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Reference ( gi|5 ) : TGGTCACGGGCGCGGTGGT-AAACAC--CCGTAAA-CTCTTCG--GG-TATTGTCATTCT-------TGGTCC-CT-G-CGCGGTCGT-AAAGATCCG-----T--AAA------CCGTGA-GT-TGGTCCCTGGCG--CGGTGG-TGAA-AC---CCCC-TAAA--CCAG-TTCAGAA-GA--CGT---T---CCCCCTCGTATTTCGATGAT-CGG--G--------CTA--T--------G-AA--CGCTG-AT------CCTG-TCGGT---------A-CG-AG--AAC--A-GCTTTGT-GCTG---C-GTGTTGCCTAGG-T-CG-A-CTCATTCTTCTTGTTTAA--A---A-------AAAG--TAGT-A---AA--C-T-ACC-TGCCTT-CGGGCAGCAGG-TCCAA--A---TCCTGGTAAA--GGGTGATGGCT--T--TACC--GGA-A---------TACT--ACCGGAA-----GCGG-AA--TACT-ACCA-TCTTGA------G-CGG-AA-----GCG------C----------C-G-----CC-ATCTTCA-GC-GGAAG-C---AG-------C---GC-CATCTT-----CA--C-------G-GAAGT----G------TTGC--C--AT--C-C--AG---CGGAAGCGGAAGTAC-CGA--CAATCTT-GACCGGAAGT---------------GG--AAGTGTCGCC--A-TCTTGGCGCCA
gi|4 : TGGTC-CTGGCGCGGAGGTGAAACAC--CCGTAAA-C
gi|19 : acatgatgattgatatgcatgtttatagattgattttgattggggaggcgagaagggtgggtcggggcgccttttcgaaggatcctggcgtggtcgtgaatactcctcgatgatatgtctctcaaaccatggtccgctgacgcggtcgtatagacccgtaaagtttaaccatgagtTGGTATCTGGCGCGGTGGTGAAACAC--CCGTAAA-Ccaactcgaggacgttttcctcgtatcgatgatcgggctatgattctatgaacgctgatccagtcagtacgagaactaacttctaggtcgaattcattcttctcgtaaaaaaggtagtatacacccacctgccttcggacagcaggtccaaagtcctggtaaagggtgatggcgactaccggaaatgtcgtcatcttggcgaaggctcatcattttggcgaaaatgccgtcatcttgaccagaagcgaaagcgaagccatcttattcggaaacggagccatttggcaccggatcaaagaagttcggtttgttctctaccaca
gi|2 : ggcgcggtcgtaaagacccgtaaaccgtgcgtGGTC-CTGGCGCGGTGGT-AAACACACCCGTAAA-CTCCTCG--GGACA-TGTCTTTCT-------TGGTCC-TG-G-CGCGGTCGT-AAAGACCCGTAAATT--AAA------CCGTGA-GT-TTGTCCCTGGCG--CGGTGG-TGAA-AC---ACCG-TAAA--CCAA-CTC-GAG-GA--CGTTAAT---TCCCCTCGTA-TTCGATGAT-CGG--G--------CTA--T--------G-AA--CGCTG-AT------CCTG-TCGGT---------A-CG-AG--AACT-A-GCTTTGT-GCTG---CTGTG-TGCTTAGGTT-CG-A-CTCATTCTTCTCGTTTAA--AAACA-------AAAG--TAGT-A---AAC-C-C-ACC-TGCCTT-C-GGCAGCAGG-TCCAA--AG--TCCTGGTAAA--GGGTGATGGCTA-C--TACC--GAA-A---------TACTC-ACCGGAA-----GCGGAAA--TACT---CA-TCTTGA------G-CGG-AA-----GCA------G----------C-G-----CC-ATCTTGG-AC-GGAAG-T---AC-------C---GC-CATCTTGA---CC--C-------G-GAAGCGGAAG------TTAC--C--AG--C-C--A
gi|1 : tgattaatatgttgtttgatttagaggtgagtgtagtttattggatttgggggggggggggagaaacgagaagggtgggtcgggccgccttatcgagGGTCCCTGGCGCGGTGGT-AAACAC--CCGTAAA-CTCCTCG--GG-GAATGTCTTCCT-------TGGTCC-CT-GGCGCGGTCGT-AAAGACCCG-----T--AAA------TCGTGA-GT-TGGTCCT--GCGTCCGGTAAATGAA-ACAGGCCGCGTAAA--CCA--CTC-----GATCCGT---TAATCCCCATCGTATT-CGAT-ATGCAGAGG--------CTACTT--------GTAAGTTGCTG-ATGGTTCGCATGGTCGGTTAGATTATTG-CGGAG--AACGTA-GCTTTGTCGCTGGTCT-GTGTTGC-TAGG-TTCG-A-CTCATTCTTCTCGTTTAA--A---ATAAAAATAAAG--TAGTGA---AA--C-C-ACC-TCGCTT-CGGGCAGCAGG-TCCAA--AGTCCCCTGGTAAATCGGGTGATGGTA--C--TACC--GGA-AAT-------TACT--CACGGGA-----ACGG-AA--ATCT-ATCATTTTTGA------T-CGGAAA-----GCA------C----------CGG-----CC-ATCTTCA-AC-GGAAG-C---AG-------C---GC-TATCCT-----TGGCC-------G-GAAAT----G------CCGC--C--AT--CTC--TG---CGGAAGCG------C-CG---C-ATCTT-GGCGGGAA-C---------------GG--AAGTGCCGCG--ACTCTTcttggacccgggtcggccccgggtcaaggggggtcgttctg
