCAgaataatgttaactaaagtttctttttactccaatataacagatatattactataagcaactttgatttaagtggaat
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111111111111
lowQualScore : 0 5555 2 2 666666 1111111111 2 0 88888888 1111111111111 44
lowQualScore : . .... . . ...... .......... . . ........ ............. ..
lowQualScore : 8 3333 4 4 888888 8888888888 2 6 44444444 1111111111111 22
consensus : ATATTACAGTCTACTCCGGATATAT----TGAA-ATTCA-G------G-G--AC-C--GACC-TGAATTGTTCATT--A-----TAT----CC-A-----AAGTTCAATATAACCGA--TGTTGAACTATATA
Reference ( family-2064 ) : ATATTACAGTCTACTCCGGATATAT----TGAA-ATTCA-G------G-G--AC-C--GACC-TGAATTGTTCATT--A-----TAT----CC-A-----AAGTTCAATATAACCGA--TGTTGAACTATATA
gi|1 : ATTACAGTCTACCCTGGATGTAT----TGGA-ATCCA-GGGACTCG-G--AC-T--GGCC-TGATTTGTTTGT---------TAT----CC-G-----GAGTTCAACATAACTGAACTGTTG
gi|10 : aAT----TGAA-TTTTA-G------G-GGGAC-C--GACC-TGAATTGTTCATTGCA-----TAT----AT-AAAT--AAGTTCAAgctttgatagaattaaatctgatacattcatataacaaaatagttcaaataataagtgaagtcaatataacagattaagtttcaaatatacagatgacttcaatataacagatagttcaatattaaggttgacttca
gi|11 : TGTAT----TGAA-ATTCA-G------G-GGGAC-T--GACC-TTAATTGTTCACT--------T---------------AAGTTCAATACAgggatttatttttacttcaacataatagatagttcaatataagtga
gi|12 : tatacgTAGTAAAGTCTACTTCAGATATAT----TGAA-ATTCA-G------GAG--AC-T--GATT-TGACTTGTTCATT--G-----TAT----GG-A-----AAATTCGATATAAATGA--TGTTGAACTATActacagaaataatattactggggttcatttattcttcaatat
gi|13 : acttgATATTACAGTCTACTCCGGATATAT----TGAACACTCT-G------G-G--AC-TTTG-CC-TGAATTGTTCATT--A-----CAT----CC-A-----AAGTTCAGTATAACCAA--TGTTGAACTATATA
gi|14 : TAATACAGTGTACTCCAGATATAC----TGAC-ATTCT-G------GTG--AC-C--GACC-TGAACTGATAATT--A-----TAT----CC-A-----AAGTTCAATATAATCGA--TGTTGAACT
gi|15 : TAT----TGAA-AATCAGG------G-G--AG-C--GACC-AGAATTATTCATC--A-----Tg
gi|16 : ggatataccagggggATAT-ACAGTCTACTCTGGAATTGT----TGAA-ATTCA-G------G-G--AC-C--AACC-GGAATTGTTCATG--A-----TAT----CC-A-----AAGTTCAATGTgaatatcacagaaacaatgttactggg
gi|17 : AA-ATTGA-A------G-A--GA-C--GAGCATGAATTTTTTATT--A-----TAT----CA-A-----AAGTTCAATATAACTGA--TGTTGAACCATATt
gi|18 : ATTACAGTCTACTCCGCATATAT----TGAA-ATTCA-G------G-GA-AC-T--GACC-TGCATTGTTCAAA--A-----TAT----CCAA-----AAGTTCAtgaaa
gi|2 : TACAGTCTACTTTGCGTATAC----TTAA-ATTCA-T------G-G--AC-------------------------------------CC-G-----AAATTCAATATAACCGA--tt
gi|3 : taaaAGTCTACTTCAGATATTT----TAAA-ATCAA-A------G-A--AC-T--AAAC-CGA-TTCTTCATT--A-----TAT----TA-A-----AAGTTCAAGGTAACCGA--CGCTAAATTACATAcataagtaatattactggtgatagtgattaattattttttatttcattataatagatattggaatataacagacagttcaatataacagatacatatagttcaatataacagatagttcaatataagtga
