lowQualScore : 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 33333 1 11 1 1 11 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222222222222 11 111111 33333333333333333333 111111 11111111111 1111111111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 1111 1
lowQualScore : 11111 3 4 7 1 88 6 5 33 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 1111111111111 5 44 888888 00 55 5 11111111111111111111 3 222222 1 5 3 6 77777777777 6666666 2 11 1 0 33 1 33333 1 1 555 222 4444444444444 55555555 999999999999999 5555 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 2222 333333 1 1 4444444 666666666666 3 1 99999 2222 0 3
lowQualScore : ..... . . . . .. . . .. . ...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . ............. . .. ...... .. .. . .................... . ...... . . . . ........... ....... . .. . . .. . ..... . . ... ... ............. ........ ............... .... .................................................... .... ...... . . ....... ............ . . ..... .... . .
lowQualScore : 33333 3 7 3 0 33 0 5 00 5 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 4444444444444 0 11 666666 55 22 0 77777777777777777777 6 888888 6 7 1 2 33333333333 6666666 4 88 3 8 00 2 00000 2 2 333 000 1111111111111 33333333 111111111111111 0000 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 6666 666666 2 2 1111111 444444444444 5 2 66666 8888 0 1
consensus : AACAAA---AGGCCCA-CAGGCNTTAACGGT--CACC-GAGTATCATANNCNATCGCAGGGAGTCTCNNAAGTTTTAGCCATCTACATTGAAACCAGTTGCACTGATCANTAC-GGGTGAATTTTTGTTCAAGNATAGNTNANTAATTGTCGTTANCATCTCTTCAAANTATGGCAATATGCATTACACTAATTGGACTCTGACATAGTGTCAAACATACACAAGACGATTATCATTTCAATCCCACAATGGNCGTTGTTCACCCGTTCAGAA-TNTNAANGAAAGCCAATACTG-CNAC---TT--A-ATGCC----CAGTGA-GNC----TGACC-TT-TGA--CCTT-TTG-ACC---T----A-A--AAT---T-C----A---A-TAGAGAA---ANAT-C--TTCGTC----CA-TG-----AGTAG--TA-CATGTGTATG-ATAT-G-G-T--GACTCT--AGGTAGA-AAGG-ATAT--AT-GCTNTGAAGAGGNCCAGGACACNATATTGCTAC---TTT--GATGT-CCAGTGCAGTAAGACAAAATGACCTTATGATACNCTT-TTGACCC-C--A------AATTC---GA-T------A--G--GGACAT-CTTCGTCCAATG-G---TAGT----NCCA-T-ATGT-ATG---ATAT-GG-T--GACTCT--AGGTAGAAAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTAACA-GATAGTTATTTAAAC-TTTACGCCAACCTA-AAATAATAC-TAACAGTATCTGGCTCTCCACCCTGGGTCAAAACT--GT----ATCCTCTCAGTAGT--CATAATTTGTATCAATTTGTGTAAAG-CCTTCCTGTTCTACATCCCANTATGCATT--T---GTTTTC-TTAAA---C------AT---GT-GCG--GTTTGT-ANG-GGGAGAT-TGTTTGAAG-ATTGATC-AC-TTT-TG-GG--AG-T-TTTG-----C-CA-C----CCC--GC-C-------------CGG-GGTG-----CAAGAGAC--C-T-GA-AATTCACAA-TTT-TGT--CCCCT-CGTCCCAAAG--A-TG--TTTCATA--CCAAA-TT--TGA-AAA-GAATT-G-GANTG--GT--AG--TT--AT-CA-AG-AAGAAG-TTA-A-AAAT-----TGTTCA-ATTGTTAACGCACTTAA-CACTGACTATG--GGCCTCGCCC-AATACTAAAACCTTTTACCCCTGGTATTATTTGAAATTTACAATAT--ATAAACAAGCATTCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATCATCTTACAGCATTAAC--AGATAGTTATTTAAAC--TTTACGCCAACCTAAA-ATAAT--ACTAACAGTATCTGGCTCTCCACCCTGGGTCAAAACTGTATCCTCTCAGTAGTCAT--AATTTGTATCAATTTGTGTAAAG----TCCTGTTNTACNTCCANTATGCA--TT-TGTTTTTCTTAAA---C------ATGTGCG--TTGT-G----CAAGNGGAAGAT-TGTTTG-AA-ATTGATC-AT--TTTG-GGC--AGNTTTTG---CCACA--CC---C-GGGC-CC--GGG--GTG--AGAGAC-------C-T-GAAATTCA--CA---A---TTTNTGTTCCCCT-CGTCCCAAAG-A-TG--CTT---C-A----A-CC-A-AAT---T--TGAAAA-GA-ATTG-GANAG-GT---AGTT--AT-CAAGAAGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A---TT---GT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG---AC-------G---GA---------C----GA----A-------------GAC----CA------ATCG-C-------A------------A-TA-GGTCACCTGAGTT-N-ACTC-A-G-TGACCTA-AAA
Reference ( gi|1 ) : AACAAG---AGGCCCA-CAGGCTTTAACAGT--CACCAGAGTATCATAGCCCA-CACAGGGAGTCTCATA--TT---G-CATTT-C-TT--A---AGT--C-----TCAATACAGAGTA---TTTTATTCA--CAT-GTTAAA-----------AT-ATCT-TTCAATATATG-C-ATATG-ATT-C-CTA-TT---------CATA----------TACACAAGAAGATTATCATTTCAATCTCACA----CGATTGTTCA-------AGAATTTTTAATGAAAACC-ATATTG-CTAC---TT--A-ATGTC----CAGTGA-GCT----TGACC-TT-TGA--CCTT-TTG-ACC---T----A-A--AAT---T-C----A---A-TAAAGAA---ACAT-C--TTCGTC----CA-TG-----AGTAG--CA-TATATGTATG-ATAT-A-G-T--GACTCT--AGGTAGA-AAGG-ATA---AT-GCTCTG--GA-ACCC-GAA-ACCATATTGCTAC---TTT--GATGT-CCAGTGCACT---------TGACCTT----TGCCCTT-TTGACCC-C--A------AATTC---AA-T------A--G--AAACAC-CTTTGTCCAATG-G---TAG-----ACCA-T-ATGC-ATG---ATAT-GG-T--GACTCT--AGGTGGAAAAGTCTGGGAAACCATTCTGTCTACAGACGGATGGACAGACAACCTGATTCCAGTAACCCACCAGAACTTGTTGCAGGGTATAATTATGATAAAAGGCTCCCTTCTCATTCCAAATATTCATTTACTTCCACTTAATATTAATATCATTAAAAAGATGCTT-TTCAAATGTTTACA------TATAAACAATATGTACCAA-GTTTGCCCCTCCCCCCCAGGTCAGAACCCAGTCAGAATCCCCGGGGGATTACCA-AATTTA---CAATTTTGGTAAAGGCCTTCCTGCTCTACATT--ACTATGCATT--TTG-GTTCTC-TCAAA---C------AT---GT-GCG--GTT-GTAAAGAAGAAGAT-T-TTTGAAA-ATTGGTC-AC-TTT-TG-GGC-AG-T-TTTG----CC-CA-C----CCCAAGC-C-------------CAG-GGTG-----CAAGAGAC--C-T-GA-AATTTACAA-TTTATGT-GCCCCT-TGTCCCAAAG--A-TG--CTTTATA--CCAAA-TT--TGA-AAA-GAATT-G-GACTG--GT--GG--TT--AT-CA-AG-AAGAAG-TTA-A-AAAT-----TGTTCA-ATTGTTAACACATTTCATCAATGACCATTTTGGCC-CACCCTAATACTAAAACC--CTACCCCTAGGATCA--TGAAATTTACAATTTTGATAAA-AGGC--TCTTATTCATTCAAAATATCCATTTAGGTTCACATTAATATCA----ATAGCATTAAAGAAGATGCTT-TTCAAATGTTTTAT----ATATAAACACAATGTACCAA----GTTTGGC---CCGCC-TGGGTCAGAACC-TACCC---CGGAGATCACCAAATTTA---CAATTTTGGTAAAGGCGTTCCTGCTCTACATC-ACTATGCA--TT-TGTTTTTCTCAGA---C------ATGTGCG--TTGT------TAAGAAGAAGAT-T-TTTGAAA-ATTGGTC-AC--TTTG-GGC--AGTTTTTG---CCACA--CC---CAAGGC-CC--AGG--GTGTAAGAGAC-------C-T-GAAATTTA--CA---A---TTTATGTGCCCCT-TGTCCCAAAG-A-TG--CTT---C-A----A-CC-A-AAT---T--TGAAAA-GA-ATTG-GACAG-GT---GGTT--AT-CAAGAAGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A---TT---GT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG---AA-------G---GA---------C----GA----A-------------GAC----CA------ATTG-C-------A------------A-TA-GGTCACCTGAGTT-T-ACTT-A-G-TGACCTA-AAA
gi|2 : AACAAATGAAGGCCCA-CAGGCTT-AACGGTGTCACC-GAG-ATCATATCCCA-T-C-GGGAGTCTCCCAAGTT---G-CATCT-T-TTGAA---AGT--CACTGATCATTA--GGGTG---T---GTTCA--AAT-AGTAAATAATTGTCGTTATCATCTCTTCAAAATATGGC-ATATGCATT-CACTAATTGGACTCTGACATAGTGTCAAACATACACAAGACAATT-TCATTTCAA--CCACAATGGTGGTTGTTCACCCGTTCAAAA-TGTTAAGAAAAGCCAATACTG-CAAT---GT----ATGCC----CAGTGA-GTC----TATCCTTT-TGA--GCT-------CC---C----G-C--AAT---TCC----A---A-TAGAGAATTCAAAT-CTTTTCGCCACGGCA-TG-----GGT
gi|56 : AACAAA---AGGCCCA-CAGGCCTTATCAGT--CACCAGgttgtgttcacataatatcatgtcatggaacatgaacgcacgccgttatcactctgactcttgaagaaagaatatgaaccgccatgaagagcccagaacaccatattgtacttttggatgtcccagt
gi|3 : aACAAG----GGCCCAACAGGCATTAACGAT--ACCCTGAGTATCATAAGCAATCGCAGGG---TTTAGA--TTTTAGCCATTTACATT--AACCAGTTGC-----TCAATAC-GA-TAAATTTTTGTTCAAGCATAGTTTAC-----------AG-ATCT-TTCAAATTATG-CAATATG-ATTAC-CTA-TT---------CATA----------TACACA--AAGATTATCA-TTCAATCTCACA----GCATTGTTC--------AGA--TTTAAATG-AAACC-ATATTGACCAC---TTTGA-AT-TC----CAGTGATGC-----TGA-C-TT-TGA--CC-T-TTG-ATCA--C----A-A--CATAGAT-C----T---A-TAGAGAA---CTCT-T--TTGACC----CA-TGTT---TGCAG--TT-CATGTGTATG-ATAT-GTG-T--GATTCT--ATGGAGC-GAAG-ATCT--AT-ATTCTG--AAGAGCT-GGA-ATAA-AT--CTA----TTT--GA-GT-CCAGTGCA-----------TGACCTT----TA-CCTT-TTGA-CC-C--A------AATTC---GA-T------A--A--AGACAT-C-TTGTCT-ATG------AG------TTA-TAATGTAATG---ATAT--G-T--G--CCT--AGGTAGA
gi|11 : TACTG-CTACATGTT--AGATGCCACTGTAGTAA-GACAAAATGACC-TTATGATACGCT-TTGCACC---TCACAA-ACTAAT---T-CTCCGATCTA-TAAAGAG---ATATTC--TTTATC----CAATGGAGTTAGTGA--TA-AATATGTATG-ATATAA-G-TACGACTCTTGAGGTCGA-AAGGAATA---AT-
gi|40 : CTTATTG-ATC---T----ATA--CAT---T-C----A---AGTAAGGGA---AGAT-T--TTCGTC----CA-TG-----AGTAG--TGCCATATGTATG-AT
gi|29 : -TTG-ACCCCGT----A-A--A-----T-C----A---A-TAGTGGA---TCAT-C--TTCGTC----CA-T------AGTAGTCCAGTATGTATATGTATAT-G-GAT--GA-TCT--AGGTGGATAAGG-AT
gi|54 : GTATG-ATAT-G-A-T--GACTCT--AAGTAGA-AAGG-AAA---AT-GCT
gi|2 : -T--GACTCT--TGA-AGA-AAGA-ATATGAACCGCCATGAAGA-GCCCAGAACACCATATTG-TAC---TTTTGGATGTCCCAGT
gi|11 : aacaaatgaaggcccacaggcttaacggtgtcaccgagatcatatcccatcgggagtctcccaagttgcatcttttgaaagtcactgatcattagggtgtgttcaaatagtaaataattgtcgttatcatctcttcaaaatatggcatatgcattcactaattggactctgacatagtgtcaaacatacacaagacaatttcatttcaaccacaatggtggttgttcacccgttcaaaatgttaagaaaagccaatactgcaatgtatgcccagtgagtctatccttttgagctcccgcaattccaatagagaattcaaatcttttcgccacggcatgggtgttgtgttcacataatatcatgtcatggaacatgaacgcacgccgttatcactcTACTGCTACATGTTA--GATG--CCACTGTAGTAAGACAAAATGACCTTATGATACGCTT-TGCACCT-C--ACAAACTAATTCTCCGA-TCTATAAA--G--AGATATTCTTTATCCAATG-GAGTTAGTGATAA--A-T-ATGT-ATG---ATATAAG-TACGACTCTTGAGGTCGAAAGG
gi|40 : CTTATTGATCTAT--A------CATTC---AAGT------AAGG--GAAGAT-TTTCGTCCA-TGAG---TAGT----GCCA-T-ATGT-ATG---ATaataat
gi|29 : -TTGACCC-CGTA------AAT-C---AA-T------A--GTGGATCAT-CTTCGTCCA-TA-G---TAG-----TCCAGT-ATGT-ATATGTATAT-GGAT--GA-TCT--AGGTGGATAAG
gi|54 : GT-ATG---ATAT-GA-T--GACTCT--AAGTAGAAAGGgat
gi|7 : CATTAACA-GATAGTTATTTAAAC-TTTACGCCAACCTA-AAATAATAC-TAACAGTATCTGGCTCTCCACCCTGGGTCAAAACT--GT----ATCCTCTCAGTAGT--CATAATTTGTATCAATTTGTGTAAAG-CCTT---G---TACATC--AATATGCATTAAT----TTTTT-TTAAA---CATAATGAT---AT-GCGGAGTT-AT-AAGAAGGA-AT-TATTTaaaatgct
gi|5 : tatcatcttacagTCCTGTTCTAC-TTCCACTATGTAAT--TTGTGTTTTCCTTAAATTTC------ATTACGTTGTG--GTTTGCAAGG--GGAG--------GAAG-ATTGATCTACCTTT-TG-AGCGAG-CATTTAATCCCC-CG-C----CC---GC-CTTTGAGTTGTGGGCGGCGGCGGTTCTCAAAA-AC--C----A-AACTT------TTATAT-CTGCCT-T-TCTCAAAG--A-TGTACATTA-----CAAA-TT--TGA-AAACG--TT-GTGACAG--TT--GT--TT--TG-AA-AG-ATGAAG-TGA-A-A
gi|13 : TGCATT--T---GTTTT--TCG-----C------TT---GG-GCG--GTTTGTCACGCGCAAGATATGTTTGAG---TTGGTC--C-TTT-TG-GG---GTT-TTTG-------CA-C----CC---G----------------CGG-GGTG-------AGCG-C--C-T-GC-ATTTCCC---TTTTTGT-G-CGCT-TGTC----AG--A-TG--CTTC-TC--CC--A-TT--TGC-AAA-tgctc
gi|6 : T-T-TTTAAAACATGCATC-AT-TTTCTA-AG---G-T-TTTG--------A-C----ACCA--C-C-------------CAT-GGT------CA----------T-GA-AATTGATGA-TT---------CCT-TGT------G--A-TG--TATCATA--CGAAA-TT--TGATGAA-AAATG-G-TAAT---GT--GC--TT--CC-CG-AG-AAAAAG-TTG-A-
gi|19 : aaggactt-TTT-TA-GG---G-T-TTTG----ACACAGC----CCCTAGG-C-------------CA-----------CA-----C--C-C--A-AATTCATAAATCTTCGT-TCCCTT-CATCCCAAA---A-TG--TTCCAAA--ACAAG-TT--TGA-ttatagtgaaatacaaacgcacgacgacgaacaactactcatcgaaaatagtcacctgagtgaattagatgtatcaaatcaaaacgaataac
gi|43 : ttT-TGTGAT-AG-T-GTTG----GC-CA-CAACCCTCAGACTC-------------CAG-GGAG-----GCAGAGTC--C-TTGA-AATTCACAA-tgcaaaatggtcatgtgttttctaag
gi|10 : G-T-TTTAGC--CC-CA-C----CCC-----T-------------CAA-GGTG-----GTAGAGAT--AAT-GA-AATTCTCA------------CCAT-CA-CTCATAG--A-TG--TTATATA--CCAAA-TG--T--------AGTTAA-AACTG--GTTCAGCTTT--TT-CAGAG-GAGGAG-CTG-G-AAAT-----T-TTCA-A
gi|8 : ttttcctgAAAAGATTTC-T-GAGAATTTGCAT-TTTGAAT----CCT-CGTCTTAAAG--A-TA--CTC-ATAA-CCAAAATC--TGC-AAC-AAA----------------GG--TA--AT--------AAAAG-TTATA-AAAT-----TATTCA-ATTAATTGCAAGTTTAA-CACTGACTATG--GGCCTCGCCC-AATACTAAAACCTTTTACCCCTGGTATTATTTGAAATTTACAATAT--ATAAACAAGCATTCTTaagtttatcatcgactcaagacaacggacaaaaacag
gi|58 : AAGAAAC--C-T-GA-AATTTACCA-TTTATGT-GCCCt
gi|20 : C--C-T-GA-AATTCACAA-T---TGTAGCTTCTCCAACCCAAAATTG-TG--TTTTATA--CCAAA-C--------AA-ATATT-G-T-CTGCAAT--AG--TT---T-CATAGCAAGAAGCTTG-A-AAAT-----TGTTCA-A
gi|28 : aagggatggcac-GA-AATTAAAAAATTTATTC-TTCCCT-TGTACCAAGG--ATTGT-TTTTATAATCCAAA-TC--T-A-AAA-GAATT-G-AA-TG--AT--AG--TTACAC-CA-GG-AA
gi|24 : --CCAAA-TTATTGA-AAA-GAATT-G-GAGAGA-AT--AG--TT--ATAAA-AG-AGGGAA-ATA-A-TAATTAGTATATTCACATTGTTAGCACA
gi|17 : -GAAAT-G-GAA-A--GT--AG--GT--AT-CA-AT-ACTAAG-TTA-A-AAA------TGTTTA-ATTCCTAATACAcaacaacagacacggtcaatt
gi|31 : G--TT--AT-CA-GG-AAT--G-TTA-ATAAAA-----TGTTCA-ATAGTTAACGCACTcaatggacgatgcacaccagatacagaccaatagcaataagtaacccaagcgactcaggtgacctaac
gi|53 : AGAAG-TTA-A-AAAT------GTTCA-ATTGTTAatggaagacgacaatattacagtagatcgccttaattca
gi|45 : AAG-TTA-A-AAAT------GTTCA-ATTGTTATCGCAtggacaatgcacaatg
gi|39 : AG-TTA-A-AAAT------GTTCG-ATTGTTAACcagcgggcgaccaattgcaatagatca
gi|51 : AG-TTA-A-AAAT------GTTCA-ATTGTTAACggaagacggatgacgaacgacgacagacaaaaaccaattgcaaa
gi|59 : G-TTA-A-AAAT------GTTCA-ATTGTTAACggacggcgaacgggaag
gi|7 : TATCATCTTACAGCATTAAC--AGATAGTTATTTAAAC--TTTACGCCAACCTAAA-ATAAT--ACTAACAGTATCTGGCTCTCCACCCTGGGTCAAAACTGTATCCTCTCAGTAGTCAT--AATTTGTATCAATTTGTGTAAAG-----CCT--TGTACATC-AATATGCA--TT-AATTTTTTTTAAA---CATAATGATATGCG--GAGTTA----TAAGAAGGA-AT-TATTTggacg
gi|5 : TCCTGTTCTACTTCCACTATGTAATTTGTGTTTTCCTTAAATTTC------AT-TACG--TTGTGGTTTGCAAGGGGAGGA---------AG-ATTGATCTACCTTTTG-AGCG-AGCATTTAATCCCCCG--CC---C---GC-CTTTGAG--TTGTGGGCGGCGGCGGTTC-T-CAAA---AACCA---AACTTTTATATCTGCCT-T-TCTCAAAG-A-TGTACAT---T-A-------C-A-AAT---T--TGAAAACG---TTGTGACAG-TT---GTTT--TG-AAAGATGAAG--T---G--A-A-----ATGCT-C
gi|13 : TGCA--TT-TGTTTTTC----G---C------TTGGGCGGTTTGT------CACGCGCAAGATATGTTTG--A-GTTGGTC-CT--TTTG-GG----GTTTTTG------CA--CC---CG------C--GGG--GTG--AGCG-C-------C-T-GCATTTCC--C--------TTTTTGTG-CGCT-TGTC----AG-A-TG--CTT---C-T----C-CC----AT---T--TGCAAA-
gi|6 : T-T-TTTAAAACATGCATC-AT--TTT----CTAAGGTTTTG-----ACA--CC-------AC-CC--ATG--GT--------C-------A-T-GAAATTGA--TG---A---TT--------CCT-TGT------G-A-TG--TAT---C-AT---A-CG-A-AAT---T--TGATGA-AA-AATG-GTAAT-GT---GCTT--CC-CGAGAAAAAG--T-TGA--T-T-----ATAGT-GA-A---AT---AC-------------AA--------ACG-----C---------AC----GACG---AC-------G---AA---------C----AA----C-------------TAC----TC------ATCGAA-------A------------A-TA--GTCACCTGAGT
gi|4 : aaggactt--TTTT-GGT--GGATTTGG---CCACA--CCTCTCAGGCT-CC--AGGTAGCG---GAGAC-------CAT-GGAATCCA--CA---A---CTTTTGT-CCCCT-CGATTCATAA-A-TG---TT---C-AATATA-TC-ATAATTGGT--TGAAAT-AA-GTTC-AGCAG-TTCCAGATG--AT-C--TAACAAG--C-TGA--A-A-----ATATT-CA-A---AT---GT-------------TT--------GTG-----A---------AT----GAC----------------------------C----CT----C-------------AAC----AG------ATAG-C-------A------------A-TA-GGTCACCGGAG-T-C-ACTCGG-G-TAAACTA-GAAgaattagatgtatcaaatcaaaacgaataac
gi|43 : TTGTGAT--AGTGTTGG---CCACAACCC---TCAGACTCC--AGG--GAGGCAGAGTC-------C-TTGAAATTCA--CA---A---acggttacccaggtctgagaaggt
gi|19 : TTTTG---ACACAGCCC---CTAGGC-C---------------ACAC-------C-C--AAATTCA--TA---AA--TCTTCGTTCCCTT-CATCCCAAA--A-TG--TTC---CAA----A-AC-A-AGT---T--TGATGC-AA-AATG-GTCAT-GT---GTTT--
gi|58 : ttttttagggAAGAAAC-------C-T-GAAATTTA--CC---A---TTTATGTGCCCtctaag
gi|9 : AGGGAC-------CAT-GAATTTCA--TATATA---TATATATTCCCCTCTTTCACAAAATA-TA--CAC---C-AT---A-TC-A-AAA---C--TGG--------TTA-AAAAG-CT-----TT--AT---AGGAAAAA--T-TTA--A-A-----TTGTC-CA-AAC-TT---AT-----------------------ACG-----A---------AC----GACA---AA----------------------C----GG----A-------------TAC----GG------ATCG-C-------A------------A-TA-GGTCACCCGCG-T-G-ACTT-G-G-GGA
gi|28 : c-GAAATTAA--AA---AA--TTTATTCTTCCCT-TGTACCAAGG-ATTG--TTTTTAT-A----ATCC-A-AAT---C--T-AAAA-GA-ATTG-AAT-G-AT---AGTTACAC-CAGGAAaatggtgactgtgaaaagat
gi|12 : AAATTCA--CT---A---TTTCTGTTCCCCT-----CCTAAG-A-TG--TTT---T-A----A-ATGA-AAG---A--TGAAAA-AAGATCAAGACAA-GT---ATTT--TT-T-----GAAG--TGTTG--A-A-----ATGTT--A-A---TG---GG-------------TA--------ATG-----G---------AT----GACA---AC-------A---GA---------C--------------------------------A------ATTG-CTATTCAAA------------A-TA-AGTCACCTGAGT
gi|14 : aT---C-A----A-C--A-AAT---TAATGAAAGTGA-AGTG-AA----GT---A-TT--AT--AAGAGAAAGAAT-TGG--A-A-----ATGTT-GA-A---AT---GC-------------TA--------ACC-----C---------AT----GACG---GA-------G---AA---------C----AAT---G-------------GACAAAAAA------ATCG-C-------G------------G-CA-GGTCACCTTAGTG-T-Aaactttggttataaataaaa
gi|24 : gacg-CC-A-AAT---TATTGAAAA-GA-ATTG-GAGAGAAT---AGTT--ATAAAAGAGGGAA--A-TAAT-A-ATTAGTATATT-CACA---TT---GT-------------TA--------GCA-----C---------AC----AACA---AC-------A---GA---------C-----A----C-------------GGT----CA------ATT
gi|15 : C-A-AAA---A--TGATAG-CA-ACTG-GCCGT-GT---AGTT---T-CAATAAA-----C-TAA--A-C-----ATGTA-GA-A---TT---GT-------------TA----------------T---------AA----GACG---AC-------G---AA---------C----AA----A-------------GAT----CA------ACGG-C-------A------------A-CA-TGTCACCTGAG---T-GCCT-A-G-TAA
gi|21 : ---T--TAAAAA-GA-ATTC-GAATG-GT---AGTT---T-TAAAATG--T--T-TAT--ATA-----ATATT-CA-A---AT---GT-------------TATGGAAGAAGCG-----CCACAG----AC----GACG---AA-------A---GA---------T----AC----A-------------CAC----CA------ATTA-C-------A------------A-TA-GGCCACCTGAGTagataaacaatgta
gi|16 : AA-AA-AT-G-GAGTG-GG---AGTT--AT-CAAA--------T-TAA--A-A------TGTTTCA-A---TT---AT-------------TT--------ATG-----C---------AC----CACA---AA-------T---GA---------A----GACTAAA-------------CAC----CG------ACTG-C-------A------------AATA-GGTCACCTGAG-T-G-ATTC-A-GATCACCTA-
gi|17 : -GA-AATG-GA-AA-GT---AGGT--AT-CAATACTAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-TA-A---TT---CC-------------TA--------ATA-----C---------ACAATGGACG---AT-------G---CA---------CACCAGATAC-A-------------GAC----CA------ATAG-C-------A------------A-TA-AGTAACCCAAG-C-G-ACTC-AGG-TGACCTA-taaaggttata
gi|31 : GTT--AT-CAGGAAT--G--T-TAATAA-A-----ATGTT-CA-A---TA---GT-------------TA--------ACG-----C---------AC----TATG---GA-------A---GA---------C----GA----C-------------AAT------------ATTA-C-------A------------G-TA-GATCGCCTTAATT-C-Ac
gi|27 : --AT-CAAAGAAAAG--T-TTA--A-A-----AT------------T---GT-------------TA--------ACG-----C---------AT----GACG---GG-------C---GATAGACGT--C----GA----ACCACGGAAACGCTGAC----CA------ATTG-C-------A------------A-TA-GGTCATCTGAG
gi|23 : --AT-TAA-AAGAAC--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A---TT---GTTTAAAAAA-----TG--------ATG-----C---------AT----GACA---AC-------A---GA---------T----GG----T-------------GAG----CA------ATTG-C-------ATTGTACATGTAGA-TA-GATCACCCTAGTT-G-ACa
gi|25 : GGAGAAG--T-TGG--A-T-----ATATT-CA-AAAGTTTACGA-------------TAG-------ACG-----A---------AC----GACA---AA-------G---GA---------C----GA----A-------------
gi|38 : cccatagatgttatatacatgttctaaggtttagccgttttAAGAAA--T-TGA--A-A------TATT-CA-A---TT-------------------A--------AAG-----C---------AT----GATG---AT-------G---GA---------C----AA----A-------------AAC----AA------ATAG-C-------A------------A-CA-AGTCCCCTGAGTagcag
gi|36 : tcaAAGAAG--T-TAA--A-T-----ATGTT-CA-A---TT---GTGGTCGGA------CA--------ATG-----C---------AC----GATG---TT-------G---GA---------T----GA----A-------------GAC----C
gi|34 : atcAGAAG--A-TGA--T-T-----ATGGT-GA-A---AT---GG-------------TA--------ACG-----A---------GC----GATG---AG-------G---GA---------G----GA----C-------------TAC----CA------ATCG-C-------A------------A-TA-GGTCACGTGActaaaatgttcaat
gi|53 : agAGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A---TT---GT-------------TA--------ctcacg
gi|22 : AAG--T-TCA--A-A-----AAGTT-CA-A---TT---GT-------------TA--------ACG-----C---------A------ACG---AT-------G---GAGACTCCATCC----AA----C-------------AAC----CA------TTTG-C-------A------------ATTA-GGTCATCTGAGTT-T-A--T-AGG-TGGCCTA-AAtggacaatgcacaatg
gi|46 : AAG--T-TTA--A-A-----ATATT-CA-A---TT---GT-------------TC--------ACG-----C---------AC----GAC-------------G---GA---------T----GA----A-------------GAC----CA------ATTG-C-------A------------A-TA-tattcatagttatgcaccaa
gi|45 : AAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A---TT---GT-------------TA--------TCG-----C---------AC----AGC-------------G---GG---------C------------------------GAC----CA------ATTG-C-------A------------A-TA-GATCA
gi|50 : AAG--T-TAA--A-A-----ACGTT-CA-A---TT---AT-------------TA--------ATG-----C---------AC----GACG---GA-------C---GA---------C----G
gi|42 : AG--T-TAA--A-G-------GTT--A-A---TT---GT-------------TG--------ATG-----C---------AC----AACG----------------GA---------T----GA----A-------------GAC----CAGTACGTATTG-C-------A------------A-TA-GGTCACca
gi|39 : AG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CG-A---TT---GT-------------TA--------ACGGAAGACGGATGACGAAC----GACG---AC-------A---GA---------C----AA----A-------------AAC----CA------ATTG-C-------A------------A-
gi|51 : AG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A---TT---GT-------------TA--------ACG-----G---------AC----GGCG---AAC------G---G---------------GA----A-------------Ga
gi|35 : G--T-TTA--A-A-----ATGTT-AA-AAA-TT---GT-------------TA--------GCG-----G---------AT----GATGC--AATGACTATG---GA---------C----AA----A-------------GAC----AT------ATTG-C-------A------------A-TA-GGTCACCTGA
gi|33 : G--T-TTA--A-A-----ATGTT-CA-G---TT---GCAATGCAGGACAGGCA--------ATG-----C---------AC----AAAG---AC-------A---GA---------T----GC----A-------------GAC----CA------ATTG-C-------A------------A-TA-GGTCATCTAA
gi|59 : G--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A---TT---GT-------------TA--------ACG-----G---------AC----Ga
gi|26 : --T-TAA--A-G-----AAGTT-AA-A---TT---GT-------------TA--------ACG-----C---------ACCTTAGACG---AC-------ACCTGA---------T----AC----A-------------GAT----AA------ATAA-A-------A------------A-TG-GGTCACCAAAG-T-G-ACTC-A-GTTGACCTA-AAA
gi|44 : --A-A-----ATGTT-CA-A---TT---GT-------------TA--------ACG-----G---------AC----GACG-----------------------------------------------------------CA--------CG-C-------A------------A-TA-GGTCACCTG------------A-G-TGACCTA-AAAatg
gi|30 : --A-A-----TTATT-CA-A---TT---GT-------------CA--------ACA-----C---------AC----AAT-------------G---TA---------C----AC----A-------------GAT----CA------ATAG-C-------A------------A-TA-AGTCATCT-AACT-C-ACTTCA-G-TGATCTATAAAat
gi|37 : gtt-A-----ATGTT-CA-A---TT---GT-------------TA--------AC--------------------------------------G---GA---------C----GA----A-------------GAT----CA------ATCG-T-------A------------G-AA-AGTCACT----TC-T-ATTC-A-GTTGACCTA-AAta
gi|41 : -CA-A---TT---GT-------------TA--------ATG-----C---------AT----GAAG---AC-------A---GA---------C----CG----A-------------GAC----CA------ATAG-C-------G------------A-AA-GGTCACCCAAGTcaaaaaagc
gi|32 : agttgaag-A---TT---GT-------------TA--------ATG-----G---------AT----GACGTTCAA-------C---AA---------C----GA----ATACA---------GAC----CA------ACAG-C-------A------------A-TA-GGTCATTTGA-TT-G-ATTTGA-G-TGAACTA-AA
gi|55 : ---GT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG---CC-------A---GA---------C----GA----A-------------GAC----CA------ATCG-C-------A------------A-TA-tata
gi|47 : ---GA---------T----GC----A-------------GAC----CA------TTAG-C-------A------------A-CA-CATTACCTGAGCA---ACTC-A-GGTGACCTA-
gi|57 : ----A-------------GAC----GA------ATTG-C-------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-T-T-ACTT-A-c
gi|48 : C----CA------ATTG-C-------A------------AATAAGGTCACCTGAG-T-G-ACTC-A-G-
gi|52 : agactgacacaatTTG-C-------A------------A-TA-GGTCACCTGAGTT-TAACTC-AGG-TGACCTA-AAAgt
gi|52 : -TA-GGTCACCTGAGTTAA-ACTC-AGG-TGACCTA-c
gi|49 : ttgcaa-TA-AGTCACCTGAG-T-C-ACTTGG-G-TGACTTA-aaac
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTTTTATGGTTTTAGCCACACCTCTCAGACATTGGGAACAGAAACCCCGGAATCAACAAATTTATTTCCCGTGACCAATATATGATGAATACCAAAATTCATTGACATTGGTTCAGCCGTT
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 111 1 1 22 1 222 1 4444444444444444444444 333333333333 22 5555555555555555555 1 1 1 1 222 1 333333333 333333333 11 55555555 666666666 11 1 11 1 222 1 111 1111 11111 1 111 11 2222 111 222 1111 1 2222222 2222222 1 2222 11 11 77777777777 4444 1 333333333 2222 222222 11 1 1 1 1 2222 333333 1 1 111 2222222222 11 1 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33 4 33333 2 555555 55555555555 1 22 5555555 333 3333 1 222222 11 333333 1 444444444 44444444444444 1111 11111 1111 6666666666666666666666666666666666666666666 3333333 22222222 1 333 1 2 11 11 22 1 11 3333333333333333333333333333333333 2222 333 1 22 2222 2 22 2222 222 1 1 222 22 222 555555555 33 1111 22 4 111 222 11 22222222 1 4444444444444444444444444 1 1111 222222222 222222 111111 1111111111111 111111111111111111111 222222222222222222 1111111111111111111 1
lowQualScore : 777 0 0 33 0 7 22 1 7 6 7 22 111 5 0000000000000000000000 1 777777777777 33 5555555555555555555 5 1 5 5 5 111 5 777777777 444444444 44 7 7 7 0 66666666 666666666 1 44 1 2 44 0 3 1 555 77 1 6 3 666 3333 3 88888 0 777 1 33 1111 555 3 333 7777 3 0 9 2222222 1 8888888 4 6 2 77 44 2 0000 33 3 33 66666666666 4444 4 2 333333333 0000 888888 22 0 0 0 5 0000 333333 0 0 777 3333333333 33 4 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 00 0 00000 1 0 222222 22222222222 5 1 77 8888888 111 7777 3 222222 88 444444 3 44 000000000 6 6 55555555555555 1111 99 6 00000 1111 6 1111111111111111111111111111111111111111111 6 8 8 6 1111111 00000000 3 000 5 0 88 3 88 4 77 5 88 4444444444444444444444444444444444 4444 000 2 5 77 3333 2 0 77 3333 111 5 5 111 4 77 111 55 111111111 1 1 00 1 4444 3 77 0 3 1 2 999 7 222 44 55555555 1 0 9999999999999999999999999 3 0 5 1111 4 2 6 666666666 4 444444 4 333333 1 33 3 3 66666 66666 1 666 4 11 1 33 1 33333 1 1 33 4444444444444 44444444 000000000000000000000 222222222222222222 222 0000000000000000000 333333 4 1 44444444 666666666666 2 1 9999 555 5 1 3
lowQualScore : ... . . .. . . .. . . . . .. ... . ...................... . ............ .. ................... . . . . . ... . ......... ......... .. . . . . ........ ......... . .. . . .. . . . ... .. . . . ... .... . ..... . ... . .. .... ... . ... .... . . . ....... . ....... . . . .. .. . .... .. . .. ........... .... . . ......... .... ...... .. . . . . .... ...... . . ... .......... .. . . ....................................................................................................................................................................................................................................................................... .. . ..... . . ...... ........... . . .. ....... ... .... . ...... .. ...... . .. ......... . . .............. .... .. . ..... .... . ........................................... . . . . ....... ........ . ... . . .. . .. . .. . .. .................................. .... ... . . .. .... . . .. .... ... . . ... . .. ... .. ......... . . .. . .... . .. . . . . ... . ... .. ........ . . ......................... . . . .... . . . ......... . ...... . ...... . .. . . ..... ..... . ... . .. . .. . ..... . . .. ............. ........ ..................... .................. ... ................... ...... . . ........ ............ . . .... ... . . .
