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Reference ( gi|5 ) : TGACGGAA--G-TTG-A---C-ATC-------A-T-TAT---GCA-----AA-T-GA--GAAT--TC--CCTCG----------T-CG----------A----TG--------------T--------------G-TGCGGGG----------A-AG-AAAAAGGGGGTGG-GT--GT-GC-A---C--TGAA-TG----TAGGGTAGTGTATTGTA-T-T-GC-AA-ACA------A---T-ATAA-CT-C-G-GG-ACA-----A---------TT--------------AGGA-T-AGGCTGAC--A----TCGG-------CAAATTTT-GTAAA-T--CTA-T-----AT-CAAA-CAAAACATTGG-AATC-GCT-C--ACC-CC--CCCCCC-CCCCCCCCCA-CCCA-AAT-C--GAC-CAT-CCTG--T-TTC-G-ACTCC-AACC--CA--C-GAAG-TTTAG-T---------------CAGT--------TAT----G------------TTGGAGACA-T--T------------------GAAAATTT-A-CAG---ACGTTT--A-A------AAA-A-T---AATTA---TT----T-TAAA-AGTGTAAAG-TG--TATAT-A--GATT--AACG-A-ATAC-----CA----T-------ACG--AAT----TGC---C-TAGCTTG--CTA-T-TT-TAAA-ACAA-GTT--T--A-CTTC-TA-A-TT-ATA-ATA--T-TAC-C--TATTTT---TAACT-TTATC--G-ACCAA-TGAAAA-AAGG--GC---TATCCCAATTATTA-TG-TCA-ACTTCCGTCAA
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gi|17 : tgacggaagttgacatcattatgcaaatgagaattccctcgtcgatgtgtgcggggaagaaaagggggtgggtgtgccatgaatgcagggtagtgtattgtactgcaaacagtataactctggcacaatattaggataggctgacatcggcaaattttgtaaatctatatcaaacaaacattggaatcgtttcgactccaacccccgaagtttagtcagttatgttggagacattgaaaatttacagacgtttaaaaaataattattaagtgtaaagtgtatatagattaacgaataccatacgaattgcctagcttgctatttaaaacaagtttacttctaattataatattacctatttttaactttatcgaccaatgaaaaaaaggctatcccacttTGACGGAA--G-T-G-A---C-ATTCAATCTAA-T-TTT---GCATTGGAAA-T--A--GAATCTTC--CCTCG----------T-CG----------A----TGG-------------T--------------G-TGCTGGG----------G-AGTAAAAAGGGGGTGG-GA--TT-GC-ATTTC--TGAA-TG----CAGGGT-GTGTATTGT--T-T-GC--A-ACA------G---T-A-AA-CT-C-G-GGCACA-----A---------TT--------------A-GC-T-AGGCCGAC--AGTCTTTGG-------CAAATTTT-Ga
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gi|3 : aggggagcggGACGGAA--G-TTG-A---T--T----------T-TAT---GCA-----A--T-GA--GAAT--TC--TCTTA----------T-CG----------A----TGTAACTCTGACGCT-T--------------G-TGCGAG--------------G-TAAAAGGCGGTG---------AC-A---C--T----------TAAAACAATGCA----A-G-T-GG-GACACA------ATTTT-GTGG-TT-T-G-GA-A------------------------------------A-C-AGACTAAC-------TCGG-------GGAACTTTAGTAAA-T--TTA-T-----AG-CAAATC--AACATTAG-AATA-GCttccattacgtggtt
gi|23 : aaGGCGGAA--A-TTG-AAATCGATC-------A-T-TAT---GCA-----AA-C-GA--aatactgtaaatttacagacatttgggtgtataaacgccattaaaaacgttttgatgtgtgcctacgtgtgtgggtgtcgattatgatttgctaatgagtttttcttctttacatatgacacttattttaagctaattttaagatacaagtgaagctgtcatgtttaactgtgtaaaatgataataaagagcatcgtgggtagatagatttaccataaacattttcatcgcttgaacatctttactgcatgctacatgcaatcatgatattttcttttaactttaccgaccattgcaaaaagggctatcccgatcgttatggtaacttt
gi|1 : ggggagcggACGGAA--G-TTG-A---G-TGC-------G-A-GAT---GCA-----AA-C-AA--GGAT--TC--CCTTG----------T-CGTTGTAATCTGA----TG--------------TTT------------G-TACGGGG----------G-GG-------GGGGTGC-GA--GTTGC-A---C--TGAT-TG----CAGGATAATGTGTAGCC-A-T-GC-AA-ACA------A---T-ACGA-GT---A-GG-ACA-----
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gi|2 : cCGGAATGG-TTGCA---C-ATCG------A-T-TAT---GCA-----AAGT-GAAGGAAT--TC--CCTCG----------TTCG----------AATGTTG--------------T--------------GGTGCGGGG----------A--G-TACAAGGGGGTAG-GT--GT-GCCA---C--TGAA-TG------AGGTAGTGTAT-GTA-T-TTGC-A---CA------A---TTATAA-CT-C-G-GC-ACA----------------T--------------AGGAATGAGGCTGACCAA----TCG--------CAAATTTT-GTAAA-T--CTA-TA----AT-CGAA-C-AAACAATGGAAATC-GCTAC--ACC-CC--CTCCCC-C---------------AATGCGAGACATAT-CCTG--TGTTC-GAACCTC-AACG--CA--CTGAAGCTTTAG-TTTCCCCGCCCGCCCCCAGTTTTCTGTGTAT----GTAAAATGGA---TTGGAGACAGT--T------------------G--AATTTAA-TAG---GCGTT-----A------AAA-A-TTGAAATTA---TTAATGT-TAGATAGTGT---------TATAT-A--GCTT--AACG-A-ATAC-----CA----TAAGGGGCACGGAGAT----TGCCT-C-TAGCTTGTCTTA-T-TTACAAC-ACAG-TTT--T--ACCTTT-TA-ATTT-CTA-ATA--T-T-C-TGGTATTTTTTGTAACT-TTATCGGG-ACCAAGTG-AAA-AAGG--GT---TATCCCAATTATTA-TGTTCA-ACGTCCGTCAA
