lowQualScore : 111
lowQualScore : 22 3 2 1 11 333 1 1 1 2 1 22 2 000 11 11 22 11 33 1 1
lowQualScore : .. . . . .. ... . . . . . .. . ... .. .. .. .. .. . .
lowQualScore : 33 9 9 0 33 777 0 0 0 9 0 33 0 999 44 44 55 55 66 1 1
consensus : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TT-AAC--A-AN--A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
Reference ( gi|18 ) : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TT-AAC--A-AC--A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|15 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TT-AAC--A-AA--A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|19 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TT-AAC--A-AA--A--TT--GG--AACGT--TATT--C-T-TAATTT
gi|10 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGTG---TA-C-TA-TG-TT-AAC--A-AA--A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|24 : aAGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TT-A----A-AC--A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TATTTT
gi|14 : AGGAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TT-CG-TT-AAC--A-AA--A--TT--GG--AACTT--TATT--C-C-TAATTTg
gi|13 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGTA---TA-C-TA-CG-TT-AAC--A-GT--A--TT--GG--AGTAT--TATT--C-C-TAATTT
gi|16 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TC-C-TA-TG-GT-AAC--A-AT--A--TT--GG--AATGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|27 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TG--ACAGGCA---TA-C-TA-CG--T-AAC--A-AT--A--TT--TG--AATGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|20 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TG--ACAGGCA---TA-C-TA-CA-TT-ACC--A-AA--A--AT--GG--AACAT--TATT--C-C-TAATTT
gi|4 : AGAAAGT--AAAAACA-TA-TA--ACAGGCG---TA-C-TA-CG-TT-AACA-A-AA--A--AT--GG--AACGT--TATTC-C-C-TAATTT
gi|8 : AGAAAAT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGTA---TA-C-TA-CA-TG-AAC--G-AA--A--TT--GG--AACATTATATT--C-C-TAATTT
gi|12 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGC-----A-C-TC-CG-TT-AAC--A-AT--A--TTTGGA--AATGT--GATT--C-C-TAATTT
gi|9 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-T---ACAGGC----TA-CTTATCG-TT-AAC--A-AT--A--TT--GGGTAATGC--TATT--C-C-TAATTTg
gi|2 : AGAAAGTTAAAAA-TAATA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TT-AAC--C-ACAAA--TT---G--AACGT--TATC--C-T-TAATT
gi|41 : aAGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACGGGCA---TA-C-TA-CG-TT-AAC--A-AC--A--T
gi|22 : aAGAAA-----AAA-TA-TA-TG--GCAGGTA---TG-C-TA-TT-TT-AAC--A-AA--A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TGATTT
gi|21 : aaAGAAAGT--AAAA-TA-TA-TG--ACAGGTG---TA-T-TT-TA-TT-AAC--A-AA--A--TC--GG--AACGT--GATT--C-C-TATTTT
gi|1 : AGAAAGTT-AACA-TA-TA-TA--ACAGGCG---TA-C-TA-CATTT-AAC--A-AA--A--TT--GGA-AACGT--TTCTTGC-C-TAATTT
