lowQualScore : 1111111111111111111111
lowQualScore : 4 1 1111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111111111 1111 55555555555555555555555555 1 11 11 1 55555555555555555555555555555555555555555555555 11 7777777777777777777777 11 1 4
lowQualScore : 0 6 7 6 4 1111 99999 7777 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66666 22222222222222 5555 5555 1111 444 66666666666666666666666666 0 9999999 99 0 22 0 2 3 6 11111111111111111111111111111111111111111111111 7 3 77 7 0000000000000000000000 6 6 22 5 6 0
lowQualScore : . . . . . .... ..... .... ....................................................................................... ..... .............. .... .... .... ... .......................... . ....... .. . .. . . . . ............................................... . . .. . ...................... . . .. . . .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 9999 22222 7777 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 77777 33333333333333 7777 7777 3333 777 88888888888888888888888888 3 2222222 00 1 44 5 3 6 4 44444444444444444444444444444444444444444444444 3 5 00 3 0000000000000000000000 0 0 00 0 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATACTGTATATCTTGTAAT-TTTGGTGCGCT-G---GAA----ATGTTGG-C-T-TT--TT--G--C----GG---ATGAGGAAA-A---TT-CGC------C-A------A-----AA------GCA------C--CA-----AA--------A-----TTTCT----AT----TCATA-T-AA---AT--G----ATACACTCTT-TT--G-A-ATGAAATTGCG-CCAAAAAATAAA-NCGCTAAGATT-TCAAA-----CTA----CGTTTT-----TGAGAAAAA-NA----GCTNA---ATATTCCCGATGCCAAAATTTC---------ATGATATACAGTAACTCTTATCTGAAAATTCATA
Reference ( gi|1 ) : TTAAATAATTCTTAAATCAAATAATTACACATACAGTGTATA-TATATTTTTTGTAAT-TTTGGCGCGCT-G---GAA----ATGTTGG-CATATT--TT--G--T----GG---ATGCGGAAA-A---TT-CAC------T-A------A-----AA------GCA------C--CA-----AA--------A-----TTTCT----AT----TCATG-T-AA---AT--G----GCAAACTCTT-TT--G-A-ATTAAATTGTG-CCAAAACATAAA-TTGCTAAGAAT-TTAAA-----GTA----TGCTTC-----TGAGAAAAA-AA----GCTTG---ATATTTCTTATGCCAAAATTTCCTCATCTTTATGGTATATA-T-ATTTTTGCCTCAGAATT-ATA
gi|4 : ATACTGTATATCTTGTAATGTTTG--------------A----ATGTTGG-C---TT--TT--G--TTGGCAG---ATGAGAAAA-AAA-TT-CAC------C-A------A-----AA------T--------T--CA-----AAATGCAGATA-----TTTTT----AT----TCATA-A-AA---AT--G------ATACCCTT-GT--GAA-ATGAAGTTGTG-CCAAAAGATAAA-ATTCTGGGATT-TCAAA-----TTC----T-TTTA-----TGAGAAAAA-
gi|14 : attttatctcaaagaaTATATCTTGTAAT-TTTGGAGCGCT-A---GAA----ATGTTGACCCTATT--TTTGG--C----GC---GTGAGAAAA-A---TT-CCC------C-A------ACAAGGAA------ACC------C--CA-----TA--------A-----TTCTT----AT----TCATA-T-GA---AT--G----ATACACT-TT-TT--G-A-ATAAAATTGCG--TAAAAAATAAT-GCGCTAGGATT-TTAtctgtaaagtattccccaactccaaagtaagcatgattta
gi|11 : caccgGTAAT-TTATGTGCACTAG---GAATTTTATGTTTG---TATT--TT--G--T----GG----TGAGGAAT-A---TG-TAC------C-A------A-----AAATTGAAGGG------C--CA-----AA--------------TTTCT----AT----TCATG-T-AATTTAT--G---------CTCTTACT--A-A-ATGTAATTGCA-CCAAAAAATAAA-t
gi|7 : tacattgtatgtcagGTAAA-TTTGGTGCGCT-G---GTA----GTATCAG-C-TCTT--TG--G--T----GG---ACGAGGAGA-A---TT-TAC------C-AGAAGTCA-----AA------GTA------T--GA-----AA--------AATTATTTTCTTATAAT----TTTTA-A-AA---AT--G----GTACACT-----T--G----TTAAA-------CAGAA-ATAAA-TCGCCAAGATT-TCAAA-----TTA----CATTTT-----TGAGAAAAgctctacgattattgagaaaaatctgctaa
gi|2 : aataatgttatccaatgaaaacaccgtatactggGTAAT-CTTTGT---CT-G---GAA----ATTTTTG-C---CT--TT--G--T----AGCAGATG-GG--------------------TGA------A-----AA------ACG------T--CA-----GA--------A-----TTTCT----AT----TCATA-T-AA---AT--G----ATACACTCAT-GT--G---ATGAAATTGCA-CTAAAAAAT-AC-CTGCTAAAATT-TCAAACCCTGATG----GGTTTCTTATATAAGAAAAATCG----GCTAA---ATA-TTCTGATGCCAAAATTAC---------ATGATATACAGTAACTCTTATCTGAAAATTCATAgttcgctacatactcc
gi|15 : ctgtatatcaaGTAAT-TTTGGC---CT-AAAAGAA----ATGTTGG----------------T----GG---ATTAGGGAA-A---TT-TGCCAAAATT-A------A-----AA------GTG------C--CA-----AA--------A-----TTCCT----AT----CCAAA-TCAA---AT--G------ATACTCTTGTT--A-A-ATGAAAAT-TG-CCAca
gi|9 : attctatttcaatataccgtataatgacaaGTAAT-CTAAGCTCACT-G---GAA----TTTTTGG-C-------TT---------------ATGAGGAAA-A---TT-CAC------T-G------T-----AA-------CA------TGTCA-----AA--------A-----TTTCA----GT----CCATA-C-AA---AA--G----ATA----CTTGTTAAA-A-ATCAAAATGTGTCCAGAA-ATGAA-GTGCTAAGATT-TTGAA-----TTATT--TATTTT-----TTA-AAGAT-CT----GCTAG---AAATTCCTGGCACCAAAAT
gi|3 : tatattggGTAAT-TTTGGAGTGCT-T---CAA----ATGTAGG-CTTTCT--TG--G--C----AG---ATGAGGATA-A---TT-CGC------A-A------A-----AA------
gi|6 : aatactatatcaaGTAGT-TTTG-TGCACT-G---GAA----ATGTTGG-C---TT--TT--C--T----G------GCAGATG-A---T----------------------------------G------------A-----AA--------A-----TTTCT----AT----C--TGAT-AA---AT--G----ATATACT-TG-TT--G-ATGTGAAA--GGG-TCAAG----AAA-TTTATAGGTAT-C--AA-----GTAATTTTATTTT-----T----AGAA-AATTCTGCTTA---ATATTCTCGATGCCAAAAagatagaaagaaaaaagaaattaaaacaaaataccaaagcaccaaaatttttattcatagaaattataaacttgctaaataaaattgcaaaagaggtaagatttcaaaatactttcatatgagaaaaatatgcaaatatcccaatgccaaaatt
gi|8 : gtatagTAAT-TTTAGTGCGAT-G---GAT----GTGTGGA-C-TCTT--TT--GG-C----AG---ATG---AAA-ACATTT-TGC------C-A------A-----AA------ATA------A--CACACTTAA--------A-----TTTCT----ATATAATTATA-T-AT---ATCTGAT--GCA---TTTG-TT--A-T-ATTAAACCATG-CCAAAATTTGAA-ATGCTAA-AATATCAAA-----CT-----CGTTTT-----TGAGAAAatgatcagatatgacgtagtttgatctacatgcagttttacattc
gi|12 : gcttacatagtataaattgcaAA----TTGTTGG-CAT--T--TT--GA-C----AA---ATTCAGAAACA---TTGCA---------A------A-----AA------GCAAAGGTGC--TA-----AA--------A-----TTTCC----AT----TTCTA-T-AA---AT--------CA---CCCT-TT--G-C-ATTGGAT
gi|17 : atgcattgtatcaggcatgtgtttcaattGTTGA-CTTTTTAGTT--GCAT----GG----TGAGAAAA-A---TT-CG-------T-A------A-----AAT-----GCAAAAGAGC--CA-----AG--------A-----ATTCC----AT----TCATT-G-AA---AT--G----ATACACGCGT-T---A-A-ATGAGATTCCG-CCAAAAAAAAAA-acaaatccatcaaaaagcaaagcactgacacttgagaaaaatctgccaa
gi|3 : accatatatcgggtaaaaccAAA-A---T---AC------C-A------A-----A-------GCA------C--CA-----AA--------A-----TTTTT----AT----TCATA-G-AA---AT--T----ATAAACT-TG-CT--A-A-ATAAAATTG----CAAAAGA-------GGTAAGATT-TCAAA-----ATA----C-TTTCATA--TGAGAAAAA-TA-------TGCAAATA-TCCCAATGCCAAAATT
gi|16 : aatactatatcaagtaattttggagtgcttcaaatgtaggctttcttggcagatgaggataattcgcaaaaaagatagaaagaaaaaagaaattaaaacAA-A---TT-TAC------------------------------CA------C--CA-----AA--------T-----TTTCT----AT----TTGTT-T-AA---AT--T----ATACACT-TC-TT--C-A-GTAAGATCCCA-TTAAAGAATAAA-GCTCTTAGATT-TCAAA-----CTA----TTTTTC-----GGAG--AAA-AA----TCTGA---ATATTCCCAATGCC-AAATTT
gi|18 : atgccAC------T-ATG----A-----AA------GCA------C--AA-----AA--------A-----TTTCT----AT----TCATGTT-GA---AT--G------ATACTCTT-GTA-A-A-ATAAAAATGTG-CCAAA--ATGAA-GTACCAAGATT-TCAAA-----CTA----CTTTTT-----TATGGAAAa
gi|5 : tca------T-A------A-----AA------GCA------C--CA-----AA--------A-----TTTTT----AT----TTGTT-T-AA----T--GTTCAATAAGATC---------A-ATAAGATCCCA-TCAAAGAATAAAGCTCTTAAGATT-TCAAA-----CTA------CTTA-----TTGGAGAAA-AA----TCTGA---ATATTCCCAATGCC-AAATTT
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTTTGATGGATAAAAATAAAAGAAGCGAAAATTAAAAGACTAAAATTTATACTCATATGTGAATGATACACTTTTAGATGAAACATCGTCAAAAATTATAGCATCAAAAATATTAAACTACATGTACATTTTGTTTAAGGAAAACTTGTCAAATATTCCCCTGGCCAAAATGACC
Unaligned ( gi|13 ): GAAAAAAAGGGCTTTTTTGGGTGGATAAAGAAAAATAAAGCAAAATAAAAAGTGCCAAGATTTATATCCATAGAAAGGATACAATACATCCAAAAGTGAAGCGCTAAGATTTTAAACTATATTTTGTGAAAAATTGGCTAAATATCATCAAAGCCAAAATTAC
Unaligned ( gi|19 ): AAAAATAAAGCACTGAGATTTCAAACTACTTTTCTGGGACAAATCCACAAAATATCCCCAATGCTAAAATTAC
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 333333333333 333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111 11111111111 3333 555555555 222 1
lowQualScore : 4 55555 55 3 55 1 77777 7777 111111 333333333333 2 33 222222222222222222222222222222222222222222222222 55555 55555 88888888 4444 4444 6666 33 4444 88888888888 222 4 77 444444 1 66666 2 2 444 66666 44444444444 33 66666 5555 9999 6666 3 3 66 333333333 7 111 2 5
lowQualScore : . ..... .. . .. . ..... .... ...... ............ . .. ................................................ ..... ..... ........ .... .... .... .. .... ........... ... . .. ...... . ..... . . ... ..... ........... .. ..... .... .... .... . . .. ......... . ... . .
