lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333333 1111111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 1111111 11111
lowQualScore : 4 6 2 2 777777 1111111111111 22 22 777777 1 66666666 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3333333 2222222 9999999999 1 44444 1 88888 1 77 22 1
lowQualScore : . . . . ...... ............. .. .. ...... . ........ ........................................................................................................................................................................................... ....... ....... .......... . ..... . ..... . .. .. .
lowQualScore : 0 2 1 1 111111 0000000000000 66 66 444444 9 99999999 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0000000 6666666 6666666666 7 22222 7 33333 7 22 44 7
consensus : ATCNGGCTCCGGGGCCATA-AAAC-TTA-----GA-------------CAA--G--CTCA------CT-T--------T-----------NG----A--TC----T----C-------------------T------TC--------C------------T------------------T----T----------TAT----A----A----A---A---------------GC-G---------------AG-------------ACTTA-----GAT------CAA----------A-AG-----TGAG-CTCG--T-C-TAAG--TTT-TATGGCCCCG
Reference ( gi|15 ) : ATCTGGCTCCAGGGCCATA-AAAC-TTA--C--GA-------------CAA--G--CTCA------CT-T--------T-----------AG----A--TC----T----C-------------------T------TC--------C------------T------------------C----T----------TAT----A----A----A---A---------------AC-A---------------AG-------------ACTTG-----GAT------TAA----------A-AG-----TGAG-CACA--T-C-CAAG--TTT-TATGGCCCCGC
gi|13 : ATCTGGCTCCGGGGCCATA-AAAT-GT---CTGGA-------------CAG--A--CTCA------CT-T--------T-----------TG----A--TC----A-----------------------------------------------------------------------------------------TAT----AGTGAA----A---A---------------ACTG---------------AG-------------ACTGA-----GAT------TAA----------A-AG-----TAAG-TTCA--T-C-TAAG--TTTACATGACCCCG
gi|16 : acattgaaATCAGGCTACGGGACGAAA-AAGC-TTA------A-------------TAA--G--TTTA------CT-T--------A-----------TG----A--TC----TAAATC-------------------T------TG--------C-------------------------------C----T----------TA-------------------A---------------GT-G---------------GT-------------ACTTC-----GAT------AAA----------A-AG-----TGAG-CTCG--T-C-CAAG--TTT-TATGGACCTGgg
gi|19 : aagATCTGGGCCCCGGGCCATA-AAAG-TT---T--GA-------------CGA--G--CTCA------CT-G--------T-----------GG----A--TC----T----CAG-----------------T------CC--------C------------T------------------C----T----------Tt
gi|9 : aATCAGGTTCTGGAGCCATA-AAACATT------GA-------------CAA--G--CTC-------CT-T--------T--------------------TT----T----G-------------------T------TCATGTAAGTC------------T------------------CACT-T----------TTT-----------------------------------C-A---------------CT-------------ATTTGTTCCTGGTA-----TAA----------A-AG-----TGAGACACAGGTGT-CAAG--TTT-TCTGGCCCC
gi|6 : tTCAGGCCCCAAGGCCATA-AAAC-TTA---------------------AATTGTTCTCA------CT-T--------T------------G----A--TC----T----T-------------------T------CT--------C------------T------------------CATTTT----------TAT----A----T----ATTGA---------------AC-A---------------AAT------------AC-TGAAA--AAT------TGAGCCTGAGACTA-AG-----TGAG-TTCA--T-T-TAAG--TTT-TATGGCCctacaa
gi|5 : tTGGCTCT--GGCCATA-AAAC-TTA------G-------------CAA--G--CTCA------TT-T--------TTGAT-------AG----AAGTC----T----CA------------------T------TT--------T------------T------------------G----TGAAAGGAATATATGGTGA----A----A---A---------------AT-G---------------AG-------------ACTTA-----GAT------AAA----------A-AAAAAAATGAG-CACA--T-C-TAAG--TTT-TATGGgcag
gi|12 : aactaGGCTACGGGGTCATG-AAA----A-----GA--------------AA--G--GTCA------AT-T--------T-----------TG----A--TC----T----CGATCAAT------------C------TCA-------C------------T------------------T----T----------TAT----G----A----A---AGGA------------AC-ATGTAGTCAAAAAGTGAG-------------ACTTG-----CAT------CAA----------A-AG-----TGGG-CACA--T-C-------TTT-T-TGGCCa
gi|11 : caGGCCCC-GGGCAATA-A--T-TTA-----GA-------------CAA--G--TTCA------CTTT--------T-----------AG----A--
gi|8 : atatcacaataGCTCCAGAGTCATA-AAAC-TTA-----GA-------------AAA--G--CTTATTGTTTTT-C--------T-----------AA----G--TC----T----C---------------------------A--------C------------T------------------T----T----------TAT----A----G----A---AAGAATGT--------AC-AATGAAAAAGTG----AA-------------ACTGA-----GGT------CAG----------A-AG-----TAAG-GTTC--T-C-TAAG--ATT-AGTGGCCCCGgaagaaacaaataatgtgaatttgagactaaaattaaatgtaacgtcatctaaatttcattgccgcggggtc
gi|21 : atCTCCAGGGCCATT-AAAC-TTA-----GT-------------CAA--G--CCTA------CT-T--------T-----------TG----A--T
gi|13 : CCGGGGTCATGTAAAC-TTA-----GA-------------TGA--A--CTTA------CT-T--------T-----------TA----A--TC----T----C-------------------A------GT--------C------------T------------------CAGT-T----------TTT----C----A-------------------------C-T---------------AT-------------AT--------GAT------CAA----------A-AG-----TGAG-TCTG--T-C-CAGACATTT-TATGGCCCCGtcaagcctcacattt
gi|16 : acattgaaatctggctcCAGGTCCATA-AAAC-TTG-----GA-------------CGA--G--CTCA------CT-T--------T-----------TT----A--TC----GAA--G-------------------T------AC--------C------------A------------------C----T----------T-----------A----A---G---------------GC-A---------------AG-------------ATTTA-----GAT------CAT----------A-AG-----TAAA-CTTA--T---TAAG--CTT-TTTCGTCCCGg
gi|10 : aagatcaggctaCAGGGCAAAG-AAAC-TT---C--GA-------------CAA--G--TTTA------AT-T--------T-----------TGCTCCA--TCGTATT----T-------------------T------TA--------CACTGTATGTTTGT------------------T----T----------TAT----A----A----A---A---------------GT-G---------------TT-------------ACTTG-----GAT------CAA----------ACCG-----TGGG-CTTA--T-C-TAA-----T-AATGGCCCCt
