lowQualScore : 11111111111111111 2222222222
lowQualScore : 3 99 2 888 2 55555555555555555 22 999 333 8888888888 2 2 33 5555
lowQualScore : . .. . ... . ................. .. ... ... .......... . . .. ....
lowQualScore : 5 44 5 222 4 33333333333333333 88 333 555 5555555555 4 4 22 7777
consensus : NAATTAATAGCGAGC-GAAGCTCGC---GTC-GC---T-----TC-G---CG--A--CG---CGA----------CGA-GC-TCGC--TC----TAATGATT
Reference ( gi|3 ) : AAATTAATAGCGAGC-AAAGCTCGC---GTC-GC---T-----TC-G---CG--A--TG---CGA----------CGA-GC-TCGC--TC----TAATGATT
gi|8 : AATCATTAG--AGC-GA-GCTCG-----TT-GC---T-----TA-G---CG--A--CG---CGAGCTT------CG---C-TCGC--TA----TAA
gi|2 : gAATCATTAG--AGC-GA-GCTCGCCGCGTT-GC---T-----TC-G---TG--A--CG---CGAG---------CAAAGC-TCGC--T
gi|7 : gtatgtaatATTTATAGCGAGC-GAAGCTCGC---GTC-GC---T-----T------------------CGG----------CGA-GC-TCGC--TC----TAATGAT
gi|6 : agtATTAATAGTGAGT-GAAGTTCGC---GTT-GC---T-----T-------------TG---CGA----------CTA-GC-TCAC--TC----CAGTAATT
gi|1 : gATTA-TAGCGAGC-GAAGCTCGC---GAA-GC---------TC-G---CG--A--AG---CGAAGCGACGCAGCGA-GC-TCGC--TC----TAAag
gi|13 : tcATTA-TAGCGAGC-GAAGCTCGC---G--------------TC-G---CG--A---G---CGA----------CG
gi|10 : cgctTTTATAGCGAGT-GAAGCTCGC---GTCAG----------TC-G---CGTTA--AG---TGA----------CGc
gi|2 : tgTAATAGCGAGC-TTTGCTCGC---GTC-AC---G-----AA-G---CA--A--CG---CGG----------CGA-GC-TCGC--TC----TAATGATTc
gi|4 : gtatgAACAGCGAGT-GAAGCTCGC---GTC-G-----------C-GAACCG--A--CG---CGA----------CGA-AC-TCGC--TC----CAATGATT
gi|15 : aacAATAGCGAGC-GAAGC------------------------------G--A--TG---CGG----------CGA-GC-TCGC--TC----TAATG
gi|8 : ATAGCGAGC-GAAGCTCGC---GTC-GC---T----------------A--AG---CAA----------CGA-GC-TCGC--TC----TAATGATT
gi|12 : gttATAGCGAGCCGAAGCTCGC---G--------------TC-G---CG--A--AG---CGA----------CG
gi|5 : cattcgTAGCGAGC-GAAGCTCGC---GTC-GCGAAT-----TAAG---CG--A--CG---CGG----------CGA-GC-TCGC--TC----TAATGc
gi|9 : tgCGAGC-GAAGCTTGC---GTC-GC---GAAGCATC-GA--CG--A--T-----------------CGA-GC-TCGC--TC----
gi|1 : GAGC-GA-GCTCGCTGCGTC-GC---T-----TC-G---CT--T--CG---CGAGCTTCG----CGA-GCTTCGC--TCGCTATAATGA
gi|12 : GC---GTC-GC---T-----TC-G---CG--A--CG---CGAGCTT------CG--GC-TCGCTATC----GAATGtaa
gi|16 : GC---GTC-GC---T-----TC-G---CG--A--TG---CAGCTT-------CGA--C-TCGC--T
gi|17 : at-----TC-G---CG--A--CG---CGA----------CGA-GC-TCGC--TC----TAATGATT
gi|14 : -----TC-G---CG--AGATGACACGA----------GGA-GC-TCGC--TC----CAATGATT
gi|11 : -G---CG--A--CG---CGA----------CGA-GC-TC-C--TG----TAATGATTaga
Alignments
lowQualScore : 333333333333 1111111111
lowQualScore : 2 2 777777777777 33 2 5555555555
lowQualScore : . . ............ .. . ..........
