lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222222
lowQualScore : 1 4 2 2 2 33 2 2 2 22 22 4 4 2 2 5 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 777777777 4 4 4 8888 4
lowQualScore : . . . . . .. . . . .. .. . . . . . .......................................................................................................... ......... . . . .... .
lowQualScore : 9 4 2 2 2 11 1 1 1 88 88 0 0 0 0 7 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 555555555 0 0 0 5555 0
consensus : TCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATCC--------TATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAGTCT----T----------T-GGCGTAT---------TTT-AGGAG-AA-ATTG----T-CAATA
Reference ( gi|15 ) : TCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATCC--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCT----T----------T-GACGTAT---------TTT-AGGAG-AA-ATTG----T-CAATA
gi|25 : TCTATATTG-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-
gi|23 : TCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--GAG--TTG-G-C-G-CAC-
gi|24 : aTCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C---AGG-TC-G-G--AAT--TTG-G-C-G-CAC-A
gi|27 : TCTATAT-A-CT-AA--TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-AT
gi|29 : TCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--TAT--TTG-G-A-G-CAC-
gi|12 : TCTATAT-A-CT-AAA-TTAA-CCCAAGG-TC-G-A--CAT--TTG-G-C-G-CACAATCC--------
gi|21 : TCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AGTG-TC-G-A--AAT--TTG-G-T-G-tatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatcttcatcgtatttgacgtattttaggagaaatgtcaa
gi|22 : caTCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AGAG-TT-G-A--AAT--TTG-G-T-G-tca
gi|11 : aTCTATATTATCT-AAA-TTAAAC--AAGG-TC-G-G--AATTGTTGTG-CGG-CAC-ATCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT----T----------TCGTCGTATTTTGCGTATTTT-AGGAG-AA-ATTG----TCCAATAtca
gi|28 : tatCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGGTTC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-t
gi|3 : CTATATTA-CT-AA--TTAA-C--AAGG-TC-G-AACAAT--TTG-GCC-G-CACAATCC--------TATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT----------T-ATCGTATTGGCGA---TTT-AGGAG-AA-ATTG----T-CAAT
gi|31 : CTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-C-G--AAT--TTG-G-A-G-CAgatacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaaaaatattaaattctcccaataaacaacaataatttcaattgtcgtatatattcaaaagagtcaaactattgataatttaggtgcaaaaccc
gi|13 : CTATATTAACT-ATA-TTAA-C--AAGG-TCTG-C--AA---TTG-G-C-G-CAC-ATCC--------
gi|32 : CTATAT-A-CT-AAA-TTAG-C--AAGG-TT-G-A--AAT--TTGAG-C-G-Ctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcatcgtattggcgtattttaggaaaatattgtcaaaat
gi|16 : CTATATTA-CTAAAA-TTAA-C--AATT-TC-GAA--AAT--TTT-G-C-GCCAC-AACC--------c
gi|14 : aatctatttccataTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATCCNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT----T----------C-ATCGTAT---------TTT-AGGAG-AA-ATTG----T-CAATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|26 : TATAT-A-CT-AAACTTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-C
gi|30 : ctATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-Ccc
gi|4 : aAGG-TC-G-A--AAT--TTG-GCC-G-CAC-ATCC--------cc
gi|6 : ac--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATCCNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAGTCT----TCATTCATATTT-GGCGTAT---------TTT-AGGAGAAA-ATTG----T-CAATAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttcatcgtaatttggcgtattttaggcagaattgtcaatatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgcaatacgaataaatatatatattctccataataacaaccaactaattcaattgacgtttattctaaaaagagtctaaactaaatggaggaattttaggtgcaaa
gi|12 : GTAT----T----------T-GACGTAT---------TTT-AGGAG-AA-A-TG----T-CAAtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaataaaatataaatttctcaaaaattcaattgtcgtttgatttcaaaagtctatactaatgataaattttaggtccaaac
gi|2 : tctatatactaaattaacccaaggtcgacatttggcgcacaatcctatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatcttcatcGTAT----T----------T-G-CGTAT---------TTT-AGGAG-AA-TTTGCATCT-CAATA
gi|20 : cttcatcGTTT----T----------G-GGCGTTT---------TTTTGGGAG-AA-ATTG----T-CAATtgtcatactagatactttattgtagaaaccagacggtacgggcttgtatatgatctcgagttattacgaatctaaaatataaatctccaaataaataagcgcaacaaatattcagactctcttttatgtttcaaaagagtctcttaaactaatgataaaatttaggtcgttaacttccggtaaagatccccagctggtccgagtcattccaaaggtagctgaccggtttgatctctctccatcaaatattcctgctaatgacctttaactgagacgtag
gi|4 : gatcttcatcT----T----------T-GGCGTAT---------TTT-AGGCA-GA-ATTG----T-CAATActa
gi|13 : acaggtcgaaatttggccgcacatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttcatcgtaa----T----------T-GGCGTAT---------TTT-AGGAA-AATATTG----T-CAAtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgcaatacgaataaatatatatattctccataataacaaccaactaattcaattgacgtttattctaaaaagagtctaaactaaatggaggaattttaggtgcaaa
gi|19 : ctatattaactatattaacaaggtctgcaattggcgcacatcctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcatcgta---------TTT-AGGAG-AA-ATTG----T-CAATAaat
9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): ACCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTGTCAATCTTACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGAATAAATATAATCTCCATTAACAAGCAACAATAATCAATTGTCGGTTTGTTTTAAAAAAGAGTTTAACTAATGATAAAATTTAGGTGCGACCCCGCTAAATCGCAACATTTGCCCGATCATTCAAGTAAGCAACGTTTGCTGTTTCCATCATCTCTCTTCAAGTGACCTTTCAGTAGAGACG
