lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 55555555555555555555555555555555555 111 11 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33333333 33 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22222222222 22222222222222 11111 44 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 333333333333333333333333 1 11111111111111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 11111111111111 44444444 222 2 33333333333333333333333333 1 333333 33333333333333 33333 1111 444444444444444444444 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 1
lowQualScore : 0 4 44444444444444444444444444444444444 33 2 7777 444 333 66 77777777 22 2 2 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 1 66 1 333 88888888 11 33 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 3 22 00000000000 1 666666 999999 3333 55555555555555 1 22 77777 666 1 33 55 22 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 4 77777 4 22 1 444444 111111111111111111111111 11 4444 5 666 1 2 77777777777 1 1 88888888888888888888 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 000000 1 5 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 6 99 1 1 55555 1 1 33333333333333 1 444444 1 6666666666666 33333333 222 000 1 1 2222 1 6 1 2 1 55555555555555555555555555 777 6666666666666 444444 33 1 1 22 1 5 1 1 3 1 77777777777 1 7777777777 777777 1 77777777777777 66 22 4 2 22 88888 3 2 2 9999 888888888 2 2 000000000000000000000 33 2 5 2 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 9 55 5
lowQualScore : . . ................................... .. . .... ... ... .. ........ .. . . . ................................................................ . . .. . ... ........ .. .. ............................................................................ . . .. ........... . ...... ...... .... .............. . .. ..... ... . .. .. .. ....................................................... . . ..... . .. . ...... ........................ .. .... . ... . . ........... . . .................... ............................................................................................................................. ...... . . ............................................................................................................................. . . .. . . ..... . . .............. . ...... . ............. ........ ... ... . . .... . . . . . .......................... ... ............. ...... .. . . .. . . . . . . ........... . .......... ...... . .............. .. .. . . .. ..... . . . .... ......... . . ..................... .. . . . ........................................................................................................... . .. .
lowQualScore : 8 1 66666666666666666666666666666666666 77 7 8888 333 777 88 66666666 99 7 0 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 8 11 8 333 22222222 99 00 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 2 88 55555555555 6 222222 222222 3333 44444444444444 4 00 55555 000 5 44 88 33 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 3 33333 6 00 4 111111 999999999999999999999999 88 2222 4 666 3 6 44444444444 3 3 77777777777777777777 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222222 6 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 3 33 5 5 11111 5 5 88888888888888 6 666666 5 8888888888888 33333333 444 999 4 4 8888 3 4 4 8 4 33333333333333333333333333 000 7777777777777 111111 77 5 5 11 5 3 7 7 3 7 99999999999 7 6666666666 000000 8 22222222222222 11 55 5 0 88 99999 4 0 0 6666 444444444 1 1 555555555555555555555 77 7 3 7 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 77 5
consensus : AGAGGTAAAAACAT--CCCA-G---CC--AAAGATACGATC-AGGN-G-T--CT-AACAGA----GGTATAAAC---ATTCCCAG--------CC--AAA-G-ATAC-GATCAN----TG--T-------G--------T--C-T-A-CAGAGGTATA---AAC-ATCCCAGCCAAAG-A-TACGA-TC-A---G--G--T--CTAACAGAGGTA--AACAT-CCCAACGCNAAAGATA-C-GATCA----AG-------TG----------TCTAA-C-AGA-G------A---------TAAACATCCCAGCCAAAG-A-TACG-AT-C-A-G-T-G-T-CTAA------C------AGAG----GTA-----TA---AC--AT-CC--C-A-GCCAAA-G-ATAC-GATCAGGTG-T--CTAACAG----AG-GTA-T----AAACAT------C--CCA-GCCA-------A----AG--ATACGA-TC-A---GGT-GT--CTAA-C------AGAG-GT--A----TA----A--A-CA-TCCCA--GCC----AAA---G-ATA-C-----------GA-T-C----------AGG-T-G---TCTAA---AC--ANAA------GGTA----A--AACAT-------CCCA-G-CC-A-A--GAT-ACG----A-------TCAGGTG-----T-CTAACAGA---GG--TA--TAAACA-----TCCC-AGCCAAAG-----A-TACGATCAGGTGTCT-AACA------GAGGTA-----AAACAT----CCCA-G---C-C-AAA-GATA----------ACGAT-C-A--G-TG----TCTAACA-G-A-G--A-----TA----AACA--TC------CCA-GCCAAAAAGA-T-AC--G--A-T-C-------A-G-T--G-T------C-TAA------C------AGAGGT-A-----AAAC---AT--TCC-CA-GCCAA----AG-A-TA-C-GAT-C---A----------G-T--G--TC--T---AA------C------A------GAG--G-T-A--AAC-ATCCCA-GCCAAA-GA-TA-C-----------GA-TCA----------GG---TG-T-CTAACA------G------AGG--TA--AACA-T--CCCA-GCNA-A-AG---ATAC---------GA-TC-AGGTGT-CT-NAC------AG---AG--G-T-A-AACATTCCC--AGTC-C-AAN--GNTACAAT------AGGTG----------TGAGACAA---AATAT--CAAGAAATAAAC----G-A-CCCAT---TGCGAAA----T-ATAANNACAGTGTG
Reference ( gi|1 ) : AGAGGTAAAAACAT--TTCACG---CC-TAACGATACAATTTACGG-A-T--CT-AACAGA----GGTATAAAC---ATTCCCAG--------CC--ATA-G-ATA--GATCAT--T-TG--T-------A--------T--C-T-A-CAGAGGTATA---AAA-ATCAAAGCCAAAG-A-TACGG-TC-A---G--A--T--CTAACAGAGGTAT-AACAT-TCGAATGCAAGAGATA-C-ACTCA----AGGAT----TAC---------TCTAA-C-AGA-GTGCTAGAGCCGGCACTTAAACATCCCAGCCAAAG-A-TACA-AT-T-A-G-T-A-T-CTAA------C------AGAG----GTA-----TA---AA--AT-CC--C-C-GTCAAA-A-ATAC-GATC--GTA-T--CTAACAG---CAGCGTA-T----AAACAT------CGCCCA-GCCA-------AC--TAG-CATACGA-TC-A---G-T-GT--CTAA-C------AGAG-GT--A----TA----A--A-C--TCCCA--GCC----ATA---G-ATA-C-----------GA-T-C----------A-G-T-A---TCTAA---AC--ACAAT-----GGTACTCTATCAACATG------CCCA-G-CT-A-A--GAC-ACA----AC------TCAGATA-----T-CTAACAGA---AG--TAGTTAAACA----GTTCGAAGCCAAAC-----A-TACGATCAGGTATCTGAACA------GACGTATA---AAACAT----GCC--G---T-C-AAA-GATA----------ACGAT-C-A--T-TA----TCTAACC-G-A-G-TA-----TA----AATA--TCGA----CTA-GCCAAAAAGA-T-AC--A--A-T-C-------A-G-T--G-T------C-TAA------C------AGAGGCTA-----AAAC---AT--TCC-CA-GCCAA----AG-AGTA-C-GAT-C---A----------G-T--G--T---T---AA------C------A------GAG--G-T-A--AAC-ATCCGA-GCCAAA-GA-TA-C-----------GA-TCA----------GGT--TA-T-CTAAC-------G------AGG--TA--AGCA-T--CGAATGCAA-A-AT---ATAC---------GA-TC-AGG-GT-CT-TA-------AA---AG--G-T-A-AACATTCTC--AGTC-C-GAT--GTTACA--------AGGTG----------GGAGACAAC--AATAT--CAAGAAATGAAT----GCA-CCCAT---TGCAAAA----T-ACAACCACAGTGTG
gi|3 : AGAGG--AAAACAT--CTCA-G---CC-AAAT-ATACAAT--AAGGTG-T--CT-AACAAATCAAGAAGTAAAT---AT-CCCAG--------GC--AAA-G-ATAC-GATCAG-----G--T-------A--------T--C-T-AACTGATCTATAGGGAAACACCCCAGCCAAAG-A-TACGA-TC-A---GGTG--T--CTAACATACGTA--AGCAT-CCCAAC-CAAT-GATA-C-A---A-------------TAC------------AATC-AGGTGTGCAAAAG-----AAATAAACATCCCAGCCAAAGAA-AAGA-AC-A-G-G-T-G-C-ATAA------C------AGAG----G-A-----TA---A
gi|4 : gatcaggtgtctaacAGAAGTAAA--TAT--CCTA-G---TC--AAAGATATTATT-AGGT-G-T--CT-AACAGA----G--AAAAAC---ATTCC-AG--------CC--AAA-G-ATAC-GATCA------G--G-------AG-------T--C-T-AACGAAGGTA-----AAT-ATCCCAGCCAAAG-T-TATGA-TC-A---G--G--TGTCTAACAGAAGTAA-AACAT-cagctgctcttttattgaataatttaatataaggattaccttgaccatgaatgtaacaccgtaaataaagtgtgaatgacgcagtgattaccttcataaggaaaattttccttctggttatcaggttcttgtggttctggaaatagaaattattatcaacatcaaaataagacgacatgatccttcagaattaagatacagccaaagagacgatcaggtgtctaatagagggaaacatcccagacaaagatacgatcaggt
gi|16 : agtcaaagatatggtcaagtgtctaacAGAGGTATAAACAT------CGAAACC-AAAGAATACGA-TCAGGT-A-T--TC-AACAGA----GGT-TAAAC---ATT--TAG--------CC--A-A-A-ATAC-GATctgctgttgattggttatcagctgctttttttattgaacaattaaatataaggaatatcttggccataaatgcgaaatcataaatacagtgtgacagacgcagtgattaccttcattagggacatgttcctttttatcatcaggttcttgtggct
gi|7 : cgaagagattacaagagtgcgatatactaacGAGGTAAA--CAC--CCCA-A---CC--AAAAATACGATG-AAGT-G-T--CT-TACAGA----GGTATATA------TCCCAG--------CC--AAA-A-ATtcagg
gi|9 : agcgaaaggtacgatcaggtgtctaacaaagataaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAGGTAAA--CAT----CACA---TC-CAAAGATACAA-TCAGGT-G-T--CT-ATCAGA----GGTA-AAAC---AT---CAG--------CT--GTT-G-ATgcaatcaggtgtct
gi|11 : gtaaatatcccagccaaagatacaattaggtgtttcacaaaggtaaacatatgatcaggtgtctaacaggtaaacatcccatccaaagatacactcgncatatgatcaggtgtctaacAAAGACATCATCCAAG---CCATA--GATACGATCGA-GT-G-T--CT-AACAGA----GATATAAAT----TTCCCAG--------TC--ACA-G-AT----ATCAT--TAGG--T-------G--------T--C-T-A-tggttaccagctgcttttttattgaacaattgaaaataaggattatcttgaccatac
gi|10 : gataaagataaggagtctaacagagataaacgtccctccaaaagatacgatcaagtgtctaaAAACAT--CCCA-G---CC--AAAGATACAATC-AGGA-G-T--CT-AACAGA----GG--TAAAC---ATT-CCAG--------CT--AAA-G-ATAC-GATCAA--G-TG--TCTAATTGA--------T--C-T----AGAGG--TA---AGC-ATCCCAGCCAAGG-A-TGCGA-TC-aca
gi|18 : tctaacagaggtaaacatcccaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtACAT--CCCA-G---CC--AAAGATACAATC--CGGTG-T--TC-AATAGA----AG-A-AAAC---A-CCCCAG--------CG--AAA-G-GTAC-GATCA-----GG--T-------G--------T--C-TAA-CAAAG--ATA---AA
gi|5 : tACA---TC-GAAAGATACGAT---CAG-A-TGTCT-AACAGA----GG--TAAAT---A-GCCCAG--------CC--AAA-G-ATAC-AATCA-----GG--T-------G--------T--C-T-A--ACAGG--TA---AAC-ATCCATGCCAAAG-A-Tt
gi|14 : ttttatttaacaattgaatataagtattatcttaaccacaaatgtgacatcatgaataaagtgtgacagacgcagtgattaccttcatcatggacattttcctttttatcatcaggttcatgtgattctggaaatagaaattattatcaacatgaaaatatgacgataaaaaaacagcgatcatcctcataatcctttcgaattcaagatAAAGATATGATT-AGGT-G-T--CT-AAAAGA----GGTAT--AC---A-TCCCAG--------CCAAATG-GTATC--AATCAC--T-T
gi|8 : GATAACATCCAGGA-A-T--CTTAACAGAT---GATA-AAACTCAATCCTTCT--------CC--ATA---ATAC-GACCTT--T-TG--T-------G--------TTGC-T-A--ACATGTA------AA-CTCCCAGCCAAAG-A-TACGA-CC-AAGTG--A--T--CTAAC--AGGTA--AACAT-CC-CACGCCA-AGATA-C-GATCA----G--------TGC---------TCTAA-C-AGG-------------------AAACATACCGTCCAAAG---TAAAGAT-A-A-G-G-A-T-CTAAC-----C------AGAG------A-----TA---AACGAT-CC--C-T-TCCAAagcgtgtggtactgtctaacgagagtgttgaaaaagcacacatcttggttgttgtgaattgttt
gi|11 : TAAGG-AGT--CT-AACAGA----G--ATAAAC---GTCCCT----------CC--AAAAG-ATAC-GATCAA-----G--T-------G--------T--C-T-A-AAAAGACATC---A----TCCAAGCCATAG-A-TACGA-TCGA---GT-G--T--CTAACAGAGATAT-AA-AT-Ttactggtataatcacgattcaatgtgtcctaaaaagaacatgcatccag
gi|4 : gataaaga-T--CT-AACAGA----AGTA--AAT---AT-CCTAG--------TC--AAA-G-ATA----TTAT--TAGG--T-------G--------T--C-T-AACAGAG--AAA---AAC-ATTCCAGCCAAAG-A-TACGA-TC-A---GGAG--T--CTAACGAAGGTA--AATAT-CCCA--GCCAAAGTTA-T-GATCA----GG-------TG----------TCTAA-C-AGA-tcccagtcacagatatcattaggtgtctaaca
gi|10 : agtcaaagatatggtcaagtg-T--CT-AACAGA----GG--TAAAC---A-TCCCAGGNNNNNNNNN--NNN-N-NNN--NNNNNN--N-NN--N-------N--------N--N-N-N-NNNNNNNNNN---NNN-NNNNNNNNNNNNN-N-NNNNN-NN-N---N--N--N--NNNNNNNNGGTA--AACAT-CCCA--GCCAAAGATA-C-AATCA----GG--------AG---------TCTAA-C-AGA-G-G--------------TAAACATTCCAGCTAAAG-A-TACG-AT-CAA-G-T-G-T-CTAATTGATCT------AGAG----GTA------A---GC--AT-CC--C-A-GCCAAG-G-ATGC-GATC--agtaaaacatctgctgttgattggttatcagctgctttttttattgaacaattaaatataaggaatatcttggccataaatgcgaaatcataaatacagtgtgacagacgcagtgattaccttcattagggacatgttcctttttatcatcaggttcttgtggct
gi|16 : --CT-AACAGA----GGTATAAAC---A-TCGAAA--------CC--AAA-GAATAC-GATCA-----GG--T-------AT-------T--C-A-A-CAGAGGT-TA---AAC-ATT-TAGCCAAA--A-TACGATTC-A---G--
gi|7 : cgaagagattacaagagtgcgatataGA----GGTA--AAC---AC-CCCAA--------CC--AAA-A-ATAC-GATGAA--G-TG--T-------C--------T----T-A-CAGAGGTAT-----AT-ATCCCAGCCAAAA-A-TGCAA-TC-A---G--G--T--g
gi|9 : agcgaaaggtacgatcaggtgtctaacaaagataaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTAAAT---AT-CCCAG--------CC--AAA-G-ATAC-AATTAG--G-TG--T-------T--------T--C---A-CAAAGGTA-------------------AAC-A-TATGA-TC-A---G--G--TGTCTAACAG--GTA--AACAT-CCCA-TCCAA-AGATA-C-ACTCGNCATATGAT----CAGGTG------TCTAA-C-AGG------------------TAAACATCACATCCAAAG-A-TACA-AT-C-AGG-T-G-T-CTAT------C------AGAG----GTA-----AA---AC--AT-Cgtct
gi|18 : gAC---AT-CCCAG--------CC--AAA-G-ATAC-AATCCG--G-TG--T----------------T--C-A-A-TAGAAG---A---AAACACCCCAGCGAAAG-G-TACGA-TC-A---GGTG--T--CTAACAAAGATAagctgttgattggttaccagctgcttttttattgaacaattgaaaataaggattatcttgaccatac
gi|13 : t---ATCCCCAG--------CC--AAA-G-ATACCGACCAT--C-TGCCT-------AGAGTACGTC--C-T-A-AACAGGC-CA---AAC-ATC-CAGCCAAAG-ACTATAA-TC-A---GGAG--T--CTAACAGAAATA--AACGT-CCaat
gi|5 : agtA-G-ATAC-GATCAG--A-TG--T-------------------C-T-AACAGAGGTA-----AAT-AGCCCAGCCAAAG-A-TACAA-TC-A---GGTG--T--CTAAC--AGGTA--AACAT-CC--ATGCCAAAGATctcacaaacgatatggatccagtgctaaagaaa
gi|2 : ttttatttaacaattgaatataagtattatcttaaccacaaatgtgacatcatgaataaagtgtgacagacgcagtgattaccttcatcatggacattttcctttttatcatcaggttcatgtgattctggaaatagaaattattatcaacatgaaaatatgacgataaaaaaacagcgatcatcctcataatcctttcgaattcaagatacatcgaa--GATCATCCT-CA--T-------AA-------T--CAT-T-CAGAGTTA------AG-AT-ACAGCCAAAG-A-GACGA-TC-A---A--G--TGTCTAACAGAACGA--AACAT-CNNNNNNNNNNNNNNN-N-NNNNN----NNNNN----N------------CTAA-G-AGA-G----------GG-----AAACATTCCAGCCAAAG-A-TACC-AT-C-AGG-T-G-T-TTAA------CAGATCTAGAG----GTAAACTTCA---AA--A----------G-CAAA-G-ATAC-GATCAGGTG-T--CTAA-------AAAGTA-T----AATTAT--------CCAA-GCCA-------A----AG--ATACAA-GCAA---G-T-GT--CTAT-C------AGAA-GA--A----TA----ATTA----TCCAA--GCC----AAA---G-ATA-C-----------GA-T-C----------AGG-T-G---TCTAA---AA--AGTAT-----AAT----TATC--CAAG-------CCA------A-A--GAT-ACA----A-------GCAAGTG-----T-CTAACAGA---
gi|16 : taaaacagctattttcgattgattgattacttgctttttattgcatcgaacaattgaaaataaggattatcttgaccttaaatgtgacatcataaatacagtgtgacagacgcagtgattacctttatcatggacattttccatctggtcatcaggttcttgttgttctggaaatagaaattattatcaacatgaaaataccgggtatgacgataagaaacagt-A-CAGAGGTATA---AAC-ATCGAAACCAAAGAA-TACGA-TC-A---GGTA--T--TCAACAGAGGTTA-AACAT-T
gi|10 : cgaagagattacaagagtgcgatatactaTA---AAC-ATCCCAGCCAAAG-A-TACAA-TC-A---G--GAGT--CTAACAGAGGTA--AACAT-TCCA--GCTAAAGATA-C-GATCA----AG-------TG----------TCTAA-T-TGA--T-CTAGAG---G----TAAGCATCCCAGCCAAGG-A-TGCG-AT-tagccaaaatacgattcagg
gi|4 : tctaacagaggtaaacatcccaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggAGTCAAAG-A-TATGG-TC-A---A--G--TGTCTAACAGAAGTA--AATAT-CCTAGT-CAA-AGATA-TTATT------AGG------TG----------TCTAA-C-AGA-G------AA---------AAACATTCCAGCCAAAG-A-TACG-AT-C-A-G-G-AGT-CTAA------C------GAAG----GTA------A---AT--AT-CC--C-A-GCCAAA-G-TTAT-GATCAGGTG-T--CTAACAG---AA--GTA------AAACAT------Cc
gi|7 : AGCGAAAG-G-TACGA-TC-A---G--G--TGTCTAACAAAGATA--AATAT-tgctgttgattggttatcagctgctttttttattgaacaattaaatataaggaatatcttggccataaatgcgaaatcataaatacagtgtgacagacgcagtgattaccttcattagggacatgttcctttttatcatcaggttcttgtggct
gi|11 : AAAG-A-TAAGG----A---G-----T--CTAACAGAGATA--AACGT-CCC--TCCAAAAGATA-C-GATCA----AG-------TG----------TCTAA-A-A--------AGA-----CAT-----CATCCAAGCCATAG-A-TACG-AT-CGA-G-T-G-T-CTAA------C------AGAG----ATA-----TA---AA--TT-TC--C-CAGTCACA-G-ATAT-CATTAGGTG-T--CTAACAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgaggtaaacaccccaaccaaaaatacgatgaagtgtcttacagaggtatatatcccagccaaaaatgcaatcaggtgtct
gi|5 : gatAAAG-A-TACGA-TC-A---G--ATGT--CTAACAGAGGTA--AATAG-CCCA--GCCAAAGATA-C-AATCA----GG-------TG----------TCTAA-C-AGG------------------TAAACATCCATGCCAAAG-A-T
gi|14 : ttttatttaacaattgaatataagtattatcttaaccacaaatgtgacatcatgaataaagtgtgacagacgcagtgattaccttcatcatggacattttcctttttatcatcaggttcatgtgattctggaaatagaaattattatcaacatgaaaatatgacgataaaaaaacagcgatcatcctcataatcctttcgaattcaagatacatcgAAAG-A-TATGA-TT-A---G--G--TGTCTAAAAGAGGTAT--ACAT-CCCAGC-CAAATGGTATC-AATCACTT-AGCGTGTGGTACTG-------TCTAA-CGAGA-GTGTT
gi|3 : GA-TC-A---G--G--TGTCTAACAGAGGAA--AACATCTCA---GCCAAATATA-C-AAT-A----AGG------TG----------TCTAA-C-AAA--T-CAAGAA---G----TAAATATCCCAGGCAAAG-A-TACG-AT-C-A-GGT-A-T-CTAA------C------TGAT----CTA-----TAGGGAA--ACACC--C-CAGCCAAA-G-ATAC-GATCAGGTG-T--CTAACA----TA-CGTA-------AGCAT------C--CCA-ACCA-------ATGATAC-AATACAA-TC-A---GGT-GT--GCAA-A------AGAA-----A----TA----A--A-CA-TCCCA--GCC----AAA---G-AAA-A-----------GA-A-C----------A-G-gaaaaagcacacatcttggttgttgtgaattgttt
gi|16 : --CTAACAGAGGTATAAACA--TCGAAACCAAAGAATA-C-GATCA----GG-------TAT---------TC-AA-C-AGA-G-G-------------TTAAACAT-TTAGCCAAA--A-TACG-AT-T-gtgcataacagaggataacagctgctcttttattgaataatttaatataaggattaccttgaccatgaatgtaacaccgtaaataaagtgtgaatgacgcagtgattaccttcataaggaaaattttccttctggttatcaggttcttgtggttctggaaatagaaattattatcaacatcaaaataagacgacatgatccttcagaattaagatacagccaaagagacgatcaggtgtctaatagagggaaacatcccagacaaagatacgatcaggt
gi|5 : cgaagagattacaagagtgcgatataT-TCGAATTCAAGA--TA-C-ATCGA----AAGAT-----ACGATCAGATGTCTAA-C-AGA-G-----------G----TAAATAGCCCAGCCAAAG-A-TACA-AT-C-AGG-T-G-T-CTAA------C--------AG----GTA------A---AC--AT-CC--A-T-GCCAAA-G-ATcagg
gi|10 : ttttatttaacaattgaatataagtattatcttaaccacaaatgtgacatcatgaataaagtgtgacagacgcagtgattaccttcatcatggacattttcctttttatcatcaggttcatgtgattctggaaatagaaattattatcaacatgaaaatatgacgataaaaaaacagcgatcatcctcataatcctTAAACATCCCAGCCAAAG-A-TACA-AT-C-A-G-G-AGT-CTAA------C------AGAG----GTA------A---AC--AT-TC--C-A-GCTAAA-G-ATAC-GATCAAGTG-T--CTAATTGATCTAGAG-G-T----AAGCAT--------CCCA-GCCA------------AG-GATGCGA-TC-
gi|9 : tctaacagaggtaaacatcccaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggTAAATATCCCAGCCAAAG-A-TACA-AT-T-AGG-T-G-T-TTCA------C------AAAG----GT-----------------------------AAA-C-ATAT-GATCAGGTG-T--CTAACAG---------G-T----AAACAT--------CCCA-TCCAAAGATACAC--TCGNCATATGA-TC-AG--G-T-GT--CTAA-C------AG-------G----TA----A--A-CA-TCACA--TCC----AAA---G-ATA-C-----------AA-T-C----------AGG-T-G---TCTA
gi|8 : gTAAAC-TCCCAGCCAAAG-A-TACG-AC-CAA-G-TGA-T-CTAA------C--------AG----GTA------A---AC--AT-CC--CAC-GCC-AA-G-ATAC-GATCA-GTGCT--CTAACAG-----G----------AAACATAC----CGTCCA----A-------AG--TA-----AAGA-TA-A---G-G-AT--CTAACC------AGAG-----A----TA----A--A-CGATCCCT--TCCA---ATACT-G-GTA-T-----------AA-T-C----------A-tcagaggtaaaacatcagctgttgattggttaccagctgcttttttattgaacaattgaaaataaggattatcttgaccatac
gi|16 : gataacatccaggaatcttaacagatgataaaactcaatccttctccataatacgaccttttgtgttgctaacatgTAAACATCGAAACCAAAG-AATACG-AT-C-A-GGT-A-T-TCAA------C------AGAG----GT------TA---AAC-AT-TTAGC-C-----AA-A-ATAC-GATcgattcaatgtgtcctaaaaagaacatgcatccag
gi|7 : cgaagagattacaagagtgcgatatactaacagaggtaTAAACACCCCAACCAAAA-A-TACG-AT-G-AAG-T-G-T-CTTA------C------AGAG----GTA-----T----AT--AT-CC--C-A-GCCAAA-A-ATGC-AATCAGGTG-T--CTtcagg
gi|3 : agcgaaaggtacgatcaggtgtctaacaaagataaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgaggAAACATCTCAGCCAAAT-A-TACA-AT-A-AGG-T-G-T-CTAA------CAAATCAAGAA----GTA------A---AT--AT-CC--C-A-GGCAAA-G-ATAC-GATCAGGTA-T--CTAACTG----ATC-TA-TAGGGAAACAC--------CCCA-GCCA-------A----AG--ATACGA-TC-AG--G-T-GT--CTAA-C------ATAC-G--------TA----A--G-CA-TCCCA--ACCAATGATAC--A-ATA-C-----------AA-T-C----------AGG-T-G---TGCAA---A---AGAA--------------ATAAACAT-------CCCA-G-CC-A-AAGAAA-AGA----A--------CAGGTG-----C-ATAACAGA---GG--
gi|13 : gatcaggtgtctaacagaggaAAACATCC-AGCCAAAG-ACTATA-AT-C-A-G-G-AGT-CTAA------C------AGAA----ATA------A---AC--GT-CC--C----TCACA-A---AC-GATataacagctgctcttttattgaataatttaatataaggattaccttgaccatgaatgtaacaccgtaaataaagtgtgaatgacgcagtgattaccttcataaggaaaattttccttctggttatcaggttcttgtggttctggaaatagaaattattatcaacatcaaaataagacgacatgatccttcagaattaagatacagccaaagagacgatcaggtgtctaatagagggaaacatcccagacaaagatacgatcaggt
gi|18 : agtatccccagccaaagataccgaccatctgcctagagtacgtcctaaacaggccACATCCCAGCCAAAG-A-TACA-ATCC-G-G-T-G-T-TCAA------T------AGAA----G-A-----AA---AC--AC-CC--C-A-GCGAAA-G-GTAC-GATCAGGTG-T--CTAACAatggatccagtgctaaagaaa
gi|2 : tCAGCCAAAG-A-GACG-AT-C-AAG-T-G-T-CTAA------C------AGAACGAAACA-----TC---NN--NN-NN--N-N-NNNNNN-N-NNNN-NNNN--NNN-N--CTAAGAG----AGGG--------AAACAT------T--CCA-GCCA-------A----AG--ATACCA-TC-A---GGT-GT--TTAA-C------AGAT-CT--AGAGGTA----A--A-C--TTCAAAAGCA----A-A---G-ATA-C-----------GA-T-C----------A-GGT-G---TCTAA---AA--AGTAT-----AAT----TATC--CAAG------CC-A------A-A--GAT-ACA----AG-------CAAGTG-----T-CTATCAGA---AGAATAATTA----------TCCAAGCCAAAG-----A-TACGATCAGGTGTCTAAA---------AAGTAT----AATTAT-----CCAAG---C-C-AAA-GAT-----------ACAAG-CAA--G-TG----TCTAACA-G-A-aagataaat
gi|4 : taaaacagctattttcgattgattgattacttgctttttattgcatcgaacaattgaaaataaggattatcttgaccttaaatgtgacatcataaatacagtgtgacagacgcagtgattacctttatcatggacattttccatctggtcatcaggttcttgttgttctggaaatagaaattattatcaacatgaaaataccgggtatgacgataagaaacagtgatcatcctcataatcattcagagttaagataAGTCAAAG-A-TATG-GT-C-AAG-T-G-T-CTAA------C------AGAA----GTA------A---AT--AT-CC--T-A-GTCAAA-G-ATAT-TATTAGGTG-T--CTAACAG----AG---A-A----AAACAT--------TCCA-GCCA-------A----AG--ATACGA-TC-A---G-GAGT--CTAA-C------GAAG-GT--A-----A----A--T-A--TCCCA--GCC----AAA---G-TTA-T-----------GA-T-C----------AGG-T-G---TCTAA---
gi|11 : AAAG-A-TA--------A-G-G-AGT-CTAA------C------AGAG------A-----TA---AA--CG-TC--C-C-TCCAAA-AGATAC-GATCAAGTG-T--CTAAAA-----------------AGACAT------CATCCAAGCCA-----------TAG--ATACGA-TCGA---G-T-GT--CTAA-C------AGAG-AT--A----TA----A--ATT--TCCCA--GTC----ACA---G-ATA-T-----------CA-T-T----------AGG-T-G---TCTAA---cagaagtaaaacatctgctgttgattggttatcagctgctttttttattgaacaattaaatataaggaatatcttggccataaatgcgaaatcataaatacagtgtgacagacgcagtgattaccttcattagggacatgttcctttttatcatcaggttcttgtggct
gi|5 : gatAAAG-A-TACG-AT-C-A-GAT-G-T-CTAA------C------AGAG----GTA------A---AT--AG-CC--C-A-GCCAAA-G-ATAC-AATCAGGTG-T--CTAACAG---------G-T----AAACAT---------CCATGCCA-------Aca
gi|14 : ttttatttaacaattgaatataagtattatcttaaccacaaatgtgacatcatgaataaagtgtgacagacgcagtgattaccttcatcatggacattttcctttttatcatcaggttcatgtgattctggaaatagaaattattatcaacatgaaaatatgacgataaaaaaacagcgatcatcctcataatcctttcgaattcaagatacatcgAAAG-A-TATG-AT-T-A-GGT-G-T-CTAA------A------AGAG----GTA-----T----AC--AT-CC--C-A-GCCAAA-agat
gi|3 : -G-T-G-T-CTAA------C------AGAG----GAA------A---AC--AT-CT--C-A-GCCAAA-T-ATAC-AATAAGGTG-T--CTAACAAAT-CAAGAAG-T----AAATAT------C--CCA-GGCA-------A----AG--ATACGA-TC-A---GGT-AT--CTAA-C------TGAT-CT--A----TAGGGAA--A-CA-CCCCA--GCC----AAA---G-ATA-C-----------GA-T-C----------AGG-T-G---TCTAAC--AT--AC---------GTA-------AGCAT-------CCCA-A-CC-A-AT-GAT-ACA----ATACAA--TCAGGTG-----T-GCAAAAGA---AA------TAAACA------TCCCAGCCAAAG-----A-AAAGAACAGGTGCAT-AACA------GA-GGATA---Atggtatcaatcacttagcgtgtggtactgtctaacgagagtgttgaaaaagcacacatcttggttgttgtgaattgttt
gi|16 : gatcag-T-A-TACTAA------C------AGAG----GTA-----TA---AAC-AT-CG--A-A-ACCAAAGA-ATAC-GATCAGGTA-T--TCAACAG----AG-GT--T----AAACAT---------TTA-GCCA-------A----A---ATACGATTC-A---G-cagctgctcttttattgaataatttaatataaggattaccttgaccatgaatgtaacaccgtaaataaagtgtgaatgacgcagtgattaccttcataaggaaaattttccttctggttatcaggttcttgtggttctggaaatagaaattattatcaacatcaaaataagacgacatgatccttcagaattaagatacagccaaagagacgatcaggtgtctaatagagggaaacatcccagacaaagatacgatcaggt
gi|10 : cgaagagattacaagagtgcga-T-CTAA------C------AGAG----GTA------A---AC--AT-CC--C-A-GGNNNN-N-NNNN-NNNN--NNN-N--NNNNNNN---NNNNNNN-N----NNNNNN------NNNNNN-NNNN-------NN--NNN-NNNNNNN-NN-N---N-N-NN--NNNN-N------NNNN-NG--G----TA----A--A-CA-TCCCA--GCC----AAA---G-ATA-C-----------AA-T-C----------A-G-G-AG--TCTA--------ACAGA-----GGTA-------AACAT-------TCCA-G-CTAA-A--GAT-ACG----A-------TCAAGTG-----T-CTAATTGATCTAG---AGGTAAGCA------TCCCAGCCAAGG-----A-TGCGATCg
gi|10 : G----GTA------A---AC--AT-CC--C-A-GCCAAA-G-ATAC-AATCAGGAG-T--CTAACAG----AG---G-T----AAACAT------T--CCA-GCTA-------A----AG--ATACGA-TC-AA--G-T-GT--CTAA-TTGATCTAGAG-GT--A----------A--G-CA-TCCCA--GCC----AAG---G-ATG-C-----------GA-T-C----------
gi|9 : tctaacagaggtaaacatcccaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-----TA---AAT-AT-CC--C-A-GCCAAA-G-ATAC-AATTAGGTG-T--TTCACAA----AG-GTA-----------------------------------------AA-CATATGA-TC-A---GGT-GT--CTAA-C------AG-------G----TA----A--A-CA-TCCCA--TCC----AAA---G-ATA-CACTCGNCATATGA-T-C----------AGG-T-G---TCT-A---AC--A---------GGTAAAC-ATC-ACAT--------CCA------A-A--GAT-ACA----A-------TCAGGTG-----T-CTATCAGA---GG--TA---AAACA----
gi|18 : g--AT-CC--C-A-GCCAAA-G-ATAC-AATCCGGTG-T--TCAATAG---AAG---A------AAACAC------C--CCA-GCGA-------A----AG--GTACGA-TC-A---GGT-GT--CTAA-C------AAAG-----A----TA----A--A-tcagctgttgattggttaccagctgcttttttattgaacaattgaaaataaggattatcttgaccatac
gi|13 : tac--AT-CC--C-CAGCCAAA-G-ATACCGACC--ATC-TGCCTAG-AG---TA-CGTCCT----AAACAGGCCAAACATCCA-GCCA-------A----AG-ACTATAA-TC-A---G-GAGT--CTAA-C------AGAA-----A----TA----A--A-CG-TCCC----TC----ACAAACG-ATA-TG----------GA-TCC----------A-G-T-G----CTAA---At
gi|4 : agt-GTCAAA-G-ATAT-GGTCAAGTG-T--CTAACAG---AAG-----T----AAATAT------C--CTA-GTCA-------A----AG--ATATTA-TT-A---GGT-GT--CTAA-C------AGAG-----A----AA----A--A-CA-TTCCA--GCC----AAA---G-ATA-C-----------GA-T-C----------A-G-G-AG--TCTA--------ACGAA-----GGTA-------AATAT-------CCCA-G-CCAA-A--GTT-ATG----A-------TCAGGTG-----T-CTAACAGA---AG--TA---AAACA----gaaa
gi|16 : aCAAG-A-GTGC-GAT---ATA----CTAACAG----AG-GTA-T----AAACAT------CGA--A-ACCA-------A----AG-AATACGA-TC-A---GGT-AT--TCAA-C------AGAG-GT-------TA----A--A-C--ATTTA--GCC----A-A---A-ATA-C-----------GATT-C----------A-G-tctgctgttgattggttatcagctgctttttttattgaacaattaaatataaggaatatcttggccataaatgcgaaatcataaatacagtgtgacagacgcagtgattaccttcattagggacatgttcctttttatcatcaggttcttgtggct
gi|14 : cgaagagattaAAA-G-ATAT-GATTAGGTG-T--CTAAAAG----AG-GTA-T----A--CAT------C--CCA-GCCA-------AA--TGG-TAT-CAA-TC-A---g
gi|10 : -T----AAACAT------C--CCA-GCCA-------A----AG--ATACAA-TC-A---G-GAGT--CTAA-C------AGAG-G--------TA----A--A-CA-TTCCA--GCT----AAA---G-ATA-C-----------GA-T-CA---------A-G-T-G---TCTAATTGAT--CTAGA-----GGTA-------AGCAT-------CCCA-G-CC-A-A--Gcttagcgtgtggtactgtctaacgagagtgttgaaaaagcacacatcttggttgttgtgaattgttt
gi|9 : tctaacagaggtaaacatcccaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngg-T----AAATAT------C--CCA-GCCA-------A----AG--ATACAA-TT-A---GGT-GT--TTCA-C------AAAG-GT--A----------A--A-C------------------------ATA-T-----------GA-T-C----------A-GGT-G---TCTAA--------CA-------GGTA-------AACAT-------CCCA-T-CC-A-AA-GAT-ACACTCGNCATATGATCAGGTG-----T-CTAACAGG-----------TAAACA------TCACATCCAAAG-----A-TACAATCAGGTGTCT-ATCA------GAGG--TA---AAACATCA--GCT--G---T-gatgcgatc
gi|7 : g-T----AAACAC------C--CCA-ACCA-------A----AA--ATACGA-TG-AA--G-T-GT--CTTA-C------AGAG-GT--A----TA----T--A----TCCCA--GCC----AAA---A-ATG-C-----------AA-T-C----------AGG-T-G---TCTtgattggttaccagctgcttttttattgaacaattgaaaataaggattatcttgaccatac
gi|18 : agcgaaaggtacgatcaggtgtctaacaaagataaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgaggACAT------C--CCA-GCCA-------A----AG--ATACAA-TCCG---G-T-GT--TCAA-T------AGAA-G---A-----A----A--A-CA-CCCCA--GCG----AAA---G-GTA-C-----------GA-T-C----------AGG-T-G---TCTAA---
gi|2 : tCA-GCCA-------A----AG--AGACGA-TC-AA--G-T-GT--CTAA-C------AGAACG---------A----A--A-C--ATCNN--NNN----NNN---N-NNN-N-----------NN-N-N----------N-N-N-N---NNNNN---NCTAAGAGA-----GGGA-------AACAT-------TCCA-G-CC-A-AA-GAT-ACC----A-------TCAGGTG-----T-TTAACAGATCTAG---AGGTAAAC------TTCAAAAGCAAAG-----A-TACGATCAGGTGTCTAAA---------AAGTAT----AATTAT-----CCAAG---C-C-AAA-GAT-----------ACAAG-CAA--G-TG----TCTATCA-GAA-G-AA-----TA----ATTA--TCCA------A-GCC--AAAGA-T-AC--G--A-T-C-------AGG-T--G-T------C-TAA-------------AAAG--TA-----TAAT---TA--TCC-AA-GCCAA----AG-A-TA-C-AAG-CA--A----------G-T--G--TC--T---AA------C------A------GAcaaagataaat
gi|5 : taaaacagctattttcgattgattgattacttgctttttattgcatcgaacaattgaaaataaggattatcttgaccttaaatgtgacatcataaatacagtgtgacagacgcagtgattacctttatcatggacattttccatctggtcatcaggttcttgttgttctggaaatagaaattattatcaacatgaaaataccgggtatgacgataagaaacagtgatcatcctcataatcattcagagttaagataATACGA-TC-A---GAT-GT--CTAA-C------AGAG-GTAAA----TA----G--------CCCA--GCC----AAA---G-ATA-C-----------AA-T-C----------AGG-T-G---TCT-A---AC--A---------GGTAAAC-ATC--CATG------CC
gi|8 : ttttatttaacaattgaatataagtattatcttaaccacaaatgtgacatcatgaataaagtgtgacagacgcagtgattaccttcatcatggacattttcctttttatcatcaggttcatgtgattctggaaatagaaattattatcaacatgaaaatatgacgataaaaaaacagcgatcatcctcataatcctttcgaattcaagatacatcgaaagATACGA-CC-TTTTG-T-GTTGCTAA-C------A-----T--G----TA----A--A-C--TCCCA--GCC----AAA---G-ATA-C-----------GA-C-CA---------A-G-TGA---TCT-A---AC--A---------GGTA-------AACAT-------CCCACG-CC-A-A--GAT-ACG----A-------TCAGTGC-----T-CTAACAGG------------AAACATACCGTCCAAAG-TAAA-----------GATAAGG-ATCTAACCA------GA-G-ATA---AAaaagat
gi|14 : gataacatccaggaatcttaacagatgataaaactcaatccttctccataATATGA-TT-A---GGT-GT--CTAA-A------AGAG-GT--A----TA----C--A----TCCCA--GCC----AAAT--G-GTATC-----------AA-T-C----------A-cgatcccttccaatactggtataatcacgattcaatgtgtcctaaaaagaacatgcatccag
gi|3 : aaagGA-TC-A---GGT-GT--CTAA-C------AGAG-G---A-----A----A--A-CA-TCTCA--GCC----AAA---T-ATA-C-----------AA-T-A----------AGG-T-G---TCT-A---AC--A-AATCAAGAAGTA-------AATAT-------CCCAGG-CA-A-A--GAT-ACG----A-------TCAGGTA-----T-CTAACTGATCTA---TAGGGAAACA----CCCC--AGCCAAAG-----A-TACGATCAGGTGTCT-AACA------TACGT------AAGCAT----CCCA-A---C-C-AAT-GATACAAT------ACAAT-C-AG-G-TG----TGCAAAA-G-A-A--A-----TA----AACA--TC------CCA-GCCAAAGAAA---AG--A--A-C-A-------G-G-T--G-C------A-TAA------C------AGAGGATA-----Acttagcgtgtggtactgtctaacgagagtgttgaaaaagcacacatcttggttgttgtgaattgttt
gi|11 : -GT--CTAA-C------AGAG-----A----TA----A--A-CG-TCCCT--CCA----AAA---G-ATA-C-----------GA-T-CA---------A-G-T-G---TCTAA---AA--AGA-----------------CATCAT-------CCAA-G-CC-ATA--GAT-ACG----A-------TCGAGTG-----T-CTAACAGA---GA--TA--TAAAT------TTCCCAGTCACAG-----A-TATCATTAGGTGTCT-AACA------cagctgctcttttattgaataatttaatataaggattaccttgaccatgaatgtaacaccgtaaataaagtgtgaatgacgcagtgattaccttcataaggaaaattttccttctggttatcaggttcttgtggttctggaaatagaaattattatcaacatcaaaataagacgacatgatccttcagaattaagatacagccaaagagacgatcaggtgtctaatagagggaaacatcccagacaaagatacgatcaggt
gi|10 : gataaagataaggaT--CTAA-C------AGAG-G--------TA----A--A-CA-TCCCA--G------------G-NNN-N-----------NN-N-N----------N-N-N-N---NNNNN---NN--NNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNN-N-NN-N-N--NNN-NNN----NN------NNNNNNN-----N-NNNNNNNN---NN--NGG-TAAACA------TCCCAGCCAAAG-----A-TACAATCAGGAGTCT-AACA------GAGGT------AAACAT----TCCA-G---C-T-AAA-GAT-----------ACGAT-CAA--G-TG----TCTAATT-G-ATC-TAGAGG-TA----AGCA--TC------CCA-GCC--AAGGA-T-GC--G--A-T-C-------
gi|16 : --CTAA-C------AGAG-GT--A----TA----A--A-CA-TCGAA--ACC----AAA---GAATA-C-----------GA-T-C----------AGG-T-A---T-TCA---AC--AGA-------GGT----TA--AACAT--------TTA-G-CC-A-A--AAT-ACG----AT------TCAG
gi|9 : cgaagagattacaagagtgcgatata----TA----A--A-TA-TCCCA--GCC----AAA---G-ATA-C-----------AA-T-T----------A-GGT-G---TTT------C--ACAAA-----GGTA-------AACAT-----------------A-T--GA-----------------TCAGGTG-----T-CTAACAGG-----------TAAACATCCCATCCAAAGATACACTCGNCA-TATGATCAGGTGTCT-AACA------G--GT------AAACAT----CAC--A---TCC-AAA-GAT-----------ACAAT-C-AG-G-TG----TCTATCA-G-AGG-TA------A----AACA--TCAG----CTg
gi|13 : gCCCA--GCC----AAA---G-ATACC-----------GA-C-CATCTGCCTAGA-G-T-ACGTCCTAA---AC--A---------GG----CCA--AACAT--------CCA-G-CCAA-A--GACTATA----A-------TCAGGAG-----T-CTAACAGA---AA--TAgttgattggttaccagctgcttttttattgaacaattgaaaataaggattatcttgaccatac
gi|4 : agtatcA--GTC----AAA---G-ATA-T-----------GG-T-C----------AAG-T-G---TCTAA----C--AGAA-------GTA-------AATAT-------CCTA-GTCA-A-A--GAT-ATT----AT------T-AGGTG-----T-CTAACAGA----G--AA---AAACA----TTCC--AGCCAAAG-----A-TACGATCAGGAGTCT-AACG------AAGGT------AAATAT----CCCA-G---C-C-AAA-G-TT----------ATGAT-C-AG-G-TG----TCTAACA-GAA-G-TA------A----AACA--TCaacgtccctcacaaacgatatggatccagtgctaaagaaa
gi|5 : A---G-ATA-C-----------GA-T-C----------A-GAT-G---TCTA--------ACAGA-----GGTA-------AATA-G------CCCA-G-CCAA-A--GAT-ACA----A-------TCAGGTG-----T-CTAACAGG-----------TAAACA------TCCATGCCAAAG-----A-Ttgctgttgattggttatcagctgctttttttattgaacaattaaatataaggaatatcttggccataaatgcgaaatcataaatacagtgtgacagacgcagtgattaccttcattagggacatgttcctttttatcatcaggttcttgtggct
gi|10 : ttttatttaacaattgaatataagtattatcttaaccacaaatgtgacatcatgaataaagtgtgacagacgcagtgattaccttcatcatggacattttcctttttatcatcaggttcatgtgattctggaaatagaaattattatcaacatgaaaatatgacgataaaaaaacagcgatcatcctcataatcctttcgaattcaagatacatcgaaAACAT-------CCCA-G-CC-A-AA-GAT-ACA----A-------TCAGGAG-----T-CTAACAGA---GG--TA----AACA----TTCC--AGCTAAAG-----A-TACGATCAAGTGTCT-AATT------GATCTAGAGGTAAGCAT----CCCA-G---C-C-AAG-GAT-----------GCGAT-C-
gi|9 : tctaacagaggtaaacatcccaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtaAATAT-------CCCA-G-CC-A-AA-GAT-ACA----AT------T-AGGTG-----T-TTCACAAA---GG--TA-----------------------AAC-----A-TATGATCAGGTGTCT-AACA------G--GT------AAACAT----CCC--A---TCC-AAA-GATACACTCGNCATATGAT-C-AG-G-TG----TCTAAC----A-G--G-----TA----AACA--TC-A----C-A-TCC--AAAGA-T-AC--A--A-T-C-------AGG-T--G-T------C-TAT------C------AGAGG-TA-----AAAC---AT------CA-GC
gi|8 : gtaAACATGTAAACTCCCA-G-CC-A-AA-GAT-ACG----AC------CAAGTGA-----T-CTAACAGG-----------TAAACA-----TCCCACGCCAAG------A-TACGATCAGTGCTCT-AACA------GG---------AAACAT----ACC--G---T-C-CAA-AGTA----------AAGAT-A-A--G-GA----TCTAACCAG-A-G--A-----TA----AAtgttgattggttaccagctgcttttttattgaacaattgaaaataaggattatcttgaccatac
gi|18 : gataacatccaggaatcttaacagatgataaaactcaatccttctccataatacgaccttttgtgttgctACAT-------CCCA-G-CC-A-AA-GAT-ACA----A-------TCCGGTG-----T-TCAATAGA---AG---A---AAACA----CCCC--AGCGAAAG-----G-TACGATCAGGTGTCT-AACA------AA-G-ATA---AAcgatcccttccaatactggtataatcacgattcaatgtgtcctaaaaagaacatgcatccag
gi|5 : t-A-A--GAT-ACG----A-------TCAGATG-----T-CTAACAGA---GG--TA----AATA----GCCC--AGCCAAAG-----A-TACAATCAGGTGTCT-AACA------G--GT------AAACAT-----CCATG---C-C-AAA-GATt
gi|3 : ttttatttaacaattgaatataagtattatcttaaccacaaatgtgacatcatgaataaagtgtgacagacgcagtgattaccttcatcatggacattttcctttttatcatcaggttcatgtgattctggaaatagaaattattatcaacatgaaaatatgacgataaaaaaacagcgatcatcctcataatcctttcgaattcaagatacatcga------TCAGGTG-----T-CTAACAGA---GG---A---AAACA----TCTC--AGCCAAAT-----A-TACAATAAGGTGTCT-AACAAATCAAGAAGTA------AATAT----CCCA-G---G-C-AAA-GATA-----------CGAT-C-A--GGTA----TCTAACT-G-A-TCTA-----TAGGGAAACA--CC------CCA-GCCAAA--GA-T-AC--G--A-T-C-------A-GGT--G-T------C-TAA------C------ATACGT-------AAGC---AT---CC-CA-ACCAATGATAC-AATA-C-AAT-C---A----------GGT--G--TG--C---AA------A------A------GAA--A-T-A--AAC-ATCCCA-GCCAAA-GA-AA-A-----------GA-ACA----------GG---TG-C-ATAACA------G------AGGA-TA--A
gi|4 : ga------TCAAGTG-----T-CTAACAGA---AG--TA----AATA------TCCTAGTCAAAG-----A-TATTATTAGGTGTCT-AACA------GAGA---A---AAACAT----TCCA-G---C-C-AAA-GATA-----------CGAT-C-A--G-GAG---TCTAACG-A-A-G--G-----TA----AATA--TC------CCA-GCCAAA--GT-T-AT--G--A-T-C-------A-GGT--G-T------C-TAA------C------AGAAG-TA-----AAAC---AT--cagctgctcttttattgaataatttaatataaggattaccttgaccatgaatgtaacaccgtaaataaagtgtgaatgacgcagtgattaccttcataaggaaaattttccttctggttatcaggttcttgtggttctggaaatagaaattattatcaacatcaaaataagacgacatgatccttcagaattaagatacagccaaagagacgatcaggtgtctaatagagggaaacatcccagacaaagatacgatcaggt