lowQualScore : 9 9 222222222222 44 5 4444444444
consensus : NAATTAATAGCGAGC-GAAGCTCGCGTC-GC----T--G---CG--ACG-CGA----------CGAGCTCGCTCTAATGATT
Reference ( family-1820 ) : NAATTAATAGCGAGC-GAAGCTCGCGTC-GC---TTC-G---CG--ACG-CGA----------CGAGCTCGCTCTAATGATT
gi|1 : ATTA-TAGCGAGC-GAAGCTCGCGAA-GC----TC-G---CG--AAG-CGAAGCGACGCAGCGAGCTCGCTCTAA
gi|10 : tcTTTATAGCGAGT-GAAGCTCGCGTCAG-----TC-G---CGTTAAG-TGA----------CG
gi|11 : tgATAGCGAAC-GAAGC----------------------G--ACG-CGA----------CGAGCTC-CTGTAATGATTc
gi|12 : gttATAGCGAGCCGAAGCTCGCGTC-GC---GAA-G---CG--ACG-Cag
gi|13 : cattcgATTA-TAGCGAGC-GAAGCTCGCGTC-GC----GA-G---CG--ACG-C
gi|14 : cgctG--ACA-CGA----------GGAGCTCGCTCCAATGATT
gi|15 : tcgcgagatAATAGCGAGC-GAAGC----------------------G--ATG-CGG----------CGAGCTCGCTCTAATGaga
gi|17 : TC-G---CG--ACG-CGA----------CGAGCTCGCTCTAATGATT
gi|2 : TAATAGCGAGC-TTTGCTCGCGTC-AC---GAA-G---CA--ACG-CGG----------CGAGCTCGCTCTAATGATT
gi|3 : gtatgAATTAATAGCGAGC-AAAGCTCGCGTC-GC---TTC-G---CG--ATG-CGA----------CGAGCTCGCTCTAATGATT
gi|4 : aAACAGCGAGT-GAAGCTCGCGTC-G------C-GAACCG--ACG-CGA----------CGAACTCGCTCCAATGATT
gi|5 : aacTAGCGAGC-GAAGCTCGCGTC-GCGAATTAAG---CG--ACG-CGG----------CGAGCTCGCTCTAATG
gi|6 : tgATTAATAGTGAGT-GAAGTTCGCGTT-GC---TT-----------TG-CGA----------CTAGCTCACTCCAGTAATT
gi|7 : gATTTATAGCGAGC-GAAGCTCGCGTC-GC---TT--------------CGG----------CGAGCTCGCTCTAATGATag
gi|8 : agtATAGCGAGC-GAAGCTCGCGTC-GC---T-----------AAG-CAA----------CGAGCTCGCTCTAATGATT
gi|9 : gttCGAGC-GAAGCTTGCGTC-GC---GAA-G---CA--TCGACGAT---------CGAGCTCGCTCT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATAGCGAGTCGAAGCTGCATCGCGAAGCGACGC
Alignments
lowQualScore : 4444444444444444444
lowQualScore : 2 2 5555 3333333333333333333 33 0 2 2
lowQualScore : . . .... ................... .. . . .
