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lowQualScore                  :                  .....   ....  .   ..  ............  .     .  .  .  ...  .......   . ...     .. .... . .. .....  .  ......   ....      .     .   .        .      ................ .   .  .....  .  ..       . ... ..    ......  ..   .......  .... . ..   .   .................................  .     . ...   ..      .....           
lowQualScore                  :                  55555   4444  7   33  333333333333  7     7  3  7  999  1111111   0 000     88 2222 0 44 55555  0  555555   2222      6     9   9        9      2222222222222222 2   0  00000  0  66       9 222 66    000000  22   2222222  0000 9 00   9   000000000000000000000000000000000  4     0 111   22      99999           
consensus                     :   ACGAGGGCGAGTCAA--T--AAG---TAA-CCA--GC---C----T---AA-CTTAT-TT-CC-GG---TT--GAGATCCA-C---CTCTT--C----T-T-TT-CG--AT-GT------AAT--T-GCCCTCTAGTGT-GAT-GCACTTAG-ACCAAC----------------GGTGT-TC-----AA-GTGCCATCAGC-C---C--AGAA---C--TG--AAA-------AA----G-T-CGGG-GTC-----C----TTT----------------TTTCCA-TTGACCC---ACT--CCTCAA-----CTGCCGTCACG
Reference ( gi|5 )            :   ACGAGGGTGAGTCAA--A--AAG---GAA-CCA--GC---T----T---AA-CTTAT-TT-CC-GG---TT--GAGGCCCA-C---CTCTT--C----T-T-CT-C---AT-GT------AAT--T-GCCCTCTAGTGT-GAT-GCACTTAG-ACCAAC----------------GATGT-TC-----AA-GTTTCATCAGC-C---C--AGAA---A--TG--AAA-------AA----G-T-AAGG-GTC-----C----TTTAA--------------TTTTCA-TTGACTC---ACT--CCTCAA-----CTGCCGTCACG
gi|2                          :   ACGAAGGCGAGTGGA--G--AAG---TAA-CCA--AC---C----T---AA-TTTAT-TT-CC-GG---TT--GAGATTCA-A---CTCTT--C----T-TTCT-TG--AT-TT------AAT--T-GTCTTCTAGCGT-GGT-GCTCTTAG-ACCAAC----------------GGTGT-TT-----AA-GTACCATCAGC-CAGGCCAAGAA---C--TG--AAA-------AA----G-T-CAGG-ATCGGGATC----C------------------TTTCCA-TTGACCC---ACT--CATTAA-----CTGCCGTCA
gi|14                         : atACGAGGGCGAGTCAA-------------------------T----T---AG---TAA-T---C-GG---TT--GAGATCCA-C---CTCTT---------------------AT------AAT----GCCCTCTAGTGT-GAT-GCACTTAG-ACCAAC----------------GGTGC-TC-----AA-GTGCCATAAGC-C---C--AAAA---T--TG--AAA-------AA----G-T-CAGG-GTA-----C----TTTA-------------------CA-TTGAACC---ACT--GCTCAA-----CTGCCGTCACGgga
gi|29                         :   ACGAGG-TGAGTCAA--T--AAG---GAA-CCA--GC---C----T---TA-TCCAT-TT-CC-GA---CT--GA
gi|28                         :  tATGAGGGTGAGTCGA--T--AAG---TAG-CCA--AC---C----T---AT-CCCAT-TT-CC-GA---TT--GAc
gi|30                         : ttACGAGGGCGAGTCAA--T--AAA---TAG-CCA--GC---C----T---AT-CCCAT-TT-CG-GA---TT--G
gi|31                         :  tATGGGGGTGAGTCAA--T--AAG---T-A-CCA--GC---C----T---AT-CCCAT-TT-TC-GG---TT--
gi|26                         :  gACGAGGGCGAATCAA--T--AAG---TAACCCG--GCCGTC----T---AT-CTCAT-TT-CC-GA---TT--GA
gi|7                          :   tCGAGGGCGAGTCAA--T--AAG---TAA-CAA--GC---C----T---AA-CTTAT-TT-CT-GG---AT-------CCA-T---CTCTT--C----T-T-TT-TTT-AT-GT------AAT--T-GCCCTCTAGTGA-GAT-ACACTTCG-ACAAAT----------------GCTGC-GC-----AA-ATGCCATCAGC-C---C--AGAA---C--TG--AAA-------AA----G-T-CGGG-GGC--------------G--------------TTTCCA-TTGACCC---ACT--CCTCAA-----CTGGCGTCACG
gi|6                          :    CGAGGTCGAGTCAA--T--AAG---TAA-C-A--GC---A----T---AA-CTTAT-TT-CC-CT---TT--CAGATCCA-CGATTTCTT--T----T-T-CT-CT--ATTAT------AAT--T-GCCTTCTAGTGT-GAT-GCACTTAG-AACAAT----------------GGTGT-TC-----AG-GTATCATCTGT-C---C--AGAA---C--TG--AAA-------AA----G-T-CAGGAGTC-----------------------------TTTCCA-CTGACCC---TCT--CCTCAA-----CAGCTGTCa
gi|22                         :    CGAGGATGAGTCCA--AT-GAG---TGA-TCA--GC---C----T---AA-CTTAT-TT-CT-GT---TT--------CA-C---TTCTT--T----T-T-CG-----AT-GT------AAT--T-GCCCTC-AGTGT-GAT-GCATTTAT-ACCAAC----------------G
gi|23                         :    CGAGGGCGAGTCAATAATTAAG---TAA-CCT--GC---C----T---AA-CTTAT-TT-CT-GG---TT--GAAACCCA-C---CTCTT--CTGGTT-C-CT-T---AA-GG------ACT--C-GCCCTCg
gi|27                         :    CGAGGGTGAGTCAA--T--AAG---TAA-CCATGGC---T----T---AATCCTAT-TT-CC-GA---Ta
gi|13                         :  gtgGAGGGTGAGTCAA--T--AAG---TAA-CAA--CC---TATTAT---AA--TTAT-TT-TC-CG---TTTGGAGATCCA-C---CTCTT--T----T-T-TT-CTCTAT-A-------AAT--T-GCCTTCTAGTGT-GGT-GCACTTAGGACCAAT----------------GGTGT-TC-----AA-GTATCATCAGC-C---C--AGAA---C--TG--AAA-------AA----G-T-CAGG-ga
gi|1                          :     GAGGGCGTGTCAA--T--AAG---CAG-CCT--GC---C----T---AA----AT---------------------CCA-T---CTCTT--C----C-T-TT-TGG-AT-GT------AAT--T-GCCCTCTAGTGT-GAT-GCACTTAG-ACCTAC----------------GAT-T-TT-----AA-GTGCCATCAAC-TG--C--GGAATTTA--CG--GAGGCTTCGCGA----A-T-AA-G-GTC-----CCAGATCTGAAAAAGCCAGAGTCCTTTCCA-TTGACCC---ACT--CCTCCA-----CTGCTGTCACGagttttccat
gi|4                          :      AGGGCGAGTCAA--A--ACGTTAAAA-CCA--GC---T----CTAAAA-CTTAT-TTTCC-GG---CT--GAGATCCA-AAA-CTCTT--C----T-T-TTACG--AT-GTTTACATAAT----GCCCTC-AATAT-GAT-GCACTTGG-ACCGACCCAACTATGGACCAATGATGT-TTTGTGAAA-GTCTCATTAGC-T---C--AAAA---C--TGGAAAA-------AA----T-T-AAGG-ATC-----C----TTTac
