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Reference ( gi|3 )            : CTAGGGGTG-AATC-AA---TATATC---GA-TATA-TC-G--------ATAC-----GTAC-CGGTATA----A-AGC-TC-CCTG-ACGA--T-AT-GCGA-TACAGAG-G---T--GG-GTCGAT-ATT-TCG---A-TA-TAA--AGT-C-GGG-CTT--GAAG----T-G--A-GAACAT--T-ACGT-C-GGGAT-CGGCTAGTACTTTTTAAAAGA-------AAAT----------GT-CT--TCCAA---------------GA-------A--T-C----------------TA-G-----C---A----A-A-AA-----------TGCAA--CT-TGC-AAA---G-ACACCG-T-AAC-AT--CTTCCAG--TGG----CAC-A-A-CT-AA--T-T---------------------AAAT-GTC--A-AT-----CT--T-C---------T-C----C-G-CCA-TC-A-C---AAATTAA-A--T------TAAGT-TACA-ATAAA-------A----A-C---AA----T-CC-CGT-G-A-AAC-AAGAA--G-T-CTAT-CGA-----TG----G-A---G-G--AG--T-TA-----G-A--C-----T--G----A-TTACC-----GC-GA-GA-C--G-TTTCTAA-GGTAAAGTT-TATCT--TTAA--T-T--AGGGTCAATATGAT----CATTACAA------ATTGGGAATCTT-TTTTT-CG-GA--C-AT-----A--CAG-TCTTCT-T-TTTCA-TT-A--TAT--T-ATT-TTTTGA-A-AGAT-------C-AA-C-A-A--TT----A--AAGAT-G-T----G----C---G-TT-ATATT-TA-CC--GG--C--AA-CA--TC---T-GT---A-GC--ATTTG-A--AA--G--AA--GT--TTC---AGTA-CC--G---TAGG-GAT-CA-T-T----G---TTAC-----GA--C---AA--CAA---GGG-CC--A-GT---------TT-G---A-G--T--CCT-G--A-A---AATG--T-----C-A-ACA----------C--A-T--T---------A-T--TT-------TT------C---T-------T---A-AA-G-AA---------------------AAA---------------CG--T---GAG-CTT-TT--G-AA--A--TT-TTA---ATTA--AATA-AGT-A-TT-CA-T-T--A--TG---AGACA-T--------C-AG-G--------------TA-T--T---A-TT-TCCCGT-T-TGC--TTTCT-C-----TT-C--A--TG-ATG-G-A--C-----T--C-A-AA--CAA-A-A-------C-----C-------AAAA----AT---T---T-T--TG-AA--AATAA------A-T-----TG-TG-------AAAAAA-ACATT-TG--TTTTGTTTTTT--AT-T----TCAAT-ATGTTGAAT----AAAAA--CAC-TT-A-----AATG-T-----TTA-T--T--A-GA--T-C-C-A-----AT-ATAT-C--G-----GA--TATC----GG--A-AC----TTT-G-CA-TA-TC--G--T-A-T-CG-T---A-TCG--TAT-C-G-AAA--TTATGCT-C--GC-A--ATACACA
gi|1                          :    GGGGTG-AATC-AAAAATA-ATCACGGAGTATA-TC-G--------ATAC-----GTAC---GTATA----A--GC-TCATCTG-GCGA--T-AT-GCGA-TACAGAA-GGATT--GGAGTC-AT-ATT-TCGCCCA-T--TAA--AGT-C-GGGACTT--GAAG----T-CTTA--AATAT--T-ACGT-CCGGGATTCGGCTAGTACTCTTTAAAGAA-------AATT----------GT-CTACTCCAACAATAAAAAAAAATAGA-------AAGT-A----------------TA-G-----C---ACAAAA-A-AA-----------TGCA----C-TGC-AAA---GTAAACCG-T-AAT-AT--CTGCTGG--TGGAAA-CAC-A-AACT-GAATT-T---------------------AAGTAGCC--A-TC-----CTA-T-C---------T-C----CAG-TCA-TC-A-A---AAATCAA-ACGT------CACATGTACA-ATAAA-------A----AACGA-AA----T-CCATAC-A-A-AAGGAAGAA--T-TACTAT-CGAA----TG----G-A---G-GGAAG--A-TA-----G-AGGC--------G----A-TTACCACA--GC-GG-AC-C--G-TCTTTGG-GCTAAGCTC-TGTCT-----A--T-C----GGTTAA-----------ACT-----------TT---AATCTT-TGTTTGCG-GA--C-AT-----G--CAGGTCCTCA-TATTTCAATTGA--TAT--G-ATT-ATTTAC-A-CGA--------C-AA-CCA-A--TTTTAAA--AAAAC-G-T----G----C---GGCT-ATTTT-TA-CC--G---C--A--CA--TGG--T-GTT--A-GC--ATTTG-A--AA--AT-GA--GT--TTC---AATT-CA--G---TCGGAGAC-AG-T-T----G---TTAC-----GG--C---AA--CAACTAGGG-CC--ATGT---------TG-G---AAG--T--CCC-A--ACA---AATG--T-----C-A-AAA----------C----T--G---------A-T--TT-------TT----------T-------T---G-AA-G-AA---------------------AAA---------------CA--C---GAA-CGT-TT--A-AA--A--TTATTA---TTTC--AATA-------TT-CA-T-TT-A--CG---AGACA-T--------C-AG-C--------------TA-T--T---A-TT-TTCTGT-T-TGC--GTCCT-C-----TTCC--G--TG-ATG-G-A--C-----T--C-T-AA--CAA-A-AGACATTGC-----T-------GTAATT--TT---T---T-T--TG-AA--AATAA------A-T-----TGCTGGAACA--AAAAAA-AAA--------TTTGCTTTTT--G--C----TCAATCAAGTTGAAT-----AAAA--CAC-TT-A-----AATGAT-----CGA-TA-T--A-GA----C-C-A-----AT-ATAT-C--T-----GAACTATC----GGCTG-AC----TTT-G-AC-TA-TC--GGTT-ATT-CG-A---A-TCGT-TATAC-GAAAA--TTTTGCA-TAAGCAA--ATACACA
gi|12                         :    GGGGTG-AATC---------------GA-TATA-TC-G--------ATAC-----GTAC-CGGTATATTG-A-AGC-TC-CTTG-ACGA--T-AT-GCGA-TACAGAG-G---T--GG-GTCGAT-ATT-TCA---A-TA-TAA--AGT-C-GGG-CTT--GAAG----TCT--A-GAATAT--T-AC
gi|27                         :    GGGGTG-AATC-AA---TATATC---G-------------------ATAC----------------A----A-AGC-TC-TCTA-GCGA--T-AT-GCGA-T--AGAG-G---T--GG----------T-TCG---A-TA-TAA--AGT-C-GGG-CTT--GACG----T-annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttggaacaggaagtttatcgatgaaggagatggaccgattaccgcgggacgttttaacgtggtccatatgatcattaaaaattgggaatctttttttcggacttgcagtcctctattctttgaacgaccaacaattagaaatgtgcgctatttttatcgggaacatctgtagcattcgaaaggggtttcagtactgcaggagacat
gi|7                          :     GGGTG-AATC-GA---TATATC---GA-TAT---T-G---------TAC-----GT-----GTATA----A-AGC-TC---TG-ACGA--T-AT-GC---TACAGAG-G---T--GG-GTCGAT-ATT-TCA---A-TA-TAA--AGT-C-GGA-CTT--GAAGTCCTT-G--A-AAATAT--cttga
gi|5                          :      GGTG-AATCTAA---TATATC---GA-T-TA-TC-GGTCCCCGTATACTTTGCATAC-TG-TGCA----A-GGC-TC-ACTG-ACGA--TTATCGCGAATAC-GAG-G---T--GG-G----------TCG---A-TA-T---------------TT--A-------T-C--A-TAATAT--A-AAGT-C-GG------------ACTT------ATG-------AGAC----------GT-CT--T---A---------------GA-------A--TAT----------------TA-GTAGCAC---A----A-G-AC-----------TGCAAA-CT-TGC-AAATAAG-AGAACG-T-AAC-AT--CCTCTGG--TGGAG--CAC-A-AACT-GAATT-T---------------------AAGT-GCCCGA-CA-----CT--T-CAACG-----T-A----C-G-CCA-TC-T-C---AAA----------------AACG-TACA-ATAAA-------T----A-C---GAAATTT-CC-GGTAG-C-AAC-AGGCATTA-T-CTAT-CGA-----TG----GTA---G-G--GA--T-T------G-A--C-----TCGA----A-TTACC-----TC-CA-G--C--G-TGT------GTAA-------CCC--GTAT--T-T----GGT-AATACTATAAGGCATC-----------TTTG--ATCTT-TTTTT-CA-AAAAC-AT-----GACCAG-TC--CT-T-ATTCA-TA-A--TAC--T-ATT-CTTTGA-A-CGAC-------C-AA-C-ATA--TT----AGAAAAAC-T-T----G----C---G-CT-AT--T-T---C--GG--C--AAACA--TC---T-GT---ATGC--ATTCG-AG-AA--G--GG--GG--TTCTAAATTATCC--GCATTAGA-GAC-AA-T-T----T---TTAC-----GAG-C---AA--CAA---GAG-CT--G-TT---------TT-G---A-G--TC-CCT-GAAA-A---AATG--T-----T-ATAAA----------C--A-T--TTAAAAAAAAA-------------------------------------A-AA-G-AA---------------------AAA---------------CA--CG--GAC-CTT-TT--G-GACGG--TG-CGA---ATTATTATTA-AGTAA-TT-CA-C-TTAA--CG---AGACC-T--------C-GG-A--------------TA-TG-T---A-TTCTTCTGT-T-TGC--TTTCT-C-----TTGC--A--TG-TTG----------------------------------------------------------------T---T-C--TG-AA--AATAA------GTT-----TG-TG-------AAAAAA-------------TTGCTTTTTGCGT-C----TCAA----GTTGAAT-----AAAA--CGC-TTAA-----AATG-T-----TGA-T--TTAA-GA--T-C-C-A-----ATAATAT-C--G-----GA--TATC----GGT-A-A------TT-G-Cagcaaaaagactgcaaagctgtgcaaaagaaaccgttaaccattccttctgttgcacaactaatttaagtgtccatcttctacgaccatcacaaacgtttaaataaaacacgacacttctgtgcaacagaagtctattcgatgaggggatacggaattaggaccgaattacgctgggactggttttggtttaaatataaagtctatctttgatctttttttcggccattcagtccttattgcatatttatgattttgaacgaccaaattaaaaaacatgcgcattttaccgcaacatgttagcattcgaaaagggggtttaattcctggtaatgatacattatttacgaagcaaaaagggcctgtttggagtccgaaaaatgtcaaatacattatttttaaaaaaggaaaaacacaggcttgttgaaattattattatattcataacggacatcgagatattatattttctgtttgcctttcttagtgaggctcagaacaagacgtttgctgtattgtttttgaaaataagttgctgaaaaaattgctttttgctttaagtttaatataaacactttaaatgttgataggagtcccaatatatcgcgatttcgggactttcgcataatcgtatcgtatcgaaattttgtgctagcaatacacagg
gi|4                          :      GGTGCAATC-AA---T-----------TATA-TC-G---------TAC-----GTACACGACATATTTAA-AGCCTC-TCTGCACGAATC-AT-GCGA-TACAGAGTG---T---G-GTC--T-GTTATCG---A-TA-TAACGAGT-C-GGG-CTT--cgttgtttaaatgtatc
gi|13                         :                       aATC---AA-TATA-TC-G--------ATAC------TAC-CGA-GTT----A-AGC-TC-CCTG-ACGA--TCATTACGA-TACAGAG-G---T--GG-GTCGAT-ATT-TCG---AATACTAA--AGT-CCGGG-CTGAGGAAG----T-CT-A-GAATAT--A-CCGTTC-GGGAT-CGGCTA-TACTTTT--AAAGATTTCCCGAAAT----------GT--T--TCCAA---------------GA-------A--T-CAAGGAAAGAAATATA-TA-G-----C---C----ACA-AA-----------TGCAA--CT-TGCCAAA---G-AAACCGAT-AA--AT--CTTCCAG--TAG----CAC-A-A-AC-AT--T-T---------------------AAATTGTC--A-AT-----CT--TTC---------T-C----C---CCA-TC-A-C---AAATTAA-A--T--------AGT-TAC--ATAAA-------A----A-CCATAAGT--T-CC-TGT-G-GCAAC-AGGAA--G-T-C-AT-CG------TG----G-A---GTG--AG--A-TAG----G-A--C-----T--G----A-TTACC-----AC-GAGGA-C--GTTTTCTAATGGTAAATCTGTATCTTATTAAAGT-TTAAGGGTCCATATGAT----CATTAAAA------ATT-GGAATAGT-TATAT-C--GA--C-AT-----G--CAT-CCTCTT-T-TTTCA-TA-A--TAT--G-ATT-TTTTGA-ACAAAC-------C-AAGC-A-A--GT----A--AAAAatatatagcacaataatgcaacttgacaagaaaccgtccactcgctggtgcattaacttaatttaaggtccatgcatgctattctacgccacaaaaacgtaccaataataactattcccgtgcaatagttccattcgaggagatatagaccgattcccgcgaccttttcgctaaattaactatatcttccctaatcccttatttttcgacatttgccccagtactctatttcattaattatgattcttttgaacgacaaaatttcacctatccttaatattataccgtccgaccttcgatagcccgttcgacaatgttgttttaattccgcatgaacatttttaccctgggaccgaaacgggcctcgctttggccagctcccgaaaatgattaaaacgttattttttacaagaaaaacatccggcttttgaaatgtgattatttccagtatttcataacgagacagtcagctaattatttctcactatgctctttcgctcatccgtgtatggtactcaaaaaagacttgcagtaataatggttcgctgataaaaagagaattatgcttttagctcttactgcactaaaaaccatttaattgtatgattacaagtcaatatatccggaatctcagatatgtgatttgcattactcgagaatcgatagtcggttatctgaaagtatctcgctagcatacacacgcc
gi|8                          :                  ggttgaATC----A-TATA-TC-G--------ATAC-----GT-C-CGGTATA----A-AGC-TC-ACTG-ACGA--T-AT-G-GA-TACAGAG-G---TGCGG-GTC-AT-ATT-TCA---A-TA-TAA--AGT-C-GGA-CTT--GA
gi|22                         :                  gtgtgaATC---AA-TATA-TC-G--------ATAC-----GTAC-CGGTACA----A-AGC-TC-CCTG-ACGA--T-AT-GCGA-TACAGAG-G---T--AG-GTCGAT-ATT-TCG---A-TA-TAA--AGT-C-GGA-CTT--GAAG----TCT--A-GAATAT--T-ACGA-C-GGGgtctttgaatagtatcatatgcaaagacttgcacttgcaaaggaaaccgacatcctctggtggcacaactaatttaagtgtcacaccttctaccgccactcacaaaacggtaaacatataataacgaaattcgtgcaaacaggaagtctatcgatggagggggatcagacacgattacgcgggaccgtttttggtaattaaagctattttgatcttttttttctcaaaactatgaggtcctcctatttcataatatgatctctttcgacatacgagcccacaacaattgaaaatcatcctcgcttggctattttacttaggcaacatctgtagcatatcgaaggggtttaattccggcatggaacattttttaccaccaagagcctgttgagtcccgaaaatgttaaaaccatttaaaaaaaaaagaaaaacaccggacttttgaaaattattataagtatttcataacgagaatcgatattattttctgttctgcatttctacttccatgtttctgaaaaataagttgtgaaaaaaattgctttttattgctctcaagttgaatacaaaaacttaaatttgaattataacagatccaatatggatatcggataatcggtattcg
gi|6                          :                       tgaC---AA-TATA-TC-G--------ATA------GTAC-CGGTATT----A-AGC-TC-TCTG-GCGA--T--T-GC-A-TACAGAG-----T--GG-GTCGATTATT-TCG---A-TA-TAA--AGT-C-GGG-CTT--GAAG----T-C--TTGAATAT--TTACGT-C-GGGAT-CGGCTAGTACTTTT--AAAGA-------AAAT----------CTTCT--TCCAA---------------GA-------A--G-CAAATAAGTTAATATTATA-G-----C---A----A-A-AAAAAAAAAAAAATGCAA--CT-TGC-AAA---G-GAACCG-T-AAC-AT--TCTTCTG--TGG----CAT-A-AACT-AA--T-TT--------------------AAGT-GTC--C-AT-----CT--T-C---------T-C----C-G-CCA-TC-AGC---AAATTAA-A----------ACGG-ACCA-ATAAA-------A----A-CGA-AA----T-CC-CTTTG-C-AAC-AGGAA--G-T-CTAT-CGA-----TG----G-A---G-G--GG--A-TA-----G-A--C-----C--G----A-TTACC-----AC-GA-GACC--G-TTTTT----GTAAAGTC-TAACG--TTAA--T-
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gi|30                         :                                                                                                                                                                                                    -GGGAT-CGGCTAGTACTTTC--AAAGA-------AAAT----------GT-CA--TCCAA---------------GA-------A--T-C----------------ctttttttctctatttcataatatgattctttgaacgaccaacaattaaatcatgcactatttttccggcaacatctgtagcattggaaagggtttcagatccacaggagacattgttaaggcaacaagggcctgtttgagtcctgaaaatgtcaaaaaaaaaattttttttaaagaaaaacatgagcttttgaaattattaagtactcattatgagacatcacctattattttctgtttgctttcccttctgtgatggactcaaacaagatgttgttgtaattttttaaaaatgaattgtgaaaaaaaaatttgctttttgctcttaagttaaattgaaacacttaaatgttgattagat
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                     gtgtgaatcatatatcgatacgtccggtataaagctcactgacgatatggatacagaggtgcgggtcatatttcaatataaagtcggacttga-------A--T-A----------------TA-G-----CTAAA----A-A-AA-----------TGCAA--CT-TGC-AAG---A-AAGCCGAT-AAC-AT--CTTCTGGGTTCG----CAC-A-A-AC-AA--T-T---------------------AAGT--TC--C-CT-----CT--T-TGCCTTTGATT-C----C-G-TCA-TCCA-C---AAATT-------------TAACG-TACA-TTAAA-------A----A-CGGAAA----T-CC-TGT-A-ACAAC-AGGAA--GGC-CTAT-CGAA----TA----G-A---GCG--AA--T-TA---------------------------T-CC-----GC-G--GC-C--G-TTT-----GGTAAAGTC-TGTC------A--T-T----------------------TTA--A------ACTGTAACTCTT-TAT----GCGA--CGAT-----G--CAG-TCCTCTAT-TTTCA-TT-A--TATG-G-ATT-ATTTG--A-ACAC-------C-AA-C-A-A--TT----A--AAAAG-A-T----G----C---G-CTGATCTT-TA-CC--CG--C--AA-CA-------T-GT---A-GC--ATTTG-A--AAATG--AG--GT--TTC---AATT-CC--G---CAAG-GAGACA-T-T----G---TTACG----GA--CA--AA--CAA---GGG-CC--T-GT---------TT-G---A-G--T--CC--A--A-A---AA------------A-ATT----------C--A-T--T---------A-T--AT-------TT------T---A-------G---A-AG-A-AA---------------------AAA---------------CA--C---ACA-TTT-TT----AT--A--TT-ATT---ATTA--GA-----T-A-TT-CA-T-T--taatcggtattcg