gi|40 : aAGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-T-TA-CG-TT-AAC--A------------------------ATT--C-C-TAATTT
gi|5 : aAGAAAGT--AAAAATA-TACTA--A-AGACA---CA-C-TA-CG-T--AAC--A-AA--AAATT--GT--AACAT--TATT--C-C-TAATTT
gi|42 : aAGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAAGCA---TA-C-TG-TG-TT-AAC--
gi|34 : aAGAAAGT--AAAA-TATTA-TA----AGGC----TA-C-TA-GT-TT-AAG--A-AC--A--TT--GG--AG-----TATT--C-C-TAATT
gi|38 : taAGAAAGT--AAAA-TA-TA-TATTACAGGTG---TA-C-TT-TA-TT-AAC--A-A
gi|26 : GAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGTA---TA-C-TA-CG-TT-AAC--A-AA--A--TA--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTTaaatcagaatg
gi|32 : GAAAGT--GAAA-TA-TA-TA--A--GGCA---TA-C-TA-CG-TT-AAC--A-AT--A--TT--GG--AATGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|11 : GAAAGT--AAAA-AAATA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CGGTT-AAC--A-AT--A--TT--GG--AATGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|25 : GAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--GCAGGCA---TA-C-TA-CG-TT-AAC--ATAT--A--TT---G--AATGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|17 : GAAAGT--AAAAATA-TA-TA--A-AGGCA---TC-C-TA-CG-TT-AAC--ATAT--A--TT--GG--AATGC--TATT--C-C-TAATTT
gi|39 : GAAAGT--AAAAATA-TA-TA--CCAGGCA---TA-C-TA-CG-TT-AAC--A-AC--A--TT--GG--AACG
gi|23 : AAAGT--AGAA-TA-TA-TA--ACAGGTA---TA-C-TA-CG-TT-AAC--A-AA--A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-AAATTTg
gi|7 : AAAGT--AAAA-TA-TG-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CGTTT-AAT--A-A---A--TT--GG--AACGT--TATT--C-CTTAATTTg
gi|29 : agaAAAGT--AAAA-AA-TA-TG--ACAGGTA---TA-C-TA-TG-TC-AAC--A-AA--A--TC--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|30 : tAAAGT--AAAA-AT-TA-TA---CAGGCA---TA-C-TA-CG-TT-AAC--A-AA--A--TT--GG--AACGT--T-TT--C-C-TAAATT
gi|31 : gaAAAGT--GAAA-TA-TA-TG--ACAGGAA---TA-C-TA-TG-TG-AAC--G-AA--A--TC--GG--AAGGC--TATT--C-C-TAATTT
gi|33 : AAGT--ACA--TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TT-AAC--A-AA--A--TT--GG--AACAT--TATT----C-TAATTT
gi|6 : gAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCATATTA-C-TA-CG-TTAAAC--A-----A--TT--GG--AACG---TATTC-C-C-TAATTT
gi|3 : gaggAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCAT--TACC-CA-CG-TT-AACGTA-AT--A--TT--GG--AATGT--TATT--CAC-TGATTTg
gi|36 : gttAGT--AAAA--A-TA-TA--GAAGGCAA--TA-T-TA-CG-T--AA---A-AC--A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|35 : GT--AAAA-TA-TA-TC--ACAGG-G---TA-C-TA-TG-TT-AAC--A-AA--A--TC--GG--AATGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|37 : GT--AAAA-TA-TA-TC--ACAGG-G---TA-C-TA-TG-TT-AAC--A-AA--A--TC--GG--AATG---TATT--C-C-TAATTT
gi|28 : T--AAGA-TA-TA-TA--ACAGGTA---CA-T-TA-CA-TT-AAC--A-AA--T--TT--GG--AACCT--TATT--C-C-TAATTT
Alignments
lowQualScore : 22 3 2 1 11 333 1 1 1 2 1 33 2 2 11 11 22 11 33 1 1
lowQualScore : .. . . . .. ... . . . . . .. . . .. .. .. .. .. . .
