lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 2 11 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 444 1111 1 11 111111 11 222222222 44444 33333333333333333333 1 111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 4444444444444444444444444444444 3333 1 1
lowQualScore : 3 0 88 66 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 8 5 333 6 3333 6 3 2 55 1 222222 88 1 888888888 99 99 22222 33333333333333333333 3 5 55 000 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 3 33 2222222222222222222222222222222 2222 5 6 0 6
lowQualScore : . . .. .. . .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. . . ... . .... . . . .. . ...... .. . ......... .. .. ..... .................... . . .. ... ...................................................................... . . .. ............................... .... . . . .
lowQualScore : 0 0 55 55 5 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 0 000 7 2222 0 2 5 88 0 555555 00 0 000000000 22 22 00000 55555555555555555555 6 5 00 888 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 8 55 5555555555555555555555555555555 2222 0 0 0 0
consensus : AATCNGTATAAGATTANNTCGAAAGC---A--ATCTTG---AAA--ATTT---AGTGAC-ACATCAA---TACT-A-ATAGGCGA--T-CGT---ACAA-AAGC--ATTTTTCAAAG---TTAAAGGGGCAC-CAACTCCA----TTCAA--AAATCAN-C--GAACCG-AAACAAAAN---ACTCATC---------------CAATNN-ACACACTACNACACAA--AGAANNCA---GTTCA--ATA-TCTCAAA-GCGTTTAGGAAAAAGTCCNGA----AAACTGGTCA-ATAAC-AGT-AATTTTTC-A-AAGTT--AAAG---GGG-CACAACT--CCATCAAAAAT--CT---AACCGANNCGA-AA-C-CANCT-GT-ATTT-G--ACTC----ATTAATATACACC---ATGCATAC--AA---------A---ATCAGTTTNANTATCTCAAGACGTTTAGAAATAAAATGTCTGGATACTA---GCTACGTGTCTGCGACAGGACAGAAGAC--GGAAGAAGGT----AAAACTAATAAGCCCG--ACACTTTGTGGNCGGGGCATACACTAAGAG---TTTCATN-GT-ACCTGCC----CCGCGGACNG----TA-G--AGGTTCCGT-TTGA-ATGCA----AATGCATATG----TAA-GTAAAT-TACT-AC--T-G-TGCGTTCACAC-CGAC-A-AA-AATACACACACAGGAGCAGA--A-A-TTTG-CTTCAATA-----T---ATGAGC--AA--AAGT-AAN-TTGCACCTA-CC----TC--GG--A----TA-GGTGCAA--AATTAACTTACAGT-GTGC-G-GATT-T--G-CAT---ATAAGTAAAT-C-GTTCA-TAC---GAC---AAA---T---TGC-ACACCTA-AGTAAATTTACACATAA--GC-AAA-AATAC-----TT-----ATG--TATGCAAATCG-NNGTCGTATGAAT-GGGTA
Reference ( gi|2 ) : AATTAGT-TAAAATTATCTTGAAGGCTTCACTATCTTG--CAAG--ATTC---GTTGAC-ACATCAA---TACTGATATGGGC----T-TAT---ACAAAAGAC--ATGATTCAAAG---T-AAAGGGGCAC-CAACTCTA----TTCAAATAAATCAC-C--GAACCC-AAACGAAAT---ATTCATC---------------CAATAA-ACACGCTACAGTACAACCAAAAGGAA---GTTCAGAATAGTCTCAAA-GCGTTTAGTAAAAAGTCCTGAG---AAATTGGTCA-ATAAC-AGT-ATTTTCTC-A-AA-CT--AA-----GGA-CACAAAC--CCATCGAAAAT--TC---AACCGATCCGA-AA-TGCAGCTGGT-ACTT-GT-ACTC-TTAATTAATATACACC---GTGCACAC--AA---------A---ATCAGTTTCAA-ATCTCAAGACGTGTAGAGATAAA-TGTATGAACAGAACATGCT-CGT---TACGGGAGGA-AGAAGGCCCGGA-GAAGATTCCTAAAACTTATTTGCTCGCGACACTTTATGGA-GGGGTATAGACTAATAG---TTTCATGCGT-AC-TGCC----C-G-GGACT-----TA-G--AG-TTTTGTCTTGA-A-GAA----AATGCAT-TG----TAA-GTCAAT-T-CT-A---T-G-TGCGTTCCCACTCAAC-A-GA-AATATACATACAGATGCAGA--A-A-TTTC-CTTCAATA-----T---ATGAGC--AA--AAGT--ATATTGCACCTA-CC----TT--GG--A----TA-GGTGCAA--AATTAACTTACAGT-GTGC-G-GATT-T--G-CAT---GTAAGTAAAT-C-GTTCA-TGC---GAC---AA----T---TGC-ACACCTACAGTAAATTTACACATAA--G--AAA-AATAC-----TT-----ATG-ATATGCAAATCG-GT-TCTTATAAAT-GAGTAA
gi|1 : AATTCGTATAAGATTAAATAGAAAGC---ATAATTTTGTTCAAA--ATCCCAAG--GACTCCACCAA---TACTTATATATACGAAAT-TGTCCAATAACAAAC--AAGACTCATTGCTTT-CAAG---CAC--AA-TCCA----TT--AA-AAATCAC-T---AACCAGAAACTAACT----TTCATCTCGTGTGAGCTCTATCAATTATACACATTACCACACAA--AGAATGA----GTTCA--ATA-TCTCAAAAGC-TGTAGGAAAAAGATCCGGC---AAACTTGTCA--TAAC-AGT-AATTGCTC-A-AA-CTTAAA-----GGG-CACACACATCCATCNNNNNN--NN---NNNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNN-NNNN-NN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNN--NNNNNNNNNNNA---ATTA-TTCCAATATATCAAGAGGTG---AAATAAAATGTCTGGATACTA---GCTACGTGTCTGCGACAGGACAGAAGAC--GGAAGAAGGT----AAAACTAATAAGCCCG--ACACTTTGTGGACGGGGCATACACTAAGAA---GTTCATTTGTAAC-TGCCCCGAC-G-GAACTGTCTGTA-GGAGG-TTCCG--TTGATATGCA----AATG-ATGTA----TAAGGTAAAT-TACTCA---TCG-TGCGTTCACA--CGACAA-GA-AATACAC-CACAGGAGCAGA--ACA-TTTG-CTTCAATATACAGT---ATGAAC--AAACAAGT--AATTTGCTCCT--C-----------------------TGCAA--AAT--ACTT--AGT-CTGC-ATGATTCT--G-CATCTACTAAGTAATT-C-CTTCACTACGAAGAA---AA----T---TGCAACACTTA-AGTAAAT----ATAT---------------C-----CT-----ATG--TATGCAAATCG-
gi|8 : AATCAGT-TAAA--TATCTCAAAA--------ATC-----------ATTT---AGTGAC-ACATCAAGAATACTGAAATAGGCAATCTGCAT---ACAAAAAGTTAATTTTTCAAAG---T-TAAAGGGCG--CAACTC--------CAACAAAATCAA-T--GAAactttccgcaattgaatgggta
gi|4 : ctatataagaTTCAATATCTTG--AAAAGTATTT---AGTGAT-ACATCAA------------GGG---------T---AC----------TTTTTAAAAG---TTGAAGGGGCAC--AACTCCAACAATTNNNNNNNNNNNN-N--NNNNNN-NNNNNNNNN---NNNNNNN---------------NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATCCGTTCA---TA-TCTCAAA-GCATTTACAAAACAGTCTGGAAATTAAACTGGTC--ATAAC-AAT-AATTTTTC-A-AA-ATTAAA-----GGAGCACAACT--CCAC---AAAT---------------CGA-AACTCCATCT-GT-A-------ACTC----ATTAATATACATC---AT-----C--AA---------A---Aatggaacacaaagcgttcagaaaaaagtttgataactggttgtaacagtaatttttcaaagttaaaggg
gi|11 : gtgtcaacctaatttctataaaagaaatcagTTCAAAGT--T-AAAGGGACA--CAACTCCA----TT-AA--AAATCAA-C--GAACCG-AAGCGAAACTCAACTGAT----------------CAATAT-ACAC-CTA-AATACAA--AGAAATCA---GTTC--AATA-TCTCAAA-GCGTTTAG-AACA----CTG-------GTTG------TAAC-AGT-AATTTTTC-A-AAGCT--Aca
gi|20 : tcaatatctcaaaacgtttagaacactgtttgtaacagtgatttTTCAAAGT--T-AAAGGGACA--CATCTCCA-----TCAA--AAATCTA-C--AAACCG-AAACAAAA
gi|18 : tggacaaaacagtaatttTTCGAAG---TTAAAGGGGCA--CAACTCCA-----TCAA--AAATCAT-T---AACCctcagagtcatttggtaactcaataattaatataaaccattaca
gi|28 : atatctcaatgtatttcgagtaaactggtcataacagtaatttTTCAAAG---TTAAAGGGGAGCACAACTC-A----TTCAA-CAAATCAAGT--GAACCC-AAACAAAAA---ACTCAtgggacaatctgtaactcattaatatacaccatta
gi|26 : tctgattTTCAGAG---TTAAAGGGGCA--CAACTCCA-----TCAAaacttcgaagtatccacc
gi|33 : ctgattaatatacacctcaatatctcatagcaatttacgaaaattggtcatatacagtaatttTCAAAGT--T-AAAGGGGCA--CAACTCCA----TT-AAA-AAATCAT-CATGAA-CC-GAACAAAA
gi|10 : AG---T-AAAGGGGTAC-CAACTCctcaaacctcgatctga
gi|32 : tcaagtgaagaaatcctaagcactccaggagatggaaaacactaatttttccaaatccaagaattcaacttaatttctatattaaaaaaatcagcttcaaatacctttaaatacattctaggaaacattaaaaatgctaaaatttaccgttcccataacaaagtgcA---GTTAAG--TA-TCTCAAA-GCATATAGTAAAAAGTCTAGA----AAACTGGTC--ATAACTA---ATTTTTTC-A-AA-agcaacaa
gi|24 : tgatcA---GTTCA--ACAA-CTCATA-TCATTCAGGAAAAAGT-CTGGA---AAACTGGTCA-a
gi|11 : gaaactcaaactcaatctgtaactccttcatatacatcatcattccaaacatcAATA-TCTCAAA-ACGTTTAG--AACA---CTG--------TTTGT-----AAC-AGT-GATTTTTC-A-AAGTT--AAAG---GGA-CACAACT--CCATTAAAAAT---C---AAC-GAACCGA-AG-CGAAACT--C-A-------ACT----GATCAATATACACC----TAAATAC--AA---------AGAAATCAG-TTCAATATCTCAAAGCGTTTAGAta
gi|8 : tcCAAA-GCGTTCAGAAAAAAGT-TTGAT----AACTGGTT--GTAAC-AGT-AATTTTTC-A-AA-GTTAAA-----GGacactggttgtaacagtaatttttcaaagcta
gi|35 : ctatataagaaatcagttaaatatctcaaaaatcatttagtgacacatcaagaatactgaaataggcaatctgcatacaaaaagttaatttttcaaagttaaagggcgcaactccaacaaaatcaatgaaatggaacaAAAAGTCCAGA----AAACTGGTC--ATAAT-AGT-AATTTTTC-A-AAGTT--AAAAAAGGGA-CACAAg
gi|36 : tagaatAAAGTCCGGA----AAACTAGTC--GTAGC-AGTCATCTTATC-A-AG-TT--AAAG---GGT-CACAActcc
gi|18 : cGAGT--AAACTGGTCA--TAAC-AGT-AATTTTTCGA-AG-TT--AAAG---GGG-CACAACT--CCATCAAAAATCATT---AACC--TGGGACAA-T----CT-GT-A-------ACTC----ATTAATATACACC---ATctcc
gi|26 : atatctcaatgtatttc---AAATTGGTCATAT-AC-AGT-AATTTTTC-AGAG-TT--AAAG---GGG-CACAACT--CCATCAAta
gi|20 : ctgattaatatacacctcaatatctcatagcaatttacgaTGGACA-A-AAC-AGT-AATTTTTC-A-AAGTT--AAAG---GGA-CACATCT--CCATCAAAAAT--CTACAAACCGAAACAA-AA-CTCAG--AGTCATTTGGTAACTCAATAATTAATATAAACC---AT
gi|3 : ACTAATCCGA-AA---CAACTTTC-ATTT-GA-CCTC----ATTAACAT-TACCTCTGT-CATACGTAA---------A---ATCAGTTTAAT-ATCTCAAGAtaca
gi|23 : TATACACA---A-GCATACCAAA---------A---ATCAATTAAAT-ATTTCAAAACGTTTAGAgcttttcgagaaaggtccaagaaaacttggctgtaaagtactttttcaaaatcaacgcgacaccaacttccataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaatttagttatctcaagaagtgtagggaaagtcaccaatagctgggtaagacaggagcggacaagggtaacattatattatcccgaccacttttgtggcggggt
gi|9 : catcaaaaatcaatgaaccaaaacaaaactcaaacttcaaagatccacctgtattgACTTTGTGGCTGGGGCATA-----ATAGGGATTTCTTTGGC-ACCTGCC----C-GCGGACA-----GAAG--AG-TTTCGT----A-A-GAATGCAAATGCAA-TGGTGTTTA-GT-AATAT-TT-ACACT-GATGCGTTCACAC--GAC-A-AA-AAAATACA-----AT-----------TTTG-CTTCACTA-----TTTAATGAGC--AA--ATGT--TAATTGC-CCTA-CC----TT--GA--C----TA-GATGT-A--AATTTACTTccatg
gi|6 : TAAGAA---TTCTATG-GT-ACCTGCC----CCGCGGACG-----TA-G--AGGTTCCGT--TGA-ATGCA----AATGCATATG----TAA-GTAAAT-TACT-------G-TGCGTTCACAC--GAC-AAGA-AATAC-CACACAGGAGCAGA--A-A-TTTG-CTTCAATA-----T---ATGAGC--AA--AAGTTAAT-TTGCACTTACCC----TT--GAC-A----TA-GGTGC-A--AATTAACTT--AGTGGTGCAG-GATT-T--G-C-T---ATAAGTAAATCC-GTTCA-TAC---GACAAAAA----T---TGC-ACACCTA-AGTAAATTTACACATAAACA--AAA-AAT-C-----TT-----ATG--CATGCAAATCGTGTGTCGTATGAAT-GGGT
gi|5 : AG---TTTTATG-GT-GCCTGCC----CCGCGGACTG----TA-G--AGGTTTTG-CT--------A----AATGCATATG----CAA-GTAGAT-T--T-AC--T-G-TGCGTTCACAC--GAC-A-AG-AA-ATACACACAGGAGCAGA--A-AATTTG-CTTCAATA-----T---ATGAGC--AA--ACGTTAAT-TTGCACCTACCC----TT--GA--C----TA-GGTGC-A--AATTAACTTA-GGT-GTGCAA-GATT-T--G-CAT---ATAAGTAAATCC-GTTCA-TAT---GACAAAAA----T---TGC-ACACCTA-AGTAAATTTACACATAA--GCAAAA-AATACTTAAGTT-----ATG--TATGCAAATCG-TG-TCGTATGACT-GG
gi|34 : aaga----AATACAT--GCC--TAA-GTAAAT---AT-AC--T-G-TGCGTT--CAC-CAAT-A--A-AACATACACACAGGAGCAAAATA-A-TTTgtatta
gi|17 : AC-A-AACAATACACAGA-AGGGGCATA--A-A-CTTCTCTACATCA-----C---GTGAGC--AA--AAGTGAAT-TTGCACCTA-CC----CC--TG--A----T---TCGCAGCCAATTTACTTACA-T-GTGCAG-GATT-T--G-
gi|21 : ctgtgcatttgtatgTGAGCGAAA--AAGT--AATTTAAACTTA-CCGCAGTC--TG--A----CAAGGAGCAA----TT---TTACA------------TT-T--G-CAT---ATATTCAAAT-CAGTTCA-TAC---AAC---AA----GAAGTGC-ACACCCA-AATAAATTTACAC
gi|14 : GT--ACAT-GTACCTA-CCC---TT--GACTA----TA-GGTGCAA--A-----TTTACTG--GTGCTG-GATT----------------------------CA-TAC---GAC---AAAAA-T---TGC-ACACCTG-----AATTTACACACAA--GCAAAA-AATAT-----TT-----ATGTGTAAACAAATCG-
gi|6 : taatttTTGCACCTA-TG----TCAAGG--G----TA-AGTGC-A--AATTAACTTtgtcgttttagtggg
gi|5 : taagaattctatggtacctgccccgcggacgtagaggttccgttgaatgcaaatgcatatgtaagtaaattactgtgcgttcacacgacaagaaataccacacaggagcagaaatttgcttcaatatatgagcaaTTGCACCTAGTC----AA--GG--G----TA-GGTGC-A--AATTAACattaacttagtggtgcaggatttgctataagtaaatccgttcatacgacaaaaattgcacacctaagtaaatttacacataaacaaaaaatcttatgcatgcaaatcgtgtgtcgtatgaatgggt
gi|16 : aagaagttttatggtgcctgccccgcggactgtagaggttttgctaaatgcatatgcaagtagatttactgtgcgttcacacgacaagaaatacacacaggagcagaaaatttgcttcaatatatgagcaaacCTA-CC----TT--GG--ACGTATA-GGTGCCA--AAT---CTTAAATA-GTGCTG-GATT-------------------AA--------A-TAC---GAC---AAAAAAT---TG--ACACC-ACTG-AAATTTACACATAC--G--CAA-AATAA-----TTGATTAATG--TATAC-AATCG-TG-TCGTTTGAAT-GGattaacttaggtgtgcaagatttgcatataagtaaatccgttcatatgacaaaaattgcacacctaagtaaatttacacataagcaaaaaatacttaagttatgtatgcaaatcgtgtcgtatgactggggtatta
gi|5 : ca----TA-TGTGTAA--ATTTA-CTTA-GGT-GTGC-A--ATT-TTTGTCAT---ATGAACGGAT-TTACTTA-TAT---G-C---AAATC-T---TGC-ACACCTA-AGTTAATTTGCACCTA
gi|22 : aagaagttttatggtgcctgccccgcggactgtagaggttttgctaaatgcatatgcaagtagatttactgtgcgttcacacgacaagaaatacacacaggagcagaaaatttgcttcaatatatgagcaaacgttaatttgcacctacccttgac-GATC-T--G-CAT---CTA------T-C--TGCA-TAC---GAC---AAG---T---TGC-ACACCTA-AGT---TTTACACATAA--GC-AAACAATAC-----TT-----ATG--CATGCAAAT-G-GTGTCGTATGAATCGGGTAagcaaaaaatacttaagttatgtatgcaaatcgtgtcgtatgactggggtatta
18 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): CTTTGGTTCAGGTGAGCTAAAAACACTAGATGTGTCTGACTGTCAGCACAACACCAATGCCCCCTCCTGCAATGAAGGAAACACATGTACCTAAGGTTGATCAAGTTATACCCAGAAAATAAAAAGGACAATTTTTTTTTAAATCCAAGGGTCAACTCCATTTTTGTATAATAAATCAGTTCAACATTTTGAAAAGCATTTACTG
Unaligned ( gi|12 ): CCATAAATACTCAACGAAGCCAAAAACTCAGTCGCTTCATGCTCGTGTAACTGCATTGGATGAATTAGTCAGCCTGCTGATATAAAATTCGAATTTTCAAATATCTCAAAAGCCAGTGTTAAAAAAAAGGATCCGGGAAACTGGTCGATAACTAATTAATTCAAATGTTTCAAGGGGCACAACTCCAG
Unaligned ( gi|13 ): GAAACTCGGGCTTTAACTTGTAACTGATTAATATACACCTTCAATACCAAAAAATCAGTCAATATCCTTTTTCAGAGCTCGTTTTAGGAAATAGTTCCGGAAAACTGCGTCATATCAAGTAAATTTTCAAATAAAGGGACGACAACTCCATCAAA
Unaligned ( gi|15 ): TACATGTGTAAAATTTGCTGCGCGTTCACATGACGAAAAATACACTAGGAGTGAATATTTACATCTGCAAAAGTATATTTACATTTGCATATATGCAGAATTTGCACCCCATGAGTAAATCATCGCATGTGAACGG
Unaligned ( gi|19 ): CAACTATAAATTTCGATATAAGAAATCAGTTAAATCAATTCAAGATTCTGAAAAGCGTTTTGTGACGCATCAAGAAATCTGATTTTTAATAGGCAATCAAGATATGCAAGCAAAAA
Unaligned ( gi|25 ): TACCATGCGTTCATTCGACCAAGTTTACATACAGGAGCAGAAAAATTGCTTTTGCTCATTTACACCTACCCCAGACTGGGTATAATTTGATTAA
Unaligned ( gi|27 ): TAATTCCAATGAAGGAAATCCCTAAGGTCAAAAATTGAAAGTAATATTTTTTTTAAATCCAATGGTCAACACAATTTCTATGTAAGAAATC
Unaligned ( gi|29 ): TAATTTTTCAAAATAAAAAGGGGGTACATCTCCATAAAAAATCATCCAACTCGATCTGTAACTTATATTACACCAGCATAC
Unaligned ( gi|30 ): TAGGAAGTTCTTTGGCACCTAACCTCATGGACTTTAGAGGTTCCGTTGAATGGAAATGCATGTGTAAGTAAA
Unaligned ( gi|31 ): ATAGCAAATATACTTTTACACATATGCCAAGTTTGCACACCGTGAGTAAATCAGCGCATGTGAACGGGGATT
Unaligned ( gi|37 ): GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT
Unaligned ( gi|38 ): GAAAAAAGTCTGGAAAACTGGTTGTAACTAATTTTTCAAAGTTAAAGGGGCACA
Unaligned ( gi|39 ): AACAGTAATTTTTATAGGTTAAAGGGACACAACTCCATCAAAGACC
Unaligned ( gi|40 ): ACACCTGCATACATAAAAAAGTTCAATATCTCTAAGGGTTTATAA
Unaligned ( gi|41 ): AACTGGCCATAACAGTAATTTTTCAAAGTTCATGGTGCATA
Unaligned ( gi|42 ): TTTGCATATATAAGGCAGAATTTGCACCCCATGAGTAA
Unaligned ( gi|43 ): GAACCTTCGGTTCAGGTGAGCTAACAACATTACATAC
Unaligned ( gi|44 ): ACTGAAATAGGTAATCTGCATACAAAAAGTCAAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 2 5555555 222 33333333333 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 22 22222222222 1111 6666666666666666666666666666666666666666666 1 1111 111 11111111 222 111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222222 222222222 11111111 1 222 444444444444444444444444 2222 1 2222 1 2222 1 11 1 111 11111 11 2222 1111 1111 2222 222222222222 111 333333333333333 11111111 111111 222 1111111111111111111 22 11 11111111111111 2222
lowQualScore : 11 7 88 22 0 6666666 777 33333333333 3 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999 99 00000 00 55555555555 5 5 66 5 0000 5 0 2222222222222222222222222222222222222222222 6 777 5 999 0 77 5 77 666 33 2 2 77777 2 2 2 0000 2 2 000 0 22222222 2 5555 2 555 2 2 2 333 333 33 2 2 2 5 000000 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 1111111 66 888 5 666666666 9 7 22 6 1 66666666 5 777 3 0 4 777777777777777777777777 6 0000 5 8888 3 8 2222 0 77 5 6 6 333 77 6 77 66666 00 6 3333 6 3 2 4 0000 5 5 5 8888 0 4 7777 4 8 4 1 99 0 4 66 4 4 1 55 444444444444 66 66 444 1 666666666666666 3 88888888 888888 666 66 9999999999999999999 5 66 66 00 5 5 1 55 22 55555555555555 5 77 5555 77 77 5
lowQualScore : .. . .. .. . ....... ... ........... . . .................................................. .. ..... .. ........... . . .. . .... . . ........................................... . ... . ... . .. . .. ... .. . . ..... . . . .... . . ... . ........ . .... . ... . . . ... ... .. . . . . ...... . ....................................................... . ....... .. ... . ......... . . .. . . ........ . ... . . . ........................ . .... . .... . . .... . .. . . . ... .. . .. ..... .. . .... . . . . .... . . . .... . . .... . . . . .. . . .. . . . .. ............ .. .. ... . ............... . ........ ...... ... .. ................... . .. .. .. . . . .. .. .............. . .. .... .. .. .
