lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 55 33333 1 1 9999999999 333 111 11 11 1 11 666666666666 2222222222 22222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 33333333333333 222222222 11111 11111 1111 1 2222222222 55555555555555 00000000000000000000000000 6666666666 1 5555555555555555 3333333333 111111 111111 1111 3333333333 111111111111111111111111111111111111111111 111
lowQualScore : 5 6 11 6 2 55555 0 6 3 0 3 6 3 2222222222 0 000 000 11 8 22 1 1 8 6 0 1 1 99 8 0 11 7 777777777777 5 8888888888 0 00000 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 8 5 33333333333333 5 111111111 00000 22222 9 88 5 2222 5 2 8888888888 77 22222222222222 55555555555555555555555555 6666666666 6 3 666 99 4 77 0000000000000000 6 6 99 0 7777777777 5 5 444444 444444 6666 99 2 222 55 4 888 3333333333 3 3 3 3 55 222222222222222222222222222222222222222222 6666 888 555 3 3
lowQualScore : . . .. . . ..... . . . . . . . .......... . ... ... .. . .. . . . . . . . .. . . .. . ............ . .......... . ..... ................................................................. . . . .............. . ......... ..... ..... . .. . .... . . .......... .. .............. .......................... .......... . . ... .. . .. ................ . . .. . .......... . . ...... ...... .... .. . ... .. . ... .......... . . . . .. .......................................... .... ... ... . .
lowQualScore : 0 0 22 0 5 00000 0 5 2 8 2 5 2 2222222222 8 888 222 00 0 66 4 6 0 6 8 4 4 44 0 8 88 3 000000000000 2 0000000000 8 00000 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 0 7 66666666666666 4 777777777 33333 99999 1 77 7 1111 7 4 9999999999 99 88888888888888 55555555555555555555555555 5555555555 7 5 888 22 0 77 5555555555555555 7 7 22 1 1111111111 0 4 444444 444444 8888 11 0 000 55 0 000 3333333333 6 6 6 6 00 333333333333333333333333333333333333333333 7777 777 888 3 3
consensus : TTTTTAATGAACTAAAATCCAAACACAATCAGGACTTCTTT-----ATGT-ACTAAGTCATCCTAAACCAAATATCCACAACT-----A-TATGTAGTCTTCTATTCAAATATTCAA-TTTACTTTT--TA-TATNAATCTATACT-TATATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATAT------A-TATGCCATTTTGAC---T------GGAGTGGTTTAC-----TAATATA-----GNNCTCGNNNNTNNNATNCGNGNNTTNTNNCNTNTTATGNNNCNNNNNANNNTNGC---GC-ACC-A-TTT--------------TTAATAAT-------TAA--A-ATT----GTANCTTTTC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AAATA--TTGTGATCCTTT-------TCATACTGATGTA------C---------TATAACAAC-TTTTATAATGTATCATCATTAT-------ATTTTAAA-TTACCCAGA-T-TGCA--ANTAAT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATCAAT---T----ATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCAAT--TTGT-CATCTGTTTTAT--GTTT-TA--TCA----A---T-G-T-AT-AGT-GC--TCA----TG-----TA----------G----TGT-----T-----AT--T-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAA
Reference ( gi|3 ) : TTTGTAATGAATTAAAATC--AACATGATCAGGACTTCTTT-----ATGT-ACTAAGTCATCCTAAATCAAATATCCACAACTTATTTACTATGTAGTCTTCTATTTAAATGTTCAA-TTTACTTTT--TA-TATAAATCCATATT-TAAATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATAT-----AATTATGCCATTTTGAC---T------GGAGTGGTTTAC-----TAATAT------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT---GC-ACC-A-TTT--------------TTAATAGT-------TAA--A-ATT----GTAACTCCTC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AAATA--TTGTGATTTTTT-------TCATACTGATGTA------CA------TGTATAACAACTTTTTATAATGTATCATCATTATCAAC---ATTTTAAA-TTACCCACA-T-TGCA--ATTAAT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCATGCAATTAATC--T----ATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCAGT--TTGT-TATCTGTTTTAT--GTTT-TA--TCA----A---A-G-T-AT-AGT-GC--TCA----T------T-----------G----TGT-----T-----AT--T-TGTGCC-ATATTCCA---AA-TA-AATCAA
gi|1 : TTTTTAATGAACTAAAATCTAAACATAATCAGGACTTCTTTT----ATGTTACTAAGTCATCCTAAACCAAATATCCACAACT--------ATGTAGTCTTCTA---AAATATTCAA-TTTACTTTT--TA-CAATAATTCAAACT-TTTATCAAAACAAAA-ATAA-AATTT--ATTTTTGTAAAATA-----------TATGCCATTTTGAC---TGGTCCAGGAGTAGTTTAC-----TAATAT------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTGGT-ACCTA-TTTTAAGATCAATTTTTTTTATAAT-------TAA--A-ATT----GTAACTCTTC-TG----ATTG-TCAA-----C----AAATA--TTATGA-TCTTT-------TAATACTGATGTA------T---------TAT--CAACCTTTTATAATGTATCATCATT---------GTTTTAAATTTACCCAGA-T-TGCA--TTTAAT-CTATGT----G--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATTAA----T----ATGCA-TCTTTATATGTTATTTGTTTCAATTCCAA------TGTCAAT--TTGT-CATCTGTTTTAT--GTTT-TAACTT-----------G-T-AT-AGT-GC--TAA----T------A-----------A----TG------T-----AT--A-TGTGCCAAAATTCCA---AA-TA-AATCAA
gi|7 : ttccTTTTTAACGAACTAAAATCCAAACACAACCAGGACTTCTTT-----ATGT-ATTAAGTCATCCTAAATCAAGTATTCACAACT--------ATGTAGTCTTCTATT-AAATGTTCAA-TATACTTTT--TA-TATAAATCTATAGT-TGAACCAAAACATAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTG-AAAATA-----------TATGCCATTTTGAC---T------GGAGTGGTTTACTAAAGTAATATN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT---GC-ACC-A-TTT--------------TTAAtca
gi|5 : ccTTTTTAATGAACTAACATCC-AACACAAT-AGGACTTCTTT-----ATGT-A-TAAGTCATCCT-AACC--ATAT-CACAA-------ACTATGTAGTTTTCTA-TCAAATATTCAA--TTACTTTT--TA-CAATAATCCAAATTGTATATCAAATCAAAAGTTAA-AATTTCTATTTTTGTAAAA---AT-----AA-TA---CATTTTGA----T------GGAGTGGTTTAC-----TATTATAGGACCGCCTTTGGAAATACGATTCGTGTCTTTTATCATGTTATATCGCTAGGAATTTTAGT---GC-ACC-ACCTT--------------TTAATTATTTTTTTATAATTA-ATT----GTAACTCTTC-TG----ATTG-TCAA-----C-----AATA--TTgatcaa
gi|2 : ttcTTTTAATGAACTAAAATCCAAACATAATCAGGACCTCTTTATTACATGT-ACTTAATCATCCTAAA-CAAATATCC------TATCTA--ATCTAA-CTT-TATTCAAATATTCAATTTTACTTTTACTATTAT-AATCTCTA-T-TATATC---TCTATA-ACAA-A---------CTTGTAAATTATAT-----TAT--TGCCATTTTGACTGTT------GGAA------AC-----TAATAT------AGACTCTCTCTTTATATATTAAGATTGTCGTCTTTTATGGGTTATCCTAGAATTTA---GCTGCT-A-TCT--------------CT-ATTTT-------CAA--G-AT------CAATTTTTT-T------TTA-T-AA-----TT---AAATA--TTGTAACTCTCTCTGATTGCCAAACAAATATATCTTTTCATACTGATGTATTACAAC-TTTTATAATGTATCATCATTATCATCATTATTTTAAA-TCACCCATA-TATATATCATATAC-ATA--T----A--------T-ATC-TATCTAGCGTCGTGCAATTAA----T----ATGCACCTCTTATATGTTATTT------ATTTCAATTTCATTGTCAAT--T--T-CATCTG-TTTAT--GTTT-TA--TCA----T---T-G-TAATAAGT-GC--TAA----T------A-----------A----TG------T-----AT--A-TGTGCCAAAATTCCA---AA-TA-AATCa
gi|15 : gATTATGTAGTCTTCTATC-AAATGTTCAA-TATACATTT--TA-TATAAATATATACT-TAAACCAAATCATAA-TTAAGAACTTT-ATTTTTG-AAAATATA---------TATGTCATTTTG
gi|22 : aTTTC-ATTTTTGTAAAATATATGCCATAA--ATG--ATTTTGAC---T------GGAGTGGTTTAC-----TAAT
gi|9 : CC-A-TTT--------------TTAAGA-T-------CAA--ATATTTTTTGTATCTTTTC-TG----ATTG-TGAA-----CA---AA-TA--TTGTGATCTTT---------CATACTGATGTA-----------------A-AACA---TTTTATAATGTATCATCATTATC---------TTAAA-TTATCCAGA-T-TGCA--AATAAT-ATA--T----ATATAATTCT-AAC-AATCTA--GTCATGCAATCAG----T----ATGC
gi|8 : -TTT--------------TTATTAAT-------TA------TT-----TA-TTATTT-TG----ATTGATTAA-----AATTCAGATACCTTGTG------T-------TCATACTGATGT------------------ATAACAACTTTTTATAATGTATCAACATTATAATT---ATTTTAAA-TTACCCAGATT-TGCA--ATTAATATTA--T----T--------TAAACAAATCTA--GTCATGCAATCAATA--T----ACGCA-C
gi|11 : attatatatatatatgggaagattttt-TTT--------------TTTATAAT-------TAG--A-ATT----GTATCTTTTCATA----ATGG-T-AA-----CA---AAATA--TTGTGA-----T-------TCATATCGATGTA------C-------TGT-TA--------TTAC--TGTATCATCATT---------ATTTTAAA-ATATCCAGA-T-TGCA--AATACT-CCA--TAAAAA--------T-AAC-AAatatctgtttggattaacaattaaatattaat
gi|6 : aatttttaagatcatttttttATAAT-------TAA--A-ATT----GTATCTTTTC-TGTCAGATTG-TTAAATTAACA---AAATA--TTGTGATCTTT---------CATATTGATGTA------------------TCACAACATTTTATAGTGTATCATCATTAT---------TTTAAA-TTATCCAGA-C-TGCA--AATAAT-CTA--T----AATTA----T-AAC-AATCTA--GTCATGCAATCAATT--T------GCA-CTCTCAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCAGT--TTGT-CATCTGTTTTAT--GTTT-TA--TTA----ATGTA-G-T-AT-AGT-TC--TCA----TG-----TATA--------G----TGT-----T-----GTAGT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAA
gi|12 : ttA--GTCACGTAATGAATT--T------GTA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCAGA--TTGT-CATCTGCTTTAT--GTTT-TA--TCATGC-A---ATG-T-AT-AGT-GC--TCA----G------TCATGTATAGTAG----TGTTGATGT-----AT--T-TGTGCC-AAATTCCACTGAATTA-AATCatca
gi|16 : TCA-GCAATTAATA--TTAATATGCA-CTCTTA--TGTTATTT------ATTTCAA------TATCAA----TGT-CATCTGTT---T--GTTT-tatcta
gi|10 : atacagcaagcataaattATTAATGAGT----TTGCA-CTCTGAAATGTTAGTT------ATTTCAA------TGTCAAA--TTGT-CATC-------T--GTTT-TA--TCA----A---T-G-T-AT-AGT-GC--TTA----TG-----TATATA------G----TGTTGATGT-----AT--T-TGTGCC-CAATTCCA---AA-TA-AATCagtgctaataaatcaaat
gi|13 : agattccgtattcatgtataggccctaatgtatatTGCA-CTCTGAAATGTTAGTT------ATTTCAA------TGTCA-TAATTGTCTATCTGTTTTATCAATGTATA--TCGTGCTA---T-GTT-AT-AATAGC--TTG----T------T-----------GAA--TGT------------T--T-TGTGCC-CAATTCCA---AA-TAGAATCtaatc
gi|4 : taatgagtTTATTT------ATCTCAA------TGTCAAT--TTGT-CATCTGTTT------TTA-TA--TCA----A---T-G-T-AT-AGT-GC--TCA----TG-----TATA--------G----TGTTG---T-----AT--T-TATGCC-AAATTCAA---AG-TA-AAtaatctaat
gi|20 : TGT--GTTT-T----CA----A---T-G-T-AT-AGT-GTGGTCACGTGT------A-----------G----TGTAGATGT-----AT--TATGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCaataaaaaataaataaatcaaactaaatcgtccaaacataaaggaaattccgttaaactggtctgaactaaaaaacattacatgtagcttcatttatacgagtaagtacattaggaacgacctatcaaatcactgcatagatgtagtatagttaattcgcacccaagtaagcatcagaacaaaatttaataaaaacagggggggggggaggtggagaagtaaaaaagggggtgtgaatagtaagagaagtagaaagtaatatatgattatgaaggggaaaaaa
gi|17 : TGT--GCTT-T---TCA----A---A-G-T-AT-AGA-GC--TCA----TGTATAGT-----------GTAGATGT-----A-----AT--A-TGCACC-AAATTCCA---AA-TA-ta
gi|21 : ttgacaaatgtaa-G-T-AT-AAC-GC--TCA----TGTA---TA----------G----TGT-----TGATGCAT--C-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATC
gi|19 : at-G-T-AT-AGT-GT--TGA----TG-----TACAG-------G----TATTTCAGT-----AT--T-TGTACC-AAATTTCA---AA-TA-AATCtatcta
gi|18 : agtatcatattgtcatct-----T-----AT--T-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCta
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AGGTATCTGAATTTTAATCAATCAATAAATAAATAATAAAAAAAAATATTTCCATATAATTTATATATAATGGAATATTTTTTTTTATTATTTATTTATTTATTGAATTGATTAAAATTCAGATACCTG
Unaligned ( gi|23 ): ATCATCATTATTTAAAAATATCCAGATTGCAAATACTTCCAGCTAATAATAAGA
Alignments
lowQualScore : 22222 33333333 111 11 222222222 2222222222 11111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111 1111 1111 1111 1111111 33333333 33333333333333 1 444444444444444 4444444444444 222222 111111 111111 66666666666666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 3 0 8 00000 8 3 0 0 8 55 22222222 7 111 66 6 99 6 7 7 6 4 6 6 88 5 444444444 77 77 3 0000000000 66666 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 6666666 0000 0000 1 5 5 0000 4 7777777 11111111 77777777777777 1 000000000000000 5 5 5 5 1 5 5 77 1111111111111 5 5 77 1 2 777777 7 4 3 222222 222222 555 4 55555 3 7777 555 3 3 44 44 0 99999999999999999999999999999999999999999999999 6666 6 555 3 3
lowQualScore : . . . ..... . . . . . .. ........ . ... .. . .. . . . . . . . .. . ......... .. .. . .......... ..... ........................................................................................................... . ....... .... .... . . . .... . ....... ........ .............. . ............... . . . . . . . .. ............. . . .. . . ...... . . . ...... ...... ... . ..... . .... ... . . .. .. . ............................................... .... . ... . .
