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Reference ( gi|4 )            :                    ACC-CTTATCAC-GCTAA--TCACAACTTTAGTTCTT--CT-AAAAAAAAATTGACGCCCACCGCTAA--ACGCAACAA--TAGTTGC----TTCCG----TACATGTT-G-TAGTTG-ATTGATCTATT-T---C-CATATTTGGGGA-TTTCCAAGT----T-------A------------AAAAA----GCTAT------TAATTTGACATTTC----TCATTGGG-----CTCA-TATTT----GG-TT----T--ATC-TTTTAGTGATGATCGATAAG-AAAATT--GAGA-GAGGA----------AA--AATGAC-AGG-CA-----AGAAATTTCTCAAT--------AGT------ATAAATTTTAAT--CAGCAGTACGGAGAAAAACTAAATTA-ATCAG---CATAAC---ACGATAAG-GGTTAAGT
gi|5                          :                    ACC-CTTATCAT-GCTAA--TCATGA-------------CT-AGAAAAAA--TGACGCTCACTGCTAA--TC---ACAA--TTGTTGT----TTCCA----TACATGTT-G-TAGTTG-ATCAATCTATT-T---T-CATATATGGGGA-TTTCCAA-T----T-------AAGTTTTTTTTTTAAAAA----GCTG-------TAATTTGACATTTC----TCATCAGA-----CT---TGTTT----GG-CTTAGAT--ATC-TTTTTGTGATGATTCATAAG-AAAA-T--GAGA-GAGGG----------AA--AATGCC-TGGACA-----AGAAATT--TCAAT--------CAT------ATGAATTTTAGT--CAGCAGTACAGAGAAAAACTAAATTA-ATCAG---CATAAC---ATGATAAG-GGTT
gi|2                          :              tttttaACCACTTATCACTGCTAAA-TCACAACTTTAGTTGTT--CT-GAAAAA---TT-ACCCTCACCGCTAA--A-GCAACAA--TAGTTG-----TTCCG----TA-ATGTTCG-TAGCTG-ATCGATCTATT-T---T-CATAATTGGGGATTTTTCAGTT----T-------A------------AAAAAAGACGCTGT------T-ATTTGACA-TTC----CCATCAGA-----CTCATTATAA----AGTTT----T--ATC--TTTAGCGATGATTGAT--G-AAAA-T--GAGA-GAGGA----------AA--AATGAT-TGGATA-----ATGAATTTCTCAAT--------CGT------ATAAATTTTAAT--C-GCAGTACAGAG--AAATTACATTA-ATCAT---CATACA---ATGATTAA-GGTTAA
gi|13                         : cataattttgctaattaagACC-CTTATCAC-GCTAA--TCACAACTTTAGATGTT--C---GGAAAAAATTTACGC-------TAA--ACGCAACAA--TAGTTGC----TTCCA----TACATGTT-tgcatgccgtcaaaa
gi|9                          :             tatattaACC-CTTATCACCGCTAAAATCACA-CTGAAGTTGTTTCCTGAAAAAAAAATTAACGCTCACCGCTAA--ACGCAACAA--TTGCTGT----TTCCC----TACATGTT-G-T------ATTCAGCCATTAT---CACATATTT
gi|14                         :       ttgatatttgattACC-CTCACCAC-GTTAA--TCACAACTT-AGTTGTT--CT-GGAAAAAAATTGACCCTCAC
gi|19                         :      ataacattttgttaACC-CTTATCAC-GCTAA--TCACAACTT
gi|6                          :               atgttaCC-CTTATCAC-GCTAA--TC----------TTCT--------GAAAAAATTTACGCTCACCGCTAA--ACACAACAA--TAGTTGC----TTTTG----TACATGTT-G-TAGTTG-ATCGATCTATT-T---T-CATATTTGGGGA-TTTCCAAGT----TTTTAAAAA------------AAAAA----GCTG-------TAATTTAACATTTC----TCATTGGA-----CTCG-TGTTT----GG-TT----TA-AAG-TTTTGGGGATGATTGATAAG-AAAATT--GAAA-GAGGA----------AA--AATGACTATA-CA-----AGAAATTTCTCAAT--------AGT------ATAAATTTTAAT--AAGCAGTACAGAGAAAAACTAAATTA-ATCAG---CATAAC---ATGATAAG-GGTTAAn