lowQualScore : 77 3 33 00 3 5555555 555 00000000000 2 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222 22 88888 00 55555555555 0 0 99 0 1111 0 2 4444444444444444444444444444444444444444444 7 777 6 000 7 99 6 99 444 99 9 9 11111 7 7 7 3333 7 5 888 1 22222222 5 0000 2 000 1 1 1 999 999 22 5 5 5 7 555555 3 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 3333333 11 888 7 777777777 0 5 77 7 5 88888888 5 888 2 2 0 000000000000000000000000 7 7777 3 3333 3 3 7777 0 22 0 7 7 000 77 7 77 77777 00 7 5555 7 2 5 6 6666 0 0 0 4444 1 4 8888 4 9 4 0 22 1 4 11 4 4 4 11 222222222222 11 11 333 0 333333333333333 6 33333333 111111 000 33 6666666666666666666 0 99 99 66 0 0 4 11 11 44444444444444 7 99 1111 99 99 7
consensus : AATTNGTATAAGA--TTANNT-GAAAGC---AC-ATCTCGC--AAAA---T---TC--AGTGAC-ACATCAA---TACT--A-ATANGCGA--TC---GT------ACAAA--A-GA--C--ATT--TTTCAAAGT----TAAAGGGGCAC-CAACTCCA--------TTCA-A-A--AATC-ANC--GAACC-GAAACGAA----AN---ACTC-----ATC---------------CA-----A-TAT-ACACGCTACA-ATACAA--AAAAATCA---GTTCA--A-TA-TC-----TC-AA-A-GC--G-T-TT-AGAA-AAAAG--T-CC-GGA-AA----ACTG-GTCG-ATAACAGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATC------AAAAAT---C--T---AACCGANNCGAAA--C-C--ANCTG-T-A-TTG---AC-TC----ATTAATAT-ACACCATG-CA-TAC--A---AA-ATC---------AGTTTCAATATCTCAAGA-CGTTT--A-----GAAATAAA-TGTCTGGACAC---TA---GCTGCGT---TGCGG-AGGACAGAAGGC--GGA-GAAGGT----AAAACTA-ATTAGCCCG--A-CAC-TTTGTGGACGGGGCATA-ACTAAGA-GTTTC-A-TG-GTACCTG-CCCCG-CGGA-----CTGTA-GAGGTTCCGT-T-GA-ATGCAAATGCATGTG----TAA-GTAA-A-TTACT-ACTG-TGCGTTCACAC-CGAC-AA-A-AATACACACACAGGAGCAG-A--A-A-TTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAGT-A-ATTTGCACCTACC----TCGG--A----TA-GGTGCAA---AATTAACTTACAGTG-TGC-G-GATT-TGCA--TA-TAAGTAAATC-GTTCA-TACGA--CAA--AAATTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAGC-AAA--AAT--AC-----TTATG-TAT--GCAAATCG-GTGT--CGTA--TGAAT-GGGTA
Reference ( family-200 ) : AATCNGTATAAGA--TTANNTCGAAAGC---A--ATCTTG---AAAA---T---TT--AGTGAC-ACATCAA---TACT--A-ATAGGCGA--TC---GT------ACAAA--A-G---C--ATT--TTTCAAAGT----TAAAGGGGCAC-CAACTCCA--------TTCA-A-A--AATC-ANC--GAACC-GAAACAAA----AN---ACTC-----ATC---------------CA-----A-TNN-ACACACTACN-ACACAA--AGAANNCA---GTTCA--A-TA-TC-----TC-AA-A-GC--G-T-TT-AGGA-AAAAG--T-CC-NGA-AA----ACTG-GTCA-ATAACAGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATC------AAAAAT---C--T---AACCGANNCGAAA--C-C--ANCTG-T-ATTTG---AC-TC----ATTAATAT-ACACCATG-CA-TAC--A---AA-ATC---------AGTTTNANTATCTCAAGA-CGTTT--A-----GAAATAAAATGTCTGGATAC---TA---GCTACGTGTCTGCGACAGGACAGAAGAC--GGAAGAAGGT----AAAACTA-ATAAGCCCG--A-CAC-TTTGTGGNCGGGGCATACACTAAGA-GTTTC-A-TN-GTACCTG-CCCCG-CGGA-----CNGTA-GAGGTTCCGT-TTGA-ATGCAAATGCATATG----TAA-GTAA-A-TTACT-ACTG-TGCGTTCACAC-CGAC-AA-A-AATACACACACAGGAGCAG-A--A-A-TTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAGT-A-ANTTGCACCTACC----TCGG--A----TA-GGTGCAA---AATTAACTTACAGTG-TGC-G-GATT-TGCA--TA-TAAGTAAATC-GTTCA-TACGA--CAA--A--TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAGC-AAA--AAT--AC-----TTATG-TAT--GCAAATCG-NNGT--CGTA--TGAAT-GGGTA
gi|1 : AATTCGTATAAGA--TTAAATAGAAAGC---ATAATTTTGTTCAAAA---T---CCCAAG-GACTCCACCAA---TACTT-ATATATACGAAATT---GTCCAATAACAAACAA-GACTC--ATTGCTTTCAA--------------GCAC--AA-TCCA--------TT-A-A-A--AATC-A-C--TAACCAGAAACTAA----CT----TTC-----ATCTCGTGTGAGCTCTATCA-----A-TTATACACATTACC-ACACAA--AGAATG-A---GTTCA--A-TA-TC-----TCAAA-A-GC----T-GT-AGGA-AAAAGA-T-CC-GGC-AA----ACTT-GTC--ATAACAGTAA-TT-GC-TCAAA-C-TT---AAA---GGGC-A-CACACATCCATCNNNNNNNNNNNN---N--N---NNNNNNNNNNNNN--N-N--NNNNN-N-NNNNN---NN-NN----NNNNNNNN-NNNNNNNN-NN-NNN--N---NN-NNN---------NNNNNAATTATTCCAATA-TATCA--AGAGGTGAAATAAAATGTCTGGATAC---TA---GCTACGTGTCTGCGACAGGACAGAAGAC--GGAAGAAGGT----AAAACTA-ATAAGCCCG--A-CAC-TTTGTGGACGGGGCATACACTAAGA-AGTTC-ATTT-GTAACTG-CCCCGACGGAACTGTCTGTAGGAGGTTCCG--TTGATATGCAAATG-ATGTA----TAAGGTAA-A-TTACTCATCG-TGCGTTCACA--CGAC-AAGA-AATACAC-CACAGGAGCAG-A--ACA-TTTGCTTCA-AT-ATACAGT---ATGAAC--AAACAAGT-A-ATTTG---CT-CC----TC--------------TGCAA---AAT--ACTT--AGTC-TGC-ATGATTCTGCATCTACTAAGTAATTC-CTTCACTACGAAGAAA--A--TTGCAACACTTA-AGT-AAAT----ATAT----------------C-----CTATG-TAT--GCAAATCG-ACTTTCCGCAATTGAAT-GGGTA
gi|10 : CAAAGTGCAGTAAAGGGGTAC-CAACTC
gi|11 : tcaagtgaagaaatcctaagcactccaggagatggaaaacactaatttttccaaatccaagaattcaacttaatttctatattaaaaaaatcagcttcaaatacctttaaatacattctaggaaacattaaaaatgctaaaatttaccgttcccataaTCA--A-TA-TC-----TC-AA-A-AC--G-T-TT-AG-----------------A-AC----ACTG-TTTG--TAACAGTGA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGAC-A-CA-AC-TCCATT------AAAAATCAAC--G---AACCGAAGCGAAA--CTC--AACTG--------------------ATCAATAT-ACACC-TA-AA-TAC--AAAGAA-ATC---------AG-TTCAATATCTCAAAG-CGTTT--A-----GAAagcaacaa
gi|11 : --ATT--TTTCAAAGT----TAAAGGGACAC--AACTCCA--------TT-A-A-A--AATC-AAC--GAACC-GAAGCGAA----ACTCAACTG-----ATC----------------A-----A-TAT-ACAC-CTA-A-ATACAA--AGAAATCA---GTTCA--A-TA-TC-----TC-AA-A-GC--G-T-TT-A-----------------GA-AC----ACTG-GTT--GTAACAGTAA-TT-TT-TCAAA-G-CT---Acactggttgtaacagtaatttttcaaagcta
gi|12 : tcaatatctcaaaacgtttagaacactgtttgtaacagtgTTCA--AATA-TC-----TC-AA-AAGCCAG-TGTT-AAAA-AAAAGGAT-CC-GGG-AA----ACTG-GTCG-ATAAC--TAA-TTAAT-TCAAATGTTT---CAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCA
gi|13 : ccataaatactcaacgaagccaaaaactcagtcgcttcatgctcgtgtaactgcattggatgaattagtcagcctgctgatataaaattcgaattA-----A-TAT-ACAC-CTTCA-ATACCA--AAAAATCA---GT-CA--A-TA-TCCTTTTTC-AG-A-GCTCG-T-TTTAGGA-AATAG--TTCC-GGA-AA----ACTGCGTCATATCA-AGTAA-AT-TT-TCAAA----T---AAA--GGGACGA-CA-AC-TCCATC------AAAg
gi|14 : gaaactcgggctttaacttgtaactgattTGTACCTACCC---TTGACTA----TA-GGTGCAA---A-----TTTACTG-G-TGCTG-GATT------------------------CA-TACGA--CAA--AAATTGC-ACACCTG-A-----ATTTACACACAAGCAAAA--AAT--AT-----TTATG-TGTAAACAAATCG--TGT--CGTT--TTAGT-GGG
gi|15 : taatttgtacaTACATGTG----TAA----A-A-TT--T-GCTG-CGCGTTCACAT--GACGAA-A-AATACAC---TAGGAGTGA-A--T-A-TTTAC-----AT-C-----T-------GC--AA--AAGT-ATATTTACATTTGC-----------A----TA-TATGCAG---AATT
gi|16 : CTACC----TTGG--ACGTATA-GGTGCCA---AAT---CTTAAATAG-TGCTG-GATT-----------AAATA---C-G------ACAA--AAA--A--TTG--ACACC---ACTGAAATTTACACATACGC-AAAATAATTGAT-----TAATG-TAT--AC-AATCG--TGT--CGTT--TGAAT-GGGtgcaccccatgagtaaatcatcgcatgtgaacgg
gi|17 : caCTG-TGCATTTGTAT--GAC-AA-ACAATACACAGA-AGGGGCAT-A--A-A-CTT-CTCTACATCA-----C---GTGAGC--AA--AAGTGA-ATTTGCACCTACC----CCTG--A----T---TCGCAGCC-AATTTACTTACA-TG-TGCAG-GATT-TG
gi|18 : --A-TA-TC-----TC-AA-T-GT--A-T-TT-CG------AG--T--------AA----ACTG-GTCA--TAACAGTAA-TT-TT-TCGAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATC------AAAAAT---CATT---AACC----TGGGA--C-A--ATCTG-T-A-------AC-TC----ATTAATAT-ACACCAT
gi|2 : AATTAGT-TAAAA--TTATCTTGAAGGCTTCACTATCTTGC--AAGA---T---TC--GTTGAC-ACATCAA---TACT--G-ATATGGGC--TT---AT------ACAAA--A-GA--C--ATG--ATTCAAAGT-----AAAGGGGCAC-CAACTCTA--------TTCA-A-ATAAATC-ACC--GAACC-CAAACGAA----AT---ATTC-----ATC---------------CA-----A-TAA-ACACGCTACA-GTACAACCAAAAGGAA---GTTCAGAA-TAGTC-----TC-AA-A-GC--G-T-TT-AGTA-AAAAG--T-CC-TGAGAA----ATTG-GTCA-ATAACAGTAT-TT-TC-TCAAA---CT---AA----GGAC-A-CA-AA-CCCATC------GAAAAT---T--C---AACCGATCCGAAA--TGC--AGCTGGT-ACTTGT--AC-TCTTA-ATTAATAT-ACACCGTG-CA-CAC--A---AA-ATC---------AGTTTCAA-ATCTCAAGA-CGTGT--A-----GAGATAAA-TGTATGAACAG---AACATGCT-CGT---TACGGGAGGA-AGAAGGCCCGGA-GAAGATTCCTAAAACTT-ATTTGCTCGCGA-CAC-TTTATGGA-GGGGTATAGACTAATA-GTTTC-A-TGCGTAC-TG-CCC-G--GGA-----CT-TA-GAG-TTTTGTCTTGA-A-GAAAATGCAT-TG----TAA-GTCA-A-TT-CT-A-TG-TGCGTTCCCACTCAAC-AG-A-AATATACATACAGATGCAG-A--A-A-TTTCCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAGT-A-TATTGCACCTACC----TTGG--A----TA-GGTGCAA---AATTAACTTACAGTG-TGC-G-GATT-TGCA--TG-TAAGTAAATC-GTTCA-TGCGA--C-A--A--TTGC-ACACCTACAGT-AAATTTACACATAAG--AAA--AAT--AC-----TTATGATAT--GCAAATCG-GT-T--CTTA--TAAAT-GAGTAta
gi|20 : TG-GACA-A-AACAGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGAC-A-CA-TC-TCCATC------AAAAAT---C--TACAAACCGAAACAAAA--CTC--AGA-G-TCATTTGGTAAC-TCAATAATTAATAT-AAACCAT-----TAC--A---a
gi|21 : TGAGCGAAA--AAGT-A-ATTTAAACTTACCGCAGTCTG--A----CAAGGAGCAA-----TT---TTACA------------TT-TGCA--TA-TATTCAAATCAGTTCA-TACAA--CAAGAA--GTGC-ACACCCA-AAT-AAATTTACAC
gi|22 : -GATC-TGCA--TC-TA------TC--TGCA-TACGA--CAA--G--TTGC-ACACCTA-AGT----TTTACACATAAGC-AAAC-AAT--AC-----TTATG-CAT--GCAAAT-G-GTGT--CGTA--TGAATCGGGTA
gi|23 : aTCA-A-A--AATC-AAT--GAACC-AAAACAAAACTCAA---ACTTCAAAGATC---------------CACCTGTATTGT-ATACACAAGC-ATACCA--A-AAATCA---ATTAA--A-TA-TT-----TC-AA-A-AC--G-T-TT-AGttaataacctga
gi|24 : caAAA--C-TCAATCTG-T-A-------AC-TC----CTTCATAT-ACATCAT--CATTCC--A---AACATC---------AG-TTCAACAACTCATAT-CATTC--A-----GGAA-AAA--GTCTGGAaccatg
gi|24 : gaaactcCA---GTTCA--A-CA-AC-----TC-AT-A-TC--A-T-TC-AGGA-AAAAG--T-CT-GGA-AA----ACTG-GTCA-aaactggtcata
gi|25 : gaaactcaaactcaatctgtaactccttcatatacatcatcattccaaacatT-ACCA-TGCGTTCAT-T-CGAC-CA-A-GTT-TACATACAGGAGCAGAA--A-A-ATTGCTTT---T---------------GC---------T-C-ATTTACACCTACC----CCAG--AC---TG-GGTATAATTTGATTAAta
gi|26 : ATACA---CCTCA--A-TA-TC-----TC-AT-A-GC--AAT-TT-A----------------CGA-AA----ATTG-GTCATATA-CAGTAA-TT-TT-TCAGA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATC------AA
gi|28 : ctgattaatT--TTTCAAAGT----TAAAGGGGAGCACAACT-CA--------TTCA-ACA--AATCAAGT--GAACC-CAAACAAA----AA---ACTC-----A
gi|29 : tctgaTAA-TT-TT-TCAAA-A-TA---AAAAGGGGGT-A-CA-TC-TCCATA------AAAAAT---C------ATCCAACTCG----------ATCTG-T-A-------AC-TT----AT--AT-T-ACACCA-G-CA-TAC--aacttcgaagtatccacc
gi|3 : ACTAATCCGAAA--C-A--ACTTT-C-ATTTG---ACCTC----ATTAACATTACCTC-TGTCA-TACGTA---AA-ATC---------AGTTT-AATATCTCAAGAGCTTTTCGA-----GAAA
gi|3 : AAATCA---GTTTA--A-TA-TC-----TC-AAGA-GC--T-T-TT-CGAG-AAAGG--T-CCAAGA-AA----ACTT-GGCT-GTAA-AGTAC-TT-TT-TCAAA-A-TC---AAC--GCGAC-ACCA-ACTTCCATA------AANNNN---N--N---NNNNNNNNNNNNN--N-N--NNNNN-N-NNNNN---NN-NN----NNNNNNNN-NNNNNNNN-NN-NNN--N---NN-NNNNNNNNGTTGAATTTAGTTATCTCAAGA-AGTGT--A-----GGGA-AA---GTC-----ACCAATA---GCTGGGT---------AAGACAGGAG-C--GGACAAGGGT----AACATTATATTATCCCG--ACCACTTTTGTGG-CGGGGggtccaagaaaacttggctgtaaagtactttttcaaaatcaacgcgacaccaacttccataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaatttagttatctcaagaagtgtagggaaagtcaccaatagctgggtaagacaggagcggacaagggtaacattatattatcccgaccacttttgtggcggggt
gi|30 : actaatccgaaacaactttcatttgacctcattaacattacctctgtcatacgtaA-GTTCT-T-TG-GCACCTAACCTCA-TGGA-----CTTTA-GAGGTTCCGT-T-GA-ATGGAAATGCATGTG----TAA-GTAA-A-t
gi|32 : taggaCA---GTTAA--G-TA-TC-----TC-AA-A-GC--A-T-AT-AGTA-AAAAG--T-CT-AGA-AA----ACTG-GTC--ATAAC--TAATTT-TT-TCAAA-
gi|33 : tgatTCAAAGT----TAAAGGGGCAC--AACTCCA--------TTAA-A-A--AATC-ATCATGAACC-G-AACAAA---------ACTC-----Aa
gi|34 : AATACATGCC----TAA-GTAA-A-T-A-T-ACTG-TGCGTTCAC---CAAT-AA-A-A-CATACACACAGGAGCAA-AATA-A-TTTaacctcgatctga
gi|35 : T-AGAATAAAAG--T-CC-AGA-AA----ACTG-GTCA--TAATAGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TTAAAAAA--GGGAC-A-CA-AC-TCC
gi|36 : AAAG--T-CC-GGA-AA----ACTA-GTCG--TAGCAGTCA-TC-TTATCAA--G-TT---AAA--GGGTC-A-CA-AC-TCC
gi|38 : cGAA-AAAAG--T-CT-GGA-AA----ACTG-GTTG--TAAC--TAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-
gi|39 : AACAGTAA-TT-TT-TATAG-G-TT---AAA--GGGAC-A-CA-AC-TCCATC------AAAGAC---C--
gi|4 : --ATCTTG---AAAAGTAT---TT--AGTGAT-ACATCAA--------------GG----------GT------AC---------------TT--TTTAAAAGT----TGAAGGGGCAC--AACTCCAACAATTNNNNNN-N-N--NNNN-NNN--NNNNN-NNNNNNNN----NN---NNNN-----NNN---------------NN-----N-NNN-NNNNNNNNNN-NNNNNN--NNNNNNCATCCGTTCA----TA-TC-----TC-AA-A-GC--A-T-TT-ACAA-AACAG--T-CT-GGA-AATTAAACTG-GTCA--TAACAATAA-TT-TT-TCAAA-A-TT---AAA--GGAGC-A-CA-AC-TCCA-C------AAA--------------------TCGAAACTC-C--ATCTG-T-A-------AC-TC----ATTAATAT-ACATCAT-------C--A---AA-A
gi|40 : gtgtcaacctaatttctataaaagaaatcagttcaat-ACAC-CTGCATACATAA--AAAA-------GTTCA--A-TA-TC-----TC-TA-A-GG--G-T-TT-Aca
gi|41 : A----ACTG-GCCA--TAACAGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---CAT--GGTGC-A-TA-taa
gi|5 : AAGAAGTTTT-A-TG-GTGCCTG-CCCCG-CGGA-----CTGTA-GAGGTTTTGC-T--------AAATGCATATG----CAA-GTAG-A-TT--T-ACTG-TGCGTTCACAC--GAC-AA-G-AA-ATACACACAGGAGCAG-A--A-AATTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--ACGTTA-ATTTGCACCTACC----CTTG--AC---TA-GGTGCAA---A-TTAACTTA-GGTG-TGC-AAGATT-TGCA--TA-TAAGTAAATCCGTTCA-TATGA--CAA--AAATTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAGCAAAA--AAT--ACTTAAGTTATG-TAT--GCAAATCG--TGT--CGTA--TGACT-GGG
gi|6 : TAAGA-ATTCT-A-TG-GTACCTG-CCCCG-CGGA-----C-GTA-GAGGTTCCGT-T-GA-ATGCAAATGCATATG----TAA-GTAA-A-TTACT----G-TGCGTTCACAC--GAC-AAGA-AATAC-CACACAGGAGCAG-A--A-A-TTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAGTTA-ATTTGCACTTACCC---TTGAC-A----TA-GGTGCAA---A-TTAACTTA--GTGGTGCAG-GATT-TGC---TA-TAAGTAAATCCGTTCA-TACGA--CAA--AAATTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAAC-AAA--AAA--TC-----TTATG-CAT--GCAAATCGTGTGT--CGTA--TGAAT-GGGTgtatta
gi|8 : CTATATAAGAAATCAGTT--AAAT-------ATCTCA---AAAA---TCATTT--AGTGAC-ACATCAAGAATACTGAA-ATAGGCAA--TCTGCAT------ACAAA--AAG---TTAATT--TTTCAAAGT----TAAA-GGGCG--CAACTCCA-----------ACA-A--AATC-AAT--GAAAT-GGAACACA----AA---GC
gi|8 : C-AA-A-GC--G-T-TC-AGAA-AAAAG--T-T--TGA-TA----ACTG-GTTG--TAACAGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGgttcagaaaaaagtttgataactggttgtaacagtaatttttcaaagttaaaggg
gi|9 : ctatataagaaatcagttaaatatctcaaaaatcatttagtgacacatcaagaatactgaaataggcaatctgcatacaaaaagttaatttttcaaagttaaagggcgcaactccaacaaaatcaatgaaatggaacaAC-TTTGTGGCTGGGGCATA-A-TAGGG-ATTTCTT-TG-GCACCTG--CCCG-CGGA-----CAGAA-GA-GTTTCGT-AAGA-ATGCAAATGCA-ATGGTGTTTA-GTAATATTTAC--ACTGATGCGTTCACA--CGAC-AA-A-AAAATAC-------------A--A-T-TTTGCTTCA-CT-A-----TTTAATGAGC--AA--ATGT-T-AATTGC-CCTACC----TTGA--C----TA-GATGT-A---AATTTACTT
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): CTTTGGTTCAGGTGAGCTAAAAACACTAGATGTGTCTGACTGTCAGCACAACACCAATGCCCCCTCCTGCAATGAAGGAAACACATGTACCTAAGGTTGATCAAGTTATACCCAGAAAATAAAAAGGACAATTTTTTTTTAAATCCAAGGGTCAACTCCATTTTTGTATAATAAATCAGTTCAACATTTTGAAAAGCATTTACTG
Unaligned ( gi|19 ): CAACTATAAATTTCGATATAAGAAATCAGTTAAATCAATTCAAGATTCTGAAAAGCGTTTTGTGACGCATCAAGAAATCTGATTTTTAATAGGCAATCAAGATATGCAAGCAAAAA
Unaligned ( gi|27 ): TAATTCCAATGAAGGAAATCCCTAAGGTCAAAAATTGAAAGTAATATTTTTTTTAAATCCAATGGTCAACACAATTTCTATGTAAGAAATC
Unaligned ( gi|31 ): ATAGCAAATATACTTTTACACATATGCCAAGTTTGCACACCGTGAGTAAATCAGCGCATGTGAACGGGGATT
Unaligned ( gi|37 ): GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT
Unaligned ( gi|42 ): TTTGCATATATAAGGCAGAATTTGCACCCCATGAGTAA
Unaligned ( gi|43 ): GAACCTTCGGTTCAGGTGAGCTAACAACATTACATAC
Unaligned ( gi|44 ): ACTGAAATAGGTAATCTGCATACAAAAAGTCAAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 6666666666666666666666666 111 22 11 1 00000000000000000000000000000000000000000000000 11111 111 1111111 1111 1 1111 1111 5555555555555555 2 1111111 1111111 1111111 1111 22 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222222 22222 44444444 11111 22 11 222 1 666666666 11 1 1 2222 1 2222 1 11 2 111 11111 11 1111 1111 2222 222222222222 333333333333333 11111111 111111 222 3333333333333333333 11 11111111111111 11111
lowQualScore : 1 3 8888888888888888888888888 2 666 77 33 3 0 66666666666666666666666666666666666666666666666 99 00000 666 4444444 5 5 66 5 0000 5 0 1 1111 2222 7777777777777777 6 2 11 4444444 8888888 666 0000000 33 2 33 2 66666 2 2 2 0000 2 2 33 0 77777777 2 5555 2 55 2 2 2 2 2 333 333 33 2 2 2 5 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 1111111 66 888 5 44444 4 22222222 6 1 99 66666 55 22 3 6 333 2 111111111 6 6 88 3 3 8888 3 2222 0 55 6 6 6 333 6 6 77 66666 66 6 55 6 3 2 0000 0 5 5 5 8888 0 4 7777 4 8 4 1 99 0 8 66 4 1 55 444444444444 66 66 4 999 3 222222222222222 3 2 33333333 999999 666 66 2222222222222222222 5 5 5 777 5 22 55555555555555 5 77 77777 0 77 5
lowQualScore : . . ......................... . ... .. .. . . ............................................... .. ..... ... ....... . . .. . .... . . . .... .... ................ . . .. ....... ....... ... ....... .. . .. . ..... . . . .... . . .. . ........ . .... . .. . . . . . ... ... .. . . . . . ........................................................... . ....... .. ... . ..... . ........ . . .. ..... .. .. . . ... . ......... . . .. . . .... . .... . .. . . . ... . . .. ..... .. . .. . . . .... . . . . .... . . .... . . . . .. . . .. . . .. ............ .. .. . ... . ............... . . ........ ...... ... .. ................... . . . ... . .. .............. . .. ..... . .. .
lowQualScore : 0 2 5555555555555555555555555 0 222 55 88 2 0 00000000000000000000000000000000000000000000000 22 88888 222 3333333 0 0 99 0 1111 0 2 7 0000 1111 2222222222222222 7 4 44 6666666 5555555 444 8888888 77 7 77 7 77777 7 7 7 3333 7 5 22 1 33333333 5 0000 4 22 1 2 1 1 1 999 999 22 5 5 5 7 3 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 3333333 11 888 7 88888 3 55555555 7 5 22 77777 55 55 2 7 333 0 333333333 7 7 33 3 3 3333 3 7777 0 88 7 7 7 000 7 7 77 77777 00 7 88 7 2 5 6666 2 0 0 0 4444 1 4 8888 4 9 4 0 22 1 9 11 4 4 11 222222222222 11 11 4 999 6 666666666666666 6 1 88888888 000000 666 33 9999999999999999999 0 0 0 111 0 11 44444444444444 7 99 33333 7 99 7
consensus : AATTCGTATAAGAGA--TCAGTT-GAAGGC---AT-A-TCTCG--NAAA-CATTC--AGTGAC-ACATCAA---TACT--A-ATANGCGA--TC---GT------ACAAA--AGACT-ATT--TTTCAAAGT----TAAAGGGGCAC-CAACTCCA----TTCA-A-A--AATC-ANC--GAACC-GAAACGAAAN---ACTCA----TC---------------CAAT-ATACAC-CTACA------ATACAA-------AA---AA-------ATCAGTTCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-GC--G-T-TT-AGAA-AAAAG--T-CC-GGA-AA----ACTG-GTCGATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAAAAAT---C--T---AACCGANNCGAAA--C-------C--ATCTG-TA--T---AC-TC----ATTAATAT-ACACCATG-CA-TAC--A---AA-ATCAGT----TTCAA-------TATCTCAAGA-CGTTT--AG-----AAAT-AAATGTCTGGACANTA---GCTGCGT---TGCGG-AGGACAGAAGGC--GG-AGAA-GGT----AAAACTA-ATTAGCCCG--A-CAC-TTTGTGGACGGGGCATA-ACTAAGA-GTTTC-A-TG-GTACCTG-CCCCG-CGGA-----CTGTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGCAAATGCA----TGTGTAA-GTAA-A-TTACT-ACTG-TGCGTTCACAT-CGAC-AA-A-AATACACACACAGGAGCAG-A--A-ATTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAG-T-A-ATTTGCACCTA-CC----TCGG--A----TA-GGTGCAA---AATTAACTTACAGT-GTGC-G-GATT-TGCA--TA-TAAGTAAAT-C-GTTCA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAGC-AAA--AAT--AC-----TTATG-TAT--GCAAATCG-G--TGTCGTA--TGAAT-GGGTA
Reference ( family-200 ) : AATTNGTATAAGA----TTANNT-GAAAGC---AC-A-TCTCG--CAAA--ATTC--AGTGAC-ACATCAA---TACT--A-ATANGCGA--TC---GT------ACAAA--AGAC--ATT--TTTCAAAGT----TAAAGGGGCAC-CAACTCCA----TTCA-A-A--AATC-ANC--GAACC-GAAACGAAAN---ACTCA----TC---------------CAAT-ATACACGCTACA------ATACAA-------AA---AA-------ATCAGTTCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-GC--G-T-TT-AGAA-AAAAG--T-CC-GGA-AA----ACTG-GTCGATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAAAAAT---C--T---AACCGANNCGAAA--C-------C--ANCTG-TA-TT-G-AC-TC----ATTAATAT-ACACCATG-CA-TAC--A---AA-ATCAGT----TTCAA-------TATCTCAAGA-CGTTT--AG-----AAAT-AAATGTCTGGACACTA---GCTGCGT---TGCGG-AGGACAGAAGGC--GG-AGAA-GGT----AAAACTA-ATTAGCCCG--A-CAC-TTTGTGGACGGGGCATA-ACTAAGA-GTTTC-A-TG-GTACCTG-CCCCG-CGGA-----CTGTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGCAAATGCA----TGTGTAA-GTAA-A-TTACT-ACTG-TGCGTTCACAC-CGAC-AA-A-AATACACACACAGGAGCAG-A--A-ATTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAG-T-A-ATTTGCACCTA-CC----TCGG--A----TA-GGTGCAA---AATTAACTTACAGT-GTGC-G-GATT-TGCA--TA-TAAGTAAAT-C-GTTCA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAGC-AAA--AAT--AC-----TTATG-TAT--GCAAATCG-G--TGTCGTA--TGAAT-GGGTA
gi|1 : AATTCGTATAAGA----TTAAATAGAAAGC---AT-AATTTTGTTCAAA--ATCCCAAG-GACTCCACCAA---TACTT-ATATATACGAAATT---GTCCAATAACAAACAAGACTCATTGCTTTCAA--------------GCAC--AA-TCCA----TT-A-A-A--AATC-A-C--TAACCAGAAACTAACT----TTCA----TCTCGTGTGAGCTCTATCAATTATACACATTACC------ACACAA-------AG---AA--------TGAGTTCA--A-T--A-TC-----TCAAA-A-GC----T-GT-AGGA-AAAAGA-T-CC-GGC-AA----ACTT-GTC-ATA-AC-AGTAA-TT-GC-TCAAA-C-TT---AAA---GGGC-A-CACACATCCATCNNNNNN---N--N---NNNNNNNNNNNNN--N-------N--NNNNN-NN-NN-N-NN-NN----NNNNNNNN-NNNNNNNN-NN-NNN--N---NN-NNNNNN----NNNNNNNNNAATTATTCCAATA-TATCA--AGAGGTGAAATAAAATGTCTGGATACTA---GCTACGTGTCTGCGACAGGACAGAAGAC--GGAAGAA-GGT----AAAACTA-ATAAGCCCG--A-CAC-TTTGTGGACGGGGCATACACTAAGA-AGTTC-ATTT-GTAACTG-CCCCGACGGAACTGTCTGTAGGAGGTTCCGT--TGATATGCAAATG-A----TGTATAAGGTAA-A-TTACTCATCG-TGCGTTCACA--CGAC-AAGA-AATACAC-CACAGGAGCAG-A--ACATTTGCTTCA-AT-ATACAGT---ATGAAC--AAACAAG-T-A-ATTTG---CT--CC----TC--------------TGCAA---AAT--ACTT--AGT-CTGC-ATGATTCTGCATCTACTAAGTAATT-C-CTTCACTACGAAGAAAA-TTGCAACACTTA-AGT-AAAT----ATAT----------------C-----CTATG-TAT--GCAAATCG-ACTTTCCGCAATTGAAT-GGGTA
gi|10 : CAAAGTGCAGTAAAGGGGTAC-CAACTC
gi|11 : tcaagtgaagaaatcctaagcactccaggagatggaaaacactaatttttccaaatccaagaattcaacttaatttctatattaaaaaaatcagcttcaaatacctttaaatacattctaggaaacattaaaaatgctaaaatttaccgttcccataaTCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-AC--G-T-TT-AGAA-----------C-----------ACTG-TTTG-TA-AC-AGTGA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGAC-A-CA-AC-TCCATTAAAAATCAAC--G---AACCGAAGCGAAA--CT------C--AACTG------------------ATCAATAT-ACACC-TA-AA-TAC--AAAGAA-ATCAG-----TTCAA-------TATCTCAAAG-CGTTT--AG-----AAagcaacaa
gi|11 : --ATT--TTTCAAAGT----TAAAGGGACAC--AACTCCA----TT-A-A-A--AATC-AAC--GAACC-GAAGCGAAACTCAACTGA----TC----------------AAT-ATACAC-CTA-A------ATACAA-------AG---AA-------ATCAGTTCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-GC--G-T-TT-AGAA----------C------------ACTG-GTTG-TA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-CT---Acactggttgtaacagtaatttttcaaagcta
gi|12 : tcaatatctcaaaacgtttagaacactgtttgtaacagtg------ATATAA-------AATTCGA-------ATT--TTCA--AAT--A-TC-----TC-AA-AAGCCAG-TGTT-AAAA-AAAAGGAT-CC-GGG-AA----ACTG-GTCGATA-AC---TAA-TTAAT-TCAAATGTTT---CAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCA
gi|13 : ccataaatactcaacgaagccaaaaactcagtcgcttcatgctcgtgtaactgcattggatgaattagtcagcctgctgAAT-ATACAC-CTTCA------ATACCA-------AA---AA-------ATCAGT-CA--A-T--A-TCCTTTTTC-AG-A-GCTCG-T-TTTAGGA-AATAG--TTCC-GGA-AA----ACTGCGTC-ATA-TCAAGTAA-AT-TT-TCAAA----T---AAA--GGGACGA-CA-AC-TCCATCAAAg
gi|14 : gaaactcgggctttaacttgtaactgattTGTACCTA-CCC---TTGACTA----TA-GGTGCAA---A-----TTTACTG--GTGCTG-GATT-------------------------CA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACC-----T-GAATTTACACACAAGCAAAA--AAT--AT-----TTATG-TGTAAACAAATC--G--TGTCGTT--TTAGT-GGG
gi|15 : taatttgtacaTACA----TGTGTAA----A-A-TT--T-GCTG-CGCGTTCACAT--GACGAA-A-AATACAC---TAGGAGTGA-A--T-ATTTAC-----AT-C-----T-------GC--AA--AAG-T-ATATTTACATTTG-C-----------A----TA-TATGCAG---AATT
gi|16 : CTA-CC----TTGG--ACGTATA-GGTGCCA---AAT---CTTAAATA-GTGCTG-GATT----------------AA--------A-TACGACAAAAAATTG--ACACC---ACTGAAATTTACACATACGC-AAAATAATTGAT-----TAATG-TAT--AC-AATC--G--TGTCGTT--TGAAT-GGGtgcaccccatgagtaaatcatcgcatgtgaacgg
gi|17 : caCTG-TGCATTTGTAT--GAC-AA-ACAATACACAGA-AGGGGCAT-A--A-ACTT-CTCTACATCA-----C---GTGAGC--AA--AAG-TGA-ATTTGCACCTA-CC----CCTG--A----T---TCGCAGCC-AATTTACTTACA-T-GTGCAG-GATT-TG
gi|18 : --A-T--A-TC-----TC-AA-T-GT--A-T-TT-CGA------G--T--------AA----ACTG-GTC-ATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCGAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAAAAAT---CATT---AACC----TGGGA--C-------A--ATCTG-TA------AC-TC----ATTAATAT-ACACCAT
gi|2 : AATTAGT-TAAAA----TTATCTTGAAGGCTTCACTA-TCTTG--CAAG--ATTC--GTTGAC-ACATCAA---TACT--G-ATATGGGC--TT---AT------ACAAA--AGAC--ATG--ATTCAAAGT-----AAAGGGGCAC-CAACTCTA----TTCA-A-ATAAATC-ACC--GAACC-CAAACGAAAT---ATTCA----TC---------------CAAT-AAACACGCTACA------GTACAACC-----AA---AA-------GGAAGTTCAGAA-T--AGTC-----TC-AA-A-GC--G-T-TT-AGTA-AAAAG--T-CC-TGAGAA----ATTG-GTCAATA-AC-AGTAT-TT-TC-TCAAA---CT---AA----GGAC-A-CA-AA-CCCATCGAAAAT---T--C---AACCGATCCGAAA--TG------C--AGCTGGTACTT-GTAC-TCTTA-ATTAATAT-ACACCGTG-CA-CAC--A---AA-ATCAGT----TTCAA--------ATCTCAAGA-CGTGT--AG-----AGAT-AAATGTATGAACAGAACATGCT-CGT---TACGGGAGGA-AGAAGGCCCGG-AGAA-GATTCCTAAAACTT-ATTTGCTCGCGA-CAC-TTTATGGA-GGGGTATAGACTAATA-GTTTC-A-TGCGTAC-TG-CCC-G--GGA-----CT-TA-GAG-TTTTGTCTTGA-A-GAAAATGCA----T-TGTAA-GTCA-A-TT-CT-A-TG-TGCGTTCCCACTCAAC-AG-A-AATATACATACAGATGCAG-A--A-ATTTCCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAG-T-A-TATTGCACCTA-CC----TTGG--A----TA-GGTGCAA---AATTAACTTACAGT-GTGC-G-GATT-TGCA--TG-TAAGTAAAT-C-GTTCA-TGCGAC---AA-TTGC-ACACCTACAGT-AAATTTACACATAAG--AAA--AAT--AC-----TTATGATAT--GCAAATCG-G--T-TCTTA--TAAAT-GAGTAta
gi|20 : A-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGAC-A-CA-TC-TCCATCAAAAAT---C--TACAAACCGAAACAAAA--CTCAGAGTC--ATTTG----GT-A-AC-TCAATAATTAATAT-AAACCAT-----TAC--A---a
gi|21 : tggacaaTGAGCGAAA--AAG-T-A-ATTTAAACTTA-CCGCAGTCTG--A----CAAGGAGCAA-----TT---TTACA------------TT-TGCA--TA-TATTCAAAT-CAGTTCA-TACAACAAGAA-GTGC-ACACCCA-AAT-AAATTTACAC
gi|22 : -GATC-TGCA--TC-TA------T-C--TGCA-TACGACAAG---TTGC-ACACCTA-AGT----TTTACACATAAGC-AAAC-AAT--AC-----TTATG-CAT--GCAAAT-G-G--TGTCGTA--TGAATCGGGTA
