lowQualScore : 111 111111 1111111111 111111 111111 222222 111 22222 1111111 2222222222222222222222 11 11111 1111 111111 1111 1111111 1111111 1111111111 1111111 11 22222 1111111 11 1 11111111111 2222222 1 111 111 1
lowQualScore : 3 3 55 3 55 777 3 3 2 3 000 55 000000 4444444444 44 3 88888 3 44 6 44 000000 2 2 33 555 2 111111 555 3 3 44 555 222222 77 44 44 222 555 55555 3 3 6666 5555555 3 3 3 2222222222222222222222 44 44 00 3 6666 3 3 99999 3 3 0000 44 444444 3 888 888 55 44 7777 44 44 9999 44 6 3 44 7777 3 8888 3 3 77 3 3 3 3 0 1111111 55 6666666 3 6666666666 1111111 666 666 22 7 3 3 22222 3 55 3 5555 9999 4 888 4 4 4 4 77 0000000 55 777 4 00 4 3 3 6 3 3 3 44444 22222222222 3 44 3 3 3 3 77 1111111 44 9999 5 3 3 444 3 6 3 3 44 3 3 3 3 111 55 3
lowQualScore : . . .. . .. ... . . . . ... .. ...... .......... .. . ..... . .. . .. ...... . . .. ... . ...... ... . . .. ... ...... .. .. .. ... ... ..... . . .... ....... . . . ...................... .. .. .. . .... . . ..... . . .... .. ...... . ... ... .. .. .... .. .. .... .. . . .. .... . .... . . .. . . . . . ....... .. ....... . .......... ....... ... ... .. . . . ..... . .. . .... .... . ... . . . . .. ....... .. ... . .. . . . . . . . ..... ........... . .. . . . . .. ....... .. .... . . . ... . . . . .. . . . . ... .. .
lowQualScore : 6 6 00 6 00 000 6 6 1 6 000 00 555555 8888888888 22 1 11111 1 22 2 22 555555 9 9 99 000 9 111111 444 1 1 22 888 111111 99 66 66 888 888 44444 1 1 5555 4444444 1 3 3 5555555555555555555555 66 66 11 3 2222 1 1 99999 1 1 8888 22 000000 1 555 888 33 22 2222 22 22 5555 22 2 3 66 1111 3 3333 3 3 99 3 6 6 6 5 7777777 00 7777777 6 5555555555 8888888 444 444 33 3 6 6 55555 6 00 6 2222 1111 0 666 0 0 0 0 22 8888888 55 000 0 66 0 3 3 7 3 3 3 99999 33333333333 3 66 3 3 3 3 99 4444444 66 3333 2 3 3 444 3 7 3 3 55 3 3 3 6 333 00 3
consensus : GTACGTGT-A-C--ATA-AG--CAG--C-A-CAT-TAA---CA--CA------CCCGAA-T--------A--CCGGCA-GCTC----CA-GCT--AA-GTG--CT---C--AC-C-TTGA--AA---CC-TG------TGG---G-AAT-AA--A---C-A----G--TT--TA--CTA--TTT---T--T--CCG-TT-TT----AT-------AAA-C-TGAAAT-GT---GC-GG--------------G--T--GCT-A-TC---CA-GA-GACG-T-G-AAA-AAGA----AAAA--CA---T--T-T---CATT--CA-TACT--T--T-AA--AA--CCT-A--A--ACTTA-ATAGT-C--TCTTG-T--GAT-T-T-TCC-CG-TAA--T-TTT-T-CC-ACATTG----AT-GT--ATT--A--TCTA-TG-------A--CGTC-------AC---AA---T--A-TA-GACA-TT--A--AAC-G--T-TCCGC--TTAC--C-GT-GA-C-GTCA-TA-A-T-CAC-TG--T-C--A--C---TA-TG-T-TACTG-TT-ATGTAA-A-C-AT-T--T-A-T-------TTG-T--AAAGCT-TC-TG-AAG-ATA--GAAT-GA----A--AGCG--C-TAAAGCTTTA-C-GGA-G-AA-TTT-T-T-G-TGTT-T-T-CTTTTTA-TAC--TTT--TTTGAATA-TATT
Reference ( gi|12 ) : GTACGTGT-A-C--ATA-AG--CAG--C-A-CAT-TAA---CA--CA------CCCGAA-T--------A--CCGGCA-GCTC----CA-GCT--AA-GTG--CT---C--AC-C-TTGA--AA---CC-TG------TGG---G-AAT-AA--A---C-A----G--TT--TA--CTG--TTT---T--G--CCG-TT-TT----AT-------AAA-C-TGAAAT-GT---GC-GG--------------G--T--GCC-A-TC---CA-GA-GATG-G-G-AAA-AAGA----AAAA--CA---T--T-T---CATT--CA-TACT--T--T-AA--AA--CCT-T--A--ACTTA-ATAGT-C--TCTTG-T--GAT-T-T-TCC-CG-TAA--T-TTT-T-CC-ACATTG----AT-GT--ATT--A--TATA-TG-------A--CGTC-------AC---AA---T--A-TA-GACA-TT--A--AAC-G--T-TCCGC--TTAC--C-GT-GA-C-GTCA-TA-A-T-CAC-TG--T-C--A--C---TA-TG-T-TACTG-TT-ATGTTA-A-C-AT-T--T-A-T-------TTG-T--AAAGCT-TC-TG-AAG-ATA--GAAT-CA----A--AGCG--C-TAAAGCTTCA-C-GGA-G-AA-TTT-T-T-G-TGTT-T-T-CTTTTTA-TAC--TTT--TTTGAATA-TATTT
gi|8 : GTACGTGT-A-C--ATA-AG--CAG--C-A-CAT-TAA---CA--CA------CCCGAA-T--------A--CCGGTA-GCTC----CA-GCG--AA-GTG--CC---C--AA-C-TTGA--AA---CT-TG------TGG---G-AAT-AA--A---C-A----G--TT--TA--CTAT-TTT---T--T--CCG-TT-TT----AT-------AAA-CTTGAAAT-GT---GC-GG--------------G--T--GCT-A-TC---CA-GA-GAC--T-G-AAA-AAGA----AAAA--CT---T--T-T---CATT--AA--ACTTGT--T-AA--AA------TAAA--ACTTA-ATAGT-C--TCTTG----GAT-T-T-TCC-CG-TAA--T-TTT-T-CC-ACATTGT---AT-GT--ATT--A--T-CA-TG-------A--CGTC-------AA---AA---T--A-TA-GACA-TT--A--AAC-G--T-TCCG---TTAC--CTGT-GA-C-GTCATTA-A-TCCAC-TAATT-C--A--C---TA-T--T-TACTG-TT-ATGTAA-ATC-AA-T--T-A-T-------TTG-T--AAAGCT-TC-TG-AAG-ATA--GAAT-GA----A--AGCG--C-TAACGCTTTA-C-GGA-T-AATTTT-T-T-G-TGTT-T-T-CTTTTTA-TAT--TTT--TTTTAATATTATT
gi|4 : ggatgcaattaatatgatatttgcgaaattggcaacactctccgtgcccgtGTTCGTGT-A-C--ATC-AGGGCAGAGC-A-C-T-TAA---CA--CA------CCCGAAAT--------A--CCGG-A-GCTC----CAAGCG--AA-GTG--CC---CGAAC-T-TTGA--AA---C--TGC-----TGG---G-AAT-AA--C---C------G--TT--TA--CTA--TTT---T--GT-CCG-TT-T-----AT-------AAA-C-TGAAAT-GT---GC--G--------------G--T--GCTGA-TCCTGCA-GA-GACG-T-A-AAA-AGAA----AAAA--CAACTT--T-T---CATT--TA-GATC--T--T-AA--AA--TTT-A--A--AACTA-ATAGT-C--TCTTG-T--GAT-TCT-TCG-CG-TAA--T-TTT-C-CA-ACATTG----AT-GT--ATTA-A--TCTA-TGA------A--CGTC-------AA---AA---T--ACTA-GACA-TT--A--AAC-G--T-TCCGC--TTACT-C-GT-GA-C-GTCA-TA-A-T-CA--TA--TCC--A--C---TA-TGAT-CACTA-TT-ATGTGA-A---A--T--T-A-T-------TTG-T--AAAGCT-CC-TG-AAG-ATA--GA----A----G--AGCG--C-TAACGCCTTATC-GGA-T-AA-TTT-TCT-GTTGTT-T-TGCTTTTTA-TAT--TGT--TTTTAATA-atccgaccactgagactttacttaaact
gi|7 : gaagaggatactttgttctttcctatttgagaaccttgaggaacccacgattattcgtactcaaaggtgcacggatccccgatggggcactatggatttacatatcaaacgaaggatcaagttataaaattgtcaacggacgtgactttatatatgatattaaatctgccaatatgtcatgctgaactaaggatgttatttaattcatcaaacatggtaagggatgtcaattaaatatgatattgtgcgaaatttggcaacaactctccgtgcccgGTACGTGT-A-C--ATA-AA--CAG--C-A-CAT-TAA---CA--CA------CCCAAA-T--------A--CCGGCA-TCCC----CA-GTT--AA-GTG--CT---C--AC-C-TTGA--AA---CC-TGCAGGAATAG---G-AAT-AA--T---C-A----G--TT--TA--CTT--TTT---TTCT--CCA-TT-TT----AT-------AAA-C-T--AAT-------------------------A--T--GCT-A-TA---CA-GA-GACG-C-G-AGA-AAGA----AAA-----------------------CA-TACT--T--T-AA--AG--CCT-A--A--ACTTA-ATAGT-C--TCGTA-T--GAT-T-A-CCC-CG-TACTTT-TTT-T-CT-ATAT-------T-GT--AGT--T--TCTG-TG-------G--CGTC-------ACAATAA---T--A-TA-GACA-GT--T--AGC-C--T-TCCGA--TAAC--C-TT-GA-C-TTCA-TA-G-A-CAT-TG----C--A--C---TA-TG-T-TAGTG-TT-ATGTAA-A-C-AT-T--TGA-TTGAATGATCG-T--AAAGCT-TC-TG-AAG-ATA--CAAT-GA----A--AGCG--T-TAAAGCTCGA-C-GGACA-AA-TTT-T-A-G-TGTT-T-T-Ctagtttatatcacgaacactcgagacttcgtacttaaac
gi|9 : taatgccaacatgtcacgcgacactaaggatgttggtaatgtcatcatgtccaggatgcaatgaatactgtattgatgaaactagcaaaaatctccgtgccagtGTACGTGT-A-C--ATA-AG--CAG--C-A-CAT-TAA---CA--TA------CCCGAA-T--------A--CCGGCA-GCTC----------------------------AC-C-TTGA--AA---CC-TG------TGT---G-AAT-AA--A---T-A----G--TT--TA--CTA--TTT---T--T--CCA-TT-TT----AT-------AAA-C-TGAAAT-AT---GC-GG--------------G--T--GCT-A-TC---CA-GA-GACA-T-G-AAA-AAGA----AAAA--CA---T--T-T---CATT--CA-TAGT--T--T-TT--AA--CTT-A--A--ACTTA-ATAGT-T--TCTTA-T--GCT-T-T-TCC-CG-TAC--T-TTT-T-CT-ACATTG----AT-GT--ATT--A--TCTA-TG-------A--CGTC-------AC---AA---T--A-TA-GACA-TT--T--AAC-G--T-TTCGC--TAAC--C-gtctgaacgttaacgggtagtgtttagcattgtcaatcatatagttttaaaaatgatttttccatt
gi|3 : ttgagaactacgactatacagtatcaaaatgcacagatccacgatgtggtacatgcagttacattacagaagggacaagttataatttcaacggacatgactttaaagttaatgccaacatgtcatgcgacactagagatgttatttatgccatcacatgtccagaatgcaatggatattatattggtaaaactagtaacactctccgtgcccgtGTACGTGT-AAC--ATA-AG--CGA--C-A-CCT-TAAG--CAAACA------CCCGAA----------AGCCCGGCA-GCTC-------ACT--AA-GTG--CTTCAC--AT-CGTTGA-------CC-TG------CTG---G-GAT-AA--AGAAC-A----GC-TT--TT--CTA--TCT---T--T--CCG-TT-TT----AT-------AA--C-TGAAAT-GT---GT-AG--------------GCGT--GCT-A-TC---CA-GACGGTT-G-A-AAA-CAGA----AAAAATCA---T--T-TT--CATT--CA--ACT--T--T-GAGAAA--CCT-A--A--ACTTACATAGT-CACTCTTGGT--GAT-T-TCTCCTCG-TTA--T-TTT-TTCC-ACAT-G----A--GT--ATTCAA--TCTAATG-------ATACGTC-------AC---AA---TG-A-TA-GACAATT--AGAAAC-GATT-TCCGC--TTAC--C-GTCGA-TAGTCT-AA-A-T-CAC-TG----C--A--C---TA-TG-T-TACTG-TT-ATGTAA-A-C-AC-TCTT-A-T-------TTTCT--AACGCT-TCGTG-AAGGATAA-GAAT-GA----A--AGCG--C-TAAAGCTTTA-C-GGA-G-AA-TTTGT-T-G----T-T-T-CTTTTTAGTAC--TTT--TTt
gi|6 : aaaaaatatatgaaagctatgaattttaatcaacagatacgttctaaacctctaaaaaattaagaggatgactattgttcttcacagtagaagcaactcacgggactagttcctatccaaagctgcgcggatccccgatggttacatgcaatacttacagaaggatcaagtataagttcaaagacgtgactttaaagttatgccatacatgtcttgacatcaagggtgttatttaatggtcatacaatgatccggatgctgaattatatcattggcgaaaactggcaacgaccttccggccggctACGTGT-A-C--ATA-AG--C-G--C-AACAT-TGA---GA--CG------CC-GAA-T--------G--A-GGCAAGCTC----CA-GCT--AATGTG--CT------AC-G-TTGA--AA---CC-TG------TGG---G-AAT-AAGAA---C-AAGTTG--TTAATA---TG--TTT---T------CG-TT-TTGTTTAT-------AAAGC-TGAAGGAGT---G--GG--------------G--A--GCT-AGTC---GA-GA-GACGTG-G-AAA-AAGA----AAGA--CAGAGT--T-T---CATTG-CAATACT--GCGT-AA--AAAGCCT-A--A--ACTTA-ATAGT-C--TCTTG-T--GATGT-T-GCG-CG-TAA--T-TTTGT-CC-ACATTG----ATGGT--ATT--AG-TCTA-TG-------AG-CGT--------AC---AA---T--AGTAGGACA-TTTAA--AGC-G--A-TTCGC--TTAC--G-GT-GA-CGGTCC-TA-A-T-CAC-TG--T-A--A--C---TATTG-TGTACTGATTAATGTAAGA-C-ATGT--TGA-T-------TTG-T--AAAGCTGTC-TG-AAG-ATA--GAAT--G----A--AGCG--C-TAAAGATTTA-CAGGA-GAAA-TTTAT-T-G-TGTTGTAT-CTTTTTA-TAC----T--TTTGAATA-TATgcgtattatgatccgaccacgtgagacttacttgaactttg
