lowQualScore : 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 4 1 333 1 55555 3 4 4 111 2222 1 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7777777 2 2 33 666666 2 5555 1 1 11 66666666666666666666666 333333333333 11 333 333 1 444444444444444444444444444444444444444444444444 2222 777777777777777777 1 2222 1 111111 1 22222 1 2222 1 1 44444444444 22 1 11 1 222 1 444444444444444444 11111 111 111 1 1 6666666666 2 11 1 1 1 3333 22 333333 4444444 1111 333 11 33333 444444 4444444444444444444444444 1 3333333 111111 999999999999999999999999999999999999999999 11111 11 2 1 1 1 222 1 3333 1 4
lowQualScore : 5 0 7 777 3 66666 1 0 7 0 6 666 1111 3 6 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 6 6 66 999999 8 6 3333 3 6 3 88 99 99999999999999999999999 6 99 6 000000000000 55 5 999 000 6 3 111111111111111111111111111111111111111111111111 6666 777777777777777777 6 3 3 1 4444 1 333333 0 66666 8 0 5555 6 6 5 99999999999 22 8 6 11 2 222 7 7 7 3 111111111111111111 77777 666 888 1 8 9999999999 99 3 11 6 6 9 5 4444 66 33 0 222222 4444444 5555 666 777 5 33 55555 888 111111 5 5 2222222222222222222222222 5 0 5555555 222222 111111111111111111111111111111111111111111 22222 33 0 0 5 0 0 5 0 777 0 5 6666 33 6 8 0
lowQualScore : . . . ... . ..... . . . . . ... .... . . .............................................................................................................................................................. ....... . . .. ...... . . .... . . . .. .. ....................... . .. . ............ .. . ... ... . . ................................................ .... .................. . . . . .... . ...... . ..... . . .... . . . ........... .. . . .. . ... . . . . .................. ..... ... ... . . .......... .. . .. . . . . .... .. .. . ...... ....... .... ... ... . .. ..... ... ...... . . ......................... . . ....... ...... .......................................... ..... .. . . . . . . . ... . . .... .. . . .
lowQualScore : 0 0 0 555 3 77777 7 0 3 0 0 777 0000 3 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0000000 7 7 77 000000 3 7 3333 3 7 3 33 22 55555555555555555555555 7 22 7 000000000000 77 7 444 000 7 3 222222222222222222222222222222222222222222222222 8888 555555555555555555 7 3 3 0 3333 4 666666 0 99999 0 0 4444 0 0 0 88888888888 00 0 0 22 0 777 3 7 7 3 888888888888888888 00000 333 888 4 6 3333333333 44 3 00 0 0 6 0 8888 99 66 8 555555 8888888 5555 222 555 0 88 88888 888 555555 0 0 8888888888888888888888888 0 0 9999999 222222 000000000000000000000000000000000000000000 55555 88 0 0 0 0 0 0 9 555 0 0 7777 55 0 0 0
consensus : ATGCAAG-TAGCTTTAAGCCNTCATTCTCGTT-AAA----TTTC-ATTTCGTGTCGATCTG-GTGG-C-TATGCAAAATT-TGTTG-GTGGGGAAGCATTCGTGCCACATGCGTTAATGAGGACACTGTCACAATGTCATTGTGGGGGAGTTGAGTCCATTTAATGTGTGGTGGGCCATTGATCCATGCTGTGGGGACTGGGAGTGCGA-CAGTTAGG---TAAGTATATGATTTACTAA--ATTTCTGCGC-ACTACAAACCAGGCTTCTCCTTGCCCACT--CTTATATTCAAAGCAGGGTGACGCGGAT-AT-TTAAT-CA--TGA--CCGCAG----CG-G-TC--GCCAGGAAG-AC--CAG-GCA-A-TTAT----GTCCGGG--TC-AGT---TGAATAT-A-CTG-GTTG-TGTT---G--TG-TTGAA--ATGA--A--TGT-TAT----A-ATA--G-ATNAGCGGGGCTCATGGC---TAGTTCACAG----CTTT-C-GG-G---TC-ACATCTA-CCCCC----AAGC-AA-G----GGAG-G--ATCT-GCTACATGGTCTCGGTAGCAAGT---GAGT-A-CTTGCTATTT-AAACCACGGTAGCACTN-TGGAGAC-G-GTGCGNTG-CGCA-GAA-GTCATC-TCAT-CCTGCCCTTAGAAACGT-GTTTCAACTGT-TCAGGGACTGC----GAC--ACCTA-GCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATGTAAAACTTG-TCA--TCACTCTTCGTATAATTCCGCT-GCT--AAGC--AGCCTA-AACAGGG-----ATTACAGCGC---AG--CAGCNA--AGGTTC-GAC--AT-CCC--TACTGGG---C-TACCCATCGGT---GG-NT-A-GC-CGTTATGTT-CAN----CCCTCCTCTGG-TA-GTGTAGGTC-AA-TGTCTCCTGCTGTC-TG-TCTG-T----ATA--T--TGCTN--------AAATA--TAC-T------T---A-AG-----TTC--CACCAGTCCATG-TG-CTAAA-TCC-CAG-CCTTGGG---CTG-GGTCA-TGC--CCAGCCCGGGCTCAA-TTCTA-TTATTGA
Reference ( gi|3 ) : ATTCAAGCTAGCTTTATGCCC-CATTCTCATT-AA-----TTTCGATTTCGT-TCGATCTGAGTAG-C-TACACAAAATT-TGTCGTGT---GAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT------TGGGAGTGCGC-CAG----G---TA-GTCT-TGATT----AA--GATTCTGCGC-A-----AACC-GGCT-CTCCT--CCCACT--G--ATAATCAA-GCAGGG-G--GCAGAT-AT-TTAAT-CA--TGA--CCACA-----CG-G-TCA-ACCA-CAAG-AC--CAG-GC--A-TTAT----GTCCGGG--TC-AGT--CTGAATAT---CTG-GTTG-TGTT---G--T--TTGAAC-ATGA--A--TGT-TAT----G-ATA--GAATCAGTGGGGCTCATGGT---TAGTTCATAA----CT-----GG-G---TC-ACATCCA-CTCCC----AAGC-AA-G----GGAG-G--A--T-GCTACA-GTTCT-GGT-GCAAG----GATTCA-CTTGC--TTT-AAACCA-GGTAGCACTG-TGGAGAC-A-GTGAGTTG-CGC--GAA-GTCATCTTTAT-CCTGCCCTTAGAAACGT-GTTTCAACTGT-TCAGGGACTGCCCT-GACA-ACCTA-GCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAATGTAAAACTTGCTCA--TCACTCTT-GT-TAATTTCGCT-GCT--A-GC--AGCCTG-AACAGGG-----ATTACAGCGC---A---CAGCTA--AGGTTC-GA---AT-CCC--TACTGGG---G-TACCCATTGGT---GG-C--A-GC-TGTTATGTT-CAT----CTCTCCTCTCG-TA-GTGTAGGTC-AA-TGTCTCCTGCTGTCATG-TCTG-T----ATA-----TGCTG--------AAAT---TAT-T------T---A-AG-----TTC--CACC-GTCCATG-TG-CTAAA-TCC-CAA-CCTTGGG---CTG-GGTCA-TG---TCAGCCCGGGC-CAA-TTCTATTTATTAA
gi|5 : ATGCAAG-TAGCTTTAAGCCCTCATTCTCGTT-AAATT--TTTC-ATTTCGTGTCGA-CTG-GTGGCC-TATAT-AAATT-TG
gi|6 : cATGCAAG-TAGCTTTAAGCTA--ATTCTCATTAAA-----TTTTTATTTCGTGTCGATCTG-GTGG-C-TAT-CAAAATT-TGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagatatttaatcatgacccacggtcatcagaagaccaggcaaattgtccgggtcagttgaatatctggttgtgttgtgtttgaaatgaatgttatataatcagtggggctcatggctagttcatagctggtgtcacatctacctcccaagcaagggagg
gi|1 : cATTCTCATT-AAAAATTTTTC-ATTTCGTGTCGATCTG-GTGG-CCTATGCAAAATTATGTTG-GTGGGGAAGCATTCGTGCCACATGCGTTAATGAGGACACTGTCACAATGTCATTGTGGGGGAGTTGAGTCCATTTAATGTGTGGTGGGCCATTGATCCATGCTGTGGGGACTGGGAGTGCGCACAA----GATATA------TGATT----AATTAATTCTGCGCCA-----AACC-CGCT-CTCCT--CCCACTCTG---TAATCAA-GCAGGG-G--GCAGAT-ATATTAAT-CA--TGA--CCACA--------G-TC--ACCA-GAAGAACAACAGAGCA-A-TTAT----GTCCGGG--TCAAGTGAATTAATATGGGCTGTGTTG-TGTT---T--C--ATGAA--A-GA--A--TGTATAT----ATATA--ACATCAGTGAGGCTCGTGGT---TAGTTCCT-A----CTCCGCAGG-G---TCAACATCTACCTCCC----AGAC-AA-GCGGTGGGA-G--A--TGGCTACA-G-TCT-GGT-GAAAGTA--GCTTAG-CTTGC--TTTAAAACCA-GGTCGCACTG-TGAGAAC-AGGTGCGTTGCCGCAAGAA-GTCA--ATTATCCCTG-CCTTAG-AACGC-GTTTC-ACTGT-TCA-GGACTG-CCT-GAGACACCTATGCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatatttaatcatgaaaccaacggtcatatcagagaccaggcaattatgtcgggtagttgactatctggttgtgtttgtgtttggaatgcatgttatatatagtgggctcatggctagttcatagctggtgtcaatctaactccaagcaagggag
gi|2 : ttgAGTGCGA-CAGTTAGG---TAAGTATATGATTTACTAA--ATTTCTGCGC-ACTACAAACCAGGCTTCTCCTTGCCCACT--CTTATATTCAAAGCAGGGTGACGCGAATGAT-CTAATTCACTTGA--CC-CAGCGTTCG-GGTCC-GCCAGTAAG-AC--CAG-GCAAA-TTATA---GTCCGGGTCTC-AGT---TGAATATTA-CTG-GTTGTTGTT---GAATGATTGAATAATGATTATTTGT-TATTTCAA-ATCTTGGATAAGCAGGGGTCATGACGCGTAGTTAACAATGTGCTTTTC-AG-GTGTTC-ACATCTA-CCCCCCTATAAGCTAATG----TGAGCG--GTCT-G-TACATGGTCTCGGTAGCAGT----AAGT-A-CTTGCTATTT-AAACCACGGTAGCACTT-TGtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaatcaataatgggttcgaacttgcacacatcaaccttgttaattcgctcgctaagcggagccctagcagggtattacagcgcgagacaactaaggttcgaacatcctactgggcctacacccattcgtaatggctatgctgttatgtttcagagcgctccctctggataagttaggtattgtttcctgctgtctgcctgctatatacctaaaatatattacagttccaccgtctatgtgctaaatcctcaacatgggctgggtcagtgctcgccaggccaatttctattatttaat
gi|4 : tagtgggttggacatcggtgattcaccaatgttgttgatgggagagacattgtatgaccaattgtctgtggcggtaactgtgtcAGTGCGA-CAGTTAGG---TAAGTATATGATTTACTAA--ATTTCTGCGC-ACTACAAACCAGGCTTCTCCTTGCCCACT--CTTATATTCAAAGCAGGGTGACGCGAATGAT-CTAATTCACTTGA--CC-CAGCGTTCG-GGTCC-GCCAGTAAG-AC--CAG-GCAAA-TTATA---GTCCGGGTCTC-AGT---TGAATATTA-CTG-GTTGTTGTT---GAATGATTGAATAATGATTATTTGT-TATTTCAA-ATCTTGGATAAGCAGGGGTCATGACGCGTAGTTAACAATGTGCTTTTC-AG-GTGTTC-ACATCTA-CCCCCCTATAAGCTAATG----TGAGCG--GTCT-G-TACATGGTCTCGGTAGCAGT----AAGT-A-CTTGCTATTT-AAACCACGGTAGCACTT-TGttggacggaaaaccctctgttgggtaagagatagaacaagcagaagtaatcaactaatagcaatatagaacgttgttccaactgtgtcaggatctgcgataccttgcttcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgggtattgtaaccactttgcaatcataaatgtaaaacttgtcatcactcttcgtataattcttctgcctaagcagcccctaacagtgcagatatgacagcgcaagccagctaaggtcgacatatcctcatactgggcctaaccattggtgggcagctgctatgttcattctctctggtagtatggtcaattgtctcctgcctgtctgcatggtttgcttaaacatatttaccaagttcctcaccgtctatgctgctaaagtcccaatcctgggggcttgcggtcatgctcccagccaggtcttaattctattatttaatcaag
gi|5 : gtgggttggacatcggtgattcaccaatgttgttgatgggagagacattgtatgaccaattgtctgtggcggtaactgtgtcCAGAT-AT-TTAAT-CA--TGA--CC-CA-----CG-G-TCA--TCA-GAAG-AC--CAG-GC--A-AATT----GTCCGGG--TC-AGT---TGAATAT---CTG-GTTG-TGTT---G--TGTTTGAA--ATGA--A--TGT-TAT------ATA----ATCAGTGGGGCTCATGGC---TAGTTCATAG----CT-----GGTG---TC-ACATCTACCTCCC----AAGC-AA-G----GGAG-G--ttggacggaaaaccctctgttgggtaagagatagaacaagcagaagtaatcaactaatagcaatatagaacgttgttccaactgtgtcaggatctgcgataccttgcttcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt
gi|6 : catgcaagtagctttaagccctcattctcgttaaatttttcatttcgtgtcgactggtggcctatataaatttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGAT-AT-TTAAT-CA--TGAAACCA-A-----CG-G-TCATATCA--GAG-AC--CAG-GC--AATTAT----GTC-GGG--T--AGT---TGACTAT---CTG-GTTG-TGTTTGTG--T--TTGGA--ATGC--A--TGT-TAT------ATA------TAGTGGG-CTCATGGC---TAGTTCATAG----CT-----GGTG---TC-A-ATCTA-ACTCC----AAGC-AA-G----GGAG-
gi|18 : catgcaagtagctttaagctaattctcattaaatttttatttcgtgtcgatctggtggctatcaaaatttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGAT-AT-TTAAT-CA--TGA--CCGCAG----CGAG-TC--ACCAGGAAG-AC--CAG-GC--A-ATATGATGGTCCGGG--TC-AAG--TTGA
gi|16 : TAA----GTCTGGG--TC-AGT---TGAATAT---CTG-GTTG-TGTT---G--T-------------------GT-TTT----G--TA-------AGTGGGGCTCATGGC---TAGTTCACAG----TA-----GT-G---TC--CAT-CA-CCTCC----AAGC-AA-G----GGAG-G--
gi|14 : CCC----AAAT-AG-G----GGAG-GGGA--T-GCTACA-GA-CT-GGT-G-AAGTTTTGGTTCTTCTTG----TT-AAACGA-GGTAGCACTA-AGGAGACTG-GTGAGATG-GGC----A-GATATC-TCAT-CCT-CACCTAGGA--GT-TGTTCAAC-GT-CCAGG
gi|13 : GGG-G--A--T-GCTACA-GCTCT-GTT-GCAAG----GAGGTA-CTTGC--TTT-AAACCA-GTCAGCACTGCTGGA-AC-A-G-GTGGTG-CGCA-GAAGGTCATC--TAT-CCTGCC--TATAAACGT-G-TTCAACTG--TCA-GGACTGCCCTGGAC--ACCTcctgtc
gi|17 : -GTCATCTCC---CCTGCC-TTAG-AACGT-G-TTGAACTGT-CCA-GGACTG-----GAC--ACCTA-gatgct
gi|2 : TAGAA-CGTTGTTCCAACTGTGTCAGGATCTGC----GAT--ACCTT-GCTtgttcacatagggtccctggtttt
gi|4 : tagtgggttggacatcggtgattcaccaatgttgttgatgggagagacattgtatgaccaattgtctgtggcggtaactgtgtcagtgcgacagttaggtaagtatatgatttactaaatttctgcgcactacaaaccaggcttctccttgcccactcttatattcaaagcagggtgacgcgaatgatctaattcacttgacccagcgttcgggtccgccagtaagaccaggcaaattatagtccgggtctcagttgaatattactggttgttgttgaatgattgaataatgattatttgttatttcaaatcttggataagcaggggtcatgacgcgtagttaacaatgtgcttttcaggtgttcacatctacccccctataagctaatgtgagcggtctgtacatggtctcggtagcagtaagtacttgctatttaaaccacggtagcactttgttggacggaaaaccctctgttgggtaagagatagaacaagcagaagtaatcaactaatagcaataTAGAA-CGTTGTTCCAACTGTGTCAGGATCTGC----GAT--ACCTT-GCTtcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgggtattgtaaccactttgcaatcataaatgtaaaacttgtcatcactcttcgtataattcttctgcctaagcagcccctaacagtgcagatatgacagcgcaagccagctaaggtcgacatatcctcatactgggcctaaccattggtgggcagctgctatgttcattctctctggtagtatggtcaattgtctcctgcctgtctgcatggtttgcttaaacatatttaccaagttcctcaccgtctatgctgctaaagtcccaatcctgggggcttgcggtcatgctcccagccaggtcttaattctattatttaatcaag
gi|19 : gtgggttggacatcggtgattcaccaatgttgttgatgggagagacattgtatgaccaattgtctgtggcggtaactgtgtcagtgcgacagttaggtaagtatatgatttactaaatttctgcgcactacaaaccaggcttctccttgcccactcttatattcaaagcagggtgacgcgaatgatctaattcacttgacccagcgttcgggtccgccagtaagaccaggcaaattatagtccgggtctcagttgaatattactggttgttgttgaatgattgaataatgattatttgttatttcaaatcttggataagcaggggtcatgacgcgtagttaacaatgtgcttttcaggtgttcacatctacccccctataagctaatgtgagcggtctgtacatggtctcggtagcagtaagtacttgctatttaaaccacggtagcactttgttggacggaaaaccctctgttgggtaagagatagaacaagcagaagtaatcaactaatagcaataTTCAACTGT-TCA-GGACTG-----GAC--ACCTA-tcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt
gi|7 : AAATGTAAAACTTG-TCA--TCACTCTTCGTATAATTCTTCT-GCCTAA-GC--AGCCCCTAACAGTGCAGATATGACAGCGC---AAGCCAGCTA--AGGT-C-GACATAT-CCTCATACTGGG---CCTAACCATTGGT---GGGC--A-GC-TGCTATGTT-CAT-----TCT-CTCTGG-TA-GTAT-GGTC-AATTGTCTCCTGCC----TG-TCTG-C----ATGGTT--TGCTT--------AAACA--TAT-T------TACCA-AG-----TTCCTCACC-GTCTATGCTG-CTAAAGTCC-CAA-TCCTGGGGGCTTGCGGTCA-TGCTCCCAGCCAGGTCTTAA-TTCTA-TTATTtgtt
gi|2 : ggtattgtaaccactttgcaatcatAAATGTAAAACTTG-TCA--TCACTCTTCGTATAATTCTTCT-GCCTAA-GC--AGCCCCTAACAGTGCAGATATGACAGCGC---AAGCCAGCTA--AGGT-C-GACATAT-CCTCATACTGGG---CCTAACCATTGGT---GGGC--A-GC-TGCTATGTT-CAT-----TCT-CTCTGG-TA-GTAT-GGTC-AATTGTCTCCTGCC----TG-TCTG-C----ATGGTT--TGCTT--------AAACA--TAT-T------TACCA-AG-----TTCCTCACC-GTCTATGCTG-CTAAAGTCC-CAA-TCCTGGGGGCTTGCGGTCA-TGCTCCCAGCCAGGTCTTAA-TTCTA-TTATTtaa
gi|1 : tagtgggttggacatcggtgattcaccaatgttgttgatgggagagacattgtatgaccaattgtctgtggcggtaactgtgtcagtgcgacagttaggtaagtatatgatttactaaatttctgcgcactacaaaccaggcttctccttgcccactcttatattcaaagcagggtgacgcgaatgatctaattcacttgacccagcgttcgggtccgccagtaagaccaggcaaattatagtccgggtctcagttgaatattactggttgttgttgaatgattgaataatgattatttgttatttcaaatcttggataagcaggggtcatgacgcgtagttaacaatgtgcttttcaggtgttcacatctacccccctataagctaatgtgagcggtctgtacatggtctcggtagcagtaagtacttgctatttaaaccacggtagcactttgttggacggaaaaccctctgttgggtaagagatagaacaagcagaagtaatcaactaatagcaatatagaacgttgttccaactgtgtcaggatctgcgataccttgcttcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgggtattgtaaccactttgcaatcatAACTTGCACACATCAACCTT-GT-TAATT-CGCTCGCT--AAGCGGAGCCCT-AGCAGGGT----ATTACAGCGCGAGA---CAACTA--AGGTTC-GA---ACATCC--TACTGGGCCTA-CACCCATTCGTAATGG-CT-ATGC-TGTTATGTTTCAGAGCGCTC-CCTCTGGATAAGT-TAGGT--AT-TGTTTCCTGCTGTC-TG-CCTGCT----ATA-----TACCT--------AAAA---TATAT------T---ACAG-----TTC--CACC-GTCTATG-TG-CTAAA-TCCTCAA-CA-TGGG---CTG-GGTCAGTGC--TCG--CCAGGC-CAATTTCTA-TTATTtaatcaag
gi|10 : ttgattctcattaaaaatttttcatttcgtgtcgatctggtggcctatgcaaaattatgttggtggggaagcattcgtgccacatgcgttaatgaggacactgtcacaatgtcattgtgggggagttgagtccatttaatgtgtggtgggccattgatccatgctgtggggactgggagtgcgcacaagatatatgattaattaattctgcgccaaacccgctctcctcccactctgtaatcaagcagggggcagatatattaatcatgaccacagtcaccagaagaacaacagagcaattatgtccgggtcaagtgaattaatatgggctgtgttgtgtttcatgaaagaatgtatatatataacatcagtgaggctcgtggttagttcctactccgcagggtcaacatctacctcccagacaagcggtgggagatggctacagtctggtgaaagtagcttagcttgctttaaaaccaggtcgcactgtgagaacaggtgcgttgccgcaagaagtcaattatccctgccttagaacgcgtttcactgttcaggactgcctgagacacctatgcttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaatcaataatgggttcgCA--TCACTCTT-GT-TAATC-CGCT-GTT--AAGC--AGCCTA-AGT-TGG-----ATTACAGTAC---AGT-CAGCAA--ATGTTT-GAC--AT-CCC--TACTGGG---T-TACCCAATGGT---GG-G--AAGT-CGTCATGTT-CAA----CCCTTCTGT---TA-GT--AGGTC-AA-TGTCTCCTGCGGT-ATGTTCTG-T----ATA-----TGCAG--------CATT---CAA-G------T---A-AGACGAATTC--CACCAGCCCATG-TG-ATACA-TCA-CAGTCTTTGGG---CTG-GGCCA-taat
gi|9 : cg--TCACTCTT-GT-TAATCCTGCT-GCTA-A-GC--AGCCT--AACAGGG-----ATTACAGTGC---AGC-CAGCAA--AGGTTT-GAT--AT-TCC--TACTGGG---T-TACCCATTGGT---AA-A--A-GT-CGTTATGTT-GAA----CTCT--TCAGG-TA---GTAGGTCAAA-TGTTTCCTGCTAAC-TGATCTG-C----ATA-----TATTA--------AAGTAGCTAC-TATGGGAT---A-AG-----TGC--CACCAGTCCATG-TA-CAAAA-TCCGCAG-CCTTGGG---CTA-GTTCA-ggaag
gi|12 : gtgGCT-GCT--AAGC--AGCCTA-TCCAGGG-----ATT----CGC---G---CAGCCACAAGGTTC-GAC--AT-CCC--TACTGGG---C-TACCATTTGGT---GG------GCATGCTATGTT-CAT----C---CCTCTGG-TA-GT--AGGTC-AA-TGTCTCATGCTGTC-TG-CC-G-T----ATA------GCTA--------AAAT---T-T-A------C---A-GG-----TTC---AC--GTCTAT--TGTCTAAA-TCC---A-CCTGGGA---CTG-GGTCA-TG---TCAGTCCAGGC-CAG-TTCTA-TTATTAAgg
gi|11 : GCT-GCT--AAGC--AGCCTA-AACAGG-------TTACAGCGC---AG--CAGC----AGGTTTTGC---AT-CCC--TACTGGG-----TATTCATCAGT---GG-ATAA-GT-CGTTAGGTT-CAA----CCCTCCT---G-GA-A-GTAGGTC-AG-TGTCTCCTGCTGTC-TGTTCTG-T----ATACATATTGCTATTTTTTCCAAATAC-CAC-T------------AG-----TTC--CGCCAGCCCAAG-TG-CTAAA-TCC-CAG-CCTTGGGT--CTG-AGTCA-GG---CAAGCt
gi|8 : CT-GCT--AAGC--AGCCTA-ACCAAG------ATTACAGCGC---AGC-CAGC----AGGTTT-GAC--AT-CCC--TACTGGG---T-TACTCATCAGT---GG-ATAA-GT-CGTCATGTC-CAA----CCCTCCT---G-GA-AAGTAGGTC-AG-TGTCTCCTGCTGTC-TGTTCTG-TATACATA-----TGCTACTTTTTC-AAAT---ACC-C------T---T-AG-----TTC--CGCCAGCCCAAG-TG-CTAAA-TCC-CAG-CCTTGGGT--CTG-GGTCA-GG---------CAAGC-CAA-TTATA-TTATTGA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CCCTTCATATCGCATAGAATATTCTAATCTATTTCGCTGTCAGATCTTGGTGGCCTATACCAAAATTCTGTTTGTGGGGGAACACTGTCCTCAATGTTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 33333 2 1 1 1 1 1 222222 55555 2 2 6666666666666666666666666 2 1 22222222 22 1 22222 11 1111 11 1 2222 1 1 11 33333333333 2222 2 11 2222 11 33 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666 222 6666666666666666666666 1 2222 1 1111 22 22 1 1 222222222 1 2 1111111111111111111111111111111111111111111 333333333333333333 1 111 1 1 33333 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 2222 11 22222 11 22 1 111 111111 1111 2222 111 6666666666666666666666666666666666666666666666666 11 1 222 222 1
lowQualScore : 3 999 2 88888 0 2 3 0 0 0 0 3 0 111111 11 00000 0 11 0 0 6666666666666666666666666 0 8 11 66666666 2 77 0 00000 7 3 9 0 00 8888 9 2 3 88 5 4 3 3 3333 1 5 1 55 55555555555 6666 0 77 5 33 0000 88 5 77 00 1 5 6666666666666666666666666666666666666666666666666 6 2 000 6666666666666666666666 5 0 0 1111 0 0000 8 8 22 6 66 3 5 4 7 666666666 888 5 3 1111111111111111111111111111111111111111111 6 5 666666666666666666 7 2 333 0 5 88888 5 6 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 88888 8888 1 6 4 8 66 22 1 11111 11 4 55 4 4 1 4 8 555 333333 55 66 5555 777 6666 4 1 4 2222 1 4 8 4 4 555 4 9999999999999999999999999999999999999999999999999 4 22 5 8 4 8 8 4 444 8 55 333 2 2 9 6 6 0
lowQualScore : . ... . ..... . . . . . . . . . ...... .. ..... . .. . . ......................... . . .. ........ . .. . ..... . . . . .. .... . . . .. . . . . .... . . . .. ........... .... . .. . .. .... .. . .. .. . . ................................................. . . ... ...................... . . . .... . .... . . .. . .. . . . . ......... ... . . ........................................... . . .................. . . ... . . ..... . . ................................................................................................................................. ..... .... . . . . .. .. . ..... .. . .. . . . . . ... ...... .. .. .... ... .... . . . .... . . . . . ... . ................................................. . .. . . . . . . ... . .. ... . . . . . .
