lowQualScore : 11 1 11 0 0 0 2 2222 11 111 0 0 11 11 0 11 0 1 1
lowQualScore : .. . .. . . . . .... .. ... . . .. .. . .. . . .
lowQualScore : 88 0 22 8 8 8 5 9999 11 555 8 8 11 11 8 11 8 9 0
consensus : NNNNNNTCTAAT--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGGA
Reference ( gi|1 ) : ATTAGTTCTAAT--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGGA
gi|3 : TCTATT--TCATTTT-TG--A-TCA-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCTAAT--TG-AAAAT-CA-TAGGA
gi|8 : CTAAT--TCATTTT--T--G-T-A-GTG----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG--AAAT-CA-TAGGA
gi|5 : CTACT--TCATTTT-AT--A-T-A-G-A----A--TT---A-AT-T--AT--TCT-AT--AG-AAATT-CA-TAGGAg
gi|4 : TAAT--TCATTTT-CT--A-T-A-G-GATTAA--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-GAAAT-CA-TAGGgc
gi|15 : TAAT--CCATTTT-CT--G---A-G-G----C--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGG
gi|34 : TAAT--TCATTTT-CT--G-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAA
gi|39 : TAAT--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-TT-T--AT--CCT-AT--TG-AA
gi|10 : TAAT--TCATTTT-CT--G-T-A-GAG----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAA
gi|16 : TAAT--TCATTTT-CT--ACT-A-G-G----A-------A-AT----AT--CCT-AT--TG-AAAAC-CG-TAGGAcacacata
gi|17 : TAAT--TCATTTT-AT--A-T-A-G-G----A--TG---A-AT-T--AT--CCT-AT--T--AAAAT-CA-TGG
gi|12 : TAATCATCATTTT-CT----T-A-G------A--TT---A-AT-T--AT--CCT-CT--TG--AAAT-CA-TAGGA
gi|24 : TAAT--TCATTTT-CTCTA-T-A-G--------------A-AT-C--AT--CCT-AC--TG-AAAAT-CA-TA
gi|30 : TAAT--TCATTTT-CT--G-C-A-GCG----A--TT---A-AT-A--TT--CCT-AT--TG-AAAA
gi|11 : AAT--TCATTTT-CT--G-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-GAAACACA-TAGGa
gi|7 : AAT--TCATTTTTCT--G-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--CG-AAAAT-CATTAGGA
gi|26 : AAT--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A-------A-A--T--AT---CT-AT--TG-AAAAC-CG-TAGGA
gi|9 : AAT--TCATTTT-CT--G-T-A-G-G----A--TT---AGAT-TTCAT--CC--AT--TG-AAAACACA-TAGG
gi|25 : AAT--TCATTT--CT--G-T-A-G-G----A--T----A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAACA-CA-TAG
gi|2 : AAT--TCATTTT-CT--G-T-TTG-G----A--TTTACA-ATGT--AT--CCT-ATCTTG-AAAAT-CA-TAGAA
gi|36 : AAA--TCATTTG-AT--A-T-A-G-G----A--GT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAA
gi|18 : AT--TCATTTT-CT--G-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGG
gi|13 : AT--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---G-AT-T--AT--CCT-AC--TG-AAAAT-CA-TAGGA
gi|19 : AT--TCATTTT-CT--G-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAG
gi|14 : AT--TAATTTT-CT--G-C-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCC-AT--TG-AAAGT-CA-TAGGAa
gi|6 : AT--TC-TTTT-CT--A-T-A-G-GGT--A--TT---A-AT-T--ATATCCT-AT--TG-AAAAC-CA-TAGGA
gi|28 : AT--TCATTTT-CT--G-T-A-G-G----A--TT---A-AT-A--TT--CCT-AT--TG-AAACA-CA-TA
gi|22 : T--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGG
gi|21 : T--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-C--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGG
gi|23 : T--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AG--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TGGG
gi|20 : --TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-CT--TG-AAAAT-CA-TAGGA
gi|27 : CATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--GCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAG
gi|31 : tgATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--T----A-AT-T--AT--CCT-AT---G-AAAAT-CA-TAGGA
gi|31 : ATTTT-C---A-T-A-G-G----A--T----A-AT-T--AT--CCT-AT--AG-AAAAT-g
gi|33 : TTTT-CT--G-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGGcataggag
gi|29 : TTT-CT--G-T-A-G-G----AGTTC---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAA
gi|35 : ttcaaaaTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGAAca
gi|32 : TT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-TAAAT-CA-TAGGA
gi|37 : T-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--CT-AAAAT-CA-TAGGAg
gi|38 : T-CT--A-T-A-G-G----A--TC---A-AG-T--AT--CCT-AT--TGAAAAAT-CA-TAGG
gi|40 : -CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGGA
gi|41 : -CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-TT-T--AT--TCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGGA
gi|48 : -CC--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--GG-AAAAT-CA-TAG
gi|46 : T--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TA-AAAAT-CA-TAGGA
gi|43 : T--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AA--TG-AAAAT-CA-TAGGA
gi|47 : T--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AG--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TGGGAg
gi|44 : T--A-T-A-G-G----A--TT---A-TT-T--AT--TCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGGA
gi|42 : T--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--C-T-AT--CG-AAAAT-CA-TAGGA
gi|45 : -T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGGAgt
Alignments
lowQualScore : 11 1 11 0 0 0 2 2222 11 111 0 0 11 11 0 11 0 1 1
lowQualScore : .. . .. . . . . .... .. ... . . .. .. . .. . . .