lowQualScore : 555 0 8 88 0 3 00 0 3 7 3 00 555 0 0000000000000000000000 0 555555555555 00 5555555555555555555 0 0 0 5 0 000 5 000000000 777777777 00 3 3 3 7 77777777 777777777 0 33 0 0 77 7 3 0 777 33 0 7 3 555 2222 0 55555 0 555 0 88 2222 000 2 888 0000 3 2 2 2222222 0 0000000 0 0 0 77 00 5 0000 88 2 22 77777777777 3333 0 5 555555555 8888 888888 00 0 0 5 5 0000 222222 0 0 555 2222222222 88 5 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 00 0 00000 0 0 555555 00000000000 5 0 55 0000000 000 5555 3 777777 33 000000 3 99 000000000 7 7 00000000000000 8888 22 7 33333 2222 7 7777777777777777777777777777777777777777777 7 0 0 5 2222222 77777777 3 000 5 0 55 0 55 0 55 0 55 0000000000000000000000000000000000 0000 000 5 5 55 0000 5 0 55 5555 000 0 0 000 0 55 555 55 555555555 0 0 00 0 3333 0 55 0 0 0 5 333 3 777 33 55555555 0 8 0000000000000000000000000 4 0 0 4444 4 8 2 666666666 0 999999 0 555555 1 77 6 6 33333 99999 6 000 1 99 4 11 2 11111 2 2 22 1111111111111 11111111 999999999999999999999 999999999999999999 000 7777777777777777777 555555 1 2 44444444 222222222222 4 2 8888 444 3 4 3
consensus : AACAAA---AGGCCCA-CAGGCNTTAACGGTG-CACC-GAGTATCATANCCCATCGCAGGGAGTCTCNTAGGTTTTAGCCATCTNCATTGAAACCAGTTGCACTGATCANTACGGGTGAATTTTTGTTCAAGCATAGTTNANTAATTGTCGTTANCATCTCTTCAAANTATGGCAATATGCATTACACTAATTGGACTCTGACATAGTGTCAAACATACACAAGA-GATTATCATTTCAATCTCACA-----CG-TTGTTCA-------AGAATTTT-AATGAAAGCCAATATTG-CNACTT--AATGTCCAGTGAGNCTGACC-TTTGACCTT-TTGACC-CA-ANAT---T-CAA-TAGAGAA---ANATC--TTCGCC----CATG--AGTAGTN-CATGTGT----ATGATATG-GTGACTCTAGGTAGAAAGGATATA---TGCTCTGAAGAGG-CCGGAACACCATATTGCTAC---TTT--GATGT-CCAGTGCA-T--------ATGACCTT----TAC-CTTTTGACCCC--A------AATT---CGAT------AG-AGA-CA-TCTTCGTCCAATGG---TAGTNCN--AT-ATGT-ATG---ATAT-GG-T--GACTCT--AGGTGGA-AAGGTCTGGGAAACCATTCTGTCTACAGACGGATGGACAGACAACCTGATTCCAGTAACCCACCAGAACTTGTTGCAGGGTATAATTATGATAAAAGGCTCCCTTCTCATTCCAAATATTCATTTACTTCCACTTAATATTAATATCATTAAAAAGATGCTT-TTCAAATGTTTACA------TATAAACAATATGTACCAA-GTTTGCCCCTCCCCCCCAGGTCAGAACCCAGTCAGAATCCCCGGGGGATTACCA-AATTTA---CAATTTTGGTAAAGGCCTTCCTGCTCTACATTCCACTATGCAATTTTGGTGTTTCCCTCAAATTTCATTACGTTGCGGTTTGCAAGGAAGGAGATT-TTTGAAGATTGGTCTACCTTTTGGGCGCAGT-TTT-GCC-CCCCC--GCCCG-----GGG-TGCGAGAGAC-------C-T-GA-AATTCACAATTT-TAT-CC---CCT-CGTCCCAAAG--AT-GTTTT-AT-A--CC-AAATCTGAAAA-GAATT-GGACTG--GT--AG--TT---TC----A-AG-AAGAAG-TTA-AAAATTGTTCAA----TTGTTAA-CGCA--TTTAA-CACTGACCATNTTGGCCTCGCCCTAATACTAAAACCCTTTACCCCTGGNATCATTTGAAATTTACAATNTTGATAAACAGGCATTCTTATTCATTCAAAATATCCATTTAGGTTCACATTAATATCATCTTACAGCATTAANGAAGATGNTTATTCAAACGTTTTACGCCAACNTAAACACAATGTACCAACAGTGTCTGGCTCTCCGCCCTGGGTCAGAACCGTACCCTCTCGGNGGTCACCAAATTTGTATCAATTTNNGTAAAGGCGTCCCTGCTNTACATCCANTATGCATTTGTTTTTCTCAGACATGNGCGGTTTGT-CANGCGNAAGAT-T-TTTGAAA-T-TG-GTCATTTTG-GGC--AGNTTTTGCCACA---CC---CA-GGC-CCAGGGTG--AGAGACC-T-GAAATTCACA---A-TTTNTGTTCCCCTCGTCC-CAAAG-ATGCTTC-A----ACCA-AAT---T--TGAAAA-GA-ATT-GGANAG-GT--AG-TTAT-CAAGAAGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------ACG---GA---------C----GA---AGACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-TTGACT-C-A-G-TGACCTA-AAA
Reference ( family-1806 ) : AACAAA---AGGCCCA-CAGGCNTTAACGGT--CACC-GAGTATCATANNCNATCGCAGGGAGTCTCNNAAGTTTTAGCCATCTACATTGAAACCAGTTGCACTGATCANTACGGGTGAATTTTTGTTCAAGNATAGNTNANTAATTGTCGTTANCATCTCTTCAAANTATGGCAATATGCATTACACTAATTGGACTCTGACATAGTGTCAAACATACACAAGACGATTATCATTTCAATCCCACAATGGNCG-TTGTTCACCCGTTCAGAATNTN-AANGAAAGCCAATACTG-CNACTT--AATGCCCAGTGAGNCTGACC-TTTGACCTT-TTGACC-TA-AAAT---T-CAA-TAGAGAA---ANATC--TTCGTC----CATG--AGTAGTA-CATGTGT----ATGATATG-GTGACTCTAGGTAGAAAGGATATA---TGCTNTGAAGAGGNCCAGGACACNATATTGCTAC---TTT--GATGT-CCAGTGCAGTAAGACAAAATGACCTTATGATACNCTTTTGACCCC--A------AATT---CGAT------AG-GGA-CA-TCTTCGTCCAATGG---TAGTNCC--AT-ATGT-ATG---ATAT-GG-T--GACTCT--AGGTAGA-AAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTAACA-GATAGTTATTTAAAC-TTTACGCCAACCTA-AAATAATAC-TAACAGTATCTGGCTCTCCACCCTGGGTCAAAACT--GT----ATCCTCTCAGTAGT--CATAATTTGTATCAATTTGTGTAAAG-CCTTCCTGTTCTACATCCCANTATGC-ATTT--G---TTTTCTTAAA---CAT---G-TGCGGTTTGTANGG--GGAGATTGTTTGAAGATTGATC-A-CTTTTGG--G-AGT-TTT-GCC-ACCCC--GCCCG-----GGG-TGCAAGAGAC-------C-T-GA-AATTCACAATTT-TGT-CC---CCT-CGTCCCAAAG--AT-GTTTC-AT-A--CC-AAATTTGAAAA-GAATT-GGANTG--GT--AG--TT--ATC----A-AG-AAGAAG-TTA-AAAATTGTTCAA----TTGTTAA-CGCA--CTTAA-CACTGACTATG--GGCCTCGCCC-AATACTAAAACCTTTTACCCCTGGTATTATTTGAAATTTACAATAT--ATAAACAAGCATTCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATCATCTTACAGCATTAAC--AGATAGTTATTTAAAC--TTTACGCCAACCTAAA-ATAAT--ACTAACAGTATCTGGCTCTCCACCCTGGGTCAAAACTGTATCCTCTCAGTAGTCAT--AATTTGTATCAATTTGTGTAAAG----TCCTGTTNTACNTCCANTATGCATTTGTTTTTCTTAAACATGTGCG--TTGTGCAAGNGGAAGAT-TGTTTGAAA-T-TG-ATCATTTTG-GGC--AGNTTTTGCCACA---CC---CG-GGC-CCGGGGTG--AGAGACC-T-GAAATTCACA---A-TTTNTGTTCCCCTCGTCC-CAAAG-ATGCTTC-A----ACCA-AAT---T--TGAAAA-GA-ATT-GGANAG-GT--AG-TTAT-CAAGAAGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------ACG---GA---------C----GA---AGACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-TTNACT-C-A-G-TGACCTA-AAA
gi|1 : AACAAG---AGGCCCA-CAGGCTTTAACAGT--CACCAGAGTATCATAGCCCA-CACAGGGAGTCTCATA
gi|1 : ATATACACAAGAAGATTATCATTTCAATCTCACA-----CGATTGTTCA-------AGAATTTTTAATGAAAACCA-TATTG-CTACTT--AATGTCCAGTGAGCTTGACC-TTTGACCTT-TTGACC-TA-AAAT---T-CAA-TAAAGAA---ACATC--TTCGTC----CATG--AGTAGCA-TATATGT----ATGATATA-GTGACTCTAGGTAGAAAGGATA-A---TGCTCTG----GAACCCGAA-ACCATATTGCTAC---TTT--GATGT-CCAGTGCACT---------TGACCTT----TGCCCTTTTGACCCC--A------AATT---CAAT------AG-AAA-CA-CCTTTGTCCAATGG---TAG-ACC--AT-ATGC-ATG---ATAT-GG-T--GACTCT--AGGTGGA-AAAGTCTGGGAAACCATTCTGTCTACAGACGGATGGACAGACAACCTGATTCCAGTAACCCACCAGAACTTGTTGCAGGGTATAATTATGATAAAAGGCTCCCTTCTCATTCCAAATATTCATTTACTTCCACTTAATATTAATATCATTAAAAAGATGCTT-TTCAAATGTTTACA------TATAAACAATATGTACCAA-GTTTGCCCCTCCCCCCCAGGTCAGAACCCAGTCAGAATCCCCGGGGGATTACCA-AATTTA---CAATTTTGGTAAAGGCCTTCCTGCTCTACATT--ACTATGC-ATTTTGG---TTCTCTCAAA---CAT---G-TGCGGTT-GTAAAGAAGAAGATT-TTTGAAAATTGGTC-A-CTTTTGG--GCAGT-TTT-GCCCACCCCAAGCCCA-----GGG-TGCAAGAGAC-------C-T-GA-AATTTACAATTTATGTGCC---CCT-TGTCCCAAAG--AT-GCTTT-AT-A--CC-AAATTTGAAAA-GAATT-GGACTG--GT--GG--TT--ATC----A-AG-AAGAAG-TTA-AAAATTGTTCAA----TTGTTAA-CACA--TTTCATCAATGACCATTTTGGCC-CACCCTAATACTAAAACCCT--ACCCCTAGGATCAT--GAAATTTACAATTTTGATAAA-AGGC--TCTTATTCATTCAAAATATCCATTTAGGTTCACATTAATATCA----ATAGCATTAAAGAAGATGCTT-TTCAAATGTTTTAT----ATATAAACACAATGTACCAA----GTTTGGC---CCGCC-TGGGTCAGAACC-TACCC---CGGAGATCACCAAATTTA---CAATTTTGGTAAAGGCGTTCCTGCTCTACATC-ACTATGCATTTGTTTTTCTCAGACATGTGCG--TTGT-TAAGAAGAAGAT-T-TTTGAAAAT-TG-GTCACTTTG-GGC--AGTTTTTGCCACA---CC---CAAGGC-CCAGGGTGTAAGAGACC-T-GAAATTTACA---A-TTTATGTGCCCCTTGTCC-CAAAG-ATGCTTC-A----ACCA-AAT---T--TGAAAA-GA-ATT-GGACAG-GT--GG-TTAT-CAAGAAGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------AAG---GA---------C----GA---AGACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-TTTACT-T-A-G-TGACCTA-AAAttgcatttcttaagtctcaatacagagtattttattcacatgttaaaatatctttcaatatatgcatatgattcctattcatatacacaagaagattatcatttcaatctcacacgattgttcaagaatttttaatgaaaaccatattgctacttaatgtccagtgagcttgacctttgaccttttgacctaaaattcaataaagaaacatcttcgtccatgagtagcatatatgtatgatatagtgactctaggtagaaaggataatgctctggaacccgaaaccatattgctactttgatgtccagtgcacttgacctttgcccttttgaccccaaattcaatagaaacacctttgtccaatggtagaccatatgcatgatatggtgactctaggtggaaaagtctgggaaaccattctgtctacagacggatggacagacaacctgattccagtaacccaccagaacttgttgcagggtataattatgataaaaggctcccttctcattccaaatattcatttacttccacttaatattaatatcattaaaaagatgcttttcaaatgtttacatataaacaatatgtaccaagtttgcccctcccccccaggtcagaacccagtcagaatccccgggggattaccaaatttacaattttggtaaaggccttcctgctctacattactatgcattttggttctctcaaacatgtgcggttgtaaagaagaagatttttgaaaattggtcacttttgggcagttttgcccaccccaagcccagggtgcaagagacctgaaatttacaatttatgtgccccttgtcccaaagatgctttataccaaatttgaaaagaattggactggtggttatcaagaagaagttaaaaattgttcaattgttaacacatttcatcaatgaccattttggcccaccctaatactaaaaccctacccctaggatcatgaaatttacaattttgataaaaggctcttattcattcaaaatatccatttaggttcacattaatatcaatagcattaaagaagatgcttttcaaatgttttatatataaacacaatgtaccaagtttggcccgcctgggtcagaacctaccccggagatcaccaaatttacaattttggtaaaggcgttcctgctctacatcactatgcatttgtttttctcagacatgtgcgttgttaagaagaagatttttgaaaattggtcactttgggcagtttttgccacacccaaggcccagggtgtaagagacctgaaatttacaatttatgtgccccttgtcccaaagatgcttcaaccaaatttgaaaagaattggacaggtggttatcaagaagaagttaaaaatgttcaattgttaacgcacgacgaaggacgaagaccaattgcaataggtcacctgagtttacttagtgacctaaaa
gi|10 : aacaagaggcccacaggctttaacagtcaccagagtatcatagcccacacagggagtctcatattgcatttcttaagtctcaatacagagtattttattcacatgttaaaatatctttcaatatatgcatatgattcctattcGT-TTTAGCC-CCACC--CCTCA-----AGG-TGGTAGAGAT-------AAT-GA-AATTCTCA----------C---CAT-CA-CTCATAG--AT-GTTAT-AT-A--CC-AAATGT-------AGTTAAAACTG--GTTCAGCTTT--TTC----AGAG-GAGGAG-CTG-GAAATT-TTCAAAAGTTTATCAT-CG-A--CTCAA-GAC
gi|11 : ttttcctgTACTGCTACATGTTA--GATG--CCACTGTAGTAAGACAAAATGACCTTATGATACGCTTTGCACCTC--ACAAACTAATTCTCCGATCTATAAAG-AGA-TATTCTTTATCCAATGGAGTTAGTGATAAAT-ATGT-ATG---ATATAAG-TACGACTCTTGAGGTCGA-AAGGaacggacaaaaacag
gi|12 : AAATTCACT---A-TTTCTGTTCCCCTCCT-----AAG-ATGTTTTAA----ATGA-AAG---A--TGAAAA-AAGATCAAGACAA-GT--AT-TTTT-T-----GAAG--TGTTG--A-A-----ATGTT--A-A--TGGG-------------TA--------ATG-----G---------AT----GACA------------------ACA---GA---------C----AA---TTGCTA------TTCA-A--------A------------A-TA-AGTCACCTGAG--TAACT-aataat
gi|13 : aTGCATTTGTTTTTC----GCTTGGGCGGTTTGT-CACGCGCAAGATATGTTTG-AG-T-TG-GTCCTTTTG-GG----GTTTTTG---CA---CC---CG------CGGGGTG--AGCG-CC-T-GCATTTCCC------TTTTTG-TGCGCTTGTC-----AG-ATGCTTC-T----CCC---AT---T--TGCAAA-ttggttataaataaaa
gi|14 : TC-A----AC-A-AAT---TAATGAAAGTGA-AGT-GAA----GT--A--TTAT--AAGAGAAAGAAT-TGG--A-A-----ATGTT-GA-A--ATGC-------------TA--------ACC-----C---------AT----GACGGAGAACA-----------ATG---GA---------C----AA---AAA--A------ATCG-C--------G------------G-CA-GGTCACCTTAG-T
gi|15 : gacgCA-AAA---A--TGATAG-CA-ACT-GGCCGT-GT--AG-TT-T-CAATAAA-----C-TAA--A-C-----ATGTA-GA-A--TTGT-------------TA----------------T---------AA----GACG------------------ACG---AA---------C----AA---AGATCA------ACGG-C--------A------------A-CA-TGTCACCTGAG-Tgta
gi|16 : AA-AA-AT--GGAGTG-GG--AG-TTAT-CAAA--------T-TAA--A-A------TGTTTCA-A--TTAT-------------TT--------ATG-----C---------AC----CACA------------------A------A---------T----GA---AGACTA------AACA-CCGACTGCAA------------A-TA-GGTCACCTGAG--TGATT-C-A-GATCACCTA-gcctagtaaagataaacaatgta
gi|17 : -GA-AAT-GGAAAG--T--AG-GTAT-CAATACTAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-TA-A--TTCC-------------TA--------ATA-----C---------ACAATGGACG------------------ATG---CA---------CACCAGATACAGACCA------ATAG-C--------A------------A-TA-AGTAACCCAAG--CGACT-C-AGG-TGACCTA-taaaggttata
gi|19 : TTTTA-GG-----GTTTTGACACAGCCCC---TA-GGC-C-----------ACACC-C--AAATTCATA---AATCTTCGTTCCCTTCATCC-CAAA--ATGTTCCAA----AACA-AGT---T--TGAc
gi|2 : ttAACAAATGAAGGCCCA-CAGGC-TTAACGGTGTCACC-GAG-ATCATATCCCATCG---GGAGTCTCCCAAGTT---GC-ATCTT--TTGAAA---GT--CACTGATCATTA-GGGTG------TGTTCAA--ATAG-TAAATAATTGTCGTTATCATCTCTTCAAAATATGGCA-TATGCATT-CACTAATTGGACTCTGACATAGTGTCAAACATACACAAGACAATT-TCATTTCAA--CCACAATGGTGG-TTGTTCACCCGTTCAAAATGTT-AAGAAAAGCCAATACTG-CAATGT---ATGCCCAGTGAGTCTATCCTTTTGAGCT------CC-CG-CAAT---TCCAA-TAGAGAATTCAAATCTTTTCGCCACGGCATG--GGT-GT----TGTGTTCACATAATATtgcaaaatggtcatgtgttttctaag
gi|2 : TGACTCTTGA-AGAAAGAATATGAACCGCCATGAAGA-GCCCAGAACACCATATTG-TAC---TTTTGGATGTCCCAGTcatgtcatggaacatgaacgcacgccgttatcactctgactcttgaagaaagaatatgaaccgccatgaagagcccagaacaccatattgtacttttggatgtcccagt
gi|20 : aacaaatgaaggcccacaggcttaacggtgtcaccgagatcatatcccatcgggagtctcccaagttgcatcttttgaaagtcactgatcattagggtgtgttcaaatagtaaataattgtcgttatcatctcttcaaaatatggcatatgcattcactaattggactctgacatagtgtcaaacatacacaagacaatttcatttcaaccacaatggtggttgttcacccgttcaaaatgttaagaaaagccaatactgcaatgtatgcccagtgagtctatccttttgagctcccgcaattccaatagagaattcaaatcttttcgccacggcatgggtgttgtgttcacataatatcatgtcatggaacatgaacgcacgccgttatcactcC-------C-T-GA-AATTCACAATTG-TAG-CT---TCTCCAACCCAAAATTGT-GTTTT-AT-A--CC-AAAC-----AA-ATATT-GT-CTGCAAT--AG--TT---TC----ATAGCAAGAAGCTTG-AAAATTGTTCAA----
gi|21 : aagggatggcac---T--TAAAAA-GA-ATT-CGAATG-GT--AG-TT-T-TAAAATG--T--T-TAT--ATA-----ATATT-CA-A--ATGT-------------TATGGAAGAAGCG-----CC--------ACA---GACG------------------ACG---AA---------A----GATACACACCA------ATTA-C--------A------------A-TA-GGCCACCTGAG-T
gi|22 : AAG--T-TCA--A-A-----AAGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------A------ACG------------------ATG---GAGACTCCATCC----AA---CAACCA------TTTG-C--------A------------ATTA-GGTCATCTGAG-TTTA-T-A-G-G-TGGCCTA-AA
gi|23 : AT-TAA-AAGAAC--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGTTTAAAAAA-----TG--------ATG-----C---------AT----GACA------------------ACA---GA---------T----GG---TGAGCA------ATTG-C--------ATTGTACATGTAGA-TA-GATCACCCTAG-TTGACtattcatagttatgcaccaa
gi|24 : CCA-AAT---TATTGAAAA-GA-ATT-GGAGAGAAT--AG-TTATAAAAGAGGGAA--A-TAAT-A-ATTAGTATATT-CACA--TTGT-------------TA--------GCA-----C---------AC----AACA------------------ACA---GA---------C-----A---CGGTCA------AT
gi|26 : --T-TAA--A-G-----AAGTT-AA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------ACCTTAGACG------------------ACACCTGA---------T----AC---AGATAA------ATAA-A--------A------------A-TG-GGTCACCAAAG--TGACT-C-A-GTTGACCTA-AAAt
gi|27 : AT-CAAAGAAAAG--T-TTA--A-A-----AT-----------TGT-------------TA--------ACG-----C---------AT----GACGGGCGATAGACGTCGAACCACG---GAAA-------C----GC---TGACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCATCTGAG-atg
gi|28 : -GA-AATTAAAAAATT-TAT-TCTTCCCT-TGTACCAAGG--ATTGTTTTTAT-AATCC-AAATCT-AAAA-GAATT--GAATG--AT--AG--TTACACC----A-GG-AAa
gi|29 : TTGACCCCGTA------AAT----CAAT------AGTGGATCA-TCTTCGTCC-ATAG---TAGTCCA--GT-ATGT-ATATGTATAT-GGAT--GA-TCT--AGGTGGATAAGG
gi|3 : AA---GGGCCCAACAGGCATTAACGATA-CCCT-GAGTATCATAAGCAATCGCAGGG-----TTTAGATTTTAGCCATTTACATT--AACCAGTTGC-----TCAATACGA-TAAATTTTTGTTCAAGCATAGTTTAC-----------AG-ATCT-TTCAAATTATG-CAATATG-ATTAC-CTA-TT---------CATA----------TACACAAA--GATTATCA-TTCAATCTCACA----GCA-TTGTTCA---------GATTTA-AATGAAA-CC-ATATTGACCACTTTGAAT-TCCAGTGATGCTGA-C-TTTGACC-T-TTGATCACA-ACATAGAT-CTA-TAGAGAA---CTCTT--TTGACC----CATGTTTGCAGTT-CATGTGT----ATGATATGTGTGATTCTATGGAGCGAAGATCTA---TATTCTGAAGAG--CTGGAATA-AAT----CTA----TTT--GA-GT-CCAGTGC-----------ATGACCTT----TAC-CTTTTGA-CCC--A------AATT---CGAT------AA-AGA-CA-TCTT-GTCT-ATG-----AGTT----ATAATGTAATG---ATAT--G-T--G--CCT--AGGTAGA-at
gi|30 : ac--A-A-----TTATT-CA-A--TTGT-------------CA--------ACA-----C---------AC----AATGT-----------------AC-----A---------C---------AGATCA------ATAG-C--------A------------A-TA-AGTCATCTAA--CTCACTTC-A-G-TGATCTATAAA
gi|31 : gttG-TTAT-CAGGAAT--G--T-TAATAA-A-----ATGTT-CA-A--TAGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----TATG------------------GAA---GA---------C----GA---CAAT--------ATTA-C--------A------------G-TA-GATCGCCTTAA-TTCAta
gi|32 : -A--TTGT-------------TA--------ATG-----G---------AT----GACGTTCAACA-----------ACG---AA---------T----AC---AGACCA------ACAG-C--------A------------A-TA-GGTCATTTGA--TTGATT-TGA-G-TGAACTA-AA
gi|33 : G--T-TTA--A-A-----ATGTT-CA-G--TTGCAATGCAGGACAGGCA--------ATG-----C---------AC----AAAG------------------ACA---GA---------T----GC---AGACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCATCTAAtata
gi|34 : AGAAG--A-TGA--T-T-----ATGGT-GA-A--ATGG-------------TA--------ACG-----A---------GC----GATG------------------AGG---GA---------G----GA---CTACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACGTGAa
gi|35 : agG--T-TTA--A-A-----ATGTT-AA-AAATTGT-------------TA--------GCG-----G---------AT----GATGCAATGACT----------ATG---GA---------C----AA---AGACAT------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGActcacg
gi|36 : AAGAAG--T-TAA--A-T-----ATGTT-CA-A--TTGTGGTCGGA------CA--------ATG-----C---------AC----GATG------------------TTG---GA---------T----GA---AGACC
gi|37 : atc-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA------------------------------------------------------ACG---GA---------C----GA---AGATCA------ATCG-T--------A------------G-AA-AGTCACT-----TCTATT-C-A-GTTGACCTA-AActaaaatgttcaat
gi|38 : AAGAAA--T-TGA--A-A------TATT-CA-A--TT----------------A--------AAG-----C---------AT----GATG------------------ATG---GA---------C----AA---AAACAA------ATAG-C--------A------------A-CA-AGTCCCCTGAG-Tcaaaaaagc
gi|39 : tcaAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CG-A--TTGT-------------TA--------ACGGAAGACGGATGACGAAC----GACG------------------ACA---GA---------C----AA---AAACCA------ATTG-C--------A------------A-
gi|4 : TTTT-GGT--GGATTTGGCCACA---CCTCTCA-GGC-TCCAGGTAGCGGAGACCAT-GGAATCCACA---A-CTTTTG-TCCCCTCGATT-CATAA-ATG-TTC-AATATATCATAATTGGT--TGAAAT-AA-GTT-CAGCAG-TTCCAGATGAT-C--TAACAAG--C-TGA--A-A-----ATATT-CA-A--ATGT-------------TT--------GTG-----A---------AT----GACC------------------CTC---AA---------C---------AG----------ATAG-C--------A------------A-TA-GGTCACCGGAG--TCACT-CGG-G-TAAACTA-GAAa
gi|40 : CTTATTGATC-TATACAT---T-CAAGTAAGGGA---AGATT--TTCGTC----CATG--AGTAGTGCCATATGT----ATGATacggttacccaggtctgagaaggt
gi|41 : -CA-A--TTGT-------------TA--------ATG-----C---------AT----GAAG------------------ACA---GA---------C----CG---AGACCA------ATAG-C--------G------------A-AA-GGTCACCCAAG-T
gi|42 : agttgaagAG--T-TAA--A-G-------GTT--A-A--TTGT-------------TG--------ATG-----C---------AC----AACG------------------------GA---------T----GA---AGACCAGTACGTATTG-C--------A------------A-TA-GGTCAC
gi|43 : TTGTGAT--AGTGTTGGCCACAACCCT---CA-GACTCCAGGGAGGCAGAGTCC-TTGAAATTCACA---A-
gi|44 : --A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG---------------------GACG------------------ACG----------------------------CA--------CG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTG------------A-G-TGACCTA-AAA
gi|45 : AAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------TCG-----C----------------ACA------------------GCG---GG---------C----------GACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-GATCAat
gi|46 : AAG--T-TTA--A-A-----ATATT-CA-A--TTGT-------------TC--------ACG-----C----------------ACG------------------ACG---GA---------T----GA---AGACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-
gi|47 : ---GA---------T----GC---AGACCA------TTAG-C--------A------------A-CA-CATTACCTGAG-C-AACT-C-A-GGTGACCTA-
gi|48 : G------------------ACT---GA---------C----AC---AATCCA------ATTG-C--------A------------AATAAGGTCACCTGAG--TGACT-C-A-G-c
gi|5 : aTCCTGTTCTAC-TTCCACTATGTAATTT--GTGTTTTCCTTAAATTTCATTACGTTGTGGTTTGCAAGG--GGAG-------GAAGATTGATCTACCTTTTGAGCG-AGCATTT-AAT-CCCCC--GCCCGCCTTTGAGTTGTGGGCGGCGGCGGTTC-TCAA-AAACCAAACTTT-TATATCTG-CCT-T-TCTCAAAG--AT-G-TAC-AT-T--AC-AAATTTGAAAACG--TT-G---TG--AC--AG--TT--GTTTTGAA-AG-ATGAAG-TGA-AAgt
gi|50 : AAG--T-TAA--A-A-----ACGTT-CA-A--TTAT-------------TA--------ATG-----C----------------ACG------------------ACG---GA---------C----GA---tgctc
gi|51 : AG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----G---------AC----GGCGA-----------------ACG---G---------------GA---AGcgca
gi|52 : TTG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAGTTTAACT-C-AGG-TGACCTA-AAA
gi|53 : AGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------c
gi|54 : GT----ATGATATG-ATGACTCTAAGTAGAAAGGA-AAA---TGCTtggacaatgcacaatg
gi|55 : GT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------CCA---GA---------C----GA---AGACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-
gi|56 : AACAAA---AGGCCCA-CAGGCCTTATCAGT--CACC-
gi|57 : a---AGACGA------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-TT-ACT-T-A-ag
gi|58 : --AGAAACC-T-GAAATTTACC---A-TTTATGTGCCC
gi|59 : aG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----G---------AC----G
gi|6 : T-TTTTTAAAA-CATGCATCATTTT----CTAAGGTTTTG--ACA---CC-------AC-CCATGGT--------CA-T-GAAATTGATG---A-TT--------CCTTGT-------G-ATGTATC-AT---ACGA-AAT---T--TGATGA-AA-AAT-GGTAAT-GT--GC-TTCC-CGAGAAAAAG--T-TGA--T-T-----ATAGT-GA-A--ATAC-------------AA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------ACG---AA---------C----AA---CTACTC------ATCGAA--------A------------A-TA--GTCACCTGAG-T
gi|7 : aaggactTATCATCTTACAGCATTAAC--AGATAGTTATTTAAAC--TTTACGCCAACCTAAA-ATAAT--ACTAACAGTATCTGGCTCTCCACCCTGGGTCAAAACTGTATCCTCTCAGTAGTCAT--AATTTGTATCAATTTGTGTAAAG----CC---TTGTACAT-CAATATGCATTAATTTTTTTTAAACATgaattagatgtatcaaatcaaaacgaataac
gi|8 : AAAAGATTT-----C-T-GAGAATTTGCA-TTT-TGA-AT---CCT-CGTCTTAAAG--AT-A-CTC-ATAA--CCAAAATCTGCAAC-AAA--------G--GT--AA--T----------------AAAAG-TTATAAAATTATTCAA-------TTAATTGCAAGTTTAA-CACTGACTATG--GGCCTCGCCC-AATACTAAAACCTTTTACCCCTGGTATTATTTGAAATTTACAATAT--ATAAACAAGCATTCTTaatgatatgcggagttataagaaggaattattt
gi|9 : --AGGGACCAT-GAATTTCATATATA-TATATATTCCCCTCTTTCACAAAATATACACC-AT---ATCA-AAA---C--TGG--------TT-AAAAAG-CT-----TTAT---AGGAAAAA--T-TTA--A-A-----TTGTC-CA-AACTTAT-----------------------ACG-----A---------AC----GACA------------------A------A---------C----GG---ATACGG------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACCCGCG--TGACT-T-G-G-GGAt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTTTTATGGTTTTAGCCACACCTCTCAGACATTGGGAACAGAAACCCCGGAATCAACAAATTTATTTCCCGTGACCAATATATGATGAATACCAAAATTCATTGACATTGGTTCAGCCGTT
Unaligned ( gi|25 ): CCCATAGATGTTATATACATGTTCTAAGGTTTAGCCGTTTTGGAGAAGTTGGATATATTCAAAAGTTTACGATAGACGAACGACAAAGGACGAAAGCAG
Unaligned ( gi|49 ): AAACTATTATAGCTATAAGTCACCCAAGTGACTCAGGTGACTTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 1 22 1 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2222 44444444 555555555555 1 11 1 222 22 1111 1111 11111 1 111 11 2222 111 222 1111 1 2222222 2 11 2222 11 11 77777777777 2222222 1 333333333 111 222222 1 1 1 1 1 2222 11111111 1 111 2222222222 11 1 1 11 1 222222 222 22222 1 11 333333 222 2222 1 1 1 11 333333 1 222222222 44444444444444444444444 1111 4444444444444444444444444444444444444444444444 22222222222 2 111 1 1 11 11 11 1 11 2222 111 1 11 2222 1 11 2222 222 1 1 222 11 222 33333 11 4 1111 11 111 22 1 1 22222222 3333333333333333333333333333 1 11111111111111 22222222 222222 111111 1111111111111 1111111111111 111111111111111111111 222222222222222222 1111111111111111111 1111 1
lowQualScore : 777 0 0 99 0 7 1 7 6 7 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444 7 7 6 55555555 444444444444 2 44 3 1 555 6 1 00 9999 2222 1 88888 0 777 1 33 1111 555 3 111 7777 3 0 9 2222222 7 3 11 6 3 3 2 0000 33 3 33 33333333333 8888888 0 2 333333333 3 777 888888 0 0 0 0 5 0000 99999999 0 777 3333333333 33 0 0 5 77 5 999999 111 66666 5 88 000000 111 2222 3 3 3 88 444444 3 77 999999999 6 6 00000000000000000000000 99 6 99 6 6 1111 7777777777777777777777777777777777777777777777 8 8 6 99999999999 3 0 2 999 5 5 88 1 88 1 88 5 88 4444 999 1 5 88 3333 1 5 88 3333 111 5 5 111 1 88 111 22 33333 77 1 0 1 3333 1 88 1 2 1 777 00 3 3 55555555 1 5 7 7777777777777777777777777777 2 3 4 22222222222222 11111111 55 4 555555 3 333333 2 33 3 3 1111111111111 2 7777 3 11 1 33 1 33333 1 1 5555 3333333333333 66666666 000000000000000000000 222222222222222222 111 0000000000000000000 333333 4 1 44444444 666666666666 2 1 1111 4 7 0 3
lowQualScore : ... . . .. . . . . . . . .................................................................................................................................................. .... . . . ........ ............ . .. . . ... . . .. .... .... . ..... . ... . .. .... ... . ... .... . . . ....... . . .. . . . . .... .. . .. ........... ....... . . ......... . ... ...... . . . . . .... ........ . ... .......... .. . . . .. . ...... ... ..... . .. ...... ... .... . . . .. ...... . .. ......... . . ....................... .. . .. . . .... .............................................. . . . ........... . . . ... . . .. . .. . .. . .. .... ... . . .. .... . . .. .... ... . . ... . .. ... .. ..... .. . . . .... . .. . . . ... .. . . ........ . . . ............................ . . . .............. ........ .. . ...... . ...... . .. . . ............. . .... . .. . .. . ..... . . .... ............. ........ ..................... .................. ... ................... ...... . . ........ ............ . . .... . . . .
lowQualScore : 555 0 8 00 0 3 0 3 7 3 0 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3333 3 3 7 77777777 777777777777 0 77 3 0 777 7 0 00 5555 8888 0 55555 0 555 0 88 2222 000 2 000 0000 3 2 2 2222222 3 3 00 7 2 2 5 0000 88 2 22 77777777777 7777777 0 5 555555555 2 555 888888 0 0 0 5 5 0000 55555555 0 555 2222222222 88 2 0 5 55 5 000000 555 55555 5 55 555555 555 5555 3 3 3 33 000000 3 33 000000000 7 7 55555555555555555555555 22 7 22 7 7 5555 8888888888888888888888888888888888888888888888 0 0 5 55555555555 0 0 5 555 5 5 55 0 55 0 00 0 55 0000 000 0 5 00 0000 0 0 00 5555 000 0 0 000 0 00 555 00 55555 55 0 0 0 7777 0 00 0 5 0 777 77 3 3 55555555 0 7 9 1111111111111111111111111111 0 3 4 77777777777777 55555555 22 2 666666 6 666666 5 99 3 3 3333333333333 6 0000 2 88 3 00 2 00000 2 1 6666 8888888888888 00000000 444444444444444444444 333333333333333333 999 1111111111111111111 444444 4 2 33333333 000000000000 4 2 4444 7 1 0 1
consensus : AACAAA---AGGCCCA-CAGGCNTTAACGGTG-CACC-GAGTATCATANCCCATCGCAGGGAGTCTCNTAGGTTTTGGCCATTTN--TT-AAACC-GT--C-----TCAATAC-GAGTA---TTTTGTTCAA-CATAGTTAA--AAT-------A--ATCT-TTCAAAATATGGCAATATG-ATT-C-CTAATT---------CATA---------ATACACAAG-A-GATTATCATTTCAATCTCACA-C----G-TTGTTCA-------AGAA-TTTTAATGAAAGCCAATATTG-CNACTT--AATGTCCAGTGAGNCTGACC-TTTGACCTT-TTGACC-CA-ANAT---T-CAA-TAGAGAA---ANATC--TTCGCC----CATGA--GTAGT-NCATGTGT----ATGATATG-GTGACTCTAGGTAGAAAGGATATA---TGCTCTGAAGAGCCCGGAACACCATATTGCTAC---TTT--GATGT-CCAGTGCA-T---------TGACCTT----TA-CCTTTTG-ACCCC--A------AATTC---GAT------AG-AGA-CAT-CTTCGTCCAATGG---TAGTNNTA--TATGT-ATG---ATAT-GG-T--GACTCT--AGGTGGA-AAGGTCTGGGAAACCATTCTGTCTACAGACGGATGGACAGACAACCTGATTCCAGTAACCCACCAGAACTTGTTGCAGGGTATAATTATGATAAAAGGCTCCCTTCTCATTCCAAATATTCATTTACTTCCACTTAATATTAATATCATTAAAAAGATGCTTTTCAAATGTTTACATATAAACAATATGTACCAAGTTTGCCCCTCCCCCCCAGGTCAGAACCCAGTCAGAATCCCCGGGGGATTACCAAATTTACAATTTTGGTAAAGGCCTTCCTGCTCTACATTCCACTATGCAATTTTGGTGTTTCCCTCAAATTTCATTACGTTGCGGTTTGCAAGGAAGGAGATTTTTGAAGATTGGTCTACCTTTTGGGCGCAGT-TTT-GCCC-CCCC--GCCCG-----GGG-TGCGAGAGAC-------C-T-GA-AATTCACAATTT-T--AT-CC---CCT-CGTCCCAAAG--AT-GT--TT-T-ATA--CCAAA-TCTGAAAA-GAATT-G-GACTG--GT--AG---TT-TC--A-AG-AAGAAG-TTA-AAAATTGTTCAATTGATTAACGCAAGTTTNATCANTGACCATNTTGGCCTCGCCCTAATACTAAAACCCTTTACCCCTGGNATCATTTGAAATTTACAATNTTGATAAACAGGCATTCTTATTCATTCAAAATATCCATTTAGGTTCACATTAATATCATCTTACAGCATTAANGAAGATGNTTATTCAAACGTTTTACGCCAACNTAAACACAATGTACCAACAGTGTCTGGCTCTCCGCCCTGGGTCAGAACCGTACCCTCTCGGNGGTCACCAAATTTGTATCAATTTNNGTAAAGGCGTTCCTGCTNTACAT-CANTATGCATTTGTTTTTCTCAGACATGNGCGGTTTGTCANGCGNAAGAT-T-TTTG-AAAT-TG-GTCATTTTG-GGC--AGNTTTT-GCCACA---CC---C-AGGC-CCAGG--GTG--AGAGACC-T-GAAATTCACA---A-TTTNTGTTCCCCTCGTCC-CAAAG-ATGCTTC-A----ACCA-AAT---T--TGAAAA-GA-ATT-GG-ANAG-GT--AG-TTAT-CA-AGAAGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A----TTGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------ACG---GA---------C----GA---AGACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-TTGACTC-A-G-TGACCTA-AAA
Reference ( family-1806 ) : AACAAA---AGGCCCA-CAGGCNTTAACGGTG-CACC-GAGTATCATANCCCATCGCAGGGAGTCTCNTAGGTTTTAGCCATCTNCATTGAAACCAGTTGCACTGATCANTAC-GGGTGAATTTTTGTTCAAGCATAGTTNANTAATTGTCGTTANCATCTCTTCAAANTATGGCAATATGCATTACACTAATTGGACTCTGACATAGTGTCAAACATACACAAG-A-GATTATCATTTCAATCTCACA-C----G-TTGTTCA-------AGAA-TTTTAATGAAAGCCAATATTG-CNACTT--AATGTCCAGTGAGNCTGACC-TTTGACCTT-TTGACC-CA-ANAT---T-CAA-TAGAGAA---ANATC--TTCGCC----CATGA--GTAGT-NCATGTGT----ATGATATG-GTGACTCTAGGTAGAAAGGATATA---TGCTCTGAAGAGGCCGGAACACCATATTGCTAC---TTT--GATGT-CCAGTGCA-TA--------TGACCTT----TA-CCTTTTG-ACCCC--A------AATTC---GAT------AG-AGA-CAT-CTTCGTCCAATGG---TAGTNCNA--TATGT-ATG---ATAT-GG-T--GACTCT--AGGTGGA-AAGGTCTGGGAAACCATTCTGTCTACAGACGGATGGACAGACAACCTGATTCCAGTAACCCACCAGAACTTGTTGCAGGGTATAATTATGATAAAAGGCTCCCTTCTCATTCCAAATATTCATTTACTTCCACTTAATATTAATATCATTAAAAAGATGCTTTTCAAATGTTTACATATAAACAATATGTACCAAGTTTGCCCCTCCCCCCCAGGTCAGAACCCAGTCAGAATCCCCGGGGGATTACCAAATTTACAATTTTGGTAAAGGCCTTCCTGCTCTACATTCCACTATGCAATTTTGGTGTTTCCCTCAAATTTCATTACGTTGCGGTTTGCAAGGAAGGAGATTTTTGAAGATTGGTCTACCTTTTGGGCGCAGT-TTT-GCCC-CCCC--GCCCG-----GGG-TGCGAGAGAC-------C-T-GA-AATTCACAATTT-T--AT-CC---CCT-CGTCCCAAAG--AT-GT--TT-T-ATA--CCAAA-TCTGAAAA-GAATT-G-GACTG--GT--AG---TT-TC--A-AG-AAGAAG-TTA-AAAATTGTTCAATTG-TTAACGCA--TTTAA-CACTGACCATNTTGGCCTCGCCCTAATACTAAAACCCTTTACCCCTGGNATCATTTGAAATTTACAATNTTGATAAACAGGCATTCTTATTCATTCAAAATATCCATTTAGGTTCACATTAATATCATCTTACAGCATTAANGAAGATGNTTATTCAAACGTTTTACGCCAACNTAAACACAATGTACCAACAGTGTCTGGCTCTCCGCCCTGGGTCAGAACCGTACCCTCTCGGNGGTCACCAAATTTGTATCAATTTNNGTAAAGGCGTCCCTGCTNTACATCCANTATGCATTTGTTTTTCTCAGACATGNGCGGTTTGTCANGCGNAAGAT-T-TTTG-AAAT-TG-GTCATTTTG-GGC--AGNTTTT-GCCACA---CC---C-AGGC-CCAGG--GTG--AGAGACC-T-GAAATTCACA---A-TTTNTGTTCCCCTCGTCC-CAAAG-ATGCTTC-A----ACCA-AAT---T--TGAAAA-GA-ATT-GG-ANAG-GT--AG-TTAT-CA-AGAAGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A----TTGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------ACG---GA---------C----GA---AGACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-TTGACTC-A-G-TGACCTA-AAA
gi|1 : AACAAG---AGGCCCA-CAGGCTTTAACAGT--CACCAGAGTATCATAGCCCA-CACAGGGAGTCTCATA----TTG--CATTTC--TT-AAGTC-----------TCAATACAGAGTA---TTTTATTCA--CAT-GTTAA--AAT----------ATCT-TTCAATATAT-GC-ATATG-ATT-C-CT-ATT---------CAT----------ATACACAAGAA-GATTATCATTTCAATCTCACA-C----GATTGTTCA-------AGAATTTTTAATGAAAACC-ATATTG-CTACTT--AATGTCCAGTGAGCTTGACC-TTTGACCTT-TTGACC-TA-AAAT---T-CAA-TAAAGAA---ACATC--TTCGTC----CATGA--GTAGC-ATATATGT----ATGATATA-GTGACTCTAGGTAGAAAGGATA-A---TGCTCTG--GAACCCGAA--ACCATATTGCTAC---TTT--GATGT-CCAGTGCA-CT--------TGACCTT----TGCCCTTTTG-ACCCC--A------AATTC---AAT------AG-AAA-CAC-CTTTGTCCAATGG---TAG-ACCA--TATGC-ATG---ATAT-GG-T--GACTCT--AGGTGGA-AAAGTCTGGGAAACCATTCTGTCTACAGACGGATGGACAGACAACCTGATTCCAGTAACCCACCAGAACTTGTTGCAGGGTATAATTATGATAAAAGGCTCCCTTCTCATTCCAAATATTCATTTACTTCCACTTAATATTAATATCATTAAAAAGATGCTTTTCAAATGTTTACATATAAACAATATGTACCAAGTTTGCCCCTCCCCCCCAGGTCAGAACCCAGTCAGAATCCCCGGGGGATTACCAAATTTACAATTTTGGTAAAGGCCTTCCTGCTCTACATT--ACTATGC-ATTTTGG---TTCTCTCAAA---CAT---G-TGCGG-TTGTAAAGAAGAAGATTTTTGAAAATTGGTC-A-CTTTTGG--GCAGT-TTT-GCCCACCCCAAGCCCA-----GGG-TGCAAGAGAC-------C-T-GA-AATTTACAATTTAT--GTGCC---CCT-TGTCCCAAAG--AT-GC--TT-T-ATA--CCAAA-TTTGAAAA-GAATT-G-GACTG--GT--GG---TTATC--A-AG-AAGAAG-TTA-AAAATTGTTCAATTG-TTAACACA--TTTCATCAATGACCATTTTGGCC-CACCCTAATACTAAAACCC--TACCCCTAGGATCA--TGAAATTTACAATTTTGATAAA-AGGC--TCTTATTCATTCAAAATATCCATTTAGGTTCACATTAATATCA----ATAGCATTAAAGAAGATGCTT-TTCAAATGTTTTAT----ATATAAACACAATGTACCAA----GTTTGGC---CCG-CCTGGGTCAGAACC-TACCC---CGGAGATCACCAAATTTA---CAATTTTGGTAAAGGCGTTCCTGCTCTACAT-CACTATGCATTTGTTTTTCTCAGACATGTGCG--TTGTTAAGAAGAAGAT-T-TTTGAAAAT-TG-GTCACTTTG-GGC--AGTTTTT-GCCACA---CC---CAAGGC-CCAGG--GTGTAAGAGACC-T-GAAATTTACA---A-TTTATGTGCCCCTTGTCC-CAAAG-ATGCTTC-A----ACCA-AAT---T--TGAAAA-GA-ATT-GG-ACAG-GT--GG-TTAT-CA-AGAAGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A----TTGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------AAG---GA---------C----GA---AGACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-TTTACTT-A-G-TGACCTA-AAA
gi|10 : GGTTTTAGCCCCA---CC---C----C-TCAAG--GTGGTAGAGATAAT-GAAATTCTCA--------------CCATCA-CT-CATAG-ATGTTAT-AT---ACCA-AAT---G--TAGTTA-AA-ACT-GGTTCAG-CT-----TTTT-CAGAGGAGGAG--C-TGG--A-A-----ATTTT-CA-AAAGTTTAT-------------CATCG-----ACT-----C---------AA----GACA------------------ACG---GA---------C----AA---AAAC
gi|10 : ttttcctGT-TTTAGCCC-CACC--CCTCA-----AGG-TGGTAGAGAT-------AAT-GA-AATTCTCA------------C---CAT-CA-CTCATAG--AT-GT--TA-T-ATA--CCAAA-TGT-------AGTTAA-AACTG--GTTCAGCTTTT-TC--AGAG-GAGGAG-CTG-GAAATT-TTCAAag
gi|11 : ttttcctgTACTGCTACATGTTA--GATG--CCACTGTAGTAAGACAAAATGACCTTATGATA-CGCTTTGCACCTC--ACAAACTAATTCTCCGATCTATAAAG-AGA-TATTCTTTATCCAATGGAGTTAGTGATAAATATGT-ATG---ATATAAG-TACGACTCTTGAGGTCGA-AAGGaagtttatcatcgactcaagacaacggacaaaaacag
gi|12 : AAATTCACT---A-TTTCTGTTCCCCTCCT-----AAG-ATGTTTTAA----ATGA-AAG---A--TGAAAA-AAGATCAAG-ACAA-GT--AT-TTTT-T------GAAG--TGTTG--A-A-----ATGTT--A-A----TGGG-------------TA--------ATG-----G---------AT----GACA------------------ACA---GA---------C----AA---TTGCTA------TTCA-A--------A------------A-TA-AGTCACCTGAG-Taataat
gi|13 : aTGCATTTGTTTTTC----GCTTGGGCGGTTTGTCACGCGCAAGATATGTTTG--AGT-TG-GTCCTTTTG-GG----GTTTTT-G---CA---CC---C-G-----CGGG--GTG--AGCG-CC-T-GCATTTCCC------TTTTTG-TGCGCTTGTC-----AG-ATGCTTC-T----CCC---AT---T--TGCAAA-aactttggttataaataaaa
gi|14 : TC-A----AC-A-AAT---TAATGAAAGTGA-AGT-GA-A----GT--A--TTAT--A-AGAGAAAGAAT-TGG--A-A-----ATGTT-GA-A----ATGC-------------TA--------ACC-----C---------AT----GACGGAGAACA-----------ATG---GA---------C----AA---AAA--A------ATCG-C--------G------------G-CA-GGTCACCTTAG-T
gi|15 : gacgCA-AAA---A--TGATAG-CA-ACT-GG-CCGT-GT--AG-TT-T-CA-ATAAA-----C-TAA--A-C-----ATGTA-GA-A----TTGT-------------TA----------------T---------AA----GACG------------------ACG---AA---------C----AA---AGATCA------ACGG-C--------A------------A-CA-TGTCACCTGAG-Tgta
gi|16 : AA-AA-AT--GG-AGTG-GG--AG-TTAT-CA-AA--------T-TAA--A-A------TGTTTCA-A----TTAT-------------TT--------ATG-----C---------AC----CACA------------------A------A---------T----GA---AGACTA------AACA-CCGACTGCAA------------A-TA-GGTCACCTGAG--TGATTC-A-GATCACCTA-gcctagtaaagataaacaatgta
gi|17 : -GA-AAT-GG-AAAG--T--AG-GTAT-CA-ATACTAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-TA-A----TTCC-------------TA--------ATA-----C---------ACAATGGACG------------------ATG---CA---------CACCAGATACAGACCA------ATAG-C--------A------------A-TA-AGTAACCCAAG--CGACTC-AGG-TGACCTA-taaaggttata
gi|19 : TTTTA-GG-----GTTTT-GACACAGCCCC---T-AGGC-C-------------ACACC-C--AAATTCATA---AATCTTCGTTCCCTTCATCC-CAAA--ATGTTCCAA----AACA-AGT---T--TGAc
gi|2 : ttAACAAATGAAGGCCCA-CAGGC-TTAACGGTGTCACC-GAG-ATCATATCCCATCG---GGAGTCTCCCAAGTT---GC-ATCTT--TTGAAA---GT--CACTGATCATTA--GGGTG------TGTTCAA--ATAGT-AAATAATTGTCGTTATCATCTCTTCAAAATATGGCA-TATGCATT-CACTAATTGGACTCTGACATAGTGTCAAACATACACAAG-ACAATT-TCATTTCAACCACA-A-TGGTGG-TTGTTCACCCGTTCAAAA-TGTTAAGAAAAGCCAATACTG-CAATGT---ATGCCCAGTGAGTCTATCCTTTTGAGCT------CC-CG-CAAT---TCCAA-TAGAGAATTCAAATCTTTTCGCCACGGCATGG--GT-GT----TGTGTTCACATAATATtgcaaaatggtcatgtgttttctaag
gi|2 : TGACTCTTGA-AGAAAGAATATGAACCGCCATGAAGAGCCCAGAACACCATATTG-TAC---TTTTGGATGTCCCAGTcatgtcatggaacatgaacgcacgccgttatcactctgactcttgaagaaagaatatgaaccgccatgaagagcccagaacaccatattgtacttttggatgtcccagt
gi|20 : aacaaatgaaggcccacaggcttaacggtgtcaccgagatcatatcccatcgggagtctcccaagttgcatcttttgaaagtcactgatcattagggtgtgttcaaatagtaaataattgtcgttatcatctcttcaaaatatggcatatgcattcactaattggactctgacatagtgtcaaacatacacaagacaatttcatttcaaccacaatggtggttgttcacccgttcaaaatgttaagaaaagccaatactgcaatgtatgcccagtgagtctatccttttgagctcccgcaattccaatagagaattcaaatcttttcgccacggcatgggtgttgtgttcacataatatcatgtcatggaacatgaacgcacgccgttatcactcC-------C-T-GA-AATTCACAATTG-T--AG-CT---TCTCCAACCCAAAATTGT-GT--TT-T-ATA--CCAAA-C-----AA-ATATT-G-T-CTGCAAT--AG---TT-TC--ATAGCAAGAAGCTTG-AAAATTGTTCAA