gi|3                          :      AGGGCGAGTCAA--A--ACGTTAAAA-CCA--GC---T----CTAAAA-CTTAT-TTTCC-GG---CT--GAGATCCA-AAA-CTCTT--C----T-T-TTACG--AT-GTTTACATAAT----GCCCTC-AATAT-GAT-GCACTTGG-ACCGACCCAACTATGGACCAATGATGT-TTTGTGAAA-GTCTCATTAGC-T---C--AAAA---C--TGGAAAA-------AA----T-T-AAGG-ATC-----C----TTTc
gi|24                         :      AGGGTGAGTCAA--A--CAG---TAA-CCA--GC---C----T---AA-CTTAT-TT-CC-AG---CT--CAGATCCA-C---CTCTT--C----TGT-TT-CG--AT-GT------AAT--T-GCCCTCTAGTc
gi|9                          :            AGTCAA--T--AAG---TTA-CCA--GC---C----T---AA-CTTAT-TT-CG-GG---TT--GAGACCAA-C---CTTTT--C----T-T-TT-TCG-AT-GT------TAT--T-GAACTCTAGTGT-GAT-GCACTTGG-ACCAAC----------------GAAGT-TC-----AG---TGCATCATG-T---C--AGAG---AACTG--AAG-------AA----G-T-CGGG-GTT-----C------------------------TTCCA-TTGACCC---ACT--CCTCAA-----CTGCCATCA
gi|12                         :           aAGTCAT--T--AAG---TAA-CCA--GT---T----T---CA-TCTAT-TC-CC-GG---TG--AAGATCCA-C---CTTTT--G----T-T-TT-CG--AT-GT------AAT--T-GTCCTCCAAAGT-G----CATTTAG-ACTAAC----------------GGTGT-TC-----AA-GTGTCATCAGC-C---C--AGAA---T--TT----A-------AA----G-T-CAGA-ATC-----T-----------------------TTTTTA-TTGAGCC---ACT--CCTCAA-----GTGTC
gi|11                         :         gcaAGTCAA--T--AAG---TAA-CCA--AC---C----T---AA-CTGAT---------------------CCA-C---CTCTT--C----T-T-TT-TG--AT-GA------AAT--T-GCCCTCTCGTGT-GACCGCACTTAG-ACCAAC----------------GGTGT-ACA----AA-GT-------GC-C---C--AAAA---C--TG--AAA-------AA----GCT-CAGG-ATC-----C-----------------------TTTCCA-TTG-CCCGCAACT--TCTCAAATTGTCTG-CGTCAC
gi|15                         :     taaagcaAGTCAA--T--AAG---TAA-CCA--AC---C--------AA-CTGAT---------------------CCA-C---CTCTT--C----T-T-TT-TG--AT-G-------AAA--T-GCCCTCTCGTGT-GAC-GCA-TTAG-ACCAAC----------------GGTGT-AC-----AA---------AGTGC---C--AAAA---C--TG--AAA-------AA----G-C-TCAG-ATC-----C-------------------------TCCA-TTGCCCC---AAT---CTCAA-----CT
gi|10                         :     ctaaagcaGTCAA--T--AAG---TAA-CCA--GT---C----T---AA-CTTGT-TT-CC-AG---TT--GAGATCCA-C---CTCTT--CT---T-T-CT-CT--GT-GT------AAT--T-GCCGTCTTGTGT-GAT-GCACTTAG-ACCAAC----------------GA--T-TC-----AA-GTGCCATCAGC-C---C--AGAA---C--TG--AAA-------AA----G-T-CAGA-GTC-----C----TTTG-------------------TA-TTGACCC---ACT--CGTCAG-----CTGCCGTTACGttgtccg
gi|17                         :                              AA-CGA--GC---C----T---AA-CTTATATT-CCTGG---TT--TACATTCA-C---CTCTTATT----T-T-TT-CG--AG-GG------AAT--T-ACC-TCTAGTG-----------------------------------------T-TC-----AA-GTGGAATCAGA-T---C--AAAA---C--TT--AAA-------AT----G-TCAGGG-GTC-----------------------------TTTCTA-TTGACCA---ACT--CCTCAA-----CTGCCGTCA
gi|8                          :                              tA-CCA--GC---C----T---AA-CTTAT-TT-CC-GGCGGTT--GAAGACCAAC---CTTTT--C----T-T-TT-TCGAAT-GT------AATGATAGAACTCTAGTGTTGAT-GCACTTGG-GCCAAC----------------GATGTCTC-----AAGGTGCCATC-GT-T---T--CGAA---C--TG--AAG-------AA----G-T-CGGG-CTC------------------------------TTCCA--TGACCC---ACT--CGTCAA-----CTGCCGgg
gi|18                         :                                                                    aagtcaatagtttCCA-C---CTTTT--C----T-T-TT-TCG-AT-AT------AAC--T-GCCCTGTAGTGT-GAT-GCACTTAG-AGCAAT----------------GGTGT-TC-----AA-GTGTCATCAGC-C---C--AGAA---C--TA--AAA-------AC----G-T-CAGG-GTC-----C-----------------------TTTCCA-TTGACCC---ACT--CCCCAA-----CTGCCGTCACG
gi|16                         :                                                                               atCCA-C---CTTTT--C----T-T-TT-TCG-AT-GT------AAT--T-GTCCTTTAGTGT-GA--GAGTCTAA-A--GAG----------------AATAT-TC-----AA-GTACCATCAGC-C---C--AGAA---T--TG--AAA-------AA----G-C-CAGT-GTC-----C----TTT
gi|19                         :                                                                                                                          gatT--T-GCCTTC-AGTGT-GAT-GCACTTAG-ACCAAC----------------GTTGT-TC-----AA-GTGCCATCAAC-C---T--AAAA---C--TG--GAA-------AA----G-T-CGTG-G------------TTTCC--------------TTTCCAGTTGACCC---GCTGCCTTCCA-----CTGCTGTCACGccatcttgatctcaaatgagcactagactagctgtcacgac
gi|20                         :                                                                                                                                          GTAT-GAT--CA-TGAT-ACCAAC----------------GGTAT-TG-----AC-GTGTCGTCATC-C---C--AGAA---C--TG--AAA-------GA----G-T-GGGG-GTC-----C-----------------------TTTCTA-TTGACCC---ACT--CCTCAA-----CTACCGTCACGa
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gi|25                         :                                                                                                                                                                                                     TCATAAGC-C---C--AAAA---C--TG--AAA-------AAAAAAG-T-CAGA-GTC-----C----TTT-------------------CCA-ATGACCC---ATT--TCTCAA-----CTGCCGTCAg





