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Reference ( gi|16 )           :    ATA-A-A-ATA--T---G-CCT-A-AG-G-GCC-----T--CA--T-GGC--TT--A-C-C--T--G-CCC-AG-A--CAGAA
gi|19                         :    ATATA-A-ATA--T---G-CCT-A-AG-G--CC-----T--CA--T-GGC--TT--A-C-C--T--G-CCC-A--A--CAG
gi|7                          :  atATATA-A-ATA--T---G-CCT-A-AG-G-GCC--------CA--T-GGC--TTTAG-CAC--T--G-CCC-AG-A--CAGAA
gi|8                          :   tATA-A-A-ATA--T---G-CCC-A-TG-G-GCA-----T--TA--T-GGC--TC--A-C-C--T--G-CCA-AG-G--CACAA
gi|5                          : ttaATA-T-A-ATA--TACCG-CCC-C-AA-G-GCC-----CACCA--TTGGC--TC--A-A-C--T--G-CCC-AG-A--CAGAa
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gi|22                         :      A-A-ATATA--T---G-CCA-A-CA-A-GCC-----T--CA--T-GGC--TC--A-C-A--A--A-CAC-AG-A--g
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Reference ( family-17842 )    :                           ATA-AAATA--T---G-CC-CAAG-G-GCC-----T--CA--T-GG-C--T----CA-C-CT--G-CCCAG-A--CAGAA
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Reference ( family-17842 )    :                           ATA-AAATA--T---G-CC-CAAG-G-GCC-----T--CA--T-GG-C--T----CA-C-CT--G-CCCAG-A--CAGAA
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blockSeqs                     :                              T     .  .   .  .    . .   T     G   .  .  . .  .     . A  .  .     . . 
blockSeqs                     :                              .     .  .   .  .    . .   .     .   .  .  . .  .     . A  .  .     . . 
blockSeqs                     :                              .     .  .   .  .    . .   .     .   .  .  . .  .     . .  .  .     . . 
blockSeqs                     :                              .     .  .   .  .    . .   .     .   .  .  . .  .     . .  .  .     . . 
blockSeqs                     :                              .     .  .   .  .    . .   .     .   .  .  . .  .     . .  .  .     . . 
blockSeqs                     :                              .     .  .   .  .    . .   .     .   .  .  . .  .     . .  .  .     . . 
blockSeqs                     :                              .     .  .   .  .    . .   .     .   .  .  . .  .     . .  .  .     . . 
blockSeqs                     :                              .     .  .   .  .    . .   .     .   .  .  . .  .     . .  .  .     . . 
blockSeqs                     :                              .     .  .   .  .    . .   .     .   .  .  . .  .     . .  .  .     . . 
blockSeqs                     :                              .     .  .   .  .    . .   .     .   .  .  . .  .     . .  .  .     . . 
blockSeqs                     :                              .     .  .   .  .    . .   .     .   .  .  . .  .     . .  .  .     . . 
blockSeqs                     :                              .     .  .   .  .    . .   .     .   .  .  . .  .     . .  .  .     . . 
blockSeqs                     :                              .     .  .   .  .    . .   .     .   .  .  . .  .     . .  .  .     . . 
blockSeqs                     :                              .     .  .   .  .    . .   .     .   .  .  . .  .     . .  .  .     . . 
blockSeqs                     :                                    .  .   .  .    . .   .     .   .  .  . .  .     . .  .  .     . . 
blockSeqs                     :                                       .   .  .    . .   .     .   .  .  . .  .     . .  .  .     . . 
blockSeqs                     :                                                         .     .   .  .  . .  .     . .  .  .     . . 


blockSeqCons                  :                                    **
originalCons                  :                           ATA-AAATA--T---G-CC-CAAG-G-GCC-----T--CA--T-GG-C--T----CA-C-CT--G-CCCAG-A--CAGAA
finalCons                     :                           ATA-AAATA--T---G-CC-CAAG-G-GCC-----T--CA--T-GG-C--T----CA-C-CT--G-CCCAG-A--CAGAA
15 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): TACTCTATAATATCTTCTCTTACTGCATTATATACAAAAGTTGTTTAATTTCTTTAAATAAAAAATAC
Unaligned ( gi|2 ): CTCATAAATATTCTGTTAAGGTATATTAAACAAAGTTGTTTAATTTGCGAAAAAAAAAAA
Unaligned ( gi|9 ): AATTGCATGGCTCACCTTCTTGGATACCCCCCCCCCCACACACACCCA
Unaligned ( gi|12 ): TCATATAAATATGCCTATATGGCTAAATGGCTTCCTGCCCTAGATA
Unaligned ( gi|14 ): AAAAATAATATGCCACGGCCTCAATGCTCAATATACACAGACAAAG
Unaligned ( gi|15 ): AAAAAATAGATGCCCACAGGGCTCATGCTCATTATACACAAATAA
Unaligned ( gi|20 ): AACGCCCAAGGCCTCCCACTGGCCTCACACTACCCGAAAAGAAA
Unaligned ( gi|22 ): AAAAAATATATGCCAACAAGCCTCATGGCTCACAAACACAGAC
Unaligned ( gi|25 ): ATATTACGGGCCCAAGGGTCAGCTCACCCCCCAGCACAAAAA
Unaligned ( gi|28 ): AAAAAAATCTGTTCAAGGTCAAGGTCATTTAATAAGTGAC
Unaligned ( gi|30 ): TATAATAATATAGTAAGGCCTCATGGTTACCTGCAGAC
Unaligned ( gi|31 ): ACTTGCATGGCTCACCTTCACAGACAAAAAAAAAAAA
Unaligned ( gi|32 ): GACTCATGGCTCTCCTGCACAGACCAAAAAAAAAAA
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Alignments
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lowQualScore                  :                              .     .. ... .  .    . .   ..... ..  .. .  . .. ....  . .  .. .     . ..     
