lowQualScore : 11111111111
lowQualScore : 11 1 1 1 1 111111111111 111111 2 22222 11111111111 1111111111111111 22222222222 11111111111111111111111 1111 11111111111 11111 111 111 111 111111 1 11 111 1 2222222222222 111 111111 9999999999999999 11 1 22 3333333333333333 111 111
lowQualScore : 3 99999 666 3 3 00 4 555 3 44 2 77777 3 4 33 444 2 5 2 2 444444444444 0 77777 6 7777 44 3 666 55 55 55 111111 0 777 4 8 3 777 11111 4 55 5 4 4 777 4 4 5 66666666666 9999 4 4 5 6666666666666666 5 5 66 66 66 99999999999 888 4 99999999999999999999999 1111 3 4 66 4 66 66 22222222222 11111 66 4 333 0 999 3 0 4 6 7 4 777 666 000000 4 7 00 000 3 4 3 7777 4 7777777777777 3 111 222222 4 8888888888888888 00 4 1 4 4 44 4 0 55 55 55 3 3 3 3 3 999 55 99999 00 3 55 4 4 4 4 777 3333333333333333 5 3 000 000 5 5 77
lowQualScore : . ..... ... . . .. . ... . .. . ..... . . .. ... . . . . ............ . ..... . .... .. . ... .. .. .. ...... . ... . . . ... ..... . .. . . . ... . . . ........... .... . . . ................ . . .. .. .. ........... ... . ....................... .... . . .. . .. .. ........... ..... .. . ... . ... . . . . . . ... ... ...... . . .. ... . . . .... . ............. . ... ...... . ................ .. . . . . .. . . .. .. .. . . . . . ... .. ..... .. . .. . . . . ... ................ . . ... ... . . ..
lowQualScore : 6 11111 444 6 6 00 2 888 3 22 8 77777 2 5 77 777 7 0 7 7 333333333333 8 77777 2 7777 66 6 444 00 00 00 555555 3 000 0 0 9 000 00000 0 55 2 0 4 888 4 4 3 22222222222 4444 4 4 3 9999999999999999 0 0 99 99 99 00000000000 888 8 66666666666666666666666 6666 8 4 11 4 11 11 44444444444 11111 11 4 333 9 999 6 5 0 5 1 0 111 444 555555 6 9 00 000 0 9 6 7777 0 5555555555555 7 000 111111 0 7777777777777777 88 0 5 0 0 66 8 6 66 00 00 6 6 6 6 6 333 00 11111 22 6 00 0 0 4 4 111 1111111111111111 0 0 000 000 7 7 99
consensus : GCGAGTTCGATCAC-CG-----A---CC-ACG-GTCT-CCTTAGT---TTGA-C--TAATT-----TGCGATCGAACTCACTTT--AGT---TGC-AGG-ATATG-A-CGTCAAAA-T-------TG-AAACCGCGGTC-----CAACCAATGCTTT----TACC--ATG-GTT---AGT--CTA--GTTC--CAACATGGC------GGAGTAA---GT-C-AGTTTTCCG---AA----TT-GTGC--ATTTCTAT-TTTTTG-C---AA-T-AGCG--------TATTTCCCT----CCGATTCTT-C-AACGTAGA---T----A-TT-A--A-AT-TGCATGGCTTTT--GG--A--GTG---------A-TTTTC---TGATTTGTTGA-TAN------T-C--A---TG-T--AAACACTTNAAAATGCAA-TCAA--TCTC-C--AAA--TA---T-T-----TAT-----CT--G-TATT-AAAAATAGC-CC-GAGATTCCT-CTGACCTTGACTTGC-C--TAAATGGGATATAAT---AG-----CCCGTTTGGG--AAG---TAATGTCCCGAA-TAGGATATAAA----TTTTC-AGTGCC-------------AAAAAGG---GGG---G--GG-GG--------------AATATTGT-AAATCA-CCAAA-T-TACTAT-CATTTTCAACAGCGTCGAAAAA-ACCCT--CCATG--TTG-TTT-TG-ACTAGAG-ACAAACCATT-GAAACCAAAGTGCGTT--CGCA-----CACG-GAC-ATG--C-GC-ACT-TTAA-CTTA-TCTTTA----------------CT-TCC---GTG---AATC-TACTTTGG-TTG--ATGATCGAACTCG
Reference ( gi|1 ) : GCGAGTTCGATCAC-CG-----A---CC-ACG-GTCT-TCTTACT---TTGA-C--TATTT-----TGAGATCGAACTAACTTT--AGT---TGC-AGG-ATATG-A-CGTCAAAA-T-------TT-AAACCACGGTC-----CAACCAGTGCTTT----TACC--ATG-GTT---AGT--CTA--GTTC--CAACATGGC------GGAGTAA---GT-C-AGTTATCCG---AC----TT-GTGC--ATTTTTAT-TTTTTG-C---AA-T-AGTGTACATATATACTTCCCT----CCGATTCTT-C-AATGTAGA---T----A-TT-A--A-AT-TGCATGGCTTTT--GG--A--GTG---------G-TTTTC---TAATTTGTTAG-TAT------T-C--A---TG-T--AAACACTTAAAAATGCAA-TCAA--TCTC-C--AAA--TA---T-T-----TAT-----CT--G-TATT-AAAAATAGA-TC-GAGATTCCT-CTGATCTTGATTTGC-C--AAAATGGGATATAAT---AG-----CTCGTTTCGG--AAA---TAATTTCCTGAA-TAGGATATAAA----TTTTC-AGTGCC-------------AAAGAGG---GGG---A--GG-GG--------AGGAAAAATATTGC-AAATCA-CTAAA-T-TACTAT-CATTTTCAACAGCGTCGAAAAA-ACCCT--CCATG--TTG-TTT-TG-ACTAGAG-ACAAACCATT-GAAACCAAAGTGCGTT--CGCA-----CACT-GAC-ATG--C-GC-ACT-TTAA-CTCA-TCTTTA----------------CT-TCC---GTG---AATC-TACTTTGG-TTG--ATGATCGAACTCG
gi|4 : GCGAGTTCAATCGC-CA-----A---CC-ATG-ATCT--CTTAGT---TTGA-CCTTAATT-----TCCGATTGAACTCACTTT--AGT---TTC-AGG-ATATG-A-CGTCAAAA-T-------TG-AAACCGTGATT-----CAGCCAATGCTTT----TACC--ATG-GTT---TGT--TTA--GCTC--CAACATGGC------GGAGTGA---GT-A-AGTTTTCCG---AA----TT-GTGC--ATTTCTAT-CTTTTG-C---AA-T-AGCG--------TATTTCCCT----CCGATTCTT-C-GACGTAGA---T----A-TT-A--A-AT-TGTATGGGTTTT--GG--A--GTG---------A-TTTTC---TGATTTGTGGA-CAA------T-C--A---TG-A--AAGCACTTGAAAATGCAA-CCAA--TCTC-C--ATA--TA---T-T-----TAT-----CT--G-TATT--AAAATAGC-AC-GAGATTCCT-CTGACCTTCAATTGC-T--TGAATGGGATATAAT---AG-----CCCCTTTGGGAAAAA---TAAAGTCCCGAA-TAGGATATAAA----TTTTC-AGTGCC-------------ATAAAGG---GGG---G--GG-GG----------------TATTGT-AAATTA-CCAAA-T-TACTAT-CATTTTCAAAAGCATCG-AAAA-ACCCT--CCATG--TTG-TTT-TT-ACTAGAG-ACAAACCATT-GAAACCAATGTGCGTT--CGCA-----AACG-GGC-ATG--C-GC-ACT-TTAA-CTTA-TCTTCA----------------CT-
gi|5 : GCGAGTTCGATCAC-CG-----A---CC-ATG-ATCT-CCTTAGT---TTGA-C--TAATT-----TGCGATCGAACTCACTAT--AGT---TGC-AGG-GTGTG-A-CGTCAAAA-T-------TG-ACACCACAGTCGAGGACAACCAAAGCTTT----TACC--ATG-GTT---AGT--TTA--GTTC--CAACATGTC------GGAGGAA---GT-C-AGCTTTCCG---AA----TT-GTAC--ATTTCTAT-TTTTTT-TTTTAA-TTAGCGTA--------------------------TT-C-AACGTAGA----------------A-AT-TGCATGGCTTTT--GG--A--GTG---------A-GTTTC---TGATTGGTTGA-TAA------T-C--A---TG-T--AAACACTTCAAAATGCAA-TCAA--TCTC-C--AAA--TA---T-T-----TAT-----CT--G-TATT-GAAA-TAGC-CC-GAGATTCCT-CTGACCTTGACTTGC-A--TAAATGGGATATAAT---AG-----CCCGTGTTGG--AAG---TAATGTCCCGAT-TAGGATATAAA----TTT-C-AGTGCT-------------AAAA--G---GGG---ATTGGTGG--------AGGAGAAATATTGT-AAATCA-CCAAA-T-TACTAT-CATTTTCAACAGCGTCGAAAAA--CCCT--CCATT--TTG-TTT-TG-AATAGAC-GCAAACC--------------TACGTC--CGCA-----CACG-GAC-ATG--C-GC-ACT-TTCA-CTTA-TCTTTA----------------CT-TCC---GTG---AATC-TACTT----------TGATCGAACTcaagatactgatgtatttgaataagaattt
gi|14 : GCGAGTTCGATCAC-CG-----A---CC-ATG-GTCT-CCTTAGT---TTGA-C--TAATT-----TGCGATCGAACTCACTTT--AGT---TAC-AGG-GTATG-A-CGTCAAAA-T-------TG-AAATCGTGGCC-----CAACCAATGCTTT----TACC--AT
gi|15 : ggGCGAGTTCGATCAC-CGGTACGA---CC-ACG-GTCT-CCTTAGT---TTGA-C--TAATT-----TGCGATCGAATCCACTTT--AGT---TAC-AGG-ATATG-A-CGTCAAAA-T-------TG-AAACCATGGTC-----CAACCAatgt
gi|20 : gggGCGAGTTTGATCAC-CG-----A---CC-ATG-GTCT-CCTTAGT---TTGA-C--TAATT-----TGCAATGGAACTCACTTT--AGT---TGC-AGG-ATATG-A-TGTCAACA-T-------TG-AA
gi|24 : gGCGTATTCGATTAC-CG-----A---CC-ACG-GTCT-CCTTAAT---TTGA-C--TAATT-----TGCGATAGAACTCACTTT--AGT---TGC-AGG-ATA
gi|19 : GCGAGTTCGATCAC-AA-----A---CC-CCA-ATCT-CCGTAGTAAATTGA-C--TAATT-----TGCGATCAAACTCACTTT--AGT---TGC-ATG-ATATG-A-TGTC-AAA-T-------TC-AAA
gi|17 : tggCGAGTTCGAT-AC--G-----AAAACC-ACCTGACG-TCTTAGT---TTG-----CATTTATGTATGCGCTCGAACTCA-TTT--AGT---TGC-AGACATATGAA-CGTCAAAA---------TT-GACCCGCTGTC-----gc
gi|2 : AGTTTGATCAC-CG-----A---CC-ACT-GTCT-TCTTAGT---TCGA-C--TAATT-----TGCGATCGAATTTGCTTT--AGT---TGC-AGG-ATATG-A-CGTCAAAA-T-------TA-AAACCCCGGTC-----CAACCAATGCTTT----TACC--ATG-GTT---AGT--TTA--TTTC--CAACATGGC------GGACTAA---GT-C-AGTTTTCCG---AA----TT-GTGC--GTTTTCAT-ATTTTG-C---AA-T-A----ACGTATG----TCCTT----CCGATTCTT-C-AACGTGGA---T----A-CT-G--A-AT-TGCATGGCTGTT--GG--A--GTG---------A-CTTTC---TAATTAGTTAA-TAA------T-A--A---TG-T--AAACACTTTAAAATGCAA-TATA--TCTC-C--AAA--TA---TGTACATGTAT-----CT--G-TATT-AAAACTAGC-TC-GAGTTTTCT-CTGACCTTGACTTGC-C--TTAATGGGATATAAT---AC-----CCCGTTTGTG--ATA---TAATGCCCGGAA-TAGGATATAA----------------------------------AGG---GGG---G--GG-GG----------------TATTGT-AAATCA-CTAAC-T-TACCAT-AATTTTCAACAGCGCC-AAAAA-ACCAT--CCATG--TTG-TTT-TG-ATTAGAA-ACAAATCATT-GAAACTAATGCGCGTT--CGCACACGGCACTGGACAATG--C-GC-ACGATTAACCTTG-TCTTTAGCTGCCGTCGATTTCGCT-TAC---GTGGACAGTC-TACTTTGG-TTG--aa