gi|11 : tgact---C-ATC-------A-T-TAT---G-A-----AA-T-GA----AT--TC--CCTTGCTGGTGTACCT-CC----------A----TGGCT-----------T--------------G-TGCGGG--------------G-AAAATGGGGGTGA--------AA-A---C--TGAA-T-------GGTCAGTGT
gi|15 : aagtaaaatgC--CCTC-----------T-C-----------A----CGCT------------T--------------G-TGTGGG----------------AAACATAGGGTGG--C--GT-GC-A---C--TGAA-TACAGCTAGGGTAGTGTGCAGCC-C-T-GA-AA-ACA------A---T-GAAA-GG-C-GTGT-ATA-----ACTGTGTGCTTT--------------GGAA-C-AGGCTGGC--A----CGGG-------GAAACTTA-GTAAA-T--CTA---------------------ACTGG-GATT-G-----------C--CCTTGA-CCCCCTCCCA-C------------AC-TAT-CCC---C-TTC-G-ACTCT-AACC--TT--C-CAAG-TGTTG-T---------------CAgcaacccgccaataatgttgtgtagtcttggaacaggaagtctagtaaatcgcaagcttaagacaacatggaagtgctcattgctttgactccagccacgaagttttgtcacattgtgacaacattgaaaattttctgataaactggacaagagaattttatttataaa
gi|21 : C--CCTTG----------T-CG----------A----TGCACCTTCTGACGCTT--------------G-TGCGGGG-------------T-AACAGGGCGGTGG-A---------A---C--TGAA-TG----CTGGGTAGTGTGTccca
gi|11 : cTG--C-TTT-G-ACTCC-AGCC---A--C-GAAG-TTTTG-T---------------CA----------CAT----T------------GTGACAACA-T--T------------------GAAAATTT-ga
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gi|4 : tgacggaagttgacatcattatgcaaatgagaattccctcgtcgatgtgtgcggggaagaaaagggggtgggtgtgccatgaatgcagggtagtgtattgtactgcaaacagtataactctggcacaatattaggataggctgacatcggcaaattttgtaaatctatatcaaacaaacattggaatc--T-TTC-G-ACTAC-AACT--CA--C-AAAG-TTT-G-T---------------CAGC--------CATCATAGAAACACTAAAATTTGCAGACA-T--TTGTAAAAATATATTTATAAAGAATTT-G-CAG---ACATTTGTA-A------AAATA-T---ATTTACCGTT----G-TAAA-AA---AAAA-TG-----AT-T--GATT--AA-G-A-ATATGTGAATAGATTT-------AAG--AAT----TGC---C-T----TG--CTA-T-TC--AAA-GCAT-CTT--T--A-ATGC-TA-A-TT-TTA-ATA--T-TTC-C--TATTTT---TAACT-TTATC--G-ACCAA-TG-AAA-AAGG--AT---TACCCCGATTATTA-TG-TCA-ACTTCCGT
gi|1 : gatggaagtcgttatcgttatgcaatgagaattcccttgtcgatgtaccctctgacgtttgtgcgggcaaaaaaggggaacgctgaatgcatggtagtgtgtagcaaacaatgtaagtcgggcacattttgattgtggtttcgggacaggctgacatgggaaagtttagtaaatttatagaaatattgtacacacacacacacacacacacac--T-TTC-A-ACTCC-AAAC--CA--C-GGAG-TTTTG-T---------------
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-1962 ) : TGACGGAA--G-TTG-A---C-ATC-------A-T-TAT---GCA-----AA-T-GA--GAAT--TCC--CTCG----------T-CG----------A----TG--------------T--------------G-TGCGGGG----------A-AG-AAAAAGGGGGTGG-GT--GT-GC-A---CTGAA-TG--C----AGGGT----AGTGTATTGTA-C-T-GC-AAACA------AT-ATAA-NTC-G-GG-ACA-----A---------TT--------------G--------G-GAT-------AGGCTGAC--A----TCGG-------CAAATTTT-GTAAA-T--CTAT-----AT-CAAAC-AAACATTGG-AATC-GCTC--ACC-CC--CCCCCC-CCCNCTCCCA-CCCA-AATCGAC-CAT-CCTGT-TT--C-G-ACTCC-AACC--CA--C-GAAG-TTTNG-T---------------CAGT--------CAT----G------------T----TGG-----AGACA-T--T------------------GAAAATTT-A-CAG---ACGTTT--AA------AAA-A-T---AATTA---TT--TAAAAGTGT---AAAG-TG--TATATA--GATT--AACG-A-ATAC-----CA----T-------ACG--AAT----TGC---C-TAGCTTG--CTA-T-TT-TAAA-ACAA-GTTT--A-CTTCTAA-TT-ATAATA--T-TNC-CTATTTT---TAACT-TTATC--G-ACCAA-TGAAAA-AAGG--GC---TATCCCAATTATTA-TG-TCA-ACTTCCGTCAA