lowQualScore : 0 00000 00 6 66 2 55555 1111 111111 888888888888 5 44 444444444444444444444444444444444444444444444444 66666 66666 11111111 7777 7777 2222 11 7777 88888888888 666 4 33 000000 1 11111 4 4 777 77777 77777777777 77 77777 7777 1111 8888 3 3 99 333333333 3 555 5 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATACCGTATA-T--CGNG--TAAT-TTTGGCGCGCT-G---GAA----ATGTTGGC----T-TTT--T----G-CG-GATGAGGAAA-A--TTC--GC------CA------A------A-----A------GCG------CCA-----AAA-----T--------TTCT----AT----TCATA--T-AAA--TG----ATACACTCTT----TTAA-A-TG-AAATTGCGCCAAAAAATAAAGC-G-CT-A-AGATTTCAA---AC-----TA--CNT-----T--TT-----TG----AGAAAAA-TN-GCT---AAATATT-CCCGATGCCAAAATT--TC---------ATGATATACAGTAACTCTTGCCTNAGAATTCATA
Reference ( family-1984 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATACTGTATA-T--CTTG--TAAT-TTTGGTGCGCT-G---GAA----ATGTTGGC----T-TTT--T----G-CG-GATGAGGAAA-A--TTC--GC------CA------A------A-----A------GCA------CCA-----AAA-----T--------TTCT----AT----TCATA--T-AAA--TG----ATACACTCTT----TTGA-A-TG-AAATTGCGCCAAAAAATAAANC-G-CT-A-AGATTTCAA---AC-----TA--CGT-----T--TT-----TG----AGAAAAA-NA-GCT---NAATATT-CCCGATGCCAAAATT--TC---------ATGATATACAGTAACTCTTATCTGAAAATTCATA
gi|1 : ATA-TATATT-T--TTTG--TAAT-TTTGGCGCGCT-G---GAA----ATGTTGGCA---TATTT--T----G-TG-GATGCGGAAA-A--TTC--AC------TA------A------A-----A------GCA------CCA-----AAA-----T--------TTCT----AT----TCATG--T-AAA--TG----GCAAACTCTT----TTGA-A-TT-AAATTGTGCCAAAACATAAATT-G-CT-A-AGAATTTAA---AG-----TA--TGC-----T--TC-----TG----AGAAAAA-AA-GCT---TGATATT-TCTTATGCCAAAATT--TCCTCATCTTTATGGTATATA-T-ATTTTTGCCTCAGAATT-ATA
gi|10 : ttaaataattcttaaatcaaataattacacatacagtgtGAAA-A--TT------------A------A------A-----A------G-A------CTA-----AAA-----T--------TTAT----AC----TCATATGT-GAA--TG----ATACA--CTT----TTAG-A-TG-AAACATCGTCAAAAATTATAGC-ATCA-A-AAATATTAA---AC-----TA--CATGTACAT--TT-----TGTTTAAGGAAAACTT-GTC---AAATATT-CCCCTGGCCAAAAT
gi|11 : ttttgatggataaaaataaaagaagcACATTGTATG-T--CAGG--TAAT-TTATGTGCACTAG---GAATTTTATGTTTGT----A-TTT--T----G-TG-G-TGAGGAAT-A--TGT--AC------CA------A------A-----AATTGAAGGG------CCA-----AA------T--------TTCT----AT----TCATG--T-AAT--T------TATGCTCTTA---CTAA-A-TG-TAATTGCACCAAAAAATAAAGC-T-CT-A-CGATT--A---------------------------T-----TG----AGAAAAA-gacc
gi|12 : tAA----TTGTTGGC----A-TTT--T----GACA-AATTCAGAAACA--TT---GC------AA------A------A-----A------GCAAAGGTGCTA-----AAA-----T--------TTCC----AT----TTCTA--T-AAA--T--------CACCCTTTGCATTGG-A-TA-CAAATCCATCAAAAAGCAAAGC-A-CT-G-ACACTTtctgctaa
gi|13 : atgcattgtatcaggcatgtgtttcaattGGC----T-TTT--TTGG-G-TG-GATAAAGAAA-A--ATAAAGC------AA------A------ATAAAAA------GTG------CCA-----AGA-----T--------TTAT----AT----CCATA--G-AAA--GG----ATACA--------------A-T--ACAT----CCAAAAG-TGAAGC-G-CT-A-AGATTTTAA---AC-----TA--TA------T--TT-----TG----TGAAAAATTG-GCT---AAATATC-ATCAAAGCCAAAATT--gagaaaaatctgccaa
gi|14 : gaaaaaaagACCGTATA-T--CTTG--TAAT-TTTGGAGCGCT-A---GAA----ATGTTGACCCTAT-TTT--TG---G-CG-CGTGAGAAAA-A--TTC--CC------CA------ACAAGG-A-----A------ACC------CCA-----TAA-----T--------TCTT----AT----TCATA--T-GAA--TG----ATACACT-TT----TTGA-A-TA-AAATTGCG-TAAAAAATAATGC-G-CT-A-GGATTTTAac
gi|15 : cATACCGTATAATGACAAG--TAAT-TTTGGC---CT-AAAAGAA----ATGTTGGT-------------------G-GATTAGGGAA-A--TTT--GC------CA------AAATTAAA-----A------GTG------CCA-----AAA-----T--------TCCT----AT----CCAAA--TCAAA--TG----AT--ACTCTTG---TTAA-A-TGAAAATTGCt
gi|16 : attctatttcaat--GC------CA------A------ATTT--A------CCA------CCA-----AAT-----T--------TTCT----AT----TTGTT--T-AAA--TT----ATACACT-TC----TTCA-G-TA-AGATCCCATTAAAGAATAAAGC-T-CT-T-AGATTTCAA---AC-----TA--TTT-----T--TC-----GG----AGAAAAA-T---CT---GAATATT-CCCAATGCC-AAATT--Tca
gi|17 : atGTTGAC----T-TTT--TAGTTG-CATGGTGAGAAAA-A--TTC--GTAAAATGCA------A------A-----A------GAG------CCA-----AGA-----A--------TTCC----AT----TCATT--G-AAA--TG----ATACACGC-G----TTAA-A-TG-AGATTCCGCCAAAAAAAAAAa
gi|18 : accatatatcgggtaaaacc------A------A-----A------GCA------CAA-----AAA-----T--------TTCT----AT----TCATG--TTGAA--TG----ATAC--TCTT----GTAA-AATA-AAAATGTGCCAAAA--TGAAGT-A-CC-A-AGATTTCAA---AC-----TA--CTT-----T--TT-----TA----TGGAAA
gi|19 : tcaactatgAAAAATAAAGC-A-CT-G-AGATTTCAA---AC-----TA--CTT-----T--TC-----TG----GGACAAATCC-ACA---AAATATC-CCCAATGCTAAAATT--
gi|2 : CTGTATA-T--CAAG--TAAT-CTTTGT---CT-G---GAA----ATTTTTGC----C-TTTG-TA---G-CA-GATGGG----------T--G--------A------A------A-----A------ACG------TCA-----GAA-----T--------TTCT----AT----TCATA--T-AAA--TG----ATACACTCAT----GTG--A-TG-AAATTGCACTAAAAAAT--ACCTG-CT-A-AAATTTCAA---ACCCTGATG--GGT-----T--TCTTATATA----AGAAAAATCG-GCT---AAATATT--CTGATGCCAAAATT--AC---------ATGATATACAGTAACTCTTATCTGAAAATTCATAac
gi|3 : ATACT--ATA-T--CAAG--TAAT-TTTGGAGTGCT-T---CAA----ATGTAGGC----T-TTC--TTG--G-CA-GATGAGGATA-A--TTC--GC------AA------A------A-----A------ca
gi|3 : aAAA-A--T----AC------CA------A------A------------GCA------CCA-----AAA-----T--------TTTT----AT----TCATA--G-AAA--TT----ATAAACT-TG----CTAA-A-TA-AAATTG---CAAAAGA-------G-GT-A-AGATTTCAA---AA-----TA--CTT-----TCATA-----TG----AGAAAAA-TATGC----AAATA-T-CCCAATGCCAAAATT--agatagaaagaaaaaagaaattaaaacaaaataccaaagcaccaaaatttttattcatagaaattataaacttgctaaataaaattgcaaaagaggtaagatttcaaaatactttcatatgagaaaaatatgcaaatatcccaatgccaaaatt
gi|4 : aatactatatcaagtaattttggagtgcttcaaatgtaggctttcttggcagatgaggataattcgcaaaaaagatagaaagaaaaaagaaattaaaacATACTGTATA-T--CTTG--TAATGTTTG--------------A----ATGTTGGC----T-TTTGTT----GGCA-GATGAGAAAA-AAATTC--AC------CA------A------A-----A------TT--------CA-----AAA-----TGCAGATATTTTT----AT----TCATA--A-AAA--TG----ATAC--CCTT----GTGA-AATG-AAGTTGTGCCAAAAGATAAAAT-T-CT-G-GGATTTCAA---AT-----T---CTT-----T--TA-----TG----AGAAAAA-T---CTGTAAAGTATTCCCCAACTCCAAAGT