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gi|3 : aaaaaaaattaaaacggaagttggggcgggccacctttacgagCAGGCGTGGTCGT-AAATAC-----------TCCTCG--AG-GAT-GTC--TCTCAAACCATGGTCG-CT-GACGCGGTCGT-ATAGACCCG-----T--AAA------CCATGA-GT-TGGT-CCTGGCG--CGGAGG-TGAA-AC---ACCG-TAAA--CCAA-CTC-GAG-GA--CGT---T---TTCACTCGTA--TCGATGAT-CGG--GCTATGATTCTA--T--------G-AA--GGCTGAAT------CCGG-TCAGT---------A-CG-AG--AACT-A-ACTT-------------------CCTAGG-T-GG-A-TTCATTCTTCTCG--TAA--A---A-------AAGG--TAGT-ATC-AC--C-C-CCC-TGCCTT-CGGACAGCAGG-TCCAA--AG--TCCTGGTAAA--GGGTGATGG----------C--G--------------ACT--ACCGGA-----------AA--TGTC-GTCA-TCTTG-------G-CGA-AG-----GCC------T----------C-A-----CC-AT-TTTG-GC-GAAAATC------------C---GT-CATCTTGA---CAAGC-------G-GA-------G------TTGCCGC--AT--C-TTGAC---CAGAAGCGAAAG----CGAAGCCATCTT--ATCGGAAAC---------------GG--A------GCC--A-TTTTGGCACC
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gi|19 : acatgatgattgatatgcatgtttatagattgattttgattggggaggcgagaagggtgggtcggggcgccttttcgaaggatcctGGCGCGGTCGT-AAAGAC--CCGTAAA-CCGTGCG----------------T-------TGGTAT-CTGG-CGCGGTGGTGAAACACCCG-----T--AAA------Caccggatcaaagaagttcggtttgttctctaccaca
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gi|16 : ctagtaaagatagaggtgggatctagtacggaagtaggatagtagggccagaacaagcgtcttgagtggatccataaacgaaccaagtgttgctatattggaCCA-TCTTGA------G-CGG-AA-----GCA------G----------C-G-----CC-ATTTTGG-TC-GGAAA-T---GC-------C---GC-CATCTT-----GAC-C-------G-GAAAT----G------CCGC--CCTAT--T-G--AC---CGGAAGCGGAAGTGC-CG---CCATCTT-atgttggacccgtttttgaacccgctcaagaggctcctacgtatactggccctactac
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gi|16 : ggtct-G-----CC-ATCTTGA-GC-GGAAG-C---AG-------C---GC-CATTTT-----GGT-C-------G-GAAAT----G------CCGC--C--AT--C-T--TG-------ACCGGAAATGC-CGC--CC-TATT-GACCGGAAGC---------------GG--AAGTGCCGCC--A-TCTTCCCGCCgcttcaacgggttcgttattggccctctctatacta
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gi|10 : A--C-------A-GAAGC----G------CGGC--C--AT--C-TTGAC---CGGAAGCGGAAGTAC-CAA--CA-TTGT-GACTGGAAGC---------------GG--AAGTGCCACC--A-TGTTGGcattttttgcattatgcgtttt
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Alignments
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Alignments
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Reference ( family-1947 ) : TGGTCCCTGGCGCGGTGGTAAACAC--CCGTAAA-CTCCTCGG-GGCATGTCTT-----CCTTGGTCC-CTGGCGCGGTCGTAAAGACCC-----------GT-----AAA------CCGTGA-GT-TGGTCC-CTGGCG--CGGTGG-TGAAACA--CC-CGTAA-ACCAG-CTC-GAGGACGTT---CCCCCTCGTATTTCGATGAT-CGG--G--------CTA--TG-AA--CGCTG-AT------C-CGGTCGGT---------A-CG-AG-AAC-TAGCTTTGT-GCT-G--CTGTG-TGCCTAGGTTCGA-CTCATTCTTCTCGTTTAA--A---A-------AAAG--TAGT-A---AA--CC-ACC-TGCCTT-CGGGCAGCAGG-TCCAA-AGT--CCTGGTAAA--GGGTGATGGC-TACT-ACC-GGAAA-TAC--------T--CACCGGAAGC-GG-A-AGTAC--CGCCA---------TCTTGA------GCGG-A-----AGCGC----------C-G-----C-C-ATCTTGA-GC--GGA---AG--CGCCGCCAT-CTTG-------A----C--G----GAAGC------G------CCGCCATCTT-GAC-CGGAAGCGGAAG-TGC-C-G-CC--ATCTT-GA--C--CGGAAGCGG--AA-GTGCCGCC--A-TCTTGGCGCC