gi|14 : ggctctGGGCCATA-AAAC--TA--A--AA-------------CTA--G--CTCA------TT-T--------T-----------TT----A--TC----T----CAGT----------------C------TCA-------C------------T------------------T----T----------TAT----A----A----A---A---------------
gi|1 : acaaattctggctctgatctgtaaatcggagaggatgctcacctttctactgtatgatccGGGCCATA-GAAA-TTA-----GA-------------CAA--T--CTTA------CT-T--------T-----------TG----A--TC----TTA--T-------------------T------TT--------C------------TGTTTTTCGCTTTATGTTCC----T----------TATTATCA----A----A---A---------------GT-G---------------AG-------------ACTGG-----AATAAAAAATAAAT--------A-AA-----TAAG-CTCG--T-CAAAAG--TTT-CATGGTCCC
gi|3 : tggctttGGGCTAAA-AAAA-TTA-----GA-------------CAA--G--CCCAC-----CT-T--------T-----------AA----G--TC----A----C-------------------T-----------------------------------------------------T----------TAT----G----AAACGA---A---------------AC-A---------------AATAGTGAAAGTCATACTGA-----GAT------GAC----------A-CG-----TGGG-CTTG--T-C-TACG--TTT-TAGAGCCCCcag
gi|6 : agGGCCATA-AAAC-TTAAAT--GAACTCACTTAGTCTCAG--G--CTCA------AT-T--------TTTC--------AGT---A--TT----T----G-------------------T------TC--------A------------A------------------T----A----------TAT----A----A----A---A---------------AT-G---------------AG-------------AGAAA-----GAT------CAA----------A--G-----TGAG-AACAA-T-T-TAAG--TTT-TATGGCCtgagactggtatctacttgtat
gi|17 : ttcaggccccaaGGCCATA-AAAC-TTG-----GA-------------CAA--G--CTCA------TT-TCTGATCTAT-----------AG----G--TC----T----CGACACTGTTTCCTTCAATGT------TT--------C------------T------------------T----T----------TAT----A----A----A---A---------------GT-G---------------AG-------------AATGA-----GAT------CAA----------A-A------TGAG-Cgcag
gi|5 : gacaaCCATA-AAAC-TTA-----GA-------------TGT--G--CTCA------TT-T--------TTTTTTTTATCTAA----G--TC----T----CATTTTTCACCATATA----T------TC--------C------------T------------------T----T----------CAC----A----A----A---A---------------AT-G---------------AG-------------ACTTC-----TAT------CAA----------A-AA-----TGAG-CTTG----C-TAAG--TTT-TATGGCC
gi|17 : aactatggctct--GA-------------CAA--G--CTCA------TT-T--------T------------G----A--TC----T----CA------------------T------TCTCA-----C------------T------------------T----T----------TAT----A----A----A---AGAAACATTGAAGGAAAC-AGTGTCG---------AG-------------ACCTATA---GAT------CAG----------A-AA-----TGAG-CTTG--T-C-CAAG--TTT-TATGGCCa
gi|14 : --G--CTCA------CC-T--------T--------------------TC----TA---C-------------------TGTATGATC--------C------------T------------------T----T----------TAT----A----A----A---A---------------GT-G---------------AG-------------ACTGA-----GAT------AAA----------A-AA-----TGAG-CTAG--T-T-TTAG--TTT-TATGGCCC
gi|8 : acaaattctggctctgatctgtaaatcggagaggat-------------------T------TC--------T------------T------------------T----C----------TAT----A----A----A---A---------------GT-G---------------AG-------------ACTTA-----GAA------AAA----------C-AA-----TAAG-CTTT--T-C-TAAG--TTT-TATGACTCTG
gi|2 : atgctc-------------------T------TC--------C------------T------------------T----T----------TAT---------A----A---A---------------GT-G---------------AT-------------ACCTA-----GAT------CAA----------A-AG-----TCAG-GTTG--T-C-TAGA--TGT-TATTGCTCCtgtacaatgaaaaagtgaaactgaggtcagaagtaaggttctctaagattagtggccccg
gi|18 : actgtctctC--------C------------T------------------T----T----------TAT----A----A----A---A---------------AT-A---------------AG-------------ACCTG-----GAT------AAA----------A-AA-----TGA--C-TA--T-C-TAAG--ATT-CACAACCCcataattatggtgaaaccactgagagttggatacaaaaaaaggtgctctttcaagtttctggtcc
gi|1 : agctcta----A----A----A---A---------------AC-AG--------------AA-------------AATAA-----GAT------CAA----------A-AG-----TAAG-ATTG--T-C-TAAT--TTC-TATGGCCCCggcatttagtgaaaattgagattgggataaaa
gi|20 : tggctttgggaccatgaaacttttgacgagcttatttatttattttttattccagtctcacttttgataataaggaacataaagcg----A----A---A---------------GT-G---------------AG-------------ACTTA-----GAT------CAA----------A-TG-----TAAA-CCCT--T-C-TATG--TTT-TATGGCag
gi|21 : gttccaaa---------------AG-------------GCTTG-----AAT------CAA----------A-AG-----TAGG-CTTG--A-C-TAAG--TTT-AATGGCCCTG
gi|19 : ctcG-------------ACTGA-----GAT------CCA----------C-AG-----TGAG-CTCG--T-C-AAAC--TTT-TATGGCCCcacattt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): ATGCTACAAAGGCTCCAACGTGATAAAGCGAAGATGAACACACTTTTGGCTGAAGTCTCATTCTTACAGAATGAACAAATAGTAAAAAAGTGACTCTAAAGTTAAAAAATGAGCCCATCAAAGTTTCAT
Unaligned ( gi|7 ): ACTTGGACCAGTGCATTAGTGATCCACTGTAAGTCTCACTTTCATAGAAGTAACATTTAATGAACTGAGACTGAGATCAATATAATTATGAGCTTCTCAGAGTTTTATGGGTCAAGTACCGGGATCTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 1 33 2 1 2 33 22 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 888888 999999 77777777 2 2 2
lowQualScore : . .. . . . .. .. .................................................................................................................................................... ...... ...... ........ . . .
lowQualScore : 0 22 2 0 2 11 99 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222222 666666 66666666 1 2 4
consensus : ATCNGGCTCCGGGGCCATAAAAC--TTA-GACAA-G--CTCAC--TT-----------TTG----AT----C----T----CA---------------------T------T-C-----------C------------TT-TTAT------------------A----AAAG---------------------T-GAGACTTA-----GAT-----CAA--------A-AGTGAGCTCGTC-TAAGTTT-TATGGCCCCG
Reference ( family-1721 ) : ATCNGGCTCCGGGGCCATAAAAC--TTA-GACAA-G--CTCAC--TT-----------TNG----AT----C----T----C----------------------T------T-C-----------C------------TT-TTAT------------------A----AAAG---------------------C-GAGACTTA-----GAT-----CAA--------A-AGTGAGCTCGTC-TAAGTTT-TATGGCCCCG
