lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 2222222 11 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1
lowQualScore : 5 6666666 88 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 0 6 7
lowQualScore : . ....... .. ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ . . . .
lowQualScore : 0 3333333 33 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 7 0 0
consensus : NNNNNNNNNCCTTCAATTCGCC---ATT-CATTCAA--GGCTGC--TTTCA-----AAG-------TACAATTCATA----TTAT---TA--T--CACCAAA-A-G-AGT--AG-G----GGGGAGGGGGCCAATCCGCCGAT--A----TA--T-N--AT-TTTGCA-------TGTGAAA-ATAACTT-----A--A--T-T--CATGCAANAATTAACGGAA-A---ATGAACGTTGT-------CGAAA-AGGTGGA--GGGA-------CA--GCT-C-CCTGGA---TC-AA-AT-GCCTNGTACA-TGTT-------GGT-----TAT-TAAGT------ACA----------CA-T-A-ATTTTCTT-C-GTGCGCGAATCTA----TC--GACATT---CG-AT-TCAT---CATCATGGATATTCATATAACTTCATA
Reference ( gi|4 ) : GTTAGTCGGCCTTAAATTCACC---ATT-CATTCAA--GGCTGC--TTTTA-----AAAATA---GTACAATTCATAAT--TTAT---TA--T--CACCAAA-A-G-AGT--AG-GATGAGGGGAGGGAGCAAATCCACCAAT--A----TA--T-A--AT-TTTACA-------TATGAAA-ATCACTT-----A--A--T-T--CAAGCAACAATTAACGGAGTATTCATGAACGTTGT--GA--TCGAAA-AGGTGAA--GGGA-------CA--GTT-C-CCTGGA---TC-AA-AT-GCCTTGTACA-TGTT-------GGC-----TAT-TAAGT------ACA----------C----------TCTT---GTGCGGGAATCTA----TC--GACATT---CG-ATATCATCATCATCATGAACATTTATAAAATTTCATATATTAACTACGGTA
gi|7 : CCTTCAATTCACA---AATACATTCAA--GGTTGCATTCTTA-----AAG------------TTCAT------TAT---TA--T--CCCCAAA-A-ATGGT--AGAGAAG-GGGGGGGGGGC-ATTCCACGAAT--A----TATTT-T--AT-TTAACA-------TGTGAAA-ATGACAT-----A--A--T------AACCACAA-TAACAGAA-A---ATGAACGTTGC--CA---AAAAA-AAGTGGA--GGGA-------TA--TCT-C-TGTGGA---TC-AGCAT-GTCGTGT--A-TGTT-------GGTA----TAT-GAAGT------ACACATTAATATTC----------TCTTACAGTGCGTGAATCTA----TC--GA--------------------CATCATGGACAGTCATATAATTT
gi|20 : ccgtttgtCTTCAATACACCTATATT-TATTCAA--GGCAAA--TTTCA---------------TACAGGTCAT------TAT---TA--T--CACCAAA-A-G-TGTTGAG-GATTGGGGtggtaat
gi|10 : ttctgtttgtaATTCGTC---CTT-CATTTAATCAGCT-C--ATTCATACATAAAATACATGT-TAATAAACAATCATTAC---TA--TACCACCAAA-A-G-AGT--GG-GGT----GGAGG--ACCAATTCACCGGT--A----TA--T-CTTAT-TTTGCG-------TGTGAAA-
gi|2 : ggctccTACAATTCAT------TAT---CA--T--CACCAAA-A-G-AAT----------GGGGAGGGCGACAATCCACCAATAAA----TT--T-T--AT-TTTACT-------TGTGAAA-TAAACCT-----A--A--TATG-CATGCAAAAA-TAACAGAA-A---AGGAAAGTTGTTAAA--T---AA-AAATAAAATGGAA-------CAACATG-C-CTTGTACGTTC-AA-----CTTGGTATA-TTTT-------AAT-----TATATAAG--------GA----------T----------TCTC---GTTCGCTAATTTG----TC--AACATT---------TCAT----ATCATGGATATTCATAttaaaatagttgtcaaaaagtggaagaatgagga
gi|11 : ttttcactccatcattatttttcactttgaaagagtttagaatcatacgcaggcaggtacattgtttttcaaagtgttgtatccttcattttcctaatgggaagggaggggatccgttcgtccttcagttcaccagttaattctCAATTCATA----TTATAACTA--T--CATCAAAGA-A-AGT--AC-A-------GAGGGGGTCAATCCGCTGAT--ACCGATA--C-A--GT-GT---A-------TGTGAAA-------------------T-T----------AACTAACAGAA-A---ATGAATGTTGT-------CAAAA-AG-TGGA--AGGA-------CA--GC--C-CCTGGA---TC-AA-ATTACCTTGTAC---GTT-------GG------TAT-tatctttgtaa
gi|13 : AT--TCAT---TAAAT--CACCAAA-AAG-AGT--A-----------AGG-----------CCAAT--A----TA--T-C--ATATCTAAAA------TATGAAA-ATAACAG-----A--A--T-TTTCATTCAACATTTCACGGAATGT----GAACATTGT-------C-AAA-AGGTGGA--GGGA-------AA--ACT-C-CCTGGA---Tatgatatcttg
gi|18 : ttcacggctgat--TTAT---TA--T--CAC---G-A-G-AG----G-G--GAAGGCAGG--GC-AGTCCGCCAAT--G----TA--TCAT-AT-TTTACATACTTAGTATGAAA-ATAAC
gi|8 : ttcaAGGGGGCCAATTCGCTAAT--A----TG--T-CTTAT-TTTGCA-------GGTGATATACC-CTA-----A--A--T-TG-CATGCAAAAAT-AACGGAA-A---ATAAACATTGT-------CGAAA-AAATGGA--TGCT-------CA--GCC-C-CCTGAA---TC-AA----GTCTTGTACG-T-TT-------GTA-----TAT-TACATGTAACAACA----------CATTGAGATTTTCTT---CTGCGCGAATCTT----TTAGGATATTAGACA-ATATTAT-ATCgaaaagtgaaaattgtcag
gi|21 : gaaA--T-A--CC-TTTGCA-------TATGAAA-ATAACTT-----ACTG--T-G--CATGTAA-AA-TAACGAAA-A---ATGAACGTTTT--AAATTTGA-----GTGAA--GGGctaacg
gi|3 : tca-A--AT-TTTGCT-------TGTGAAA-ATTACTT-----A--ATTT-T--CATGTAAAAA-TAACGG-GAA---ATGAACGTCCT--CA--T--AAA-AAGTTAA--GG-------------GTT-C-TACG------------T-GCCTGGTACA-T
gi|17 : gttaagtttaaaaaatgtacttcgtaccatttctattaaaaagagttcagaatcgtacgctgatacgttacatcgtttttcaaagtgtagggacatcgctgacgagcaaaaagttttctcttttgcctaagtttcatatttgcgattaaattggagggaagggagttcattttcgcacttcaattcatctacttaacattcattactaccatgaaggaatggcacc--AT-TTTGAA-------TGTGAAA-ATAACTTTTAATAT-A--T-T--CATACAACAATTAACGGAATG---A-GAACGTTGT-------C-AAA-AGGTG-----GGA-------CA--ATC-C-CCTGC----TC-AA-AT-GTCTCGTACA-TGTtgacc
gi|14 : atTAACGG----TTAATCAACGTTGT-------CAAGGCATGTGAA--GGGAAGAGGGGCA--GTTTC-CCTGGT---TC-AACGT-GCCTGATACA-T--T-------GGTATAAATAT-TTAGT------GCA----------CAATAATATTTTCTC---GTGCGTAAATCTATCTGTC--GACATT---
gi|12 : aaATGAACTTTGT-------CAAAA-GAGTGGA--GGGA-------CA--G---CGCCTGGT---TCTAC-AT-GCCTGGTGCATTGTTAAAGTACAG-------AT-TAAA-------ACA----------T----------TTTTTC-ATCCGCTAATCTA----TC----TGTC---CGCATTTCAT----ATCATGAATATCCATATAACTTCATA
gi|16 : aataacagaaaTAAACGTTGT-------C-AAA-AGGTGGA--GGGA-------CA--ATT-C-CCTGGA---TC-AA-AT-GCCTTGTA-A-TGT
8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): ACGTCTAGAATGGTAGGGTGCCCAGACATATAGAATTAATATTTATGTGGCGTGCCGCCATTCATTATAAACTGGGGGCGGCCGCCGACTATATTATCTGGGGCTGCCAGTTAAAGCTAATTTGGGTGGCCTGCCAGATAAATTTTAAGTGGCAGCCGCTCTTAATGTAGAGTGTGTGGTTGCCGGGAGATTAGAATGTATGCGGCAACGCCGATAATAAAACTAAAAGGCTGGGGCGGCGGGTCCGCAGTGTCTTATTTCTTCTTCTTCTCTCACCAAAACTGATATTCTTGTGCAAGCCCTGTAAACTATATCTCTAATAATAAGTATGATTATTATATATACAGGTTATACAATTTAAAACATTTTAATTTTCACCGGTTATTTTTGAAACAAGAGGCCCATGGGCCACA
Unaligned ( gi|5 ): AACTGGCGGCCGCCCGATTAATTTAACTGGCGATCACGACTTATTATATGGCGGCCGGCAGATAATTTATTTGGCGGCAGCCATATGAATTAATTGGCGAACGCCTCTTAATTTAGTCACTTTATTTATATGGTGGCCGTCAGTTATTCTCTCTCTCAAAAAACGAAAGTTGCGTAAGCCTTGTAAACTCCATCTCCATTAATAAGTATTATATACATGTTATACAGTTAAAAGGTTTTACTTTTCACTGCTACAATTTTGAAACAGTTTAGAATAGCACGCAGACAGGAGACATCGTTTTTCAAAGTGTTGAGACAGTCGA
Unaligned ( gi|6 ): CTCGGCTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTGGCGGCCGTCACTTAATATCTGGCGGCCACTTTATAAAGTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCGGCGGCCGCCTCTTAATATCTGGCGGCCACTTTATAAAGTAAGTGGCGGCTGCCACTTCATAAATGTGACAGCCGCCATGTAATTTAACTGGCGACTGCCACTTAATTTATCTCGCGTCTTCCAATACGATAGTTGCAAGCCCTGTAAATTCCATCTC
Unaligned ( gi|9 ): GGTAGCTTCTTTGATTAATATAGGTGGCGACTGCCTCTATATATCCTGCAGCCACCATTAATTATCTGGCAGCCAGTTAATCTCTTTTTTATCTCTTTCCCAAAATGAAAGGGGTGCAAGCCCTGTAACCCCCATCTCCAATATTAAATTAGCAATATGCATGTGTTATGCATTGTTGATTGTGCTGTTAATTTACAAAGTTATGTTCAT
Unaligned ( gi|15 ): GGAACGGGGGATAATTGCAGCTAATACATCTTACTTTCTATACTAACATTGTACGCAAAAAGAACTGGAAAAGTACGTTGTCACAAAATACGTTGCAGGCCCCTTCTTCAACCCTTGT
Unaligned ( gi|19 ): CTCTCTCTCTCAATCAATCAATCAATCAAAGTGATAGATGTAAAGGCCCTGTAAACTCCATCTCCAATAATAATTTAGTATTATATACATA
Unaligned ( gi|22 ): TTAGTTTTTGAAACAAGAGTCCCATGGGCCACA
Unaligned ( gi|23 ): TTTAGCGACCTCGTATCGTCTCCCCTTGCGA
Alignments
lowQualScore : 11111 6666666666666666666666666666 333333333 111111 11111111 1111 11111 33333333333333333 111 33333333333333333 111 111 33333 6666666666666666666666 1111 1111 5555555555555555
lowQualScore : 2 77777 8 0 4444444444444444444444444444 0 6 444444444 5 888 66 66 5 999999 33333333 5 1 66 99 1 2 66 0000 66 88888 3 3 4 0 11111111111111111 2 2 333 66666 11111111111111111 555 44 333 6666 4 666 1 777 0 3 0 22222 5 7777777777777777777777 1 2222 1 7777 3 3 7777777777777777
lowQualScore : . ..... . . ............................ . . ......... . ... .. .. . ...... ........ . . .. .. . . .. .... .. ..... . . . . ................. . . ... ..... ................. ... .. ... .... . ... . ... . . . ..... . ...................... . .... . .... . . ................
