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lowQualScore : .. . . . ............................ ... . .. .... . . . . .... . . ........ ................................................. ...... . ... . .. .. ... . ..... . .. . . . .. .............................. .. . ........ ... .. . . .............. . ..... .... .. . .......................... . ... ..... .... ...... .... . .......... .... .. . . .. .......... .. ..... . .................... ... . ...... .................... .. . .... . ..
lowQualScore : 00 7 7 5 5555555555555555555555555555 000 4 99 1111 7 7 7 7 6666 7 7 44444444 6666666666666666666666666666666666666666666666666 444444 0 888 0 99 99 888 4 55555 0 99 1 6 0 99 666666666666666666666666666666 11 3 11111111 999 11 1 9 22222222222222 9 33333 0000 66 9 99999999999999999999999999 6 888 33333 1111 111111 3333 5 7777777777 0000 00 4 4 00 1111111111 88 77777 7 66666666666666666666 333 9 333333 00000000000000000000 99 7 3333 7 55
consensus : CTTCGACTGTTTG--AACTC-TTTGAAAAAGCGA---------T--------GT--------ATCCGAACGA---TTT-A--AA----CTCTTT-CAAAAAT-AA-CAG-CGGTGAAAATATTCAAAATGTTTTT-AATTGT-AT--------GACAT------------GT-----A----------ATTA---------------TTGGA------GATG-GAA---T-TTACA--GGGCTT--G---C-A-----AC-TA--TCGTAT-T--GG------------------------A-----AGACGCG-------GAGATAAA--TT--AAGTGGCGGCC--------------G-CCAG----T----T--A-A----A------TTA----A----CG-TG-GCGG---CC-G-CC----A--C---AT----T-TATG-----AAG-T----GG--CGGCC-G--CCAC---------TT--AC----TT-TATA-N--A-GC-------G----GC---C-GCCA-G-A--TA----T------T----AAGTGGCGG--CCGCCGCAT----AANTAT--TAATTCTATACCCTGGCACCTACCGGCTTCCGTAA
Reference ( gi|8 ) : CTTCGACTGTTTG--AACTC-TTTGAAAAAACGA---------T--------GT--------ATCCGAACGA---TTT-A--AA----CTCTTT-CAAAAAT-AA-TAG-CGGTGAAAATATTCAAAATGTTTTT-AATTGT-AT--------GACAT------------GT-----A----------ATTA---------------TTGGA------GATG-GAA---T-TTACA--GGGCTT--G---C-A-----AC-TA--TCGTAT-T--GG------------------------A-----AGACGCG-------GAGATAAA--TT--AAGTGGCAGTC--------------G-CCAG----T----T--A-A----A------TTA----A----CA-TG-GCGG---CT-G-TC----A--C---AT----T-TATG-----AAG-T----GG--CAGCC-G--CCAC---------TT--AC----TT-TATA-A--A-GT-------G----GC---C-GCCA-G-A--TA----T------T----AAGAGGCGG--CCGCCGCAT----AACTAT--TAATTCTATACCCTGGCACCTACCGGTTTCCGTAA
gi|7 : CTTCGACTGTTTG--AACTC-TTTGAAAAAACGA---------T--------GT--------ATCCGAACGA---TTTTA--AA----CTCTTT-CAAAAATAAA-TAG-CGGTGAAAATATTCAAAATGTTTTT-AATTGT-AT--------GACA-------------GT-----A----------ATTA---------------TTGGA------GATG-GAA---T-TTACA--GGGCTT--G---C-A-----AC-TA--TCGTAT-T--GG------------------------A-----AGACGCG-------GAGATAAA---T--AAGTGGCAGTC--------------G-CCAG----T----T--A-A----A------TTA----A----CA-TG-GCGG---CTGG-TC----A--C---AT----T-TATG-----AAG-T----GG--CAGCC-G--CCAC---------TT--AC----TT-TATA-A--A-GT-------G----GC---C-GCCA-G-A--TA----T------T----AAGAGGCGG--CCGCCGCAT----AACTAT--TAATTCTATACCCTGGCACCTACCGGTTTCCGTAA
