lowQualScore : 11111111111111111111111111 11111111 1111111111 111111111111111 11111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111111111111 111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 1 1 66666666666666666666666666 333 333 1 1 11 1 2222 11111 1 222222 33 2 4 33 6666 11 4 1 1 1 4 1 44444444 444 4 4 5555555555 4 000000000000000 4 4 1 1 00000 1 11 22 22222222 33333 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 22 1 88888888888888888888888888 11 44 1 1 11 222 333333333333333333333333 11 2 222222222222222 333 22 1 11 1 111 22222 1 1 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 1 222222 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222 222222 1
lowQualScore : 7 6 6 5 6 5 33333333333333333333333333 555 000 4 4 5 5 0 22 0 3 3 3333 3 3 77777 6 3 666666 55 0 0 6 44 6 6 2222 22 0 7 7 7 0 5 6 55555555 6 666 0 0 1111111111 0 555555555555555 0 0 5 7 6 00000 7 6 3 88 33 55555555 22222 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 55 7 6 0 55555555555555555555555555 22 66 6 5 7 22 000 777777777777777777777777 6 6 6 88 33 0 111111111111111 4 4 6 111 00 1 0 99 88 0 0 333 33333 0 5 6 7 77 6 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33 3 0 333333 1 8 2 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 6666 7 333333 6 3 6 6
lowQualScore : . . . . . . .......................... ... ... . . . . . .. . . . .... . . ..... . . ...... .. . . . .. . . .... .. . . . . . . . ........ . ... . . .......... . ............... . . . . . ..... . . . .. .. ........ ..... . .............................................................................................................. . .. . . . .......................... .. .. . . . .. ... ........................ . . . .. .. . ............... . . . ... .. . . .. .. . . ... ..... . . . . .. . .................................................................................... .. . . ...... . . . . .......................................................................................................... . .... . ...... . . . .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 0 00000000000000000000000000 000 555 0 0 5 0 2 22 0 2 2 5555 2 2 88888 0 3 777777 00 0 0 0 00 0 0 0000 00 0 0 0 0 0 5 0 00000000 0 000 0 0 0000000000 0 000000000000000 0 0 0 0 0 00000 0 0 0 55 00 00000000 55555 5 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 33 0 0 7 55555555555555555555555555 00 00 0 0 0 00 000 000000000000000000000000 0 0 0 55 00 0 000000000000000 0 0 0 000 33 0 0 88 22 2 0 888 22222 0 0 8 0 00 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 88 2 8 000000 7 0 8 8 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 0000 8 222222 0 3 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGGTTAACAATTTCCAATATTAGGTGTTCCTTAATATAGCATTTACA-----ACATTTCTATTATGCTGAACATAATAACCTGCACCGNTNATNANTTGGACAATAAAGAA-AAAGTGCATTTCGTTTTC-AATG-AATAATCTGCATGCATGACATGTAAGTGGTTTTTTTTTAAGGAACACATGGTCTAGAATAAT-ATATCTCCCTGT-TTCAAT-AATATGCAAACGTATCCGGCACTAAGTTCTTATATTGGTTAAG-TT-ATCTTTTCGAC-TTTTTAAATGGAAAATGAAAGTTGTCTTGCAA-TTTTACTATATCATTATTATTAAATAGAAATTATGATCTGTATTAAATTATGAATTTCAGCCCATATTTGTAAATAT-TTTTCAGT--------GTAGTGTGTTGTATATATTCCACAGGCTTGAGCAAATTTAAGCAATAAAATCATAACCGAATTCAATATTTAAAAGATACATTTATAACTATAGCATACATTTNGGAAAGTTTTTTTTAAANTNTCGTTCTTAAATNAAAATTACAT---TTCTGAAAATAACTGTC--TAACTTTTGCCTT---T-TCTGTATGGTCCACATGACGATA---NT-TTTT---------------CTTTTTTA-TTA-----TCANTGTTGGTTACCA-ATGTTACATTAGG---CAC-GC-ATNCGTNGGTATTC--TTTTAGTTGAGCACAGGCATTTTGGAACCTGAGTTCATCGAATCAGGATTGATGTCTTAAAAGTATATTAACTTGGGGAAAAGTGCTTACCACAAATCCTANTACGNTTTGTCAGAACAAACAACAAAATCCNTCCTTTGACANTAATGAATCCATAT-TGTTTG-ACGAGCATCGTCTTTTGG-TAAANCAAAA-ATGA-CACA-TTT-T-ATCTACA-TTTGAANAGGTAGAGCAATTACANNCCACACAGTNAACCGCCT---TTCTGCTACACTAGATNNCTGTTCTGTAGATGGGGATTTCTAAGCTTATAACACAAATCGNGTTTCTNAGCTTAT--TGCATGGACTCTAAAACCATTA------GTGCCAATTAACAAGATTTGT-TTGTTTTT-------G-------------A------TA----AT---TTAG-A-TA-----NTT---C--------A-T--------------A---------------GATACAGCCGCTCTGCAGCTGGTAA--TCATATCTGAC----GTCACACCGAA-GATTTCCGA
Reference ( gi|1 ) : CATTAAGCTGCACATTTTCAGCAATTGATATATTCTGGGGGTTAACAATTTCCATTACTGGGTTTTCTTTCATATAGCATTTACACTCAAATATTTC-ATTACGCTG----TAAT---CTGCATCGAAAATAATTTGGACAATAAAGAACAAAGTGCATTTCGTTTTT-AATG-AATAATCTGCATGTATGACATGTAAGTGGTTTTTTTTTAAGGAACACATGGTCTAGAAAAAT-ATATCTCCTTGT-TTCAATAAATATGC-AACGTAT-CGGCACTAA-TTCTCAATTTAGCTAAGATTGATCTTTCTGACTTTTTTTAATGGAAAATGTAAGTAGTCTTGCAATTTTTACTATATCATTATTATCAAATAGAAATTA--------ATTGAATT-TTAATTTCAGCC-ATATTTGTAAATATATTTTCATTCAGACAGAGTAGTGTGTT-TATATATT-CACA-GCT---GGTAATTTAAGCAAT-AAATCAT-ACAGAATTCAATATTTTAAAAATGCA-----AACTTTAACATACATTTTGGAAAATACTTTTTAAAATAT-GTTC-TAAATCAAAATAACATGTATGTTGAAAATAATTACCTATAACATTAGTCTT---TGTCTGTATGCTCCACGTAATGACA---ATATTTTATTAGTAA------ACTTTTGTA-TTA-----TCATTGTTGGTTACCC-ATGATATATCAGG---TACAAC-ATACGTCAGTATTCTTTTTTAACTGAGCAT-GACATTTGGGTACCCAAGTTCAGCTAATCTGAA-TG--GTCTGA----TATA-TGACTTAGGGAAAAGTGCTTACCACAGATCTTGCTATGCTT-GTC-------A-------ATTCTTCCTTTGACAATAATGAGTCCATAT-T-TTTT-ATGAGCATTGTCTTTTGG-TAAACCAAAACATGA-CAAA-TTT-T-ATCTACA-TTGGAATAGGTAGAGCAATTTTAAACCACGCAG-AA--CA--TAGATTATGCTACACTAAAGAACTGTT---TAGA-------------------AACA-GAATGGGG-----A---TTAT--TGCATGGCCTCTAAAACCATTA------GTGCCAATTAACAAGATTTGT-TCGCTTTT-------G-------------A------TA----AT---TTAG-A-TA-----ATT---C--------A-T--------------A---------------GAT--AGTCGCTCTGCAGCTGGT-A--TCACATCTGAC----GGCGCACCGAA-GATTTTCAA
gi|5 : GGGGGTTAACAATTTCCAATATTAGGTGTTCCTTAATATAGCATTTACA-----ATAT---------GCTGAACATAAT---CTGCACTGCTCATAAATTGGACAATAAAGAACAAAGTGTATTTCGTTTTC-AATA-AATAATCTGCATGCATGACAAGTA--T-GTTTTTCTCT-AGGAACACATGGTCTAGAAA------ATCTCCCCGT-TTCAAT---TATG--AATATAT-
gi|3 : aatatgagaataaactaatactaaacatatacaagatctatatacatgcggtaaactttcattaatctccagtgtatacactagtctaatattttagagttttttctttctagtattaaaactctcatttaaaaagttacatatatttttcgagcaatttttcagtctattccggggtaggggtgACATTTCTATTATGC-G----TAATAACCTGCATCGATGATTATT-GGACAATAAAGAA-AAAGTGCATTTCGTTTTTCAATGAAATAATT--CATGTATGACATGTAAGTGG--TTTTTTTAAGGAACCAATGGTC-AGAATAATGATATCTCTCTGTGTTC----AATATGCAAACGTATCCGGCACTAAGTTCTTATATTGGTTAAG-TT-ATCTTTTCGAC-TTTTTAAATGGAAAATGAAAGTTGTCTTGCAA-TTTTACTATATCATTATTATTAAAattcatttaacaataaaaagtaaattttcccgagtctgact
gi|15 : tttccttacaatgcagagaatatgtacaggaagtacagatccaacaagaacactaaaatactgttcaactttttttcggagagttccaaaattttctgcatctaaatagatatttcccaatattatgattaagacgagttagacgaaacatcattttcagtctgcaataattttcaaggcataaagtattatcggttctattatgcattttgcgccagcacctgctataagcgtccatgagttatagcgacgaatgtattgcatattacgtaatatttgaccaaaactatttTATAGAAGAGAGTGAATTTTGTTTTC-AATG-AATAATCTGAATGCATGCCATGTAAGT-GTTTTTTTTAAAGGAATACATGGTCTAGAATAAT-ATATCTCCCT
gi|16 : TGCATTTCGTTTTC-AATG-AATAATCTGCATTTATGACATGTTAGTGG-GTTTTTTTAAGGAACACATGGTCTATAATAAT-ATATCTCCCTGT-TTCAATA
gi|10 : TATTATTAT-ATTAAATAGAAATTATGATCTGTATTAAATTATGAATTTCAGCCCATATTTGTAAATAT-TTTTCAGT--------GTAGTGTGTTGTATATATTCCACAGGCTTGAGCAAATTTAAGCAATAAAATCATAACCGAATTCAATATTTAAAAGATt
gi|8 : atAAAATACATTTATAACTATAGCATACATTTGGAAAAGTTTTTTTT--AATCT-GTTC-T---TAAAAAT--TAT---TTTTG--AATAACTGTCATTAACTTTTGCCTTAAAT-TCTGTATGTTCCACTTGACGATA---AT-TTTT---------------CTTTTTTAGTTAT----TCAATTTAGGTTACCA-AAGTTACATCAGGTCTTCCAACAATCCGTAGGTATT
gi|2 : CATACATTTTGG--AATTTTTTTTAAACTGTCATTCTTAAATCAAAATTACA------CTGAAA-----TAC--------TTAGCCTT---T-TC--TATGGTCCACATGACGATG---CTATTTT----------------TTTTTTA-TTAGTTATTCAGTGTTGGTTATCTAATGTTACATTAGG---CAC-----TGCATC----TTC--TTTTAGTTGAGCACAGGCATTTTGGAACCTGAGTTCATCGAATCAGGATTGATGTCTTAAAAGTATATTAACTTGGAGAAAAGTGCTTACTATAAATCTTAGTACCATT-GTCAGAACAAA-------ATCTTTCCTTTGACATAAATAAATCCATAT-TGTTTG-GCGAGTATCGTCTTTTGA-TGAAACAAAA-ATGA-CACA-TTTCT-CTCTATA-TTTGAAGAGGTAGAGCAATTACAACCCACACAA-TA--CGCCT---TTCTGTTACATTAGATACCTGTTCTGTAGA-------------------AACACAAATGGGGTTTCTAAGCTTATGATAAATAATGTTT-AATCCATGA--------GCTA--TAAC-AGATTAGTGTCA--TTT-------G-------------A------TA----ATAAATAAG-ATTA-----ACTTAGC--------A-TCTTTGTTGTTTGAAA---------------GATACACCCACTCTGCAGCT-TT-AG-TCAAGCCTGACGTCAGACACCCCGAAGGATT
gi|9 : gATAATTGTCTGTAATTTTTACCTT---CGTCTGTATGGTCCACATGGTGGCATTGGTTCTTTATAAAAAAAAAAATACT----TA-T-------TCACTGTTGGTTACCA-ATGTTACATTAAG---CACTGC-ATccgatctaggaggcctcaaatatgcatactgatgtcacgcgttttatcacctcggtgatatagcaataatttaaaacag
gi|4 : gtaaacattttgatattttattagcgggtagtcaattaacattGGGAAAAGTGCTTACCACAAATTCTACTATGTTTTGTC-------ACAACAAAATTCATCCTTTGATAATAATGAATTCATAT-T-TTTTGACGAGCATTGTCTTTTGG-AAAACTAAAAAATTA-CACA-TTT-TTATCTACA-TTTGAAGAGGTAGAACAATTATATACCACACAGTAAACCA--T---TTCTGCTACACTAAATTGCTGTT---TAGATGGGGATTTCTAAGCTTATAATA--AATCATG-----T---TTAT--TGCATGGACTCTAAAACCATTA------GTGCCAATTAACAAGATTTGT-TTGTTTTT-------G-------------A------TAAAAGAT---AAAA-A-TA-----ATT---T--------AGT--------------ATCTTTCTTCCTGAATGATACAGCCGCTCTGCAGCTGGT-AATCCATATCTGAC----GTCACAGTGAA-GGTTTCCGcttcatttacttaggta
gi|18 : TAATGAATCCATATATATTTG-ATGAACATCGTCTTTTGGATAA--CAAA--ATAA-CACATTTT-T-ATCTACA-TT-GAGCAGGTAtcttagtggcctcagatatgcatattgaggtcacgggtcttatcagctcattgaaaccacaatagctttgaaacagatggaaagtgatgggaaaaatgtg
gi|19 : acATTGTCTTTTGG-TAAATCCAAACATGACCAGA-TT-----TCTACATTTGGAATc
gi|13 : ttaaaagTAT--TGCATGGACTCTAAAACCATTACCGGTAGTGCCAATTAACAATATTTGT-TTGTTTTTTATAAAAG-------------ATAAAATTA----AT---TTAGTA-TC-----TTT---CTTCGTTGAA-T------------------------------GATGCAGCCGCTCTGCAGCTGGTAA--TCATATCTGA
gi|7 : --TGCATGGATTCTAAAACCATTA------GTGCCAGTTAACAAGATTTGT-TTGTTTTT-------G-------------A------TA----A-----TAT-A-TA-----GTT---T--------A-T-------------------------------AT--AGCCACTCTGCAGCTGGG-A--TCATATCTGAC----GTCACACCAAA-GATTTCCG
gi|21 : CATGGACTCTAAAACCATTA------GTGCCAATTAACAAAATtcttagatgcttcagatatgcatattgaggtcacgtgtcttattcagttcatttataccagcagtaagctttgaaacagatggaaagagatgggaaattctgctgc
gi|14 : CCAATTAACAAGATTTGT-TTGTTTTT-------GATCAAAGATAAAAA------TA----AT---TTA--A-TATCTTTCTT---C--------G-TTGAATG--------A---------------TAC--AGCCGTTGTGCAGCTGGTAA--TCATATCTGAC----G
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GGGATAGAAACTCCCAATTTTCACAACTCGCAATTAATGTCTAGTACCCATAAAATGAACTTGCAATTTCCAAAAACTTCTCGCAATCTACGGCTAATGCATATGTAAATTCTTAATTTCAGTTGACACCATGTGTTGGCTTGTTTCCAATTAAATGCAACAATGACAGTAAGTACAGACAAAGAAATGATAAAAAGTTCTTGCAATTTTTTGCGAGTTTCCAAATTTTAAACCTCTTTAAAAATTGATATTCAACTAGTATTTTGGCGAGTTTTATACAGTGAATTTCAACCC
Unaligned ( gi|11 ): ATATGCTACTACTGCAGGTTTAGTCAAGTCTCACACCGAAGGTTTCTGATCTTGGAGGCTTCAGATATGCATAATAAGGTCATGCAGTTGATCATCTCGGTGATTCAGCAATACATTTAACACGGTTGGAAGTAGGAGAGGAAAATATGCAA
Unaligned ( gi|12 ): TAGCATCTGGACGGACACATCCGAAGCATTTCAGAATCTTAAAAGGCTATCAGATATGGAATATGAGGTCAATGGCGTCTTATTAAACCTTATTGATAAAGCGATAGCTTTGACAACAGATGGAACGAGATGGGACAACTGTGC
Unaligned ( gi|17 ): ACAGACAAATTTAACAAATGATAAAAAGAACTTGCAATTCTTTGCAAGTTTCCACATTTTTAACTTGCAAATTCGATATCTCAACTAGTA
Unaligned ( gi|20 ): CTTTGGTTCAGTGAGCTACAAAGGCTATTGATAATATCCT
Alignments
lowQualScore : 11111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 7777777777777 333333 111 1 2 1 1 1 333 1 2222 22 2 33333333 1 1 2 77777777 1 1 11 1 1 1 1 22222 11 11 2 1111 555555555555555555555555555555555555 33333 111 111 222222 6666666666666666666666 1 444444444444 111111 22 1 2222 2222 1 22222222 1 1 111 11111 6666666666666 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111 1111111 111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11
lowQualScore : 4 2 3 8888888888888 888888 000 0 111 1 4 0 0 8 8 0 0 0 3 555 0 6 0 8 0 111 7 6 5 88 2222 44 4 4 0 7 55555555 5 2 5 0 2 22222222 5 5 77 5 5 5 5 2 4 0 77777 4 1 11 33 1 3 7 1111 111111111111111111111111111111111111 3 22222 2 2 777 1 000 888888 7777777777777777777777 1 0 000000000000 444444 77 5 3 4 3 2 4 4444 3 4444 5 0 1 0 88 7 88888888 0 1 1 0 6 2 0 99 111 8 8 8 33333 0 1 0 22 4444444444444 0 22 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999 999999 8888888 111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 5 11 0 5 0 99 11
lowQualScore : . . . ............. ...... ... . ... . . . . . . . . . . ... . . . . . ... . . . .. .... .. . . . . ........ . . . . . ........ . . .. . . . . . . . ..... . . .. .. . . . .... .................................... . ..... . . ... . ... ...... ...................... . . ............ ...... .. . . . . . . .... . .... . . . . .. . ........ . . . . . . . .. ... . . . ..... . . . .. ............. . .. ........................................................ ...... ....... ... ............................................................................. . . .. . . . .. ..