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1962 ) : TGACGGAA--G-TTG-A---C-ATC-------A-T-TAT---GCA-----AA-T-GA--GAAT--TCC--CTCG----------T-CG----------A----TG--------------T--------------G-TGCGGGG----------A-AG-AAAAAGGGGGTGG-GT--GT-GC-A---CTGAA-TG--C----AGGGT----AGTGTATTGTA-C-T-GC-AAACA------AT-ATAA-NTC-G-GG-ACA-----A---------TT--------------G-G-GAT-------AGGCTGAC--A----TCGG-------CAAATTTT-GTAAA-T--CTAT-----AT-CAAAC-AAACATTGG-AATC-GCTC--ACC-CC--CCCCCC-CCCNCTCCCA-CCCAAAT-GAC-CAT-CCTGT-TT--C-G-ACTCC-AACC--CA--C-GAAG-TTTN-G-T---------------CAGT--------TAT-G---------TTGGAGACA-T--T----GAAA---ATT-T-A-CA--G---ACGTT--T-AA------AAA-AT---AATTATT---AA---AGTG--TAA--AG-TG--TATATA--GATT--AACG-A-ATACCA--T-------ACG--AAT----TGC---C-TAGCTTG--CTA-T-TT-TAAA-ACAA-GTTT--A-CTTCTAA-TT-ATAATA--T-TNC-CTATTTT---TAACT-TTATC--G-ACCAA-TGAAAA-AAGG--GC---TATCCCAATTATTA-TG-TCA-ACTTCCGTCAA
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gi|12 : aagtaaaatgcatcattatgaaatgaattcccttgctggtgtacctccatggcttgtgcggggaaaatgggggtgaaaactgaatggtcagtgtgcaacccgccaataatgttgtgtagtcttggaacaggaagtctagtaaatcgcaagcttaagacaacatggCAA-ACGT--A-CTGCTAA-TC-ATAATA--T-TTA-TTATCTT---TAATT-TGATC--A-ACCAA-TGAAAA-AAGGCTACTAGTATTCCAA-AATTA-TG-TCA-ACCCCCtctgataaactggacaagagaattttatttataaa
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1962 ) : TGACGGAA--G-TTG-A---C-ATC-------A-T-TAT---GCA-----AA-T-GA--GAAT--TCC--CTCG----------T-CG----------A----TG--------------T--------------G-TGCGGGG----------A-AG-AAAAAGGGGGTGG-GT--GT-GC-A---CTGAA-TG--C----AGGGT----AGTGTATTGTA-C-T-GC-AAACA------AT-ATAA-NTC-G-GG-ACA-----A---------TT--------------G-G-GAT-------AGGCTGAC--A----TCGG-------CAAATTTT-GTAAA-T--CTAT-----AT-CAAAC-AAACATTGG-AATC-GCTC--ACC-CC--CCCCCC-CCCNCTCCCA-CCCAAAT-GAC-CAT-CCTGT-TT--C-G-ACTCC-AACC--CA--C-GAAG-TTTN-G-T---------------CAGT--------TAT-G---------TTGGAGACA-T--T----GAAA---ATT-T-A-CA--G---ACGTT--T-AA------AAA-AT---AATTATT---AA---AGTG--TAA--AG-TG--TATATA--GATT--AACG-A-ATACCA--T-------ACG--AAT----TGC---C-TAGCTTG--CTA-T-TT-TAAA-ACAA-GTTT--A-CTTCTAA-TT-ATAATA--T-TNC-CTATTTT---TAACT-TTATC--G-ACCAA-TGAAAA-AAGG--GC---TATCCCAATTATTA-TG-TCA-ACTTCCGTCAA
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gi|12 : aagtaaaatgcatcattatgaaatgaattcccttgctggtgtacctccatggcttgtgcggggaaaatgggggtgaaaactgaatggtcagtgtgcaacccgccaataatgttgtgtagtcttggaacaggaagtctagtaaatcgcaagcttaagacaacatggCAA-ACGT--A-CTGCTAA-TC-ATAATA--T-TTA-TTATCTT---TAATT-TGATC--A-ACCAA-TGAAAA-AAGGCTACTAGTATTCCAA-AATTA-TG-TCA-ACCCCCtctgataaactggacaagagaattttatttataaa
gi|13 : tttcattttaaatgtgacgtcattactttcaactaattttgaaatacaatgaatccatgaaaagcgaacttatcatatgtaatgttgcaaaataatgaagcatatagtaatggaatttttttttcaagattcatttccttgctaaacatctttttcattcGATGGAA--G-TTG-A---C-ATC-------A-T-TAT---GCA-----AA-T-GA--GAAT--TCC--CATG----------T-CA----------A----TG--------------T--------------G-TGC-GGG----------A-AG-AAAAA--GGGTAG-GG--GT-GC-A---CTGAA-TG--C----AGGGT----AG----TTGGG-C--------ACA------AT-TTCA-TCT-GTGG-TT----------------TT--------------G-G-GAC-------AGACTGAC--A----CGGG-------GATGTTTA-GTAAA-T--CTATTAAAAAT-GAAAA-CAATATTGG-AATT-GCTC--A----------------CACTCTCA-C---------------CCTGT-TT--A-G-ACTCTAAACC--CA--T-GAAG-TTTT-G-T---------------CAGT--------CA
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gi|19 : aggggagcgg-TG--TAAATACCAATT--A-CA-ATATACCAAAT-------GAG--AAT----TGTTCAC-TGGTTTG--AGA-T-TC-------CAA-TTTTTTA-CTGCTAA-TC-ATAAGAATT-TTCACTATTTT---TAATTATCATA--G-ACCAA-TGAAAAGAAGG--GC---TAttccattacgtggtt