Alignments
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lowQualScore                  :                 1     3333  555  1   22  666   3333 66     1  3 222 1    4444        888     22 5 1  4 8  4  2  111111  1 22 1      1    1   1         1      4444444444444444 0   1  33333  1   222  22   333   555 22       55     3333 555  00000000     777777777777777777777777777777     44       333   33      55555           
lowQualScore                  :                 .     ....  ...  .   ..  ...   .... ..     .  . ... .    ....        ...     .. . .  . .  .  .  ......  . .. .      .    .   .         .      ................ .   .  .....  .   ...  ..   ...   ... ..       ..     .... ...  ........     ..............................     ..       ...   ..      .....           
lowQualScore                  :                 7     5555  666  6   22  000   4444 00     6  2 888 6    5555        666     66 7 9  0 0  0  0  555555  9 66 9      0    8   8         8      1111111111111111 8   9  33333  9   999  55   222   000 55       00     9999 000  55555555     222222222222222222222222222222     88       999   11      66666           
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Reference ( family-2028 )     :    ACGAGGGCGAGTC-AATAA----GT---AA-CCA--GC---CTA----A--CTTAT-TT-C---C-GGTT--G-AGATCCAC---CTCTT--C-T-TT-T-CG-AT-GT------AA-T--T-GCCCTCTAGTG-TGA-TGCACTTAG-ACCAAC----------------GGTGT-TC-----AA-GTGC--CA--TCA---GCC---C--AGAACTG--AAAAA----G---TC-G------GGGTC---C--------------------TTT--TTTCCA--TTGACCC---ACT--CCTCAA-----CTGCCGTCACG
gi|1                          :      GAGGGCGTGTC-AATAA----GC---AG-CCT--GC---CTA----A---------------------------ATCCAT---CTCTT--CCT-TT-T-GG-AT-GT------AA-T--T-GCCCTCTAGTG-TGA-TGCACTTAG-ACCTAC----------------GAT-T-TT-----AA-GTGC--CA--TCA---ACTG--C--GGAATTT--ACGGA----GGCTTC-GCGAATAAGGTC---CCAGATCTGAAAAAGCCAGAGTCC--TTTCCA--TTGACCC---ACT--CCTCCA-----CTGCTGTCACG
gi|10                         :              GTC-AATAA----GT---AA-CCA--GT---CTA----A--CTTGT-TT-C---C-AGTT--G-AGATCCAC---CTCTT--C-T-TTCT-CT-GT-GT------AA-T--T-GCCGTCTTGTG-TGA-TGCACTTAG-ACCAAC----------------G--AT-TC-----AA-GTGC--CA--TCA---GCC---C--AGAACTG--AAAAA----G---TC-A------GAGTC---C--------------------TTT--GT---A--TTGACCC---ACT--CGTCAG-----CTGCCGTTACGac
gi|11                         :          GCAAGTC-AATAA----GT---AA-CCA--AC---CTA----A--CT----------------------GATCCAC---CTCTT--C-T-TT-T-TG-AT-GA------AA-T--T-GCCCTCTCGTG-TGACCGCACTTAG-ACCAAC----------------GGTGT-ACA----AA-GT--------------GCC---C--AAAACTG--AAAAA----GC--TC-A------GGATC---C-------------------------TTTCCA--TTG-CCCGCAACT--TCTCAAATTGTCTG-CGTCAC
gi|12                         :      taaaGCAAGTC-ATTAA----GT---AA-CCA--GT---TTC----A--TCTAT-TC-C---C-GGTG--A-AGATCCAC---CTTTT--G-T-TT-T-CG-AT-GT------AA-T--T-GTCCTCCAAAG-----TGCATTTAG-ACTAAC----------------GGTGT-TC-----AA-GTGT--CA--TCA---GCC---C--AGAATTT----AAA----G---TC-A------GAATC---T--------------------TTT--TT---A--TTGAGCC---ACT--CCTCAA-----GTGTC
gi|13                         :      GAGGGTGAGTC-AATAA----GT---AA-C-A--AC---CTATTATA--ATTAT-TT-T---C-CGTTTGG-AGATCCAC---CTCTT--T-T-TT-T-CT-CT-AT------AAAT--T-GCCTTCTAGTG-TGG-TGCACTTAGGACCAAT----------------GGTGT-TC-----AA-GTAT--CA--TCA---GCC---C--AGAACTG--AAAAA----G---TCAG------GAG----------------------------T--TTTCCA--T
gi|14                         :    ACGAGGGCGAGTC-AATTA----GT---AA-TC---------------------------------GGTT--G-AGATCCAC---CTCTT-----------------AT------AA-T----GCCCTCTAGTG-TGA-TGCACTTAG-ACCAAC----------------GGTGC-TC-----AA-GTGC--CA--TAA---GCC---C--AAAATTG--AAAAA----G---TC-A------GGGTA---C-------------------------TTTACA--TTGAACC---ACT--GCTCAA-----CTGCCGTCACG
gi|15                         :          GCAAGTC-AATAA----GT---AA-CCA--AC---C-A----A--CT----------------------GATCCAC---CTCTT--C-T-TT-T-TG-AT-G-------AA-A--T-GCCCTCTCGTG-TGA-CGCA-TTAG-ACCAAC----------------GGTGT-ACA----AA-GTG---------------C---C--AAAACTG--AAAAA----G---CT-C------AGATC---C---------------------------TCCA--TTGCCCC---AAT---CTCAA-----CT
gi|16                         :                                                                          ctaaaGATCCAC---CTTTT--C-T-TT-TTCG-AT-GT------AA-T--T-GTCCTTTAGTG-TGA--GAGTCTAA-A--GAG----------------AATAT-TC-----AA-GTAC--CA--TCA---GCC---C--AGAATTG--AAAAA----G---CC-A------GTGTC---C-------------------------TTTCCATCTTGATCttgtccg
gi|17                         :                            T---AA-CGA--GC---CTA----A--CTTATATT-C---CTGGTT--T-ACATTCAC---CTCTTATT-T-TT-T-CG-AG-GG------AA-T--T-ACC-TCTAGTG-T-----------------------------------------TC-----AA-GTGG--AA--TCA---GAT---C--AAAACTT--AAAAT----G---TCAG------GGGTC-----------------------------TTTCTA--TTGACCA---ACT--CCTCAA-----CTGCCGTCAtcaaatgagcactagactagctgtcacgac
