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Reference ( gi|1 ) : GTTT-CGATC-GC-T--C-GC--T-C--TCTA-CA----AG-AAG-AGA-A-GC-GGA-----GGGGA-TCG-TA-C-GTA--AACCC-TT-G-GC-T----------CCA-A---A-T-C-CC-------CC-----------------C-------A-----------AAG-A-C-AG----TC-CTA--C-G--CCTGCTGCC-----TT--G-G-TC--C--------T-G-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCA--A----TTAT-T-AT-G-A-T-G-TT-A-TT--CAG-CGG---A-T--GACTT-ACA-----T--A---GT-TC---T---ATTCGA-GTTAA-GTA-T-ACG------G-TATA-TG-GTTT--ATTT--GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TTTACATGTGTATGTC---T-AG-TA-------AA-TCT--GG-CAA-AGCA-GTT--CGTT-T-GTATT-----TAAGCC--T--T-AA--TGT-T---C---T---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-AGG-A-ATA-A--T-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-CA----TAT---ATT-GAC-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TC-----A-----AT----A-A-TCA--A-A-TT---A-TAC-A--T-TC--G---A-TAT-GGGATT------AAAA-AGTG--A-G-T-A-A-TC--T-AAT-AACA---GA-----AG-G-TT-G-TTA-A-G--C-TGG--G--AGATGG--A-A---G--ACA-AG---------GGGCGGG--AGAAATGAG---AGGTG--------------------GGGCGGGAGAAAG-GAGAGG--A-GAGGCG-G---G-G---AG-AA-AGGAGAGAGGG-G-----G-GGA-G-A-G----GGAGAAAGGGACCCC-CC----------T---TTCCACCCCT
gi|5 : GTTTACGATCCGCGC--C-GC--TTC--TCTA-CA----AG-AAG-AGA-A-GC-G-A-----GCGGA-GCG--------A--AAACC-TT-G-GC-TA---------CCA-A---A-T-C-CC-------CC-----------------CCCCCA--ATTC--------AAG-A-C-AG----TC-CTATAC-G--CCT-CTGTC-----TT--G-G-TC--C--------T-G-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCA--AA---TTAT-T-AT-G-A-T------------------------T--G--TT-A---------------T-TC---A---A--CG--GTTAA-GTG-T-ACG------G-TGTA-TG-GTTT--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAG--T-AT--G----------GATG---CT--A----TTA----------TC---T------------------T--GG-CAA-AGCA-GTT--TGTT-T-GTAT--------ATCC--T--T-AA--TGC-T---C---T---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-AAG-A-ATA-A--T-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-CA----TAT----TT-GAC-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-T-GC-----AT----AT----A-A-TCA--A-A-TT---A-CAC-A--T-TC--G---A-TAT-GGT-TT------AAAA-AGTG--A-G-T-A-A-TC--T--AT-AACA---AA-----AC-G-TT-G-TTA-A-G--C-T-G--G--AGATGG--A-A---G--ACA-A----------GGGCGGA--AGAAAGGAG---AGGTG--------------------GGGCGGGAGAAAG-GAGAGG--A-GAG--G-G---G-G---AGAAA-AAGAGAGGGGG-C-----G-GGA-G-A------AGAGAAAGGA--CCC-CC----------T---TTCCACCCC
gi|8 : GTTTACGATC-GC-T--C-GCT-T-C--TCTT-CG----GGTTAG-AGA-A-GG-CGA------GCGA-TCG-TA-
gi|5 : aattTTT-CGCTCCGC-T--C-GC--TTC--TCTT-CT----TG-TAG-AGA-A-GC-GGC-----GCGGA-TCG-TA-ccggctaccataatcccaccccattccaaagaacatcctacgcctctccttgtccgtaagatattttccaaaagtattatgagttattaccacgataactttacatatatactgttctttacggtataagttatttgcaatatcagaattatttgtctagtacgaaaacaatcggcaaagcatgttcgattccttaatgttcaataacaactcactcatcaaagaataatgtacatctaaacatatattgacaacatttagcaccatcacatactacattcgaatatggttaaaaagtatgtatctaataacagaaggttgttaagacctggagaggaaacaagggcggagaaagtagagaggcggagaaaagtagagaggggcggagaaggaaaagacccccctgtccaaccc
gi|8 : gttTTTACGATC-GC-T--C-GCCTT-C--TCTAACC----CG-AAG-AGA-A-GC-GA-------GCGA-TCG-TA--------AACCC----G-GC-TA---------CCATA---A-T-C-CCACCCCATTC-----------------C-------A-----------AAG-AAC-A-----TC-CTA--C-G--CCT-CT-CC-----TT--G---TC--C----------G-----TAAGA-------T--A-T-TTT-CCA--AAA--GTAT-T-AT-G-A---G-TT-A-TTACCA--CG----A-T--AACTTTACA-----T--AT--AT-AC---T---GTTC----TT-------T-ACG------G-TATA-AG---TT--ATTT--GC----AA-T--ATCAGAA----------------------------T--T-A-TTT----------GTC---T-AG-TACGAAAACAA-TC---GG-CAA-AGCATGTT--CG-------ATT---------CC--T--T-AA--TGT-T---C-------AATA-A-----CA--AC----T-CA-C---T-------CA-T-CA-----------------------AAG-A-ATA-A--T-GTA-C-AT-C-TA-----A---------A-CA----TAT---ATT-GAC-AA----C----A-T-TT--A-----G-C------------AC----C-A-TCA--C-A-TA---C-TAC-A--T-TC--G---AATAT-GG--TT------AAAA-AGTA--T-G-T-A---TC--T-AAT-AACA---GA-----AG-G-TT-G-TTA-A-GACC-TGG-----AGA-GG--A-A------ACA-AG---------G-----------------------------------------------GCGG-AGAAAG-TAGAG------AGGCG-G---A-G---A--AA-AGTAGAGAGGG-G-----C-GGA-G-A-A----GGAAAA---GACCCC-CC----------T---GTCCAACCCaccttggctaccaaatccccccccccaattcaagacagtcctatacgcctctgtcttggtcctgtaagaaggatattttccaaattattatgattgttattcaacggttaagtgtacggtgtatggtttattttgcaatatcagaagtatggatgctattatcttggcaaagcagtttgtttgtatatccttaatgctctaaaaacaactcacttgcatcagttgcacaaaaaaagaataatttacatctaaccatatttgacaagcatttatgtgcatataatcaaattacacattcgatatggtttaaaaagtgagtaatctataacaaaacgttgttaagctggagatggaagacaagggcggaagaaaggagaggtggggcgggagaaaggagaggagagggggagaaaaagagagggggcgggagaagagaaaggaccccctttccacccc
gi|4 : aaTTTACGATCCGC-T--CCGCCTT-C--TCTA-AACGATAA-AGG-AGA-A-GC-AGACGAGCGGAGA-ACA-TA-CCGTACAAACCG-CT-A-GCATA---------CCA-ATCCA-G-C-CC-------CCAGTTGTTGGGTTGGTGTC-------A-----------AAG-A-C-CGACATTC-ATA--CTG--CCT-CTCCC-----TTC-G-G-TC--T--------T-T-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTC-CAA--A----TTAT-T-AT-G-A-T-G-TT-AATT--CAA-AGGGAGA-TCGAACTT-ACA-----T--A---GT-TC---T---TTT-----------TA-C-GCG------T-CATA-TGTGTTT--ATTTT-GC----AA-TTAGTCAGAA-----------------------------------TTTAT-----TGTGTC---T-AG-TA----------TCT--G--CAA-AGCA-GTT--CGT------ATT--------GCC--T--TTAA--TGT-T---T---C---AAAG-A-----CA--ACAACTT-CA-C---T--TAGG-CA-T-CA----------A----C-AGGAATAAG-A-AT-----T-TTA-C-AT-CGTA-----A---------A--A----TAT---ATT-GAC-AA-GACC----A-T-TTGCATTAGCG-TC-----ATG---AT----C-A-TCA--A-A-CTTC-A-CAC-A--T-TC--GG--A-TATTGGGATTT-----AAAA-AGTGTAA-T-T-AGA-TC--TTAAT-AACA---GA-----GC-G-TTCG-TTA-A-G--C-TGG--A--CGATGG--A-ACGCA--ACAGAG---------AGGCGGG--GGACGT-AA---AGAT----------------------AATGAAAGAAAG-AAGA
gi|2 : aC-GC-TACC-GC--T-TCTTCTA-CA----AG-A----GA-A-GC-GGA-----GCGGA-T--------G-A--AACCC-TT-GCGC-TGGATA-----CCA-A---AATAC-CC-------CCATT--------------C-------A-----------AAG-A-CCAG----TC-CTATAC-G--CCT-CTGCC-----TT--T-G-TC--C--------T-G-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCA--AA---TTAT-T-AT-G-AAT-G-TT---TT--CAA-CGG---AAT--GACT--ACA-----T--A---TT-CT---T---ATTCGA-GT-AA-GTG-TTACG------GGTATA-TG-GCTT--TTTT--GC----AA-T--ATCAGAAGG-TGAT--G----------GATG---CT--GGA-TTTA--------TG-C---T-AGCTA-------AA-TCT--GG-CAA--GCA-GTT--GGTT-T-GTAT--------AGCC--T--T-AA--TGT-T---C---TTA-AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTAC-A----C-AAAAA-AGA-A-ATA-AAAT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------A-AA----TTT---AT---AC-A-----C----A-T-CT--AT--G-A-TC-----ATAATTAT----A-A-TCA--A-A-TT---AACAC-A--T-TC--G---G--AT-GGTTTC------AAAA-AGTGG-A-G-TTA-A-TC--T-AAT-AACA---GA-----AG---TT-A-ATA-A-G--C-TGGCGG--AGATG---A-A---G--ACA------------GGGCGGG--A--AAGGAG---AGTGG--------------------GGGCGGGAAAAAG-GAGAGG--A-GAGGCG-G---------AG-AA-AGGAGAGAGGG-C-----G-GAG-A-A-T----GGAGAAAGGGACCCC-CT----------T---CTCCACCCCa
gi|6 : ttcTA-CA----AG-AAG-AGA-A-GC-GGA-----GCGGATTCGATA-----A--AACCCGTT-G-GC-TACCCCCTGCCCCA-C---C-T-C-CC-------CC-----------------C-------A-----------AA
gi|3 : A-CA----AG-AAGGAGA-A-GCCAGA-----GCGGA-TCG-TA--------AACCT-T----GC-T----------ACC-A---A-T-C-CC-------CC-----------------CTCCCTTAA-----------AAG-A-C-AG----TC-CTAA-C-GG-CCTCCTGCC-----TT--G-GGTC--C--------T-G-----TAACG---AGGAT--A-T-TTT-CCA--AAT--TTAT-T-AT-C-A-T-G-TT-A-TT---AA-CGG---A-T--GAGCT-ACA-----T--A---GT-TT---TTT-ATTCGA-GT-AA-GTG-T-ACGTTACATG-TATA-TG-GTTT--ATTT--GC----AA-T--ATCAGAAGGTT-ATGGG----------GAGG---CT--G-A-TTTGCA---GTTCGT---------TA-------AA-T-----------AGC------------------T-----TAA--------------TGTTT---C---T---AAAA--------A--AC------------------------T-CAG----TTGC-A----C--AAAA-AGG-A-ATA-T--G-TTA-A-AT-C-TATAACCA---------C-TA----TAT---ATT-GAC-GA-G--C----A-T-TT--GT--G-G-TT-----T-----ATATAAA-A-TCA--A--------A-TAC-AATT-TCG-G---A-TAT-GGT-TT------AAAA-AGTG--A-G-TAA-A-TC--T-AAT-AACA---GA-----AG-G-TT-G-TTA-A-G--A-TGG--G--AGAT-G--A-A---G--ACA-AG---------tttttttttttttttcaaaaaaaaggggggggggggacaaggttcccccttttaacgcctcgtcttgcgtccttaagaaggattatctttccaaatatatgattgttattcaacggcatacttacactatatagtcttattcgattcaagtagtacgtatatggttttcatttttgcaatatcagaaggtatgggaggtgagtttatatgtccttgtaaatttggccaaagcagatcccgttctgtatagccttaatttctataaaaaaaaactcacttgcattcagctttgcacccaaaaacaggacataatttacatctaaccatacaattgacaagccatttatggtcataaatcaacattacacatttcgattatgataaaaagtgataataggataacagatttagaagttgttaagcttgggagatggaagac
gi|10 : ----AA-AAG-AGA-A-GC-GGA-----GCGGA-TCG-TA--------AACCG-TT-G-GC-T----------CCC-CT--C-T-C-CC-------CCTCCATTT----------C-------A-----------AAG-A-C-A------T-CTA--C-G--CCT-CTGC------TT--G-G-TC--C--------T-G-----TAAGA---AGGA---A-T-TTT-CCA--AA---TTAT-T-AT-G-A-T-G-TT-A-TT--CA--CGG---A-T--GACTT-AC------T--AT--GT-TC---TTT-ATTCGA-GTTAA-GTG-C-ACG------G-TATAGTG-GTTT--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TTTAT-----TATGTC---T-TG-TA-------AA-T-T--GG-CAA-AGCA-GAT---GTT-T-GTAT--------AGCT--T-----A--TGT-TT--C---T---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-AGG-A-AT--A--T-TTA-C-AT-C-TA-----A-----------CA----TAC---ATT-GAC-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TC-----AT----AT----A-A-TCA--T-A-TTA--A-CAC-A--T-TCGGG---A-TAT-GG--TT------TAAA-AGTG----G-T-A-A-TA--T-AAT-AACA---GA-----AG-G-TT-G-TTA-A-G--C-T-G--G--AGATGG--A-A---G--ACA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatggggaagggacccccctttccaccccc
gi|14 : c----AG-AAG-AGA-AAGC-GGA-----GCGGA-T------C-GTA--AACCC-TTGG-GC-C----------CTA-ACCTA-C-C-CC-------CCCCTCCTCT---------C-------A-----------AAG-A-CAAA----TC-CTA--C-G--CCCTCTG-C-----TT--G-G-TC--C--------TAA-----TAAGA---AGGAT--ATT-TTT-CCA--AAT--TTAT-
gi|31 : AG-AGA-A-GC-GGA-----GCGGA-TCG-GATC-GTA--AACCC-TT-G-GC-T----------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatct
gi|37 : tAG-AGA-A-GC-GGA-----GCGGA-T------C-GTA--AACCC-TT-G-GC-T----------agcgaa
gi|33 : gtAG-AGA-A-GC-GG------GCGGA-TCG-TA--------AACCC-TT-G-GC-T----------a
gi|32 : AG-AGAGA-GC-GGA-----GCGGA-TCG-TA-A---A--GACCC-TT-G-GC-T----------agcgaag
gi|15 : A--AACCT-TT-G-GC-T----------TCC-A---C-T-CACC-------CC-----------------C-------ACCCCCCTTCATAAG-A-C-AA----TCTCTA--C-G--CCTCTTGCCAGATATG--G-G-TC--CGATGGTATT-GGAATCCAAGAGTAAGGATTCA-T-TTCGCTA--AG---TTAT-T-AT-GCA-T-G-TT-A-AT--CAA-CGG---AAT--GGCG--ACA-----T--AA--GTGTC---TTTGATTTGAAGTTAC-GTAGT-ACG------G-TATA-TG-GTTT--ATTT--GCTCATAG-T--TTCAGAAGG-T-AT--G----------GAGGCCCCT--G-A-TTAATTTGTCTATGTT---T-AA-T-----------TCT--GGCCAATAGCA-GTT--CATT-T-GTA-------TAAGCCCGT--T--A--TGG-T-------T---AAAA-AGTTATCA--AC----T-CA-CACTT--T--G-CA-T-Catagcg
gi|17 : ttattc-C-CC-------CCTTT--------------C-------A-----------AAG-A-C-AA----TC-CTA--C-G--CT--CTGCC-----TT--G-G-TC--C--------T-A-----TAAGA---GG--T--A-T-TTT-CCA--AATTATTAT-T-ATTG-A-T-G-TT-A-TT--CAA-CGG---A-T--G-CTT-ACA-----T--A---GT-TT---TTT-ATTCGA-GTT----------------------TA-T---------TTT--GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TTTA------TTTGTC---T-AG-TA-------AA-TCT--GG-CAA-AGCA-GTT--CGTT-T-GTAT--------AGCC--T--T-AA--TGT-T---C---A---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAA
gi|18 : ccccc-C-CC-------CCTT---------------C-------A-----------AAG-A-C-AA----TC-CTA--C-G--CCT-CTGCC-----TT--G-G-TC--C--------T-A-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCA--AA---TTAT-T-AT-G-A-T-G-TT-A-TT--CAA-CGG---A-T--GGCTT-ACA-----T--A---GT-TC---T-----------TTAC-ATA-T--------------TA-T---------TTT--GC----AA-T--ATCAGAAGC-T-AT--G----------GAGG---CT--ATA-TTTA----TGT---TC---TTAG-TA-------AA-TCT--GG-CCA-AGCA-GTT--CGTT-T-GTAT--------AACC--T--T-GA--TGT-T---C---A---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--GCCA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-TGG-A-tg
gi|16 : cc-C-CC-------CCTCTT-------------C-------A-----------GAGGA-C-AA----TC-CTA--C-G--CCT-CTGCT-----TT--G-G-TC--C--------T-A-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCA--AA---TTAT-TTAT-G---T-G-TT-A-TT--CAA-CGG---A-T--GGCTT-ACA-----T--A---GT-TTCTTT---ATTCGA-GTT----------------------TA-T---------TTT--GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TTTA------TTTGTCT--T-AG-TG-------AA-TCT--GG-CAA-AGCA-GTT--CGTT-T-GTAT--------AGCC--T--T-AA--TTG-T---C-------AAAA-A-----CA--AC----TACA-C---T--T--G-TA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-TGG-A-
gi|22 : ccc-C-CC-------CCATT--------------C-------A-----------AAG-A-C-AA----TC-CTATTC-GGTCCT-CTCCC-----TTAGG-G-TCTGC--------T-C-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTTCCCAATA----TTATAT-AT-G-A-T-GTTT-A-TT--TAA-CGG---A-T--G
gi|7 : ccccccc-------CC-----------------C-------A-----------AAG-A-C-AG----TC-CTA--C-G--CCT-CTGCC-----TT--G-G-TC--C--------T-G-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCA--AA---TTAT-T-AT-G-A-T-G-TT-A-TT--CAG-CGG---A-T--GACTT-ACA-----T--A---GT-TC---TTT-ATTCGA-GTTAA-GTA-T-ACG------G-TATA-TG-GTTT--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TTTACATGTGTATGTC---T-AG-TA-------AA-TCT--GG-CAA-AGCA-GT---CGTT-T-GTATT-----TAAGCC--T--T-AA--TGT-T---C-------AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-AGG-A-ATA-A--T-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-CA----TAT---ATT-GAC-AA-G--C----A---TT--AT--G-G-TC-----AT----AT----A-A-TCA--A-A-TT---A-TAC-A--T-TCG-G---A-TAT--GGATT------AAAA-AGTG--A-G-T-A-A-TC--T-AAT-AACA---GA-----AG-G-TT-G-TTA-A-G--C-TGG--G--AGATGG--A-A---G--ACA-AG---------GGGCGGG--A-AGATGAG---AGGTG--------------------GGGCGGGAGAAAG-GAGAGG--A-GAGGCG-G---G------G-AA-AGGAGAGAGGG-G-----GCGGA-GAA-G----GGAGAAAGGGA-CCC-CC----------T---TTCCACCCCTcacctcctactatgt
