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Reference ( gi|4 )            :                                                                                                                                          CAGGAGTCG-GCAA--T-TT-------------T-A--TCAA-TAA----A---G-AA-G-----AA--G-T-A--TG-TGA-AATATA--GG-T-AAA--AATACT-A---------CCA----CT-GA-GCTT--C---G------TG-----A------GCG-AG------G-------GCT--CGT-----G----A------AG-CT-T---A--CTTGG-TAG-TAT--------------------TTT--TA--C-AG-----ATA-T-------C----T--C-ATAT----A----------CTT-----TTAC-T---TTATTG-----AA-TA-------AAA---CT--GCC-GATTCCTGT
gi|5                          :                                                                                                                                          CAGGAGTCG-GCAA--T-TT-------------T-A--TCAA-TAA----A---G-TA-C-----AAATG-T-A--TG-AGA-AATGGA--GG-----G--GACGCT-A---------CCA----CC-GA-GCTA--C--------------------------------------------GCT--CGT-----G----A------AG-CT-C---A---GTGG-TAG-AGT--------------------CAC--CC--C-CA-----TTT-T-------C----T--C-ATAC----A----------TTT-----TTATAT---TTATTGATAGAAA-TAAATAAATAAA---TT--GCC-GACTC
gi|2                          :                                                                                                                                         aCAGGAGTCG-ACA-----TT-------------T-A--TCAA-TAA----A---G-CA-G-----AA--G-T-A--TG-CGA-GATATATGGG-T-AAA--AATACA-A---------Ca
gi|15                         :  actaggagtcggcaatttttatcaataaactagctgtgagtgtgagatatgggtaaaaatgctacatgtacctccagtgaatttcagcataatcctgttattatttagcttattctgtaatatgagtttcgcgagcCAGGAGTCA-GCAA--T-TT-------------T-A--TCAG-CAG----A---A-TG-G-----AA--A-T-A--TG-TGA-AAAATG--GG-C-ATA--AA---C-A---------CCA----GT-GA-GCTT--C------------------------GCG-AG------T-------GCT--C-----------------------------A--C-TGG-TAG-TAT--------------------TTA--GG--C-CA-----ATT-T-------T----T--C-ATAT----A----------t
gi|8                          :                                                                                                                                          CGGGAGTCG-TCAA--T-TT-------------T-A--TCAG-TA--------------G-----AA----T-A------GA-AATATG-------------------------------------T-GA-GCT---C---G------CT-----A-------CG------------------CT--CGT-----G----A------AG-CT-C---A--C-TGG-TAA-T-T--------------------TTT--TA--C--------ATG-T-------T----T--C--TATTAAGA----------C--------TAT-T---CTACTG------A-CA-------AAA---TT--ACA-GACTCCTG
gi|8                          :                                                                                                                 atcatattctactatttcataatcaCAGGAGTCT-GTAA--T-TT-------------T-G--TCAG-TAG----A---A-TA-GTCTT-AA----T-A------GA-AACAT----G-T-AAA--AA-ATT-A---------CCA----GT-GA-GCTT--C---A------CG-----A------GCGTAG-------------------CG------------------AG-CT-C---A--C--------------------------------------------------ATA-T-------T----T--C-----------------------------TAT-T---CTACTG------A-TA-------AAA---TT--GAC-GACTCCCGT
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gi|1                          :                                                                                                                                         aCAGGAGTCG-ACA-----TT-------------T-A--TC-A-TAA----A---G-CA-G-----AA--GAT-A--TG-CGA-GATATATGGG-T-AAAACAATACG-A---------ACG----CT-
gi|6                          : actaggagtcggcaatttttatcaataaactagcttgtgagtgtgagatatgggttaaaaatgctacatgtacctccagtgaatttcagcataatcctgttattagattaagcttattctgtaatatgagtttcgcgCAGGAGTTG-GAAT--T-TT-------------T-A--TCAA-TAA----T---T-AA-G-----AA--A-TAA--AG-TTA-AA-AGA--AG-C-AAA--AAC-CTGG---------CCA-----T-GA-GCTT--C---GGT----TAGT---A------GCG-AA------G------------TGT-----GAGCAA------AG-CT-C---A----TGGCCAG-GAT--------------------TTTGCT-------------TA-T-------T----T--T-GACT----A----------TTT-----CTAA------TATTG------A-TA-------AAAATTCT---CT-GACTCCTGtg
gi|6                          :                                                                                                                                         aCAGGAGTCA-GAGAATT-TT-------------T-A--TCAA-T------A---T-TA-G-----AA--A-T-A---G-TCA-AA-ATA--AG-C--AA--AATCCTGG---------CCA-----T-GA-GCTT--T---GC-----TC-----ACACTTCGCT-A----------------CTAAC-C-----G----A------AG-CT-C---A----TGGCCAG--GT--------------------TTT--TG--C---------T--T-------C----T--T-TTA-----A----------CTTTA---TTTC-TTAATTATTG------A-TA-------AAA---AT--TCC-AACTCCTGT
gi|9                          :                                                                                                                                          CAGGAGTCG-GCGAATT-TT-------------T-A--TCAATTAA----A---T-AA-A-----AAT-G-T-A--T--TGAGAACATG--GG-G-ATG--AACTCT-A---------CTG----GTGGA-GCTT--CACAG------TG-----A------G
gi|9                          :                                                                                                                                        caCAGGAGTCAAGCAA--TCTT-------------T-A--TCAAATAA----A---A-TA-A-----AA--A-T-G--TAATGA-AA---A--GG-G-GAT--AA--CT-C---------TCA----CT-G------------------------------------------------------------T-----G----A------AG-CTCC---A--C-CAG-TAG-AGT--------------------TCA--TC--C-CC-----ATGTT-------C----T--CAATAC----A----------TTT-----TTAT-T---TAATTG------A-TA-------AAA---ATTCGCC-GACTCCTGTagttatccccttttcattacatttttattttatttgataaagattgcttgactcctgtgc
gi|12                         :                                                                                                                                         cCAGGAGTTG-GCAG--T-TT-------------A-AAGCCAA-TAA----A---G----------------------G-TCA-A-CA-A--AG-T-GAA--AA---------------CCA----CT-GA-GCTT--C---G------CA-----A------GCG-tgc