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gi|21                         :                                                                                                                                        TG-TGA-TGCACTTAG-ATCACC----------------GGTGC-CC-----A--GTGC--CA--TCA---GCT---C--AGAACTG--AAAA-----G---TC-A------GGGCC---C--------------------TTT-----CCA--TCGACCA---ACT--CCTCAA-----CTGACGTCATGa
gi|22                         :     CGAGGATGAGTCCAATGA----GT---GA-TCA--GC---CTA----A--CTTAT-TT-C---T-GTTT---------CAC---TTCT-----T-TT-T-CG-AT-GT------AA-T--T-GCCCTC-AGTG-TGA-TGCATTTAT-ACCAAC----------------GGg
gi|23                         :     CGAGGGCGAGTC-AATAATTAAGT---AA-CCT--GC---CTA----A--CTTAT-TT-C---T-GGTT--G-AAACCCAC---CTCTT--C-T-
gi|24                         :       AGGGTGAGTC-AAACA----GT---AA-CCA--GC---CTA----A--CTTAT-TT-C---C-AGCT--C-AGATCCAC---CTCTT--C-TGTT-T-CG-AT-GT------AA-T--T-GCCCTCTAGTggttccttaaggactcgccctca
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                 GC--CA--TCATAAGCC---C--AAAACTG--AAAAAAAAAG---TC-A------GAGTC---C--------------------TTT-----CCA--ATGACCC---ATT--TCTCAA-----CTGCCGTCA
gi|26                         :    ACGAGGGCGAATC-AATAA----GT---AACCCG--GCCGTCTA----T--CTCAT-TT-C---C-GATT--G-A
gi|27                         :    tCGAGGGTGAGTC-AATAA----GT---AA-CCATGGC---TTA----AT-CCTAT-TT-C---C-GAT
gi|28                         : gtgATGAGGGTGAGTC-GATAA----GT---AG-CCA--AC---CTA----T--CCCAT-TT-C---C-GATT--G-Aga
gi|29                         :  ttACGAGG-TGAGTC-AATAA----GG---AA-CCA--GC---CTT----A--TCCAT-TT-C---C-GACT--G-A
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gi|9                          :            aAGTC-AATAA----GT---TA-CCA--GC---CTA----A--CTTAT-TT-C---G-GGTT--G-AGACCAAC---CTTTT--CTT-TT-T-CG-AT-GT------TA-T--T-GAACTCTAGTG-TGA-TGCACTTGG-ACCAAC----------------GAAGT-TC------A-GTGCATCATGTCA---G--------AGAACTG--AAGAA----G---TC-G------GGGTT---C--------------------------TTCCA--TTGACCC---ACT--CCTCAA-----CTGCCATCA





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Reference ( family-2028 )     :                                                                                                                               ACGAGGGCGAGTC-AATAA----GT---AA-CCA--GC---CTA----A--CTTAT-TT-C---C-GGTT--G-AGATCCAC---CTCTT--C-T-TT-T-CG-AT-GT------AA-T--T-GCCCTCTAGTG-TGA-TGCACTTAG-ACCAAC----------------GGTGT-TC-----AA-GTGC--CA--TCA---GCC---C--AGAACTG--AAAAA----G------TC-GGGGTCCTT---TTTCCA--TTGACCC---ACT--CCTCAA-----CTGCCGTCACG
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gi|10                         : gagggcgtgtcaataagcagcctgcctaaatccatctcttccttttggatgtaattgccctctagtgtgatgcacttagacctacgattttaagtgccatcaactgcggaatttacggaggcttcgcgaataaggtGTC-AATAA----GT---AA-CCA--GT---CTA----A--CTTGT-TT-C---C-AGTT--G-AGATCCAC---CTCTT--C-T-TTCT-CT-GT-GT------AA-T--T-GCCGTCTTGTG-TGA-TGCACTTAG-ACCAAC----------------G--AT-TC-----AA-GTGC--CA--TCA---GCC---C--AGAACTG--AAAAA----G------TC-AGAGTCCTT---TGT--A--TTGACCC---ACT--CGTCAG-----CTGCCGTTACGac
gi|11                         :                                                                                                                                     GCAAGTC-AATAA----GT---AA-CCA--AC---CTA----A--CT----------------------GATCCAC---CTCTT--C-T-TT-T-TG-AT-GA------AA-T--T-GCCCTCTCGTG-TGACCGCACTTAG-ACCAAC----------------GGTGT-ACA----AA-GT--------------GCC---C--AAAACTG--AAAAA----GC-----TC-AGGATCC-----TTTCCA--TTG-CCCGCAACT--TCTCAAATTGTCTG-CGTCAC
gi|12                         :                                                                                                                                 taaaGCAAGTC-ATTAA----GT---AA-CCA--GT---TTC----A--TCTAT-TC-C---C-GGTG--A-AGATCCAC---CTTTT--G-T-TT-T-CG-AT-GT------AA-T--T-GTCCTCCAAAG-----TGCATTTAG-ACTAAC----------------GGTGT-TC-----AA-GTGT--CA--TCA---GCC---C--AGAATTT----AAA----G------TC-AGAATCTTT---TTT--A--TTGAGCC---ACT--CCTCAA-----GTGTC
gi|13                         :                                                                                                                                 GAGGGTGAGTC-AATAA----GT---AA-C-A--AC---CTATTATA--ATTAT-TT-T---C-CGTTTGG-AGATCCAC---CTCTT--T-T-TT-T-CT-CT-AT------AAAT--T-GCCTTCTAGTG-TGG-TGCACTTAGGACCAAT----------------GGTGT-TC-----AA-GTAT--CA--TCA---GCC---C--AGAACTG--AAAAA----G------TCAGGAG----T---TTTCCA--T
gi|14                         :                                                                                                                               ACGAGGGCGAGTC-AATTA----GT---AA-TC---------------------------------GGTT--G-AGATCCAC---CTCTT-----------------AT------AA-T----GCCCTCTAGTG-TGA-TGCACTTAG-ACCAAC----------------GGTGC-TC-----AA-GTGC--CA--TAA---GCC---C--AAAATTG--AAAAA----G------TC-AGGGTAC-----TTTACA--TTGAACC---ACT--GCTCAA-----CTGCCGTCACG