lowQualScore                  :                              0     55 999 2  2    2 4   44444 00  99 1  1 99 5555  1 3  99 1     1 99     
consensus                     :                           ATA-AAATA--T---G-CC-CAAG-G-GCC-----T--CA--T-GG-C--T----CA-C-CT--G-CCCAG-A--CAGAA
Reference ( family-17842 )    :                           ATA-AAATA--T---G-CC-CAAG-G-GCC-----T--CA--T-GG-C--T----CA-C-CT--G-CCCAG-A--CAGAA
gi|10                         :                             A-AAATAATT---G-CC-CAAG-GTGCC-----T--CA--T-GG-C--T----CA-C-CT--G-CCCAG-A--CA
gi|11                         :                         taaTA-AAATA--T---G-CT-AAAGCG-GCC-----T--CAAAT-GG-C--T----TA-CGCT--G-CCCAG-A--CAGAAag
gi|13                         :                             A-AAATAATT---G-CC-CAAG-GTGCC-----T--CA--T-GG-C--T----CA-C-CT--G-CCCAG-A--CA
gi|16                         :                         aaATA-AAATA--T---G-CC-TAAG-G-GCC-----T--CA--T-GG-C--T----TA-C-CT--G-CCCAG-A--CAGAAa
gi|17                         :                              -AAATA--C---G-CC-CAAG-G-GCC-----T--CA--T-GG-C--T----CA-C-CT--G-CCCAG-A--CAGA
gi|18                         :                           tat-AAATA--T---G-CC-CAAG-G-GTC-----T--CA--T-GG-C--T----TA-C-CT--G-CCCAG-G--CCGA
gi|19                         :                        tatATATAAATA--T---G-CC-TAAG-G--CC-----T--CA--T-GG-C--T----TA-C-CT--G-CCCA--A--CAG
gi|21                         :                            at-AAATA--T---G-CT-TAAG-G-GTC-----T--CA--T-GG-C--T----TA-C-CT--G-CCCAG-A--CAGA
gi|23                         :                           atA-AAATA--C---A-CC-CAAG-G-GCCT----T--CA--T-GG-C--T----CA-CACT--G-CTCGA-A--
gi|24                         :                                  TA--T---G-CC---AA-G-GCC-----T--CA--T-GGCC--T----TA-C-CT--G-CCCAG-GACCAGAAg
gi|26                         :                              -AAATA--T---G-CC-TAAG-G-G-C-----T--CA-----G-C--T----TATC-CT--G-CCCAG-A--CAGAaa
gi|27                         :                           atA-AAATA--T---G-CC-CACG-G-GCA-----T--TA--T-GG-C--T----CT-C-CT--G-CCAAG-G--CA
gi|29                         :                                       ---G-CC-CAAG-G-GCC-----T--CA--T-GG-T--T----CA-C-CT--G-CTCAG-A--CAG
gi|3                          :                         tgagc-AAATA--T---G-CCTCAAG-G-GCCATTTCTG-CA--T-GA-CAAT----TA-C-CTTCG-CCCAG-A--CAGAA
gi|4                          :                            ct-AAATA--C---GACC-TAAG-G-GCC-----T--CA--T-GG-T--T----AA-CAAT--GTTCCAGAA--CAGGA
gi|5                          :                        tatATA-TAATA--TACCG-CC-CCAA-G-GCC-----CACCA--TTGG-C--T----CA-A-CT--G-CCCAG-A--CAGAaaaac
gi|6                          :                                                        t-----T--CA--T-GG-C--T----TA-C-CT--G-CCCAG-A--CACAA
gi|7                          : atataaaatggcgaagtaacaatgtaATATAAATA--T---G-CC-TAAG-G-GCC--------CA--T-GG-C--TTTAGCA---CT--G-CCCAG-A--CAGAA
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15 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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