gi|23 : aTCA-A-A--AATC-AAT--GAACC-AAAAC--AAA---ACTCAAACTTC---------------AAAG-ATCCAC-CTGTATTGTATACACAAGCATACCAA---AA-------ATCAATTAA--A-T--A-TT-----TC-AA-A-AC--G-T-TT-AGAttaataacctga
gi|24 : caAAA--C-------TCAATCTG-TA------AC-TC----CTTCATAT-ACATCAT--CATTCC--A---AACATCAG-----TTCAA-------CAACTCATAT-CATTC--AG-----GAA--AAA-GTCTGGAccatg
gi|24 : gaaactc-------AA---AC-------ATCAGTTCA--A-C--A-AC-----TC-AT-A-TC--A-T-TC-AGGA-AAAAG--T-CT-GGA-AA----ACTG-GTC-ATA-aaactggtcata
gi|25 : gaaactcaaactcaatctgtaactccttcatatacatcatcattccT-ACCA-TGCGTTCAT-T-CGAC-CA-A-GTT-TACATACAGGAGCAGAA--A-AATTGCTTT---T---------------GC----------T-C-ATTTACACCTA-CC----CCAG--AC---TG-GGTATAATTTGATTAA
gi|26 : TCA--A-T--A-TC-----TC-AT-A-GC--AAT-TT-A--------------C-G-A-AA----ATTG-GTC-ATATAC-AGTAA-TT-TT-TCAGA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAA
gi|28 : ctgattaatatacaccT--TTTCAAAGT----TAAAGGGGAGCACAACT-CA----TTCA-ACA--AATCAAGT--GAACC-CAAACAAAAA---ACTCA----
gi|29 : tctgaTAA-TT-TT-TCAAA-A-TA---AAAAGGGGGT-A-CA-TC-TCCATAAAAAAT---C------ATCCAACTCG----------------ATCTG-TA------AC-TT----AT--AT-T-ACACCA-G-CA-TAC--aacttcgaagtatccacc
gi|3 : ACTAATCCGAAA--C-------A--ACTTT-CA-TTTG-ACCTC----ATTAACATTACCTC-TGTCA-TACGTA---AA-ATCAGT----TT-AA-------TATCTCAAGAGCTTTTCGAG-----AAA
gi|3 : A---AA-------ATCAGTTTA--A-T--A-TC-----TC-AAGA-GC--T-T-TT-CGAG-AAAGG--T-CCAAGA-AA----ACTT-GGCTGTA-A--AGTAC-TT-TT-TCAAA-A-TC---AAC--GCGAC-ACCA-ACTTCCATAAANNNN---N--N---NNNNNNNNNNNNN--N-------N--NNNNN-NN-NN-N-NN-NN----NNNNNNNN-NNNNNNNN-NN-NNN--N---NN-NNNNNNNNNGTTGAATTTAGT-TATCTCAAGA-AGTGT--AG-----GGA--AA--GTC--ACCAATA---GCTGGGT---------AAGACAGGA-GC--GG-ACAAGGGT----AACATTATATTATCCCG--ACCACTTTTGTGG-CGGGGggtccaagaaaacttggctgtaaagtactttttcaaaatcaacgcgacaccaacttccataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaatttagttatctcaagaagtgtagggaaagtcaccaatagctgggtaagacaggagcggacaagggtaacattatattatcccgaccacttttgtggcggggt
gi|30 : actaatccgaaacaactttcatttgacctcattaacattacctctgtcatacgtA-GTTCT-T-TG-GCACCTAACCTCA-TGGA-----CTTTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGGAAATGCA----TGTGTAA-GTAA-A-t
gi|32 : tagga-------ATCAGTTAA--G-T--A-TC-----TC-AA-A-GC--A-T-AT-AGTA-AAAAG--T-CT-AGA-AA----ACTG-GTC-ATA-AC---TAATTT-TT-TCAAA-
gi|33 : tgTCAAAGT----TAAAGGGGCA--CAACTCCA----TTAA-A-A--AATC-ATCATGAACC-G-AAC--AAA---ACTCA----a
gi|34 : AATACA----TGCCTAA-GTAA-A-T-A-T-ACTG-TGCGTTCAC---CAAT-AA-A-A-CATACACACAGGAGCAA-AATA-ATTTaacctcgatctga
gi|35 : T-AGAATAAAAG--T-CC-AGA-AA----ACTG-GTC-ATA-AT-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TTAAAAAA--GGGAC-A-CA-AC-TCC
gi|36 : AAAG--T-CC-GGA-AA----ACTA-GTCG-TA-GC-AGTCA-TC-TTATCAA--G-TT---AAA--GGGTC-A-CA-AC-TCC
gi|38 : cGAA-AAAAG--T-CT-GGA-AA----ACTG-GTTG-TA-AC---TAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-
gi|39 : A-AC-AGTAA-TT-TT-TATAG-G-TT---AAA--GGGAC-A-CA-AC-TCCATCAAAGAC---C--
gi|4 : AATTTCTATAAAAGAAATCAGTT-CAA-------T-A-TCTTG--AAAAGTATTT--AGTGAT-ACATCAA--------------GG----------GT------AC------------TT--TTTAAAAGT----TGAAGGGGCAC--AACTCCAACAATTNN-N-N--NNNN-NNN--NNNNN-NNNNNNNNNN---NNNNN----NN---------------NNNN-NNNNNNNNNNNN------NNNNNN-------NN---NNNNNNNNCATCCGTTCA----T--A-TC-----TC-AA-A-GC--A-T-TT-ACAA-AACAG--T-CT-GGA-AATTAAACTG-GTC-ATA-AC-AATAA-TT-TT-TCAAA-A-TT---AAA--GGAGC-A-CA-AC-TCCA-CAAA--------------------TCGAAACTC-------C--ATCTG-TA------AC-TC----ATTAATAT-ACATCAT-------C--A---AA-A
gi|40 : gtgtcaacctACAC-CTGCA-------TACAT-------AA---AA-------A--AGTTCA--A-T--A-TC-----TC-TA-A-GG--G-T-TT-ATAA-ca
gi|41 : A----ACTG-GCC-ATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---CAT--GGTGC-A-TA-
gi|5 : AAGAAGTTTT-A-TG-GTGCCTG-CCCCG-CGGA-----CTGTA-GAGGTTTTGC--T-------AAATGCA----TATGCAA-GTAG-A-TT--T-ACTG-TGCGTTCACA--CGAC-AA-G-AA-ATACACACAGGAGCAGAA--A-ATTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--ACGTT-A-ATTTGCACCTACCC----TTGA--C----TA-GGTGC-A---AATTAACTTA-GGT-GTGCAA-GATT-TGCA--TA-TAAGTAAATCC-GTTCA-TATGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAGCAAAA--AAT--ACTTAAGTTATG-TAT--GCAAATC--G--TGTCGTA--TGACT-GGG
gi|6 : TAAGA-ATTCT-A-TG-GTACCTG-CCCCG-CGGA-----C-GTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGCAAATGCA----TATGTAA-GTAA-A-TTACT----G-TGCGTTCACAC--GAC-AAGA-AATAC-CACACAGGAGCAG-A--A-ATTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAG-TTA-ATTTGCACTTA-CCC---TTGAC-A----TA-GGTGCAA---A-TTAACTT--AGTGGTGCAG-GATT-TGC---TA-TAAGTAAATCC-GTTCA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAAC-AAA--AAA--TC-----TTATG-CAT--GCAAATCGTG--TGTCGTA--TGAAT-GGGTgtatta
gi|8 : TATAAGAAA--TCAGTT-AAA-------T-A-TCTCA--AAAATCATTT--AGTGAC-ACATCAAGAATACTGAA-ATAGGCAA--TCTGCAT------ACAAA--AAGTTAATT--TTTCAAAGT----TAAA-GGGCG--CAACTCCA-------ACA-A--AATC-AAT--GAAAT-GGAAC
gi|8 : ctaCAA-------CA---AA-------ATCAATGAA--A-TGGA-AC-----AC-AA-A-GC--G-T-TC-AGAA-AAAAG--T-TT--GA-TA----ACTG-GTTG-TA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGacaaagcgttcagaaaaaagtttgataactggttgtaacagtaatttttcaaagttaaaggg
gi|9 : ctatataagaaatcagttaaatatctcaaaaatcatttagtgacacatcaagaatactgaaataggcaatctgcatacaaaaagttaatttttcaaagttaaagggcgcaactcAC-TTTGTGGCTGGGGCATA-A-TAGGG-ATTTCTT-TG-GCACCTG--CCCG-CGGA-----CAGAA-GA-GTTTCGTA-AGA-ATGCAAATGCAATGGTGTTT-A-GTAATATTTAC--ACTGATGCGTTCACA--CGAC-AA-A-AAAATAC-------------A--A-TTTTGCTTCA-CT-A-----TTTAATGAGC--AA--ATG-T-T-AATTGC-CCTA-CC----TTGA--C----TA-GATGT-A---AATTTACTT
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): CTTTGGTTCAGGTGAGCTAAAAACACTAGATGTGTCTGACTGTCAGCACAACACCAATGCCCCCTCCTGCAATGAAGGAAACACATGTACCTAAGGTTGATCAAGTTATACCCAGAAAATAAAAAGGACAATTTTTTTTTAAATCCAAGGGTCAACTCCATTTTTGTATAATAAATCAGTTCAACATTTTGAAAAGCATTTACTG
Unaligned ( gi|19 ): CAACTATAAATTTCGATATAAGAAATCAGTTAAATCAATTCAAGATTCTGAAAAGCGTTTTGTGACGCATCAAGAAATCTGATTTTTAATAGGCAATCAAGATATGCAAGCAAAAA
Unaligned ( gi|27 ): TAATTCCAATGAAGGAAATCCCTAAGGTCAAAAATTGAAAGTAATATTTTTTTTAAATCCAATGGTCAACACAATTTCTATGTAAGAAATC
Unaligned ( gi|31 ): ATAGCAAATATACTTTTACACATATGCCAAGTTTGCACACCGTGAGTAAATCAGCGCATGTGAACGGGGATT
Unaligned ( gi|37 ): GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT
Unaligned ( gi|42 ): TTTGCATATATAAGGCAGAATTTGCACCCCATGAGTAA
Unaligned ( gi|43 ): GAACCTTCGGTTCAGGTGAGCTAACAACATTACATAC
Unaligned ( gi|44 ): ACTGAAATAGGTAATCTGCATACAAAAAGTCAAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333 55555555 1 111 33 11 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000 222 1111111 1111 1 4444444444444444444444 11111111111 1111111 11111111 22 6666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 11111 111111 6666666666666666666666 11 2222222222 222 1 666666666 11 1 1 2222 1 2222 1 11 2 111 11111 11 1111 1111 2222 222222222222 333333333333333 11111111 111111 222 3333333333333333333 11 11111111111111 11111
lowQualScore : 3 3 33333 33 0 44444444 0 2 444 99 33 3 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555 99 1 0 111 4444444 5 5 66 5 0000 5 0 1 9999 9999999999999999999999 555 8 77777777777 8888888 666 22222222 33 2 33 2 66666 2 2 2 33 9999 2 33 0 88 66 2 5555 2 55 2 2 2 2 2 333 333 33 2 2 2 5 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000 7777 0 4 88888 000000 2222222222222222222222 8 3 11 2222222222 7 7 0 1 333 2 111111111 6 6 88 3 3 8888 3 2222 0 55 6 6 6 333 6 6 77 66666 66 6 55 6 3 2 0000 0 5 5 5 8888 0 4 2222 4 8 4 1 99 0 8 66 4 1 55 444444444444 66 66 4 999 3 222222222222222 3 2 33333333 999999 666 66 2222222222222222222 5 5 5 777 5 22 55555555555555 5 77 77777 0 77 5
lowQualScore : . . ..... .. . ........ . . ... .. .. . . ................................................. .. . . ... ....... . . .. . .... . . . .... ...................... ... . ........... ....... ... ........ .. . .. . ..... . . . .. .... . .. . .. .. . .... . .. . . . . . ... ... .. . . . . . ................................................. .... . . ..... ...... ...................... . . .. .......... . . . . ... . ......... . . .. . . .... . .... . .. . . . ... . . .. ..... .. . .. . . . .... . . . . .... . . .... . . . . .. . . .. . . .. ............ .. .. . ... . ............... . . ........ ...... ... .. ................... . . . ... . .. .............. . .. ..... . .. .
lowQualScore : 7 2 55555 55 2 55555555 0 0 888 00 88 2 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000 22 4 7 444 3333333 0 0 99 0 1111 0 2 7 8888 1111111111111111111111 222 0 22222222222 5555555 444 11111111 77 7 77 7 77777 7 7 7 77 3333 7 22 1 44 44 5 0000 4 22 1 2 1 1 1 999 999 22 5 5 5 7 3 5555555555555555555555555555555555555555555555555 2222 3 4 88888 777777 8888888888888888888888 0 6 00 7777777777 3 3 7 0 333 0 333333333 7 7 33 3 3 3333 3 7777 0 88 7 7 7 000 7 7 77 77777 00 7 88 7 2 5 6666 2 0 0 0 4444 1 4 9999 4 9 4 0 22 1 9 11 4 4 11 222222222222 11 11 4 999 6 666666666666666 6 1 88888888 000000 666 33 9999999999999999999 0 0 0 111 0 11 44444444444444 7 99 33333 7 99 7
consensus : AATTCGTATAAGAN-A--TCAGTTGAAGGC---A-TA-TCTCGN--AAA-CATTC--AGTGAC-ACATCAA---TACT--A-ATANGCGA--TC---GT------ACAAA--AGACT-A-TT--TTTCAAAGTTAAAGGGGCGC-CAACTCCA----TTCA-A-A--AATC-ANC--GAACC-GAAACGAAAN---ACTCA----TC---------------CAA-T-ATACAC-CTGC-A------ATACAA-------AA---AA--------ATCAGTTCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--G-T-TTAGAA-AAAAG--TCC-GGA-AA----ACTG-GTCGATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAAAAAT---C--T---AA-CCGAANCGAAA--C-------CATCT-G-----TA-ACTC----ATTAATAT-ACACCATG-CATAC--A---AAATCAGT------TTCAA---------TATCTCAAGA-CGTNT--AG-----AAAT-AAATGTCTGAACANTA---GCTGCGT---TGCGG-AGGACAGAAGGC--GG-AGAA-GGT----AAAACTA-ATTAGCCCG--A-CAC-TTTGTGGACGGGGCATA-ACTAAGA-GTTTC-A-TG-GTACCTG-CCCCG-CGGA-----CTGTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGCAAATGCA----TGTGTAA-GTAA-A-TTACT-ACTG-TGCGTTCACA-TCGAC-AA-A-AATACACACACAGGAGCAG-A--A-ATTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAG-T-A-ATTTGCACCTA-CC----TCGG--A----TA-GGTGCAA---AATTAACTTACAGT-GTGC-G-GATT-TGCA--TA-TAAGTAAAT-C-GTTCA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAGC-AAA--AAT--AC-----TTATG-TAT--GCAAATCG-G--TGTCGTA--TGAAT-GGGTA
Reference ( family-200 ) : AATTCGTATAAGAG-A--TCAGTTGAAGGC---A-TA-TCTCGN--AAA-CATTC--AGTGAC-ACATCAA---TACT--A-ATANGCGA--TC---GT------ACAAA--AGACT-A-TT--TTTCAAAGTTAAAGGGGCAC-CAACTCCA----TTCA-A-A--AATC-ANC--GAACC-GAAACGAAAN---ACTCA----TC---------------CAA-T-ATACAC-CTAC-A------ATACAA-------AA---AA--------ATCAGTTCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--G-T-TTAGAA-AAAAG--TCC-GGA-AA----ACTG-GTCGATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAAAAAT---C--T---AA-CCGANNCGAAA--C-------CATCT-G-----TATACTC----ATTAATAT-ACACCATG-CATAC--A---AAATCAGT------TTCAA---------TATCTCAAGA-CGTTT--AG-----AAAT-AAATGTCTGGACANTA---GCTGCGT---TGCGG-AGGACAGAAGGC--GG-AGAA-GGT----AAAACTA-ATTAGCCCG--A-CAC-TTTGTGGACGGGGCATA-ACTAAGA-GTTTC-A-TG-GTACCTG-CCCCG-CGGA-----CTGTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGCAAATGCA----TGTGTAA-GTAA-A-TTACT-ACTG-TGCGTTCACA-TCGAC-AA-A-AATACACACACAGGAGCAG-A--A-ATTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAG-T-A-ATTTGCACCTA-CC----TCGG--A----TA-GGTGCAA---AATTAACTTACAGT-GTGC-G-GATT-TGCA--TA-TAAGTAAAT-C-GTTCA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAGC-AAA--AAT--AC-----TTATG-TAT--GCAAATCG-G--TGTCGTA--TGAAT-GGGTA
gi|1 : AATTCGTATAAGAT----TAAATAGAAAGC---A-TAATTTTGTTCAAA--ATCCCAAG-GACTCCACCAA---TACTT-ATATATACGAAATT---GTCCAATAACAAACAAGACTCA-TTGCTTTCAA----------GCAC--AA-TCCA----TT-A-A-A--AATC-A-C--TAACCAGAAACTAACT----TTCA----TCTCGTGTGAGCTCTATCAA-TTATACACATTAC-C------ACACAA-------AG---AA---------TGAGTTCA--A-T--A-TC-----TCAAA-A-G--C----T-GTAGGA-AAAAGA-TCC-GGC-AA----ACTT-GTC-ATA-AC-AGTAA-TT-GC-TCAAA-C-TT---AAA---GGGC-A-CACACATCCATCNNNNNN---N--N---NN-NNNNNNNNNNN--N-------NNNNN-N-----NNNNNNN----NNNNNNNN-NNNNNNNN-NNNNN--N---NNNNNNNN------NNNNNNNNNNNAATTATTCCAATA-TATCA--AGAGGTGAAATAAAATGTCTGGATACTA---GCTACGTGTCTGCGACAGGACAGAAGAC--GGAAGAA-GGT----AAAACTA-ATAAGCCCG--A-CAC-TTTGTGGACGGGGCATACACTAAGA-AGTTC-ATTT-GTAACTG-CCCCGACGGAACTGTCTGTAGGAGGTTCCGT--TGATATGCAAATG-A----TGTATAAGGTAA-A-TTACTCATCG-TGCGTTCACA--CGAC-AAGA-AATACAC-CACAGGAGCAG-A--ACATTTGCTTCA-AT-ATACAGT---ATGAAC--AAACAAG-T-A-ATTTG---CT--CC----TC--------------TGCAA---AAT--ACTT--AGT-CTGC-ATGATTCTGCATCTACTAAGTAATT-C-CTTCACTACGAAGAAAA-TTGCAACACTTA-AGT-AAAT----ATAT----------------C-----CTATG-TAT--GCAAATCG-ACTTTCCGCAATTGAAT-GGGTA
gi|11 : TCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-A--C--G-T-TTAGAA----------C-----------ACTG-TTTG-TA-AC-AGTGA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGAC-A-CA-AC-TCCATTAAAAATCAAC--G---AA-CCGAAGCGAAA--CT------CA-------------ACTG----ATCAATAT-ACACC-TA-AATAC--AAAGAAATCAG-------TTCAA---------TATCTCAAAG-CGTTT--AG-----AA
gi|11 : -A-TT--TTTCAAAGTTAAAGGGACAC--AACTCCA----TT-A-A-A--AATC-AAC--GAACC-GAAGCGAAACTCAACTGA----TC----------------AA-T-ATACAC-CTA--A------ATACAA-------AG---AA--------ATCAGTTCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--G-T-TTAGAA---------C------------ACTG-GTTG-TA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-CT---Acactggttgtaacagtaatttttcaaagcta
gi|12 : tcaatatctcaaaacgtttagaacactgtttgtaacagtgC-CTGCTG------ATATAA-------AATTCGA--------ATT--TTCA--AAT--A-TC-----TC-AA-AAG--CCAG-TGTTAAAA-AAAAGGATCC-GGG-AA----ACTG-GTCGATA-AC---TAA-TTAAT-TCAAATGTTT---CAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCA
gi|13 : ccataaatactcaacgaagccaaaaactcagtcgcttcatgctcgtgtaactgcattggatgaattagtcagAA-T-ATACAC-CTTC-A------ATACCA-------AA---AA--------ATCAG-TCA--A-T--A-TCCTTTTTC-AG-A-GCTC--GTT-TTAGGA-AATAGT-TCC-GGA-AA----ACTGCGTC-ATA-TCAAGTAA-AT-TT-TCAAA----T---AAA--GGGACGA-CA-AC-TCCATCAAAg
gi|14 : gaaactcgggctttaacttgtaactgattTGTACCTA-CCC---TTGACTA----TA-GGTGCAA---A-----TTTACTG--GTGCTG-GATT-------------------------CA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACC-----T-GAATTTACACACAAGCAAAA--AAT--AT-----TTATG-TGTAAACAAATC--G--TGTCGTT--TTAGT-GGG
gi|15 : taatttgtacaTACA----TGTGTAA----A-A-TT--T-GCTG-CGCGTTCACA-T-GACGAA-A-AATACAC---TAGGAGTGA-A--T-ATTTAC-----AT-C-----T-------GC--AA--AAG-T-ATATTTACATTTG-C-----------A----TA-TATGCAG---AATT
gi|16 : CTA-CC----TTGG--ACGTATA-GGTGCCA---AAT---CTTAAATA-GTGCTG-GATT----------------AA--------A-TACGACAAAAAATTG--ACACC---ACTGAAATTTACACATACGC-AAAATAATTGAT-----TAATG-TAT--AC-AATC--G--TGTCGTT--TGAAT-GGGtgcaccccatgagtaaatcatcgcatgtgaacgg
gi|17 : caCTG-TGCATTTGTA-T-GAC-AA-ACAATACACAGA-AGGGGCAT-A--A-ACTT-CTCTACATCA-----C---GTGAGC--AA--AAG-TGA-ATTTGCACCTA-CC----CCTG--A----T---TCGCAGCC-AATTTACTTACA-T-GTGCAG-GATT-TG
gi|18 : --A-T--A-TC-----TC-AA-T-G--T--A-T-TTCGA------G--T-------AA----ACTG-GTC-ATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCGAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAAAAAT---CATT---AA-CC----TGGGA--C-------AATCT-G-----TA-ACTC----ATTAATAT-ACACCAT
gi|2 : AATTAGT-TAAAATTA--TC--TTGAAGGCTTCACTA-TCTTGC--AAG--ATTC--GTTGAC-ACATCAA---TACT--G-ATATGGGC--TT---AT------ACAAA--AGAC--A-TG--ATTCAAAGT-AAAGGGGCAC-CAACTCTA----TTCA-A-ATAAATC-ACC--GAACC-CAAACGAAAT---ATTCA----TC---------------CAA-T-AAACACGCTAC-A------GTACAACC-----AA---AA--------GGAAGTTCAGAA-T--AGTC-----TC-AA-A-G--C--G-T-TTAGTA-AAAAG--TCC-TGAGAA----ATTG-GTCAATA-AC-AGTAT-TT-TC-TCAAA---CT---AA----GGAC-A-CA-AA-CCCATCGAAAAT---T--C---AA-CCGATCCGAAA--TG------CAGCT-GGTACTTGTACTCTTA-ATTAATAT-ACACCGTG-CACAC--A---AAATCAGT------TTCAA----------ATCTCAAGA-CGTGT--AG-----AGAT-AAATGTATGAACAGAACATGCT-CGT---TACGGGAGGA-AGAAGGCCCGG-AGAA-GATTCCTAAAACTT-ATTTGCTCGCGA-CAC-TTTATGGA-GGGGTATAGACTAATA-GTTTC-A-TGCGTAC-TG-CCC-G--GGA-----CT-TA-GAG-TTTTGTCTTGA-A-GAAAATGCA----T-TGTAA-GTCA-A-TT-CT-A-TG-TGCGTTCCCACTCAAC-AG-A-AATATACATACAGATGCAG-A--A-ATTTCCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAG-T-A-TATTGCACCTA-CC----TTGG--A----TA-GGTGCAA---AATTAACTTACAGT-GTGC-G-GATT-TGCA--TG-TAAGTAAAT-C-GTTCA-TGCGAC---AA-TTGC-ACACCTACAGT-AAATTTACACATAAG--AAA--AAT--AC-----TTATGATAT--GCAAATCG-G--T-TCTTA--TAAAT-GAGTAta
gi|20 : A-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGAC-A-CA-TC-TCCATCAAAAAT---C--TACAAA-CCGAAACAAAA--CTCAGAGTCATTTGG-----TA-ACTCAATAATTAATAT-AAACCAT----TAC--A---a
gi|21 : tggacaaTGAGCGAAA--AAG-T-A-ATTTAAACTTA-CCGCAGTCTG--A----CAAGGAGCAA-----TT---TTACA------------TT-TGCA--TA-TATTCAAAT-CAGTTCA-TACAACAAGAA-GTGC-ACACCCA-AAT-AAATTTACAC
gi|22 : -GATC-TGCA--TC-TA------T-C--TGCA-TACGACAAG---TTGC-ACACCTA-AGT----TTTACACATAAGC-AAAC-AAT--AC-----TTATG-CAT--GCAAAT-G-G--TGTCGTA--TGAATCGGGTA
gi|23 : aTCA-A-A--AATC-AAT--GAACC-AAAAC--AAA---ACTCAAACTTC---------------AAA-G-ATCCAC-CTGT-ATTGTATACACAAGCATACCAA---AA--------ATCAATTAA--A-T--A-TT-----TC-AA-A-A--C--G-T-TTAGAttaataacctga
gi|24 : ca---ACTCC----TT---------------CA--T-ATACAT-CATC-A------TTCCAA-------AC---A----------TCAGTTCA--A-C--A-AC-----TC-AT-A-T--C--A-T-TCAGGA-AAAAG--TCT-GGA-AA----ACTG-GTC-ATA-ccatg
gi|25 : gaaactcaaactcaatctgtaT-ACCA-TGCGTTCAT--TCGAC-CA-A-GTT-TACATACAGGAGCAGAA--A-AATTGCTTT---T---------------GC----------T-C-ATTTACACCTA-CC----CCAG--AC---TG-GGTATAATTTGATTAA
gi|26 : TCA--A-T--A-TC-----TC-AT-A-G--C--AAT-TTA-------------C-G-A-AA----ATTG-GTC-ATATAC-AGTAA-TT-TT-TCAGA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAA
gi|28 : ctgattaatatacaccT--TTTCAAAGTTAAAGGGGAGCACAACT-CA----TTCA-ACA--AATCAAGT--GAACC-CAAACAAAAA---ACTCAAACTTC---------------GAAGT-ATCCAC-C
gi|29 : tctgaTAA-TT-TT-TCAAA-A-TA---AAAAGGGGGT-A-CA-TC-TCCATAAAAAAT---C------AT-CCAACTCG--------------ATCT-G-----TA-ACTT----AT--AT-T-ACACCA-G-CATAC--
gi|3 : ---C--T---AATCCGAAAC--AA--CTTT----CATTT-G------AC-CTC----ATTAACATTACCTC-TGTCATACGTA---AAATCAGT------TT-AA---------TATCTCAAGAGCTTTTCGAG-----AAA
gi|3 : aA---AA--------ATCAGTTTA--A-T--A-TC-----TC-AAGA-G--C--T-T-TTCGAG-AAAGG--TCCAAGA-AA----ACTT-GGCTGTA-A--AGTAC-TT-TT-TCAAA-A-TC---AAC--GCGAC-ACCA-ACTTCCATAAANNNN---N--N---NN-NNNNNNNNNNN--N-------NNNNN-N-----NNNNNNN----NNNNNNNN-NNNNNNNN-NNNNN--N---NNNNNNNNNNNNNGTTGAATTTAGT---TATCTCAAGA-AGTGT--AG-----GGA--AA--GTC--ACCAATA---GCTGGGT---------AAGACAGGA-GC--GG-ACAAGGGT----AACATTATATTATCCCG--ACCACTTTTGTGG-CGGGGggtccaagaaaacttggctgtaaagtactttttcaaaatcaacgcgacaccaacttccataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaatttagttatctcaagaagtgtagggaaagtcaccaatagctgggtaagacaggagcggacaagggtaacattatattatcccgaccacttttgtggcggggt
gi|30 : actaatccgaaacaactttcatttgacctcattaacattacctctgtcatacgtA-GTTCT-T-TG-GCACCTAACCTCA-TGGA-----CTTTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGGAAATGCA----TGTGTAA-GTAA-A-t
gi|32 : tagga--------ATCAGTTAA--G-T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--A-T-ATAGTA-AAAAG--TCT-AGA-AA----ACTG-GTC-ATA-AC---TAATTT-TT-TCAAA-
gi|33 : tgTCAAAGTTAAAGGGGCA--CAACTCCA----TTAA-A-A--AATC-ATCATGAACC-G-AAC--AAA---ACTCA----a
gi|34 : AATACA----TGCCTAA-GTAA-A-T-A-T-ACTG-TGCGTTCAC---CAAT-AA-A-A-CATACACACAGGAGCAA-AATA-ATTTaacctcgatctga
gi|35 : TAGAATAAAAG--TCC-AGA-AA----ACTG-GTC-ATA-AT-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TTAAAAAA--GGGAC-A-CA-AC-TCC
gi|36 : AAAG--TCC-GGA-AA----ACTA-GTCG-TA-GC-AGTCA-TC-TTATCAA--G-TT---AAA--GGGTC-A-CA-AC-TCC
gi|38 : cGAA-AAAAG--TCT-GGA-AA----ACTG-GTTG-TA-AC---TAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-
gi|39 : A-AC-AGTAA-TT-TT-TATAG-G-TT---AAA--GGGAC-A-CA-AC-TCCATCAAAGAC---C--
gi|4 : AATTTCTATAAAAG-AAATCAGTTCAA--------TA-TCTTGA--AAAGTATTT--AGTGAT-ACATCAA--------------GG----------GT------AC-------------TT--TTTAAAAGTTGAAGGGGCAC--AACTCCAACAATTNN-N-N--NNNN-NNN--NNNNN-NNNNNNNNNN---NNNNN----NN---------------NNN-N-NNNNNN-NNNN-N------NNNNNN-------NN---NNNNNNNNNCATCCGTTCA----T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--A-T-TTACAA-AACAG--TCT-GGA-AATTAAACTG-GTC-ATA-AC-AATAA-TT-TT-TCAAA-A-TT---AAA--GGAGC-A-CA-AC-TCCA-CAAA---------------------TCGAAACTC-------CATCT-G-----TA-ACTC----ATTAATAT-ACATCAT------C--A---AAA
gi|40 : gtgtcaacctACAC-CTGC-A-------TACAT-------AA---AA--------A--AGTTCA--A-T--A-TC-----TC-TA-A-G--G--G-T-TTATAA-ca
gi|41 : A----ACTG-GCC-ATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---CAT--GGTGC-A-TA-
gi|5 : AAGAAGTTTT-A-TG-GTGCCTG-CCCCG-CGGA-----CTGTA-GAGGTTTTGC--T-------AAATGCA----TATGCAA-GTAG-A-TT--T-ACTG-TGCGTTCACA--CGAC-AA-G-AA-ATACACACAGGAGCAGAA--A-ATTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--ACGTT-A-ATTTGCACCTACCC----TTGA--C----TA-GGTGC-A---AATTAACTTA-GGT-GTGCAA-GATT-TGCA--TA-TAAGTAAATCC-GTTCA-TATGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAGCAAAA--AAT--ACTTAAGTTATG-TAT--GCAAATC--G--TGTCGTA--TGACT-GGG
gi|6 : TAAGA-ATTCT-A-TG-GTACCTG-CCCCG-CGGA-----C-GTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGCAAATGCA----TATGTAA-GTAA-A-TTACT----G-TGCGTTCACA--CGAC-AAGA-AATAC-CACACAGGAGCAG-A--A-ATTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAG-TTA-ATTTGCACTTA-CCC---TTGAC-A----TA-GGTGCAA---A-TTAACTT--AGTGGTGCAG-GATT-TGC---TA-TAAGTAAATCC-GTTCA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAAC-AAA--AAA--TC-----TTATG-CAT--GCAAATCGTG--TGTCGTA--TGAAT-GGGTgtatta
gi|8 : TATAAGAA-A--TCAGTTAAA--------TA-TCTCAA--AAATCATTT--AGTGAC-ACATCAAGAATACTGAA-ATAGGCAA--TCTGCAT------ACAAA--AAGTT-AATT--TTTCAAAGTTAAA-GGGCG--CAACTCCA-------ACA-A--AATC-AAT--GAAAT-GGAAC
gi|8 : ctaCAA-------CA---AA--------ATCAATGAA--A-TGGA-AC-----AC-AA-A-G--C--G-T-TCAGAA-AAAAG--TTT--GA-TA----ACTG-GTTG-TA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGacaaagcgttcagaaaaaagtttgataactggttgtaacagtaatttttcaaagttaaaggg
gi|9 : ctatataagaaatcagttaaatatctcaaaaatcatttagtgacacatcaagaatactgaaataggcaatctgcatacaaaaagttaatttttcaaagttaaagggcgcaactcAC-TTTGTGGCTGGGGCATA-A-TAGGG-ATTTCTT-TG-GCACCTG--CCCG-CGGA-----CAGAA-GA-GTTTCGTA-AGA-ATGCAAATGCAATGGTGTTT-A-GTAATATTTAC--ACTGATGCGTTCACA--CGAC-AA-A-AAAATAC-------------A--A-TTTTGCTTCA-CT-A-----TTTAATGAGC--AA--ATG-T-T-AATTGC-CCTA-CC----TTGA--C----TA-GATGT-A---AATTTACTT
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): CTTTGGTTCAGGTGAGCTAAAAACACTAGATGTGTCTGACTGTCAGCACAACACCAATGCCCCCTCCTGCAATGAAGGAAACACATGTACCTAAGGTTGATCAAGTTATACCCAGAAAATAAAAAGGACAATTTTTTTTTAAATCCAAGGGTCAACTCCATTTTTGTATAATAAATCAGTTCAACATTTTGAAAAGCATTTACTG
Unaligned ( gi|10 ): TCAAGTGAAGAAATCCTAAGCACTCCAGGAGATGGAAAACACTAATTTTTCCAAATCCAAGAATTCAACTTAATTTCTATATTAAAAAAATCAGCTTCAAATACCTTTAAATACATTCTAGGAAACATTAAAAATGCTAAAATTTACCGTTCCCATAACAAAGTGCAGTAAAGGGGTACCAACTCAGCAACAA
Unaligned ( gi|19 ): CAACTATAAATTTCGATATAAGAAATCAGTTAAATCAATTCAAGATTCTGAAAAGCGTTTTGTGACGCATCAAGAAATCTGATTTTTAATAGGCAATCAAGATATGCAAGCAAAAA
Unaligned ( gi|27 ): TAATTCCAATGAAGGAAATCCCTAAGGTCAAAAATTGAAAGTAATATTTTTTTTAAATCCAATGGTCAACACAATTTCTATGTAAGAAATC
Unaligned ( gi|31 ): ATAGCAAATATACTTTTACACATATGCCAAGTTTGCACACCGTGAGTAAATCAGCGCATGTGAACGGGGATT
Unaligned ( gi|37 ): GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT
Unaligned ( gi|42 ): TTTGCATATATAAGGCAGAATTTGCACCCCATGAGTAA
Unaligned ( gi|43 ): GAACCTTCGGTTCAGGTGAGCTAACAACATTACATAC
Unaligned ( gi|44 ): ACTGAAATAGGTAATCTGCATACAAAAAGTCAAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 66666666666666666666666666666 11 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22 1111111 1111 1 4444444444444444444444 1111111111 11111111111111111111111 22 33333333333333333333333333333333333 11111 1111 2222222222222222 55555555555555555555555 11 2222222222 222 1 666666666 11 1 1 2222 1 2222 1 11 2 111 11111 11 1111 1111 2222 222222222222 333333333333333 11111111 111111 222 3333333333333333333 11 11111111111111 11111
lowQualScore : 0 8 0 11 999 0 1 33333333333333333333333333333 11 0 8 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 99 1 0 1 44 4444444 5 5 66 5 0000 5 0 1 9999 7777777777777777777777 555 4 7 5555555555 88888888888888888888888 33 2 33 2 66666 2 2 2 33 9999 2 33 0 88 66 2 5555 2 55 2 2 2 2 2 333 333 33 2 2 2 5 44444444444444444444444444444444444 4 44 00000 5555 4 1111111111111111 99999999999999999999999 8 1 11 2222222222 7 7 1 333 2 111111111 6 6 88 3 3 8888 3 2222 0 55 6 6 6 333 6 6 77 66666 66 6 55 6 3 2 0000 0 5 5 5 8888 0 4 2222 4 8 4 1 99 0 8 66 4 1 55 444444444444 66 66 4 999 3 222222222222222 3 2 33333333 999999 666 66 2222222222222222222 5 5 5 777 5 22 55555555555555 5 77 77777 0 77 5
lowQualScore : . . . .. ... . . ............................. .. . . ........................................................... .. . . . .. ....... . . .. . .... . . . .... ...................... ... . . .......... ....................... .. . .. . ..... . . . .. .... . .. . .. .. . .... . .. . . . . . ... ... .. . . . . ................................... . .. ..... .... . ................ ....................... . . .. .......... . . . ... . ......... . . .. . . .... . .... . .. . . . ... . . .. ..... .. . .. . . . .... . . . . .... . . .... . . . . .. . . .. . . .. ............ .. .. . ... . ............... . . ........ ...... ... .. ................... . . . ... . .. .............. . .. ..... . .. .