gi|15                         :                                                                                                                                     GCAAGTC-AATAA----GT---AA-CCA--AC---C-A----A--CT----------------------GATCCAC---CTCTT--C-T-TT-T-TG-AT-G-------AA-A--T-GCCCTCTCGTG-TGA-CGCA-TTAG-ACCAAC----------------GGTGT-ACA----AA-GTG---------------C---C--AAAACTG--AAAAA----G------CT-CAGATCC-------TCCA--TTGCCCC---AAT---CTCAA-----CT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                     ctaaaGATCCAC---CTTTT--C-T-TT-TTCG-AT-GT------AA-T--T-GTCCTTTAGTG-TGA--GAGTCTAA-A--GAG----------------AATAT-TC-----AA-GTAC--CA--TCA---GCC---C--AGAATTG--AAAAA----G------CC-AGTGTCC-----TTTCCATCTTGATCttgtccg
gi|17                         :                                                                                                                                                       T---AA-CGA--GC---CTA----A--CTTATATT-C---CTGGTT--T-ACATTCAC---CTCTTATT-T-TT-T-CG-AG-GG------AA-T--T-ACC-TCTAGTG-T-----------------------------------------TC-----AA-GTGG--AA--TCA---GAT---C--AAAACTT--AAAAT----G------TCAGGGGTC------TTTCTA--TTGACCA---ACT--CCTCAA-----CTGCCGTCAtcaaatgagcactagactagctgtcacgac
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                           ATCCAC---CTTTT--C-T-TT-TTCG-AT-AT------AA-C--T-GCCCTGTAGTG-TGA-TGCACTTAG-AGCAAT----------------GGTGT-TC-----AA-GTGT--CA--TCA---GCC---C--AGAACTA--AAAAC----G------TC-AGGGTCC-----TTTCCA--TTGACCC---ACT--CCCCAA-----CTGCCGTCACGgg
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                    -T--T-GCCTTC-AGTG-TGA-TGCACTTAG-ACCAAC----------------GTTGT-TC-----AA-GTGC--CA--TCA---ACC---T--AAAACTG--GAAAA----G------TC-GTGGTTTCC---TTTCCAG-TTGACCC---GCTGCCTTCCA-----CTGCTGTCACG
gi|2                          :                                                                                                                               ACGAAGGCGAGTG-GAGAA----GT---AA-CCA--AC---CTA----A--TTTAT-TT-C---C-GGTT--G-AGATTCAA---CTCTT--C-T-TTCT-TG-AT-TT------AA-T--T-GTCTTCTAGCG-TGG-TGCTCTTAG-ACCAAC----------------GGTGT-TT-----AA-GTAC--CA--TCA---GCCAGGCCAAGAACTG--AAAAA----GTCAGGATC-GGGATCC-----TTTCCA--TTGACCC---ACT--CATTAA-----CTGCCGTCAa
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                atGTA-TGA-T-CA-TGAT-ACCAAC----------------GGTAT-TG-----AC-GTGT--CG--TCA---TCC---C--AGAACTG--AAAGA----G------TG-GGGGTCC-----TTTCTA--TTGACCC---ACT--CCTCAA-----CTACCGTCACGgga
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                   TG-TGA-TGCACTTAG-ATCACC----------------GGTGC-CC-----A--GTGC--CA--TCA---GCT---C--AGAACTG--AAAA-----G------TC-AGGGCCCTT---T--CCA--TCGACCA---ACT--CCTCAA-----CTGACGTCATGa
gi|22                         :                                                                                                                                CGAGGATGAGTCCAATGA----GT---GA-TCA--GC---CTA----A--CTTAT-TT-C---T-GTTT---------CAC---TTCT-----T-TT-T-CG-AT-GT------AA-T--T-GCCCTC-AGTG-TGA-TGCATTTAT-ACCAAC----------------GGg
gi|23                         :                                                                                                                                CGAGGGCGAGTC-AATAATTAAGT---AA-CCT--GC---CTA----A--CTTAT-TT-C---T-GGTT--G-AAACCCAC---CTCTT--C-T-
gi|24                         :                                                                                                                                  AGGGTGAGTC-AAACA----GT---AA-CCA--GC---CTA----A--CTTAT-TT-C---C-AGCT--C-AGATCCAC---CTCTT--C-TGTT-T-CG-AT-GT------AA-T--T-GCCCTCTAGTggttccttaaggactcgccctca
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GC--CA--TCATAAGCC---C--AAAACTG--AAAAAAAAAG------TC-AGAGTCCTT---T--CCA--ATGACCC---ATT--TCTCAA-----CTGCCGTCA
gi|26                         :                                                                                                                               ACGAGGGCGAATC-AATAA----GT---AACCCG--GCCGTCTA----T--CTCAT-TT-C---C-GATT--G-A
gi|27                         :                                                                                                                               tCGAGGGTGAGTC-AATAA----GT---AA-CCATGGC---TTA----AT-CCTAT-TT-C---C-GAT
gi|28                         :                                                                                                                            gtgATGAGGGTGAGTC-GATAA----GT---AG-CCA--AC---CTA----T--CCCAT-TT-C---C-GATT--G-Aga
gi|29                         :                                                                                                                             ttACGAGG-TGAGTC-AATAA----GG---AA-CCA--GC---CTT----A--TCCAT-TT-C---C-GACT--G-A
gi|3                          :                                                                                                                                 tAGGGCGAGTC-AAAAC----GTTAAAA-CCA--GCT--CTA----AAACTTAT-TTTC---C-GGCT--G-AGATCCAAAA-CTCTT--C-T-TT-TACG-AT-GTTTACATAA-T----GCCCTC-AATA-TGA-TGCACTTGG-ACCGACCCAACTATGGACCAATGATGT-TTTGTGAAA-GTCT--CA--TTA---GCT---C--AAAACTGGAAAAAA----T------TA-AGGATCCTT---Tc