gi|4 : acttggtacagtcaaATAT-ACAGTGTACTCTGGATATATATATTGAA-ATACA-G------GAG--AA-T--GACC-TGGATTTTTCATT--ACGGTATAT----CC-A-----AAGTTCAGTATAACTGA--TATTAAACCATATActattattgtggacgaatttttacttcaatataacaagtagttcattataagcaactgta
gi|5 : TACAGTATAATCCGGATATAT----TGAA-ATTCA-G------G-G------------------T-TTCATT--A-----TAT----C--A-----AGGTTCAATATAACCAA--TGGTGAAGTGTATAgataaagttacaggggatttattaacaggtagttgaatatgagaaaatacagtataaa
gi|6 : taTACAGTGTACTTCAAATATAT-----GAT-A--------------------C--G-----GAATTGTTCATT--A-----TATATAACC-A-----AAGTTCGATATAACTGA--TATTAAAaataatgctaatggggatttatttttaatttcacagaaacagatagttcaatatgaaagatttcaataaaagtgat
gi|6 : acaTTTATT--------TAT----AG-A-----TAGTTCAATATAACCAA--TGTTACACTATAaaacattaatttttaatactgaaaatttatttatagatagttcaatataaccaatgttacactata
gi|7 : acatacagtgtacttcaaatatatgatacggaattgttcattatatataaccaaagttcgatataactgatattaaaaaacattaatttttaatactgaaaaATCTAT----TGAA-ATTCA-G------G-G--AAAT--GACC-TCAATTGTTCATT--A-----TGT----AC-A-----AAGTTT------ACTGA--TGTTAAACTAAAT
gi|8 : ACC-TGAAATCTTCATT--A-----TAT----CC-G-----TAGTTAAATATAACCGA--TGTTGAGCCATATgaataatgtaactgggatttatatttacttcaatgtaacaaacagttcaatataagtgactccagtataa
gi|9 : tgaaATACAC----TNAA-G---G-G------G-G--AC-C--GACC-TGAATTGTTCATT--G-----CAT----AC-ATAAATAAGTTCAgaataatgttaactaaagtttctttttactccaatataacagatatattactataagcaactttgatttaagtggaat
blockSeqs : ATAT C G . GGGACC A ACGGTA ACATAAAT .
blockSeqs : . . . . GGGACT . GCA ATAACCA .
blockSeqs : . . . . GACTTT . G ATAAAT .
blockSeqs : . . . . AGACT . A CCAA .
blockSeqs : . . . . TGACC . A GGA .
blockSeqs : . . . . GAACT . A CCA .
blockSeqs : . . . . AGAAT . A CCA .
blockSeqs : . . . . GAAAT . A CCA .
blockSeqs : . . . . GAGC . A CAA .
blockSeqs : . . . . GACC . A CCG .
blockSeqs : . . . . AGAC . A TAA .
blockSeqs : . . . . AACT . A CCA .
blockSeqs : . . . . GACC . A AGA
blockSeqs : . . . . GAC . A ACA
blockSeqs : . . . . G . G CCG
blockSeqs : . . . C . . CA
blockSeqs : . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : ****** GACC****** A******* **
originalCons : ATATTACAGTCTACTCCGGATATAT----TGAA-ATTCA-G------G-G--AC-C--GACC-TGAATTGTTCATT--A-----TAT----CC-A-----AAGTTCAATATAACCGA--TGTTGAACTATATA
finalCons : ATATTACAGTCTACTCCGGATATAT----TGAA-ATTCA-G------GGACC------GACC-TGAATTGTTCATTA-------TAT----CC-A-----AAGTTCAATATAACCGA--TGTTGAACTATATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111111111111
lowQualScore : 0 5555 2 2 666666 1111111111 2 0 88888888 1111111111111 44
lowQualScore : . .... . . ...... .......... . . ........ ............. ..