gi|1 : CTGGGGCCATAGAAA--TTA-GACAA-T--CTTAC--TT-----------TTG----AT----C----T----TATTTTCTGTTTTTCGCTTTATGT------T-C-----------C------------TTATTATC-----------------A----AAAG---------------------T-GAGACTGG-----AAT-----AAAAAATAAATA-AATAAGCTCGTCAAAAGTTT-CATGGTCCC
gi|10 : tggctttCAGGGCAAAGAAAC--TTC-GACAA-G--TTTAA--TT-----------TTGCTCCAT----CGTATT----T----------------------T------T-A-----------CACTGTATGTTTGTT-TTAT------------------A----AAAG---------------------T-GTTACTTG-----GAT-----CAA--------ACCGTGGGCTTATC-TAA---T-AATGGCCCC
gi|11 : ggctctGGCCCCGGG-CAATAA--T--TTA-GACAA-G--TTCAC--TT-----------T
gi|12 : atatcacaataCAGGCTACGGGGTCATGAAA-----A-GA-AA-G--GTCAA--TT-----------TTG----AT----C----T----CGATCAAT---------------C------T-CA----------C------------TT-TTATGAAAGGAACATGTAGTCAA----AAAG---------------------T-GAGACTTG-----CAT-----CAA--------A-AGTGGGCACATC-T---TTT---TGGCCtagagaagaaacaaataatgtgaatttgagactaaaattaaatgtaacgtcatctaaatttcattgccgcggggtc
gi|13 : ATCTGGCTCCGGGGCCATAAAATGTCTG-GACAG-A--CTCAC--TT-----------TTG----AT----C----A-----------------------------------------------------------------TAT------------------AGTGAAAAA---------------------CTGAGACTGA-----GAT-----TAA--------A-AGTAAGTTCATC-TAAGTTTACATGACCCCG
gi|14 : acattgaaTCTGGCTCTGAT-CTGTAAATC--GGA-GAGGATG--CTCAC--CT-----------T-------T----C----TA---C----------------------TGTATGAT-C-----------C------------TT-TTAT------------------A----AAAG---------------------T-GAGACTGA-----GAT-----AAA--------A-AATGAGCTAGTT-TTAGTTT-TATGGCCCgg
gi|15 : acaaatATCTGGCTCCAGGGCCATAAAAC--TTACGACAA-G--CTCAC--TT-----------TAG----AT----C----T----C----------------------T------T-C-----------C------------TC-TTAT------------------A----AAAA---------------------C-AAGACTTG-----GAT-----TAA--------A-AGTGAGCACATC-CAAGTTT-TATGGCCCCG
gi|16 : ATCAGGCTACGGGACGAAAAAGC--TTA--ATAA-G--TTTAC--TT-----------ATG----AT----C----TAAATC----------------------T------TGC-----------C------------TT-----------------------------AAG---------------------T-GGTACTTC-----GAT-----AAA--------A-AGTGAGCTCGTC-CAAGTTT-TATGGACCTGc
gi|17 : aag-GACAA-G--CTCA---TT-----------TTG----AT----C----T----CA---------------------T------T-CTCA--------C------------TT-TTAT------------------A----AAAGAAACATTGAAGGAAACAGTGTC-GAGACCTATA---GAT-----CAG--------A-AATGAGCTTGTC-CAAGTTT-TATGGCCt
gi|18 : GCTCTAGGGTTGTGAATC--TTA-GATAG-----TCAT--TT-----------TTT----AT----CCAGGT----C----------------------T------T-A-----------T------------TT-TTAT------------------A----AAAG---------------------G-GGCATTTA-----G-T-----GAA--------A-ATTGAG
gi|19 : aATCTGGGCCCCGGGCCATAAAAG--TTT-GACGA-G--CTCAC--TG-----------TGG----AT----C----T----CAG--------------------T------C-C-----------C------------TC-TTattgggataaaa
gi|2 : a----------------------T------T-C-----------C------------TT-TTAT------------------A----AA-G---------------------T-GATACCTA-----GAT-----CAA--------A-AGTCAGGTTGTC-TAGATGT-TATTGCTCC
gi|20 : actgtctctGTTCCAAAGCCATAAAAC--ATA-GAAGG-G--TTTAC--AT-----------TTG----AT----C----T----cataattatggtgaaaccactgagagttggatacaaaaaaaggtgctctttcaagtttctggtcc
gi|20 : ----AAAG---------------------T-GAGACTTA-----GAT-----CAA--------A-TGTAAACCCTTC-TATGTTT-TATGGCaagtctcacttt
gi|21 : gttccaaa------------------A----AATG---------------------T-GAGGCTTG-----AAT-----CAA--------A-AGTAGGCTTGAC-TAAGTTT-AATGGCCCTG
gi|3 : ctcACCAGTCTCAGGGGCTCTAAAAC--GTA-GACAA-G--CCCAC--GT-----------GTC----AT----C----T----CAGTATGACTTTCACTATTTGT-T------T-C-----------G------------TT-TCAT------------------A----AA-------------------------GTGACTT---------------AA--------A-GGTGGGCTTGTC-TAATTTT-TTTAGCCCC
gi|4 : aTCAC--TT-----------TTTTACTAT----T----T----G----------------------T------T-C-----------A------------TT-CTGT------------------A----AGAA---------------------T-GAGACTTC-----AGC-----CAA--------A-AGTGTGTTCATC-TTCGCTT-TATatctacttgtat
gi|5 : atgctacaaaggctccaacgtgGGCTCTGG--CCATAAAAC--TTA-G-CAA-G--CTCAT--TT-----------TTG----ATAGAAG----T----C----------------------T------C-A-----------T------------TT-TTGT------------------G----AAAGGAATATATGGTGAAAAA----T-GAGACTTA-----GATAAAAAAAA--------A-AATGAGCACATC-TAAGTTT-TATGGctctaaagttaaaaaatgagcccatcaaagtttcat
gi|6 : aactatTCAGGCCCCAAGGCCATAAAAC--TTA-AAT-T-GTTCTCAC--TT-----------T-G----AT----C----T----T----------------------T------C-T-----------CTCAT--------TT-TTATATATTGAACAAATACTGAA----AAAT---------------------T-GAGCCTGA-----GAC-----T----------A-AGTGAGTTCATT-TAAGTTT-TATGGCCa
gi|7 : tCCATAAAAC--TCT-GAGAA-G--CTCATAATTATA--------TTG----AT----C----T----CAGTCTCAG--------------T------T-CATTAAATGTTAC------------TT-CTAT------------------G----AAAG---------------------T-GAGACTTACAGTGGAT-----CAC--------T-AATGCACTGGTC-CAAGTgcag
gi|8 : CGGGGCCACTAATC--TTA-GAGAA-C--CTTAC--TT-----------CTG----AC----C----T----CAGTTTCACTTTTTCATTGTACAT------T-C-----------T------------TT-CTAT------------------A----AAAG---------------------T-GAGACTTA-----GAA-----AAA--------C-AATAAGCTTTTC-TAAGTTT-TATGACTCTGgtcaagtaccgggatcta
gi|9 : atgctcATCAGGTTCTGGAGCCATAAAAC--ATT-GACAA-G--CTC-C--TTTTTTGTTCATGTAA----GT----C----T----CACTTTTTCACTATTTG------T------T-C-----------C------------TG-GTAT------------------A----AAAG---------------------T-GAGACACA-----GGT---------------------------GTC--AAGTTT-TCTGGCCCC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111111111111111
lowQualScore : 1 333 2 0 2 22 22 333 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 666666666666666666666 1 77777 22 999999 66666666 1 0 1 2
lowQualScore : . ... . . . .. .. ... ....................................................................................................................................................................... ..................... . ..... .. ...... ........ . . . .
