lowQualScore                  :                        333333333333333333        11111                        666666666666666666666666666666666666666                                                            
lowQualScore                  :            2 2         000000000000000000  444 2 11111 0  7777777   2 5555  2 222222222222222222222222222222222222222 2 4 22  333   4444 2     4          22   2 55 22 33        
lowQualScore                  :            . .         ..................  ... . ..... .  .......   . ....  . ....................................... . . ..  ...   .... .     .          ..   . .. .. ..        
lowQualScore                  :            9 7         333333333333333333  444 5 33333 6  4444444   4 0000  5 333333333333333333333333333333333333333 1 2 99  777   5555 1     2          99   1 00 99 11        
consensus                     :     TCCGGTC-A-GCTCAGTATA-TTCC------------GT---T-A--C--GCTA---C---AAC-T----CC-ATAT------A-TCA-----T-TAT---TC--GT-A--G-G-G-A--AA---GTA----G-TCCCG-GAGAATTGAC--ACT-G--T--A--TGGAGTTT
Reference ( gi|5 )            :     TCCGGTC-A-GCTCAGTATA-GTCC------------GT---T-A--C--GCTA---C---AAC-T----CC-ATGT------A-TCG-----T-TAT---TC--GT-A--A-G-G-A--AA---GTA----G-TCCCG-GAGAATTGAC--ACT-G--T--A--TGGAGTTT
gi|10                         :     TCCGGTC-A-GCTCAGTAT---TCC------------GT---T-A--C--GTTA---C---AAC-T----CC-AT--------A-TC---------AT---TC--GT-A--G-G-G-A--GA---GTA----G-TCCCG-GAGAATTGAC--ACT-G--T--A--TGGAGTTT
gi|7                          :    tTCCGGTC-A-GCTCAGTATA-TTCC------------GT---T-A--C--GCTA---C---AAC-T----CC-ATAT------A--CA-----T---T---TC--GT-A--G-G-G-AAGAA---GTA----GTTCCCG-GAAAATTGAC--ACT-G--T--A--TGGAGTT
gi|4                          :     TCCGGTC-A-GCTCAATATA-TTCC------------GT---A-A--C--GCTA---TTTTAAC-T----CCTATAT------A-TCA-----G-TAT---TC--GT-A--G-G-G-A--AA---GTA----G-TCCTG-GAGAATTGGC--ACT-G--T--A--TGGAGTTT
gi|11                         :     TCCGGTC-A-GCTCAGTAT---TCC------------GT---T-A--C--GTTA---C---AAC-T----CC-AT--------------------TAT---TC--GT-C--G-G-G-A--AA---GTA----G-TCCCG-GAGAATAGAC--ACT-G--T--A--TGGAGTTT
gi|9                          :  agcTTCAGTC-A-GCTCAGTATA--TTC------------GT---T-T--T--ACTA---C---AAC-T----CC-A---------A-TT------T-TAT---TC--AT-A--G-G-GGA--AA---GCA----G-TCCTG-GAGAATTGAC--AAT-G--T--T--TGGAGT
gi|14                         :   gcTCCGGTC-A-GCTCAGTGT------------------GT---T-A-----------------AC-T----CC-A---------A-T-A-----T-TAT---TC--TT-G--G-G-GGA--AA---GTA----A-TCCCG-GGGAATTGAC--ACT-G--T--A--CTGAGTT
gi|17                         : aagcTCCGGTC-A-GCTCAGTATA-TTCCGTGATATTTCCAGT---T-A--CGTGCTA---C---AAC-T----C
gi|6                          :     cCCGGTCCA-GCT-AGTAT---TCC------------GT---T-A--C--G-TA---C---A-C-T----CC-AT--------A-TCA-----T-TAT---TC--GT-A--G-G-G-G--AACCAGTA----G-TCCCGCGAGAATTGAC--ACT-G--T--A--TGGAGTT
gi|1                          :  gctcCCAGTC-A-GGTCAGTATA-TTTC------------CC---C-AAGCAGGCTAATTA---AAC-C----CC-ATAT------A--CA-----TGTATAACTCGGGG-A--A-A-T-A--AA---GTA----G-TCACA-GAGAATTGGC--ACT-G--T--G--TGGAATT