lowQualScore : 0 5 0 7777777777777 777777 000 7 777 0 0 0 0 0 0 8 8 0 8 666 8 0 8 0 0 999 3 7 0 00 0000 00 0 0 0 3 00000000 5 5 0 0 5 55555555 0 0 55 5 5 5 5 5 0 7 55555 0 0 00 00 0 3 3 0000 555555555555555555555555555555555555 5 22222 5 5 555 0 555 888888 5555555555555555555555 0 0 222222222222 333333 55 5 0 0 0 5 0 0000 0 0000 5 7 0 7 33 3 33333333 7 0 0 0 5 5 6 00 888 0 0 0 22222 8 0 7 00 0000000000000 7 00 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222222 6666666 777 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 7 44 1 7 6 22 00
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGGTTAACAATTTCCANTACTGGGTNTTCCTTNATATAGCATTTACA-----A--TTTC-ATTACGCTG---GTAATAACCTGCATCGATNATAA-TTGGACAATAAAGAACAA-AGTGCATTTCGTTTT-CAATGAA-TAATCTGCATGTATGACATGTAAGTGGTTTTTTTTTAAGGAACACATGGTCTAGAATAAT-ATATCTCCCTGT-TTCAATA--TATGCAAACGTATCCGGCACTAAGTTCTCANNTTGGCTAAGATTGATCTTTCCGACTTTTTNTAATGGAAAATGNAAGTNGTCTTGCAATTTTTACTATATCATTATTATTAAATAGAAATTATGATCTGTATTGAATTATNAATTTCAGCCCATATTTGTAAATATATTTTCANTCAGACAGAGTAGTGTGTTGTATATATTCCACAGGCCTGAGCAAATTTAAGCAATAAAATCATAACNGAATTCAATATTTNAAAAATGCATTTATAACTNTAGCATACATTTTGGAAAGTTTTTTTTAAA-TNT-GTTCTTAAATCAAAATTA-CATTT---TTGAAAATAACTGTC--T--A--ACTTTTGCCTT---TGTCTGTATGNTCCAC---ATGACGATATTNT-TT------CTTTTT-----------TA-TTAT----TCANTGTTGGTTACC-AATGTTACATCAGGC------ACTG-CATCCGT-GGTATTCTTTTTTAGCTGAGCACAGGCATTTNGGNACCCGAGTTCANCNAATCNGGATTGATGTCTNAAAAGTATATTGACTTGGGGAAAAGTGCTTACCACAAATCTTACTACGNTTTGTCA--------AACAAAATTCTTCCTTTGACANTAATGAATCCATAT-TNTTTGACGAGCATCGTCTTTTGGTAAA-AC--AAAA-ATGA-CACA-TTT-T-ATCTACATTTGAANAGGTAGAGCAATTATAAACCACGCAGTAAACCG--T---TTCTGCTACACTAAATANCTGTT---TAG--------ATGGGG-TTTCTAAGCTTATAACA-GAAT-ATGT--------TTATTGCATGGACTCTAAAACCATTA------GTGCC-------AATTAACAAGATTTGTTT---GTTTTT-------G-------------AT-------------AA------TTTAG-ATAT-----TTC--------AT---A-GATACAGCCGCT-CTGCAGCTGGTAAT-CATATCTGACGTC--ACA--CCGAAGGTTTCCGA
Reference ( family-1944 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGGTTAACAATTTCCAATATTAGGTGTTCCTTAATATAGCATTTACA-----ACATTTCTATTATGCTGAACATAATAACCTGCACCGNTNATNANTTGGACAATAAAGAA-AA-AGTGCATTTCGTTTT-CAATGAA-TAATCTGCATGCATGACATGTAAGTGGTTTTTTTTTAAGGAACACATGGTCTAGAATAAT-ATATCTCCCTGT-TTCAATAA-TATGCAAACGTATCCGGCACTAAGTTCTTATATTGGTTAAG-TT-ATCTTTTCGACTTTTTA-AATGGAAAATGAAAGTTGTCTTGCAATTTT-ACTATATCATTATTATTAAATAGAAATTATGATCTGTATTAAATTATGAATTTCAGCCCATATTTGTAAATAT-TTTTCAGT--------GTAGTGTGTTGTATATATTCCACAGGCTTGAGCAAATTTAAGCAATAAAATCATAACCGAATTCAATATTTAAAAGATACATTTATAACTATAGCATACATTTNGGAAAGTTTTTTTTAAANTNTCGTTCTTAAATNAAAATTA-CATTT---CTGAAAATAACTGTC--T--A--ACTTTTGCCTT---T-TCTGTATGGTCCAC---ATGACGATANTTT-TT------CTTTTT-----------TA-TTA-----TCANTGTTGGTTACC-AATGTTACATTAGGC------AC-G-CATNCGTNGGTATTCTTTT--AGTTGAGCACAGGCATTTTGGAACCTGAGTTCATCGAATCAGGATTGATGTCTTAAAAGTATATTAACTTGGGGAAAAGTGCTTACCACAAATCCTANTACGNTTTGTCAGAACAAACAACAAAATCCNTCCTTTGACANTAATGAATCCATAT-TGTTTGACGAGCATCGTCTTTTGGTAAA-NC--AAAA-ATGA-CACA-TTT-T-ATCTACATTTGAANAGGTAGAGCAATTACANNCCACACAGTNAACCGCCT---TTCTGCTACACTAGATNNCTGTTCTGTAG--------ATGGGGATTTCTAAGCTTATAACACAAATCGNGTTTCTNAGCTTATTGCATGGACTCTAAAACCATTA------GTGCC-------AATTAACAAGATTTGTTT---GTTTTT-------G-------------AT-------------AA------TTTAG-ATAN-----TTC--------AT---A-GATACAGCCGCT-CTGCAGCTGGTAAT-CATATCTGACGTC--ACA--CCGAAGATTTCCGA
gi|1 : GGGGGTTAACAATTTCCATTACTGGGTTTTCTTTCATATAGCATTTACACTCAAATATTTC-ATTACGCTG-------TAATCTGCATCGAAAATAATTTGGACAATAAAGAACAA-AGTGCATTTCGTTTT-TAATGAA-TAATCTGCATGTATGACATGTAAGTGGTTTTTTTTTAAGGAACACATGGTCTAGAAAAAT-ATATCTCCTTGT-TTCAATAAATATGCAA-CGTATC-GGCACTAA-TTCTCAATTTAGCTAAGATTGATCTTTCTGACTTTTTTTAATGGAAAATGTAAGTAGTCTTGCAATTTTTACTATATCATTATTATCAAATAGAAATTA--------ATTGAATT-TTAATTTCAGCC-ATATTTGTAAATATATTTTCATTCAGACAGAGTAGTGTGTT-TATATATTC-ACAG--CTG-GTAA-TTTAAGCAATAAA-TCATA-CAGAATTCAATATTTTAAAAATGCA-----AACTTTAACATACATTTTGGAAAATACTTTTTAAAATAT-GTTCT-AAATCAAAATAA-CATGTATGTTGAAAATAATTACC--T--ATAACATTAGTCTT---TGTCTGTATGCTCCACGTAATGACAATATTTTATTAGTAAACTTTTG-----------TA-TTA-----TCATTGTTGGTTACC-CATGATATATCAGGT------AC-AACATACGTCAGTATTCTTTTTTAACTGAGCAT-GACATTTGGGTACCCAAGTTCAGCTAATCTGAAT-G--GTCTGA----TATAT-GACTTAGGGAAAAGTGCTTACCACAGATCTTGCTATGCTT-GTCA--------------ATTCTTCCTTTGACAATAATGAGTCCATAT-TTTTT-ATGAGCATTGTCTTTTGGTAAA-CC--AAAACATGA-CAAA-TTT-T-ATCTACATTGGAATAGGTAGAGCAATTTTAAACCACGCAG--AACA---TAGATTATGCTACACTAAAGAACTGTT---TAG--------A-------------------AACA-GAAT-GGG-------GATTATTGCATGGCCTCTAAAACCATTA------GTGCC-------AATTAACAAGATTTGTTC---GCTTTT-------G-------------AT-------------AA------TTTAG-ATAA-----TTC--------AT---A-GAT--AGTCGCT-CTGCAGCTGGT-AT-CACATCTGACGGC--GCA--CCGAAGATTTTCAA
gi|10 : cattaagctgcacattttcagcaattgatatattctTATTATTAT-ATTAAATAGAAATTATGATCTGTATTAAATTATGAATTTCAGCCCATATTTGTAAATAT-TTTTCAGT--------GTAGTGTGTTGTATATATTCCACAGGCTTGAGCAAATTTAAGCAATAAAATCATAACCGAATTCAATATTTAAAAGAT
gi|11 : atGCTACTACTGCAGGTT-TAGT-CAAGTCT-----C--ACA--CCGAAGGTTTCTGA
gi|13 : atatTATTGCATGGACTCTAAAACCATTACCGGTAGTGCC-------AATTAACAATATTTGTTT---GTTTTTTATAAAAG-------------AT-------------AAAATTAATTTAGTATCT-----TTCTTCGTTGAAT-----GATGCAGCCGCT-CTGCAGCTGGTAAT-CATATCTGAtcttggaggcttcagatatgcataataaggtcatgcagttgatcatctcggtgattcagcaatacatttaacacggttggaagtaggagaggaaaatatgcaa
gi|14 : CC-------AATTAACAAGATTTGTTT---GTTTTT-------G-------------ATCAAAGATAAAAATAA------TTTA--ATATCTTTCTTC--------GTTGAATGATACAGCCGTT-GTGCAGCTGGTAAT-CATATCTGACGTC--AC
gi|15 : TATAGAA-GAGAGTGAATTTTGTTTT-CAATGAA-TAATCTGAATGCATGCCATGTAAGT-GTTTTTTTTAAAGGAATACATGGTCTAGAATAAT-ATATCTCCCT
gi|16 : TGCATTTCGTTTT-CAATGAA-TAATCTGCATTTATGACATGTTAGTGGGTTTT-TTTAAGGAACACATGGTCTATAATAAT-ATATCTCCCTGT-TTCAATA
gi|18 : ACTAATGAATCCATATATATTTGATGAACATCGTCTTTTGG-ATA-AC---AAA-ATAA-CACATTTT-T-ATCTACA-TTGAGCAGGTAt
gi|19 : ATTGTCTTTTGGTAAATCC--AAAC-ATGACCAGA-TT-----TCTACATTTGGAc
gi|2 : ttaaaagGCATACATTTTGGAA--TTTTTTTTAAACTGTCATTCTTAAATCAAAATTA-CA------CTGAAA-TA-CT-----T--A--------GCCTT---T-TCT--ATGGTCCAC---ATGACGATGCTAT-TT------TTTTTT-----------TA-TTAGTTATTCAGTGTTGGTTATCTAATGTTACATTAGGC------ACTG-CATC--------TTCTTTT--AGTTGAGCACAGGCATTTTGGAACCTGAGTTCATCGAATCAGGATTGATGTCTTAAAAGTATATTAACTTGGAGAAAAGTGCTTACTATAAATCTTAGTACCA-TTGTCAG-------AACAAAATCTTTCCTTTGACATAAATAAATCCATAT-TGTTTGGCGAGTATCGTCTTTTGATGAA-AC--AAAA-ATGA-CACA-TTTCT-CTCTATATTTGAAGAGGTAGAGCAATTACAACCCACACAATA---CGCCT---TTCTGTTACATTAGATACCTGTTCTGTAGAAACACAAATGGGG-TTTCTAAGCTTATG--ATAAATAATGT--------TTAATCCATGAGCTATAACA-GATTA------GTGTCATTTGATAATAAATAAGATTAACTTAGCATCTTT-------G--------------T-------------TG------TTTGA-A------------------------A-GATACACCCACT-CTGCAGCT-TTAGT-CAAGCCTGACGTCAGACACCCCGAAGGATTCCGAat
gi|21 : CATGGACTCTAAAACCATTA------GTGCC-------AATTAACAAAATtctaggaggcctcaaatatgcatactgatgtcacgcgttttatcacctcggtgatatagcaataatttaaaacag
gi|3 : ATTTACA--------TTTCTATTATGC-----GTAATAACCTGCATCGATGATTA-TTGGACAATAAAGAA-AA-AGTGCATTTCGTTTTTCAATGAAATAATT--CATGTATGACATGTAAGTGGTTTTTTT--AAGGAACCAATGGTC-AGAATAATGATATCTCTCTGTGTTCAATA----TGCAAACGTATCCGGCACTAAGTTCTTATATTGGTTAAG-TT-ATCTTTTCGACTTTTTA-AATGGAAAATGAAAGTTGTCTTGCAATTTT-ACTATATCATTATTATTAAA
gi|4 : tttccttacaatgcagagaatatgtacaggaagtacagatccaacaagaacactaaaatactgttcaactttttttcggagagttccaaaattttctgcatctaaatagatatttcccaatattatgattaagacgagttagacgaaacatcattttcagtctgcaataattttcaaggcataaagtattatcggttctattatgcattttgcgccagcacctgctataagcgtccatgagttatagcgacgaatgtattgcatattacgtaatatttgaccaaaactGGGAAAAGTGCTTACCACAAATTCTACTATGTTTTGTCA-------CAACAAAATTCATCCTTTGATAATAATGAATTCATAT-TTTTTGACGAGCATTGTCTTTTGG-AAA-ACTAAAAA-ATTA-CACA-TTT-TTATCTACATTTGAAGAGGTAGAACAATTATATACCACACAGTAAACCA--T---TTCTGCTACACTAAATTGCTGTT---TAG--------ATGGGGATTTCTAAGCTTATAATA--AATCATGTTT--------ATTGCATGGACTCTAAAACCATTA------GTGCC-------AATTAACAAGATTTGTTT---GTTTTT-------GATAAAAGATAAAAAT-------------AA------TTTAGTATCT-----TTCTTCCTGA-AT-----GATACAGCCGCT-CTGCAGCTGGTAATCCATATCTGACGTC--ACA--GTGAAGGTTTCCGA