gi|8 : aGATCGA-CG-----A---CCCACG-GTTTGCCCTAAG---TTGG-C--GCTCA-----TCAGA---AACTGACTCTGAAAT---TGCCAGA-AAATG-A-CGTCAAAA-TGACAGCACC-AAA--ACGGT------CAACGAATGCTTTTTTATATCTAATGTTTT---AGTTCCTATGGTTCCACAACTTGGC------AG-GTAATACGTCC-CGTTTTCC----ACAAAGTT-GTG---GTCATTATCTTTTTGCC---GA-T-GATG--CCTA-AAGCGTTCCTATCACCGATTCTTACAAATGTAAAATTT----A-TT-A--ACATATGCTTGGATTTTTAGA--A--GTGACCAATTATG-TCTTG---T-ATTGGTTGA-GAT------A-CGAA---TGTT--ATCCGTTTAAAAATGCAA-TCAAATTCTC-CTAAAA--T----T-T-----TAT-----TT--GCTAT---AAAATAGC-TCAGACATTgtggatgcga
gi|3 : ATCATACA-----A---CC-ACG-GT-T-CCTTATT---TTGAAC--TAATT-----TGCGATCGAACTCACTTT--AGTAGTTGC-AGG-ATATG-A-CGTCAAAAAT-------TTGAAACCAC---------------------T----TACC--ATG-GTTTATAGT--CTA--GTTC--CAACATGGCCGAACGGAAGTAA---GT-C-AGTT--CCGGAGAA----TT-GTGCCCATTTCATT-TTTTTG-C---AAAT-AGCGT-------TACTTTCCC----C----TCCC-C-------GA---T----A-TT-C--A-AT-TGCATGGCTTC---GG--AAAGTA---------A-TTTTTCTGTGATTT--TGGATAT------T-CCAA---TGGT--AAACACTTTTAA-TGCAA-TTA---TCTCGC--AAACATA---T-T-----TATTCTTTCT--G-TGT---AAAATAGGCTC-GATATTCCTTCTGGGCTTGACTTGC-C--TATATG--ATATAATTAAAGGGGGCCCCGTTTGGG--AAA---TAAGT-CCTGAAATAGGAT-TAAAAATTTTTTC-AGTGCC-------------AAAAAGGA--GGG---T--GG-GG----------------TATTGCAAAATCACCCAAATT-TACTATGTA-TTTCAACAGAGTCGAAAAA-ACCTT--CCATGTATTGTTTT-TGCACTAGAG-GCAAA-CATT-GACACCAAAG-GCATTTCTGCG-----CACG-GAA-ATG--T-GC-ACT-TTAA-CTTA-TCTTTA----------------CTGTCC---GTG----ATC-TACTTTGG-TTA--ATGATttataatgaacctttcaccattgcataaaacttggaattatattcagttcgagttgggcaaataaagttctgtgaaata
gi|18 : aT---TTGA-C--TAATT-----TGCGATCGAACTCACTCA--AGT---TGC-AGG-AT--G-A-CGTCAAAA-T-------TG-AAACCGCTGTC-----CAACTCGTGCTTT----TACC--GTG-GTC---AGT--TTA--GTTC--CAACt
gi|6 : --TAGTT-----TGCGATCAAACTCGCTTT--AGT---TGC-AG--ATATG-A-CGTCAAAT-T-------GG-AAAGCA-GGTC-----CAACCAATGCTTT----TACC--ATA-GTT---AGT--CTA--GTTC--CAACATGGG------CGAGTAA---GT-C-AGTTTTCCG---AA----TTGGTGC---TTTCTAT-TTTTTG-C---AA-T-AGCG--------TATTTCCCT----CCGATTC-T-C-AACATATA---T----A-TTAA--A-AT-TGCATGACTTTT--GGAAA--GTG---------ATTTTTC---CGATTTG---A-TAT------TCC--A---TG-G--TAACACTTAAGAATGCAAGTCAA--TCTC-C--AAA--TATTTT-T-----TAT-----TT--G-CCAT-CAAAATAGC-CC-GAGATTCCT-CTGACCTTGACTTGTGT--AAAATGGAATATAAT---AG-----CCCGATT-GGCAAAA---TAATGTCCCG-A-TAGAATGTAAA----TTTTCTAATGCC-------------AAAGGGG---GGGGGAA--GG-GGGGCAAGGCAGGAAAAATATTGT-AAATCA-CCAAA-T-TACTAT-AATTTCCAACACTGTCGAAG-------------------G-TTTACG-ACTAGAACACAAACCATT-GAAACCAAA---CG-----G------------GAC-ATG--CGGCAACT-TTTA-CTTT-TCTTTA----------------CT-T-C---GTG---AATC-TACTTTGG-TTG--ATGATCGAA
gi|9 : GATTGAACTCACTTA--AAT---TGC-A-----ATG-A-CATCAAAA-T-------TG-AAACCGCGGTC-----CAACCAATTCTTT----TAGC--ATG-GTT---AGT--TTA--GTTC--CAAAATTGC------GGAGTTA---GT-CAAGTT-TCTG---AA----TT-GTAC--ATCTATAT-TTTTAA-C---AG-T-AGCG--------TATTTCCCT----CCGATTCTT-C-AACGTAGA---T----ATTT-AACA-AT-TGCATTGCGTTT--GG--A--GTG---------A-TTTTC---TAATTTGTTGA-TATAAAAAAT-C--AGTTTG-T--AAACACTTACAAATGTAA-TCAA--TCTC-C--AAA--TG---T-T-------T-----CT--G-TATTAAAAAATAGC-CT-GAAATTCCT-CTAAACTAGACTAGC-C--TAAATGGGATATGAT---AT-----CCC-TTTTGG--AAAG--TAATGTCCCGAA-AAGGATATAAA----TTTTC-AGTGCA-------------AAAGA-----GAG---A--GG-GG--------------AATATTGT-AAATCA-CCAAA-T-TA
gi|10 : TT--AGT---TGC-AGACATATG-AACGTCAAAA---------TT-GACCCGCTGTC-----tg
gi|7 : GG-ATATT-A-CGTCAAAA-T-------TG-AAACCACGGTC-----CAACCATTGCTTT----TACC--ATG-GTT---AGT--TTA--GTTC--CAACATGAC------GGAGTTA---GT-C-AGTTTTCGA---AA----GT-GTAC--ATTTCTAT-AATT----------T-AGCG--------TATTTCCCT----CCGATTCTT-C-AACGTAGA---TCTTAA-TTAA--A-AT-TGCATAGCTTTT--GG--A--GTG---------A-TTTTC---TGATTTGTTGA-TAT------T-C--G---TG-T--AAACACTTAAAAATGTAA-GCAC--TCTC-C--AAA--TA---T-T-----TAT-----CTACA-TATT-AAAGATAGC-CC-GAGATTCCT-CTGACCTTTACCTGC-C--TAAATGGGATATGAT---AT-----CCCATTTGGG--AAG---TAATGTCTCGAA-TAGAATATAGA----TTTTC-AGCCCCCCCCCCCCTCAAAAAAAAGG---GGG---G--GG-GG----------------TATTGT-AAATCA-CCAAA-T-TACTAT-CATTCTCAACAAAATCG-AAAA-ACCCT--CCATG--TTG-TTT-TG-ATTAGAG-ACAAACCATT-GAAACC-AAGTGCGTT--CGCA-----CACG-GAC-ATG--C-GC-ACT-TTAA-Caatctactgaatttgggactaatcatgttaaaaagcaaatgcaataaatttccaaatagattatctgtatccgaatttagcccatattccttgaaccttgactgccttaaaatcagatataatatcccgattggacataatgtcccgaatacattatacttctcagtgccaaaaaaaggcggaaaggggtattgcaaaatcataaacatactataatttcaacagtgtcgaaacccctctatgtggatttacaagttgacggtcgccactggacatgaccgcactttgacttattctttactctcacagcgaatcatactttggattgtaatgatcgaactcatc
gi|16 : TT----TACC--ATG-GTT---AGT--CTT--GCTC--CAACATGGC------AAAGTAA---GT-C-AGTTTTCCG---AA----TT-GTAC--ATTCCTAT-TTTTTG-C---AA-T-AGCG--CAT------TTCCCT----CCGATTCTT-C-AACGTAGA---T----A-T
gi|25 : --ATG-GTT---GGT--CTA--GTTT--CAACATGGC------GGAGTTA---GT-CAAGTT-TCCT---AA----TT-GTAC--ATCTATAT-TT
gi|10 : AATTTGGGAC-TAA------T-C--A---TG-TTAAAAAGC----AAATGCAA-TAAA--TTTC-C--AAA--TA---GAT-----TAT-----CT--G-TATC-CGAATTTAG-CC-CATATTCCT-TGAACCTTGACT-GC-CTTAAAATCAGATATAAT---AT-----CCCGATT-GG--ACA---TAATGTCCCGAA-TACATTATAC-----TTCTC-AGTGCCAA-----------AAAAAGG---CGG---A--AA-GG--------GG------TATTGCAAAATCA--TAAA-CATACTAT-AA-TTTCAACAGTGTCG--AAA-CCCCT--CTATG--TGG-ATT-T----------ACAA---GTT-GA----------CGGT--CGC------CACTGGAC-ATGACC-GC-ACT-TTGA-CTTATTCTTTA----------------CT-CTCACAGCG---AATCATACTTTGGATTGTAATGATCGAACTC
gi|13 : ttagttgcagacatatgaacgtcaaaattgacccgctgtcaatctactgT-AAAAATAGC-CC-GTTATTCCT-CTGACCTTGACATTC-C--TAAATGGGATACAAT---AG-----TCTGTTTGGG--AAG---TA--------------GATATGAA----TTTTC-AGTGCC-------------AAAAGGG---GGG---G--GG-GG------------TAAATAATGT-AAATCA-CCAAA-T-CACTatc
gi|23 : TAGC-CC-GAGATTCCT-CTGATCTTGACTTGC-C--CAAA----------------------TCGTTTGGG--AAGTACTAATATCCCGAA-TAGGATATAAA----TTTc
gi|11 : ATATAAT---AG-----CCCGTTTGGG--AAG---TAATGTCTTCAA-TAGGATATACA----TTTTC-GGTGCC-------------AAAAAAAACAGGG---A--GG-GG--------G------ATATTGT-AAATCA-CTCAG-T-----AT-CATTTTCAACAGCGTCG--AAA-CCCCTAGCAATG--TAG-TTT-TG-ACTAGAG-AAGAACCTTT-GAAATCACAGTGCGTT--CGCA-----CACG-GAC-ATG--C-GC-ACT-TTAA-CTTA-TCTTTA----------------CT-TCC---GTG---AATC-TACTTTGG-TTG--ATGATCAAACTC
gi|12 : TAT-CAATTTAAACAGCATCGAAAAACACAC---CAATG--TTG-TTT--G-ACTAGAG-ACAAACCATTTGAAACCAACGTGTGTT--CGCA-----CAC--------G--C-GC-ACT-TTAA-CTTA-TCTTTA----------------CT-TCC---AGG---AATT-TACTTTGG-TTG--ATGATCGAACTCGattg
gi|21 : TTGAACAGCGTCGAGAAA-ACCCT--CCATG--ATG-TTA-TG-ACTAGAT-GCAAATCATT-G-AACCAAAGTGCGTT--CGCA-----CACG-TAC-ATG--t
gi|26 : A-ACCCT--CCATA--TTA-TTT-TA-ACTAGAG-ACAAACCATT-GAAACCAA--TG---T--C-CA-----CA---GAC-ATG--C-AC-A
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TTGAGGAAATGTTTCAGCATATTTTATACCCCCCCCCCCGCAAACGAAGTTGGGGGGGGGGGTGTATATTGAATCACC
Unaligned ( gi|27 ): CCCCCCCCCCCTCCGAAAAAAAGGGGGGGGGGGTTGT
Alignments
lowQualScore : 111111 111 11111111111111 11111111 11111111 11 111111111 111111111 11111 111 2222222222222 11111111111 44444444444444 2222222222222222
lowQualScore : 3 88888 555 3 3 44 555 6 3 33 2 2 33 444 2 4 2 2 33 2 33 555 22 77777 7777 44 999 44 44 44 000000 666 3 222 3 55 55 3 55555555555555 4 44444444 4 4 11111111 4 8888 4 4 4 66 22 8888 777 4 777 4 4 3 333333333 1 99 777 4 55 4 2 4 55 4 55 55 8 222222222 00000 55 4 000 3 3 3 3 44 44 44 44 999 3 8888888888 3 3 77 6666 0 555 3 7777 3 5555555555555 11111111111 3 99999 66666666666666 3 3 3 3 4 8 44 44 44 3 444 3 3 666 44 0 3 3 999999 44 3 3 4 4 4 9999999999999999 4 1 888 888 5 5 66
lowQualScore : . ..... ... . . .. ... . . .. . . .. ... . . . . .. . .. ... .. ..... .... .. ... .. .. .. ...... ... . ... . .. .. . .............. . ........ . . ........ . .... . . . .. .. .... ... . ... . . . ......... . .. ... . .. . . . .. . .. .. . ......... ..... .. . ... . . . . .. .. .. .. ... . .......... . . .. .... . ... . .... . ............. ........... . ..... .............. . . . . . . .. .. .. . ... . . ... .. . . . ...... .. . . . . . ................ . . ... ... . . ..