lowQualScore : 7 7 7777 3333333333333333333 22 2 4 5
consensus : NAATTAATAGCGAG-C-GAAGCTCGCG----TC-GC------------G---CG--ACG-CGA-CGAGCTCGCTCTAATGATT
Reference ( family-1820 ) : NAATTAATAGCGAG-C-GAAGCTCGCG----TC-GC----T-------G---CG--ACG-CGA-CGAGCTCGCTCTAATGATT
gi|1 : ATTA-TAGCGAG-C-GAAGCTCGCGAAGCTC-GC----GAAGCGAAG---CG--ACG-CAG-CGAGCTCGCTCTAA
gi|10 : tcTTTATAGCGAG-T-GAAGCTCGCG----TCAGT----C-------G---CGTTAAG-TGA-CG
gi|11 : tgATAGCGAA-C-GAAGC-------------------------------G--ACG-CGA-CGAGCTC-CTGTAATGATTc
gi|12 : gttATAGCGAG-CCGAAGCTCGCG----TC---------------G---CG--AAG-CGA-CGag
gi|13 : cattcgATTA-TAGCGAG-C-GAAGCTCGCG----TC-GC----GA------G---CG--ACG-Cc
gi|14 : cgctG--ACA-CGA-GGAGCTCGCTCCAATGATT
gi|15 : tcgcgagatAATAGCGAG-C-GAA----------------------------G---CG--ATG-CGG-CGAGCTCGCTCTAATGaga
gi|16 : ATAGCGAGTC-GAAGCT-GCA----TC---------------G---CG--AAG-CGA-CG
gi|17 : -------G---CG--ACG-CGA-CGAGCTCGCTCTAATGATTc
gi|2 : tcTAATAGCGAG-C-TTTGCTCGCG----TC-AC----GAA-----G---CA--ACG-CGG-CGAGCTCGCTCTAATGATT
gi|3 : gtatgAATTAATAGCGAG-C-AAAGCTCGCG----TC-GC----TTC-----G---CG--ATG-CGA-CGAGCTCGCTCTAATGATT
gi|4 : aAACAGCGAG-T-GAAGCTCGCG----TC-GC------------GAACCG--ACG-CGA-CGAACTCGCTCCAATGATT
gi|5 : aacTAGCGAG-C-GAAGCTCGCG----TC-GCGAATTAA-----G---CG--ACG-CGG-CGAGCTCGCTCTAATG
gi|6 : tgATTAATAGTGAG-T-GAAGTTCGCG----TT-GC----T-------T--------TG-CGA-CTAGCTCACTCCAGTAATT
gi|7 : gATTTATAGCGAG-C-GAAGCTCGCG----TC-GC----T-----------------T-CGG-CGAGCTCGCTCTAATGATag
gi|8 : agtATAGCGAG-C-GAAGCTCGCG----TC-GC----T---------------AAG-CAA-CGAGCTCGCTCTAATGATT
gi|9 : gttCGAG-C-GAAGCTTGCG----TC-GC----GAA-----G---CA--TCGACGATCGAGCTCGCTCT
Alignments
lowQualScore : 444444444444
lowQualScore : 2 2 5555 33 888888888888 33 2
lowQualScore : . . .... .. ............ .. .
lowQualScore : 7 7 3333 22 222222222222 22 9
consensus : NAATTAATAGCGAG-C-GAAGCTCGCG----TCG--C---G--------CG--ACGCGA-CGAGCTCGCTCTAATGATT
Reference ( family-1820 ) : NAATTAATAGCGAG-C-GAAGCTCGCG----TCG--C---G--------CG--ACGCGA-CGAGCTCGCTCTAATGATT
gi|1 : ATTA-TAGCGAG-C-GAAGCTCGCGAAGCTCG--C---GAAGCGAAGCG--ACGCAG-CGAGCTCGCTCTAA
gi|10 : tcTTTATAGCGAG-T-GAAGCTCGCG----TCAGTC---G--------CGTTAAGTGA-CG
gi|11 : tgATAGCGAA-C-GAAGC----------------------------G--ACGCGA-CGAGCTC-CTGTAATGATTc
gi|12 : gttATAGCGAG-CCGAAGCTCGCG----TCG--CGAAG--------CG--ACGCag
gi|13 : cattcgATTA-TAGCGAG-C-GAAGCTCGCG----TCG--CGA-G--------CG--ACGC
gi|14 : cgct----TCG--C---GAGA-----TG--ACACGA-GGAGCTCGCTCCAATGATT
gi|15 : AATAGCGAG-C-GAAGC----------------------------G--ATGCGG-CGAGCTCGCTCTAATGaga