gi|11 : agtcaaagatatggAGATAAGGAGT-CTAACAGA---------GATAAAC-----GTCCC--TCCAAAAG----A-TACGATCAAGTGTCTAAAAA------GACAT---------CAT-----CCAAG---C-C-ATA-GAT-----------ACGAT-CGA--G-TG----TCTAACA-G-A-GATA-----TA----AATT--TC------CCA-GTC--ACAGA-T-AT--C--A-T-T-------AGG-T--G-T------C-TAA------C------Actgctgttgattggttatcagctgctttttttattgaacaattaaatataaggaatatcttggccataaatgcgaaatcataaatacagtgtgacagacgcagtgattaccttcattagggacatgttcctttttatcatcaggttcttgtggct
gi|16 : gataaGATA-----TACTAACAGA---GG--TA--TAAACA------TCGAAACCAAAG-----AATACGATCAGGTAT-TCAACA------GAGGT-T----AAACAT----TTA--G---C-C-AAA--AT-----------ACGAT-
gi|2 : cgaagagattacaagagtgcAGCCAAAG-----A-GACGATCAAGTGTCT-AACA------GA---ACG---AAACATCNNNNNN--N---N-N-NNN-NNNN----------NNNNN-N-N--N-NN----NCTAAGA-G-A-G-GG------A----AACA--TT------CCA-GCCAAA--GA-T-AC--C--A-T-C-------A-GGT--G-T------T-TAA------C------AGAT-CTAGAGGTAAAC----T--TCA-AA-AGCAA----AG-A-TA-C-GAT-C---A----------GGT--G--TC--T---AA-------------A------AAGT-A-T-A--ATT-ATCCAA-GCCAAA-GA-TA-C-----------AA-GCA----------AG---TG-T-CTATCA------G------AAGAATA--ATTA-T--CCAA-GCCA-A-AG---ATAC---------GA-TC-AGGTGT-C--TA-------AA---AA--G-T-A-TA-ATTATCCAAG-C-C-AAA--GATACA--------AGtcagg
gi|4 : taaaacagctattttcgattgattgattacttgctttttattgcatcgaacaattgaaaataaggattatcttgaccttaaatgtgacatcataaatacagtgtgacagacgcagtgattacctttatcatggacattttccatctggtcatcaggttcttgttgttctggaaatagaaattattatcaacatgaaaataccgggtatgacgataagaaacagtgatcatcctcataatcattcagagttaagatacAGTCAAAG-----A-TATGGTCAAGTGTCT-AACA------GAAGTA------AATAT-----CCTAG---T-C-AAA-GATA--------------T-T-A--T-TAGGTGTCTAACA-G-A-G-AA------A----AACA--TT------CCA-GCCAAA--GA-T-AC--G--A-T-C-------A-G-GA-G-T------C-TAA------C------GAAGGT-------AAAT---AT---CC-CA-GCCAA----AG--TTA-T-GAT-C---AG---------G-T--G--TC--T---AA------C------A------GAA--G-TAA--AAC-ATCTGcaagtgtctaacaga
gi|18 : AGCCAAAG-----A-TACAATCCGGTGT-TCAATA------GAAG---A---AAACAC----CCC--A---G-CGAAA-GGTA-----------CGAT-C-AG-G-TG----TCTAACA-A-A-G--A-----TA----AATctgttgattggttatcagctgctttttttattgaacaattaaatataaggaatatcttggccataaatgcgaaatcataaatacagtgtgacagacgcagtgattaccttcattagggacatgttcctttttatcatcaggttcttgtggct
gi|5 : tacatcccAAAG-----A-TACGATCAGATGTCT-AACA------GAGGT------AAATA-----GCCCAG---C-C-AAA-GAT-----------ACAAT-C-AG-G-TG----TCTAAC----A-G--G-----TA----AACA--TCCA----T---GCCAAAGA
gi|11 : ttttatttaacaattgaatataagtattatcttaaccacaaatgtgacatcatgaataaagtgtgacagacgcagtgattaccttcatcatggacattttcctttttatcatcaggttcatgtgattctggaaatagaaattattatcaacatgaaaatatgacgataaaaaaacagcgatcatcctcataatcctttcgaattcaagatacatcgGATAAGGAGTCT-AACA------GAGATA------AACGT----CCC--T---C-C-AAAAGATA-----------CGAT-C-AA-G-TG----TCTAA----------A-----AA----GACA--TCAT----CCAAGCCATA--GA-T-AC--G--A-T-CG------A-G-T--G-T------C-TAA------C------AGAGA-TAT----AAAT----T--TCC-CA-GTCAC----AG-A-TA-T-CAT-T---AG---------G-T--G--TC--T---AA------C------A------t
gi|16 : gataaaAACA------GAGGTATA----AACAT------C--GAAAC-C-AAA-GAAT----------ACGAT-C-AG-G-TA----TTCAACA-G-A-G-GT-----TA----AACA--T-------TTA-GCCAAA---A-T-AC--G--ATT-C-------A-G-
gi|10 : cgaagagattacaagagtgcgatatact---AAACAT----CCCA-G---C-C-AAA-GAT-----------ACAAT-C-A--G-GAG---TCTAACA-G-A-G--G-----TA----AACA--TT------CCA-GCT--AAAGA-T-AC--G--A-T-CA------A-G-T--G-T------C-TAATTGATCT------AGAGGT-------AAGC---A---TCC-CA-GCCAA----GG-A-TG-C-GAT-C---g
gi|8 : tctaacagaggtaaacatcccaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggt---AAAC-T----CCCA-G---C-C-AAA-GATA-----------CGAC-C-AAGT-GA----TCTAAC----A-G--G-----TA----AACA--TC------CCACGCCAA---GA-T-AC--G--A-T-C-------A-G-T--GCT------C-TAA------C------AG-----G-----AAAC---A---TAC-CG-TCCAA----AGTA--A-A-GAT-A---A----------G-G--A--TC--T---AAC-----C------A------GAG--A-T-A--AACGATCC
gi|18 : gataacatccaggaatcttaacagatgataaaactcaatccttctccataatacgaccttttgtgttgctaacatgtACAT----CCCA-G---C-C-AAA-GAT-----------ACAATCC-G--G-TG----TTCAATA-G-A-A-GA------A----AACA--CC------CCA-GC--GAAAGG-T-AC--G--A-T-C-------AGG-T--G-T------C-TAA------C------AAAGA-TA-----AActtccaatactggtataatcacgattcaatgtgtcctaaaaagaacatgcatccag
gi|13 : t--G---C-C-AAA-GATA----------CCGAC-C-A--TCTG----CCTA----G-A-G-TACGTCCTA----AACAGGCCAAACATCCA-GCC--AAAGACT-AT--A--A-T-C-------A-G-GA-G-T------C-TAA------C------AGAAAT-------AAAC---GT--CCCTCA---CAA----AC-GATA-TGGATCC---A----------G-T--G--C---T---AA-------------A------GAt
gi|11 : agtatcccca-AAA-GATA----------AGGA----------G----TCTAACA-G-A-G--A-----TA----AACG--TC-C----CT---CC-AAAAGA-T-AC--G--A-T-CA------A-G-T--G-T------C-TAA-------------AAAG-----------AC---ATCATCC-AA-GCCAT----AG-A-TA-C-GAT-CG--A----------G-T--G--TC--T---AA------C------A------GAGATA-T-A--AAT-TTCCCA-GTCACA-GA-TA-T-----------CA-TTA----------GG---TG-T-CTAAC-------aa
gi|5 : gat-AAA-GATA-----------CGAT-C-A--GATG----TCTAACA-G-A-G--G-----TA----AATA--GC------CCA-GCCAAA--GA-T-AC--A--A-T-C-------AGG-T--G-T------C-TAA------C--------AGGT-------AAAC---AT----C-CATGCCAA----AG-Aa
gi|3 : ttttatttaacaattgaatataagtattatcttaaccacaaatgtgacatcatgaataaagtgtgacagacgcagtgattaccttcatcatggacattttcctttttatcatcaggttcatgtgattctggaaatagaaattattatcaacatgaaaatatgacgataaaaaaacagcgatcatcctcataatcctttcgaattcaagatacatcgGAT-C-A--GGTG----TCTAACA-G-A-G-GA------A----AACA--TC------TCA-GCCAAA--TA-T-AC--A--A-T-A-------AGG-T--G-T------C-TAA------CAAATCAAGAAGT-------AAAT---A---TCC-CA-GGCAA----AG-A-TA-C-GAT-C---AG---------G-T--A--TC--T---AA------CTGATCTA------TAG--G-G-A--AAC-ACCCCA-GCCAAA-GA-TA-C-----------GA-TCA----------GG---TG-T-CTAAC-------AT-----ACG--TA--AGCA-T--CCCAACCAATG-ATACAATAC---------AA-TC-AGGTGTGC---A-------AA---AGAAA-T-A-AACA-TCCC--AGCC-t
gi|10 : -----TA----AACA--TC------CCA-GCCAAA--GA-T-AC--A--A-T-C-------A-G-GA-G-T------C-TAA------C------AGAGGT-------AAAC---AT--T-C-CA-GCTAA----AG-A-TA-C-GAT-CA--A----------G-T--G--TC--T---AATTGATCT------A------GAG--G-T-A--AGC-ATCCCA-GCCAAG-GA-TG-C-----------GA-TCaaagaaaagaacaggtgcataacagaggataacagctgctcttttattgaataatttaatataaggattaccttgaccatgaatgtaacaccgtaaataaagtgtgaatgacgcagtgattaccttcataaggaaaattttccttctggttatcaggttcttgtggttctggaaatagaaattattatcaacatcaaaataagacgacatgatccttcagaattaagatacagccaaagagacgatcaggtgtctaatagagggaaacatcccagacaaagatacgatcaggt
gi|9 : tctaacagaggtaaacatcccaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngg-----TA----AATA--TC------CCA-GCCAAA--GA-T-AC--A--A-T-T-------A-GGT--G-T------T-TCA------C------AAAGGT-------AAAC---AT------------------------A-T-GAT-C---A----------GGT--G--TC--T---AA------C------A------G----G-T-A--AAC-ATCCCA-TCCAAA-GA-TA-CACTCGNCATATGA-TCA----------GG---TG-T-CTAAC--------------AGG--TA--AACA-T--CACATCCAA-A-G----ATAC---------AA-TC-AGGTGT-CTATC-------AG---AG--G-TAA-AACAT
gi|7 : g-----TA----AACA--CC------CCA-ACCAAAAA---T-AC--G--A-T-G-------AAG-T--G-T------C-TTA------C------AGAGGT---------AT---ATA-TCC-CA-GCCAA----A--AATG-C-AAT-C---AG---------G-T--G--T---cagctgttgattggttaccagctgcttttttattgaacaattgaaaataaggattatcttgaccatac
gi|18 : agcgaaaggtacgatcaggtgtctaacaaagataaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgaggACA--TC------CCA-GCCAAA--GA-T-AC--A--A-TCC-------G-G-T--G-T------T-CAA------T------AGAAG--A-----AAAC---A---CCC-CA-GCGAA----AG--GTA-C-GAT-C---AG---------G-T--G--TC--T---AA------C------A------AAG--A-T-A--AAct
gi|13 : t----CCA-GCCAAA--GA-T-ACCGACCA-T-CTGCCTAGA-G-TACG-T------CCTAA-------------ACAGGCCA-----AA-C---AT----C-CA-GCCAA----AG-ACTA-T-AAT-C---A----------G-GA-G--TC--T---AA------C------A------GAA--A-T-A--AAC-GTCCt
gi|16 : agtatccCGAAGAGA-TTAC--A--A-G---------A-G-T--G-CGATATAC-TAA------C------AGAGG-TAT----AAAC---AT---CG-AA-ACCAA----AG-AATA-C-GAT-C---AG---------G-T--A--T---TC--AA------C------A------GAG--GTT-A--AAC-ATTT-A-GCCAAA--A-TA-C-----------GATTCA----------GGctcacaaacgatatggatccagtgctaaagaaa
gi|4 : AAAGA-T-AT--G--G-T-C-------AAG-T--G-T------C-TAA------C------AGAAGT-------AAAT---AT---CC-TA-GTCAA----AG-A-TA-T-TAT-T---A----------GGT--G--TC--T---AA------C------A------GAG--A-A-A--AAC-ATTCCA-GCCAAA-GA-TA-C-----------GA-TCA----------GG----AGT-CTAAC-------GA-----AGG--TA--AATA-T--CCCAGCCAA-A-GT----TAT---------GA-TC-AGGTGT-CT-AAC------AG---AA--G-TAA-AACATCTGC--TGT--T-GATTGGTTATC--------AGCTGCTTTTTTTATTGA-ACAATTAAATAT---AAGGAAT--ATCTTGG----CCATAAATGCGAAA----TCATAAATACAGTGTG
gi|14 : agtcAAAGA-T-AT--G--A-T-T-------A-GGT--G-T------C-TAA------A------AGAGGT-------ATAC---AT---CC-CA-GCCAA----AT-GGTATC-AAT-C---A----------acagacgcagtgattaccttcattagggacatgttcctttttatcatcaggttcttgtggct
gi|3 : --A-T-C-------A-GGT--G-T------C-TAA------C------AGAGG--A-----AAAC---AT---CT-CA-GCCAA----AT-A-TA-C-AAT-A---A----------GGT--G--TC--T---AA------C------AAATCAAGAA--G-T-A--AAT-ATCCCA-GGCAAA-GA-TA-C-----------GA-TCA----------GG---TA-T-CTAACT------GATCTATAGG--GA--AACA-C--CCCA-GCCA-A-AG---ATAC---------GA-TC-AGGTGT-CT-AA-------CAT--AC--G-T-A-AGCA-TCCC--AA-C-C-AAT--GATACAATACAATCAGGTG----------TG---CAA-----------AAGAAATAAA------CATCCCA-----GCCAAA----G-AAAAGAACAG-GTGcttagcgtgtggtactgtctaacgagagtgttgaaaaagcacacatcttggttgttgtgaattgttt
gi|8 : g-TAA------C------AGATGATA-----AAACTCAAT--CCT-TC-TCC------AT-AATA-C-GAC-CTTTT----------G-T--G--TTGCT---AA------C--------------AT--G-T-A--AAC--TCCCA-GCCAAA-GA-TA-C-----------GA-CCA----------AGT--GA-T-CTAAC--------------AGG--TA--AACA-T--CCCACGCCA-A-G----ATAC---------GA-TC-AGT-GC-TC-TA-------AC---AG--G---A-AACATACC----GTC-C-AAA--GT---A--------A----------------AGATAAG--GATCTAACCAGAGATAAAC----G-A-TCCCT---TCCAATACTGGT-ATAATCACcataacagaggataacagctgctcttttattgaataatttaatataaggattaccttgaccatgaatgtaacaccgtaaataaagtgtgaatgacgcagtgattaccttcataaggaaaattttccttctggttatcaggttcttgtggttctggaaatagaaattattatcaacatcaaaataagacgacatgatccttcagaattaagatacagccaaagagacgatcaggtgtctaatagagggaaacatcccagacaaagatacgatcaggt
gi|7 : gataacatccaggaatctGAGGT-------AAAC---AC---CC-CA-ACCAA----AA-A-TA-C-GAT-G---AA---------G-T--G--TC--T---TA------C------A------GAG--G-T-A--TAT-ATCCCA-GCCAAA-AA-TG-C-----------AA-TCA----------GGT--gattcaatgtgtcctaaaaagaacatgcatccag
gi|10 : agcgaaaggtacgatcaggtgtctaacaaagataaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt-----AAAC---AT---CC-CA-GCCAA----AG-A-TA-C-AAT-C---A----------G-GA-G--TC--T---AA------C------A------GAG--G-T-A--AAC-ATTCCA-GCTAAA-GA-TA-C-----------GA-TCA----------AG---TG-T-CTAATTGATCTAG------AGG--TA--AGCA-T--CCCA-GCCA-A-GG---ATGC---------GA-TC-gtct
gi|9 : tctaacagaggtaaacatcccaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggt-----AAAT---AT---CC-CA-GCCAA----AG-A-TA-C-AAT-T---A----------GGT--G--T---TT--CA------C------A------AAG--G-T-A--AAC-AT----------------A-T-----------GA-TCA----------GG---TG-T-CTAAC--------------AGG--TA--AACA-T--CCCATCCAA-AGAT---ACACTCGNCATATGA-TC-AGGTGT-C--TA-------AC---AG--G-T-A-AACA-TCAC--A-TC-C-AAA--GATACAATC-----AGGTGTCTATC----AGAGGTAA---AACAT--CA
gi|8 : gt-----AAAC-------TCC-CA-GCCAA----AG-A-TA-C-GAC-CA--A----------G-T--GATC---T---AA------C--------------AG--G-T-A--AAC-ATCCCACGCC-AA-GA-TA-C-----------GA-TCA-----------GT--GC-T-CTAAC--------------AGG---A--AACA-TACCG--TCCAA-A-GT---A-AA---------GA-TA-AGG-AT-CT-AACC-----AG---AG--A-T-A-AACGATCCC---TTC-C-AAT--gctgttgattggttaccagctgcttttttattgaacaattgaaaataaggattatcttgaccatac
gi|18 : gataacatccaggaatcttaacagatgataaaactcaatccttctccataatacgaccttttgtgttgctaacatgtAC---AT---CC-CA-GCCAA----AG-A-TA-C-AAT-CC--G----------G-T--G--T---TC--AA------T------A------GAA--G-A-A--AAC-ACCCCA-GCGAAA-GG-TA-C-----------GA-TCA----------GG---TG-T-CTAACA------A------AGA--TA--Aactggtataatcacgattcaatgtgtcctaaaaagaacatgcatccag
gi|13 : t---AT--CCC-CA-GCCAA----AG-A-TA-CCGAC-C---ATCTGCCTAGAG-TACG--T---CCTAAA------C------A------G-G--C-C-A--AAC-ATCC-A-GCCAAA-GACTA-T-----------AA-TCA----------GG----AGT-CTAACA------G------AAA--TA--AACG-T--Cat
gi|5 : agtAA----AG-A-TA-C-GAT-C---A----------GAT--G--TC--T---AA------C------A------GAG--G-T-A--AAT-AGCCCA-GCCAAA-GA-TA-C-----------AA-TCA----------GG---TG-T-CTAAC--------------AGG--TA--AACA-T--C-CATGCCA-A-AG---ATcctcacaaacgatatggatccagtgctaaagaaa
gi|14 : ttttatttaacaattgaatataagtattatcttaaccacaaatgtgacatcatgaataaagtgtgacagacgcagtgattaccttcatcatggacattttcctttttatcatcaggttcatgtgattctggaaatagaaattattatcaacatgaaaatatgacgataaaaaaacagcgatcatcctcataatcctttcgaattcaagatacatcgAA----AG-A-TA-T-GAT-T---A----------GGT--G--TC--T---AA------A------A------GAG--G-T-A--TAC-ATCCCA-GCCAAATGG-TATC-----------AA-TCACTTAGCGTGTGGTACTG-T-CTAAC-------G------AG-------AGTG-T--TGAA---AA-A-GC---ACAC----------A-TC-
gi|16 : A----AG-AGTG-C-GAT----------------A-T--A--C---T---AA------C------A------GAG--G-T-ATAAAC-ATCGAA-ACCAAA-GAATA-C-----------GA-TCA----------GG---TA-T-TCAACA------G------AGGT-TA--AACA-T--TTA--GCCA-A-A----ATAC---------GATTC-AGG-ttggttgttgtgaattgttt
gi|11 : cgaagagattac---T---AA------C------A------GAG--A-T-A--AAC-GTCCCT-CCAAAA-GA-TA-C-----------GA-TCA----------AG---TG-T-CTAAA-------A------AGA--C---ATCA-T--CCAA-GCCA-T-AG---ATAC---------GA-TCGAGT-GT-CT-AAC------AG---AG--A-T-ATAAATTTCCC--AGTCACAGAT--ATCATT--------AGGTG----------
gi|7 : gataaagataaggagtc------GAG--G-T-A--AAC-ACCCCA-ACCAAA-AA-TA-C-----------GA-TGA----------AG---TG-T-CTTACA------G------AGG--TA--TATA-T--CCCAGCCAA-A-A----ATGC---------AA-TC-AGGTGT-CT-tctaaca
gi|10 : agcgaaaggtacgatcaggtgtctaacaaagataaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntG--G-T-A--AAC-ATCCCA-GCCAAA-GA-TA-C-----------AA-TCA----------GG----AGT-CTAACA------G------AGG--TA--AACATT--CCA--GCTA-A-AG---ATAC---------GA-TC-AAGTGT-CT-AATTGATCTAG---AG--G-T-A-AGCA-TCCC--AGCC-
gi|18 : tctaacagaggtaaacatcccaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAC-ATCCCA-GCCAAA-GA-TA-C-----------AA-TCC----------GGT---G-T-TCAATA------G------AAG--AA--AACA-C--CCCA-GCGA-A-AG---GTAC---------GA-TC-AGGTGT-CT-AAC------AA---AG--A-T-A-AAaaggatgcgatc
gi|5 : tAAA-GA-TA-C-----------GA-TCA----------GAT---G-T-CTAACA------G------AGG--TA--AATA-G--CCCA-GCCA-A-AG---ATAC---------AA-TC-AGGTGT-CT--A-------AC---AG--G-T-A-AACATCCt
gi|16 : ttttatttaacaattgaatataagtattatcttaaccacaaatgtgacatcatgaataaagtgtgacagacgcagtgattaccttcatcatggacattttcctttttatcatcaggttcatgtgattctggaaatagaaattattatcaacatgaaaatatgacgataaaaaaacagcgatcatcctcataatcctttcgaattcaagatacatcg--TA-TACTAACA------G------AGG--TATAAACA-T--CGAAACCAA-A-GA---ATAC---------GA-TC-A-G-GT-AT-TC-------AACAGAG--GTT-A-AACATTatgccaaagat
gi|7 : cgaagagattacaagagtgcga-------G------AGG--TA--AACA-C--CCCAACCAA-A-A----ATAC---------GA-TG-AAGTGT-CT-TAC------AG---AG--G-T-A-TATA-TCCC--AGCC-tagccaaaatacgattcagg
gi|5 : agcgaaaggtacgatcaggtgtctaacaaagataaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntCGA-A-AG---ATAC---------GA-TC-AGATGT-CT-AAC------AG---AG--G-T-A-AATA-GCCC--AG-C-C-AAA--GATACAATC-----AGGTG----------aaaaatgcaatcaggtgtct
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGGACTTTTTCTTTTTTATTGTCAGGTTCATGTGGTTCTGTAAATAGAAAATATTATCAACATGAAATTATGACGACAAAAAACAGTGATCATCCTCATAATC
Unaligned ( gi|12 ): TCATTAGGTGTCTAACAGAATTACAGAGGCTAACATCTGCTGTTGATTGGTTACCAGCTGCATTTTTATTGAACAATTGAATATAAGGAATATCTTGACCACAAATGTGACCTCATCAATACAATGTGACAGACGCAGTGATTACC
Unaligned ( gi|15 ): ATTTGTTACCTGCGGCTTTCTTATTTAACAATTGAATATCTCGTCAATTTAGTGTGACATATGCAGTTATTACCTTCATCAGGGAAATTTTCCTTTTTATCGTCAGGTTCTTGTGG
Unaligned ( gi|17 ): ATCAGGGATATTTTCCTTTTTATCATCAGCTTCTTGTGGTTCTAAAAATAAAAATTATTATCAACATGAAGATATAAAGATAACAAACAGTGATATACTCATATTC
Unaligned ( gi|19 ): ATTATTATCAACATGAAAATATGACGATATAAAACGGTGATCATCCTCAAAATCCTTCGAAGTCAAGATACA
Unaligned ( gi|20 ): AATATAAGGATTATTTTGACCATAAATATGACTTCATCAATACAGTGTGACAGACGCAGTGATT
Unaligned ( gi|21 ): AACAGAAGTAAATAATCCAGCCTAAGATGACATCAAGTGTCTAGCAG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111
lowQualScore : 11 55555 1 2 2 2 1 222 22 333 555555555555 11 111111 1 2222222222 1 1 22222222 444444444444444444 111 111111 2 1111 1 2222222222 11111111 44444444444444444444 1 333333 55555555555555 555555 11 1 222 4 1 2 22 555555 1 1 1 1 1 2 3333333 1 22222 0000000000000000000000 1 3333333 333 2
lowQualScore : 22 00000 5 6 0 2 77 0 0 5 333 1 8 6 00 1 111 6 111111111111 0 44 444444 0 8888888888 3 0 0 8 11 99 0 4 44444444 2 444444444444444444 666 6 999999 3 6 1 5 77 0 0 5 2222 77 66 66 5 0 5 1111111111 888 5 55555555 6 1 2 6 0 99999999999999999999 8 0 0 888888 00000000000000 666666 88 6 3 555 2 0 6 5 6 3 0 77 777777 3 3 0 0 0 0 5 0 5 2 5 5 5 1 1 5555555 0 7 3 7 1 1 33333 2 4444444444444444444444 5 6666666 555 0 22
lowQualScore : .. ..... . . . . .. . . . ... . . . .. . ... . ............ . .. ...... . .......... . . . . .. .. . . ........ . .................. ... . ...... . . . . .. . . . .... .. .. .. . . . .......... ... . ........ . . . . . .................... . . . ...... .............. ...... .. . . ... . . . . . . . .. ...... . . . . . . . . . . . . . . . ....... . . . . . . ..... . ...................... . ....... ... . ..
