lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             111111111111111111111111111111111111111                                                                                                111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                   1111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   2        444444444     111111      1    1    1               1  1           11111   111     333333333333             1111     33     1  2222           2222    1       1                    1111     11   1     1          11     11  1            1   3333       222               1          33333333      111     1           2222            111    1111     33       1    1     22           2222                 11  1           1  1      111   333      222                2    1   2   1    2222             2         11  2    11  1  11           333333        2       11     1  2   1   2    1          2   22      22                2         11111         11         222222                            2                 44              777777777777777777777777777777777777777     33333333               3333333       888888                        4     444444444         777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777                11       4  1         4444        4          333           33        33       55555        7777777777       11     2        11              2           1     3333333333           1111111111111111111111111       222222      11        444444444444      222222222        5555555                             44444          5555       1    1   1  2      55555555555555      1          33      2         88888888888888888888888888888888888               333333     1    2                222       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   6  7     0   8  3      3 222222222  2  666666      5    0 8  0        2      0  5    9      22222   000     111111111111    3        4444     33     0  5555           0000    0       0               8    4444     99   0     0   2      33     33  0    9       0   2222       555            9  0  2  3    99999999      666     0      3    4444   3        111    4444     44       0    0     44       3   4444 3    2   3   3  33  0           0  0      111   111      444       6        6 8  3   6   3    1111    7    7   6         44  3    88  3  11           777777        3       88     5  0   5   0    5       4  0   77      77                3         33333  7      88   7     555555                      3     0                 77              999999999999999999999999999999999999999     99999999  66        0  7777777       777777           3    2       0     666666666  9      000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000    0  2  8 3   22       0  0  1    5 6666        0       8  333           11    77  11       11111        9999999999       33     3  6     88          4   3     7     6     9999999999           5555555555555555555555555       999999      88        999999999999      555555555        6666666   11                        11111          2222       3    3   2  3      99999999999999      3 7     7  11      3    7    22222222222222222222222222222222222       6    7  222222   7 3    6                999       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   .  .     .   .  .      . .........  .  ......      .    . .  .        .      .  .    .      .....   ...     ............    .        ....     ..     .  ....           ....    .       .               .    ....     ..   .     .   .      ..     ..  .    .       .   ....       ...            .  .  .  .    ........      ...     .      .    ....   .        ...    ....     ..       .    .     ..       .   .... .    .   .   .  ..  .           .  .      ...   ...      ...       .        . .  .   .   .    ....    .    .   .         ..  .    ..  .  ..           ......        .       ..     .  .   .   .    .       .  .   ..      ..                .         .....  .      ..   .     ......                      .     .                 ..              .......................................     ........  ..        .  .......       ......           .    .       .     .........  .      ............................................................    .  .  . .   ..       .  .  .    . ....        .       .  ...           ..    ..  ..       .....        ..........       ..     .  .     ..          .   .     .     .     ..........           .........................       ......      ..        ............      .........        .......   ..                        .....          ....       .    .   .  .      ..............      . .     .  ..      .    .    ...................................       .    .  ......   . .    .                ...       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   7  3     7   3  3      2 222222222  0  888888      5    0 8  0        5      0  5    2      00000   555     555555555555    2        2222     88     0  2222           0000    5       5               8    8888     55   0     0   5      88     55  0    2       0   2222       888            0  0  5  2    00000000      555     0      2    8888   2        000    8888     22       0    0     55       2   8888 2    5   2   2  88  0           0  0      000   222      000       7        7 3  3   7   3    3333    3    3   7         77  3    33  3  00           000000        7       00     0  0   0   0    5       0  0   55      55                7         77777  3      33   3     777777                      0     0                 55              777777777777777777777777777777777777777     55555555  22        2  5555555       222222           2    5       0     555555555  8      444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444    8  8  0 8   44       0  6  4    0 0000        0       0  222           00    33  00       88888        0000000000       33     3  7     33          7   3     3     0     7777777777           8888888888888888888888888       555555      33        777777777777      000000000        0000000   77                        00000          0000       3    3   3  3      77777777777777      3 3     3  77      3    3    33333333333333333333333333333333333       7    3  777777   3 3    7                000       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TCAAATCTTAAGAAATAAAAACAATTG-GTTGTGTGC--AATAGGTAAAATATGACTACGAAACTGT-AGTT-CAATGAGACAAGACA-TAATACATAAATAC-A-T-GAAAANAAAAGA-----TA----TTTTTATTTAAAA-AT-GGACAA-CTGAA-ACT-TATAATTGGCAAA--C-CTTCTTAAATTCTTTTATGATATTTTTTCTGCA--T-GACAAGGTTT-TCAAA-GATCATATAT--GGAAA-NTG-TGTGTGGGAAAA-CAATC--TTTAATTNTGGAAAAGTCAGATGGA-CAGATATTTA------TNAGAAATAATATATG-TAAAGTTGTTG--A-ATGAATATTGCTNG-ATTT--A-CTATA-CAACTTTT-GAAC-AATCTT-TTATGCAACAA--T-ATTTTTCTTAACAAATG--GA-AAAAAGATGTG-AA-TAGAAA-T-GTAAT-TTTTGTGGGCTAATGTCATTGAAAATAATA-CACGATT-TAAT-T-NTTGAATGTAATAATGTAAGACAGAATA-TGGA--AT-TAACTAGAAATGGTT--TT--AGATCGAC-ATTACATCTGGAAACACATATCTGTCTCTTAGGCTTTTNTCATGATGAGATAAGTTCCTAAAGTGCATTCC-TTTAATTTC-GTTNTTATTCATA--TATTGCTTAT-GAA-TATACAAAATTAAAATGATGTTNAGATAATGAAAGCAGAGTTGAAAAGTGTAAATAATCTGTTANCAAACCATGTT-AAGANGTA-GACTGT---TAT-A-GAACAT----ACATTTAACATTAAAGAA-TCAAAATATAATT--TCATTAATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTATTT-GT-TACTTTTAATGTCT--TTTTGAT----AAA-ATTTTC-GT-TGTA-ATAT-T--ATACTA--TTTCTG--TATTTTAATTTCG-ATATTTATTTTCCA-ACAAAATAATCTA--GCAAGTACT-TGAGGGT-GA-CCTGTTCCTCAGTAACTCG-TTGTTGAGGGGA-GTGGTGGACTGT----------GTTTGTGCCTCCCC-TGCAGCAA--TGAAAACAAANGCAATATATAAATGT-ATTTA--TATT-A--TTGATTAGATTT-TTAT-ATATTACGACGATNATCTTTTGATGCTACATGTATTA--TTAGAATT---ATTATC-TCTTTTTTTT-TTTTT-AATTCTCTTCCT---TATTCTTTAGAAATCGATGTAAATCTGAT---A-TATCAAGGAA----TCTTTGT-ATAA-TTACTT-CATATA--TC-TT-------TGTTGA-CATATTATTGA-ATACAT-CTATACCTGTT-T-AATATAT-ATACCTTA-C-CTTTG--TTATCTTGATACCTTGAATAGAAT-AAATT-GTTGAAACTAAAAAAAAAAAA-AAAAAAAAA
Reference ( gi|4 )            :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TCAAATCTTAAGAAATAAAAGCAAATGCGTTGTGTGC--AATAGGTAGAACATGACTACGAAACTGT-AGTT-CAATGAGACAAGACA-TAATACATAAATAC-A-T-GAAAACAAAAGA-----TA----TTTTTATTTAAAA-AT-GGACA--CTGAA-ACTTTATAATTGGCAAA--C-CTTCCTAAATTTCTTTATGATATTTTTTCTGCA--T-GACAAAGTTT-TCAAA-GATCATATAT--GGAAA-TTG-TGTGTGGGAAAA-CAATC--TTTAATTATTGAAAAGTCAGATTGA-CAGATATTTA------TGAGAAATCAAATATG-TAAAGTTGTTG--A-ATGAATATTGCTTG-ATTT--A-CTATAACAACTTTT-GAAC-AATCTTGTTATGCAACAA--T-ATTTTTCTTAACAAATG--GA-AAAAAGATGTG-AA-TAGAAA-T-GTA---TTTTGTGGGCTAATGTCATTGAAAA-ATTA-CAC-ATT-TAAT-T-GTTGAATGTAATAA-GTAAGACAGAATACTGGA--AT-TAACTAGAAATGGTT--TT--AGATCGACTATTACATCTGGAAACAC-TATCTGT-TCTTAGGCTTTTTTC-TGA--AGATAA--TCCTAAAGTGCATTCCATTTAATTTC-GTTATTATTCATA--TATTGCTTATAGAAGTATACAAAATTAAAATGATGTTAAGATA-TGAAAGCAGAGTTGAAA--TGTAAATAATCTGT--ACGA--CATGTTTAATACGTATGAC-GTAACTATGA-GAACAT----ACATTTAACATTAAAGAA-TCAA--TATAATTAATC--TAATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCTATTATTTTGTATACCTTTAATGTCTCGTTCTGAT----ACA-ATTTTC-GTCTGTA-ATAC-TCAATACTAATTTTCTGATTAATTTAATTCCG-ATATTAATTTTCCAGACAAAATAATGTAAAGCAAGTACTGTGAGGGT-GA-C-TGTTCCTCAGTAACTCG-CTGTTGAGGGGATGAGTTGGACTGTT--------TGTTTGTGCGTCCCCGTGCAGCAA--TGAAAACAAAAGCACTATATAAATGTAATTTA--TATTTA--TTGATTAGATTTATTATCATAT-AGAAC--TTCTC-TTTGATGCTACATGTATTA--TTAGAATTAAAATTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATTCTCT--CC---TATCTTTTAGAAATCAATGTAAATCTGAT---A-TATCAAGGAA---CTCTTTGT-ATAA-TTATTTGCATATA--TC-TT-------TGTTGA-CATATTATTG--ATACATCCTATACCTGTTATAAATATATGATA-CTTACC-CTTTGTCTTA-CTTGATACCTTGAATAGAATAAAATT-GTTG-AACTAAAAAAAAAAAACACAAAAAAATA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TCAAATCTTAAGAAATAAAAGCAAATGCGTTGTGTGC--AATAGGTAGAACATGACTACGAAACTGT-AGTT-CAATGAGACAAGACA-TAATACATAAATAC-A-T-GAAAACAAAAGA-----TA----TTTTTATTTAAAA-AT-GGACA--CTGAA-ACTTTATAATTGGCAAA--C-CTTCCTAAATTTCTTTATGATATTTTTTCTGCA--T-GACAAAGTTT-TCAAA-GATCATATAT--GGAAA-TTG-TGTGTGGGAAAA-CAATC--TTTAATTATTGAAAAGTCAGATTGA-CAGATATTTA------TGAGAAATCAAATATG-TAAAGTTGTTG--A-ATGAATATTGCTTG-ATTT--A-CTATAACAACTTTT-GAAC-AATCTTGTTATGCAACAA--T-ATTTTTCTTAACAAATG--GA-AAAAAGATGTG-AA-TAGAAA-T-GTA---TTTTGTGGGCTAATGTCATTGAAAA-ATTA-CAC-ATT-TAAT-T-GTTGAATGTAATAA-GTAAGACAGAATACTGGA--AT-TAACTAGAAATGGTT--TT--AGATCGACTATTACATCTGGAAACAC-TATCTGT-TCTTAGGCTTTTTTC-TGA--AGATAA--TCCTAAAGTGCATTCCATTTAATTTC-GTTATTATTCATA--TATTGCTTATAGAAGTATACAAAATTAAAATGATG
gi|3                          : ttctgtaaaacattcaggctaaaaaactaaataaagataaaacagagatgtctatttattaggaaagcttgaaaggaaccgccaaaggaaaattcttaattctaaaagtaaatgtcaaaattcaattaaatagtcattaggtacttattatcggccatataaaaaggagtgctatgaaaagaaattggaaacgtttatcagcaagacatagaaaaattattgaaaatcctgtggaaactagaactaacttacaaatattcggtatagtgctgcatattataatattcttggtgcatatcatctaaaggtgttatgcagtcgacattgtttatcaatcacctggtgatgaatttgttaaaggattttaaatcaaataatatcttaatttcatttgaataaaagaatagggattaaaaggaacacttattggagataaactgaaaaggggggatttcatatagttgtatctagaatccaaattcaagcgctataaagcatcatggaagtgacccaaattatctctcatgtaccagtgagaattataacagactttaatgagaaagtttttgttcaaaggaatgggtattgatttaaaattatctttaagacaaacgactcttttgtttaaatgaaaatgaaaatgttaaataagcatatgcctatttttatagagacaattatcaacctattcaatgaaacacaaaggaaagcaattcaaaaaacactgctcgtggtcccagcaattttggagaaaaagatagttacttaacaaaatatatgacactttgttattatttacaaagtggcatgtaaaagtggtattttaaaagtggattgatttatttaacgttatggcgtcgtgtcagatgggttattactgattttctTCAAATCTTAAGAA-TAAAAACAATTG-GTTGTGTGA--AA---ATAAAATA---CTGCGAA-CTGT-A-TT-CAATGAGACAAGACA-TA-TACA-AAATACCA-T-GAAAAGAAATG------TA----TTTT-ATTTAAAA--T-GGACAA-CTGAATAC---ATAATTGGCAAA--C-CTTC-TAAATTCTTTTATGATATTTTTT--GCA--T-GACAAG--TT-TCAAA-GATCATATAT--GGAAAGTTG-TGCG-GAAAAAA-CAA----TTTAATT-TGGAAAAGTCAGATGGA-CA-ATATTTA------ATAGAAATAATATATG-TAAAGT--TTG--ACATGAATATTGCTTGAATTA--A-CTATA--AACTTTT-GAAC-AATCT--TTATGCAACAAATT-A-TTTTCTTAACAAATGAAAA-AAAAAGATGTGAAA-TAGAAACT-GTAAT-TTTTGTG---CAATGTCATTGAAAATAATA-CACGATT-TAATAT-TTTGAATGTAATAATGTAAGACAG-ATA-TGGAATAT-TG--TAGAAATGGTT--CTTGAGATTGAC-ATTACAT
gi|8                          :                                                                  ttctgtaaacattcaggtctaaaactaaataaagataaaacagaatgtctattattaggaaagctgaaaggaacgaccaaagaaattcttcgtctaaaggtaaatgaaaattcaattaaatcattagatattcatatcggccataaataaaggagtcttatgaagaatgtgaacaacgttatcagaaagatcatagaaaaaatttattgaaatcttggaaaactagaaacttacgtaatattgtgtaagtgctgcattataaattctttgcaatatctaaagtggtttatgcagcgacattgttatcatcaccttgtcgatgattttgtttaaagaattaattaaataatatctaatttcaattggaataaaagagatagaattaaaaggaacactcttattggagataaactaaaaggggggattcatatagttgatctagaatccaaatttaaagcgcttaaaacatcatggatccccaaaatactctcatgtaaccatagattaaaatactttttagaaagtttttgtcaaaggaatgggtatgatttaaaatatcttttaaagacaaacgactctttttaaaatgaaaatgaagtgttaaataaacttatgccatatttttatagagaaattatcacctatttcaacgaaacaaaggaaagcaaatcaaaaacactgcccgtctcacaaaatatttggagaaataaaagatttacttacaaaaataggacactttgttttacaaattggatgaaaagtggtattttaaaagttgatgatttatttaacgatatgggcttcaaggatatcactgattttTCAAATCTTAG--AATAAAAACAATTG-GTTGTA-GCTGAATAA-TAAAA-AT-ACTACGAAACTGTTATTT-CAATTAGACAAGTCACTAATGCAGAAATAC-A-TTGAAGAAAGAAAA-----TACATTTTTTTATTTAAAACATAGGACAAACTGAA-ACTAT-TAATTGGCAAAACC-TTTCTTAAATCCTTTTATGATATTTTCTATGCA--TTGACAAGTTTT-TCAAA-GAT-ATATATTTGGAAA-GTGATGTGGGAGAAAA-AAAACAATTTAATTTTGGAACAGTCAGATGGA-CAGATATTTAATTTTATAGAAAATAATATATG-TAAAGTTGTTGACA-ATG-ATATTGCTGA-ATTTTAA-CTATA--AACTTTT-GAAC-AATATT-TTATGCAACAAT-T-ATTTCT-TTAACAAATG--GA-AAAAGATTGTG-AATTAGAAA-TGGTAATTTTTTGT-AGCTAATGT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             actaccttctcacaaaaattttggagaaataaaaaaataacttatagaacatagggcacttgttttacaaattggatggaaagtggtattttaaaagttgtgatgatttatttaacgaaatgcgcgttttcaaggatattaactgatttttGTTGTGTG----AT---TAAAATATGG--ACGAA-TTGT-AGTTTCAATGAGA-AAGACA-TA-TACATAAATAT-ACT-GAA--TAAAAGAAATTGTA----TTTTTTTTTAAAA-AT-GGACAT-CTGAA-ACT--ATAATTGGCAAA--GGCTTCTTAAATTT--TTATGATATTTTTTCTGCAAGT-GACAA-GTTTATCAAAAGATCATATAT--GGGAA-AAG-TGTGTGGGAAAAACAAT----TTAATTG--GAAAAGTCATGTGGAGCAGAT-TTTA------T-AGAAAT-ATATATGGTAAAGTTGTTGT-A-AAGAATATTTCTGA-ATTT--AACTATA-TAACTTTTTGGACGAATCTT-TTATGCA-CAT--TTATTTTGCTTA-CAA-TG--GAGAAAAAGATGTG-CA-TGAAAC-T-GAA---TTTTGTG--CTAATGT-ATTGAAAATAATATCACGATTGTAAT-TTATTGA-TGTA-TAATGTAAGACAGA-TA-TGGA--ATATAATAAGAAATAGTTCCTTG-AGATCGAC-ATTACAT--GGAAA-ACATAT-TGTCTCTT-GGCTTTTATCATGATGAAATAAGTTCCTAAAGTGCATTCC-TTTAATTTCCG--GTTATTTATAAGTAT-GCTTATCGAA-TATACAAAATTAAAATGATGTTCAGATAATGAAAGCAGAGTTGAAAAGTGTAAATAATCTGT--TTAAACCATGTT--AGAAGTA-GACTGT---TATAATGAACATTTACACATT--ATATGAAATAA---AA--TATAATT--TCA-TAATAAGAGTT-CTTC-AAAAGCT-TTATTGTGT-TACTTT--ATGTCT---TTTGAT----A-A-ATTTTCTGT-TGTA--TAT-T--ATAT--ATTTTCTG--TA-TTTAATTTCGGATATTAATTTTTCA-ACAACATAATGTCAAG---GTACT-TGAGGGTTGA-CCTGTATCTCAGTA-CTCGTCTGT-GAGGGAGTG---TGGATTGT----------GTTTGTG-GCTCCCGTG--GCAA--TGAAAACAAAGAGA-TATATAAATGGTATTTAAATATTTACATTGATTTGATTT--TAT-ATATTACGAT--TGAT--TTTGATG------GTATTAAATTAGAAATTATATTTTCTTTTTTTTT---TTTTTTAATTCTCT--TCTTATGTCTTATAGGAATAGATGTAAATCTGACTTAA-TATCAAGGAA----TCTTTGTGATAAGTTA-TTGCATATAAGTC-TT-------TGTTGACCATATTATTGA-ATACAT-CTATACCTGTT----ATATATGA----TTACTACTTTG--TTATTTTGATACCTGAAATA-AAT--AATT-GTTG-AACAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAatatgccattgcgttcagaaaagaacacac
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ttaagattttcaaaaatcaaaaccacaattccctttaattgTGAAGTGCATTCT-TTTAATTTT-GTTCTT--TCATA--TATTGCTTA--------------ATTAAAATGATGTTAAGATA-TAAAAGCAGAGTTGAAAA-TGTAAATAATCTGTTAAC-A--CATATT-AA-AC-TA-GACTGT---TAT-A-GAACAT----A--TTTAACATTAAAGAAATCAAAATATAATT--TCATTAATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTATTT-GT-TAC-TTTAATGTCT-GTT--GAT----AAATATTTTT-GTATATA-ATA---------TG--TTTCTG--TATTTTAATTCCG-ATATTTATTTTCCA-AC-AAATAATCTA---CAAGTACT-TGAGGGT-GACC-CGTTCCTCAGT-ACTCG-TTG-TGAGAGGA-GTGGTGGACTGTaa
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gTAT-A-GAACAT----A--TTTAACATTAAGAAA-TCAAAATATAATT--TCATTAATAACAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTATT--GT-TACTTTAAATGTCT---TTTGAT----A-A-ATTTTC---TTGTA--TAT---AATA-TA--TTTCTG--TA-TTTA-TTTCG-A-ATTTATTTTCCA-ACAAATAAATGTA---CAAGTACT-TGAGGGT-GA-CCTGTTCCTCAGTA-CTCG-CTGT-GAGGGGA-GTGGTGGACTGT----------GTTTGTGCCTCCCC-TGCAGCAA--TGAAAACAAAAGCAATATATAAATGTATTTAA--TATTAA--TTGATTAGATT--TTA--ATAT-ATTACGATTATCTTTTGATGCTACATGTATTA--TTAGAATT---ATTA-----TTTTCTTTTTTTTTAAATTCTCTTCCT---TATTCTTTAGAAATCAATGTAAATCTGATA--A-TATCAAGGAA----TCTTTGT-ATAA-TTATTT-CATATA--TC--T-------TGTTGA-CATATTATTG--ATACATCTAAT-CCTG-TAT-AATATAT-ATACCTTA-C-CTTTG--TTATCTTGATACCTTGAATAAA--AAAATTGGTTGAAACTAAAAAAAAAAAG---AAAAAAA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  t-GAACA------CATTTCACATTAAAGAA---AA--TATAATT--TCATTGATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTATTTGCTA---CTTTAATGTC---TTTTGATTAAAAAA-ATCT------TATATATACAT--GTACTATGTTTCTG--TATTTCAATTTTG-ACATTTCCTTTCGA-ACAAATTAATCCA---CAAGTACT-TGAGGGT-GA-CATGTTCCTCAGT-ACTTG-TTG-TGAAGGGA-GTGGTGGACTGTa
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TATTTCAATTTCG-ATATTTCTTTTCCA-AC-AAATGATCT---GCAAGTACT-TGAGGGT-GATT-TGTTCCATAGT-ACTTG-TTG-TGAGGGGA-GTGGTGGACTGT
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tgAGTA-CTTG-TTGT-GAGGGGA-GTGGTGGACTGTTAATGACGGTGATTGTGCCTCCCC-TGCAGCAATGTGAAGTTAAATGCAATATAT--ATGT-ATTTA-------A--TTGATTAGATTT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TA--TTAGAATTA---TTATTATCTTTTTTTTA------AATTCTCTTTCT---TATTCTTTAGAAATCAAAGTAAATCTGAT---AATATCAAGGAATCTTTCTTTGT-AATA-CTACTT-CATACA--TTATTAGTATAATGTTGA-C-TATTA-TGATATACAT-CTATACCTGTC-T-AAT-TATTATACCTTA-C-CTTTG--TTATCTTGATA-CTTG-AT-GAATTAAA-T-GTTGAAACTTAAAAAACAAAACAAAAAA
21 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): GATGGATTACCTGATGAATTTTATATATGTTTTTGGAACTATATAAGTGAGATGTTTTACAATGCTTTACGTGATATTATCATTAAAAGAGAAATGAGTTTTTCGCAAAAAATATTAGTAATCACTTTATTGTTTAAAAAGGATGACCGTAGATATCTGAAAAACTATCGACCACTTAGTTTAACCAATACTGATTACAAAATAGTAGCTTTTATTTTTGCCAGAAGGTTACAAAAAATTATTGATGGTTTAATTGGAAATGAACAGTCAGCATATATAAAGGGTAGGTTTATTGGTGAAAATGCAAGATGGCTACTTGATGTTTTTGAATATTGTGAAAATACAAATAATGAGGGTATACTTTTAATGTTAGATTTTGAAAAAAGCGTTTGATGCTGTAGAGTGGAATTTTTTGTTTAAGGTGTTGAAAAATTTTGATTTTGGTGAAAATTTTATAACATGGATTAAAATATTATACACTAACACTTTCTTTAAATTAAAAAACAATGGTTGGATTTCAAAGTCATGTAGAATGTATCGTGGAATACGACAGGGATGTCCCATTTCCGCTATTTTATATTTATTTGTAGCTAAGATAGCTAGCTTTGAGTATAAAACAAGAAAATACAAATACAATTAAAGTATATCTATACCAAATATGTTGCAAGAAATAAAAACATTCAGCGAACGCTGAATTGATCTACAATTACTGTTAAAAAGATGATAACCTTCCTATGAAGGCAAGCGATGGCGTTAATAGAAAAGTATTTGTCAGCATGTCAGGATCCAAATTAAACCTTAGTACCTCAACTGATGTATCTCTTGGAAGTTTTAAAGAAATAGTGTCAAAGAAATTTGGCTAATAATAACGACTAAGTGAAAGCAGTTAAATGTTTGAGAGGGATTATACTTCGGTCATGGAATACATATTGATTGTTACGATAAAAAATTTGGATGAAAAATTTCATAGAGCAATGAGAAAAAAATCGTTTGATTCATGGAAGAAAAAGGGCGACTGACTTTAATTTGGCAACTTGTATTATAAATTCTCTTGCGATTTCAAAAGATTATTTATGTTTGTCTCAATTTTACCTATTCCTGATGAAAATTCTTTGAAAATATAAAACGTTTCTATTTCTAATTTTCTTTTGAATAAGATTGACAGGATTAAAAAAAAGGGAAGTAACAATTAGTGTCGGCAAATAAAGTTTCTTTGTTGCAAGCAGAGGAGGTATAGGGTGTTGTAGAATACTTATTTTAGAAAGGAGGTTAAAGCTATTACAAGGCCTCTTGGAATACAAAGAATTCAGTAACCAAAGGGGTTTAAATGATTTGTTACAAGTTTTTGTGAAGCGCTTACAATGTTGTAAAGATATCAACTA
Unaligned ( gi|6 ): ACTTAATACTTTTTGAATATTGTGAAATACAAATAATGAGGGTATACTTTTTAATGTTAGATTTTGAAAAAGCGTTTGAGTCTGTAGAGTGGAACTGTTTGTTTAAGGTGTTGAAAAATTTTAATTTTGGTGAAAATTTTATAACATGGATTAAAATATTATACACTAACACTTTCTTTAAATTAAAGAACAATGGTTGGATTTCCTAAATCATGTAGAATGTATCGTGGAATACGACAGGTATGTCCCATTTCGCTATTTTATATTTATTTGTAGTGAGATACTAGCTTTGAGTATAAAACAAGAAAATACAATTAAGGTATATTATACCAAATATGTCTCAAGAAATAAAAAAACATTCAGCACGCTGATGATCTAACATTACTGTTAAAAAGATATAACTTTCTATGAAGCAAGCGATTGGCGTTATAGAAAAGTTTTGTCAGCATGCAGGATCCCATTAATTATACTAAAACTGAATGTATCCTTCTTGGAAGTTTAAAGAATAGTGTCAAAGAAATTAATGGCATAAAACGACTAATAAAGCAGTAAAATGTTTAGGAATATACTTCGGTCATGATACAATTGATTGTTACGATAAAAATTGGATGAAAACTTATCATGACATGGAAAAAAATGTTTGAATCATGGAAAGAAGGCGACTGACTTTATTTGGCAAAACTTGTATTATAAATTCTCTAGCGATTTCAAAATTTATTTTATGTGCCTCAATTTTACTTATTCCTGATGAAAATCTTTTGAAAAATATAAAACGTTCTATTTTTTAATTTTCTTTGGAATAAGACTGACAGGATTAAAAGGAATACTTTGATTGGCAACTGTTTCAGAGGGAGGTATAGATGTTGTAGACATATATTTAAAAATTAAAGCTATTAAAGCCTCTTGGATACAAAGAATCAGTAACAAAGGGGTTATAAATGATTTTGTTACAAGTTTTTGTAAGCCTTACGATGTAAATA
Unaligned ( gi|7 ): TTAAAGCATGCAAAAATAATTCTGATTATTGTCAAGATAATGATGATATACGTGATAACTTGTATGCGTTTTACCAGAGAATTGATATAGTCGGTAGCAAATGTAGGAAGAACACTCAGAAATTCAGAAGCTTTTTATCAATGGTTAAATTTTGAAAAAAATTATATCTTGATGATGATAAAAAATTTTCTTAGATTCTCCACTCACGAAATGGAGAAATGCGTTGTGCTTTATTCAACATGAAGAGTAATAAGAGTCCTGGTTAGACGGTCTGCCTTTGAGTTTTATAAGGCATTTTGGGAGAAACTCAAAACATAACTTTTTTGATTCTGTGTGATAATTGTTTTTTAATGAAGAATGTTAACTTTTACACAAAGATTGGCTGTTGTATCTTTGATACAGTAAAAAAGGGGGATACAGACCTCCTTGGCTAAGCTACAGAGCCCAATGAGTCTTAGCAAACACAGAGCTGATAAAAGCATTGCTTTTAACTTTGGCGAAGAGGCTACAAAAAATAATAAGATAAGTTAATGCCAAATGATCAGGTCAGCGTTACATTAAAGGTAGATATAGGAATAAATGCAAGGGATTAACTAGTAGATATCTATGAATAGTTGCGAAAGAAAATGATGGATTGGAGTTATTCTTTTATTTCTTGATTTTCAAAAAGCATTTTGATTCTGTTGAGTGGATTTTATGTTTCTAAGTCTAAAATCATTTAATTTTGGGTGATAATTTTATAAAGTGGGGTAAATATACCTAGATAAAGAAATCTATCGTCAGTTTAAATTTCTTGAGAGAAAATGTAACGGCTTGATTTTTAAATCGTA
Unaligned ( gi|10 ): CTACTTGATGTTTATGAATATTGTGAAAATACAAATAATGAGGTTATACTTTTAATGTTAGATTTTGAAAAAGCGTTTGATGCTGTAGAGTGGAACTTTTTGTTTAAGGTGTTGACAAATTTTAATTTTGGGGAAAATTTTATAACATGGATTAAAATATTATACACTAACACTTTCTTTGAATTAAAGAACAATGGTTGGATTTCTAAGTCATGTACAATGTATCGTGGAATACGACAGGGATGTCCCATTTCCGCTATTTTATATTTATTTGTAGCTGAGATACTAGCTTTGAGTATAAAACAAGAAAATACAATTAAAGGTATATATATATACCAAATATGTCTCAAGAAACAAAAAAAACATTCAGCACGCTGATGATCTAGCATTACTGTTAAAAGATATAACTTCTATGAAGCAAGCGATTGGCGTTATAGAAAATTTTGTCAGCGTGCAGGATCCCAAATTAATTA
Unaligned ( gi|11 ): TGTTTTAAAATACGCTTAAGTCATACAAGATTTGGGCCACGATTAAAGATTGTGATAAGAGAACAATTTTGACCAAAAATCACGAAGTCATGCAAGAAAAAAATTTTCGAAATCCGGAGAAACACGAGAAGCAATTAACCAACTGTTCGGTAGGTATGCGTAATCATATATACTCTAGTAGTCTCTAAAATTATCTATGTGCTTCTATAATTAAGCCTACCCAGAGTTCCAAATCATTCAATCAAAAATCTGCAAAAGACTTGATTTTACAATGTTTCATTCTGGAATAAAAAAGATAGAATTAAAAAGGAAACTACACTTTTGATAGGAAAACTGTTGAGACAGACATGGAGAGTATAGATGGAATTGTTACATTTTATCAAAAATCTAATTCTTTAAA
Unaligned ( gi|12 ): ATTATAAAATTTTAGCTTTTGTATTAGCTAGAAGATTATAATTTTTTAAAGATAATGTTATAGCAAGAGATCAGTCTCTCTACATAAAAGGACGATATATTGGTATGAATGCTAGACTAATTGTGGATACTTTTGATTATTGTGAAAATAATAATAAAGAGCATTTTTTTTTTAAAAAAAGCATTCCCTCGAATGGTGTTCTATAATAAAAACACCCGAGTTCTTTAATTTTTGACAAGAATTCATCAAATGGATTCAAATTTCATATAAAAATCCAGACTTTAGACTAAAAAATAATAATTGACTGTCAAAAAGATGTATAATGAGGCGGGGCATTCGTCATGGATGTCCTATATCAGCGATAATTTTTCTATTTTT
Unaligned ( gi|13 ): GATATCAAATATCTATTACAATTAACTAAACGAAAAATGAAAGATTTTACAATTATTTCTCATTTTATAAAGAAATTTTGCTGTTTTAATGAATGTACAAAGAAAATAGAAATATCACAAATATCACATATTTTAAAAGCCAGTTTTGCGCAGCAACCATTGTGGAATAATAATATTTTTGAATACAAAGACAAAACACCGTTTCAAAAATTGGATTGATAGTAATATTTCATATGTAAAAGATCTGTTTAATAATGATGGAAAATTTAAAACTTTACATGATTTTTCAAATGTCCTGAGTAATAAATTCAATTGGTTACGTGAATATATTATATTGAAAAAT
Unaligned ( gi|15 ): AAAACAGACTATAAGATCATTGCTTTTACTTTGGCGAGGAGACTACAAAAAATAATAGATAAGCTAATGGCAAATGATCAATCAGCTTTAATTAAAGGTAGATTTATAGGAATAAATGCAAGAATTATAGTGGATATTTTTAAATATTGTGAAGAAAATCATTTTGATGGCATTGCTTTATTTTCTTGATTTTCAAAAAGCATTTAATTCTGTTGAGAAAATTTTATGTTTAAAGTTCTATAATCATTTAATTTTGGCGATAATTTTATAAAGTGGGTAAATATATTATACTTTAGATTAAACAA
Unaligned ( gi|16 ): AGCATATATAAACCGTAGTTTATTTAATCACATTGTTCTGATATACAAATTACATTTTAGATGGCTTACTTGATTTTTTTTTCTTAGTAATATTGTGAGAGTGTACTTATTAATGTTAGGATTTTTGTAAAAGACTTTTTATGTTTGTATTGAGTTTTGCACCGTTTTTGTTTTAATTGTCGTTGATATCAATTTTAATTGTGTTGATTAATTTTATAACTATCGGATTAAAAATATTTGACACTGATACTTTCTATTAAATTAAAGAACACAATTGTTTGGTTC
Unaligned ( gi|17 ): AAATACAGATGATAAAATTACTGCTTTCATTTTAGCAAAAGTACTAGAGCTTTTAATTCAGTATAGTGAAACTTTAGATTTAAAGTACTTTAAAATAACTTATTAAAATAGGTAAAAAATACCTTATGGAAACCAATTTTTGTAATTAAGAGTAATGGATGGATTTCAAAAACATGTCAAATGGGAAAAGGCATAAGACAGGGTTGTCCTATTTCAGCATTGCTATTCTTATTTGTAGCTGAAATATGTGTAAAAGATATAACAAATAAAA
Unaligned ( gi|18 ): ATGAAAAATAATAAATCTCCCGGACTTGATGGATTACCTGGTGAATTTTATAAATGTTTTTGGGACTGTATAATTGAGATGTTTTACAATGCTTTACGTGATATTTTCATTAAAAGAGAAATTAGTTTTTTGCAAAGAATATCAGTAATCACTTTATTGTTTAAAAAGTGACTGTAGGTATCTGAAAAACTATCGACCACTTAGTTCAACCAATACTGATTACAAAATAGTAGCTT
Unaligned ( gi|21 ): AGCTGGAAAAATTTTCAAAATTCAAGAGAAATTTTCTAAAATGGGATATAAAATATTGTATACAAACCCAATATTTAGGTTAAAAAAATAATGTTGTGATATCCAAACATGCCCAATGAAACACGAGGATACGATCGAGGGCTGTTCCCACTTTCTGCGATATTATATCTTTTGTTGCTGAATTCCTGGTGAGATGATTGTGGCTTTAGGAATAAAA
Unaligned ( gi|22 ): TTAGATTTTGAAAAAGCGTTTGATGCTGTACAGTGGAACTTTTTGTTTAAGGTGTTGAAACATTTTAATTTTGGTGAAAATTTTGTAACATGGATTAAAATATTACACACTAACACTTTCTTTAAATCAAAGAACA
Unaligned ( gi|23 ): AAAATTTTAGCACATATTTTCGCTACGAGATTACAAAAAGTTATAGATAGACTGATAAACAAAGACCAATCCGCATATATTATAGGTAGATATATCGATGAAAATGCGAGACTTCTACTTGATATATT
Unaligned ( gi|24 ): GGCGACTGACTTTATTTGACAAAACTTGTATCATAAATTCTCTTGTGGTTTCAAAATTTATTTATGTTGCCTCAATTATAACAATTCCTAATGAAAATCGTTTGAAAAATATAAAACGTT
Unaligned ( gi|26 ): ATATTTAAAAATTAAAGCAATTAAAGCTTCTTCGATACAAAGAATAAGTAACAAAAGGGTTATTAATGATATTGTTAAGTTTTTGTAAGCCTTATAATGTAA