gi|14                         :                                                                                 taaaggactacaaagtgaaaagaatcattgagcttcgagagcgtagcgagatcgctaCAGGAGTCG-GCAA--T-TT-------------T-A--CC-A-TAAATGTA---G-AA-A-----AT--G-T----TA-TGA-AA-ATT--GG-G-AGA--ACTCTC-A---------CCAGCCTCC-GAGGCTTAAC---GCCT---TA-----C------GCT-TG------C-------GTTGCCGC-----G----A------AGACT-TC--A--CTTAG-TAG-tgatgtct
gi|11                         :                                                                                                                                       ccaCAGGAGTCG-GCAG--T-TT-------------T-A--TCTG-TAA----A---G-AACG-----AA--
gi|26                         :                                                                                                                                       acaCAGGAGTCG-GCAG--T-TT-------------T-A--TCTG-TAA----A---G-cactgactaaggttcgcgagtgtagcgaagcgaagtgattgtttgttttgttttggtttttgttttacttctacacctttgaaaataaaattgc
gi|2                          :                                                                                                                                        acaAGGAGTCG-GCAA--T-TT-------------TTA--TCAA-TAA----A---C-TA-G-----CT--G-T-GAGTG-TGA-GATATG--GG-T-AAA--AATGCT-ACATGTACCTCCA----GT-GA-ATTT--C-----------------A------GCA-TA------A-------TCC--TGT-----T----ATTATTTAG-CT-T---A--TTCTG-TAA-TATGAGTTTCGCGAGCGTTGTATTTT--TACCC-AT-----ATA-T-------C----T--C-GCAT----A----------CTT-----CTGC-T---TTATTG------A-TA-------AA-----T--GTC-GACTCCTGTgtctacaaaatgaaaa
gi|16                         :                                                                                                                                        actAGGAGTCG-GCAA--T-TT-------------T-A--TCAA-TAA----A---ATAA-A-----AAT-G-T-A--TG-AGA-AATGGG--GG-T------GACTCT-A---------CCA----CT-GA-GCTT--C---A------CG-----A------GCG-
gi|7                          :                                                                                                                                           AGGAGTGG-ACAG--T-TT-------------T-A--TCTG-TAA----A---G--------------G-T-C--TA-CAA-AGT-----GA-A-AAA--AATA---A---------CCA----CT-GA-GGTT--C---G------GGAGCATA------GCG-AGCTT---GCTGC---GCT--CGT-----G----A------AG-CT-C---A---GTGG-TTG-TTT--------------------TTT--CA--C--------------------T----T--T-ATAG----A----------CCT-----TTAC----------A-----GA-TA-------AAA---CT--GCC-AATTCCAGTtagctctattttcatttcttttata
gi|1                          :                                                                                                                                          tAGGAGTCG-GCAAT-T-TT-------------T-A--TCAA-TAA----A---C-TA-GCTTGTGA--G------TG-TGA-GATATG--GGTT-AAA--AATGCT-ACATGTACCTCCA----GT-GA-ATTT--C-----------------A------GCA-TA------A-------TCC--TGTTATTAGATT-A------AG-CT-T---A--TTCTG-TAA-TATGAG-----------------TTT--CG--CGAGCGTTCGTA-TTGTTTTAC----C--C-ATAT----ATCTCGCATATCTT-----CTGC-T---TTAT-------GA-TA-------AA-----T--GTC-GACTCCTGTg
gi|3                          :                                                                                                                                        actAGGAGTGG-ACAG--T-TT-------------TCA--TCTG-TAA----A---T--------------G-T-C--TA-CAA-AGT-----GA-A-AAA--AATA---A---------CCA----CT-GA-GGTT--C---GGAGCCATA-----G------GCG-AGCTTGCTGCC-----GCT--CGT-----GTG--A------AG-CC-A---G--GTTGG-T-G-TTT--------------------TTT--CA--C-T-------TA---------C----T--T-ATAG----A----------C----------C-T---TTAGCA-----GA-TA-------AAA---CT--GCCAAATTCCAGTg
gi|18                         :                                                                                                                                         atAGGAGTCG-GAAG--T-TT-------------T-A--TCAA-TAA----G---C-AA-G-----AA--A-T-A--AA-TTC-AAAATA--AG-C-CAA--AAC-CTGG---------CCA-----T-GA-GCggattctcacac
gi|10                         :                                                                                                                                           AGGAGTCG-GCAA--T-TT------------------TCAA-TAA----AGT-G-AG-A-----AA--A-T-A--TG-
gi|7                          :                                         cacagtagtcggggtcaattttcaataaataaaatatagaaatgaggggggagggggactgtatcccgacttcgcaagcgttttccccccattatctgcGGAATTG-GCAG--T-TT-------------T-A--TCTG-TAA----A---G--------------G-T-C--TA-TAA-A--------G-T-GAA--AAAACA-A---------CCA----CT-GA-GCTT--C---A------CG-----A------GCGCAGCA----A-------GCT--CGC-----T----A------TG-CT-CCCGAACCTCAG-TGGTTAT--------------------TTT--TT--T---------CA-C-------T----T--T-GTAG----A----------CCT-----TTAC----------A-----GA-TA-------AAA---CT--GTC-CACTCCT
gi|5                          :                                                                                                                                            tGAGTCG-GCAA--T-TTATTTATTTATTTCT-A--TCAA-TAA----ATATA-AA-A-----AT--G-T-A--TG-AGA-AA-ATG--GG-G-GTG--ACT-CT-A---------CCA----CT-GA-GCTT--C---A------CG-----A------GCG--T------A-------GCT--CG-------------------G-------------TGG-TAG-CGT--------------------CCCC-TC--C-A-------TT-T-------C----T--C-ATAC----A----------TTT-----GTAC-T---TTATTG------A-TA-------AAA---TT--GCC-GACTCCTGTagtg
gi|21                         :                                                                                                                                              AATCG-GAAG--T-TT-------------T-A--TCAA-TAA----A---C-AT-G-----AA--A-T-A---G-TCA-AA-ATA--AG-C-AGA--AACCTT-A---------CCA-----T-GA-a
gi|17                         :                                                                                                                                                     CAA--A-TT-------------T-A--TTAA-TAA----A---G-TA-G-----AA--A-T-A--CG-TG---ATATG--GA-TAAAA--AATACT-A---------CCA----GT-GA-GGTT--T---G------