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                aggtgcaatcaattatatcgtacgtacacgacatatttaaagcctctctgcacgaatcatgcgatacagagtgtggtctgttatcgatataacgagtcgggcttatAC-ATA-CT-AA--TCT---------------------ACGT-GCC--C-AT-----CT--T-C---------T-C----T-G-CCT-TT-A-C---AAACTAA-A--C------T-----TACA-ATAAT-------A----A-C---GAGG--T-CC-TGT-G-C-AAC-AGGAA--G-T-CTAT-CGA-----GG----G-A---G-G--GG--A-TA-----A-A--CCGCTAT--G----A-TTACT-----GC-GA-GA-C--G-TTTT----GGTAGAGTT-TATCcgcc
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          a---------------------AAAT-G-C--A-AT-----TT--T-T---------T-CTTTTC-G-ACA-CC-A-C---ATAT-AA-A--T------TAATG-TACA-A-AAA-------A----C-C---AA----T-TC-CGC-A-A-Angataaaccgctatgattacttcgagacgttttggtagagtttatctttaattagggtccatatgatcattaagaattgccattgggaatctttttttcggacatgcagtctatttcatatatgattctttgacacgaccaaacaaacttaaaaccgtgccaccgtattttacccagcaacaattttgttgcattcgaaagggttagtactgcaggacatgtgtaatggcaacaaggccgtgagaaagaacagagtcctggaaaatgtcaacacaaatatatttttctttttaagaaaaacatgagcttttaaattttaattaagtgtttatcaaacgaaacatcagctattatattctgtgctcccccgtgactactcaaacaagaccgtgtgaatttattttgaaatacatgtaaat
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           cT-G-G-AAC-AGGAA--G-T-TTAT-CGA-----TG----A-A---G-G--AG--A-TG-----G-A--C-----C--G----A-TTACC-----GC-GG-GA-C--G-TTT-------TAACGT----------------------GGTCCATATGAT----CATTAAAA------ATTGGGAATCTT-TTTTT-CG-GA--C-TT-----G--CAG-TCCTC---------------------T-ATT-CTTTGA-A-CGAC-------C-AA-C-A-A--TT----A--GAAAT-G-T----G----C---G-CT-ATTTT-TA-TC--GG--G--AA-CA--TC---T-GT---A-GC--ATTCG-A--AA--G--GG--GT--TTC---AGTA-CT--G---CAGG-tatctttattttccccttctatttgcatttaactaatggatatctcgttcgacaccacacgactcctaagcgaccaacatccaacaatttaaatacgatgcactattctttccggggcaacattacatgtctaagccaattgacgaagtacggtttcagatccaatcagcgagacattgttaaaagggcaatccaagggcctagtctgagctccctgaaacaatgtcttcacaataataaaaaattcattctatttttcttttttaagaaaaacatctggagctttttcgaacttttatctattacatgtacccacctatgtacagacattcacacaacacctatctattattctggttgcctttcctcgtctgtggatcttgcgaactcaataatcacagattcagtttgtctgttaatttttataacaaaaatgaa
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    ggggtgaatcgatatatcgatacgtaccggtatattgaagctccttgacgatatgcgatacagaggtgggtcgatatttcaatataaagtcgggcttgaagtctagaatattacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAC-AAGAA--G-T-CTAT-CGA-----TG----G-A---G-G--GG--A-TA-----G-A--C-----T--G----A-TTagacat
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gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         caatatatcgatagtaccggtattaagctctctggcgattgcatacagagtgggtcgattatttcgatataaagtcgggcttgaagtcttgaatatttacgtcgggatcggctagtacttttaaagaaaatcttcttccaagaagcaaataagttaatattatagcaaaaaaaaaaaaaaaatgcaacttgcaaaggaaccgtaacattcttctgtggcataaactaatttaagtgtccatcttctccgccatcagcaaattaaaacggaccaataaaaacgaaatccctttgcaacaggaagtctatcgatggaggggatagaccgattaccacgagaccgtttttgtaaagtctaacgttAATCTT-TTTTT-C-------------------------TCT-A-TTTCA-TA-A--TAT--G-ATT-CTTTGA-A-CGAC-------C-AA-C-A-A--TT----A--AAT-C-A-T----G----C---A-CT-ATTTT-T--CC--GG--C--AA-CA--TC---T-GT---A-GC--ATTGG-A--AA--G--G---GT--TTC---AGAT-CC--A---CAGG-AGA-CA-T-T----G---TTAA-----GG--C---AA--CAA---GGG-CC--T-GT---------TT-G---A-G--T--CCT-G--A-A---AATG--T-----CAA-AAA----------A--A-A--A---------A-T--TT-------TT------T---T-------T---A-AA-G-AA---------------------AAA---------------CA--T---GAG-CTT-TT--G-AA--A--TT-------AT------TA-AGT-A-CT-CA-T-T--A--TG---AGACA-T--------C-AC-C--------------TA-T--T---A-TT-TTCTGT-T-TGC--TTTCC-C-----TT-CT-G--TG-ATG-G-A--C-----T--C-A-AA--CAA-G-ATGTTG--T-----T-------GTAA----TT---T---T-T--TA-AA--AATGA------A-T-----TG-TG-------AAAAAA-AAATT-TGCTTTTTGCTCTT-------------AA----GTTAAAT----TGAAA--CAC-TT-A-----AATG-T-----TGA-T--T--A-GA--T-
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tacgttgggatcggctagtacttttaaagagaaccaaaacagaaatatatagcaaaaatgcaacttgcaaacagtaacatcttctggaggcacaactcatttacatgtaactaccggtaagtaagtgtccatcttctccgccaacataaattaaacgtacattaaaatcgaaatcccatgcaacaggaagtttatcgatggaggggatagaccgattaccgcacgacgttctggtaaagtttatcttt-------C-AA-C-A-A--TTT---A--AATAC-GAT----G----C---A-CT-ATTCT-TT-CC--GGGGC--AA-CA--TTACAT-GTCTAA-GCC-AATTG-ACGAA--G--TACGGT--TTC---AGAT-CC--AAT-CAGC-GAGACA-T-T----G---TTAAAAG--GG--C---AATCCAA---GGG-CCT-A-GT---------CT-G---A-GCTC--CCT-G--A-AAC-AATG--TCTTCAC-A-ATAATAAAAAATTC--A-TTCT---------A-T--TT-------TT------CTTTT-------T---T-AA-G-AA---------------------AAA---------------CA--TCTGGAG-CTT-TTTCG-AA--C--TT-TTATCTATTA--CAT---GT-A-CC-CACC-T--A--TGTACAGACA-TTCACACAAC-AC-C--------------TA-TC-T---A-TTATTCTGG-T-TGCCTTTCCT-C-----GT-C-----TG--TG-G-AT-C-----TTGC-G-AACTCAATA-A-------T-----C-------ACAG----AT---TCAGT-T--TG-
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ccaattctctccgccaacactctaaattaatatccgccctaaataaaacaagtcgatgtaaccattgcataacaggaaagtttcgagtatttggaggggattatcagtgaccgccgaattacccacgcacacgacgttcatgcggtaaagtttatctttatatctttattttccccttctatttgcatttaactaatggatatctcgttcgacaccacacgactcctaagcgaccaacatcT-ATATT-TA-CA--GG--C--AG-CA--TC---TTGT---A-GC--ATCCG-A--AA--G--AG--GTGTTCC---AGTA-CC--G---TAGG-AAA-CA-T-T----G---TTAC-----GG--C---AA--CAA---GGGGCT--T-GT---------CT-G---A-A--T--CCT-G--A-A---AATG--T-----C-A-ACA----------C----T--T---------A-T--TT-------T-------C---T-------T---G-AA-G-AA---------------------AAA---------------CA--T---GAGGCGT-TT--GGAA--A--TT---A---ATTT--AATA-AGT-A-TTTCA-TAT--A--TG---AGACA-T--------C-AG-GCCATGGACTCAGGGTA-T--T---ACTT-TTCCGTGT-TGC--TT-CT-C-----TT-C--A--TG-ATG-G-ATCC-----T--CCA-AA--CAA-G-A----------------------AAC----AT---T---T-TTTTG-AA--AATAA------A-T-----TG-TG-------AAAAAA-ACATT-TG--TTTTGCGCTTT--ATCT----TAAAT-ATGTTGAATGG--AAAAA--CAC-TT-ACGGGTAATG-T-----TGACT--T--A-GA--TCC-C-A-----AT-AT-T-C--A-----GA--TATC----GG----AC----TTT-GCCA-TA-TC--G--T-A-T-CG-T---A-TCG------G-G-GAA--TTATGCT-A--GC-A--ATACAtctgttaatttttataacaaaaatgaa
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -CC--G---CAGA-AGA-CA-T-T----G---TTAC-----GG--C---AA--TTA---TAT-CT--A-G-------------------G--G--CCT-G--A-A---AATG--T-----C-A-AAA----------C--A-T--T---------A-C--TT-------TTTTAAAAT---T-------T---A-AA-G-AT---------------------AAA---------------CA--C---AAG-CTT-TT--G-AA--A--TT-a
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aatt---AA--CAA---GGG-CC--T-GT---------TT-G---A-G--T--CAT-G--A-A---AATG--G-----C-A-ACA----------A--A-T--T---------ATT--TT-------TT------T---T-------T---A-AA-GAAA---------------------AAA---------------CA--C---CAG-CTT-TT--G-AA--A--TT-TTA---AT------TA-AGT-A-TT-CA-T-T--A--CG---AGACA-C--------C-AG-C--------------TA-T--T---A-Tatt
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gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      cG-CC--T-GT---------TT-G---A-G--T--CCC-G--A-A---AATG--T-----T-A-AAA----------C--T-T--T---------A-T--TT-------TT------T---TTTTTTTGT---A-AA-G-AA---------------------AAA---------------CA--C---AGG-TTT-TT--G-AA--A--TT-ACAGT-ATT---ATTA-AGT-A-TT-CA-T-A--A--CG---AGACA-T--------C-A
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): TCTGTCGCGAGGATGAATCCACAATCAATTGC






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Reference ( family-1854 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       NNNGGGGTG-AATC-AA---TATATC---GA-TATA-TC-G--------ATAC-----GTAC-CGGTATA----A-AGC-TC-TCTG-ACGA--T-AT-GCGA-TACAGAGG---TG--G-GTCGAT-ATT-TCG---A-TA-TAA--AGTC-GGG-CTT--GAAGTC--A-GAATATT-ACGT-C-GGGAT-CGGCTAGTACT-TTT--AAAGA-------A-AAT-GT-CT--TCCAA---------------GA-------A----------------TN---------------T----AGC---A----A-A-AA-----------TGCAA--CT-T--GC-AAA---G-AAAC-CG-T-AAC-AT--CTTCT-GG--TG---G---CAC-A-A-CT-AATTTA--------------------AG-TGTC-C-AT-----C-T--T--C---------T-CC-G-CCA-TC-A-C---AAATTAA-A------C--TAAGT-TACA-ATAAA--A-A-CG-A-AA--T--C-CC-GT-GN-AA-CAGGAA--G---T-CTAT-CGA-----TGGAG-GG--GN--T----A---------G--AC-C-----G-----A-TTA-CC-----GC-G-GG----A-C--GTT--TT----T--GG--T--AAAGTC--TATC--------T--TTAA---TTA--GG-TCC------ATAT-GATCATT--A--A--------A--TTGGGAATCTT-TTTTT-CG-GA--C-AT--G--C---AG-TCCTC-T-T-TTT-CA--T-NA--TATG-AT-TCTTT-GA---AC-GA---C-C-AA-CA-------A--TT----AAAAA-CG-T----G-C---G-C--T--ATTTT-TACC--GGC--AACA--TC---T-GT---A-GC--AT-T--CG-A-AA--G--GG--GT--TTC--AGT--TCC--G--C---AGGGA-ACA-T-T----G---TT---AC----G--G--CAA--CAA---GGG-CC-T-G--T---------TT-G---A-G-T-CCC---GA-A---AATG--T-----C-A-ANA----------C--A-T--TA-T--TT---T--T------TT-------T---------A-AA------G-AAAAACA--C---GAG-CTT-T---T--G--------AA-ATTNTA-------A-------TT----AAAT--------AAGTA--TT-CA-T-T--A-C--G---AGACA-T--------C-AG----------C----T-AT--T---A-TT-T-TCTGT-T-TGC-TTTCT-C-----TT-C--G--TG-ATG-G-A--C-----TC-A-AAC--AAG-A-----C-----CG-------GNA----NT--TT-TTG-A----AA---ATAA------G-TTG-TG-----AAAAAAAAA-T--TG--T--TTT--GCTCTTTG-C--T-TCAAT--A-GTTGAAT----AAAAACAC-TT-A-----AATG-T-----TG-A-T-T-----A-GA--T-C-CA-----A-T-ATATC--G-----GA--TATC---GG------G-A-CTTT-G-CA-TA-TC--G--T-A-T-CG-T---A-TCG--TAT-C-G-AAA--TTGT---GC-T-AGC-AATACACA
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               a--GA--T----A---------A--AC-C-----GCTATGA-TTA-CT-----TC-G-AG----A-C--GTT--TT-------GG--T--AGAGTT--TATC--------T--TTAA---TTA--GGGTCC------ATAT-GATCATT--A--AGAATTGCCA--TTGGGAATCTT-TTTTT-CG-GA--C-AT--G--C---AG----TC-T-A-TTT-CA--T--A--TATG-AT-TCTTT-GAC--AC-GA---C-CAAA-CA-------AACTT----AAAAC-CG-T----GCC---A-CCGT--ATTTT-ACCC--AGC--AACAATTT---T-GT---T-GC--AT-T--CG-A-AA--G--GG-------TT--AGT--ACT--G--C---AGG---ACA-TGT----G---TA---AT----G--G--CAA--CAA---GG---C-C-G--TGAGAAAGAACA-G---A-G-T-CCTG--GA-A---AATG--T-----C-A-ACA----------CAAA-TA-TA-T--TT---TTCT------TT-------T---------T-AA------G-AAAAACA--T---GAG-CTT-T---T-----------AA-ATTTTA-------A-------T--------T--------AAGTG--TT-TA-T-CAAA-C--G---AAACA-T--------C-AG----------C----T-AT--T---A-TA-T-TCTG----TGC-T---C-C-----CC-C--G--TG-AC--T-A--C-----TC-A-AAC--AAG-A-----C-----CGTGT----GAA----TTTATT-TTG-A----AA---ngataaaccgctatgattacttcgagacgttttggtagagtttatctttaattagggtccatatgatcattaagaattgccattgggaatctttttttcggacatgcagtctatttcatatatgattctttgacacgaccaaacaaacttaaaaccgtgccaccgtattttacccagcaacaattttgttgcattcgaaagggttagtactgcaggacatgtgtaatggcaacaaggccgtgagaaagaacagagtcctggaaaatgtcaacacaaatatatttttctttttaagaaaaacatgagcttttaaattttaattaagtgtttatcaaacgaaacatcagctattatattctgtgctcccccgtgactactcaaacaagaccgtgtgaatttattttgaaatacatgtaaat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                            aacatactaatctacgtgcccatcttctctgcctttacaaactaaacttacaataataacgaggtcctgtgcaacaggaagtctatcgagggaggggataaaccgctatgattactgcgagacgttttggtagagtttatcnGGGGTG-AATC---------------GA-TATA-TC-G--------ATAC-----GTAC-CGGTATATTG-A-AGC-TC-CTTG-ACGA--T-AT-GCGA-TACAGAGG---TG--G-GTCGAT-ATT-TCA---A-TA-TAA--AGTC-GGG-CTT--GAAGTCT-A-GAATATT-ACtacatgtaaat
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aaaaaatcgttctttccaaacaatc-------A----------------TA---------------T----AGCTAAA----A-A-AA-----------TGCAA--CT-T--GC-AAG---A-AAGC-CGAT-AAC-AT--CTTCT-GGGTTC---G---CAC-A-A-AC-AATT-A--------------------AG-T-TC-C-CT-----C-T--T--TGCCTTTGATT-CC-G-TCA-TCCA-C---AAATTTA-A------C-----GT--ACA-TTAAA--A-A-CGGA-AA--T--C-CT-GT-AACAA-CAGGAA--GG--C-CTAT-CGA----------------A--T----A---------G--AG-C-----G-----AATTATCC-----GC-G-GC------C--GTT--T--------GG--T--AAAGTC--TGTC--------------A---TT-------------------------TT--A--A--------A--CTGTAACTCTT-TAT----GCGA--CGAT--G--C---AG-TCCTC-TAT-TTT-CA--T-TA--TATGGAT-TATTT-GA---AC--A---C-C-AA-CA-------A--TT----AAAAA-GA-T----G-C---G-C--TG-ATCTT-TACC--CGC--AACA--T------GT---A-GC--AT-T--TG-A-AAATG--AG--GT--TTC--AAT--TCC--G--C---AAGGAGACA-T-T----G---TT---AC----G--GA-CAAA-CAA---GGG-CC-T-G--T---------TT-G---A-G-T--CC---AA-A---AA------------A-ATT----------C--A-T--TA-T--AT---T--T------TA-------G---------A-AG------A-AAAAACA--C---ACA-TTT-T---T-----------AT-ATTATT-------A-------TT----AGA------------TA--TT-CA-T-T--