lowQualScore : 00 00000 0 0 0 5 00 0 0 5 333 0 3 7 00 0 777 7 222222222222 2 00 222222 0 0000000000 2 2 0 0 88 55 7 8 00000000 5 999999999999999999 777 7 222222 7 7 0 7 99 1 7 7 1111 44 99 99 0 0 0 9999999999 888 0 00000000 7 0 5 7 8 22222222222222222222 0 2 0 888888 55555555555555 777777 33 7 3 777 5 0 0 0 0 0 0 55 555555 3 3 7 7 0 0 2 3 0 2 0 1 7 0 0 2222222 0 3 7 3 0 0 77777 5 5555555555555555555555 0 5555555 000 0 00
consensus : AGAGGTAAAAACATTTCACGCCTAACGATACAATCTANGGATCTTAACAGATGGTATAAAC---ATCCCCAGCCATAGATAC-GACCATTTGTGTCTACAG------------AGGTATAAACATCCCAGCCAAAGA-TACGATCA---GG--T--CTAACAGAGGTA-AACATCCCAACGCGAAAGATAC-GATCAAG---TG-T-CTAACAGAG-------------A--TAAACATCCCGGCCAAAGATACGATCA-G-TGTCTAA-CAGA------GGTA-AAC-ATCCCAGCCAA-A--GATACGATCAGGTGTCTAACAG-A----G-GTATAAACAT--CCCAGCCAA--A-G-ATA-CGATCA----------GG---TGTCTAAC-AGAGGTATA----AACATCCCAGCCAAAGATACGA-TCAGGTGTCTAAACA-AA-GGTA----A--AACAT-CCCAGCC-AA------GATAC-----------AA-TCAGGTGTCTAACAGAA--A--TAAACA--TCGCAGCCAAAGATACGATCAGGTGTCT-AACAGAGG--TAAAACATNCC-GTCAAAGATAACGATCATTATCTAACNGAGTGTAAACATCGACCAGG-----CCAAAAAGATACGGTCA-GTGTCTAACAGAGG-TAAAACATTCCCAGCCAAAGA-TACGATCAGGTGTCTAACAGAGGTAAACATCCCAGCCAAAGAT-ACGATCAGG-TGTCTAACAGAGGTAAACATCCCA-GCCAAAGATACGATCAGGTGTCTAA------CAGAGGT-AAACATTCNCAGTCCGATGNTGCG-CAGNTGCTTTTTTTATNGAGACAATTACAATATCAAGGAATGNNTNCGNCCATAAATGCGAAATCACAANCACAGTGTG
Reference ( family-1625 ) : AGAGGTAAAAACATCCCA-GCC-AAAGATACGATC-AGGNGTCT-AACAGA-GGTATAAAC---ATTCCCAGCCAAAGATAC-GATCANT-GTGTCTACAG------------AGGTATAAACATCCCAGCCAAAGA-TACGATCA---GG--T--CTAACAGAGGTA-AACATCCCAACGCNAAAGATAC-GATCAAG---TG-T-CTAACAGAG-------------A--TAAACATCCCAGCCAAAGATACGATCA-G-TGTCTAA-CAGA------GGTATAAC-ATCCCAGCCAA-A--GATACGATCAGGTGTCTAACAG-A----G-GTATAAACAT--CCCAGCCAA--A-G-ATA-CGATCA----------GG---TGTCTAAC-AGAGGTATA----AACATCCCAGCCAAAGATACGA-TCAGGTGTCTAAACANAA-GGTA----A--AACAT-CCCAGCC-AA------GATAC-----------GA-TCAGGTGTCTAACAGAGGTA--TAAACA--TCCCAGCCAAAGATACGATCAGGTGTCT-AACAGAGG--TAAAACATCCCAGCCAAAGATAACGATCAGTGTCTAACAGAG-ATAAACATC--CCAG------CCAAAAAGATACGATCA-GTGTCTAACAGAGG-TAAAACATTCCCAGCCAAAGA-TACGATCAG-TGTCTAACAGAGGTAAACATCCCAGCCAAAGAT-ACGATCAGG-TGTCTAACAGAGGTAAACATCCCA-GCNAAAGATACGATCAGGTGTCTNA------CAGAGGT-AAACATTCCCAGTCCAANGNTACAATAGGTG----------TGAGACA---A-AATATCAAGAAATAAACG-ACCCAT---TGCGAAAT-ATAANNACAGTGTG
gi|1 : AGAGGTAAAAACATTTCACGCCTAACGATACAATTTACGGATCT-AACAGA-GGTATAAAC---ATTCCCAGCCATAGATA--GATCATTTGTATCTACAG------------AGGTATAAAAATCAAAGCCAAAGA-TACGGTCA---GA--T--CTAACAGAGGTATAACATTCGAATGCAAGAGATAC-ACTCAAGGATTACT-CTAACAGAGTGCTAGAGCCGGCACTTAAACATCCCAGCCAAAGATACAATTA-G-TATCTAA-CAGA------GGTATAAA-ATCCCCGTCAA-A--AATACGATC--GTATCTAACAGCA----GCGTATAAACATCGCCCAGCCAACTA-GCATA-CGATCA-----------G---TGTCTAAC-AGAGGTATA----AAC-TCCCAGCCATAGATACGA-TCA-GTATCTAAACACAATGGTACTCTATCAACATGCCCAGCT-AA------GACAC-----------AACTCAGATATCTAACAGAAGTAGTTAAACAGTTCGAAGCCAAACATACGATCAGGTATCTGAACAGACGTATAAAACATGCC-GTCAAAGATAACGATCATTATCTAACCGAGTATAAATATCGACTAG------CCAAAAAGATACAATCA-GTGTCTAACAGAGGCTAAAACATTCCCAGCCAAAGAGTACGATCAG-TGT-TAACAGAGGTAAACATCCGAGCCAAAGAT-ACGATCAGGTTATCTAAC-GAGGTAAGCATCGAATGCAAAATATACGATCAGG-GTCTTA-------AAAGGT-AAACATTCTCAGTCCGATGTTACA--AGGTG----------GGAGACA---ACAATATCAAGAAATGAATGCACCCAT---TGCAAAAT-ACAACCACAGTGTG
gi|10 : TCTAACAGAG-GTAAACATC--CCAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNGGTAAACATCCCAGCCAAAGAT-ACAATCAGG-AGTCTAACAGAGGTAAACATTCCA-GCTAAAGATACGATCAAGTGTCTAATTGATCTAGAGGT-AAGCA-TCCCAG-CCAAGGATGCGAT
gi|11 : AAAGATA------AGG---AG-T-CTAACAGAG-------------A--TAAACGTCCCTCCAAAAGATACGATCAAG-TGTCTAA--AAA------GACAT--C-ATCCAAGCCAT-A--GATACGATCGAGTGTCTAACAG-A----G-ATATAAATTT--CCCAGTCAC--A-G-ATA-TCATTA----------GG---TGTCTAAC-Ac
gi|13 : gat---ATCCCCAGCCAAAGATACCGACCA-T-CTGCCTAGAGTACGTCCTAAACAGGC-CAAACATCC-AGCCAAAGACTATAATCA---GGAGT--CTAACAGAAATA-AACGTCCC-TCACAAACGATATGGATCCAG---TG---CTAA-AGAA-------------A--
gi|14 : agtAA-A--GATATGATTAGGTGTCTAAAAG-A----G-GTAT--ACAT--CCCAGCCAA--ATG-GTATCAATCACTTAGCGTGTGGTACTGTCTAACGAGAG
gi|16 : CTAACAG-A----G-GTATAAACAT--CGAAACCAA--A-GAATA-CGATCA----------GG---TATTCAAC-AGAGGT-TA----AACAT-TTAGCCAAA-ATACGATTCAGGtgttgaaaaagcacacatcttggttgttgtgaattgttt
gi|18 : cgaagagattacaagagtgcgatataACATCCCAGCCAAAGAT-ACAATCCGG-TGTTCAATAGAAGAAAACACCCCA-GCGAAAGGTACGATCAGGTGTCTAA------CAAAGAT-AAA
gi|2 : tCAG------------AGTTA-AGATA---CAGCCAAAGA-GACGATCA---AG--TGTCTAACAGAACGA-AACATCNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNN---NN-NNCTAAGAGAG-------------G--GAAACATTCCAGCCAAAGATACCATCA-GGTGTTTAA-CAGATCTAGAGGTA-AAC-TTCAAAAGCAA-A--GATACGATCAGGTGTCTAA--A-A----A-GTATAATTAT--CCAAGCCAA--A-G-ATA-CAAGCA----------AG---TGTCTATC-AGAAGAATA----ATTATCCAAGCCAAAGATACGA-TCAGGTGTCTAA----AA-AGTAT---A--ATTAT-CCAAGCCAAA------GATAC-----------AA-GCAAGTGTCTAACAGAt
gi|21 : taaaacagctattttcgattgattgattacttgctttttattgcatcgaacaattgaaaataaggattatcttgaccttaaatgtgacatcataaatacagtgtgacagacgcagtgattacctttatcatggacattttccatctggtcatcaggttcttgttgttctggaaatagaaattattatcaacatgaaaataccgggtatgacgataagaaacagtgatcatcctcataatcattAACAGAAGTAAATAATCCAGCCTAAGATGAC-ATCAAG-TGTCTAGCAG
gi|3 : GATCA-GGTGTCTAA-CAGA------GGAA-AAC-ATCTCAGCCAA-A--TATACAATAAGGTGTCTAACAA-ATCAAG-AAGTAAATAT--CCCAGGCAA--A-G-ATA-CGATCA----------GG---TATCTAAC-TGATCTATAGGGAAACACCCCAGCCAAAGATACGA-TCAGGTGTCTAA-CATAC-G-TA----A--G-CAT-CCCAACC-AATGATACAATAC-----------AA-TCAGGTGTGCAAAAGAA--A--TAAACA--TCCCAGCCAAAGAAAAGAACAGGTGCAT-AACAGAGG---ATAACA
gi|3 : CAGCCAAAGAG-ACGATCAGG-TGTCTAATAGAGGGAAACATCCCA-GACAAAGATACGATCAGGTgctgctcttttattgaataatttaatataaggattaccttgaccatgaatgtaacaccgtaaataaagtgtgaatgacgcagtgattaccttcataaggaaaattttccttctggttatcaggttcttgtggttctggaaatagaaattattatcaacatcaaaataagacgacatgatccttcagaattaagatacagccaaagagacgatcaggtgtctaatagagggaaacatcccagacaaagatacgatcaggt
gi|4 : gatcaggtgtctaacagaggaaaacatctcagccaaatatacaataaggtgtctaacaaatcaagaagtaaatatcccaggcaaagatacgatcaggtatctaactgatctatagggaaacaccccagccaaagatacgatcaggtgtctaacatacgtaagcatcccaaccaatgatacaatacaatcaggtgtgcaaaagaaataaacatcccagccaaagaaaagaacaggtgcataacagaggataacagctgctcttttattgaataatttaatataaggattaccttgaccatgaatgtaacaccgtaaataaagtgtgaatgacgcagtgattaccttcataaggaaaattttccttctggttatcaggttcttgtggttctggaaatagaaattattatcaacatcaaaataagacgacatgatccttcagaattaagataAGTCAAAGATATGGTCAAG-TGTCTAA-CAGA------AGTA-AAT-ATCCTAGTCAA-A--GATATTATTAGGTGTCTAACAG-A----G---AAAAACAT--TCCAGCCAA--A-G-ATA-CGATCA----------GG---AGTCTAAC-GAAGG--TA----AATATCCCAGCCAAAGTTATGA-TCAGGTGTCT-AACAGAA--GTA----A--AACAT-C
gi|4 : AAAGATATGGTCAAGTGTCTAACAGAAG-TAAA-TAT-CCTAGTCAAAGA-TATTATTAGGTGTCTAACAGAGAAAAACATTCCAGCCAAAGAT-ACGATCAGG-AGTCTAACGAAGGTAAATATCCCA-GCCAAAGTTATGATCAGGTGTCTAA------CAGAAGTAAAACATCTGCTGTTGATTGGT-TATCAGCTGCTTTTTTTATTGA-ACAATTA-AATAT-AAGGAATATCTT-GGCCATAAATGCGAAATCATAAATACAGTGTGtgctgttgattggttatcagctgctttttttattgaacaattaaatataaggaatatcttggccataaatgcgaaatcataaatacagtgtgacagacgcagtgattaccttcattagggacatgttcctttttatcatcaggttcttgtggct
gi|5 : agtcAAAGA-TACGATCAGATGTCTAACAGAGGTAAATAGCCCAGCCAAAGAT-ACAATCAGG-TGTCTAAC--AGGTAAACATCCAT-GCCAAAGATacagacgcagtgattaccttcattagggacatgttcctttttatcatcaggttcttgtggct
gi|7 : ttttatttaacaattgaatataagtattatcttaaccacaaatgtgacatcatgaataaagtgtgacagacgcagtgattaccttcatcatggacattttcctttttatcatcaggttcatgtgattctggaaatagaaattattatcaacatgaaaatatgacgataaaaaaacagcgatcatcctcataatcctttcgaattcaagatacatcgGCGAAAGGTAC-GATCAGG---TG-T-CTAACAAAG-------------A--TAAATATC
gi|7 : aGAGGTAAACACCCCAACCAAAAAT-ACGATGAAG-TGTCTTACAGAGGTATATATCCCA-GCCAAAAATGCAATCAGGTGTCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgaggtaaacaccccaaccaaaaatacgatgaagtgtcttacagaggtatatatcccagccaaaaatgcaatcaggtgtct
gi|8 : agcgaaaggtacgatcaggtgtctaacaaagataaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntC-AGGAATCTTAACAGATGATA-AAACTCAATCCTTCTCCATA-ATAC-GACCTTTTGTGT-TGCTA------------ACATGTAAAC-TCCCAGCCAAAGA-TACGACCAAGTGA--T--CTAAC--AGGTA-AACATCCC-ACGCC-AAGATAC-GATC-AG---TGCT-CTAACAGG------------------AAACATACCGTCCAAAGTAAAGATAA-G-GATCTAACCAGA------GATA-AACGATCCCTTCCAATACTGGTATAATCA
gi|9 : gataacatcTAAATAT--CCCAGCCAA--A-G-ATA-CAATTA----------GG---TGTTTCAC-AAAGGTA------AACAT-------------ATGA-TCAGGTGTCTAA-CA----GGTA----A--A-CAT-CCCATCC-AAA-----GATACACTCGNCATATGA-TCAGGTGTCTAACAGG------TAAACA--TCACATCCAAAGATACAATCAGGTGTCT-ATCAGAGG--TAAAACATCcgattcaatgtgtcctaaaaagaacatgcatccag
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGGACTTTTTCTTTTTTATTGTCAGGTTCATGTGGTTCTGTAAATAGAAAATATTATCAACATGAAATTATGACGACAAAAAACAGTGATCATCCTCATAATC
Unaligned ( gi|12 ): TCATTAGGTGTCTAACAGAATTACAGAGGCTAACATCTGCTGTTGATTGGTTACCAGCTGCATTTTTATTGAACAATTGAATATAAGGAATATCTTGACCACAAATGTGACCTCATCAATACAATGTGACAGACGCAGTGATTACC
Unaligned ( gi|15 ): ATTTGTTACCTGCGGCTTTCTTATTTAACAATTGAATATCTCGTCAATTTAGTGTGACATATGCAGTTATTACCTTCATCAGGGAAATTTTCCTTTTTATCGTCAGGTTCTTGTGG
Unaligned ( gi|17 ): ATCAGGGATATTTTCCTTTTTATCATCAGCTTCTTGTGGTTCTAAAAATAAAAATTATTATCAACATGAAGATATAAAGATAACAAACAGTGATATACTCATATTC
Unaligned ( gi|19 ): ATTATTATCAACATGAAAATATGACGATATAAAACGGTGATCATCCTCAAAATCCTTCGAAGTCAAGATACA
Unaligned ( gi|20 ): AATATAAGGATTATTTTGACCATAAATATGACTTCATCAATACAGTGTGACAGACGCAGTGATT
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 222 22 5555555555555 11 111111 1 2222222222 1 1 22222222 444444444444444444 1 111111 111111 11 11 1 2222 1 666666666666666666666 1 1 333333 1 4444 22 1 2222 3333 111 11 555555555555555555555555555555555 2 1111 11111 11111 4444444 11111111111 1111111111 111 111111111 111111 22222222 1 88888888888888888888 1 3 22 3 33
lowQualScore : 55 1 5 5 5 333 6 00 9999999999999 0 0 44 444444 0 8888888888 3 0 0 8 8 99 0 4 44444444 2 444444444444444444 66 8 6 6 999999 6 6 6 99 6 3 33 6 888888 11 11 6 0 3 1111 3 2 0 2 0 2 888888888888888888888 3 3 888888 3 2222 77 55 2 4 2 0 0000 3 1 1111 9 555 0 6 00 666666666666666666666666666666666 0 1 1 5 0 0000 11111 4 11111 5555555 3 3 3 77777777777 99999 5555555555 000 777 666666666 4 666666 00000000 5 1 3 55555555555555555555 1 9 6 99 1 1 44 7 1 4 555 22 1 1 5 2 33
lowQualScore : .. . . . . ... . .. ............. . . .. ...... . .......... . . . . . .. . . ........ . .................. .. . . . ...... . . . .. . . .. . ...... .. .. . . . .... . . . . . . ..................... . . ...... . .... .. .. . . . . .... . . .... . ... . . .. ................................. . . . . . .... ..... . ..... ....... . . . ........... ..... .......... ... ... ......... . ...... ........ . . . .................... . . . .. . . .. . . . ... .. . . . . ..
