lowQualScore : 444444444444444444444444444444444444444 111111111111 44444444444 11111 111 11111111111 111111 1111 111 33333333333333 1111111 3333333 1111
lowQualScore : 2 2 2 4 55 22 4 22 4 333 555 2 4 33 000000000000000000000000000000000000000 2 2 000000000000 2 2 55555 888888888 55555555555 4 22 2 2 2 2 33 2 2 2 4 4 2 22222 222 2 444 33 8 2 33 2 44 9999 555 6 55555555555 3 9999 88888 44 44 3 3 77 7777 555 111111 2 0000 3 555 222 77 6 555 3 55555555555555 44 6 3 6 3 44 0000000 888 88 3 44 3 3 4444444 555 3 5555 555 88888 99 3 3 3 555 999999 3 3 3
lowQualScore : . . . . .. .. . .. . ... ... . . .. ....................................... . . ............ . . ..... ......... ........... . .. . . . . .. . . . . . . ..... ... . ... .. . . .. . .. .... ... . ........... . .... ..... .. .. . . .. .... ... ...... . .... . ... ... .. . ... . .............. .. . . . . .. ....... ... .. . .. . . ....... ... . .... ... ..... .. . . . ... ...... . . .
lowQualScore : 5 2 2 4 88 99 2 99 5 555 555 0 0 99 555555555555555555555555555555555555555 1 1 888888888888 1 2 66666 777777777 33333333333 0 88 0 0 0 2 11 2 2 2 4 4 2 88888 111 4 999 22 0 7 77 7 55 0000 888 7 00000000000 3 3333 22222 22 22 3 3 99 1111 888 555555 3 4444 3 888 555 99 7 888 3 00000000000000 22 2 1 2 1 22 0000000 555 55 1 22 1 1 6666666 444 1 0000 888 33333 22 3 3 3 888 666666 3 3 3
consensus : GGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---CGA-GCGG-C-GAAAA-C---C-A-CA-------------------------C--CC-TA-T------------T-T-TT-----T------C--AG--T----ATA-ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CC-T-AG-TTG-TGGA-A-A---G-AAT---AA-AA-GTT--GAAG-TA-TT--T-GATAAAGT-T--T-A---AT-AA----T--T---AC-AAATAAA--TTA---T-G--TT--C-T-T--G----CT---ATA--A---TCTC----T-A---TAT---CTT--CTGA-AG---A-A---GAG--------TCT--TG-T-AA-C-AA--A-------T---G--C-C--T-G-AGGA------TC---AAAAA-A----CC---T-----A--CT-T-A-AA---G------CTGA-CAAAA-TA-TGAGC
Reference ( gi|5 ) : GGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---CGA-GCGG-C-AAAAA-A---C-C-CA-------------------------C--CC-TA-T------------T-T-TT-----T------C--AG--T----ATG-ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CC-T-AG-TTG-TGGA-A-A---T-AAT---AA-AA-GTT--GAAG-TA-TT--T-GATAAAGT-T--T-A---AT-AA----T--T---AC-AAATAAA--TTA---T-G--TT--C-T-T--G----CT---ATA--A---TCTC----T-A---TAT---CTT--CTGA-AG---A-AT--GAA--------TCT--TG-T-AA-C-AA--A-------T---G--C-C--T-G-AGG-------TC---AAAAA-A----CC---T-----A--CT-T-A-AA---G------CTGA-CAAAA-TA-TGAGC
gi|3 : GGGCTCC-CAACTG-GGAC--CAAAAT--TTC-TTTT--CG-CA---CTTT---CAA-GCAG-C-GAGAACA---C-A-CA-------------------------T--CC-TA-T------------T-T-AT-----T------C--AG--T----ATATATCCATG-A--A-TAA-AT-GACTC-T-AG-TT--TGGA-A-A---G-AATTAAAA-AA-G-T--GAAGATA-TT--T-GATAAAG--T--T-A---AT-AA----T--T---CA-AAATAAA--TTA---TAG--TT--T-TCT--G----CT---ATA--A----CTCA---T-ATACTAT---CTT--CTGAGAG---A-A---GAG--------TCT--TG-T-AA-C-AA--A-------TG--G--C-CGTT-G-AGGA------TC---AAAAC-A----CC---T-----AACCT-T-A-AA---G------CTGA-CAAAA-TA-TGA
gi|9 : GGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CACA-T--TTC-TTTT--CG---------------A-GCTG-C-GAGA------T-T-CA-------------------------CA-CC-TA-T------------T-T-TT-----T------C--AG--TTT--AT--ATTCATG-A--A-T-A-------------G-TTA-TGGA-A-A---G-AAT---AA-AAAGTT--GAAG-TA-TT--T-GATAAAGT-T--TTG---AT-AAA---T--T---AC-AAATAAAG-TTA-----G--TT--C-A-T--G----CT---ATA--A---TTTTCTTAT-A---TAT---CTT--CTGA-AG---A-AA--GAG--------TCT--TG-T-AA-C--A--A-------T---G--C-C--T-G-AGGA------TC---AAAAA-A----CC---T-----A--CT-T-A-AA---G------CTGA-CAAAA-TATTGAG
gi|2 : GGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---CAA-GCAG-C-GAGAA-C---C-A-CATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CC-TA-T------------G-T-TT-----T------C--AG--T-----TA-ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCTT-AG-TT--TGGA-A-A---G-AATAA-AA-AA-G-T--GAAGATA--T--T-GATAAAGT-T--A-A---TT-AA----T--T---CA-AAATAAA--TTA---T-GTTTT--C-T-T--G----CT----TA--ACT-TCTA----T-A---TAT---CTT--CTGA-AG---A-A---GAG--------TCT--TG-T-AA-C-AA--A-------T---GGCC-T--T-G-AGGA------TC---AAAAC-A----CC---T-----AACCT-T-ACAA---G------CTGA-CAAAA-GA-TGAG
gi|15 : ccaGGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAGT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---TGA-GCGG-C-TAAAA-A---C-A-CA-------------------------C--CC-TA-T------------T-T-TG-----T------C--AGT-T----AT--ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CC-T-AG-TTG-TGGA-A-A---G-AATA--AA-AA-GTT--GAAG-TA-TT--T-
gi|14 : caGGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---CGA-GCAG-CTACTAC-A---C-A-CC-------------------------C--CC-TA-T------------T-T-TT-----T------C--AGT-T----AT--ATCCATG-A--A-T---AT-G--CC-T-AG--TG-TGGA-A-A---G-AAT---AA-AA-GTTTGAAAG-TATTT--T-GATA
gi|1 : caGGGCTTCACA-ATG-G-ACTGCTAAAT--TTC-TTTTTTCGCCA---CTTTTCGCGA-GCGGGC-AAAAA-AAAAC-CACA-------------------------C--CC-TA-T------------T-T-TTGTTTAT------C--AGT-T----ATATATCCATG-AATA-T-A-AT-G--CT-A-AGTTTG-TGGA-AGG---TGAAT---AA-AA------GAAG-TG-TTGGG-GAAAAAGT-TA-T-ATTTAT-AA----A--T---AC-AAA-ATA--TTA---T-G--TT--C-T-TTGG----CTATAATA--A---TCTT----T-A---TATG--CTTCCCTGA-AA---A-AT--AAGGT------TCTGGGG-T-AACC-AA--A-------TGGAG--CAG--T-G-GGGAGGAAAATA---AAAAA-A----AC---T-----A--GT-T-A-AA---G------CTGA-C-AAA-TA-TGA
gi|20 : aGGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTA-TTTT--CGCCA---CTTT---CGA-GCGG-C-AAAAA-C---C-A-TA-------------------------C--CC-T--T------------T-T-TT-----T------C--AAT-T----AT--ATCCACG-A--A-T-A-AT-G--CC-T-AG-TTG-TGGA-A-A---ag
gi|17 : aGGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAA--TCC-TTTT--CGCCA---ACTT---C-A-TCGA-T-GAAAA---------CA-------------------------CG-AC-TA-A------------T-T-TT-----T---------AG--C-----TA-ATCC-TGAA--A-T-A-AT-G--CC-T-AG-TTG-TGAAGA-A---T-A-----AA-AA-GTT--GA
gi|18 : caGGGCTCC-CA-CTG-G-AA--CAAAA---TCC-TTTT--CGCCA---ACTT---C-A-TCGA-T-GAAAA---------CA-------------------------CG-AC-TA-A------------T-T-TT-----T---------AG--C-----TA-ATCC-TGAA--A-T-A-AT-G--CC-T-AG-TTG-TGAAGA-A---T-A-----AA-AA-GTT--GAtg
gi|22 : aGGGCTCC-CA-CTG---AC--CAAA-T--TTC-TTTT--CGC-A---CTTT---TGA-GCGG-A-TGAAA-A---C-C--A-------------------------CA-CC-TA-T------------T-T-TT-----T------C--AAGTT----AT--ATACATG-A--A-C-A-tg
gi|25 : GGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAA-------------------A---CTTT---CGA-GCGG-C-GAAAA-C---T-A-CA-------------------------C--CC-TA-T------------T-
gi|16 : cgGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAC--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---CGA-GCGG-C-GAAAA-C---C-A-CA-------------------------C--CC-TA-T------------T-TATT-----T------T--AT--T----AT--ATCCATG-A--A-T-A-AT-G---C-T-AG-TTG-TGGA-A-A---G-AAT---AA-AA-GTT--GAAG-TA-TT--T-GA
gi|13 : GGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--ATC-CTTT--AGCCA---CTTT---CGA-TTGA-C-GAAAA-A---CAA-CG-------------------------A--CC-TA-T------------T-T-TT-----T---------AG--TC---ATA-CTCC-TG----A-T-A-AT-G--CC-T-AG--TG-T--A-A-A---T-TA----AA-AA-GTT--GAAG-T--TA--T-AAGAAAA--T--T-A---A-----------C---AC-AA--AAG--TTA---T-T--TT--
gi|6 : GCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---CGA-GCGG-C-AAAAA-C---C-A-CA-------------------------C--CC-TATT------------T-T-TT-----T------C--AGT-T----AT--ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CC-T-AG-TTG-TGGA-A-G---G-AAT---AA-AA------GAAG-TG-TT--G-GAAAAAGTAT--T-A---TA-AA----T--T---AC-AAAT--A--TTA---T-G--TT--C-T-T--G-----T---AT---A---TATC----T-A---TAT---CTT--CTGA-AG---A-AA--AAG--------TCT--TG-T-AA-C-AA--A-------T---G--C-G--T-G-AGG-------ATAAAAAAAA-A----CC---T-----A--GT-T-A-AA---G------CTGA-CAAAA-TA-TGAGCtataagataattattacgaaaaaaa
gi|11 : GCTCC-CA-CAG-G-AC--CAAAAT--TTC-TGTT--CGCCT---CTTT---CGA-GCGG-C-AAAAA-C---C-A-CA-------------------------C--CC-TA--------------T-T-TT-----T------C--AGT-T----AT--ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CC-T-AG-TTG-TGGA-A-A---G-AAT---AAGAA-GTT--GAAG-TA-TT--T-GATAAAGG-T--T-A---ATGAA----T--T---AC-AAATAAA--TTA---T-G--TT--C-T-T--G----TT---ATA--A---TATC----T-A---TAT---CTT--CTGA-A----------GAG--------TTT--TG-T-AA-C-AA--A-------T---G--C-C--T-G-AGGA------TC---AAAAA-A----
