lowQualScore : 11 1111 222222 111111111111111111 1111111 1111111111111 6666666666666666666666 1
lowQualScore : 4 00 3 3333 888888 2 888888888888888888 888 2 7777777 55555 8888888 666 2 555 2 1111111111111 88888888 2 5555555555555555555555 666 999 5 6
lowQualScore : . .. . .... ...... . .................. ... . ....... ..... ....... ... . ... . ............. ........ . ...................... ... ... . .
lowQualScore : 8 44 1 5555 222222 5 444444444444444444 000 4 2222222 66666 1111111 111 1 888 1 0000000000000 11111111 2 8888888888888888888888 444 777 0 7
consensus : AAACTTCCAG-GTCAAGG-TCACA---AGATCACATA-CACCAT-TGCAT------------------TA-N-A-TAAAA-------G-----GTC------T---TGC-TGT---A-AAA-------------ATAT--------G-AAAGCC---CT---A--A-T-T-A-GCTTATATAGTTC---AAGAA--ATATCTTTA-AAGAATTT
Reference ( gi|7 ) : AAACTTTCAA-GTCAAGG-TCACA---GGATCACATA-CACCAT-TGCAT------------------TA-A-A-TAAAA-------G-----GTG------T---TGC-TGT---A-AAA-------------ATAT--------G-AAAGCT---CT---A-CA-TGT-A-GCTTATATAGTTC---AAGAG--ATATCTGTA-AAGAATTTACAT
gi|2 : AGATTTTCAA-GTCA-----CAC-----GATCACA---CATCAC-TGCAT------------------TA-C-T-TAAAA-------C-----GTC------T---TGC-TGT---A-AAA-------------ATAT--------G-GAAGCC---CTAGGA-TA-TAC-A-GTTTA
gi|10 : tgtatataaagcatggaagatctaacttaattgaatagtttagaacatatttcatgcgttcattttttttctttaagcgtaagtcAAACTTCCAG-GTCAAGG-TCACA---AGAT--CATA-CACCAT-AGCAT------------------CA-C-A-TGAAA-------GATCTAGTC------T---TGC-TGT---A-AAA-------------cg
gi|9 : atcgatttttcattaataaaagtaggtcAAACTT-CAATGTCAAGG-TCACA---ACATCA--TA-CACCGT-AGCAT------------------CA-T-A-TGAAA-------G-----GTC------T---TGC-AGG---A-AAG-------------ATAT--------T-AAAGCC---CT---
gi|3 : tatagatttttattaaaaagtagcAAACTTCCAG-ATGAAG--TCACA---AGATTAGA---CACCAT-TGCATACATGGTAGGCTGTGGTGTA-A-A-GAAA--------------GTG------TA--TG---GC---A-AAA-------------ATAT--------G-AAAGCC---TT--------------GCTTATACAGTCC---AAGAG--ATtgcttat
gi|4 : tcaattttgtattaattatatacaaaatataaaacagtctattgattattaaaagtaggtcAAACCTCCAG-GTCAAGG-TCACA---ATATTGCAT---ACCAC-TGTAT------------------TA-C-A-TGAAA-------G-----AAG------TACATGTATAT---ACAAA-------------ATAT--------G-AAAGC
gi|14 : atgtataaaaaaatgtgaaggatctactttgttcatgaatagtataggaaatattttatacggttttgttttattaaaagttggcaAAAATCCCAG-GTGAAGG-TCACA--------------CACCAA-TGCAT------------------TG-A-A-TAAAA-------G-----GTC------T---TA--------------------------------------G-AAAGCC---CT---AGTT-TGT-G----TATATAGTTC---AAGAA--ATATCc
gi|12 : aggttAAGCTTCCAG-ATCAAGT-TCACA---AGATCA--TG-AACCAT-TGCAT------------------CA-C-G-CGAAA-------G-----GCC------T---TGC-CTT---G-AAA-------------
gi|17 : aatcagatttgtataaaaagaaaataaatcTTTCAG-GTCAAGT-TCATG---AGATCACATA----CAT-TGCAT------------------TACATA-TAAAG-------G-----GTC------T---TAG-TGT---A-AGA-------------ATAC--------G-AAAAC----CT----------T-A-TTTTATATA
gi|5 : TTTCG--GTCAAGGGTCACA---AGATCAAAC----CCAT-AGCAT------------------TA-C-C-TAAA--------G-----GCA------T---TGC-TGT---G-AAAAGTGTATACACAGATAT--------G-GAAGCT---C----A--------A-GCTTTTATA-TTC---AAGA---ATATTT-TACAAGAATTT
gi|6 : ttgaataggtaacatttttattaaaaataggtaca-GTCAAGG-TCACA---AGATCACA---CACCAT-TGCAA------------------TA-A-A-TAAAA-------G-----ACC------T---TGC-TAT---A-AAG-------------ATAA--------G-AAA-CC---C----------GT-A-GCTTTTACAGTTC---AAGAAATATATATGTA-AAGAATTTt
gi|11 : AAGG-TCACA---AGATT-TGCA-CACCAT-TGCAT------------------AA-C-A-TGATA-------G-----GTC------T---TGC-TGTAAAA-AAA-------------ATAT--------G-AAAGCC---------------T-A-GCTTGTATAGTTC---AAGAG--ATATCTtcctatttttcagcatatgtaaactttgatccc