Unaligned ( gi|5 ): ACACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGTCTAATCTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGAAATAAAAATCATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGTCTAACTAAGTAATAAATTTTAGGTGCGAACCCGCA
Unaligned ( gi|7 ): CCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGTCAATCTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGTCTAACTAATGATAAATTTTAGGTGCGAACCC
Unaligned ( gi|8 ): CCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTCATCGTTTTGGGCGTTTTTTTTTGGAGAAATTGTCAAGCTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGTCTAAATAATGATAAATTTTATGTGCGAAAC
Unaligned ( gi|9 ): CTTCATCGTATTGGCGTTGCTTTAGGAAACCATGAATCAAAATACGAAAACAATCTTTAAGAATCTTAGCGAACGGAACGAGCCTTTTACGTGTTGTTTGATTCCGAGATACGAATACAAATATTAAATCTCACGAATCAAATCGAGTCAGTAATTCAATGTCGTTTATTTCAATAAGGAGTCTACACTAAATGATTAATTAGGTG
Unaligned ( gi|10 ): TCATCGTTTTGGGTATTTAAGAGAAATTGCTCAATATATGAAAACAAAAATTTGAAACCGAGCTGCGTCGGAAGACCGTTATCTGATCCGAGATACGAATAAAAATATAAATGCCAACAATAATTCAATTGTCATTACTTTCAAAGAGAGTTTAAACTTAATGATTAATTTTAGTGGCGAAC
Unaligned ( gi|17 ): GAGCGCTAAAATCCACGCATGCGACTCATTCAACAGTAGCGACCGCGTTCAGTGATGTTTTCATCATTATTACTTTCAAGGTGAGACGTAGA
Unaligned ( gi|18 ): AATAATTCAATTGTCGTTTATTTAAAAAAGAGTCTATAGATACTAATGATTAACTGGTTGCGAAACTGCTAAATC
Unaligned ( gi|33 ): AGTCTACTAATGATTAATTTTAGGTGCGAACCC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111111 222222222
lowQualScore : 1 4 2 2 2 22 2 2 2 22 22 3 3 1 1 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 8888 7777777777 4 5 555555555 3 3 3 7777 3
lowQualScore : . . . . . .. . . . .. .. . . . . . .................................................................................... . .... .......... . . ......... . . . .... .
lowQualScore : 3 2 1 1 1 99 0 0 0 66 66 8 8 9 9 3 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 5555 5555555555 0 7 000000000 6 6 6 7777 6
consensus : TCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATCC--------TATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----TATCGTCT----T----------T-GGCGTAT---------TTT-AGGAG-AA-ATTG----T-CAATA
Reference ( family-1989 ) : TCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATCC--------TATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----TATAGTCT----T----------T-GGCGTAT---------TTT-AGGAG-AA-ATTG----T-CAATA
gi|11 : TCTATATTATCT-AAA-TTAAAC--AAGG-TC-G-G--AATTGTTGTG-CGG-CAC-ATCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNCT----T----------TCGTCGTATTTTGCGTATTTT-AGGAG-AA-ATTG----TCCAATA
gi|12 : tatTCTATAT-A-CT-AAA-TTAA-CCCAAGG-TC-G-A--CAT--TTG-G-C-G-CACAATCC--------TATt
gi|12 : ATCGTAT----T----------T-GACGTAT---------TTT-AGGAG-AA-A-TG----T-CAAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatcttcatcgtatttgacgtattttaggagaaatgtcaa
gi|13 : tctatatactaaattaacccaaggtcgacatttggcgcacaatcctatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatcttcCTATATTAACT-ATA-TTAA-C--AAGG-TCTG-C--AA---TTG-G-C-G-CAC-ATCC--------TA
gi|13 : ----T----------T-GGCGTAT---------TTT-AGGAA-AATATTG----T-CAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcatcgtattggcgtattttaggaaaatattgtcaaaat
gi|14 : ctatattaactatattaacaaggtctgcaattggcgcacatcctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcatcgtaTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATCCNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNCT----T----------C-ATCGTAT---------TTT-AGGAG-AA-ATTG----T-CAATAaat
gi|15 : TCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATCC--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNGTCT----T----------T-GACGTAT---------TTT-AGGAG-AA-ATTG----T-CAATA
gi|16 : CTATATTA-CTAAAA-TTAA-C--AATT-TC-GAA--AAT--TTT-G-C-GCCAC-AACC--------
gi|19 : aatctatttccata---------TTT-AGGAG-AA-ATTG----T-CAATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|2 : acttcatcgttgcttggataATCGTAT----T----------T-G-CGTAT---------TTT-AGGAG-AA-TTTGCATCT-CAATAtaacgaaaaccaattttagaacc
gi|20 : cttcATCGTTT----T----------G-GGCGTTT---------TTTTGGGAG-AA-ATTG----T-CAATtgtcatactagatactttattgtagaaaccagacggtacgggcttgtatatgatctcgagttattacgaatctaaaatataaatctccaaataaataagcgcaacaaatattcagactctcttttatgtttcaaaagagtctcttaaactaatgataaaatttaggtcgttaacttccggtaaagatccccagctggtccgagtcattccaaaggtagctgaccggtttgatctctctccatcaaatattcctgctaatgacctttaactgagacgtag
gi|21 : gatcttcTCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AGTG-TC-G-A--AAT--TTG-G-T-G-cta
gi|22 : caTCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AGAG-TT-G-A--AAT--TTG-G-T-G-tca
gi|23 : aTCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--GAG--TTG-G-C-G-CAC-tca
gi|24 : aTCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C---AGG-TC-G-G--AAT--TTG-G-C-G-CAC-A
gi|25 : TCTATATTG-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-
gi|26 : TATAT-A-CT-AAACTTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-C
gi|27 : ctTCTATAT-A-CT-AA--TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATcc
gi|28 : CTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGGTTC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-
gi|29 : TCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--TAT--TTG-G-A-G-CAC-