gi|15                         :       CGCTC-A-GCTTAGTTT--GCTC------------GT---T-T--A--GATA---C---AAC-T----CC-A-AT------A-TCA-----T-T-T---T---------A-G-G-G--AA---ATA----G-TCCCGCTAGAGTTGAC--ACC-G--T--
gi|13                         :      ccgGTC-A-GTTCAGTATA-TTCC------------GT---T-A--T--GCTG---C---AAC-T----TC-AAAT------ATTCG-----T------------T-G--G-G-G-A--AA---GCA----G-TCTTG-GAGACTTGAC--GCT-GA-T--A--TTG-GTTTg
gi|12                         :         GTC-A-TCTCAG-ATACATCC------------GTGTCT-A--C--GTTA---CG--AACGT----CC-ATAT------A------------------------------------AG---GTA----G-TCCCT-TAGAATTGAC--ACT-GATT--ATTTGGAGTTT
gi|18                         :      tacGTC-AAGCTC--TGTA-ATTC------------GT---T-A--C--GCTA---C---AAC-T----CC-ATAT------A-Tt
gi|3                          :          TC-A-GGTCAGTATA-TTCCCCAAGAG-----GC---T-A-----ATTA-------AAC-C----CC-ATAT------A--CA-----TGTATAACTC--GGGA--A-A-T-A--AA---GTA----G-TCACA-GAGAA-TGGC--ACT-G--T--G--TGGAATTTttttc
gi|2                          :          ccat-GCTCAGTAT---TAC-----------------T-A--C--ATTA---C---AAC-T----CC-ATATGATACTA-T-------T-TAT---TC--GT-ACTG-G-A-A--AA---GTAAATAG-TCCCG-GAGAATTGAC--ACTAG--T--A--TAGAGTTT
gi|8                          :                  aagctcgttcCC------------GT---TCA--A--GCTA---C---AAC-TTCCGCC-AAAT------A-TCAATACAT-TAT----C--GT-A--GTG-G-A--AA---GTA----G-TCCCG-GATAATAGACCAATT-G-----A--TGGAGTTT
gi|16                         :                                                agttg--GCTT---C---AAC-T----CC-A---------A-T-A-----T-TAG---TC--TT-A--G-GAG-A--AA---GTA----A-TCCCG-GAGAGTTGGC--ATT-G--------CGGAGCTT
gi|19                         :                                                                                                                     -G-G-A--AA---GTA----G-TCCCG-GAGAATTGAC--ACT-T--T--A--TGGATTTT
gi|20                         :                                                                                                                   gttg-G-A--AA---GTA----G-TCCCG-GAGAATTGAC--ACT-G--T--A--TGGAGTTT
gi|22                         :                                                                                                                     ga-G-A--AA---GTA----G-TCCCG-GGGAATTGAC--AAT-G--T--A--TGGAGTTTg
gi|21                         :                                                                                                                       -G-A--AA---GTA----G-TCCCA-GAGAATTGAC--ACT-G--TACA--TGGAGTTT





Alignments
lowQualScore                  :                               111111111111                                        222222222222222222222222                                                                         
lowQualScore                  :             2 2      2   5    999999999999  444 2 555  88888888   666   2 4444  2 888888888888888888888888   66666 2 2 555 22  7777   4444 2     4          22   2 44 22 22        
lowQualScore                  :             . .      .   .    ............  ... . ...  ........   ...   . ....  . ........................   ..... . . ... ..  ....   .... .     .          ..   . .. .. ..        