lowQualScore : 2 0 8 00 888 8 4 44444444444444444444444444444 00 8 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 4 7 4 33 3333333 0 0 99 0 1111 0 2 7 8888 9999999999999999999999 333 0 3 5555555555 22222222222222222222222 77 7 77 7 77777 7 7 7 77 3333 7 22 1 44 44 5 0000 4 22 1 2 1 1 1 999 999 22 5 5 5 7 22222222222222222222222222222222222 0 33 00000 5555 0 5555555555555555 77777777777777777777777 0 0 00 7777777777 3 3 0 333 0 333333333 7 7 33 3 3 3333 3 7777 0 88 7 7 7 000 7 7 77 77777 00 7 88 7 2 5 6666 2 0 0 0 4444 1 4 9999 4 9 4 0 22 1 9 11 4 4 11 222222222222 11 11 4 999 6 666666666666666 6 1 88888888 000000 666 33 9999999999999999999 0 0 0 111 0 11 44444444444444 7 99 33333 7 99 7
consensus : AATTCG-TATAA--GAA-ATCAGTTGAA-GC---A-T-----A-TCTTGA--AAAGCATTT--AGTGAC-ACATCAA---TA----------CT--A-ATAGGCGA--TC---GT------ACAAA--AGACT-A-TT--TTTCAAAGTTAAAGGGGCGC-CAACTCCA----TTCA-A-A--AATC-ANC--GAACC-GAAACGAAAN---ACTCA----TC---------------CAA-T-AT-ACAC-CTGC-A------A-TACAA-------AA---AA--------ATCAGTTCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--G-T-TTAGAA-AAAAG--TCC-GGA-AA----ACTG-GTCGATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAAAAAT---C--T---AA-CCGAANCGAAA--C-------CATCT-G-TA-----ACTC----ATTAATAT-ACACCATG-CATAC---A---AAATCAGT-------TTCAA----------TATCTCAAGA-CGTNT--AG-----AAAT-AAATGTCTGAACANTA---GCTGCGT---TGCGG-AGGACAGAAGGC--GG-AGAA-GGT----AAAACTA-ATTAGCCCG--A-CAC-TTTGTGGACGGGGCATA-ACTAAGA-GTTTC-A-TG-GTACCTG-CCCCG-CGGA-----CTGTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGCAAATGCA----TGTGTAA-GTAA-A-TTACT-ACTG-TGCGTTCACA-TCGAC-AA-A-AATACACACACAGGAGCAG-A--A-ATTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAG-T-A-ATTTGCACCTA-CC----TCGG--A----TA-GGTGCAA---AATTAACTTACAGT-GTGC-G-GATT-TGCA--TA-TAAGTAAAT-C-GTTCA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAGC-AAA--AAT--AC-----TTATG-TAT--GCAAATCG-G--TGTCGTA--TGAAT-GGGTA
Reference ( family-200 ) : AATTCG-TATAA--GAN-ATCAGTTGAAGGC---A-T-----A-TCTCGN--AAA-CATTC--AGTGAC-ACATCAA---TA----------CT--A-ATANGCGA--TC---GT------ACAAA--AGACT-A-TT--TTTCAAAGTTAAAGGGGCGC-CAACTCCA----TTCA-A-A--AATC-ANC--GAACC-GAAACGAAAN---ACTCA----TC---------------CAA-T-AT-ACAC-CTGC-A------A-TACAA-------AA---AA--------ATCAGTTCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--G-T-TTAGAA-AAAAG--TCC-GGA-AA----ACTG-GTCGATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAAAAAT---C--T---AA-CCGAANCGAAA--C-------CATCT-G-TA-----ACTC----ATTAATAT-ACACCATG-CATAC---A---AAATCAGT-------TTCAA----------TATCTCAAGA-CGTNT--AG-----AAAT-AAATGTCTGAACANTA---GCTGCGT---TGCGG-AGGACAGAAGGC--GG-AGAA-GGT----AAAACTA-ATTAGCCCG--A-CAC-TTTGTGGACGGGGCATA-ACTAAGA-GTTTC-A-TG-GTACCTG-CCCCG-CGGA-----CTGTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGCAAATGCA----TGTGTAA-GTAA-A-TTACT-ACTG-TGCGTTCACA-TCGAC-AA-A-AATACACACACAGGAGCAG-A--A-ATTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAG-T-A-ATTTGCACCTA-CC----TCGG--A----TA-GGTGCAA---AATTAACTTACAGT-GTGC-G-GATT-TGCA--TA-TAAGTAAAT-C-GTTCA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAGC-AAA--AAT--AC-----TTATG-TAT--GCAAATCG-G--TGTCGTA--TGAAT-GGGTA
gi|1 : AATTCG-TATAA--GAT--TAAATAGAAAGC---A-T-----AATTTTGTTCAAA--ATCCCAAG-GACTCCACCAA---TA----------CTT-ATATATACGAAATT---GTCCAATAACAAACAAGACTCA-TTGCTTTCAA----------GCAC--AA-TCCA----TT-A-A-A--AATC-A-C--TAACCAGAAACTAACT----TTCA----TCTCGTGTGAGCTCTATCAA-TTAT-ACACATTAC-C------A-CACAA-------AG---AA---------TGAGTTCA--A-T--A-TC-----TCAAA-A-G--C----T-GTAGGA-AAAAGA-TCC-GGC-AA----ACTT-GTC-ATA-AC-AGTAA-TT-GC-TCAAA-C-TT---AAA---GGGC-A-CACACATCCATCNNNNNN---N--N---NN-NNNNNNNNNNN--N-------NNNNN-N-NN-----NNNN----NNNNNNNN-NNNNNNNN-NNNNN---N---NNNNNNNN-------NNNNNNNNNNNNAATTATTCCAATA-TATCA--AGAGGTGAAATAAAATGTCTGGATACTA---GCTACGTGTCTGCGACAGGACAGAAGAC--GGAAGAA-GGT----AAAACTA-ATAAGCCCG--A-CAC-TTTGTGGACGGGGCATACACTAAGA-AGTTC-ATTT-GTAACTG-CCCCGACGGAACTGTCTGTAGGAGGTTCCGT--TGATATGCAAATG-A----TGTATAAGGTAA-A-TTACTCATCG-TGCGTTCACA--CGAC-AAGA-AATACAC-CACAGGAGCAG-A--ACATTTGCTTCA-AT-ATACAGT---ATGAAC--AAACAAG-T-A-ATTTG---CT--CC----TC--------------TGCAA---AAT--ACTT--AGT-CTGC-ATGATTCTGCATCTACTAAGTAATT-C-CTTCACTACGAAGAAAA-TTGCAACACTTA-AGT-AAAT----ATAT----------------C-----CTATG-TAT--GCAAATCG-ACTTTCCGCAATTGAAT-GGGTA
gi|11 : TCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-A--C--G-T-TTAGAA----------C-----------ACTG-TTTG-TA-AC-AGTGA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGAC-A-CA-AC-TCCATTAAAAATCAAC--G---AA-CCGAAGCGAAA--C---------TC-----A-----ACTG----ATCAATAT-ACACC-TA-AATAC---AAAGAAATCAG--------TTCAA----------TATCTCAAAG-CGTTT--AG-----AA
gi|11 : -A-TT--TTTCAAAGTTAAAGGGACAC--AACTCCA----TT-A-A-A--AATC-AAC--GAACC-GAAGCGAAACTCAACTGA----TC----------------AA-T-AT-ACAC-CTA--A------A-TACAA-------AG---AA--------ATCAGTTCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--G-T-TTAGAA---------C------------ACTG-GTTG-TA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-CT---Acactggttgtaacagtaatttttcaaagcta
gi|12 : tcaatatctcaaaacgtttagaacactgtttgtaacagtgC-CTGCTG------A-TATAA-------AATTCGA--------ATT--TTCA--AAT--A-TC-----TC-AA-AAG--CCAG-TGTTAAAA-AAAAGGATCC-GGG-AA----ACTG-GTCGATA-AC---TAA-TTAAT-TCAAATGTTT---CAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCA
gi|13 : ccataaatactcaacgaagccaaaaactcagtcgcttcatgctcgtgtaactgcattggatgaattagtcagT-G-TA-----ACTG----ATTAATAT-ACACCTTC-AATACCAAA---AAATCAG---------TCAA----------TATCg
gi|13 : gaaactcgggctttaactAA-T-AT-ACAC-CTTC-A------A-TACCA-------AA---AA--------ATCAG-TCA--A-T--A-TCCTTTTTC-AG-A-GCTC--GTT-TTAGGA-AATAGT-TCC-GGA-AA----ACTGCGTC-ATA-TCAAGTAA-AT-TT-TCAAA----T---AAA--GGGACGA-CA-AC-TCCATCAAActttttcagagctcgttttaggaaatagttccggaaaactgcgtcatatcaagtaaattttcaaataaagggacgacaactccatcaaa
gi|14 : gaaactcgggctttaacttgtaactgattTGTACCTA-CCC---TTGACTA----TA-GGTGCAA---A-----TTTACTG--GTGCTG-GATT-------------------------CA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACC-----T-GAATTTACACACAAGCAAAA--AAT--AT-----TTATG-TGTAAACAAATC--G--TGTCGTT--TTAGT-GGG
gi|15 : taatttgtacaTACA----TGTGTAA----A-A-TT--T-GCTG-CGCGTTCACA-T-GACGAA-A-AATACAC---TAGGAGTGA-A--T-ATTTAC-----AT-C-----T-------GC--AA--AAG-T-ATATTTACATTTG-C-----------A----TA-TATGCAG---AATT
gi|16 : CTA-CC----TTGG--ACGTATA-GGTGCCA---AAT---CTTAAATA-GTGCTG-GATT----------------AA--------A-TACGACAAAAAATTG--ACACC---ACTGAAATTTACACATACGC-AAAATAATTGAT-----TAATG-TAT--AC-AATC--G--TGTCGTT--TGAAT-GGGtgcaccccatgagtaaatcatcgcatgtgaacgg
gi|17 : caCTG-TGCATTTGTA-T-GAC-AA-ACAATACACAGA-AGGGGCAT-A--A-ACTT-CTCTACATCA-----C---GTGAGC--AA--AAG-TGA-ATTTGCACCTA-CC----CCTG--A----T---TCGCAGCC-AATTTACTTACA-T-GTGCAG-GATT-TG
gi|18 : --A-T--A-TC-----TC-AA-T-G--T--A-T-TTCGA------G--T-------AA----ACTG-GTC-ATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCGAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAAAAAT---CATT---AA-CC----TGGGA--C-------AATCT-G-TA-----ACTC----ATTAATAT-ACACCAT
gi|19 : TTCGATATAA--GAA-ATCAGTTAAATCA---A-TTCAAGA-TTCTGA--AAAGCGTTT--TGTGAC-GCATCAA---GAAATCTGATTTTT--A-ATAGGCAA--TC---ta
gi|2 : caactataaatAATTAG-T-TAA--AATTATC--TTGAAGGCTTCACT-----A-TCTTGC--AAG--ATTC--GTTGAC-ACATCAA---TA----------CT--G-ATATGGGC--TT---AT------ACAAA--AGAC--A-TG--ATTCAAAGT-AAAGGGGCAC-CAACTCTA----TTCA-A-ATAAATC-ACC--GAACC-CAAACGAAAT---ATTCA----TC---------------CAA-T-AA-ACACGCTAC-A------G-TACAACC-----AA---AA--------GGAAGTTCAGAA-T--AGTC-----TC-AA-A-G--C--G-T-TTAGTA-AAAAG--TCC-TGAGAA----ATTG-GTCAATA-AC-AGTAT-TT-TC-TCAAA---CT---AA----GGAC-A-CA-AA-CCCATCGAAAAT---T--C---AA-CCGATCCGAAA--TG------CAGCT-GGTACTTGTACTCTTA-ATTAATAT-ACACCGTG-CACAC---A---AAATCAGT-------TTCAA-----------ATCTCAAGA-CGTGT--AG-----AGAT-AAATGTATGAACAGAACATGCT-CGT---TACGGGAGGA-AGAAGGCCCGG-AGAA-GATTCCTAAAACTT-ATTTGCTCGCGA-CAC-TTTATGGA-GGGGTATAGACTAATA-GTTTC-A-TGCGTAC-TG-CCC-G--GGA-----CT-TA-GAG-TTTTGTCTTGA-A-GAAAATGCA----T-TGTAA-GTCA-A-TT-CT-A-TG-TGCGTTCCCACTCAAC-AG-A-AATATACATACAGATGCAG-A--A-ATTTCCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAG-T-A-TATTGCACCTA-CC----TTGG--A----TA-GGTGCAA---AATTAACTTACAGT-GTGC-G-GATT-TGCA--TG-TAAGTAAAT-C-GTTCA-TGCGAC---AA-TTGC-ACACCTACAGT-AAATTTACACATAAG--AAA--AAT--AC-----TTATGATAT--GCAAATCG-G--T-TCTTA--TAAAT-GAGTAaagatatgcaagcaaaaa
gi|20 : A-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGAC-A-CA-TC-TCCATCAAAAAT---C--TACAAA-CCGAAACAAAA--CTCAGAGTCATTTGG-TA-----ACTCAATAATTAATAT-AAACCAT----TAC---A---a
gi|21 : tggacaaTGAGCGAAA--AAG-T-A-ATTTAAACTTA-CCGCAGTCTG--A----CAAGGAGCAA-----TT---TTACA------------TT-TGCA--TA-TATTCAAAT-CAGTTCA-TACAACAAGAA-GTGC-ACACCCA-AAT-AAATTTACAC
gi|22 : -GATC-TGCA--TC-TA------T-C--TGCA-TACGACAAG---TTGC-ACACCTA-AGT----TTTACACATAAGC-AAAC-AAT--AC-----TTATG-CAT--GCAAAT-G-G--TGTCGTA--TGAATCGGGTA
gi|23 : aTCA-A-A--AATC-AAT--GAACC-AAAAC--AAA---ACTCAAACTTC---------------AAA-G-AT-CCAC-CTGT-ATTGTATA-CACAAGCATACCAA---AA--------ATCAATTAA--A-T--A-TT-----TC-AA-A-A--C--G-T-TTAGAttaataacctga
gi|24 : ca---ACTCC----TT---------------CA--T-AT-ACAT-CATC-A------T-TCCAA-------AC---A----------TCAGTTCA--A-C--A-AC-----TC-AT-A-T--C--A-T-TCAGGA-AAAAG--TCT-GGA-AA----ACTG-GTC-ATA-ccatg
gi|25 : gaaactcaaactcaatctgtaT-ACCA-TGCGTTCAT--TCGAC-CA-A-GTT-TACATACAGGAGCAGAA--A-AATTGCTTT---T---------------GC----------T-C-ATTTACACCTA-CC----CCAG--AC---TG-GGTATAATTTGATTAA
gi|26 : TCA--A-T--A-TC-----TC-AT-A-G--C--AAT-TTA-------------C-G-A-AA----ATTG-GTC-ATATAC-AGTAA-TT-TT-TCAGA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAA
gi|28 : ctgattaatatacaccT--TTTCAAAGTTAAAGGGGAGCACAACT-CA----TTCA-ACA--AATCAAGT--GAACC-CAAACAAAAA---ACTCAAACTTC---------------GAAGT-AT-CCAC-C
gi|29 : tctgaTAA-TT-TT-TCAAA-A-TA---AAAAGGGGGT-A-CA-TC-TCCATAAAAAAT---C------AT-CCAACTCG--------------ATCT-G-TA-----ACTT----AT--AT-T-ACACCA-G-CATAC---
gi|3 : ---C--T---AATCCGAAAC--AA--CTTT----CATTT-G--A-----CCTC----ATTAACATTACCTC-TGTCATACGT-A---AAATCAGT-------TT-AA----------TATCTCAAGAGCTTTTCGAG-----AAA
gi|3 : aCTCA----TT----------------AA-C-ATTACCT-CTGT-C------A-TACGT-------AA---AA---------TCAGTTTA--A-T--A-TC-----TC-AAGA-G--C--T-T-TTCGAG-AAAGG--TCCAAGA-AA----ACTT-GGCTGTA-A--AGTAC-TT-TT-TCAAA-A-TC---AAC--GCGAC-ACCA-ACTTCCATAAANNNN---N--N---NN-NNNNNNNNNNN--N-------NNNNN-N-NN-----NNNN----NNNNNNNN-NNNNNNNN-NNNNN---N---NNNNNNNNNNNNNNGTTGAATTTAGT----TATCTCAAGA-AGTGT--AG-----GGA--AA--GTC--ACCAATA---GCTGGGT---------AAGACAGGA-GC--GG-ACAAGGGT----AACATTATATTATCCCG--ACCACTTTTGTGG-CGGGGggtccaagaaaacttggctgtaaagtactttttcaaaatcaacgcgacaccaacttccataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaatttagttatctcaagaagtgtagggaaagtcaccaatagctgggtaagacaggagcggacaagggtaacattatattatcccgaccacttttgtggcggggt
gi|30 : actaatccgaaacaactttcatttgacA-GTTCT-T-TG-GCACCTAACCTCA-TGGA-----CTTTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGGAAATGCA----TGTGTAA-GTAA-A-t
gi|32 : tagga--------ATCAGTTAA--G-T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--A-T-ATAGTA-AAAAG--TCT-AGA-AA----ACTG-GTC-ATA-AC---TAATTT-TT-TCAAA-
gi|33 : tgTCAAAGTTAAAGGGGCAC--AACTCCA----TTAA-A-A--AATC-ATCATGAACC-G-AAC--AAA---ACTCA----a
gi|34 : AATACA----TGCCTAA-GTAA-A-T-A-T-ACTG-TGCGTTCAC---CAAT-AA-A-A-CATACACACAGGAGCAA-AATA-ATTTaacctcgatctga
gi|35 : TAGAATAAAAG--TCC-AGA-AA----ACTG-GTC-ATA-AT-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TTAAAAAA--GGGAC-A-CA-AC-TCC
gi|36 : AAAG--TCC-GGA-AA----ACTA-GTCG-TA-GC-AGTCA-TC-TTATCAA--G-TT---AAA--GGGTC-A-CA-AC-TCC
gi|38 : cGAA-AAAAG--TCT-GGA-AA----ACTG-GTTG-TA-AC---TAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-
gi|39 : A-AC-AGTAA-TT-TT-TATAG-G-TT---AAA--GGGAC-A-CA-AC-TCCATCAAAGAC---C--
gi|4 : AATTTC-TATAAAAGAA-ATCAGTTCAA--------T-----A-TCTTGA--AAAGTATTT--AGTGAT-ACATCAA------------------------GG----------GT------AC-------------TT--TTTAAAAGTTGAAGGGGCAC--AACTCCAACAATTNN-N-N--NNNN-NNN--NNNNN-NNNNNNNNNN---NNNNN----NN---------------NNN-N-NN-NNNN-NNNN-N------N-NNNNN-------NN---NNNNNNNNNCATCCGTTCA----T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--A-T-TTACAA-AACAG--TCT-GGA-AATTAAACTG-GTC-ATA-AC-AATAA-TT-TT-TCAAA-A-TT---AAA--GGAGC-A-CA-AC-TCCA----------------------CAAATCGAAACTC-------CATCT-G-TA-----ACTC----ATTAATAT-ACATCAT------C---A---AAA
gi|40 : gtgtcaacct-ACAC-CTGC-A--------TACAT-------AA---AA--------A--AGTTCA--A-T--A-TC-----TC-TA-A-G--G--G-T-TTATAA-ca
gi|41 : A----ACTG-GCC-ATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---CAT--GGTGC-A-TA-
gi|5 : AAGAAGTTTT-A-TG-GTGCCTG-CCCCG-CGGA-----CTGTA-GAGGTTTTGC--T-------AAATGCA----TATGCAA-GTAG-A-TT--T-ACTG-TGCGTTCACA--CGAC-AA-G-AA-ATACACACAGGAGCAGAA--A-ATTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--ACGTT-A-ATTTGCACCTACCC----TTGA--C----TA-GGTGC-A---AATTAACTTA-GGT-GTGCAA-GATT-TGCA--TA-TAAGTAAATCC-GTTCA-TATGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAGCAAAA--AAT--ACTTAAGTTATG-TAT--GCAAATC--G--TGTCGTA--TGACT-GGG
gi|6 : TAAGA-ATTCT-A-TG-GTACCTG-CCCCG-CGGA-----C-GTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGCAAATGCA----TATGTAA-GTAA-A-TTACT----G-TGCGTTCACA--CGAC-AAGA-AATAC-CACACAGGAGCAG-A--A-ATTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAG-TTA-ATTTGCACTTA-CCC---TTGAC-A----TA-GGTGCAA---A-TTAACTT--AGTGGTGCAG-GATT-TGC---TA-TAAGTAAATCC-GTTCA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAAC-AAA--AAA--TC-----TTATG-CAT--GCAAATCGTG--TGTCGTA--TGAAT-GGGTgtatta
gi|8 : -TATAA--GAA-ATCAGTTAAA--------T-----A-TCTCAA--AAATCATTT--AGTGAC-ACATCAAGAATA----------CTGAA-ATAGGCAA--TCTGCAT------ACAAA--AAGTT-AATT--TTTCAAAGTTAAA-GGGCG--CAACTCCA-------ACA-A--AATC-AAT--GAAAT-GGAAC
gi|8 : ctaGC-A------ACTCCAA-------CA---AA--------ATCAATGAA--A-TGGA-AC-----AC-AA-A-G--C--G-T-TCAGAA-AAAAG--TTT--GA-TA----ACTG-GTTG-TA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGacaaagcgttcagaaaaaagtttgataactggttgtaacagtaatttttcaaagttaaaggg
gi|9 : ctatataagaaatcagttaaatatctcaaaaatcatttagtgacacatcaagaatactgaaataggcaatctgcatacaaaaagttaatttttcaaagttaaagggcAC-TTTGTGGCTGGGGCATA-A-TAGGG-ATTTCTT-TG-GCACCTG--CCCG-CGGA-----CAGAA-GA-GTTTCGTA-AGA-ATGCAAATGCAATGGTGTTT-A-GTAATATTTAC--ACTGATGCGTTCACA--CGAC-AA-A-AAAATAC-------------A--A-TTTTGCTTCA-CT-A-----TTTAATGAGC--AA--ATG-T-T-AATTGC-CCTA-CC----TTGA--C----TA-GATGT-A---AATTTACTT
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): CTTTGGTTCAGGTGAGCTAAAAACACTAGATGTGTCTGACTGTCAGCACAACACCAATGCCCCCTCCTGCAATGAAGGAAACACATGTACCTAAGGTTGATCAAGTTATACCCAGAAAATAAAAAGGACAATTTTTTTTTAAATCCAAGGGTCAACTCCATTTTTGTATAATAAATCAGTTCAACATTTTGAAAAGCATTTACTG
Unaligned ( gi|10 ): TCAAGTGAAGAAATCCTAAGCACTCCAGGAGATGGAAAACACTAATTTTTCCAAATCCAAGAATTCAACTTAATTTCTATATTAAAAAAATCAGCTTCAAATACCTTTAAATACATTCTAGGAAACATTAAAAATGCTAAAATTTACCGTTCCCATAACAAAGTGCAGTAAAGGGGTACCAACTCAGCAACAA
Unaligned ( gi|27 ): TAATTCCAATGAAGGAAATCCCTAAGGTCAAAAATTGAAAGTAATATTTTTTTTAAATCCAATGGTCAACACAATTTCTATGTAAGAAATC
Unaligned ( gi|31 ): ATAGCAAATATACTTTTACACATATGCCAAGTTTGCACACCGTGAGTAAATCAGCGCATGTGAACGGGGATT
Unaligned ( gi|37 ): GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT
Unaligned ( gi|42 ): TTTGCATATATAAGGCAGAATTTGCACCCCATGAGTAA
Unaligned ( gi|43 ): GAACCTTCGGTTCAGGTGAGCTAACAACATTACATAC
Unaligned ( gi|44 ): ACTGAAATAGGTAATCTGCATACAAAAAGTCAAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111 66666666666666 111 111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 1111111 1111 1 4444444444444444444444 1111111111 11111111111111111111111 22 33333333333333333333333333333333333 11111 1111 2222222222222222 55555555555555555555555 11 2222222222 222 1 666666666 11 1 1 2222 1 2222 1 11 2 111 11111 11 1111 1111 2222 222222222222 333333333333333 11111111 111111 222 3333333333333333333 11 11111111111111 11111
lowQualScore : 1 6 4444444444 6 22222222222222 6 111 6 1 1 8 444 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 99 1 0 1 44 4444444 5 5 66 5 0000 5 0 1 9999 7777777777777777777777 555 4 7 5555555555 88888888888888888888888 33 2 33 2 66666 2 2 2 33 9999 2 33 0 88 66 2 5555 2 55 2 2 2 2 2 333 333 33 2 2 2 5 44444444444444444444444444444444444 4 44 00000 5555 4 1111111111111111 99999999999999999999999 8 1 11 2222222222 7 7 1 333 2 111111111 6 6 88 3 3 8888 3 2222 0 55 6 6 6 333 6 6 77 66666 66 6 55 6 3 2 0000 0 5 5 5 8888 0 4 2222 4 8 4 1 99 0 8 66 4 1 55 444444444444 66 66 4 999 3 222222222222222 3 2 33333333 999999 666 66 2222222222222222222 5 5 5 777 5 22 55555555555555 5 77 77777 0 77 5
lowQualScore : . . .......... . .............. . ... . . . . ... ...................................................... .. . . . .. ....... . . .. . .... . . . .... ...................... ... . . .......... ....................... .. . .. . ..... . . . .. .... . .. . .. .. . .... . .. . . . . . ... ... .. . . . . ................................... . .. ..... .... . ................ ....................... . . .. .......... . . . ... . ......... . . .. . . .... . .... . .. . . . ... . . .. ..... .. . .. . . . .... . . . . .... . . .... . . . . .. . . .. . . .. ............ .. .. . ... . ............... . . ........ ...... ... .. ................... . . . ... . .. .............. . .. ..... . .. .