lowQualScore : 3 33333 888 3 3 66 444 2 1 99 9 9 44 444 5 7 5 5 44 5 44 000 99 11111 1111 22 222 66 66 66 555555 444 6 777 6 00 00 6 88888888888888 0 55555555 0 0 44444444 0 6666 4 4 4 11 22 5555 000 0 000 0 0 1 555555555 0 55 000 0 55 0 4 0 55 0 55 55 0 999999999 00000 55 0 555 3 3 3 3 66 66 66 66 222 1 6666666666 1 1 33 6666 6 444 1 1111 6 0000000000000 99999999999 6 11111 77777777777777 6 6 6 6 0 8 44 66 66 3 333 3 3 222 66 3 3 3 666666 66 6 6 0 0 4 4444444444444444 4 4 888 888 0 0 99
consensus : GCGAGTTCGATCAC-CG-----A---CC-ACG-GTCT--CCTTAGT---TTG-A-C--TAAT-T-TGCGATCGAACTCACTTT--AGT---TGC-AGG-ATATG-A-CGTCAAAA--TTGA-A--ACCG---C-GGTC-----CAACCAATGCTTTT----ACC--ATGGTT---AGT--CTA--GTTCCA--ACATGGC------GGAGTAA---GTCA-GTTTTCCG---AATTG-TG--C--ATT-TCTATTTTTTGC----AA-T------AGCGT-AT--------TTCCCTCCGATTCTT-CAA-CGTAGA---T----A-TT-A--A-A-T-TGCATGGCTTTT--GGA--GTGA----TT---TT-C---TG-A-TTTGTTGA--T------ANTC--A---TG-T--AA-ACACTTAAAAATGCAA-TCAA--TCTC-C--AAA--TAT-T-----T---AT-----CT--G-TATT-AAAAAT-AG-CCC-GAGATTCCT-C--TGA--CCTTGAC--TTGCCT--AAA---TGGGA-TATAAT---AG-----CCCG-TTTGG-G--AAG---TAATGTCCCG---AA-TAGGATATAAA----TTTTC-AGTGCC-------------AAAAAGG---G-------GGG-G-----GGG------------AATATTGT-AAA-TCACC-AAATT-ACTAT-CATTTTCAACAGCGTCGAAAAA-ACCCT--CCATGT--TGTTT-T-G-ACTAGAG-ACAAACCATT-GAAACCAAAGTGCGTTC--GCACAC-GG-AC------ATG--C-GC-ACT-TTAA-CTTA-TCTTTA----------------CT-TCC---GTG---AATC-TACTTTGG-TTG--ATGATCGAACTCG
Reference ( family-1982 ) : GCGAGTTCGATCAC-CG-----A---CC-ACG-GTCT--CCTTAGT---TTG-A-C--TAAT-T-TGCGATCGAACTCACTTT--AGT---TGC-AGG-ATATG-A-CGTCAAAA--TTGA-A--ACCG---C-GGTC-----CAACCAATGCTTTT----ACC--ATGGTT---AGT--CTA--GTTCCA--ACATGGC------GGAGTAA---GTCA-GTTTTCCG---AATTG-TG--C--ATT-TCTATTTTTTGC----AA-T------AGCGT-AT--------TTCCCTCCGATTCTT-CAA-CGTAGA---T----A-TT-A--A-A-T-TGCATGGCTTTT--GGA--GTGA----TT---TT-C---TG-A-TTTGTTGA--T------ANTC--A---TG-T--AA-ACACTTNAAAATGCAA-TCAA--TCTC-C--AAA--TAT-T-----T---AT-----CT--G-TATT-AAAAAT-AG-CCC-GAGATTCCT-C--TGA--CCTTGAC--TTGCCT--AAA---TGGGA-TATAAT---AG-----CCCG-TTTGG-G--AAG---TAATGTCCCG---AA-TAGGATATAAA----TTTTC-AGTGCC-------------AAAAAGG---G-------GGG-G-----GGG------------AATATTGT-AAA-TCACC-AAATT-ACTAT-CATTTTCAACAGCGTCGAAAAA-ACCCT--CCATGT--TGTTT-T-G-ACTAGAG-ACAAACCATT-GAAACCAAAGTGCGTTC--GCACAC-GG-AC------ATG--C-GC-ACT-TTAA-CTTA-TCTTTA----------------CT-TCC---GTG---AATC-TACTTTGG-TTG--ATGATCGAACTCG
gi|1 : GCGAGTTCGATCAC-CG-----A---CC-ACG-GTCT--TCTTACT---TTG-A-C--TATT-T-TGAGATCGAACTAACTTT--AGT---TGC-AGG-ATATG-A-CGTCAAAA--TTTA-A--ACCA---C-GGTC-----CAACCAGTGCTTTT----ACC--ATGGTT---AGT--CTA--GTTCCA--ACATGGC------GGAGTAA---GTCA-GTTATCCG---ACTTG-TG--C--ATT-TTTATTTTTTGC----AA-T------AGTGT-ACATATATACTTCCCTCCGATTCTT-CAA-TGTAGA---T----A-TT-A--A-A-T-TGCATGGCTTTT--GGA--GTGG----TT---TT-C---TA-A-TTTGTTAG--T------ATTC--A---TG-T--AA-ACACTTAAAAATGCAA-TCAA--TCTC-C--AAA--TAT-T-----T---AT-----CT--G-TATT-AAAAAT-AG-ATC-GAGATTCCT-C--TGA--TCTTGAT--TTGCCA--AAA---TGGGA-TATAAT---AG-----CTCG-TTTCG-G--AAA---TAATTTCCTG---AA-TAGGATATAAA----TTTTC-AGTGCC-------------AAAGAGG---G-------GGA-G-----GGGAGGAAA------AATATTGC-AAA-TCACT-AAATT-ACTAT-CATTTTCAACAGCGTCGAAAAA-ACCCT--CCATGT--TGTTT-T-G-ACTAGAG-ACAAACCATT-GAAACCAAAGTGCGTTC--GCACAC-TG-AC------ATG--C-GC-ACT-TTAA-CTCA-TCTTTA----------------CT-TCC---GTG---AATC-TACTTTGG-TTG--ATGATCGAACTCG
gi|10 : TT--AGT---TGC-AGACATATG-AACGTCAAAA--TTG--A--CCCG---C-TGTC-----
gi|10 : A----TC---TA-C---TG-AATTTGG-GAC-T------AATC--A---TG-TTAAA-AAGC----AAATGCAA-TAAA--TTTC-C--AAA--TAGAT-----T---AT-----CT--G-TATC-CGAATTTAG-CCC--ATATTCCT-T--GAA--CCTTGAC--T-GCCTTAAAA---TCAGA-TATAAT---AT-----CCCG-ATTGG-A--CA----TAATGTCCCG---AA-TACATTATAC-----TTCTC-AGTGCCAA-----------AAAAAGG---C-------GGA-A-----AGG------------GGTATTGCAAAA-TCATA-AACAT-ACTAT-AA-TTTCAACAGTGTCG--AAA-CCCCT--CTATGT--GGATT-T-----------ACAA---GTT-GA----------CGGTC--GC-CACTGG-AC------ATGACC-GC-ACT-TTGA-CTTATTCTTTA----------------CT-CTCACAGCG---AATCATACTTTGGATTGTAATGATCGAACTCaatctactgaatttgggactaatcatgttaaaaagcaaatgcaataaatttccaaatagattatctgtatccgaatttagcccatattccttgaaccttgactgccttaaaatcagatataatatcccgattggacataatgtcccgaatacattatacttctcagtgccaaaaaaaggcggaaaggggtattgcaaaatcataaacatactataatttcaacagtgtcgaaacccctctatgtggatttacaagttgacggtcgccactggacatgaccgcactttgacttattctttactctcacagcgaatcatactttggattgtaatgatcgaactcatc
gi|11 : ttagttgcagacatatgaacgtcaaaattgacccgctgtcaA-TATAAT---AG-----CCCG-TTTGG-G--AAG---TAATGTCTTC---AA-TAGGATATACA----TTTTC-GGTGCC-------------AAAAAAAACAG-------GGA-G-----GGG------------GATATTGT-AAA-TCAC-----TC-AGTAT-CATTTTCAACAGCGTCG--AAA-CCCCTAGCAATGT--AGTTT-T-G-ACTAGAG-AAGAACCTTT-GAAATCACAGTGCGTTC--GCACAC-GG-AC------ATG--C-GC-ACT-TTAA-CTTA-TCTTTA----------------CT-TCC---GTG---AATC-TACTTTGG-TTG--ATGATCAAACTCatc
gi|12 : TAT-CAATTTAAACAGCATCGAAAAACACAC---CAATGT--TGTTT---G-ACTAGAG-ACAAACCATTTGAAACCAACGTGTGTTC--GCACAC-G---------------C-GC-ACT-TTAA-CTTA-TCTTTA----------------CT-TCC---AGG---AATT-TACTTTGG-TTG--ATGATCGAACTCGattg
gi|13 : T-AAAAAT-AG-CCC-GTTATTCCT-C--TGA--CCTTGAC--ATTCCT--AAA---TGGGA-TACAAT---AG-----TCTG-TTTGG-G--AAG---TA-----------------GATATGAA----TTTTC-AGTGCC-------------AAAAGGG---G-------GGG-G-----GGGTA----------AATAATGT-AAA-TCACC-AAATC-ACTt
gi|14 : GCGAGTTCGATCAC-CG-----A---CC-ATG-GTCT--CCTTAGT---TTG-A-C--TAAT-T-TGCGATCGAACTCACTTT--AGT---TAC-AGG-GTATG-A-CGTCAAAA--TTGA-A--ATCG---T-GGCC-----CAACCAATGCTTTT----ACC--ATc
gi|15 : ggGCGAGTTCGATCAC-CGGTACGA---CC-ACG-GTCT--CCTTAGT---TTG-A-C--TAAT-T-TGCGATCGAATCCACTTT--AGT---TAC-AGG-ATATG-A-CGTCAAAA--TTGA-A--ACCA---T-GGTC-----CAACCAatgt
gi|16 : gggTTT----ACC--ATGGTT---AGT--CTT--GCTCCA--ACATGGC------AAAGTAA---GTCA-GTTTTCCG---AATTG-TA--C--ATT-CCTATTTTTTGC----AA-T------AGCGC-AT--------TTCCCTCCGATTCTT-CAA-CGTAGA---T----A-T
gi|17 : CGAGTTCGAT-AC--G-----AAAACC-ACCTGACG--TCTTAGT---TTGCA-T--TTATGTATGCGCTCGAACTCA-TTT--AGT---TGC-AGACATATGAA-CGTCAAAA--TTG--A--CCCG---C-TGTC-----
gi|18 : T---TTG-A-C--TAAT-T-TGCGATCGAACTCACTCA--AGT---TGC-AGG-AT--G-A-CGTCAAAA--TTGA-A--ACCG---C-TGTC-----CAACTCGTGCTTTT----ACC--GTGGTC---AGT--TTA--GTTCCA--ACaa
gi|19 : GCGAGTTCGATCAC-AA-----A---CC-CCA-ATCT--CCGTAGTAAATTG-A-C--TAAT-T-TGCGATCAAACTCACTTT--AGT---TGC-ATG-ATATG-A-TGTC-AAA--TTCA-A--A
gi|2 : tggAGTTTGATCAC-CG-----A---CC-ACT-GTCT--TCTTAGT---TCG-A-C--TAAT-T-TGCGATCGAATTTGCTTT--AGT---TGC-AGG-ATATG-A-CGTCAAAA--TTAA-A--ACCC---C-GGTC-----CAACCAATGCTTTT----ACC--ATGGTT---AGT--TTA--TTTCCA--ACATGGC------GGACTAA---GTCA-GTTTTCCG---AATTG-TG--C--GTT-TTCATATTTTGC----AA-T------AACGT-AT--------GTCCTTCCGATTCTT-CAA-CGTGGA---T----A-CT-G--A-A-T-TGCATGGCTGTT--GGA--GTGA----CT---TT-C---TA-A-TTAGTTAA--T------AATA--A---TG-T--AA-ACACTTTAAAATGCAA-TATA--TCTC-C--AAA--TATGTACATGT---AT-----CT--G-TATT-AAAACT-AG-CTC-GAGTTTTCT-C--TGA--CCTTGAC--TTGCCT--TAA---TGGGA-TATAAT---AC-----CCCG-TTTGT-G--ATA---TAATGCCCGG---AA-TAGGATAT----------------------------------AAAGG---G-------GGG-G-----GGG--------------TATTGT-AAA-TCACT-AACTT-ACCAT-AATTTTCAACAGCGCC-AAAAA-ACCAT--CCATGT--TGTTT-T-G-ATTAGAA-ACAAATCATT-GAAACTAATGCGCGTTC--GCACAC-GGCACTGGACAATG--C-GC-ACGATTAACCTTG-TCTTTAGCTGCCGTCGATTTCGCT-TAC---GTGGACAGTC-TACTTTGG-TTG--gc
gi|20 : aGCGAGTTTGATCAC-CG-----A---CC-ATG-GTCT--CCTTAGT---TTG-A-C--TAAT-T-TGCAATGGAACTCACTTT--AGT---TGC-AGG-ATATG-A-TGTCAACA--TTGA-A--gtggatgcga
gi|21 : gTTGAACAGCGTCGAGAAA-ACCCT--CCATGA--TGTTA-T-G-ACTAGAT-GCAAATCATT-G-AACCAAAGTGCGTTC--GCACAC-GT-AC------ATG--