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gi|4 : aagacggaagttgattttatgcaatgagaattctcttatcgatgtaactctgacgcttgtgcgaggtaaaaggcggtgacacttaaaacaatgcaagtgggacacaattttgtggtttggaaacagactaactcggggaactttagtaaatttatagcaaatcaacattagaatagcaatactgtaaatttacagacatttgggtgtataaacgccattaaaaacgttttgatgtgtgcctacgtgtgtgggtgtcgattatgatttgctaatgagtttttcttctttacatatgacacttattttaagctaattttaagatacaagtgaagctgtcGATGGAA--G-TCG-T---T-ATC-------G-T-TAT---GCA-----A--T-GA--GAAT--TCC--CTTG----------T-CG----------A----TG--------------TACCCTCTGACGTTTG-TGCGGGC----------A-A---AAAAGGGGA-----------AC-G---CTGAA-TG--C----ATGGT----AGTGT---GTA-----GC-AAACA------AT-GTAA-GTC-G-GGCACATTTTGA---------TTGTGGTTTC------G-G-GAC-------AGGCTGAC--A----TGGG-------AAAGTTTA-GTAAA-T--TTAT-----------AG-AAATATTGT-A-------C--ACA-CA--CACACA-CACACACACA-C-------------------T-TT--C-G-ACTAC-AACT--CA--C-AAAG-TTT--G-T---------------CAGC--------CAT-C---------ATAGAAACA-C--T-----AAA---ATT-T-G-CA--G---ACATTTGT-AA------AAATAT---ATTTA-T---AA---AGt
gi|4 : ---------TTGCAGACA-T--TTGTAAAAATATATT-T-A-C--------CGTTG-T-AA------AAA-AA---AATGATT---GATTAAGAA--TA------TG--TGAATA--GATT-----------------T-------AAG--AAT----TGC---C-T----TG--CTA-T-TC--AAA-GCAT-CTTT--A-ATGCTAA-TT-TTAATA--T-TTC-CTATTTT---TAACT-TTATC--G-ACCAA-TG-AAA-AAGG--AT---TACCCCGATTATTA-TG-TCA-ACTTCCGTaatttgcagacatttgtaaaaatatatttaccgttgtaaaaaaaaatgattgattaagaatatgtgaatagatttaagaattgccttgctattcaaagcatctttaatgctaattttaatatttcctatttttaactttatcgaccaatgaaaaaggattaccccgattattatgtcaacttccgt
gi|5 : gatggaagtcgttatcgttatgcaatgagaattcccttgtcgatgtaccctctgacgtttgtgcgggcaaaaaaggggaacgctgaatgcatggtagtgtgtagcaaacaatgtaagtcgggcacattttgattgtggtttcgggacaggctgacatgggaaagtttagtaaatttatagaaatattgtacacacacacacacacacacacactttcgactacaactcacaaagtttgtcagccatcatagaaacactaaaatttgcagacatttgtaaaaatatatttataaagaatTGACGGAA--G-TTG-A---C-ATC-------A-T-TAT---GCA-----AA-T-GA--GAAT--TCC--CTCG----------T-CG----------A----TG--------------T--------------G-TGCGGGG----------A-AG-AAAAAGGGGGTGG-GT--GT-GC-A---CTGAA-TG--T----AGGGT----AGTGTATTGTA-T-T-GC-AAACA------AT-ATAA-CTC-G-GG-ACA-----A---------TT--------------A-G-GAT-------AGGCTGAC--A----TCGG-------CAAATTTT-GTAAA-T--CTAT-----AT-CAAACAAAACATTGG-AATC-GCTC--ACC-CC--CCCCCC-CCCCCCCCCA-CCCAAATCGAC-CAT-CCTGT-TT--C-G-ACTCC-AACC--CA--C-GAAG-TTTA-G-T---------------CAGT--------TAT-G---------TTGGAGACA-T--T----GAAA---ATT-T-A-CA--G---ACGTT--T-AA------AAA-AT---AATTATTTTAAA---AGTG--TAA--AG-TG--TATATA--GATT--AACG-A-ATACCA--T-------ACG--AAT----TGC---C-TAGCTTG--CTA-T-TT-TAAA-ACAA-GTTT--A-CTTCTAA-TT-ATAATA--T-TAC-CTATTTT---TAACT-TTATC--G-ACCAA-TGAAAA-AAGG--GC---TATCCCAATTATTA-TG-TCA-ACTTCCGTCAA
gi|6 : GACGGAA--G-TTG-A---C-ATC-------A-TCTAT---GCA-----AA-T-GA--GTAT---CC--CTCG----------T-CG----------A----TG--------------T--------------G-TGCGGGG----------A-AG-AAAAAGGGGGTGG-GT--GT-GC-A---CTGAA-TG--C----AGG-T----AGTGTATTGTA-T-T-GC-AAACA------AT-ATAA-TTC-G-GGCACA-----A---------TT--------------A-G-GAT-------AGGCTGGC--A----TCGG-------CAAATTTT-GTAAAAT--CTAT-----AT-CAAAC-AAACATTGG-AATCCGCTC--ACC-CC--CCCCCC-CCC----------CAAATAGACACAT-CCTGT-TT--CCG-ACTCC-AACC--CA--C-GAAG-TTTA-GGT---------------CAGT--------TATAG---------TTGGATACA-T-------GAAA---ATT-T-A-CA--GG--ACGTT--TAAA------AAA-AT---AATTATT----A---AGTG--TTA--AG-TG--TATATA--GATTA-AACG-A-ATACCA--T-------ACG--AAT----TGC---C-TAGCTTG--CTA---TT-TAAA-ACAA-GTTT--A-CTTCTAA-TT-ATAATA--T-TAC-CTATTTT---TAACT-TTATC--G-ACCAA-TGAAAA-AAGG--GC---TATCCCAATTATTAGTG-TCA-ACTTCCGTC
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blockSeqs : TG G C AATCG CAATCTA A C AAT TTGGA G C AG CT GC CTGGTGTACC T . ATGT CACCTTCTGACGCTT G GACGCCTGTACAGGA G GCGTTGAT C TTT T CAGCT GAAG GCA ATTT G ATGATT T TT C T C ATTTGATTGTGGTGTTGG A G TACGGGGGAAGCT TA A GC TAAAAAT AA A C CG CA AA T A CCCCCCACCCAAATCGACCAT G TT C A A GTCAAT T C TT G TTCCCCGCCCGCCCC TTTCTGTG GTAAAATGGA G TTGTAAA TAT G A . AT G TAACTGTGT T TGA TTA TTAA AT AT A GG CC TT GC T AA TGTTTGC GA AAAA TCA A G TC AT AC G A TT C T A AT A A G T TTG A GG G G A G . TTA G T G