gi|3 : CTATATTA-CT-AA--TTAA-C--AAGG-TC-G-AACAAT--TTG-GCC-G-CACAATCC--------TATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNCT----------T-ATCGTATTGGCGA---TTT-AGGAG-AA-ATTG----T-CAAT
gi|30 : ATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-Cgatacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaaaaatattaaattctcccaataaacaacaataatttcaattgtcgtatatattcaaaagagtcaaactattgataatttaggtgcaaaaccc
gi|31 : aCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-C-G--AAT--TTG-G-A-G-CAcc
gi|32 : CTATAT-A-CT-AAA-TTAG-C--AAGG-TT-G-A--AAT--TTGAG-C-G-C
gi|4 : AGG-TC-G-A--AAT--TTG-GCC-G-CAC-ATCC--------c
gi|4 : acT----T----------T-GGCGTAT---------TTT-AGGCA-GA-ATTG----T-CAATAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttcatcgtaatttggcgtattttaggcagaattgtcaatatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgcaatacgaataaatatatatattctccataataacaaccaactaattcaattgacgtttattctaaaaagagtctaaactaaatggaggaattttaggtgcaaa
gi|6 : acaggtcgaaatttggccgcacatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttcatcgtaa--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATCC--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAGTCT----TCATTCATATTT-GGCGTAT---------TTT-AGGAGAAA-ATTG----T-CAATAtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgcaatacgaataaatatatatattctccataataacaaccaactaattcaattgacgtttattctaaaaagagtctaaactaaatggaggaattttaggtgcaaa
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): ACCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTGTCAATCTTACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGAATAAATATAATCTCCATTAACAAGCAACAATAATCAATTGTCGGTTTGTTTTAAAAAAGAGTTTAACTAATGATAAAATTTAGGTGCGACCCCGCTAAATCGCAACATTTGCCCGATCATTCAAGTAAGCAACGTTTGCTGTTTCCATCATCTCTCTTCAAGTGACCTTTCAGTAGAGACG
Unaligned ( gi|5 ): ACACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGTCTAATCTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGAAATAAAAATCATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGTCTAACTAAGTAATAAATTTTAGGTGCGAACCCGCA
Unaligned ( gi|7 ): CCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGTCAATCTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGTCTAACTAATGATAAATTTTAGGTGCGAACCC
Unaligned ( gi|8 ): CCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTCATCGTTTTGGGCGTTTTTTTTTGGAGAAATTGTCAAGCTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGTCTAAATAATGATAAATTTTATGTGCGAAAC
Unaligned ( gi|9 ): CTTCATCGTATTGGCGTTGCTTTAGGAAACCATGAATCAAAATACGAAAACAATCTTTAAGAATCTTAGCGAACGGAACGAGCCTTTTACGTGTTGTTTGATTCCGAGATACGAATACAAATATTAAATCTCACGAATCAAATCGAGTCAGTAATTCAATGTCGTTTATTTCAATAAGGAGTCTACACTAAATGATTAATTAGGTG
Unaligned ( gi|10 ): TCATCGTTTTGGGTATTTAAGAGAAATTGCTCAATATATGAAAACAAAAATTTGAAACCGAGCTGCGTCGGAAGACCGTTATCTGATCCGAGATACGAATAAAAATATAAATGCCAACAATAATTCAATTGTCATTACTTTCAAAGAGAGTTTAAACTTAATGATTAATTTTAGTGGCGAAC
Unaligned ( gi|17 ): GAGCGCTAAAATCCACGCATGCGACTCATTCAACAGTAGCGACCGCGTTCAGTGATGTTTTCATCATTATTACTTTCAAGGTGAGACGTAGA
Unaligned ( gi|18 ): AATAATTCAATTGTCGTTTATTTAAAAAAGAGTCTATAGATACTAATGATTAACTGGTTGCGAAACTGCTAAATC
Unaligned ( gi|33 ): AGTCTACTAATGATTAATTTTAGGTGCGAACCC
Alignments
lowQualScore : 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222222222 222222222
lowQualScore : 1 4 2 2 2 22 2 2 2 22 22 3 3 1 1 5 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 55555555555 6666 3 2 111111111 3 44 3 3 9999 3
lowQualScore : . . . . . .. . . . .. .. . . . . . ............................................................................... ........... .... . . ......... . .. . . .... .
lowQualScore : 3 2 1 1 1 99 0 0 0 66 66 8 8 9 9 3 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 77777777777 5555 1 1 222222222 1 22 1 1 6666 1
consensus : TCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATCC--------TATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATCGTN----------T----TT-GGCGTAT---------TTT-A--GGAG-AA-ATTG----T-CAATA
Reference ( family-1989 ) : TCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATCC--------TATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATCGTC----------T----TT-GGCGTAT---------TTT-A--GGAG-AA-ATTG----T-CAATA
gi|10 : ATCGT-----------T----TT-GG-GTAT---------TT--A--AGAG-AA-ATTGC---T-CAATA
gi|11 : tcTCTATATTATCT-AAA-TTAAAC--AAGG-TC-G-G--AATTGTTGTG-CGG-CAC-ATCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC----------T----TTCGTCGTATTTTGCGTATTTT-A--GGAG-AA-ATTG----TCCAATAtatgaaaacaaaaatttgaaaccgagctgcgtcggaagaccgttatctgatccgagatacgaataaaaatataaatgccaacaataattcaattgtcattactttcaaagagagtttaaacttaatgattaattttagtggcgaac
gi|12 : tatTCTATAT-A-CT-AAA-TTAA-CCCAAGG-TC-G-A--CAT--TTG-G-C-G-CACAATCC--------TATt
gi|12 : ATCGTA----------T----TT-GACGTAT---------TTT-A--GGAG-AA-A-TG----T-CAAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatcttcatcgtatttgacgtattttaggagaaatgtcaa
gi|13 : tctatatactaaattaacccaaggtcgacatttggcgcacaatcctatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatcttcCTATATTAACT-ATA-TTAA-C--AAGG-TCTG-C--AA---TTG-G-C-G-CAC-ATCC--------TA
gi|13 : ATCGTA----------T----T--GGCGTAT---------TTT-A--GGAA-AATATTG----T-CAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcatcgtattggcgtattttaggaaaatattgtcaaaat