lowQualScore : 2 8 0 00000 0 2 8 8 0 88 99999999 3 777 55 7 22 7 5 8 7 0 7 7 77 0 444444444 99 99 0 8888888888 77777 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 2222222 9999 6666 0 0 0 6666 5 1111111 77777777 44444444444444 4 000000000000000 0 0 0 0 0 0 7 99 9999999999999 7 7 99 4 7 333333 3 4 6 888888 888888 666 4 11111 3 7777 888 3 3 66 66 8 55555555555555555555555555555555555555555555555 5555 2 444 1 1
consensus : TTTTTAATGAACTAAAATCCAAACATAATCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ACTAAGTCATCCTAAACCAAATATC-CACAACT-----A-TATGTAGTCT---TCTATTCAAATGTTCAATTT-ACTTTT--TAT-ATAAATCCATACT-TANATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATAT---A--TA--TGCCATTTTGACT------G---GAGTGGTTTAC-----TAATATAGGAC-----TCGNNNNTNNNATNCGNGNNTTNTNNCNTNTTATGNNNCNNNNNANNNTN--GTT-GC----------------ACC-A----TT--------------TTTAATAAT-------TAA--A-ATT----GTANCTCT-TC-TG----ATTGTCAA-----CAAAATATTGTGAT-C-TT---TTCATACTGATGTAT---TATAACAA-CTTTT-ATAATGTATCATCATTA-------T----ATTTTAAA-TTACCCAGA-T-TGCA-AATA-AT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATCAAT-----TATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC--TCA--T--------G------TA----G--TGT-G---T-----A-----T--T-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAA
Reference ( family-1771 ) : TTTTTAATGAACTAAAATCCAAACACAATCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ACTAAGTCATCCTAAACCAAATATC-CACAACT-----A-TATGTAGTCT---TCTATTCAAATATTCAATTT-ACTTTT--TAT-ATNAATCTATACT-TATATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATAT---A--TA--TGCCATTTTGACT------G---GAGTGGTTTAC-----TAATATAGNNC-----TCGNNNNTNNNATNCGNGNNTTNTNNCNTNTTATGNNNCNNNNNANNNTN--GC--GC----------------ACC-A----TT--------------TTTAATAAT-------TAA--A-ATT----GTANCTTT-TC-TG----ATTGTCAA-----CAAAATATTGTGAT-CCTT---TTCATACTGATGTAC---TATAACAA-CTTTT-ATAATGTATCATCATTA-------T----ATTTTAAA-TTACCCAGA-T-TGCA-ANTA-AT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATCAAT-----TATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC--TCA--T--------G------TA----G--TGT-----T-----A-----T--T-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAA
gi|1 : TTTTTAATGAACTAAAATCTAAACATAATCAGGACTTCTTTTAT-----GTTACTAAGTCATCCTAAACCAAATATC-CACAACT-----A-T--GTAGTCT---TCTA---AAATATTCAATTT-ACTTTT--TAC-AATAATTCAAACT-TTTATCAAAACAAAA-ATAA-AATTT--ATTTTTGTAAA----AT---A--TA--TGCCATTTTGACTGGTCCAG---GAGTAGTTTAC-----TAATATNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CCTGGT----------------ACCTA----TTTTAAGATCAATTTTTTTTATAAT-------TAA--A-ATT----GTAACTCT-TC-TG----ATTGTCAA-----C-AAATATTATGAT--CTT---TTAATACTGATGTAT---TAT--CAACCTTTT-ATAATGTATCATCAT---------T----GTTTTAAATTTACCCAGA-T-TGCA-TTTA-AT-CTATGT----G--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATTAA------TATGCA-TCTTTATATGTTATTTGTTTCAATTCCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAA----C-TT---GT-AT-A--GTGC--TAA------------------TA----A--TG------T-----A-----T--A-TGTGCCAAAATTCCA---AA-TA-AATCAA
gi|10 : ttccAATGAGT-----T-TGCA-CTCTGAAATGTTAGTT------ATTTCAA------TGTCA-AATTGTC-ATCT-------GTT-TTAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC--TTA--T--------GTATA--TA----G--TGTTGATGT-----A-----T--T-TGTGCC-CAATTCCA---AA-TA-AATCtca
gi|11 : agattccgtattcatgtataggccctaatgtatatatt----TT--------------TTTTATAAT-------TAG--A-ATT----GTATCTTT-TCATA----ATGGT-AA-----CAAAATATTGTGA---------TTCATATCGATGTAC---TGT-------TATT-AC--TGTATCATCAT---------T----ATTTTAAA-ATATCCAGA-T-TGCA-AATA-CT-CCA--TAAAAA--------T-AAC-AAtaatc
gi|12 : aatttttaagatcatttttttA--GTCACGTAATGAAT-----T-TGTA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-GATTGTC-ATCTGCTTTATGTT-TTATCATGCAAT---GT-AT-A--GTGC--TCAG-TCATGTATAG------TA----G--TGTTGATGT-----A-----T--T-TGTGCC-AAATTCCACTGAATTA-AATC
gi|13 : TGCA-CTCTGAAATGTTAGTT------ATTTCAA------TGTCATAATTGTCTATC-------TGTT-TTAT----CAAT---GT-AT-ATCGTGC--T-A--T--------GTTATAATA----GCTTGT-----T-----GAATGTT--T-TGTGCC-CAATTCCA---AA-TAGAATCtatcta
gi|15 : taatgagt-TATGTAGTCT---TCTAT-CAAATGTTCAATAT-ACATTT--TAT-ATAAATATATACT-TAAACCAAATCATAA-TTAAGAACTTT-ATTTTTG-AAAATAT-----A--TA--TGTCATTTTGtaatctaat
gi|16 : aatGCAATTAATATTAATATGCA-CTCTTA--TGTTATTT------ATTTCAA------TATCA-A--TGTC-ATCTGTT---TGTT-T
gi|17 : atacagcaagcataaatttcaTGTGCT-TT-T----CAAA---GT-AT-A--GAGC--TCA--T--------G------TATA--G--TGTAGATGT-----A-----A--TATGCACC-AAATTCCA---AA-TA-agtgctaataaatcaaat
gi|18 : ttgacaaatgtaaCA--T--------G------TATATGA--TGT-----------A-----T--T-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATC
gi|19 : atcagtgcatttagtacatatctgtgatggGTATCATATTGTCAT----C--T---GT-AT-A--GTGT--TGA--T--------G------TACAG-G--TAT-----TTCAGTA-----T--T-TGTACC-AAATTTCA---AA-TA-AATCtatctat
gi|2 : aTTTTAATGAACTAAAATCCAAACATAATCAGGACCTCTTT-ATTACATGT-ACTTAATCATCCTAAAC-AAATATC-C-------------TATCTAATCTAACTTTATTCAAATATTCAATTTTACTTTTACTATTAT-AATCTCTA-T-TATATC---TCTATA-ACAA-A---------CTTGTAAATTATATT--A--T---TGCCATTTTGACT------GTTGGAA------AC-----TAATATAGA-C-----TCTCTCTTTATATATTAAGATTGTCGTCTTTTATGGGTTATCCTAGAATTTAGCT-GCTATCTCTATTTTCAAGATC-AATTTTT--------------TTTTATAAT-------TAA--ATATT----GTAACTCTCTC-TG----ATTGCCAA-----ACAAATAT----AT-C-TT---TTCATACTGATGTAT---TA---CAA-CTTTT-ATAATGTATCATCATTATCATCATT----ATTTTAAA-TCACCCATA-TATATATCATATAC-ATA--T----A--------T-ATC-TATCTAGCGTCGTGCAATTAA------TATGCACCTCTTATATGTTATTT------ATTTCAATTTCATTGTCA-ATT--TC-ATCTG-TTTATGTT-TTAT----CATT---GTAATAA--GTGC--TAA------------------TA----A--TG------T-----A-----T--A-TGTGCCAAAATTCCA---AA-TA-AATCta
gi|20 : gTGTGTT-TT------CAAT---GT-AT-A--GTGTGGTCACGT--------G------TA----G--TGTAGATGT-----A-----T--TATGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATC
gi|21 : AT---GT-AT-A--ACGC--TCA--T--------G------TATA--G--TGT-----TGATGCA-----T--C-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCta
gi|22 : TTTC-ATTTTTGTAAAATATATGCCA--TAAATG--ATTTTGACT------G---GAGTGGTTTAC-----TAATtatcta
gi|23 : ATCATCATTA-------T------TTAAAA-ATATCCAGA-T-TGCA-AATA-
gi|3 : TTTGTAATGAATTAAAATC--AACATGATCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ACTAAGTCATCCTAAATCAAATATC-CACAACTTATTTACTATGTAGTCT---TCTATTTAAATGTTCAATTT-ACTTTT--TAT-ATAAATCCATATT-TAAATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATAT---AATTA--TGCCATTTTGACT------G---GAGTGGTTTAC-----TAATATNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---GT--GC----------------ACC-A----TT--------------TTTAATAGT-------TAA--A-ATT----GTAACTCC-TC-TG----ATTGTCAA-----CAAAATATTGTGAT-TTTT---TTCATACTGATGTACATGTATAACAA-CTTTTTATAATGTATCATCATTA-------TCAACATTTTAAA-TTACCCACA-T-TGCA-ATTA-AT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCATGCAATTAATC----TATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-GTTTGTT-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----CAAA---GT-AT-A--GTGC--TCA--T---------------T-----G--TGT-----T-----A-----T--T-TGTGCC-ATATTCCA---AA-TA-AATCAActtccagctaataataaga
gi|4 : TTATTT------ATCTCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTT----TT-ATAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC--TCA--T--------GTA----TA----G--TGTTG---T-----A-----T--T-TATGCC-AAATTCAA---AG-TA-AA
gi|5 : TTTTTAATGAACTAACATCCAA-CACAAT-AGGACTTCTTT-AT-----GT-A-TAAGTCATCCTAA-CCA--TATCACA-AACT-----A-T--GTAGTTT---TCTAT-CAAATATTCAATT--ACTTTT--TAC-AATAATCCAAATTGTATATCAAATCAAAAGTTAA-AATTTCTATTTTTGTAAAA-ATA----A--TA-----CATTTTGA-T------G---GAGTGGTTTAC-----TATTATAGGACCGCCTTTGGAAATACGATTCGTGTCTTTTATCATGTTATATCGCTAGGAATTTTA--GT--GC----------------ACC-AC---CT--------------TTTAATTATTTTTTTATAATTA-ATT----GTAACTCT-TC-TG----ATTGTCAA-----C--AATATTaataaaaaataaataaatcaaactaaatcgtccaaacataaaggaaattccgttaaactggtctgaactaaaaaacattacatgtagcttcatttatacgagtaagtacattaggaacgacctatcaaatcactgcatagatgtagtatagttaattcgcacccaagtaagcatcagaacaaaatttaataaaaacagggggggggggaggtggagaagtaaaaaagggggtgtgaatagtaagagaagtagaaagtaatatatgattatgaaggggaaaaaa
gi|6 : ttcATAAT-------TAA--A-ATT----GTATCTTT-TC-TGTCAGATTGTTAAATTAACAAAATATTGTGAT-C--T---TTCATATTGATGTAT---CACAACA---TTTT-ATAGTGTATCATCATTA-------T------TTTAAA-TTATCCAGA-C-TGCA-AATA-AT-CTA--T----AATTA----T-AAC-AATCTA--GTCATGCAATCAAT-----T-TGCA-CTCTCAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-GTTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----TAATGTAGT-AT-A--GTTC--TCA--T--------GTA----TA----G--TGT-----T-----G-----TAGT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAAa
gi|7 : ttTTTTTAACGAACTAAAATCCAAACACAACCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ATTAAGTCATCCTAAATCAAGTATT-CACAAC--------TATGTAGTCT---TCTATT-AAATGTTCAATAT-ACTTTT--TAT-ATAAATCTATAGT-TGAACCAAAACATAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTG-AAA----AT---A--TA--TGCCATTTTGACT------G---GAGTGGTTTACTAAAGTAATATNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--GT--GC----------------ACC-A----TT--------------TTTAAatca
gi|8 : cc----TT--------------TTTATTAAT-------TA------TT-----TATTATT-T--TG----ATTG---A-----TTAAA-ATTCAGATACCTTGTGTTCATACTGATGTA------TAACAA-CTTTTTATAATGTATCAACATTATAAT---T----ATTTTAAA-TTACCCAGATT-TGCA-ATTA-ATATTA--T----T--------TAAACAAATCTA--GTCATGCAATCAATA----TACGCA-Cgatcaa
gi|9 : attatatatatatatgggaagatttttCC-A----TT--------------TTTAA-GAT-------CAA--ATATTTTTTGTATCTTT-TC-TG----ATTGTGAA-----CAAA-TATTGTGAT-C--T---TTCATACTGATGTA-----A-AACA---TTTT-ATAATGTATCATCATTA-------T------CTTAAA-TTATCCAGA-T-TGCA-AATA-AT-ATA--T----ATATAATTCT-AAC-AATCTA--GTCATGCAATCAG------TATGCatatctgtttggattaacaattaaatattaat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AGGTATCTGAATTTTAATCAATCAATAAATAAATAATAAAAAAAAATATTTCCATATAATTTATATATAATGGAATATTTTTTTTTATTATTTATTTATTTATTGAATTGATTAAAATTCAGATACCTG
Alignments
lowQualScore : 22222 33333333 111 11 222222222 2222222222 11111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111 1111 1111 1111 2222222222 11 333333333 11 1 444444444444444 4444444444444 222222 111111 111111 77777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 3 0 8 00000 8 3 0 0 8 55 22222222 7 111 66 6 99 6 7 6 1 6 6 88 5 111111111 77 77 3 0000000000 66666 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 6666666 0000 0000 1 5 5 0000 5 3 3333333333 66 1 00 888888888 00 1 5 000000000000000 5 5 5 5 0 5 5 77 1111111111111 5 5 77 1 2 777777 7 4 3 222222 222222 555 4 55555 3 7777 555 3 3 44 44 0 00000000000000000000000000000000000000 3 3 0 3 6 555 3 3
lowQualScore : . . . ..... . . . . . .. ........ . ... .. . .. . . . . . . .. . ......... .. .. . .......... ..... ........................................................................................................... . ....... .... .... . . . .... . . .......... .. . .. ......... .. . . ............... . . . . . . . .. ............. . . .. . . ...... . . . ...... ...... ... . ..... . .... ... . . .. .. . ...................................... . . . . . ... . .
lowQualScore : 2 8 0 00000 0 2 8 8 0 88 99999999 3 777 55 7 22 7 8 7 0 7 7 77 0 000000000 99 99 0 8888888888 77777 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8 2222222 9999 6666 0 0 0 6666 0 4 8888888888 99 4 77 666666666 77 4 7 000000000000000 0 0 0 0 8 0 7 99 9999999999999 7 7 99 4 7 333333 3 4 6 888888 888888 666 4 11111 3 7777 888 3 3 66 66 8 44444444444444444444444444444444444444 1 1 4 1 2 444 1 1
consensus : TTTTTAATGAACTAAAATCCAAACATAATCAGGACTTC-TTTAT-----G-TACTAAGTCATCCTAAACCAAATATC-CACAACT-----A-TATGTAGTCT---TCTATTCAAATGTTCAATTT-ACTTTT--TAT-ATAAATCCATACT-TANATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATAT---A--TA--TGCCATTTTGACT------G---GAGTGGTTTACTAA-----TATAGGAC-----TCGNNNNTNNNATNCGNGNNTTNTNNCNTNTTATGNNNCNNNNNANNNTN--GCT-GC----------------ACC-A----TT--------------TTTAATAAT-------TAA--A-ATT----GTANCTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AAATA--TTGTGATCTTTT-CATACTGATGTAT---TA-AACAA-CTTTT-A-TAATGTATCATCATTA-------T----ATTTTAAA-TTACCCAGA-T-TGCA-AATA-AT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATCAAT-----TATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC--TCA--T--------GT-----TA---G--TGT----T----G-T-ATT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAA
Reference ( family-1771 ) : TTTTTAATGAACTAAAATCCAAACATAATCAGGACTTC-TTTAT-----G-TACTAAGTCATCCTAAACCAAATATC-CACAACT-----A-TATGTAGTCT---TCTATTCAAATGTTCAATTT-ACTTTT--TAT-ATAAATCCATACT-TANATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATAT---A--TA--TGCCATTTTGACT------G---GAGTGGTTTACTAA-----TATAGGAC-----TCGNNNNTNNNATNCGNGNNTTNTNNCNTNTTATGNNNCNNNNNANNNTN--GTT-GC----------------ACC-A----TT--------------TTTAATAAT-------TAA--A-ATT----GTANCTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AAATA--TTGTGATCTTTT-CATACTGATGTAT---TATAACAA-CTTTT-A-TAATGTATCATCATTA-------T----ATTTTAAA-TTACCCAGA-T-TGCA-AATA-AT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATCAAT-----TATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC--TCA--T--------G------TA---G--TG-----T----G-T-ATT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAA
gi|1 : TTTTTAATGAACTAAAATCTAAACATAATCAGGACTTCTTTTAT-----GTTACTAAGTCATCCTAAACCAAATATC-CACAAC--------TATGTAGTCT---TCTA---AAATATTCAATTT-ACTTTT--TAC-AATAATTCAAACT-TTTATCAAAACAAAA-ATAA-AATTT--ATTTTTGTAAA----AT---A--TA--TGCCATTTTGACTGGTCCAG---GAGTAGTTTACTAA-----TATNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CCTGGT----------------ACCTA----TTTTAAGATCAATTTTTTTTATAAT-------TAA--A-ATT----GTAACTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----C----AAATA--TTATGATCTTTT-AATACTGATGTAT---TAT--CAACCTTTT-A-TAATGTATCATCAT---------T----GTTTTAAATTTACCCAGA-T-TGCA-TTTA-AT-CTATGT----G--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATTAA------TATGCA-TCTTTATATGTTATTTGTTTCAATTCCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAA----C-TT---GT-AT-A--GTGC--TAA------------------TA---A--TG-----T----A-T-A---TGTGCCAAAATTCCA---AA-TA-AATCAA
gi|10 : ttccAATGAGT-----T-TGCA-CTCTGAAATGTTAGTT------ATTTCAA------TGTCA-AATTGTC-ATCT-------GTT-TTAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC--TTA--T--------GTATA--TA---G--TGTTGA-T----G-T-ATT-TGTGCC-CAATTCCA---AA-TA-AATCtca
gi|11 : agattccgtattcatgtataggccctaatgtatatatt----TT--------------TTTTATAAT-------TAG--A-ATT----GTATCTTT-TCATA----ATGG-T-AA-----CA---AAATA--TTGTGA----TT-CATATCGATGT------------A-CTGTT-ATTACTGTATCATCAT---------T----ATTTTAAA-ATATCCAGA-T-TGCA-AATA-CT-CCA--TAAAAA--------T-AAC-AAtaatc
gi|12 : aatttttaagatcatttttttA--GTCACGTAATGAAT-----T-TGTA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-GATTGTC-ATCTGCTTTATGTT-TTATCATGCAAT---GT-AT-A--GTGC--TCAG-TCATGTATAG------TA---G--TGTTGA-T----G-T-ATT-TGTGCC-AAATTCCACTGAATTA-AATC
gi|13 : TGCA-CTCTGAAATGTTAGTT------ATTTCAA------TGTCATAATTGTCTATC-------TGTT-TTAT----CAAT---GT-AT-ATCGTGC--T-A--T--------GTTATAATA---GCTTGTTGAAT----G-T--TT-TGTGCC-CAATTCCA---AA-TAGAATCtatcta
gi|15 : taatgagt-TATGTAGTCT---TCTAT-CAAATGTTCAATAT-ACATTT--TAT-ATAAATATATACT-TAAACCAAATCATAA-TTAAGAACTTT-ATTTTTG-AAA--ATAT---A--TA--TGTCATTTTGtaatctaat
gi|16 : aatGCAATTAATATTAATATGCA-CTCTTA--TGTTATTT------ATTTCAA------TATCA-A--TGTC-ATCTGTT---TGTT-T
gi|17 : atacagcaagcataaatttcaTGTGCT-TT-T----CAAA---GT-AT-A--GAGC--TCA--T--------GTA----TA---G--TGTAGA-T----G-TAATA-TGCACC-AAATTCCA---AA-TA-agtgctaataaatcaaat
gi|18 : ttgacaaatgtaaCA--T--------G------TAT--A--TGA----T----G-T-ATT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATC
gi|19 : atcagtgcatttagtacatatctgtgatggGTATCATATTGTCAT----C--T---GT-AT-A--GTGT--TGA--T--------G------TACAGG--TA-----TTTCAG-T-ATT-TGTACC-AAATTTCA---AA-TA-AATCtatctat
gi|2 : aTTTTAATGAACTAAAATCCAAACATAATCAGGACCTC-TTTATTACATG-TACTTAATCATCCTAAAC-AAATATC-C-------------TATCTAATCTAACTTTATTCAAATATTCAATTTTACTTTTACTATTATAA-TCTCTA-T-TATATC---TCTATA-ACAA-A---------CTTGTAAATTATATT--A--T---TGCCATTTTGACT------GTTGGAA------ACTAA-----TATAG-AC-----TCTCTCTTTATATATTAAGATTGTCGTCTTTTATGGGTTATCCTAGAATTTAGCT-GCTATCTCTATTTTCAAGATC-AATTTTT--------------TTTTATAAT-------TAA--ATATT----GTAACTCTCTC-TG----ATTG-CCAA-----AC---AAATA--T----ATCTTTT-CATACTGATGTAT---TA---CAA-CTTTT-A-TAATGTATCATCATTATCATCATT----ATTTTAAA-TCACCCATA-TATATATCATATAC-ATA--T----A--------T-ATC-TATCTAGCGTCGTGCAATTAA------TATGCACCTCTTATATGTTATTT------ATTTCAATTTCATTGTCA-ATT--TC-ATCTG-TTTATGTT-TTAT----CATT---GTAATAA--GTGC--TAA------------------TA---A--TG-----T----A-T-A---TGTGCCAAAATTCCA---AA-TA-AATCta
gi|20 : gTGTGTT-TT------CAAT---GT-AT-A--GTGTGGTCACGT--------G------TA---G--TG-----TAGATG-T-ATTATGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATC
gi|21 : AT---GT-AT-A--ACGC--TCA--T--------G------TATA-G--TG-----TTGATG-C-ATC-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCta
gi|22 : TTTC-ATTTTTGTAAAATATATGCCA--TAAATG--ATTTTGACT------G---GAGTGGTTTACTAA-----Ttatcta
gi|23 : ATCATCATTA-------T------TTAAAA-ATATCCAGA-T-TGCA-AATA-
gi|3 : TTTGTAATGAATTAAAATC--AACATGATCAGGACTTC-TTTAT-----G-TACTAAGTCATCCTAAATCAAATATC-CACAACTTATTTACTATGTAGTCT---TCTATTTAAATGTTCAATTT-ACTTTT--TAT-ATAAATCCATATT-TAAATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATAT---AATTA--TGCCATTTTGACT------G---GAGTGGTTTACTAA-----TATNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----T-GC----------------ACC-A----TT--------------TTTAATAGT-------TAA--A-ATT----GTAACTCC-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AAATA--TTGTGATTTTTTTCATACTGATGTACATGTATAACAA-CTTTTTA-TAATGTATCATCATTA-------TCAACATTTTAAA-TTACCCACA-T-TGCA-ATTA-AT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCATGCAATTAATC----TATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-GTTTGTT-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----CAAA---GT-AT-A--GTGC--TCA--T-----------------------TG-----T----GTT-ATT-TGTGCC-ATATTCCA---AA-TA-AATCAActtccagctaataataaga
gi|4 : TTATTT------ATCTCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTT----TT-ATAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC--TCA--T--------GTA----TA---G--TGT----T----G-T-ATT-TATGCC-AAATTCAA---AG-TA-AA
gi|5 : TTTTTAATGAACTAACATCCAA-CACAAT-AGGACTTC-TTTAT-----G-TA-TAAGTCATCCTAA-CCA--TATCACA-AACT-----A-T--GTAGTTT---TCTAT-CAAATATTCAATT--ACTTTT--TAC-AATAATCCAAATTGTATATCAAATCAAAAGTTAA-AATTTCTATTTTTGTAAAA-ATA----A--TA-----CATTTTGA-T------G---GAGTGGTTTACTAT-----TATAGGACCGCCTTTGGAAATACGATTCGTGTCTTTTATCATGTTATATCGCTAGGAATTTTA--G-T-GC----------------ACC-AC---CT--------------TTTAATTATTTTTTTATAATTA-ATT----GTAACTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----C-----AATA--TTaataaaaaataaataaatcaaactaaatcgtccaaacataaaggaaattccgttaaactggtctgaactaaaaaacattacatgtagcttcatttatacgagtaagtacattaggaacgacctatcaaatcactgcatagatgtagtatagttaattcgcacccaagtaagcatcagaacaaaatttaataaaaacagggggggggggaggtggagaagtaaaaaagggggtgtgaatagtaagagaagtagaaagtaatatatgattatgaaggggaaaaaa
gi|6 : ttcATAAT-------TAA--A-ATT----GTATCTTT-TC-TGTCAGATTG-TTAAATTAACA---AAATA--TTGTGATCTTT--CATATTGATGTAT---CACAACA---TTTT-A-TAGTGTATCATCATTA-------T------TTTAAA-TTATCCAGA-C-TGCA-AATA-AT-CTA--T----AATTA----T-AAC-AATCTA--GTCATGCAATCAAT-----T-TGCA-CTCTCAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-GTTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----TAATGTAGT-AT-A--GTTC--TCA--T--------GTA----TA---G--TGT----T----G-T-AGT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAAa
gi|7 : ttTTTTTAACGAACTAAAATCCAAACACAACCAGGACTTC-TTTAT-----G-TATTAAGTCATCCTAAATCAAGTATT-CACAACT-----A-T--GTAGTCT---TCTATT-AAATGTTCAATAT-ACTTTT--TAT-ATAAATCTATAGT-TGAACCAAAACATAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTG--AAA---AT---A--TA--TGCCATTTTGACT------G---GAGTGGTTTACTAAAGTAATATNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--GT--GC----------------ACC-A----TT--------------TTTAAatca
gi|8 : cc----TT--------------TTTATTAAT-------TA------TT-----TAT-TAT-TT-TG----ATTGATTAA-----AATTCAGATACCTTGTG-----TT-CATACTGATGTAT------AACAA-CTTTTTA-TAATGTATCAACATTATAAT---T----ATTTTAAA-TTACCCAGATT-TGCA-ATTA-ATATTA--T----T--------TAAACAAATCTA--GTCATGCAATCAATA----TACGCA-Cgatcaa
gi|9 : attatatatatatatgggaagatttttCC-A----TT--------------TTTAA-GAT-------CAA--ATATTTTTTGTATCTTT-TC-TG----ATTG-TGAA-----CA---AA-TA--TTGTGATCTTT--CATACTGATGTA-----A-AACA---TTTT-A-TAATGTATCATCATTA-------T------CTTAAA-TTATCCAGA-T-TGCA-AATA-AT-ATA--T----ATATAATTCT-AAC-AATCTA--GTCATGCAATCAG------TATGCatatctgtttggattaacaattaaatattaat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AGGTATCTGAATTTTAATCAATCAATAAATAAATAATAAAAAAAAATATTTCCATATAATTTATATATAATGGAATATTTTTTTTTATTATTTATTTATTTATTGAATTGATTAAAATTCAGATACCTG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 3333333333 111 11 11 22222222222 2222222222 11111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222 1111111 1111 1111 1111 1111111111 444444444444444 444444444444444 4444444444444 222222 111111 111111 111111 44444 2222222
lowQualScore : 3 0 8 00000 8 3 0 0 8 55 2222222222 111 66 6 99 6 7 6 1 6 6 88 5 00 66666666666 3 0000000000 66666 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444 0 6666666 0000 0000 1 5 5 0000 5 3 7777777777 3 66 77 5 333333333333333 5 5 000000000000000 5 5 5 5 0 5 5 77 1111111111111 5 5 77 1 2 777777 7 4 3 222222 222222 555 4 55555 3 7777 555 3 3 44 111111 11111 77 1111111 555 555 6 6 555 3 3
lowQualScore : . . . ..... . . . . . .. .......... ... .. . .. . . . . . . .. . .. ........... . .......... ..... ..................................................................................... .... . ....... .... .... . . . .... . . .......... . .. .. . ............... . . ............... . . . . . . . .. ............. . . .. . . ...... . . . ...... ...... ... . ..... . .... ... . . .. ...... ..... .. ....... ... ... . . ... . .