gi|15 : AAGG-TCACATTCGAATCACACATCACCATGTGCAT------------------CA-A-AGTAAAA-------G-----GT---------------------A-AAA-------------TTAT--------G-AAAGCC---CTAA-A-GA-TGT-A----TAT-TAGTTC---AAGAG--tcgg
gi|1 : G-TCACA---AGATCAC-T--CACTGT-TATAA------------------TA-C-A-TAAAA-------G-----TTC------T---TAC-TGT---G-AAA-------------ATAC--------G-AAATCCGAGTT---A-CA-TTTCA-GCATATGTA
gi|19 : gaaagtatgaaagatctaccatgaatgatttaggaaatattatatgcgttaattgttccttaattgtaggttaatcgtctaggtagatATCGCA---CACCAT-TGCAT------------------TA-A-A-AAAAAAAAGAGGG-----GTGGGGGCAT---TGC-TCT---A-AAA-------------ACAT--------G-AAA-TT---C----------GT-A-GCTTATACAaactttggtcccc
gi|18 : -CACCAT-TGCAT------------------TA-A-T-TAAAA-------T-----GTC------G---TGC-TGT---A-AAA-------------ATAT--------GAAAAGCT---CT---A-GATTAT-ACATTTATATAGTTC---AAGAA--ATATCT
gi|21 : -TGCAT------------------CA-A-A-TAAAA-------G-----GTC------T---TGC-AGT-----AAA-------------ATAT--------T-AAAGCT---CT---A-GA-T-T-A----TATACAGTT
gi|16 : -A-TAAAA-------G-----GTC------T---TTT-TTTT--A-AAA-------------ATAT--------G-AAAGCC---CT---A----------GTTTATATAGTTC---AAGAA--AAATCTTTG-AAGAATTTg
gi|8 : A-------G-----GTC------T---TGC-TGT---A-AAA--------------TGTAAAACTCAG-AGAGC----CT---A-TG-T-T-A-GATTACATACTTT---AAGAA--ATATCTTTA-AAGAATTTtcctatatttcagtaaa
gi|13 : GC-TGT---A-AAA-------------ATGC--------G-AAAACC---CT---G-GA-TA--------ATACAGTTTTAAAAGAA--ATATCTTTA-AAGAATTTtcctatacaccagtatatgtaaaattttatccc
gi|20 : A-------------ATAT--------A-AAAGCC---CT---A----------GCTTTTATAGTTC---AAGAA--ATATCTTTA-AAAAttccatatgtcagcatatgaaaaatttgttacc
Alignments
lowQualScore : 1111111 1111111111111111111 1111111111111111111111111111111 44444444444
lowQualScore : 33 555 9999999 2 1 2 33 2222222222222222222 2 2 555 2 4444444444444444444444444444444 77777777 2 55555555555 1 2 2 555 4 5 5
lowQualScore : .. ... ....... . . . .. ................... . . ... . ............................... ........ . ........... . . . ... . . .
lowQualScore : 66 000 8888888 4 0 2 11 4444444444444444444 1 0 555 0 0000000000000000000000000000000 66666666 1 55555555555 6 4 5 444 4 0 7
consensus : AAACTTCCAGGTCAAGG-TCACA---AGATCACATA-CACCAT-TGCATTACA-TA--AAA-------------G-----GT-CTTGC-TGT---A-AA----------------AA-------------TAT--------G-AAAGCCCTA-AT-TA---GCT-TATA-TAGTTC---AAGAAATATCT-T-TA-AAGAATTT
Reference ( family-1623 ) : AAACTTCCAGGTCAAGG-TCACA---AGATCACATA-CACCAT-TGCATTANA-TA--AAA-------------G-----GT-CTTGC-TGT---A-AA----------------AA-------------TAT--------G-AAAGCCCTA-AT-TA---GCT-TATA-TAGTTC---AAGAAATATCT-T-TA-AAGAATTT
gi|1 : TCTAGGTAGATG-TCACA---AGATCAC-T--CACTGT-TATAATACA-TA--AAA-------------G-----TT-CTTAC-TGT---G-AA----------------AA-------------TAC--------G-AAATCC
gi|10 : gaaagtatgaaagatctaccatgaatgatttaggaaatattatatgcgttaattgttccttaattgtaggttaatcgAAACTTCCAGGTCAAGG-TCACA---AGAT--CATA-CACCAT-AGCATCACA-TG--AAA-------------GATCTAGT-CTTGC-TGT---A-AA----------------Agagttacatttcagcatatgtaaactttggtcccc
gi|11 : atcgatttttcattaataaaagtaggtcAAGG-TCACA---AGATT-TGCA-CACCAT-TGCATAACA-TG--ATA-------------G-----GT-CTTGC-TGTAAAA-AA----------------AA-------------TAT--------G-AAAGCC-------TA---GCT-TGTA-TAGTTC---AAGAGATATCT-T-
gi|12 : AAGCTTCCAGATCAAGT-TCACA---AGAT--CATG-AACCAT-TGCATCACG-CG--AAA-------------G-----GC-CTTGC-CTT---G-AA----------------Acgg
gi|13 : aatcagatttgtataaaaagaaaataaatcGC-TGT---A-AA----------------AA-------------TGC--------G-AAAACCCTG-GA-TA--------ATA-CAGTTTTAAAAGAAATATCT-T-TA-AAGAATTT