gi|14 : ctatattaactatattaacaaggtctgcaattggcgcacatcctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATCCNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC----------T----TC-ATCGTAT---------TTT-A--GGAG-AA-ATTG----T-CAATAaat
gi|15 : TCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATCC--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTC----------T----TT-GACGTAT---------TTT-A--GGAG-AA-ATTG----T-CAATA
gi|16 : CTATATTA-CTAAAA-TTAA-C--AATT-TC-GAA--AAT--TTT-G-C-GCCAC-AACC--------
gi|19 : aatctatttccataATCGTTG---------C----TT-GG-ATAT---------TT--A--GGAG-AA-ATTG----T-CAATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|2 : acttcATCGTA----------T----TT-G-CGTAT---------TTT-A--GGAG-AA-TTTGCATCT-CAATAtaacgaaaaccaattttagaacc
gi|20 : cttcATCGTT----------T----TG-GGCGTTT---------TTTTG--GGAG-AA-ATTG----T-CAATtgtcatactagatactttattgtagaaaccagacggtacgggcttgtatatgatctcgagttattacgaatctaaaatataaatctccaaataaataagcgcaacaaatattcagactctcttttatgtttcaaaagagtctcttaaactaatgataaaatttaggtcgttaacttccggtaaagatccccagctggtccgagtcattccaaaggtagctgaccggtttgatctctctccatcaaatattcctgctaatgacctttaactgagacgtag
gi|21 : gatcttcTCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AGTG-TC-G-A--AAT--TTG-G-T-G-cta
gi|22 : caTCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AGAG-TT-G-A--AAT--TTG-G-T-G-tca
gi|23 : aTCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--GAG--TTG-G-C-G-CAC-tca
gi|24 : aTCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C---AGG-TC-G-G--AAT--TTG-G-C-G-CAC-A
gi|25 : TCTATATTG-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-
gi|26 : TATAT-A-CT-AAACTTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-C
gi|27 : ctTCTATAT-A-CT-AA--TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATcc
gi|28 : CTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGGTTC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-
gi|29 : TCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--TAT--TTG-G-A-G-CAC-
gi|3 : CTATATTA-CT-AA--TTAA-C--AAGG-TC-G-AACAAT--TTG-GCC-G-CACAATCC--------TATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----------NNNNCTT-ATCGTATTGGCGA---TTT-A--GGAG-AA-ATTG----T-CAAT
gi|30 : ATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-Cgatacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaaaaatattaaattctcccaataaacaacaataatttcaattgtcgtatatattcaaaagagtcaaactattgataatttaggtgcaaaaccc
gi|31 : aCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-C-G--AAT--TTG-G-A-G-CAcc
gi|32 : CTATAT-A-CT-AAA-TTAG-C--AAGG-TT-G-A--AAT--TTGAG-C-G-C
gi|4 : AGG-TC-G-A--AAT--TTG-GCC-G-CAC-ATCC--------c
gi|4 : acATCGTAA---------T----TT-GGCGTAT---------TTT-A--GGCA-GA-ATTG----T-CAATAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttcatcgtaatttggcgtattttaggcagaattgtcaatatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgcaatacgaataaatatatatattctccataataacaaccaactaattcaattgacgtttattctaaaaagagtctaaactaaatggaggaattttaggtgcaaa
gi|6 : acaggtcgaaatttggccgcacatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttc--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATCCNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAGTCTTCATTCATAT----TT-GGCGTAT---------TTT-A--GGAGAAA-ATTG----T-CAATAtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgcaatacgaataaatatatatattctccataataacaaccaactaattcaattgacgtttattctaaaaagagtctaaactaaatggaggaattttaggtgcaaa
gi|8 : ATCGTT----------T----TG-GGCGTTT---------TTT-TTTGGAG-AA-ATTG----T-CAAtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaataaaatataaatttctcaaaaattcaattgtcgtttgatttcaaaagtctatactaatgataaattttaggtccaaac
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): ACCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTGTCAATCTTACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGAATAAATATAATCTCCATTAACAAGCAACAATAATCAATTGTCGGTTTGTTTTAAAAAAGAGTTTAACTAATGATAAAATTTAGGTGCGACCCCGCTAAATCGCAACATTTGCCCGATCATTCAAGTAAGCAACGTTTGCTGTTTCCATCATCTCTCTTCAAGTGACCTTTCAGTAGAGACG
Unaligned ( gi|5 ): ACACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGTCTAATCTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGAAATAAAAATCATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGTCTAACTAAGTAATAAATTTTAGGTGCGAACCCGCA
Unaligned ( gi|7 ): CCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGTCAATCTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGTCTAACTAATGATAAATTTTAGGTGCGAACCC
Unaligned ( gi|9 ): CTTCATCGTATTGGCGTTGCTTTAGGAAACCATGAATCAAAATACGAAAACAATCTTTAAGAATCTTAGCGAACGGAACGAGCCTTTTACGTGTTGTTTGATTCCGAGATACGAATACAAATATTAAATCTCACGAATCAAATCGAGTCAGTAATTCAATGTCGTTTATTTCAATAAGGAGTCTACACTAAATGATTAATTAGGTG
Unaligned ( gi|17 ): GAGCGCTAAAATCCACGCATGCGACTCATTCAACAGTAGCGACCGCGTTCAGTGATGTTTTCATCATTATTACTTTCAAGGTGAGACGTAGA
Unaligned ( gi|18 ): AATAATTCAATTGTCGTTTATTTAAAAAAGAGTCTATAGATACTAATGATTAACTGGTTGCGAAACTGCTAAATC
Unaligned ( gi|33 ): AGTCTACTAATGATTAATTTTAGGTGCGAACCC
Alignments
lowQualScore : 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 111111111
lowQualScore : 1 4 2 2 2 22 2 2 2 22 22 3 3 1 1 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 00 6666 0 2 888888 222222222 3 44 3 3 9999 3
lowQualScore : . . . . . .. . . . .. .. . . . . . ................................................................................. .. .... . . ...... ......... . .. . . .... .