lowQualScore : 33 8 9 0 33 666 0 0 0 9 0 22 9 3 33 44 44 44 66 1 1
consensus : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AAA--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
Reference ( family-1885 ) : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-ANA--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|1 : AGAAAGTT-AACA-TA-TA-TA--ACAGGCG---TA-C-TA-CATTTAA-C--A-AAA--TT--GGA-AACGT--TTCTTGC-C-TAATTT
gi|10 : aAGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGTG---TA-C-TA-TG-TTAA-C--A-AAA--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|11 : aGAAAGT--AAAA-AAATA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CGGTTAA-C--A-ATA--TT--GG--AATGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|12 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGC-----A-C-TC-CG-TTAA-C--A-ATA--TTTGGA--AATGT--GATT--C-C-TAATTT
gi|13 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGTA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-GTA--TT--GG--AGTAT--TATT--C-C-TAATTTg
gi|14 : AGGAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TT-CG-TTAA-C--A-AAA--TT--GG--AACTT--TATT--C-C-TAATTT
gi|15 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AAA--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|16 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TC-C-TA-TG-GTAA-C--A-ATA--TT--GG--AATGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|17 : GAAAGT--AAAAATA-TA-TA--A-AGGCA---TC-C-TA-CG-TTAA-C--ATATA--TT--GG--AATGC--TATT--C-C-TAATTT
gi|18 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-ACA--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|19 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AAA--TT--GG--AACGT--TATT--C-T-TAATTT
gi|2 : AGAAAGTTAAAAA-TAATA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAACC--ACAAA--TT---G--AACGT--TATC--C-T-TAATT
gi|20 : aAGAAAGT--AAAA-TA-TA-TG--ACAGGCA---TA-C-TA-CA-TTAC-C--A-AAA--AT--GG--AACAT--TATT--C-C-TAATTT
gi|21 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TG--ACAGGTG---TA-T-TT-TA-TTAA-C--A-AAA--TC--GG--AACGT--GATT--C-C-TATTTT
gi|22 : AGAAA-----AAA-TA-TA-TG--GCAGGTA---TG-C-TA-TT-TTAA-C--A-AAA--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TGATTT
gi|23 : aaAAAGT--AGAA-TA-TA-TA--ACAGGTA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AAA--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-AAATTT
gi|24 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTA-----A-ACA--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TATTTTg
gi|25 : GAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--GCAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--ATATA--TT---G--AATGT--TATT--C-C-TAATTTg
gi|26 : GAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGTA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AAA--TA--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|27 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TG--ACAGGCA---TA-C-TA-CG--TAA-C--A-ATA--TT--TG--AATGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|28 : T--AAGA-TA-TA-TA--ACAGGTA---CA-T-TA-CA-TTAA-C--A-AAT--TT--GG--AACCT--TATT--C-C-TAATTT
gi|29 : aatatAAAGT--AAAA-AA-TA-TG--ACAGGTA---TA-C-TA-TG-TCAA-C--A-AAA--TC--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|3 : tAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCAT--TACC-CA-CG-TTAA-CGTA-ATA--TT--GG--AATGT--TATT--CAC-TGATTT
gi|30 : gttAAAGT--AAAA-AT-TA-TA---CAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AAA--TT--GG--AACGT--T-TT--C-C-TAAATT
gi|31 : gaAAAGT--GAAA-TA-TA-TG--ACAGGAA---TA-C-TA-TG-TGAA-C--G-AAA--TC--GG--AAGGC--TATT--C-C-TAATTT
gi|32 : GAAAGT--GAAA-TA-TA-TA--A--GGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-ATA--TT--GG--AATGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|33 : AAGT--ACA--TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AAA--TT--GG--AACAT--TATT----C-TAATTT