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gi|1 : ggatgtatgtatgttaaaaataggagagagcagttatagttgtacgttgccttctcatcgccaacagtaaaacattatttagttcaaataaagattggaaattaaaaatttttctgttatttgtttatcatgtatatcgatatggtatgttactacaaataagctgaaacgaacttttagagaaatacaccccaaaaatcctaaatcgagacagcgtccaagtcacagactccaaagtcggtggtactacgttagaactgtctaataatgctcgaacgttcgatgtaaatttcagcgttaaatttgtttgcatgaatataagtttactttccacatttaaaacatgttaatatatttgagcggaaccgcctaaaacacccacccaccccccccctccaccgcgccctactcttttttggtaattttaatgaatacagccgttgactgaagatacaaacggcacatcatacacaccaccaccctcccccccccttcaaattattagcagaaattaaggaaaggataacggaaactttctctgtttgttgtgcaattttagaagacgggttctCTTCGACTGTCTATAAACTC-TTTG-AAAAGCGATTTGCCTTCT--------GT--------CTCCGAGTGA---TTT-ATTAAACTTCTTTTT-TAAAGA--AA-CAGCCGTTGAAAA----CTAAATGTTAAT--ATTGT-ATTAACAATGGATATACAA--------AT-----A----------ATCATC-------------TTGGATTATTGGATA-AGAGTTT-TTACA--GGA-TT--GCAAC-A-----AC-TA--TCATTT-T--GGGACAGAGAGGAAAGAGAAAAGAGAA-----AGACGAA-------GAGA-GAC--TT--AACTGG-GGCC--------------G-CCAC----T----T--A-A----T------TTT----A----TA-TG-GCGG---CC-G-CC----A------GT----T-AATC-----AAG-T----GG--C-GAC-GAACCAG---------TTTGAC----AA-TATC-T--G-GC-------G----GC---C-GC-----A--TA----TTTAAAGT----AAGTGACGGTCCCACCATATGCCAAACTAT--aatataagtg
gi|9 : gaggttgttgttgttaaaatagggaaggcaaataattaatgttgcgttgcctttctcatgcaacagtttaaaacactattgtgaatgaagatttggaaattaaatgttttattttgttatcaagtatcgattatggtatgtatacaaataccatgctgaaaacgaacctttaatacacgaccccataaaatctaatccacagcgtccagagtcacaagctcgaagtcgcaatgtactacgttagaaagtctaatatgccaaagttcatgacaaggcatttgaccactttccgtcattgcttactaatgaactattaagtttatatttcacatttaaaaatactgaatattaacggactccccccctcccgctcctctaccccccggacacctactcttttggcggaatttaatgaataacagcgccgtgaatgaacagcggtaattgaagataaacggatcaccccgcccccttcaattagaaatatgaaggataggggaaaacggaaactttgtttgttggaattttgtaaggacgggtctTTCGACTGTTTG--AACTC-TTTGAAAAA-CGA---------T--------GT--------ATCCGAACGA---TTT-A--AA----CTCTTT-CAAAAAT-AAATAG-CGGTGAAAATATTCAAAATGTTTTT-AATTGT-AT--------GACAT------------GT-----A----------ATTA---------------TTGGA------GATG-GAA---T-TTACA--GGGCTT--G---C-A-----AC-TA--TCGTAT-T--GG------------------------A-----AG-CGCG-------GAGATAAA--TT--AAGTGGCAGTC--------------G-CCAG----T----T--A-A----A------TTA----A----CA-TG-GCGG---CT-GGTC----A--C---AT----T-TATG-----AAG-T----GG--CAGCC-G--CCAC---------TT--AC----TT-TATA-A--A-GT-------G----GC---C-GCCA-G-A--TA----T------T----AAGAGGCGG--CCGCCGCAT----AACTAT--TAATTCTATACCCTGGCACCTACCGGTTTCCGTA
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12 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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consensus : CTTCGACTGTTTG--AACTC-TTTGAAAAAGCGAT---------GT--------ATCCGAACGA---TTT-A---AACTC---TTT-CAAAAAT-AATAGCGGT-GAAAATATTCAAAATGTTTTT-AATTG-T-AT--------GACAT------------G----T-----A----------ATTA---------------T--TGGA------GATG-GAA---T-TTACA--GGGCTT--GC-A-----AC---TA--TCGTATT--GG------------------------A-----AGACGCG-------GAGATAAATTAAGTGGCAGTCGCCA--------------G-TT--AA----A------TTA----ACATGGCGGCC-G-CCACAT-TN-ATN--AAGTGGCGGCCG--CCAC--------TT--ACTT----TATANAGC-GGCCGC--CAGA--TA----T------TAAGTGGCGG--CCGCCGCAT----AA--NTATTAATTCTATACCCTGGCACCTACCGGTTTCCGTAA
Reference ( family-1881 ) : CTTCGACTGTTTG--AACTC-TTTGAAAAAGCGAT---------GT--------ATCCGAACGA---TTT-A---AACTC---TTT-CAAAAAT-AATAGCGGT-GAAAATATTCAAAATGTTTTT-AATTG-T-AT--------GACAT------------G----T-----A----------ATTA---------------T--TGGA------GATG-GAA---T-TTACA--GGGCTT--GC-A-----AC---TA--TCGTATT--GG------------------------A-----AGACGCG-------GAGATAAATTAAGTGGCAGTCGCCA--------------G-TT--AA----A------TTA----ACATGGCGGCC-G-CCACAT-TN-ATN--AAGTGGCGGCCG--CCAC--------TT--ACTT----TATANAGC-GGCCGC--CAGA--TA----T------TAAGTGGCGG--CCGCCGCAT----AA--NTATTAATTCTATACCCTGGCACCTACCGGTTTCCGTAA