lowQualScore : 0 888 2 4 1 99 88 555 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222222222222222222222 9 44444 66 777777 99999999 9 5 9 0
consensus : ATCNGGCTCCGGGGCCATAAAAC--TTA-GACAA-G--CTCAC--TT---TT-----------G----A------TCT-C---------------------A---------------------T--T---C-----------C---T---------------T-------T--------TAT------------------A------------------AAAG---------------------TGAGACT-TA-----GA--T-----NAA--------A-AGTGAGCTCGTC-TAAGTTT-TATGGCCCCG
Reference ( family-1721 ) : ATCNGGCTCCGGGGCCATAAAAC--TTA-GACAA-G--CTCAC--TT---TT-----------G----A------TCT-C---------------------A---------------------T--T---C-----------C---T---------------T-------T--------TAT------------------A------------------AAAG---------------------TGAGACT-TA-----GA--T-----CAA--------A-AGTGAGCTCGTC-TAAGTTT-TATGGCCCCG
gi|1 : CTGGGGCCATAGAAA--TTA-GACAA-T--CTTAC--TT---TT-----------G----A------TCT-T---------------------ATTTTCTGTTTTTCGCTTTATGT--T---C-----------C---T---------------TA------T--------TATC-----------------A------------------AAAG---------------------TGAGACT-GG-----AA--T-----AAAAAATAAATA-AATAAGCTCGTCAAAAGTTT-CATGGTCCC
gi|10 : tggctttCAGGGCAAAGAAAC--TTC-GACAA-G--TTTAA--TT---TT-----------GCTCCA------TCG-T---------------------A---------------------T--T---T-----------T---TACACTGTATGTTTGTT-------T--------TAT------------------A------------------AAAG---------------------TGTTACT-TG-----GA--T-----CAA--------ACCGTGGGCTTATC-TAA---T-AATGGCCCC
gi|11 : ggctctGGCCCCGGG-CAATAA--T--TTA-GACAA-G--TTCAC--TT---TT-----------
gi|11 : atatcacaata---------------------TGAGACT-AA-----AA--T-----TAA--------A-TGTAACGTCATC-TAAATTT-CATTGCCGCGagagaagaaacaaataatgtgaatttgagactaaaattaaatgtaacgtcatctaaatttcattgccgcggggtc
gi|12 : atatcacaataggccccgggcaataatttagacaagttcacttttagagaagaaacaaataatgtgaattCAGGCTACGGGGTCATGAAA-----A-GA-AA-G--GTCAA--TT---TT-----------G----A------TCT-CGATCA----------------A---------------------TC-T---CA----------C---T---------------T-------T--------TATGAAAGGAACATGTAGTCAA------------------AAAG---------------------TGAGACT-TG-----CA--T-----CAA--------A-AGTGGGCACATC-T---TTT---TGGCCgggtc
gi|13 : ATCTGGCTCCGGGGCCATAAAATGTCTG-GACAG-A--CTCAC--TT---TT-----------G----A------TCA-T---------------------A---------------------T--A---G------------------------------------------------TGA------------------A------------------AAAC---------------------TGAGACT-GA-----GA--T-----TAA--------A-AGTAAGTTCATC-TAAGTTTACATGACCCCG
gi|14 : acattgaaTCTGGCTCTGAT-CTGTAAATC--GGA-GAGGATG--CTCAC--CT---TT-----------C----T------ACTGT---------------------A---------------------TGAT---C-----------C---T---------------T-------T--------TAT------------------A------------------AAAG---------------------TGAGACT-GA-----GA--T-----AAA--------A-AATGAGCTAGTT-TTAGTTT-TATGGCCCgg
gi|15 : acaaatATCTGGCTCCAGGGCCATAAAAC--TTACGACAA-G--CTCAC--TT---TA-----------G----A------TCT-C-------------------------------------------T--T---C-----------C---T---------------C-------T--------TAT------------------A------------------AAAA---------------------CAAGACT-TG-----GA--T-----TAA--------A-AGTGAGCACATC-CAAGTTT-TATGGCCCCG
gi|16 : ATCAGGCTACGGGACGAAAAAGC--TTA--ATAA-G--TTTAC--TT---AT-----------G----A------TCT-A---------------------A---------------------A--T---C-----------T---TGC-------------C-------T--------TA----------------------------------------AG---------------------TGGTACT-TC-----GA--T-----AAA--------A-AGTGAGCTCGTC-CAAGTTT-TATGGACCTGc
gi|17 : aag-GACAA-G--CTCA---TT---TT-----------G----A------TCT-C---------------------A---------------------T--T---CTCA--------C---T---------------T-------T--------TAT------------------A------------------AAAGAAACATTGAAGGAAACAGTGTCGAGACC-TATA---GA--T-----CAG--------A-AATGAGCTTGTC-CAAGTTT-TATGGCCt
gi|18 : CAA-T--CTCAA--TT---TT-----------C----A-------CT-A---------------------A---------------------A--TGCCC-----------C---T---------------T-------T--------TAT------------------A------------------AAAA---------------------TAAGACC-TG-----GA--T-----AAA--------A-AATGA-CT-ATC-TAAGATT-CACAACCC
gi|19 : agctctaATCTGGGCCCCGGGCCATAAAAG--TTT-GACGA-G--CTCAC--TG---TG-----------G----A------TCT-C---------------------A---------------------G--T---C-----------C---C---------------T-------C--------Tggataaaa
gi|2 : a---------------------T--T---C-----------C---T---------------T-------T--------TAT------------------A------------------AA-G---------------------TGATACC-TA-----GA--T-----CAA--------A-AGTCAGGTTGTC-TAGATGT-TATTGCTCCt
gi|20 : actgtctctGTTCCAAAGCCATAAAAC--ATA-GAAGG-G--TTTAC--AT---TT-----------G----A------TCT-cataattatggtgaaaccactgagagttggatacaaaaaaaggtgctctttcaagtttctggtcc
gi|20 : ------------------AAAG---------------------TGAGACT-TA-----GA--T-----CAA--------A-TGTAAACCCTTC-TATGTTT-TATGGCaagtctcacttt
gi|21 : gttccaaa------------------A------------------AATG---------------------TGAGGCT-TG-----AA--T-----CAA--------A-AGTAGGCTTGAC-TAAGTTT-AATGGCCCTG
gi|3 : ctcACCAGTCTCAGGGGCTCTAAAAC--GTA-GACAA-G--CCCAC--GT---GT-----------C----A------TCT-C---------------------AGTATGACTTTCACTATTTGT-T--T---C-----------G---T---------------T-------T--------CAT-------------------------------------AAAG---------------------T--GACT-T-----------------AA--------A-GGTGGGCTTGTC-TAATTTT-TTTAGCCCC
gi|4 : aGGCTCCAACGTGATAAAGC--GAA-GATGA-A--CACAC--TT---TT-----------G----GCTGAAGTCT-C---------------------A---------------------T--T---C-----------T---TACAGAA---------TGAACAAATAG------TAA------------------A------------------AAAG---------------------T--GACTCTA-----AAGTT-----AAA--------A-AATGAGCCCATC-AAAGTTT-CATatctacttgtat
gi|4 : atgctacaaaTCAC--TT---TT-----------TTACTA------TTT-----------------------G---------------------T--T---C-----------A---T---------------T-------C--------TGT------------------A------------------AGAA---------------------TGAGACT-TC-----AG--C-----CAA--------A-AGTGTGTTCATC-TTCGCTT-TAT
gi|5 : atgctacaaaggctccaacgtgGGCTCTGG--CCATAAAAC--TTA-G-CAA-G--CTCAT--TT---TT-----------G----ATAGAAGTCT-C---------------------A---------------------T--T---T-----------T---T---------------G-------TGAAAGGAATATATGGTG------------A------------------AAAA---------------------TGAGACT-TA-----GA--TAAAAAAAA--------A-AATGAGCACATC-TAAGTTT-TATGGctctaaagttaaaaaatgagcccatcaaagtttcat
gi|6 : aactatTCAGGCCCCAAGGCCATAAAAC--TTA-AATT--GTTCTCAC--TT---T------------G----A------TCT-T---------------------T---------------------C--T---C-----------TCATT---------------T-------T--------TAT------------------ATATTGAACAAATACTGAAAAAT---------------------TGAGCCT-GA-----GA--C-----TAA-----------GTGAGTTCATT-TAAGTTT-TATGGCCa
gi|7 : tCCATAAAAC--TCT-GAGAA-G--CTCATAATTATATT-----------G----A------TCT-C---------------------AGTCTCAG--------------T--T---CATTAAATGTTAC---T---------------T-------C--------TAT------------------G------------------AAAG---------------------TGAGACT-TACAGTGGA--T-----CAC--------T-AATGCACTGGTC-CAAGTgcag
gi|8 : CGGGGCCACTAATC--TTA-GAGAA-C--CTTAC--TT---CT-----------G----A------CCT-CAGTTTCACTTTTTCATTGTACA---------------------T--T---C-----------T---T---------------T-------C--------TAT------------------A------------------AAAG---------------------TGAGACT-TA-----GA--A-----AAA--------C-AATAAGCTTTTC-TAAGTTT-TATGACTCTGgtcaagtaccgggatcta
gi|9 : atgctcATCAGGTTCTGGAGCCATAAAAC--ATT-GACAA-G--CTC-C--TT---TTTTGTTCATGTAA----G------TCT-C---------------------ACTTTTTCACTATTTG------T--T---C-----------C---T---------------G-------G--------TAT------------------A------------------AAAG---------------------TGAGACA-CA-----GG--T---------------------------GTC--AAGTTT-TCTGGCCCC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111
lowQualScore : 1 33 2 0 2 22 22 333 33333333333 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 666666666 22 666666 22222222 2 0 2 22
lowQualScore : . .. . . . .. .. ... ........... ...................................................................................................................................................................... ......... .. ...... ........ . . . ..