gi|34 : gAGAAAGT--AAAA-TATTA-TA----AGGC----TA-C-TA-GT-TTAA-G--A-ACA--TT--GG--AG-----TATT--C-C-TAATT
gi|35 : taGT--AAAA-TA-TA-TC--ACAGG-G---TA-C-TA-TG-TTAA-C--A-AAA--TC--GG--AATGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|36 : AGT--AAAA--A-TA-TA--GAAGGCAA--TA-T-TA-CG-T-AA----A-ACA--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|37 : GT--AAAA-TA-TA-TC--ACAGG-G---TA-C-TA-TG-TTAA-C--A-AAA--TC--GG--AATG---TATT--C-C-TAATTT
gi|38 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TATTACAGGTG---TA-C-TT-TA-TTAA-CA-A-AAA--TC--AG--AATG
gi|39 : GAAAGT--AAAAATA-TA-TA--CCAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-ACA--TT--GG--AACG
gi|4 : AGAAAGT--AAAAACA-TA-TA--ACAGGCG---TA-C-TA-CG-TTAA-CA-A-AAA--AT--GG--AACGT--TATTC-C-C-TAATTTg
gi|40 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-T-TA-CG-TTAA-C--A----------------------ATT--C-C-TAATTT
gi|41 : aAGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACGGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-ACA--T
gi|42 : aAGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAAGCA---TA-C-TG-TG-TTAA-C--
gi|5 : aAGAAAGT--AAAAATA-TACTA--A-AGACA---CA-C-TA-CG-T-AA-C--A-AAAAATT--GT--AACAT--TATT--C-C-TAATTT
gi|6 : aAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCATATTA-C-TA-CG-TTAA----A-CAA--TT--GG--AACG---TATTC-C-C-TAATTT
gi|7 : gaggAAAGT--AAAA-TA-TG-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CGTTTAA-T--A-A-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-CTTAATTTg
gi|8 : agaAGAAAAT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGTA---TA-C-TA-CA-TGAA-C--G-AAA--TT--GG--AACATTATATT--C-C-TAATTT
gi|9 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-T---ACAGGC----TA-CTTATCG-TTAA-C--A-ATA--TT--GGGTAATGC--TATT--C-C-TAATTT
Alignments
lowQualScore : 22 3 2 1 11 333 1 1 1 2 1 22 2 11 11 11 22 11 33 1 1
lowQualScore : .. . . . .. ... . . . . . .. . .. .. .. .. .. .. . .
lowQualScore : 33 8 9 0 33 666 0 0 0 9 0 33 9 88 33 44 44 44 66 1 1
consensus : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AA-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
Reference ( family-1885 ) : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AA-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|1 : AGAAAGTT-AACA-TA-TA-TA--ACAGGCG---TA-C-TA-CATTTAA-C--A-AA-A--TT--GGA-AACGT--TTCTTGC-C-TAATTT
gi|10 : aAGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGTG---TA-C-TA-TG-TTAA-C--A-AA-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|11 : aGAAAGT--AAAA-AAATA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CGGTTAA-C--A-AT-A--TT--GG--AATGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|12 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGC-----A-C-TC-CG-TTAA-C--A-AT-A--TTTGGA--AATGT--GATT--C-C-TAATTT
gi|13 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGTA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-GT-A--TT--GG--AGTAT--TATT--C-C-TAATTTg
gi|14 : AGGAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TT-CG-TTAA-C--A-AA-A--TT--GG--AACTT--TATT--C-C-TAATTT
gi|15 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AA-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|16 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TC-C-TA-TG-GTAA-C--A-AT-A--TT--GG--AATGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|17 : GAAAGT--AAAAATA-TA-TA--A-AGGCA---TC-C-TA-CG-TTAA-C--A-TATA--TT--GG--AATGC--TATT--C-C-TAATTT
gi|18 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AC-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|19 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AA-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-T-TAATTT
gi|2 : AGAAAGTTAAAAA-TAATA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAACC--ACAA-A--TT---G--AACGT--TATC--C-T-TAATT
gi|20 : aAGAAAGT--AAAA-TA-TA-TG--ACAGGCA---TA-C-TA-CA-TTAC-C--A-AA-A--AT--GG--AACAT--TATT--C-C-TAATTT