gi|21 : aagggatggcac---T--TAAAAA-GA-ATT-CG-AATG-GT--AG-TT-T-TA-AAATG--T--T-TAT--ATA-----ATATT-CA-A----ATGT-------------TATGGAAGAAGCG-----CC--------ACA---GACG------------------ACG---AA---------A----GATACACACCA------ATTA-C--------A------------A-TA-GGCCACCTGAG-T
gi|22 : AAG--T-TCA--A-A-----AAGTT-CA-A----TTGT-------------TA--------ACG-----C---------A------ACG------------------ATG---GAGACTCCATCC----AA---CAACCA------TTTG-C--------A------------ATTA-GGTCATCTGAG-TTTA-TA-G-G-TGGCCTA-AA
gi|23 : AT-TA-A-AAGAAC--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A----TTGTTTAAAAAA-----TG--------ATG-----C---------AT----GACA------------------ACA---GA---------T----GG---TGAGCA------ATTG-C--------ATTGTACATGTAGA-TA-GATCACCCTAG-TTGACtattcatagttatgcaccaa
gi|24 : CCA-AAT---TATTGAAAA-GA-ATT-GG-AGAGAAT--AG-TTATAAA-AGAGGGAA--A-TAAT-A-ATTAGTATATT-CACA----TTGT-------------TA--------GCA-----C---------AC----AACA------------------ACA---GA---------C-----A---CGGTCA------AT
gi|26 : --T-TAA--A-G-----AAGTT-AA-A----TTGT-------------TA--------ACG-----C---------ACCTTAGACG------------------ACACCTGA---------T----AC---AGATAA------ATAA-A--------A------------A-TG-GGTCACCAAAG--TGACTC-A-GTTGACCTA-AAAt
gi|27 : AT-CA-AAGAAAAG--T-TTA--A-A-----AT-------------TGT-------------TA--------ACG-----C---------AT----GACGGGCGATAGACGTCGAACCACG---GAAA-------C----GC---TGACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCATCTGAG-atg
gi|28 : -GA-AATTAAAAAATT-T--AT-TCTTCCCT-TGTACCAAGG--ATTGT--TT-TTATAATCCAAA-TCT-AAAA-GAATT-G-AA-TG--AT--AG---TT-AC--A-CC-AGGAAa
gi|29 : TTG-ACCCCGTA------AAT-C---AAT------AGTGGATCAT-CTTCGTCC-ATAG---TAGTCCAG--TATGT-ATATGTATAT-GGAT--GA-TCT--AGGTGGATAAGG
gi|3 : AA---GGGCCCAACAGGCATTAACGATA-CCCT-GAGTATCATAAGCAATCGCAGGG-----TTTAGATTTTAGCCATTTACATT--AACCAGTTGC-----TCAATAC-GA-TAAATTTTTGTTCAAGCATAGTTTAC-----------AG-ATCT-TTCAAATTATG-CAATATG-ATTAC-CTA-TT---------CATA----------TACACAA--A-GATTATCATT-CAATCTCACAGC----A-TTGTTCA-------G--A-TTTAAATGAAA-CCA-TATTGACCACTTTGAAT-TCCAGTGATGCTGAC--TTTGACCTT-T-GATCACA-ACATAGAT-CTA-TAGAGAA---CTCTT--TTGACC----CATGTTTGCAGT-TCATGTGT----ATGATATGTGTGATTCTATGGAGCGAAGATCTA---TATTCTGAAGAG-CTGGAATA--A-AT--CTA----TTT--GA-GT-CCAGTGCA-T----------GACCTT----TA-CCTTTTG-A-CCC--A------AATTC---GAT------AA-AGA-CAT-CTT-GTCT-ATG-----AGTTATA---ATGTAATG---ATAT--G-T--G--CCT--AGGTAGA-at
gi|30 : ac--A-A-----TTATT-CA-A----TTGT-------------CA--------ACA-----C---------AC----AATGT-----------------AC-----A---------C---------AGATCA------ATAG-C--------A------------A-TA-AGTCATCTAAC-TCACTTC-A-G-TGATCTATAAA
gi|31 : gttG-TTAT-CA-GGAAT--G--T-TAATAA-A-----ATGTT-CA-A----TAGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----TATG------------------GAA---GA---------C----GA---CAAT--------ATTA-C--------A------------G-TA-GATCGCCTTAA-TTta
gi|32 : -A----TTGT-------------TA--------ATG-----G---------AT----GACGTTCAACA-----------ACG---AA---------T----AC---AGACCA------ACAG-C--------A------------A-TA-GGTCATTTGA--TTGATTTGA-G-TGAACTA-AAca
gi|33 : G--T-TTA--A-A-----ATGTT-CA-G----TTGCAATGCAGGACAGGCA--------ATG-----C---------AC----AAAG------------------ACA---GA---------T----GC---AGACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCATCTAAtata
gi|34 : AGAAG--A-TGA--T-T-----ATGGT-GA-A----ATGG-------------TA--------ACG-----A---------GC----GATG------------------AGG---GA---------G----GA---CTACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACGTGAa
gi|35 : agG--T-TTA--A-A-----ATGTT-AA-AAA--TTGT-------------TA--------GCG-----G---------AT----GATGCAATGACT----------ATG---GA---------C----AA---AGACAT------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGActcacg
gi|36 : AAGAAG--T-TAA--A-T-----ATGTT-CA-A----TTGTGGTCGGA------CA--------ATG-----C---------AC----GATG------------------TTG---GA---------T----GA---AGACC
gi|37 : atc-A-----ATGTT-CA-A----TTGT-------------TA------------------------------------------------------ACG---GA---------C----GA---AGATCA------ATCG-T--------A------------G-AA-AGTCACTT----CT-ATTC-A-GTTGACCTA-AActaaaatgttcaat
gi|38 : AAGAAA--T-TGA--A-A------TATT-CA-A----TT----------------A--------AAG-----C---------AT----GATG------------------ATG---GA---------C----AA---AAACAA------ATAG-C--------A------------A-CA-AGTCCCCTGAG-Tcaaaaaagc
gi|39 : tcaAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CG-A----TTGT-------------TA--------ACGGAAGACGGATGACGAAC----GACG------------------ACA---GA---------C----AA---AAACCA------ATTG-C--------A------------A-
gi|4 : TTTT-GGT--GGATTTG-GCCACA---CCTCTC-AGGCTCCAGGTAGCG---GAGACCAT-GGAATCCACA---A-CTTTTG-TCCCCTCGATT-CATAA-ATG-TTC-AATATATCATAATTGGT--TGAAAT-AA-GTT-CA-GCAG-TTCCAGATGAT-C---TAACAAG--C-TGA--A-A-----ATATT-CA-A----ATGT-------------TT--------GTG-----A---------AT----GACC------------------CTC---AA---------C---------AG----------ATAG-C--------A------------A-TA-GGTCACCGGAG-TC-ACTCGG-G-TAAACTA-GAAa
gi|40 : CTTATTGATC-TATACAT---T-CAAGTAAGGGA---AGATT--TTCGTC----CATGA--GTAGTGCCATATGT----ATGATacggttacccaggtctgagaaggt
gi|41 : -CA-A----TTGT-------------TA--------ATG-----C---------AT----GAAG------------------ACA---GA---------C----CG---AGACCA------ATAG-C--------G------------A-AA-GGTCACCCAAG-T
gi|42 : agttgaagAG--T-TAA--A-G-------GTT--A-A----TTGT-------------TG--------ATG-----C---------AC----AACG------------------------GA---------T----GA---AGACCAGTACGTATTG-C--------A------------A-TA-GGTCAC
gi|43 : TTGTGAT--AGTGTTG-GCCACAACCCT---C-AGACTCCAGG--GAGGCAGAGTCC-TTGAAATTCACA---A-
gi|44 : --A-A-----ATGTT-CA-A----TTGT-------------TA--------ACG---------------------GACG------------------ACG----------------------------CA--------CG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTG-----------A-G-TGACCTA-AAA
gi|45 : AAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A----TTGT-------------TA--------TCG-----C----------------ACA------------------GCG---GG---------C----------GACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-GATCAat
gi|46 : AAG--T-TTA--A-A-----ATATT-CA-A----TTGT-------------TC--------ACG-----C----------------ACG------------------ACG---GA---------T----GA---AGACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-
gi|47 : ---GA---------T----GC---AGACCA------TTAG-C--------A------------A-CA-CATTACCTGAG-C-AACTC-A-GGTGACCTA-
gi|48 : G------------------ACT---GA---------C----AC---AATCCA------ATTG-C--------A------------AATAAGGTCACCTGAG--TGACTC-A-G-c
gi|49 : a------ATAG-C--------T------------A-TA-AGTCACCCAAG-T-GACTC-AGG-TGACTTA-gt
gi|5 : aaactattTCCTGTTCTAC-TTCCACTATGTAATTT--GTGTTTTCCTTAAATTTCATTACGTTGTGGTTTGCAAGG--GGAG------GAAGATTGATCTACCTTTTGAGCG-AGCATTT-AATC-CCCC--GCCCGCCTTTGAGTTGTGGGCGGCGGCGGTTC-TCAA-AAACCAAACTTT-T--ATATCTG-CCT-T-TCTCAAAG--AT-GTACAT-T-A-----CAAA-TTTGAAAACG--TT-GTGAC-A--GT--TG---TT-TTGAA-AG-ATGAAG-TGA-AA
gi|50 : AAG--T-TAA--A-A-----ACGTT-CA-A----TTAT-------------TA--------ATG-----C----------------ACG------------------ACG---GA---------C----GA---tgctc
gi|51 : AG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A----TTGT-------------TA--------ACG-----G---------AC----GGCGA-----------------ACG---G---------------GA---AGcgca
gi|52 : TTG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAGTTTAACTC-AGG-TGACCTA-AAA
gi|53 : AGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A----TTGT-------------TA--------c
gi|54 : GT----ATGATATG-ATGACTCTAAGTAGAAAGGA-AAA---TGCTtggacaatgcacaatg
gi|55 : GT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------CCA---GA---------C----GA---AGACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-
gi|56 : AACAAA---AGGCCCA-CAGGCCTTATCAGT--CACC-
gi|57 : a---AGACGA------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-TT-ACTT-A-ag
gi|58 : --AGAAACC-T-GAAATTTACC---A-TTTATGTGCCC
gi|59 : aG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A----TTGT-------------TA--------ACG-----G---------AC----G
gi|6 : T-T-TTTA-AAACATGCATCATTTT----CTAAGGTTTT-G--ACA---CC-------AC-CCATG--GT--------CA-T-GAAATTGATG---A-TT--------CCTTGT-------G-ATGTATC-AT---ACGA-AAT---T--TGATGA-AA-AAT-GG-TAAT-GT--GC-TTCC-CG-AGAAAAAG--T-TGA--T-T-----ATAGT-GA-A----ATAC-------------AA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------ACG---AA---------C----AA---CTACTC------ATCGAA--------A------------A-TA--GTCACCTGAG--TGAATT-A-G-
gi|7 : aaggacttTATCATCTTACAGCATTAAC--AGATAGTTATTTAAAC--TTTACGCCAACCTAAA-ATAAT--ACTAACAGTATCTGGCTCTCCACCCTGGGTCAAAACTGTATCCTCTCAGTAGTCAT--AATTTGTATCAATTTGTGTAAAG-----CCT--TGTACAT-CAATATGCATTAATTTTTTTTAAACATatgtatcaaatcaaaacgaataac
gi|8 : -------C-T-GAGAATTTGCA-TTT-TGAAT-CC-----T-CGTCTTAAAG--AT-AC--TCAT-A-A--CCAAAATCTGCAAC-AAA---------G--GT--AA---T------------AAAAG-TTATAAAATTATTCAATTAATT---GCAAGTTTAA-CACTGACTATG--GGCCTCGCCC-AATACTAAAACCTTTTACCCCTGGTATTATTTGAAATTTACAATAT--ATAAACAAGCATTCTTaatgatatgcggagttataagaaggaattattt
gi|9 : aaaagattt--AGGGACCAT-GAATTTCATATATA-TATATATTCCCCTCTTTCACAAAATATACACC-AT---ATCA-AAA---C--TGG--------TT-AA-AAAG-CT-----TTAT----AGGAAAAA--T-TTA--A-A-----TTGTC-CA-AAC--TTAT-----------------------ACG-----A---------AC----GACA------------------A------A---------C----GG---ATACGG------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACCCGCG--TGACTT-G-G-GGAt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTTTTATGGTTTTAGCCACACCTCTCAGACATTGGGAACAGAAACCCCGGAATCAACAAATTTATTTCCCGTGACCAATATATGATGAATACCAAAATTCATTGACATTGGTTCAGCCGTT
Unaligned ( gi|25 ): CCCATAGATGTTATATACATGTTCTAAGGTTTAGCCGTTTTGGAGAAGTTGGATATATTCAAAAGTTTACGATAGACGAACGACAAAGGACGAAAGCAG
Alignments
lowQualScore : 111 1 1 22 1 3333333333 111 6666666666666 22 222 222 11 7777777777777777 1 2222 1 111 99999999999999999999999999 2 44444444 555555555 1 1 2 1 222 22 1111 22222222222222 11111 11 1111 11 222222 1111 111 22222 22 2222 11 11 88888888888 2222 1 1 333333 333333333333 1 1 333333333333333 1 22 11 11 1 11 1 222222 222 22222 1 11 333333 222 2222 1 1 1 11 333333 1 222222222 44444444444444444444444 1111 4444444444444444444444444444444444444444444444 5555555555 1 111 1 1 11 11 11 1 11 2222 111 1 11 2222 1 11 2222 222 1 1 222 11 222 22222 11 1111 11 111 22 1 1 22222222 1 3333333333333333333333333333 1 1111 222222222 2222 111111 1111111111111 111111111111111111111 222222222222222222 1111111111111111111 1111 1
lowQualScore : 777 0 0 99 0 7 1 7 6 7 1 5555555555 999 8888888888888 00 6 333 7 777 7 55 0000000000000000 3 8888 3 666 99999999999999999999999999 6 6 7 7 6 55555555 111111111 3 2 3 3 1 555 6 1 00 2222 77777777777777 8 8 66666 11 7777 11 0 999999 4444 6 222 3 5 8 0 22222 7 6 22 3 3 2 0000 33 3 33 77777777777 8888 3 3 6 888888 999999999999 3 7 7 222222222222222 3 55 88 7 88 3 5 77 5 999999 111 66666 5 88 000000 111 2222 3 3 3 88 444444 3 77 999999999 6 6 00000000000000000000000 99 6 99 6 6 1111 7777777777777777777777777777777777777777777777 8 8 6 6666666666 7 4 7 1 999 5 5 88 1 88 1 88 5 88 4444 999 1 5 88 3333 1 5 88 3333 111 5 5 111 1 88 111 22 66666 77 1 1 3333 1 88 1 2 1 777 00 3 3 55555555 1 0 9999999999999999999999999999 3 0 5 1111 4 2 6 666666666 4 5 0000 4 4 333333 1 33 3 3 66666 66666 1 666 4 11 1 33 1 33333 1 1 33 4444444444444 44444444 000000000000000000000 222222222222222222 222 0000000000000000000 333333 4 1 44444444 666666666666 2 1 1111 4 7 0 3
lowQualScore : ... . . .. . . . . . . . .......... ... ............. .. . ... . ... . .. ................ . .... . ... .......................... . . . . . ........ ......... . . . . . ... . . .. .... .............. . . ..... .. .... .. . ...... .... . ... . . . . ..... . . .. . . . .... .. . .. ........... .... . . . ...... ............ . . . ............... . .. .. . .. . . .. . ...... ... ..... . .. ...... ... .... . . . .. ...... . .. ......... . . ....................... .. . .. . . .... .............................................. . . . .......... . . . . ... . . .. . .. . .. . .. .... ... . . .. .... . . .. .... ... . . ... . .. ... .. ..... .. . . .... . .. . . . ... .. . . ........ . . ............................ . . . .... . . . ......... . . .... . . ...... . .. . . ..... ..... . ... . .. . .. . ..... . . .. ............. ........ ..................... .................. ... ................... ...... . . ........ ............ . . .... . . . .
lowQualScore : 555 0 8 00 0 3 0 3 7 3 0 3333333333 333 0000000000000 00 7 333 3 333 3 00 0000000000000000 3 0000 3 777 00000000000000000000000000 7 7 3 3 7 77777777 333333333 3 0 7 3 0 777 7 0 00 6666 88888888888888 0 0 00000 00 0000 00 8 000000 2222 7 000 2 6 0 8 00000 3 7 33 2 2 5 0000 88 2 22 33333333333 3333 3 3 7 333333 000000000000 3 3 3 000000000000000 3 33 33 3 33 7 5 55 5 000000 555 55555 5 55 555555 555 5555 3 3 3 33 000000 3 33 000000000 7 7 55555555555555555555555 22 7 22 7 7 5555 8888888888888888888888888888888888888888888888 0 0 5 0000000000 3 0 3 0 555 5 5 55 0 55 0 00 0 55 0000 000 0 5 00 0000 0 0 00 5555 000 0 0 000 0 00 555 00 00000 55 0 0 7777 0 00 0 5 0 777 77 3 3 55555555 0 8 4444444444444444444444444444 4 0 0 4444 4 8 2 666666666 0 0 6666 0 0 555555 1 77 6 6 33333 99999 6 000 1 99 4 11 2 11111 2 2 22 1111111111111 11111111 999999999999999999999 999999999999999999 000 7777777777777777777 444444 4 2 33333333 000000000000 4 2 4444 7 1 0 1
consensus : AACAAA---AGGCCCA-CAGGCNTTAACGGTG-CACC-GAGTATCATANCCCATCGCAGGGAGTCTCNTAGGTTTTGGCCATTTN--TTAA---GT--C-----TCAATAC-GAGTA---TTTTGTTCAA-CATAGTT-AAATAAT------------CT-TTCAAAATATG-CAATATG-ATT-C-CTA-TT---------CATA----------TACACAAGA-GATTATCATTTCAATCTCACA-C----G-TTGTTCA-------AGAATTTT-AATGAAAGCCA-TATTG-CNACTT--AATGTCCAGTGAGNCTGACC-TTTGACCTT-TTGACC-C---A-AAAT---T-CAA-TAGAGAA---ANATC--TTCGTC----CATGA--GTAGT-CC---ATGTGT----ATG-ATATG-G-TGACTCTAGGTAGA-AAGGATATA---TGCTCTGAAGAGCCCGGAACA-CATATTGCTAC---TTT--GATGT-CCAGTGCA-T---------TGACCTT----TACC-TTTTG-ACCCCA------AATTC---GAT------AGAGACAT-CTTTGTCCAATGG---TAGTNATA--TATGT-ATGATAT-GGT--GACTCT--AGGTNGAAAGGTCTGGGAAACCATTCTGTCTACAGACGGATGGACAGACAACCTGATTCCAGTAACCCACCAGAACTTGTTGCAGGGTATAATTATGATAAAAGGCTCCCTTCTCATTCCAAATATTCATTTACTTCCACTTAATATTAATATCATTAAAAAGATGCTTTTCAAATGTTTACATATAAACAATATGTACCAAGTTTGCCCCTCCCCCCCAGGTCAGAACCCAGTCAGAATCCCCGGGGGATTACCAAATTTACAATTTTGGTAAAGGCCTTCCTGCTCTACATTCCACTATGCAATTTTGGTGTTTCCCTCAAATTTCATTACGTTGCGGTTTGCAAGGAAGGAGATTTTTGAAGATTGGTCTACCTTTTGGGCGCAGT-TTT-GCCC-CCCC--GCCCG-----GGG-TGCGAGAGAC-------C-T-GA-AATTCACAATTT-T--AT-CC---CCT-CGTCCCAAAG--AT-GT--TT-T-ATA--CCAAA-TCTGAAAA-GAATT-G-GACTG--GT--AG---TT-TC--A-AG-AAGAAG-TTA-AAAATTGTTCAATTG-TT---GCAAGTTT-ATCANCGACCATNTTGGCCTCGCCCTAATACTAAAACCCTTTACCCCTGGNATCATTTGAAATTTACAATNTTGATAAACAGGCATTCTTATTCATTCAAAATATCCATTTAGGTTCACATTAATATCATCTTACAGCATTAANGAAGATGNTTATTCAAACGTTTTACGCCAACNTAAACACAATGTACCAACAGTGTCTGGCTCTCCGCCCTGGGTCAGAACCGTACCCTCTCGGNGGTCACCAAATTTGTATCAATTTNNGTAAAGGCGTTCCTGCTNTACATCANTATGCATTTGTTTTTCTCAGACATGNGCGGTTTGTCANGCGNAAGAT-T-TTTG-AAAT-TG-GTCATTTTG-GGC--AGNTTTTGCCACA---CC---C-AGGC-CCAGG--GTG--AGAGACC-T-GAAATTCACA---A-TTTNTGTTCCCCTCGTCC-CAAAG-ATGCTTC-A----ACC-A-AAT---T--TGAAAA-GA-ATTG-GANAG-GT--AG-TTAT-CAAGAAGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------ACG---GA---------C----GA---AGACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-TTGACTC-A-G-TGACCTA-AAA
Reference ( family-1806 ) : AACAAA---AGGCCCA-CAGGCNTTAACGGTG-CACC-GAGTATCATANCCCATCGCAGGGAGTCTCNTAGGTTTTGGCCATTTN--TTAAACCGT--C-----TCAATAC-GAGTA---TTTTGTTCAA-CATAGTTAAAATAAT------------CT-TTCAAAATATGGCAATATG-ATT-C-CTAATT---------CATA---------ATACACAAGA-GATTATCATTTCAATCTCACA-C----G-TTGTTCA-------AGAATTTT-AATGAAAGCCAATATTG-CNACTT--AATGTCCAGTGAGNCTGACC-TTTGACCTT-TTGACC-C---A-ANAT---T-CAA-TAGAGAA---ANATC--TTCGCC----CATGA--GTAGT-NC---ATGTGT----ATG-ATATG-G-TGACTCTAGGTAGA-AAGGATATA---TGCTCTGAAGAGCCCGGAACACCATATTGCTAC---TTT--GATGT-CCAGTGCA-T---------TGACCTT----TACC-TTTTG-ACCCCA------AATTC---GAT------AGAGACAT-CTTCGTCCAATGG---TAGTNNTA--TATGT-ATGATAT-GGT--GACTCT--AGGTGGAAAGGTCTGGGAAACCATTCTGTCTACAGACGGATGGACAGACAACCTGATTCCAGTAACCCACCAGAACTTGTTGCAGGGTATAATTATGATAAAAGGCTCCCTTCTCATTCCAAATATTCATTTACTTCCACTTAATATTAATATCATTAAAAAGATGCTTTTCAAATGTTTACATATAAACAATATGTACCAAGTTTGCCCCTCCCCCCCAGGTCAGAACCCAGTCAGAATCCCCGGGGGATTACCAAATTTACAATTTTGGTAAAGGCCTTCCTGCTCTACATTCCACTATGCAATTTTGGTGTTTCCCTCAAATTTCATTACGTTGCGGTTTGCAAGGAAGGAGATTTTTGAAGATTGGTCTACCTTTTGGGCGCAGT-TTT-GCCC-CCCC--GCCCG-----GGG-TGCGAGAGAC-------C-T-GA-AATTCACAATTT-T--AT-CC---CCT-CGTCCCAAAG--AT-GT--TT-T-ATA--CCAAA-TCTGAAAA-GAATT-G-GACTG--GT--AG---TT-TC--A-AG-AAGAAG-TTA-AAAATTGTTCAATTGATTAACGCAAGTTTNATCANTGACCATNTTGGCCTCGCCCTAATACTAAAACCCTTTACCCCTGGNATCATTTGAAATTTACAATNTTGATAAACAGGCATTCTTATTCATTCAAAATATCCATTTAGGTTCACATTAATATCATCTTACAGCATTAANGAAGATGNTTATTCAAACGTTTTACGCCAACNTAAACACAATGTACCAACAGTGTCTGGCTCTCCGCCCTGGGTCAGAACCGTACCCTCTCGGNGGTCACCAAATTTGTATCAATTTNNGTAAAGGCGTTCCTGCTNTACATCANTATGCATTTGTTTTTCTCAGACATGNGCGGTTTGTCANGCGNAAGAT-T-TTTG-AAAT-TG-GTCATTTTG-GGC--AGNTTTTGCCACA---CC---C-AGGC-CCAGG--GTG--AGAGACC-T-GAAATTCACA---A-TTTNTGTTCCCCTCGTCC-CAAAG-ATGCTTC-A----ACC-A-AAT---T--TGAAAA-GA-ATTG-GANAG-GT--AG-TTAT-CAAGAAGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------ACG---GA---------C----GA---AGACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-TTGACTC-A-G-TGACCTA-AAA
gi|1 : AACAAG---AGGCCCA-CAGGCTTTAACAGT--CACCAGAGTATCATAGCCCA-CACAGGGAGTCTCATA----TTG--CATTTC--TTAA---GT--C-----TCAATACAGAGTA---TTTTATTCA--CAT-GTTAAAATA-T------------CT-TTCAATATATG-CA-TATG-ATT-C-CTA-TT---------CATA----------TACACAAGAAGATTATCATTTCAATCTCACA-C----GATTGTTCA-------AGAATTTTTAATGAAAACCA-TATTG-CTACTT--AATGTCCAGTGAGCTTGACC-TTTGACCTT-TTGACC-T---A-AAAT---T-CAA-TAAAGAA---ACATC--TTCGTC----CATGA--GTAGC-AT---ATATGT----ATG-ATATA-G-TGACTCTAGGTAGA-AAGGATA-A---TGCTCTG--GAACCCGAAAC--CATATTGCTAC---TTT--GATGT-CCAGTGCACT---------TGACCTT----TGCCCTTTTG-ACCCCA------AATTC---AAT------AGAAACAC-CTTTGTCCAATGG---TAG-ACCA--TATGC-ATGATAT-GGT--GACTCT--AGGTGGAAAAGTCTGGGAAACCATTCTGTCTACAGACGGATGGACAGACAACCTGATTCCAGTAACCCACCAGAACTTGTTGCAGGGTATAATTATGATAAAAGGCTCCCTTCTCATTCCAAATATTCATTTACTTCCACTTAATATTAATATCATTAAAAAGATGCTTTTCAAATGTTTACATATAAACAATATGTACCAAGTTTGCCCCTCCCCCCCAGGTCAGAACCCAGTCAGAATCCCCGGGGGATTACCAAATTTACAATTTTGGTAAAGGCCTTCCTGCTCTACATT--ACTATGC-ATTTTGG---TTCTCTCAAA---CAT---G-TGCGG-TTGTAAAGAAGAAGATTTTTGAAAATTGGTC-A-CTTTTGG--GCAGT-TTT-GCCCACCCCAAGCCCA-----GGG-TGCAAGAGAC-------C-T-GA-AATTTACAATTTAT--GTGCC---CCT-TGTCCCAAAG--AT-GC--TT-T-ATA--CCAAA-TTTGAAAA-GAATT-G-GACTG--GT--GG---TTATC--A-AG-AAGAAG-TTA-AAAATTGTTCAATTG-TTAACACA--TTTCATCAATGACCATTTTGGCC-CACCCTAATACTAAAACCC--TACCCCTAGGATCA--TGAAATTTACAATTTTGATAAA-AGGC--TCTTATTCATTCAAAATATCCATTTAGGTTCACATTAATATCA----ATAGCATTAAAGAAGATGCTT-TTCAAATGTTTTAT----ATATAAACACAATGTACCAA----GTTTGGC---CCG-CCTGGGTCAGAACC-TACCC---CGGAGATCACCAAATTTA---CAATTTTGGTAAAGGCGTTCCTGCTCTACATCACTATGCATTTGTTTTTCTCAGACATGTGCG--TTGTTAAGAAGAAGAT-T-TTTGAAAAT-TG-GTCACTTTG-GGC--AGTTTTTGCCACA---CC---CAAGGC-CCAGG--GTGTAAGAGACC-T-GAAATTTACA---A-TTTATGTGCCCCTTGTCC-CAAAG-ATGCTTC-A----ACC-A-AAT---T--TGAAAA-GA-ATTG-GACAG-GT--GG-TTAT-CAAGAAGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------AAG---GA---------C----GA---AGACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-TTTACTT-A-G-TGACCTA-AAA
gi|10 : GT-TTTAGCCC-CACC--CCTCA-----AGG-TGGTAGAGAT-------AAT-GA-AATTCTCA------------C---CAT-CA-CTCATAG--AT-GT--TA-T-ATA--CCAAA-TGT-------AGTTAA-AACTG--GTTCAGCTTTT-TC--AGAG-GAGGAG-CTG-GAAATT-TTCAA-----------AAGTTT-ATCATCGAC
gi|11 : ttttcctgTACTGCTACATGTTA--GATG--CCACTGTAGTAAGACAAAATGACCTTATGATACG-CTTTGCACCTCACAAACTAATTCTCCGATCTATAAAGAGATATTCTTTATCCAATGGAGTTAGTGATAAATATGT-ATGATATAAGTACGACTCTTGAGGTCGAAAGGtcaagacaacggacaaaaacag
gi|12 : AAATTCACT---A-TTTCTGTTCCCCTCCT-----AAG-ATGTTTT-A----AATGA-AAG---A--TGAAAA-AAGATCAAGACAA-GT--AT-TTTT-T-----GAAG--TGTTG--A-A-----ATGTT--A-A--TGGG-------------TA--------ATG-----G---------AT----GACA------------------ACA---GA---------C----AA---TTGCTA------TTCA-A--------A------------A-TA-AGTCACCTGAG-Taataat
gi|13 : aTGCATTTGTTTTTC----GCTTGGGCGGTTTGTCACGCGCAAGATATGTTTG--AGT-TG-GTCCTTTTG-GG----GTTTTTG---CA---CC---C-G-----CGGG--GTG--AGCG-CC-T-GCATTTCCC------TTTTTG-TGCGCTTGTC-----AG-ATGCTTC-T----CCC----AT---T--TGCAAA-aactttggttataaataaaa
gi|14 : TC-A----AC--A-AAT---TAATGAAAGTGA-AGTG-AA----GT--A--TTAT--AAGAGAAAGAAT-TGG--A-A-----ATGTT-GA-A--ATGC-------------TA--------ACC-----C---------AT----GACGGAGAACA-----------ATG---GA---------C----AA---AAA--A------ATCG-C--------G------------G-CA-GGTCACCTTAG-T
gi|15 : gacgC-A-AAA---A--TGATAG-CA-ACTG-GCCGT-GT--AG-TT-T-CAATAAA-----C-TAA--A-C-----ATGTA-GA-A--TTGT-------------TA----------------T---------AA----GACG------------------ACG---AA---------C----AA---AGATCA------ACGG-C--------A------------A-CA-TGTCACCTGAG-Tgta
gi|16 : AA-AA-AT-G-GAGTG-GG--AG-TTAT-CAAA--------T-TAA--A-A------TGTTTCA-A--TTAT-------------TT--------ATG-----C---------AC----CACA------------------A------A---------T----GA---AGACTA------AACA-CCGACTGCAA------------A-TA-GGTCACCTGAG--TGATTC-A-GATCACCTA-gcctagtaaagataaacaatgta
gi|17 : -GA-AATG-GAAAG--T--AG-GTAT-CAATACTAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-TA-A--TTCC-------------TA--------ATA-----C---------ACAATGGACG------------------ATG---CA---------CACCAGATACAGACCA------ATAG-C--------A------------A-TA-AGTAACCCAAG--CGACTC-AGG-TGACCTA-taaaggttata
gi|19 : TTTTA-GG-----GTTTTGACACAGCCCC---T-AGGC-C-------------ACACC-C--AAATTCATA---AATCTTCGTTCCCTTCATCC-CAAA--ATGTTCCAA----AAC-A-AGT---T--TGAc
gi|2 : ttAACAAATGAAGGCCCA-CAGGC-TTAACGGTGTCACC-GAG-ATCATATCCCATCG---GGAGTCTCCCAAGTT---GC-ATCTT--TTGAAA-GT--CACTGATCATTA--GGGTG---T---GTTCAA--ATAGT--AAATAATTGTCGTTATCATCTCTTCAAAATATGGC-ATATGCATT-CACTAATTGGACTCTGACATAGTGTCAAACATACACAAGACAATT-TCATTTCAACCACA-A-TGGTGG-TTGTTCACCCGTTCAAAATGTT-AAGAAAAGCCAATACTG-CAATGT---ATGCCCAGTGAGTCTATCCTTTTGAGCT------CC-C---G-CAAT---TCCAA-TAGAGAATTCAAATCTTTTCGCCACGGCATGG--GT-GT-------TGTGTTCACATA-ATATtgcaaaatggtcatgtgttttctaag
gi|2 : -TGACTCTTGA-AGA-AAGAATATGAACCGCCATGAAGAGCCCAGAACACCATATTG-TAC---TTTTGGATGTCCCAGTcatgtcatggaacatgaacgcacgccgttatcactctgactcttgaagaaagaatatgaaccgccatgaagagcccagaacaccatattgtacttttggatgtcccagt
gi|20 : aacaaatgaaggcccacaggcttaacggtgtcaccgagatcatatcccatcgggagtctcccaagttgcatcttttgaaagtcactgatcattagggtgtgttcaaatagtaaataattgtcgttatcatctcttcaaaatatggcatatgcattcactaattggactctgacatagtgtcaaacatacacaagacaatttcatttcaaccacaatggtggttgttcacccgttcaaaatgttaagaaaagccaatactgcaatgtatgcccagtgagtctatccttttgagctcccgcaattccaatagagaattcaaatcttttcgccacggcatgggtgttgtgttcacataatatcatgtcatggaacatgaacgcacgccgttatcactcC-------C-T-GA-AATTCACAATTG-T--AG-CT---TCTCCAACCCAAAATTGT-GT--TT-T-ATA--CCAAA-C-----AA-ATATT-G-T-CTGCAAT--AG---TT-TC--ATAGCAAGAAGCTTG-AAAATTGTTCAA
gi|21 : aagggatggcac---T--TAAAAA-GA-ATTC-GAATG-GT--AG-TT-T-TAAAATG--T--T-TAT--ATA-----ATATT-CA-A--ATGT-------------TATGGAAGAAGCG-----CC--------ACA---GACG------------------ACG---AA---------A----GATACACACCA------ATTA-C--------A------------A-TA-GGCCACCTGAG-T
gi|22 : AAG--T-TCA--A-A-----AAGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------A------ACG------------------ATG---GAGACTCCATCC----AA---CAACCA------TTTG-C--------A------------ATTA-GGTCATCTGAG-TTTA-TA-G-G-TGGCCTA-AA
gi|23 : AT-TAA-AAGAAC--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGTTTAAAAAA-----TG--------ATG-----C---------AT----GACA------------------ACA---GA---------T----GG---TGAGCA------ATTG-C--------ATTGTACATGTAGA-TA-GATCACCCTAG-TTGACtattcatagttatgcaccaa
gi|24 : CC-A-AAT---TATTGAAAA-GA-ATTG-GAGAGAAT--AG-TTATAAAAGAGGGAA--A-TAAT-A-ATTAGTATATT-CACA--TTGT-------------TA--------GCA-----C---------AC----AACA------------------ACA---GA---------C-----A---CGGTCA------AT
gi|26 : --T-TAA--A-G-----AAGTT-AA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------ACCTTAGACG------------------ACACCTGA---------T----AC---AGATAA------ATAA-A--------A------------A-TG-GGTCACCAAAG--TGACTC-A-GTTGACCTA-AAAt
gi|27 : AT-CAAAGAAAAG--T-TTA--A-A-----AT-----------TGT-------------TA--------ACG-----C---------AT----GACGGGCGATAGACGTCGAACCACG---GAAA-------C----GC---TGACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCATCTGAG-atg
gi|28 : -GA-AATTAAAAAATT-T--AT-TCTTCCCT-TGTACCAAGG--ATTGT--TT-TTATAATCCAAA-TCT-AAAA-GAATT-G-AA-TG--AT--AG---TT-AC--A-CC-AGGAAa
gi|29 : -TTGACC-CCGTA-AA-----T-CAA-TAGTGGA---TCATC--TTCGTC----CAT-A--GTAGT-CCAGTATGTAT----ATGTATATG-GATGA-TCTAGGTGGATAAGGAT
gi|3 : AA---GGGCCCAACAGGCATTAACGATA-CCCT-GAGTATCATAAGCAATCGCAGGG-----TTTAGATTTTAGCCATTTACATTAACCAGTTGC-----TCAATAC-GA-TAAATTTTTGTTCAAGCATAGTTTACA-GAT------------CT-TTCAAATTATG-CAATATG-ATTAC-CTA-TT---------CATA----------TACACAA-A-GATTATCATT-CAATCTCACAGC----A-TTGTTCA-------G--ATTTA-AATGAAA-CCA-TATTGACCACTTTGAAT-TCCAGTGATGCTGAC--TTTGACCTT-T-GATCAC---A-ACATAGAT-CTA-TAGAGAA---CTCTT--TTGACC----CATGTTTGCAGT-TC---ATGTGT----ATG-ATATGTG-TGATTCTATGGAGC-GAAGATCTA---TATTCTGAAGAG-CTGGAATA--A-AT--CTA----TTT--GA-GT-CCAGTGCA-----------TGACCTT----TACC-TTTTG-A-CCCA------AATTC---GAT------AAAGACAT-CTT-GTCT-ATG-----AGTTATA---ATGTAATGATAT--GT--G--CCT--AGGTAGA
gi|30 : ac--A-A-----TTATT-CA-A--TTGT-------------CA--------ACA-----C---------AC----AATGT-----------------AC-----A---------C---------AGATCA------ATAG-C--------A------------A-TA-AGTCATCTAAC-TCACTTC-A-G-TGATCTATAAA
gi|31 : gttG-TTAT-CAGGAAT--G--T-TAATAA-A-----ATGTT-CA-A--TAGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----TATG------------------GAA---GA---------C----GA---CAAT--------ATTA-C--------A------------G-TA-GATCGCCTTAA-TTta
gi|32 : -A--TTGT-------------TA--------ATG-----G---------AT----GACGTTCAACA-----------ACG---AA---------T----AC---AGACCA------ACAG-C--------A------------A-TA-GGTCATTTGA--TTGATTTGA-G-TGAACTA-AAca
gi|33 : G--T-TTA--A-A-----ATGTT-CA-G--TTGCAATGCAGGACAGGCA--------ATG-----C---------AC----AAAG------------------ACA---GA---------T----GC---AGACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCATCTAAtata
gi|34 : AGAAG--A-TGA--T-T-----ATGGT-GA-A--ATGG-------------TA--------ACG-----A---------GC----GATG------------------AGG---GA---------G----GA---CTACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACGTGAa
gi|35 : agG--T-TTA--A-A-----ATGTT-AA-AAATTGT-------------TA--------GCG-----G---------AT----GATGCAATGACT----------ATG---GA---------C----AA---AGACAT------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGActcacg
gi|36 : AAGAAG--T-TAA--A-T-----ATGTT-CA-A--TTGTGGTCGGA------CA--------ATG-----C---------AC----GATG------------------TTG---GA---------T----GA---AGACC
gi|37 : atc-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA------------------------------------------------------ACG---GA---------C----GA---AGATCA------ATCG-T--------A------------G-AA-AGTCACTT----CT-ATTC-A-GTTGACCTA-AActaaaatgttcaat
gi|38 : AAGAAA--T-TGA--A-A------TATT-CA-A--TT----------------A--------AAG-----C---------AT----GATG------------------ATG---GA---------C----AA---AAACAA------ATAG-C--------A------------A-CA-AGTCCCCTGAG-Tcaaaaaagc
gi|39 : tcaAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CG-A--TTGT-------------TA--------ACGGAAGACGGATGACGAAC----GACG------------------ACA---GA---------C----AA---AAACCA------ATTG-C--------A------------A-
gi|4 : TTTT-GGT--GGATTTGGCCACA---CCTCTC-AGGCTCCAGGTAGCG---GAGACCAT-GGAATCCACA---A-CTTTTG-TCCCCTCGATT-CATAA-ATG-TTC-AATATATC-ATAATTGGT--TGAAAT-AA-GTTC-AGCAG-TTCCAGATGAT-C--TAACAAG--C-TGA--A-A-----ATATT-CA-A--ATGT-------------TT--------GTG-----A---------AT----GACC------------------CTC---AA---------C---------AG----------ATAG-C--------A------------A-TA-GGTCACCGGAG-TC-ACTCGG-G-TAAACTA-GAAa
gi|40 : CTTATTGATC-T---ATACAT---T-CAAGTAAGGGA---AGATT--TTCGTC----CATGA--GTAGTGCC---ATATGT----ATG-ATacggttacccaggtctgagaaggt
gi|41 : -CA-A--TTGT-------------TA--------ATG-----C---------AT----GAAG------------------ACA---GA---------C----CG---AGACCA------ATAG-C--------G------------A-AA-GGTCACCCAAG-T
gi|42 : agttgaagAG--T-TAA--A-G-------GTT--A-A--TTGT-------------TG--------ATG-----C---------AC----AACG------------------------GA---------T----GA---AGACCAGTACGTATTG-C--------A------------A-TA-GGTCAC
gi|43 : TTGTGAT--AGTGTTGGCCACAACCCT---C-AGACTCCAGG--GAGGCAGAGTCC-TTGAAATTCACA---A-
gi|44 : --A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG---------------------GACG------------------ACG----------------------------CA--------CG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTG-----------A-G-TGACCTA-AAA
gi|45 : AAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------TCG-----C----------------ACA------------------GCG---GG---------C----------GACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-GATCAat
gi|46 : AAG--T-TTA--A-A-----ATATT-CA-A--TTGT-------------TC--------ACG-----C----------------ACG------------------ACG---GA---------T----GA---AGACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-
gi|47 : ---GA---------T----GC---AGACCA------TTAG-C--------A------------A-CA-CATTACCTGAG-C-AACTC-A-GGTGACCTA-
gi|48 : G------------------ACT---GA---------C----AC---AATCCA------ATTG-C--------A------------AATAAGGTCACCTGAG--TGACTC-A-G-c
gi|49 : a------ATAG-C--------T------------A-TA-AGTCACCCAAG-T-GACTC-AGG-TGACTTA-gt
gi|5 : aaactattTCCTGTTCTAC-TTCCACTATGTAATTT--GTGTTTTCCTTAAATTTCATTACGTTGTGGTTTGCAAGG--GGAG------GAAGATTGATCTACCTTTTGAGCG-AGCATTT-AATC-CCCC--GCCCGCCTTTGAGTTGTGGGCGGCGGCGGTTC-TCAA-AAACCAAACTTT-T--ATATCTG-CCT-T-TCTCAAAG--AT-GTACAT-T-A-----CAAA-TTTGAAAACG--TT-GTGAC-A--GT--TG---TT-TTGAA-AG-ATGAAG-TGA-AA
gi|50 : AAG--T-TAA--A-A-----ACGTT-CA-A--TTAT-------------TA--------ATG-----C----------------ACG------------------ACG---GA---------C----GA---tgctc
gi|51 : AG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----G---------AC----GGCGA-----------------ACG---G---------------GA---AGcgca
gi|52 : TTG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAGTTTAACTC-AGG-TGACCTA-AAA
gi|53 : AGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------c
gi|54 : GT----ATG-ATATG-A-TGACTCTAAGTAGA-AAGGA-AAA---TGCTtggacaatgcacaatg
gi|55 : GT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------CCA---GA---------C----GA---AGACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-
gi|56 : AACAAA---AGGCCCA-CAGGCCTTATCAGT--CACC-
gi|57 : a---AGACGA------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-TT-ACTT-A-ag
gi|58 : --AGAAACC-T-GAAATTTACC---A-TTTATGTGCCC
gi|59 : aG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----G---------AC----G
gi|6 : T-T-TTTA-AAACATGCATCATTTT----CTAAGGTTTTG--ACA---CC-------AC-CCATG--GT--------CA-T-GAAATTGATG---A-TT--------CCTTGT-------G-ATGTATC-AT---ACG-A-AAT---T--TGATGA-AA-AATG-GTAAT-GT--GC-TTCC-CGAGAAAAAG--T-TGA--T-T-----ATAGT-GA-A--ATAC-------------AA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------ACG---AA---------C----AA---CTACTC------ATCGAA--------A------------A-TA--GTCACCTGAG--TGAATT-A-G-
gi|7 : aaggacttTATCATCTTACAGCATTAAC--AGATAGTTATTTAAAC--TTTACGCCAACCTAAA-ATAAT--ACTAACAGTATCTGGCTCTCCACCCTGGGTCAAAACTGTATCCTCTCAGTAGTCAT--AATTTGTATCAATTTGTGTAAAG-----CCT--TGTACATCAATATGCATTAATTTTTTTTAAACATatgtatcaaatcaaaacgaataac
gi|8 : -------C-T-GAGAATTTGCA-TTT-TGAAT-CC-----T-CGTCTTAAAG--AT-AC--TCAT-A-A--CCAAAATCTGCAAC-AAA---------G--GT--AA---T------------AAAAG-TTATAAAATTATTCAATTAATT---GCAAGTTTAA-CACTGACTATG--GGCCTCGCCC-AATACTAAAACCTTTTACCCCTGGTATTATTTGAAATTTACAATAT--ATAAACAAGCATTCTTaatgatatgcggagttataagaaggaattattt
gi|9 : aaaagattt--AGGGACCAT-GAATTTCATATATA-TATATATTCCCCTCTTTCACAAAATATACACC-AT---ATC-A-AAA---C--TGG--------TTA-AAAAG-CT-----TTAT---AGGAAAAA--T-TTA--A-A-----TTGTC-CA-AACTTAT-----------------------ACG-----A---------AC----GACA------------------A------A---------C----GG---ATACGG------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACCCGCG--TGACTT-G-G-GGAt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTTTTATGGTTTTAGCCACACCTCTCAGACATTGGGAACAGAAACCCCGGAATCAACAAATTTATTTCCCGTGACCAATATATGATGAATACCAAAATTCATTGACATTGGTTCAGCCGTT
Unaligned ( gi|25 ): CCCATAGATGTTATATACATGTTCTAAGGTTTAGCCGTTTTGGAGAAGTTGGATATATTCAAAAGTTTACGATAGACGAACGACAAAGGACGAAAGCAG
Alignments
lowQualScore : 111 1 1 22 1 555555555555555555555555555555555555 22 222 222 11 666666666666 1 1 111 1 8888888888888888888888 2222 44444444 555555555555 1 1 1 222 22 1111 22222222222222 11111 11 1111 11 222222 1111 111 22222 22 2222 11 11 777777777777 2222222 1 333333 333333333333 1 3333 222 1 22 11 11 1 11 1 222222 222 22222 1 11 333333 222 2222 1 1 1 11 333333 1 222222222 44444444444444444444444 1111 4444444444444444444444444444444444444444444444 44444444444 111 1 1 11 11 11 1 11 2222 111 1 11 2222 1 11 2222 222 1 1 222 11 222 22222 11 1111 11 111 22 1 1 22222222 1 3333333333333333333333333333 1 1111 222222222 2222 111111 1111111111111 111111111111111111111 222222222222222222 1111111111111111111 1111 1
lowQualScore : 777 0 0 99 0 7 1 7 6 7 1 222222222222222222222222222222222222 00 6 333 7 777 7 7 33 888888888888 3 7 3 666 3 3333333333333333333333 4444 7 7 6 55555555 444444444444 2 3 3 1 555 6 1 00 2222 77777777777777 8 8 66666 11 7777 11 0 888888 4444 6 222 3 5 8 0 22222 7 6 00 44 2 0000 33 3 33 888888888888 8888888 3 6 888888 999999999999 3 7 7 0000 88 555 3 55 88 7 88 1 5 77 5 999999 111 66666 5 88 000000 111 2222 3 3 3 88 444444 3 77 999999999 6 6 00000000000000000000000 99 6 99 6 6 1111 7777777777777777777777777777777777777777777777 8 8 6 11111111111 11 999 5 5 88 1 88 1 88 5 88 4444 999 1 5 88 3333 1 5 88 3333 111 5 5 111 1 88 111 22 66666 77 1 1 3333 1 88 1 2 1 777 00 3 3 55555555 1 0 9999999999999999999999999999 3 0 5 1111 4 2 6 666666666 4 5 0000 4 4 333333 1 33 3 3 66666 66666 1 666 4 11 1 33 1 33333 1 1 33 4444444444444 44444444 000000000000000000000 222222222222222222 222 0000000000000000000 333333 4 1 44444444 666666666666 2 1 1111 4 7 0 3
lowQualScore : ... . . .. . . . . . . . .................................... .. . ... . ... . . .. ............ . . . ... . ...................... .... . . . ........ ............ . . . . ... . . .. .... .............. . . ..... .. .... .. . ...... .... . ... . . . . ..... . . .. .. . .... .. . .. ............ ....... . . ...... ............ . . . .... .. ... . .. .. . .. . . .. . ...... ... ..... . .. ...... ... .... . . . .. ...... . .. ......... . . ....................... .. . .. . . .... .............................................. . . . ........... .. ... . . .. . .. . .. . .. .... ... . . .. .... . . .. .... ... . . ... . .. ... .. ..... .. . . .... . .. . . . ... .. . . ........ . . ............................ . . . .... . . . ......... . . .... . . ...... . .. . . ..... ..... . ... . .. . .. . ..... . . .. ............. ........ ..................... .................. ... ................... ...... . . ........ ............ . . .... . . . .