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gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     A-TATAATCTG--------ATAC-----AAAC-CGGTATA----ATAGC-TC-T-TG-ACGA--T-AT-GCGA-TACATAA--------------AT-ATT-TCG---A-TA-TAA--AGTC-AGG-CTT--GAAGTCT-A-GAATATT-ACGT-C-GGGAT-CGGCTAGTAAT-TTT--CAAGA-------A-AAT-GT-CT--TCCAA---------------GA-------A----------------TCAAGAAAGAAAAACA-T----AGC---A----A-A-AA-----------TGCAA--CT-T--GC-AAA---G-AAAC------------------T-GG--GG---G---CAC-A-A-CT-AATTTA--------------------AG-TGTC-C-AT-----T-T--T--C---------T-CC-G-CCA-TT-A-C---AAATTAA-A------C--T---T-T-CA-ATAAA--A-A-CG-A-GG--T--C-CC-AT-GG-AA-CAGGAA--A---T-CTAT-CGA-----TGAAG-GG--GA--T----A---------G--AC-C-----G-----A-TTA-CT-----GC-G-GG----A-C--GTT--TT----T--A-----------C--CA-C--------T--TTA------------TCC------ATAT-GATCATT--A--A--------AAATTGGGAATCTT-TTTTT-CT-GA--C-AT--G--C---AG-TCCTC-T-A-TTT-CA--T-AA--TATG-AT-TCTTT-GA---AC-GA---C-C-AA-CA-------C--TT----AAAAA-TG-T----G-C---G-C--T--ATTTT-TATC--AGG--AACA--TC---T-GT---A-GC--AT-T--CG-A-AA--G--GG--GT--TTC--AGT--ACC--G--C---AGGAG-ACA-T-TCAACA---TT---AC----G--G--CAA--CAT---GGG-CC-T-A--T---------TT-G---A-G-T-CCT---GA-A---AATG--T-----T-A-ACA----------A--A-T--TA-T--TT---T--C------TT-------T---------A-AA------G-AAACACA--T---GAG-CTT-T---T--G--------GA-ATTTAA-------ACATGAGCTTTTGAAAATTTTTAATCAAGTAAGTT-CA-T-T--AGC--G---AAACA-CG-------C-AG----------CT---T-AT--T---A-TT-T-TCTGT-T-TGC-TATCT-C-----AT-CCGG--TG-ATT-G-A--CTTCAGTC-A-AAC--AAT-A-----CGTTTGCT-------GTA----GTTGTT-TTG-A----AA---ACGA------A-ATG-TG-----AAAAAACCC-C--TT--TAATCT--GCTCTTTA-A--T-TCAAT--ATGTTGAAT----AAAAACACTTT-A-----AATG-T-----TG-T-T-T-----A-GA--T-C-CA-----A-T-ATATC--G-----GA--TACC---GG------GTA-CTTT-G-CA-TA-TT--G--T-ATT-TG-T---A-TCG--TAT-C-G-AAA--TTAT---GC-T-AGC-AATACACta
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     a-AT--T---A-TT-T-TCTGG-T-TGC-GTCCT-C-----GT-C--CCTTG-ATG-G-A--CCTTT-TC-T-AAC--AAGGA-----C-----CGTGCTATAGTA----AT--TTGTTG-A----AA---ATAA------C-TTG-TG-----AAAAAAAAA-A--T---T--TTT--GCTCTC-----------AT--A-GTTGAA-----ATAAAC----------------------------T-T-----A-GA--T-C-CA-----AAT-ATATC--G-----GA--TATC---GG------G-A-CTTG-A-CA-TA-TT--GT-T-A-T-C---------CG--TAT-T-C-AAA--TT-T---GC---AGC-AAT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            --G-GTCGAT-ATT-TCG---A-TA-TAA--AGTC-GGG-CTC--GAAGTCT-A-GTCTATT-ACGT-C-AGGAT-CGGCTAGT-------------A-------A-AAT-GT-CT--TCCAA---------------GA-------A----------------T-----------------------C---A----A-G-A---------------AA--CT-TTAG--AAA---G-AAATACA-T-AGC-Ata
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gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tgaAA--CAA---GGG-CC-T-G--T---------TT-G---A-G-T-CAT---GA-A---AATG--G-----C-A-ACA----------A--A-T--TATT--TT---T--T------TT-------T---------A-AA------GAAAAAACA--C---CAG-CTT-T---T--G--------AA-ATTTTA-------A-------T--------T--------AAGTA--TT-CA-T-T--A-C--G---AGACA-C--------C-AG----------C----T-AT--T---A-T
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  G-CC-T-G--T---------TT-G---A-G-T-CCC---GA-A---AATG--T-----T-A-AAA----------C--T-T--TA-T--TT---T--T------TTTTTTTTGT---------A-AA------G-AAAAACA--C---AGG-TTT-T---T--G--------AA-ATTACAGT-----A-------TT-----ATT--------AAGTA--TT-CA-T-A--A-C--G---AGACA-T--------C-A
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            --AAT--TCC--G--C---AGAAG-ACA-T-T----G---TT---AC----G--G--CAA--TTA----------T-A--T---------CT-A---G-G-G-CCT---GA-A---AATG--T-----C-A-AAA----------C--A-T--TA-C--TT---T--TTTAAAATT-------T---------A-AA------G-ATAAACA--C---AAG-CTT-T---T--G--------AA-ATTAT
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AAAACAT-GT-T-----AAT-----------A-T-T-----A-GA--T-C-CA-----AAT-AT-TC--A-----GA--TATC---GG------G-AACTTT-G-CA-TA-TC--G--T-A-T-TG-T---A----------------A--TTAT---GC-T-AGC-AATACACt
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tttctgttctttattttGGGGTG-AATC-AA---TAT------------A-TC-G--------ATAC----------------A----A-AGC-TC-TCTA-GCGA--T-AT-GCGA-T--AGAGG---TG--G----------T-TCG---A-TA-TAA--AGTC-GGG-CTT--GACGTC--
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AG-CTT-T---C--G--------AA-ATTATC-------A-------TT----AA------------GTA--TT-CA-C-T--A-C--G---AGATA-T--------C-AG----------C----------T---A-TT-T-TCTGT-T-TGC-TTTCT-C-----TT-C--ttga
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            a-CA-----A-T-ATATC--G-----GA--TATC---GG------G-A-ATTT-G-CA--------------------T---A-TTG--TAT-C-G-AAA--TTAT---GC-T-AGC-CATACA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          GGGGTG-AATC-AA---TATATC---GA-TATA-TC-G--------ATAC-----GTAC-CGGTATA----A-AGC-TC-CCTG-ACGA--T-AT-GCGA-TACAGAGG---TG--G-GTCGAT-ATT-TCG---A-TA-TAA--AGTC-GGG-CTT--GAAGTG--A-GAACATT-ACGT-C-GGGAT-CGGCTAGTACT-TTTTAAAAGA-------A-AAT-GT-CT--TCCAA---------------GA-------A----------------TC---------------T----AGC---A----A-A-AA-----------TGCAA--CT-T--GC-AAA---G-ACAC-CG-T-AAC-AT--CTTCC-AG--TG---G---CAC-A-A-CT-AATT-A--------------------AA-TGTC-A-AT-----C-T--T--C---------T-CC-G-CCA-TC-A-C---AAATTAA-A------T--TAAGT-TACA-ATAAA--A-A-C----AA--T--C-CC-GT-GA-AA-CAAGAA--G---T-CTAT-CGA-----TGGAG-GA--GT--T----A---------G--AC-T-----G-----A-TTA-CC-----GC-G-AG----A-C--GTT--TC----TAAGG--T--AAAGTT--TATC--------T--TTAA---TTA--GGGTCA------ATAT-GATCATT--ACAA--------A--TTGGGAATCTT-TTTTT-CG-GA--C-AT--A--C---AG-TCTTC-T-T-TTT-CA--T-TA--TATT-AT-TTTTT-GA---AA-GA---T-C-AA-CA-------A--TT----AAAGA-TG-T----G-C---G-T--T--ATATT-TACC--GGC--AACA--TC---T-GT---A-GC--AT-T--TG-A-AA--G--AA--GT--TTC--AGT--ACC--G--T---AGGGA-TCA-T-T----G---TT---AC----G--A--CAA--CAA---GGG-CC-A-G--T---------TT-G---A-G-T-CCT---GA-A---AATG--T-----C-A-ACA----------C--A-T--TA-T--TT---T--T------CT-------T---------A-AA------G-AAAAACG--T---GAG-CTT-T---T--G--------AA-ATTTTA-------A-------TT----AAAT--------AAGTA--TT-CA-T-T--A-T--G---AGACA-T--------C-AG----------G----T-AT--T---A-TT-T-CCCGT-T-TGC-TTTCT-C-----TT-C--A--TG-ATG-G-A--C-----TC-A-AAC--AAA-A-----C-----CA-------AAA----AT--TT-TTG-A----AA---ATAA------A-TTG-TG-----AAAAAAACATT--TG--T--TTT--GTTTTTTA-T--T-TCAAT--ATGTTGAAT----AAAAACAC-TT-A-----AATG-T-----TT-A-T-T-----A-GA--T-C-CA-----A-T-ATATC--G-----GA--TATC---GG------A-A-CTTT-G-CA-TA-TC--G--T-A-T-CG-T---A-TCG--TAT-C-G-AAA--TTAT---GC-T-CGC-AATACACAa
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cta-GGGAT-CGGCTAGTACT-TTC--AAAGA-------A-AAT-GT-CA--TCCAA---------------GA-------A----------------T
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -A-CTTT-G-CA-TA-TC--G--T-A-T-TG-T---A-TCG--TAT-C-G-AAA--ATTT---GC-T-AGC-AATGCACAcaaataaggaatata
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -A-CTTT-G-CA-TA-TC--G--T-A-T-CG-T---A-TCG--TAT-C-G-AAT--TTGT---GC-T-AGC-AATACACAgc
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           A-CAAGAA--G---T-CTAT-CGA-----TGGAG-GG--GA--T----A---------G--AC-T-----G-----A-TTg
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  G--TAT-C-G-AAA--TTGT---GC-T-AGC-AATACACA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GGTGCAATC-AA---T-----------TATA-TC-G---------TAC-----GTACACGACATATTTAA-AGCCTC-TCTGCACGAATC-AT-GCGA-TACAGA-G---TGT-G-GTC--T-GTTATCG---A-TA-TAACGAGTC-GGG-CTT--gcccc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       a-------A----------------TA---------------T----AGC---AC---A-ATAA-----------TGCAA--CT-T--GA-CAA---G-AAAC-CG-T-C-C-AC--TCGCT-GG--TG-------CATTA-A-CTTAATTTA--------------------AG--GTC-C-ATGCATGC-TATT--C---------T-AC-G-CCA------C---AAA---A-A------C-----GT-ACCA-ATAAT--A-A-CT-A-T---T--C-CC-GT-GC-AA-TAGT--------T-CCATTCGA------GGAG-AT---A--T----A---------G--AC-C-----G-----A-TTC-CC-----GC-G-------A-C--CTT--TT----C--GC--T--AAA--------------------TTAA------------CT------ATAT-CTTCCCT--A--A-----------TC-----CCTTATTTTT-CG--A--C-ATTTG--CCCCAG-TACTC-T-A-TTT-CA--T-TAATTATG-AT-TCTTTTGA---AC-GA---C---AA--A-------A--TT----TCA---CC-T----A-T---C-C--TTAATATTATACC--GTCCGACCT--TC---G-AT---A-GCCCGT-T--CG-A-CA--A--TGTTGT--TTT--AAT--TCC--G--C---ATG-A-ACA-T-T----T---TT---ACCCTGG--GACCGA--AAC---GGG-CC-TCGC-T---------TT-GGCCA-GCT-CCC---GA-A---AATGA-T-----T-A-AAA----------C--G-T--TA-T--TT---T--T------T------------------ACAA------G-AAAAACATCC---G-G-CTT-T---T--G--------AA-A-TGTG-------A-------TT----ATTTC-------CAGTAT-TT-CA-T-A--A-C--G---AGACAGT--------C-AG----------C----TAAT--T---A-TT-TCTCACT-A-TGC-TCTTT-CGCTCATC-C--G--TGTATG-GTA--C-----TC-A-AAA--AAG-A-----C-----TT-------GCA----GT---------------A---ATAATGGTTCG-CTGATA-----AAAAGAGAA-TTATG--C--TTTTAGCTC-TTA-C--T-GCACT--A------------AAAACCAT-TT-A-----ATTG-TA----TG-A-T-T-----ACAA--G-T-CA-----A-T-ATATCCGG-----AA--TCTC---AGATATGTG-A--TTT-G-CATTACTCGAG--A-A-T-CGAT---AGTCGGTTAT-CTG-AAA--GTATCTCGC-T-AGC--ATACACAatatatagcacaataatgcaacttgacaagaaaccgtccactcgctggtgcattaacttaatttaaggtccatgcatgctattctacgccacaaaaacgtaccaataataactattcccgtgcaatagttccattcgaggagatatagaccgattcccgcgaccttttcgctaaattaactatatcttccctaatcccttatttttcgacatttgccccagtactctatttcattaattatgattcttttgaacgacaaaatttcacctatccttaatattataccgtccgaccttcgatagcccgttcgacaatgttgttttaattccgcatgaacatttttaccctgggaccgaaacgggcctcgctttggccagctcccgaaaatgattaaaacgttattttttacaagaaaaacatccggcttttgaaatgtgattatttccagtatttcataacgagacagtcagctaattatttctcactatgctctttcgctcatccgtgtatggtactcaaaaaagacttgcagtaataatggttcgctgataaaaagagaattatgcttttagctcttactgcactaaaaaccatttaattgtatgattacaagtcaatatatccggaatctcagatatgtgatttgcattactcgagaatcgatagtcggttatctgaaagtatctcgctagcatacacacgcc
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Reference ( family-1854 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                         NNNGGGGTG-AATC-AA---TATATC---GA-TATA-TC-G--------ATAC-----GTAC-CGGTATA----A-AGC-TC-TCTG-ACGA--T-AT-GCGA-TACAGAGG---TG-G-GTCGAT-ATT-TCG---A-TA-TAA--AG-T-C-GGG-CTT--GAAGTCTAGAATATT-ACGT-C-GGGAT-CGGCTAGTACT-TTT--AAAGA-------A-AAT-GT-CT--TCCAA---------------GA-------A----------------T---------------AT----AGC---A----A-A-AA-----------TGCAA--CT-T--GC-AAA---G-AAAC-CG-T-AAC-AT--CTTCT-GG--TG---G---CAC-A-A-CT-AATTTA--------------------AG-TGTC-C-AT-----C-T--T--C---------T-CC-G-CCA-TC-A-C---AAATTAA-A-C------T--GT--TA-CA-ATAAAA--A--CG-A---AA--T--CCCGT-G-CA--A-CAGGAA--G---T-CTAT-CGA-----TGGAG-GG--G-AT----A---------G--AC-C-----G-----A-TTA-CC-----GC-G-GG----AC--GTT--TT----T--GG--T--AAAGTC--TATC--------T--TTAA---TTA--GG-TCC------ATAT-GATCATT--A--A--------A--TTGG-AATCTT-TTTTT-CGGA--C-AT--G--C---AG-TCCTC-T-T-TTT-CA--T-NA--TATG-AT-TCTTT-GA---AC-GA---C-C-AA-CA-------A--TT----AAAAA-CG-T----G-C---G-C--T--ATTTT-TACC--GGC--AACA--TC---T-GT---A-GC--AT-T--CG-A-AA--G--GG--GT--TTC--AGT--TCC--G--C---AGGGA-ACA-T-T----G---TT---AC----G--G--CAA--CAA---GGG-CC-T-G--T---------TT-G---A-G-T-CCC---GA-A---AATG--T-----C-A-ANA----------C--A-T--TA-T--TT---T--TTT-------T---------A-AA------G-AAAAACA--C---GAG-CTT-T---T--G--------AA-A--TT-------AT--NA--TT----AAAT--------AAGTA--TT-CA-T-T--A-C--G---AGACA-T--------C-AG----------C----T-AT--T---A-TT-T-TCTGT-T-TGC-TTTCT-C-----TT-C--G--TG-ATG-G-A--C-----TC-A-AAC--AAG-A-----C-----CG-------GNA----NT--TT-T-TG-A----AA---ATAA--G-T--T-G-T-G-----A-AAAAA-------AAA--TGTTTTGCTCT---TTG-C--T-TCAAT--A-GTTGAAT----AAAAA--CAC-TT-A-----AATG-T-----TG-A-T-T-----A-GA--T-C-C-A-----A-T-ATATC--G-----GA--TATC---GG------G-A-CTTT-G-CA-TA-TC--G--T-A-T-CG-T---A-TCG--TAT-C-G-AAA--TTGT---GC-T-AGC-AATACACA
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   a--G-AT----A---------A--AC-C-----GCTATGA-TTA-CT-----TC-G-AG----AC--GTT--TT-------GG--T--AGAGTT--TATC--------T--TTAA---TTA--GGGTCC------ATAT-GATCATT--A--AGAATTGCCA--TTGGGAATCTT-TTTTT-CGGA--C-AT--G--C---AG----TC-T-A-TTT-CA--T--A--TATG-AT-TCTTT-GAC--AC-GA---C-CAAA-CA-------AACTT----AAAAC-CG-T----GCC---A-CCGT--ATTTT-ACCC--AGC--AACAATTT---T-GT---T-GC--AT-T--CG-A-AA--G--GG-------TT--AGT--ACT--G--C---AGG---ACA-TGT----G---TA---AT----G--G--CAA--CAA---GG---C-C-G--TGAGAAAGAACA-G---A-G-T-CCTG--GA-A---AATG--T-----C-A-ACA----------CAAA-TA-TA-T--TT---TTCTTT-------T---------T-AA------G-AAAAACA--T---GAG-CTT-T---T-----------AA-A--TT---------------TT----AATT--------AAGTG--TT-TA-T-CAAA-C--G---AAACA-T--------C-AG----------C----T-AT--T---A-TA-T-TCTG----TGC-T---C-C-----CC-C--G--TG-AC--T-A--C-----TC-A-AAC--AAG-A-----C-----CGTGT----GAA----TTTATT-T-TG-A----AA---ngataaaccgctatgattacttcgagacgttttggtagagtttatctttaattagggtccatatgatcattaagaattgccattgggaatctttttttcggacatgcagtctatttcatatatgattctttgacacgaccaaacaaacttaaaaccgtgccaccgtattttacccagcaacaattttgttgcattcgaaagggttagtactgcaggacatgtgtaatggcaacaaggccgtgagaaagaacagagtcctggaaaatgtcaacacaaatatatttttctttttaagaaaaacatgagcttttaaattttaattaagtgtttatcaaacgaaacatcagctattatattctgtgctcccccgtgactactcaaacaagaccgtgtgaatttattttgaaatacatgtaaat