gi|3                          :                      C-CTTATCAC-GCTAA--TCATAACTTTAGTTGTT--CT-GAAAA--AATTGACGCTCACCGCTAA--ACGCAACAA--TAGTTGA----TTCCG----AACATGTT-G-TAGTTG-ATCGATCTATT-T---T-CATGTTTGGGGA-TTTCCAAAT----TTAAAA--A------------AAAAA----GCTG-------TAATTTGACATTTC----TCATTGGA-----CTCA-TGTTT----GG-TT----T--ATC-TTTCAGTGATGATCGATAAG-AAAATT--GAGACGGGGANNNNNNNNNNNN--NNNNNN-NNN-NN-----NNAAATTTCTC-AT--------TGT-------TAAATTTTAAT--CAGCAGTACAGAGAAAAACTAAATCA----AA---CATAAC---ATGATAAG-GGTTAAG
gi|7                          :                      C-CTTATCAC-GCTAA--TCATAACTTTAGTTGTT--CT-GAAAAAA--TTGACGCTCACCGCTAA--ACGCA-CAA--TAGTTGA----TTCCG----AACATGTT-G-TAGTTG-ATCGATC-ATT-T---T-CATGTT-GGGGA-TTTCCAAAT----TTAAAA--A------------AAAAA----GCTGT-------AATTTGACATTTC----TCATTGGA-----CTCA-TGTTT----GG-TT----T--ATC-TTTCAGTGATGATCGATAAG-AAAATT--GAGACGGGGA----------------------------------AAATTTCTCAAT--------TGT-------TAAA-TTTAAT--caatttacatgtcaacaa
gi|15                         :                      C-CTTTTCAC-ACTAA--TCACAACTTTAGTTGTT--CT-GAAA
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gi|1                          :                                                              AAAAGA-TGTGAGTACGGCTCAGGGTCCGCTAATAGCGCAACAAGTTTGTTTTATTATTCCGAGTGTACATGTT-GATAGTAGCGTGGAG--GTCTTGAGGCAATTTTGGGGAGTTCCCAA----GTCTTT-T------A------GAAAAAAATATA----GCATG-TAATTTGATTCACGTTCATTAGGACTTTCTCATCT--CTCG-G--T---GGTTTTGA----TCATTTTAGTGATGATTGA-AAG-AAAAAT--GA-A-AAGGA---------AAGAAATGACAGACAGAACAAGAAATTTTTAATCTGTTTCAAGTCGTTAAATAAATTTTAATATCAGCAGTACAGAG-AAAACTAAATCATATCAGTGCCATAACCTAATGATAGGAGGTTAAG
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Reference ( family-1624 )     :                  ACC-CTTATCAC-GCTAA--TCACAACTTTAGTTGTT--CTGAAAAAAAA-T-TGA---CG-CTCA----CCGCTAA--ACGCAACAA--TAGTTGC----TTCCG----TACATGTT-G-TAGTTG-ATCGATCTATTTT----CATATTTGGGGA-TTTCCAA----G---TT-T------A------AAAA-------A----GC-TGTTAATTTGA--CA-------------TTTCTCATCGGACTCGTGTTT---GGTTT--A----TC-TTTTAGTGATGATCGATAAG-AAAATT--GAGA-GAGGA---------A--AAAT----GACTGGACAAGAAATT---------TCTCAA-TCGT---ATAAATTTTA--ATCAGCAGTACAGAGAAAAACTAAATTA-ATCAG---CATAAC---ATGATAAG-GGTTAAG