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gi|4 : gcgtgtaacatgatgattgatatgcatgtttatagcggttgctttgattggggggcgagaagggtgggtcggggcgccttttcaagaatTCGG-GGCGCCTTTT-----CGAAGGATC-CTGGCGTGGTCGTGAATACTCCTCGATGATATGTCTCTCAAA------CCA-------TGGTCCGCTGACG--CGGTCG-T-ATAGA--CC-CGTAA-Aggatcaaagaagtcggttt
gi|4 : acatgatgattgatatgcatgtttatagattgattttgattggggaggcgagaagggtgggCCTGGCGTGGTCGTGAATAC-----------TCCTCGATGATATGTCTCTCAAACCATGGTCCGCTGACGCGGTCGTATAGACCC-----------GT-----AAAGTTTAACCATGA-GT-TGGTCC--TGGCG--CGGAGG-TGAAACA--CC-CGTAA-ACCAA-CTC-GAGGACGTT----TTCCTCGTA--TCGATGAT-CGG--GCTATGATTCTA--TG-AA--CGCTG-AT------C-CAGTCAGT---------A-CG-AG-AAC-TAACTT--------------------CTAGGTCGAA-TTCATTCTTCTCG--TAA--A---A-------AAGG--TAGT-ATACAC--CC-ACC-TGCCTT-CGGACAGCAGG-TCCAA-AGT--CCTGGTAAA--GGGTGATGGC-GACT-ACC-GGAAA-T------------------------------GT----CGTCA---------TCTTG-------GCGA-A-----GGC--------------------T-C-AT--------------------------CAT-TTTG-------G----C--G----AAAAT------G------CCGTCATCTT-GAC-CAGAAGCGAAAG-CGA-A-G-CC--ATCTT-AT--T--CGGAAACGG--A-------GCC--A-T-TTGGCACCgtttaaccatgagttggtcctggcgcggaggtgaaacacccgtaaaccaactcgaggacgttttcctcgtatcgatgatcgggctatgattctatgaacgctgatccagtcagtacgagaactaacttctaggtcgaattcattcttctcgtaaaaaaggtagtatacacccacctgccttcggacagcaggtccaaagtcctggtaaagggtgatggcgactaccggaaatgtcgtcatcttggcgaaggctcatcattttggcgaaaatgccgtcatcttgaccagaagcgaaagcgaagccatcttattcggaaacggagccatttggcaccggatcaaagaagttcggtttgttctctaccaca
gi|5 : acatgatgattgatatgcatgtttatagattgattttgattggggaggcgagaagggtgggtcggggcgccttttcgaaggatTGGTCACGGGCGCGGTGGTAAACAC--CCGTAAA-CTCTTCGG-GTATTGTCAT-----TCTTGGTCC-CTG-CGCGGTCGTAAAGATCC-----------GT-----AAA------CCGTGA-GT-TGGTCC-CTGGCG--CGGTGG-TGAAAC---CC-CCTAA-ACCAG-TTCAGAAGACGTT---CCCCCTCGTATTTCGATGAT-CGG--G--------CTA--TG-AA--CGCTG-AT------C-CTGTCGGT---------A-CG-AG-AAC--AGCTTTGT-GCT-G--C-GTGTTGCCTAGG-TCGA-CTCATTCTTCTTGTTTAA--A---A-------AAAG--TAGT-A---AA--CT-ACC-TGCCTT-CGGGCAGCAGG-TCCAA-A-T--CCTGGTAAA--GGGTGATGGC-T-TT-ACC-GG-AA-TAC--------T---ACCGGAAGC-GG-A-A-TAC--TACCA---------TCTTGA------GCGG-A-----AGCGC----------C-G-----C-C-ATCTTCA-GC--GGA---AG--CAGCGCCAT-CTTC-------A----C--G----GAAGT------G------TTGCCATCC---AG-CGGAAGCGGAAG-TAC-C-GACA--ATCTT-GA--C--CGGAAGTGG--AA-GTGTCGCC--A-TCTTGGCGCCggatcaaagaagttcggtttgttctctaccaca