lowQualScore : 3 2 1 1 1 99 0 0 0 66 66 8 8 9 9 3 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 5555 8 1 888888 333333333 1 22 1 1 6666 1
consensus : TCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATCC---------TATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGTN-T----TTGGCGTAT------T---------TT-A--GGAG-AA-ATTG----T-CAATA
Reference ( family-1989 ) : TCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATCC---------TATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATCGTN-T----TTGGCGTAT------T---------TT-A--GGAG-AA-ATTG----T-CAATA
gi|10 : ATCGT--T----TTGG-GTAT------T---------T--A--AGAG-AA-ATTGC---T-CAATA
gi|11 : tcTCTATATTATCT-AAA-TTAAAC--AAGG-TC-G-G--AATTGTTGTG-CGG-CAC-ATCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT-T----TCGTCGTAT------TTTGCGTATTTT-A--GGAG-AA-ATTG----TCCAATAtatgaaaacaaaaatttgaaaccgagctgcgtcggaagaccgttatctgatccgagatacgaataaaaatataaatgccaacaataattcaattgtcattactttcaaagagagtttaaacttaatgattaattttagtggcgaac
gi|12 : tatTCTATAT-A-CT-AAA-TTAA-CCCAAGG-TC-G-A--CAT--TTG-G-C-G-CACAATCC---------TATt
gi|12 : ATCGTA-T----TTGACGTAT------T---------TT-A--GGAG-AA-A-TG----T-CAAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatcttcatcgtatttgacgtattttaggagaaatgtcaa
gi|13 : tctatatactaaattaacccaaggtcgacatttggcgcacaatcctatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatcttcCTATATTAACT-ATA-TTAA-C--AAGG-TCTG-C--AA---TTG-G-C-G-CAC-ATCC---------TA
gi|13 : ATCGTA-T----T-GGCGTAT------T---------TT-A--GGAA-AATATTG----T-CAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcatcgtattggcgtattttaggaaaatattgtcaaaat
gi|14 : ctatattaactatattaacaaggtctgcaattggcgcacatcctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATCCNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC-T----TCATCGTAT------T---------TT-A--GGAG-AA-ATTG----T-CAATAaat
gi|15 : TCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATCC---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTC-T----TTGACGTAT------T---------TT-A--GGAG-AA-ATTG----T-CAATA
gi|16 : CTATATTA-CTAAAA-TTAA-C--AATT-TC-GAA--AAT--TTT-G-C-GCCAC-AACC---------
gi|19 : aatctatttccataATCGTTGC----TTGG-ATAT------T---------T--A--GGAG-AA-ATTG----T-CAATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|2 : acttcATCGTA-T----TTG-CGTAT------T---------TT-A--GGAG-AA-TTTGCATCT-CAATAtaacgaaaaccaattttagaacc
gi|20 : cttcATCGTT-T----TGGGCGTTT------T---------TTTG--GGAG-AA-ATTG----T-CAATtgtcatactagatactttattgtagaaaccagacggtacgggcttgtatatgatctcgagttattacgaatctaaaatataaatctccaaataaataagcgcaacaaatattcagactctcttttatgtttcaaaagagtctcttaaactaatgataaaatttaggtcgttaacttccggtaaagatccccagctggtccgagtcattccaaaggtagctgaccggtttgatctctctccatcaaatattcctgctaatgacctttaactgagacgtag
gi|21 : gatcttcTCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AGTG-TC-G-A--AAT--TTG-G-T-G-cta
gi|22 : caTCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AGAG-TT-G-A--AAT--TTG-G-T-G-tca
gi|23 : aTCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--GAG--TTG-G-C-G-CAC-tca
gi|24 : aTCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C---AGG-TC-G-G--AAT--TTG-G-C-G-CAC-A
gi|25 : TCTATATTG-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-
gi|26 : TATAT-A-CT-AAACTTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-C
gi|27 : ctTCTATAT-A-CT-AA--TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATcc
gi|28 : CTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGGTTC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-
gi|29 : TCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--TAT--TTG-G-A-G-CAC-
gi|3 : CTATATTA-CT-AA--TTAA-C--AAGG-TC-G-AACAAT--TTG-GCC-G-CACAATCC---------TATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNCTTATCGTATTGGCGAT---------TT-A--GGAG-AA-ATTG----T-CAAT
gi|30 : ATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-Cgatacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaaaaatattaaattctcccaataaacaacaataatttcaattgtcgtatatattcaaaagagtcaaactattgataatttaggtgcaaaaccc
gi|31 : aCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-C-G--AAT--TTG-G-A-G-CAcc
gi|32 : CTATAT-A-CT-AAA-TTAG-C--AAGG-TT-G-A--AAT--TTGAG-C-G-C
gi|4 : AGG-TC-G-A--AAT--TTG-GCC-G-CAC-ATCC---------c
gi|4 : acATCGTAAT----TTGGCGTAT------T---------TT-A--GGCA-GA-ATTG----T-CAATAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttcatcgtaatttggcgtattttaggcagaattgtcaatatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgcaatacgaataaatatatatattctccataataacaaccaactaattcaattgacgtttattctaaaaagagtctaaactaaatggaggaattttaggtgcaaa
gi|6 : acaggtcgaaatttggccgcacatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttc--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATCC---------tacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgcaatacgaataaatatatatattctccataataacaaccaactaattcaattgacgtttattctaaaaagagtctaaactaaatggaggaattttaggtgcaaa
gi|6 : TCATA-T----TTGGCGTAT------T---------TT-A--GGAGAAA-ATTG----T-CAATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatagtcttcattcatatttggcgtattttaggagaaaattgtcaatatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaataaaatataaatttctcaaaaattcaattgtcgtttgatttcaaaagtctatactaatgataaattttaggtccaaac
gi|8 : aatttggcgcacatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatagtcttcatATCGTT-T----TGGGCGTTT------T---------TT-TTTGGAG-AA-ATTG----T-CAAtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaataaaatataaatttctcaaaaattcaattgtcgtttgatttcaaaagtctatactaatgataaattttaggtccaaac
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): ACCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTGTCAATCTTACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGAATAAATATAATCTCCATTAACAAGCAACAATAATCAATTGTCGGTTTGTTTTAAAAAAGAGTTTAACTAATGATAAAATTTAGGTGCGACCCCGCTAAATCGCAACATTTGCCCGATCATTCAAGTAAGCAACGTTTGCTGTTTCCATCATCTCTCTTCAAGTGACCTTTCAGTAGAGACG
Unaligned ( gi|5 ): ACACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGTCTAATCTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGAAATAAAAATCATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGTCTAACTAAGTAATAAATTTTAGGTGCGAACCCGCA
Unaligned ( gi|7 ): CCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGTCAATCTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGTCTAACTAATGATAAATTTTAGGTGCGAACCC
Unaligned ( gi|9 ): CTTCATCGTATTGGCGTTGCTTTAGGAAACCATGAATCAAAATACGAAAACAATCTTTAAGAATCTTAGCGAACGGAACGAGCCTTTTACGTGTTGTTTGATTCCGAGATACGAATACAAATATTAAATCTCACGAATCAAATCGAGTCAGTAATTCAATGTCGTTTATTTCAATAAGGAGTCTACACTAAATGATTAATTAGGTG
Unaligned ( gi|17 ): GAGCGCTAAAATCCACGCATGCGACTCATTCAACAGTAGCGACCGCGTTCAGTGATGTTTTCATCATTATTACTTTCAAGGTGAGACGTAGA
Unaligned ( gi|18 ): AATAATTCAATTGTCGTTTATTTAAAAAAGAGTCTATAGATACTAATGATTAACTGGTTGCGAAACTGCTAAATC
Unaligned ( gi|33 ): AGTCTACTAATGATTAATTTTAGGTGCGAACCC
Alignments
lowQualScore : 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 111111111
lowQualScore : 1 4 2 2 2 22 2 2 2 22 22 3 3 1 1 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 00 6666 0 2 888888 222222222 3 44 3 3 9999 3
lowQualScore : . . . . . .. . . . .. .. . . . . . ................................................................................. .. .... . . ...... ......... . .. . . .... .