gi|23 : T-AG-CCC-GAGATTCCT-C--TGA--TCTTGAC--TTGCCC--AAA---T-----------------------CG-TTTGG-G--AAGTACTAATATCCCG---AA-TAGGATATAAA----TTT
gi|24 : GCGTATTCGATTAC-CG-----A---CC-ACG-GTCT--CCTTAAT---TTG-A-C--TAAT-T-TGCGATAGAACTCACTTT--AGT---TGC-AGG-ATA
gi|25 : --ATGGTT---GGT--CTA--GTTTCA--ACATGGC------GGAGTTA---GTCA-AGTTTCCT---AATTG-TA--C--ATC-TATATTT
gi|26 : A-ACCCT--CCATAT--TATTT-T-A-ACTAGAG-ACAAACCATT-GAAACCAA--TG---TC-----CAC-AG-AC------ATG--C-AC-A
gi|3 : ATCATACA-----A---CC-ACG-GT-T--CCTTATT---TTG-AAC--TAAT-T-TGCGATCGAACTCACTTT--AGTAGTTGC-AGG-ATATG-A-CGTCAAAAATTTGA-A--ACCA---C----------------------TT----ACC--ATGGTTTATAGT--CTA--GTTCCA--ACATGGCCGAACGGAAGTAA---GTCA-GTT--CCGGAGAATTG-TG--CCCATT-TCATTTTTTTGC----AAAT------AGCGTTAC--------TTTCCCC----TCCC-C-------GA---T----A-TT-C--A-A-T-TGCATGGCTTC---GGAAAGTAA----TT---TT-TCTGTG-A-TTT-TGGA--T------ATTCCAA---TGGT--AA-ACACTTTTAA-TGCAA-TTA---TCTCGC--AAACATAT-T-----T---ATTCTTTCT--G-TGT---AAAAT-AGGCTC-GATATTCCTTC--TGG--GCTTGAC--TTGCCT--ATA---TG--A-TATAATTAAAGGGGGCCCCG-TTTGG-G--AAA---TAA-GTCCTG---AAATAGGAT-TAAAAATTTTTTC-AGTGCC-------------AAAAAGG---A-------GGGTG-----GGG--------------TATTGC-AAAATCACCCAAATTTACTATGTATTT-CAACAGAGTCGAAAAA-ACCTT--CCATGTATTGTTT-TTGCACTAGAG-GCAAAC-ATT-GACACCAAAG-GCATTTCTGCGCAC-GG-AA------ATG--T-GC-ACT-TTAA-CTTA-TCTTTA----------------CTGTCC---GTG----ATC-TACTTTGG-TTA--ATGAT
gi|4 : aGCGAGTTCAATCGC-CA-----A---CC-ATG-ATCT--C-TTAGT---TTG-A-CCTTAAT-T-TCCGATTGAACTCACTTT--AGT---TTC-AGG-ATATG-A-CGTCAAAA--TTGA-A--ACCG---T-GATT-----CAGCCAATGCTTTT----ACC--ATGGTT---TGT--TTA--GCTCCA--ACATGGC------GGAGTGA---GTAA-GTTTTCCG---AATTG-TG--C--ATT-TCTATCTTTTGC----AA-T------AGCGT-AT--------TTCCCTCCGATTCTT-CGA-CGTAGA---T----A-TT-A--A-A-T-TGTATGGGTTTT--GGA--GTGA----TT---TT-C---TG-A-TTTGTGGA--C------AATC--A---TG-A--AA-GCACTTGAAAATGCAA-CCAA--TCTC-C--ATA--TAT-T-----T---AT-----CT--G-TATT--AAAAT-AG-CAC-GAGATTCCT-C--TGA--CCTTCAA--TTGCTT--GAA---TGGGA-TATAAT---AG-----CCCC-TTTGG-GAAAAA---TAAAGTCCCG---AA-TAGGATATAAA----TTTTC-AGTGCC-------------ATAAAGG---G-------GGG-G-----GGG--------------TATTGT-AAA-TTACC-AAATT-ACTAT-CATTTTCAAAAGCATCG-AAAA-ACCCT--CCATGT--TGTTT-T-T-ACTAGAG-ACAAACCATT-GAAACCAATGTGCGTTC--GCAAAC-GG-GC------ATG--C-GC-ACT-TTAA-CTTA-TCTTCA----------------CT-t
gi|5 : GCGAGTTCGATCAC-CG-----A---CC-ATG-ATCT--CCTTAGT---TTG-A-C--TAAT-T-TGCGATCGAACTCACTAT--AGT---TGC-AGG-GTGTG-A-CGTCAAAA--TTGA-C--ACCA---C-AGTCGAGGACAACCAAAGCTTTT----ACC--ATGGTT---AGT--TTA--GTTCCA--ACATGTC------GGAGGAA---GTCA-GCTTTCCG---AATTG-TA--C--ATT-TCTATTTTTTTTTTT-AA-TT-----AGCGT-AT--------T---------------CAA-CGTAGA----------------A-A-T-TGCATGGCTTTT--GGA--GTGA----GT---TT-C---TG-A-TTGGTTGA--T------AATC--A---TG-T--AA-ACACTTCAAAATGCAA-TCAA--TCTC-C--AAA--TAT-T-----T---AT-----CT--G-TATT-GAAA-T-AG-CCC-GAGATTCCT-C--TGA--CCTTGAC--TTGCAT--AAA---TGGGA-TATAAT---AG-----CCCG-TGTTG-G--AAG---TAATGTCCCG---AT-TAGGATATAAA----TTT-C-AGTGCT-------------AAAAGGG---GATTGGTGGAG-G-----AGA------------AATATTGT-AAA-TCACC-AAATT-ACTAT-CATTTTCAACAGCGTCGAAAAA--CCCT--CCATTT--TGTTT-T-G-AATAGAC-GCAAACC--------------TACGTCC--GCACAC-GG-AC------ATG--C-GC-ACT-TTCA-CTTA-TCTTTA----------------CT-TCC---GTG---AATC-TACTT----------TGATCGAACTcaagatactgatgtatttgaataagaattt
gi|6 : --TAGT-T-TGCGATCAAACTCGCTTT--AGT---TGC-AG--ATATG-A-CGTCAAAT--TGGA-A--A--G---CAGGTC-----CAACCAATGCTTTT----ACC--ATAGTT---AGT--CTA--GTTCCA--ACATGGG------CGAGTAA---GTCA-GTTTTCCG---AATTGGTG--C---TT-TCTATTTTTTGC----AA-T------AGCGT-AT--------TTCCCTCCGATTCT--CAA-CATATA---T----A-TT-A--A-AAT-TGCATGACTTTT--GGAAAGTGA----TT---TTTC---CG-A-TTTG---A--T------ATTCC-A---TG-G--TA-ACACTTAAGAATGCAAGTCAA--TCTC-C--AAA--TAT-T-----TTTTAT-----TT--G-CCAT-CAAAAT-AG-CCC-GAGATTCCT-C--TGA--CCTTGAC--TTGTGT--AAAA--TGGAA-TATAAT---AG-----CCCG-ATTGGCA--AAA---TAATGTCCCG---A--TAGAATGTAAA----TTTTCTAATGCC-------------AAAGGGG---G-------GGG-GAAGGGGGGCAAGGCAGGAAAAATATTGT-AAA-TCACC-AAATT-ACTAT-AATTTCCAACACTGTCGAAG-------------------GTTTAC-G-ACTAGAACACAAACCATT-GAAACCAAA---CG------------GG-AC------ATG--CGGCAACT-TTTA-CTTT-TCTTTA----------------CT-T-C---GTG---AATC-TACTTTGG-TTG--ATGATCGAA
gi|7 : GG-ATATT-A-CGTCAAAA--TTGA-A--ACCA---C-GGTC-----CAACCATTGCTTTT----ACC--ATGGTT---AGT--TTA--GTTCCA--ACATGAC------GGAGTTA---GTCA-GTTTTCGA---AAGTG-TA--C--ATT-TCTATAATT----------T------AGCGT-AT--------TTCCCTCCGATTCTT-CAA-CGTAGA---TCTTAA-TTAA--A-A-T-TGCATAGCTTTT--GGA--GTGA----TT---TT-C---TG-A-TTTGTTGA--T------ATTC--G---TG-T--AA-ACACTTAAAAATGTAA-GCAC--TCTC-C--AAA--TAT-T-----T---AT-----CTACA-TATT-AAAGAT-AG-CCC-GAGATTCCT-C--TGA--CCTTTAC--CTGCCT--AAA---TGGGA-TATGAT---AT-----CCCA-TTTGG-G--AAG---TAATGTCTCG---AA-TAGAATATAGA----TTTTC-AGCCCCCCCCCCCCTCAAAAAAAAGG---G-------GGG-G-----GGG--------------TATTGT-AAA-TCACC-AAATT-ACTAT-CATTCTCAACAAAATCG-AAAA-ACCCT--CCATGT--TGTTT-T-G-ATTAGAG-ACAAACCATT-GAAACC-AAGTGCGTTC--GCACAC-GG-AC------ATG--C-GC-ACT-TTAA-C
gi|8 : GATCGA-CG-----A---CCCACG-GTTTGCCCTAAGT---TGGCG-C--TCAT-C-AG-----AAACTGACTCTGAAAT---TGCCAGA-AAATG-A-CGTCAAAA--T-GACAGCACCAAAAC-GGTC------AACGAATGCTTTTTTATATCTAATGTTTT--AGTTCCTATGGTTCCACAACTTGGC------AG-GTAATACGTCCCGTTTTCCACAAAGTTG-TGGTC--ATTATCT---TTTTGCCGATGA-TGCCTAAAGCGT-TC--------CTATCACCGATTCTTACAAATGTAAAATTT----A-TT-A--ACA-TATGCTTGGATTTTTAGAA--GTGACCAATTATGTC-T---TGTA-TTGGTTGAGAT------ACGA--A---TG-T--TATCCGTTTAAAAATGCAA-TCAAATTCTC-CTAAAA--T-T-T-----T---AT-----TT--GCTAT---AAAAT-AG-CTCAGACATTTTA-TAATGAACCTTTCACCATTGCAT--AAAACTTGGAATTATATTC--AG-----TTCGAGTTGG-GC-AAA---TAAAGTTCTGTGAAA-TA
gi|9 : GATTGAACTCACTTA--AAT---TGC-A-----ATG-A-CATCAAAA--TTGA-A--ACCG---C-GGTC-----CAACCAATTCTTTT----AGC--ATGGTT---AGT--TTA--GTTCCA--AAATTGC------GGAGTTA---GTCA-AGTTTCTG---AATTG-TA--C--ATC-TATATTTTTAAC----AG-T------AGCGT-AT--------TTCCCTCCGATTCTT-CAA-CGTAGA---T----ATTT-AACA-A-T-TGCATTGCGTTT--GGA--GTGA----TT---TT-C---TA-A-TTTGTTGA--TATAAAAAATC--AGTTTG-T--AA-ACACTTACAAATGTAA-TCAA--TCTC-C--AAA--TGT-T----------T-----CT--G-TATTAAAAAAT-AG-CCT-GAAATTCCT-C--TAA--ACTAGAC--TAGCCT--AAA---TGGGA-TATGAT---AT-----CCCT-TTTGG-A--AAG---TAATGTCCCG---AA-AAGGATATAAA----TTTTC-AGTGC---------------AAAAGA---G-------AGA-G-----GGG------------AATATTGT-AAA-TCACC-AAATT-A
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TTGAGGAAATGTTTCAGCATATTTTATACCCCCCCCCCCGCAAACGAAGTTGGGGGGGGGGGTGTATATTGAATCACC
Unaligned ( gi|27 ): CCCCCCCCCCCTCCGAAAAAAAGGGGGGGGGGGTTGT
Alignments
lowQualScore : 111111 111 11111111111111 11111111 11111111 11 111111111 111111111 11111 111 2222222222222 11111111111 44444444444444 2222222222222222
lowQualScore : 3 88888 555 3 3 44 555 6 3 33 2 2 33 444 2 4 2 2 33 2 33 555 22 77777 7777 44 999 44 44 44 000000 666 3 222 3 55 55 3 55555555555555 4 44444444 4 4 11111111 4 8888 4 4 4 66 22 8888 777 4 777 4 4 3 333333333 1 99 777 4 55 4 2 4 55 4 55 55 8 222222222 00000 55 4 000 3 3 3 3 44 44 44 44 999 3 8888888888 3 3 77 6666 0 555 3 7777 3 5555555555555 11111111111 3 99999 66666666666666 3 3 3 3 4 8 44 44 44 3 444 3 3 666 44 0 3 3 999999 44 3 3 4 4 4 9999999999999999 4 1 888 888 5 5 66
lowQualScore : . ..... ... . . .. ... . . .. . . .. ... . . . . .. . .. ... .. ..... .... .. ... .. .. .. ...... ... . ... . .. .. . .............. . ........ . . ........ . .... . . . .. .. .... ... . ... . . . ......... . .. ... . .. . . . .. . .. .. . ......... ..... .. . ... . . . . .. .. .. .. ... . .......... . . .. .... . ... . .... . ............. ........... . ..... .............. . . . . . . .. .. .. . ... . . ... .. . . . ...... .. . . . . . ................ . . ... ... . . ..