lowQualScore                  :             7 5      5   1    777777777777  111 4 222  11111111   111   2 7777  4 999999999999999999999999   99999 2 0 555 88  8888   2222 0     0          88   0 88 88 99        
consensus                     :      TCCGGTC-A-GCTCAG-TATATTCC------------GT---T-AC--GC--------TAC---AAC-T----CC-ATAT---ATCA-----T-T-AT---TCG-TA--G-G-G---A--AA----GTA----G-TCCCG-GAGAATTGAC--ACT-G--T--A--TGGAGTTT
Reference ( family-1946 )     :      TCCGGTC-A-GCTCAG-TATATTCC------------GT---T-AC--GC--------TAC---AAC-T----CC-ATAT---ATCA-----T-T-AT---TCG-TA--G-G-G---A--AA----GTA----G-TCCCG-GAGAATTGAC--ACT-G--T--A--TGGAGTTT
gi|1                          :       CCAGTC-A-GGTCAG-TATATTTC------------CC---C-AA--GCAGGCTAATTA----AAC-C----CC-ATAT---A-CA-----TGT-ATAACTCG-----G-G-G---A--AATAAAGTA----G-TCACA-GAGAATTGGC--ACT-G--T--G--TGGAATT
gi|10                         :      TCCGGTC-A-GCTCAG-TAT--TCC------------GT---T-AC--GT--------TAC---AAC-T----CC-ATAT--------------C-AT---TCG-TA--G-G-G---A--GA----GTA----G-TCCCG-GAGAATTGAC--ACT-G--T--A--TGGAGTTT
gi|11                         :     tTCCGGTC-A-GCTCAG-TAT--TCC------------GT---T-AC--GT--------TAC---AAC-T----CC-AT----------------T-AT---TCG-TC--G-G-G---A--AA----GTA----G-TCCCG-GAGAATAGAC--ACT-G--T--A--TGGAGTTT
gi|12                         :       agcGTC-A-TCTCAGATACAT-CC------------GTGTCT-AC--GT--------TACG--AACGT----CC-ATAT---A------------------------------------AG----GTA----G-TCCCT-TAGAATTGAC--ACT-GATT--ATTTGGAGTTT
gi|13                         :       tacGTC-A-GTTCAG-TATATTCC------------GT---T-AT--GC--------TGC---AAC-T----TC-A---------A-----A-T-AT---TCGTTG--G-G-G---A--AA----GCA----G-TCTTG-GAGACTTGAC--GCT-GA-T--A--TTG-GTTTt
gi|14                         :      TCCGGTC-A-GCTCAG-TGTGTT-----------------------------------------AAC-T----CC-A-AT---ATTA-----T-T-CT---TGG-----G-G-G---A--AA----GTA----A-TCCCG-GGGAATTGAC--ACT-G--T--A--CTGAGTT
gi|15                         :    aagcCGCTC-A-GCTTAG-TTTGCTCG------------TT---T-A---GA--------TAC---AAC-T----CC-A-AT---ATCA-----T-T------T---TA--G-G-G---A--AA-----TA----G-TCCCGCTAGAGTTGAC--ACC-G--T--
gi|16                         :                                                 ccg--GC--------TTC---AAC-T----CC-A------AT-A-----T-T-AG---TCT-TA--G-GAG---A--AA----GTA----A-TCCCG-GAGAGTTGGC--ATT-G--------CGGAGCTTg
gi|17                         :      TCCGGTC-A-GCTCAG-TATATTCCGTGATATTTCCAGT---T-ACGTGC--------TAC---AAC-T----C
gi|18                         :         cGTC-AAGCTCTG-TA-ATTC-------------GT---T-AC--GC--------TAC---AAC-T----CC-ATAT---AT
gi|19                         :                                                                                                             G-TT--G-G-G---A--AA----GTA----G-TCCCG-GAGAATTGAC--ACT-T--T--A--TGGATTTTttttc
gi|2                          :               -GCTCAG-TAT--TAC-----------------T-AC--AT--------TAC---AAC-T----CC-ATATGATACTA-----T-TTAT---TCG-TACTG-G-A---A--AA----GTAAATAG-TCCCG-GAGAATTGAC--ACTAG--T--A--TAGAGTTT
gi|20                         :                                                                                                       aagctcgttc--G-A-G---A--AA----GTA----G-TCCCG-GAGAATTGAC--ACT-G--T--A--TGGAGTTT
gi|21                         :                                                                                                                      -G---A--AA----GTA----G-TCCCA-GAGAATTGAC--ACT-G--TACA--TGGAGTTTg
gi|22                         :                                                                                                                      -G---A--AA----GTA----G-TCCCG-GGGAATTGAC--AAT-G--T--A--TGGAGTTT