gi|5 : attttatctcaaagaaA------A------A-----A------GCA------CCA-----AAA-----T--------TTTT----AT----TTGTT--T-AA---TGTTCAATAAGATC---------A-A-TA-AGATCCCATCAAAGAATAAAGC-T-CTTA-AGATTTCAA---AC-----TA--CTT-----A--TT-----GG----AGAAAAA-T---CT---GAATATT-CCCAATGCC-AAATT--Taagcatgattta
gi|6 : attatcaggtgattttggtgtgcgggttagctttttgaggaaaaaaggcaattaattaatttgggttaattaggcaaaaaatgcaacccaaaatG--TAGT-TTTG-TGCACT-G---GAA----ATGTTGGC----T-TTT--CTG--G-CA-GATGATGAAA-A--TT--------------------------------------------------------------------------TCT----AT----CTG-A--T-AAA--TG----ATATACT-TG----TTGATG-TG-AAA--GGGTCAAGAAAT--------TT-ATAGGTATCAAGTAAT-----TT--TAT-----T--TT-----T-----AGAAAAT-TCTGCT---TAATATT-CTCGATGCCAAAAATGATC---------A-GATATac
gi|7 : gtatagACACCGTATA-C--TGGG--TAAA-TTTGGTGCGCT-G---GTA----GTATCAGC----T-CTT--TG---G-TG-GACGAGGAGA-A--TTT--AC------CAGAAGTCA------A-----A------GTA------TGA-----AAAATTATT--------TTCTTATAAT----TTTTA--A-AAA--TG----GTACACT-TG----TTAA-A-C-------------AGAAATAAATC-G-CC-A-AGATTTCAA---AT-----TA--CAT-----T--TT-----TG----AGAAAAGTTC-GCT---ACATACT-CCgacgtagtttgatctacatgcagttttacattc
gi|8 : aataatgttatccaatgaaaGTATA-A--ATTGCATAAT-TTTAGTGCGAT-G---GAT----GTGTGGAC----T-CTT--TTG--G-CA-GATGAAAACA-T--TTT--GC------CA------A------A-----A------ATA------ACACACTTAAA-----T--------TTCT----ATATAATTATA--T-ATATCTG----ATGCA-TTTG----TTAT-A-TT-AAACCATGCCAAAATTTGAAAT-G-CT-A-AAATATCAA---AC-----T---CGT-----T--TT-----TG----AGAAA
gi|9 : gcttacataTATA-T--TGGG--TAAT-CTAAGCTCACT-G---GAA----TTTTTGGC----T-T---------------ATGAGGAAA-A--TTC--AC------TG------T------A-----A-------CATG----TCA-----AAA-----T--------TTCA----GT----CCATA--C-AAA--AG----ATAC-TTGTT----AAAA-A-TC-AAAATGTGTCCAGAAATGAAGT-G-CT-A-AGATTTTGA---AT-----TATTTAT-----T--TT-----TT----A-AAGAT-CT-GCT---AGAAATT-CCTGGCACCAAAAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111 333333333333 3333333333333333333333333333333333333333333333 2222222 1111111111111111111111 22222 555555555 222 1
lowQualScore : 1 88888 33 3 11111111111 66666 999999 777777777777 2 33 5555555555555555555555555555555555555555555555 55555 55555 4444 4444 6666 6666666 33 1111111 0 2 77 444444 6666 2 2 6666666666666666666666 66666 5555 88888 3 3 3 66 333333333 7 111 1 5
lowQualScore : . ..... .. . ........... ..... ...... ............ . .. .............................................. ..... ..... .... .... .... ....... .. ....... . . .. ...... .... . . ...................... ..... .... ..... . . . .. ......... . ... . .
lowQualScore : 7 88888 99 1 00000000000 44444 777777 222222222222 4 22 3333333333333333333333333333333333333333333333 66666 66666 7777 7777 2222 1111111 77 2222222 2 2 33 000000 7777 4 4 8888888888888888888888 22222 3333 00000 3 3 3 99 333333333 3 555 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATACCGTATA--T--CGGGTAAT-TTTGGCGCGCT-G---GAA----ATGTTGGC----T-TTT--T----G-CG-GATGAGGAAA-A--TTC--GC------CA------A-----A-----A------GC------GCCA-----AAA-----TTTCT----AT----TCATA--T-AAAT--G----ATACACTCTT----TTAAA-TG-AAATTGCGCCAAAAAATAAAGC--G-CT-A-AGATTTCAAAC-----TAC---TT-----T--TT-----TG----AGAAAAA-T-C-GCTAAA-TATT-CCCGATGCCAAAATT--TC---------ATGATATACAGTAACTCTTGCCTNAGAATTCATA
Reference ( family-1984 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATACCGTATA--T--CGNGTAAT-TTTGGCGCGCT-G---GAA----ATGTTGGC----T-TTT--T----G-CG-GATGAGGAAA-A--TTC--GC------CA------A-----A-----A------GC------GCCA-----AAA-----TTTCT----AT----TCATA--T-AAAT--G----ATACACTCTT----TTAAA-TG-AAATTGCGCCAAAAAATAAAGC--G-CT-A-AGATTTCAAAC-----TAC---NT-----T--TT-----TG----AGAAAAA-T-N-GCTAAA-TATT-CCCGATGCCAAAATT--TC---------ATGATATACAGTAACTCTTGCCTNAGAATTCATA
gi|1 : GTAAT-TTTGGCGCGCT-G---GAA----ATGTTGGCA---TATTT--T----G-TG-GATGCGGAAA-A--TTC--AC------TA------A-----A-----A------GC------ACCA-----AAA-----TTTCT----AT----TCATG--T-AAAT--G----GCAAACTCTT----TTGAA-TT-AAATTGTGCCAAAACATAAATT--G-CT-A-AGAATTTAAAG-----TAT---GC-----T--TC-----TG----AGAAAAA-A-A-GCTTGA-TATT-TCTTATGCCAAAATT--TCCTCATCTTTATGGTATATA-T-ATTTTTGCCTCAGAATT-ATA
gi|10 : ttaaataattcttaaatcaaataattacacatacagtgtatatatattttttGAAA-A--TT------------A------A-----A-----A------G-------ACTA-----AAA-----TTTAT----AC----TCATATGT-GAAT--G----ATACA--CTT----TTAGA-TG-AAACATCGTCAAAAATTATAGC--ATCA-A-AAATATTAAAC-----TAC---ATGTACAT--TT-----TGTTTAAGGAAAACT-T-GTCAAA-TATT-CCCCTGGCCAAAAT
gi|11 : ttttgatggataaaaataaaagaagcGTATG--T--CAGGTAAT-TTATGTGCACTAG---GAATTTTATGTTTGT----A-TTT--T----G-TG-G-TGAGGAAT-A--TGT--AC------CA------A-----A-----AATTGAAGG------GCCA-----AA------TTTCT----AT----TCATG--T-AATT--------TATGCTCTTA---CTAAA-TG-TAATTGCACCAAAAAATAAAGC--T-CT-A-CGATT--A-------------------------T-----TG----AGAAAAA-TCT-GCTAAgacc
gi|12 : tacattAA----TTGTTGGC----A-TTT--T----GACA-AATTCAGAAACA--TT---GC------AA------A-----A-----A------GCAAAGGTGCTA-----AAA-----TTTCC----AT----TTCTA--T-AAAT----------CACCCTTTGCATTGGA-TA-CAAATCCATCAAAAAGCAAAGC--A-CT-G-A-----CA------------------------CT-----TG----AGAAAAA-TCT-GCCAA
gi|13 : atgcattgtatcaggcatgtgtttcaattGGC----T-TTT--TTGG-G-TG-GATAAAGAAA-A--ATAAAGC------AA------A-----ATAAAAA------GT------GCCA-----AGA-----TTTAT----AT----CCATA--G-AAAG--G----ATACA-------------A-T--ACAT----CCAAAAG-TGAAGC--G-CT-A-AGATTTTAAAC-----TAT---A------T--TT-----TG----TGAAAAATT-G-GCTAAA-TATC-ATCAAAGCCAAAATT--