gi|5 : GGGGGTTAACAATTTCCAATATTAGGTGTTCCTTAATATAGCATTTACA-----A---------TATGCTGAACATAAT---CTGCACTGCTCATAAATTGGACAATAAAGAACAA-AGTGTATTTCGTTTT-CAATAAA-TAATCTGCATGCATGACAAGTA--T-GTTTTTCTCT-AGGAACACATGGTCTAGAA-A-----ATCTCCCCGT-TTCAAT---TATGAATATATATTCtcttagtggcctcagatatgcatattgaggtcacgggtcttatcagctcattgaaaccacaatagctttgaaacagatggaaagtgatgggaaaaatgtg
gi|7 : aatatgagaataaactaatactaaacatatacaagatctatatacatgcggtaaactttcattaatctccagtgtatacactagtctaatattttagagttttttctttctagtattaaaactctcatttaaaaagttacatatatttttcgagcaatttttcagtctattccggggtaggggtgTGCATGGATTCTAAAACCATTA------GTGCC-------AGTTAACAAGATTTGTTT---GTTTTT-------G-------------AT-------------AA--------TAT-ATAG-----TTT----------------ATATAGCCACT-CTGCAGCTGG-GAT-CATATCTGACGTC--ACA--CCAAAGATTTCCGAatttaacaataaaaagtaaattttcccgagtctgact
gi|8 : AAAATACATTTATAACTATAGCATACATTTGGAAAAGTTTTTTTTAA--TCT-GTTCTTA----AAAATT---ATTT---TTG--AATAACTGTCATT--A--ACTTTTGCCTTAAAT-TCTGTATGTTCCAC---TTGACGATAATTT-TT------CTTTTT-----------TAGTTAT----TCAATTTAGGTTACC-AAAGTTACATCAGGTCTTCCAAC-A--ATCCGTAGGTATTtcttagatgcttcagatatgcatattgaggtcacgtgtcttattcagttcatttataccagcagtaagctttgaaacagatggaaagagatgggaaattctgctgc
gi|9 : AATTAACATT----------ATAATTGTC--TGTA--ATTTTTACCTT---CGTCTGTATGGTCCAC---ATGGTGGCATTGG-TT------CTTTATAAAAAAAAAAATACTTAT----TCACTGTTGGTTACC-AATGTTACATTAAGC------ACTG-CAT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GGGATAGAAACTCCCAATTTTCACAACTCGCAATTAATGTCTAGTACCCATAAAATGAACTTGCAATTTCCAAAAACTTCTCGCAATCTACGGCTAATGCATATGTAAATTCTTAATTTCAGTTGACACCATGTGTTGGCTTGTTTCCAATTAAATGCAACAATGACAGTAAGTACAGACAAAGAAATGATAAAAAGTTCTTGCAATTTTTTGCGAGTTTCCAAATTTTAAACCTCTTTAAAAATTGATATTCAACTAGTATTTTGGCGAGTTTTATACAGTGAATTTCAACCC
Unaligned ( gi|12 ): TAGCATCTGGACGGACACATCCGAAGCATTTCAGAATCTTAAAAGGCTATCAGATATGGAATATGAGGTCAATGGCGTCTTATTAAACCTTATTGATAAAGCGATAGCTTTGACAACAGATGGAACGAGATGGGACAACTGTGC
Unaligned ( gi|17 ): ACAGACAAATTTAACAAATGATAAAAAGAACTTGCAATTCTTTGCAAGTTTCCACATTTTTAACTTGCAAATTCGATATCTCAACTAGTA
Unaligned ( gi|20 ): CTTTGGTTCAGTGAGCTACAAAGGCTATTGATAATATCCT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 555555555555555555555555 1 1 1 1 11111 1 1 1 1 11 1 33333333 1 1 1 33333333 1 1 11 1111 1 1 22222 1111 1 1 11 5555555555 33333333 22222 111 1 222222 44444444444444 22222 1 3333333333333 11 1 1 11 2222 1 22 33 1 1 111 11111 1 222 555555555555555 1 1 1 111111 1111111 111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11
lowQualScore : 1 1 1 000000000000000000000000 0 1 3 3 8 8 8 0 0 0 5 3 0 0 6 0 8 0 77777 7 2 5 22 5 5 66 1 1 5 7 55555555 5 1 5 5 1 44444444 5 5 77 9999 5 5 1 1 77777 1 5555 7 3 1 3 7 7 33 4444444444 3 55555555 777 3 77777 2 1 777 1 1 0 888888 99999999999999 44444 1 0 3 0 7777777777777 88 5 1 1 1 1 1 5 88 1 4444 5 0 44 44 1 0 1 2 0 88 111 8 8 8 33333 0 1 0 7 2 1 333 333333333333333 0 2 3 3 999999 8888888 111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 5 11 0 5 0 99 11
lowQualScore : . . . ........................ . . . . . . . . . . . . . . . . . . ..... . . . .. . . .. . . . . ........ . . . . . ........ . . .. .... . . . . ..... . .... . . . . . . .. .......... . ........ ... . ..... . . ... . . . ...... .............. ..... . . . . ............. .. . . . . . . . .. . .... . . .. .. . . . . . .. ... . . . ..... . . . . . . ... ............... . . . . ...... ....... ... .............................................................................. . . .. . . . .. ..
lowQualScore : 0 0 0 000000000000000000000000 7 0 3 3 8 0 0 8 8 0 6 8 8 8 0 8 0 0 22222 3 0 0 00 5 0 55 0 0 5 3 00000000 5 0 0 5 0 55555555 0 0 55 0000 5 5 0 0 55555 0 3333 3 3 0 3 3 3 22 5555555555 2 88888888 000 5 22222 5 0 555 2 0 0 888888 55555555555555 55555 0 0 2 2 6666666666666 55 5 0 0 0 0 0 5 55 0 0000 5 7 77 00 0 0 0 5 6 66 888 0 0 0 22222 8 0 7 0 0 0 333 333333333333333 7 0 3 3 222222 6666666 777 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 7 44 1 7 6 22 00
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGGTTAACAATTTCCANTACTGGGTNTTCCTTNATATAGCATTTACA-------ATTCCATTACGCTGG--ATAATCTGCATCGATNATAA-TT-GGACAATAAAGAACAAAGTGCATTTCGTTTT-CAATG-AATAATCTGCATGTATGACATGTAAGTGGTTTTTTTTTAAGGAACACATGGTCTAGAATAAT-ATATCTCCCTGT-TTCAAT--ATATGCAAACGTATCCGGCACTAAGTTCTCANNTTGGCTAAGATTGATCTTTCCGACTTTTTNTAATGGAAAATGNAAGTNGTCTTGCAATTTTTACTATATCATTATTATTAAATAGAAATTATGATCTGTATTGAATTATNAATTTCAGCCCATATTTGTAAATATATTTTCANTCAGACAGAGTAGTGTGTTGTATATATTCCACAGGCCTGAGCAAATTTAAGCAATAAAATCATAACNGAATTCAATATTTNAAAAATGCATTTATAACTNTAGCATACATTTTGGAAAGT-TTTTTTTAAA-TNT-GTTCTTAAATCAAAATTA-CAT---T-TTGGAAATAACTGTC--T--AACTTTTGCCTT---TGTCTGTATGNTCCAC---ATGACGATATTNT-TT------CTTTTT-----------TA-TTA----TTCANTGTTGGTTACC-AATGTTACATCAGGCACTGC-----ATCCGT-GGTATTCTTTTTTAGCTGAGCACAGGCATTTNGGNACCCGAGTTCANCNAATCNGGATTGATGTCTNAAAAGTATATTGACTTGGGGAAAAGTGCTTACCACAAATCTTACTACGN-TTGTCA-AACAAAATTCTTCCTTTGACANTAATGAATCCATAT-TNTTTGACGAGCATCGTCTTTTGGTAAA-AC--AAAA-ATGA-CACA-TTT-T-ATCTACATTTGAANAGGTAGAGCAATTATAAACCACGCAGTACGCCGTTTCTGCTACACTAAATANCTGTT---TAG--------ATGGGG-TTTCTAAGCTTATAATAGAAT-ATGT-TTATTGCATGGACTCTAAAACCATTA------GTGCC-------AATTAACAAGATTTGTTT---GTTTTT-------G-------------AT-------------AA------TTTAG-ATA-T-----TTC--------AT---A-GATACAGCCGCT-CTGCAGCTGGTAAT-CATATCTGACGTC--ACA--CCGAAGGTTTCCGA
Reference ( family-1944 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGGTTAACAATTTCCANTACTGGGTNTTCCTTNATATAGCATTTACA-------ATTTCATTACGCTGGTAATAACCTGCATCGATNATAA-TT-GGACAATAAAGAACAAAGTGCATTTCGTTTT-CAATG-AATAATCTGCATGTATGACATGTAAGTGGTTTTTTTTTAAGGAACACATGGTCTAGAATAAT-ATATCTCCCTGT-TTCAAT--ATATGCAAACGTATCCGGCACTAAGTTCTCANNTTGGCTAAGATTGATCTTTCCGACTTTTTNTAATGGAAAATGNAAGTNGTCTTGCAATTTTTACTATATCATTATTATTAAATAGAAATTATGATCTGTATTGAATTATNAATTTCAGCCCATATTTGTAAATATATTTTCANTCAGACAGAGTAGTGTGTTGTATATATTCCACAGGCCTGAGCAAATTTAAGCAATAAAATCATAACNGAATTCAATATTTNAAAAATGCATTTATAACTNTAGCATACATTTTGGAAAGT-TTTTTTTAAA-TNT-GTTCTTAAATCAAAATTA-CAT---TTTTGAAAATAACTGTC--T--AACTTTTGCCTT---TGTCTGTATGNTCCAC---ATGACGATATTNT-TT------CTTTTT-----------TA-TTA----TTCANTGTTGGTTACC-AATGTTACATCAGGCACTGC-----ATCCGT-GGTATTCTTTTTTAGCTGAGCACAGGCATTTNGGNACCCGAGTTCANCNAATCNGGATTGATGTCTNAAAAGTATATTGACTTGGGGAAAAGTGCTTACCACAAATCTTACTACGNTTTGTCA-AACAAAATTCTTCCTTTGACANTAATGAATCCATAT-TNTTTGACGAGCATCGTCTTTTGGTAAA-AC--AAAA-ATGA-CACA-TTT-T-ATCTACATTTGAANAGGTAGAGCAATTATAAACCACGCAGTAAACCGTTTCTGCTACACTAAATANCTGTT---TAG--------ATGGGG-TTTCTAAGCTTATAACAGAAT-ATGT-TTATTGCATGGACTCTAAAACCATTA------GTGCC-------AATTAACAAGATTTGTTT---GTTTTT-------G-------------AT-------------AA------TTTAG-ATA-T-----TTC--------AT---A-GATACAGCCGCT-CTGCAGCTGGTAAT-CATATCTGACGTC--ACA--CCGAAGGTTTCCGA