gi|14 : AAAATCCCAGGTGAAGG-TCAC-------------A-CACCAA-TGCATTGAA-TA--AAA-------------G-----GT-CTTA------------------------------------------------------G-AAAGCCCTA-GT-TT---GTG-TATA-TAGTTC---AAGAAATATCttccatatgtcagcatatgaaaaatttgttacc
gi|15 : aggttAAGG-TCACATTCGAATCACACATCACCATGTGCATCAAAGTA--AAA-------------G-----GT-------------A-AA----------------AT-------------TAT--------G-AAAGCCCTA-A---A---GATGTATATTAGTTC---AAGA
gi|16 : A-TA--AAA-------------G-----GT-CTTTT-TTTT--A-AA----------------AA-------------TAT--------G-AAAGCCCTA---------GTT-TATA-TAGTTC---AAGAAAAATCT-T-TG-AAGAATTTg
gi|17 : TTTCAGGTCAAGT-TCATG---AGATCACATA-CA---T-TGCATTACA-TATAAAG-------------G-----GT-CTTAG-TGT---A-AG----------------AA-------------TAC--------G-AAAACCTT--AT-T------T-TATA-TAtcctatatttcagtaaa
gi|18 : -CACCAT-TGCATTAAT-TA--AAA-------------T-----GT-CGTGC-TGT---A-AA----------------AA-------------TAT--------GAAAAGCTCTAGAT-TATACATT-TATA-TAGTTC---AAGAAATATCT-
gi|19 : ATCGCA---CACCAT-TGCATTAAA-AA--AAAAAAGAGGGGTGGGG-----GC-ATTGC-TCT---A-AA----------------AA-------------CAT--------G-AAATTCGTA---------GCT-TATA-CA
gi|2 : TCAAG--TCACA---CGATCACA---CATCAC-TGCATTACT-TA--AAA-------------C-----GT-CTTGC-TGT---A-AA----------------AA-------------TAT--------G-GAAGCCC------TA---GGA-TATA-CAGTTT---A
gi|20 : tgtatataaagcatggaagatctaacttaattgaatagtttagaacatatttcatgcgttcattttttttctttaagcgtaagtcagattt----------------AA-------------TAT--------A-AAAGCCCTA---------GCT-TTTA-TAGTTC---AAGAAATATCT-T-TA-AAAAcg
gi|21 : -TGCATCAAA-TA--AAA-------------G-----GT-CTTGC-AGT-----AA----------------AA-------------TAT--------T-AAAGCTCTAGAT-TA-------TATA-CAGTTgacttcctatgtt
gi|3 : AAACTTCCAGATGAAG--TCACA---AGATTAGA---CACCAT-TGCAT-ACA-TG--GTA-------------G-----GC-TGTGG-TGT---A-AAGAAAGTGTATGGCAAAAA-------------TAT--------G-AAAGCCTT----------GCT-TATA-CAGTCC---AAGAGATg
gi|4 : tcaattttgtattaattatatacaaaatataaaacagtctattgattattaaaagtaggtcAAACCTCCAGGTCAAGG-TCACA---ATATTGCAT---ACCAC-TGTATTACA-TG--AAA-------------GAA---GTACATGTATAT---ACAA----------------AA-------------TAT--------G-AAAGCC
gi|5 : atgtataaaaaaatgtgaaggatctactttgttcatgaatagtataggaaatattttatacggttttgttttattaaaagttggcaATTTC--GGTCAAGGGTCACA---AGATCAAAC----CCAT-AGCATTACC-TA--AA--------------G-----GC-ATTGC-TGT---G-AA----------------AAGTGTATACACAGATAT--------G-GAAGCTC---A---A---GCT-TTTA-TA-TTC---AAGAA-TAT-T-T-TACAAGAATTT
gi|6 : ttgaataggtaacatttttattaaaaataggtacGTCAAGG-TCACA---AGATCACA---CACCAT-TGCAATAAA-TA--AAA-------------G-----AC-CTTGC-TAT---A-AA----------------GA-------------TAA--------G-AAA-CCC----G-TA---GCT-TTTA-CAGTTC---AAGAAATATATATGTA-AAGAATTTt
gi|7 : AAACTTTCAAGTCAAGG-TCACA---GGATCACATA-CACCAT-TGCATTAAA-TA--AAA-------------G-----GT-GTTGC-TGT---A-AA----------------AA-------------TAT--------G-AAAGCTCTACATGTA---GCT-TATA-TAGTTC---AAGAGATATCT-G-TA-AAGAATTTtcctatttttcagcatatgtaaactttgatccc
gi|8 : A-------------G-----GT-CTTGC-TGT---A-AA----------------A--------------TGTAAAACTCAG-AGAGCC-TATGT-TA---GAT-TACA-TACTTT---AAGAAATATCT-T-TA-AAGAATTTacat
gi|9 : AAACTTCAATGTCAAGG-TCACA---ACATCA--TA-CACCGT-AGCATCATA-TG--AAA-------------G-----GT-CTTGC-AGG---A-AA----------------GA-------------TAT--------T-AAAGCCCT---T------GCT-TATtcctatacaccagtatatgtaaaattttatccc
Alignments
lowQualScore : 1111111 1111111111111111111 1111111111111111 1111111111111 44444444444
lowQualScore : 33 555 9999999 2 444 2 2222222222222222222 2 2 8888888888888888 2 1111111111111 77777777 2 55555555555 1 2 2 555 4 5 5
lowQualScore : .. ... ....... . ... . ................... . . ................ . ............. ........ . ........... . . . ... . . .