gi|14 : gaaaaaaagACCGTATA--T--CTTGTAAT-TTTGGAGCGCT-A---GAA----ATGTTGACCCTAT-TTT--TG---G-CG-CGTGAGAAAA-A--TTC--CC------CA------ACAAGGA-----A------AC------CCCA-----TAA-----TTCTT----AT----TCATA--T-GAAT--G----ATACACT-TT----TTGAA-TA-AAATTGCG-TAAAAAATAATGC--G-CT-A-GGATTTTAac
gi|15 : cATACCGTATAA-TGACAAGTAAT-TTTGGC---CT-AAAAGAA----ATGTTGGT-------------------G-GATTAGGGAA-A--TTT--GC------CA------A-----A-----ATTAAAAGT------GCCA-----AAA-----TTCCT----AT----CCAAA--TCAAAT--G----ATAC--TCTTG---TTAAA-TGAAAATTGCt
gi|16 : attctatttcaat--GC------CA------A-----ATTT--A------CC------ACCA-----AAT-----TTTCT----AT----TTGTT--T-AAAT--T----ATACACT-TC----TTCAG-TA-AGATCCCATTAAAGAATAAAGC--T-CT-T-AGATTTCAAAC-----TAT---TT-----T--TC-----GG----AGAAAAA-T----CTGAA-TATT-CCCAATGCC-AAATT--Tca
gi|17 : atACCATATA--T--CGGGTAA-------------------AA----CCGTTGAC----T-TTT--TAGTTG-CATGGTGAGAAAA-A--TTC--GTAAAATGCA------A-----A-----A------GA------GCCA-----AGA-----ATTCC----AT----TCATT--G-AAAT--G----ATACACGC-G----TTAAA-TG-AGATTCCGCCAAAAAAAAAAa
gi|18 : ------A-----A-----A------GC------ACAA-----AAA-----TTTCT----AT----TCATG--TTGAAT--G----ATAC--TCTT----GTAAAATA-AAAATGTGCCAAAA--TGAAGT--A-CC-A-AGATTTCAAAC-----TAC---TT-----T--TT-----TA----TGGAAA
gi|19 : tcaactatgAAAAATAAAGC--A-CT-G-AGATTTCAAAC-----TAC---TT-----T--TC-----TG----GGACAAA-TCC-ACAAAA-TATC-CCCAATGCTAAAATT--
gi|2 : CTGTATA--T--CAAGTAAT-CTTTGT---CT-G---GAA----ATTTTTGC----C-TTTG-TA---G-CA-GATGGG----------T--G--------A------A-----A-----A------AC------GTCA-----GAA-----TTTCT----AT----TCATA--T-AAAT--G----ATACACTCAT----GT-GA-TG-AAATTGCACTAAAAAATA---CCTG-CT-A-AAATTTCAAACCCTGATGG---GT-----T--TCTTATATA----AGAAAAA-TCG-GCTAAA-TATT--CTGATGCCAAAATT--AC---------ATGATATACAGTAACTCTTATCTGAAAATTCATAac
gi|3 : ATAC--TATA--T--CAAGTAAT-TTTGGAGTGCT-T---CAA----ATGTAGGC----T-TTC--TTG--G-CA-GATGAGGATA-A--TTC--GC------AA------A-----A-----A------ca
gi|3 : aAAA-A--T----AC------CA------A-----A------------GC------ACCA-----AAA-----TTTTT----AT----TCATA--G-AAAT--T----ATAAACT-TG----CTAAA-TA-AAATTG---CAAAAGA--------G-GT-A-AGATTTCAAAA-----TAC---TT-----TCATA-----TG----AGAAAAA-TAT-GC-AAA-TA-T-CCCAATGCCAAAATT--agatagaaagaaaaaagaaattaaaacaaaataccaaagcaccaaaatttttattcatagaaattataaacttgctaaataaaattgcaaaagaggtaagatttcaaaatactttcatatgagaaaaatatgcaaatatcccaatgccaaaatt
gi|4 : aatactatatcaagtaattttggagtgcttcaaatgtaggctttcttggcagatgaggataattcgcaaaaaagatagaaagaaaaaagaaattaaaacATACTGTATA--T--CTTGTAATGTTTG--------------A----ATGTTGGC----T-TTTGTT----GGCA-GATGAGAAAA-AAATTC--AC------CA------A-----A-----ATTCAAAAT------GCAG-----ATA-----TTTTT----AT----TCATA--A-AAAT--G----ATACCCT-TG----TGAAA-TG-AAGTTGTGCCAAAAGATAAAAT--T-CT-G-GGATTTCAAAT-----T-C---TT-----T--TA-----TG----AGAAAAA-T-C-TGTAAAGTATTCCCCAACTCCAAAGT
gi|5 : attttatctcaaagaaTA--T--CAGGTGAT-TTTGGTGTGC--G---G--------GTTAGC----T-TTT--------------TGAGGAAA-A--aagcatgattta
gi|5 : atA------A-----A-----A------GC------ACCA-----AAA-----TTTTT----AT----TTGTT--T-AA-T--GTTCAATAAGATC---------AA-TA-AGATCCCATCAAAGAATAAAGC--T-CTTA-AGATTTCAAAC-----TAC---TT-----A--TT-----GG----AGAAAAA-T----CTGAA-TATT-CCCAATGCC-AAATT--Taaggcaattaattaatttgggttaattaggcaaaaaatgcaacccaaaataaaagcaccaaaatttttatttgtttaatgttcaataagatcaataagatcccatcaaagaataaagctcttaagatttcaaactacttattggagaaaaatctgaatattcccaatgccaaatttac
gi|6 : attatcaggtgattttggtgtgcgggttagctttttgaggaaaaaaggcaattaattaatttgggttaattaggcaaaaaatgcaacccaaaatGTATA-------GGTAGT-TTTG-TGCACT-G---GAA----ATGTTGGC----T-TTT--CTG--G-CA-GATGATGAAA-A--TT-----------------------------------------------------------------TCT----AT----CTG-A--T-AAAT--G----ATATACTTGT----TGATG-TG-AAA--GGGTCAAGAAAT---------TT-ATAGGTATCAAGT-----AAT---TT-----TATTT-----TT----AGAAAAT-T-CTGCTTAA-TATT-CTCGATGCCAAAAATGATC---------A-GATATac
gi|7 : ACACCGTATA--C--TGGGTAAA-TTTGGTGCGCT-G---GTA----GTATCAGC----T-CTT--TG---G-TG-GACGAGGAGA-A--TTT--AC------CAGAAGTCA-----A-----A------GT------ATGA-----AAAATTATTTTCTTATAAT----TTTTA--A-AAAT--G----GTACACT-TG----TTAAA-C-------------AGAAATAAATC--G-CC-A-AGATTTCAAAT-----TAC---AT-----T--TT-----TG----AGAAAAGTT-C-GCTACA-TACT-CCgacgtagtttgatctacatgcagttttacattc
gi|8 : aataatgttatccaatgaaaGTATAAAT--TGCATAAT-TTTAGTGCGAT-G---GAT----GTGTGGAC----T-CTT--TTG--G-CA-GATGAAAACA-T--TTT--GC------CA------A-----A-----A------AT------AACACACTTAAA-----TTTCT----ATATAATTATA--T-ATATCTG----ATGCATT-TG----TTATA-TT-AAACCATGCCAAAATTTGAAAT--G-CT-A-AAATATCAAAC-----T-C---GT-----T--TT-----TG----AGAAA
gi|9 : gcttacataTATA--T--TGGGTAAT-CTAAGCTCACT-G---GAA----TTTTTGGC----T-T---------------ATGAGGAAA-A--TTC--AC------TGT-----A-----A-----C------AT------GTCA-----AAA-----TTTCA----GT----CCATA--C-AAAA--G----ATAC-TTGTT----AAAAA-TC-AAAATGTGTCCAGAAATGAAGT--G-CT-A-AGATTTTGAAT-----TATTTATT-----T--TT-----T-------AAAGA-TCT-GCTAGA-AATT-CCTGGCACCAAAAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111 333333333333 3333333333333333333333333333333333333333333333 2222222 22222222222222222222222222 222 555555555 222 1
lowQualScore : 1 88888 33 3 11111111111 66666 999999 777777777777 2 33 5555555555555555555555555555555555555555555555 55555 55555 4444 4444 6666 6666666 33 1111111 0 2 77 444444 6666 2 2 44444444444444444444444444 5 555 3 3 3 66 333333333 7 111 1 5
lowQualScore : . ..... .. . ........... ..... ...... ............ . .. .............................................. ..... ..... .... .... .... ....... .. ....... . . .. ...... .... . . .......................... . ... . . . .. ......... . ... . .