lowQualScore : 555 0 8 00 0 3 0 3 7 3 0 000000000000000000000000000000000000 00 7 333 3 333 3 3 00 333333333333 3 3 3 777 3 7777777777777777777777 3333 3 3 7 77777777 777777777777 0 3 3 0 777 7 0 00 6666 44444444444444 0 0 00000 00 0000 00 8 444444 2222 7 000 2 6 0 8 00000 3 7 77 00 5 0000 88 2 22 333333333333 7777777 3 7 333333 000000000000 3 3 3 0000 33 777 3 33 33 3 33 0 5 55 5 000000 555 55555 5 55 555555 555 5555 3 3 3 33 000000 3 33 000000000 7 7 55555555555555555555555 22 7 22 7 7 5555 8888888888888888888888888888888888888888888888 0 0 5 00000000000 77 555 5 5 55 0 55 0 00 0 55 0000 000 0 5 00 0000 0 0 00 5555 000 0 0 000 0 00 555 00 00000 55 0 0 7777 0 00 0 5 0 777 77 3 3 55555555 0 8 4444444444444444444444444444 4 0 0 4444 4 8 2 666666666 0 0 6666 0 0 555555 1 77 6 6 33333 99999 6 000 1 99 4 11 2 11111 2 2 22 1111111111111 11111111 999999999999999999999 999999999999999999 000 7777777777777777777 444444 4 2 33333333 000000000000 4 2 4444 7 1 0 1
consensus : AACAAA---AGGCCCA-CAGGCNTTAACGGTG-CACC-GAGTATCATANCCCATCGCAGGGAGTCTCNTAGGTTTTGGCCATTTN--TT--AA---GT--C-----TCAATAC-GAGTA---TTTTGTTCAA-CATAGTTAAAANAT------------CT-TTCAAAATATGCAATATG-ATT-C-CT-ATT---------CAT----------ATACACAAG-A-GATTATCATTTCAATCTCACA-C----G-TTGTTCA-------AGAA-TTTTAATGAAAGCC-ATATTG-CNACTT--AATGTCCAGTGAGNCTGACC-TTTGACCTT-TTGACC-C---A-AAAT---T-CAA-TAGAGAA---ANATC--TTCGTC----CATGA--GTAGT-CC---ATGTGT----ATG-ATATG-G-TGACTCTAGGTAGA-AAGGATATA---TGCTCTGAAGAGCCCGGAACA-CATATTGCTAC---TTT--GATGT-CCAGTGCA-T---------TGACCTT----TA-CCTTTTG-ACCCCA------AATTC---GAT------AGAGACAT-CTTTGTCCAATGG---TAGTNATA--TATGT-ATGATAT-GGT--GACTCT--AGGTNGAAAGGTCTGGGAAACCATTCTGTCTACAGACGGATGGACAGACAACCTGATTCCAGTAACCCACCAGAACTTGTTGCAGGGTATAATTATGATAAAAGGCTCCCTTCTCATTCCAAATATTCATTTACTTCCACTTAATATTAATATCATTAAAAAGATGCTTTTCAAATGTTTACATATAAACAATATGTACCAAGTTTGCCCCTCCCCCCCAGGTCAGAACCCAGTCAGAATCCCCGGGGGATTACCAAATTTACAATTTTGGTAAAGGCCTTCCTGCTCTACATTCCACTATGCAATTTTGGTGTTTCCCTCAAATTTCATTACGTTGCGGTTTGCAAGGAAGGAGATTTTTGAAGATTGGTCTACCTTTTGGGCGCAGT-TTT-GCCC-CCCC--GCCCG-----GGG-TGCGAGAGAC-------C-T-GA-AATTCACAATTT-T--AT-CC---CCT-CGTCCCAAAG--AT-GT--TT-T-ATA--CCAAA-TCTGAAAA-GAATT-G-GACTG--GT--AG---TT-TC--A-AG-AAGAAG-TTA-AAAATTGTTCAATTG-TT-GCA-AGTTTATCANCGACCATNTTGGCCTCGCCCTAATACTAAAACCCTTTACCCCTGGNATCATTTGAAATTTACAATNTTGATAAACAGGCATTCTTATTCATTCAAAATATCCATTTAGGTTCACATTAATATCATCTTACAGCATTAANGAAGATGNTTATTCAAACGTTTTACGCCAACNTAAACACAATGTACCAACAGTGTCTGGCTCTCCGCCCTGGGTCAGAACCGTACCCTCTCGGNGGTCACCAAATTTGTATCAATTTNNGTAAAGGCGTTCCTGCTNTACATCANTATGCATTTGTTTTTCTCAGACATGNGCGGTTTGTCANGCGNAAGAT-T-TTTG-AAAT-TG-GTCATTTTG-GGC--AGNTTTTGCCACA---CC---C-AGGC-CCAGG--GTG--AGAGACC-T-GAAATTCACA---A-TTTNTGTTCCCCTCGTCC-CAAAG-ATGCTTC-A----ACC-A-AAT---T--TGAAAA-GA-ATTG-GANAG-GT--AG-TTAT-CAAGAAGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------ACG---GA---------C----GA---AGACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-TTGACTC-A-G-TGACCTA-AAA
Reference ( family-1806 ) : AACAAA---AGGCCCA-CAGGCNTTAACGGTG-CACC-GAGTATCATANCCCATCGCAGGGAGTCTCNTAGGTTTTGGCCATTTN--TT--AA---GT--C-----TCAATAC-GAGTA---TTTTGTTCAA-CATAGTTAAATAAT------------CT-TTCAAAATATGCAATATG-ATT-C-CT-ATT---------CAT----------ATACACAAG-A-GATTATCATTTCAATCTCACA-C----G-TTGTTCA-------AGAA-TTTTAATGAAAGCC-ATATTG-CNACTT--AATGTCCAGTGAGNCTGACC-TTTGACCTT-TTGACC-C---A-AAAT---T-CAA-TAGAGAA---ANATC--TTCGTC----CATGA--GTAGT-CC---ATGTGT----ATG-ATATG-G-TGACTCTAGGTAGA-AAGGATATA---TGCTCTGAAGAGCCCGGAACA-CATATTGCTAC---TTT--GATGT-CCAGTGCA-T---------TGACCTT----TA-CCTTTTG-ACCCCA------AATTC---GAT------AGAGACAT-CTTTGTCCAATGG---TAGTNATA--TATGT-ATGATAT-GGT--GACTCT--AGGTNGAAAGGTCTGGGAAACCATTCTGTCTACAGACGGATGGACAGACAACCTGATTCCAGTAACCCACCAGAACTTGTTGCAGGGTATAATTATGATAAAAGGCTCCCTTCTCATTCCAAATATTCATTTACTTCCACTTAATATTAATATCATTAAAAAGATGCTTTTCAAATGTTTACATATAAACAATATGTACCAAGTTTGCCCCTCCCCCCCAGGTCAGAACCCAGTCAGAATCCCCGGGGGATTACCAAATTTACAATTTTGGTAAAGGCCTTCCTGCTCTACATTCCACTATGCAATTTTGGTGTTTCCCTCAAATTTCATTACGTTGCGGTTTGCAAGGAAGGAGATTTTTGAAGATTGGTCTACCTTTTGGGCGCAGT-TTT-GCCC-CCCC--GCCCG-----GGG-TGCGAGAGAC-------C-T-GA-AATTCACAATTT-T--AT-CC---CCT-CGTCCCAAAG--AT-GT--TT-T-ATA--CCAAA-TCTGAAAA-GAATT-G-GACTG--GT--AG---TT-TC--A-AG-AAGAAG-TTA-AAAATTGTTCAATTG-TT-GCA-AGTTTATCANCGACCATNTTGGCCTCGCCCTAATACTAAAACCCTTTACCCCTGGNATCATTTGAAATTTACAATNTTGATAAACAGGCATTCTTATTCATTCAAAATATCCATTTAGGTTCACATTAATATCATCTTACAGCATTAANGAAGATGNTTATTCAAACGTTTTACGCCAACNTAAACACAATGTACCAACAGTGTCTGGCTCTCCGCCCTGGGTCAGAACCGTACCCTCTCGGNGGTCACCAAATTTGTATCAATTTNNGTAAAGGCGTTCCTGCTNTACATCANTATGCATTTGTTTTTCTCAGACATGNGCGGTTTGTCANGCGNAAGAT-T-TTTG-AAAT-TG-GTCATTTTG-GGC--AGNTTTTGCCACA---CC---C-AGGC-CCAGG--GTG--AGAGACC-T-GAAATTCACA---A-TTTNTGTTCCCCTCGTCC-CAAAG-ATGCTTC-A----ACC-A-AAT---T--TGAAAA-GA-ATTG-GANAG-GT--AG-TTAT-CAAGAAGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------ACG---GA---------C----GA---AGACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-TTGACTC-A-G-TGACCTA-AAA
gi|1 : AACAAG---AGGCCCA-CAGGCTTTAACAGT--CACCAGAGTATCATAGCCCA-CACAGGGAGTCTCATA----TTG--CATTTC--TT--AA---GT--C-----TCAATACAGAGTA---TTTTATTCA--CAT-GTTAAAATAT------------CT-TTCAATATATGCA-TATG-ATT-C-CT-ATT---------CAT----------ATACACAAGAA-GATTATCATTTCAATCTCACA-C----GATTGTTCA-------AGAATTTTTAATGAAAACC-ATATTG-CTACTT--AATGTCCAGTGAGCTTGACC-TTTGACCTT-TTGACC-T---A-AAAT---T-CAA-TAAAGAA---ACATC--TTCGTC----CATGA--GTAGC-AT---ATATGT----ATG-ATATA-G-TGACTCTAGGTAGA-AAGGATA-A---TGCTCTG--GAACCCGAAAC--CATATTGCTAC---TTT--GATGT-CCAGTGCACT---------TGACCTT----TGCCCTTTTG-ACCCCA------AATTC---AAT------AGAAACAC-CTTTGTCCAATGG---TAG-ACCA--TATGC-ATGATAT-GGT--GACTCT--AGGTGGAAAAGTCTGGGAAACCATTCTGTCTACAGACGGATGGACAGACAACCTGATTCCAGTAACCCACCAGAACTTGTTGCAGGGTATAATTATGATAAAAGGCTCCCTTCTCATTCCAAATATTCATTTACTTCCACTTAATATTAATATCATTAAAAAGATGCTTTTCAAATGTTTACATATAAACAATATGTACCAAGTTTGCCCCTCCCCCCCAGGTCAGAACCCAGTCAGAATCCCCGGGGGATTACCAAATTTACAATTTTGGTAAAGGCCTTCCTGCTCTACATT--ACTATGC-ATTTTGG---TTCTCTCAAA---CAT---G-TGCGG-TTGTAAAGAAGAAGATTTTTGAAAATTGGTC-A-CTTTTGG--GCAGT-TTT-GCCCACCCCAAGCCCA-----GGG-TGCAAGAGAC-------C-T-GA-AATTTACAATTTAT--GTGCC---CCT-TGTCCCAAAG--AT-GC--TT-T-ATA--CCAAA-TTTGAAAA-GAATT-G-GACTG--GT--GG---TTATC--A-AG-AAGAAG-TTA-AAAATTGTTCAATTG-TTAACACATTTCATCAATGACCATTTTGGCC-CACCCTAATACTAAAACCC--TACCCCTAGGATCA--TGAAATTTACAATTTTGATAAA-AGGC--TCTTATTCATTCAAAATATCCATTTAGGTTCACATTAATATCA----ATAGCATTAAAGAAGATGCTT-TTCAAATGTTTTAT----ATATAAACACAATGTACCAA----GTTTGGC---CCG-CCTGGGTCAGAACC-TACCC---CGGAGATCACCAAATTTA---CAATTTTGGTAAAGGCGTTCCTGCTCTACATCACTATGCATTTGTTTTTCTCAGACATGTGCG--TTGTTAAGAAGAAGAT-T-TTTGAAAAT-TG-GTCACTTTG-GGC--AGTTTTTGCCACA---CC---CAAGGC-CCAGG--GTGTAAGAGACC-T-GAAATTTACA---A-TTTATGTGCCCCTTGTCC-CAAAG-ATGCTTC-A----ACC-A-AAT---T--TGAAAA-GA-ATTG-GACAG-GT--GG-TTAT-CAAGAAGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------AAG---GA---------C----GA---AGACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-TTTACTT-A-G-TGACCTA-AAA
gi|10 : GT-TTTAGCCC-CACC--CCTCA-----AGG-TGGTAGAGAT-------AAT-GA-AATTCTCA------------C---CAT-CA-CTCATAG--AT-GT--TA-T-ATA--CCAAA-TGT-------AGTTAA-AACTG--GTTCAGCTTTT-TC--AGAG-GAGGAG-CTG-GAAATT-TTCAA---------A-AGTTTATCATCGAC
gi|11 : ttttcctgTACTGCTACATGTTA--GATG--CCACTGTAGTAAGACAAAATGACCTTATGATA-CGCTTTGCACCTCACAAACTAATTCTCCGATCTATAAAGAGATATTCTTTATCCAATGGAGTTAGTGATAAATATGT-ATGATATAAGTACGACTCTTGAGGTCGAAAGGtcaagacaacggacaaaaacag
gi|12 : AAATTCACT---A-TTTCTGTTCCCCTCCT-----AAG-ATGTTTT-A----AATGA-AAG---A--TGAAAA-AAGATCAAGACAA-GT--AT-TTTT-T-----GAAG--TGTTG--A-A-----ATGTT--A-A--TGGG-------------TA--------ATG-----G---------AT----GACA------------------ACA---GA---------C----AA---TTGCTA------TTCA-A--------A------------A-TA-AGTCACCTGAG-Taataat
gi|13 : aTGCATTTGTTTTTC----GCTTGGGCGGTTTGTCACGCGCAAGATATGTTTG--AGT-TG-GTCCTTTTG-GG----GTTTTTG---CA---CC---C-G-----CGGG--GTG--AGCG-CC-T-GCATTTCCC------TTTTTG-TGCGCTTGTC-----AG-ATGCTTC-T----CCC----AT---T--TGCAAA-aactttggttataaataaaa
gi|14 : TC-A----AC--A-AAT---TAATGAAAGTGA-AGTG-AA----GT--A--TTAT--AAGAGAAAGAAT-TGG--A-A-----ATGTT-GA-A--ATGC-------------TA--------ACC-----C---------AT----GACGGAGAACA-----------ATG---GA---------C----AA---AAA--A------ATCG-C--------G------------G-CA-GGTCACCTTAG-T
gi|15 : gacgC-A-AAA---A--TGATAG-CA-ACTG-GCCGT-GT--AG-TT-T-CAATAAA-----C-TAA--A-C-----ATGTA-GA-A--TTGT-------------TA----------------T---------AA----GACG------------------ACG---AA---------C----AA---AGATCA------ACGG-C--------A------------A-CA-TGTCACCTGAG-Tgta
gi|16 : AA-AA-AT-G-GAGTG-GG--AG-TTAT-CAAA--------T-TAA--A-A------TGTTTCA-A--TTAT-------------TT--------ATG-----C---------AC----CACA------------------A------A---------T----GA---AGACTA------AACA-CCGACTGCAA------------A-TA-GGTCACCTGAG--TGATTC-A-GATCACCTA-gcctagtaaagataaacaatgta
gi|17 : -GA-AATG-GAAAG--T--AG-GTAT-CAATACTAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-TA-A--TTCC-------------TA--------ATA-----C---------ACAATGGACG------------------ATG---CA---------CACCAGATACAGACCA------ATAG-C--------A------------A-TA-AGTAACCCAAG--CGACTC-AGG-TGACCTA-taaaggttata
gi|19 : TTTTA-GG-----GTTTTGACACAGCCCC---T-AGGC-C-------------ACACC-C--AAATTCATA---AATCTTCGTTCCCTTCATCC-CAAA--ATGTTCCAA----AAC-A-AGT---T--TGAc
gi|2 : ttAACAAATGAAGGCCCA-CAGGC-TTAACGGTGTCACC-GAG-ATCATATCCCATCG---GGAGTCTCCCAAGTT---GC-ATCTT--TTGAAA---GT--CACTGATCATTA--GGGTG---T---GTTCAA--ATAGT-AAATAATTGTCGTTATCATCTCTTCAAAATATGGCATATGCATT-CACTAATTGGACTCTGACATAGTGTCAAACATACACAAG-ACAATT-TCATTTCAACCACA-A-TGGTGG-TTGTTCACCCGTTCAAAA-TGTTAAGAAAAGCCAATACTG-CAATGT---ATGCCCAGTGAGTCTATCCTTTTGAGCT------CC-C---G-CAAT---TCCAA-TAGAGAATTCAAATCTTTTCGCCACGGCATGG--GT-GT-------TGTGTTCACATA-ATATtgcaaaatggtcatgtgttttctaag
gi|2 : -TGACTCTTGA-AGA-AAGAATATGAACCGCCATGAAGAGCCCAGAACACCATATTG-TAC---TTTTGGATGTCCCAGTcatgtcatggaacatgaacgcacgccgttatcactctgactcttgaagaaagaatatgaaccgccatgaagagcccagaacaccatattgtacttttggatgtcccagt
gi|20 : aacaaatgaaggcccacaggcttaacggtgtcaccgagatcatatcccatcgggagtctcccaagttgcatcttttgaaagtcactgatcattagggtgtgttcaaatagtaaataattgtcgttatcatctcttcaaaatatggcatatgcattcactaattggactctgacatagtgtcaaacatacacaagacaatttcatttcaaccacaatggtggttgttcacccgttcaaaatgttaagaaaagccaatactgcaatgtatgcccagtgagtctatccttttgagctcccgcaattccaatagagaattcaaatcttttcgccacggcatgggtgttgtgttcacataatatcatgtcatggaacatgaacgcacgccgttatcactcC-------C-T-GA-AATTCACAATTG-T--AG-CT---TCTCCAACCCAAAATTGT-GT--TT-T-ATA--CCAAA-C-----AA-ATATT-G-T-CTGCAAT--AG---TT-TC--ATAGCAAGAAGCTTG-AAAATTGTTCAA
gi|21 : aagggatggcac---T--TAAAAA-GA-ATTC-GAATG-GT--AG-TT-T-TAAAATG--T--T-TAT--ATA-----ATATT-CA-A--ATGT-------------TATGGAAGAAGCG-----CC--------ACA---GACG------------------ACG---AA---------A----GATACACACCA------ATTA-C--------A------------A-TA-GGCCACCTGAG-T
gi|22 : AAG--T-TCA--A-A-----AAGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------A------ACG------------------ATG---GAGACTCCATCC----AA---CAACCA------TTTG-C--------A------------ATTA-GGTCATCTGAG-TTTA-TA-G-G-TGGCCTA-AA
gi|23 : AT-TAA-AAGAAC--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGTTTAAAAAA-----TG--------ATG-----C---------AT----GACA------------------ACA---GA---------T----GG---TGAGCA------ATTG-C--------ATTGTACATGTAGA-TA-GATCACCCTAG-TTGACtattcatagttatgcaccaa
gi|24 : CC-A-AAT---TATTGAAAA-GA-ATTG-GAGAGAAT--AG-TTATAAAAGAGGGAA--A-TAAT-A-ATTAGTATATT-CACA--TTGT-------------TA--------GCA-----C---------AC----AACA------------------ACA---GA---------C-----A---CGGTCA------AT
gi|26 : --T-TAA--A-G-----AAGTT-AA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------ACCTTAGACG------------------ACACCTGA---------T----AC---AGATAA------ATAA-A--------A------------A-TG-GGTCACCAAAG--TGACTC-A-GTTGACCTA-AAAt
gi|27 : AT-CAAAGAAAAG--T-TTA--A-A-----AT-----------TGT-------------TA--------ACG-----C---------AT----GACGGGCGATAGACGTCGAACCACG---GAAA-------C----GC---TGACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCATCTGAG-atg
gi|28 : -GA-AATTAAAAAATT-T--AT-TCTTCCCT-TGTACCAAGG--ATTGT--TT-TTATAATCCAAA-TCT-AAAA-GAATT-G-AA-TG--AT--AG---TT-AC--A-CC-AGGAAa
gi|29 : -TTGACC-CCGTA-AA-----T-CAA-TAGTGGA---TCATC--TTCGTC----CAT-A--GTAGT-CCAGTATGTAT----ATGTATATG-GATGA-TCTAGGTGGATAAGGAT
gi|3 : AA---GGGCCCAACAGGCATTAACGATA-CCCT-GAGTATCATAAGCAATCGCAGGG-----TTTAGATTTTAGCCATTTACATT--AACCAGTTGC-----TCAATAC-GA-TAAATTTTTGTTCAAGCATAGTTTACAGAT------------CT-TTCAAATTATGCAATATG-ATTAC-CT-ATT---------CAT----------ATACACAA--A-GATTATCATT-CAATCTCACAGC----A-TTGTTCA-------G--A-TTTAAATGAAA-CC-ATATTGACCACTTTGAAT-TCCAGTGATGCTGAC--TTTGACCTT-T-GATCAC---A-ACATAGAT-CTA-TAGAGAA---CTCTT--TTGACC----CATGTTTGCAGT-TC---ATGTGT----ATG-ATATGTG-TGATTCTATGGAGC-GAAGATCTA---TATTCTGAAGAGCT-GGAATA-AAT----CTA----TTT--GA-GT-CCAGTGCA-T----------GACCTT----TA-CCTTTTG-ACCC-A------AATTC---GAT------AAAGACAT-C-TTGTCT-ATG-----AGTTATA---ATGTAATGATAT--GT--G--CCT--AGGTAGA
gi|30 : ac--A-A-----TTATT-CA-A--TTGT-------------CA--------ACA-----C---------AC----AATGT-----------------AC-----A---------C---------AGATCA------ATAG-C--------A------------A-TA-AGTCATCTAAC-TCACTTC-A-G-TGATCTATAAA
gi|31 : gttG-TTAT-CAGGAAT--G--T-TAATAA-A-----ATGTT-CA-A--TAGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----TATG------------------GAA---GA---------C----GA---CAAT--------ATTA-C--------A------------G-TA-GATCGCCTTAA-TTta
gi|32 : -A--TTGT-------------TA--------ATG-----G---------AT----GACGTTCAACA-----------ACG---AA---------T----AC---AGACCA------ACAG-C--------A------------A-TA-GGTCATTTGA--TTGATTTGA-G-TGAACTA-AAca
gi|33 : G--T-TTA--A-A-----ATGTT-CA-G--TTGCAATGCAGGACAGGCA--------ATG-----C---------AC----AAAG------------------ACA---GA---------T----GC---AGACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCATCTAAtata
gi|34 : AGAAG--A-TGA--T-T-----ATGGT-GA-A--ATGG-------------TA--------ACG-----A---------GC----GATG------------------AGG---GA---------G----GA---CTACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACGTGAa
gi|35 : agG--T-TTA--A-A-----ATGTT-AA-AAATTGT-------------TA--------GCG-----G---------AT----GATGCAATGACT----------ATG---GA---------C----AA---AGACAT------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGActcacg
gi|36 : AAGAAG--T-TAA--A-T-----ATGTT-CA-A--TTGTGGTCGGA------CA--------ATG-----C---------AC----GATG------------------TTG---GA---------T----GA---AGACC
gi|37 : atc-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA------------------------------------------------------ACG---GA---------C----GA---AGATCA------ATCG-T--------A------------G-AA-AGTCACTT----CT-ATTC-A-GTTGACCTA-AActaaaatgttcaat
gi|38 : AAGAAA--T-TGA--A-A------TATT-CA-A--TT----------------A--------AAG-----C---------AT----GATG------------------ATG---GA---------C----AA---AAACAA------ATAG-C--------A------------A-CA-AGTCCCCTGAG-Tcaaaaaagc
gi|39 : tcaAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CG-A--TTGT-------------TA--------ACGGAAGACGGATGACGAAC----GACG------------------ACA---GA---------C----AA---AAACCA------ATTG-C--------A------------A-
gi|4 : TTTT-GGT--GGATTTGGCCACA---CCTCTC-AGGCTCCAGGTAGCG---GAGACCAT-GGAATCCACA---A-CTTTTG-TCCCCTCGATT-CATAA-ATG-TTC-AATATATC-ATAATTGGT--TGAAAT-AA-GTTC-AGCAG-TTCCAGATGAT-C--TAACAAG--C-TGA--A-A-----ATATT-CA-A--ATGT-------------TT--------GTG-----A---------AT----GACC------------------CTC---AA---------C---------AG----------ATAG-C--------A------------A-TA-GGTCACCGGAG-TC-ACTCGG-G-TAAACTA-GAAa
gi|40 : CTTATTGATC-T---ATACAT---T-CAAGTAAGGGA---AGATT--TTCGTC----CATGA--GTAGTGCC---ATATGT----ATG-ATacggttacccaggtctgagaaggt
gi|41 : -CA-A--TTGT-------------TA--------ATG-----C---------AT----GAAG------------------ACA---GA---------C----CG---AGACCA------ATAG-C--------G------------A-AA-GGTCACCCAAG-T
gi|42 : agttgaagAG--T-TAA--A-G-------GTT--A-A--TTGT-------------TG--------ATG-----C---------AC----AACG------------------------GA---------T----GA---AGACCAGTACGTATTG-C--------A------------A-TA-GGTCAC
gi|43 : TTGTGAT--AGTGTTGGCCACAACCCT---C-AGACTCCAGG--GAGGCAGAGTCC-TTGAAATTCACA---A-
gi|44 : --A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG---------------------GACG------------------ACG----------------------------CA--------CG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTG-----------A-G-TGACCTA-AAA
gi|45 : AAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------TCG-----C----------------ACA------------------GCG---GG---------C----------GACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-GATCAat
gi|46 : AAG--T-TTA--A-A-----ATATT-CA-A--TTGT-------------TC--------ACG-----C----------------ACG------------------ACG---GA---------T----GA---AGACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-
gi|47 : ---GA---------T----GC---AGACCA------TTAG-C--------A------------A-CA-CATTACCTGAG-C-AACTC-A-GGTGACCTA-
gi|48 : G------------------ACT---GA---------C----AC---AATCCA------ATTG-C--------A------------AATAAGGTCACCTGAG--TGACTC-A-G-c
gi|49 : a------ATAG-C--------T------------A-TA-AGTCACCCAAG-T-GACTC-AGG-TGACTTA-gt
gi|5 : aaactattTCCTGTTCTAC-TTCCACTATGTAATTT--GTGTTTTCCTTAAATTTCATTACGTTGTGGTTTGCAAGG--GGAG------GAAGATTGATCTACCTTTTGAGCG-AGCATTT-AATC-CCCC--GCCCGCCTTTGAGTTGTGGGCGGCGGCGGTTC-TCAA-AAACCAAACTTT-T--ATATCTG-CCT-T-TCTCAAAG--AT-GTACAT-T-A-----CAAA-TTTGAAAACG--TT-GTGAC-A--GT--TG---TT-TTGAA-AG-ATGAAG-TGA-AA
gi|50 : AAG--T-TAA--A-A-----ACGTT-CA-A--TTAT-------------TA--------ATG-----C----------------ACG------------------ACG---GA---------C----GA---tgctc
gi|51 : AG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----G---------AC----GGCGA-----------------ACG---G---------------GA---AGcgca
gi|52 : TTG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAGTTTAACTC-AGG-TGACCTA-AAA
gi|53 : AGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------c
gi|54 : GT----ATG-ATATG-A-TGACTCTAAGTAGA-AAGGA-AAA---TGCTtggacaatgcacaatg
gi|55 : GT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------CCA---GA---------C----GA---AGACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-
gi|56 : AACAAA---AGGCCCA-CAGGCCTTATCAGT--CACC-
gi|57 : a---AGACGA------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-TT-ACTT-A-ag
gi|58 : --AGAAACC-T-GAAATTTACC---A-TTTATGTGCCC
gi|59 : aG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----G---------AC----G
gi|6 : T-T-TTTA-AAACATGCATCATTTT----CTAAGGTTTTG--ACA---CC-------AC-CCATG--GT--------CA-T-GAAATTGATG---A-TT--------CCTTGT-------G-ATGTATC-AT---ACG-A-AAT---T--TGATGA-AA-AATG-GTAAT-GT--GC-TTCC-CGAGAAAAAG--T-TGA--T-T-----ATAGT-GA-A--ATAC-------------AA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------ACG---AA---------C----AA---CTACTC------ATCGAA--------A------------A-TA--GTCACCTGAG--TGAATT-A-G-
gi|7 : aaggacttTATCATCTTACAGCATTAAC--AGATAGTTATTTAAAC--TTTACGCCAACCTAAA-ATAAT--ACTAACAGTATCTGGCTCTCCACCCTGGGTCAAAACTGTATCCTCTCAGTAGTCAT--AATTTGTATCAATTTGTGTAAAG-----CCT--TGTACATCAATATGCATTAATTTTTTTTAAACATatgtatcaaatcaaaacgaataac
gi|8 : -------C-T-GAGAATTTGCA-TTT-TGAAT-CC-----T-CGTCTTAAAG--AT-AC--TCAT-A-A--CCAAAATCTGCAAC-AAA---------G--GT--AA---T------------AAAAG-TTATAAAATTATTCAATTAATT-GCA-AGTTTAACACTGACTATG--GGCCTCGCCC-AATACTAAAACCTTTTACCCCTGGTATTATTTGAAATTTACAATAT--ATAAACAAGCATTCTTaatgatatgcggagttataagaaggaattattt
gi|9 : aaaagattt--AGGGACCAT-GAATTTCATATATA-TATATATTCCCCTCTTTCACAAAATATACACC-AT---ATC-A-AAA---C--TGG--------TTA-AAAAG-CT-----TTAT---AGGAAAAA--T-TTA--A-A-----TTGTC-CA-AACTTAT-----------------------ACG-----A---------AC----GACA------------------A------A---------C----GG---ATACGG------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACCCGCG--TGACTT-G-G-GGAt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTTTTATGGTTTTAGCCACACCTCTCAGACATTGGGAACAGAAACCCCGGAATCAACAAATTTATTTCCCGTGACCAATATATGATGAATACCAAAATTCATTGACATTGGTTCAGCCGTT
Unaligned ( gi|25 ): CCCATAGATGTTATATACATGTTCTAAGGTTTAGCCGTTTTGGAGAAGTTGGATATATTCAAAAGTTTACGATAGACGAACGACAAAGGACGAAAGCAG
Alignments
lowQualScore : 111 1 1 22 1 555555555555555555555555555555555555 22 222 222 66666666666666 1 1 111 1 77777777777777777777777 2222 44444444 555555555555 1 1 1 222 22 1111 22222222222222 11111 11 1111 11 222222 1111 111 22222 22 2222 11 11 777777777777 2222222 1 333333 333333333333 1 3333 222 1 22 11 11 1 11 1 222222 222 22222 1 11 333333 222 2222 1 1 1 11 333333 1 222222222 44444444444444444444444 1111 4444444444444444444444444444444444444444444444 44444444444 111 1 1 11 11 11 1 11 2222 111 1 11 2222 1 11 2222 222 1 1 222 11 222 22222 11 1111 11 111 22 1 1 22222222 1 3333333333333333333333333333 1 1111 222222222 2222 111111 1111111111111 111111111111111111111 222222222222222222 1111111111111111111 1111 1
lowQualScore : 777 0 0 99 0 7 1 7 6 7 1 222222222222222222222222222222222222 00 6 333 7 777 7 22222222222222 3 7 3 666 3 44444444444444444444444 4444 7 7 6 55555555 444444444444 2 3 3 1 555 6 1 00 2222 77777777777777 8 8 66666 11 7777 11 0 888888 4444 6 222 3 5 8 0 22222 7 6 00 44 2 0000 33 3 33 888888888888 8888888 3 6 888888 999999999999 3 7 7 0000 88 555 3 55 88 7 88 1 5 77 5 999999 111 66666 5 88 000000 111 2222 3 3 3 88 444444 3 77 999999999 6 6 00000000000000000000000 99 6 99 6 6 1111 7777777777777777777777777777777777777777777777 8 8 6 11111111111 11 999 5 5 88 1 88 1 88 5 88 4444 999 1 5 88 3333 1 5 88 3333 111 5 5 111 1 88 111 22 66666 77 1 1 3333 1 88 1 2 1 777 00 3 3 55555555 1 0 9999999999999999999999999999 3 0 5 1111 4 2 6 666666666 4 5 0000 4 4 333333 1 33 3 3 66666 66666 1 666 4 11 1 33 1 33333 1 1 33 4444444444444 44444444 000000000000000000000 222222222222222222 222 0000000000000000000 333333 4 1 44444444 666666666666 2 1 1111 4 7 0 3
lowQualScore : ... . . .. . . . . . . . .................................... .. . ... . ... . .............. . . . ... . ....................... .... . . . ........ ............ . . . . ... . . .. .... .............. . . ..... .. .... .. . ...... .... . ... . . . . ..... . . .. .. . .... .. . .. ............ ....... . . ...... ............ . . . .... .. ... . .. .. . .. . . .. . ...... ... ..... . .. ...... ... .... . . . .. ...... . .. ......... . . ....................... .. . .. . . .... .............................................. . . . ........... .. ... . . .. . .. . .. . .. .... ... . . .. .... . . .. .... ... . . ... . .. ... .. ..... .. . . .... . .. . . . ... .. . . ........ . . ............................ . . . .... . . . ......... . . .... . . ...... . .. . . ..... ..... . ... . .. . .. . ..... . . .. ............. ........ ..................... .................. ... ................... ...... . . ........ ............ . . .... . . . .