gi|15                         :                                                                                                                                                                              tatgcgagatatgggtaaaacttcttgagggtag-T-A--TA-TGA-AAAATT--GG-C-CTA--AATACT-A---------CCA--------------------G------TG-----A------GC------------------ACT--CGC-----G----A------AG-CT-C---A--C-----TGG-TGT--------------------TTA--TG--C-CC-----ATT-T-------T----T--C-ACAT----A----------TTT-----CCAT-T---CTGCTG------A-TA-------AAA---TT--GCT-GACTCCTGt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                -T-A--TG-CGA-GATATG--GG-T-AAA--A------------------------------CTT--C---T------TG-----A------G-----------G-------G-T--AGC-----A----A------AC-CT-C---A--CT-GG-TAG-TAT--------------------TTT--T-------------TA-T-------CCATAT--C-ACGT----A----------TTT-----CTAC-T---TTATT------AA-TA-------AA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                  A--AG-T-GGA--AAAACG-A---------TCA----CT-GA-GCTT--C---G------CG-----A------GCGTAA------G-------GCT--Ctttgt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                  A--AG-T-GAA--AAGA---A---------TCA----TT-GA-GCTT--C---G------AGAGCGTA------GCG-AG------ATCGCTACGCT--TGC-----G----A------AG-CT-C---A------G-TGG---T--------------------TTT--CA--C--------------------T----T--T-GTTG----A----------C----------C-T---TTATTG-----GCTTT-------AAA---CT--GCC-AACTCCTGTtgtagac
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             taaaggactaca-------GCT--CGT-----G----A------AG-CT-C---A--GT-GG-TAG--AG--------------------TCA--CC--C-CC-----ATT-T-------C----T--C-ATAC----A----------TTT-----TTAT-T---TTATTG------A-TA-------AAA---TT--GCC-GACTCCTgatgtct
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          G-TAG-CAT--------------------TTT--TA--C-CC-----ATA-T-------C----T--C-ACACTC--A----------CAG-----CTAG-T---TTATTG-----AT-AA-------AAA---TT--GCC-GACTCCTgtagctctattttcatttcttttata
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       actG-TAG-CAT--------------------TTT--TAA-C-CC-----ATA-T-------C----T--C-ACA----------------CTCACAAGCTAG-T---TTATTG-----AT-AA-------AAA---TT--GCC-GACTCCTatgtacctccagtgaatttcagcataatcctgttattatttagcttattctgtaatatgagtttcgcgagcgttgtatttttacccatatatctcgcatacttctgctttattgataaatgtcgactcctgt
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 act-----ATT-T-------C----T--C-ACAC----A----------TTT-----TTAT-T---TTATTG------A-TA-------AAA---TT--GCC-GACTCCTGTatgtacctccagtgaatttcagcataatcctgttattagattaagcttattctgtaatatgagtttcgcgagcgttcgtattgttttacccatatatctcgcatatcttctgctttatgataaatgtcgactcctgtg
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TA-T-------C----TGCC-ATAT----T----------TTC-----TCAC-T---TTATTG---------A-------AAA---TT--GCC-GACTCCTgggggtgactctaccact
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cacagtagtcggggtcaattttcaataaataaaatatagaaatgaggggggagggggactgtatcccgacttcgcaagcgttttccccccatA-T-------T----T--T-GTAG----A----------CCT-----TTAC----------A-----GA-TA-------AAA---CT--GCC-GACTCCTGT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           acC-T---TTACAG-----A--TA-------AAA---CT--GCC-GACTCCTGTgaaaa
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GCTTCACTTGCAAAGTTTAGAGTTTGTTGTTTCTATTGATAACTGTTGACCTTTACACATAAAACTGACGACTCCTGTGATATAACTGTGATGGATTCCACTTGATAGCTAGGCTCTCCAGATCATT
Unaligned ( gi|19 ): GTTTATGGCCAGGTTGTTGCTTATTTTAACTATATATCTTGTTCATTGATAGAACTTCCGGCTCC
Unaligned ( gi|22 ): GCGATTCGCAAAGCTTAGTGGTTGTTTACATTGTAGAACTTTACAGTTTAAACTGC
Unaligned ( gi|23 ): GCTCATGGTGAGGTTTATTTTGACATTATTTCTTGTTTAATGATAAAACTTACTTC
Unaligned ( gi|24 ): GTTTTTCTTACTTTGTAGACTTTCACAGATAAAACTGCCTACACCTGTGC






Alignments
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lowQualScore                  :                                                                                                                                                           1111111111111               111111111111111  1111             11                2222222222222222222222             11111111111111    44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444                               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                      55   2222222222222 2  444 2      999999999999999  0000 2 333 0  2  00  33   4444 33  8888888888888888888888   2 2       66666666666666    55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555   2 2  2 444   444 2          
lowQualScore                  :                                                                                                                                                      ..   ............. .  ... .      ...............  .... . ... .  .  ..  ..   .... ..  ......................   . .       ..............    .............................................................................................................................   . .  . ...   ... .          
lowQualScore                  :                                                                                                                                                      66   9999999999999 4  111 4      222222222222222  2222 4 666 6  5  22  44   9999 11  2222222222222222222222   7 4       88888888888888    00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000   5 5  5 777   777 7          
consensus                     :                                                                                                                                         CAGGAGTCGGCAA--TTT-------------T-AT---C-AATAAA-G-T---A-G-----AA--G-T-A--TGTGA-AAT-AT--GGG-TAAA--AACA-------CT-A---------CCACT-GAGCTTCG----C--G-----AGCG--AG--G-------GCTCGCGA------A--GCTC---A--C-TCGG----TAG-T---AT---TTTT--TC-C-A------TAT-----TTCGTANA---------C---TTCTAC-TTTATTGGAT-A-AA-A---CTG---C-CGACTCCTGT
Reference ( family-1825 )     :                                                                                                                                         CAGGAGTCGGCAA--TTT-------------T-AT---C-AATAAA-G-N---A-G-----AA--G-T-A--TGTGA-AAT-AT--GGG-TAAA--AATA-------CT-A---------CCACT-GAGCTTCG----C--G-----AGCG--AG--G-------GCTCGCGA------A--GCTC---A--C-TCGG----TAG-T---AT---TTTT--NC-C-A------TAT-----CTCGTANA---------C---TTCTAC-TTTATTGGAT-A-AA-A---CTG---C-CGACTCCTGT