gi|3                          :           TC-A-GGTCAG-TATATTCCCCAAGAG-----GC---T-A---AT--------TA----AAC-C----CC-ATAT---A-CA-----TGT-ATAACTCG-----G-G-AAATA--AA----GTA----G-TCACA-GAGAA-TGGC--ACT-G--T--G--TGGAATTT
gi|4                          :  ccatTCCGGTC-A-GCTCAA-TATATTCC------------GT---A-AC--GC--------TATTTTAAC-T----CCTATAT---ATCA-----G-T-AT---TCG-TA--G-G-G---A--AA----GTA----G-TCCTG-GAGAATTGGC--ACT-G--T--A--TGGAGTTT
gi|5                          :      TCCGGTC-A-GCTCAG-TATAGTCC------------GT---T-AC--GC--------TAC---AAC-T----CC-ATGT---ATCG-----T-T-AT---TCG-TA--A-G-G---A--AA----GTA----G-TCCCG-GAGAATTGAC--ACT-G--T--A--TGGAGTTT
gi|6                          :       CCGGTCCA-GCT-AG-TAT--TCC------------GT---T-AC--G---------TAC---A-C-T----CC-ATAT-----CA-----T-T-AT---TCG-TA--G-G-G---G--AACCA-GTA----G-TCCCGCGAGAATTGAC--ACT-G--T--A--TGGAGTT
gi|7                          :  gctcTCCGGTC-A-GCTCAG-TATATTCC------------GT---T-AC--GC--------TAC---AAC-T----CC-ATAT---A-CA-----T----T---TCG-TA--G-G-G---AAGAA----GTA----GTTCCCG-GAAAATTGAC--ACT-G--T--A--TGGAGTT
gi|8                          :                             CC------------GT---TCAA--GC--------TAC---AAC-TTCCGCC-AAAT---ATCAATACAT-T-AT----CG-TA--GTG-G---A--AA----GTA----G-TCCCG-GATAATAGACCAATT-G-----A--TGGAGTTT
gi|9                          : agttgTTCAGTC-A-GCTCAG-TATATTC-------------GT---T-TT--AC--------TAC---AAC-T----CC-A------ATT------T-T-AT---TCA-TA--G-G-GG--A--AA----GCA----G-TCCTG-GAGAATTGAC--AAT-G--T--T--TGGAGT





Alignments
lowQualScore                  :                               111111111111                                        222222222222222222222222                                                                         
lowQualScore                  :             2 2      2   5    999999999999  444 2 555  88888888   666   2 4444  2 888888888888888888888888   66666 2 2 555 22  7777   4444 2     4          22   2 44 22 22        
lowQualScore                  :             . .      .   .    ............  ... . ...  ........   ...   . ....  . ........................   ..... . . ... ..  ....   .... .     .          ..   . .. .. ..        
lowQualScore                  :             7 5      5   1    777777777777  111 4 222  11111111   111   2 7777  4 999999999999999999999999   99999 2 0 555 88  8888   2222 0     0          88   0 88 88 99        
consensus                     :      TCCGGTC-A-GCTCAG-TATATTCC------------GT---T-AC--GC--------TAC---AAC-T----CC-ATAT---ATCA-----T-T-AT---TCG-TA--G-G-G---A--AA----GTA----G-TCCCG-GAGAATTGAC--ACT-G--T--A--TGGAGTTT
Reference ( family-1946 )     :      TCCGGTC-A-GCTCAG-TATATTCC------------GT---T-AC--GC--------TAC---AAC-T----CC-ATAT---ATCA-----T-T-AT---TCG-TA--G-G-G---A--AA----GTA----G-TCCCG-GAGAATTGAC--ACT-G--T--A--TGGAGTTT
gi|1                          :       CCAGTC-A-GGTCAG-TATATTTC------------CC---C-AA--GCAGGCTAATTA----AAC-C----CC-ATAT---A-CA-----TGT-ATAACTCG-----G-G-G---A--AATAAAGTA----G-TCACA-GAGAATTGGC--ACT-G--T--G--TGGAATT
gi|10                         :      TCCGGTC-A-GCTCAG-TAT--TCC------------GT---T-AC--GT--------TAC---AAC-T----CC-ATAT--------------C-AT---TCG-TA--G-G-G---A--GA----GTA----G-TCCCG-GAGAATTGAC--ACT-G--T--A--TGGAGTTT
gi|11                         :     tTCCGGTC-A-GCTCAG-TAT--TCC------------GT---T-AC--GT--------TAC---AAC-T----CC-AT----------------T-AT---TCG-TC--G-G-G---A--AA----GTA----G-TCCCG-GAGAATAGAC--ACT-G--T--A--TGGAGTTT
gi|12                         :       agcGTC-A-TCTCAGATACAT-CC------------GTGTCT-AC--GT--------TACG--AACGT----CC-ATAT---A------------------------------------AG----GTA----G-TCCCT-TAGAATTGAC--ACT-GATT--ATTTGGAGTTT
gi|13                         :       tacGTC-A-GTTCAG-TATATTCC------------GT---T-AT--GC--------TGC---AAC-T----TC-A---------A-----A-T-AT---TCGTTG--G-G-G---A--AA----GCA----G-TCTTG-GAGACTTGAC--GCT-GA-T--A--TTG-GTTTt