gi|1 : GGGGGTTAACAATTTCCATTACTGGGTTTTCTTTCATATAGCATTTACACTCAAATATTTCATTACGCTG----TAATCTGCATCGAAAATAA-TTTGGACAATAAAGAACAAAGTGCATTTCGTTTT-TAATG-AATAATCTGCATGTATGACATGTAAGTGGTTTTTTTTTAAGGAACACATGGTCTAGAAAAAT-ATATCTCCTTGT-TTCAATAAATATGC-AACGTAT-CGGCACTAA-TTCTCAATTTAGCTAAGATTGATCTTTCTGACTTTTTTTAATGGAAAATGTAAGTAGTCTTGCAATTTTTACTATATCATTATTATCAAATAGAAATTA--------ATTGAATT-TTAATTTCAG-CCATATTTGTAAATATATTTTCATTCAGACAGAGTAGTGTGTT-TATATATT-CACAG--CTG-GT-AATTTAAGCAAT-AAATCAT-ACAGAATTCAATATTTTAAAAATGCA-----AACTTTAACATACATTTTGGAAAATACTTTTTAAAA-TAT-GTTC-TAAATCAAAATAA-CATGTATGTTGAAAATAATTACCTAT--AACATTAGTCTT---TGTCTGTATGCTCCACGTAATGACAATATTTTATTAGTAAACTTTTG-----------TA-TTA-----TCATTGTTGGTTACC-CATGATATATCAGGTACAAC-----ATACGTCAGTATTCTTTTTTAACTGAGCAT-GACATTTGGGTACCCAAGTTCAGCTAATCTGAA-TG--GTCTGA----TATA-TGACTTAGGGAAAAGTGCTTACCACAGATCTTGCTATGC-TTGTC-------AATTCTTCCTTTGACAATAATGAGTCCATAT-TTTTT-ATGAGCATTGTCTTTTGGTAAA-CC--AAAACATGA-CAAA-TTT-T-ATCTACATTGGAATAGGTAGAGCAATTTTAAACCACGCAGAACATAGATTATGCTACACTAAAGAACTGTT---TAG--------A-------------------AACAGAAT-GGGGATTATTGCATGGCCTCTAAAACCATTA------GTGCC-------AATTAACAAGATTTGTTC---GCTTTT-------G-------------AT-------------AA------TTTAG-ATA-A-----TTC--------AT---A-GAT--AGTCGCT-CTGCAGCTGGT-AT-CACATCTGACGGC--GCA--CCGAAGATTTTCAA
gi|10 : cattaagctgcacattttcagcaattgatatattctTATTATTAT-ATTAAATAGAAATTATGATCTGTATTAAATTATGAATTTCAGCCCATATTTGTAAATAT-TTTTCAGT--------GTAGTGTGTTGTATATATTCCACAGGCTTGAGCAAATTTAAGCAATAAAATCATAACCGAATTCAATATTTAAAAGAT
gi|11 : atGCTACTACTGCAGGTT-TAGT-CAAGTCT-----C--ACA--CCGAAGGTTTCTGA
gi|13 : atatTATTGCATGGACTCTAAAACCATTACCGGTAGTGCC-------AATTAACAATATTTGTTT---GTTTTTTATAAAAG-------------AT-------------AAAATTAATTTAGTATC-T-----TTCTTCGTTGAAT-----GATGCAGCCGCT-CTGCAGCTGGTAAT-CATATCTGAtcttggaggcttcagatatgcataataaggtcatgcagttgatcatctcggtgattcagcaatacatttaacacggttggaagtaggagaggaaaatatgcaa
gi|14 : CC-------AATTAACAAGATTTGTTT---GTTTTT-------G-------------ATCAAAGATAAAAATAA------TTTA--ATA-TCTTTCTTC--------GTTGAATGATACAGCCGTT-GTGCAGCTGGTAAT-CATATCTGACGTC--AC
gi|15 : TATAGAAGAGAGTGAATTTTGTTTT-CAATG-AATAATCTGAATGCATGCCATGTAAGT-GTTTTTTTTAAAGGAATACATGGTCTAGAATAAT-ATATCTCCCT
gi|16 : TGCATTTCGTTTT-CAATG-AATAATCTGCATTTATGACATGTTAGTGGGTTTT-TTTAAGGAACACATGGTCTATAATAAT-ATATCTCCCTGT-TTCAAT--AT
gi|18 : ACTAATGAATCCATATATATTTGATGAACATCGTCTTTTGG-ATA-AC---AAA-ATAA-CACATTTT-T-ATCTACA-TTGAGCAGGTA
gi|19 : ATTGTCTTTTGGTAAATCC--AAAC-ATGACCAGA-TT-----TCTACATTTGGAc
gi|2 : ttaaaagGCATACATTTTGGAA--T-TTTTTTTAAACTGTCATTCTTAAATCAAAATTA-CAC---T----GAAATA-CT-----T--A------GCCTT---T-TCT--ATGGTCCAC---ATGACGATGCTAT-TT------TTTTTT-----------TA-TTAGTTATTCAGTGTTGGTTATCTAATGTTACATTAGGCACTGC-----ATC--------TTCTTTT--AGTTGAGCACAGGCATTTTGGAACCTGAGTTCATCGAATCAGGATTGATGTCTTAAAAGTATATTAACTTGGAGAAAAGTGCTTACTATAAATCTTAGTACCA-TTGTCAGAACAAAATCTTTCCTTTGACATAAATAAATCCATAT-TGTTTGGCGAGTATCGTCTTTTGATGAA-AC--AAAA-ATGA-CACA-TTTCT-CTCTATATTTGAAGAGGTAGAGCAATTACAACCCACACAATACGCC-TTTCTGTTACATTAGATACCTGTTCTGTAGAAACACAAATGGGG-TTTCTAAGCTTATGATA-AATAATGT-TTAATCCATGAGCTATAACA-GATTA------GTGTCATTTGATAATAAATAAGATTAACTTAGCATCTTT-------G--------------T----------------------------TG-T-----TTG--------AA---A-GATACACCCACT-CTGCAGCT-TTAGT-CAAGCCTGACGTCAGACACCCCGAAGGATTCCGAat
gi|21 : CATGGACTCTAAAACCATTA------GTGCC-------AATTAACAAAATtctaggaggcctcaaatatgcatactgatgtcacgcgttttatcacctcggtgatatagcaataatttaaaacag
gi|3 : ATTTACA-------TTTCTATTATGC--GTAATAACCTGCATCGATGATTA-TT-GGACAATAAAGAA-AAAGTGCATTTCGTTTTTCAATGAAATAATT--CATGTATGACATGTAAGTGG--TTTTTTTAAGGAACCAATGGTC-AGAATAATGATATCTCTCTGTGTTCA----ATATGCAAACGTATCCGGCACTAAGTTCTTATATTGGTTAAG-TT-ATCTTTTCGACTTTTTA-AATGGAAAATGAAAGTTGTCTTGCAA-TTTTACTATATCATTATTATTAAA
gi|4 : tttccttacaatgcagagaatatgtacaggaagtacagatccaacaagaacactaaaatactgttcaactttttttcggagagttccaaaattttctgcatctaaatagatatttcccaatattatgattaagacgagttagacgaaacatcattttcagtctgcaataattttcaaggcataaagtattatcggttctattatgcattttgcgccagcacctgctataagcgtccatgagttatagcgacgaatgtattgcatattacgtaatatttgaccaaaactGGGAAAAGTGCTTACCACAAATTCTACTATGTTTTGTCACAACAAAATTCATCCTTTGATAATAATGAATTCATAT-TTTTTGACGAGCATTGTCTTTTGG-AAA-ACTAAAAA-ATTA-CACA-TTT-TTATCTACATTTGAAGAGGTAGAACAATTATATACCACACAGTAAACCATTTCTGCTACACTAAATTGCTGTT---TAG--------ATGGGGATTTCTAAGCTTATAATAAATC-ATGT-TTATTGCATGGACTCTAAAACCATTA------GTGCC-------AATTAACAAGATTTGTTT---GTTTTT-------GATAAAAGATAAAAAT-------------AA------TTTAGTATC-T-----TTCTTCCTGA-AT-----GATACAGCCGCT-CTGCAGCTGGTAATCCATATCTGACGTC--ACA--GTGAAGGTTTCCGA
gi|5 : GGGGGTTAACAATTTCCAATATTAGGTGTTCCTTAATATAGCATTTACA-------AT------ATGCTGAACATAATCTGCACTGCTCATAAATT-GGACAATAAAGAACAAAGTGTATTTCGTTTT-CAATA-AATAATCTGCATGCATGACAAGTA--T-GTTTTTCTCT-AGGAACACATGGTCTAGAA-A-----ATCTCCCCGT-TTCAAT---TATGAATATATATTCtcttagtggcctcagatatgcatattgaggtcacgggtcttatcagctcattgaaaccacaatagctttgaaacagatggaaagtgatgggaaaaatgtg
gi|7 : aatatgagaataaactaatactaaacatatacaagatctatatacatgcggtaaactttcattaatctccagtgtatacactagtctaatattttagagttttttctttctagtattaaaactctcatttaaaaagttacatatatttttcgagcaatttttcagtctattccggggtaggggtgTGCATGGATTCTAAAACCATTA------GTGCC-------AGTTAACAAGATTTGTTT---GTTTTT-------G-------------AT-------------AA--------TAT-ATAGT-----TT-----------------ATATAGCCACT-CTGCAGCTGG-GAT-CATATCTGACGTC--ACA--CCAAAGATTTCCGAatttaacaataaaaagtaaattttcccgagtctgact
gi|8 : AAAATACATTTATAACTATAGCATACATTTGGAAAAGT-TTTTTTT-AA-TCT-GTTCTTA----AAAATT---AT---TTTTG--AATAACTGTCATT--AACTTTTGCCTTAAAT-TCTGTATGTTCCAC---TTGACGATAATTT-TT------CTTTTT-----------TAGTTA----TTCAATTTAGGTTACC-AAAGTTACATCAGGT-CTTCCAACAATCCGTAGGTATTtcttagatgcttcagatatgcatattgaggtcacgtgtcttattcagttcatttataccagcagtaagctttgaaacagatggaaagagatgggaaattctgctgc
gi|9 : AATTAACAT---T-------ATAATTGTC--TGTAATTTTTACCTT---CGTCTGTATGGTCCAC---ATGGTGGCATTGG-TT------CTTTATAAAAAAAAAAATACTTA----TTCACTGTTGGTTACC-AATGTTACATTAAGCACTGC-----ATC
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GGGATAGAAACTCCCAATTTTCACAACTCGCAATTAATGTCTAGTACCCATAAAATGAACTTGCAATTTCCAAAAACTTCTCGCAATCTACGGCTAATGCATATGTAAATTCTTAATTTCAGTTGACACCATGTGTTGGCTTGTTTCCAATTAAATGCAACAATGACAGTAAGTACAGACAAAGAAATGATAAAAAGTTCTTGCAATTTTTTGCGAGTTTCCAAATTTTAAACCTCTTTAAAAATTGATATTCAACTAGTATTTTGGCGAGTTTTATACAGTGAATTTCAACCC
Unaligned ( gi|12 ): TAGCATCTGGACGGACACATCCGAAGCATTTCAGAATCTTAAAAGGCTATCAGATATGGAATATGAGGTCAATGGCGTCTTATTAAACCTTATTGATAAAGCGATAGCTTTGACAACAGATGGAACGAGATGGGACAACTGTGC
Unaligned ( gi|17 ): ACAGACAAATTTAACAAATGATAAAAAGAACTTGCAATTCTTTGCAAGTTTCCACATTTTTAACTTGCAAATTCGATATCTCAACTAGTA
Unaligned ( gi|20 ): CTTTGGTTCAGTGAGCTACAAAGGCTATTGATAATATCCT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444444444444444444444 1 1 1 1 11111 1 1 1 1 11 1 33333333 1 1 1 33333333 1 1 11 1111 1 1 22222 1111 1 1 55555555555555 33333333 22222 111 1 222222 44444444444444 22222 1 3333333333333 11 1 1 11 2222 1 1 33 1 1 111 11111 1 222 555555555555555 1 1 1 111111 1111111 111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11
lowQualScore : 1 1 1 9999999999999999999999999 1 3 3 8 8 8 0 0 0 5 3 0 0 6 0 8 0 77777 7 2 5 22 5 5 66 1 1 5 7 55555555 5 1 5 5 1 44444444 5 5 77 9999 5 5 1 1 77777 1 5555 7 3 1 3 7 7 77777777777777 3 55555555 777 3 77777 2 1 777 1 1 0 888888 99999999999999 44444 1 0 3 0 7777777777777 88 5 1 1 1 1 1 5 88 1 4444 5 0 1 3 44 1 0 1 2 0 88 111 8 8 8 33333 0 1 0 0 2 1 333 333333333333333 2 3 3 999999 8888888 111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 5 11 0 5 0 99 11
lowQualScore : . . . ......................... . . . . . . . . . . . . . . . . . ..... . . . .. . . .. . . . . ........ . . . . . ........ . . .. .... . . . . ..... . .... . . . . . . .............. . ........ ... . ..... . . ... . . . ...... .............. ..... . . . . ............. .. . . . . . . . .. . .... . . . . .. . . . . . .. ... . . . ..... . . . . . . ... ............... . . . ...... ....... ... .............................................................................. . . .. . . . .. ..