lowQualScore : 7 88888 22 1 00000000000 44444 777777 222222222222 4 22 3333333333333333333333333333333333333333333333 66666 66666 7777 7777 2222 1111111 77 2222222 2 2 33 000000 7777 4 4 11111111111111111111111111 7 222 3 3 3 99 333333333 3 555 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATACCGTATA--T--CGGGTAAT-TTTGGCGCGCT-G---GAA----ATGTTGGC----T-TTT--T----G-CG-GATGAGGAAA-A--TTC--GC------CA------A-----A-----A------GC------GCCA-----AAA-----TTTCT----AT----TCATA--T-AAAT--G----ATACACTCTT----TTAAA-TG-AAATTGCGCCAAAAAATAAAGC--G-CT-A-AGATTTCAAAC----------TAC-------TTT--TTTGAGAAAAA-T-C-GCTAAA-TATT-CCCGATGCCAAAATT--TC---------ATGATATACAGTAACTCTTGCCTNAGAATTCATA
Reference ( family-1984 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATACCGTATA--T--CGGGTAAT-TTTGGCGCGCT-G---GAA----ATGTTGGC----T-TTT--T----G-CG-GATGAGGAAA-A--TTC--GC------CA------A-----A-----A------GC------GCCA-----AAA-----TTTCT----AT----TCATA--T-AAAT--G----ATACACTCTT----TTAAA-TG-AAATTGCGCCAAAAAATAAAGC--G-CT-A-AGATTTCAAAC----------TAC-------TTT--TTTGAGAAAAA-T-C-GCTAAA-TATT-CCCGATGCCAAAATT--TC---------ATGATATACAGTAACTCTTGCCTNAGAATTCATA
gi|1 : GTAAT-TTTGGCGCGCT-G---GAA----ATGTTGGCA---TATTT--T----G-TG-GATGCGGAAA-A--TTC--AC------TA------A-----A-----A------GC------ACCA-----AAA-----TTTCT----AT----TCATG--T-AAAT--G----GCAAACTCTT----TTGAA-TT-AAATTGTGCCAAAACATAAATT--G-CT-A-AGAATTTAAAG----------TAT-------GCT--TCTGAGAAAAA-A-A-GCTTGA-TATT-TCTTATGCCAAAATT--TCCTCATCTTTATGGTATATA-T-ATTTTTGCCTCAGAATT-ATA
gi|10 : ttaaataattcttaaatcaaataattacacatacagtgtatatatattttttGAAA-A--TT------------A------A-----A-----A------G-------ACTA-----AAA-----TTTAT----AC----TCATATGT-GAAT--G----ATACA--CTT----TTAGA-TG-AAACATCGTCAAAAATTATAGC--ATCA-A-AAATATTAAAC----------TACATGTACATTTTGTTTAAGGAAAACT-T-GTCAAA-TATT-CCCCTGGCCAAAAT
gi|11 : ttttgatggataaaaataaaagaagcGTATG--T--CAGGTAAT-TTATGTGCACTAG---GAATTTTATGTTTGT----A-TTT--T----G-TG-G-TGAGGAAT-A--TGT--AC------CA------A-----A-----AATTGAAGG------GCCA-----AA------TTTCT----AT----TCATG--T-AATT--------TATGCTCTTA---CTAAA-TG-TAATTGCACCAAAAAATAAAGC--T-CT-A-CGATT--A-----------------------------TTGAGAAAAA-T-CTGCTAAgacc
gi|12 : tacattAA----TTGTTGGC----A-TTT--T----GACA-AATTCAGAAACA--TT---GC------AA------A-----A-----A------GCAAAGGTGCTA-----AAA-----TTTCC----AT----TTCTA--T-AAAT----------CACCCTTTGCATTGGA-TA-CAAATCCATCAAAAAGCAAAGC--A-CT-G-A-----CA----------------------------CTTGAGAAAAA-T-CTGCCAA
gi|13 : atgcattgtatcaggcatgtgtttcaattGGC----T-TTT--TTGG-G-TG-GATAAAGAAA-A--ATAAAGC------AA------A-----ATAAAAA------GT------GCCA-----AGA-----TTTAT----AT----CCATA--G-AAAG--G----ATACA-------------A-T--ACAT----CCAAAAG-TGAAGC--G-CT-A-AGATTTTAAAC----------TA--------TAT--TTTGTGAAAAA-T-TGGCTAAA-TATC-ATCAAAGCCAAAATT--
gi|14 : gaaaaaaagACCGTATA--T--CTTGTAAT-TTTGGAGCGCT-A---GAA----ATGTTGACCCTAT-TTT--TG---G-CG-CGTGAGAAAA-A--TTC--CC------CA------ACAAGGA-----A------AC------CCCA-----TAA-----TTCTT----AT----TCATA--T-GAAT--G----ATACACT-TT----TTGAA-TA-AAATTGCG-TAAAAAATAATGC--G-CT-A-GGATTTTAac
gi|15 : cATACCGTATAA-TGACAAGTAAT-TTTGGC---CT-AAAAGAA----ATGTTGGT-------------------G-GATTAGGGAA-A--TTT--GC------CA------A-----A-----ATTAAAAGT------GCCA-----AAA-----TTCCT----AT----CCAAA--TCAAAT--G----ATAC--TCTTG---TTAAA-TGAAAATTGCt
gi|16 : attctatttcaat--GC------CA------A-----ATTT--A------CC------ACCA-----AAT-----TTTCT----AT----TTGTT--T-AAAT--T----ATACACT-TC----TTCAG-TA-AGATCCCATTAAAGAATAAAGC--T-CT-T-AGATTTCAAAC----------TAT-------TTT--TCGGAGAAAAA-T----CTGAA-TATT-CCCAATGCC-AAATT--Tca
gi|17 : atACCATATA--T--CGGGTAA-------------------AA----CCGTTGAC----T-TTT--TAGTTG-CATGGTGAGAAAA-A--TTC--GTAAAATGCA------A-----A-----A------GA------GCCA-----AGA-----ATTCC----AT----TCATT--G-AAAT--G----ATACACGC-G----TTAAA-TG-AGATTCCGCCAAAAAAAAAAa
gi|18 : ------A-----A-----A------GC------ACAA-----AAA-----TTTCT----AT----TCATG--TTGAAT--G----ATAC--TCTT----GTAAAATA-AAAATGTGCCAAAA--TGAAGT--A-CC-A-AGATTTCAAAC----------TAC-------TTT--TTTATGGAAA
gi|19 : tcaactatgAAAAATAAAGC--A-CT-G-AGATTTCAAAC----------TAC-------TTT--TCTGGGACAAA-TCC-ACAAAA-TATC-CCCAATGCTAAAATT--
gi|2 : CTGTATA--T--CAAGTAAT-CTTTGT---CT-G---GAA----ATTTTTGC----C-TTTG-TA---G-CA-GATGGG----------T--G--------A------A-----A-----A------AC------GTCA-----GAA-----TTTCT----AT----TCATA--T-AAAT--G----ATACACTCAT----GT-GA-TG-AAATTGCACTAAAAAATA---CCTG-CT-A-AAATTTCAAACCCTGATGGGTTTC-------TTA--TATAAGAAAAA-T-CGGCTAAA-TATT--CTGATGCCAAAATT--AC---------ATGATATACAGTAACTCTTATCTGAAAATTCATAac
gi|3 : ATAC--TATA--T--CAAGTAAT-TTTGGAGTGCT-T---CAA----ATGTAGGC----T-TTC--TTG--G-CA-GATGAGGATA-A--TTC--GC------AA------A-----A-----A------ca
gi|3 : aAAA-A--T----AC------CA------A-----A------------GC------ACCA-----AAA-----TTTTT----AT----TCATA--G-AAAT--T----ATAAACT-TG----CTAAA-TA-AAATTG---CAAAAGA--------G-GT-A-AGATTTCAAAA----------TAC-------TTTCATATGAGAAAAA-TAT-GC-AAA-TA-T-CCCAATGCCAAAATT--agatagaaagaaaaaagaaattaaaacaaaataccaaagcaccaaaatttttattcatagaaattataaacttgctaaataaaattgcaaaagaggtaagatttcaaaatactttcatatgagaaaaatatgcaaatatcccaatgccaaaatt
gi|4 : aatactatatcaagtaattttggagtgcttcaaatgtaggctttcttggcagatgaggataattcgcaaaaaagatagaaagaaaaaagaaattaaaacATACTGTATA--T--CTTGTAATGTTTG--------------A----ATGTTGGC----T-TTTGTT----GGCA-GATGAGAAAA-AAATTC--AC------CA------A-----A-----ATTCAAAAT------GCAG-----ATA-----TTTTT----AT----TCATA--A-AAAT--G----ATACCCT-TG----TGAAA-TG-AAGTTGTGCCAAAAGATAAAAT--T-CT-G-GGATTTCAAAT----------T-C-------TTT--TATGAGAAAAA-T-C-TGTAAAGTATTCCCCAACTCCAAAGT
gi|5 : attttatctcaaagaaTA--T--CAGGTGAT-TTTGGTGTGC--G---G--------GTTAGC----T-TTT--------------TGAGGAAA-A--aagcatgattta
gi|5 : atA------A-----A-----A------GC------ACCA-----AAA-----TTTTT----AT----TTGTT--T-AA-T--GTTCAATAAGATC---------AA-TA-AGATCCCATCAAAGAATAAAGC--T-CTTA-AGATTTCAAAC----------TAC-------TTA--TTGGAGAAAAA-T----CTGAA-TATT-CCCAATGCC-AAATT--Taaggcaattaattaatttgggttaattaggcaaaaaatgcaacccaaaataaaagcaccaaaatttttatttgtttaatgttcaataagatcaataagatcccatcaaagaataaagctcttaagatttcaaactacttattggagaaaaatctgaatattcccaatgccaaatttac
gi|6 : attatcaggtgattttggtgtgcgggttagctttttgaggaaaaaaggcaattaattaatttgggttaattaggcaaaaaatgcaacccaaaatGTATA-------GGTAGT-TTTG-TGCACT-G---GAA----ATGTTGGC----T-TTT--CTG--G-CA-GATGATGAAA-A--TT-----------------------------------------------------------------TCT----AT----CTG-A--T-AAAT--G----ATATACTTGT----TGATG-TG-AAA--GGGTCAAGAAAT---------TT-ATAGGTATCAAGT----------AAT-------TTTATTTTTAGAAAAT-T-CTGCTTAA-TATT-CTCGATGCCAAAAATGATC---------A-GATATac
gi|7 : ACACCGTATA--C--TGGGTAAA-TTTGGTGCGCT-G---GTA----GTATCAGC----T-CTT--TG---G-TG-GACGAGGAGA-A--TTT--AC------CAGAAGTCA-----A-----A------GT------ATGA-----AAAATTATTTTCTTATAAT----TTTTA--A-AAAT--G----GTACACT-TG----TTAAA-C-------------AGAAATAAATC--G-CC-A-AGATTTCAAAT----------TAC-------ATT--TTTGAGAAAAGTT-C-GCTACA-TACT-CCgacgtagtttgatctacatgcagttttacattc
gi|8 : aataatgttatccaatgaaaGTATAAAT--TGCATAAT-TTTAGTGCGAT-G---GAT----GTGTGGAC----T-CTT--TTG--G-CA-GATGAAAACA-T--TTT--GC------CA------A-----A-----A------AT------AACACACTTAAA-----TTTCT----ATATAATTATA--T-ATATCTG----ATGCATT-TG----TTATA-TT-AAACCATGCCAAAATTTGAAAT--G-CT-A-AAATATCAAAC----------T-C-------GTT--TTTGAGAAA
gi|9 : gcttacataTATA--T--TGGGTAAT-CTAAGCTCACT-G---GAA----TTTTTGGC----T-T---------------ATGAGGAAA-A--TTC--AC------TGT-----A-----A-----C------AT------GTCA-----AAA-----TTTCA----GT----CCATA--C-AAAA--G----ATAC-TTGTT----AAAAA-TC-AAAATGTGTCCAGAAATGAAGT--G-CT-A-AGATTTTGAAT----------TATTTA----TTT--TTT---AAAGA-T-CTGCTAGA-AATT-CCTGGCACCAAAAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111 333333333333 3333333333333333333333333333333333333333333333 2222222 22222222222222222222222222 222 555555555 222 1
lowQualScore : 1 88888 33 3 11111111111 66666 999999 777777777777 2 33 5555555555555555555555555555555555555555555555 55555 55555 4444 4444 6666 6666666 33 1111111 0 2 77 444444 6666 2 2 44444444444444444444444444 5 555 3 3 3 66 333333333 7 111 1 5
lowQualScore : . ..... .. . ........... ..... ...... ............ . .. .............................................. ..... ..... .... .... .... ....... .. ....... . . .. ...... .... . . .......................... . ... . . . .. ......... . ... . .