lowQualScore : 3 777 0 22222 0 5 2 0 0 0 5 2 0 000000 88 00000 0 88 0 8 2222222222222222222222222 0 0 88 22222222 5 55 0 22222 0 2 8 2 55 0000 2 5 2 00 5 0 2 2 5555 4 7 4 77 77777777777 4444 9 99 7 11 6666 88 0 99 44 4 7 4444444444444444444444444444444444444444444444444 6 7 000 1111111111111111111111 7 1 0 2222 0 6666 9 9 22 7 22 5 0 2 3 222222222 777 7 3 8888888888888888888888888888888888888888888 7 7 111111111111111111 1 0 444 0 0 66666 7 7 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88888 0000 7 3 4 9 11 22 0 99999 11 4 66 4 0 9 4 9 666 000000 11 11 1111 888 9999 4 1 4 0000 9 4 9 6 4 999 4 0000000000000000000000000000000000000000000000000 4 22 4 9 4 9 9 4 444 9 99 666 5 5 5 7 7 7
consensus : ATGCAAG-TAGCTTTAAGCCCTCATTCTCATTAAA----TTTC-ATTTCGTGTCGATCTG-GTGG-C-TATACAAAATT-TGTCGTGTGGGGAAGCATTCGTGCCACATGCGTTAATGAGGACATCGGTGATTCACCAATGTCGTTGATGGGAGAGTTGAGTCCATTTAATGTATGATGGGCCAATTGATCCGTGCTGCGGTAACTGNGTCAGTGCG-ACAGTTAGGTAAGTATATGATTTACTAAATTTCTGCGCACTACAAACCAGGCTTCTCCTTGCCCACTCTTATANTCAAAGCAGGGTGACGCGGAT-AT-TTAAT-CA--TGACC-CAGCG-----GTC--G-CCAG-AAGAC--CAG-GCAA-TTAT----GTCCGGGTC--AGT-TGAAT--AT-ACTGGTTGT-G-TTG--TG-T----T-GAA--ATGA--AT--GT-TAT----A-AT---AG-A-TNAGCGGGGCTCATGGC---TAGTTCACA----GCTTT-C---GG-GT---C-ACATCTACC-CCC----AAGC-AAG----G-GAG-GGT-TGCTACA-GGTCTCGGT-GCAAG---TAAG--T-A-CTTGCT-TTTAAACCA-GGTAGCACT-N---TGG-----AAACC--------GGT--GAGNTG---C--GC-AGAA-GTCATC---TN-AT-CCTGCCCT-TAGAAACGT-GTTTCAACTGT-TCAGGGACTGCC---GAC-ACCTA-GCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAATGTAAAACTTG-T---CATCACTCTT-GT-TAATTCCGCT-G-CTAAGC--AG--CCTAA----GCAGGG-ATTACAGCGC-AG--C-AGCTAAGGTTCGA-CAT-CCC---TACTGGG-CT---ACCCAT-CG--GTGGGCA-GCCGTTATGTTC---ANCCCTCC-TCTGG-TA-GTGTAGGTC-AA-TGTCTCCTGCTGTC-TG-T-CTG-TATA----T---TGC-----TA--------AAAT-A--T-ACT------T---A-AGTTC--CACCAGTCCATG-TG-CTAAA-TCC-CAG-CCTTGGG---CTG-GGTCA-TG--CCCAGCCCGGGC-CAA-TTCTA-TTATTAA
Reference ( family-1656 ) : ATGCAAG-TAGCTTTAAGCCNTCATTCTCGTTAAA----TTTC-ATTTCGTGTCGATCTG-GTGG-C-TATGCAAAATT-TGTTG-GTGGGGAAGCATTCGTGCCACATGCGTTAATGAGGACACTG-----TCAC-AATGTCATTG-TGGGGGAGTTGAGTCCATTTAATGTGTGGTGGGCCA-TTGATCCATGCTGTGGGGACTGGG--AGTGCG-ACAGTTAGGTAAGTATATGATTTACTAAATTTCTGCGCACTACAAACCAGGCTTCTCCTTGCCCACTCTTATATTCAAAGCAGGGTGACGCGGAT-AT-TTAAT-CA--TGACCGCAGCG-----GTC--G-CCAGGAAGAC--CAG-GCAA-TTAT----GTCCGGGTC--AGT-TGAAT--AT-ACTGGTTGT-G-TTG--TG-T----T-GAA--ATGA--AT--GT-TAT----A-AT---AG-A-TNAGCGGGGCTCATGGC---TAGTTCACA----GCTTT-C---GG-GT---C-ACATCTACC-CCC----AAGC-AAG----G-GAG-GATCTGCTACATGGTCTCGGTAGCAAG---TGAG--T-A-CTTGCTATTTAAACCACGGTAGCACT-N---TGG-----AGAC---------GGT--GCGNTG---C--GC-AGAA-GTCATC---TC-AT-CCTGCCCT-TAGAAACGT-GTTTCAACTGT-TCAGGGACTGC----GAC-ACCTA-GCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATGTAAAACTTG-T---CATCACTCTTCGTATAATTCCGCT-G-CTAAGC--AG--CCTAA----ACAGGG-ATTACAGCGC-AG--C-AGCNAAGGTTCGA-CAT-CCC---TACTGGG-CT---ACCCAT-CG--GTGGNTA-GCCGTTATGTTC---ANCCCTCC-TCTGG-TA-GTGTAGGTC-AA-TGTCTCCTGCTGTC-TG-T-CTG-TATA----T---TGC-----TN--------AAAT-A--T-ACT------T---A-AGTTC--CACCAGTCCATG-TG-CTAAA-TCC-CAG-CCTTGGG---CTG-GGTCA-TG--CCCAGCCCGGGCTCAA-TTCTA-TTATTGA
gi|1 : ATTCTCATTAAAAATTTTTC-ATTTCGTGTCGATCTG-GTGG-CCTATGCAAAATTATGTTG-GTGGGGAAGCATTCGTGCCACATGCGTTAATGAGGACACTG-----TCAC-AATGTCATTG-TGGGGGAGTTGAGTCCATTTAATGTGTGGTGGGCCA-TTGATCCATGCTGTGGGGACTGGG--AGTGCGCACA-------AGATATATGATTAATTAA--TTCTGCGC----CAAACCCG--CTCTCCT--CCCACTC-TGTAATC-AAGCAGGG-G--GCAGAT-ATATTAAT-CA--TGACCACA--------GTC--A-CCAGAAGAACAACAGAGCAA-TTAT----GTCCGGGTC--AAG-TGAATTAAT-ATGGGCTGT-G-TTG--TG-TTTCAT-GAA--A-GA--AT--GTATAT----ATAT---AACA-TCAGTGAGGCTCGTGGT---TAGTTCCTA------CTC-CGCAGG-GT---CAACATCTACCTCCC----AGAC-AAGCGGTG-GGA-GAT-GGCTACA--GTCT-GGT-GAAAG---T-AGCTT-AGCTTGCT-TTAAAACCA-GGTCGCACT-G---TGA-----GAACA--------GGT--GCGTTGC--C--GCAAGAA-GTCA-A---TT-ATCCCTG-CCT-TAG-AACGC-GTTTC-ACTGT-TCA-GGACTGCCTGAGAC-ACCTATGCT
gi|1 : ttgAACTTG-CACACATCAACCTT-GT-TAATTC-GCTCG-CTAAGCGGAG--CCCTA----GCAGGGTATTACAGCGCGAGA-C-AACTAAGGTTCGAACAT-CC----TACTGGG-CCTACACCCATTCGTAATGGCTATGCTGTTATGTTTCAGAGCGCTCCCTCTGGATAAGT-TAGGT--AT-TGTTTCCTGCTGTC-TG-C-CTGCTATA----T---ACC-----TA--------AAAT-A--T-A-T------T---ACAGTTC--CACC-GTCTATG-TG-CTAAA-TCCTCAA-CA-TGGG---CTG-GGTCAGTG--CTCG--CCAGGC-CAATTTCTA-TTATTtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaatcaataatgggttcgaacttgcacacatcaaccttgttaattcgctcgctaagcggagccctagcagggtattacagcgcgagacaactaaggttcgaacatcctactgggcctacacccattcgtaatggctatgctgttatgtttcagagcgctccctctggataagttaggtattgtttcctgctgtctgcctgctatatacctaaaatatattacagttccaccgtctatgtgctaaatcctcaacatgggctgggtcagtgctcgccaggccaatttctattatttaat
gi|10 : ttgattctcattaaaaatttttcatttcgtgtcgatctggtggcctatgcaaaattatgttggtggggaagcattcgtgccacatgcgttaatgaggacactgtcacaatgtcattgtgggggagttgagtccatttaatgtgtggtgggccattgatccatgctgtggggactgggagtgcgcacaagatatatgattaattaattctgcgccaaacccgctctcctcccactctgtaatcaagcagggggcagatatattaatcatgaccacagtcaccagaagaacaacagagcaattatgtccgggtcaagtgaattaatatgggctgtgttgtgtttcatgaaagaatgtatatatataacatcagtgaggctcgtggttagttcctactccgcagggtcaacatctacctcccagacaagcggtgggagatggctacagtctggtgaaagtagcttagcttgctttaaaaccaggtcgcactgtgagaacaggtgcgttgccgcaagaagtcaattatccctgccttagaacgcgtttcactgttcaggactgcctgagacacctatgcttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaatcaataatgggttcg---CATCACTCTT-GT-TAAT-CCGCT-G-TTAAGC--AG--CCTAA----GT-TGG-ATTACAGTAC-AGT-C-AGCAAATGTTTGA-CAT-CCC---TACTGGG-TT---ACCCAA-TG--GTGGGAA-GTCGTCATGTTC---AACCCT---TCTGT-TA---GTAGGTC-AA-TGTCTCCTGCGGTA-TGTT-CTG-TATA--------TGCAGCATTC--------AAGTAA--G-AC-----------G-AATTC--CACCAGCCCATG-TG-ATACA-TCA-CAGTCTTTGGG---CTG-GGCCA-taat
gi|11 : cgGCT-G-CTAAGC--AG--CCTAA----ACAGG---TTACAGCGC-AG--C-AGC--AGGTTTTG-CAT-CCC---TACTGGG--T---ATTCAT-CA--GTGGATAAGTCGTTAGGTTC---AACCCTCC-T--GG-AA-GT--AGGTC-AG-TGTCTCCTGCTGTC-TG-TTCTG-TATACATAT---TGC-----TATTTTTTCCAAAT-A--CCACT------------AGTTC--CGCCAGCCCAAG-TG-CTAAA-TCC-CAG-CCTTGGGT--CTG-AGTCA-GG--Cggaag
gi|12 : GCT-G-CTAAGC--AG--CCTAT----CCAGGG-ATT-C-GCGC-AG--C-CAC-AAGGTTCGA-CAT-CCC---TACTGGG-CT---ACCATT-TG--GTGGGCA---TGCTATGTTC---ATC---CC-TCTGG-TA---GTAGGTC-AA-TGTCTCATGCTGTC-TG---CCG-TATA---------GC-----TA--------AAAT-T--T-AC-----------A-GGTT---CAC--GTCTAT--TGTCTAAA-TCC---A-CCTGGGA---CTG-GGTCA-TG---TCAGTCCAGGC-CAG-TTCTA-TTATTAAaagc
gi|13 : -GGG-GAT--GCTACA--G-CTCTGTTGCAAG---GAGG--T-A-CTTGC--TTTAAACCA-GTCAGCACTGC---TGG-----A-AC---------AG---GTGGTG---C--GC-AGAAGGTCATC---T--AT-CCTGCC---TATAAACGT-G-TTCAACTG--TCA-GGACTGCCCTGGAC-ACCTt
gi|14 : -CCC----AAAT-AGG----G-GAG-GGGATGCTACA--GACT-GGTG--AAGTTTTG-G--T-T-CTT-CTTGTTAAACGA-GGTAGCACT-A---AGG-----AGACT--------GGT--GAGATG---G--GC-AGA----TATC---TC-AT-CCT-CACC-TAGGA--GT-TGTTCAAC-GT-CCAGGgatgct
gi|16 : TAA----GTCTGGGTC--AGT-TGAAT--AT--CTGGTTGT-G---------T----T-G-----------T--GT-TTT--------------G-TAAGTGGGGCTCATGGC---TAGTTCACA----G---T-A---GT-GT---C--CATC-ACC-TCC----AAGC-AAG----G-GAG-Gcctgtc
gi|17 : -GTCATC---TC--C-CCTG-CCT-TAG-AACGT-G-TTGAACTGT-CCA-GGACTG-----GAC-ACCTA-
gi|18 : GAT-AT-TTAAT-CA--TGACCGCAGCGA----GTC--A-CCAGGAAGAC--CAG-GCAA--TATGATGGTCCGGGTCA-AGT-TGAtgttcacatagggtccctggtttt
gi|19 : TTCAACTGT-TCA-GGACTG-----GAC-ACCTA-
gi|2 : GGACATCGGTGATTCACCAATGTTGTTGATGGGAGAG---A---CATT----GTATGA----CCAATTG-TCTGTG--GCGGTAACTGTGTCAGTGCG-ACAGTTAGGTAAGTATATGATTTACTAAATTTCTGCGCACTACAAACCAGGCTTCTCCTTGCCCACTCTTATATTCAAAGCAGGGTGACGCGAATGAT-CTAATTCACTTGACC-CAGCGTTCGGGTCC-G-CCAGTAAGAC--CAG-GCAAATTATA---GTCCGGGTCTCAGT-TGAAT--ATTACTGGTTGTTG-TTGAATGAT----T-GAATAATGATTATTTGT-TATTTCAA-ATCTTGG-A-TAAGCAGGGGTCATGACGCGTAGTTAACAATGTGCTTTTC---AG-GTGTTC-ACATCTACC-CCCCTATAAGCTAAT----GTGAGCGGTCTG-TACATGGTCTCGGTAGCA-G---TAAG--T-A-CTTGCTATTTAAACCACGGTAGCACT-TTGTTGGACGGAAAACCCTCTGTTGGGTAAGAGATAGAACAAGC-AGAA-GTAATCAACTA-AT-A--GCAATATAGAA-CGTTGTTCCAACTGTGTCAGGATCTGC----GAT-ACCTT-GCTtgtt
gi|2 : tagtgggttAAATGTAAAACTTG-T---CATCACTCTTCGTATAATTCTTCT-GCCTAAGC--AGCCCCTAACAGTGCAGAT-ATGACAGCGC-AAGCC-AGCTAAGG-TCGA-CATATCCTCATACTGGGCCT---AACCAT-TG--GTGGGCA-GCTGCTATGTTC---ATTC--TC-TCTGG-TA-GTAT-GGTC-AATTGTCTCCTGC---C-TG-T-CTG-CATGGT--T---TGC-----TT--------AAAC-A--T-ATT------TACCA-AGTTCCTCACC-GTCTATGCTG-CTAAAGTCC-CAA-TCCTGGGGGCTTGCGGTCA-TGCTCCCAGCCAGGTCTTAA-TTCTA-TTATTtcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgggtattgtaaccactttgcaatcataaatgtaaaacttgtcatcactcttcgtataattcttctgcctaagcagcccctaacagtgcagatatgacagcgcaagccagctaaggtcgacatatcctcatactgggcctaaccattggtgggcagctgctatgttcattctctctggtagtatggtcaattgtctcctgcctgtctgcatggtttgcttaaacatatttaccaagttcctcaccgtctatgctgctaaagtcccaatcctgggggcttgcggtcatgctcccagccaggtcttaattctattatttaatcaag
gi|3 : tagtgggttggacatcggtgattcaccaatgttgttgatgggagagacattgtatgaccaattgtctgtggcggtaactgtgtcagtgcgacagttaggtaagtatatgatttactaaatttctgcgcactacaaaccaggcttctccttgcccactcttatattcaaagcagggtgacgcgaatgatctaattcacttgacccagcgttcgggtccgccagtaagaccaggcaaattatagtccgggtctcagttgaatattactggttgttgttgaatgattgaataatgattatttgttatttcaaatcttggataagcaggggtcatgacgcgtagttaacaatgtgcttttcaggtgttcacatctacccccctataagctaatgtgagcggtctgtacatggtctcggtagcagtaagtacttgctatttaaaccacggtagcactttgttggacggaaaaccctctgttgggtaagagatagaacaagcagaagtaatcaactaatagcaatatagaacgttgttccaactgtgtcaggatctgcgataccttgcttcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgggtattgtaaccactttgcaatcatATTCAAGCTAGCTTTATGCCC-CATTCTCATTAA-----TTTCGATTTCGT-TCGATCTGAGTAG-C-TACACAAAATT-TGTCGTGT---GAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNT------TGGG--AGTGCG-CCAG----GTA-GTCT-TGATT----AAGATTCTGCGCA-----AACC-GGCT-CTCCT--CCCACTG--ATAATCAA-GCAGGG-G--GCAGAT-AT-TTAAT-CA--TGACCACA-CG-----GTC--AACCAC-AAGAC--CAG-GCA--TTAT----GTCCGGGTC--AGTCTGAAT--AT--CTGGTTGT-G-TTG--T--T----T-GAAC-ATGA--AT--GT-TAT----G-AT---AG-AATCAGTGGGGCTCATGGT---TAGTTCATA----ACT-------GG-GT---C-ACATCCACT-CCC----AAGC-AAG----G-GAG-GAT--GCTACA-GTTCT-GGT-GCAAG----GAT--TCA-CTTGCT--TTAAACCA-GGTAGCACT-G---TGG-----AGAC---------AGT--GAGTTG---C--GC--GAA-GTCATC---TTTAT-CCTGCCCT-TAGAAACGT-GTTTCAACTGT-TCAGGGACTGCCCT-GACAACCTA-GCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAATGTAAAACTTGCT---CATCACTCTT-GT-TAATTTCGCT-G-CT-AGC--AG--CCTGA----ACAGGG-ATTACAGCGC-A---C-AGCTAAGGTTCGA--AT-CCC---TACTGGG-GT---ACCCAT-TG--GTGGC-A-GCTGTTATGTTC---ATCTCTCC-TCTCG-TA-GTGTAGGTC-AA-TGTCTCCTGCTGTCATG-T-CTG-TATA--------TGC-----TG--------AAAT----T-ATT------T---A-AGTTC--CACC-GTCCATG-TG-CTAAA-TCC-CAA-CCTTGGG---CTG-GGTCA-TG---TCAGCCCGGGC-CAA-TTCTATTTATTAAtaatcaag
gi|4 : GGACATCGGTGATTCACCAATGTTGTTGATGGGAGAG---A---CATT----GTATGA----CCAATTG-TCTGTG--GCGGTAACTGTGTCAGTGCG-ACAGTTAGGTAAGTATATGATTTACTAAATTTCTGCGCACTACAAACCAGGCTTCTCCTTGCCCACTCTTATATTCAAAGCAGGGTGACGCGAATGAT-CTAATTCACTTGACC-CAGCGTTCGGGTCC-G-CCAGTAAGAC--CAG-GCAAATTATA---GTCCGGGTCTCAGT-TGAAT--ATTACTGGTTGTTG-TTGAATGAT----T-GAATAATGATTATTTGT-TATTTCAA-ATCTTGG-A-TAAGCAGGGGTCATGACGCGTAGTTAACAATGTGCTTTTC---AG-GTGTTC-ACATCTACC-CCCCTATAAGCTAAT----GTGAGCGGTCTG-TACATGGTCTCGGTAGCA-G---TAAG--T-A-CTTGCTATTTAAACCACGGTAGCACT-TTGTTGGACGGAAAACCCTCTGTTGGGTAAGAGATAGAACAAGC-AGAA-GTAATCAACTA-AT-A--GCAATATAGAA-CGTTGTTCCAACTGTGTCAGGATCTGC----GAT-ACCTT-GCT
gi|5 : gtgggttATGCAAG-TAGCTTTAAGCCCTCATTCTCGTTAAATT--TTTC-ATTTCGTGTCGA-CTG-GTGGCC-TATAT-AAATT-TGtcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt
gi|5 : cCAGAT-AT-TTAAT-CA--TGACC-CA-CG-----GTC--A-TCAG-AAGAC--CAG-GCAA-AT-T----GTCCGGGTC--AGT-TGAAT--AT--CTGGTTGT-G-TTG--TG-T----TTGAA--ATGA--AT--GT-TAT----A--T---A--A-TCAGTGGGGCTCATGGC---TAGTTCATA----GCT-------GGTGT---C-ACATCTACCTCCC----AAGC-AAG----G-GAG-Gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagatatttaatcatgacccacggtcatcagaagaccaggcaaattgtccgggtcagttgaatatctggttgtgttgtgtttgaaatgaatgttatataatcagtggggctcatggctagttcatagctggtgtcacatctacctcccaagcaagggagg
gi|6 : catgcaagtagctttaagccctcattctcgttaaatttttcatttcgtgtcgactggtggcctatataaatttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGCAAG-TAGCTTTAAGC--TAATTCTCATTAAA----TTTTTATTTCGTGTCGATCTG-GTGG-C-TAT-CAAAATT-TG
gi|6 : cGAT-AT-TTAAT-CA--TGAAACCAACG-----GTCATA-TCAG--AGAC--CAG-GCAA-TTAT----GT-CGGGT---AGT-TGACT--AT--CTGGTTGT-GTTTG--TGTT----T-GGA--ATGC--AT--GT-TAT----ATAT---AG---T-----GGGCTCATGGC---TAGTTCATA----GCT-------GGTGT---C-A-ATCTAAC-TCC----AAGC-AAG----G-GAG-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatatttaatcatgaaaccaacggtcatatcagagaccaggcaattatgtcgggtagttgactatctggttgtgtttgtgtttggaatgcatgttatatatagtgggctcatggctagttcatagctggtgtcaatctaactccaagcaagggag
gi|7 : catgcaagtagctttaagctaattctcattaaatttttatttcgtgtcgatctggtggctatcaaaatttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaAAATGTAAAACTTG-T---CATCACTCTTCGTATAATTCTTCT-GCCTAAGC--AGCCCCTAACAGTGCAGAT-ATGACAGCGC-AAGCC-AGCTAAGG-TCGA-CATATCCTCATACTGGGCCT---AACCAT-TG--GTGGGCA-GCTGCTATGTTC---ATTC--TC-TCTGG-TA-GTAT-GGTC-AATTGTCTCCTGC---C-TG-T-CTG-CATGGT--T---TGC-----TT--------AAAC-A--T-ATT------TACCA-AGTTCCTCACC-GTCTATGCTG-CTAAAGTCC-CAA-TCCTGGGGGCTTGCGGTCA-TGCTCCCAGCCAGGTCTTAA-TTCTA-TTATT
gi|8 : ggtattgtaaccactttgcaatcatCT-G-CTAAGC--AG--CCTAA----CCAAG--ATTACAGCGC-AG--CCAGC--AGGTTTGA-CAT-CCC---TACTGGG-TT---ACTCAT-CA--GTGGATAAGTCGTCATGTCC---AACCCTCC-T--GG-AA-A-GTAGGTC-AG-TGTCTCCTGCTGTC-TG-TTCTG-TATA----CATATGC-----TACTTTTTC-AAAT-A--C-CCT------T---A--GTTC--CGCCAGCCCAAG-TG-CTAAA-TCC-CAG-CCTTGGGT--CTG-GGTCA--G--GCAAGC-------CAA-TTATA-TTATTGAtaa
gi|9 : TCACTCTT-GT-TAATCCTGCT-G-CTAAGC--AG--CCT-A----ACAGGG-ATTACAGTGC-AGC-C-AGCAAAGGTTTGA-TAT-TCC---TACTGGG-TT---ACCCAT-TG--GTAAA-A-GTCGTTATGTTG---AA--CTCT-TCAGG-TA---GTAGGTCAAA-TGTTTCCTGCTAAC-TGAT-CTG-CATA--------TAT-----TA--------AAGT-AGCT-ACTATGGGAT---A-AGTGC--CACCAGTCCATG-TA-CAAAA-TCCGCAG-CCTTGGG---CTA-GTTCA-ta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CCCTTCATATCGCATAGAATATTCTAATCTATTTCGCTGTCAGATCTTGGTGGCCTATACCAAAATTCTGTTTGTGGGGGAACACTGTCCTCAATGTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 444444444444444 1 1 111 777777777777777 4444 2 33 1 22222 11 1111 11 1 2222 1 1 11 3333333333 1 1 1 2222 11 222 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666 222 777777777777777777777 1 2222 1 1 333333 1 2 1 1111111 1 1 88888888888888888888888888888888888888888 222222222222222222 1 1 1 44444 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 1 1 11 22222 11 22 1 111 111111 1 2222 111 5555555555555555555555555555555555555555555 11111 11 1 222 2222 1
lowQualScore : 3 666 8 3 111111111111111 8 8 0 8 8 8 6 3 88 6 444 6 6 0 7 333333333333333 3333 7 3 0 00 1 7 0 00000 7 3 9 0 00 8888 9 2 3 88 5 1 3 3 3333 1 5 1 55 5 0000000000 5 1 99999 5 1 5 77 5 1 1 0000 33 5 5 77 111 1 5 66666666666666666666666666666666666666666666666666 6 2 000 555555555555555555555 5 0 0 1111 0 0 5 8 444444 6 3 1 3 3 99 3333333 3 6 3 3 1 00000000000000000000000000000000000000000 6 5 666666666666666666 4 5 1 1 0 8 1 33333 5 6 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 88888 3 3 1 6 4 8 66 22 33333 11 4 55 4 3 1 4 8 555 333333 2 66 66 3 777 6666 4 1 4 2222 1 4 8 4 4 555 4 8888888888888888888888888888888888888888888 4 11111 22 5 8 4 8 8 4 444 8 4 9999 33 3 6 6
lowQualScore : . ... . . ............... . . . . . . . . .. . ... . . . . ............... .... . . . .. . . . ..... . . . . .. .... . . . .. . . . . .... . . . .. . .......... . . ..... . . . .. . . . .... .. . . .. ... . . .................................................. . . ... ..................... . . . .... . . . . ...... . . . . . .. ....... . . . . . ......................................... . . .................. . . . . . . . ..... . . .............................................................................................................................. ..... . . . . . . .. .. ..... .. . .. . . . . . ... ...... . .. .. . ... .... . . . .... . . . . . ... . ........................................... . ..... .. . . . . . . ... . . .... .. . . .