gi|10 : ggactattcagtatgccaaagtgcacggatccccgtggtggtagatggcattgacatacagaaagggtcaagttataatttcgagcggttactgtgactgtgaaagttaaggtgcaacgatgtaggtgggacactaagggttgttattgtatgtagtacaatgtgcaggatgcagatgaatattagtgattgggcgaagcgtggcgaaactctccgtgccgtgtaACGTGT-A-C--AGATCG--CAG--CCA-CATCTAA----A--CA------CCCGAA--------------CAGCA-ACTCTATCCA-GTT--CACGTGACCT---C--AA-C-CTGA--AAAACTC-TG------TGA---G-AAT-AA--A---T---------TT--TA--C-A--TTT---T--C--ACG-TT-TT----AT-------AA--C-TGAAAA-AT---GCCGG--------------G--T--G---A-TC----A-GA--ACG-GTG-AAA-AAGACTAAAAAA--CAG--T--T-T---CAT---CA-GACT--T--TTAA--AA--CCTAC--AGCACTTA--TAG--C--TCTTG-T--GAA-T-T---C-CG-TAA--TGTTT-T-CC-A-ATTG----AT-GT---TT--AGCTA-A-TGAAAAAAAA--CGTCCACCCCAAC---AAAAGTA-A-TA-AACA-TTA-A--AAC-G--TATCCGC----AG--C-GT-GA---ATCA--A-A-T-CAC-TG--T-C--A--CTAGTA-TG-T-TGATG-TA-A----A-A-CAAT-T--T-AGT-------TTG-----AAGCT-TC-TG-AGA-ATA--GGAG-AG----AACAGCGC-C-TAAAGCTT-A-C-GGA-GAAA-TTA-T-T-G--GCA-T-T-GTCTTTA-TAC--CTTTGTTTGAATA-TATaat
gi|23 : gaagcggaaactggaacactctccgtgccgtgACGTGT-A-C--ATA-AG--CAG--C-A-TAC-TAA---CA--CA------CCTGAA-T--------A--CCGGCA-GCTC----CA-GCT--CA-GTG--TT---C--AC-C-TTGA--AA---CC-TG------TGA---A-AAT-AA--aaattatagtta
gi|1 : ACGTGTCA-CTGATA-AG--AAA--C-A-CAT-TAA---CA--CAAGAATACCC-AA-T--------A--CCGGCA-GCTC-------ACT--AA-GCA--CC---C--ATTC-TTGA--AA---CC-TG------TGG---GCAAA-AA--A---C-AT---G--TT--TA--CTA--CTTGTAT--GCTCCG----TT----AT-------AAA-
gi|2 : caatcaactgatattacaattctcaaaatgtcaccattggaagctcaggacgatacaatatgcccttcttcgatgtgttttgtaaacgaaaaacacaccgcttgcttaacacagattggtatataatataaacccacggtcatcccaccaatactacattgcgttggtccattcacaccatagataaacagcattaccaatacacctcgcaaggagaaggatctgataaccattctgtgagcaaatcaatatgaagatttagcgcctggaaggagatataaagattgtatctagtcagccaacaagtatccgaacaactaattacaaaggattaggaaagccaagatagtgtgatagaacgcagctactttcactacaaacggcaacgtgcaaatgattgacatgaatccatacctagctaccctattgtgtcacacctaataaatccaagaaactcgaaaacatcattctataatctcacattaacaacaaccctactgaagaagatgaacaaacttcataaactctatatatgaaagctttattaatcaacagtaatacgctcaacctaaaaatctgaagagagatactttgtcttcccatttgagaaccagaactattcagtaatcaaagtgcgcggatccccgatgtgttacatgcaattacagttaacaggaggatcaacggatataatttcaacggacgtgacttgtaaagttagatgccaaatgttcatgtacacttaaaaaggtgtttctatgtcatccacattccagtgatgctaatgaattatatttattggcgaagctagggcaacactctaccggccTGT-A-C--A-A-AG--CA---C-A-CAT--AA---CA--CC------CCCGAC-A--------A--CCGGCA-GCTC----CA-GCT--AG-GC--------C--AC-C-TTGA-------CC-TG------TGG-----AAT-AA--A---C-A----G--TT---A--CAT--TTT---T--T--CCG-TT-T--------------AAA-C-TGAAAT-GT---GT-G------------------T--GCT-A-TC----A-GA-ACTT------AA-AAAT----AAAA--CA---T--T-TAATCATT--CA-TACT--T--T-AA--AA--ACC-T--A--AAT-A-ATTAT-C--CCTTG-T--GAT-T-----C-CG-TAA--T-TT----CC-ACATTG----A--GT--ATT--A--TCTA-TG-------A--CGTC-------AC---AC---T--A-TA-GACA-T------AAC-G--T--CCGC--T-AC----GT--A-C-GTCA-TACA-T-CA--TG--T-C--A--C-------A-G-TAC-G-TT-ATGTAA-A-C-AT-T--T-A-T-------TTG-T--AAAGCT-TC-TGAAAG-ATA--TAATGAA----A--AGCG--CTTAAAGCTT-A-C-GGA-A-GA-----T-T-G-TGTT-T----CTTTTG-GAC--TTT--TTGAAATATTATTagc
gi|5 : taagagactgaccattgtgagcgatatccaacagaattacgcgagaataaatgtaatctagtcagccaaaagtacaaacaactaatcaaccaatggaattagaaaccaaggagtgtgatagaacgcagctactttctaaacgccggtgccaaaatgagatgaatcatacaccctttgtgcacactataatccaagaaatcgaaacatcaatctaataatcatcataaacaacctacgaaaaataacaaactacaactatatatgagctatattttatcaacagaatacgtcaacctaaaaaatcgaaaggatatctgttcttcccaattgagaaccacggacattcagtacaaagagcgcgatcccgatgtggtacatgccaattacaattacaaagctagttataattctcaacggacggcttcaagtgtaatgccaacagtcaattgacaccaaaggtgttattatgtcatacatccagtcaagaattaagttgggcgaaactgcaacactctccgtgcccgtgaaacT-A-C--ATA-AG--CA-------C-T-TAAAAGCA--AG------CGCGAG-TTGTGATGGA--ACGGCA-GCTC----CA-GCTTAAA-GTG--CT------AC-T-TAGATAAA---CC-TG------TGG---G-AA--AA--A---C-ATCT-GATTT--TA--CTGATTTT---T--T--CCG-TTATT----ACTCAGTAGAAA-A-TGAA-T-GT----C-GGATTATGGGATTAGTG--T--GCT-A-TC---CACGA-GACG-T-G-AAA-A-GA----AAA--------T--TGT---CAGT--CA-TACT--T----AT--AA--CCG-A--A--ACTAA-AT-GT-C--TCTTG-TTTGAT-T-T-TCC-GC-TAAA-G-TTT-T-CC-A-ATTGTAGAATTGT--ATC--A--TCTA--G-------A--CGTC-------AC---A----T--A-TA-GACA-TTTAA--AACCG--T-TCCGCGCTT----C-GT-GA-C--TCA-TA-A-T-CACCTG--T-CCCA--C---CA-T--T-T-CTG-TT-ATGTAA-A-C-AT------A-T-------TTG-T--AAAAGT-TC-TG-AAG-ATAACGA---CATAGCA--AGCG--AATAAAGCTTTG-C-GGA-T-AA-TTT-T-T-G-TG-T-T-T-CTTTTAG-TACA-TTT--TTTGAATA-aatccgaccacgagactttcttgaactttgaaat
gi|27 : aatttatgaaccccgatgctatttccgtataaaagttgctcggatcccccgaatgagtacatggcaatttacatttacgaaggtcaagtctatagtttcatcggacagtgcactttaagttatgaatattcatgtgatacttatgggtgtatttgtgcttcacatgtaggattgcaagaaattatattggcgaactggcactctgctgttgccgtagtCCGAA-T--------A--CCGGCA-GCTC----CA-GCT--AA-GTG--CT---T--AC-C-TTGA--AA---CC-TG------TGctatatccgaccatagacttacttgaact
gi|13 : A-T--------A--CCGGTA-TGTC----CA-GCT--AA-GTA--CT---C--AC-C-TTGA--AA---CC-TA------TGG---G-AAT-AA--A---C-A----G--TT--GA--CTA--TTT---T--T--CAA-TT-TT----AT-------AAA-C-TGAAAT-GC---AC-AG--------------G--T--GCT-A-TC---CA-GA-GACG-T-G-AAA-AAGA----AAAA--CA---T--T-T---CATT--CA-TACT--T--TAAA--AA--CCT-A--A--ACCTA-ATAGC-A--TCTTA--------------------------TTT-T-CC-ACATTA----AT-GT--ATT--A--TCTA-TG-------A--TGTC-------AC---AA---T--A-TA-GACA-TT--T--AAC-A--T-TCCGC--TAAC--C-TT-GG-C-GTTA-TA-A-T-CAT-TG--T-C--A--C---TA-TG-T-TACTG-TC-ATGTAA-A-C-AT-T--T-A-T-------TTG-T--AAAGCT-TC-TG-AAA-ATA--TAAT-GA----A--AGCA--C-TAAATCTTTA-C-GGA-G-AA-TTT-G-T-G-TGCT-T-T-CCTTTTA-TAC--CTT--TTTGAATA-
gi|11 : -C-TTGA--AA---CCCTG------TCGCGCG-AATTAA--A---CCAC---G--CT--TAAACTA--TTT---T--T--CCCCTT-TT----ATTGA----AAA-C-TGAAAC-ATACTGC-CG--------------G--TCAGCT-A-TC---CA-TA-GACG-T-GCAAACAAGACC--AAAA--CA---TC-T-T---CATCTCCA-TACT--T--A-AA--AA--CCT-A--A--ACTTACATAGTTC--TCTT--T--CAT-T-T-TCC-CGCTAA--T-TTT-T-CCCACATTG----AT-ATCTATC--C--TAT--TG-------A--CGTA-------GC---AA---TCAA-TA-GACA-TT--AC-AAC-G--T-TCCGC--TTACCGC-GT-GACC-GTCA-TA-ACT-CAC-CT--T-A--AACC---TA-T--T-TACTT-TC-ATGTAA-A-C-CA-C--T-A-T-------CTG-TACAAAGCT-TC-TG-AA--ATA--G-AT-CATG--A--AACGACT-TAAAGCCTTA-C-GAA-A------T-T-T-G-GGTT-T-C-TTTGCTA-TAC---TT--TTTGAATATTATTtcttatccgaccactgagtctttac
gi|21 : G-TT-TT----AT-------AAA-C-TGAAAT-GT---GC-GG--------------G--T--GCT-A-TT---CA-GA-GACG-T-G-AAA-AAGA----AAAA--CT---T--T-T---CATT--CA-TACT--T--T-AA--AA--CCT-A--G--ACTAA-ATAGT-C--TCTTG-T--GAT-T-T-TCC-CG-TAA--T-Tatcccgaccactcgagactttacttgaact
gi|24 : -GA-GACG-C-G-AAA-AGGA----AAAA--CA---TGTT-T---CAT---CA-TACT--T--T-AA--AA--CCC-A--A--ACTTA-AT
gi|20 : gCTG-TT-ATGTAA-A-C-AT-T--T-------------G-T--AAAGCT-TC-TG-AAG-ATA--TAAT-GA----A--TGCG--C-TAACGCTTTA-C-AGA---AA-TTC-T-TGG-TGTC-T-T-CTTTTTA-TACTTTTT--TTTAAATA-TATcaagttatttgac
gi|19 : G-TT-ATGTAA-A-C-AT-T--TTA-T-------TTG-T--AAAGTC-TC-TG-AAG-ATA--GAAT-GA----A--AGCG--C-T-AAGCTT-A-C-GGA-G-AA-TTT-T-T-G-TGTT-T-T-C-TTTTA-TAC--TTT--CTTGAAagtatgttttttaaaatatatattatgt
10 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AAAAAAGCCAAGGAGTGTGATAGAACGCAGCTACTTTCTAAAACGCAACGTACAAATGATGATGAAATACGTATACTACCCTTTGTGCACACCTATAATCCAAGAAATCGAAACATCAATTCTATAATCCATCAATTAAACAACCTACTGAAAGATGAACAAACCAAAACTATATATGAAAGCTATAATTTTATCAACAGTAAACGTCAACCTAAAAATCTGAAGAGGATACTTTGTTCTTCACAATTTGAGAACCACGACTATTCAGTATCAAAGTGCACGGATCCCTGATGTGGTACATGCAATTAAATTACAGAAGGGTCAAGTTATAATTTCAAC
Unaligned ( gi|15 ): GAAACTGAAAGAGTCCTTATAGATTATCCATCAATTTACAACCTACTGAAAGAGATGACAAACTATCTATAACTATATATGAAGAGCTATAATTAACAGTAAACGTCAACCCAAAAATCTGAAGAGGATACTTTGGTCTTCCCAATTTGAGAACCACGACTATACAGTATCAAAATGCACGGATCCACGATGTGGTACATGCAGTTACATTACAGAAGGGACAAGTTATAATTTCAACGGACATGACTTTAAAGTTAATGCCAACATGTCATGCGACATTAGAGATGTTATTGATGTCATCACATGTCCAGAATGCAATGAATATTATATTG
Unaligned ( gi|16 ): CAATCAAATGAATTCAGAATCAAATCACCATGAAACAGACATACAAATATGCCCTTTCTCGATTTTCTTGTTAACAAAAACACACCACTTAAAACACAGAATCTATTATAAACCCACGACATCCCCCCAACTACCTATCATTTCGGTTCGTGCATCACAACCATAATTAAAACAGCCTACCAACTCGC
Unaligned ( gi|17 ): GCCATTATTATCAGTGAGAGCCCAAAATCCTGAGGTGAATACTTTGTTCGTCCAAAATGACAATTTCCAAGAAGTCTGTTACAAAATACAGAGACCCACAATGTGGAACATGACCTTATCTTTAACAAGGTTCTTTGTACGATTTCAAAGGAAGGAAATTCCAATATGTCAT
Unaligned ( gi|18 ): ATACCATAAAACCTCGCAAGAAGGATCTGTTCCATTTTGAGCGATATCAATACGAGAGATTTACGCATGGAGGAATTAAAATTGTATCCAGAACAACTAATTAACACTGGAATTAGGAAAGCCAAGGAGTGTGATAG
Unaligned ( gi|22 ): CAGATATCTATTATAAACCCACGGACACCCTCCAATACCTACATTTTGGTTCGTGCCATTCACACCATATTAAAACAGTCATACCATATAACCTCGCAAGAAGGATCTG
Unaligned ( gi|25 ): ATCAGAATTCAAAAGTACGACACATATACAGTTCAAAAATGCAAAGACCAACGATGTGGTACCTG
Unaligned ( gi|26 ): AATGCCAACATGTCATGCGACACTAAGGATATATTATCTATGCCATCACATGTCC
Unaligned ( gi|28 ): ATTTCAAAACAGCCATACCATAAAACCTCGCAAGAAGGATCTG
Unaligned ( gi|29 ): TGGAATTAGGAAAGCCAAGGAGTGTGATAG
Alignments
lowQualScore : 1111111111 111111 11111 1111111 11111111111111111 1111 111 1111 1111111111 1111111 11 11111 111111 1111111 111 1
lowQualScore : 3 3 44 3 44 555 3 3 1 3 999 44 999999 3333333333 33 2 66666 2 33 5 33 999999 2 2 33 444 2 000000 555 2 2 33 555 66666 77 44 44 77 77777 77 2 2 6666 4444444 2 3 3 555 3 99999999999999999 44 3 3 555 2 0 66 5 2 2 0000 33 222 66 2 777 777 44 33 33 2 33 99 2 2 33 5 3 44 3 44 3 6666 3 3 77 3 3 6 0000 6 77 3 3 3 6 4444444444 0000000 555 555 11 6 3 3 99999 3 44 3 44 3 77 3 3 3 7 3 3 3 3 55 8888 55 55 111111 3 6 3 3 3 3 3 44 9 3 0000000 3 44 3 3 3 3 77 77 6 3 3 7777 4 3 3 222 3 6 3 3 33 3 3 3 3 999 44 2
lowQualScore : . . .. . .. ... . . . . ... .. ...... .......... .. . ..... . .. . .. ...... . . .. ... . ...... ... . . .. ... ..... .. .. .. .. ..... .. . . .... ....... . . . ... . ................. .. . . ... . . .. . . . .... .. ... .. . ... ... .. .. .. . .. .. . . .. . . .. . .. . .... . . .. . . . .... . .. . . . . .......... ....... ... ... .. . . . ..... . .. . .. . .. . . . . . . . . .. .... .. .. ...... . . . . . . . .. . . ....... . .. . . . . .. .. . . . .... . . . ... . . . . .. . . . . ... .. .