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blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . . . . GCTT . GAAGA G GGTGT . . . C . ATT CCT . . . G . . C ATATTA . . ACGGGG T . . AG C . . . C . C . AATGCGAGACATAT . . . . . CA . . A . . . G . TGA . . . . . . TAAA . . . A . . . . . . G . . . . . . . A . T T . . . . . . . . C . T . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . . . . CTT . GAAGA G GGTGT . . . C . ATT CCT . . . C . . . ATTA . . ACGGGG T . . AT A . . . C . C . CCTCCCACACTAT . . . . . CA . . T . . . C . TGA . . . . . . TAA . . . A . . . . . . G . . . . . . . A . T T . . . . . . . . T . T . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . . . . GT . GAAGA G GGTGT . . . C . GTT CCT . . . C . . . ATTA . . ATGGGA A . . AT A . . . C . C . CAAATAGACACAT . . . . . CA . . A . . . G . TGA . . . . . . TAA . . . A . . . . . . G . . . . . . . A . T T . . . . . . . . T . T . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . . . . T . GAAGA G GGTGT . . . C . ATT ATT . . . T . . . ATTA . . ATCGGC T . . AC A . . . T . A . ACTCTCAC . . . . . CA . . A . . . G . TG . . . . . . TTA . . . A . . . . . . G . . . . . . . A . T . . . . . . . . . A . T . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . T . GAGT G GGTGT . . . C . ATT ATT . . . G . . . ATTT . . ATCGGC T . . AT A . . . . . C . ACACACAC . . . . . TA . . A . . . G . TA . . . . . . TAA . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . T . . . . . . . . . A . T . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . T . GAAG G GGTG . . . T . TT ACT . . . C . . . TTG . . ATCGGC T . . AT . . . . . . . . . . . . CC . . A . . . G . GA . . . . . . TAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . . . . T . ACA G GCGT . . . C . AT GC . . . T . . . ATT . . TCGGG T . . . . . . . . . . . A . . A . . . . TG . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . . . . T . GTA G GA . . . C . A TT . . . A . . . TAG . . TGGC T . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . . . . T . CAA . A . . . C . . AC . . . C . . . TTG . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . . . . T . GA . . . . . C . . A . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . GT . . . . . . .
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1962 ) : TGACGGAA--G-TTG-A---C-ATC-------A-T-TAT---GCA-----AA-T-GA--GAAT--TCC--CTCG----------T-CG----------A----TG--------------T--------------G-TGCGGGG----------A-AG-AAAAAGGGGGTGG-GT--GT-GC-A---CTGAA-TG--CAG----GGT----AGTGTATTGTA-C-T-GC-AAACA------AT-ATAA-NTC-G-GG-ACA-----A---------TT--------------G-G-GAT-------AGGCTGAC--A----TCGG-------CAAATTTT-GTAAA-T--CTAT-----AT-CAAAC-AAACATTGG-AATC-GCTC---ACC-CC--CCCCCC-------CCCAC-----CCCAAAT-GACAC-AT-C-----CTG--T-TTC-G-ACTCC-AACC--CA--C-GAAG-TTTNG-T---------------CAGT--------TAT-G---------TTGGAGAC--A-TT----GAAA---ATT-T-A-CA--G---ACGTT--T-AA------AAA-A-T---AATTATT---AA---AGTG--TAA--AG-TG--TATA-TA--GATT--AACG-A-ATACCA--T-------ACG--AAT----TGC---C-TAGCTTG--CTA-T-TT-TAAA-AC-AAGTTT--A-CTTCTAA-TT-ATAATA--T-TNC-CTATTTT---TAACT-TTATC--G-ACCAA-TGAAAA-AAGG--GC---TATCCCAATTATTA-TG-TCA-ACTTCCGTCAA