gi|6 : A--C-G--CCT--CGTC-----TT--GCG-TC--C--------T-------TAAGA---AGGATT-A-TCTTT-CCA--A----ATAT---AT-G-A-TTG-TT-A-TT--CAA-CGGC--A-T---ACTT-ACACTATAT--A---GT-CT---T---ATTCGA-TTCAA-GTAGT-ACG--------TATA-TG-GTTTTCATTTTTGC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GGAG---GT--G-AGTTTATATGT-----CC---T-TG-TA-------AA-TTT--GGCCAA-AGCA-GATCCCGTTCT-GTAT--------AGCC--T--T-AA--T-T-T---C---TATAAAAA-A-----AA--AC----T-CA-C---T--T--G-CATT-CAGCT--TTGC-ACC--C-AAAAACAGG-ACATA-A--T-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-CA----TACA--ATT-GAC-AA-GC-C----A-T-TT--AT--G-G-TC-----A-----TA----A-A-TCA--ACA-TT---A-CAC-AT-T-TC--G---ATTAT-GA---T------AAAA-AGTG--A---T-A-A-TA--G-GAT-AACA---GATTTAGAA-G-TT-G-TTA-A-G--CTTGG--G--AGATGG--A-A---G--AC
gi|21 : tacaagaagagaagcggagcggattcgataaaacccgttggctaccccctgccccacctccccccaaatttttttttttttttcaaaaaaaaggggggggggggacaaggttcccccttttaT-T-AT-G-A-T-G-TT-A-TT--CAA-CGG---A-T--GACTT-ACA-----TGTA---GT-TC---TTT-ATTCGA-GTTAAAGTG-T-ACG------G-TATA-TG-GTTT--ATTTT-GT----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--A----------GAGG---CT--G-A-TTT------------------------------AA-TCT--GG-CAA-AGCA-GTT--CG
gi|9 : -A-T-G-TTTA-TT--TAAACGG---A-T--GACTT-ACA-----T--ATACGT-TC---TTT-ATTCGA-GTTAA-GTG-T-ACGTTGTC-A-TATG-TG-TTTT--ATTT--GC----AAAT--ATCAGAAGG-T-AT--ATATTTTAAGTGATG---CTCTG-A-TT-----ATCTATGTCACTT-AG-AA-------AAATCTAAGG-CAA-AGCA-GTT--CGTT-TTGTAATGTCGGTG-GCC--T--T-AAATTGT-TTTTC---T---AAATTA-----CA--ACC---T-CAAC---T--T--G-CA-TTCAG----TTGCGA----C-AAAAA-AGGCA-ATA-A--TCTTA-CTAT-C-TA-----A---------C-CAATAATAT---ATA-GAC-AA-GA-C----A-TATT--AT--G-GCTC-----A-----AT----A-----------------------------C--G---G-T-------TT------AAAA-AGTG--AGG-T-A-A-TC--T--AT-AAC-----A-----AG-GTTT-G-TTA-A-GA-C-TGG--G--AGATGG--A-A---G--ACA-AG---------GGGCGGG--AGAAAGGAG---AGAGG--------------------GGGC--------G-GAGAGA--G-GGGGCGCG---T-G---AG-AAGAGGAGAAA
gi|13 : CAGAAGG-T-AT--G----------GATG---CT--G-A-TTTA--------------------------------TCT--GG-CAA-AGCA-GTT--TGTT-T-GTAT--------ATCC--T--T-AA--TGC-T---C---T---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-AGG-A-ATA-A--T-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-CA----TAT---ATT-GAC-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TC-----AT----AT----A-A-TCA--A-A-TT---A-CAC-A--T-TCG-G---A-TAT-GGT-TT------AAAA-AGTG--A-G-T-A-A-TC--T--AT-AACA---AA-----AC-G-TT-G-TTA-A-G--C-TGG--G--AGATGG--A-A---G--ACA-AG---------GGGCGGA--AGAAAGGAG---AGGTG--------------------GGGCGGGAGAAAG-GAGAGG--A-GAGGC--G---G-G---AG-AA-ATGAGAGAGGG-GGC---G-GGA-GAA-G----GGAGAAAGGGACCCC-CC----------T---TTCCACCCCtttgaggaccggccctttccgcact
gi|11 : AGCC--TGAT-AAA-TGT-T---CGTCT---AAAA-A-----CA--AC----TTCA-C---T--T--G-CA-TTCAGGGTTTTGC-AGGCAT-ACAAA-AGG-G-ATA-A--T-TTAGC-AT-C-TACATTCA---------A-CA----TAT---ATT-GAT-AA-G--CTGTGA-T-TT--AT--GCG-TCATTGAA-----AT----ACA-TCACTATA-TTAACA-AAC-A--TCTC--G---G-AAT-G---TTTCAAACAAAA-AATA--G-G-T-A-ACTC--TGAAT-AACGCATGA-----AGAA-TT-GATTA-ACA--T-TGG--GAAAGATGACTA-A---GGAACATAGAACCAACTCGGGCCAG--AAAGGGGAG---AGATGGCGA----------------GGGCGGGAGAAAGAGAGAGGGAG-GAGGCG-GTTCG-G---TG-AG-ATGTAAGAGGA-G-----C-AGA-A-G-G----GGAc
gi|12 : ttgtatagagatC--T--T-AA--TGT-T---A---A---AAAA-A-----CACAAC----T-CA-C---TGCT--G-CA-T-CAG----TTGC-A----CCAAAAA-ATG-A-ATAGA--C-TTA-C-AT-C-TA-----AATCCAGTAACGCA----TATC--ATTAGACCAA-G--C----AGT-TT--AT--G---TC-----ATCTG-AT----A-AATCGC-A-A-TA---A-CAC-A--A-TC--GTGCA-TAT-GGT-TC------CAAA-AGTG--A-G-T-A-A-TC--TTAAT-AACACA-AA-----AG-G-TT-G-TTA-A-G--G-TGT--G--AGATGG--A-A---G--ACA-AA---------GG-CGGGCGAGAAAGGAGGAGAGGGGAGCGGAGATAAGGAAGACGTGGGCGGGAGAAGG-AAGAA---A-GGGGCG-G---CTG---AG-AA--TGAGAGAGGGTGC----G-GGATG-A-AGCACGGAG-AAGGGACCCC-CC----------TTAATCCCACCCC
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gi|26 : T-C-TA-----A---------C-TA-----AT---ATT-GA--AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TC-----AT----AT----A-A-TCA--A-A-TT---A-CAC-A--T-TC--GG--A-TAT-GAT-TT------AAAA-AGTG--A-G-T-A-A-TC--T-AAT-A--A---GA-----A--A-TT-G-TTA-A-G--G-TGG--G--AGATAG--ACA---G--A
gi|23 : ttaac-A---G--ACG-AG---------GGAAGGG--CGAAGCGAG---AAGTGT-------------------AGATAAGAGGTAA-GATAGA--ATGAGAAG-G---A-GTCAAC-AG-ACGAGGGCGTG-GCGGTAG-GAA-A-A-G----GGAGAAAGGGACCCC-CC----------T---TTCCACCCCT
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gi|3 : A-G-A-T----GGGGAA-GGGACCCC-CC----------T---TTCCACCCCctc
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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consensus : GTTTACGATCCGC-T--C-GCTT-CT-CTA-CA----AGAAG-AGA-A-GC-GGA---GCGGA-------TCG--TA---AAACCC-TTG-G-C-T-----CCA-A---------A-T-CCC---CC----------------T--C------A---AAGA-C-AG----TC-CTA--C-G--CC-T-C-T-GCC-----TT--G-G-TC--C--------TG-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-T-AT----G-AT-G-TT-ATT-CAA-CG---G-A-T--GACTT-AC-A-----T--A---GT-T-CTTT-ATTCGA-GTTAA-GT-G-TAC-G------GT-ATA-TG-GTTT--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TT---TA-T-------T--GT-C---T-A-G--TA-------AA-TCT--GG-CAA-AGCA-GTT--CGTT-T-GTA-------T---AGCC--T--TAA--TG-TT---C---T---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-AGG-A-AT--A-AT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-C-A----TAT---ATT-GAC-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TCA----T----A-T--A-A-TCA--A-A--TT-AC--ACAT-TC-G-G-A-TAT---GGT-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--C-T-AAT-AACA---GA-----AG-G-TT-G-TTA-A-G-C-TG--GG--AGATGG--A-A---G--ACA-AG---------G---GGCG--------GGAGAAAGGAGAGGTG-------------GGGCGGGAGAAAG-GAGAGG--A-GAGGCG-G---G-G---AGAA-AGGAGAGAGGG-G-----G-GGA-G-A-G----GGAGAAAGGGACCCC-CC----------T---TTCCACCCCT
Reference ( family-1972 ) : GTTTACGATCCGC-T--C-GCCT-CT-CTA-CA----AGAAG-AGA-A-GC-GGA---GCGGA-------TCG--TA-G-AAACCC-TTG-G-C-T-----CCA-A---------A-T-CCC---CC----------------T--C------A---AAGA-C-AG----TC-CTA--C-G--CC-T-C-T-GCC-----TT--G-G-TC--C--------TG-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-T-AT----G-AT-G-TT-ATT-CAA-CG---G-A-T--GACTT-AC-A-----T--A---GT-T-CTTT-ATTCGA-GTTAA-GT-G-TAC-G------GT-ATA-TG-GTTT--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TT---TA-T-------T--GT-C---T-A-G--TA-------AA-TCT--GG-CAA-AGCA-GTT--CGTT-T-GTA-------T---AGCC--T--TAA--TG-TT---C---T---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-AGG-A-AT--A-AT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-C-A----TAT---ATT-GAC-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TCA----T----A-T--A-A-TCA--A-A--TT-AC--ACAT-TC-G-G-A-TAT---GGT-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--C-T-AAT-AACA---GA-----AG-G-TT-G-TTA-A-G-C-TG--GG--AGATGG--A-A---G--ACA-AG---------G---GGCG--------GGAGAAAGGAGAGGTG-------------GGGCGGGAGAAAG-GAGAGG--A-GAGGCG-G---G-G---AGAA-AGGAGAGAGGG-G-----G-GGA-G-A-G----GGAGAAAGGGACCCC-CC----------T---TTCCACCCCT
gi|1 : GTTT-CGATC-GC-T--C-GC-T-CT-CTA-CA----AGAAG-AGA-A-GC-GGA---GGGGA-------TCG--TACGTAAACCC-TTG-G-C-T-----CCA-A---------A-T-CCC---CC-------------------C------A---AAGA-C-AG----TC-CTA--C-G--CC-TGC-T-GCC-----TT--G-G-TC--C--------TG-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCAA---TTAT-T-AT----G-AT-G-TT-ATT-CAG-CG---G-A-T--GACTT-AC-A-----T--A---GT-T-CT---ATTCGA-GTTAA-GT-A-TAC-G------GT-ATA-TG-GTTT--ATTT--GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TT---TA-CATGTGTAT--GT-C---T-A-G--TA-------AA-TCT--GG-CAA-AGCA-GTT--CGTT-T-GTA-------TTTAAGCC--T--TAA--TG-TT---C---T---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-AGG-A-AT--A-AT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-C-A----TAT---ATT-GAC-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TCA---------A-T--A-A-TCA--A-A--TT-AT--ACAT-TC---G-A-TAT---GGGAT----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--C-T-AAT-AACA---GA-----AG-G-TT-G-TTA-A-G-C-TG--GG--AGATGG--A-A---G--ACA-AG---------G---GGCG--------GGAGAAATGAGAGGTG-------------GGGCGGGAGAAAG-GAGAGG--A-GAGGCG-G---G-G---AGAA-AGGAGAGAGGG-G-----G-GGA-G-A-G----GGAGAAAGGGACCCC-CC----------T---TTCCACCCCT
gi|10 : ----AAAAG-AGA-A-GC-GGA---GCGGA-------TCG--TA----AACCG-TTG-G-C-T-----CCC-CT--------C-T-CCC---CC----------------T--CCATTTCA---AAGA-C-A------T-CTA--C-G--CC-T-C-T-GC------TT--G-G-TC--C--------TG-----TAAGA---AGGA---A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-T-AT----G-AT-G-TT-ATT-CA--CG---G-A-T--GACTT-ACTA-----T------GT-T-CTTT-ATTCGA-GTTAA-GT-G-CAC-G------GT-ATAGTG-GTTT--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TT---TA-T-------TATGT-C---T-T-G--TA-------AA-T-T--GG-CAA-AGCA-GAT---GTT-T-GTA-------T---AGCT--T----A--TG-TTT--C---T---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-AGG-A-AT----AT-TTA-C-AT-C-TA-----A-----------C-A----TAC---ATT-GAC-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TCA----T----A-T--A-A-TCA--T-A--TTAAC--ACAT-TCGG-G-A-TAT---GGT-T----T--AAA-AGT-G----G-T-A-A-T--A-T-AAT-AACA---GA-----AG-G-TT-G-TTA-A-G-C-T---GG--AGATGG--A-A---G--ACA-
gi|11 : cA-------T---AGCC--TGATAAA-TG-TT---CGTCT---AAAA-A-----CA--AC----TTCA-C---T--T--G-CA-TTCAGGGTTTTGC-AGGCAT-ACAAA-AGG-G-AT--A-AT-TTAGC-AT-C-TACATTCA---------A-C-A----TAT---ATT-GAT-AA-G--CTGTGA-T-TT--AT--GCG-TCA----TTGAAA-T--ACA-TCACTATA--TTAACAAACATCTC-G-G-A--AT---GTT-TCAAAC-AAAA-AAT-A--G-G-T-A-ACT--C-TGAAT-AACGCATGA-----AGAA-TT-GATTA-ACA-T-TG--GGAAAGATGACTA-A---GGAACATAGAACCAACTCG---GGCC--------AGAAAGGGGAGAGATGGCGA---------GGGCGGGAGAAAGAGAGAGGGAG-GAGGCG-GTTCG-G---TGAG-ATGTAAGAGGA-G-----C-AGA-A-G-G----GGA
gi|12 : ttgtatagagC--T--TAA--TG-TT---A---A---AAAA-A-----CACAAC----T-CA-C---TGCT--G-CA-T-CAG----TTGC-A----CCAAAAA-ATG-A-AT--AGAC-TTA-C-AT-C-TA-----AATCCAGTAACGC-A----TATC--ATTAGACCAA-G--C----AGT-TT--AT--G---TCA----TCTG-A-T--A-AATCGC-A-A--TA-AC--ACAA-TC-GTGCA-TAT---GGT-T----C-CAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--C-TTAAT-AACACA-AA-----AG-G-TT-G-TTA-A-G-G-TG--TG--AGATGG--A-A---G--ACA-AA---------GGCGGGCGAGAAAGGAGGAGAGGGGAGCGGAGATAAGGAAGACGTGGGCGGGAGAAGG-AAGAA---A-GGGGCG-G---CTG---AGAA--TGAGAGAGGGTGC----G-GGATG-A-AGCACGGAG-AAGGGACCCC-CC----------TTAATCCCACCCC
gi|13 : CAGAAGG-T-AT--G----------GATG---CT--G-A-TT---T-------------------------------------A-TCT--GG-CAA-AGCA-GTT--TGTT-T-GTA-------T---ATCC--T--TAA--TG-CT---C---T---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-AGG-A-AT--A-AT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-C-A----TAT---ATT-GAC-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TCA----T----A-T--A-A-TCA--A-A--TT-AC--ACAT-TC-G-G-A-TAT---GGT-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--C-T--AT-AACA---AA-----AC-G-TT-G-TTA-A-G-C-TG--GG--AGATGG--A-A---G--ACA-AG---------G---GGCG--------GAAGAAAGGAGAGGTG-------------GGGCGGGAGAAAG-GAGAGG--A-GAGGC--G---G-G---AGAA-ATGAGAGAGGG-GGC---G-GGA-GAA-G----GGAGAAAGGGACCCC-CC----------T---TTCCACCCCct
gi|14 : ----AGAAG-AGA-AAGC-GGA---GCGGA-------TCG--TA----AACCC-TTG-GGC-C-----CTA-ACCT------A-C-CCC---CCCCTCCTC---------T--C------A---AAGA-C-AAA---TC-CTA--C-G--CCCT-C-T-GC------TT--G-G-TC--C--------TAA----TAAGA---AGGAT--ATT-TTT-CCAA-A-TTc
gi|15 : -AAACCT-TTG-G-C-T-----TCC-ACTCACCCCCA-C-CCC---CC----------------TT-C------AT--AAGA-C-AA----TCTCTA--C-G--CC-T-C-TTGCCAGATATG--G-G-TC--CGATGGTATTGGAATCCAAGAGTAAGGATTCA-T-TTCGCTAA-G-TTAT-T-AT----GCAT-G-TT-AAT-CAA-CG---G-AAT--GGCG--AC-A-----T--AA--GTGT-CTTTGATTTGAAGTTAC-GTAG-TAC-G------GT-ATA-TG-GTTT--A-TTT-GCTCATAG-T--TTCAGAAGG-T-AT--G----------GAGGCCCCT--G-A-TT---AATT-------T--GT-C---T-ATGTTTA-------AT-TCT--GGCCAATAGCA-GTT--CATT-T-GTA-------TA--AGCCCGT--T-A--TG-GT-------T---AAAA-AGTTATCA--AC----T-CA-CACTT--T--G-CA-T-Ctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatct
gi|16 : ttattc-CCC---CC----------------T--CTTCA--G---AGGA-C-AA----TC-CTA--C-G--CC-T-C-T-GCT-----TT--G-G-TC--C--------TA-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-TTAT----G--T-G-TT-ATT-CAA-CG---G-A-T--GGCTT-AC-A-----T--A---GT-TTCTTT-ATTCGA-GTT--------------------------------T--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TT---TA-T-------TT-GT-C---TTA-G--TG-------AA-TCT--GG-CAA-AGCA-GTT--CGTT-T-GTA-------T---AGCC--T--TAA--TT-GT---C-------AAAA-A-----CA--AC----TACA-C---T--T--G-TA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-TGG-A-
gi|17 : ccc-CCC---CC----------------TTTC------A---AAGA-C-AA----TC-CTA--C-G--C--T-C-T-GCC-----TT--G-G-TC--C--------TA-----TAAGA---GG--T--A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-T-ATTATTG-AT-G-TT-ATT-CAA-CG---G-A-T--G-CTT-AC-A-----T--A---GT-T-TTTT-ATTCGA-GTT--------------------------------T--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TT---TA-T-------TT-GT-C---T-A-G--TA-------AA-TCT--GG-CAA-AGCA-GTT--CGTT-T-GTA-------T---AGCC--T--TAA--TG-TT---C---A---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAA
gi|18 : ccccc-CCC---CT----------------T--C------A---AAGA-C-AA----TC-CTA--C-G--CC-T-C-T-GCC-----TT--G-G-TC--C--------TA-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-T-AT----G-AT-G-TT-ATT-CAA-CG---G-A-T--GGCTT-AC-A-----T--A---GT-T-CTTT-AC------------------------------ATA-T-----T--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAGC-T-AT--G----------GAGG---CT--ATA-TT---TA-T-------G--TT-C---TTA-G--TA-------AA-TCT--GG-CCA-AGCA-GTT--CGTT-T-GTA-------T---AACC--T--TGA--TG-TT---C---A---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--GCCA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-TGG-A-tg
gi|19 : cccT-TTA-C-ATTC-TT-----A---------C-TTA----TAT----TT-GAA-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TCA----T----A-T--A-A-TCA--A-A--TT-AC--ACAT-TC-G-G-A-TAT---GGT-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--C-T-AATAAACA---GA-----GG-A-TT-G-TTACA-G-G-TG--GG--AGATAG--A-A---G--ACA-AN---------N---NNNN--------NNNNNNNNNNNNNNNN-------------NNNNNNNNNNNNN-NNNNNN--N-NNNNNN-N---N-N---NNNN-NNNNNNNNNNN-N-----N-NNN-N-N-N----NNNNNNNNNNA-CCC-CC----------T---TTCCACCCCT