gi|1                          :                                                                                                                                          AGGAGTCGGCAAT-TTT-------------T-AT---C-AATAAA-C-T---A-GCTTGTGA--G------TGTGA-GAT-AT--GGGTTAAA--AATG-------CT-A---------C
gi|1                          :                                                                                                                                      actCAGGAGTCGACA----TT-------------T-AT---C-A-TAAA-G-C---A-G-----AA--GAT-A--TGCGA-GAT-ATATGGG-TAAAACAATA-------CG-A---------ACGCT-atgtacctccagtgaatttcagcataatcctgttattagattaagcttattctgtaatatgagtttcgcgagcgttcgtattgttttacccatatatctcgcatatcttctgctttatgataaatgtcgactcctgtg
gi|10                         : actaggagtcggcaatttttatcaataaactagcttgtgagtgtgagatatgggttaaaaatgctacatgtacctccagtgaatttcagcataatcctgttattagattaagcttattctgtaatatgagtttcgcgAGGAGTCGGCAA--TTT----------------T---C-AATAAA-GTG---A-GA----AA--A-T-A--TGGCA-GATAAT--GGG-GGGA--AA-A-------C--------------------GCTT----------------GCG--AA--G---------TCGGGATAC---A--G-TC---C--C-CC-------------------TCCC--CC-C-T------CAT-----TTC-TATA-------------TTTTA--TTTATTG----A-AA-A---TTGACCC-CGACTACTGTtg
gi|11                         :                                                                                                                                                 cGCAA--TTT-------------T-ATTTTC-AAAGGT-G-T---A-G-----AA--G-T-A------A-AAC-AA--AAA-CCAA--AACAAAACAAACA-A---------TCACT-TCGCTTCG----C--T-----A-CA---------------CTCGCGA------A--CCTT---A--G-TCAG----T-G-T-----------------------------------TCGT-------------------T-C-TTTAC-AGAT-A-AA-A---CTG---C-CGACTCCTGT
gi|11                         :                                                                                                                                       acCAGGAGTCGGCAG--TTT-------------T-AT---C-TGTAAA-G-A---ACG-----AA--
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                              acaG-TGAA--AAGA----------A---------TCATT-GAGCTTCGAGAGC--GT----AGCG--AG--ATCGCTACGCTTGCGA------A--GCTC---A-------G----TGG-T----------TT--TC-----------AC-----TTTGTTGA---------C--------C-TTTATTGGCT-TTAA-A---CTG---C-CAACTCCTGTcactgactaaggttcgcgagtgtagcgaagcgaagtgattgtttgttttgttttggtttttgttttacttctacacctttgaaaataaaattgc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                taaaggactacaaaAT-A-AA-A---CTG---A-CGACTCCTGTgatgtct
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                   gcttcacttgcaaagtttagagtttgttgtttctattgataactgttgacctttacacCG----C--A-----AGCGT-AA--G-------GC--GTTA------A--GC--------C-TCGGAGGCTGG-TGAGAG---TTCT--CC-C-A------ATT-----TTCATA-A---------CATTTTCTACATTTAT--GGT-A-AA-A---TTG---C-CGACTCCTGTgatataactgtgatggattccacttgatagctaggctctccagatcatt
gi|15                         :                                                                                                                                       ccCAGGAGTCAGCAA--TTT-------------T-AT---C-AGCAGA-A-T---G-G-----AA--A-T-A--TGTGA-AAA-AT--GGG-CATA--AA----------C-A---------CCAGT-GAGCTTCG----C--G-----AGT--------------------------------GCTC---A--C-T-GG----TAG-T---AT---TTAG--GC-CAA------TTT-----TTCATATA---------ttgccgcgaagacttcacttagtag
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gi|2                          :                                                                                                          gctcatggccaggttttggcttattttgaattAGGAGTCGGCAA--TTT-------------TTAT---C-AATAAA-C-T---A-G-----CT--G-T-GAGTGTGA-GAT-AT--GGG-TAAA--AATG-------CT-ACATGTACCTCCAGT-GAATTTC--------------AGCA--TA--A-------TCCTGTTATTATTTA--GCTT---A--T-TCTG----TAA-T---ATGAGTTTC--GC-G-AGCGTTGTATTTTTACCCATATATCTCGCATAC---TTCTGC-TTTATT-GAT-A-AA------TG---T-CGACTCCTGT
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gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            a---TTTT--TC-T--------TAC-----TTTGTAGA---------C---TTTCAC-------AGAT-A-AA-A---CTG---C-CTACACCTGT
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                gG-TGGA--AAAA-------CG-A---------TCACT-GAGCTTCG----C--G-----AGCGT-AA--G-------GCTCgc
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gi|3                          :                                                                                                                                             acTTGGCAG--TTT-------------T-AT---CTGCTAAA-G-GTCTA-T-----AA--G-T-A--AGTGA-AA-------------A--AACA-------CC-A---------AC-CT-G-GCTTCA----CACG-----AGCGGCAGCAA-------GCTCGCCT------ATGGCTCCGAA--CCTCAG----TGG-TT--AT---TTTT--TT-C-A------C-------TTTGTAGA---------C---ATTTAC-------AGATGA-AA-A---CTG---T-CCACTCCTAT
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gi|5                          :                                                                                                                                            GAGTCGGCAA--TTTATTTATTTATTTCT-AT---C-AATAAATA-T---A-A-----AAATG-T-A--TGAGA-AA--AT--GGG-GGTG--ACT--------CT-A---------CCACT-GAGCTTCA----C--G-----AGCG----------------T-----------A--GCTC---G--G-T-GG----TAG-C---GT---CCCC--TC-C-A------TTT-----CTCATACA---------T---TTGTAC-TTTATTG-AT-A-AA-A---TTG---C-CGACTCCTGT
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1825 )     :                                                                                                                              CAGGAGTCGGCAA--TTT-------------T-AT---C-AATAAA-G---T-AG-----AA---G-T-A--TGTGA-AAT-AT--GGG-TAAAAACA-------CT-A---------CCACT-GAGCTTCG----C--G-----AGCG--AG--G-------GCTCGCGA------A--GCTC---A--C-TCGG----TAG-T---AT---T--------TTT--TC-CA------TATTT-----CGTANA---------C---TTCTAC-TTTATTGGAT-A-AA-A---CTG---C-CGACTCCTGT