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       T-G-GA--A-CAGGAA--G---T-TTAT-CGA-----TGAAG-GA--G-AT----G---------G--AC-C-----G-----A-TTA-CC-----GC-G-GG----AC--GTT--TT--------------AACGT------------------------------GG-TCC------ATAT-GATCATT--A--A--------AAATTGGGAATCTT-TTTTT-CGGA--C-TT--G--C---AG-TCCTC-T----------------------AT-TCTTT-GA---AC-GA---C-C-AA-CA-------A--TT----AGAAA-TG-T----G-C---G-C--T--ATTTT-TATC--GGG--AACA--TC---T-GT---A-GC--AT-T--CG-A-AA--G--GG--GT--TTC--AGT--ACT--G--C---AGGAG-ACA-T-annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttggaacaggaagtttatcgatgaaggagatggaccgattaccgcgggacgttttaacgtggtccatatgatcattaaaaattgggaatctttttttcggacttgcagtcctctattctttgaacgaccaacaattagaaatgtgcgctatttttatcgggaacatctgtagcattcgaaaggggtttcagtactgcaggagacat
gi|13                         : ggggtgaatcgatatatcgatacgtaccggtatattgaagctccttgacgatatgcgatacagaggtgggtcgatatttcaatataaagtcgggcttgaagtctagaatattacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntATC---AA-TATA-TC-G--------ATAC------TAC-CGA-GTT----A-AGC-TC-CCTG-ACGA--TCATTACGA-TACAGAGG---TG-G-GTCGAT-ATT-TCG---AATACTAA--AG-T-CCGGG-CTGAGGAAGTCTAGAATATA-CCGTTC-GGGAT-CGGCTA-TACT-TTT--AAAGATTTCCCGA-AAT-GT--T--TCCAA---------------GA-------A----------------TCAAGGAAAGAAATATAT----AGC---C----ACA-AA-----------TGCAA--CT-T--GCCAAA---G-AAAC-CGAT-AA--AT--CTTCC-AG--TA---G---CACAA-A-C---ATTTA--------------------AATTGTC-A-AT-----CTT--T--C---------T-CC---CCA-TC-A-C---AAATTAA-A-T------A--GT--TA-C--ATAAAA--A--CC-AT--AAGTT--CCTGTGG-CA--A-CAGGAA--G---T-C-AT-CG------TGGAGTGA--G-AT----AG--------G--AC-T-----G-----A-TTA-CC-----AC-GAGG----AC--GTT--TTCTAAT--GG--T--AAA-TCTGTATC--------TTATTAAAGTTTAAGGG-TCC------ATAT-GATCATTAAA--A--------A--TTGG-AATAGT-TATAT-C-GA--C-AT--G--C---A--TCCTCTT-T-TTT-CA--T-AA--TATG-AT-TTTTT-GA---ACAAA---C-C-AAGCA-------A--GT----AAAAA-
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aaaaaaaatgttctctccaaacaatcaaaaaacatgaaat--T--ATATT-TACA--GGC--AGCA--TC---TTGT---A-GC--AT-C--CG-A-AA--G--AG--GTGTTCC--AGT--ACC--G--T---AGGAA-ACA-T-T----G---TT---AC----G--G--CAA--CAA---GGGGCT-T-G--T---------CT-G---A-A-T-CCT---GA-A---AATG--T-----C-A-ACA----------C----T--TA-T--TT---T--CTT-----------------G-AA------G-AAAAACA--T---GAGGCGT-T---T--GG-------AA-A--TT-------A----A--TT----TAAT--------AAGTA--TTTCA-TAT--A-T--G---AGACA-T--------C-AGGCCATGGACTCAGGGT-AT--T---ACTT-T-TCCGTGT-TGC-TT-CT-C-----TT-C--A--TG-ATG-G-ATCC-----TCCA-AAC--AAG-A------------A-------ACA----TT--TT-TTTG-A----AA---ATAA--A-T--T-G-T-G-----A-AAAAA-------ACATTTGTTTTGCGCT---TTATC--T-TAAAT--ATGTTGAATGG--AAAAA--CAC-TT-ACGGGTAATG-T-----TG-ACT-T-----A-GA--TCC-C-A-----A-T-AT-TC--A-----GA--TATC----G------G-A-CTTT-GCCA-TA-TC--G--T-A-T-CG-T---A-TCG------G-G-GAA--TTAT---GC-T-AGC-AATACA
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gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       A-TATAATCTG--------ATAC-----AAAC-CGGTATA----ATAGC-TC-T-TG-ACGA--T-AT-GCGA-TACATAA-------------AT-ATT-TCG---A-TA-TAA--AG-T-C-AGG-CTT--GAAGTCTAGAATATT-ACGT-C-GGGAT-CGGCTAGTAAT-TTT--CAAGA-------A-AAT-GT-CT--TCCAA---------------GA-------A----------------TCAAGAAAGAAAAAC-AT----AGC---A----A-A-AA-----------TGCAA--CT-T--GC-AAA---G-AAAC------------------T-GG--GG---G---CAC-A-A-CT-AATTTA--------------------AG-TGTC-C-AT-----T-T--T--C---------T-CC-G-CCA-TT-A-C---AAATTAA-A-C------T---T--T--CA-ATAAAA--A--CG-A---GG--T--CCCAT-G-GA--A-CAGGAA--A---T-CTAT-CGA-----TGAAG-GG--G-AT----A---------G--AC-C-----G-----A-TTA-CT-----GC-G-GG----AC--GTT--TT----T--A-----------C--CA-C--------T--TTA------------TCC------ATAT-GATCATT--A--A--------AAATTGGGAATCTT-TTTTT-CTGA--C-AT--G--C---AG-TCCTC-T-A-TTT-CA--T-AA--TATG-AT-TCTTT-GA---AC-GA---C-C-AA-CA-------C--TT----AAAAA-TG-T----G-C---G-C--T--ATTTT-TATC--AGG--AACA--TC---T-GT---A-GC--AT-T--CG-A-AA--G--GG--GT--TTC--AGT--ACC--G--C---AGGAG-ACA-T-TCAACA---TT---AC----G--G--CAA--CAT---GGG-CC-T-A--T---------TT-G---A-G-T-CCT---GA-A---AATG--T-----T-A-ACA----------A--A-T--TA-T--TT---T--CTT-------T---------A-AA------G-AAACACA--T---GAG-CTT-T---T--G--------GA-A--TTTAAAC--AT--GAGCTTTTGAAAATTTTTAATCAAGTAAGTT-CA-T-T--AGC--G---AAACA-CG-------C-AG----------CT---T-AT--T---A-TT-T-TCTGT-T-TGC-TATCT-C-----AT-CCGG--TG-ATT-G-A--CTTCAGTC-A-AAC--AAT-A-----CGTTTGCT-------GTA----GTTGTT-T-TG-A----AA---ACGA--A-A--T-G-T-G-----A-AAAAACCCCTTTAA------TCTGCTCT---TTA-A--T-TCAAT--ATGTTGAAT----AAAAA--CACTTT-A-----AATG-T-----TG-T-T-T-----A-GA--T-C-C-A-----A-T-ATATC--G-----GA--TACC---GG------GTA-CTTT-G-CA-TA-TT--G--T-ATT-TG-T---A-TCG--TAT-C-G-AAA--TTAT---GC-T-AGC-AATACACta
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gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tgaAA--CAA---GGG-CC-T-G--T---------TT-G---A-G-T-CAT---GA-A---AATG--G-----C-A-ACA----------A--A-T--TATT--TT---T--TTT-------T---------A-AA------GAAAAAACA--C---CAG-CTT-T---T--G--------AA-A--TT---------------TT----AATT--------AAGTA--TT-CA-T-T--A-C--G---AGACA-C--------C-AG----------C----T-AT--T---A-T
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   G-CC-T-G--T---------TT-G---A-G-T-CCC---GA-A---AATG--T-----T-A-AAA----------C--T-T--TA-T--TT---T--TTTTTTTTTGT---------A-AA------G-AAAAACA--C---AGG-TTT-T---T--G--------AA-A--TT-------ACAGTA--TT-----ATT--------AAGTA--TT-CA-T-A--A-C--G---AGACA-T--------C-A
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             --AAT--TCC--G--C---AGAAG-ACA-T-T----G---TT---AC----G--G--CAA--TTA----------T-A--T---------CT-A---G-G-G-CCT---GA-A---AATG--T-----C-A-AAA----------C--A-T--TA-C--TT---T--TTTAAAATT-T---------A-AA------G-ATAAACA--C---AAG-CTT-T---T--G--------AA-A--TT-------AT--
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AAAA--CAT-GT-T-----AAT-----------A-T-T-----A-GA--T-C-C-A-----AAT-AT-TC--A-----GA--TATC---GG------G-AACTTT-G-CA-TA-TC--G--T-A-T-TG-T---A----------------A--TTAT---GC-T-AGC-AATACACt
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                           tttctgttctttattttGGGGTG-AATC-AA---TAT------------A-TC-G--------ATAC----------------A----A-AGC-TC-TCTA-GCGA--T-AT-GCGA-T--AGAGG---TG-G----------T-TCG---A-TA-TAA--AG-T-C-GGG-CTT--GACGTCTTGA
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AG-CTT-T---C--G--------AA-A--TT-------AT--CA--TT----AA------------GTA--TT-CA-C-T--A-C--G---AGATA-T--------C-AG----------C----------T---A-TT-T-TCTGT-T-TGC-TTTCT-C-----TT-C--
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            a-C-A-----A-T-ATATC--G-----GA--TATC---GG------G-A-ATTT-G-CA--------------------T---A-TTG--TAT-C-G-AAA--TTAT---GC-T-AGC-CATACA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                            GGGGTG-AATC-AA---TATATC---GA-TATA-TC-G--------ATAC-----GTAC-CGGTATA----A-AGC-TC-CCTG-ACGA--T-AT-GCGA-TACAGAGG---TG-G-GTCGAT-ATT-TCG---A-TA-TAA--AG-T-C-GGG-CTT--GAAGTG-AGAACATT-ACGT-C-GGGAT-CGGCTAGTACT-TTTTAAAAGA-------A-AAT-GT-CT--TCCAA---------------GA-------A----------------T---------------CT----AGC---A----A-A-AA-----------TGCAA--CT-T--GC-AAA---G-ACAC-CG-T-AAC-AT--CTTCC-AG--TG---G---CAC-A-A-CT-AATT-A--------------------AA-TGTC-A-AT-----C-T--T--C---------T-CC-G-CCA-TC-A-C---AAATTAA-A-T------TAAGT--TA-CA-ATAAAA--A--C------AA--T--CCCGT-G-AA--A-CAAGAA--G---T-CTAT-CGA-----TGGAG-GA--G-TT----A---------G--AC-T-----G-----A-TTA-CC-----GC-G-AG----AC--GTT--TC----TAAGG--T--AAAGTT--TATC--------T--TTAA---TTA--GGGTCA------ATAT-GATCATT--ACAA--------A--TTGGGAATCTT-TTTTT-CGGA--C-AT--A--C---AG-TCTTC-T-T-TTT-CA--T-TA--TATT-AT-TTTTT-GA---AA-GA---T-C-AA-CA-------A--TT----AAAGA-TG-T----G-C---G-T--T--ATATT-TACC--GGC--AACA--TC---T-GT---A-GC--AT-T--TG-A-AA--G--AA--GT--TTC--AGT--ACC--G--T---AGGGA-TCA-T-T----G---TT---AC----G--A--CAA--CAA---GGG-CC-A-G--T---------TT-G---A-G-T-CCT---GA-A---AATG--T-----C-A-ACA----------C--A-T--TA-T--TT---T--TCT-------T---------A-AA------G-AAAAACG--T---GAG-CTT-T---T--G--------AA-A--TT-------TT--AA--TT----AAAT--------AAGTA--TT-CA-T-T--A-T--G---AGACA-T--------C-AG----------G----T-AT--T---A-TT-T-CCCGT-T-TGC-TTTCT-C-----TT-C--A--TG-ATG-G-A--C-----TC-A-AAC--AAA-A-----C-----CA-------AAA----AT--TT-T-TG-A----AA---ATAA--A-T--T-G-T-G-----A-AAAAA-------ACATTTGTTTTGTTTT---TTA-T--T-TCAAT--ATGTTGAAT----AAAAA--CAC-TT-A-----AATG-T-----TT-A-T-T-----A-GA--T-C-C-A-----A-T-ATATC--G-----GA--TATC---GG------A-A-CTTT-G-CA-TA-TC--G--T-A-T-CG-T---A-TCG--TAT-C-G-AAA--TTAT---GC-T-CGC-AATACACAa
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cta-GGGAT-CGGCTAGTACT-TTC--AAAGA-------A-AAT-GT-CA--TCCAA---------------GA-------A----------------T---------------
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gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -A-CTTT-G-CA-TA-TC--G--T-A-T-CG-T---A-TCG--TAT-C-G-AAT--TTGT---GC-T-AGC-AATACACAgc
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             --A-CAAGAA--G---T-CTAT-CGA-----TGGAG-GG--G-AT----A---------G--AC-T-----G-----A-TTg
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   G--TAT-C-G-AAA--TTGT---GC-T-AGC-AATACACA
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): TCTGTCGCGAGGATGAATCCACAATCAATTGC






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Reference ( family-1854 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                         NNNGGGGTG-AATC-AA---TATATC---GA-TATA-TC-G--------ATAC-----GTAC-CGGTATA----A-AGC-TC-TCTG-ACGA--T-AT-GCGA-TACAGAGG---TG-G-GTCGAT-ATT-TCG---A-TA-TAA--AG-T-C-GGG-CTT--GAAGTCTAGAATATT-ACGT-C-GGGAT-CGGCTAGTACT-TTT--AAAGA-------A-AAT-GT-CT--TCCAA---------------GA-------A----------------T---------------AT----AGC---A----A-A-AA-----------TGCAA--CT-T--GC-AAA---G-AAAC-CG-T-AAC-AT--CTTCT-GG--TG---G---CAC-A-A-CT-AATTTA--------------------AG-TGTC-C-AT-----C-T--TC---------T-CC-G-CCA-TC-A-C---AAA---TTAA-----A-C---GT------TACAAT-AAAA--A--CG-A---AA--T--CCCGT-G-CA--A-CAGGAA--G--T--CTAT-CG-A-----TGGAG-GG--G-AT----A---------G--A-C-C-----G-----A-TTA-CC-----GC-G-GG----AC--GTT--TT----T--GG--T--------AA----AGTC--TATCT--TTA-------A--TT----GGTCC-----ATATGATCATT--A--A--------A--TT-G--AATCTT-T-TTTTCGGA--C-AT--G--C---A-GTCCTC-T-T-TTT-CA--T-NA--TATG-AT-TCTTT-GA---AC-GA---C-C-AA-CA-------A--TT----AAAAA-CG-T----G-C---GC--T--ATTTT-TACC--GGC--AACA--T-C---T-G-T---A-GC--AT-T--CG-A-AA--G--GG--GT--TTC--AGT--TCC--G--C---AGGGA-ACA-T-T----G---TT---AC----G--G--CAA--CA---AGGG-CC-T-G--T---------TT-G---AG-T-CCC---GA-A---AATG--T-----C-A-ANA----------C--A-T--TA-T--TT---T--TTT-------T---------A-AA------G-AAAAACA--C---GAG-CTT-T---T--G--------AA-A--T-T-------------------AT--TATTAAAT-AAGTA--TT-CA-T-T--A-C--G---AGACA-T--------C-AG----------C----T-AT--T---A-TT-T-TCTGT-T-TGC-TTTCT-C-----TT-C--G--TG-ATG-G-A--C-----TC-A-AAC--AAGAC----T--CG-------GNA----NT--TT-T-TG-A----AA---ATAA------G-T--TG-T-G----AAAAAA-------AAA----TTTTGCTTT---TTG-C--T-TCAAT--A-GTTGAAT----AAAAA-CAC-TT-A-----AATG-T-----TG-A-T-T-----A-GA--T-C-CA-----A-T-ATATC--G-----GA--TATC---GG------G-A-CTTT-G-CA-TA-TC--G--T-A-T-CG-T---A-TCG--TAT-C-G-AAA--TTGT---GC-T-AGC-AATACACA