lowQualScore : 7 88888 22 1 00000000000 44444 777777 222222222222 4 22 3333333333333333333333333333333333333333333333 66666 66666 7777 7777 2222 1111111 77 2222222 2 2 33 000000 7777 4 4 11111111111111111111111111 7 222 3 3 3 99 333333333 3 555 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATACCGTATA--T--CGGGTAAT-TTTGGCGCGCT-G---GAA----ATGTTGGC----T-TTT--T----G-CG-GATGAGGAAA-A--TTC--GC------CA------A-----A-----A------GC------GCCA-----AAA-----TTTCT----AT----TCATA--T-AAAT--G----ATACACTCTT----TTAAA-TG-AAATTGCGCCAAAAAATAAAGC--G-CT-A-AGATTTCAAAC----------TAC-------TTT--TTTGAGAAAAA-T-C-GCTAAA-TATT-CCCGATGCCAAAATT--TC---------ATGATATACAGTAACTCTTGCCTNAGAATTCATA
Reference ( family-1984 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATACCGTATA--T--CGGGTAAT-TTTGGCGCGCT-G---GAA----ATGTTGGC----T-TTT--T----G-CG-GATGAGGAAA-A--TTC--GC------CA------A-----A-----A------GC------GCCA-----AAA-----TTTCT----AT----TCATA--T-AAAT--G----ATACACTCTT----TTAAA-TG-AAATTGCGCCAAAAAATAAAGC--G-CT-A-AGATTTCAAAC----------TAC-------TTT--TTTGAGAAAAA-T-C-GCTAAA-TATT-CCCGATGCCAAAATT--TC---------ATGATATACAGTAACTCTTGCCTNAGAATTCATA
gi|1 : GTAAT-TTTGGCGCGCT-G---GAA----ATGTTGGCA---TATTT--T----G-TG-GATGCGGAAA-A--TTC--AC------TA------A-----A-----A------GC------ACCA-----AAA-----TTTCT----AT----TCATG--T-AAAT--G----GCAAACTCTT----TTGAA-TT-AAATTGTGCCAAAACATAAATT--G-CT-A-AGAATTTAAAG----------TAT-------GCT--TCTGAGAAAAA-A-A-GCTTGA-TATT-TCTTATGCCAAAATT--TCCTCATCTTTATGGTATATA-T-ATTTTTGCCTCAGAATT-ATA
gi|10 : ttaaataattcttaaatcaaataattacacatacagtgtatatatattttttGAAA-A--TT------------A------A-----A-----A------G-------ACTA-----AAA-----TTTAT----AC----TCATATGT-GAAT--G----ATACA--CTT----TTAGA-TG-AAACATCGTCAAAAATTATAGC--ATCA-A-AAATATTAAAC----------TACATGTACATTTTGTTTAAGGAAAACT-T-GTCAAA-TATT-CCCCTGGCCAAAAT
gi|11 : ttttgatggataaaaataaaagaagcGTATG--T--CAGGTAAT-TTATGTGCACTAG---GAATTTTATGTTTGT----A-TTT--T----G-TG-G-TGAGGAAT-A--TGT--AC------CA------A-----A-----AATTGAAGG------GCCA-----AA------TTTCT----AT----TCATG--T-AATT--------TATGCTCTTA---CTAAA-TG-TAATTGCACCAAAAAATAAAGC--T-CT-A-CGATT--A-----------------------------TTGAGAAAAA-T-CTGCTAAgacc
gi|12 : tacattAA----TTGTTGGC----A-TTT--T----GACA-AATTCAGAAACA--TT---GC------AA------A-----A-----A------GCAAAGGTGCTA-----AAA-----TTTCC----AT----TTCTA--T-AAAT----------CACCCTTTGCATTGGA-TA-CAAATCCATCAAAAAGCAAAGC--A-CT-G-A-----CA----------------------------CTTGAGAAAAA-T-CTGCCAA
gi|13 : atgcattgtatcaggcatgtgtttcaattGGC----T-TTT--TTGG-G-TG-GATAAAGAAA-A--ATAAAGC------AA------A-----ATAAAAA------GT------GCCA-----AGA-----TTTAT----AT----CCATA--G-AAAG--G----ATACA-------------A-T--ACAT----CCAAAAG-TGAAGC--G-CT-A-AGATTTTAAAC----------TA--------TAT--TTTGTGAAAAA-T-TGGCTAAA-TATC-ATCAAAGCCAAAATT--
gi|14 : gaaaaaaagACCGTATA--T--CTTGTAAT-TTTGGAGCGCT-A---GAA----ATGTTGACCCTAT-TTT--TG---G-CG-CGTGAGAAAA-A--TTC--CC------CA------ACAAGGA-----A------AC------CCCA-----TAA-----TTCTT----AT----TCATA--T-GAAT--G----ATACACT-TT----TTGAA-TA-AAATTGCG-TAAAAAATAATGC--G-CT-A-GGATTTTAac
gi|15 : cATACCGTATAA-TGACAAGTAAT-TTTGGC---CT-AAAAGAA----ATGTTGGT-------------------G-GATTAGGGAA-A--TTT--GC------CA------A-----A-----ATTAAAAGT------GCCA-----AAA-----TTCCT----AT----CCAAA--TCAAAT--G----ATAC--TCTTG---TTAAA-TGAAAATTGCt
gi|16 : attctatttcaat--GC------CA------A-----ATTT--A------CC------ACCA-----AAT-----TTTCT----AT----TTGTT--T-AAAT--T----ATACACT-TC----TTCAG-TA-AGATCCCATTAAAGAATAAAGC--T-CT-T-AGATTTCAAAC----------TAT-------TTT--TCGGAGAAAAA-T----CTGAA-TATT-CCCAATGCC-AAATT--Tca
gi|17 : atACCATATA--T--CGGGTAA-------------------AA----CCGTTGAC----T-TTT--TAGTTG-CATGGTGAGAAAA-A--TTC--GTAAAATGCA------A-----A-----A------GA------GCCA-----AGA-----ATTCC----AT----TCATT--G-AAAT--G----ATACACGC-G----TTAAA-TG-AGATTCCGCCAAAAAAAAAAa
gi|18 : ------A-----A-----A------GC------ACAA-----AAA-----TTTCT----AT----TCATG--TTGAAT--G----ATAC--TCTT----GTAAAATA-AAAATGTGCCAAAA--TGAAGT--A-CC-A-AGATTTCAAAC----------TAC-------TTT--TTTATGGAAA
gi|19 : tcaactatgAAAAATAAAGC--A-CT-G-AGATTTCAAAC----------TAC-------TTT--TCTGGGACAAA-TCC-ACAAAA-TATC-CCCAATGCTAAAATT--
gi|2 : CTGTATA--T--CAAGTAAT-CTTTGT---CT-G---GAA----ATTTTTGC----C-TTTG-TA---G-CA-GATGGG----------T--G--------A------A-----A-----A------AC------GTCA-----GAA-----TTTCT----AT----TCATA--T-AAAT--G----ATACACTCAT----GT-GA-TG-AAATTGCACTAAAAAATA---CCTG-CT-A-AAATTTCAAACCCTGATGGGTTTC-------TTA--TATAAGAAAAA-T-CGGCTAAA-TATT--CTGATGCCAAAATT--AC---------ATGATATACAGTAACTCTTATCTGAAAATTCATAac
gi|3 : ATAC--TATA--T--CAAGTAAT-TTTGGAGTGCT-T---CAA----ATGTAGGC----T-TTC--TTG--G-CA-GATGAGGATA-A--TTC--GC------AA------A-----A-----A------ca
gi|3 : aAAA-A--T----AC------CA------A-----A------------GC------ACCA-----AAA-----TTTTT----AT----TCATA--G-AAAT--T----ATAAACT-TG----CTAAA-TA-AAATTG---CAAAAGA--------G-GT-A-AGATTTCAAAA----------TAC-------TTTCATATGAGAAAAA-TAT-GC-AAA-TA-T-CCCAATGCCAAAATT--agatagaaagaaaaaagaaattaaaacaaaataccaaagcaccaaaatttttattcatagaaattataaacttgctaaataaaattgcaaaagaggtaagatttcaaaatactttcatatgagaaaaatatgcaaatatcccaatgccaaaatt
gi|4 : aatactatatcaagtaattttggagtgcttcaaatgtaggctttcttggcagatgaggataattcgcaaaaaagatagaaagaaaaaagaaattaaaacATACTGTATA--T--CTTGTAATGTTTG--------------A----ATGTTGGC----T-TTTGTT----GGCA-GATGAGAAAA-AAATTC--AC------CA------A-----A-----ATTCAAAAT------GCAG-----ATA-----TTTTT----AT----TCATA--A-AAAT--G----ATACCCT-TG----TGAAA-TG-AAGTTGTGCCAAAAGATAAAAT--T-CT-G-GGATTTCAAAT----------T-C-------TTT--TATGAGAAAAA-T-C-TGTAAAGTATTCCCCAACTCCAAAGT