lowQualScore : 3 000 0 8 222222222222222 0 0 8 0 0 0 0 8 88 0 777 7 7 7 3 000000000000000 7777 3 7 7 33 0 3 0 22222 0 2 8 2 55 0000 2 5 2 00 5 0 2 2 5555 4 7 4 77 7 4444444444 7 4 66666 7 4 7 99 7 4 7 6666 88 0 0 99 444 4 7 44444444444444444444444444444444444444444444444444 6 7 000 111111111111111111111 7 1 0 2222 0 0 0 9 222222 7 3 0 3 3 88 0000000 3 7 5 3 0 33333333333333333333333333333333333333333 7 7 333333333333333333 1 0 4 4 0 8 7 66666 7 7 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88888 3 3 7 3 4 9 11 22 66666 11 4 66 4 1 9 4 9 666 000000 4 11 33 3 888 9999 4 1 4 0000 9 4 9 6 4 999 4 2222222222222222222222222222222222222222222 4 11111 22 4 9 4 9 9 4 444 9 4 3333 55 3 7 7
consensus : ATGCAAG-TAGCTTTAAGCCCTCAT-TCTCATTAAA----T-TTCT-----ATTTCG-TGTC-GATCT-G-GTGG-CCTATAC-AAAATT-TGTTGTGTGGGGGAGCACTCGTGCCACATGCGTTAATGAGGACATCGGTGATTCACCAATGTCGTTGATGGGAGAG---A---CATT----GTATGA----CCAATTG-TCCGTG--GCGGTAACTGTGTCAGTGCG-ACAGTTAGGTAAGTATATGATTTACTAAATTTCTGCGCACTACAAACCAGGCTTCTCCTTGCCCACTCTTATANTCAAAGCAGGGTGACGCGGAT-AT-TTAA-TCA--TGAC-C-CAGC-----G-GT-CG-C--CA-G-AAG-AC--CAG-GC-AATTAT----GTCCGGG--TC-AGT-TGAAT--A-TACTGGTTG-TGTT-G--TG-T----T-GA--A-ATGA--A--TGT-TAT---A-A----TAG-A-TNAGCGGGGCTCATGGC---TAGTTCACA----GC-TTTC---GG-G---TC-ACATCTACC-CCC----AAGC-AA-G-GGAG-GG---T-TGCTACA-GGTCT-GGT-GCAAGTA--GGT--ACTTGCT-T-TTAAACCA-GGTAGCACTGT--------GGAAACC--------GGT--GAGNT---G-C--GC-AGAA-GTCAT---CTN-ATCCTGCCCT-TAGAAACG-TGTTTCAACTGT-TCAGGGACTGCC---GAC-ACCTA-GCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAATGTAAAACTTG-T---CATCACTCTT-GT-TAATTCCGCT-G-CTAAGC--AG--CCTAA----GCAGGG-ATTACAGCGC-AG--C-AGCTAAGGTTCGA-CAT-CCC---TACTGGG-CT---ACCCATTGGTG--GGC-A-GCCGTTATGTTC---ANCCCTCC-TCTGG-TA-GTGTAGGTC-AA-TGTCTCCTGCTGTC-TG-T-CTG-TATA----T---TGCTA--------AAATA--T-ACT------T---A-AG-----TTC--CACCAGTCCATG-TG-CTAAA-TCC-CAG-CCTTGGG---CTG-GGTCA-TG--CTCAGCCCGGGC-CAA-TTCTA-TTATTAA
Reference ( family-1656 ) : ATGCAAG-TAGCTTTAAGCCCTCAT-TCTCATTAAA----T-TTC------ATTTCG-TGTC-GATCT-G-GTGG-C-TATAC-AAAATT-TGTCGTGTGGGGAAGCATTCGTGCCACATGCGTTAATGAGGACATCGGTGATTCACCAATGTCGTTGATGGGAGAGTTGAGTCCATTTAATGTATGATGGGCCAATTGATCCGTGCTGCGGTAACTGNGTCAGTGCG-ACAGTTAGGTAAGTATATGATTTACTAAATTTCTGCGCACTACAAACCAGGCTTCTCCTTGCCCACTCTTATANTCAAAGCAGGGTGACGCGGAT-AT-TTAA-TCA--TGAC-C-CAGC-----G-GT-CG-C--CA-G-AAG-AC--CAG-GC-AATTAT----GTCCGGG--TC-AGT-TGAAT--A-TACTGGTTG-TGTT-G--TG-T----T-GA--A-ATGA--A--TGT-TAT---A-A----TAG-A-TNAGCGGGGCTCATGGC---TAGTTCACA----GC-TTTC---GG-G---TC-ACATCTACC-CCC----AAGC-AA-G-GGAG-GG---T-TGCTACA-GGTCTCGGT-GCAAGTA--AGT--ACTTGCT-T-TTAAACCA-GGTAGCACTNT--------GGAAACC--------GGT--GAGNT---G-C--GC-AGAA-GTCAT---CTN-ATCCTGCCCT-TAGAAACG-TGTTTCAACTGT-TCAGGGACTGCC---GAC-ACCTA-GCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAATGTAAAACTTG-T---CATCACTCTT-GT-TAATTCCGCT-G-CTAAGC--AG--CCTAA----GCAGGG-ATTACAGCGC-AG--C-AGCTAAGGTTCGA-CAT-CCC---TACTGGG-CT---ACCCATCGGTG--GGC-A-GCCGTTATGTTC---ANCCCTCC-TCTGG-TA-GTGTAGGTC-AA-TGTCTCCTGCTGTC-TG-T-CTG-TATA----T---TGCTA--------AAATA--T-ACT------T---A-AG-----TTC--CACCAGTCCATG-TG-CTAAA-TCC-CAG-CCTTGGG---CTG-GGTCA-TG--CCCAGCCCGGGC-CAA-TTCTA-TTATTAA
gi|1 : AT-TCTCATTAAAAATTT-TTC------ATTTCG-TGTC-GATCT-G-GTGG-CCTATGC-AAAATTATGTTG-GTGGGGAAGCATTCGTGCCACATGCGTTAATGAGGACACTG-----TCA-CAATGTCATTG-TGGGGGAGTTGAGTCCATTTAATGTGTGGTGGGCC-ATTGATCCATGCTGTGGGGACTGGG--AGTGCGCACA-------AGATATATGATTAATTAA--TTCTGCGC----CAAACCCG--CTCTCCT--CCCACTC-TGTAATC-AAGCAGGG-G--GCAGAT-ATATTAA-TCA--TGAC-C---AC-----A-GT-CA-C--CA-G-AAGAACAACAGAGC-AATTAT----GTCCGGG--TC-AAG-TGAATTAA-TATGGGCTG-TGTT-G--TG-TTTCAT-GA--A-A-GA--A--TGTATAT---ATA----TAACA-TCAGTGAGGCTCGTGGT---TAGTTCCTA-------CTCCGCAGG-G---TCAACATCTACCTCCC----AGAC-AA-GCGGTG-GGAGAT-GGCTACA--GTCT-GGT-GAAAGTA--GCTTAGCTTGCT-T-TAAAACCA-GGTCGCACTGT--------GAGAACA--------GGT--GCGTT---GCC--GCAAGAA-GTCAA---TTA-TCCCTG-CCT-TAG-AACG-CGTTTC-ACTGT-TCA-GGACTGCCTGAGAC-ACCTATGCT
gi|1 : ttgAACTTG-CACACATCAACCTT-GT-TAATTC-GCTCG-CTAAGCGGAG--CCCTA----GCAGGGTATTACAGCGCGAGA-C-AACTAAGGTTCGAACAT-CC----TACTGGG-CCTACACCCATTCGTAATGGCTATGCTGTTATGTTTCAGAGCGCTCCCTCTGGATAAGT-TAGGT--AT-TGTTTCCTGCTGTC-TG-C-CTGCTATA----T---ACCTA--------AAATA--T-A-T------T---ACAG-----TTC--CACC-GTCTATG-TG-CTAAA-TCCTCAA-CA-TGGG---CTG-GGTCAGTG--CTCG--CCAGGC-CAATTTCTA-TTATTtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaatcaataatgggttcgaacttgcacacatcaaccttgttaattcgctcgctaagcggagccctagcagggtattacagcgcgagacaactaaggttcgaacatcctactgggcctacacccattcgtaatggctatgctgttatgtttcagagcgctccctctggataagttaggtattgtttcctgctgtctgcctgctatatacctaaaatatattacagttccaccgtctatgtgctaaatcctcaacatgggctgggtcagtgctcgccaggccaatttctattatttaat
gi|10 : ttgattctcattaaaaatttttcatttcgtgtcgatctggtggcctatgcaaaattatgttggtggggaagcattcgtgccacatgcgttaatgaggacactgtcacaatgtcattgtgggggagttgagtccatttaatgtgtggtgggccattgatccatgctgtggggactgggagtgcgcacaagatatatgattaattaattctgcgccaaacccgctctcctcccactctgtaatcaagcagggggcagatatattaatcatgaccacagtcaccagaagaacaacagagcaattatgtccgggtcaagtgaattaatatgggctgtgttgtgtttcatgaaagaatgtatatatataacatcagtgaggctcgtggttagttcctactccgcagggtcaacatctacctcccagacaagcggtgggagatggctacagtctggtgaaagtagcttagcttgctttaaaaccaggtcgcactgtgagaacaggtgcgttgccgcaagaagtcaattatccctgccttagaacgcgtttcactgttcaggactgcctgagacacctatgcttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaatcaataatgggttcg---CATCACTCTT-GT-TAAT-CCGCT-G-TTAAGC--AG--CCTAA----GT-TGG-ATTACAGTAC-AGT-C-AGCAAATGTTTGA-CAT-CCC---TACTGGG-TT---ACCCAATGGTG--GGA-A-GTCGTCATGTTC---AACCCT---TCTGT-TA---GTAGGTC-AA-TGTCTCCTGCGGTA-TGTT-CTG-TATA--------TGC-A--------GCATT--C-AAG------T---A-AGACGAATTC--CACCAGCCCATG-TG-ATACA-TCA-CAGTCTTTGGG---CTG-GGCCA-taat
gi|11 : cgGCT-G-CTAAGC--AG--CCTAA----ACAGG---TTACAGCGC-AG--C-AGC--AGGTTTTG-CAT-CCC---TACTGGG--T---ATTCATCAGTG--GAT-AAGTCGTTAGGTTC---AACCCTCC-T--GG-AA-GT--AGGTC-AG-TGTCTCCTGCTGTC-TG-TTCTG-TATACATAT---TGCTATTTTTTCCAAATA--CCACT------------AG-----TTC--CGCCAGCCCAAG-TG-CTAAA-TCC-CAG-CCTTGGGT--CTG-AGTCA-GG--Cggaag
gi|12 : GCT-G-CTAAGC--AG--CCTAT----CCAGGG-ATT-C-GCGC-AG--C-CAC-AAGGTTCGA-CAT-CCC---TACTGGG-CT---ACCATTTGGTG--GGC-A---TGCTATGTTC---ATC---CC-TCTGG-TA---GTAGGTC-AA-TGTCTCATGCTGTC-TG---CCG-TATA---------GCTA--------AAATT--T-AC-----------A-GG-----TT---CAC--GTCTAT--TGTCTAAA-TCC---A-CCTGGGA---CTG-GGTCA-TG---TCAGTCCAGGC-CAG-TTCTA-TTATTAAaagc
gi|13 : G-GG---A-TGCTACA-GCTCT-GTT-GCAAGGA--GGT--ACTTGC--T-TTAAACCA-GTCAGCACTGC--------TGGAACA--------GGT----GGT---G-C--GC-AGAAGGTCAT---CT--ATCCTGCC---TATAAACG-TG-TTCAACTG--TCA-GGACTGCCCTGGAC-ACCTt
gi|14 : g-CCC----AAAT-AG-G-GGAG-GG---GATGCTACA-GA-CT-GGT-G-AAGTTTTGGT--TCTT-CT-TGTTAAACGA-GGTAGCACTAA--------GGAGACT--------GGT--GAGAT---G-G--GC-AGA----TAT---CTC-ATCCT-CACC-TAGGA--G-TTGTTCAAC-GT-CCAGGgatgct
gi|15 : CCTTCATATCGCATAGAA----TATTCTAATCTATTTCGCTGTCAGATCTTG-GTGG-CCTATACCAAAATTCTGTT-TGTGGGGGAACACTcctgtc
gi|16 : cTAA----GTCTGGG--TC-AGT-TGAAT--A-T-CTGGTTG-TG---------T----T-G--------------TGT-TTT--------------G-TAAGTGGGGCTCATGGC---TAGTTCACA----G----TA---GT-G---TC--CATC-ACC-TCC----AAGC-AA-G-GGAG-Ggtcctcaatgttt
gi|17 : -GTCAT---CTC--CCCTGCC-T-TAGAA-CG-TGTTG-AACTGT-CCAGG-ACTG-----GAC-ACCTA-
gi|18 : GAT-AT-TTAA-TCA--TGAC-CGCAGC-----GAGT-CA-C--CAGG-AAG-AC--CAG-GC-AA-TATGATGGTCCGGG--TCAAGT-TGAtgttcacatagggtccctggtttt
gi|19 : TTCAACTGT-TCA-GGACTG-----GAC-ACCTA-
gi|2 : GGACATCGGTGATTCACCAATGTTGTTGATGGGAGAG---A---CATT----GTATGA----CCAATTG-TCTGTG--GCGGTAACTGTGTCAGTGCG-ACAGTTAGGTAAGTATATGATTTACTAAATTTCTGCGCACTACAAACCAGGCTTCTCCTTGCCCACTCTTATATTCAAAGCAGGGTGACGCGAATGAT-CTAATTCACTTGAC-C-CAGCGTTCGG-GTCCG-C--CA-GTAAG-AC--CAG-GCAAATTATA---GTCCGGGTCTC-AGT-TGAAT--ATTACTGGTTGTTGTT-GAATGAT----T-GAATA-ATGATTATTTGT-TATTTCA-AATCTTGG-A-TAAGCAGGGGTCATGACGCGTAGTTAACAATGTGCTTTTC---AG-GTGTTC-ACATCTACC-CCCCTATAAGCTAATG-TGAGCGG---TCTG-TACATGGTCTCGGTAGC-AGTA--AGT--ACTTGCTAT-TTAAACCACGGTAGCACTTTGTTGGACGGAAAACCCTCTGTTGGGTAAGAGATAGAA-CAAGC-AGAA-GTAATCAACTA-ATA--GCAATATAG-AACGTTGTTCCAACTGTGTCAGGATCTG-C---GAT-ACCTT-GCTtgtt
gi|2 : tagtgggttAAATGTAAAACTTG-T---CATCACTCTTCGTATAATTCTTCT-GCCTAAGC--AGCCCCTAACAGTGCAGAT-ATGACAGCGC-AAGCC-AGCTAAGG-TCGA-CATATCCTCATACTGGGCCT---AACCATTGGTG--GGC-A-GCTGCTATGTTC---ATTC--TC-TCTGG-TA-GTAT-GGTC-AATTGTCTCCTGC---C-TG-T-CTG-CATGGT--T---TGCTT--------AAACA--T-ATT------TACCA-AG-----TTCCTCACC-GTCTATGCTG-CTAAAGTCC-CAA-TCCTGGGGGCTTGCGGTCA-TGCTCCCAGCCAGGTCTTAA-TTCTA-TTATTtcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgggtattgtaaccactttgcaatcataaatgtaaaacttgtcatcactcttcgtataattcttctgcctaagcagcccctaacagtgcagatatgacagcgcaagccagctaaggtcgacatatcctcatactgggcctaaccattggtgggcagctgctatgttcattctctctggtagtatggtcaattgtctcctgcctgtctgcatggtttgcttaaacatatttaccaagttcctcaccgtctatgctgctaaagtcccaatcctgggggcttgcggtcatgctcccagccaggtcttaattctattatttaatcaag
gi|3 : tagtgggttggacatcggtgattcaccaatgttgttgatgggagagacattgtatgaccaattgtctgtggcggtaactgtgtcagtgcgacagttaggtaagtatatgatttactaaatttctgcgcactacaaaccaggcttctccttgcccactcttatattcaaagcagggtgacgcgaatgatctaattcacttgacccagcgttcgggtccgccagtaagaccaggcaaattatagtccgggtctcagttgaatattactggttgttgttgaatgattgaataatgattatttgttatttcaaatcttggataagcaggggtcatgacgcgtagttaacaatgtgcttttcaggtgttcacatctacccccctataagctaatgtgagcggtctgtacatggtctcggtagcagtaagtacttgctatttaaaccacggtagcactttgttggacggaaaaccctctgttgggtaagagatagaacaagcagaagtaatcaactaatagcaatatagaacgttgttccaactgtgtcaggatctgcgataccttgcttcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgggtattgtaaccactttgcaatcatATTCAAGCTAGCTTTATGCCC-CAT-TCTCATT-AA----T-TTCG-----ATTTCG-T-TC-GATCT-GAGTAG-C-TACAC-AAAATT-TGTCGTGTGtaatcaag
gi|3 : AGTGCG-CCAG----GTA-GTCT-TGATT----AAGATTCTGCGCA-----AACC-GGCT-CTCCT--CCCACTG--ATAATCAA-GCAGGG-G--GCAGAT-AT-TTAA-TCA--TGAC-CACA-C-----G-GT-CAAC--CA-C-AAG-AC--CAG-GC-A-TTAT----GTCCGGG--TC-AGTCTGAAT--A-T-CTGGTTG-TGTT-G--T--T----T-GA--ACATGA--A--TGT-TAT---G-A----TAG-AATCAGTGGGGCTCATGGT---TAGTTCATA----AC-T------GG-G---TC-ACATCCACT-CCC----AAGC-AA-G-GGAG-GA---T--GCTACA-GTTCT-GGT-GCAAGGA--TTC--ACTTGCT-T-T-AAACCA-GGTAGCACTGT--------GGAGAC---------AGT--GAGTT---G-C--GC--GAA-GTCAT---CTTTATCCTGCCCT-TAGAAACG-TGTTTCAACTGT-TCAGGGACTGCCCT-GACAACCTA-GCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAATGTAAAACTTGCT---CATCACTCTT-GT-TAATTTCGCT-G-CT-AGC--AG--CCTGA----ACAGGG-ATTACAGCGC-A---C-AGCTAAGGTTCGA--AT-CCC---TACTGGG-GT---ACCCATTGGT---GGC-A-GCTGTTATGTTC---ATCTCTCC-TCTCG-TA-GTGTAGGTC-AA-TGTCTCCTGCTGTCATG-T-CTG-TATA--------TGCTG--------AAAT---T-ATT------T---A-AG-----TTC--CACC-GTCCATG-TG-CTAAA-TCC-CAA-CCTTGGG---CTG-GGTCA-TG---TCAGCCCGGGC-CAA-TTCTATTTATTAAaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgggagtgcgccaggtagtcttgattaagattctgcgcaaaccggctctcctcccactgataatcaagcagggggcagatatttaatcatgaccacacggtcaaccacaagaccaggcattatgtccgggtcagtctgaatatctggttgtgttgtttgaacatgaatgttatgatagaatcagtggggctcatggttagttcataactgggtcacatccactcccaagcaagggaggatgctacagttctggtgcaaggattcacttgctttaaaccaggtagcactgtggagacagtgagttgcgcgaagtcatctttatcctgcccttagaaacgtgtttcaactgttcagggactgccctgacaacctagctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaatgtaaaacttgctcatcactcttgttaatttcgctgctagcagcctgaacagggattacagcgcacagctaaggttcgaatccctactggggtacccattggtggcagctgttatgttcatctctcctctcgtagtgtaggtcaatgtctcctgctgtcatgtctgtatatgctgaaattatttaagttccaccgtccatgtgctaaatcccaaccttgggctgggtcatgtcagcccgggccaattctatttattaa
gi|4 : attcaagctagctttatgccccattctcattaatttcgatttcgttcgatctgagtagctacacaaaatttgtcgtgtgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgggGGACATCGGTGATTCACCAATGTTGTTGATGGGAGAG---A---CATT----GTATGA----CCAATTG-TCTGTG--GCGGTAACTGTGTCAGTGCG-ACAGTTAGGTAAGTATATGATTTACTAAATTTCTGCGCACTACAAACCAGGCTTCTCCTTGCCCACTCTTATATTCAAAGCAGGGTGACGCGAATGAT-CTAATTCACTTGAC-C-CAGCGTTCGG-GTCCG-C--CA-GTAAG-AC--CAG-GCAAATTATA---GTCCGGGTCTC-AGT-TGAAT--ATTACTGGTTGTTGTT-GAATGAT----T-GAATA-ATGATTATTTGT-TATTTCA-AATCTTGG-A-TAAGCAGGGGTCATGACGCGTAGTTAACAATGTGCTTTTC---AG-GTGTTC-ACATCTACC-CCCCTATAAGCTAATG-TGAGCGG---TCTG-TACATGGTCTCGGTAGC-AGTA--AGT--ACTTGCTAT-TTAAACCACGGTAGCACTTTGTTGGACGGAAAACCCTCTGTTGGGTAAGAGATAGAA-CAAGC-AGAA-GTAATCAACTA-ATA--GCAATATAG-AACGTTGTTCCAACTGTGTCAGGATCTG-C---GAT-ACCTT-GCT
gi|5 : gtgggttATGCAAG-TAGCTTTAAGCCCTCAT-TCTCGTTAAATT--T-TTC------ATTTCG-TGTC-GA-CT-G-GTGGCC-TATAT--AAATT-TGtcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt
gi|5 : cCAGAT-AT-TTAA-TCA--TGAC-C-CA-C-----G-GT-CA-T--CA-G-AAG-AC--CAG-GC-AAAT-T----GTCCGGG--TC-AGT-TGAAT--A-T-CTGGTTG-TGTT-G--TG-T----TTGA--A-ATGA--A--TGT-TAT---A------TA--A-TCAGTGGGGCTCATGGC---TAGTTCATA----GC-T------GGTG---TC-ACATCTACCTCCC----AAGC-AA-G-GGAG-Gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagatatttaatcatgacccacggtcatcagaagaccaggcaaattgtccgggtcagttgaatatctggttgtgttgtgtttgaaatgaatgttatataatcagtggggctcatggctagttcatagctggtgtcacatctacctcccaagcaagggagg
gi|6 : catgcaagtagctttaagccctcattctcgttaaatttttcatttcgtgtcgactggtggcctatataaatttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGCAAG-TAGCTTTAAGC--TAAT-TCTCATTAAA----T-TTTT-----ATTTCG-TGTC-GATCT-G-GTGG-C-TAT-C-AAAATT-TG
gi|6 : cGAT-AT-TTAA-TCA--TGAAAC-CAAC-----G-GT-CA-TATCA-G-A-G-AC--CAG-GC-AATTAT----GTC-GGG--T--AGT-TGACT--A-T-CTGGTTG-TGTTTG--TG-T----TTGG--A-ATGC--A--TGT-TAT---ATA----TAG---T-----GGGCTCATGGC---TAGTTCATA----GC-T------GGTG---TC-A-ATCTAAC-TCC----AAGC-AA-G-GGAG-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatatttaatcatgaaaccaacggtcatatcagagaccaggcaattatgtcgggtagttgactatctggttgtgtttgtgtttggaatgcatgttatatatagtgggctcatggctagttcatagctggtgtcaatctaactccaagcaagggag
gi|7 : catgcaagtagctttaagctaattctcattaaatttttatttcgtgtcgatctggtggctatcaaaatttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaAAATGTAAAACTTG-T---CATCACTCTTCGTATAATTCTTCT-GCCTAAGC--AGCCCCTAACAGTGCAGAT-ATGACAGCGC-AAGCC-AGCTAAGG-TCGA-CATATCCTCATACTGGGCCT---AACCATTGGTG--GGC-A-GCTGCTATGTTC---ATTC--TC-TCTGG-TA-GTAT-GGTC-AATTGTCTCCTGC---C-TG-T-CTG-CATGGT--T---TGCTT--------AAACA--T-ATT------TACCA-AG-----TTCCTCACC-GTCTATGCTG-CTAAAGTCC-CAA-TCCTGGGGGCTTGCGGTCA-TGCTCCCAGCCAGGTCTTAA-TTCTA-TTATT