Unaligned ( gi|28 ): TTTAATGTTAGATTTTGAAAAGACTTTTTATGTTGTAGAGTTGCACGTTTTGTTTAAGGTGTTGAACAATTTTAATTGTGTTGATAATTTTATAACAT
Unaligned ( gi|29 ): TTTAAAATCTTAAAAATGATTTTTGAAATGTACAGGGTAATCAATCCAATTTGTCATGCAAATGTGTTATATTGAAAA
Unaligned ( gi|30 ): AGATATAACTTCTAAGAAGCAAAGCGATGAACGTCATAGAAAAGTTTCGTCAGCATGTGAGGAATCAAAAAA
Unaligned ( gi|31 ): AGTAACAAAGGGGTTATTAATGATTTTGTTGCAAGTGTTTATAAGCCCTATAA
Unaligned ( gi|32 ): GAGAAATTATCACCTATTTCAATGAAACAAAAGATGGAAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             4444444444444     1        222222222                 1                            1                         222222222222   111       111111                  11  2222            1111     2222                            11        1                   11                     1    2222      1                            22222222                            11                   11      222                   1           111  11               11                              11       22        222222    2222222     1        1   1    1111             1             2      11   11           11  22        2                 2       2               2   33      33                2         1             11        4444444                           2                  22              44444444    1    1     1      111   11     111                   1111         11                                           1         333       1111   11       1111111   2222   33333                                                 3333                                 22        22                      22222222  11            1        11          1             1  1    33333333333333            1    1         666666666                  11     1   222222    4444444               1      11     1    1                      22222          1       22    1111     1      11  1  33333333     1          111     1          2222      111   1    1 11     11                       222    1    1                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  3  0       4444444444444  1  6      0 000000000     6 55        0    8 5  8               8  0    5      5 5 5     1   111111111111   000 3     666666   7777  0 999    00  3333     5      4444     4444      1                5    11 8      0        8          11     1  8            6    1111      6                 8     0    88888888      222     8           8 99    0       1 8    11 8    000       8    8    0 6       0   666  11        0   0  11  8           8  8      8 8 0 11   0   11        333333    6666666     5 1  8   5   0    2222    3    3   5         66  0      33   33           33  33        0       6      6  3   6   3    7       1  3   00      00                0         0 3 1 3       33   3    0000000                      1    3                  22              99999999    3  7 5 77  3   7  777   33     666     8      8   8  0000         11  66         0              8   8  88  8   3  6      111   0   7777   44  0 66 7777777   0000   55555      99  3  4      6  1            6  7       2 5555   6     6      6   1            44     5  44       5           77 00000000  33            0  2     33          0         3   0  0    77777777777777         3  0    3   7     222222222       6          33     0   222222    1111111               0      66     0    0        2             88888          0       33    4444  2  0      33  0  55555555     0 3      3 666     0          4444   3  111 3 5    0 33     33   3       2    3  99  333    0    5                3        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .  .       .............  .  .      . .........     . ..        .    . .  .               .  .    .      . . .     .   ............   ... .     ......   ....  . ...    ..  ....     .      ....     ....      .                .    .. .      .        .          ..     .  .            .    ....      .                 .     .    ........      ...     .           . ..    .       . .    .. .    ...       .    .    . .       .   ...  ..        .   .  ..  .           .  .      . . . ..   .   ..        ......    .......     . .  .   .   .    ....    .    .   .         ..  .      ..   ..           ..  ..        .       .      .  .   .   .    .       .  .   ..      ..                .         . . . .       ..   .    .......                      .    .                  ..              ........    .  . . ..  .   .  ...   ..     ...     .      .   .  ....         ..  ..         .              .   .  ..  .   .  .      ...   .   ....   ..  . .. .......   ....   .....      ..  .  .      .  .            .  .       . ....   .     .      .   .            ..     .  ..       .           .. ........  ..            .  .     ..          .         .   .  .    ..............         .  .    .   .     .........       .          ..     .   ......    .......               .      ..     .    .        .             .....          .       ..    ....  .  .      ..  .  ........     . .      . ...     .          ....   .  ... . .    . ..     ..   .       .    .  ..  ...    .    .                .        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  2  8       0000000000000  4  0      8 666666666     8 88        6    0 0  0               0  6    6      7 7 7     0   666666666666   000 6     444444   9999  1 777    77  3333     7      3333     3333      7                0    00 0      0        0          00     0  0            0    6666      6                 0     8    00000000      888     0           0 00    8       0 0    00 0    222       0    0    8 0       8   888  00        8   8  00  0           0  0      0 0 8 22   8   22        000000    0000000     4 4  0   0   0    0000    2    2   5         55  0      22   88           88  88        0       7      7  7   7   3    3       0  7   33      33                0         0 2 0 2       88   2    5555555                      0    7                  33              00000000    3  3 0 77  3   3  555   22     666     0      0   0  4444         00  44         8              0   0  88  0   6  0      444   8   0000   00  8 44 2222222   4444   00000      22  5  2      7  7            7  3       5 7777   7     7      7   0            00     7  00       7           99 77777777  88            0  5     88          8         2   0  0    55555555555555         2  0    3   3     777777777       7          88     0   222222    0000000               0      00     0    0        0             55555          0       88    8888  0  0      88  0  88888888     0 2      2 555     0          5555   2  000 2 0    0 88     88   2       5    2  88  000    0    5                0        
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCAAATCTTAAGAAATAAAAAC-------------AATTGCGTTGTGTGC--AATAGGTAAAACATGACTACGAAACTGT-AGTT-CAATGAGACAAGACA-TAATACATAAATAC-A-T-GAAAAAAAAAGAT---A----TTT---TTATTTA------AAA-AT-GGACGA-CTGAA-AC-TTATAATT-GGCAAA--C-CTTCT----TAAATTCTTTTATGATATTTTTTCTGCA--T-GACAAGNTTTTCAAA-GATCATATAT--GGAAANTG-TGTGTGGGAAAAACAATC--TTTAATTATGGAAAAGTCAGATGGA-CAGATATTTA------TGAGAAATAATATATG-TAAAGTTGTTG-AC-ATGAATATTGCTTG-ATTT--A-CTATAACAACTTTT-GAAC-AATCTTGTTATGCAACAA-T-AT--TTTTCTTAACAAATG--GA-AAAAAGATGTG-AA-TAGAAA-T-GTAATTTTTGTG-GGCTAATGT------CATT-------GAAAATAATA-CACGATT-TAAT-TN-TTGAATGTAATAATGTAAGACAGAATACTGGAAT-TAAC--TAGAAATGGTT--TT--AGATCGACTATTACATCTGGAAACAC-TATCTGT-TCTTAGGCTTTTTTC-TGA--AGATAA--TCCTAAAGTGCATTCCATTTAATTTC-GTTATTATTCATA--TATTGCTTATAGAAGTATACAAAATTAAAATGATGTTAAGAT-ATGAAAGCAGAGTTGAAAA-TGTAAATAATCTGTT-ACGA--CATG-TTAA-ACGTA-GACTGT---TAT-AGAACATACATTTA-ACATTA-AAG-AATCAAAATATAATT--TCATTAATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTA-TT-TGT-TACTTTTAATGTCT--TTTTGAT----AAA-ATTTTCGT-TGTA-ATAT-T--ATACTAT-TTTCTG--TATTTTAATTTC-GATATTTATTTTCCA-ACAAAATAATNT--A-CAA-GTACT-TGAGGG-TGACCTGTTCCTCAGTAACTCGT-TGTTGAGGGGA-GTGGTGGACTG--T--------GT--TTGTGCCTCCCC-TGCAGCAA--TGAAAACAAAAGCAATATATAAAT-GT-ATTT--A-TA-TT---A-TTGATTAGATTT-TTAT-ATATTACGAC--TTATCTTTTGATGCTACATGTATT--ATTAG-AAT--T---ATTA---TCTTTTTCTTTTTTTTTAA-TTCTCTTCCTTAT-TCTT-TAGAAATCAATGTAAATCTGAT---AATATCAAGGAA-TCTTTGT--ATAA-T--TATTT-CATATA--TC-TT-------TGTTGA-CATATTATTGA-ATACAT-CTATACCTGTT-T-AATATA-T-ATACCTTA-C--CTTTG--TTATCTTGATACCTTGAATAGAAT-AAATT-GTTGAAACTAAAAAAAAAAAANAAAAAAAA
Reference ( family-195 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCAAATCTTAAGAAATAAAAAC-------------AATTG-GTTGTGTGC--AATAGGTAAAATATGACTACGAAACTGT-AGTT-CAATGAGACAAGACA-TAATACATAAATAC-A-T-GAAAANAAAAGAT---A----TTT---TTATTTA------AAA-AT-GGACAA-CTGAA-AC-TTATAATT-GGCAAA--C-CTTCT----TAAATTCTTTTATGATATTTTTTCTGCA--T-GACAAGGTTTTCAAA-GATCATATAT--GGAAANTG-TGTGTGGGAAAA-CAATC--TTTAATTNTGGAAAAGTCAGATGGA-CAGATATTTA------TNAGAAATAATATATG-TAAAGTTGTTG-A--ATGAATATTGCTNG-ATTT--A-CTAT-ACAACTTTT-GAAC-AATCTT-TTATGCAACAA-T-AT--TTTTCTTAACAAATG--GA-AAAAAGATGTG-AA-TAGAAA-T-GTAATTTTTGTG-GGCTAATGT------CATT-------GAAAATAATA-CACGATT-TAAT-TN-TTGAATGTAATAATGTAAGACAGAATA-TGGAAT-TAAC--TAGAAATGGTT--TT--AGATCGAC-ATTACATCTGGAAACACATATCTGTCTCTTAGGCTTTTNTCATGATGAGATAAGTTCCTAAAGTGCATTCC-TTTAATTTC-GTTNTTATTCATA--TATTGCTTAT-GAA-TATACAAAATTAAAATGATGTTNAGATAATGAAAGCAGAGTTGAAAAGTGTAAATAATCTGTTANCAAACCATG-TTAAGANGTA-GACTGT---TAT-AGAACATACATTTA-ACATTA-AAG-AATCAAAATATAATT--TCATTAATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTA-TT-TGT-TACTTTTAATGTCT--TTTTGAT----AAA-ATTTTCGT-TGTA-ATAT-T--ATACTA--TTTCTG--TATTTTAATTTC-GATATTTATTTTCCA-ACAAAATAATCT--AGCAA-GTACT-TGAGGG-TGACCTGTTCCTCAGTAACTCGT-TGTTGAGGGGA-GTGGTGGACTG--T--------GT--TTGTGCCTCCCC-TGCAGCAA--TGAAAACAAANGCAATATATAAAT-GT-ATTT--A-TA-TT---A-TTGATTAGATTT-TTAT-ATATTACGACGATNATCTTTTGATGCTACATGTATT--ATTAG-AAT--T---ATTA---TCTCTTTTTTTTTTTTTAA-TTCTCTTCCTTAT-TCTT-TAGAAATCGATGTAAATCTGAT---A-TATCAAGGAA-TCTTTGT--ATAA-T--TACTT-CATATA--TC-TT-------TGTTGA-CATATTATTGA-ATACAT-CTATACCTGTT-T-AATATA-T-ATACCTTA-C--CTTTG--TTATCTTGATACCTTGAATAGAAT-AAATT-GTTGAAACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCAAATCTTAAGAAATAAAAGC-------------AAATGCGTTGTGTGC--AATAGGTAGAACATGACTACGAAACTGT-AGTT-CAATGAGACAAGACA-TAATACATAAATAC-A-T-GAAAACAAAAGAT---A----TTT---TTATTTA------AAA-AT-GGAC-A-CTGAA-ACTTTATAATT-GGCAAA--C-CTTCC----TAAATTTCTTTATGATATTTTTTCTGCA--T-GACAAAGTTTTCAAA-GATCATATAT--GGAAATTG-TGTGTGGGAAAA-CAATC--TTTAATTATTGAAAAGTCAGATTGA-CAGATATTTA------TGAGAAATCAAATATG-TAAAGTTGTTG-A--ATGAATATTGCTTG-ATTT--A-CTATAACAACTTTT-GAAC-AATCTTGTTATGCAACAA-T-AT--TTTTCTTAACAAATG--GA-AAAAAGATGTG-AA-TAGAAA-T-GTA--TTTTGTG-GGCTAATGT------CATT-------GAAAA-ATTA-CAC-ATT-TAAT-TG-TTGAATGTAATAA-GTAAGACAGAATACTGGAAT-TAAC--TAGAAATGGTT--TT--AGATCGACTATTACATCTGGAAACAC-TATCTGT-TCTTAGGCTTTTTTC-TGA--AGATAA--TCCTAAAGTGCATTCCATTTAATTTC-GTTATTATTCATA--TATTGCTTATAGAAGTATACAAAATTAAAATGATG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttctgtaaaacattcaggctaaaaaactaaataaagataaaacagagatgtctatttattaggaaagcttgaaaggaaccgccaaaggaaaattcttaattctaaaagtaaatgtcaaaattcaattaaatagtcattaggtacttattatcggccatataaaaaggagtgctatgaaaagaaattggaaacgtttatcagcaagacatagaaaaattattgaaaatcctgtggaaactagaactaacttacaaatattcggtatagtgctgcatattataatattcttggtgcatatcatctaaaggtgttatgcagtcgacattgtttatcaatcacctggtgatgaatttgttaaaggattttaaatcaaataatatcttaatttcatttgaataaaagaatagggattaaaaggaacacttattggagataaactgaaaaggggggatttcatatagttgtatctagaatccaaattcaagcgctataaagcatcatggaagtgacccaaattatctctcatgtaccagtgagaattataacagactttaatgagaaagtttttgttcaaaggaatgggtattgatttaaaattatctttaagacaaacgactcttttgtttaaatgaaaatgaaaatgttaaataagcatatgcctatttttatagagacaattatcaacctattcaatgaaacacaaaggaaagcaattcaaaaaacactgctcgtggtcccagcaattttggagaaaaagatagttacttaacaaaatatatgacactttgttattatttacaaagtggcatgtaaaagtggtattttaaaagtggattgatttatttaacgttatggcgtcgtgtcagatgggttattactgattttctTGAAGTGCATTCT-TTTAATTTT-GTTCT--TTCATA--TATTGCTT--------------AATTAAAATGATGTTAAGAT-ATAAAAGCAGAGTTGAAAA-TGTAAATAATCTGTTAACA---CATA-TTAA-AC-TA-GACTGT---TAT-AGAACAT--ATTTA-ACATTA-AAGAAATCAAAATATAATT--TCATTAATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTA-TT-TGT-TAC-TTTAATGTC---TGTTGAT----AAATATTTTTGT------ATAT-A--ATA-TG--TTTCTG--TATTTTAATTCC-GATATTTATTTTCCA-AC-AAATAATCT--A-CAA-GTACT-TGAGGG-TGACCCGTTCCTCAGT-ACTCGT-TG-TGAGAGGA-GTGGTGGACTG--T--------
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gT--ATTAG-AAT--T---ATTA---T---TATCTTTTTTTTAAA-TTCTCTTTCTTAT-TCTT-TAGAAATCAAAGTAAATCTGAT---AATATCAAGGAA-TCTTTCTTTGTAA-TACTACTT-CATACA--TTATTAGTATAATGTTGA-C-TATTAT-GATATACAT-CTATACCTGTC-T-AAT-TATT-ATACCTTA-C--CTTTG--TTATCTTGATA-CTTG-AT-GAAT-TAAAT-GTTGAAACTTAAAAAACAAAACAAAAAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -A-T-GAGAAAAAAA--T---C----GTT---TGATTCATGGAAGAAA-AA-GGGCGA-CTGA---C-TT-TAATTTGGCAA-----CTTGTATTATAAATTCTCTTGCGAT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gatggattacctgatgaattttatatatgtttttggaactatataagtgagatgttttacaatgctttacgtgatattatcattaaaagagaaatgagtttttcgcaaaaaatattagtaatcactttattgtttaaaaaggatgaccgtagatatctgaaaaactatcgaccacttagtttaaccaatactgattacaaaatagtagcttttatttttgccagaaggttacaaaaaattattgatggtttaattggaaatgaacagtcagcatatataaagggtaggtttattggtgaaaatgcaagatggctacttgatgtttttgaatattgtgaaaatacaaataatgagggtatacttttaatgttagattttgaaaaaagcgtttgatgctgtagagtggaattttttgtttaaggtgttgaaaaattttgattttggtgaaaattttataacatggattaaaatattatacactaacactttctttaaattaaaaaacaatggttggatttcaaagtcatgtagaatgtatcgtggaatacgacagggatgtcccatttccgctattttatatttatttgtagctaagatagctagctttgagtataaaacaagaaaatacaaatacaattaaagtatatctataccaaatatgttgcaagaaataaaaacattcagcgaacgctgaattgatctacaattactgttaaaaagatgataaccttcctatgaaggcaagcgatggcgttaatagaaaagtatttgtcagcatgtcaggatccaaattaaaccttagtacctcaactgatgtatctcttggaagttttaaagaaatagtgtcaaagaaatttggctaataataacgactaagtgaaagcagttaaatgtttgagagggattatacttcggtcatggaatacatattgattgttacgataaaaaatttggatgaaaaatttcatagagcaGAACA--CATTTC-ACATTA-AAG-AA----AATATAATT--TCATTGATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTA-TT-TGC-TAC-TTTAATGTC---TTTTGATTAAAAAA-ATC----T-TATATATACAT--GTACTATGTTTCTG--TATTTCAATTTT-GACATTTCCTTTCGA-ACAAATTAATCC--A-CAA-GTACT-TGAGGG-TGACATGTTCCTCAGT-ACTTGT-TG-TGAAGGGA-GTGGTGGACTG--T--------ttcaaaagattatttatgtttgtctcaattttacctattcctgatgaaaattctttgaaaatataaaacgtttctatttctaattttcttttgaataagattgacaggattaaaaaaaagggaagtaacaattagtgtcggcaaataaagtttctttgttgcaagcagaggaggtatagggtgttgtagaatacttattttagaaaggaggttaaagctattacaaggcctcttggaatacaaagaattcagtaaccaaaggggtttaaatgatttgttacaagtttttgtgaagcgcttacaatgttgtaaagatatcaacta
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AGTA-CTTGT-TGT-GAGGGGA-GTGGTGGACTG--TTAATGACGGTGATTGTGCCTCCCC-TGCAGCAATGTGAAGTTAAATGCAATATAT--AT-GT-ATTT--A---------A-TTGATTAGATTT-
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TG--TATTTCAATTTC-GATATTTCTTTTCCA-AC-AAATGATCT---GCAA-GTACT-TGAGGG-TGATTTGTTCCATAGT-ACTTGT-TG-TGAGGGGA-GTGGTGGACTG--T--------
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCAAATCTTAAGAA-TAAAAAC-------------AATTG-GTTGTGTGA--AA---ATAAAATA---CTGCGAA-CTGT-A-TT-CAATGAGACAAGACA-TA-TACA-AAATACCA-T-GAAAAGAAATG-T---A----TTT---T-ATTTA------AAA--T-GGACAA-CTGAATAC---ATAATT-GGCAAA--C-CTTCT-----AAATTCTTTTATGATATTTTTT--GCA--T-GACAAG--TTTCAAA-GATCATATAT--GGAAAGT--TGTGCGGAAAAAACAAT----TTAATT-TGGAAAAGTCAGATGGA-CA-ATATTTA------ATAGAAATAATATATG-TAAAGTT--TG-AC-ATGAATATTGCTTGAATTA--A-CTAT-A-AACTTTT-GAAC-AATC-T-TTATGCAACAA---ATTATTTTCTTAACAAATGAAAA-AAAAAGATGTGAAA-TAGAAACT-GTAATTTTTGTG----CAATGT------CATT-------GAAAATAATA-CACGATT-TAATATT-TTGAATGTAATAATGTAAGACAG-ATA-TGGAAT---ATTGTAGAAATGGTT--CTTGAGATTGAC-ATTACAT
gi|4                          : ttctgtaaacattcaggtctaaaactaaataaagataaaacagaatgtctattattaggaaagctgaaaggaacgaccaaagaaattcttcgtctaaaggtaaatgaaaattcaattaaatcattagatattcatatcggccataaataaaggagtcttatgaagaatgtgaacaacgttatcagaaagatcatagaaaaaatttattgaaatcttggaaaactagaaacttacgtaatattgtgtaagtgctgcattataaattctttgcaatatctaaagtggtttatgcagcgacattgttatcatcaccttgtcgatgattttgtttaaagaattaattaaataatatctaatttcaattggaataaaagagatagaattaaaaggaacactcttattggagataaactaaaaggggggattcatatagttgatctagaatccaaatttaaagcgcttaaaacatcatggatccccaaaatactctcatgtaaccatagattaaaatactttttagaaagtttttgtcaaaggaatgggtatgatttaaaatatcttttaaagacaaacgactctttttaaaatgaaaatgaagtgttaaataaacttatgccatatttttatagagaaattatcacctatttcaacgaaacaaaggaaagcaaatcaaaaacactgcccgtctcacaaaatatttggagaaataaaagatttacttacaaaaataggacactttgttttacaaattggatgaaaagtggtattttaaaagttgatgatttatttaacgatatgggcttcaaggatatcactgattttTCAAATCTTAAGAAATAAAAGC-------------AAATGCGTTGTGTGC--AATAGGTAGAACATGACTACGAAACTGT-AGTT-CAATGAGACAAGACA-TAATACATAAATAC-A-T-GAAAACAAAAGAT---A----TTT---TTATTTA------AAA-AT-GGAC-A-CTGAA-ACTTTATAATT-GGCAAA--C-CTTCC----TAAATTTCTTTATGATATTTTTTCTGCA--T-GACAAAGTTTTCAAA-GATCATATAT--GGAAATTG-TGTGTGGGAAAA-CAATC--TTTAATTATTGAAAAGTCAGATTGA-CAGATATTTA------TGAGAAATCAAATATG-TAAAGTTGTTG-A--ATGAATATTGCTTG-ATTT--A-CTATAACAACTTTT-GAAC-AATCTTGTTATGCAACAA-T-AT--TTTTCTTAACAAATG--GA-AAAAAGATGTG-AA-TAGAAA-T-GTA--TTTTGTG-GGCTAATGT------CATT-------GAAAA-ATTA-CAC-ATT-TAAT-TG-TTGAATGTAATAA-GTAAGACAGAATACTGGAAT-TAAC--TAGAAATGGTT--TT--AGATCGACTATTACATCTGGAAACAC-TATCTGT-TCTTAGGCTTTTTTC-TGA--AGATAA--TCCTAAAGTGCATTCCATTTAATTTC-GTTATTATTCATA--TATTGCTTATAGAAGTATACAAAATTAAAATGATGTTAAGAT-ATGAAAGCAGAGTTGAAA--TGTAAATAATCTGT--ACGA--CATGTTTAATACGTATGAC-GTAACTATGAGAACATACATTTA-ACATTA-AAG-AATC--AATATAATTAATC--TAATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCTATTATTT-TGTATACCTTTAATGTCTCGTTCTGAT----ACA-ATTTTCGTCTGTA-ATAC-TCAATACTAATTTTCTGATTAATTTAATTCC-GATATTAATTTTCCAGACAAAATAATGTAAAGCAA-GTACTGTGAGGG-TGA-CTGTTCCTCAGTAACTCGC-TGTTGAGGGGATGAGTTGGACTGTTT--------GT--TTGTGCGTCCCCGTGCAGCAA--TGAAAACAAAAGCACTATATAAAT-GTAATTT--A-TATTT---A-TTGATTAGATTTATTATCATA-TAGAAC--TTCTC-TTTGATGCTACATGTATT--ATTAG-AAT--TAAAATTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAA-TTCTCT--CCTAT-CTTT-TAGAAATCAATGTAAATCTGAT---A-TATCAAGGAACTCTTTGT--ATAA-T--TATTTGCATATA--TC-TT-------TGTTGA-CATATTATTG--ATACATCCTATACCTGTTATAAATATA-TGATA-CTTACC--CTTTGTCTTA-CTTGATACCTTGAATAGAATAAAATT-GTTG-AACTAAAAAAAAAAAACACAAAAAA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AGATTTTCAAAAATCAAAACCACAATTCCCTTTAATTG-GTTGTGTG----AT---TAAAATATGG--ACGAA-TTGT-AGTTTCAATGAGA-AAGACA-TA-TACATAAATAT-ACT-GAATAAAAGAAATTGTA----TTT---TTTTTTA------AAA-AT-GGACAT-CTGAA-AC-T-ATAATT-GGCAAA--GGCTTCT----TAAATT--TTTATGATATTTTTTCTGCAAGT-GACAAGTTTATCAAAAGATCATATAT--GGGAAAAG-TGTGTGGGAAAAACAAT----TTAATT--GGAAAAGTCATGTGGAGCAGAT-TTTA------T-AGAAATA-TATATGGTAAAGTTGTTGTA--AAGAATATTTCTGA-ATTT--AACTAT-ATAACTTTTTGGACGAATCTT-TTATGCA-CAT-TTAT--TTTGCTTA-CAA-TG--GAGAAAAAGATGTG-CA-TGAAAC-T-G-AATTTT-GTG---CTAATGT-------ATT-------GAAAATAATATCACGATTGTAAT-TTATTGA-TGTA-TAATGTAAGACAGA-TA-TGGAATATAAT--AAGAAATAGTTCCTTG-AGATCGAC-ATTACAT--GGAAA-ACATAT-TGTCTCTT-GGCTTTTATCATGATGAAATAAGTTCCTAAAGTGCATTCC-TTTAATTTCCG--GTTATTTATAAGTAT-GCTTATCGAA-TATACAAAATTAAAATGATGTTCAGATAATGAAAGCAGAGTTGAAAAGTGTAAATAATCTGTT--TAAACCATG-TT-AGAAGTA-GACTGT---TAT---AATGAACATTTACACATTATATG-AAATAAAATATAATT--TCA-TAATAAGAG-TTCTTC-AAAAGCT-TTA-TTGTGT-TACTTT--ATGTC---TTTTGAT----AAA-TTTTCTGT-TGT--ATAT-T--ATA-TAT-TTTCTG--TA-TTTAATTTCGGATATTAATTTTTCA-ACAACATAATGT----CAAGGTACT-TGAGGGTTGACCTGTATCTCAGT-ACTCGTCTG-TGA-GGGA-GT-GTGGATTG--T--------GT--TTGTGGCTCCCG-TG--GCAA--TGAAAACAAA-GAGATATATAAATGGT-ATTTAAA-TA-TTTACA-TTGATTTGA-TT-TTAT-ATATTACGAT--TGA--TTTTGATG------GTATTAAATTAGAAATTAT---ATTT---TCTTTTTTTTTTTTTTTAA-TTCTCTT-CTTATGTCTTATAGGAATAGATGTAAATCTGACTTAA-TATCAAGGAA-TCTTTGTG-ATAAGT--TATTG-CATATAAGTC-TT-------TGTTGACCATATTATTGA-ATACAT-CTATACCTGTT----ATATA-T-G-A--TTA-CTACTTTG--TTATTTTGATACCTGAAATA-AAT--AATT-GTTG-AACAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAata
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttaAC-A-T-GGAAAAAAA---T---G----TTTGAATCATGGA------AAG-AA-GG-CGA-CTGA---C-TT-TATTT-GGCAAA--A-CTTGTATTATAAATTCTCTaaa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                       acttaatactttttgaatattgtgaaatacaaataatgagggtatactttttaatgttagattttgaaaaagcgtttgagtctgtagagtggaactgtttgtttaaggtgttgaaaaattttaattttggtgaaaattttataacatggattaaaatattatacactaacactttctttaaattaaagaacaatggttggatttcctaaatcatgtagaatgtatcgtggaatacgacaggtatgtcccatttcgctattttatatttatttgtagtgagatactagctttgagtataaaacaagaaaatacaattaaggtatattataccaaatatgtctcaagaaataaaaaaacattcagcacgctgatgatctaacattactgttaaaaagatataactttctatgaagcaagcgattggcgttatagaaaagttttgtcagcatgcaggatcccattaattatactaaaactgaatgtatccttcttggaagtttaaagaatagtgtcaaagaaattaatggcataaaacgactaataaagcagtaaaatgtttaggaatatacttcggtcatgatacaattgattgttacgataaaaattggatgaaaacttatcatgTCAAATCTTAG--AATAAAAAC-------------AATTG-GTTGTA-GCTGAATAA-TAAAA-AT-ACTACGAAACTGTTATTT-CAATTAGACAAGTCACTAATGCAGAAATAC-A-TTGAAGAAAGAAAAT---ACATTTTT---TTATTTA------AAACATAGGACAAACTGAA-AC-TATTAATT-GGCAAAACC-TTTCT----TAAATCCTTTTATGATATTTTCTATGCA--TTGACAAGTTTTTCAAA-GAT-ATATATTTGGAAAGTGATGTGGGAGAAAA-AAAACAATTTAATTTTGGAACAGTCAGATGGA-CAGATATTTAATTTTATAGAAAATAATATATG-TAAAGTTGTTG-ACAATGA-TATTGCTGA-ATTTTAA-CTAT-A-AACTTTT-GAAC-AATATT-TTATGCAACAATT-AT--TTCT-TTAACAAATG--GA-AAAAGATTGTG-AATTAGAAA-TGGTAATTTTT-TGTAGCTAATGTATATGCCATTGCGTTCAGAAAAGAACA-CACagcgatttcaaaatttattttatgtgcctcaattttacttattcctgatgaaaatcttttgaaaaatataaaacgttctattttttaattttctttggaataagactgacaggattaaaaggaatactttgattggcaactgtttcagagggaggtatagatgttgtagacatatatttaaaaattaaagctattaaagcctcttggatacaaagaatcagtaacaaaggggttataaatgattttgttacaagtttttgtaagccttacgatgtaaata
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       actaccttctcacaaaaattttggagaaataaaaaaataacttatagaacatagggcacttgttttacaaattggatggaaagtggtattttaaaagttgtgatgatttatttaacgaaatgcgcgttttcaaggatattaactgatttttT---TAT-AGAACATA--TTTA-ACATTA-AGA-AATCAAAATATAATT--TCATTAATAACAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTA-TT--GT-TACTTTAAATGTCT--TTT-GAT----AAA--TTTTC-T-TGTA--TAT-A--ATA-TA--TTTCTG--TATTT--ATTTC-GA-ATTTATTTTCCA-ACAAATAAATGT--A-CAA-GTACT-TGAGGG-TGACCTGTTCCTCAGTA-CTCGC-TGT-GAGGGGA-GTGGTGGACTG--T--------GT--TTGTGCCTCCCC-TGCAGCAA--TGAAAACAAAAGCAATATATAAAT-GT-ATTT--AATA-TT---AATTGATTAGATTT-TAAT-ATATTACGA---TTATCTTTTGATGCTACATGTATT--ATTAG-AAT--T---ATTA---T---TTTCTTTTTTTTTAAATTCTCTTCCTTAT-TCTT-TAGAAATCAATGTAAATCTGAT---AATATCAAGGAA-TCTTTGT--ATAA-T--TATTT-CATATA--TC-TT--------GTTGA-CATATTATTGA--TACAT-CTAATCCTGTA-T-AATATA-T-ATACCTTA-C--CTTTG--TTATCTTGATACCTTGAATAAAA--AAATTGGTTGAAACTAAAAAAAAAAAGAAAAAAAA
19 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TTAAAGCATGCAAAAATAATTCTGATTATTGTCAAGATAATGATGATATACGTGATAACTTGTATGCGTTTTACCAGAGAATTGATATAGTCGGTAGCAAATGTAGGAAGAACACTCAGAAATTCAGAAGCTTTTTATCAATGGTTAAATTTTGAAAAAAATTATATCTTGATGATGATAAAAAATTTTCTTAGATTCTCCACTCACGAAATGGAGAAATGCGTTGTGCTTTATTCAACATGAAGAGTAATAAGAGTCCTGGTTAGACGGTCTGCCTTTGAGTTTTATAAGGCATTTTGGGAGAAACTCAAAACATAACTTTTTTGATTCTGTGTGATAATTGTTTTTTAATGAAGAATGTTAACTTTTACACAAAGATTGGCTGTTGTATCTTTGATACAGTAAAAAAGGGGGATACAGACCTCCTTGGCTAAGCTACAGAGCCCAATGAGTCTTAGCAAACACAGAGCTGATAAAAGCATTGCTTTTAACTTTGGCGAAGAGGCTACAAAAAATAATAAGATAAGTTAATGCCAAATGATCAGGTCAGCGTTACATTAAAGGTAGATATAGGAATAAATGCAAGGGATTAACTAGTAGATATCTATGAATAGTTGCGAAAGAAAATGATGGATTGGAGTTATTCTTTTATTTCTTGATTTTCAAAAAGCATTTTGATTCTGTTGAGTGGATTTTATGTTTCTAAGTCTAAAATCATTTAATTTTGGGTGATAATTTTATAAAGTGGGGTAAATATACCTAGATAAAGAAATCTATCGTCAGTTTAAATTTCTTGAGAGAAAATGTAACGGCTTGATTTTTAAATCGTA
Unaligned ( gi|10 ): CTACTTGATGTTTATGAATATTGTGAAAATACAAATAATGAGGTTATACTTTTAATGTTAGATTTTGAAAAAGCGTTTGATGCTGTAGAGTGGAACTTTTTGTTTAAGGTGTTGACAAATTTTAATTTTGGGGAAAATTTTATAACATGGATTAAAATATTATACACTAACACTTTCTTTGAATTAAAGAACAATGGTTGGATTTCTAAGTCATGTACAATGTATCGTGGAATACGACAGGGATGTCCCATTTCCGCTATTTTATATTTATTTGTAGCTGAGATACTAGCTTTGAGTATAAAACAAGAAAATACAATTAAAGGTATATATATATACCAAATATGTCTCAAGAAACAAAAAAAACATTCAGCACGCTGATGATCTAGCATTACTGTTAAAAGATATAACTTCTATGAAGCAAGCGATTGGCGTTATAGAAAATTTTGTCAGCGTGCAGGATCCCAAATTAATTA
Unaligned ( gi|11 ): TGTTTTAAAATACGCTTAAGTCATACAAGATTTGGGCCACGATTAAAGATTGTGATAAGAGAACAATTTTGACCAAAAATCACGAAGTCATGCAAGAAAAAAATTTTCGAAATCCGGAGAAACACGAGAAGCAATTAACCAACTGTTCGGTAGGTATGCGTAATCATATATACTCTAGTAGTCTCTAAAATTATCTATGTGCTTCTATAATTAAGCCTACCCAGAGTTCCAAATCATTCAATCAAAAATCTGCAAAAGACTTGATTTTACAATGTTTCATTCTGGAATAAAAAAGATAGAATTAAAAAGGAAACTACACTTTTGATAGGAAAACTGTTGAGACAGACATGGAGAGTATAGATGGAATTGTTACATTTTATCAAAAATCTAATTCTTTAAA
Unaligned ( gi|12 ): ATTATAAAATTTTAGCTTTTGTATTAGCTAGAAGATTATAATTTTTTAAAGATAATGTTATAGCAAGAGATCAGTCTCTCTACATAAAAGGACGATATATTGGTATGAATGCTAGACTAATTGTGGATACTTTTGATTATTGTGAAAATAATAATAAAGAGCATTTTTTTTTTAAAAAAAGCATTCCCTCGAATGGTGTTCTATAATAAAAACACCCGAGTTCTTTAATTTTTGACAAGAATTCATCAAATGGATTCAAATTTCATATAAAAATCCAGACTTTAGACTAAAAAATAATAATTGACTGTCAAAAAGATGTATAATGAGGCGGGGCATTCGTCATGGATGTCCTATATCAGCGATAATTTTTCTATTTTT