gi|5 : attttatctcaaagaaTA--T--CAGGTGAT-TTTGGTGTGC--G---G--------GTTAGC----T-TTT--------------TGAGGAAA-A--aagcatgattta
gi|5 : atA------A-----A-----A------GC------ACCA-----AAA-----TTTTT----AT----TTGTT--T-AA-T--GTTCAATAAGATC---------AA-TA-AGATCCCATCAAAGAATAAAGC--T-CTTA-AGATTTCAAAC----------TAC-------TTA--TTGGAGAAAAA-T----CTGAA-TATT-CCCAATGCC-AAATT--Taaggcaattaattaatttgggttaattaggcaaaaaatgcaacccaaaataaaagcaccaaaatttttatttgtttaatgttcaataagatcaataagatcccatcaaagaataaagctcttaagatttcaaactacttattggagaaaaatctgaatattcccaatgccaaatttac
gi|6 : attatcaggtgattttggtgtgcgggttagctttttgaggaaaaaaggcaattaattaatttgggttaattaggcaaaaaatgcaacccaaaatGTATA-------GGTAGT-TTTG-TGCACT-G---GAA----ATGTTGGC----T-TTT--CTG--G-CA-GATGATGAAA-A--TT-----------------------------------------------------------------TCT----AT----CTG-A--T-AAAT--G----ATATACTTGT----TGATG-TG-AAA--GGGTCAAGAAAT---------TT-ATAGGTATCAAGT----------AAT-------TTTATTTTTAGAAAAT-T-CTGCTTAA-TATT-CTCGATGCCAAAAATGATC---------A-GATATac
gi|7 : ACACCGTATA--C--TGGGTAAA-TTTGGTGCGCT-G---GTA----GTATCAGC----T-CTT--TG---G-TG-GACGAGGAGA-A--TTT--AC------CAGAAGTCA-----A-----A------GT------ATGA-----AAAATTATTTTCTTATAAT----TTTTA--A-AAAT--G----GTACACT-TG----TTAAA-C-------------AGAAATAAATC--G-CC-A-AGATTTCAAAT----------TAC-------ATT--TTTGAGAAAAGTT-C-GCTACA-TACT-CCgacgtagtttgatctacatgcagttttacattc
gi|8 : aataatgttatccaatgaaaGTATAAAT--TGCATAAT-TTTAGTGCGAT-G---GAT----GTGTGGAC----T-CTT--TTG--G-CA-GATGAAAACA-T--TTT--GC------CA------A-----A-----A------AT------AACACACTTAAA-----TTTCT----ATATAATTATA--T-ATATCTG----ATGCATT-TG----TTATA-TT-AAACCATGCCAAAATTTGAAAT--G-CT-A-AAATATCAAAC----------T-C-------GTT--TTTGAGAAA
gi|9 : gcttacataTATA--T--TGGGTAAT-CTAAGCTCACT-G---GAA----TTTTTGGC----T-T---------------ATGAGGAAA-A--TTC--AC------TGT-----A-----A-----C------AT------GTCA-----AAA-----TTTCA----GT----CCATA--C-AAAA--G----ATAC-TTGTT----AAAAA-TC-AAAATGTGTCCAGAAATGAAGT--G-CT-A-AGATTTTGAAT----------TATTTA----TTT--TTT---AAAGA-T-CTGCTAGA-AATT-CCTGGCACCAAAAT
blockSeqs : C ATGA TT G TGCACTAG TTTTA CCTAT TAGTTGCAT C AA AAAGCAAAATAAAAAGT CACTT ATTAT TATA ATAA TGT GTTCA GC CTTTGCA A GA CATCGT CTG T T CCCTGATGGGTTTCTTA C CT G C C GA . T GTA G C
blockSeqs : C AAT AA . AGCGCTA T A TTGGGTG . . TACCAAAAATTGAAGG . . . . TC CTG AC CTTA . G TTGCAC AT . . CTACATGTACATTTTG T CT . . A . . .
blockSeqs : T T GG . CCTAAAA A A GTTGGCA . . TGCCAAAATTAAAAGT . . . . TT G AC CTTG . G ATCCAT T . . TTATTTATTT . TG . . A .
blockSeqs : T T AA . AGTGCTT A T GTAGCA . . CGTAAAATGCAAAAGA . . . . T G AC CTT . A TCCCAT A . . ATACTTTCA . CC . . A .
blockSeqs : C T AA . TGCACTG C T TTGGCA . . CACCAAAATTCAAAAT . . . . T G AC CTT . A TTCCGC G . . TAATTTTAT . CG . . G .
blockSeqs : . T TT . TGCGCTG A C CTGGCA . . TACCAGAAGTCAAAGT . . . . G G AC CAT . A ATGTGC G . . CTATTTT . AT . . A .
blockSeqs : T AG . TGCGATG A T TTGGCA . . GCAAAAAGCAAAGGT . . . . T T AC TGT . G TTGCAC T . . CTACTTT . CT . . A .
blockSeqs : T GG . CTCACTG A T TGACA . . CCCCAACAAGGAAAC . . . . T G CC GTT . A TTGTGC A . . CTACTTT . CT . . A
blockSeqs : C GC . TGTGCG A T TGGCG . . CACTGTAACAT . . . . G G GA TT . G TCCCAT A . . CTACTTA . T . . G
blockSeqs : T GG . TCTG G T TGGTG . . TGCCAAAAAT . . . . T G AC TC . A CCATGC G . . TTACATT . C . . G
blockSeqs : . G . . G T TGTG . . TGAAAAAC . . . . G T AC CG . G ATGTGT T . . CTATAT . C . .
blockSeqs : . . T T G . . ACCAAAGC . . . . A G AT TG . A TTGCG T . . TTCTTT . .
blockSeqs : . T . . . AAAAG . . . . T G A TG . G GGGT G . . CTCGTT . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T G A TG . T TTG G . . .
blockSeqs : . . . . . . A G T TG . C TC G . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . .
blockSeqCons : T***** TTGGCG****** CGCCAAAAAAAAGT******************************** CTT**** CT*
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATACCGTATA--T--CGGGTAAT-TTTGGCGCGCT-G---GAA----ATGTTGGC----T-TTT--T----G-CG-GATGAGGAAA-A--TTC--GC------CA------A-----A-----A------GC------GCCA-----AAA-----TTTCT----AT----TCATA--T-AAAT--G----ATACACTCTT----TTAAA-TG-AAATTGCGCCAAAAAATAAAGC--G-CT-A-AGATTTCAAAC----------TAC-------TTT--TTTGAGAAAAA-T-C-GCTAAA-TATT-CCCGATGCCAAAATT--TC---------ATGATATACAGTAACTCTTGCCTNAGAATTCATA
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATACCGTATA--T--CGGGTAAT-TTTGGCGCGCT-G---GAA----ATGTTGGCT-----TTTTTGGCG------GATGAGGAAA-A--TTCGCCAAAAAAAAGT--------------------------------GCCA-----AAA-----TTTCT----AT----TCATA--T-AAAT--G----ATACACTCTT----TTAAA-TG-AAATTGCGCCAAAAAATAAAGC--G-CT-A-AGATTTCAAAC----------TAC-------TTT--TTTGAGAAAAA-TCT-GCTAAA-TATT-CCCGATGCCAAAATT--TC---------ATGATATACAGTAACTCTTGCCTNAGAATTCATA
Alignments
lowQualScore : 1111 11111111111 1111111111 444444444444444444444444444444444444 1111111 22222222222222222222222222 555555555 222 1
lowQualScore : 1 88888 33 3 0000 66666 33 88888 22222222222 8888888888 33 2 333 2222 444 33 2 33 99999999 2 2 666666666666666666666666666666666666 88888888888888 4444 4444 6666 33 4444 2 9999999 2 77 444444 6666 2 2 44444444444444444444444444 3 3 3 66 333333333 7 111 1 5
lowQualScore : . ..... .. . .... ..... .. ..... ........... .......... .. . ... .... ... .. . .. ........ . . .................................... .............. .... .... .... .. .... . ....... . .. ...... .... . . .......................... . . . .. ......... . ... . .