gi|14                         :      TCCGGTC-A-GCTCAG-TGTGTT-----------------------------------------AAC-T----CC-A-AT---ATTA-----T-T-CT---TGG-----G-G-G---A--AA----GTA----A-TCCCG-GGGAATTGAC--ACT-G--T--A--CTGAGTT
gi|15                         :    aagcCGCTC-A-GCTTAG-TTTGCTCG------------TT---T-A---GA--------TAC---AAC-T----CC-A-AT---ATCA-----T-T------T---TA--G-G-G---A--AA-----TA----G-TCCCGCTAGAGTTGAC--ACC-G--T--
gi|16                         :                                                 ccg--GC--------TTC---AAC-T----CC-A------AT-A-----T-T-AG---TCT-TA--G-GAG---A--AA----GTA----A-TCCCG-GAGAGTTGGC--ATT-G--------CGGAGCTTg
gi|17                         :      TCCGGTC-A-GCTCAG-TATATTCCGTGATATTTCCAGT---T-ACGTGC--------TAC---AAC-T----C
gi|18                         :         cGTC-AAGCTCTG-TA-ATTC-------------GT---T-AC--GC--------TAC---AAC-T----CC-ATAT---AT
gi|19                         :                                                                                                             G-TT--G-G-G---A--AA----GTA----G-TCCCG-GAGAATTGAC--ACT-T--T--A--TGGATTTTttttc
gi|2                          :               -GCTCAG-TAT--TAC-----------------T-AC--AT--------TAC---AAC-T----CC-ATATGATACTA-----T-TTAT---TCG-TACTG-G-A---A--AA----GTAAATAG-TCCCG-GAGAATTGAC--ACTAG--T--A--TAGAGTTT
gi|20                         :                                                                                                       aagctcgttc--G-A-G---A--AA----GTA----G-TCCCG-GAGAATTGAC--ACT-G--T--A--TGGAGTTT
gi|21                         :                                                                                                                      -G---A--AA----GTA----G-TCCCA-GAGAATTGAC--ACT-G--TACA--TGGAGTTTg
gi|22                         :                                                                                                                      -G---A--AA----GTA----G-TCCCG-GGGAATTGAC--AAT-G--T--A--TGGAGTTT
gi|3                          :           TC-A-GGTCAG-TATATTCCCCAAGAG-----GC---T-A---AT--------TA----AAC-C----CC-ATAT---A-CA-----TGT-ATAACTCG-----G-G-AAATA--AA----GTA----G-TCACA-GAGAA-TGGC--ACT-G--T--G--TGGAATTT
gi|4                          :  ccatTCCGGTC-A-GCTCAA-TATATTCC------------GT---A-AC--GC--------TATTTTAAC-T----CCTATAT---ATCA-----G-T-AT---TCG-TA--G-G-G---A--AA----GTA----G-TCCTG-GAGAATTGGC--ACT-G--T--A--TGGAGTTT
gi|5                          :      TCCGGTC-A-GCTCAG-TATAGTCC------------GT---T-AC--GC--------TAC---AAC-T----CC-ATGT---ATCG-----T-T-AT---TCG-TA--A-G-G---A--AA----GTA----G-TCCCG-GAGAATTGAC--ACT-G--T--A--TGGAGTTT
gi|6                          :       CCGGTCCA-GCT-AG-TAT--TCC------------GT---T-AC--G---------TAC---A-C-T----CC-ATAT-----CA-----T-T-AT---TCG-TA--G-G-G---G--AACCA-GTA----G-TCCCGCGAGAATTGAC--ACT-G--T--A--TGGAGTT
gi|7                          :  gctcTCCGGTC-A-GCTCAG-TATATTCC------------GT---T-AC--GC--------TAC---AAC-T----CC-ATAT---A-CA-----T----T---TCG-TA--G-G-G---AAGAA----GTA----GTTCCCG-GAAAATTGAC--ACT-G--T--A--TGGAGTT
gi|8                          :                             CC------------GT---TCAA--GC--------TAC---AAC-TTCCGCC-AAAT---ATCAATACAT-T-AT----CG-TA--GTG-G---A--AA----GTA----G-TCCCG-GATAATAGACCAATT-G-----A--TGGAGTTT
gi|9                          : agttgTTCAGTC-A-GCTCAG-TATATTC-------------GT---T-TT--AC--------TAC---AAC-T----CC-A------ATT------T-T-AT---TCA-TA--G-G-GG--A--AA----GCA----G-TCCTG-GAGAATTGAC--AAT-G--T--T--TGGAGT


blockSeqs                     :             C A      A   A    GTGATATTTCCA  GTC C CGT  .          TTT   G TCCG  T AATATCAATACATTAT           TACT  T A AAT AG  CCA    AATA T     C          CA   A AT AC TT