lowQualScore : 3 2 1 1 1 99 0 0 0 66 66 8 8 9 9 3 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 5555 8 1 888888 333333333 1 22 1 1 6666 1
consensus : TCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATCC---------TATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGTN-T----TTGGCGTAT------T---------TT-A--GGAG-AA-ATTG----T-CAATA
Reference ( family-1989 ) : TCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATCC---------TATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGTN-T----TTGGCGTAT------T---------TT-A--GGAG-AA-ATTG----T-CAATA
gi|10 : ATCGT--T----TTGG-GTAT------T---------T--A--AGAG-AA-ATTGC---T-CAATA
gi|11 : tcTCTATATTATCT-AAA-TTAAAC--AAGG-TC-G-G--AATTGTTGTG-CGG-CAC-ATCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT-T----TCGTCGTAT------TTTGCGTATTTT-A--GGAG-AA-ATTG----TCCAATAtatgaaaacaaaaatttgaaaccgagctgcgtcggaagaccgttatctgatccgagatacgaataaaaatataaatgccaacaataattcaattgtcattactttcaaagagagtttaaacttaatgattaattttagtggcgaac
gi|12 : tatTCTATAT-A-CT-AAA-TTAA-CCCAAGG-TC-G-A--CAT--TTG-G-C-G-CACAATCC---------TATt
gi|12 : ATCGTA-T----TTGACGTAT------T---------TT-A--GGAG-AA-A-TG----T-CAAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatcttcatcgtatttgacgtattttaggagaaatgtcaa
gi|13 : tctatatactaaattaacccaaggtcgacatttggcgcacaatcctatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatcttcCTATATTAACT-ATA-TTAA-C--AAGG-TCTG-C--AA---TTG-G-C-G-CAC-ATCC---------TA
gi|13 : ATCGTA-T----T-GGCGTAT------T---------TT-A--GGAA-AATATTG----T-CAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcatcgtattggcgtattttaggaaaatattgtcaaaat
gi|14 : ctatattaactatattaacaaggtctgcaattggcgcacatcctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATCCNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC-T----TCATCGTAT------T---------TT-A--GGAG-AA-ATTG----T-CAATAaat
gi|15 : TCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATCC---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTC-T----TTGACGTAT------T---------TT-A--GGAG-AA-ATTG----T-CAATA
gi|16 : CTATATTA-CTAAAA-TTAA-C--AATT-TC-GAA--AAT--TTT-G-C-GCCAC-AACC---------
gi|19 : aatctatttccataATCGTTGC----TTGG-ATAT------T---------T--A--GGAG-AA-ATTG----T-CAATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|2 : acttcATCGTA-T----TTG-CGTAT------T---------TT-A--GGAG-AA-TTTGCATCT-CAATAtaacgaaaaccaattttagaacc
gi|20 : cttcATCGTT-T----TGGGCGTTT------T---------TTTG--GGAG-AA-ATTG----T-CAATtgtcatactagatactttattgtagaaaccagacggtacgggcttgtatatgatctcgagttattacgaatctaaaatataaatctccaaataaataagcgcaacaaatattcagactctcttttatgtttcaaaagagtctcttaaactaatgataaaatttaggtcgttaacttccggtaaagatccccagctggtccgagtcattccaaaggtagctgaccggtttgatctctctccatcaaatattcctgctaatgacctttaactgagacgtag
gi|21 : gatcttcTCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AGTG-TC-G-A--AAT--TTG-G-T-G-cta
gi|22 : caTCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AGAG-TT-G-A--AAT--TTG-G-T-G-tca
gi|23 : aTCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--GAG--TTG-G-C-G-CAC-tca
gi|24 : aTCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C---AGG-TC-G-G--AAT--TTG-G-C-G-CAC-A
gi|25 : TCTATATTG-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-
gi|26 : TATAT-A-CT-AAACTTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-C
gi|27 : ctTCTATAT-A-CT-AA--TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATcc
gi|28 : CTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGGTTC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-
gi|29 : TCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--TAT--TTG-G-A-G-CAC-
gi|3 : CTATATTA-CT-AA--TTAA-C--AAGG-TC-G-AACAAT--TTG-GCC-G-CACAATCC---------TATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNCTTATCGTATTGGCGAT---------TT-A--GGAG-AA-ATTG----T-CAAT
gi|30 : ATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-Cgatacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaaaaatattaaattctcccaataaacaacaataatttcaattgtcgtatatattcaaaagagtcaaactattgataatttaggtgcaaaaccc
gi|31 : aCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-C-G--AAT--TTG-G-A-G-CAcc
gi|32 : CTATAT-A-CT-AAA-TTAG-C--AAGG-TT-G-A--AAT--TTGAG-C-G-C
gi|4 : AGG-TC-G-A--AAT--TTG-GCC-G-CAC-ATCC---------c
gi|4 : acATCGTAAT----TTGGCGTAT------T---------TT-A--GGCA-GA-ATTG----T-CAATAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttcatcgtaatttggcgtattttaggcagaattgtcaatatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgcaatacgaataaatatatatattctccataataacaaccaactaattcaattgacgtttattctaaaaagagtctaaactaaatggaggaattttaggtgcaaa
gi|6 : acaggtcgaaatttggccgcacatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttc--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATCC---------tacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgcaatacgaataaatatatatattctccataataacaaccaactaattcaattgacgtttattctaaaaagagtctaaactaaatggaggaattttaggtgcaaa
gi|6 : TCATA-T----TTGGCGTAT------T---------TT-A--GGAGAAA-ATTG----T-CAATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatagtcttcattcatatttggcgtattttaggagaaaattgtcaatatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaataaaatataaatttctcaaaaattcaattgtcgtttgatttcaaaagtctatactaatgataaattttaggtccaaac