gi|1 : ACGGAA--G-TTG-A---G-TGC-------G-A-GAT---GCA-----AA-C-AA--GGAT--TCC--CTTG----------T-CGTTGTAATCTGA----TG--------------TTT------------G-TACGGGG----------G-GG-------GGGGTGC-GA--GTTGC-A---CTGAT-TG--CAG----GAT----AATGTGTAGCC-A-T-GC-AAACA------AT-ACGA-GT--A-GG-ACACTAT-G---------TT--------------GTG-GATTTGGAAGAGTCTGGC--A----TATG-------AAACTCTA-ACATA-T--CTAT-----AG-CA
gi|1 : aga--T-TTC-A-ACTCC-AAAC--CA--C-GGAG-TTTTG-T---------------ttgctgatttctatattgtttttcaactccaaaccacggagttttgtaaatgataaatatttaagagtatgcttacgtctgttggtatcaatatacttacggacgtttcttctttacgcatggcacttagtttaaactaatttttaatatacagtgtaagtgaagttatcatgtttaacggcgtttttatagagtataaacatttgtcattaaatttgttaaagatcgattacctcgctaaacaatctttactgctaattatgatatttttaaaaattggtaccgtatattatttatatttactatttttacctttatctgtcattgcaaaaacggttcttccaattattttgtaaattg
gi|10 : agaacggaagttgagtgcgagatgcaaacaaggattcccttgtcgttgtaatctgatgtttgtacgggggggggggtgcgagttgcactgattgcaggataatgtgtagccatgcaaacaatacgagtaggacactatgttgtggatttggaagagtctggcatatgaaactctaacatatctatagcattgctgatttctatattgttGACGGAA--GGTTG-----C-ATC-------A-A-TATAATGCA-----AA-T-GA--GAAT--TCCGCCTTG----------T-CG----------A----TG--------------T-----------------------------------AC-ATAAA-----TGG-GT--G--GC-A---TT--A-TA---AA----GGTGAAGAGTGTA--GTC-C-T--C-AA-CA------TT-ATAA-GTCCG-AGCATA-----A---------TTTGATTGTGGTGTTGG-G-GAT-------AGGCTGAC--T----ACGGGGGAAGCTAAA-----GTGAA-TGCCTATT----ATGCAAAT-CAACAT-GG-ATTC--TTC---ACC-CCA-CCACCC-------CTTGC-----CC------GACCC-GTGCTCTAGCTGTTT-TTC-G-ACTCC-AACCGTCAATT-GAAGTTTTTG-T---------------CAGC--------CAT-C---------GTGGAAAC--A-CT------AC---CTT-T-ACCA--GTGAACGTT--T--G------AGA-A-T---AATGCCT---AACG-AGTG--Taaatgataaatatttaagagtatgcttacgtctgttggtatcaatatacttacggacgtttcttctttacgcatggcacttagtttaaactaatttttaatatacagtgtaagtgaagttatcatgtttaacggcgtttttatagagtataaacatttgtcattaaatttgttaaagatcgattacctcgctaaacaatctttactgctaattatgatatttttaaaaattggtaccgtatattatttatatttactatttttacctttatctgtcattgcaaaaacggttcttccaattattttgtaaattg
gi|11 : g---C-ATC-------A-T-TAT---G-A-----AA-T-GA----AT--TCC--CTTGCTGGTGTACCT-CC----------A----TGGCT-----------T--------------G-TGCGGG--------------G-AAAATGGGGGTGA--------AA-A---CTGAA-TGGTCAG----TGT----gggtggtcaatgttaatttacttatgaagtttttcttcttcacgtattcatgacacttacttttaaattcaatatattg
gi|11 : aagtaaaatgTG--C-TTT-G-ACTCC-AGCC---A--C-GAAG-TTTTG-T---------------CA----------CAT-T---------GTGACAAC--A-TT----GAAA---ATT-T-gcaacccgccaataatgttgtgtagtcttggaacaggaagtctagtaaatcgcaagcttaagacaacatggaagtgctcattgctttgactccagccacgaagttttgtcacattgtgacaacattgaaaattttctgataaactggacaagagaattttatttataaa
gi|12 : aagtaaaatgcatcattatgaaatgaattcccttgctggtgtacctccatggcttgtgcggggaaaatgggggtgaaaactgaatggtcagtgtgcaacccgccaataatgttgtgtagtcttggaacaggaagtctagtaaatcgcaagcttaagacaacatggaagtgctcatC-AAACGT--A-CTGCTAA-TC-ATAATA--T-TTA-TTATCTT---TAATT-TGATC--A-ACCAA-TGAAAA-AAGGCTACTAGTATTCCAA-AATTA-TG-TCA-ACCCCCtctgataaactggacaagagaattttatttataaa
gi|13 : tttcattttaaatgtgacgtcattactttcaactaattttgaaatacaatgaatccatgaaaagcgaacttatcatatgtaatgttgcaaaataatgaagcatatagtaatggaatttttttttcaagattcatttccttgctaaacatctttttcattcGATGGAA--G-TTG-A---C-ATC-------A-T-TAT---GCA-----AA-T-GA--GAAT--TCC--CATG----------T-CA----------A----TG--------------T--------------G-TGC-GGG----------A-AG-AAAAA--GGGTAG-GG--GT-GC-A---CTGAA-TG--CAG----GGT----AG----TTGGG-C--------ACA------AT-TTCA-TCT-GTGG-TT----------------TT--------------G-G-GAC-------AGACTGAC--A----CGGG-------GATGTTTA-GTAAA-T--CTATTAAAAAT-GAAAA-CAATATTGG-AATT-GCTC---A----------------------CAC-----TCT---------C-AC-C-----CTG--T-TTA-G-ACTCTAAACC--CA--T-GAAG-TTTTG-T---------------CAGT--------CA