lowQualScore : 2 8 0 00000 0 2 8 8 0 88 0000000000 777 55 7 22 7 8 7 0 7 7 77 0 11 77777777777 0 8888888888 77777 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444 8 2222222 9999 6666 0 0 0 6666 0 4 6666666666 2 99 11 0 111111111111111 7 7 000000000000000 0 0 0 0 8 0 7 99 9999999999999 7 7 99 4 7 333333 3 4 6 888888 888888 666 4 11111 3 7777 888 3 3 66 777777 22222 33 7777777 444 444 2 2 444 1 1
consensus : TTTTTAATGAACTAAAATCCAAACATAATCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ACTAAGTCATCCTAAACCAAATATC-CACAACT-----A-TATGTAGTCT---TCTATTCAAATGTTCAATTT-ACTTTT--TAT-ATAAATCCATACT-TANATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATAT---A--TA--TGCCATTTTGACTG---G------AGTGGTTTACTAA-----TATAGGAC-----TCGNNNNTNNNATNCGNGNNTTNTNNCNTNTTATGNNNCNNNNNANNNTN--GCTG----CTAT-T--A--------ACCA----TTTTTAATAAT-------TAA--A-ATT----GTANCTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AAATA--TTGTGA-TCTTTTCATACTGATGTAT---TA--AACAAC-TTTT-A-TAATGTATCATCATTA-------T----ATTTTAAA-TTACCCAGA-T-TGCA-AATA-AT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATCAAT-----TATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TCATGTA----TAG--TGT---T---G---TA---TT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAA
Reference ( family-1771 ) : TTTTTAATGAACTAAAATCCAAACATAATCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ACTAAGTCATCCTAAACCAAATATC-CACAACT-----A-TATGTAGTCT---TCTATTCAAATGTTCAATTT-ACTTTT--TAT-ATAAATCCATACT-TANATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATAT---A--TA--TGCCATTTTGACTG---G------AGTGGTTTACTAA-----TATAGGAC-----TCGNNNNTNNNATNCGNGNNTTNTNNCNTNTTATGNNNCNNNNNANNNTN--GCTG----C----------------ACCA----TTTTTAATAAT-------TAA--A-ATT----GTANCTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AAATA--TTGTGA-TCTTTTCATACTGATGTAT---TA--AACAAC-TTTT-A-TAATGTATCATCATTA-------T----ATTTTAAA-TTACCCAGA-T-TGCA-AATA-AT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATCAAT-----TATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TCATGT-----TAG--TGT---T---G---TA---TT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAA
gi|1 : TTTTTAATGAACTAAAATCTAAACATAATCAGGACTTCTTTTAT-----GTTACTAAGTCATCCTAAACCAAATATC-CACAACT-----A-T--GTAGTCT---TCTA---AAATATTCAATTT-ACTTTT--TAC-AATAATTCAAACT-TTTATCAAAACAAAA-ATAA-AATTT--ATTTTTGTAAAATATAT-----------GCCATTTTGACTG---GTCCAGGAGTAGTTTACTAA-----TATNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CCTGGTACCTATTTTAAG-------ATCAATT-TTTTTTATAAT-------TAA--A-ATT----GTAACTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AA-TA--TTATGA-TCTTTTAATACTGATGTAT---TATCAAC--C-TTTT-A-TAATGTATCATCAT---------T----GTTTTAAATTTACCCAGA-T-TGCA-TTTA-AT-CTATGT----G--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATTAA------TATGCA-TCTTTATATGTTATTTGTTTCAATTCCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAA----C-TT---GT-AT-A--GTGC---------------TAA--TAA---T---G---TA---TA-TGTGCCAAAATTCCA---AA-TA-AATCAA
gi|10 : ttccAATGAGT-----T-TGCA-CTCTGAAATGTTAGTT------ATTTCAA------TGTCA-AATTGTC-ATCT-------GTT-TTAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TTATGTATA--TAG--TGTTGAT---G---TA---TT-TGTGCC-CAATTCCA---AA-TA-AATCtca
gi|11 : agattccgtattcatgtataggccctaatgtatatatt----TTTTTTATAAT-------TAG--A-ATT----GTATCTTT-TCATA----ATGG-T-AA-----CA---AAATA--TTGTGA-----TTCATATCGATGT-------------AC-TGTT-ATTACTGTATCATCAT---------T----ATTTTAAA-ATATCCAGA-T-TGCA-AATA-CT-CCA--TAAAAA--------T-AAC-AAtaatc
gi|12 : aatttttaagatcatttttttA--GTCACGTAATGAAT-----T-TGTA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-GATTGTC-ATCTGCTTTATGTT-TTATCATGCAAT---GT-AT-A--GTGCTCAGTCATGTATAG-TAG--TGTTGAT---G---TA---TT-TGTGCC-AAATTCCACTGAATTA-AATC
gi|13 : TGCA-CTCTGAAATGTTAGTT------ATTTCAA------TGTCATAATTGTCTATC-------TGTT-TTAT----CAAT---GT-AT-ATCGTGC----T-ATGTTATAATAGCTTGT---T---G---AATGTTT-TGTGCC-CAATTCCA---AA-TAGAATCtatcta
gi|15 : taatgagt-TATGTAGTCT---TCTAT-CAAATGTTCAATAT-ACATTT--TAT-ATAAATATATACT-TAAACCAAATCATAA-TTAAGAACTTT-ATTTTTG-AAA--ATAT---A--TA--TGTCATTTTGtaatctaat
gi|16 : aatGCAATTAATATTAATATGCA-CTCTTA--TGTTATTT------ATTTCAA------TATCA-A--TGTC-ATCTGTT---TGTT-T
gi|17 : atacagcaagcataaatttcaTGTGCT-TT-T----CAAA---GT-AT-A--GAGC----TCATGTA----TAG--TGTAGAT---G---TA---ATATGCACC-AAATTCCA---AA-TA-agtgctaataaatcaaat
gi|18 : ttgacaaatgtaaCATGTA----TA---TGA---T---G---TA---TT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATC
gi|19 : atcagtgcatttagtacatatctgtgatggGTATCATATTGTCAT----C--T---GT-AT-A--GTGT----TGATGTA----CAGG-TAT---TTCAG---TA---TT-TGTACC-AAATTTCA---AA-TA-AATCtatctat
gi|2 : aTTTTAATGAACTAAAATCCAAACATAATCAGGACCTCTTT-ATTACATGT-ACTTAATCATCCTAAAC-AAATATC-C-------------TATCTAATCTAACTTTATTCAAATATTCAATTTTACTTTTACTATTATAA-TCTCTA-T-TATATC---TCTATA-ACAA-A---------CTTGTAAATTATATT--A--T---TGCCATTTTGACTGTTGG------AA------ACTAA-----TATAG-AC-----TCTCTCTTTATATATTAAGATTGTCGTCTTTTATGGGTTATCCTAGAATTTAGCTG----CTATCTCTATTTTCAAGATCAATTTTTTTTTATAAT-------TAA--ATATT----GTAACTCTCTC-TG----ATTG-CCAA-----AC---AAATA--T----A-TCTTTTCATACTGATGTAT---TA----CAAC-TTTT-A-TAATGTATCATCATTATCATCATT----ATTTTAAA-TCACCCATA-TATATATCATATAC-ATA--T----A--------T-ATC-TATCTAGCGTCGTGCAATTAA------TATGCACCTCTTATATGTTATTT------ATTTCAATTTCATTGTCA-ATT--TC-ATCTG-TTTATGTT-TTAT----CATT---GTAATAA--GTGC---------------TAA--TAA---T---G---TA---TA-TGTGCCAAAATTCCA---AA-TA-AATCta
gi|20 : gTGTGTT-TT------CAAT---GT-AT-A--GTGTGG--TCACGTG----TAG--TGTAGAT---G---TA---TTATGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATC
gi|21 : AT---GT-AT-A--ACGC----TCATGTA----TAG--TGT---T---GATGCA---TC-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCta
gi|22 : TTTC-ATTTTTGTAAAATATATGCCA--TAAATG--ATTTTGACTG---G------AGTGGTTTACTAA-----Ttatcta
gi|23 : ATCATCATTA-------T------TTAAAA-ATATCCAGA-T-TGCA-AATA-
gi|3 : TTTGTAATGAATTAAAATC--AACATGATCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ACTAAGTCATCCTAAATCAAATATC-CACAACTTATTTACTATGTAGTCT---TCTATTTAAATGTTCAATTT-ACTTTT--TAT-ATAAATCCATATT-TAAATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATAT---AATTA--TGCCATTTTGACTG---G------AGTGGTTTACTAA-----TATNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TG----C----------------ACCA----TTTTTAATAGT-------TAA--A-ATT----GTAACTCC-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AAATA--TTGTGATTTTTTTCATACTGATGTACATGTAT-AACAACTTTTT-A-TAATGTATCATCATTA-------TCAACATTTTAAA-TTACCCACA-T-TGCA-ATTA-AT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCATGCAATTAATC----TATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-GTTTGTT-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----CAAA---GT-AT-A--GTGC----TCAT-T-------G--TGT-----------TA---TT-TGTGCC-ATATTCCA---AA-TA-AATCAActtccagctaataataaga
gi|4 : TTATTT------ATCTCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTT----TT-ATAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TCATGTA----TAG--TGT---T---G---TA---TT-TATGCC-AAATTCAA---AG-TA-AA
gi|5 : TTTTTAATGAACTAACATCCAA-CACAAT-AGGACTTCTTT-AT-----GT-A-TAAGTCATCCTAA-CCA--TATCACA-AACT-----A-T--GTAGTTT---TCTAT-CAAATATTCAATT--ACTTTT--TAC-AATAATCCAAATTGTATATCAAATCAAAAGTTAA-AATTTCTATTTTTGTAAAA-ATA----A--TA-----CATTTTGA-TG---G------AGTGGTTTACTAT-----TATAGGACCGCCTTTGGAAATACGATTCGTGTCTTTTATCATGTTATATCGCTAGGAATTTTA--G-TG----C----------------ACCAC---CTTTTAATTATTTTTTTATAATTA-ATT----GTAACTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----C-----AATA--TTaataaaaaataaataaatcaaactaaatcgtccaaacataaaggaaattccgttaaactggtctgaactaaaaaacattacatgtagcttcatttatacgagtaagtacattaggaacgacctatcaaatcactgcatagatgtagtatagttaattcgcacccaagtaagcatcagaacaaaatttaataaaaacagggggggggggaggtggagaagtaaaaaagggggtgtgaatagtaagagaagtagaaagtaatatatgattatgaaggggaaaaaa
gi|6 : ttcATAAT-------TAA--A-ATT----GTATCTTT-TC-TGTCAGATTG-TTAAATTAACA---AAATA--TTGTGA-TCTTT-CATATTGATGTAT---CA----CAACATTTT-A-TAGTGTATCATCATTA-------T------TTTAAA-TTATCCAGA-C-TGCA-AATA-AT-CTA--T----AATTA----T-AAC-AATCTA--GTCATGCAATCAAT-----T-TGCA-CTCTCAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-GTTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----TAATGTAGT-AT-A--GTTC----TCATGTA----TAG--TGT---T---G---TA---GT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAAa
gi|7 : ttTTTTTAACGAACTAAAATCCAAACACAACCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ATTAAGTCATCCTAAATCAAGTATT-CACAACT-----A-T--GTAGTCT---TCTATT-AAATGTTCAATAT-ACTTTT--TAT-ATAAATCTATAGT-TGAACCAAAACATAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTG--AAA---AT---A--TA--TGCCATTTTGACTG---G------AGTGGTTTACTAAAGTAATATNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--G-TG----C----------------ACCA----TTTTTAAatca
gi|8 : cc----TTTTTATTAAT-------TA------TT-----TAT-TAT-TT-TG----ATTGATTAA-----AATTCAGATACCTTGTG------TTCATACTGATGTAT-------AACAAC-TTTTTA-TAATGTATCAACATTATAAT---T----ATTTTAAA-TTACCCAGATT-TGCA-ATTA-ATATTA--T----T--------TAAACAAATCTA--GTCATGCAATCAATA----TACGCA-Cgatcaa
gi|9 : attatatatatatatgggaagatttttCCA----TTTTTAA-GAT-------CAA--ATATTTTTTGTATCTTT-TC-TG----ATTG-TGAA-----CA---AA-TA--TTGTGA-TCTTT-CATACTGATGTA-----A--AACA---TTTT-A-TAATGTATCATCATTA-------T------CTTAAA-TTATCCAGA-T-TGCA-AATA-AT-ATA--T----ATATAATTCT-AAC-AATCTA--GTCATGCAATCAG------TATGCatatctgtttggattaacaattaaatattaat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AGGTATCTGAATTTTAATCAATCAATAAATAAATAATAAAAAAAAATATTTCCATATAATTTATATATAATGGAATATTTTTTTTTATTATTTATTTATTTATTGAATTGATTAAAATTCAGATACCTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 33333333 111 11 11 22222222222 2222222222 222222222222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 1111 1111 1111111111 11 4444444444 1 444444444444444 4444444444444 222222 111111 111111 1111 222222222222222
lowQualScore : 3 0 8 00000 8 3 0 0 8 55 22222222 7 111 66 6 99 6 7 6 1 6 6 88 5 33 66666666666 3 0000000000 8 666666666666 333 4444444 1 2222 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 2 0 0000 1 5 5 0000 5 3 7777777777 3 66 1 00 1111111111 22 5 1 5 000000000000000 5 5 5 5 0 5 5 77 1111111111111 5 5 77 1 2 777777 7 4 3 222222 222222 555 4 2 0 3 3 7777 555 3 3 44 1111 4 44 6666 444444444444444 555 3 555 3 6 555 3 3
lowQualScore : . . . ..... . . . . . .. ........ . ... .. . .. . . . . . . .. . .. ........... . .......... . ............ ... ....... . .... . ........................................................ . . . .... . . . .... . . .......... . .. . .. .......... .. . . . ............... . . . . . . . .. ............. . . .. . . ...... . . . ...... ...... ... . . . . . .... ... . . .. .... . .. .... ............... ... . ... . . ... . .