lowQualScore : 8 88888 0 8 0000000000000000000000000000 8 7 444444444 0 888 99 99 0 444444 66666666 6 4 11 00 1 0 99 6666 99 99999 6 6 7 8 55555555555555555 0 3 555 55555 11111111111111111 888 66 555 5555 0 777 0 000 8 9 2 55555 0 7777777777777777777777 7 7777 0 0000 2 2 1111111111111111
consensus : NNNNNNNNNCCTTCAATTCACC---A-TT-CATTCAA--GGCTGCNTTC--A------AA----GTACA-ATTCATA--------TT-AT---TA--T--CACCAAA-A------GAGTAGG----GGGGAGG--GGGCCAATCCGCCAAT--A----TA--T--T--AT-TTTGCA-TGTGAAAATAACTT-----A--A--T-T--CATGCAAAAATTAACGGAA-A---ATGAACGTTGT---C--A-A--------AA---AAGTGGA--GGGACAGC-T-CCCTGGA---TC-AA-A-TGCCTNGTA---CATGTTGGTA----TAT-TAAGT------ACACA-T---A--AT-TTTCTT-C-GTGCGCGAATCTA----TCGACGTTCG-A-T----TCATCATCATGGACATTCATATAACTTCGTA
Reference ( family-1879 ) : NNNNNNNNNCCTTCAATTCGCC---A-TT-CATTCAA--GGCTGCTTTC--A------AA----GTACA-ATTCATA--------TT-AT---TA--T--CACCAAA-A------GAGTAGG----GGGGAGG--GGGCCAATCCGCCGAT--A----TA--T--N--AT-TTTGCA-TGTGAAAATAACTT-----A--A--T-T--CATGCAANAATTAACGGAA-A---ATGAACGTTGT---C--G-A--------AA---AGGTGGA--GGGACAGC-T-CCCTGGA---TC-AA-A-TGCCTNGTA---CATGTTGGT-----TAT-TAAGT------ACACA-T---A--AT-TTTCTT-C-GTGCGCGAATCTA----TCGACATTCG-A-T----TCATCATCATGGATATTCATATAACTTCATA
gi|10 : TCCATTCGTC---C-TT-CATTTAATCAGCT-CATTC--ATACATAAA----ATACATGTTAATAAACAATCATT-AC---TA--TACCACCAAA-A------GAGTGGG----GTGGA----GGACCAATTCACCGGT--A----TATCT--T--AT-TTTGCG-TGTGAAATTAAAAT-----A--G--T-T---GT-CAAAAAGT---GGAAGA---ATGA
gi|11 : ggcCA-ATTCATA--------TT-ATAACTA--T--CATCAAAGA------AAGTACA----G---AGG--GGGTCAATCCGCTGAT--ACCGATA--C--A--GT----GTA-TGTGAAATTAACT-----------------------------AACAGAA-A---ATGAATGTTGT---C----A--------AA---AAGTGGA--AGGACAGC---CCCTGGA---TC-AA-ATTACCTTGTA---C--GTTGGTA----TAT-gga
gi|12 : TAACAGAA-A---ATGAACTTTGT---C--A-A--------AA---GAGTGGA--GGGACAGC---GCCTGGT---TCTAC-A-TGCCTGGTG---CAT-T--GT-----TA---AAGT------ACAGA-TTAAA--ACATTTTTT-C-ATCCGCTAATCTA----TC--TGTCCGCATT----TCAT-ATCATGAATATCCATATAACTTCATAgatatcttg
gi|13 : aaATA--------TTCAT---TAAAT--CACCAAA-AA-----GAGTAAG----G-------------------CCAAT--A----TA--T--C--ATATCTAAAATATGAAAATAACAG-----A--A--T-TTTCATTCAACATTTCACGGAA-T---GTGAACATTGT---C----A--------AA---AGGTGGA--GGGAAAAC-T-CCCTGGA---T
gi|14 : ttcacggctgTAACGGTT-A---ATCAACGTTGT---C--A-AGGCATGTGAA---GGGAAGA--GGGGCAGT-TTCCCTGGT---TC-AACG-TGCCTGATA---CAT--TGGTATAAATAT-TTAGT------GCACAAT---A--ATATTTTCT-C-GTGCGTAAATCTATCTGTCGACATT
gi|16 : aaTAAACGTTGT---C----A--------AA---AGGTGGA--GGGACAAT-T-CCCTGGA---TC-AA-A-TGCCTTGTAATGTATGTCAGTA----TAT-TA
gi|17 : --AT-TTTGAA-TGTGAAAATAACTTTTAATAT-A--T-T--CATACAACAATTAACGGAA-T---GAGAACGTTGT---C----A--------AA---AGGT-----GGGACAAT-C-CCCT-GC---TC-AA-A-TGTCTCGTA---CATGTgacttttcctgtacgtacaccgcctttgagctcggactc
gi|18 : atA--------TT-AT---TA--T--CAC------------GAG--AG----GGGAAGGCAGGG-CAGTCCGCCAAT--G----TA--TCAT--AT-TTTACA-T---------ACTT-----A--G--T-----ATG-AAAA--TAACGAAA-A---GTGAAAATTGT---C--
gi|2 : ttcCCTTCAGTTCACC---AGTT-AATTC------------T-----------------TACA-ATTCAT----------T-AT---CA--T--CACCAAA-A------GAAT-------GGGGAGG--GCGACAATCCACCAATAAA----TT--T--T--AT-TTTACT-TGTGAAATAAACCT-----A--A--TATG-CATGCAAAAA-TAACAGAA-A---AGGAAAGTTGT---T--A-AAT------AA---AAATAAAATGGAACAACATGCCTTGTACGTTC-AA-----CTTGGTA---TATTTTAAT-----TATATAAGG------A----------------TTC-T-C-GTTCGCTAATTTG----TCAACAT------T----TCAT-ATCATGGATATTCATATATCTTTGTAag
gi|20 : ttttcactccatcattatttttcactttgaaagagtttagaatcatacgcaggcaggtacattgtttttcaaagtgttgtatccttcattttcctaatgggaagggaggggatccgttcgtCTTCAATACACCTATA-TT-TATTCAA--GGCAAATTTC--A-------------TACA-GGTCAT----------T-AT---TA--T--CACCAAA-A------GTGTTGA----GGATTGG--GGa
gi|21 : ttctgtttgta-TTTGCA-TATGAAAATAACTT-----ACTG--T-G--CATGTAAAA--TAACGAAA-A---ATGAACGTTTT--------A--------AATTTGAGTGAA--GGG
gi|3 : tcaatacc--AT-TTTGCT-TGTGAAAATTACTT-----A--ATTT-T--CATGTAAAAA-TAACGGGA-A---ATGAACGTCCT---C--ATA--------AA---AAGTTAA--GG----GT-T-CTACG-------------TGCCTGGTA---CAT
gi|4 : gttaagtttaaaaaatgtacttcgtaccatttctattaaaaagagttcagaatcgtacgctgatacgttacatcgtttttcaaagtgtagggacatcgctgacgagcaaaaagttttctcttttgcctaagtttcatatttgcgattaaattggagggaagggagttcattttcgcacttcaattcatctacttaacattcattactaccatgaaggaatggcaccaCCTTAAATTCACC---A-TT-CATTCAA--GGCTGCTTTT--A------AAAATAGTACA-ATTCATAAT------TT-AT---TA--T--CACCAAA-A------GAGTAGGATGAGGGGAGG--GAGCAAATCCACCAAT--A----TA--T--A--AT-TTTACA-TATGAAAATCACTT-----A--A--T-T--CAAGCAACAATTAACGGAGTATTCATGAACGTTGTGATC--G-A--------AA---AGGTGAA--GGGACAGT-T-CCCTGGA---TC-AA-A-TGCCTTGTA---CATGTTGGC-----TAT-TAAGT------ACAC--------------TCTT---GTGCGGGAATCTA----TCGACATTCG-A-TATCATCATCATCATGAACATTTATAAAATTTCATAtgacc
gi|7 : gttagtcggCCTTCAATTCACA---A-ATACATTCAA--GGTTGCATTCTTA------AA----GT------TCAT----------T-AT---TA--T--CCCCAAA-AATGGTAGAGAAGG----GGGGGGG--GG--CATTCCACGAAT--A----TA--T--TTTAT-TTAACA-TGTGAAAATGACAT-----A--A--T-----A-ACCACAAT-AACAGAA-A---ATGAACGTTGC---CAAA-A--------AA---AAGTGGA--GGGATATC-T-CTGTGGA---TC-AGCA-TG--TCGTG---TATGTTGGTA----TAT-GAAGT------ACACATT---AATAT-TCTCTTACAGTGCGTGAATCTA----TCGA------------------CATCATGGACAGTCATATAATTTtattaactacggta