gi|2 : TCCGC-TACC-GCTT-CTTCTA-CA----AGA----GA-A-GC-GGA---GCGGA-------T-------G-AAACCC-TTGCG-C-TGGATACCA-A---------AATACCC---CCAT--------------T--C------A---AAGA-CCAG----TC-CTATAC-G--CC-T-C-T-GCC-----TT--T-G-TC--C--------TG-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-T-AT----GAAT-G-TT--TT-CAA-CG---GAA-T--GAC-T-AC-A-----T--A----T-T-C-TT-ATTCGA-G-TAA-GT-GTTACGG------GT-ATA-TG-GCTT---TTTT-GC----AA-T--ATCAGAAGG-TGAT--G----------GATG---CTG-G-A-TT---TA---------T--G--C---T-A-GC-TA-------AA-TCT--GG-C-A-AGCA-GTT--GGTT-T-GTA-------T---AGCC--T--TAA--TG-TT---C---TTA-AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTAC-A----C-AAAAA-AGA-A-ATAAA-AT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------A-A-A----TTT---AT---AC-A-----C----A-T-CT--AT--G-A-TCATAATT----A-T--A-A-TCA--A-A--TTAAC--ACAT-TC-G-G----AT---GGT-T----TCAAAA-AGTGG--A-GTT-A-A-T--C-T-AAT-AACA---GA-----A--G-TT-A-ATA-A-G-C-TGGCGG--AGAT-G--A-A---G--ACA------------G---GGCG--------G--GAAAGGAGAGTGG-------------GGGCGGGAAAAAG-GAGAGG--A-GAGGC------G-G---AGAA-AGGAGAGAGGG-C-----G-GAG-A-A-T----GGAGAAAGGGACCCC-CT----------T---CTCCACCCC
gi|20 : t-TTA-C-AT-T-TA-----A---------T-T-A----TATTATATT-GAA-AATG--C----A-T-CT--CT--ATG-TCA----T----AGT--A-A-TCA--A-AA-TT-AC--ACCA-TC-G-G-A-TAT---GGT-T----T-AAAACAGT-G--ATGCT-A-A-TCAC-T-AAT-ACCA---GA-----AGCA-TT-G-TTA-A-G-G-TG--GG--AGATAG--A-A---G--ACA-
gi|21 : T-T-AT----G-AT-G-TT-ATT-CAA-CG---G-A-T--GACTT-AC-A-----TGTA---GT-T-CTTT-ATTCGA-GTTAAAGT-G-TAC-G------GT-ATA-TG-GTTT--ATTTT-GT----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--A----------GAGG---CT--G-A-TT---T------------------------------------AA-TCT--GG-CAA-AGCA-GTT--CG
gi|22 : -CCC---CCAT--------------T--C------A---AAGA-C-AA----TC-CTATTC-GGTCC-T-C-T-CCC-----TTAGG-G-TCTGC--------TC-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTTCCCAATA-TTATAT-AT----G-AT-GTTT-ATT-TAA-CG---G-A-T--G
gi|23 : ccccccc-A---G--ACG-AG---------G---GAAG--------GGCGAAGCGAGAAGTGT------------AGATAAGAGGTAA-GATAGA--ATGAGAAG-G---A-GTCAACAG-ACGAGGGCGTG-GCGGTAG-GAA-A-A-G----GGAGAAAGGGACCCC-CC----------T---TTCCACCCCTcacctcctactatgt
gi|24 : gT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-T-A----TAT---ATT-GAA-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TCA----T----A-T--A-A-TCA--A-A--TT-AC--ACAT-TC-G-G-A-TAT---GGT-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--C-T-AAT-AACA---GA-----AG-A-TT-G-TTA-A-G---TG--GG--AGATAG--A-A---G--ACc
gi|26 : T-C-TA-----A---------C-T-A-----AT---ATT-GA--AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TCA----T----A-T--A-A-TCA--A-A--TT-AC--ACAT-TC-G-G-A-TAT---GAT-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--C-T-AAT-A--A---GA-----A--A-TT-G-TTA-A-G-G-TG--GG--AGATAG--ACA---G--A
gi|27 : ttaacTA-C-AT-C-TA-----A---------C-T-A----TAT---AT-----------------------------G-G-TCA----T----A-T--A-A-TCA--A-A--TT-AC--ACAT-TC-G-G-A-TAT---GGT-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--C-T-AAT-AACA---GA-----AG-A-TT-G-TTA-A-G-G-TG--GG--A-ATAG--A-A---G--ACA-
gi|28 : CGGAA------TCG--TA-A-A---CC-TTG-G-A-TA----CCA-A---------AAT-CCC---CC----------------T--CCCGA--ATTCAGGA-T-AG----GT-CTAGAC-G--CC-T-C-T-GCC-----T
gi|3 : gttaA-CA----AGAAGGAGA-A-GCCAGA---GCGGA-------TCG--TA-A-A---CC-TTG---C-TA----CCA-A---------T-C-CCC---CC----------------T--CCCTTA-A---AAGA-C-AG----TC-CTAA-C-GG-CC-T-CCT-GCC-----TT--G-GGTC--C--------TG-----TAACG---AGGAT--A-T-TTT-CCAA-ATTTAT-T-AT----C-AT-G-TT-ATT--AA-CG---G-A-T--GAGCT-AC-A-----T--A---GT-T-TTTT-ATTCGA-G-TAA-GT-G-TAC-GTTACATGT-ATA-TG-GTTT--A-TTT-GC----AA-T--ATCAGAAGGTT-ATGGG----------GAGG---CT--G-A-TT---T----------------------------------------------------GCA-GTT--CG-T-T-AAA-------T---AG-C--T--TAA--TGTTT---C---T---AAAA--------A--AC------------------------T-CAG----TTGC-A----C--AAAA-AGG-A-AT--A-TG-TTA-A-AT-C-TATAACCA---------C-T-A----TAT---ATT-GAC-GA-G--C----A-T-TT--GT--G-GTTTA----T----A-TAAA-A-TCA--A-A---T-AC--AATT-TC-G-G-A-TAT---GGT-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-TAA-A-T--C-T-AAT-AACA---GA-----AG-G-TT-G-TTA-A-G-A-TG--GG--AGAT-G--A-A---G--ACA-AG---------
gi|3 : A-G-A-T----GGGGAA-GGGACCCC-CC----------T---TTCCACCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatggggaagggacccccctttccaccccc
gi|30 : acaagaaggagaagccagagcggatcgtaaaccttgctaccaatcccccctcccttaaaagacagtcctaacggcctcctgccttgggtcctgtaacgaggatattttccaaatttattatcatgttattaacggatgagctacatagttttttattcgagtaagtgtacgttacatgtatatggtttatttgcaatatcagaaggttatggggaggctgatttgcagttcgttaaatagcttaatgtttctaaaaaactcagttgcacaaaaaggaatatgttaaatctataaccactatatattgacgagcatttgtggtttatataaaatcaaatacaatttcggatatggtttaaaaagtgagtaaatctaataacagaaggttgttaagatgggagatgaagacaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-AGGAGAGAGGG-GT----G-GGA-G-AAG----GGAGAAAGGGACCCCGCCCCCTATATAAT---TTCCACCCCc
gi|31 : AG-AGA-A-GC-GGA---GCGGA-------TCGGATC-GTAAACCC-TTG-G-C-T-----ctc
gi|32 : tAG-AGAGA-GC-GGA---GCGGA-------TCG--TA-A-AGACCC-TTG-G-C-T-----agcgaa
gi|33 : AG-AGA-A-GC-GG----GCGGA-------TCG--TA----AACCC-TTG-G-C-T-----atagcg
gi|34 : GTTTACGATCCGC-TC-C-GCTT-CT-CTA-CA----Aagcgaag
gi|35 : g-T-CAG----TTAC-A----C-AAAAA-AGG-A-AT--A-AT-TTA-C-AT-T-TA-----A---------A-C-A----cgagcgga
gi|36 : AG-TGA-A-GC-GGA---GCGGA-------T-G--T-----AACCC-TTG-G-C-T-----
gi|37 : ttgtAG-AGA-A-GC-GGA---GCGGA-------TCG--T----AAACCC-TTG-G-C-T-----ag
gi|38 : gtAG-AGA-A-G----A---GCGGG-------TCG--TA----AATCC-TTG-G-C-T-----a
gi|4 : cgTTTACGATCCGC-T--CCGCCTTCT-CTA-AACGATAAAGG-AGA-A-GC-AGACGAGCGGAGAACATACCG--TA-C-AAACCG-CTA-G-CATA----CCA-ATCC------A-G-CCC---CCAGTTGTTGGGTTGGTGT--C------A---AAGA-C-CGACATTC-ATA--CTG--CC-T-C-T-CCC-----TTC-G-G-TC--T--------TT-----TAAGA---AGGAT--A-T-TT--CCAA-A-TTAT-T-AT----G-AT-G-TTAATT-CAA-AGGGAG-A-TCGAACTT-AC-A-----T--A---GT-T-CTTT---------TTAC-GC-G-T-----------C-ATA-TGTGTTT--ATTTT-GC----AA-TTAGTCAGA----------------------------------A-TT---TA-TTG-----T--GT-C---T-A-G--T---------A-TCT---G-CAA-AGCA-GTT--C------GTA-------T---TGCCT-T--TAA--TG-TT---T---C---AAAG-A-----CA--ACAACTT-CA-C---T--TAGG-CA-T-CA----------A----C-AGGAATAAG-A-AT-----T-TTA-C-AT-CGTA-----A-----------A-A----TAT---ATT-GAC-AA-GACC----A-T-TTGCATTAGCG-TCA----TG---A-T--C-A-TCA--A-ACTTC-AC--ACAT-TC-G-G-A-TATTGGGAT-T----T-AAAA-AGT-GTAA-T-T-AGA-T--CTT-AAT-AACA---GA-----GC-G-TTCG-TTA-A-G-C-TG--GA--CGATGG--A-ACGCA--ACAGAG---------A---GGCG--------GG-GGACGTAAAGAT---------------AATGAAAGAAAG-AAGAagcg
gi|5 : aGTTTACGATCCGCGC--C-GCTT-CT-CTA-CA----AGAAG-AGA-A-GC-G-A---GCGGA-------GCG-------AAAACC-TTG-G-C-TA----CCA-A---------A-T-CCC---CC----------------C--CCCCA--ATTCAAGA-C-AG----TC-CTATAC-G--CC-T-C-T-GTC-----TT--G-G-TC--C--------TG-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-T-AT----G-ATTG-TT-ATT-CAA-CG---G----------------------------------------------TTAA-GT-G-TAC-G------GT-GTA-TG-GTTT--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAG--T-AT--G----------GATG---CT------------A-T-------T--AT-C---T--------------------T--GG-CAA-AGCA-GTT--TGTT-T-GTA-------T---ATCC--T--TAA--TG-CT---C---T---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-AAG-A-AT--A-AT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-C-A----TAT----TT-GAC-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-T-GCA----T----A-T--A-A-TCA--A-A--TT-AC--ACAT-TC---G-A-TAT---GGT-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--C-T--AT-AACA---AA-----AC-G-TT-G-TTA-A-G-C-T---GG--AGATGG--A-A---G--ACA-A----------G---GGCG--------GAAGAAAGGAGAGGTG-------------GGGCGGGAGAAAG-GAGAGG--A-GAG--G-G---G-G---AGAA-A-AAGAGAGGG-G-----G-CGG-G-A-GA---AGAGAAAGGA--CCC-CC----------T---TTCCACCCCa
gi|6 : TA-CA----AGAAG-AGA-A-GC-GGA---GCGGAT------TCGA-TA---AAACCCGTTG-G-C-T-------------------A-C-CCC---C
gi|6 : AAAAAGGG-G-----G-GG------G----GGGGACAAGGTTCCC-CC----------T---TTTAACGCCTtgccccacctccccccaaatttttttttttttttcaaaaaaaaggggggggggggacaaggttcccccttttaacgcctcgtcttgcgtccttaagaaggattatctttccaaatatatgattgttattcaacggcatacttacactatatagtcttattcgattcaagtagtacgtatatggttttcatttttgcaatatcagaaggtatgggaggtgagtttatatgtccttgtaaatttggccaaagcagatcccgttctgtatagccttaatttctataaaaaaaaactcacttgcattcagctttgcacccaaaaacaggacataatttacatctaaccatacaattgacaagccatttatggtcataaatcaacattacacatttcgattatgataaaaagtgataataggataacagatttagaagttgttaagcttgggagatggaagac
gi|6 : tacaagaagagaagcggagcggattcgataaaacccgttggctaccccctgccccacctccccccaaatttttttttttttttcaaaA--C-G--CC-T-C---GTC-----TT--GCG-TC--C--------T------TAAGA---AGGATT-A-TCTTT-CCAA-A-T-AT---AT----G-ATTG-TT-ATT-CAA-CG---GCA-T---ACTT-AC-ACTATAT--A---GT-C---TT-ATTCGA-TTCAA-GTAG-TAC-G-------T-ATA-TG-GTTTTCATTTTTGC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GGAG---GT--G-AGTT---TA-TA------T--GTCC---T-T-G--TA-------AA-TTT--GGCCAA-AGCA-GATCCCGTTCT-GTA-------T---AGCC--T--TAA--T--TT---C---TATAAAAA-A-----AA--AC----T-CA-C---T--T--G-CATT-CAGCT--TTGC-ACC--C-AAAAACAGG-ACAT--A-AT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-C-A----TACA--ATT-GAC-AA-GC-C----A-T-TT--AT--G-G-TCA----T----A----A-A-TCA--ACA--TT-AC--ACAT-TT-C-G-ATTAT---GA-------T-AAAA-AGT-G--A---T-A-A-T--A-G-GAT-AACA---GATTTAGAA-G-TT-G-TTA-A-G-CTTG--GG--AGATGG--A-A---G--ACcgtcttgcgtccttaagaaggattatctttccaaatatatgattgttattcaacggcatacttacactatatagtcttattcgattcaagtagtacgtatatggttttcatttttgcaatatcagaaggtatgggaggtgagtttatatgtccttgtaaatttggccaaagcagatcccgttctgtatagccttaatttctataaaaaaaaactcacttgcattcagctttgcacccaaaaacaggacataatttacatctaaccatacaattgacaagccatttatggtcataaatcaacattacacatttcgattatgataaaaagtgataataggataacagatttagaagttgttaagcttgggagatggaagac
gi|7 : tacaagaagagaagcggagcggattcgataaaacccgttggctaccccctgccccacctccccccaaatttttttttttttttcaaaaaaaaggggggggggggacaaggttcccccttttaC----------------C--C------A---AAGA-C-AG----TC-CTA--C-G--CC-T-C-T-GCC-----TT--G-G-TC--C--------TG-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-T-AT----G-AT-G-TT-ATT-CAG-CG---G-A-T--GACTT-AC-A-----T--A---GT-T-CTTT-ATTCGA-GTTAA-GT-A-TAC-G------GT-ATA-TG-GTTT--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TT---TA-CATGTGTAT--GT-C---T-A-G--TA-------AA-TCT--GG-CAA-AGCA-G-T--CGTT-T-GTA-------TTTAAGCC--T--TAA--TG-TT---C-------AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-AGG-A-AT--A-AT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-C-A----TAT---ATT-GAC-AA-G--C----A---TT--AT--G-G-TCA----T----A-T--A-A-TCA--A-A--TT-AT--ACAT-TC-G-G-A-TAT---GGA-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--C-T-AAT-AACA---GA-----AG-G-TT-G-TTA-A-G-C-TG--GG--AGATGG--A-A---G--ACA-AG---------G---GGCG--------GGA-AGATGAGAGGTG-------------GGGCGGGAGAAAG-GAGAGG--A-GAGGCG-G---G------GAA-AGGAGAGAGGG-G-----GCGGA-GAA-G----GGAGAAAGGGA-CCC-CC----------T---TTCCACCCCT
gi|8 : TTTACGATC-GC-T--C-GCCTTCT-CTAACC----CGAAG-AGA-A-GC-G-A---GCG-A-------TCG--TA----AACCC---G-G-C-TA----CCATA---------A-T-CCCACCCCATT-------------C--C------A---AAGAAC-A-----TC-CTA--C-G--CC-T-C-T--CC-----TT--G---TC--C---------G-----TAAGA-------T--A-T-TTT-CCAA-AAGTAT-T-AT----G-A--G-TT-ATTACCA-CG-----A-T--AACTTTAC-A-----T--A---------TAT-ACT----GTTC---T-T-TAC-G------GT-ATA-AG---TT--ATTT--GC----AA-T--ATCAGAA------------------------------------T---TA-T-------TT-GT-C---T-A-G--TACGAAAACAA-TC---GG-CAA-AGCATGTT--CGAT-T-----------------CC--T--TAA--TG-TT---C-------AATA-A-----CA--AC----T-CA-C---T-------CA-T-C----------------------A-AAG-A-AT--A-AT-GTA-C-AT-C-TA-----A---------A-C-A----TAT---ATT-GAC-AA----C----A-T-TT--A---------G----C----A-C--C-A-TCA--C-A---T-ACT-ACAT-TC-G-A-A-TAT---GG--T----T-AAAA-AGT-A--T-G-T---A-T--C-T-AAT-AACA---GA-----AG-G-TT-G-TTA-A-GAC-CT--GG--AGA-GG--A-A------ACA-A----------G---GGC---------GGAGAAAGTA--------------------------------------G--A-GAGGCG-G---A-G---A-AA-AGTAGAGAGGG-G-----C-GGA-G-A-A----GGAAAA---GACCCC-CC----------T---GTCCAACCC
gi|9 : aa-AT-G-TTTATT-TAAACG---G-A-T--GACTT-AC-A-----T--ATACGT-T-CTTT-ATTCGA-GTTAA-GT-G-TAC-GTT----GTCATA-TGTGTTT--TATTT-GC----AAAT--ATCAGAAGG-T-AT--ATATTTTAAGTGATG---CTCTG-A-TTATCTA-T----------GT-CACTT-A-G--AA-------AAATCTAAGG-CAA-AGCA-GTT--CGTT-TTGTAATGTCGGT---GGCC--T--TAAATTG-TTTTTC---T---AAATTA-----CA--ACC---T-CAAC---T--T--G-CA-TTCAG----TTGCGA----C-AAAAA-AGGCA-AT--A-ATCTTA-CTAT-C-TA-----A---------C-C-AATAATAT---ATA-GAC-AA-GA-C----A-TATT--AT--G-G-C--------------------TCA--A-------------------------TAC---GGT-T----T-AAAA-AGT-G--AGG-T-A-A-T--C-T--AT-AAC-----A-----AG-GTTT-G-TTA-A-GAC-TG--GG--AGATGG--A-A---G--ACA-AG---------G---GGCG--------GGAGAAAGGAGAGAGG-------------GGGC--------G-GAGAGA--G-GGGGCGCG---T-G---AGAAGAGGAGAAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|29 ): CCCCCAAATGGATTTTTTTTTCTTTGGGTCGGGAGGAAGGGGGGGGGGGGGCCTGGCCTCTGGTTTAA
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lowQualScore : . . . .. . . . . . .... . . . . ... ....... . ..... .. . . . . .................................................................... . . ..... . .. . .. . . . ..... .. . . .. ................ ... .. . . . . . . . .... . . . . . . ... . . .. . . ..... .. ... . . . . ... ... . ...... . . . .. . .... . .. . . .. .......... . ... .. . . ... .................................... . .. . . . .. . . ........... .. .. .. . ........... . ..... .. .... . . ... .. .. . . . .... . .... . . . . .... . . . . . ................. . .... ... . . . .. .... . . .. .. . . ......... . .. . . .. . .. . .. . ... . . ... . .... . . . .. . . . . . .. . . . ... ..... .. . . . . . ... .. .. .. . ... .. . .......... ... ........ ............. . .. . .. ......... . . . ..... . . ........ . . .......... ...