lowQualScore : 3 33333 888 3 3 66 444 2 1 99 9 9 44 444 5 7 5 5 44 5 44 000 99 11111 1111 22 222 66 66 66 555555 444 6 777 6 00 00 6 88888888888888 0 55555555 0 0 44444444 0 6666 4 4 4 11 22 5555 000 0 000 0 0 1 555555555 0 55 000 0 55 0 5 0 55 0 55 55 0 999999999 00000 55 0 555 3 3 3 3 66 66 66 66 222 1 6666666666 1 1 33 6666 6 444 1 1111 6 0000000000000 99999999999 6 11111 77777777777777 6 6 6 6 0 8 44 66 66 3 333 3 3 222 66 3 3 3 666666 66 6 6 0 0 4 4444444444444444 4 4 888 888 0 0 99
consensus : GCGAGTTCGATCAC-CG-----A---CC-ACG-GTCT--CCTTAGT---TTG-A-C--TAAT-T-TGCGATCGAACTCACTTT--AGT---TGC-AGG-ATATG-A-CGTCAAAA--TTGA-A--ACCG---C-GGTC-----CAACCAATGCTTTT----ACC--ATGGTT---AGT--CTA--GTTCCA--ACATGGC------GGAGTAA---GTCA-GTTTTCCG---AATTG-TG--C--ATT-TCTATTTTTTGC----AA-T------AGCGT-AT--------TTCCCTCCGATTCTT-CAA-CGTAGA---T----A-TT-A--A-A-T-TGCATGGCTTTT--GGA--GTGA----TT---TT-C---TG-A-TTTGTTGA--T------ANTC--A---TG-T--AA-ACACTTAAAAATGCAA-TCAA--TCTC-C--AAA--TAT-T-----T---AT-----CT--G-TATT-AAAAAT-AG-CCC-GAGATTCCT-C--TGA--CCTTGAC--TTGCCT--AAA---TGGGA-TATAAT---AG-----CCCG-TTTGG-G--AAG---TAATGTCCCG---AA-TAGGATATAAA----TTTTC-AGTGCC-------------AAAAAGG---G-------GGG-G-----GGG------------AATATTGT-AAA-TCACC-AAATT-ACTAT-CATTTTCAACAGCGTCGAAAAA-ACCCT--CCATGT--TGTTT-T-G-ACTAGAG-ACAAACCATT-GAAACCAAAGTGCGTTC--GCACAC-GG-AC------ATG--C-GC-ACT-TTAA-CTTA-TCTTTA----------------CT-TCC---GTG---AATC-TACTTTGG-TTG--ATGATCGAACTCG
Reference ( family-1982 ) : GCGAGTTCGATCAC-CG-----A---CC-ACG-GTCT--CCTTAGT---TTG-A-C--TAAT-T-TGCGATCGAACTCACTTT--AGT---TGC-AGG-ATATG-A-CGTCAAAA--TTGA-A--ACCG---C-GGTC-----CAACCAATGCTTTT----ACC--ATGGTT---AGT--CTA--GTTCCA--ACATGGC------GGAGTAA---GTCA-GTTTTCCG---AATTG-TG--C--ATT-TCTATTTTTTGC----AA-T------AGCGT-AT--------TTCCCTCCGATTCTT-CAA-CGTAGA---T----A-TT-A--A-A-T-TGCATGGCTTTT--GGA--GTGA----TT---TT-C---TG-A-TTTGTTGA--T------ANTC--A---TG-T--AA-ACACTTAAAAATGCAA-TCAA--TCTC-C--AAA--TAT-T-----T---AT-----CT--G-TATT-AAAAAT-AG-CCC-GAGATTCCT-C--TGA--CCTTGAC--TTGCCT--AAA---TGGGA-TATAAT---AG-----CCCG-TTTGG-G--AAG---TAATGTCCCG---AA-TAGGATATAAA----TTTTC-AGTGCC-------------AAAAAGG---G-------GGG-G-----GGG------------AATATTGT-AAA-TCACC-AAATT-ACTAT-CATTTTCAACAGCGTCGAAAAA-ACCCT--CCATGT--TGTTT-T-G-ACTAGAG-ACAAACCATT-GAAACCAAAGTGCGTTC--GCACAC-GG-AC------ATG--C-GC-ACT-TTAA-CTTA-TCTTTA----------------CT-TCC---GTG---AATC-TACTTTGG-TTG--ATGATCGAACTCG
gi|1 : GCGAGTTCGATCAC-CG-----A---CC-ACG-GTCT--TCTTACT---TTG-A-C--TATT-T-TGAGATCGAACTAACTTT--AGT---TGC-AGG-ATATG-A-CGTCAAAA--TTTA-A--ACCA---C-GGTC-----CAACCAGTGCTTTT----ACC--ATGGTT---AGT--CTA--GTTCCA--ACATGGC------GGAGTAA---GTCA-GTTATCCG---ACTTG-TG--C--ATT-TTTATTTTTTGC----AA-T------AGTGT-ACATATATACTTCCCTCCGATTCTT-CAA-TGTAGA---T----A-TT-A--A-A-T-TGCATGGCTTTT--GGA--GTGG----TT---TT-C---TA-A-TTTGTTAG--T------ATTC--A---TG-T--AA-ACACTTAAAAATGCAA-TCAA--TCTC-C--AAA--TAT-T-----T---AT-----CT--G-TATT-AAAAAT-AG-ATC-GAGATTCCT-C--TGA--TCTTGAT--TTGCCA--AAA---TGGGA-TATAAT---AG-----CTCG-TTTCG-G--AAA---TAATTTCCTG---AA-TAGGATATAAA----TTTTC-AGTGCC-------------AAAGAGG---G-------GGA-G-----GGGAGGAAA------AATATTGC-AAA-TCACT-AAATT-ACTAT-CATTTTCAACAGCGTCGAAAAA-ACCCT--CCATGT--TGTTT-T-G-ACTAGAG-ACAAACCATT-GAAACCAAAGTGCGTTC--GCACAC-TG-AC------ATG--C-GC-ACT-TTAA-CTCA-TCTTTA----------------CT-TCC---GTG---AATC-TACTTTGG-TTG--ATGATCGAACTCG
gi|10 : TT--AGT---TGC-AGACATATG-AACGTCAAAA--TTG--A--CCCG---C-TGTC-----
gi|10 : A----TC---TA-C---TG-AATTTGG-GAC-T------AATC--A---TG-TTAAA-AAGC----AAATGCAA-TAAA--TTTC-C--AAA--TAGAT-----T---AT-----CT--G-TATC-CGAATTTAG-CCC--ATATTCCT-T--GAA--CCTTGAC--T-GCCTTAAAA---TCAGA-TATAAT---AT-----CCCG-ATTGG-A--CA----TAATGTCCCG---AA-TACATTATAC-----TTCTC-AGTGCCAA-----------AAAAAGG---C-------GGA-A-----AGG------------GGTATTGCAAAA-TCATA-AACAT-ACTAT-AA-TTTCAACAGTGTCG--AAA-CCCCT--CTATGT--GGATT-T-----------ACAA---GTT-GA----------CGGTC--GC-CACTGG-AC------ATGACC-GC-ACT-TTGA-CTTATTCTTTA----------------CT-CTCACAGCG---AATCATACTTTGGATTGTAATGATCGAACTCaatctactgaatttgggactaatcatgttaaaaagcaaatgcaataaatttccaaatagattatctgtatccgaatttagcccatattccttgaaccttgactgccttaaaatcagatataatatcccgattggacataatgtcccgaatacattatacttctcagtgccaaaaaaaggcggaaaggggtattgcaaaatcataaacatactataatttcaacagtgtcgaaacccctctatgtggatttacaagttgacggtcgccactggacatgaccgcactttgacttattctttactctcacagcgaatcatactttggattgtaatgatcgaactcatc
gi|11 : ttagttgcagacatatgaacgtcaaaattgacccgctgtcaA-TATAAT---AG-----CCCG-TTTGG-G--AAG---TAATGTCTTC---AA-TAGGATATACA----TTTTC-GGTGCC-------------AAAAAAAACAG-------GGA-G-----GGG------------GATATTGT-AAA-TCAC-----TC-AGTAT-CATTTTCAACAGCGTCG--AAA-CCCCTAGCAATGT--AGTTT-T-G-ACTAGAG-AAGAACCTTT-GAAATCACAGTGCGTTC--GCACAC-GG-AC------ATG--C-GC-ACT-TTAA-CTTA-TCTTTA----------------CT-TCC---GTG---AATC-TACTTTGG-TTG--ATGATCAAACTCatc
gi|12 : TAT-CAATTTAAACAGCATCGAAAAACACAC---CAATGT--TGTTT---G-ACTAGAG-ACAAACCATTTGAAACCAACGTGTGTTC--GCACAC-G---------------C-GC-ACT-TTAA-CTTA-TCTTTA----------------CT-TCC---AGG---AATT-TACTTTGG-TTG--ATGATCGAACTCGattg
gi|13 : T-AAAAAT-AG-CCC-GTTATTCCT-C--TGA--CCTTGAC--ATTCCT--AAA---TGGGA-TACAAT---AG-----TCTG-TTTGG-G--AAG---TA-----------------GATATGAA----TTTTC-AGTGCC-------------AAAAGGG---G-------GGG-G-----GGGTA----------AATAATGT-AAA-TCACC-AAATC-ACTt
gi|14 : GCGAGTTCGATCAC-CG-----A---CC-ATG-GTCT--CCTTAGT---TTG-A-C--TAAT-T-TGCGATCGAACTCACTTT--AGT---TAC-AGG-GTATG-A-CGTCAAAA--TTGA-A--ATCG---T-GGCC-----CAACCAATGCTTTT----ACC--ATc
gi|15 : ggGCGAGTTCGATCAC-CGGTACGA---CC-ACG-GTCT--CCTTAGT---TTG-A-C--TAAT-T-TGCGATCGAATCCACTTT--AGT---TAC-AGG-ATATG-A-CGTCAAAA--TTGA-A--ACCA---T-GGTC-----CAACCAatgt
gi|16 : gggTTT----ACC--ATGGTT---AGT--CTT--GCTCCA--ACATGGC------AAAGTAA---GTCA-GTTTTCCG---AATTG-TA--C--ATT-CCTATTTTTTGC----AA-T------AGCGC-AT--------TTCCCTCCGATTCTT-CAA-CGTAGA---T----A-T
gi|17 : CGAGTTCGAT-AC--G-----AAAACC-ACCTGACG--TCTTAGT---TTGCA-T--TTATGTATGCGCTCGAACTCA-TTT--AGT---TGC-AGACATATGAA-CGTCAAAA--TTG--A--CCCG---C-TGTC-----
gi|18 : T---TTG-A-C--TAAT-T-TGCGATCGAACTCACTCA--AGT---TGC-AGG-AT--G-A-CGTCAAAA--TTGA-A--ACCG---C-TGTC-----CAACTCGTGCTTTT----ACC--GTGGTC---AGT--TTA--GTTCCA--ACaa
gi|19 : GCGAGTTCGATCAC-AA-----A---CC-CCA-ATCT--CCGTAGTAAATTG-A-C--TAAT-T-TGCGATCAAACTCACTTT--AGT---TGC-ATG-ATATG-A-TGTC-AAA--TTCA-A--A
gi|2 : tggAGTTTGATCAC-CG-----A---CC-ACT-GTCT--TCTTAGT---TCG-A-C--TAAT-T-TGCGATCGAATTTGCTTT--AGT---TGC-AGG-ATATG-A-CGTCAAAA--TTAA-A--ACCC---C-GGTC-----CAACCAATGCTTTT----ACC--ATGGTT---AGT--TTA--TTTCCA--ACATGGC------GGACTAA---GTCA-GTTTTCCG---AATTG-TG--C--GTT-TTCATATTTTGC----AA-T------AACGT-AT--------GTCCTTCCGATTCTT-CAA-CGTGGA---T----A-CT-G--A-A-T-TGCATGGCTGTT--GGA--GTGA----CT---TT-C---TA-A-TTAGTTAA--T------AATA--A---TG-T--AA-ACACTTTAAAATGCAA-TATA--TCTC-C--AAA--TATGTACATGT---AT-----CT--G-TATT-AAAACT-AG-CTC-GAGTTTTCT-C--TGA--CCTTGAC--TTGCCT--TAA---TGGGA-TATAAT---AC-----CCCG-TTTGT-G--ATA---TAATGCCCGG---AA-TAGGATAT----------------------------------AAAGG---G-------GGG-G-----GGG--------------TATTGT-AAA-TCACT-AACTT-ACCAT-AATTTTCAACAGCGCC-AAAAA-ACCAT--CCATGT--TGTTT-T-G-ATTAGAA-ACAAATCATT-GAAACTAATGCGCGTTC--GCACAC-GGCACTGGACAATG--C-GC-ACGATTAACCTTG-TCTTTAGCTGCCGTCGATTTCGCT-TAC---GTGGACAGTC-TACTTTGG-TTG--gc
gi|20 : aGCGAGTTTGATCAC-CG-----A---CC-ATG-GTCT--CCTTAGT---TTG-A-C--TAAT-T-TGCAATGGAACTCACTTT--AGT---TGC-AGG-ATATG-A-TGTCAACA--TTGA-A--gtggatgcga
gi|21 : gTTGAACAGCGTCGAGAAA-ACCCT--CCATGA--TGTTA-T-G-ACTAGAT-GCAAATCATT-G-AACCAAAGTGCGTTC--GCACAC-GT-AC------ATG--
gi|23 : T-AG-CCC-GAGATTCCT-C--TGA--TCTTGAC--TTGCCC--AAA---T-----------------------CG-TTTGG-G--AAGTACTAATATCCCG---AA-TAGGATATAAA----TTT
gi|24 : GCGTATTCGATTAC-CG-----A---CC-ACG-GTCT--CCTTAAT---TTG-A-C--TAAT-T-TGCGATAGAACTCACTTT--AGT---TGC-AGG-ATA
gi|25 : --ATGGTT---GGT--CTA--GTTTCA--ACATGGC------GGAGTTA---GTCA-AGTTTCCT---AATTG-TA--C--ATC-TATATTT
gi|26 : A-ACCCT--CCATAT--TATTT-T-A-ACTAGAG-ACAAACCATT-GAAACCAA--TG---TC-----CAC-AG-AC------ATG--C-AC-A
gi|3 : ATCATACA-----A---CC-ACG-GT-T--CCTTATT---TTG-AAC--TAAT-T-TGCGATCGAACTCACTTT--AGTAGTTGC-AGG-ATATG-A-CGTCAAAAATTTGA-A--ACCA---C----------------------TT----ACC--ATGGTTTATAGT--CTA--GTTCCA--ACATGGCCGAACGGAAGTAA---GTCA-GTT--CCGGAGAATTG-TG--CCCATT-TCATTTTTTTGC----AAAT------AGCGTTAC--------TTTCCCC----TCCC-C-------GA---T----A-TT-C--A-A-T-TGCATGGCTTC---GGAAAGTAA----TT---TT-TCTGTG-A-TTT-TGGA--T------ATTCCAA---TGGT--AA-ACACTTTTAA-TGCAA-TTA---TCTCGC--AAACATAT-T-----T---ATTCTTTCT--G-TGT---AAAAT-AGGCTC-GATATTCCTTC--TGG--GCTTGAC--TTGCCT--ATA---TG--A-TATAATTAAAGGGGGCCCCG-TTTGG-G--AAA---TAA-GTCCTG---AAATAGGAT-TAAAAATTTTTTC-AGTGCC-------------AAAAAGG---A-------GGGTG-----GGG--------------TATTGC-AAAATCACCCAAATTTACTATGTATTT-CAACAGAGTCGAAAAA-ACCTT--CCATGTATTGTTT-TTGCACTAGAG-GCAAAC-ATT-GACACCAAAG-GCATTTCTGCGCAC-GG-AA------ATG--T-GC-ACT-TTAA-CTTA-TCTTTA----------------CTGTCC---GTG----ATC-TACTTTGG-TTA--ATGAT
gi|4 : aGCGAGTTCAATCGC-CA-----A---CC-ATG-ATCT--C-TTAGT---TTG-A-CCTTAAT-T-TCCGATTGAACTCACTTT--AGT---TTC-AGG-ATATG-A-CGTCAAAA--TTGA-A--ACCG---T-GATT-----CAGCCAATGCTTTT----ACC--ATGGTT---TGT--TTA--GCTCCA--ACATGGC------GGAGTGA---GTAA-GTTTTCCG---AATTG-TG--C--ATT-TCTATCTTTTGC----AA-T------AGCGT-AT--------TTCCCTCCGATTCTT-CGA-CGTAGA---T----A-TT-A--A-A-T-TGTATGGGTTTT--GGA--GTGA----TT---TT-C---TG-A-TTTGTGGA--C------AATC--A---TG-A--AA-GCACTTGAAAATGCAA-CCAA--TCTC-C--ATA--TAT-T-----T---AT-----CT--G-TATT--AAAAT-AG-CAC-GAGATTCCT-C--TGA--CCTTCAA--TTGCTT--GAA---TGGGA-TATAAT---AG-----CCCC-TTTGG-GAAAAA---TAAAGTCCCG---AA-TAGGATATAAA----TTTTC-AGTGCC-------------ATAAAGG---G-------GGG-G-----GGG--------------TATTGT-AAA-TTACC-AAATT-ACTAT-CATTTTCAAAAGCATCG-AAAA-ACCCT--CCATGT--TGTTT-T-T-ACTAGAG-ACAAACCATT-GAAACCAATGTGCGTTC--GCAAAC-GG-GC------ATG--C-GC-ACT-TTAA-CTTA-TCTTCA----------------CT-t