gi|24 : cacagcGCTCC-CA-GCGTG-CC--CAAAAT--TCCTTTTT--CG-CA---CTTT---CAAGGCGG-C-AAAAA-gc
gi|8 : agtA-TTG-G-ACGTCAAAAT--TTCCTTTT--CG-CA---CTTTC--CGA-GCGG-C-GCAAA-------C-AA-------------------------C--CC-TA-T------------T-C-TT-----T------C--CG--T----AT--AT-CATG----A-T-A-AC-T--AC-T-AT-ATA-TGG----T---T-GAT----A-TA-GTT--AAA------------ATAAAAT-TAAC-A---AC-CA----T--TCTGACAAAATAAA--TAA---A-A--AT--T-G-C--G----CT---ATA--T---TTTC----T-A---TA-----AT--TTGA-AA---AGAT--G-G--------TCT--TG-T-AA-C-AA--A-------T---GGAT-C--TGG-AGGA------TC---AAAAA-AAC--TC---T-----A--CT-TAA-AA---G------CTGA-CAAAACTA-
gi|21 : ggctgaA-CTG-GGAC--CAGATTGCTTC-GTTT--CGGCAGGCTTTT---CGA-GCGGGC-GAAA--------C-CA-------------------------CAGCC-TA-T------------T-T-TT-----TCGCGGCC--AG--T--------ATTCATG-A--A-T-A-a
gi|7 : C--CAACAT--TTC-TTTT-------------T---CGA-GCTG-C-GAGAT-T---C-A-CA-------------------------C--CCCTA-T------------TCT-TT-----T------C--AG--TT---AT--ATTCATG-A-----------------T-AG-TTGATGGA-A-A---G-AAT---AA-AAAGTT--GAAG-TA-TT--T-GATAAAGT-T--TGA---AT-AA----T--TC--AC--AATAAAAGTCT---C-G--TT--C-T-C--G----CT---ATA--ATTTTCTA----T-A---TAT---CTTC-CTGATAG---A-ACAAGAG--------TCT--TG-TAAA-CAAA--A-------T---G--C-C--T-G-AGG-------TA---TAAAA-ACT--CT---T-----A--CTGT-A-AA---GCTGAACCTGA-CAAAA-TA-TGAGCtggcc
gi|4 : A---CTTT---CGA-GCTG-C-AAAAA-C---A-C-CA-------------------------C--CC-TA-TCTTACTATTTTTT-T-TT-----T------CCCAG--TTATTATA-ATCCATG-A--AAT-A-CT-G--CC-TTAG-TTGGTGGA-A-G---G-AAT---AA-AA-A-----AAGATG-TT--T-GATAAAGT-T--T-A---AT-AA----ACAT---AC-AAATA----TTAAAAT-G--TTATC-T-TA-G----CT---ATAC-A---T-TC----T-A---TATT--CTT--CTGA-AG---A-A---AAAGT------TCT--TGAT-AA-C-AA--AATTAGTGT---G--A-C----G-GGA-------TC---AAAAA-AAAAACCATAT-----A--GT-T-A-AA---G------CTGA-CAAAA-TA-TGAG
gi|10 : cagATG-A--A-C-ACATTG--CC-T-AG-TTG-TGGA-A-AAAGT-AAT---AA-AA-ATT--GAAG-TA-TT--TTGATAAAGT-T--T-A---AT-AAATTAC--T---AC-AAATAA---TTA---T-G--TT--CCT-T--G----CT---ATA--A---TCTC----TTA---TATGCATTC--CTAC-AGTAAA-AT--GGAAAAAGCGTTCT--TG-T-AAAC-AACAA-------T---G--A-C--T-G-AGAA------TC---AAAAGTA----CT---TTCTACA--CT-T-A-AAAATG------CTGAACAAAA-TA-TGAGCaa
gi|12 : ttttcccttcaattttgaagccccga-A--A-T-A-AT-G--CC-T-AG-TAG-T-GA-A-A---G-AATA--AA-AA-GTT--GAAG-TA-TT--T-CAGAAAGT-T--T-A---ATAAA----T--T---AC-AAATA---------------TT--C-T-T--GATAATT---ATA--A---TTTC----T-A---CAT---CTT--CTGA-AG---A-AG--GAG--------TCT--CGTT-AA-C-AA--A-------T---G--C-C--T-GAAGA-------TC---AAAAA-A----CC---T-----A--AC-T-A-AA---G------CTGA-CAAAA-TA-TGTGCat
gi|19 : AATAAA--TTA---T-G--TT--C-T-T--G----CT---ATATAA---TCTC----T-G---TAT---CTT--CTGA-AG---A-A---AAA--------------G-T-AA-C-AG--A-------T---G--C-C--T-G-AGGA------TC---AAAAG-A----CC---T-----A--CT-T-A-AA---G------CTGA-CAAAA-TA-TGAGCg
gi|23 : --------TCT--TG-T-AA-C-AA--A-------T---G--C-C--T-G-AGGA------TC---AAAAA-A----AC---A-----A--CT-T-A-AA---G------CTGA-CAAAA-TA-TGAGCa
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222 111111111111 33333333 111 11 1111 111 22222222222 111111 1111
lowQualScore : 2 2 2 4 55 0 22 4 22 3 333 333 1 1 5 1 999999 0000000000000000000000000 2 2 000000000000 2 2 777777777777 22 55 11111111 3 22 1 1 1 2 22 4 666666 2 777 22 333 222 2 777 33 33 7 5 55 55 3 6 555 6 6666 7777 2 88888888 2 00 3 77 6666 555 999999 1 2222 555 111 44 22222222222 3 6 6 88888 555 5 5 2 2 33 77777 777 77 2 33 2 33 111111 33 2 0000 555 77777 88 3 3 3 555 888888 3 3 3
lowQualScore : . . . . .. . .. . .. . ... ... . . . . ...... ......................... . . ............ . . ............ .. .. ........ . .. . . . . .. . ...... . ... .. ... ... . ... .. .. . . .. .. . . ... . .... .... . ........ . .. . .. .... ... ...... . .... ... ... .. ........... . . . ..... ... . . . . .. ..... ... .. . .. . .. ...... .. . .... ... ..... .. . . . ... ...... . . .
lowQualScore : 4 1 1 2 55 4 88 0 88 8 333 333 9 9 7 9 666666 0000000000000000000000000 0 0 222222222222 0 1 555555555555 99 00 66666666 8 66 9 9 9 1 99 2 111111 1 999 99 999 888 2 666 11 11 5 0 99 33 1 2 444 2 5555 3333 9 66666666 9 77 1 33 5555 444 999999 4 7777 444 555 22 33333333333 1 2 2 99999 000 7 7 9 9 99 11111 999 99 9 99 9 99 111111 99 9 0000 444 77777 55 1 1 1 444 888888 1 1 1
consensus : GGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCGG-CG-AAAA----C-CACA-------------------------CCC-TA-T------------T-T-TT-----T------C--AG--T----ATATATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--G---AAT---AA-AA--GTT--G--AAG-TA-TT--TGATAAAGT-T-T-A---AT-A----A-T--TACA-AATA---AA--TTAT-GTT--CT-T--G----CT---ATA--A---TCTC----TA---TAT---CTT--CT-----------GA-AG-AA-GA--G--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---G--C-C--T-GA--GG------AT--CAAAAA-A----CC---T-----A--CT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAGC
Reference ( family-1685 ) : GGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCGG-CG-AAAA----C-CACA-------------------------CCC-TA-T------------T-T-TT-----T------C--AG--T----ATA-ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--G---AAT---AA-AA--GTT--G--AAG-TA-TT--TGATAAAGT-T-T-A---AT-A----A-T--TACA-AATA---AA--TTAT-GTT--CT-T--G----CT---ATA--A---TCTC----TA---TAT---CTT--CT-----------GA-AG-AA-GA--G--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---G--C-C--T-GA--GG------AT--CAAAAA-A----CC---T-----A--CT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAGC
gi|1 : GGGCTTCACA-ATG-G-ACTGCTAAAT--TTC-TTTTTTCGCCA---CTTTTCGC-GA-GCGGGCA-AAAAAAAAC-CACA-------------------------CCC-TA-T------------T-T-TTGTTTAT------C--AGT-T----ATATATCCATG-AATA-T-A-AT-G--CTA-A------GTTTG---TGGAAGGTG---AAT---AA-AA-------G--AAG-TG-TTGGGGAAAAAGT-TAT-ATTTAT-A----A-A--TACA-AA-A---TA--TTAT-GTT--CT-TTGG----CTATAATA--A---TCTT----TA---TATG--CTTCCCT-----------GA-AA-AA-TAAGG--TTCTGGGG-T-AACC-A--AA-----TGGAG--CAG--T-GG--GGAGGAAAAT--AAAAAA-A----AC---T-----A--GT-T-A-AA---G------CTG-AC-AAA-TA-TGA
gi|10 : aATG-A--A-C-ACATTG--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--AAGTAAT---AA-AA--ATT--G--AAG-TATTT--TGATAAAGT-T-T-A---AT-AAATTA-C--TACA-AAT----AA--TTAT-GTTC-CT-T--G----CT---ATA--A---TCTCT---TA---TATGCATTC--CTACAGTAAAATGGA-AA-AA-GC--GT-TCTT---G-TAAA-C-AACAA-----T---G--A-C--T-GA--GA------AT--CAAAAGTA----CT---TTCTACA--CT-T-A-AAAATG------CTGAACAAAA-TA-TGAGCag
gi|11 : ttttcccttcaattttgaagccccgaGCTCC-CA-CAG-G-AC--CAAAAT--TTC-TGTT--CGCCT---CTTT---C-GA-GCGG-CA-AAAA----C-CACA-------------------------CCC-TA--------------T-T-TT-----T------C--AG--T-----TATATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--G---AAT---AAGAA--GTT--G--AAG-TA-TT--TGATAAAGG-T-T-A---ATGA----A-T--TACA-AATA---AA--TTAT-GTT--CT-T--G----TT---ATA--A---TATC----TA---TAT---CTT--CT---------------G-AA-GA--G--TTTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---G--C-C--T-GA--GG------AT--CAAAAA-A----at
gi|12 : cacagc-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TAG---T-GAAA--G---AATA--AA-AA--GTT--G--AAG-TA-TT--TCAGAAAGT-T-T-A---ATAA----A-T--TACA-AATA-------------TT--CT-T--GATAATT---ATA--A---TTTC----TA---CAT---CTT--CT-----------GA-AG-AAGGA--G--TCTC---GTT-AA-C-A--AA-----T---G--C-C--T-GA--AG------AT--CAAAAA-A----CC---T-----A--AC-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGTGCgc
gi|13 : GGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--ATC-CTTT--AGCCA---CTTT---C-GA-TTGA-CGAAAAA----C-AACG-------------------------ACC-TA-T------------T-T-TT-----T---------AG--TC---ATA-CTCC-TG----A-T-A-AT-G--CCT-A------G--TG---T--AAA--T---TA----AA-AA--GTT--G--AAG-T--TA--TAAGAAAA--T-T-A---A------------CACA-A--A---AG--TTAT-TTT--g
gi|14 : GGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCAG-CT-ACTA----CACACC-------------------------CCC-TA-T------------T-T-TT-----T------C--AG--T-----TATATCCATG-A--A-T---AT-G--CCT-A------G--TG---TGGAAA--G---AAT---AA-AA--GTTTGA--AAG-TATTT--TGATAtataagataattattacgaaaaaaa