lowQualScore : 3 3 66 3 66 666 3 3 2 3 222 66 666666 1111111111 99 9 88888 9 99 7 99 000000 7 7 77 777 7 333333 000 9 9 99 444 22222 33 22 22 33 77777 33 9 9 1111 3333333 9 1 1 444 1 33333333333333333 22 1 1 444 9 7 88 7 9 9 0000 99 999 88 9 999 666 33 99 99 9 99 66 9 9 99 7 1 22 1 22 1 2222 1 1 33 1 3 7 4444 7 99 3 3 3 7 3333333333 8888888 888 888 22 7 3 3 99999 3 66 3 66 6 99 3 6 6 3 6 6 6 6 66 5555 00 00 333333 1 2 1 1 1 1 1 22 2 1 0000000 1 22 1 1 1 1 33 33 2 1 1 8888 6 1 1 555 1 2 1 1 55 1 1 1 3 666 66 0
consensus : GTACGTGT-A-C--ATA-AG--CAG--C-A-CAT-TAA---CA--CA------CCCGAA-T--------A--CCGGCA-GCTC----CA-GCT--AA-GTG--CT---C--AC-C-TTGA--AA---CC-TG------TGG---G-AAT-AA--A---C-A---G--TT--TA--CTA--TTT-----T--TCCG-TT-TT----AT-------AAA-C-TGAAAT-GT---GC-GG--------------G--T--GCT-A-TCC---A-GAGACG--TG-AAA-A-AGA----AAAA--CA---T--T-T---CATT--CA-TACT--T--T-AA--AA--CCT-A-A--ACTTA-ATAG-TC--TCTTG-T--GAT-T-T-TCC-CG-TAA--T-TTT-T-CCACATTG----AT-GTATT--A-T-CT-A-TG-------A--CGTC-------AC---AA---T--A-TA-GACA-TT--A--AAC-G--T-TCCGC--TTAC--C-GT-GA-C-GTCA-TA-A-T-CAC-TG--T-C--A--CTA-TG-T-TACTG-TT-ATGT-AA-A-C-AT-T--T-A-T-------TTG-T--AAAGCT-TC-TG-AAG-ATA--GA--AT-G-AA-AGCG--C-TAAAGCTTTA-C-GGA-G-AA-TTT-T-T-G-TGTT-T-T-CTTTTTA-TAC--TTT--TTTGAATA-TATT
Reference ( family-2036 ) : GTACGTGT-A-C--ATA-AG--CAG--C-A-CAT-TAA---CA--CA------CCCGAA-T--------A--CCGGCA-GCTC----CA-GCT--AA-GTG--CT---C--AC-C-TTGA--AA---CC-TG------TGG---G-AAT-AA--A---C-A---G--TT--TA--CTA--TTT-----T--TCCG-TT-TT----AT-------AAA-C-TGAAAT-GT---GC-GG--------------G--T--GCT-A-TCC---A-GAGACG--TG-AAA-A-AGA----AAAA--CA---T--T-T---CATT--CA-TACT--T--T-AA--AA--CCT-A-A--ACTTA-ATAG-TC--TCTTG-T--GAT-T-T-TCC-CG-TAA--T-TTT-T-CCACATTG----AT-GTATT--A-T-CT-A-TG-------A--CGTC-------AC---AA---T--A-TA-GACA-TT--A--AAC-G--T-TCCGC--TTAC--C-GT-GA-C-GTCA-TA-A-T-CAC-TG--T-C--A--CTA-TG-T-TACTG-TT-ATGT-AA-A-C-AT-T--T-A-T-------TTG-T--AAAGCT-TC-TG-AAG-ATA--GA--AT-G-AA-AGCG--C-TAAAGCTTTA-C-GGA-G-AA-TTT-T-T-G-TGTT-T-T-CTTTTTA-TAC--TTT--TTTGAATA-TATT
gi|1 : ACGTGTCA-CTGATA-AG--AAA--C-A-CAT-TAA---CA--CAAGAATACCC-AA-T--------A--CCGGCA-GCTC-------ACT--AA-GCA--CC---C--ATTC-TTGA--AA---CC-TG------TGG---GCAAA-AA--A---C-AT--G--TT--TA--CTA--CTTGTATGC--TCCG----TT----AT-------AAA-
gi|10 : caatcaactgatattacaattctcaaaatgtcaccattggaagctcaggacgatacaatatgcccttcttcgatgtgttttgtaaacgaaaaacacaccgcttgcttaacacagattggtatataatataaacccacggtcatcccaccaatactacattgcgttggtccattcacaccatagataaacagcattaccaatacacctcgcaaggagaaggatctgataaccattctgtgagcaaatcaatatgaagatttagcgcctggaaggagatataaagattgtatctagtcagccaacaagtatccgaacaactaattacaaaggattaggaaagccaagatagtgtgatagaacgcagctactttcactacaaacggcaacgtgcaaatgattgacatgaatccatacctagctaccctattgtgtcacacctaataaatccaagaaactcgaaaacatcattctataatctcacattaacaacaaccctactgaagaagatgaacaaacttcataaactctatatatgaaagctttattaatcaacagtaatacgctcaacctaaaaatctgaagagagatactttgtcttcccatttgagaaccagaactattcagtaatcaaagtgcgcggatccccgatgtgttacatgcaattacagttaacaggaggatcaacggatataatttcaacggacgtgacttgtaaagttagatgccaaatgttcatgtacacttaaaaaggtgtttctatgtcatccacattccagtgatgctaatgaattatatttattggcgaagctagggcaacactctaccggccACGTGT-A-C--AGATCG--CAG--CCA-CATCTAA----A--CA------CCCGAA--------------CAGCA-ACTCTATCCA-GTT--CACGTGACCT---C--AA-C-CTGA--AAAACTC-TG------TGA---G-AAT-AA--A---T--------TT--TA--C-A--TTT-----T--CACG-TT-TT----AT-------AA--C-TGAAAA-AT---GCCGG--------------G--T--G---A-TC----A-GA-ACGG-TG-AAA-A-AGACTAAAAAA--CAG--T--T-T---CAT---CA-GACT--T--TTAA--AA--CCT-ACAGCACTTA--TAG--C--TCTTG-T--GAA-T-T---C-CG-TAA--TGTTT-T-CCA-ATTG----AT-GT-TT--A-G-CTAA-TGAAAAAAAA--CGTCCACCCCAAC---AAAAGTA-A-TA-AACA-TTA-A--AAC-G--TATCCGC----AG--C-GT-GA---ATCA--A-A-T-CAC-TG--T-C--A--CTA--G---TA-TG-TTGATGTAAA-A-CAAT-T--T-AGT-------TTG-----AAGCT-TC-TG-AGA-ATA--GG--AGAG-AACAGCGC-C-TAAAGC-TTA-C-GGA-GAAA-TTA-T-T-G--GCA-T-T-GTCTTTA-TAC--CTTTGTTTGAATA-TATagc
gi|11 : gaagcggaaactggaacactctccgtgccgtg-C-TTGA--AA---CCCTG------TCGCGCG-AATTAA--A---CCAC--G--CT--TAAACTA--TTT-----T--TCCCCTT-TT----ATTGA----AAA-C-TGAAAC-ATACTGC-CG--------------G--TCAGCT-A-TCC---A-TAGACG--TGCAAACA-AGACC--AAAA--CA---TC-T-T---CATCTCCA-TACT--T--A-AA--AA--CCT-A-A--ACTTACATAGTTC--TCTT--T--CAT-T-T-TCC-CGCTAA--T-TTT-TCCCACATTG----AT-AT-CT--A-TCCT-ATTG-------A--CGTA-------GC---AA---TCAA-TA-GACA-TT--AC-AAC-G--T-TCCGC--TTACCGC-GT-GACC-GTCA-TA-ACT-CAC-CT--T-A--AACCTA-T--T-TACTT-TC-ATGT-AA-A-C-CA-C--T-A-T-------CTG-TACAAAGCT-TC-TG-AA--ATA--GATCAT-G-AA-A-CGACT-TAAAGCCTTA-C-GAA-A------T-T-T-G-GGTT-T-C-TTTGCTA-TAC---TT--TTTGAATATTATTaaattatagtta
gi|12 : GTACGTGT-A-C--ATA-AG--CAG--C-A-CAT-TAA---CA--CA------CCCGAA-T--------A--CCGGCA-GCTC----CA-GCT--AA-GTG--CT---C--AC-C-TTGA--AA---CC-TG------TGG---G-AAT-AA--A---C-A---G--TT--TA--CTG--TTT-----T--GCCG-TT-TT----AT-------AAA-C-TGAAAT-GT---GC-GG--------------G--T--GCC-A-TCC---A-GAGATG--GG-AAA-A-AGA----AAAA--CA---T--T-T---CATT--CA-TACT--T--T-AA--AA--CCT-T-A--ACTTA-ATAG-TC--TCTTG-T--GAT-T-T-TCC-CG-TAA--T-TTT-T-CCACATTG----AT-GTATT--A-T-AT-A-TG-------A--CGTC-------AC---AA---T--A-TA-GACA-TT--A--AAC-G--T-TCCGC--TTAC--C-GT-GA-C-GTCA-TA-A-T-CAC-TG--T-C--A--CTA-TG-T-TACTG-TT-ATGT-TA-A-C-AT-T--T-A-T-------TTG-T--AAAGCT-TC-TG-AAG-ATA--GA--AT-C-AA-AGCG--C-TAAAGCTTCA-C-GGA-G-AA-TTT-T-T-G-TGTT-T-T-CTTTTTA-TAC--TTT--TTTGAATA-TATTatcccgaccactcgagactttacttgaact
gi|13 : A-T--------A--CCGGTA-TGTC----CA-GCT--AA-GTA--CT---C--AC-C-TTGA--AA---CC-TA------TGG---G-AAT-AA--A---C-A---G--TT--GA--CTA--TTT-----T--TCAA-TT-TT----AT-------AAA-C-TGAAAT-GC---AC-AG--------------G--T--GCT-A-TCC---A-GAGACG--TG-AAA-A-AGA----AAAA--CA---T--T-T---CATT--CA-TACT--T--T-AA--AAA-CCT-A-A--ACCTA-ATAG-CA--TCTTA-T-------------------------TT-T-CCACATTA----AT-GTATT--A-T-CT-A-TG-------A--TGTC-------AC---AA---T--A-TA-GACA-TT--T--AAC-A--T-TCCGC--TAAC--C-TT-GG-C-GTTA-TA-A-T-CAT-TG--T-C--A--CTA-TG-T-TACTG-TC-ATGT-AA-A-C-AT-T--T-A-T-------TTG-T--AAAGCT-TC-TG-AAA-ATA--TA--AT-G-AA-AGCA--C-TAAATCTTTA-C-GGA-G-AA-TTT-G-T-G-TGCT-T-T-CCTTTTA-TAC--CTT--TTTGAATA-t
gi|19 : G-TT-ATGT-AA-A-C-AT-T--TTA-T-------TTG-T--AAAGTC-TC-TG-AAG-ATA--GA--AT-G-AA-AGCG--C-T-AAGC-TTA-C-GGA-G-AA-TTT-T-T-G-TGTT-T-T-C-TTTTA-TAC--TTT--CTTGAAtcttatccgaccactgagtctttac
gi|2 : aTGT-A-C--A-A-AG--CA---C-A-CAT--AA---CA--CC------CCCGAC-A--------A--CCGGCA-GCTC----CA-GCT--AG-GC--------C--AC-C-TTGA-------CC-TG------TGG-----AAT-AA--A---C-A---G--TT---A--CAT--TTT-----T--TCCG-TT-T--------------AAA-C-TGAAAT-GT---GT-G------------------T--GCT-A-TC----A-GA-ACT--TA-AAA-A-T------AAAA--CA---T--T-TAATCATT--CA-TACT--T--T-AA--AAA-CCT-A-A--A--TA-ATTA-TC--CCTTG-T--GAT-T-----C-CG-TAA--T-TT----CCACATTG----A--GTATT--A-T-CT-A-TG-------A--CGTC-------AC---AC---T--A-TA-GACA-T------AAC-G--T--CCGC--T-AC----GT--A-C-GTCA-TACA-T-CA--TG--T-C--A--C----A-G-TAC-G-TT-ATGT-AA-A-C-AT-T--T-A-T-------TTG-T--AAAGCT-TC-TGAAAG-ATA--TA--AT-GAAA-AGCG--CTTAAAGC-TTA-C-GGA-A-GA-----T-T-G-TGTT-T----CTTTTG-GAC--TTT--TTGAAATATTATTattcatttatctgaccatgagactttacttgaacctta
gi|20 : taagagactgaccattgtgagcgatatccaacagaattacgcgagaataaatgtaatctagtcagccaaaagtacaaacaactaatcaaccaatggaattagaaaccaaggagtgtgatagaacgcagctactttctaaacgccggtgccaaaatgagatgaatcatacaccctttgtgcacactataatccaagaaatcgaaacatcaatctaataatcatcataaacaacctacgaaaaataacaaactacaactatatatgagctatattttatcaacagaatacgtcaacctaaaaaatcgaaaggatatctgttcttcccaattgagaaccacggacattcagtacaaagagcgcgatcccgatgtggtacatgccaattacaattacaaagctagttataattctcaacggacggcttcaagtgtaatgccaacagtcaattgacaccaaaggtgttattatgtcatacatccagtcaagaattaagttgggcgaaactgcaacactctccgtgcccgtgaaacCTG-TT-ATGT-AA-A-C-AT-T--T-------------G-T--AAAGCT-TC-TG-AAG-ATA--TA--AT-G-AA-TGCG--C-TAACGCTTTA-C-AGA---AA-TTC-T-TGG-TGTC-T-T-CTTTTTA-TACTTTTT--TTTAAATA-TATaatccgaccacgagactttcttgaactttgaaat
gi|21 : G-TT-TT----AT-------AAA-C-TGAAAT-GT---GC-GG--------------G--T--GCT-A-TTC---A-GAGACG--TG-AAA-A-AGA----AAAA--CT---T--T-T---CATT--CA-TACT--T--T-AA--AA--CCT-A-G--ACTAA-ATAG-TC--TCTTG-T--GAT-T-T-TCC-CG-TAA--T-Tagtatgttttttaaaatatatattatgt
gi|23 : ACGTGT-A-C--ATA-AG--CAG--C-A-TAC-TAA---CA--CA------CCTGAA-T--------A--CCGGCA-GCTC----CA-GCT--CA-GTG--TT---C--AC-C-TTGA--AA---CC-TG------TGA---A-AAT-AA--
gi|24 : -GAGACG--CG-AAA-A-GGA----AAAA--CA---TGTT-T---CAT---CA-TACT--T--T-AA--AA--CCC-A-A--ACTTA-AT
gi|27 : gCCGAA-T--------A--CCGGCA-GCTC----CA-GCT--AA-GTG--CT---T--AC-C-TTGA--AA---CC-TG------TGcaagttatttgac
gi|3 : GTACGTGT-AAC--ATA-AG--CGA--C-A-CCT-TAAG--CAAACA------CCCGAA----------AGCCCGGCA-GCTC-------ACT--AA-GTG--CTTCAC--AT-CGTTGA-------CC-TG------CTG---G-GAT-AA--AGAAC-A---GC-TT--TT--CTA--TCT-----T--TCCG-TT-TT----AT-------AA--C-TGAAAT-GT---GT-AG--------------GCGT--GCT-A-TCC---A-GA--CGGTTG-AAA-ACAGA----AAAAATCA---T--T-TT--CATT--CA--ACT--T--T-GAGAAA--CCT-A-A--ACTTACATAG-TCACTCTTGGT--GAT-T-TCTCCTCG-TTA--T-TTT-TTCCACAT-G----A--GTATTCAA-T-CT-AATG-------ATACGTC-------AC---AA---TG-A-TA-GACAATT--AGAAAC-GATT-TCCGC--TTAC--C-GTCGA-TAGTCT-AA-A-T-CAC-TG----C--A--CTA-TG-T-TACTG-TT-ATGT-AA-A-C-AC-TCTT-A-T-------TTTCT--AACGCT-TCGTG-AAGGATAA-GA--AT-G-AA-AGCG--C-TAAAGCTTTA-C-GGA-G-AA-TTTGT-T-G----T-T-T-CTTTTTAGTAC--TTT--TT