Unaligned ( gi|13 ): GATATCAAATATCTATTACAATTAACTAAACGAAAAATGAAAGATTTTACAATTATTTCTCATTTTATAAAGAAATTTTGCTGTTTTAATGAATGTACAAAGAAAATAGAAATATCACAAATATCACATATTTTAAAAGCCAGTTTTGCGCAGCAACCATTGTGGAATAATAATATTTTTGAATACAAAGACAAAACACCGTTTCAAAAATTGGATTGATAGTAATATTTCATATGTAAAAGATCTGTTTAATAATGATGGAAAATTTAAAACTTTACATGATTTTTCAAATGTCCTGAGTAATAAATTCAATTGGTTACGTGAATATATTATATTGAAAAAT
Unaligned ( gi|15 ): AAAACAGACTATAAGATCATTGCTTTTACTTTGGCGAGGAGACTACAAAAAATAATAGATAAGCTAATGGCAAATGATCAATCAGCTTTAATTAAAGGTAGATTTATAGGAATAAATGCAAGAATTATAGTGGATATTTTTAAATATTGTGAAGAAAATCATTTTGATGGCATTGCTTTATTTTCTTGATTTTCAAAAAGCATTTAATTCTGTTGAGAAAATTTTATGTTTAAAGTTCTATAATCATTTAATTTTGGCGATAATTTTATAAAGTGGGTAAATATATTATACTTTAGATTAAACAA
Unaligned ( gi|16 ): AGCATATATAAACCGTAGTTTATTTAATCACATTGTTCTGATATACAAATTACATTTTAGATGGCTTACTTGATTTTTTTTTCTTAGTAATATTGTGAGAGTGTACTTATTAATGTTAGGATTTTTGTAAAAGACTTTTTATGTTTGTATTGAGTTTTGCACCGTTTTTGTTTTAATTGTCGTTGATATCAATTTTAATTGTGTTGATTAATTTTATAACTATCGGATTAAAAATATTTGACACTGATACTTTCTATTAAATTAAAGAACACAATTGTTTGGTTC
Unaligned ( gi|17 ): AAATACAGATGATAAAATTACTGCTTTCATTTTAGCAAAAGTACTAGAGCTTTTAATTCAGTATAGTGAAACTTTAGATTTAAAGTACTTTAAAATAACTTATTAAAATAGGTAAAAAATACCTTATGGAAACCAATTTTTGTAATTAAGAGTAATGGATGGATTTCAAAAACATGTCAAATGGGAAAAGGCATAAGACAGGGTTGTCCTATTTCAGCATTGCTATTCTTATTTGTAGCTGAAATATGTGTAAAAGATATAACAAATAAAA
Unaligned ( gi|18 ): ATGAAAAATAATAAATCTCCCGGACTTGATGGATTACCTGGTGAATTTTATAAATGTTTTTGGGACTGTATAATTGAGATGTTTTACAATGCTTTACGTGATATTTTCATTAAAAGAGAAATTAGTTTTTTGCAAAGAATATCAGTAATCACTTTATTGTTTAAAAAGTGACTGTAGGTATCTGAAAAACTATCGACCACTTAGTTCAACCAATACTGATTACAAAATAGTAGCTT
Unaligned ( gi|21 ): AGCTGGAAAAATTTTCAAAATTCAAGAGAAATTTTCTAAAATGGGATATAAAATATTGTATACAAACCCAATATTTAGGTTAAAAAAATAATGTTGTGATATCCAAACATGCCCAATGAAACACGAGGATACGATCGAGGGCTGTTCCCACTTTCTGCGATATTATATCTTTTGTTGCTGAATTCCTGGTGAGATGATTGTGGCTTTAGGAATAAAA
Unaligned ( gi|22 ): TTAGATTTTGAAAAAGCGTTTGATGCTGTACAGTGGAACTTTTTGTTTAAGGTGTTGAAACATTTTAATTTTGGTGAAAATTTTGTAACATGGATTAAAATATTACACACTAACACTTTCTTTAAATCAAAGAACA
Unaligned ( gi|23 ): AAAATTTTAGCACATATTTTCGCTACGAGATTACAAAAAGTTATAGATAGACTGATAAACAAAGACCAATCCGCATATATTATAGGTAGATATATCGATGAAAATGCGAGACTTCTACTTGATATATT
Unaligned ( gi|24 ): GGCGACTGACTTTATTTGACAAAACTTGTATCATAAATTCTCTTGTGGTTTCAAAATTTATTTATGTTGCCTCAATTATAACAATTCCTAATGAAAATCGTTTGAAAAATATAAAACGTT
Unaligned ( gi|26 ): ATATTTAAAAATTAAAGCAATTAAAGCTTCTTCGATACAAAGAATAAGTAACAAAAGGGTTATTAATGATATTGTTAAGTTTTTGTAAGCCTTATAATGTAA
Unaligned ( gi|28 ): TTTAATGTTAGATTTTGAAAAGACTTTTTATGTTGTAGAGTTGCACGTTTTGTTTAAGGTGTTGAACAATTTTAATTGTGTTGATAATTTTATAACAT
Unaligned ( gi|29 ): TTTAAAATCTTAAAAATGATTTTTGAAATGTACAGGGTAATCAATCCAATTTGTCATGCAAATGTGTTATATTGAAAA
Unaligned ( gi|30 ): AGATATAACTTCTAAGAAGCAAAGCGATGAACGTCATAGAAAAGTTTCGTCAGCATGTGAGGAATCAAAAAA
Unaligned ( gi|31 ): AGTAACAAAGGGGTTATTAATGATTTTGTTGCAAGTGTTTATAAGCCCTATAA
Unaligned ( gi|32 ): GAGAAATTATCACCTATTTCAATGAAACAAAAGATGGAAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             4444444444444     2        222222222                 1                            1                         222222222222   111       111111                  22222222            1111     3333                            11                            11                333333        22      1                            22222222                           22                   11       22                  11           111  11               11                              11       22        222222    2222222     1        1   1    1111             1             1      11   11           11  22        1              1          1               1   11      11                1         1             11                                           1                  1               222222     1    1     1      111   1      111                   1111         11                                              1      111   2   1111   11   22222    444444444   1    2                                                 1111                                 22        22                      22222222  11            1        11                        1  1    33333333333333            1    1         1111111                  11     1   222222    3333333               1      11     1    1                     11             1    11   1    1111     1      11  3333333333      1          22      1          2222      111   1    1 11     11                       222    1    1                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  3  0       4444444444444  1  0      0 000000000     6 55        0    8 5  8               8  0    5      5 5 5         111111111111   000 3     666666   7777  0 8 5    77777777     5      4444     1111      0                5    11 8      8        8          11     1  0       000000        55      5                 8     0    77777777      222     8      0     33   0        0 8    11 8     33       8    8     55       0   666  11        0   0  11  8           8  8      8 8 0 11   0   11        333333    6666666     5 1  8   5   0    2222    3    3   5         66  5      33   33           33  33        5       6      3  6   6   3    7          3   88      88                5         0 3 0  3      33   3    3 3   8                            3              7   3             7 777777     3    3  6  3   7  777   0      666     8        999  0000         11  0 0          0            8   8  88  8   3  5      111   0   7777   44   55555    666666666   0 8  4      99  3  4      6  1            6     7    1 3333   6     6      6   1            44     5  44       5           77 00000000  33            0  2     33       3            3   0  0    77777777777777         3  0    3   7     4444444       6          33     0   222222    3333333               0      66     0    0                     33 3           0    33   0    4444     0      33  6666666666      0 3     3  55      0          4444   3  111 3 5    0 33     33   3       2    3  99  333    0    5                1        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .  .       .............  .  .      . .........     . ..        .    . .  .               .  .    .      . . .         ............   ... .     ......   ....  . . .    ........     .      ....     ....      .                .    .. .      .        .          ..     .  .       ......        ..      .                 .     .    ........      ...     .      .     ..   .        . .    .. .     ..       .    .     ..       .   ...  ..        .   .  ..  .           .  .      . . . ..   .   ..        ......    .......     . .  .   .   .    ....    .    .   .         ..  .      ..   ..           ..  ..        .       .      .  .   .   .    .          .   ..      ..                .         . . .  .      ..   .    . .   .                            .              .   .             . ......     .    .  .  .   .  ...   .      ...     .        ...  ....         ..  . .          .            .   .  ..  .   .  .      ...   .   ....   ..   .....    .........   . .  .      ..  .  .      .  .            .     .    . ....   .     .      .   .            ..     .  ..       .           .. ........  ..            .  .     ..       .            .   .  .    ..............         .  .    .   .     .......       .          ..     .   ......    .......               .      ..     .    .                     .. .           .    ..   .    ....     .      ..  ..........      . .     .  ..      .          ....   .  ... . .    . ..     ..   .       .    .  ..  ...    .    .                .        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  2  8       0000000000000  4  0      8 666666666     4 88        6    0 0  0               0  6    6      7 7 7         666666666666   000 6     444444   9999  9 5 0    55555555     0      4444     9999      2                0    00 0      8        0          00     0  8       666666        44      8                 0     8    44444444      888     0      8     00   8        6 0    00 0     66       0    0     88       8   888  00        8   8  00  0           0  0      0 0 8 22   8   22        000000    0000000     4 4  0   0   0    0000    2    2   5         55  0      22   88           88  88        5       7      3  7   7   3    3          3   33      33                5         0 2 8  2      88   2    2 0   8                            3              3   3             3 777777     3    3  7  3   3  555   0      666     0        222  4444         00  8 8          8            0   0  88  0   8  8      888   4   0000   00   88888    222222222   0 0  0      22  5  2      7  7            7     8    0 3333   7     7      7   0            00     7  00       7           99 77777777  88            0  5     88       2            2   0  0    55555555555555         2  0    3   3     0000000       7          88     0   222222    5555555               0      00     0    0                     88 2           0    88   0    8888     0      88  8888888888      0 2     2  55      0          5555   2  000 2 0    0 88     88   2       5    2  88  000    0    5                0        
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCAAATCTTAAGAAATAAAAAC-------------AATTGCGTTGTGTGC--AATAGGTAAAACATGACTACGAAACTGT-AGTT-CAATGAGACAAGACA-TAATACATAAATAC-A-T-GAAAAAAAAAGAT---A----TTT---TTATTTA------AAA-AT-GGACGA-CTGAA-AC-TTATAATT-GGCAAA--C-CTTCTAT-ATAAATTCTTTTATGATATTTTTTCTGCA--T-GACAAGNTTTTCAAA-GATCATATAT--GGAAANTGTGTGTGGGA-----AAAACAATCTTTAATTATGGAAAAGTCAGATGGA-CAGATATTTA------TGAGAAATAATATATG-TAAAGTTGTTGAC-ATGAATATTGCTTG-ATTT--A-CTATAACAACTTTT-GAAC-AATCTTGTTATGCAACAA-T-AT--TTTTCTTAACAAATG--GA-AAAAAGATGTG-AA-TAGAAA-T-GTAATTTTTGTG-GGCTAATGT------CATT-------GAAAATAATA-CACGATT-TAAT-TN-TTGAATGTAATAATGTAAGACAGAATACTGGAAT-TAAC--TAGAAATGGTT--TT--AGATCGACTATTACATCTGGAAA-CACTATCTGT-TCTTAGGCTTTTTTC-TGA--AGATAA--TCCTAAAGTGCATTCCATTTAATTTC-GTTATTATTCATA--TATTGCTTATAGAAGTATACAAAATTAAAATGATGTTAAGATA-TGAAAGCAGAGTTGAAAA-TGTAAATAATCTGTT---AC-ACATG-TTAA-ACGTA-GACTGT---TAT-AGAACATACATTTA-ACATTAAA-G-AATCAAAATATAATT--TCATTAATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTA-TT-TGT-TACTTTTAATGTCT--TTTTGAT----AAA-ATTTTCGT-TGTA-ATAC-T--ATANT-ATGTTTCTG--TATTTTAATTTC-GATATTTATTTTCCA-ACAAAATAATNTA---CAA-GTACT-TGAGGG-TGACCTGTTCCTCAGTAACTCGT-TGTTGAGGGGA-GTGGTGGACTG--T--------GT--TTGTGCCTCCCC-TGCAGCAA--TGAAAACAAAAGCAATATATAAAT-GT-ATTT--A-TA-TT---A-TTGATTAGATTT-TTAT-ATATTACGACTTATCTTTTGATGCTACATGTATT--ATTAG-AAT--T---ATTA---TCTTTTTCTTTTTTTTTAA-TTCTCTTCCTTAT-TCTT-TAGAAATCAATGTAAATCTGA--TAATATCAAGGAA-TCTT--TGT-ATAA-T--TATTT-CATATA--TC-TT-------TGTTGA-CATATTATTGA-ATACAT-CTATACCTGTT-T-AATATA-T-ATACCTTA-C--CTTTG--TTATCTTGATACCTTGAATAGAAT-AAATT-GTTGAAACTAAAAAAAAAAAANAAAAAAAA
Reference ( family-195 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCAAATCTTAAGAAATAAAAAC-------------AATTGCGTTGTGTGC--AATAGGTAAAACATGACTACGAAACTGT-AGTT-CAATGAGACAAGACA-TAATACATAAATAC-A-T-GAAAAAAAAAGAT---A----TTT---TTATTTA------AAA-AT-GGACGA-CTGAA-AC-TTATAATT-GGCAAA--C-CTTCT----TAAATTCTTTTATGATATTTTTTCTGCA--T-GACAAGNTTTTCAAA-GATCATATAT--GGAAANTGTGTGTGGGA-----AAAACAATCTTTAATTATGGAAAAGTCAGATGGA-CAGATATTTA------TGAGAAATAATATATG-TAAAGTTGTTGAC-ATGAATATTGCTTG-ATTT--A-CTATAACAACTTTT-GAAC-AATCTTGTTATGCAACAA-T-AT--TTTTCTTAACAAATG--GA-AAAAAGATGTG-AA-TAGAAA-T-GTAATTTTTGTG-GGCTAATGT------CATT-------GAAAATAATA-CACGATT-TAAT-TN-TTGAATGTAATAATGTAAGACAGAATACTGGAAT-TAAC--TAGAAATGGTT--TT--AGATCGACTATTACATCTGGAAA-CACTATCTGT-TCTTAGGCTTTTTTC-TGA--AGATAA--TCCTAAAGTGCATTCCATTTAATTTC-GTTATTATTCATA--TATTGCTTATAGAAGTATACAAAATTAAAATGATGTTAAGATA-TGAAAGCAGAGTTGAAAA-TGTAAATAATCTGTT---ACGACATG-TTAA-ACGTA-GACTGT---TAT-AGAACATACATTTA-ACATTAAA-G-AATCAAAATATAATT--TCATTAATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTA-TT-TGT-TACTTTTAATGTCT--TTTTGAT----AAA-ATTTTCGT-TGTA-ATAT-T--ATACT-AT-TTTCTG--TATTTTAATTTC-GATATTTATTTTCCA-ACAAAATAATNTA---CAA-GTACT-TGAGGG-TGACCTGTTCCTCAGTAACTCGT-TGTTGAGGGGA-GTGGTGGACTG--T--------GT--TTGTGCCTCCCC-TGCAGCAA--TGAAAACAAAAGCAATATATAAAT-GT-ATTT--A-TA-TT---A-TTGATTAGATTT-TTAT-ATATTACGACTTATCTTTTGATGCTACATGTATT--ATTAG-AAT--T---ATTA---TCTTTTTCTTTTTTTTTAA-TTCTCTTCCTTAT-TCTT-TAGAAATCAATGTAAATCTGA--TAATATCAAGGAA-TCTT--TGT-ATAA-T--TATTT-CATATA--TC-TT-------TGTTGA-CATATTATTGA-ATACAT-CTATACCTGTT-T-AATATA-T-ATACCTTA-C--CTTTG--TTATCTTGATACCTTGAATAGAAT-AAATT-GTTGAAACTAAAAAAAAAAAANAAAAAAAA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCAAATCTTAAGAAATAAAAGC-------------AAATGCGTTGTGTGC--AATAGGTAGAACATGACTACGAAACTGT-AGTT-CAATGAGACAAGACA-TAATACATAAATAC-A-T-GAAAACAAAAGAT---A----TTT---TTATTTA------AAA-AT-GGAC-A-CTGAA-ACTTTATAATT-GGCAAA--C-CTTCC----TAAATTTCTTTATGATATTTTTTCTGCA--T-GACAAAGTTTTCAAA-GATCATATAT--GGAAATTGTGTGTGGG------AAAACAATCTTTAATTATTGAAAAGTCAGATTGA-CAGATATTTA------TGAGAAATCAAATATG-TAAAGTTGTTGA--ATGAATATTGCTTG-ATTT--A-CTATAACAACTTTT-GAAC-AATCTTGTTATGCAACAA-T-AT--TTTTCTTAACAAATG--GA-AAAAAGATGTG-AA-TAGAAA-T-GTA--TTTTGTG-GGCTAATGT------CATT-------GAAAA-ATTA-CAC-ATT-TAAT-TG-TTGAATGTAATAA-GTAAGACAGAATACTGGAAT-TAAC--TAGAAATGGTT--TT--AGATCGACTATTACATCTGGAAA-CACTATCTGT-TCTTAGGCTTTTTTC-TGA--AGATAA--TCCTAAAGTGCATTCCATTTAATTTC-GTTATTATTCATA--TATTGCTTATAGAAGTATACAAAATTAAAATGATG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ttctgtaaaacattcaggctaaaaaactaaataaagataaaacagagatgtctatttattaggaaagcttgaaaggaaccgccaaaggaaaattcttaattctaaaagtaaatgtcaaaattcaattaaatagtcattaggtacttattatcggccatataaaaaggagtgctatgaaaagaaattggaaacgtttatcagcaagacatagaaaaattattgaaaatcctgtggaaactagaactaacttacaaatattcggtatagtgctgcatattataatattcttggtgcatatcatctaaaggtgttatgcagtcgacattgtttatcaatcacctggtgatgaatttgttaaaggattttaaatcaaataatatcttaatttcatttgaataaaagaatagggattaaaaggaacacttattggagataaactgaaaaggggggatttcatatagttgtatctagaatccaaattcaagcgctataaagcatcatggaagtgacccaaattatctctcatgtaccagtgagaattataacagactttaatgagaaagtttttgttcaaaggaatgggtattgatttaaaattatctttaagacaaacgactcttttgtttaaatgaaaatgaaaatgttaaataagcatatgcctatttttatagagacaattatcaacctattcaatgaaacacaaaggaaagcaattcaaaaaacactgctcgtggtcccagcaattttggagaaaaagatagttacttaacaaaatatatgacactttgttattatttacaaagtggcatgtaaaagtggtattttaaaagtggattgatttatttaacgttatggcgtcgtgtcagatgggttattactgattttctTGAAGTGCATTCT-TTTAATTTT-GTTCTT--TCATA--TATTGCTT--------------AATTAAAATGATGTTAAGATA-TAAAAGCAGAGTTGAAAA-TGTAAATAATCTGTT---AACACATA-TTAA-AC-TA-GACTGT---TAT-AGAACAT--ATTTA-ACATTAAA-GAAATCAAAATATAATT--TCATTAATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTA-TT-TGT-TAC-TTTAATGTC---TGTTGAT----AAATATTT---T-TGTA------T--ATAAT-ATGTTTCTG--TATTTTAATTCC-GATATTTATTTTCCA-AC-AAATAATCTA---CAA-GTACT-TGAGGG-TGACCCGTTCCTCAGT-ACTCGT-TG-TGAGAGGA-GTGGTGGACTG--T--------
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gT--ATTAG-AAT--T---ATTA---T---TATCTTTTTTTTAAA-TTCTCTTTCTTAT-TCTT-TAGAAATCAAAGTAAATCTGA--TAATATCAAGGAA-TCTTTCTTT-GTAA-TACTACTT-CATACA--TTATTAGTATAATGTTGA-C-TATTA-TGATATACAT-CTATACCTGTC-T-AAT-TATT-ATACCTTA-C--CTTTG--TTATCTTGATA-CTTG-AT-GAAT-TAAAT-GTTGAAACTTAAAAAACAAAACAAAAAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -A-T-GAGAAAAAAA--T---C----GTT---TGATTCATGGAAGAAA-AA-GGGCGA-CTGA---C-TT-TAATTTGGCAA-----CTTGTATTATAAATTCTCTTGCGAT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          gatggattacctgatgaattttatatatgtttttggaactatataagtgagatgttttacaatgctttacgtgatattatcattaaaagagaaatgagtttttcgcaaaaaatattagtaatcactttattgtttaaaaaggatgaccgtagatatctgaaaaactatcgaccacttagtttaaccaatactgattacaaaatagtagcttttatttttgccagaaggttacaaaaaattattgatggtttaattggaaatgaacagtcagcatatataaagggtaggtttattggtgaaaatgcaagatggctacttgatgtttttgaatattgtgaaaatacaaataatgagggtatacttttaatgttagattttgaaaaaagcgtttgatgctgtagagtggaattttttgtttaaggtgttgaaaaattttgattttggtgaaaattttataacatggattaaaatattatacactaacactttctttaaattaaaaaacaatggttggatttcaaagtcatgtagaatgtatcgtggaatacgacagggatgtcccatttccgctattttatatttatttgtagctaagatagctagctttgagtataaaacaagaaaatacaaatacaattaaagtatatctataccaaatatgttgcaagaaataaaaacattcagcgaacgctgaattgatctacaattactgttaaaaagatgataaccttcctatgaaggcaagcgatggcgttaatagaaaagtatttgtcagcatgtcaggatccaaattaaaccttagtacctcaactgatgtatctcttggaagttttaaagaaatagtgtcaaagaaatttggctaataataacgactaagtgaaagcagttaaatgtttgagagggattatacttcggtcatggaatacatattgattgttacgataaaaaatttggatgaaaaatttcatagagcaGAACA--CATTTC-ACATTAAA-G-AA----AATATAATT--TCATTGATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTA-TT-TGC-TACTTT-AATGTCT--TTT-GATTAAAAAA-ATCTT-----ATATATACAT--GTACT-ATGTTTCTG--TATTTCAATTTT-GACATTTCCTTTCGA-ACAAATTAATCCA---CAA-GTACT-TGAGGG-TGACATGTTCCTCAGT-ACTTGT-TG-TGAAGGGA-GTGGTGGACTG--T--------ttcaaaagattatttatgtttgtctcaattttacctattcctgatgaaaattctttgaaaatataaaacgtttctatttctaattttcttttgaataagattgacaggattaaaaaaaagggaagtaacaattagtgtcggcaaataaagtttctttgttgcaagcagaggaggtatagggtgttgtagaatacttattttagaaaggaggttaaagctattacaaggcctcttggaatacaaagaattcagtaaccaaaggggtttaaatgatttgttacaagtttttgtgaagcgcttacaatgttgtaaagatatcaacta
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GGCGA-CTGA---C-TT-TATTT-GACAAA--A-CTTGTATCATAAATTCTCTTGTGGT
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AGTA-CTTGT-TGT-GAGGGGA-GTGGTGGACTG--TTAATGACGGTGATTGTGCCTCCCC-TGCAGCAATGTGAAGTTAAATGCAATATAT--AT-GT-ATTT--A---------A-TTGATTAGATTT-ttcaaaatttatttatgttgcctcaattataacaattcctaatgaaaatcgtttgaaaaatataaaacgtt
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TG--TATTTCAATTTC-GATATTTCTTTTCCA-ACAAA-TGATCTG---CAA-GTACT-TGAGGG-TGATTTGTTCCATAGT-ACTTGT-TG-TGAGGGGA-GTGGTGGACTG--T--------
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCAAATCTTAAGAA-TAAAAAC-------------AATTG-GTTGTGTGA--AA---ATAAAATA---CTGCGAA-CTGT-A-TT-CAATGAGACAAGACA-TA-TACA-AAATACCA-T-GAAAAGAAATG-T---A----TTT---T-ATTTA------AAA--T-GGACAA-CTGAATAC---ATAATT-GGCAAA--C-CTTCT-----AAATTCTTTTATGATATTTTTT--GCA--T-GACAAG--TTTCAAA-GATCATATAT--GGAAAGT-TGTGCGGAA-----AAAACAAT--TTAATT-TGGAAAAGTCAGATGGA-CA-ATATTTA------ATAGAAATAATATATG-TAAAGT--TTGAC-ATGAATATTGCTTGAATTA--A-CTATA--AACTTTT-GAAC-AATCT--TTATGCAACAA---ATTATTTTCTTAACAAATGAAAA-AAAAAGATGTGAAA-TAGAAACT-GTAATTTTTGTG----CAATGT------CATT-------GAAAATAATA-CACGATT-TAATATT-TTGAATGTAATAATGTAAGACAG-ATA-TGGAAT---ATTGTAGAAATGGTT--CTTGAGATTGAC-ATTACAT
gi|4                          : ttctgtaaacattcaggtctaaaactaaataaagataaaacagaatgtctattattaggaaagctgaaaggaacgaccaaagaaattcttcgtctaaaggtaaatgaaaattcaattaaatcattagatattcatatcggccataaataaaggagtcttatgaagaatgtgaacaacgttatcagaaagatcatagaaaaaatttattgaaatcttggaaaactagaaacttacgtaatattgtgtaagtgctgcattataaattctttgcaatatctaaagtggtttatgcagcgacattgttatcatcaccttgtcgatgattttgtttaaagaattaattaaataatatctaatttcaattggaataaaagagatagaattaaaaggaacactcttattggagataaactaaaaggggggattcatatagttgatctagaatccaaatttaaagcgcttaaaacatcatggatccccaaaatactctcatgtaaccatagattaaaatactttttagaaagtttttgtcaaaggaatgggtatgatttaaaatatcttttaaagacaaacgactctttttaaaatgaaaatgaagtgttaaataaacttatgccatatttttatagagaaattatcacctatttcaacgaaacaaaggaaagcaaatcaaaaacactgcccgtctcacaaaatatttggagaaataaaagatttacttacaaaaataggacactttgttttacaaattggatgaaaagtggtattttaaaagttgatgatttatttaacgatatgggcttcaaggatatcactgattttTCAAATCTTAAGAAATAAAAGC-------------AAATGCGTTGTGTGC--AATAGGTAGAACATGACTACGAAACTGT-AGTT-CAATGAGACAAGACA-TAATACATAAATAC-A-T-GAAAACAAAAGAT---A----TTT---TTATTTA------AAA-AT-GGAC-A-CTGAA-ACTTTATAATT-GGCAAA--C-CTTCC----TAAATTTCTTTATGATATTTTTTCTGCA--T-GACAAAGTTTTCAAA-GATCATATAT--GGAAATTGTGTGTGGG------AAAACAATCTTTAATTATTGAAAAGTCAGATTGA-CAGATATTTA------TGAGAAATCAAATATG-TAAAGTTGTTGA--ATGAATATTGCTTG-ATTT--A-CTATAACAACTTTT-GAAC-AATCTTGTTATGCAACAA-T-AT--TTTTCTTAACAAATG--GA-AAAAAGATGTG-AA-TAGAAA-T-GTA--TTTTGTG-GGCTAATGT------CATT-------GAAAA-ATTA-CAC-ATT-TAAT-TG-TTGAATGTAATAA-GTAAGACAGAATACTGGAAT-TAAC--TAGAAATGGTT--TT--AGATCGACTATTACATCTGGAAA-CACTATCTGT-TCTTAGGCTTTTTTC-TGA--AGATAA--TCCTAAAGTGCATTCCATTTAATTTC-GTTATTATTCATA--TATTGCTTATAGAAGTATACAAAATTAAAATGATGTTAAGATA-TGAAAGCAGAGTTG-AAA-TGTAAATAATCTG-T---ACGACATGTTTAATACGTATGAC-GTAACTATGAGAACATACATTTA-ACATTAAA-G-AATC--AATATAATTAATC--TAATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCTATTATTT-TGTATACCTTTAATGTCTCGTTCTGAT----ACA-ATTTTCGTCTGTA-ATAC-TCAATACTAAT-TTTCTGATTAATTTAATTCC-GATATTAATTTTCCAGACAAAATAATGTAAAGCAA-GTACTGTGAGGG-TGA-CTGTTCCTCAGTAACTCGC-TGTTGAGGGGATGAGTTGGACTGTTT--------GT--TTGTGCGTCCCCGTGCAGCAA--TGAAAACAAAAGCACTATATAAAT-GTAATTT--A-TATTT---A-TTGATTAGATTTATTATCATA-TAGAACTTCTC-TTTGATGCTACATGTATT--ATTAG-AAT--TAAAATTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAA-TTCTCT--CCTAT-CTTT-TAGAAATCAATGTAAATCTGA--T-ATATCAAGGAACTCTT--TGT-ATAA-T--TATTTGCATATA--TC-TT-------TGTTGA-CATATTATTG--ATACATCCTATACCTGTTATAAATATA-TGATA-CTTACC--CTTTGTCTTA-CTTGATACCTTGAATAGAATAAAATT-GTTG-AACTAAAAAAAAAAAACACAAAAAA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AGATTTTCAAAAATCAAAACCACAATTCCCTTTAATTG-GTTGTGTG----AT---TAAAATATGG--ACGAA-TTGT-AGTTTCAATGAGA-AAGACA-TA-TACATAAATAT-ACT-GAATAAAAGAAATTGTA----TTT---TTTTTTA------AAA-AT-GGACAT-CTGAA-AC-T-ATAATT-GGCAAA--GGCTTCT----TAAATT--TTTATGATATTTTTTCTGCAAGT-GACAAGTTTATCAAAAGATCATATAT--GGGAAAAGTGTGTGGGA-----AAAACAAT--TTAATT--GGAAAAGTCATGTGGAGCAGAT-TTTA------T-AGAAATA-TATATGGTAAAGTTGTTGTA-AAGAATATTTCTGA-ATTT--AACTATA-TAACTTTTTGGACGAATCTT-TTATGCA-CAT-TTAT--TTTGCTTA-CAA-TG--GAGAAAAAGATGTG-CA-TGAAAC-T-G-AATTTT-GTG---CTAATGT-------ATT-------GAAAATAATATCACGATTGTAAT-TTATTGA-TGTA-TAATGTAAGACAGA-TA-TGGAATATAAT--AAGAAATAGTTCCTTG-AGATCGAC-ATTACAT--GGAAAACA-TAT-TGTCTCTT-GGCTTTTATCATGATGAAATAAGTTCCTAAAGTGCATTCC-TTTAATTTCCG--GTTATTTATAAGTAT-GCTTATCGAA-TATACAAAATTAAAATGATGTTCAGATAATGAAAGCAGAGTTGAAAAGTGTAAATAATCTGTTTAAAC--CATG-TTAG-AAGTA-GACTGT---TAT-A--ATGAACATTTACACATTATATG-AAATAAAATATAATT--TCAT-AATAAGAGTT-CTTC-AAAAGCT-TTA-TTGTGT-TACTTT--ATGTCT--TTT-GAT----AAA-TTTTCTGT-TGTA--TAT-T--ATA-T-AT-TTTCTG--TA-TTTAATTTCGGATATTAATTTTTCA-ACAACATAATGT----CAAGGTACT-TGAGGGTTGACCTGTATCTCAGT-ACTCGTCTG-TGA-GGGA-GT-GTGGATTG--T--------GT--TTGTGGCTCCCG-TG--GCAA--TGAAAAC-AAAGAGATATATAAATGGT-ATTTAAA-TA-TTTACA-TTGATTTGA-TT-TTAT-ATATTACGATTGA--TTTTGATG------GTATTAAATTAGAAATTAT---ATTT---TCTTTTTTTTTTTTTTTAA-TTCTCTT-CTTATGTCTTATAGGAATAGATGTAAATCTGACTTAATATCAAGGAA-TCTT--TGTGATAAGT--TATTG-CATATAAGTC-TT-------TGTTGACCATATTATTGA-ATACAT-CTATACCTGTT----ATATA-T-G-A--TTA-CTACTTTG--TTATTTTGATACCTGAAATA-AAT--AATT-GTTG-AACAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAata
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttaAC-A-T-GGAAAAAAA---T---G----TTTGAATCATGGA------AAG-AA-GG-CGA-CTGA---C-TT-TATTT-GGCAAA--A-CTTGTATTATAAATTCTCTaaa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                       acttaatactttttgaatattgtgaaatacaaataatgagggtatactttttaatgttagattttgaaaaagcgtttgagtctgtagagtggaactgtttgtttaaggtgttgaaaaattttaattttggtgaaaattttataacatggattaaaatattatacactaacactttctttaaattaaagaacaatggttggatttcctaaatcatgtagaatgtatcgtggaatacgacaggtatgtcccatttcgctattttatatttatttgtagtgagatactagctttgagtataaaacaagaaaatacaattaaggtatattataccaaatatgtctcaagaaataaaaaaacattcagcacgctgatgatctaacattactgttaaaaagatataactttctatgaagcaagcgattggcgttatagaaaagttttgtcagcatgcaggatcccattaattatactaaaactgaatgtatccttcttggaagtttaaagaatagtgtcaaagaaattaatggcataaaacgactaataaagcagtaaaatgtttaggaatatacttcggtcatgatacaattgattgttacgataaaaattggatgaaaacttatcatgTCAAATCTTAG--AATAAAAAC-------------AATTG-GTTGTA-GCTGAATAA-TAAAA-AT-ACTACGAAACTGTTATTT-CAATTAGACAAGTCACTAATGCAGAAATAC-A-TTGAAGAAAGAAAAT---ACATTTTT---TTATTTA------AAACATAGGACAAACTGAA-AC-TATTAATT-GGCAAAACC-TTTCT----TAAATCCTTTTATGATATTTTCTATGCA--TTGACAAGTTTTTCAAA-GAT-ATATATTTGGAAAGTG-ATGTGGGAGAAAAAAAACAAT--TTAATTTTGGAACAGTCAGATGGA-CAGATATTTAATTTTATAGAAAATAATATATG-TAAAGTTGTTGACAATG-ATATTGCTGA-ATTTTAA-CTATA--AACTTTT-GAAC-AATATT-TTATGCAACAATT-AT--TTCT-TTAACAAATG--GA-AAAAGATTGTG-AATTAGAAA-TGGTAATTTTT-TGTAGCTAATGTATATGCCATTGCGTTCAGAAAAGAACA-CACagcgatttcaaaatttattttatgtgcctcaattttacttattcctgatgaaaatcttttgaaaaatataaaacgttctattttttaattttctttggaataagactgacaggattaaaaggaatactttgattggcaactgtttcagagggaggtatagatgttgtagacatatatttaaaaattaaagctattaaagcctcttggatacaaagaatcagtaacaaaggggttataaatgattttgttacaagtttttgtaagccttacgatgtaaata
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        actaccttctcacaaaaattttggagaaataaaaaaataacttatagaacatagggcacttgttttacaaattggatggaaagtggtattttaaaagttgtgatgatttatttaacgaaatgcgcgttttcaaggatattaactgatttttT---TAT-AGAACATA--TTTA-ACATTAAG-A-AATCAAAATATAATT--TCATTAATAACAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTA-TT--GT-TACTTTAAATGTCT--TTT-GAT----AAA--TTTTC-T-TGTA------T--ATAAT-ATATTTCTG--TATTT--ATTTC-GA-ATTTATTTTCCA-ACAAATAAATGTA---CAA-GTACT-TGAGGG-TGACCTGTTCCTCAGTA-CTCGC-TGT-GAGGGGA-GTGGTGGACTG--T--------GT--TTGTGCCTCCCC-TGCAGCAA--TGAAAACAAAAGCAATATATAAAT-GT-ATTT--AATA-TT---AATTGATTAGATTT-TAAT-ATATTACGA-TTATCTTTTGATGCTACATGTATT--ATTAG-AAT--T---ATTA---T---TTTCTTTTTTTTTAAATTCTCTTCCTTAT-TCTT-TAGAAATCAATGTAAATCTGA--TAATATCAAGGAA-TCTT--TGT-ATAA-T--TATTT-CATATA--TC--T-------TGTTGA-CATATTATTG--ATACAT-CTAATCCTGTA-T-AATATA-T-ATACCTTA-C--CTTTG--TTATCTTGATACCTTGAATAAAA--AAATTGGTTGAAACTAAAAAAAAAAAGAAAAAAAA