gi|8 : ggtattgtaaccactttgcaatcatCT-G-CTAAGC--AG--CCTAA----CCAAG--ATTACAGCGC-AG--CCAGC--AGGTTTGA-CAT-CCC---TACTGGG-TT---ACTCATCAGTG--GAT-AAGTCGTCATGTCC---AACCCTCC-T--GG-AA-A-GTAGGTC-AG-TGTCTCCTGCTGTC-TG-TTCTG-TATA----CATATGCTACTTTTTC-AAATA--C-CCT------T---A--G-----TTC--CGCCAGCCCAAG-TG-CTAAA-TCC-CAG-CCTTGGGT--CTG-GGTCA-GG---------CAAGC-CAA-TTATA-TTATTGAtaa
gi|9 : TCACTCTT-GT-TAATCCTGCT-G-CTAAGC--AG--CCTAA-----CAGGG-ATTACAGTGC-AGC-C-AGCAAAGGTTTGA-TAT-TCC---TACTGGG-TT---ACCCATTGGTA--AA--A-GTCGTTATGTTG---AA--CTCT-TCAGG-TA---GTAGGTCAAA-TGTTTCCTGCTAAC-TGAT-CTG-CATA--------TATTA--------AAGTAGCT-ACTATGGGAT---A-AG-----TGC--CACCAGTCCATG-TA-CAAAA-TCCGCAG-CCTTGGG---CTA-GTTCA-ta
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 222222222222 1 11 2222222 2222 2222 1 11 11 1 22222 11 1111 11 11 1 2222 1 1 11 3333333333 1 1 1 2222 11 222 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666 222 777777777777777777777 1 2222 1 1 333333 1 1 1 1 1 11 777777777777777777777777777777777777777 222222222222222222 1 1 1 44444 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 1 1 11 22222 11 22 1 111 111111 1 2222 111 5555555555555555555555555555555555555555555 11111 11 1 222 2222 1
lowQualScore : 3 666 8 444444444444 8 8 8 0 8 8 3 88 6 44 5 5 0 5 8888888 1111 1111 5 0 0 33 3 88 0 00000 7 3 9 0 00 8888 9 2 3 88 22 1 5 3333 1 5 1 55 5 0000000000 5 1 99999 5 1 5 77 5 1 1 0000 33 5 5 77 111 1 5 6666666666666666666666666666666666666666666666666 6 2 000 555555555555555555555 5 0 0 1111 0 0 5 8 444444 6 3 9 3 3 99 9999999 3 6 3 3 88 000000000000000000000000000000000000000 6 5 666666666666666666 4 5 1 1 0 8 1 33333 5 6 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 88888 3 3 1 6 4 8 66 22 33333 11 4 55 4 3 1 4 555 8 333333 66 66 3 777 6666 4 1 4 2222 1 4 8 4 4 555 4 8888888888888888888888888888888888888888888 4 11111 22 5 8 4 8 8 4 444 8 4 4444 33 3 6 6
lowQualScore : . ... . ............ . . . . . . . .. . .. . . . . ....... .... .... . . . .. . .. . ..... . . . . .. .... . . . .. .. . . .... . . . .. . .......... . . ..... . . . .. . . . .... .. . . .. ... . . ................................................. . . ... ..................... . . . .... . . . . ...... . . . . . .. ....... . . . . .. ....................................... . . .................. . . . . . . . ..... . . .............................................................................................................................. ..... . . . . . . .. .. ..... .. . .. . . . . ... . ...... .. .. . ... .... . . . .... . . . . . ... . ........................................... . ..... .. . . . . . . ... . . .... .. . . .
lowQualScore : 3 000 0 888888888888 0 0 0 8 0 0 8 88 0 00 2 2 8 8 5555555 2222 2222 8 0 8 88 0 00 0 22222 0 2 8 2 55 0000 2 5 2 00 55 0 5 5555 4 7 4 77 7 4444444444 7 4 66666 7 4 7 99 7 4 7 6666 88 0 0 99 444 4 7 4444444444444444444444444444444444444444444444444 6 7 000 111111111111111111111 7 1 0 2222 0 0 0 9 222222 7 3 3 3 3 88 7777777 3 7 5 3 33 333333333333333333333333333333333333333 7 7 333333333333333333 1 0 4 4 0 8 7 66666 7 7 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88888 3 3 7 3 4 9 11 22 66666 11 4 66 4 1 9 4 666 9 000000 11 33 3 888 9999 4 1 4 0000 9 4 9 6 4 999 4 2222222222222222222222222222222222222222222 4 11111 22 4 9 4 9 9 4 444 9 4 8888 55 3 7 7
consensus : ATGCAAG-TAGCTTTAAGCCCTCAT-TCTCATTAAA---T----T--TTT-ATTTCG-TGTC-GATCT-G-GTGGCCTATAC-AAAATT-TGTTGTGTGGGGGAGCACTCGTGCCACATGCGTTAATGAGGACATCGGTGATTCACCAATGTCGTTGATGGGAGAG---A---CATT----GTATGA----CCAATTG-TCCGTG--GCGGTAACTGNGTCAGTGCG-ACAGTTAGGTAAGTATATGATTTACTAAATTTCTGCGCACTACAAACCAGGCTTCTCCTTGCCCACTCTTATANTCAAAGCAGGGTGACGCGGAT-AT-TTAA-TCA--TGAC-C-CAGC-----G-GT-CG-C--CA-G-AAGA-C--CAG-GC-AATTAT----GTCCGGG--TC-AGT-TGAAT--A-TACTGGTTG-TGTT-G--TG-TTT---GA--A-ATGA--A--TGT-TAT---A-A----TAG-A-TNAGCGGGGCTCATGGC---TAGTTCACA----GC-TTTCG---G-G---TCA-CATCTACC-CCC----AAGC-AA-G-GGAG-GG---T-TGCTACA-GNTCT-GGT-GCAAGTA--GGT--ACTTGCT-T-TTAAACCA-GGTAGCAC--TGT------GGAAACC--------GGT--GAGNT---G-C--GC-AGAA-GTCAT---CTN-ATCCTGCCCT-TAGAAACG-TGTTTCAACTGT-TCAGGGACTGCC---GAC-ACCTA-GCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAATGTAAAACTTG-T---CATCACTCTT-GT-TAATTCCGCT-GC-TAAGC--AGCC--TAA----GCAGGG-ATTACAGCGC-AG--C-AGCTAAGGTTCGA-CAT---CCC-TACTGGGC-T---ACCCATTGGTG--GGC-A-GCCGTTATGTTC---ANCCCTCC-TCTGG-TA-GTGTAGGTC-AA-TGTCTCCTGCTGTC-TG-T-CTG-TATA----T---TGCTA--------AAATA--T-ACT------T---A-AG-----TTC--CACCAGTCCATG-TG-CTAAA-TCC-CAG-CCTTGGG---CTG-GGTCA-TGCT--CAGCCCGGGC-CAA-TTCTA-TTATTAA
Reference ( family-1656 ) : ATGCAAG-TAGCTTTAAGCCCTCAT-TCTCATTAAA---T----T--TCT-ATTTCG-TGTC-GATCT-G-GTGGCCTATAC-AAAATT-TGTTGTGTGGGGGAGCACTCGTGCCACATGCGTTAATGAGGACATCGGTGATTCACCAATGTCGTTGATGGGAGAG---A---CATT----GTATGA----CCAATTG-TCCGTG--GCGGTAACTGTGTCAGTGCG-ACAGTTAGGTAAGTATATGATTTACTAAATTTCTGCGCACTACAAACCAGGCTTCTCCTTGCCCACTCTTATANTCAAAGCAGGGTGACGCGGAT-AT-TTAA-TCA--TGAC-C-CAGC-----G-GT-CG-C--CA-G-AAGA-C--CAG-GC-AATTAT----GTCCGGG--TC-AGT-TGAAT--A-TACTGGTTG-TGTT-G--TG-TT----GA--A-ATGA--A--TGT-TAT---A-A----TAG-A-TNAGCGGGGCTCATGGC---TAGTTCACA----GC-TTTCG---G-G---TCA-CATCTACC-CCC----AAGC-AA-G-GGAG-GG---T-TGCTACA-GGTCT-GGT-GCAAGTA--GGT--ACTTGCT-T-TTAAACCA-GGTAGCAC--TGT------GGAAACC--------GGT--GAGNT---G-C--GC-AGAA-GTCAT---CTN-ATCCTGCCCT-TAGAAACG-TGTTTCAACTGT-TCAGGGACTGCC---GAC-ACCTA-GCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAATGTAAAACTTG-T---CATCACTCTT-GT-TAATTCCGCT-GC-TAAGC--AGCC--TAA----GCAGGG-ATTACAGCGC-AG--C-AGCTAAGGTTCGA-CAT---CCC-TACTGGGC-T---ACCCATTGGTG--GGC-A-GCCGTTATGTTC---ANCCCTCC-TCTGG-TA-GTGTAGGTC-AA-TGTCTCCTGCTGTC-TG-T-CTG-TATA----T---TGCTA--------AAATA--T-ACT------T---A-AG-----TTC--CACCAGTCCATG-TG-CTAAA-TCC-CAG-CCTTGGG---CTG-GGTCA-TGCT--CAGCCCGGGC-CAA-TTCTA-TTATTAA
gi|1 : AT-TCTCATTAAAAATT----T--TTC-ATTTCG-TGTC-GATCT-G-GTGGCCTATGC-AAAATTATGTTG-GTGGGGAAGCATTCGTGCCACATGCGTTAATGAGGACACTG-----TCAC-AATGTCATTG-TGGGGGAGTTGAGTCCATTTAATGTGTGGTGGGCCA-TTGATCCATGCTGTGGGGACTGGG--AGTGCGCACA-------AGATATATGATTAATTAA--TTCTGCGC----CAAACCCG--CTCTCCT--CCCACTCT-GTAATCAA-GCAGGG-G--GCAGAT-ATATTAA-TCA--TGAC-C---AC-----A-GT-CA-C--CA-G-AAGAACAACAGAGC-AATTAT----GTCCGGG--TC-AAG-TGAATTAA-TATGGGCTG-TGTT-G--TG-TTTCATGA--A-A-GA--A--TGTATAT---ATA----TAACA-TCAGTGAGGCTCGTGGT---TAGTTCCTA-------CTCCGCAGG-G---TCAACATCTACCTCCC----AGAC-AA-GCGGTG-GGAGAT-GGCTACA-G-TCT-GGT-GAAAGTA--GCTTAGCTTGCT-T-TAAAACCA-GGTCGCAC--TGT------GAGAACA--------GGT--GCGTT---GCC--GCAAGAA-GTCAA---TTA-TCCCTG-CCT-TAG-AACG-CGTTTC-ACTGT-TCA-GGACTGCCTGAGAC-ACCTATGCT
gi|1 : ttgAACTTG-CACACATCAACCTT-GT-TAATTC-GCTCGC-TAAGCGGAGCC--CTA----GCAGGGTATTACAGCGCGAGA-C-AACTAAGGTTCGAACAT---CC--TACTGGGC-CTACACCCATTCGTAATGGCTATGCTGTTATGTTTCAGAGCGCTCCCTCTGGATAAGT-TAGGT--AT-TGTTTCCTGCTGTC-TG-C-CTGCTATA----T---ACCTA--------AAATA--T-A-T------T---ACAG-----TTC--CACC-GTCTATG-TG-CTAAA-TCCTCAA-CA-TGGG---CTG-GGTCAGTGCT--CG--CCAGGC-CAATTTCTA-TTATTtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaatcaataatgggttcgaacttgcacacatcaaccttgttaattcgctcgctaagcggagccctagcagggtattacagcgcgagacaactaaggttcgaacatcctactgggcctacacccattcgtaatggctatgctgttatgtttcagagcgctccctctggataagttaggtattgtttcctgctgtctgcctgctatatacctaaaatatattacagttccaccgtctatgtgctaaatcctcaacatgggctgggtcagtgctcgccaggccaatttctattatttaat
gi|10 : ttgattctcattaaaaatttttcatttcgtgtcgatctggtggcctatgcaaaattatgttggtggggaagcattcgtgccacatgcgttaatgaggacactgtcacaatgtcattgtgggggagttgagtccatttaatgtgtggtgggccattgatccatgctgtggggactgggagtgcgcacaagatatatgattaattaattctgcgccaaacccgctctcctcccactctgtaatcaagcagggggcagatatattaatcatgaccacagtcaccagaagaacaacagagcaattatgtccgggtcaagtgaattaatatgggctgtgttgtgtttcatgaaagaatgtatatatataacatcagtgaggctcgtggttagttcctactccgcagggtcaacatctacctcccagacaagcggtgggagatggctacagtctggtgaaagtagcttagcttgctttaaaaccaggtcgcactgtgagaacaggtgcgttgccgcaagaagtcaattatccctgccttagaacgcgtttcactgttcaggactgcctgagacacctatgcttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaatcaataatgggttcg---CATCACTCTT-GT-TAAT-CCGCT-GT-TAAGC--AGCC--TAA----GT-TGG-ATTACAGTAC-AGT-C-AGCAAATGTTTGA-CAT---CCC-TACTGGGT-T---ACCCAATGGTG--GGA-A-GTCGTCATGTTC---AACCCT---TCTGT-TA---GTAGGTC-AA-TGTCTCCTGCGGTA-TGTT-CTG-TATA--------TGC-A--------GCATT--C-AAG------T---A-AGACGAATTC--CACCAGCCCATG-TG-ATACA-TCA-CAGTCTTTGGG---CTG-GGCCA-taat
gi|11 : cgGCT-GC-TAAGC--AGCC--TAA----ACAGG---TTACAGCGC-AG--C-AGC--AGGTTTTG-CAT---CCC-TACTGGG--T---ATTCATCAGTG--GAT-AAGTCGTTAGGTTC---AACCCTCC-T--GG-AA-GT--AGGTC-AG-TGTCTCCTGCTGTC-TG-TTCTG-TATACATAT---TGCTATTTTTTCCAAATA--CCACT------------AG-----TTC--CGCCAGCCCAAG-TG-CTAAA-TCC-CAG-CCTTGGGT--CTG-AGTCA-GGCggaag
gi|12 : GCT-GC-TAAGC--AGCC--TAT----CCAGGG-ATT-C-GCGC-AG--C-CAC-AAGGTTCGA-CAT---CCC-TACTGGGC-T---ACCATTTGGTG--GGC-A---TGCTATGTTC---ATC---CC-TCTGG-TA---GTAGGTC-AA-TGTCTCATGCTGTC-TG---CCG-TATA---------GCTA--------AAATT--T-AC-----------A-GG-----TT---CAC--GTCTAT--TGTCTAAA-TCC---A-CCTGGGA---CTG-GGTCA-TG-T--CAGTCCAGGC-CAG-TTCTA-TTATTAAaagc
gi|13 : G-GG---A-TGCTACA-GCTCT-GTT-GCAAGGA--GGT--ACTTGC--T-TTAAACCA-GTCAGCAC--TGC------TGGAACA--------GGT----GGT---G-C--GC-AGAAGGTCAT---CT--ATCCTGCC---TATAAACG-TG-TTCAACTG--TCA-GGACTGCCCTGGAC-ACCTt
gi|14 : g-CCC----AAAT-AG-G-GGAG-GG---GATGCTACA-GA-CT-GGT-G-AAGTTTTGGT--TCTT-CT-TGTTAAACGA-GGTAGCAC--TAA------GGAGACT--------GGT--GAGAT---G-G--GC-AGA----TAT---CTC-ATCCT-CACC-TAGGA--G-TTGTTCAAC-GT-CCAGGgatgct
gi|15 : CCTTCATATCGCATAGAA---TATTCTAATCT-ATTTCGCTGTCAGATCTTG-GTGGCCTATACCAAAATTCTGTT-TGTGGGGGAACACTcctgtc
gi|16 : cTAA----GTCTGGG--TC-AGT-TGAAT--A-T-CTGGTTG-TG---------TT----G--------------TGT-TTT--------------G-TAAGTGGGGCTCATGGC---TAGTTCACA----G----TAG---T-G---TC--CATC-ACC-TCC----AAGC-AA-G-GGAG-Ggtcctcaatgttt
gi|17 : -GTCAT---CTC--CCCTGCC-T-TAGAA-CG-TGTTG-AACTGT-CCAGG-ACTG-----GAC-ACCTA-
gi|18 : GAT-AT-TTAA-TCA--TGAC-CGCAGC-----GAGT-CA-C--CAGG-AAGA-C--CAG-GC-AA-TATGATGGTCCGGG--TCAAGT-TGAtgttcacatagggtccctggtttt
gi|19 : TTCAACTGT-TCA-GGACTG-----GAC-ACCTA-
gi|2 : GGACATCGGTGATTCACCAATGTTGTTGATGGGAGAG---A---CATT----GTATGA----CCAATTG-TCTGTG--GCGGTAACTGTGTCAGTGCG-ACAGTTAGGTAAGTATATGATTTACTAAATTTCTGCGCACTACAAACCAGGCTTCTCCTTGCCCACTCTTATATTCAAAGCAGGGTGACGCGAATGAT-CTAATTCACTTGAC-C-CAGCGTTCGG-GTCCG-C--CA-GTAAGA-C--CAG-GCAAATTATA---GTCCGGGTCTC-AGT-TGAAT--ATTACTGGTTGTTGTT-GAATGATT----GAATA-ATGATTATTTGT-TATTTCA-AATCTTGG-A-TAAGCAGGGGTCATGACGCGTAGTTAACAATGTGCTTTTCA---G-GTGTTCA-CATCTACC-CCCCTATAAGCTAATG-TGAGCGG---TCTG-TACATGGTCTCGGTAGC-AGTA--AGT--ACTTGCTAT-TTAAACCACGGTAGCACTTTGTTGGACGGAAAACCCTCTGTTGGGTAAGAGATAGAA-CAAGC-AGAA-GTAATCAACTA-ATA--GCAATATAG-AACGTTGTTCCAACTGTGTCAGGATCTG-C---GAT-ACCTT-GCTtgtt
gi|2 : tagtgggttAAATGTAAAACTTG-T---CATCACTCTTCGTATAATTCTTCT-GCCTAAGC--AGCCCCTAACAGTGCAGAT-ATGACAGCGC-AAGCC-AGCTAAGGT-CGA-CATATCCTCATACTGGGCCT---AACCATTGGTG--GGC-A-GCTGCTATGTTC---ATTC--TC-TCTGG-TA-GTAT-GGTC-AATTGTCTCCTGC---C-TG-T-CTG-CATGGT--T---TGCTT--------AAACA--T-ATT------TACCA-AG-----TTCCTCACC-GTCTATGCTG-CTAAAGTCC-CAA-TCCTGGGGGCTTGCGGTCA-TGCTCCCAGCCAGGTCTTAA-TTCTA-TTATTtcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgggtattgtaaccactttgcaatcataaatgtaaaacttgtcatcactcttcgtataattcttctgcctaagcagcccctaacagtgcagatatgacagcgcaagccagctaaggtcgacatatcctcatactgggcctaaccattggtgggcagctgctatgttcattctctctggtagtatggtcaattgtctcctgcctgtctgcatggtttgcttaaacatatttaccaagttcctcaccgtctatgctgctaaagtcccaatcctgggggcttgcggtcatgctcccagccaggtcttaattctattatttaatcaag
gi|3 : tagtgggttggacatcggtgattcaccaatgttgttgatgggagagacattgtatgaccaattgtctgtggcggtaactgtgtcagtgcgacagttaggtaagtatatgatttactaaatttctgcgcactacaaaccaggcttctccttgcccactcttatattcaaagcagggtgacgcgaatgatctaattcacttgacccagcgttcgggtccgccagtaagaccaggcaaattatagtccgggtctcagttgaatattactggttgttgttgaatgattgaataatgattatttgttatttcaaatcttggataagcaggggtcatgacgcgtagttaacaatgtgcttttcaggtgttcacatctacccccctataagctaatgtgagcggtctgtacatggtctcggtagcagtaagtacttgctatttaaaccacggtagcactttgttggacggaaaaccctctgttgggtaagagatagaacaagcagaagtaatcaactaatagcaatatagaacgttgttccaactgtgtcaggatctgcgataccttgcttcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgggtattgtaaccactttgcaatcatATTCAAGCTAGCTTTATGCCC-CAT-TCTCATTAA----T----T--TCG-ATTTCG-T-TC-GATCT-GAGTAGC-TACAC-AAAATT-TGTCGTGTGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---N---NNNN----NNNNNN----NNNNNNN-NNNNNN--NNNNNNNTTGGG--AGTGCG-CCAG----GTA-GTCT-TGATT----AAGATTCTGCGCA-----AACC-GGCT-CTCCT--CCCACTG--ATAATCAA-GCAGGG-G--GCAGAT-AT-TTAA-TCA--TGAC-CACA-C-----G-GT-CAAC--CA-C-AAGA-C--CAG-GC-A-TTAT----GTCCGGG--TC-AGTCTGAAT--A-T-CTGGTTG-TGTT-G--T--TT----GA--ACATGA--A--TGT-TAT---G-A----TAG-AATCAGTGGGGCTCATGGT---TAGTTCATA----AC-T---G---G-G---TCA-CATCCACT-CCC----AAGC-AA-G-GGAG-GA---T--GCTACA-GTTCT-GGT-GCAAGGA--TTC--ACTTGCT-T-T-AAACCA-GGTAGCAC--TGT------GGAGAC---------AGT--GAGTT---G-C--GC--GAA-GTCAT---CTTTATCCTGCCCT-TAGAAACG-TGTTTCAACTGT-TCAGGGACTGCCCT-GACAACCTA-GCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAATGTAAAACTTGCT---CATCACTCTT-GT-TAATTTCGCT-GC-T-AGC--AGCC--TGA----ACAGGG-ATTACAGCGC-A---C-AGCTAAGGTTCGA--AT---CCC-TACTGGGG-T---ACCCATTGGT---GGC-A-GCTGTTATGTTC---ATCTCTCC-TCTCG-TA-GTGTAGGTC-AA-TGTCTCCTGCTGTCATG-T-CTG-TATA--------TGCTG--------AAAT---T-ATT------T---A-AG-----TTC--CACC-GTCCATG-TG-CTAAA-TCC-CAA-CCTTGGG---CTG-GGTCA-TG-T--CAGCCCGGGC-CAA-TTCTATTTATTAAtaatcaag
gi|4 : GGACATCGGTGATTCACCAATGTTGTTGATGGGAGAG---A---CATT----GTATGA----CCAATTG-TCTGTG--GCGGTAACTGTGTCAGTGCG-ACAGTTAGGTAAGTATATGATTTACTAAATTTCTGCGCACTACAAACCAGGCTTCTCCTTGCCCACTCTTATATTCAAAGCAGGGTGACGCGAATGAT-CTAATTCACTTGAC-C-CAGCGTTCGG-GTCCG-C--CA-GTAAGA-C--CAG-GCAAATTATA---GTCCGGGTCTC-AGT-TGAAT--ATTACTGGTTGTTGTT-GAATGATT----GAATA-ATGATTATTTGT-TATTTCA-AATCTTGG-A-TAAGCAGGGGTCATGACGCGTAGTTAACAATGTGCTTTTCA---G-GTGTTCA-CATCTACC-CCCCTATAAGCTAATG-TGAGCGG---TCTG-TACATGGTCTCGGTAGC-AGTA--AGT--ACTTGCTAT-TTAAACCACGGTAGCACTTTGTTGGACGGAAAACCCTCTGTTGGGTAAGAGATAGAA-CAAGC-AGAA-GTAATCAACTA-ATA--GCAATATAG-AACGTTGTTCCAACTGTGTCAGGATCTG-C---GAT-ACCTT-GCT