gi|30                         :                                                                                                                               ACGAGGGCGAGTC-AATAA----AT---AG-CCA--GC---CTA----T--CCCAT-TT-C---G-GATT--G-c
gi|31                         :                                                                                                                              tATGGGGGTGAGTC-AATAA----GT----A-CCA--GC---CTA----T--CCCAT-TT-T---C-GGTT--
gi|4                          :                                                                                                                                 gAGGGCGAGTC-AAAAC----GTTAAAA-CCA--GCT--CTA----AAACTTAT-TTTC---C-GGCT--G-AGATCCAAAA-CTCTT--C-T-TT-TACG-AT-GTTTACATAA-T----GCCCTC-AATA-TGA-TGCACTTGG-ACCGACCCAACTATGGACCAATGATGT-TTTGTGAAA-GTCT--CA--TTA---GCT---C--AAAACTGGAAAAAA----T------TA-AGGATCCTT---T
gi|5                          :                                                                                                                               ACGAGGGTGAGTC-AAAAA----GG---AA-CCA--GC---TTA----A--CTTAT-TT-C---C-GGTT--G-AGGCCCAC---CTCTT--C-T-TC-T-C--AT-GT------AA-T--T-GCCCTCTAGTG-TGA-TGCACTTAG-ACCAAC----------------GATGT-TC-----AA-GTTT--CA--TCA---GCC---C--AGAAATG--AAAAA----G------TA-AGGGTCCTTTAATTTTCA--TTGACTC---ACT--CCTCAA-----CTGCCGTCACGc
gi|6                          :                                                                                                                                CGAGGTCGAGTC-AATAA----GT---AA-C-A--GC---ATA----A--CTTAT-TT-C---C-CTTT--C-AGATCCACGATTTCTT--T-T-TC-T-CT-ATTAT------AA-T--T-GCCTTCTAGTG-TGA-TGCACTTAG-AACAAT----------------GGTGT-TC-----AG-GTAT--CA--TCT---GTC---C--AGAACTG--AAAAA----G------TCAGGAGTC------TTTCCA--CTGACCC---TCT--CCTCAA-----CAGCTGTC
gi|7                          :                                                                                                                                CGAGGGCGAGTC-AATAA----GT---AA-CAA--GC---CTA----A--CTTAT-TT-C---T-GG--------ATCCAT---CTCTT--C-T-TT-T-TTTAT-GT------AA-T--T-GCCCTCTAGTG-AGA-TACACTTCG-ACAAAT----------------GCTGC-GC-----AA-ATGC--CA--TCA---GCC---C--AGAACTG--AAAAA----G------TC-GGGGGC--G---TTTCCA--TTGACCC---ACT--CCTCAA-----CTGGCGTCACG
gi|8                          :                                                                                                                                        AGTC-AATAG----TT---TA-CCA--GC---CTA----A--CTTAT-TT-CCGGC-GGTT--GAAGACCAAC---CTTTT--CTT-TT-T-CGAAT-GT------AA-TGATAGAACTCTAGTGTTGA-TGCACTTGG-GCCAAC----------------GATGTCTC-----AAGGTGC--CA--TC----GTT---T--CGAACTG--AAGAA----G------TC-GGGCTC-------TTCCA---TGACCC---ACT--CGTCAA-----CTGCCGa
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Reference ( family-2028 )     :                                                                                                                               ACGAGGGCGAGTC-AATAA----GT---AA-CCA--GC---CTA----A--CTTAT-TT-C---C-GGTT--G-AGATCCAC---CTCTT--C-T-TT-T-CG-AT-GT------AA-T--T-GCCCTCTAGTG-TGA-TGCACTTAG-ACCAAC----------------GGTGT-TC-----AA-GTGC--CA--TCA---GCC---C--AGAACTG--AAAAA----G------TC-GGGGTCCTT---TTTCCA--TTGACCC---ACT--CCTCAA-----CTGCCGTCACG
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gi|24                         :                                                                                                                                  AGGGTGAGTC-AAACA----GT---AA-CCA--GC---CTA----A--CTTAT-TT-C---C-AGCT--C-AGATCCAC---CTCTT--C-TGTT-T-CG-AT-GT------AA-T--T-GCCCTCTAGTggttccttaaggactcgccctca
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GC--CA--TCATAAGCC---C--AAAACTG--AAAAAAAAAG------TC-AGAGTCCTT---T--CCA--ATGACCC---ATT--TCTCAA-----CTGCCGTCA
gi|26                         :                                                                                                                               ACGAGGGCGAATC-AATAA----GT---AACCCG--GCCGTCTA----T--CTCAT-TT-C---C-GATT--G-A
gi|27                         :                                                                                                                               tCGAGGGTGAGTC-AATAA----GT---AA-CCATGGC---TTA----AT-CCTAT-TT-C---C-GAT
gi|28                         :                                                                                                                            gtgATGAGGGTGAGTC-GATAA----GT---AG-CCA--AC---CTA----T--CCCAT-TT-C---C-GATT--G-Aga
gi|29                         :                                                                                                                             ttACGAGG-TGAGTC-AATAA----GG---AA-CCA--GC---CTT----A--TCCAT-TT-C---C-GACT--G-A