gi|1                          :                                                              AAAAGA-TGTGAGTACGGCTCAGGGTCCGCTAATAGCGCAACAAGTTTGTTTTATTATTCCGAGTGTACATGTT-GATAGTAGCGTGGAG--GTCTTGAGGCAATTTTGGGGAGTTCCCAA----GTCTTT-T------A------GAAAAAAATATA----GCATG-TAATTTGATTCACGTTCATTAGGACTTTCTCATCT--CTCG-G--T---GGTTTTGA----TCATTTTAGTGATGATTGA-AAG-AAAAAT--GA-A-AAGGA---------AAGAAATGACAGACAGAACAAGAAATTTTTAATCTGTTTCAAGTCGTTAAATAAATTTTAATATCAGCAGTACAGAG-AAAACTAAATCATATCAGTGCCATAACCTAATGATAGGAGGTTAAG
gi|10                         :      ctccctatattcgacgctaaaatttccgccacacttAACTTTAGTTGTT--TTGAAAAAAAA-A-TGA---CC-TTCA----CCGCTAA--ACGCAAAAA--TAGTTAC----TTCCG----TACATGTT-G-TAGTTG-ATCGATCTATTTT----CATATATGGGGA-TTTCCAA----G---TTAA------A------AAAA-------A----GG-TG-TAATTTacttgatgtcagta
gi|11                         :                                                                                                                                                                      tTCTGGGGA-TTTCCAA----G---TT-TA-----A------AAAA-------A----GC-TG-CAATTTGA--CA-------------TGTCTCATTGGACTCGTGTTT---GGTAT--A----TC-TTTTAGTGATGATCGATAAGAAAAATTTAGAGA-GAGGA---------A--AAAT----GACTGGACAAGAAA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                 TTT---GGTTT--A----TC-TTTTAGTGATAATTGATTAG-AAAAT---GAGA-GAAAA---------A--AAAT----GACTGGACAGGAAATT---------TTTTAA-TCGT---ATAAATTTTA--ATCAGCAGTA
gi|13                         :                  ACC-CTTATCAC-GCTAA--TCACAACTTTAGATGTT--CGG--AAAAAA-T-TTA---------------CGCTAA--ACGCAACAA--TAGTTGC----TTCCA----TACATGTT-
gi|14                         :           tatattaACC-CTCACCAC-GTTAA--TCACAACTT-AGTTGTT--CTGGAAAAAAA-T-TGA---CC-CTCA----C
gi|15                         :      ataacattttgttaC-CTTTTCAC-ACTAA--TCACAACTTTAGTTGTT--CTGAAA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ttttaattattctttaaTA--ATCAGCAGTACAGAGAAAAACTA----A-ATCAA---CATAAC---ATGATAAG-GGTTAAG
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          AGTACAGAGAAAATCTAAATTA-ATCAG---CATAAT---GTGATATG-
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          AAACTA-ATCAG---CATAAC---ATGATAAG-GGTTAA
gi|19                         :                  ACC-CTTATCAC-GCTAA--TCACAACTTca
gi|2                          :            atgttaACCACTTATCACTGCTAAA-TCACAACTTTAGTTGTT--CTGAAAAA----T-T-A---CC-CTCA----CCGCTAA--A-GCAACAA--TAGTTG-----TTCCG----TA-ATGTTCG-TAGCTG-ATCGATCTATTTT----CATAATTGGGGA-TTTTTCA----G---TT-T------A------AAAA-------AAGACGC-TGTTA-TTTGA--CA-------------TTCC-CATCAGACTCAT-TATAAAGTTTT--A----TC-TTT-AGCGATGATTGAT--G-AAAAT---GAGA-GAGGA---------A--AAAT----GATTGGATAATGAATT---------TCTCAA-TCGT---ATAAATTTTA--ATC-GCAGTACAGAG--AAATTACATTA-ATCAT---CATACA---ATGATTAA-GGTTAAn