gi|4 : aaaaaatatatgaaagctatgaattttaatcaacagatacgttctaaacctctaaaaaattaagaggatgactattgttcttcacagtagaagcaactcacgggactagttcctatccaaagctgcgcggatccccgatggttacatgcaatacttacagaaggatcaagtataagttcaaagacgtgactttaaagttatgccatacatgtcttgacatcaagggtgttatttaatggtcatacaatgatccggatgctgaattatatcattggcgaaaactggcaacgaccttccggccggctGTTCGTGT-A-C--ATC-AGGGCAGAGC-A-C-T-TAA---CA--CA------CCCGAAAT--------A--CCGG-A-GCTC----CAAGCG--AA-GTG--CC---CGAAC-T-TTGA--AA---C--TGC-----TGG---G-AAT-AA--C---C-----G--TT--TA--CTA--TTT-----TG-TCCG-TT-T-----AT-------AAA-C-TGAAAT-GT---GC-GG-----------------T--GCTGA-TCCTGCA-GAGACG--TA-AAA-A-GAA----AAAA--CAACTT--T-T---CATT--TA-GATC--T--T-AA--AA--TTT-A-A--AACTA-ATAG-TC--TCTTG-T--GAT-TCT-TCG-CG-TAA--T-TTT-C-CAACATTG----AT-GTATTA-A-T-CT-A-TGA------A--CGTC-------AA---AA---T--ACTA-GACA-TT--A--AAC-G--T-TCCGC--TTACT-C-GT-GA-C-GTCA-TA-A-T-CA--TA--TCC--A--CTA-TGAT-CACTA-TT-ATGT-GA-A---A--T--T-A-T-------TTG-T--AAAGCT-CC-TG-AAG-ATA--GA-------AG-AGCG--C-TAACGCCTTATC-GGA-T-AA-TTT-TCT-GTTGTT-T-TGCTTTTTA-TAT--TGT--TTTTAATA-gcgtattatgatccgaccacgtgagacttacttgaactttg
gi|5 : gaagaggatactttgttctttcctatttgagaaccttgaggaacccacgattattcgtactcaaaggtgcacggatccccgatggggcactatggatttacatatcaaacgaaggatcaagttataaaattgtcaacggacgtgactttatatatgatattaaatctgccaatatgtcatgctgaactaaggatgttatttaattcatcaaacatggtaagggatgtcaattaaatatgatattgtgcgaaatttggcaacaactctccgtgcccgT-A-C--ATA-AG--CA-------C-T-TAAAAGCA--AG------CGCGAG-TTGTGATGGA--ACGGCA-GCTC----CA-GCTTAAA-GTG--CT------AC-T-TAGATAAA---CC-TG------TGG---G-AA--AA--A---C-ATCTGATTT--TA--CTGATTTT-----T--TCCG-TTATT----ACTCAGTAGAAA-A-TGAA-T-GT----C-GGATTATGGGATTAGTG--T--GCT-A-TCC---ACGAGACG--TG-AAA-A--GA----AAA--------T--TGT---CAGT--CA-TACT--T----AT--AA--CCG-A-A--ACTAA-AT-G-TC--TCTTG-TTTGAT-T-T-TCC-GC-TAAA-G-TTT-T-CCA-ATTGTAGAATTGTATC--A-T-CT-A--G-------A--CGTC-------AC---A----T--A-TA-GACA-TTTAA--AACCG--T-TCCGCGCTT----C-GT-GA-C--TCA-TA-A-T-CACCTG--T-CCCA--CCA-T--T-T-CTG-TT-ATGT-AA-A-C-AT------A-T-------TTG-T--AAAAGT-TC-TG-AAG-ATAACGAC-ATAG-CA-AGCG--AATAAAGCTTTG-C-GGA-T-AA-TTT-T-T-G-TG-T-T-T-CTTTTAG-TACA-TTT--TTTGAATA-tagtttatatcacgaacactcgagacttcgtacttaaac
gi|6 : aatttatgaaccccgatgctatttccgtataaaagttgctcggatcccccgaatgagtacatggcaatttacatttacgaaggtcaagtctatagtttcatcggacagtgcactttaagttatgaatattcatgtgatacttatgggtgtatttgtgcttcacatgtaggattgcaagaaattatattggcgaactggcactctgctgttgccgtagtACGTGT-A-C--ATA-AG--C-G--C-AACAT-TGA---GA--CG------CC-GAA-T--------G--A-GGCAAGCTC----CA-GCT--AATGTG--CT------AC-G-TTGA--AA---CC-TG------TGG---G-AAT-AAGAA---C-AA--G--TTGTTA--ATA--TGT-----T--TTCG-TT-TTGTTTAT-------AAAGC-TGAAGGAGT---G--GG--------------G--A--GCT-AGTCG---A-GAGACG--TGGAAA-A-AGA----AAGA--CAGAGT--T-T---CATTG-CAATACT--GCGT-AA--AAAGCCT-A-A--ACTTA-ATAG-TC--TCTTG-T--GATGT-T-GCG-CG-TAA--T-TTTGT-CCACATTG----ATGGTATT--AGT-CT-A-TG-------AG-CGT--------AC---AA---T--AGTAGGACA-TTTAA--AGC-G--A-TTCGC--TTAC--G-GT-GA-CGGTCC-TA-A-T-CAC-TG--T-A--A--CTATTG-TGTACTGATTAATGT-AAGA-C-ATGT--TGA-T-------TTG-T--AAAGCTGTC-TG-AAG-ATA--GA--AT-G--A-AGCG--C-TAAAGATTTA-CAGGA-GAAA-TTTAT-T-G-TGTTGTAT-CTTTTTA-TAC----T--TTTGAATA-TATctatatccgaccatagacttacttgaact
gi|7 : ggactattcagtatgccaaagtgcacggatccccgtggtggtagatggcattgacatacagaaagggtcaagttataatttcgagcggttactgtgactgtgaaagttaaggtgcaacgatgtaggtgggacactaagggttgttattgtatgtagtacaatgtgcaggatgcagatgaatattagtgattgggcgaagcgtggcgaaactctccgtgccgtgtaGTACGTGT-A-C--ATA-AA--CAG--C-A-CAT-TAA---CA--CA------CCCAAA-T--------A--CCGGCA-TCCC----CA-GTT--AA-GTG--CT---C--AC-C-TTGA--AA---CC-TGCAGGAATAG---G-AAT-AA--T---C-A---G--TT--TA--CTT--TTT-----TTCTCCA-TT-TT----AT-------AAA-C-T--AAT-------------------------A--T--GCT-A-TAC---A-GAGACG--CG-AGA-A-AGA----AAA-----------------------CA-TACT--T--T-AA--AG--CCT-A-A--ACTTA-ATAG-TC--TCGTA-T--GAT-T-A-CCC-CG-TACTTT-TTT-T-CTATAT-------T-GTAGT--T-T-CT-G-TG-------G--CGTC-------ACAATAA---T--A-TA-GACA-GT--T--AGC-C--T-TCCGA--TAAC--C-TT-GA-C-TTCA-TA-G-A-CAT-TG----C--A--CTA-TG-T-TAGTG-TT-ATGT-AA-A-C-AT-T--TGA-TTGAATGATCG-T--AAAGCT-TC-TG-AAG-ATA--CA--AT-G-AA-AGCG--T-TAAAGCTCGA-C-GGACA-AA-TTT-T-A-G-TGTT-T-T-Caat
gi|8 : taatgccaacatgtcacgcgacactaaggatgttggtaatgtcatcatgtccaggatgcaatgaatactgtattgatgaaactagcaaaaatctccgtgccagtGTACGTGT-A-C--ATA-AG--CAG--C-A-CAT-TAA---CA--CA------CCCGAA-T--------A--CCGGTA-GCTC----CA-GCG--AA-GTG--CC---C--AA-C-TTGA--AA---CT-TG------TGG---G-AAT-AA--A---C-A---G--TT--TA--CTAT-TTT-----T--TCCG-TT-TT----AT-------AAA-CTTGAAAT-GT---GC-GG--------------G--T--GCT-A-TCC---A-GAGAC---TG-AAA-A-AGA----AAAA--CT---T--T-T---CATT--AA--ACTTGT--T-AA--AA----TAA-A--ACTTA-ATAG-TC--TCTTG----GAT-T-T-TCC-CG-TAA--T-TTT-T-CCACATTGT---AT-GTATT--A-T-C--A-TG-------A--CGTC-------AA---AA---T--A-TA-GACA-TT--A--AAC-G--T-TCCG---TTAC--CTGT-GA-C-GTCATTA-A-TCCAC-TAATT-C--A--CTA-T--T-TACTG-TT-ATGT-AA-ATC-AA-T--T-A-T-------TTG-T--AAAGCT-TC-TG-AAG-ATA--GA--AT-G-AA-AGCG--C-TAACGCTTTA-C-GGA-T-AATTTT-T-T-G-TGTT-T-T-CTTTTTA-TAT--TTT--TTTTAATATTATTgtctgaacgttaacgggtagtgtttagcattgtcaatcatatagttttaaaaatgatttttccatt
gi|9 : ggatgcaattaatatgatatttgcgaaattggcaacactctccgtgcccgtGTACGTGT-A-C--ATA-AG--CAG--C-A-CAT-TAA---CA--TA------CCCGAA-T--------A--CCGGCA-GCTC----------------------------AC-C-TTGA--AA---CC-TG------TGT---G-AAT-AA--A---T-A---G--TT--TA--CTA--TTT-----T--TCCA-TT-TT----AT-------AAA-C-TGAAAT-AT---GC-GG--------------G--T--GCT-A-TCC---A-GAGACA--TG-AAA-A-AGA----AAAA--CA---T--T-T---CATT--CA-TAGT--T--T-TT--AA--CTT-A-A--ACTTA-ATAG-TT--TCTTA-T--GCT-T-T-TCC-CG-TAC--T-TTT-T-CTACATTG----AT-GTATT--A-T-CT-A-TG-------A--CGTC-------AC---AA---T--A-TA-GACA-TT--T--AAC-G--T-TTCGC--TAAC--C-atccgaccactgagactttacttaaact
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AAAAAAGCCAAGGAGTGTGATAGAACGCAGCTACTTTCTAAAACGCAACGTACAAATGATGATGAAATACGTATACTACCCTTTGTGCACACCTATAATCCAAGAAATCGAAACATCAATTCTATAATCCATCAATTAAACAACCTACTGAAAGATGAACAAACCAAAACTATATATGAAAGCTATAATTTTATCAACAGTAAACGTCAACCTAAAAATCTGAAGAGGATACTTTGTTCTTCACAATTTGAGAACCACGACTATTCAGTATCAAAGTGCACGGATCCCTGATGTGGTACATGCAATTAAATTACAGAAGGGTCAAGTTATAATTTCAAC
Unaligned ( gi|15 ): GAAACTGAAAGAGTCCTTATAGATTATCCATCAATTTACAACCTACTGAAAGAGATGACAAACTATCTATAACTATATATGAAGAGCTATAATTAACAGTAAACGTCAACCCAAAAATCTGAAGAGGATACTTTGGTCTTCCCAATTTGAGAACCACGACTATACAGTATCAAAATGCACGGATCCACGATGTGGTACATGCAGTTACATTACAGAAGGGACAAGTTATAATTTCAACGGACATGACTTTAAAGTTAATGCCAACATGTCATGCGACATTAGAGATGTTATTGATGTCATCACATGTCCAGAATGCAATGAATATTATATTG
Unaligned ( gi|16 ): CAATCAAATGAATTCAGAATCAAATCACCATGAAACAGACATACAAATATGCCCTTTCTCGATTTTCTTGTTAACAAAAACACACCACTTAAAACACAGAATCTATTATAAACCCACGACATCCCCCCAACTACCTATCATTTCGGTTCGTGCATCACAACCATAATTAAAACAGCCTACCAACTCGC
Unaligned ( gi|17 ): GCCATTATTATCAGTGAGAGCCCAAAATCCTGAGGTGAATACTTTGTTCGTCCAAAATGACAATTTCCAAGAAGTCTGTTACAAAATACAGAGACCCACAATGTGGAACATGACCTTATCTTTAACAAGGTTCTTTGTACGATTTCAAAGGAAGGAAATTCCAATATGTCAT
Unaligned ( gi|18 ): ATACCATAAAACCTCGCAAGAAGGATCTGTTCCATTTTGAGCGATATCAATACGAGAGATTTACGCATGGAGGAATTAAAATTGTATCCAGAACAACTAATTAACACTGGAATTAGGAAAGCCAAGGAGTGTGATAG
Unaligned ( gi|22 ): CAGATATCTATTATAAACCCACGGACACCCTCCAATACCTACATTTTGGTTCGTGCCATTCACACCATATTAAAACAGTCATACCATATAACCTCGCAAGAAGGATCTG
Unaligned ( gi|25 ): ATCAGAATTCAAAAGTACGACACATATACAGTTCAAAAATGCAAAGACCAACGATGTGGTACCTG
Unaligned ( gi|26 ): AATGCCAACATGTCATGCGACACTAAGGATATATTATCTATGCCATCACATGTCC
Unaligned ( gi|28 ): ATTTCAAAACAGCCATACCATAAAACCTCGCAAGAAGGATCTG
Unaligned ( gi|29 ): TGGAATTAGGAAAGCCAAGGAGTGTGATAG
Alignments
lowQualScore : 1111111111 111111 11111 1111111 11111111111111111 1111 111 1111 1111111111 1111111 11 11111 111111 1111111 111 1
lowQualScore : 3 3 44 3 44 555 3 3 1 3 999 44 999999 3333333333 33 2 66666 2 33 5 33 999999 2 2 33 444 2 000000 555 2 2 33 555 66666 77 44 44 77 77777 77 2 2 6666 4444444 2 3 3 555 3 99999999999999999 44 3 3 555 2 0 66 5 2 2 0000 33 222 66 2 777 777 44 33 33 2 33 99 2 2 33 5 3 44 3 44 3 6666 3 3 77 3 3 6 0000 6 77 3 3 3 6 4444444444 0000000 555 555 11 6 3 3 99999 3 44 3 44 3 77 3 3 3 7 3 3 3 3 55 8888 55 55 111111 3 6 3 3 3 3 3 44 9 3 0000000 3 44 3 3 3 3 77 77 6 3 3 7777 4 3 3 222 3 6 3 3 33 3 3 3 3 999 44 2
lowQualScore : . . .. . .. ... . . . . ... .. ...... .......... .. . ..... . .. . .. ...... . . .. ... . ...... ... . . .. ... ..... .. .. .. .. ..... .. . . .... ....... . . . ... . ................. .. . . ... . . .. . . . .... .. ... .. . ... ... .. .. .. . .. .. . . .. . . .. . .. . .... . . .. . . . .... . .. . . . . .......... ....... ... ... .. . . . ..... . .. . .. . .. . . . . . . . . .. .... .. .. ...... . . . . . . . .. . . ....... . .. . . . . .. .. . . . .... . . . ... . . . . .. . . . . ... .. .