gi|14 : TTAG-T---------------CAGT--------TAT-G---------TTGGAGAC--A-TT----GAAA---ATT-T-A-CA--G---ACGTT--T-AA------AAA---T---AATTATT---AA----GTG--TAA--AG-TG--TATA-TA--GATT--AACG-A-ATACCA--T-------ACGA-AAT----TGC---C-TAGCTTG--CTA---TT-TAAA-AC-AAGTTT--A-CTTCTAA-TT-ATAATA--T-TAC-CTATTTT---TAACT-TTATC--G-ACCAA-TGAAAA-AA-G--GC---TATCCCAATTATTA-TG-TCA-ACTTCCGTCAA
gi|15 : CC--CTC-----------T-C-----------A----CGCT------------T--------------G-TGTGGG----------------AAACATAGGGTGG--C--GT-GC-A---CTGAA-TA--CAGCTAGGGT----AGTGTGCAGCC-C-T-GA-AAACA------AT-GAAA-GGC-G-TGTATA-----ACTGTGTGCTTT--------------G-G-AAC-------AGGCTGGC--A----CGGG-------GAAACTTA-GTAAA-T--CTA-------------------ACTGG-GATT-GCCCTTGACC-CC--CTCCC---------------------------ACACTAT-C-----CC---C-TTC-G-ACTCT-AACC--TT--C-CAAG-TGTTG-T---------------CA
gi|16 : AAA---ATTGT-A-TAATG---AAGTT----------------A-T---CATTCTT---AA---A-TGATTAA--AGATA--AATA-TA--GATTTTAAC--A-TTAACA--TTGTTTGCAGG--AATAAAATGC---C-T---TTGG-CTAAT-TG-TAAAGAC-TGCTAT--A-CTGCTA---T-ATAATAG-T-TAAGCTATTCT---CA-CT-TTATC--GGACTAG-TGAAA----GG--GC---TATCCCGATGAACA-TG-TC--ACTTCCGTccca
gi|17 : TGACGGAA--G-T-G-A---C-ATTCAATCTAA-T-TTT---GCATTGGAAA-T--A--GAATCTTCC--CTCG----------T-CG----------A----TGG-------------T--------------G-TGCTGGG----------G-AGTAAAAAGGGGGTGG-GA--TT-GC-ATTTCTGAA-TG--CAG----GGT-----GTGTATTGT--T-T-GC--AACA------GT-A-AA-CTC-G-GGCACA-----A---------TT----------------A-GCT-------AGGCCGAC--AGTCTTTGG-------CAAATTTT-G
gi|18 : GGCGGAA--A-TTG-AAATCGATC-------A-T-TAT---GCA-----AA-C-GA--AGAT--CCT--CTTG----------T-CG----------A----TG--------------T--------------G-TCCTGTGACGCCTGTACA-GG-AAAAAGGGGGTG---------AC-A---CTGAA-TA--CAG----GGT----AGTATGCAGCC-C-T-TC-AAACGATGATTAT-ATAGTTTT-G-GG-ACA-----at
gi|19 : aggggagcgg-TG--TAAA-TACCAATT--A-CA-ATATACCAAAT-------GAG--AAT----TGTTCAC-TGGTTTG--AGA-T-TC-------C-AATTTTTTA-CTGCTAA-TC-ATAAGAATT-TTCACTATTTT---TAATTATCATA--G-ACCAA-TGAAAAGAAGG--GC---TAttccattacgtggtt
gi|2 : CGGAATGG-TTGCA---C-ATCG------A-T-TAT---GCA-----AAGT-GAAGGAAT--TCC--CTCG----------TTCG----------AATGTTG--------------T--------------GGTGCGGGG----------A--G-TACAAGGGGGTAG-GT--GT-GCCA---CTGAA-TG----A----GGT----AGTGTAT-GTA-T-TTGC-A--CA------ATTATAA-CTC-G-GC-ACA---------------TA--------------G-G-AATG------AGGCTGACCAA----TCG--------CAAATTTT-GTAAA-T--CTATA----AT-CGAAC-AAACAATGGAAATC-GCT----ACA-CC--CCCTCC-------CCCAA-----TGCGA---GACAT-AT-C-----CTG--TGTTC-GAACCTC-AACG--CA--CTGAAGCTTTAG-TTTCCCCGCCCGCCCCCAGTTTTCTGTGTAT-GTAAAATGGATTGGAGAC--AGTT----G--A---ATT-TAA-TA--G---GCGTT-----A------AAA-A-TTGAAATTATT---AA---TGT---TAGATAG-TGT-TATA-TA--GCTT--AACG-A-ATACCA--TAAGGGGCACGGAGAT----TGCCT-C-TAGCTTGTCTTA-T-TTACAAC-AC-AGTTTT--ACCTTTTAATTT-CTAATA--T-TCTGGTATTTTTTGTAACT-TTATCGGG-ACCAAGTG-AAA-AAGG--GT---TATCCCAATTATTA-TGTTCA-ACGTCCGTCAA
gi|21 : tgactCC--CTTG----------T-CG----------A----TGCACCTTCTGACGCTT--------------G-TGCGGGG-------------T-AACAGGGCGGTGG-A---------A---CTGAA-TG--CTG----GGT----AGTGTGT
gi|23 : cGGCGGAA--A-TTG-AAATCGATC-------A-T-TAT---GCA-----AA-C-GA--ga
gi|3 : ggggagcggGACGGAA--G-TTG-A---T--T----------T-TAT---GCA-----A--T-GA--GAAT--TCT--CTTA----------T-CG----------A----TGTAACTCTGACGCT-T--------------G-TGCGAG--------------G-TAAAAGGCGGTG---------AC-A---CTTAA-AA--CAA----TGCA---AGTG----GGA-C--------ACA------AT------TTT-G-TG-GT----------------TT--------------G-GAAAC-------AGACTAAC-------TCGG-------GGAACTTTAGTAAA-T--TTAT-----AG-CAAAT-CAACATTAG-AATA-GC