lowQualScore : 88 0 22 8 8 8 5 9999 11 555 8 8 11 11 8 11 8 9 0
consensus : NNNNNNTCTAAT--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGGA
Reference ( family-171 ) : NNNNNNTCTAAT--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGGA
gi|1 : TCTAAT--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGGA
gi|10 : attagtTAAT--TCATTTT-CT--G-T-A-GAG----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAA
gi|11 : AAT--TCATTTT-CT--G-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-GAAACACA-TAGGcacacata
gi|12 : TAATCATCATTTT-CT----T-A-G------A--TT---A-AT-T--AT--CCT-CT--TG--AAAT-CA-TAGGA
gi|13 : AT--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---G-AT-T--AT--CCT-AC--TG-AAAAT-CA-TAGGA
gi|14 : AT--TAATTTT-CT--G-C-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCC-AT--TG-AAAGT-CA-TAGGA
gi|15 : TAAT--CCATTTT-CT--G---A-G-G----C--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGG
gi|16 : TAAT--TCATTTT-CT--ACT-A-G-G----A-------A-AT----AT--CCT-AT--TG-AAAAC-CG-TAGGA
gi|17 : TAAT--TCATTTT-AT--A-T-A-G-G----A--TG---A-AT-T--AT--CCT-AT--T--AAAAT-CA-TGG
gi|18 : AT--TCATTTT-CT--G-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGG
gi|19 : AT--TCATTTT-CT--G-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAG
gi|2 : AAT--TCATTTT-CT--G-T-TTG-G----A--TTTACA-ATGT--AT--CCT-ATCTTG-AAAAT-CA-TAGAAa
gi|20 : --TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-CT--TG-AAAAT-CA-TAGGA
gi|21 : T--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-C--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGG
gi|22 : T--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGG
gi|23 : T--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AG--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TGGG
gi|24 : TAAT--TCATTTT-CTCTA-T-A-G--------------A-AT-C--AT--CCT-AC--TG-AAAAT-CA-TA
gi|25 : AAT--TCATTT--CT--G-T-A-G-G----A--T----A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAACA-CA-TAG
gi|26 : AAT--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A-------A-A--T--AT---CT-AT--TG-AAAAC-CG-TAGGA
gi|27 : CATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--GCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAG
gi|28 : tgAT--TCATTTT-CT--G-T-A-G-G----A--TT---A-AT-A--TT--CCT-AT--TG-AAACA-CA-TA
gi|29 : TTT-CT--G-T-A-G-G----AGTTC---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAA
gi|3 : ttcaaaaTCTATT--TCATTTT-TG--A-TCA-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCTAAT--TG-AAAAT-CA-TAGGAca
gi|30 : TAAT--TCATTTT-CT--G-C-A-GCG----A--TT---A-AT-A--TT--CCT-AT--TG-AAAA
gi|31 : ATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--T----A-AT-T--AT--CCT-AT---G-AAAAT-CA-TAGGAa
gi|32 : TT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-TAAAT-CA-TAGGAg
gi|33 : TTTT-CT--G-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGGg
gi|34 : TAAT--TCATTTT-CT--G-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAA
gi|35 : TT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGAA
gi|36 : AAA--TCATTTG-AT--A-T-A-G-G----A--GT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAA
gi|37 : T-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--CT-AAAAT-CA-TAGGA
gi|38 : T-CT--A-T-A-G-G----A--TC---A-AG-T--AT--CCT-AT--TGAAAAAT-CA-TAGG
gi|39 : TAAT--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-TT-T--AT--CCT-AT--TG-AA