lowQualScore : 555 0 8 00 0 3 0 3 7 3 0 000000000000000000000000000000000000 00 7 333 3 333 3 77777777777777 3 3 3 777 3 77777777777777777777777 3333 3 3 7 77777777 777777777777 0 3 3 0 777 7 0 00 6666 44444444444444 0 0 00000 00 0000 00 8 444444 2222 7 000 2 6 0 8 00000 3 7 77 00 5 0000 88 2 22 333333333333 7777777 3 7 333333 000000000000 3 3 3 0000 33 777 3 33 33 3 33 0 5 55 5 000000 555 55555 5 55 555555 555 5555 3 3 3 33 000000 3 33 000000000 7 7 55555555555555555555555 22 7 22 7 7 5555 8888888888888888888888888888888888888888888888 0 0 5 00000000000 77 555 5 5 55 0 55 0 00 0 55 0000 000 0 5 00 0000 0 0 00 5555 000 0 0 000 0 00 555 00 00000 55 0 0 7777 0 00 0 5 0 777 77 3 3 55555555 0 8 4444444444444444444444444444 4 0 0 4444 4 8 2 666666666 0 0 6666 0 0 555555 1 77 6 6 33333 99999 6 000 1 99 4 11 2 11111 2 2 22 1111111111111 11111111 999999999999999999999 999999999999999999 000 7777777777777777777 444444 4 2 33333333 000000000000 4 2 4444 7 1 0 1
consensus : AACAAA---AGGCCCA-CAGGCNTTAACGGTG-CACC-GAGTATCATANCCCATCGCAGGGAGTCTCNTAGGTTTTGGCCATTTN--TT--AA---GT--C-----TCAATAC-GAGTA---TTTTGTTCAA-CATAGTTAA-AAT----------ATCT-TTCAAAATATGCAATATG-ATT-C-CTA-TT---------CATA----------TACACAAG-A-GATTATCATTTCAATCTCACA-C----G-TTGTTCA-------AGAA-TTTTAATGAAAGCC-ATATTG-CNACTT--AATGTCCAGTGAGNCTGACC-TTTGACCTT-TTGACC-C---A-AAAT---T-CAA-TAGAGAA---ANATC--TTCGTC----CATGA--GTAGT-CC---ATGTGT----ATG-ATATG-G-TGACTCTAGGTAGA-AAGGATATA---TGCTCTGAAGAGCCCGGAACA-CATATTGCTAC---TTT--GATGT-CCAGTGCA-T---------TGACCTT----TA-CCTTTTG-ACCCCA------AATTC---GAT------AGAGACAT-CTTTGTCCAATGG---TAGTNATA--TATGT-ATGATAT-GGT--GACTCT--AGGTNGAAAGGTCTGGGAAACCATTCTGTCTACAGACGGATGGACAGACAACCTGATTCCAGTAACCCACCAGAACTTGTTGCAGGGTATAATTATGATAAAAGGCTCCCTTCTCATTCCAAATATTCATTTACTTCCACTTAATATTAATATCATTAAAAAGATGCTTTTCAAATGTTTACATATAAACAATATGTACCAAGTTTGCCCCTCCCCCCCAGGTCAGAACCCAGTCAGAATCCCCGGGGGATTACCAAATTTACAATTTTGGTAAAGGCCTTCCTGCTCTACATTCCACTATGCAATTTTGGTGTTTCCCTCAAATTTCATTACGTTGCGGTTTGCAAGGAAGGAGATTTTTGAAGATTGGTCTACCTTTTGGGCGCAGT-TTT-GCCC-CCCC--GCCCG-----GGG-TGCGAGAGAC-------C-T-GA-AATTCACAATTT-T--AT-CC---CCT-CGTCCCAAAG--AT-GT--TT-T-ATA--CCAAA-TCTGAAAA-GAATT-G-GACTG--GT--AG---TT-TC--A-AG-AAGAAG-TTA-AAAATTGTTCAATTG-TT-GCA-AGTTTATCANCGACCATNTTGGCCTCGCCCTAATACTAAAACCCTTTACCCCTGGNATCATTTGAAATTTACAATNTTGATAAACAGGCATTCTTATTCATTCAAAATATCCATTTAGGTTCACATTAATATCATCTTACAGCATTAANGAAGATGNTTATTCAAACGTTTTACGCCAACNTAAACACAATGTACCAACAGTGTCTGGCTCTCCGCCCTGGGTCAGAACCGTACCCTCTCGGNGGTCACCAAATTTGTATCAATTTNNGTAAAGGCGTTCCTGCTNTACATCANTATGCATTTGTTTTTCTCAGACATGNGCGGTTTGTCANGCGNAAGAT-T-TTTG-AAAT-TG-GTCATTTTG-GGC--AGNTTTTGCCACA---CC---C-AGGC-CCAGG--GTG--AGAGACC-T-GAAATTCACA---A-TTTNTGTTCCCCTCGTCC-CAAAG-ATGCTTC-A----ACC-A-AAT---T--TGAAAA-GA-ATTG-GANAG-GT--AG-TTAT-CAAGAAGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------ACG---GA---------C----GA---AGACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-TTGACTC-A-G-TGACCTA-AAA
Reference ( family-1806 ) : AACAAA---AGGCCCA-CAGGCNTTAACGGTG-CACC-GAGTATCATANCCCATCGCAGGGAGTCTCNTAGGTTTTGGCCATTTN--TT--AA---GT--C-----TCAATAC-GAGTA---TTTTGTTCAA-CATAGTTAA-AAN----------ATCT-TTCAAAATATGCAATATG-ATT-C-CTA-TT---------CATA----------TACACAAG-A-GATTATCATTTCAATCTCACA-C----G-TTGTTCA-------AGAA-TTTTAATGAAAGCC-ATATTG-CNACTT--AATGTCCAGTGAGNCTGACC-TTTGACCTT-TTGACC-C---A-AAAT---T-CAA-TAGAGAA---ANATC--TTCGTC----CATGA--GTAGT-CC---ATGTGT----ATG-ATATG-G-TGACTCTAGGTAGA-AAGGATATA---TGCTCTGAAGAGCCCGGAACA-CATATTGCTAC---TTT--GATGT-CCAGTGCA-T---------TGACCTT----TA-CCTTTTG-ACCCCA------AATTC---GAT------AGAGACAT-CTTTGTCCAATGG---TAGTNATA--TATGT-ATGATAT-GGT--GACTCT--AGGTNGAAAGGTCTGGGAAACCATTCTGTCTACAGACGGATGGACAGACAACCTGATTCCAGTAACCCACCAGAACTTGTTGCAGGGTATAATTATGATAAAAGGCTCCCTTCTCATTCCAAATATTCATTTACTTCCACTTAATATTAATATCATTAAAAAGATGCTTTTCAAATGTTTACATATAAACAATATGTACCAAGTTTGCCCCTCCCCCCCAGGTCAGAACCCAGTCAGAATCCCCGGGGGATTACCAAATTTACAATTTTGGTAAAGGCCTTCCTGCTCTACATTCCACTATGCAATTTTGGTGTTTCCCTCAAATTTCATTACGTTGCGGTTTGCAAGGAAGGAGATTTTTGAAGATTGGTCTACCTTTTGGGCGCAGT-TTT-GCCC-CCCC--GCCCG-----GGG-TGCGAGAGAC-------C-T-GA-AATTCACAATTT-T--AT-CC---CCT-CGTCCCAAAG--AT-GT--TT-T-ATA--CCAAA-TCTGAAAA-GAATT-G-GACTG--GT--AG---TT-TC--A-AG-AAGAAG-TTA-AAAATTGTTCAATTG-TT-GCA-AGTTTATCANCGACCATNTTGGCCTCGCCCTAATACTAAAACCCTTTACCCCTGGNATCATTTGAAATTTACAATNTTGATAAACAGGCATTCTTATTCATTCAAAATATCCATTTAGGTTCACATTAATATCATCTTACAGCATTAANGAAGATGNTTATTCAAACGTTTTACGCCAACNTAAACACAATGTACCAACAGTGTCTGGCTCTCCGCCCTGGGTCAGAACCGTACCCTCTCGGNGGTCACCAAATTTGTATCAATTTNNGTAAAGGCGTTCCTGCTNTACATCANTATGCATTTGTTTTTCTCAGACATGNGCGGTTTGTCANGCGNAAGAT-T-TTTG-AAAT-TG-GTCATTTTG-GGC--AGNTTTTGCCACA---CC---C-AGGC-CCAGG--GTG--AGAGACC-T-GAAATTCACA---A-TTTNTGTTCCCCTCGTCC-CAAAG-ATGCTTC-A----ACC-A-AAT---T--TGAAAA-GA-ATTG-GANAG-GT--AG-TTAT-CAAGAAGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------ACG---GA---------C----GA---AGACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-TTGACTC-A-G-TGACCTA-AAA
gi|1 : AACAAG---AGGCCCA-CAGGCTTTAACAGT--CACCAGAGTATCATAGCCCA-CACAGGGAGTCTCATA----TTG--CATTTC--TT--AA---GT--C-----TCAATACAGAGTA---TTTTATTCA--CAT-GTTAA-AAT----------ATCT-TTCAATATATGCA-TATG-ATT-C-CTA-TT---------CATA----------TACACAAGAA-GATTATCATTTCAATCTCACA-C----GATTGTTCA-------AGAATTTTTAATGAAAACC-ATATTG-CTACTT--AATGTCCAGTGAGCTTGACC-TTTGACCTT-TTGACC-T---A-AAAT---T-CAA-TAAAGAA---ACATC--TTCGTC----CATGA--GTAGC-AT---ATATGT----ATG-ATATA-G-TGACTCTAGGTAGA-AAGGATA-A---TGCTCTG--GAACCCGAAAC--CATATTGCTAC---TTT--GATGT-CCAGTGCACT---------TGACCTT----TGCCCTTTTG-ACCCCA------AATTC---AAT------AGAAACAC-CTTTGTCCAATGG---TAG-ACCA--TATGC-ATGATAT-GGT--GACTCT--AGGTGGAAAAGTCTGGGAAACCATTCTGTCTACAGACGGATGGACAGACAACCTGATTCCAGTAACCCACCAGAACTTGTTGCAGGGTATAATTATGATAAAAGGCTCCCTTCTCATTCCAAATATTCATTTACTTCCACTTAATATTAATATCATTAAAAAGATGCTTTTCAAATGTTTACATATAAACAATATGTACCAAGTTTGCCCCTCCCCCCCAGGTCAGAACCCAGTCAGAATCCCCGGGGGATTACCAAATTTACAATTTTGGTAAAGGCCTTCCTGCTCTACATT--ACTATGC-ATTTTGG---TTCTCTCAAA---CAT---G-TGCGG-TTGTAAAGAAGAAGATTTTTGAAAATTGGTC-A-CTTTTGG--GCAGT-TTT-GCCCACCCCAAGCCCA-----GGG-TGCAAGAGAC-------C-T-GA-AATTTACAATTTAT--GTGCC---CCT-TGTCCCAAAG--AT-GC--TT-T-ATA--CCAAA-TTTGAAAA-GAATT-G-GACTG--GT--GG---TTATC--A-AG-AAGAAG-TTA-AAAATTGTTCAATTG-TTAACACATTTCATCAATGACCATTTTGGCC-CACCCTAATACTAAAACCC--TACCCCTAGGATCA--TGAAATTTACAATTTTGATAAA-AGGC--TCTTATTCATTCAAAATATCCATTTAGGTTCACATTAATATCA----ATAGCATTAAAGAAGATGCTT-TTCAAATGTTTTAT----ATATAAACACAATGTACCAA----GTTTGGC---CCG-CCTGGGTCAGAACC-TACCC---CGGAGATCACCAAATTTA---CAATTTTGGTAAAGGCGTTCCTGCTCTACATCACTATGCATTTGTTTTTCTCAGACATGTGCG--TTGTTAAGAAGAAGAT-T-TTTGAAAAT-TG-GTCACTTTG-GGC--AGTTTTTGCCACA---CC---CAAGGC-CCAGG--GTGTAAGAGACC-T-GAAATTTACA---A-TTTATGTGCCCCTTGTCC-CAAAG-ATGCTTC-A----ACC-A-AAT---T--TGAAAA-GA-ATTG-GACAG-GT--GG-TTAT-CAAGAAGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------AAG---GA---------C----GA---AGACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-TTTACTT-A-G-TGACCTA-AAA
gi|10 : GT-TTTAGCCC-CACC--CCTCA-----AGG-TGGTAGAGAT-------AAT-GA-AATTCTCA------------C---CAT-CA-CTCATAG--AT-GT--TA-T-ATA--CCAAA-TGT-------AGTTAA-AACTG--GTTCAGCTTTT-TC--AGAG-GAGGAG-CTG-GAAATT-TTCAA---------A-AGTTTATCATCGAC
gi|11 : ttttcctgTACTGCTACATGTTA--GATG--CCACTGTAGTAAGACAAAATGACCTTATGATA-CGCTTTGCACCTCACAAACTAATTCTCCGATCTATAAAGAGATATTCTTTATCCAATGGAGTTAGTGATAAATATGT-ATGATATAAGTACGACTCTTGAGGTCGAAAGGtcaagacaacggacaaaaacag
gi|12 : AAATTCACT---A-TTTCTGTTCCCCTCCT-----AAG-ATGTTTT-A----AATGA-AAG---A--TGAAAA-AAGATCAAGACAA-GT--AT-TTTT-T-----GAAG--TGTTG--A-A-----ATGTT--A-A--TGGG-------------TA--------ATG-----G---------AT----GACA------------------ACA---GA---------C----AA---TTGCTA------TTCA-A--------A------------A-TA-AGTCACCTGAG-Taataat
gi|13 : aTGCATTTGTTTTTC----GCTTGGGCGGTTTGTCACGCGCAAGATATGTTTG--AGT-TG-GTCCTTTTG-GG----GTTTTTG---CA---CC---C-G-----CGGG--GTG--AGCG-CC-T-GCATTTCCC------TTTTTG-TGCGCTTGTC-----AG-ATGCTTC-T----CCC----AT---T--TGCAAA-aactttggttataaataaaa
gi|14 : TC-A----AC--A-AAT---TAATGAAAGTGA-AGTG-AA----GT--A--TTAT--AAGAGAAAGAAT-TGG--A-A-----ATGTT-GA-A--ATGC-------------TA--------ACC-----C---------AT----GACGGAGAACA-----------ATG---GA---------C----AA---AAA--A------ATCG-C--------G------------G-CA-GGTCACCTTAG-T
gi|15 : gacgC-A-AAA---A--TGATAG-CA-ACTG-GCCGT-GT--AG-TT-T-CAATAAA-----C-TAA--A-C-----ATGTA-GA-A--TTGT-------------TA----------------T---------AA----GACG------------------ACG---AA---------C----AA---AGATCA------ACGG-C--------A------------A-CA-TGTCACCTGAG-Tgta
gi|16 : AA-AA-AT-G-GAGTG-GG--AG-TTAT-CAAA--------T-TAA--A-A------TGTTTCA-A--TTAT-------------TT--------ATG-----C---------AC----CACA------------------A------A---------T----GA---AGACTA------AACA-CCGACTGCAA------------A-TA-GGTCACCTGAG--TGATTC-A-GATCACCTA-gcctagtaaagataaacaatgta
gi|17 : -GA-AATG-GAAAG--T--AG-GTAT-CAATACTAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-TA-A--TTCC-------------TA--------ATA-----C---------ACAATGGACG------------------ATG---CA---------CACCAGATACAGACCA------ATAG-C--------A------------A-TA-AGTAACCCAAG--CGACTC-AGG-TGACCTA-taaaggttata
gi|19 : TTTTA-GG-----GTTTTGACACAGCCCC---T-AGGC-C-------------ACACC-C--AAATTCATA---AATCTTCGTTCCCTTCATCC-CAAA--ATGTTCCAA----AAC-A-AGT---T--TGAc
gi|2 : ttAACAAATGAAGGCCCA-CAGGC-TTAACGGTGTCACC-GAG-ATCATATCCCATCG---GGAGTCTCCCAAGTT---GC-ATCTT--TTGAAA---GT--CACTGATCATTA--GGGTG---T---GTTCAA--ATAGTAAATAATTGTCGTTATCATCTCTTCAAAATATGGCATATGCATT-CACTAATTGGACTCTGACATAGTGTCAAACATACACAAG-ACAATT-TCATTTCAACCACA-A-TGGTGG-TTGTTCACCCGTTCAAAA-TGTTAAGAAAAGCCAATACTG-CAATGT---ATGCCCAGTGAGTCTATCCTTTTGAGCT------CC-C---G-CAAT---TCCAA-TAGAGAATTCAAATCTTTTCGCCACGGCATGG--GT-GT-------TGTGTTCACATA-ATATtgcaaaatggtcatgtgttttctaag
gi|2 : -TGACTCTTGA-AGA-AAGAATATGAACCGCCATGAAGAGCCCAGAACACCATATTG-TAC---TTTTGGATGTCCCAGTcatgtcatggaacatgaacgcacgccgttatcactctgactcttgaagaaagaatatgaaccgccatgaagagcccagaacaccatattgtacttttggatgtcccagt
gi|20 : aacaaatgaaggcccacaggcttaacggtgtcaccgagatcatatcccatcgggagtctcccaagttgcatcttttgaaagtcactgatcattagggtgtgttcaaatagtaaataattgtcgttatcatctcttcaaaatatggcatatgcattcactaattggactctgacatagtgtcaaacatacacaagacaatttcatttcaaccacaatggtggttgttcacccgttcaaaatgttaagaaaagccaatactgcaatgtatgcccagtgagtctatccttttgagctcccgcaattccaatagagaattcaaatcttttcgccacggcatgggtgttgtgttcacataatatcatgtcatggaacatgaacgcacgccgttatcactcC-------C-T-GA-AATTCACAATTG-T--AG-CT---TCTCCAACCCAAAATTGT-GT--TT-T-ATA--CCAAA-C-----AA-ATATT-G-T-CTGCAAT--AG---TT-TC--ATAGCAAGAAGCTTG-AAAATTGTTCAA
gi|21 : aagggatggcac---T--TAAAAA-GA-ATTC-GAATG-GT--AG-TT-T-TAAAATG--T--T-TAT--ATA-----ATATT-CA-A--ATGT-------------TATGGAAGAAGCG-----CC--------ACA---GACG------------------ACG---AA---------A----GATACACACCA------ATTA-C--------A------------A-TA-GGCCACCTGAG-T
gi|22 : AAG--T-TCA--A-A-----AAGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------A------ACG------------------ATG---GAGACTCCATCC----AA---CAACCA------TTTG-C--------A------------ATTA-GGTCATCTGAG-TTTA-TA-G-G-TGGCCTA-AA
gi|23 : AT-TAA-AAGAAC--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGTTTAAAAAA-----TG--------ATG-----C---------AT----GACA------------------ACA---GA---------T----GG---TGAGCA------ATTG-C--------ATTGTACATGTAGA-TA-GATCACCCTAG-TTGACtattcatagttatgcaccaa
gi|24 : CC-A-AAT---TATTGAAAA-GA-ATTG-GAGAGAAT--AG-TTATAAAAGAGGGAA--A-TAAT-A-ATTAGTATATT-CACA--TTGT-------------TA--------GCA-----C---------AC----AACA------------------ACA---GA---------C-----A---CGGTCA------AT
gi|26 : --T-TAA--A-G-----AAGTT-AA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------ACCTTAGACG------------------ACACCTGA---------T----AC---AGATAA------ATAA-A--------A------------A-TG-GGTCACCAAAG--TGACTC-A-GTTGACCTA-AAAt
gi|27 : AT-CAAAGAAAAG--T-TTA--A-A-----AT-----------TGT-------------TA--------ACG-----C---------AT----GACGGGCGATAGACGTCGAACCACG---GAAA-------C----GC---TGACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCATCTGAG-atg
gi|28 : -GA-AATTAAAAAATT-T--AT-TCTTCCCT-TGTACCAAGG--ATTGT--TT-TTATAATCCAAA-TCT-AAAA-GAATT-G-AA-TG--AT--AG---TT-AC--A-CC-AGGAAa
gi|29 : -TTGACC-CCGTA-AA-----T-CAA-TAGTGGA---TCATC--TTCGTC----CAT-A--GTAGT-CCAGTATGTAT----ATGTATATG-GATGA-TCTAGGTGGATAAGGAT
gi|3 : AA---GGGCCCAACAGGCATTAACGATA-CCCT-GAGTATCATAAGCAATCGCAGGG-----TTTAGATTTTAGCCATTTACATT--AACCAGTTGC-----TCAATAC-GA-TAAATTTTTGTTCAAGCATAGTTTA-CAG----------ATCT-TTCAAATTATGCAATATG-ATTAC-CTA-TT---------CATA----------TACACAA--A-GATTATCATT-CAATCTCACAGC----A-TTGTTCA-------G--A-TTTAAATGAAA-CC-ATATTGACCACTTTGAAT-TCCAGTGATGCTGAC--TTTGACCTT-T-GATCAC---A-ACATAGAT-CTA-TAGAGAA---CTCTT--TTGACC----CATGTTTGCAGT-TC---ATGTGT----ATG-ATATGTG-TGATTCTATGGAGC-GAAGATCTA---TATTCTGAAGAGCT-GGAATA-AAT----CTA----TTT--GA-GT-CCAGTGCA-T----------GACCTT----TA-CCTTTTG-ACCC-A------AATTC---GAT------AAAGACAT-C-TTGTCT-ATG-----AGTTATA---ATGTAATGATAT--GT--G--CCT--AGGTAGA
gi|30 : ac--A-A-----TTATT-CA-A--TTGT-------------CA--------ACA-----C---------AC----AATGT-----------------AC-----A---------C---------AGATCA------ATAG-C--------A------------A-TA-AGTCATCTAAC-TCACTTC-A-G-TGATCTATAAA
gi|31 : gttG-TTAT-CAGGAAT--G--T-TAATAA-A-----ATGTT-CA-A--TAGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----TATG------------------GAA---GA---------C----GA---CAAT--------ATTA-C--------A------------G-TA-GATCGCCTTAA-TTta
gi|32 : -A--TTGT-------------TA--------ATG-----G---------AT----GACGTTCAACA-----------ACG---AA---------T----AC---AGACCA------ACAG-C--------A------------A-TA-GGTCATTTGA--TTGATTTGA-G-TGAACTA-AAca
gi|33 : G--T-TTA--A-A-----ATGTT-CA-G--TTGCAATGCAGGACAGGCA--------ATG-----C---------AC----AAAG------------------ACA---GA---------T----GC---AGACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCATCTAAtata
gi|34 : AGAAG--A-TGA--T-T-----ATGGT-GA-A--ATGG-------------TA--------ACG-----A---------GC----GATG------------------AGG---GA---------G----GA---CTACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACGTGAa
gi|35 : agG--T-TTA--A-A-----ATGTT-AA-AAATTGT-------------TA--------GCG-----G---------AT----GATGCAATGACT----------ATG---GA---------C----AA---AGACAT------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGActcacg
gi|36 : AAGAAG--T-TAA--A-T-----ATGTT-CA-A--TTGTGGTCGGA------CA--------ATG-----C---------AC----GATG------------------TTG---GA---------T----GA---AGACC
gi|37 : atc-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA------------------------------------------------------ACG---GA---------C----GA---AGATCA------ATCG-T--------A------------G-AA-AGTCACTT----CT-ATTC-A-GTTGACCTA-AActaaaatgttcaat
gi|38 : AAGAAA--T-TGA--A-A------TATT-CA-A--TT----------------A--------AAG-----C---------AT----GATG------------------ATG---GA---------C----AA---AAACAA------ATAG-C--------A------------A-CA-AGTCCCCTGAG-Tcaaaaaagc
gi|39 : tcaAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CG-A--TTGT-------------TA--------ACGGAAGACGGATGACGAAC----GACG------------------ACA---GA---------C----AA---AAACCA------ATTG-C--------A------------A-
gi|4 : TTTT-GGT--GGATTTGGCCACA---CCTCTC-AGGCTCCAGGTAGCG---GAGACCAT-GGAATCCACA---A-CTTTTG-TCCCCTCGATT-CATAA-ATG-TTC-AATATATC-ATAATTGGT--TGAAAT-AA-GTTC-AGCAG-TTCCAGATGAT-C--TAACAAG--C-TGA--A-A-----ATATT-CA-A--ATGT-------------TT--------GTG-----A---------AT----GACC------------------CTC---AA---------C---------AG----------ATAG-C--------A------------A-TA-GGTCACCGGAG-TC-ACTCGG-G-TAAACTA-GAAa
gi|40 : CTTATTGATC-T---ATACAT---T-CAAGTAAGGGA---AGATT--TTCGTC----CATGA--GTAGTGCC---ATATGT----ATG-ATacggttacccaggtctgagaaggt
gi|41 : -CA-A--TTGT-------------TA--------ATG-----C---------AT----GAAG------------------ACA---GA---------C----CG---AGACCA------ATAG-C--------G------------A-AA-GGTCACCCAAG-T
gi|42 : agttgaagAG--T-TAA--A-G-------GTT--A-A--TTGT-------------TG--------ATG-----C---------AC----AACG------------------------GA---------T----GA---AGACCAGTACGTATTG-C--------A------------A-TA-GGTCAC
gi|43 : TTGTGAT--AGTGTTGGCCACAACCCT---C-AGACTCCAGG--GAGGCAGAGTCC-TTGAAATTCACA---A-
gi|44 : --A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG---------------------GACG------------------ACG----------------------------CA--------CG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTG-----------A-G-TGACCTA-AAA
gi|45 : AAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------TCG-----C----------------ACA------------------GCG---GG---------C----------GACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-GATCAat
gi|46 : AAG--T-TTA--A-A-----ATATT-CA-A--TTGT-------------TC--------ACG-----C----------------ACG------------------ACG---GA---------T----GA---AGACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-
gi|47 : ---GA---------T----GC---AGACCA------TTAG-C--------A------------A-CA-CATTACCTGAG-C-AACTC-A-GGTGACCTA-
gi|48 : G------------------ACT---GA---------C----AC---AATCCA------ATTG-C--------A------------AATAAGGTCACCTGAG--TGACTC-A-G-c
gi|49 : a------ATAG-C--------T------------A-TA-AGTCACCCAAG-T-GACTC-AGG-TGACTTA-gt
gi|5 : aaactattTCCTGTTCTAC-TTCCACTATGTAATTT--GTGTTTTCCTTAAATTTCATTACGTTGTGGTTTGCAAGG--GGAG------GAAGATTGATCTACCTTTTGAGCG-AGCATTT-AATC-CCCC--GCCCGCCTTTGAGTTGTGGGCGGCGGCGGTTC-TCAA-AAACCAAACTTT-T--ATATCTG-CCT-T-TCTCAAAG--AT-GTACAT-T-A-----CAAA-TTTGAAAACG--TT-GTGAC-A--GT--TG---TT-TTGAA-AG-ATGAAG-TGA-AA
gi|50 : AAG--T-TAA--A-A-----ACGTT-CA-A--TTAT-------------TA--------ATG-----C----------------ACG------------------ACG---GA---------C----GA---tgctc
gi|51 : AG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----G---------AC----GGCGA-----------------ACG---G---------------GA---AGcgca
gi|52 : TTG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAGTTTAACTC-AGG-TGACCTA-AAA
gi|53 : AGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------c
gi|54 : GT----ATG-ATATG-A-TGACTCTAAGTAGA-AAGGA-AAA---TGCTtggacaatgcacaatg
gi|55 : GT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------CCA---GA---------C----GA---AGACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-
gi|56 : AACAAA---AGGCCCA-CAGGCCTTATCAGT--CACC-
gi|57 : a---AGACGA------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-TT-ACTT-A-ag
gi|58 : --AGAAACC-T-GAAATTTACC---A-TTTATGTGCCC
gi|59 : aG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----G---------AC----G
gi|6 : T-T-TTTA-AAACATGCATCATTTT----CTAAGGTTTTG--ACA---CC-------AC-CCATG--GT--------CA-T-GAAATTGATG---A-TT--------CCTTGT-------G-ATGTATC-AT---ACG-A-AAT---T--TGATGA-AA-AATG-GTAAT-GT--GC-TTCC-CGAGAAAAAG--T-TGA--T-T-----ATAGT-GA-A--ATAC-------------AA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------ACG---AA---------C----AA---CTACTC------ATCGAA--------A------------A-TA--GTCACCTGAG--TGAATT-A-G-
gi|7 : aaggacttTATCATCTTACAGCATTAAC--AGATAGTTATTTAAAC--TTTACGCCAACCTAAA-ATAAT--ACTAACAGTATCTGGCTCTCCACCCTGGGTCAAAACTGTATCCTCTCAGTAGTCAT--AATTTGTATCAATTTGTGTAAAG-----CCT--TGTACATCAATATGCATTAATTTTTTTTAAACATatgtatcaaatcaaaacgaataac
gi|8 : -------C-T-GAGAATTTGCA-TTT-TGAAT-CC-----T-CGTCTTAAAG--AT-AC--TCAT-A-A--CCAAAATCTGCAAC-AAA---------G--GT--AA---T------------AAAAG-TTATAAAATTATTCAATTAATT-GCA-AGTTTAACACTGACTATG--GGCCTCGCCC-AATACTAAAACCTTTTACCCCTGGTATTATTTGAAATTTACAATAT--ATAAACAAGCATTCTTaatgatatgcggagttataagaaggaattattt
gi|9 : aaaagattt--AGGGACCAT-GAATTTCATATATA-TATATATTCCCCTCTTTCACAAAATATACACC-AT---ATC-A-AAA---C--TGG--------TTA-AAAAG-CT-----TTAT---AGGAAAAA--T-TTA--A-A-----TTGTC-CA-AACTTAT-----------------------ACG-----A---------AC----GACA------------------A------A---------C----GG---ATACGG------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACCCGCG--TGACTT-G-G-GGAt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTTTTATGGTTTTAGCCACACCTCTCAGACATTGGGAACAGAAACCCCGGAATCAACAAATTTATTTCCCGTGACCAATATATGATGAATACCAAAATTCATTGACATTGGTTCAGCCGTT
Unaligned ( gi|25 ): CCCATAGATGTTATATACATGTTCTAAGGTTTAGCCGTTTTGGAGAAGTTGGATATATTCAAAAGTTTACGATAGACGAACGACAAAGGACGAAAGCAG
Alignments
lowQualScore : 111 1 1 22 1 1 555555555555555555555555555555555555 22 3333 222 66666666666666 1 1 111 1 8888888888888888888888 2222 44444444 555555555555 1 1 1 222 22 1111 22222222222222 11111 11 1111 11 222222 1111 111 22222 22 2222 11 11 777777777777 2222222 1 333333 333333333333 1 3333 222 1 22 11 11 1 11 1 222222 222 22222 1 11 333333 222 2222 1 1 1 11 333333 1 222222222 44444444444444444444444 1111 4444444444444444444444444444444444444444444444 44444444444 111 1 1 11 11 11 1 11 2222 111 1 11 2222 1 11 2222 222 1 1 222 11 222 22222 11 1111 11 111 22 1 1 22222222 1 3333333333333333333333333333 1 1111 222222222 2222 111111 1111111111111 111111111111111111111 222222222222222222 1111111111111111111 1111 1
lowQualScore : 777 0 0 99 0 7 1 7 2 7 1 222222222222222222222222222222222222 00 6 0000 777 7 00000000000000 3 7 3 666 3 3333333333333333333333 4444 7 7 6 55555555 444444444444 2 3 3 1 555 6 1 00 2222 77777777777777 8 8 66666 11 7777 11 0 888888 4444 6 222 3 5 8 0 22222 7 6 00 44 2 0000 33 3 33 888888888888 8888888 3 6 888888 999999999999 3 7 7 0000 88 555 3 55 88 7 88 1 5 77 5 999999 111 66666 5 88 000000 111 2222 3 3 3 88 444444 3 77 999999999 6 6 00000000000000000000000 99 6 99 6 6 1111 7777777777777777777777777777777777777777777777 8 8 6 11111111111 11 999 5 5 88 1 88 1 88 5 88 4444 999 1 5 88 3333 1 5 88 3333 111 5 5 111 1 88 111 22 66666 77 1 1 3333 1 88 1 2 1 777 00 3 3 55555555 1 0 9999999999999999999999999999 3 0 5 1111 4 2 6 666666666 4 5 0000 4 4 333333 1 33 3 3 66666 66666 1 666 4 11 1 33 1 33333 1 1 33 4444444444444 44444444 000000000000000000000 222222222222222222 222 0000000000000000000 333333 4 1 44444444 666666666666 2 1 1111 4 7 0 3
lowQualScore : ... . . .. . . . . . . . .................................... .. . .... ... . .............. . . . ... . ...................... .... . . . ........ ............ . . . . ... . . .. .... .............. . . ..... .. .... .. . ...... .... . ... . . . . ..... . . .. .. . .... .. . .. ............ ....... . . ...... ............ . . . .... .. ... . .. .. . .. . . .. . ...... ... ..... . .. ...... ... .... . . . .. ...... . .. ......... . . ....................... .. . .. . . .... .............................................. . . . ........... .. ... . . .. . .. . .. . .. .... ... . . .. .... . . .. .... ... . . ... . .. ... .. ..... .. . . .... . .. . . . ... .. . . ........ . . ............................ . . . .... . . . ......... . . .... . . ...... . .. . . ..... ..... . ... . .. . .. . ..... . . .. ............. ........ ..................... .................. ... ................... ...... . . ........ ............ . . .... . . . .