lowQualScore : 2 8 0 00000 0 2 8 8 0 88 99999999 3 777 55 7 22 7 8 7 0 7 7 77 0 66 77777777777 0 8888888888 0 222222222222 000 8888888 0 5555 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999 9 0 0 6666 0 0 0 6666 0 4 6666666666 2 99 4 77 7777777777 99 7 4 7 000000000000000 0 0 0 0 8 0 7 99 9999999999999 7 7 99 4 7 333333 3 4 6 888888 888888 666 4 2 7 6 3 7777 888 3 3 66 7777 7 22 5555 777777777777777 444 1 444 1 2 444 1 1
consensus : TTTTTAATGAACTAAAATCCAAACATAATCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ACTAAGTCATCCTAAACCAAATATC-CACAACT-----A-TATGTAGTCT---TCTATTCAAATGTTCAATTT-ACTTTT--TAT-ATAAATCCATACT-TANATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATAT---A--TA--TGCCATTTTGACTG---G------AGTGGTTTACTAATATAGGAC-----TCGNNNNTNNNATNCGNGNNTTNTNNCNTNTTATGNNNCNNNNNANNNTN--GCTG---C--CTAT---T----A--------ATCA----TTTTTNATAATTAAA-ATT----GTANCTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AAATA--TTGTGATCTTTT-CATACTGATGTAT---TA--AACAAC-TTTT-A-TAATGTATCATCATTA-------T----ATTTTAAA-TTACCCAGA-T-TGCA-AATA-AT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATCAAT-----TATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TCATG--T----ATAG--T-GT-----T---G---T-A---TT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAA
Reference ( family-1771 ) : TTTTTAATGAACTAAAATCCAAACATAATCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ACTAAGTCATCCTAAACCAAATATC-CACAACT-----A-TATGTAGTCT---TCTATTCAAATGTTCAATTT-ACTTTT--TAT-ATAAATCCATACT-TANATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATAT---A--TA--TGCCATTTTGACTG---G------AGTGGTTTACTAATATAGGAC-----TCGNNNNTNNNATNCGNGNNTTNTNNCNTNTTATGNNNCNNNNNANNNTN--GCTG------CTAT---T----A--------ACCA----TTTTTAATAATTAAA-ATT----GTANCTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AAATA--TTGTGATCTTTT-CATACTGATGTAT---TA--AACAAC-TTTT-A-TAATGTATCATCATTA-------T----ATTTTAAA-TTACCCAGA-T-TGCA-AATA-AT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATCAAT-----TATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TCATG--T----ATAG--T-GT-----T---G---T-A---TT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAA
gi|1 : TTTTTAATGAACTAAAATCTAAACATAATCAGGACTTCTTTTAT-----GTTACTAAGTCATCCTAAACCAAATATC-CACAACT-----A-T--GTAGTCT---TCTA---AAATATTCAATTT-ACTTTT--TAC-AATAATTCAAACT-TTTATCAAAACAAAA-ATAA-AATTT--ATTTTTGTAAAATATAT-----------GCCATTTTGACTG---GTCCAGGAGTAGTTTACTAATATNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CCTGGTAC--CTAT---TTTAAG--------ATCAATT-TTTTTTATAATTAAA-ATT----GTAACTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AA-TA--TTATGATCTTTT-AATACTGATGTAT---TATCAAC--C-TTTT-A-TAATGTATCATCAT---------T----GTTTTAAATTTACCCAGA-T-TGCA-TTTA-AT-CTATGT----G--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATTAA------TATGCA-TCTTTATATGTTATTTGTTTCAATTCCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAA----C-TT---GT-AT-A--GTGC----T-A---------ATAA-----------T---G---T-A---TA-TGTGCCAAAATTCCA---AA-TA-AATCAA
gi|10 : ttccAATGAGT-----T-TGCA-CTCTGAAATGTTAGTT------ATTTCAA------TGTCA-AATTGTC-ATCT-------GTT-TTAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TTATGTAT----ATAG--T-GTTGA--T---G---T-A---TT-TGTGCC-CAATTCCA---AA-TA-AATCtca
gi|11 : agattccgtattcatgtataggccctaatgtatatatt----TTTTTTATAATTAGA-ATT----GTATCTTT-TCATA----ATGG-T-AA-----CA---AAATA--TTGTGA----TT-CATATCGATGT-------------AC-TGTT-ATTACTGTATCATCAT---------T----ATTTTAAA-ATATCCAGA-T-TGCA-AATA-CT-CCA--TAAAAA--------T-AAC-AAtaatc
gi|12 : aatttttaagatcatttttttA--GTCACGTAATGAAT-----T-TGTA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-GATTGTC-ATCTGCTTTATGTT-TTATCATGCAAT---GT-AT-A--GTGCTCAGTCATG--T----ATAG--TAGTGTTGAT---G---T-A---TT-TGTGCC-AAATTCCACTGAATTA-AATC
gi|13 : TGCA-CTCTGAAATGTTAGTT------ATTTCAA------TGTCATAATTGTCTATC-------TGTT-TTAT----CAAT---GT-AT-ATCGTGC----T-ATG--TTATAATAGCTT-GT-----T---G---A-ATGTTT-TGTGCC-CAATTCCA---AA-TAGAATCtatcta
gi|15 : taatgagt-TATGTAGTCT---TCTAT-CAAATGTTCAATAT-ACATTT--TAT-ATAAATATATACT-TAAACCAAATCATAA-TTAAGAACTTT-ATTTTTG-AAA--ATAT---A--TA--TGTCATTTTGtaatctaat
gi|16 : aatGCAATTAATATTAATATGCA-CTCTTA--TGTTATTT------ATTTCAA------TATCA-A--TGTC-ATCTGTT---TGTT-T
gi|17 : atacagcaagcataaatttcaTGTGCT-TT-T----CAAA---GT-AT-A--GAGC----TCATG--T----ATAG--T-GTAGA--T---G---TAA---TA-TGCACC-AAATTCCA---AA-TA-agtgctaataaatcaaat
gi|18 : ttgacaaatgtaaCATG--T----ATA---T-GA-----T---G---T-A---TT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATC
gi|19 : atcagtgcatttagtacatatctgtgatggGTATCATATTGTCAT----C--T---GT-AT-A--GTGT----TGATG--T----ACAGG-T-AT-----TTCAG---T-A---TT-TGTACC-AAATTTCA---AA-TA-AATCtatctat
gi|2 : aTTTTAATGAACTAAAATCCAAACATAATCAGGACCTCTTT-ATTACATGT-ACTTAATCATCCTAAAC-AAATATC-C-------------TATCTAATCTAACTTTATTCAAATATTCAATTTTACTTTTACTATTATAA-TCTCTA-T-TATATC---TCTATA-ACAA-A---------CTTGTAAATTATATT--A--T---TGCCATTTTGACTGTTGG------AA------ACTAATATAG-AC-----TCTCTCTTTATATATTAAGATTGTCGTCTTTTATGGGTTATCCTAGAATTTAGCTG------CTATCTCT----ATTTTCAAGATCAATTTTTTTTTATAATTAAATATT----GTAACTCTCTC-TG----ATTG-CCAA-----AC---AAATA--T----ATCTTTT-CATACTGATGTAT---TA----CAAC-TTTT-A-TAATGTATCATCATTATCATCATT----ATTTTAAA-TCACCCATA-TATATATCATATAC-ATA--T----A--------T-ATC-TATCTAGCGTCGTGCAATTAA------TATGCACCTCTTATATGTTATTT------ATTTCAATTTCATTGTCA-ATT--TC-ATCTG-TTTATGTT-TTAT----CATT---GTAATAA--GTGC----T-A---------ATAA-----------T---G---T-A---TA-TGTGCCAAAATTCCA---AA-TA-AATCta
gi|20 : gTGTGTT-TT------CAAT---GT-AT-A--GTGTGG--TCACG--T----GTAG--T-GTAGA--T---G---T-A---TTATGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATC
gi|21 : AT---GT-AT-A--ACGC----TCATG--T----ATAG--T-GT-----T---GATGC-A---TC-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCta
gi|22 : TTTC-ATTTTTGTAAAATATATGCCA--TAAATG--ATTTTGACTG---G------AGTGGTTTACTAATtatcta
gi|23 : ATCATCATTA-------T------TTAAAA-ATATCCAGA-T-TGCA-AATA-
gi|3 : TTTGTAATGAATTAAAATC--AACATGATCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ACTAAGTCATCCTAAATCAAATATC-CACAACTTATTTACTATGTAGTCT---TCTATTTAAATGTTCAATTT-ACTTTT--TAT-ATAAATCCATATT-TAAATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATAT---AATTA--TGCCATTTTGACTG---G------AGTGGTTTACTAATATNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TG------C--------------------ACCA----TTTTTAATAGTTAAA-ATT----GTAACTCC-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AAATA--TTGTGATTTTTTTCATACTGATGTACATGTAT-AACAAC-TTTTTA-TAATGTATCATCATTA-------TCAACATTTTAAA-TTACCCACA-T-TGCA-ATTA-AT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCATGCAATTAATC----TATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-GTTTGTT-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----CAAA---GT-AT-A--GTGC----TCAT---T-------G--T-GT-------------T-A---TT-TGTGCC-ATATTCCA---AA-TA-AATCAActtccagctaataataaga
gi|4 : TTATTT------ATCTCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTT----T-ATAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TCATG--T----ATAG--T-GT-----T---G---T-A---TT-TATGCC-AAATTCAA---AG-TA-AA
gi|5 : TTTTTAATGAACTAACATCCAA-CACAAT-AGGACTTCTTT-AT-----GT-A-TAAGTCATCCTAA-CCA--TATCACA-AACT-----A-T--GTAGTTT---TCTAT-CAAATATTCAATT--ACTTTT--TAC-AATAATCCAAATTGTATATCAAATCAAAAGTTAA-AATTTCTATTTTTGTAAAA-ATA----A--TA-----CATTTTGA-TG---G------AGTGGTTTACTATTATAGGACCGCCTTTGGAAATACGATTCGTGTCTTTTATCATGTTATATCGCTAGGAATTTTA--G-TGCACCACCTTT---T----A--------ATTAT---TTTTTTATAATT--A-ATT----GTAACTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----C-----AATA--TTaataaaaaataaataaatcaaactaaatcgtccaaacataaaggaaattccgttaaactggtctgaactaaaaaacattacatgtagcttcatttatacgagtaagtacattaggaacgacctatcaaatcactgcatagatgtagtatagttaattcgcacccaagtaagcatcagaacaaaatttaataaaaacagggggggggggaggtggagaagtaaaaaagggggtgtgaatagtaagagaagtagaaagtaatatatgattatgaaggggaaaaaa
gi|6 : ttcATAATTAAA-ATT----GTATCTTT-TC-TGTCAGATTG-TTAAATTAACA---AAATA--TTGTGATCTTT--CATATTGATGTAT---CA----CAACATTTT-A-TAGTGTATCATCATTA-------T------TTTAAA-TTATCCAGA-C-TGCA-AATA-AT-CTA--T----AATTA----T-AAC-AATCTA--GTCATGCAATCAAT-----T-TGCA-CTCTCAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-GTTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----TAATGTAGT-AT-A--GTTC----TCATG--T----ATAG--T-GT-----T---G---T-A---GT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAAa
gi|7 : ttTTTTTAACGAACTAAAATCCAAACACAACCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ATTAAGTCATCCTAAATCAAGTATT-CACAAC--------TATGTAGTCT---TCTATT-AAATGTTCAATAT-ACTTTT--TAT-ATAAATCTATAGT-TGAACCAAAACATAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTG-AAA----AT---A--TA--TGCCATTTTGACTG---G------AGTGGTTTACTAAatca
gi|8 : cc----TTTTTATTAATTA----TT-----TAT-TAT-TT-TG----ATTGATTAA-----AATTCAGATACCTTGTG-----TT-CATACTGATGTAT-------AACAAC-TTTTTA-TAATGTATCAACATTATAAT---T----ATTTTAAA-TTACCCAGATT-TGCA-ATTA-ATATTA--T----T--------TAAACAAATCTA--GTCATGCAATCAATA----TACGCA-Cagtaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgcaccatttttaagatcaa
gi|9 : attatatatatatatgggaagatttttCCA----TTTTTAA-GATCAAATATTTTTTGTATCTTT-TC-TG----ATTG-TGAA-----CA---AA-TA--TTGTGATCTTT--CATACTGATGTA-----A--AACA---TTTT-A-TAATGTATCATCATTA-------T------CTTAAA-TTATCCAGA-T-TGCA-AATA-AT-ATA--T----ATATAATTCT-AAC-AATCTA--GTCATGCAATCAG------TATGCatatctgtttggattaacaattaaatattaat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AGGTATCTGAATTTTAATCAATCAATAAATAAATAATAAAAAAAAATATTTCCATATAATTTATATATAATGGAATATTTTTTTTTATTATTTATTTATTTATTGAATTGATTAAAATTCAGATACCTG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 33333333 111 11 11 22222222222 2222222222 222222222222 111111111111111111111111111111111111111111111 2222 1 1111 1111 1111111111 11 4444444444 1 444444444444444 4444444444444 222222 111111 111111 1111 222222222222222
lowQualScore : 3 0 8 00000 8 3 0 0 8 55 22222222 7 111 66 6 99 6 7 6 1 6 6 88 5 33 66666666666 3 0000000000 8 666666666666 333 4444444 1 2222 1 222222222222222222222222222222222222222222222 7777 1 5 2 0 0000 1 5 5 0000 5 3 7777777777 3 66 1 00 1111111111 22 5 1 5 000000000000000 5 5 5 5 0 5 5 77 1111111111111 5 5 77 1 2 777777 7 4 3 222222 222222 555 4 2 0 3 3 7777 555 3 3 44 1111 4 44 6666 444444444444444 555 3 555 3 6 555 3 3
lowQualScore : . . . ..... . . . . . .. ........ . ... .. . .. . . . . . . .. . .. ........... . .......... . ............ ... ....... . .... . ............................................. .... . . . . .... . . . .... . . .......... . .. . .. .......... .. . . . ............... . . . . . . . .. ............. . . .. . . ...... . . . ...... ...... ... . . . . . .... ... . . .. .... . .. .... ............... ... . ... . . ... . .
lowQualScore : 2 8 0 00000 0 2 8 8 0 88 99999999 3 777 55 7 22 7 8 7 0 7 7 77 0 66 77777777777 0 8888888888 0 222222222222 000 8888888 0 5555 0 555555555555555555555555555555555555555555555 9999 0 0 0 0 6666 0 0 0 6666 0 4 6666666666 2 99 4 77 7777777777 99 7 4 7 000000000000000 0 0 0 0 8 0 7 99 9999999999999 7 7 99 4 7 333333 3 4 6 888888 888888 666 4 2 7 6 3 7777 888 3 3 66 7777 7 22 5555 777777777777777 444 1 444 1 2 444 1 1
consensus : TTTTTAATGAACTAAAATCCAAACATAATCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ACTAAGTCATCCTAAACCAAATATC-CACAACT-----A-TATGTAGTCT---TCTATTCAAATGTTCAATTT-ACTTTT--TAT-ATAAATCCATACT-TANATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATAT---A--TA--TGCCATTTTGACTG---G------AGTGGTTTACTAATATAGGAC-----TCGNNNNTNNNATNCGNGNNTTNTNNCNTNTTATGNNNCNNNNNANNNTN--G----CCG---C-----CTATTTT-A-GATCA----TTTTTTAT-AATTAAA-ATT----GTANCTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AAATA--TTGTGATCTTTT-CATACTGATGTAT---TA--AACAAC-TTTT-A-TAATGTATCATCATTA-------T----ATTTTAAA-TTACCCAGA-T-TGCA-AATA-AT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATCAAT-----TATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TCATG--T----ATAG--T-GT-----T---G---T-A---TT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAA
Reference ( family-1771 ) : TTTTTAATGAACTAAAATCCAAACATAATCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ACTAAGTCATCCTAAACCAAATATC-CACAACT-----A-TATGTAGTCT---TCTATTCAAATGTTCAATTT-ACTTTT--TAT-ATAAATCCATACT-TANATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATAT---A--TA--TGCCATTTTGACTG---G------AGTGGTTTACTAATATAGGAC-----TCGNNNNTNNNATNCGNGNNTTNTNNCNTNTTATGNNNCNNNNNANNNTN--G----CTG---C-----CTATT-----AATCA----TTTTTNAT-AATTAAA-ATT----GTANCTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AAATA--TTGTGATCTTTT-CATACTGATGTAT---TA--AACAAC-TTTT-A-TAATGTATCATCATTA-------T----ATTTTAAA-TTACCCAGA-T-TGCA-AATA-AT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATCAAT-----TATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TCATG--T----ATAG--T-GT-----T---G---T-A---TT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAA
gi|1 : TTTTTAATGAACTAAAATCTAAACATAATCAGGACTTCTTTTAT-----GTTACTAAGTCATCCTAAACCAAATATC-CACAACT-----A-T--GTAGTCT---TCTA---AAATATTCAATTT-ACTTTT--TAC-AATAATTCAAACT-TTTATCAAAACAAAA-ATAA-AATTT--ATTTTTGTAAAATATAT-----------GCCATTTTGACTG---GTCCAGGAGTAGTTTACTAATATNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--C----CTGGTAC-----CTATTTTAA-GATCAATT-TTTTTTAT-AATTAAA-ATT----GTAACTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AA-TA--TTATGATCTTTT-AATACTGATGTAT---TATCAAC--C-TTTT-A-TAATGTATCATCAT---------T----GTTTTAAATTTACCCAGA-T-TGCA-TTTA-AT-CTATGT----G--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATTAA------TATGCA-TCTTTATATGTTATTTGTTTCAATTCCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAA----C-TT---GT-AT-A--GTGC----T-A---------ATAA-----------T---G---T-A---TA-TGTGCCAAAATTCCA---AA-TA-AATCAA
gi|10 : ttccAATGAGT-----T-TGCA-CTCTGAAATGTTAGTT------ATTTCAA------TGTCA-AATTGTC-ATCT-------GTT-TTAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TTATGTAT----ATAG--T-GTTGA--T---G---T-A---TT-TGTGCC-CAATTCCA---AA-TA-AATCtca
gi|11 : agattccgtattcatgtataggccctaatgtatatatt----TTTTTTAT-AATTAGA-ATT----GTATCTTT-TCATA----ATGG-T-AA-----CA---AAATA--TTGTGA----TT-CATATCGATGT-------------AC-TGTT-ATTACTGTATCATCAT---------T----ATTTTAAA-ATATCCAGA-T-TGCA-AATA-CT-CCA--TAAAAA--------T-AAC-AAtaatc
gi|12 : aatttttaagatcatttttttA--GTCACGTAATGAAT-----T-TGTA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-GATTGTC-ATCTGCTTTATGTT-TTATCATGCAAT---GT-AT-A--GTGCTCAGTCATG--T----ATAG--TAGTGTTGAT---G---T-A---TT-TGTGCC-AAATTCCACTGAATTA-AATC
gi|13 : TGCA-CTCTGAAATGTTAGTT------ATTTCAA------TGTCATAATTGTCTATC-------TGTT-TTAT----CAAT---GT-AT-ATCGTGC----T-ATG--TTATAATAGCTT-GT-----T---G---A-ATGTTT-TGTGCC-CAATTCCA---AA-TAGAATCtatcta
gi|15 : taatgagt-TATGTAGTCT---TCTAT-CAAATGTTCAATAT-ACATTT--TAT-ATAAATATATACT-TAAACCAAATCATAA-TTAAGAACTTT-ATTTTTG-AAA--ATAT---A--TA--TGTCATTTTGtaatctaat
gi|16 : aatGCAATTAATATTAATATGCA-CTCTTA--TGTTATTT------ATTTCAA------TATCA-A--TGTC-ATCTGTT---TGTT-T
gi|17 : atacagcaagcataaatttcaTGTGCT-TT-T----CAAA---GT-AT-A--GAGC----TCATG--T----ATAG--T-GTAGA--T---G---TAA---TA-TGCACC-AAATTCCA---AA-TA-agtgctaataaatcaaat
gi|18 : ttgacaaatgtaaCATG--T----ATA---T-GA-----T---G---T-A---TT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATC
gi|19 : atcagtgcatttagtacatatctgtgatggGTATCATATTGTCAT----C--T---GT-AT-A--GTGT----TGATG--T----ACAGG-T-AT-----TTCAG---T-A---TT-TGTACC-AAATTTCA---AA-TA-AATCtatctat
gi|2 : aTTTTAATGAACTAAAATCCAAACATAATCAGGACCTCTTT-ATTACATGT-ACTTAATCATCCTAAAC-AAATATC-C-------------TATCTAATCTAACTTTATTCAAATATTCAATTTTACTTTTACTATTATAA-TCTCTA-T-TATATC---TCTATA-ACAA-A---------CTTGTAAATTATATT--A--T---TGCCATTTTGACTGTTGG------AA------ACTAATATAG-AC-----TCTCTCTTTATATATTAAGATTGTCGTCTTTTATGGGTTATCCTAGAATTTAG----CTG---CTATCTCTATTTTCAAGATCAATTTTTTTTTAT-AATTAAATATT----GTAACTCTCTC-TG----ATTG-CCAA-----AC---AAATA--T----ATCTTTT-CATACTGATGTAT---TA----CAAC-TTTT-A-TAATGTATCATCATTATCATCATT----ATTTTAAA-TCACCCATA-TATATATCATATAC-ATA--T----A--------T-ATC-TATCTAGCGTCGTGCAATTAA------TATGCACCTCTTATATGTTATTT------ATTTCAATTTCATTGTCA-ATT--TC-ATCTG-TTTATGTT-TTAT----CATT---GTAATAA--GTGC----T-A---------ATAA-----------T---G---T-A---TA-TGTGCCAAAATTCCA---AA-TA-AATCta
gi|20 : gTGTGTT-TT------CAAT---GT-AT-A--GTGTGG--TCACG--T----GTAG--T-GTAGA--T---G---T-A---TTATGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATC
gi|21 : AT---GT-AT-A--ACGC----TCATG--T----ATAG--T-GT-----T---GATGC-A---TC-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCta
gi|22 : TTTC-ATTTTTGTAAAATATATGCCA--TAAATG--ATTTTGACTG---G------AGTGGTTTACTAATtatcta
gi|23 : ATCATCATTA-------T------TTAAAA-ATATCCAGA-T-TGCA-AATA-
gi|3 : TTTGTAATGAATTAAAATC--AACATGATCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ACTAAGTCATCCTAAATCAAATATC-CACAACTTATTTACTATGTAGTCT---TCTATTTAAATGTTCAATTT-ACTTTT--TAT-ATAAATCCATATT-TAAATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATAT---AATTA--TGCCATTTTGACTG---G------AGTGGTTTACTAATATNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--------TG---C----------------ACCA----TTTTTAAT-AGTTAAA-ATT----GTAACTCC-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AAATA--TTGTGATTTTTTTCATACTGATGTACATGTAT-AACAAC-TTTTTA-TAATGTATCATCATTA-------TCAACATTTTAAA-TTACCCACA-T-TGCA-ATTA-AT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCATGCAATTAATC----TATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-GTTTGTT-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----CAAA---GT-AT-A--GTGC----TCAT---T-------G--T-GT-------------T-A---TT-TGTGCC-ATATTCCA---AA-TA-AATCAActtccagctaataataaga
gi|4 : TTATTT------ATCTCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTT----T-ATAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TCATG--T----ATAG--T-GT-----T---G---T-A---TT-TATGCC-AAATTCAA---AG-TA-AA
gi|5 : TTTTTAATGAACTAACATCCAA-CACAAT-AGGACTTCTTT-AT-----GT-A-TAAGTCATCCTAA-CCA--TATCACA-AACT-----A-T--GTAGTTT---TCTAT-CAAATATTCAATT--ACTTTT--TAC-AATAATCCAAATTGTATATCAAATCAAAAGTTAA-AATTTCTATTTTTGTAAAA-ATA----A--TA-----CATTTTGA-TG---G------AGTGGTTTACTATTATAGGACCGCCTTTGGAAATACGATTCGTGTCTTTTATCATGTTATATCGCTAGGAATTTTA--GTGCACCA---C-----CTTTT-----AATTAT---TTTTTTAT-AATT--A-ATT----GTAACTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----C-----AATA--TTaataaaaaataaataaatcaaactaaatcgtccaaacataaaggaaattccgttaaactggtctgaactaaaaaacattacatgtagcttcatttatacgagtaagtacattaggaacgacctatcaaatcactgcatagatgtagtatagttaattcgcacccaagtaagcatcagaacaaaatttaataaaaacagggggggggggaggtggagaagtaaaaaagggggtgtgaatagtaagagaagtagaaagtaatatatgattatgaaggggaaaaaa
gi|6 : ttcTTAT-AATTAAA-ATT----GTATCTTT-TC-TGTCAGATTG-TTAAATTAACA---AAATA--TTGTGATCTTT--CATATTGATGTAT---CA----CAACATTTT-A-TAGTGTATCATCATTA-------T------TTTAAA-TTATCCAGA-C-TGCA-AATA-AT-CTA--T----AATTA----T-AAC-AATCTA--GTCATGCAATCAAT-----T-TGCA-CTCTCAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-GTTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----TAATGTAGT-AT-A--GTTC----TCATG--T----ATAG--T-GT-----T---G---T-A---GT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAAa
gi|7 : TTTTTAACGAACTAAAATCCAAACACAACCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ATTAAGTCATCCTAAATCAAGTATT-CACAAC--------TATGTAGTCT---TCTATT-AAATGTTCAATAT-ACTTTT--TAT-ATAAATCTATAGT-TGAACCAAAACATAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTG-AAA----AT---A--TA--TGCCATTTTGACTG---G------AGTGGTTTACTAAatca
gi|8 : cc----TTTTTTATTAATTA----TT-----TAT-TAT-TT-TG----ATTGATTAA-----AATTCAGATACCTTGTG-----TT-CATACTGATGTAT-------AACAAC-TTTTTA-TAATGTATCAACATTATAAT---T----ATTTTAAA-TTACCCAGATT-TGCA-ATTA-ATATTA--T----T--------TAAACAAATCTA--GTCATGCAATCAATA----TACGCA-Cagtaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgcaccatttttaagatcaa
gi|9 : attatatatatatatgggaagattttCA----TTTTTAA--GATCAAATATTTTTTGTATCTTT-TC-TG----ATTG-TGAA-----CA---AA-TA--TTGTGATCTTT--CATACTGATGTA-----A--AACA---TTTT-A-TAATGTATCATCATTA-------T------CTTAAA-TTATCCAGA-T-TGCA-AATA-AT-ATA--T----ATATAATTCT-AAC-AATCTA--GTCATGCAATCAG------TATGCatatctgtttggattaacaattaaatattaat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AGGTATCTGAATTTTAATCAATCAATAAATAAATAATAAAAAAAAATATTTCCATATAATTTATATATAATGGAATATTTTTTTTTATTATTTATTTATTTATTGAATTGATTAAAATTCAGATACCTG
Alignments
lowQualScore : 22222 33333333 111 11 11 22222222222 2222222222 222222222222 9999999999999999999999999999999999999999999999 2222 1111111 11 1111 1111 1111111111 11 4444444444 1 444444444444444 4444444444444 222222 111111 111111 1111 222222222222222
lowQualScore : 3 0 8 00000 8 3 0 0 8 55 22222222 7 111 66 6 99 6 7 6 1 6 6 88 5 33 66666666666 3 0000000000 8 666666666666 333 4444444 1 2222 1 5555555555555555555555555555555555555555555555 5555 6666666 5 5 00 0000 1 5 5 0000 5 3 7777777777 3 66 1 00 1111111111 22 5 1 5 000000000000000 5 5 5 5 0 5 5 77 1111111111111 5 5 77 1 2 777777 7 4 3 222222 222222 555 4 2 0 3 3 7777 555 3 3 44 1111 4 44 6666 444444444444444 555 3 555 3 6 555 3 3
lowQualScore : . . . ..... . . . . . .. ........ . ... .. . .. . . . . . . .. . .. ........... . .......... . ............ ... ....... . .... . .............................................. .... ....... . . .. .... . . . .... . . .......... . .. . .. .......... .. . . . ............... . . . . . . . .. ............. . . .. . . ...... . . . ...... ...... ... . . . . . .... ... . . .. .... . .. .... ............... ... . ... . . ... . .