lowQualScore : 0 0 0 3333333333333333333333333 0 3 3 8 0 0 8 8 0 6 8 8 8 0 8 0 0 22222 3 0 0 00 5 0 55 0 0 5 3 00000000 5 0 0 5 0 55555555 0 0 55 0000 5 5 0 0 55555 0 3333 3 3 0 3 3 3 22222222222222 2 88888888 000 5 22222 5 0 555 2 0 0 888888 55555555555555 55555 0 0 2 2 6666666666666 55 5 0 0 0 0 0 5 55 0 0000 5 7 0 3 00 0 0 0 5 6 66 888 0 0 0 22222 8 0 7 7 0 0 333 333333333333333 0 3 3 222222 6666666 777 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 7 44 1 7 6 22 00
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGGTTAACAATTTCCANTACTGGGTNTTCCTTNATATAGCATTTACA-------ATTCCATTACGCTGAA--TAATCTGCATCGATNATAA-TT-GGACAATAAAGAACAAAGTGCATTTCGTTTT-CAATG-AATAATCTGCATGTATGACATGTAAGTGGTTTTTTTTTAAGGAACACATGGTCTAGAATAAT-ATATCTCCCTGT-TTCAAT--ATATGCAAACGTATCCGGCACTAAGTTCTCANNTTGGCTAAGATTGATCTTTCCGACTTTTTNTAATGGAAAATGNAAGTNGTCTTGCAATTTTTACTATATCATTATTATTAAATAGAAATTATGATCTGTATTGAATTATNAATTTCAGCCCATATTTGTAAATATATTTTCANTCAGACAGAGTAGTGTGTTGTATATATTCCACAGGCCTGAGCAAATTTAAGCAATAAAATCATAACNGAATTCAATATTTNAAAAATGCATTTATAACTNTAGCATACATTTTGGAAAGT-TTTTTTTAAA-TNT-GTTCTTAAATCAAAATTA-CAT-T---TTGGAAATAACTGTC--T--AACTTTTGCCTT---TGTCTGTATGNTCCAC---ATGACGATATTNT-TT------CTTTTT-----------TA-TTA----TTCANTGTTGGTTACC-AATGTTACATCAGGCACTGC-----ATCCGT-GGTATTCTTTTTTAGCTGAGCACAGGCATTTNGGNACCCGAGTTCANCNAATCNGGATTGATGTCTNAAAAGTATATTGACTTGGGGAAAAGTGCTTACCACAAATCTTACTACGNTT-GTCA-AACAAAATTCTTCCTTTGACANTAATGAATCCATAT-TNTTTGACGAGCATCGTCTTTTGGTAAA-AC--AAAA-ATGA-CACA-TTT-T-ATCTACATTTGAANAGGTAGAGCAATTATAAACCACGCAGTACGCCGTTTCTGCTACACTAAATANCTGTT---TAG--------ATGGGG-TTTCTAAGCTTATAATAGAAT-ATGT-TTATTGCATGGACTCTAAAACCATTA------GTGCC-------AATTAACAAGATTTGTTT---GTTTTT-------G-------------AT-------------AA------TTTAG-ATA-T-----TTC--------AT---A-GATACAGCCGCT-CTGCAGCTGGTAAT-CATATCTGACGTC--ACA--CCGAAGGTTTCCGA
Reference ( family-1944 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGGTTAACAATTTCCANTACTGGGTNTTCCTTNATATAGCATTTACA-------ATTCCATTACGCTGGA--TAATCTGCATCGATNATAA-TT-GGACAATAAAGAACAAAGTGCATTTCGTTTT-CAATG-AATAATCTGCATGTATGACATGTAAGTGGTTTTTTTTTAAGGAACACATGGTCTAGAATAAT-ATATCTCCCTGT-TTCAAT--ATATGCAAACGTATCCGGCACTAAGTTCTCANNTTGGCTAAGATTGATCTTTCCGACTTTTTNTAATGGAAAATGNAAGTNGTCTTGCAATTTTTACTATATCATTATTATTAAATAGAAATTATGATCTGTATTGAATTATNAATTTCAGCCCATATTTGTAAATATATTTTCANTCAGACAGAGTAGTGTGTTGTATATATTCCACAGGCCTGAGCAAATTTAAGCAATAAAATCATAACNGAATTCAATATTTNAAAAATGCATTTATAACTNTAGCATACATTTTGGAAAGT-TTTTTTTAAA-TNT-GTTCTTAAATCAAAATTA-CAT-T---TTGGAAATAACTGTC--T--AACTTTTGCCTT---TGTCTGTATGNTCCAC---ATGACGATATTNT-TT------CTTTTT-----------TA-TTA----TTCANTGTTGGTTACC-AATGTTACATCAGGCACTGC-----ATCCGT-GGTATTCTTTTTTAGCTGAGCACAGGCATTTNGGNACCCGAGTTCANCNAATCNGGATTGATGTCTNAAAAGTATATTGACTTGGGGAAAAGTGCTTACCACAAATCTTACTACGNTT-GTCA-AACAAAATTCTTCCTTTGACANTAATGAATCCATAT-TNTTTGACGAGCATCGTCTTTTGGTAAA-AC--AAAA-ATGA-CACA-TTT-T-ATCTACATTTGAANAGGTAGAGCAATTATAAACCACGCAGTACGCCGTTTCTGCTACACTAAATANCTGTT---TAG--------ATGGGG-TTTCTAAGCTTATAATAGAAT-ATGT-TTATTGCATGGACTCTAAAACCATTA------GTGCC-------AATTAACAAGATTTGTTT---GTTTTT-------G-------------AT-------------AA------TTTAG-ATA-T-----TTC--------AT---A-GATACAGCCGCT-CTGCAGCTGGTAAT-CATATCTGACGTC--ACA--CCGAAGGTTTCCGA
gi|1 : GGGGGTTAACAATTTCCATTACTGGGTTTTCTTTCATATAGCATTTACACTCAAATATTTCATTACGCTG----TAATCTGCATCGAAAATAA-TTTGGACAATAAAGAACAAAGTGCATTTCGTTTT-TAATG-AATAATCTGCATGTATGACATGTAAGTGGTTTTTTTTTAAGGAACACATGGTCTAGAAAAAT-ATATCTCCTTGT-TTCAATAAATATGC-AACGTAT-CGGCACTAA-TTCTCAATTTAGCTAAGATTGATCTTTCTGACTTTTTTTAATGGAAAATGTAAGTAGTCTTGCAATTTTTACTATATCATTATTATCAAATAGAAATTA--------ATTGAATT-TTAATTTCAG-CCATATTTGTAAATATATTTTCATTCAGACAGAGTAGTGTGTT-TATATATT-CACAG--CTG-GT-AATTTAAGCAAT-AAATCAT-ACAGAATTCAATATTTTAAAAATGCA-----AACTTTAACATACATTTTGGAAAATACTTTTTAAAA-TAT-GTTC-TAAATCAAAATAA-CATGTATGTTGAAAATAATTACCTAT--AACATTAGTCTT---TGTCTGTATGCTCCACGTAATGACAATATTTTATTAGTAAACTTTTG-----------TA-TTA-----TCATTGTTGGTTACC-CATGATATATCAGGTACAAC-----ATACGTCAGTATTCTTTTTTAACTGAGCAT-GACATTTGGGTACCCAAGTTCAGCTAATCTGAA-TG--GTCTGA----TATA-TGACTTAGGGAAAAGTGCTTACCACAGATCTTGCTATGCTT-GTC-------AATTCTTCCTTTGACAATAATGAGTCCATAT-TTTTT-ATGAGCATTGTCTTTTGGTAAA-CC--AAAACATGA-CAAA-TTT-T-ATCTACATTGGAATAGGTAGAGCAATTTTAAACCACGCAGAACATAGATTATGCTACACTAAAGAACTGTT---TAG--------A-------------------AACAGAAT-GGGGATTATTGCATGGCCTCTAAAACCATTA------GTGCC-------AATTAACAAGATTTGTTC---GCTTTT-------G-------------AT-------------AA------TTTAG-ATA-A-----TTC--------AT---A-GAT--AGTCGCT-CTGCAGCTGGT-AT-CACATCTGACGGC--GCA--CCGAAGATTTTCAA
gi|10 : cattaagctgcacattttcagcaattgatatattctTATTATTAT-ATTAAATAGAAATTATGATCTGTATTAAATTATGAATTTCAGCCCATATTTGTAAATAT-TTTTCAGT--------GTAGTGTGTTGTATATATTCCACAGGCTTGAGCAAATTTAAGCAATAAAATCATAACCGAATTCAATATTTAAAAGAT
gi|11 : atGCTACTACTGCAGGTT-TAGT-CAAGTCT-----C--ACA--CCGAAGGTTTCTGA
gi|13 : atatTATTGCATGGACTCTAAAACCATTACCGGTAGTGCC-------AATTAACAATATTTGTTT---GTTTTTTATAAAAG-------------AT-------------AAAATTAATTTAGTATC-T-----TTCTTCGTTGAAT-----GATGCAGCCGCT-CTGCAGCTGGTAAT-CATATCTGAtcttggaggcttcagatatgcataataaggtcatgcagttgatcatctcggtgattcagcaatacatttaacacggttggaagtaggagaggaaaatatgcaa
gi|14 : CC-------AATTAACAAGATTTGTTT---GTTTTT-------G-------------ATCAAAGATAAAAATAA------TTTA--ATA-TCTTTCTTC--------GTTGAATGATACAGCCGTT-GTGCAGCTGGTAAT-CATATCTGACGTC--AC
gi|15 : TATAGAAGAGAGTGAATTTTGTTTT-CAATG-AATAATCTGAATGCATGCCATGTAAGT-GTTTTTTTTAAAGGAATACATGGTCTAGAATAAT-ATATCTCCCT
gi|16 : TGCATTTCGTTTT-CAATG-AATAATCTGCATTTATGACATGTTAGTGGGTTTT-TTTAAGGAACACATGGTCTATAATAAT-ATATCTCCCTGT-TTCAAT--AT
gi|18 : ACTAATGAATCCATATATATTTGATGAACATCGTCTTTTGG-ATA-AC---AAA-ATAA-CACATTTT-T-ATCTACA-TTGAGCAGGTA
gi|19 : ATTGTCTTTTGGTAAATCC--AAAC-ATGACCAGA-TT-----TCTACATTTGGAc
gi|2 : ttaaaagGCATACATTTTGGAA--T-TTTTTTTAAACTGTCATTCTTAAATCAAAATTA-CAC-T------GAAATA-CT-----T--A------GCCTT---T-TCT--ATGGTCCAC---ATGACGATGCTAT-TT------TTTTTT-----------TA-TTAGTTATTCAGTGTTGGTTATCTAATGTTACATTAGGCACTGC-----ATC--------TTCTTTT--AGTTGAGCACAGGCATTTTGGAACCTGAGTTCATCGAATCAGGATTGATGTCTTAAAAGTATATTAACTTGGAGAAAAGTGCTTACTATAAATCTTAGTACCATT-GTCAGAACAAAATCTTTCCTTTGACATAAATAAATCCATAT-TGTTTGGCGAGTATCGTCTTTTGATGAA-AC--AAAA-ATGA-CACA-TTTCT-CTCTATATTTGAAGAGGTAGAGCAATTACAACCCACACAATACGCC-TTTCTGTTACATTAGATACCTGTTCTGTAGAAACACAAATGGGG-TTTCTAAGCTTATGATA-AATAATGT-TTAATCCATGAGCTATAACA-GATTA------GTGTCATTTGATAATAAATAAGATTAACTTAGCATCTTT-------G--------------T----------------------------TG-T-----TTG--------AA---A-GATACACCCACT-CTGCAGCT-TTAGT-CAAGCCTGACGTCAGACACCCCGAAGGATTCCGAat
gi|21 : CATGGACTCTAAAACCATTA------GTGCC-------AATTAACAAAATtctaggaggcctcaaatatgcatactgatgtcacgcgttttatcacctcggtgatatagcaataatttaaaacag
gi|3 : ATTTACA-------TTTCTATTATGCGTAA--TAACCTGCATCGATGATTA-TT-GGACAATAAAGAA-AAAGTGCATTTCGTTTTTCAATGAAATAATT--CATGTATGACATGTAAGTGG--TTTTTTTAAGGAACCAATGGTC-AGAATAATGATATCTCTCTGTGTTCA----ATATGCAAACGTATCCGGCACTAAGTTCTTATATTGGTTAAG-TT-ATCTTTTCGACTTTTTA-AATGGAAAATGAAAGTTGTCTTGCAA-TTTTACTATATCATTATTATTAAA
gi|4 : tttccttacaatgcagagaatatgtacaggaagtacagatccaacaagaacactaaaatactgttcaactttttttcggagagttccaaaattttctgcatctaaatagatatttcccaatattatgattaagacgagttagacgaaacatcattttcagtctgcaataattttcaaggcataaagtattatcggttctattatgcattttgcgccagcacctgctataagcgtccatgagttatagcgacgaatgtattgcatattacgtaatatttgaccaaaactGGGAAAAGTGCTTACCACAAATTCTACTATGTTTTGTCACAACAAAATTCATCCTTTGATAATAATGAATTCATAT-TTTTTGACGAGCATTGTCTTTTGG-AAA-ACTAAAAA-ATTA-CACA-TTT-TTATCTACATTTGAAGAGGTAGAACAATTATATACCACACAGTAAACCATTTCTGCTACACTAAATTGCTGTT---TAG--------ATGGGGATTTCTAAGCTTATAATAAATC-ATGT-TTATTGCATGGACTCTAAAACCATTA------GTGCC-------AATTAACAAGATTTGTTT---GTTTTT-------GATAAAAGATAAAAAT-------------AA------TTTAGTATC-T-----TTCTTCCTGA-AT-----GATACAGCCGCT-CTGCAGCTGGTAATCCATATCTGACGTC--ACA--GTGAAGGTTTCCGA
gi|5 : GGGGGTTAACAATTTCCAATATTAGGTGTTCCTTAATATAGCATTTACA-------AT------ATGCTGAACATAATCTGCACTGCTCATAAATT-GGACAATAAAGAACAAAGTGTATTTCGTTTT-CAATA-AATAATCTGCATGCATGACAAGTA--T-GTTTTTCTCT-AGGAACACATGGTCTAGAA-A-----ATCTCCCCGT-TTCAAT---TATGAATATATATTCtcttagtggcctcagatatgcatattgaggtcacgggtcttatcagctcattgaaaccacaatagctttgaaacagatggaaagtgatgggaaaaatgtg
gi|7 : aatatgagaataaactaatactaaacatatacaagatctatatacatgcggtaaactttcattaatctccagtgtatacactagtctaatattttagagttttttctttctagtattaaaactctcatttaaaaagttacatatatttttcgagcaatttttcagtctattccggggtaggggtgTGCATGGATTCTAAAACCATTA------GTGCC-------AGTTAACAAGATTTGTTT---GTTTTT-------G-------------AT-------------AA--------TAT-ATAGT-----TT-----------------ATATAGCCACT-CTGCAGCTGG-GAT-CATATCTGACGTC--ACA--CCAAAGATTTCCGAatttaacaataaaaagtaaattttcccgagtctgact
gi|8 : AAAATACATTTATAACTATAGCATACATTTGGAAAAGT-TTTTTTT-AA-TCT-GTTCTTA----AAAATTA-T-T-T---TTG--AATAACTGTCATT--AACTTTTGCCTTAAAT-TCTGTATGTTCCAC---TTGACGATAATTT-TT------CTTTTT-----------TAGTTA----TTCAATTTAGGTTACC-AAAGTTACATCAGGT-CTTCCAACAATCCGTAGGTATTtcttagatgcttcagatatgcatattgaggtcacgtgtcttattcagttcatttataccagcagtaagctttgaaacagatggaaagagatgggaaattctgctgc
gi|9 : AATTAACAT-T---------ATAATTGTC--TGTAATTTTTACCTT---CGTCTGTATGGTCCAC---ATGGTGGCATTGG-TT------CTTTATAAAAAAAAAAATACTTA----TTCACTGTTGGTTACC-AATGTTACATTAAGCACTGC-----ATC
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GGGATAGAAACTCCCAATTTTCACAACTCGCAATTAATGTCTAGTACCCATAAAATGAACTTGCAATTTCCAAAAACTTCTCGCAATCTACGGCTAATGCATATGTAAATTCTTAATTTCAGTTGACACCATGTGTTGGCTTGTTTCCAATTAAATGCAACAATGACAGTAAGTACAGACAAAGAAATGATAAAAAGTTCTTGCAATTTTTTGCGAGTTTCCAAATTTTAAACCTCTTTAAAAATTGATATTCAACTAGTATTTTGGCGAGTTTTATACAGTGAATTTCAACCC
Unaligned ( gi|12 ): TAGCATCTGGACGGACACATCCGAAGCATTTCAGAATCTTAAAAGGCTATCAGATATGGAATATGAGGTCAATGGCGTCTTATTAAACCTTATTGATAAAGCGATAGCTTTGACAACAGATGGAACGAGATGGGACAACTGTGC
Unaligned ( gi|17 ): ACAGACAAATTTAACAAATGATAAAAAGAACTTGCAATTCTTTGCAAGTTTCCACATTTTTAACTTGCAAATTCGATATCTCAACTAGTA
Unaligned ( gi|20 ): CTTTGGTTCAGTGAGCTACAAAGGCTATTGATAATATCCT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 444444444444 2222 1 1 1 1 11111 1 1 1 1 11 1 33333333 1 1 1 33333333 1 1 11 1111 1 1 22222 1111 1 1 55555555555555 33333333 22222 111 1 222222 44444444444444 22222 1 3333333333333 11 1 1 11 2222 1 1 33 1 1 111 11111 1 222 555555555555555 1 1 1 111111 1111111 111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11
lowQualScore : 1 1 1 888888888888 0 4444 1 3 3 8 8 8 0 0 0 5 3 0 0 6 0 8 0 77777 7 2 5 22 5 5 66 1 1 5 7 55555555 5 1 5 5 1 44444444 5 5 77 9999 5 5 1 1 77777 1 5555 7 3 1 3 7 7 77777777777777 3 55555555 777 3 77777 2 1 777 1 1 0 888888 99999999999999 44444 1 0 3 0 7777777777777 88 5 1 1 1 1 1 5 88 1 4444 5 0 1 3 44 1 0 1 2 0 88 111 8 8 8 33333 0 1 0 0 2 1 333 333333333333333 2 3 3 999999 8888888 111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 5 11 0 5 0 99 11
lowQualScore : . . . ............ . .... . . . . . . . . . . . . . . . . . ..... . . . .. . . .. . . . . ........ . . . . . ........ . . .. .... . . . . ..... . .... . . . . . . .............. . ........ ... . ..... . . ... . . . ...... .............. ..... . . . . ............. .. . . . . . . . .. . .... . . . . .. . . . . . .. ... . . . ..... . . . . . . ... ............... . . . ...... ....... ... .............................................................................. . . .. . . . .. ..