lowQualScore : 0 22 2 4 1 99 99 777 66666666666 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 000000000 88 777777 22222222 0 6 0 44
consensus : ATCNGGCTCCGGGGCCATAAAAC--TTA-GACAA-G--CTCAC--TT---TTG----A------TCT-C---------------------A---------------------T--T---C-----------C---T---------------T-------T--------TAT------------------A------------------AAAG---------------------TGAGACT--TA-----GA--T-----NAA--------A-AGTGAGCTCGTC-TAAGTTT-TATGGCCCCG
Reference ( family-1721 ) : ATCNGGCTCCGGGGCCATAAAAC--TTA-GACAA-G--CTCAC--TT---TTG----A------TCT-C---------------------A---------------------T--T---C-----------C---T---------------T-------T--------TAT------------------A------------------AAAG---------------------TGAGACT--TA-----GA--T-----NAA--------A-AGTGAGCTCGTC-TAAGTTT-TATGGCCCCG
gi|1 : CTGGGGCCATAGAAA--TTA-GACAA-T--CTTAC--TT---TTG----A------TCT-T---------------------ATTTTCTGTTTTTCGCTTTATGT--T---C-----------C---T---------------TA------T--------TATC-----------------A------------------AAAG---------------------TGAGACT--GG-----AA--T-----AAAAAATAAATA-AATAAGCTCGTCAAAAGTTT-CATGGTCCC
gi|10 : tggctttCAGGGCAAAGAAAC--TTC-GACAA-G--TTTAA--TT---TTGCTCCA------TCG-T---------------------A---------------------T--T---T-----------T---TACACTGTATGTTTGTT-------T--------TAT------------------A------------------AAAG---------------------TGTTACT--TG-----GA--T-----CAA--------ACCGTGGGCTTATC-TAA---T-AATGGCCCC
gi|11 : ggctctGGCCCCGGG-CAATAA--T--TTA-GACAA-G--TTCAC--------------------------------------------------------------------------------------------T---------------T-------T--------TAG------------------A------------------GAAGAAACAAATAATGTGAATT---TGAGACT--AA-----AA--T-----TAA--------A-TGTAACGTCATC-TAAATTT-CATTGCCGCG
gi|12 : atatcacaataCAGGCTACGGGGTCATGAAA-----A-GA-AA-G--GTCAA--TT---TTG----A------TCT-CGATCA----------------A---------------------TC-T---CA----------C---T---------------T-------T--------TATGAAAGGAACATGTAGTCAA------------------AAAG---------------------TGAGACT--TG-----CA--T-----CAA--------A-AGTGGGCACATC-T---TTT---TGGCCgggtc
gi|13 : ATCTGGCTCCGGGGCCATAAAATGTCTG-GACAG-A--CTCAC--TT---TTG----A------TCA-T---------------------A---------------------T--A---G------------------------------------------------TGA------------------A------------------AAAC---------------------TGAGACT--GA-----GA--T-----TAA--------A-AGTAAGTTCATC-TAAGTTTACATGACCCCG
gi|14 : acattgaaTCTGGCTCTGAT-CTGTAAATC--GGA-GAGGATG--CTCAC--CT---TTC----T------ACTGT---------------------A---------------------TGAT---C-----------C---T---------------T-------T--------TAT------------------A------------------AAAG---------------------TGAGACT--GA-----GA--T-----AAA--------A-AATGAGCTAGTT-TTAGTTT-TATGGCCCgg
gi|15 : acaaatATCTGGCTCCAGGGCCATAAAAC--TTACGACAA-G--CTCAC--TT---TAG----A------TCT-C-------------------------------------------T--T---C-----------C---T---------------C-------T--------TAT------------------A------------------AAAA---------------------CAAGACT--TG-----GA--T-----TAA--------A-AGTGAGCACATC-CAAGTTT-TATGGCCCCG
gi|16 : ATCAGGCTACGGGACGAAAAAGC--TTA--ATAA-G--TTTAC--TT---ATG----A------TCT-A---------------------A---------------------A--T---C-----------T---TGC-------------C-------T--------TA----------------------------------------AG---------------------TGGTACT--TC-----GA--T-----AAA--------A-AGTGAGCTCGTC-CAAGTTT-TATGGACCTGc
gi|17 : aag-GACAA-G--CTCA---TT---TTG----A------TCT-C---------------------A---------------------T--T---CTCA--------C---T---------------T-------T--------TAT------------------A------------------AAAGAAACATTGAAGGAAACAGTGTCGAGACCTATA-----GA--T-----CAG--------A-AATGAGCTTGTC-CAAGTTT-TATGGCCt
gi|18 : CAA-T--CTCAA--TT---TTC----A-------CT-A---------------------A---------------------A--TGCCC-----------C---T---------------T-------T--------TAT------------------A------------------AAAA---------------------TAAGACC--TG-----GA--T-----AAA--------A-AATGA-CT-ATC-TAAGATT-CACAACCC
gi|19 : agctctaATCTGGGCCCCGGGCCATAAAAG--TTT-GACGA-G--CTCAC--TG---TGG----A------TCT-C---------------------A---------------------G--T---C-----------C---C---------------T-------C--------Tggataaaa
gi|2 : a---------------------T--T---C-----------C---T---------------T-------T--------TAT------------------A------------------AA-G---------------------TGATACC--TA-----GA--T-----CAA--------A-AGTCAGGTTGTC-TAGATGT-TATTGCTCCt
gi|20 : actgtctctGTTCCAAAGCCATAAAAC--ATA-GAAGG-G--TTTAC--AT---TTG----A------TCT-cataattatggtgaaaccactgagagttggatacaaaaaaaggtgctctttcaagtttctggtcc
gi|20 : ------------------AAAG---------------------TGAGACT--TA-----GA--T-----CAA--------A-TGTAAACCCTTC-TATGTTT-TATGGCaagtctcacttt
gi|21 : gttccaaa------------------A------------------AATG---------------------TGAGGCT--TG-----AA--T-----CAA--------A-AGTAGGCTTGAC-TAAGTTT-AATGGCCCTG
gi|3 : ctcACCAGTCTCAGGGGCTCTAAAAC--GTA-GACAA-G--CCCAC--GT---GTC----A------TCT-C---------------------AGTATGACTTTCACTATTTGT-T--T---C-----------G---T---------------T-------T--------CAT-------------------------------------AAAG---------------------T--GACT--T-----------------AA--------A-GGTGGGCTTGTC-TAATTTT-TTTAGCCCC
gi|4 : aGGCTCCAACGTGATAAAGC--GAA-GATGA-A--CACAC--TT---TTG----GCTGAAGTCT-C---------------------A---------------------T--T---C-----------T---TACAGAA---------TGAACAAATAG------TAA------------------A------------------AAAG---------------------T--GACTC-TA-----AAGTT-----AAA--------A-AATGAGCCCATC-AAAGTTT-CATatctacttgtat
gi|5 : atgctacaaaGGCTCTGG--CCATAAAAC--TTA-G-CAA-G--CTCAT--TT---TTG----ATAGAAGTCT-C---------------------A---------------------T--T---T-----------T---T---------------G-------TGAAAGGAATATATGGTG------------A------------------AAAA---------------------TGAGACT--TA-----GA--TAAAAAAAA--------A-AATGAGCACATC-TAAGTTT-TATGG
gi|6 : aactatTCAGGCCCCAAGGCCATAAAAC--TTA-AATT--GTTCTCAC--TT---T-G----A------TCT-T---------------------T---------------------C--T---C-----------TCATT---------------T-------T--------TAT------------------ATATTGAACAAATACTGAAAAAT---------------------TGAGCCT--GA-----GA--C-----TAA-----------GTGAGTTCATT-TAAGTTT-TATGGCCa
gi|7 : tCCATAAAAC--TCT-GAGAA-G--CTCATAATTATATTG----A------TCT-C---------------------AGTCTCAG--------------T--T---CATTAAATGTTAC---T---------------T-------C--------TAT------------------G------------------AAAG---------------------TGAGACT--TACAGTGGA--T-----CAC--------T-AATGCACTGGTC-CAAGTgcag
gi|8 : CGGGGCCACTAATC--TTA-GAGAA-C--CTTAC--TT---CTG----A------CCT-CAGTTTCACTTTTTCATTGTACA---------------------T--T---C-----------T---T---------------T-------C--------TAT------------------A------------------AAAG---------------------TGAGACT--TA-----GA--A-----AAA--------C-AATAAGCTTTTC-TAAGTTT-TATGACTCTGgtcaagtaccgggatcta
gi|9 : atgctcGGGGCCAGAAAAC--TT--GACA---------C--CT---GTG-----------TCT-C---------------------A----------------------------------------C---T---------------T-------T--------TAT------------------ACCAGGAACAAATAGTGAAAAAG---------------------TGAGACT--TA-----CA--T-----GAACAAAA---A-AG-GAGCTTGTC-AATGTTT-TATGGCTCC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111
lowQualScore : 1 33 2 0 2 22 22 333 33333333333 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 666666666 22 666666 22222222 2 0 2 22
lowQualScore : . .. . . . .. .. ... ........... ...................................................................................................................................................................... ......... .. ...... ........ . . . ..