18 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TTAAAGCATGCAAAAATAATTCTGATTATTGTCAAGATAATGATGATATACGTGATAACTTGTATGCGTTTTACCAGAGAATTGATATAGTCGGTAGCAAATGTAGGAAGAACACTCAGAAATTCAGAAGCTTTTTATCAATGGTTAAATTTTGAAAAAAATTATATCTTGATGATGATAAAAAATTTTCTTAGATTCTCCACTCACGAAATGGAGAAATGCGTTGTGCTTTATTCAACATGAAGAGTAATAAGAGTCCTGGTTAGACGGTCTGCCTTTGAGTTTTATAAGGCATTTTGGGAGAAACTCAAAACATAACTTTTTTGATTCTGTGTGATAATTGTTTTTTAATGAAGAATGTTAACTTTTACACAAAGATTGGCTGTTGTATCTTTGATACAGTAAAAAAGGGGGATACAGACCTCCTTGGCTAAGCTACAGAGCCCAATGAGTCTTAGCAAACACAGAGCTGATAAAAGCATTGCTTTTAACTTTGGCGAAGAGGCTACAAAAAATAATAAGATAAGTTAATGCCAAATGATCAGGTCAGCGTTACATTAAAGGTAGATATAGGAATAAATGCAAGGGATTAACTAGTAGATATCTATGAATAGTTGCGAAAGAAAATGATGGATTGGAGTTATTCTTTTATTTCTTGATTTTCAAAAAGCATTTTGATTCTGTTGAGTGGATTTTATGTTTCTAAGTCTAAAATCATTTAATTTTGGGTGATAATTTTATAAAGTGGGGTAAATATACCTAGATAAAGAAATCTATCGTCAGTTTAAATTTCTTGAGAGAAAATGTAACGGCTTGATTTTTAAATCGTA
Unaligned ( gi|10 ): CTACTTGATGTTTATGAATATTGTGAAAATACAAATAATGAGGTTATACTTTTAATGTTAGATTTTGAAAAAGCGTTTGATGCTGTAGAGTGGAACTTTTTGTTTAAGGTGTTGACAAATTTTAATTTTGGGGAAAATTTTATAACATGGATTAAAATATTATACACTAACACTTTCTTTGAATTAAAGAACAATGGTTGGATTTCTAAGTCATGTACAATGTATCGTGGAATACGACAGGGATGTCCCATTTCCGCTATTTTATATTTATTTGTAGCTGAGATACTAGCTTTGAGTATAAAACAAGAAAATACAATTAAAGGTATATATATATACCAAATATGTCTCAAGAAACAAAAAAAACATTCAGCACGCTGATGATCTAGCATTACTGTTAAAAGATATAACTTCTATGAAGCAAGCGATTGGCGTTATAGAAAATTTTGTCAGCGTGCAGGATCCCAAATTAATTA
Unaligned ( gi|11 ): TGTTTTAAAATACGCTTAAGTCATACAAGATTTGGGCCACGATTAAAGATTGTGATAAGAGAACAATTTTGACCAAAAATCACGAAGTCATGCAAGAAAAAAATTTTCGAAATCCGGAGAAACACGAGAAGCAATTAACCAACTGTTCGGTAGGTATGCGTAATCATATATACTCTAGTAGTCTCTAAAATTATCTATGTGCTTCTATAATTAAGCCTACCCAGAGTTCCAAATCATTCAATCAAAAATCTGCAAAAGACTTGATTTTACAATGTTTCATTCTGGAATAAAAAAGATAGAATTAAAAAGGAAACTACACTTTTGATAGGAAAACTGTTGAGACAGACATGGAGAGTATAGATGGAATTGTTACATTTTATCAAAAATCTAATTCTTTAAA
Unaligned ( gi|12 ): ATTATAAAATTTTAGCTTTTGTATTAGCTAGAAGATTATAATTTTTTAAAGATAATGTTATAGCAAGAGATCAGTCTCTCTACATAAAAGGACGATATATTGGTATGAATGCTAGACTAATTGTGGATACTTTTGATTATTGTGAAAATAATAATAAAGAGCATTTTTTTTTTAAAAAAAGCATTCCCTCGAATGGTGTTCTATAATAAAAACACCCGAGTTCTTTAATTTTTGACAAGAATTCATCAAATGGATTCAAATTTCATATAAAAATCCAGACTTTAGACTAAAAAATAATAATTGACTGTCAAAAAGATGTATAATGAGGCGGGGCATTCGTCATGGATGTCCTATATCAGCGATAATTTTTCTATTTTT
Unaligned ( gi|13 ): GATATCAAATATCTATTACAATTAACTAAACGAAAAATGAAAGATTTTACAATTATTTCTCATTTTATAAAGAAATTTTGCTGTTTTAATGAATGTACAAAGAAAATAGAAATATCACAAATATCACATATTTTAAAAGCCAGTTTTGCGCAGCAACCATTGTGGAATAATAATATTTTTGAATACAAAGACAAAACACCGTTTCAAAAATTGGATTGATAGTAATATTTCATATGTAAAAGATCTGTTTAATAATGATGGAAAATTTAAAACTTTACATGATTTTTCAAATGTCCTGAGTAATAAATTCAATTGGTTACGTGAATATATTATATTGAAAAAT
Unaligned ( gi|15 ): AAAACAGACTATAAGATCATTGCTTTTACTTTGGCGAGGAGACTACAAAAAATAATAGATAAGCTAATGGCAAATGATCAATCAGCTTTAATTAAAGGTAGATTTATAGGAATAAATGCAAGAATTATAGTGGATATTTTTAAATATTGTGAAGAAAATCATTTTGATGGCATTGCTTTATTTTCTTGATTTTCAAAAAGCATTTAATTCTGTTGAGAAAATTTTATGTTTAAAGTTCTATAATCATTTAATTTTGGCGATAATTTTATAAAGTGGGTAAATATATTATACTTTAGATTAAACAA
Unaligned ( gi|16 ): AGCATATATAAACCGTAGTTTATTTAATCACATTGTTCTGATATACAAATTACATTTTAGATGGCTTACTTGATTTTTTTTTCTTAGTAATATTGTGAGAGTGTACTTATTAATGTTAGGATTTTTGTAAAAGACTTTTTATGTTTGTATTGAGTTTTGCACCGTTTTTGTTTTAATTGTCGTTGATATCAATTTTAATTGTGTTGATTAATTTTATAACTATCGGATTAAAAATATTTGACACTGATACTTTCTATTAAATTAAAGAACACAATTGTTTGGTTC
Unaligned ( gi|17 ): AAATACAGATGATAAAATTACTGCTTTCATTTTAGCAAAAGTACTAGAGCTTTTAATTCAGTATAGTGAAACTTTAGATTTAAAGTACTTTAAAATAACTTATTAAAATAGGTAAAAAATACCTTATGGAAACCAATTTTTGTAATTAAGAGTAATGGATGGATTTCAAAAACATGTCAAATGGGAAAAGGCATAAGACAGGGTTGTCCTATTTCAGCATTGCTATTCTTATTTGTAGCTGAAATATGTGTAAAAGATATAACAAATAAAA
Unaligned ( gi|18 ): ATGAAAAATAATAAATCTCCCGGACTTGATGGATTACCTGGTGAATTTTATAAATGTTTTTGGGACTGTATAATTGAGATGTTTTACAATGCTTTACGTGATATTTTCATTAAAAGAGAAATTAGTTTTTTGCAAAGAATATCAGTAATCACTTTATTGTTTAAAAAGTGACTGTAGGTATCTGAAAAACTATCGACCACTTAGTTCAACCAATACTGATTACAAAATAGTAGCTT
Unaligned ( gi|21 ): AGCTGGAAAAATTTTCAAAATTCAAGAGAAATTTTCTAAAATGGGATATAAAATATTGTATACAAACCCAATATTTAGGTTAAAAAAATAATGTTGTGATATCCAAACATGCCCAATGAAACACGAGGATACGATCGAGGGCTGTTCCCACTTTCTGCGATATTATATCTTTTGTTGCTGAATTCCTGGTGAGATGATTGTGGCTTTAGGAATAAAA
Unaligned ( gi|22 ): TTAGATTTTGAAAAAGCGTTTGATGCTGTACAGTGGAACTTTTTGTTTAAGGTGTTGAAACATTTTAATTTTGGTGAAAATTTTGTAACATGGATTAAAATATTACACACTAACACTTTCTTTAAATCAAAGAACA
Unaligned ( gi|23 ): AAAATTTTAGCACATATTTTCGCTACGAGATTACAAAAAGTTATAGATAGACTGATAAACAAAGACCAATCCGCATATATTATAGGTAGATATATCGATGAAAATGCGAGACTTCTACTTGATATATT
Unaligned ( gi|26 ): ATATTTAAAAATTAAAGCAATTAAAGCTTCTTCGATACAAAGAATAAGTAACAAAAGGGTTATTAATGATATTGTTAAGTTTTTGTAAGCCTTATAATGTAA
Unaligned ( gi|28 ): TTTAATGTTAGATTTTGAAAAGACTTTTTATGTTGTAGAGTTGCACGTTTTGTTTAAGGTGTTGAACAATTTTAATTGTGTTGATAATTTTATAACAT
Unaligned ( gi|29 ): TTTAAAATCTTAAAAATGATTTTTGAAATGTACAGGGTAATCAATCCAATTTGTCATGCAAATGTGTTATATTGAAAA
Unaligned ( gi|30 ): AGATATAACTTCTAAGAAGCAAAGCGATGAACGTCATAGAAAAGTTTCGTCAGCATGTGAGGAATCAAAAAA
Unaligned ( gi|31 ): AGTAACAAAGGGGTTATTAATGATTTTGTTGCAAGTGTTTATAAGCCCTATAA
Unaligned ( gi|32 ): GAGAAATTATCACCTATTTCAATGAAACAAAAGATGGAAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             4444444444444     2        222222222                 1                            1                             11111111   111       111111                  11   222            1111     44444                            11                            11                 22222   1    22      1                            22222222                           22                  1111     11                   2           11                           11        1            11       22        222222    2222222     1        1   1    1111             1             1      11   11           11  22        1              1          1               1   11      11                1         1             11                                           1                  1               3333333    1    1     1      111   1      111                   1111         11                                           1         222   1   1111   11  2222      444444444                                                         1111                                 22        22                      22222222  11            1        11                        1  1    33333333333333            1    1         1111111                  11     1   222222    3333333               1      11     1    1                     11             1    11   1    1111     1      11  3333333333      1          22      1          2222      111   1    1 11     11                       222    1    1                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  3  0       4444444444444  1  0      0 000000000     6 55        0    8 5  8               8  0    5      5 5 5        0 66 88888888   000 3     666666   7777  0 8 5    11   666     5      4444     55555      0                5    11 8      8        8          11     1  0        00000   0    55      5                 8     0    77777777      222     8            33   0        0     8888     88       8    8      0       0   99 8     5    0   0    8     11        6      8 8 0 11   0   11        333333    6666666     5 1  8   5   0    2222    3    3   5         66  5      33   33           33  33        5       6      3  6   6   3    7          3   88      88                5         0 3 0  3      33   3    3 3   8                            3              7   3             7 8888888    3    3  6  3   7  777   0      666     8        999  0000         11  0 0          0            8   8  88  8   3  6      111   0   7777   44  2222 8    222222222   8   8      99  3  4      6  1            6  7       1 3333   6     6      6   1            44     5  44       5           77 00000000  33            0  2     33       3            3   0  0    77777777777777         3  0    3   7     4444444       6          33     0   222222    3333333               0      66     0    0                     33 3           0    33   0    4444     0      33  6666666666      0 3     3  55      0          4444   3  111 3 5    0 33     33   3       2    3  99  333    0    5                1        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .  .       .............  .  .      . .........     . ..        .    . .  .               .  .    .      . . .        . .. ........   ... .     ......   ....  . . .    ..   ...     .      ....     .....      .                .    .. .      .        .          ..     .  .        .....   .    ..      .                 .     .    ........      ...     .            ..   .        .     ....     ..       .    .      .       .   .. .     .    .   .    .     ..        .      . . . ..   .   ..        ......    .......     . .  .   .   .    ....    .    .   .         ..  .      ..   ..           ..  ..        .       .      .  .   .   .    .          .   ..      ..                .         . . .  .      ..   .    . .   .                            .              .   .             . .......    .    .  .  .   .  ...   .      ...     .        ...  ....         ..  . .          .            .   .  ..  .   .  .      ...   .   ....   ..  .... .    .........   .   .      ..  .  .      .  .            .  .       . ....   .     .      .   .            ..     .  ..       .           .. ........  ..            .  .     ..       .            .   .  .    ..............         .  .    .   .     .......       .          ..     .   ......    .......               .      ..     .    .                     .. .           .    ..   .    ....     .      ..  ..........      . .     .  ..      .          ....   .  ... . .    . ..     ..   .       .    .  ..  ...    .    .                .        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  2  8       0000000000000  4  0      8 666666666     4 88        6    0 0  0               0  6    6      7 7 7        1 77 77777777   000 6     444444   9999  9 5 0    22   000     0      4444     66666      2                0    00 0      8        0          00     0  8        00000   6    44      8                 0     8    44444444      888     0            00   8        6     0000     88       0    0      0       8   00 0     6    8   8    0     00        0      0 0 8 22   8   22        000000    0000000     4 4  0   0   0    0000    2    2   5         55  0      22   88           88  88        5       7      3  7   7   3    3          3   33      33                5         0 2 8  2      88   2    2 0   8                            3              3   3             3 3333333    3    3  7  3   3  555   0      666     0        222  4444         00  8 8          8            0   0  88  0   6  0      666   6   0000   00  6666 0    888888888   8   2      22  5  2      7  7            7  3       0 3333   7     7      7   0            00     7  00       7           99 77777777  88            0  5     88       2            2   0  0    55555555555555         2  0    3   3     0000000       7          88     0   222222    5555555               0      00     0    0                     88 2           0    88   0    8888     0      88  8888888888      0 2     2  55      0          5555   2  000 2 0    0 88     88   2       5    2  88  000    0    5                0        
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCAAATCTTAAGAAATAAAAAC-------------AATTGCGTTGTGTGC--AATAGGTAAAACATGACTACGAAACTGT-AGTT-CAATGAGACAAGACA-TAATACATAAATAC-A-T-GAAAAAAAAAGAT---A----TTT---TTATTTA------AAA-AT-GGACGA-CTGAA-ACTT-ATAATT-GGCAAA--C-CTTCTA-T-ATAAATTCTTTTATGATATTTTTTCTGCA--T-GACAAGNTTTTCAAA-GATCATATAT--GGAAANTGTGTGTGGGA-----AAAACAATCTTTAATTATGGAAAAGTCAGATGGA-CAGATATTTA------TGAGAAATAATATATG-TAAAGTTGTTGAC-ATGAATATTGCTTGATTT--AACTATAACAACTTTT-GAAC-AATCTTGTTATGCAACAA--T-ATTTTTCTTAACAAATGGA-AAAAA--GATGTGAA-TAGAAA-T-GTAATTTTTGTG-GGCTAATGT------CATT-------GAAAATAATA-CACGATT-TAAT-TN-TTGAATGTAATAATGTAAGACAGAATACTGGAAT-TAAC--TAGAAATGGTT--TT--AGATCGACTATTACATCTGGAAA-CACTATCTGT-TCTTAGGCTTTTTTC-TGA--AGATAA--TCCTAAAGTGCATTCCATTTAATTTC-GTTATTATTCATA--TATTGCTTATAGAAGTATACAAAATTAAAATGATGTTAAGATA-TGAAAGCAGAGTTGAAAA-TGTAAATAATCTGTT---AC-ACATG-TTAA-ACGTA-GACTGT---TAT-AGAACATACATTTA-ACATTAAA-G-AATCAAAATATAATT--TCATTAATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTA-TT-TGT-TACTTTTAATGTCT--TTTTGAT----AAA-ATTTTCGT-TGTA-ATAC-T--ATANTATGTTTCTG--TATTTTAATTTC-GATATTTATTTTCCA-ACAAAATAATNTA---CAA-GTACT-TGAGGG-TGACCTGTTCCTCAGTAACTCGT-TGTTGAGGGGA-GTGGTGGACTG--T--------GT--TTGTGCCTCCCC-TGCAGCAA--TGAAAACAAAAGCAATATATAAAT-GT-ATTT--A-TA-TT---A-TTGATTAGATTT-TTAT-ATATTACGACTTATCTTTTGATGCTACATGTATT--ATTAG-AAT--T---ATTA---TCTTTTTCTTTTTTTTTAA-TTCTCTTCCTTAT-TCTT-TAGAAATCAATGTAAATCTGA--TAATATCAAGGAA-TCTT--TGT-ATAA-T--TATTT-CATATA--TC-TT-------TGTTGA-CATATTATTGA-ATACAT-CTATACCTGTT-T-AATATA-T-ATACCTTA-C--CTTTG--TTATCTTGATACCTTGAATAGAAT-AAATT-GTTGAAACTAAAAAAAAAAAANAAAAAAAA
Reference ( family-195 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCAAATCTTAAGAAATAAAAAC-------------AATTGCGTTGTGTGC--AATAGGTAAAACATGACTACGAAACTGT-AGTT-CAATGAGACAAGACA-TAATACATAAATAC-A-T-GAAAAAAAAAGAT---A----TTT---TTATTTA------AAA-AT-GGACGA-CTGAA-ACTT-ATAATT-GGCAAA--C-CTTCTA-T-ATAAATTCTTTTATGATATTTTTTCTGCA--T-GACAAGNTTTTCAAA-GATCATATAT--GGAAANTGTGTGTGGGA-----AAAACAATCTTTAATTATGGAAAAGTCAGATGGA-CAGATATTTA------TGAGAAATAATATATG-TAAAGTTGTTGAC-ATGAATATTGCTTGATTT--A-CTATAACAACTTTT-GAAC-AATCTTGTTATGCAACAA--T-ATTTTTCTTAACAAATGGA-AAAAA--GATGTGAA-TAGAAA-T-GTAATTTTTGTG-GGCTAATGT------CATT-------GAAAATAATA-CACGATT-TAAT-TN-TTGAATGTAATAATGTAAGACAGAATACTGGAAT-TAAC--TAGAAATGGTT--TT--AGATCGACTATTACATCTGGAAA-CACTATCTGT-TCTTAGGCTTTTTTC-TGA--AGATAA--TCCTAAAGTGCATTCCATTTAATTTC-GTTATTATTCATA--TATTGCTTATAGAAGTATACAAAATTAAAATGATGTTAAGATA-TGAAAGCAGAGTTGAAAA-TGTAAATAATCTGTT---AC-ACATG-TTAA-ACGTA-GACTGT---TAT-AGAACATACATTTA-ACATTAAA-G-AATCAAAATATAATT--TCATTAATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTA-TT-TGT-TACTTTTAATGTCT--TTTTGAT----AAA-ATTTTCGT-TGTA-ATAC-T--ATANTATGTTTCTG--TATTTTAATTTC-GATATTTATTTTCCA-ACAAAATAATNTA---CAA-GTACT-TGAGGG-TGACCTGTTCCTCAGTAACTCGT-TGTTGAGGGGA-GTGGTGGACTG--T--------GT--TTGTGCCTCCCC-TGCAGCAA--TGAAAACAAAAGCAATATATAAAT-GT-ATTT--A-TA-TT---A-TTGATTAGATTT-TTAT-ATATTACGACTTATCTTTTGATGCTACATGTATT--ATTAG-AAT--T---ATTA---TCTTTTTCTTTTTTTTTAA-TTCTCTTCCTTAT-TCTT-TAGAAATCAATGTAAATCTGA--TAATATCAAGGAA-TCTT--TGT-ATAA-T--TATTT-CATATA--TC-TT-------TGTTGA-CATATTATTGA-ATACAT-CTATACCTGTT-T-AATATA-T-ATACCTTA-C--CTTTG--TTATCTTGATACCTTGAATAGAAT-AAATT-GTTGAAACTAAAAAAAAAAAANAAAAAAAA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCAAATCTTAAGAAATAAAAGC-------------AAATGCGTTGTGTGC--AATAGGTAGAACATGACTACGAAACTGT-AGTT-CAATGAGACAAGACA-TAATACATAAATAC-A-T-GAAAACAAAAGAT---A----TTT---TTATTTA------AAA-AT-GGAC-A-CTGAA-ACTTTATAATT-GGCAAA--C-CTTCC-----TAAATTTCTTTATGATATTTTTTCTGCA--T-GACAAAGTTTTCAAA-GATCATATAT--GGAAATTGTGTGTGGGA-----AAA-CAATCTTTAATTATTGAAAAGTCAGATTGA-CAGATATTTA------TGAGAAATCAAATATG-TAAAGTTGTTGA--ATGAATATTGCTTGATTT--A-CTATAACAACTTTT-GAAC-AATCTTGTTATGCAACAA--T-ATTTTTCTTAACAAATGGA-AAAAA--GATGTGAA-TAGAAA-T-GTA--TTTTGTG-GGCTAATGT------CATT-------GAAAA-ATTA-CAC-ATT-TAAT-TG-TTGAATGTAATAA-GTAAGACAGAATACTGGAAT-TAAC--TAGAAATGGTT--TT--AGATCGACTATTACATCTGGAAA-CACTATCTGT-TCTTAGGCTTTTTTC-TGA--AGATAA--TCCTAAAGTGCATTCCATTTAATTTC-GTTATTATTCATA--TATTGCTTATAGAAGTATACAAAATTAAAATGATG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ttctgtaaaacattcaggctaaaaaactaaataaagataaaacagagatgtctatttattaggaaagcttgaaaggaaccgccaaaggaaaattcttaattctaaaagtaaatgtcaaaattcaattaaatagtcattaggtacttattatcggccatataaaaaggagtgctatgaaaagaaattggaaacgtttatcagcaagacatagaaaaattattgaaaatcctgtggaaactagaactaacttacaaatattcggtatagtgctgcatattataatattcttggtgcatatcatctaaaggtgttatgcagtcgacattgtttatcaatcacctggtgatgaatttgttaaaggattttaaatcaaataatatcttaatttcatttgaataaaagaatagggattaaaaggaacacttattggagataaactgaaaaggggggatttcatatagttgtatctagaatccaaattcaagcgctataaagcatcatggaagtgacccaaattatctctcatgtaccagtgagaattataacagactttaatgagaaagtttttgttcaaaggaatgggtattgatttaaaattatctttaagacaaacgactcttttgtttaaatgaaaatgaaaatgttaaataagcatatgcctatttttatagagacaattatcaacctattcaatgaaacacaaaggaaagcaattcaaaaaacactgctcgtggtcccagcaattttggagaaaaagatagttacttaacaaaatatatgacactttgttattatttacaaagtggcatgtaaaagtggtattttaaaagtggattgatttatttaacgttatggcgtcgtgtcagatgggttattactgattttctTGAAGTGCATTCT-TTTAATTTT-GTTCTT--TCATA--TATTGCTT--------------AATTAAAATGATGTTAAGATA-TAAAAGCAGAGTTGAAAA-TGTAAATAATCTGTTA--AC-ACATA-TTAA-AC-TA-GACTGT---TAT-AGAACAT--ATTTA-ACATTAAA-GAAATCAAAATATAATT--TCATTAATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTA-TT-TGT-TAC-TTTAATGTC---TGTTGAT----AAATATTT---T-TGTA------T--ATAATATGTTTCTG--TATTTTAATTCC-GATATTTATTTTCCA-AC-AAATAATCTA---CAA-GTACT-TGAGGG-TGACCCGTTCCTCAGT-ACTCGT-TG-TGAGAGGA-GTGGTGGACTG--T--------
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gT--ATTAG-AAT--T---ATTA---T---TATCTTTTTTTTAAA-TTCTCTTTCTTAT-TCTT-TAGAAATCAAAGTAAATCTGA--TAATATCAAGGAA-TCTTTCTTT-GTAA-TACTACTT-CATACA--TTATTAGTATAATGTTGA-C-TATTA-TGATATACAT-CTATACCTGTC-T-AAT-TATT-ATACCTTA-C--CTTTG--TTATCTTGATA-CTTG-AT-GAAT-TAAAT-GTTGAAACTTAAAAAACAAAACAAAAAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -A-T-GAGAAAAAAA--T---C----GTT---TGATTCATGGAAGAAA-AA-GGGCGA-CTGA---CTT--TAATTTGGCAA-----CTTGTA-TTATAAATTCTCTTGCGAT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gatggattacctgatgaattttatatatgtttttggaactatataagtgagatgttttacaatgctttacgtgatattatcattaaaagagaaatgagtttttcgcaaaaaatattagtaatcactttattgtttaaaaaggatgaccgtagatatctgaaaaactatcgaccacttagtttaaccaatactgattacaaaatagtagcttttatttttgccagaaggttacaaaaaattattgatggtttaattggaaatgaacagtcagcatatataaagggtaggtttattggtgaaaatgcaagatggctacttgatgtttttgaatattgtgaaaatacaaataatgagggtatacttttaatgttagattttgaaaaaagcgtttgatgctgtagagtggaattttttgtttaaggtgttgaaaaattttgattttggtgaaaattttataacatggattaaaatattatacactaacactttctttaaattaaaaaacaatggttggatttcaaagtcatgtagaatgtatcgtggaatacgacagggatgtcccatttccgctattttatatttatttgtagctaagatagctagctttgagtataaaacaagaaaatacaaatacaattaaagtatatctataccaaatatgttgcaagaaataaaaacattcagcgaacgctgaattgatctacaattactgttaaaaagatgataaccttcctatgaaggcaagcgatggcgttaatagaaaagtatttgtcagcatgtcaggatccaaattaaaccttagtacctcaactgatgtatctcttggaagttttaaagaaatagtgtcaaagaaatttggctaataataacgactaagtgaaagcagttaaatgtttgagagggattatacttcggtcatggaatacatattgattgttacgataaaaaatttggatgaaaaatttcatagagcaGAACA--CATTTC-ACATTAAA-G-AA----AATATAATT--TCATTGATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTA-TT-TGC-TAC-TTTAATGTC---TTTTGATTAAAAAA-ATC----T-TATATATACAT--GTACTATGTTTCTG--TATTTCAATTTT-GACATTTCCTTTCGA-ACAAATTAATCCA---CAA-GTACT-TGAGGG-TGACATGTTCCTCAGT-ACTTGT-TG-TGAAGGGA-GTGGTGGACTG--T--------ttcaaaagattatttatgtttgtctcaattttacctattcctgatgaaaattctttgaaaatataaaacgtttctatttctaattttcttttgaataagattgacaggattaaaaaaaagggaagtaacaattagtgtcggcaaataaagtttctttgttgcaagcagaggaggtatagggtgttgtagaatacttattttagaaaggaggttaaagctattacaaggcctcttggaatacaaagaattcagtaaccaaaggggtttaaatgatttgttacaagtttttgtgaagcgcttacaatgttgtaaagatatcaacta
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GGCGA-CTGA---CTT--TATTT-GACAAA--A-CTTGTA-TCATAAATTCTCTTGTGGT
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTA-CTTGT-TGT-GAGGGGA-GTGGTGGACTG--TTAATGACGGTGATTGTGCCTCCCC-TGCAGCAATGTGAAGTTAAATGCAATATAT--AT-GT-ATTT--A---------A-TTGATTAGATTT-ttcaaaatttatttatgttgcctcaattataacaattcctaatgaaaatcgtttgaaaaatataaaacgtt
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TG--TATTTCAATTTC-GATATTTCTTTTCCA-AC-AAATGATCTG---CAA-GTACT-TGAGGG-TGATTTGTTCCATAGT-ACTTGT-TG-TGAGGGGA-GTGGTGGACTG--T--------
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCAAATCTTAAGAA-TAAAAAC-------------AATTG-GTTGTGTGA--AA---ATAAAATA---CTGCGAA-CTGT-A-TT-CAATGAGACAAGACA-TA-TACA-AAATACCA-T-GAAAAGAAATG-T---A----TTT---T-ATTTA------AAA--T-GGACAA-CTGAATAC---ATAATT-GGCAAA--C-CTTCTA------AATTCTTTTATGATATTTTTT--GCA--T-GACAAG--TTTCAAA-GATCATATAT--GGAAAGT-TGTGCGGAA-----AAAACAAT--TTAATT-TGGAAAAGTCAGATGGA-CA-ATATTTA------ATAGAAATAATATATG-TAAAGTT--TGAC-ATGAATATTGCTTGAATT--AACTATAA--ACTTTT-GAAC-AATCTT--TATGCAACAAATT-ATTTT-CTTAACAAATGAA-AAAAAAAGATGTGAAATAGAAACT-GTAATTTTTGTG----CAATGT------CATT-------GAAAATAATA-CACGATT-TAATATT-TTGAATGTAATAATGTAAGACAG-ATA-TGGAAT---ATTGTAGAAATGGTT--CTTGAGATTGAC-ATTACAT
gi|4                          : ttctgtaaacattcaggtctaaaactaaataaagataaaacagaatgtctattattaggaaagctgaaaggaacgaccaaagaaattcttcgtctaaaggtaaatgaaaattcaattaaatcattagatattcatatcggccataaataaaggagtcttatgaagaatgtgaacaacgttatcagaaagatcatagaaaaaatttattgaaatcttggaaaactagaaacttacgtaatattgtgtaagtgctgcattataaattctttgcaatatctaaagtggtttatgcagcgacattgttatcatcaccttgtcgatgattttgtttaaagaattaattaaataatatctaatttcaattggaataaaagagatagaattaaaaggaacactcttattggagataaactaaaaggggggattcatatagttgatctagaatccaaatttaaagcgcttaaaacatcatggatccccaaaatactctcatgtaaccatagattaaaatactttttagaaagtttttgtcaaaggaatgggtatgatttaaaatatcttttaaagacaaacgactctttttaaaatgaaaatgaagtgttaaataaacttatgccatatttttatagagaaattatcacctatttcaacgaaacaaaggaaagcaaatcaaaaacactgcccgtctcacaaaatatttggagaaataaaagatttacttacaaaaataggacactttgttttacaaattggatgaaaagtggtattttaaaagttgatgatttatttaacgatatgggcttcaaggatatcactgattttTCAAATCTTAAGAAATAAAAGC-------------AAATGCGTTGTGTGC--AATAGGTAGAACATGACTACGAAACTGT-AGTT-CAATGAGACAAGACA-TAATACATAAATAC-A-T-GAAAACAAAAGAT---A----TTT---TTATTTA------AAA-AT-GGAC-A-CTGAA-ACTTTATAATT-GGCAAA--C-CTTCC-----TAAATTTCTTTATGATATTTTTTCTGCA--T-GACAAAGTTTTCAAA-GATCATATAT--GGAAATTGTGTGTGGGA-----AAA-CAATCTTTAATTATTGAAAAGTCAGATTGA-CAGATATTTA------TGAGAAATCAAATATG-TAAAGTTGTTGA--ATGAATATTGCTTGATTT--A-CTATAACAACTTTT-GAAC-AATCTTGTTATGCAACAA--T-ATTTTTCTTAACAAATGGA-AAAAA--GATGTGAA-TAGAAA-T-GTA--TTTTGTG-GGCTAATGT------CATT-------GAAAA-ATTA-CAC-ATT-TAAT-TG-TTGAATGTAATAA-GTAAGACAGAATACTGGAAT-TAAC--TAGAAATGGTT--TT--AGATCGACTATTACATCTGGAAA-CACTATCTGT-TCTTAGGCTTTTTTC-TGA--AGATAA--TCCTAAAGTGCATTCCATTTAATTTC-GTTATTATTCATA--TATTGCTTATAGAAGTATACAAAATTAAAATGATGTTAAGATA-TGAAAGCAGAGTTG-AAA-TGTAAATAATCTG-T---ACGACATGTTTAATACGTATGAC-GTAACTATGAGAACATACATTTA-ACATTAAA-G-AATC--AATATAATTAATC--TAATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCTATTATTT-TGTATACCTTTAATGTCTCGTTCTGAT----ACA-ATTTTCGTCTGTA-ATAC-TCAATACTAATTTTCTGATTAATTTAATTCC-GATATTAATTTTCCAGACAAAATAATGTAAAGCAA-GTACTGTGAGGG-TGA-CTGTTCCTCAGTAACTCGC-TGTTGAGGGGATGAGTTGGACTGTTT--------GT--TTGTGCGTCCCCGTGCAGCAA--TGAAAACAAAAGCACTATATAAAT-GTAATTT--A-TATTT---A-TTGATTAGATTTATTATCATA-TAGAACTTCTC-TTTGATGCTACATGTATT--ATTAG-AAT--TAAAATTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAA-TTCTCT--CCTAT-CTTT-TAGAAATCAATGTAAATCTGA--T-ATATCAAGGAACTCTT--TGT-ATAA-T--TATTTGCATATA--TC-TT-------TGTTGA-CATATTATTG--ATACATCCTATACCTGTTATAAATATA-TGATA-CTTACC--CTTTGTCTTA-CTTGATACCTTGAATAGAATAAAATT-GTTG-AACTAAAAAAAAAAAACACAAAAAA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AGATTTTCAAAAATCAAAACCACAATTCCCTTTAATTG-GTTGTGTG----AT---TAAAATATGG--ACGAA-TTGT-AGTTTCAATGAGA-AAGACA-TA-TACATAAATAT-ACT-GAATAAAAGAAATTGTA----TTT---TTTTTTA------AAA-AT-GGACAT-CTGAA-ACT--ATAATT-GGCAAA--GGCTTCT-----TAAATT--TTTATGATATTTTTTCTGCAAGT-GACAAGTTTATCAAAAGATCATATAT--GGGAAAAGTGTGTGGGA-----AAAACAAT--TTAATT--GGAAAAGTCATGTGGAGCAGAT-TTTA------T-AGAAATA-TATATGGTAAAGTTGTTGTA-AAGAATATTTCTGAATTT--AACTATA-TAACTTTTTGGACGAATCTT-TTATGCA-CAT--TTATTTTGCTTA-CAA-TGGAGAAAAA--GATGTGCA-TGAAAC-T-G-AATTTT-GTG---CTAATGT-------ATT-------GAAAATAATATCACGATTGTAAT-TTATTGA-TGTA-TAATGTAAGACAGA-TA-TGGAATATAAT--AAGAAATAGTTCCTTG-AGATCGAC-ATTACAT--GGAAAACA-TAT-TGTCTCTT-GGCTTTTATCATGATGAAATAAGTTCCTAAAGTGCATTCC-TTTAATTTCCG--GTTATTTATAAGTAT-GCTTATCGAA-TATACAAAATTAAAATGATGTTCAGATAATGAAAGCAGAGTTGAAAAGTGTAAATAATCTGTTTAAAC--CATG-TTAG-AAGTA-GACTGT---TAT-A--ATGAACATTTACACATTATATG-AAATAAAATATAATT--TCAT-AATAAGAGTT-CTTC-AAAAGCT-TTA-TTGTGT-TACTTT--ATGTCT--TTT-GAT----AAA-TTTTCTGT-TGTA--TAT-T--ATA-TAT-TTTCTG--TA-TTTAATTTCGGATATTAATTTTTCA-ACAACATAATGT----CAAGGTACT-TGAGGGTTGACCTGTATCTCAGT-ACTCGTCTG-TGA-GGGA-GT-GTGGATTG--T--------GT--TTGTGGCTCCCG-TG--GCAA--TGAAAAC-AAAGAGATATATAAATGGT-ATTTAAA-TA-TTTACA-TTGATTTGA-TT-TTAT-ATATTACGATTGA--TTTTGATG------GTATTAAATTAGAAATTAT---ATTT---TCTTTTTTTTTTTTTTTAA-TTCTCTT-CTTATGTCTTATAGGAATAGATGTAAATCTGACTTAATATCAAGGAA-TCTT--TGTGATAAGT--TATTG-CATATAAGTC-TT-------TGTTGACCATATTATTGA-ATACAT-CTATACCTGTT----ATATA-T-G-A--TTA-CTACTTTG--TTATTTTGATACCTGAAATA-AAT--AATT-GTTG-AACAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAata
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttaAC-A-T-GGAAAAAA---AT---G----TTTGAATCATGGA------AAG-AA-GG-CGA-CTG---ACTT--TATTT-GGCAAA--A-CTTGTATT-ATAAATTCTCTaaa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                       acttaatactttttgaatattgtgaaatacaaataatgagggtatactttttaatgttagattttgaaaaagcgtttgagtctgtagagtggaactgtttgtttaaggtgttgaaaaattttaattttggtgaaaattttataacatggattaaaatattatacactaacactttctttaaattaaagaacaatggttggatttcctaaatcatgtagaatgtatcgtggaatacgacaggtatgtcccatttcgctattttatatttatttgtagtgagatactagctttgagtataaaacaagaaaatacaattaaggtatattataccaaatatgtctcaagaaataaaaaaacattcagcacgctgatgatctaacattactgttaaaaagatataactttctatgaagcaagcgattggcgttatagaaaagttttgtcagcatgcaggatcccattaattatactaaaactgaatgtatccttcttggaagtttaaagaatagtgtcaaagaaattaatggcataaaacgactaataaagcagtaaaatgtttaggaatatacttcggtcatgatacaattgattgttacgataaaaattggatgaaaacttatcatgTCAAATCTTAG--AATAAAAAC-------------AATTG-GTTGTA-GCTGAATAA-TAAAA-AT-ACTACGAAACTGTTATTT-CAATTAGACAAGTCACTAATGCAGAAATAC-A-TTGAAGAAAGAAAAT---ACATTTTT---TTATTTA------AAACATAGGACAAACTGAA-ACTA-TTAATT-GGCAAAACC-TTTCT-----TAAATCCTTTTATGATATTTTCTATGCA--TTGACAAGTTTTTCAAA-GAT-ATATATTTGGAAAGTG-ATGTGGGAGAAAAAAAACAAT--TTAATTTTGGAACAGTCAGATGGA-CAGATATTTAATTTTATAGAAAATAATATATG-TAAAGTTGTTGACAATG-ATATTGCTGAATTTTAA-CTATA--AACTTTT-GAAC-AATATT-TTATGCAACAAT-T-ATTTCT-TTAACAAATGGA-AAAAG--ATTGTGAATTAGAAA-TGGTAATTTTT-TGTAGCTAATGTATATGCCATTGCGTTCAGAAAAGAACA-CACagcgatttcaaaatttattttatgtgcctcaattttacttattcctgatgaaaatcttttgaaaaatataaaacgttctattttttaattttctttggaataagactgacaggattaaaaggaatactttgattggcaactgtttcagagggaggtatagatgttgtagacatatatttaaaaattaaagctattaaagcctcttggatacaaagaatcagtaacaaaggggttataaatgattttgttacaagtttttgtaagccttacgatgtaaata
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      actaccttctcacaaaaattttggagaaataaaaaaataacttatagaacatagggcacttgttttacaaattggatggaaagtggtattttaaaagttgtgatgatttatttaacgaaatgcgcgttttcaaggatattaactgatttttT---TAT-AGAACATA--TTTA-ACATTAAG-A-AATCAAAATATAATT--TCATTAATAACAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTA-TT--GT-TACTTTAAATGTCT--TTT-GAT----AAA--TTTTC-T-TGTA------T--ATAATATATTTCTG--TATTT--ATTTC-GA-ATTTATTTTCCA-ACAAATAAATGTA---CAA-GTACT-TGAGGG-TGACCTGTTCCTCAGTA-CTCGC-TGT-GAGGGGA-GTGGTGGACTG--T--------GT--TTGTGCCTCCCC-TGCAGCAA--TGAAAACAAAAGCAATATATAAAT-GT-ATTT--AATA-TT---AATTGATTAGATTT-TAAT-ATATTACGA-TTATCTTTTGATGCTACATGTATT--ATTAG-AAT--T---ATTA---T---TTTCTTTTTTTTTAAATTCTCTTCCTTAT-TCTT-TAGAAATCAATGTAAATCTGA--TAATATCAAGGAA-TCTT--TGT-ATAA-T--TATTT-CATATA--TC--T-------TGTTGA-CATATTATTG--ATACAT-CTAATCCTGTA-T-AATATA-T-ATACCTTA-C--CTTTG--TTATCTTGATACCTTGAATAAAA--AAATTGGTTGAAACTAAAAAAAAAAAGAAAAAAAA
18 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TTAAAGCATGCAAAAATAATTCTGATTATTGTCAAGATAATGATGATATACGTGATAACTTGTATGCGTTTTACCAGAGAATTGATATAGTCGGTAGCAAATGTAGGAAGAACACTCAGAAATTCAGAAGCTTTTTATCAATGGTTAAATTTTGAAAAAAATTATATCTTGATGATGATAAAAAATTTTCTTAGATTCTCCACTCACGAAATGGAGAAATGCGTTGTGCTTTATTCAACATGAAGAGTAATAAGAGTCCTGGTTAGACGGTCTGCCTTTGAGTTTTATAAGGCATTTTGGGAGAAACTCAAAACATAACTTTTTTGATTCTGTGTGATAATTGTTTTTTAATGAAGAATGTTAACTTTTACACAAAGATTGGCTGTTGTATCTTTGATACAGTAAAAAAGGGGGATACAGACCTCCTTGGCTAAGCTACAGAGCCCAATGAGTCTTAGCAAACACAGAGCTGATAAAAGCATTGCTTTTAACTTTGGCGAAGAGGCTACAAAAAATAATAAGATAAGTTAATGCCAAATGATCAGGTCAGCGTTACATTAAAGGTAGATATAGGAATAAATGCAAGGGATTAACTAGTAGATATCTATGAATAGTTGCGAAAGAAAATGATGGATTGGAGTTATTCTTTTATTTCTTGATTTTCAAAAAGCATTTTGATTCTGTTGAGTGGATTTTATGTTTCTAAGTCTAAAATCATTTAATTTTGGGTGATAATTTTATAAAGTGGGGTAAATATACCTAGATAAAGAAATCTATCGTCAGTTTAAATTTCTTGAGAGAAAATGTAACGGCTTGATTTTTAAATCGTA
Unaligned ( gi|10 ): CTACTTGATGTTTATGAATATTGTGAAAATACAAATAATGAGGTTATACTTTTAATGTTAGATTTTGAAAAAGCGTTTGATGCTGTAGAGTGGAACTTTTTGTTTAAGGTGTTGACAAATTTTAATTTTGGGGAAAATTTTATAACATGGATTAAAATATTATACACTAACACTTTCTTTGAATTAAAGAACAATGGTTGGATTTCTAAGTCATGTACAATGTATCGTGGAATACGACAGGGATGTCCCATTTCCGCTATTTTATATTTATTTGTAGCTGAGATACTAGCTTTGAGTATAAAACAAGAAAATACAATTAAAGGTATATATATATACCAAATATGTCTCAAGAAACAAAAAAAACATTCAGCACGCTGATGATCTAGCATTACTGTTAAAAGATATAACTTCTATGAAGCAAGCGATTGGCGTTATAGAAAATTTTGTCAGCGTGCAGGATCCCAAATTAATTA
Unaligned ( gi|11 ): TGTTTTAAAATACGCTTAAGTCATACAAGATTTGGGCCACGATTAAAGATTGTGATAAGAGAACAATTTTGACCAAAAATCACGAAGTCATGCAAGAAAAAAATTTTCGAAATCCGGAGAAACACGAGAAGCAATTAACCAACTGTTCGGTAGGTATGCGTAATCATATATACTCTAGTAGTCTCTAAAATTATCTATGTGCTTCTATAATTAAGCCTACCCAGAGTTCCAAATCATTCAATCAAAAATCTGCAAAAGACTTGATTTTACAATGTTTCATTCTGGAATAAAAAAGATAGAATTAAAAAGGAAACTACACTTTTGATAGGAAAACTGTTGAGACAGACATGGAGAGTATAGATGGAATTGTTACATTTTATCAAAAATCTAATTCTTTAAA
Unaligned ( gi|12 ): ATTATAAAATTTTAGCTTTTGTATTAGCTAGAAGATTATAATTTTTTAAAGATAATGTTATAGCAAGAGATCAGTCTCTCTACATAAAAGGACGATATATTGGTATGAATGCTAGACTAATTGTGGATACTTTTGATTATTGTGAAAATAATAATAAAGAGCATTTTTTTTTTAAAAAAAGCATTCCCTCGAATGGTGTTCTATAATAAAAACACCCGAGTTCTTTAATTTTTGACAAGAATTCATCAAATGGATTCAAATTTCATATAAAAATCCAGACTTTAGACTAAAAAATAATAATTGACTGTCAAAAAGATGTATAATGAGGCGGGGCATTCGTCATGGATGTCCTATATCAGCGATAATTTTTCTATTTTT
Unaligned ( gi|13 ): GATATCAAATATCTATTACAATTAACTAAACGAAAAATGAAAGATTTTACAATTATTTCTCATTTTATAAAGAAATTTTGCTGTTTTAATGAATGTACAAAGAAAATAGAAATATCACAAATATCACATATTTTAAAAGCCAGTTTTGCGCAGCAACCATTGTGGAATAATAATATTTTTGAATACAAAGACAAAACACCGTTTCAAAAATTGGATTGATAGTAATATTTCATATGTAAAAGATCTGTTTAATAATGATGGAAAATTTAAAACTTTACATGATTTTTCAAATGTCCTGAGTAATAAATTCAATTGGTTACGTGAATATATTATATTGAAAAAT
Unaligned ( gi|15 ): AAAACAGACTATAAGATCATTGCTTTTACTTTGGCGAGGAGACTACAAAAAATAATAGATAAGCTAATGGCAAATGATCAATCAGCTTTAATTAAAGGTAGATTTATAGGAATAAATGCAAGAATTATAGTGGATATTTTTAAATATTGTGAAGAAAATCATTTTGATGGCATTGCTTTATTTTCTTGATTTTCAAAAAGCATTTAATTCTGTTGAGAAAATTTTATGTTTAAAGTTCTATAATCATTTAATTTTGGCGATAATTTTATAAAGTGGGTAAATATATTATACTTTAGATTAAACAA
Unaligned ( gi|16 ): AGCATATATAAACCGTAGTTTATTTAATCACATTGTTCTGATATACAAATTACATTTTAGATGGCTTACTTGATTTTTTTTTCTTAGTAATATTGTGAGAGTGTACTTATTAATGTTAGGATTTTTGTAAAAGACTTTTTATGTTTGTATTGAGTTTTGCACCGTTTTTGTTTTAATTGTCGTTGATATCAATTTTAATTGTGTTGATTAATTTTATAACTATCGGATTAAAAATATTTGACACTGATACTTTCTATTAAATTAAAGAACACAATTGTTTGGTTC
Unaligned ( gi|17 ): AAATACAGATGATAAAATTACTGCTTTCATTTTAGCAAAAGTACTAGAGCTTTTAATTCAGTATAGTGAAACTTTAGATTTAAAGTACTTTAAAATAACTTATTAAAATAGGTAAAAAATACCTTATGGAAACCAATTTTTGTAATTAAGAGTAATGGATGGATTTCAAAAACATGTCAAATGGGAAAAGGCATAAGACAGGGTTGTCCTATTTCAGCATTGCTATTCTTATTTGTAGCTGAAATATGTGTAAAAGATATAACAAATAAAA
Unaligned ( gi|18 ): ATGAAAAATAATAAATCTCCCGGACTTGATGGATTACCTGGTGAATTTTATAAATGTTTTTGGGACTGTATAATTGAGATGTTTTACAATGCTTTACGTGATATTTTCATTAAAAGAGAAATTAGTTTTTTGCAAAGAATATCAGTAATCACTTTATTGTTTAAAAAGTGACTGTAGGTATCTGAAAAACTATCGACCACTTAGTTCAACCAATACTGATTACAAAATAGTAGCTT
Unaligned ( gi|21 ): AGCTGGAAAAATTTTCAAAATTCAAGAGAAATTTTCTAAAATGGGATATAAAATATTGTATACAAACCCAATATTTAGGTTAAAAAAATAATGTTGTGATATCCAAACATGCCCAATGAAACACGAGGATACGATCGAGGGCTGTTCCCACTTTCTGCGATATTATATCTTTTGTTGCTGAATTCCTGGTGAGATGATTGTGGCTTTAGGAATAAAA
Unaligned ( gi|22 ): TTAGATTTTGAAAAAGCGTTTGATGCTGTACAGTGGAACTTTTTGTTTAAGGTGTTGAAACATTTTAATTTTGGTGAAAATTTTGTAACATGGATTAAAATATTACACACTAACACTTTCTTTAAATCAAAGAACA
Unaligned ( gi|23 ): AAAATTTTAGCACATATTTTCGCTACGAGATTACAAAAAGTTATAGATAGACTGATAAACAAAGACCAATCCGCATATATTATAGGTAGATATATCGATGAAAATGCGAGACTTCTACTTGATATATT
Unaligned ( gi|26 ): ATATTTAAAAATTAAAGCAATTAAAGCTTCTTCGATACAAAGAATAAGTAACAAAAGGGTTATTAATGATATTGTTAAGTTTTTGTAAGCCTTATAATGTAA
Unaligned ( gi|28 ): TTTAATGTTAGATTTTGAAAAGACTTTTTATGTTGTAGAGTTGCACGTTTTGTTTAAGGTGTTGAACAATTTTAATTGTGTTGATAATTTTATAACAT
Unaligned ( gi|29 ): TTTAAAATCTTAAAAATGATTTTTGAAATGTACAGGGTAATCAATCCAATTTGTCATGCAAATGTGTTATATTGAAAA
Unaligned ( gi|30 ): AGATATAACTTCTAAGAAGCAAAGCGATGAACGTCATAGAAAAGTTTCGTCAGCATGTGAGGAATCAAAAAA
Unaligned ( gi|31 ): AGTAACAAAGGGGTTATTAATGATTTTGTTGCAAGTGTTTATAAGCCCTATAA
Unaligned ( gi|32 ): GAGAAATTATCACCTATTTCAATGAAACAAAAGATGGAAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             4444444444444     2        222222222                 1                            1                             11111111   111       111111                  11   222            1111     44444                            11                            11                 22222   1    22      1                            22222222                           22               11    1     22                  11           111  11               11                              11       22        222222    2222222     1        1   1    1111             1             1      11   11           11  22        1              1          1               1   11      11                1         1             11                                           1                  1               3333333    1    1     1      111   1      111                   1111         11                                           1         222   1   1111   11  2222      444444444                                                         1111                                 22        22                      22222222  11            1        11                        1  1    33333333333333            1    1         1111111                  11     1   222222    3333333               1      11     1    1                     11             1    11   1    1111     1      11  3333333333      1          22      1          2222      111   1    1 11     11                       222    1    1                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  3  0       4444444444444  1  0      0 000000000     6 55        0    8 5  8               8  0    5      5 5 5        0 66 88888888   000 3     666666   7777  0 8 5    11   666     5      4444     55555      0                5    11 8      8        8          11     1  0        00000   0    55      5                 8     0    77777777      222     8            33   0       0   11    0     33       8    8     55       0   666  11        0   0  11  8           8  8      8 8 0 11   0   11        333333    6666666     5 1  8   5   0    2222    3    3   5         66  5      33   33           33  33        5       6      3  6   6   3    7          3   88      88                5         0 3 0  3      33   3    3 3   8                            3              7   3             7 8888888    3    3  6  3   7  777   0      666     8        999  0000         11  0 0          0            8   8  88  8   3  6      111   0   7777   44  2222 8    222222222   8   8      99  3  4      6  1            6  7       1 3333   6     6      6   1            44     5  44       5           77 00000000  33            0  2     33       3            3   0  0    77777777777777         3  0    3   7     4444444       6          33     0   222222    3333333               0      66     0    0                     33 3           0    33   0    4444     0      33  6666666666      0 3     3  55      0          4444   3  111 3 5    0 33     33   3       2    3  99  333    0    5                1        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .  .       .............  .  .      . .........     . ..        .    . .  .               .  .    .      . . .        . .. ........   ... .     ......   ....  . . .    ..   ...     .      ....     .....      .                .    .. .      .        .          ..     .  .        .....   .    ..      .                 .     .    ........      ...     .            ..   .       .   ..    .     ..       .    .     ..       .   ...  ..        .   .  ..  .           .  .      . . . ..   .   ..        ......    .......     . .  .   .   .    ....    .    .   .         ..  .      ..   ..           ..  ..        .       .      .  .   .   .    .          .   ..      ..                .         . . .  .      ..   .    . .   .                            .              .   .             . .......    .    .  .  .   .  ...   .      ...     .        ...  ....         ..  . .          .            .   .  ..  .   .  .      ...   .   ....   ..  .... .    .........   .   .      ..  .  .      .  .            .  .       . ....   .     .      .   .            ..     .  ..       .           .. ........  ..            .  .     ..       .            .   .  .    ..............         .  .    .   .     .......       .          ..     .   ......    .......               .      ..     .    .                     .. .           .    ..   .    ....     .      ..  ..........      . .     .  ..      .          ....   .  ... . .    . ..     ..   .       .    .  ..  ...    .    .                .        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  2  8       0000000000000  4  0      8 666666666     4 88        6    0 0  0               0  6    6      7 7 7        1 77 77777777   000 6     444444   9999  9 5 0    22   000     0      4444     66666      2                0    00 0      8        0          00     0  8        00000   6    44      8                 0     8    44444444      888     0            00   8       8   00    6     66       0    0     88       8   888  00        8   8  00  0           0  0      0 0 8 22   8   22        000000    0000000     4 4  0   0   0    0000    2    2   5         55  0      22   88           88  88        5       7      3  7   7   3    3          3   33      33                5         0 2 8  2      88   2    2 0   8                            3              3   3             3 3333333    3    3  7  3   3  555   0      666     0        222  4444         00  8 8          8            0   0  88  0   6  0      666   6   0000   00  6666 0    888888888   8   2      22  5  2      7  7            7  3       0 3333   7     7      7   0            00     7  00       7           99 77777777  88            0  5     88       2            2   0  0    55555555555555         2  0    3   3     0000000       7          88     0   222222    5555555               0      00     0    0                     88 2           0    88   0    8888     0      88  8888888888      0 2     2  55      0          5555   2  000 2 0    0 88     88   2       5    2  88  000    0    5                0        
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCAAATCTTAAGAAATAAAAAC-------------AATTGCGTTGTGTGC--AATAGGTAAAACATGACTACGAAACTGT-AGTT-CAATGAGACAAGACA-TAATACATAAATAC-A-T-GAAAAAAAAAGAT---A----TTT---TTATTTA------AAA-AT-GGACGA-CTGAA-ACTT-ATAATT-GGCAAA--C-CTTCTA-T-ATAAATTCTTTTATGATATTTTTTCTGCA--T-GACAAGNTTTTCAAA-GATCATATAT--GGAAANTGTGTGTGGGA-----AAAACAATCTTTAATTATGGAAAAGTCAGATGGA-CAGATATTTA------TGAGAAATAATATATG-TAAAGTTGTTGAC-ATGAATATTGCTTGA--TTTAACTATAACAACTTTT-GAAC-AATCTTGTTATGCAACAA-T-AT--TTTTCTTAACAAATG--GA-AAAAAGATGTG-AA-TAGAAA-T-GTAATTTTTGTG-GGCTAATGT------CATT-------GAAAATAATA-CACGATT-TAAT-TN-TTGAATGTAATAATGTAAGACAGAATACTGGAAT-TAAC--TAGAAATGGTT--TT--AGATCGACTATTACATCTGGAAA-CACTATCTGT-TCTTAGGCTTTTTTC-TGA--AGATAA--TCCTAAAGTGCATTCCATTTAATTTC-GTTATTATTCATA--TATTGCTTATAGAAGTATACAAAATTAAAATGATGTTAAGATA-TGAAAGCAGAGTTGAAAA-TGTAAATAATCTGTT---AC-ACATG-TTAA-ACGTA-GACTGT---TAT-AGAACATACATTTA-ACATTAAA-G-AATCAAAATATAATT--TCATTAATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTA-TT-TGT-TACTTTTAATGTCT--TTTTGAT----AAA-ATTTTCGT-TGTA-ATAC-T--ATANTATGTTTCTG--TATTTTAATTTC-GATATTTATTTTCCA-ACAAAATAATNTA---CAA-GTACT-TGAGGG-TGACCTGTTCCTCAGTAACTCGT-TGTTGAGGGGA-GTGGTGGACTG--T--------GT--TTGTGCCTCCCC-TGCAGCAA--TGAAAACAAAAGCAATATATAAAT-GT-ATTT--A-TA-TT---A-TTGATTAGATTT-TTAT-ATATTACGACTTATCTTTTGATGCTACATGTATT--ATTAG-AAT--T---ATTA---TCTTTTTCTTTTTTTTTAA-TTCTCTTCCTTAT-TCTT-TAGAAATCAATGTAAATCTGA--TAATATCAAGGAA-TCTT--TGT-ATAA-T--TATTT-CATATA--TC-TT-------TGTTGA-CATATTATTGA-ATACAT-CTATACCTGTT-T-AATATA-T-ATACCTTA-C--CTTTG--TTATCTTGATACCTTGAATAGAAT-AAATT-GTTGAAACTAAAAAAAAAAAANAAAAAAAA
Reference ( family-195 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCAAATCTTAAGAAATAAAAAC-------------AATTGCGTTGTGTGC--AATAGGTAAAACATGACTACGAAACTGT-AGTT-CAATGAGACAAGACA-TAATACATAAATAC-A-T-GAAAAAAAAAGAT---A----TTT---TTATTTA------AAA-AT-GGACGA-CTGAA-ACTT-ATAATT-GGCAAA--C-CTTCTA-T-ATAAATTCTTTTATGATATTTTTTCTGCA--T-GACAAGNTTTTCAAA-GATCATATAT--GGAAANTGTGTGTGGGA-----AAAACAATCTTTAATTATGGAAAAGTCAGATGGA-CAGATATTTA------TGAGAAATAATATATG-TAAAGTTGTTGAC-ATGAATATTGCTTGA--TTTAACTATAACAACTTTT-GAAC-AATCTTGTTATGCAACAA-T-AT--TTTTCTTAACAAATG--GA-AAAAAGATGTG-AA-TAGAAA-T-GTAATTTTTGTG-GGCTAATGT------CATT-------GAAAATAATA-CACGATT-TAAT-TN-TTGAATGTAATAATGTAAGACAGAATACTGGAAT-TAAC--TAGAAATGGTT--TT--AGATCGACTATTACATCTGGAAA-CACTATCTGT-TCTTAGGCTTTTTTC-TGA--AGATAA--TCCTAAAGTGCATTCCATTTAATTTC-GTTATTATTCATA--TATTGCTTATAGAAGTATACAAAATTAAAATGATGTTAAGATA-TGAAAGCAGAGTTGAAAA-TGTAAATAATCTGTT---AC-ACATG-TTAA-ACGTA-GACTGT---TAT-AGAACATACATTTA-ACATTAAA-G-AATCAAAATATAATT--TCATTAATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTA-TT-TGT-TACTTTTAATGTCT--TTTTGAT----AAA-ATTTTCGT-TGTA-ATAC-T--ATANTATGTTTCTG--TATTTTAATTTC-GATATTTATTTTCCA-ACAAAATAATNTA---CAA-GTACT-TGAGGG-TGACCTGTTCCTCAGTAACTCGT-TGTTGAGGGGA-GTGGTGGACTG--T--------GT--TTGTGCCTCCCC-TGCAGCAA--TGAAAACAAAAGCAATATATAAAT-GT-ATTT--A-TA-TT---A-TTGATTAGATTT-TTAT-ATATTACGACTTATCTTTTGATGCTACATGTATT--ATTAG-AAT--T---ATTA---TCTTTTTCTTTTTTTTTAA-TTCTCTTCCTTAT-TCTT-TAGAAATCAATGTAAATCTGA--TAATATCAAGGAA-TCTT--TGT-ATAA-T--TATTT-CATATA--TC-TT-------TGTTGA-CATATTATTGA-ATACAT-CTATACCTGTT-T-AATATA-T-ATACCTTA-C--CTTTG--TTATCTTGATACCTTGAATAGAAT-AAATT-GTTGAAACTAAAAAAAAAAAANAAAAAAAA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCAAATCTTAAGAAATAAAAGC-------------AAATGCGTTGTGTGC--AATAGGTAGAACATGACTACGAAACTGT-AGTT-CAATGAGACAAGACA-TAATACATAAATAC-A-T-GAAAACAAAAGAT---A----TTT---TTATTTA------AAA-AT-GGAC-A-CTGAA-ACTTTATAATT-GGCAAA--C-CTTCC-----TAAATTTCTTTATGATATTTTTTCTGCA--T-GACAAAGTTTTCAAA-GATCATATAT--GGAAATTGTGTGTGGGA-----AAA-CAATCTTTAATTATTGAAAAGTCAGATTGA-CAGATATTTA------TGAGAAATCAAATATG-TAAAGTTGTTGA--ATGAATATTGCTTGA--TTTA-CTATAACAACTTTT-GAAC-AATCTTGTTATGCAACAA-T-AT--TTTTCTTAACAAATG--GA-AAAAAGATGTG-AA-TAGAAA-T-GTA--TTTTGTG-GGCTAATGT------CATT-------GAAAA-ATTA-CAC-ATT-TAAT-TG-TTGAATGTAATAA-GTAAGACAGAATACTGGAAT-TAAC--TAGAAATGGTT--TT--AGATCGACTATTACATCTGGAAA-CACTATCTGT-TCTTAGGCTTTTTTC-TGA--AGATAA--TCCTAAAGTGCATTCCATTTAATTTC-GTTATTATTCATA--TATTGCTTATAGAAGTATACAAAATTAAAATGATG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ttctgtaaaacattcaggctaaaaaactaaataaagataaaacagagatgtctatttattaggaaagcttgaaaggaaccgccaaaggaaaattcttaattctaaaagtaaatgtcaaaattcaattaaatagtcattaggtacttattatcggccatataaaaaggagtgctatgaaaagaaattggaaacgtttatcagcaagacatagaaaaattattgaaaatcctgtggaaactagaactaacttacaaatattcggtatagtgctgcatattataatattcttggtgcatatcatctaaaggtgttatgcagtcgacattgtttatcaatcacctggtgatgaatttgttaaaggattttaaatcaaataatatcttaatttcatttgaataaaagaatagggattaaaaggaacacttattggagataaactgaaaaggggggatttcatatagttgtatctagaatccaaattcaagcgctataaagcatcatggaagtgacccaaattatctctcatgtaccagtgagaattataacagactttaatgagaaagtttttgttcaaaggaatgggtattgatttaaaattatctttaagacaaacgactcttttgtttaaatgaaaatgaaaatgttaaataagcatatgcctatttttatagagacaattatcaacctattcaatgaaacacaaaggaaagcaattcaaaaaacactgctcgtggtcccagcaattttggagaaaaagatagttacttaacaaaatatatgacactttgttattatttacaaagtggcatgtaaaagtggtattttaaaagtggattgatttatttaacgttatggcgtcgtgtcagatgggttattactgattttctTGAAGTGCATTCT-TTTAATTTT-GTTCTT--TCATA--TATTGCTT--------------AATTAAAATGATGTTAAGATA-TAAAAGCAGAGTTGAAAA-TGTAAATAATCTGTTA--AC-ACATA-TTAA-AC-TA-GACTGT---TAT-AGAACAT--ATTTA-ACATTAAA-GAAATCAAAATATAATT--TCATTAATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTA-TT-TGT-TAC-TTTAATGTC---TGTTGAT----AAATATTT---T-TGTA------T--ATAATATGTTTCTG--TATTTTAATTCC-GATATTTATTTTCCA-AC-AAATAATCTA---CAA-GTACT-TGAGGG-TGACCCGTTCCTCAGT-ACTCGT-TG-TGAGAGGA-GTGGTGGACTG--T--------
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gT--ATTAG-AAT--T---ATTA---T---TATCTTTTTTTTAAA-TTCTCTTTCTTAT-TCTT-TAGAAATCAAAGTAAATCTGA--TAATATCAAGGAA-TCTTTCTTT-GTAA-TACTACTT-CATACA--TTATTAGTATAATGTTGA-C-TATTA-TGATATACAT-CTATACCTGTC-T-AAT-TATT-ATACCTTA-C--CTTTG--TTATCTTGATA-CTTG-AT-GAAT-TAAAT-GTTGAAACTTAAAAAACAAAACAAAAAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -A-T-GAGAAAAAAA--T---C----GTT---TGATTCATGGAAGAAA-AA-GGGCGA-CTGA---CTT--TAATTTGGCAA-----CTTGTA-TTATAAATTCTCTTGCGAT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          gatggattacctgatgaattttatatatgtttttggaactatataagtgagatgttttacaatgctttacgtgatattatcattaaaagagaaatgagtttttcgcaaaaaatattagtaatcactttattgtttaaaaaggatgaccgtagatatctgaaaaactatcgaccacttagtttaaccaatactgattacaaaatagtagcttttatttttgccagaaggttacaaaaaattattgatggtttaattggaaatgaacagtcagcatatataaagggtaggtttattggtgaaaatgcaagatggctacttgatgtttttgaatattgtgaaaatacaaataatgagggtatacttttaatgttagattttgaaaaaagcgtttgatgctgtagagtggaattttttgtttaaggtgttgaaaaattttgattttggtgaaaattttataacatggattaaaatattatacactaacactttctttaaattaaaaaacaatggttggatttcaaagtcatgtagaatgtatcgtggaatacgacagggatgtcccatttccgctattttatatttatttgtagctaagatagctagctttgagtataaaacaagaaaatacaaatacaattaaagtatatctataccaaatatgttgcaagaaataaaaacattcagcgaacgctgaattgatctacaattactgttaaaaagatgataaccttcctatgaaggcaagcgatggcgttaatagaaaagtatttgtcagcatgtcaggatccaaattaaaccttagtacctcaactgatgtatctcttggaagttttaaagaaatagtgtcaaagaaatttggctaataataacgactaagtgaaagcagttaaatgtttgagagggattatacttcggtcatggaatacatattgattgttacgataaaaaatttggatgaaaaatttcatagagcaGAACA--CATTTC-ACATTAAA-G-AA----AATATAATT--TCATTGATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTA-TT-TGC-TAC-TTTAATGTC---TTTTGATTAAAAAA-ATC----T-TATATATACAT--GTACTATGTTTCTG--TATTTCAATTTT-GACATTTCCTTTCGA-ACAAATTAATCCA---CAA-GTACT-TGAGGG-TGACATGTTCCTCAGT-ACTTGT-TG-TGAAGGGA-GTGGTGGACTG--T--------ttcaaaagattatttatgtttgtctcaattttacctattcctgatgaaaattctttgaaaatataaaacgtttctatttctaattttcttttgaataagattgacaggattaaaaaaaagggaagtaacaattagtgtcggcaaataaagtttctttgttgcaagcagaggaggtatagggtgttgtagaatacttattttagaaaggaggttaaagctattacaaggcctcttggaatacaaagaattcagtaaccaaaggggtttaaatgatttgttacaagtttttgtgaagcgcttacaatgttgtaaagatatcaacta
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GGCGA-CTGA---CTT--TATTT-GACAAA--A-CTTGTA-TCATAAATTCTCTTGTGGT
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          AGTA-CTTGT-TGT-GAGGGGA-GTGGTGGACTG--TTAATGACGGTGATTGTGCCTCCCC-TGCAGCAATGTGAAGTTAAATGCAATATAT--AT-GT-ATTT--A---------A-TTGATTAGATTT-ttcaaaatttatttatgttgcctcaattataacaattcctaatgaaaatcgtttgaaaaatataaaacgtt
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TG--TATTTCAATTTC-GATATTTCTTTTCCA-AC-AAATGATCTG---CAA-GTACT-TGAGGG-TGATTTGTTCCATAGT-ACTTGT-TG-TGAGGGGA-GTGGTGGACTG--T--------
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCAAATCTTAAGAA-TAAAAAC-------------AATTG-GTTGTGTGA--AA---ATAAAATA---CTGCGAA-CTGT-A-TT-CAATGAGACAAGACA-TA-TACA-AAATACCA-T-GAAAAGAAATG-T---A----TTT---T-ATTTA------AAA--T-GGACAA-CTGAATAC---ATAATT-GGCAAA--C-CTTCTA------AATTCTTTTATGATATTTTTT--GCA--T-GACAAG--TTTCAAA-GATCATATAT--GGAAAGT-TGTGCGGAA-----AAAACAAT--TTAATT-TGGAAAAGTCAGATGGA-CA-ATATTTA------ATAGAAATAATATATG-TAAAGTT--TGAC-ATGAATATTGCTTGA--ATTAACTATA--AACTTTT-GAAC-AATCT--TTATGCAACAA---ATTATTTTCTTAACAAATGAAAA-AAAAAGATGTGAAA-TAGAAACT-GTAATTTTTGTG----CAATGT------CATT-------GAAAATAATA-CACGATT-TAATATT-TTGAATGTAATAATGTAAGACAG-ATA-TGGAAT---ATTGTAGAAATGGTT--CTTGAGATTGAC-ATTACAT
gi|4                          : ttctgtaaacattcaggtctaaaactaaataaagataaaacagaatgtctattattaggaaagctgaaaggaacgaccaaagaaattcttcgtctaaaggtaaatgaaaattcaattaaatcattagatattcatatcggccataaataaaggagtcttatgaagaatgtgaacaacgttatcagaaagatcatagaaaaaatttattgaaatcttggaaaactagaaacttacgtaatattgtgtaagtgctgcattataaattctttgcaatatctaaagtggtttatgcagcgacattgttatcatcaccttgtcgatgattttgtttaaagaattaattaaataatatctaatttcaattggaataaaagagatagaattaaaaggaacactcttattggagataaactaaaaggggggattcatatagttgatctagaatccaaatttaaagcgcttaaaacatcatggatccccaaaatactctcatgtaaccatagattaaaatactttttagaaagtttttgtcaaaggaatgggtatgatttaaaatatcttttaaagacaaacgactctttttaaaatgaaaatgaagtgttaaataaacttatgccatatttttatagagaaattatcacctatttcaacgaaacaaaggaaagcaaatcaaaaacactgcccgtctcacaaaatatttggagaaataaaagatttacttacaaaaataggacactttgttttacaaattggatgaaaagtggtattttaaaagttgatgatttatttaacgatatgggcttcaaggatatcactgattttTCAAATCTTAAGAAATAAAAGC-------------AAATGCGTTGTGTGC--AATAGGTAGAACATGACTACGAAACTGT-AGTT-CAATGAGACAAGACA-TAATACATAAATAC-A-T-GAAAACAAAAGAT---A----TTT---TTATTTA------AAA-AT-GGAC-A-CTGAA-ACTTTATAATT-GGCAAA--C-CTTCC-----TAAATTTCTTTATGATATTTTTTCTGCA--T-GACAAAGTTTTCAAA-GATCATATAT--GGAAATTGTGTGTGGGA-----AAA-CAATCTTTAATTATTGAAAAGTCAGATTGA-CAGATATTTA------TGAGAAATCAAATATG-TAAAGTTGTTGA--ATGAATATTGCTTGA--TTTA-CTATAACAACTTTT-GAAC-AATCTTGTTATGCAACAA-T-AT--TTTTCTTAACAAATG--GA-AAAAAGATGTG-AA-TAGAAA-T-GTA--TTTTGTG-GGCTAATGT------CATT-------GAAAA-ATTA-CAC-ATT-TAAT-TG-TTGAATGTAATAA-GTAAGACAGAATACTGGAAT-TAAC--TAGAAATGGTT--TT--AGATCGACTATTACATCTGGAAA-CACTATCTGT-TCTTAGGCTTTTTTC-TGA--AGATAA--TCCTAAAGTGCATTCCATTTAATTTC-GTTATTATTCATA--TATTGCTTATAGAAGTATACAAAATTAAAATGATGTTAAGATA-TGAAAGCAGAGTTG-AAA-TGTAAATAATCTG-T---ACGACATGTTTAATACGTATGAC-GTAACTATGAGAACATACATTTA-ACATTAAA-G-AATC--AATATAATTAATC--TAATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCTATTATTT-TGTATACCTTTAATGTCTCGTTCTGAT----ACA-ATTTTCGTCTGTA-ATAC-TCAATACTAATTTTCTGATTAATTTAATTCC-GATATTAATTTTCCAGACAAAATAATGTAAAGCAA-GTACTGTGAGGG-TGA-CTGTTCCTCAGTAACTCGC-TGTTGAGGGGATGAGTTGGACTGTTT--------GT--TTGTGCGTCCCCGTGCAGCAA--TGAAAACAAAAGCACTATATAAAT-GTAATTT--A-TATTT---A-TTGATTAGATTTATTATCATA-TAGAACTTCTC-TTTGATGCTACATGTATT--ATTAG-AAT--TAAAATTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAA-TTCTCT--CCTAT-CTTT-TAGAAATCAATGTAAATCTGA--T-ATATCAAGGAACTCTT--TGT-ATAA-T--TATTTGCATATA--TC-TT-------TGTTGA-CATATTATTG--ATACATCCTATACCTGTTATAAATATA-TGATA-CTTACC--CTTTGTCTTA-CTTGATACCTTGAATAGAATAAAATT-GTTG-AACTAAAAAAAAAAAACACAAAAAA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AGATTTTCAAAAATCAAAACCACAATTCCCTTTAATTG-GTTGTGTG----AT---TAAAATATGG--ACGAA-TTGT-AGTTTCAATGAGA-AAGACA-TA-TACATAAATAT-ACT-GAATAAAAGAAATTGTA----TTT---TTTTTTA------AAA-AT-GGACAT-CTGAA-ACT--ATAATT-GGCAAA--GGCTTCT-----TAAATT--TTTATGATATTTTTTCTGCAAGT-GACAAGTTTATCAAAAGATCATATAT--GGGAAAAGTGTGTGGGA-----AAAACAAT--TTAATT--GGAAAAGTCATGTGGAGCAGAT-TTTA------T-AGAAATA-TATATGGTAAAGTTGTTGTA-AAGAATATTTCTGAA--TTTAACTATA-TAACTTTTTGGACGAATCTT-TTATGCA-CAT-TTAT--TTTGCTTA-CAA-TG--GAGAAAAAGATGTG-CA-TGAAAC-T-G-AATTTT-GTG---CTAATGT-------ATT-------GAAAATAATATCACGATTGTAAT-TTATTGA-TGTA-TAATGTAAGACAGA-TA-TGGAATATAAT--AAGAAATAGTTCCTTG-AGATCGAC-ATTACAT--GGAAAACA-TAT-TGTCTCTT-GGCTTTTATCATGATGAAATAAGTTCCTAAAGTGCATTCC-TTTAATTTCCG--GTTATTTATAAGTAT-GCTTATCGAA-TATACAAAATTAAAATGATGTTCAGATAATGAAAGCAGAGTTGAAAAGTGTAAATAATCTGTTTAAAC--CATG-TTAG-AAGTA-GACTGT---TAT-A--ATGAACATTTACACATTATATG-AAATAAAATATAATT--TCAT-AATAAGAGTT-CTTC-AAAAGCT-TTA-TTGTGT-TACTTT--ATGTCT--TTT-GAT----AAA-TTTTCTGT-TGTA--TAT-T--ATA-TAT-TTTCTG--TA-TTTAATTTCGGATATTAATTTTTCA-ACAACATAATGT----CAAGGTACT-TGAGGGTTGACCTGTATCTCAGT-ACTCGTCTG-TGA-GGGA-GT-GTGGATTG--T--------GT--TTGTGGCTCCCG-TG--GCAA--TGAAAAC-AAAGAGATATATAAATGGT-ATTTAAA-TA-TTTACA-TTGATTTGA-TT-TTAT-ATATTACGATTGA--TTTTGATG------GTATTAAATTAGAAATTAT---ATTT---TCTTTTTTTTTTTTTTTAA-TTCTCTT-CTTATGTCTTATAGGAATAGATGTAAATCTGACTTAATATCAAGGAA-TCTT--TGTGATAAGT--TATTG-CATATAAGTC-TT-------TGTTGACCATATTATTGA-ATACAT-CTATACCTGTT----ATATA-T-G-A--TTA-CTACTTTG--TTATTTTGATACCTGAAATA-AAT--AATT-GTTG-AACAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAata
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttaAC-A-T-GGAAAAAA---AT---G----TTTGAATCATGGA------AAG-AA-GG-CGA-CTG---ACTT--TATTT-GGCAAA--A-CTTGTATT-ATAAATTCTCTaaa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                       acttaatactttttgaatattgtgaaatacaaataatgagggtatactttttaatgttagattttgaaaaagcgtttgagtctgtagagtggaactgtttgtttaaggtgttgaaaaattttaattttggtgaaaattttataacatggattaaaatattatacactaacactttctttaaattaaagaacaatggttggatttcctaaatcatgtagaatgtatcgtggaatacgacaggtatgtcccatttcgctattttatatttatttgtagtgagatactagctttgagtataaaacaagaaaatacaattaaggtatattataccaaatatgtctcaagaaataaaaaaacattcagcacgctgatgatctaacattactgttaaaaagatataactttctatgaagcaagcgattggcgttatagaaaagttttgtcagcatgcaggatcccattaattatactaaaactgaatgtatccttcttggaagtttaaagaatagtgtcaaagaaattaatggcataaaacgactaataaagcagtaaaatgtttaggaatatacttcggtcatgatacaattgattgttacgataaaaattggatgaaaacttatcatgTCAAATCTTAG--AATAAAAAC-------------AATTG-GTTGTA-GCTGAATAA-TAAAA-AT-ACTACGAAACTGTTATTT-CAATTAGACAAGTCACTAATGCAGAAATAC-A-TTGAAGAAAGAAAAT---ACATTTTT---TTATTTA------AAACATAGGACAAACTGAA-ACTA-TTAATT-GGCAAAACC-TTTCT-----TAAATCCTTTTATGATATTTTCTATGCA--TTGACAAGTTTTTCAAA-GAT-ATATATTTGGAAAGTG-ATGTGGGAGAAAAAAAACAAT--TTAATTTTGGAACAGTCAGATGGA-CAGATATTTAATTTTATAGAAAATAATATATG-TAAAGTTGTTGACAATG-ATATTGC-TGAATTTTAACTATA--AACTTTT-GAAC-AATATT-TTATGCAACAATT-AT--TTCT-TTAACAAATG--GA-AAAAGATTGTG-AATTAGAAA-TGGTAATTTTT-TGTAGCTAATGTATATGCCATTGCGTTCAGAAAAGAACA-CACagcgatttcaaaatttattttatgtgcctcaattttacttattcctgatgaaaatcttttgaaaaatataaaacgttctattttttaattttctttggaataagactgacaggattaaaaggaatactttgattggcaactgtttcagagggaggtatagatgttgtagacatatatttaaaaattaaagctattaaagcctcttggatacaaagaatcagtaacaaaggggttataaatgattttgttacaagtttttgtaagccttacgatgtaaata
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        actaccttctcacaaaaattttggagaaataaaaaaataacttatagaacatagggcacttgttttacaaattggatggaaagtggtattttaaaagttgtgatgatttatttaacgaaatgcgcgttttcaaggatattaactgatttttT---TAT-AGAACATA--TTTA-ACATTAAG-A-AATCAAAATATAATT--TCATTAATAACAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTA-TT--GT-TACTTTAAATGTCT--TTT-GAT----AAA--TTTTC-T-TGTA------T--ATAATATATTTCTG--TATTT--ATTTC-GA-ATTTATTTTCCA-ACAAATAAATGTA---CAA-GTACT-TGAGGG-TGACCTGTTCCTCAGTA-CTCGC-TGT-GAGGGGA-GTGGTGGACTG--T--------GT--TTGTGCCTCCCC-TGCAGCAA--TGAAAACAAAAGCAATATATAAAT-GT-ATTT--AATA-TT---AATTGATTAGATTT-TAAT-ATATTACGA-TTATCTTTTGATGCTACATGTATT--ATTAG-AAT--T---ATTA---T---TTTCTTTTTTTTTAAATTCTCTTCCTTAT-TCTT-TAGAAATCAATGTAAATCTGA--TAATATCAAGGAA-TCTT--TGT-ATAA-T--TATTT-CATATA--TC--T-------TGTTGA-CATATTATTG--ATACAT-CTAATCCTGTA-T-AATATA-T-ATACCTTA-C--CTTTG--TTATCTTGATACCTTGAATAAAA--AAATTGGTTGAAACTAAAAAAAAAAAGAAAAAAAA
18 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TTAAAGCATGCAAAAATAATTCTGATTATTGTCAAGATAATGATGATATACGTGATAACTTGTATGCGTTTTACCAGAGAATTGATATAGTCGGTAGCAAATGTAGGAAGAACACTCAGAAATTCAGAAGCTTTTTATCAATGGTTAAATTTTGAAAAAAATTATATCTTGATGATGATAAAAAATTTTCTTAGATTCTCCACTCACGAAATGGAGAAATGCGTTGTGCTTTATTCAACATGAAGAGTAATAAGAGTCCTGGTTAGACGGTCTGCCTTTGAGTTTTATAAGGCATTTTGGGAGAAACTCAAAACATAACTTTTTTGATTCTGTGTGATAATTGTTTTTTAATGAAGAATGTTAACTTTTACACAAAGATTGGCTGTTGTATCTTTGATACAGTAAAAAAGGGGGATACAGACCTCCTTGGCTAAGCTACAGAGCCCAATGAGTCTTAGCAAACACAGAGCTGATAAAAGCATTGCTTTTAACTTTGGCGAAGAGGCTACAAAAAATAATAAGATAAGTTAATGCCAAATGATCAGGTCAGCGTTACATTAAAGGTAGATATAGGAATAAATGCAAGGGATTAACTAGTAGATATCTATGAATAGTTGCGAAAGAAAATGATGGATTGGAGTTATTCTTTTATTTCTTGATTTTCAAAAAGCATTTTGATTCTGTTGAGTGGATTTTATGTTTCTAAGTCTAAAATCATTTAATTTTGGGTGATAATTTTATAAAGTGGGGTAAATATACCTAGATAAAGAAATCTATCGTCAGTTTAAATTTCTTGAGAGAAAATGTAACGGCTTGATTTTTAAATCGTA
Unaligned ( gi|10 ): CTACTTGATGTTTATGAATATTGTGAAAATACAAATAATGAGGTTATACTTTTAATGTTAGATTTTGAAAAAGCGTTTGATGCTGTAGAGTGGAACTTTTTGTTTAAGGTGTTGACAAATTTTAATTTTGGGGAAAATTTTATAACATGGATTAAAATATTATACACTAACACTTTCTTTGAATTAAAGAACAATGGTTGGATTTCTAAGTCATGTACAATGTATCGTGGAATACGACAGGGATGTCCCATTTCCGCTATTTTATATTTATTTGTAGCTGAGATACTAGCTTTGAGTATAAAACAAGAAAATACAATTAAAGGTATATATATATACCAAATATGTCTCAAGAAACAAAAAAAACATTCAGCACGCTGATGATCTAGCATTACTGTTAAAAGATATAACTTCTATGAAGCAAGCGATTGGCGTTATAGAAAATTTTGTCAGCGTGCAGGATCCCAAATTAATTA
Unaligned ( gi|11 ): TGTTTTAAAATACGCTTAAGTCATACAAGATTTGGGCCACGATTAAAGATTGTGATAAGAGAACAATTTTGACCAAAAATCACGAAGTCATGCAAGAAAAAAATTTTCGAAATCCGGAGAAACACGAGAAGCAATTAACCAACTGTTCGGTAGGTATGCGTAATCATATATACTCTAGTAGTCTCTAAAATTATCTATGTGCTTCTATAATTAAGCCTACCCAGAGTTCCAAATCATTCAATCAAAAATCTGCAAAAGACTTGATTTTACAATGTTTCATTCTGGAATAAAAAAGATAGAATTAAAAAGGAAACTACACTTTTGATAGGAAAACTGTTGAGACAGACATGGAGAGTATAGATGGAATTGTTACATTTTATCAAAAATCTAATTCTTTAAA
Unaligned ( gi|12 ): ATTATAAAATTTTAGCTTTTGTATTAGCTAGAAGATTATAATTTTTTAAAGATAATGTTATAGCAAGAGATCAGTCTCTCTACATAAAAGGACGATATATTGGTATGAATGCTAGACTAATTGTGGATACTTTTGATTATTGTGAAAATAATAATAAAGAGCATTTTTTTTTTAAAAAAAGCATTCCCTCGAATGGTGTTCTATAATAAAAACACCCGAGTTCTTTAATTTTTGACAAGAATTCATCAAATGGATTCAAATTTCATATAAAAATCCAGACTTTAGACTAAAAAATAATAATTGACTGTCAAAAAGATGTATAATGAGGCGGGGCATTCGTCATGGATGTCCTATATCAGCGATAATTTTTCTATTTTT
Unaligned ( gi|13 ): GATATCAAATATCTATTACAATTAACTAAACGAAAAATGAAAGATTTTACAATTATTTCTCATTTTATAAAGAAATTTTGCTGTTTTAATGAATGTACAAAGAAAATAGAAATATCACAAATATCACATATTTTAAAAGCCAGTTTTGCGCAGCAACCATTGTGGAATAATAATATTTTTGAATACAAAGACAAAACACCGTTTCAAAAATTGGATTGATAGTAATATTTCATATGTAAAAGATCTGTTTAATAATGATGGAAAATTTAAAACTTTACATGATTTTTCAAATGTCCTGAGTAATAAATTCAATTGGTTACGTGAATATATTATATTGAAAAAT
Unaligned ( gi|15 ): AAAACAGACTATAAGATCATTGCTTTTACTTTGGCGAGGAGACTACAAAAAATAATAGATAAGCTAATGGCAAATGATCAATCAGCTTTAATTAAAGGTAGATTTATAGGAATAAATGCAAGAATTATAGTGGATATTTTTAAATATTGTGAAGAAAATCATTTTGATGGCATTGCTTTATTTTCTTGATTTTCAAAAAGCATTTAATTCTGTTGAGAAAATTTTATGTTTAAAGTTCTATAATCATTTAATTTTGGCGATAATTTTATAAAGTGGGTAAATATATTATACTTTAGATTAAACAA
Unaligned ( gi|16 ): AGCATATATAAACCGTAGTTTATTTAATCACATTGTTCTGATATACAAATTACATTTTAGATGGCTTACTTGATTTTTTTTTCTTAGTAATATTGTGAGAGTGTACTTATTAATGTTAGGATTTTTGTAAAAGACTTTTTATGTTTGTATTGAGTTTTGCACCGTTTTTGTTTTAATTGTCGTTGATATCAATTTTAATTGTGTTGATTAATTTTATAACTATCGGATTAAAAATATTTGACACTGATACTTTCTATTAAATTAAAGAACACAATTGTTTGGTTC
Unaligned ( gi|17 ): AAATACAGATGATAAAATTACTGCTTTCATTTTAGCAAAAGTACTAGAGCTTTTAATTCAGTATAGTGAAACTTTAGATTTAAAGTACTTTAAAATAACTTATTAAAATAGGTAAAAAATACCTTATGGAAACCAATTTTTGTAATTAAGAGTAATGGATGGATTTCAAAAACATGTCAAATGGGAAAAGGCATAAGACAGGGTTGTCCTATTTCAGCATTGCTATTCTTATTTGTAGCTGAAATATGTGTAAAAGATATAACAAATAAAA
Unaligned ( gi|18 ): ATGAAAAATAATAAATCTCCCGGACTTGATGGATTACCTGGTGAATTTTATAAATGTTTTTGGGACTGTATAATTGAGATGTTTTACAATGCTTTACGTGATATTTTCATTAAAAGAGAAATTAGTTTTTTGCAAAGAATATCAGTAATCACTTTATTGTTTAAAAAGTGACTGTAGGTATCTGAAAAACTATCGACCACTTAGTTCAACCAATACTGATTACAAAATAGTAGCTT
Unaligned ( gi|21 ): AGCTGGAAAAATTTTCAAAATTCAAGAGAAATTTTCTAAAATGGGATATAAAATATTGTATACAAACCCAATATTTAGGTTAAAAAAATAATGTTGTGATATCCAAACATGCCCAATGAAACACGAGGATACGATCGAGGGCTGTTCCCACTTTCTGCGATATTATATCTTTTGTTGCTGAATTCCTGGTGAGATGATTGTGGCTTTAGGAATAAAA
Unaligned ( gi|22 ): TTAGATTTTGAAAAAGCGTTTGATGCTGTACAGTGGAACTTTTTGTTTAAGGTGTTGAAACATTTTAATTTTGGTGAAAATTTTGTAACATGGATTAAAATATTACACACTAACACTTTCTTTAAATCAAAGAACA
Unaligned ( gi|23 ): AAAATTTTAGCACATATTTTCGCTACGAGATTACAAAAAGTTATAGATAGACTGATAAACAAAGACCAATCCGCATATATTATAGGTAGATATATCGATGAAAATGCGAGACTTCTACTTGATATATT
Unaligned ( gi|26 ): ATATTTAAAAATTAAAGCAATTAAAGCTTCTTCGATACAAAGAATAAGTAACAAAAGGGTTATTAATGATATTGTTAAGTTTTTGTAAGCCTTATAATGTAA
Unaligned ( gi|28 ): TTTAATGTTAGATTTTGAAAAGACTTTTTATGTTGTAGAGTTGCACGTTTTGTTTAAGGTGTTGAACAATTTTAATTGTGTTGATAATTTTATAACAT
Unaligned ( gi|29 ): TTTAAAATCTTAAAAATGATTTTTGAAATGTACAGGGTAATCAATCCAATTTGTCATGCAAATGTGTTATATTGAAAA
Unaligned ( gi|30 ): AGATATAACTTCTAAGAAGCAAAGCGATGAACGTCATAGAAAAGTTTCGTCAGCATGTGAGGAATCAAAAAA
Unaligned ( gi|31 ): AGTAACAAAGGGGTTATTAATGATTTTGTTGCAAGTGTTTATAAGCCCTATAA
Unaligned ( gi|32 ): GAGAAATTATCACCTATTTCAATGAAACAAAAGATGGAAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             4444444444444     2        222222222                 1                            1                             11111111   111       111111                  11   222            1111     44444                            11                            11                 22222   1    22      1                            22222222                           22               11    1     22                  11           111  11               11                              11       22        222222    2222222     1        1   1    1111             1             1      11   11           11  22        1              1          1               1   11      11                1         1             11                                           1                  1               3333333    1    1     1      111   1      111                   1111         11                                           1         222   1   1111   11  2222      444444444                                                         1111                                 22        22                      22222222  11            1        11                        1  1    33333333333333            1    1         1111111                  11     1   222222    3333333               1      11     1    1                     11             1    11   1    1111     1      11  3333333333      1          22      1          2222      111   1    1 11     11                       222    1    1                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  3  0       4444444444444  1  0      0 000000000     6 55        0    8 5  8               8  0    5      5 5 5        0 66 88888888   000 3     666666   7777  0 8 5    11   666     5      4444     55555      0                5    11 8      8        8          11     1  0        00000   0    55      5                 8     0    77777777      222     8            33   0       0   11    0     33       8    8     55       0   666  11        0   0  11  8           8  8      8 8 0 11   0   11        333333    6666666     5 1  8   5   0    2222    3    3   5         66  5      33   33           33  33        5       6      3  6   6   3    7          3   88      88                5         0 3 0  3      33   3    3 3   8                            3              7   3             7 8888888    3    3  6  3   7  777   0      666     8        999  0000         11  0 0          0            8   8  88  8   3  6      111   0   7777   44  2222 8    222222222   8   8      99  3  4      6  1            6  7       1 3333   6     6      6   1            44     5  44       5           77 00000000  33            0  2     33       3            3   0  0    77777777777777         3  0    3   7     4444444       6          33     0   222222    3333333               0      66     0    0                     33 3           0    33   0    4444     0      33  6666666666      0 3     3  55      0          4444   3  111 3 5    0 33     33   3       2    3  99  333    0    5                1        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .  .       .............  .  .      . .........     . ..        .    . .  .               .  .    .      . . .        . .. ........   ... .     ......   ....  . . .    ..   ...     .      ....     .....      .                .    .. .      .        .          ..     .  .        .....   .    ..      .                 .     .    ........      ...     .            ..   .       .   ..    .     ..       .    .     ..       .   ...  ..        .   .  ..  .           .  .      . . . ..   .   ..        ......    .......     . .  .   .   .    ....    .    .   .         ..  .      ..   ..           ..  ..        .       .      .  .   .   .    .          .   ..      ..                .         . . .  .      ..   .    . .   .                            .              .   .             . .......    .    .  .  .   .  ...   .      ...     .        ...  ....         ..  . .          .            .   .  ..  .   .  .      ...   .   ....   ..  .... .    .........   .   .      ..  .  .      .  .            .  .       . ....   .     .      .   .            ..     .  ..       .           .. ........  ..            .  .     ..       .            .   .  .    ..............         .  .    .   .     .......       .          ..     .   ......    .......               .      ..     .    .                     .. .           .    ..   .    ....     .      ..  ..........      . .     .  ..      .          ....   .  ... . .    . ..     ..   .       .    .  ..  ...    .    .                .        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  2  8       0000000000000  4  0      8 666666666     4 88        6    0 0  0               0  6    6      7 7 7        1 77 77777777   000 6     444444   9999  9 5 0    22   000     0      4444     66666      2                0    00 0      8        0          00     0  8        00000   6    44      8                 0     8    44444444      888     0            00   8       8   00    6     66       0    0     88       8   888  00        8   8  00  0           0  0      0 0 8 22   8   22        000000    0000000     4 4  0   0   0    0000    2    2   5         55  0      22   88           88  88        5       7      3  7   7   3    3          3   33      33                5         0 2 8  2      88   2    2 0   8                            3              3   3             3 3333333    3    3  7  3   3  555   0      666     0        222  4444         00  8 8          8            0   0  88  0   6  0      666   6   0000   00  6666 0    888888888   8   2      22  5  2      7  7            7  3       0 3333   7     7      7   0            00     7  00       7           99 77777777  88            0  5     88       2            2   0  0    55555555555555         2  0    3   3     0000000       7          88     0   222222    5555555               0      00     0    0                     88 2           0    88   0    8888     0      88  8888888888      0 2     2  55      0          5555   2  000 2 0    0 88     88   2       5    2  88  000    0    5                0        
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCAAATCTTAAGAAATAAAAAC-------------AATTGCGTTGTGTGC--AATAGGTAAAACATGACTACGAAACTGT-AGTT-CAATGAGACAAGACA-TAATACATAAATAC-A-T-GAAAAAAAAAGAT---A----TTT---TTATTTA------AAA-AT-GGACGA-CTGAA-ACTT-ATAATT-GGCAAA--C-CTTCTA-T-ATAAATTCTTTTATGATATTTTTTCTGCA--T-GACAAGNTTTTCAAA-GATCATATAT--GGAAANTGTGTGTGGGA-----AAAACAATCTTTAATTATGGAAAAGTCAGATGGA-CAGATATTTA------TGAGAAATAATATATG-TAAAGTTGTTGAC-ATGAATATTGCTTGA--TTTAACTATAACAACTTTT-GAAC-AATCTTGTTATGCAACAA-T-AT--TTTTCTTAACAAATG--GA-AAAAAGATGTG-AA-TAGAAA-T-GTAATTTTTGTG-GGCTAATGT------CATT-------GAAAATAATA-CACGATT-TAAT-TN-TTGAATGTAATAATGTAAGACAGAATACTGGAAT-TAAC--TAGAAATGGTT--TT--AGATCGACTATTACATCTGGAAA-CACTATCTGT-TCTTAGGCTTTTTTC-TGA--AGATAA--TCCTAAAGTGCATTCCATTTAATTTC-GTTATTATTCATA--TATTGCTTATAGAAGTATACAAAATTAAAATGATGTTAAGATA-TGAAAGCAGAGTTGAAAA-TGTAAATAATCTGTT---AC-ACATG-TTAA-ACGTA-GACTGT---TAT-AGAACATACATTTA-ACATTAAA-G-AATCAAAATATAATT--TCATTAATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTA-TT-TGT-TACTTTTAATGTCT--TTTTGAT----AAA-ATTTTCGT-TGTA-ATAC-T--ATANTATGTTTCTG--TATTTTAATTTC-GATATTTATTTTCCA-ACAAAATAATNTA---CAA-GTACT-TGAGGG-TGACCTGTTCCTCAGTAACTCGT-TGTTGAGGGGA-GTGGTGGACTG--T--------GT--TTGTGCCTCCCC-TGCAGCAA--TGAAAACAAAAGCAATATATAAAT-GT-ATTT--A-TA-TT---A-TTGATTAGATTT-TTAT-ATATTACGACTTATCTTTTGATGCTACATGTATT--ATTAG-AAT--T---ATTA---TCTTTTTCTTTTTTTTTAA-TTCTCTTCCTTAT-TCTT-TAGAAATCAATGTAAATCTGA--TAATATCAAGGAA-TCTT--TGT-ATAA-T--TATTT-CATATA--TC-TT-------TGTTGA-CATATTATTGA-ATACAT-CTATACCTGTT-T-AATATA-T-ATACCTTA-C--CTTTG--TTATCTTGATACCTTGAATAGAAT-AAATT-GTTGAAACTAAAAAAAAAAAANAAAAAAAA
Reference ( family-195 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCAAATCTTAAGAAATAAAAAC-------------AATTGCGTTGTGTGC--AATAGGTAAAACATGACTACGAAACTGT-AGTT-CAATGAGACAAGACA-TAATACATAAATAC-A-T-GAAAAAAAAAGAT---A----TTT---TTATTTA------AAA-AT-GGACGA-CTGAA-ACTT-ATAATT-GGCAAA--C-CTTCTA-T-ATAAATTCTTTTATGATATTTTTTCTGCA--T-GACAAGNTTTTCAAA-GATCATATAT--GGAAANTGTGTGTGGGA-----AAAACAATCTTTAATTATGGAAAAGTCAGATGGA-CAGATATTTA------TGAGAAATAATATATG-TAAAGTTGTTGAC-ATGAATATTGCTTGA--TTTAACTATAACAACTTTT-GAAC-AATCTTGTTATGCAACAA-T-AT--TTTTCTTAACAAATG--GA-AAAAAGATGTG-AA-TAGAAA-T-GTAATTTTTGTG-GGCTAATGT------CATT-------GAAAATAATA-CACGATT-TAAT-TN-TTGAATGTAATAATGTAAGACAGAATACTGGAAT-TAAC--TAGAAATGGTT--TT--AGATCGACTATTACATCTGGAAA-CACTATCTGT-TCTTAGGCTTTTTTC-TGA--AGATAA--TCCTAAAGTGCATTCCATTTAATTTC-GTTATTATTCATA--TATTGCTTATAGAAGTATACAAAATTAAAATGATGTTAAGATA-TGAAAGCAGAGTTGAAAA-TGTAAATAATCTGTT---AC-ACATG-TTAA-ACGTA-GACTGT---TAT-AGAACATACATTTA-ACATTAAA-G-AATCAAAATATAATT--TCATTAATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTA-TT-TGT-TACTTTTAATGTCT--TTTTGAT----AAA-ATTTTCGT-TGTA-ATAC-T--ATANTATGTTTCTG--TATTTTAATTTC-GATATTTATTTTCCA-ACAAAATAATNTA---CAA-GTACT-TGAGGG-TGACCTGTTCCTCAGTAACTCGT-TGTTGAGGGGA-GTGGTGGACTG--T--------GT--TTGTGCCTCCCC-TGCAGCAA--TGAAAACAAAAGCAATATATAAAT-GT-ATTT--A-TA-TT---A-TTGATTAGATTT-TTAT-ATATTACGACTTATCTTTTGATGCTACATGTATT--ATTAG-AAT--T---ATTA---TCTTTTTCTTTTTTTTTAA-TTCTCTTCCTTAT-TCTT-TAGAAATCAATGTAAATCTGA--TAATATCAAGGAA-TCTT--TGT-ATAA-T--TATTT-CATATA--TC-TT-------TGTTGA-CATATTATTGA-ATACAT-CTATACCTGTT-T-AATATA-T-ATACCTTA-C--CTTTG--TTATCTTGATACCTTGAATAGAAT-AAATT-GTTGAAACTAAAAAAAAAAAANAAAAAAAA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCAAATCTTAAGAAATAAAAGC-------------AAATGCGTTGTGTGC--AATAGGTAGAACATGACTACGAAACTGT-AGTT-CAATGAGACAAGACA-TAATACATAAATAC-A-T-GAAAACAAAAGAT---A----TTT---TTATTTA------AAA-AT-GGAC-A-CTGAA-ACTTTATAATT-GGCAAA--C-CTTCC-----TAAATTTCTTTATGATATTTTTTCTGCA--T-GACAAAGTTTTCAAA-GATCATATAT--GGAAATTGTGTGTGGGA-----AAA-CAATCTTTAATTATTGAAAAGTCAGATTGA-CAGATATTTA------TGAGAAATCAAATATG-TAAAGTTGTTGA--ATGAATATTGCTTGA--TTTA-CTATAACAACTTTT-GAAC-AATCTTGTTATGCAACAA-T-AT--TTTTCTTAACAAATG--GA-AAAAAGATGTG-AA-TAGAAA-T-GTA--TTTTGTG-GGCTAATGT------CATT-------GAAAA-ATTA-CAC-ATT-TAAT-TG-TTGAATGTAATAA-GTAAGACAGAATACTGGAAT-TAAC--TAGAAATGGTT--TT--AGATCGACTATTACATCTGGAAA-CACTATCTGT-TCTTAGGCTTTTTTC-TGA--AGATAA--TCCTAAAGTGCATTCCATTTAATTTC-GTTATTATTCATA--TATTGCTTATAGAAGTATACAAAATTAAAATGATG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ttctgtaaaacattcaggctaaaaaactaaataaagataaaacagagatgtctatttattaggaaagcttgaaaggaaccgccaaaggaaaattcttaattctaaaagtaaatgtcaaaattcaattaaatagtcattaggtacttattatcggccatataaaaaggagtgctatgaaaagaaattggaaacgtttatcagcaagacatagaaaaattattgaaaatcctgtggaaactagaactaacttacaaatattcggtatagtgctgcatattataatattcttggtgcatatcatctaaaggtgttatgcagtcgacattgtttatcaatcacctggtgatgaatttgttaaaggattttaaatcaaataatatcttaatttcatttgaataaaagaatagggattaaaaggaacacttattggagataaactgaaaaggggggatttcatatagttgtatctagaatccaaattcaagcgctataaagcatcatggaagtgacccaaattatctctcatgtaccagtgagaattataacagactttaatgagaaagtttttgttcaaaggaatgggtattgatttaaaattatctttaagacaaacgactcttttgtttaaatgaaaatgaaaatgttaaataagcatatgcctatttttatagagacaattatcaacctattcaatgaaacacaaaggaaagcaattcaaaaaacactgctcgtggtcccagcaattttggagaaaaagatagttacttaacaaaatatatgacactttgttattatttacaaagtggcatgtaaaagtggtattttaaaagtggattgatttatttaacgttatggcgtcgtgtcagatgggttattactgattttctTGAAGTGCATTCT-TTTAATTTT-GTTCTT--TCATA--TATTGCTT--------------AATTAAAATGATGTTAAGATA-TAAAAGCAGAGTTGAAAA-TGTAAATAATCTGTTA--AC-ACATA-TTAA-AC-TA-GACTGT---TAT-AGAACAT--ATTTA-ACATTAAA-GAAATCAAAATATAATT--TCATTAATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTA-TT-TGT-TAC-TTTAATGTC---TGTTGAT----AAATATTT---T-TGTA------T--ATAATATGTTTCTG--TATTTTAATTCC-GATATTTATTTTCCA-AC-AAATAATCTA---CAA-GTACT-TGAGGG-TGACCCGTTCCTCAGT-ACTCGT-TG-TGAGAGGA-GTGGTGGACTG--T--------
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gT--ATTAG-AAT--T---ATTA---T---TATCTTTTTTTTAAA-TTCTCTTTCTTAT-TCTT-TAGAAATCAAAGTAAATCTGA--TAATATCAAGGAA-TCTTTCTTT-GTAA-TACTACTT-CATACA--TTATTAGTATAATGTTGA-C-TATTA-TGATATACAT-CTATACCTGTC-T-AAT-TATT-ATACCTTA-C--CTTTG--TTATCTTGATA-CTTG-AT-GAAT-TAAAT-GTTGAAACTTAAAAAACAAAACAAAAAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -A-T-GAGAAAAAAA--T---C----GTT---TGATTCATGGAAGAAA-AA-GGGCGA-CTGA---CTT--TAATTTGGCAA-----CTTGTA-TTATAAATTCTCTTGCGAT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          gatggattacctgatgaattttatatatgtttttggaactatataagtgagatgttttacaatgctttacgtgatattatcattaaaagagaaatgagtttttcgcaaaaaatattagtaatcactttattgtttaaaaaggatgaccgtagatatctgaaaaactatcgaccacttagtttaaccaatactgattacaaaatagtagcttttatttttgccagaaggttacaaaaaattattgatggtttaattggaaatgaacagtcagcatatataaagggtaggtttattggtgaaaatgcaagatggctacttgatgtttttgaatattgtgaaaatacaaataatgagggtatacttttaatgttagattttgaaaaaagcgtttgatgctgtagagtggaattttttgtttaaggtgttgaaaaattttgattttggtgaaaattttataacatggattaaaatattatacactaacactttctttaaattaaaaaacaatggttggatttcaaagtcatgtagaatgtatcgtggaatacgacagggatgtcccatttccgctattttatatttatttgtagctaagatagctagctttgagtataaaacaagaaaatacaaatacaattaaagtatatctataccaaatatgttgcaagaaataaaaacattcagcgaacgctgaattgatctacaattactgttaaaaagatgataaccttcctatgaaggcaagcgatggcgttaatagaaaagtatttgtcagcatgtcaggatccaaattaaaccttagtacctcaactgatgtatctcttggaagttttaaagaaatagtgtcaaagaaatttggctaataataacgactaagtgaaagcagttaaatgtttgagagggattatacttcggtcatggaatacatattgattgttacgataaaaaatttggatgaaaaatttcatagagcaGAACA--CATTTC-ACATTAAA-G-AA----AATATAATT--TCATTGATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTA-TT-TGC-TAC-TTTAATGTC---TTTTGATTAAAAAA-ATC----T-TATATATACAT--GTACTATGTTTCTG--TATTTCAATTTT-GACATTTCCTTTCGA-ACAAATTAATCCA---CAA-GTACT-TGAGGG-TGACATGTTCCTCAGT-ACTTGT-TG-TGAAGGGA-GTGGTGGACTG--T--------ttcaaaagattatttatgtttgtctcaattttacctattcctgatgaaaattctttgaaaatataaaacgtttctatttctaattttcttttgaataagattgacaggattaaaaaaaagggaagtaacaattagtgtcggcaaataaagtttctttgttgcaagcagaggaggtatagggtgttgtagaatacttattttagaaaggaggttaaagctattacaaggcctcttggaatacaaagaattcagtaaccaaaggggtttaaatgatttgttacaagtttttgtgaagcgcttacaatgttgtaaagatatcaacta
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GGCGA-CTGA---CTT--TATTT-GACAAA--A-CTTGTA-TCATAAATTCTCTTGTGGT
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          AGTA-CTTGT-TGT-GAGGGGA-GTGGTGGACTG--TTAATGACGGTGATTGTGCCTCCCC-TGCAGCAATGTGAAGTTAAATGCAATATAT--AT-GT-ATTT--A---------A-TTGATTAGATTT-ttcaaaatttatttatgttgcctcaattataacaattcctaatgaaaatcgtttgaaaaatataaaacgtt
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TG--TATTTCAATTTC-GATATTTCTTTTCCA-AC-AAATGATCTG---CAA-GTACT-TGAGGG-TGATTTGTTCCATAGT-ACTTGT-TG-TGAGGGGA-GTGGTGGACTG--T--------
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCAAATCTTAAGAA-TAAAAAC-------------AATTG-GTTGTGTGA--AA---ATAAAATA---CTGCGAA-CTGT-A-TT-CAATGAGACAAGACA-TA-TACA-AAATACCA-T-GAAAAGAAATG-T---A----TTT---T-ATTTA------AAA--T-GGACAA-CTGAATAC---ATAATT-GGCAAA--C-CTTCTA------AATTCTTTTATGATATTTTTT--GCA--T-GACAAG--TTTCAAA-GATCATATAT--GGAAAGT-TGTGCGGAA-----AAAACAAT--TTAATT-TGGAAAAGTCAGATGGA-CA-ATATTTA------ATAGAAATAATATATG-TAAAGTT--TGAC-ATGAATATTGCTTGA--ATTAACTATA--AACTTTT-GAAC-AATCT--TTATGCAACAA---ATTATTTTCTTAACAAATGAAAA-AAAAAGATGTGAAA-TAGAAACT-GTAATTTTTGTG----CAATGT------CATT-------GAAAATAATA-CACGATT-TAATATT-TTGAATGTAATAATGTAAGACAG-ATA-TGGAAT---ATTGTAGAAATGGTT--CTTGAGATTGAC-ATTACAT