lowQualScore : 4 7 5555555555 3 33333333333333 7 777 7 7 0 0 000 222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22 4 7 4 33 3333333 0 0 99 0 1111 0 2 7 8888 9999999999999999999999 333 0 3 5555555555 22222222222222222222222 77 7 77 7 77777 7 7 7 77 3333 7 22 1 44 44 5 0000 4 22 1 2 1 1 1 999 999 22 5 5 5 7 22222222222222222222222222222222222 0 33 00000 5555 0 5555555555555555 77777777777777777777777 0 0 00 7777777777 3 3 0 333 0 333333333 7 7 33 3 3 3333 3 7777 0 88 7 7 7 000 7 7 77 77777 00 7 88 7 2 5 6666 2 0 0 0 4444 1 4 9999 4 9 4 0 22 1 9 11 4 4 11 222222222222 11 11 4 999 6 666666666666666 6 1 88888888 000000 666 33 9999999999999999999 0 0 0 111 0 11 44444444444444 7 99 33333 7 99 7
consensus : AATTCG-TATAA--GA---A--ATCAGTTAAA-----CA--T----A-TCTTG---AAAAGCATTTAGTGAC-ACATC---AATA----------CT--A-ATAGGCGA--T---CGT------ACAAA--AGACT-ATT--TTTCAAAGTTAAAGGGGCGC-CAACTCCA----TTCA-A-A--AATC-ANC--GAACC-GAAACGAAAN---ACTCA----TC---------------CAA-T-AT-ACAC-CTGC-A------A-TACAA-------AA---AA--------ATCAGTTCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--G-T-TTAGAA-AAAAG--TCC-GGA-AA----ACTG-GTCGATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAAAAAT---C--T---AA-CCGAANCGAAA--C-------CATCT-G-TA-----ACTC----ATTAATAT-ACACCATG-CATAC---A---AAATCAGT-------TTCAA----------TATCTCAAGA-CGTNT--AG-----AAAT-AAATGTCTGAACANTA---GCTGCGT---TGCGG-AGGACAGAAGGC--GG-AGAA-GGT----AAAACTA-ATTAGCCCG--A-CAC-TTTGTGGACGGGGCATA-ACTAAGA-GTTTC-A-TG-GTACCTG-CCCCG-CGGA-----CTGTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGCAAATGCA----TGTGTAA-GTAA-A-TTACT-ACTG-TGCGTTCACA-TCGAC-AA-A-AATACACACACAGGAGCAG-A--A-ATTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAG-T-A-ATTTGCACCTA-CC----TCGG--A----TA-GGTGCAA---AATTAACTTACAGT-GTGC-G-GATT-TGCA--TA-TAAGTAAAT-C-GTTCA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAGC-AAA--AAT--AC-----TTATG-TAT--GCAAATCG-G--TGTCGTA--TGAAT-GGGTA
Reference ( family-200 ) : AATTCG-TATAA--GA---A--ATCAGTTGAAG----CA--T----A-TCTTG---AAAAGCATTTAGTGAC-ACATC---AATA----------CT--A-ATAGGCGA--T---CGT------ACAAA--AGACT-ATT--TTTCAAAGTTAAAGGGGCGC-CAACTCCA----TTCA-A-A--AATC-ANC--GAACC-GAAACGAAAN---ACTCA----TC---------------CAA-T-AT-ACAC-CTGC-A------A-TACAA-------AA---AA--------ATCAGTTCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--G-T-TTAGAA-AAAAG--TCC-GGA-AA----ACTG-GTCGATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAAAAAT---C--T---AA-CCGAANCGAAA--C-------CATCT-G-TA-----ACTC----ATTAATAT-ACACCATG-CATAC---A---AAATCAGT-------TTCAA----------TATCTCAAGA-CGTNT--AG-----AAAT-AAATGTCTGAACANTA---GCTGCGT---TGCGG-AGGACAGAAGGC--GG-AGAA-GGT----AAAACTA-ATTAGCCCG--A-CAC-TTTGTGGACGGGGCATA-ACTAAGA-GTTTC-A-TG-GTACCTG-CCCCG-CGGA-----CTGTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGCAAATGCA----TGTGTAA-GTAA-A-TTACT-ACTG-TGCGTTCACA-TCGAC-AA-A-AATACACACACAGGAGCAG-A--A-ATTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAG-T-A-ATTTGCACCTA-CC----TCGG--A----TA-GGTGCAA---AATTAACTTACAGT-GTGC-G-GATT-TGCA--TA-TAAGTAAAT-C-GTTCA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAGC-AAA--AAT--AC-----TTATG-TAT--GCAAATCG-G--TGTCGTA--TGAAT-GGGTA
gi|1 : AATTCG-TATAA--GATTAA--AT-AG--AAAG----CA--T----AATTTTGTTCAAAATC--CCAAGGACTCCACC---AATA----------CTT-ATATATACGAAAT---TGTCCAATAACAAACAAGACTCATTGCTTTCAA----------GCAC--AA-TCCA----TT-A-A-A--AATC-A-C--TAACCAGAAACTAACT----TTCA----TCTCGTGTGAGCTCTATCAA-TTAT-ACACATTAC-C------A-CACAA-------AG---AA---------TGAGTTCA--A-T--A-TC-----TCAAA-A-G--C----T-GTAGGA-AAAAGA-TCC-GGC-AA----ACTT-GTC-ATA-AC-AGTAA-TT-GC-TCAAA-C-TT---AAA---GGGC-A-CACACATCCATCNNNNNN---N--N---NN-NNNNNNNNNNN--N-------NNNNN-N-NN-----NNNN----NNNNNNNN-NNNNNNNN-NNNNN---N---NNNNNNNN-------NNNNNNNNNNNNAATTATTCCAATA-TATCA--AGAGGTGAAATAAAATGTCTGGATACTA---GCTACGTGTCTGCGACAGGACAGAAGAC--GGAAGAA-GGT----AAAACTA-ATAAGCCCG--A-CAC-TTTGTGGACGGGGCATACACTAAGA-AGTTC-ATTT-GTAACTG-CCCCGACGGAACTGTCTGTAGGAGGTTCCGT--TGATATGCAAATG-A----TGTATAAGGTAA-A-TTACTCATCG-TGCGTTCACA--CGAC-AAGA-AATACAC-CACAGGAGCAG-A--ACATTTGCTTCA-AT-ATACAGT---ATGAAC--AAACAAG-T-A-ATTTG---CT--CC----TC--------------TGCAA---AAT--ACTT--AGT-CTGC-ATGATTCTGCATCTACTAAGTAATT-C-CTTCACTACGAAGAAAA-TTGCAACACTTA-AGT-AAAT----ATAT----------------C-----CTATG-TAT--GCAAATCG-ACTTTCCGCAATTGAAT-GGGTA
gi|11 : TCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-A--C--G-T-TTAGAA----------C-----------ACTG-TTTG-TA-AC-AGTGA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGAC-A-CA-AC-TCCATTAAAAATCAAC--G---AA-CCGAAGCGAAA--C---------TC-----A-----ACTG----ATCAATAT-ACACC-TA-AATAC---AAAGAAATCAG--------TTCAA----------TATCTCAAAG-CGTTT--AG-----AA
gi|11 : -ATT--TTTCAAAGTTAAAGGGACAC--AACTCCA----TT-A-A-A--AATC-AAC--GAACC-GAAGCGAAACTCAACTGA----TC----------------AA-T-AT-ACAC-CTA--A------A-TACAA-------AG---AA--------ATCAGTTCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--G-T-TTAGAA---------C------------ACTG-GTTG-TA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-CT---Acactggttgtaacagtaatttttcaaagcta
gi|12 : tcaatatctcaaaacgtttagaacactgtttgtaacagtgC-CTGCTG------A-TATAA-------AATTCGA--------ATT--TTCA--AAT--A-TC-----TC-AA-AAG--CCAG-TGTTAAAA-AAAAGGATCC-GGG-AA----ACTG-GTCGATA-AC---TAA-TTAAT-TCAAATGTTT---CAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCA
gi|13 : ccataaatactcaacgaagccaaaaactcagtcgcttcatgctcgtgtaactgcattggatgaattagtcagT-G-TA-----ACTG----ATTAATAT-ACACCTTC-AATACCAAA---AAATCAG---------TCAA----------TATCg
gi|13 : gaaactcgggctttaactAA-T-AT-ACAC-CTTC-A------A-TACCA-------AA---AA--------ATCAG-TCA--A-T--A-TCCTTTTTC-AG-A-GCTC--GTT-TTAGGA-AATAGT-TCC-GGA-AA----ACTGCGTC-ATA-TCAAGTAA-AT-TT-TCAAA----T---AAA--GGGACGA-CA-AC-TCCATCAAActttttcagagctcgttttaggaaatagttccggaaaactgcgtcatatcaagtaaattttcaaataaagggacgacaactccatcaaa
gi|14 : gaaactcgggctttaacttgtaactgattTGTACCTA-CCC---TTGACTA----TA-GGTGCAA---A-----TTTACTG--GTGCTG-GATT-------------------------CA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACC-----T-GAATTTACACACAAGCAAAA--AAT--AT-----TTATG-TGTAAACAAATC--G--TGTCGTT--TTAGT-GGG
gi|15 : taatttgtacaTACA----TGTGTAA----A-A-TT--T-GCTG-CGCGTTCACA-T-GACGAA-A-AATACAC---TAGGAGTGA-A--T-ATTTAC-----AT-C-----T-------GC--AA--AAG-T-ATATTTACATTTG-C-----------A----TA-TATGCAG---AATT
gi|16 : CTA-CC----TTGG--ACGTATA-GGTGCCA---AAT---CTTAAATA-GTGCTG-GATT----------------AA--------A-TACGACAAAAAATTG--ACACC---ACTGAAATTTACACATACGC-AAAATAATTGAT-----TAATG-TAT--AC-AATC--G--TGTCGTT--TGAAT-GGGtgcaccccatgagtaaatcatcgcatgtgaacgg
gi|17 : caCTG-TGCATTTGTA-T-GAC-AA-ACAATACACAGA-AGGGGCAT-A--A-ACTT-CTCTACATCA-----C---GTGAGC--AA--AAG-TGA-ATTTGCACCTA-CC----CCTG--A----T---TCGCAGCC-AATTTACTTACA-T-GTGCAG-GATT-TG
gi|18 : --A-T--A-TC-----TC-AA-T-G--T--A-T-TTCGA------G--T-------AA----ACTG-GTC-ATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCGAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAAAAAT---CATT---AA-CC----TGGGA--C-------AATCT-G-TA-----ACTC----ATTAATAT-ACACCAT
gi|19 : TTCGATATAA--GA---A--ATCAGTTAAAT----CAATTCAAGA-TTCTG---AAAAGCGTTTTGTGAC-GCATC---AAGAAATCTGATTTTT--A-ATAGGCAA--T---Cta
gi|2 : caactataaatAATTAG-T-TAA---A---ATTATC--TTGAAGGCTTCAC-T----A-TCTTG---CAAG--ATTCGTTGAC-ACATC---AATA----------CT--G-ATATGGGC--T---TAT------ACAAA--AGAC--ATG--ATTCAAAGT-AAAGGGGCAC-CAACTCTA----TTCA-A-ATAAATC-ACC--GAACC-CAAACGAAAT---ATTCA----TC---------------CAA-T-AA-ACACGCTAC-A------G-TACAACC-----AA---AA--------GGAAGTTCAGAA-T--AGTC-----TC-AA-A-G--C--G-T-TTAGTA-AAAAG--TCC-TGAGAA----ATTG-GTCAATA-AC-AGTAT-TT-TC-TCAAA---CT---AA----GGAC-A-CA-AA-CCCATCGAAAAT---T--C---AA-CCGATCCGAAA--TG------CAGCT-GGTACTTGTACTCTTA-ATTAATAT-ACACCGTG-CACAC---A---AAATCAGT-------TTCAA-----------ATCTCAAGA-CGTGT--AG-----AGAT-AAATGTATGAACAGAACATGCT-CGT---TACGGGAGGA-AGAAGGCCCGG-AGAA-GATTCCTAAAACTT-ATTTGCTCGCGA-CAC-TTTATGGA-GGGGTATAGACTAATA-GTTTC-A-TGCGTAC-TG-CCC-G--GGA-----CT-TA-GAG-TTTTGTCTTGA-A-GAAAATGCA----T-TGTAA-GTCA-A-TT-CT-A-TG-TGCGTTCCCACTCAAC-AG-A-AATATACATACAGATGCAG-A--A-ATTTCCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAG-T-A-TATTGCACCTA-CC----TTGG--A----TA-GGTGCAA---AATTAACTTACAGT-GTGC-G-GATT-TGCA--TG-TAAGTAAAT-C-GTTCA-TGCGAC---AA-TTGC-ACACCTACAGT-AAATTTACACATAAG--AAA--AAT--AC-----TTATGATAT--GCAAATCG-G--T-TCTTA--TAAAT-GAGTAaagatatgcaagcaaaaa
gi|20 : A-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGAC-A-CA-TC-TCCATCAAAAAT---C--TACAAA-CCGAAACAAAA--CTCAGAGTCATTTGG-TA-----ACTCAATAATTAATAT-AAACCAT----TAC---A---a
gi|21 : tggacaaTGAGCGAAA--AAG-T-A-ATTTAAACTTA-CCGCAGTCTG--A----CAAGGAGCAA-----TT---TTACA------------TT-TGCA--TA-TATTCAAAT-CAGTTCA-TACAACAAGAA-GTGC-ACACCCA-AAT-AAATTTACAC
gi|22 : -GATC-TGCA--TC-TA------T-C--TGCA-TACGACAAG---TTGC-ACACCTA-AGT----TTTACACATAAGC-AAAC-AAT--AC-----TTATG-CAT--GCAAAT-G-G--TGTCGTA--TGAATCGGGTA
gi|23 : aTCA-A-A--AATC-AAT--GAACC-AAAAC--AAA---ACTCAAACTTC---------------AAA-G-AT-CCAC-CTGT-ATTGTATA-CACAAGCATACCAA---AA--------ATCAATTAA--A-T--A-TT-----TC-AA-A-A--C--G-T-TTAGAttaataacctga
gi|24 : ca---ACTCC----TT---------------CA--T-AT-ACAT-CATC-A------T-TCCAA-------AC---A----------TCAGTTCA--A-C--A-AC-----TC-AT-A-T--C--A-T-TCAGGA-AAAAG--TCT-GGA-AA----ACTG-GTC-ATA-ccatg
gi|25 : gaaactcaaactcaatctgtaT-ACCA-TGCGTTCAT--TCGAC-CA-A-GTT-TACATACAGGAGCAGAA--A-AATTGCTTT---T---------------GC----------T-C-ATTTACACCTA-CC----CCAG--AC---TG-GGTATAATTTGATTAA
gi|26 : TCA--A-T--A-TC-----TC-AT-A-G--C--AAT-TTA-------------C-G-A-AA----ATTG-GTC-ATATAC-AGTAA-TT-TT-TCAGA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAA
gi|28 : ctgattaatatacaccT--TTTCAAAGTTAAAGGGGAGCACAACT-CA----TTCA-ACA--AATCAAGT--GAACC-CAAACAAAAA---ACTCAAACTTC---------------GAAGT-AT-CCAC-C
gi|29 : tctgaTAA-TT-TT-TCAAA-A-TA---AAAAGGGGGT-A-CA-TC-TCCATAAAAAAT---C------AT-CCAACTCG--------------ATCT-G-TA-----ACTT----AT--AT-T-ACACCA-G-CATAC---
gi|3 : ---C--T---AATCCGAAAC--AA--CTTT----CATTT-G--A-----CCTC----ATTAACATTACCTC-TGTCATACGT-A---AAATCAGT-------TT-AA----------TATCTCAAGAGCTTTTCGAG-----AAA
gi|3 : aCTCA----TT----------------AA-C-ATTACCT-CTGT-C------A-TACGT-------AA---AA---------TCAGTTTA--A-T--A-TC-----TC-AAGA-G--C--T-T-TTCGAG-AAAGG--TCCAAGA-AA----ACTT-GGCTGTA-A--AGTAC-TT-TT-TCAAA-A-TC---AAC--GCGAC-ACCA-ACTTCCATAAANNNN---N--N---NN-NNNNNNNNNNN--N-------NNNNN-N-NN-----NNNN----NNNNNNNN-NNNNNNNN-NNNNN---N---NNNNNNNNNNNNNNGTTGAATTTAGT----TATCTCAAGA-AGTGT--AG-----GGA--AA--GTC--ACCAATA---GCTGGGT---------AAGACAGGA-GC--GG-ACAAGGGT----AACATTATATTATCCCG--ACCACTTTTGTGG-CGGGGggtccaagaaaacttggctgtaaagtactttttcaaaatcaacgcgacaccaacttccataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaatttagttatctcaagaagtgtagggaaagtcaccaatagctgggtaagacaggagcggacaagggtaacattatattatcccgaccacttttgtggcggggt
gi|30 : actaatccgaaacaactttcatttgacA-GTTCT-T-TG-GCACCTAACCTCA-TGGA-----CTTTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGGAAATGCA----TGTGTAA-GTAA-A-t
gi|32 : tagga--------ATCAGTTAA--G-T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--A-T-ATAGTA-AAAAG--TCT-AGA-AA----ACTG-GTC-ATA-AC---TAATTT-TT-TCAAA-
gi|33 : tgTCAAAGTTAAAGGGGCAC--AACTCCA----TTAA-A-A--AATC-ATCATGAACC-G-AAC--AAA---ACTCA----a
gi|34 : AATACA----TGCCTAA-GTAA-A-T-A-T-ACTG-TGCGTTCAC---CAAT-AA-A-A-CATACACACAGGAGCAA-AATA-ATTTaacctcgatctga
gi|35 : TAGAATAAAAG--TCC-AGA-AA----ACTG-GTC-ATA-AT-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TTAAAAAA--GGGAC-A-CA-AC-TCC
gi|36 : AAAG--TCC-GGA-AA----ACTA-GTCG-TA-GC-AGTCA-TC-TTATCAA--G-TT---AAA--GGGTC-A-CA-AC-TCC
gi|38 : cGAA-AAAAG--TCT-GGA-AA----ACTG-GTTG-TA-AC---TAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-
gi|39 : A-AC-AGTAA-TT-TT-TATAG-G-TT---AAA--GGGAC-A-CA-AC-TCCATCAAAGAC---C--
gi|4 : AATTTC-TATAAAAGA---A--ATCAGTTCAA---------T----A-TCTTG---AAAAGTATTTAGTGAT-ACATC---AA---------------------GG----------GT------AC------------TT--TTTAAAAGTTGAAGGGGCAC--AACTCCAACAATTNN-N-N--NNNN-NNN--NNNNN-NNNNNNNNNN---NNNNN----NN---------------NNN-N-NN-NNNN-NNNN-N------N-NNNNN-------NN---NNNNNNNNNCATCCGTTCA----T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--A-T-TTACAA-AACAG--TCT-GGA-AATTAAACTG-GTC-ATA-AC-AATAA-TT-TT-TCAAA-A-TT---AAA--GGAGC-A-CA-AC-TCCA----------------------CAAATCGAAACTC-------CATCT-G-TA-----ACTC----ATTAATAT-ACATCAT------C---A---AAA
gi|40 : gtgtcaacct-ACAC-CTGC-A--------TACAT-------AA---AA--------A--AGTTCA--A-T--A-TC-----TC-TA-A-G--G--G-T-TTATAA-ca
gi|41 : A----ACTG-GCC-ATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---CAT--GGTGC-A-TA-
gi|5 : AAGAAGTTTT-A-TG-GTGCCTG-CCCCG-CGGA-----CTGTA-GAGGTTTTGC--T-------AAATGCA----TATGCAA-GTAG-A-TT--T-ACTG-TGCGTTCACA--CGAC-AA-G-AA-ATACACACAGGAGCAGAA--A-ATTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--ACGTT-A-ATTTGCACCTACCC----TTGA--C----TA-GGTGC-A---AATTAACTTA-GGT-GTGCAA-GATT-TGCA--TA-TAAGTAAATCC-GTTCA-TATGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAGCAAAA--AAT--ACTTAAGTTATG-TAT--GCAAATC--G--TGTCGTA--TGACT-GGG
gi|6 : TAAGA-ATTCT-A-TG-GTACCTG-CCCCG-CGGA-----C-GTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGCAAATGCA----TATGTAA-GTAA-A-TTACT----G-TGCGTTCACA--CGAC-AAGA-AATAC-CACACAGGAGCAG-A--A-ATTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAG-TTA-ATTTGCACTTA-CCC---TTGAC-A----TA-GGTGCAA---A-TTAACTT--AGTGGTGCAG-GATT-TGC---TA-TAAGTAAATCC-GTTCA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAAC-AAA--AAA--TC-----TTATG-CAT--GCAAATCGTG--TGTCGTA--TGAAT-GGGTgtatta
gi|7 : TTTG-TATAA--TA---A--ATCAGTTCAA---------C----A-TTTTG---AAAAGCATTTACTG
gi|8 : ctttggttcaggtgagctaaaaacactagatgtgtctgactgtcagcacaacaccaatgccccctcctgcaatgaaggaaacacatgtacctaaggttgatcaagttatacccagaaaataaaaaggacaatttttttttaaatccaagggtcaactccatt-TATAA--GA---A--ATCAGTTAAA---------T----A-TCTCA---AAAATCATTTAGTGAC-ACATCAAGAATA----------CTGAA-ATAGGCAA--TCTGCAT------ACAAA--AAGTTAATT--TTTCAAAGTTAAA-GGGCG--CAACTCCA-------ACA-A--AATC-AAT--GAAAT-GGAAC
gi|8 : ctaGC-A------ACTCCAA-------CA---AA--------ATCAATGAA--A-TGGA-AC-----AC-AA-A-G--C--G-T-TCAGAA-AAAAG--TTT--GA-TA----ACTG-GTTG-TA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGacaaagcgttcagaaaaaagtttgataactggttgtaacagtaatttttcaaagttaaaggg
gi|9 : ctatataagaaatcagttaaatatctcaaaaatcatttagtgacacatcaagaatactgaaataggcaatctgcatacaaaaagttaatttttcaaagttaaagggcAC-TTTGTGGCTGGGGCATA-A-TAGGG-ATTTCTT-TG-GCACCTG--CCCG-CGGA-----CAGAA-GA-GTTTCGTA-AGA-ATGCAAATGCAATGGTGTTT-A-GTAATATTTAC--ACTGATGCGTTCACA--CGAC-AA-A-AAAATAC-------------A--A-TTTTGCTTCA-CT-A-----TTTAATGAGC--AA--ATG-T-T-AATTGC-CCTA-CC----TTGA--C----TA-GATGT-A---AATTTACTT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TCAAGTGAAGAAATCCTAAGCACTCCAGGAGATGGAAAACACTAATTTTTCCAAATCCAAGAATTCAACTTAATTTCTATATTAAAAAAATCAGCTTCAAATACCTTTAAATACATTCTAGGAAACATTAAAAATGCTAAAATTTACCGTTCCCATAACAAAGTGCAGTAAAGGGGTACCAACTCAGCAACAA
Unaligned ( gi|27 ): TAATTCCAATGAAGGAAATCCCTAAGGTCAAAAATTGAAAGTAATATTTTTTTTAAATCCAATGGTCAACACAATTTCTATGTAAGAAATC
Unaligned ( gi|31 ): ATAGCAAATATACTTTTACACATATGCCAAGTTTGCACACCGTGAGTAAATCAGCGCATGTGAACGGGGATT
Unaligned ( gi|37 ): GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT
Unaligned ( gi|42 ): TTTGCATATATAAGGCAGAATTTGCACCCCATGAGTAA
Unaligned ( gi|43 ): GAACCTTCGGTTCAGGTGAGCTAACAACATTACATAC
Unaligned ( gi|44 ): ACTGAAATAGGTAATCTGCATACAAAAAGTCAAT
Alignments
lowQualScore : 11 111 555555555555555555555555555555555555555 111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2222 1111111 1111 1 4444444444444444444444 1111111111 11111111111111111111111 22 33333333333333333333333333333333333 11111 1111 2222222222222222 55555555555555555555555 11 2222222222 222 1 666666666 11 1 1 2222 1 2222 1 11 2 111 11111 11 1111 1111 2222 222222222222 333333333333333 11111111 111111 222 3333333333333333333 11 11111111111111 11111
lowQualScore : 8 11 111 1 666666666666666666666666666666666666666 22 1 8 444 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 99 1 0 2222 4444444 5 5 66 5 0000 5 0 1 9999 7777777777777777777777 555 4 7 5555555555 88888888888888888888888 33 2 33 2 66666 2 2 2 33 9999 2 33 0 88 66 2 5555 2 55 2 2 2 2 2 333 333 33 2 2 2 5 44444444444444444444444444444444444 4 44 00000 5555 4 1111111111111111 99999999999999999999999 8 1 11 2222222222 7 7 1 333 2 111111111 6 6 88 3 3 8888 3 2222 0 55 6 6 6 333 6 6 77 66666 66 6 55 6 3 2 0000 0 5 5 5 8888 0 4 2222 4 8 4 1 99 0 8 66 4 1 55 444444444444 66 66 4 999 3 222222222222222 3 2 33333333 999999 666 66 2222222222222222222 5 5 5 777 5 22 55555555555555 5 77 77777 0 77 5
lowQualScore : . .. ... . ....................................... .. . . ... ...................................................... .. . . .... ....... . . .. . .... . . . .... ...................... ... . . .......... ....................... .. . .. . ..... . . . .. .... . .. . .. .. . .... . .. . . . . . ... ... .. . . . . ................................... . .. ..... .... . ................ ....................... . . .. .......... . . . ... . ......... . . .. . . .... . .... . .. . . . ... . . .. ..... .. . .. . . . .... . . . . .... . . .... . . . . .. . . .. . . .. ............ .. .. . ... . ............... . . ........ ...... ... .. ................... . . . ... . .. .............. . .. ..... . .. .
lowQualScore : 0 00 777 0 777777777777777777777777777777777777777 77 0 0 000 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22 4 7 9999 3333333 0 0 99 0 1111 0 2 7 8888 9999999999999999999999 333 0 3 5555555555 22222222222222222222222 77 7 77 7 77777 7 7 7 77 3333 7 22 1 44 44 5 0000 4 22 1 2 1 1 1 999 999 22 5 5 5 7 22222222222222222222222222222222222 0 33 00000 5555 0 5555555555555555 77777777777777777777777 0 0 00 7777777777 3 3 0 333 0 333333333 7 7 33 3 3 3333 3 7777 0 88 7 7 7 000 7 7 77 77777 00 7 88 7 2 5 6666 2 0 0 0 4444 1 4 9999 4 9 4 0 22 1 9 11 4 4 11 222222222222 11 11 4 999 6 666666666666666 6 1 88888888 000000 666 33 9999999999999999999 0 0 0 111 0 11 44444444444444 7 99 33333 7 99 7
consensus : AATTCG-TATAA--GA---AATCAGTTAAA-C---T-----A-TCTTG---AA----------------AAGCATTTAGTGAC-ACATC---AATA----------CT--A-ATAGGCGA--T---CGT------ACAAA--AGACT-ATT--TTTCAAAGTTAAAGGGGCGC-CAACTCCA----TTCA-A-A--AATC-ANC--GAACC-GAAACGAAAN---ACTCA----TC---------------CAA-T-AT-ACAC-CTGC-A------A-TACAA-------AA---AA--------ATCAGTTCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--G-T-TTAGAA-AAAAG--TCC-GGA-AA----ACTG-GTCGATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAAAAAT---C--T---AA-CCGAANCGAAA--C-------CATCT-G-TA-----ACTC----ATTAATAT-ACACCATG-CATAC---A---AAATCAGT-------TTCAA----------TATCTCAAGA-CGTNT--AG-----AAAT-AAATGTCTGAACANTA---GCTGCGT---TGCGG-AGGACAGAAGGC--GG-AGAA-GGT----AAAACTA-ATTAGCCCG--A-CAC-TTTGTGGACGGGGCATA-ACTAAGA-GTTTC-A-TG-GTACCTG-CCCCG-CGGA-----CTGTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGCAAATGCA----TGTGTAA-GTAA-A-TTACT-ACTG-TGCGTTCACA-TCGAC-AA-A-AATACACACACAGGAGCAG-A--A-ATTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAG-T-A-ATTTGCACCTA-CC----TCGG--A----TA-GGTGCAA---AATTAACTTACAGT-GTGC-G-GATT-TGCA--TA-TAAGTAAAT-C-GTTCA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAGC-AAA--AAT--AC-----TTATG-TAT--GCAAATCG-G--TGTCGTA--TGAAT-GGGTA
Reference ( family-200 ) : AATTCG-TATAA--GA---AATCAGTTAAA-C--AT-----A-TCTTG---AA----------------AAGCATTTAGTGAC-ACATC---AATA----------CT--A-ATAGGCGA--T---CGT------ACAAA--AGACT-ATT--TTTCAAAGTTAAAGGGGCGC-CAACTCCA----TTCA-A-A--AATC-ANC--GAACC-GAAACGAAAN---ACTCA----TC---------------CAA-T-AT-ACAC-CTGC-A------A-TACAA-------AA---AA--------ATCAGTTCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--G-T-TTAGAA-AAAAG--TCC-GGA-AA----ACTG-GTCGATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAAAAAT---C--T---AA-CCGAANCGAAA--C-------CATCT-G-TA-----ACTC----ATTAATAT-ACACCATG-CATAC---A---AAATCAGT-------TTCAA----------TATCTCAAGA-CGTNT--AG-----AAAT-AAATGTCTGAACANTA---GCTGCGT---TGCGG-AGGACAGAAGGC--GG-AGAA-GGT----AAAACTA-ATTAGCCCG--A-CAC-TTTGTGGACGGGGCATA-ACTAAGA-GTTTC-A-TG-GTACCTG-CCCCG-CGGA-----CTGTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGCAAATGCA----TGTGTAA-GTAA-A-TTACT-ACTG-TGCGTTCACA-TCGAC-AA-A-AATACACACACAGGAGCAG-A--A-ATTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAG-T-A-ATTTGCACCTA-CC----TCGG--A----TA-GGTGCAA---AATTAACTTACAGT-GTGC-G-GATT-TGCA--TA-TAAGTAAAT-C-GTTCA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAGC-AAA--AAT--AC-----TTATG-TAT--GCAAATCG-G--TGTCGTA--TGAAT-GGGTA
gi|1 : AATTCG-TATAA--GATTAAAT-AG--AAAGC--AT-----AATTTTGTTCAA----------------AATC--CCAAGGACTCCACC---AATA----------CTT-ATATATACGAAAT---TGTCCAATAACAAACAAGACTCATTGCTTTCAA----------GCAC--AA-TCCA----TT-A-A-A--AATC-A-C--TAACCAGAAACTAACT----TTCA----TCTCGTGTGAGCTCTATCAA-TTAT-ACACATTAC-C------A-CACAA-------AG---AA---------TGAGTTCA--A-T--A-TC-----TCAAA-A-G--C----T-GTAGGA-AAAAGA-TCC-GGC-AA----ACTT-GTC-ATA-AC-AGTAA-TT-GC-TCAAA-C-TT---AAA---GGGC-A-CACACATCCATCNNNNNN---N--N---NN-NNNNNNNNNNN--N-------NNNNN-N-NN-----NNNN----NNNNNNNN-NNNNNNNN-NNNNN---N---NNNNNNNN-------NNNNNNNNNNNNAATTATTCCAATA-TATCA--AGAGGTGAAATAAAATGTCTGGATACTA---GCTACGTGTCTGCGACAGGACAGAAGAC--GGAAGAA-GGT----AAAACTA-ATAAGCCCG--A-CAC-TTTGTGGACGGGGCATACACTAAGA-AGTTC-ATTT-GTAACTG-CCCCGACGGAACTGTCTGTAGGAGGTTCCGT--TGATATGCAAATG-A----TGTATAAGGTAA-A-TTACTCATCG-TGCGTTCACA--CGAC-AAGA-AATACAC-CACAGGAGCAG-A--ACATTTGCTTCA-AT-ATACAGT---ATGAAC--AAACAAG-T-A-ATTTG---CT--CC----TC--------------TGCAA---AAT--ACTT--AGT-CTGC-ATGATTCTGCATCTACTAAGTAATT-C-CTTCACTACGAAGAAAA-TTGCAACACTTA-AGT-AAAT----ATAT----------------C-----CTATG-TAT--GCAAATCG-ACTTTCCGCAATTGAAT-GGGTA
gi|11 : TCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-A--C--G-T-TTAGAA----------C-----------ACTG-TTTG-TA-AC-AGTGA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGAC-A-CA-AC-TCCATTAAAAATCAAC--G---AA-CCGAAGCGAAA--C---------TC-----A-----ACTG----ATCAATAT-ACACC-TA-AATAC---AAAGAAATCAG--------TTCAA----------TATCTCAAAG-CGTTT--AG-----AA
gi|11 : -ATT--TTTCAAAGTTAAAGGGACAC--AACTCCA----TT-A-A-A--AATC-AAC--GAACC-GAAGCGAAACTCAACTGA----TC----------------AA-T-AT-ACAC-CTA--A------A-TACAA-------AG---AA--------ATCAGTTCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--G-T-TTAGAA---------C------------ACTG-GTTG-TA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-CT---Acactggttgtaacagtaatttttcaaagcta
gi|12 : tcaatatctcaaaacgtttagaacactgtttgtaacagtgC-CTGCTG------A-TATAA-------AATTCGA--------ATT--TTCA--AAT--A-TC-----TC-AA-AAG--CCAG-TGTTAAAA-AAAAGGATCC-GGG-AA----ACTG-GTCGATA-AC---TAA-TTAAT-TCAAATGTTT---CAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCA
gi|13 : ccataaatactcaacgaagccaaaaactcagtcgcttcatgctcgtgtaactgcattggatgaattagtcagT-G-TA-----ACTG----ATTAATAT-ACACCTTC-AATACCAAA---AAATCAG---------TCAA----------TATCg
gi|13 : gaaactcgggctttaactAA-T-AT-ACAC-CTTC-A------A-TACCA-------AA---AA--------ATCAG-TCA--A-T--A-TCCTTTTTC-AG-A-GCTC--GTT-TTAGGA-AATAGT-TCC-GGA-AA----ACTGCGTC-ATA-TCAAGTAA-AT-TT-TCAAA----T---AAA--GGGACGA-CA-AC-TCCATCAAActttttcagagctcgttttaggaaatagttccggaaaactgcgtcatatcaagtaaattttcaaataaagggacgacaactccatcaaa
gi|14 : gaaactcgggctttaacttgtaactgattTGTACCTA-CCC---TTGACTA----TA-GGTGCAA---A-----TTTACTG--GTGCTG-GATT-------------------------CA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACC-----T-GAATTTACACACAAGCAAAA--AAT--AT-----TTATG-TGTAAACAAATC--G--TGTCGTT--TTAGT-GGG
gi|15 : taatttgtacaTACA----TGTGTAA----A-A-TT--T-GCTG-CGCGTTCACA-T-GACGAA-A-AATACAC---TAGGAGTGA-A--T-ATTTAC-----AT-C-----T-------GC--AA--AAG-T-ATATTTACATTTG-C-----------A----TA-TATGCAG---AATT
gi|16 : CTA-CC----TTGG--ACGTATA-GGTGCCA---AAT---CTTAAATA-GTGCTG-GATT----------------AA--------A-TACGACAAAAAATTG--ACACC---ACTGAAATTTACACATACGC-AAAATAATTGAT-----TAATG-TAT--AC-AATC--G--TGTCGTT--TGAAT-GGGtgcaccccatgagtaaatcatcgcatgtgaacgg
gi|17 : caCTG-TGCATTTGTA-T-GAC-AA-ACAATACACAGA-AGGGGCAT-A--A-ACTT-CTCTACATCA-----C---GTGAGC--AA--AAG-TGA-ATTTGCACCTA-CC----CCTG--A----T---TCGCAGCC-AATTTACTTACA-T-GTGCAG-GATT-TG
gi|18 : --A-T--A-TC-----TC-AA-T-G--T--A-T-TTCGA------G--T-------AA----ACTG-GTC-ATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCGAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAAAAAT---CATT---AA-CC----TGGGA--C-------AATCT-G-TA-----ACTC----ATTAATAT-ACACCAT
gi|19 : TTCGATATAA--GA---AATCAGTTAAA-TCAATTCAAGA-TTCTG---AA----------------AAGCGTTTTGTGAC-GCATC---AAGAAATCTGATTTTT--A-ATAGGCAA--T---Cta
gi|2 : caactataaat---AATTAGTTAAA-A--TT-----A-TCTTG---AAGGCTTCACTATCTTGCAAG-ATTCGTTGAC-ACATC---AATA----------CT--G-ATATGGGC--T---TAT------ACAAA--AGAC--ATG--ATTCAAAGT-AAAGGGGCAC-CAACTCTA----TTCA-A-ATAAATC-ACC--GAACC-CAAACGAAAT---ATTCA----TC---------------CAA-T-AA-ACACGCTAC-A------G-TACAACC-----AA---AA--------GGAAGTTCAGAA-T--AGTC-----TC-AA-A-G--C--G-T-TTAGTA-AAAAG--TCC-TGAGAA----ATTG-GTCAATA-AC-AGTAT-TT-TC-TCAAA---CT---AA----GGAC-A-CA-AA-CCCATCGAAAAT---T--C---AA-CCGATCCGAAA--TG------CAGCT-GGTACTTGTACTCTTA-ATTAATAT-ACACCGTG-CACAC---A---AAATCAGT-------TTCAA-----------ATCTCAAGA-CGTGT--AG-----AGAT-AAATGTATGAACAGAACATGCT-CGT---TACGGGAGGA-AGAAGGCCCGG-AGAA-GATTCCTAAAACTT-ATTTGCTCGCGA-CAC-TTTATGGA-GGGGTATAGACTAATA-GTTTC-A-TGCGTAC-TG-CCC-G--GGA-----CT-TA-GAG-TTTTGTCTTGA-A-GAAAATGCA----T-TGTAA-GTCA-A-TT-CT-A-TG-TGCGTTCCCACTCAAC-AG-A-AATATACATACAGATGCAG-A--A-ATTTCCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAG-T-A-TATTGCACCTA-CC----TTGG--A----TA-GGTGCAA---AATTAACTTACAGT-GTGC-G-GATT-TGCA--TG-TAAGTAAAT-C-GTTCA-TGCGAC---AA-TTGC-ACACCTACAGT-AAATTTACACATAAG--AAA--AAT--AC-----TTATGATAT--GCAAATCG-G--T-TCTTA--TAAAT-GAGTAaagatatgcaagcaaaaa
gi|20 : A-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGAC-A-CA-TC-TCCATCAAAAAT---C--TACAAA-CCGAAACAAAA--CTCAGAGTCATTTGG-TA-----ACTCAATAATTAATAT-AAACCAT----TAC---A---a