lowQualScore : 66 000 8888888 4 333 2 4444444444444444444 1 0 8888888888888888 0 6666666666666 66666666 1 55555555555 6 4 5 444 4 0 7
consensus : AAACTTCCAGGTCAAGG-TCACA---AGATCACATA-CACCAT-TGCATTAC--A-TAAAA-------------G-----GT-CTTGC-TGT----------------A-AAAA-------------TAT--------G-AAAGCCCTA-AT-TA---GCT-TATA-TAGTTC---AAGAAATATCT-T-TA-AAGAATTT
Reference ( family-1623 ) : AAACTTCCAGGTCAAGG-TCACA---AGATCACATA-CACCAT-TGCATTAC--A-TAAAA-------------G-----GT-CTTGC-TGT----------------A-AAAA-------------TAT--------G-AAAGCCCTA-AT-TA---GCT-TATA-TAGTTC---AAGAAATATCT-T-TA-AAGAATTT
gi|1 : TCTAGGTAGATG-TCACA---AGATCAC-T--CACTGT-TATAATAC--A-TAAAA-------------G-----TT-CTTAC-TGT----------------G-AAAA-------------TAC--------G-AAATCC
gi|10 : gaaagtatgaaagatctaccatgaatgatttaggaaatattatatgcgttaattgttccttaattgtaggttaatcgAAACTTCCAGGTCAAGG-TCACA---AGAT--CATA-CACCAT-AGCATCAC--A-TGAAA-------------GATCTAGT-CTTGC-TGT----------------A-AAAgagttacatttcagcatatgtaaactttggtcccc
gi|11 : atcgatttttcattaataaaagtaggtcAAGG-TCACA---AGATT-TGCA-CACCAT-TGCATAAC--A-TGATA-------------G-----GT-CTTGC-TGTAAA-------------A-AAAA-------------TAT--------G-AAAGCC-------TA---GCT-TGTA-TAGTTC---AAGAGATATCT-T-
gi|12 : AAGCTTCCAGATCAAGT-TCACA---AGAT--CATG-AACCAT-TGCATCAC--G-CGAAA-------------G-----GC-CTTGC-CTT----------------G-AAAcgg
gi|13 : aatcagatttgtataaaaagaaaataaatcGC-TGT----------------A-AAAA-------------TGC--------G-AAAACCCTG-GA-TA--------ATA-CAGTTTTAAAAGAAATATCT-T-TA-AAGAATTT
gi|14 : AAAATCCCAGGTGAAGG-TCAC-------------A-CACCAA-TGCATTGA--A-TAAAA-------------G-----GT-CTTA---------------------------------------------------G-AAAGCCCTA-GT-TT---GTG-TATA-TAGTTC---AAGAAATATCttccatatgtcagcatatgaaaaatttgttacc
gi|15 : aggttAAGG-TCACATTCGAATCACACATCACCATGTGCATCAA--AGTAAAA-------------G-----GT--------------------------A-AAAT-------------TAT--------G-AAAGCCCTA-A---A---GATGTATATTAGTTC---AAGA
gi|16 : --A-TAAAA-------------G-----GT-CTTTT-TTTT---------------A-AAAA-------------TAT--------G-AAAGCCCTA---------GTT-TATA-TAGTTC---AAGAAAAATCT-T-TG-AAGAATTTg
gi|17 : TTTCAGGTCAAGT-TCATG---AGATCACATA----CAT-TGCATTACATA-TAAAG-------------G-----GT-CTTAG-TGT----------------A-AGAA-------------TAC--------G-AAAACCTT--AT-T------T-TATA-TAtcctatatttcagtaaa
gi|18 : -CACCAT-TGCATTAA--T-TAAAA-------------T-----GT-CGTGC-TGT----------------A-AAAA-------------TAT--------GAAAAGCTCTAGAT-TATACATT-TATA-TAGTTC---AAGAAATATCT-
gi|19 : ATCGCA---CACCAT-TGCATTAA--A-AAAAAAAAGAGGGGTGGGG-----GC-ATTGC-TCT----------------A-AAAA-------------CAT--------G-AAATTCGTA---------GCT-TATA-CA