gi|8 : ccgtttgtAGG--GGGCCAATTCGCTAAT--A----TG--T--CTTAT-TTTGCA-GGTGATA-TACCCT-----A--AA-T-TG-CATGCAAAAAT-AACGGAA-A---ATAAACATTGT---C--G-A--------AA---AAATGGA--TGCTCAGC-C-CCCTGAA---TC-AA----GTCTTGTA---C--GTTTGTA----TAT-TACATGTAACAACACA-TTGAG--AT-TTTCTT-C--TGCGCGAATCTtggtaat
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): ACGTCTAGAATGGTAGGGTGCCCAGACATATAGAATTAATATTTATGTGGCGTGCCGCCATTCATTATAAACTGGGGGCGGCCGCCGACTATATTATCTGGGGCTGCCAGTTAAAGCTAATTTGGGTGGCCTGCCAGATAAATTTTAAGTGGCAGCCGCTCTTAATGTAGAGTGTGTGGTTGCCGGGAGATTAGAATGTATGCGGCAACGCCGATAATAAAACTAAAAGGCTGGGGCGGCGGGTCCGCAGTGTCTTATTTCTTCTTCTTCTCTCACCAAAACTGATATTCTTGTGCAAGCCCTGTAAACTATATCTCTAATAATAAGTATGATTATTATATATACAGGTTATACAATTTAAAACATTTTAATTTTCACCGGTTATTTTTGAAACAAGAGGCCCATGGGCCACA
Unaligned ( gi|5 ): AACTGGCGGCCGCCCGATTAATTTAACTGGCGATCACGACTTATTATATGGCGGCCGGCAGATAATTTATTTGGCGGCAGCCATATGAATTAATTGGCGAACGCCTCTTAATTTAGTCACTTTATTTATATGGTGGCCGTCAGTTATTCTCTCTCTCAAAAAACGAAAGTTGCGTAAGCCTTGTAAACTCCATCTCCATTAATAAGTATTATATACATGTTATACAGTTAAAAGGTTTTACTTTTCACTGCTACAATTTTGAAACAGTTTAGAATAGCACGCAGACAGGAGACATCGTTTTTCAAAGTGTTGAGACAGTCGA
Unaligned ( gi|6 ): CTCGGCTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTGGCGGCCGTCACTTAATATCTGGCGGCCACTTTATAAAGTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCGGCGGCCGCCTCTTAATATCTGGCGGCCACTTTATAAAGTAAGTGGCGGCTGCCACTTCATAAATGTGACAGCCGCCATGTAATTTAACTGGCGACTGCCACTTAATTTATCTCGCGTCTTCCAATACGATAGTTGCAAGCCCTGTAAATTCCATCTC
Unaligned ( gi|9 ): GGTAGCTTCTTTGATTAATATAGGTGGCGACTGCCTCTATATATCCTGCAGCCACCATTAATTATCTGGCAGCCAGTTAATCTCTTTTTTATCTCTTTCCCAAAATGAAAGGGGTGCAAGCCCTGTAACCCCCATCTCCAATATTAAATTAGCAATATGCATGTGTTATGCATTGTTGATTGTGCTGTTAATTTACAAAGTTATGTTCAT
Unaligned ( gi|15 ): GGAACGGGGGATAATTGCAGCTAATACATCTTACTTTCTATACTAACATTGTACGCAAAAAGAACTGGAAAAGTACGTTGTCACAAAATACGTTGCAGGCCCCTTCTTCAACCCTTGT
Unaligned ( gi|19 ): CTCTCTCTCTCAATCAATCAATCAATCAAAGTGATAGATGTAAAGGCCCTGTAAACTCCATCTCCAATAATAATTTAGTATTATATACATA
Unaligned ( gi|22 ): TTAGTTTTTGAAACAAGAGTCCCATGGGCCACA
Unaligned ( gi|23 ): TTTAGCGACCTCGTATCGTCTCCCCTTGCGA
Alignments
lowQualScore : 22222 5555555555555555555555 333333333 111111 11111111 22222 3333333333333333333 111 1111111111111 111 11111111111 1111 111111 55555555555 1111 1111 6666666666666666666
lowQualScore : 11111 8 3333333333333333333333 0 6 444444444 5 888 66 66 5 999999 33333333 2 1 55 555 66 66 77777 55555 2 5 4444444444444444444 22 3 555 2 5 555 555 5555555555555 44 0 88 0 4 555 1 22222222222 7777 999999 88888888888 1 2222 1 7777 3 0000000000000000000
lowQualScore : ..... . ...................... . . ......... . ... .. .. . ...... ........ . . .. ... .. .. ..... ..... . . ................... .. . ... . . ... ... ............. .. . .. . . ... . ........... .... ...... ........... . .... . .... . ...................
lowQualScore : 00000 0 8888888888888888888888 8 7 444444444 0 888 99 99 0 444444 66666666 5 4 55 999 11 11 88888 55555 3 6 9999999999999999999 22 1 666 9 7 000 000 4444444444444 22 1 55 1 0 888 0 88888888888 5555 222222 88888888888 7 7777 0 0000 2 7777777777777777777
consensus : NNNNNNNNNCCTTCAATTCACC---AGTT-CATTCAAGGCTGCNTTC--AAA----GTACA-ATTCATA--------TT-AT---TA--T--CACCAAA-A------GAGTAGG----GGGGAGG--GGGCCAAT--CCGCCAAT--AT--A--TC-T--ATTTTGCATGTGAAAATAACTT-----A--A--T--T--CATGCAAAAATTAAC-GGAA-A---ATGAACGTTG---TC--A-A--------A--AAAGTGGAGGGACAGCT-CCCTGGATC-AA-A-TGCCTCGTA---CAT----GTTGGTATA----TTAAGT------ACACA-T---A--AT-TTTCTT-C-GTGCGCGAATCTA----TCGACGTTCG-A-T----TCATCATCATGGACATTCATATAACTTCGTA
Reference ( family-1879 ) : NNNNNNNNNCCTTCAATTCACC---A-TT-CATTCAAGGCTGCNTTC--AAA----GTACA-ATTCATA--------TT-AT---TA--T--CACCAAA-A------GAGTAGG----GGGGAGG--GGGCCAAT--CCGCCAAT--AT--A--T--T--ATTTTGCATGTGAAAATAACTT-----A--A--T--T--CATGCAAAAATTAAC-GGAA-A---ATGAACGTTG---TC--A-A--------A--AAAGTGGAGGGACAGCT-CCCTGGATC-AA-A-TGCCTNGTA---CAT----GTTGGTATA----TTAAGT------ACACA-T---A--AT-TTTCTT-C-GTGCGCGAATCTA----TCGACGTTCG-A-T----TCATCATCATGGACATTCATATAACTTCGTA
gi|10 : CCTTCATTTAATC---AGCT-CATTCA----TACAT----AAA----ATACATGTTAATAAACAATCATT-AC---TA--TACCACCAAA-A------GAGTGGG----GTGGA----GGACCAAT--TCACCGGT--AT--ATCT--T--ATTTTGCGTGTGAAATTAAAAT-----A--G--T--T---GT-CAAAAAGT----GGAAGA---ATGA
gi|11 : ggctccattcgtCA-ATTCATA--------TT-ATAACTA--T--CATCAAAGA------AAGTACA----G---AGG--GGGTCAAT--CCGCTGAT--ACCGA--T-----ACAGTGTATGTGAAATTAACT------------------------------AAC-AGAA-A---ATGAATGTTG---TC--A----------A--AAAGTGGAAGGACAGC--CCCTGGATC-AA-ATTACCTTGTA---C------GTTGGTATA----Tgga
gi|12 : TAAC-AGAA-A---ATGAACTTTG---TC--A-A--------A--AGAGTGGAGGGACAGC--GCCTGGTTCTAC-A-TGCCTGGTG---CA------TTGTTA--------AAGT------ACAGA-TTAAA--ACATTTTTT-C-ATCCGCTAATCTA----TC--TGTCCGCATT----TCAT-ATCATGAATATCCATATAACTTCATAgatatcttg
gi|13 : aaATA--------TTCAT---TAAAT--CACCAAA-AA-----GAGTAAG-------------------------GCCAAT--AT--A--TCAT--ATCTAAAATATGAAAATAACAG-----A--ATTT--T--CATTCAACATTTCAC-GGAA-T---GTGAACATTG---TC----A--------A--AAGGTGGAGGGAAAACT-CCCTGGAT
gi|14 : ttcacggctgTAAC-GGTT-A---ATCAACGTTG---TC--A-AGGCATGTGA--AGGGAAGAGGGGCAGTTTCCCTGGTTC-AACG-TGCCTGATA---CAT------TGGTATAAATATTTAGT------GCACAAT---A--ATATTTTCT-C-GTGCGTAAATCTATCTGTCGACATT
gi|15 : aaGG--GGGATAATTGCAGCTAAT--AC--A--TCTT--ACTTTCTAT-----ACTAAC----------A--T--TG-TACGCAAAAAG-AACTGGAA-A---A-GTACGTTG---TC--A-C--------A--AAA