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blockSeqs : . . AA GT . . . . . . . TA . . . . GTATATGATACTTATTA . . . . . . . . . . . A . A C . G A C . . . A ACA . . TT T . . . T . T C . . T . . A
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blockSeqs : . . G GT . . . . . . . TA . . . . GTAATTA . . . . . . . . . . . A . A C . T T G . . . T ACA . . TG C . . . T . A T . . T . . A
blockSeqs : . A GT . . . . . . . C . . . . GTAATTA . . . . . . . . . . . A . A . . T T G . . . A CA . . TA A . . . T . T T . . T . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . GTATTA . . . . . . . . . . . . . A T T G . . . A TC . . TT A . . . T . A T . . T . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A AC . . TT G . . . . . A T . . T . . C
blockSeqs : . A AC . . TT G . . . . . A . . . T . . C
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blockSeqs : AG . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ** AA GT***************** *** *** TA ******** ** ****** *** *** A***************************** AN***** ** ** T********** ** ****
originalCons : CTTCGACTGTTTG--AACTC-TTTGAAAAAGCGAT---------GT--------ATCCGAACGA---TTT-A---AACTC---TTT-CAAAAAT-AATAGCGGT-GAAAATATTCAAAATGTTTTT-AATTG-T-AT--------GACAT------------G----T-----A----------ATTA---------------T--TGGA------GATG-GAA---T-TTACA--GGGCTT--GC-A-----AC---TA--TCGTATT--GG------------------------A-----AGACGCG-------GAGATAAATTAAGTGGCAGTCGCCA--------------G-TT--AA----A------TTA----ACATGGCGGCC-G-CCACAT-TN-ATN--AAGTGGCGGCCG--CCAC--------TT--ACTT----TATANAGC-GGCCGC--CAGA--TA----T------TAAGTGGCGG--CCGCCGCAT----AA--NTATTAATTCTATACCCTGGCACCTACCGGTTTCCGTAA
finalCons : CTTCGACTGTTTG--AACTC-TTTGAAAAAACGATGT-----------------ATCCGAACGA---TTT-A---AACTC---TTT-CAAAAAT-AATAGCGGT-GAAAATATTCAAAATGTTTTT-AATTG-T-AT--------GACAT------------G----T-----A----------ATTA---------------T--TGGA------GATG-GAA---T-TTACA--GGGCTT--GC-A-----AC---TA--TCGTATT--GGA-----------------------------AGACGCG-------GAGATAAATTAAGTGGCAGTCGCCA--------------G-TT--AA----A------TTAAN-----TGGCGGCC-G-CCACAT-TN-ATN--AAGTGGCGGCCG--CCAC--------TT--ACTT----TATANAGC-GGCCGC--CAGA--TAT----------TAAGTGGCGG--CCGCCGCAT----AA--NTATTAATTCTATACCCTGGCACCTACCGGTTTCCGTAA
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lowQualScore : .. . .. ................... ... . ... ... . . . .. . . ........ .................................. ............... .. ...... . ... . .. .. . ..... ... .. .. .. .............................. ......... . . . . . . . . .............. ... ...... . ............... . . . .... ... .. ........ .. . .... . .. .. .. ........... . .. .... ...
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Reference ( family-1881 ) : CTTCGACTGTTTG--AACTC-TTTGAAAAAACGAT---------GT--------ATCCGAACGA---TTT-A---AACTC---TTT-CAAAAATAA-TAGCGGT-GAAAATATTCAAAATGTTTTT-AATTGT-AT--------GACAT------------G----T-----A----------ATTA---------------T--TGGA------GATG-GAA---T-TTACA--GGGCTT--G-CA-----AC---TA--TCGTA-TT--GG------------------------A-----AGACGCG-------GAGATA-AATTA-AGTGGCAGTCGCC-A--------------GTT---AAA------T-T----------AA-N-TGGCGGCC-G-CCACAT-TN-ATN--AAGTGGCGGCCG--CCAC--------TT--ACTT----TATANAGC-GGCCGC--CAGA--TA----T------TAAGTGGCGG--CCGCCGCAT----AA--NTATTAATTCTATACCCTGGCACCTACCGGTTTCCGTAA
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12 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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