gi|2 : TCAAG--TCACA---CGATCACA---CATCAC-TGCATTAC--T-TAAAA-------------C-----GT-CTTGC-TGT----------------A-AAAA-------------TAT--------G-GAAGCCC------TA---GGA-TATA-CAGTTT---A
gi|20 : tgtatataaagcatggaagatctaacttaattgaatagtttagaacatatttcatgcgttcattttttttctttaagcgtaagtcagatttAA-------------TAT--------A-AAAGCCCTA---------GCT-TTTA-TAGTTC---AAGAAATATCT-T-TA-AAAAcg
gi|21 : -TGCATCAA--A-TAAAA-------------G-----GT-CTTGC-AGT------------------AAAA-------------TAT--------T-AAAGCTCTAGAT-TA-------TATA-CAGTTgacttcctatgtt
gi|3 : AAACTTCCAGATGAAG--TCACA---AGATTAGA---CACCAT-TGCA-TAC--A-TGGTA-------------G-----GC-TGTGG-TGTAAAGAAAGTGTATGGCA-AAAA-------------TAT--------G-AAAGCCTT----------GCT-TATA-CAGTCC---AAGAGATg
gi|4 : tcaattttgtattaattatatacaaaatataaaacagtctattgattattaaaagtaggtcAAACCTCCAGGTCAAGG-TCACA---ATATTGCAT---ACCAC-TGTATTAC--A-TGAAA-------------GAA---GTACATGTATAT----------------ACAAAA-------------TAT--------G-AAAGCC
gi|5 : atgtataaaaaaatgtgaaggatctactttgttcatgaatagtataggaaatattttatacggttttgttttattaaaagttggcaATTTC--GGTCAAGGGTCACA---AGATCAAAC----CCAT-AGCATTAC--C-TAAA--------------G-----GC-ATTGC-TGT----------------G-AAAAGTGTATACACAGATAT--------G-GAAGCTC---A---A---GCT-TTTA-TA-TTC---AAGAA-TAT-T-T-TACAAGAATTT
gi|6 : ttgaataggtaacatttttattaaaaataggtacGTCAAGG-TCACA---AGATCACA---CACCAT-TGCAATAA--A-TAAAA-------------G-----AC-CTTGC-TAT----------------A-AAGA-------------TAA--------G-AAA-CCC----G-TA---GCT-TTTA-CAGTTC---AAGAAATATATATGTA-AAGAATTTt
gi|7 : AAACTTTCAAGTCAAGG-TCACA---GGATCACATA-CACCAT-TGCATTAA--A-TAAAA-------------G-----GT-GTTGC-TGT----------------A-AAAA-------------TAT--------G-AAAGCTCTACATGTA---GCT-TATA-TAGTTC---AAGAGATATCT-G-TA-AAGAATTTtcctatttttcagcatatgtaaactttgatccc
gi|8 : A-------------G-----GT-CTTGC-TGT----------------A-AAA--------------TGTAAAACTCAG-AGAGCC-TATGT-TA---GAT-TACA-TACTTT---AAGAAATATCT-T-TA-AAGAATTTacat
gi|9 : AAACTTCAATGTCAAGG-TCACA---ACATCA--TA-CACCGT-AGCATCAT--A-TGAAA-------------G-----GT-CTTGC-AGG----------------A-AAGA-------------TAT--------T-AAAGCCCT---T------GCT-TATtcctatacaccagtatatgtaaaattttatccc
Alignments
lowQualScore : 1111111 1111111111111111111 1111111111111111 1111111111111 44444444444
lowQualScore : 33 555 9999999 2 444 2 2222222222222222222 2 2 8888888888888888 2 1111111111111 77777777 2 55555555555 1 2 2 555 4 5 5
lowQualScore : .. ... ....... . ... . ................... . . ................ . ............. ........ . ........... . . . ... . . .