gi|5 : GCGAGTTCGATCAC-CG-----A---CC-ATG-ATCT--CCTTAGT---TTG-A-C--TAAT-T-TGCGATCGAACTCACTAT--AGT---TGC-AGG-GTGTG-A-CGTCAAAA--TTGA-C--ACCA---C-AGTCGAGGACAACCAAAGCTTTT----ACC--ATGGTT---AGT--TTA--GTTCCA--ACATGTC------GGAGGAA---GTCA-GCTTTCCG---AATTG-TA--C--ATT-TCTATTTTTTTTTTT-AA-TT-----AGCGT-AT--------T---------------CAA-CGTAGA----------------A-A-T-TGCATGGCTTTT--GGA--GTGA----GT---TT-C---TG-A-TTGGTTGA--T------AATC--A---TG-T--AA-ACACTTCAAAATGCAA-TCAA--TCTC-C--AAA--TAT-T-----T---AT-----CT--G-TATT-GAAA-T-AG-CCC-GAGATTCCT-C--TGA--CCTTGAC--TTGCAT--AAA---TGGGA-TATAAT---AG-----CCCG-TGTTG-G--AAG---TAATGTCCCG---AT-TAGGATATAAA----TTT-C-AGTGCT-------------AAAAGGG---GATTGGTGGAG-G-----AGA------------AATATTGT-AAA-TCACC-AAATT-ACTAT-CATTTTCAACAGCGTCGAAAAA--CCCT--CCATTT--TGTTT-T-G-AATAGAC-GCAAACC--------------TACGTCC--GCACAC-GG-AC------ATG--C-GC-ACT-TTCA-CTTA-TCTTTA----------------CT-TCC---GTG---AATC-TACTT----------TGATCGAACTcaagatactgatgtatttgaataagaattt
gi|6 : --TAGT-T-TGCGATCAAACTCGCTTT--AGT---TGC-AG--ATATG-A-CGTCAAAT--TGGA-A--A--G---CAGGTC-----CAACCAATGCTTTT----ACC--ATAGTT---AGT--CTA--GTTCCA--ACATGGG------CGAGTAA---GTCA-GTTTTCCG---AATTGGTG--C---TT-TCTATTTTTTGC----AA-T------AGCGT-AT--------TTCCCTCCGATTCT--CAA-CATATA---T----A-TT-A--A-AAT-TGCATGACTTTT--GGAAAGTGA----TT---TTTC---CG-A-TTTG---A--T------ATTCC-A---TG-G--TA-ACACTTAAGAATGCAAGTCAA--TCTC-C--AAA--TAT-T-----TTTTAT-----TT--G-CCAT-CAAAAT-AG-CCC-GAGATTCCT-C--TGA--CCTTGAC--TTGTGT--AAAA--TGGAA-TATAAT---AG-----CCCG-ATTGGCA--AAA---TAATGTCCCG---A--TAGAATGTAAA----TTTTCTAATGCC-------------AAAGGGG---G-------GGG-GAAGGGGGGCAAGGCAGGAAAAATATTGT-AAA-TCACC-AAATT-ACTAT-AATTTCCAACACTGTCGAAG-------------------GTTTAC-G-ACTAGAACACAAACCATT-GAAACCAAA---CG------------GG-AC------ATG--CGGCAACT-TTTA-CTTT-TCTTTA----------------CT-T-C---GTG---AATC-TACTTTGG-TTG--ATGATCGAA
gi|7 : GG-ATATT-A-CGTCAAAA--TTGA-A--ACCA---C-GGTC-----CAACCATTGCTTTT----ACC--ATGGTT---AGT--TTA--GTTCCA--ACATGAC------GGAGTTA---GTCA-GTTTTCGA---AAGTG-TA--C--ATT-TCTATAATT----------T------AGCGT-AT--------TTCCCTCCGATTCTT-CAA-CGTAGA---TCTTAA-TTAA--A-A-T-TGCATAGCTTTT--GGA--GTGA----TT---TT-C---TG-A-TTTGTTGA--T------ATTC--G---TG-T--AA-ACACTTAAAAATGTAA-GCAC--TCTC-C--AAA--TAT-T-----T---AT-----CTACA-TATT-AAAGAT-AG-CCC-GAGATTCCT-C--TGA--CCTTTAC--CTGCCT--AAA---TGGGA-TATGAT---AT-----CCCA-TTTGG-G--AAG---TAATGTCTCG---AA-TAGAATATAGA----TTTTC-AGCCCCCCCCCCCCTCAAAAAAAAGG---G-------GGG-G-----GGG--------------TATTGT-AAA-TCACC-AAATT-ACTAT-CATTCTCAACAAAATCG-AAAA-ACCCT--CCATGT--TGTTT-T-G-ATTAGAG-ACAAACCATT-GAAACC-AAGTGCGTTC--GCACAC-GG-AC------ATG--C-GC-ACT-TTAA-C
gi|8 : GATCGA-CG-----A---CCCACG-GTTTGCCCTAAGT---TGGCG-C--TCAT-C-AG-----AAACTGACTCTGAAAT---TGCCAGA-AAATG-A-CGTCAAAA--T-GACAGCACCAAAAC-GGTC------AACGAATGCTTTTTTATATCTAATGTTTT--AGTTCCTATGGTTCCACAACTTGGC------AG-GTAATACGTCCCGTTTTCCACAAAGTTG-TGGTC--ATTATCT---TTTTGCCGATGA-TGCCTAAAGCGT-TC--------CTATCACCGATTCTTACAAATGTAAAATTT----A-TT-A--ACA-TATGCTTGGATTTTTAGAA--GTGACCAATTATGTC-T---TGTA-TTGGTTGAGAT------ACGA--A---TG-T--TATCCGTTTAAAAATGCAA-TCAAATTCTC-CTAAAA--T-T-T-----T---AT-----TT--GCTAT---AAAAT-AG-CTCAGACATTTTA-TAATGAACCTTTCACCATTGCAT--AAAACTTGGAATTATATTC--AG-----TTCGAGTTGG-GC-AAA---TAAAGTTCTGTGAAA-TA
gi|9 : GATTGAACTCACTTA--AAT---TGC-A-----ATG-A-CATCAAAA--TTGA-A--ACCG---C-GGTC-----CAACCAATTCTTTT----AGC--ATGGTT---AGT--TTA--GTTCCA--AAATTGC------GGAGTTA---GTCA-AGTTTCTG---AATTG-TA--C--ATC-TATATTTTTAAC----AG-T------AGCGT-AT--------TTCCCTCCGATTCTT-CAA-CGTAGA---T----ATTT-AACA-A-T-TGCATTGCGTTT--GGA--GTGA----TT---TT-C---TA-A-TTTGTTGA--TATAAAAAATC--AGTTTG-T--AA-ACACTTACAAATGTAA-TCAA--TCTC-C--AAA--TGT-T----------T-----CT--G-TATTAAAAAAT-AG-CCT-GAAATTCCT-C--TAA--ACTAGAC--TAGCCT--AAA---TGGGA-TATGAT---AT-----CCCT-TTTGG-A--AAG---TAATGTCCCG---AA-AAGGATATAAA----TTTTC-AGTGC---------------AAAAGA---G-------AGA-G-----GGG------------AATATTGT-AAA-TCACC-AAATT-A
blockSeqs : A GTACG AAA C T GC AAA C A CT G A GA AGT C C A A AT C GC AAA AG GAGGA TTAT TA TAT TC TG CA CGAACG TAC C GAG G GT CC A CGATGATGCCTAA T . A A TCTTA T AAC C A A TA AA CCAA ATG T CTG T A T TATAAAA A CA GTT G TA T T G AT G TA CA A ACATGT TCTTT AC C TAA T G A T AA AC CA TA ACT T TAAAGGGGGC A C AA GTAC TGA A AATT T CCCCCCCCTCAAA GATTGGTG T AAGGG CAAGGCAGGAAAAA A A C T G A CA AG AT A TGC C T AGT CT T C TGGACA AC G A A C T GCTGCCGTCGATTTCG G T ACA GAC A A TA
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . C . . . . . . T . . . T . . . . . . CAA . . . . TTTAATT . . . . ATTT . AA . . . . AA . . . . . . G GAT A C . . . . T . . . . . G TTTT . . . CC . . . . . . . . A . CAG . . C G . . . . AA ACAG . . TAAA . . . . . A C . . . G . . CGT . . . . . . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . AAAT . . . . T . G . . . . . . . . . . . G CT T . . . . . G . . . . . . T . . . TA . . . . . . . . . . AT . . . G . . . . . C . . GG . . . . . A C . . . G . . TGC . . . . . . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . AAT . . . . T . C . . . . . . . . . . . T T A . . . . . C . . . . . . T . . . TA . . . . . . . . . . AG . . . A . . . . . G . . GA . . . . . A A . . . G . . AGT . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . AAT . . . . T . A . . . . . . . . . . . T T A . . . . . A . . . . . . T . . . TG . . . . . . . . . . AG . . . A . . . . . G . . AA . . . . . A A . . . G . . TGT . . . . . . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . AAT . . . . T . A . . . . . . . . . . . T C T . . . . . A . . . . . . T . . . TC . . . . . . . . . . AC . . . A . . . . . A . . AA . . . . . A A . . . A . . AGT . . . . . . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . AAT . . . . T . A . . . . . . . . . . . T T T . . . . . A . . . . . . T . . . TA . . . . . . . . . . AG . . . G . . . . . G . . . . . . . . . A . . . T . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . AGT . . . . T . . . . . . . . . . . . . . T C . . . . . A . . . . . . T . . . T . . . . . . . . . . AG . . . A . . . . . G . . . . . . . . . A . . . G . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . G . . . . . G . . . . . . . . . A . . . G . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . A . . . . . G . . . . . . . . . . . . G . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . G . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : ******** AA************
originalCons : GCGAGTTCGATCAC-CG-----A---CC-ACG-GTCT--CCTTAGT---TTG-A-C--TAAT-T-TGCGATCGAACTCACTTT--AGT---TGC-AGG-ATATG-A-CGTCAAAA--TTGA-A--ACCG---C-GGTC-----CAACCAATGCTTTT----ACC--ATGGTT---AGT--CTA--GTTCCA--ACATGGC------GGAGTAA---GTCA-GTTTTCCG---AATTG-TG--C--ATT-TCTATTTTTTGC----AA-T------AGCGT-AT--------TTCCCTCCGATTCTT-CAA-CGTAGA---T----A-TT-A--A-A-T-TGCATGGCTTTT--GGA--GTGA----TT---TT-C---TG-A-TTTGTTGA--T------ANTC--A---TG-T--AA-ACACTTAAAAATGCAA-TCAA--TCTC-C--AAA--TAT-T-----T---AT-----CT--G-TATT-AAAAAT-AG-CCC-GAGATTCCT-C--TGA--CCTTGAC--TTGCCT--AAA---TGGGA-TATAAT---AG-----CCCG-TTTGG-G--AAG---TAATGTCCCG---AA-TAGGATATAAA----TTTTC-AGTGCC-------------AAAAAGG---G-------GGG-G-----GGG------------AATATTGT-AAA-TCACC-AAATT-ACTAT-CATTTTCAACAGCGTCGAAAAA-ACCCT--CCATGT--TGTTT-T-G-ACTAGAG-ACAAACCATT-GAAACCAAAGTGCGTTC--GCACAC-GG-AC------ATG--C-GC-ACT-TTAA-CTTA-TCTTTA----------------CT-TCC---GTG---AATC-TACTTTGG-TTG--ATGATCGAACTCG
finalCons : GCGAGTTCGATCAC-CG-----A---CC-ACG-GTCT--CCTTAGT---TTG-A-C--TAAT-T-TGCGATCGAACTCACTTT--AGT---TGC-AGG-ATATG-A-CGTCAAAA--TTGA-A--ACCG---C-GGTC-----CAACCAATGCTTTT----ACC--ATGGTT---AGT--CTA--GTTCCA--ACATGGC------GGAGTAA---GTCA-GTTTTCCG---AATTG-TG--C--ATT-TCTATTTTTTGC----AA-T------AGCGT-AT--------TTCCCTCCGATTCTT-CAA-CGTAGA---T----A-TT-A--A-A-T-TGCATGGCTTTT--GGA--GTGA----TT---TT-C---TG-A-TTTGTTGA--T------ANTC--A---TG-T--AA-ACACTTAAAAATGCAA-TCAA--TCTC-C--AAA--TAT-T-----T---AT-----CT--G-TATT-AAAAAT-AG-CCC-GAGATTCCT-C--TGA--CCTTGAC--TTGCCT--AAA---TGGGA-TATAAT---AG-----CCCG-TTTGG-G--AAG---TAATGTCCCG---AA-TAGGATATAAA----TTTTC-AGTGCC-------------AAAAAGG---G-------GGG-G-----GGGAA------------TATTGT-AAA-TCACC-AAATT-ACTAT-CATTTTCAACAGCGTCGAAAAA-ACCCT--CCATGT--TGTTT-T-G-ACTAGAG-ACAAACCATT-GAAACCAAAGTGCGTTC--GCACAC-GG-AC------ATG--C-GC-ACT-TTAA-CTTA-TCTTTA----------------CT-TCC---GTG---AATC-TACTTTGG-TTG--ATGATCGAACTCG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TTGAGGAAATGTTTCAGCATATTTTATACCCCCCCCCCCGCAAACGAAGTTGGGGGGGGGGGTGTATATTGAATCACC
Unaligned ( gi|27 ): CCCCCCCCCCCTCCGAAAAAAAGGGGGGGGGGGTTGT
Alignments
lowQualScore : 111111 111 11111111111111 11111111 11111111 11 111111111 111111111 11111 111 2222222222222 11111111111 44444444444444 2222222222222222
lowQualScore : 3 88888 555 3 3 44 555 6 3 33 2 2 33 444 2 4 2 2 33 2 33 555 22 77777 7777 44 999 44 44 44 000000 666 3 222 3 55 55 3 55555555555555 4 44444444 4 4 11111111 4 8888 4 4 4 66 22 8888 777 4 777 4 4 3 333333333 1 99 777 4 55 4 2 4 55 4 55 55 8 222222222 00000 55 4 000 3 3 3 3 44 44 44 44 999 3 8888888888 3 3 77 6666 0 555 3 7777 3 5555555555555 11111111111 3 99999 66666666666666 3 3 3 3 4 8 44 44 44 3 444 3 3 666 44 0 3 3 999999 44 3 3 4 4 4 9999999999999999 4 1 888 888 5 5 66
lowQualScore : . ..... ... . . .. ... . . .. . . .. ... . . . . .. . .. ... .. ..... .... .. ... .. .. .. ...... ... . ... . .. .. . .............. . ........ . . ........ . .... . . . .. .. .... ... . ... . . . ......... . .. ... . .. . . . .. . .. .. . ......... ..... .. . ... . . . . .. .. .. .. ... . .......... . . .. .... . ... . .... . ............. ........... . ..... .............. . . . . . . .. .. .. . ... . . ... .. . . . ...... .. . . . . . ................ . . ... ... . . ..