gi|3                          : cataattttgctaattaagC-CTTATCAC-GCTAA--TCATAACTTTAGTTGTT--CTGAAAA--AA-T-TGA---CG-CTCA----CCGCTAA--ACGCAACAA--TAGTTGA----TTCCG----AACATGTT-G-TAGTTG-ATCGATCTATTTT----CATGTTTGGGGA-TTTCCAA----A---TT-TAAAA--A------AAAA-------A----GC-TG-TAATTTGA--CA-------------TTTCTCATTGGACTCATGTTT---GGTTT--A----TC-TTTCAGTGATGATCGATAAG-AAAATT--GAGACGGGGANNNNNNNNNN--NNNN----NNNNNNNNNNNAAATT---------TCTC-A-TTGT----TAAATTTTA--ATCAGCAGTACAGAGAAAAACTAAATCA----AA---CATAAC---ATGATAAG-GGTTAAGtgcatgccgtcaaaa
gi|4                          :                  ACC-CTTATCAC-GCTAA--TCACAACTTTAGTTCTT--CTAAAAAAAAA-T-TGA---CG-CCCA----CCGCTAA--ACGCAACAA--TAGTTGC----TTCCG----TACATGTT-G-TAGTTG-ATTGATCTATTTC----CATATTTGGGGA-TTTCCAA----G----T-T------A------AAAA-------A----GC-TATTAATTTGA--CA-------------TTTCTCATTGGGCTCATATTT---GGTTT--A----TC-TTTTAGTGATGATCGATAAG-AAAATT--GAGA-GAGGA---------A--AAAT----GACAGG-CAAGAAATT---------TCTCAA-TAGT---ATAAATTTTA--ATCAGCAGTACGGAGAAAAACTAAATTA-ATCAG---CATAAC---ACGATAAG-GGTTAAGcaatttacatgtcaacaa
gi|5                          :                  ACC-CTTATCAT-GCTAA--TCATGACT--------------AGAAAAAA-T--GA---CG-CTCA----CTGCTAA--TC---ACAA--TTGTTGT----TTCCA----TACATGTT-G-TAGTTG-ATCAATCTATTTT----CATATATGGGGA-TTTCCAATTAAG---TT-T------TTTTTTTAAAA-------A----GC-TGT-AATTTGA--CA-------------TTTCTCATCAGACT--TGTTT---GGCTT--AGATATC-TTTTTGTGATGATTCATAAG-AAAAT---GAGA-GAGGG---------A--AAAT----GCCTGGACAAGAAATT---------TC--AA-TCAT---ATGAATTTTA--GTCAGCAGTACAGAGAAAAACTAAATTA-ATCAG---CATAAC---ATGATAAG-GGTTt
gi|6                          :             tttttaCC-CTTATCAC-GCTAA--TC-------------TT--CTGAAAAAA---T-TTA---CG-CTCA----CCGCTAA--ACACAACAA--TAGTTGC----TTTTG----TACATGTT-G-TAGTTG-ATCGATCTATTTT----CATATTTGGGGA-TTTCCAA----G---TT-TTTAAAAA------AAAA-------A----GC-TG-TAATTTAA--CA-------------TTTCTCATTGGACTCGTGTTT---GGTTTA-A----AG-TTTTGGGGATGATTGATAAG-AAAATT--GAAA-GAGGA---------A--AAAT----GACTATACAAGAAATT---------TCTCAA-TAGT---ATAAATTTTA--ATAAGCAGTACAGAGAAAAACTAAATTA-ATCAG---CATAAC---ATGATAAG-GGTTAA
gi|7                          :                    C-CTTATCAC-GCTAA--TCATAACTTTAGTTGTT--CTGAAAAAA---T-TGA---CG-CTCA----CCGCTAA--ACGCA-CAA--TAGTTGA----TTCCG----AACATGTT-G-TAGTTG-ATCGATC-ATTTT----CATGTT-GGGGA-TTTCCAA----A---TT-T------A------AAAA-------AAAAAGC-TGT-AATTTGA--CA-------------TTTCTCATTGGACTCATGTTT---GGTTT--A----TC-TTTCAGTGATGATCGATAAG-AAAATT--GAGACGGGGA-------------------------------AAATT---------TCTCAA-TTGT----TAAA-TTTA--AT