gi|21 : tggacaaTGAGCGAAA--AAG-T-A-ATTTAAACTTA-CCGCAGTCTG--A----CAAGGAGCAA-----TT---TTACA------------TT-TGCA--TA-TATTCAAAT-CAGTTCA-TACAACAAGAA-GTGC-ACACCCA-AAT-AAATTTACAC
gi|22 : -GATC-TGCA--TC-TA------T-C--TGCA-TACGACAAG---TTGC-ACACCTA-AGT----TTTACACATAAGC-AAAC-AAT--AC-----TTATG-CAT--GCAAAT-G-G--TGTCGTA--TGAATCGGGTA
gi|23 : aTCA-A-A--AATC-AAT--GAACC-AAAAC--AAA---ACTCAAACTTC---------------AAA-G-AT-CCAC-CTGT-ATTGTATA-CACAAGCATACCAA---AA--------ATCAATTAA--A-T--A-TT-----TC-AA-A-A--C--G-T-TTAGAttaataacctga
gi|24 : ca---ACTCC----TT---------------CA--T-AT-ACAT-CATC-A------T-TCCAA-------AC---A----------TCAGTTCA--A-C--A-AC-----TC-AT-A-T--C--A-T-TCAGGA-AAAAG--TCT-GGA-AA----ACTG-GTC-ATA-ccatg
gi|25 : gaaactcaaactcaatctgtaT-ACCA-TGCGTTCAT--TCGAC-CA-A-GTT-TACATACAGGAGCAGAA--A-AATTGCTTT---T---------------GC----------T-C-ATTTACACCTA-CC----CCAG--AC---TG-GGTATAATTTGATTAA
gi|26 : TCA--A-T--A-TC-----TC-AT-A-G--C--AAT-TTA-------------C-G-A-AA----ATTG-GTC-ATATAC-AGTAA-TT-TT-TCAGA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAA
gi|28 : ctgattaatatacaccT--TTTCAAAGTTAAAGGGGAGCACAACT-CA----TTCA-ACA--AATCAAGT--GAACC-CAAACAAAAA---ACTCAAACTTC---------------GAAGT-AT-CCAC-C
gi|29 : tctgaTAA-TT-TT-TCAAA-A-TA---AAAAGGGGGT-A-CA-TC-TCCATAAAAAAT---C------AT-CCAACTCG--------------ATCT-G-TA-----ACTT----AT--AT-T-ACACCA-G-CATAC---
gi|3 : ---C--T---AATCCGAAAC--AA--CTTT----CATTT-G--A-----CCTC----ATTAACATTACCTC-TGTCATACGT-A---AAATCAGT-------TT-AA----------TATCTCAAGAGCTTTTCGAG-----AAA
gi|3 : aCTCA----TT----------------AA-C-ATTACCT-CTGT-C------A-TACGT-------AA---AA---------TCAGTTTA--A-T--A-TC-----TC-AAGA-G--C--T-T-TTCGAG-AAAGG--TCCAAGA-AA----ACTT-GGCTGTA-A--AGTAC-TT-TT-TCAAA-A-TC---AAC--GCGAC-ACCA-ACTTCCATAAANNNN---N--N---NN-NNNNNNNNNNN--N-------NNNNN-N-NN-----NNNN----NNNNNNNN-NNNNNNNN-NNNNN---N---NNNNNNNNNNNNNNGTTGAATTTAGT----TATCTCAAGA-AGTGT--AG-----GGA--AA--GTC--ACCAATA---GCTGGGT---------AAGACAGGA-GC--GG-ACAAGGGT----AACATTATATTATCCCG--ACCACTTTTGTGG-CGGGGggtccaagaaaacttggctgtaaagtactttttcaaaatcaacgcgacaccaacttccataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaatttagttatctcaagaagtgtagggaaagtcaccaatagctgggtaagacaggagcggacaagggtaacattatattatcccgaccacttttgtggcggggt
gi|30 : actaatccgaaacaactttcatttgacA-GTTCT-T-TG-GCACCTAACCTCA-TGGA-----CTTTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGGAAATGCA----TGTGTAA-GTAA-A-t
gi|32 : tagga--------ATCAGTTAA--G-T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--A-T-ATAGTA-AAAAG--TCT-AGA-AA----ACTG-GTC-ATA-AC---TAATTT-TT-TCAAA-
gi|33 : tgTCAAAGTTAAAGGGGCA--CAACTCCA----TTAA-A-A--AATC-ATCATGAACC-G-AAC--AAA---ACTCA----a
gi|34 : AATACA----TGCCTAA-GTAA-A-T-A-T-ACTG-TGCGTTCAC---CAAT-AA-A-A-CATACACACAGGAGCAA-AATA-ATTTaacctcgatctga
gi|35 : TAGAATAAAAG--TCC-AGA-AA----ACTG-GTC-ATA-AT-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TTAAAAAA--GGGAC-A-CA-AC-TCC
gi|36 : AAAG--TCC-GGA-AA----ACTA-GTCG-TA-GC-AGTCA-TC-TTATCAA--G-TT---AAA--GGGTC-A-CA-AC-TCC
gi|38 : cGAA-AAAAG--TCT-GGA-AA----ACTG-GTTG-TA-AC---TAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-
gi|39 : A-AC-AGTAA-TT-TT-TATAG-G-TT---AAA--GGGAC-A-CA-AC-TCCATCAAAGAC---C--
gi|4 : AATTTC-TATAAAAGA---AATCAGTTCAA-----T-----A-TCTTG---AA----------------AAGTATTTAGTGAT-ACATC---AA---------------------GG----------GT------AC------------TT--TTTAAAAGTTGAAGGGGCAC--AACTCCAACAATTNN-N-N--NNNN-NNN--NNNNN-NNNNNNNNNN---NNNNN----NN---------------NNN-N-NN-NNNN-NNNN-N------N-NNNNN-------NN---NNNNNNNNNCATCCGTTCA----T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--A-T-TTACAA-AACAG--TCT-GGA-AATTAAACTG-GTC-ATA-AC-AATAA-TT-TT-TCAAA-A-TT---AAA--GGAGC-A-CA-AC-TCCA----------------------CAAATCGAAACTC-------CATCT-G-TA-----ACTC----ATTAATAT-ACATCAT------C---A---AAA
gi|40 : gtgtcaacct-ACAC-CTGC-A--------TACAT-------AA---AA--------A--AGTTCA--A-T--A-TC-----TC-TA-A-G--G--G-T-TTATAA-ca
gi|41 : A----ACTG-GCC-ATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---CAT--GGTGC-A-TA-
gi|5 : AAGAAGTTTT-A-TG-GTGCCTG-CCCCG-CGGA-----CTGTA-GAGGTTTTGC--T-------AAATGCA----TATGCAA-GTAG-A-TT--T-ACTG-TGCGTTCACA--CGAC-AA-G-AA-ATACACACAGGAGCAGAA--A-ATTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--ACGTT-A-ATTTGCACCTACCC----TTGA--C----TA-GGTGC-A---AATTAACTTA-GGT-GTGCAA-GATT-TGCA--TA-TAAGTAAATCC-GTTCA-TATGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAGCAAAA--AAT--ACTTAAGTTATG-TAT--GCAAATC--G--TGTCGTA--TGACT-GGG
gi|6 : TAAGA-ATTCT-A-TG-GTACCTG-CCCCG-CGGA-----C-GTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGCAAATGCA----TATGTAA-GTAA-A-TTACT----G-TGCGTTCACA--CGAC-AAGA-AATAC-CACACAGGAGCAG-A--A-ATTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAG-TTA-ATTTGCACTTA-CCC---TTGAC-A----TA-GGTGCAA---A-TTAACTT--AGTGGTGCAG-GATT-TGC---TA-TAAGTAAATCC-GTTCA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAAC-AAA--AAA--TC-----TTATG-CAT--GCAAATCGTG--TGTCGTA--TGAAT-GGGTgtatta
gi|7 : TTTG-TATAA--TA---AATCAGTTCAA-C---------A-TTTTG---AA----------------AAGCATTTACTG
gi|8 : ctttggttcaggtgagctaaaaacactagatgtgtctgactgtcagcacaacaccaatgccccctcctgcaatgaaggaaacacatgtacctaaggttgatcaagttatacccagaaaataaaaaggacaatttttttttaaatccaagggtcaactccatt-TATAA--GA---AATCAGTTAAA-----T-----A-TCTCA---AA----------------AATCATTTAGTGAC-ACATCAAGAATA----------CTGAA-ATAGGCAA--TCTGCAT------ACAAA--AAGTTAATT--TTTCAAAGTTAAA-GGGCG--CAACTCCA-------ACA-A--AATC-AAT--GAAAT-GGAAC
gi|8 : ctaGC-A------ACTCCAA-------CA---AA--------ATCAATGAA--A-TGGA-AC-----AC-AA-A-G--C--G-T-TCAGAA-AAAAG--TTT--GA-TA----ACTG-GTTG-TA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGacaaagcgttcagaaaaaagtttgataactggttgtaacagtaatttttcaaagttaaaggg
gi|9 : ctatataagaaatcagttaaatatctcaaaaatcatttagtgacacatcaagaatactgaaataggcaatctgcatacaaaaagttaatttttcaaagttaaagggcAC-TTTGTGGCTGGGGCATA-A-TAGGG-ATTTCTT-TG-GCACCTG--CCCG-CGGA-----CAGAA-GA-GTTTCGTA-AGA-ATGCAAATGCAATGGTGTTT-A-GTAATATTTAC--ACTGATGCGTTCACA--CGAC-AA-A-AAAATAC-------------A--A-TTTTGCTTCA-CT-A-----TTTAATGAGC--AA--ATG-T-T-AATTGC-CCTA-CC----TTGA--C----TA-GATGT-A---AATTTACTT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TCAAGTGAAGAAATCCTAAGCACTCCAGGAGATGGAAAACACTAATTTTTCCAAATCCAAGAATTCAACTTAATTTCTATATTAAAAAAATCAGCTTCAAATACCTTTAAATACATTCTAGGAAACATTAAAAATGCTAAAATTTACCGTTCCCATAACAAAGTGCAGTAAAGGGGTACCAACTCAGCAACAA
Unaligned ( gi|27 ): TAATTCCAATGAAGGAAATCCCTAAGGTCAAAAATTGAAAGTAATATTTTTTTTAAATCCAATGGTCAACACAATTTCTATGTAAGAAATC
Unaligned ( gi|31 ): ATAGCAAATATACTTTTACACATATGCCAAGTTTGCACACCGTGAGTAAATCAGCGCATGTGAACGGGGATT
Unaligned ( gi|37 ): GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT
Unaligned ( gi|42 ): TTTGCATATATAAGGCAGAATTTGCACCCCATGAGTAA
Unaligned ( gi|43 ): GAACCTTCGGTTCAGGTGAGCTAACAACATTACATAC
Unaligned ( gi|44 ): ACTGAAATAGGTAATCTGCATACAAAAAGTCAAT
Alignments
lowQualScore : 11 111 333333333333333 111 111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2222 1111111 1111 1 4444444444444444444444 1111111111 11111111111111111111111 22 33333333333333333333333333333333333 11111 1111 2222222222222222 55555555555555555555555 11 2222222222 222 1 666666666 11 1 1 2222 1 2222 1 11 2 111 11111 11 1111 1111 2222 222222222222 333333333333333 11111111 111111 222 3333333333333333333 11 11111111111111 11111
lowQualScore : 8 11 444 0 0 555555555555555 111 6 1 1 8 444 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 99 1 0 2222 4444444 5 5 66 5 0000 5 0 1 9999 7777777777777777777777 555 4 7 5555555555 88888888888888888888888 33 2 33 2 66666 2 2 2 33 9999 2 33 0 88 66 2 5555 2 55 2 2 2 2 2 333 333 33 2 2 2 5 44444444444444444444444444444444444 4 44 00000 5555 4 1111111111111111 99999999999999999999999 8 1 11 2222222222 7 7 1 333 2 111111111 6 6 88 3 3 8888 3 2222 0 55 6 6 6 333 6 6 77 66666 66 6 55 6 3 2 0000 0 5 5 5 8888 0 4 2222 4 8 4 1 99 0 8 66 4 1 55 444444444444 66 66 4 999 3 222222222222222 3 2 33333333 999999 666 66 2222222222222222222 5 5 5 777 5 22 55555555555555 5 77 77777 0 77 5
lowQualScore : . .. ... . . ............... ... . . . . ... ...................................................... .. . . .... ....... . . .. . .... . . . .... ...................... ... . . .......... ....................... .. . .. . ..... . . . .. .... . .. . .. .. . .... . .. . . . . . ... ... .. . . . . ................................... . .. ..... .... . ................ ....................... . . .. .......... . . . ... . ......... . . .. . . .... . .... . .. . . . ... . . .. ..... .. . .. . . . .... . . . . .... . . .... . . . . .. . . .. . . .. ............ .. .. . ... . ............... . . ........ ...... ... .. ................... . . . ... . .. .............. . .. ..... . .. .
lowQualScore : 0 00 000 8 6 555555555555555 777 7 7 0 0 000 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22 4 7 9999 3333333 0 0 99 0 1111 0 2 7 8888 9999999999999999999999 333 0 3 5555555555 22222222222222222222222 77 7 77 7 77777 7 7 7 77 3333 7 22 1 44 44 5 0000 4 22 1 2 1 1 1 999 999 22 5 5 5 7 22222222222222222222222222222222222 0 33 00000 5555 0 5555555555555555 77777777777777777777777 0 0 00 7777777777 3 3 0 333 0 333333333 7 7 33 3 3 3333 3 7777 0 88 7 7 7 000 7 7 77 77777 00 7 88 7 2 5 6666 2 0 0 0 4444 1 4 9999 4 9 4 0 22 1 9 11 4 4 11 222222222222 11 11 4 999 6 666666666666666 6 1 88888888 000000 666 33 9999999999999999999 0 0 0 111 0 11 44444444444444 7 99 33333 7 99 7
consensus : AATTCG-TATAA--GA---AATCAGTTAAACTA--------T---CTTG---AAAAGCATTTAGTGAC-ACATC---AATA----------CT--A-ATAGGCGA--T---CGT------ACAAA--AGACT-ATT--TTTCAAAGTTAAAGGGGCGC-CAACTCCA----TTCA-A-A--AATC-ANC--GAACC-GAAACGAAAN---ACTCA----TC---------------CAA-T-AT-ACAC-CTGC-A------A-TACAA-------AA---AA--------ATCAGTTCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--G-T-TTAGAA-AAAAG--TCC-GGA-AA----ACTG-GTCGATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAAAAAT---C--T---AA-CCGAANCGAAA--C-------CATCT-G-TA-----ACTC----ATTAATAT-ACACCATG-CATAC---A---AAATCAGT-------TTCAA----------TATCTCAAGA-CGTNT--AG-----AAAT-AAATGTCTGAACANTA---GCTGCGT---TGCGG-AGGACAGAAGGC--GG-AGAA-GGT----AAAACTA-ATTAGCCCG--A-CAC-TTTGTGGACGGGGCATA-ACTAAGA-GTTTC-A-TG-GTACCTG-CCCCG-CGGA-----CTGTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGCAAATGCA----TGTGTAA-GTAA-A-TTACT-ACTG-TGCGTTCACA-TCGAC-AA-A-AATACACACACAGGAGCAG-A--A-ATTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAG-T-A-ATTTGCACCTA-CC----TCGG--A----TA-GGTGCAA---AATTAACTTACAGT-GTGC-G-GATT-TGCA--TA-TAAGTAAAT-C-GTTCA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAGC-AAA--AAT--AC-----TTATG-TAT--GCAAATCG-G--TGTCGTA--TGAAT-GGGTA
Reference ( family-200 ) : AATTCG-TATAA--GA---AATCAGTTAAACTA--------T---CTTG---AAAAGCATTTAGTGAC-ACATC---AATA----------CT--A-ATAGGCGA--T---CGT------ACAAA--AGACT-ATT--TTTCAAAGTTAAAGGGGCGC-CAACTCCA----TTCA-A-A--AATC-ANC--GAACC-GAAACGAAAN---ACTCA----TC---------------CAA-T-AT-ACAC-CTGC-A------A-TACAA-------AA---AA--------ATCAGTTCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--G-T-TTAGAA-AAAAG--TCC-GGA-AA----ACTG-GTCGATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAAAAAT---C--T---AA-CCGAANCGAAA--C-------CATCT-G-TA-----ACTC----ATTAATAT-ACACCATG-CATAC---A---AAATCAGT-------TTCAA----------TATCTCAAGA-CGTNT--AG-----AAAT-AAATGTCTGAACANTA---GCTGCGT---TGCGG-AGGACAGAAGGC--GG-AGAA-GGT----AAAACTA-ATTAGCCCG--A-CAC-TTTGTGGACGGGGCATA-ACTAAGA-GTTTC-A-TG-GTACCTG-CCCCG-CGGA-----CTGTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGCAAATGCA----TGTGTAA-GTAA-A-TTACT-ACTG-TGCGTTCACA-TCGAC-AA-A-AATACACACACAGGAGCAG-A--A-ATTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAG-T-A-ATTTGCACCTA-CC----TCGG--A----TA-GGTGCAA---AATTAACTTACAGT-GTGC-G-GATT-TGCA--TA-TAAGTAAAT-C-GTTCA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAGC-AAA--AAT--AC-----TTATG-TAT--GCAAATCG-G--TGTCGTA--TGAAT-GGGTA
gi|1 : AATTCG-TATAA--GATTAAAT-AG--AAAGCA--------TAATTTTGTTCAAAATC--CCAAGGACTCCACC---AATA----------CTT-ATATATACGAAAT---TGTCCAATAACAAACAAGACTCATTGCTTTCAA----------GCAC--AA-TCCA----TT-A-A-A--AATC-A-C--TAACCAGAAACTAACT----TTCA----TCTCGTGTGAGCTCTATCAA-TTAT-ACACATTAC-C------A-CACAA-------AG---AA---------TGAGTTCA--A-T--A-TC-----TCAAA-A-G--C----T-GTAGGA-AAAAGA-TCC-GGC-AA----ACTT-GTC-ATA-AC-AGTAA-TT-GC-TCAAA-C-TT---AAA---GGGC-A-CACACATCCATCNNNNNN---N--N---NN-NNNNNNNNNNN--N-------NNNNN-N-NN-----NNNN----NNNNNNNN-NNNNNNNN-NNNNN---N---NNNNNNNN-------NNNNNNNNNNNNAATTATTCCAATA-TATCA--AGAGGTGAAATAAAATGTCTGGATACTA---GCTACGTGTCTGCGACAGGACAGAAGAC--GGAAGAA-GGT----AAAACTA-ATAAGCCCG--A-CAC-TTTGTGGACGGGGCATACACTAAGA-AGTTC-ATTT-GTAACTG-CCCCGACGGAACTGTCTGTAGGAGGTTCCGT--TGATATGCAAATG-A----TGTATAAGGTAA-A-TTACTCATCG-TGCGTTCACA--CGAC-AAGA-AATACAC-CACAGGAGCAG-A--ACATTTGCTTCA-AT-ATACAGT---ATGAAC--AAACAAG-T-A-ATTTG---CT--CC----TC--------------TGCAA---AAT--ACTT--AGT-CTGC-ATGATTCTGCATCTACTAAGTAATT-C-CTTCACTACGAAGAAAA-TTGCAACACTTA-AGT-AAAT----ATAT----------------C-----CTATG-TAT--GCAAATCG-ACTTTCCGCAATTGAAT-GGGTA
gi|11 : TCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-A--C--G-T-TTAGAA----------C-----------ACTG-TTTG-TA-AC-AGTGA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGAC-A-CA-AC-TCCATTAAAAATCAAC--G---AA-CCGAAGCGAAA--C---------TC-----A-----ACTG----ATCAATAT-ACACC-TA-AATAC---AAAGAAATCAG--------TTCAA----------TATCTCAAAG-CGTTT--AG-----AA
gi|11 : -ATT--TTTCAAAGTTAAAGGGACAC--AACTCCA----TT-A-A-A--AATC-AAC--GAACC-GAAGCGAAACTCAACTGA----TC----------------AA-T-AT-ACAC-CTA--A------A-TACAA-------AG---AA--------ATCAGTTCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--G-T-TTAGAA---------C------------ACTG-GTTG-TA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-CT---Acactggttgtaacagtaatttttcaaagcta
gi|12 : tcaatatctcaaaacgtttagaacactgtttgtaacagtgC-CTGCTG------A-TATAA-------AATTCGA--------ATT--TTCA--AAT--A-TC-----TC-AA-AAG--CCAG-TGTTAAAA-AAAAGGATCC-GGG-AA----ACTG-GTCGATA-AC---TAA-TTAAT-TCAAATGTTT---CAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCA
gi|13 : ccataaatactcaacgaagccaaaaactcagtcgcttcatgctcgtgtaactgcattggatgaattagtcagT-G-TA-----ACTG----ATTAATAT-ACACCTTC-AATACCAAA---AAATCAG---------TCAA----------TATCg
gi|13 : gaaactcgggctttaactAA-T-AT-ACAC-CTTC-A------A-TACCA-------AA---AA--------ATCAG-TCA--A-T--A-TCCTTTTTC-AG-A-GCTC--GTT-TTAGGA-AATAGT-TCC-GGA-AA----ACTGCGTC-ATA-TCAAGTAA-AT-TT-TCAAA----T---AAA--GGGACGA-CA-AC-TCCATCAAActttttcagagctcgttttaggaaatagttccggaaaactgcgtcatatcaagtaaattttcaaataaagggacgacaactccatcaaa
gi|14 : gaaactcgggctttaacttgtaactgattTGTACCTA-CCC---TTGACTA----TA-GGTGCAA---A-----TTTACTG--GTGCTG-GATT-------------------------CA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACC-----T-GAATTTACACACAAGCAAAA--AAT--AT-----TTATG-TGTAAACAAATC--G--TGTCGTT--TTAGT-GGG
gi|15 : taatttgtacaTACA----TGTGTAA----A-A-TT--T-GCTG-CGCGTTCACA-T-GACGAA-A-AATACAC---TAGGAGTGA-A--T-ATTTAC-----AT-C-----T-------GC--AA--AAG-T-ATATTTACATTTG-C-----------A----TA-TATGCAG---AATT
gi|16 : CTA-CC----TTGG--ACGTATA-GGTGCCA---AAT---CTTAAATA-GTGCTG-GATT----------------AA--------A-TACGACAAAAAATTG--ACACC---ACTGAAATTTACACATACGC-AAAATAATTGAT-----TAATG-TAT--AC-AATC--G--TGTCGTT--TGAAT-GGGtgcaccccatgagtaaatcatcgcatgtgaacgg
gi|17 : caCTG-TGCATTTGTA-T-GAC-AA-ACAATACACAGA-AGGGGCAT-A--A-ACTT-CTCTACATCA-----C---GTGAGC--AA--AAG-TGA-ATTTGCACCTA-CC----CCTG--A----T---TCGCAGCC-AATTTACTTACA-T-GTGCAG-GATT-TG
gi|18 : --A-T--A-TC-----TC-AA-T-G--T--A-T-TTCGA------G--T-------AA----ACTG-GTC-ATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCGAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAAAAAT---CATT---AA-CC----TGGGA--C-------AATCT-G-TA-----ACTC----ATTAATAT-ACACCAT
gi|19 : TTCGATATAA--GA---AATCAGTTAAATCAATTCAAGAT---TCTG---AAAAGCGTTTTGTGAC-GCATC---AAGAAATCTGATTTTT--A-ATAGGCAA--T---Cta
gi|2 : caactataaatACTA--------T---CTTG---CAAG--ATTCGTTGAC-ACATC---AATA----------CT--G-ATATGGGC--T---TAT------ACAAA--AGAC--ATG--ATTCAAAGT-AAAGGGGCAC-CAACTCTA----TTCA-A-ATAAATC-ACC--GAACC-CAAACGAAAT---ATTCA----TC---------------CAA-T-AA-ACACGCTAC-A------G-TACAACC-----AA---AA--------GGAAGTTCAGAA-T--AGTC-----TC-AA-A-G--C--G-T-TTAGTA-AAAAG--TCC-TGAGAA----ATTG-GTCAATA-AC-AGTAT-TT-TC-TCAAA---CT---AA----GGAC-A-CA-AA-CCCATCGAAAAT---T--C---AA-CCGATCCGAAA--TG------CAGCT-GGTACTTGTACTCTTA-ATTAATAT-ACACCGTG-CACAC---A---AAATCAGT-------TTCAA-----------ATCTCAAGA-CGTGT--AG-----AGAT-AAATGTATGAACAGAACATGCT-CGT---TACGGGAGGA-AGAAGGCCCGG-AGAA-GATTCCTAAAACTT-ATTTGCTCGCGA-CAC-TTTATGGA-GGGGTATAGACTAATA-GTTTC-A-TGCGTAC-TG-CCC-G--GGA-----CT-TA-GAG-TTTTGTCTTGA-A-GAAAATGCA----T-TGTAA-GTCA-A-TT-CT-A-TG-TGCGTTCCCACTCAAC-AG-A-AATATACATACAGATGCAG-A--A-ATTTCCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAG-T-A-TATTGCACCTA-CC----TTGG--A----TA-GGTGCAA---AATTAACTTACAGT-GTGC-G-GATT-TGCA--TG-TAAGTAAAT-C-GTTCA-TGCGAC---AA-TTGC-ACACCTACAGT-AAATTTACACATAAG--AAA--AAT--AC-----TTATGATAT--GCAAATCG-G--T-TCTTA--TAAAT-GAGTAaagatatgcaagcaaaaa
gi|20 : aattagttaaaattatcttgaaggcttcA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGAC-A-CA-TC-TCCATCAAAAAT---C--TACAAA-CCGAAACAAAA--CTCAGAGTCATTTGG-TA-----ACTCAATAATTAATAT-AAACCAT----TAC---A---a
gi|21 : tggacaaTGAGCGAAA--AAG-T-A-ATTTAAACTTA-CCGCAGTCTG--A----CAAGGAGCAA-----TT---TTACA------------TT-TGCA--TA-TATTCAAAT-CAGTTCA-TACAACAAGAA-GTGC-ACACCCA-AAT-AAATTTACAC
gi|22 : -GATC-TGCA--TC-TA------T-C--TGCA-TACGACAAG---TTGC-ACACCTA-AGT----TTTACACATAAGC-AAAC-AAT--AC-----TTATG-CAT--GCAAAT-G-G--TGTCGTA--TGAATCGGGTA
gi|23 : aTCA-A-A--AATC-AAT--GAACC-AAAAC--AAA---ACTCAAACTTC---------------AAA-G-AT-CCAC-CTGT-ATTGTATA-CACAAGCATACCAA---AA--------ATCAATTAA--A-T--A-TT-----TC-AA-A-A--C--G-T-TTAGAttaataacctga
gi|24 : ca---ACTCC----TT---------------CA--T-AT-ACAT-CATC-A------T-TCCAA-------AC---A----------TCAGTTCA--A-C--A-AC-----TC-AT-A-T--C--A-T-TCAGGA-AAAAG--TCT-GGA-AA----ACTG-GTC-ATA-ccatg
gi|25 : gaaactcaaactcaatctgtaT-ACCA-TGCGTTCAT--TCGAC-CA-A-GTT-TACATACAGGAGCAGAA--A-AATTGCTTT---T---------------GC----------T-C-ATTTACACCTA-CC----CCAG--AC---TG-GGTATAATTTGATTAA
gi|26 : TCA--A-T--A-TC-----TC-AT-A-G--C--AAT-TTA-------------C-G-A-AA----ATTG-GTC-ATATAC-AGTAA-TT-TT-TCAGA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAA
gi|28 : ctgattaatatacaccT--TTTCAAAGTTAAAGGGGAGCACAACT-CA----TTCA-ACA--AATCAAGT--GAACC-CAAACAAAAA---ACTCAAACTTC---------------GAAGT-AT-CCAC-C
gi|29 : tctgaTAA-TT-TT-TCAAA-A-TA---AAAAGGGGGT-A-CA-TC-TCCATAAAAAAT---C------AT-CCAACTCG--------------ATCT-G-TA-----ACTT----AT--AT-T-ACACCA-G-CATAC---
gi|3 : ---C--T---AATCCGAAAC--AA--CTTT----CATTT-G--A-----CCTC----ATTAACATTACCTC-TGTCATACGT-A---AAATCAGT-------TT-AA----------TATCTCAAGAGCTTTTCGAG-----AAA
gi|3 : aCTCA----TT----------------AA-C-ATTACCT-CTGT-C------A-TACGT-------AA---AA---------TCAGTTTA--A-T--A-TC-----TC-AAGA-G--C--T-T-TTCGAG-AAAGG--TCCAAGA-AA----ACTT-GGCTGTA-A--AGTAC-TT-TT-TCAAA-A-TC---AAC--GCGAC-ACCA-ACTTCCATAAANNNN---N--N---NN-NNNNNNNNNNN--N-------NNNNN-N-NN-----NNNN----NNNNNNNN-NNNNNNNN-NNNNN---N---NNNNNNNNNNNNNNGTTGAATTTAGT----TATCTCAAGA-AGTGT--AG-----GGA--AA--GTC--ACCAATA---GCTGGGT---------AAGACAGGA-GC--GG-ACAAGGGT----AACATTATATTATCCCG--ACCACTTTTGTGG-CGGGGggtccaagaaaacttggctgtaaagtactttttcaaaatcaacgcgacaccaacttccataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaatttagttatctcaagaagtgtagggaaagtcaccaatagctgggtaagacaggagcggacaagggtaacattatattatcccgaccacttttgtggcggggt
gi|30 : actaatccgaaacaactttcatttgacA-GTTCT-T-TG-GCACCTAACCTCA-TGGA-----CTTTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGGAAATGCA----TGTGTAA-GTAA-A-t
gi|32 : tagga--------ATCAGTTAA--G-T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--A-T-ATAGTA-AAAAG--TCT-AGA-AA----ACTG-GTC-ATA-AC---TAATTT-TT-TCAAA-
gi|33 : tgTCAAAGTTAAAGGGGCA--CAACTCCA----TTAA-A-A--AATC-ATCATGAACC-G-AAC--AAA---ACTCA----a
gi|34 : AATACA----TGCCTAA-GTAA-A-T-A-T-ACTG-TGCGTTCAC---CAAT-AA-A-A-CATACACACAGGAGCAA-AATA-ATTTaacctcgatctga
gi|35 : TAGAATAAAAG--TCC-AGA-AA----ACTG-GTC-ATA-AT-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TTAAAAAA--GGGAC-A-CA-AC-TCC
gi|36 : AAAG--TCC-GGA-AA----ACTA-GTCG-TA-GC-AGTCA-TC-TTATCAA--G-TT---AAA--GGGTC-A-CA-AC-TCC
gi|38 : cGAA-AAAAG--TCT-GGA-AA----ACTG-GTTG-TA-AC---TAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-
gi|39 : A-AC-AGTAA-TT-TT-TATAG-G-TT---AAA--GGGAC-A-CA-AC-TCCATCAAAGAC---C--
gi|4 : AATTTC-TATAAAAGA---AATCAGTTCAA-TA--------T---CTTG---AAAAGTATTTAGTGAT-ACATC---AA---------------------GG----------GT------AC------------TT--TTTAAAAGTTGAAGGGGCAC--AACTCCAACAATTNN-N-N--NNNN-NNN--NNNNN-NNNNNNNNNN---NNNNN----NN---------------NNN-N-NN-NNNN-NNNN-N------N-NNNNN-------NN---NNNNNNNNNCATCCGTTCA----T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--A-T-TTACAA-AACAG--TCT-GGA-AATTAAACTG-GTC-ATA-AC-AATAA-TT-TT-TCAAA-A-TT---AAA--GGAGC-A-CA-AC-TCCA----------------------CAAATCGAAACTC-------CATCT-G-TA-----ACTC----ATTAATAT-ACATCAT------C---A---AAA
gi|40 : gtgtcaacct-ACAC-CTGC-A--------TACAT-------AA---AA--------A--AGTTCA--A-T--A-TC-----TC-TA-A-G--G--G-T-TTATAA-ca
gi|41 : A----ACTG-GCC-ATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---CAT--GGTGC-A-TA-
gi|5 : AAGAAGTTTT-A-TG-GTGCCTG-CCCCG-CGGA-----CTGTA-GAGGTTTTGC--T-------AAATGCA----TATGCAA-GTAG-A-TT--T-ACTG-TGCGTTCACA--CGAC-AA-G-AA-ATACACACAGGAGCAGAA--A-ATTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--ACGTT-A-ATTTGCACCTACCC----TTGA--C----TA-GGTGC-A---AATTAACTTA-GGT-GTGCAA-GATT-TGCA--TA-TAAGTAAATCC-GTTCA-TATGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAGCAAAA--AAT--ACTTAAGTTATG-TAT--GCAAATC--G--TGTCGTA--TGACT-GGG
gi|6 : TAAGA-ATTCT-A-TG-GTACCTG-CCCCG-CGGA-----C-GTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGCAAATGCA----TATGTAA-GTAA-A-TTACT----G-TGCGTTCACA--CGAC-AAGA-AATAC-CACACAGGAGCAG-A--A-ATTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAG-TTA-ATTTGCACTTA-CCC---TTGAC-A----TA-GGTGCAA---A-TTAACTT--AGTGGTGCAG-GATT-TGC---TA-TAAGTAAATCC-GTTCA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAAC-AAA--AAA--TC-----TTATG-CAT--GCAAATCGTG--TGTCGTA--TGAAT-GGGTgtatta
gi|7 : TTTG-TATAA--TA---AATCAGTTCAAC-A--------T---TTTG---AAAAGCATTTACTG
gi|8 : ctttggttcaggtgagctaaaaacactagatgtgtctgactgtcagcacaacaccaatgccccctcctgcaatgaaggaaacacatgtacctaaggttgatcaagttatacccagaaaataaaaaggacaatttttttttaaatccaagggtcaactccatt-TATAA--GA---AATCAGTTAAA-TA--------T---CTCA---AAAATCATTTAGTGAC-ACATCAAGAATA----------CTGAA-ATAGGCAA--TCTGCAT------ACAAA--AAGTTAATT--TTTCAAAGTTAAA-GGGCG--CAACTCCA-------ACA-A--AATC-AAT--GAAAT-GGAAC
gi|8 : ctaGC-A------ACTCCAA-------CA---AA--------ATCAATGAA--A-TGGA-AC-----AC-AA-A-G--C--G-T-TCAGAA-AAAAG--TTT--GA-TA----ACTG-GTTG-TA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGacaaagcgttcagaaaaaagtttgataactggttgtaacagtaatttttcaaagttaaaggg
gi|9 : ctatataagaaatcagttaaatatctcaaaaatcatttagtgacacatcaagaatactgaaataggcaatctgcatacaaaaagttaatttttcaaagttaaagggcAC-TTTGTGGCTGGGGCATA-A-TAGGG-ATTTCTT-TG-GCACCTG--CCCG-CGGA-----CAGAA-GA-GTTTCGTA-AGA-ATGCAAATGCAATGGTGTTT-A-GTAATATTTAC--ACTGATGCGTTCACA--CGAC-AA-A-AAAATAC-------------A--A-TTTTGCTTCA-CT-A-----TTTAATGAGC--AA--ATG-T-T-AATTGC-CCTA-CC----TTGA--C----TA-GATGT-A---AATTTACTT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TCAAGTGAAGAAATCCTAAGCACTCCAGGAGATGGAAAACACTAATTTTTCCAAATCCAAGAATTCAACTTAATTTCTATATTAAAAAAATCAGCTTCAAATACCTTTAAATACATTCTAGGAAACATTAAAAATGCTAAAATTTACCGTTCCCATAACAAAGTGCAGTAAAGGGGTACCAACTCAGCAACAA
Unaligned ( gi|27 ): TAATTCCAATGAAGGAAATCCCTAAGGTCAAAAATTGAAAGTAATATTTTTTTTAAATCCAATGGTCAACACAATTTCTATGTAAGAAATC
Unaligned ( gi|31 ): ATAGCAAATATACTTTTACACATATGCCAAGTTTGCACACCGTGAGTAAATCAGCGCATGTGAACGGGGATT
Unaligned ( gi|37 ): GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT
Unaligned ( gi|42 ): TTTGCATATATAAGGCAGAATTTGCACCCCATGAGTAA
Unaligned ( gi|43 ): GAACCTTCGGTTCAGGTGAGCTAACAACATTACATAC
Unaligned ( gi|44 ): ACTGAAATAGGTAATCTGCATACAAAAAGTCAAT
Alignments
lowQualScore : 11 111 333333333333333 111 111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2222 1111111 1111 1 4444444444444444444444 1111111111 11111111111111111111111 22 33333333333333333333333333333333333 11111 1111 2222222222222222 55555555555555555555555 11 2222222222 222 1 666666666 11 1 1 2222 1 2222 1 11 2 111 11111 11 1111 1111 2222 222222222222 333333333333333 11111111 111111 222 3333333333333333333 11 11111111111111 11111
lowQualScore : 8 11 444 0 0 555555555555555 111 6 1 1 8 444 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 99 1 0 2222 4444444 5 5 66 5 0000 5 0 1 9999 7777777777777777777777 555 4 7 5555555555 88888888888888888888888 33 2 33 2 66666 2 2 2 33 9999 2 33 0 88 66 2 5555 2 55 2 2 2 2 2 333 333 33 2 2 2 5 44444444444444444444444444444444444 4 44 00000 5555 4 1111111111111111 99999999999999999999999 8 1 11 2222222222 7 7 1 333 2 111111111 6 6 88 3 3 8888 3 2222 0 55 6 6 6 333 6 6 77 66666 66 6 55 6 3 2 0000 0 5 5 5 8888 0 4 2222 4 8 4 1 99 0 8 66 4 1 55 444444444444 66 66 4 999 3 222222222222222 3 2 33333333 999999 666 66 2222222222222222222 5 5 5 777 5 22 55555555555555 5 77 77777 0 77 5
lowQualScore : . .. ... . . ............... ... . . . . ... ...................................................... .. . . .... ....... . . .. . .... . . . .... ...................... ... . . .......... ....................... .. . .. . ..... . . . .. .... . .. . .. .. . .... . .. . . . . . ... ... .. . . . . ................................... . .. ..... .... . ................ ....................... . . .. .......... . . . ... . ......... . . .. . . .... . .... . .. . . . ... . . .. ..... .. . .. . . . .... . . . . .... . . .... . . . . .. . . .. . . .. ............ .. .. . ... . ............... . . ........ ...... ... .. ................... . . . ... . .. .............. . .. ..... . .. .