blockSeqs                     :             . .      .   A    CCAAGAG       .   . C    .          G     . .     . TATGATACTATTTAT            TTG   . . G   .   .      .    .     C          .    . A  .  . 
blockSeqs                     :             . .      .   G    .             .   . C    .          .     . .     . TATACATGTATAAC             TA    . . .   .   .      .    .     .          .    . .  .  . 
blockSeqs                     :             . .      .   G    .             .   . C    .          .     . .     . TATATCAGTAT                TC    . . .   .   .      .    .     .          .    . .  .  . 
blockSeqs                     :             . .      .   A    .             .   . T    .          .     . .     . TGTATCGTTAT                TA    . . .   .   .      .    .     .          .    . .  .  . 
blockSeqs                     :             . .      .   A    .             .   . C    .          .     . .     . ATATTATTCT                 TA    . . .   .   .      .    .     .          .    . .  .  . 
blockSeqs                     :             . .      .   A    .             .   . C    .          .     . .     . TATCATTAT                  TT    . . .   .   .      .    .     .          .    . .  .  . 
blockSeqs                     :             . .      .   A    .             .   . C    .          .     . .     . ATATCATT                   TA    . . .   .   .      .    .     .          .    . .  .  . 
blockSeqs                     :             . .      .   A    .             .   . C    .          .     . .     . TATACATT                   TA    . . .   .   .      .    .     .          .    . .  .  . 
blockSeqs                     :             . .      .   A    .             .   . C    .          .     . .     . ATATTAG                    TA    . . .   .   .      .    .     .          .    . .  .  . 
blockSeqs                     :             . .      .   A    .             .   . C    .          .     . .     . ATTTTAT                    TA    . . .   .   .      .    .     .          .    . .  .  . 
blockSeqs                     :             . .      .   .    .             .   . A    .          .     . .     . TATCAT                     TA    . . .   .   .      .    .     .          .    . .  .  . 
blockSeqs                     :             . .      .   .    .             .   . T    .          .     . .     . AATAT                      TA    . . .   .   .      .    .     .          .    . .  .  . 
blockSeqs                     :             . .      .   .    .             .   . .    .          .     . .     . TTAT                       .     . . .   .   .      .    .     .          .    . .  .  . 
blockSeqs                     :               .      .   .    .             .   . .    .          .     . .     . TATA                       .     . . .   .   .      .    .     .          .    . .  .  . 
blockSeqs                     :                               .             .   . .    .          .     . .     .                            .     . . .   .   .      .    .     .          .    . .  .  . 
blockSeqs                     :                                                        .          .     . .                                        . . .   .   .      .    .     .          .    . .  .  . 
blockSeqs                     :                                                                                                                      . .   .   .      .    .     .          .    . .  .  . 
blockSeqs                     :                                                                                                                      . .   .   .      .    .     .          .    . .  .    