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      a--G-AT----A---------A--A-C-C-----GCTATGA-TTA-CT-----TC-G-AG----AC--GTT--TT-------GG--T--------AG----AGTT--TATCT--TTA-------A--TTAG--GGTCC-----ATATGATCATT--A--AGAATTGCCA--TT-GGGAATCTT-T-TTTTCGGA--C-AT--G--C---A-G---TC-T-A-TTT-CA--T--A--TATG-AT-TCTTT-GAC--AC-GA---C-CAAA-CA-------AACTT----AAAAC-CG-T----GCC---ACCGT--ATTTT-ACCC--AGC--AACAATT-T---T-G-T---T-GC--AT-T--CG-A-AA--G--GG-------TT--AGT--ACT--G--C---AGG---ACA-TGT----G---TA---AT----G--G--CAA--CA---AGG---C-C-G--TGAGAAAGAACA-G---AG-T-CCTG--GA-A---AATG--T-----C-A-ACA----------CAAA-TA-TA-T--TT---TTCTTT-------T---------T-AA------G-AAAAACA--T---GAG-CTT-T---T-----------AA-A--T-T-------------------------TTAATT-AAGTG--TT-TA-T-CAAA-C--G---AAACA-T--------C-AG----------C----T-AT--T---A-TA-T-TCTG----TGC-T---C-C-----CC-C--G--TG-AC--T-A--C-----TC-A-AAC--AAGAC-------CGTGT----GAA----TTTATT-T-TG-A----AA---ngataaaccgctatgattacttcgagacgttttggtagagtttatctttaattagggtccatatgatcattaagaattgccattgggaatctttttttcggacatgcagtctatttcatatatgattctttgacacgaccaaacaaacttaaaaccgtgccaccgtattttacccagcaacaattttgttgcattcgaaagggttagtactgcaggacatgtgtaatggcaacaaggccgtgagaaagaacagagtcctggaaaatgtcaacacaaatatatttttctttttaagaaaaacatgagcttttaaattttaattaagtgtttatcaaacgaaacatcagctattatattctgtgctcccccgtgactactcaaacaagaccgtgtgaatttattttgaaatacatgtaaat
gi|12                         :                                                                                                                                              aacatactaatctacgtgcccatcttctctgcctttacaaactaaacttacaataataacgaggtcctgtgcaacaggaagtctatcgagggaggggataaaccgctatgattactgcgagacgttttggtagagtttatcnGGGGTG-AATC---------------GA-TATA-TC-G--------ATAC-----GTAC-CGGTATATTG-A-AGC-TC-CTTG-ACGA--T-AT-GCGA-TACAGAGG---TG-G-GTCGAT-ATT-TCA---A-TA-TAA--AG-T-C-GGG-CTT--GAAGTCTAGAATATT-ACtacatgtaaat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         T-G-GA--A-CAGGAA--G--T--TTAT-CG-A-----TGAAG-GA--G-AT----G---------G--A-C-C-----G-----A-TTA-CC-----GC-G-GG----AC--GTT--TT--------------------AA----CGT-----------------------------GGTCC-----ATATGATCATT--A--A--------AAATT-GGGAATCTT-T-TTTTCGGA--C-TT--G--C---A-GTCCTC-T----------------------AT-TCTTT-GA---AC-GA---C-C-AA-CA-------A--TT----AGAAA-TG-T----G-C---GC--T--ATTTT-TATC--GGG--AACA--T-C---T-G-T---A-GC--AT-T--CG-A-AA--G--GG--GT--TTC--AGT--ACT--G--C---AGGAG-ACA-T-annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttggaacaggaagtttatcgatgaaggagatggaccgattaccgcgggacgttttaacgtggtccatatgatcattaaaaattgggaatctttttttcggacttgcagtcctctattctttgaacgaccaacaattagaaatgtgcgctatttttatcgggaacatctgtagcattcgaaaggggtttcagtactgcaggagacat
gi|13                         : ggggtgaatcgatatatcgatacgtaccggtatattgaagctccttgacgatatgcgatacagaggtgggtcgatatttcaatataaagtcgggcttgaagtctagaatattacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntATC---AA-TATA-TC-G--------ATAC------TAC-CGA-GTT----A-AGC-TC-CCTG-ACGA--TCATTACGA-TACAGAGG---TG-G-GTCGAT-ATT-TCG---AATACTAA--AG-T-CCGGG-CTGAGGAAGTCTAGAATATA-CCGTTC-GGGAT-CGGCTA-TACT-TTT--AAAGATTTCCCGA-AAT-GT--T--TCCAA---------------GA-------A----------------TCAAGGAAAGAAATATAT----AGC---C----ACA-AA-----------TGCAA--CT-T--GCCAAA---G-AAAC-CGAT-AA--AT--CTTCC-AG--TA---G---CACAA-A-C---ATTTA--------------------AATTGTC-A-AT-----CTT--TC---------T-CC---CCA-TC-A-C---AAA---TTAA-----A-TA--GT------TAC-AT-AAAA--A--CC-AT--AAGTT--CCTGTGG-CA--A-CAGGAA--G--T--C-AT-CG-------TGGAGTGA--G-AT----AG--------G--A-C-T-----G-----A-TTA-CC-----AC-GAGG----AC--GTT--TTCTAAT--GG--T--------AA----A-TCTGTATCTTATTA-------AAGTTTAAGGGTCC-----ATATGATCATTAAA--A--------A--TTGG--AATAGT-T-ATATC-GA--C-AT--G--C---A--TCCTCTT-T-TTT-CA--T-AA--TATG-AT-TTTTT-GA---ACAAA---C-C-AAGCA-------A--GT----AAAAA-
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ggttgaAAGA-------A-AAC-AT--------GA---------------AA-------A----------------T---------------AT----AGCTAAA----A-A-AA-----------TGCAA--CT-T--GC-AAA---GGAAAC-CG-T-AAC-AT--CTTCTTGG--GGTTCG---CAC-A-A-AC-AATT-A--------------------AG-T-TC-C-CT-----C-T--TTGCCTTTGATT-CC-G-TCA-TCCA-C---AAA---TTTA-----A-C---GT-------ACATT-AAAA--A--CGGA---AA--T--CCTGT-AACA--A-CAGGAA--GG-C--CTAT-CG-A-----------------AT----A---------G--A-G-C-----G-----AATTATCC-----GC-G-GC-----C--GTT--T--------GG--T--------AA----AGTC--TGTC-------------A--TT-----------------------TT--A--A--------A--CT-G--TAACTC-T-TTATGCGA--CGAT--G--C---A-GTCCTC-TAT-TTT-CA--T-TA--TATGGAT-TATTT-GA---AC--A---C-C-AA-CA-------A--TT----AAAAA-GA-T----G-C---GC--TG-ATCTT-TACC--CGC--AACA--T-------G-T---A-GC--AT-T--TG-A-AAATG--AG--GT--TTC--AAT--TCC--G--C---AAGGAGACA-T-T----G---TT---AC----G--GA-CAAA-CA---AGGG-CC-T-G--T---------TT-G---AG-T--CC---AA-A---AA------------A-ATT----------C--A-T--TA-T--AT---T--TTA-------G---------A-AG------A-AAAAACA--C---ACA-TTT-T---T-----------AT-A--T-T-------------------AT--TATTAGA-----TA--TT-CA-T-T--
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aaaaaatcgttctttccaaacaatc-------A----------------T---------------AT----AGCTAAA----A-A-AA-----------TGCAA--CT-T--GC-AAG---A-AAGC-CGAT-AAC-AT--CTTCT-GGGTTC---G---CAC-A-A-AC-AATT-A--------------------AG-T-TC-C-CT-----C-T--TTGCCTTTGATT-CC-G-TCA-TCCA-C---AAA---TTTA-----A-C---GT-------ACATT-AAAA--A--CGGA---AA--T--CCTGT-AACA--A-CAGGAA--GG-C--CTAT-CG-A-----------------AT----A---------G--A-G-C-----G-----AATTATCC-----GC-G-GC-----C--GTT--T--------GG--T--------AA----AGTC--TGTC-------------A--TT-----------------------TT--A--A--------A--CT-G--TAACTC-T-TTATGCGA--CGAT--G--C---A-GTCCTC-TAT-TTT-CA--T-TA--TATGGAT-TATTT-GA---AC--A---C-C-AA-CA-------A--TT----AAAAA-GA-T----G-C---GC--TG-ATCTT-TACC--CGC--AACA--T-------G-T---A-GC--AT-T--TG-A-AAATG--AG--GT--TTC--AAT--TCC--G--C---AAGGAGACA-T-T----G---TT---AC----G--GA-CAAA-CA---AGGG-CC-T-G--T---------TT-G---AG-T--CC---AA-A---AA------------A-ATT----------C--A-T--TA-T--AT---T--TTA-------G---------A-AG------A-AAAAACA--C---ACA-TTT-T---T-----------AT-A--T-T-------------------AT--TATTAGA-----TA--TT-CA-T-T--
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aaaaaaaatgttctctccaaacaatcaaaaaacatgaaat--T--ATATT-TACA--GGC--AGCA--T-C---TTG-T---A-GC--AT-C--CG-A-AA--G--AG--GTGTTCC--AGT--ACC--G--T---AGGAA-ACA-T-T----G---TT---AC----G--G--CAA--CA---AGGGGCT-T-G--T---------CT-G---AA-T-CCT---GA-A---AATG--T-----C-A-ACA----------C----T--TA-T--TT---T--CTT-----------------G-AA------G-AAAAACA--T---GAGGCGT-T---T--GG-------AA-A--T-T-------------------A----ATTTAAT-AAGTA--TTTCA-TAT--A-T--G---AGACA-T--------C-AGGCCATGGACTCAGGGT-AT--T---ACTT-T-TCCGTGT-TGC-TT-CT-C-----TT-C--A--TG-ATG-G-ATCC-----TCCA-AAC--AAGA---------A-------ACA----TT--TT-TTTG-A----AA---ATAA------A-T--TG-T-G----AAAAAA-------ACATTTGTTTTGCGCT---TTATC--T-TAAAT--ATGTTGAATGG--AAAAA-CAC-TT-ACGGGTAATG-T-----TG-ACT-T-----A-GA--TCC-CA-----A-T-AT-TC--A-----GA--TATC----G------G-A-CTTT-GCCA-TA-TC--G--T-A-T-CG-T---A-TCG------G-G-GAA--TTAT---GC-T-AGC-AATACA
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gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tgaAA--CA---AGGG-CC-T-G--T---------TT-G---AG-T-CAT---GA-A---AATG--G-----C-A-ACA----------A--A-T--TATT--TT---T--TTT-------T---------A-AA------GAAAAAACA--C---CAG-CTT-T---T--G--------AA-A--T-T-------------------------TTAATT-AAGTA--TT-CA-T-T--A-C--G---AGACA-C--------C-AG----------C----T-AT--T---A-T
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gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -A-CTTT-G-CA-TA-TC--G--T-A-T-CG-T---A-TCG--TAT-C-G-AAT--TTGT---GC-T-AGC-AATACACAgc
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gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         G--TAT-C-G-AAA--TTGT---GC-T-AGC-AATACACA
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): TCTGTCGCGAGGATGAATCCACAATCAATTGC






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Reference ( family-1854 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                         NNNGGGGTG-AATC-AA---TATATC---GA-TATA-TC-G--------ATAC-----GTAC-CGGTATA----A-AGC-TC-TCTG-ACGA--T-AT-GCGA-TACAGAGG---TG-G-GTCGAT-ATT-TCG---A-TA-TAA--AG-T-C-GGG-CTT--GAAGTCTAGAATATT-ACGT-C-GGGAT-CGGCTAGTACT-TTT--AAAGA-------A-AAT-GT-CT--TCCAA---------------GA-------A----------------T---------------AT----AGC---A----A-A-AA-----------TGCAA--CT-T--GC-AAA---G-AAAC-CG-T-AAC-AT--CTTCT-GG--TG---G---CAC-A-A-CT-AATTTA--------------------AG-TGTC-C-AT-----C-T--TC---------T-CC-G-CCA-TC-A-C---AAA---TTAA-----A-C---GT------TACAAT-AAAA--A--CG-A---AA--T--CCCGT-G-CA--A-CAGGAA--G--T--CTAT-CG-A-----TGGAG-GG--G-AT----A---------G--A-C-C-----G-----A-TTA-CC-----GC-G-GG----AC--GTT--TT----T--GG--T--------AAAGTC--TATCT--TTA-------A--TT---GG---CC------A-TAT-GATCATT--A--A--------A--TT-G--AATCTT-T-TTTTCGGA--C-AT--G--C---A-GTCCTC-TNTTT--CA--T-NA--TATG-AT-TCTTT-GA---AC-GA---C-C-AA-CA-------A--TT----AAAAA-CG-T----G-C---GC--T--ATTTT-TACC--GGC--AACA--T-C---T-G-T---A-GC--AT-T--CG-A-AA--G--GG--GT--TTC--AGT--TCC--G--C---AGGGA-ACA-T-T----G---TT---AC----G--G--C-AA--CA---AGGG-CC-T-G--T---------TT-G---AG-T-CCC---GA-A---AATG--T-----C-A-ANA----------C--A-T--TA-T--TT---T--TTT-------T---------A-AA------G-AAAAACA--C---GAG-CTT-T---T--G--------AA-A--T-T-------------------AT--TATTAAAT-AAGTA--TT-CA-T-T--A-C--G---AGACA-T--------C-AG----------C----T-AT--T---A-TT-T-TCTGT-T-TGC-TTTCT-C-----TT-C--G--TG-ATG-G-A--C-----TC-A-AAC--AAGAC----T--CG-------GNA----NT--TT-T-TG-A----AA---ATAA------G-TTG-TG-----AAAAAAA------AA-----TT-TGCTTT---TTG-C--T-TC------AAT--A-GTTGAAT----AAAAA--CAC-TT-A-----AATG-T-----TG-A-T-T-----A-GA--T-C-CA-----A-T-ATATC--G-----GA--TATC---GG------G-A-CTTT-G-CA-TA-TC--G--T-A-T-CG-T---A-TCG--TAT-C-G-AAA--TTGT---GC-T-AGC-AATACACA
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      a--G-AT----A---------A--A-C-C-----GCTATGA-TTA-CT-----TC-G-AG----AC--GTT--TT-------GG--T--------AGAGTT--TATCT--TTA-------A--TT---AGGGTCC------A-TAT-GATCATT--A--AGAATTGCCA--TT-GGGAATCTT-T-TTTTCGGA--C-AT--G--C---A-G---TC-TATTT--CA--T--A--TATG-AT-TCTTT-GAC--AC-GA---C-CAAA-CA-------AACTT----AAAAC-CG-T----GCC---ACCGT--ATTTT-ACCC--AGC--AACAATT-T---T-G-T---T-GC--AT-T--CG-A-AA--G--GG-------TT--AGT--ACT--G--C---AGG---ACA-TGT----G---TA---AT----G--G--C-AA--CA---AGG---C-C-G--TGAGAAAGAACA-G---AG-T-CCTG--GA-A---AATG--T-----C-A-ACA----------CAAA-TA-TA-T--TT---TTCTTT-------T---------T-AA------G-AAAAACA--T---GAG-CTT-T---T-----------AA-A--T-T-------------------------TTAATT-AAGTG--TT-TA-T-CAAA-C--G---AAACA-T--------C-AG----------C----T-AT--T---A-TA-T-TCTG----TGC-T---C-C-----CC-C--G--TG-AC--T-A--C-----TC-A-AAC--AAGAC-------CGTGT----GAA----TTTATT-T-TG-A----AA---tcgagacgttttggtagagtttatctttaattagggtccatatgatcattaagaattgccattgggaatctttttttcggacatgcagtctatttcatatatgattctttgacacgaccaaacaaacttaaaaccgtgccaccgtattttacccagcaacaattttgttgcattcgaaagggttagtactgcaggacatgtgtaatggcaacaaggccgtgagaaagaacagagtcctggaaaatgtcaacacaaatatatttttctttttaagaaaaacatgagcttttaaattttaattaagtgtttatcaaacgaaacatcagctattatattctgtgctcccccgtgactactcaaacaagaccgtgtgaatttattttgaaatacatgtaaat
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         T-G-GA--A-CAGGAA--G--T--TTAT-CG-A-----TGAAG-GA--G-AT----G---------G--A-C-C-----G-----A-TTA-CC-----GC-G-GG----AC--GTT--TT--------------------AACGT----------------------------GGT--CC------A-TAT-GATCATT--A--A--------AAATT-GGGAATCTT-T-TTTTCGGA--C-TT--G--C---A-GTCCTC-T---------------------AT-TCTTT-GA---AC-GA---C-C-AA-CA-------A--TT----AGAAA-TG-T----G-C---GC--T--ATTTT-TATC--GGG--AACA--T-C---T-G-T---A-GC--AT-T--CG-A-AA--G--GG--GT--TTC--AGT--ACT--G--C---AGGAG-ACA-T-annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttggaacaggaagtttatcgatgaaggagatggaccgattaccgcgggacgttttaacgtggtccatatgatcattaaaaattgggaatctttttttcggacttgcagtcctctattctttgaacgaccaacaattagaaatgtgcgctatttttatcgggaacatctgtagcattcgaaaggggtttcagtactgcaggagacat
gi|13                         : ggggtgaatcgatatatcgatacgtaccggtatattgaagctccttgacgatatgcgatacagaggtgggtcgatatttcaatataaagtcgggcttgaagtctagaatattacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntATC---AA-TATA-TC-G--------ATAC------TAC-CGA-GTT----A-AGC-TC-CCTG-ACGA--TCATTACGA-TACAGAGG---TG-G-GTCGAT-ATT-TCG---AATACTAA--AG-T-CCGGG-CTGAGGAAGTCTAGAATATA-CCGTTC-GGGAT-CGGCTA-TACT-TTT--AAAGATTTCCCGA-AAT-GT--T--TCCAA---------------GA-------A----------------TCAAGGAAAGAAATATAT----AGC---C----ACA-AA-----------TGCAA--CT-T--GCCAAA---G-AAAC-CGAT-AA--AT--CTTCC-AG--TA---G---CACAA-A-C---ATTTA--------------------AATTGTC-A-AT-----CTT--TC---------T-CC---CCA-TC-A-C---AAA---TTAA-----A-TA--GT------TAC-AT-AAAA--A--CC-AT--AAGTT--CCTGTGG-CA--A-CAGGAA--G--T--C-AT-CG-------TGGAGTGA--G-AT----AG--------G--A-C-T-----G-----A-TTA-CC-----AC-GAGG----AC--GTT--TTCTAAT--GG--T--------AAA-TCTGTATCTTATTA-------AAGTTTAAGGGT-CC------A-TAT-GATCATTAAA--A--------A--TTGG--AATAGT-T-ATATC-GA--C-AT--G--C---A--TCCTCTTTTTT--CA--T-AA--TATG-AT-TTTTT-GA---ACAAA---C-C-AAGCA-------A--GT----AAAAA-