gi|4                          : ttctgtaaacattcaggtctaaaactaaataaagataaaacagaatgtctattattaggaaagctgaaaggaacgaccaaagaaattcttcgtctaaaggtaaatgaaaattcaattaaatcattagatattcatatcggccataaataaaggagtcttatgaagaatgtgaacaacgttatcagaaagatcatagaaaaaatttattgaaatcttggaaaactagaaacttacgtaatattgtgtaagtgctgcattataaattctttgcaatatctaaagtggtttatgcagcgacattgttatcatcaccttgtcgatgattttgtttaaagaattaattaaataatatctaatttcaattggaataaaagagatagaattaaaaggaacactcttattggagataaactaaaaggggggattcatatagttgatctagaatccaaatttaaagcgcttaaaacatcatggatccccaaaatactctcatgtaaccatagattaaaatactttttagaaagtttttgtcaaaggaatgggtatgatttaaaatatcttttaaagacaaacgactctttttaaaatgaaaatgaagtgttaaataaacttatgccatatttttatagagaaattatcacctatttcaacgaaacaaaggaaagcaaatcaaaaacactgcccgtctcacaaaatatttggagaaataaaagatttacttacaaaaataggacactttgttttacaaattggatgaaaagtggtattttaaaagttgatgatttatttaacgatatgggcttcaaggatatcactgattttTCAAATCTTAAGAAATAAAAGC-------------AAATGCGTTGTGTGC--AATAGGTAGAACATGACTACGAAACTGT-AGTT-CAATGAGACAAGACA-TAATACATAAATAC-A-T-GAAAACAAAAGAT---A----TTT---TTATTTA------AAA-AT-GGAC-A-CTGAA-ACTTTATAATT-GGCAAA--C-CTTCC-----TAAATTTCTTTATGATATTTTTTCTGCA--T-GACAAAGTTTTCAAA-GATCATATAT--GGAAATTGTGTGTGGGA-----AAA-CAATCTTTAATTATTGAAAAGTCAGATTGA-CAGATATTTA------TGAGAAATCAAATATG-TAAAGTTGTTGA--ATGAATATTGCTTGA--TTTA-CTATAACAACTTTT-GAAC-AATCTTGTTATGCAACAA-T-AT--TTTTCTTAACAAATG--GA-AAAAAGATGTG-AA-TAGAAA-T-GTA--TTTTGTG-GGCTAATGT------CATT-------GAAAA-ATTA-CAC-ATT-TAAT-TG-TTGAATGTAATAA-GTAAGACAGAATACTGGAAT-TAAC--TAGAAATGGTT--TT--AGATCGACTATTACATCTGGAAA-CACTATCTGT-TCTTAGGCTTTTTTC-TGA--AGATAA--TCCTAAAGTGCATTCCATTTAATTTC-GTTATTATTCATA--TATTGCTTATAGAAGTATACAAAATTAAAATGATGTTAAGATA-TGAAAGCAGAGTTG-AAA-TGTAAATAATCTG-T---ACGACATGTTTAATACGTATGAC-GTAACTATGAGAACATACATTTA-ACATTAAA-G-AATC--AATATAATTAATC--TAATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCTATTATTT-TGTATACCTTTAATGTCTCGTTCTGAT----ACA-ATTTTCGTCTGTA-ATAC-TCAATACTAATTTTCTGATTAATTTAATTCC-GATATTAATTTTCCAGACAAAATAATGTAAAGCAA-GTACTGTGAGGG-TGA-CTGTTCCTCAGTAACTCGC-TGTTGAGGGGATGAGTTGGACTGTTT--------GT--TTGTGCGTCCCCGTGCAGCAA--TGAAAACAAAAGCACTATATAAAT-GTAATTT--A-TATTT---A-TTGATTAGATTTATTATCATA-TAGAACTTCTC-TTTGATGCTACATGTATT--ATTAG-AAT--TAAAATTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAA-TTCTCT--CCTAT-CTTT-TAGAAATCAATGTAAATCTGA--T-ATATCAAGGAACTCTT--TGT-ATAA-T--TATTTGCATATA--TC-TT-------TGTTGA-CATATTATTG--ATACATCCTATACCTGTTATAAATATA-TGATA-CTTACC--CTTTGTCTTA-CTTGATACCTTGAATAGAATAAAATT-GTTG-AACTAAAAAAAAAAAACACAAAAAA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AGATTTTCAAAAATCAAAACCACAATTCCCTTTAATTG-GTTGTGTG----AT---TAAAATATGG--ACGAA-TTGT-AGTTTCAATGAGA-AAGACA-TA-TACATAAATAT-ACT-GAATAAAAGAAATTGTA----TTT---TTTTTTA------AAA-AT-GGACAT-CTGAA-ACT--ATAATT-GGCAAA--GGCTTCT-----TAAATT--TTTATGATATTTTTTCTGCAAGT-GACAAGTTTATCAAAAGATCATATAT--GGGAAAAGTGTGTGGGA-----AAAACAAT--TTAATT--GGAAAAGTCATGTGGAGCAGAT-TTTA------T-AGAAATA-TATATGGTAAAGTTGTTGTA-AAGAATATTTCTGAA--TTTAACTATA-TAACTTTTTGGACGAATCTT-TTATGCA-CAT-TTAT--TTTGCTTA-CAA-TG--GAGAAAAAGATGTG-CA-TGAAAC-T-G-AATTTT-GTG---CTAATGT-------ATT-------GAAAATAATATCACGATTGTAAT-TTATTGA-TGTA-TAATGTAAGACAGA-TA-TGGAATATAAT--AAGAAATAGTTCCTTG-AGATCGAC-ATTACAT--GGAAAACA-TAT-TGTCTCTT-GGCTTTTATCATGATGAAATAAGTTCCTAAAGTGCATTCC-TTTAATTTCCG--GTTATTTATAAGTAT-GCTTATCGAA-TATACAAAATTAAAATGATGTTCAGATAATGAAAGCAGAGTTGAAAAGTGTAAATAATCTGTTTAAAC--CATG-TTAG-AAGTA-GACTGT---TAT-A--ATGAACATTTACACATTATATG-AAATAAAATATAATT--TCAT-AATAAGAGTT-CTTC-AAAAGCT-TTA-TTGTGT-TACTTT--ATGTCT--TTT-GAT----AAA-TTTTCTGT-TGTA--TAT-T--ATA-TAT-TTTCTG--TA-TTTAATTTCGGATATTAATTTTTCA-ACAACATAATGT----CAAGGTACT-TGAGGGTTGACCTGTATCTCAGT-ACTCGTCTG-TGA-GGGA-GT-GTGGATTG--T--------GT--TTGTGGCTCCCG-TG--GCAA--TGAAAAC-AAAGAGATATATAAATGGT-ATTTAAA-TA-TTTACA-TTGATTTGA-TT-TTAT-ATATTACGATTGA--TTTTGATG------GTATTAAATTAGAAATTAT---ATTT---TCTTTTTTTTTTTTTTTAA-TTCTCTT-CTTATGTCTTATAGGAATAGATGTAAATCTGACTTAATATCAAGGAA-TCTT--TGTGATAAGT--TATTG-CATATAAGTC-TT-------TGTTGACCATATTATTGA-ATACAT-CTATACCTGTT----ATATA-T-G-A--TTA-CTACTTTG--TTATTTTGATACCTGAAATA-AAT--AATT-GTTG-AACAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAata
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttaAC-A-T-GGAAAAAA---AT---G----TTTGAATCATGGA------AAG-AA-GG-CGA-CTG---ACTT--TATTT-GGCAAA--A-CTTGTATT-ATAAATTCTCTaaa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                       acttaatactttttgaatattgtgaaatacaaataatgagggtatactttttaatgttagattttgaaaaagcgtttgagtctgtagagtggaactgtttgtttaaggtgttgaaaaattttaattttggtgaaaattttataacatggattaaaatattatacactaacactttctttaaattaaagaacaatggttggatttcctaaatcatgtagaatgtatcgtggaatacgacaggtatgtcccatttcgctattttatatttatttgtagtgagatactagctttgagtataaaacaagaaaatacaattaaggtatattataccaaatatgtctcaagaaataaaaaaacattcagcacgctgatgatctaacattactgttaaaaagatataactttctatgaagcaagcgattggcgttatagaaaagttttgtcagcatgcaggatcccattaattatactaaaactgaatgtatccttcttggaagtttaaagaatagtgtcaaagaaattaatggcataaaacgactaataaagcagtaaaatgtttaggaatatacttcggtcatgatacaattgattgttacgataaaaattggatgaaaacttatcatgTCAAATCTTAG--AATAAAAAC-------------AATTG-GTTGTA-GCTGAATAA-TAAAA-AT-ACTACGAAACTGTTATTT-CAATTAGACAAGTCACTAATGCAGAAATAC-A-TTGAAGAAAGAAAAT---ACATTTTT---TTATTTA------AAACATAGGACAAACTGAA-ACTA-TTAATT-GGCAAAACC-TTTCT-----TAAATCCTTTTATGATATTTTCTATGCA--TTGACAAGTTTTTCAAA-GAT-ATATATTTGGAAAGTG-ATGTGGGAGAAAAAAAACAAT--TTAATTTTGGAACAGTCAGATGGA-CAGATATTTAATTTTATAGAAAATAATATATG-TAAAGTTGTTGACAATG-ATATTGC-TGAATTTTAACTATA--AACTTTT-GAAC-AATATT-TTATGCAACAATT-AT--TTCT-TTAACAAATG--GA-AAAAGATTGTG-AATTAGAAA-TGGTAATTTTT-TGTAGCTAATGTATATGCCATTGCGTTCAGAAAAGAACA-CACagcgatttcaaaatttattttatgtgcctcaattttacttattcctgatgaaaatcttttgaaaaatataaaacgttctattttttaattttctttggaataagactgacaggattaaaaggaatactttgattggcaactgtttcagagggaggtatagatgttgtagacatatatttaaaaattaaagctattaaagcctcttggatacaaagaatcagtaacaaaggggttataaatgattttgttacaagtttttgtaagccttacgatgtaaata
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        actaccttctcacaaaaattttggagaaataaaaaaataacttatagaacatagggcacttgttttacaaattggatggaaagtggtattttaaaagttgtgatgatttatttaacgaaatgcgcgttttcaaggatattaactgatttttT---TAT-AGAACATA--TTTA-ACATTAAG-A-AATCAAAATATAATT--TCATTAATAACAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTA-TT--GT-TACTTTAAATGTCT--TTT-GAT----AAA--TTTTC-T-TGTA------T--ATAATATATTTCTG--TATTT--ATTTC-GA-ATTTATTTTCCA-ACAAATAAATGTA---CAA-GTACT-TGAGGG-TGACCTGTTCCTCAGTA-CTCGC-TGT-GAGGGGA-GTGGTGGACTG--T--------GT--TTGTGCCTCCCC-TGCAGCAA--TGAAAACAAAAGCAATATATAAAT-GT-ATTT--AATA-TT---AATTGATTAGATTT-TAAT-ATATTACGA-TTATCTTTTGATGCTACATGTATT--ATTAG-AAT--T---ATTA---T---TTTCTTTTTTTTTAAATTCTCTTCCTTAT-TCTT-TAGAAATCAATGTAAATCTGA--TAATATCAAGGAA-TCTT--TGT-ATAA-T--TATTT-CATATA--TC--T-------TGTTGA-CATATTATTG--ATACAT-CTAATCCTGTA-T-AATATA-T-ATACCTTA-C--CTTTG--TTATCTTGATACCTTGAATAAAA--AAATTGGTTGAAACTAAAAAAAAAAAGAAAAAAAA


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  G          CACAATTCCCTTT  T  C        CTGAATAA      T TG        A    T G  T               C  A    T      C C T          GA ACATT      GAA G     TGGAAG   CATA    G A    AT   TTA     T      ACC      ATTA                        C    AG T      G        A          TT     G           GAAAA   A    CT      A                 G          ATTTTATA      AAT     G            CA               AT    A     AC       T    G     TG           TT   TA               AA  G           A  T      C G   AT       TA        ATATGC    GCGTTCA     T A  T   G   G    ATT     A    A   T         AA  C      AT   TG           CC  TG        T       C      A  C   C   C    A          A   TG      GT                A         C T    A      AG   T    A A   G                            A              A   G             T TAAAC      T    T  G  T   T  AAC   G      TAC     C        TG   ATAA         AA                            A   T  GT  A   C  T      TCG   T   TAAA   A   TTCG C    TATACAT     C   G      AT  T  C      G  C            G  A       C AAAG   G     G      T   C            AA     C  TT       T           TT TAATGACG  .             G  C     .        A            A   G  A    AAATATTTACA            T  A    .   T     TTATCT        C          AA     A   TAAA      TTTTTTT               A      TC     G    A                     CT A           C    .    G    GT       G      AG  TT              C A     T  A       C          TATA   A  TG  T C    C TA     TC   T       C    A  AG  TAA    G    A                C
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  G          .              A  .        CAATAGG       C TG        A    . G  .               .  A    T      . . .          AA TGTA       .   T     .        AA      G .    A    AT      .      GG       ATCA                        C    .  .      T        .          .      T           .       A    .       T                 .          AT            CAA     .            C                .     A     T        .    .     T            TT   .                .   .           .  .      . .   AT       G         .         .           T T  .   G   .    TTA     A    A   T         A   .      T    .            .   G         .       .      .  .   .   .    .          .   .       .                 .         . T    A      .    T    A C   .                            .              .   .             . ACGA       .    .  G  .   .  .     .      AAC     .        G    TCAA         .                             .   .  T   .   T  T      T     T   .      A   TCTG .    ATACTCA     C   T      .   T  C      .  T            .  A       C A      .     .      .   T            A      .  T        .           .  .         .             .  C     .        A            A   .  .    AATATTAA               T  .    .   T     TTGAT         .          .      .   TAT       TCTT                  .      T      .    .                     .  A           .    .    .    T        .      .   TT              . A     T  .       .          AT     A  T   T .    . .      .    T       C    A  AA  T      .    .                A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  A          .              T  .        AAAA          T T         .    . T  .               .  .    G      . . .          AA C          .   T     .        AT      A .    A    T       .      A        ATTA                        A    .  .      T        .          .      A           .       A    .       .                 .          TG            AAT     .            A                .     A     .        .    .     T            T    .                .   .           .  .      . .   AT       .         .         .           G A  .   .   .    TG      .    .   .         A   .      .    .            .   .         .                                                                       .         . .    .      .    .    . .   .                                                                                            .     .      TA      .        G    TC           .                             .   .  T   .   T  A      T     .   .      T   TTC  .    TATT        A   A      .   A  T      .  T            .  A       G G      .     .      .   C            A      .  T        .           .  .         .             .  .     .        .            A   .  .    ATATTTA                .  .                                       .      .   T         T                     .      .      .    .                     .  .           .    .    .    T        .      .   T               . A     T  .       .          T      A  T   . .    . .      .    .       C    A  A   A      .    .                A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .          .              T  .        AT            . .         .    . .  .               .  .    .      . . .          G  A          .   C     .        AT      A .    A    T       .      C        A                           .    .  .      .        .          .      G           .       .    .       .                 .          T             AT      .            .                .     .     .        .    .     .            .    .                .   .           .  .      . .   .        .         .         .           . A  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                            C       .        A    .            .                             .   .  .   .   .  .      .     .   .      .   .    .    T           .   .      .   T  T      .  T            .  A       G A      .     .      .   C            A      .  T        .           .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           . . .          A  A          .   T     .        AA      G .    .    A       .      C        .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .   .  .      .  .            .  .       G .      .     .      .   .            A      .  T        .           .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           . . .          .  G          .   .     .        T       A .    .    A       .      A        .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     A      .  T        .           .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   . .    .    T       .      .        .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AATAG****                                                                                                                              T**                     A****                                                                                          **                                                                      **                           **                  T*           T**                                                   AT       **                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AC*              G**                                                                      T**              A*  TCC*      TACT*****
originalCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCAAATCTTAAGAAATAAAAAC-------------AATTGCGTTGTGTGC--AATAGGTAAAACATGACTACGAAACTGT-AGTT-CAATGAGACAAGACA-TAATACATAAATAC-A-T-GAAAAAAAAAGAT---A----TTT---TTATTTA------AAA-AT-GGACGA-CTGAA-ACTT-ATAATT-GGCAAA--C-CTTCTA-T-ATAAATTCTTTTATGATATTTTTTCTGCA--T-GACAAGNTTTTCAAA-GATCATATAT--GGAAANTGTGTGTGGGA-----AAAACAATCTTTAATTATGGAAAAGTCAGATGGA-CAGATATTTA------TGAGAAATAATATATG-TAAAGTTGTTGAC-ATGAATATTGCTTGA--TTTAACTATAACAACTTTT-GAAC-AATCTTGTTATGCAACAA-T-AT--TTTTCTTAACAAATG--GA-AAAAAGATGTG-AA-TAGAAA-T-GTAATTTTTGTG-GGCTAATGT------CATT-------GAAAATAATA-CACGATT-TAAT-TN-TTGAATGTAATAATGTAAGACAGAATACTGGAAT-TAAC--TAGAAATGGTT--TT--AGATCGACTATTACATCTGGAAA-CACTATCTGT-TCTTAGGCTTTTTTC-TGA--AGATAA--TCCTAAAGTGCATTCCATTTAATTTC-GTTATTATTCATA--TATTGCTTATAGAAGTATACAAAATTAAAATGATGTTAAGATA-TGAAAGCAGAGTTGAAAA-TGTAAATAATCTGTT---AC-ACATG-TTAA-ACGTA-GACTGT---TAT-AGAACATACATTTA-ACATTAAA-G-AATCAAAATATAATT--TCATTAATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTA-TT-TGT-TACTTTTAATGTCT--TTTTGAT----AAA-ATTTTCGT-TGTA-ATAC-T--ATANTATGTTTCTG--TATTTTAATTTC-GATATTTATTTTCCA-ACAAAATAATNTA---CAA-GTACT-TGAGGG-TGACCTGTTCCTCAGTAACTCGT-TGTTGAGGGGA-GTGGTGGACTG--T--------GT--TTGTGCCTCCCC-TGCAGCAA--TGAAAACAAAAGCAATATATAAAT-GT-ATTT--A-TA-TT---A-TTGATTAGATTT-TTAT-ATATTACGACTTATCTTTTGATGCTACATGTATT--ATTAG-AAT--T---ATTA---TCTTTTTCTTTTTTTTTAA-TTCTCTTCCTTAT-TCTT-TAGAAATCAATGTAAATCTGA--TAATATCAAGGAA-TCTT--TGT-ATAA-T--TATTT-CATATA--TC-TT-------TGTTGA-CATATTATTGA-ATACAT-CTATACCTGTT-T-AATATA-T-ATACCTTA-C--CTTTG--TTATCTTGATACCTTGAATAGAAT-AAATT-GTTGAAACTAAAAAAAAAAAANAAAAAAAA
finalCons                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCAAATCTTAAGAAATAAAAAC-------------AATTGCGTTGTGTGAATAG----TAAAACATGACTACGAAACTGT-AGTT-CAATGAGACAAGACA-TAATACATAAATAC-A-T-GAAAAAAAAAGAT---A----TTT---TTATTTA------AAA-AT-GGACGA-CTGAA-ACTT--TAATT-GGCAAA--C-CTTCTA----TAAATTCTTTTATGATATTTTTTCTGCA--T-GACAAGNTTTTCAAA-GATCATATAT--GGAAANTGTGTGTGGGA-----AAAACAAT--TTAATTATGGAAAAGTCAGATGGA-CAGATATTTA------TGAGAAATAATATATG-TAAAGTTGTTGA--ATGAATATTGCTTGA--TTTAACTATA--AACTTTT-GAAC-AATCTT-TTATGCAACAAT--AT--TTTTCTTAACAAATG--GA-AAAAAGATGTG-AA-TAGAAA-T-GTAATTTTTGTG--GCTAATGT------CATT-------GAAAATAATA-CACGATT-TAAT-TN-TTGAATGTAATAATGTAAGACAGAATACTGGAAT-TAAC--TAGAAATGGTT--TT--AGATCGACTATTACATCTGGAAA-CACTATCTGT-TCTTAGGCTTTTTTC-TGA--AGATAA--TCCTAAAGTGCATTCCATTTAATTTC-GTTATTATTCATA--TATTGCTTATAGAAGTATACAAAATTAAAATGATGTTAAGATA-TGAAAGCAGAGTTGAAAA-TGTAAATAATCTGTT---AC-ACATG-TTAA-ACGTA-GACTGT---TAT-AGAACAAC-ATTTA-ACATTAAAG--AATCAAAATATAATT--TCATTAATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTA-TT-TGT-TACTTTTAATGTCT--TTTTGAT----AAAA-TTTCC-T-TGTATACT-----ATANTATGTTTCTG--TATTTTAATTTC-GATATTTATTTTCCA-ACAAAATAATNTA---CAA-GTACT-TGAGGG-TGACCTGTTCCTCAGTAACTCGT-TGTTGAGGGGA-GTGGTGGACTG--T--------GT--TTGTGCCTCCCC-TGCAGCAA--TGAAAACAAAAGCAATATATAAAT-GT-ATTT--A-TA-TT---A-TTGATTAGATTT-TTAT-ATATTACGACTTATCTTTTGATGCTACATGTATT--ATTAG-AAT--T---ATTA---TCTTTTTCTTTTTTTTTAA-TTCTCTTCCTTAT-TCTT-TAGAAATCAATGTAAATCTGA--TAATATCAAGGAA-TCTT--TGT-ATAA-T--TATTT-CATATA--TC-TT-------TGTTGA-CATATTATTGA-ATACAT-CTATACCTGTT-T-AATATA-T-ATACCTTA-C--CTTTG--TTATCTTGATACCTTGAATAGAAT-AAATT-GTTGAAACTAAAAAAAAAAAANAAAAAAAA
18 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TTAAAGCATGCAAAAATAATTCTGATTATTGTCAAGATAATGATGATATACGTGATAACTTGTATGCGTTTTACCAGAGAATTGATATAGTCGGTAGCAAATGTAGGAAGAACACTCAGAAATTCAGAAGCTTTTTATCAATGGTTAAATTTTGAAAAAAATTATATCTTGATGATGATAAAAAATTTTCTTAGATTCTCCACTCACGAAATGGAGAAATGCGTTGTGCTTTATTCAACATGAAGAGTAATAAGAGTCCTGGTTAGACGGTCTGCCTTTGAGTTTTATAAGGCATTTTGGGAGAAACTCAAAACATAACTTTTTTGATTCTGTGTGATAATTGTTTTTTAATGAAGAATGTTAACTTTTACACAAAGATTGGCTGTTGTATCTTTGATACAGTAAAAAAGGGGGATACAGACCTCCTTGGCTAAGCTACAGAGCCCAATGAGTCTTAGCAAACACAGAGCTGATAAAAGCATTGCTTTTAACTTTGGCGAAGAGGCTACAAAAAATAATAAGATAAGTTAATGCCAAATGATCAGGTCAGCGTTACATTAAAGGTAGATATAGGAATAAATGCAAGGGATTAACTAGTAGATATCTATGAATAGTTGCGAAAGAAAATGATGGATTGGAGTTATTCTTTTATTTCTTGATTTTCAAAAAGCATTTTGATTCTGTTGAGTGGATTTTATGTTTCTAAGTCTAAAATCATTTAATTTTGGGTGATAATTTTATAAAGTGGGGTAAATATACCTAGATAAAGAAATCTATCGTCAGTTTAAATTTCTTGAGAGAAAATGTAACGGCTTGATTTTTAAATCGTA
Unaligned ( gi|10 ): CTACTTGATGTTTATGAATATTGTGAAAATACAAATAATGAGGTTATACTTTTAATGTTAGATTTTGAAAAAGCGTTTGATGCTGTAGAGTGGAACTTTTTGTTTAAGGTGTTGACAAATTTTAATTTTGGGGAAAATTTTATAACATGGATTAAAATATTATACACTAACACTTTCTTTGAATTAAAGAACAATGGTTGGATTTCTAAGTCATGTACAATGTATCGTGGAATACGACAGGGATGTCCCATTTCCGCTATTTTATATTTATTTGTAGCTGAGATACTAGCTTTGAGTATAAAACAAGAAAATACAATTAAAGGTATATATATATACCAAATATGTCTCAAGAAACAAAAAAAACATTCAGCACGCTGATGATCTAGCATTACTGTTAAAAGATATAACTTCTATGAAGCAAGCGATTGGCGTTATAGAAAATTTTGTCAGCGTGCAGGATCCCAAATTAATTA
Unaligned ( gi|11 ): TGTTTTAAAATACGCTTAAGTCATACAAGATTTGGGCCACGATTAAAGATTGTGATAAGAGAACAATTTTGACCAAAAATCACGAAGTCATGCAAGAAAAAAATTTTCGAAATCCGGAGAAACACGAGAAGCAATTAACCAACTGTTCGGTAGGTATGCGTAATCATATATACTCTAGTAGTCTCTAAAATTATCTATGTGCTTCTATAATTAAGCCTACCCAGAGTTCCAAATCATTCAATCAAAAATCTGCAAAAGACTTGATTTTACAATGTTTCATTCTGGAATAAAAAAGATAGAATTAAAAAGGAAACTACACTTTTGATAGGAAAACTGTTGAGACAGACATGGAGAGTATAGATGGAATTGTTACATTTTATCAAAAATCTAATTCTTTAAA
Unaligned ( gi|12 ): ATTATAAAATTTTAGCTTTTGTATTAGCTAGAAGATTATAATTTTTTAAAGATAATGTTATAGCAAGAGATCAGTCTCTCTACATAAAAGGACGATATATTGGTATGAATGCTAGACTAATTGTGGATACTTTTGATTATTGTGAAAATAATAATAAAGAGCATTTTTTTTTTAAAAAAAGCATTCCCTCGAATGGTGTTCTATAATAAAAACACCCGAGTTCTTTAATTTTTGACAAGAATTCATCAAATGGATTCAAATTTCATATAAAAATCCAGACTTTAGACTAAAAAATAATAATTGACTGTCAAAAAGATGTATAATGAGGCGGGGCATTCGTCATGGATGTCCTATATCAGCGATAATTTTTCTATTTTT
Unaligned ( gi|13 ): GATATCAAATATCTATTACAATTAACTAAACGAAAAATGAAAGATTTTACAATTATTTCTCATTTTATAAAGAAATTTTGCTGTTTTAATGAATGTACAAAGAAAATAGAAATATCACAAATATCACATATTTTAAAAGCCAGTTTTGCGCAGCAACCATTGTGGAATAATAATATTTTTGAATACAAAGACAAAACACCGTTTCAAAAATTGGATTGATAGTAATATTTCATATGTAAAAGATCTGTTTAATAATGATGGAAAATTTAAAACTTTACATGATTTTTCAAATGTCCTGAGTAATAAATTCAATTGGTTACGTGAATATATTATATTGAAAAAT
Unaligned ( gi|15 ): AAAACAGACTATAAGATCATTGCTTTTACTTTGGCGAGGAGACTACAAAAAATAATAGATAAGCTAATGGCAAATGATCAATCAGCTTTAATTAAAGGTAGATTTATAGGAATAAATGCAAGAATTATAGTGGATATTTTTAAATATTGTGAAGAAAATCATTTTGATGGCATTGCTTTATTTTCTTGATTTTCAAAAAGCATTTAATTCTGTTGAGAAAATTTTATGTTTAAAGTTCTATAATCATTTAATTTTGGCGATAATTTTATAAAGTGGGTAAATATATTATACTTTAGATTAAACAA
Unaligned ( gi|16 ): AGCATATATAAACCGTAGTTTATTTAATCACATTGTTCTGATATACAAATTACATTTTAGATGGCTTACTTGATTTTTTTTTCTTAGTAATATTGTGAGAGTGTACTTATTAATGTTAGGATTTTTGTAAAAGACTTTTTATGTTTGTATTGAGTTTTGCACCGTTTTTGTTTTAATTGTCGTTGATATCAATTTTAATTGTGTTGATTAATTTTATAACTATCGGATTAAAAATATTTGACACTGATACTTTCTATTAAATTAAAGAACACAATTGTTTGGTTC
Unaligned ( gi|17 ): AAATACAGATGATAAAATTACTGCTTTCATTTTAGCAAAAGTACTAGAGCTTTTAATTCAGTATAGTGAAACTTTAGATTTAAAGTACTTTAAAATAACTTATTAAAATAGGTAAAAAATACCTTATGGAAACCAATTTTTGTAATTAAGAGTAATGGATGGATTTCAAAAACATGTCAAATGGGAAAAGGCATAAGACAGGGTTGTCCTATTTCAGCATTGCTATTCTTATTTGTAGCTGAAATATGTGTAAAAGATATAACAAATAAAA
Unaligned ( gi|18 ): ATGAAAAATAATAAATCTCCCGGACTTGATGGATTACCTGGTGAATTTTATAAATGTTTTTGGGACTGTATAATTGAGATGTTTTACAATGCTTTACGTGATATTTTCATTAAAAGAGAAATTAGTTTTTTGCAAAGAATATCAGTAATCACTTTATTGTTTAAAAAGTGACTGTAGGTATCTGAAAAACTATCGACCACTTAGTTCAACCAATACTGATTACAAAATAGTAGCTT
Unaligned ( gi|21 ): AGCTGGAAAAATTTTCAAAATTCAAGAGAAATTTTCTAAAATGGGATATAAAATATTGTATACAAACCCAATATTTAGGTTAAAAAAATAATGTTGTGATATCCAAACATGCCCAATGAAACACGAGGATACGATCGAGGGCTGTTCCCACTTTCTGCGATATTATATCTTTTGTTGCTGAATTCCTGGTGAGATGATTGTGGCTTTAGGAATAAAA
Unaligned ( gi|22 ): TTAGATTTTGAAAAAGCGTTTGATGCTGTACAGTGGAACTTTTTGTTTAAGGTGTTGAAACATTTTAATTTTGGTGAAAATTTTGTAACATGGATTAAAATATTACACACTAACACTTTCTTTAAATCAAAGAACA
Unaligned ( gi|23 ): AAAATTTTAGCACATATTTTCGCTACGAGATTACAAAAAGTTATAGATAGACTGATAAACAAAGACCAATCCGCATATATTATAGGTAGATATATCGATGAAAATGCGAGACTTCTACTTGATATATT
Unaligned ( gi|26 ): ATATTTAAAAATTAAAGCAATTAAAGCTTCTTCGATACAAAGAATAAGTAACAAAAGGGTTATTAATGATATTGTTAAGTTTTTGTAAGCCTTATAATGTAA
Unaligned ( gi|28 ): TTTAATGTTAGATTTTGAAAAGACTTTTTATGTTGTAGAGTTGCACGTTTTGTTTAAGGTGTTGAACAATTTTAATTGTGTTGATAATTTTATAACAT
Unaligned ( gi|29 ): TTTAAAATCTTAAAAATGATTTTTGAAATGTACAGGGTAATCAATCCAATTTGTCATGCAAATGTGTTATATTGAAAA
Unaligned ( gi|30 ): AGATATAACTTCTAAGAAGCAAAGCGATGAACGTCATAGAAAAGTTTCGTCAGCATGTGAGGAATCAAAAAA
Unaligned ( gi|31 ): AGTAACAAAGGGGTTATTAATGATTTTGTTGCAAGTGTTTATAAGCCCTATAA