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Reference ( family-1624 )     :                  ACC-CTTATCAC-GCTAA--TCACAACTTTAGTTGTT--CTGAAAAAAAA-T-TGA---CG-CTCA----CCGCTAA--ACGCAACAA--TAGTTGC----TTCCG----TACATGTT-G-TAGTTG-ATCGATCTATTTT----CATATTTGGGGA-TTTCCAA----G---TT-T------A------AAAA-------A----GC-TGTTAATTTGA--CA-------------TTTCTCATCGGACTCGTGTTT---GGTTT--A----TC-TTTTAGTGATGATCGATAAG-AAAATT--GAGA-GAGGA---------A--AAAT----GACTGGACAAGAAATT---------TCTCAA-TCGT---ATAAATTTTA--ATCAGCAGTACAGAGAAAAACTAAATTA-ATCAG---CATAAC---ATGATAAG-GGTTAAG
gi|1                          :                                                              AAAAGA-TGTGAGTACGGCTCAGGGTCCGCTAATAGCGCAACAAGTTTGTTTTATTATTCCGAGTGTACATGTT-GATAGTAGCGTGGAG--GTCTTGAGGCAATTTTGGGGAGTTCCCAA----GTCTTT-T------A------GAAAAAAATATA----GCATG-TAATTTGATTCACGTTCATTAGGACTTTCTCATCT--CTCG-G--T---GGTTTTGA----TCATTTTAGTGATGATTGA-AAG-AAAAAT--GA-A-AAGGA---------AAGAAATGACAGACAGAACAAGAAATTTTTAATCTGTTTCAAGTCGTTAAATAAATTTTAATATCAGCAGTACAGAG-AAAACTAAATCATATCAGTGCCATAACCTAATGATAGGAGGTTAAG
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gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          AAACTA-ATCAG---CATAAC---ATGATAAG-GGTTAA
gi|19                         :                  ACC-CTTATCAC-GCTAA--TCACAACTTca
gi|2                          :            atgttaACCACTTATCACTGCTAAA-TCACAACTTTAGTTGTT--CTGAAAAA----T-T-A---CC-CTCA----CCGCTAA--A-GCAACAA--TAGTTG-----TTCCG----TA-ATGTTCG-TAGCTG-ATCGATCTATTTT----CATAATTGGGGA-TTTTTCA----G---TT-T------A------AAAA-------AAGACGC-TGTTA-TTTGA--CA-------------TTCC-CATCAGACTCAT-TATAAAGTTTT--A----TC-TTT-AGCGATGATTGAT--G-AAAAT---GAGA-GAGGA---------A--AAAT----GATTGGATAATGAATT---------TCTCAA-TCGT---ATAAATTTTA--ATC-GCAGTACAGAG--AAATTACATTA-ATCAT---CATACA---ATGATTAA-GGTTAAn
gi|3                          : cataattttgctaattaagC-CTTATCAC-GCTAA--TCATAACTTTAGTTGTT--CTGAAAA--AA-T-TGA---CG-CTCA----CCGCTAA--ACGCAACAA--TAGTTGA----TTCCG----AACATGTT-G-TAGTTG-ATCGATCTATTTT----CATGTTTGGGGA-TTTCCAA----A---TT-TAAAA--A------AAAA-------A----GC-TG-TAATTTGA--CA-------------TTTCTCATTGGACTCATGTTT---GGTTT--A----TC-TTTCAGTGATGATCGATAAG-AAAATT--GAGACGGGGANNNNNNNNNN--NNNN----NNNNNNNNNNNAAATT---------TCTC-A-TTGT----TAAATTTTA--ATCAGCAGTACAGAGAAAAACTAAATCA----AA---CATAAC---ATGATAAG-GGTTAAGtgcatgccgtcaaaa