lowQualScore : 66 000 8888888 4 333 2 4444444444444444444 1 0 8888888888888888 0 6666666666666 66666666 1 55555555555 6 4 5 444 4 0 7
consensus : AAACTTCCAGGTCAAGG-TCACA---AGATCACATA-CACCAT-TGCATTAC--A-TAAAA-------------G-----GT-CTTGC-TGT----------------A-AAAA-------------TAT--------G-AAAGCCCTA-AT-TA---GCT-TATA-TAGTTC---AAGAAATATCT-T-TA-AAGAATTT
Reference ( family-1623 ) : AAACTTCCAGGTCAAGG-TCACA---AGATCACATA-CACCAT-TGCATTAC--A-TAAAA-------------G-----GT-CTTGC-TGT----------------A-AAAA-------------TAT--------G-AAAGCCCTA-AT-TA---GCT-TATA-TAGTTC---AAGAAATATCT-T-TA-AAGAATTT
gi|1 : TCTAGGTAGATG-TCACA---AGATCAC-T--CACTGT-TATAATAC--A-TAAAA-------------G-----TT-CTTAC-TGT----------------G-AAAA-------------TAC--------G-AAATCC
gi|10 : gaaagtatgaaagatctaccatgaatgatttaggaaatattatatgcgttaattgttccttaattgtaggttaatcgAAACTTCCAGGTCAAGG-TCACA---AGAT--CATA-CACCAT-AGCATCAC--A-TGAAA-------------GATCTAGT-CTTGC-TGT----------------A-AAAgagttacatttcagcatatgtaaactttggtcccc
gi|11 : atcgatttttcattaataaaagtaggtcAAGG-TCACA---AGATT-TGCA-CACCAT-TGCATAAC--A-TGATA-------------G-----GT-CTTGC-TGTAAA-------------A-AAAA-------------TAT--------G-AAAGCC-------TA---GCT-TGTA-TAGTTC---AAGAGATATCT-T-
gi|12 : AAGCTTCCAGATCAAGT-TCACA---AGAT--CATG-AACCAT-TGCATCAC--G-CGAAA-------------G-----GC-CTTGC-CTT----------------G-AAAcgg
gi|13 : aatcagatttgtataaaaagaaaataaatcGC-TGT----------------A-AAAA-------------TGC--------G-AAAACCCTG-GA-TA--------ATA-CAGTTTTAAAAGAAATATCT-T-TA-AAGAATTT
gi|14 : AAAATCCCAGGTGAAGG-TCAC-------------A-CACCAA-TGCATTGA--A-TAAAA-------------G-----GT-CTTA---------------------------------------------------G-AAAGCCCTA-GT-TT---GTG-TATA-TAGTTC---AAGAAATATCttccatatgtcagcatatgaaaaatttgttacc
gi|15 : aggttAAGG-TCACATTCGAATCACACATCACCATGTGCATCAA--AGTAAAA-------------G-----GT--------------------------A-AAAT-------------TAT--------G-AAAGCCCTA-A---A---GATGTATATTAGTTC---AAGA
gi|16 : --A-TAAAA-------------G-----GT-CTTTT-TTTT---------------A-AAAA-------------TAT--------G-AAAGCCCTA---------GTT-TATA-TAGTTC---AAGAAAAATCT-T-TG-AAGAATTTg
gi|17 : TTTCAGGTCAAGT-TCATG---AGATCACATA----CAT-TGCATTACATA-TAAAG-------------G-----GT-CTTAG-TGT----------------A-AGAA-------------TAC--------G-AAAACCTT--AT-T------T-TATA-TAtcctatatttcagtaaa
gi|18 : -CACCAT-TGCATTAA--T-TAAAA-------------T-----GT-CGTGC-TGT----------------A-AAAA-------------TAT--------GAAAAGCTCTAGAT-TATACATT-TATA-TAGTTC---AAGAAATATCT-
gi|19 : ATCGCA---CACCAT-TGCATTAA--A-AAAAAAAAGAGGGGTGGGG-----GC-ATTGC-TCT----------------A-AAAA-------------CAT--------G-AAATTCGTA---------GCT-TATA-CA
gi|2 : TCAAG--TCACA---CGATCACA---CATCAC-TGCATTAC--T-TAAAA-------------C-----GT-CTTGC-TGT----------------A-AAAA-------------TAT--------G-GAAGCCC------TA---GGA-TATA-CAGTTT---A
gi|20 : tgtatataaagcatggaagatctaacttaattgaatagtttagaacatatttcatgcgttcattttttttctttaagcgtaagtcagatttAA-------------TAT--------A-AAAGCCCTA---------GCT-TTTA-TAGTTC---AAGAAATATCT-T-TA-AAAAcg
gi|21 : -TGCATCAA--A-TAAAA-------------G-----GT-CTTGC-AGT------------------AAAA-------------TAT--------T-AAAGCTCTAGAT-TA-------TATA-CAGTTgacttcctatgtt
gi|3 : AAACTTCCAGATGAAG--TCACA---AGATTAGA---CACCAT-TGCA-TAC--A-TGGTA-------------G-----GC-TGTGG-TGTAAAGAAAGTGTATGGCA-AAAA-------------TAT--------G-AAAGCCTT----------GCT-TATA-CAGTCC---AAGAGATg