lowQualScore : 2 8 0 00000 0 2 8 8 0 88 99999999 3 777 55 7 22 7 8 7 0 7 7 77 0 66 77777777777 0 8888888888 0 222222222222 000 8888888 0 5555 0 9999999999999999999999999999999999999999999999 8888 2222222 0 0 11 6666 0 0 0 6666 0 4 6666666666 2 99 4 77 7777777777 99 7 4 7 000000000000000 0 0 0 0 8 0 7 99 9999999999999 7 7 99 4 7 333333 3 4 6 888888 888888 666 4 2 7 6 3 7777 888 3 3 66 7777 7 22 5555 777777777777777 444 1 444 1 2 444 1 1
consensus : TTTTTAATGAACTAAAATCCAAACATAATCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ACTAAGTCATCCTAAACCAAATATC-CACAACT-----A-TATGTAGTCT---TCTATTCAAATGTTCAATTT-ACTTTT--TAT-ATAAATCCATACT-TANATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATAT---A--TA--TGCCATTTTGACTG---G------AGTGGTTTACTAATATAGGAC-----TCGNNNNTNNNATNCGNGNNTTNTNNCNTNTTATGNNNCNNNNNANNNTN--G----CCG---C-----CTATTTT-AA-GATCA----TTTT-------TT-AT-AATTAAA-ATT----GTANCTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AAATA--TTGTGATCTTTT-CATACTGATGTAT---TA--AACAAC-TTTT-A-TAATGTATCATCATTA-------T----ATTTTAAA-TTACCCAGA-T-TGCA-AATA-AT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATCAAT-----TATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TCATG--T----ATAG--T-GT-----T---G---T-A---TT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAA
Reference ( family-1771 ) : TTTTTAATGAACTAAAATCCAAACATAATCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ACTAAGTCATCCTAAACCAAATATC-CACAACT-----A-TATGTAGTCT---TCTATTCAAATGTTCAATTT-ACTTTT--TAT-ATAAATCCATACT-TANATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATAT---A--TA--TGCCATTTTGACTG---G------AGTGGTTTACTAATATAGGAC-----TCGNNNNTNNNATNCGNGNNTTNTNNCNTNTTATGNNNCNNNNNANNNTN--G----CCG---C-----CTATTTT--A-GATCA----TTTT-------TT-AT-AATTAAA-ATT----GTANCTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AAATA--TTGTGATCTTTT-CATACTGATGTAT---TA--AACAAC-TTTT-A-TAATGTATCATCATTA-------T----ATTTTAAA-TTACCCAGA-T-TGCA-AATA-AT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATCAAT-----TATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TCATG--T----ATAG--T-GT-----T---G---T-A---TT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAA
gi|1 : TTTTTAATGAACTAAAATCTAAACATAATCAGGACTTCTTTTAT-----GTTACTAAGTCATCCTAAACCAAATATC-CACAACT-----A-T--GTAGTCT---TCTA---AAATATTCAATTT-ACTTTT--TAC-AATAATTCAAACT-TTTATCAAAACAAAA-ATAA-AATTT--ATTTTTGTAAAATATAT-----------GCCATTTTGACTG---GTCCAGGAGTAGTTTACTAATATNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--C----CTGGTAC-----CTATTTT--AAGATCAATT-TTTT-------TT-AT-AATTAAA-ATT----GTAACTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AA-TA--TTATGATCTTTT-AATACTGATGTAT---TATCAAC--C-TTTT-A-TAATGTATCATCAT---------T----GTTTTAAATTTACCCAGA-T-TGCA-TTTA-AT-CTATGT----G--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATTAA------TATGCA-TCTTTATATGTTATTTGTTTCAATTCCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAA----C-TT---GT-AT-A--GTGC----T-A---------ATAA-----------T---G---T-A---TA-TGTGCCAAAATTCCA---AA-TA-AATCAA
gi|10 : ttccAATGAGT-----T-TGCA-CTCTGAAATGTTAGTT------ATTTCAA------TGTCA-AATTGTC-ATCT-------GTT-TTAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TTATGTAT----ATAG--T-GTTGA--T---G---T-A---TT-TGTGCC-CAATTCCA---AA-TA-AATCtca
gi|11 : agattccgtattcatgtataggccctaatgtatatattATTTTTAA-GATCA----TTTTTTTTTTTTT-AT-AATTAGA-ATT----GTATCTTT-TCATA----ATGG-T-AA-----CA---AAATA--TTGTGA----TT-CATATCGATGT-------------AC-TGTT-ATTACTGTATCATCAT---------T----ATTTTAAA-ATATCCAGA-T-TGCA-AATA-CT-CCA--TAAAAA--------T-AAC-AAtaatc
gi|12 : aA--GTCACGTAATGAAT-----T-TGTA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-GATTGTC-ATCTGCTTTATGTT-TTATCATGCAAT---GT-AT-A--GTGCTCAGTCATG--T----ATAG--TAGTGTTGAT---G---T-A---TT-TGTGCC-AAATTCCACTGAATTA-AATC
gi|13 : TGCA-CTCTGAAATGTTAGTT------ATTTCAA------TGTCATAATTGTCTATC-------TGTT-TTAT----CAAT---GT-AT-ATCGTGC----T-ATG--TTATAATAGCTT-GT-----T---G---A-ATGTTT-TGTGCC-CAATTCCA---AA-TAGAATCtatcta
gi|15 : taatgagt-TATGTAGTCT---TCTAT-CAAATGTTCAATAT-ACATTT--TAT-ATAAATATATACT-TAAACCAAATCATAA-TTAAGAACTTT-ATTTTTG-AAA--ATAT---A--TA--TGTCATTTTGtaatctaat
gi|16 : aatGCAATTAATATTAATATGCA-CTCTTA--TGTTATTT------ATTTCAA------TATCA-A--TGTC-ATCTGTT---TGTT-T
gi|17 : atacagcaagcataaatttcaTGTGCT-TT-T----CAAA---GT-AT-A--GAGC----TCATG--T----ATAG--T-GTAGA--T---G---TAA---TA-TGCACC-AAATTCCA---AA-TA-agtgctaataaatcaaat
gi|18 : ttgacaaatgtaaCATG--T----ATA---T-GA-----T---G---T-A---TT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATC
gi|19 : atcagtgcatttagtacatatctgtgatggGTATCATATTGTCAT----C--T---GT-AT-A--GTGT----TGATG--T----ACAGG-T-AT-----TTCAG---T-A---TT-TGTACC-AAATTTCA---AA-TA-AATCtatctat
gi|2 : aTTTTAATGAACTAAAATCCAAACATAATCAGGACCTCTTT-ATTACATGT-ACTTAATCATCCTAAAC-AAATATC-C-------------TATCTAATCTAACTTTATTCAAATATTCAATTTTACTTTTACTATTATAA-TCTCTA-T-TATATC---TCTATA-ACAA-A---------CTTGTAAATTATATT--A--T---TGCCATTTTGACTGTTGG------AA------ACTAATATAG-AC-----TCTCTCTTTATATATTAAGATTGTCGTCTTTTATGGGTTATCCTAGAATTTAG----CTG---CTATCTCTATTTTCAA-GATCAATTTTTTT-------TT-AT-AATTAAATATT----GTAACTCTCTC-TG----ATTG-CCAA-----AC---AAATA--T----ATCTTTT-CATACTGATGTAT---TA----CAAC-TTTT-A-TAATGTATCATCATTATCATCATT----ATTTTAAA-TCACCCATA-TATATATCATATAC-ATA--T----A--------T-ATC-TATCTAGCGTCGTGCAATTAA------TATGCACCTCTTATATGTTATTT------ATTTCAATTTCATTGTCA-ATT--TC-ATCTG-TTTATGTT-TTAT----CATT---GTAATAA--GTGC----T-A---------ATAA-----------T---G---T-A---TA-TGTGCCAAAATTCCA---AA-TA-AATCta
gi|20 : gTGTGTT-TT------CAAT---GT-AT-A--GTGTGG--TCACG--T----GTAG--T-GTAGA--T---G---T-A---TTATGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATC
gi|21 : AT---GT-AT-A--ACGC----TCATG--T----ATAG--T-GT-----T---GATGC-A---TC-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCta
gi|22 : TTTC-ATTTTTGTAAAATATATGCCA--TAAATG--ATTTTGACTG---G------AGTGGTTTACTAATtatcta
gi|23 : ATCATCATTA-------T------TTAAAA-ATATCCAGA-T-TGCA-AATA-
gi|3 : TTTGTAATGAATTAAAATC--AACATGATCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ACTAAGTCATCCTAAATCAAATATC-CACAACTTATTTACTATGTAGTCT---TCTATTTAAATGTTCAATTT-ACTTTT--TAT-ATAAATCCATATT-TAAATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATAT---AATTA--TGCCATTTTGACTG---G------AGTGGTTTACTAATATNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--------TG---C-----------------ACCA----TTTT-------TA-AT-AGTTAAA-ATT----GTAACTCC-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AAATA--TTGTGATTTTTTTCATACTGATGTACATGTAT-AACAAC-TTTTTA-TAATGTATCATCATTA-------TCAACATTTTAAA-TTACCCACA-T-TGCA-ATTA-AT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCATGCAATTAATC----TATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-GTTTGTT-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----CAAA---GT-AT-A--GTGC----TCAT---T-------G--T-GT-------------T-A---TT-TGTGCC-ATATTCCA---AA-TA-AATCAActtccagctaataataaga
gi|4 : TTATTT------ATCTCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTT----T-ATAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TCATG--T----ATAG--T-GT-----T---G---T-A---TT-TATGCC-AAATTCAA---AG-TA-AA
gi|5 : TTTTTAATGAACTAACATCCAA-CACAAT-AGGACTTCTTT-AT-----GT-A-TAAGTCATCCTAA-CCA--TATCACA-AACT-----A-T--GTAGTTT---TCTAT-CAAATATTCAATT--ACTTTT--TAC-AATAATCCAAATTGTATATCAAATCAAAAGTTAA-AATTTCTATTTTTGTAAAA-ATA----A--TA-----CATTTTGA-TG---G------AGTGGTTTACTATTATAGGACCGCCTTTGGAAATACGATTCGTGTCTTTTATCATGTTATATCGCTAGGAATTTTA--GTGCACCA---C-----CT--TTT--A--ATTA----TTTT-------TTTAT-AATTAA---TT----GTAACTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----C-----AATA--TTaataaaaaataaataaatcaaactaaatcgtccaaacataaaggaaattccgttaaactggtctgaactaaaaaacattacatgtagcttcatttatacgagtaagtacattaggaacgacctatcaaatcactgcatagatgtagtatagttaattcgcacccaagtaagcatcagaacaaaatttaataaaaacagggggggggggaggtggagaagtaaaaaagggggtgtgaatagtaagagaagtagaaagtaatatatgattatgaaggggaaaaaa
gi|6 : ttc-------TT-AT-AATTAAA-ATT----GTATCTTT-TC-TGTCAGATTG-TTAAATTAACA---AAATA--TTGTGATCTTT--CATATTGATGTAT---CA----CAACATTTT-A-TAGTGTATCATCATTA-------T------TTTAAA-TTATCCAGA-C-TGCA-AATA-AT-CTA--T----AATTA----T-AAC-AATCTA--GTCATGCAATCAAT-----T-TGCA-CTCTCAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-GTTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----TAATGTAGT-AT-A--GTTC----TCATG--T----ATAG--T-GT-----T---G---T-A---GT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAAa
gi|7 : TTTTTAACGAACTAAAATCCAAACACAACCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ATTAAGTCATCCTAAATCAAGTATT-CACAAC--------TATGTAGTCT---TCTATT-AAATGTTCAATAT-ACTTTT--TAT-ATAAATCTATAGT-TGAACCAAAACATAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTG-AAA----AT---A--TA--TGCCATTTTGACTG---G------AGTGGTTTACTAAatca
gi|8 : cc----TTTT-------TT-ATTAATTA----TT-----TAT-TAT-TT-TG----ATTGATTAA-----AATTCAGATACCTTGTG-----TT-CATACTGATGTAT-------AACAAC-TTTTTA-TAATGTATCAACATTATAAT---T----ATTTTAAA-TTACCCAGATT-TGCA-ATTA-ATATTA--T----T--------TAAACAAATCTA--GTCATGCAATCAATA----TACGCA-Cagtaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgcaccatttttaagatcaa
gi|9 : attatatatatatatgggaagattttTTT-------TT-AA-GATCAAATATTTTTTGTATCTTT-TC-TG----ATTG-TGAA-----CA---AA-TA--TTGTGATCTTT--CATACTGATGTA-----A--AACA---TTTT-A-TAATGTATCATCATTA-------T------CTTAAA-TTATCCAGA-T-TGCA-AATA-AT-ATA--T----ATATAATTCT-AAC-AATCTA--GTCATGCAATCAG------TATGCatatctgtttggattaacaattaaatattaat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AGGTATCTGAATTTTAATCAATCAATAAATAAATAATAAAAAAAAATATTTCCATATAATTTATATATAATGGAATATTTTTTTTTATTATTTATTTATTTATTGAATTGATTAAAATTCAGATACCTG
Alignments
lowQualScore : 22222 33333333 111 11 11 22222222222 2222222222 222222222222 8888888888888888888888888888888888888 3333 1111111 111 1111 1111111111 11 4444444444 1 444444444444444 4444444444444 222222 111111 111111 1111 222222222222222
lowQualScore : 3 0 8 00000 8 3 0 0 8 55 22222222 7 111 66 6 99 6 7 6 1 6 6 88 5 33 66666666666 3 0000000000 8 666666666666 333 4444444 1 2222 1 0000000000000000000000000000000000000 6 2 0000 6666666 5 5 000 1 5 5 0000 5 3 7777777777 3 66 1 00 1111111111 22 5 1 5 000000000000000 5 5 5 5 0 5 5 77 1111111111111 5 5 77 1 2 777777 7 4 3 222222 222222 555 4 2 0 3 3 7777 555 3 3 44 1111 4 44 6666 444444444444444 555 3 555 3 6 555 3 3
lowQualScore : . . . ..... . . . . . .. ........ . ... .. . .. . . . . . . .. . .. ........... . .......... . ............ ... ....... . .... . ..................................... . . .... ....... . . ... . . . .... . . .......... . .. . .. .......... .. . . . ............... . . . . . . . .. ............. . . .. . . ...... . . . ...... ...... ... . . . . . .... ... . . .. .... . .. .... ............... ... . ... . . ... . .