lowQualScore : 0 0 0 777777777777 7 7777 0 3 3 8 0 0 8 8 0 6 8 8 8 0 8 0 0 22222 3 0 0 00 5 0 55 0 0 5 3 00000000 5 0 0 5 0 55555555 0 0 55 0000 5 5 0 0 55555 0 3333 3 3 0 3 3 3 22222222222222 2 88888888 000 5 22222 5 0 555 2 0 0 888888 55555555555555 55555 0 0 2 2 6666666666666 55 5 0 0 0 0 0 5 55 0 0000 5 7 0 3 00 0 0 0 5 6 66 888 0 0 0 22222 8 0 7 7 0 0 333 333333333333333 0 3 3 222222 6666666 777 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 7 44 1 7 6 22 00
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGGTTAACAATTTCCANTACTGGGTNTTCCTTNATATAGCATTTACA-------ATTCCATTACGCTGAA--TAATCTGCATCGATNATAA-TT-GGACAATAAAGAACAAAGTGCATTTCGTTTT-CAATG-AATAATCTGCATGTATGACATGTAAGTGGTTTTTTTTTAAGGAACACATGGTCTAGAATAAT-ATATCTCCCTGT-TTCAAT--ATATGCAAACGTATCCGGCACTAAGTTCTCANNTTGGCTAAGATTGATCTTTCCGACTTTTTNTAATGGAAAATGNAAGTNGTCTTGCAATTTTTACTATATCATTATTATTAAATAGAAATTATGATCTGTATTGAATTATNAATTTCAGCCCATATTTGTAAATATATTTTCANTCAGACAGAGTAGTGTGTTGTATATATTCCACAGGCCTGAGCAAATTTAAGCAATAAAATCATAACNGAATTCAATATTTNAAAAATGCATTTATAACTNTAGCATACATTTTGGAAAGT-TTTTTTTAAA-TNT-GTTCTTAAATCAAAATTA-CAT-T---TTGGAAATAACTGTC--T--AACTTTTGCCTT---TGTCTGTATGNTCCAC---ATGACGATATTNT-TT------CTTTTT-----------TA-TTA----TTCANTGTTGGTTACC-AATGTTACATCAGGCACTGC-----ATCCGT-GGTATTCTTTTTTAGCTGAGCACAGGCATTTNGGNACCCGAGTTCANCNAATCNGGATTGATGTCTNAAAAGTATATTGACTTGGGGAAAAGTGCTTACCACAAATCTTACTACGNTT-GTCA-AACAAAATTCTTCCTTTGACANTAATGAATCCATAT-TNTTTGACGAGCATCGTCTTTTGGTAAA-AC--AAAA-ATGA-CACA-TTT-T-ATCTACATTTGAANAGGTAGAGCAATTATAAACCACGCAGTACGCCGTTTCTGCTACACTAAATANCTGTT---TAG--------ATGGGG-TTTCTAAGCTTATAATAGAAT-ATGT-TTATTGCATGGACTCTAAAACCATTA------GTGCC-------AATTAACAAGATTTGTTT---GTTTTT-------G-------------AT-------------AA------TTTAG-ATA-T-----TTC--------AT---A-GATACAGCCGCT-CTGCAGCTGGTAAT-CATATCTGACGTC--ACA--CCGAAGGTTTCCGA
Reference ( family-1944 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGGTTAACAATTTCCANTACTGGGTNTTCCTTNATATAGCATTTACA-------ATTCCATTACGCTGAA--TAATCTGCATCGATNATAA-TT-GGACAATAAAGAACAAAGTGCATTTCGTTTT-CAATG-AATAATCTGCATGTATGACATGTAAGTGGTTTTTTTTTAAGGAACACATGGTCTAGAATAAT-ATATCTCCCTGT-TTCAAT--ATATGCAAACGTATCCGGCACTAAGTTCTCANNTTGGCTAAGATTGATCTTTCCGACTTTTTNTAATGGAAAATGNAAGTNGTCTTGCAATTTTTACTATATCATTATTATTAAATAGAAATTATGATCTGTATTGAATTATNAATTTCAGCCCATATTTGTAAATATATTTTCANTCAGACAGAGTAGTGTGTTGTATATATTCCACAGGCCTGAGCAAATTTAAGCAATAAAATCATAACNGAATTCAATATTTNAAAAATGCATTTATAACTNTAGCATACATTTTGGAAAGT-TTTTTTTAAA-TNT-GTTCTTAAATCAAAATTA-CAT-T---TTGGAAATAACTGTC--T--AACTTTTGCCTT---TGTCTGTATGNTCCAC---ATGACGATATTNT-TT------CTTTTT-----------TA-TTA----TTCANTGTTGGTTACC-AATGTTACATCAGGCACTGC-----ATCCGT-GGTATTCTTTTTTAGCTGAGCACAGGCATTTNGGNACCCGAGTTCANCNAATCNGGATTGATGTCTNAAAAGTATATTGACTTGGGGAAAAGTGCTTACCACAAATCTTACTACGNTT-GTCA-AACAAAATTCTTCCTTTGACANTAATGAATCCATAT-TNTTTGACGAGCATCGTCTTTTGGTAAA-AC--AAAA-ATGA-CACA-TTT-T-ATCTACATTTGAANAGGTAGAGCAATTATAAACCACGCAGTACGCCGTTTCTGCTACACTAAATANCTGTT---TAG--------ATGGGG-TTTCTAAGCTTATAATAGAAT-ATGT-TTATTGCATGGACTCTAAAACCATTA------GTGCC-------AATTAACAAGATTTGTTT---GTTTTT-------G-------------AT-------------AA------TTTAG-ATA-T-----TTC--------AT---A-GATACAGCCGCT-CTGCAGCTGGTAAT-CATATCTGACGTC--ACA--CCGAAGGTTTCCGA
gi|1 : GGGGGTTAACAATTTCCATTACTGGGTTTTCTTTCATATAGCATTTACACTCAAATATTTCATTACGCTG----TAATCTGCATCGAAAATAA-TTTGGACAATAAAGAACAAAGTGCATTTCGTTTT-TAATG-AATAATCTGCATGTATGACATGTAAGTGGTTTTTTTTTAAGGAACACATGGTCTAGAAAAAT-ATATCTCCTTGT-TTCAATAAATATGC-AACGTAT-CGGCACTAA-TTCTCAATTTAGCTAAGATTGATCTTTCTGACTTTTTTTAATGGAAAATGTAAGTAGTCTTGCAATTTTTACTATATCATTATTATCAAATAGAAATTA--------ATTGAATT-TTAATTTCAG-CCATATTTGTAAATATATTTTCATTCAGACAGAGTAGTGTGTT-TATATATT-CACAG--CTG-GT-AATTTAAGCAAT-AAATCAT-ACAGAATTCAATATTTTAAAAATGCA-----AACTTTAACATACATTTTGGAAAATACTTTTTAAAA-TAT-GTTC-TAAATCAAAATAA-CATGTATGTTGAAAATAATTACCTAT--AACATTAGTCTT---TGTCTGTATGCTCCACGTAATGACAATATTTTATTAGTAAACTTTTG-----------TA-TTA-----TCATTGTTGGTTACC-CATGATATATCAGGTACAAC-----ATACGTCAGTATTCTTTTTTAACTGAGCAT-GACATTTGGGTACCCAAGTTCAGCTAATCTGAA-TG--GTCTGA----TATA-TGACTTAGGGAAAAGTGCTTACCACAGATCTTGCTATGCTT-GTC-------AATTCTTCCTTTGACAATAATGAGTCCATAT-TTTTT-ATGAGCATTGTCTTTTGGTAAA-CC--AAAACATGA-CAAA-TTT-T-ATCTACATTGGAATAGGTAGAGCAATTTTAAACCACGCAGAACATAGATTATGCTACACTAAAGAACTGTT---TAG--------A-------------------AACAGAAT-GGGGATTATTGCATGGCCTCTAAAACCATTA------GTGCC-------AATTAACAAGATTTGTTC---GCTTTT-------G-------------AT-------------AA------TTTAG-ATA-A-----TTC--------AT---A-GAT--AGTCGCT-CTGCAGCTGGT-AT-CACATCTGACGGC--GCA--CCGAAGATTTTCAA
gi|10 : cattaagctgcacattttcagcaattgatatattctTATTATTAT-ATTAAATAGAAATTATGATCTGTATTAAATTATGAATTTCAGCCCATATTTGTAAATAT-TTTTCAGT--------GTAGTGTGTTGTATATATTCCACAGGCTTGAGCAAATTTAAGCAATAAAATCATAACCGAATTCAATATTTAAAAGAT
gi|11 : atGCTACTACTGCAGGTT-TAGT-CAAGTCT-----C--ACA--CCGAAGGTTTCTGA
gi|13 : atatTATTGCATGGACTCTAAAACCATTACCGGTAGTGCC-------AATTAACAATATTTGTTT---GTTTTTTATAAAAG-------------AT-------------AAAATTAATTTAGTATC-T-----TTCTTCGTTGAAT-----GATGCAGCCGCT-CTGCAGCTGGTAAT-CATATCTGAtcttggaggcttcagatatgcataataaggtcatgcagttgatcatctcggtgattcagcaatacatttaacacggttggaagtaggagaggaaaatatgcaa
gi|14 : CC-------AATTAACAAGATTTGTTT---GTTTTT-------G-------------ATCAAAGATAAAAATAA------TTTA--ATA-TCTTTCTTC--------GTTGAATGATACAGCCGTT-GTGCAGCTGGTAAT-CATATCTGACGTC--AC
gi|15 : TATAGAAGAGAGTGAATTTTGTTTT-CAATG-AATAATCTGAATGCATGCCATGTAAGT-GTTTTTTTTAAAGGAATACATGGTCTAGAATAAT-ATATCTCCCT
gi|16 : TGCATTTCGTTTT-CAATG-AATAATCTGCATTTATGACATGTTAGTGGGTTTT-TTTAAGGAACACATGGTCTATAATAAT-ATATCTCCCTGT-TTCAAT--AT
gi|18 : ACTAATGAATCCATATATATTTGATGAACATCGTCTTTTGG-ATA-AC---AAA-ATAA-CACATTTT-T-ATCTACA-TTGAGCAGGTA
gi|19 : ATTGTCTTTTGGTAAATCC--AAAC-ATGACCAGA-TT-----TCTACATTTGGAc
gi|2 : ttaaaagGCATACATTTTGGAA--T-TTTTTTTAAACTGTCATTCTTAAATCAAAATTA-CAC-T------GAAATA-CT-----T--A------GCCTT---T-TCT--ATGGTCCAC---ATGACGATGCTAT-TT------TTTTTT-----------TA-TTAGTTATTCAGTGTTGGTTATCTAATGTTACATTAGGCACTGC-----ATC--------TTCTTTT--AGTTGAGCACAGGCATTTTGGAACCTGAGTTCATCGAATCAGGATTGATGTCTTAAAAGTATATTAACTTGGAGAAAAGTGCTTACTATAAATCTTAGTACCATT-GTCAGAACAAAATCTTTCCTTTGACATAAATAAATCCATAT-TGTTTGGCGAGTATCGTCTTTTGATGAA-AC--AAAA-ATGA-CACA-TTTCT-CTCTATATTTGAAGAGGTAGAGCAATTACAACCCACACAATACGCC-TTTCTGTTACATTAGATACCTGTTCTGTAGAAACACAAATGGGG-TTTCTAAGCTTATGATA-AATAATGT-TTAATCCATGAGCTATAACA-GATTA------GTGTCATTTGATAATAAATAAGATTAACTTAGCATCTTT-------G--------------T----------------------------TG-T-----TTG--------AA---A-GATACACCCACT-CTGCAGCT-TTAGT-CAAGCCTGACGTCAGACACCCCGAAGGATTCCGAat
gi|21 : CATGGACTCTAAAACCATTA------GTGCC-------AATTAACAAAATtctaggaggcctcaaatatgcatactgatgtcacgcgttttatcacctcggtgatatagcaataatttaaaacag
gi|3 : ATTTACA-------TTTCTATTATGCGTAA--TAACCTGCATCGATGATTA-TT-GGACAATAAAGAA-AAAGTGCATTTCGTTTTTCAATGAAATAATT--CATGTATGACATGTAAGTGG--TTTTTTTAAGGAACCAATGGTC-AGAATAATGATATCTCTCTGTGTTCA----ATATGCAAACGTATCCGGCACTAAGTTCTTATATTGGTTAAG-TT-ATCTTTTCGACTTTTTA-AATGGAAAATGAAAGTTGTCTTGCAA-TTTTACTATATCATTATTATTAAA
gi|4 : tttccttacaatgcagagaatatgtacaggaagtacagatccaacaagaacactaaaatactgttcaactttttttcggagagttccaaaattttctgcatctaaatagatatttcccaatattatgattaagacgagttagacgaaacatcattttcagtctgcaataattttcaaggcataaagtattatcggttctattatgcattttgcgccagcacctgctataagcgtccatgagttatagcgacgaatgtattgcatattacgtaatatttgaccaaaactGGGAAAAGTGCTTACCACAAATTCTACTATGTTTTGTCACAACAAAATTCATCCTTTGATAATAATGAATTCATAT-TTTTTGACGAGCATTGTCTTTTGG-AAA-ACTAAAAA-ATTA-CACA-TTT-TTATCTACATTTGAAGAGGTAGAACAATTATATACCACACAGTAAACCATTTCTGCTACACTAAATTGCTGTT---TAG--------ATGGGGATTTCTAAGCTTATAATAAATC-ATGT-TTATTGCATGGACTCTAAAACCATTA------GTGCC-------AATTAACAAGATTTGTTT---GTTTTT-------GATAAAAGATAAAAAT-------------AA------TTTAGTATC-T-----TTCTTCCTGA-AT-----GATACAGCCGCT-CTGCAGCTGGTAATCCATATCTGACGTC--ACA--GTGAAGGTTTCCGA
gi|5 : GGGGGTTAACAATTTCCAATATTAGGTGTTCCTTAATATAGCATTTACA-------AT------ATGCTGAACATAATCTGCACTGCTCATAAATT-GGACAATAAAGAACAAAGTGTATTTCGTTTT-CAATA-AATAATCTGCATGCATGACAAGTA--T-GTTTTTCTCT-AGGAACACATGGTCTAGAA-A-----ATCTCCCCGT-TTCAAT---TATGAATATATATTCtcttagtggcctcagatatgcatattgaggtcacgggtcttatcagctcattgaaaccacaatagctttgaaacagatggaaagtgatgggaaaaatgtg
gi|7 : aatatgagaataaactaatactaaacatatacaagatctatatacatgcggtaaactttcattaatctccagtgtatacactagtctaatattttagagttttttctttctagtattaaaactctcatttaaaaagttacatatatttttcgagcaatttttcagtctattccggggtaggggtgTGCATGGATTCTAAAACCATTA------GTGCC-------AGTTAACAAGATTTGTTT---GTTTTT-------G-------------AT-------------AA--------TAT-ATAGT-----TT-----------------ATATAGCCACT-CTGCAGCTGG-GAT-CATATCTGACGTC--ACA--CCAAAGATTTCCGAatttaacaataaaaagtaaattttcccgagtctgact
gi|8 : AAAATACATTTATAACTATAGCATACATTTGGAAAAGT-TTTTTTT-AA-TCT-GTTCTTA----AAAATTA-T-T-T---TTG--AATAACTGTCATT--AACTTTTGCCTTAAAT-TCTGTATGTTCCAC---TTGACGATAATTT-TT------CTTTTT-----------TAGTTA----TTCAATTTAGGTTACC-AAAGTTACATCAGGT-CTTCCAACAATCCGTAGGTATTtcttagatgcttcagatatgcatattgaggtcacgtgtcttattcagttcatttataccagcagtaagctttgaaacagatggaaagagatgggaaattctgctgc
gi|9 : AATTAACAT-T---------ATAATTGTC--TGTAATTTTTACCTT---CGTCTGTATGGTCCAC---ATGGTGGCATTGG-TT------CTTTATAAAAAAAAAAATACTTA----TTCACTGTTGGTTACC-AATGTTACATTAAGCACTGC-----ATC
blockSeqs : A G A TTTCT AACA G A . G T A G T T T G G ATA A C G TA . . A A T . T TGATCTGT A G C . G . G C GC AGCA A A C A TTTAT A AGT A C G C T A CACTGA A GTCATT ACT T AAAT G G . C A . . AAAAAAAAAAATAC GTTAT G T A CAACAATCCGTAG . A T A T G A T AT T AAAG T A T AG C A A G T TC TAA . C T TCTC C A C CTG AAACACAAATGGGG A A . CCGGTA ATTTGAT AGC TATAAAAGATAAAATTAATTTAGTATCTTTCTTCGTTGAAT G A GG C AG CC
blockSeqs : AT AA C . . C . . G G T T . . AT A T . T . . C . T . TTTTTG A GTCTGT ATT T CG G T . A T . . TAG T A . A ATC T . AC T . G G T A A . . . TTTA G . G . ATGGGGA . . . . . . GATCAAAGATAAAAATAATTTAATATCTTTCTTCGTTGAAT A . GG . . .