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consensus : GTTTACGATCCGC-T--C-GC-TTCT-CTA-CA----AGAAG-AGA-A-GC-GGA---GCGGA-------TCG-TA----AA-ACCC-TT-G-GC-T-----CCA-A---------A-T-CCC---C-------C----------------T--C------A---AAGA-C-AG----TC-CTA--C-G--CCT-C-T-GCC-----TT--G-G-TC--C--------T-G-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-T-AT----G-AT-G-TT-ATT-CAA-CG---G-A-T--GACTT-AC-A-----T--A---GT-T-CTTT-ATTCGA-GTTAA-GT-G-TAC-G------GT-ATA-TG-GTTT--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TT---TA-T-------T--GT-C---T-A-G--TA-------AA-TCT--GG-CAA-AGCA-GTT--CGTT-T-GTA-------T---AGCC--T--TAA--TG-TT---C---T---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-AGG-A-AT--A-AT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-C-A----TAT---ATT-GAC-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TCA----T----A-T--A-A-TCA--A-A--TT-AC--ACAT-TC-G-G-A-TAT---GGT-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--C-T-AAT-AACA---GA-----AG-G-TT-G-TTA-A-G-C-TG--GG--AGATGG--A-A---G--ACA-AG---------G---GGCG--------GGAGAAAGGAGAGGTG-------------GGGCGGGAGAAAG-GAGAGG--A-GAGGCG-G---G-G---AGAA-AGGAGAGAGGG-G-----G-GGA-G-A-G----GGAGAAAGGGACCCC-CC----------T---TTCCACCCCT
Reference ( family-1972 ) : GTTTACGATCCGC-T--C-GC-TTCT-CTA-CA----AGAAG-AGA-A-GC-GGA---GCGGA-------TCG-TA----AA-ACCC-TT-G-GC-T-----CCA-A---------A-T-CCC---C-------C----------------T--C------A---AAGA-C-AG----TC-CTA--C-G--CCT-C-T-GCC-----TT--G-G-TC--C--------T-G-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-T-AT----G-AT-G-TT-ATT-CAA-CG---G-A-T--GACTT-AC-A-----T--A---GT-T-CTTT-ATTCGA-GTTAA-GT-G-TAC-G------GT-ATA-TG-GTTT--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TT---TA-T-------T--GT-C---T-A-G--TA-------AA-TCT--GG-CAA-AGCA-GTT--CGTT-T-GTA-------T---AGCC--T--TAA--TG-TT---C---T---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-AGG-A-AT--A-AT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-C-A----TAT---ATT-GAC-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TCA----T----A-T--A-A-TCA--A-A--TT-AC--ACAT-TC-G-G-A-TAT---GGT-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--C-T-AAT-AACA---GA-----AG-G-TT-G-TTA-A-G-C-TG--GG--AGATGG--A-A---G--ACA-AG---------G---GGCG--------GGAGAAAGGAGAGGTG-------------GGGCGGGAGAAAG-GAGAGG--A-GAGGCG-G---G-G---AGAA-AGGAGAGAGGG-G-----G-GGA-G-A-G----GGAGAAAGGGACCCC-CC----------T---TTCCACCCCT
gi|1 : GTTT-CGATC-GC-T--C-GC-T-CT-CTA-CA----AGAAG-AGA-A-GC-GGA---GGGGA-------TCG-TACGT-AA-ACCC-TT-G-GC-T-----CCA-A---------A-T-CCC---C-------C-------------------C------A---AAGA-C-AG----TC-CTA--C-G--CCTGC-T-GCC-----TT--G-G-TC--C--------T-G-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCAA---TTAT-T-AT----G-AT-G-TT-ATT-CAG-CG---G-A-T--GACTT-AC-A-----T--A---GT-T-CT---ATTCGA-GTTAA-GT-A-TAC-G------GT-ATA-TG-GTTT--ATTT--GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TT---TA-CATGTGTAT--GT-C---T-A-G--TA-------AA-TCT--GG-CAA-AGCA-GTT--CGTT-T-GTA-------TTTAAGCC--T--TAA--TG-TT---C---T---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-AGG-A-AT--A-AT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-C-A----TAT---ATT-GAC-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TCA---------A-T--A-A-TCA--A-A--TT-AT--ACAT-TC---G-A-TAT---GGGAT----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--C-T-AAT-AACA---GA-----AG-G-TT-G-TTA-A-G-C-TG--GG--AGATGG--A-A---G--ACA-AG---------G---GGCG--------GGAGAAATGAGAGGTG-------------GGGCGGGAGAAAG-GAGAGG--A-GAGGCG-G---G-G---AGAA-AGGAGAGAGGG-G-----G-GGA-G-A-G----GGAGAAAGGGACCCC-CC----------T---TTCCACCCCT
gi|10 : ----AAAAG-AGA-A-GC-GGA---GCGGA-------TCG-TA----AA--CCG-TT-G-GC-T-----CCC-CT--------C-T-CCC---C-------C----------------T--CCATTTCA---AAGA-C-A------T-CTA--C-G--CCT-C-T-GC------TT--G-G-TC--C--------T-G-----TAAGA---AGGA---A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-T-AT----G-AT-G-TT-ATT-CA--CG---G-A-T--GACTT-ACTA-----T------GT-T-CTTT-ATTCGA-GTTAA-GT-G-CAC-G------GT-ATAGTG-GTTT--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TT---TA-T-------TATGT-C---T-T-G--TA-------AA-T-T--GG-CAA-AGCA-GAT---GTT-T-GTA-------T---AGCT--T----A--TG-TTT--C---T---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-AGG-A-AT----AT-TTA-C-AT-C-TA-----A-----------C-A----TAC---ATT-GAC-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TCA----T----A-T--A-A-TCA--T-A--TTAAC--ACAT-TCGG-G-A-TAT---GGT-T----T--AAA-AGT-G----G-T-A-A-T--A-T-AAT-AACA---GA-----AG-G-TT-G-TTA-A-G-C-T---GG--AGATGG--A-A---G--ACA-
gi|11 : cA-------T---AGCC--TGATAAA-TG-TT---CGTCT---AAAA-A-----CA--AC----TTCA-C---T--T--G-CA-TTCAGGGTTTTGC-AGGCAT-ACAAA-AGG-G-AT--A-AT-TTAGC-AT-C-TACATTCA---------A-C-A----TAT---ATT-GAT-AA-G--CTGTGA-T-TT--AT--GCG-TCA----TTGAAA-T--ACA-TCACTATA--TTAACAAACATCTC-G-G-A--AT---GTT-TCAAAC-AAAA-AAT-A--G-G-T-A-ACT--C-TGAAT-AACGCATGA-----AGAA-TT-GATTA-ACA-T-TG--GGAAAGATGACTA-A---GGAACATAGAACCAACTCG---GGCC--------AGAAAGGGGAGAGATGGCGA---------GGGCGGGAGAAAGAGAGAGGGAG-GAGGCG-GTTCG-G---TGAG-ATGTAAGAGGA-G-----C-AGA-A-G-G----GGA
gi|12 : ttgtatagagC--T--TAA--TG-TT---A---A---AAAA-A-----CACAAC----T-CA-C---TGCT--G-CA-T-CAG----TTGC-A----CCAAAAA-ATG-A-AT--AGAC-TTA-C-AT-C-TA-----AATCCAGTAACGC-A----TATC--ATTAGACCAA-G--C----AGT-TT--AT--G---TCA----TCTG-A-T--A-AATCGC-A-A--TA-AC--ACAA-TC-GTGCA-TAT---GGT-T----C-CAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--C-TTAAT-AACACA-AA-----AG-G-TT-G-TTA-A-G-G-TG--TG--AGATGG--A-A---G--ACA-AA---------GGCGGGCGAGAAAGGAGGAGAGGGGAGCGGAGATAAGGAAGACGTGGGCGGGAGAAGG-AAGAA---A-GGGGCG-G---CTG---AGAA--TGAGAGAGGGTGC----G-GGATG-A-AGCACGGAG-AAGGGACCCC-CC----------TTAATCCCACCCC
gi|13 : CAGAAGG-T-AT--G----------GATG---CT--G-A-TT---T-------------------------------------A-TCT--GG-CAA-AGCA-GTT--TGTT-T-GTA-------T---ATCC--T--TAA--TG-CT---C---T---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-AGG-A-AT--A-AT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-C-A----TAT---ATT-GAC-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TCA----T----A-T--A-A-TCA--A-A--TT-AC--ACAT-TC-G-G-A-TAT---GGT-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--C-T--AT-AACA---AA-----AC-G-TT-G-TTA-A-G-C-TG--GG--AGATGG--A-A---G--ACA-AG---------G---GGCG--------GAAGAAAGGAGAGGTG-------------GGGCGGGAGAAAG-GAGAGG--A-GAGGC--G---G-G---AGAA-ATGAGAGAGGG-GGC---G-GGA-GAA-G----GGAGAAAGGGACCCC-CC----------T---TTCCACCCCct
gi|14 : ----AGAAG-AGA-AAGC-GGA---GCGGA-------TCG-T-----AA-ACCC-TTGG-GC-C-----CTA-ACCT------A-C-CCC---CCCCTCCTC----------------T--C------A---AAGA-CAAA----TC-CTA--C-GC-CCT-C-T-G-C-----TT--G-G-TC--C--------TAA-----TAAGA---AGGAT--ATT-TTT-CCAA-A-TTc
gi|15 : ----AA-ACCT-TT-G-GC-T-----TCC-ACTCACCCCCA-C-CCC---C-------C----------------TT-C------AT--AAGA-C-AA----TCTCTA--C-G--CCT-C-TTGCCAGATATG--G-G-TC--CGATGGTATT-GGAATCCAAGAGTAAGGATTCA-T-TTCGCTAA-G-TTAT-T-AT----GCAT-G-TT-AAT-CAA-CG---G-AAT--GGCG--AC-A-----T--AA--GTGT-CTTTGATTTGAAGTTAC-GTAG-TAC-G------GT-ATA-TG-GTTT--A-TTT-GCTCATAG-T--TTCAGAAGG-T-AT--G----------GAGGCCCCT--G-A-TT---AATT-------T--GT-C---T-ATGTTTA-------AT-TCT--GGCCAATAGCA-GTT--CATT-T-GTA-------TA--AGCCCGT--T-A--TG-GT-------T---AAAA-AGTTATCA--AC----T-CA-CACTT--T--G-CA-T-Ctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatct
gi|16 : ttattc-CCC---C-------C----------------T--CTTCA--G---AGGA-C-AA----TC-CTA--C-G--CCT-C-T-GCT-----TT--G-G-TC--C--------T-A-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-TTAT----G--T-G-TT-ATT-CAA-CG---G-A-T--GGCTT-AC-A-----T--A---GT-TTCTTT-ATTCGA-GTT--------------------------------T--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TT---TA-T-------TT-GT-C---TTA-G--TG-------AA-TCT--GG-CAA-AGCA-GTT--CGTT-T-GTA-------T---AGCC--T--TAA--TT-GT---C-------AAAA-A-----CA--AC----TACA-C---T--T--G-TA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-TGG-A-
gi|17 : ccc-CCC---C-------C----------------TTTC------A---AAGA-C-AA----TC-CTA--C-G--C-T-C-T-GCC-----TT--G-G-TC--C--------T-A-----TAAGA---GG--T--A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-T-ATTATTG-AT-G-TT-ATT-CAA-CG---G-A-T--G-CTT-AC-A-----T--A---GT-T-TTTT-ATTCGA-GTT--------------------------------T--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TT---TA-T-------TT-GT-C---T-A-G--TA-------AA-TCT--GG-CAA-AGCA-GTT--CGTT-T-GTA-------T---AGCC--T--TAA--TG-TT---C---A---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAA
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gi|32 : tAG-AGAGA-GC-GGA---GCGGA-------TCG-TA----AAGACCC-TT-G-GC-T-----agcgaa
gi|33 : AG-AGA-A-GC-GG----GCGGA-------TCG-T-----AA-ACCC-TT-G-GC-T-----atagcg
gi|34 : GTTTACGATCCGC-TC-C-GC-TTCT-CTA-CA----Aagcgaag
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gi|37 : ttgtAG-AGA-A-GC-GGA---GCGGA-------TCG-T-----AA-ACCC-TT-G-GC-T-----ag
gi|38 : gtAG-AGA-A-G----A---GCGGG-------TCG-TA-----A-ATCC-TT-G-GC-T-----a
gi|4 : cgTTTACGATCCGC-T--CCGCCTTCT-CTA-AACGATAAAGG-AGA-A-GC-AGACGAGCGGAGAACATACCG-TAC---AA-ACCG-CT-A-GCATA----CCA-ATCC------A-G-CCC---C-------CAGTTGTTGGGTTGGTGT--C------A---AAGA-C-CGACATTC-ATA--CTG--CCT-C-T-CCC-----TTC-G-G-TC--T--------T-T-----TAAGA---AGGAT--A-T-TT--CCAA-A-TTAT-T-AT----G-AT-G-TTAATT-CAA-AGGGAG-A-TCGAACTT-AC-A-----T--A---GT-T-CTTT---------TTAC-GC-G-T-----------C-ATA-TGTGTTT--ATTTT-GC----AA-TTAGTCAGA----------------------------------A-TT---TA-TTG-----T--GT-C---T-A-G--T---------A-TCT---G-CAA-AGCA-GTT--C------GTA-------T---TGCCT-T--TAA--TG-TT---T---C---AAAG-A-----CA--ACAACTT-CA-C---T--TAGG-CA-T-CA----------A----C-AGGAATAAG-A-AT-----T-TTA-C-AT-CGTA-----A-----------A-A----TAT---ATT-GAC-AA-GACC----A-T-TTGCATTAGCG-TCA----TG---A-T--C-A-TCA--A-ACTTC-AC--ACAT-TC-G-G-A-TATTGGGAT-T----T-AAAA-AGT-GTAA-T-T-AGA-T--CTT-AAT-AACA---GA-----GC-G-TTCG-TTA-A-G-C-TG--GA--CGATGG--A-ACGCA--ACAGAG---------A---GGCG--------GG-GGACGTAAAGAT---------------AATGAAAGAAAG-AAGAagcg
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consensus : GTTTACGATCCGC-T--C-GC-TTCT-CTA-CA----AGAAG-AGA-A-GC-GGA---GCGGA-------TCG-TA----AA-ACCC-TT-G-GC-T-----CCA-A---------A-T-CCC---C-------C----------------T--C------A---AAGA-C-AG----TC-CTA--C-G--CCT-C-T-GCC-----TT--G-G-TC--C--------T-G-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-T-AT----G-AT-G-TT-ATT-CAA-CG---G-A-T--GACTT-AC-A-----T--A---GT-T-CTTT-ATTCGA-GTTAA-GT-G-TAC-G------GT-ATA-TG-GTTT--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TT---TA-T-------T--GT-C---T-A-G--TA-------AA-TCT--GG-CAA-AGCA-GTT--CGTT-T-GTA-------T---AGCC--T--TAA--TG-TT---C---T---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-AGG-A-AT--A-AT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-C-A----TAT---ATT-GAC-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TCA----T----A-T--A-A-TCA--A-A--TT-AC--ACAT-TC-G-G-A-TAT---GGT-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--C-T-AAT-AACA---GA-----AG-G-TT-G-TTA-A-G-C-TG--GG--AGATGG--A-A---G--ACA-AG---------G---GGCG--------GGAGAAAGGAGAGGTG-------------GGGCGGGAGAAAG-GAGAGG--A-GAGGCG-G---G-G---AGAA-AGGAGAGAGGG-G-----G-GGA-G-A-G----GGAGAAAGGGACCCC-CC----------T---TTCCACCCCT
Reference ( family-1972 ) : GTTTACGATCCGC-T--C-GC-TTCT-CTA-CA----AGAAG-AGA-A-GC-GGA---GCGGA-------TCG-TA----AA-ACCC-TT-G-GC-T-----CCA-A---------A-T-CCC---C-------C----------------T--C------A---AAGA-C-AG----TC-CTA--C-G--CCT-C-T-GCC-----TT--G-G-TC--C--------T-G-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-T-AT----G-AT-G-TT-ATT-CAA-CG---G-A-T--GACTT-AC-A-----T--A---GT-T-CTTT-ATTCGA-GTTAA-GT-G-TAC-G------GT-ATA-TG-GTTT--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TT---TA-T-------T--GT-C---T-A-G--TA-------AA-TCT--GG-CAA-AGCA-GTT--CGTT-T-GTA-------T---AGCC--T--TAA--TG-TT---C---T---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-AGG-A-AT--A-AT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-C-A----TAT---ATT-GAC-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TCA----T----A-T--A-A-TCA--A-A--TT-AC--ACAT-TC-G-G-A-TAT---GGT-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--C-T-AAT-AACA---GA-----AG-G-TT-G-TTA-A-G-C-TG--GG--AGATGG--A-A---G--ACA-AG---------G---GGCG--------GGAGAAAGGAGAGGTG-------------GGGCGGGAGAAAG-GAGAGG--A-GAGGCG-G---G-G---AGAA-AGGAGAGAGGG-G-----G-GGA-G-A-G----GGAGAAAGGGACCCC-CC----------T---TTCCACCCCT