lowQualScore : 555 0 8 00 0 3 0 3 0 3 0 000000000000000000000000000000000000 00 7 7777 333 3 77777777777777 3 3 3 777 3 7777777777777777777777 3333 3 3 7 77777777 777777777777 0 3 3 0 777 7 0 00 6666 44444444444444 0 0 00000 00 0000 00 8 444444 2222 7 000 2 6 0 8 00000 3 7 77 00 5 0000 88 2 22 333333333333 7777777 3 7 333333 000000000000 3 3 3 0000 33 777 3 33 33 3 33 0 5 55 5 000000 555 55555 5 55 555555 555 5555 3 3 3 33 000000 3 33 000000000 7 7 55555555555555555555555 22 7 22 7 7 5555 8888888888888888888888888888888888888888888888 0 0 5 00000000000 77 555 5 5 55 0 55 0 00 0 55 0000 000 0 5 00 0000 0 0 00 5555 000 0 0 000 0 00 555 00 00000 55 0 0 7777 0 00 0 5 0 777 77 3 3 55555555 0 8 4444444444444444444444444444 4 0 0 4444 4 8 2 666666666 0 0 6666 0 0 555555 1 77 6 6 33333 99999 6 000 1 99 4 11 2 11111 2 2 22 1111111111111 11111111 999999999999999999999 999999999999999999 000 7777777777777777777 444444 4 2 33333333 000000000000 4 2 4444 7 1 0 1
consensus : AACAAA---AGGCCCA-CAGGCNTTAACGGTG-CACC-GAGTATCATANCCCATCGCAGGGAGTCTCNTAGG--TTG--CATTTN--TT--AA---GT--C-----TCAATAC-GAGTA---TTTTGTTCAA-CATAGTTAA-AAT----------ATCT-TTCAAAATATGCAATATG-ATT-C-CT-ATT---------CAT----------ATACACAAG-A-GATTATCATTTCAATCTCACA-C----G-TTGTTCA-------AGAA-TTTTAATGAAAGCC-ATATTG-CNACTT--AATGTCCAGTGAGNCTGACC-TTTGACCTT-TTGACC-C---A-AAAT---T-CAA-TAGAGAA---ANATC--TTCGTC----CATGA--GTAGT-CC---ATGTGT----ATG-ATATG-G-TGACTCTAGGTAGA-AAGGATATA---TGCTCTGAAGAGCCCGGAACA-CATATTGCTAC---TTT--GATGT-CCAGTGCA-T---------TGACCTT----TA-CCTTTTG-ACCCCA------AATTC---GAT------AGAGACAT-CTTTGTCCAATGG---TAGTNATA--TATGT-ATGATAT-GGT--GACTCT--AGGTNGAAAGGTCTGGGAAACCATTCTGTCTACAGACGGATGGACAGACAACCTGATTCCAGTAACCCACCAGAACTTGTTGCAGGGTATAATTATGATAAAAGGCTCCCTTCTCATTCCAAATATTCATTTACTTCCACTTAATATTAATATCATTAAAAAGATGCTTTTCAAATGTTTACATATAAACAATATGTACCAAGTTTGCCCCTCCCCCCCAGGTCAGAACCCAGTCAGAATCCCCGGGGGATTACCAAATTTACAATTTTGGTAAAGGCCTTCCTGCTCTACATTCCACTATGCAATTTTGGTGTTTCCCTCAAATTTCATTACGTTGCGGTTTGCAAGGAAGGAGATTTTTGAAGATTGGTCTACCTTTTGGGCGCAGT-TTT-GCCC-CCCC--GCCCG-----GGG-TGCGAGAGAC-------C-T-GA-AATTCACAATTT-T--AT-CC---CCT-CGTCCCAAAG--AT-GT--TT-T-ATA--CCAAA-TCTGAAAA-GAATT-G-GACTG--GT--AG---TT-TC--A-AG-AAGAAG-TTA-AAAATTGTTCAATTG-TT-GCA-AGTTTATCANCGACCATNTTGGCCTCGCCCTAATACTAAAACCCTTTACCCCTGGNATCATTTGAAATTTACAATNTTGATAAACAGGCATTCTTATTCATTCAAAATATCCATTTAGGTTCACATTAATATCATCTTACAGCATTAANGAAGATGNTTATTCAAACGTTTTACGCCAACNTAAACACAATGTACCAACAGTGTCTGGCTCTCCGCCCTGGGTCAGAACCGTACCCTCTCGGNGGTCACCAAATTTGTATCAATTTNNGTAAAGGCGTTCCTGCTNTACATCANTATGCATTTGTTTTTCTCAGACATGNGCGGTTTGTCANGCGNAAGAT-T-TTTG-AAAT-TG-GTCATTTTG-GGC--AGNTTTTGCCACA---CC---C-AGGC-CCAGG--GTG--AGAGACC-T-GAAATTCACA---A-TTTNTGTTCCCCTCGTCC-CAAAG-ATGCTTC-A----ACC-A-AAT---T--TGAAAA-GA-ATTG-GANAG-GT--AG-TTAT-CAAGAAGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------ACG---GA---------C----GA---AGACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-TTGACTC-A-G-TGACCTA-AAA
Reference ( family-1806 ) : AACAAA---AGGCCCA-CAGGCNTTAACGGTG-CACC-GAGTATCATANCCCATCGCAGGGAGTCTCNTAGGTTTTGGCCATTTN--TT--AA---GT--C-----TCAATAC-GAGTA---TTTTGTTCAA-CATAGTTAA-AAT----------ATCT-TTCAAAATATGCAATATG-ATT-C-CT-ATT---------CAT----------ATACACAAG-A-GATTATCATTTCAATCTCACA-C----G-TTGTTCA-------AGAA-TTTTAATGAAAGCC-ATATTG-CNACTT--AATGTCCAGTGAGNCTGACC-TTTGACCTT-TTGACC-C---A-AAAT---T-CAA-TAGAGAA---ANATC--TTCGTC----CATGA--GTAGT-CC---ATGTGT----ATG-ATATG-G-TGACTCTAGGTAGA-AAGGATATA---TGCTCTGAAGAGCCCGGAACA-CATATTGCTAC---TTT--GATGT-CCAGTGCA-T---------TGACCTT----TA-CCTTTTG-ACCCCA------AATTC---GAT------AGAGACAT-CTTTGTCCAATGG---TAGTNATA--TATGT-ATGATAT-GGT--GACTCT--AGGTNGAAAGGTCTGGGAAACCATTCTGTCTACAGACGGATGGACAGACAACCTGATTCCAGTAACCCACCAGAACTTGTTGCAGGGTATAATTATGATAAAAGGCTCCCTTCTCATTCCAAATATTCATTTACTTCCACTTAATATTAATATCATTAAAAAGATGCTTTTCAAATGTTTACATATAAACAATATGTACCAAGTTTGCCCCTCCCCCCCAGGTCAGAACCCAGTCAGAATCCCCGGGGGATTACCAAATTTACAATTTTGGTAAAGGCCTTCCTGCTCTACATTCCACTATGCAATTTTGGTGTTTCCCTCAAATTTCATTACGTTGCGGTTTGCAAGGAAGGAGATTTTTGAAGATTGGTCTACCTTTTGGGCGCAGT-TTT-GCCC-CCCC--GCCCG-----GGG-TGCGAGAGAC-------C-T-GA-AATTCACAATTT-T--AT-CC---CCT-CGTCCCAAAG--AT-GT--TT-T-ATA--CCAAA-TCTGAAAA-GAATT-G-GACTG--GT--AG---TT-TC--A-AG-AAGAAG-TTA-AAAATTGTTCAATTG-TT-GCA-AGTTTATCANCGACCATNTTGGCCTCGCCCTAATACTAAAACCCTTTACCCCTGGNATCATTTGAAATTTACAATNTTGATAAACAGGCATTCTTATTCATTCAAAATATCCATTTAGGTTCACATTAATATCATCTTACAGCATTAANGAAGATGNTTATTCAAACGTTTTACGCCAACNTAAACACAATGTACCAACAGTGTCTGGCTCTCCGCCCTGGGTCAGAACCGTACCCTCTCGGNGGTCACCAAATTTGTATCAATTTNNGTAAAGGCGTTCCTGCTNTACATCANTATGCATTTGTTTTTCTCAGACATGNGCGGTTTGTCANGCGNAAGAT-T-TTTG-AAAT-TG-GTCATTTTG-GGC--AGNTTTTGCCACA---CC---C-AGGC-CCAGG--GTG--AGAGACC-T-GAAATTCACA---A-TTTNTGTTCCCCTCGTCC-CAAAG-ATGCTTC-A----ACC-A-AAT---T--TGAAAA-GA-ATTG-GANAG-GT--AG-TTAT-CAAGAAGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------ACG---GA---------C----GA---AGACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-TTGACTC-A-G-TGACCTA-AAA
gi|1 : AACAAG---AGGCCCA-CAGGCTTTAACAGT--CACCAGAGTATCATAGCCCA-CACAGGGAGTCTCATA----TTG--CATTTC--TT--AA---GT--C-----TCAATACAGAGTA---TTTTATTCA--CAT-GTTAA-AAT----------ATCT-TTCAATATATGCA-TATG-ATT-C-CT-ATT---------CAT----------ATACACAAGAA-GATTATCATTTCAATCTCACA-C----GATTGTTCA-------AGAATTTTTAATGAAAACC-ATATTG-CTACTT--AATGTCCAGTGAGCTTGACC-TTTGACCTT-TTGACC-T---A-AAAT---T-CAA-TAAAGAA---ACATC--TTCGTC----CATGA--GTAGC-AT---ATATGT----ATG-ATATA-G-TGACTCTAGGTAGA-AAGGATA-A---TGCTCTG--GAACCCGAAAC--CATATTGCTAC---TTT--GATGT-CCAGTGCACT---------TGACCTT----TGCCCTTTTG-ACCCCA------AATTC---AAT------AGAAACAC-CTTTGTCCAATGG---TAG-ACCA--TATGC-ATGATAT-GGT--GACTCT--AGGTGGAAAAGTCTGGGAAACCATTCTGTCTACAGACGGATGGACAGACAACCTGATTCCAGTAACCCACCAGAACTTGTTGCAGGGTATAATTATGATAAAAGGCTCCCTTCTCATTCCAAATATTCATTTACTTCCACTTAATATTAATATCATTAAAAAGATGCTTTTCAAATGTTTACATATAAACAATATGTACCAAGTTTGCCCCTCCCCCCCAGGTCAGAACCCAGTCAGAATCCCCGGGGGATTACCAAATTTACAATTTTGGTAAAGGCCTTCCTGCTCTACATT--ACTATGC-ATTTTGG---TTCTCTCAAA---CAT---G-TGCGG-TTGTAAAGAAGAAGATTTTTGAAAATTGGTC-A-CTTTTGG--GCAGT-TTT-GCCCACCCCAAGCCCA-----GGG-TGCAAGAGAC-------C-T-GA-AATTTACAATTTAT--GTGCC---CCT-TGTCCCAAAG--AT-GC--TT-T-ATA--CCAAA-TTTGAAAA-GAATT-G-GACTG--GT--GG---TTATC--A-AG-AAGAAG-TTA-AAAATTGTTCAATTG-TTAACACATTTCATCAATGACCATTTTGGCC-CACCCTAATACTAAAACCC--TACCCCTAGGATCA--TGAAATTTACAATTTTGATAAA-AGGC--TCTTATTCATTCAAAATATCCATTTAGGTTCACATTAATATCA----ATAGCATTAAAGAAGATGCTT-TTCAAATGTTTTAT----ATATAAACACAATGTACCAA----GTTTGGC---CCG-CCTGGGTCAGAACC-TACCC---CGGAGATCACCAAATTTA---CAATTTTGGTAAAGGCGTTCCTGCTCTACATCACTATGCATTTGTTTTTCTCAGACATGTGCG--TTGTTAAGAAGAAGAT-T-TTTGAAAAT-TG-GTCACTTTG-GGC--AGTTTTTGCCACA---CC---CAAGGC-CCAGG--GTGTAAGAGACC-T-GAAATTTACA---A-TTTATGTGCCCCTTGTCC-CAAAG-ATGCTTC-A----ACC-A-AAT---T--TGAAAA-GA-ATTG-GACAG-GT--GG-TTAT-CAAGAAGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------AAG---GA---------C----GA---AGACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-TTTACTT-A-G-TGACCTA-AAA
gi|10 : GT-TTTAGCCC-CACC--CCTCA-----AGG-TGGTAGAGAT-------AAT-GA-AATTCTCA------------C---CAT-CA-CTCATAG--AT-GT--TA-T-ATA--CCAAA-TGT-------AGTTAA-AACTG--GTTCAGCTTTT-TC--AGAG-GAGGAG-CTG-GAAATT-TTCAA---------A-AGTTTATCATCGAC
gi|11 : ttttcctgTACTGCTACATGTTA--GATG--CCACTGTAGTAAGACAAAATGACCTTATGATA-CGCTTTGCACCTCACAAACTAATTCTCCGATCTATAAAGAGATATTCTTTATCCAATGGAGTTAGTGATAAATATGT-ATGATATAAGTACGACTCTTGAGGTCGAAAGGtcaagacaacggacaaaaacag
gi|12 : AAATTCACT---A-TTTCTGTTCCCCTCCT-----AAG-ATGTTTT-A----AATGA-AAG---A--TGAAAA-AAGATCAAGACAA-GT--AT-TTTT-T-----GAAG--TGTTG--A-A-----ATGTT--A-A--TGGG-------------TA--------ATG-----G---------AT----GACA------------------ACA---GA---------C----AA---TTGCTA------TTCA-A--------A------------A-TA-AGTCACCTGAG-Taataat
gi|13 : aTGCATTTGTTTTTC----GCTTGGGCGGTTTGTCACGCGCAAGATATGTTTG--AGT-TG-GTCCTTTTG-GG----GTTTTTG---CA---CC---C-G-----CGGG--GTG--AGCG-CC-T-GCATTTCCC------TTTTTG-TGCGCTTGTC-----AG-ATGCTTC-T----CCC----AT---T--TGCAAA-aactttggttataaataaaa
gi|14 : TC-A----AC--A-AAT---TAATGAAAGTGA-AGTG-AA----GT--A--TTAT--AAGAGAAAGAAT-TGG--A-A-----ATGTT-GA-A--ATGC-------------TA--------ACC-----C---------AT----GACGGAGAACA-----------ATG---GA---------C----AA---AAA--A------ATCG-C--------G------------G-CA-GGTCACCTTAG-T
gi|15 : gacgC-A-AAA---A--TGATAG-CA-ACTG-GCCGT-GT--AG-TT-T-CAATAAA-----C-TAA--A-C-----ATGTA-GA-A--TTGT-------------TA----------------T---------AA----GACG------------------ACG---AA---------C----AA---AGATCA------ACGG-C--------A------------A-CA-TGTCACCTGAG-Tgta
gi|16 : AA-AA-AT-G-GAGTG-GG--AG-TTAT-CAAA--------T-TAA--A-A------TGTTTCA-A--TTAT-------------TT--------ATG-----C---------AC----CACA------------------A------A---------T----GA---AGACTA------AACA-CCGACTGCAA------------A-TA-GGTCACCTGAG--TGATTC-A-GATCACCTA-gcctagtaaagataaacaatgta
gi|17 : -GA-AATG-GAAAG--T--AG-GTAT-CAATACTAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-TA-A--TTCC-------------TA--------ATA-----C---------ACAATGGACG------------------ATG---CA---------CACCAGATACAGACCA------ATAG-C--------A------------A-TA-AGTAACCCAAG--CGACTC-AGG-TGACCTA-taaaggttata
gi|19 : TTTTA-GG-----GTTTTGACACAGCCCC---T-AGGC-C-------------ACACC-C--AAATTCATA---AATCTTCGTTCCCTTCATCC-CAAA--ATGTTCCAA----AAC-A-AGT---T--TGAc
gi|2 : ttAACAAATGAAGGCCCA-CAGGC-TTAACGGTGTCACC-GAG-ATCATATCCCATC---GGGAGTCTCCCAAG--TTG--CATCTT--TTGAAA---GT--CACTGATCATTA--GGGTG------TGTTCAA--ATAGTAAATAATTGTCGTTATCATCTCTTCAAAATATGGCATATGCATT-CACTAATTGGACTCTGACATAGTGTCAAACATACACAAG-ACAATT-TCATTTCAACCACA-A-TGGTGG-TTGTTCACCCGTTCAAAA-TGTTAAGAAAAGCCAATACTG-CAATGT---ATGCCCAGTGAGTCTATCCTTTTGAGCT------CC-C---G-CAAT---TCCAA-TAGAGAATTCAAATCTTTTCGCCACGGCATGG--GT-GT-------TGTGTTCACATA-ATATtgcaaaatggtcatgtgttttctaag
gi|2 : -TGACTCTTGA-AGA-AAGAATATGAACCGCCATGAAGAGCCCAGAACACCATATTG-TAC---TTTTGGATGTCCCAGTcatgtcatggaacatgaacgcacgccgttatcactctgactcttgaagaaagaatatgaaccgccatgaagagcccagaacaccatattgtacttttggatgtcccagt
gi|20 : aacaaatgaaggcccacaggcttaacggtgtcaccgagatcatatcccatcgggagtctcccaagttgcatcttttgaaagtcactgatcattagggtgtgttcaaatagtaaataattgtcgttatcatctcttcaaaatatggcatatgcattcactaattggactctgacatagtgtcaaacatacacaagacaatttcatttcaaccacaatggtggttgttcacccgttcaaaatgttaagaaaagccaatactgcaatgtatgcccagtgagtctatccttttgagctcccgcaattccaatagagaattcaaatcttttcgccacggcatgggtgttgtgttcacataatatcatgtcatggaacatgaacgcacgccgttatcactcC-------C-T-GA-AATTCACAATTG-T--AG-CT---TCTCCAACCCAAAATTGT-GT--TT-T-ATA--CCAAA-C-----AA-ATATT-G-T-CTGCAAT--AG---TT-TC--ATAGCAAGAAGCTTG-AAAATTGTTCAA
gi|21 : aagggatggcac---T--TAAAAA-GA-ATTC-GAATG-GT--AG-TT-T-TAAAATG--T--T-TAT--ATA-----ATATT-CA-A--ATGT-------------TATGGAAGAAGCG-----CC--------ACA---GACG------------------ACG---AA---------A----GATACACACCA------ATTA-C--------A------------A-TA-GGCCACCTGAG-T
gi|22 : AAG--T-TCA--A-A-----AAGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------A------ACG------------------ATG---GAGACTCCATCC----AA---CAACCA------TTTG-C--------A------------ATTA-GGTCATCTGAG-TTTA-TA-G-G-TGGCCTA-AA
gi|23 : AT-TAA-AAGAAC--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGTTTAAAAAA-----TG--------ATG-----C---------AT----GACA------------------ACA---GA---------T----GG---TGAGCA------ATTG-C--------ATTGTACATGTAGA-TA-GATCACCCTAG-TTGACtattcatagttatgcaccaa
gi|24 : CC-A-AAT---TATTGAAAA-GA-ATTG-GAGAGAAT--AG-TTATAAAAGAGGGAA--A-TAAT-A-ATTAGTATATT-CACA--TTGT-------------TA--------GCA-----C---------AC----AACA------------------ACA---GA---------C-----A---CGGTCA------AT
gi|26 : --T-TAA--A-G-----AAGTT-AA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------ACCTTAGACG------------------ACACCTGA---------T----AC---AGATAA------ATAA-A--------A------------A-TG-GGTCACCAAAG--TGACTC-A-GTTGACCTA-AAAt
gi|27 : AT-CAAAGAAAAG--T-TTA--A-A-----AT-----------TGT-------------TA--------ACG-----C---------AT----GACGGGCGATAGACGTCGAACCACG---GAAA-------C----GC---TGACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCATCTGAG-atg
gi|28 : -GA-AATTAAAAAATT-T--AT-TCTTCCCT-TGTACCAAGG--ATTGT--TT-TTATAATCCAAA-TCT-AAAA-GAATT-G-AA-TG--AT--AG---TT-AC--A-CC-AGGAAa
gi|29 : -TTGACC-CCGTA-AA-----T-CAA-TAGTGGA---TCATC--TTCGTC----CAT-A--GTAGT-CCAGTATGTAT----ATGTATATG-GATGA-TCTAGGTGGATAAGGAT
gi|3 : AA---GGGCCCAACAGGCATTAACGATA-CCCT-GAGTATCATAAGCAATCGCAGGG-----TTTAGATTTTAGCCATTTACATT--AACCAGTTGC-----TCAATAC-GA-TAAATTTTTGTTCAAGCATAGTTTA-CAG----------ATCT-TTCAAATTATGCAATATG-ATTAC-CT-ATT---------CAT----------ATACACAA--A-GATTATCATT-CAATCTCACAGC----A-TTGTTCA-------G--A-TTTAAATGAAA-CC-ATATTGACCACTTTGAAT-TCCAGTGATGCTGAC--TTTGACCTT-T-GATCAC---A-ACATAGAT-CTA-TAGAGAA---CTCTT--TTGACC----CATGTTTGCAGT-TC---ATGTGT----ATG-ATATGTG-TGATTCTATGGAGC-GAAGATCTA---TATTCTGAAGAGCT-GGAATA-AAT----CTA----TTT--GA-GT-CCAGTGCA-T----------GACCTT----TA-CCTTTTG-ACCC-A------AATTC---GAT------AAAGACAT-C-TTGTCT-ATG-----AGTTATA---ATGTAATGATAT--GT--G--CCT--AGGTAGA
gi|30 : ac--A-A-----TTATT-CA-A--TTGT-------------CA--------ACA-----C---------AC----AATGT-----------------AC-----A---------C---------AGATCA------ATAG-C--------A------------A-TA-AGTCATCTAAC-TCACTTC-A-G-TGATCTATAAA
gi|31 : gttG-TTAT-CAGGAAT--G--T-TAATAA-A-----ATGTT-CA-A--TAGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----TATG------------------GAA---GA---------C----GA---CAAT--------ATTA-C--------A------------G-TA-GATCGCCTTAA-TTta
gi|32 : -A--TTGT-------------TA--------ATG-----G---------AT----GACGTTCAACA-----------ACG---AA---------T----AC---AGACCA------ACAG-C--------A------------A-TA-GGTCATTTGA--TTGATTTGA-G-TGAACTA-AAca
gi|33 : G--T-TTA--A-A-----ATGTT-CA-G--TTGCAATGCAGGACAGGCA--------ATG-----C---------AC----AAAG------------------ACA---GA---------T----GC---AGACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCATCTAAtata
gi|34 : AGAAG--A-TGA--T-T-----ATGGT-GA-A--ATGG-------------TA--------ACG-----A---------GC----GATG------------------AGG---GA---------G----GA---CTACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACGTGAa
gi|35 : agG--T-TTA--A-A-----ATGTT-AA-AAATTGT-------------TA--------GCG-----G---------AT----GATGCAATGACT----------ATG---GA---------C----AA---AGACAT------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGActcacg
gi|36 : AAGAAG--T-TAA--A-T-----ATGTT-CA-A--TTGTGGTCGGA------CA--------ATG-----C---------AC----GATG------------------TTG---GA---------T----GA---AGACC
gi|37 : atc-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA------------------------------------------------------ACG---GA---------C----GA---AGATCA------ATCG-T--------A------------G-AA-AGTCACTT----CT-ATTC-A-GTTGACCTA-AActaaaatgttcaat
gi|38 : AAGAAA--T-TGA--A-A------TATT-CA-A--TT----------------A--------AAG-----C---------AT----GATG------------------ATG---GA---------C----AA---AAACAA------ATAG-C--------A------------A-CA-AGTCCCCTGAG-Tcaaaaaagc
gi|39 : tcaAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CG-A--TTGT-------------TA--------ACGGAAGACGGATGACGAAC----GACG------------------ACA---GA---------C----AA---AAACCA------ATTG-C--------A------------A-
gi|4 : TTTT-GGT--GGATTTGGCCACA---CCTCTC-AGGCTCCAGGTAGCG---GAGACCAT-GGAATCCACA---A-CTTTTG-TCCCCTCGATT-CATAA-ATG-TTC-AATATATC-ATAATTGGT--TGAAAT-AA-GTTC-AGCAG-TTCCAGATGAT-C--TAACAAG--C-TGA--A-A-----ATATT-CA-A--ATGT-------------TT--------GTG-----A---------AT----GACC------------------CTC---AA---------C---------AG----------ATAG-C--------A------------A-TA-GGTCACCGGAG-TC-ACTCGG-G-TAAACTA-GAAa
gi|40 : CTTATTGATC-T---ATACAT---T-CAAGTAAGGGA---AGATT--TTCGTC----CATGA--GTAGTGCC---ATATGT----ATG-ATacggttacccaggtctgagaaggt
gi|41 : -CA-A--TTGT-------------TA--------ATG-----C---------AT----GAAG------------------ACA---GA---------C----CG---AGACCA------ATAG-C--------G------------A-AA-GGTCACCCAAG-T
gi|42 : agttgaagAG--T-TAA--A-G-------GTT--A-A--TTGT-------------TG--------ATG-----C---------AC----AACG------------------------GA---------T----GA---AGACCAGTACGTATTG-C--------A------------A-TA-GGTCAC
gi|43 : TTGTGAT--AGTGTTGGCCACAACCCT---C-AGACTCCAGG--GAGGCAGAGTCC-TTGAAATTCACA---A-
gi|44 : --A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG---------------------GACG------------------ACG----------------------------CA--------CG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTG-----------A-G-TGACCTA-AAA
gi|45 : AAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------TCG-----C----------------ACA------------------GCG---GG---------C----------GACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-GATCAat
gi|46 : AAG--T-TTA--A-A-----ATATT-CA-A--TTGT-------------TC--------ACG-----C----------------ACG------------------ACG---GA---------T----GA---AGACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-
gi|47 : ---GA---------T----GC---AGACCA------TTAG-C--------A------------A-CA-CATTACCTGAG-C-AACTC-A-GGTGACCTA-
gi|48 : G------------------ACT---GA---------C----AC---AATCCA------ATTG-C--------A------------AATAAGGTCACCTGAG--TGACTC-A-G-c
gi|49 : a------ATAG-C--------T------------A-TA-AGTCACCCAAG-T-GACTC-AGG-TGACTTA-gt
gi|5 : aaactattTCCTGTTCTAC-TTCCACTATGTAATTT--GTGTTTTCCTTAAATTTCATTACGTTGTGGTTTGCAAGG--GGAG------GAAGATTGATCTACCTTTTGAGCG-AGCATTT-AATC-CCCC--GCCCGCCTTTGAGTTGTGGGCGGCGGCGGTTC-TCAA-AAACCAAACTTT-T--ATATCTG-CCT-T-TCTCAAAG--AT-GTACAT-T-A-----CAAA-TTTGAAAACG--TT-GTGAC-A--GT--TG---TT-TTGAA-AG-ATGAAG-TGA-AA
gi|50 : AAG--T-TAA--A-A-----ACGTT-CA-A--TTAT-------------TA--------ATG-----C----------------ACG------------------ACG---GA---------C----GA---tgctc
gi|51 : AG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----G---------AC----GGCGA-----------------ACG---G---------------GA---AGcgca
gi|52 : TTG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAGTTTAACTC-AGG-TGACCTA-AAA
gi|53 : AGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------c
gi|54 : GT----ATG-ATATG-A-TGACTCTAAGTAGA-AAGGA-AAA---TGCTtggacaatgcacaatg
gi|55 : GT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------CCA---GA---------C----GA---AGACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-
gi|56 : AACAAA---AGGCCCA-CAGGCCTTATCAGT--CACC-
gi|57 : a---AGACGA------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-TT-ACTT-A-ag
gi|58 : --AGAAACC-T-GAAATTTACC---A-TTTATGTGCCC
gi|59 : aG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----G---------AC----G
gi|6 : T-T-TTTA-AAACATGCATCATTTT----CTAAGGTTTTG--ACA---CC-------AC-CCATG--GT--------CA-T-GAAATTGATG---A-TT--------CCTTGT-------G-ATGTATC-AT---ACG-A-AAT---T--TGATGA-AA-AATG-GTAAT-GT--GC-TTCC-CGAGAAAAAG--T-TGA--T-T-----ATAGT-GA-A--ATAC-------------AA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------ACG---AA---------C----AA---CTACTC------ATCGAA--------A------------A-TA--GTCACCTGAG--TGAATT-A-G-
gi|7 : aaggacttTATCATCTTACAGCATTAAC--AGATAGTTATTTAAAC--TTTACGCCAACCTAAA-ATAAT--ACTAACAGTATCTGGCTCTCCACCCTGGGTCAAAACTGTATCCTCTCAGTAGTCAT--AATTTGTATCAATTTGTGTAAAG-----CCT--TGTACATCAATATGCATTAATTTTTTTTAAACATatgtatcaaatcaaaacgaataac
gi|8 : -------C-T-GAGAATTTGCA-TTT-TGAAT-CC-----T-CGTCTTAAAG--AT-AC--TCAT-A-A--CCAAAATCTGCAAC-AAA---------G--GT--AA---T------------AAAAG-TTATAAAATTATTCAATTAATT-GCA-AGTTTAACACTGACTATG--GGCCTCGCCC-AATACTAAAACCTTTTACCCCTGGTATTATTTGAAATTTACAATAT--ATAAACAAGCATTCTTaatgatatgcggagttataagaaggaattattt
gi|9 : aaaagattt--AGGGACCAT-GAATTTCATATATA-TATATATTCCCCTCTTTCACAAAATATACACC-AT---ATC-A-AAA---C--TGG--------TTA-AAAAG-CT-----TTAT---AGGAAAAA--T-TTA--A-A-----TTGTC-CA-AACTTAT-----------------------ACG-----A---------AC----GACA------------------A------A---------C----GG---ATACGG------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACCCGCG--TGACTT-G-G-GGAt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTTTTATGGTTTTAGCCACACCTCTCAGACATTGGGAACAGAAACCCCGGAATCAACAAATTTATTTCCCGTGACCAATATATGATGAATACCAAAATTCATTGACATTGGTTCAGCCGTT
Unaligned ( gi|25 ): CCCATAGATGTTATATACATGTTCTAAGGTTTAGCCGTTTTGGAGAAGTTGGATATATTCAAAAGTTTACGATAGACGAACGACAAAGGACGAAAGCAG
Alignments
lowQualScore : 111 1 1 22 1 11 222 1 4444444444444444444444 22 3333 222 66666666666666 1 1 111 1 8888888888888888888888 2222 44444444 555555555555 1 1 1 222 1 111 22222222222222 11111 11 1111 11 222222 1111 111 22222 22 2222 11 11 88888888888 2222222 1 333333 333333333333 1 3333 222 1 22 11 11 1 11 1 222222 222 22222 1 11 333333 222 2222 1 1 1 11 333333 1 222222222 44444444444444444444444 1111 4444444444444444444444444444444444444444444444 44444444444 111 1 1 11 11 11 1 11 2222 111 1 11 2222 1 11 2222 222 1 1 222 11 222 22222 11 1111 11 111 22 1 1 22222222 1 3333333333333333333333333333 1 1111 222222222 2222 111111 1111111111111 111111111111111111111 222222222222222222 1111111111111111111 1111 1
lowQualScore : 777 0 0 99 0 7 1 7 6 7 1 55 333 3 7777777777777777777777 00 6 0000 777 7 00000000000000 3 7 3 666 3 3333333333333333333333 4444 7 7 6 55555555 444444444444 2 3 3 1 555 6 1 6 3 444 77777777777777 8 8 66666 11 7777 11 0 888888 4444 6 222 3 5 8 0 22222 7 6 00 44 2 0000 33 3 33 77777777777 8888888 3 6 888888 999999999999 3 7 7 0000 88 555 3 55 88 7 88 1 5 77 5 999999 111 66666 5 88 000000 111 2222 3 3 3 88 444444 3 77 999999999 6 6 00000000000000000000000 99 6 99 6 6 1111 7777777777777777777777777777777777777777777777 8 8 6 11111111111 11 999 5 5 88 1 88 1 88 5 88 4444 999 1 5 88 3333 1 5 88 3333 111 5 5 111 1 88 111 22 66666 77 1 1 3333 1 88 1 2 1 777 00 3 3 55555555 1 0 9999999999999999999999999999 3 0 5 1111 4 2 6 666666666 4 5 0000 4 4 333333 1 33 3 3 66666 66666 1 666 4 11 1 33 1 33333 1 1 33 4444444444444 44444444 000000000000000000000 222222222222222222 222 0000000000000000000 333333 4 1 44444444 666666666666 2 1 1111 4 7 0 3
lowQualScore : ... . . .. . . . . . . . .. ... . ...................... .. . .... ... . .............. . . . ... . ...................... .... . . . ........ ............ . . . . ... . . . . ... .............. . . ..... .. .... .. . ...... .... . ... . . . . ..... . . .. .. . .... .. . .. ........... ....... . . ...... ............ . . . .... .. ... . .. .. . .. . . .. . ...... ... ..... . .. ...... ... .... . . . .. ...... . .. ......... . . ....................... .. . .. . . .... .............................................. . . . ........... .. ... . . .. . .. . .. . .. .... ... . . .. .... . . .. .... ... . . ... . .. ... .. ..... .. . . .... . .. . . . ... .. . . ........ . . ............................ . . . .... . . . ......... . . .... . . ...... . .. . . ..... ..... . ... . .. . .. . ..... . . .. ............. ........ ..................... .................. ... ................... ...... . . ........ ............ . . .... . . . .
lowQualScore : 555 0 8 00 0 3 0 3 7 3 0 77 333 3 7777777777777777777777 00 7 7777 333 3 77777777777777 3 3 3 777 3 7777777777777777777777 3333 3 3 7 77777777 777777777777 0 3 3 0 777 7 0 7 3 555 44444444444444 0 0 00000 00 0000 00 8 444444 2222 7 000 2 6 0 8 00000 3 7 77 00 5 0000 88 2 22 33333333333 7777777 3 7 333333 000000000000 3 3 3 0000 33 777 3 33 33 3 33 0 5 55 5 000000 555 55555 5 55 555555 555 5555 3 3 3 33 000000 3 33 000000000 7 7 55555555555555555555555 22 7 22 7 7 5555 8888888888888888888888888888888888888888888888 0 0 5 00000000000 77 555 5 5 55 0 55 0 00 0 55 0000 000 0 5 00 0000 0 0 00 5555 000 0 0 000 0 00 555 00 00000 55 0 0 7777 0 00 0 5 0 777 77 3 3 55555555 0 8 4444444444444444444444444444 4 0 0 4444 4 8 2 666666666 0 0 6666 0 0 555555 1 77 6 6 33333 99999 6 000 1 99 4 11 2 11111 2 2 22 1111111111111 11111111 999999999999999999999 999999999999999999 000 7777777777777777777 444444 4 2 33333333 000000000000 4 2 4444 7 1 0 1
consensus : AACAAA---AGGCCCA-CAGGCNTTAACGGTG-CACC-GAGTATCATANCCCATCGCAGGGAGTCTCNTAGGTT---GC-ATTTN--TT--AA---GT--C-----TCAATAC-GAGTA---TTTTGTTCAA-CATAGTTAA-AAT----------ATCT-TTCAAAATATGCAATATG-ATT-C-CT-ATT---------CAT----------ATACACAAG-A-GATTATCATTTCAATCTCACA-C----G-TTGTTCA-------AGAA-TTTTAATGAAAGCC-ATATTG-CNACTT--AATGTCCAGTGAGNCTGACC-TTTGACCTT-TTGACC-C---A-AAAT---T-CAA-TAGAGAA---ANATC--TTCGTC----CATG--AGTAGT-CC---ATGTGT----ATG-ATATG-G-TGACTCTAGGTAGA-AAGGATATA---TGCTCTGAAGAGCCCGGAACA-CATATTGCTAC---TTT--GATGT-CCAGTGCA-T---------TGACCTT----TA-CCTTTTG-ACCCCA------AATTC---GAT------AGAGACAT-CTTTGTCCAATGG---TAGTNATA--TATGT-ATGATAT-GGT--GACTCT--AGGTNGAAAGGTCTGGGAAACCATTCTGTCTACAGACGGATGGACAGACAACCTGATTCCAGTAACCCACCAGAACTTGTTGCAGGGTATAATTATGATAAAAGGCTCCCTTCTCATTCCAAATATTCATTTACTTCCACTTAATATTAATATCATTAAAAAGATGCTTTTCAAATGTTTACATATAAACAATATGTACCAAGTTTGCCCCTCCCCCCCAGGTCAGAACCCAGTCAGAATCCCCGGGGGATTACCAAATTTACAATTTTGGTAAAGGCCTTCCTGCTCTACATTCCACTATGCAATTTTGGTGTTTCCCTCAAATTTCATTACGTTGCGGTTTGCAAGGAAGGAGATTTTTGAAGATTGGTCTACCTTTTGGGCGCAGT-TTT-GCCC-CCCC--GCCCG-----GGG-TGCGAGAGAC-------C-T-GA-AATTCACAATTT-T--AT-CC---CCT-CGTCCCAAAG--AT-GT--TT-T-ATA--CCAAA-TCTGAAAA-GAATT-G-GACTG--GT--AG---TT-TC--A-AG-AAGAAG-TTA-AAAATTGTTCAATTG-TT-GCA-AGTTTATCANCGACCATNTTGGCCTCGCCCTAATACTAAAACCCTTTACCCCTGGNATCATTTGAAATTTACAATNTTGATAAACAGGCATTCTTATTCATTCAAAATATCCATTTAGGTTCACATTAATATCATCTTACAGCATTAANGAAGATGNTTATTCAAACGTTTTACGCCAACNTAAACACAATGTACCAACAGTGTCTGGCTCTCCGCCCTGGGTCAGAACCGTACCCTCTCGGNGGTCACCAAATTTGTATCAATTTNNGTAAAGGCGTTCCTGCTNTACATCANTATGCATTTGTTTTTCTCAGACATGNGCGGTTTGTCANGCGNAAGAT-T-TTTG-AAAT-TG-GTCATTTTG-GGC--AGNTTTTGCCACA---CC---C-AGGC-CCAGG--GTG--AGAGACC-T-GAAATTCACA---A-TTTNTGTTCCCCTCGTCC-CAAAG-ATGCTTC-A----ACC-A-AAT---T--TGAAAA-GA-ATTG-GANAG-GT--AG-TTAT-CAAGAAGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------ACG---GA---------C----GA---AGACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-TTGACTC-A-G-TGACCTA-AAA
Reference ( family-1806 ) : AACAAA---AGGCCCA-CAGGCNTTAACGGTG-CACC-GAGTATCATANCCCATCGCAGGGAGTCTCNTAGGTT---GC-ATTTN--TT--AA---GT--C-----TCAATAC-GAGTA---TTTTGTTCAA-CATAGTTAA-AAT----------ATCT-TTCAAAATATGCAATATG-ATT-C-CT-ATT---------CAT----------ATACACAAG-A-GATTATCATTTCAATCTCACA-C----G-TTGTTCA-------AGAA-TTTTAATGAAAGCC-ATATTG-CNACTT--AATGTCCAGTGAGNCTGACC-TTTGACCTT-TTGACC-C---A-AAAT---T-CAA-TAGAGAA---ANATC--TTCGTC----CATG--AGTAGT-CC---ATGTGT----ATG-ATATG-G-TGACTCTAGGTAGA-AAGGATATA---TGCTCTGAAGAGCCCGGAACA-CATATTGCTAC---TTT--GATGT-CCAGTGCA-T---------TGACCTT----TA-CCTTTTG-ACCCCA------AATTC---GAT------AGAGACAT-CTTTGTCCAATGG---TAGTNATA--TATGT-ATGATAT-GGT--GACTCT--AGGTNGAAAGGTCTGGGAAACCATTCTGTCTACAGACGGATGGACAGACAACCTGATTCCAGTAACCCACCAGAACTTGTTGCAGGGTATAATTATGATAAAAGGCTCCCTTCTCATTCCAAATATTCATTTACTTCCACTTAATATTAATATCATTAAAAAGATGCTTTTCAAATGTTTACATATAAACAATATGTACCAAGTTTGCCCCTCCCCCCCAGGTCAGAACCCAGTCAGAATCCCCGGGGGATTACCAAATTTACAATTTTGGTAAAGGCCTTCCTGCTCTACATTCCACTATGCAATTTTGGTGTTTCCCTCAAATTTCATTACGTTGCGGTTTGCAAGGAAGGAGATTTTTGAAGATTGGTCTACCTTTTGGGCGCAGT-TTT-GCCC-CCCC--GCCCG-----GGG-TGCGAGAGAC-------C-T-GA-AATTCACAATTT-T--AT-CC---CCT-CGTCCCAAAG--AT-GT--TT-T-ATA--CCAAA-TCTGAAAA-GAATT-G-GACTG--GT--AG---TT-TC--A-AG-AAGAAG-TTA-AAAATTGTTCAATTG-TT-GCA-AGTTTATCANCGACCATNTTGGCCTCGCCCTAATACTAAAACCCTTTACCCCTGGNATCATTTGAAATTTACAATNTTGATAAACAGGCATTCTTATTCATTCAAAATATCCATTTAGGTTCACATTAATATCATCTTACAGCATTAANGAAGATGNTTATTCAAACGTTTTACGCCAACNTAAACACAATGTACCAACAGTGTCTGGCTCTCCGCCCTGGGTCAGAACCGTACCCTCTCGGNGGTCACCAAATTTGTATCAATTTNNGTAAAGGCGTTCCTGCTNTACATCANTATGCATTTGTTTTTCTCAGACATGNGCGGTTTGTCANGCGNAAGAT-T-TTTG-AAAT-TG-GTCATTTTG-GGC--AGNTTTTGCCACA---CC---C-AGGC-CCAGG--GTG--AGAGACC-T-GAAATTCACA---A-TTTNTGTTCCCCTCGTCC-CAAAG-ATGCTTC-A----ACC-A-AAT---T--TGAAAA-GA-ATTG-GANAG-GT--AG-TTAT-CAAGAAGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------ACG---GA---------C----GA---AGACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-TTGACTC-A-G-TGACCTA-AAA
gi|1 : AACAAG---AGGCCCA-CAGGCTTTAACAGT--CACCAGAGTATCATAGCCCA-CACAGGGAGTCTCATA--TT---GC-ATTTC--TT--AA---GT--C-----TCAATACAGAGTA---TTTTATTCA--CAT-GTTAA-AAT----------ATCT-TTCAATATATGCA-TATG-ATT-C-CT-ATT---------CAT----------ATACACAAGAA-GATTATCATTTCAATCTCACA-C----GATTGTTCA-------AGAATTTTTAATGAAAACC-ATATTG-CTACTT--AATGTCCAGTGAGCTTGACC-TTTGACCTT-TTGACC-T---A-AAAT---T-CAA-TAAAGAA---ACATC--TTCGTC----CATG--AGTAGC-AT---ATATGT----ATG-ATATA-G-TGACTCTAGGTAGA-AAGGATA-A---TGCTCTG--GAACCCGAAAC--CATATTGCTAC---TTT--GATGT-CCAGTGCACT---------TGACCTT----TGCCCTTTTG-ACCCCA------AATTC---AAT------AGAAACAC-CTTTGTCCAATGG---TAG-ACCA--TATGC-ATGATAT-GGT--GACTCT--AGGTGGAAAAGTCTGGGAAACCATTCTGTCTACAGACGGATGGACAGACAACCTGATTCCAGTAACCCACCAGAACTTGTTGCAGGGTATAATTATGATAAAAGGCTCCCTTCTCATTCCAAATATTCATTTACTTCCACTTAATATTAATATCATTAAAAAGATGCTTTTCAAATGTTTACATATAAACAATATGTACCAAGTTTGCCCCTCCCCCCCAGGTCAGAACCCAGTCAGAATCCCCGGGGGATTACCAAATTTACAATTTTGGTAAAGGCCTTCCTGCTCTACATT--ACTATGC-ATTTTGG---TTCTCTCAAA---CAT---G-TGCGG-TTGTAAAGAAGAAGATTTTTGAAAATTGGTC-A-CTTTTGG--GCAGT-TTT-GCCCACCCCAAGCCCA-----GGG-TGCAAGAGAC-------C-T-GA-AATTTACAATTTAT--GTGCC---CCT-TGTCCCAAAG--AT-GC--TT-T-ATA--CCAAA-TTTGAAAA-GAATT-G-GACTG--GT--GG---TTATC--A-AG-AAGAAG-TTA-AAAATTGTTCAATTG-TTAACACATTTCATCAATGACCATTTTGGCC-CACCCTAATACTAAAACCC--TACCCCTAGGATCA--TGAAATTTACAATTTTGATAAA-AGGC--TCTTATTCATTCAAAATATCCATTTAGGTTCACATTAATATCA----ATAGCATTAAAGAAGATGCTT-TTCAAATGTTTTAT----ATATAAACACAATGTACCAA----GTTTGGC---CCG-CCTGGGTCAGAACC-TACCC---CGGAGATCACCAAATTTA---CAATTTTGGTAAAGGCGTTCCTGCTCTACATCACTATGCATTTGTTTTTCTCAGACATGTGCG--TTGTTAAGAAGAAGAT-T-TTTGAAAAT-TG-GTCACTTTG-GGC--AGTTTTTGCCACA---CC---CAAGGC-CCAGG--GTGTAAGAGACC-T-GAAATTTACA---A-TTTATGTGCCCCTTGTCC-CAAAG-ATGCTTC-A----ACC-A-AAT---T--TGAAAA-GA-ATTG-GACAG-GT--GG-TTAT-CAAGAAGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------AAG---GA---------C----GA---AGACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-TTTACTT-A-G-TGACCTA-AAA
gi|10 : GT-TTTAGCCC-CACC--CCTCA-----AGG-TGGTAGAGAT-------AAT-GA-AATTCTCA------------C---CAT-CA-CTCATAG--AT-GT--TA-T-ATA--CCAAA-TGT-------AGTTAA-AACTG--GTTCAGCTTTT-TC--AGAG-GAGGAG-CTG-GAAATT-TTCAA---------A-AGTTTATCATCGAC
gi|11 : ttttcctgTACTGCTACATGTTA--GATG--CCACTGTAGTAAGACAAAATGACCTTATGATA-CGCTTTGCACCTCACAAACTAATTCTCCGATCTATAAAGAGATATTCTTTATCCAATGGAGTTAGTGATAAATATGT-ATGATATAAGTACGACTCTTGAGGTCGAAAGGtcaagacaacggacaaaaacag
gi|12 : AAATTCACT---A-TTTCTGTTCCCCTCCT-----AAG-ATGTTTT-A----AATGA-AAG---A--TGAAAA-AAGATCAAGACAA-GT--AT-TTTT-T-----GAAG--TGTTG--A-A-----ATGTT--A-A--TGGG-------------TA--------ATG-----G---------AT----GACA------------------ACA---GA---------C----AA---TTGCTA------TTCA-A--------A------------A-TA-AGTCACCTGAG-Taataat
gi|13 : aTGCATTTGTTTTTC----GCTTGGGCGGTTTGTCACGCGCAAGATATGTTTG--AGT-TG-GTCCTTTTG-GG----GTTTTTG---CA---CC---C-G-----CGGG--GTG--AGCG-CC-T-GCATTTCCC------TTTTTG-TGCGCTTGTC-----AG-ATGCTTC-T----CCC----AT---T--TGCAAA-aactttggttataaataaaa
gi|14 : TC-A----AC--A-AAT---TAATGAAAGTGA-AGTG-AA----GT--A--TTAT--AAGAGAAAGAAT-TGG--A-A-----ATGTT-GA-A--ATGC-------------TA--------ACC-----C---------AT----GACGGAGAACA-----------ATG---GA---------C----AA---AAA--A------ATCG-C--------G------------G-CA-GGTCACCTTAG-T
gi|15 : gacgC-A-AAA---A--TGATAG-CA-ACTG-GCCGT-GT--AG-TT-T-CAATAAA-----C-TAA--A-C-----ATGTA-GA-A--TTGT-------------TA----------------T---------AA----GACG------------------ACG---AA---------C----AA---AGATCA------ACGG-C--------A------------A-CA-TGTCACCTGAG-Tgta
gi|16 : AA-AA-AT-G-GAGTG-GG--AG-TTAT-CAAA--------T-TAA--A-A------TGTTTCA-A--TTAT-------------TT--------ATG-----C---------AC----CACA------------------A------A---------T----GA---AGACTA------AACA-CCGACTGCAA------------A-TA-GGTCACCTGAG--TGATTC-A-GATCACCTA-gcctagtaaagataaacaatgta
gi|17 : -GA-AATG-GAAAG--T--AG-GTAT-CAATACTAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-TA-A--TTCC-------------TA--------ATA-----C---------ACAATGGACG------------------ATG---CA---------CACCAGATACAGACCA------ATAG-C--------A------------A-TA-AGTAACCCAAG--CGACTC-AGG-TGACCTA-taaaggttata
gi|19 : TTTTA-GG-----GTTTTGACACAGCCCC---T-AGGC-C-------------ACACC-C--AAATTCATA---AATCTTCGTTCCCTTCATCC-CAAA--ATGTTCCAA----AAC-A-AGT---T--TGAc
gi|2 : ttAACAAATGAAGGCCCA-CAGGC-TTAACGGTGTCACC-GAG-ATCATATCCCATCG---GGAGTCTCCCAAGTT---GC-ATCTT--TTGAAA---GT--CACTGATCATTA--GGGTG------TGTTCAA--ATAGTAAATAATTGTCGTTATCATCTCTTCAAAATATGGCATATGCATT-CACTAATTGGACTCTGACATAGTGTCAAACATACACAAG-ACAATT-TCATTTCAACCACA-A-TGGTGG-TTGTTCACCCGTTCAAAA-TGTTAAGAAAAGCCAATACTG-CAATGT---ATGCCCAGTGAGTCTATCCTTTTGAGCT------CC-C---G-CAAT---TCCAA-TAGAGAATTCAAATCTTTTCGCCACGGCATG--GGT-GT-------TGTGTTCACATA-ATATtgcaaaatggtcatgtgttttctaag
gi|2 : -TGACTCTTGA-AGA-AAGAATATGAACCGCCATGAAGAGCCCAGAACACCATATTG-TAC---TTTTGGATGTCCCAGTcatgtcatggaacatgaacgcacgccgttatcactctgactcttgaagaaagaatatgaaccgccatgaagagcccagaacaccatattgtacttttggatgtcccagt
gi|20 : aacaaatgaaggcccacaggcttaacggtgtcaccgagatcatatcccatcgggagtctcccaagttgcatcttttgaaagtcactgatcattagggtgtgttcaaatagtaaataattgtcgttatcatctcttcaaaatatggcatatgcattcactaattggactctgacatagtgtcaaacatacacaagacaatttcatttcaaccacaatggtggttgttcacccgttcaaaatgttaagaaaagccaatactgcaatgtatgcccagtgagtctatccttttgagctcccgcaattccaatagagaattcaaatcttttcgccacggcatgggtgttgtgttcacataatatcatgtcatggaacatgaacgcacgccgttatcactcC-------C-T-GA-AATTCACAATTG-T--AG-CT---TCTCCAACCCAAAATTGT-GT--TT-T-ATA--CCAAA-C-----AA-ATATT-G-T-CTGCAAT--AG---TT-TC--ATAGCAAGAAGCTTG-AAAATTGTTCAA
gi|21 : aagggatggcac---T--TAAAAA-GA-ATTC-GAATG-GT--AG-TT-T-TAAAATG--T--T-TAT--ATA-----ATATT-CA-A--ATGT-------------TATGGAAGAAGCG-----CC--------ACA---GACG------------------ACG---AA---------A----GATACACACCA------ATTA-C--------A------------A-TA-GGCCACCTGAG-T
gi|22 : AAG--T-TCA--A-A-----AAGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------A------ACG------------------ATG---GAGACTCCATCC----AA---CAACCA------TTTG-C--------A------------ATTA-GGTCATCTGAG-TTTA-TA-G-G-TGGCCTA-AA
gi|23 : AT-TAA-AAGAAC--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGTTTAAAAAA-----TG--------ATG-----C---------AT----GACA------------------ACA---GA---------T----GG---TGAGCA------ATTG-C--------ATTGTACATGTAGA-TA-GATCACCCTAG-TTGACtattcatagttatgcaccaa
gi|24 : CC-A-AAT---TATTGAAAA-GA-ATTG-GAGAGAAT--AG-TTATAAAAGAGGGAA--A-TAAT-A-ATTAGTATATT-CACA--TTGT-------------TA--------GCA-----C---------AC----AACA------------------ACA---GA---------C-----A---CGGTCA------AT
gi|26 : --T-TAA--A-G-----AAGTT-AA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------ACCTTAGACG------------------ACACCTGA---------T----AC---AGATAA------ATAA-A--------A------------A-TG-GGTCACCAAAG--TGACTC-A-GTTGACCTA-AAAt
gi|27 : AT-CAAAGAAAAG--T-TTA--A-A-----AT-----------TGT-------------TA--------ACG-----C---------AT----GACGGGCGATAGACGTCGAACCACG---GAAA-------C----GC---TGACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCATCTGAG-atg
gi|28 : -GA-AATTAAAAAATT-T--AT-TCTTCCCT-TGTACCAAGG--ATTGT--TT-TTATAATCCAAA-TCT-AAAA-GAATT-G-AA-TG--AT--AG---TT-AC--A-CC-AGGAAa
gi|29 : -TTGACC-CCGTA-AA-----T-CAA-TAGTGGA---TCATC--TTCGTC----CAT---AGTAGT-CCAGTATGTAT----ATGTATATG-GATGA-TCTAGGTGGATAAGGAT
gi|3 : AA---GGGCCCAACAGGCATTAACGATA-CCCT-GAGTATCATAAGCAATCGCAGGG-----TTTAGATTTTAGCCATTTACATT--AACCAGTTGC-----TCAATAC-GA-TAAATTTTTGTTCAAGCATAGTTTA-CAG----------ATCT-TTCAAATTATGCAATATG-ATTAC-CT-ATT---------CAT----------ATACACAA--A-GATTATCA-TTCAATCTCACAGC----A-TTGTTCA---------GA-TTTAAATGAAA-CC-ATATTGACCACTTTGAAT-TCCAGTGATGCTGA-C-TTTGACC-T-TTGATCAC---A-ACATAGAT-CTA-TAGAGAA---CTCTT--TTGACC----CATGTTTGCAGT-TC---ATGTGT----ATG-ATATGTG-TGATTCTATGGAGC-GAAGATCTA---TATTCTGAAGAG-CTGGAATA-AAT----CTA----TTT--GA-GT-CCAGTGCA-----------TGACCTT----TA-CCTTTTG-A-CCCA------AATTC---GAT------AAAGACAT-C-TTGTCT-ATG-----AGTTATA---ATGTAATGATAT--GT--G--CCT--AGGTAGA
gi|30 : ac--A-A-----TTATT-CA-A--TTGT-------------CA--------ACA-----C---------AC----AATGT-----------------AC-----A---------C---------AGATCA------ATAG-C--------A------------A-TA-AGTCATCTAAC-TCACTTC-A-G-TGATCTATAAA
gi|31 : gttG-TTAT-CAGGAAT--G--T-TAATAA-A-----ATGTT-CA-A--TAGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----TATG------------------GAA---GA---------C----GA---CAAT--------ATTA-C--------A------------G-TA-GATCGCCTTAA-TTta
gi|32 : -A--TTGT-------------TA--------ATG-----G---------AT----GACGTTCAACA-----------ACG---AA---------T----AC---AGACCA------ACAG-C--------A------------A-TA-GGTCATTTGA--TTGATTTGA-G-TGAACTA-AAca
gi|33 : G--T-TTA--A-A-----ATGTT-CA-G--TTGCAATGCAGGACAGGCA--------ATG-----C---------AC----AAAG------------------ACA---GA---------T----GC---AGACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCATCTAAtata
gi|34 : AGAAG--A-TGA--T-T-----ATGGT-GA-A--ATGG-------------TA--------ACG-----A---------GC----GATG------------------AGG---GA---------G----GA---CTACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACGTGAa
gi|35 : agG--T-TTA--A-A-----ATGTT-AA-AAATTGT-------------TA--------GCG-----G---------AT----GATGCAATGACT----------ATG---GA---------C----AA---AGACAT------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGActcacg
gi|36 : AAGAAG--T-TAA--A-T-----ATGTT-CA-A--TTGTGGTCGGA------CA--------ATG-----C---------AC----GATG------------------TTG---GA---------T----GA---AGACC
gi|37 : atc-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA------------------------------------------------------ACG---GA---------C----GA---AGATCA------ATCG-T--------A------------G-AA-AGTCACTT----CT-ATTC-A-GTTGACCTA-AActaaaatgttcaat
gi|38 : AAGAAA--T-TGA--A-A------TATT-CA-A--TT----------------A--------AAG-----C---------AT----GATG------------------ATG---GA---------C----AA---AAACAA------ATAG-C--------A------------A-CA-AGTCCCCTGAG-Tcaaaaaagc
gi|39 : tcaAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CG-A--TTGT-------------TA--------ACGGAAGACGGATGACGAAC----GACG------------------ACA---GA---------C----AA---AAACCA------ATTG-C--------A------------A-
gi|4 : TTTT-GGT--GGATTTGGCCACA---CCTCTC-AGGCTCCAGGTAGCG---GAGACCAT-GGAATCCACA---A-CTTTTG-TCCCCTCGATT-CATAA-ATG-TTC-AATATATC-ATAATTGGT--TGAAAT-AA-GTTC-AGCAG-TTCCAGATGAT-C--TAACAAG--C-TGA--A-A-----ATATT-CA-A--ATGT-------------TT--------GTG-----A---------AT----GACC------------------CTC---AA---------C---------AG----------ATAG-C--------A------------A-TA-GGTCACCGGAG-TC-ACTCGG-G-TAAACTA-GAAa
gi|40 : CTTATTGATC-T---ATACAT---T-CAAGTAAGGGA---AGATT--TTCGTC----CATG--AGTAGTGCC---ATATGT----ATG-ATacggttacccaggtctgagaaggt
gi|41 : -CA-A--TTGT-------------TA--------ATG-----C---------AT----GAAG------------------ACA---GA---------C----CG---AGACCA------ATAG-C--------G------------A-AA-GGTCACCCAAG-T
gi|42 : agttgaagAG--T-TAA--A-G-------GTT--A-A--TTGT-------------TG--------ATG-----C---------AC----AACG------------------------GA---------T----GA---AGACCAGTACGTATTG-C--------A------------A-TA-GGTCAC
gi|43 : TTGTGAT--AGTGTTGGCCACAACCCT---C-AGACTCCAGG--GAGGCAGAGTCC-TTGAAATTCACA---A-
gi|44 : --A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG---------------------GACG------------------ACG----------------------------CA--------CG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTG-----------A-G-TGACCTA-AAA
gi|45 : AAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------TCG-----C----------------ACA------------------GCG---GG---------C----------GACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-GATCAat
gi|46 : AAG--T-TTA--A-A-----ATATT-CA-A--TTGT-------------TC--------ACG-----C----------------ACG------------------ACG---GA---------T----GA---AGACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-
gi|47 : ---GA---------T----GC---AGACCA------TTAG-C--------A------------A-CA-CATTACCTGAG-C-AACTC-A-GGTGACCTA-
gi|48 : G------------------ACT---GA---------C----AC---AATCCA------ATTG-C--------A------------AATAAGGTCACCTGAG--TGACTC-A-G-c
gi|49 : a------ATAG-C--------T------------A-TA-AGTCACCCAAG-T-GACTC-AGG-TGACTTA-gt
gi|5 : aaactattTCCTGTTCTAC-TTCCACTATGTAATTT--GTGTTTTCCTTAAATTTCATTACGTTGTGGTTTGCAAGG--GGAG------GAAGATTGATCTACCTTTTGAGCG-AGCATTT-AATC-CCCC--GCCCGCCTTTGAGTTGTGGGCGGCGGCGGTTC-TCAA-AAACCAAACTTT-T--ATATCTG-CCT-T-TCTCAAAG--AT-GTACAT-T-A-----CAAA-TTTGAAAACG--TT-GTGAC-A--GT--TG---TT-TTGAA-AG-ATGAAG-TGA-AA
gi|50 : AAG--T-TAA--A-A-----ACGTT-CA-A--TTAT-------------TA--------ATG-----C----------------ACG------------------ACG---GA---------C----GA---tgctc
gi|51 : AG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----G---------AC----GGCGA-----------------ACG---G---------------GA---AGcgca
gi|52 : TTG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAGTTTAACTC-AGG-TGACCTA-AAA
gi|53 : AGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------c
gi|54 : GT----ATG-ATATG-A-TGACTCTAAGTAGA-AAGGA-AAA---TGCTtggacaatgcacaatg
gi|55 : GT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------CCA---GA---------C----GA---AGACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-
gi|56 : AACAAA---AGGCCCA-CAGGCCTTATCAGT--CACC-
gi|57 : a---AGACGA------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-TT-ACTT-A-ag
gi|58 : --AGAAACC-T-GAAATTTACC---A-TTTATGTGCCC
gi|59 : aG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----G---------AC----G
gi|6 : T-T-TTTA-AAACATGCATCATTTT----CTAAGGTTTTG--ACA---CC-------AC-CCATG--GT--------CA-T-GAAATTGATG---A-TT--------CCTTGT-------G-ATGTATC-AT---ACG-A-AAT---T--TGATGA-AA-AATG-GTAAT-GT--GC-TTCC-CGAGAAAAAG--T-TGA--T-T-----ATAGT-GA-A--ATAC-------------AA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------ACG---AA---------C----AA---CTACTC------ATCGAA--------A------------A-TA--GTCACCTGAG--TGAATT-A-G-
gi|7 : aaggacttTATCATCTTACAGCATTAAC--AGATAGTTATTTAAAC--TTTACGCCAACCTAAA-ATAAT--ACTAACAGTATCTGGCTCTCCACCCTGGGTCAAAACTGTATCCTCTCAGTAGTCAT--AATTTGTATCAATTTGTGTAAAG-----CCT--TGTACATCAATATGCATTAATTTTTTTTAAACATatgtatcaaatcaaaacgaataac
gi|8 : -------C-T-GAGAATTTGCA-TTT-TGAAT-CC-----T-CGTCTTAAAG--AT-AC--TCAT-A-A--CCAAAATCTGCAAC-AAA---------G--GT--AA---T------------AAAAG-TTATAAAATTATTCAATTAATT-GCA-AGTTTAACACTGACTATG--GGCCTCGCCC-AATACTAAAACCTTTTACCCCTGGTATTATTTGAAATTTACAATAT--ATAAACAAGCATTCTTaatgatatgcggagttataagaaggaattattt
gi|9 : aaaagattt--AGGGACCAT-GAATTTCATATATA-TATATATTCCCCTCTTTCACAAAATATACACC-AT---ATC-A-AAA---C--TGG--------TTA-AAAAG-CT-----TTAT---AGGAAAAA--T-TTA--A-A-----TTGTC-CA-AACTTAT-----------------------ACG-----A---------AC----GACA------------------A------A---------C----GG---ATACGG------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACCCGCG--TGACTT-G-G-GGAt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTTTTATGGTTTTAGCCACACCTCTCAGACATTGGGAACAGAAACCCCGGAATCAACAAATTTATTTCCCGTGACCAATATATGATGAATACCAAAATTCATTGACATTGGTTCAGCCGTT
Unaligned ( gi|25 ): CCCATAGATGTTATATACATGTTCTAAGGTTTAGCCGTTTTGGAGAAGTTGGATATATTCAAAAGTTTACGATAGACGAACGACAAAGGACGAAAGCAG
Alignments
lowQualScore : 111 1 1 22 1 11 222 1 4444444444444444444444 22 3333 222 66666666666666 1 1 111 1 8888888888888888888888 2222 44444444 555555555555 1 1 1 222 1 111 22222222222222 11111 11 1111 11 222222 1111 111 22222 22 2222 11 11 88888888888 2222222 1 333333 333333333333 1 3333 222 1 22 11 11 1 11 1 222222 222 22222 1 11 333333 222 2222 1 1 1 11 333333 1 222222222 44444444444444444444444 1111 4444444444444444444444444444444444444444444444 44444444444 111 1 1 11 11 11 1 11 2222 111 1 11 2222 1 11 2222 222 1 1 222 11 222 22222 11 1111 11 111 22 1 1 22222222 1 3333333333333333333333333333 1 1111 222222222 2222 111111 1111111111111 111111111111111111111 222222222222222222 1111111111111111111 1111 1
lowQualScore : 777 0 0 99 0 7 1 7 6 7 1 55 333 3 7777777777777777777777 00 6 0000 777 7 00000000000000 3 7 3 666 3 3333333333333333333333 4444 7 7 6 55555555 444444444444 2 3 3 1 555 6 1 6 3 444 77777777777777 8 8 66666 11 7777 11 0 888888 4444 6 222 3 5 8 0 22222 7 6 00 44 2 0000 33 3 33 77777777777 8888888 3 6 888888 999999999999 3 7 7 0000 88 555 3 55 88 7 88 1 5 77 5 999999 111 66666 5 88 000000 111 2222 3 3 3 88 444444 3 77 999999999 6 6 00000000000000000000000 99 6 99 6 6 1111 7777777777777777777777777777777777777777777777 8 8 6 11111111111 11 999 5 5 88 1 88 1 88 5 88 4444 999 1 5 88 3333 1 5 88 3333 111 5 5 111 1 88 111 22 66666 77 1 1 3333 1 88 1 2 1 777 00 3 3 55555555 1 0 9999999999999999999999999999 3 0 5 1111 4 2 6 666666666 4 5 0000 4 4 333333 1 33 3 3 66666 66666 1 666 4 11 1 33 1 33333 1 1 33 4444444444444 44444444 000000000000000000000 222222222222222222 222 0000000000000000000 333333 4 1 44444444 666666666666 2 1 1111 4 7 0 3
lowQualScore : ... . . .. . . . . . . . .. ... . ...................... .. . .... ... . .............. . . . ... . ...................... .... . . . ........ ............ . . . . ... . . . . ... .............. . . ..... .. .... .. . ...... .... . ... . . . . ..... . . .. .. . .... .. . .. ........... ....... . . ...... ............ . . . .... .. ... . .. .. . .. . . .. . ...... ... ..... . .. ...... ... .... . . . .. ...... . .. ......... . . ....................... .. . .. . . .... .............................................. . . . ........... .. ... . . .. . .. . .. . .. .... ... . . .. .... . . .. .... ... . . ... . .. ... .. ..... .. . . .... . .. . . . ... .. . . ........ . . ............................ . . . .... . . . ......... . . .... . . ...... . .. . . ..... ..... . ... . .. . .. . ..... . . .. ............. ........ ..................... .................. ... ................... ...... . . ........ ............ . . .... . . . .