lowQualScore : 55 0 5 5 5 333 7 00 7777777777777 2 2 00 222222 0 0000000000 2 2 0 0 6 55 7 8 00000000 5 999999999999999999 88 0 0 7 222222 7 7 7 22 7 7 11 7 222222 00 00 0 2 2 2222 2 5 2 5 0 5 000000000000000000000 3 3 333333 3 5555 55 00 5 0 5 0 2222 2 0 2222 7 000 8 7 00 555555555555555555555555555555555 2 6 4 0 0 6666 11111 4 11111 8888888 6 3 6 33333333333 11111 9999999999 000 000 000000000 4 444444 77777777 7 4 2 22222222222222222222 0 5 7 22 0 7 33 3 7 0 333 77 0 7 4 8 88
consensus : AGAGGTAAAAACATTTCACGCCTAACGATANNATCCANGGATCTTAACAGATGGTATAAAC---ATCCCCAGCCATAGATAC-GACCATTTGC---------GTC-TACAGAGGTATAAACATCCCAGCCAAAGA-TACGATCA---GG--T--CTAACAGAGGTA-AACATCCCAACGCGAAAGATAC-GATCAAG---TG-T-CTAACAGAG-------------A--TAAACATCCCGNCCAAAGATACGATCA-GGTGTCTAA-CAGA------GGTA-AAC-ATCCCAGCCAA-A--GAT-ACGATCAGGTGTCTAACAG-A----G-GTATAAATATC--CCAGCCAA--AG-ATACGATCAGGTGTCTAACAGAGGTATA----AACATCCCAGCCAAAGATACGA-TCAGGTGTCTAA-CA-AA-NGTAC---A--A-CAT-CCCAGCC-AA------GATACAA-TCAGGTGTCTAACAGAAGTAGTTAAACAGTTCNNAGCCAAANANANGATCAGGTGTCT-AACAGAGGTA--AAACATCCCA---GTCAAANATAG--CGATCAT-TATC-TAACA------GAATGTAA---ATATCGACCAGGCCAAAAAGATACGATCA-GGTGTC----TAA-----CAGAGG-TA-----AAACA----CCCAGCCAAAGA-TACGATCAGGTGTCTAACAGAGGTAAACATCCCAGCCAAA-GATA-C-----------GAT-----CA----------GG---TGT---CTAA------C-AGAGGTAAACATCCCA-GCCAAAGATACGATCAGGTGTCTAAC------AGA--------GG-T-AAACATCCGCTGT-TGATTGGTTAC-CAGCTGC-TTTT-TT--ATTGA-ACAATTG-AATAT-AAGGANTATCTT-GACCATAAATGCGACATCATAAATACAGTGTG
Reference ( family-1625 ) : AGAGGTAAAAACATTTCACGCCTAACGATACAATCTANGGATCTTAACAGATGGTATAAAC---ATCCCCAGCCATAGATAC-GACCATTTGT---------GTC-TACAGAGGTATAAACATCCCAGCCAAAGA-TACGATCA---GG--T--CTAACAGAGGTA-AACATCCCAACGCGAAAGATAC-GATCAAG---TG-T-CTAACAGAG-------------A--TAAACATCCCGGCCAAAGATACGATCA-G-TGTCTAA-CAGA------GGTA-AAC-ATCCCAGCCAA-A--GAT-ACGATCAGGTGTCTAACAG-A----G-GTATAAACATC--CCAGCCAA--AG-ATACGATCAGGTGTCTAACAGAGGTATA----AACATCCCAGCCAAAGATACGA-TCAGGTGTCTAAACA-AA-GGTA----A--AACAT-CCCAGCC-AA------GATACAA-TCAGGTGTCTAACAGAAATA----AACA--TCGCAGCCAAAGATACGATCAGGTGTCT-AACAGAGGTA--AAACATNCC----GTCAAAGATAA--CGATCAT-TATC-TAACN------GAGTGTAA---ACATCGACCAGGCCAAAAAGATACGGTCA-G-TGTC----TAA-----CAGAGG-TA-----AAACATT--CCCAGCCAAAGA-TACGATCAGGTGTCTAACAGAGGTAAACATCCCAGCCAAA-GATA-C-----------GAT-----CA----------GG---TGT---CTAA------C-AGAGGTAAACATCCCA-GCCAAAGATACGATCAGGTGTCTAAC------AGA--------GG-T-AAACATTCNCAGTCCGAT--GNTGCGCAGNTGCTTTTT-TT--ATNGAGACAATTACAATATCAAGGAATGNNTNCGNCCATAAATGCGAAATCACAANCACAGTGTG
gi|1 : AGAGGTAAAAACATTTCACGCCTAACGATACAATTTACGGATCT-AACAGA-GGTATAAAC---ATTCCCAGCCATAGATA--GATCATTTGT---------ATC-TACAGAGGTATAAAAATCAAAGCCAAAGA-TACGGTCA---GA--T--CTAACAGAGGTATAACATTCGAATGCAAGAGATAC-ACTCAAGGATTACT-CTAACAGAGTGCTAGAGCCGGCACTTAAACATCCCAGCCAAAGATACAATTA-G-TATCTAA-CAGA------GGTATAAA-ATCCCCGTCAA-A--AAT-ACGATC--GTATCTAACAGCA----GCGTATAAACATCGCCCAGCCAACTAGCATACGATCAG-TGTCTAACAGAGGTATA----AAC-TCCCAGCCATAGATACGA-TCAG-TATCTAAACACAATGGTACTCTATCAACATGCCCAGCT-AA------GACACAACTCAGATATCTAACAGAAGTAGTTAAACAGTTCGAAGCCAAACATACGATCAGGTATCTGAACAGACGTATAAAACATGCC----GTCAAAGATAA--CGATCAT-TATC-TAACC------GAGTATAA---ATATCGACTA-GCCAAAAAGATACAATCA-G-TGTC----TAA-----CAGAGGCTA-----AAACATT--CCCAGCCAAAGAGTACGATCA-GTGT-TAACAGAGGTAAACATCCGAGCCAAA-GATA-C-----------GAT-----CA----------GGT--TAT---CTAA------C--GAGGTAAGCATCGAATGCAAAATATACGATCAGG-GTCTTA-------AAA--------GG-T-AAACATTCTCAGTCCGAT--GTTACA-AGGTG-------------GGAGACA---ACAATATCAAGAAATGAATGCACCCAT---TGCAAAAT-ACAACCACAGTGTG
gi|10 : TCT-AACAGAGGTA--AA-CATCCCAGGNNNNNNNNNNNN--NNNNNNN-NNNN-NNNNN------NNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NNNN----NNN-----NNNNGG-TA-----AA-CAT---CCCAGCCAAAGA-TACAATCAGGAGTCTAACAGAGGTAAACATTCCAGCTAAA-GATA-C-----------GAT-----CA----------AG---TGT---CTAATTGATCT-AGAGGTAAGCATCCCA-GCCAAGGATGCGATC
gi|11 : AAAGATA------AGG---AG-T-CTAACAGAG-------------A--TAAACGTCCCTCCAAAAGATACGATCAAG-TGTCTAA--AAA------GACA-T-C-ATCCAAGCCAT-A--GAT-ACGATCGAGTGTCTAACAG-A----G-ATATAAATTTC--CCAGTCAC--AG-ATATCATTAGGTGTCTAACA
gi|12 : gatATTAGGTGTCTAAC------AGAATTACAGAGG-C-TAACATCTGCTGT-TGATTGGTTAC-CAGCTGC-ATTT-TT--ATTGA-ACAATTG-AATAT-AAGGAATATCTT-GACCACAAATGTGACCTCATCAATACAATGTG
gi|13 : tc---ATCCCCAGCCAAAGATACCGACCATCTGCCTAGAGTACGTCCTAAACAGGC-CAAACATCC-AGCCAAAGACTATAATCA---GGAGT--CTAACAGAAATA-AACGTCCC-TCACAAACGATATGGATCCAG---TG---CTAA-AGAA-------------A--acagacgcagtgattacc
gi|14 : agtAAAGA-TATGATTAGGTGTCTAAAAGAGGTATACATCCCAGCCAAATGGTATC-----------AAT-----CACTTAGCGTGTGGTACTGT---CTAA------CGAGAG
gi|16 : CTAACAG-A----G-GTATAAACATC--GAAACCAA--AGAATACGATCAGGTATTCAACAGAGGT-TA----AACAT-TTAGCCAAA-ATACGATTCAGGtgttgaaaaagcacacatcttggttgttgtgaattgttt
gi|18 : cgaagagattacaagagtgcgatataACATCCCAGCCAAA-GATA-C-----------AAT-----CC----------GG---TGT---TCAA------T-AGAAGAAAACACCCCA-GCGAAAGGTACGATCAGGTGTCTAAC------AAA--------GA-T-AAA
gi|2 : tTGCTTTTTATTGCATCGA-ACAATTGAAA-AT-AAGGATTATCTT-GACCTTAAATGTGACATCATAAATACAGTGTGt
gi|2 : taaaacagctattttcgattgattgattactAAATAG--AAATTAT-TATC--AACA---------TGAAA---ATACCGGGTATGACGATAAGAAACAGTGA-T-CATCCTCATAATCATTCAGAGT-TA-----AGATA------CAGCCAAAGA-GACGATCAAGTGTCTAACAGAACGAAACATCNNNNNNNNN-NNNN-N-----------NNN-----NN----------NN---NNNNNNCTAA------G-AGAGGGAAACATTCCA-GCCAAAGATACCATCAGGTGTTTAACAGATCTAGA--------GG-T-AAAC-TTCacagacgcagtgattacctttatcatggacattttccatctggtcatcaggttcttgttgttctggaaatagaaattattatcaacatgaaaataccgggtatgacgataagaaacagtgatcatcctcataatcattcagagttaagatacagccaaagagacgatcaagtgtctaacagaacgaaacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaagagagggaaacattccagccaaagataccatcaggtgtttaacagatctagaggtaaacttcaaaagcaaagatacgatcaggtgtctaaaaagtataattatccaagccaaagatacaagcaagtgtctatcagaagaataattatccaagccaaagatacgatcaggtgtctaaaaagtataattatccaagccaaagatacaagcaagtgtctaacaga
gi|2 : taaaacagctattttcgattgattgattacttgctttttattgcatcgaacaattgaaaataaggattatcttgaccttaaatgtgacatcataaatacagtgtgacagacgcagtgattacctttatcatggacattttccatctggtcatcaggttcttgttgttctggCAGAGTTA-AGATA---CAGCCAAAGA-GACGATCA---AG--TGTCTAACAGAACGA-AACATCNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNN---NN-NNCTAAGAGAG-------------G--GAAACATTCCAGCCAAAGATACCATCA-GGTGTTTAA-CAGATCTAGAGGTA-AAC-TTCAAAAGCAA-A--GAT-ACGATCAGGTGTCTAA--A-A----A-GTATAATTATC--CAAGCCAA--AG-ATACAAGCAAGTGTCTATCAGAAGAATA----ATTATCCAAGCCAAAGATACGA-TCAGGTGTCTA---A-AA-AGTAT---A--ATTAT-CCAAGCCAAA------GATACAA-GCAAGTGTCTAACAGAaaaagcaaagatacgatcaggtgtctaaaaagtataattatccaagccaaagatacaagcaagtgtctatcagaagaataattatccaagccaaagatacgatcaggtgtctaaaaagtataattatccaagccaaagatacaagcaagtgtctaacaga
gi|21 : taaaacagctattttcgattgattgattacttgctttttattgcatcgaacaattgaaaataaggattatcttgaccttaaatgtgacatcataaatacagtgtgacagacgcagtgattacctttatcatggacattttccatctggtcatcaggttcttgttgttctggaaatagaaattattatcaacatgaaaataccgggtatgacgataagaaacagtgatcatcctcataatcattAA-CAGA------AGTA-AAT-AATCCAGCCTA-A--GATGAC-ATCAAGTGTCTAGCAG-
gi|3 : GATCA-GGTGTCTAA-CAGA------GGAA-AAC-ATCTCAGCCAA-A--TAT-ACAATAAGGTGTCTAACAA-ATCAAG-AAGTAAATATC--CCAGGCAA--AG-ATACGATCAGGTATCTAACTGATCTATAGGGAAACACCCCAGCCAAAGATACGA-TCAGGTGTCTAA-CA-TA-CGTA----A--G-CAT-CCCAACC-AATGATACAATACAA-TCAGGTGTGCAAAAGAAATA----AACA--TCCCAGCCAAAGAAAAGAACAGGTGCAT-AACAGAGG-A--TAACA
gi|3 : GATCAGGTGTCT-AACAGAGG-A--AAACATCTCA---GCCAAATATA---CAATAAGGTGTC-TAACAAATCAAGAA-GTAA---ATATC--CCAGGC---AAAGATACGATCA-GGTATC----TAA-----CTGATC-TATAGGGAAACAC---CCCAGCCAAAGA-TACGATCAGGTGTCTAACATACGTAAGCATCCCAACCAAT-GATA-C-----------AATACAATCA----------GG---TGT---GCAA------A-AGAAATAAACATCCCA-GCCAAAGAAAAGAACAGGTGCATAAC------AGA--------GGAT-AA------------------------CAGCTGC-TCTT-TT--ATTGA-ATAATT-TAATAT-AAGGATTACCTT-GACCATGAATGTAACACCGTAAATAAAGTGTGgctgctcttttattgaataatttaatataaggattaccttgaccatgaatgtaacaccgtaaataaagtgtgaatgacgcagtgattaccttcataaggaaaattttccttctggttatcaggttcttgtggttctggaaatagaaattattatcaacatcaaaataagacgacatgatccttcagaattaagatacagccaaagagacgatcaggtgtctaatagagggaaacatcccagacaaagatacgatcaggt
gi|3 : C----ATCAAA-ATAAGACGA-CAT-GATC-CTTCA------GAAT-TAA---G-AT--AC--AGCCAAAGAGA--CGATCA-GGTGTC----TAA-----TAGAGG--G-----AAACA-T--CCCAGACAAAGA-TACGATCAGGTaatgacgcagtgattaccttcataaggaaaattttccttctggttatcaggttcttgtggttctggaaatagaaattattatcaacatcaaaataagacgacatgatccttcagaattaagatacagccaaagagacgatcaggtgtctaatagagggaaacatcccagacaaagatacgatcaggt
gi|3 : gatcaggtgtctaacagaggaaaacatctcagccaaatatacaataaggtgtctaacaaatcaagaagtaaatatcccaggcaaagatacgatcaggtatctaactgatctatagggaaacaccccagccaaagatacgatcaggtgtctaacatacgtaagcatcccaaccaatgatacaatacaatcaggtgtgcaaaagaaataaacatcccagccaaagaaaagaacaggtgcataacagaggataacagctgctcttttattgaataatttaatataaggattaccttgaccatgaatgtaacaccgtaaataaagtgtgaatgacgcagtgattaccttcataaggaaaattttccttctggttatcaggttcttgtggttctggaaatagaaattattatcaa-----CAGAAT-TA-----AGATA------CAGCCAAAGA-GACGATCAGGTGTCTAATAGAGGGAAACATCCCAGACAAA-GATA-C-----------GAT-----CA----------GG---T
gi|4 : gatcaggtgtctaacagaggaaaacatctcagccaaatatacaataaggtgtctaacaaatcaagaagtaaatatcccaggcaaagatacgatcaggtatctaactgatctatagggaaacaccccagccaaagatacgatcaggtgtctaacatacgtaagcatcccaaccaatgatacaatacaatcaggtgtgcaaaagaaataaacatcccagccaaagaaaagaacaggtgcataacagaggataacagctgctcttttattgaataatttaatataaggattaccttgaccatgaatgtaacaccgtaaataaagtgtgaatgacgcagtgattaccttcataaggaaaattttccttctggttatcaggttcttgtggttctggaaatagaaattattatcaacatcaaaataagacgacatgatccttAAAGATATGGTCAAG-TGTC----TAA-----CAGAAG-TA-----AA-TAT---CCTAGTCAAAGA-TATTATTAGGTGTCTAACAGAGAAAAACATTCCAGCCAAA-GATA-C-----------GAT-----CA----------GG---AGT---CTAA------C-GAAGGTAAATATCCCA-GCCAAAGTTATGATCAGGTGTCTAAC------AGA--------AG-TAAAACATCTGCTGT-TGATTGGTTAT-CAGCTGCTTTTT-TT--ATTGA-ACAATTA-AATAT-AAGGAATATCTT-GGCCATAAATGCGAAATCATAAATACAGTGTG
gi|5 : agtcAAAAACAG--CGATCAT-CCTCATAATCCTTTC-GAATTCAAGATACATCGA----------AAGATACGATCA-GATGTC----TAA-----CAGAGG-TA-----AA----TAGCCCAGCCAAAGA-TACAATCAGGTGTCTAAC--AGGTAAACATCCATGCCAAA-GATacagacgcagtgattaccttcattagggacatgttcctttttatcatcaggttcttgtggct
gi|5 : ttttatttaacaattgaatataagtattatcttaaccacaaatgtgacatcatgaataaagtgtgacagacgcagtgattaccttcatcatggacattttcctttttatcatcaggttcatgtgattctggaaatagaaattattatcaacatgaaaatatgacgataaAAAGA-TACGATCAGATGTCTAACAGAGGTAAATAGCCCAGCCAAA-GATA-C-----------AAT-----CA----------GG---TGT---CTAA------C---AGGTAAACATCCAT-GCCAAAGAT
gi|7 : ttttatttaacaattgaatataagtattatcttaaccacaaatgtgacatcatgaataaagtgtgacagacgcagtgattaccttcatcatggacattttcctttttatcatcaggttcatgtgattctggaaatagaaattattatcaacatgaaaatatgacgataaaaaaacagcgatcatcctcataatcctttcgaattcaagatacatcgGCGAAAGGTAC-GATCAGG---TG-T-CTAACAAAG-------------A--TAAATATC
gi|7 : aGAGGTAAACACCCCAACCAAA-AATA-C-----------GAT-----GA----------AG---TGT---CTTA------C-AGAGGTATATATCCCA-GCCAAAAATGCAATCAGGTGTCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgaggtaaacaccccaaccaaaaatacgatgaagtgtcttacagaggtatatatcccagccaaaaatgcaatcaggtgtct
gi|8 : agcgaaaggtacgatcaggtgtctaacaaagataaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntGATAACATCCAGGAATCTTAACAGATGATA-AAACTCAATCCTTCTCCATA-ATAC-GACCTTTTGT---------GT--TGCTAACATGTAAAC-TCCCAGCCAAAGA-TACGACCAAGTGA--T--CTAAC--AGGTA-AACATCCC-ACGC-CAAGATAC-GATC-AG---TGCT-CTAACAGG------------------AAACATACCGTCCAAAGTAAAGATAA-G-GATCTAACCAGA------GATA-AACGATCCCTTCCAATACTGGT-ATAATCA
gi|9 : GTAA---ATATC--CCAG-CCAAA--GATACAATTA-GGTGTT----TCA-----CAAAGG-TA-----AA-------------CA-----TATGATCAGGTGTCTAACAG--GTAAACATCCCATCCAAA-GATA-CACTCGNCATATGAT-----CA----------GG---TGT---CTAA------C-AG--GTAAACATCACA-TCCAAAGATACAATCAGGTGTCTATC------AGA--------GG-TAAAACATCAGCTGT-TGATTGGTTAC-CAGCTGC-TTTT-TT--ATTGA-ACAATTGAAA-AT-AAGGATTATCTT-GACCATAcgattcaatgtgtcctaaaaagaacatgcatccag
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGGACTTTTTCTTTTTTATTGTCAGGTTCATGTGGTTCTGTAAATAGAAAATATTATCAACATGAAATTATGACGACAAAAAACAGTGATCATCCTCATAATC
Unaligned ( gi|15 ): ATTTGTTACCTGCGGCTTTCTTATTTAACAATTGAATATCTCGTCAATTTAGTGTGACATATGCAGTTATTACCTTCATCAGGGAAATTTTCCTTTTTATCGTCAGGTTCTTGTGG
Unaligned ( gi|17 ): ATCAGGGATATTTTCCTTTTTATCATCAGCTTCTTGTGGTTCTAAAAATAAAAATTATTATCAACATGAAGATATAAAGATAACAAACAGTGATATACTCATATTC
Unaligned ( gi|19 ): ATTATTATCAACATGAAAATATGACGATATAAAACGGTGATCATCCTCAAAATCCTTCGAAGTCAAGATACA
Unaligned ( gi|20 ): AATATAAGGATTATTTTGACCATAAATATGACTTCATCAATACAGTGTGACAGACGCAGTGATT
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 222 22 66666666666666 11 111111 1 2222222222 1 1 22222222 444444444444444444 111111 11 2222222222222222 11 11 1 1 6666666666666666666666 2 2 22 1 222 11 111 5555555555555555555555555555555555555555555 1111 111111 11111 2222222222 22222222222 11111 22222222 22222222 1111
lowQualScore : 22 1 5 5 5 333 6 00 00000000000000 0 0 44 444444 0 8888888888 3 0 0 8 8 99 0 4 44444444 2 444444444444444444 55 1 0 99 666666 5 5 5 33 5 5 1 9999999999999999 5 5 6 0 11 11 6 1 7 7 6 3 6 3 6 9999999999999999999999 0 2 0 33 22 1 1 1 3 555 7 7 33 7 444 0 6 7777777777777777777777777777777777777777777 0 0 5 5 0000 222222 4 11111 7777777777 4 33333333333 22222 5 11111111 5 6 6 44444444 6 6 1 6 22 1 6 2222 1 3 1
lowQualScore : .. . . . . ... . .. .............. . . .. ...... . .......... . . . . . .. . . ........ . .................. .. . . .. ...... . . . .. . . . ................ . . . . .. .. . . . . . . . . . ...................... . . . .. .. . . . . ... . . .. . ... . . ........................................... . . . . .... ...... . ..... .......... . ........... ..... . ........ . . . ........ . . . . .. . . .... . . .
lowQualScore : 00 0 5 5 5 333 7 00 33333333333333 2 2 00 222222 0 0000000000 2 2 0 0 6 55 7 8 00000000 5 999999999999999999 22 4 8 22 444444 7 7 7 66 7 7 7 0000000000000000 7 7 7 8 00 00 0 4 3 3 7 7 7 3 7 5555555555555555555555 0 5 0 00 00 0 0 0 3 777 3 3 88 5 777 8 7 3333333333333333333333333333333333333333333 2 2 0 9 6666 888888 4 11111 1111111111 4 88888888888 55555 0 77777777 7 7 7 22222222 7 4 0 7 11 7 7 1111 0 3 5
consensus : AGAGGTAAAAACATTTCACGCCTAACGATANNATCCANGGATCTTAACAGATGGTATAAAC---ATCCCCAGCCATAGATAC-GACCATTTGC---------GTC-TACAGAGGTATAAACATCCCAGCCAAAGA-TACGATCA---GG--T--CTAACAGAGGTA-AACATCCCAACGCGAAAGATAC-GATCAAG---TG-T-CTAACAGAG-------------A--TAAACATCCCGNCCAAAGATACGATCAGGTGTCTAA-CAGA------GGTA-AAC-ATCCCAGCCAA-A--GAT-A-CGATCA----------AG---TGTCTAAC-AG-AG-GTATAAATATC--CCAGCCAA--AG-ATACGATCAGGTGTCTAACAGAGGTATAAACATCCNAGCCAAAGATACGA-TCAGGTGTCTAAACACAANGGTACTCTATCAATCATGCCNAGCCAAAGACACAACNCAGGTGTCTAACAGAAGTAGTTAAACAGTTCGAAGCCAAACATACGATCAGGTGTCT-AACAGAGG--TAAAACATCCCAG--TCAAANATAG--CGATCAT-TATC-TAA------CA------GAATGTAA---ATATCGACCAGGCCAAAAAGATA-CGATCAGGTGTC----TAA------CAGAGG-TA-----AA-ACA--CCC-AGCCAAAGA-TACGATCAGGTGTCTAACAGAGGTAAACATCCCAGCCAAAGATAC-----------GAT-----CAGG-TGTCTAA------CAGAGGTAAACATCCCA-GCCAAAGATACGATCAGGTGTCTAACAGAGG-T-A--------AA-CATCCGCTGT-TGATTGGTTACCAGCTGC-TTTTT----TATTGAACAATTGAATATAAGGATTATCTTGACCATAAATGTGACATCATAAATACAGTGTG
Reference ( family-1625 ) : AGAGGTAAAAACATTTCACGCCTAACGATANNATCCANGGATCTTAACAGATGGTATAAAC---ATCCCCAGCCATAGATAC-GACCATTTGC---------GTC-TACAGAGGTATAAACATCCCAGCCAAAGA-TACGATCA---GG--T--CTAACAGAGGTA-AACATCCCAACGCGAAAGATAC-GATCAAG---TG-T-CTAACAGAG-------------A--TAAACATCCCGNCCAAAGATACGATCAGGTGTCTAA-CAGA------GGTA-AAC-ATCCCAGCCAA-A--GAT-A-CGATCA----------GG---TGTCTAAC-AG-AG-GTATAAATATC--CCAGCCAA--AG-ATACGATCAGGTGTCTAACAGAGGTATAAACATCCCAGCCAAAGATACGA-TCAGGTGTCTAA---CAAANGTAC------AA-CAT-CCCAGCC-AAGATACAA-TCAGGTGTCTAACAGAAGTAGTTAAACAGTTCNNAGCCAAANANANGATCAGGTGTCT-AACAGAGG--TAAAACATCCCAG--TCAAANATAG--CGATCAT-TATC-TAA------CA------GAATGTAA---ATATCGACCAGGCCAAAAAGATA-CGATCAGGTGTC----TAA------CAGAGG-TA-----AA-ACA--CCC-AGCCAAAGA-TACGATCAGGTGTCTAACAGAGGTAAACATCCCAGCCAAAGATAC-----------GAT-----CAGG-TGTCTAA------CAGAGGTAAACATCCCA-GCCAAAGATACGATCAGGTGTCTAACAGAGG-T-A--------AA-CATCCGCTGT-TGATTGGTTACCAGCTGC-TTTTT----TATTGAACAATTGAATATAAGGANTATCTTGACCATAAATGCGACATCATAAATACAGTGTG
gi|1 : AGAGGTAAAAACATTTCACGCCTAACGATACAATTTACGGATCT-AACAGA-GGTATAAAC---ATTCCCAGCCATAGATA--GATCATTTGT---------ATC-TACAGAGGTATAAAAATCAAAGCCAAAGA-TACGGTCA---GA--T--CTAACAGAGGTATAACATTCGAATGCAAGAGATAC-ACTCAAGGATTACT-CTAACAGAGTGCTAGAGCCGGCACTTAAACATCCCAGCCAAAGATACAATTAG-TATCTAA-CAGA------GGTATAAA-ATCCCCGTCAA-A--AAT-A-CGATC------------G---TATCTAAC-AGCAGCGTATAAACATCGCCCAGCCAACTAGCATACGATCAG-TGTCTAACAGAGGTATAAAC-TCCCAGCCATAGATACGA-TCAG-TATCTAAACACAATGGTACTCTATCAA-CATGCCCAGCT-AAGACACAACTCAGATATCTAACAGAAGTAGTTAAACAGTTCGAAGCCAAACATACGATCAGGTATCTGAACAGACGTATAAAACATGCC-G--TCAAAGATAA--CGATCAT-TATC-TAA------CC------GAGTATAA---ATATCGACTA-GCCAAAAAGATA-CAATCA-GTGTC----TAA------CAGAGGCTA-----AA-ACATTCCC-AGCCAAAGAGTACGATCA-GTGT-TAACAGAGGTAAACATCCGAGCCAAAGATAC-----------GAT-----CAGGTTATCTAA------C-GAGGTAAGCATCGAATGCAAAATATACGATCAGG-GTCTTA-AAAGG-T-A--------AA-CATTCTCAGTCCGAT--GTTACAAGGTG
gi|10 : TCT-AACAGAGG--TAAA-CATCCCAGGNNNNNNNNNNN--NNNNNNN-NNNN-NNN------NN------NNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN----NNN------NNNNGG-TA-----AA--CAT-CCC-AGCCAAAGA-TACAATCAGGAGTCTAACAGAGGTAAACATTCCAGCTAAAGATAC-----------GAT-----CAAG-TGTCTAATTGATCTAGAGGTAAGCATCCCA-GCCAAGGATGCGATCggagacaacaatatcaagaaatgaatgcacccattgcaaaatacaaccacagtgtg
gi|11 : AAAGATA------AGG---AG-T-CTAACAGAG-------------A--TAAACGTCCCTCCAAAAGATACGATCAAGTGTCTAA--AAA------GACA-T-C-ATCCAAGCCAT-A--GAT-A-CGATCG----------AG---TGTCTAAC-AG-AG-ATATAAATTTC--CCAGTCAC--AG-ATATCATTAGGTGTCTAACA
gi|12 : gatATTAGGTGTCTAACAGAAT-T-ACAGAGGCTAA-CATCTGCTGT-TGATTGGTTACCAGCTGC-ATTTT----TATTGAACAATTGAATATAAGGAATATCTTGACCACAAATGTGACCTCATCAATACAATGTG
gi|13 : tc---ATCCCCAGCCAAAGATACCGACCATCTGCCTAGAGTACGTCCTAAACAGGC-CAAACATCC-AGCCAAAGACTATAATCA---GGAGT--CTAACAGAAATA-AACGTCCC-TCACAAACGATATGGATCCAG---TG---CTAA-AGAA-------------A--acagacgcagtgattacc
gi|14 : agtAAAGATATGATTAGGTGTCTAA-AAGA------GGTA-TAC-ATCCCAGCCAA-AT-GGT-ATCAATCACTTAGCGTGTGGTACTGTCTAACGAG-AG-
gi|15 : ATTTGTTACCTGCGGC-TTTCT----TATTTAACAATTGAATATtgttgaaaaagcacacatcttggttgttgtgaattgttt
gi|16 : CTAAC-AG-AG-GTATAAACATC--GAAACCAA--AGAATACGATCAGGTATTCAACAGAGGT-TAAACAT-TTAGCCAAA-ATACGATTCAGGctcgtcaatttagtgtgacatatgcagttattaccttcatcagggaaattttcctttttatcgtcaggttcttgtgg
gi|18 : cgaagagattacaagagtgcgatataACATCCCAGCCAAAGATAC-----------AAT-----CCGG-TGTTCAA------TAGAAGAAAACACCCCA-GCGAAAGGTACGATCAGGTGTCTAACAAAGA-T-A--------AA-
gi|2 : tT-TGATTGATTACT---TGC-TTTTTATTGCATCGAACAATTGAAAATAAGGATTATCTTGACCTTAAATGTGACATCATAAATACAGTGTGt
gi|2 : taaaacagctattttcgaCAGAGTTA-AGATA---CAGCCAAAGA-GACGATCA---AG--TGTCTAACAGAACGA-AACATCNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNN---NN-NNCTAAGAGAG-------------G--GAAACATTCCAGCCAAAGATACCATCAGGTGTTTAA-CAGATCTAGAGGTA-AAC-TTCAAAAGCAA-A--GAT-A-CGATCA----------GG---TGTCTAA---A-AA-GTATAATTATC--CAAGCCAA--AG-ATACAAGCAAGTGTCTATCAGAAGAATAATTATCCAAGCCAAAGATACGA-TCAGGTGTCTA-----AAAAGTAT------AATTAT-CCAAGCCAAAGATACAA-GCAAGTGTCTAACAGAacagacgcagtgattacctttatcatggacattttccatctggtcatcaggttcttgttgttctggaaatagaaattattatcaacatgaaaataccgggtatgacgataagaaacagtgatcatcctcataatcattcagagttaagatacagccaaagagacgatcaagtgtctaacagaacgaaacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaagagagggaaacattccagccaaagataccatcaggtgtttaacagatctagaggtaaacttcaaaagcaaagatacgatcaggtgtctaaaaagtataattatccaagccaaagatacaagcaagtgtctatcagaagaataattatccaagccaaagatacgatcaggtgtctaaaaagtataattatccaagccaaagatacaagcaagtgtctaacaga