lowQualScore : 3 3 66 3 66 666 3 3 2 3 222 66 666666 1111111111 99 9 88888 9 99 7 99 000000 7 7 77 777 7 333333 000 9 9 99 444 22222 33 22 22 33 77777 33 9 9 1111 3333333 9 1 1 444 1 33333333333333333 22 1 1 444 9 7 88 7 9 9 0000 99 999 88 9 999 666 33 99 99 9 99 66 9 9 99 7 1 22 1 22 1 2222 1 1 33 1 3 7 4444 7 99 3 3 3 7 3333333333 8888888 888 888 22 7 3 3 99999 3 66 3 66 6 99 3 6 6 3 6 6 6 6 66 5555 00 00 333333 1 2 1 1 1 1 1 22 2 1 0000000 1 22 1 1 1 1 33 33 2 1 1 8888 6 1 1 555 1 2 1 1 55 1 1 1 3 666 66 0
consensus : GTACGTGT-A-C--ATA-AG--CAG--C-A-CAT-TAA---CA--CA------CCCGAA-T--------A--CCGGCA-GCTC----CA-GCT--AA-GTG--CT---C--AC-C-TTGA--AA---CC-TG------TGG---G-AAT-AA--A---C-A---G--TT--TA--CTA--TTT-----T--TCCG-TT-TT----AT-------AAA-C-TGAAAT-GT---GC-GG--------------G--T--GCT-A-TCC---A-GAGACG--TG-AAA-A-AGA----AAAA--CA---T--T-T---CATT--CA-TACT--T--T-AA--AA--CCT-A-A--ACTTA-ATAG-TC--TCTTG-T--GAT-T-T-TCC-CG-TAA--T-TTT-T-CCACATTG----AT-GTATT--A-T-CT-A-TG-------A--CGTC-------AC---AA---T--A-TA-GACA-TT--A--AAC-G--T-TCCGC--TTAC--C-GT-GA-C-GTCA-TA-A-T-CAC-TG--T-C--A--CTA-TG-T-TACTG-TT-ATGT-AA-A-C-AT-T--T-A-T-------TTG-T--AAAGCT-TC-TG-AAG-ATA--GA--AT-G-AA-AGCG--C-TAAAGCTTTA-C-GGA-G-AA-TTT-T-T-G-TGTT-T-T-CTTTTTA-TAC--TTT--TTTGAATA-TATT
Reference ( family-2036 ) : GTACGTGT-A-C--ATA-AG--CAG--C-A-CAT-TAA---CA--CA------CCCGAA-T--------A--CCGGCA-GCTC----CA-GCT--AA-GTG--CT---C--AC-C-TTGA--AA---CC-TG------TGG---G-AAT-AA--A---C-A---G--TT--TA--CTA--TTT-----T--TCCG-TT-TT----AT-------AAA-C-TGAAAT-GT---GC-GG--------------G--T--GCT-A-TCC---A-GAGACG--TG-AAA-A-AGA----AAAA--CA---T--T-T---CATT--CA-TACT--T--T-AA--AA--CCT-A-A--ACTTA-ATAG-TC--TCTTG-T--GAT-T-T-TCC-CG-TAA--T-TTT-T-CCACATTG----AT-GTATT--A-T-CT-A-TG-------A--CGTC-------AC---AA---T--A-TA-GACA-TT--A--AAC-G--T-TCCGC--TTAC--C-GT-GA-C-GTCA-TA-A-T-CAC-TG--T-C--A--CTA-TG-T-TACTG-TT-ATGT-AA-A-C-AT-T--T-A-T-------TTG-T--AAAGCT-TC-TG-AAG-ATA--GA--AT-G-AA-AGCG--C-TAAAGCTTTA-C-GGA-G-AA-TTT-T-T-G-TGTT-T-T-CTTTTTA-TAC--TTT--TTTGAATA-TATT
gi|1 : ACGTGTCA-CTGATA-AG--AAA--C-A-CAT-TAA---CA--CAAGAATACCC-AA-T--------A--CCGGCA-GCTC-------ACT--AA-GCA--CC---C--ATTC-TTGA--AA---CC-TG------TGG---GCAAA-AA--A---C-AT--G--TT--TA--CTA--CTTGTATGC--TCCG----TT----AT-------AAA-
gi|10 : caatcaactgatattacaattctcaaaatgtcaccattggaagctcaggacgatacaatatgcccttcttcgatgtgttttgtaaacgaaaaacacaccgcttgcttaacacagattggtatataatataaacccacggtcatcccaccaatactacattgcgttggtccattcacaccatagataaacagcattaccaatacacctcgcaaggagaaggatctgataaccattctgtgagcaaatcaatatgaagatttagcgcctggaaggagatataaagattgtatctagtcagccaacaagtatccgaacaactaattacaaaggattaggaaagccaagatagtgtgatagaacgcagctactttcactacaaacggcaacgtgcaaatgattgacatgaatccatacctagctaccctattgtgtcacacctaataaatccaagaaactcgaaaacatcattctataatctcacattaacaacaaccctactgaagaagatgaacaaacttcataaactctatatatgaaagctttattaatcaacagtaatacgctcaacctaaaaatctgaagagagatactttgtcttcccatttgagaaccagaactattcagtaatcaaagtgcgcggatccccgatgtgttacatgcaattacagttaacaggaggatcaacggatataatttcaacggacgtgacttgtaaagttagatgccaaatgttcatgtacacttaaaaaggtgtttctatgtcatccacattccagtgatgctaatgaattatatttattggcgaagctagggcaacactctaccggccACGTGT-A-C--AGATCG--CAG--CCA-CATCTAA----A--CA------CCCGAA--------------CAGCA-ACTCTATCCA-GTT--CACGTGACCT---C--AA-C-CTGA--AAAACTC-TG------TGA---G-AAT-AA--A---T--------TT--TA--C-A--TTT-----T--CACG-TT-TT----AT-------AA--C-TGAAAA-AT---GCCGG--------------G--T--G---A-TC----A-GA-ACGG-TG-AAA-A-AGACTAAAAAA--CAG--T--T-T---CAT---CA-GACT--T--TTAA--AA--CCT-ACAGCACTTA--TAG--C--TCTTG-T--GAA-T-T---C-CG-TAA--TGTTT-T-CCA-ATTG----AT-GT-TT--A-G-CTAA-TGAAAAAAAA--CGTCCACCCCAAC---AAAAGTA-A-TA-AACA-TTA-A--AAC-G--TATCCGC----AG--C-GT-GA---ATCA--A-A-T-CAC-TG--T-C--A--CTA--G---TA-TG-TTGATGTAAA-A-CAAT-T--T-AGT-------TTG-----AAGCT-TC-TG-AGA-ATA--GG--AGAG-AACAGCGC-C-TAAAGC-TTA-C-GGA-GAAA-TTA-T-T-G--GCA-T-T-GTCTTTA-TAC--CTTTGTTTGAATA-TATagc
gi|11 : gaagcggaaactggaacactctccgtgccgtg-C-TTGA--AA---CCCTG------TCGCGCG-AATTAA--A---CCAC--G--CT--TAAACTA--TTT-----T--TCCCCTT-TT----ATTGA----AAA-C-TGAAAC-ATACTGC-CG--------------G--TCAGCT-A-TCC---A-TAGACG--TGCAAACA-AGACC--AAAA--CA---TC-T-T---CATCTCCA-TACT--T--A-AA--AA--CCT-A-A--ACTTACATAGTTC--TCTT--T--CAT-T-T-TCC-CGCTAA--T-TTT-TCCCACATTG----AT-AT-CT--A-TCCT-ATTG-------A--CGTA-------GC---AA---TCAA-TA-GACA-TT--AC-AAC-G--T-TCCGC--TTACCGC-GT-GACC-GTCA-TA-ACT-CAC-CT--T-A--AACCTA-T--T-TACTT-TC-ATGT-AA-A-C-CA-C--T-A-T-------CTG-TACAAAGCT-TC-TG-AA--ATA--GATCAT-G-AA-A-CGACT-TAAAGCCTTA-C-GAA-A------T-T-T-G-GGTT-T-C-TTTGCTA-TAC---TT--TTTGAATATTATTaaattatagtta
gi|12 : GTACGTGT-A-C--ATA-AG--CAG--C-A-CAT-TAA---CA--CA------CCCGAA-T--------A--CCGGCA-GCTC----CA-GCT--AA-GTG--CT---C--AC-C-TTGA--AA---CC-TG------TGG---G-AAT-AA--A---C-A---G--TT--TA--CTG--TTT-----T--GCCG-TT-TT----AT-------AAA-C-TGAAAT-GT---GC-GG--------------G--T--GCC-A-TCC---A-GAGATG--GG-AAA-A-AGA----AAAA--CA---T--T-T---CATT--CA-TACT--T--T-AA--AA--CCT-T-A--ACTTA-ATAG-TC--TCTTG-T--GAT-T-T-TCC-CG-TAA--T-TTT-T-CCACATTG----AT-GTATT--A-T-AT-A-TG-------A--CGTC-------AC---AA---T--A-TA-GACA-TT--A--AAC-G--T-TCCGC--TTAC--C-GT-GA-C-GTCA-TA-A-T-CAC-TG--T-C--A--CTA-TG-T-TACTG-TT-ATGT-TA-A-C-AT-T--T-A-T-------TTG-T--AAAGCT-TC-TG-AAG-ATA--GA--AT-C-AA-AGCG--C-TAAAGCTTCA-C-GGA-G-AA-TTT-T-T-G-TGTT-T-T-CTTTTTA-TAC--TTT--TTTGAATA-TATTatcccgaccactcgagactttacttgaact
gi|13 : A-T--------A--CCGGTA-TGTC----CA-GCT--AA-GTA--CT---C--AC-C-TTGA--AA---CC-TA------TGG---G-AAT-AA--A---C-A---G--TT--GA--CTA--TTT-----T--TCAA-TT-TT----AT-------AAA-C-TGAAAT-GC---AC-AG--------------G--T--GCT-A-TCC---A-GAGACG--TG-AAA-A-AGA----AAAA--CA---T--T-T---CATT--CA-TACT--T--T-AA--AAA-CCT-A-A--ACCTA-ATAG-CA--TCTTA-T-------------------------TT-T-CCACATTA----AT-GTATT--A-T-CT-A-TG-------A--TGTC-------AC---AA---T--A-TA-GACA-TT--T--AAC-A--T-TCCGC--TAAC--C-TT-GG-C-GTTA-TA-A-T-CAT-TG--T-C--A--CTA-TG-T-TACTG-TC-ATGT-AA-A-C-AT-T--T-A-T-------TTG-T--AAAGCT-TC-TG-AAA-ATA--TA--AT-G-AA-AGCA--C-TAAATCTTTA-C-GGA-G-AA-TTT-G-T-G-TGCT-T-T-CCTTTTA-TAC--CTT--TTTGAATA-t
gi|19 : G-TT-ATGT-AA-A-C-AT-T--TTA-T-------TTG-T--AAAGTC-TC-TG-AAG-ATA--GA--AT-G-AA-AGCG--C-T-AAGC-TTA-C-GGA-G-AA-TTT-T-T-G-TGTT-T-T-C-TTTTA-TAC--TTT--CTTGAAtcttatccgaccactgagtctttac
gi|2 : aTGT-A-C--A-A-AG--CA---C-A-CAT--AA---CA--CC------CCCGAC-A--------A--CCGGCA-GCTC----CA-GCT--AG-GC--------C--AC-C-TTGA-------CC-TG------TGG-----AAT-AA--A---C-A---G--TT---A--CAT--TTT-----T--TCCG-TT-T--------------AAA-C-TGAAAT-GT---GT-G------------------T--GCT-A-TC----A-GA-ACT--TA-AAA-A-T------AAAA--CA---T--T-TAATCATT--CA-TACT--T--T-AA--AAA-CCT-A-A--A--TA-ATTA-TC--CCTTG-T--GAT-T-----C-CG-TAA--T-TT----CCACATTG----A--GTATT--A-T-CT-A-TG-------A--CGTC-------AC---AC---T--A-TA-GACA-T------AAC-G--T--CCGC--T-AC----GT--A-C-GTCA-TACA-T-CA--TG--T-C--A--C----A-G-TAC-G-TT-ATGT-AA-A-C-AT-T--T-A-T-------TTG-T--AAAGCT-TC-TGAAAG-ATA--TA--AT-GAAA-AGCG--CTTAAAGC-TTA-C-GGA-A-GA-----T-T-G-TGTT-T----CTTTTG-GAC--TTT--TTGAAATATTATTattcatttatctgaccatgagactttacttgaacctta
gi|20 : taagagactgaccattgtgagcgatatccaacagaattacgcgagaataaatgtaatctagtcagccaaaagtacaaacaactaatcaaccaatggaattagaaaccaaggagtgtgatagaacgcagctactttctaaacgccggtgccaaaatgagatgaatcatacaccctttgtgcacactataatccaagaaatcgaaacatcaatctaataatcatcataaacaacctacgaaaaataacaaactacaactatatatgagctatattttatcaacagaatacgtcaacctaaaaaatcgaaaggatatctgttcttcccaattgagaaccacggacattcagtacaaagagcgcgatcccgatgtggtacatgccaattacaattacaaagctagttataattctcaacggacggcttcaagtgtaatgccaacagtcaattgacaccaaaggtgttattatgtcatacatccagtcaagaattaagttgggcgaaactgcaacactctccgtgcccgtgaaacCTG-TT-ATGT-AA-A-C-AT-T--T-------------G-T--AAAGCT-TC-TG-AAG-ATA--TA--AT-G-AA-TGCG--C-TAACGCTTTA-C-AGA---AA-TTC-T-TGG-TGTC-T-T-CTTTTTA-TACTTTTT--TTTAAATA-TATaatccgaccacgagactttcttgaactttgaaat
gi|21 : G-TT-TT----AT-------AAA-C-TGAAAT-GT---GC-GG--------------G--T--GCT-A-TTC---A-GAGACG--TG-AAA-A-AGA----AAAA--CT---T--T-T---CATT--CA-TACT--T--T-AA--AA--CCT-A-G--ACTAA-ATAG-TC--TCTTG-T--GAT-T-T-TCC-CG-TAA--T-Tagtatgttttttaaaatatatattatgt
gi|23 : ACGTGT-A-C--ATA-AG--CAG--C-A-TAC-TAA---CA--CA------CCTGAA-T--------A--CCGGCA-GCTC----CA-GCT--CA-GTG--TT---C--AC-C-TTGA--AA---CC-TG------TGA---A-AAT-AA--
gi|24 : -GAGACG--CG-AAA-A-GGA----AAAA--CA---TGTT-T---CAT---CA-TACT--T--T-AA--AA--CCC-A-A--ACTTA-AT
gi|27 : gCCGAA-T--------A--CCGGCA-GCTC----CA-GCT--AA-GTG--CT---T--AC-C-TTGA--AA---CC-TG------TGcaagttatttgac
gi|3 : GTACGTGT-AAC--ATA-AG--CGA--C-A-CCT-TAAG--CAAACA------CCCGAA----------AGCCCGGCA-GCTC-------ACT--AA-GTG--CTTCAC--AT-CGTTGA-------CC-TG------CTG---G-GAT-AA--AGAAC-A---GC-TT--TT--CTA--TCT-----T--TCCG-TT-TT----AT-------AA--C-TGAAAT-GT---GT-AG--------------GCGT--GCT-A-TCC---A-GA--CGGTTG-AAA-ACAGA----AAAAATCA---T--T-TT--CATT--CA--ACT--T--T-GAGAAA--CCT-A-A--ACTTACATAG-TCACTCTTGGT--GAT-T-TCTCCTCG-TTA--T-TTT-TTCCACAT-G----A--GTATTCAA-T-CT-AATG-------ATACGTC-------AC---AA---TG-A-TA-GACAATT--AGAAAC-GATT-TCCGC--TTAC--C-GTCGA-TAGTCT-AA-A-T-CAC-TG----C--A--CTA-TG-T-TACTG-TT-ATGT-AA-A-C-AC-TCTT-A-T-------TTTCT--AACGCT-TCGTG-AAGGATAA-GA--AT-G-AA-AGCG--C-TAAAGCTTTA-C-GGA-G-AA-TTTGT-T-G----T-T-T-CTTTTTAGTAC--TTT--TT
gi|4 : aaaaaatatatgaaagctatgaattttaatcaacagatacgttctaaacctctaaaaaattaagaggatgactattgttcttcacagtagaagcaactcacgggactagttcctatccaaagctgcgcggatccccgatggttacatgcaatacttacagaaggatcaagtataagttcaaagacgtgactttaaagttatgccatacatgtcttgacatcaagggtgttatttaatggtcatacaatgatccggatgctgaattatatcattggcgaaaactggcaacgaccttccggccggctGTTCGTGT-A-C--ATC-AGGGCAGAGC-A-C-T-TAA---CA--CA------CCCGAAAT--------A--CCGG-A-GCTC----CAAGCG--AA-GTG--CC---CGAAC-T-TTGA--AA---C--TGC-----TGG---G-AAT-AA--C---C-----G--TT--TA--CTA--TTT-----TG-TCCG-TT-T-----AT-------AAA-C-TGAAAT-GT---GC-GG-----------------T--GCTGA-TCCTGCA-GAGACG--TA-AAA-A-GAA----AAAA--CAACTT--T-T---CATT--TA-GATC--T--T-AA--AA--TTT-A-A--AACTA-ATAG-TC--TCTTG-T--GAT-TCT-TCG-CG-TAA--T-TTT-C-CAACATTG----AT-GTATTA-A-T-CT-A-TGA------A--CGTC-------AA---AA---T--ACTA-GACA-TT--A--AAC-G--T-TCCGC--TTACT-C-GT-GA-C-GTCA-TA-A-T-CA--TA--TCC--A--CTA-TGAT-CACTA-TT-ATGT-GA-A---A--T--T-A-T-------TTG-T--AAAGCT-CC-TG-AAG-ATA--GA-------AG-AGCG--C-TAACGCCTTATC-GGA-T-AA-TTT-TCT-GTTGTT-T-TGCTTTTTA-TAT--TGT--TTTTAATA-gcgtattatgatccgaccacgtgagacttacttgaactttg
gi|5 : gaagaggatactttgttctttcctatttgagaaccttgaggaacccacgattattcgtactcaaaggtgcacggatccccgatggggcactatggatttacatatcaaacgaaggatcaagttataaaattgtcaacggacgtgactttatatatgatattaaatctgccaatatgtcatgctgaactaaggatgttatttaattcatcaaacatggtaagggatgtcaattaaatatgatattgtgcgaaatttggcaacaactctccgtgcccgT-A-C--ATA-AG--CA-------C-T-TAAAAGCA--AG------CGCGAG-TTGTGATGGA--ACGGCA-GCTC----CA-GCTTAAA-GTG--CT------AC-T-TAGATAAA---CC-TG------TGG---G-AA--AA--A---C-ATCTGATTT--TA--CTGATTTT-----T--TCCG-TTATT----ACTCAGTAGAAA-A-TGAA-T-GT----C-GGATTATGGGATTAGTG--T--GCT-A-TCC---ACGAGACG--TG-AAA-A--GA----AAA--------T--TGT---CAGT--CA-TACT--T----AT--AA--CCG-A-A--ACTAA-AT-G-TC--TCTTG-TTTGAT-T-T-TCC-GC-TAAA-G-TTT-T-CCA-ATTGTAGAATTGTATC--A-T-CT-A--G-------A--CGTC-------AC---A----T--A-TA-GACA-TTTAA--AACCG--T-TCCGCGCTT----C-GT-GA-C--TCA-TA-A-T-CACCTG--T-CCCA--CCA-T--T-T-CTG-TT-ATGT-AA-A-C-AT------A-T-------TTG-T--AAAAGT-TC-TG-AAG-ATAACGAC-ATAG-CA-AGCG--AATAAAGCTTTG-C-GGA-T-AA-TTT-T-T-G-TG-T-T-T-CTTTTAG-TACA-TTT--TTTGAATA-tagtttatatcacgaacactcgagacttcgtacttaaac