lowQualScore : 0 22 2 4 1 99 99 777 66666666666 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 000000000 88 777777 22222222 0 6 0 44
consensus : ATCNGGCTCCGGGGCCATAAAAC--TTA-GACAA-G--CTCAC--TT---TTG----A------TCT-C---------------------A---------------------T--T---C-----------C---T---------------T-------T--------TAT------------------A------------------AAAG---------------------TGAGACT--TA-----GA--T-----NAA--------A-AGTGAGCTCGTC-TAAGTTT-TATGGCCCCG
Reference ( family-1721 ) : ATCNGGCTCCGGGGCCATAAAAC--TTA-GACAA-G--CTCAC--TT---TTG----A------TCT-C---------------------A---------------------T--T---C-----------C---T---------------T-------T--------TAT------------------A------------------AAAG---------------------TGAGACT--TA-----GA--T-----NAA--------A-AGTGAGCTCGTC-TAAGTTT-TATGGCCCCG
gi|1 : CTGGGGCCATAGAAA--TTA-GACAA-T--CTTAC--TT---TTG----A------TCT-T---------------------ATTTTCTGTTTTTCGCTTTATGT--T---C-----------C---T---------------TA------T--------TATC-----------------A------------------AAAG---------------------TGAGACT--GG-----AA--T-----AAAAAATAAATA-AATAAGCTCGTCAAAAGTTT-CATGGTCCC
gi|10 : tggctttCAGGGCAAAGAAAC--TTC-GACAA-G--TTTAA--TT---TTGCTCCA------TCG-T---------------------A---------------------T--T---T-----------T---TACACTGTATGTTTGTT-------T--------TAT------------------A------------------AAAG---------------------TGTTACT--TG-----GA--T-----CAA--------ACCGTGGGCTTATC-TAA---T-AATGGCCCC
gi|11 : ggctctGGCCCCGGG-CAATAA--T--TTA-GACAA-G--TTCAC--------------------------------------------------------------------------------------------T---------------T-------T--------TAG------------------A------------------GAAGAAACAAATAATGTGAATT---TGAGACT--AA-----AA--T-----TAA--------A-TGTAACGTCATC-TAAATTT-CATTGCCGCG
gi|12 : atatcacaataCAGGCTACGGGGTCATGAAA-----A-GA-AA-G--GTCAA--TT---TTG----A------TCT-CGATCA----------------A---------------------TC-T---CA----------C---T---------------T-------T--------TATGAAAGGAACATGTAGTCAA------------------AAAG---------------------TGAGACT--TG-----CA--T-----CAA--------A-AGTGGGCACATC-T---TTT---TGGCCgggtc
gi|13 : ATCTGGCTCCGGGGCCATAAAATGTCTG-GACAG-A--CTCAC--TT---TTG----A------TCA-T---------------------A---------------------T--A---G------------------------------------------------TGA------------------A------------------AAAC---------------------TGAGACT--GA-----GA--T-----TAA--------A-AGTAAGTTCATC-TAAGTTTACATGACCCCG
gi|14 : acattgaaTCTGGCTCTGAT-CTGTAAATC--GGA-GAGGATG--CTCAC--CT---TTC----T------ACTGT---------------------A---------------------TGAT---C-----------C---T---------------T-------T--------TAT------------------A------------------AAAG---------------------TGAGACT--GA-----GA--T-----AAA--------A-AATGAGCTAGTT-TTAGTTT-TATGGCCCgg
gi|15 : acaaatATCTGGCTCCAGGGCCATAAAAC--TTACGACAA-G--CTCAC--TT---TAG----A------TCT-C-------------------------------------------T--T---C-----------C---T---------------C-------T--------TAT------------------A------------------AAAA---------------------CAAGACT--TG-----GA--T-----TAA--------A-AGTGAGCACATC-CAAGTTT-TATGGCCCCG
gi|16 : ATCAGGCTACGGGACGAAAAAGC--TTA--ATAA-G--TTTAC--TT---ATG----A------TCT-A---------------------A---------------------A--T---C-----------T---TGC-------------C-------T--------TA----------------------------------------AG---------------------TGGTACT--TC-----GA--T-----AAA--------A-AGTGAGCTCGTC-CAAGTTT-TATGGACCTGc
gi|17 : aag-GACAA-G--CTCA---TT---TTG----A------TCT-C---------------------A---------------------T--T---CTCA--------C---T---------------T-------T--------TAT------------------A------------------AAAGAAACATTGAAGGAAACAGTGTCGAGACCTATA-----GA--T-----CAG--------A-AATGAGCTTGTC-CAAGTTT-TATGGCCt
gi|18 : CAA-T--CTCAA--TT---TTC----A-------CT-A---------------------A---------------------A--TGCCC-----------C---T---------------T-------T--------TAT------------------A------------------AAAA---------------------TAAGACC--TG-----GA--T-----AAA--------A-AATGA-CT-ATC-TAAGATT-CACAACCC
gi|19 : agctctaATCTGGGCCCCGGGCCATAAAAG--TTT-GACGA-G--CTCAC--TG---TGG----A------TCT-C---------------------A---------------------G--T---C-----------C---C---------------T-------C--------Tggataaaa
gi|2 : a---------------------T--T---C-----------C---T---------------T-------T--------TAT------------------A------------------AA-G---------------------TGATACC--TA-----GA--T-----CAA--------A-AGTCAGGTTGTC-TAGATGT-TATTGCTCCt
gi|20 : actgtctctGTTCCAAAGCCATAAAAC--ATA-GAAGG-G--TTTAC--AT---TTG----A------TCT-cataattatggtgaaaccactgagagttggatacaaaaaaaggtgctctttcaagtttctggtcc
gi|20 : ------------------AAAG---------------------TGAGACT--TA-----GA--T-----CAA--------A-TGTAAACCCTTC-TATGTTT-TATGGCaagtctcacttt
gi|21 : gttccaaa------------------A------------------AATG---------------------TGAGGCT--TG-----AA--T-----CAA--------A-AGTAGGCTTGAC-TAAGTTT-AATGGCCCTG