gi|20 : taaaacagctattttcgattgattgattacttgctttttattgcatcgaacaattgaaaataaggattatcttgaccttaaatgtgacatcataaatacagtgtgacagacgcagtgattacctttatcatggacattttccatctggtcatcaggttcttgttgttctggaaatagaaattattatcaacatgaaaataccgggtatgacgataagaaacagtgatcatcctcataatcattAATATAAGGATTATTTTGACCATAAATATGACTTCATCAATACAGTGTG
gi|21 : AA-CAGA------AGTA-AAT-AATCCAGCCTA-A--GATGA-C-ATCA----------AG---TGTCTAGC-AG-acagacgcagtgatt
gi|3 : GATCAGGTGTCT-AACAGAGG---AAAACATCTCAG--CCAAATATA---CAATAAGGTGTC-TAA------CAAATCAAGAA-GTAA---ATATC--CCAGGC---AAAGATA-CGATCAGGTATC----TAA------CTGATC-TATAGGGAA-ACA--CCCCAGCCAAAGA-TACGATCAGGTGTCTAACATACGTAAGCATCCCAACCAATGATAC-----------AATACAATCAGG-TGTGCAA------AAGAAATAAACATCCCA-GCCAAAGAAAAGAACAGGTGCATAACAGAGGAT-A--------A------------------------CAGCTGC-TCTTT----TATTGAATAATTTAATATAAGGATTACCTTGACCATGAATGTAACACCGTAAATAAAGTGTG
gi|3 : --TCAAA-ATAAGACGA-CAT-GATC-CTT------CA------GAAT-TAAG--ATA-----CAG-CCAAAGAGA---CGATCAGGTGTC----TAA------TAGAGG--G-----AA-ACAT-CCC-AGACAAAGA-TACGATCAGGTaatgacgcagtgattaccttcataaggaaaattttccttctggttatcaggttcttgtggttctggaaatagaaattattatcaacatcaaaataagacgacatgatccttcagaattaagatacagccaaagagacgatcaggtgtctaatagagggaaacatcccagacaaagatacgatcaggt
gi|3 : gatcaggtgtctaacagaggaaaacatctcagccaaatatacaataaggtgtctaacaaatcaagaagtaaatatcccaggcaaagatacgatcaggtatctaactgatctatagggaaacaccccagccaaagatacgatcaggtgtctaacatacgtaagcatcccaaccaatgatacaatacaatcaggtgtgcaaaagaaataaacatcccagccaaagaaaagaacaggtgcataacagaggataacagctgctcttttattgaataatttaatataaggattaccttgaccatgaatgtaacaccgtaaataaagtgtgaatgacgcagtgattaccttcataaggaaaattttccttctggttatcaggttcttgtggttctggaaatagaaattattatcaaca------CAGAAT-TA-----AG-ATA--C---AGCCAAAGA-GACGATCAGGTGTCTAATAGAGGGAAACATCCCAGACAAAGATAC-----------GAT-----CAGG-T
gi|4 : gatcaggtgtctaacagaggaaaacatctcagccaaatatacaataaggtgtctaacaaatcaagaagtaaatatcccaggcaaagatacgatcaggtatctaactgatctatagggaaacaccccagccaaagatacgatcaggtgtctaacatacgtaagcatcccaaccaatgatacaatacaatcaggtgtgcaaaagaaataaacatcccagccaaagaaaagaacaggtgcataacagaggataacagctgctcttttattgaataatttaatataaggattaccttgaccatgaatgtaacaccgtaaataaagtgtgaatgacgcagtgattaccttcataaggaaaattttccttctggttatcaggttcttgtggttctggaaatagaaattattatcaacatcaaaataagacgacatgatccttAAAGATA-TGGTCAAGTGTC----TAA------CAGAAG-TA-----AATAT---CCT-AGTCAAAGA-TATTATTAGGTGTCTAACAGAGAAAAACATTCCAGCCAAAGATAC-----------GAT-----CAGG-AGTCTAA------CGAAGGTAAATATCCCA-GCCAAAGTTATGATCAGGTGTCTAACAGAAG-TAA--------AA-CATCTGCTGT-TGATTGGTTATCAGCTGCTTTTTT----TATTGAACAATTAAATATAAGGAATATCTTGGCCATAAATGCGAAATCATAAATACAGTGTG
gi|5 : agtcTTT----TATTTAACAATTGAATATAAGTATTATCTTAACCACAAATGTGACATCATGAATAAAGTGTGacagacgcagtgattaccttcattagggacatgttcctttttatcatcaggttcttgtggct
gi|5 : AAATAG--AAATTAT-TATC--AA------CA---------TGAAA---ATAT-GAC---GATAAAAAAACAGCGATCA----TCCTCATAATCCTTTCGAATT-CA-----AG-ATA--C---ATCGAAAGA-TACGATCAGATGTCTAACAGAGGTAAATAGCCCAGCCAAAGATAC-----------AAT-----CAGG-TGTCTAA------C--AGGTAAACATCCAT-GCCAAAGATacagacgcagtgattaccttcatcatggacattttcctttttatcatcaggttcatgtgattctggaaatagaaattattatcaacatgaaaatatgacgataaaaaaacagcgatcatcctcataatcctttcgaattcaagatacatcgaaagatacgatcagatgtctaacagaggtaaatagcccagccaaagatacaatcaggtgtctaacaggtaaacatccatgccaaagat
gi|5 : ttttatttaacaattgaatataagtattatcttaaccacaaatgtgacatcatgaataaagtgtgacagacgcagtgattaccttcatcatggacattttcctttttatcatcaggttcatgtgattctggAAAAACAG--CGATCAT-CCTCATAATCCTTTC-------GAATTCAAGATACATCGA----------AAGATA-CGATCAGATGTC----TAA------CAGAGG-TA-----AA-TAG--CCC-AGCCAAAGA-TACAATCAGGTGTCTAAC--AGGTAAACATCCATGCCAAAGAT
gi|7 : ttttatttaacaattgaatataagtattatcttaaccacaaatgtgacatcatgaataaagtgtgacagacgcagtgattaccttcatcatggacattttcctttttatcatcaggttcatgtgattctggaaatagaaattattatcaacatgaaaatatgacgataaGCGAAAGGTAC-GATCAGG---TG-T-CTAACAAAG-------------A--TAAATATC
gi|7 : aGA------GGTA-AAC-ACCCCAACCAA-A--AAT-A-CGATGA----------AG---TGTCTTAC-AG-AG-GTAT--ATATC--CCAGCCAA--AA-ATGCAATCAGGTGTCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgaggtaaacaccccaaccaaaaatacgatgaagtgtcttacagaggtatatatcccagccaaaaatgcaatcaggtgtct
gi|8 : agcgaaaggtacgatcaggtgtctaacaaagataaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntGATAACATCCAGGAATCTTAACAGATGATA-AAACTCAATCCTTCTCCATA-ATAC-GACCTTTTGT---------GT--TGCTAACATGTAAAC-TCCCAGCCAAAGA-TACGACCAAGTGA--T--CTAAC--AGGTA-AACATCCC-ACGC-CAAGATAC-GATC-AG---TGCT-CTAACAGG------------------AAACATACCGTCCAAAGTAAAGATAAGG-ATCTAACCAGA------GATA-AACGATCCCTTCCAATACTGGT-A-TAATCA----------
gi|9 : GTAA---ATATC--CCAG-CCAAA--GATA-CAATTAGGTGTT----TCA------CAAAGG-TA-----AA-------------CA-----TATGATCAGGTGTCTAACAG--GTAAACATCCCATCCAAAGATACACTCGNCATATGAT-----CAGG-TGTCTAA------CAG--GTAAACATCACA-TCCAAAGATACAATCAGGTGTCTATCAGAGG-T-A--------AAACATCAGCTGT-TGATTGGTTACCAGCTGC-TTTTT----TATTGAACAATTGAAAATAAGGATTATCTTGACCATAcgattcaatgtgtcctaaaaagaacatgcatccag
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGGACTTTTTCTTTTTTATTGTCAGGTTCATGTGGTTCTGTAAATAGAAAATATTATCAACATGAAATTATGACGACAAAAAACAGTGATCATCCTCATAATC
Unaligned ( gi|17 ): ATCAGGGATATTTTCCTTTTTATCATCAGCTTCTTGTGGTTCTAAAAATAAAAATTATTATCAACATGAAGATATAAAGATAACAAACAGTGATATACTCATATTC
Unaligned ( gi|19 ): ATTATTATCAACATGAAAATATGACGATATAAAACGGTGATCATCCTCAAAATCCTTCGAAGTCAAGATACA
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 222 22 66666666666666 11 111111 1 2222222222 1 1 22222222 444444444444444444 111111 11 11 1 1 2222 222222 1 1 1 1 11 1 222 11 111 5555555555555555555555555555555555555555555 1111 111111 11111 2222222222 22222222222 11111 1111111111 111 222222222 22222222 1111
lowQualScore : 22 1 5 5 5 333 6 00 00000000000000 0 0 44 444444 0 8888888888 3 0 0 8 8 99 0 4 44444444 2 444444444444444444 55 0 0 55 8 999999 6 6 6 99 6 1 1 6 8 0 11 11 6 1 7 7 6 1 6 3 6 3333 1 999999 5 5 5 1 5 66 3 555 7 7 33 7 444 0 6 7777777777777777777777777777777777777777777 0 0 5 5 0000 222222 4 11111 7777777777 4 4 4 11111111111 11111 9999999999 222 111111111 5 6 6 44444444 6 6 1 6 22 1 6 2222 1
lowQualScore : .. . . . . ... . .. .............. . . .. ...... . .......... . . . . . .. . . ........ . .................. .. . . .. . ...... . . . .. . . . . . . .. .. . . . . . . . . . .... . ...... . . . . . .. . ... . . .. . ... . . ........................................... . . . . .... ...... . ..... .......... . . . ........... ..... .......... ... ......... . . . ........ . . . . .. . . .... .
lowQualScore : 00 0 5 5 5 333 7 00 33333333333333 2 2 00 222222 0 0000000000 2 2 0 0 6 55 7 8 00000000 5 999999999999999999 22 2 2 88 0 222222 7 7 7 22 7 0 7 7 0 8 00 00 0 4 3 3 7 0 7 3 7 5555 0 000000 0 5 0 0 5 00 3 777 3 3 88 5 777 8 7 3333333333333333333333333333333333333333333 2 2 0 9 6666 888888 4 11111 1111111111 0 0 4 11111111111 11111 4444444444 222 666666666 7 7 7 22222222 7 4 0 7 11 7 7 1111 5
consensus : AGAGGTAAAAACATTTCACGCCTAACGATANNATCCANGGATCTTAACAGATGGTATAAAC---ATCCCCAGCCATAGATAC-GACCATTTGC---------GTC-TACAGAGGTATAAACATCCCAGCCAAAGA-TACGATCA---GG--T--CTAACAGAGGTA-AACATCCCAACGCGAAAGATAC-GATCAAG---TG-T-CTAACAGAG-------------A--TAAACATCCCGNCCAAAGATACGATCAGGTGTCTAA-CAGA------GGTA-AAC-ATCCCAGCCAA-A--GAT-ACGATCAAGTGTCTAACAG-AG-GTATAAATATC--CCAGCCAA--AG-ATACGATCAGGTGTCTAACAGAGGTATAAACATCCNAGCCAAAGATACGA-TCAGGTGTCTAAACACAANGGTACTCTATCAATCATGCCNAGCCAAAGACACAACNCAGGTGTCTAACAGAAGTAGTTAAACAGTTCGAAGCCAAACATACGATCAGGTGTCT-AACAGAGG--TAAAACATCCCAG--TCAAANATAG--CGATCAT-TATC-TAA------CA------GAATGTAA---ATATCGACCAGGCCAAAAAGATA-CGATCAGGTGTC----TAA------CAGAGG-TA-----AA-ACA--CCC-AGCCAAAGA-TACGATCAGGTGTCTAACAGAGGTAAACATCCCAGCCAAA-GATA-C-----------GAT-----CA----------GG---TGTCTAA------C-AGAGGTAAACATCCCA-GCCAAAGATACGATCAGGTGTCTAACAGAGG-T-A--------AA-CATCCGCTGT-TGATTGGTTACCAGCTGC-TTTTT----TATTGAACAATTGAATATAAGGATTATCTTGACCATAAATGTGACATCATAAATACAGTGTG
Reference ( family-1625 ) : AGAGGTAAAAACATTTCACGCCTAACGATANNATCCANGGATCTTAACAGATGGTATAAAC---ATCCCCAGCCATAGATAC-GACCATTTGC---------GTC-TACAGAGGTATAAACATCCCAGCCAAAGA-TACGATCA---GG--T--CTAACAGAGGTA-AACATCCCAACGCGAAAGATAC-GATCAAG---TG-T-CTAACAGAG-------------A--TAAACATCCCGNCCAAAGATACGATCAGGTGTCTAA-CAGA------GGTA-AAC-ATCCCAGCCAA-A--GAT-ACGATCAAGTGTCTAACAG-AG-GTATAAATATC--CCAGCCAA--AG-ATACGATCAGGTGTCTAACAGAGGTATAAACATCCNAGCCAAAGATACGA-TCAGGTGTCTAAACACAANGGTACTCTATCAATCATGCCNAGCCAAAGACACAACNCAGGTGTCTAACAGAAGTAGTTAAACAGTTCGAAGCCAAACATACGATCAGGTGTCT-AACAGAGG--TAAAACATCCCAG--TCAAANATAG--CGATCAT-TATC-TAA------CA------GAATGTAA---ATATCGACCAGGCCAAAAAGATA-CGATCAGGTGTC----TAA------CAGAGG-TA-----AA-ACA--CCC-AGCCAAAGA-TACGATCAGGTGTCTAACAGAGGTAAACATCCCAGCCAAA-GATA-C-----------GAT-----CA----------GG---TGTCTAA------C-AGAGGTAAACATCCCA-GCCAAAGATACGATCAGGTGTCTAACAGAGG-T-A--------AA-CATCCGCTGT-TGATTGGTTACCAGCTGC-TTTTT----TATTGAACAATTGAATATAAGGATTATCTTGACCATAAATGTGACATCATAAATACAGTGTG
gi|1 : AGAGGTAAAAACATTTCACGCCTAACGATACAATTTACGGATCT-AACAGA-GGTATAAAC---ATTCCCAGCCATAGATA--GATCATTTGT---------ATC-TACAGAGGTATAAAAATCAAAGCCAAAGA-TACGGTCA---GA--T--CTAACAGAGGTATAACATTCGAATGCAAGAGATAC-ACTCAAGGATTACT-CTAACAGAGTGCTAGAGCCGGCACTTAAACATCCCAGCCAAAGATACAATTAG-TATCTAA-CAGA------GGTATAAA-ATCCCCGTCAA-A--AAT-ACGATC--GTATCTAACAGCAGCGTATAAACATCGCCCAGCCAACTAGCATACGATCAG-TGTCTAACAGAGGTATAAAC-TCCCAGCCATAGATACGA-TCAG-TATCTAAACACAATGGTACTCTATCAA-CATGCCCAGCTAA-GACACAACTCAGATATCTAACAGAAGTAGTTAAACAGTTCGAAGCCAAACATACGATCAGGTATCTGAACAGACGTATAAAACATGCC-G--TCAAAGATAA--CGATCAT-TATC-TAA------CC------GAGTATAA---ATATCGACTA-GCCAAAAAGATA-CAATCA-GTGTC----TAA------CAGAGGCTA-----AA-ACATTCCC-AGCCAAAGAGTACGATCA-GTGT-TAACAGAGGTAAACATCCGAGCCAAA-GATA-C-----------GAT-----CA----------GGT--TATCTAA------C--GAGGTAAGCATCGAATGCAAAATATACGATCAGG-GTCTTA-AAAGG-T-A--------AA-CATTCTCAGTCCGAT--GTTACAAGGTG
gi|10 : TCT-AACAGAGG--TAAA-CATCCCAGGNNNNNNNNNNN--NNNNNNN-NNNN-NNN------NN------NNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN----NNN------NNNNGG-TA-----AA--CAT-CCC-AGCCAAAGA-TACAATCAGGAGTCTAACAGAGGTAAACATTCCAGCTAAA-GATA-C-----------GAT-----CA----------AG---TGTCTAATTGATCT-AGAGGTAAGCATCCCA-GCCAAGGATGCGATCggagacaacaatatcaagaaatgaatgcacccattgcaaaatacaaccacagtgtg
gi|11 : AAAGATA------AGG---AG-T-CTAACAGAG-------------A--TAAACGTCCCTCCAAAAGATACGATCAAGTGTCTAA--AAA------GACA-T-C-ATCCAAGCCAT-A--GAT-ACGATCGAGTGTCTAACAG-AG-ATATAAATTTC--CCAGTCAC--AG-ATATCATTAGGTGTCTAACA
gi|12 : gatATTAGGTGTCTAACAGAAT-T-ACAGAGGCTAA-CATCTGCTGT-TGATTGGTTACCAGCTGC-ATTTT----TATTGAACAATTGAATATAAGGAATATCTTGACCACAAATGTGACCTCATCAATACAATGTG
gi|13 : tc---ATCCCCAGCCAAAGATACCGACCATCTGCCTAGAGTACGTCCTAAACAGGC-CAAACATCC-AGCCAAAGACTATAATCA---GGAGT--CTAACAGAAATA-AACGTCCC-TCACAAACGATATGGATCCAG---TG---CTAA-AGAA-------------A--acagacgcagtgattacc
gi|14 : agtAAAGA-TATGATTAGGTGTCTAAAAGAGGTATACATCCCAGCCAAATGGTATC-----------AAT-----CACTTAGCGTGTGGTACTGTCTAA------CGAGAG
gi|15 : ATTTGTTACCTGCGGC-TTTCT----TATTTAACAATTGAATATtgttgaaaaagcacacatcttggttgttgtgaattgttt
gi|16 : CTAACAG-AG-GTATAAACATC--GAAACCAA--AGAATACGATCAGGTATTCAACAGAGGT-TAAACAT-TTAGCCAAA-ATACGATTCAGGctcgtcaatttagtgtgacatatgcagttattaccttcatcagggaaattttcctttttatcgtcaggttcttgtgg
gi|18 : cgaagagattacaagagtgcgatataACATCCCAGCCAAA-GATA-C-----------AAT-----CC----------GG---TGTTCAA------T-AGAAGAAAACACCCCA-GCGAAAGGTACGATCAGGTGTCTAACAAAGA-T-A--------AA-
gi|2 : tT-TGATTGATTACT---TGC-TTTTTATTGCATCGAACAATTGAAAATAAGGATTATCTTGACCTTAAATGTGACATCATAAATACAGTGTGt
gi|2 : taaaacagctattttcgaCAGAGTTA-AGATA---CAGCCAAAGA-GACGATCA---AG--TGTCTAACAGAACGA-AACATCNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNN---NN-NNCTAAGAGAG-------------G--GAAACATTCCAGCCAAAGATACCATCAGGTGTTTAA-CAGATCTAGAGGTA-AAC-TTCAAAAGCAA-A--GAT-ACGATCAGGTGTCTAA--A-AA-GTATAATTATC--CAAGCCAA--AG-ATACAAGCAAGTGTCTATCAGAAGAATAATTATCCAAGCCAAAGATACGA-TCAGGTGTCTAA----AAAG------TAT-AATTAT-CCAAGCCAAAGATACAA-GCAAGTGTCTAACAGAacagacgcagtgattacctttatcatggacattttccatctggtcatcaggttcttgttgttctggaaatagaaattattatcaacatgaaaataccgggtatgacgataagaaacagtgatcatcctcataatcattcagagttaagatacagccaaagagacgatcaagtgtctaacagaacgaaacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaagagagggaaacattccagccaaagataccatcaggtgtttaacagatctagaggtaaacttcaaaagcaaagatacgatcaggtgtctaaaaagtataattatccaagccaaagatacaagcaagtgtctatcagaagaataattatccaagccaaagatacgatcaggtgtctaaaaagtataattatccaagccaaagatacaagcaagtgtctaacaga
gi|20 : taaaacagctattttcgattgattgattacttgctttttattgcatcgaacaattgaaaataaggattatcttgaccttaaatgtgacatcataaatacagtgtgacagacgcagtgattacctttatcatggacattttccatctggtcatcaggttcttgttgttctggaaatagaaattattatcaacatgaaaataccgggtatgacgataagaaacagtgatcatcctcataatcattAATATAAGGATTATTTTGACCATAAATATGACTTCATCAATACAGTGTG
gi|21 : AA-CAGA------AGTA-AAT-AATCCAGCCTA-A--GATGAC-ATCAAGTGTCTAGCAG-acagacgcagtgatt
gi|3 : GATCAGGTGTCT-AACAGAGG---AAAACATCTCAG--CCAAATATA---CAATAAGGTGTC-TAA------CAAATCAAGAA-GTAA---ATATC--CCAGGC---AAAGATA-CGATCAGGTATC----TAA------CTGATC-TATAGGGAA-ACA--CCCCAGCCAAAGA-TACGATCAGGTGTCTAACATACGTAAGCATCCCAACCAAT-GATA-C-----------AATACAATCA----------GG---TGTGCAA------A-AGAAATAAACATCCCA-GCCAAAGAAAAGAACAGGTGCATAACAGAGGAT-A--------A------------------------CAGCTGC-TCTTT----TATTGAATAATTTAATATAAGGATTACCTTGACCATGAATGTAACACCGTAAATAAAGTGTG
gi|3 : --TCAAA-ATAAGACGA-CAT-GATC-CTT------CA------GAAT-TAAG--ATA-----CAG-CCAAAGAGA---CGATCAGGTGTC----TAA------TAGAGG--G-----AA-ACAT-CCC-AGACAAAGA-TACGATCAGGTaatgacgcagtgattaccttcataaggaaaattttccttctggttatcaggttcttgtggttctggaaatagaaattattatcaacatcaaaataagacgacatgatccttcagaattaagatacagccaaagagacgatcaggtgtctaatagagggaaacatcccagacaaagatacgatcaggt
gi|3 : gatcaggtgtctaacagaggaaaacatctcagccaaatatacaataaggtgtctaacaaatcaagaagtaaatatcccaggcaaagatacgatcaggtatctaactgatctatagggaaacaccccagccaaagatacgatcaggtgtctaacatacgtaagcatcccaaccaatgatacaatacaatcaggtgtgcaaaagaaataaacatcccagccaaagaaaagaacaggtgcataacagaggataacagctgctcttttattgaataatttaatataaggattaccttgaccatgaatgtaacaccgtaaataaagtgtgaatgacgcagtgattaccttcataaggaaaattttccttctggttatcaggttcttgtggttctggaaatagaaattattatcaaca------CAGAAT-TA-----AG-ATA--C---AGCCAAAGA-GACGATCAGGTGTCTAATAGAGGGAAACATCCCAGACAAA-GATA-C-----------GAT-----CA----------GG---T
gi|4 : gatcaggtgtctaacagaggaaaacatctcagccaaatatacaataaggtgtctaacaaatcaagaagtaaatatcccaggcaaagatacgatcaggtatctaactgatctatagggaaacaccccagccaaagatacgatcaggtgtctaacatacgtaagcatcccaaccaatgatacaatacaatcaggtgtgcaaaagaaataaacatcccagccaaagaaaagaacaggtgcataacagaggataacagctgctcttttattgaataatttaatataaggattaccttgaccatgaatgtaacaccgtaaataaagtgtgaatgacgcagtgattaccttcataaggaaaattttccttctggttatcaggttcttgtggttctggaaatagaaattattatcaacatcaaaataagacgacatgatccttAAAGATA-TGGTCAAGTGTC----TAA------CAGAAG-TA-----AATAT---CCT-AGTCAAAGA-TATTATTAGGTGTCTAACAGAGAAAAACATTCCAGCCAAA-GATA-C-----------GAT-----CA----------GG---AGTCTAA------C-GAAGGTAAATATCCCA-GCCAAAGTTATGATCAGGTGTCTAACAGAAG-TAA--------AA-CATCTGCTGT-TGATTGGTTATCAGCTGCTTTTTT----TATTGAACAATTAAATATAAGGAATATCTTGGCCATAAATGCGAAATCATAAATACAGTGTG
gi|5 : agtcTTT----TATTTAACAATTGAATATAAGTATTATCTTAACCACAAATGTGACATCATGAATAAAGTGTGacagacgcagtgattaccttcattagggacatgttcctttttatcatcaggttcttgtggct
gi|5 : AAATAG--AAATTAT-TATC--AA------CA---------TGAAA---ATAT-GAC---GATAAAAAAACAGCGATCA----TCCTCATAATCCTTTCGAATT-CA-----AG-ATA--C---ATCGAAAGA-TACGATCAGATGTCTAACAGAGGTAAATAGCCCAGCCAAA-GATA-C-----------AAT-----CA----------GG---TGTCTAA------C---AGGTAAACATCCAT-GCCAAAGATacagacgcagtgattaccttcatcatggacattttcctttttatcatcaggttcatgtgattctggaaatagaaattattatcaacatgaaaatatgacgataaaaaaacagcgatcatcctcataatcctttcgaattcaagatacatcgaaagatacgatcagatgtctaacagaggtaaatagcccagccaaagatacaatcaggtgtctaacaggtaaacatccatgccaaagat
gi|5 : ttttatttaacaattgaatataagtattatcttaaccacaaatgtgacatcatgaataaagtgtgacagacgcagtgattaccttcatcatggacattttcctttttatcatcaggttcatgtgattctggAAAAACAG--CGATCAT-CCTCATAATCCTTTC-------GAATTCAAGATACATCGA----------AAGATA-CGATCAGATGTC----TAA------CAGAGG-TA-----AA-TAG--CCC-AGCCAAAGA-TACAATCAGGTGTCTAAC--AGGTAAACATCCATGCCAAA-GAT
gi|7 : ttttatttaacaattgaatataagtattatcttaaccacaaatgtgacatcatgaataaagtgtgacagacgcagtgattaccttcatcatggacattttcctttttatcatcaggttcatgtgattctggaaatagaaattattatcaacatgaaaatatgacgataaGCGAAAGGTAC-GATCAGG---TG-T-CTAACAAAG-------------A--TAAATATC
gi|7 : aGA------GGTA-AAC-ACCCCAACCAA-A--AAT-ACGATGAAGTGTCTTACAG-AG-GTAT--ATATC--CCAGCCAA--AA-ATGCAATCAGGTGTCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgaggtaaacaccccaaccaaaaatacgatgaagtgtcttacagaggtatatatcccagccaaaaatgcaatcaggtgtct
gi|8 : agcgaaaggtacgatcaggtgtctaacaaagataaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntGATAACATCCAGGAATCTTAACAGATGATA-AAACTCAATCCTTCTCCATA-ATAC-GACCTTTTGT---------GT--TGCTAACATGTAAAC-TCCCAGCCAAAGA-TACGACCAAGTGA--T--CTAAC--AGGTA-AACATCCC-ACGC-CAAGATAC-GATC-AG---TGCT-CTAACAGG------------------AAACATACCGTCCAAAGTAAAGATAAGG-ATCTAACCAGA------GATA-AACGATCCCTTCCAATACTGGT-ATAATCA
gi|9 : GTAA---ATATC--CCAG-CCAAA--GATA-CAATTAGGTGTT----TCA------CAAAGG-TA-----AA-------------CA-----TATGATCAGGTGTCTAACAG--GTAAACATCCCATCCAAA-GATA-CACTCGNCATATGAT-----CA----------GG---TGTCTAA------C-AG--GTAAACATCACA-TCCAAAGATACAATCAGGTGTCTATCAGAGG-T-A--------AAACATCAGCTGT-TGATTGGTTACCAGCTGC-TTTTT----TATTGAACAATTGAAAATAAGGATTATCTTGACCATAcgattcaatgtgtcctaaaaagaacatgcatccag
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGGACTTTTTCTTTTTTATTGTCAGGTTCATGTGGTTCTGTAAATAGAAAATATTATCAACATGAAATTATGACGACAAAAAACAGTGATCATCCTCATAATC
Unaligned ( gi|17 ): ATCAGGGATATTTTCCTTTTTATCATCAGCTTCTTGTGGTTCTAAAAATAAAAATTATTATCAACATGAAGATATAAAGATAACAAACAGTGATATACTCATATTC
Unaligned ( gi|19 ): ATTATTATCAACATGAAAATATGACGATATAAAACGGTGATCATCCTCAAAATCCTTCGAAGTCAAGATACA
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 222 22 66666666666666 11 111111 1 2222222222 1 1 22222222 444444444444444444 111111 11 11 1 1 2222 222222 1 1 1 1 11 1 222 11 111 5555555555555555555555555555555555555555555 1111 111111 11111 2222222222 22222222222 11111 1111111111 111 222222222 22222222 1111
lowQualScore : 22 1 5 5 5 333 6 00 00000000000000 0 0 44 444444 0 8888888888 3 0 0 8 8 99 0 4 44444444 2 444444444444444444 55 0 0 55 8 999999 6 6 6 99 6 1 1 6 8 0 11 11 6 1 7 7 6 1 6 3 6 3333 1 999999 5 5 5 1 5 66 3 555 7 7 33 7 444 0 6 7777777777777777777777777777777777777777777 0 0 5 5 0000 222222 4 11111 7777777777 4 4 4 11111111111 11111 9999999999 222 111111111 5 6 6 44444444 6 6 1 6 22 1 6 2222 1
lowQualScore : .. . . . . ... . .. .............. . . .. ...... . .......... . . . . . .. . . ........ . .................. .. . . .. . ...... . . . .. . . . . . . .. .. . . . . . . . . . .... . ...... . . . . . .. . ... . . .. . ... . . ........................................... . . . . .... ...... . ..... .......... . . . ........... ..... .......... ... ......... . . . ........ . . . . .. . . .... .