gi|16 : ATAGCGAGTC-GAAGCT-GCA----TCG--CGAAG--------CG--ACGC
gi|17 : --C---G--------CG--ACGCGA-CGAGCTCGCTCTAATGATT
gi|2 : tTAATAGCGAG-C-TTTGCTCGCG----TCA--C---GAAG-----CA--ACGCGG-CGAGCTCGCTCTAATGATT
gi|3 : gtatgAATTAATAGCGAG-C-AAAGCTCGCG----TCG--CTTCG--------CG--ATGCGA-CGAGCTCGCTCTAATGATT
gi|4 : aAACAGCGAG-T-GAAGCTCGCG----TCG--C---GAAC-----CG--ACGCGA-CGAACTCGCTCCAATGATT
gi|5 : aacTAGCGAG-C-GAAGCTCGCG----TCG--C---GAATTAAG-CG--ACGCGG-CGAGCTCGCTCTAATG
gi|6 : tgATTAATAGTGAG-T-GAAGTTCGCG----TTG--C---T--------T----TGCGA-CTAGCTCACTCCAGTAATT
gi|7 : gATTTATAGCGAG-C-GAAGCTCGCG----TCG--C-----------------TTCGG-CGAGCTCGCTCTAATGATag
gi|8 : agtATAGCGAG-C-GAAGCTCGCG----T----C---G--------CT--AAGCAA-CGAGCTCGCTCTAATGATT
gi|9 : gttCGAG-C-GAAGCTTGCG----TCG--C---GAAGCAT--CG--A--CGATCGAGCTCGCTCT
Alignments
lowQualScore : 444444444444
lowQualScore : 2 2 5555 33 888888888888 33 2
lowQualScore : . . .... .. ............ .. .
lowQualScore : 7 7 3333 22 222222222222 22 9
consensus : NAATTAATAGCGAG-C-GAAGCTCGCG----TCG--C---G--------CG--ACGCGA-CGAGCTCGCTCTAATGATT
Reference ( family-1820 ) : NAATTAATAGCGAG-C-GAAGCTCGCG----TCG--C---G--------CG--ACGCGA-CGAGCTCGCTCTAATGATT
gi|1 : ATTA-TAGCGAG-C-GAAGCTCGCGAAGCTCG--C---GAAGCGAAGCG--ACGCAG-CGAGCTCGCTCTAA
gi|10 : tcTTTATAGCGAG-T-GAAGCTCGCG----TCAGTC---G--------CGTTAAGTGA-CG
gi|11 : tgATAGCGAA-C-GAAGC----------------------------G--ACGCGA-CGAGCTC-CTGTAATGATTc
gi|12 : gttATAGCGAG-CCGAAGCTCGCG----TCG--CGAAG--------CG--ACGCag
gi|13 : cattcgATTA-TAGCGAG-C-GAAGCTCGCG----TCG--CGA-G--------CG--ACGC
gi|14 : cgct----TCG--C---GAGA-----TG--ACACGA-GGAGCTCGCTCCAATGATT
gi|15 : AATAGCGAG-C-GAAGC----------------------------G--ATGCGG-CGAGCTCGCTCTAATGaga
gi|16 : ATAGCGAGTC-GAAGCT-GCA----TCG--CGAAG--------CG--ACGC
gi|17 : --C---G--------CG--ACGCGA-CGAGCTCGCTCTAATGATT
gi|2 : tTAATAGCGAG-C-TTTGCTCGCG----TCA--C---GAAG-----CA--ACGCGG-CGAGCTCGCTCTAATGATT
gi|3 : gtatgAATTAATAGCGAG-C-AAAGCTCGCG----TCG--CTTCG--------CG--ATGCGA-CGAGCTCGCTCTAATGATT
gi|4 : aAACAGCGAG-T-GAAGCTCGCG----TCG--C---GAAC-----CG--ACGCGA-CGAACTCGCTCCAATGATT
gi|5 : aacTAGCGAG-C-GAAGCTCGCG----TCG--C---GAATTAAG-CG--ACGCGG-CGAGCTCGCTCTAATG
gi|6 : tgATTAATAGTGAG-T-GAAGTTCGCG----TTG--C---T--------T----TGCGA-CTAGCTCACTCCAGTAATT
gi|7 : gATTTATAGCGAG-C-GAAGCTCGCG----TCG--C-----------------TTCGG-CGAGCTCGCTCTAATGATag
gi|8 : agtATAGCGAG-C-GAAGCTCGCG----T----C---G--------CT--AAGCAA-CGAGCTCGCTCTAATGATT
gi|9 : gttCGAG-C-GAAGCTTGCG----TCG--C---GAAGCAT--CG--A--CGATCGAGCTCGCTCT
blockSeqs : T C . GT GAATTAAG TT T
blockSeqs : . . . . GAAGCAT . .