gi|4                          :                  ACC-CTTATCAC-GCTAA--TCACAACTTTAGTTCTT--CTAAAAAAAAA-T-TGA---CG-CCCA----CCGCTAA--ACGCAACAA--TAGTTGC----TTCCG----TACATGTT-G-TAGTTG-ATTGATCTATTTC----CATATTTGGGGA-TTTCCAA----G----T-T------A------AAAA-------A----GC-TATTAATTTGA--CA-------------TTTCTCATTGGGCTCATATTT---GGTTT--A----TC-TTTTAGTGATGATCGATAAG-AAAATT--GAGA-GAGGA---------A--AAAT----GACAGG-CAAGAAATT---------TCTCAA-TAGT---ATAAATTTTA--ATCAGCAGTACGGAGAAAAACTAAATTA-ATCAG---CATAAC---ACGATAAG-GGTTAAGcaatttacatgtcaacaa
gi|5                          :                  ACC-CTTATCAT-GCTAA--TCATGACT--------------AGAAAAAA-T--GA---CG-CTCA----CTGCTAA--TC---ACAA--TTGTTGT----TTCCA----TACATGTT-G-TAGTTG-ATCAATCTATTTT----CATATATGGGGA-TTTCCAATTAAG---TT-T------TTTTTTTAAAA-------A----GC-TGT-AATTTGA--CA-------------TTTCTCATCAGACT--TGTTT---GGCTT--AGATATC-TTTTTGTGATGATTCATAAG-AAAAT---GAGA-GAGGG---------A--AAAT----GCCTGGACAAGAAATT---------TC--AA-TCAT---ATGAATTTTA--GTCAGCAGTACAGAGAAAAACTAAATTA-ATCAG---CATAAC---ATGATAAG-GGTTt
gi|6                          :             tttttaCC-CTTATCAC-GCTAA--TC-------------TT--CTGAAAAAA---T-TTA---CG-CTCA----CCGCTAA--ACACAACAA--TAGTTGC----TTTTG----TACATGTT-G-TAGTTG-ATCGATCTATTTT----CATATTTGGGGA-TTTCCAA----G---TT-TTTAAAAA------AAAA-------A----GC-TG-TAATTTAA--CA-------------TTTCTCATTGGACTCGTGTTT---GGTTTA-A----AG-TTTTGGGGATGATTGATAAG-AAAATT--GAAA-GAGGA---------A--AAAT----GACTATACAAGAAATT---------TCTCAA-TAGT---ATAAATTTTA--ATAAGCAGTACAGAGAAAAACTAAATTA-ATCAG---CATAAC---ATGATAAG-GGTTAA
gi|7                          :                    C-CTTATCAC-GCTAA--TCATAACTTTAGTTGTT--CTGAAAAAA---T-TGA---CG-CTCA----CCGCTAA--ACGCA-CAA--TAGTTGA----TTCCG----AACATGTT-G-TAGTTG-ATCGATC-ATTTT----CATGTT-GGGGA-TTTCCAA----A---TT-T------A------AAAA-------AAAAAGC-TGT-AATTTGA--CA-------------TTTCTCATTGGACTCATGTTT---GGTTT--A----TC-TTTCAGTGATGATCGATAAG-AAAATT--GAGACGGGGA-------------------------------AAATT---------TCTCAA-TTGT----TAAA-TTTA--AT
gi|8                          :                                                                                                                                              TTG-ATCGATCTATTTT----CATATTTGGGCA-TTTCCAA----GT--TT-T------A------AAAA-------A----GC-TG-CAATTCGA--CA-------------TTTCACATCAGACTCATGTAT---GGTTT--A----TA-TCTTAGTGATGATTGATAAG-AAAATA--CATA-GAAGA---------A--CAAT----GACTGAAC
gi|9                          :                  ACC-CTTATCACCGCTAAAATCACA-CTGAAGTTGTTTCCTGAAAAAAAAAT-TAA---CG-CTCA----CCGCTAA--ACGCAACAA--TTGCTGT----TTCCC----TACATGTT-G-TA-TTC-AGCCAT-TA-TCA----CATATTT