gi|16 : ggaacTAAACGTTG---TC--A-A--------A--AG-GTGGAGGGACAATT-CCCTGGATC-AA-A-TGCCTTGTAATGTAT----GTCAGTATA----TTAtacgttgcaggccccttcttcaacccttgt
gi|17 : --T--ATTTTGAATGTGAAAATAACTTTTAATAT-A--T--T--CATACAACAATTAAC-GGAA-T---GAGAACGTTG---TC--A-A--------A--A----GGTGGGACAATC-CCCT-GCTC-AA-A-TGTCTCGTA---CAT----GTgacttttcctgtacgtacaccgcctttgagctcggactc
gi|18 : aA--------TT-AT---TA--T--CAC------------GAG--AG----GGGAAGGCAGGGC-AGT--CCGCCAAT--GT--A--TCAT--ATTTTACAT---------ACTT-----A--G--T------ATG-AAAA--TAAC-GAAA-A---GTGAAAATTG---TC--A-
gi|2 : ttcCCTTCAGTTCACC---AGTT-AATTC----------T-----------TACA-ATTCAT----------T-AT---CA--T--CACCAAA-A------GAAT-------GGGGAGG--GCGACAAT--CCACCAATAAAT--T--T--T--ATTTTACTTGTGAAATAAACCT-----A--A--TA-TG-CATGCAAAAA-TAAC-AGAA-A---AGGAAAGTTG---TT--A-AAT------A--AAAATAAAA------------TGGAAC-AACA-TGCCTTGTA---CGTTCAACTTGGTATATT--TTAATT------ATATA-----A--GG-ATTC-T-C-GTTCGCTAATTTG----TCAACAT------T----TCAT-ATCATGGATATTCATATATCTTTGTAg
gi|20 : ttttcactccatcattatttttcactttgaaagagtttagaatcatacgcaggcaggtacattgtttttcaaagtgttgtatccttcattttcctaatgggaagggaggggatccgttcgtCTTCAATACACCTATA-TT-TATTCAAGGCAAATTTC--A-------TACA-GGTCAT----------T-AT---TA--T--CACCAAA-A------GTGTTGA----GGATTGG--GGa
gi|21 : ttctgtttgtaTTTGCATATGAAAATAACTT-----ACTG--T--G--CATGTAAAA--TAAC-GAAA-A---ATGAACGTT----TT--A-A--------ATTTGAGTGAAGGG
gi|3 : tcaatacc--ATTTTGCTTGTGAAAATTACTT-----A--A--T--TTTCATGTAAAAAT-AAC-GGGA-A---ATGAACGTCC---TC--ATA--------A--AAAGTTAAGG----GTT-CTACG----------TGCCTGGTA---CAT----
gi|4 : gttaagtttaaaaaatgtacttcgtaccatttctattaaaaagagttcagaatcgtacgctgatacgttacatcgtttttcaaagtgtagggacatcgctgacgagcaaaaagttttctcttttgcctaagtttcatatttgcgattaaattggagggaagggagttcattttcgcacttcaattcatctacttaacattcattactaccatgaaggaatggcaccaCCTTAAATTCACC---A-TT-CATTCAAGGCTGCTTTT--AAAAATAGTACA-ATTCATAAT------TT-AT---TA--T--CACCAAA-A------GAGTAGGATGAGGGGAGG--GAGCAAAT--CCACCAAT--AT--A--T--A--ATTTTACATATGAAAATCACTT-----A--A--T--T--CAAGCAACAATTAAC-GGAGTATTCATGAACGTTGTGATC--G-A--------A--AAGGTGAAGGGACAGTT-CCCTGGATC-AA-A-TGCCTTGTA---CAT----GTTGGC-TA----TTAAGT------ACAC--------------TCTT---GTGCGGGAATCTA----TCGACATTCG-A-TATCATCATCATCATGAACATTTATAAAATTTCATAtgacc
gi|7 : gttagtcggCCTTCAATTCACA---A-ATACATTCAAGGTTGCATTCTTAAA----GT------TCAT----------T-AT---TA--T--CCCCAAA-AATGGTAGAGAAGG----GGGGGGG--GG--CATT--CCACGAAT--AT--A--T--TTTATTTAACATGTGAAAATGACAT-----A--A--TAAC--CA--CAA----TAAC-AGAA-A---ATGAACGTTG---CCAAA-A--------A--AAAGTGGAGGGATATCT-CTGTGGATC-AGCA-TG--TCGTG---TAT----GTTGGTATA----TGAAGT------ACACATT---AATAT-TCTCTTACAGTGCGTGAATCTA----TCGA------------------CATCATGGACAGTCATATAATTTTGtattaactacggta
gi|8 : ccgtttgtAGG--GGGCCAAT--TCGCTAAT--AT--G--TCTT--ATTTTGCAGGTGATA-TACCCT-----A--AA-T--TG-CATGCAAAAAT-AAC-GGAA-A---ATAAACATTG---TC--G-A--------A--AAAATGGATGCTCAGCC-CCCTGAATC-AA----GTCTTGTA---C------GTTTGTATA----TTACATGTAACAACACA-TTGAG--AT-TTTCTT-C--TGCGCGAATCTgtaat
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): ACGTCTAGAATGGTAGGGTGCCCAGACATATAGAATTAATATTTATGTGGCGTGCCGCCATTCATTATAAACTGGGGGCGGCCGCCGACTATATTATCTGGGGCTGCCAGTTAAAGCTAATTTGGGTGGCCTGCCAGATAAATTTTAAGTGGCAGCCGCTCTTAATGTAGAGTGTGTGGTTGCCGGGAGATTAGAATGTATGCGGCAACGCCGATAATAAAACTAAAAGGCTGGGGCGGCGGGTCCGCAGTGTCTTATTTCTTCTTCTTCTCTCACCAAAACTGATATTCTTGTGCAAGCCCTGTAAACTATATCTCTAATAATAAGTATGATTATTATATATACAGGTTATACAATTTAAAACATTTTAATTTTCACCGGTTATTTTTGAAACAAGAGGCCCATGGGCCACA
Unaligned ( gi|5 ): AACTGGCGGCCGCCCGATTAATTTAACTGGCGATCACGACTTATTATATGGCGGCCGGCAGATAATTTATTTGGCGGCAGCCATATGAATTAATTGGCGAACGCCTCTTAATTTAGTCACTTTATTTATATGGTGGCCGTCAGTTATTCTCTCTCTCAAAAAACGAAAGTTGCGTAAGCCTTGTAAACTCCATCTCCATTAATAAGTATTATATACATGTTATACAGTTAAAAGGTTTTACTTTTCACTGCTACAATTTTGAAACAGTTTAGAATAGCACGCAGACAGGAGACATCGTTTTTCAAAGTGTTGAGACAGTCGA
Unaligned ( gi|6 ): CTCGGCTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTGGCGGCCGTCACTTAATATCTGGCGGCCACTTTATAAAGTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCGGCGGCCGCCTCTTAATATCTGGCGGCCACTTTATAAAGTAAGTGGCGGCTGCCACTTCATAAATGTGACAGCCGCCATGTAATTTAACTGGCGACTGCCACTTAATTTATCTCGCGTCTTCCAATACGATAGTTGCAAGCCCTGTAAATTCCATCTC
Unaligned ( gi|9 ): GGTAGCTTCTTTGATTAATATAGGTGGCGACTGCCTCTATATATCCTGCAGCCACCATTAATTATCTGGCAGCCAGTTAATCTCTTTTTTATCTCTTTCCCAAAATGAAAGGGGTGCAAGCCCTGTAACCCCCATCTCCAATATTAAATTAGCAATATGCATGTGTTATGCATTGTTGATTGTGCTGTTAATTTACAAAGTTATGTTCAT
Unaligned ( gi|19 ): CTCTCTCTCTCAATCAATCAATCAATCAAAGTGATAGATGTAAAGGCCCTGTAAACTCCATCTCCAATAATAATTTAGTATTATATACATA
Unaligned ( gi|22 ): TTAGTTTTTGAAACAAGAGTCCCATGGGCCACA
Unaligned ( gi|23 ): TTTAGCGACCTCGTATCGTCTCCCCTTGCGA
Alignments
lowQualScore : 11 55555555555555555555555 222222222 111111 11111111 111111 3333333333333333333 111 1111111111111 11 111 11111111111 1111 111111 55555555555 1111 1111 6666666666666666666
lowQualScore : 8 44 44444444444444444444444 6 888888888 5 888 66 66 999999 5 33333333 2 1 55 555 66 666666 2 5 4444444444444444444 22 3 555 2 5 555 555 5555555555555 44 0 00 4 555 4 77777777777 7777 999999 88888888888 1 2222 1 7777 3 0000000000000000000
lowQualScore : . .. ....................... . ......... . ... .. .. ...... . ........ . . .. ... .. ...... . . ................... .. . ... . . ... ... ............. .. . .. . ... . ........... .... ...... ........... . .... . .... . ...................
