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8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|22 : cTT------GGATGT-TACTGGACATTA---AATGCAAGAA-GAACTTCA---TAAATA-A--CA-------C---------A-------A------A----T--TTTCA--------ATTAAA---TGG-ATATTTCTAtattttcaaatgga
gi|23 : tggA-------GTT--ATCCTCAT-C-GA----T-------C------C-----TCCCA-T----TA-A---------T---ATTT------GGATGT-TACCAGTTGT-------------------TTTCA---TAAATA-A--AA-------T--------------------------------T---A-------------------A-ATATTTCTATc
gi|25 : GCGCATAGG-GAA---------AAA-A-A--CG-------C---------ATTTTT--A------G----G--T------------AATA-------A-ATATTTCTATTTCTAATTT
gi|28 : ATCAA-AGGGCGGATCA-TA------TA-------GGT--ATCCTCAT-C-GA----T-------C------C-----CCCCA-T----T
gi|29 : ATGAA-AATGCGGATCA-TA------TA-------G-T--ATCCTTAT-C-GA----T-------C------T-----TCCCA-T----
gi|3 : aA-AAGGCGGGTCA-TA------TACCAGTA-GCT--ATCCTCAT-C-GA----T-------T------C-----CCCCA-T----TA-A---------T---AGTT------GAATGT-TACCATGCGTTT---AGCGCATTGG-GAATTTCA---TAAATG-A--AA-------T---------AT------ATCTTTCA----G--T---A--------AATG-------A-ATGTTTCTATCTTTAAT
gi|4 : AGGCGGATCA-AA------TA-------GTT--ATCTTCAT-A-CA----T-------G------TTTATACTTCA-T----AT-A---------T---ACTT------GGATGT-TACTGGGCGTTT---AGCGCA-AGGCAAAGTTCA---TAAATT-ACTGA-------T---------C-------A------ATCTCG--T------------AATAGA---T-A-----TTCCATTTCTAATT
gi|5 : ggatATGAA-AATGCGGATCA-TG------TA-------GCT--ATTCTCAT-C-GA----T-------C------C-----CCTCA-T----TA-A---------T---ATTT------AGATGT-TACCGGGCGTTT---AGTGCATAGG-GAATTTCA---TAAATA-A--AA-------T---------A-------A------A----G--T---A--------AATGAA---T-ACATATTTCTATTTCTAATTCA
gi|6 : -AAGGCGGATCACTA-------A-------GTT--ATCTTCAT-C-GA----T-------CGCGAT-C-----CTCCAAT----TG-G---------T---ATGT------GGGTGT-TATCAGGCGTGT---AGCGCATAGG-AAATTTCAAT-TAAAC--A--TA-------T---------G-------ATTTTG-A----G--A---A--------AATA-------A-ATATTTCTATTTCTAA
gi|7 : A-TA------TA-------GTTTAATCCTCATAC-AG----T-------C------C-----CC----T----TA-A---------TCAAATCT------AGATGT-TACTGGGTGTTG---AGCTCAAGGA-AAATTTTA---TAAACA-A--TA-------T---------
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gi|9 : aaagGAA-TAGGCATATCA-TA------CA-------GCT--ATCCTCATAT-AG----T-------C------C-----CCCCA-T----TA-A---------T---ATTT------GGATGT-TAC--------T---AG------GG-GAATTTCG---TAAATA-A--TA-------T---------ACTTT---C------A----GTTT---C--------AACAGATT-T-G-ATATTTCTATATCTAATTTc
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blockSeqs : . . . . . . . . C . G . . . . . . TA . . . . T . ATGTTTTCAGGTAAAAA
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blockSeqs : . . . . . . . C . G . . . . . . TG . . . . A . GATTTTGAGAAAATAA
blockSeqs : . . . . . . . C . A . . . . . . TG . . . . A . ATTTTTAGGTAATAA
blockSeqs : . . . . . . . C . A . . . . . . TG . . . . T . AAAGTAAATGAATAC
blockSeqs : . . . . . . C . A . . . . . . CA . . . . A . TTTCATGAAAACAA
blockSeqs : . . . . . C . A . . . . . . CA . . . . C . GTTTCAAGTAAATA
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originalCons : ATGAA-AAGGCGGATCA-TA------TA-------GTT--ATCCTCAT-C-GA----T-------C------C-----CCCCA-T----TA-A---------T---ATTT------GGATGT-TACCGGGCGTTT---AGCGCATAGG-GAATTTCA---TAAATA-A--NA-------T---------A-------A------A----G--T---A--------AATGAA---T-A-ATATTTCTATTTCTAATTTA
finalCons : ATGAA-AAGGCGGATCA-TA------TA-------GTT--ATCCTCAT-C-GA----TC-------------C-----CCCCA-T----TA-A---------T---ATTT------GGATGT-TACCGGGCGTTT---AGCGCATAGG-GAATTTCA---TAAATA-A--NA-------T---------A-------A------A----G--T---A--------AATGAA---T-A-ATATTTCTATTTCTAATTTA
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|27 ): TTAATACATAATTTACAATTTAATCTCTTACTAAAATACATCAGATT
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Unaligned ( gi|33 ): AATTTACATGTATATTCAGTTATCACATATTT
Alignments
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consensus : ATGAA-AAGGCGGATCA-TA------TA-------GTT--ATCCTCAT-C-GA----T-------C------C-----CCCCA-T----TA-A---------T---ATTT------GGATGT-TACCGGGCGTTT---AGCGCATAGG-GAATTTCA---TAAATA-A--NA-------T---------A-------A------A----G--T---A--------AATGAA---T-A-ATATTTCTATTTCTAATTTA
Reference ( family-1648 ) : ATGAA-AAGGCGGATCA-TA------TA-------GTT--ATCCTCAT-C-GA----T-------C------C-----CCCCA-T----TA-A---------T---ATTT------GGATGT-TACCGGGCGTTT---AGCGCATAGG-GAATTTCA---TAAATA-A--NA-------T---------A-------A------A----G--T---A--------AATGAA---T-A-ATATTTCTATTTCTAATTTA
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gi|29 : ATGAA-AATGCGGATCA-TA------TA-------G-T--ATCCTTAT-C-GA----T-------C------T-----TCCCA-T----
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7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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