gi|21 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TG--ACAGGTG---TA-T-TT-TA-TTAA-C--A-AA-A--TC--GG--AACGT--GATT--C-C-TATTTT
gi|22 : AGAAA-----AAA-TA-TA-TG--GCAGGTA---TG-C-TA-TT-TTAA-C--A-AA-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TGATTT
gi|23 : aaAAAGT--AGAA-TA-TA-TA--ACAGGTA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AA-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-AAATTT
gi|24 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTA-----A-AC-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TATTTTg
gi|25 : GAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--GCAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--ATAT-A--TT---G--AATGT--TATT--C-C-TAATTTg
gi|26 : GAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGTA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AA-A--TA--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|27 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TG--ACAGGCA---TA-C-TA-CG--TAA-C--A-AT-A--TT--TG--AATGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|28 : T--AAGA-TA-TA-TA--ACAGGTA---CA-T-TA-CA-TTAA-C--A-AA-T--TT--GG--AACCT--TATT--C-C-TAATTT
gi|29 : aatatAAAGT--AAAA-AA-TA-TG--ACAGGTA---TA-C-TA-TG-TCAA-C--A-AA-A--TC--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|3 : tAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCAT--TACC-CA-CG-TTAA-CGTA-AT-A--TT--GG--AATGT--TATT--CAC-TGATTT
gi|30 : gttAAAGT--AAAA-AT-TA-TA---CAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AA-A--TT--GG--AACGT--T-TT--C-C-TAAATT
gi|31 : gaAAAGT--GAAA-TA-TA-TG--ACAGGAA---TA-C-TA-TG-TGAA-C--G-AA-A--TC--GG--AAGGC--TATT--C-C-TAATTT
gi|32 : GAAAGT--GAAA-TA-TA-TA--A--GGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AT-A--TT--GG--AATGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|33 : AAGT--ACA--TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AA-A--TT--GG--AACAT--TATT----C-TAATTT
gi|34 : gAGAAAGT--AAAA-TATTA-TA----AGGC----TA-C-TA-GT-TTAA-G--A-AC-A--TT--GG--AG-----TATT--C-C-TAATT
gi|35 : taGT--AAAA-TA-TA-TC--ACAGG-G---TA-C-TA-TG-TTAA-C--A-AA-A--TC--GG--AATGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|36 : AGT--AAAA--A-TA-TA--GAAGGCAA--TA-T-TA-CG-T-AA----A-AC-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|37 : GT--AAAA-TA-TA-TC--ACAGG-G---TA-C-TA-TG-TTAA-C--A-AA-A--TC--GG--AATG---TATT--C-C-TAATTT
gi|38 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TATTACAGGTG---TA-C-TT-TA-TTAA-C--AAAA-A--TC--AG--AATG
gi|39 : GAAAGT--AAAAATA-TA-TA--CCAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AC-A--TT--GG--AACG
gi|4 : AGAAAGT--AAAAACA-TA-TA--ACAGGCG---TA-C-TA-CG-TTAA-CA-A-AA-A--AT--GG--AACGT--TATTC-C-C-TAATTTg
gi|40 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-T-TA-CG-TTAA-C--A-----------------------ATT--C-C-TAATTT
gi|41 : aAGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACGGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AC-A--T
gi|42 : aAGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAAGCA---TA-C-TG-TG-TTAA-C--
gi|5 : aAGAAAGT--AAAAATA-TACTA--A-AGACA---CA-C-TA-CG-T-AA-C--A-AA-AAATT--GT--AACAT--TATT--C-C-TAATTT
gi|6 : aAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCATATTA-C-TA-CG-TTAA----A-CA-A--TT--GG--AACG---TATTC-C-C-TAATTT
gi|7 : gaggAAAGT--AAAA-TA-TG-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CGTTTAA-T----AA-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-CTTAATTTg
gi|8 : agaAGAAAAT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGTA---TA-C-TA-CA-TGAA-C--G-AA-A--TT--GG--AACATTATATT--C-C-TAATTT
gi|9 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-T---ACAGGC----TA-CTTATCG-TTAA-C--A-AT-A--TT--GGGTAATGC--TATT--C-C-TAATTT
Alignments
lowQualScore : 22 3 2 1 11 333 1 1 1 2 1 22 2 11 11 11 22 11 33 1 1
lowQualScore : .. . . . .. ... . . . . . .. . .. .. .. .. .. .. . .