lowQualScore : 2 8 0 00000 0 2 8 8 0 88 99999999 3 777 55 7 22 7 8 7 0 7 7 77 0 66 77777777777 0 8888888888 0 222222222222 000 8888888 0 5555 0 8888888888888888888888888888888888888 7 5 0000 2222222 0 0 111 0 0 0 6666 0 4 6666666666 2 99 4 77 7777777777 99 7 4 7 000000000000000 0 0 0 0 8 0 7 99 9999999999999 7 7 99 4 7 333333 3 4 6 888888 888888 666 4 2 7 6 3 7777 888 3 3 66 7777 7 22 5555 777777777777777 444 1 444 1 2 444 1 1
consensus : TTTTTAATGAACTAAAATCCAAACATAATCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ACTAAGTCATCCTAAACCAAATATC-CACAACT-----A-TATGTAGTCT---TCTATTCAAATGTTCAATTT-ACTTTT--TAT-ATAAATCCATACT-TANATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATAT---A--TA--TGCCATTTTGACTG---G------AGTGGTTTACTAATATAGGAC-----TCGNNNNTNNNATNCGNGNNTTNTNNCNTNTTATGNNNCNNNNNANNNTN--G----CCG---C-----CTATTTT-AAGATCAA---TTTT-------TT-AT-AATTAAA-ATTGTANCTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AAATA--TTGTGATCTTTT-CATACTGATGTAT---TA--AACAAC-TTTT-A-TAATGTATCATCATTA-------T----ATTTTAAA-TTACCCAGA-T-TGCA-AATA-AT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATCAAT-----TATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TCATG--T----ATAG--T-GT-----T---G---T-A---TT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAA
Reference ( family-1771 ) : TTTTTAATGAACTAAAATCCAAACATAATCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ACTAAGTCATCCTAAACCAAATATC-CACAACT-----A-TATGTAGTCT---TCTATTCAAATGTTCAATTT-ACTTTT--TAT-ATAAATCCATACT-TANATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATAT---A--TA--TGCCATTTTGACTG---G------AGTGGTTTACTAATATAGGAC-----TCGNNNNTNNNATNCGNGNNTTNTNNCNTNTTATGNNNCNNNNNANNNTN--G----CCG---C-----CTATTTT-AAGATCA----TTTT-------TT-AT-AATTAAA-ATTGTANCTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AAATA--TTGTGATCTTTT-CATACTGATGTAT---TA--AACAAC-TTTT-A-TAATGTATCATCATTA-------T----ATTTTAAA-TTACCCAGA-T-TGCA-AATA-AT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATCAAT-----TATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TCATG--T----ATAG--T-GT-----T---G---T-A---TT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAA
gi|1 : TTTTTAATGAACTAAAATCTAAACATAATCAGGACTTCTTTTAT-----GTTACTAAGTCATCCTAAACCAAATATC-CACAACT-----A-T--GTAGTCT---TCTA---AAATATTCAATTT-ACTTTT--TAC-AATAATTCAAACT-TTTATCAAAACAAAA-ATAA-AATTT--ATTTTTGTAAAATATAT-----------GCCATTTTGACTG---GTCCAGGAGTAGTTTACTAATATNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--C----CTGGTAC-----CTATTTT-AAGATCAATT-TTTT-------TT-AT-AATTAAA-ATTGTAACTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AA-TA--TTATGATCTTTT-AATACTGATGTAT---TATCAAC--C-TTTT-A-TAATGTATCATCAT---------T----GTTTTAAATTTACCCAGA-T-TGCA-TTTA-AT-CTATGT----G--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATTAA------TATGCA-TCTTTATATGTTATTTGTTTCAATTCCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAA----C-TT---GT-AT-A--GTGC----T-A---------ATAA-----------T---G---T-A---TA-TGTGCCAAAATTCCA---AA-TA-AATCAA
gi|10 : ttccAATGAGT-----T-TGCA-CTCTGAAATGTTAGTT------ATTTCAA------TGTCA-AATTGTC-ATCT-------GTT-TTAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TTATGTAT----ATAG--T-GTTGA--T---G---T-A---TT-TGTGCC-CAATTCCA---AA-TA-AATCtca
gi|11 : agattccgtattcatgtataggccctaatgtatatattTTTT-AAGATCA----TTTTTTTTTTTTT-AT-AATTAGA-ATTGTATCTTT-TCATA----ATGG-T-AA-----CA---AAATA--TTGTGA----TT-CATATCGATGT-------------AC-TGTT-ATTACTGTATCATCAT---------T----ATTTTAAA-ATATCCAGA-T-TGCA-AATA-CT-CCA--TAAAAA--------T-AAC-AAtaatc
gi|12 : aatA--GTCACGTAATGAAT-----T-TGTA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-GATTGTC-ATCTGCTTTATGTT-TTATCATGCAAT---GT-AT-A--GTGCTCAGTCATG--T----ATAG--TAGTGTTGAT---G---T-A---TT-TGTGCC-AAATTCCACTGAATTA-AATC
gi|13 : TGCA-CTCTGAAATGTTAGTT------ATTTCAA------TGTCATAATTGTCTATC-------TGTT-TTAT----CAAT---GT-AT-ATCGTGC----T-ATG--TTATAATAGCTT-GT-----T---G---A-ATGTTT-TGTGCC-CAATTCCA---AA-TAGAATCtatcta
gi|15 : taatgagt-TATGTAGTCT---TCTAT-CAAATGTTCAATAT-ACATTT--TAT-ATAAATATATACT-TAAACCAAATCATAA-TTAAGAACTTT-ATTTTTG-AAA--ATAT---A--TA--TGTCATTTTGtaatctaat
gi|16 : aatGCAATTAATATTAATATGCA-CTCTTA--TGTTATTT------ATTTCAA------TATCA-A--TGTC-ATCTGTT---TGTT-T
gi|17 : atacagcaagcataaatttcaTGTGCT-TT-T----CAAA---GT-AT-A--GAGC----TCATG--T----ATAG--T-GTAGA--T---G---TAA---TA-TGCACC-AAATTCCA---AA-TA-agtgctaataaatcaaat
gi|18 : ttgacaaatgtaaCATG--T----ATA---T-GA-----T---G---T-A---TT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATC
gi|19 : atcagtgcatttagtacatatctgtgatggGTATCATATTGTCAT----C--T---GT-AT-A--GTGT----TGATG--T----ACAGG-T-AT-----TTCAG---T-A---TT-TGTACC-AAATTTCA---AA-TA-AATCtatctat
gi|2 : aTTTTAATGAACTAAAATCCAAACATAATCAGGACCTCTTT-ATTACATGT-ACTTAATCATCCTAAAC-AAATATC-C-------------TATCTAATCTAACTTTATTCAAATATTCAATTTTACTTTTACTATTATAA-TCTCTA-T-TATATC---TCTATA-ACAA-A---------CTTGTAAATTATATT--A--T---TGCCATTTTGACTGTTGG------AA------ACTAATATAG-AC-----TCTCTCTTTATATATTAAGATTGTCGTCTTTTATGGGTTATCCTAGAATTTAG----CTG---CTATCTCTATTTTCAAGATCAATTTTTTT-------TT-AT-AATTAAATATTGTAACTCTCTC-TG----ATTG-CCAA-----AC---AAATA--T----ATCTTTT-CATACTGATGTAT---TA----CAAC-TTTT-A-TAATGTATCATCATTATCATCATT----ATTTTAAA-TCACCCATA-TATATATCATATAC-ATA--T----A--------T-ATC-TATCTAGCGTCGTGCAATTAA------TATGCACCTCTTATATGTTATTT------ATTTCAATTTCATTGTCA-ATT--TC-ATCTG-TTTATGTT-TTAT----CATT---GTAATAA--GTGC----T-A---------ATAA-----------T---G---T-A---TA-TGTGCCAAAATTCCA---AA-TA-AATCta
gi|20 : gTGTGTT-TT------CAAT---GT-AT-A--GTGTGG--TCACG--T----GTAG--T-GTAGA--T---G---T-A---TTATGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATC
gi|21 : AT---GT-AT-A--ACGC----TCATG--T----ATAG--T-GT-----T---GATGC-A---TC-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCta
gi|22 : TTTC-ATTTTTGTAAAATATATGCCA--TAAATG--ATTTTGACTG---G------AGTGGTTTACTAATtatcta
gi|23 : ATCATCATTA-------T------TTAAAA-ATATCCAGA-T-TGCA-AATA-
gi|3 : TTTGTAATGAATTAAAATC--AACATGATCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ACTAAGTCATCCTAAATCAAATATC-CACAACTTATTTACTATGTAGTCT---TCTATTTAAATGTTCAATTT-ACTTTT--TAT-ATAAATCCATATT-TAAATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATAT---AATTA--TGCCATTTTGACTG---G------AGTGGTTTACTAATATNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--------TG---C----------------ACCA----TTTT-------TA-AT-AGTTAAA-ATTGTAACTCC-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AAATA--TTGTGATTTTTTTCATACTGATGTACATGTAT-AACAAC-TTTTTA-TAATGTATCATCATTA-------TCAACATTTTAAA-TTACCCACA-T-TGCA-ATTA-AT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCATGCAATTAATC----TATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-GTTTGTT-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----CAAA---GT-AT-A--GTGC----TCAT---T-------G--T-GT-------------T-A---TT-TGTGCC-ATATTCCA---AA-TA-AATCAActtccagctaataataaga
gi|4 : TTATTT------ATCTCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTT----T-ATAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TCATG--T----ATAG--T-GT-----T---G---T-A---TT-TATGCC-AAATTCAA---AG-TA-AA
gi|5 : TTTTTAATGAACTAACATCCAA-CACAAT-AGGACTTCTTT-AT-----GT-A-TAAGTCATCCTAA-CCA--TATCACA-AACT-----A-T--GTAGTTT---TCTAT-CAAATATTCAATT--ACTTTT--TAC-AATAATCCAAATTGTATATCAAATCAAAAGTTAA-AATTTCTATTTTTGTAAAA-ATA----A--TA-----CATTTTGA-TG---G------AGTGGTTTACTATTATAGGACCGCCTTTGGAAATACGATTCGTGTCTTTTATCATGTTATATCGCTAGGAATTTTA--GTGCACCA---C-----CT--TTT-AA--TTA----TTTT-------TTTAT-AATTAA---TTGTAACTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----C-----AATA--TTaataaaaaataaataaatcaaactaaatcgtccaaacataaaggaaattccgttaaactggtctgaactaaaaaacattacatgtagcttcatttatacgagtaagtacattaggaacgacctatcaaatcactgcatagatgtagtatagttaattcgcacccaagtaagcatcagaacaaaatttaataaaaacagggggggggggaggtggagaagtaaaaaagggggtgtgaatagtaagagaagtagaaagtaatatatgattatgaaggggaaaaaa
gi|6 : ttc-------TT-AT-AATTAAA-ATTGTATCTTT-TC-TGTCAGATTG-TTAAATTAACA---AAATA--TTGTGATCTTT--CATATTGATGTAT---CA----CAACATTTT-A-TAGTGTATCATCATTA-------T------TTTAAA-TTATCCAGA-C-TGCA-AATA-AT-CTA--T----AATTA----T-AAC-AATCTA--GTCATGCAATCAAT-----T-TGCA-CTCTCAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-GTTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----TAATGTAGT-AT-A--GTTC----TCATG--T----ATAG--T-GT-----T---G---T-A---GT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAAa
gi|7 : TTTTTAACGAACTAAAATCCAAACACAACCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ATTAAGTCATCCTAAATCAAGTATT-CACAAC--------TATGTAGTCT---TCTATT-AAATGTTCAATAT-ACTTTT--TAT-ATAAATCTATAGT-TGAACCAAAACATAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTG-AAA----AT---A--TA--TGCCATTTTGACTG---G------AGTGGTTTACTAAatca
gi|8 : cc----TTTT-------TT-ATTAATTA----TT-TAT-TAT-TT-TG----ATTGATTAA-----AATTCAGATACCTTGTG-----TT-CATACTGATGTAT-------AACAAC-TTTTTA-TAATGTATCAACATTATAAT---T----ATTTTAAA-TTACCCAGATT-TGCA-ATTA-ATATTA--T----T--------TAAACAAATCTA--GTCATGCAATCAATA----TACGCA-Cagtaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgcaccatttttaagatcaa
gi|9 : attatatatatatatgggaagattttTTTT-AAGATCAAA--TATT-------TT-------------TTGTATCTTT-TC-TG----ATTG-TGAA-----CA---AA-TA--TTGTGATCTTT--CATACTGATGTA-----A--AACA---TTTT-A-TAATGTATCATCATTA-------T------CTTAAA-TTATCCAGA-T-TGCA-AATA-AT-ATA--T----ATATAATTCT-AAC-AATCTA--GTCATGCAATCAG------TATGCatatctgtttggattaacaattaaatattaat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AGGTATCTGAATTTTAATCAATCAATAAATAAATAATAAAAAAAAATATTTCCATATAATTTATATATAATGGAATATTTTTTTTTATTATTTATTTATTTATTGAATTGATTAAAATTCAGATACCTG
Alignments
lowQualScore : 22222 33333333 111 11 11 22222222222 2222222222 11111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 111 111 1111 1111111111 11 4444444444 1 444444444444444 4444444444444 222222 111111 111111 1111 222222222222222
lowQualScore : 3 0 8 00000 8 3 0 0 8 55 22222222 7 111 66 6 99 6 7 6 1 6 6 88 5 33 66666666666 3 0000000000 66666 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 0 5 444444 555 5 000 1 5 5 0000 5 3 7777777777 3 66 1 00 1111111111 22 5 1 5 000000000000000 5 5 5 5 0 5 5 77 1111111111111 5 5 77 1 2 777777 7 4 3 222222 222222 555 4 2 0 3 3 7777 555 3 3 44 1111 4 44 6666 444444444444444 555 3 555 3 6 555 3 3
lowQualScore : . . . ..... . . . . . .. ........ . ... .. . .. . . . . . . .. . .. ........... . .......... ..... ................................................................................. . . . ...... ... . ... . . . .... . . .......... . .. . .. .......... .. . . . ............... . . . . . . . .. ............. . . .. . . ...... . . . ...... ...... ... . . . . . .... ... . . .. .... . .. .... ............... ... . ... . . ... . .