blockSeqs : . . . . GAAG . .
blockSeqs : . . . . GAGA . .
blockSeqs : . . . . GAAG . .
blockSeqs : . . . . GAAG . .
blockSeqs : . . . . TTCG . .
blockSeqs : . . . . GAAC . .
blockSeqs : . . . . GAG . .
blockSeqs : . . . . G . .
blockSeqs : . . . . G . .
blockSeqs : . . . . T . .
blockSeqs : . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : **** GAG*********
originalCons : NAATTAATAGCGAG-C-GAAGCTCGCG----TCG--C---G--------CG--ACGCGA-CGAGCTCGCTCTAATGATT
finalCons : NAATTAATAGCGAG-C-GAAGCTCGCG----TCG--CGAG---------CG--ACGCGA-CGAGCTCGCTCTAATGATT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222
lowQualScore : 2 2 5555 5555 9999999999999 2 3
lowQualScore : . . .... .... ............. . .
lowQualScore : 7 7 7777 3333 8888888888888 4 1
consensus : NAATTAATAGCGAG-C-GAAGCTCGC----G----TCGCG------A-G-C-GACG-CGA-CGAGCTCGCTCTAATGATT
Reference ( family-1820 ) : NAATTAATAGCGAG-C-GAAGCTCGC----G----TCGCG------A-G-C-GACG-CGA-CGAGCTCGCTCTAATGATT
gi|1 : ATTA-TAGCGAG-C-GAAGCTCGC----GAAGCTCGCGAAGCGAA-G-C-GACG-CAG-CGAGCTCGCTCTAA
gi|10 : tcTTTATAGCGAG-T-GAAGCTCGCGTCAG----TCGCGTTA---A-G-T-GACG-C
gi|11 : tgATAGCGAA-C-GAAGC------------------------------GACG-CGA-CGAGCTC-CTGTAATGATT
gi|12 : gttATAGCGAG-CCGAAGCTCGC----G----TCGCGA-----A-G-C-GACG-Cag
gi|13 : cattcgATTA-TAGCGAG-C-GAAGCTCGC----G----TCGCG------A-G-C-GACG-C
gi|14 : cgct----TCGCG------A-GAT-GACA-CGA-GGAGCTCGCTCCAATGATT
gi|15 : AATAGCGAG-C-GAAGC------------------------------GATG-CGG-CGAGCTCGCTCTAATGaga
gi|16 : ATAGCGAGTC-GAAGCT-GC----A----TCGCGA-----A-G-C-GACG-C
gi|17 : -G-C-GACG-CGA-CGAGCTCGCTCTAATGATT
gi|2 : tcTAATAGCGAG-C-TTTGCTCGC----G----TCACG------AAG-C-AACG-CGG-CGAGCTCGCTCTAATGATT
gi|3 : gtatgAATTAATAGCGAG-C-AAAGCTCGC----G----TCGCTT-----C-G-C-GATG-CGA-CGAGCTCGCTCTAATGATT
gi|4 : aAACAGCGAG-T-GAAGCTCGC----G----TCGCG------A-A-CCGACG-CGA-CGAACTCGCTCCAATGATT
gi|5 : aacTAGCGAG-C-GAAGCTCGC----G----TCGCGAATTA-A-G-C-GACG-CGG-CGAGCTCGCTCTAATG
gi|6 : tgATTAATAGTGAG-T-GAAGTTCGC----G----TT-----------G-C-TTTG-CGA-CTAGCTCACTCCAGTAATT
gi|7 : gATTTATAGCGAG-C-GAAGCTCGC----G----TCGC---------------TT-CGG-CGAGCTCGCTCTAATGATag
gi|8 : agtATAGCGAG-C-GAAGCTCGC----G----TCGCT------A-A------G-CAA-CGAGCTCGCTCTAATGATT
gi|9 : gttCGAG-C-GAAGCTTGC----G----TCGCGA-----A-G-C-ATCGACGATCGAGCTCGCTCT