lowQualScore : 0 00 000 8 6 555555555555555 777 7 7 0 0 000 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22 4 7 9999 3333333 0 0 99 0 1111 0 2 7 8888 9999999999999999999999 333 0 3 5555555555 22222222222222222222222 77 7 77 7 77777 7 7 7 77 3333 7 22 1 44 44 5 0000 4 22 1 2 1 1 1 999 999 22 5 5 5 7 22222222222222222222222222222222222 0 33 00000 5555 0 5555555555555555 77777777777777777777777 0 0 00 7777777777 3 3 0 333 0 333333333 7 7 33 3 3 3333 3 7777 0 88 7 7 7 000 7 7 77 77777 00 7 88 7 2 5 6666 2 0 0 0 4444 1 4 9999 4 9 4 0 22 1 9 11 4 4 11 222222222222 11 11 4 999 6 666666666666666 6 1 88888888 000000 666 33 9999999999999999999 0 0 0 111 0 11 44444444444444 7 99 33333 7 99 7
consensus : AATTCG-TATAA--GA---AATCAGTTAAACTA--------T---CTTG---AAAAGCATTTAGTGAC-ACATC---AATA----------CT--A-ATAGGCGA--T---CGT------ACAAA--AGACT-ATT--TTTCAAAGTTAAAGGGGCGC-CAACTCCA----TTCA-A-A--AATC-ANC--GAACC-GAAACGAAAN---ACTCA----TC---------------CAA-T-AT-ACAC-CTGC-A------A-TACAA-------AA---AA--------ATCAGTTCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--G-T-TTAGAA-AAAAG--TCC-GGA-AA----ACTG-GTCGATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAAAAAT---C--T---AA-CCGAANCGAAA--C-------CATCT-G-TA-----ACTC----ATTAATAT-ACACCATG-CATAC---A---AAATCAGT-------TTCAA----------TATCTCAAGA-CGTNT--AG-----AAAT-AAATGTCTGAACANTA---GCTGCGT---TGCGG-AGGACAGAAGGC--GG-AGAA-GGT----AAAACTA-ATTAGCCCG--A-CAC-TTTGTGGACGGGGCATA-ACTAAGA-GTTTC-A-TG-GTACCTG-CCCCG-CGGA-----CTGTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGCAAATGCA----TGTGTAA-GTAA-A-TTACT-ACTG-TGCGTTCACA-TCGAC-AA-A-AATACACACACAGGAGCAG-A--A-ATTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAG-T-A-ATTTGCACCTA-CC----TCGG--A----TA-GGTGCAA---AATTAACTTACAGT-GTGC-G-GATT-TGCA--TA-TAAGTAAAT-C-GTTCA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAGC-AAA--AAT--AC-----TTATG-TAT--GCAAATCG-G--TGTCGTA--TGAAT-GGGTA
Reference ( family-200 ) : AATTCG-TATAA--GA---AATCAGTTAAACTA--------T---CTTG---AAAAGCATTTAGTGAC-ACATC---AATA----------CT--A-ATAGGCGA--T---CGT------ACAAA--AGACT-ATT--TTTCAAAGTTAAAGGGGCGC-CAACTCCA----TTCA-A-A--AATC-ANC--GAACC-GAAACGAAAN---ACTCA----TC---------------CAA-T-AT-ACAC-CTGC-A------A-TACAA-------AA---AA--------ATCAGTTCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--G-T-TTAGAA-AAAAG--TCC-GGA-AA----ACTG-GTCGATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAAAAAT---C--T---AA-CCGAANCGAAA--C-------CATCT-G-TA-----ACTC----ATTAATAT-ACACCATG-CATAC---A---AAATCAGT-------TTCAA----------TATCTCAAGA-CGTNT--AG-----AAAT-AAATGTCTGAACANTA---GCTGCGT---TGCGG-AGGACAGAAGGC--GG-AGAA-GGT----AAAACTA-ATTAGCCCG--A-CAC-TTTGTGGACGGGGCATA-ACTAAGA-GTTTC-A-TG-GTACCTG-CCCCG-CGGA-----CTGTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGCAAATGCA----TGTGTAA-GTAA-A-TTACT-ACTG-TGCGTTCACA-TCGAC-AA-A-AATACACACACAGGAGCAG-A--A-ATTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAG-T-A-ATTTGCACCTA-CC----TCGG--A----TA-GGTGCAA---AATTAACTTACAGT-GTGC-G-GATT-TGCA--TA-TAAGTAAAT-C-GTTCA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAGC-AAA--AAT--AC-----TTATG-TAT--GCAAATCG-G--TGTCGTA--TGAAT-GGGTA
gi|1 : AATTCG-TATAA--GATTAAAT-AG--AAAGCA--------TAATTTTGTTCAAAATC--CCAAGGACTCCACC---AATA----------CTT-ATATATACGAAAT---TGTCCAATAACAAACAAGACTCATTGCTTTCAA----------GCAC--AA-TCCA----TT-A-A-A--AATC-A-C--TAACCAGAAACTAACT----TTCA----TCTCGTGTGAGCTCTATCAA-TTAT-ACACATTAC-C------A-CACAA-------AG---AA---------TGAGTTCA--A-T--A-TC-----TCAAA-A-G--C----T-GTAGGA-AAAAGA-TCC-GGC-AA----ACTT-GTC-ATA-AC-AGTAA-TT-GC-TCAAA-C-TT---AAA---GGGC-A-CACACATCCATCNNNNNN---N--N---NN-NNNNNNNNNNN--N-------NNNNN-N-NN-----NNNN----NNNNNNNN-NNNNNNNN-NNNNN---N---NNNNNNNN-------NNNNNNNNNNNNAATTATTCCAATA-TATCA--AGAGGTGAAATAAAATGTCTGGATACTA---GCTACGTGTCTGCGACAGGACAGAAGAC--GGAAGAA-GGT----AAAACTA-ATAAGCCCG--A-CAC-TTTGTGGACGGGGCATACACTAAGA-AGTTC-ATTT-GTAACTG-CCCCGACGGAACTGTCTGTAGGAGGTTCCGT--TGATATGCAAATG-A----TGTATAAGGTAA-A-TTACTCATCG-TGCGTTCACA--CGAC-AAGA-AATACAC-CACAGGAGCAG-A--ACATTTGCTTCA-AT-ATACAGT---ATGAAC--AAACAAG-T-A-ATTTG---CT--CC----TC--------------TGCAA---AAT--ACTT--AGT-CTGC-ATGATTCTGCATCTACTAAGTAATT-C-CTTCACTACGAAGAAAA-TTGCAACACTTA-AGT-AAAT----ATAT----------------C-----CTATG-TAT--GCAAATCG-ACTTTCCGCAATTGAAT-GGGTA
gi|11 : TCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-A--C--G-T-TTAGAA----------C-----------ACTG-TTTG-TA-AC-AGTGA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGAC-A-CA-AC-TCCATTAAAAATCAAC--G---AA-CCGAAGCGAAA--C---------TC-----A-----ACTG----ATCAATAT-ACACC-TA-AATAC---AAAGAAATCAG--------TTCAA----------TATCTCAAAG-CGTTT--AG-----AA
gi|11 : -ATT--TTTCAAAGTTAAAGGGACAC--AACTCCA----TT-A-A-A--AATC-AAC--GAACC-GAAGCGAAACTCAACTGA----TC----------------AA-T-AT-ACAC-CTA--A------A-TACAA-------AG---AA--------ATCAGTTCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--G-T-TTAGAA---------C------------ACTG-GTTG-TA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-CT---Acactggttgtaacagtaatttttcaaagcta
gi|12 : tcaatatctcaaaacgtttagaacactgtttgtaacagtgC-CTGCTG------A-TATAA-------AATTCGA--------ATT--TTCA--AAT--A-TC-----TC-AA-AAG--CCAG-TGTTAAAA-AAAAGGATCC-GGG-AA----ACTG-GTCGATA-AC---TAA-TTAAT-TCAAATGTTT---CAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCA
gi|13 : ccataaatactcaacgaagccaaaaactcagtcgcttcatgctcgtgtaactgcattggatgaattagtcagT-G-TA-----ACTG----ATTAATAT-ACACCTTC-AATACCAAA---AAATCAG---------TCAA----------TATCg
gi|13 : gaaactcgggctttaactAA-T-AT-ACAC-CTTC-A------A-TACCA-------AA---AA--------ATCAG-TCA--A-T--A-TCCTTTTTC-AG-A-GCTC--GTT-TTAGGA-AATAGT-TCC-GGA-AA----ACTGCGTC-ATA-TCAAGTAA-AT-TT-TCAAA----T---AAA--GGGACGA-CA-AC-TCCATCAAActttttcagagctcgttttaggaaatagttccggaaaactgcgtcatatcaagtaaattttcaaataaagggacgacaactccatcaaa
gi|14 : gaaactcgggctttaacttgtaactgattTGTACCTA-CCC---TTGACTA----TA-GGTGCAA---A-----TTTACTG--GTGCTG-GATT-------------------------CA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACC-----T-GAATTTACACACAAGCAAAA--AAT--AT-----TTATG-TGTAAACAAATC--G--TGTCGTT--TTAGT-GGG
gi|15 : taatttgtacaTACA----TGTGTAA----A-A-TT--T-GCTG-CGCGTTCACA-T-GACGAA-A-AATACAC---TAGGAGTGA-A--T-ATTTAC-----AT-C-----T-------GC--AA--AAG-T-ATATTTACATTTG-C-----------A----TA-TATGCAG---AATT
gi|16 : CTA-CC----TTGG--ACGTATA-GGTGCCA---AAT---CTTAAATA-GTGCTG-GATT----------------AA--------A-TACGACAAAAAATTG--ACACC---ACTGAAATTTACACATACGC-AAAATAATTGAT-----TAATG-TAT--AC-AATC--G--TGTCGTT--TGAAT-GGGtgcaccccatgagtaaatcatcgcatgtgaacgg
gi|17 : caCTG-TGCATTTGTA-T-GAC-AA-ACAATACACAGA-AGGGGCAT-A--A-ACTT-CTCTACATCA-----C---GTGAGC--AA--AAG-TGA-ATTTGCACCTA-CC----CCTG--A----T---TCGCAGCC-AATTTACTTACA-T-GTGCAG-GATT-TG
gi|18 : --A-T--A-TC-----TC-AA-T-G--T--A-T-TTCGA------G--T-------AA----ACTG-GTC-ATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCGAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAAAAAT---CATT---AA-CC----TGGGA--C-------AATCT-G-TA-----ACTC----ATTAATAT-ACACCAT
gi|19 : TTCGATATAA--GA---AATCAGTTAAATCAATTCAAGAT---TCTG---AAAAGCGTTTTGTGAC-GCATC---AAGAAATCTGATTTTT--A-ATAGGCAA--T---Cta
gi|2 : caactataaatACTA--------T---CTTG---CAAG--ATTCGTTGAC-ACATC---AATA----------CT--G-ATATGGGC--T---TAT------ACAAA--AGAC--ATG--ATTCAAAGT-AAAGGGGCAC-CAACTCTA----TTCA-A-ATAAATC-ACC--GAACC-CAAACGAAAT---ATTCA----TC---------------CAA-T-AA-ACACGCTAC-A------G-TACAACC-----AA---AA--------GGAAGTTCAGAA-T--AGTC-----TC-AA-A-G--C--G-T-TTAGTA-AAAAG--TCC-TGAGAA----ATTG-GTCAATA-AC-AGTAT-TT-TC-TCAAA---CT---AA----GGAC-A-CA-AA-CCCATCGAAAAT---T--C---AA-CCGATCCGAAA--TG------CAGCT-GGTACTTGTACTCTTA-ATTAATAT-ACACCGTG-CACAC---A---AAATCAGT-------TTCAA-----------ATCTCAAGA-CGTGT--AG-----AGAT-AAATGTATGAACAGAACATGCT-CGT---TACGGGAGGA-AGAAGGCCCGG-AGAA-GATTCCTAAAACTT-ATTTGCTCGCGA-CAC-TTTATGGA-GGGGTATAGACTAATA-GTTTC-A-TGCGTAC-TG-CCC-G--GGA-----CT-TA-GAG-TTTTGTCTTGA-A-GAAAATGCA----T-TGTAA-GTCA-A-TT-CT-A-TG-TGCGTTCCCACTCAAC-AG-A-AATATACATACAGATGCAG-A--A-ATTTCCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAG-T-A-TATTGCACCTA-CC----TTGG--A----TA-GGTGCAA---AATTAACTTACAGT-GTGC-G-GATT-TGCA--TG-TAAGTAAAT-C-GTTCA-TGCGAC---AA-TTGC-ACACCTACAGT-AAATTTACACATAAG--AAA--AAT--AC-----TTATGATAT--GCAAATCG-G--T-TCTTA--TAAAT-GAGTAaagatatgcaagcaaaaa
gi|20 : aattagttaaaattatcttgaaggcttcA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGAC-A-CA-TC-TCCATCAAAAAT---C--TACAAA-CCGAAACAAAA--CTCAGAGTCATTTGG-TA-----ACTCAATAATTAATAT-AAACCAT----TAC---A---a
gi|21 : tggacaaTGAGCGAAA--AAG-T-A-ATTTAAACTTA-CCGCAGTCTG--A----CAAGGAGCAA-----TT---TTACA------------TT-TGCA--TA-TATTCAAAT-CAGTTCA-TACAACAAGAA-GTGC-ACACCCA-AAT-AAATTTACAC
gi|22 : -GATC-TGCA--TC-TA------T-C--TGCA-TACGACAAG---TTGC-ACACCTA-AGT----TTTACACATAAGC-AAAC-AAT--AC-----TTATG-CAT--GCAAAT-G-G--TGTCGTA--TGAATCGGGTA
gi|23 : aTCA-A-A--AATC-AAT--GAACC-AAAAC--AAA---ACTCAAACTTC---------------AAA-G-AT-CCAC-CTGT-ATTGTATA-CACAAGCATACCAA---AA--------ATCAATTAA--A-T--A-TT-----TC-AA-A-A--C--G-T-TTAGAttaataacctga
gi|24 : ca---ACTCC----TT---------------CA--T-AT-ACAT-CATC-A------T-TCCAA-------AC---A----------TCAGTTCA--A-C--A-AC-----TC-AT-A-T--C--A-T-TCAGGA-AAAAG--TCT-GGA-AA----ACTG-GTC-ATA-ccatg
gi|25 : gaaactcaaactcaatctgtaT-ACCA-TGCGTTCAT--TCGAC-CA-A-GTT-TACATACAGGAGCAGAA--A-AATTGCTTT---T---------------GC----------T-C-ATTTACACCTA-CC----CCAG--AC---TG-GGTATAATTTGATTAA
gi|26 : TCA--A-T--A-TC-----TC-AT-A-G--C--AAT-TTA-------------C-G-A-AA----ATTG-GTC-ATATAC-AGTAA-TT-TT-TCAGA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAA
gi|28 : ctgattaatatacaccT--TTTCAAAGTTAAAGGGGAGCACAACT-CA----TTCA-ACA--AATCAAGT--GAACC-CAAACAAAAA---ACTCAAACTTC---------------GAAGT-AT-CCAC-C
gi|29 : tctgaTAA-TT-TT-TCAAA-A-TA---AAAAGGGGGT-A-CA-TC-TCCATAAAAAAT---C------AT-CCAACTCG--------------ATCT-G-TA-----ACTT----AT--AT-T-ACACCA-G-CATAC---
gi|3 : ---C--T---AATCCGAAAC--AA--CTTT----CATTT-G--A-----CCTC----ATTAACATTACCTC-TGTCATACGT-A---AAATCAGT-------TT-AA----------TATCTCAAGAGCTTTTCGAG-----AAA
gi|3 : aCTCA----TT----------------AA-C-ATTACCT-CTGT-C------A-TACGT-------AA---AA---------TCAGTTTA--A-T--A-TC-----TC-AAGA-G--C--T-T-TTCGAG-AAAGG--TCCAAGA-AA----ACTT-GGCTGTA-A--AGTAC-TT-TT-TCAAA-A-TC---AAC--GCGAC-ACCA-ACTTCCATAAANNNN---N--N---NN-NNNNNNNNNNN--N-------NNNNN-N-NN-----NNNN----NNNNNNNN-NNNNNNNN-NNNNN---N---NNNNNNNNNNNNNNGTTGAATTTAGT----TATCTCAAGA-AGTGT--AG-----GGA--AA--GTC--ACCAATA---GCTGGGT---------AAGACAGGA-GC--GG-ACAAGGGT----AACATTATATTATCCCG--ACCACTTTTGTGG-CGGGGggtccaagaaaacttggctgtaaagtactttttcaaaatcaacgcgacaccaacttccataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaatttagttatctcaagaagtgtagggaaagtcaccaatagctgggtaagacaggagcggacaagggtaacattatattatcccgaccacttttgtggcggggt
gi|30 : actaatccgaaacaactttcatttgacA-GTTCT-T-TG-GCACCTAACCTCA-TGGA-----CTTTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGGAAATGCA----TGTGTAA-GTAA-A-t
gi|32 : tagga--------ATCAGTTAA--G-T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--A-T-ATAGTA-AAAAG--TCT-AGA-AA----ACTG-GTC-ATA-AC---TAATTT-TT-TCAAA-
gi|33 : tgTCAAAGTTAAAGGGGCA--CAACTCCA----TTAA-A-A--AATC-ATCATGAACC-G-AAC--AAA---ACTCA----a
gi|34 : AATACA----TGCCTAA-GTAA-A-T-A-T-ACTG-TGCGTTCAC---CAAT-AA-A-A-CATACACACAGGAGCAA-AATA-ATTTaacctcgatctga
gi|35 : TAGAATAAAAG--TCC-AGA-AA----ACTG-GTC-ATA-AT-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TTAAAAAA--GGGAC-A-CA-AC-TCC
gi|36 : AAAG--TCC-GGA-AA----ACTA-GTCG-TA-GC-AGTCA-TC-TTATCAA--G-TT---AAA--GGGTC-A-CA-AC-TCC
gi|38 : cGAA-AAAAG--TCT-GGA-AA----ACTG-GTTG-TA-AC---TAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-
gi|39 : A-AC-AGTAA-TT-TT-TATAG-G-TT---AAA--GGGAC-A-CA-AC-TCCATCAAAGAC---C--
gi|4 : AATTTC-TATAAAAGA---AATCAGTTCAA-TA--------T---CTTG---AAAAGTATTTAGTGAT-ACATC---AA---------------------GG----------GT------AC------------TT--TTTAAAAGTTGAAGGGGCAC--AACTCCAACAATTNN-N-N--NNNN-NNN--NNNNN-NNNNNNNNNN---NNNNN----NN---------------NNN-N-NN-NNNN-NNNN-N------N-NNNNN-------NN---NNNNNNNNNCATCCGTTCA----T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--A-T-TTACAA-AACAG--TCT-GGA-AATTAAACTG-GTC-ATA-AC-AATAA-TT-TT-TCAAA-A-TT---AAA--GGAGC-A-CA-AC-TCCA----------------------CAAATCGAAACTC-------CATCT-G-TA-----ACTC----ATTAATAT-ACATCAT------C---A---AAA
gi|40 : gtgtcaacct-ACAC-CTGC-A--------TACAT-------AA---AA--------A--AGTTCA--A-T--A-TC-----TC-TA-A-G--G--G-T-TTATAA-ca
gi|41 : A----ACTG-GCC-ATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---CAT--GGTGC-A-TA-
gi|5 : AAGAAGTTTT-A-TG-GTGCCTG-CCCCG-CGGA-----CTGTA-GAGGTTTTGC--T-------AAATGCA----TATGCAA-GTAG-A-TT--T-ACTG-TGCGTTCACA--CGAC-AA-G-AA-ATACACACAGGAGCAGAA--A-ATTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--ACGTT-A-ATTTGCACCTACCC----TTGA--C----TA-GGTGC-A---AATTAACTTA-GGT-GTGCAA-GATT-TGCA--TA-TAAGTAAATCC-GTTCA-TATGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAGCAAAA--AAT--ACTTAAGTTATG-TAT--GCAAATC--G--TGTCGTA--TGACT-GGG
gi|6 : TAAGA-ATTCT-A-TG-GTACCTG-CCCCG-CGGA-----C-GTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGCAAATGCA----TATGTAA-GTAA-A-TTACT----G-TGCGTTCACA--CGAC-AAGA-AATAC-CACACAGGAGCAG-A--A-ATTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAG-TTA-ATTTGCACTTA-CCC---TTGAC-A----TA-GGTGCAA---A-TTAACTT--AGTGGTGCAG-GATT-TGC---TA-TAAGTAAATCC-GTTCA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAAC-AAA--AAA--TC-----TTATG-CAT--GCAAATCGTG--TGTCGTA--TGAAT-GGGTgtatta
gi|7 : TTTG-TATAA--TA---AATCAGTTCAAC-A--------T---TTTG---AAAAGCATTTACTG
gi|8 : ctttggttcaggtgagctaaaaacactagatgtgtctgactgtcagcacaacaccaatgccccctcctgcaatgaaggaaacacatgtacctaaggttgatcaagttatacccagaaaataaaaaggacaatttttttttaaatccaagggtcaactccatt-TATAA--GA---AATCAGTTAAA-TA--------T---CTCA---AAAATCATTTAGTGAC-ACATCAAGAATA----------CTGAA-ATAGGCAA--TCTGCAT------ACAAA--AAGTTAATT--TTTCAAAGTTAAA-GGGCG--CAACTCCA-------ACA-A--AATC-AAT--GAAAT-GGAAC
gi|8 : ctaGC-A------ACTCCAA-------CA---AA--------ATCAATGAA--A-TGGA-AC-----AC-AA-A-G--C--G-T-TCAGAA-AAAAG--TTT--GA-TA----ACTG-GTTG-TA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGacaaagcgttcagaaaaaagtttgataactggttgtaacagtaatttttcaaagttaaaggg
gi|9 : ctatataagaaatcagttaaatatctcaaaaatcatttagtgacacatcaagaatactgaaataggcaatctgcatacaaaaagttaatttttcaaagttaaagggcAC-TTTGTGGCTGGGGCATA-A-TAGGG-ATTTCTT-TG-GCACCTG--CCCG-CGGA-----CAGAA-GA-GTTTCGTA-AGA-ATGCAAATGCAATGGTGTTT-A-GTAATATTTAC--ACTGATGCGTTCACA--CGAC-AA-A-AAAATAC-------------A--A-TTTTGCTTCA-CT-A-----TTTAATGAGC--AA--ATG-T-T-AATTGC-CCTA-CC----TTGA--C----TA-GATGT-A---AATTTACTT
blockSeqs : A AA . TCAATTCAAGAT . G G G . AAG TACTGAAATAGGCAATCTGCATACAAAAAGTTA . T GCAC ACAATTN C C TA A TCAT . G CTCA AACTTCA GT T G ATTGTATA NNNNNNNNNNNCA GA A GG G CTTTT . G A CT CAG G TA GA AA G TTAA C GA T A T A A TGT AAA AG G C . T CTACAAACCGAAACAAAACTCAGAGTC G GT CTTGT AATA T TTCAATACCAAA NNNNNNNGTTGAATTTAGT G T CG AGAT A T G CAT G TACGGG C G CC . G TCCT T CGA T CT G C A TT C A T . TT . CT . T A ATGG . T T ACT A ACTC G G C T AG A AT . A AC ATTTAA GA . T AT C TTGGACGTA A A TTTGATTA AAATA TG T ATATATTCAAATCAG . A . TAC G CA AATACTTAAG A AA GTG . C
blockSeqs : . . . CTAT . G A T . . TACTGATATGGGCTTATACAAAAGAC . T ACC TTC . . . . AC . G T AACTTCG T . . TGA GCATACCAAAAA . . . . . . . . . GT . A T G . . . AA . . . . . G . . . . . . CAACGAACCGAAGCGAAAC . T . TTA . TAAATACAAAG TTTCAA . G . GGA . . A . . . . . . . . . . AC . A . . . A . . C . TG . A . T G . . . . CT . AT . . . T AT A . . C A CACG . . . GA . GCAGTCTGA . A CCAATTT ACAGT TG T ATATAAGTAAATCCG . . . CA . CA ATAATTGAT . . GG . .
blockSeqs : . . . TAT . G A G . . GGGTAC . T AC TTC . . . . CC . A A TCC T . . AAC AATTCGAA . . . . . . . . . AA . A . G . . . TG . . . . . G . . . . . . CTAATCCGAAACAACTTTC . T . . . TGTCATACGTA TTCAA . T . . C . T . . C . AG . . . T C . . . . AT . AT . . . T AT . . . G A ATA . . . TA . CTTGACTA . C AATTA ACTG AG T ATGTAAGTAAATCG . . . TA . C CAATAC . . GG . .
blockSeqs : . . . CAT . T A C . . . T AC TTA . . . . AT . N A TTC T . . AA CCAAAAG . . . . . . . . . G . A . T . . . G . . . . . G . . . . . . TCAACCGATCCGAAATGC . T . . . GTGCACACA TTTAA . G . . A . . C . T . . . . C . . . . AC . TC . . . T AC . . . G A ATA . . . A . CTTGACA . A AATTA ACAT AA T TATAAGTAAATCCG . . . TA . C AATAT . . G . .