blockSeqs : . . . . T C T . . A ACATT . T . . T . G . T G . . TA T C . . A . T G . A A . . . TTA G . . . GATAAAAGATAAAAATAATTTAGTATCTTTCTTCCTGAAT A . GG . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . GATAATATATAGTTT A . GG . . .
blockSeqs : . . . GTTGTTTGAAA A . T . .
blockSeqs : . . T .
blockSeqCons : TC***
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGGTTAACAATTTCCANTACTGGGTNTTCCTTNATATAGCATTTACA-------ATTCCATTACGCTGAA--TAATCTGCATCGATNATAA-TT-GGACAATAAAGAACAAAGTGCATTTCGTTTT-CAATG-AATAATCTGCATGTATGACATGTAAGTGGTTTTTTTTTAAGGAACACATGGTCTAGAATAAT-ATATCTCCCTGT-TTCAAT--ATATGCAAACGTATCCGGCACTAAGTTCTCANNTTGGCTAAGATTGATCTTTCCGACTTTTTNTAATGGAAAATGNAAGTNGTCTTGCAATTTTTACTATATCATTATTATTAAATAGAAATTATGATCTGTATTGAATTATNAATTTCAGCCCATATTTGTAAATATATTTTCANTCAGACAGAGTAGTGTGTTGTATATATTCCACAGGCCTGAGCAAATTTAAGCAATAAAATCATAACNGAATTCAATATTTNAAAAATGCATTTATAACTNTAGCATACATTTTGGAAAGT-TTTTTTTAAA-TNT-GTTCTTAAATCAAAATTA-CAT-T---TTGGAAATAACTGTC--T--AACTTTTGCCTT---TGTCTGTATGNTCCAC---ATGACGATATTNT-TT------CTTTTT-----------TA-TTA----TTCANTGTTGGTTACC-AATGTTACATCAGGCACTGC-----ATCCGT-GGTATTCTTTTTTAGCTGAGCACAGGCATTTNGGNACCCGAGTTCANCNAATCNGGATTGATGTCTNAAAAGTATATTGACTTGGGGAAAAGTGCTTACCACAAATCTTACTACGNTT-GTCA-AACAAAATTCTTCCTTTGACANTAATGAATCCATAT-TNTTTGACGAGCATCGTCTTTTGGTAAA-AC--AAAA-ATGA-CACA-TTT-T-ATCTACATTTGAANAGGTAGAGCAATTATAAACCACGCAGTACGCCGTTTCTGCTACACTAAATANCTGTT---TAG--------ATGGGG-TTTCTAAGCTTATAATAGAAT-ATGT-TTATTGCATGGACTCTAAAACCATTA------GTGCC-------AATTAACAAGATTTGTTT---GTTTTT-------G-------------AT-------------AA------TTTAG-ATA-T-----TTC--------AT---A-GATACAGCCGCT-CTGCAGCTGGTAAT-CATATCTGACGTC--ACA--CCGAAGGTTTCCGA
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGGTTAACAATTTCCANTACTGGGTNTTCCTTNATATAGCATTTACA-------ATTCCATTACGCTGAA--TAATCTGCATCGATNATAA-TT-GGACAATAAAGAACAAAGTGCATTTCGTTTT-CAATG-AATAATCTGCATGTATGACATGTAAGTGGTTTTTTTTTAAGGAACACATGGTCTAGAATAAT-ATATCTCCCTGT-TTCAAT--ATATGCAAACGTATCCGGCACTAAGTTCTCANNTTGGCTAAGATTGATCTTTCCGACTTTTTNTAATGGAAAATGNAAGTNGTCTTGCAATTTTTACTATATCATTATTATTAAATAGAAATTATGATCTGTATTGAATTATNAATTTCAGCCCATATTTGTAAATATATTTTCANTCAGACAGAGTAGTGTGTTGTATATATTCCACAGGCCTGAGCAAATTTAAGCAATAAAATCATAACNGAATTCAATATTTNAAAAATGCATTTATAACTNTAGCATACATTTTGGAAAGT-TTTTTTTAAA-TNT-GTTCTTAAATCAAAATTA-CAT-T---TTGGAAATAACTGTC--T--AACTTTTGCCTT---TGTCTGTATGNTCCAC---ATGACGATATTNT-TT------CTTTTT-----------TA-TTA----TTCANTGTTGGTTACC-AATGTTACATCAGGCACTGC-----ATCCGT-GGTATTCTTTTTTAGCTGAGCACAGGCATTTNGGNACCCGAGTTCANCNAATCNGGATTGATGTCTNAAAAGTATATTGACTTGGGGAAAAGTGCTTACCACAAATCTTACTACGNTT-GTCA-AACAAAATTCTTCCTTTGACANTAATGAATCCATAT-TNTTTGACGAGCATCGTCTTTTGGTAAA-AC--AAAA-ATGA-CACA-TTTC---TCTACATTTGAANAGGTAGAGCAATTATAAACCACGCAGTACGCCGTTTCTGCTACACTAAATANCTGTT---TAG--------ATGGGG-TTTCTAAGCTTATAATAGAAT-ATGT-TTATTGCATGGACTCTAAAACCATTA------GTGCC-------AATTAACAAGATTTGTTT---GTTTTT-------G-------------AT-------------AA------TTTAG-ATA-T-----TTC--------AT---A-GATACAGCCGCT-CTGCAGCTGGTAAT-CATATCTGACGTC--ACA--CCGAAGGTTTCCGA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GGGATAGAAACTCCCAATTTTCACAACTCGCAATTAATGTCTAGTACCCATAAAATGAACTTGCAATTTCCAAAAACTTCTCGCAATCTACGGCTAATGCATATGTAAATTCTTAATTTCAGTTGACACCATGTGTTGGCTTGTTTCCAATTAAATGCAACAATGACAGTAAGTACAGACAAAGAAATGATAAAAAGTTCTTGCAATTTTTTGCGAGTTTCCAAATTTTAAACCTCTTTAAAAATTGATATTCAACTAGTATTTTGGCGAGTTTTATACAGTGAATTTCAACCC
Unaligned ( gi|12 ): TAGCATCTGGACGGACACATCCGAAGCATTTCAGAATCTTAAAAGGCTATCAGATATGGAATATGAGGTCAATGGCGTCTTATTAAACCTTATTGATAAAGCGATAGCTTTGACAACAGATGGAACGAGATGGGACAACTGTGC
Unaligned ( gi|17 ): ACAGACAAATTTAACAAATGATAAAAAGAACTTGCAATTCTTTGCAAGTTTCCACATTTTTAACTTGCAAATTCGATATCTCAACTAGTA
Unaligned ( gi|20 ): CTTTGGTTCAGTGAGCTACAAAGGCTATTGATAATATCCT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 444444444444 2222 1 1 1 1 11111 1 1 1 1 11 1 33333333 1 1 1 33333333 1 1 11 1111 1 1 22222 1111 1 1 55555555555555 33333333 22222 111 1 222222 44444444444444 22222 1 3333333333333 11 1 1 11 2222 1 1 33 1 1 111 333333333 1 222 555555555555555 1 1 1 111111 1111111 111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11
lowQualScore : 1 1 1 888888888888 0 4444 1 3 3 8 8 8 0 0 0 5 3 0 0 6 0 8 0 77777 7 2 5 22 5 5 66 1 1 5 7 55555555 5 1 5 5 1 44444444 5 5 77 9999 5 5 1 1 77777 1 5555 7 3 1 3 7 7 77777777777777 3 55555555 777 3 77777 2 1 777 1 1 0 888888 99999999999999 44444 1 0 3 0 7777777777777 88 5 1 1 1 1 1 5 88 1 4444 5 0 1 3 44 1 0 1 2 0 88 111 8 8 777777777 0 1 0 0 2 1 333 333333333333333 2 3 3 999999 8888888 111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 5 11 0 5 0 99 11
lowQualScore : . . . ............ . .... . . . . . . . . . . . . . . . . . ..... . . . .. . . .. . . . . ........ . . . . . ........ . . .. .... . . . . ..... . .... . . . . . . .............. . ........ ... . ..... . . ... . . . ...... .............. ..... . . . . ............. .. . . . . . . . .. . .... . . . . .. . . . . . .. ... . . ......... . . . . . . ... ............... . . . ...... ....... ... .............................................................................. . . .. . . . .. ..