lowQualScore : 3 33333 888 3 3 66 444 2 1 99 9 9 44 444 5 7 5 5 44 5 44 000 99 11111 1111 22 222 66 66 66 555555 444 6 777 6 00 00 6 88888888888888 0 55555555 0 0 44444444 0 6666 4 4 4 11 22 5555 000 0 000 0 0 1 555555555 0 55 000 0 55 0 5 0 55 0 55 55 0 999999999 00000 55 0 555 3 3 3 3 66 66 66 66 222 1 6666666666 1 1 33 6666 6 444 1 1111 6 0000000000000 99999999999 6 11111 77777777777777 6 6 6 6 0 8 44 66 66 3 333 3 3 222 66 3 3 3 666666 66 6 6 0 0 4 4444444444444444 4 4 888 888 0 0 99
consensus : GCGAGTTCGATCAC-CG-----A---CC-ACG-GTCT--CCTTAGT---TTG-A-C--TAAT-T-TGCGATCGAACTCACTTT--AGT---TGC-AGG-ATATG-A-CGTCAAAA--TTGA-A--ACCG---C-GGTC-----CAACCAATGCTTTT----ACC--ATGGTT---AGT--CTA--GTTCCA--ACATGGC------GGAGTAA---GTCA-GTTTTCCG---AATTG-TG--C--ATT-TCTATTTTTTGC----AA-T------AGCGT-AT--------TTCCCTCCGATTCTT-CAA-CGTAGA---T----A-TT-A--A-A-T-TGCATGGCTTTT--GGA--GTGA----TT---TT-C---TG-A-TTTGTTGA--T------ANTC--A---TG-T--AA-ACACTTAAAAATGCAA-TCAA--TCTC-C--AAA--TAT-T-----T---AT-----CT--G-TATT-AAAAAT-AG-CCC-GAGATTCCT-C--TGA--CCTTGAC--TTGCCT--AAA---TGGGA-TATAAT---AG-----CCCG-TTTGG-G--AAG---TAATGTCCCG---AA-TAGGATATAAA----TTTTC-AGTGCC-------------AAAAAGG---G-------GGG-G-----GGG------------AATATTGT-AAA-TCACC-AAATT-ACTAT-CATTTTCAACAGCGTCGAAAAA-ACCCT--CCATGT--TGTTT-T-G-ACTAGAG-ACAAACCATT-GAAACCAAAGTGCGTTC--GCACAC-GG-AC------ATG--C-GC-ACT-TTAA-CTTA-TCTTTA----------------CT-TCC---GTG---AATC-TACTTTGG-TTG--ATGATCGAACTCG
Reference ( family-1982 ) : GCGAGTTCGATCAC-CG-----A---CC-ACG-GTCT--CCTTAGT---TTG-A-C--TAAT-T-TGCGATCGAACTCACTTT--AGT---TGC-AGG-ATATG-A-CGTCAAAA--TTGA-A--ACCG---C-GGTC-----CAACCAATGCTTTT----ACC--ATGGTT---AGT--CTA--GTTCCA--ACATGGC------GGAGTAA---GTCA-GTTTTCCG---AATTG-TG--C--ATT-TCTATTTTTTGC----AA-T------AGCGT-AT--------TTCCCTCCGATTCTT-CAA-CGTAGA---T----A-TT-A--A-A-T-TGCATGGCTTTT--GGA--GTGA----TT---TT-C---TG-A-TTTGTTGA--T------ANTC--A---TG-T--AA-ACACTTAAAAATGCAA-TCAA--TCTC-C--AAA--TAT-T-----T---AT-----CT--G-TATT-AAAAAT-AG-CCC-GAGATTCCT-C--TGA--CCTTGAC--TTGCCT--AAA---TGGGA-TATAAT---AG-----CCCG-TTTGG-G--AAG---TAATGTCCCG---AA-TAGGATATAAA----TTTTC-AGTGCC-------------AAAAAGG---G-------GGG-G-----GGG------------AATATTGT-AAA-TCACC-AAATT-ACTAT-CATTTTCAACAGCGTCGAAAAA-ACCCT--CCATGT--TGTTT-T-G-ACTAGAG-ACAAACCATT-GAAACCAAAGTGCGTTC--GCACAC-GG-AC------ATG--C-GC-ACT-TTAA-CTTA-TCTTTA----------------CT-TCC---GTG---AATC-TACTTTGG-TTG--ATGATCGAACTCG
gi|1 : GCGAGTTCGATCAC-CG-----A---CC-ACG-GTCT--TCTTACT---TTG-A-C--TATT-T-TGAGATCGAACTAACTTT--AGT---TGC-AGG-ATATG-A-CGTCAAAA--TTTA-A--ACCA---C-GGTC-----CAACCAGTGCTTTT----ACC--ATGGTT---AGT--CTA--GTTCCA--ACATGGC------GGAGTAA---GTCA-GTTATCCG---ACTTG-TG--C--ATT-TTTATTTTTTGC----AA-T------AGTGT-ACATATATACTTCCCTCCGATTCTT-CAA-TGTAGA---T----A-TT-A--A-A-T-TGCATGGCTTTT--GGA--GTGG----TT---TT-C---TA-A-TTTGTTAG--T------ATTC--A---TG-T--AA-ACACTTAAAAATGCAA-TCAA--TCTC-C--AAA--TAT-T-----T---AT-----CT--G-TATT-AAAAAT-AG-ATC-GAGATTCCT-C--TGA--TCTTGAT--TTGCCA--AAA---TGGGA-TATAAT---AG-----CTCG-TTTCG-G--AAA---TAATTTCCTG---AA-TAGGATATAAA----TTTTC-AGTGCC-------------AAAGAGG---G-------GGA-G-----GGGAGGAAA------AATATTGC-AAA-TCACT-AAATT-ACTAT-CATTTTCAACAGCGTCGAAAAA-ACCCT--CCATGT--TGTTT-T-G-ACTAGAG-ACAAACCATT-GAAACCAAAGTGCGTTC--GCACAC-TG-AC------ATG--C-GC-ACT-TTAA-CTCA-TCTTTA----------------CT-TCC---GTG---AATC-TACTTTGG-TTG--ATGATCGAACTCG
gi|10 : TT--AGT---TGC-AGACATATG-AACGTCAAAA--TTG--A--CCCG---C-TGTC-----
gi|10 : A----TC---TA-C---TG-AATTTGG-GAC-T------AATC--A---TG-TTAAA-AAGC----AAATGCAA-TAAA--TTTC-C--AAA--TAGAT-----T---AT-----CT--G-TATC-CGAATTTAG-CCC--ATATTCCT-T--GAA--CCTTGAC--T-GCCTTAAAA---TCAGA-TATAAT---AT-----CCCG-ATTGG-A--CA----TAATGTCCCG---AA-TACATTATAC-----TTCTC-AGTGCCAA-----------AAAAAGG---C-------GGA-A-----AGG------------GGTATTGCAAAA-TCATA-AACAT-ACTAT-AA-TTTCAACAGTGTCG--AAA-CCCCT--CTATGT--GGATT-T-----------ACAA---GTT-GA----------CGGTC--GC-CACTGG-AC------ATGACC-GC-ACT-TTGA-CTTATTCTTTA----------------CT-CTCACAGCG---AATCATACTTTGGATTGTAATGATCGAACTCaatctactgaatttgggactaatcatgttaaaaagcaaatgcaataaatttccaaatagattatctgtatccgaatttagcccatattccttgaaccttgactgccttaaaatcagatataatatcccgattggacataatgtcccgaatacattatacttctcagtgccaaaaaaaggcggaaaggggtattgcaaaatcataaacatactataatttcaacagtgtcgaaacccctctatgtggatttacaagttgacggtcgccactggacatgaccgcactttgacttattctttactctcacagcgaatcatactttggattgtaatgatcgaactcatc
gi|11 : ttagttgcagacatatgaacgtcaaaattgacccgctgtcaA-TATAAT---AG-----CCCG-TTTGG-G--AAG---TAATGTCTTC---AA-TAGGATATACA----TTTTC-GGTGCC-------------AAAAAAAACAG-------GGA-G-----GGG------------GATATTGT-AAA-TCAC-----TC-AGTAT-CATTTTCAACAGCGTCG--AAA-CCCCTAGCAATGT--AGTTT-T-G-ACTAGAG-AAGAACCTTT-GAAATCACAGTGCGTTC--GCACAC-GG-AC------ATG--C-GC-ACT-TTAA-CTTA-TCTTTA----------------CT-TCC---GTG---AATC-TACTTTGG-TTG--ATGATCAAACTCatc
gi|12 : TAT-CAATTTAAACAGCATCGAAAAACACAC---CAATGT--TGTTT---G-ACTAGAG-ACAAACCATTTGAAACCAACGTGTGTTC--GCACAC-G---------------C-GC-ACT-TTAA-CTTA-TCTTTA----------------CT-TCC---AGG---AATT-TACTTTGG-TTG--ATGATCGAACTCGattg
gi|13 : T-AAAAAT-AG-CCC-GTTATTCCT-C--TGA--CCTTGAC--ATTCCT--AAA---TGGGA-TACAAT---AG-----TCTG-TTTGG-G--AAG---TA-----------------GATATGAA----TTTTC-AGTGCC-------------AAAAGGG---G-------GGG-G-----GGGTA----------AATAATGT-AAA-TCACC-AAATC-ACTt
gi|14 : GCGAGTTCGATCAC-CG-----A---CC-ATG-GTCT--CCTTAGT---TTG-A-C--TAAT-T-TGCGATCGAACTCACTTT--AGT---TAC-AGG-GTATG-A-CGTCAAAA--TTGA-A--ATCG---T-GGCC-----CAACCAATGCTTTT----ACC--ATc
gi|15 : ggGCGAGTTCGATCAC-CGGTACGA---CC-ACG-GTCT--CCTTAGT---TTG-A-C--TAAT-T-TGCGATCGAATCCACTTT--AGT---TAC-AGG-ATATG-A-CGTCAAAA--TTGA-A--ACCA---T-GGTC-----CAACCAatgt
gi|16 : gggTTT----ACC--ATGGTT---AGT--CTT--GCTCCA--ACATGGC------AAAGTAA---GTCA-GTTTTCCG---AATTG-TA--C--ATT-CCTATTTTTTGC----AA-T------AGCGC-AT--------TTCCCTCCGATTCTT-CAA-CGTAGA---T----A-T
gi|17 : CGAGTTCGAT-AC--G-----AAAACC-ACCTGACG--TCTTAGT---TTGCA-T--TTATGTATGCGCTCGAACTCA-TTT--AGT---TGC-AGACATATGAA-CGTCAAAA--TTG--A--CCCG---C-TGTC-----
gi|18 : T---TTG-A-C--TAAT-T-TGCGATCGAACTCACTCA--AGT---TGC-AGG-AT--G-A-CGTCAAAA--TTGA-A--ACCG---C-TGTC-----CAACTCGTGCTTTT----ACC--GTGGTC---AGT--TTA--GTTCCA--ACaa
gi|19 : GCGAGTTCGATCAC-AA-----A---CC-CCA-ATCT--CCGTAGTAAATTG-A-C--TAAT-T-TGCGATCAAACTCACTTT--AGT---TGC-ATG-ATATG-A-TGTC-AAA--TTCA-A--A
gi|2 : tggAGTTTGATCAC-CG-----A---CC-ACT-GTCT--TCTTAGT---TCG-A-C--TAAT-T-TGCGATCGAATTTGCTTT--AGT---TGC-AGG-ATATG-A-CGTCAAAA--TTAA-A--ACCC---C-GGTC-----CAACCAATGCTTTT----ACC--ATGGTT---AGT--TTA--TTTCCA--ACATGGC------GGACTAA---GTCA-GTTTTCCG---AATTG-TG--C--GTT-TTCATATTTTGC----AA-T------AACGT-AT--------GTCCTTCCGATTCTT-CAA-CGTGGA---T----A-CT-G--A-A-T-TGCATGGCTGTT--GGA--GTGA----CT---TT-C---TA-A-TTAGTTAA--T------AATA--A---TG-T--AA-ACACTTTAAAATGCAA-TATA--TCTC-C--AAA--TATGTACATGT---AT-----CT--G-TATT-AAAACT-AG-CTC-GAGTTTTCT-C--TGA--CCTTGAC--TTGCCT--TAA---TGGGA-TATAAT---AC-----CCCG-TTTGT-G--ATA---TAATGCCCGG---AA-TAGGATAT----------------------------------AAAGG---G-------GGG-G-----GGG--------------TATTGT-AAA-TCACT-AACTT-ACCAT-AATTTTCAACAGCGCC-AAAAA-ACCAT--CCATGT--TGTTT-T-G-ATTAGAA-ACAAATCATT-GAAACTAATGCGCGTTC--GCACAC-GGCACTGGACAATG--C-GC-ACGATTAACCTTG-TCTTTAGCTGCCGTCGATTTCGCT-TAC---GTGGACAGTC-TACTTTGG-TTG--gc