gi|3                          :                                                                                                                                 tAGGGCGAGTC-AAAAC----GTTAAAA-CCA--GCT--CTA----AAACTTAT-TTTC---C-GGCT--G-AGATCCAAAA-CTCTT--C-T-TT-TACG-AT-GTTTACATAA-T----GCCCTC-AATA-TGA-TGCACTTGG-ACCGACCCAACTATGGACCAATGATGT-TTTGTGAAA-GTCT--CA--TTA---GCT---C--AAAACTGGAAAAAA----T------TA-AGGATCCTT---Tc
gi|30                         :                                                                                                                               ACGAGGGCGAGTC-AATAA----AT---AG-CCA--GC---CTA----T--CCCAT-TT-C---G-GATT--G-c
gi|31                         :                                                                                                                              tATGGGGGTGAGTC-AATAA----GT----A-CCA--GC---CTA----T--CCCAT-TT-T---C-GGTT--
gi|4                          :                                                                                                                                 gAGGGCGAGTC-AAAAC----GTTAAAA-CCA--GCT--CTA----AAACTTAT-TTTC---C-GGCT--G-AGATCCAAAA-CTCTT--C-T-TT-TACG-AT-GTTTACATAA-T----GCCCTC-AATA-TGA-TGCACTTGG-ACCGACCCAACTATGGACCAATGATGT-TTTGTGAAA-GTCT--CA--TTA---GCT---C--AAAACTGGAAAAAA----T------TA-AGGATCCTT---T
gi|5                          :                                                                                                                               ACGAGGGTGAGTC-AAAAA----GG---AA-CCA--GC---TTA----A--CTTAT-TT-C---C-GGTT--G-AGGCCCAC---CTCTT--C-T-TC-T-C--AT-GT------AA-T--T-GCCCTCTAGTG-TGA-TGCACTTAG-ACCAAC----------------GATGT-TC-----AA-GTTT--CA--TCA---GCC---C--AGAAATG--AAAAA----G------TA-AGGGTCCTTTAATTTTCA--TTGACTC---ACT--CCTCAA-----CTGCCGTCACGc
gi|6                          :                                                                                                                                CGAGGTCGAGTC-AATAA----GT---AA-C-A--GC---ATA----A--CTTAT-TT-C---C-CTTT--C-AGATCCACGATTTCTT--T-T-TC-T-CT-ATTAT------AA-T--T-GCCTTCTAGTG-TGA-TGCACTTAG-AACAAT----------------GGTGT-TC-----AG-GTAT--CA--TCT---GTC---C--AGAACTG--AAAAA----G------TCAGGAGTC------TTTCCA--CTGACCC---TCT--CCTCAA-----CAGCTGTC
gi|7                          :                                                                                                                                CGAGGGCGAGTC-AATAA----GT---AA-CAA--GC---CTA----A--CTTAT-TT-C---T-GG--------ATCCAT---CTCTT--C-T-TT-T-TTTAT-GT------AA-T--T-GCCCTCTAGTG-AGA-TACACTTCG-ACAAAT----------------GCTGC-GC-----AA-ATGC--CA--TCA---GCC---C--AGAACTG--AAAAA----G------TC-GGGGGC--G---TTTCCA--TTGACCC---ACT--CCTCAA-----CTGGCGTCACG
gi|8                          :                                                                                                                                        AGTC-AATAG----TT---TA-CCA--GC---CTA----A--CTTAT-TT-CCGGC-GGTT--GAAGACCAAC---CTTTT--CTT-TT-T-CGAAT-GT------AA-TGATAGAACTCTAGTGTTGA-TGCACTTGG-GCCAAC----------------GATGTCTC-----AAGGTGC--CA--TC----GTT---T--CGAACTG--AAGAA----G------TC-GGGCTC-------TTCCA---TGACCC---ACT--CGTCAA-----CTGCCGa
gi|9                          :                                                                                                                                       aAGTC-AATAA----GT---TA-CCA--GC---CTA----A--CTTAT-TT-C---G-GGTT--G-AGACCAAC---CTTTT--CTT-TT-T-CG-AT-GT------TA-T--T-GAACTCTAGTG-TGA-TGCACTTGG-ACCAAC----------------GAAGT-TC------A-GTGCATCATGTCA---G--------AGAACTG--AAGAA----G------TC-GGGGTTC------TTCCA--TTGACCC---ACT--CCTCAA-----CTGCCATCA


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Reference ( family-2028 )     :                                                                                                                               ACGAGGGCGAGTC-AATAA----GT---AA-CCA--GC---CTA----A--CTTAT-TT-C---C-GGTT--G-AGATCCAC---CTCTT--C-T-TT-T-CG-AT-GT------AA-T--T-GCCCTCTAGTG-TGA-TGCACTTAG-ACCAAC----------------GGTGT-TC-----AA-GTGC--CA--TCA---GCC---C--AGAACTG--AAAAA----G------TC-GGGG--TCC-----TTTCCA--TTGACCC---ACT--CCTCAA-----CTGCCGTCACG
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gi|22                         :                                                                                                                                CGAGGATGAGTCCAATGA----GT---GA-TCA--GC---CTA----A--CTTAT-TT-C---T-GTTT---------CAC---TTCT-----T-TT-T-CG-AT-GT------AA-T--T-GCCCTC-AGTG-TGA-TGCATTTAT-ACCAAC----------------GGg
gi|23                         :                                                                                                                                CGAGGGCGAGTC-AATAATTAAGT---AA-CCT--GC---CTA----A--CTTAT-TT-C---T-GGTT--G-AAACCCAC---CTCTT--C-T-