gi|4 : tcaattttgtattaattatatacaaaatataaaacagtctattgattattaaaagtaggtcAAACCTCCAGGTCAAGG-TCACA---ATATTGCAT---ACCAC-TGTATTAC--A-TGAAA-------------GAA---GTACATGTATAT----------------ACAAAA-------------TAT--------G-AAAGCC
gi|5 : atgtataaaaaaatgtgaaggatctactttgttcatgaatagtataggaaatattttatacggttttgttttattaaaagttggcaATTTC--GGTCAAGGGTCACA---AGATCAAAC----CCAT-AGCATTAC--C-TAAA--------------G-----GC-ATTGC-TGT----------------G-AAAAGTGTATACACAGATAT--------G-GAAGCTC---A---A---GCT-TTTA-TA-TTC---AAGAA-TAT-T-T-TACAAGAATTT
gi|6 : ttgaataggtaacatttttattaaaaataggtacGTCAAGG-TCACA---AGATCACA---CACCAT-TGCAATAA--A-TAAAA-------------G-----AC-CTTGC-TAT----------------A-AAGA-------------TAA--------G-AAA-CCC----G-TA---GCT-TTTA-CAGTTC---AAGAAATATATATGTA-AAGAATTTt
gi|7 : AAACTTTCAAGTCAAGG-TCACA---GGATCACATA-CACCAT-TGCATTAA--A-TAAAA-------------G-----GT-GTTGC-TGT----------------A-AAAA-------------TAT--------G-AAAGCTCTACATGTA---GCT-TATA-TAGTTC---AAGAGATATCT-G-TA-AAGAATTTtcctatttttcagcatatgtaaactttgatccc
gi|8 : A-------------G-----GT-CTTGC-TGT----------------A-AAA--------------TGTAAAACTCAG-AGAGCC-TATGT-TA---GAT-TACA-TACTTT---AAGAAATATCT-T-TA-AAGAATTTacat
gi|9 : AAACTTCAATGTCAAGG-TCACA---ACATCA--TA-CACCGT-AGCATCAT--A-TGAAA-------------G-----GT-CTTGC-AGG----------------A-AAGA-------------TAT--------T-AAAGCCCT---T------GCT-TATtcctatacaccagtatatgtaaaattttatccc
blockSeqs : GG TTC CACACAT G CAT G AAAGAGGGGTGGGG A A AAAGAAAGTGTATGGC C GTGTATACACAGA AAAACTCA A TAGATTATAC T G T TAA A G C
blockSeqs : G . CACATA . C . GATCTA . . AAA . . . . TACATGTA A . . . . . .
blockSeqs : G . CACATA . C . GAA . . T . . . . TAGATTA T . . . . . .
blockSeqs : T . TTGCA . C . G . . . . . . . TATGTTA T . . . . . .
blockSeqs : G . TGCAT . A . G . . . . . . . TGGATA C . . . . . .
blockSeqs : G . CAAAC . A . G . . . . . . . TAGTTT G . . . . . .
blockSeqs : T . CATA . A . G . . . . . . . TAAA C . . . . .
blockSeqs : G . CATG . A . G . . . . . . . TATT C . . . .
blockSeqs : G . CGCA . C . G . . . . . . . GTA C . . .
blockSeqs : G . CACA . A . T . . . . . . . TA C . . .
blockSeqs : G . TAGA . C . C . . . . . . . TA C . . .
blockSeqs : . . CACA . C . G . . . . . . . TA A . . .
blockSeqs : . . CATA . C . G . . . . . . . TA C . .
blockSeqs : A . A . G . . . . . . . AA . . .
blockSeqs : . A . G . . . . . . . TT . . .
blockSeqs : . T . G . . . . . . . T . .
blockSeqs : . G . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons :
originalCons : AAACTTCCAGGTCAAGG-TCACA---AGATCACATA-CACCAT-TGCATTAC--A-TAAAA-------------G-----GT-CTTGC-TGT----------------A-AAAA-------------TAT--------G-AAAGCCCTA-AT-TA---GCT-TATA-TAGTTC---AAGAAATATCT-T-TA-AAGAATTT
finalCons : AAACTTCCAGGTCAAGG-TCACA---AGATCACATA-CACCAT-TGCATTAC--A-TAAAA-------------G-----GT-CTTGC-TGT----------------A-AAAA-------------TAT--------G-AAAGCCCTA-AT-TA---GCT-TATA-TAGTTC---AAGAAATATCT-T-TA-AAGAATTT
Alignments
lowQualScore : 1111111 1111111111111111111 1111111111111111 1111111111111 44444444444
lowQualScore : 33 555 9999999 2 444 2 2222222222222222222 2 2 8888888888888888 2 1111111111111 77777777 2 55555555555 1 2 2 555 4 5 5
lowQualScore : .. ... ....... . ... . ................... . . ................ . ............. ........ . ........... . . . ... . . .