gi|20 : aGCGAGTTTGATCAC-CG-----A---CC-ATG-GTCT--CCTTAGT---TTG-A-C--TAAT-T-TGCAATGGAACTCACTTT--AGT---TGC-AGG-ATATG-A-TGTCAACA--TTGA-A--gtggatgcga
gi|21 : gTTGAACAGCGTCGAGAAA-ACCCT--CCATGA--TGTTA-T-G-ACTAGAT-GCAAATCATT-G-AACCAAAGTGCGTTC--GCACAC-GT-AC------ATG--
gi|23 : T-AG-CCC-GAGATTCCT-C--TGA--TCTTGAC--TTGCCC--AAA---T-----------------------CG-TTTGG-G--AAGTACTAATATCCCG---AA-TAGGATATAAA----TTT
gi|24 : GCGTATTCGATTAC-CG-----A---CC-ACG-GTCT--CCTTAAT---TTG-A-C--TAAT-T-TGCGATAGAACTCACTTT--AGT---TGC-AGG-ATA
gi|25 : --ATGGTT---GGT--CTA--GTTTCA--ACATGGC------GGAGTTA---GTCA-AGTTTCCT---AATTG-TA--C--ATC-TATATTT
gi|26 : A-ACCCT--CCATAT--TATTT-T-A-ACTAGAG-ACAAACCATT-GAAACCAA--TG---TC-----CAC-AG-AC------ATG--C-AC-A
gi|3 : ATCATACA-----A---CC-ACG-GT-T--CCTTATT---TTG-AAC--TAAT-T-TGCGATCGAACTCACTTT--AGTAGTTGC-AGG-ATATG-A-CGTCAAAAATTTGA-A--ACCA---C----------------------TT----ACC--ATGGTTTATAGT--CTA--GTTCCA--ACATGGCCGAACGGAAGTAA---GTCA-GTT--CCGGAGAATTG-TG--CCCATT-TCATTTTTTTGC----AAAT------AGCGTTAC--------TTTCCCC----TCCC-C-------GA---T----A-TT-C--A-A-T-TGCATGGCTTC---GGAAAGTAA----TT---TT-TCTGTG-A-TTT-TGGA--T------ATTCCAA---TGGT--AA-ACACTTTTAA-TGCAA-TTA---TCTCGC--AAACATAT-T-----T---ATTCTTTCT--G-TGT---AAAAT-AGGCTC-GATATTCCTTC--TGG--GCTTGAC--TTGCCT--ATA---TG--A-TATAATTAAAGGGGGCCCCG-TTTGG-G--AAA---TAA-GTCCTG---AAATAGGAT-TAAAAATTTTTTC-AGTGCC-------------AAAAAGG---A-------GGGTG-----GGG--------------TATTGC-AAAATCACCCAAATTTACTATGTATTT-CAACAGAGTCGAAAAA-ACCTT--CCATGTATTGTTT-TTGCACTAGAG-GCAAAC-ATT-GACACCAAAG-GCATTTCTGCGCAC-GG-AA------ATG--T-GC-ACT-TTAA-CTTA-TCTTTA----------------CTGTCC---GTG----ATC-TACTTTGG-TTA--ATGAT
gi|4 : aGCGAGTTCAATCGC-CA-----A---CC-ATG-ATCT--C-TTAGT---TTG-A-CCTTAAT-T-TCCGATTGAACTCACTTT--AGT---TTC-AGG-ATATG-A-CGTCAAAA--TTGA-A--ACCG---T-GATT-----CAGCCAATGCTTTT----ACC--ATGGTT---TGT--TTA--GCTCCA--ACATGGC------GGAGTGA---GTAA-GTTTTCCG---AATTG-TG--C--ATT-TCTATCTTTTGC----AA-T------AGCGT-AT--------TTCCCTCCGATTCTT-CGA-CGTAGA---T----A-TT-A--A-A-T-TGTATGGGTTTT--GGA--GTGA----TT---TT-C---TG-A-TTTGTGGA--C------AATC--A---TG-A--AA-GCACTTGAAAATGCAA-CCAA--TCTC-C--ATA--TAT-T-----T---AT-----CT--G-TATT--AAAAT-AG-CAC-GAGATTCCT-C--TGA--CCTTCAA--TTGCTT--GAA---TGGGA-TATAAT---AG-----CCCC-TTTGG-GAAAAA---TAAAGTCCCG---AA-TAGGATATAAA----TTTTC-AGTGCC-------------ATAAAGG---G-------GGG-G-----GGG--------------TATTGT-AAA-TTACC-AAATT-ACTAT-CATTTTCAAAAGCATCG-AAAA-ACCCT--CCATGT--TGTTT-T-T-ACTAGAG-ACAAACCATT-GAAACCAATGTGCGTTC--GCAAAC-GG-GC------ATG--C-GC-ACT-TTAA-CTTA-TCTTCA----------------CT-t
gi|5 : GCGAGTTCGATCAC-CG-----A---CC-ATG-ATCT--CCTTAGT---TTG-A-C--TAAT-T-TGCGATCGAACTCACTAT--AGT---TGC-AGG-GTGTG-A-CGTCAAAA--TTGA-C--ACCA---C-AGTCGAGGACAACCAAAGCTTTT----ACC--ATGGTT---AGT--TTA--GTTCCA--ACATGTC------GGAGGAA---GTCA-GCTTTCCG---AATTG-TA--C--ATT-TCTATTTTTTTTTTT-AA-TT-----AGCGT-AT--------T---------------CAA-CGTAGA----------------A-A-T-TGCATGGCTTTT--GGA--GTGA----GT---TT-C---TG-A-TTGGTTGA--T------AATC--A---TG-T--AA-ACACTTCAAAATGCAA-TCAA--TCTC-C--AAA--TAT-T-----T---AT-----CT--G-TATT-GAAA-T-AG-CCC-GAGATTCCT-C--TGA--CCTTGAC--TTGCAT--AAA---TGGGA-TATAAT---AG-----CCCG-TGTTG-G--AAG---TAATGTCCCG---AT-TAGGATATAAA----TTT-C-AGTGCT-------------AAAAGGG---GATTGGTGGAG-G-----AGA------------AATATTGT-AAA-TCACC-AAATT-ACTAT-CATTTTCAACAGCGTCGAAAAA--CCCT--CCATTT--TGTTT-T-G-AATAGAC-GCAAACC--------------TACGTCC--GCACAC-GG-AC------ATG--C-GC-ACT-TTCA-CTTA-TCTTTA----------------CT-TCC---GTG---AATC-TACTT----------TGATCGAACTcaagatactgatgtatttgaataagaattt
gi|6 : --TAGT-T-TGCGATCAAACTCGCTTT--AGT---TGC-AG--ATATG-A-CGTCAAAT--TGGA-A--A--G---CAGGTC-----CAACCAATGCTTTT----ACC--ATAGTT---AGT--CTA--GTTCCA--ACATGGG------CGAGTAA---GTCA-GTTTTCCG---AATTGGTG--C---TT-TCTATTTTTTGC----AA-T------AGCGT-AT--------TTCCCTCCGATTCT--CAA-CATATA---T----A-TT-A--A-AAT-TGCATGACTTTT--GGAAAGTGA----TT---TTTC---CG-A-TTTG---A--T------ATTCC-A---TG-G--TA-ACACTTAAGAATGCAAGTCAA--TCTC-C--AAA--TAT-T-----TTTTAT-----TT--G-CCAT-CAAAAT-AG-CCC-GAGATTCCT-C--TGA--CCTTGAC--TTGTGT--AAAA--TGGAA-TATAAT---AG-----CCCG-ATTGGCA--AAA---TAATGTCCCG---A--TAGAATGTAAA----TTTTCTAATGCC-------------AAAGGGG---G-------GGG-GAAGGGGGGCAAGGCAGGAAAAATATTGT-AAA-TCACC-AAATT-ACTAT-AATTTCCAACACTGTCGAAG-------------------GTTTAC-G-ACTAGAACACAAACCATT-GAAACCAAA---CG------------GG-AC------ATG--CGGCAACT-TTTA-CTTT-TCTTTA----------------CT-T-C---GTG---AATC-TACTTTGG-TTG--ATGATCGAA
gi|7 : GG-ATATT-A-CGTCAAAA--TTGA-A--ACCA---C-GGTC-----CAACCATTGCTTTT----ACC--ATGGTT---AGT--TTA--GTTCCA--ACATGAC------GGAGTTA---GTCA-GTTTTCGA---AAGTG-TA--C--ATT-TCTATAATT----------T------AGCGT-AT--------TTCCCTCCGATTCTT-CAA-CGTAGA---TCTTAA-TTAA--A-A-T-TGCATAGCTTTT--GGA--GTGA----TT---TT-C---TG-A-TTTGTTGA--T------ATTC--G---TG-T--AA-ACACTTAAAAATGTAA-GCAC--TCTC-C--AAA--TAT-T-----T---AT-----CTACA-TATT-AAAGAT-AG-CCC-GAGATTCCT-C--TGA--CCTTTAC--CTGCCT--AAA---TGGGA-TATGAT---AT-----CCCA-TTTGG-G--AAG---TAATGTCTCG---AA-TAGAATATAGA----TTTTC-AGCCCCCCCCCCCCTCAAAAAAAAGG---G-------GGG-G-----GGG--------------TATTGT-AAA-TCACC-AAATT-ACTAT-CATTCTCAACAAAATCG-AAAA-ACCCT--CCATGT--TGTTT-T-G-ATTAGAG-ACAAACCATT-GAAACC-AAGTGCGTTC--GCACAC-GG-AC------ATG--C-GC-ACT-TTAA-C
gi|8 : GATCGA-CG-----A---CCCACG-GTTTGCCCTAAGT---TGGCG-C--TCAT-C-AG-----AAACTGACTCTGAAAT---TGCCAGA-AAATG-A-CGTCAAAA--T-GACAGCACCAAAAC-GGTC------AACGAATGCTTTTTTATATCTAATGTTTT--AGTTCCTATGGTTCCACAACTTGGC------AG-GTAATACGTCCCGTTTTCCACAAAGTTG-TGGTC--ATTATCT---TTTTGCCGATGA-TGCCTAAAGCGT-TC--------CTATCACCGATTCTTACAAATGTAAAATTT----A-TT-A--ACA-TATGCTTGGATTTTTAGAA--GTGACCAATTATGTC-T---TGTA-TTGGTTGAGAT------ACGA--A---TG-T--TATCCGTTTAAAAATGCAA-TCAAATTCTC-CTAAAA--T-T-T-----T---AT-----TT--GCTAT---AAAAT-AG-CTCAGACATTTTA-TAATGAACCTTTCACCATTGCAT--AAAACTTGGAATTATATTC--AG-----TTCGAGTTGG-GC-AAA---TAAAGTTCTGTGAAA-TA
gi|9 : GATTGAACTCACTTA--AAT---TGC-A-----ATG-A-CATCAAAA--TTGA-A--ACCG---C-GGTC-----CAACCAATTCTTTT----AGC--ATGGTT---AGT--TTA--GTTCCA--AAATTGC------GGAGTTA---GTCA-AGTTTCTG---AATTG-TA--C--ATC-TATATTTTTAAC----AG-T------AGCGT-AT--------TTCCCTCCGATTCTT-CAA-CGTAGA---T----ATTT-AACA-A-T-TGCATTGCGTTT--GGA--GTGA----TT---TT-C---TA-A-TTTGTTGA--TATAAAAAATC--AGTTTG-T--AA-ACACTTACAAATGTAA-TCAA--TCTC-C--AAA--TGT-T----------T-----CT--G-TATTAAAAAAT-AG-CCT-GAAATTCCT-C--TAA--ACTAGAC--TAGCCT--AAA---TGGGA-TATGAT---AT-----CCCT-TTTGG-A--AAG---TAATGTCCCG---AA-AAGGATATAAA----TTTTC-AGTGC---------------AAAAGA---G-------AGA-G-----GGG------------AATATTGT-AAA-TCACC-AAATT-A
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TTGAGGAAATGTTTCAGCATATTTTATACCCCCCCCCCCGCAAACGAAGTTGGGGGGGGGGGTGTATATTGAATCACC
Unaligned ( gi|27 ): CCCCCCCCCCCTCCGAAAAAAAGGGGGGGGGGGTTGT