gi|5 : gtgggttATGCAAG-TAGCTTTAAGCCCTCAT-TCTCGTTAAA---T----T--TTTCATTTCG-TGTC-GA-CT-G-GTGGCCTATAT--AAATT-TGtcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt
gi|5 : cCAGAT-AT-TTAA-TCA--TGAC-C-CA-C-----G-GT-CA-T--CA-G-AAGA-C--CAG-GC-AAAT-T----GTCCGGG--TC-AGT-TGAAT--A-T-CTGGTTG-TGTT-G--TG-TTT---GA--A-ATGA--A--TGT-TAT---A------TA--A-TCAGTGGGGCTCATGGC---TAGTTCATA----GC-T---G---GTG---TCA-CATCTACCTCCC----AAGC-AA-G-GGAG-Gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagatatttaatcatgacccacggtcatcagaagaccaggcaaattgtccgggtcagttgaatatctggttgtgttgtgtttgaaatgaatgttatataatcagtggggctcatggctagttcatagctggtgtcacatctacctcccaagcaagggagg
gi|6 : catgcaagtagctttaagccctcattctcgttaaatttttcatttcgtgtcgactggtggcctatataaatttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGCAAG-TAGCTTTAAGC--TAAT-TCTCATTAAA---T----T--TTT-ATTTCG-TGTC-GATCT-G-GTGG-CTAT-C-AAAATT-TG
gi|6 : cGAT-AT-TTAA-TCA--TGAAAC-CAAC-----G-GT-CA-TATCA-G-A-GA-C--CAG-GC-AATTAT----GTC-GGG--T--AGT-TGACT--A-T-CTGGTTG-TGTTTG--TG-TTT---GG--A-ATGC--A--TGT-TAT---ATA----TAG---T-----GGGCTCATGGC---TAGTTCATA----GC-T---G---GTG---TCA--ATCTAAC-TCC----AAGC-AA-G-GGAG-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatatttaatcatgaaaccaacggtcatatcagagaccaggcaattatgtcgggtagttgactatctggttgtgtttgtgtttggaatgcatgttatatatagtgggctcatggctagttcatagctggtgtcaatctaactccaagcaagggag
gi|7 : catgcaagtagctttaagctaattctcattaaatttttatttcgtgtcgatctggtggctatcaaaatttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaAAATGTAAAACTTG-T---CATCACTCTTCGTATAATTCTTCT-GCCTAAGC--AGCCCCTAACAGTGCAGAT-ATGACAGCGC-AAGCC-AGCTAAGGT-CGA-CATATCCTCATACTGGGCCT---AACCATTGGTG--GGC-A-GCTGCTATGTTC---ATTC--TC-TCTGG-TA-GTAT-GGTC-AATTGTCTCCTGC---C-TG-T-CTG-CATGGT--T---TGCTT--------AAACA--T-ATT------TACCA-AG-----TTCCTCACC-GTCTATGCTG-CTAAAGTCC-CAA-TCCTGGGGGCTTGCGGTCA-TGCTCCCAGCCAGGTCTTAA-TTCTA-TTATT
gi|8 : ggtattgtaaccactttgcaatcatCT-GC-TAAGC--AGCC--TAA----CCAAG--ATTACAGCGC-AG--CCAGC--AGGTTTGA-CAT---CCC-TACTGGGT-T---ACTCATCAGTG--GAT-AAGTCGTCATGTCC---AACCCTCC-T--GG-AA-A-GTAGGTC-AG-TGTCTCCTGCTGTC-TG-TTCTG-TATA----CATATGCTACTTTTTC-AAATA--C-CCT------T---A--G-----TTC--CGCCAGCCCAAG-TG-CTAAA-TCC-CAG-CCTTGGGT--CTG-GGTCA-GG---------CAAGC-CAA-TTATA-TTATTGAtaa
gi|9 : TCACTCTT-GT-TAATCCTGCT-GC-TAAGC--AGCC--TAA-----CAGGG-ATTACAGTGC-AGC-C-AGCAAAGGTTTGA-TAT---TCC-TACTGGGT-T---ACCCATTGGTA--AA--A-GTCGTTATGTTG---AA--CTCT-TCAGG-TA---GTAGGTCAAA-TGTTTCCTGCTAAC-TGAT-CTG-CATA--------TATTA--------AAGTAGCT-ACTATGGGAT---A-AG-----TGC--CACCAGTCCATG-TA-CAAAA-TCCGCAG-CCTTGGG---CTA-GTTCA-ta
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111 22222222 1 11 2222222 2222 2222 1 11 11 1 22222 11 1111 11 11 1 2222 1 1 11 3333333333 1 1 1 2222 11 222 1 11 333333333333333333 666666666666666666 222 777777777777777777777 1 2222 1 1 333333 1 1 1 1 1 11 777777777777777777777777777777777777777 222222222222222222 1 1 1 44444 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 1 1 11 22222 11 22 1 111 111111 1 2222 111 5555555555555555555555555555555555555555555 11111 11 1 222 2222 1
lowQualScore : 3 666 8 4444 99999999 8 8 0 8 8 3 88 6 44 5 5 0 5 8888888 1111 1111 5 0 0 33 1 88 0 00000 7 3 9 0 00 8888 9 2 3 88 22 1 5 3333 1 5 1 55 5 0000000000 5 1 99999 5 1 5 77 5 1 1 0000 33 5 5 77 111 1 5 55 1 222222222222222222 5 333333333333333333 2 000 555555555555555555555 5 0 0 1111 0 0 5 8 444444 6 3 7 3 3 99 9999999 3 6 3 3 88 000000000000000000000000000000000000000 6 5 666666666666666666 4 5 1 1 0 8 1 33333 5 6 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 88888 3 3 1 6 4 8 66 22 33333 11 4 55 4 3 1 4 555 8 333333 66 66 3 777 6666 4 1 4 2222 1 4 8 4 4 555 4 8888888888888888888888888888888888888888888 4 11111 22 5 8 4 8 8 4 444 8 4 4444 33 3 6 6
lowQualScore : . ... . .... ........ . . . . . . .. . .. . . . . ....... .... .... . . . .. . .. . ..... . . . . .. .... . . . .. .. . . .... . . . .. . .......... . . ..... . . . .. . . . .... .. . . .. ... . . .. . .................. . .................. . ... ..................... . . . .... . . . . ...... . . . . . .. ....... . . . . .. ....................................... . . .................. . . . . . . . ..... . . .............................................................................................................................. ..... . . . . . . .. .. ..... .. . .. . . . . ... . ...... .. .. . ... .... . . . .... . . . . . ... . ........................................... . ..... .. . . . . . . ... . . .... .. . . .
lowQualScore : 3 000 0 8888 88888888 0 0 8 0 0 8 88 0 00 2 2 8 8 5555555 2222 2222 8 0 8 88 0 00 0 22222 0 2 8 2 55 0000 2 5 2 00 55 0 5 5555 4 7 4 77 7 4444444444 7 4 66666 7 4 7 99 7 4 7 6666 88 0 0 99 444 4 7 77 9 777777777777777777 7 777777777777777777 7 000 111111111111111111111 7 1 0 2222 0 0 0 9 222222 7 3 5 3 3 88 7777777 3 7 5 3 33 333333333333333333333333333333333333333 7 7 333333333333333333 1 0 4 4 0 8 7 66666 7 7 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88888 3 3 7 3 4 9 11 22 66666 11 4 66 4 1 9 4 666 9 000000 11 33 3 888 9999 4 1 4 0000 9 4 9 6 4 999 4 2222222222222222222222222222222222222222222 4 11111 22 4 9 4 9 9 4 444 9 4 8888 55 3 7 7
consensus : ATGCAAG-TAGCTTTAAGCCCTCAT-TCTCATTAAA---TTTT------T-ATTTCG-TGTC-GATCT-G-GTGGCCTATAC-AAAATT-TGTTGTGTGGGGGAGCACTCGTGCCACATGCGTTAATGAGGACATCGGTGATTCACCAATGTCGTTGATGGGAGAG---A---CATT----GTATGA----CCAATTG-TCCGTG--GCGGTAACTGNGTCAGTGCG-ACAGTTAGGTAAGTATATGATTTACTAAATTTCTGCGCACTACAAACCAGGCTTCTCCTTGCCCACTCTTATANTCAAAGCAGGGTGACGCGGAT-AT-TTAA-TCA--TGAC-C-CAGC-----G-GT-CG-C--CA-G-AAGA-C--CAG-GC-AATTAT----GTCCGGG--TC-AGT-TGAAT--A-TACTGGTTG-TGTT-G--TGTTT---GA--A-ATGA--A--TGT-TAT---A-A----TAG-A-TNAGCGGGGCTCATGGC---TAGTTCACA----GC-TTTCG---G-G---TCA-CATCTACC-CCC----AAGC-AA-G-GGAG-GG---T-TGCTACA-GNTCT-GGT-GCAAGTA--GGT--ACTTGCT-T-TTAAACCA-GGTAGCAC--TGT------GGAAACC--------GGT--GAGNT---G-C--GC-AGAA-GTCAT---CTN-ATCCTGCCCT-TAGAAACG-TGTTTCAACTGT-TCAGGGACTGCC---GAC-ACCTA-GCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAATGTAAAACTTG-T---CATCACTCTT-GT-TAATTCCGCT-GC-TAAGC--AGCC--TAA----GCAGGG-ATTACAGCGC-AG--C-AGCTAAGGTTCGA-CAT---CCC-TACTGGGC-T---ACCCATTGGTG--GGC-A-GCCGTTATGTTC---ANCCCTCC-TCTGG-TA-GTGTAGGTC-AA-TGTCTCCTGCTGTC-TG-T-CTG-TATA----T---TGCTA--------AAATA--T-ACT------T---A-AG-----TTC--CACCAGTCCATG-TG-CTAAA-TCC-CAG-CCTTGGG---CTG-GGTCA-TGCT--CAGCCCGGGC-CAA-TTCTA-TTATTAA
Reference ( family-1656 ) : ATGCAAG-TAGCTTTAAGCCCTCAT-TCTCATTAAA---TTTT------T-ATTTCG-TGTC-GATCT-G-GTGGCCTATAC-AAAATT-TGTTGTGTGGGGGAGCACTCGTGCCACATGCGTTAATGAGGACATCGGTGATTCACCAATGTCGTTGATGGGAGAG---A---CATT----GTATGA----CCAATTG-TCCGTG--GCGGTAACTGNGTCAGTGCG-ACAGTTAGGTAAGTATATGATTTACTAAATTTCTGCGCACTACAAACCAGGCTTCTCCTTGCCCACTCTTATANTCAAAGCAGGGTGACGCGGAT-AT-TTAA-TCA--TGAC-C-CAGC-----G-GT-CG-C--CA-G-AAGA-C--CAG-GC-AATTAT----GTCCGGG--TC-AGT-TGAAT--A-TACTGGTTG-TGTT-G--TGTTT---GA--A-ATGA--A--TGT-TAT---A-A----TAG-A-TNAGCGGGGCTCATGGC---TAGTTCACA----GC-TTTCG---G-G---TCA-CATCTACC-CCC----AAGC-AA-G-GGAG-GG---T-TGCTACA-GNTCT-GGT-GCAAGTA--GGT--ACTTGCT-T-TTAAACCA-GGTAGCAC--TGT------GGAAACC--------GGT--GAGNT---G-C--GC-AGAA-GTCAT---CTN-ATCCTGCCCT-TAGAAACG-TGTTTCAACTGT-TCAGGGACTGCC---GAC-ACCTA-GCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAATGTAAAACTTG-T---CATCACTCTT-GT-TAATTCCGCT-GC-TAAGC--AGCC--TAA----GCAGGG-ATTACAGCGC-AG--C-AGCTAAGGTTCGA-CAT---CCC-TACTGGGC-T---ACCCATTGGTG--GGC-A-GCCGTTATGTTC---ANCCCTCC-TCTGG-TA-GTGTAGGTC-AA-TGTCTCCTGCTGTC-TG-T-CTG-TATA----T---TGCTA--------AAATA--T-ACT------T---A-AG-----TTC--CACCAGTCCATG-TG-CTAAA-TCC-CAG-CCTTGGG---CTG-GGTCA-TGCT--CAGCCCGGGC-CAA-TTCTA-TTATTAA
gi|1 : AT-TCTCATTAAAAATTTTT------C-ATTTCG-TGTC-GATCT-G-GTGGCCTATGC-AAAATTATGTTG-GTGGGGAAGCATTCGTGCCACATGCGTTAATGAGGACACTG-----TCAC-AATGTCATTG-TGGGGGAGTTGAGTCCATTTAATGTGTGGTGGGCCA-TTGATCCATGCTGTGGGGACTGGG--AGTGCGCACA-------AGATATATGATTAATTAA--TTCTGCGC----CAAACCCG--CTCTCCT--CCCACTCT-GTAATCAA-GCAGGG-G--GCAGAT-ATATTAA-TCA--TGAC-C---AC-----A-GT-CA-C--CA-G-AAGAACAACAGAGC-AATTAT----GTCCGGG--TC-AAG-TGAATTAA-TATGGGCTG-TGTT-G--TGTTTCATGA--A-A-GA--A--TGTATAT---ATA----TAACA-TCAGTGAGGCTCGTGGT---TAGTTCCTA-------CTCCGCAGG-G---TCAACATCTACCTCCC----AGAC-AA-GCGGTG-GGAGAT-GGCTACA-G-TCT-GGT-GAAAGTA--GCTTAGCTTGCT-T-TAAAACCA-GGTCGCAC--TGT------GAGAACA--------GGT--GCGTT---GCC--GCAAGAA-GTCAA---TTA-TCCCTG-CCT-TAG-AACG-CGTTTC-ACTGT-TCA-GGACTGCCTGAGAC-ACCTATGCT
gi|1 : ttgAACTTG-CACACATCAACCTT-GT-TAATTC-GCTCGC-TAAGCGGAGCC--CTA----GCAGGGTATTACAGCGCGAGA-C-AACTAAGGTTCGAACAT---CC--TACTGGGC-CTACACCCATTCGTAATGGCTATGCTGTTATGTTTCAGAGCGCTCCCTCTGGATAAGT-TAGGT--AT-TGTTTCCTGCTGTC-TG-C-CTGCTATA----T---ACCTA--------AAATA--T-A-T------T---ACAG-----TTC--CACC-GTCTATG-TG-CTAAA-TCCTCAA-CA-TGGG---CTG-GGTCAGTGCT--CG--CCAGGC-CAATTTCTA-TTATTtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaatcaataatgggttcgaacttgcacacatcaaccttgttaattcgctcgctaagcggagccctagcagggtattacagcgcgagacaactaaggttcgaacatcctactgggcctacacccattcgtaatggctatgctgttatgtttcagagcgctccctctggataagttaggtattgtttcctgctgtctgcctgctatatacctaaaatatattacagttccaccgtctatgtgctaaatcctcaacatgggctgggtcagtgctcgccaggccaatttctattatttaat
gi|10 : ttgattctcattaaaaatttttcatttcgtgtcgatctggtggcctatgcaaaattatgttggtggggaagcattcgtgccacatgcgttaatgaggacactgtcacaatgtcattgtgggggagttgagtccatttaatgtgtggtgggccattgatccatgctgtggggactgggagtgcgcacaagatatatgattaattaattctgcgccaaacccgctctcctcccactctgtaatcaagcagggggcagatatattaatcatgaccacagtcaccagaagaacaacagagcaattatgtccgggtcaagtgaattaatatgggctgtgttgtgtttcatgaaagaatgtatatatataacatcagtgaggctcgtggttagttcctactccgcagggtcaacatctacctcccagacaagcggtgggagatggctacagtctggtgaaagtagcttagcttgctttaaaaccaggtcgcactgtgagaacaggtgcgttgccgcaagaagtcaattatccctgccttagaacgcgtttcactgttcaggactgcctgagacacctatgcttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaatcaataatgggttcg---CATCACTCTT-GT-TAAT-CCGCT-GT-TAAGC--AGCC--TAA----GT-TGG-ATTACAGTAC-AGT-C-AGCAAATGTTTGA-CAT---CCC-TACTGGGT-T---ACCCAATGGTG--GGA-A-GTCGTCATGTTC---AACCCT---TCTGT-TA---GTAGGTC-AA-TGTCTCCTGCGGTA-TGTT-CTG-TATA--------TGC-A--------GCATT--C-AAG------T---A-AGACGAATTC--CACCAGCCCATG-TG-ATACA-TCA-CAGTCTTTGGG---CTG-GGCCA-taat
gi|11 : cgGCT-GC-TAAGC--AGCC--TAA----ACAGG---TTACAGCGC-AG--C-AGC--AGGTTTTG-CAT---CCC-TACTGGG--T---ATTCATCAGTG--GAT-AAGTCGTTAGGTTC---AACCCTCC-T--GG-AA-GT--AGGTC-AG-TGTCTCCTGCTGTC-TG-TTCTG-TATACATAT---TGCTATTTTTTCCAAATA--CCACT------------AG-----TTC--CGCCAGCCCAAG-TG-CTAAA-TCC-CAG-CCTTGGGT--CTG-AGTCA-GGCggaag
gi|12 : GCT-GC-TAAGC--AGCC--TAT----CCAGGG-ATT-C-GCGC-AG--C-CAC-AAGGTTCGA-CAT---CCC-TACTGGGC-T---ACCATTTGGTG--GGC-A---TGCTATGTTC---ATC---CC-TCTGG-TA---GTAGGTC-AA-TGTCTCATGCTGTC-TG---CCG-TATA---------GCTA--------AAATT--T-AC-----------A-GG-----TT---CAC--GTCTAT--TGTCTAAA-TCC---A-CCTGGGA---CTG-GGTCA-TG-T--CAGTCCAGGC-CAG-TTCTA-TTATTAAaagc
gi|13 : G-GG---A-TGCTACA-GCTCT-GTT-GCAAGGA--GGT--ACTTGC--T-TTAAACCA-GTCAGCAC--TGC------TGGAACA--------GGT----GGT---G-C--GC-AGAAGGTCAT---CT--ATCCTGCC---TATAAACG-TG-TTCAACTG--TCA-GGACTGCCCTGGAC-ACCTt
gi|14 : g-CCC----AAAT-AG-G-GGAG-GG---GATGCTACA-GA-CT-GGT-G-AAGTTTTGGT--TCTT-CT-TGTTAAACGA-GGTAGCAC--TAA------GGAGACT--------GGT--GAGAT---G-G--GC-AGA----TAT---CTC-ATCCT-CACC-TAGGA--G-TTGTTCAAC-GT-CCAGGgatgct
gi|15 : CCTTCATATCGCATAGAA---TATTCTAATCT-ATTTCGCTGTCAGATCTTG-GTGGCCTATACCAAAATTCTGTT-TGTGGGGGAACACTcctgtc
gi|16 : cTAA----GTCTGGG--TC-AGT-TGAAT--A-T-CTGGTTG-TGTT-G--TGTTT------------------TGT---------------------AAGTGGGGCTCATGGC---TAGTTCACA----G----TAG---T-G---TC--CATC-ACC-TCC----AAGC-AA-G-GGAG-Ggtcctcaatgttt
gi|17 : -GTCAT---CTC--CCCTGCC-T-TAGAA-CG-TGTTG-AACTGT-CCAGG-ACTG-----GAC-ACCTA-
gi|18 : GAT-AT-TTAA-TCA--TGAC-CGCAGC-----GAGT-CA-C--CAGG-AAGA-C--CAG-GC-AA-TATGATGGTCCGGG--TCAAGT-TGAtgttcacatagggtccctggtttt
gi|19 : TTCAACTGT-TCA-GGACTG-----GAC-ACCTA-
gi|2 : GGACATCGGTGATTCACCAATGTTGTTGATGGGAGAG---A---CATT----GTATGA----CCAATTG-TCTGTG--GCGGTAACTGTGTCAGTGCG-ACAGTTAGGTAAGTATATGATTTACTAAATTTCTGCGCACTACAAACCAGGCTTCTCCTTGCCCACTCTTATATTCAAAGCAGGGTGACGCGAATGAT-CTAATTCACTTGAC-C-CAGCGTTCGG-GTCCG-C--CA-GTAAGA-C--CAG-GCAAATTATA---GTCCGGGTCTC-AGT-TGAAT--ATTACTGGTTGTTGTT-GAATGATT---GAATA-ATGATTATTTGT-TATTTCA-AATCTTGG-A-TAAGCAGGGGTCATGACGCGTAGTTAACAATGTGCTTTTCA---G-GTGTTCA-CATCTACC-CCCCTATAAGCTAATG-TGAGCGG---TCTG-TACATGGTCTCGGTAGC-AGTA--AGT--ACTTGCTAT-TTAAACCACGGTAGCACTTTGTTGGACGGAAAACCCTCTGTTGGGTAAGAGATAGAA-CAAGC-AGAA-GTAATCAACTA-ATA--GCAATATAG-AACGTTGTTCCAACTGTGTCAGGATCTG-C---GAT-ACCTT-GCTtgtt
gi|2 : tagtgggttAAATGTAAAACTTG-T---CATCACTCTTCGTATAATTCTTCT-GCCTAAGC--AGCCCCTAACAGTGCAGAT-ATGACAGCGC-AAGCC-AGCTAAGGT-CGA-CATATCCTCATACTGGGCCT---AACCATTGGTG--GGC-A-GCTGCTATGTTC---ATTC--TC-TCTGG-TA-GTAT-GGTC-AATTGTCTCCTGC---C-TG-T-CTG-CATGGT--T---TGCTT--------AAACA--T-ATT------TACCA-AG-----TTCCTCACC-GTCTATGCTG-CTAAAGTCC-CAA-TCCTGGGGGCTTGCGGTCA-TGCTCCCAGCCAGGTCTTAA-TTCTA-TTATTtcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgggtattgtaaccactttgcaatcataaatgtaaaacttgtcatcactcttcgtataattcttctgcctaagcagcccctaacagtgcagatatgacagcgcaagccagctaaggtcgacatatcctcatactgggcctaaccattggtgggcagctgctatgttcattctctctggtagtatggtcaattgtctcctgcctgtctgcatggtttgcttaaacatatttaccaagttcctcaccgtctatgctgctaaagtcccaatcctgggggcttgcggtcatgctcccagccaggtcttaattctattatttaatcaag