gi|1                          :                                                                                                                               AGGAGTCGGCAAT-TTT-------------T-AT---C-AATAAA-C---T-AGCTTGTGA---G------TGTGA-GAT-AT--GGGTTAAAAATG-------CT-A---------C
gi|1                          :                                                                                                                           actCAGGAGTCGACA----TT-------------T-AT---C-A-TAAA-G---C-AG-----AA---GAT-A--TGCGA-GAT-ATATGGG-T-AAAACA-------AT-A---------C-----GAAC-----------------------------------GCTCGCGA------A--ACTC---A--atgtacctccagtgaatttcagcataatcctgttattagattaagcttattctgtaatatgagtttcgcgagcgttcgtattgttttacccatatatctcgcatatcttctgctttatgataaatgtcgactcctgtg
gi|10                         : actaggagtcggcaatttttatcaataaactagcttgtgagtgtgagatatgggttaaaaatgctacatgtacctccagtgaatttcagcataatcctgttattagattaagcttattctgtaataAGGAGTCGGCAA--TTT----------------T---C-AATAAA-G---TGAGA----AA---A-T-A--TGGCA-GATAAT--GGG-GGGAAA-A-------C--------------------GCTT----------------GCG--AA--G---------TCGGGATAC---A--G-TC---C--C-CC-------------------T--------CCC--CC-CT------CATTT-----C-TATA-------------TTTTA--TTTATTG----A-AA-A---TTGACCC-CGACTACTGTtg
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                      gcttcacttgcaaagtttagagtttgttgtttctattgataactgttgacctttacacCG----C--A-----AGCGT-AA--G-------GC--GTTA------A--GC--------C-TCGGAGGCTGG-TGAGAG---T--------TCT--CC-CA------ATTTT-----CATA-A---------CATTTTCTACATTTAT--GGT-A-AA-A---TTG---C-CGACTCCTGTgatataactgtgatggattccacttgatagctaggctctccagatcatt
gi|14                         :                                                                                                                            ccCAGGAGTCGGCAA--TTT-------------T-AC---C--ATAAATG---T-AG-----AAAATG-T----TATGA-AAA-TT--GGG---AGAACT-------CT------------CACC--AGCCTC-----C--G-----AGttgccgcgaagacttcacttagtag
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gi|16                         :                                                                                                                               AGGAGTCGGCAA--TTT-------------T-AT---C-AATAAA-A---T-AA-----AAAT-G-T-A--TGAGA-AAT-GG--GGG-T---GACT-------CT-A---------CCACT-GAGCTTCA----C--G-----AGCG--a
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gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                     gG-TGGAAAAA-------CG-A---------TCACT-GAGCTTCG----C--G-----AGCGT-AA--G-------GCTCgc
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                          -------GCTCGCGA------A--GCTC---A-------G----TGA-T---CG---T--------TTT--TC-C--------ACTT-----TGTAGA---------C---tttgtagac
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GTTTATGGCCAGGTTGTTGCTTATTTTAACTATATATCTTGTTCATTGATAGAACTTCCGGCTCC
Unaligned ( gi|21 ): AATCGGAAGTTTTATCAATAAACATGAAATAGTCAAAATAAGCAGAAACCTTACCATGA
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Unaligned ( gi|23 ): GCTCATGGTGAGGTTTATTTTGACATTATTTCTTGTTTAATGATAAAACTTACTTC






Alignments
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Reference ( family-1825 )     :                                                                                                                                 CAGGAGTCGGCAA--TTT-------------T-AT---C-AATAAA-G---T-AG-----AA--G-T-A--TGTGA-A--AT-AT--GGG-TAAAAACA-------CT-A---------CCACT-GAGCTTCG----C--G-----AGCG--AG--G-------GCTCGCGA------A--GCTC---A--C-TCGG----TGG-T---A---T---T--------TTTT--C-CA------TATTT-----CGTANAC---TTC---TAC------TTTATTGGAT-A-AA-A---CTG---C-CGACTCCTGT
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gi|1                          :                                                                                                                              actCAGGAGTCGACA----TT-------------T-AT---C-A-TAAA-G---C-AG-----AA--GAT-A--TGCGA-G--AT-ATATGGG-T-AAAACA-------AT-A---------C-----GAAC-----------------------------------GCTCGCGA------A--ACTC---A--atgtacctccagtgaatttcagcataatcctgttattagattaagcttattctgtaatatgagtttcgcgagcgttcgtattgttttacccatatatctcgcatatcttctgctttatgataaatgtcgactcctgtg
gi|10                         :    actaggagtcggcaatttttatcaataaactagcttgtgagtgtgagatatgggttaaaaatgctacatgtacctccagtgaatttcagcataatcctgttattagattaagcttattctgtaataAGGAGTCGGCAA--TTT----------------T---C-AATAAA-G---TGAGA----AA--A-T-A--TGGCA-G--ATAAT--GGG-GGGAAA-A-------C--------------------GCTT----------------GCG--AA--G---------TCGGGATAC---A--G-TC---C--C-CC----------------------T--------CCCC--C-CT------CATTT-----C-TATA----TTT---TA-------TTTATTG----A-AA-A---TTGACCC-CGACTACTGTtg
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lowQualScore                  :                                                                                                                                                   1111111111111               11111111111111                                     22222222222222222222222222         11111111111111    22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222                               
lowQualScore                  :                                                                                                                                             666   2222222222222 2  444 2      33333333333333  99 2 2 333 0  2 33 88  33   999    44444444444444444444444444 2       55555555555555    66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666   2 2  2 444   444 2          
lowQualScore                  :                                                                                                                                             ...   ............. .  ... .      ..............  .. . . ... .  . .. ..  ..   ...    .......................... .       ..............    ......................................................................................................................................   . .  . ...   ... .          