lowQualScore : 00 0 5 5 5 333 7 00 33333333333333 2 2 00 222222 0 0000000000 2 2 0 0 6 55 7 8 00000000 5 999999999999999999 22 2 2 88 0 222222 7 7 7 22 7 0 7 7 0 8 00 00 0 4 3 3 7 0 7 3 7 5555 0 000000 0 5 0 0 5 00 3 777 3 3 88 5 777 8 7 3333333333333333333333333333333333333333333 2 2 0 9 6666 888888 4 11111 1111111111 0 0 4 11111111111 11111 4444444444 222 666666666 7 7 7 22222222 7 4 0 7 11 7 7 1111 5
consensus : AGAGGTAAAAACATTTCACGCCTAACGATANNATCCANGGATCTTAACAGATGGTATAAAC---ATCCCCAGCCATAGATAC-GACCATTTGC---------GTC-TACAGAGGTATAAACATCCCAGCCAAAGA-TACGATCA---GG--T--CTAACAGAGGTA-AACATCCCAACGCGAAAGATAC-GATCAAG---TG-T-CTAACAGAG-------------A--TAAACATCCCGNCCAAAGATACGATCAGGTGTCTAA-CAGA------GGTA-AAC-ATCCCAGCCAA-A--GAT-ACGATCAAGTGTCTAACAG-AG-GTATAAATATC--CCAGCCAA--AG-ATACGATCAGGTGTCTAACAGAGGTATAAACATCCNAGCCAAAGATACGA-TCAGGTGTCTAAACACAANGGTACTCTATCAATCATGCCNAGCCAAAGACACAACNCAGGTGTCTAACAGAAGTAGTTAAACAGTTCGAAGCCAAACATACGATCAGGTGTCT-AACAGAGG--TAAAACATCCCAG--TCAAANATAG--CGATCAT-TATC-TAA------CA------GAATGTAA---ATATCGACCAGGCCAAAAAGATA-CGATCAGGTGTC----TAA------CAGAGG-TA-----AA-ACA--CCC-AGCCAAAGA-TACGATCAGGTGTCTAACAGAGGTAAACATCCCAGCCAAA-GATA-C-----------GAT-----CA----------GG---TGTCTAA------C-AGAGGTAAACATCCCA-GCCAAAGATACGATCAGGTGTCTAACAGAGG-T-A--------AA-CATCCGCTGT-TGATTGGTTACCAGCTGC-TTTTT----TATTGAACAATTGAATATAAGGATTATCTTGACCATAAATGTGACATCATAAATACAGTGTG
Reference ( family-1625 ) : AGAGGTAAAAACATTTCACGCCTAACGATANNATCCANGGATCTTAACAGATGGTATAAAC---ATCCCCAGCCATAGATAC-GACCATTTGC---------GTC-TACAGAGGTATAAACATCCCAGCCAAAGA-TACGATCA---GG--T--CTAACAGAGGTA-AACATCCCAACGCGAAAGATAC-GATCAAG---TG-T-CTAACAGAG-------------A--TAAACATCCCGNCCAAAGATACGATCAGGTGTCTAA-CAGA------GGTA-AAC-ATCCCAGCCAA-A--GAT-ACGATCAAGTGTCTAACAG-AG-GTATAAATATC--CCAGCCAA--AG-ATACGATCAGGTGTCTAACAGAGGTATAAACATCCNAGCCAAAGATACGA-TCAGGTGTCTAAACACAANGGTACTCTATCAATCATGCCNAGCCAAAGACACAACNCAGGTGTCTAACAGAAGTAGTTAAACAGTTCGAAGCCAAACATACGATCAGGTGTCT-AACAGAGG--TAAAACATCCCAG--TCAAANATAG--CGATCAT-TATC-TAA------CA------GAATGTAA---ATATCGACCAGGCCAAAAAGATA-CGATCAGGTGTC----TAA------CAGAGG-TA-----AA-ACA--CCC-AGCCAAAGA-TACGATCAGGTGTCTAACAGAGGTAAACATCCCAGCCAAA-GATA-C-----------GAT-----CA----------GG---TGTCTAA------C-AGAGGTAAACATCCCA-GCCAAAGATACGATCAGGTGTCTAACAGAGG-T-A--------AA-CATCCGCTGT-TGATTGGTTACCAGCTGC-TTTTT----TATTGAACAATTGAATATAAGGATTATCTTGACCATAAATGTGACATCATAAATACAGTGTG
gi|1 : AGAGGTAAAAACATTTCACGCCTAACGATACAATTTACGGATCT-AACAGA-GGTATAAAC---ATTCCCAGCCATAGATA--GATCATTTGT---------ATC-TACAGAGGTATAAAAATCAAAGCCAAAGA-TACGGTCA---GA--T--CTAACAGAGGTATAACATTCGAATGCAAGAGATAC-ACTCAAGGATTACT-CTAACAGAGTGCTAGAGCCGGCACTTAAACATCCCAGCCAAAGATACAATTAG-TATCTAA-CAGA------GGTATAAA-ATCCCCGTCAA-A--AAT-ACGATC--GTATCTAACAGCAGCGTATAAACATCGCCCAGCCAACTAGCATACGATCAG-TGTCTAACAGAGGTATAAAC-TCCCAGCCATAGATACGA-TCAG-TATCTAAACACAATGGTACTCTATCAA-CATGCCCAGCTAA-GACACAACTCAGATATCTAACAGAAGTAGTTAAACAGTTCGAAGCCAAACATACGATCAGGTATCTGAACAGACGTATAAAACATGCC-G--TCAAAGATAA--CGATCAT-TATC-TAA------CC------GAGTATAA---ATATCGACTA-GCCAAAAAGATA-CAATCA-GTGTC----TAA------CAGAGGCTA-----AA-ACATTCCC-AGCCAAAGAGTACGATCA-GTGT-TAACAGAGGTAAACATCCGAGCCAAA-GATA-C-----------GAT-----CA----------GGT--TATCTAA------C--GAGGTAAGCATCGAATGCAAAATATACGATCAGG-GTCTTA-AAAGG-T-A--------AA-CATTCTCAGTCCGAT--GTTACAAGGTG
gi|10 : TCT-AACAGAGG--TAAA-CATCCCAGGNNNNNNNNNNN--NNNNNNN-NNNN-NNN------NN------NNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN----NNN------NNNNGG-TA-----AA--CAT-CCC-AGCCAAAGA-TACAATCAGGAGTCTAACAGAGGTAAACATTCCAGCTAAA-GATA-C-----------GAT-----CA----------AG---TGTCTAATTGATCT-AGAGGTAAGCATCCCA-GCCAAGGATGCGATCggagacaacaatatcaagaaatgaatgcacccattgcaaaatacaaccacagtgtg
gi|11 : AAAGATA------AGG---AG-T-CTAACAGAG-------------A--TAAACGTCCCTCCAAAAGATACGATCAAGTGTCTAA--AAA------GACA-T-C-ATCCAAGCCAT-A--GAT-ACGATCGAGTGTCTAACAG-AG-ATATAAATTTC--CCAGTCAC--AG-ATATCATTAGGTGTCTAACA
gi|12 : gatATTAGGTGTCTAACAGAAT-T-ACAGAGGCTAA-CATCTGCTGT-TGATTGGTTACCAGCTGC-ATTTT----TATTGAACAATTGAATATAAGGAATATCTTGACCACAAATGTGACCTCATCAATACAATGTG
gi|13 : tc---ATCCCCAGCCAAAGATACCGACCATCTGCCTAGAGTACGTCCTAAACAGGC-CAAACATCC-AGCCAAAGACTATAATCA---GGAGT--CTAACAGAAATA-AACGTCCC-TCACAAACGATATGGATCCAG---TG---CTAA-AGAA-------------A--acagacgcagtgattacc
gi|14 : agtAAAGA-TATGATTAGGTGTCTAAAAGAGGTATACATCCCAGCCAAATGGTATC-----------AAT-----CACTTAGCGTGTGGTACTGTCTAA------CGAGAG
gi|15 : ATTTGTTACCTGCGGC-TTTCT----TATTTAACAATTGAATATtgttgaaaaagcacacatcttggttgttgtgaattgttt
gi|16 : CTAACAG-AG-GTATAAACATC--GAAACCAA--AGAATACGATCAGGTATTCAACAGAGGT-TAAACAT-TTAGCCAAA-ATACGATTCAGGctcgtcaatttagtgtgacatatgcagttattaccttcatcagggaaattttcctttttatcgtcaggttcttgtgg
gi|18 : cgaagagattacaagagtgcgatataACATCCCAGCCAAA-GATA-C-----------AAT-----CC----------GG---TGTTCAA------T-AGAAGAAAACACCCCA-GCGAAAGGTACGATCAGGTGTCTAACAAAGA-T-A--------AA-
gi|2 : tT-TGATTGATTACT---TGC-TTTTTATTGCATCGAACAATTGAAAATAAGGATTATCTTGACCTTAAATGTGACATCATAAATACAGTGTGt
gi|2 : taaaacagctattttcgaCAGAGTTA-AGATA---CAGCCAAAGA-GACGATCA---AG--TGTCTAACAGAACGA-AACATCNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNN---NN-NNCTAAGAGAG-------------G--GAAACATTCCAGCCAAAGATACCATCAGGTGTTTAA-CAGATCTAGAGGTA-AAC-TTCAAAAGCAA-A--GAT-ACGATCAGGTGTCTAA--A-AA-GTATAATTATC--CAAGCCAA--AG-ATACAAGCAAGTGTCTATCAGAAGAATAATTATCCAAGCCAAAGATACGA-TCAGGTGTCTAA----AAAG------TAT-AATTAT-CCAAGCCAAAGATACAA-GCAAGTGTCTAACAGAacagacgcagtgattacctttatcatggacattttccatctggtcatcaggttcttgttgttctggaaatagaaattattatcaacatgaaaataccgggtatgacgataagaaacagtgatcatcctcataatcattcagagttaagatacagccaaagagacgatcaagtgtctaacagaacgaaacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaagagagggaaacattccagccaaagataccatcaggtgtttaacagatctagaggtaaacttcaaaagcaaagatacgatcaggtgtctaaaaagtataattatccaagccaaagatacaagcaagtgtctatcagaagaataattatccaagccaaagatacgatcaggtgtctaaaaagtataattatccaagccaaagatacaagcaagtgtctaacaga
gi|20 : taaaacagctattttcgattgattgattacttgctttttattgcatcgaacaattgaaaataaggattatcttgaccttaaatgtgacatcataaatacagtgtgacagacgcagtgattacctttatcatggacattttccatctggtcatcaggttcttgttgttctggaaatagaaattattatcaacatgaaaataccgggtatgacgataagaaacagtgatcatcctcataatcattAATATAAGGATTATTTTGACCATAAATATGACTTCATCAATACAGTGTG
gi|21 : AA-CAGA------AGTA-AAT-AATCCAGCCTA-A--GATGAC-ATCAAGTGTCTAGCAG-acagacgcagtgatt
gi|3 : GATCAGGTGTCT-AACAGAGG---AAAACATCTCAG--CCAAATATA---CAATAAGGTGTC-TAA------CAAATCAAGAA-GTAA---ATATC--CCAGGC---AAAGATA-CGATCAGGTATC----TAA------CTGATC-TATAGGGAA-ACA--CCCCAGCCAAAGA-TACGATCAGGTGTCTAACATACGTAAGCATCCCAACCAAT-GATA-C-----------AATACAATCA----------GG---TGTGCAA------A-AGAAATAAACATCCCA-GCCAAAGAAAAGAACAGGTGCATAACAGAGGAT-A--------A------------------------CAGCTGC-TCTTT----TATTGAATAATTTAATATAAGGATTACCTTGACCATGAATGTAACACCGTAAATAAAGTGTG
gi|3 : --TCAAA-ATAAGACGA-CAT-GATC-CTT------CA------GAAT-TAAG--ATA-----CAG-CCAAAGAGA---CGATCAGGTGTC----TAA------TAGAGG--G-----AA-ACAT-CCC-AGACAAAGA-TACGATCAGGTaatgacgcagtgattaccttcataaggaaaattttccttctggttatcaggttcttgtggttctggaaatagaaattattatcaacatcaaaataagacgacatgatccttcagaattaagatacagccaaagagacgatcaggtgtctaatagagggaaacatcccagacaaagatacgatcaggt
gi|3 : gatcaggtgtctaacagaggaaaacatctcagccaaatatacaataaggtgtctaacaaatcaagaagtaaatatcccaggcaaagatacgatcaggtatctaactgatctatagggaaacaccccagccaaagatacgatcaggtgtctaacatacgtaagcatcccaaccaatgatacaatacaatcaggtgtgcaaaagaaataaacatcccagccaaagaaaagaacaggtgcataacagaggataacagctgctcttttattgaataatttaatataaggattaccttgaccatgaatgtaacaccgtaaataaagtgtgaatgacgcagtgattaccttcataaggaaaattttccttctggttatcaggttcttgtggttctggaaatagaaattattatcaaca------CAGAAT-TA-----AG-ATA--C---AGCCAAAGA-GACGATCAGGTGTCTAATAGAGGGAAACATCCCAGACAAA-GATA-C-----------GAT-----CA----------GG---T
gi|4 : gatcaggtgtctaacagaggaaaacatctcagccaaatatacaataaggtgtctaacaaatcaagaagtaaatatcccaggcaaagatacgatcaggtatctaactgatctatagggaaacaccccagccaaagatacgatcaggtgtctaacatacgtaagcatcccaaccaatgatacaatacaatcaggtgtgcaaaagaaataaacatcccagccaaagaaaagaacaggtgcataacagaggataacagctgctcttttattgaataatttaatataaggattaccttgaccatgaatgtaacaccgtaaataaagtgtgaatgacgcagtgattaccttcataaggaaaattttccttctggttatcaggttcttgtggttctggaaatagaaattattatcaacatcaaaataagacgacatgatccttAAAGATA-TGGTCAAGTGTC----TAA------CAGAAG-TA-----AATAT---CCT-AGTCAAAGA-TATTATTAGGTGTCTAACAGAGAAAAACATTCCAGCCAAA-GATA-C-----------GAT-----CA----------GG---AGTCTAA------C-GAAGGTAAATATCCCA-GCCAAAGTTATGATCAGGTGTCTAACAGAAG-TAA--------AA-CATCTGCTGT-TGATTGGTTATCAGCTGCTTTTTT----TATTGAACAATTAAATATAAGGAATATCTTGGCCATAAATGCGAAATCATAAATACAGTGTG
gi|5 : agtcTTT----TATTTAACAATTGAATATAAGTATTATCTTAACCACAAATGTGACATCATGAATAAAGTGTGacagacgcagtgattaccttcattagggacatgttcctttttatcatcaggttcttgtggct
gi|5 : AAATAG--AAATTAT-TATC--AA------CA---------TGAAA---ATAT-GAC---GATAAAAAAACAGCGATCA----TCCTCATAATCCTTTCGAATT-CA-----AG-ATA--C---ATCGAAAGA-TACGATCAGATGTCTAACAGAGGTAAATAGCCCAGCCAAA-GATA-C-----------AAT-----CA----------GG---TGTCTAA------C---AGGTAAACATCCAT-GCCAAAGATacagacgcagtgattaccttcatcatggacattttcctttttatcatcaggttcatgtgattctggaaatagaaattattatcaacatgaaaatatgacgataaaaaaacagcgatcatcctcataatcctttcgaattcaagatacatcgaaagatacgatcagatgtctaacagaggtaaatagcccagccaaagatacaatcaggtgtctaacaggtaaacatccatgccaaagat
gi|5 : ttttatttaacaattgaatataagtattatcttaaccacaaatgtgacatcatgaataaagtgtgacagacgcagtgattaccttcatcatggacattttcctttttatcatcaggttcatgtgattctggAAAAACAG--CGATCAT-CCTCATAATCCTTTC-------GAATTCAAGATACATCGA----------AAGATA-CGATCAGATGTC----TAA------CAGAGG-TA-----AA-TAG--CCC-AGCCAAAGA-TACAATCAGGTGTCTAAC--AGGTAAACATCCATGCCAAA-GAT
gi|7 : ttttatttaacaattgaatataagtattatcttaaccacaaatgtgacatcatgaataaagtgtgacagacgcagtgattaccttcatcatggacattttcctttttatcatcaggttcatgtgattctggaaatagaaattattatcaacatgaaaatatgacgataaGCGAAAGGTAC-GATCAGG---TG-T-CTAACAAAG-------------A--TAAATATC
gi|7 : aGA------GGTA-AAC-ACCCCAACCAA-A--AAT-ACGATGAAGTGTCTTACAG-AG-GTAT--ATATC--CCAGCCAA--AA-ATGCAATCAGGTGTCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgaggtaaacaccccaaccaaaaatacgatgaagtgtcttacagaggtatatatcccagccaaaaatgcaatcaggtgtct
gi|8 : agcgaaaggtacgatcaggtgtctaacaaagataaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntGATAACATCCAGGAATCTTAACAGATGATA-AAACTCAATCCTTCTCCATA-ATAC-GACCTTTTGT---------GT--TGCTAACATGTAAAC-TCCCAGCCAAAGA-TACGACCAAGTGA--T--CTAAC--AGGTA-AACATCCC-ACGC-CAAGATAC-GATC-AG---TGCT-CTAACAGG------------------AAACATACCGTCCAAAGTAAAGATAAGG-ATCTAACCAGA------GATA-AACGATCCCTTCCAATACTGGT-ATAATCA
gi|9 : GTAA---ATATC--CCAG-CCAAA--GATA-CAATTAGGTGTT----TCA------CAAAGG-TA-----AA-------------CA-----TATGATCAGGTGTCTAACAG--GTAAACATCCCATCCAAA-GATA-CACTCGNCATATGAT-----CA----------GG---TGTCTAA------C-AG--GTAAACATCACA-TCCAAAGATACAATCAGGTGTCTATCAGAGG-T-A--------AAACATCAGCTGT-TGATTGGTTACCAGCTGC-TTTTT----TATTGAACAATTGAAAATAAGGATTATCTTGACCATAcgattcaatgtgtcctaaaaagaacatgcatccag
blockSeqs : AC G T T . TCA G CC CCTAGAGTACGTCC GT CATCC C AGTGAT A . N A TG A NNNN C GAT TC GT C TCTAGA . G T CT G G G . . . . A C A A C T G T G . A . . T . A A G . T A A GN N AGA G TAACAAATCAAGAAGTAAATATCCCAGGC G N CTCA TCCTTT . TAGGG ACACCCC . T T ACTCGNCATAT ACAAT CTTAGCGTGT TAC TTGATCTA . A A CAGAGGCT A T T . TG A T ATTG A
blockSeqs : . . C TGT C CTCCC . GGAGT A . . N N C TGCT G GGG AG GT . . . . . . . G A . . . . . G . A . A . . G . . . A . T N . ATAATCCTTTCGAATTCAAGATACATCGA . G . . . . ACATCCC . . . . . . . CGA . . . . . T T . TT T . . C
blockSeqs : A TAC . AGTGT . . . G C N AGT C GAT GT G . . . . . . . G A . . . . . A . A G . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . G . . . . CATCCC . . . . . . . TA . . . . . A T . TG A . . A
blockSeqs : . C A TGT C . . . . . . . . A A . . . . . A A G . CTTCAGAATTAAGATACAGCC . A . . . . TATCCT . . . . . . . AA . . . . . . . . TG A . . A
blockSeqs : . . TG . . . . . . . . A . . . . AACATGAAAATATGACGAT . G . . . . TAGCCC . . . . . . . CG . . . . . . TG A . . G
blockSeqs : . G . . . . ATAC . . . . . . . CA . . . .