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aaaaaatcgttctttccaaacaatc-------A----------------T---------------AT----AGCTAAA----A-A-AA-----------TGCAA--CT-T--GC-AAG---A-AAGC-CGAT-AAC-AT--CTTCT-GGGTTC---G---CAC-A-A-AC-AATT-A--------------------AG-T-TC-C-CT-----C-T--TTGCCTTTGATT-CC-G-TCA-TCCA-C---AAA---TTTA-----A-C---GT-------ACATT-AAAA--A--CGGA---AA--T--CCTGT-AACA--A-CAGGAA--GG-C--CTAT-CG-A-----------------AT----A---------G--A-G-C-----G-----AATTATCC-----GC-G-GC-----C--GTT--T--------GG--T--------AAAGTC--TGTC-------------A--TT---------------------------TT--A--A--------A--CT-G--TAACTC-T-TTATGCGA--CGAT--G--C---A-GTCCTC-TATTTT-CA--T-TA--TATGGAT-TATTT-GA---AC--A---C-C-AA-CA-------A--TT----AAAAA-GA-T----G-C---GC--TG-ATCTT-TACC--CGC--AACA--------T-G-T---A-GC--AT-T--TG-A-AAATG--AG--GT--TTC--AAT--TCC--G--C---AAGGAGACA-T-T----G---TT---AC----G--GA-CAAA--CA---AGGG-CC-T-G--T---------TT-G---AG-T--CC---AA-A---AA------------A-ATT----------C--A-T--TA-T--AT---T--TTA-------G---------A-AG------A-AAAAACA--C---ACA-TTT-T---T-----------AT-A--T-T-------------------AT--TATTAGA-----TA--TT-CA-T-T--
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gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       A-TATAATCTG--------ATAC-----AAAC-CGGTATA----ATAGC-TC-T-TG-ACGA--T-AT-GCGA-TACATAA-------------AT-ATT-TCG---A-TA-TAA--AG-T-C-AGG-CTT--GAAGTCTAGAATATT-ACGT-C-GGGAT-CGGCTAGTAAT-TTT--CAAGA-------A-AAT-GT-CT--TCCAA---------------GA-------A----------------TCAAGAAAGAAAAAC-AT----AGC---A----A-A-AA-----------TGCAA--CT-T--GC-AAA---G-AAAC------------------T-GG--GG---G---CAC-A-A-CT-AATTTA--------------------AG-TGTC-C-AT-----T-T--TC---------T-CC-G-CCA-TT-A-C---AAA---TTAA-----A-C---TT------T-CAAT-AAAA--A--CG-A---GG--T--CCCAT-G-GA--A-CAGGAA--A--T--CTAT-CG-A-----TGAAG-GG--G-AT----A---------G--A-C-C-----G-----A-TTA-CT-----GC-G-GG----AC--GTT--TT----T--A-----------------C--CA-CT--TTA-----------T--------CC------A-TAT-GATCATT--A--A--------AAATT-GGGAATCTT-T-TTTTCTGA--C-AT--G--C---A-GTCCTC-TATTT--CA--T-AA--TATG-AT-TCTTT-GA---AC-GA---C-C-AA-CA-------C--TT----AAAAA-TG-T----G-C---GC--T--ATTTT-TATC--AGG--AACA--T-C---T-G-T---A-GC--AT-T--CG-A-AA--G--GG--GT--TTC--AGT--ACC--G--C---AGGAG-ACA-T-TCAACA---TT---AC----G--G--C-AA--CA---TGGG-CC-T-A--T---------TT-G---AG-T-CCT---GA-A---AATG--T-----T-A-ACA----------A--A-T--TA-T--TT---T--CTT-------T---------A-AA------G-AAACACA--T---GAG-CTT-T---T--G--------GA-A--T-TTAAACATGAGCTTTTGAAAAT--TTTTAATC-AAGTAAGTT-CA-T-T--AGC--G---AAACA-CG-------C-AG----------CT---T-AT--T---A-TT-T-TCTGT-T-TGC-TATCT-C-----AT-CCGG--TG-ATT-G-A--CTTCAGTC-A-AAC--AATACGT--T--TGCT-----GTA----GTTGTT-T-TG-A----AA---ACGA------A-ATG-TG-----AAAAAACCCCTTTAA-----TC-TGCTCT---TTA-A--T-TC------AAT--ATGTTGAAT----AAAAA--CACTTT-A-----AATG-T-----TG-T-T-T-----A-GA--T-C-CA-----A-T-ATATC--G-----GA--TACC---GG------GTA-CTTT-G-CA-TA-TT--G--T-ATT-TG-T---A-TCG--TAT-C-G-AAA--TTAT---GC-T-AGC-AATACACta
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gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tga-AA--CA---AGGG-CC-T-G--T---------TT-G---AG-T-CAT---GA-A---AATG--G-----C-A-ACA----------A--A-T--TATT--TT---T--TTT-------T---------A-AA------GAAAAAACA--C---CAG-CTT-T---T--G--------AA-A--T-T-------------------------TTAATT-AAGTA--TT-CA-T-T--A-C--G---AGACA-C--------C-AG----------C----T-AT--T---A-T
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gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cta-GGGAT-CGGCTAGTACT-TTC--AAAGA-------A-AAT-GT-CA--TCCAA---------------GA-------A----------------T---------------
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -A-CTTT-G-CA-TA-TC--G--T-A-T-TG-T---A-TCG--TAT-C-G-AAA--ATTT---GC-T-AGC-AATGCACAcaaataaggaatata
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -A-CTTT-G-CA-TA-TC--G--T-A-T-CG-T---A-TCG--TAT-C-G-AAT--TTGT---GC-T-AGC-AATACACAgc
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gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              G--TAT-C-G-AAA--TTGT---GC-T-AGC-AATACACA
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): TCTGTCGCGAGGATGAATCCACAATCAATTGC






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Reference ( family-1854 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                         NNNGGGGTG-AATC-AA---TATATC---GA-TATA-TC-G--------ATAC-----GTAC-CGGTATA----A-AGC-TC-TCTG-ACGA--T-AT-GCGA-TACAGAGG---TG-G-GTCGAT-ATT-TCG---A-TA-TAA--AG-T-C-GGG-CTT--GAAGTCTAGAATATT-ACGT-C-GGGAT-CGGCTAGTACT-TTT--AAAGA-------A-AAT-GT-CT--TCCAA---------------GA-------A----------------T---------------AT----AGC---A----A-A-AA-----------TGCAA--CT-T--GC-AAA---G-AAAC-CG-T-AAC-AT--CTTCT-GG--TG---G---CAC-A-A-CT-AATTTA--------------------AG-TGTC-C-AT-----C-T--TC---------T-CC-G-CCA-TC-A-C---AAA---TTAA-----A-C---GT------TACAAT-AAAA--A--CG-A---AA--T--CCCGT-G-CA--A-CAGGAA--G--T--CTAT-CG-A-----TGGAG-GG--G-AT----A---------G--A-C-C-----G-----A-TTA-CC-----GC-G-GG----AC--GTT--TT----T--GG--T--------AAAGTC--TATC--------T--TTAA--TT---GG---CC-----A-TAT-GATCATT--A--A--------A--TT-G--AATCTT-T-TTTTCGGA--C-AT--G--C---A-GTCCTC-TATTT-CA--T-NA--TATG-AT-TCTTT-GA---AC-GA---C-C-AA-CA-------A--TT----AAAAA-CG-T----G-C---GC--T--ATTTT-TACC--GGC--AACA--T-C---T-G-T---A-GC--AT-T--CG-A-AA--G--GG--GT--TTC--AGT--TCC--G--C---AGGGA-ACA-T-T----G---TT---AC----G--G--CAA--CA---AGGG-CC-T-G--T---------TT-G---AG-T-CCC---GA-A---AATG--T-----C-A-ANA----------C--A-T--TA-T--TT---T--TTT-------T---------A-AA------G-AAAAACA--C---GAG-CTT-T---T--G--------AA-A--T-T-------------------AT--TATTAAAT-AAGTA--TT-CA-T-T--A-C--G---AGACA-T--------C-AG----------C----T-AT--T---A-TT-T-TCTGT-T-TGC-TTTCT-C-----TT-C--G--TG-ATG-G-A--C-----TC-A-AAC--AAGAC----T--CG-------GNA----NT--TT-T-TG-A----AA---ATAA------G-TTG-TG-----AAAAAAA------AA-----TT-TGCTTT---TTG-C--T-TC------AAT--A-GTTGAAT----AAAAA--CAC-TT-A-----AATG-T-----TG-A-T-T-----A-GA--T-C-CA-----A-T-ATATC--G-----GA--TATC---GG------G-A-CTTT-G-CA-TA-TC--G--T-A-T-CG-T---A-TCG--TAT-C-G-AAA--TTGT---GC-T-AGC-AATACACA
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      a--G-AT----A---------A--A-C-C-----GCTATGA-TTA-CT-----TC-G-AG----AC--GTT--TT-------GG--T--------AGAGTT--TATC--------T--TTAA--TT---AGGGTCC-----A-TAT-GATCATT--A--AGAATTGCCA--TT-GGGAATCTT-T-TTTTCGGA--C-AT--G--C---A-G---TC-TATTT-CA--T--A--TATG-AT-TCTTT-GAC--AC-GA---C-CAAA-CA-------AACTT----AAAAC-CG-T----GCC---ACCGT--ATTTT-ACCC--AGC--AACAATT-T---T-G-T---T-GC--AT-T--CG-A-AA--G--GG-------TT--AGT--ACT--G--C---AGG---ACA-TGT----G---TA---AT----G--G--CAA--CA---AGG---C-C-G--TGAGAAAGAACA-G---AG-T-CCTG--GA-A---AATG--T-----C-A-ACA----------CAAA-TA-TA-T--TT---TTCTTT-------T---------T-AA------G-AAAAACA--T---GAG-CTT-T---T-----------AA-A--T-T-------------------------TTAATT-AAGTG--TT-TA-T-CAAA-C--G---AAACA-T--------C-AG----------C----T-AT--T---A-TA-T-TCTG----TGC-T---C-C-----CC-C--G--TG-AC--T-A--C-----TC-A-AAC--AAGAC-------CGTGT----GAA----TTTATT-T-TG-A----AA---tcgagacgttttggtagagtttatctttaattagggtccatatgatcattaagaattgccattgggaatctttttttcggacatgcagtctatttcatatatgattctttgacacgaccaaacaaacttaaaaccgtgccaccgtattttacccagcaacaattttgttgcattcgaaagggttagtactgcaggacatgtgtaatggcaacaaggccgtgagaaagaacagagtcctggaaaatgtcaacacaaatatatttttctttttaagaaaaacatgagcttttaaattttaattaagtgtttatcaaacgaaacatcagctattatattctgtgctcccccgtgactactcaaacaagaccgtgtgaatttattttgaaatacatgtaaat
gi|12                         :                                                                                                                                              aacatactaatctacgtgcccatcttctctgcctttacaaactaaacttacaataataacgaggtcctgtgcaacaggaagtctatcgagggaggggataaaccgctatgattactgcgagacgttttggtagagtttatcnGGGGTG-AATC---------------GA-TATA-TC-G--------ATAC-----GTAC-CGGTATATTG-A-AGC-TC-CTTG-ACGA--T-AT-GCGA-TACAGAGG---TG-G-GTCGAT-ATT-TCA---A-TA-TAA--AG-T-C-GGG-CTT--GAAGTCTAGAATATT-ACtacatgtaaat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         T-G-GA--A-CAGGAA--G--T--TTAT-CG-A-----TGAAG-GA--G-AT----G---------G--A-C-C-----G-----A-TTA-CC-----GC-G-GG----AC--GTT--TT--------------------AACGT-----------------------------GGT--CC-----A-TAT-GATCATT--A--A--------AAATT-GGGAATCTT-T-TTTTCGGA--C-TT--G--C---A-GTCCTC-TATT---------------------CTTT-GA---AC-GA---C-C-AA-CA-------A--TT----AGAAA-TG-T----G-C---GC--T--ATTTT-TATC--GGG--AACA--T-C---T-G-T---A-GC--AT-T--CG-A-AA--G--GG--GT--TTC--AGT--ACT--G--C---AGGAG-ACA-T-annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttggaacaggaagtttatcgatgaaggagatggaccgattaccgcgggacgttttaacgtggtccatatgatcattaaaaattgggaatctttttttcggacttgcagtcctctattctttgaacgaccaacaattagaaatgtgcgctatttttatcgggaacatctgtagcattcgaaaggggtttcagtactgcaggagacat
gi|13                         : ggggtgaatcgatatatcgatacgtaccggtatattgaagctccttgacgatatgcgatacagaggtgggtcgatatttcaatataaagtcgggcttgaagtctagaatattacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntATC---AA-TATA-TC-G--------ATAC------TAC-CGA-GTT----A-AGC-TC-CCTG-ACGA--TCATTACGA-TACAGAGG---TG-G-GTCGAT-ATT-TCG---AATACTAA--AG-T-CCGGG-CTGAGGAAGTCTAGAATATA-CCGTTC-GGGAT-CGGCTA-TACT-TTT--AAAGATTTCCCGA-AAT-GT--T--TCCAA---------------GA-------A----------------TCAAGGAAAGAAATATAT----AGC---C----ACA-AA-----------TGCAA--CT-T--GCCAAA---G-AAAC-CGAT-AA--AT--CTTCC-AG--TA---G---CACAA-A-C---ATTTA--------------------AATTGTC-A-AT-----CTT--TC---------T-CC---CCA-TC-A-C---AAA---TTAA-----A-TA--GT------TAC-AT-AAAA--A--CC-AT--AAGTT--CCTGTGG-CA--A-CAGGAA--G--T--C-AT-CG-------TGGAGTGA--G-AT----AG--------G--A-C-T-----G-----A-TTA-CC-----AC-GAGG----AC--GTT--TTCTAAT--GG--T--------AAA-TCTGTATC--------TTATTAAAGTTTAAGGGT-CC-----A-TAT-GATCATTAAA--A--------A--TTGG--AATAGT-T-ATATC-GA--C-AT--G--C---A--TCCTCTTTTTT-CA--T-AA--TATG-AT-TTTTT-GA---ACAAA---C-C-AAGCA-------A--GT----AAAAA-
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ggttgaAAGA-------A-AAC-AT--------GA---------------AA-------A----------------T---------------AT----AGCTAAA----A-A-AA-----------TGCAA--CT-T--GC-AAA---GGAAAC-CG-T-AAC-AT--CTTCTTGG--GGTTCG---CAC-A-A-AC-AATT-A--------------------AG-T-TC-C-CT-----C-T--TTGCCTTTGATT-CC-G-TCA-TCCA-C---AAA---TTTA-----A-C---GT-------ACATT-AAAA--A--CGGA---AA--T--CCTGT-AACA--A-CAGGAA--GG-C--CTAT-CG-A-----------------AT----A---------G--A-G-C-----G-----AATTATCC-----GC-G-GC-----C--GTT--T--------GG--T--------AAAGTC--TGTC--------------A--TT--------------------------TT--A--A--------A--CT-G--TAACTC-T-TTATGCGA--CGAT--G--C---A-GTCCTC-TATTTTCA--T-TA--TATGGAT-TATTT-GA---AC--A---C-C-AA-CA-------A--TT----AAAAA-GA-T----G-C---GC--TG-ATCTT-TACC--CGC--AACA--T-------G-T---A-GC--AT-T--TG-A-AAATG--AG--GT--TTC--AAT--TCC--G--C---AAGGAGACA-T-T----G---TT---AC----G--GA-CAAA-CA---AGGG-CC-T-G--T---------TT-G---AG-T--CC---AA-A---AA------------A-ATT----------C--A-T--TA-T--AT---T--TTA-------G---------A-AG------A-AAAAACA--C---ACA-TTT-T---T-----------AT-A--T-T-------------------AT--TATTAGA-----TA--TT-CA-T-T--
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aaaaaatcgttctttccaaacaatc-------A----------------T---------------AT----AGCTAAA----A-A-AA-----------TGCAA--CT-T--GC-AAG---A-AAGC-CGAT-AAC-AT--CTTCT-GGGTTC---G---CAC-A-A-AC-AATT-A--------------------AG-T-TC-C-CT-----C-T--TTGCCTTTGATT-CC-G-TCA-TCCA-C---AAA---TTTA-----A-C---GT-------ACATT-AAAA--A--CGGA---AA--T--CCTGT-AACA--A-CAGGAA--GG-C--CTAT-CG-A-----------------AT----A---------G--A-G-C-----G-----AATTATCC-----GC-G-GC-----C--GTT--T--------GG--T--------AAAGTC--TGTC--------------A--TT--------------------------TT--A--A--------A--CT-G--TAACTC-T-TTATGCGA--CGAT--G--C---A-GTCCTC-TATTTTCA--T-TA--TATGGAT-TATTT-GA---AC--A---C-C-AA-CA-------A--TT----AAAAA-GA-T----G-C---GC--TG-ATCTT-TACC--CGC--AACA--T-------G-T---A-GC--AT-T--TG-A-AAATG--AG--GT--TTC--AAT--TCC--G--C---AAGGAGACA-T-T----G---TT---AC----G--GA-CAAA-CA---AGGG-CC-T-G--T---------TT-G---AG-T--CC---AA-A---AA------------A-ATT----------C--A-T--TA-T--AT---T--TTA-------G---------A-AG------A-AAAAACA--C---ACA-TTT-T---T-----------AT-A--T-T-------------------AT--TATTAGA-----TA--TT-CA-T-T--