gi|6 : aatttatgaaccccgatgctatttccgtataaaagttgctcggatcccccgaatgagtacatggcaatttacatttacgaaggtcaagtctatagtttcatcggacagtgcactttaagttatgaatattcatgtgatacttatgggtgtatttgtgcttcacatgtaggattgcaagaaattatattggcgaactggcactctgctgttgccgtagtACGTGT-A-C--ATA-AG--C-G--C-AACAT-TGA---GA--CG------CC-GAA-T--------G--A-GGCAAGCTC----CA-GCT--AATGTG--CT------AC-G-TTGA--AA---CC-TG------TGG---G-AAT-AAGAA---C-AA--G--TTGTTA--ATA--TGT-----T--TTCG-TT-TTGTTTAT-------AAAGC-TGAAGGAGT---G--GG--------------G--A--GCT-AGTCG---A-GAGACG--TGGAAA-A-AGA----AAGA--CAGAGT--T-T---CATTG-CAATACT--GCGT-AA--AAAGCCT-A-A--ACTTA-ATAG-TC--TCTTG-T--GATGT-T-GCG-CG-TAA--T-TTTGT-CCACATTG----ATGGTATT--AGT-CT-A-TG-------AG-CGT--------AC---AA---T--AGTAGGACA-TTTAA--AGC-G--A-TTCGC--TTAC--G-GT-GA-CGGTCC-TA-A-T-CAC-TG--T-A--A--CTATTG-TGTACTGATTAATGT-AAGA-C-ATGT--TGA-T-------TTG-T--AAAGCTGTC-TG-AAG-ATA--GA--AT-G--A-AGCG--C-TAAAGATTTA-CAGGA-GAAA-TTTAT-T-G-TGTTGTAT-CTTTTTA-TAC----T--TTTGAATA-TATctatatccgaccatagacttacttgaact
gi|7 : ggactattcagtatgccaaagtgcacggatccccgtggtggtagatggcattgacatacagaaagggtcaagttataatttcgagcggttactgtgactgtgaaagttaaggtgcaacgatgtaggtgggacactaagggttgttattgtatgtagtacaatgtgcaggatgcagatgaatattagtgattgggcgaagcgtggcgaaactctccgtgccgtgtaGTACGTGT-A-C--ATA-AA--CAG--C-A-CAT-TAA---CA--CA------CCCAAA-T--------A--CCGGCA-TCCC----CA-GTT--AA-GTG--CT---C--AC-C-TTGA--AA---CC-TGCAGGAATAG---G-AAT-AA--T---C-A---G--TT--TA--CTT--TTT-----TTCTCCA-TT-TT----AT-------AAA-C-T--AAT-------------------------A--T--GCT-A-TAC---A-GAGACG--CG-AGA-A-AGA----AAA-----------------------CA-TACT--T--T-AA--AG--CCT-A-A--ACTTA-ATAG-TC--TCGTA-T--GAT-T-A-CCC-CG-TACTTT-TTT-T-CTATAT-------T-GTAGT--T-T-CT-G-TG-------G--CGTC-------ACAATAA---T--A-TA-GACA-GT--T--AGC-C--T-TCCGA--TAAC--C-TT-GA-C-TTCA-TA-G-A-CAT-TG----C--A--CTA-TG-T-TAGTG-TT-ATGT-AA-A-C-AT-T--TGA-TTGAATGATCG-T--AAAGCT-TC-TG-AAG-ATA--CA--AT-G-AA-AGCG--T-TAAAGCTCGA-C-GGACA-AA-TTT-T-A-G-TGTT-T-T-Caat
gi|8 : taatgccaacatgtcacgcgacactaaggatgttggtaatgtcatcatgtccaggatgcaatgaatactgtattgatgaaactagcaaaaatctccgtgccagtGTACGTGT-A-C--ATA-AG--CAG--C-A-CAT-TAA---CA--CA------CCCGAA-T--------A--CCGGTA-GCTC----CA-GCG--AA-GTG--CC---C--AA-C-TTGA--AA---CT-TG------TGG---G-AAT-AA--A---C-A---G--TT--TA--CTAT-TTT-----T--TCCG-TT-TT----AT-------AAA-CTTGAAAT-GT---GC-GG--------------G--T--GCT-A-TCC---A-GAGAC---TG-AAA-A-AGA----AAAA--CT---T--T-T---CATT--AA--ACTTGT--T-AA--AA----TAA-A--ACTTA-ATAG-TC--TCTTG----GAT-T-T-TCC-CG-TAA--T-TTT-T-CCACATTGT---AT-GTATT--A-T-C--A-TG-------A--CGTC-------AA---AA---T--A-TA-GACA-TT--A--AAC-G--T-TCCG---TTAC--CTGT-GA-C-GTCATTA-A-TCCAC-TAATT-C--A--CTA-T--T-TACTG-TT-ATGT-AA-ATC-AA-T--T-A-T-------TTG-T--AAAGCT-TC-TG-AAG-ATA--GA--AT-G-AA-AGCG--C-TAACGCTTTA-C-GGA-T-AATTTT-T-T-G-TGTT-T-T-CTTTTTA-TAT--TTT--TTTTAATATTATTgtctgaacgttaacgggtagtgtttagcattgtcaatcatatagttttaaaaatgatttttccatt
gi|9 : ggatgcaattaatatgatatttgcgaaattggcaacactctccgtgcccgtGTACGTGT-A-C--ATA-AG--CAG--C-A-CAT-TAA---CA--TA------CCCGAA-T--------A--CCGGCA-GCTC----------------------------AC-C-TTGA--AA---CC-TG------TGT---G-AAT-AA--A---T-A---G--TT--TA--CTA--TTT-----T--TCCA-TT-TT----AT-------AAA-C-TGAAAT-AT---GC-GG--------------G--T--GCT-A-TCC---A-GAGACA--TG-AAA-A-AGA----AAAA--CA---T--T-T---CATT--CA-TAGT--T--T-TT--AA--CTT-A-A--ACTTA-ATAG-TT--TCTTA-T--GCT-T-T-TCC-CG-TAC--T-TTT-T-CTACATTG----AT-GTATT--A-T-CT-A-TG-------A--CGTC-------AC---AA---T--A-TA-GACA-TT--T--AAC-G--T-TTCGC--TAAC--C-atccgaccactgagactttacttaaact
blockSeqs : . A . T GG GAG C A A C AAG AA . TTGTGATGG GC A TATCC A TA C AC TCAC . G TA AAC C CAGGAA CGC . T GA GAA ATCT AT GT AA AT . TC C A GTTT TCAGTAG G T A ACT . ATTATGGGATTAGTG CA G G TGC C GT C C C CC AT ACT GT G AAT CTC AT TG CG . GA AG A . . C T AC G TT G TCT T C TT . G C TAGA T CA G C . T ATA . AAT . CA C G A AGA C AT . GC T CG T C C A T C C C CC ATT CC AC TTGTG A A . G T . G CT T . TGAATGA C AC G G A G AC TC A A . ACT C T A GA T G C G TT G A G G TTT . T
blockSeqs : . . . . . G . . A . G . . AT . . C . . T . CGA . . . . . C . . . . . CAC C . . T . G . . . TGA . . . . . GCG . . . . . . G . . . . GAG C . T TG T . . . . A . . . C . . . . . CTT . . A . . T T G A . . . A AA . . . G G . . TAA . . . . T T . . . G . . . . C TC . . TGAT . . . . . . . . G . . . . . . . . A C . . . CT T . . CA . A . . G . . . . AT . T
blockSeqs : . . . . . G . . A . . . . T . . C . . . . C . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . T T . . . . A . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . TAA . . . . A . . . . . . . . . C T . . TGT . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . AA T . . A . . . . T . . . . T . T
blockSeqs : . . . . . G . . A . . . . T . . C . . . . C . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . AC . . . . T . . . . . . . . . T T . . TGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C T . . G . . . . T . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . A . . C . . . . A . . C . . . . C . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A . . . . T . . . . . . . . . C T . . TGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C T . . G . . . . T . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . G . . A . . . . T . . C . . . . C . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . T . . . . T . . . . . . . . . C T . . TGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C C . . G . . . . T . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . G . . A . . . . T . . C . . . . C . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . TG . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A . . . . T . . . . . . . . . T T . . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C T . . A . . . . T . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . G . . A . . . . T . . C . . . . T . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . T G . . . . . . . . . . . . . . AC . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . C T . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C T . . G . . . . T . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . G . . A . . . . T . . C . . . . C . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . A . . . . T . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C T . . T . . . . T . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . C . . . . C . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C T . . T . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . T . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : ** ****** C**** A**** ***** ** **** *** T** ** TT** A********* ******* *** ** N**** TGT*** C*** G** T* **
originalCons : GTACGTGT-A-C--ATA-AG--CAG--C-A-CAT-TAA---CA--CA------CCCGAA-T--------A--CCGGCA-GCTC----CA-GCT--AA-GTG--CT---C--AC-C-TTGA--AA---CC-TG------TGG---G-AAT-AA--A---C-A---G--TT--TA--CTA--TTT-----T--TCCG-TT-TT----AT-------AAA-C-TGAAAT-GT---GC-GG--------------G--T--GCT-A-TCC---A-GAGACG--TG-AAA-A-AGA----AAAA--CA---T--T-T---CATT--CA-TACT--T--T-AA--AA--CCT-A-A--ACTTA-ATAG-TC--TCTTG-T--GAT-T-T-TCC-CG-TAA--T-TTT-T-CCACATTG----AT-GTATT--A-T-CT-A-TG-------A--CGTC-------AC---AA---T--A-TA-GACA-TT--A--AAC-G--T-TCCGC--TTAC--C-GT-GA-C-GTCA-TA-A-T-CAC-TG--T-C--A--CTA-TG-T-TACTG-TT-ATGT-AA-A-C-AT-T--T-A-T-------TTG-T--AAAGCT-TC-TG-AAG-ATA--GA--AT-G-AA-AGCG--C-TAAAGCTTTA-C-GGA-G-AA-TTT-T-T-G-TGTT-T-T-CTTTTTA-TAC--TTT--TTTGAATA-TATT
finalCons : GTACGTGT-A-C--ATA-AG--CAG--C-A-CAT-TAA---CA--CA------CCCGAA-T--------A--CCGGCA-GCTCC----A-GCT--AA-GTG--CT---C--AC-C-TTGA--AA---CC-TG------TGG---G-AAT-AA--A---CA----G--TT--TA--CTA--TTT-----T--TCCG-TT-TT----AT-------AAA-C-TGAAAT-GT---GC-GG--------------G--T--GCT-A-TCC---A-GAGACG--TG-AAA-A-AGA----AAAA--CA---T--T-T---CATT--CA-TACT--T--T-AA--AA--CCT-A-A--ACTTA-ATAG-TC--TCTTG-T--GAT-TTT--CC-CG-TAA--T-TTT-T-CCACATTG----AT-GTATT--A-T-CT-A-TGA---------CGTC-------AC---AA---T--A-TA-GACA-TTN----AAC-G--T-TCCGC--TTAC--C-GT-GA-C-GTCA-TA-A-T-CAC-TG--T-C--A--CTATGT---TACTG-TT-ATGT-AA-A-C-AT-T--T-A-T-------TTG-T--AAAGCT-TC-TG-AAG-ATA--GA--AT-G-AA-AGCGC---TAAAGCTTTA-C-GGAG--AA-TTT-T-T-GT-GTT-T-T-CTTTTTA-TAC--TTT--TTTGAATA-TATT
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AAAAAAGCCAAGGAGTGTGATAGAACGCAGCTACTTTCTAAAACGCAACGTACAAATGATGATGAAATACGTATACTACCCTTTGTGCACACCTATAATCCAAGAAATCGAAACATCAATTCTATAATCCATCAATTAAACAACCTACTGAAAGATGAACAAACCAAAACTATATATGAAAGCTATAATTTTATCAACAGTAAACGTCAACCTAAAAATCTGAAGAGGATACTTTGTTCTTCACAATTTGAGAACCACGACTATTCAGTATCAAAGTGCACGGATCCCTGATGTGGTACATGCAATTAAATTACAGAAGGGTCAAGTTATAATTTCAAC
Unaligned ( gi|15 ): GAAACTGAAAGAGTCCTTATAGATTATCCATCAATTTACAACCTACTGAAAGAGATGACAAACTATCTATAACTATATATGAAGAGCTATAATTAACAGTAAACGTCAACCCAAAAATCTGAAGAGGATACTTTGGTCTTCCCAATTTGAGAACCACGACTATACAGTATCAAAATGCACGGATCCACGATGTGGTACATGCAGTTACATTACAGAAGGGACAAGTTATAATTTCAACGGACATGACTTTAAAGTTAATGCCAACATGTCATGCGACATTAGAGATGTTATTGATGTCATCACATGTCCAGAATGCAATGAATATTATATTG
Unaligned ( gi|16 ): CAATCAAATGAATTCAGAATCAAATCACCATGAAACAGACATACAAATATGCCCTTTCTCGATTTTCTTGTTAACAAAAACACACCACTTAAAACACAGAATCTATTATAAACCCACGACATCCCCCCAACTACCTATCATTTCGGTTCGTGCATCACAACCATAATTAAAACAGCCTACCAACTCGC
Unaligned ( gi|17 ): GCCATTATTATCAGTGAGAGCCCAAAATCCTGAGGTGAATACTTTGTTCGTCCAAAATGACAATTTCCAAGAAGTCTGTTACAAAATACAGAGACCCACAATGTGGAACATGACCTTATCTTTAACAAGGTTCTTTGTACGATTTCAAAGGAAGGAAATTCCAATATGTCAT
Unaligned ( gi|18 ): ATACCATAAAACCTCGCAAGAAGGATCTGTTCCATTTTGAGCGATATCAATACGAGAGATTTACGCATGGAGGAATTAAAATTGTATCCAGAACAACTAATTAACACTGGAATTAGGAAAGCCAAGGAGTGTGATAG
Unaligned ( gi|22 ): CAGATATCTATTATAAACCCACGGACACCCTCCAATACCTACATTTTGGTTCGTGCCATTCACACCATATTAAAACAGTCATACCATATAACCTCGCAAGAAGGATCTG
Unaligned ( gi|25 ): ATCAGAATTCAAAAGTACGACACATATACAGTTCAAAAATGCAAAGACCAACGATGTGGTACCTG
Unaligned ( gi|26 ): AATGCCAACATGTCATGCGACACTAAGGATATATTATCTATGCCATCACATGTCC
Unaligned ( gi|28 ): ATTTCAAAACAGCCATACCATAAAACCTCGCAAGAAGGATCTG
Unaligned ( gi|29 ): TGGAATTAGGAAAGCCAAGGAGTGTGATAG
Alignments
lowQualScore : 1111111111 111111 11111 1111111 11111111111111111 1111 111 1111 1111111111 1111111 11 1111 111 111111 1111111 111 1
lowQualScore : 3 3 44 3 44 555 3 3 1 3 999 44 999999 3333333333 33 2 66666 2 33 5 33 999999 2 2 33 444 2 000000 555 2 2 33 555 66666 77 44 44 77 77777 77 2 2 6666 4444444 2 3 3 555 3 99999999999999999 44 3 3 555 2 0 66 5 2 2 0000 33 222 66 2 777 777 44 33 33 2 33 99 2 2 33 5 3 44 3 44 3 6666 3 3 77 3 3 6 0000 6 77 3 3 3 6 4444444444 0000000 555 555 11 6 3 3 3333 000 44 3 44 3 77 3 3 3 7 3 3 3 3 55 8888 55 55 111111 3 6 3 3 3 3 3 44 9 3 0000000 3 44 3 3 3 3 77 77 6 3 3 7777 4 3 3 222 3 6 3 3 33 3 3 3 3 999 44 2
lowQualScore : . . .. . .. ... . . . . ... .. ...... .......... .. . ..... . .. . .. ...... . . .. ... . ...... ... . . .. ... ..... .. .. .. .. ..... .. . . .... ....... . . . ... . ................. .. . . ... . . .. . . . .... .. ... .. . ... ... .. .. .. . .. .. . . .. . . .. . .. . .... . . .. . . . .... . .. . . . . .......... ....... ... ... .. . . . .... ... .. . .. . .. . . . . . . . . .. .... .. .. ...... . . . . . . . .. . . ....... . .. . . . . .. .. . . . .... . . . ... . . . . .. . . . . ... .. .