gi|1 : GTTT-CGATC-GC-T--C-GC-T-CT-CTA-CA----AGAAG-AGA-A-GC-GGA---GGGGA-------TCG-TACGT-AA-ACCC-TT-G-GC-T-----CCA-A---------A-T-CCC---C-------C-------------------C------A---AAGA-C-AG----TC-CTA--C-G--CCTGC-T-GCC-----TT--G-G-TC--C--------T-G-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCAA---TTAT-T-AT----G-AT-G-TT-ATT-CAG-CG---G-A-T--GACTT-AC-A-----T--A---GT-T-CT---ATTCGA-GTTAA-GT-A-TAC-G------GT-ATA-TG-GTTT--ATTT--GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TT---TA-CATGTGTAT--GT-C---T-A-G--TA-------AA-TCT--GG-CAA-AGCA-GTT--CGTT-T-GTA-------TTTAAGCC--T--TAA--TG-TT---C---T---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-AGG-A-AT--A-AT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-C-A----TAT---ATT-GAC-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TCA---------A-T--A-A-TCA--A-A--TT-AT--ACAT-TC---G-A-TAT---GGGAT----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--C-T-AAT-AACA---GA-----AG-G-TT-G-TTA-A-G-C-TG--GG--AGATGG--A-A---G--ACA-AG---------G---GGCG--------GGAGAAATGAGAGGTG-------------GGGCGGGAGAAAG-GAGAGG--A-GAGGCG-G---G-G---AGAA-AGGAGAGAGGG-G-----G-GGA-G-A-G----GGAGAAAGGGACCCC-CC----------T---TTCCACCCCT
gi|10 : ----AAAAG-AGA-A-GC-GGA---GCGGA-------TCG-TA----AA--CCG-TT-G-GC-T-----CCC-CT--------C-T-CCC---C-------C----------------T--CCATTTCA---AAGA-C-A------T-CTA--C-G--CCT-C-T-GC------TT--G-G-TC--C--------T-G-----TAAGA---AGGA---A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-T-AT----G-AT-G-TT-ATT-CA--CG---G-A-T--GACTT-ACTA-----T------GT-T-CTTT-ATTCGA-GTTAA-GT-G-CAC-G------GT-ATAGTG-GTTT--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TT---TA-T-------TATGT-C---T-T-G--TA-------AA-T-T--GG-CAA-AGCA-GAT---GTT-T-GTA-------T---AGCT--T----A--TG-TTT--C---T---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-AGG-A-AT----AT-TTA-C-AT-C-TA-----A-----------C-A----TAC---ATT-GAC-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TCA----T----A-T--A-A-TCA--T-A--TTAAC--ACAT-TCGG-G-A-TAT---GGT-T----T--AAA-AGT-G----G-T-A-A-T--A-T-AAT-AACA---GA-----AG-G-TT-G-TTA-A-G-C-T---GG--AGATGG--A-A---G--ACA-
gi|11 : cA-------T---AGCC--TGATAAA-TG-TT---CGTCT---AAAA-A-----CA--AC----TTCA-C---T--T--G-CA-TTCAGGGTTTTGC-AGGCAT-ACAAA-AGG-G-AT--A-AT-TTAGC-AT-C-TACATTCA---------A-C-A----TAT---ATT-GAT-AA-G--CTGTGA-T-TT--AT--GCG-TCA----TTGAAA-T--ACA-TCACTATA--TTAACAAACATCTC-G-G-A--AT---GTT-TCAAAC-AAAA-AAT-A--G-G-T-A-ACT--C-TGAAT-AACGCATGA-----AGAA-TT-GATTA-ACA-T-TG--GGAAAGATGACTA-A---GGAACATAGAACCAACTCG---GGCC--------AGAAAGGGGAGAGATGGCGA---------GGGCGGGAGAAAGAGAGAGGGAG-GAGGCG-GTTCG-G---TGAG-ATGTAAGAGGA-G-----C-AGA-A-G-G----GGA
gi|12 : ttgtatagagC--T--TAA--TG-TT---A---A---AAAA-A-----CACAAC----T-CA-C---TGCT--G-CA-T-CAG----TTGC-A----CCAAAAA-ATG-A-AT--AGAC-TTA-C-AT-C-TA-----AATCCAGTAACGC-A----TATC--ATTAGACCAA-G--C----AGT-TT--AT--G---TCA----TCTG-A-T--A-AATCGC-A-A--TA-AC--ACAA-TC-GTGCA-TAT---GGT-T----C-CAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--C-TTAAT-AACACA-AA-----AG-G-TT-G-TTA-A-G-G-TG--TG--AGATGG--A-A---G--ACA-AA---------GGCGGGCGAGAAAGGAGGAGAGGGGAGCGGAGATAAGGAAGACGTGGGCGGGAGAAGG-AAGAA---A-GGGGCG-G---CTG---AGAA--TGAGAGAGGGTGC----G-GGATG-A-AGCACGGAG-AAGGGACCCC-CC----------TTAATCCCACCCC
gi|13 : CAGAAGG-T-AT--G----------GATG---CT--G-A-TT---T-------------------------------------A-TCT--GG-CAA-AGCA-GTT--TGTT-T-GTA-------T---ATCC--T--TAA--TG-CT---C---T---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-AGG-A-AT--A-AT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-C-A----TAT---ATT-GAC-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TCA----T----A-T--A-A-TCA--A-A--TT-AC--ACAT-TC-G-G-A-TAT---GGT-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--C-T--AT-AACA---AA-----AC-G-TT-G-TTA-A-G-C-TG--GG--AGATGG--A-A---G--ACA-AG---------G---GGCG--------GAAGAAAGGAGAGGTG-------------GGGCGGGAGAAAG-GAGAGG--A-GAGGC--G---G-G---AGAA-ATGAGAGAGGG-GGC---G-GGA-GAA-G----GGAGAAAGGGACCCC-CC----------T---TTCCACCCCct
gi|14 : ----AGAAG-AGA-AAGC-GGA---GCGGA-------TCG-T-----AA-ACCC-TTGG-GC-C-----CTA-ACCT------A-C-CCC---CCCCTCCTC----------------T--C------A---AAGA-CAAA----TC-CTA--C-GC-CCT-C-T-G-C-----TT--G-G-TC--C--------TAA-----TAAGA---AGGAT--ATT-TTT-CCAA-A-TTc
gi|15 : ----AA-ACCT-TT-G-GC-T-----TCC-ACTCACCCCCA-C-CCC---C-------C----------------TT-C------AT--AAGA-C-AA----TCTCTA--C-G--CCT-C-TTGCCAGATATG--G-G-TC--CGATGGTATT-GGAATCCAAGAGTAAGGATTCA-T-TTCGCTAA-G-TTAT-T-AT----GCAT-G-TT-AAT-CAA-CG---G-AAT--GGCG--AC-A-----T--AA--GTGT-CTTTGATTTGAAGTTAC-GTAG-TAC-G------GT-ATA-TG-GTTT--A-TTT-GCTCATAG-T--TTCAGAAGG-T-AT--G----------GAGGCCCCT--G-A-TT---AATT-------T--GT-C---T-ATGTTTA-------AT-TCT--GGCCAATAGCA-GTT--CATT-T-GTA-------TA--AGCCCGT--T-A--TG-GT-------T---AAAA-AGTTATCA--AC----T-CA-CACTT--T--G-CA-T-Ctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatct
gi|16 : ttattc-CCC---C-------C----------------T--CTTCA--G---AGGA-C-AA----TC-CTA--C-G--CCT-C-T-GCT-----TT--G-G-TC--C--------T-A-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-TTAT----G--T-G-TT-ATT-CAA-CG---G-A-T--GGCTT-AC-A-----T--A---GT-TTCTTT-ATTCGA-GTT--------------------------------T--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TT---TA-T-------TT-GT-C---TTA-G--TG-------AA-TCT--GG-CAA-AGCA-GTT--CGTT-T-GTA-------T---AGCC--T--TAA--TT-GT---C-------AAAA-A-----CA--AC----TACA-C---T--T--G-TA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-TGG-A-
gi|17 : ccc-CCC---C-------C----------------TTTC------A---AAGA-C-AA----TC-CTA--C-G--C-T-C-T-GCC-----TT--G-G-TC--C--------T-A-----TAAGA---GG--T--A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-T-ATTATTG-AT-G-TT-ATT-CAA-CG---G-A-T--G-CTT-AC-A-----T--A---GT-T-TTTT-ATTCGA-GTT--------------------------------T--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TT---TA-T-------TT-GT-C---T-A-G--TA-------AA-TCT--GG-CAA-AGCA-GTT--CGTT-T-GTA-------T---AGCC--T--TAA--TG-TT---C---A---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAA
gi|18 : ccccc-CCC---C-------T----------------T--C------A---AAGA-C-AA----TC-CTA--C-G--CCT-C-T-GCC-----TT--G-G-TC--C--------T-A-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-T-AT----G-AT-G-TT-ATT-CAA-CG---G-A-T--GGCTT-AC-A-----T--A---GT-T-CTTT-AC------------------------------ATA-T-----T--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAGC-T-AT--G----------GAGG---CT--ATA-TT---TA-T-------G--TT-C---TTA-G--TA-------AA-TCT--GG-CCA-AGCA-GTT--CGTT-T-GTA-------T---AACC--T--TGA--TG-TT---C---A---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--GCCA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-TGG-A-tg
gi|19 : cccT-TTA-C-ATTC-TT-----A---------C-TTA----TAT----TT-GAA-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TCA----T----A-T--A-A-TCA--A-A--TT-AC--ACAT-TC-G-G-A-TAT---GGT-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--C-T-AATAAACA---GA-----GG-A-TT-G-TTACA-G-G-TG--GG--AGATAG--A-A---G--ACA-AN---------N---NNNN--------NNNNNNNNNNNNNNNN-------------NNNNNNNNNNNNN-NNNNNN--N-NNNNNN-N---N-N---NNNN-NNNNNNNNNNN-N-----N-NNN-N-N-N----NNNNNNNNNNA-CCC-CC----------T---TTCCACCCCT
gi|2 : TCCGC-TACC-GC-TTCTTCTA-CA----AGA----GA-A-GC-GGA---GCGGA-------T----G----AA-ACCC-TT-GCGC-TGGATACCA-A---------AATACCC---C-------CAT--------------T--C------A---AAGA-CCAG----TC-CTATAC-G--CCT-C-T-GCC-----TT--T-G-TC--C--------T-G-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-T-AT----GAAT-G-TT--TT-CAA-CG---GAA-T--GAC-T-AC-A-----T--A----T-T-C-TT-ATTCGA-G-TAA-GT-GTTACGG------GT-ATA-TG-GCTT---TTTT-GC----AA-T--ATCAGAAGG-TGAT--G----------GATG---CTG-G-A-TT---TA---------T--G--C---T-A-GC-TA-------AA-TCT--GG-C-A-AGCA-GTT--GGTT-T-GTA-------T---AGCC--T--TAA--TG-TT---C---TTA-AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTAC-A----C-AAAAA-AGA-A-ATAAA-AT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------A-A-A----TTT---AT---AC-A-----C----A-T-CT--AT--G-A-TCATAATT----A-T--A-A-TCA--A-A--TTAAC--ACAT-TC-G-G----AT---GGT-T----TCAAAA-AGTGG--A-GTT-A-A-T--C-T-AAT-AACA---GA-----A--G-TT-A-ATA-A-G-C-TGGCGG--AGAT-G--A-A---G--ACA------------G---GGCG--------G--GAAAGGAGAGTGG-------------GGGCGGGAAAAAG-GAGAGG--A-GAGGC------G-G---AGAA-AGGAGAGAGGG-C-----G-GAG-A-A-T----GGAGAAAGGGACCCC-CT----------T---CTCCACCCC
gi|20 : t-TTA-C-AT-T-TA-----A---------T-T-A----TATTATATT-GAA-AATG--C----A-T-CT--CT--ATG-TCA----T----AGT--A-A-TCA--A-AA-TT-AC--ACCA-TC-G-G-A-TAT---GGT-T----T-AAAACAGT-G--ATGCT-A-A-TCAC-T-AAT-ACCA---GA-----AGCA-TT-G-TTA-A-G-G-TG--GG--AGATAG--A-A---G--ACA-
gi|21 : T-T-AT----G-AT-G-TT-ATT-CAA-CG---G-A-T--GACTT-AC-A-----TGTA---GT-T-CTTT-ATTCGA-GTTAAAGT-G-TAC-G------GT-ATA-TG-GTTT--ATTTT-GT----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--A----------GAGG---CT--G-A-TT---T------------------------------------AA-TCT--GG-CAA-AGCA-GTT--CG
gi|22 : -CCC---C-------CAT--------------T--C------A---AAGA-C-AA----TC-CTATTC-GGTCCT-C-T-CCC-----TTAGG-G-TCTGC--------T-C-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTTCCCAATA-TTATAT-AT----G-AT-GTTT-ATT-TAA-CG---G-A-T--G
gi|23 : ccccccc-A---G--ACG-AG---------G---GAAG--------GGCGAAGCGAGAAGTGT------------AGATAAGAGGTAA-GATAGA--ATGAGAAG-G---A-GTCAACAG-ACGAGGGCGTG-GCGGTAG-GAA-A-A-G----GGAGAAAGGGACCCC-CC----------T---TTCCACCCCTcacctcctactatgt
gi|24 : gT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-T-A----TAT---ATT-GAA-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TCA----T----A-T--A-A-TCA--A-A--TT-AC--ACAT-TC-G-G-A-TAT---GGT-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--C-T-AAT-AACA---GA-----AG-A-TT-G-TTA-A-G---TG--GG--AGATAG--A-A---G--ACc
gi|26 : T-C-TA-----A---------C-T-A-----AT---ATT-GA--AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TCA----T----A-T--A-A-TCA--A-A--TT-AC--ACAT-TC-G-G-A-TAT---GAT-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--C-T-AAT-A--A---GA-----A--A-TT-G-TTA-A-G-G-TG--GG--AGATAG--ACA---G--A
gi|27 : ttaacTA-C-AT-C-TA-----A---------C-T-A----TAT---AT-----------------------------G-G-TCA----T----A-T--A-A-TCA--A-A--TT-AC--ACAT-TC-G-G-A-TAT---GGT-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--C-T-AAT-AACA---GA-----AG-A-TT-G-TTA-A-G-G-TG--GG--A-ATAG--A-A---G--ACA-
gi|28 : CGGAA------TCG-TA----AA---CC-TT-G-GA-TA----CCA-A---------AAT-CCC---C-------C----------------T--CCCGA--ATTCAGGA-T-AG----GT-CTAGAC-G--CCT-C-T-GCC-----T
gi|3 : gttaA-CA----AGAAGGAGA-A-GCCAGA---GCGGA-------TCG-TA----AA---CC-TT-G--C-TA----CCA-A---------T-C-CCC---C-------C----------------T--CCCTTA-A---AAGA-C-AG----TC-CTAA-C-GG-CCT-CCT-GCC-----TT--G-GGTC--C--------T-G-----TAACG---AGGAT--A-T-TTT-CCAA-ATTTAT-T-AT----C-AT-G-TT-ATT--AA-CG---G-A-T--GAGCT-AC-A-----T--A---GT-T-TTTT-ATTCGA-G-TAA-GT-G-TAC-GTTACATGT-ATA-TG-GTTT--A-TTT-GC----AA-T--ATCAGAAGGTT-ATGGG----------GAGG---CT--G-A-TT---T----------------------------------------------------GCA-GTT--CG-T-T-AAA-------T---AG-C--T--TAA--TGTTT---C---T---AAAA--------A--AC------------------------T-CAG----TTGC-A----C--AAAA-AGG-A-AT--A-TG-TTA-A-AT-C-TATAACCA---------C-T-A----TAT---ATT-GAC-GA-G--C----A-T-TT--GT--G-GTTTA----T----A-TAAA-A-TCA--A-A---T-AC--AATT-TC-G-G-A-TAT---GGT-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-TAA-A-T--C-T-AAT-AACA---GA-----AG-G-TT-G-TTA-A-G-A-TG--GG--AGAT-G--A-A---G--ACA-AG---------
gi|3 : A-G-A-T----GGGGAA-GGGACCCC-CC----------T---TTCCACCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatggggaagggacccccctttccaccccc
gi|30 : acaagaaggagaagccagagcggatcgtaaaccttgctaccaatcccccctcccttaaaagacagtcctaacggcctcctgccttgggtcctgtaacgaggatattttccaaatttattatcatgttattaacggatgagctacatagttttttattcgagtaagtgtacgttacatgtatatggtttatttgcaatatcagaaggttatggggaggctgatttgcagttcgttaaatagcttaatgtttctaaaaaactcagttgcacaaaaaggaatatgttaaatctataaccactatatattgacgagcatttgtggtttatataaaatcaaatacaatttcggatatggtttaaaaagtgagtaaatctaataacagaaggttgttaagatgggagatgaagacaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-AGGAGAGAGGG-GT----G-GGA-G-AAG----GGAGAAAGGGACCCCGCCCCCTATATAAT---TTCCACCCCc
gi|31 : AG-AGA-A-GC-GGA---GCGGA-------TCG-GATCGTAA-ACCC-TT-G-GC-T-----ctc
gi|32 : tAG-AGAGA-GC-GGA---GCGGA-------TCG-TA----AAGACCC-TT-G-GC-T-----agcgaa
gi|33 : AG-AGA-A-GC-GG----GCGGA-------TCG-T-----AA-ACCC-TT-G-GC-T-----atagcg
gi|34 : GTTTACGATCCGC-TC-C-GC-TTCT-CTA-CA----Aagcgaag
gi|34 : gTCCGC-T--C-GT-T---------------GTAG-AGA-A-GC-GGA---GCGGA-------TCG-TA----AA-cgagcgga
gi|35 : gg-T-CAG----TTAC-A----C-AAAAA-AGG-A-AT--A-AT-TTA-C-AT-T-TA-----A---------A-C-A----