Unaligned ( gi|32 ): GAGAAATTATCACCTATTTCAATGAAACAAAAGATGGAAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             4444444444444     2      11  2222222                 1                            1                         222222222222   111       111111                  11       11          1111   3333333333                           11                            11                 22222   1    22      1                            22222222                            11               11    1       22                  1           111  11               11                              111       22       222222    2222222     1        1   1    1111             1             1      11   11           11  22        1              1          1               1   11      11                1         1             11                                           1                  1               3333333    1    1     1      111   1     111                    1111         11                                              1      222   1   11   11   222222       22222                                                         1111                                 22        22                      22222222  11            1        11                        1  1    33333333333333            1    1         1111111                  11     1   222222    3333333               1      11     1    1                     11             1    11   1    1111     1      11  3333333333      1          22      1          2222      111   1    1 11     11                       222    1    1                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  3  0       4444444444444  1  0      11  6666666     6 55        0    8 5  8               8  0    5      5 5 5         111111111111   000 3     666666   7777  0 8 5    44   5   33   5      4444   0000000000     0                5    11 8      8        8          11     1  0        00000   0    22      5                 8     0    77777777      222     8           8 99    0       5  11    0     8 22      8    8    0 6       0   666  11        0   0  11  8           8  8      8 8 0 999   0   66       333333    6666666     5 1  8   5   0    2222    3    3   5         66  5      33   33           33  33        5       6      3  6   6   3    7          3   88      88                5         0 3 0  3      33   3    3 3   8                            3              7   3             7 8888888    3    3  6  3   7  777   0     999      8      8   8  0000         11  66         0              8   8  88  8   3  5      111   0   11   44   888888   8 0 33333   8   8      99  3  4      6  1            6     7    1 3333   6     6      6   1            44     5  44       5           77 00000000  33            0  2     33       3            3   0  0    77777777777777         3  0    3   7     4444444       6          33     0   222222    3333333               0      66     0    0                     33 3           0    33   0    4444     0      33  6666666666      0 3     3  55      0          4444   3  111 3 5    0 33     33   3       2    3  99  333    0    5                1        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .  .       .............  .  .      ..  .......     . ..        .    . .  .               .  .    .      . . .         ............   ... .     ......   ....  . . .    ..   .   ..   .      ....   ..........     .                .    .. .      .        .          ..     .  .        .....   .    ..      .                 .     .    ........      ...     .           . ..    .       .  ..    .     . ..      .    .    . .       .   ...  ..        .   .  ..  .           .  .      . . . ...   .   ..       ......    .......     . .  .   .   .    ....    .    .   .         ..  .      ..   ..           ..  ..        .       .      .  .   .   .    .          .   ..      ..                .         . . .  .      ..   .    . .   .                            .              .   .             . .......    .    .  .  .   .  ...   .     ...      .      .   .  ....         ..  ..         .              .   .  ..  .   .  .      ...   .   ..   ..   ......   . . .....   .   .      ..  .  .      .  .            .     .    . ....   .     .      .   .            ..     .  ..       .           .. ........  ..            .  .     ..       .            .   .  .    ..............         .  .    .   .     .......       .          ..     .   ......    .......               .      ..     .    .                     .. .           .    ..   .    ....     .      ..  ..........      . .     .  ..      .          ....   .  ... . .    . ..     ..   .       .    .  ..  ...    .    .                .        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  2  8       0000000000000  4  0      00  8888888     4 88        6    0 0  0               0  6    6      7 7 7         666666666666   000 6     444444   9999  9 5 0    44   0   88   0      4444   8888888888     2                0    00 0      8        0          00     0  8        00000   6    00      8                 0     8    44444444      888     0           0 00    8       6  00    6     0 00      0    0    8 0       8   888  00        8   8  00  0           0  0      0 0 8 222   8   00       000000    0000000     4 4  0   0   0    0000    2    2   5         55  0      22   88           88  88        5       7      3  7   7   3    3          3   33      33                5         0 2 8  2      88   2    2 0   8                            3              3   3             3 3333333    3    3  7  3   3  555   0     444      0      0   0  4444         00  44         8              0   0  88  0   8  8      666   6   00   00   888888   0 8 00000   8   2      22  5  2      7  7            7     8    0 3333   7     7      7   0            00     7  00       7           99 77777777  88            0  5     88       2            2   0  0    55555555555555         2  0    3   3     0000000       7          88     0   222222    5555555               0      00     0    0                     88 2           0    88   0    8888     0      88  8888888888      0 2     2  55      0          5555   2  000 2 0    0 88     88   2       5    2  88  000    0    5                0        
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCAAATCTTAAGAAATAAAAAC-------------AATTGCGTTGTG--TGCAATAGGTAAAACATGACTACGAAACTGT-AGTT-CAATGAGACAAGACA-TAATACATAAATAC-A-T-GAAAAAAAAAGAT---A----TTT---TTATTTA------AAA-AT-GGACGA-CTGAA-ACT-TTA--ATT-GGCAAA--C-CTT---CTAT---AAATTCTTTTATGATATTTTTTCTGCA--T-GACAAGNTTTTCAAA-GATCATATAT--GGAAANTGTGTGTGGGA-----AAAACAATCTTTAATTATGGAAAAGTCAGATGGA-CAGATATTTA------TGAGAAATAATATATG-TAAAGTTGTTG-AC-ATGAATATTGCTTGA--TTTAACTATA-ACAACTTTT-GAAC-AATCTTGTTATGCAACAA-T-AT--TTTTCTTAACAAATG--GA-AAAAAGATGTG-AA-TAGAAA-T-GTAA-TTTTTGTGGGCTAATGT------CATT-------GAAAATAATA-CACGATT-TAAT-TN-TTGAATGTAATAATGTAAGACAGAATACTGGAAT-TAAC--TAGAAATGGTT--TT--AGATCGACTATTACATCTGGAAA-CACTATCTGT-TCTTAGGCTTTTTTC-TGA--AGATAA--TCCTAAAGTGCATTCCATTTAATTTC-GTTATTATTCATA--TATTGCTTATAGAAGTATACAAAATTAAAATGATGTTAAGATA-TGAAAGCAGAGTTGAAAA-TGTAAATAATCTGTT---AC-ACATG-TTAA-ACGTA-GACTGT---TAT-AGAACA-ACATTTA-ACATTA-AAG-AATCAAAATATAATT--TCATTAATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTA-TT-TGT-TACTTTTAATGTCT--TTTTGAT--AAA-ATTTCCG-T-TGT-ATAC-T--ATANTATGTTTCTG--TATTTTAATTTC-GATATTTATTTTCCA-ACAAAATAATNTA---CAA-GTACT-TGAGGG-TGACCTGTTCCTCAGTAACTCGT-TGTTGAGGGGA-GTGGTGGACTG--T--------GT--TTGTGCCTCCCC-TGCAGCAA--TGAAAACAAAAGCAATATATAAAT-GT-ATTT--A-TA-TT---A-TTGATTAGATTT-TTAT-ATATTACGACTTATCTTTTGATGCTACATGTATT--ATTAG-AAT--T---ATTA---TCTTTTTCTTTTTTTTTAA-TTCTCTTCCTTAT-TCTT-TAGAAATCAATGTAAATCTGA--TAATATCAAGGAA-TCTT--TGT-ATAA-T--TATTT-CATATA--TC-TT-------TGTTGA-CATATTATTGA-ATACAT-CTATACCTGTT-T-AATATA-T-ATACCTTA-C--CTTTG--TTATCTTGATACCTTGAATAGAAT-AAATT-GTTGAAACTAAAAAAAAAAAANAAAAAAAA
Reference ( family-195 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCAAATCTTAAGAAATAAAAAC-------------AATTGCGTTGTG--TG-AATAG-TAAAACATGACTACGAAACTGT-AGTT-CAATGAGACAAGACA-TAATACATAAATAC-A-T-GAAAAAAAAAGAT---A----TTT---TTATTTA------AAA-AT-GGACGA-CTGAA-ACT-TTA--ATT-GGCAAA--C-CTT---CTAT---AAATTCTTTTATGATATTTTTTCTGCA--T-GACAAGNTTTTCAAA-GATCATATAT--GGAAANTGTGTGTGGGA-----AAAACAAT--TTAATTATGGAAAAGTCAGATGGA-CAGATATTTA------TGAGAAATAATATATG-TAAAGTTGTTG-A--ATGAATATTGCTTGA--TTTAACTATA-A--ACTTTT-GAAC-AATCTT-TTATGCAACAA-T-AT--TTTTCTTAACAAATG--GA-AAAAAGATGTG-AA-TAGAAA-T-GTAA-TTTTTGTGG-CTAATGT------CATT-------GAAAATAATA-CACGATT-TAAT-TN-TTGAATGTAATAATGTAAGACAGAATACTGGAAT-TAAC--TAGAAATGGTT--TT--AGATCGACTATTACATCTGGAAA-CACTATCTGT-TCTTAGGCTTTTTTC-TGA--AGATAA--TCCTAAAGTGCATTCCATTTAATTTC-GTTATTATTCATA--TATTGCTTATAGAAGTATACAAAATTAAAATGATGTTAAGATA-TGAAAGCAGAGTTGAAAA-TGTAAATAATCTGTT---AC-ACATG-TTAA-ACGTA-GACTGT---TAT-AGAACA-ACATTTA-ACATTA-AAG-AATCAAAATATAATT--TCATTAATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTA-TT-TGT-TACTTTTAATGTCT--TTTTGAT--AAA-ATTTCC--T-TGT-ATAC-T--ATANTATGTTTCTG--TATTTTAATTTC-GATATTTATTTTCCA-ACAAAATAATNTA---CAA-GTACT-TGAGGG-TGACCTGTTCCTCAGTAACTCGT-TGTTGAGGGGA-GTGGTGGACTG--T--------GT--TTGTGCCTCCCC-TGCAGCAA--TGAAAACAAAAGCAATATATAAAT-GT-ATTT--A-TA-TT---A-TTGATTAGATTT-TTAT-ATATTACGACTTATCTTTTGATGCTACATGTATT--ATTAG-AAT--T---ATTA---TCTTTTTCTTTTTTTTTAA-TTCTCTTCCTTAT-TCTT-TAGAAATCAATGTAAATCTGA--TAATATCAAGGAA-TCTT--TGT-ATAA-T--TATTT-CATATA--TC-TT-------TGTTGA-CATATTATTGA-ATACAT-CTATACCTGTT-T-AATATA-T-ATACCTTA-C--CTTTG--TTATCTTGATACCTTGAATAGAAT-AAATT-GTTGAAACTAAAAAAAAAAAANAAAAAAAA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCAAATCTTAAGAAATAAAAGC-------------AAATGCGTTGTG--TGCAATAGGTAGAACATGACTACGAAACTGT-AGTT-CAATGAGACAAGACA-TAATACATAAATAC-A-T-GAAAACAAAAGAT---A----TTT---TTATTTA------AAA-AT-GGAC-A-CTGAA-ACT-TTATAATT-GGCAAA--C-CTT---CC-T---AAATTTCTTTATGATATTTTTTCTGCA--T-GACAAAGTTTTCAAA-GATCATATAT--GGAAATTGTGTGTGGGA-----AAA-CAATCTTTAATTATTGAAAAGTCAGATTGA-CAGATATTTA------TGAGAAATCAAATATG-TAAAGTTGTTG-A--ATGAATATTGCTTGA--TTTA-CTATA-ACAACTTTT-GAAC-AATCTTGTTATGCAACAA-T-AT--TTTTCTTAACAAATG--GA-AAAAAGATGTG-AA-TAGAAA-T-GTA---TTTTGTGGGCTAATGT------CATT-------GAAAA-ATTA-CAC-ATT-TAAT-TG-TTGAATGTAATAA-GTAAGACAGAATACTGGAAT-TAAC--TAGAAATGGTT--TT--AGATCGACTATTACATCTGGAAA-CACTATCTGT-TCTTAGGCTTTTTTC-TGA--AGATAA--TCCTAAAGTGCATTCCATTTAATTTC-GTTATTATTCATA--TATTGCTTATAGAAGTATACAAAATTAAAATGATG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ttctgtaaaacattcaggctaaaaaactaaataaagataaaacagagatgtctatttattaggaaagcttgaaaggaaccgccaaaggaaaattcttaattctaaaagtaaatgtcaaaattcaattaaatagtcattaggtacttattatcggccatataaaaaggagtgctatgaaaagaaattggaaacgtttatcagcaagacatagaaaaattattgaaaatcctgtggaaactagaactaacttacaaatattcggtatagtgctgcatattataatattcttggtgcatatcatctaaaggtgttatgcagtcgacattgtttatcaatcacctggtgatgaatttgttaaaggattttaaatcaaataatatcttaatttcatttgaataaaagaatagggattaaaaggaacacttattggagataaactgaaaaggggggatttcatatagttgtatctagaatccaaattcaagcgctataaagcatcatggaagtgacccaaattatctctcatgtaccagtgagaattataacagactttaatgagaaagtttttgttcaaaggaatgggtattgatttaaaattatctttaagacaaacgactcttttgtttaaatgaaaatgaaaatgttaaataagcatatgcctatttttatagagacaattatcaacctattcaatgaaacacaaaggaaagcaattcaaaaaacactgctcgtggtcccagcaattttggagaaaaagatagttacttaacaaaatatatgacactttgttattatttacaaagtggcatgtaaaagtggtattttaaaagtggattgatttatttaacgttatggcgtcgtgtcagatgggttattactgattttctTGAAGTGCATTCT-TTTAATTTT-GTTCTT--TCATA--TATTGCTT--------------AATTAAAATGATGTTAAGATA-TAAAAGCAGAGTTGAAAA-TGTAAATAATCTGTTA--AC-ACATA-TTAA-AC-TA-GACTGT---TAT-AGAAC--ATATTTA-ACATTA-AAGAAATCAAAATATAATT--TCATTAATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTA-TT-TGT-TAC-TTTAATGTC---TGTTGAT--AAATATTT----T-TGT-A----T--ATAATATGTTTCTG--TATTTTAATTCC-GATATTTATTTTCCA-AC-AAATAATCTA---CAA-GTACT-TGAGGG-TGACCCGTTCCTCAGT-ACTCGT-TG-TGAGAGGA-GTGGTGGACTG--T--------
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gT--ATTAG-AAT--T---ATTA---T---TATCTTTTTTTTAAA-TTCTCTTTCTTAT-TCTT-TAGAAATCAAAGTAAATCTGA--TAATATCAAGGAA-TCTTTCTTT-GTAA-TACTACTT-CATACA--TTATTAGTATAATGTTGA-C-TATTA-TGATATACAT-CTATACCTGTC-T-AAT-TATT-ATACCTTA-C--CTTTG--TTATCTTGATA-CTTG-AT-GAAT-TAAAT-GTTGAAACTTAAAAAACAAAACAAAAAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -A-T-GAGAAAAAAA--T---C----GTT---TGATTCATGGAAGAAA-AA-GGGCGA-CTGA---CT-TTA--ATTTGGCAA-----CTTGTATTAT---AAATTCTCTTGCGAT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gatggattacctgatgaattttatatatgtttttggaactatataagtgagatgttttacaatgctttacgtgatattatcattaaaagagaaatgagtttttcgcaaaaaatattagtaatcactttattgtttaaaaaggatgaccgtagatatctgaaaaactatcgaccacttagtttaaccaatactgattacaaaatagtagcttttatttttgccagaaggttacaaaaaattattgatggtttaattggaaatgaacagtcagcatatataaagggtaggtttattggtgaaaatgcaagatggctacttgatgtttttgaatattgtgaaaatacaaataatgagggtatacttttaatgttagattttgaaaaaagcgtttgatgctgtagagtggaattttttgtttaaggtgttgaaaaattttgattttggtgaaaattttataacatggattaaaatattatacactaacactttctttaaattaaaaaacaatggttggatttcaaagtcatgtagaatgtatcgtggaatacgacagggatgtcccatttccgctattttatatttatttgtagctaagatagctagctttgagtataaaacaagaaaatacaaatacaattaaagtatatctataccaaatatgttgcaagaaataaaaacattcagcgaacgctgaattgatctacaattactgttaaaaagatgataaccttcctatgaaggcaagcgatggcgttaatagaaaagtatttgtcagcatgtcaggatccaaattaaaccttagtacctcaactgatgtatctcttggaagttttaaagaaatagtgtcaaagaaatttggctaataataacgactaagtgaaagcagttaaatgtttgagagggattatacttcggtcatggaatacatattgattgttacgataaaaaatttggatgaaaaatttcatagagcaGAACA--CATTTC-ACATTA-AAG-AA----AATATAATT--TCATTGATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTA-TT-TGC-TACTTT-AATGTCT--TTT-GATTAAAA-AAATCT--TATAT-ATACAT--GTACTATGTTTCTG--TATTTCAATTTT-GACATTTCCTTTCGA-ACAAATTAATCCA---CAA-GTACT-TGAGGG-TGACATGTTCCTCAGT-ACTTGT-TG-TGAAGGGA-GTGGTGGACTG--T--------ttcaaaagattatttatgtttgtctcaattttacctattcctgatgaaaattctttgaaaatataaaacgtttctatttctaattttcttttgaataagattgacaggattaaaaaaaagggaagtaacaattagtgtcggcaaataaagtttctttgttgcaagcagaggaggtatagggtgttgtagaatacttattttagaaaggaggttaaagctattacaaggcctcttggaatacaaagaattcagtaaccaaaggggtttaaatgatttgttacaagtttttgtgaagcgcttacaatgttgtaaagatatcaacta
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GGCGA-CTGA---CT-TTA--TTT-GACAAA--A-CTT---GTATCATAAATTCTCTTGTGGT
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AGTA-CTTGT-TGT-GAGGGGA-GTGGTGGACTG--TTAATGACGGTGATTGTGCCTCCCC-TGCAGCAATGTGAAGTTAAATGCAATATAT--AT-GT-ATTT--A---------A-TTGATTAGATTT-ttcaaaatttatttatgttgcctcaattataacaattcctaatgaaaatcgtttgaaaaatataaaacgtt
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TG--TATTTCAATTTC-GATATTTCTTTTCCA-ACAAA-TGATCTG---CAA-GTACT-TGAGGG-TGATTTGTTCCATAGT-ACTTGT-TG-TGAGGGGA-GTGGTGGACTG--T--------
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCAAATCTTAAGAA-TAAAAAC-------------AATTG-GTTGTG--TG-AA-AA-TAAAATA---CTGCGAA-CTGT-A-TT-CAATGAGACAAGACA-TA-TACA-AAATACCA-T-GAAAAGAAATG-T---A----TTT---T-ATTTA------AAA--T-GGACAA-CTGAATACA-T-A--ATT-GGCAAA--C-CTT---CTA-----AATTCTTTTATGATATTTTTT--GCA--T-GACAAG--TTTCAAA-GATCATATAT--GGAAAGT-TGTGCGGAA-----AAAACAAT--TTAATT-TGGAAAAGTCAGATGGA-CA-ATATTTA------ATAGAAATAATATATG-TAAAGTT--TG-AC-ATGAATATTGCTTGA--ATTAACTATA-A--ACTTTT-GAAC-AATC-T-TTATGCAACAA---ATTATTTTCTTAACAAATGAAAA-AAAAAGATGTGAAA-TAGAAACT-GTAA-TTTTTGTG---CAATGT------CATT-------GAAAATAATA-CACGATT-TAATATT-TTGAATGTAATAATGTAAGACAG-ATA-TGGAAT---ATTGTAGAAATGGTT--CTTGAGATTGAC-ATTACAT
gi|4                          : ttctgtaaacattcaggtctaaaactaaataaagataaaacagaatgtctattattaggaaagctgaaaggaacgaccaaagaaattcttcgtctaaaggtaaatgaaaattcaattaaatcattagatattcatatcggccataaataaaggagtcttatgaagaatgtgaacaacgttatcagaaagatcatagaaaaaatttattgaaatcttggaaaactagaaacttacgtaatattgtgtaagtgctgcattataaattctttgcaatatctaaagtggtttatgcagcgacattgttatcatcaccttgtcgatgattttgtttaaagaattaattaaataatatctaatttcaattggaataaaagagatagaattaaaaggaacactcttattggagataaactaaaaggggggattcatatagttgatctagaatccaaatttaaagcgcttaaaacatcatggatccccaaaatactctcatgtaaccatagattaaaatactttttagaaagtttttgtcaaaggaatgggtatgatttaaaatatcttttaaagacaaacgactctttttaaaatgaaaatgaagtgttaaataaacttatgccatatttttatagagaaattatcacctatttcaacgaaacaaaggaaagcaaatcaaaaacactgcccgtctcacaaaatatttggagaaataaaagatttacttacaaaaataggacactttgttttacaaattggatgaaaagtggtattttaaaagttgatgatttatttaacgatatgggcttcaaggatatcactgattttTCAAATCTTAAGAAATAAAAGC-------------AAATGCGTTGTG--TGCAATAGGTAGAACATGACTACGAAACTGT-AGTT-CAATGAGACAAGACA-TAATACATAAATAC-A-T-GAAAACAAAAGAT---A----TTT---TTATTTA------AAA-AT-GGAC-A-CTGAA-ACT-TTATAATT-GGCAAA--C-CTT---CC-T---AAATTTCTTTATGATATTTTTTCTGCA--T-GACAAAGTTTTCAAA-GATCATATAT--GGAAATTGTGTGTGGGA-----AAA-CAATCTTTAATTATTGAAAAGTCAGATTGA-CAGATATTTA------TGAGAAATCAAATATG-TAAAGTTGTTG-A--ATGAATATTGCTTGA--TTTA-CTATA-ACAACTTTT-GAAC-AATCTTGTTATGCAACAA-T-AT--TTTTCTTAACAAATG--GA-AAAAAGATGTG-AA-TAGAAA-T-GTA---TTTTGTGGGCTAATGT------CATT-------GAAAA-ATTA-CAC-ATT-TAAT-TG-TTGAATGTAATAA-GTAAGACAGAATACTGGAAT-TAAC--TAGAAATGGTT--TT--AGATCGACTATTACATCTGGAAA-CACTATCTGT-TCTTAGGCTTTTTTC-TGA--AGATAA--TCCTAAAGTGCATTCCATTTAATTTC-GTTATTATTCATA--TATTGCTTATAGAAGTATACAAAATTAAAATGATGTTAAGATA-TGAAAGCAGAGTTG-AAA-TGTAAATAATCTG-T---ACGACATGTTTAATACGTATGAC-GTAACTATGAGAACATACATTTA-ACATTA-AAG-AATC--AATATAATTAATC--TAATAAGAGTTTCTTTGAAAAGCTATTATTT-TGTATACCTTTAATGTCTCGTTCTGAT--ACA-ATTTTCGTC-TGTAATAC-TCAATACTAATTTTCTGATTAATTTAATTCC-GATATTAATTTTCCAGACAAAATAATGTAAAGCAA-GTACTGTGAGGG-TGA-CTGTTCCTCAGTAACTCGC-TGTTGAGGGGATGAGTTGGACTGTTT--------GT--TTGTGCGTCCCCGTGCAGCAA--TGAAAACAAAAGCACTATATAAAT-GTAATTT--A-TATTT---A-TTGATTAGATTTATTATCATA-TAGAACTTCTC-TTTGATGCTACATGTATT--ATTAG-AAT--TAAAATTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAA-TTCTCT--CCTAT-CTTT-TAGAAATCAATGTAAATCTGA--T-ATATCAAGGAACTCTT--TGT-ATAA-T--TATTTGCATATA--TC-TT-------TGTTGA-CATATTATTG--ATACATCCTATACCTGTTATAAATATA-TGATA-CTTACC--CTTTGTCTTA-CTTGATACCTTGAATAGAATAAAATT-GTTG-AACTAAAAAAAAAAAACACAAAAAA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AGATTTTCAAAAATCAAAACCACAATTCCCTTTAATTG-GTTGTG--TG-A-T---TAAAATATGG--ACGAA-TTGT-AGTTTCAATGAGA-AAGACA-TA-TACATAAATAT-ACT-GAATAAAAGAAATTGTA----TTT---TTTTTTA------AAA-AT-GGACAT-CTGAA-ACT-ATA--ATT-GGCAAA--GGCTT---CT-T---AAATT--TTTATGATATTTTTTCTGCAAGT-GACAAGTTTATCAAAAGATCATATAT--GGGAAAAGTGTGTGGGA-----AAAACAAT--TTAATT--GGAAAAGTCATGTGGAGCAGAT-TTTA------T-AGAAATA-TATATGGTAAAGTTGTTGTA--AAGAATATTTCTGAA--TTTAACTATATA--ACTTTTTGGACGAATCTT-TTATGCA-CAT-TTAT--TTTGCTTA-CAA-TG--GAGAAAAAGATGTG-CA-TGAAAC-T-G-AA-TTTT-GTG--CTAATGT-------ATT-------GAAAATAATATCACGATTGTAAT-TTATTGA-TGTA-TAATGTAAGACAGA-TA-TGGAATATAAT--AAGAAATAGTTCCTTG-AGATCGAC-ATTACAT--GGAAAACA-TAT-TGTCTCTT-GGCTTTTATCATGATGAAATAAGTTCCTAAAGTGCATTCC-TTTAATTTCCG--GTTATTTATAAGTAT-GCTTATCGAA-TATACAAAATTAAAATGATGTTCAGATAATGAAAGCAGAGTTGAAAAGTGTAAATAATCTGTTTAAAC--CATG-TTAG-AAGTA-GACTGT---TAT-A-ATGA-ACATTTACACATTATATG-AAATAAAATATAATT--TCA-TAATAAGAG-TTCTTC-AAAAGCT-TTA-TTGTGT-TACTTT--ATGTC---TTTTGAT--AAA-TTTTCTG-T-TGT-ATAT-T--ATA-TAT-TTTCTG--TA-TTTAATTTCGGATATTAATTTTTCA-ACAACATAATGT----CAAGGTACT-TGAGGGTTGACCTGTATCTCAGT-ACTCGTCTG-TGA-GGGA-GT-GTGGATTG--T--------GT--TTGTGGCTCCCG-TG--GCAA--TGAAAAC-AAAGAGATATATAAATGGT-ATTTAAA-TA-TTTACA-TTGATTTGA-TT-TTAT-ATATTACGATTGA--TTTTGATG------GTATTAAATTAGAAATTAT---ATTT---TCTTTTTTTTTTTTTTTAA-TTCTCTT-CTTATGTCTTATAGGAATAGATGTAAATCTGACTTAATATCAAGGAA-TCTT--TGTGATAAGT--TATTG-CATATAAGTC-TT-------TGTTGACCATATTATTGA-ATACAT-CTATACCTGTT----ATATA-T-G-A--TTA-CTACTTTG--TTATTTTGATACCTGAAATA-AAT--AATT-GTTG-AACAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAata
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttaAC-A-T-GGAAAAAAA---T---G----TTTGAATCATGGA------AAG-AA-GG-CGA-CTGA---CT-TTA--TTT-GGCAAA--A-CTTGTATTAT---AAATTCTCTaaa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                       acttaatactttttgaatattgtgaaatacaaataatgagggtatactttttaatgttagattttgaaaaagcgtttgagtctgtagagtggaactgtttgtttaaggtgttgaaaaattttaattttggtgaaaattttataacatggattaaaatattatacactaacactttctttaaattaaagaacaatggttggatttcctaaatcatgtagaatgtatcgtggaatacgacaggtatgtcccatttcgctattttatatttatttgtagtgagatactagctttgagtataaaacaagaaaatacaattaaggtatattataccaaatatgtctcaagaaataaaaaaacattcagcacgctgatgatctaacattactgttaaaaagatataactttctatgaagcaagcgattggcgttatagaaaagttttgtcagcatgcaggatcccattaattatactaaaactgaatgtatccttcttggaagtttaaagaatagtgtcaaagaaattaatggcataaaacgactaataaagcagtaaaatgtttaggaatatacttcggtcatgatacaattgattgttacgataaaaattggatgaaaacttatcatgTCAAATCTTAG--AATAAAAAC-------------AATTG-GTTGTAGCTG-AATAA-TAAAA-AT-ACTACGAAACTGTTATTT-CAATTAGACAAGTCACTAATGCAGAAATAC-A-TTGAAGAAAGAAAAT---ACATTTTT---TTATTTA------AAACATAGGACAAACTGAA-ACTATTA--ATT-GGCAAAACC-TTT---CT-T---AAATCCTTTTATGATATTTTCTATGCA--TTGACAAGTTTTTCAAA-GAT-ATATATTTGGAAAGTG-ATGTGGGAGAAAAAAAACAAT--TTAATTTTGGAACAGTCAGATGGA-CAGATATTTAATTTTATAGAAAATAATATATG-TAAAGTTGTTG-ACAATGA-TATTGCT-GAATTTTAACTATA-A--ACTTTT-GAAC-AATATT-TTATGCAACAATT-AT--TTCT-TTAACAAATG--GA-AAAAGATTGTG-AATTAGAAA-TGGTAATTTTTTGTAG-CTAATGTATATGCCATTGCGTTCAGAAAAGAACA-CACagcgatttcaaaatttattttatgtgcctcaattttacttattcctgatgaaaatcttttgaaaaatataaaacgttctattttttaattttctttggaataagactgacaggattaaaaggaatactttgattggcaactgtttcagagggaggtatagatgttgtagacatatatttaaaaattaaagctattaaagcctcttggatacaaagaatcagtaacaaaggggttataaatgattttgttacaagtttttgtaagccttacgatgtaaata
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             actaccttctcacaaaaattttggagaaataaaaaaataacttatagaacatagggcacttgttttacaaattggatggaaagtggtattttaaaagttgtgatgatttatttaacgaaatgcgcgttttcaaggatattaactgatttttT---TAT-AGAACA--TATTTA-ACATTA-AGA-AATCAAAATATAATT--TCATTAATAACAGTTTCTTTGAAAAGCT-TTA-TT--GT-TACTTTAAATGTCT--TTT-GAT--AAA--TTTTC--T-TGT-ATA------TAATATATTTCTG--TATTT--ATTTC-GA-ATTTATTTTCCA-ACAAATAAATGTA---CAA-GTACT-TGAGGG-TGACCTGTTCCTCAGTA-CTCGC-TGT-GAGGGGA-GTGGTGGACTG--T--------GT--TTGTGCCTCCCC-TGCAGCAA--TGAAAACAAAAGCAATATATAAAT-GT-ATTT--AATA-TT---AATTGATTAGATTT-TAAT-ATATTACGA-TTATCTTTTGATGCTACATGTATT--ATTAG-AAT--T---ATTA---T---TTTCTTTTTTTTTAAATTCTCTTCCTTAT-TCTT-TAGAAATCAATGTAAATCTGA--TAATATCAAGGAA-TCTT--TGT-ATAA-T--TATTT-CATATA--TC--T-------TGTTGA-CATATTATTG--ATACAT-CTAATCCTGTA-T-AATATA-T-ATACCTTA-C--CTTTG--TTATCTTGATACCTTGAATAAAA--AAATTGGTTGAAACTAAAAAAAAAAAGAAAAAAAA
18 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TTAAAGCATGCAAAAATAATTCTGATTATTGTCAAGATAATGATGATATACGTGATAACTTGTATGCGTTTTACCAGAGAATTGATATAGTCGGTAGCAAATGTAGGAAGAACACTCAGAAATTCAGAAGCTTTTTATCAATGGTTAAATTTTGAAAAAAATTATATCTTGATGATGATAAAAAATTTTCTTAGATTCTCCACTCACGAAATGGAGAAATGCGTTGTGCTTTATTCAACATGAAGAGTAATAAGAGTCCTGGTTAGACGGTCTGCCTTTGAGTTTTATAAGGCATTTTGGGAGAAACTCAAAACATAACTTTTTTGATTCTGTGTGATAATTGTTTTTTAATGAAGAATGTTAACTTTTACACAAAGATTGGCTGTTGTATCTTTGATACAGTAAAAAAGGGGGATACAGACCTCCTTGGCTAAGCTACAGAGCCCAATGAGTCTTAGCAAACACAGAGCTGATAAAAGCATTGCTTTTAACTTTGGCGAAGAGGCTACAAAAAATAATAAGATAAGTTAATGCCAAATGATCAGGTCAGCGTTACATTAAAGGTAGATATAGGAATAAATGCAAGGGATTAACTAGTAGATATCTATGAATAGTTGCGAAAGAAAATGATGGATTGGAGTTATTCTTTTATTTCTTGATTTTCAAAAAGCATTTTGATTCTGTTGAGTGGATTTTATGTTTCTAAGTCTAAAATCATTTAATTTTGGGTGATAATTTTATAAAGTGGGGTAAATATACCTAGATAAAGAAATCTATCGTCAGTTTAAATTTCTTGAGAGAAAATGTAACGGCTTGATTTTTAAATCGTA
Unaligned ( gi|10 ): CTACTTGATGTTTATGAATATTGTGAAAATACAAATAATGAGGTTATACTTTTAATGTTAGATTTTGAAAAAGCGTTTGATGCTGTAGAGTGGAACTTTTTGTTTAAGGTGTTGACAAATTTTAATTTTGGGGAAAATTTTATAACATGGATTAAAATATTATACACTAACACTTTCTTTGAATTAAAGAACAATGGTTGGATTTCTAAGTCATGTACAATGTATCGTGGAATACGACAGGGATGTCCCATTTCCGCTATTTTATATTTATTTGTAGCTGAGATACTAGCTTTGAGTATAAAACAAGAAAATACAATTAAAGGTATATATATATACCAAATATGTCTCAAGAAACAAAAAAAACATTCAGCACGCTGATGATCTAGCATTACTGTTAAAAGATATAACTTCTATGAAGCAAGCGATTGGCGTTATAGAAAATTTTGTCAGCGTGCAGGATCCCAAATTAATTA
Unaligned ( gi|11 ): TGTTTTAAAATACGCTTAAGTCATACAAGATTTGGGCCACGATTAAAGATTGTGATAAGAGAACAATTTTGACCAAAAATCACGAAGTCATGCAAGAAAAAAATTTTCGAAATCCGGAGAAACACGAGAAGCAATTAACCAACTGTTCGGTAGGTATGCGTAATCATATATACTCTAGTAGTCTCTAAAATTATCTATGTGCTTCTATAATTAAGCCTACCCAGAGTTCCAAATCATTCAATCAAAAATCTGCAAAAGACTTGATTTTACAATGTTTCATTCTGGAATAAAAAAGATAGAATTAAAAAGGAAACTACACTTTTGATAGGAAAACTGTTGAGACAGACATGGAGAGTATAGATGGAATTGTTACATTTTATCAAAAATCTAATTCTTTAAA
Unaligned ( gi|12 ): ATTATAAAATTTTAGCTTTTGTATTAGCTAGAAGATTATAATTTTTTAAAGATAATGTTATAGCAAGAGATCAGTCTCTCTACATAAAAGGACGATATATTGGTATGAATGCTAGACTAATTGTGGATACTTTTGATTATTGTGAAAATAATAATAAAGAGCATTTTTTTTTTAAAAAAAGCATTCCCTCGAATGGTGTTCTATAATAAAAACACCCGAGTTCTTTAATTTTTGACAAGAATTCATCAAATGGATTCAAATTTCATATAAAAATCCAGACTTTAGACTAAAAAATAATAATTGACTGTCAAAAAGATGTATAATGAGGCGGGGCATTCGTCATGGATGTCCTATATCAGCGATAATTTTTCTATTTTT
Unaligned ( gi|13 ): GATATCAAATATCTATTACAATTAACTAAACGAAAAATGAAAGATTTTACAATTATTTCTCATTTTATAAAGAAATTTTGCTGTTTTAATGAATGTACAAAGAAAATAGAAATATCACAAATATCACATATTTTAAAAGCCAGTTTTGCGCAGCAACCATTGTGGAATAATAATATTTTTGAATACAAAGACAAAACACCGTTTCAAAAATTGGATTGATAGTAATATTTCATATGTAAAAGATCTGTTTAATAATGATGGAAAATTTAAAACTTTACATGATTTTTCAAATGTCCTGAGTAATAAATTCAATTGGTTACGTGAATATATTATATTGAAAAAT
Unaligned ( gi|15 ): AAAACAGACTATAAGATCATTGCTTTTACTTTGGCGAGGAGACTACAAAAAATAATAGATAAGCTAATGGCAAATGATCAATCAGCTTTAATTAAAGGTAGATTTATAGGAATAAATGCAAGAATTATAGTGGATATTTTTAAATATTGTGAAGAAAATCATTTTGATGGCATTGCTTTATTTTCTTGATTTTCAAAAAGCATTTAATTCTGTTGAGAAAATTTTATGTTTAAAGTTCTATAATCATTTAATTTTGGCGATAATTTTATAAAGTGGGTAAATATATTATACTTTAGATTAAACAA
Unaligned ( gi|16 ): AGCATATATAAACCGTAGTTTATTTAATCACATTGTTCTGATATACAAATTACATTTTAGATGGCTTACTTGATTTTTTTTTCTTAGTAATATTGTGAGAGTGTACTTATTAATGTTAGGATTTTTGTAAAAGACTTTTTATGTTTGTATTGAGTTTTGCACCGTTTTTGTTTTAATTGTCGTTGATATCAATTTTAATTGTGTTGATTAATTTTATAACTATCGGATTAAAAATATTTGACACTGATACTTTCTATTAAATTAAAGAACACAATTGTTTGGTTC
Unaligned ( gi|17 ): AAATACAGATGATAAAATTACTGCTTTCATTTTAGCAAAAGTACTAGAGCTTTTAATTCAGTATAGTGAAACTTTAGATTTAAAGTACTTTAAAATAACTTATTAAAATAGGTAAAAAATACCTTATGGAAACCAATTTTTGTAATTAAGAGTAATGGATGGATTTCAAAAACATGTCAAATGGGAAAAGGCATAAGACAGGGTTGTCCTATTTCAGCATTGCTATTCTTATTTGTAGCTGAAATATGTGTAAAAGATATAACAAATAAAA
Unaligned ( gi|18 ): ATGAAAAATAATAAATCTCCCGGACTTGATGGATTACCTGGTGAATTTTATAAATGTTTTTGGGACTGTATAATTGAGATGTTTTACAATGCTTTACGTGATATTTTCATTAAAAGAGAAATTAGTTTTTTGCAAAGAATATCAGTAATCACTTTATTGTTTAAAAAGTGACTGTAGGTATCTGAAAAACTATCGACCACTTAGTTCAACCAATACTGATTACAAAATAGTAGCTT
Unaligned ( gi|21 ): AGCTGGAAAAATTTTCAAAATTCAAGAGAAATTTTCTAAAATGGGATATAAAATATTGTATACAAACCCAATATTTAGGTTAAAAAAATAATGTTGTGATATCCAAACATGCCCAATGAAACACGAGGATACGATCGAGGGCTGTTCCCACTTTCTGCGATATTATATCTTTTGTTGCTGAATTCCTGGTGAGATGATTGTGGCTTTAGGAATAAAA
Unaligned ( gi|22 ): TTAGATTTTGAAAAAGCGTTTGATGCTGTACAGTGGAACTTTTTGTTTAAGGTGTTGAAACATTTTAATTTTGGTGAAAATTTTGTAACATGGATTAAAATATTACACACTAACACTTTCTTTAAATCAAAGAACA
Unaligned ( gi|23 ): AAAATTTTAGCACATATTTTCGCTACGAGATTACAAAAAGTTATAGATAGACTGATAAACAAAGACCAATCCGCATATATTATAGGTAGATATATCGATGAAAATGCGAGACTTCTACTTGATATATT
Unaligned ( gi|26 ): ATATTTAAAAATTAAAGCAATTAAAGCTTCTTCGATACAAAGAATAAGTAACAAAAGGGTTATTAATGATATTGTTAAGTTTTTGTAAGCCTTATAATGTAA
Unaligned ( gi|28 ): TTTAATGTTAGATTTTGAAAAGACTTTTTATGTTGTAGAGTTGCACGTTTTGTTTAAGGTGTTGAACAATTTTAATTGTGTTGATAATTTTATAACAT
Unaligned ( gi|29 ): TTTAAAATCTTAAAAATGATTTTTGAAATGTACAGGGTAATCAATCCAATTTGTCATGCAAATGTGTTATATTGAAAA
Unaligned ( gi|30 ): AGATATAACTTCTAAGAAGCAAAGCGATGAACGTCATAGAAAAGTTTCGTCAGCATGTGAGGAATCAAAAAA
Unaligned ( gi|31 ): AGTAACAAAGGGGTTATTAATGATTTTGTTGCAAGTGTTTATAAGCCCTATAA
Unaligned ( gi|32 ): GAGAAATTATCACCTATTTCAATGAAACAAAAGATGGAAA