gi|3 : ctcACCAGTCTCAGGGGCTCTAAAAC--GTA-GACAA-G--CCCAC--GT---GTC----A------TCT-C---------------------AGTATGACTTTCACTATTTGT-T--T---C-----------G---T---------------T-------T--------CAT-------------------------------------AAAG---------------------T--GACT--T-----------------AA--------A-GGTGGGCTTGTC-TAATTTT-TTTAGCCCC
gi|4 : aGGCTCCAACGTGATAAAGC--GAA-GATGA-A--CACAC--TT---TTG----GCTGAAGTCT-C---------------------A---------------------T--T---C-----------T---TACAGAA---------TGAACAAATAG------TAA------------------A------------------AAAG---------------------T--GACTC-TA-----AAGTT-----AAA--------A-AATGAGCCCATC-AAAGTTT-CATatctacttgtat
gi|5 : atgctacaaaGGCTCTGG--CCATAAAAC--TTA-G-CAA-G--CTCAT--TT---TTG----ATAGAAGTCT-C---------------------A---------------------T--T---T-----------T---T---------------G-------TGAAAGGAATATATGGTG------------A------------------AAAA---------------------TGAGACT--TA-----GA--TAAAAAAAA--------A-AATGAGCACATC-TAAGTTT-TATGG
gi|6 : aactatTCAGGCCCCAAGGCCATAAAAC--TTA-AATT--GTTCTCAC--TT---T-G----A------TCT-T---------------------T---------------------C--T---C-----------TCATT---------------T-------T--------TAT------------------ATATTGAACAAATACTGAAAAAT---------------------TGAGCCT--GA-----GA--C-----TAA-----------GTGAGTTCATT-TAAGTTT-TATGGCCa
gi|7 : tCCATAAAAC--TCT-GAGAA-G--CTCATAATTATATTG----A------TCT-C---------------------AGTCTCAG--------------T--T---CATTAAATGTTAC---T---------------T-------C--------TAT------------------G------------------AAAG---------------------TGAGACT--TACAGTGGA--T-----CAC--------T-AATGCACTGGTC-CAAGTgcag
gi|8 : CGGGGCCACTAATC--TTA-GAGAA-C--CTTAC--TT---CTG----A------CCT-CAGTTTCACTTTTTCATTGTACA---------------------T--T---C-----------T---T---------------T-------C--------TAT------------------A------------------AAAG---------------------TGAGACT--TA-----GA--A-----AAA--------C-AATAAGCTTTTC-TAAGTTT-TATGACTCTGgtcaagtaccgggatcta
gi|9 : atgctcGGGGCCAGAAAAC--TT--GACA---------C--CT---GTG-----------TCT-C---------------------A----------------------------------------C---T---------------T-------T--------TAT------------------ACCAGGAACAAATAGTGAAAAAG---------------------TGAGACT--TA-----CA--T-----GAACAAAA---A-AG-GAGCTTGTC-AATGTTT-TATGGCTCC
blockSeqs : T GT C T TT AA ATA GCTGAAG CGATCAATCTCACTTTTATGAAAGGAACATGTAGTCAAAAAG TACAGTG GT AAAAAA CAAAA C . AC
blockSeqs : T . . . . . . ATAGAAG CATTCTCACTTTTATAAAAGAAACATTGAAGGAAACAGTGT TATA . C . . . A
blockSeqs : T . . . . . . CTCCA TTCTCTCATTTTTATATATTGAACAAATACTGAAAAAT CTA . T . . . C
blockSeqs : A . . . . . . A CAGTTTCACTTTTTCATTGTACATTCTTTCTATAAAAG TG . C . . . T
blockSeqs : T . . . . . . A CAGTATGACTTTCACTATTTGTTTCGTTTCATAAAG AA . T . . . T
blockSeqs : A . . . . . . T CAGTCTCAGTTCATTAAATGTTACTTCTATGAAAG TG . A . . . T
blockSeqs : A . . . . . . A TATTTTTACACTGTATGTTTGTTTTATAAAAG GA . T . . . T
blockSeqs : . . . . . . A CATTCTTACAGAATGAACAAATAGTAAAAAAG GA . A . . . C
blockSeqs : . . . . . . A CACTTTTATACCAGGAACAAATAGTGAAAAAG TG . C . . . T
blockSeqs : . . . . . . A CATTTTTGTGAAAGGAATATATGGTGAAAAA TC . A . . . T
blockSeqs : . . . . . . A TTTTAGAGAAGAAACAAATAATGTGAATT TG . C . . . A
blockSeqs : . . . . . . A GTATGATCCTTTTATAAAAG TA . C . . . T
blockSeqs : . . . . . . A AAATGCCCCTTTTATAAAAA TA . C . . . C
blockSeqs : . . . . . . A CTTCCTCTTATAAAAA TG . A . . . T
blockSeqs : . . . . . . A AAATCTTGCCTTAAG TA . T . . . T
blockSeqs : . . . . . . A TATAGTGAAAAAC GA . C . . . T
blockSeqs : . . . . . . TA . A . . . T
blockSeqs : . . . . . TA . G . . . .
blockSeqs : T . . . . .
blockSeqCons : ********
originalCons : ATCNGGCTCCGGGGCCATAAAAC--TTA-GACAA-G--CTCAC--TT---TTG----A------TCT-C---------------------A---------------------T--T---C-----------C---T---------------T-------T--------TAT------------------A------------------AAAG---------------------TGAGACT--TA-----GA--T-----NAA--------A-AGTGAGCTCGTC-TAAGTTT-TATGGCCCCG
finalCons : ATCNGGCTCCGGGGCCATAAAAC--TTA-GACAA-G--CTCAC--TT---TTG----A------TCT-C---------------------A---------------------T--T---C-----------C---T---------------T-------T--------TAT------------------A------------------AAAG---------------------TGAGACT--TA-----GA--T-----NAA--------A-AGTGAGCTCGTC-TAAGTTT-TATGGCCCCG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111
lowQualScore : 1 33 2 0 2 22 22 333 33333333333 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 666666666 22 666666 22222222 2 0 2 22
lowQualScore : . .. . . . .. .. ... ........... ...................................................................................................................................................................... ......... .. ...... ........ . . . ..