blockSeqs : TAT . . A G . T AC TT . . . . GT . . A NNN G . . AA AGAAA . . . . . . . . . G . A . G . . . G . . . . . G . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNN . T . . . NNNNNNNNN TCAA . A . . . . G . . . . . . . . . T . AC . . . C AC . . . G A ATA . . . A . CCAGAC . A AATTT AGGT AG T ATCTATC . . . TA . C AATAC . . G . .
blockSeqs : . GC . . . . . NN . . N TC T . . AG AAAAA . . . . . . . . . A . A . G . . . A . . . . . G . . . . . . CATTAACCTGGGACA . N . . . ATTACA . . . . T . AC . . . T AC . . . G . CT . . . C . CCTGA . A ATTA AGTG G T AA . . . . . . AAATC . . G . .
blockSeqs : . . . . AT . TT C . . AT AAAAA . . . . . . . . . G . A . A . . . A . . . . . A . . . . . . CAAATCGAAACTCC . T . . . ATCA . . . . . AC . . . A . . . . . . . . . . A . TTGGA . A AAT ACA . . . . . . . .
blockSeqs : N . . CA CAAAA . . . . . . . . . G . A . A . . . A . . . . . A . . . . . . CATCCAACTCG . . . . . . C . . . . . . . . . . . T . TTGAC . A TT .
blockSeqs : . . NN AAAA . . . . . . . . . A . A . G . . . A . . . . . G . . . . . . . . . . . . TTGAC . . A
blockSeqs : . A ACA . . . . . . . . . T . A . G . . . A . . . . . G . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . G . . . A . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . . . G . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . . . . . . G . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . . . . . . A . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : *** TAT************ *** ** TT***** AT** TTC******************* T** AAAAA****************** G*** ** CNAATCCGAAACAACCC****************** ATCATACA******** TTCAA****************** A** C* ***** AT** AC ATA********* ** CTTGACA******** AATTA*** ANNN** T* ATATATAAATCG******* CA AATAC********* GG*** **
originalCons : AATTCG-TATAA--GA---AATCAGTTAAACTA--------T---CTTG---AAAAGCATTTAGTGAC-ACATC---AATA----------CT--A-ATAGGCGA--T---CGT------ACAAA--AGACT-ATT--TTTCAAAGTTAAAGGGGCGC-CAACTCCA----TTCA-A-A--AATC-ANC--GAACC-GAAACGAAAN---ACTCA----TC---------------CAA-T-AT-ACAC-CTGC-A------A-TACAA-------AA---AA--------ATCAGTTCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--G-T-TTAGAA-AAAAG--TCC-GGA-AA----ACTG-GTCGATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAAAAAT---C--T---AA-CCGAANCGAAA--C-------CATCT-G-TA-----ACTC----ATTAATAT-ACACCATG-CATAC---A---AAATCAGT-------TTCAA----------TATCTCAAGA-CGTNT--AG-----AAAT-AAATGTCTGAACANTA---GCTGCGT---TGCGG-AGGACAGAAGGC--GG-AGAA-GGT----AAAACTA-ATTAGCCCG--A-CAC-TTTGTGGACGGGGCATA-ACTAAGA-GTTTC-A-TG-GTACCTG-CCCCG-CGGA-----CTGTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGCAAATGCA----TGTGTAA-GTAA-A-TTACT-ACTG-TGCGTTCACA-TCGAC-AA-A-AATACACACACAGGAGCAG-A--A-ATTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAG-T-A-ATTTGCACCTA-CC----TCGG--A----TA-GGTGCAA---AATTAACTTACAGT-GTGC-G-GATT-TGCA--TA-TAAGTAAAT-C-GTTCA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAGC-AAA--AAT--AC-----TTATG-TAT--GCAAATCG-G--TGTCGTA--TGAAT-GGGTA
finalCons : AATTCG-TATAA--GA---AATCAGTTAAATAT------------CTTG---AAAAGCATTTAGTGAC-ACATC---AATA----------CT--A-ATAGGCGA--T---CGT------ACAAA--AGACT-ATT--TTTCAAAGTTAAAGGGGCGC-CAACTCCATT-----A-A-A--AATC-AAT--GAACC-GAAACGAAAN---ACTCATTC-------------------AAT--AT-ACAC-CTGC-A------A-TACAAAAAAA------------------TCAGTTCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-G--CG---T-TTAGAA-AAAAG--TCC-GGA-AA----ACTG-GTCGATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAAAAATCNAATCCGAAACAACCC------------------ATCT-G-TA-----ACTC----ATTAATAT-ACACCATCATACA--------AAATCAGTTCAA------------------TATCTCAAGA-CGTNT--AG-----AAAT-AAATGTCTGAACANTA---GCTGCGT---TGCGG-AGGACAGAAGGC--GG-AGAA-GGT----AAAACTA-ATTAGCCCG--A-CAC-TTTGTGGACGGGGCATA-ACTAAGA-GTTTCA--TG-GTACCTG-CCCCGC-GGA-----CTGTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGCAAATGCA----TGTGTAA-GTAA-A-TTAT--ACTG-TGCGTTCACA-TCGAC-AA-A-AATACACACACAGGAGCAG-A--A-ATTTGCTTCA-ATATA---------TGAGC--AA--AAG-T-A-ATTTGCACCTA-CCCTTGACA--------TA-GGTGCAAAATTA---ACTTANNN--GTGC-G-GATTT-GCATATATAAATCG-------TTCA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAGCAAAAAATAC---------TTATG-TAT--GCAAATCGG---TGTCGTA--TGAAT-GGGTA
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TCAAGTGAAGAAATCCTAAGCACTCCAGGAGATGGAAAACACTAATTTTTCCAAATCCAAGAATTCAACTTAATTTCTATATTAAAAAAATCAGCTTCAAATACCTTTAAATACATTCTAGGAAACATTAAAAATGCTAAAATTTACCGTTCCCATAACAAAGTGCAGTAAAGGGGTACCAACTCAGCAACAA
Unaligned ( gi|27 ): TAATTCCAATGAAGGAAATCCCTAAGGTCAAAAATTGAAAGTAATATTTTTTTTAAATCCAATGGTCAACACAATTTCTATGTAAGAAATC
Unaligned ( gi|31 ): ATAGCAAATATACTTTTACACATATGCCAAGTTTGCACACCGTGAGTAAATCAGCGCATGTGAACGGGGATT
Unaligned ( gi|37 ): GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT
Unaligned ( gi|42 ): TTTGCATATATAAGGCAGAATTTGCACCCCATGAGTAA
Unaligned ( gi|43 ): GAACCTTCGGTTCAGGTGAGCTAACAACATTACATAC
Unaligned ( gi|44 ): ACTGAAATAGGTAATCTGCATACAAAAAGTCAAT
Alignments
lowQualScore : 11 222222222222 4444444444444444 111 3333333333333 111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2222 22222222 1 1111 3333333333333333333333333333333333333 1111111111 111111111111111111111111 22 222222222222222222222222 4444444444444444444 1111 111111 5555555555555 222222222 11 222 1 666666666 11 1 1 2222 1 2222 1 11 2 111 11111 11 1111 1111 2222 222222222222 111 111 11111111 11111 222 555555555555555 111111111 11111
lowQualScore : 8 11 999999999999 4444444444444444 1 111 2 6666666666666 8 444 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 99 1 0 2222 00000000 5 0 0000 5 0 1111111111111111111111111111111111111 555 4 7 5555555555 999999999999999999999999 33 2 33 2 66666 2 2 2 33 9999 2 33 0 88 66 2 5555 2 55 2 2 2 2 2 333 333 33 2 2 2 5 111111111111111111111111 0 55 3333333333333333333 4 0 0 5555 8888888 4 000000 6 6 5555555555555 6 1 99 999999999 22 3 1 333 2 111111111 6 6 88 3 3 8888 3 2222 0 55 6 6 6 333 6 6 77 66666 66 6 55 6 3 2 0000 0 5 5 5 6666 4 2222 4 8 4 1 99 0 4 66 4 4 1 55 444444444444 66 66 444 1 7777 999 88888888 99999 666 66 555 777777777777777 5 5 5 5 1 55 0 5 888888888 5 77 77777 0 77 5
lowQualScore : . .. ............ ................ . ... . ............. . ... ...................................................... .. . . .... ........ . . .... . . ..................................... ... . . .......... ........................ .. . .. . ..... . . . .. .... . .. . .. .. . .... . .. . . . . . ... ... .. . . . . ........................ . .. ................... . . . .... ....... . ...... . . ............. . . .. ......... .. . . ... . ......... . . .. . . .... . .... . .. . . . ... . . .. ..... .. . .. . . . .... . . . . .... . .... . . . . .. . . .. . . . .. ............ .. .. ... . .... ... ........ ..... ... .. ... ............... . . . . . .. . . ......... . .. ..... . .. .
lowQualScore : 0 00 333333333333 2222222222222222 0 777 2 7777777777777 0 000 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22 4 7 9999 55555555 0 0 1111 0 2 2222222222222222222222222222222222222 333 0 3 5555555555 555555555555555555555555 77 7 77 7 77777 7 7 7 77 3333 7 22 1 44 44 5 0000 4 22 1 2 1 1 1 999 999 22 5 5 5 7 666666666666666666666666 7 55 0000000000000000000 0 3 3 5555 9999999 0 777777 7 7 0000000000000 7 0 22 222222222 55 2 0 333 0 333333333 7 7 33 3 3 3333 3 7777 0 88 7 7 7 000 7 7 77 77777 00 7 88 7 2 5 6666 2 0 0 0 2222 4 9999 4 9 4 0 22 1 4 11 4 4 4 11 222222222222 11 11 333 4 7777 666 33333333 66666 000 33 000 444444444444444 0 0 0 0 4 11 7 7 111111111 7 99 33333 7 99 7
consensus : AATTCG-TATAA--GAAATCAGTTAAA--T---------ATCTTGAA----------------AAGCAT---TTNGT-------------GAC-ACATC---AATA----------CT--A-ATAGGCGA--T---CGT------ACAAA--AGACT-ATT--TTTCAAAGTTAAAGGGGCGC-CAACTCCA----TT--A-A-AAATCA--A-TGAACC-GAAACG-AA-----A---AACTCA---T----------TC--AA-T-AT-ACAC-CTGC-A------A-TACAA-------AA---AA---------ATCAGTTCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--G-T-TTAGAA-AAAAG--TCC-GGA-AA----ACTG-GTCGATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAA---------AAAT----C--NA--ATCCGAAA--C---AAC------T--C-A-TCT-GTAACTC----ATTAATATACACC---GT-CA-TAC--A---AA-ATCAGTT-CAA------------TATCTCAAGA-CGTTT--AGA-----AAT-AAATGTCTGGACANTA---GCTGCGT---TGCGG-AGGACAGAAGGC--GG-AGAA-GGT----AAAACTA-ATTAGCCCG--A-CAC-TTTGTGGACGGGGCATA-ACTAAGA-GTTTC-A-TG-GTACCTG-CCCCG-CGGA-----CTGTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGCAAATGCA----TGTGTAA-GTAA-A-TTA--TACTG-TGCGTTCACA-TCGAC-AA-A-AATACACACACAGGAGCAG-A--A-A-TTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAGT-A-ATTTGCACCTACC----CTTGAC--ATAGGTGCAA---AATTAACTTA-NNT-GTGC-G-GATT-TGCATATAAG---T--AAATC-GTTCA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAGCAAAA-AAT--AC-----TTATG-TAT--GCAAATCG-G--TGTCGTA--TGAAT-GGGTA
Reference ( family-200 ) : AATTCG-TATAA--GAAATCAGTTAAA--T---------ATCTTGAA----------------AAGCAT---TTAGT-------------GAC-ACATC---AATA----------CT--A-ATAGGCGA--T---CGT------ACAAA--AGACT-ATT--TTTCAAAGTTAAAGGGGCGC-CAACTCCA----TT--A-A-AAATCA--A-TGAACC-GAAACG-AA-----A---NACTCA---T----------TC--AA-T-AT-ACAC-CTGC-A------A-TACAA-------AA---AA---------ATCAGTTCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--G-T-TTAGAA-AAAAG--TCC-GGA-AA----ACTG-GTCGATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAA---------AAAT----C--NA--ATCCGAAA--C---AAC------C--C-A-TCT-GTAACTC----ATTAATATACACC---AT-CA-TAC--A---AA-ATCAGTT-CAA------------TATCTCAAGA-CGTNT--AGA-----AAT-AAATGTCTGAACANTA---GCTGCGT---TGCGG-AGGACAGAAGGC--GG-AGAA-GGT----AAAACTA-ATTAGCCCG--A-CAC-TTTGTGGACGGGGCATA-ACTAAGA-GTTTC-A-TG-GTACCTG-CCCCG-CGGA-----CTGTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGCAAATGCA----TGTGTAA-GTAA-A-TTA--TACTG-TGCGTTCACA-TCGAC-AA-A-AATACACACACAGGAGCAG-A--A-A-TTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAGT-A-ATTTGCACCTACC----CTTGAC--ATAGGTGCAA---AATTAACTTA-NNN-GTGC-G-GATT-TGCATATA-----T--AAATC-GTTCA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAGCAAAA-AAT--AC-----TTATG-TAT--GCAAATCG-G--TGTCGTA--TGAAT-GGGTA
gi|1 : AATTCG-TATAA--GA------TTAAA--T---------A-----GA----------------AAGCATAATTTTGTTCAAAATCCCAAGGACTCCACC---AATA----------CTT-ATATATACGAAAT---TGTCCAATAACAAACAAGACTCATTGCTTTCAA----------GCAC--AA-TCCA----TT--A-A-AAATCA--C-T-AACCAGAAACT-AACTTTCA---T-CTCG---TGTGAGCTCTATC--AA-TTAT-ACACATTAC-C------A-CACAA-------AG---AA----------TGAGTTCA--A-T--A-TC-----TCAAA-A-G--C----T-GTAGGA-AAAAGA-TCC-GGC-AA----ACTT-GTC-ATA-AC-AGTAA-TT-GC-TCAAA-C-TT---AAA---GGGC-A-CACACATCCATCNN---------NNNN----N--NN--NNNNNNNN--N---NNN------N--N-N-NNN-NNNNNNN----NNNNNNNNNNNNN---NN-NN-NNN--N---NN-NNNNNNN-NNNNNNNNNNNNAATTATTCCAATA-TATCA--AGAGGTGAAATAAAATGTCTGGATACTA---GCTACGTGTCTGCGACAGGACAGAAGAC--GGAAGAA-GGT----AAAACTA-ATAAGCCCG--A-CAC-TTTGTGGACGGGGCATACACTAAGA-AGTTC-ATTT-GTAACTG-CCCCGACGGAACTGTCTGTAGGAGGTTCCGT--TGATATGCAAATG-A----TGTATAAGGTAA-A-TTACTCATCG-TGCGTTCACA--CGAC-AAGA-AATACAC-CACAGGAGCAG-A--ACA-TTTGCTTCA-AT-ATACAGT---ATGAAC--AAACAAGT-A-ATTTGCTCCT-C------------------TGCAA---AAT--ACTTA-GTC--TGC-ATGATTCTGCATCTACTAAGT--AATTC-CTTCACTACGAAGAAAA-TTGCAACACTTA-AGT-AAAT----ATAT---------------C-----CTATG-TAT--GCAAATCG-ACTTTCCGCAATTGAAT-GGGTA
gi|11 : TCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-A--C--G-T-TTAGAA----------C-----------ACTG-TTTG-TA-AC-AGTGA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGAC-A-CA-AC-TCCATTAA---------AAAT----C--AACGAACCGAAG--CGA-AAC------T--C---------AACTG----ATCAATATACACC---TA-AA-TAC--AAAGAA-ATCAGTT-CAA------------TATCTCAAAG-CGTTT--AGA-----A
gi|11 : -ATT--TTTCAAAGTTAAAGGGACA--CAACTCCA----TT--A-A-AAATCA--A-CGAACC-GAAGCG-AA-----ACTCAACTGA--------------TC--AA-T-AT-ACAC-CTA--A------A-TACAA-------AG---AA---------ATCAGTTCA--A-T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--G-T-TTAGAA---------C------------ACTG-GTTG-TA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-CT---Acactggttgtaacagtaatttttcaaagcta
gi|12 : tcaatatctcaaaacgtttagaacactgtttgtaacagtgC-CTGCTG------A-TATAA-------AATTCGA---------ATT--TTCA--AAT--A-TC-----TC-AA-AAG--CCAG-TGTTAAAA-AAAAGGATCC-GGG-AA----ACTG-GTCGATA-AC---TAA-TTAAT-TCAAATGTTT---CAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCA
gi|13 : ccataaatactcaacgaagccaaaaactcagtcgcttcatgctcgtgtaactgcattggatgaattagtcagACTGA---T----------T---AA-T-AT-ACAC-CTTC-A------A-TACCA-------AA---AA---------ATCAG-TCA--A-T--A-TCCTTTTTC-AG-A-GCTC--GTT-TTAGGA-AATAGT-TCC-GGA-AA----ACTGCGTC-ATA-TCAAGTAA-AT-TT-TCAAA----T---AAA--GGGACGA-CA-AC-TCCATCAA---------Ag
gi|14 : gaaactcgggctttaacttgtaTGTACCTACC----CTTGACT-ATAGGTGCAA---A-----TTTA-CTG-GTGCTG-GATT--------------------------CA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACCTG-A-----ATTTACACACAAGCAAAA-AAT--AT-----TTATG-TGTAAACAAATC--G--TGTCGTT--TTAGT-GGG
gi|15 : taatttgtacaTACA----TGTGTAA----A-A-TT---TGCTG-CGCGTTCACA-T-GACGAA-A-AATACAC---TAGGAGTGA-A--T-A-TTTAC-----AT-C-----T-------GC--AA--AAGT-ATATTTACA----------TTTG-C--ATATATGCAG---AATT
gi|16 : CTACC----TTGGACGTATAGGTGCCA---AAT---CTTA-AATAGTGCTG-GATT------------------AA-------A-TACGACAAAAAATTG--ACACC---ACTGAAATTTACACATACGCAAAATAATTGAT-----TAATG-TAT--AC-AATC--G--TGTCGTT--TGAAT-GGGtgcaccccatgagtaaatcatcgcatgtgaacgg
gi|17 : caCTG-TGCATTTGTA-T-GAC-AA-ACAATACACAGA-AGGGGCAT-A--A-A-CTT-CTCTACATCA-----C---GTGAGC--AA--AAGTGA-ATTTGCACCTACC----CCTGAT---T---CGCAGCC-AATTTACTTA-CAT-GTGCAG-GATT-TG
gi|18 : --A-T--A-TC-----TC-AA-T-G--T--A-T-TTCGA------G--T-------AA----ACTG-GTC-ATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCGAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAA---------AAAT----CATTA--ACCTGGGA--C---A-------------A-TCT-GTAACTC----ATTAATATACACC---AT-TA-
gi|19 : TTCGATATAA--GAAATCAGTTAAA--TCAATTCAAGATTCTGAA----------------AAGCGT---TTTGT-------------GAC-GCATC---AAGAAATCTGATTTTT--A-ATAGGCAA--T---C
gi|2 : caactataaatAATTAGTTAAAATT---------ATCTTGAAGGCTTCACTATCTTGCAAG-AT---TCGTT-------------GAC-ACATC---AATA----------CT--G-ATATGGGC--T---TAT------ACAAA--AGAC--ATG--ATTCAAAGT-AAAGGGGCAC-CAACTCTA----TTCAA-ATAAATCA--C-CGAACC-CAAACG-AA-----A---TATTCA---T----------CC--AA-T-AA-ACACGCTAC-A------G-TACAACC-----AA---AA---------GGAAGTTCAGAA-T--AGTC-----TC-AA-A-G--C--G-T-TTAGTA-AAAAG--TCC-TGAGAA----ATTG-GTCAATA-AC-AGTAT-TT-TC-TCAAA---CT---AA----GGAC-A-CA-AA-CCCATCGA---------AAATTCAAC--CG--ATCCGAAATGC---AGC------TGGT-A-CTT-GTA-CTCTTA-ATTAATATACACC---GTGCA-CAC--A---AA-ATCAGTTTCAA-------------ATCTCAAGA-CGTGT--AGA-----GAT-AAATGTATGAACAGAACATGCT-CGT---TACGGGAGGA-AGAAGGCCCGG-AGAA-GATTCCTAAAACTT-ATTTGCTCGCGA-CAC-TTTATGGA-GGGGTATAGACTAATA-GTTTC-A-TGCGTAC-TG-CCC-G--GGA-----CT-TA-GAG-TTTTGTCTTGA-A-GAAAATGCA----T-TGTAA-GTCA-A-TTC--TA-TG-TGCGTTCCCACTCAAC-AG-A-AATATACATACAGATGCAG-A--A-A-TTTCCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAGT-A-TATTGCACCTA-C----CTTGG---ATAGGTGCAA---AATTAACTTACAGT-GTGC-G-GATT-TGCATGTAAG---T--AAATC-GTTCA-TGCGAC---AA-TTGC-ACACCTACAGT-AAATTTACACATAAG--AAA-AAT--AC-----TTATGATAT--GCAAATCG-G--T-TCTTA--TAAAT-GAGTAaagatatgcaagcaaaaa
gi|20 : A-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGAC-A-CA-TC-TCCATCAA---------AAAT----CTACA--AACCGAAA--CAA-AACTCAGAGT--C-A-TTTGGTAACTCAATAATTAATATAAACC---AT----TAC--A---a
gi|21 : tggacaaTGAGCGAAA--AAGT-A-ATTTAAACTTACCGCAGTCTGAC--A-AGGAGCAA-----TT---TTA-C-----------ATT-TGCATATA-----TTCAAATCAGTTCA-TACAACAAGAA-GTGC-ACACCCA-AAT-AAATTTACAC
gi|22 : -GATC-TGCATCTA-----T------C--TGCA-TACGACAAG---TTGC-ACACCTA-AGT----TTTACACATAAGCAAAC-AAT--AC-----TTATG-CAT--GCAAAT-G-G--TGTCGTA--TGAATCGGGTA
gi|23 : aCA----TC--A-A-AAATCA--A-TGAACC-AAAAC---A-----A---AACTCAAACT----------TC--AAAG-AT-CCAC-CTGT-ATTGTATA-CACAAGCATACCAA---AA---------ATCAATTAA--A-T--A-TT-----TC-AA-A-A--C--G-T-TTAGAttaataacctga
gi|24 : GAAA--CTCAAAC------T--C-AATCT-GTAACTC----CTTCATATACATC---AT-CATTCC--A---AACATCAGTT-CAA------------CAACTCATAT-CATTC--AGG-----AA--AAA-GTCTGGAccatg
gi|24 : ACTCC---T----------TC--A--T-AT-ACAT-CATC-A------T-TCCAA-------AC---A-----------TCAGTTCA--A-C--A-AC-----TC-AT-A-T--C--A-T-TCAGGA-AAAAG--TCT-GGA-AA----ACTG-GTC-ATA-aaactggtcata
gi|25 : gaaactcaaactcaatctgta--TACCA-TGCGTTCAT--TCGAC-CA-A-GTT-TACATACAGGAGCAGAA--A-A-ATTGCTTT---T---------------GC---------T-C-ATTTACACCTACC----CCAGAC---TGGGTATAATTTGATTAA
gi|26 : TCA--A-T--A-TC-----TC-AT-A-G--C--AAT-TTA-------------C-G-A-AA----ATTG-GTC-ATATAC-AGTAA-TT-TT-TCAGA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-AC-TCCATCAA---------
gi|28 : ctgattaatatacaccT--TTTCAAAGTTAAAGGGGAGCACAACT-CA----TTC-A-ACAAATCA--AGTGAACC-CAAACA-AA-----A---AACTCAAACT----------TCGAAG-T-AT-CCAC-C
gi|29 : tctgaTAA-TT-TT-TCAAA-A-TA---AAAAGGGGGT-A-CA-TC-TCCATAAA---------AAAT----C------ATC-------C---AAC------T--CGA-TCT-GTAACTT----AT--AT-TACACC---AG-CA-TAC--
gi|3 : ----C--TA--ATCCGAAA--C---AAC------TTTC-A-TTT-G-ACCTC----ATTAACAT-TACCTCTGT-CA-TACGTA---AA-ATCAGTT-TAA------------TATCTCAAGAGCTTTTCGAGA-----AA
gi|3 : aCTCA---T----------T---AA-C-ATTACCT-CTGT-C------A-TACGT-------AA---AA----------TCAGTTTA--A-T--A-TC-----TC-AAGA-G--C--T-T-TTCGAG-AAAGG--TCCAAGA-AA----ACTT-GGCTGTA-A--AGTAC-TT-TT-TCAAA-A-TC---AAC--GCGAC-ACCA-ACTTCCATAAANNNNNNNNNNNNN----N--NN--NNNNNNNN--N---NNN------N--N-N-NNN-NNNNNNN----NNNNNNNNNNNNN---NN-NN-NNN--N---NN-NNNNGTT-GAATTTAGT------TATCTCAAGA-AGTGT--AGG-----GA--AA--GTC--ACCAATA---GCTGGGT---------AAGACAGGA-GC--GG-ACAAGGGT----AACATTATATTATCCCG--ACCACTTTTGTGG-CGGGGggtccaagaaaacttggctgtaaagtactttttcaaaatcaacgcgacaccaacttccataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaatttagttatctcaagaagtgtagggaaagtcaccaatagctgggtaagacaggagcggacaagggtaacattatattatcccgaccacttttgtggcggggt
gi|30 : actaatccgaaacaactttcatttgacA-GTTCT-T-TG-GCACCTAACCTCA-TGGA-----CTTTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGGAAATGCA----TGTGTAA-GTAA-A-t
gi|32 : tagga---------ATCAGTTAA--G-T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--A-T-ATAGTA-AAAAG--TCT-AGA-AA----ACTG-GTC-ATA-AC---TAATTT-TT-TCAAA-
gi|33 : tgTCAAAGTTAAAGGGGCA--CAACTCCA----TTA-A-A-AAATCATCA-TGAACC-G-AAC---A-----A---AACTCA---a
gi|34 : AATACA----TGCCTAA-GTAA-A-T-A--TACTG-TGCGTTCAC---CAAT-AA-A-A-CATACACACAGGAGCAA-AATA-A-TTTaacctcgatctga
gi|35 : TAGAATAAAAG--TCC-AGA-AA----ACTG-GTC-ATA-AT-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TTAAAAAA--GGGAC-A-CA-AC-TCC
gi|36 : AAAG--TCC-GGA-AA----ACTA-GTCG-TA-GC-AGTCA-TC-TTATCAA--G-TT---AAA--GGGTC-A-CA-AC-TCC
gi|38 : cGAA-AAAAG--TCT-GGA-AA----ACTG-GTTG-TA-AC---TAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGGC-A-CA-
gi|39 : A-AC-AGTAA-TT-TT-TATAG-G-TT---AAA--GGGAC-A-CA-AC-TCCATCAA---------AGAC----C--
gi|4 : AATTTC-TATAAAAGAAATCAGTTCAA--T---------ATCTTGAA----------------AAGTAT---TTAGT-------------GAT-ACATC---AA---------------------GG----------GT------AC------------TT--TTTAAAAGTTGAAGGGGCAC--AACTCCAACAATT--N-N-NNNNNN--N-NNNNNN-NNNNNN-NN-----N---NNNNNN---N----------NN--NN-N-NN-NNNN-NNNN-N------N-NNNNN-------NN---NNNNNNNNNNCATCCGTTCA----T--A-TC-----TC-AA-A-G--C--A-T-TTACAA-AACAG--TCT-GGA-AATTAAACTG-GTC-ATA-AC-AATAA-TT-TT-TCAAA-A-TT---AAA--GGAGC-A-CA-AC-TCCA---------------------C--AA--AT-CGAAA--C-----T------C--C-A-TCT-GTAACTC----ATTAATATACATC---AT-CA-
gi|40 : gtgtcaacct-ACAC-CTGC-A--------TACAT-------AA---AA---------A--AGTTCA--A-T--A-TC-----TC-TA-A-G--G--G-T-TTATAA-aaaca
gi|41 : A----ACTG-GCC-ATA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---CAT--GGTGC-A-TA-
gi|5 : AAGAAGTTTT-A-TG-GTGCCTG-CCCCG-CGGA-----CTGTA-GAGGTTTTGC--T-------AAATGCA----TATGCAA-GTAG-A-TT---TACTG-TGCGTTCACA--CGAC-AA-G-AA-ATACACACAGGAGCAG-A--A-AATTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--ACGTTA-ATTTGCACCTACC----CTTGAC---TAGGTGCAA---A-TTAACTTA-GGT-GTGC-AAGATT-TGCATATAAG---T--AAATCCGTTCA-TATGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAGCAAAA-AAT--ACTTAAGTTATG-TAT--GCAAATC--G--TGTCGTA--TGACT-GGG
gi|6 : TAAGA-ATTCT-A-TG-GTACCTG-CCCCG-CGGA-----C-GTA-GAGGTTCCGT--TGA-ATGCAAATGCA----TATGTAA-GTAA-A-TTA----CTG-TGCGTTCACA--CGAC-AAGA-AATAC-CACACAGGAGCAG-A--A-A-TTTGCTTCA-AT-A-----T---ATGAGC--AA--AAGTTA-ATTTGCACTTACC----CTTGAC--ATAGGTGCAA---A-TTAACTTA-GTG-GTGCAG-GATT-TGC-TATAAG---T--AAATCCGTTCA-TACGACAAAAA-TTGC-ACACCTA-AGT-AAATTTACACATAAACAAAA-AAT---C-----TTATG-CAT--GCAAATCGTG--TGTCGTA--TGAAT-GGGTgtatta
gi|7 : TTTG-TATAA--TAAATCAGTTCAA--C---------ATTTTGAA----------------AAGCAT---TTACT-------------G
gi|8 : ctttggttcaggtgagctaaaaacactagatgtgtctgactgtcagcacaacaccaatgccccctcctgcaatgaaggaaacacatgtacctaaggttgatcaagttatacccagaaaataaaaaggacaatttttttttaaatccaagggtcaactccatt-TATAA--GAAATCAGTTAAA--T---------ATCTCAAA----------------AATCAT---TTAGT-------------GAC-ACATCAAGAATA----------CTGAA-ATAGGCAA--TCTGCAT------ACAAA--AAGTTAATT--TTTCAAAGTTAAA-GGGCG--CAACTCCA--------ACA-AAATCA--A-TGAAAT-GGAACACAA-----A---G---CG---T----------TC--A
gi|8 : ctaGC-A------ACTCCAA-------CA---AA---------ATCAATGAA--A-TGGA-AC-----AC-AA-A-G--C--G-T-TCAGAA-AAAAG--TTT--GA-TA----ACTG-GTTG-TA-AC-AGTAA-TT-TT-TCAAA-G-TT---AAA--GGGgaaaaaagtttgataactggttgtaacagtaatttttcaaagttaaaggg
gi|9 : ctatataagaaatcagttaaatatctcaaaaatcatttagtgacacatcaagaatactgaaataggcaatctgcatacaaaaagttaatttttcaaagttaaagggcAC-TTTGTGGCTGGGGCATA-A-TAGGG-ATTTCTT-TG-GCACCTG--CCCG-CGGA-----CAGAA-GA-GTTTCGTA-AGA-ATGCAAATGCAATGGTGTTT-A-GTAATATTTA--CACTGATGCGTTCACA--CGAC-AA-A-AAAATAC-------------A--A-T-TTTGCTTCA-CT-A-----TTTAATGAGC--AA--ATGT-T-AATTGC-CCTA-C----CTTGAC---TAGATGT-A---AATTTACTT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TCAAGTGAAGAAATCCTAAGCACTCCAGGAGATGGAAAACACTAATTTTTCCAAATCCAAGAATTCAACTTAATTTCTATATTAAAAAAATCAGCTTCAAATACCTTTAAATACATTCTAGGAAACATTAAAAATGCTAAAATTTACCGTTCCCATAACAAAGTGCAGTAAAGGGGTACCAACTCAGCAACAA
Unaligned ( gi|27 ): TAATTCCAATGAAGGAAATCCCTAAGGTCAAAAATTGAAAGTAATATTTTTTTTAAATCCAATGGTCAACACAATTTCTATGTAAGAAATC
Unaligned ( gi|31 ): ATAGCAAATATACTTTTACACATATGCCAAGTTTGCACACCGTGAGTAAATCAGCGCATGTGAACGGGGATT
Unaligned ( gi|37 ): GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT
Unaligned ( gi|42 ): TTTGCATATATAAGGCAGAATTTGCACCCCATGAGTAA
Unaligned ( gi|43 ): GAACCTTCGGTTCAGGTGAGCTAACAACATTACATAC
Unaligned ( gi|44 ): ACTGAAATAGGTAATCTGCATACAAAAAGTCAAT