lowQualScore : 8 3333 4 4 888888 8888888888 2 6 44444444 1111111111111 22
consensus : ATATTACAGTCTACTCCGGATATAT----TGAA-ATTCA-G------G-G--AC-C--GACC-TGAATTGTTCATT--A-----TAT----CC-A-----AAGTTCAATATAACCGA--TGTTGAACTATATA
Reference ( family-2064 ) : ATATTACAGTCTACTCCGGATATAT----TGAA-ATTCA-G------G-G--AC-C--GACC-TGAATTGTTCATT--A-----TAT----CC-A-----AAGTTCAATATAACCGA--TGTTGAACTATATA
gi|1 : ATTACAGTCTACCCTGGATGTAT----TGGA-ATCCA-GGGACTCG-G--AC-T--GGCC-TGATTTGTTTGT---------TAT----CC-G-----GAGTTCAACATAACTGAACTGTTG
gi|10 : aAT----TGAA-TTTTA-G------G-GGGAC-C--GACC-TGAATTGTTCATTGCA-----TAT----AT-AAAT--AAGTTCAAgctttgatagaattaaatctgatacattcatataacaaaatagttcaaataataagtgaagtcaatataacagattaagtttcaaatatacagatgacttcaatataacagatagttcaatattaaggttgacttca
gi|11 : TGTAT----TGAA-ATTCA-G------G-GGGAC-T--GACC-TTAATTGTTCACT--------T---------------AAGTTCAATACAgggatttatttttacttcaacataatagatagttcaatataagtga
gi|12 : tatacgTAGTAAAGTCTACTTCAGATATAT----TGAA-ATTCA-G------GAG--AC-T--GATT-TGACTTGTTCATT--G-----TAT----GG-A-----AAATTCGATATAAATGA--TGTTGAACTATActacagaaataatattactggggttcatttattcttcaatat
gi|13 : acttgATATTACAGTCTACTCCGGATATAT----TGAACACTCT-G------G-G--AC-TTTG-CC-TGAATTGTTCATT--A-----CAT----CC-A-----AAGTTCAGTATAACCAA--TGTTGAACTATATA
gi|14 : TAATACAGTGTACTCCAGATATAC----TGAC-ATTCT-G------GTG--AC-C--GACC-TGAACTGATAATT--A-----TAT----CC-A-----AAGTTCAATATAATCGA--TGTTGAACT
gi|15 : TAT----TGAA-AATCAGG------G-G--AG-C--GACC-AGAATTATTCATC--A-----Tg
gi|16 : ggatataccagggggATAT-ACAGTCTACTCTGGAATTGT----TGAA-ATTCA-G------G-G--AC-C--AACC-GGAATTGTTCATG--A-----TAT----CC-A-----AAGTTCAATGTgaatatcacagaaacaatgttactggg
gi|17 : AA-ATTGA-A------G-A--GA-C--GAGCATGAATTTTTTATT--A-----TAT----CA-A-----AAGTTCAATATAACTGA--TGTTGAACCATATt
gi|18 : ATTACAGTCTACTCCGCATATAT----TGAA-ATTCA-G------G-GA-AC-T--GACC-TGCATTGTTCAAA--A-----TAT----CCAA-----AAGTTCAtgaaa
gi|2 : TACAGTCTACTTTGCGTATAC----TTAA-ATTCA-T------G-G--AC-------------------------------------CC-G-----AAATTCAATATAACCGA--tt
gi|3 : taaaAGTCTACTTCAGATATTT----TAAA-ATCAA-A------G-A--AC-T--AAAC-CGA-TTCTTCATT--A-----TAT----TA-A-----AAGTTCAAGGTAACCGA--CGCTAAATTACATAcataagtaatattactggtgatagtgattaattattttttatttcattataatagatattggaatataacagacagttcaatataacagatacatatagttcaatataacagatagttcaatataagtga
gi|4 : acttggtacagtcaaATAT-ACAGTGTACTCTGGATATATATATTGAA-ATACA-G------GAG--AA-T--GACC-TGGATTTTTCATT--ACGGTATAT----CC-A-----AAGTTCAGTATAACTGA--TATTAAACCATATActattattgtggacgaatttttacttcaatataacaagtagttcattataagcaactgta
gi|5 : TACAGTATAATCCGGATATAT----TGAA-ATTCA-G------G-G------------------T-TTCATT--A-----TAT----C--A-----AGGTTCAATATAACCAA--TGGTGAAGTGTATAgataaagttacaggggatttattaacaggtagttgaatatgagaaaatacagtataaa
gi|6 : taTACAGTGTACTTCAAATATAT-----GAT-A--------------------C--G-----GAATTGTTCATT--A-----TATATAACC-A-----AAGTTCGATATAACTGA--TATTAAAaataatgctaatggggatttatttttaatttcacagaaacagatagttcaatatgaaagatttcaataaaagtgat
gi|6 : acaTTTATT--------TAT----AG-A-----TAGTTCAATATAACCAA--TGTTACACTATAaaacattaatttttaatactgaaaatttatttatagatagttcaatataaccaatgttacactata
gi|7 : acatacagtgtacttcaaatatatgatacggaattgttcattatatataaccaaagttcgatataactgatattaaaaaacattaatttttaatactgaaaaATCTAT----TGAA-ATTCA-G------G-G--AAAT--GACC-TCAATTGTTCATT--A-----TGT----AC-A-----AAGTTT------ACTGA--TGTTAAACTAAAT
gi|8 : ACC-TGAAATCTTCATT--A-----TAT----CC-G-----TAGTTAAATATAACCGA--TGTTGAGCCATATgaataatgtaactgggatttatatttacttcaatgtaacaaacagttcaatataagtgactccagtataa
gi|9 : tgaaATACAC----TNAA-G---G-G------G-G--AC-C--GACC-TGAATTGTTCATT--G-----CAT----AC-ATAAATAAGTTCAgaataatgttaactaaagtttctttttactccaatataacagatatattactataagcaactttgatttaagtggaat