lowQualScore                  :                                                                                                                                             555   9999999999999 4  111 4      88888888888888  77 2 2 888 4  2 11 22  11   111    99999999999999999999999999 1       88888888888888    66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666   5 5  5 777   777 7          
consensus                     :                                                                                                                                 CAGGAGTCGGCAA--TTT-------------T-AT---C-AATAAA-G---T-AG-----AA--G-T-A--TGTGA-A--AT-AT--GGG-TAAAAACA-------CT-A---------CCACT-GAGCTTCG----C--G-----AGCG--AG--G-------GCTCGCGA------A--GCTC---A--C-TCGG----TGG-T---A---T---T--------TTTT--C-CA------TATTT-----CGTANAC---TTC---TAC------TTTATTGGAT-A-AA-A---CTG---C-CGACTCCTGT
Reference ( family-1825 )     :                                                                                                                                 CAGGAGTCGGCAA--TTT-------------T-AT---C-AATAAA-G---T-AG-----AA--G-T-A--TGTGA-A--AT-AT--GGG-TAAAAACA-------CT-A---------CCACT-GAGCTTCG----C--G-----AGCG--AG--G-------GCTCGCGA------A--GCTC---A--C-TCGG----TGG-T---A---T---T--------TTTT--C-CA------TATTT-----CGTANAC---TTC---TAC------TTTATTGGAT-A-AA-A---CTG---C-CGACTCCTGT
gi|1                          :                                                                                                                                  AGGAGTCGGCAAT-TTT-------------T-AT---C-AATAAA-C---T-AGCTTGTGA--G------TGTGA-G--AT-AT--GGGTTAAAAATG-------CT-A---------C
gi|1                          :                                                                                                                              actCAGGAGTCGACA----TT-------------T-AT---C-A-TAAA-G---C-AG-----AA--GAT-A--TGCGA-G--AT-ATATGGG-T-AAAACA-------AT-A---------C-----GAAC-----------------------------------GCTCGCGA------A--ACTC---A--atgtacctccagtgaatttcagcataatcctgttattagattaagcttattctgtaatatgagtttcgcgagcgttcgtattgttttacccatatatctcgcatatcttctgctttatgataaatgtcgactcctgtg
gi|10                         :    actaggagtcggcaatttttatcaataaactagcttgtgagtgtgagatatgggttaaaaatgctacatgtacctccagtgaatttcagcataatcctgttattagattaagcttattctgtaataAGGAGTCGGCAA--TTT----------------T---C-AATAAA-G---TGAGA----AA--A-T-A--TGGCA-G--ATAAT--GGG-GGGAAA-A-------C--------------------GCTT----------------GCG--AA--G---------TCGGGATAC---A--G-TC---C--C-CC----------------------T--------CCCC--C-CT------CATTT-----C-TATA----TTT---TA-------TTTATTG----A-AA-A---TTGACCC-CGACTACTGTtg
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gi|2                          :                                                                                                                              actCAGGAGTCGACA----TT-------------T-AT---C-AATAAA-G---C-AG-----AA--G-T-A--TGCGA-GATAT-AT--GGG-TAAAAATA-------CA-A---------C-------GC-TCG----C--G-----A
gi|20                         : actaggagtcggcaatttttatcaataaactagctgtgagtgtgagatatgggtaaaaatgctacatgtacctccagtgaatttcagcataatcctgttattatttagcttattctgtaatatgagttCAGGAGTCGGCAA--TTT-------------T-AT---C-AATAAA-A---T-AA-----AA--A-T-G--TGTGA-G--AA-AT--GGG--GGTGACT-------CT-A---------CCACT-t
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gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                         gG-TGGAAAAA-------CG-A---------TCACT-GAGCTTCG----C--G-----AGCGT-AA--G-------GCTCgc
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                              -------GCTCGCGA------A--GCTC---A-------G----TGA-T---C---G---T--------TTTT--C-C--------ACTT-----TGTAGAC---tttgtagac
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gagccttac--------TTTT--C----------ATTT-----TGTAGAC---CTT---TAC------------AGAT-A-AA-A---CTG---C-CGACTCCTGT
gi|3                          :                                                                                                                                     acTTGGCAG--TTT-------------T-AT---CTGCTAAA-GGTCT-AT-----AA--G-T-A--AGTGA-A--A-------------AAACA-------CC-A---------AC-CT-G-GCTTCA----CACG-----AGCGGCAGCAA-------GCTCGCCT------ATGGCTCCGAA--CCTCAG----TGG-TT--A---T---T--------TTTT--T-CA------C--TT-----TGTAGAC---ATT---TAC------------AGATGA-AA-A---CTG---T-CCACTCCTAT
gi|4                          :                                                                                                                                 CAGGAGTCGGCAA--TTT-------------T-AT---C-AATAAA-G---A-AG-----AA--G-T-A--TGTGA-A--AT-AT--AGG-TAAAAATA-------CT-A---------CCACT-GAGCTTCG----T--G-----AGCG--AG--G-------GCTCGTGA------A--GCTT---A--C-TTGG----TAG-T---A---T---T--------TTTA--CAGA------TATCT-----CATATAC---TTT---TAC------TTTATTGAAT-A-AA-A---CTG---C-CGATTCCTGTattccagtggattctcacac
gi|5                          :                                                                                                                                    GAGTCGGCAA--TTTATTTATTTATTTCT-AT---C-AATAAATA---T-AA-----AAATG-T-A--TGAGA-A--A--AT--GGG--GGTGACT-------CT-A---------CCACT-GAGCTTCA----C--G-----AGCGT-AG-------------------------------------C-TCGG----TGG-T---AGCGT---C--------CCCT--C-CA------TTTCT-----CATACAT---TTG---TAC------TTTATTG-AT-A-AA-A---TTG---C-CGACTCCTGT
gi|6                          :                                                                                                                                 CAGGAGTTGGAAT--TTT-------------T-AT---C-AATAAT-T---A-AG-----AA--A-TAA--AGTTA-A--A--AG--AAG-CAAAAAC--------CTGG---------CCA-T-GAGCTTCG-------GTTAGTAGCG--AA--GT------GTGAGCAA------A--GCTC---A----TGGC----CAG-G---A----------------TTTT--G-CT------TATTT-----TGACTAT---TTC---TAA--------TATT-GAT-A-AA-AATTCT----C-TGACTCCTGa
gi|7                          :                                                                                                                                  aGGAATTGGCAG--TTT-------------T-AT---C-TGTAAA-G----------------G-T-C--TATAA-A--GT-------G-AAAAAACA----------A---------CCACT-GAGCTTCA----C--G-----AGCGC-AGCAA-------GCTCGCTA------T--GCTCCCGAACC-TCAG----TGGTT---A---T---T--------TTTT--T-C--------ACTT-----TGTAGAC---CTT---TAC------------AGAT-A-AA-A---CTG---T-CCACTCCT
gi|8                          :                                                                                                                                tCAGGAGTCTGTAA--TTT-------------T-GT---C-AGTAGA-A---T-AGTCTT-AA----T-A-----GA-A--AC-AT--G---TAAAAA-A-------TT-A---------CCAGT-GAGCTTCA----C--G-----AGCG----------------TAGCG-------A--GCTC---A---------------------------------------------CA------TATTT-----C-TA------TTC---TAC------T------GAT-A-AA-A---TTG---A-CGACTCCCGTagtg
gi|9                          :                                                                                                         atcatattctactatttcataatcCAGGAGTCGGCGAATTTT-------------T-AT---C-AATTAA-A---T-AA-----AAATG-T-A--T-TGAGA--AC-AT--GGG-GATGAACT-------CT-A---------CTGGTGGAGCTTCA----C--------AGTG--AG--A-------GTT-----------A--TCCC-----------------------------------------CTTT--T-CA------T-----------TACAT---TTT---TAT------TTTATTTGAT-A-AAGA---TTG---CTTGACTCCTGT


blockSeqs                     :                                                                                                                                             AAT   ATTTATTTATTTC T  TTT T      ATAGTCTT        AT A A AGT    G AT TA  AT   GG     TGCTACATGTACCTCCAG         G       GAGAGCGT          TAATCCTGTTATTATTTAGCTTATTCTGTAATATGAGTTTCGCGAGCGTTGTATTTTTACCCATATATCTCGCATACTTCTGCTTTATT                                                G T  G ATT   .   T
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blockSeqs                     :                                                                                                                                             A     .             .  .   .      GCAG            .  . . T      . .  T   .    TA     AACGATCAC                  .       GCA               CAGCAAGCTCGCTATGCTCCCGAACCTCAGTGGTTATTTTTTTCACTTTGTAGACCTTTACA                                                                           . .  . .     .   .