gi|3 : aa---ATGTT--T-AACTGTGTAAA-A-T---GATAAT----AA---AGAG--CAT--CG-TGGGTAGA-TA--GATT----------TACCA--T-------AAA--CAT----TTT---CATCGCTTGAAC-A-TCTT-TACT-GC-ATGCT---A-CATGCAA-TC-ATGATA--T-TTT-CT---TT---TAACT-TTACC--G-ACCAT-TGCAAA-AAGG--GC---TATCCCGATCGTTA-TG-GTA-ACTTaatactgtaaatttacagacatttgggtgtataaacgccattaaaaacgttttgatgtgtgcctacgtgtgtgggtgtcgattatgatttgctaatgagtttttcttctttacatatgacacttattttaagctaattttaagatacaagtgaagctgtcatgtttaactgtgtaaaatgataataaagagcatcgtgggtagatagatttaccataaacattttcatcgcttgaacatctttactgcatgctacatgcaatcatgatattttcttttaactttaccgaccattgcaaaaagggctatcccgatcgttatggtaacttt
gi|4 : aagacggaagttgattttatgcaatgagaattctcttatcgatgtaactctgacgcttgtgcgaggtaaaaggcggtgacacttaaaacaatgcaagtgggacacaattttgtggtttggaaacagactaactcggggaactttagtaaatttatagcaaatcaacattagaatagcaatactgtaaatttacagacatttgggtgtataaacgccattaaaaacgttttgatgtgtgcctacgtgtgtgggtgtcgattatgatttgctaatgagtttttcttctttacatatgacacttattttaagctaattttaagatacaagtgaagctgtcGATGGAA--G-TCG-T---T-ATC-------G-T-TAT---GCA-----A--T-GA--GAAT--TCC--CTTG----------T-CG----------A----TG--------------TACCCTCTGACGTTTG-TGCGGGC----------A-A---AAAAGGGGA-----------AC-G---CTGAA-TG--CAT----GGT----AGTGT---GTA-----GC-AAACA------AT-GTAA-GTC-G-GGCACATTTTGA---------TTGTGGTTTC------G-G-GAC-------AGGCTGAC--A----TGGG-------AAAGTTTA-GTAAA-T--TTAT-----------AG-AAATATTGT-A-------C---ACA-CA--CACACA-------CACAC--------------ACAC-AC------------T-TTC-G-ACTAC-AACT--CA--C-AAAG-TTT-G-T---------------CAGC--------CAT-C---------ATAGAAAC--A-CT-----AAA---ATT-T-G-CA--G---ACATTTGT-AA------AAATA-T---ATTTA-T---AA---AGt
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gi|5 : gatggaagtcgttatcgttatgcaatgagaattcccttgtcgatgtaccctctgacgtttgtgcgggcaaaaaaggggaacgctgaatgcatggtagtgtgtagcaaacaatgtaagtcgggcacattttgattgtggtttcgggacaggctgacatgggaaagtttagtaaatttatagaaatattgtacacacacacacacacacacacactttcgactacaactcacaaagtttgtcagccatcatagaaacactaaaatttgcagacatttgtaaaaatatatttataaagaatTGACGGAA--G-TTG-A---C-ATC-------A-T-TAT---GCA-----AA-T-GA--GAAT--TCC--CTCG----------T-CG----------A----TG--------------T--------------G-TGCGGGG----------A-AG-AAAAAGGGGGTGG-GT--GT-GC-A---CTGAA-TG--TAG----GGT----AGTGTATTGTA-T-T-GC-AAACA------AT-ATAA-CTC-G-GG-ACA-----A---------TT--------------A-G-GAT-------AGGCTGAC--A----TCGG-------CAAATTTT-GTAAA-T--CTAT-----AT-CAAACAAAACATTGG-AATC-GCTC---ACC-CC--CCCCCC-------CCCCCCCCCACCCAAATCGAC-C-AT-C-----CTG--T-TTC-G-ACTCC-AACC--CA--C-GAAG-TTTAG-T---------------CAGT--------TAT-G---------TTGGAGAC--A-TT----GAAA---ATT-T-A-CA--G---ACGTT--T-AA------AAA-A-T---AATTATTTTAAA---AGTG--TAA--AG-TG--TATA-TA--GATT--AACG-A-ATACCA--T-------ACG--AAT----TGC---C-TAGCTTG--CTA-T-TT-TAAA-AC-AAGTTT--A-CTTCTAA-TT-ATAATA--T-TAC-CTATTTT---TAACT-TTATC--G-ACCAA-TGAAAA-AAGG--GC---TATCCCAATTATTA-TG-TCA-ACTTCCGTCAA
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gi|7 : GACGGA---G-TTG-A-----ATCC------A-C-TAT---ACA-----AA-T-GC--GAAT--TCC--CTTG----------T-CG----------A----TG--------------T--------------G-TGCGGGG----------ATAG-TAAAA-GGGTTGG-GT--GT-G-------TGAATTG--CAG----G------AGTGTGTTGTA-TGT-GC-AAACA------AT-ATAA-ATC-G-GC-ACA-----A---------TT--------------A-G-GAT-------AGGCTGAC--------TGG-------C-AATTTT-GTAAA-T--CTAT-----AC-CAAAC--AACA-TGG-AA-C-GCTC---ACCACC--CCCCCCACCCGCTCCCAC-----CCCAAAT--ATA-----C-----CTG--T-TTC-G-ACTCC-AACC--C---C-GAAG-TTT-G-T---------------CAGT--------TAT-G---------TTGGAGAC--A-TT----G-AA---ATT-T-A-CA--G---ATGTT--T-TA------AAA-A-T---AAGGAT-----A---AGTG--TAA--AG-TG--TATA-TA--GATT--AACG-A-ATACC---T-------ACG--AAT----TGC---C-TAGCTTG--CTA---TT-TAAA-AC-AAGTTT--A-CTTCTAA-TTAATAATA--T-TAC-CTA-TTT---TAACT-TTA-C--G-ACCAA-TGAAAA-AGGC--GCTTATGTCTCAATTTTTA-TGTTCAGACTTCCGTC
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