lowQualScore : 0 44 66666666666666666666666 7 222222222 0 888 99 99 444444 0 66666666 5 4 55 999 11 888888 3 6 9999999999999999999 22 1 666 9 7 000 000 4444444444444 22 1 22 4 999 4 22222222222 5555 222222 88888888888 7 7777 0 0000 2 7777777777777777777
consensus : NNNNNNNNNCCTTCAATTCACC-A-GTTCATTCAAGGCTGCNTTC--AAA----GTACA-ATTCATA--------TT-AT---TA--T--CACCAAA------A-GAGTAGG----GGGGAGG--GGGCCAAT--CCGCCAATATA-TC-T-ATTTTGCATGTGAAAATAACTT-----A--A--T--T--CATGCAAAAATTAAC-GGAA-A---ATGAACGTTGT---C--A-A--------A--AAAGTGGAGGGACAGCT-CCCTGGATC-AA-A-TGCCTCGTA---CAT----GTTGGTATA----TTAAGT------ACACA-T---A--AT-TTTCTT-C-GTGCGCGAATCTA----TCGACGTTCG-A-T----TCATCATCATGGACATTCATATAACTTCGTA
Reference ( family-1879 ) : NNNNNNNNNCCTTCAATTCACC-A-GTTCATTCAAGGCTGCNTTC--AAA----GTACA-ATTCATA--------TT-AT---TA--T--CACCAAA------A-GAGTAGG----GGGGAGG--GGGCCAAT--CCGCCAATATA-TC-T-ATTTTGCATGTGAAAATAACTT-----A--A--T--T--CATGCAAAAATTAAC-GGAA-A---ATGAACGTTGT---C--A-A--------A--AAAGTGGAGGGACAGCT-CCCTGGATC-AA-A-TGCCTCGTA---CAT----GTTGGTATA----TTAAGT------ACACA-T---A--AT-TTTCTT-C-GTGCGCGAATCTA----TCGACGTTCG-A-T----TCATCATCATGGACATTCATATAACTTCGTA
gi|10 : CCTTCATTTAATC-A-GCTCATTCA----TACAT----AAA----ATACATGTTAATAAACAATCATT-AC---TA--TACCACCAAA------A-GAGTGGG----GTGGA----GGACCAAT--TCACCGGTATA-TCTT-ATTTTGCGTGTGAAATTAAAAT-----A--G--T--T---GT-CAAAAAGT----GGAAGA---ATGA
gi|11 : ggctccattcgtCA-ATTCATA--------TT-ATAACTA--T--CATCAAAG-----A-AAGTACA----G---AGG--GGGTCAAT--CCGCTGATACC-GA-T-ACAGTGTATGTGAAATTAACT------------------------------AAC-AGAA-A---ATGAATGTTGT---C--A----------A--AAAGTGGAAGGACAGC--CCCTGGATC-AA-ATTACCTTGTA---C------GTTGGTATA----Tgga
gi|12 : TAAC-AGAA-A---ATGAACTTTGT---C--A-A--------A--AGAGTGGAGGGACAGC--GCCTGGTTCTAC-A-TGCCTGGTG---CA------TTGTTA--------AAGT------ACAGA-TTAAA--ACATTTTTT-C-ATCCGCTAATCTA----TC--TGTCCGCATT----TCAT-ATCATGAATATCCATATAACTTCATAgatatcttg
gi|13 : aaATA--------TTCAT---TAAAT--CACCAAA------AAGAGTAAG-------------------------GCCAATATA-TCAT-ATCTAAAATATGAAAATAACAG-----A--ATTT--T--CATTCAACATTTCAC-GGAA-T---GTGAACATTGT---C----A--------A--AAGGTGGAGGGAAAACT-CCCTGGAT
gi|14 : ttcacggctgTAAC-GGTT-A---ATCAACGTTGT---C--A-AGGCATGTGA--AGGGAAGAGGGGCAGTTTCCCTGGTTC-AACG-TGCCTGATA---CAT------TGGTATAAATATTTAGT------GCACAAT---A--ATATTTTCT-C-GTGCGTAAATCTATCTGTCGACATT
gi|15 : aaGG--GGGATAATTGCAGCTAATACA-TC-TTACTTTCTAT-----ACTAAC----------A--T--TG-TACGCAAAAAG-AACTGGAA-A---A-GTACGTTGT---C--A-C--------A--AAA
gi|16 : ggaacTAAACGTTGT---C--A-A--------A--AG-GTGGAGGGACAATT-CCCTGGATC-AA-A-TGCCTTGTAATGTAT----GTCAGTATA----TTAtacgttgcaggccccttcttcaacccttgt
gi|17 : -T-ATTTTGAATGTGAAAATAACTTTTAATAT-A--T--T--CATACAACAATTAAC-GGAA-T---GAGAACGTTGT---C--A-A--------A--A----GGTGGGACAATC-CCCT-GCTC-AA-A-TGTCTCGTA---CAT----GTgacttttcctgtacgtacaccgcctttgagctcggactc
gi|18 : aA--------TT-AT---TA--T--CAC------------GAG--AG----GGGAAGGCAGGGC-AGT--CCGCCAATGTA-TCAT-ATTTTACAT---------ACTT-----A--G--T------ATG-AAAA--TAAC-GAAA-A---GTGAAAATTGT---C--A-
gi|2 : ttcCCTTCAGTTCACC-A-GTTAATTC----------T-----------TACA-ATTCAT----------T-AT---CA--T--CACCAAA------A-GAAT-------GGGGAGG--GCGACAAT--CCACCAATAAATTT-T-ATTTTACTTGTGAAATAAACCT-----A--A--TA-TG-CATGCAAAAA-TAAC-AGAA-A---AGGAAAGTTGT---T--A-AAT------A--AAAATAAAA------------TGGAAC-AACA-TGCCTTGTA---CGTTCAACTTGGTATATT--TTAATT------ATATA-----A--GG-ATTC-T-C-GTTCGCTAATTTG----TCAACAT------T----TCAT-ATCATGGATATTCATATATCTTTGTAg
gi|20 : ttttcactccatcattatttttcactttgaaagagtttagaatcatacgcaggcaggtacattgtttttcaaagtgttgtatccttcattttcctaatgggaagggaggggatccgttcgtCTTCAATACACCTATATTTATTCAAGGCAAATTTC--A-------TACA-GGTCAT----------T-AT---TA--T--CACCAAA------A-GTGTTGA----GGATTGG--GGa
gi|21 : ttctgtttgtaTTTGCATATGAAAATAACTT-----ACTG--T--G--CATGTAAAA--TAAC-GAAA-A---ATGAACGTT-T---T--A-A--------ATTTGAGTGAAGGG
gi|3 : tcaatacc-ATTTTGCTTGTGAAAATTACTT-----A--A--T--TTTCATGTAAAAAT-AAC-GGGA-A---ATGAACGTCCT---C--ATA--------A--AAAGTTAAGGG
gi|4 : gttaagtttaaaaaatgtacttcgtaccatttctattaaaaagagttcagaatcgtacgctgatacgttacatcgtttttcaaagtgtagggacatcgctgacgagcaaaaagttttctcttttgcctaagtttcatatttgcgattaaattggagggaagggagttcattttcgcacttcaattcatctacttaacattcattactaccatgaaggaatggcaccaCCTTAAATTCACC-A--TTCATTCAAGGCTGCTTTT--AAAAATAGTACA-ATTCATAAT------TT-AT---TA--T--CACCAAA------A-GAGTAGGATGAGGGGAGG--GAGCAAAT--CCACCAATATA-TA---ATTTTACATATGAAAATCACTT-----A--A--T--T--CAAGCAACAATTAAC-GGAGTATTCATGAACGTTGTGATC--G-A--------A--AAGGTGAAGGGACAGTT-CCCTGGATC-AA-A-TGCCTTGTA---CAT----GTTGGC-TA----TTAAGT------ACAC--------------TCTT---GTGCGGGAATCTA----TCGACATTCG-A-TATCATCATCATCATGAACATTTATAAAATTTCATAttctacgtgcctggtacattgacc
gi|7 : gttagtcggCCTTCAATTCACA-A-ATACATTCAAGGTTGCATTCTTAAA----G------TTC--A--------TT-AT---TA--T--CCCCAAAAATGGTA-GAGAAGG----GGGGGGG--GG--CATT--CCACGAATATATTT-T-ATTTAACATGTGAAAATGACAT-----A--A--TAAC--CA--CAA----TAAC-AGAA-A---ATGAACGTTGC---CAAA-A--------A--AAAGTGGAGGGATATCT-CTGTGGATC-AGCA-TG--TCGTG---TAT----GTTGGTATA----TGAAGT------ACACATT---AATAT-TCTCTTACAGTGCGTGAATCTA----TCGA------------------CATCATGGACAGTCATATAATTTTGtattaactacggta
gi|8 : ccgtttgtAGG--GGGCCAAT--TCGCTAATATG-TC-TTATTTTGCAGGTGATA-TACCCT-----A--AA-T--TG-CATGCAAAAAT-AAC-GGAA-A---ATAAACATTGT---C--G-A--------A--AAAATGGATGCTCAGCC-CCCTGAATC-AA----GTCTTGTA---C------GTTTGTATA----TTACATGTAACAACACA-TTGAG--AT-TTTCTT-C--TGCGCGAATCTgtaat
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): ACGTCTAGAATGGTAGGGTGCCCAGACATATAGAATTAATATTTATGTGGCGTGCCGCCATTCATTATAAACTGGGGGCGGCCGCCGACTATATTATCTGGGGCTGCCAGTTAAAGCTAATTTGGGTGGCCTGCCAGATAAATTTTAAGTGGCAGCCGCTCTTAATGTAGAGTGTGTGGTTGCCGGGAGATTAGAATGTATGCGGCAACGCCGATAATAAAACTAAAAGGCTGGGGCGGCGGGTCCGCAGTGTCTTATTTCTTCTTCTTCTCTCACCAAAACTGATATTCTTGTGCAAGCCCTGTAAACTATATCTCTAATAATAAGTATGATTATTATATATACAGGTTATACAATTTAAAACATTTTAATTTTCACCGGTTATTTTTGAAACAAGAGGCCCATGGGCCACA
Unaligned ( gi|5 ): AACTGGCGGCCGCCCGATTAATTTAACTGGCGATCACGACTTATTATATGGCGGCCGGCAGATAATTTATTTGGCGGCAGCCATATGAATTAATTGGCGAACGCCTCTTAATTTAGTCACTTTATTTATATGGTGGCCGTCAGTTATTCTCTCTCTCAAAAAACGAAAGTTGCGTAAGCCTTGTAAACTCCATCTCCATTAATAAGTATTATATACATGTTATACAGTTAAAAGGTTTTACTTTTCACTGCTACAATTTTGAAACAGTTTAGAATAGCACGCAGACAGGAGACATCGTTTTTCAAAGTGTTGAGACAGTCGA
Unaligned ( gi|6 ): CTCGGCTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTGGCGGCCGTCACTTAATATCTGGCGGCCACTTTATAAAGTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCGGCGGCCGCCTCTTAATATCTGGCGGCCACTTTATAAAGTAAGTGGCGGCTGCCACTTCATAAATGTGACAGCCGCCATGTAATTTAACTGGCGACTGCCACTTAATTTATCTCGCGTCTTCCAATACGATAGTTGCAAGCCCTGTAAATTCCATCTC
Unaligned ( gi|9 ): GGTAGCTTCTTTGATTAATATAGGTGGCGACTGCCTCTATATATCCTGCAGCCACCATTAATTATCTGGCAGCCAGTTAATCTCTTTTTTATCTCTTTCCCAAAATGAAAGGGGTGCAAGCCCTGTAACCCCCATCTCCAATATTAAATTAGCAATATGCATGTGTTATGCATTGTTGATTGTGCTGTTAATTTACAAAGTTATGTTCAT
Unaligned ( gi|19 ): CTCTCTCTCTCAATCAATCAATCAATCAAAGTGATAGATGTAAAGGCCCTGTAAACTCCATCTCCAATAATAATTTAGTATTATATACATA
Unaligned ( gi|22 ): TTAGTTTTTGAAACAAGAGTCCCATGGGCCACA
Unaligned ( gi|23 ): TTTAGCGACCTCGTATCGTCTCCCCTTGCGA
Alignments
lowQualScore : 11 55555555555555555555555 222222222 111111 11111111 111111 3333333333333333333 111 1111111111111 11 111 11111111111 1111 111111 55555555555 1111 1111 6666666666666666666
lowQualScore : 8 44 44444444444444444444444 6 888888888 5 888 66 66 999999 5 33333333 2 1 55 555 66 666666 2 5 4444444444444444444 22 3 555 2 5 555 555 5555555555555 44 0 00 4 555 4 77777777777 7777 999999 88888888888 1 2222 1 7777 3 0000000000000000000
lowQualScore : . .. ....................... . ......... . ... .. .. ...... . ........ . . .. ... .. ...... . . ................... .. . ... . . ... ... ............. .. . .. . ... . ........... .... ...... ........... . .... . .... . ...................