lowQualScore : 3 3 66 3 66 666 3 3 2 3 222 66 666666 1111111111 99 9 88888 9 99 7 99 000000 7 7 77 777 7 333333 000 9 9 99 444 22222 33 22 22 33 77777 33 9 9 1111 3333333 9 1 1 444 1 33333333333333333 22 1 1 444 9 7 88 7 9 9 0000 99 999 88 9 999 666 33 99 99 9 99 66 9 9 99 7 1 22 1 22 1 2222 1 1 33 1 3 7 4444 7 99 3 3 3 7 3333333333 8888888 888 888 22 7 3 3 4444 444 66 3 66 6 99 3 6 6 3 6 6 6 6 66 5555 00 00 333333 1 2 1 1 1 1 1 22 2 1 0000000 1 22 1 1 1 1 33 33 2 1 1 8888 6 1 1 555 1 2 1 1 55 1 1 1 3 666 66 0
consensus : GTACGTGT-A-C--ATA-AG--CAG--C-A-CAT-TAA---CA--CA------CCCGAA-T--------A--CCGGCA-GCTC----CA-GCT--AA-GTG--CT---C--AC-C-TTGA--AA---CC-TG------TGG---G-AAT-AA--A---C-A---G--TT--TA--CTA--TTT-----T--TCCG-TT-TT----AT-------AAA-C-TGAAAT-GT---GC-GG--------------G--T--GCT-A-TCC---A-GAGACG--TG-AAA-A-AGA----AAAA--CA---T--T-T---CATT--CA-TACT--T--T-AA--AA--CCT-A-A--ACTTA-ATAG-TC--TCTTG-T--GAT-T-T-TCC-CG-TAA--T-TTT-T-CCACATTG----AT-GTATT--A-T-CT-A-TG-------A--CGTC-------AC---AA---T--A-TA-GACA-TT-N--AA---CG--T-TCCGC--TTAC--C-GT-GA-C-GTCA-TA-A-T-CAC-TG--T-C--A--CTA-TG-T-TACTG-TT-ATGT-AA-A-C-AT-T--T-A-T-------TTG-T--AAAGCT-TC-TG-AAG-ATA--GA--AT-G-AA-AGCG--C-TAAAGCTTTA-C-GGA-G-AA-TTT-T-T-G-TGTT-T-T-CTTTTTA-TAC--TTT--TTTGAATA-TATT
Reference ( family-2036 ) : GTACGTGT-A-C--ATA-AG--CAG--C-A-CAT-TAA---CA--CA------CCCGAA-T--------A--CCGGCA-GCTC----CA-GCT--AA-GTG--CT---C--AC-C-TTGA--AA---CC-TG------TGG---G-AAT-AA--A---C-A---G--TT--TA--CTA--TTT-----T--TCCG-TT-TT----AT-------AAA-C-TGAAAT-GT---GC-GG--------------G--T--GCT-A-TCC---A-GAGACG--TG-AAA-A-AGA----AAAA--CA---T--T-T---CATT--CA-TACT--T--T-AA--AA--CCT-A-A--ACTTA-ATAG-TC--TCTTG-T--GAT-T-T-TCC-CG-TAA--T-TTT-T-CCACATTG----AT-GTATT--A-T-CT-A-TG-------A--CGTC-------AC---AA---T--A-TA-GACA-TT-N--AA---CG--T-TCCGC--TTAC--C-GT-GA-C-GTCA-TA-A-T-CAC-TG--T-C--A--CTA-TG-T-TACTG-TT-ATGT-AA-A-C-AT-T--T-A-T-------TTG-T--AAAGCT-TC-TG-AAG-ATA--GA--AT-G-AA-AGCG--C-TAAAGCTTTA-C-GGA-G-AA-TTT-T-T-G-TGTT-T-T-CTTTTTA-TAC--TTT--TTTGAATA-TATT
gi|1 : ACGTGTCA-CTGATA-AG--AAA--C-A-CAT-TAA---CA--CAAGAATACCC-AA-T--------A--CCGGCA-GCTC-------ACT--AA-GCA--CC---C--ATTC-TTGA--AA---CC-TG------TGG---GCAAA-AA--A---C-AT--G--TT--TA--CTA--CTTGTATGC--TCCG----TT----AT-------AAA-
gi|10 : caatcaactgatattacaattctcaaaatgtcaccattggaagctcaggacgatacaatatgcccttcttcgatgtgttttgtaaacgaaaaacacaccgcttgcttaacacagattggtatataatataaacccacggtcatcccaccaatactacattgcgttggtccattcacaccatagataaacagcattaccaatacacctcgcaaggagaaggatctgataaccattctgtgagcaaatcaatatgaagatttagcgcctggaaggagatataaagattgtatctagtcagccaacaagtatccgaacaactaattacaaaggattaggaaagccaagatagtgtgatagaacgcagctactttcactacaaacggcaacgtgcaaatgattgacatgaatccatacctagctaccctattgtgtcacacctaataaatccaagaaactcgaaaacatcattctataatctcacattaacaacaaccctactgaagaagatgaacaaacttcataaactctatatatgaaagctttattaatcaacagtaatacgctcaacctaaaaatctgaagagagatactttgtcttcccatttgagaaccagaactattcagtaatcaaagtgcgcggatccccgatgtgttacatgcaattacagttaacaggaggatcaacggatataatttcaacggacgtgacttgtaaagttagatgccaaatgttcatgtacacttaaaaaggtgtttctatgtcatccacattccagtgatgctaatgaattatatttattggcgaagctagggcaacactctaccggccACGTGT-A-C--AGATCG--CAG--CCA-CATCTAA----A--CA------CCCGAA--------------CAGCA-ACTCTATCCA-GTT--CACGTGACCT---C--AA-C-CTGA--AAAACTC-TG------TGA---G-AAT-AA--A---T--------TT--TA--C-A--TTT-----T--CACG-TT-TT----AT-------AA--C-TGAAAA-AT---GCCGG--------------G--T--G---A-TC----A-GA-ACGG-TG-AAA-A-AGACTAAAAAA--CAG--T--T-T---CAT---CA-GACT--T--TTAA--AA--CCT-ACAGCACTTA--TAG--C--TCTTG-T--GAA-T-T---C-CG-TAA--TGTTT-T-CCA-ATTG----AT-GT-TT--A-G-CTAA-TGAAAAAAAA--CGTCCACCCCAAC---AAAAGTA-A-TA-AACA-TTAA--AA---CG--TATCCGC----AG--C-GT-GA---ATCA--A-A-T-CAC-TG--T-C--A--CTA--G---TA-TG-TTGATGTAAA-A-CAAT-T--T-AGT-------TTG-----AAGCT-TC-TG-AGA-ATA--GG--AGAG-AACAGCGC-C-TAAAGC-TTA-C-GGA-GAAA-TTA-T-T-G--GCA-T-T-GTCTTTA-TAC--CTTTGTTTGAATA-TATagc
gi|11 : gaagcggaaactggaacactctccgtgccgtg-C-TTGA--AA---CCCTG------TCGCGCG-AATTAA--A---CCAC--G--CT--TAAACTA--TTT-----T--TCCCCTT-TT----ATTGA----AAA-C-TGAAAC-ATACTGC-CG--------------G--TCAGCT-A-TCC---A-TAGACG--TGCAAACA-AGACC--AAAA--CA---TC-T-T---CATCTCCA-TACT--T--A-AA--AA--CCT-A-A--ACTTACATAGTTC--TCTT--T--CAT-T-T-TCC-CGCTAA--T-TTT-TCCCACATTG----AT-AT-CT--A-TCCT-ATTG-------A--CGTA-------GC---AA---TCAA-TA-GACA-TTAC--AA---CG--T-TCCGC--TTACCGC-GT-GACC-GTCA-TA-ACT-CAC-CT--T-A--AACCTA-T--T-TACTT-TC-ATGT-AA-A-C-CA-C--T-A-T-------CTG-TACAAAGCT-TC-TG-AA--ATA--GATCAT-G-AA-A-CGACT-TAAAGCCTTA-C-GAA-A------T-T-T-G-GGTT-T-C-TTTGCTA-TAC---TT--TTTGAATATTATTaaattatagtta
gi|12 : GTACGTGT-A-C--ATA-AG--CAG--C-A-CAT-TAA---CA--CA------CCCGAA-T--------A--CCGGCA-GCTC----CA-GCT--AA-GTG--CT---C--AC-C-TTGA--AA---CC-TG------TGG---G-AAT-AA--A---C-A---G--TT--TA--CTG--TTT-----T--GCCG-TT-TT----AT-------AAA-C-TGAAAT-GT---GC-GG--------------G--T--GCC-A-TCC---A-GAGATG--GG-AAA-A-AGA----AAAA--CA---T--T-T---CATT--CA-TACT--T--T-AA--AA--CCT-T-A--ACTTA-ATAG-TC--TCTTG-T--GAT-T-T-TCC-CG-TAA--T-TTT-T-CCACATTG----AT-GTATT--A-T-AT-A-TG-------A--CGTC-------AC---AA---T--A-TA-GACA-TT-A--AA---CG--T-TCCGC--TTAC--C-GT-GA-C-GTCA-TA-A-T-CAC-TG--T-C--A--CTA-TG-T-TACTG-TT-ATGT-TA-A-C-AT-T--T-A-T-------TTG-T--AAAGCT-TC-TG-AAG-ATA--GA--AT-C-AA-AGCG--C-TAAAGCTTCA-C-GGA-G-AA-TTT-T-T-G-TGTT-T-T-CTTTTTA-TAC--TTT--TTTGAATA-TATTatcccgaccactcgagactttacttgaact
gi|13 : A-T--------A--CCGGTA-TGTC----CA-GCT--AA-GTA--CT---C--AC-C-TTGA--AA---CC-TA------TGG---G-AAT-AA--A---C-A---G--TT--GA--CTA--TTT-----T--TCAA-TT-TT----AT-------AAA-C-TGAAAT-GC---AC-AG--------------G--T--GCT-A-TCC---A-GAGACG--TG-AAA-A-AGA----AAAA--CA---T--T-T---CATT--CA-TACT--T--T-AA--AAA-CCT-A-A--ACCTA-ATAG-CA--TCTTA-T-------------------------TT-T-CCACATTA----AT-GTATT--A-T-CT-A-TG-------A--TGTC-------AC---AA---T--A-TA-GACA-TT-T--AA---CA--T-TCCGC--TAAC--C-TT-GG-C-GTTA-TA-A-T-CAT-TG--T-C--A--CTA-TG-T-TACTG-TC-ATGT-AA-A-C-AT-T--T-A-T-------TTG-T--AAAGCT-TC-TG-AAA-ATA--TA--AT-G-AA-AGCA--C-TAAATCTTTA-C-GGA-G-AA-TTT-G-T-G-TGCT-T-T-CCTTTTA-TAC--CTT--TTTGAATA-t
gi|19 : G-TT-ATGT-AA-A-C-AT-T--TTA-T-------TTG-T--AAAGTC-TC-TG-AAG-ATA--GA--AT-G-AA-AGCG--C-T-AAGC-TTA-C-GGA-G-AA-TTT-T-T-G-TGTT-T-T-C-TTTTA-TAC--TTT--CTTGAAtcttatccgaccactgagtctttac
gi|2 : aTGT-A-C--A-A-AG--CA---C-A-CAT--AA---CA--CC------CCCGAC-A--------A--CCGGCA-GCTC----CA-GCT--AG-GC--------C--AC-C-TTGA-------CC-TG------TGG-----AAT-AA--A---C-A---G--TT---A--CAT--TTT-----T--TCCG-TT-T--------------AAA-C-TGAAAT-GT---GT-G------------------T--GCT-A-TC----A-GA-ACT--TA-AAA-A-T------AAAA--CA---T--T-TAATCATT--CA-TACT--T--T-AA--AAA-CCT-A-A--A--TA-ATTA-TC--CCTTG-T--GAT-T-----C-CG-TAA--T-TT----CCACATTG----A--GTATT--A-T-CT-A-TG-------A--CGTC-------AC---AC---T--A-TA-GACA-T-----AA---CG--T--CCGC--T-AC----GT--A-C-GTCA-TACA-T-CA--TG--T-C--A--C----A-G-TAC-G-TT-ATGT-AA-A-C-AT-T--T-A-T-------TTG-T--AAAGCT-TC-TGAAAG-ATA--TA--AT-GAAA-AGCG--CTTAAAGC-TTA-C-GGA-A-GA-----T-T-G-TGTT-T----CTTTTG-GAC--TTT--TTGAAATATTATTattcatttatctgaccatgagactttacttgaacctta
gi|20 : taagagactgaccattgtgagcgatatccaacagaattacgcgagaataaatgtaatctagtcagccaaaagtacaaacaactaatcaaccaatggaattagaaaccaaggagtgtgatagaacgcagctactttctaaacgccggtgccaaaatgagatgaatcatacaccctttgtgcacactataatccaagaaatcgaaacatcaatctaataatcatcataaacaacctacgaaaaataacaaactacaactatatatgagctatattttatcaacagaatacgtcaacctaaaaaatcgaaaggatatctgttcttcccaattgagaaccacggacattcagtacaaagagcgcgatcccgatgtggtacatgccaattacaattacaaagctagttataattctcaacggacggcttcaagtgtaatgccaacagtcaattgacaccaaaggtgttattatgtcatacatccagtcaagaattaagttgggcgaaactgcaacactctccgtgcccgtgaaacCTG-TT-ATGT-AA-A-C-AT-T--T-------------G-T--AAAGCT-TC-TG-AAG-ATA--TA--AT-G-AA-TGCG--C-TAACGCTTTA-C-AGA---AA-TTC-T-TGG-TGTC-T-T-CTTTTTA-TACTTTTT--TTTAAATA-TATaatccgaccacgagactttcttgaactttgaaat
gi|21 : G-TT-TT----AT-------AAA-C-TGAAAT-GT---GC-GG--------------G--T--GCT-A-TTC---A-GAGACG--TG-AAA-A-AGA----AAAA--CT---T--T-T---CATT--CA-TACT--T--T-AA--AA--CCT-A-G--ACTAA-ATAG-TC--TCTTG-T--GAT-T-T-TCC-CG-TAA--T-Tagtatgttttttaaaatatatattatgt
gi|23 : ACGTGT-A-C--ATA-AG--CAG--C-A-TAC-TAA---CA--CA------CCTGAA-T--------A--CCGGCA-GCTC----CA-GCT--CA-GTG--TT---C--AC-C-TTGA--AA---CC-TG------TGA---A-AAT-AA--
gi|24 : -GAGACG--CG-AAA-A-GGA----AAAA--CA---TGTT-T---CAT---CA-TACT--T--T-AA--AA--CCC-A-A--ACTTA-AT