blockSeqCons                  :                                                        ********                   TATCATTAT***************   TA***             ****
originalCons                  :      TCCGGTC-A-GCTCAG-TATATTCC------------GT---T-AC--GC--------TAC---AAC-T----CC-ATAT---ATCA-----T-T-AT---TCG-TA--G-G-G---A--AA----GTA----G-TCCCG-GAGAATTGAC--ACT-G--T--A--TGGAGTTT
finalCons                     :      TCCGGTC-A-GCTCAG-TATATTCC------------GT---T-AC--GC--------TAC---AAC-T----CC-ATATCATTAT---------------TCGTA---G-G-G---A--AA----GTA----G-TCCCG-GAGAATTGAC--ACT-G--T--A--TGGAGTTT





Alignments
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lowQualScore                  :             . .      .   .    ............  ... . ...  ........   ...   .   ...... ....  .....................   ..... . . ... .. ... ....   .... .     .          ..   . .. .. ..        
lowQualScore                  :             7 5      5   1    777777777777  111 4 222  11111111   111   2   999999 1111  222222222222222222222   55555 2 0 555 88 555 2222   2222 0     0          88   0 88 88 99        
consensus                     :      TCCGGTC-A-GCTCAG-TATATTCC------------GT---T-AC--GC--------TAC---AAC-TCC------A-T--AT-CA-----T------TAT---TCG-TA--G-G-G---A--A---A----GTA----G-TCCCG-GAGAATTGAC--ACT-G--T--A--TGGAGTTT
Reference ( family-1946 )     :      TCCGGTC-A-GCTCAG-TATATTCC------------GT---T-AC--GC--------TAC---AAC-TCC------A-T--AT-CA-----T------TAT---TCG-TA--G-G-G---A--A---A----GTA----G-TCCCG-GAGAATTGAC--ACT-G--T--A--TGGAGTTT
gi|1                          :       CCAGTC-A-GGTCAG-TATATTTC------------CC---C-AA--GCAGGCTAATTA----AAC-CCC------A-T--ATACA-----TG-----TATAACTCG-----G-G-G---A--A---ATAAAGTA----G-TCACA-GAGAATTGGC--ACT-G--T--G--TGGAATT
gi|10                         :      TCCGGTC-A-GCTCAG-TAT--TCC------------GT---T-AC--GT--------TAC---AAC-TCC------A-T--AT-CA-----T------T------CG-TA--G-G-G---A--G---A----GTA----G-TCCCG-GAGAATTGAC--ACT-G--T--A--TGGAGTTT
gi|11                         :     tTCCGGTC-A-GCTCAG-TAT--TCC------------GT---T-AC--GT--------TAC---AAC-TCC------A-T-------------------TAT---TCG-TC--G-G-G---A--A---A----GTA----G-TCCCG-GAGAATAGAC--ACT-G--T--A--TGGAGTTT
gi|12                         :       agcGTC-A-TCTCAGATACAT-CC------------GTGTCT-AC--GT--------TACG--AACGTCC------A-T--AT-------------------------------------A--A---G----GTA----G-TCCCT-TAGAATTGAC--ACT-GATT--ATTTGGAGTTT
gi|13                         :       tacGTC-A-GTTCAG-TATATTCC------------GT---T-AT--GC--------TGC---AAC-TTC------A--------A-----A------TAT---TCGTTG--G-G-G---A--A---A----GCA----G-TCTTG-GAGACTTGAC--GCT-GA-T--A--TTG-GTTTt
gi|14                         :      TCCGGTC-A-GCTCAG-TGTGTT-----------------------------------------AAC-TCC------A----AT--A-----T------TAT---TCT-TG--G-G-GG--A--A---A----GTA----A-TCCCG-GGGAATTGAC--ACT-G--T--A--CTGAGTT
gi|15                         :    aagcCGCTC-A-GCTTAG-TTTGCTCG------------TT---T-A---GA--------TAC---AAC-TCC------AAT--AT-CA-----T------T-----T---TA--G-G-G---A--A---A-----TA----G-TCCCGCTAGAGTTGAC--ACC-G--T--