gi|3 : tagtgggttggacatcggtgattcaccaatgttgttgatgggagagacattgtatgaccaattgtctgtggcggtaactgtgtcagtgcgacagttaggtaagtatatgatttactaaatttctgcgcactacaaaccaggcttctccttgcccactcttatattcaaagcagggtgacgcgaatgatctaattcacttgacccagcgttcgggtccgccagtaagaccaggcaaattatagtccgggtctcagttgaatattactggttgttgttgaatgattgaataatgattatttgttatttcaaatcttggataagcaggggtcatgacgcgtagttaacaatgtgcttttcaggtgttcacatctacccccctataagctaatgtgagcggtctgtacatggtctcggtagcagtaagtacttgctatttaaaccacggtagcactttgttggacggaaaaccctctgttgggtaagagatagaacaagcagaagtaatcaactaatagcaatatagaacgttgttccaactgtgtcaggatctgcgataccttgcttcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgggtattgtaaccactttgcaatcatATTCAAGCTAGCTTTATGCCC-CAT-TCTCATTAA----TTTC------G-ATTTCG-T-TC-GATCT-GAGTAGC-TACAC-AAAATT-TGTCGTGTGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---N---NNNN----NNNNNN----NNNNNNN-NNNNNN--NNNNNNNTTGGG--AGTGCG-CCAG----GTA-GTCT-TGATT----AAGATTCTGCGCA-----AACC-GGCT-CTCCT--CCCACTG--ATAATCAA-GCAGGG-G--GCAGAT-AT-TTAA-TCA--TGAC-CACA-C-----G-GT-CAAC--CA-C-AAGA-C--CAG-GC-A-TTAT----GTCCGGG--TC-AGTCTGAAT--A-T-CTGGTTG-TGTT-G--T--TT---GA--ACATGA--A--TGT-TAT---G-A----TAG-AATCAGTGGGGCTCATGGT---TAGTTCATA----AC-T---G---G-G---TCA-CATCCACT-CCC----AAGC-AA-G-GGAG-GA---T--GCTACA-GTTCT-GGT-GCAAGGA--TTC--ACTTGCT-T-T-AAACCA-GGTAGCAC--TGT------GGAGAC---------AGT--GAGTT---G-C--GC--GAA-GTCAT---CTTTATCCTGCCCT-TAGAAACG-TGTTTCAACTGT-TCAGGGACTGCCCT-GACAACCTA-GCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAATGTAAAACTTGCT---CATCACTCTT-GT-TAATTTCGCT-GC-T-AGC--AGCC--TGA----ACAGGG-ATTACAGCGC-A---C-AGCTAAGGTTCGA--AT---CCC-TACTGGGG-T---ACCCATTGGT---GGC-A-GCTGTTATGTTC---ATCTCTCC-TCTCG-TA-GTGTAGGTC-AA-TGTCTCCTGCTGTCATG-T-CTG-TATA--------TGCTG--------AAAT---T-ATT------T---A-AG-----TTC--CACC-GTCCATG-TG-CTAAA-TCC-CAA-CCTTGGG---CTG-GGTCA-TG-T--CAGCCCGGGC-CAA-TTCTATTTATTAAtaatcaag
gi|4 : GGACATCGGTGATTCACCAATGTTGTTGATGGGAGAG---A---CATT----GTATGA----CCAATTG-TCTGTG--GCGGTAACTGTGTCAGTGCG-ACAGTTAGGTAAGTATATGATTTACTAAATTTCTGCGCACTACAAACCAGGCTTCTCCTTGCCCACTCTTATATTCAAAGCAGGGTGACGCGAATGAT-CTAATTCACTTGAC-C-CAGCGTTCGG-GTCCG-C--CA-GTAAGA-C--CAG-GCAAATTATA---GTCCGGGTCTC-AGT-TGAAT--ATTACTGGTTGTTGTT-GAATGATT---GAATA-ATGATTATTTGT-TATTTCA-AATCTTGG-A-TAAGCAGGGGTCATGACGCGTAGTTAACAATGTGCTTTTCA---G-GTGTTCA-CATCTACC-CCCCTATAAGCTAATG-TGAGCGG---TCTG-TACATGGTCTCGGTAGC-AGTA--AGT--ACTTGCTAT-TTAAACCACGGTAGCACTTTGTTGGACGGAAAACCCTCTGTTGGGTAAGAGATAGAA-CAAGC-AGAA-GTAATCAACTA-ATA--GCAATATAG-AACGTTGTTCCAACTGTGTCAGGATCTG-C---GAT-ACCTT-GCT
gi|5 : gtgggttATGCAAG-TAGCTTTAAGCCCTCAT-TCTCGTTAAA---TTTT------TCATTTCG-TGTC-GA-CT-G-GTGGCCTATAT--AAATT-TGtcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt
gi|5 : cCAGAT-AT-TTAA-TCA--TGAC-C-CA-C-----G-GT-CA-T--CA-G-AAGA-C--CAG-GC-AAAT-T----GTCCGGG--TC-AGT-TGAAT--A-T-CTGGTTG-TGTT-G--TGTTT---GA--A-ATGA--A--TGT-TAT-----A----TA--A-TCAGTGGGGCTCATGGC---TAGTTCATA----GC-T---G---GTG---TCA-CATCTACCTCCC----AAGC-AA-G-GGAG-Gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagatatttaatcatgacccacggtcatcagaagaccaggcaaattgtccgggtcagttgaatatctggttgtgttgtgtttgaaatgaatgttatataatcagtggggctcatggctagttcatagctggtgtcacatctacctcccaagcaagggagg
gi|6 : catgcaagtagctttaagccctcattctcgttaaatttttcatttcgtgtcgactggtggcctatataaatttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGCAAG-TAGCTTTAAGC--TAAT-TCTCATTAAA---TTTT------T-ATTTCG-TGTC-GATCT-G-GTGG-CTAT-C-AAAATT-TG
gi|6 : cGAT-AT-TTAA-TCA--TGAAAC-CAAC-----G-GT-CA-TATCA-G-A-GA-C--CAG-GC-AATTAT----GTC-GGG--T--AGT-TGACT--A-T-CTGGTTG-TGTTTG--TGTTT---GG--A-ATGC--A--TGT-TAT---ATA----TAG---T-----GGGCTCATGGC---TAGTTCATA----GC-T---G---GTG---TCA--ATCTAAC-TCC----AAGC-AA-G-GGAG-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatatttaatcatgaaaccaacggtcatatcagagaccaggcaattatgtcgggtagttgactatctggttgtgtttgtgtttggaatgcatgttatatatagtgggctcatggctagttcatagctggtgtcaatctaactccaagcaagggag
gi|7 : catgcaagtagctttaagctaattctcattaaatttttatttcgtgtcgatctggtggctatcaaaatttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaAAATGTAAAACTTG-T---CATCACTCTTCGTATAATTCTTCT-GCCTAAGC--AGCCCCTAACAGTGCAGAT-ATGACAGCGC-AAGCC-AGCTAAGGT-CGA-CATATCCTCATACTGGGCCT---AACCATTGGTG--GGC-A-GCTGCTATGTTC---ATTC--TC-TCTGG-TA-GTAT-GGTC-AATTGTCTCCTGC---C-TG-T-CTG-CATGGT--T---TGCTT--------AAACA--T-ATT------TACCA-AG-----TTCCTCACC-GTCTATGCTG-CTAAAGTCC-CAA-TCCTGGGGGCTTGCGGTCA-TGCTCCCAGCCAGGTCTTAA-TTCTA-TTATT
gi|8 : ggtattgtaaccactttgcaatcatCT-GC-TAAGC--AGCC--TAA----CCAAG--ATTACAGCGC-AG--CCAGC--AGGTTTGA-CAT---CCC-TACTGGGT-T---ACTCATCAGTG--GAT-AAGTCGTCATGTCC---AACCCTCC-T--GG-AA-A-GTAGGTC-AG-TGTCTCCTGCTGTC-TG-TTCTG-TATA----CATATGCTACTTTTTC-AAATA--C-CCT------T---A--G-----TTC--CGCCAGCCCAAG-TG-CTAAA-TCC-CAG-CCTTGGGT--CTG-GGTCA-GG---------CAAGC-CAA-TTATA-TTATTGAtaa
gi|9 : TCACTCTT-GT-TAATCCTGCT-GC-TAAGC--AGCC--TAA-----CAGGG-ATTACAGTGC-AGC-C-AGCAAAGGTTTGA-TAT---TCC-TACTGGGT-T---ACCCATTGGTA--AA--A-GTCGTTATGTTG---AA--CTCT-TCAGG-TA---GTAGGTCAAA-TGTTTCCTGCTAAC-TGAT-CTG-CATA--------TATTA--------AAGTAGCT-ACTATGGGAT---A-AG-----TGC--CACCAGTCCATG-TA-CAAAA-TCCGCAG-CCTTGGG---CTA-GTTCA-ta
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111 22222222 1 11 2222222 2222 2222 1 11 11 1 22222 11 1111 11 11 1 2222 1 1 11 3333333333 1 1 1 2222 11 222 1 11 333333333333333333 666666666666666666 222 777777777777777777777 1 2222 1 1 333333 1 1 1 1 1 11 777777777777777777777777777777777777777 222222222222222222 1 1 1 44444 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 1 1 11 22222 11 22 1 111 111111 1 2222 111 5555555555555555555555555555555555555555555 11111 11 1 222 2222 1
lowQualScore : 3 666 8 4444 99999999 8 8 0 8 8 3 88 6 44 5 5 0 5 8888888 1111 1111 5 0 0 33 1 88 0 00000 7 3 9 0 00 8888 9 2 3 88 22 1 5 3333 1 5 1 55 5 0000000000 5 1 99999 5 1 5 77 5 1 1 0000 33 5 5 77 111 1 5 55 1 222222222222222222 5 333333333333333333 2 000 555555555555555555555 5 0 0 1111 0 0 5 8 444444 6 3 7 3 3 99 9999999 3 6 3 3 88 000000000000000000000000000000000000000 6 5 666666666666666666 4 5 1 1 0 8 1 33333 5 6 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 88888 3 3 1 6 4 8 66 22 33333 11 4 55 4 3 1 4 555 8 333333 66 66 3 777 6666 4 1 4 2222 1 4 8 4 4 555 4 8888888888888888888888888888888888888888888 4 11111 22 5 8 4 8 8 4 444 8 4 4444 33 3 6 6
lowQualScore : . ... . .... ........ . . . . . . .. . .. . . . . ....... .... .... . . . .. . .. . ..... . . . . .. .... . . . .. .. . . .... . . . .. . .......... . . ..... . . . .. . . . .... .. . . .. ... . . .. . .................. . .................. . ... ..................... . . . .... . . . . ...... . . . . . .. ....... . . . . .. ....................................... . . .................. . . . . . . . ..... . . .............................................................................................................................. ..... . . . . . . .. .. ..... .. . .. . . . . ... . ...... .. .. . ... .... . . . .... . . . . . ... . ........................................... . ..... .. . . . . . . ... . . .... .. . . .
lowQualScore : 3 000 0 8888 88888888 0 0 8 0 0 8 88 0 00 2 2 8 8 5555555 2222 2222 8 0 8 88 0 00 0 22222 0 2 8 2 55 0000 2 5 2 00 55 0 5 5555 4 7 4 77 7 4444444444 7 4 66666 7 4 7 99 7 4 7 6666 88 0 0 99 444 4 7 77 9 777777777777777777 7 777777777777777777 7 000 111111111111111111111 7 1 0 2222 0 0 0 9 222222 7 3 5 3 3 88 7777777 3 7 5 3 33 333333333333333333333333333333333333333 7 7 333333333333333333 1 0 4 4 0 8 7 66666 7 7 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88888 3 3 7 3 4 9 11 22 66666 11 4 66 4 1 9 4 666 9 000000 11 33 3 888 9999 4 1 4 0000 9 4 9 6 4 999 4 2222222222222222222222222222222222222222222 4 11111 22 4 9 4 9 9 4 444 9 4 8888 55 3 7 7
consensus : ATGCAAG-TAGCTTTAAGCCCTCAT-TCTCATTAAA---TTTT------T-ATTTCG-TGTC-GATCT-G-GTGGCCTATAC-AAAATT-TGTTGTGTGGGGGAGCACTCGTGCCACATGCGTTAATGAGGACATCGGTGATTCACCAATGTCGTTGATGGGAGAG---A---CATT----GTATGA----CCAATTG-TCCGTG--GCGGTAACTGNGTCAGTGCG-ACAGTTAGGTAAGTATATGATTTACTAAATTTCTGCGCACTACAAACCAGGCTTCTCCTTGCCCACTCTTATANTCAAAGCAGGGTGACGCGGAT-AT-TTAA-TCA--TGAC-C-CAGC-----G-GT-CG-C--CA-G-AAGA-C--CAG-GC-AATTAT----GTCCGGG--TC-AGT-TGAAT--A-TACTGGTTG-TGTT-G--TGTTT---GA--A-ATGA--A--TGT-TAT---A-A----TAG-A-TNAGCGGGGCTCATGGC---TAGTTCACA----GC-TTTCG---G-G---TCA-CATCTACC-CCC----AAGC-AA-G-GGAG-GG---T-TGCTACA-GNTCT-GGT-GCAAGTA--GGT--ACTTGCT-T-TTAAACCA-GGTAGCAC--TGT------GGAAACC--------GGT--GAGNT---G-C--GC-AGAA-GTCAT---CTN-ATCCTGCCCT-TAGAAACG-TGTTTCAACTGT-TCAGGGACTGCC---GAC-ACCTA-GCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAATGTAAAACTTG-T---CATCACTCTT-GT-TAATTCCGCT-GC-TAAGC--AGCC--TAA----GCAGGG-ATTACAGCGC-AG--C-AGCTAAGGTTCGA-CAT---CCC-TACTGGGC-T---ACCCATTGGTG--GGC-A-GCCGTTATGTTC---ANCCCTCC-TCTGG-TA-GTGTAGGTC-AA-TGTCTCCTGCTGTC-TG-T-CTG-TATA----T---TGCTA--------AAATA--T-ACT------T---A-AG-----TTC--CACCAGTCCATG-TG-CTAAA-TCC-CAG-CCTTGGG---CTG-GGTCA-TGCT--CAGCCCGGGC-CAA-TTCTA-TTATTAA
Reference ( family-1656 ) : ATGCAAG-TAGCTTTAAGCCCTCAT-TCTCATTAAA---TTTT------T-ATTTCG-TGTC-GATCT-G-GTGGCCTATAC-AAAATT-TGTTGTGTGGGGGAGCACTCGTGCCACATGCGTTAATGAGGACATCGGTGATTCACCAATGTCGTTGATGGGAGAG---A---CATT----GTATGA----CCAATTG-TCCGTG--GCGGTAACTGNGTCAGTGCG-ACAGTTAGGTAAGTATATGATTTACTAAATTTCTGCGCACTACAAACCAGGCTTCTCCTTGCCCACTCTTATANTCAAAGCAGGGTGACGCGGAT-AT-TTAA-TCA--TGAC-C-CAGC-----G-GT-CG-C--CA-G-AAGA-C--CAG-GC-AATTAT----GTCCGGG--TC-AGT-TGAAT--A-TACTGGTTG-TGTT-G--TGTTT---GA--A-ATGA--A--TGT-TAT---A-A----TAG-A-TNAGCGGGGCTCATGGC---TAGTTCACA----GC-TTTCG---G-G---TCA-CATCTACC-CCC----AAGC-AA-G-GGAG-GG---T-TGCTACA-GNTCT-GGT-GCAAGTA--GGT--ACTTGCT-T-TTAAACCA-GGTAGCAC--TGT------GGAAACC--------GGT--GAGNT---G-C--GC-AGAA-GTCAT---CTN-ATCCTGCCCT-TAGAAACG-TGTTTCAACTGT-TCAGGGACTGCC---GAC-ACCTA-GCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAATGTAAAACTTG-T---CATCACTCTT-GT-TAATTCCGCT-GC-TAAGC--AGCC--TAA----GCAGGG-ATTACAGCGC-AG--C-AGCTAAGGTTCGA-CAT---CCC-TACTGGGC-T---ACCCATTGGTG--GGC-A-GCCGTTATGTTC---ANCCCTCC-TCTGG-TA-GTGTAGGTC-AA-TGTCTCCTGCTGTC-TG-T-CTG-TATA----T---TGCTA--------AAATA--T-ACT------T---A-AG-----TTC--CACCAGTCCATG-TG-CTAAA-TCC-CAG-CCTTGGG---CTG-GGTCA-TGCT--CAGCCCGGGC-CAA-TTCTA-TTATTAA
gi|1 : AT-TCTCATTAAAAATTTTT------C-ATTTCG-TGTC-GATCT-G-GTGGCCTATGC-AAAATTATGTTG-GTGGGGAAGCATTCGTGCCACATGCGTTAATGAGGACACTG-----TCAC-AATGTCATTG-TGGGGGAGTTGAGTCCATTTAATGTGTGGTGGGCCA-TTGATCCATGCTGTGGGGACTGGG--AGTGCGCACA-------AGATATATGATTAATTAA--TTCTGCGC----CAAACCCG--CTCTCCT--CCCACTCT-GTAATCAA-GCAGGG-G--GCAGAT-ATATTAA-TCA--TGAC-C---AC-----A-GT-CA-C--CA-G-AAGAACAACAGAGC-AATTAT----GTCCGGG--TC-AAG-TGAATTAA-TATGGGCTG-TGTT-G--TGTTTCATGA--A-A-GA--A--TGTATAT---ATA----TAACA-TCAGTGAGGCTCGTGGT---TAGTTCCTA-------CTCCGCAGG-G---TCAACATCTACCTCCC----AGAC-AA-GCGGTG-GGAGAT-GGCTACA-G-TCT-GGT-GAAAGTA--GCTTAGCTTGCT-T-TAAAACCA-GGTCGCAC--TGT------GAGAACA--------GGT--GCGTT---GCC--GCAAGAA-GTCAA---TTA-TCCCTG-CCT-TAG-AACG-CGTTTC-ACTGT-TCA-GGACTGCCTGAGAC-ACCTATGCT
gi|1 : ttgAACTTG-CACACATCAACCTT-GT-TAATTC-GCTCGC-TAAGCGGAGCC--CTA----GCAGGGTATTACAGCGCGAGA-C-AACTAAGGTTCGAACAT---CC--TACTGGGC-CTACACCCATTCGTAATGGCTATGCTGTTATGTTTCAGAGCGCTCCCTCTGGATAAGT-TAGGT--AT-TGTTTCCTGCTGTC-TG-C-CTGCTATA----T---ACCTA--------AAATA--T-A-T------T---ACAG-----TTC--CACC-GTCTATG-TG-CTAAA-TCCTCAA-CA-TGGG---CTG-GGTCAGTGCT--CG--CCAGGC-CAATTTCTA-TTATTtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaatcaataatgggttcgaacttgcacacatcaaccttgttaattcgctcgctaagcggagccctagcagggtattacagcgcgagacaactaaggttcgaacatcctactgggcctacacccattcgtaatggctatgctgttatgtttcagagcgctccctctggataagttaggtattgtttcctgctgtctgcctgctatatacctaaaatatattacagttccaccgtctatgtgctaaatcctcaacatgggctgggtcagtgctcgccaggccaatttctattatttaat
gi|10 : ttgattctcattaaaaatttttcatttcgtgtcgatctggtggcctatgcaaaattatgttggtggggaagcattcgtgccacatgcgttaatgaggacactgtcacaatgtcattgtgggggagttgagtccatttaatgtgtggtgggccattgatccatgctgtggggactgggagtgcgcacaagatatatgattaattaattctgcgccaaacccgctctcctcccactctgtaatcaagcagggggcagatatattaatcatgaccacagtcaccagaagaacaacagagcaattatgtccgggtcaagtgaattaatatgggctgtgttgtgtttcatgaaagaatgtatatatataacatcagtgaggctcgtggttagttcctactccgcagggtcaacatctacctcccagacaagcggtgggagatggctacagtctggtgaaagtagcttagcttgctttaaaaccaggtcgcactgtgagaacaggtgcgttgccgcaagaagtcaattatccctgccttagaacgcgtttcactgttcaggactgcctgagacacctatgcttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaatcaataatgggttcg---CATCACTCTT-GT-TAAT-CCGCT-GT-TAAGC--AGCC--TAA----GT-TGG-ATTACAGTAC-AGT-C-AGCAAATGTTTGA-CAT---CCC-TACTGGGT-T---ACCCAATGGTG--GGA-A-GTCGTCATGTTC---AACCCT---TCTGT-TA---GTAGGTC-AA-TGTCTCCTGCGGTA-TGTT-CTG-TATA--------TGC-A--------GCATT--C-AAG------T---A-AGACGAATTC--CACCAGCCCATG-TG-ATACA-TCA-CAGTCTTTGGG---CTG-GGCCA-taat
gi|11 : cgGCT-GC-TAAGC--AGCC--TAA----ACAGG---TTACAGCGC-AG--C-AGC--AGGTTTTG-CAT---CCC-TACTGGG--T---ATTCATCAGTG--GAT-AAGTCGTTAGGTTC---AACCCTCC-T--GG-AA-GT--AGGTC-AG-TGTCTCCTGCTGTC-TG-TTCTG-TATACATAT---TGCTATTTTTTCCAAATA--CCACT------------AG-----TTC--CGCCAGCCCAAG-TG-CTAAA-TCC-CAG-CCTTGGGT--CTG-AGTCA-GGCggaag
gi|12 : GCT-GC-TAAGC--AGCC--TAT----CCAGGG-ATT-C-GCGC-AG--C-CAC-AAGGTTCGA-CAT---CCC-TACTGGGC-T---ACCATTTGGTG--GGC-A---TGCTATGTTC---ATC---CC-TCTGG-TA---GTAGGTC-AA-TGTCTCATGCTGTC-TG---CCG-TATA---------GCTA--------AAATT--T-AC-----------A-GG-----TT---CAC--GTCTAT--TGTCTAAA-TCC---A-CCTGGGA---CTG-GGTCA-TG-T--CAGTCCAGGC-CAG-TTCTA-TTATTAAaagc
gi|13 : G-GG---A-TGCTACA-GCTCT-GTT-GCAAGGA--GGT--ACTTGC--T-TTAAACCA-GTCAGCAC--TGC------TGGAACA--------GGT----GGT---G-C--GC-AGAAGGTCAT---CT--ATCCTGCC---TATAAACG-TG-TTCAACTG--TCA-GGACTGCCCTGGAC-ACCTt
gi|14 : g-CCC----AAAT-AG-G-GGAG-GG---GATGCTACA-GA-CT-GGT-G-AAGTTTTGGT--TCTT-CT-TGTTAAACGA-GGTAGCAC--TAA------GGAGACT--------GGT--GAGAT---G-G--GC-AGA----TAT---CTC-ATCCT-CACC-TAGGA--G-TTGTTCAAC-GT-CCAGGgatgct
gi|15 : CCTTCATATCGCATAGAA---TATTCTAATCT-ATTTCGCTGTCAGATCTTG-GTGGCCTATACCAAAATTCTGTT-TGTGGGGGAACACTcctgtc
gi|16 : cTAA----GTCTGGG--TC-AGT-TGAAT--A-T-CTGGTTG-TGTT-G--TGTTT------------------TGT---------------------AAGTGGGGCTCATGGC---TAGTTCACA----G----TAG---T-G---TC--CATC-ACC-TCC----AAGC-AA-G-GGAG-Ggtcctcaatgttt
gi|17 : -GTCAT---CTC--CCCTGCC-T-TAGAA-CG-TGTTG-AACTGT-CCAGG-ACTG-----GAC-ACCTA-
gi|18 : GAT-AT-TTAA-TCA--TGAC-CGCAGC-----GAGT-CA-C--CAGG-AAGA-C--CAG-GC-AA-TATGATGGTCCGGG--TCAAGT-TGAtgttcacatagggtccctggtttt
gi|19 : TTCAACTGT-TCA-GGACTG-----GAC-ACCTA-