lowQualScore : 33 8 9 0 33 666 0 0 0 9 0 33 9 88 33 44 44 44 66 1 1
consensus : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AA-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
Reference ( family-1885 ) : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AA-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|1 : AGAAAGTT-AACA-TA-TA-TA--ACAGGCG---TA-C-TA-CATTTAA-C--A-AA-A--TT--GGA-AACGT--TTCTTGC-C-TAATTT
gi|10 : aAGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGTG---TA-C-TA-TG-TTAA-C--A-AA-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|11 : aGAAAGT--AAAA-AAATA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CGGTTAA-C--A-AT-A--TT--GG--AATGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|12 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGC-----A-C-TC-CG-TTAA-C--A-AT-A--TTTGGA--AATGT--GATT--C-C-TAATTT
gi|13 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGTA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-GT-A--TT--GG--AGTAT--TATT--C-C-TAATTTg
gi|14 : AGGAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TT-CG-TTAA-C--A-AA-A--TT--GG--AACTT--TATT--C-C-TAATTT
gi|15 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AA-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|16 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TC-C-TA-TG-GTAA-C--A-AT-A--TT--GG--AATGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|17 : GAAAGT--AAAAATA-TA-TA--A-AGGCA---TC-C-TA-CG-TTAA-C--A-TATA--TT--GG--AATGC--TATT--C-C-TAATTT
gi|18 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AC-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|19 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AA-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-T-TAATTT
gi|2 : AGAAAGTTAAAAA-TAATA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAACC--ACAA-A--TT---G--AACGT--TATC--C-T-TAATT
gi|20 : aAGAAAGT--AAAA-TA-TA-TG--ACAGGCA---TA-C-TA-CA-TTAC-C--A-AA-A--AT--GG--AACAT--TATT--C-C-TAATTT
gi|21 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TG--ACAGGTG---TA-T-TT-TA-TTAA-C--A-AA-A--TC--GG--AACGT--GATT--C-C-TATTTT
gi|22 : AGAAA-----AAA-TA-TA-TG--GCAGGTA---TG-C-TA-TT-TTAA-C--A-AA-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TGATTT
gi|23 : aaAAAGT--AGAA-TA-TA-TA--ACAGGTA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AA-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-AAATTT
gi|24 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTA-----A-AC-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TATTTTg
gi|25 : GAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--GCAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--ATAT-A--TT---G--AATGT--TATT--C-C-TAATTTg
gi|26 : GAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGTA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AA-A--TA--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|27 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TG--ACAGGCA---TA-C-TA-CG--TAA-C--A-AT-A--TT--TG--AATGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|28 : T--AAGA-TA-TA-TA--ACAGGTA---CA-T-TA-CA-TTAA-C--A-AA-T--TT--GG--AACCT--TATT--C-C-TAATTT
gi|29 : aatatAAAGT--AAAA-AA-TA-TG--ACAGGTA---TA-C-TA-TG-TCAA-C--A-AA-A--TC--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|3 : tAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCAT--TACC-CA-CG-TTAA-CGTA-AT-A--TT--GG--AATGT--TATT--CAC-TGATTT
gi|30 : gttAAAGT--AAAA-AT-TA-TA---CAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AA-A--TT--GG--AACGT--T-TT--C-C-TAAATT
gi|31 : gaAAAGT--GAAA-TA-TA-TG--ACAGGAA---TA-C-TA-TG-TGAA-C--G-AA-A--TC--GG--AAGGC--TATT--C-C-TAATTT
gi|32 : GAAAGT--GAAA-TA-TA-TA--A--GGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AT-A--TT--GG--AATGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|33 : AAGT--ACA--TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AA-A--TT--GG--AACAT--TATT----C-TAATTT