gi|27 : gCCGAA-T--------A--CCGGCA-GCTC----CA-GCT--AA-GTG--CT---T--AC-C-TTGA--AA---CC-TG------TGcaagttatttgac
gi|3 : GTACGTGT-AAC--ATA-AG--CGA--C-A-CCT-TAAG--CAAACA------CCCGAA----------AGCCCGGCA-GCTC-------ACT--AA-GTG--CTTCAC--AT-CGTTGA-------CC-TG------CTG---G-GAT-AA--AGAAC-A---GC-TT--TT--CTA--TCT-----T--TCCG-TT-TT----AT-------AA--C-TGAAAT-GT---GT-AG--------------GCGT--GCT-A-TCC---A-GA--CGGTTG-AAA-ACAGA----AAAAATCA---T--T-TT--CATT--CA--ACT--T--T-GAGAAA--CCT-A-A--ACTTACATAG-TCACTCTTGGT--GAT-T-TCTCCTCG-TTA--T-TTT-TTCCACAT-G----A--GTATTCAA-T-CT-AATG-------ATACGTC-------AC---AA---TG-A-TA-GACAATT-AGAAA---CGATT-TCCGC--TTAC--C-GTCGA-TAGTCT-AA-A-T-CAC-TG----C--A--CTA-TG-T-TACTG-TT-ATGT-AA-A-C-AC-TCTT-A-T-------TTTCT--AACGCT-TCGTG-AAGGATAA-GA--AT-G-AA-AGCG--C-TAAAGCTTTA-C-GGA-G-AA-TTTGT-T-G----T-T-T-CTTTTTAGTAC--TTT--TT
gi|4 : aaaaaatatatgaaagctatgaattttaatcaacagatacgttctaaacctctaaaaaattaagaggatgactattgttcttcacagtagaagcaactcacgggactagttcctatccaaagctgcgcggatccccgatggttacatgcaatacttacagaaggatcaagtataagttcaaagacgtgactttaaagttatgccatacatgtcttgacatcaagggtgttatttaatggtcatacaatgatccggatgctgaattatatcattggcgaaaactggcaacgaccttccggccggctGTTCGTGT-A-C--ATC-AGGGCAGAGC-A-C-T-TAA---CA--CA------CCCGAAAT--------A--CCGG-A-GCTC----CAAGCG--AA-GTG--CC---CGAAC-T-TTGA--AA---C--TGC-----TGG---G-AAT-AA--C---C-----G--TT--TA--CTA--TTT-----TG-TCCG-TT-T-----AT-------AAA-C-TGAAAT-GT---GC-GG-----------------T--GCTGA-TCCTGCA-GAGACG--TA-AAA-A-GAA----AAAA--CAACTT--T-T---CATT--TA-GATC--T--T-AA--AA--TTT-A-A--AACTA-ATAG-TC--TCTTG-T--GAT-TCT-TCG-CG-TAA--T-TTT-C-CAACATTG----AT-GTATTA-A-T-CT-A-TGA------A--CGTC-------AA---AA---T--ACTA-GACA-TT-A--AA---CG--T-TCCGC--TTACT-C-GT-GA-C-GTCA-TA-A-T-CA--TA--TCC--A--CTA-TGAT-CACTA-TT-ATGT-GA-A---A--T--T-A-T-------TTG-T--AAAGCT-CC-TG-AAG-ATA--GA-------AG-AGCG--C-TAACGCCTTATC-GGA-T-AA-TTT-TCT-GTTGTT-T-TGCTTTTTA-TAT--TGT--TTTTAATA-gcgtattatgatccgaccacgtgagacttacttgaactttg
gi|5 : gaagaggatactttgttctttcctatttgagaaccttgaggaacccacgattattcgtactcaaaggtgcacggatccccgatggggcactatggatttacatatcaaacgaaggatcaagttataaaattgtcaacggacgtgactttatatatgatattaaatctgccaatatgtcatgctgaactaaggatgttatttaattcatcaaacatggtaagggatgtcaattaaatatgatattgtgcgaaatttggcaacaactctccgtgcccgT-A-C--ATA-AG--CA-------C-T-TAAAAGCA--AG------CGCGAG-TTGTGATGGA--ACGGCA-GCTC----CA-GCTTAAA-GTG--CT------AC-T-TAGATAAA---CC-TG------TGG---G-AA--AA--A---C-ATCTGATTT--TA--CTGATTTT-----T--TCCG-TTATT----ACTCAGTAGAAA-A-TGAA-T-GT----C-GGATTATGGGATTAGTG--T--GCT-A-TCC---ACGAGACG--TG-AAA-A--GA----AAA--------T--TGT---CAGT--CA-TACT--T----AT--AA--CCG-A-A--ACTAA-AT-G-TC--TCTTG-TTTGAT-T-T-TCC-GC-TAAA-G-TTT-T-CCA-ATTGTAGAATTGTATC--A-T-CT-A--G-------A--CGTC-------AC---A----T--A-TA-GACA-TT-T--AAAACCG--T-TCCGCGCTT----C-GT-GA-C--TCA-TA-A-T-CACCTG--T-CCCA--CCA-T--T-T-CTG-TT-ATGT-AA-A-C-AT------A-T-------TTG-T--AAAAGT-TC-TG-AAG-ATAACGAC-ATAG-CA-AGCG--AATAAAGCTTTG-C-GGA-T-AA-TTT-T-T-G-TG-T-T-T-CTTTTAG-TACA-TTT--TTTGAATA-tagtttatatcacgaacactcgagacttcgtacttaaac
gi|6 : aatttatgaaccccgatgctatttccgtataaaagttgctcggatcccccgaatgagtacatggcaatttacatttacgaaggtcaagtctatagtttcatcggacagtgcactttaagttatgaatattcatgtgatacttatgggtgtatttgtgcttcacatgtaggattgcaagaaattatattggcgaactggcactctgctgttgccgtagtACGTGT-A-C--ATA-AG--C-G--C-AACAT-TGA---GA--CG------CC-GAA-T--------G--A-GGCAAGCTC----CA-GCT--AATGTG--CT------AC-G-TTGA--AA---CC-TG------TGG---G-AAT-AAGAA---C-AA--G--TTGTTA--ATA--TGT-----T--TTCG-TT-TTGTTTAT-------AAAGC-TGAAGGAGT---G--GG--------------G--A--GCT-AGTCG---A-GAGACG--TGGAAA-A-AGA----AAGA--CAGAGT--T-T---CATTG-CAATACT--GCGT-AA--AAAGCCT-A-A--ACTTA-ATAG-TC--TCTTG-T--GATGT-T-GCG-CG-TAA--T-TTTGT-CCACATTG----ATGGTATT--AGT-CT-A-TG-------AG-CGT--------AC---AA---T--AGTAGGACA-TT-T--AAAG-CG--A-TTCGC--TTAC--G-GT-GA-CGGTCC-TA-A-T-CAC-TG--T-A--A--CTATTG-TGTACTGATTAATGT-AAGA-C-ATGT--TGA-T-------TTG-T--AAAGCTGTC-TG-AAG-ATA--GA--AT-G--A-AGCG--C-TAAAGATTTA-CAGGA-GAAA-TTTAT-T-G-TGTTGTAT-CTTTTTA-TAC----T--TTTGAATA-TATctatatccgaccatagacttacttgaact
gi|7 : ggactattcagtatgccaaagtgcacggatccccgtggtggtagatggcattgacatacagaaagggtcaagttataatttcgagcggttactgtgactgtgaaagttaaggtgcaacgatgtaggtgggacactaagggttgttattgtatgtagtacaatgtgcaggatgcagatgaatattagtgattgggcgaagcgtggcgaaactctccgtgccgtgtaGTACGTGT-A-C--ATA-AA--CAG--C-A-CAT-TAA---CA--CA------CCCAAA-T--------A--CCGGCA-TCCC----CA-GTT--AA-GTG--CT---C--AC-C-TTGA--AA---CC-TGCAGGAATAG---G-AAT-AA--T---C-A---G--TT--TA--CTT--TTT-----TTCTCCA-TT-TT----AT-------AAA-C-T--AAT-------------------------A--T--GCT-A-TAC---A-GAGACG--CG-AGA-A-AGA----AAA-----------------------CA-TACT--T--T-AA--AG--CCT-A-A--ACTTA-ATAG-TC--TCGTA-T--GAT-T-A-CCC-CG-TACTTT-TTT-T-CTATAT-------T-GTAGT--T-T-CT-G-TG-------G--CGTC-------ACAATAA---T--A-TA-GACA-GT-T--AG---CC--T-TCCGA--TAAC--C-TT-GA-C-TTCA-TA-G-A-CAT-TG----C--A--CTA-TG-T-TAGTG-TT-ATGT-AA-A-C-AT-T--TGA-TTGAATGATCG-T--AAAGCT-TC-TG-AAG-ATA--CA--AT-G-AA-AGCG--T-TAAAGCTCGA-C-GGACA-AA-TTT-T-A-G-TGTT-T-T-Caat
gi|8 : taatgccaacatgtcacgcgacactaaggatgttggtaatgtcatcatgtccaggatgcaatgaatactgtattgatgaaactagcaaaaatctccgtgccagtGTACGTGT-A-C--ATA-AG--CAG--C-A-CAT-TAA---CA--CA------CCCGAA-T--------A--CCGGTA-GCTC----CA-GCG--AA-GTG--CC---C--AA-C-TTGA--AA---CT-TG------TGG---G-AAT-AA--A---C-A---G--TT--TA--CTAT-TTT-----T--TCCG-TT-TT----AT-------AAA-CTTGAAAT-GT---GC-GG--------------G--T--GCT-A-TCC---A-GAGAC---TG-AAA-A-AGA----AAAA--CT---T--T-T---CATT--AA--ACTTGT--T-AA--AA----TAA-A--ACTTA-ATAG-TC--TCTTG----GAT-T-T-TCC-CG-TAA--T-TTT-T-CCACATTGT---AT-GTATT--A-T-C--A-TG-------A--CGTC-------AA---AA---T--A-TA-GACA-TT-A--AA---CG--T-TCCG---TTAC--CTGT-GA-C-GTCATTA-A-TCCAC-TAATT-C--A--CTA-T--T-TACTG-TT-ATGT-AA-ATC-AA-T--T-A-T-------TTG-T--AAAGCT-TC-TG-AAG-ATA--GA--AT-G-AA-AGCG--C-TAACGCTTTA-C-GGA-T-AATTTT-T-T-G-TGTT-T-T-CTTTTTA-TAT--TTT--TTTTAATATTATTgtctgaacgttaacgggtagtgtttagcattgtcaatcatatagttttaaaaatgatttttccatt
gi|9 : ggatgcaattaatatgatatttgcgaaattggcaacactctccgtgcccgtGTACGTGT-A-C--ATA-AG--CAG--C-A-CAT-TAA---CA--TA------CCCGAA-T--------A--CCGGCA-GCTC----------------------------AC-C-TTGA--AA---CC-TG------TGT---G-AAT-AA--A---T-A---G--TT--TA--CTA--TTT-----T--TCCA-TT-TT----AT-------AAA-C-TGAAAT-AT---GC-GG--------------G--T--GCT-A-TCC---A-GAGACA--TG-AAA-A-AGA----AAAA--CA---T--T-T---CATT--CA-TAGT--T--T-TT--AA--CTT-A-A--ACTTA-ATAG-TT--TCTTA-T--GCT-T-T-TCC-CG-TAC--T-TTT-T-CTACATTG----AT-GTATT--A-T-CT-A-TG-------A--CGTC-------AC---AA---T--A-TA-GACA-TT-T--AA---CG--T-TTCGC--TAAC--C-atccgaccactgagactttacttaaact
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AAAAAAGCCAAGGAGTGTGATAGAACGCAGCTACTTTCTAAAACGCAACGTACAAATGATGATGAAATACGTATACTACCCTTTGTGCACACCTATAATCCAAGAAATCGAAACATCAATTCTATAATCCATCAATTAAACAACCTACTGAAAGATGAACAAACCAAAACTATATATGAAAGCTATAATTTTATCAACAGTAAACGTCAACCTAAAAATCTGAAGAGGATACTTTGTTCTTCACAATTTGAGAACCACGACTATTCAGTATCAAAGTGCACGGATCCCTGATGTGGTACATGCAATTAAATTACAGAAGGGTCAAGTTATAATTTCAAC
Unaligned ( gi|15 ): GAAACTGAAAGAGTCCTTATAGATTATCCATCAATTTACAACCTACTGAAAGAGATGACAAACTATCTATAACTATATATGAAGAGCTATAATTAACAGTAAACGTCAACCCAAAAATCTGAAGAGGATACTTTGGTCTTCCCAATTTGAGAACCACGACTATACAGTATCAAAATGCACGGATCCACGATGTGGTACATGCAGTTACATTACAGAAGGGACAAGTTATAATTTCAACGGACATGACTTTAAAGTTAATGCCAACATGTCATGCGACATTAGAGATGTTATTGATGTCATCACATGTCCAGAATGCAATGAATATTATATTG
Unaligned ( gi|16 ): CAATCAAATGAATTCAGAATCAAATCACCATGAAACAGACATACAAATATGCCCTTTCTCGATTTTCTTGTTAACAAAAACACACCACTTAAAACACAGAATCTATTATAAACCCACGACATCCCCCCAACTACCTATCATTTCGGTTCGTGCATCACAACCATAATTAAAACAGCCTACCAACTCGC
Unaligned ( gi|17 ): GCCATTATTATCAGTGAGAGCCCAAAATCCTGAGGTGAATACTTTGTTCGTCCAAAATGACAATTTCCAAGAAGTCTGTTACAAAATACAGAGACCCACAATGTGGAACATGACCTTATCTTTAACAAGGTTCTTTGTACGATTTCAAAGGAAGGAAATTCCAATATGTCAT
Unaligned ( gi|18 ): ATACCATAAAACCTCGCAAGAAGGATCTGTTCCATTTTGAGCGATATCAATACGAGAGATTTACGCATGGAGGAATTAAAATTGTATCCAGAACAACTAATTAACACTGGAATTAGGAAAGCCAAGGAGTGTGATAG
Unaligned ( gi|22 ): CAGATATCTATTATAAACCCACGGACACCCTCCAATACCTACATTTTGGTTCGTGCCATTCACACCATATTAAAACAGTCATACCATATAACCTCGCAAGAAGGATCTG
Unaligned ( gi|25 ): ATCAGAATTCAAAAGTACGACACATATACAGTTCAAAAATGCAAAGACCAACGATGTGGTACCTG
Unaligned ( gi|26 ): AATGCCAACATGTCATGCGACACTAAGGATATATTATCTATGCCATCACATGTCC
Unaligned ( gi|28 ): ATTTCAAAACAGCCATACCATAAAACCTCGCAAGAAGGATCTG
Unaligned ( gi|29 ): TGGAATTAGGAAAGCCAAGGAGTGTGATAG