lowQualScore : 555 0 8 00 0 3 0 3 7 3 0 77 333 3 7777777777777777777777 00 7 7777 333 3 77777777777777 3 3 3 777 3 7777777777777777777777 3333 3 3 7 77777777 777777777777 0 3 3 0 777 7 0 7 3 555 44444444444444 0 0 00000 00 0000 00 8 444444 2222 7 000 2 6 0 8 00000 3 7 77 00 5 0000 88 2 22 33333333333 7777777 3 7 333333 000000000000 3 3 3 0000 33 777 3 33 33 3 33 0 5 55 5 000000 555 55555 5 55 555555 555 5555 3 3 3 33 000000 3 33 000000000 7 7 55555555555555555555555 22 7 22 7 7 5555 8888888888888888888888888888888888888888888888 0 0 5 00000000000 77 555 5 5 55 0 55 0 00 0 55 0000 000 0 5 00 0000 0 0 00 5555 000 0 0 000 0 00 555 00 00000 55 0 0 7777 0 00 0 5 0 777 77 3 3 55555555 0 8 4444444444444444444444444444 4 0 0 4444 4 8 2 666666666 0 0 6666 0 0 555555 1 77 6 6 33333 99999 6 000 1 99 4 11 2 11111 2 2 22 1111111111111 11111111 999999999999999999999 999999999999999999 000 7777777777777777777 444444 4 2 33333333 000000000000 4 2 4444 7 1 0 1
consensus : AACAAA---AGGCCCA-CAGGCNTTAACGGTG-CACC-GAGTATCATANCCCATCGCAGGGAGTCTCNTAGGTT---GC-ATTTN--TT--AA---GT--C-----TCAATAC-GAGTA---TTTTGTTCAA-CATAGTTAA-AAT----------ATCT-TTCAAAATATGCAATATG-ATT-C-CT-ATT---------CAT----------ATACACAAG-A-GATTATCATTTCAATCTCACA-C----G-TTGTTCA-------AGAA-TTTTAATGAAAGCC-ATATTG-CNACTT--AATGTCCAGTGAGNCTGACC-TTTGACCTT-TTGACC-C---A-AAAT---T-CAA-TAGAGAA---ANATC--TTCGTC----CATG--AGTAGT-CC---ATGTGT----ATG-ATATG-G-TGACTCTAGGTAGA-AAGGATATA---TGCTCTGAAGAGCCCGGAACA-CATATTGCTAC---TTT--GATGT-CCAGTGCA-T---------TGACCTT----TA-CCTTTTG-ACCCCA------AATTC---GAT------AGAGACAT-CTTTGTCCAATGG---TAGTNATA--TATGT-ATGATAT-GGT--GACTCT--AGGTNGAAAGGTCTGGGAAACCATTCTGTCTACAGACGGATGGACAGACAACCTGATTCCAGTAACCCACCAGAACTTGTTGCAGGGTATAATTATGATAAAAGGCTCCCTTCTCATTCCAAATATTCATTTACTTCCACTTAATATTAATATCATTAAAAAGATGCTTTTCAAATGTTTACATATAAACAATATGTACCAAGTTTGCCCCTCCCCCCCAGGTCAGAACCCAGTCAGAATCCCCGGGGGATTACCAAATTTACAATTTTGGTAAAGGCCTTCCTGCTCTACATTCCACTATGCAATTTTGGTGTTTCCCTCAAATTTCATTACGTTGCGGTTTGCAAGGAAGGAGATTTTTGAAGATTGGTCTACCTTTTGGGCGCAGT-TTT-GCCC-CCCC--GCCCG-----GGG-TGCGAGAGAC-------C-T-GA-AATTCACAATTT-T--AT-CC---CCT-CGTCCCAAAG--AT-GT--TT-T-ATA--CCAAA-TCTGAAAA-GAATT-G-GACTG--GT--AG---TT-TC--A-AG-AAGAAG-TTA-AAAATTGTTCAATTG-TT-GCA-AGTTTATCANCGACCATNTTGGCCTCGCCCTAATACTAAAACCCTTTACCCCTGGNATCATTTGAAATTTACAATNTTGATAAACAGGCATTCTTATTCATTCAAAATATCCATTTAGGTTCACATTAATATCATCTTACAGCATTAANGAAGATGNTTATTCAAACGTTTTACGCCAACNTAAACACAATGTACCAACAGTGTCTGGCTCTCCGCCCTGGGTCAGAACCGTACCCTCTCGGNGGTCACCAAATTTGTATCAATTTNNGTAAAGGCGTTCCTGCTNTACATCANTATGCATTTGTTTTTCTCAGACATGNGCGGTTTGTCANGCGNAAGAT-T-TTTG-AAAT-TG-GTCATTTTG-GGC--AGNTTTTGCCACA---CC---C-AGGC-CCAGG--GTG--AGAGACC-T-GAAATTCACA---A-TTTNTGTTCCCCTCGTCC-CAAAG-ATGCTTC-A----ACC-A-AAT---T--TGAAAA-GA-ATTG-GANAG-GT--AG-TTAT-CAAGAAGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------ACG---GA---------C----GA---AGACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-TTGACTC-A-G-TGACCTA-AAA
Reference ( family-1806 ) : AACAAA---AGGCCCA-CAGGCNTTAACGGTG-CACC-GAGTATCATANCCCATCGCAGGGAGTCTCNTAGGTT---GC-ATTTN--TT--AA---GT--C-----TCAATAC-GAGTA---TTTTGTTCAA-CATAGTTAA-AAT----------ATCT-TTCAAAATATGCAATATG-ATT-C-CT-ATT---------CAT----------ATACACAAG-A-GATTATCATTTCAATCTCACA-C----G-TTGTTCA-------AGAA-TTTTAATGAAAGCC-ATATTG-CNACTT--AATGTCCAGTGAGNCTGACC-TTTGACCTT-TTGACC-C---A-AAAT---T-CAA-TAGAGAA---ANATC--TTCGTC----CATG--AGTAGT-CC---ATGTGT----ATG-ATATG-G-TGACTCTAGGTAGA-AAGGATATA---TGCTCTGAAGAGCCCGGAACA-CATATTGCTAC---TTT--GATGT-CCAGTGCA-T---------TGACCTT----TA-CCTTTTG-ACCCCA------AATTC---GAT------AGAGACAT-CTTTGTCCAATGG---TAGTNATA--TATGT-ATGATAT-GGT--GACTCT--AGGTNGAAAGGTCTGGGAAACCATTCTGTCTACAGACGGATGGACAGACAACCTGATTCCAGTAACCCACCAGAACTTGTTGCAGGGTATAATTATGATAAAAGGCTCCCTTCTCATTCCAAATATTCATTTACTTCCACTTAATATTAATATCATTAAAAAGATGCTTTTCAAATGTTTACATATAAACAATATGTACCAAGTTTGCCCCTCCCCCCCAGGTCAGAACCCAGTCAGAATCCCCGGGGGATTACCAAATTTACAATTTTGGTAAAGGCCTTCCTGCTCTACATTCCACTATGCAATTTTGGTGTTTCCCTCAAATTTCATTACGTTGCGGTTTGCAAGGAAGGAGATTTTTGAAGATTGGTCTACCTTTTGGGCGCAGT-TTT-GCCC-CCCC--GCCCG-----GGG-TGCGAGAGAC-------C-T-GA-AATTCACAATTT-T--AT-CC---CCT-CGTCCCAAAG--AT-GT--TT-T-ATA--CCAAA-TCTGAAAA-GAATT-G-GACTG--GT--AG---TT-TC--A-AG-AAGAAG-TTA-AAAATTGTTCAATTG-TT-GCA-AGTTTATCANCGACCATNTTGGCCTCGCCCTAATACTAAAACCCTTTACCCCTGGNATCATTTGAAATTTACAATNTTGATAAACAGGCATTCTTATTCATTCAAAATATCCATTTAGGTTCACATTAATATCATCTTACAGCATTAANGAAGATGNTTATTCAAACGTTTTACGCCAACNTAAACACAATGTACCAACAGTGTCTGGCTCTCCGCCCTGGGTCAGAACCGTACCCTCTCGGNGGTCACCAAATTTGTATCAATTTNNGTAAAGGCGTTCCTGCTNTACATCANTATGCATTTGTTTTTCTCAGACATGNGCGGTTTGTCANGCGNAAGAT-T-TTTG-AAAT-TG-GTCATTTTG-GGC--AGNTTTTGCCACA---CC---C-AGGC-CCAGG--GTG--AGAGACC-T-GAAATTCACA---A-TTTNTGTTCCCCTCGTCC-CAAAG-ATGCTTC-A----ACC-A-AAT---T--TGAAAA-GA-ATTG-GANAG-GT--AG-TTAT-CAAGAAGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------ACG---GA---------C----GA---AGACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-TTGACTC-A-G-TGACCTA-AAA
gi|1 : AACAAG---AGGCCCA-CAGGCTTTAACAGT--CACCAGAGTATCATAGCCCA-CACAGGGAGTCTCATA--TT---GC-ATTTC--TT--AA---GT--C-----TCAATACAGAGTA---TTTTATTCA--CAT-GTTAA-AAT----------ATCT-TTCAATATATGCA-TATG-ATT-C-CT-ATT---------CAT----------ATACACAAGAA-GATTATCATTTCAATCTCACA-C----GATTGTTCA-------AGAATTTTTAATGAAAACC-ATATTG-CTACTT--AATGTCCAGTGAGCTTGACC-TTTGACCTT-TTGACC-T---A-AAAT---T-CAA-TAAAGAA---ACATC--TTCGTC----CATG--AGTAGC-AT---ATATGT----ATG-ATATA-G-TGACTCTAGGTAGA-AAGGATA-A---TGCTCTG--GAACCCGAAAC--CATATTGCTAC---TTT--GATGT-CCAGTGCACT---------TGACCTT----TGCCCTTTTG-ACCCCA------AATTC---AAT------AGAAACAC-CTTTGTCCAATGG---TAG-ACCA--TATGC-ATGATAT-GGT--GACTCT--AGGTGGAAAAGTCTGGGAAACCATTCTGTCTACAGACGGATGGACAGACAACCTGATTCCAGTAACCCACCAGAACTTGTTGCAGGGTATAATTATGATAAAAGGCTCCCTTCTCATTCCAAATATTCATTTACTTCCACTTAATATTAATATCATTAAAAAGATGCTTTTCAAATGTTTACATATAAACAATATGTACCAAGTTTGCCCCTCCCCCCCAGGTCAGAACCCAGTCAGAATCCCCGGGGGATTACCAAATTTACAATTTTGGTAAAGGCCTTCCTGCTCTACATT--ACTATGC-ATTTTGG---TTCTCTCAAA---CAT---G-TGCGG-TTGTAAAGAAGAAGATTTTTGAAAATTGGTC-A-CTTTTGG--GCAGT-TTT-GCCCACCCCAAGCCCA-----GGG-TGCAAGAGAC-------C-T-GA-AATTTACAATTTAT--GTGCC---CCT-TGTCCCAAAG--AT-GC--TT-T-ATA--CCAAA-TTTGAAAA-GAATT-G-GACTG--GT--GG---TTATC--A-AG-AAGAAG-TTA-AAAATTGTTCAATTG-TTAACACATTTCATCAATGACCATTTTGGCC-CACCCTAATACTAAAACCC--TACCCCTAGGATCA--TGAAATTTACAATTTTGATAAA-AGGC--TCTTATTCATTCAAAATATCCATTTAGGTTCACATTAATATCA----ATAGCATTAAAGAAGATGCTT-TTCAAATGTTTTAT----ATATAAACACAATGTACCAA----GTTTGGC---CCG-CCTGGGTCAGAACC-TACCC---CGGAGATCACCAAATTTA---CAATTTTGGTAAAGGCGTTCCTGCTCTACATCACTATGCATTTGTTTTTCTCAGACATGTGCG--TTGTTAAGAAGAAGAT-T-TTTGAAAAT-TG-GTCACTTTG-GGC--AGTTTTTGCCACA---CC---CAAGGC-CCAGG--GTGTAAGAGACC-T-GAAATTTACA---A-TTTATGTGCCCCTTGTCC-CAAAG-ATGCTTC-A----ACC-A-AAT---T--TGAAAA-GA-ATTG-GACAG-GT--GG-TTAT-CAAGAAGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------AAG---GA---------C----GA---AGACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-TTTACTT-A-G-TGACCTA-AAA
gi|10 : GT-TTTAGCCC-CACC--CCTCA-----AGG-TGGTAGAGAT-------AAT-GA-AATTCTCA------------C---CAT-CA-CTCATAG--AT-GT--TA-T-ATA--CCAAA-TGT-------AGTTAA-AACTG--GTTCAGCTTTT-TC--AGAG-GAGGAG-CTG-GAAATT-TTCAA---------A-AGTTTATCATCGAC
gi|11 : ttttcctgTACTGCTACATGTTA--GATG--CCACTGTAGTAAGACAAAATGACCTTATGATA-CGCTTTGCACCTCACAAACTAATTCTCCGATCTATAAAGAGATATTCTTTATCCAATGGAGTTAGTGATAAATATGT-ATGATATAAGTACGACTCTTGAGGTCGAAAGGtcaagacaacggacaaaaacag
gi|12 : AAATTCACT---A-TTTCTGTTCCCCTCCT-----AAG-ATGTTTT-A----AATGA-AAG---A--TGAAAA-AAGATCAAGACAA-GT--AT-TTTT-T-----GAAG--TGTTG--A-A-----ATGTT--A-A--TGGG-------------TA--------ATG-----G---------AT----GACA------------------ACA---GA---------C----AA---TTGCTA------TTCA-A--------A------------A-TA-AGTCACCTGAG-Taataat
gi|13 : aTGCATTTGTTTTTC----GCTTGGGCGGTTTGTCACGCGCAAGATATGTTTG--AGT-TG-GTCCTTTTG-GG----GTTTTTG---CA---CC---C-G-----CGGG--GTG--AGCG-CC-T-GCATTTCCC------TTTTTG-TGCGCTTGTC-----AG-ATGCTTC-T----CCC----AT---T--TGCAAA-aactttggttataaataaaa
gi|14 : TC-A----AC--A-AAT---TAATGAAAGTGA-AGTG-AA----GT--A--TTAT--AAGAGAAAGAAT-TGG--A-A-----ATGTT-GA-A--ATGC-------------TA--------ACC-----C---------AT----GACGGAGAACA-----------ATG---GA---------C----AA---AAA--A------ATCG-C--------G------------G-CA-GGTCACCTTAG-T
gi|15 : gacgC-A-AAA---A--TGATAG-CA-ACTG-GCCGT-GT--AG-TT-T-CAATAAA-----C-TAA--A-C-----ATGTA-GA-A--TTGT-------------TA----------------T---------AA----GACG------------------ACG---AA---------C----AA---AGATCA------ACGG-C--------A------------A-CA-TGTCACCTGAG-Tgta
gi|16 : AA-AA-AT-G-GAGTG-GG--AG-TTAT-CAAA--------T-TAA--A-A------TGTTTCA-A--TTAT-------------TT--------ATG-----C---------AC----CACA------------------A------A---------T----GA---AGACTA------AACA-CCGACTGCAA------------A-TA-GGTCACCTGAG--TGATTC-A-GATCACCTA-gcctagtaaagataaacaatgta
gi|17 : -GA-AATG-GAAAG--T--AG-GTAT-CAATACTAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-TA-A--TTCC-------------TA--------ATA-----C---------ACAATGGACG------------------ATG---CA---------CACCAGATACAGACCA------ATAG-C--------A------------A-TA-AGTAACCCAAG--CGACTC-AGG-TGACCTA-taaaggttata
gi|19 : TTTTA-GG-----GTTTTGACACAGCCCC---T-AGGC-C-------------ACACC-C--AAATTCATA---AATCTTCGTTCCCTTCATCC-CAAA--ATGTTCCAA----AAC-A-AGT---T--TGAc
gi|2 : ttAACAAATGAAGGCCCA-CAGGC-TTAACGGTGTCACC-GAG-ATCATATCCCATCG---GGAGTCTCCCAAGTT---GC-ATCTT--TTGAAA---GT--CACTGATCATTA--GGGTG------TGTTCAA--ATAGTAAATAATTGTCGTTATCATCTCTTCAAAATATGGCATATGCATT-CACTAATTGGACTCTGACATAGTGTCAAACATACACAAG-ACAATT-TCATTTCAACCACA-A-TGGTGG-TTGTTCACCCGTTCAAAA-TGTTAAGAAAAGCCAATACTG-CAATGT---ATGCCCAGTGAGTCTATCCTTTTGAGCT------CC-C---G-CAAT---TCCAA-TAGAGAATTCAAATCTTTTCGCCACGGCATG--GGT-GT-------TGTGTTCACATA-ATATtgcaaaatggtcatgtgttttctaag
gi|2 : -TGACTCTTGA-AGA-AAGAATATGAACCGCCATGAAGAGCCCAGAACACCATATTG-TAC---TTTTGGATGTCCCAGTcatgtcatggaacatgaacgcacgccgttatcactctgactcttgaagaaagaatatgaaccgccatgaagagcccagaacaccatattgtacttttggatgtcccagt
gi|20 : aacaaatgaaggcccacaggcttaacggtgtcaccgagatcatatcccatcgggagtctcccaagttgcatcttttgaaagtcactgatcattagggtgtgttcaaatagtaaataattgtcgttatcatctcttcaaaatatggcatatgcattcactaattggactctgacatagtgtcaaacatacacaagacaatttcatttcaaccacaatggtggttgttcacccgttcaaaatgttaagaaaagccaatactgcaatgtatgcccagtgagtctatccttttgagctcccgcaattccaatagagaattcaaatcttttcgccacggcatgggtgttgtgttcacataatatcatgtcatggaacatgaacgcacgccgttatcactcC-------C-T-GA-AATTCACAATTG-T--AG-CT---TCTCCAACCCAAAATTGT-GT--TT-T-ATA--CCAAA-C-----AA-ATATT-G-T-CTGCAAT--AG---TT-TC--ATAGCAAGAAGCTTG-AAAATTGTTCAA
gi|21 : aagggatggcac---T--TAAAAA-GA-ATTC-GAATG-GT--AG-TT-T-TAAAATG--T--T-TAT--ATA-----ATATT-CA-A--ATGT-------------TATGGAAGAAGCG-----CC--------ACA---GACG------------------ACG---AA---------A----GATACACACCA------ATTA-C--------A------------A-TA-GGCCACCTGAG-T
gi|22 : AAG--T-TCA--A-A-----AAGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------A------ACG------------------ATG---GAGACTCCATCC----AA---CAACCA------TTTG-C--------A------------ATTA-GGTCATCTGAG-TTTA-TA-G-G-TGGCCTA-AA
gi|23 : AT-TAA-AAGAAC--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGTTTAAAAAA-----TG--------ATG-----C---------AT----GACA------------------ACA---GA---------T----GG---TGAGCA------ATTG-C--------ATTGTACATGTAGA-TA-GATCACCCTAG-TTGACtattcatagttatgcaccaa
gi|24 : CC-A-AAT---TATTGAAAA-GA-ATTG-GAGAGAAT--AG-TTATAAAAGAGGGAA--A-TAAT-A-ATTAGTATATT-CACA--TTGT-------------TA--------GCA-----C---------AC----AACA------------------ACA---GA---------C-----A---CGGTCA------AT
gi|26 : --T-TAA--A-G-----AAGTT-AA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------ACCTTAGACG------------------ACACCTGA---------T----AC---AGATAA------ATAA-A--------A------------A-TG-GGTCACCAAAG--TGACTC-A-GTTGACCTA-AAAt
gi|27 : AT-CAAAGAAAAG--T-TTA--A-A-----AT-----------TGT-------------TA--------ACG-----C---------AT----GACGGGCGATAGACGTCGAACCACG---GAAA-------C----GC---TGACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCATCTGAG-atg
gi|28 : -GA-AATTAAAAAATT-T--AT-TCTTCCCT-TGTACCAAGG--ATTGT--TT-TTATAATCCAAA-TCT-AAAA-GAATT-G-AA-TG--AT--AG---TT-AC--A-CC-AGGAAa
gi|29 : -TTGACC-CCGTA-AA-----T-CAA-TAGTGGA---TCATC--TTCGTC----CAT---AGTAGT-CCAGTATGTAT----ATGTATATG-GATGA-TCTAGGTGGATAAGGAT
gi|3 : AA---GGGCCCAACAGGCATTAACGATA-CCCT-GAGTATCATAAGCAATCGCAGGG-----TTTAGATTTTAGCCATTTACATT--AACCAGTTGC-----TCAATAC-GA-TAAATTTTTGTTCAAGCATAGTTTA-CAG----------ATCT-TTCAAATTATGCAATATG-ATTAC-CT-ATT---------CAT----------ATACACAA--A-GATTATCA-TTCAATCTCACAGC----A-TTGTTCA---------GA-TTTAAATGAAA-CC-ATATTGACCACTTTGAAT-TCCAGTGATGCTGA-C-TTTGACC-T-TTGATCAC---A-ACATAGAT-CTA-TAGAGAA---CTCTT--TTGACC----CATGTTTGCAGT-TC---ATGTGT----ATG-ATATGTG-TGATTCTATGGAGC-GAAGATCTA---TATTCTGAAGAG-CTGGAATA-AAT----CTA----TTT--GA-GT-CCAGTGCA-----------TGACCTT----TA-CCTTTTG-A-CCCA------AATTC---GAT------AAAGACAT-C-TTGTCT-ATG-----AGTTATA---ATGTAATGATAT--GT--G--CCT--AGGTAGA
gi|30 : ac--A-A-----TTATT-CA-A--TTGT-------------CA--------ACA-----C---------AC----AATGT-----------------AC-----A---------C---------AGATCA------ATAG-C--------A------------A-TA-AGTCATCTAAC-TCACTTC-A-G-TGATCTATAAA
gi|31 : gttG-TTAT-CAGGAAT--G--T-TAATAA-A-----ATGTT-CA-A--TAGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----TATG------------------GAA---GA---------C----GA---CAAT--------ATTA-C--------A------------G-TA-GATCGCCTTAA-TTta
gi|32 : -A--TTGT-------------TA--------ATG-----G---------AT----GACGTTCAACA-----------ACG---AA---------T----AC---AGACCA------ACAG-C--------A------------A-TA-GGTCATTTGA--TTGATTTGA-G-TGAACTA-AAca
gi|33 : G--T-TTA--A-A-----ATGTT-CA-G--TTGCAATGCAGGACAGGCA--------ATG-----C---------AC----AAAG------------------ACA---GA---------T----GC---AGACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCATCTAAtata
gi|34 : AGAAG--A-TGA--T-T-----ATGGT-GA-A--ATGG-------------TA--------ACG-----A---------GC----GATG------------------AGG---GA---------G----GA---CTACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACGTGAa
gi|35 : agG--T-TTA--A-A-----ATGTT-AA-AAATTGT-------------TA--------GCG-----G---------AT----GATGCAATGACT----------ATG---GA---------C----AA---AGACAT------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGActcacg
gi|36 : AAGAAG--T-TAA--A-T-----ATGTT-CA-A--TTGTGGTCGGA------CA--------ATG-----C---------AC----GATG------------------TTG---GA---------T----GA---AGACC
gi|37 : atc-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA------------------------------------------------------ACG---GA---------C----GA---AGATCA------ATCG-T--------A------------G-AA-AGTCACTT----CT-ATTC-A-GTTGACCTA-AActaaaatgttcaat
gi|38 : AAGAAA--T-TGA--A-A------TATT-CA-A--TT----------------A--------AAG-----C---------AT----GATG------------------ATG---GA---------C----AA---AAACAA------ATAG-C--------A------------A-CA-AGTCCCCTGAG-Tcaaaaaagc
gi|39 : tcaAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CG-A--TTGT-------------TA--------ACGGAAGACGGATGACGAAC----GACG------------------ACA---GA---------C----AA---AAACCA------ATTG-C--------A------------A-
gi|4 : TTTT-GGT--GGATTTGGCCACA---CCTCTC-AGGCTCCAGGTAGCG---GAGACCAT-GGAATCCACA---A-CTTTTG-TCCCCTCGATT-CATAA-ATG-TTC-AATATATC-ATAATTGGT--TGAAAT-AA-GTTC-AGCAG-TTCCAGATGAT-C--TAACAAG--C-TGA--A-A-----ATATT-CA-A--ATGT-------------TT--------GTG-----A---------AT----GACC------------------CTC---AA---------C---------AG----------ATAG-C--------A------------A-TA-GGTCACCGGAG-TC-ACTCGG-G-TAAACTA-GAAa
gi|40 : CTTATTGATC-T---ATACAT---T-CAAGTAAGGGA---AGATT--TTCGTC----CATG--AGTAGTGCC---ATATGT----ATG-ATacggttacccaggtctgagaaggt
gi|41 : -CA-A--TTGT-------------TA--------ATG-----C---------AT----GAAG------------------ACA---GA---------C----CG---AGACCA------ATAG-C--------G------------A-AA-GGTCACCCAAG-T
gi|42 : agttgaagAG--T-TAA--A-G-------GTT--A-A--TTGT-------------TG--------ATG-----C---------AC----AACG------------------------GA---------T----GA---AGACCAGTACGTATTG-C--------A------------A-TA-GGTCAC
gi|43 : TTGTGAT--AGTGTTGGCCACAACCCT---C-AGACTCCAGG--GAGGCAGAGTCC-TTGAAATTCACA---A-
gi|44 : --A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG---------------------GACG------------------ACG----------------------------CA--------CG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTG-----------A-G-TGACCTA-AAA
gi|45 : AAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------TCG-----C----------------ACA------------------GCG---GG---------C----------GACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-GATCAat
gi|46 : AAG--T-TTA--A-A-----ATATT-CA-A--TTGT-------------TC--------ACG-----C----------------ACG------------------ACG---GA---------T----GA---AGACCA------ATTG-C--------A------------A-TA-
gi|47 : ---GA---------T----GC---AGACCA------TTAG-C--------A------------A-CA-CATTACCTGAG-C-AACTC-A-GGTGACCTA-
gi|48 : G------------------ACT---GA---------C----AC---AATCCA------ATTG-C--------A------------AATAAGGTCACCTGAG--TGACTC-A-G-c
gi|49 : a------ATAG-C--------T------------A-TA-AGTCACCCAAG-T-GACTC-AGG-TGACTTA-gt
gi|5 : aaactattTCCTGTTCTAC-TTCCACTATGTAATTT--GTGTTTTCCTTAAATTTCATTACGTTGTGGTTTGCAAGG--GGAG------GAAGATTGATCTACCTTTTGAGCG-AGCATTT-AATC-CCCC--GCCCGCCTTTGAGTTGTGGGCGGCGGCGGTTC-TCAA-AAACCAAACTTT-T--ATATCTG-CCT-T-TCTCAAAG--AT-GTACAT-T-A-----CAAA-TTTGAAAACG--TT-GTGAC-A--GT--TG---TT-TTGAA-AG-ATGAAG-TGA-AA
gi|50 : AAG--T-TAA--A-A-----ACGTT-CA-A--TTAT-------------TA--------ATG-----C----------------ACG------------------ACG---GA---------C----GA---tgctc
gi|51 : AG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----G---------AC----GGCGA-----------------ACG---G---------------GA---AGcgca
gi|52 : TTG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAGTTTAACTC-AGG-TGACCTA-AAA
gi|53 : AGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------c
gi|54 : GT----ATG-ATATG-A-TGACTCTAAGTAGA-AAGGA-AAA---TGCTtggacaatgcacaatg
gi|55 : GT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------CCA---GA---------C----GA---AGACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-
gi|56 : AACAAA---AGGCCCA-CAGGCCTTATCAGT--CACC-
gi|57 : a---AGACGA------ATTG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-TT-ACTT-A-ag
gi|58 : --AGAAACC-T-GAAATTTACC---A-TTTATGTGCCC
gi|59 : aG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----G---------AC----G
gi|6 : T-T-TTTA-AAACATGCATCATTTT----CTAAGGTTTTG--ACA---CC-------AC-CCATG--GT--------CA-T-GAAATTGATG---A-TT--------CCTTGT-------G-ATGTATC-AT---ACG-A-AAT---T--TGATGA-AA-AATG-GTAAT-GT--GC-TTCC-CGAGAAAAAG--T-TGA--T-T-----ATAGT-GA-A--ATAC-------------AA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------ACG---AA---------C----AA---CTACTC------ATCGAA--------A------------A-TA--GTCACCTGAG--TGAATT-A-G-
gi|7 : aaggacttTATCATCTTACAGCATTAAC--AGATAGTTATTTAAAC--TTTACGCCAACCTAAA-ATAAT--ACTAACAGTATCTGGCTCTCCACCCTGGGTCAAAACTGTATCCTCTCAGTAGTCAT--AATTTGTATCAATTTGTGTAAAG-----CCT--TGTACATCAATATGCATTAATTTTTTTTAAACATatgtatcaaatcaaaacgaataac
gi|8 : -------C-T-GAGAATTTGCA-TTT-TGAAT-CC-----T-CGTCTTAAAG--AT-AC--TCAT-A-A--CCAAAATCTGCAAC-AAA---------G--GT--AA---T------------AAAAG-TTATAAAATTATTCAATTAATT-GCA-AGTTTAACACTGACTATG--GGCCTCGCCC-AATACTAAAACCTTTTACCCCTGGTATTATTTGAAATTTACAATAT--ATAAACAAGCATTCTTaatgatatgcggagttataagaaggaattattt
gi|9 : aaaagattt--AGGGACCAT-GAATTTCATATATA-TATATATTCCCCTCTTTCACAAAATATACACC-AT---ATC-A-AAA---C--TGG--------TTA-AAAAG-CT-----TTAT---AGGAAAAA--T-TTA--A-A-----TTGTC-CA-AACTTAT-----------------------ACG-----A---------AC----GACA------------------A------A---------C----GG---ATACGG------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACCCGCG--TGACTT-G-G-GGAt
blockSeqs : TGA A A GT . T T T C A C AG TTA C TTTGAAAGTCACTGA C G AATT AGC A TAATTGTCGTTATC C A C CA A GGACTCTGACATAGTGTCAAAC GAC A T C TGGTGG CCCGTTCAAAA G A A A TGA G T C T TTA ACAACATAGA C G TTCAA TT ACGG TT CCAGT TCAC T GA C T T TGAAC A C AC AC C CATG TG T TC GTAAGACAAAA ATGATA C C CAAACT TCCGATCTATAA T T A GAGT TG AAT A AA AC A TG C . CC A GTGT TTT TACGT T . . TAC GCG A A . . GCCTTT T GT GGCGGTTC C G AATTTATTCTTCCCTTGT TT T AC A T TAAT TGTAGTTAAAACTGGTTCAGCTTTTTCAGAG C T G TTAATTGCA TC G T . TT T TT A . C AT TCTT C G A . GCCA C . . CAGT TCT C G TCT T . TAT GT . . G A TTAA G GT C C C ATG A A C GTGATA T A ACCCTCAGACTCCAGGGAGGCA A A T ATAT A C T TCACAAAAT T A ATAT G T TGGT A TG G A GAGAA CCAGA T AAA G AA G TA T TTAGT T C AA AATGCAGGACAGG TGGAAGAA GAAGACGGATGACGAAC GGCGATAGACGTCGAACC CCT GACTCCATCCAA GTACGT C A CGACTGCA TTGTACATGTAG T A TTTA G G A T
blockSeqs : . . C A . . A T . . T GA . . ACATTAACCAGTTGC . . . A A CAG . A . AC . CAT A . . . GCA GA . . . C . . G . . T CCGTAAA . . TC . . . GCC . . TG T G . TA A . A AT C C . T T . TA . . . GAT . . . . TT . . . . . . A . . . . A . TG AA . . CTTTTATATCTGCCTTT . . . . . TA TTTGAAAACGTTGTGACAGTTGTTTTGAAAG . . A A CT . T . . . TGGTG G C CCTCTCAGGCTCCAGGTAGCG A A . T . T T TTCATAA C . T . . TAA A A . . CAAG AT A CA T . . T . . . . AC TTAAAAAA . CACAATG CAATGACT . CACCAGATAC . C . . . A . TTT G G T .
blockSeqs : . . . . . T TATACAT . . CT . . . TC . . A C T . AA . . . . . . C . . ATTGTAGCTTCTCCAA . . . . . TA CAAATATTGTCTGCAATAGTTTCATAGC . . . CTAA A C CCCGCGGGGTGA T . . A . T T CCCAAA T . T . . TAT A C . . CGTG AG A CA A . . . . . . . . GGTCGGA . CACCTTA GAGAACA . AGATAC . G . . . . . TTG . G T .
blockSeqs : CGCAAT . . AG . . . . . . . . . C . . TTTTGAATCCTCGT . . . . . A TCTAAAAGAATTGAATGATAGTTACACC . . GGG T . GCCCCTAGGCC A . . A . T T AAG T . . . . A T A . . GTGG AG A CA T . . . . . . . . . . CCACA TTCAACA . AACGC . C . . . . . TCA . . G .