gi|15 : caGGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAGT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---T-GA-GCGG-CT-AAAA----A-CACA-------------------------CCC-TA-T------------T-T-TG-----T------C--AG--T-----TATATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--G---AATA--AA-AA--GTT--G--AAG-TA-TT--T
gi|16 : caGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAC--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCGG-CG-AAAA----C-CACA-------------------------CCC-TA-T------------T-TATT-----T------T--AT--T----AT--ATCCATG-A--A-T-A-AT-G---CT-A------G-TTG---TGGAAA--G---AAT---AA-AA--GTT--G--AAG-TA-TT--TGA
gi|17 : GGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAA--TCC-TTTT--CGCCA---ACTT---C--A-TCGA-TG-AAAA------CACG-------------------------ACT-AA-T------------T-T-TT---------------AG--C-----TA-ATCC-TGAA--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TG--AA--G---AATA--AA-AA--GTT--G--A
gi|18 : caGGGCTCC-CA-CTG-G-AA--CAAAA---TCC-TTTT--CGCCA---ACTT---C--A-TCGA-TG-AAAA------CACG-------------------------ACT-AA-T------------T-T-TT---------------AG--C-----TA-ATCC-TGAA--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TG--AA--G---AATA--AA-AA--GTT--G--Atg
gi|19 : a-AATA---AA--TTAT-GTT--CT-T--G----CT---ATATAA---TCTC----TG---TAT---CTT--CT-----------GA-AG-AA-AA--A---------G-T-AA-C-A--GA-----T---G--C-C--T-GA--GG------AT--CAAAAG-A----CC---T-----A--CT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAGCtg
gi|2 : GGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-AA-GCAG-CG-AGAA----C-CACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCC-TA-T------------G-T-TT-----T------C--AG--T-----TA-ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCTTA------G-TT----TGGAAA--G---AAT---AA-AAAAGT---G--AAGATA-TT---GATAAAGT-T-A-A---TT-A----A-T--TCAA-AATA---AA--TTAT-GTTTTCT-T--G----CT----TA--ACT-TCTA----TA---TAT---CTT--CT-----------GA-AG-AA-GA--G--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---GGCC-T--T-GA--GG------AT--CAAAAC-A----CC---T-----AACCT-T-ACAA---G------CTG-ACAAAA-GA-TGAGa
gi|20 : ccaGGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTA-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCGG-CA-AAAA----C-CATA-------------------------CCC-T--T------------T-T-TT-----T------C--AA--T-----TATATCCACG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--
gi|21 : aA-CTG-GGAC--CAGATTGCTTC-GTTT--CGGCAGGCTTTT---C-GA-GCGGGCG-AAA-----C-CACA-------------------------GCC-TA-T------------T-T-TT-----TCGCGGCC--AG--T--------ATTCATG-A--A-T-A-
gi|22 : GGGCTCC-CA-CTG---AC--CAAA-T--TTC-TTTT--CG-CA---CTTT---T-GA-GCGGATG-AAAA----C-CACA--------------------------CC-TA-T------------T-T-TT-----T------C--AAGTT----AT--ATACATG-A--A-C-A-tggcc
gi|23 : --TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---G--C-C--T-GA--GG------AT--CAAAAA-A----AC---A-----A--CT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAGC
gi|24 : GCTCC-CA-GCGTG-CC--CAAAAT--TCCTTTTT--CG-CA---CTTT---C-AAGGCGG-CA-AAAA----at
gi|25 : agtGGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAA----------------------CTTT---C-GA-GCGG-CG-AAAA----C-TACA-------------------------CCC-TA-T------------T-
gi|3 : cgGGGCTCC-CAACTG-GGAC--CAAAAT--TTC-TTTT--CG-CA---CTTT---C-AA-GCAG-CG-AGAA----CACACA-------------------------TCC-TA-T------------T-T-AT-----T------C--AG--T----ATATATCCATG-A--A-TAA-AT-GACTCT-A------G-TT----TGGAAA--G---AATTAAAA-AA--G-T--G--AAGATA-TT--TGATAAAG--T-T-A---AT-A----A-T--TCAA-AATA---AA--TTATAGTT--TTCT--G----CT---ATA--A----CTCA---TATACTAT---CTT--CT-----------GAGAG-AA-GA--G--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----TG--G--C-CGTT-GA--GG------AT--CAAAAC-A----CC---T-----AACCT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGA
gi|4 : A---CTTT---C-GA-GCTG-CA-AAAA----C-ACCA-------------------------CCC-TA-TCTTACTATTTTTT-T-TT-----T------CCCAG--TTATTATA-ATCCATG-A--AAT-A-CT-G--CCTTA------G-TTGG--TGGAAG--G---AAT---AA-AA--A-------AAGATG-TT--TGATAAAGT-T-T-A---AT-A----A-ACATACA-AATATTAAA----AT-GTTATCT-TA-G----CT---ATAC-A---T-TC----TA---TATT--CTT--CT-----------GA-AG-AA-AA--AGTTCTT---GAT-AA-C-A--AAATTAGT---G-------T-GACGGG------AT--CAAAAA-AAAAACCATAT-----A--GT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAG
gi|5 : cagGGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCGG-CA-AAAA----A-CCCA-------------------------CCC-TA-T------------T-T-TT-----T------C--AG--T----ATG-ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--T---AAT---AA-AA--GTT--G--AAG-TA-TT--TGATAAAGT-T-T-A---AT-A----A-T--TACA-AATA---AA--TTAT-GTT--CT-T--G----CT---ATA--A---TCTC----TA---TAT---CTT--CT-----------GA-AG-AATGA--A--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---G--C-C--T-GA--GG-------T--CAAAAA-A----CC---T-----A--CT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAGCaa
gi|6 : GCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCGG-CA-AAAA----C-CACA-------------------------CCC-TATT------------T-T-TT-----T------C--AG--T-----TATATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAG--G---AAT---AA-AA-------G--AAG-TG-TT--GGAAAAAGTAT-T-A---TA-A----A-T--TACA-AAT-----A--TTAT-GTT--CT-T--G-----T---AT---A---TATC----TA---TAT---CTT--CT-----------GA-AGAAA-AA--G--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---G--C-G--T-GA--GG------ATAAAAAAAA-A----CC---T-----A--GT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAGC
gi|7 : C--CAACAT--TTC-TTTT-------------T---C-GA-GCTG-CG-AGAT----T-CACA-------------------------CCCCTA-T------------TCT-TT-----T------C--AG--TT---ATA--TTCATG-A----------------T-A------G-TTGA--TGGAAA--G---AAT---AA-AAA-GTT--G--AAG-TA-TT--TGATAAAGT-T-TGA---AT-A----A-T--T-CACAATA---AAAGTCTC-GTT--CT-C--G----CT---ATA--ATTTTCTA----TA---TAT---CTT--CCTGATA------GA-AC-AA-GA--G--TCTT---G-TAAA-CAA--AA-----T---G--C-C--T-GA--GGT-----AT--AAAAAC-T----CT---T-----A--CTGT-A-AA---GCTGAACCTG-ACAAAA-TA-TGAGC
gi|8 : A-TTG-G-ACGTCAAAAT--TTCCTTTT--CGC-A---CTTT---CCGA-GCGG-CG-CAAA------CA-A-------------------------CCC-TA-T------------T-C-TT-----T------C--CG--T----ATA---TCATG----A-T-A-AC-T--ACT-ATATATGG-TTGATATAGTTA--A---AAT---AA-AA---TT--AACAAC-CA-TTC-TGACAA--------A---AT-A----A-A--TAAA-AAT-----------T-G-------C--G----CT---ATA--T---TTTC----TA---TA-----AT--TT-----------GA-A--AA-GATGG--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---GGAT-C--TGGA--GG------AT--CAAAAA-AAC--TC---T-----A--CT-TAA-AA---G------CTG-ACAAAACTA-
gi|9 : ggctgaGGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CACA-T--TTC-TTTT--CG----------------A-GCTG-CG-AGAT----T-CACA-------------------------CC--TA-T------------T-T-TT-----T------C--AG--T----TTATATTCATG-A--A-T-A------------------G-TTA---TGGAAA--G---AAT---AA-AAA-GTT--G--AAG-TA-TT--TGATAAAGT-T-TTG---AT-A----AAT--TACA-AATA---AAG-TTA--GTT--CA-T--G----CT---ATA--A---TTTTCTTATA---TAT---CTT--CT-----------GA-AGAAA-GA--G--TCTT---G-T-AA-C----AA-----T---G--C-C--T-GA--GG------AT--CAAAAA-A----CC---T-----A--CT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TATTGAGa
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222 111111111111 22222 111 11 1111 111 22222222222 111111 1111
lowQualScore : 2 2 2 4 55 0 22 4 22 1 333 333 1 1 5 1 999999 0000000000000000000000000 2 2 000000000000 2 2 55555555555 2 99999 3 3 22 1 1 1 2 22 4 666666 2 777 22 333 222 2 777 33 33 7 5 55 55 3 6 555 6 6666 7777 2 88888888 2 00 3 77 6666 555 999999 1 2222 555 111 44 22222222222 3 6 6 88888 555 5 5 2 2 33 77777 777 77 2 33 2 33 111111 33 2 0000 555 77777 88 3 3 3 555 888888 3 3 3
lowQualScore : . . . . .. . .. . .. . ... ... . . . . ...... ......................... . . ............ . . ........... . ..... . . .. . . . . .. . ...... . ... .. ... ... . ... .. .. . . .. .. . . ... . .... .... . ........ . .. . .. .... ... ...... . .... ... ... .. ........... . . . ..... ... . . . . .. ..... ... .. . .. . .. ...... .. . .... ... ..... .. . . . ... ...... . . .