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blockSeqs                     :                                                                                                                                             A     .             .  .   .      ATGG            .  . . A      . .  A   .    TA     CTCTACCAC                  .       ACG               AAGTGTGAGCAAAGCTCATGGCCAGGATTTTGCTTATTTTGACTATTTCTAATATT                                                                                 . .  . .     .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                             A     .             .  .   .      ATAA            .  . . T      . .  T   .    TA     CTCTACTGG                  .       TTG               AGATCGCTACGCTTGCGAAGCTCAGTGGTTTTCACTTTGTTGACCTTTATTG                                                                                     . .  . .     .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                             G     .             .  .   .      CAAG            .  . . T      . .  T   .    TG     CCTGGCCA                   .       GCG               TAGCTCGGTGGTAGCGTCCCCTCCATTTCTCATACATTTGTACTTTATTG                                                                                       . .  . .     .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                             A     .             .  .   .      CTAG            .  . . A      . .  A   .    TA     CACCAACC                   .       GCG               AGAGTTATCCCCTTTTCATTACATTTTTATTTTATTT                                                                                                    . .  . .     .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                             A     .             .  .   .      GCAG            .  . . T      . .  T   .    CA     CCTGGCCA                   .       GTG               CTCGCGAACCTTAGTCAGTGTTCGTTCTTTACA                                                                                                        . .  . .     .   .
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1825 )     :                                                                                                                                 CAGGAGTCGG---CAA--TTT-------------T-AT---C-AATAAA-G---TA-G-----AA---G-T-A--TGTGA-A--ATAT--GGG-TAAAA----ACN-------CTA---------CCACT-GAGCTTCG----C--G-----AGCG--AG--G-------GCTCGCGA------A--GCTC---A--C-TCGG----TGG-T---A---T---T--------TTTT--C-CA------TATTT-----CGTANAC---TTC---T-AC------TTTATTGGAT-A-AA-A---CTGC-CGACTCCTGT
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gi|1                          :                                                                                                                              actCAGGAGTCGA---CA----TT-------------T-AT---C-A-TAAA-G---CA-G-----AA---GAT-A--TGCGA-G--ATATATGGG-T-AAA----ACA-------ATA---------C-----GAAC-----------------------------------GCTCGCGA------A--ACTC---A--atgtacctccagtgaatttcagcataatcctgttattagattaagcttattctgtaatatgagtttcgcgagcgttcgtattgttttacccatatatctcgcatatcttctgctttatgataaatgtcgactcctgtg
gi|10                         :   actaggagtcggcaatttttatcaataaactagcttgtgagtgtgagatatgggttaaaaatgctacatgtacctccagtgaatttcagcataatcctgttattagattaagcttattctgtaataCAGTAGTCGGGGTCAA--TTT-------------T------C-AATAAA-----TA-A-----AA-----T-A--TA-GA-A--ATGA--GGG-GGGAGGGGGACT-------GTA---------TC-CC-GA-CTTCG----C--A-----AGCG----------------TT--------------TTC---C--C-CC----------C---A---T---TA-------TCTG--C-CA------TATTT----------------TC---TCAC------TTTATTG----A-AA-A---TTGC-CGACTCCTtg
gi|11                         :                                                                                                                                        caG---CAA--TTT-------------T-ATTTTC-AAAGGT-G---TA-G-----AA---G-T-A------A-A--ACAA--AAA-CCAAA----ACAAAACAAACAA---------TCACT-TCGCTTCG----C--T-----A-CA---------------CTCGCGA------A--CCTT---A--G-TCAG----TG------------------------------------------TT-----CGT-------------T--C------TTTAC-AGAT-A-AA-A---CTGC-CGACTCCTGT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                           acG-TGAAA----AGA---------A---------TCATT-GAGCTTCGAGAGC--GT----AGCG--AG--ATCGCTACGCTTGCGA------A--GCTC---A-------G----TGG-T---------------------TTT--C----------ACTT-----TGTTGAC------------C------TTTATTGGCT-TTAA-A---CTGC-CAACTCCTGT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       taaaggactacaaaAT-A-AA-A---CTGA-CGACTCCTGTgatgtct
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                gcttcacttgcaaagtttagagtttgttgtttctattgataactgttgacctttacacCG----C--A-----AGCGT-AA--G-------GC--GTTA------A--GC--------C-TCGGAGGCTGG-TGAGA---G---T--------TCTC--C-CA------ATTTT-----CATA-ACATTTTC---T-ACA-----TTTAT--GGT-A-AA-A---TTGC-CGACTCCTGTgatataactgtgatggattccacttgatagctaggctctccagatcatt
gi|14                         :                                                                                                                               ccCAGGAGTCGG---CAA--TTT-------------T-AC---C--ATAAATG---TA-G-----AAAATG-T----TATGA-A--AATT--GGG---AGA----ACT-------CT-----------CACC--AGCCTC-----C--G-----AGttgccgcgaagacttcacttagtag
gi|15                         :                                                                                                                              ccaCAGGAGTCAG---CAA--TTT-------------T-AT---C-AGCAGA-A---TG-G-----AA---A-T-A--TGTGA-A--AAAT--GGG-CATAA----AC----------A---------CCAGT-GAGCTTCG----C--G-----AGT--------------------------------GCTC---A--C-T-GG----TAG-T---A---T---TTAGGCCAATTTT--T-CA------TATgcttaacgccttacgcttgcgttgccgcgaagacttcacttagtag
gi|16                         :                                                                                                                                  AGGAGTCGG---CAA--TTT-------------T-AT---C-AATAAA-A---TA-A-----AAAT-G-T-A--TGAGA-A--ATGG--GGG-T---G----ACT-------CTA---------CCACT-GAGCTTCA----C--G-----AGCG--a
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                      -T-A--TGCGA-G--ATAT--GGG-TAAAA-----------------------------------CTTCT----T--G-----AG--------G-------G-TAGCAA------A--CCTC---A--C-T-GG----TAG-T---A---T---T--------TTTTATC-CA------TATCA-----CGTAT-----TTC---T-AC------TTTATT-AAT-A-AA-tagctctattttcatttcttttata