lowQualScore : 7 88888 22 1 1111 77777 99 00000 77777777777 7777777777 44 5 666 7777 444 44 5 44 00000000 5 5 444444444444444444444444444444444444 88888888888888 7777 7777 2222 11 7777 0 3333333 2 33 000000 7777 4 4 11111111111111111111111111 8 3 3 99 333333333 3 555 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATACCGTATA--T--CGGGTAAT-TTTGGCGCGCT-G---G--AA----ATGTT-----------GGC------T---T--TT-T--TGG-CG-GATGAGG---A--AA-A--TTC--G--CCAA-A-A---A-----AAAG---------------------CGCCAAA--------A-----TTTCT----AT----TCATA--T-AAA--TG----ATACACTCTT----TTAAA-TG-AAATTGCGCCAAAAAATAAAGC--G-CT-A-AGATTTCAAAC----------TAC-------TTT--TTTGAGAAAAATCTGCTAAATATT-CCCGATGCCAAAATT--TC---------ATGATATACAGTAACTCTTGCCTNAGAATTCATA
Reference ( family-1984 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATACCGTATA--T--CGGGTAAT-TTTGGCGCGCT-G---G--AA----ATGTT-----------GGC------T---T--TT-T--TGG-CG-GATGAGG---A--AA-A--TTC--G--CCAA-A-A---A-----AAAG---------------------TGCCAAA--------A-----TTTCT----AT----TCATA--T-AAA--TG----ATACACTCTT----TTAAA-TG-AAATTGCGCCAAAAAATAAAGC--G-CT-A-AGATTTCAAAC----------TAC-------TTT--TTTGAGAAAAATCTGCTAAATATT-CCCGATGCCAAAATT--TC---------ATGATATACAGTAACTCTTGCCTNAGAATTCATA
gi|1 : GTAAT-TTTGGCGCGCT-G---G--AA----ATGTT-----------GGC------A---T--AT-T--TTG-TG-GATGCGG---A--AA-A--TTC--A--CTAA-A-A------------G---------------------CACCAAA--------A-----TTTCT----AT----TCATG--T-AAA--TG----GCAAACTCTT----TTGAA-TT-AAATTGTGCCAAAACATAAATT--G-CT-A-AGAATTTAAAG----------TAT-------GCT--TCTGAGAAAAA-AAGCTTGATATT-TCTTATGCCAAAATT--TCCTCATCTTTATGGTATATA-T-ATTTTTGCCTCAGAATT-ATA
gi|10 : ttaaataattcttaaatcaaataattacacatacagtgtatatatatttttt--TT-T--TGA-TG-GATAAAA---ATAAA-A--GAA--G--CGAA-A-ATT-A-----AAAG----------------------ACTAAA--------A-----TTTAT----AC----TCATATGT-GAA--TG----ATACA--CTT----TTAGA-TG-AAACATCGTCAAAAATTATAGC--ATCA-A-AAATATTAAAC----------TACATGTACATTTTGTTTAAGGAAAACTTGTCAAATATT-CCCCTGGCCAAAAT
gi|11 : GTATG--T--CAGGTAAT-TTATGTGCACTAG---G--AATTTTATGTT-----------TGT------A---T--TT-T----G-TG-G-TGAGG---A--AT-A--TGT--A--CCAA-A-A---ATT---GAAG---------------------GGCCAAA--------------TTTCT----AT----TCATG--T-AAT--T------TATGCTCTTA---CTAAA-TG-TAATTGCACCAAAAAATAAAGC--T-CT-A-CGATT--A-----------------------------TTGAGAAAAATCTGCTAAgacc
gi|12 : tacatt--AA----TTGTT-----------GGC------A---T--TT-T---GA-CA-AATTCAG---A--AACA--TT---G--CAAA-A-AGC-A-----AAGG---------------------TGCTAAA--------A-----TTTCC----AT----TTCTA--T-AAA--T--------CACCCTTTGCATTGGA-TA-CAAATCCATCAAAAAGCAAAGC--A-CT-G-A-----CA----------------------------CTTGAGAAAAATCTGCCAA
gi|13 : atgcattgtatcaggcatgtgtttcaatt-----------GGC------T---T--TT-T--TGGGTG-GATAAAG---A--AA-A--ATAAAG--CAAA-ATA---A-----AAAG---------------------TGCCAAG--------A-----TTTAT----AT----CCATA--G-AAA--GG----ATACA-------------A-T--ACAT----CCAAAAG-TGAAGC--G-CT-A-AGATTTTAAAC----------TA--------TAT--TTTGTGAAAAATTGGCTAAATATC-ATCAAAGCCAAAATT--
gi|14 : gaaaaaaagACCGTATA--T--CTTGTAAT-TTTGGAGCGCT-A---G--AA----ATGTT-----------GAC------CCTAT--TT-T--TGG-CG-CGTGAGA---A--AA-A--TTC--C--CCAACA-A---G-----GAAA---------------------CCCCATA--------A-----TTCTT----AT----TCATA--T-GAA--TG----ATACACT-TT----TTGAA-TA-AAATTGCG-TAAAAAATAATGC--G-CT-A-GGATTTTAac
gi|15 : cATACCGTATAA-TGACAAGTAAT-TTTGGC---CT-AAAAG--AA----ATGTT-----------GGT------------------------G-GATTAGG---G--AA-A--TTT--G--CCAA-A-ATT-A-----AAAG---------------------TGCCAAA--------A-----TTCCT----AT----CCAAA--TCAAA--TG----AT--ACTCTTG---TTAAA-TGAAAATTGCt
gi|16 : attctatttcaatCCAAA--------T-----TTTCT----AT----TTGTT--T-AAA--TT----ATACACT-TC----TTCAG-TA-AGATCCCATTAAAGAATAAAGC--T-CT-T-AGATTTCAAAC----------TAT-------TTT--TCGGAGAAAAATCTG---AATATT-CCCAATGCC-AAATT--Tca
gi|17 : atgccaaatttaccaACCATATA--T--CGGGTAA---------------------AA----CCGTT-----------GAC------T---T--TT-TAGTTG-CATGGTGAGA---A--AA-A--TTC--G--T-AA-A-ATGCA-----AAAG---------------------AGCCAAG--------A-----ATTCC----AT----TCATT--G-AAA--TG----ATACACGC-G----TTAAA-TG-AGATTCCGCCAAAAAAAAAAa
gi|18 : -----AAAG---------------------CACAAAA--------A-----TTTCT----AT----TCATG--TTGAA--TG----ATAC--TCTT----GTAAAATA-AAAATGTGCCAAAA--TGAAGT--A-CC-A-AGATTTCAAAC----------TAC-------TTT--TTTATGGAAA
gi|19 : tcaactatgAAAAATAAAGC--A-CT-G-AGATTTCAAAC----------TAC-------TTT--TCTGGGACAAATCCACAAAATATC-CCCAATGCTAAAATT--
gi|2 : CTGTATA--T--CAAGTAAT-CTTTGT---CT-G---G--AA----ATTTT-----------TGC------C---T--TT-G--TAG-CA-GATGGG---------------T--G-------A-A---A-----AACG---------------------T--CAGA--------A-----TTTCT----AT----TCATA--T-AAA--TG----ATACACTCAT----GTGA--TG-AAATTGCACTAAAAAATA---CCTG-CT-A-AAATTTCAAACCCTGATGGGTTTC-------TTA--TATAAGAAAAATCGGCTAAATATT-CT-GATGCCAAAATT--AC---------ATGATATACAGTAACTCTTATCTGAAAATTCATAac
gi|3 : ATAC--TATA--T--CAAGTAAT-TTTGGAGTGCT-T---C--AA----ATGTA-----------GGC------T---T--TC-T--TGG-CA-GATGAGG---A--TA-A--TTC--G--CAAA-A-A---AGATAGAAAGAAAAAAGAAATTAAAACAAAATACCAAAGCACCAAAA-----TTTTT----AT----TCATA--G-AAA--TT----ATAAACT-TG----CTAAA-TA-AAATTG---CAAAAGA--------G-GT-A-AGATTTCAAAA----------TAC-------TTTCATATGAGAAAAATATGC-AAATA-T-CCCAATGCCAAAATT--ca
gi|4 : aATACTGTATA--T--CTTGTAATGTTTG----------------A----ATGTT-----------GGC------T---T--TTGT--TGG-CA-GATGAGA---A--AA-AAATTC--A--CCAA-A-ATTCA-----AAA----------------------TGCAGAT--------A-----TTTTT----AT----TCATA--A-AAA--TG----ATACCCT-TG----TGAAA-TG-AAGTTGTGCCAAAAGATAAAAT--T-CT-G-GGATTTCAAAT----------T-C-------TTT--TATGAGAAAAATCTGTAAAGTATTCCCCAACTCCAAAGT
gi|5 : attttatctcaaagaaTA--T--CAGGTGAT-TTTGGTGTGCG-G---GTTAG----CTTTTTGAGGAAAAAAGGCAATTAAT---TAATT-T--GGG-TT-AATTAGGCAAA--AA-A--TGC--AACCCAA-A-AT--A-----AAAG---------------------CACCAAA--------A-----TTTTT----AT----TTGTT--T-AA---TGTTCAATAAGATC---------AA-TA-AGATCCCATCAAAGAATAAAGC--T-CTTA-AGATTTCAAAC----------TAC-------TTA--TTGGAGAAAAATCTG---AATATT-CCCAATGCC-AAATT--Taagcatgattta
gi|6 : atGTATA-------GGTAGT-TTTG-TGCACT-G---G--AA----ATGTT-----------GGC------T---T--TT-C--TGG-CA-GATGA----------------------------------------------------------------TG--AAA--------A-----TTTCT----AT----CTG-A--T-AAA--TG----ATATACTTGT----TGATG-TG-AAA--GGGTCAAGAAAT---------TT-ATAGGTATCAAGT----------AAT-------TTTATTTTTAGAAAATTCTGCTTAATATT-CTCGATGCCAAAAATGATC---------A-GATATac
gi|7 : ACACCGTATA--C--TGGGTAAA-TTTGGTGCGCT-G---G--TA----GTATC-----------AGC----------T--CT-T--TGG-TG-GACGAGG---A--GA-A--TTT--A--CCAG-A-A---GTC---AAAG---------------------TATGAAA--------AATTATTTTCTTATAAT----TTTTA--A-AAA--TG----GTACACT-TG----TTAAA-C-------------AGAAATAAATC--G-CC-A-AGATTTCAAAT----------TAC-------ATT--TTTGAGAAAAGTTCGCTACATACT-CCgacgtagtttgatctacatgcagttttacattc
gi|8 : aataatgttatccaatgaaaGTATAAAT--TGCATAAT-TTTAGTGCGAT-G---G--AT----GTGTG-----------GAC------T---C--TT-T--TGG-CA-GATGAAA---A--CA-T--TTT--G--CCAA-A-A---AT----AACA---------------------CACTTAA--------A-----TTTCT----ATATAATTATA--T-ATATCTG----ATGCA-TTTG----TTATA-TT-AAACCATGCCAAAATTTGAAAT--G-CT-A-AAATATCAAAC----------T-C-------GTT--TTTGAGAAA
gi|9 : gcttacataTATA--T--TGGGTAAT-CTAAGCTCACT-G---G--AA---------------------------------T--TT-T--TGG-CT-TATGAGG---A--AA-A--TTC--A--CTGT-A-A---C-----A------------------------TGTCAAA--------A-----TTTCA----GT----CCATA--C-AAA--AG----ATAC-TTGTT----AAAAA-TC-AAAATGTGTCCAGAAATGAAGT--G-CT-A-AGATTTTGAAT----------TATTTA----TTT--TTT---AAAGATCTGCTAGAAATT-CCTGGCACCAAAAT