lowQualScore : 4 1 1 2 55 4 88 0 88 2 333 333 9 9 7 9 666666 0000000000000000000000000 0 0 222222222222 0 1 44444444444 1 11111 9 8 66 9 9 9 1 99 2 111111 1 999 99 999 888 2 666 11 11 5 0 99 33 1 2 444 2 5555 3333 9 66666666 9 77 1 33 5555 444 999999 4 7777 444 555 22 33333333333 1 2 2 99999 000 7 7 9 9 99 11111 999 99 9 99 9 99 111111 99 9 0000 444 77777 55 1 1 1 444 888888 1 1 1
consensus : GGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCGG-CG-AAAA----C-CACA-------------------------CCC-TA-T------------T-T-TT-----T--C--AG-T-----TATATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--G---AAT---AA-AA--GTT--G--AAG-TA-TT--TGATAAAGT-T-T-A---AT-A----A-T--TACA-AATA---AA--TTAT-GTT--CT-T--G----CT---ATA--A---TCTC----TA---TAT---CTT--CT-----------GA-AG-AA-GA--G--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---G--C-C--T-GA--GG------AT--CAAAAA-A----CC---T-----A--CT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAGC
Reference ( family-1685 ) : GGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCGG-CG-AAAA----C-CACA-------------------------CCC-TA-T------------T-T-TT-----T--C--AG-T----ATATATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--G---AAT---AA-AA--GTT--G--AAG-TA-TT--TGATAAAGT-T-T-A---AT-A----A-T--TACA-AATA---AA--TTAT-GTT--CT-T--G----CT---ATA--A---TCTC----TA---TAT---CTT--CT-----------GA-AG-AA-GA--G--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---G--C-C--T-GA--GG------AT--CAAAAA-A----CC---T-----A--CT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAGC
gi|1 : GGGCTTCACA-ATG-G-ACTGCTAAAT--TTC-TTTTTTCGCCA---CTTTTCGC-GA-GCGGGCA-AAAAAAAAC-CACA-------------------------CCC-TA-T------------T-T-TTGTTTAT--C--AGTT----ATATATCCATG-AATA-T-A-AT-G--CTA-A------GTTTG---TGGAAGGTG---AAT---AA-AA-------G--AAG-TG-TTGGGGAAAAAGT-TAT-ATTTAT-A----A-A--TACA-AA-A---TA--TTAT-GTT--CT-TTGG----CTATAATA--A---TCTT----TA---TATG--CTTCCCT-----------GA-AA-AA-TAAGG--TTCTGGGG-T-AACC-A--AA-----TGGAG--CAG--T-GG--GGAGGAAAAT--AAAAAA-A----AC---T-----A--GT-T-A-AA---G------CTG-AC-AAA-TA-TGA
gi|10 : aATG-A--A-C-ACATTG--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--AAGTAAT---AA-AA--ATT--G--AAG-TATTT--TGATAAAGT-T-T-A---AT-AAATTA-C--TACA-AAT----AA--TTAT-GTTC-CT-T--G----CT---ATA--A---TCTCT---TA---TATGCATTC--CTACAGTAAAATGGA-AA-AA-GC--GT-TCTT---G-TAAA-C-AACAA-----T---G--A-C--T-GA--GA------AT--CAAAAGTA----CT---TTCTACA--CT-T-A-AAAATG------CTGAACAAAA-TA-TGAGCag
gi|11 : ttttcccttcaattttgaagccccgaGCTCC-CA-CAG-G-AC--CAAAAT--TTC-TGTT--CGCCT---CTTT---C-GA-GCGG-CA-AAAA----C-CACA-------------------------CCC-TA--------------T-T-TT-----T--C--AG-T-----TATATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--G---AAT---AAGAA--GTT--G--AAG-TA-TT--TGATAAAGG-T-T-A---ATGA----A-T--TACA-AATA---AA--TTAT-GTT--CT-T--G----TT---ATA--A---TATC----TA---TAT---CTT--CT---------------G-AA-GA--G--TTTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---G--C-C--T-GA--GG------AT--CAAAAA-A----at
gi|12 : cacagc-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TAG---T-GAAA--G---AATA--AA-AA--GTT--G--AAG-TA-TT--TCAGAAAGT-T-T-A---ATAA----A-T--TACA-AATA-------------TT--CT-T--GATAATT---ATA--A---TTTC----TA---CAT---CTT--CT-----------GA-AG-AAGGA--G--TCTC---GTT-AA-C-A--AA-----T---G--C-C--T-GA--AG------AT--CAAAAA-A----CC---T-----A--AC-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGTGCgc
gi|13 : GGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--ATC-CTTT--AGCCA---CTTT---C-GA-TTGA-CGAAAAA----C-AACG-------------------------ACC-TA-T------------T-T-TT-----T-----AG-T-----CATACTCCTG----A-T-A-AT-G--CCT-A------G--TG---T--AAA--T---TA----AA-AA--GTT--G--AAG-T--TA--TAAGAAAA--T-T-A---A------------CACA-A--A---AG--TTAT-TTT--g
gi|14 : GGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCAG-CT-ACTA----CACACC-------------------------CCC-TA-T------------T-T-TT-----T--C--AG-T-----TATATCCATG-A--A-T---AT-G--CCT-A------G--TG---TGGAAA--G---AAT---AA-AA--GTTTGA--AAG-TATTT--TGATAtataagataattattacgaaaaaaa
gi|15 : caGGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAGT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---T-GA-GCGG-CT-AAAA----A-CACA-------------------------CCC-TA-T------------T-T-TG-----T--C--AG-T-----TATATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--G---AATA--AA-AA--GTT--G--AAG-TA-TT--T
gi|16 : caGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAC--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCGG-CG-AAAA----C-CACA-------------------------CCC-TA-T------------T-TATT-----T--T--A--T-----TATATCCATG-A--A-T-A-AT-G---CT-A------G-TTG---TGGAAA--G---AAT---AA-AA--GTT--G--AAG-TA-TT--TGA
gi|17 : GGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAA--TCC-TTTT--CGCCA---ACTT---C--A-TCGA-TG-AAAA------CACG-------------------------ACT-AA-T------------T-T-TT-----------AG-C-----TA-ATCC-TGAA--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TG--AA--G---AATA--AA-AA--GTT--G--A
gi|18 : caGGGCTCC-CA-CTG-G-AA--CAAAA---TCC-TTTT--CGCCA---ACTT---C--A-TCGA-TG-AAAA------CACG-------------------------ACT-AA-T------------T-T-TT-----------AG-C-----TA-ATCC-TGAA--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TG--AA--G---AATA--AA-AA--GTT--G--Atg
gi|19 : a-AATA---AA--TTAT-GTT--CT-T--G----CT---ATATAA---TCTC----TG---TAT---CTT--CT-----------GA-AG-AA-AA--A---------G-T-AA-C-A--GA-----T---G--C-C--T-GA--GG------AT--CAAAAG-A----CC---T-----A--CT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAGCtg
gi|2 : GGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-AA-GCAG-CG-AGAA----C-CACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCC-TA-T------------G-T-TT-----T--C--AG-T-----TA-ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCTTA------G-TT----TGGAAA--G---AAT---AA-AAAAGT---G--AAGATA-TT---GATAAAGT-T-A-A---TT-A----A-T--TCAA-AATA---AA--TTAT-GTTTTCT-T--G----CT----TA--ACT-TCTA----TA---TAT---CTT--CT-----------GA-AG-AA-GA--G--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---GGCC-T--T-GA--GG------AT--CAAAAC-A----CC---T-----AACCT-T-ACAA---G------CTG-ACAAAA-GA-TGAGa
gi|20 : ccaGGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTA-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCGG-CA-AAAA----C-CATA-------------------------CCC-T--T------------T-T-TT-----T--C--AA-T-----TATATCCACG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--
gi|21 : aA-CTG-GGAC--CAGATTGCTTC-GTTT--CGGCAGGCTTTT---C-GA-GCGGGCG-AAA-----C-CACA-------------------------GCC-TA-T------------T-T-TT-----TCGC--GG-C----CAGTATTCATG-A--A-T-A-
gi|22 : GGGCTCC-CA-CTG---AC--CAAA-T--TTC-TTTT--CGC-A---CTTT---T-GA-GCGGATG-AAAA----C-CACA-------------------------CC--TA-T------------T-T-TT-----T--CA-AG-T-----TATATACATG-A--A-C-A-tggcc
gi|23 : --TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---G--C-C--T-GA--GG------AT--CAAAAA-A----AC---A-----A--CT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAGC
gi|24 : GCTCC-CA-GCGTG-CC--CAAAAT--TCCTTTTT--CG-CA---CTTT---C-AAGGCGG-CA-AAAA----at
gi|25 : agtGGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAA----------------------CTTT---C-GA-GCGG-CG-AAAA----C-TACA-------------------------CCC-TA-T------------T-
gi|3 : cgGGGCTCC-CAACTG-GGAC--CAAAAT--TTC-TTTT--CG-CA---CTTT---C-AA-GCAG-CG-AGAA----CACACA-------------------------TCC-TA-T------------T-T-AT-----T--C--AG-T----ATATATCCATG-A--A-TAA-AT-GACTCT-A------G-TT----TGGAAA--G---AATTAAAA-AA--G-T--G--AAGATA-TT--TGATAAAG--T-T-A---AT-A----A-T--TCAA-AATA---AA--TTATAGTT--TTCT--G----CT---ATA--A----CTCA---TATACTAT---CTT--CT-----------GAGAG-AA-GA--G--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----TG--G--C-CGTT-GA--GG------AT--CAAAAC-A----CC---T-----AACCT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGA
gi|4 : A---CTTT---C-GA-GCTG-CA-AAAA----C-ACCA-------------------------CCC-TA-TCTTACTATTTTTT-T-TT-----T--CCCAG-TTATTATA-ATCCATG-A--AAT-A-CT-G--CCTTA------G-TTGG--TGGAAG--G---AAT---AA-AA--A-------AAGATG-TT--TGATAAAGT-T-T-A---AT-A----A-ACATACA-AATATTAAA----AT-GTTATCT-TA-G----CT---ATAC-A---T-TC----TA---TATT--CTT--CT-----------GA-AG-AA-AA--AGTTCTT---GAT-AA-C-A--AAATTAGT---G-------T-GACGGG------AT--CAAAAA-AAAAACCATAT-----A--GT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAG
gi|5 : cagGGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCGG-CA-AAAA----A-CCCA-------------------------CCC-TA-T------------T-T-TT-----T--C--AG-T----ATG-ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--T---AAT---AA-AA--GTT--G--AAG-TA-TT--TGATAAAGT-T-T-A---AT-A----A-T--TACA-AATA---AA--TTAT-GTT--CT-T--G----CT---ATA--A---TCTC----TA---TAT---CTT--CT-----------GA-AG-AATGA--A--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---G--C-C--T-GA--GG-------T--CAAAAA-A----CC---T-----A--CT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAGCaa
gi|6 : GCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCGG-CA-AAAA----C-CACA-------------------------CCC-TATT------------T-T-TT-----T--C--AG-T-----TATATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAG--G---AAT---AA-AA-------G--AAG-TG-TT--GGAAAAAGTAT-T-A---TA-A----A-T--TACA-AAT-----A--TTAT-GTT--CT-T--G-----T---AT---A---TATC----TA---TAT---CTT--CT-----------GA-AGAAA-AA--G--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---G--C-G--T-GA--GG------ATAAAAAAAA-A----CC---T-----A--GT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAGC
gi|7 : C--CAACAT--TTC-TTTT-------------T---C-GA-GCTG-CG-AGAT----T-CACA-------------------------CCCCTA-T------------TCT-TT-----T--C--AG-T-----TATATTCATG-A----------------T-A------G-TTGA--TGGAAA--G---AAT---AA-AAA-GTT--G--AAG-TA-TT--TGATAAAGT-T-TGA---AT-A----A-T--T-CACAATA---AAAGTCTC-GTT--CT-C--G----CT---ATA--ATTTTCTA----TA---TAT---CTT--CCTGATA------GA-AC-AA-GA--G--TCTT---G-TAAA-CAA--AA-----T---G--C-C--T-GA--GGT-----AT--AAAAAC-T----CT---T-----A--CTGT-A-AA---GCTGAACCTG-ACAAAA-TA-TGAGC
gi|8 : A-TTG-G-ACGTCAAAAT--TTCCTTTT--CGC-A---CTTT---CCGA-GCGG-CG-CAAA------CA-A-------------------------CCC-TA-T------------T-C-TT-----T--C--CG-T----ATAT---CATG----A-T-A-AC-T--ACT-ATATATGG-TTGATATAGTTA--A---AAT---AA-AA---TT--AACAAC-CA-TTC-TGACAA--------A---AT-A----A-A--TAAA-AAT-----------T-G-------C--G----CT---ATA--T---TTTC----TA---TA-----AT--TT-----------GA-A--AA-GATGG--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---GGAT-C--TGGA--GG------AT--CAAAAA-AAC--TC---T-----A--CT-TAA-AA---G------CTG-ACAAAACTA-
gi|9 : ggctgaGGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CACA-T--TTC-TTTT--CG----------------A-GCTG-CG-AGAT----T-CACA-------------------------CC--TA-T------------T-T-TT-----T--C--AG-T----TTATATTCATG-A--A-T-A------------------G-TTA---TGGAAA--G---AAT---AA-AAA-GTT--G--AAG-TA-TT--TGATAAAGT-T-TTG---AT-A----AAT--TACA-AATA---AAG-TTA--GTT--CA-T--G----CT---ATA--A---TTTTCTTATA---TAT---CTT--CT-----------GA-AGAAA-GA--G--TCTT---G-T-AA-C----AA-----T---G--C-C--T-GA--GG------AT--CAAAAA-A----CC---T-----A--CT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TATTGAGa
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222 111111111111 111 11 1111 111 22222222222 111111 1111
lowQualScore : 2 2 2 4 55 0 22 4 22 3 333 333 1 1 5 1 999999 0000000000000000000000000 2 2 000000000000 2 2 55555555555 55 2 777777 3 22 1 1 1 2 22 4 666666 2 777 22 333 222 2 777 33 33 7 5 55 55 3 6 555 6 6666 7777 2 88888888 2 00 3 77 6666 555 999999 1 2222 555 111 44 22222222222 3 6 6 88888 555 5 5 2 2 33 77777 777 77 2 33 2 33 111111 33 2 0000 555 77777 88 3 3 3 555 888888 3 3 3
lowQualScore : . . . . .. . .. . .. . ... ... . . . . ...... ......................... . . ............ . . ........... .. . ...... . .. . . . . .. . ...... . ... .. ... ... . ... .. .. . . .. .. . . ... . .... .... . ........ . .. . .. .... ... ...... . .... ... ... .. ........... . . . ..... ... . . . . .. ..... ... .. . .. . .. ...... .. . .... ... ..... .. . . . ... ...... . . .