gi|4 : TAAT--TCATTTT-CT--A-T-A-G-GATTAA--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-GAAAT-CA-TAGG
gi|40 : -CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGGA
gi|41 : -CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-TT-T--AT--TCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGGA
gi|42 : T--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--C-T-AT--CG-AAAAT-CA-TAGGA
gi|43 : T--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AA--TG-AAAAT-CA-TAGGAgt
gi|44 : T--A-T-A-G-G----A--TT---A-TT-T--AT--TCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGGAg
gi|45 : -T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGGA
gi|46 : gT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TA-AAAAT-CA-TAGGAg
gi|47 : T--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AG--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TGGGA
gi|48 : -CC--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--GG-AAAAT-CA-TAG
gi|5 : CTACT--TCATTTT-AT--A-T-A-G-A----A--TT---A-AT-T--AT--TCT-AT--AG-AAATT-CA-TAGGA
gi|6 : AT--TC-TTTT-CT--A-T-A-G-GGT--A--TT---A-AT-T--ATATCCT-AT--TG-AAAAC-CA-TAGGAgc
gi|7 : AAT--TCATTTTTCT--G-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--CG-AAAAT-CATTAGGA
gi|8 : CTAAT--TCATTTT--T--G-T-A-GTG----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG--AAAT-CA-TAGGA
gi|9 : AAT--TCATTTT-CT--G-T-A-G-G----A--TT---AGAT-TTCAT--CC--AT--TG-AAAACACA-TAGGg
Alignments
lowQualScore : 11 1 11 0 0 0 2 2222 11 111 0 0 11 11 0 11 0 1 1
lowQualScore : .. . .. . . . . .... .. ... . . .. .. . .. . . .
lowQualScore : 88 0 22 8 8 8 5 9999 11 555 8 8 11 11 8 11 8 9 0
consensus : NNNNNNTCTAAT--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGGA
Reference ( family-171 ) : NNNNNNTCTAAT--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGGA
gi|1 : TCTAAT--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGGA
gi|10 : attagtTAAT--TCATTTT-CT--G-T-A-GAG----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAA
gi|11 : AAT--TCATTTT-CT--G-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-GAAACACA-TAGGcacacata
gi|12 : TAATCATCATTTT-CT----T-A-G------A--TT---A-AT-T--AT--CCT-CT--TG--AAAT-CA-TAGGA
gi|13 : AT--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---G-AT-T--AT--CCT-AC--TG-AAAAT-CA-TAGGA
gi|14 : AT--TAATTTT-CT--G-C-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCC-AT--TG-AAAGT-CA-TAGGA
gi|15 : TAAT--CCATTTT-CT--G---A-G-G----C--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGG
gi|16 : TAAT--TCATTTT-CT--ACT-A-G-G----A-------A-AT----AT--CCT-AT--TG-AAAAC-CG-TAGGA
gi|17 : TAAT--TCATTTT-AT--A-T-A-G-G----A--TG---A-AT-T--AT--CCT-AT--T--AAAAT-CA-TGG
gi|18 : AT--TCATTTT-CT--G-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGG
gi|19 : AT--TCATTTT-CT--G-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAG
gi|2 : AAT--TCATTTT-CT--G-T-TTG-G----A--TTTACA-ATGT--AT--CCT-ATCTTG-AAAAT-CA-TAGAAa
gi|20 : --TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-CT--TG-AAAAT-CA-TAGGA
gi|21 : T--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-C--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGG
gi|22 : T--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGG
gi|23 : T--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AG--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TGGG
gi|24 : TAAT--TCATTTT-CTCTA-T-A-G--------------A-AT-C--AT--CCT-AC--TG-AAAAT-CA-TA