lowQualScore : 0 44 66666666666666666666666 7 222222222 0 888 99 99 444444 0 66666666 5 4 55 999 11 888888 3 6 9999999999999999999 22 1 666 9 7 000 000 4444444444444 22 1 22 4 999 4 22222222222 5555 222222 88888888888 7 7777 0 0000 2 7777777777777777777
consensus : NNNNNNNNNCCTTCAATTCACC-A-GTTCATTCAAGGCTGCNTTC--AAA----GTACA-ATTCATA--------TT-AT---TA--T--CACCAAA------A-GAGTAGG----GGGGAGG--GGGCCAAT--CCGCCAATATA-TC-T-ATTTTGCATGTGAAAATAACTT-----A--A--T--T--CATGCAAAAATTAAC-GGAA-A---ATGAACGTTGT---C--A-A--------A--AAAGTGGAGGGACAGCT-CCCTGGATC-AA-A-TGCCTCGTA---CAT----GTTGGTATA----TTAAGT------ACACA-T---A--AT-TTTCTT-C-GTGCGCGAATCTA----TCGACGTTCG-A-T----TCATCATCATGGACATTCATATAACTTCGTA
Reference ( family-1879 ) : NNNNNNNNNCCTTCAATTCACC-A-GTTCATTCAAGGCTGCNTTC--AAA----GTACA-ATTCATA--------TT-AT---TA--T--CACCAAA------A-GAGTAGG----GGGGAGG--GGGCCAAT--CCGCCAATATA-TC-T-ATTTTGCATGTGAAAATAACTT-----A--A--T--T--CATGCAAAAATTAAC-GGAA-A---ATGAACGTTGT---C--A-A--------A--AAAGTGGAGGGACAGCT-CCCTGGATC-AA-A-TGCCTCGTA---CAT----GTTGGTATA----TTAAGT------ACACA-T---A--AT-TTTCTT-C-GTGCGCGAATCTA----TCGACGTTCG-A-T----TCATCATCATGGACATTCATATAACTTCGTA
gi|10 : CCTTCATTTAATC-A-GCTCATTCA----TACAT----AAA----ATACATGTTAATAAACAATCATT-AC---TA--TACCACCAAA------A-GAGTGGG----GTGGA----GGACCAAT--TCACCGGTATA-TCTT-ATTTTGCGTGTGAAATTAAAAT-----A--G--T--T---GT-CAAAAAGT----GGAAGA---ATGA
gi|11 : ggctccattcgtCA-ATTCATA--------TT-ATAACTA--T--CATCAAAG-----A-AAGTACA----G---AGG--GGGTCAAT--CCGCTGATACC-GA-T-ACAGTGTATGTGAAATTAACT------------------------------AAC-AGAA-A---ATGAATGTTGT---C--A----------A--AAAGTGGAAGGACAGC--CCCTGGATC-AA-ATTACCTTGTA---C------GTTGGTATA----Tgga
gi|12 : TAAC-AGAA-A---ATGAACTTTGT---C--A-A--------A--AGAGTGGAGGGACAGC--GCCTGGTTCTAC-A-TGCCTGGTG---CA------TTGTTA--------AAGT------ACAGA-TTAAA--ACATTTTTT-C-ATCCGCTAATCTA----TC--TGTCCGCATT----TCAT-ATCATGAATATCCATATAACTTCATAgatatcttg
gi|13 : aaATA--------TTCAT---TAAAT--CACCAAA------AAGAGTAAG-------------------------GCCAATATA-TCAT-ATCTAAAATATGAAAATAACAG-----A--ATTT--T--CATTCAACATTTCAC-GGAA-T---GTGAACATTGT---C----A--------A--AAGGTGGAGGGAAAACT-CCCTGGAT
gi|14 : ttcacggctgTAAC-GGTT-A---ATCAACGTTGT---C--A-AGGCATGTGA--AGGGAAGAGGGGCAGTTTCCCTGGTTC-AACG-TGCCTGATA---CAT------TGGTATAAATATTTAGT------GCACAAT---A--ATATTTTCT-C-GTGCGTAAATCTATCTGTCGACATT
gi|15 : aaGG--GGGATAATTGCAGCTAATACA-TC-TTACTTTCTAT-----ACTAAC----------A--T--TG-TACGCAAAAAG-AACTGGAA-A---A-GTACGTTGT---C--A-C--------A--AAA
gi|16 : ggaacTAAACGTTGT---C--A-A--------A--AG-GTGGAGGGACAATT-CCCTGGATC-AA-A-TGCCTTGTAATGTAT----GTCAGTATA----TTAtacgttgcaggccccttcttcaacccttgt
gi|17 : -T-ATTTTGAATGTGAAAATAACTTTTAATAT-A--T--T--CATACAACAATTAAC-GGAA-T---GAGAACGTTGT---C--A-A--------A--A----GGTGGGACAATC-CCCT-GCTC-AA-A-TGTCTCGTA---CAT----GTgacttttcctgtacgtacaccgcctttgagctcggactc
gi|18 : aA--------TT-AT---TA--T--CAC------------GAG--AG----GGGAAGGCAGGGC-AGT--CCGCCAATGTA-TCAT-ATTTTACAT---------ACTT-----A--G--T------ATG-AAAA--TAAC-GAAA-A---GTGAAAATTGT---C--A-
gi|2 : ttcCCTTCAGTTCACC-A-GTTAATTC----------T-----------TACA-ATTCAT----------T-AT---CA--T--CACCAAA------A-GAAT-------GGGGAGG--GCGACAAT--CCACCAATAAATTT-T-ATTTTACTTGTGAAATAAACCT-----A--A--TA-TG-CATGCAAAAA-TAAC-AGAA-A---AGGAAAGTTGT---T--A-AAT------A--AAAATAAAA------------TGGAAC-AACA-TGCCTTGTA---CGTTCAACTTGGTATATT--TTAATT------ATATA-----A--GG-ATTC-T-C-GTTCGCTAATTTG----TCAACAT------T----TCAT-ATCATGGATATTCATATATCTTTGTAg
gi|20 : ttttcactccatcattatttttcactttgaaagagtttagaatcatacgcaggcaggtacattgtttttcaaagtgttgtatccttcattttcctaatgggaagggaggggatccgttcgtCTTCAATACACCTATATTTATTCAAGGCAAATTTC--A-------TACA-GGTCAT----------T-AT---TA--T--CACCAAA------A-GTGTTGA----GGATTGG--GGa
gi|21 : ttctgtttgtaTTTGCATATGAAAATAACTT-----ACTG--T--G--CATGTAAAA--TAAC-GAAA-A---ATGAACGTT-T---T--A-A--------ATTTGAGTGAAGGG
gi|3 : tcaatacc-ATTTTGCTTGTGAAAATTACTT-----A--A--T--TTTCATGTAAAAAT-AAC-GGGA-A---ATGAACGTCCT---C--ATA--------A--AAAGTTAAGGG
gi|4 : gttaagtttaaaaaatgtacttcgtaccatttctattaaaaagagttcagaatcgtacgctgatacgttacatcgtttttcaaagtgtagggacatcgctgacgagcaaaaagttttctcttttgcctaagtttcatatttgcgattaaattggagggaagggagttcattttcgcacttcaattcatctacttaacattcattactaccatgaaggaatggcaccaCCTTAAATTCACC-A--TTCATTCAAGGCTGCTTTT--AAAAATAGTACA-ATTCATAAT------TT-AT---TA--T--CACCAAA------A-GAGTAGGATGAGGGGAGG--GAGCAAAT--CCACCAATATA-TA---ATTTTACATATGAAAATCACTT-----A--A--T--T--CAAGCAACAATTAAC-GGAGTATTCATGAACGTTGTGATC--G-A--------A--AAGGTGAAGGGACAGTT-CCCTGGATC-AA-A-TGCCTTGTA---CAT----GTTGGC-TA----TTAAGT------ACAC--------------TCTT---GTGCGGGAATCTA----TCGACATTCG-A-TATCATCATCATCATGAACATTTATAAAATTTCATAttctacgtgcctggtacattgacc
gi|7 : gttagtcggCCTTCAATTCACA-A-ATACATTCAAGGTTGCATTCTTAAA----G------TTC--A--------TT-AT---TA--T--CCCCAAAAATGGTA-GAGAAGG----GGGGGGG--GG--CATT--CCACGAATATATTT-T-ATTTAACATGTGAAAATGACAT-----A--A--TAAC--CA--CAA----TAAC-AGAA-A---ATGAACGTTGC---CAAA-A--------A--AAAGTGGAGGGATATCT-CTGTGGATC-AGCA-TG--TCGTG---TAT----GTTGGTATA----TGAAGT------ACACATT---AATAT-TCTCTTACAGTGCGTGAATCTA----TCGA------------------CATCATGGACAGTCATATAATTTTGtattaactacggta
gi|8 : ccgtttgtAGG--GGGCCAAT--TCGCTAATATG-TC-TTATTTTGCAGGTGATA-TACCCT-----A--AA-T--TG-CATGCAAAAAT-AAC-GGAA-A---ATAAACATTGT---C--G-A--------A--AAAATGGATGCTCAGCC-CCCTGAATC-AA----GTCTTGTA---C------GTTTGTATA----TTACATGTAACAACACA-TTGAG--AT-TTTCTT-C--TGCGCGAATCTgtaat
blockSeqs : T TA AAGGCTGCTTTTAAAAATAGT . AAT C AAC AA . AATGGT A TAGGATGA G A CA GTC TG TCAT G T TTTTAATATATT TT C TTT T T TTC GAT AAGGCATGTG TT TT T CG G CGTTCAAC AATA GTAACA TTAATAT C ACAG A TCTG G CATTCGATATCATCATC
blockSeqs : . G AAGGTTGCATTCTTAAAG . A . . . . G . TACA G G . GAT . TCTT A A AGAATTTT CG A ATT . . . . AAAT . T . CA G ATGTATG TT . TTGAGAT T CG T . A CATTTCAT
blockSeqs : . A AAGGCAAATTTCAT . A . . . . . . TAAG G T . GAC . TCAT G C CTAATATG TA C ATT . . . . AAAA . T . CA T CATG . . ATAATA T CG G . G C
blockSeqs : . . TT . A . . . . . . TTGA G G . GCA . TTTT G A TTACTGTG TG A AG . . . . ATA . C . A C CATG . . AGG T G G . G
blockSeqs : . A . . . . . . AAGG G G . GCC . TTTT A T TTAATTTT TG A AT . . . . AA . T . A T TATG . . . . C G
blockSeqs : . . . . . . . AG . . . GC . TCTT G A ATAATAAC TG A AT . . . . AC . T . A T CAT .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . C . GAT A A CTAAATTG TG A AT . . . . AA . C . A C CA .