gi|18                         :                                                                                                                                  AGGAGTCGG---AAG--TTT-------------T-AT---C-AATAAG-C---AA-G-----AA---A-T-A--AATTC-A--AAAT--AAG-CCAAA----ACC-------TGG---------CCA-T-GAGCtttgt
gi|2                          :                                                                                                                                  AGGAGTCGG---CAA--TTT-------------TTAT---C-AATAAA-C---TA-G-----CT---G-T-GAGTGTGA-G--ATAT--GGG-TAAAA----ATG-------CTACATGTACCTCCAGT-GAATTTC--------------AGCA--TA--A-------TCCTGTTATTATTTA--GCTT---A--T-TCTG----TAA-T---A---TGAGT--------TTCG--C-GAGCGTTGTATTTTTACCCATATAT---CTCGCAT-ACTTCTGCTTTATT-GAT-A-AA------TGT-CGACTCCTGT
gi|2                          :                                                                                                                              actCAGGAGTCGA---CA----TT-------------T-AT---C-AATAAA-G---CA-G-----AA---G-T-A--TGCGA-GATATAT--GGG-TAAAA----A----------TA---------CAAC----GC-TCG----C--G-----A
gi|20                         : actaggagtcggcaatttttatcaataaactagctgtgagtgtgagatatgggtaaaaatgctacatgtacctccagtgaatttcagcataatcctgttattatttagcttattctgtaatatgagttCAGGAGTCGG---CAA--TTT-------------T-AT---C-AATAAA-A---TA-A-----AA---A-T-G--TGTGA-G--AAAT--GGG--GGTG----ACT-------CTA---------CCACT-t
gi|21                         :                                                                                                                                    aAATCGG---AAG--TTT-------------T-AT---C-AATAAA-----CATG-----AA---A-T-A---GTCA-A--A-AT--AAG-CAGAA----ACC-------TTA---------CCA-T-GA
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ---T--------TTTT--C-T-------TACTT-----TGTAGAC---TTT---C-AC------------AGAT-A-AA-A---CTGC-CTACACCTGT
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                               gAAAA----ACG---------A---------TCACT-GAGCTTCG----C--G-----AGCGT-AA--G-------GCTCgc
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -------GCTCGCGA------A--GCTC---A-------G----TGA-T---C---G---T--------TTTT--C-C--------ACTT-----TGTAGAC---ccactttgtagac
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gagccttac--------TTTT--C----------ATTT-----TGTAGAC---CTT---T-AC------------AGAT-A-AA-A---CTGC-CGACTCCTGT
gi|3                          :                                                                                                                                     acTTGG---CAG--TTT-------------T-AT---CTGCTAAA-GGTCTA-T-----AA---G-T-A--AGTGA-A--A------------AA----ACA-------CCA---------AC-CT-G-GCTTCA----CACG-----AGCGGCAGCAA-------GCTCGCCT------ATGGCTCCGAA--CCTCAG----TGG-TT--A---T---T--------TTTT--T-CA------C--TT-----TGTAGAC---ATT---T-AC------------AGATGA-AA-A---CTGT-CCACTCCTAT
gi|4                          :                                                                                                                                 CAGGAGTCGG---CAA--TTT-------------T-AT---C-AATAAA-G---AA-G-----AA---G-T-A--TGTGA-A--ATAT--AGG-TAAAA----ATA-------CTA---------CCACT-GAGCTTCG----T--G-----AGCG--AG--G-------GCTCGTGA------A--GCTT---A--C-TTGG----TAG-T---A---T---T--------TTTA--CAGA------TATCT-----CATATAC---TTT---T-AC------TTTATTGAAT-A-AA-A---CTGC-CGATTCCTGTattccagtggattctcacac
gi|5                          :                                                                                                                                    GAGTCGG---CAA--TTTATTTATTTATTTCT-AT---C-AATAAATA---TA-A-----AAAT-G-T-A--TGAGA-A--A-AT--GGG--GGTG----ACT-------CTA---------CCACT-GAGCTTCA----C--G-----AGCGT-AG-------------------------------------C-TCGG----TGG-T---AGCGT---C--------CCCT--C-CA------TTTCT-----CATACAT---TTG---T-AC------TTTATTG-AT-A-AA-A---TTGC-CGACTCCTGT
gi|6                          :                                                                                                                                 CAGGAGTTGG---AAT--TTT-------------T-AT---C-AATAAT-T---AA-G-----AA---A-TAA--AGTTA-A--A-AG--AAG-CAAAA----ACC-------TGG---------CCA-T-GAGCTTCG-------GTTAGTAGCG--AA--GT------GTGAGCAA------A--GCTC---A----TGGC----CAG-G---A----------------TTTT--G-CT------TATTT-----TGACTAT---TTC---T-AA--------TATT-GAT-A-AA-AATTCT-C-TGACTCCTGa
gi|7                          :                                                                                                                                  aGGAATTGG---CAG--TTT-------------T-AT---C-TGTAAA-G-----------------G-T-C--TATAA-A--GT------G-AAAAA----ACA---------A---------CCACT-GAGCTTCA----C--G-----AGCGC-AGCAA-------GCTCGCTA------T--GCTCCCGAACC-TCAG----TGGTT---A---T---T--------TTTT--T-C--------ACTT-----TGTAGAC---CTT---T-AC------------AGAT-A-AA-A---CTGT-CCACTCCT
gi|8                          :                                                                                                                                tCAGGAGTCTG---TAA--TTT-------------T-GT---C-AGTAGA-A---TA-GTCTT-AA-----T-A-----GA-A--ACAT----G-TAAAA----A-A-------TTA---------CCAGT-GAGCTTCA----C--G-----AGCG----------------TAGCG-------A--GCTC---A---------------------------------------------CA------TATTT-----C-TA------TTC---T-AC------T------GAT-A-AA-A---TTGA-CGACTCCCGTagtg
gi|9                          :                                                                                                         atcatattctactatttcataatcCAGGAGTCGG---CGAATTTT-------------T-AT---C-AATTAA-A---TA-A-----AAAT-G-T-A--T-TGAGA--ACAT--GGG-GATGA----ACT-------CTA---------CTGGTGGAGCTTCA----C--------AGTG--AG--A-------GTT-----------A--TCCC-----------------------------------------CTTT--T-CA------T-----------TACAT---TTT---T-AT------TTTATTTGAT-A-AAGA---TTGCTTGACTCCTGT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GTTTATGGCCAGGTTGTTGCTTATTTTAACTATATATCTTGTTCATTGATAGAACTTCCGGCTCC
Unaligned ( gi|22 ): GCGATTCGCAAAGCTTAGTGGTTGTTTACATTGTAGAACTTTACAGTTTAAACTGC
Unaligned ( gi|23 ): GCTCATGGTGAGGTTTATTTTGACATTATTTCTTGTTTAATGATAAAACTTACTTC