gi|25 : AAT--TCATTT--CT--G-T-A-G-G----A--T----A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAACA-CA-TAG
gi|26 : AAT--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A-------A-A--T--AT---CT-AT--TG-AAAAC-CG-TAGGA
gi|27 : CATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--GCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAG
gi|28 : tgAT--TCATTTT-CT--G-T-A-G-G----A--TT---A-AT-A--TT--CCT-AT--TG-AAACA-CA-TA
gi|29 : TTT-CT--G-T-A-G-G----AGTTC---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAA
gi|3 : ttcaaaaTCTATT--TCATTTT-TG--A-TCA-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCTAAT--TG-AAAAT-CA-TAGGAca
gi|30 : TAAT--TCATTTT-CT--G-C-A-GCG----A--TT---A-AT-A--TT--CCT-AT--TG-AAAA
gi|31 : ATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--T----A-AT-T--AT--CCT-AT---G-AAAAT-CA-TAGGAa
gi|32 : TT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-TAAAT-CA-TAGGAg
gi|33 : TTTT-CT--G-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGGg
gi|34 : TAAT--TCATTTT-CT--G-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAA
gi|35 : TT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGAA
gi|36 : AAA--TCATTTG-AT--A-T-A-G-G----A--GT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAA
gi|37 : T-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--CT-AAAAT-CA-TAGGA
gi|38 : T-CT--A-T-A-G-G----A--TC---A-AG-T--AT--CCT-AT--TGAAAAAT-CA-TAGG
gi|39 : TAAT--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-TT-T--AT--CCT-AT--TG-AA
gi|4 : TAAT--TCATTTT-CT--A-T-A-G-GATTAA--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-GAAAT-CA-TAGG
gi|40 : -CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGGA
gi|41 : -CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-TT-T--AT--TCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGGA
gi|42 : T--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--C-T-AT--CG-AAAAT-CA-TAGGA
gi|43 : T--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AA--TG-AAAAT-CA-TAGGAgt
gi|44 : T--A-T-A-G-G----A--TT---A-TT-T--AT--TCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGGAg
gi|45 : -T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGGA
gi|46 : gT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TA-AAAAT-CA-TAGGAg
gi|47 : T--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AG--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TGGGA
gi|48 : -CC--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--GG-AAAAT-CA-TAG
gi|5 : CTACT--TCATTTT-AT--A-T-A-G-A----A--TT---A-AT-T--AT--TCT-AT--AG-AAATT-CA-TAGGA
gi|6 : AT--TC-TTTT-CT--A-T-A-G-GGT--A--TT---A-AT-T--ATATCCT-AT--TG-AAAAC-CA-TAGGAgc
gi|7 : AAT--TCATTTTTCT--G-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--CG-AAAAT-CATTAGGA
gi|8 : CTAAT--TCATTTT--T--G-T-A-GTG----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG--AAAT-CA-TAGGA
gi|9 : AAT--TCATTTT-CT--G-T-A-G-G----A--TT---AGAT-TTCAT--CC--AT--TG-AAAACACA-TAGGg
blockSeqs : CA CT A ATTA GT TAC TC AT CT A
blockSeqs : . . C GT . . . . . A
blockSeqs : . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : NNNNNNTCTAAT--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGGA
finalCons : NNNNNNTCTAAT--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGGA
Alignments
lowQualScore : 11 1 11 0 0 0 2 2222 11 111 0 0 11 11 0 11 0 1 1
lowQualScore : .. . .. . . . . .... .. ... . . .. .. . .. . . .