gi|6 : G-TGAATAA--CC-CGTAA-ACCAA-CAC-CATGACACA---CCTCCAAGTATA-AGATGAA-CGG--C--------CAA--CG-AC--CGCTG-AT------T-CTCTCGGT---------G-GG-CG-AAC-TAGCTTTGT-GCT-G--CTGTG-TGCCTAGGTTCGA-CTCATTCTTCTCGTTTAA--A---A-------AAAG--TAGT-A---AA--CC-CCCCTACCTT-TGGGCAGCAGG-TCCAA-AGT--CTTGGTAAA--GGGTGAAAGC-TACT-ACC-GGAAA-TAC--------T--CACCGGAAGC-GG-A-AATAT--TACCA---------TCTTGA------GCGG-A-----AGCGC----------T-G-----C-C-ATTTTGA-GC--GGA---AA--TGCCGCCAT-CTTG-------AC---C--G----GAAAT------G------CCGCCATCTT-GAC-CGGAAGCGGAAG-TGC-C-G-CC--ATCTT-GG--C--a
gi|7 : CTCGTATTT-GAAGAT-CGG--G--------CTA--TG-AA--CGCTG-AT------C-CTGTCGGT---------A-CG-AG-AAC-AAGCTTTGT-GCT-G--CTGTG-TGCCTAGGTTCGA-CTCATTCTTCTCGTTTAA--A---A-------AAAG--TAGT-A---AA--CCTACT-TGCCTT-CGGGCAGCAGG-TCCAA-AGT--CCTGGTAAA--GGGTGATGGC-TACT-ACC-GGAAA-TAC--------T--CACCGGAAGC-GG-A-AATAC--TACCA---------TCTTGA------GCGG-A-----AGCGC----------C-G-----C-C-ATCTTCA-GC--GGA---AA--TGTTGCCAT-CTTG-------AT---C--G----GAAGT------GGAAGTACCGACATCTT-GAC-CGGAAGTGGAAG-TGC-C-A-CC--ATCCT-GG--C--CGGAAGCGG--AA-GTGCCGCC--A-TCTTTGCGCCtccgggtcggctccgggtcacaaggggctaggtttcatcctcctatactac
gi|8 : GGTCC-TGGCGCGGTGGTAAACAC--CCGTAAATCTCCTCGG-GGCATGTCTT-----CCTTG--CC-CTG-CGCGGTCGTAAAGACCC-----------GTTA---AAA------CCGTGAAGTGTGGTCC-CTGGCG--CGGTGG-TGAAACA--CC-CGAAAGACCAGGCTC-GAGGA-ATT---CCCCCTCGTAAATTGATGAT-CGG--G--------CTA--TG-AA--CGCTG-AT------C-CGGTCGGT---------ATCG-AGAAAA-TAGC-TTGT-GCTGG--CTGTG-TCCCTAGGTTCGACCTCATT-TTCTCG-TTAG--A---A-------AAAG--TAGT-A---AGACCC-ACC-TGCCTT-CGGGCAACA-G-TCCAA-AGT--CTGGGTAAA--GGGT-ATGGCTTACT-ACCTGGAAA-TACT-------T--CACTGGAA-C-GA-A-AG-AC--CGCCA---------Tgtttttggccccgctcaagggtgtcggtttcatcctcctatactac
gi|9 : ccgccctgaaatcgaTTTAA--A---A-------AAAGGTTAGT-A---AAACCC-ACC-TGCCTTTCGGGCCGCAGGGTCCAACAGT--CCTGGTAAG--G----ATGGC-TACTAACC-GG-AA-TAC--------T--CACCGG-AGC-GGAA-AATAC--TACCA-----------TTGA------TCGG-AAAATTAGCGCATTCTTTGATC-GGGATAC-C-ATCTTGA-GCA-GGA---AGTATATCGCCAT-CTTG-------A----CTTGGGGCGAAAT------G------CCGCCATCTTAGACTTGGAAGCGGAAG-TGT-C-G-CC--ATCTTAGA--C--CGGAAGCGG--A---TGCCGTCGGA-TCTTtc
gi|9 : -ATC-GGGA--TAC-----------CATCTTGAGCAGG-A-AGTATATCGCCA---------TCTTGACTTGGGGC-G-A-----AATGC----------C-G-----C-C-ATCTTAG-ACTTGGA---AG----------------------------C--G----GAAGT------G------TCGCCATCTTAGAC-CGGAAGCGGA---TGC-C-G-TCGGATCTTCTA--C--CGGAAGCAG--AAGGTGCCGCC--ATTCTTGGCctaccggaagcagaaggtgccgccattcttggcccggtgcggctctgggtgcaaaggggctcggtttcatcctcctatactactct
blockSeqs : C ACC T T C TCAAA G G CTCGATGATAT CTCTC GTTTAA A G G . . . . G GG A AAT TTT . GCTATGATT . . . A . CT AT . A . . G . T C C TT AAC . GT . TACAC C C T G C . . T A T . CGCCCTATTG G A A T ATATC GAACAAGCG CTTGGG . AAATT G ATTCTTTGAT . GGATA G C AGACTT CCA TATAT . GACGGAGA TT GGGC GCGGAAAT GAAGTA A T T T A A GG A AC TT TC AG GG T
blockSeqs : C C . . A TCAAA . G . TA TTAAA . . . . . . . . G . . TTT . GCTATGATT . . . . . CG A . . . . . . . . T . . . . . TCAC T . . . . . . . . . . ATTGT C A . . AGG . . . . G . . . . . GATGC . TGT . ACAAG . . GC . A . . . . . . C . . . A . .