gi|8 : aatttggcgcacatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatagtcttcatATCGTT-T----TGGGCGTTT------T---------TT-TTTGGAG-AA-ATTG----T-CAAtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaataaaatataaatttctcaaaaattcaattgtcgtttgatttcaaaagtctatactaatgataaattttaggtccaaac
blockSeqs : T A A C . CC T T A AC . A C . C A NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN TG NNNC T TGGCGA TTGCGTATT T TT A T CATC C
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . C . . A NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN AA . A . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . TATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN T . G . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . A . T . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . C . G . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . C . G . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . A . T . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . T . G . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . N . G . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . A . G . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : ** N* ****
originalCons : TCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATCC---------TATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGTN-T----TTGGCGTAT------T---------TT-A--GGAG-AA-ATTG----T-CAATA
finalCons : TCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATCC---------TATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGTN-T----TTGGCGTAT------T---------TT-A--GGAG-AA-ATTG----T-CAATA
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): ACCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTGTCAATCTTACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGAATAAATATAATCTCCATTAACAAGCAACAATAATCAATTGTCGGTTTGTTTTAAAAAAGAGTTTAACTAATGATAAAATTTAGGTGCGACCCCGCTAAATCGCAACATTTGCCCGATCATTCAAGTAAGCAACGTTTGCTGTTTCCATCATCTCTCTTCAAGTGACCTTTCAGTAGAGACG
Unaligned ( gi|5 ): ACACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGTCTAATCTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGAAATAAAAATCATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGTCTAACTAAGTAATAAATTTTAGGTGCGAACCCGCA
Unaligned ( gi|7 ): CCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGTCAATCTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGTCTAACTAATGATAAATTTTAGGTGCGAACCC
Unaligned ( gi|9 ): CTTCATCGTATTGGCGTTGCTTTAGGAAACCATGAATCAAAATACGAAAACAATCTTTAAGAATCTTAGCGAACGGAACGAGCCTTTTACGTGTTGTTTGATTCCGAGATACGAATACAAATATTAAATCTCACGAATCAAATCGAGTCAGTAATTCAATGTCGTTTATTTCAATAAGGAGTCTACACTAAATGATTAATTAGGTG
Unaligned ( gi|17 ): GAGCGCTAAAATCCACGCATGCGACTCATTCAACAGTAGCGACCGCGTTCAGTGATGTTTTCATCATTATTACTTTCAAGGTGAGACGTAGA
Unaligned ( gi|18 ): AATAATTCAATTGTCGTTTATTTAAAAAAGAGTCTATAGATACTAATGATTAACTGGTTGCGAAACTGCTAAATC
Unaligned ( gi|33 ): AGTCTACTAATGATTAATTTTAGGTGCGAACCC
Alignments
lowQualScore : 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 111111111
lowQualScore : 1 4 2 2 2 22 2 2 2 22 22 3 3 1 1 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 00 6666 0 2 888888 222222222 3 44 3 3 9999 3
lowQualScore : . . . . . .. . . . .. .. . . . . . ................................................................................. .. .... . . ...... ......... . .. . . .... .
lowQualScore : 3 2 1 1 1 99 0 0 0 66 66 8 8 9 9 3 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 5555 8 1 888888 333333333 1 22 1 1 6666 1
consensus : TCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATCC---------TATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGTN-T----TTGGCGTAT------T---------TT-A--GGAG-AA-ATTG----T-CAATA
Reference ( family-1989 ) : TCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATCC---------TATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGTN-T----TTGGCGTAT------T---------TT-A--GGAG-AA-ATTG----T-CAATA
gi|10 : ATCGT--T----TTGG-GTAT------T---------T--A--AGAG-AA-ATTGC---T-CAATA
gi|11 : tcTCTATATTATCT-AAA-TTAAAC--AAGG-TC-G-G--AATTGTTGTG-CGG-CAC-ATCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT-T----TCGTCGTAT------TTTGCGTATTTT-A--GGAG-AA-ATTG----TCCAATAtatgaaaacaaaaatttgaaaccgagctgcgtcggaagaccgttatctgatccgagatacgaataaaaatataaatgccaacaataattcaattgtcattactttcaaagagagtttaaacttaatgattaattttagtggcgaac
gi|12 : tatTCTATAT-A-CT-AAA-TTAA-CCCAAGG-TC-G-A--CAT--TTG-G-C-G-CACAATCC---------TATt
gi|12 : ATCGTA-T----TTGACGTAT------T---------TT-A--GGAG-AA-A-TG----T-CAAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatcttcatcgtatttgacgtattttaggagaaatgtcaa
gi|13 : tctatatactaaattaacccaaggtcgacatttggcgcacaatcctatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatcttcCTATATTAACT-ATA-TTAA-C--AAGG-TCTG-C--AA---TTG-G-C-G-CAC-ATCC---------TA
gi|13 : ATCGTA-T----T-GGCGTAT------T---------TT-A--GGAA-AATATTG----T-CAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcatcgtattggcgtattttaggaaaatattgtcaaaat