gi|2 : GGACATCGGTGATTCACCAATGTTGTTGATGGGAGAG---A---CATT----GTATGA----CCAATTG-TCTGTG--GCGGTAACTGTGTCAGTGCG-ACAGTTAGGTAAGTATATGATTTACTAAATTTCTGCGCACTACAAACCAGGCTTCTCCTTGCCCACTCTTATATTCAAAGCAGGGTGACGCGAATGAT-CTAATTCACTTGAC-C-CAGCGTTCGG-GTCCG-C--CA-GTAAGA-C--CAG-GCAAATTATA---GTCCGGGTCTC-AGT-TGAAT--ATTACTGGTTGTTGTT-GAATGATT---GAATA-ATGATTATTTGT-TATTTCA-AATCTTGG-A-TAAGCAGGGGTCATGACGCGTAGTTAACAATGTGCTTTTCA---G-GTGTTCA-CATCTACC-CCCCTATAAGCTAATG-TGAGCGG---TCTG-TACATGGTCTCGGTAGC-AGTA--AGT--ACTTGCTAT-TTAAACCACGGTAGCACTTTGTTGGACGGAAAACCCTCTGTTGGGTAAGAGATAGAA-CAAGC-AGAA-GTAATCAACTA-ATA--GCAATATAG-AACGTTGTTCCAACTGTGTCAGGATCTG-C---GAT-ACCTT-GCTtgtt
gi|2 : tagtgggttAAATGTAAAACTTG-T---CATCACTCTTCGTATAATTCTTCT-GCCTAAGC--AGCCCCTAACAGTGCAGAT-ATGACAGCGC-AAGCC-AGCTAAGGT-CGA-CATATCCTCATACTGGGCCT---AACCATTGGTG--GGC-A-GCTGCTATGTTC---ATTC--TC-TCTGG-TA-GTAT-GGTC-AATTGTCTCCTGC---C-TG-T-CTG-CATGGT--T---TGCTT--------AAACA--T-ATT------TACCA-AG-----TTCCTCACC-GTCTATGCTG-CTAAAGTCC-CAA-TCCTGGGGGCTTGCGGTCA-TGCTCCCAGCCAGGTCTTAA-TTCTA-TTATTtcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgggtattgtaaccactttgcaatcataaatgtaaaacttgtcatcactcttcgtataattcttctgcctaagcagcccctaacagtgcagatatgacagcgcaagccagctaaggtcgacatatcctcatactgggcctaaccattggtgggcagctgctatgttcattctctctggtagtatggtcaattgtctcctgcctgtctgcatggtttgcttaaacatatttaccaagttcctcaccgtctatgctgctaaagtcccaatcctgggggcttgcggtcatgctcccagccaggtcttaattctattatttaatcaag
gi|3 : tagtgggttggacatcggtgattcaccaatgttgttgatgggagagacattgtatgaccaattgtctgtggcggtaactgtgtcagtgcgacagttaggtaagtatatgatttactaaatttctgcgcactacaaaccaggcttctccttgcccactcttatattcaaagcagggtgacgcgaatgatctaattcacttgacccagcgttcgggtccgccagtaagaccaggcaaattatagtccgggtctcagttgaatattactggttgttgttgaatgattgaataatgattatttgttatttcaaatcttggataagcaggggtcatgacgcgtagttaacaatgtgcttttcaggtgttcacatctacccccctataagctaatgtgagcggtctgtacatggtctcggtagcagtaagtacttgctatttaaaccacggtagcactttgttggacggaaaaccctctgttgggtaagagatagaacaagcagaagtaatcaactaatagcaatatagaacgttgttccaactgtgtcaggatctgcgataccttgcttcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgggtattgtaaccactttgcaatcatATTCAAGCTAGCTTTATGCCC-CAT-TCTCATTAA----TTTC------G-ATTTCG-T-TC-GATCT-GAGTAGC-TACAC-AAAATT-TGTCGTGTGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---N---NNNN----NNNNNN----NNNNNNN-NNNNNN--NNNNNNNTTGGG--AGTGCG-CCAG----GTA-GTCT-TGATT----AAGATTCTGCGCA-----AACC-GGCT-CTCCT--CCCACTG--ATAATCAA-GCAGGG-G--GCAGAT-AT-TTAA-TCA--TGAC-CACA-C-----G-GT-CAAC--CA-C-AAGA-C--CAG-GC-A-TTAT----GTCCGGG--TC-AGTCTGAAT--A-T-CTGGTTG-TGTT-G--T--TT---GA--ACATGA--A--TGT-TAT---G-A----TAG-AATCAGTGGGGCTCATGGT---TAGTTCATA----AC-T---G---G-G---TCA-CATCCACT-CCC----AAGC-AA-G-GGAG-GA---T--GCTACA-GTTCT-GGT-GCAAGGA--TTC--ACTTGCT-T-T-AAACCA-GGTAGCAC--TGT------GGAGAC---------AGT--GAGTT---G-C--GC--GAA-GTCAT---CTTTATCCTGCCCT-TAGAAACG-TGTTTCAACTGT-TCAGGGACTGCCCT-GACAACCTA-GCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAATGTAAAACTTGCT---CATCACTCTT-GT-TAATTTCGCT-GC-T-AGC--AGCC--TGA----ACAGGG-ATTACAGCGC-A---C-AGCTAAGGTTCGA--AT---CCC-TACTGGGG-T---ACCCATTGGT---GGC-A-GCTGTTATGTTC---ATCTCTCC-TCTCG-TA-GTGTAGGTC-AA-TGTCTCCTGCTGTCATG-T-CTG-TATA--------TGCTG--------AAAT---T-ATT------T---A-AG-----TTC--CACC-GTCCATG-TG-CTAAA-TCC-CAA-CCTTGGG---CTG-GGTCA-TG-T--CAGCCCGGGC-CAA-TTCTATTTATTAAtaatcaag
gi|4 : GGACATCGGTGATTCACCAATGTTGTTGATGGGAGAG---A---CATT----GTATGA----CCAATTG-TCTGTG--GCGGTAACTGTGTCAGTGCG-ACAGTTAGGTAAGTATATGATTTACTAAATTTCTGCGCACTACAAACCAGGCTTCTCCTTGCCCACTCTTATATTCAAAGCAGGGTGACGCGAATGAT-CTAATTCACTTGAC-C-CAGCGTTCGG-GTCCG-C--CA-GTAAGA-C--CAG-GCAAATTATA---GTCCGGGTCTC-AGT-TGAAT--ATTACTGGTTGTTGTT-GAATGATT---GAATA-ATGATTATTTGT-TATTTCA-AATCTTGG-A-TAAGCAGGGGTCATGACGCGTAGTTAACAATGTGCTTTTCA---G-GTGTTCA-CATCTACC-CCCCTATAAGCTAATG-TGAGCGG---TCTG-TACATGGTCTCGGTAGC-AGTA--AGT--ACTTGCTAT-TTAAACCACGGTAGCACTTTGTTGGACGGAAAACCCTCTGTTGGGTAAGAGATAGAA-CAAGC-AGAA-GTAATCAACTA-ATA--GCAATATAG-AACGTTGTTCCAACTGTGTCAGGATCTG-C---GAT-ACCTT-GCT
gi|5 : gtgggttATGCAAG-TAGCTTTAAGCCCTCAT-TCTCGTTAAA---TTTT------TCATTTCG-TGTC-GA-CT-G-GTGGCCTATAT--AAATT-TGtcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt
gi|5 : cCAGAT-AT-TTAA-TCA--TGAC-C-CA-C-----G-GT-CA-T--CA-G-AAGA-C--CAG-GC-AAAT-T----GTCCGGG--TC-AGT-TGAAT--A-T-CTGGTTG-TGTT-G--TGTTT---GA--A-ATGA--A--TGT-TAT-----A----TA--A-TCAGTGGGGCTCATGGC---TAGTTCATA----GC-T---G---GTG---TCA-CATCTACCTCCC----AAGC-AA-G-GGAG-Gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagatatttaatcatgacccacggtcatcagaagaccaggcaaattgtccgggtcagttgaatatctggttgtgttgtgtttgaaatgaatgttatataatcagtggggctcatggctagttcatagctggtgtcacatctacctcccaagcaagggagg
gi|6 : catgcaagtagctttaagccctcattctcgttaaatttttcatttcgtgtcgactggtggcctatataaatttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGCAAG-TAGCTTTAAGC--TAAT-TCTCATTAAA---TTTT------T-ATTTCG-TGTC-GATCT-G-GTGG-CTAT-C-AAAATT-TG
gi|6 : cGAT-AT-TTAA-TCA--TGAAAC-CAAC-----G-GT-CA-TATCA-G-A-GA-C--CAG-GC-AATTAT----GTC-GGG--T--AGT-TGACT--A-T-CTGGTTG-TGTTTG--TGTTT---GG--A-ATGC--A--TGT-TAT---ATA----TAG---T-----GGGCTCATGGC---TAGTTCATA----GC-T---G---GTG---TCA--ATCTAAC-TCC----AAGC-AA-G-GGAG-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatatttaatcatgaaaccaacggtcatatcagagaccaggcaattatgtcgggtagttgactatctggttgtgtttgtgtttggaatgcatgttatatatagtgggctcatggctagttcatagctggtgtcaatctaactccaagcaagggag
gi|7 : catgcaagtagctttaagctaattctcattaaatttttatttcgtgtcgatctggtggctatcaaaatttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaAAATGTAAAACTTG-T---CATCACTCTTCGTATAATTCTTCT-GCCTAAGC--AGCCCCTAACAGTGCAGAT-ATGACAGCGC-AAGCC-AGCTAAGGT-CGA-CATATCCTCATACTGGGCCT---AACCATTGGTG--GGC-A-GCTGCTATGTTC---ATTC--TC-TCTGG-TA-GTAT-GGTC-AATTGTCTCCTGC---C-TG-T-CTG-CATGGT--T---TGCTT--------AAACA--T-ATT------TACCA-AG-----TTCCTCACC-GTCTATGCTG-CTAAAGTCC-CAA-TCCTGGGGGCTTGCGGTCA-TGCTCCCAGCCAGGTCTTAA-TTCTA-TTATT
gi|8 : ggtattgtaaccactttgcaatcatCT-GC-TAAGC--AGCC--TAA----CCAAG--ATTACAGCGC-AG--CCAGC--AGGTTTGA-CAT---CCC-TACTGGGT-T---ACTCATCAGTG--GAT-AAGTCGTCATGTCC---AACCCTCC-T--GG-AA-A-GTAGGTC-AG-TGTCTCCTGCTGTC-TG-TTCTG-TATA----CATATGCTACTTTTTC-AAATA--C-CCT------T---A--G-----TTC--CGCCAGCCCAAG-TG-CTAAA-TCC-CAG-CCTTGGGT--CTG-GGTCA-GG---------CAAGC-CAA-TTATA-TTATTGAtaa
gi|9 : TCACTCTT-GT-TAATCCTGCT-GC-TAAGC--AGCC--TAA-----CAGGG-ATTACAGTGC-AGC-C-AGCAAAGGTTTGA-TAT---TCC-TACTGGGT-T---ACCCATTGGTA--AA--A-GTCGTTATGTTG---AA--CTCT-TCAGG-TA---GTAGGTCAAA-TGTTTCCTGCTAAC-TGAT-CTG-CATA--------TATTA--------AAGTAGCT-ACTATGGGAT---A-AG-----TGC--CACCAGTCCATG-TA-CAAAA-TCCGCAG-CCTTGGG---CTA-GTTCA-ta
blockSeqs : . CCT A A CTAATCT C A T A A CA C GT G C A A . . A . . T TC . GTTAG A A T AT ACTA A G T TG TT T A TGAC G . T CT A CAGCGTTCG A C ATAT G T . . . A T GATG TC A C . TTA T T AA T GAATAATGATTATT . TTCAAATCTTGGATA T GCG ATGTGCTTTTCAGGTGT . T CTAT T T . C GAT C T C C A CA TTGGT A G T C TT TGGACGGAAAACCCTCTGTTGGGTAAGAGATAGAACAA . G CAACTAATAGCAATA A A T G G G G CCCTG A . CT C A T C . C . CC CAGTG G . GC C A T . ATC A CCT . A A . ACCC . C . GTA A A T G A TT . CATATTGCTATTTTTTCCAAATACCACT . ACGAA CT A C T G G T GGC C . CTCC GT T . T
blockSeqs : . CC . A TC . . . . A A . T N N N N . . N . . G TC . GTTAG A A T GA ACTA A G T TG TT A A TGAC G . T CT . CAGCGTTCG . C AAC . T . . . A T A TC . . . TTA T . AA A GAATAATGATTATT . TTCAAATCTTGGATA C GCG ATGTGCTTTTCAGGTGT . . CTAT T T . C TCT C T A C A CA GGT A . T C TT TGGACGGAAAACCCTCTGTTGGGTAAGAGATAGAACAA . . CAACTAATAGCAATA G A T T G G G CCCT . . T C A T T . C . CC CAGTG G . GC . T T . ATC A CCT . T A . ACCC . C . GTG A . T T . TT . CATATGCTACTTTTTCAAATACCCTT . . CT A C . G . . GGC C . CTCC GC T . .
blockSeqs : T . A G . . . . A A . G C A A . . A . . T . . G . . . AT A . G . . . T . G . . . . . GCAGC . . AC . . . . . . T A . . . . T . . . A GAACATGAA . GATAGAATC T . GCTGGTG . . . . . . . TCT C . G . . A AGT . . T . . GGAGACTGGTGAGATGG . . CTTTATCCTGCCCT A A . T . G A C . . T . . T C . . . . G T . T . T T . . . TT . C . . TCTC . C . GTA A . . T . TT . TATTAAAGTAGCTACTATGGGAT . . . A . . . . . T . . T GC . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . ACAC . . GC . . . . . . A . . . . . T . . . T GAAATGAA . ATATAGT C . GCTGGTG . . . . . . . AT . . T . . C TTC . . T . . GGAGACAGTGAGTTGC . . CTCATCCTCACC A A . T . G G C . . . . C T . . . . A G . C . T T . . . CT . C . . ACCC . C . GT A . . T . AT . GTTTGCTTAAACATATTTACC . . . A . . . . . T . . T GC . . .
blockSeqs : . . . . . CAAC . . GC . . . . . . T . . . . . T . . . T GGAATGCA . ATAATC T . GTAGTG . . . . . . . T . . G . . C AGT . . . . . TGGAACAGGTGGTGC . . CTCCCCTGCCT . . . T . G A . . . . . . T . . . . C T . . . A T . . . GT . C . . TTC . C . AG A . . T . T . GTTTGCTTAAACATATTTACC . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . CAC . . AT . . . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . ACTGGG . . . . . . . . CTATCCTGCC . . . . . . . . . . . . . A G . . . . T . . . TT . C . . TTC . C . G A . . T . T . TGCAGCATTCAAGT . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . TT . T . . TC . . . G . . . . . T . TGCTGAAATTATTT . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . AC . . . G . . . . . . . GCTAAAATTTAC . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : A*** CAGCGTTCG* ** ** T** GAATAATGATTATT**** TAATCGATA********* ATGTGCTTTTCAGGTGT**** TCT*** C* AGT**** TGGAGGAGAACCTGTGTGAGATGGGC************* CTATCCTAATAGCAATC* CCCT* ** G* ** TT**** ** C* *** GT** T** GTTTGCTAAACATATTTACC*********************** T*** GC
originalCons : ATGCAAG-TAGCTTTAAGCCCTCAT-TCTCATTAAA---TTTT------T-ATTTCG-TGTC-GATCT-G-GTGGCCTATAC-AAAATT-TGTTGTGTGGGGGAGCACTCGTGCCACATGCGTTAATGAGGACATCGGTGATTCACCAATGTCGTTGATGGGAGAG---A---CATT----GTATGA----CCAATTG-TCCGTG--GCGGTAACTGNGTCAGTGCG-ACAGTTAGGTAAGTATATGATTTACTAAATTTCTGCGCACTACAAACCAGGCTTCTCCTTGCCCACTCTTATANTCAAAGCAGGGTGACGCGGAT-AT-TTAA-TCA--TGAC-C-CAGC-----G-GT-CG-C--CA-G-AAGA-C--CAG-GC-AATTAT----GTCCGGG--TC-AGT-TGAAT--A-TACTGGTTG-TGTT-G--TGTTT---GA--A-ATGA--A--TGT-TAT---A-A----TAG-A-TNAGCGGGGCTCATGGC---TAGTTCACA----GC-TTTCG---G-G---TCA-CATCTACC-CCC----AAGC-AA-G-GGAG-GG---T-TGCTACA-GNTCT-GGT-GCAAGTA--GGT--ACTTGCT-T-TTAAACCA-GGTAGCAC--TGT------GGAAACC--------GGT--GAGNT---G-C--GC-AGAA-GTCAT---CTN-ATCCTGCCCT-TAGAAACG-TGTTTCAACTGT-TCAGGGACTGCC---GAC-ACCTA-GCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAATGTAAAACTTG-T---CATCACTCTT-GT-TAATTCCGCT-GC-TAAGC--AGCC--TAA----GCAGGG-ATTACAGCGC-AG--C-AGCTAAGGTTCGA-CAT---CCC-TACTGGGC-T---ACCCATTGGTG--GGC-A-GCCGTTATGTTC---ANCCCTCC-TCTGG-TA-GTGTAGGTC-AA-TGTCTCCTGCTGTC-TG-T-CTG-TATA----T---TGCTA--------AAATA--T-ACT------T---A-AG-----TTC--CACCAGTCCATG-TG-CTAAA-TCC-CAG-CCTTGGG---CTG-GGTCA-TGCT--CAGCCCGGGC-CAA-TTCTA-TTATTAA
finalCons : ATGCAAG-TAGCTTTAAGCCCTCAT-TCTCATTAAA---TTTT------T-ATTTCG-TGTC-GATCT-G-GTGGCCTATAC-AAAATT-TGTTGTGTGGGGGAGCACTCGTGCCACATGCGTTAATGAGGACATCGGTGATTCACCAATGTCGTTGATGGGAGAG---A---CATT----GTATGA----CCAATTG-TCCGTG--GCGGTAACTGNGTCAGTGCG-ACAGTTAGGTAAGTATATGATTTACTAAATTTCTGCGCACTACAAACCAGGCTTCTCCTTGCCCACTCTTATANTCAAAGCAGGGTGACGCGGAT-AT-TTAA-TCA--TGAC-CCAGCGTTCG-G-GT-CG-C--CA-G-AAGA-C--CAG-GC-AATTAT----GTCCGGG--TC-AGT-TGAAT--AT--CTGGTTG-TGTT-G--TGTTTGAATAATGATTATT----TGT-TATTAATCGATA---------AGCGGGGCTCATGGC---TAGTTCACAATGTGCTTTTCAGGTGT----TCA-CATCTACC-CCC----AAGC-AA-G-GGAG-GGTCT---GCTACA-GNTCT-GGT-GC-AGTAAGT----ACTTGCT-T-TTAAACCA-GGTAGCAC--TGTTGGAGGAGAACCTGTGTGAGATGGGC-------------GC-AGAA-GTCATCTATCCTAATAGCAATC-TAGAAACG-TGTTTCAACTGT-TCAGGGACTGCCCT-GAC-ACCTA-GCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAATGTAAAACTTG-T---CATCACTCTT-GT-TAATTCCGCT-GC-TAAGC--AGCC--TAA----GCAGGG-ATTACAGCGC-AG--C-AGCTAAGGTTCGA-CAT---CCC-TACTGGGTT----ACCCATTGGTG--GGC-A-GCCGTTATGTTC---ANCCCTCC-TCTGG-TAGT--TAGGTC-AA-TGTCTCCTGCTGTC-TGT--CTG-TATAGTTTGCTAAACATATTTACC-----------------------A-AG-----TTC--CACCAGTCCATG-TG-CTAAA-TCC-CAG-CCTTGGG---CTG-GGTCA-TGT---CAGCCCGGGC-CAA-TTCTA-TTATTAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111 22222222 1 11 2222222 2222 2222 1 11 11 1 22222 11 1111 11 11 1 2222 1 1 11 1 33333333333333 1 1 2222 11 11 1 11 000000000000000000000000000000000000000000 222 666666666666 1 2222 1 1 1 22222 1 1 1 11111 22222222 11111 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 1 444444 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 1 1 11 22222 11 22 1 111 111111 1 111 111 777777777777777777777777777777777777777777777 11111 11 1 222 3333 1
lowQualScore : 3 666 8 4444 99999999 8 8 0 8 8 3 88 6 44 5 5 0 5 8888888 1111 1111 5 0 0 33 1 88 0 00000 7 3 9 0 00 8888 9 2 3 88 22 1 5 3333 1 5 1 55 5 7 88888888888888 5 1 5 77 5 1 1 0000 33 5 5 77 55 5 1 5 55 1 444444444444444444444444444444444444444444 33 000 222222222222 8 0 0 0 1111 0 0 5 0 44444 6 3 7 3 3 2 99999 11111111 33333 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 5 1 1 0 8 1 555555 5 6 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 88888 3 3 1 6 4 8 66 22 33333 11 4 55 4 3 1 4 8 555 555555 66 777 3 777 1 1 44 3 4 4 666 4 8 4 4 222 4 111111111111111111111111111111111111111111111 11111 22 5 4 8 8 8 4 444 8 4 0000 0 3 6 6
lowQualScore : . ... . .... ........ . . . . . . .. . .. . . . . ....... .... .... . . . .. . .. . ..... . . . . .. .... . . . .. .. . . .... . . . .. . . .............. . . . .. . . . .... .. . . .. .. . . . .. . .......................................... .. ... ............ . . . . .... . . . . ..... . . . . . . ..... ........ ..... . ............................................................................. . . . . . . . ...... . . .............................................................................................................................. ..... . . . . . . .. .. ..... .. . .. . . . . . ... ...... .. ... . ... . . .. . . . ... . . . . ... . ............................................. ..... .. . . . . . . ... . . .... . . . .