blockSeqs : C C . . C . . G . . . . . . . . . . . G . . AAT . A . . . . . CG A . . . . . . . . T . . . . . AGAC . . . . . . . . . . . TTC G . . . ACC . . . . A . . . . . GAGCA . CGC . AC . . AC . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : C C . . C . . G . . . . . . . . . . . A . . TT . G . . . . . CA A . . . . . . . . T . . . . . AAAC . . . . . . . . . . . TC G . . . GCC . . . . G . . . . . AAAC . TGC . AC . . AT . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : C C . . T . . G . . . . . . . . . . . A . . TT . C . . . . . CT A . . . . . . . . T . . . . . AAC . . . . . . . . . . . TC G . . . ACT . . . . A . . . . . GAAC . CGC . AT . . TC . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . A . . A . . . . . . . . . . . A . . TT . G . . . . . CT A . . . . . . . . T . . . . . AA . . . . . . . . . . . TC G . . . ATT . . . . C . . . . . GGTC . CGC . A . . GC . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . C . . G . . . . . . . . . . . G . . TA . C . . . . . CT G . . . . . . . . T . . . . . AA . . . . . . . . . . . TC G . . . ACT . . . . G . . . . . GGAC . TAC . A . . TT . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . A . T . G . . . . . CG A . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . T G . . . ACC . . . . G . . . . . CAGC . CAG . A . . AT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . C G . . . ACT . . . . G . . . . . GAGC . TGC . G . . GT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AC . . . . G . . . . . CAGC . TGT . A . . AT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C . . . . G . . . . . GGC . TC . A . . GT . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . T . . . . . . AT . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . . . . . . GT . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** ** G* *** G********** ** ** ****** CN* A********** ** ******* ** ** ACC** ********* A***********
originalCons : TGGTCCCTGGCGCGGTGGTAAACAC--CCGTAAA-CTCCTCGG-GGCATGTCTT-----CCTTGGTCC-CTGGCGCGGTCGTAAAGACCC-----------GT-----AAA------CCGTGA-GT-TGGTCC-CTGGCG--CGGTGG-TGAAACA--CC-CGTAA-ACCAG-CTC-GAGGACGTT---CCCCCTCGTATTTCGATGAT-CGG--G--------CTA--TG-AA--CGCTG-AT------C-CGGTCGGT---------A-CG-AG-AAC-TAGCTTTGT-GCT-G--CTGTG-TGCCTAGGTTCGA-CTCATTCTTCTCGTTTAA--A---A-------AAAG--TAGT-A---AA--CC-ACC-TGCCTT-CGGGCAGCAGG-TCCAA-AGT--CCTGGTAAA--GGGTGATGGC-TACT-ACC-GGAAA-TAC--------T--CACCGGAAGC-GG-A-AGTAC--CGCCA---------TCTTGA------GCGG-A-----AGCGC----------C-G-----C-C-ATCTTGA-GC--GGA---AG--CGCCGCCAT-CTTG-------A----C--G----GAAGC------G------CCGCCATCTT-GAC-CGGAAGCGGAAG-TGC-C-G-CC--ATCTT-GA--C--CGGAAGCGG--AA-GTGCCGCC--A-TCTTGGCGCC