blockSeqs : . . . . . . ATAC . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : TGCT**** GAT*************** ** ** CTCNAGAATTAAGATACGNCGAN******************** ATACCC**** *** CA******* TG
originalCons : AGAGGTAAAAACATTTCACGCCTAACGATANNATCCANGGATCTTAACAGATGGTATAAAC---ATCCCCAGCCATAGATAC-GACCATTTGC---------GTC-TACAGAGGTATAAACATCCCAGCCAAAGA-TACGATCA---GG--T--CTAACAGAGGTA-AACATCCCAACGCGAAAGATAC-GATCAAG---TG-T-CTAACAGAG-------------A--TAAACATCCCGNCCAAAGATACGATCAGGTGTCTAA-CAGA------GGTA-AAC-ATCCCAGCCAA-A--GAT-ACGATCAAGTGTCTAACAG-AG-GTATAAATATC--CCAGCCAA--AG-ATACGATCAGGTGTCTAACAGAGGTATAAACATCCNAGCCAAAGATACGA-TCAGGTGTCTAAACACAANGGTACTCTATCAATCATGCCNAGCCAAAGACACAACNCAGGTGTCTAACAGAAGTAGTTAAACAGTTCGAAGCCAAACATACGATCAGGTGTCT-AACAGAGG--TAAAACATCCCAG--TCAAANATAG--CGATCAT-TATC-TAA------CA------GAATGTAA---ATATCGACCAGGCCAAAAAGATA-CGATCAGGTGTC----TAA------CAGAGG-TA-----AA-ACA--CCC-AGCCAAAGA-TACGATCAGGTGTCTAACAGAGGTAAACATCCCAGCCAAA-GATA-C-----------GAT-----CA----------GG---TGTCTAA------C-AGAGGTAAACATCCCA-GCCAAAGATACGATCAGGTGTCTAACAGAGG-T-A--------AA-CATCCGCTGT-TGATTGGTTACCAGCTGC-TTTTT----TATTGAACAATTGAATATAAGGATTATCTTGACCATAAATGTGACATCATAAATACAGTGTG
finalCons : AGAGGTAAAAACATTTCACGCCTAACGATANNATCCANGGATCTTAACAGATGGTATAAAC---ATCCCCAGCCATAGATAC-GACCATTTGC---------GTC-TACAGAGGTATAAACATCCCAGCCAAAGA-TACGATCA---GG--T--CTAACAGAGGTA-AACATCCCAACGCGAAAGATAC-GATCAAGTGCT----CTAACAGAGAT---------------AAACATCCCGNCCAAAGATACGATCAGGTGTCTAA-CAGA------GGTA-AAC-ATCCCAGCCAA-A--GAT-ACGATCAAGTGTCTAACAG-AG-GTATAAATATC--CCAGCCAA--AG-ATACGATCAGGTGTCTAACAGAGGTATAAACATCCNAGCCAAAGATACGA-TCAGGTGTCTAAACACAANGGTACTCTATCAATCATGCCNAGCCAAAGACACAACNCAGGTGTCTAACAGAAGTAGTTAAACAGTTCGAAGCCAAACATACGATCAGGTGTCT-AACAGAGG--TAAAACATCCCAG--TCAAANATAG--CGATCAT-TATCCTCNAGAATTAAGATACGNCGAN--------------------AAAAAGATA-CGATCAGGTGTC----TAA------CAGAGG-TA-----AAATACCC----AGCCAAAGA-TACGATCAGGTGTCTAACAGAGGTAAACATCCCAGCCAAA-GATA-C-----------GAT-----CA----------GG---TGTCTAACA-------GAGGTAAACATCCCA-GCCAAAGATACGATCAGGTGTCTAACAGAGG-T-A--------AA-CATCCGCTGT-TGATTGGTTACCAGCTGC-TTTTT----TATTGAACAATTGAATATAAGGATTATCTTGACCATAAATGTGACATCATAAATACAGTGTG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGGACTTTTTCTTTTTTATTGTCAGGTTCATGTGGTTCTGTAAATAGAAAATATTATCAACATGAAATTATGACGACAAAAAACAGTGATCATCCTCATAATC
Unaligned ( gi|17 ): ATCAGGGATATTTTCCTTTTTATCATCAGCTTCTTGTGGTTCTAAAAATAAAAATTATTATCAACATGAAGATATAAAGATAACAAACAGTGATATACTCATATTC
Unaligned ( gi|19 ): ATTATTATCAACATGAAAATATGACGATATAAAACGGTGATCATCCTCAAAATCCTTCGAAGTCAAGATACA
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 222 22 66666666666666 11 111111 1 2222222222 1 1 22222222222222222222 66666666666666666 111111 11 11 1 1 2222 222222 1 1 1 1 11 1 222 222222 111 3333333333333333333333 22222 1111 111111 11111 333333 11111 22222222222 2222222222 111 222222222 22222222 1111
lowQualScore : 22 1 5 5 5 333 6 00 00000000000000 0 0 44 444444 0 8888888888 3 0 0 8 8 6 6 88888888888888888888 55555555555555555 55 8 0 6 666666 5 5 5 5 999 5 1 6 8 0 11 11 6 1 7 7 6 1 6 3 6 3333 1 999999 5 5 5 1 5 66 3 555 7 7 888888 7 444 0 9999999999999999999999 1 77 7 0 66 11111 0 0 5 5 0000 444444 5 22222 999999 4 4 11111 5 33333333333 1111111111 333 111111111 5 6 6 44444444 6 6 1 6 22 1 6 2222 1
lowQualScore : .. . . . . ... . .. .............. . . .. ...... . .......... . . . . . . . .................... ................. .. . . . ...... . . . . ... . . . . . .. .. . . . . . . . . . .... . ...... . . . . . .. . ... . . ...... . ... . ...................... . .. . . .. ..... . . . . .... ...... . ..... ...... . . ..... . ........... .......... ... ......... . . . ........ . . . . .. . . .... .
lowQualScore : 00 0 5 5 5 333 7 00 33333333333333 2 2 00 222222 0 0000000000 2 2 0 0 6 7 7 77777777777777777777 44444444444444444 66 0 8 7 444444 7 7 7 7 666 7 7 7 0 8 00 00 0 4 3 3 7 0 7 3 7 5555 0 000000 0 5 0 0 5 00 3 777 3 3 888888 5 777 8 0000000000000000000000 0 77 0 8 55 77777 7 2 0 9 6666 444444 0 55555 111111 0 4 11111 0 88888888888 9999999999 888 666666666 7 7 7 22222222 7 4 0 7 11 7 7 1111 5
consensus : AGAGGTAAAAACATTTCACGCCTAACGATANNATCCANGGATCTTAACAGATGGTATAAAC---ATCCCCAGCCATAGATAC-GACCATTTGC---------GTC-TACAGAGGTATAAACATCCCAGCCAAAGA-TACGATCA---GG--T--CTAACAGAGGTA-AACATCCCAACGCGAA-AGAT-AC-GATC-AG---TGC----T-CTAACAGAG-------------A--TAAACATCCCANCCAAAGA-TACGATCAGGTATCTAA-CAGA------GG-TA-AAC-ATCCCAGCCAA-A--GAT-ACGATCAAGTGTCTAACAG-AG-GTATAAATATC--CCAGCCAA--AG-ATACGATCAGGTGTCTAACAGAGGTATAAACATCCNAGCCAAAGATACGA-TCAGGTGTCTAAACACAANGGTACTCTATCAATCATGCCNAGCCAAAGACACAACNCAGGTGTCTAACAGAAGTAGTTAAACAGTTCGAAGCCAAACATACGATCAGGTGTCT-AACAGAGG--TAAAACATCCCAG------TCAAANATAG--CGATCA-TT------ATCC------TCGAGAATT-AAGATACGNC--GACAAAAAGATA-CGATCAGGTGTC----TAA------CAGAGG-TA-----AA-ATA--CCCAGCCAAAGA-TACGATCAGGTGTCTAACAGAGGTAAACATCCCAGCCAAA-G-----ATA-C-----------GATCA----------GG---TGTCTAA------C-AGAGGTAAACATCCCA-GCCAAAGATACGATCAGGTGTCTAACAGAGG-T-A--------AA-CATCCGCTGT-TGATTGGTTACCAGCTGC-TTTTT----TATTGAACAATTGAATATAAGGATTATCTTGACCATAAATGTGACATCATAAATACAGTGTG
Reference ( family-1625 ) : AGAGGTAAAAACATTTCACGCCTAACGATANNATCCANGGATCTTAACAGATGGTATAAAC---ATCCCCAGCCATAGATAC-GACCATTTGC---------GTC-TACAGAGGTATAAACATCCCAGCCAAAGA-TACGATCA---GG--T--CTAACAGAGGTA-AACATCCCAACGCGAA-AGAT-AC-GATCAAG---TGC----T-CTAACAGAG-------------A--TAAACATCCCGNCCAAAGA-TACGATCAGGTGTCTAA-CAGA------GG-TA-AAC-ATCCCAGCCAA-A--GAT-ACGATCAAGTGTCTAACAG-AG-GTATAAATATC--CCAGCCAA--AG-ATACGATCAGGTGTCTAACAGAGGTATAAACATCCNAGCCAAAGATACGA-TCAGGTGTCTAAACACAANGGTACTCTATCAATCATGCCNAGCCAAAGACACAACNCAGGTGTCTAACAGAAGTAGTTAAACAGTTCGAAGCCAAACATACGATCAGGTGTCT-AACAGAGG--TAAAACATCCCAG------TCAAANATAG--CGATCA-TT------ATCC------TCNAGAATT-AAGATACGNC--GANAAAAAGATA-CGATCAGGTGTC----TAA------CAGAGG-TA-----AA-ATA--CCCAGCCAAAGA-TACGATCAGGTGTCTAACAGAGGTAAACATCCCAGCCAAA-G-----ATA-C-----------GATCA----------GG---TGTCTAA------C-AGAGGTAAACATCCCA-GCCAAAGATACGATCAGGTGTCTAACAGAGG-T-A--------AA-CATCCGCTGT-TGATTGGTTACCAGCTGC-TTTTT----TATTGAACAATTGAATATAAGGATTATCTTGACCATAAATGTGACATCATAAATACAGTGTG
gi|1 : AGAGGTAAAAACATTTCACGCCTAACGATACAATTTACGGATCT-AACAGA-GGTATAAAC---ATTCCCAGCCATAGATA--GATCATTTGT---------ATC-TACAGAGGTATAAAAATCAAAGCCAAAGA-TACGGTCA---GA--T--CTAACAGAGGTATAACATTCGAATGCAAG-AGAT-AC-ACTCAAGGATTAC----T-CTAACAGAGTGCTAGAGCCGGCACTTAAACATCCCAGCCAAAGA-TACAATTAG-TATCTAA-CAGA------GG-TATAAA-ATCCCCGTCAA-A--AAT-ACGATC--GTATCTAACAGCAGCGTATAAACATCGCCCAGCCAACTAGCATACGATCAG-TGTCTAACAGAGGTATAAAC-TCCCAGCCATAGATACGA-TCAG-TATCTAAACACAATGGTACTCTATCAA-CATGCCCAGCTAA-GACACAACTCAGATATCTAACAGAAGTAGTTAAACAGTTCGAAGCCAAACATACGATCAGGTATCTGAACAGACGTATAAAACATGCC-G------TCAAAGATAA--CGATCA-TT------ATCTAA----CCGAGTATA-AATAT-CGACTAGCCAAAAAGATA-CAATCA-GTGTC----TAA------CAGAGGCTA-----AA-ACATTCCCAGCCAAAGAGTACGATCA-GTGT-TAACAGAGGTAAACATCCGAGCCAAA-G-----ATA-C-----------GATCA----------GGT--TATCTAA------C--GAGGTAAGCATCGAATGCAAAATATACGATCAGG-GTCTTA-AAAGG-T-A--------AA-CATTCTCAGTCCGAT--GTTACAAGGTG
gi|10 : TCT-AACAGAGG--TAAA-CATCCCAGGNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNN-NN------NNNN------NNNNNNNNN-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN----NNN------NNNNGG-TA-----AACAT---CCCAGCCAAAGA-TACAATCAGGAGTCTAACAGAGGTAAACATTCCAGCTAAA-G-----ATA-C-----------GATCA----------AG---TGTCTAATTGATCT-AGAGGTAAGCATCCCA-GCCAAGGATGCGATCggagacaacaatatcaagaaatgaatgcacccattgcaaaatacaaccacagtgtg
gi|11 : AA-AGAT-AA-GG---AG---T--------CTAACAGAG-------------A--TAAACGTCCCTCCAAAAGA-TACGATCAAGTGTCTAA--AAA------GA-CA-T-C-ATCCAAGCCAT-A--GAT-ACGATCGAGTGTCTAACAG-AG-ATATAAATTTC--CCAGTCAC--AG-ATATCATTAGGTGTCTAACA
gi|12 : gatATTAGGTGTCTAACAGAAT-T-ACAGAGGCTAA-CATCTGCTGT-TGATTGGTTACCAGCTGC-ATTTT----TATTGAACAATTGAATATAAGGAATATCTTGACCACAAATGTGACCTCATCAATACAATGTG
gi|13 : tc---ATCCCCAGCCAAAGATACCGACCATCTGCCTAGAGTACGTCCTAAACAGGC-CAAACATCC-AGCCAAAGACTATAATCA---GGAGT--CTAACAGAAATA-AACGTCCC-TCACAAA-CGAT-ATGGATCCAG---TGC----T-acagacgcagtgattacc
gi|14 : agtAAAGA-TATGATTAGGTGTCTAAAAGAGGTATACATCCCAGCCAAATG-----GTATC-----------AATCACTTAGCGTGTGGTACTGTCTAA------CGAGAGaaagaaa
gi|15 : ATTTGTTACCTGCGGC-TTTCT----TATTTAACAATTGAATATtgttgaaaaagcacacatcttggttgttgtgaattgttt
gi|16 : CGAAGAGATTAC-AA--GAG---TGCGATATACTAACAGAGGT-----------A--TAAACATCGAAACCAAAGAATACGATCAGGTATTCAA-CAGA------GGTTA-AAC-AT-TTAGCCAA-A---AT-ACGATctcgtcaatttagtgtgacatatgcagttattaccttcatcagggaaattttcctttttatcgtcaggttcttgtgg
gi|16 : CTAACAG-AG-GTATAAACATC--GAAACCAA--AGAATACGATCAGGTATTCAACAGAGGT-TAAACAT-TTAGCCAAA-ATACGATTCAGGtcagg
gi|18 : cgaagagattacaagagtgcgatataACATCCCAGCCAAA-G-----ATA-C-----------AATCC----------GG---TGTTCAA------T-AGAAGAAAACACCCCA-GCGAAAGGTACGATCAGGTGTCTAACAAAGA-T-A--------AA-
gi|2 : tT-TGATTGATTACT---TGC-TTTTTATTGCATCGAACAATTGAAAATAAGGATTATCTTGACCTTAAATGTGACATCATAAATACAGTGTGt
gi|2 : taaaacagctattttcgaCAGAGTTA-AGATA---CAGCCAAAGA-GACGATCA---AG--TGTCTAACAGAACGA-AACATCNNNNNNNNNN-NNNN-NN-NNNNNNN---NNN----N-CTAAGAGAG-------------G--GAAACATTCCAGCCAAAGA-TACCATCAGGTGTTTAA-CAGATCTAGAGG-TA-AAC-TTCAAAAGCAA-A--GAT-ACGATCAGGTGTCTAA--A-AA-GTATAATTATC--CAAGCCAA--AG-ATACAAGCAAGTGTCTATCAGAAGAATAATTATCCAAGCCAAAGATACGA-TCAGGTGTCTAA----AAAG------TAT-AATTAT-CCAAGCCAAAGATACAA-GCAAGTGTCTAACAGAacagacgcagtgattacctttatcatggacattttccatctggtcatcaggttcttgttgttctggaaatagaaattattatcaacatgaaaataccgggtatgacgataagaaacagtgatcatcctcataatcattcagagttaagatacagccaaagagacgatcaagtgtctaacagaacgaaacatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaagagagggaaacattccagccaaagataccatcaggtgtttaacagatctagaggtaaacttcaaaagcaaagatacgatcaggtgtctaaaaagtataattatccaagccaaagatacaagcaagtgtctatcagaagaataattatccaagccaaagatacgatcaggtgtctaaaaagtataattatccaagccaaagatacaagcaagtgtctaacaga
gi|20 : taaaacagctattttcgattgattgattacttgctttttattgcatcgaacaattgaaaataaggattatcttgaccttaaatgtgacatcataaatacagtgtgacagacgcagtgattacctttatcatggacattttccatctggtcatcaggttcttgttgttctggaaatagaaattattatcaacatgaaaataccgggtatgacgataagaaacagtgatcatcctcataatcattAATATAAGGATTATTTTGACCATAAATATGACTTCATCAATACAGTGTG
gi|21 : AA-CAGA------AG-TA-AAT-AATCCAGCCTA-A--GATGAC-ATCAAGTGTCTAGCAG-acagacgcagtgatt
gi|3 : GATCAGGTGTCT-AACAGAGG---AAAACATCTCAG------CCAAATATA---CAATAAGGT------GTCTAACAAATCAAGAAGT-AA-ATAT-CC--CAGGCAAAGATA-CGATCAGGTATC----TAA------CTGATC-TATAGGGAA-ACAC-CCCAGCCAAAGA-TACGATCAGGTGTCTAACATACGTAAGCATCCCAACCAAT-GATACAATA-C-----------AATCA----------GG---TGTGCAA------A-AGAAATAAACATCCCA-GCCAAAGAAAAGAACAGGTGCATAACAGAGGAT-A--------A------------------------CAGCTGC-TCTTT----TATTGAATAATTTAATATAAGGATTACCTTGACCATGAATGTAACACCGTAAATAAAGTGTG
gi|3 : ------TCAAA-ATAAGACGA-CA-TG------ATCC------TTCAGAATT-AAGATACAGC----CAAAGAGA---CGATCAGGTGTC----TAA------TAGAGG-GA-----AACAT---CCCAGACAAAGA-TACGATCAGGTaatgacgcagtgattaccttcataaggaaaattttccttctggttatcaggttcttgtggttctggaaatagaaattattatcaacatcaaaataagacgacatgatccttcagaattaagatacagccaaagagacgatcaggtgtctaatagagggaaacatcccagacaaagatacgatcaggt
gi|4 : gatcaggtgtctaacagaggaaaacatctcagccaaatatacaataaggtgtctaacaaatcaagaagtaaatatcccaggcaaagatacgatcaggtatctaactgatctatagggaaacaccccagccaaagatacgatcaggtgtctaacatacgtaagcatcccaaccaatgatacaatacaatcaggtgtgcaaaagaaataaacatcccagccaaagaaaagaacaggtgcataacagaggataacagctgctcttttattgaataatttaatataaggattaccttgaccatgaatgtaacaccgtaaataaagtgtgaatgacgcagtgattaccttcataaggaaaattttccttctggttatcaggttcttgtggttctggaaatagaaattattatcaacaAAAGATA-TGGTCAAGTGTC----TAA------CAGAAG-TA-----AATAT---CCTAGTCAAAGA-TATTATTAGGTGTCTAACAGAGAAAAACATTCCAGCCAAA-G-----ATA-C-----------GATCA----------GG---AGTCTAA------C-GAAGGTAAATATCCCA-GCCAAAGTTATGATCAGGTGTCTAACAGAAG-TAA--------AA-CATCTGCTGT-TGATTGGTTATCAGCTGCTTTTTT----TATTGAACAATTAAATATAAGGAATATCTTGGCCATAAATGCGAAATCATAAATACAGTGTG
gi|5 : agtcTTT----TATTTAACAATTGAATATAAGTATTATCTTAACCACAAATGTGACATCATGAATAAAGTGTGacagacgcagtgattaccttcattagggacatgttcctttttatcatcaggttcttgtggct
gi|5 : AAATAG--AAATTA-TT------ATC----------AACATG-AAAATATGAC--GATAAAAAAACAGCGATCA----TCCTCATAATCCTTTCGAATT-CA-----AG-ATA--C--ATCGAAAGA-TACGATCAGATGTCTAACAGAGGTAAATAGCCCAGCCAAA-G-----ATA-C-----------AATCA----------GG---TGTCTAA------C---AGGTAAACATCCAT-GCCAAAGATacagacgcagtgattaccttcatcatggacattttcctttttatcatcaggttcatgtgattctggaaatagaaattattatcaacatgaaaatatgacgataaaaaaacagcgatcatcctcataatcctttcgaattcaagatacatcgaaagatacgatcagatgtctaacagaggtaaatagcccagccaaagatacaatcaggtgtctaacaggtaaacatccatgccaaagat
gi|5 : ttttatttaacaattgaatataagtattatcttaaccacaaatgtgacatcatgaataaagtgtgacagacgcagtgattaccttcatcatggacattttcctttttatcatcaggttcatgtgattctggAAAAACAG--CGATCA-TCCTCATAATCC------TTTCGAATTCAAGATACATC--GA----AAGATA-CGATCAGATGTC----TAA------CAGAGG-T------AA-ATAG-CCCAGCCAAAGA-TACAATCAGGTGTCTAAC--AGGTAAACATCCATGCCAAA-G-----AT
gi|7 : ttttatttaacaattgaatataagtattatcttaaccacaaatgtgacatcatgaataaagtgtgacagacgcagtgattaccttcatcatggacattttcctttttatcatcaggttcatgtgattctggaaatagaaattattatcaacatgaaaatatgacgataaAGCGAAAGG-TACGATCAGGTGTCTAACAAAGATAAATATC
gi|7 : GA------GG-TA-AAC-ACCCCAACCAA-A--AAT-ACGATGAAGTGTCTTACAG-AG-GTAT--ATATC--CCAGCCAA--AA-ATGCAATCAGGTGTCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgaggtaaacaccccaaccaaaaatacgatgaagtgtcttacagaggtatatatcccagccaaaaatgcaatcaggtgtct
gi|8 : agcgaaaggtacgatcaggtgtctaacaaagataaatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntGATAACATCCAGGAATCTTAACAGATGATA-AAACTCAATCCTTCTCCATA-ATAC-GACCTTTTGT---------GT--TGCTAACATGTAAAC-TCCCAGCCAAAGA-TACGACCAAGTGA--T--CTAAC--AGGTA-AACATCCC-ACGC-CA-AGAT-AC-GATC-AG---TGC----T-CTAACAGG------------------AAACATACCGTCCAAAGT-AAAGATAAGG-ATCTAACCAGA------GA-TA-AACGATCCCTTCCAATACTGGT-ATAATCA
gi|9 : AAAGATA-CAATTAGGTGTT----TCA------CAAAGG-TA-----AA------------CA-----TATGATCAGGTGTCTAACAG--GTAAACATCCCATCCAAA-G-----ATA-CACTCGNCATATGATCA----------GG---TGTCTAA------C-AG--GTAAACATCACA-TCCAAAGATACAATCAGGTGTCTATCAGAGG-T-A--------AAACATCAGCTGT-TGATTGGTTACCAGCTGC-TTTTT----TATTGAACAATTGAAAATAAGGATTATCTTGACCATAcgattcaatgtgtcctaaaaagaacatgcatccag
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGGACTTTTTCTTTTTTATTGTCAGGTTCATGTGGTTCTGTAAATAGAAAATATTATCAACATGAAATTATGACGACAAAAAACAGTGATCATCCTCATAATC
Unaligned ( gi|17 ): ATCAGGGATATTTTCCTTTTTATCATCAGCTTCTTGTGGTTCTAAAAATAAAAATTATTATCAACATGAAGATATAAAGATAACAAACAGTGATATACTCATATTC
Unaligned ( gi|19 ): ATTATTATCAACATGAAAATATGACGATATAAAACGGTGATCATCCTCAAAATCCTTCGAAGTCAAGATACA