lowQualScore : 88 0 22 8 8 8 5 9999 11 555 8 8 11 11 8 11 8 9 0
consensus : NNNNNNTCTAAT--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGGA
Reference ( family-171 ) : NNNNNNTCTAAT--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGGA
gi|1 : TCTAAT--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGGA
gi|10 : attagtTAAT--TCATTTT-CT--G-T-A-GAG----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAA
gi|11 : AAT--TCATTTT-CT--G-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-GAAACACA-TAGGcacacata
gi|12 : TAATCATCATTTT-CT----T-A-G------A--TT---A-AT-T--AT--CCT-CT--TG--AAAT-CA-TAGGA
gi|13 : AT--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---G-AT-T--AT--CCT-AC--TG-AAAAT-CA-TAGGA
gi|14 : AT--TAATTTT-CT--G-C-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCC-AT--TG-AAAGT-CA-TAGGA
gi|15 : TAAT--CCATTTT-CT--G---A-G-G----C--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGG
gi|16 : TAAT--TCATTTT-CT--ACT-A-G-G----A-------A-AT----AT--CCT-AT--TG-AAAAC-CG-TAGGA
gi|17 : TAAT--TCATTTT-AT--A-T-A-G-G----A--TG---A-AT-T--AT--CCT-AT--T--AAAAT-CA-TGG
gi|18 : AT--TCATTTT-CT--G-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGG
gi|19 : AT--TCATTTT-CT--G-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAG
gi|2 : AAT--TCATTTT-CT--G-T-TTG-G----A--TTTACA-ATGT--AT--CCT-ATCTTG-AAAAT-CA-TAGAAa
gi|20 : --TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-CT--TG-AAAAT-CA-TAGGA
gi|21 : T--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-C--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGG
gi|22 : T--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGG
gi|23 : T--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AG--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TGGG
gi|24 : TAAT--TCATTTT-CTCTA-T-A-G--------------A-AT-C--AT--CCT-AC--TG-AAAAT-CA-TA
gi|25 : AAT--TCATTT--CT--G-T-A-G-G----A--T----A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAACA-CA-TAG
gi|26 : AAT--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A-------A-A--T--AT---CT-AT--TG-AAAAC-CG-TAGGA
gi|27 : CATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--GCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAG
gi|28 : tgAT--TCATTTT-CT--G-T-A-G-G----A--TT---A-AT-A--TT--CCT-AT--TG-AAACA-CA-TA
gi|29 : TTT-CT--G-T-A-G-G----AGTTC---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAA
gi|3 : ttcaaaaTCTATT--TCATTTT-TG--A-TCA-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCTAAT--TG-AAAAT-CA-TAGGAca
gi|30 : TAAT--TCATTTT-CT--G-C-A-GCG----A--TT---A-AT-A--TT--CCT-AT--TG-AAAA
gi|31 : ATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--T----A-AT-T--AT--CCT-AT---G-AAAAT-CA-TAGGAa
gi|32 : TT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-TAAAT-CA-TAGGAg
gi|33 : TTTT-CT--G-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGGg
gi|34 : TAAT--TCATTTT-CT--G-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAA
gi|35 : TT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGAA
gi|36 : AAA--TCATTTG-AT--A-T-A-G-G----A--GT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAA
gi|37 : T-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--CT-AAAAT-CA-TAGGA
gi|38 : T-CT--A-T-A-G-G----A--TC---A-AG-T--AT--CCT-AT--TGAAAAAT-CA-TAGG
gi|39 : TAAT--TCATTTT-CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-TT-T--AT--CCT-AT--TG-AA
gi|4 : TAAT--TCATTTT-CT--A-T-A-G-GATTAA--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-GAAAT-CA-TAGG
gi|40 : -CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGGA
gi|41 : -CT--A-T-A-G-G----A--TT---A-TT-T--AT--TCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGGA
gi|42 : T--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--C-T-AT--CG-AAAAT-CA-TAGGA
gi|43 : T--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AA--TG-AAAAT-CA-TAGGAgt
gi|44 : T--A-T-A-G-G----A--TT---A-TT-T--AT--TCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGGAg
gi|45 : -T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TAGGA
gi|46 : gT--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TA-AAAAT-CA-TAGGAg
gi|47 : T--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AG--CCT-AT--TG-AAAAT-CA-TGGGA
gi|48 : -CC--A-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--GG-AAAAT-CA-TAG
gi|5 : CTACT--TCATTTT-AT--A-T-A-G-A----A--TT---A-AT-T--AT--TCT-AT--AG-AAATT-CA-TAGGA
gi|6 : AT--TC-TTTT-CT--A-T-A-G-GGT--A--TT---A-AT-T--ATATCCT-AT--TG-AAAAC-CA-TAGGAgc
gi|7 : AAT--TCATTTTTCT--G-T-A-G-G----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--CG-AAAAT-CATTAGGA
gi|8 : CTAAT--TCATTTT--T--G-T-A-GTG----A--TT---A-AT-T--AT--CCT-AT--TG--AAAT-CA-TAGGA
gi|9 : AAT--TCATTTT-CT--G-T-A-G-G----A--TT---AGAT-TTCAT--CC--AT--TG-AAAACACA-TAGGg