gi|36 : AG-TGA-A-GC-GGA---GCGGA-------T-G-T------A-ACCC-TT-G-GC-T-----
gi|37 : ttgtAG-AGA-A-GC-GGA---GCGGA-------TCG-T-----AA-ACCC-TT-G-GC-T-----ag
gi|38 : gtAG-AGA-A-G----A---GCGGG-------TCG-TA-----A-ATCC-TT-G-GC-T-----a
gi|4 : cgTTTACGATCCGC-T--CCGCCTTCT-CTA-AACGATAAAGG-AGA-A-GC-AGACGAGCGGAGAACATACCG-TAC---AA-ACCG-CT-A-GCATA----CCA-ATCC------A-G-CCC---C-------CAGTTGTTGGGTTGGTGT--C------A---AAGA-C-CGACATTC-ATA--CTG--CCT-C-T-CCC-----TTC-G-G-TC--T--------T-T-----TAAGA---AGGAT--A-T-TT--CCAA-A-TTAT-T-AT----G-AT-G-TTAATT-CAA-AGGGAG-A-TCGAACTT-AC-A-----T--A---GT-T-CTTT---------TTAC-GC-G-T-----------C-ATA-TGTGTTT--ATTTT-GC----AA-TTAGTCAGA----------------------------------A-TT---TA-TTG-----T--GT-C---T-A-G--T---------A-TCT---G-CAA-AGCA-GTT--C------GTA-------T---TGCCT-T--TAA--TG-TT---T---C---AAAG-A-----CA--ACAACTT-CA-C---T--TAGG-CA-T-CA----------A----C-AGGAATAAG-A-AT-----T-TTA-C-AT-CGTA-----A-----------A-A----TAT---ATT-GAC-AA-GACC----A-T-TTGCATTAGCG-TCA----TG---A-T--C-A-TCA--A-ACTTC-AC--ACAT-TC-G-G-A-TATTGGGAT-T----T-AAAA-AGT-GTAA-T-T-AGA-T--CTT-AAT-AACA---GA-----GC-G-TTCG-TTA-A-G-C-TG--GA--CGATGG--A-ACGCA--ACAGAG---------A---GGCG--------GG-GGACGTAAAGAT---------------AATGAAAGAAAG-AAGAagcg
gi|5 : aGTTTACGATCCGCGC--C-GC-TTCT-CTA-CA----AGAAG-AGA-A-GC-G-A---GCGGA-------GCG--A----AA-ACC--TT-G-GC-TA----CCA-A---------A-T-CCC---C-------C----------------C--CCCCA--ATTCAAGA-C-AG----TC-CTATAC-G--CCT-C-T-GTC-----TT--G-G-TC--C--------T-G-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-T-AT----G-ATTG-TT-ATT-CAA-CG---G----------------------------------------------TTAA-GT-G-TAC-G------GT-GTA-TG-GTTT--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAG--T-AT--G----------GATG---CT------------A-T-------T--AT-C---T--------------------T--GG-CAA-AGCA-GTT--TGTT-T-GTA-------T---ATCC--T--TAA--TG-CT---C---T---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-AAG-A-AT--A-AT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-C-A----TAT----TT-GAC-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-T-GCA----T----A-T--A-A-TCA--A-A--TT-AC--ACAT-TC---G-A-TAT---GGT-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--C-T--AT-AACA---AA-----AC-G-TT-G-TTA-A-G-C-T---GG--AGATGG--A-A---G--ACA-A----------G---GGCG--------GAAGAAAGGAGAGGTG-------------GGGCGGGAGAAAG-GAGAGG--A-GAG--G-G---G-G---AGAA-A-AAGAGAGGG-G-----G-CGG-G-A-GA---AGAGAAAGGA--CCC-CC----------T---TTCCACCCCa
gi|6 : TA-CA----AGAAG-AGA-A-GC-GGA---GCGGAT------TCGATA----AA-ACCCGTT-G-GC-T-------------------A-C-CCC---C-------
gi|6 : AAAAAGGG-G-----G-GG------G----GGGGACAAGGTTCCC-CC----------T---TTTAACGCCTtgccccacctccccccaaatttttttttttttttcaaaaaaaaggggggggggggacaaggttcccccttttaacgcctcgtcttgcgtccttaagaaggattatctttccaaatatatgattgttattcaacggcatacttacactatatagtcttattcgattcaagtagtacgtatatggttttcatttttgcaatatcagaaggtatgggaggtgagtttatatgtccttgtaaatttggccaaagcagatcccgttctgtatagccttaatttctataaaaaaaaactcacttgcattcagctttgcacccaaaaacaggacataatttacatctaaccatacaattgacaagccatttatggtcataaatcaacattacacatttcgattatgataaaaagtgataataggataacagatttagaagttgttaagcttgggagatggaagac
gi|6 : tacaagaagagaagcggagcggattcgataaaacccgttggctaccccctgccccacctccccccaaatttttttttttttttcaaaA--C-G--CCT-C---GTC-----TT--GCG-TC--C--------T-------TAAGA---AGGATT-A-TCTTT-CCAA-A-T-AT---AT----G-ATTG-TT-ATT-CAA-CG---GCA-T---ACTT-AC-ACTATAT--A---GT-C---TT-ATTCGA-TTCAA-GTAG-TAC-G-------T-ATA-TG-GTTTTCATTTTTGC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GGAG---GT--G-AGTT---TA-TA------T--GTCC---T-T-G--TA-------AA-TTT--GGCCAA-AGCA-GATCCCGTTCT-GTA-------T---AGCC--T--TAA--T--TT---C---TATAAAAA-A-----AA--AC----T-CA-C---T--T--G-CATT-CAGCT--TTGC-ACC--C-AAAAACAGG-ACAT--A-AT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-C-A----TACA--ATT-GAC-AA-GC-C----A-T-TT--AT--G-G-TCA----T----A----A-A-TCA--ACA--TT-AC--ACAT-TT-C-G-ATTAT---GA-------T-AAAA-AGT-G--A---T-A-A-T--A-G-GAT-AACA---GATTTAGAA-G-TT-G-TTA-A-G-CTTG--GG--AGATGG--A-A---G--ACcgtcttgcgtccttaagaaggattatctttccaaatatatgattgttattcaacggcatacttacactatatagtcttattcgattcaagtagtacgtatatggttttcatttttgcaatatcagaaggtatgggaggtgagtttatatgtccttgtaaatttggccaaagcagatcccgttctgtatagccttaatttctataaaaaaaaactcacttgcattcagctttgcacccaaaaacaggacataatttacatctaaccatacaattgacaagccatttatggtcataaatcaacattacacatttcgattatgataaaaagtgataataggataacagatttagaagttgttaagcttgggagatggaagac
gi|7 : tacaagaagagaagcggagcggattcgataaaacccgttggctaccccctgccccacctccccccaaatttttttttttttttcaaaaaaaaggggggggggggacaaggttccccctttta-------C----------------C--C------A---AAGA-C-AG----TC-CTA--C-G--CCT-C-T-GCC-----TT--G-G-TC--C--------T-G-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-T-AT----G-AT-G-TT-ATT-CAG-CG---G-A-T--GACTT-AC-A-----T--A---GT-T-CTTT-ATTCGA-GTTAA-GT-A-TAC-G------GT-ATA-TG-GTTT--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TT---TA-CATGTGTAT--GT-C---T-A-G--TA-------AA-TCT--GG-CAA-AGCA-G-T--CGTT-T-GTA-------TTTAAGCC--T--TAA--TG-TT---C-------AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-AGG-A-AT--A-AT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-C-A----TAT---ATT-GAC-AA-G--C----A---TT--AT--G-G-TCA----T----A-T--A-A-TCA--A-A--TT-AT--ACAT-TC-G-G-A-TAT---GGA-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--C-T-AAT-AACA---GA-----AG-G-TT-G-TTA-A-G-C-TG--GG--AGATGG--A-A---G--ACA-AG---------G---GGCG--------GGA-AGATGAGAGGTG-------------GGGCGGGAGAAAG-GAGAGG--A-GAGGCG-G---G------GAA-AGGAGAGAGGG-G-----GCGGA-GAA-G----GGAGAAAGGGA-CCC-CC----------T---TTCCACCCCT
gi|8 : TTTACGATC-GC-T--C-GCCTTCT-CTAACC----CGAAG-AGA-A-GC-G-A---GCG-A-------TCG-TA----AA--CCC----G-GC-TA----CCATA---------A-T-CCCACCC-------CATT-------------C--C------A---AAGAAC-A-----TC-CTA--C-G--CCT-C-T--CC-----TT--G---TC--C----------G-----TAAGA-------T--A-T-TTT-CCAA-AAGTAT-T-AT----G-A--G-TT-ATTACCA-CG-----A-T--AACTTTAC-A-----T--A---------TAT-ACT----GTTC---T-T-TAC-G------GT-ATA-AG---TT--ATTT--GC----AA-T--ATCAGAA------------------------------------T---TA-T-------TT-GT-C---T-A-G--TACGAAAACAA-TC---GG-CAA-AGCATGTT--CGAT-T-----------------CC--T--TAA--TG-TT---C-------AATA-A-----CA--AC----T-CA-C---T-------CA-T-C----------------------A-AAG-A-AT--A-AT-GTA-C-AT-C-TA-----A---------A-C-A----TAT---ATT-GAC-AA----C----A-T-TT--A---------G----C----A-C--C-A-TCA--C-A---T-ACT-ACAT-TC-G-A-A-TAT---GG--T----T-AAAA-AGT-A--T-G-T---A-T--C-T-AAT-AACA---GA-----AG-G-TT-G-TTA-A-GAC-CT--GG--AGA-GG--A-A------ACA-A----------G---GGC---------GGAGAAAGTA--------------------------------------G--A-GAGGCG-G---A-G---A-AA-AGTAGAGAGGG-G-----C-GGA-G-A-A----GGAAAA---GACCCC-CC----------T---GTCCAACCC
gi|9 : aa-AT-G-TTTATT-TAAACG---G-A-T--GACTT-AC-A-----T--ATACGT-T-CTTT-ATTCGA-GTTAA-GT-G-TAC-GTT----GTCATA-TGTGTTT--TATTT-GC----AAAT--ATCAGAAGG-T-AT--ATATTTTAAGTGATG---CTCTG-A-TTATCTA-T----------GT-CACTT-A-G--AA-------AAATCTAAGG-CAA-AGCA-GTT--CGTT-TTGTAATGTCGGT---GGCC--T--TAAATTG-TTTTTC---T---AAATTA-----CA--ACC---T-CAAC---T--T--G-CA-TTCAG----TTGCGA----C-AAAAA-AGGCA-AT--A-ATCTTA-CTAT-C-TA-----A---------C-C-AATAATAT---ATA-GAC-AA-GA-C----A-TATT--AT--G-G-C--------------------TCA--A-------------------------TAC---GGT-T----T-AAAA-AGT-G--AGG-T-A-A-T--C-T--AT-AAC-----A-----AG-GTTT-G-TTA-A-GAC-TG--GG--AGATGG--A-A---G--ACA-AG---------G---GGCG--------GGAGAAAGGAGAGAGG-------------GGGC--------G-GAGAGA--G-GGGGCGCG---T-G---AGAAGAGGAGAAA
blockSeqs : C G AC C C T T A CGAT G G A C CGA GAACATA A ATCGT GA G G C A ACCAATCCAGCCCCCAGTTGTTGGGTTGGTGTCA A A GACAT T TA T GT . C T AGATA AG C G TG GATGGTATTGGAATC GTA TC T C G T T A T TATT C T T A A A GGA A A CG T T CTATA GT TAC G T G A AAA AG G TTACAT C G T TC T TCAT A TA T G GG TATTTTAAGT CCC CT T G ATC ATTTGTCTAGTACGAAAAC A AA C T T CC C T ATGTCGGT CG GA AT T CGTCT T GTTAT CA AACT T A ACT GC AG C T T GGTT G GGCA C T C C AAA C G T T G AATCCAGTAACG T ATAA TAT A C T AC TGTG G A GC TA C T TTGAA G AA C A CT T CT A AA C GG C T TGG . CAAA C C G TA T T A G C CA T G A CAT TTTAG GA T C A C C CT GC AA CT C CGC GA T GAACCAACTC GCG AGAAAGGA ATAAGGAAGACGT A GA T GC TTCGG G T T CGGTA C T AAGCAC C G CCCTATATAA TAA
blockSeqs : C . C . C T . . . . . . . . A . AC A . . . . TCCACTCACCCCCACCCCCCTTCAT . C A . TT . C . . . . C . . . TAA . T . . C . A . . . A T . T . . . C . . . . . . A . . . . AA GT . TT . . T . . . . . . . . . . G . . . ACATGTGTATGTCTAGTA . . C . . . . . TTTA T . A . CTATA . . . C A . . . . . . T CT . CC . C . . AG . . . . . CATTCAA . . C . . . C . . . . . T . TAATT . . . . C C A A T . GT . . . . . . . . . G C . . . . . T . CA . GC . . . . . AC . . . . . . G A . . GCGA . . . G AGTCA . T . GC . . AAG C . . .
blockSeqs : C . . . . T . . . . . . . . T . A A . . . . CTAACCTACCCCCCCCTCCTCTCA . . A . GA . G . . . . . . . . TG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AC AG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTTGTCTATGTTTA . . . . . . . . TA . . . . TTTCT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . TAACCAC . . A . . . A . . . . . C . TCTG . . . . . . . A . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . AC . . . . . . . G . . T . . . G CTG . T . C . . AAG C . . .
blockSeqs : C . . . . T . . . . . . . . . . G A . . . . GGATACCAAAATACCCCCATTCA . . A . TA . . . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTATGTCTTGTA . . . . . . . . T . . . . CTTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . AC . . . . . . . . . . . . . . TG . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . C . . . . . . . N . . . . . . N GG . N . T . . AGA C . . .
blockSeqs : C . . . . T . . . . . . . . . . A A . . . . ACCAAAATCCCCCTCCCGAATTC . . A . A . . . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTTGTCTTAGTG . . . . . . . . T . . . . TCT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . AC . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . T . . . . . . . G . . . . . . G NN . G . . . . AAG C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . ACCAAATCCCCCCCCCCAATTC . . A . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AC G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATATGTCCTTGTA . . . . . . . . T . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . G . . . . . . . G . . . . . . G GG . C . . . . GG C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A A . . . . ACCATAATCCCACCCCATTCCA . . G . . . . . . . . . . . . TG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATGTCACTTAGAA . . . . . . . . T . . . . CT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . C . . . . . . . G . . . . . . G GG . G . . . . NN T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A A . . . . CCCCTCTCCCCCTCCATTTCA . . A . . . . . . . . . . . . TC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTTGTCTAGTA . . . . . . . . T . . . . CA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . AC . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . G . . . . . . . G . . . . . . G AG . G . . . . AT C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A A . . . . ACCAATCCCCCCTCCCTTAA . . G . . . . . . . . . . . . TG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATGTTCTTAGTA . . . . . . . . T . . . . CA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . AC . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . C . . . . . . . G . . . . . . . TG . G . . . . AG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A A . . . . . . G . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTGTGTCTAGT . . . . . . . . T . . . . CT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . AC . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . G . G . . . . AT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A A . . . . . . G . . . . . . . . . . . . TG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATGCTAGCTA . . . . . . . . T . . . . TC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A A . . . . . . G . . . . . . . . . . . . TG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTATCT . . . . . . . . T . . . . CT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AC . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . G . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AC . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AC . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AC . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . .
blockSeqCons : A**** ATTTGTCTAGTA************************ T********** T******** G**
originalCons : GTTTACGATCCGC-T--C-GC-TTCT-CTA-CA----AGAAG-AGA-A-GC-GGA---GCGGA-------TCG-TA----AA-ACCC-TT-G-GC-T-----CCA-A---------A-T-CCC---C-------C----------------T--C------A---AAGA-C-AG----TC-CTA--C-G--CCT-C-T-GCC-----TT--G-G-TC--C--------T-G-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-T-AT----G-AT-G-TT-ATT-CAA-CG---G-A-T--GACTT-AC-A-----T--A---GT-T-CTTT-ATTCGA-GTTAA-GT-G-TAC-G------GT-ATA-TG-GTTT--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TT---TA-T-------T--GT-C---T-A-G--TA-------AA-TCT--GG-CAA-AGCA-GTT--CGTT-T-GTA-------T---AGCC--T--TAA--TG-TT---C---T---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-AGG-A-AT--A-AT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-C-A----TAT---ATT-GAC-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TCA----T----A-T--A-A-TCA--A-A--TT-AC--ACAT-TC-G-G-A-TAT---GGT-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--C-T-AAT-AACA---GA-----AG-G-TT-G-TTA-A-G-C-TG--GG--AGATGG--A-A---G--ACA-AG---------G---GGCG--------GGAGAAAGGAGAGGTG-------------GGGCGGGAGAAAG-GAGAGG--A-GAGGCG-G---G-G---AGAA-AGGAGAGAGGG-G-----G-GGA-G-A-G----GGAGAAAGGGACCCC-CC----------T---TTCCACCCCT
finalCons : GTTTACGATCCGC-T--C-GC-TTCT-CTA-CA----AGAAG-AGA-A-GC-GGA---GCGGA-------TCG-TA----AA-ACCC-TT-G-GC-T-----CCA-A---------A-T-CCC---C-------C----------------T--C------A---AAGA-C-AG----TC-CTA--C-G--CCT-C-T-GCC-----TT--G-G-TC--C--------T-G-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-T-AT----G-AT-G-TT-ATT-CAA-CG---G-A-T--GACTT-AC-A-----T--A---GT-T-CTTT-ATTCGA-GTTAA-GT-G-TAC-G------GT-ATA-TG-GTTT--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TT---TATTTGTCTAGTA------------------------AA-TCT--GG-CAA-AGCA-GTT--CGTT-T-GTAT----------AGCC--T--TAA--TG-TT---C---T---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-AGG-A-AT--A-AT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-C-A----TAT---ATT-GAC-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TCAT--------A-T--A-A-TCA--A-A--TT-AC--ACAT-TCG--G-A-TAT---GGT-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--C-T-AAT-AACA---GA-----AG-G-TT-G-TTA-A-G-C-TG--GG--AGATGG--A-A---G--ACA-AG---------G---GGCG--------GGAGAAAGGAGAGGTG-------------GGGCGGGAGAAAG-GAGAGG--A-GAGGCG-G---G-G---AGAA-AGGAGAGAGGG-G-----G-GGA-G-A-G----GGAGAAAGGGACCCC-CC----------T---TTCCACCCCT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|29 ): CCCCCAAATGGATTTTTTTTTCTTTGGGTCGGGAGGAAGGGGGGGGGGGGGCCTGGCCTCTGGTTTAA
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lowQualScore : . . . .. . . . . . .... . . . . ... ....... . ..... .. . . . . .................................................................... . . ..... . .. . .. . . . ..... .. . . .. ................ ... .. . . . . . . . .... . . . . . . . ... . .. . . ..... .. ... . . . . ... ... . ...... . . . .. . .... . .. . . .. .......... . ... .. . . . .................................. . .. . . . .. . . ........... .. .. . .. . ........... . ..... .. .... . . ... .. .. . . . .... . .... . . . . .... . . . . . ................... .... ... . . . .. .... . . .. .. . . ......... . .. . . .. . . .. .. . ... . . ... . .... . . . .. . . . . . .. . . ... ..... .. . . . . . ... .. .. .. . ... .. . .......... ... ........ ............. . .. . .. ......... . . . ..... . . ........ . . .......... ...
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consensus : GTTTACGATCCGC-T--C-GC-TTCT-CTA-CA----AGAAG-AGA-A-GC-GGA---GCGGA-------TCG-TA----AA-ACCC-TT-G-GC-T-----CCA-A---------A-T-CCC---C-------C----------------T--C------A---AAGA-C-AG----TC-CTA--C-G--CCT-C-T-GCC-----TT--G-G-TC--C--------T-G-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-T-AT----G-AT-G-TT-A-TT-CAA-CGG---A-T--GACTT-AC-A-----T--A---GT-T-CTTT-ATTCGA-GTTAA-GT-G-TAC-G------GT-ATA-TG-GTTT--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TT-TA------TT-TGT-C---T-A-G--TA-------AA-TCT--GG-CAA-AGCA-GTT--CGTT-T-GTA-------T---AGCC--T--T-AA--TG-TT---C---T---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-AGG-A-AT--A-AT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-C-A----TAT---ATT-GAC-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TCA----T----A-T--A-A-TCA--A-A-TT--AC--ACAT-TC-G-G-A-TAT---GGT-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--CT-AAT-AACA---GA-----AG-G-TT-G-TTA-A-G-C-TG--GG--AGATGG--A-A---G--ACA-AG---------G---GGCG--------GGAGAAAGGAGAGGTG-------------GGGCGGGAGAAAG-GAGAGG--A-GAGGCG-G---G-G---AGAA-AGGAGAGAGGG-G-----G-GGA-G-A-G----GGAGAAAGGGACCCC-CC----------T---TTCCACCCCT
Reference ( family-1972 ) : GTTTACGATCCGC-T--C-GC-TTCT-CTA-CA----AGAAG-AGA-A-GC-GGA---GCGGA-------TCG-TA----AA-ACCC-TT-G-GC-T-----CCA-A---------A-T-CCC---C-------C----------------T--C------A---AAGA-C-AG----TC-CTA--C-G--CCT-C-T-GCC-----TT--G-G-TC--C--------T-G-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-T-AT----G-AT-G-TT-A-TT-CAA-CGG---A-T--GACTT-AC-A-----T--A---GT-T-CTTT-ATTCGA-GTTAA-GT-G-TAC-G------GT-ATA-TG-GTTT--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TT-TA------TT-TGT-C---T-A-G--TA-------AA-TCT--GG-CAA-AGCA-GTT--CGTT-T-GTA-------T---AGCC--T--T-AA--TG-TT---C---T---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-AGG-A-AT--A-AT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-C-A----TAT---ATT-GAC-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TCA----T----A-T--A-A-TCA--A-A-TT--AC--ACAT-TC-G-G-A-TAT---GGT-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--CT-AAT-AACA---GA-----AG-G-TT-G-TTA-A-G-C-TG--GG--AGATGG--A-A---G--ACA-AG---------G---GGCG--------GGAGAAAGGAGAGGTG-------------GGGCGGGAGAAAG-GAGAGG--A-GAGGCG-G---G-G---AGAA-AGGAGAGAGGG-G-----G-GGA-G-A-G----GGAGAAAGGGACCCC-CC----------T---TTCCACCCCT
gi|1 : GTTT-CGATC-GC-T--C-GC-T-CT-CTA-CA----AGAAG-AGA-A-GC-GGA---GGGGA-------TCG-TACGT-AA-ACCC-TT-G-GC-T-----CCA-A---------A-T-CCC---C-------C-------------------C------A---AAGA-C-AG----TC-CTA--C-G--CCTGC-T-GCC-----TT--G-G-TC--C--------T-G-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCAA---TTAT-T-AT----G-AT-G-TT-A-TT-CAG-CGG---A-T--GACTT-AC-A-----T--A---GT-T-CT---ATTCGA-GTTAA-GT-A-TAC-G------GT-ATA-TG-GTTT--ATTT--GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TT-TACATGTGTA-TGT-C---T-A-G--TA-------AA-TCT--GG-CAA-AGCA-GTT--CGTT-T-GTA-------TTTAAGCC--T--T-AA--TG-TT---C---T---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-AGG-A-AT--A-AT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-C-A----TAT---ATT-GAC-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TCA---------A-T--A-A-TCA--A-A-TT--AT--ACAT-TC---G-A-TAT---GGGAT----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--CT-AAT-AACA---GA-----AG-G-TT-G-TTA-A-G-C-TG--GG--AGATGG--A-A---G--ACA-AG---------G---GGCG--------GGAGAAATGAGAGGTG-------------GGGCGGGAGAAAG-GAGAGG--A-GAGGCG-G---G-G---AGAA-AGGAGAGAGGG-G-----G-GGA-G-A-G----GGAGAAAGGGACCCC-CC----------T---TTCCACCCCT
gi|10 : ----AAAAG-AGA-A-GC-GGA---GCGGA-------TCG-TA----AA--CCG-TT-G-GC-T-----CCC-CT--------C-T-CCC---C-------C----------------T--CCATTTCA---AAGA-C-A------T-CTA--C-G--CCT-C-T-GC------TT--G-G-TC--C--------T-G-----TAAGA---AGGA---A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-T-AT----G-AT-G-TT-A-TT-CA--CGG---A-T--GACTT-ACTA-----T------GT-T-CTTT-ATTCGA-GTTAA-GT-G-CAC-G------GT-ATAGTG-GTTT--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TT-TA------TTATGT-C---T-T-G--TA-------AA-T-T--GG-CAA-AGCA-GAT---GTT-T-GTA-------T---AGCT--T-----A--TG-TTT--C---T---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-AGG-A-AT----AT-TTA-C-AT-C-TA-----A-----------C-A----TAC---ATT-GAC-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TCA----T----A-T--A-A-TCA--T-A-TTA-AC--ACAT-TCGG-G-A-TAT---GGT-T----T--AAA-AGT-G----G-T-A-A-T--AT-AAT-AACA---GA-----AG-G-TT-G-TTA-A-G-C-T---GG--AGATGG--A-A---G--ACA-
gi|11 : cA-------T---AGCC--TGAT-AAA-TG-TT---CGTCT---AAAA-A-----CA--AC----TTCA-C---T--T--G-CA-TTCAGGGTTTTGC-AGGCAT-ACAAA-AGG-G-AT--A-AT-TTAGC-AT-C-TACATTCA---------A-C-A----TAT---ATT-GAT-AA-G--CTGTGA-T-TT--AT--GCG-TCA----TTGAAA-T--ACA-TCACTATA-TTA-ACAAACATCTC-G-G-A--AT---GTT-TCAAAC-AAAA-AAT-A--G-G-T-A-ACT--CTGAAT-AACGCATGA-----AGAA-TT-GATTA-ACA-T-TG--GGAAAGATGACTA-A---GGAACATAGAACCAACTCG---GGCC--------AGAAAGGGGAGAGATGGCGA---------GGGCGGGAGAAAGAGAGAGGGAG-GAGGCG-GTTCG-G---TGAG-ATGTAAGAGGA-G-----C-AGA-A-G-G----GGA
gi|12 : ttgtatagagC--T--T-AA--TG-TT---A---A---AAAA-A-----CACAAC----T-CA-C---TGCT--G-CA-T-CAG----TTGC-A----CCAAAAA-ATG-A-AT--AGAC-TTA-C-AT-C-TA-----AATCCAGTAACGC-A----TATC--ATTAGACCAA-G--C----AGT-TT--AT--G---TCA----TCTG-A-T--A-AATCGC-A-A-TA--AC--ACAA-TC-GTGCA-TAT---GGT-T----C-CAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--CTTAAT-AACACA-AA-----AG-G-TT-G-TTA-A-G-G-TG--TG--AGATGG--A-A---G--ACA-AA---------GGCGGGCGAGAAAGGAGGAGAGGGGAGCGGAGATAAGGAAGACGTGGGCGGGAGAAGG-AAGAA---A-GGGGCG-G---CTG---AGAA--TGAGAGAGGGTGC----G-GGATG-A-AGCACGGAG-AAGGGACCCC-CC----------TTAATCCCACCCC
gi|13 : CAGAAGG-T-AT--G----------GATG---CT--G-A-TT-TA------T------------------------------CT--GG-CAA-AGCA-GTT--TGTT-T-GTA-------T---ATCC--T--T-AA--TG-CT---C---T---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-AGG-A-AT--A-AT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-C-A----TAT---ATT-GAC-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TCA----T----A-T--A-A-TCA--A-A-TT--AC--ACAT-TC-G-G-A-TAT---GGT-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--CT--AT-AACA---AA-----AC-G-TT-G-TTA-A-G-C-TG--GG--AGATGG--A-A---G--ACA-AG---------G---GGCG--------GAAGAAAGGAGAGGTG-------------GGGCGGGAGAAAG-GAGAGG--A-GAGGC--G---G-G---AGAA-ATGAGAGAGGG-GGC---G-GGA-GAA-G----GGAGAAAGGGACCCC-CC----------T---TTCCACCCCct
gi|14 : ----AGAAG-AGA-AAGC-GGA---GCGGA-------TCG-T-----AA-ACCC-TTGG-GC-C-----CTA-ACCT------A-C-CCC---CCCCTCCTC----------------T--C------A---AAGA-CAAA----TC-CTA--C-GC-CCT-C-T-G-C-----TT--G-G-TC--C--------TAA-----TAAGA---AGGAT--ATT-TTT-CCAA-A-TTc
gi|15 : ----AA-ACCT-TT-G-GC-T-----TCC-ACTCACCCCCA-C-CCC---C-------C----------------TT-C------AT--AAGA-C-AA----TCTCTA--C-G--CCT-C-TTGCCAGATATG--G-G-TC--CGATGGTATT-GGAATCCAAGAGTAAGGATTCA-T-TTCGCTAA-G-TTAT-T-AT----GCAT-G-TT-A-AT-CAA-CGG---AAT--GGCG--AC-A-----T--AA--GTGT-CTTTGATTTGAAGTTAC-GTAG-TAC-G------GT-ATA-TG-GTTT--A-TTT-GCTCATAG-T--TTCAGAAGG-T-AT--G----------GAGGCCCCT--G-A-TT-AA------TT-TGT-C---T-ATGTTTA-------AT-TCT--GGCCAATAGCA-GTT--CATT-T-GTA-------TA--AGCCCGT--T--A--TG-GT-------T---AAAA-AGTTATCA--AC----T-CA-CACTT--T--G-CA-T-Ctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatct
gi|16 : ttattc-CCC---C-------C----------------T--CTTCA--G---AGGA-C-AA----TC-CTA--C-G--CCT-C-T-GCT-----TT--G-G-TC--C--------T-A-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-TTAT----G--T-G-TT-A-TT-CAA-CGG---A-T--GGCTT-AC-A-----T--A---GT-TTCTTT-ATTCGA-GTT--------------------------------T--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TT-TA------TT-TGT-C---TTA-G--TG-------AA-TCT--GG-CAA-AGCA-GTT--CGTT-T-GTA-------T---AGCC--T--T-AA--TT-GT---C-------AAAA-A-----CA--AC----TACA-C---T--T--G-TA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-TGG-A-
gi|17 : ccc-CCC---C-------C----------------TTTC------A---AAGA-C-AA----TC-CTA--C-G--C-T-C-T-GCC-----TT--G-G-TC--C--------T-A-----TAAGA---GG--T--A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-T-ATTATTG-AT-G-TT-A-TT-CAA-CGG---A-T--G-CTT-AC-A-----T--A---GT-T-TTTT-ATTCGA-GTT--------------------------------T--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TT-TA------TT-TGT-C---T-A-G--TA-------AA-TCT--GG-CAA-AGCA-GTT--CGTT-T-GTA-------T---AGCC--T--T-AA--TG-TT---C---A---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAA
gi|18 : ccccc-CCC---C-------T----------------T--C------A---AAGA-C-AA----TC-CTA--C-G--CCT-C-T-GCC-----TT--G-G-TC--C--------T-A-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-T-AT----G-AT-G-TT-A-TT-CAA-CGG---A-T--GGCTT-AC-A-----T--A---GT-T-CTTT-AC------------------------------ATA-T-----T--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAGC-T-AT--G----------GAGG---CT--ATA-TT-TA------TG-TTC-T---T-A-G--TA-------AA-TCT--GG-CCA-AGCA-GTT--CGTT-T-GTA-------T---AACC--T--T-GA--TG-TT---C---A---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--GCCA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-TGG-A-tg
gi|19 : cccT-TTA-C-ATTC-TT-----A---------C-TTA----TAT----TT-GAA-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TCA----T----A-T--A-A-TCA--A-A-TT--AC--ACAT-TC-G-G-A-TAT---GGT-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--CT-AATAAACA---GA-----GG-A-TT-G-TTACA-G-G-TG--GG--AGATAG--A-A---G--ACA-AN---------N---NNNN--------NNNNNNNNNNNNNNNN-------------NNNNNNNNNNNNN-NNNNNN--N-NNNNNN-N---N-N---NNNN-NNNNNNNNNNN-N-----N-NNN-N-N-N----NNNNNNNNNNA-CCC-CC----------T---TTCCACCCCT