lowQualScore : 3 000 0 8888 88888888 0 0 8 0 0 8 88 0 00 2 2 8 8 5555555 2222 2222 8 0 8 88 0 00 0 22222 0 2 8 2 55 0000 2 5 2 00 55 0 5 5555 4 7 4 77 7 1 66666666666666 7 4 7 99 7 4 7 6666 88 0 0 99 77 7 4 7 77 9 000000000000000000000000000000000000000000 11 000 777777777777 4 7 1 0 2222 0 0 0 0 88888 7 3 5 3 3 5 88888 22222222 77777 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 0 4 4 0 8 7 444444 7 7 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88888 3 3 7 3 4 9 11 22 66666 11 4 66 4 1 9 4 9 666 111111 11 222 3 888 0 1 66 9 4 4 777 4 9 6 4 111 4 666666666666666666666666666666666666666666666 11111 22 4 4 9 9 9 4 444 9 4 1111 7 3 7 7
consensus : ATGCAAG-TAGCTTTAAGCCCTCAT-TCTCATTAAA---TTTT------T-ATTTCG-TGTC-GATCT-G-GTGGCCTATAC-AAAATT-TGTTGTGTGGGGGAGCACTCGTGCCACATGCGTTAATGAGGACATCGGTGATTCACCAATGTCGTTGATGGGAGAG---A---CATT----GTATGA----CCAATTG-TCCGTG--GCGGTAACTGNGTCAGTGCG-ACAGTTAGGTAAGTATATGATTTACTAAATTTCTGCGCACTACAAACCAGGCTTCTCCTTGCCCACTCTTATANTCAAAGCAGGGTGACGCGGAT-AT-TTAA-TCA--TGAC-C-CAGCG-TCGGGT-CG-CCA-G-AAGA-C--CAG-GC-AATTAT----GTCCGGG--TC-AGT-TGAAT--AT--CT-GGTTG-TG-TTG--TGTTT----GAA-AATGA-TAT-TGTTAT-T---AATC---GA-TA-AGCGGGGCTCATGGC---TAGTTCACAAT-TGCT---CAGGTGTTCACATCTACC-CCC----AAGC-AA-G-GGAG-GG---TCTGCTACA-GNTCT-GGT-GCA-G--TAAGT-A------CTTGCT-T-TTAAACCA-GGTAGCAC--TGTTGGA-GGAGA-AC---CTGT---GT--GAGAT-GG-AC--GC-AGAA-GTCATCT--ATCCT--T-GC-ACNTAGAAACG-TGTTTCAACTGT-TCAGGGACTGCCCT--GACA-CCTA-GCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAATGTAAAACTTG-T---CATCACTCTT-GT-TAATTCCGCT-G-CTAAGC--AG--CCTAA----GCAGGG-ATTACAGCGC-AG--C-AGCTAAGGTTCGA-CAT-CCC---TACTGGG-CT---ACCCATTGGTG--GGC-A-GCCGTTATGTTC---ANCCCTCC-TCTGG-TA-GT-TAGGTC-AA-TGTCTCCTGCTGTC-TG-T-CTG-TATA-GT-TTGC-TAAACATAT-T----T-------AC-------CA--AG-----TTC--CACCAGTCCAT-G-TGCTAAA-TCC-CAG-CCTTGGG---CTG-GGTCA-TGC--CCAGCCCGGGC-CAA-TTCTA-TTATTAA
Reference ( family-1656 ) : ATGCAAG-TAGCTTTAAGCCCTCAT-TCTCATTAAA---TTTT------T-ATTTCG-TGTC-GATCT-G-GTGGCCTATAC-AAAATT-TGTTGTGTGGGGGAGCACTCGTGCCACATGCGTTAATGAGGACATCGGTGATTCACCAATGTCGTTGATGGGAGAG---A---CATT----GTATGA----CCAATTG-TCCGTG--GCGGTAACTGNGTCAGTGCG-ACAGTTAGGTAAGTATATGATTTACTAAATTTCTGCGCACTACAAACCAGGCTTCTCCTTGCCCACTCTTATANTCAAAGCAGGGTGACGCGGAT-AT-TTAA-TCA--TGAC-C-CAGCGTTCGGGT-CG-CCA-G-AAGA-C--CAG-GC-AATTAT----GTCCGGG--TC-AGT-TGAAT--AT--CT-GGTTG-TG-TTG--TGTTT----GAATAATGATTATTTGTTAT-T---AATC---GA-TA-AGCGGGGCTCATGGC---TAGTTCACAATGTGCTTTTCAGGTGTTCACATCTACC-CCC----AAGC-AA-G-GGAG-GG---TCTGCTACA-GNTCT-GGT-GCA-G--TAAGT-A------CTTGCT-T-TTAAACCA-GGTAGCAC--TGTTGGA-GGAGA-AC---CTGT---GT--GAGAT-GG-GC--GC-AGAA-GTCATCT--ATCCTAATAGCAATCTAGAAACG-TGTTTCAACTGT-TCAGGGACTGCCCT--GACA-CCTA-GCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAATGTAAAACTTG-T---CATCACTCTT-GT-TAATTCCGCT-G-CTAAGC--AG--CCTAA----GCAGGG-ATTACAGCGC-AG--C-AGCTAAGGTTCGA-CAT-CCC---TACTGGG-TT---ACCCATTGGTG--GGC-A-GCCGTTATGTTC---ANCCCTCC-TCTGG-TA-GT-TAGGTC-AA-TGTCTCCTGCTGTC-TG-T-CTG-TATA-GT-TTGC-TAAACATAT-T----T-------AC-------CA--AG-----TTC--CACCAGTCCAT-G-TGCTAAA-TCC-CAG-CCTTGGG---CTG-GGTCA-TG---TCAGCCCGGGC-CAA-TTCTA-TTATTAA
gi|1 : AT-TCTCATTAAAAATTTTT------C-ATTTCG-TGTC-GATCT-G-GTGGCCTATGC-AAAATTATGTTG-GTGGGGAAGCATTCGTGCCACATGCGTTAATGAGGACACTG-----TCAC-AATGTCATTG-TGGGGGAGTTGAGTCCATTTAATGTGTGGTGGGCCA-TTGATCCATGCTGTGGGGACTGGG--AGTGCGCACA-------AGATATATGATTAATTAA--TTCTGCGC----CAAACCCG--CTCTCCT--CCCACTCT-GTAATCAA-GCAGGG-G--GCAGAT-ATATTAA-TCA--TGAC-CACAG--------T-CA-CCA-G-AAGAACAACAGAGC-AATTAT----GTCCGGG--TC-AAG-TGAATTAAT--ATGGGCTG-TG-TTG--TGTTTCATGAAAGAATG--TATATA-TA--T---AAC-----A-TC-AGTGAGGCTCGTGGT---TAGTTC-C----TACTCCGCAGG-GTCAACATCTACCTCCC----AGAC-AA-GCGGTG-GGAGAT-GGCTACA-G-TCT-GGT-G-A-----AAGT-AGCTTAGCTTGCT-T-TAAAACCA-GGTCGCAC--TGT------GAGA-AC---AGGT---GC--G---T-TG-CC--GCAAGAA-GTCAATT--ATCCC--T-GC--CTTAG-AACG-CGTTTC-ACTGT-TCA-GGACTG-CCTGAGACA-CCTATGCT
gi|1 : ttgAACTTG-CACACATCAACCTT-GT-TAATTC-GCTCG-CTAAGCGGAG--CCCTA----GCAGGGTATTACAGCGCGAGA-C-AACTAAGGTTCGAACAT-CC----TACTGGG-CCTACACCCATTCGTAATGGCTATGCTGTTATGTTTCAGAGCGCTCCCTCTGGATAAGT-TAGGT--AT-TGTTTCCTGCTGTC-TG-C-CTGCTATA----TACC-TAAA-ATATAT----T-------AC-----------AG-----TTC--CACC-GTCTAT-G-TGCTAAA-TCCTCAA-CA-TGGG---CTG-GGTCAGTGC--TCG--CCAGGC-CAATTTCTA-TTATTtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaatcaataatgggttcgaacttgcacacatcaaccttgttaattcgctcgctaagcggagccctagcagggtattacagcgcgagacaactaaggttcgaacatcctactgggcctacacccattcgtaatggctatgctgttatgtttcagagcgctccctctggataagttaggtattgtttcctgctgtctgcctgctatatacctaaaatatattacagttccaccgtctatgtgctaaatcctcaacatgggctgggtcagtgctcgccaggccaatttctattatttaat
gi|10 : ttgattctcattaaaaatttttcatttcgtgtcgatctggtggcctatgcaaaattatgttggtggggaagcattcgtgccacatgcgttaatgaggacactgtcacaatgtcattgtgggggagttgagtccatttaatgtgtggtgggccattgatccatgctgtggggactgggagtgcgcacaagatatatgattaattaattctgcgccaaacccgctctcctcccactctgtaatcaagcagggggcagatatattaatcatgaccacagtcaccagaagaacaacagagcaattatgtccgggtcaagtgaattaatatgggctgtgttgtgtttcatgaaagaatgtatatatataacatcagtgaggctcgtggttagttcctactccgcagggtcaacatctacctcccagacaagcggtgggagatggctacagtctggtgaaagtagcttagcttgctttaaaaccaggtcgcactgtgagaacaggtgcgttgccgcaagaagtcaattatccctgccttagaacgcgtttcactgttcaggactgcctgagacacctatgcttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaatcaataatgggttcg---CATCACTCTT-GT-TAAT-CCGCT-G-TTAAGC--AG--CCTAA----GT-TGG-ATTACAGTAC-AGT-C-AGCAAATGTTTGA-CAT-CCC---TACTGGG-TT---ACCCAATGGTG--GGA-A-GTCGTCATGTTC---AACCCT---TCTGT-TA-G--TAGGTC-AA-TGTCTCCTGCGGTA-TGTT-CTG-TATA-----TGC---AGCAT-T-C----A-------AG-------TA--AGACGAATTC--CACCAGCCCAT-G-TGATACA-TCA-CAGTCTTTGGG---CTG-GGCCA-taat
gi|11 : cgGCT-G-CTAAGC--AG--CCTAA----ACAGG---TTACAGCGC-AG--C-AGC--AGGTTTTG-CAT-CCC---TACTGGG-T----ATTCATCAGTG--GAT-AAGTCGTTAGGTTC---AACCCTCC-T--GG-AA-GT--AGGTC-AG-TGTCTCCTGCTGTC-TG-TTCTG-TATACATATTGC-TA----TTT-T----TTCCAAATAC-------CACTAG-----TTC--CGCCAGCCCAA-G-TGCTAAA-TCC-CAG-CCTTGGGT--CTG-AGTCA-GG---CAAGCggaag
gi|12 : GCT-G-CTAAGC--AG--CCTAT----CCAGGG-ATT-C-GCGC-AG--C-CAC-AAGGTTCGA-CAT-CCC---TACTGGG-CT---ACCATTTGGTG--GGC-A---TGCTATGTTC---ATCCCTC----TGG-TA-GT--AGGTC-AA-TGTCTCATGCTGTC-TG-C-C-G-TATA-G-----C-TAAA---AT-T----T-------AC--------A--GG-----TTC---AC--GTCTATTG-T-CTAAA-TCC---A-CCTGGGA---CTG-GGTCA-TG---TCAGTCCAGGC-CAG-TTCTA-TTATTAA
gi|13 : TGCTACA-GCTCT-GTT-GCAAG--GAGGT-A------CTTGCT-T-T-AAACCA-GTCAGCAC--TGCTG------GA-AC---------------AGGT-GGTGC--GC-AGAAGGTCATCT--ATCCT----GC---CTATAAACG-TG-TTCAACTG--TCA-GGACTGCCCTG-GACA-CCTt
gi|14 : gggga-CCC----AAAT-AG-G-GGAG-GG---GATGCTACA-GA-CT-GGT-GAA-GTTTTGGT-T------CTT-CT-TGTTAAACGA-GGTAGCAC--T----AA-GGAGA------CTG----GT--GAGAT-GG-----GC-AGA----TATCTC-ATCCT-----C-ACCTAGGA--G-TTGTTCAAC-GT-CCAGGgatgct
gi|15 : CCTTCATATCGCATAGAA---TATTCTAATCT-ATTTCGCTGTCAGATCTTG-GTGGCCTATACCAAAATTCTGTT-TGTGGGGGAACACTcctgtc
gi|16 : cTAA----GTCTGGG--TC-AGT-TGAAT--AT--CT-GGTTG-TG-TTG--TGTTT------------------TGT-------------------A-AGTGGGGCTCATGGC---TAGTTCACAGT----------AGTGTC--CATC-ACC-TCC----AAGC-AA-G-GGAG-Ggtcctcaatgttt
gi|17 : -GTCATCT--CCCCT----GC--CTTAGAA-CG-TGTTG-AACTGT-CCAGG-ACTG------GACA-CCTA-
gi|18 : GAT-AT-TTAA-TCA--TGAC-CGCAG----CGAGT-CA-CCAGG-AAGA-C--CAG-GC-AA-TATGATGGTCCGGG--TCAAGT-TGAtgttcacatagggtccctggtttt
gi|19 : TTCAACTGT-TCA-GGACTG------GACA-CCTA-
gi|2 : GGACATCGGTGATTCACCAATGTTGTTGATGGGAGAG---A---CATT----GTATGA----CCAATTG-TCTGTG--GCGGTAACTGTGTCAGTGCG-ACAGTTAGGTAAGTATATGATTTACTAAATTTCTGCGCACTACAAACCAGGCTTCTCCTTGCCCACTCTTATATTCAAAGCAGGGTGACGCGAATGAT-CTAATTCACTTGAC-C-CAGCGTTCGGGTCCG-CCA-GTAAGA-C--CAG-GCAAATTATA---GTCCGGGTCTC-AGT-TGAAT--ATTACT-GGTTGTTG-TTGAATGATT----GAATAATGATTATTTGTTAT-TTCAAATCTTGGA-TA-AGCAGGGGTCATGACGCGTAGTTAACAATGTGCTTTTCAGGTGTTCACATCTACC-CCCCTATAAGCTAATG-TGAGCGG---TCTG-TACATGGTCTCGGTAGCA-G--TAAGT-A------CTTGCTAT-TTAAACCACGGTAGCACTTTGTTGGACGGAAA-ACCCTCTGTTGGGTAAGAGATAGA-ACAAGC-AGAA-GTAATCA--A--CTAATAGCAATATAG-AACGTTGTTCCAACTGTGTCAGGATCTGC-----GATA-CCTT-GCTtgtt
gi|2 : tagtgggttAAATGTAAAACTTG-T---CATCACTCTTCGTATAATTCTTCT-GCCTAAGC--AGCCCCTAACAGTGCAGAT-ATGACAGCGC-AAGCC-AGCTAAGG-TCGA-CATATCCTCATACTGGGCCT---AACCATTGGTG--GGC-A-GCTGCTATGTTC---ATTC--TC-TCTGG-TA-GT-ATGGTC-AATTGTCTCCTGC---C-TG-T-CTG-CATG-GT-TTGCTTAAACATAT-T----T-------AC-------CA--AG-----TTCCTCACC-GTCTAT-GCTGCTAAAGTCC-CAA-TCCTGGGGGCTTGCGGTCA-TGCTCCCAGCCAGGTCTTAA-TTCTA-TTATTtcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgggtattgtaaccactttgcaatcataaatgtaaaacttgtcatcactcttcgtataattcttctgcctaagcagcccctaacagtgcagatatgacagcgcaagccagctaaggtcgacatatcctcatactgggcctaaccattggtgggcagctgctatgttcattctctctggtagtatggtcaattgtctcctgcctgtctgcatggtttgcttaaacatatttaccaagttcctcaccgtctatgctgctaaagtcccaatcctgggggcttgcggtcatgctcccagccaggtcttaattctattatttaatcaag
gi|3 : tagtgggttggacatcggtgattcaccaatgttgttgatgggagagacattgtatgaccaattgtctgtggcggtaactgtgtcagtgcgacagttaggtaagtatatgatttactaaatttctgcgcactacaaaccaggcttctccttgcccactcttatattcaaagcagggtgacgcgaatgatctaattcacttgacccagcgttcgggtccgccagtaagaccaggcaaattatagtccgggtctcagttgaatattactggttgttgttgaatgattgaataatgattatttgttatttcaaatcttggataagcaggggtcatgacgcgtagttaacaatgtgcttttcaggtgttcacatctacccccctataagctaatgtgagcggtctgtacatggtctcggtagcagtaagtacttgctatttaaaccacggtagcactttgttggacggaaaaccctctgttgggtaagagatagaacaagcagaagtaatcaactaatagcaatatagaacgttgttccaactgtgtcaggatctgcgataccttgcttcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgggtattgtaaccactttgcaatcatATTCAAGCTAGCTTTATGCCC-CAT-TCTCATTAA----TTTC------G-ATTTCG-T-TC-GATCT-GAGTAGC-TACAC-AAAATT-TGTCGTGTGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---N---NNNN----NNNNNN----NNNNNNN-NNNNNN--NNNNNNNTTGGG--AGTGCG-CCAG----GTA-GTCT-TGATT----AAGATTCTGCGCA-----AACC-GGCT-CTCCT--CCCACTG--ATAATCAA-GCAGGG-G--GCAGAT-AT-TTAA-TCA--TGAC-CACA-----CGG-T-CAACCA-C-AAGA-C--CAG-GC-A-TTAT----GTCCGGG--TC-AGTCTGAAT--AT--CT-GGTTG-TG-TTG--T--TT----GAACA-TGA--AT--GTTAT-----GATA---GAATC-AGTGGGGCTCATGGT---TAGTTCATAAC-TG-------GGT---CACATCCACT-CCC----AAGC-AA-G-GGAG-GA---T--GCTACA-GTTCT-GGT-GCA-A--GGATTCA------CTTGCT-T-T-AAACCA-GGTAGCAC--TGT-----GGAGACA-----------GT--GAGTT-G---C--GC--GAA-GTCATCTTTATCCT----GCCCT-TAGAAACG-TGTTTCAACTGT-TCAGGGACTGCCCT--GACAACCTA-GCTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAATGTAAAACTTGCT---CATCACTCTT-GT-TAATTTCGCT-G-CTA-GC--AG--CCTGA----ACAGGG-ATTACAGCGC-A---C-AGCTAAGGTTCGA--AT-CCC---TACTGGG-GT---ACCCATTGGTG--G-C-A-GCTGTTATGTTC---ATCTCTCC-TCTCG-TA-GTGTAGGTC-AA-TGTCTCCTGCTGTCATG-T-CTG-TATA-----TGC-TGAAATTAT-T----T-------A------------AG-----TTC--CACC-GTCCAT-G-TGCTAAA-TCC-CAA-CCTTGGG---CTG-GGTCA-TG---TCAGCCCGGGC-CAA-TTCTATTTATTAAtaatcaag
gi|4 : GGACATCGGTGATTCACCAATGTTGTTGATGGGAGAG---A---CATT----GTATGA----CCAATTG-TCTGTG--GCGGTAACTGTGTCAGTGCG-ACAGTTAGGTAAGTATATGATTTACTAAATTTCTGCGCACTACAAACCAGGCTTCTCCTTGCCCACTCTTATATTCAAAGCAGGGTGACGCGAATGAT-CTAATTCACTTGAC-C-CAGCGTTCGGGTCCG-CCA-GTAAGA-C--CAG-GCAAATTATA---GTCCGGGTCTC-AGT-TGAAT--ATTACT-GGTTGTTG-TTGAATGATT----GAATAATGATTATTTGTTAT-TTCAAATCTTGGA-TA-AGCAGGGGTCATGACGCGTAGTTAACAATGTGCTTTTCAGGTGTTCACATCTACC-CCCCTATAAGCTAATG-TGAGCGG---TCTG-TACATGGTCTCGGTAGCA-G--TAAGT-A------CTTGCTAT-TTAAACCACGGTAGCACTTTGTTGGACGGAAA-ACCCTCTGTTGGGTAAGAGATAGA-ACAAGC-AGAA-GTAATCA--A--CTAATAGCAATATAG-AACGTTGTTCCAACTGTGTCAGGATCTGC-----GATA-CCTT-GCT
gi|5 : gtgggttATGCAAG-TAGCTTTAAGCCCTCAT-TCTCGTTAAA---TTTT------TCATTTCG-TGTC-GA-CT-G-GTGGCCTATAT--AAATT-TGtcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt
gi|5 : cCAGAT-AT-TTAA-TCA--TGAC-C-CA-----CGG-T-CA-TCA-G-AAGA-C--CAG-GC-AAAT-T----GTCCGGG--TC-AGT-TGAAT--AT--CT-GGTTG-TG-TTG--TGTTT----GA--AATGA--A--TGTTATAT---AATC---------AGTGGGGCTCATGGC---TAGTTCATA----GCT-----GGTG-TCACATCTACCTCCC----AAGC-AA-G-GGAG-Gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagatatttaatcatgacccacggtcatcagaagaccaggcaaattgtccgggtcagttgaatatctggttgtgttgtgtttgaaatgaatgttatataatcagtggggctcatggctagttcatagctggtgtcacatctacctcccaagcaagggagg
gi|6 : catgcaagtagctttaagccctcattctcgttaaatttttcatttcgtgtcgactggtggcctatataaatttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGCAAG-TAGCTTTAAGC--TAAT-TCTCATTAAA---TTTT------T-ATTTCG-TGTC-GATCT-G-GTGG-CTAT-C-AAAATT-TG
gi|6 : cGAT-AT-TTAA-TCA--TGAAAC-CAACGGTCATAT-C----A-G-A-GA-C--CAG-GC-AATTAT----GT-CGGG--T--AGT-TGACT--AT--CT-GGTTG-TGTTTG--TGTTT----GG--AATG--CA--TGTTAT-------------A-TATAGT-GGGCTCATGGC---TAGTTCATA----GCT-----GGTG-TCA-ATCTAAC-TCC----AAGC-AA-G-GGAG-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatatttaatcatgaaaccaacggtcatatcagagaccaggcaattatgtcgggtagttgactatctggttgtgtttgtgtttggaatgcatgttatatatagtgggctcatggctagttcatagctggtgtcaatctaactccaagcaagggag
gi|7 : catgcaagtagctttaagctaattctcattaaatttttatttcgtgtcgatctggtggctatcaaaatttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaAAATGTAAAACTTG-T---CATCACTCTTCGTATAATTCTTCT-GCCTAAGC--AGCCCCTAACAGTGCAGAT-ATGACAGCGC-AAGCC-AGCTAAGG-TCGA-CATATCCTCATACTGGGCCT---AACCATTGGTG--GGC-A-GCTGCTATGTTC---ATTC--TC-TCTGG-TA-GT-ATGGTC-AATTGTCTCCTGC---C-TG-T-CTG-CATG-GT-TTGCTTAAACATAT-T----T-------AC-------CA--AG-----TTCCTCACC-GTCTAT-GCTGCTAAAGTCC-CAA-TCCTGGGGGCTTGCGGTCA-TGCTCCCAGCCAGGTCTTAA-TTCTA-TTATT
gi|8 : ggtattgtaaccactttgcaatcatCT-G-CTAAGC--AG--CCTAA----CCAAG--ATTACAGCGC-AG--CCAGC--AGGTTTGA-CAT-CCC---TACTGGG-TT---ACTCATCAGTG--GAT-AAGTCGTCATGTCC---AACCCTCC-T--GG-AA-AG-TAGGTC-AG-TGTCTCCTGCTGTC-TG-TTCTG-TATACAT-ATGC-TA--CTTTT-TCAAAT-------AC-------CCTTAG-----TTC--CGCCAGCCCAA-G-TGCTAAA-TCC-CAG-CCTTGGGT--CTG-GGTCA-GG---------CAAGC-CAA-TTATA-TTATTGAtaa
gi|9 : TCACTCTT-GT-TAATCCTGCT-G-CTAAGC--AG--CCTAA-----CAGGG-ATTACAGTGC-AGC-C-AGCAAAGGTTTGA-TAT-TCC---TACTGGG-TT---ACCCATTGGTA--AA--A-GTCGTTATGTTG---AA--CTCT-TCAGG-TA-G--TAGGTCAAA-TGTTTCCTGCTAAC-TGAT-CTG-CATA-----TAT-TAAA-GTAG-C----T-------ACTATGGGATA--AG-----TGC--CACCAGTCCAT-G-TACAAAA-TCCGCAG-CCTTGGG---CTA-GTTCA-ta