finalCons : TGGTCCCTGGCGCGGTGGTAAACAC--CCGTAAA-CTCCTCGG-GGCATGTCTT-----CCTTGGTCC-CTGGCGCGGTCGTAAAGACCC-----------GT-----AAA------CCGTGA-GT-TGGTCC-CTGGCG--CGGTGG-TGAAACA--CC-CGTAA-ACCAG-CTC-GAGGACGTT---CCCCCTCGTATTTCGATGAT-CGGG----------CTA--TG-AA--CGCTG-AT------CCN-GTCGGTA----------CG-AG-AAC-TAGCTTTGT-GCT-G--CTGTG-TGCCTAGGTTCGA-CTCATTCTTCTCGTTTAA--A---A-------AAAG--TAGT-A---AA--CC-ACC-TGCCTT-CGGGCAGCAGG-TCCAA-AGT--CCTGGTAAA--GGGTGATGGC-TACT-ACC-GGAAA-TAC--------T--CACCGGAAGC-GG-A-AGTACC--GCCA---------TCTTGA------GCGG-A-----AGCGC----------C-G-----C-C-ATCTTGA-GC--GGA---AG--CGCCGCCAT-CTTGA-----------C--G----GAAGC------G------CCGCCATCTT-GAC-CGGAAGCGGAAG-TGC-C-G-CC--ATCTT-GA--C--CGGAAGCGG--AA-GTGCCGCC--A-TCTTGGCGCC
Alignments
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lowQualScore : 2 999 5 4 5 22222 4 2 77777777777 44444 999999 3 3 3 55 3 44 3 3 77 5 555 999 4 11111111111 55 4 55 4 111111 4 2 66666666666 4 4 4 0 4 4 55 0 4 0 4 5 55 555 0000000 55 4 5555555 8 4 4 4 4 55 55 4 3 3 0 3 0 444444444444 3 6 3 3 77777 444444444 888888 2 66666 1 1111111111 2 66666 2 2 0 1111111 444 33333 00 2 444444444444 33 5555 00000000 777777 5 2 2 2 2 2 33 5 33 33 55 88 0 55 7
lowQualScore : . ... . . . ..... . . ........... ..... ...... . . . .. . .. . . .. . ... ... . ........... .. . .. . ...... . . ........... . . . . . . .. . . . . . .. ... ....... .. . ....... . . . . . .. .. . . . . . . ............ . . . . ..... ......... ...... . ..... . .......... . ..... . . . ....... ... ..... .. . ............ .. .... ........ ...... . . . . . . .. . .. .. .. .. . .. .
lowQualScore : 5 444 0 4 7 22222 0 0 33333333333 11111 555555 6 6 6 00 3 66 3 6 11 0 666 999 0 11111111111 55 0 55 0 555555 0 4 44444444444 0 0 4 8 0 0 55 7 0 8 0 7 00 888 8888888 55 0 8888888 0 0 0 0 0 55 55 0 3 3 4 3 4 222222222222 5 2 1 1 88888 333333333 222222 7 77777 5 7777777777 7 77777 7 7 9 3333333 777 66666 99 7 555555555555 77 7777 33333333 777777 3 7 7 7 7 7 77 3 99 99 00 00 5 00 3
consensus : TGGTCCCTGGCGCGGTGGTAAACAC--CCGTAAA-CTCCTCGG-GGCATGTCTT-----CCTTGGTCC-CTGGCGCGGTCGTAAAGACCC-----------GT-----AAA------CCGTGA-GT-TGGTCC-CTGGCG--CGGTGG-TGAAACA--CC-CGTAA-ACCAG-CTC-GAGGACGTT---CCCCCTCGTATTTCGATGAT-CGG--G--------CTA--TG-AA--CGCTG-AT------C-CGGTCGGT---------A-CG-AG-AAC-TAGCTTTGT-GCT-G--CTGTG-TGCCTAGGTTCGA-CTCATTCTTCTCGTTTAA--A---A-------AAAG--TAGT-A---AA--CC-ACC-TGCCTT-CGGGCAGCAGG-TCCAA-AGT--CCTGGTAAA--GGGTGATGGC-TACT-ACC-GGAAA-TAC--------T--CACCGGAAGC-GG-A-AGTAC--CGCCA---------TCTTGA------GCGG-A-----AGCGC----------C-G-----C-C-ATCTTGA-GC--GGA---AG--CGCCGCCAT-CTTG-------A----C--G----GAAGC------G------CCGCCATCTT-GAC-CGGAAGCGGAAG-TGC-C-G-CC--ATCTT-GA--C--CGGAAGCGG--AA-GTGCCGCC--A-TCTTGGCGCC