lowQualScore : 0 0 0 777777777777 7 7777 0 3 3 8 0 0 8 8 0 6 8 8 8 0 8 0 0 22222 3 0 0 00 5 0 55 0 0 5 3 00000000 5 0 0 5 0 55555555 0 0 55 0000 5 5 0 0 55555 0 3333 3 3 0 3 3 3 22222222222222 2 88888888 000 5 22222 5 0 555 2 0 0 888888 55555555555555 55555 0 0 2 2 6666666666666 55 5 0 0 0 0 0 5 55 0 0000 5 7 0 3 00 0 0 0 5 6 66 888 0 0 444444444 8 0 7 7 0 0 333 333333333333333 0 3 3 222222 6666666 777 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 7 44 1 7 6 22 00
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGGTTAACAATTTCCANTACTGGGTNTTCCTTNATATAGCATTTACA-------ATTCCATTACGCTGAA--TAATCTGCATCGATNATAA-TT-GGACAATAAAGAACAAAGTGCATTTCGTTTT-CAATG-AATAATCTGCATGTATGACATGTAAGTGGTTTTTTTTTAAGGAACACATGGTCTAGAATAAT-ATATCTCCCTGT-TTCAAT--ATATGCAAACGTATCCGGCACTAAGTTCTCANNTTGGCTAAGATTGATCTTTCCGACTTTTTNTAATGGAAAATGNAAGTNGTCTTGCAATTTTTACTATATCATTATTATTAAATAGAAATTATGATCTGTATTGAATTATNAATTTCAGCCCATATTTGTAAATATATTTTCANTCAGACAGAGTAGTGTGTTGTATATATTCCACAGGCCTGAGCAAATTTAAGCAATAAAATCATAACNGAATTCAATATTTNAAAAATGCATTTATAACTNTAGCATACATTTTGGAAAGT-TTTTTTTAAA-TNT-GTTCTTAAATCAAAATTA-CAT-T---TTGGAAATAACTGTC--T--AACTTTTGCCTT---TGTCTGTATGNTCCAC---ATGACGATATTNT-TT------CTTTTT-----------TA-TTA----TTCANTGTTGGTTACC-AATGTTACATCAGGCACTGC-----ATCCGT-GGTATTCTTTTTTAGCTGAGCACAGGCATTTNGGNACCCGAGTTCANCNAATCNGGATTGATGTCTNAAAAGTATATTGACTTGGGGAAAAGTGCTTACCACAAATCTTACTACGNTT-GTCA-AACAAAATTCTTCCTTTGACANTAATGAATCCATAT-TNTTTGACGAGCATCGTCTTTTGGTAAA-AC--AAAA-ATGA-CACATT--TT--T--CTACATTTGAANAGGTAGAGCAATTATAAACCACGCAGTACGCCGTTTCTGCTACACTAAATANCTGTT---TAG--------ATGGGG-TTTCTAAGCTTATAATAGAAT-ATGT-TTATTGCATGGACTCTAAAACCATTA------GTGCC-------AATTAACAAGATTTGTTT---GTTTTT-------G-------------AT-------------AA------TTTAG-ATA-T-----TTC--------AT---A-GATACAGCCGCT-CTGCAGCTGGTAAT-CATATCTGACGTC--ACA--CCGAAGGTTTCCGA
Reference ( family-1944 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGGTTAACAATTTCCANTACTGGGTNTTCCTTNATATAGCATTTACA-------ATTCCATTACGCTGAA--TAATCTGCATCGATNATAA-TT-GGACAATAAAGAACAAAGTGCATTTCGTTTT-CAATG-AATAATCTGCATGTATGACATGTAAGTGGTTTTTTTTTAAGGAACACATGGTCTAGAATAAT-ATATCTCCCTGT-TTCAAT--ATATGCAAACGTATCCGGCACTAAGTTCTCANNTTGGCTAAGATTGATCTTTCCGACTTTTTNTAATGGAAAATGNAAGTNGTCTTGCAATTTTTACTATATCATTATTATTAAATAGAAATTATGATCTGTATTGAATTATNAATTTCAGCCCATATTTGTAAATATATTTTCANTCAGACAGAGTAGTGTGTTGTATATATTCCACAGGCCTGAGCAAATTTAAGCAATAAAATCATAACNGAATTCAATATTTNAAAAATGCATTTATAACTNTAGCATACATTTTGGAAAGT-TTTTTTTAAA-TNT-GTTCTTAAATCAAAATTA-CAT-T---TTGGAAATAACTGTC--T--AACTTTTGCCTT---TGTCTGTATGNTCCAC---ATGACGATATTNT-TT------CTTTTT-----------TA-TTA----TTCANTGTTGGTTACC-AATGTTACATCAGGCACTGC-----ATCCGT-GGTATTCTTTTTTAGCTGAGCACAGGCATTTNGGNACCCGAGTTCANCNAATCNGGATTGATGTCTNAAAAGTATATTGACTTGGGGAAAAGTGCTTACCACAAATCTTACTACGNTT-GTCA-AACAAAATTCTTCCTTTGACANTAATGAATCCATAT-TNTTTGACGAGCATCGTCTTTTGGTAAA-AC--AAAA-ATGA-CACATT--TC--T--CTACATTTGAANAGGTAGAGCAATTATAAACCACGCAGTACGCCGTTTCTGCTACACTAAATANCTGTT---TAG--------ATGGGG-TTTCTAAGCTTATAATAGAAT-ATGT-TTATTGCATGGACTCTAAAACCATTA------GTGCC-------AATTAACAAGATTTGTTT---GTTTTT-------G-------------AT-------------AA------TTTAG-ATA-T-----TTC--------AT---A-GATACAGCCGCT-CTGCAGCTGGTAAT-CATATCTGACGTC--ACA--CCGAAGGTTTCCGA
gi|1 : GGGGGTTAACAATTTCCATTACTGGGTTTTCTTTCATATAGCATTTACACTCAAATATTTCATTACGCTG----TAATCTGCATCGAAAATAA-TTTGGACAATAAAGAACAAAGTGCATTTCGTTTT-TAATG-AATAATCTGCATGTATGACATGTAAGTGGTTTTTTTTTAAGGAACACATGGTCTAGAAAAAT-ATATCTCCTTGT-TTCAATAAATATGC-AACGTAT-CGGCACTAA-TTCTCAATTTAGCTAAGATTGATCTTTCTGACTTTTTTTAATGGAAAATGTAAGTAGTCTTGCAATTTTTACTATATCATTATTATCAAATAGAAATTA--------ATTGAATT-TTAATTTCAG-CCATATTTGTAAATATATTTTCATTCAGACAGAGTAGTGTGTT-TATATATT-CACAG--CTG-GT-AATTTAAGCAAT-AAATCAT-ACAGAATTCAATATTTTAAAAATGCA-----AACTTTAACATACATTTTGGAAAATACTTTTTAAAA-TAT-GTTC-TAAATCAAAATAA-CATGTATGTTGAAAATAATTACCTAT--AACATTAGTCTT---TGTCTGTATGCTCCACGTAATGACAATATTTTATTAGTAAACTTTTG-----------TA-TTA-----TCATTGTTGGTTACC-CATGATATATCAGGTACAAC-----ATACGTCAGTATTCTTTTTTAACTGAGCAT-GACATTTGGGTACCCAAGTTCAGCTAATCTGAA-TG--GTCTGA----TATA-TGACTTAGGGAAAAGTGCTTACCACAGATCTTGCTATGCTT-GTC-------AATTCTTCCTTTGACAATAATGAGTCCATAT-TTTTT-ATGAGCATTGTCTTTTGGTAAA-CC--AAAACATGA-CAAATT--TTA-T--CTACATTGGAATAGGTAGAGCAATTTTAAACCACGCAGAACATAGATTATGCTACACTAAAGAACTGTT---TAG--------A-------------------AACAGAAT-GGGGATTATTGCATGGCCTCTAAAACCATTA------GTGCC-------AATTAACAAGATTTGTTC---GCTTTT-------G-------------AT-------------AA------TTTAG-ATA-A-----TTC--------AT---A-GAT--AGTCGCT-CTGCAGCTGGT-AT-CACATCTGACGGC--GCA--CCGAAGATTTTCAA
gi|10 : cattaagctgcacattttcagcaattgatatattctTATTATTAT-ATTAAATAGAAATTATGATCTGTATTAAATTATGAATTTCAGCCCATATTTGTAAATAT-TTTTCAGT--------GTAGTGTGTTGTATATATTCCACAGGCTTGAGCAAATTTAAGCAATAAAATCATAACCGAATTCAATATTTAAAAGAT
gi|11 : atGCTACTACTGCAGGTT-TAGT-CAAGTCT-----C--ACA--CCGAAGGTTTCTGA
gi|13 : atatTATTGCATGGACTCTAAAACCATTACCGGTAGTGCC-------AATTAACAATATTTGTTT---GTTTTTTATAAAAG-------------AT-------------AAAATTAATTTAGTATC-T-----TTCTTCGTTGAAT-----GATGCAGCCGCT-CTGCAGCTGGTAAT-CATATCTGAtcttggaggcttcagatatgcataataaggtcatgcagttgatcatctcggtgattcagcaatacatttaacacggttggaagtaggagaggaaaatatgcaa
gi|14 : CC-------AATTAACAAGATTTGTTT---GTTTTT-------G-------------ATCAAAGATAAAAATAA------TTTA--ATA-TCTTTCTTC--------GTTGAATGATACAGCCGTT-GTGCAGCTGGTAAT-CATATCTGACGTC--AC
gi|15 : TATAGAAGAGAGTGAATTTTGTTTT-CAATG-AATAATCTGAATGCATGCCATGTAAGT-GTTTTTTTTAAAGGAATACATGGTCTAGAATAAT-ATATCTCCCT
gi|16 : TGCATTTCGTTTT-CAATG-AATAATCTGCATTTATGACATGTTAGTGGGTTTT-TTTAAGGAACACATGGTCTATAATAAT-ATATCTCCCTGT-TTCAAT--AT
gi|18 : ACTAATGAATCCATATATATTTGATGAACATCGTCTTTTGG-ATA-AC---AAA-ATAA-CACATT--TTTAT--CTACA-TTGAGCAGGTA
gi|19 : ATTGTCTTTTGGTAAATCC--AAAC-ATGACCAGATT------T--CTACATTTGGAc
gi|2 : ttaaaagGCATACATTTTGGAA--T-TTTTTTTAAACTGTCATTCTTAAATCAAAATTA-CAC-T------GAAATA-CT-----T--A------GCCTT---T-TCT--ATGGTCCAC---ATGACGATGCTAT-TT------TTTTTT-----------TA-TTAGTTATTCAGTGTTGGTTATCTAATGTTACATTAGGCACTGC-----ATC--------TTCTTTT--AGTTGAGCACAGGCATTTTGGAACCTGAGTTCATCGAATCAGGATTGATGTCTTAAAAGTATATTAACTTGGAGAAAAGTGCTTACTATAAATCTTAGTACCATT-GTCAGAACAAAATCTTTCCTTTGACATAAATAAATCCATAT-TGTTTGGCGAGTATCGTCTTTTGATGAA-AC--AAAA-ATGA-CACATTTCTC--T--CTATATTTGAAGAGGTAGAGCAATTACAACCCACACAATACGCC-TTTCTGTTACATTAGATACCTGTTCTGTAGAAACACAAATGGGG-TTTCTAAGCTTATGATA-AATAATGT-TTAATCCATGAGCTATAACA-GATTA------GTGTCATTTGATAATAAATAAGATTAACTTAGCATCTTT-------G--------------T----------------------------TG-T-----TTG--------AA---A-GATACACCCACT-CTGCAGCT-TTAGT-CAAGCCTGACGTCAGACACCCCGAAGGATTCCGAat
gi|21 : CATGGACTCTAAAACCATTA------GTGCC-------AATTAACAAAATtctaggaggcctcaaatatgcatactgatgtcacgcgttttatcacctcggtgatatagcaataatttaaaacag
gi|3 : ATTTACA-------TTTCTATTATGCGTAA--TAACCTGCATCGATGATTA-TT-GGACAATAAAGAA-AAAGTGCATTTCGTTTTTCAATGAAATAATT--CATGTATGACATGTAAGTGG--TTTTTTTAAGGAACCAATGGTC-AGAATAATGATATCTCTCTGTGTTCA----ATATGCAAACGTATCCGGCACTAAGTTCTTATATTGGTTAAG-TT-ATCTTTTCGACTTTTTA-AATGGAAAATGAAAGTTGTCTTGCAA-TTTTACTATATCATTATTATTAAA
gi|4 : tttccttacaatgcagagaatatgtacaggaagtacagatccaacaagaacactaaaatactgttcaactttttttcggagagttccaaaattttctgcatctaaatagatatttcccaatattatgattaagacgagttagacgaaacatcattttcagtctgcaataattttcaaggcataaagtattatcggttctattatgcattttgcgccagcacctgctataagcgtccatgagttatagcgacgaatgtattgcatattacgtaatatttgaccaaaactGGGAAAAGTGCTTACCACAAATTCTACTATGTTTTGTCACAACAAAATTCATCCTTTGATAATAATGAATTCATAT-TTTTTGACGAGCATTGTCTTTTGG-AAA-ACTAAAAA-ATTA-CACATT--TT--TATCTACATTTGAAGAGGTAGAACAATTATATACCACACAGTAAACCATTTCTGCTACACTAAATTGCTGTT---TAG--------ATGGGGATTTCTAAGCTTATAATAAATC-ATGT-TTATTGCATGGACTCTAAAACCATTA------GTGCC-------AATTAACAAGATTTGTTT---GTTTTT-------GATAAAAGATAAAAAT-------------AA------TTTAGTATC-T-----TTCTTCCTGA-AT-----GATACAGCCGCT-CTGCAGCTGGTAATCCATATCTGACGTC--ACA--GTGAAGGTTTCCGA
gi|5 : GGGGGTTAACAATTTCCAATATTAGGTGTTCCTTAATATAGCATTTACA-------AT------ATGCTGAACATAATCTGCACTGCTCATAAATT-GGACAATAAAGAACAAAGTGTATTTCGTTTT-CAATA-AATAATCTGCATGCATGACAAGTA--T-GTTTTTCTCT-AGGAACACATGGTCTAGAA-A-----ATCTCCCCGT-TTCAAT---TATGAATATATATTCtcttagtggcctcagatatgcatattgaggtcacgggtcttatcagctcattgaaaccacaatagctttgaaacagatggaaagtgatgggaaaaatgtg
gi|7 : aatatgagaataaactaatactaaacatatacaagatctatatacatgcggtaaactttcattaatctccagtgtatacactagtctaatattttagagttttttctttctagtattaaaactctcatttaaaaagttacatatatttttcgagcaatttttcagtctattccggggtaggggtgTGCATGGATTCTAAAACCATTA------GTGCC-------AGTTAACAAGATTTGTTT---GTTTTT-------G-------------AT-------------AA--------TAT-ATAGT-----TT-----------------ATATAGCCACT-CTGCAGCTGG-GAT-CATATCTGACGTC--ACA--CCAAAGATTTCCGAatttaacaataaaaagtaaattttcccgagtctgact
gi|8 : AAAATACATTTATAACTATAGCATACATTTGGAAAAGT-TTTTTTT-AA-TCT-GTTCTTA----AAAATTA-T-T-T---TTG--AATAACTGTCATT--AACTTTTGCCTTAAAT-TCTGTATGTTCCAC---TTGACGATAATTT-TT------CTTTTT-----------TAGTTA----TTCAATTTAGGTTACC-AAAGTTACATCAGGT-CTTCCAACAATCCGTAGGTATTtcttagatgcttcagatatgcatattgaggtcacgtgtcttattcagttcatttataccagcagtaagctttgaaacagatggaaagagatgggaaattctgctgc
gi|9 : AATTAACAT-T---------ATAATTGTC--TGTAATTTTTACCTT---CGTCTGTATGGTCCAC---ATGGTGGCATTGG-TT------CTTTATAAAAAAAAAAATACTTA----TTCACTGTTGGTTACC-AATGTTACATTAAGCACTGC-----ATC
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GGGATAGAAACTCCCAATTTTCACAACTCGCAATTAATGTCTAGTACCCATAAAATGAACTTGCAATTTCCAAAAACTTCTCGCAATCTACGGCTAATGCATATGTAAATTCTTAATTTCAGTTGACACCATGTGTTGGCTTGTTTCCAATTAAATGCAACAATGACAGTAAGTACAGACAAAGAAATGATAAAAAGTTCTTGCAATTTTTTGCGAGTTTCCAAATTTTAAACCTCTTTAAAAATTGATATTCAACTAGTATTTTGGCGAGTTTTATACAGTGAATTTCAACCC
Unaligned ( gi|12 ): TAGCATCTGGACGGACACATCCGAAGCATTTCAGAATCTTAAAAGGCTATCAGATATGGAATATGAGGTCAATGGCGTCTTATTAAACCTTATTGATAAAGCGATAGCTTTGACAACAGATGGAACGAGATGGGACAACTGTGC
Unaligned ( gi|17 ): ACAGACAAATTTAACAAATGATAAAAAGAACTTGCAATTCTTTGCAAGTTTCCACATTTTTAACTTGCAAATTCGATATCTCAACTAGTA
Unaligned ( gi|20 ): CTTTGGTTCAGTGAGCTACAAAGGCTATTGATAATATCCT