gi|34 : gAGAAAGT--AAAA-TATTA-TA----AGGC----TA-C-TA-GT-TTAA-G--A-AC-A--TT--GG--AG-----TATT--C-C-TAATT
gi|35 : taGT--AAAA-TA-TA-TC--ACAGG-G---TA-C-TA-TG-TTAA-C--A-AA-A--TC--GG--AATGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|36 : AGT--AAAA--A-TA-TA--GAAGGCAA--TA-T-TA-CG-T-AA----A-AC-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|37 : GT--AAAA-TA-TA-TC--ACAGG-G---TA-C-TA-TG-TTAA-C--A-AA-A--TC--GG--AATG---TATT--C-C-TAATTT
gi|38 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TATTACAGGTG---TA-C-TT-TA-TTAA-C--AAAA-A--TC--AG--AATG
gi|39 : GAAAGT--AAAAATA-TA-TA--CCAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AC-A--TT--GG--AACG
gi|4 : AGAAAGT--AAAAACA-TA-TA--ACAGGCG---TA-C-TA-CG-TTAA-CA-A-AA-A--AT--GG--AACGT--TATTC-C-C-TAATTTg
gi|40 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-T-TA-CG-TTAA-C--A-----------------------ATT--C-C-TAATTT
gi|41 : aAGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACGGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AC-A--T
gi|42 : aAGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAAGCA---TA-C-TG-TG-TTAA-C--
gi|5 : aAGAAAGT--AAAAATA-TACTA--A-AGACA---CA-C-TA-CG-T-AA-C--A-AA-AAATT--GT--AACAT--TATT--C-C-TAATTT
gi|6 : aAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCATATTA-C-TA-CG-TTAA----A-CA-A--TT--GG--AACG---TATTC-C-C-TAATTT
gi|7 : gaggAAAGT--AAAA-TA-TG-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CGTTTAA-T----AA-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-CTTAATTTg
gi|8 : agaAGAAAAT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGTA---TA-C-TA-CA-TGAA-C--G-AA-A--TT--GG--AACATTATATT--C-C-TAATTT
gi|9 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-T---ACAGGC----TA-CTTATCG-TTAA-C--A-AT-A--TT--GGGTAATGC--TATT--C-C-TAATTT
blockSeqs : TA A A TT TAT G GT C AT AA TG GT TA C A T
blockSeqs : . A A . T T A T A . . . . C . .
blockSeqs : . A T . A . . A T . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : ** ** **
originalCons : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AA-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
finalCons : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AA-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
Alignments
lowQualScore : 22 3 2 1 11 333 1 1 1 2 1 22 2 11 11 11 22 11 33 1 1
lowQualScore : .. . . . .. ... . . . . . .. . .. .. .. .. .. .. . .
lowQualScore : 33 8 9 0 33 666 0 0 0 9 0 33 9 88 33 44 44 44 66 1 1
consensus : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AA-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
Reference ( family-1885 ) : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AA-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|1 : AGAAAGTT-AACA-TA-TA-TA--ACAGGCG---TA-C-TA-CATTTAA-C--A-AA-A--TT--GGA-AACGT--TTCTTGC-C-TAATTT
gi|10 : aAGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGTG---TA-C-TA-TG-TTAA-C--A-AA-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|11 : aGAAAGT--AAAA-AAATA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CGGTTAA-C--A-AT-A--TT--GG--AATGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|12 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGC-----A-C-TC-CG-TTAA-C--A-AT-A--TTTGGA--AATGT--GATT--C-C-TAATTT
gi|13 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGTA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-GT-A--TT--GG--AGTAT--TATT--C-C-TAATTTg
gi|14 : AGGAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TT-CG-TTAA-C--A-AA-A--TT--GG--AACTT--TATT--C-C-TAATTT
gi|15 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AA-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|16 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TC-C-TA-TG-GTAA-C--A-AT-A--TT--GG--AATGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|17 : GAAAGT--AAAAATA-TA-TA--A-AGGCA---TC-C-TA-CG-TTAA-C--A-TATA--TT--GG--AATGC--TATT--C-C-TAATTT