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aaaaaaaatgttctctccaaacaatcaaaaaacatgaaat--T--ATATT-TACA--GGC--AGCA--T-C---TTG-T---A-GC--AT-C--CG-A-AA--G--AG--GTGTTCC--AGT--ACC--G--T---AGGAA-ACA-T-T----G---TT---AC----G--G--CAA--CA---AGGGGCT-T-G--T---------CT-G---AA-T-CCT---GA-A---AATG--T-----C-A-ACA----------C----T--TA-T--TT---T--CTT-----------------G-AA------G-AAAAACA--T---GAGGCGT-T---T--GG-------AA-A--T-T-------------------A----ATTTAAT-AAGTA--TTTCA-TAT--A-T--G---AGACA-T--------C-AGGCCATGGACTCAGGGT-AT--T---ACTT-T-TCCGTGT-TGC-TT-CT-C-----TT-C--A--TG-ATG-G-ATCC-----TCCA-AAC--AAGA---------A-------ACA----TT--TT-TTTG-A----AA---ATAA------A-TTG-TG-----AAAAAAA------CA-----TT-TGTTTT---GCG-C--T-TTATCTTAAAT--ATGTTGAATGG--AAAAA--CAC-TT-ACGGGTAATG-T-----TG-ACT-T-----A-GA--TCC-CA-----A-T-AT-TC--A-----GA--TATC----G------G-A-CTTT-GCCA-TA-TC--G--T-A-T-CG-T---A-TCG------G-G-GAA--TTAT---GC-T-AGC-AATACA
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gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tgaAA--CA---AGGG-CC-T-G--T---------TT-G---AG-T-CAT---GA-A---AATG--G-----C-A-ACA----------A--A-T--TATT--TT---T--TTT-------T---------A-AA------GAAAAAACA--C---CAG-CTT-T---T--G--------AA-A--T-T-------------------------TTAATT-AAGTA--TT-CA-T-T--A-C--G---AGACA-C--------C-AG----------C----T-AT--T---A-T
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             G-CC-T-G--T---------TT-G---AG-T-CCC---GA-A---AATG--T-----T-A-AAA----------C--T-T--TA-T--TT---T--TTTTTTTTTGT---------A-AA------G-AAAAACA--C---AGG-TTT-T---T--G--------AA-A--T-T-------------------ACAGTATT-ATT-AAGTA--TT-CA-T-A--A-C--G---AGACA-T--------C-A
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gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                            GGGGTG-AATC-AA---TATATC---GA-TATA-TC-G--------ATAC-----GTAC-CGGTATA----A-AGC-TC-CCTG-ACGA--T-AT-GCGA-TACAGAGG---TG-G-GTCGAT-ATT-TCG---A-TA-TAA--AG-T-C-GGG-CTT--GAAGTG-AGAACATT-ACGT-C-GGGAT-CGGCTAGTACT-TTTTAAAAGA-------A-AAT-GT-CT--TCCAA---------------GA-------A----------------T---------------CT----AGC---A----A-A-AA-----------TGCAA--CT-T--GC-AAA---G-ACAC-CG-T-AAC-AT--CTTCC-AG--TG---G---CAC-A-A-CT-AATT-A--------------------AA-TGTC-A-AT-----C-T--TC---------T-CC-G-CCA-TC-A-C---AAA---TTAA-----A-TTAAGT------TACAAT-AAAA--A--C------AA--T--CCCGT-G-AA--A-CAAGAA--G--T--CTAT-CG-A-----TGGAG-GA--G-TT----A---------G--A-C-T-----G-----A-TTA-CC-----GC-G-AG----AC--GTT--TC----TAAGG--T--------AAAGTT--TATC--------T--TTAA--TTAG-GG---TC-----AATAT-GATCATT--ACAA--------A--TT-GGGAATCTT-T-TTTTCGGA--C-AT--A--C---A-GTCTTC-TTTTT-CA--T-TA--TATT-AT-TTTTT-GA---AA-GA---T-C-AA-CA-------A--TT----AAAGA-TG-T----G-C---GT--T--ATATT-TACC--GGC--AACA--T-C---T-G-T---A-GC--AT-T--TG-A-AA--G--AA--GT--TTC--AGT--ACC--G--T---AGGGA-TCA-T-T----G---TT---AC----G--A--CAA--CA---AGGG-CC-A-G--T---------TT-G---AG-T-CCT---GA-A---AATG--T-----C-A-ACA----------C--A-T--TA-T--TT---T--TCT-------T---------A-AA------G-AAAAACG--T---GAG-CTT-T---T--G--------AA-A--T-T-------------------TT--AATTAAAT-AAGTA--TT-CA-T-T--A-T--G---AGACA-T--------C-AG----------G----T-AT--T---A-TT-T-CCCGT-T-TGC-TTTCT-C-----TT-C--A--TG-ATG-G-A--C-----TC-A-AAC--AAAAC-------CA-------AAA----AT--TT-T-TG-A----AA---ATAA------A-TTG-TG-----AAAAAAA------CATTTGTTT-TGTTTT---TTA-T--T-TC------AAT--ATGTTGAAT----AAAAA--CAC-TT-A-----AATG-T-----TT-A-T-T-----A-GA--T-C-CA-----A-T-ATATC--G-----GA--TATC---GG------A-A-CTTT-G-CA-TA-TC--G--T-A-T-CG-T---A-TCG--TAT-C-G-AAA--TTAT---GC-T-CGC-AATACACAa
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cta-GGGAT-CGGCTAGTACT-TTC--AAAGA-------A-AAT-GT-CA--TCCAA---------------GA-------A----------------T---------------
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -A-CTTT-G-CA-TA-TC--G--T-A-T-TG-T---A-TCG--TAT-C-G-AAA--ATTT---GC-T-AGC-AATGCACAcaaataaggaatata
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -A-CTTT-G-CA-TA-TC--G--T-A-T-CG-T---A-TCG--TAT-C-G-AAT--TTGT---GC-T-AGC-AATACACAgc
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               --A-CAAGAA--G--T--CTAT-CG-A-----TGGAG-GG--G-AT----A---------G--A-C-T-----G-----A-TTg
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            G--TAT-C-G-AAA--TTGT---GC-T-AGC-AATACACA
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): TCTGTCGCGAGGATGAATCCACAATCAATTGC






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Reference ( family-1854 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                         NNNGGGGTG-AATC-AA---TATATC---GA-TATA-TC-G--------ATAC-----GTAC-CGGTATA----A-AGC-TC-TCTG-ACGA--T-AT-GCGA-TACAGAGG---TG-G-GTCGAT-ATT-TCG---A-TA-TAA--AG-T-C-GGG-CTT--GAAGTCTAGAATATT-ACGT-C-GGGAT-CGGCTAGTACT-TTT--AAAGA-------A-AAT-GT-CT--TCCAA---------------GA-------A----------------T---------------AT----AGC---A----A-A-AA-----------TGCAA--CT-T--GC-AAA---G-AAAC-CG-T-AAC-AT--CTTCT-GG--TG---G---CAC-A-A-CT-AATTTA--------------------AG-TGTC-C-AT-----C-T--TC---------T-CC-G-CCA-TC-A-C---AAA---TTAA-----A-C---GT------TACAAT-AAAA--A--CG-A---AA--T--CCCGT-G-CA--A-CAGGAA--G--T--CTAT-CG-A-----TGGAG-GG--G-AT----A---------G--A-C-C-----G-----A-TTA-CC-----GC-G-GG----AC--GTT--TT----T--GG--T--------AAAGTC--TATC--------T--TTAA--TT---GG---CC-----A-TAT-GATCATT--A--A--------A--TT-G--AATCTT-T-TTTTCGGA--C-AT--G--C---A-GTCCTC-TATTT-CA--T-NA--TATG-AT-TCTTT-GA---AC-GA---C-C-AA-CA-------A--TT----AAAAA-CG-T----G-C---GC--T--ATTTT-TACC--GGC--AACA--T-C---T-G-T---A-GC--AT-T--CG-A-AA--G--GG--GT--TTC--AGT--TCC--G--C---AGGGA-ACA-T-T----G---TT---AC----G--G--CAA--CA---AGGG-CC-T-G--T---------TT-G---AG-T-CCC---GA-A---AATG--T-----C-A-ANA----------C--A-T--TA-T--TT---T--TTT-------T---------A-AA------G-AAAAACA--C---GAG-CTT-T---T--G--------AA-A--T-T-------------------AT--TATTAAAT-AAGTA--TT-CA-T-T--A-C--G---AGACA-T--------C-AG----------C----T-AT--T---A-TT-T-TCTGT-T-TGC-TTTCT-C-----TT-C--G--TG-ATG-G-A--C-----TC-A-AAC--AAGAC----T--CG-------GNA----NT--TT-T-TG-A----AA---ATAA------G-TTG-TG-----AAAAAAA------AA-----TT-TGCTTT---TTG-C--T-TC------AAT--A-GTTGAAT----AAAAA--CAC-TT-A-----AATG-T-----TG-A-T-T-----A-GA--T-C-CA-----A-T-ATATC--G-----GA--TATC---GG------G-A-CTTT-G-CA-TA-TC--G--T-A-T-CG-T---A-TCG--TAT-C-G-AAA--TTGT---GC-T-AGC-AATACACA
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      a--G-AT----A---------A--A-C-C-----GCTATGA-TTA-CT-----TC-G-AG----AC--GTT--TT-------GG--T--------AGAGTT--TATC--------T--TTAA--TT---AGGGTCC-----A-TAT-GATCATT--A--AGAATTGCCA--TT-GGGAATCTT-T-TTTTCGGA--C-AT--G--C---A-G---TC-TATTT-CA--T--A--TATG-AT-TCTTT-GAC--AC-GA---C-CAAA-CA-------AACTT----AAAAC-CG-T----GCC---ACCGT--ATTTT-ACCC--AGC--AACAATT-T---T-G-T---T-GC--AT-T--CG-A-AA--G--GG-------TT--AGT--ACT--G--C---AGG---ACA-TGT----G---TA---AT----G--G--CAA--CA---AGG---C-C-G--TGAGAAAGAACA-G---AG-T-CCTG--GA-A---AATG--T-----C-A-ACA----------CAAA-TA-TA-T--TT---TTCTTT-------T---------T-AA------G-AAAAACA--T---GAG-CTT-T---T-----------AA-A--T-T-------------------------TTAATT-AAGTG--TT-TA-T-CAAA-C--G---AAACA-T--------C-AG----------C----T-AT--T---A-TA-T-TCTG----TGC-T---C-C-----CC-C--G--TG-AC--T-A--C-----TC-A-AAC--AAGAC-------CGTGT----GAA----TTTATT-T-TG-A----AA---tcgagacgttttggtagagtttatctttaattagggtccatatgatcattaagaattgccattgggaatctttttttcggacatgcagtctatttcatatatgattctttgacacgaccaaacaaacttaaaaccgtgccaccgtattttacccagcaacaattttgttgcattcgaaagggttagtactgcaggacatgtgtaatggcaacaaggccgtgagaaagaacagagtcctggaaaatgtcaacacaaatatatttttctttttaagaaaaacatgagcttttaaattttaattaagtgtttatcaaacgaaacatcagctattatattctgtgctcccccgtgactactcaaacaagaccgtgtgaatttattttgaaatacatgtaaat
gi|12                         :                                                                                                                                              aacatactaatctacgtgcccatcttctctgcctttacaaactaaacttacaataataacgaggtcctgtgcaacaggaagtctatcgagggaggggataaaccgctatgattactgcgagacgttttggtagagtttatcnGGGGTG-AATC---------------GA-TATA-TC-G--------ATAC-----GTAC-CGGTATATTG-A-AGC-TC-CTTG-ACGA--T-AT-GCGA-TACAGAGG---TG-G-GTCGAT-ATT-TCA---A-TA-TAA--AG-T-C-GGG-CTT--GAAGTCTAGAATATT-ACtacatgtaaat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         T-G-GA--A-CAGGAA--G--T--TTAT-CG-A-----TGAAG-GA--G-AT----G---------G--A-C-C-----G-----A-TTA-CC-----GC-G-GG----AC--GTT--TT--------------------AACGT-----------------------------GGT--CC-----A-TAT-GATCATT--A--A--------AAATT-GGGAATCTT-T-TTTTCGGA--C-TT--G--C---A-GTCCTC-TATT---------------------CTTT-GA---AC-GA---C-C-AA-CA-------A--TT----AGAAA-TG-T----G-C---GC--T--ATTTT-TATC--GGG--AACA--T-C---T-G-T---A-GC--AT-T--CG-A-AA--G--GG--GT--TTC--AGT--ACT--G--C---AGGAG-ACA-T-annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttggaacaggaagtttatcgatgaaggagatggaccgattaccgcgggacgttttaacgtggtccatatgatcattaaaaattgggaatctttttttcggacttgcagtcctctattctttgaacgaccaacaattagaaatgtgcgctatttttatcgggaacatctgtagcattcgaaaggggtttcagtactgcaggagacat
gi|13                         : ggggtgaatcgatatatcgatacgtaccggtatattgaagctccttgacgatatgcgatacagaggtgggtcgatatttcaatataaagtcgggcttgaagtctagaatattacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntATC---AA-TATA-TC-G--------ATAC------TAC-CGA-GTT----A-AGC-TC-CCTG-ACGA--TCATTACGA-TACAGAGG---TG-G-GTCGAT-ATT-TCG---AATACTAA--AG-T-CCGGG-CTGAGGAAGTCTAGAATATA-CCGTTC-GGGAT-CGGCTA-TACT-TTT--AAAGATTTCCCGA-AAT-GT--T--TCCAA---------------GA-------A----------------TCAAGGAAAGAAATATAT----AGC---C----ACA-AA-----------TGCAA--CT-T--GCCAAA---G-AAAC-CGAT-AA--AT--CTTCC-AG--TA---G---CACAA-A-C---ATTTA--------------------AATTGTC-A-AT-----CTT--TC---------T-CC---CCA-TC-A-C---AAA---TTAA-----A-TA--GT------TAC-AT-AAAA--A--CC-AT--AAGTT--CCTGTGG-CA--A-CAGGAA--G--T--C-AT-CG-------TGGAGTGA--G-AT----AG--------G--A-C-T-----G-----A-TTA-CC-----AC-GAGG----AC--GTT--TTCTAAT--GG--T--------AAA-TCTGTATC--------TTATTAAAGTTTAAGGGT-CC-----A-TAT-GATCATTAAA--A--------A--TTGG--AATAGT-T-ATATC-GA--C-AT--G--C---A--TCCTCTTTTTT-CA--T-AA--TATG-AT-TTTTT-GA---ACAAA---C-C-AAGCA-------A--GT----AAAAA-
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ggttgaAAGA-------A-AAC-AT--------GA---------------AA-------A----------------T---------------AT----AGCTAAA----A-A-AA-----------TGCAA--CT-T--GC-AAA---GGAAAC-CG-T-AAC-AT--CTTCTTGG--GGTTCG---CAC-A-A-AC-AATT-A--------------------AG-T-TC-C-CT-----C-T--TTGCCTTTGATT-CC-G-TCA-TCCA-C---AAA---TTTA-----A-C---GT-------ACATT-AAAA--A--CGGA---AA--T--CCTGT-AACA--A-CAGGAA--GG-C--CTAT-CG-A-----------------AT----A---------G--A-G-C-----G-----AATTATCC-----GC-G-GC-----C--GTT--T--------GG--T--------AAAGTC--TGTC--------------A--TT--------------------------TT--A--A--------A--CT-G--TAACTC-T-TTATGCGA--CGAT--G--C---A-GTCCTC-TATTTTCA--T-TA--TATGGAT-TATTT-GA---AC--A---C-C-AA-CA-------A--TT----AAAAA-GA-T----G-C---GC--TG-ATCTT-TACC--CGC--AACA--T-------G-T---A-GC--AT-T--TG-A-AAATG--AG--GT--TTC--AAT--TCC--G--C---AAGGAGACA-T-T----G---TT---AC----G--GA-CAAA-CA---AGGG-CC-T-G--T---------TT-G---AG-T--CC---AA-A---AA------------A-ATT----------C--A-T--TA-T--AT---T--TTA-------G---------A-AG------A-AAAAACA--C---ACA-TTT-T---T-----------AT-A--T-T-------------------AT--TATTAGA-----TA--TT-CA-T-T--
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aaaaaatcgttctttccaaacaatc-------A----------------T---------------AT----AGCTAAA----A-A-AA-----------TGCAA--CT-T--GC-AAG---A-AAGC-CGAT-AAC-AT--CTTCT-GGGTTC---G---CAC-A-A-AC-AATT-A--------------------AG-T-TC-C-CT-----C-T--TTGCCTTTGATT-CC-G-TCA-TCCA-C---AAA---TTTA-----A-C---GT-------ACATT-AAAA--A--CGGA---AA--T--CCTGT-AACA--A-CAGGAA--GG-C--CTAT-CG-A-----------------AT----A---------G--A-G-C-----G-----AATTATCC-----GC-G-GC-----C--GTT--T--------GG--T--------AAAGTC--TGTC--------------A--TT--------------------------TT--A--A--------A--CT-G--TAACTC-T-TTATGCGA--CGAT--G--C---A-GTCCTC-TATTTTCA--T-TA--TATGGAT-TATTT-GA---AC--A---C-C-AA-CA-------A--TT----AAAAA-GA-T----G-C---GC--TG-ATCTT-TACC--CGC--AACA--T-------G-T---A-GC--AT-T--TG-A-AAATG--AG--GT--TTC--AAT--TCC--G--C---AAGGAGACA-T-T----G---TT---AC----G--GA-CAAA-CA---AGGG-CC-T-G--T---------TT-G---AG-T--CC---AA-A---AA------------A-ATT----------C--A-T--TA-T--AT---T--TTA-------G---------A-AG------A-AAAAACA--C---ACA-TTT-T---T-----------AT-A--T-T-------------------AT--TATTAGA-----TA--TT-CA-T-T--