gi|14 : ctatattaactatattaacaaggtctgcaattggcgcacatcctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATCCNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC-T----TCATCGTAT------T---------TT-A--GGAG-AA-ATTG----T-CAATAaat
gi|15 : TCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATCC---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTC-T----TTGACGTAT------T---------TT-A--GGAG-AA-ATTG----T-CAATA
gi|16 : CTATATTA-CTAAAA-TTAA-C--AATT-TC-GAA--AAT--TTT-G-C-GCCAC-AACC---------
gi|19 : aatctatttccataATCGTTGC----TTGG-ATAT------T---------T--A--GGAG-AA-ATTG----T-CAATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|2 : acttcATCGTA-T----TTG-CGTAT------T---------TT-A--GGAG-AA-TTTGCATCT-CAATAtaacgaaaaccaattttagaacc
gi|20 : cttcATCGTT-T----TGGGCGTTT------T---------TTTG--GGAG-AA-ATTG----T-CAATtgtcatactagatactttattgtagaaaccagacggtacgggcttgtatatgatctcgagttattacgaatctaaaatataaatctccaaataaataagcgcaacaaatattcagactctcttttatgtttcaaaagagtctcttaaactaatgataaaatttaggtcgttaacttccggtaaagatccccagctggtccgagtcattccaaaggtagctgaccggtttgatctctctccatcaaatattcctgctaatgacctttaactgagacgtag
gi|21 : gatcttcTCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AGTG-TC-G-A--AAT--TTG-G-T-G-cta
gi|22 : caTCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AGAG-TT-G-A--AAT--TTG-G-T-G-tca
gi|23 : aTCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--GAG--TTG-G-C-G-CAC-tca
gi|24 : aTCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C---AGG-TC-G-G--AAT--TTG-G-C-G-CAC-A
gi|25 : TCTATATTG-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-
gi|26 : TATAT-A-CT-AAACTTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-C
gi|27 : ctTCTATAT-A-CT-AA--TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATcc
gi|28 : CTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGGTTC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-CAC-
gi|29 : TCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--TAT--TTG-G-A-G-CAC-
gi|3 : CTATATTA-CT-AA--TTAA-C--AAGG-TC-G-AACAAT--TTG-GCC-G-CACAATCC---------TATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNCTTATCGTATTGGCGAT---------TT-A--GGAG-AA-ATTG----T-CAAT
gi|30 : ATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-G-A--AAT--TTG-G-C-G-Cgatacgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaaaaatattaaattctcccaataaacaacaataatttcaattgtcgtatatattcaaaagagtcaaactattgataatttaggtgcaaaaccc
gi|31 : aCTATATTA-CT-AAA-TTAA-C--AAGG-TC-C-G--AAT--TTG-G-A-G-CAcc
gi|32 : CTATAT-A-CT-AAA-TTAG-C--AAGG-TT-G-A--AAT--TTGAG-C-G-C
gi|4 : AGG-TC-G-A--AAT--TTG-GCC-G-CAC-ATCC---------c
gi|4 : acATCGTAAT----TTGGCGTAT------T---------TT-A--GGCA-GA-ATTG----T-CAATAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttcatcgtaatttggcgtattttaggcagaattgtcaatatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgcaatacgaataaatatatatattctccataataacaaccaactaattcaattgacgtttattctaaaaagagtctaaactaaatggaggaattttaggtgcaaa
gi|6 : acaggtcgaaatttggccgcacatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttc--AAT--TTG-G-C-G-CAC-ATCC---------tacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgcaatacgaataaatatatatattctccataataacaaccaactaattcaattgacgtttattctaaaaagagtctaaactaaatggaggaattttaggtgcaaa
gi|6 : TCATA-T----TTGGCGTAT------T---------TT-A--GGAGAAA-ATTG----T-CAATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatagtcttcattcatatttggcgtattttaggagaaaattgtcaatatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaataaaatataaatttctcaaaaattcaattgtcgtttgatttcaaaagtctatactaatgataaattttaggtccaaac
gi|8 : aatttggcgcacatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatagtcttcatATCGTT-T----TGGGCGTTT------T---------TT-TTTGGAG-AA-ATTG----T-CAAtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaataaaatataaatttctcaaaaattcaattgtcgtttgatttcaaaagtctatactaatgataaattttaggtccaaac
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): ACCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTGTCAATCTTACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGAATAAATATAATCTCCATTAACAAGCAACAATAATCAATTGTCGGTTTGTTTTAAAAAAGAGTTTAACTAATGATAAAATTTAGGTGCGACCCCGCTAAATCGCAACATTTGCCCGATCATTCAAGTAAGCAACGTTTGCTGTTTCCATCATCTCTCTTCAAGTGACCTTTCAGTAGAGACG
Unaligned ( gi|5 ): ACACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGTCTAATCTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGAAATAAAAATCATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGTCTAACTAAGTAATAAATTTTAGGTGCGAACCCGCA
Unaligned ( gi|7 ): CCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGTCAATCTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGTCTAACTAATGATAAATTTTAGGTGCGAACCC
Unaligned ( gi|9 ): CTTCATCGTATTGGCGTTGCTTTAGGAAACCATGAATCAAAATACGAAAACAATCTTTAAGAATCTTAGCGAACGGAACGAGCCTTTTACGTGTTGTTTGATTCCGAGATACGAATACAAATATTAAATCTCACGAATCAAATCGAGTCAGTAATTCAATGTCGTTTATTTCAATAAGGAGTCTACACTAAATGATTAATTAGGTG
Unaligned ( gi|17 ): GAGCGCTAAAATCCACGCATGCGACTCATTCAACAGTAGCGACCGCGTTCAGTGATGTTTTCATCATTATTACTTTCAAGGTGAGACGTAGA
Unaligned ( gi|18 ): AATAATTCAATTGTCGTTTATTTAAAAAAGAGTCTATAGATACTAATGATTAACTGGTTGCGAAACTGCTAAATC
Unaligned ( gi|33 ): AGTCTACTAATGATTAATTTTAGGTGCGAACCC