Reference ( family-1947 ) : TGGTCCCTGGCGCGGTGGTAAACAC--CCGTAAA-CTCCTCGG-GGCATGTCTT-----CCTTGGTCC-CTGGCGCGGTCGTAAAGACCC-----------GT-----AAA------CCGTGA-GT-TGGTCC-CTGGCG--CGGTGG-TGAAACA--CC-CGTAA-ACCAG-CTC-GAGGACGTT---CCCCCTCGTATTTCGATGAT-CGG--G--------CTA--TG-AA--CGCTG-AT------C-CNGTCGGT---------A-CG-AG-AAC-TAGCTTTGT-GCT-G--CTGTG-TGCCTAGGTTCGA-CTCATTCTTCTCGTTTAA--A---A-------AAAG--TAGT-A---AA--CC-ACC-TGCCTT-CGGGCAGCAGG-TCCAA-AGT--CCTGGTAAA--GGGTGATGGC-TACT-ACC-GGAAA-TAC--------T--CACCGGAAGC-GG-A-AGTAC--CGCCA---------TCTTGA------GCGG-A-----AGCGC----------C-G-----C-C-ATCTTGA-GC--GGA---AG--CGCCGCCAT-CTTG-------A----C--G----GAAGC------G------CCGCCATCTT-GAC-CGGAAGCGGAAG-TGC-C-G-CC--ATCTT-GA--C--CGGAAGCGG--AA-GTGCCGCC--A-TCTTGGCGCC
gi|1 : GGTCCCTGGCGCGGTGGTAAACAC--CCGTAAA-CTCCTCGG-GGAATGTCTT-----CCTTGGTCC-CTGGCGCGGTCGTAAAGACCC-----------GT-----AAA------TCGTGA-GT-TGGTCC-T--GCGTCCGGTAAATGAAACAGGCCGCGTAA-ACCA--CTC-GATC-CGTTAATCCCCATCGTATT-CGAT-ATGCAGAGG--------CTACTTGTAAGTTGCTG-ATGGTTCGCATGGTCGGTTAGATTATTG-CGGAG-AACGTAGCTTTGTCGCT-GGTCTGTG-TTGCTAGGTTCGA-CTCATTCTTCTCGTTTAA--A---ATAAAAATAAAG--TAGTGA---AA--CC-ACC-TCGCTT-CGGGCAGCAGG-TCCAA-AGTCCCCTGGTAAATCGGGTGATGG--TACT-ACC-GGAAATTAC--------T--CACGGGAA-C-GG-A-AAT-C--TATCAT--------TTTTGA------TCGGAA-----AGCAC----------CGG-----C-C-ATCTTCA-AC--GGA---AG--CAGCGCTATCCTTG-------GC---C--G----GAAAT------G------CCGCCATCT----C-T----GCGGAAG-CGC-C-G--C--ATCTT-GG--C--GGGAA-CGG--AA-GTGCCGCG--ACTCTT
gi|10 : gtatgggcatgatcggccggagtagtgagtaaaaaaaaaccaaaaacccagaagggtgggtcgggccgcctcatcgagCGGAAGTAGG-ATAGTAG--GGCCAGAACAAGCGTCTTGA------GTGG-A----------------------T-----C-C-AT---AA-AC--GAACCAAG--TGTTGCTAT-ATTGGACGGAGA----C--A----GAAGC------G------CGGCCATCTT-GAC-CGGAAGCGGAAG-TAC-C-A-AC--ATTGT-GA--C--TGGAAGCGG--AA-GTGCCACC--A-TGTTGGtgactcccgatgttttggacccgctcaaggggctcggtttggccttcctatactactcat
gi|11 : ctagtaaagatagaggtgggatctagtaGGTCCCTGGCGCGGTGGTAAACAC--CCGTAAA-CTCCTCGG-GGCATGTCTT-----CCTTGGTCC-CTGGCGCGGTCGTAAAGACCC-----------GT-----AAA------CCGTGA-GT-TGGTCC-CTGGCG--CGGTGG-TGAAACA--CC-Cacccgtttttgaacccgctcaagaggctcctacgtatactggccctactac
gi|12 : gtatgggcatgatcgaccggagtactgattcataacaaaaacgaacaaccgagaagggtgggtcgggccgcctaatcgag---A-------AAAG--TTGT-A---AA--CCCACG-TGCCTT-TGGGGAGCAGG-TCCAA-AGT--CCTAGAAAA--GGGTGATGGC-TACT-ACC-GGATA-TACA-------TTGTACT--AACC-GG-T-AGCAC--CGCCA---------TCTTCA------CCGG-A-----AGTGC----------C-G-----CGC-ATCATGA-AC--GGA---AG----------------------------C--G----GAAAC------G------TCGCCATCTT-GAT-CGAAAGTGGAAG-TGC-C-G-CC--ATCTT-GG--CTTCGGA
gi|13 : GGTCC-CTGGCGCGGTCGTAAAGACCC-----------GT-----AAA------CCGTGA-GT-TGGTCC-CTGGCG--CGGTGG-TGAAACA--CC-CGGAA-ACCAG-CTC-GAGGACGTT---CACCCTCGTA-TTCGATGAT-CGG--A--------CTA--TG-AA--CGCTG-AT------C--------------------------AAC-TAGCTTTAT-GCT-G--CTGTG-TGCTTAGGTTCAA-CTCATTCTTCTC-CTTAA--A---A-------AAAtca