blockSeqs : . . . . CCATCA . . . . . . ATCTGCAACAAAGGTAAT AGG G . CCACCCATGGT A . . A . A . CAG C . . . . T A G . . ATGG AG A TA A . . . . . . . . . . GAT T . CAA . A . . . . . TTG . . . .
blockSeqs : . . . C . A . G . . . . . A A G . . CAGT AG A TA G . . . . . . . . . . CAT A . CAA . T . . . . . TG . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . T A G . . AATG AG A CA A . . . . . . . . . . TAA . . CAA . T . . . . . CG . . . .
blockSeqs : . . . . T T A . . AAGC GC A CA G . . . . . . . . . . CAC . . TGA . T . . . . . TG . . . .
blockSeqs : . . T . A . . AAG A A CG T . . . . . . . . . . CAT . . TGG . A . . . . . CT . . . .
blockSeqs : C . . . G . C T G . . . . . . . . . . CAC . . TAC . T . . . . . TC . . . .
blockSeqs : A A G . . . . . . . . . . CAT . . CGA . A . . . . . CA . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . CAC . . TAC . T . . . . . TG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . CAC . . TGC . A . . . . . TG . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . GAT . . GGA . T . . . . . TT . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CAC . . CAA . C . . . . . TG . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AGC . . TGA . T . . . . . TG . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . GAT . . CGA . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CAC . . CAA . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CAT . . CAA . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AAT . . CCG . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CAT . . TGA . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CAC . . TGA . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . GAC . . TGC . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CAC . . CAC . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . GAC . . CGA . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CAC . . CGA . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AAC . . CAA . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CA . . CGG . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . CA . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . GA . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . C . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . C . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : CGTANA******** CC**** TTTAAAANATTGCGACAGTNGTTTCAAC****************** GGG***** NCCCCCAGGCCGGTGA************ TCAAG**** CG**
originalCons : AACAAA---AGGCCCA-CAGGCNTTAACGGTG-CACC-GAGTATCATANCCCATCGCAGGGAGTCTCNTAGGTT---GC-ATTTN--TT--AA---GT--C-----TCAATAC-GAGTA---TTTTGTTCAA-CATAGTTAA-AAT----------ATCT-TTCAAAATATGCAATATG-ATT-C-CT-ATT---------CAT----------ATACACAAG-A-GATTATCATTTCAATCTCACA-C----G-TTGTTCA-------AGAA-TTTTAATGAAAGCC-ATATTG-CNACTT--AATGTCCAGTGAGNCTGACC-TTTGACCTT-TTGACC-C---A-AAAT---T-CAA-TAGAGAA---ANATC--TTCGTC----CATG--AGTAGT-CC---ATGTGT----ATG-ATATG-G-TGACTCTAGGTAGA-AAGGATATA---TGCTCTGAAGAGCCCGGAACA-CATATTGCTAC---TTT--GATGT-CCAGTGCA-T---------TGACCTT----TA-CCTTTTG-ACCCCA------AATTC---GAT------AGAGACAT-CTTTGTCCAATGG---TAGTNATA--TATGT-ATGATAT-GGT--GACTCT--AGGTNGAAAGGTCTGGGAAACCATTCTGTCTACAGACGGATGGACAGACAACCTGATTCCAGTAACCCACCAGAACTTGTTGCAGGGTATAATTATGATAAAAGGCTCCCTTCTCATTCCAAATATTCATTTACTTCCACTTAATATTAATATCATTAAAAAGATGCTTTTCAAATGTTTACATATAAACAATATGTACCAAGTTTGCCCCTCCCCCCCAGGTCAGAACCCAGTCAGAATCCCCGGGGGATTACCAAATTTACAATTTTGGTAAAGGCCTTCCTGCTCTACATTCCACTATGCAATTTTGGTGTTTCCCTCAAATTTCATTACGTTGCGGTTTGCAAGGAAGGAGATTTTTGAAGATTGGTCTACCTTTTGGGCGCAGT-TTT-GCCC-CCCC--GCCCG-----GGG-TGCGAGAGAC-------C-T-GA-AATTCACAATTT-T--AT-CC---CCT-CGTCCCAAAG--AT-GT--TT-T-ATA--CCAAA-TCTGAAAA-GAATT-G-GACTG--GT--AG---TT-TC--A-AG-AAGAAG-TTA-AAAATTGTTCAATTG-TT-GCA-AGTTTATCANCGACCATNTTGGCCTCGCCCTAATACTAAAACCCTTTACCCCTGGNATCATTTGAAATTTACAATNTTGATAAACAGGCATTCTTATTCATTCAAAATATCCATTTAGGTTCACATTAATATCATCTTACAGCATTAANGAAGATGNTTATTCAAACGTTTTACGCCAACNTAAACACAATGTACCAACAGTGTCTGGCTCTCCGCCCTGGGTCAGAACCGTACCCTCTCGGNGGTCACCAAATTTGTATCAATTTNNGTAAAGGCGTTCCTGCTNTACATCANTATGCATTTGTTTTTCTCAGACATGNGCGGTTTGTCANGCGNAAGAT-T-TTTG-AAAT-TG-GTCATTTTG-GGC--AGNTTTTGCCACA---CC---C-AGGC-CCAGG--GTG--AGAGACC-T-GAAATTCACA---A-TTTNTGTTCCCCTCGTCC-CAAAG-ATGCTTC-A----ACC-A-AAT---T--TGAAAA-GA-ATTG-GANAG-GT--AG-TTAT-CAAGAAGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------ACG---GA---------C----GA---AGACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAG-TTGACTC-A-G-TGACCTA-AAA
finalCons : AACAAA---AGGCCCA-CAGGCNTTAACGGTG-CACC-GAGTATCATANCCCATCGCAGGGAGTCTCNTAGGTT---GC-ATTTN--TT--AA---GT--C-----TCAATAC-GAGTA---TTTTGTTCAA-CATAGTTAA-AAT----------ATCT-TTCAAAATATGCAATATG-ATT-C-CT-ATT---------CAT----------ATACACAAG-A-GATTATCATTTCAATCTCACA-C----G-TTGTTCA-------AGAA-TTTTAATGAAAGCC-ATATTG-CNACTT--AATGTCCAGTGAGNCTGACC-TTTGACCTT-TTGACCCGTANA--------T-CAA-TAGAGAA---ANATC--TTCGTC----CATG--AGTAGTCC----ATGTGT----ATG-ATATG-G-TGACTCTAGGTAGA-AAGGATATA---TGCTCTGAAGAGCCCGGAACA-CATATTGCTAC---TTT--GATGT-CCAGTGCA-T---------TGACCTT----TA-CCTTTTG-ACCCCA------AATTC---GAT------AGAGACAT-CTTTGTCCAATGG---TAGTNATA--TATGT-ATGATAT-GGT--GACTCT--AGGTNGAAAGGTCTGGGAAACCATTCTGTCTACAGACGGATGGACAGACAACCTGATTCCAGTAACCCACCAGAACTTGTTGCAGGGTATAATTATGATAAAAGGCTCCCTTCTCATTCCAAATATTCATTTACTTCCACTTAATATTAATATCATTAAAAAGATGCTTTTCAAATGTTTACATATAAACAATATGTACCAAGTTTGCCCCTCCCCCCCAGGTCAGAACCCAGTCAGAATCCCCGGGGGATTACCAAATTTACAATTTTGGTAAAGGCCTTCCTGCTCTACATTCCACTATGCAATTTTGGTGTTTCCCTCAAATTTCATTACGTTGCGGTTTGCAAGGAAGGAGATTTTTGAAGATTGGTCTACCTTTTGGGCGCAGT-TTT-GCCC-CCCC--GCCCG-----GGG-TGCGAGAGAC-------C-T-GA-AATTCACAATTT-T--AT-CC---CCT-CGTCCCAAAG--AT-GT--TT-T-ATA--CCAAATTTAAAANATTGCGACAGTNGTTTCAAC------------------AAGAAG-TTA-AAAATTGTTCAATTG-TT-GCA-AGTTTATCANCGACCATNTTGGCCTCGCCCTAATACTAAAACCCTTTACCCCTGGNATCATTTGAAATTTACAATNTTGATAAACAGGCATTCTTATTCATTCAAAATATCCATTTAGGTTCACATTAATATCATCTTACAGCATTAANGAAGATGNTTATTCAAACGTTTTACGCCAACNTAAACACAATGTACCAACAGTGTCTGGCTCTCCGCCCTGGGTCAGAACCGTACCCTCTCGGNGGTCACCAAATTTGTATCAATTTNNGTAAAGGCGTTCCTGCTNTACATCANTATGCATTTGTTTTTCTCAGACATGNGCGGTTTGTCANGCGNAAGAT-T-TTTG-AAAT-TG-GTCATTTTGGG-----GNTTTTGCCACANCCCCCAGGCCGGTGA------------GAGACC-T-GAAATTCACA---A-TTTNTGTTCCCCTCGTTCAAG----ATGCTTC-A----ACC-A-AAT---T--TGAAAA-GA-ATTG-GANAG-GT--AG-TTAT-CAAGAAGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------ACG---GA---------C----GA---AGACCA------ATCG-C--------A------------A-TA-GGTCACCTGAGCG--ACTC-A-G-TGACCTA-AAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTTTTATGGTTTTAGCCACACCTCTCAGACATTGGGAACAGAAACCCCGGAATCAACAAATTTATTTCCCGTGACCAATATATGATGAATACCAAAATTCATTGACATTGGTTCAGCCGTT
Unaligned ( gi|25 ): CCCATAGATGTTATATACATGTTCTAAGGTTTAGCCGTTTTGGAGAAGTTGGATATATTCAAAAGTTTACGATAGACGAACGACAAAGGACGAAAGCAG
Alignments
lowQualScore : 111 1 1 22 1 11 22222 4444444444444444444444 22 3333 222 66666666666666 1 1 111 1 8888888888888888888888 2222 44444444 555555555555 1 1 1 222 1 111 222222222222222 11111 11 1111 11 222222 1111 111 22222 22 2222 11 11 88888888888 2222222 1 333333 333333333333 1 3333 222 1 22 11 11 1 11 1 222222 222 22222 1 11 333333 222 2222 1 1 1 11 333333 1 222222222 5555555555555555555555 11 11111 1 444444444 111 2222222222 44444444444 111 1 1 11 11 11 1 11 2222 111 1 11 2222 1 11 2222 222 1 1 222 11 222 22222 11 1111 11 111 22 1 1 111111 55555555555555555555555555 1 11111 4444444444 1111 111111 1111111111111 111111111111111111111 222222222222222222 1111111111111111111 1111 111
lowQualScore : 777 0 0 99 0 7 1 7 6 7 1 55 66666 7777777777777777777777 00 6 0000 777 7 00000000000000 3 7 3 666 3 3333333333333333333333 4444 7 7 6 55555555 444444444444 2 3 3 1 555 6 1 6 3 444 999999999999999 8 66666 11 7777 11 0 888888 4444 6 222 3 5 8 0 22222 7 6 00 44 2 0000 33 3 33 77777777777 8888888 3 6 888888 999999999999 3 7 7 0000 88 555 3 55 88 7 88 1 5 77 5 999999 111 66666 5 88 000000 111 2222 3 3 3 88 444444 3 77 999999999 8 8 1111111111111111111111 11 44444 0 444444444 3 8 999 8 1 6666666666 8 8 6 11111111111 11 999 5 5 88 1 88 1 88 5 88 4444 999 1 5 88 3333 1 5 88 3333 111 5 5 111 1 88 111 22 66666 77 1 1 3333 1 88 1 2 1 777 00 3 3 333333 8 55 7 66666666666666666666666666 0 33333 4 2 55 5 2222222222 66 4 777 4 8888 4444 3 222222 0 3 3 3 88888 44444 444 444 3 11 1 33 1 33333 1 1 33 4444444444444 44444444 000000000000000000000 222222222222222222 222 0000000000000000000 333333 4 1 44444444 2 1 0000 2 4 222 7 3
lowQualScore : ... . . .. . . . . . . . .. ..... ...................... .. . .... ... . .............. . . . ... . ...................... .... . . . ........ ............ . . . . ... . . . . ... ............... . ..... .. .... .. . ...... .... . ... . . . . ..... . . .. .. . .... .. . .. ........... ....... . . ...... ............ . . . .... .. ... . .. .. . .. . . .. . ...... ... ..... . .. ...... ... .... . . . .. ...... . .. ......... . . ...................... .. ..... . ......... . . ... . . .......... . . . ........... .. ... . . .. . .. . .. . .. .... ... . . .. .... . . .. .... ... . . ... . .. ... .. ..... .. . . .... . .. . . . ... .. . . ...... . .. . .......................... . ..... . . .. . .......... .. . ... . .... .... . ...... . . . . ..... ..... ... ... . .. . .. . ..... . . .. ............. ........ ..................... .................. ... ................... ...... . . ........ . . .... . . ... . .
lowQualScore : 555 0 8 00 0 3 0 3 7 3 0 77 77777 7777777777777777777777 00 7 7777 333 3 77777777777777 3 3 3 777 3 7777777777777777777777 3333 3 3 7 77777777 777777777777 0 3 3 0 777 7 0 7 3 555 888888888888888 0 00000 00 0000 00 8 444444 2222 7 000 2 6 0 8 00000 3 7 77 00 5 0000 88 2 22 33333333333 7777777 3 7 333333 000000000000 3 3 3 0000 33 777 3 33 33 3 33 0 5 55 5 000000 555 55555 5 55 555555 555 5555 3 3 3 33 000000 3 33 000000000 0 0 2222222222222222222222 00 44444 6 222222222 8 0 444 0 0 0000000000 0 0 5 00000000000 77 555 5 5 55 0 55 0 00 0 55 0000 000 0 5 00 0000 0 0 00 5555 000 0 0 000 0 00 555 00 00000 55 0 0 7777 0 00 0 5 0 777 77 3 3 444444 8 00 5 66666666666666666666666666 0 44444 0 6 22 0 8888888888 99 2 888 4 3333 1111 6 888888 2 1 3 3 88888 99999 555 333 2 99 4 11 2 11111 2 2 22 1111111111111 11111111 999999999999999999999 999999999999999999 000 7777777777777777777 444444 4 2 33333333 4 2 2222 0 2 111 1 1
consensus : AACAAA---AGGCCCA-CAGGCNTTAACGGTG-CACC-GAGTATCATANCCCATCGCAGGGAGTCTCNTAGGTT---G-CATTT--NTT--A---AGT--C-----TCAATAC-GAGTA---TTTTGTTCAA-CATAGTTAA-AAT----------ATCT-TTCAAAATATGCAATATG-ATT-C-CT-ATT---------CAT----------ATACACAAG-A-GATTATCATTTCAATCTCACA-C----G-TTGTTCA-------AGAA-TTTTAATGAAAGCC-ATATTG-CNACTT--AATGTCCAGTGAGNCTGACC-TTTGACCTT-TTGACC----C-GTAAA--T-CAA-TAGAGAA---ANATC--TTCGTC----CATG--AGTAGT-CC---ATGTGT----ATG-ATATG-G-TGACTCTAGGTAGA-AAGGATATA---TGCTCTGAAGAGCCCGGAACA-CATATTGCTAC---TTT--GATGT-CCAGTGCA-T---------TGACCTT----TA-CCTTTTG-ACCCCA------AATTC---GAT------AGAGACAT-CTTTGTCCAATGG---TAGTNATA--TATGT-ATGATAT-GGT--GACTCT--AGGTNGAAAGGTCTGGGAAACCATTCTGTCTACAGACGGATGGACAGACAACCTGATTCCAGTAACCCACCAGAACTTGTTGCAGGGTATAATTATGATAAAAGGCTCCCTTCTCATTCCAAATATTCATTTACTTCCACTTAATATTAATATCATTAAAAAGATGCTTTTCAAATGTTTACATATAAACAATATGTACCAAGTTTGCCCCTCCCCCCCAGGTCAGAACCCAGTCAGAATCCCCGGGGGATTACCAAATTTACAATTTTGGTAAAGGCCTTCCTGCTCTACATTCCACTATGCAATTTTGGTGTTTCCCTCAAATTTCATTACGTTGCGGTTTGCAAGGAAGGAGATTTTTGAAGATTGGTCTACCTTTTGGGCGCAGT-TTT-GCCC-CCCC--GCCCG-----GGG-TGCGAGAGAC-------C-T-GA-AATTCGCAATTT-T--AT-CC--CCT-CGTCTCAAAG--ATGT--TT-TATACCAAATTTG-AA--AANAT-TG-CGAC-AGTNGTT-TC--A-AGAAGAAG-TTA-AAAATTGTTCAATTG-TT-GCA-AGTTTATCANCGACCATNTTGGCCTCGCCCTAATACTAAAACCCTTTACCCCTGGNATCATTTGAAATTTACAATNTTGATAAACAGGCATTCTTATTCATTCAAAATATCCATTTAGGTTCACATTAATATCATCTTACAGCATTAANGAAGATGNTTATTCAAACGTTTTACGCCAACNTAAACACAATGTACCAACAGTGTCTGGCTCTCCGCCCTGGGTCAGAACCGTACCCTCTCGGNGGTCACCAAATTTGTATCAATTTNNGTAAAGGCGTTCCTGCTNTACATCANTATGCATTTGTTTTTCTCAGACATGNGCGGTTTGTCANGCGNAAGAT-T-TTTG-AAAT-TG-GTCATTTTG-G-G--GNTTTTGCCACANCCCCCAGGC--C---GGTG--A--G--AGA---CC-TGAAATTCAC-A---A-TTTNTGTTCCCCTCG-T-CC--A----AGA--TGCTT---C-A----A-CC-A-AAT---T--TGAAAA-GA-ATTG-GANAG-GT--AG-TT--AT-CAAGAAGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------ACG---GA---------C----GA---AGACCA------ATCG-C--------AA-TA-GGTCACCTGAG--TGAC-TC-A---G-TGACCTA-AAA
Reference ( family-1806 ) : AACAAA---AGGCCCA-CAGGCNTTAACGGTG-CACC-GAGTATCATANCCCATCGCAGGGAGTCTCNTAGGTT---G-CATTT--NTT--A---AGT--C-----TCAATAC-GAGTA---TTTTGTTCAA-CATAGTTAA-AAT----------ATCT-TTCAAAATATGCAATATG-ATT-C-CT-ATT---------CAT----------ATACACAAG-A-GATTATCATTTCAATCTCACA-C----G-TTGTTCA-------AGAA-TTTTAATGAAAGCC-ATATTG-CNACTT--AATGTCCAGTGAGNCTGACC-TTTGACCTT-TTGACC----C-GTANA--T-CAA-TAGAGAA---ANATC--TTCGTC----CATG--AGTAGT-CC---ATGTGT----ATG-ATATG-G-TGACTCTAGGTAGA-AAGGATATA---TGCTCTGAAGAGCCCGGAACA-CATATTGCTAC---TTT--GATGT-CCAGTGCA-T---------TGACCTT----TA-CCTTTTG-ACCCCA------AATTC---GAT------AGAGACAT-CTTTGTCCAATGG---TAGTNATA--TATGT-ATGATAT-GGT--GACTCT--AGGTNGAAAGGTCTGGGAAACCATTCTGTCTACAGACGGATGGACAGACAACCTGATTCCAGTAACCCACCAGAACTTGTTGCAGGGTATAATTATGATAAAAGGCTCCCTTCTCATTCCAAATATTCATTTACTTCCACTTAATATTAATATCATTAAAAAGATGCTTTTCAAATGTTTACATATAAACAATATGTACCAAGTTTGCCCCTCCCCCCCAGGTCAGAACCCAGTCAGAATCCCCGGGGGATTACCAAATTTACAATTTTGGTAAAGGCCTTCCTGCTCTACATTCCACTATGCAATTTTGGTGTTTCCCTCAAATTTCATTACGTTGCGGTTTGCAAGGAAGGAGATTTTTGAAGATTGGTCTACCTTTTGGGCGCAGT-TTT-GCCC-CCCC--GCCCG-----GGG-TGCGAGAGAC-------C-T-GA-AATTCACAATTT-T--AT-CC--CCT-CGTCCCAAAG--ATGT--TT-TATACCAAATTT--AA--AANAT-TG-CGAC-AGTNGTT-TC--A-ACAAGAAG-TTA-AAAATTGTTCAATTG-TT-GCA-AGTTTATCANCGACCATNTTGGCCTCGCCCTAATACTAAAACCCTTTACCCCTGGNATCATTTGAAATTTACAATNTTGATAAACAGGCATTCTTATTCATTCAAAATATCCATTTAGGTTCACATTAATATCATCTTACAGCATTAANGAAGATGNTTATTCAAACGTTTTACGCCAACNTAAACACAATGTACCAACAGTGTCTGGCTCTCCGCCCTGGGTCAGAACCGTACCCTCTCGGNGGTCACCAAATTTGTATCAATTTNNGTAAAGGCGTTCCTGCTNTACATCANTATGCATTTGTTTTTCTCAGACATGNGCGGTTTGTCANGCGNAAGAT-T-TTTG-AAAT-TG-GTCATTTTG-G-G--GNTTTTGCCACANCCCCCAGGC--C---GGTG--A--G--AGA---CC-TGAAATTCAC-A---A-TTTNTGTTCCCCTCG-T-TC--A----AGA--TGCTT---C-A----A-CC-A-AAT---T--TGAAAA-GA-ATTG-GANAG-GT--AG-TT--AT-CAAGAAGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------ACG---GA---------C----GA---AGACCA------ATCG-C--------AA-TA-GGTCACCTGAG--CGAC-TC-A---G-TGACCTA-AAA
gi|1 : AACAAG---AGGCCCA-CAGGCTTTAACAGT--CACCAGAGTATCATAGCCCA-CACAGGGAGTCTCATA--TT---G-CATTT--CTT--A---AGT--C-----TCAATACAGAGTA---TTTTATTCA--CAT-GTTAA-AAT----------ATCT-TTCAATATATGCA-TATG-ATT-C-CT-ATT---------CAT----------ATACACAAGAA-GATTATCATTTCAATCTCACA-C----GATTGTTCA-------AGAATTTTTAATGAAAACC-ATATTG-CTACTT--AATGTCCAGTGAGCTTGACC-TTTGACCTT-TTGACC-------TAAAATT-CAA-TAAAGAA---ACATC--TTCGTC----CATG--AGTAGC-AT---ATATGT----ATG-ATATA-G-TGACTCTAGGTAGA-AAGGATA-A---TGCTCTG--GAACCCGAAAC--CATATTGCTAC---TTT--GATGT-CCAGTGCACT---------TGACCTT----TGCCCTTTTG-ACCCCA------AATTC---AAT------AGAAACAC-CTTTGTCCAATGG---TAG-ACCA--TATGC-ATGATAT-GGT--GACTCT--AGGTGGAAAAGTCTGGGAAACCATTCTGTCTACAGACGGATGGACAGACAACCTGATTCCAGTAACCCACCAGAACTTGTTGCAGGGTATAATTATGATAAAAGGCTCCCTTCTCATTCCAAATATTCATTTACTTCCACTTAATATTAATATCATTAAAAAGATGCTTTTCAAATGTTTACATATAAACAATATGTACCAAGTTTGCCCCTCCCCCCCAGGTCAGAACCCAGTCAGAATCCCCGGGGGATTACCAAATTTACAATTTTGGTAAAGGCCTTCCTGCTCTACATT--ACTATGC-ATTTTGG---TTCTCTCAAA---CAT---G-TGCGG-TTGTAAAGAAGAAGATTTTTGAAAATTGGTC-A-CTTTTGG--GCAGT-TTT-GCCCACCCCAAGCCCA-----GGG-TGCAAGAGAC-------C-T-GA-AATTTACAATTTAT--GTGCC--CCT-TGTCCCAAAG--ATGC--TT-TATACCAAATTTGAAA--AGAAT-TG--GACTGGTGGTTATC--A-AGAAGAAG-TTA-AAAATTGTTCAATTG-TTAACACATTTCATCAATGACCATTTTGGCC-CACCCTAATACTAAAACCC--TACCCCTAGGATCA--TGAAATTTACAATTTTGATAAA-AGGC--TCTTATTCATTCAAAATATCCATTTAGGTTCACATTAATATCA----ATAGCATTAAAGAAGATGCTT-TTCAAATGTTTTAT----ATATAAACACAATGTACCAA----GTTTGGC---CCG-CCTGGGTCAGAACC-TACCC---CGGAGATCACCAAATTTA---CAATTTTGGTAAAGGCGTTCCTGCTCTACATCACTATGCATTTGTTTTTCTCAGACATGTGCG--TTGTTAAGAAGAAGAT-T-TTTGAAAAT-TG-GTCACTTTG-G-GCAGTTTTTGCCACA--CCCAAGGC--CCAGGGTGTAA--G--AGA---CC-TGAAATTTAC-A---A-TTTATGTGCCCCTTG-T-CCCAA----AGA--TGCTT---C-A----A-CC-A-AAT---T--TGAAAA-GA-ATTG-GACAG-GT--GG-TT--AT-CAAGAAGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------AAG---GA---------C----GA---AGACCA------ATTG-C--------AA-TA-GGTCACCTGAGT-TTAC-TT-A---G-TGACCTA-AAA
gi|10 : GT-TTTAGCCC-CACC--CCTCA-----AGG-TGGTAGAGAT-------AAT-GA-AATTCTCA------------C--CAT-CA-CTCATAG--ATGT--TA-TATACCAAATGT--AGTTAAAAC-TG-GTTC-AGCTTTT-TC--AGAGGAGGAG-CTG-GAAATT-TTCAA---------A-AGTTTATCATCGAC
gi|11 : ttttcctgTACTGCTACATGTTA--GATG--CCACTGTAGTAAGACAAAATGACCTTATGATA-CGCTTTGCACCTCACAAACTAATTCTCCGATCTATAAAGAGATATTCTTTATCCAATGGAGTTAGTGATAAATATGT-ATGATATAAGTACGACTCTTGAGGTCGAAAGGtcaagacaacggacaaaaacag
gi|12 : AAATTCAC-T---A-TTTCTGTTCCCCTCC-T-----A----AGA--TGTTT---T-A----A-ATGA-AAG---A--TGAAAA-AAGATCAAGACAA-GT--AT-TT--TT-T-----GAAG--TGTTG--A-A-----ATGTT--A-A--TGGG-------------TA--------ATG-----G---------AT----GACA------------------ACA---GA---------C----AA---TTGCTA------TTCA-A--------AA-TA-AGTCACCTGAG--TAAC-Taataat
gi|13 : aTGCATTTGTTTTTC----GCTTGGGCGGTTTGTCACGCGCAAGATATGTTTG--AGT-TG-GTCCTTTTG-G-G--GTTTTTGC----ACCCGCGG--------GGTG--A--G--CG----CC-TGCATTTCCC-------TTTTTG-TGCGCTTG-T-C--------AGA--TGCTT---C-T----C-CC----AT---T--TGCAAA-ttggttataaataaaa
gi|14 : T---C-A----A-C--A-AAT---TAATGAAAGTGA-AGTG-AA----GT--A--TT--AT--AAGAGAAAGAAT-TGG--A-A-----ATGTT-GA-A--ATGC-------------TA--------ACC-----C---------AT----GACGGAGAACA-----------ATG---GA---------C----AA---AAA--A------ATCG-C--------GG-CA-GGTCACCTTAG--TG
gi|15 : gacgC-A-AAA---A--TGATAG-CA-ACTG-GCCGT-GT--AG-TT---T-CAATAAA-----C-TAA--A-C-----ATGTA-GA-A--TTGT-------------TA----------------T---------AA----GACG------------------ACG---AA---------C----AA---AGATCA------ACGG-C--------AA-CA-TGTCACCTGAG--TGCC-T--A---G-TAAta
gi|16 : AA-AA-AT-G-GAGTG-GG--AG-TT--AT-CAAA--------T-TAA--A-A------TGTTTCA-A--TTAT-------------TT--------ATG-----C---------AC----CACA------------------A------A---------T----GA---AGACTA------AACA-CCGACTGCAAA-TA-GGTCACCTGAG--TGAT-TC-A---GATCACCTA-agataaacaatgta
gi|17 : -GA-AATG-GAAAG--T--AG-GT--AT-CAATACTAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-TA-A--TTCC-------------TA--------ATA-----C---------ACAATGGACG------------------ATG---CA---------CACCAGATACAGACCA------ATAG-C--------AA-TA-AGTAACCCAAG--CGAC-TC-AG--G-TGACCTA-taaaggttata
gi|19 : TTTTA-G-G--G-TTTTGACACAGCCCCTAGGC--C---------------ACA---CC-C-AAATTCATAA---A-TCTTCGTTCCCTTCA-TCCC--A----AAA--TGTTC---CAA----A-AC-A-AGT---T--TGAc
gi|2 : ttAACAAATGAAGGCCCA-CAGGC-TTAACGGTGTCACC-GAG-ATCATATCCCATCG---GGAGTCTCCCAAGTT---G-CATCT--TTTGAA---AGT--CACTGATCATTA--GGGTG------TGTTCAA--ATAGTAAATAATTGTCGTTATCATCTCTTCAAAATATGGCATATGCATT-CACTAATTGGACTCTGACATAGTGTCAAACATACACAAG-ACAATT-TCATTTCAACCACA-A-TGGTGG-TTGTTCACCCGTTCAAAA-TGTTAAGAAAAGCCAATACTG-CAATGT---ATGCCCAGTGAGTCTATCCTTTTGAGCT------CC----C-GCAAT--TCCAA-TAGAGAATTCAAATCTTTTCGCCACGGCATG--GGT-GT-------TGTGTTCACATA-ATATtgcaaaatggtcatgtgttttctaag
gi|2 : -TGACTCTTGA-AGA-AAGAATATGAACCGCCATGAAGAGCCCAGAACACCATATTG-TAC---TTTTGGATGTCCCAGTcatgtcatggaacatgaacgcacgccgttatcactctgactcttgaagaaagaatatgaaccgccatgaagagcccagaacaccatattgtacttttggatgtcccagt
gi|20 : aacaaatgaaggcccacaggcttaacggtgtcaccgagatcatatcccatcgggagtctcccaagttgcatcttttgaaagtcactgatcattagggtgtgttcaaatagtaaataattgtcgttatcatctcttcaaaatatggcatatgcattcactaattggactctgacatagtgtcaaacatacacaagacaatttcatttcaaccacaatggtggttgttcacccgttcaaaatgttaagaaaagccaatactgcaatgtatgcccagtgagtctatccttttgagctcccgcaattccaatagagaattcaaatcttttcgccacggcatgggtgttgtgttcacataatatcatgtcatggaacatgaacgcacgccgttatcactcC-------C-T-GA-AATTCACAATTG-T--AG-CT--TCTCCAACCCAAAATTGTGT--TT-TATACCAAAC-----A--AATAT-TGTCTGC-AATAGTT-TCATA-GCAAGAAGCTTG-AAAATTGTTCAA
gi|21 : aagggatggcac---T--TAAAAA-GA-ATTC-GAATG-GT--AG-TT---T-TAAAATG--T--T-TAT--ATA-----ATATT-CA-A--ATGT-------------TATGGAAGAAGCG-----CC--------ACA---GACG------------------ACG---AA---------A----GATACACACCA------ATTA-C--------AA-TA-GGCCACCTGAG--
gi|22 : AAG--T-TCA--A-A-----AAGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------A------ACG------------------ATG---GAGACTCCATCC----AA---CAACCA------TTTG-C--------AATTA-GGTCATCTGAG-----T-TT-ATAGG-TGGCCTA-AAt
gi|23 : --AT-TAA-AAGAAC--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGTTTAAAAAA-----TG--------ATG-----C---------AT----GACA------------------ACA---GA---------T----GG---TGAGCA------ATTG-C--------Atattcatagttatgcaccaa
gi|24 : -CC-A-AAT---TATTGAAAA-GA-ATTG-GAGAGAAT--AG-TT--ATAAAAGAGGGAA--A-TAAT-A-ATTAGTATATT-CACA--TTGT-------------TA--------GCA-----C---------AC----AACA------------------ACA---GA---------C-----A---CGGTCA------ATttgtacatgtagatagatcaccctagttgac
gi|26 : --T-TAA--A-G-----AAGTT-AA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----C---------ACCTTAGACG------------------ACACCTGA---------T----AC---AGATAA------ATAA-A--------AA-TG-GGTCACCAAAG--TGAC-TC-A---GTTGACCTA-AAAt
gi|27 : --AT-CAAAGAAAAG--T-TTA--A-A-----AT-----------TGT-------------TA--------ACG-----C---------AT----GACGGGCGATAGACGTCGAACCACG---GAAA-------C----GC---TGACCA------ATTG-C--------AA-TA-GGTCATCTGAG--atg
gi|28 : GAAATTAAA-A---AATTTATTCTTCCCTTG-TACC--A----AGGATTGTTTTTAT-A----ATCC-A-AAT---C--T-AAAA-GA-ATTG-AAT-G-AT--AG-TTACAC-CAGGAAa
gi|29 : -TTGACC----CCGTAAA--T-CAA-TAGTGGA---TCATC--TTCGTC----CAT---AGTAGT-CCAGTATGTAT----ATGTATATG-GATGA-TCTAGGTGGATAAGGAT
gi|3 : AA---GGGCCCAACAGGCATTAACGATA-CCCT-GAGTATCATAAGCAATCGCAGGG-----TTTAGATTTTAGCCATTTACATT--AACCAGTTGC-----TCAATAC-GA-TAAATTTTTGTTCAAGCATAGTTTA-CAG----------ATCT-TTCAAATTATGCAATATG-ATTAC-CT-ATT---------CAT----------ATACACAA--A-GATTATCA-TTCAATCTCACAGC----A-TTGTTCA---------GA-TTTAAATGAAA-CC-ATATTGACCACTTTGAAT-TCCAGTGATGCTGA-C-TTTGACC-T-TTGATCACAAC-ATAGA--T-CTA-TAGAGAA---CTCTT--TTGACC----CATGTTTGCAGT-TC---ATGTGT----ATG-ATATGTG-TGATTCTATGGAGC-GAAGATCTA---TATTCTGAAGAG-CTGGAATA-AAT----CTA----TTT--GA-GT-CCAGTGCA-----------TGACCTT----TA-CCTTTTG-A-CCCA------AATTC---GAT------AAAGACAT-C-TTGTCT-ATG-----AGTTATA---ATGTAATGATAT--GT--G--CCT--AGGTAGA
gi|30 : ac--A-A-----TTATT-CA-A--TTGT-------------CA--------ACA-----C---------AC----AATGT-----------------AC-----A---------C---------AGATCA------ATAG-C--------AA-TA-AGTCATCTAAC--TCACTTC-A---G-TGATCTATAAA
gi|31 : gttG-TT--AT-CAGGAAT--G--T-TAATAA-A-----ATGTT-CA-A--TAGT-------------TA--------ACG-----C---------AC----TATG------------------GAA---GA---------C----GA---CAAT--------ATTA-C--------AG-TA-GATCGCCTta
gi|32 : -A--TTGT-------------TA--------ATG-----G---------AT----GACGTTCAACA-----------ACG---AA---------T----AC---AGACCA------ACAG-C--------AA-TA-GGTCATTTGAT--TGAT-TTGA---G-TGAACTA-AAtaattca
gi|33 : G--T-TTA--A-A-----ATGTT-CA-G--TTGCAATGCAGGACAGGCA--------ATG-----C---------AC----AAAG------------------ACA---GA---------T----GC---AGACCA------ATTG-C--------AA-TA-GGTCATCTAAtata
gi|34 : AGAAG--A-TGA--T-T-----ATGGT-GA-A--ATGG-------------TA--------ACG-----A---------GC----GATG------------------AGG---GA---------G----GA---CTACCA------ATCG-C--------AA-TA-GGTCAC----G--TGAC-TC-A---a
gi|35 : agG--T-TTA--A-A-----ATGTT-AA-AAATTGT-------------TA--------GCG-----G---------AT----GATGCAATGACT----------ATG---GA---------C----AA---AGACAT------ATTG-C--------AA-TA-GGTCACCTGAcg
gi|36 : AAGAAG--T-TAA--A-T-----ATGTT-CA-A--TTGTGGTCGGA------CA--------ATG-----C---------AC----GATG------------------TTG---GA---------T----GA---AGACC
gi|37 : atc-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA------------------------------------------------------ACG---GA---------C----GA---AGATCA------ATCG-T--------AG-AA-AGTCACTT-----CTAT-TC-A---GTTGACCTA-AActaaaatgttcaat
gi|38 : AAGAAA--T-TGA--A-A------TATT-CA-A-----T-------------TA--------AAG-----C---------AT----GATG------------------ATG---GA---------C----AA---AAACAA------ATAG-C--------AA-CA-AGTCCCCTGAG--caaaaaagc
gi|39 : tcaAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CG-A--TTGT-------------TA--------ACGGAAGACGGATGACGAAC----GACG------------------ACA---GA---------C----AA---AAACCA------ATTG-C--------AA-t
gi|4 : TTTTG-GTG--GATTTGGCCACACCTCTCAGGC--TCCAGGTA--GCGG--AGA---CCATGGAATCCAC-A---A-CTTTTGT-CCCCTCGAT-TC--AT---AAA--TG-TT---C-AATATA-TC-ATAATTGGT--TGAAAT-AA-GTTC-AGCAG-TTCCAGATG--AT-C--TAACAAG--C-TGA--A-A-----ATATT-CA-A--ATGT-------------TT--------GTG-----A---------AT----GACC------------------CTC---AA---------C---------AG----------ATAG-C--------AA-TA-GGTCACCGGAG--TCAC-TCGG---G-TAAACTA-GAAa
gi|40 : CTTATTGATC----T-ATACA--TTCAAGTAAGGGA---AGATT--TTCGTC----CATG--AGTAGTGCC---ATATGT----ATG-ATacggttacccaggtctgagaaggt
gi|41 : -CA-A--TTGT-------------TA--------ATG-----C---------AT----GAAG------------------ACA---GA---------C----CG---AGACCA------ATAG-C--------GA-AA-GGTCACCCAAG--
gi|42 : agttgaagAG--T-TAA--A-G-------GTT--A-A--TTGT-------------TG--------ATG-----C---------AC----AACG------------------------GA---------T----GA---AGACCAGTACGTATTG-C--------AA-TA-GGTCACt
gi|43 : TTGGCCACAACCCTCAGACTCC---AGGG--A--GGCAGAGTCCT-TGAAATTCAC-A---A-
gi|44 : ttgtgatagtg--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG---------------------GACG------------------ACG----------------------------CA--------CG-C--------AA-TA-GGTCACCTG------------A---G-TGACCTA-AAA
gi|45 : AAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------TCG-----C----------------ACA------------------GCG---GG---------C----------GACCA------ATTG-C--------AA-TA-GATCAat
gi|46 : AAG--T-TTA--A-A-----ATATT-CA-A--TTGT-------------TC--------ACG-----C----------------ACG------------------ACG---GA---------T----GA---AGACCA------ATTG-C--------AA-TA-
gi|47 : ---GA---------T----GC---AGACCA------TTAG-C--------AA-CA-CATTACCTGAG--CAAC-TC-AG--G-TGACCTA-
gi|48 : G------------------ACT---GA---------C----AC---AATCCA------ATTG-C--------AAATAAGGTCACCTGAG--TGAC-TC-A---G-c
gi|49 : a------ATAG-C--------TA-TA-AGTCACCCAAG--TGAC-TC-AG--G-TGACTTA-gt
gi|5 : aaactattTCCTGTTCTAC-TTCCACTATGTAATTT--GTGTTTTCCTTAAATTTCATTACGTTGTGGTTTGCAAGG--GGAG------GAAGATTGATCTACCTTTTGAGCG-AGCATTT-AATC-CCCC--GCCCGCCTTTGAGTTGTGGGCGGCGGCGGTTC-TCAA-AAACCAAACTTT-T--ATATCTGCCT-T-TCTCAAAG--ATGTACAT-TA---CAAATTTG-AA--AACGT-TG-TGAC-AGTTGTT-TTGAA-AGATGAAG-TGA-AA
gi|50 : AAG--T-TAA--A-A-----ACGTT-CA-A--TTAT-------------TA--------ATG-----C----------------ACG------------------ACG---GA---------C----GA---tgctc
gi|51 : AG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----G---------AC----GGCGA-----------------ACG---G---------------GA---AGcgca
gi|52 : TTG-C--------AA-TA-GGTCACCTGAGTTTAAC-TC-AG--G-TGACCTA-AAA
gi|53 : AGAAG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------c
gi|54 : GT----ATG-ATATG-A-TGACTCTAAGTAGA-AAGGA-AAA---TGCTtggacaatgcacaatg
gi|55 : GT-------------TA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------CCA---GA---------C----GA---AGACCA------ATCG-C--------AA-TA-
gi|56 : AACAAA---AGGCCCA-CAGGCCTTATCAGT--CACC-
gi|57 : a---AGACGA------ATTG-C--------AA-TA-GGTCACCTGAG--TTAC-TT-A---ag
gi|58 : --A--G--AAA---CC-TGAAATTTAC-C---A-TTTATGTGCCC
gi|59 : aG--T-TAA--A-A-----ATGTT-CA-A--TTGT-------------TA--------ACG-----G---------AC----G
gi|6 : T-T-TTTA-AAACATGCATCATTTTCTA-A--GGTTTTG--ACACCACCCA-----T---GGT---------------CA-TGAAATTGAT-G---A-TT--------CCTTG-T-----------GA--TGTAT---C-AT---A-CG-A-AAT---T--TGATGA-AA-AATG-GTAAT-GT--GC-TT--CC-CGAGAAAAAG--T-TGA--T-T-----ATAGT-GA-A--ATAC-------------AA--------ACG-----C---------AC----GACG------------------ACG---AA---------C----AA---CTACTC------ATCGAA--------AA-TA--GTCACCTGAG--TGAA-TT-A---G-
gi|7 : aaggacttTATCATCTTACAGCATTAAC--AGATAGTTATTTAAAC--TTTACGCCAACCTAAA-ATAAT--ACTAACAGTATCTGGCTCTCCACCCTGGGTCAAAACTGTATCCTCTCAGTAGTCAT--AATTTGTATCAATTTGTGTAAAG-----CCT--TGTACATCAATATGCATTAATTTTTTTTAAACATatgtatcaaatcaaaacgaataac
gi|8 : -------C-T-GAGAATTTGCA-TTT-TGAAT-CC----T-CGTCTTAAAG--ATAC--TCATA-ACCAAA------------ATCTG-CAAC-AAAGGT------A-ATAA-AAG-TTATAAAATTATTCAATTAATT-GCA-AGTTTAACACTGACTATG--GGCCTCGCCC-AATACTAAAACCTTTTACCCCTGGTATTATTTGAAATTTACAATAT--ATAAACAAGCATTCTTaatgatatgcggagttataagaaggaattattt
gi|9 : aaaagattt--A--G--GGA---CCATGAATTTCAT-ATATA-TATATATTCCCCTCT-T-TC--ACAAAATA--TACAC---C-AT---A-TC-A-AAA---C--TGG--------TTA-AAAAG-CT-----TT--AT---AGGAAAAA--T-TTA--A-A-----TTGTC-CA-AACTTAT-----------------------ACG-----A---------AC----GACA------------------A------A---------C----GG---ATACGG------ATCG-C--------AA-TA-GGTCACCCGCG--TGAC-TT-G---G-GGAt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTTTTATGGTTTTAGCCACACCTCTCAGACATTGGGAACAGAAACCCCGGAATCAACAAATTTATTTCCCGTGACCAATATATGATGAATACCAAAATTCATTGACATTGGTTCAGCCGTT
Unaligned ( gi|25 ): CCCATAGATGTTATATACATGTTCTAAGGTTTAGCCGTTTTGGAGAAGTTGGATATATTCAAAAGTTTACGATAGACGAACGACAAAGGACGAAAGCAG