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aaaaaaaatgttctctccaaacaatcaaaaaacatgaaat--T--ATATT-TACA--GGC--AGCA--T-C---TTG-T---A-GC--AT-C--CG-A-AA--G--AG--GTGTTCC--AGT--ACC--G--T---AGGAA-ACA-T-T----G---TT---AC----G--G--CAA--CA---AGGGGCT-T-G--T---------CT-G---AA-T-CCT---GA-A---AATG--T-----C-A-ACA----------C----T--TA-T--TT---T--CTT-----------------G-AA------G-AAAAACA--T---GAGGCGT-T---T--GG-------AA-A--T-T-------------------A----ATTTAAT-AAGTA--TTTCA-TAT--A-T--G---AGACA-T--------C-AGGCCATGGACTCAGGGT-AT--T---ACTT-T-TCCGTGT-TGC-TT-CT-C-----TT-C--A--TG-ATG-G-ATCC-----TCCA-AAC--AAGA---------A-------ACA----TT--TT-TTTG-A----AA---ATAA------A-TTG-TG-----AAAAAAA------CA-----TT-TGTTTT---GCG-C--T-TTATCTTAAAT--ATGTTGAATGG--AAAAA--CAC-TT-ACGGGTAATG-T-----TG-ACT-T-----A-GA--TCC-CA-----A-T-AT-TC--A-----GA--TATC----G------G-A-CTTT-GCCA-TA-TC--G--T-A-T-CG-T---A-TCG------G-G-GAA--TTAT---GC-T-AGC-AATACA
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gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tgaAA--CA---AGGG-CC-T-G--T---------TT-G---AG-T-CAT---GA-A---AATG--G-----C-A-ACA----------A--A-T--TATT--TT---T--TTT-------T---------A-AA------GAAAAAACA--C---CAG-CTT-T---T--G--------AA-A--T-T-------------------------TTAATT-AAGTA--TT-CA-T-T--A-C--G---AGACA-C--------C-AG----------C----T-AT--T---A-T
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             G-CC-T-G--T---------TT-G---AG-T-CCC---GA-A---AATG--T-----T-A-AAA----------C--T-T--TA-T--TT---T--TTTTTTTTTGT---------A-AA------G-AAAAACA--C---AGG-TTT-T---T--G--------AA-A--T-T-------------------ACAGTATT-ATT-AAGTA--TT-CA-T-A--A-C--G---AGACA-T--------C-A
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gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                            GGGGTG-AATC-AA---TATATC---GA-TATA-TC-G--------ATAC-----GTAC-CGGTATA----A-AGC-TC-CCTG-ACGA--T-AT-GCGA-TACAGAGG---TG-G-GTCGAT-ATT-TCG---A-TA-TAA--AG-T-C-GGG-CTT--GAAGTG-AGAACATT-ACGT-C-GGGAT-CGGCTAGTACT-TTTTAAAAGA-------A-AAT-GT-CT--TCCAA---------------GA-------A----------------T---------------CT----AGC---A----A-A-AA-----------TGCAA--CT-T--GC-AAA---G-ACAC-CG-T-AAC-AT--CTTCC-AG--TG---G---CAC-A-A-CT-AATT-A--------------------AA-TGTC-A-AT-----C-T--TC---------T-CC-G-CCA-TC-A-C---AAA---TTAA-----A-TTAAGT------TACAAT-AAAA--A--C------AA--T--CCCGT-G-AA--A-CAAGAA--G--T--CTAT-CG-A-----TGGAG-GA--G-TT----A---------G--A-C-T-----G-----A-TTA-CC-----GC-G-AG----AC--GTT--TC----TAAGG--T--------AAAGTT--TATC--------T--TTAA--TTAG-GG---TC-----AATAT-GATCATT--ACAA--------A--TT-GGGAATCTT-T-TTTTCGGA--C-AT--A--C---A-GTCTTC-TTTTT-CA--T-TA--TATT-AT-TTTTT-GA---AA-GA---T-C-AA-CA-------A--TT----AAAGA-TG-T----G-C---GT--T--ATATT-TACC--GGC--AACA--T-C---T-G-T---A-GC--AT-T--TG-A-AA--G--AA--GT--TTC--AGT--ACC--G--T---AGGGA-TCA-T-T----G---TT---AC----G--A--CAA--CA---AGGG-CC-A-G--T---------TT-G---AG-T-CCT---GA-A---AATG--T-----C-A-ACA----------C--A-T--TA-T--TT---T--TCT-------T---------A-AA------G-AAAAACG--T---GAG-CTT-T---T--G--------AA-A--T-T-------------------TT--AATTAAAT-AAGTA--TT-CA-T-T--A-T--G---AGACA-T--------C-AG----------G----T-AT--T---A-TT-T-CCCGT-T-TGC-TTTCT-C-----TT-C--A--TG-ATG-G-A--C-----TC-A-AAC--AAAAC-------CA-------AAA----AT--TT-T-TG-A----AA---ATAA------A-TTG-TG-----AAAAAAA------CATTTGTTT-TGTTTT---TTA-T--T-TC------AAT--ATGTTGAAT----AAAAA--CAC-TT-A-----AATG-T-----TT-A-T-T-----A-GA--T-C-CA-----A-T-ATATC--G-----GA--TATC---GG------A-A-CTTT-G-CA-TA-TC--G--T-A-T-CG-T---A-TCG--TAT-C-G-AAA--TTAT---GC-T-CGC-AATACACAa
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cta-GGGAT-CGGCTAGTACT-TTC--AAAGA-------A-AAT-GT-CA--TCCAA---------------GA-------A----------------T---------------
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -A-CTTT-G-CA-TA-TC--G--T-A-T-TG-T---A-TCG--TAT-C-G-AAA--ATTT---GC-T-AGC-AATGCACAcaaataaggaatata
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -A-CTTT-G-CA-TA-TC--G--T-A-T-CG-T---A-TCG--TAT-C-G-AAT--TTGT---GC-T-AGC-AATACACAgc
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               --A-CAAGAA--G--T--CTAT-CG-A-----TGGAG-GG--G-AT----A---------G--A-C-T-----G-----A-TTg
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            G--TAT-C-G-AAA--TTGT---GC-T-AGC-AATACACA
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .    AAT              .    .  . .           G      A .       .    .   .  T    .    .  .  .    .       G     . .   GAT    .   .   .  .   .   . . .   .   .       TA       .    . .     .           . TTA      .       .   .  CA        AAAT                                                       .      C        . .  .               .   . .   .   G        .  . .   .  .      .  .   G         . . .  .    T .                     .    . .  .     . .   .         .  . .   .  . . .     T      .     . .    AC          .    .  .   . AA      .   T  . .  .  .      .  .  .     .  . T         .  .  .  A              .  . . .     AA        .  .      . G  .     .    .   T        .  .         AGTC    T TTTATCCATATGATCATTAAAAATTGGGA                                               . .     C  .  .  .  .  .   .      .    T   .  T  .     .  .     .  .    .  .   . .  .  .       .   .        .  . .    . .    .  .      .    G    .     .  C     . . .   .  .   . .   . .  G      .   .    .    .    .  .  .     AG    . . G         .    .    .  .    .   .      .  . . T             . .    . .  C     . .      TCA        . C CAT                 T     .   .    AAAATTT           .  .      .       T        .   . .   G            . .  . ATCTATTACAT                          .   .  . T    . .  .       . .        .  C               .  .  .   .  . .     . .   .     . .      CCG      .   G   .  .      A     .     CGTTTGCTGTATTGT               . .  . .     .      G          .  .          AAAA            .      .     . TCTCAT            .       .        .    .  A         GT        . . . .     .  .  . .  .     . .  A  .  .      .     .    .      . .    . .  .  TCGT       . .  . .   .   .    T   .   .   A .    . .   .
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Reference ( family-1854 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                         NNNGGGGTG-AATC-AA---TATATC---GA-TATA-TC-G--------ATAC-----GTAC-CGGTATA----A-AGC-TC-CCTG-ACGA--T-AT-GCGA-TACAGAGG---TG-G-GTCGAT-ATT-TCG---A-TA-TAA--AG-T-C-GGG-CTT--GAAGTCTAGAATATT-ACGT-C-GGGAT-CGGCTAGTACT-TTT--AAAGA-------A-AAT-GT-CT--TCCAA---------------GA-------A----------------T---------------AT----AGC---A----A-A-AA-----------TGCAA--CT-T--GC-AAA---G-AAAC-CG-T-AAC-AT--CTTCT-GG--TG---G---CAC-A-A-CT-AATTTA--------------------AG-TGTC-C-AT-----C-T--TC---------T-CC-G-CCA-TC-A-C---AAA---TTAA-----A-C---GT------TACAAT-AAAA--A--CG-A---AA--T--CCCGT-G-CA--A-CAGGAA--G--T--CTAT-CG-A-----TGGAG-GG--G-AT----A---------G--A-C-C-----G-----A-TTA-CC-----GC-G-GG----AC--GTT--TT----T--GG--T--------AAAGTC--TATC--------T--TTAA--TT---GG---CC-----A-TAT-GATCATT--A--A--------A--TT-G--AATCTT-T-TTTTCGGA--C-AT--G--C---A-GTCCTC-TATTT-CA--T-NA--TATG-AT-TCTTT-GA---AC-GA---C-C-AA-CA-------A--TT----AAAAA-CG-T----G-C---GC--T--ATTTT-TACC--GGC--AACA--T-C---T-G-T---A-GC--AT-T--CG-A-AA--G--GG--GT--TTC--AGT--TCC--G--C---AGGGA-ACA-T-T----G---TT---AC----G--G--CAA--CA---AGGG-CC-T-G--T---------TT-G---AG-T-CCC---GA-A---AATG--T-----C-A-ANA----------C--A-T--TA-T--TT---T--TTT-------T---------A-AA------GAAAAA-CA--C---GAG-CTT-T---T--G--------AA-A--T-----T-------------------A--T-T----A-TT--A-A-GT---A--TT-CA-T-T--A-C--G---AGACA-T--------C-AG----------C----T-AT--T---A-TT-T-TCTGT-T-TGC-TTTCT-C-----TT-C--G--T-----G-AT-----G-G-A--C-----TC-A-A-----AC--AAG-A-----C--T-TG-CT---G---T-AA---T-T--TTTTG-A----AA---ATAA---G-TTG-TG-----AAAAAAA------AATT-TGC----TTT---TTGC----TC--TC---A-A----GTTG-AAT----AAAAA-CAC-TT-A-----AATG-T-----TG-A-T-T-----A-GA--T-C-C-A-----A-T-ATATC--G-----GA--TATC---GG------G-A-CTTT-G-CA-TA-TC--G--T-A-T-CG-T---A-TCG--TAT-C-G-AAA--TTGT---GC-T-AGC-AATACACA
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      a--G-AT----A---------A--A-C-C-----GCTATGA-TTA-CT-----TC-G-AG----AC--GTT--TT-------GG--T--------AGAGTT--TATC--------T--TTAA--TT---AGGGTCC-----A-TAT-GATCATT--A--AGAATTGCCA--TT-GGGAATCTT-T-TTTTCGGA--C-AT--G--C---A-G---TC-TATTT-CA--T--A--TATG-AT-TCTTT-GAC--AC-GA---C-CAAA-CA-------AACTT----AAAAC-CG-T----GCC---ACCGT--ATTTT-ACCC--AGC--AACAATT-T---T-G-T---T-GC--AT-T--CG-A-AA--G--GG-------TT--AGT--ACT--G--C---AGG---ACA-TGT----G---TA---AT----G--G--CAA--CA---AGG---C-C-G--TGAGAAAGAACA-G---AG-T-CCTG--GA-A---AATG--T-----C-A-ACA----------CAAA-TA-TA-T--TT---TTCTTT-------T---------T-AA------GAAAAA-CA--T---GAG-CTT-T---T-----------AA-A--T-----T-------------------T--T-A----A-TT--A-A-GT---G--TT-TA-T-CAAA-C--G---AAACA-T--------C-AG----------C----T-AT--T---A-TA-T-TCTG----TGC-T---C-C-----CC-C--G--T-----G-AC-------T-A--C-----TC-A-A-----AC--AAG-A-----C----CG--T---G---TGAA---T-TTATTTTG-A----AA---tcgagacgttttggtagagtttatctttaattagggtccatatgatcattaagaattgccattgggaatctttttttcggacatgcagtctatttcatatatgattctttgacacgaccaaacaaacttaaaaccgtgccaccgtattttacccagcaacaattttgttgcattcgaaagggttagtactgcaggacatgtgtaatggcaacaaggccgtgagaaagaacagagtcctggaaaatgtcaacacaaatatatttttctttttaagaaaaacatgagcttttaaattttaattaagtgtttatcaaacgaaacatcagctattatattctgtgctcccccgtgactactcaaacaagaccgtgtgaatttattttgaaatacatgtaaat
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gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tgaAA--CA---AGGG-CC-T-G--T---------TT-G---AG-T-CAT---GA-A---AATG--G-----C-A-ACA----------A--A-T--TA-T--TT---T--TTT-------TT--------A-AA------GAAAAAACA--C---CAG-CTT-T---T--G--------AA-A--T-----T-------------------T--T-A----A-TT--A-A-GT---A--TT-CA-T-T--A-C--G---AGACA-C--------C-AG----------C----T-AT--T---A-T
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             G-CC-T-G--T---------TT-G---AG-T-CCC---GA-A---AATG--T-----T-A-AAA----------C--T-T--TA-T--TT---T--TTTTTTTTTGT---------A-AA------GAAAAA-CA--C---AGG-TTT-T---T--G--------AA-A--TTACAGT-------------------A--T-T----A-TT--A-A-GT---A--TT-CA-T-A--A-C--G---AGACA-T--------C-A
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       --AAT--TCC--G--C---AGAAG-ACA-T-T----G---TT---AC----G--G--CAA--TT---A-------T-A--T---------CT-A---GG-G-CCT---GA-A---AATG--T-----C-A-AAA----------C--A-T--TA-C--TT---T--TTTAAAATT-T---------A-AA------GATAAA-CA--C---AAG-CTT-T---T--G--------AA-A--T-----T-------------------A--T-T----
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AAAA-CAT-GT-T-----AAT-----------A-T-T-----A-GA--T-C-C-A-----AAT-AT-TC--A-----GA--TATC---GG------G-AACTTT-G-CA-TA-TC--G--T-A-T-TG-T---A----------------A--TTAT---GC-T-AGC-AATACAC
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                           tttctgttctttattttGGGGTG-AATC-AA---TATATC---GA-TACA--------------------------------------A-AGC-TC-TCTA-GCGA--T-AT-GCGA-TA--GAGG---TG-G----------T-TCG---A-TA-TAA--AG-T-C-GGG-CTT--GACGTCTTGA
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gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  a-C-A-----A-T-ATATC--G-----GA--TATC---GG------G-A-ATTT-G-CA--------------------T---A-TTG--TAT-C-G-AAA--TTAT---GC-T-AGC-CATACA
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gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cta-GGGAT-CGGCTAGTACT-TTC--AAAGA-------A-AAT-GT-CA--TCCAA---------------GA-------A----------------T---------------
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -A-CTTT-G-CA-TA-TC--G--T-A-T-TG-T---A-TCG--TAT-C-G-AAA--ATTT---GC-T-AGC-AATGCACAcaaataaggaatata
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -A-CTTT-G-CA-TA-TC--G--T-A-T-CG-T---A-TCG--TAT-C-G-AAT--TTGT---GC-T-AGC-AATACACAgc
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               --A-CAAGAA--G--T--CTAT-CG-A-----TGGAG-GG--G-AT----A---------G--A-C-T-----G-----A-TTg
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): TCTGTCGCGAGGATGAATCCACAATCAATTGC