gi|14 : G-A-----AATGC----------C-G-----C-CCATCTTGATGC--GGA---AG--CGCCGCCAT-CTTG-------A----C--G----GCAGCGGAAATG------CCGCCATCTT-GAC-CGGAAGCAGAAG-TGCTC-G-AC--ATCTT-GA--C--TGGAAG-GGTCAA-GTG-CGTC--A-TCTTCGCTCCac
gi|15 : ggtctGGTCCCTGGCGCG-TGGTAAACAC--CCGTAAA-CTCCTCGG-GTATTGTCTT-----CCTTGGTCC-CTGGCGCGATCGTAAAGACCC-----------GT-----AAA------CCGTGA-------TCC-CTGGCA--CGGTGA-TGAAACA--CC-CGTAA-ACCAG-gcttcaacgggttcgttattggccctctctatacta
gi|16 : aaaaaaaattaaaacggaagttggggcgggccacctttacgagGCCA---------TCTTGA------GCGG-A-----AGCAG----------C-G-----C-C-ATTTTGG-TC--GGA---AA--TGCCGCCAT-CTTG-------AC---C--G----GAAAT------G------CCGCCCTATT-GAC-CGGAAGCGGAAG-TGC-C-G-CC--ATCTT-
gi|16 : -ACC-GGAAA-TGCCGCCCTATT--GACCGGAAGC-GG-A-AGTGC--CGCCA---------TCTT---------C-------------C----------C-G-----C-C-GTTTT----T--G------G--CGCCG-----CTCA-------A----C--G----GGATC------G------------TCCT-GAC-CGcccgccgtttttggcgccgctcaacgggatcgtcctgaccgtcctatactac
gi|17 : gccatcttgagcggaagcagcgccattttggtcggaaatgccgccatcttgCGCCATTTT-TAC-TGGAAGCGGAAG-TAC-C-G-CC--ATATT-GA--C--CGGAAGCGG--AA-GTGCCG-C--A-TTTTtcctatactac
gi|18 : AGCGG--AA-ATGCCGCC--A-TCTTGGCGCCttgcattatgcgtttt
gi|18 : A------GCGG-A-----AATGC----------C-G-----C-C-ATCTTG-------------G--CGCCGT--T-TTTG-----------------------GC------G------CCGCgtttttggcgccgctcaacggggtgcggtttcatcctcctatactac
gi|19 : GGCGCGGTCGTAAAGACCC-----------GT-----AAA------CCGTGC-GT-TGGTAT-CTGGCG--CGGTGG-TGAAACA--CC-CGTAA-ACtcaacggggtgcggtttcatcctcctatactac
gi|2 : GGTCC-TGGCGCGGTGGTAAACACACCCGTAAA-CTCCTCGG-GACATGTCTT-----TCTTGGTCC--TGGCGCGGTCGTAAAGACCC-----------GT-----AAATTAAA-CCGTGA-GT-TTGTCC-CTGGCG--CGGTGG-TGAAACA--CC--GTAA-ACCAA-CTC-GAGGACGTTAATTCCCCTCGTATT-CGATGAT-CGG--G--------CTA--TG-AA--CGCTG-AT------C-CTGTCGGT---------A-CG-AG-AAC-TAGCTTTGT-GCT-G--CTGTG-TGCTTAGGTTCGA-CTCATTCTTCTCGTTTAA--AAACA-------AAAG--TAGT-A---AAC-CC-ACC-TGCCTT-C-GGCAGCAGG-TCCAA-AGT--CCTGGTAAA--GGGTGATGGC-TACT-ACC--GAAA-TAC--------T--CACCGGAAGC-GG-A-AATAC----TCA---------TCTTGA------GCGG-A-----AGCAG----------C-G-----C-C-ATCTTGG-AC--GGA---AG--TACCGCCAT-CTTG-------A----C--------------------------------------C-CGGAAGCGGAAGTTAC-CAG-CC--ACTTG-GA--C--C
gi|20 : tgattaatatgttgtttgatttagaggtgagtgtagtttattggatttgggggggggggggagaaacgagaagggtgggtcgggccgccttatcgagGGAAG-TGC-C-G-CC--ATCTT-GAACC--CGGcgggtcggccccgggtcaaggggggtcgttctg
gi|21 : AGCTTTGT-GCT-G--CTGTG-TGCCTAGGTTCGA-CTCATTCTTCTCGTTTAATTA---A-------AAAgtcaagaggttcggtttgtccctcctatactactt
gi|22 : ---CCCCCTCGTATT-CGATGAT-CGG--C--------CTA--TG-AA--CGCTG-AT------C-CGGTCGGT---------A-CG-AA-AAtat
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