lowQualScore : 4 1 1 2 55 4 88 0 88 8 333 333 9 9 7 9 666666 0000000000000000000000000 0 0 222222222222 0 1 44444444444 00 1 444444 8 66 9 9 9 1 99 2 111111 1 999 99 999 888 2 666 11 11 5 0 99 33 1 2 444 2 5555 3333 9 66666666 9 77 1 33 5555 444 999999 4 7777 444 555 22 33333333333 1 2 2 99999 000 7 7 9 9 99 11111 999 99 9 99 9 99 111111 99 9 0000 444 77777 55 1 1 1 444 888888 1 1 1
consensus : GGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCGG-CG-AAAA----C-CACA-------------------------CCC-TA-T------------T-T-TT-----T--C--AGT--T-A-T----ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--G---AAT---AA-AA--GTT--G--AAG-TA-TT--TGATAAAGT-T-T-A---AT-A----A-T--TACA-AATA---AA--TTAT-GTT--CT-T--G----CT---ATA--A---TCTC----TA---TAT---CTT--CT-----------GA-AG-AA-GA--G--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---G--C-C--T-GA--GG------AT--CAAAAA-A----CC---T-----A--CT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAGC
Reference ( family-1685 ) : GGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCGG-CG-AAAA----C-CACA-------------------------CCC-TA-T------------T-T-TT-----T--C--AGT--T-A-T----ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--G---AAT---AA-AA--GTT--G--AAG-TA-TT--TGATAAAGT-T-T-A---AT-A----A-T--TACA-AATA---AA--TTAT-GTT--CT-T--G----CT---ATA--A---TCTC----TA---TAT---CTT--CT-----------GA-AG-AA-GA--G--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---G--C-C--T-GA--GG------AT--CAAAAA-A----CC---T-----A--CT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAGC
gi|1 : GGGCTTCACA-ATG-G-ACTGCTAAAT--TTC-TTTTTTCGCCA---CTTTTCGC-GA-GCGGGCA-AAAAAAAAC-CACA-------------------------CCC-TA-T------------T-T-TTGTTTAT--C--AGTTAT-A-T----ATCCATG-AATA-T-A-AT-G--CTA-A------GTTTG---TGGAAGGTG---AAT---AA-AA-------G--AAG-TG-TTGGGGAAAAAGT-TAT-ATTTAT-A----A-A--TACA-AA-A---TA--TTAT-GTT--CT-TTGG----CTATAATA--A---TCTT----TA---TATG--CTTCCCT-----------GA-AA-AA-TAAGG--TTCTGGGG-T-AACC-A--AA-----TGGAG--CAG--T-GG--GGAGGAAAAT--AAAAAA-A----AC---T-----A--GT-T-A-AA---G------CTG-AC-AAA-TA-TGA
gi|10 : aATG-A--A-C-ACATTG--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--AAGTAAT---AA-AA--ATT--G--AAG-TATTT--TGATAAAGT-T-T-A---AT-AAATTA-C--TACA-AAT----AA--TTAT-GTTC-CT-T--G----CT---ATA--A---TCTCT---TA---TATGCATTC--CTACAGTAAAATGGA-AA-AA-GC--GT-TCTT---G-TAAA-C-AACAA-----T---G--A-C--T-GA--GA------AT--CAAAAGTA----CT---TTCTACA--CT-T-A-AAAATG------CTGAACAAAA-TA-TGAGCag
gi|11 : ttttcccttcaattttgaagccccgaGCTCC-CA-CAG-G-AC--CAAAAT--TTC-TGTT--CGCCT---CTTT---C-GA-GCGG-CA-AAAA----C-CACA-------------------------CCC-TA--------------T-T-TT-----T--C--AGT--T-A-T----ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--G---AAT---AAGAA--GTT--G--AAG-TA-TT--TGATAAAGG-T-T-A---ATGA----A-T--TACA-AATA---AA--TTAT-GTT--CT-T--G----TT---ATA--A---TATC----TA---TAT---CTT--CT---------------G-AA-GA--G--TTTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---G--C-C--T-GA--GG------AT--CAAAAA-A----at
gi|12 : cacagc-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TAG---T-GAAA--G---AATA--AA-AA--GTT--G--AAG-TA-TT--TCAGAAAGT-T-T-A---ATAA----A-T--TACA-AATA-------------TT--CT-T--GATAATT---ATA--A---TTTC----TA---CAT---CTT--CT-----------GA-AG-AAGGA--G--TCTC---GTT-AA-C-A--AA-----T---G--C-C--T-GA--AG------AT--CAAAAA-A----CC---T-----A--AC-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGTGCgc
gi|13 : GGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--ATC-CTTT--AGCCA---CTTT---C-GA-TTGA-CGAAAAA----C-AACG-------------------------ACC-TA-T------------T-T-TT-----T-----AGT--C-A-T----ACTCCTG----A-T-A-AT-G--CCT-A------G--TG---T--AAA--T---TA----AA-AA--GTT--G--AAG-T--TA--TAAGAAAA--T-T-A---A------------CACA-A--A---AG--TTAT-TTT--g
gi|14 : GGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCAG-CT-ACTA----CACACC-------------------------CCC-TA-T------------T-T-TT-----T--C--AGT--T-A-T----ATCCATG-A--A-T---AT-G--CCT-A------G--TG---TGGAAA--G---AAT---AA-AA--GTTTGA--AAG-TATTT--TGATAtataagataattattacgaaaaaaa
gi|15 : caGGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAGT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---T-GA-GCGG-CT-AAAA----A-CACA-------------------------CCC-TA-T------------T-T-TG-----T--C--AGT--T-A-T----ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--G---AATA--AA-AA--GTT--G--AAG-TA-TT--T
gi|16 : caGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAC--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCGG-CG-AAAA----C-CACA-------------------------CCC-TA-T------------T-TATT-----T--T--A-T--T-A-T----ATCCATG-A--A-T-A-AT-G---CT-A------G-TTG---TGGAAA--G---AAT---AA-AA--GTT--G--AAG-TA-TT--TGA
gi|17 : GGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAA--TCC-TTTT--CGCCA---ACTT---C--A-TCGA-TG-AAAA------CACG-------------------------ACT-AA-T------------T-T-TT-----------AGC--T-A------ATCC-TGAA--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TG--AA--G---AATA--AA-AA--GTT--G--A
gi|18 : caGGGCTCC-CA-CTG-G-AA--CAAAA---TCC-TTTT--CGCCA---ACTT---C--A-TCGA-TG-AAAA------CACG-------------------------ACT-AA-T------------T-T-TT-----------AGC--T-A------ATCC-TGAA--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TG--AA--G---AATA--AA-AA--GTT--G--Atg
gi|19 : a-AATA---AA--TTAT-GTT--CT-T--G----CT---ATATAA---TCTC----TG---TAT---CTT--CT-----------GA-AG-AA-AA--A---------G-T-AA-C-A--GA-----T---G--C-C--T-GA--GG------AT--CAAAAG-A----CC---T-----A--CT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAGCtg
gi|2 : GGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-AA-GCAG-CG-AGAA----C-CACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCC-TA-T------------G-T-TT-----T--C--AGT--T-A------ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCTTA------G-TT----TGGAAA--G---AAT---AA-AAAAGT---G--AAGATA-TT---GATAAAGT-T-A-A---TT-A----A-T--TCAA-AATA---AA--TTAT-GTTTTCT-T--G----CT----TA--ACT-TCTA----TA---TAT---CTT--CT-----------GA-AG-AA-GA--G--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---GGCC-T--T-GA--GG------AT--CAAAAC-A----CC---T-----AACCT-T-ACAA---G------CTG-ACAAAA-GA-TGAGa
gi|20 : ccaGGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTA-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCGG-CA-AAAA----C-CATA-------------------------CCC-T--T------------T-T-TT-----T--C--AAT--T-A-T----ATCCACG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--
gi|21 : aA-CTG-GGAC--CAGATTGCTTC-GTTT--CGGCAGGCTTTT---C-GA-GCGGGCG-AAA-----C-CACA-------------------------GCC-TA-T------------T-T-TT-----TCGC--GGC--C-AGT----ATTCATG-A--A-T-A-
gi|22 : GGGCTCC-CA-CTG---AC--CAAA-T--TTC-TTTT--CG-CA---CTTT---T-GA-GCGGATG-AAAA----C-CACA--------------------------CC-TA-T------------T-T-TT-----T--CA-AGT--T-A-T----ATACATG-A--A-C-A-tggcc
gi|23 : --TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---G--C-C--T-GA--GG------AT--CAAAAA-A----AC---A-----A--CT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAGC
gi|24 : GCTCC-CA-GCGTG-CC--CAAAAT--TCCTTTTT--CG-CA---CTTT---C-AAGGCGG-CA-AAAA----at
gi|25 : agtGGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAA----------------------CTTT---C-GA-GCGG-CG-AAAA----C-TACA-------------------------CCC-TA-T------------T-
gi|3 : cgGGGCTCC-CAACTG-GGAC--CAAAAT--TTC-TTTT--CG-CA---CTTT---C-AA-GCAG-CG-AGAA----CACACA-------------------------TCC-TA-T------------T-T-AT-----T--C--AGTA-T-A-T----ATCCATG-A--A-TAA-AT-GACTCT-A------G-TT----TGGAAA--G---AATTAAAA-AA--G-T--G--AAGATA-TT--TGATAAAG--T-T-A---AT-A----A-T--TCAA-AATA---AA--TTATAGTT--TTCT--G----CT---ATA--A----CTCA---TATACTAT---CTT--CT-----------GAGAG-AA-GA--G--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----TG--G--C-CGTT-GA--GG------AT--CAAAAC-A----CC---T-----AACCT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGA
gi|4 : A---CTTT---C-GA-GCTG-CA-AAAA----C-ACCA-------------------------CCC-TA-TCTTACTATTTTTT-T-TT-----T--CCCAGT--T-A-TTATAATCCATG-A--AAT-A-CT-G--CCTTA------G-TTGG--TGGAAG--G---AAT---AA-AA--A-------AAGATG-TT--TGATAAAGT-T-T-A---AT-A----A-ACATACA-AATATTAAA----AT-GTTATCT-TA-G----CT---ATAC-A---T-TC----TA---TATT--CTT--CT-----------GA-AG-AA-AA--AGTTCTT---GAT-AA-C-A--AAATTAGT---G-------T-GACGGG------AT--CAAAAA-AAAAACCATAT-----A--GT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAG
gi|5 : cagGGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCGG-CA-AAAA----A-CCCA-------------------------CCC-TA-T------------T-T-TT-----T--C--AG---T-A-TG---ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--T---AAT---AA-AA--GTT--G--AAG-TA-TT--TGATAAAGT-T-T-A---AT-A----A-T--TACA-AATA---AA--TTAT-GTT--CT-T--G----CT---ATA--A---TCTC----TA---TAT---CTT--CT-----------GA-AG-AATGA--A--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---G--C-C--T-GA--GG-------T--CAAAAA-A----CC---T-----A--CT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAGCaa
gi|6 : GCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCGG-CA-AAAA----C-CACA-------------------------CCC-TATT------------T-T-TT-----T--C--AGT--T-A-T----ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAG--G---AAT---AA-AA-------G--AAG-TG-TT--GGAAAAAGTAT-T-A---TA-A----A-T--TACA-AAT-----A--TTAT-GTT--CT-T--G-----T---AT---A---TATC----TA---TAT---CTT--CT-----------GA-AGAAA-AA--G--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---G--C-G--T-GA--GG------ATAAAAAAAA-A----CC---T-----A--GT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAGC
gi|7 : C--CAACAT--TTC-TTTT-------------T---C-GA-GCTG-CG-AGAT----T-CACA-------------------------CCCCTA-T------------TCT-TT-----T--C--AGT--T-A-T----ATTCATG-A----------------T-A------G-TTGA--TGGAAA--G---AAT---AA-AAA-GTT--G--AAG-TA-TT--TGATAAAGT-T-TGA---AT-A----A-T--T-CACAATA---AAAGTCTC-GTT--CT-C--G----CT---ATA--ATTTTCTA----TA---TAT---CTT--CCTGATA------GA-AC-AA-GA--G--TCTT---G-TAAA-CAA--AA-----T---G--C-C--T-GA--GGT-----AT--AAAAAC-T----CT---T-----A--CTGT-A-AA---GCTGAACCTG-ACAAAA-TA-TGAGC
gi|8 : A-TTG-G-ACGTCAAAAT--TTCCTTTT--CGC-A---CTTT---CCGA-GCGG-CG-CAAA------CA-A-------------------------CCC-TA-T------------T-C-TT-----T--C--CG---T-A-T----AT-CATG----A-T-A-AC-T--ACT-ATATATGG-TTGATATAGTTA--A---AAT---AA-AA---TT--AACAAC-CA-TTC-TGACAA--------A---AT-A----A-A--TAAA-AAT-----------T-G-------C--G----CT---ATA--T---TTTC----TA---TA-----AT--TT-----------GA-A--AA-GATGG--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---GGAT-C--TGGA--GG------AT--CAAAAA-AAC--TC---T-----A--CT-TAA-AA---G------CTG-ACAAAACTA-
gi|9 : ggctgaGGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CACA-T--TTC-TTTT--CG----------------A-GCTG-CG-AGAT----T-CACA-------------------------CC--TA-T------------T-T-TT-----T--C--AGT--TTA-T----ATTCATG-A--A-T-A------------------G-TTA---TGGAAA--G---AAT---AA-AAA-GTT--G--AAG-TA-TT--TGATAAAGT-T-TTG---AT-A----AAT--TACA-AATA---AAG-TTA--GTT--CA-T--G----CT---ATA--A---TTTTCTTATA---TAT---CTT--CT-----------GA-AGAAA-GA--G--TCTT---G-T-AA-C----AA-----T---G--C-C--T-GA--GG------AT--CAAAAA-A----CC---T-----A--CT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TATTGAGa
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222 111111111111 111 11 1111 111 22222222222 111111 1111
lowQualScore : 2 2 2 4 55 0 22 4 22 3 333 333 1 1 5 1 999999 0000000000000000000000000 2 2 000000000000 2 2 55555555555 55 2 777777 3 22 1 1 1 2 22 4 666666 2 777 22 333 222 2 777 33 33 7 5 55 55 3 6 555 6 6666 7777 2 88888888 2 00 3 77 6666 555 999999 1 2222 555 111 44 22222222222 3 6 6 88888 555 5 5 2 2 33 77777 777 77 2 33 2 33 111111 33 2 0000 555 77777 88 3 3 3 555 888888 3 3 3
lowQualScore : . . . . .. . .. . .. . ... ... . . . . ...... ......................... . . ............ . . ........... .. . ...... . .. . . . . .. . ...... . ... .. ... ... . ... .. .. . . .. .. . . ... . .... .... . ........ . .. . .. .... ... ...... . .... ... ... .. ........... . . . ..... ... . . . . .. ..... ... .. . .. . .. ...... .. . .... ... ..... .. . . . ... ...... . . .