lowQualScore : 2 8 0 00000 0 2 8 8 0 88 99999999 3 777 55 7 22 7 8 7 0 7 7 77 0 66 77777777777 0 8888888888 77777 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 8 7 444444 666 0 111 0 0 0 6666 0 4 6666666666 2 99 4 77 7777777777 99 7 4 7 000000000000000 0 0 0 0 8 0 7 99 9999999999999 7 7 99 4 7 333333 3 4 6 888888 888888 666 4 2 7 6 3 7777 888 3 3 66 7777 7 22 5555 777777777777777 444 1 444 1 2 444 1 1
consensus : TTTTTAATGAACTAAAATCCAAACATAATCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ACTAAGTCATCCTAAACCAAATATC-CACAACT-----A-TATGTAGTCT---TCTATTCAAATGTTCAATTT-ACTTTT--TAT-ATAAATCCATACT-TANATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATAT---A--TA--TGCCATTTTGACTG---G------AGTGGTTTAC-----TAATATAGGAC-----TCGNNNNTNNNATNCGNGNNTTNTNNCNTNTTATGNNNCNNNNNANNNTN--G----C-CG---C-----CTATTTT-AAGATCAATT-TT------TT---AT-AATTAAA-ATTGTANCTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AAATA--TTGTGATCTTTT-CATACTGATGTAT---TA--AACAAC-TTTT-A-TAATGTATCATCATTA-------T----ATTTTAAA-TTACCCAGA-T-TGCA-AATA-AT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATCAAT-----TATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TCATG--T----ATAG--T-GT-----T---G---T-A---TT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAA
Reference ( family-1771 ) : TTTTTAATGAACTAAAATCCAAACATAATCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ACTAAGTCATCCTAAACCAAATATC-CACAACT-----A-TATGTAGTCT---TCTATTCAAATGTTCAATTT-ACTTTT--TAT-ATAAATCCATACT-TANATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATAT---A--TA--TGCCATTTTGACTG---G------AGTGGTTTAC-----TAATATAGGAC-----TCGNNNNTNNNATNCGNGNNTTNTNNCNTNTTATGNNNCNNNNNANNNTN--G----C-CG---C-----CTATTTT-AAGATCAATT-TT------TT---AT-AATTAAA-ATTGTANCTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AAATA--TTGTGATCTTTT-CATACTGATGTAT---TA--AACAAC-TTTT-A-TAATGTATCATCATTA-------T----ATTTTAAA-TTACCCAGA-T-TGCA-AATA-AT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATCAAT-----TATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TCATG--T----ATAG--T-GT-----T---G---T-A---TT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAA
gi|1 : TTTTTAATGAACTAAAATCTAAACATAATCAGGACTTCTTTTAT-----GTTACTAAGTCATCCTAAACCAAATATC-CACAACT-----A-T--GTAGTCT---TCTA---AAATATTCAATTT-ACTTTT--TAC-AATAATTCAAACT-TTTATCAAAACAAAA-ATAA-AATTT--ATTTTTGTAAAATATAT-----------GCCATTTTGACTG---GTCCAGGAGTAGTTTAC-----TAATATNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--C----C-TGGTAC-----CTATTTT-AAGATCAATT-TT------TTTT-AT-AATTAAA-ATTGTAACTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AA-TA--TTATGATCTTTT-AATACTGATGTAT---TATCAAC--C-TTTT-A-TAATGTATCATCAT---------T----GTTTTAAATTTACCCAGA-T-TGCA-TTTA-AT-CTATGT----G--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATTAA------TATGCA-TCTTTATATGTTATTTGTTTCAATTCCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAA----C-TT---GT-AT-A--GTGC----T-A---------ATAA-----------T---G---T-A---TA-TGTGCCAAAATTCCA---AA-TA-AATCAA
gi|10 : ttccAATGAGT-----T-TGCA-CTCTGAAATGTTAGTT------ATTTCAA------TGTCA-AATTGTC-ATCT-------GTT-TTAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TTATGTAT----ATAG--T-GTTGA--T---G---T-A---TT-TGTGCC-CAATTCCA---AA-TA-AATCtca
gi|11 : agattccgtattcatgtataggccctaatgtatatattTTTT-AAGATCATTT-TTTTTTTTTT---AT-AATTAGA-ATTGTATCTTT-TCATA----ATGG-T-AA-----CA---AAATA--TTGTGA----TT-CATATCGATGT-------------AC-TGTT-ATTACTGTATCATCAT---------T----ATTTTAAA-ATATCCAGA-T-TGCA-AATA-CT-CCA--TAAAAA--------T-AAC-AAtaatc
gi|12 : aatA--GTCACGTAATGAAT-----T-TGTA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-GATTGTC-ATCTGCTTTATGTT-TTATCATGCAAT---GT-AT-A--GTGCTCAGTCATG--T----ATAG--TAGTGTTGAT---G---T-A---TT-TGTGCC-AAATTCCACTGAATTA-AATC
gi|13 : TGCA-CTCTGAAATGTTAGTT------ATTTCAA------TGTCATAATTGTCTATC-------TGTT-TTAT----CAAT---GT-AT-ATCGTGC----T-ATG--TTATAATAGCTT-GT-----T---G---A-ATGTTT-TGTGCC-CAATTCCA---AA-TAGAATCtatcta
gi|15 : taatgagt-TATGTAGTCT---TCTAT-CAAATGTTCAATAT-ACATTT--TAT-ATAAATATATACT-TAAACCAAATCATAA-TTAAGAACTTT-ATTTTTG-AAA--ATAT---A--TA--TGTCATTTTGtaatctaat
gi|16 : aatGCAATTAATATTAATATGCA-CTCTTA--TGTTATTT------ATTTCAA------TATCA-A--TGTC-ATCTGTT---TGTT-T
gi|17 : atacagcaagcataaatttcaTGTGCT-TT-T----CAAA---GT-AT-A--GAGC----TCATG--T----ATAG--T-GTAGA--T---G---TAA---TA-TGCACC-AAATTCCA---AA-TA-agtgctaataaatcaaat
gi|18 : ttgacaaatgtaaCATG--T----ATA---T-GA-----T---G---T-A---TT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATC
gi|19 : atcagtgcatttagtacatatctgtgatggGTATCATATTGTCAT----C--T---GT-AT-A--GTGT----TGATG--T----ACAGG-T-AT-----TTCAG---T-A---TT-TGTACC-AAATTTCA---AA-TA-AATCtatctat
gi|2 : aTTTTAATGAACTAAAATCCAAACATAATCAGGACCTCTTT-ATTACATGT-ACTTAATCATCCTAAAC-AAATATC-C-------------TATCTAATCTAACTTTATTCAAATATTCAATTTTACTTTTACTATTATAA-TCTCTA-T-TATATC---TCTATA-ACAA-A---------CTTGTAAATTATATT--A--T---TGCCATTTTGACTGTTGG------AA------AC-----TAATATAG-AC-----TCTCTCTTTATATATTAAGATTGTCGTCTTTTATGGGTTATCCTAGAATTTAG----C-TG---CTATCTCTATTTTCAAGATCAATT-TT------TTTTTAT-AATTAAATATTGTAACTCTCTC-TG----ATTG-CCAA-----AC---AAATA--T----ATCTTTT-CATACTGATGTAT---TA----CAAC-TTTT-A-TAATGTATCATCATTATCATCATT----ATTTTAAA-TCACCCATA-TATATATCATATAC-ATA--T----A--------T-ATC-TATCTAGCGTCGTGCAATTAA------TATGCACCTCTTATATGTTATTT------ATTTCAATTTCATTGTCA-ATT--TC-ATCTG-TTTATGTT-TTAT----CATT---GTAATAA--GTGC----T-A---------ATAA-----------T---G---T-A---TA-TGTGCCAAAATTCCA---AA-TA-AATCta
gi|20 : gTGTGTT-TT------CAAT---GT-AT-A--GTGTGG--TCACG--T----GTAG--T-GTAGA--T---G---T-A---TTATGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATC
gi|21 : AT---GT-AT-A--ACGC----TCATG--T----ATAG--T-GT-----T---GATGC-A---TC-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCta
gi|22 : TTTC-ATTTTTGTAAAATATATGCCA--TAAATG--ATTTTGACTG---G------AGTGGTTTAC-----TAATtatcta
gi|23 : ATCATCATTA-------T------TTAAAA-ATATCCAGA-T-TGCA-AATA-
gi|3 : TTTGTAATGAATTAAAATC--AACATGATCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ACTAAGTCATCCTAAATCAAATATC-CACAACTTATTTACTATGTAGTCT---TCTATTTAAATGTTCAATTT-ACTTTT--TAT-ATAAATCCATATT-TAAATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATAT---AATTA--TGCCATTTTGACTG---G------AGTGGTTTAC-----TAATATNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--T----G-CA---C-----C--------------ATT-TT------TA---AT-AGTTAAA-ATTGTAACTCC-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AAATA--TTGTGATTTTTTTCATACTGATGTACATGTAT-AACAAC-TTTTTA-TAATGTATCATCATTA-------TCAACATTTTAAA-TTACCCACA-T-TGCA-ATTA-AT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCATGCAATTAATC----TATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-GTTTGTT-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----CAAA---GT-AT-A--GTGC----TCAT---T-------G--T-GT-------------T-A---TT-TGTGCC-ATATTCCA---AA-TA-AATCAActtccagctaataataaga
gi|4 : TTATTT------ATCTCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTT----T-ATAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TCATG--T----ATAG--T-GT-----T---G---T-A---TT-TATGCC-AAATTCAA---AG-TA-AA
gi|5 : TTTTTAATGAACTAACATCCAA-CACAAT-AGGACTTCTTT-AT-----GT-A-TAAGTCATCCTAA-CCA--TATCACA-AACT-----A-T--GTAGTTT---TCTAT-CAAATATTCAATT--ACTTTT--TAC-AATAATCCAAATTGTATATCAAATCAAAAGTTAA-AATTTCTATTTTTGTAAAA-ATA----A--TA-----CATTTTGA-TG---G------AGTGGTTTAC-----TATTATAGGACCGCCTTTGGAAATACGATTCGTGTCTTTTATCATGTTATATCGCTAGGAATTTTA--GTGCAC-CA---C-----CT--TTT-AA--TTATTT-TT------TT---AT-AATTAA---TTGTAACTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----C-----AATA--TTaataaaaaataaataaatcaaactaaatcgtccaaacataaaggaaattccgttaaactggtctgaactaaaaaacattacatgtagcttcatttatacgagtaagtacattaggaacgacctatcaaatcactgcatagatgtagtatagttaattcgcacccaagtaagcatcagaacaaaatttaataaaaacagggggggggggaggtggagaagtaaaaaagggggtgtgaatagtaagagaagtagaaagtaatatatgattatgaaggggaaaaaa
gi|6 : ttc------TT---AT-AATTAAA-ATTGTATCTTT-TC-TGTCAGATTG-TTAAATTAACA---AAATA--TTGTGATCTTT--CATATTGATGTAT---CA----CAACATTTT-A-TAGTGTATCATCATTA-------T------TTTAAA-TTATCCAGA-C-TGCA-AATA-AT-CTA--T----AATTA----T-AAC-AATCTA--GTCATGCAATCAAT-----T-TGCA-CTCTCAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-GTTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----TAATGTAGT-AT-A--GTTC----TCATG--T----ATAG--T-GT-----T---G---T-A---GT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAAa
gi|7 : TTTTTAACGAACTAAAATCCAAACACAACCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ATTAAGTCATCCTAAATCAAGTATT-CACAAC--------TATGTAGTCT---TCTATT-AAATGTTCAATAT-ACTTTT--TAT-ATAAATCTATAGT-TGAACCAAAACATAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTG-AAA----AT---A--TA--TGCCATTTTGACTG---G------AGTGGTTTACTAAAGTAATATNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--G----TGCA---C-----CATTTTT-AAGATCAAatca
gi|8 : cc-AAGATTTTTT-TT------TT---ATTAATTA----TT-TAT-TAT-TT-TG----ATTGATTAA-----AATTCAGATACCTTGTG-----TT-CATACTGATGTAT-------AACAAC-TTTTTA-TAATGTATCAACATTATAAT---T----ATTTTAAA-TTACCCAGATT-TGCA-ATTA-ATATTA--T----T--------TAAACAAATCTA--GTCATGCAATCAATA----TACGCA-C
gi|9 : attatatatatatatgggTTTT-AAGATCAAATATT------TT---------------TTGTATCTTT-TC-TG----ATTG-TGAA-----CA---AA-TA--TTGTGATCTTT--CATACTGATGTA-----A--AACA---TTTT-A-TAATGTATCATCATTA-------T------CTTAAA-TTATCCAGA-T-TGCA-AATA-AT-ATA--T----ATATAATTCT-AAC-AATCTA--GTCATGCAATCAG------TATGCatatctgtttggattaacaattaaatattaat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AGGTATCTGAATTTTAATCAATCAATAAATAAATAATAAAAAAAAATATTTCCATATAATTTATATATAATGGAATATTTTTTTTTATTATTTATTTATTTATTGAATTGATTAAAATTCAGATACCTG
Alignments
lowQualScore : 22222 33333333 111 11 11 22222222222 2222222222 11111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 111 111 1111 1111111111 11 4444444444 1 444444444444444 4444444444444 222222 111111 111111 1111 222222222222222
lowQualScore : 3 0 8 00000 8 3 0 0 8 55 22222222 7 111 66 6 99 6 7 6 1 6 6 88 5 33 66666666666 3 0000000000 66666 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 0 5 444444 555 5 000 1 5 5 0000 5 3 7777777777 3 66 1 00 1111111111 22 5 1 5 000000000000000 5 5 5 5 0 5 5 77 1111111111111 5 5 77 1 2 777777 7 4 3 222222 222222 555 4 2 0 3 3 7777 555 3 3 44 1111 4 44 6666 444444444444444 555 3 555 3 6 555 3 3
lowQualScore : . . . ..... . . . . . .. ........ . ... .. . .. . . . . . . .. . .. ........... . .......... ..... ................................................................................. . . . ...... ... . ... . . . .... . . .......... . .. . .. .......... .. . . . ............... . . . . . . . .. ............. . . .. . . ...... . . . ...... ...... ... . . . . . .... ... . . .. .... . .. .... ............... ... . ... . . ... . .
lowQualScore : 2 8 0 00000 0 2 8 8 0 88 99999999 3 777 55 7 22 7 8 7 0 7 7 77 0 66 77777777777 0 8888888888 77777 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 8 7 444444 666 0 111 0 0 0 6666 0 4 6666666666 2 99 4 77 7777777777 99 7 4 7 000000000000000 0 0 0 0 8 0 7 99 9999999999999 7 7 99 4 7 333333 3 4 6 888888 888888 666 4 2 7 6 3 7777 888 3 3 66 7777 7 22 5555 777777777777777 444 1 444 1 2 444 1 1
consensus : TTTTTAATGAACTAAAATCCAAACATAATCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ACTAAGTCATCCTAAACCAAATATC-CACAACT-----A-TATGTAGTCT---TCTATTCAAATGTTCAATTT-ACTTTT--TAT-ATAAATCCATACT-TANATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATAT---A--TA--TGCCATTTTGACTG---G------AGTGGTTTAC-----TAATATAGGAC-----TCGNNNNTNNNATNCGNGNNTTNTNNCNTNTTATGNNNCNNNNNANNNTN--G----C-CG---C-----CTATTTT-AAGATCAATT-TT------TT---AT-AATTAAA-ATTGTANCTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AAATA--TTGTGATCTTTT-CATACTGATGTAT---TA--AACAAC-TTTT-A-TAATGTATCATCATTA-------T----ATTTTAAA-TTACCCAGA-T-TGCA-AATA-AT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATCAAT-----TATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TCATG--T----ATAG--T-GT-----T---G---T-A---TT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAA
Reference ( family-1771 ) : TTTTTAATGAACTAAAATCCAAACATAATCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ACTAAGTCATCCTAAACCAAATATC-CACAACT-----A-TATGTAGTCT---TCTATTCAAATGTTCAATTT-ACTTTT--TAT-ATAAATCCATACT-TANATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATAT---A--TA--TGCCATTTTGACTG---G------AGTGGTTTAC-----TAATATAGGAC-----TCGNNNNTNNNATNCGNGNNTTNTNNCNTNTTATGNNNCNNNNNANNNTN--G----C-CG---C-----CTATTTT-AAGATCAATT-TT------TT---AT-AATTAAA-ATTGTANCTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AAATA--TTGTGATCTTTT-CATACTGATGTAT---TA--AACAAC-TTTT-A-TAATGTATCATCATTA-------T----ATTTTAAA-TTACCCAGA-T-TGCA-AATA-AT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATCAAT-----TATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TCATG--T----ATAG--T-GT-----T---G---T-A---TT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAA
gi|1 : TTTTTAATGAACTAAAATCTAAACATAATCAGGACTTCTTTTAT-----GTTACTAAGTCATCCTAAACCAAATATC-CACAACT-----A-T--GTAGTCT---TCTA---AAATATTCAATTT-ACTTTT--TAC-AATAATTCAAACT-TTTATCAAAACAAAA-ATAA-AATTT--ATTTTTGTAAAATATAT-----------GCCATTTTGACTG---GTCCAGGAGTAGTTTAC-----TAATATNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--C----C-TGGTAC-----CTATTTT-AAGATCAATT-TT------TTTT-AT-AATTAAA-ATTGTAACTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AA-TA--TTATGATCTTTT-AATACTGATGTAT---TATCAAC--C-TTTT-A-TAATGTATCATCAT---------T----GTTTTAAATTTACCCAGA-T-TGCA-TTTA-AT-CTATGT----G--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATTAA------TATGCA-TCTTTATATGTTATTTGTTTCAATTCCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAA----C-TT---GT-AT-A--GTGC----T-A---------ATAA-----------T---G---T-A---TA-TGTGCCAAAATTCCA---AA-TA-AATCAA
gi|10 : ttccAATGAGT-----T-TGCA-CTCTGAAATGTTAGTT------ATTTCAA------TGTCA-AATTGTC-ATCT-------GTT-TTAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TTATGTAT----ATAG--T-GTTGA--T---G---T-A---TT-TGTGCC-CAATTCCA---AA-TA-AATCtca
gi|11 : agattccgtattcatgtataggccctaatgtatatattTTTT-AAGATCATTT-TTTTTTTTTT---AT-AATTAGA-ATTGTATCTTT-TCATA----ATGG-T-AA-----CA---AAATA--TTGTGA----TT-CATATCGATGT-------------AC-TGTT-ATTACTGTATCATCAT---------T----ATTTTAAA-ATATCCAGA-T-TGCA-AATA-CT-CCA--TAAAAA--------T-AAC-AAtaatc
gi|12 : aatA--GTCACGTAATGAAT-----T-TGTA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-GATTGTC-ATCTGCTTTATGTT-TTATCATGCAAT---GT-AT-A--GTGCTCAGTCATG--T----ATAG--TAGTGTTGAT---G---T-A---TT-TGTGCC-AAATTCCACTGAATTA-AATC
gi|13 : TGCA-CTCTGAAATGTTAGTT------ATTTCAA------TGTCATAATTGTCTATC-------TGTT-TTAT----CAAT---GT-AT-ATCGTGC----T-ATG--TTATAATAGCTT-GT-----T---G---A-ATGTTT-TGTGCC-CAATTCCA---AA-TAGAATCtatcta
gi|15 : taatgagt-TATGTAGTCT---TCTAT-CAAATGTTCAATAT-ACATTT--TAT-ATAAATATATACT-TAAACCAAATCATAA-TTAAGAACTTT-ATTTTTG-AAA--ATAT---A--TA--TGTCATTTTGtaatctaat
gi|16 : aatGCAATTAATATTAATATGCA-CTCTTA--TGTTATTT------ATTTCAA------TATCA-A--TGTC-ATCTGTT---TGTT-T
gi|17 : atacagcaagcataaatttcaTGTGCT-TT-T----CAAA---GT-AT-A--GAGC----TCATG--T----ATAG--T-GTAGA--T---G---TAA---TA-TGCACC-AAATTCCA---AA-TA-agtgctaataaatcaaat
gi|18 : ttgacaaatgtaaCATG--T----ATA---T-GA-----T---G---T-A---TT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATC
gi|19 : atcagtgcatttagtacatatctgtgatggGTATCATATTGTCAT----C--T---GT-AT-A--GTGT----TGATG--T----ACAGG-T-AT-----TTCAG---T-A---TT-TGTACC-AAATTTCA---AA-TA-AATCtatctat
gi|2 : aTTTTAATGAACTAAAATCCAAACATAATCAGGACCTCTTT-ATTACATGT-ACTTAATCATCCTAAAC-AAATATC-C-------------TATCTAATCTAACTTTATTCAAATATTCAATTTTACTTTTACTATTATAA-TCTCTA-T-TATATC---TCTATA-ACAA-A---------CTTGTAAATTATATT--A--T---TGCCATTTTGACTGTTGG------AA------AC-----TAATATAG-AC-----TCTCTCTTTATATATTAAGATTGTCGTCTTTTATGGGTTATCCTAGAATTTAG----C-TG---CTATCTCTATTTTCAAGATCAATT-TT------TTTTTAT-AATTAAATATTGTAACTCTCTC-TG----ATTG-CCAA-----AC---AAATA--T----ATCTTTT-CATACTGATGTAT---TA----CAAC-TTTT-A-TAATGTATCATCATTATCATCATT----ATTTTAAA-TCACCCATA-TATATATCATATAC-ATA--T----A--------T-ATC-TATCTAGCGTCGTGCAATTAA------TATGCACCTCTTATATGTTATTT------ATTTCAATTTCATTGTCA-ATT--TC-ATCTG-TTTATGTT-TTAT----CATT---GTAATAA--GTGC----T-A---------ATAA-----------T---G---T-A---TA-TGTGCCAAAATTCCA---AA-TA-AATCta
gi|20 : gTGTGTT-TT------CAAT---GT-AT-A--GTGTGG--TCACG--T----GTAG--T-GTAGA--T---G---T-A---TTATGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATC
gi|21 : AT---GT-AT-A--ACGC----TCATG--T----ATAG--T-GT-----T---GATGC-A---TC-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCta
gi|22 : TTTC-ATTTTTGTAAAATATATGCCA--TAAATG--ATTTTGACTG---G------AGTGGTTTAC-----TAATtatcta
gi|23 : ATCATCATTA-------T------TTAAAA-ATATCCAGA-T-TGCA-AATA-
gi|3 : TTTGTAATGAATTAAAATC--AACATGATCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ACTAAGTCATCCTAAATCAAATATC-CACAACTTATTTACTATGTAGTCT---TCTATTTAAATGTTCAATTT-ACTTTT--TAT-ATAAATCCATATT-TAAATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATAT---AATTA--TGCCATTTTGACTG---G------AGTGGTTTAC-----TAATATNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--T----G-CA---C-----C--------------ATT-TT------TA---AT-AGTTAAA-ATTGTAACTCC-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AAATA--TTGTGATTTTTTTCATACTGATGTACATGTAT-AACAAC-TTTTTA-TAATGTATCATCATTA-------TCAACATTTTAAA-TTACCCACA-T-TGCA-ATTA-AT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCATGCAATTAATC----TATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-GTTTGTT-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----CAAA---GT-AT-A--GTGC----TCAT---T-------G--T-GT-------------T-A---TT-TGTGCC-ATATTCCA---AA-TA-AATCAActtccagctaataataaga
gi|4 : TTATTT------ATCTCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTT----T-ATAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TCATG--T----ATAG--T-GT-----T---G---T-A---TT-TATGCC-AAATTCAA---AG-TA-AA
gi|5 : TTTTTAATGAACTAACATCCAA-CACAAT-AGGACTTCTTT-AT-----GT-A-TAAGTCATCCTAA-CCA--TATCACA-AACT-----A-T--GTAGTTT---TCTAT-CAAATATTCAATT--ACTTTT--TAC-AATAATCCAAATTGTATATCAAATCAAAAGTTAA-AATTTCTATTTTTGTAAAA-ATA----A--TA-----CATTTTGA-TG---G------AGTGGTTTAC-----TATTATAGGACCGCCTTTGGAAATACGATTCGTGTCTTTTATCATGTTATATCGCTAGGAATTTTA--GTGCAC-CA---C-----CT--TTT-AA--TTATTT-TT------TT---AT-AATTAA---TTGTAACTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----C-----AATA--TTaataaaaaataaataaatcaaactaaatcgtccaaacataaaggaaattccgttaaactggtctgaactaaaaaacattacatgtagcttcatttatacgagtaagtacattaggaacgacctatcaaatcactgcatagatgtagtatagttaattcgcacccaagtaagcatcagaacaaaatttaataaaaacagggggggggggaggtggagaagtaaaaaagggggtgtgaatagtaagagaagtagaaagtaatatatgattatgaaggggaaaaaa
gi|6 : ttc------TT---AT-AATTAAA-ATTGTATCTTT-TC-TGTCAGATTG-TTAAATTAACA---AAATA--TTGTGATCTTT--CATATTGATGTAT---CA----CAACATTTT-A-TAGTGTATCATCATTA-------T------TTTAAA-TTATCCAGA-C-TGCA-AATA-AT-CTA--T----AATTA----T-AAC-AATCTA--GTCATGCAATCAAT-----T-TGCA-CTCTCAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-GTTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----TAATGTAGT-AT-A--GTTC----TCATG--T----ATAG--T-GT-----T---G---T-A---GT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAAa
gi|7 : TTTTTAACGAACTAAAATCCAAACACAACCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ATTAAGTCATCCTAAATCAAGTATT-CACAAC--------TATGTAGTCT---TCTATT-AAATGTTCAATAT-ACTTTT--TAT-ATAAATCTATAGT-TGAACCAAAACATAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTG-AAA----AT---A--TA--TGCCATTTTGACTG---G------AGTGGTTTACTAAAGTAATATNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--G----TGCA---C-----CATTTTT-AAGATCAAatca
gi|8 : cc-AAGATTTTTT-TT------TT---ATTAATTA----TT-TAT-TAT-TT-TG----ATTGATTAA-----AATTCAGATACCTTGTG-----TT-CATACTGATGTAT-------AACAAC-TTTTTA-TAATGTATCAACATTATAAT---T----ATTTTAAA-TTACCCAGATT-TGCA-ATTA-ATATTA--T----T--------TAAACAAATCTA--GTCATGCAATCAATA----TACGCA-C
gi|9 : attatatatatatatgggTTTT-AAGATCAAATATT------TT---------------TTGTATCTTT-TC-TG----ATTG-TGAA-----CA---AA-TA--TTGTGATCTTT--CATACTGATGTA-----A--AACA---TTTT-A-TAATGTATCATCATTA-------T------CTTAAA-TTATCCAGA-T-TGCA-AATA-AT-ATA--T----ATATAATTCT-AAC-AATCTA--GTCATGCAATCAG------TATGCatatctgtttggattaacaattaaatattaat
blockSeqs : C . TACAT . C A AC TTATTTAC A AAC TC T AC T C G A G G CT T TT GCCATAAAT T TTGG TAAAG GACCGCCTTTGGAAATACGATTCGTGTCTTTTATCATGTTATATCGCTAGGAATTTTAGTGCACCACCT C A TTTTTT TTT T AAT T C A TCAG A C ATTAACA A CC T TT CATGTATAA AA A T T TATCATCATTA . T A T T A . ATATAATTC A A GC A G TATTAA A C A . TTTCAT TAA T C A G CATG GTA A A TC TCAG T TA TATA TAGTGTTGAT ATG A TGT A A CTG T G
blockSeqs : C . . . C . AC TA A . TT . . . T . T . . T T AT AATTAT C G . ACTCTCTCTTTATATATTAAGATTGTCGTCTTTTATGGGTTATCCTAGAATTTAGCTGCTATCTCTA . . . . . GA A . . . . C AATTC A . T T TTA AA . T . TATCAACA . . . . . . . AAAAA . . . G G TC A . A . . AA . T G . . . . . . GG C . . GTATTTCA . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . T . A . A . C . . . T . A . . C T AT ATAT C G . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGCACCAT . . . . . AA A . . . . C CA A . T T TCA AA . . . TATAATTA . . . . . . . AATTA . . . A T TA A . A . . GA . T A . . . . . . . C . . TGTTGAT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . C . . . G . T . . C T A TATT C G . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGCACC . . . . . AA A . . . . T AC A . T T TAA AA . . . TAT . . . . . . . A . . . A T T A . T . . AT . T A . . . . . . . C . . TGTAGAT . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . A . . C . . ATAT . G . . . . . . A T . . . . T CA A . . . AAA A . . . TAT . . . . . . . A . . . A T T A . A . . GT . T G . . . . . . . G . . TGTAGAT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . ATA . . . . . . . T . . . . G CA A . . . . A . . . TAT . . . . . . . T . . . A C T . . A . . AT . T A . . . . . . . C . . CTTGTT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . C . . TA . . . . . C . . . . . . GT . . A . . . . . . . C . . TGAT . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . A . . . . . . . . . . C . . TGTT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . TGTT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . TGTT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TGT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . .
blockSeqCons : T******* C* C* ATAT******* G********* *** TNA******* AA TATACA********* ** T***** ****** TGTGT**********
originalCons : TTTTTAATGAACTAAAATCCAAACATAATCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ACTAAGTCATCCTAAACCAAATATC-CACAACT-----A-TATGTAGTCT---TCTATTCAAATGTTCAATTT-ACTTTT--TAT-ATAAATCCATACT-TANATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATAT---A--TA--TGCCATTTTGACTG---G------AGTGGTTTAC-----TAATATAGGAC-----TCGNNNNTNNNATNCGNGNNTTNTNNCNTNTTATGNNNCNNNNNANNNTN--G----C-CG---C-----CTATTTT-AAGATCAATT-TT------TT---AT-AATTAAA-ATTGTANCTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AAATA--TTGTGATCTTTT-CATACTGATGTAT---TA--AACAAC-TTTT-A-TAATGTATCATCATTA-------T----ATTTTAAA-TTACCCAGA-T-TGCA-AATA-AT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATCAAT-----TATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TCATG--T----ATAG--T-GT-----T---G---T-A---TT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAA
finalCons : TTTTTAATGAACTAAAATCCAAACATAATCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ACTAAGTCATCCTAAACCAAATATC-CACAACT-------TATGTAGTCT---TCTATC-AAATGTTCAATTT-ACTTTT--TAT-ATAAATCCATACT-TANATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATATATAT-------GCCATTTTGACTGG---------AGTGGTTTAC-----TAATATAGGAC-----TCGNNNNTNNNATNCGNGNNTTNTNNCNTNTTATGNNNCNNNNNANNNTN--G----C-CG---C-----CTATTTT-AAGATCAATT-TT------TT---AT-AATTAAA-ATTGTANCTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AAATA--TTGTGATCTTTT-CATACTGATGTATNA-------CAAC-TTTT-A-TAATGTATCATCATTATACA---------TTTTAAA-TTACCCAGA-T-TGCA-AATA-AT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATCAAT-----TATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TCATG--T----ATAGTGTGT----------G---T-A---TT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AGGTATCTGAATTTTAATCAATCAATAAATAAATAATAAAAAAAAATATTTCCATATAATTTATATATAATGGAATATTTTTTTTTATTATTTATTTATTTATTGAATTGATTAAAATTCAGATACCTG
Alignments
lowQualScore : 22222 2222222 111 111 11 22222222222 2222222222 11111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222222 111 1111 2222222222 11 1111111111 1 55555555555 4444444444444 222222 111111 111111 1111 3333333333333333333333333
lowQualScore : 3 0 8 00000 8 3 0 0 0 5 1111111 111 222 6 99 6 7 6 1 6 6 88 5 33 66666666666 3 0000000000 66666 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 0 5 111111 888 5 000 1 5 5 0000 5 3 3333333333 66 1 00 7777777777 5 1 5 5 66666666666 5 5 5 5 0 5 5 77 1111111111111 5 5 77 1 2 777777 7 4 3 222222 222222 555 4 55555 3 7777 555 3 3 44 1111 0 8888888888888888888888888 6666 3 3 6 555 3 3
lowQualScore : . . . ..... . . . . . . ....... ... ... . .. . . . . . . .. . .. ........... . .......... ..... ................................................................................. . . . ...... ... . ... . . . .... . . .......... .. . .. .......... . . . . ........... . . . . . . . .. ............. . . .. . . ...... . . . ...... ...... ... . ..... . .... ... . . .. .... . ......................... .... . . . ... . .
lowQualScore : 2 8 0 00000 0 2 8 8 8 7 7777777 777 888 7 22 7 8 7 0 7 7 77 0 66 77777777777 0 8888888888 77777 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 8 7 222222 888 0 111 0 0 0 6666 0 4 8888888888 99 4 77 7777777777 7 4 7 7 55555555555 0 0 0 0 8 0 7 99 9999999999999 7 7 99 4 7 333333 3 4 6 888888 888888 666 4 11111 3 7777 888 3 3 66 7777 8 4444444444444444444444444 5555 1 1 2 444 1 1
consensus : TTTTTAATGAACTAAAATCCAAACATAATCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ACTAAGTCATCCTAAACCAAATATCCACAACTTAT-------GTAGTCT---TCTAT-C-AAATGTTCAATTT-ACTTTT--TAT-ATAAATCCATACT-TANATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATAT---A--TA--TGCCATTTTGACTG---G------AGTGGTTTAC-----TAATATAGGAC-----TCGNNNNTNNNATNCGNGNNTTNTNNCNTNTTATGNNNCNNNNNANNNTN--G----C-CG---C-----CTATTTT-AAGATCAATT-TT------TT---AT-AATTAAA-ATTGTANCTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AAATA--TTGTGATCTTTT-CATACTGATGTA------TNA-CAA-C-TTTT-A-TAATGTATCATCATTAT--A-----ATTTTAAA-TTACCCAGA-T-TGCA-AATA-AT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATCAAT-----TATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TCATG--T----ATAG--T-GT---A----T----GT-ATT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAA
Reference ( family-1771 ) : TTTTTAATGAACTAAAATCCAAACATAATCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ACTAAGTCATCCTAAACCAAATATCCACAACTTAT-------GTAGTCT---TCTAT-C-AAATGTTCAATTT-ACTTTT--TAT-ATAAATCCATACT-TANATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATAT---A--TA--TGCCATTTTGACTG---G------AGTGGTTTAC-----TAATATAGGAC-----TCGNNNNTNNNATNCGNGNNTTNTNNCNTNTTATGNNNCNNNNNANNNTN--G----C-CG---C-----CTATTTT-AAGATCAATT-TT------TT---AT-AATTAAA-ATTGTANCTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AAATA--TTGTGATCTTTT-CATACTGATGTA------TNA-CAA-C-TTTT-A-TAATGTATCATCATTAT--A----CATTTTAAA-TTACCCAGA-T-TGCA-AATA-AT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATCAAT-----TATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TCATG--T----ATAG--T-GT---G----T----GT-ATT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAA
gi|1 : TTTTTAATGAACTAAAATCTAAACATAATCAGGACTTCTTTTAT-----GTTACTAAGTCATCCTAAACCAAATATCCACAACT-AT-------GTAGTCT---TCTA----AAATATTCAATTT-ACTTTT--TAC-AATAATTCAAACT-TTTATCAAAACAAAA-ATAA-AATTT--ATTTTTGTAAAATATAT-----------GCCATTTTGACTG---GTCCAGGAGTAGTTTAC-----TAATATNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--C----C-TGGTAC-----CTATTTT-AAGATCAATT-TTTT----TT---AT-AATTAAA-ATTGTAACTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----C----AAATA--TTATGATCTTTT-AATACTGATGTA------TTATCAACC-TTTT-A-TAATGTATCATCATT----------GTTTTAAATTTACCCAGA-T-TGCA-TTTA-AT-CTATGT----G--------T-AAC-AATCTA--GTCGTGCAATTAA------TATGCA-TCTTTATATGTTATTTGTTTCAATTCCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAA----C-TT---GT-AT-A--GTGC----TAATA--------------------A----T----GT-ATA-TGTGCCAAAATTCCA---AA-TA-AATCAA
gi|10 : ttccAATGAGT-----T-TGCA-CTCTGAAATGTTAGTT------ATTTCAA------TGTCA-AATTGTC-ATCT-------GTT-TTAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TTATGTAT----ATAG--T-GTTG-A----T----GT-ATT-TGTGCC-CAATTCCA---AA-TA-AATCtca
gi|11 : agattccgtattcatgtataggccctaatgtatatattTTTT-AAGATCATTT-TTTTTTTTTT---AT-AATTAGA-ATTGTATCTTT-TCATA----ATGG-T-AA-----CA---AAATA--TTGTGA----TT-CATATCGATGT-------------A-C-TGTT-ATTACTGTATCATCATT----------ATTTTAAA-ATATCCAGA-T-TGCA-AATA-CT-CCA--TAAAAA--------T-AAC-AAtaatc
gi|12 : aatA--GTCACGTAATGAAT-----T-TGTA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-GATTGTC-ATCTGCTTTATGTT-TTATCATGCAAT---GT-AT-A--GTGCTCAGTCATG--T----ATAG--TAGT---GTTGAT----GT-ATT-TGTGCC-AAATTCCACTGAATTA-AATC
gi|13 : TGCA-CTCTGAAATGTTAGTT------ATTTCAA------TGTCATAATTGTCTATC-------TGTT-TTAT----CAAT---GT-AT-ATCGTGC----T-ATG--TTATAATAGCTT-GTTGAA----T----GT--TT-TGTGCC-CAATTCCA---AA-TAGAATCtatcta
gi|15 : taatgagtTTAT-------GTAGTCT---TCTAT-C-AAATGTTCAATAT-ACATTT--TAT-ATAAATATATACT-TAAACCAAATCATAA-TTAAGAACTTT-ATTTTTG-AAA--ATAT---A--TA--TGTCATTTTGtaatctaat
gi|16 : aaGCAATTAATATTAATATGCA-CTCTTA--TGTTATTT------ATTTCAA------TATCA-A--TGTC-ATCTGTT---TGTT-T
gi|17 : atacagcaagcataaatttcaTGTGCT-TT-T----CAAA---GT-AT-A--GAGC----TCATG--T----ATAG--T-GTAG-A----T----GTAATA-TGCACC-AAATTCCA---AA-TA-agtgctaataaatcaaat
gi|18 : ttgacaaatgtaaCATG--T----ATA---T-G----A----T----GT-ATT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATC
gi|19 : atcagtgcatttagtacatatctgtgatggGTATCATATTGTCAT----C--T---GT-AT-A--GTGT----TGATG--T----ACAG----GT---A----TTTCAGT-ATT-TGTACC-AAATTTCA---AA-TA-AATCtatctat
gi|2 : aTTTTAATGAACTAAAATCCAAACATAATCAGGACCTCTTT-ATTACATGT-ACTTAATCATCCTAAAC-AAATATCC------TAT-------CTAATCTAACTTTATTC-AAATATTCAATTTTACTTTTACTATTATAA-TCTCTA-T-TATATC---TCTATA-ACAA-A---------CTTGTAAATTATATT--A--T---TGCCATTTTGACTGTTGG------AA------AC-----TAATATAG-AC-----TCTCTCTTTATATATTAAGATTGTCGTCTTTTATGGGTTATCCTAGAATTTAG----C-TG---CTATCTCTATTTTCAAGATCAATT-TT------TTTTTAT-AATTAAATATTGTAACTCTCTC-TG----ATTG-CCAA-----AC---AAATA--T----ATCTTTT-CATACTGATGTA------TTA-CAA-C-TTTT-A-TAATGTATCATCATTATC-ATCATTATTTTAAA-TCACCCATA-TATATATCATATAC-ATA--T----A--------T-ATC-TATCTAGCGTCGTGCAATTAA------TATGCACCTCTTATATGTTATTT------ATTTCAATTTCATTGTCA-ATT--TC-ATCTG-TTTATGTT-TTAT----CATT---GTAATAA--GTGC----TAATA--------------------A----T----GT-ATA-TGTGCCAAAATTCCA---AA-TA-AATCta
gi|20 : gTGTGTT-TT------CAAT---GT-AT-A--GTGTGG--TCACG--T----GTAG--T-GT---AGA--T----GT-ATTATGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATC
gi|21 : AT---GT-AT-A--ACGC----TCATG--T----ATAG--T-GTTG-A----T----GC-ATC-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCta
gi|22 : TTTC-ATTTTTGTAAAATATATGCCA--TAAATG--ATTTTGACTG---G------AGTGGTTTAC-----TAATtatcta
gi|23 : ATCATCATTAT----------TTAAAA-ATATCCAGA-T-TGCA-AATA-
gi|3 : TTTGTAATGAATTAAAATC--AACATGATCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ACTAAGTCATCCTAAATCAAATATCCACAACTTATTTACTATGTAGTCT---TCTAT-TTAAATGTTCAATTT-ACTTTT--TAT-ATAAATCCATATT-TAAATCAAATCAAAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTGTAAAATATAT---AATTA--TGCCATTTTGACTG---G------AGTGGTTTAC-----TAATATNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--T----G-CA---C-----C--------------ATT-TT------TA---AT-AGTTAAA-ATTGTAACTCC-TC-TG----ATTG-TCAA-----CA---AAATA--TTGTGATTTTTTTCATACTGATGTACATGTATAA-CAA-C-TTTTTA-TAATGTATCATCATTATCAA----CATTTTAAA-TTACCCACA-T-TGCA-ATTA-AT-CTA--T----A--------T-AAC-AATCTA--GTCATGCAATTAATC----TATGCA-CTCTTAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-GTTTGTT-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----CAAA---GT-AT-A--GTGC----TCAT--------------T-GT---G----T-----T-ATT-TGTGCC-ATATTCCA---AA-TA-AATCAActtccagctaataataaga
gi|4 : TTATTT------ATCTCAA------TGTCA-ATTTGTC-ATCTGTTT----TT-ATAT----CAAT---GT-AT-A--GTGC----TCATG--T----ATAG--T-GT--------T----GT-ATT-TATGCC-AAATTCAA---AG-TA-AA
gi|5 : TTTTTAATGAACTAACATCCAA-CACAAT-AGGACTTCTTT-AT-----GT-A-TAAGTCATCCTAA-CCA--TATC-ACAAACTAT-------GTAGTTT---TCTAT-C-AAATATTCAATT--ACTTTT--TAC-AATAATCCAAATTGTATATCAAATCAAAAGTTAA-AATTTCTATTTTTGTAAAA-ATA----A--TA-----CATTTTGA-TG---G------AGTGGTTTAC-----TATTATAGGACCGCCTTTGGAAATACGATTCGTGTCTTTTATCATGTTATATCGCTAGGAATTTTA--GTGCAC-CA---C-----CT--TTT-AA--TTATTT-TT------TT---AT-AATTAA---TTGTAACTCT-TC-TG----ATTG-TCAA-----C-----AATA--TTaataaaaaataaataaatcaaactaaatcgtccaaacataaaggaaattccgttaaactggtctgaactaaaaaacattacatgtagcttcatttatacgagtaagtacattaggaacgacctatcaaatcactgcatagatgtagtatagttaattcgcacccaagtaagcatcagaacaaaatttaataaaaacagggggggggggaggtggagaagtaaaaaagggggtgtgaatagtaagagaagtagaaagtaatatatgattatgaaggggaaaaaa
gi|6 : ttc------TT---AT-AATTAAA-ATTGTATCTTT-TC-TGTCAGATTG-TTAAATTAACA---AAATA--TTGTGATCTTT--CATATTGATGTA------TCA-CAA-CATTTT-A-TAGTGTATCATCATTAT----------TTTAAA-TTATCCAGA-C-TGCA-AATA-AT-CTA--T----AATTA----T-AAC-AATCTA--GTCATGCAATCAAT-----T-TGCA-CTCTCAAATGTTATTT------ATTTCAA------TGTCA-GTTTGTC-ATCTGTTTTATGTT-TTAT----TAATGTAGT-AT-A--GTTC----TCATG--T----ATAG--T-GT--------T----GT-AGT-TGTGCC-AAATTCCA---AA-TA-AATCAAa
gi|7 : TTTTTAACGAACTAAAATCCAAACACAACCAGGACTTCTTT-AT-----GT-ATTAAGTCATCCTAAATCAAGTATTCACAAC-TAT-------GTAGTCT---TCTAT-T-AAATGTTCAATAT-ACTTTT--TAT-ATAAATCTATAGT-TGAACCAAAACATAA-TTAA-AATTTC-ATTTTTG-AAA----AT---A--TA--TGCCATTTTGACTG---G------AGTGGTTTACTAAAGTAATATNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--G----TGCA---C-----CATTTTT-AAGATCAAatca
gi|8 : cc-AAGATTTTTT-TT------TT---ATTAATTA----TT-TAT-TAT-TT-TG----ATTGATTAA-----AATTCAGATACCTTGTG-----TT-CATACTGATGTA------TAA-CAA-CTTTTT-A-TAATGTATCAACATTAT--AAT--TATTTTAAA-TTACCCAGATT-TGCA-ATTA-ATATTA--T----T--------TAAACAAATCTA--GTCATGCAATCAATA----TACGCA-C
gi|9 : attatatatatatatgggTTTT-AAGATCAAATATT------TT---------------TTGTATCTTT-TC-TG----ATTG-TGAA-----CA---AA-TA--TTGTGATCTTT--CATACTGATGTA------AAA-CA----TTTT-A-TAATGTATCATCATTAT----------CTTAAA-TTATCCAGA-T-TGCA-AATA-AT-ATA--T----ATATAATTCT-AAC-AATCTA--GTCATGCAATCAG------TATGCatatctgtttggattaacaattaaatattaat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AGGTATCTGAATTTTAATCAATCAATAAATAAATAATAAAAAAAAATATTTCCATATAATTTATATATAATGGAATATTTTTTTTTATTATTTATTTATTTATTGAATTGATTAAAATTCAGATACCTG