gi|24                         :                                                                                                                                  AGGGTGAGTC-AAACA----GT---AA-CCA--GC---CTA----A--CTTAT-TT-C---C-AGCT--C-AGATCCAC---CTCTT--C-TGTT-T-CG-AT-GT------AA-T--T-GCCCTCTAGTggttccttaaggactcgccctca
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GC--CA--TCATAAGCC---C--AAAACTG--AAAAAAAAAG------TC-AGAG--TCC-----TTTCCA--ATGACCC---ATT--TCTCAA-----CTGCCGTCA
gi|26                         :                                                                                                                               ACGAGGGCGAATC-AATAA----GT---AACCCG--GCCGTCTA----T--CTCAT-TT-C---C-GATT--G-A
gi|27                         :                                                                                                                               tCGAGGGTGAGTC-AATAA----GT---AA-CCATGGC---TTA----AT-CCTAT-TT-C---C-GAT
gi|28                         :                                                                                                                            gtgATGAGGGTGAGTC-GATAA----GT---AG-CCA--AC---CTA----T--CCCAT-TT-C---C-GATT--G-Aga
gi|29                         :                                                                                                                             ttACGAGG-TGAGTC-AATAA----GG---AA-CCA--GC---CTT----A--TCCAT-TT-C---C-GACT--G-A
gi|3                          :                                                                                                                                 tAGGGCGAGTC-AAAAC----GTTAAAA-CCA--GCT--CTA----AAACTTAT-TTTC---C-GGCT--G-AGATCCAAAA-CTCTT--C-T-TT-TACG-AT-GTTTACATAA-T----GCCCTC-AATA-TGA-TGCACTTGG-ACCGACCCAACTATGGACCAATGATGT-TTTGTGAAA-GTCT--CA--TTA---GCT---C--AAAACTGGAAAAAA----T------TA-AGGA--TCC-----TTTCc
gi|30                         :                                                                                                                               ACGAGGGCGAGTC-AATAA----AT---AG-CCA--GC---CTA----T--CCCAT-TT-C---G-GATT--G-
gi|31                         :                                                                                                                              tATGGGGGTGAGTC-AATAA----GT----A-CCA--GC---CTA----T--CCCAT-TT-T---C-GGTT--
gi|4                          :                                                                                                                                 gAGGGCGAGTC-AAAAC----GTTAAAA-CCA--GCT--CTA----AAACTTAT-TTTC---C-GGCT--G-AGATCCAAAA-CTCTT--C-T-TT-TACG-AT-GTTTACATAA-T----GCCCTC-AATA-TGA-TGCACTTGG-ACCGACCCAACTATGGACCAATGATGT-TTTGTGAAA-GTCT--CA--TTA---GCT---C--AAAACTGGAAAAAA----T------TA-AGGA--TCC-----TTTC
gi|5                          :                                                                                                                               ACGAGGGTGAGTC-AAAAA----GG---AA-CCA--GC---TTA----A--CTTAT-TT-C---C-GGTT--G-AGGCCCAC---CTCTT--C-T-TC-T-C--AT-GT------AA-T--T-GCCCTCTAGTG-TGA-TGCACTTAG-ACCAAC----------------GATGT-TC-----AA-GTTT--CA--TCA---GCC---C--AGAAATG--AAAAA----G------TA-AGGG--TCCTTTAATTTTCA--TTGACTC---ACT--CCTCAA-----CTGCCGTCACG
gi|6                          :                                                                                                                                CGAGGTCGAGTC-AATAA----GT---AA-C-A--GC---ATA----A--CTTAT-TT-C---C-CTTT--C-AGATCCACGATTTCTT--T-T-TC-T-CT-ATTAT------AA-T--T-GCCTTCTAGTG-TGA-TGCACTTAG-AACAAT----------------GGTGT-TC-----AG-GTAT--CA--TCT---GTC---C--AGAACTG--AAAAA----G------TC-AGGA--GTC-----TTTCCA--CTGACCC---TCT--CCTCAA-----CAGCTGTC
gi|7                          :                                                                                                                                CGAGGGCGAGTC-AATAA----GT---AA-CAA--GC---CTA----A--CTTAT-TT-C---T-GG--------ATCCAT---CTCTT--C-T-TT-T-TTTAT-GT------AA-T--T-GCCCTCTAGTG-AGA-TACACTTCG-ACAAAT----------------GCTGC-GC-----AA-ATGC--CA--TCA---GCC---C--AGAACTG--AAAAA----G------TC-GGGG--GCG-----TTTCCA--TTGACCC---ACT--CCTCAA-----CTGGCGTCACG
gi|8                          :                                                                                                                                        AGTC-AATAG----TT---TA-CCA--GC---CTA----A--CTTAT-TT-CCGGC-GGTT--GAAGACCAAC---CTTTT--CTT-TT-T-CGAAT-GT------AA-TGATAGAACTCTAGTGTTGA-TGCACTTGG-GCCAAC----------------GATGTCTC-----AAGGTGC--CA--TC----GTT---T--CGAACTG--AAGAA----G------TC-GGGC--TC-------TTCCA---TGACCC---ACT--CGTCAA-----CTGCCGa
gi|9                          :                                                                                                                                       aAGTC-AATAA----GT---TA-CCA--GC---CTA----A--CTTAT-TT-C---G-GGTT--G-AGACCAAC---CTTTT--C-T-TT-TTCG-AT-GT------TA-T--T-GAACTCTAGTG-TGA-TGCACTTGG-ACCAAC----------------GAAGT-TC------A-GTGCATCATGTCA---G--------AGAACTG--AAGAA----G------TC-GGGG--TTC------TTCCA--TTGACCC---ACT--CCTCAA-----CTGCCATCA