lowQualScore : 4 1 1 2 55 4 88 0 88 8 333 333 9 9 7 9 666666 0000000000000000000000000 0 0 222222222222 0 1 44444444444 00 1 444444 8 66 9 9 9 1 99 2 111111 1 999 99 999 888 2 666 11 11 5 0 99 33 1 2 444 2 5555 3333 9 66666666 9 77 1 33 5555 444 999999 4 7777 444 555 22 33333333333 1 2 2 99999 000 7 7 9 9 99 11111 999 99 9 99 9 99 111111 99 9 0000 444 77777 55 1 1 1 444 888888 1 1 1
consensus : GGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCGG-CG-AAAA----C-CACA-------------------------CCC-TA-T------------T-T-TT-----T--C--AGT--T-A-T----ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--G---AAT---AA-AA--GTT--G--AAG-TA-TT--TGATAAAGT-T-T-A---AT-A----A-T--TACA-AATA---AA--TTAT-GTT--CT-T--G----CT---ATA--A---TCTC----TA---TAT---CTT--CT-----------GA-AG-AA-GA--G--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---G--C-C--T-GA--GG------AT--CAAAAA-A----CC---T-----A--CT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAGC
Reference ( family-1685 ) : GGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCGG-CG-AAAA----C-CACA-------------------------CCC-TA-T------------T-T-TT-----T--C--AGT--T-A-T----ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--G---AAT---AA-AA--GTT--G--AAG-TA-TT--TGATAAAGT-T-T-A---AT-A----A-T--TACA-AATA---AA--TTAT-GTT--CT-T--G----CT---ATA--A---TCTC----TA---TAT---CTT--CT-----------GA-AG-AA-GA--G--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---G--C-C--T-GA--GG------AT--CAAAAA-A----CC---T-----A--CT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAGC
gi|1 : GGGCTTCACA-ATG-G-ACTGCTAAAT--TTC-TTTTTTCGCCA---CTTTTCGC-GA-GCGGGCA-AAAAAAAAC-CACA-------------------------CCC-TA-T------------T-T-TTGTTTAT--C--AGTTAT-A-T----ATCCATG-AATA-T-A-AT-G--CTA-A------GTTTG---TGGAAGGTG---AAT---AA-AA-------G--AAG-TG-TTGGGGAAAAAGT-TAT-ATTTAT-A----A-A--TACA-AA-A---TA--TTAT-GTT--CT-TTGG----CTATAATA--A---TCTT----TA---TATG--CTTCCCT-----------GA-AA-AA-TAAGG--TTCTGGGG-T-AACC-A--AA-----TGGAG--CAG--T-GG--GGAGGAAAAT--AAAAAA-A----AC---T-----A--GT-T-A-AA---G------CTG-AC-AAA-TA-TGA
gi|10 : aATG-A--A-C-ACATTG--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--AAGTAAT---AA-AA--ATT--G--AAG-TATTT--TGATAAAGT-T-T-A---AT-AAATTA-C--TACA-AAT----AA--TTAT-GTTC-CT-T--G----CT---ATA--A---TCTCT---TA---TATGCATTC--CTACAGTAAAATGGA-AA-AA-GC--GT-TCTT---G-TAAA-C-AACAA-----T---G--A-C--T-GA--GA------AT--CAAAAGTA----CT---TTCTACA--CT-T-A-AAAATG------CTGAACAAAA-TA-TGAGCag
gi|11 : ttttcccttcaattttgaagccccgaGCTCC-CA-CAG-G-AC--CAAAAT--TTC-TGTT--CGCCT---CTTT---C-GA-GCGG-CA-AAAA----C-CACA-------------------------CCC-TA--------------T-T-TT-----T--C--AGT--T-A-T----ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--G---AAT---AAGAA--GTT--G--AAG-TA-TT--TGATAAAGG-T-T-A---ATGA----A-T--TACA-AATA---AA--TTAT-GTT--CT-T--G----TT---ATA--A---TATC----TA---TAT---CTT--CT---------------G-AA-GA--G--TTTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---G--C-C--T-GA--GG------AT--CAAAAA-A----at
gi|12 : cacagc-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TAG---T-GAAA--G---AATA--AA-AA--GTT--G--AAG-TA-TT--TCAGAAAGT-T-T-A---ATAA----A-T--TACA-AATA-------------TT--CT-T--GATAATT---ATA--A---TTTC----TA---CAT---CTT--CT-----------GA-AG-AAGGA--G--TCTC---GTT-AA-C-A--AA-----T---G--C-C--T-GA--AG------AT--CAAAAA-A----CC---T-----A--AC-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGTGCgc
gi|13 : GGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--ATC-CTTT--AGCCA---CTTT---C-GA-TTGA-CGAAAAA----C-AACG-------------------------ACC-TA-T------------T-T-TT-----T-----AGT--C-A-T----ACTCCTG----A-T-A-AT-G--CCT-A------G--TG---T--AAA--T---TA----AA-AA--GTT--G--AAG-T--TA--TAAGAAAA--T-T-A---A------------CACA-A--A---AG--TTAT-TTT--g
gi|14 : GGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCAG-CT-ACTA----CACACC-------------------------CCC-TA-T------------T-T-TT-----T--C--AGT--T-A-T----ATCCATG-A--A-T---AT-G--CCT-A------G--TG---TGGAAA--G---AAT---AA-AA--GTTTGA--AAG-TATTT--TGATAtataagataattattacgaaaaaaa
gi|15 : caGGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAGT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---T-GA-GCGG-CT-AAAA----A-CACA-------------------------CCC-TA-T------------T-T-TG-----T--C--AGT--T-A-T----ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--G---AATA--AA-AA--GTT--G--AAG-TA-TT--T
gi|16 : caGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAC--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCGG-CG-AAAA----C-CACA-------------------------CCC-TA-T------------T-TATT-----T--T--A-T--T-A-T----ATCCATG-A--A-T-A-AT-G---CT-A------G-TTG---TGGAAA--G---AAT---AA-AA--GTT--G--AAG-TA-TT--TGA
gi|17 : GGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAA--TCC-TTTT--CGCCA---ACTT---C--A-TCGA-TG-AAAA------CACG-------------------------ACT-AA-T------------T-T-TT-----------AGC--T-A------ATCC-TGAA--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TG--AA--G---AATA--AA-AA--GTT--G--A
gi|18 : caGGGCTCC-CA-CTG-G-AA--CAAAA---TCC-TTTT--CGCCA---ACTT---C--A-TCGA-TG-AAAA------CACG-------------------------ACT-AA-T------------T-T-TT-----------AGC--T-A------ATCC-TGAA--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TG--AA--G---AATA--AA-AA--GTT--G--Atg
gi|19 : a-AATA---AA--TTAT-GTT--CT-T--G----CT---ATATAA---TCTC----TG---TAT---CTT--CT-----------GA-AG-AA-AA--A---------G-T-AA-C-A--GA-----T---G--C-C--T-GA--GG------AT--CAAAAG-A----CC---T-----A--CT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAGCtg
gi|2 : GGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-AA-GCAG-CG-AGAA----C-CACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCC-TA-T------------G-T-TT-----T--C--AGT--T-A------ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCTTA------G-TT----TGGAAA--G---AAT---AA-AAAAGT---G--AAGATA-TT---GATAAAGT-T-A-A---TT-A----A-T--TCAA-AATA---AA--TTAT-GTTTTCT-T--G----CT----TA--ACT-TCTA----TA---TAT---CTT--CT-----------GA-AG-AA-GA--G--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---GGCC-T--T-GA--GG------AT--CAAAAC-A----CC---T-----AACCT-T-ACAA---G------CTG-ACAAAA-GA-TGAGa
gi|20 : ccaGGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTA-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCGG-CA-AAAA----C-CATA-------------------------CCC-T--T------------T-T-TT-----T--C--AAT--T-A-T----ATCCACG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--
gi|21 : aA-CTG-GGAC--CAGATTGCTTC-GTTT--CGGCAGGCTTTT---C-GA-GCGGGCG-AAA-----C-CACA-------------------------GCC-TA-T------------T-T-TT-----TCGC--GGC--C-AGT----ATTCATG-A--A-T-A-
gi|22 : GGGCTCC-CA-CTG---AC--CAAA-T--TTC-TTTT--CG-CA---CTTT---T-GA-GCGGATG-AAAA----C-CACA--------------------------CC-TA-T------------T-T-TT-----T--CA-AGT--T-A-T----ATACATG-A--A-C-A-tggcc
gi|23 : --TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---G--C-C--T-GA--GG------AT--CAAAAA-A----AC---A-----A--CT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAGC
gi|24 : GCTCC-CA-GCGTG-CC--CAAAAT--TCCTTTTT--CG-CA---CTTT---C-AAGGCGG-CA-AAAA----at
gi|25 : agtGGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAA----------------------CTTT---C-GA-GCGG-CG-AAAA----C-TACA-------------------------CCC-TA-T------------T-
gi|3 : cgGGGCTCC-CAACTG-GGAC--CAAAAT--TTC-TTTT--CG-CA---CTTT---C-AA-GCAG-CG-AGAA----CACACA-------------------------TCC-TA-T------------T-T-AT-----T--C--AGTA-T-A-T----ATCCATG-A--A-TAA-AT-GACTCT-A------G-TT----TGGAAA--G---AATTAAAA-AA--G-T--G--AAGATA-TT--TGATAAAG--T-T-A---AT-A----A-T--TCAA-AATA---AA--TTATAGTT--TTCT--G----CT---ATA--A----CTCA---TATACTAT---CTT--CT-----------GAGAG-AA-GA--G--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----TG--G--C-CGTT-GA--GG------AT--CAAAAC-A----CC---T-----AACCT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGA
gi|4 : A---CTTT---C-GA-GCTG-CA-AAAA----C-ACCA-------------------------CCC-TA-TCTTACTATTTTTT-T-TT-----T--CCCAGT--T-A-TTATAATCCATG-A--AAT-A-CT-G--CCTTA------G-TTGG--TGGAAG--G---AAT---AA-AA--A-------AAGATG-TT--TGATAAAGT-T-T-A---AT-A----A-ACATACA-AATATTAAA----AT-GTTATCT-TA-G----CT---ATAC-A---T-TC----TA---TATT--CTT--CT-----------GA-AG-AA-AA--AGTTCTT---GAT-AA-C-A--AAATTAGT---G-------T-GACGGG------AT--CAAAAA-AAAAACCATAT-----A--GT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAG
gi|5 : cagGGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCGG-CA-AAAA----A-CCCA-------------------------CCC-TA-T------------T-T-TT-----T--C--AG---T-A-TG---ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--T---AAT---AA-AA--GTT--G--AAG-TA-TT--TGATAAAGT-T-T-A---AT-A----A-T--TACA-AATA---AA--TTAT-GTT--CT-T--G----CT---ATA--A---TCTC----TA---TAT---CTT--CT-----------GA-AG-AATGA--A--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---G--C-C--T-GA--GG-------T--CAAAAA-A----CC---T-----A--CT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAGCaa
gi|6 : GCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCGG-CA-AAAA----C-CACA-------------------------CCC-TATT------------T-T-TT-----T--C--AGT--T-A-T----ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAG--G---AAT---AA-AA-------G--AAG-TG-TT--GGAAAAAGTAT-T-A---TA-A----A-T--TACA-AAT-----A--TTAT-GTT--CT-T--G-----T---AT---A---TATC----TA---TAT---CTT--CT-----------GA-AGAAA-AA--G--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---G--C-G--T-GA--GG------ATAAAAAAAA-A----CC---T-----A--GT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAGC
gi|7 : C--CAACAT--TTC-TTTT-------------T---C-GA-GCTG-CG-AGAT----T-CACA-------------------------CCCCTA-T------------TCT-TT-----T--C--AGT--T-A-T----ATTCATG-A----------------T-A------G-TTGA--TGGAAA--G---AAT---AA-AAA-GTT--G--AAG-TA-TT--TGATAAAGT-T-TGA---AT-A----A-T--T-CACAATA---AAAGTCTC-GTT--CT-C--G----CT---ATA--ATTTTCTA----TA---TAT---CTT--CCTGATA------GA-AC-AA-GA--G--TCTT---G-TAAA-CAA--AA-----T---G--C-C--T-GA--GGT-----AT--AAAAAC-T----CT---T-----A--CTGT-A-AA---GCTGAACCTG-ACAAAA-TA-TGAGC
gi|8 : A-TTG-G-ACGTCAAAAT--TTCCTTTT--CGC-A---CTTT---CCGA-GCGG-CG-CAAA------CA-A-------------------------CCC-TA-T------------T-C-TT-----T--C--CG---T-A-T----AT-CATG----A-T-A-AC-T--ACT-ATATATGG-TTGATATAGTTA--A---AAT---AA-AA---TT--AACAAC-CA-TTC-TGACAA--------A---AT-A----A-A--TAAA-AAT-----------T-G-------C--G----CT---ATA--T---TTTC----TA---TA-----AT--TT-----------GA-A--AA-GATGG--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---GGAT-C--TGGA--GG------AT--CAAAAA-AAC--TC---T-----A--CT-TAA-AA---G------CTG-ACAAAACTA-
gi|9 : ggctgaGGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CACA-T--TTC-TTTT--CG----------------A-GCTG-CG-AGAT----T-CACA-------------------------CC--TA-T------------T-T-TT-----T--C--AGT--TTA-T----ATTCATG-A--A-T-A------------------G-TTA---TGGAAA--G---AAT---AA-AAA-GTT--G--AAG-TA-TT--TGATAAAGT-T-TTG---AT-A----AAT--TACA-AATA---AAG-TTA--GTT--CA-T--G----CT---ATA--A---TTTTCTTATA---TAT---CTT--CT-----------GA-AGAAA-GA--G--TCTT---G-T-AA-C----AA-----T---G--C-C--T-GA--GG------AT--CAAAAA-A----CC---T-----A--CT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TATTGAGa
blockSeqs : . A T G GT GC T . C GGC . C G G A CA TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN C T CTTACTATTTTT C A TCGC A T TTATA A . A A C T AC T TATATG . ATA . AGT TAA G AAG TG AC A T C TA . G . G AATT ACA C ATTAAA A TT C A ATAA . ATTT C CTTA TAC GCA . ACAGTAAAATG G A G AGT . T A . A AC ATTAG G GC . GT G CG T AA T AAAA ATA TCTAC AC G A C AAT CTGAAC A C T
blockSeqs : . . . G . . C . C . . . . A . CA . . . . . . TCCC . . GT A . . . . . . T . . G . . A . AG . . A T . T . T . A . AT . AAAAG . AT . . . . TAA A T . T . TGATA . A T TGG . A A . . . . . GA . . . . . . . AC . . AC . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . . C . . . . . . TCA . . TG . . . . . . . . . . A . . A . AG . . A . . G . . . . . C . AAAG . C . . . . ACT T A . . . . . . . GT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . . C . . . . . . TC . . T . . . . . . . . . . . . . A . A . . . . . T . . . . . T . AAA . . . . . . CA C . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . . A . . . . . . TC . . T . . . . . . . . . . . . . A . G . . . . . T . . . . . T . AAG . . . . . . A C . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . . C . . . . . . TC . . T . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T . . . . . T . AAA . . . . . . A C . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . . C . . . . . . TT . . T . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T . . . . . T . AAA . . . . . . A C . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . . C . . . . . . TC . . T . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T . . . . . T . AAA . . . . . . A A . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . . C . . . . . . TC . . T . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T . . . . . T . AAA . . . . . . A C . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . C . . . . . . TC . . T . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . T . AA . . . . . . A T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . . C . . . . . . TC . . T . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . T T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . . C . . . . . . TC . . T . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . . A . . . . . . TC . . T . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . TC . . T . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . TC . . T . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** ** *** C***** TC********* ** ** ** G** ** *** ** *** *** ** G**** *** *** ******
originalCons : GGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCGG-CG-AAAA----C-CACA-------------------------CCC-TA-T------------T-T-TT-----T--C--AGT--T-A-T----ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--G---AAT---AA-AA--GTT--G--AAG-TA-TT--TGATAAAGT-T-T-A---AT-A----A-T--TACA-AATA---AA--TTAT-GTT--CT-T--G----CT---ATA--A---TCTC----TA---TAT---CTT--CT-----------GA-AG-AA-GA--G--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---G--C-C--T-GA--GG------AT--CAAAAA-A----CC---T-----A--CT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAGC
finalCons : GGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCGG-CG-AAAAC-----CACA-------------------------CCC-TA-T------------T-T-TTTC---------AGT--T-A-T----ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--G---AAT---AA-AAG--TT--G--AAG-TA-TT--TGATAAAGT-T-T-A---AT-A----A-T--TACA-AATA---AA--TTAT-GTT--CT-T--G----CT---ATA--A---TCTC----TA---TAT---CTT--CT-----------GA-AG-AA-GAG----TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---G--C-C--T-GA--GG------AT--CAAAAA-A----CC---T-----A--CT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAGC
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222 111111111111 111 11 1111 111 22222222222 111111 1111
lowQualScore : 2 2 2 4 55 0 22 4 22 3 333 333 1 1 5 1 999999 0000000000000000000000000 2 2 000000000000 2 2 55555555555 55 2 777777 3 22 1 1 1 2 22 4 666666 2 777 22 333 222 2 777 33 33 7 5 55 55 3 6 555 6 6666 7777 2 88888888 2 00 3 77 6666 555 999999 1 2222 555 111 44 22222222222 3 6 6 88888 555 5 5 2 2 33 77777 777 77 2 33 2 33 111111 33 2 0000 555 77777 88 3 3 3 555 888888 3 3 3
lowQualScore : . . . . .. . .. . .. . ... ... . . . . ...... ......................... . . ............ . . ........... .. . ...... . .. . . . . .. . ...... . ... .. ... ... . ... .. .. . . .. .. . . ... . .... .... . ........ . .. . .. .... ... ...... . .... ... ... .. ........... . . . ..... ... . . . . .. ..... ... .. . .. . .. ...... .. . .... ... ..... .. . . . ... ...... . . .