blockSeqs : . . . TA G A TTAATT AG C T . . . . AA . . . . T CG
blockSeqs : . G A TTAGT TG A T . . . . AA . .
blockSeqs : . . ATTG . . T . . . . GA .
blockSeqs : . . T . . . . . . . GA .
blockSeqs : . . . . A .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : AAGGCGTCTCAT*********** A******** ** NTAATNTN*********** TG AT* AA*********** T* CA* CATG******* TAAA******* CG**
originalCons : NNNNNNNNNCCTTCAATTCACC-A-GTTCATTCAAGGCTGCNTTC--AAA----GTACA-ATTCATA--------TT-AT---TA--T--CACCAAA------A-GAGTAGG----GGGGAGG--GGGCCAAT--CCGCCAATATA-TC-T-ATTTTGCATGTGAAAATAACTT-----A--A--T--T--CATGCAAAAATTAAC-GGAA-A---ATGAACGTTGT---C--A-A--------A--AAAGTGGAGGGACAGCT-CCCTGGATC-AA-A-TGCCTCGTA---CAT----GTTGGTATA----TTAAGT------ACACA-T---A--AT-TTTCTT-C-GTGCGCGAATCTA----TCGACGTTCG-A-T----TCATCATCATGGACATTCATATAACTTCGTA
finalCons : NNNNNNNNNCCTTCAATTCACC-A-GTTCATTCAAGGCGTCTCAT-----------ACA-ATTCATA--------TT-AT---TA--T--CACCAAA------A-GAGTAGG----GGGGAGG--GGGCCAAT--CCGCCAATATA-TC-T-ATTTTGCATGTGAAAATAACNTAATNTN-----------CATGCAAAAAT-AAC-GGAA-A---ATGAACGTTGT---CAA-----------A--AAAGTGGAGGGACAGCT-CCCTGGATC-AACA-TGCCTCGTACATG-------TTGGTATA----TTAAGT------ACACATAAA-------TTTCTTCG--TGCGCGAATCTA----TCGACGTTCG-A-T----TCATCATCATGGACATTCATATAACTTCGTA
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): ACGTCTAGAATGGTAGGGTGCCCAGACATATAGAATTAATATTTATGTGGCGTGCCGCCATTCATTATAAACTGGGGGCGGCCGCCGACTATATTATCTGGGGCTGCCAGTTAAAGCTAATTTGGGTGGCCTGCCAGATAAATTTTAAGTGGCAGCCGCTCTTAATGTAGAGTGTGTGGTTGCCGGGAGATTAGAATGTATGCGGCAACGCCGATAATAAAACTAAAAGGCTGGGGCGGCGGGTCCGCAGTGTCTTATTTCTTCTTCTTCTCTCACCAAAACTGATATTCTTGTGCAAGCCCTGTAAACTATATCTCTAATAATAAGTATGATTATTATATATACAGGTTATACAATTTAAAACATTTTAATTTTCACCGGTTATTTTTGAAACAAGAGGCCCATGGGCCACA
Unaligned ( gi|5 ): AACTGGCGGCCGCCCGATTAATTTAACTGGCGATCACGACTTATTATATGGCGGCCGGCAGATAATTTATTTGGCGGCAGCCATATGAATTAATTGGCGAACGCCTCTTAATTTAGTCACTTTATTTATATGGTGGCCGTCAGTTATTCTCTCTCTCAAAAAACGAAAGTTGCGTAAGCCTTGTAAACTCCATCTCCATTAATAAGTATTATATACATGTTATACAGTTAAAAGGTTTTACTTTTCACTGCTACAATTTTGAAACAGTTTAGAATAGCACGCAGACAGGAGACATCGTTTTTCAAAGTGTTGAGACAGTCGA
Unaligned ( gi|6 ): CTCGGCTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTGGCGGCCGTCACTTAATATCTGGCGGCCACTTTATAAAGTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCGGCGGCCGCCTCTTAATATCTGGCGGCCACTTTATAAAGTAAGTGGCGGCTGCCACTTCATAAATGTGACAGCCGCCATGTAATTTAACTGGCGACTGCCACTTAATTTATCTCGCGTCTTCCAATACGATAGTTGCAAGCCCTGTAAATTCCATCTC
Unaligned ( gi|9 ): GGTAGCTTCTTTGATTAATATAGGTGGCGACTGCCTCTATATATCCTGCAGCCACCATTAATTATCTGGCAGCCAGTTAATCTCTTTTTTATCTCTTTCCCAAAATGAAAGGGGTGCAAGCCCTGTAACCCCCATCTCCAATATTAAATTAGCAATATGCATGTGTTATGCATTGTTGATTGTGCTGTTAATTTACAAAGTTATGTTCAT
Unaligned ( gi|19 ): CTCTCTCTCTCAATCAATCAATCAATCAAAGTGATAGATGTAAAGGCCCTGTAAACTCCATCTCCAATAATAATTTAGTATTATATACATA
Unaligned ( gi|22 ): TTAGTTTTTGAAACAAGAGTCCCATGGGCCACA
Unaligned ( gi|23 ): TTTAGCGACCTCGTATCGTCTCCCCTTGCGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111
lowQualScore : 11 0000000000000000000000000 44444444444444444 111111 11111111 222 111111111111 11111111 1111 1 1111111111 1111 111111 444444444444444 111111 1111 6666666666666666666
lowQualScore : 8 44 0000000000000000000000000 55555555555555555 5 888 66 66 5 999999 33333333 2 1 55 555 66 222 2 1 333333333333 8888 1 2 2 2 2 5 555 555 33 55555555 44 44 0 1 0000 0 2 5 6666666666 0000 66 999999 444444444444444 666666 1 7777 3 0000000000000000000
lowQualScore : . .. ......................... ................. . ... .. .. . ...... ........ . . .. ... .. ... . . ............ .... . . . . . . ... ... .. ........ .. .. . . .... . . . .......... .... .. ...... ............... ...... . .... . ...................