gi|18 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AC-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|19 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AA-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-T-TAATTT
gi|2 : AGAAAGTTAAAAA-TAATA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAACC--ACAA-A--TT---G--AACGT--TATC--C-T-TAATT
gi|20 : aAGAAAGT--AAAA-TA-TA-TG--ACAGGCA---TA-C-TA-CA-TTAC-C--A-AA-A--AT--GG--AACAT--TATT--C-C-TAATTT
gi|21 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TG--ACAGGTG---TA-T-TT-TA-TTAA-C--A-AA-A--TC--GG--AACGT--GATT--C-C-TATTTT
gi|22 : AGAAA-----AAA-TA-TA-TG--GCAGGTA---TG-C-TA-TT-TTAA-C--A-AA-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TGATTT
gi|23 : aaAAAGT--AGAA-TA-TA-TA--ACAGGTA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AA-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-AAATTT
gi|24 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTA-----A-AC-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TATTTTg
gi|25 : GAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--GCAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--ATAT-A--TT---G--AATGT--TATT--C-C-TAATTTg
gi|26 : GAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGTA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AA-A--TA--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|27 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TG--ACAGGCA---TA-C-TA-CG--TAA-C--A-AT-A--TT--TG--AATGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|28 : T--AAGA-TA-TA-TA--ACAGGTA---CA-T-TA-CA-TTAA-C--A-AA-T--TT--GG--AACCT--TATT--C-C-TAATTT
gi|29 : aatatAAAGT--AAAA-AA-TA-TG--ACAGGTA---TA-C-TA-TG-TCAA-C--A-AA-A--TC--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|3 : tAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCAT--TACC-CA-CG-TTAA-CGTA-AT-A--TT--GG--AATGT--TATT--CAC-TGATTT
gi|30 : gttAAAGT--AAAA-AT-TA-TA---CAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AA-A--TT--GG--AACGT--T-TT--C-C-TAAATT
gi|31 : gaAAAGT--GAAA-TA-TA-TG--ACAGGAA---TA-C-TA-TG-TGAA-C--G-AA-A--TC--GG--AAGGC--TATT--C-C-TAATTT
gi|32 : GAAAGT--GAAA-TA-TA-TA--A--GGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AT-A--TT--GG--AATGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|33 : AAGT--ACA--TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AA-A--TT--GG--AACAT--TATT----C-TAATTT
gi|34 : gAGAAAGT--AAAA-TATTA-TA----AGGC----TA-C-TA-GT-TTAA-G--A-AC-A--TT--GG--AG-----TATT--C-C-TAATT
gi|35 : taGT--AAAA-TA-TA-TC--ACAGG-G---TA-C-TA-TG-TTAA-C--A-AA-A--TC--GG--AATGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|36 : AGT--AAAA--A-TA-TA--GAAGGCAA--TA-T-TA-CG-T-AA----A-AC-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-C-TAATTT
gi|37 : GT--AAAA-TA-TA-TC--ACAGG-G---TA-C-TA-TG-TTAA-C--A-AA-A--TC--GG--AATG---TATT--C-C-TAATTT
gi|38 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TATTACAGGTG---TA-C-TT-TA-TTAA-C--AAAA-A--TC--AG--AATG
gi|39 : GAAAGT--AAAAATA-TA-TA--CCAGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AC-A--TT--GG--AACG
gi|4 : AGAAAGT--AAAAACA-TA-TA--ACAGGCG---TA-C-TA-CG-TTAA-CA-A-AA-A--AT--GG--AACGT--TATTC-C-C-TAATTTg
gi|40 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCA---TA-T-TA-CG-TTAA-C--A-----------------------ATT--C-C-TAATTT
gi|41 : aAGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACGGGCA---TA-C-TA-CG-TTAA-C--A-AC-A--T
gi|42 : aAGAAAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAAGCA---TA-C-TG-TG-TTAA-C--
gi|5 : aAGAAAGT--AAAAATA-TACTA--A-AGACA---CA-C-TA-CG-T-AA-C--A-AA-AAATT--GT--AACAT--TATT--C-C-TAATTT
gi|6 : aAGT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGCATATTA-C-TA-CG-TTAA----A-CA-A--TT--GG--AACG---TATTC-C-C-TAATTT
gi|7 : gaggAAAGT--AAAA-TA-TG-TA--ACAGGCA---TA-C-TA-CGTTTAA-T----AA-A--TT--GG--AACGT--TATT--C-CTTAATTTg
gi|8 : agaAGAAAAT--AAAA-TA-TA-TA--ACAGGTA---TA-C-TA-CA-TGAA-C--G-AA-A--TT--GG--AACATTATATT--C-C-TAATTT
gi|9 : AGAAAGT--AAAA-TA-TA-T---ACAGGC----TA-CTTATCG-TTAA-C--A-AT-A--TT--GGGTAATGC--TATT--C-C-TAATTT