lowQualScore : 4 1 1 2 55 4 88 0 88 8 333 333 9 9 7 9 666666 0000000000000000000000000 0 0 222222222222 0 1 44444444444 00 1 444444 8 66 9 9 9 1 99 2 111111 1 999 99 999 888 2 666 11 11 5 0 99 33 1 2 444 2 5555 3333 9 66666666 9 77 1 33 5555 444 999999 4 7777 444 555 22 33333333333 1 2 2 99999 000 7 7 9 9 99 11111 999 99 9 99 9 99 111111 99 9 0000 444 77777 55 1 1 1 444 888888 1 1 1
consensus : GGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCGG-CG-AAAA----C-CACA-------------------------CCC-TA-T------------T-T-TT-----T--C--AGT--T-A-T----ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--G---AAT---AA-AA--GTT--G--AAG-TA-TT--TGATAAAGT-T-T-A---AT-A----A-T--TACA-AATA---AA--TTAT-GTT--CT-T--G----CT---ATA--A---TCTC----TA---TAT---CTT--CT-----------GA-AG-AA-GA--G--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---G--C-C--T-GA--GG------AT--CAAAAA-A----CC---T-----A--CT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAGC
Reference ( family-1685 ) : GGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCGG-CG-AAAA----C-CACA-------------------------CCC-TA-T------------T-T-TT-----T--C--AGT--T-A-T----ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--G---AAT---AA-AA--GTT--G--AAG-TA-TT--TGATAAAGT-T-T-A---AT-A----A-T--TACA-AATA---AA--TTAT-GTT--CT-T--G----CT---ATA--A---TCTC----TA---TAT---CTT--CT-----------GA-AG-AA-GA--G--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---G--C-C--T-GA--GG------AT--CAAAAA-A----CC---T-----A--CT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAGC
gi|1 : GGGCTTCACA-ATG-G-ACTGCTAAAT--TTC-TTTTTTCGCCA---CTTTTCGC-GA-GCGGGCA-AAAAAAAAC-CACA-------------------------CCC-TA-T------------T-T-TTGTTTAT--C--AGTTAT-A-T----ATCCATG-AATA-T-A-AT-G--CTA-A------GTTTG---TGGAAGGTG---AAT---AA-AA-------G--AAG-TG-TTGGGGAAAAAGT-TAT-ATTTAT-A----A-A--TACA-AA-A---TA--TTAT-GTT--CT-TTGG----CTATAATA--A---TCTT----TA---TATG--CTTCCCT-----------GA-AA-AA-TAAGG--TTCTGGGG-T-AACC-A--AA-----TGGAG--CAG--T-GG--GGAGGAAAAT--AAAAAA-A----AC---T-----A--GT-T-A-AA---G------CTG-AC-AAA-TA-TGA
gi|10 : aATG-A--A-C-ACATTG--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--AAGTAAT---AA-AA--ATT--G--AAG-TATTT--TGATAAAGT-T-T-A---AT-AAATTA-C--TACA-AAT----AA--TTAT-GTTC-CT-T--G----CT---ATA--A---TCTCT---TA---TATGCATTC--CTACAGTAAAATGGA-AA-AA-GC--GT-TCTT---G-TAAA-C-AACAA-----T---G--A-C--T-GA--GA------AT--CAAAAGTA----CT---TTCTACA--CT-T-A-AAAATG------CTGAACAAAA-TA-TGAGCag
gi|11 : ttttcccttcaattttgaagccccgaGCTCC-CA-CAG-G-AC--CAAAAT--TTC-TGTT--CGCCT---CTTT---C-GA-GCGG-CA-AAAA----C-CACA-------------------------CCC-TA--------------T-T-TT-----T--C--AGT--T-A-T----ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--G---AAT---AAGAA--GTT--G--AAG-TA-TT--TGATAAAGG-T-T-A---ATGA----A-T--TACA-AATA---AA--TTAT-GTT--CT-T--G----TT---ATA--A---TATC----TA---TAT---CTT--CT---------------G-AA-GA--G--TTTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---G--C-C--T-GA--GG------AT--CAAAAA-A----at
gi|12 : cacagc-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TAG---T-GAAA--G---AATA--AA-AA--GTT--G--AAG-TA-TT--TCAGAAAGT-T-T-A---ATAA----A-T--TACA-AATA-------------TT--CT-T--GATAATT---ATA--A---TTTC----TA---CAT---CTT--CT-----------GA-AG-AAGGA--G--TCTC---GTT-AA-C-A--AA-----T---G--C-C--T-GA--AG------AT--CAAAAA-A----CC---T-----A--AC-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGTGCgc
gi|13 : GGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--ATC-CTTT--AGCCA---CTTT---C-GA-TTGA-CGAAAAA----C-AACG-------------------------ACC-TA-T------------T-T-TT-----T-----AGT--C-A-T----ACTCCTG----A-T-A-AT-G--CCT-A------G--TG---T--AAA--T---TA----AA-AA--GTT--G--AAG-T--TA--TAAGAAAA--T-T-A---A------------CACA-A--A---AG--TTAT-TTT--g
gi|14 : GGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCAG-CT-ACTA----CACACC-------------------------CCC-TA-T------------T-T-TT-----T--C--AGT--T-A-T----ATCCATG-A--A-T---AT-G--CCT-A------G--TG---TGGAAA--G---AAT---AA-AA--GTTTGA--AAG-TATTT--TGATAtataagataattattacgaaaaaaa
gi|15 : caGGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAGT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---T-GA-GCGG-CT-AAAA----A-CACA-------------------------CCC-TA-T------------T-T-TG-----T--C--AGT--T-A-T----ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--G---AATA--AA-AA--GTT--G--AAG-TA-TT--T
gi|16 : caGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAC--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCGG-CG-AAAA----C-CACA-------------------------CCC-TA-T------------T-TATT-----T--T--A-T--T-A-T----ATCCATG-A--A-T-A-AT-G---CT-A------G-TTG---TGGAAA--G---AAT---AA-AA--GTT--G--AAG-TA-TT--TGA
gi|17 : GGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAA--TCC-TTTT--CGCCA---ACTT---C--A-TCGA-TG-AAAA------CACG-------------------------ACT-AA-T------------T-T-TT-----------AGC--T-A------ATCC-TGAA--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TG--AA--G---AATA--AA-AA--GTT--G--A
gi|18 : caGGGCTCC-CA-CTG-G-AA--CAAAA---TCC-TTTT--CGCCA---ACTT---C--A-TCGA-TG-AAAA------CACG-------------------------ACT-AA-T------------T-T-TT-----------AGC--T-A------ATCC-TGAA--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TG--AA--G---AATA--AA-AA--GTT--G--Atg
gi|19 : a-AATA---AA--TTAT-GTT--CT-T--G----CT---ATATAA---TCTC----TG---TAT---CTT--CT-----------GA-AG-AA-AA--A---------G-T-AA-C-A--GA-----T---G--C-C--T-GA--GG------AT--CAAAAG-A----CC---T-----A--CT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAGCtg
gi|2 : GGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-AA-GCAG-CG-AGAA----C-CACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCC-TA-T------------G-T-TT-----T--C--AGT--T-A------ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCTTA------G-TT----TGGAAA--G---AAT---AA-AAAAGT---G--AAGATA-TT---GATAAAGT-T-A-A---TT-A----A-T--TCAA-AATA---AA--TTAT-GTTTTCT-T--G----CT----TA--ACT-TCTA----TA---TAT---CTT--CT-----------GA-AG-AA-GA--G--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---GGCC-T--T-GA--GG------AT--CAAAAC-A----CC---T-----AACCT-T-ACAA---G------CTG-ACAAAA-GA-TGAGa
gi|20 : ccaGGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTA-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCGG-CA-AAAA----C-CATA-------------------------CCC-T--T------------T-T-TT-----T--C--AAT--T-A-T----ATCCACG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--
gi|21 : aA-CTG-GGAC--CAGATTGCTTC-GTTT--CGGCAGGCTTTT---C-GA-GCGGGCG-AAA-----C-CACA-------------------------GCC-TA-T------------T-T-TT-----TCGC--GGC--C-AGT----ATTCATG-A--A-T-A-
gi|22 : GGGCTCC-CA-CTG---AC--CAAA-T--TTC-TTTT--CG-CA---CTTT---T-GA-GCGGATG-AAAA----C-CACA--------------------------CC-TA-T------------T-T-TT-----T--CA-AGT--T-A-T----ATACATG-A--A-C-A-tggcc
gi|23 : --TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---G--C-C--T-GA--GG------AT--CAAAAA-A----AC---A-----A--CT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAGC
gi|24 : GCTCC-CA-GCGTG-CC--CAAAAT--TCCTTTTT--CG-CA---CTTT---C-AAGGCGG-CA-AAAA----at
gi|25 : agtGGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAA----------------------CTTT---C-GA-GCGG-CG-AAAA----C-TACA-------------------------CCC-TA-T------------T-
gi|3 : cgGGGCTCC-CAACTG-GGAC--CAAAAT--TTC-TTTT--CG-CA---CTTT---C-AA-GCAG-CG-AGAA----CACACA-------------------------TCC-TA-T------------T-T-AT-----T--C--AGTA-T-A-T----ATCCATG-A--A-TAA-AT-GACTCT-A------G-TT----TGGAAA--G---AATTAAAA-AA--G-T--G--AAGATA-TT--TGATAAAG--T-T-A---AT-A----A-T--TCAA-AATA---AA--TTATAGTT--TTCT--G----CT---ATA--A----CTCA---TATACTAT---CTT--CT-----------GAGAG-AA-GA--G--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----TG--G--C-CGTT-GA--GG------AT--CAAAAC-A----CC---T-----AACCT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGA
gi|4 : A---CTTT---C-GA-GCTG-CA-AAAA----C-ACCA-------------------------CCC-TA-TCTTACTATTTTTT-T-TT-----T--CCCAGT--T-A-TTATAATCCATG-A--AAT-A-CT-G--CCTTA------G-TTGG--TGGAAG--G---AAT---AA-AA--A-------AAGATG-TT--TGATAAAGT-T-T-A---AT-A----A-ACATACA-AATATTAAA----AT-GTTATCT-TA-G----CT---ATAC-A---T-TC----TA---TATT--CTT--CT-----------GA-AG-AA-AA--AGTTCTT---GAT-AA-C-A--AAATTAGT---G-------T-GACGGG------AT--CAAAAA-AAAAACCATAT-----A--GT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAG
gi|5 : cagGGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCGG-CA-AAAA----A-CCCA-------------------------CCC-TA-T------------T-T-TT-----T--C--AG---T-A-TG---ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAA--T---AAT---AA-AA--GTT--G--AAG-TA-TT--TGATAAAGT-T-T-A---AT-A----A-T--TACA-AATA---AA--TTAT-GTT--CT-T--G----CT---ATA--A---TCTC----TA---TAT---CTT--CT-----------GA-AG-AATGA--A--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---G--C-C--T-GA--GG-------T--CAAAAA-A----CC---T-----A--CT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAGCaa
gi|6 : GCTCC-CA-CTG-G-AC--CAAAAT--TTC-TTTT--CGCCA---CTTT---C-GA-GCGG-CA-AAAA----C-CACA-------------------------CCC-TATT------------T-T-TT-----T--C--AGT--T-A-T----ATCCATG-A--A-T-A-AT-G--CCT-A------G-TTG---TGGAAG--G---AAT---AA-AA-------G--AAG-TG-TT--GGAAAAAGTAT-T-A---TA-A----A-T--TACA-AAT-----A--TTAT-GTT--CT-T--G-----T---AT---A---TATC----TA---TAT---CTT--CT-----------GA-AGAAA-AA--G--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---G--C-G--T-GA--GG------ATAAAAAAAA-A----CC---T-----A--GT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TA-TGAGC
gi|7 : C--CAACAT--TTC-TTTT-------------T---C-GA-GCTG-CG-AGAT----T-CACA-------------------------CCCCTA-T------------TCT-TT-----T--C--AGT--T-A-T----ATTCATG-A----------------T-A------G-TTGA--TGGAAA--G---AAT---AA-AAA-GTT--G--AAG-TA-TT--TGATAAAGT-T-TGA---AT-A----A-T--T-CACAATA---AAAGTCTC-GTT--CT-C--G----CT---ATA--ATTTTCTA----TA---TAT---CTT--CCTGATA------GA-AC-AA-GA--G--TCTT---G-TAAA-CAA--AA-----T---G--C-C--T-GA--GGT-----AT--AAAAAC-T----CT---T-----A--CTGT-A-AA---GCTGAACCTG-ACAAAA-TA-TGAGC
gi|8 : A-TTG-G-ACGTCAAAAT--TTCCTTTT--CGC-A---CTTT---CCGA-GCGG-CG-CAAA------CA-A-------------------------CCC-TA-T------------T-C-TT-----T--C--CG---T-A-T----AT-CATG----A-T-A-AC-T--ACT-ATATATGG-TTGATATAGTTA--A---AAT---AA-AA---TT--AACAAC-CA-TTC-TGACAA--------A---AT-A----A-A--TAAA-AAT-----------T-G-------C--G----CT---ATA--T---TTTC----TA---TA-----AT--TT-----------GA-A--AA-GATGG--TCTT---G-T-AA-C-A--AA-----T---GGAT-C--TGGA--GG------AT--CAAAAA-AAC--TC---T-----A--CT-TAA-AA---G------CTG-ACAAAACTA-
gi|9 : ggctgaGGGCTCC-CA-CTG-G-AC--CACA-T--TTC-TTTT--CG----------------A-GCTG-CG-AGAT----T-CACA-------------------------CC--TA-T------------T-T-TT-----T--C--AGT--TTA-T----ATTCATG-A--A-T-A------------------G-TTA---TGGAAA--G---AAT---AA-AAA-GTT--G--AAG-TA-TT--TGATAAAGT-T-TTG---AT-A----AAT--TACA-AATA---AAG-TTA--GTT--CA-T--G----CT---ATA--A---TTTTCTTATA---TAT---CTT--CT-----------GA-AGAAA-GA--G--TCTT---G-T-AA-C----AA-----T---G--C-C--T-GA--GG------AT--CAAAAA-A----CC---T-----A--CT-T-A-AA---G------CTG-ACAAAA-TATTGAGa