gi|2 : TCCGC-TACC-GC-TTCTTCTA-CA----AGA----GA-A-GC-GGA---GCGGA-------T----G----AA-ACCC-TT-GCGC-TGGATACCA-A---------AATACCC---C-------CAT--------------T--C------A---AAGA-CCAG----TC-CTATAC-G--CCT-C-T-GCC-----TT--T-G-TC--C--------T-G-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-T-AT----GAAT-G-TT---TT-CAA-CGGA--A-T--GAC-T-AC-A-----T--A----T-T-C-TT-ATTCGA-G-TAA-GT-GTTACGG------GT-ATA-TG-GCTT---TTTT-GC----AA-T--ATCAGAAGG-TGAT--G----------GATG---CTG-G-A-TT-TA---------TG--C---T-A-GC-TA-------AA-TCT--GG-C-A-AGCA-GTT--GGTT-T-GTA-------T---AGCC--T--T-AA--TG-TT---C---TTA-AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTAC-A----C-AAAAA-AGA-A-ATAAA-AT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------A-A-A----TTT---AT---AC-A-----C----A-T-CT--AT--G-A-TCATAATT----A-T--A-A-TCA--A-A-TTA-AC--ACAT-TC-G-G----AT---GGT-T----TCAAAA-AGTGG--A-GTT-A-A-T--CT-AAT-AACA---GA-----A--G-TT-A-ATA-A-G-C-TGGCGG--AGAT-G--A-A---G--ACA------------G---GGCG--------G--GAAAGGAGAGTGG-------------GGGCGGGAAAAAG-GAGAGG--A-GAGGC------G-G---AGAA-AGGAGAGAGGG-C-----G-GAG-A-A-T----GGAGAAAGGGACCCC-CT----------T---CTCCACCCC
gi|20 : t-TTA-C-AT-T-TA-----A---------T-T-A----TATTATATT-GAA-AATG--C----A-T-CT--CT--ATG-TCA----T----AGT--A-A-TCA--A-AATT--AC--ACCA-TC-G-G-A-TAT---GGT-T----T-AAAACAGT-G--ATGCT-A-A-TCACT-AAT-ACCA---GA-----AGCA-TT-G-TTA-A-G-G-TG--GG--AGATAG--A-A---G--ACA-
gi|21 : T-T-AT----G-AT-G-TT-A-TT-CAA-CGG---A-T--GACTT-AC-A-----TGTA---GT-T-CTTT-ATTCGA-GTTAAAGT-G-TAC-G------GT-ATA-TG-GTTT--ATTTT-GT----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--A----------GAGG---CT--G-A-TT-T----------------------------------AA-TCT--GG-CAA-AGCA-GTT--CG
gi|22 : -CCC---C-------CAT--------------T--C------A---AAGA-C-AA----TC-CTATTC-GGTCCT-C-T-CCC-----TTAGG-G-TCTGC--------T-C-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTTCCCAATA-TTATAT-AT----G-AT-GTTT-A-TT-TAA-CGG---A-T--G
gi|23 : ccccccc-A---G--ACG-AG---------G---GAAG--------GGCGAAGCGAGAAGTGT------------AGATAAGAGGTAA-GATAGA--ATGAGAAG-G---A-GTCAACAG-ACGAGGGCGTG-GCGGTAG-GAA-A-A-G----GGAGAAAGGGACCCC-CC----------T---TTCCACCCCTcacctcctactatgt
gi|24 : gT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-T-A----TAT---ATT-GAA-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TCA----T----A-T--A-A-TCA--A-A-TT--AC--ACAT-TC-G-G-A-TAT---GGT-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--CT-AAT-AACA---GA-----AG-A-TT-G-TTA-A-G---TG--GG--AGATAG--A-A---G--ACc
gi|26 : T-C-TA-----A---------C-T-A-----AT---ATT-GA--AA-G--C----A-T-TT--AT--G-G-TCA----T----A-T--A-A-TCA--A-A-TT--AC--ACAT-TC-G-G-A-TAT---GAT-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--CT-AAT-A--A---GA-----A--A-TT-G-TTA-A-G-G-TG--GG--AGATAG--ACA---G--A
gi|27 : ttaacTA-C-AT-C-TA-----A---------C-T-A----TAT---AT-----------------------------G-G-TCA----T----A-T--A-A-TCA--A-A-TT--AC--ACAT-TC-G-G-A-TAT---GGT-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--CT-AAT-AACA---GA-----AG-A-TT-G-TTA-A-G-G-TG--GG--A-ATAG--A-A---G--ACA-
gi|28 : CGGAA------TCG-TA----AA---CC-TT-G-GA-TA----CCA-A---------AAT-CCC---C-------C----------------T--CCCGA--ATTCAGGA-T-AG----GT-CTAGAC-G--CCT-C-T-GCC-----T
gi|3 : gttaA-CA----AGAAGGAGA-A-GCCAGA---GCGGA-------TCG-TA----AA---CC-TT-G--C-TA----CCA-A---------T-C-CCC---C-------C----------------T--CCCTTA-A---AAGA-C-AG----TC-CTAA-C-GG-CCT-CCT-GCC-----TT--G-GGTC--C--------T-G-----TAACG---AGGAT--A-T-TTT-CCAA-ATTTAT-T-AT----C-AT-G-TT-A-TT--AA-CGG---A-T--GAGCT-AC-A-----T--A---GT-T-TTTT-ATTCGA-G-TAA-GT-G-TAC-GTTACATGT-ATA-TG-GTTT--A-TTT-GC----AA-T--ATCAGAAGGTT-ATGGG----------GAGG---CT--G-A-TT-T--------------------------------------------------GCA-GTT--CG-T-T-AAA-------T---AG-C--T--T-AA--TGTTT---C---T---AAAA--------A--AC------------------------T-CAG----TTGC-A----C--AAAA-AGG-A-AT--A-TG-TTA-A-AT-C-TATAACCA---------C-T-A----TAT---ATT-GAC-GA-G--C----A-T-TT--GT--G-GTTTA----T----A-TAAA-A-TCA--A-A--T--AC--AATT-TC-G-G-A-TAT---GGT-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-TAA-A-T--CT-AAT-AACA---GA-----AG-G-TT-G-TTA-A-G-A-TG--GG--AGAT-G--A-A---G--ACA-AG---------
gi|3 : A-G-A-T----GGGGAA-GGGACCCC-CC----------T---TTCCACCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatggggaagggacccccctttccaccccc
gi|30 : acaagaaggagaagccagagcggatcgtaaaccttgctaccaatcccccctcccttaaaagacagtcctaacggcctcctgccttgggtcctgtaacgaggatattttccaaatttattatcatgttattaacggatgagctacatagttttttattcgagtaagtgtacgttacatgtatatggtttatttgcaatatcagaaggttatggggaggctgatttgcagttcgttaaatagcttaatgtttctaaaaaactcagttgcacaaaaaggaatatgttaaatctataaccactatatattgacgagcatttgtggtttatataaaatcaaatacaatttcggatatggtttaaaaagtgagtaaatctaataacagaaggttgttaagatgggagatgaagacaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-AGGAGAGAGGG-GT----G-GGA-G-AAG----GGAGAAAGGGACCCCGCCCCCTATATAAT---TTCCACCCCc
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gi|32 : tAG-AGAGA-GC-GGA---GCGGA-------TCG-TA----AAGACCC-TT-G-GC-T-----agcgaa
gi|33 : AG-AGA-A-GC-GG----GCGGA-------TCG-T-----AA-ACCC-TT-G-GC-T-----atagcg
gi|34 : GTTTACGATCCGC-TC-C-GC-TTCT-CTA-CA----Aagcgaag
gi|34 : gTCCGC-T--C-GT-T---------------GTAG-AGA-A-GC-GGA---GCGGA-------TCG-TA----AA-cgagcgga
gi|35 : gg-T-CAG----TTAC-A----C-AAAAA-AGG-A-AT--A-AT-TTA-C-AT-T-TA-----A---------A-C-A----
gi|36 : AG-TGA-A-GC-GGA---GCGGA-------T-G-T------A-ACCC-TT-G-GC-T-----
gi|37 : ttgtAG-AGA-A-GC-GGA---GCGGA-------TCG-T-----AA-ACCC-TT-G-GC-T-----ag
gi|38 : gtAG-AGA-A-G----A---GCGGG-------TCG-TA-----A-ATCC-TT-G-GC-T-----a
gi|4 : cgTTTACGATCCGC-T--CCGCCTTCT-CTA-AACGATAAAGG-AGA-A-GC-AGACGAGCGGAGAACATACCG-TAC---AA-ACCG-CT-A-GCATA----CCA-ATCC------A-G-CCC---C-------CAGTTGTTGGGTTGGTGT--C------A---AAGA-C-CGACATTC-ATA--CTG--CCT-C-T-CCC-----TTC-G-G-TC--T--------T-T-----TAAGA---AGGAT--A-T-TT--CCAA-A-TTAT-T-AT----G-AT-G-TT-AATT-CAA-AGGGAGA-TCGAACTT-AC-A-----T--A---GT-T-CTTT---------TTAC-GC-G-T-----------C-ATA-TGTGTTT--ATTTT-GC----AA-TTAGTCAGAA-----------------------------------TT-TA------TTGTGT-C---T-A-G--TA----------TCT--G--CAA-AGCA-GTT--CGT------A-------T---TGCC--T--TTAA--TG-TT---T---C---AAAG-A-----CA--ACAACTT-CA-C---T--TAGG-CA-T-CA----------A----C-AGGAATAAG-A-AT-----T-TTA-C-AT-CGTA-----A---------A---A----TAT---ATT-GAC-AA-GACC----A-T-TTGCATTAGCG-TCA----TG---A-T--C-A-TCA--A-A-CTTCAC--ACAT-TC-G-G-A-TATTGGGAT-T----T-AAAA-AGT-GTAA-T-T-AGA-T--CTTAAT-AACA---GA-----GC-G-TTCG-TTA-A-G-C-TG--GA--CGATGG--A-ACGCA--ACAGAG---------A---GGCG--------GG-GGACGTAAAGAT---------------AATGAAAGAAAG-AAGAagcg
gi|5 : aGTTTACGATCCGCGC--C-GC-TTCT-CTA-CA----AGAAG-AGA-A-GC-G-A---GCGGA-------GCG--A----AA-ACC--TT-G-GC-TA----CCA-A---------A-T-CCC---C-------C----------------C--CCCCA--ATTCAAGA-C-AG----TC-CTATAC-G--CCT-C-T-GTC-----TT--G-G-TC--C--------T-G-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-T-AT----G-ATTG-TT-A-TT-CAA-CGG------------------------------------------------TTAA-GT-G-TAC-G------GT-GTA-TG-GTTT--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAG--T-AT--G----------GATG---CT--A---------------T-TAT-C---T--------------------T--GG-CAA-AGCA-GTT--TGTT-T-GTA-------T---ATCC--T--T-AA--TG-CT---C---T---AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-AAG-A-AT--A-AT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-C-A----TAT----TT-GAC-AA-G--C----A-T-TT--AT--G-T-GCA----T----A-T--A-A-TCA--A-A-TT--AC--ACAT-TC---G-A-TAT---GGT-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--CT--AT-AACA---AA-----AC-G-TT-G-TTA-A-G-C-T---GG--AGATGG--A-A---G--ACA-A----------G---GGCG--------GAAGAAAGGAGAGGTG-------------GGGCGGGAGAAAG-GAGAGG--A-GAG--G-G---G-G---AGAA-A-AAGAGAGGG-G-----G-CGG-G-A-GA---AGAGAAAGGA--CCC-CC----------T---TTCCACCCCa
gi|6 : TA-CA----AGAAG-AGA-A-GC-GGA---GCGGAT------TCGATA----AA-ACCCGTT-G-GC-T-------------------A-C-CCC---C-------
gi|6 : AAAAAGGG-G-----G-GG------G----GGGGACAAGGTTCCC-CC----------T---TTTAACGCCTtgccccacctccccccaaatttttttttttttttcaaaaaaaaggggggggggggacaaggttcccccttttaacgcctcgtcttgcgtccttaagaaggattatctttccaaatatatgattgttattcaacggcatacttacactatatagtcttattcgattcaagtagtacgtatatggttttcatttttgcaatatcagaaggtatgggaggtgagtttatatgtccttgtaaatttggccaaagcagatcccgttctgtatagccttaatttctataaaaaaaaactcacttgcattcagctttgcacccaaaaacaggacataatttacatctaaccatacaattgacaagccatttatggtcataaatcaacattacacatttcgattatgataaaaagtgataataggataacagatttagaagttgttaagcttgggagatggaagac
gi|6 : tacaagaagagaagcggagcggattcgataaaacccgttggctaccccctgccccacctccccccaaatttttttttttttttcaaaA--C-G--CCT-C---GTC-----TT--GCG-TC--C--------T-------TAAGA---AGGATT-A-TCTTT-CCAA-A-T-AT---AT----G-ATTG-TT-A-TT-CAA-CGGC--A-T---ACTT-AC-ACTATAT--A---GT-C---TT-ATTCGA-TTCAA-GTAG-TAC-G-------T-ATA-TG-GTTTTCATTTTTGC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GGAG---GT--G-AGTT-TA------TA-TGTCC---T-T-G--TA-------AA-TTT--GGCCAA-AGCA-GATCCCGTTCT-GTA-------T---AGCC--T--T-AA--T--TT---C---TATAAAAA-A-----AA--AC----T-CA-C---T--T--G-CATT-CAGCT--TTGC-ACC--C-AAAAACAGG-ACAT--A-AT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-C-A----TACA--ATT-GAC-AA-GC-C----A-T-TT--AT--G-G-TCA----T----A----A-A-TCA--ACA-TT--AC--ACAT-TT-C-G-ATTAT---GA-------T-AAAA-AGT-G--A---T-A-A-T--AG-GAT-AACA---GATTTAGAA-G-TT-G-TTA-A-G-CTTG--GG--AGATGG--A-A---G--ACcgtcttgcgtccttaagaaggattatctttccaaatatatgattgttattcaacggcatacttacactatatagtcttattcgattcaagtagtacgtatatggttttcatttttgcaatatcagaaggtatgggaggtgagtttatatgtccttgtaaatttggccaaagcagatcccgttctgtatagccttaatttctataaaaaaaaactcacttgcattcagctttgcacccaaaaacaggacataatttacatctaaccatacaattgacaagccatttatggtcataaatcaacattacacatttcgattatgataaaaagtgataataggataacagatttagaagttgttaagcttgggagatggaagac
gi|7 : tacaagaagagaagcggagcggattcgataaaacccgttggctaccccctgccccacctccccccaaatttttttttttttttcaaaaaaaaggggggggggggacaaggttccccctttta-------C----------------C--C------A---AAGA-C-AG----TC-CTA--C-G--CCT-C-T-GCC-----TT--G-G-TC--C--------T-G-----TAAGA---AGGAT--A-T-TTT-CCAA-A-TTAT-T-AT----G-AT-G-TT-A-TT-CAG-CGG---A-T--GACTT-AC-A-----T--A---GT-T-CTTT-ATTCGA-GTTAA-GT-A-TAC-G------GT-ATA-TG-GTTT--ATTTT-GC----AA-T--ATCAGAAGG-T-AT--G----------GAGG---CT--G-A-TT-TACATGTGTA-TGT-C---T-A-G--TA-------AA-TCT--GG-CAA-AGCA-G-T--CGTT-T-GTA-------TTTAAGCC--T--T-AA--TG-TT---C-------AAAA-A-----CA--AC----T-CA-C---T--T--G-CA-T-CAG----TTGC-A----C-AAAAA-AGG-A-AT--A-AT-TTA-C-AT-C-TA-----A---------C-C-A----TAT---ATT-GAC-AA-G--C----A---TT--AT--G-G-TCA----T----A-T--A-A-TCA--A-A-TT--AT--ACAT-TC-G-G-A-TAT---GGA-T----T-AAAA-AGT-G--A-G-T-A-A-T--CT-AAT-AACA---GA-----AG-G-TT-G-TTA-A-G-C-TG--GG--AGATGG--A-A---G--ACA-AG---------G---GGCG--------GGA-AGATGAGAGGTG-------------GGGCGGGAGAAAG-GAGAGG--A-GAGGCG-G---G------GAA-AGGAGAGAGGG-G-----GCGGA-GAA-G----GGAGAAAGGGA-CCC-CC----------T---TTCCACCCCT
gi|8 : TTTACGATC-GC-T--C-GCCTTCT-CTAACC----CGAAG-AGA-A-GC-G-A---GCG-A-------TCG-TA----AA--CCC----G-GC-TA----CCATA---------A-T-CCCACCC-------CATT-------------C--C------A---AAGAAC-A-----TC-CTA--C-G--CCT-C-T--CC-----TT--G---TC--C----------G-----TAAGA-------T--A-T-TTT-CCAA-AAGTAT-T-AT----G-A--G-TT-A-TTACCA-CG----A-T--AACTTTAC-A-----T--A---------TAT-ACT----GTTC---T-T-TAC-G------GT-ATA-AG---TT--ATTT--GC----AA-T--ATCAGAA------------------------------------T-TA------TT-TGT-C---T-A-G--TACGAAAACAA-TC---GG-CAA-AGCATGTT--CGAT-T-----------------CC--T--T-AA--TG-TT---C-------AATA-A-----CA--AC----T-CA-C---T-------CA-T-C----------------------A-AAG-A-AT--A-AT-GTA-C-AT-C-TA-----A---------A-C-A----TAT---ATT-GAC-AA----C----A-T-TT--A---------G----C----A-C--C-A-TCA--C-A--T--ACT-ACAT-TC-G-A-A-TAT---GG--T----T-AAAA-AGT-A--T-G-T---A-T--CT-AAT-AACA---GA-----AG-G-TT-G-TTA-A-GAC-CT--GG--AGA-GG--A-A------ACA-A----------G---GGC---------GGAGAAAGTA--------------------------------------G--A-GAGGCG-G---A-G---A-AA-AGTAGAGAGGG-G-----C-GGA-G-A-A----GGAAAA---GACCCC-CC----------T---GTCCAACCC
gi|9 : aa-AT-G-TTTA-TT-TAAACGG---A-T--GACTT-AC-A-----T--ATACGT-T-CTTT-ATTCGA-GTTAA-GT-G-TAC-GTT----GTCATA-TGTGTTT--TATTT-GC----AAAT--ATCAGAAGG-T-AT--ATATTTTAAGTGATG---CTCTG-A-TTATC------TA-TGT-CACTT-A-G--AA-------AAATCTAAGG-CAA-AGCA-GTT--CGTT-TTGTAATGTCGGT---GGCC--T--T-AAATTG-TTTTTC---T---AAATTA-----CA--ACC---T-CAAC---T--T--G-CA-TTCAG----TTGCGA----C-AAAAA-AGGCA-AT--A-ATCTTA-CTAT-C-TA-----A---------C-C-AATAATAT---ATA-GAC-AA-GA-C----A-TATT--AT--G-G-C--------------------TCA--A-------------------------TAC---GGT-T----T-AAAA-AGT-G--AGG-T-A-A-T--CT--AT-AAC-----A-----AG-GTTT-G-TTA-A-GAC-TG--GG--AGATGG--A-A---G--ACA-AG---------G---GGCG--------GGAGAAAGGAGAGAGG-------------GGGC--------G-GAGAGA--G-GGGGCGCG---T-G---AGAAGAGGAGAAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|29 ): CCCCCAAATGGATTTTTTTTTCTTTGGGTCGGGAGGAAGGGGGGGGGGGGGCCTGGCCTCTGGTTTAA