lowQualScore : 0 44 0000000000000000000000000 66666666666666666 0 888 99 99 0 444444 66666666 5 4 55 999 11 888 3 5 333333333333 4444 0 9 9 9 9 7 000 000 00 44444444 22 22 1 4 0000 1 5 5 6666666666 6666 99 222222 555555555555555 222222 0 0000 2 7777777777777777777
consensus : NNNNNNNNNCCTTCAATTCACC-A-GTTCATTCA-AGG---C-G--TTTCA-------TACAATTCAT--------------A--TT-AT---TA--T--CACCAAA-A------GAGTAGG----GGGGAGG--GGGCCAAT--CCGCCAATATATC-T-ATTTTGCATGTGAAAATAAC--NTA--ATNTNCATGCAAAA-A-T-AAC-GGAA-A---ATGAACGTTGT---CA-A--------A--A--AAGTGGAGGGACAGCT-CCCTGGATCAACATGCCTCGTA---CAT----GTTGGT----ATA--TTAAGT------ACAC-A-T--AA---A-T-TTCTTC----GTGCGCGAATCTA----TCGACGTTCG-A-T----TCATCATCATGGACATTCATATAACTTCGTA
Reference ( family-1879 ) : NNNNNNNNNCCTTCAATTCACC-A-GTTCATTCA-AGG---C-G--TCTCA-------TACAATTCAT--------------A--TT-AT---TA--T--CACCAAA-A------GAGTAGG----GGGGAGG--GGGCCAAT--CCGCCAATATATC-T-ATTTTGCATGTGAAAATAAC--NTA--ATNTNCATGCAAAA-A-T-AAC-GGAA-A---ATGAACGTTGT---CA-A--------A--A--AAGTGGAGGGACAGCT-CCCTGGATCAACATGCCTCGTA---CAT----GTTGGT----ATA--TTAAGT------ACAC-A-T--AA---A-T-TTCTTC----GTGCGCGAATCTA----TCGACGTTCG-A-T----TCATCATCATGGACATTCATATAACTTCGTA
gi|10 : CCTTCATTTAATC-A-GCTCATTCATA-------------CA-------TAAAATACATGTTAATAAACAATCA--TT-AC---TA--TACCACCAAA-A------GAGTGGG----GTGGA----GGACCAAT--TCACCGGTATATCTT-ATTTTGCGTGTGAAATTAAA--ATA--GTTGTCA---AAAA-G-T-----GGAAGA---ATGA
gi|11 : ggctccattcgtCAATTCAT--------------A--TT-ATAACTA--T--CATCAAAGA------AAGTACA----G---AGG--GGGTCAAT--CCGCTGATACCGA-T-ACAGTGTATGTGAAATTAAC------------------------T-AAC-AGAA-A---ATGAATGTTGT---C--A--------A--A--AAGTGGAAGGACAGC--CCCTGGATCAAATTACCTTGTA---C------GTTGGT----ATA--Tgga
gi|12 : A-A-T-AAC-AGAA-A---ATGAACTTTGT---CA-A--------A--A--GAGTGGAGGGACAGC--GCCTGGTTCTACATGCCTGGTG---CA------TTGTT----A------AAGT------ACAG-ATT--AAAACA-T-TTTTTC----ATCCGCTAATCTA----TC--TGTCCGCATT----TCAT-ATCATGAATATCCATATAACTTCATAgatatcttg
gi|13 : AT--------------A--TTCAT---TAAAT--CACCAAA-AA-----GAGTAAG-------------------------GCCAATATATCAT-ATCTAAAATATGAAAATAAC--AGA--ATTTTCATTCAACATT-T-CAC-GGAA-T---GTGAACATTGT---C--A--------A--A--AGGTGGAGGGAAAACT-CCCTGGAT
gi|14 : ttcacggctgA-A-T-AAC-GGTT-A---ATCAACGTTGT---CA-AGGCATGTGA--A--GGGAAGAGGGGCAGTTTCCCTGGTTCAACGTGCCTGATA---CA------TTGGTATAAATA--TTTAGT------GCACAA-T--AAT--A-T-TTTCTC----GTGCGTAAATCTATCTGTCGACATT
gi|15 : GG--GGGATAATTGCAGCTAATACATC-TTACTTTCTAT-----ACTAAC--AT----TGTAC--GCAAAA-A-G-AACTGGAA-A---A-GTACGTTGT---CA-C--------A--A--AA
gi|16 : ggaacTAAACGTTGT---CA-A--------A--A--G-GTGGAGGGACAATT-CCCTGGATCAA-ATGCCTTGTAATGTAT----GTCAGT----ATA--TTAtacgttgcaggccccttcttcaacccttgt
gi|17 : -T-ATTTTGAATGTGAAAATAACTTTTAATATATTCATACAACA-ATT-AAC-GGAA-T---GAGAACGTTGT---CA-A--------A--A------GGTGGGACAATC-CCCT-GCTCAA-ATGTCTCGTA---CAT----GTgacttttcctgtacgtacaccgcctttgagctcggactc
gi|18 : a--------------A--TT-AT---TA--T--CAC------------GAG--AG----GGGAAGGCAGGGC-AGT--CCGCCAATGTATCAT-ATTTTACAT---------AC--TTA--GT----ATG--AAA-A-T-AAC-GAAA-A---GTGAAAATTGT---CA-
gi|2 : ttcCCTTCAGTTCACC-A-GTTAATTC---------------T---------TACAATTCAT------------------T-AT---CA--T--CACCAAA-A------GAAT-------GGGGAGG--GCGACAAT--CCACCAATAAATT-TTATTTTACTTGTGAAATAAAC--CTA--ATATGCATGCAAAA-A-T-AAC-AGAA-A---AGGAAAGTTGT---TA-AAT------A--A--AAATAAAA------------TGGAACAACATGCCTTGTA---CGTTCAACTTGGT----ATATTTTAATT------ATAT-A-A--GG---A-T-T--CTC----GTTCGCTAATTTG----TCAACAT------T----TCAT-ATCATGGATATTCATATATCTTTGTAg
gi|20 : ttttcactccatcattatttttcactttgaaagagtttagaatcatacgcaggcaggtacattgtttttcaaagtgttgtatccttcattttcctaatgggaagggaggggatccgttcgtCTTCAATACACCTATATTTATTCA-AGG---C-AAATTTCA-------TACAGGTCAT------------------T-AT---TA--T--CACCAAA-A------GTGTTGA----GGATTGG--GGa
gi|21 : ttctgtttgtaTTTGCATATGAAAATAAC--TTA--CTGTGCATGT-AAA-A-T-AAC-GAAA-A---ATGAACGTT-T---TA-A--------ATTT--GAGTGAAGGG
gi|3 : tcaatacc-ATTTTGCTTGTGAAAATTAC--TTA--ATTTTCATGTAAAA-A-T-AAC-GGGA-A---ATGAACGTCCT---CATA--------A--A--AAGTTAAGGG-----T--------TCTACGTGCCTGGTA---CAT----
gi|4 : gttaagtttaaaaaatgtacttcgtaccatttctattaaaaagagttcagaatcgtacgctgatacgttacatcgtttttcaaagtgtagggacatcgctgacgagcaaaaagttttctcttttgcctaagtttcatatttgcgattaaattggagggaagggagttcattttcgcacttcaattcatctacttaacattcattactaccatgaaggaatggcaccaCCTTAAATTCACC-A--TTCATTCA-AGG---CTGC-TTTTAAAAATAGTACAATTCAT--------------AATTT-AT---TA--T--CACCAAA-A------GAGTAGGATGAGGGGAGG--GAGCAAAT--CCACCAATATATA---ATTTTACATATGAAAATCAC--TTA--ATT--CAAGCAACA-A-TTAAC-GGAGTATTCATGAACGTTGTGATCG-A--------A--A--AGGTGAAGGGACAGTT-CCCTGGATCAA-ATGCCTTGTA---CAT----GTTGGC-----TA--TTAAGT------ACAC----------------TCTT-----GTGCGGGAATCTA----TCGACATTCG-A-TATCATCATCATCATGAACATTTATAAAATTTCATAtgacc
gi|7 : gttagtcggCCTTCAATTCACA-A-ATACATTCA-AGGTTGC-A--T-TCT-------TAAAGTTCAT------------------T-AT---TA--T--CCCCAAA-AATGGTAGAGAAGG----GGGGGGG--GG--CATT--CCACGAATATATT-TTATTTAACATGTGAAAATGAC--ATA--ATAACCAC-----A-A-T-AAC-AGAA-A---ATGAACGTTGC---CA-A--------A--AAAAAGTGGAGGGATATCT-CTGTGGATCAGCATG--TCGTG---TAT----GTTGGT----ATA--TGAAGT------ACAC-A-T--TA---A-TATTCTCTTACAGTGCGTGAATCTA----TCGA------------------CATCATGGACAGTCATATAATTTTGtattaactacggta
gi|8 : ccgtttgtAGG--GGGCCAAT--TCGCTAATATGTCTT-ATTTTGCAGGTG-ATATACC--CTA--AATTGCATGCAAAA-A-T-AAC-GGAA-A---ATAAACATTGT---CG-A--------A--A--AAATGGATGCTCAGCC-CCCTGAATCAA---GTCTTGTA---C------GTTTGT----ATA--TTACATGTAACAACAC-A-TTGAG---ATT-TTCTTC-----TGCGCGAATCTgtaat
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): ACGTCTAGAATGGTAGGGTGCCCAGACATATAGAATTAATATTTATGTGGCGTGCCGCCATTCATTATAAACTGGGGGCGGCCGCCGACTATATTATCTGGGGCTGCCAGTTAAAGCTAATTTGGGTGGCCTGCCAGATAAATTTTAAGTGGCAGCCGCTCTTAATGTAGAGTGTGTGGTTGCCGGGAGATTAGAATGTATGCGGCAACGCCGATAATAAAACTAAAAGGCTGGGGCGGCGGGTCCGCAGTGTCTTATTTCTTCTTCTTCTCTCACCAAAACTGATATTCTTGTGCAAGCCCTGTAAACTATATCTCTAATAATAAGTATGATTATTATATATACAGGTTATACAATTTAAAACATTTTAATTTTCACCGGTTATTTTTGAAACAAGAGGCCCATGGGCCACA
Unaligned ( gi|5 ): AACTGGCGGCCGCCCGATTAATTTAACTGGCGATCACGACTTATTATATGGCGGCCGGCAGATAATTTATTTGGCGGCAGCCATATGAATTAATTGGCGAACGCCTCTTAATTTAGTCACTTTATTTATATGGTGGCCGTCAGTTATTCTCTCTCTCAAAAAACGAAAGTTGCGTAAGCCTTGTAAACTCCATCTCCATTAATAAGTATTATATACATGTTATACAGTTAAAAGGTTTTACTTTTCACTGCTACAATTTTGAAACAGTTTAGAATAGCACGCAGACAGGAGACATCGTTTTTCAAAGTGTTGAGACAGTCGA
Unaligned ( gi|6 ): CTCGGCTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTGGCGGCCGTCACTTAATATCTGGCGGCCACTTTATAAAGTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCGGCGGCCGCCTCTTAATATCTGGCGGCCACTTTATAAAGTAAGTGGCGGCTGCCACTTCATAAATGTGACAGCCGCCATGTAATTTAACTGGCGACTGCCACTTAATTTATCTCGCGTCTTCCAATACGATAGTTGCAAGCCCTGTAAATTCCATCTC
Unaligned ( gi|9 ): GGTAGCTTCTTTGATTAATATAGGTGGCGACTGCCTCTATATATCCTGCAGCCACCATTAATTATCTGGCAGCCAGTTAATCTCTTTTTTATCTCTTTCCCAAAATGAAAGGGGTGCAAGCCCTGTAACCCCCATCTCCAATATTAAATTAGCAATATGCATGTGTTATGCATTGTTGATTGTGCTGTTAATTTACAAAGTTATGTTCAT
Unaligned ( gi|19 ): CTCTCTCTCTCAATCAATCAATCAATCAAAGTGATAGATGTAAAGGCCCTGTAAACTCCATCTCCAATAATAATTTAGTATTATATACATA
Unaligned ( gi|22 ): TTAGTTTTTGAAACAAGAGTCCCATGGGCCACA
Unaligned ( gi|23 ): TTTAGCGACCTCGTATCGTCTCCCCTTGCGA