gi|16                         :                                                 ccg--GC--------TTC---AAC-TCC------A----AT--A-----T------TAG---TCT-TA--G-GAG---A--A---A----GTA----A-TCCCG-GAGAGTTGGC--ATT-G--------CGGAGCTTg
gi|17                         :      TCCGGTC-A-GCTCAG-TATATTCCGTGATATTTCCAGT---T-ACGTGC--------TAC---AAC-TC
gi|18                         :         cGTC-AAGCTCTG-TA-ATTC-------------GT---T-AC--GC--------TAC---AAC-TCC------A-T--AT--A-----T------TTT---TC
gi|19                         :                                                                                                                 G-TT--G-G-G---A--A---A----GTA----G-TCCCG-GAGAATTGAC--ACT-T--T--A--TGGATTTT
gi|2                          :               -GCTCAG-TAT--TAC-----------------T-AC--AT--------TAC---AAC-TCC------A-T--AT-GA-----TACTATTTAT---TCG-TACTG-G-A---A--A---A----GTAAATAG-TCCCG-GAGAATTGAC--ACTAG--T--A--TAGAGTTT
gi|20                         :                                                                                                           aagctcgttc--G-A-G---A--A---A----GTA----G-TCCCG-GAGAATTGAC--ACT-G--T--A--TGGAGTTT
gi|21                         :                                                                                                                          -G---A--A---A----GTA----G-TCCCA-GAGAATTGAC--ACT-G--TACA--TGGAGTTTg
gi|22                         :                                                                                                                          -G---A--A---A----GTA----G-TCCCG-GGGAATTGAC--AAT-G--T--A--TGGAGTTT
gi|3                          :           TC-A-GGTCAG-TATATTCCCCAAGAG-----GC---T-A---AT--------TA----AAC-CCC------A-T--ATACA-----TG-----TATAACTCG-----G-G-AAATA--A---A----GTA----G-TCACA-GAGAA-TGGC--ACT-G--T--G--TGGAATTT
gi|4                          :  ccatTCCGGTC-A-GCTCAA-TATATTCC------------GT---A-AC--GC--------TATTTTAAC-TCCTAT---A-T--AT-CA-----G------TAT---TCG-TA--G-G-G---A--A---A----GTA----G-TCCTG-GAGAATTGGC--ACT-G--T--A--TGGAGTTT
gi|5                          :      TCCGGTC-A-GCTCAG-TATAGTCC------------GT---T-AC--GC--------TAC---AAC-TCC------A-TGTAT-CG-----T------TAT---TCG-TA--A-G-G---A--A---A----GTA----G-TCCCG-GAGAATTGAC--ACT-G--T--A--TGGAGTTT
gi|6                          :       CCGGTCCA-GCT-AG-TAT--TCC------------GT---T-AC--G---------TAC---A-C-TCC------A-T--AT-CA-----T------TAT---TCG-TA--G-G-G---G--AACCA----GTA----G-TCCCGCGAGAATTGAC--ACT-G--T--A--TGGAGTT
gi|7                          :  gctcTCCGGTC-A-GCTCAG-TATATTCC------------GT---T-AC--GC--------TAC---AAC-TCC------A-T--ATACA-----T--------T---TCG-TA--G-G-G---AAGA---A----GTA----GTTCCCG-GAAAATTGAC--ACT-G--T--A--TGGAGTT
gi|8                          :                             CC------------GT---TCAA--GC--------TAC---AAC-TTCCGCCAAA-T--AT-CAATACAT------TAT----CG-TA--GTG-G---A--A---A----GTA----G-TCCCG-GATAATAGACCAATT-G-----A--TGGAGTTT
gi|9                          : agttgTTCAGTC-A-GCTCAG-TATATTC-------------GT---T-TT--AC--------TAC---AAC-TCC------A----AT-T------T------TAT---TCA-TA--G-G-GG--A--A---A----GCA----G-TCCTG-GAGAATTGAC--AAT-G--T--T--TGGAGT