lowQualScore : 0 22 2 4 1 99 99 777 66666666666 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 000000000 88 777777 22222222 0 6 0 44
consensus : ATCNGGCTCCGGGGCCATAAAAC--TTA-GACAA-G--CTCAC--TT---TTG----A------TCT-C---------------------A---------------------T--T---C-----------C---T---------------T-------T--------TAT------------------A------------------AAAG---------------------TGAGACT--TA-----GA--T-----NAA--------A-AGTGAGCTCGTC-TAAGTTT-TATGGCCCCG
Reference ( family-1721 ) : ATCNGGCTCCGGGGCCATAAAAC--TTA-GACAA-G--CTCAC--TT---TTG----A------TCT-C---------------------A---------------------T--T---C-----------C---T---------------T-------T--------TAT------------------A------------------AAAG---------------------TGAGACT--TA-----GA--T-----NAA--------A-AGTGAGCTCGTC-TAAGTTT-TATGGCCCCG
gi|1 : CTGGGGCCATAGAAA--TTA-GACAA-T--CTTAC--TT---TTG----A------TCT-T---------------------ATTTTCTGTTTTTCGCTTTATGT--T---C-----------C---T---------------TA------T--------TATC-----------------A------------------AAAG---------------------TGAGACT--GG-----AA--T-----AAAAAATAAATA-AATAAGCTCGTCAAAAGTTT-CATGGTCCC
gi|10 : tggctttCAGGGCAAAGAAAC--TTC-GACAA-G--TTTAA--TT---TTGCTCCA------TCG-T---------------------A---------------------T--T---T-----------T---TACACTGTATGTTTGTT-------T--------TAT------------------A------------------AAAG---------------------TGTTACT--TG-----GA--T-----CAA--------ACCGTGGGCTTATC-TAA---T-AATGGCCCC
gi|11 : ggctctGGCCCCGGG-CAATAA--T--TTA-GACAA-G--TTCAC--------------------------------------------------------------------------------------------T---------------T-------T--------TAG------------------A------------------GAAGAAACAAATAATGTGAATT---TGAGACT--AA-----AA--T-----TAA--------A-TGTAACGTCATC-TAAATTT-CATTGCCGCG
gi|12 : atatcacaataCAGGCTACGGGGTCATGAAA-----A-GA-AA-G--GTCAA--TT---TTG----A------TCT-CGATCA----------------A---------------------TC-T---CA----------C---T---------------T-------T--------TATGAAAGGAACATGTAGTCAA------------------AAAG---------------------TGAGACT--TG-----CA--T-----CAA--------A-AGTGGGCACATC-T---TTT---TGGCCgggtc
gi|13 : ATCTGGCTCCGGGGCCATAAAATGTCTG-GACAG-A--CTCAC--TT---TTG----A------TCA-T---------------------A---------------------T--A---G------------------------------------------------TGA------------------A------------------AAAC---------------------TGAGACT--GA-----GA--T-----TAA--------A-AGTAAGTTCATC-TAAGTTTACATGACCCCG
gi|14 : acattgaaTCTGGCTCTGAT-CTGTAAATC--GGA-GAGGATG--CTCAC--CT---TTC----T------ACTGT---------------------A---------------------TGAT---C-----------C---T---------------T-------T--------TAT------------------A------------------AAAG---------------------TGAGACT--GA-----GA--T-----AAA--------A-AATGAGCTAGTT-TTAGTTT-TATGGCCCgg
gi|15 : acaaatATCTGGCTCCAGGGCCATAAAAC--TTACGACAA-G--CTCAC--TT---TAG----A------TCT-C-------------------------------------------T--T---C-----------C---T---------------C-------T--------TAT------------------A------------------AAAA---------------------CAAGACT--TG-----GA--T-----TAA--------A-AGTGAGCACATC-CAAGTTT-TATGGCCCCG
gi|16 : ATCAGGCTACGGGACGAAAAAGC--TTA--ATAA-G--TTTAC--TT---ATG----A------TCT-A---------------------A---------------------A--T---C-----------T---TGC-------------C-------T--------TA----------------------------------------AG---------------------TGGTACT--TC-----GA--T-----AAA--------A-AGTGAGCTCGTC-CAAGTTT-TATGGACCTGc
gi|17 : aag-GACAA-G--CTCA---TT---TTG----A------TCT-C---------------------A---------------------T--T---CTCA--------C---T---------------T-------T--------TAT------------------A------------------AAAGAAACATTGAAGGAAACAGTGTCGAGACCTATA-----GA--T-----CAG--------A-AATGAGCTTGTC-CAAGTTT-TATGGCCt
gi|18 : CAA-T--CTCAA--TT---TTC----A-------CT-A---------------------A---------------------A--TGCCC-----------C---T---------------T-------T--------TAT------------------A------------------AAAA---------------------TAAGACC--TG-----GA--T-----AAA--------A-AATGA-CT-ATC-TAAGATT-CACAACCC
gi|19 : agctctaATCTGGGCCCCGGGCCATAAAAG--TTT-GACGA-G--CTCAC--TG---TGG----A------TCT-C---------------------A---------------------G--T---C-----------C---C---------------T-------C--------Tggataaaa
gi|2 : a---------------------T--T---C-----------C---T---------------T-------T--------TAT------------------A------------------AA-G---------------------TGATACC--TA-----GA--T-----CAA--------A-AGTCAGGTTGTC-TAGATGT-TATTGCTCCt
gi|20 : actgtctctGTTCCAAAGCCATAAAAC--ATA-GAAGG-G--TTTAC--AT---TTG----A------TCT-cataattatggtgaaaccactgagagttggatacaaaaaaaggtgctctttcaagtttctggtcc
gi|20 : ------------------AAAG---------------------TGAGACT--TA-----GA--T-----CAA--------A-TGTAAACCCTTC-TATGTTT-TATGGCaagtctcacttt
gi|21 : gttccaaa------------------A------------------AATG---------------------TGAGGCT--TG-----AA--T-----CAA--------A-AGTAGGCTTGAC-TAAGTTT-AATGGCCCTG
gi|3 : ctcACCAGTCTCAGGGGCTCTAAAAC--GTA-GACAA-G--CCCAC--GT---GTC----A------TCT-C---------------------AGTATGACTTTCACTATTTGT-T--T---C-----------G---T---------------T-------T--------CAT-------------------------------------AAAG---------------------T--GACT--T-----------------AA--------A-GGTGGGCTTGTC-TAATTTT-TTTAGCCCC
gi|4 : aGGCTCCAACGTGATAAAGC--GAA-GATGA-A--CACAC--TT---TTG----GCTGAAGTCT-C---------------------A---------------------T--T---C-----------T---TACAGAA---------TGAACAAATAG------TAA------------------A------------------AAAG---------------------T--GACTC-TA-----AAGTT-----AAA--------A-AATGAGCCCATC-AAAGTTT-CATatctacttgtat
gi|5 : atgctacaaaGGCTCTGG--CCATAAAAC--TTA-G-CAA-G--CTCAT--TT---TTG----ATAGAAGTCT-C---------------------A---------------------T--T---T-----------T---T---------------G-------TGAAAGGAATATATGGTG------------A------------------AAAA---------------------TGAGACT--TA-----GA--TAAAAAAAA--------A-AATGAGCACATC-TAAGTTT-TATGG
gi|6 : aactatTCAGGCCCCAAGGCCATAAAAC--TTA-AATT--GTTCTCAC--TT---T-G----A------TCT-T---------------------T---------------------C--T---C-----------TCATT---------------T-------T--------TAT------------------ATATTGAACAAATACTGAAAAAT---------------------TGAGCCT--GA-----GA--C-----TAA-----------GTGAGTTCATT-TAAGTTT-TATGGCCa
gi|7 : tCCATAAAAC--TCT-GAGAA-G--CTCATAATTATATTG----A------TCT-C---------------------AGTCTCAG--------------T--T---CATTAAATGTTAC---T---------------T-------C--------TAT------------------G------------------AAAG---------------------TGAGACT--TACAGTGGA--T-----CAC--------T-AATGCACTGGTC-CAAGTgcag
gi|8 : CGGGGCCACTAATC--TTA-GAGAA-C--CTTAC--TT---CTG----A------CCT-CAGTTTCACTTTTTCATTGTACA---------------------T--T---C-----------T---T---------------T-------C--------TAT------------------A------------------AAAG---------------------TGAGACT--TA-----GA--A-----AAA--------C-AATAAGCTTTTC-TAAGTTT-TATGACTCTGgtcaagtaccgggatcta
gi|9 : atgctcGGGGCCAGAAAAC--TT--GACA---------C--CT---GTG-----------TCT-C---------------------A----------------------------------------C---T---------------T-------T--------TAT------------------ACCAGGAACAAATAGTGAAAAAG---------------------TGAGACT--TA-----CA--T-----GAACAAAA---A-AG-GAGCTTGTC-AATGTTT-TATGGCTCC