lowQualScore : 66 000 8888888 4 333 2 4444444444444444444 1 0 8888888888888888 0 6666666666666 66666666 1 55555555555 6 4 5 444 4 0 7
consensus : AAACTTCCAGGTCAAGG-TCACA---AGATCACATA-CACCAT-TGCATTAC--A-TAAAA-------------G-----GT-CTTGC-TGT----------------A-AAAA-------------TAT--------G-AAAGCCCTA-AT-TA---GCT-TATA-TAGTTC---AAGAAATATCT-T-TA-AAGAATTT
Reference ( family-1623 ) : AAACTTCCAGGTCAAGG-TCACA---AGATCACATA-CACCAT-TGCATTAC--A-TAAAA-------------G-----GT-CTTGC-TGT----------------A-AAAA-------------TAT--------G-AAAGCCCTA-AT-TA---GCT-TATA-TAGTTC---AAGAAATATCT-T-TA-AAGAATTT
gi|1 : TCTAGGTAGATG-TCACA---AGATCAC-T--CACTGT-TATAATAC--A-TAAAA-------------G-----TT-CTTAC-TGT----------------G-AAAA-------------TAC--------G-AAATCC
gi|10 : gaaagtatgaaagatctaccatgaatgatttaggaaatattatatgcgttaattgttccttaattgtaggttaatcgAAACTTCCAGGTCAAGG-TCACA---AGAT--CATA-CACCAT-AGCATCAC--A-TGAAA-------------GATCTAGT-CTTGC-TGT----------------A-AAAgagttacatttcagcatatgtaaactttggtcccc
gi|11 : atcgatttttcattaataaaagtaggtcAAGG-TCACA---AGATT-TGCA-CACCAT-TGCATAAC--A-TGATA-------------G-----GT-CTTGC-TGTAAA-------------A-AAAA-------------TAT--------G-AAAGCC-------TA---GCT-TGTA-TAGTTC---AAGAGATATCT-T-
gi|12 : AAGCTTCCAGATCAAGT-TCACA---AGAT--CATG-AACCAT-TGCATCAC--G-CGAAA-------------G-----GC-CTTGC-CTT----------------G-AAAcgg
gi|13 : aatcagatttgtataaaaagaaaataaatcGC-TGT----------------A-AAAA-------------TGC--------G-AAAACCCTG-GA-TA--------ATA-CAGTTTTAAAAGAAATATCT-T-TA-AAGAATTT
gi|14 : AAAATCCCAGGTGAAGG-TCAC-------------A-CACCAA-TGCATTGA--A-TAAAA-------------G-----GT-CTTA---------------------------------------------------G-AAAGCCCTA-GT-TT---GTG-TATA-TAGTTC---AAGAAATATCttccatatgtcagcatatgaaaaatttgttacc
gi|15 : aggttAAGG-TCACATTCGAATCACACATCACCATGTGCATCAA--AGTAAAA-------------G-----GT--------------------------A-AAAT-------------TAT--------G-AAAGCCCTA-A---A---GATGTATATTAGTTC---AAGA
gi|16 : --A-TAAAA-------------G-----GT-CTTTT-TTTT---------------A-AAAA-------------TAT--------G-AAAGCCCTA---------GTT-TATA-TAGTTC---AAGAAAAATCT-T-TG-AAGAATTTg
gi|17 : TTTCAGGTCAAGT-TCATG---AGATCACATA----CAT-TGCATTACATA-TAAAG-------------G-----GT-CTTAG-TGT----------------A-AGAA-------------TAC--------G-AAAACCTT--AT-T------T-TATA-TAtcctatatttcagtaaa
gi|18 : -CACCAT-TGCATTAA--T-TAAAA-------------T-----GT-CGTGC-TGT----------------A-AAAA-------------TAT--------GAAAAGCTCTAGAT-TATACATT-TATA-TAGTTC---AAGAAATATCT-
gi|19 : ATCGCA---CACCAT-TGCATTAA--A-AAAAAAAAGAGGGGTGGGG-----GC-ATTGC-TCT----------------A-AAAA-------------CAT--------G-AAATTCGTA---------GCT-TATA-CA
gi|2 : TCAAG--TCACA---CGATCACA---CATCAC-TGCATTAC--T-TAAAA-------------C-----GT-CTTGC-TGT----------------A-AAAA-------------TAT--------G-GAAGCCC------TA---GGA-TATA-CAGTTT---A
gi|20 : tgtatataaagcatggaagatctaacttaattgaatagtttagaacatatttcatgcgttcattttttttctttaagcgtaagtcagatttAA-------------TAT--------A-AAAGCCCTA---------GCT-TTTA-TAGTTC---AAGAAATATCT-T-TA-AAAAcg
gi|21 : -TGCATCAA--A-TAAAA-------------G-----GT-CTTGC-AGT------------------AAAA-------------TAT--------T-AAAGCTCTAGAT-TA-------TATA-CAGTTgacttcctatgtt
gi|3 : AAACTTCCAGATGAAG--TCACA---AGATTAGA---CACCAT-TGCA-TAC--A-TGGTA-------------G-----GC-TGTGG-TGTAAAGAAAGTGTATGGCA-AAAA-------------TAT--------G-AAAGCCTT----------GCT-TATA-CAGTCC---AAGAGATg
gi|4 : tcaattttgtattaattatatacaaaatataaaacagtctattgattattaaaagtaggtcAAACCTCCAGGTCAAGG-TCACA---ATATTGCAT---ACCAC-TGTATTAC--A-TGAAA-------------GAA---GTACATGTATAT----------------ACAAAA-------------TAT--------G-AAAGCC
gi|5 : atgtataaaaaaatgtgaaggatctactttgttcatgaatagtataggaaatattttatacggttttgttttattaaaagttggcaATTTC--GGTCAAGGGTCACA---AGATCAAAC----CCAT-AGCATTAC--C-TAAA--------------G-----GC-ATTGC-TGT----------------G-AAAAGTGTATACACAGATAT--------G-GAAGCTC---A---A---GCT-TTTA-TA-TTC---AAGAA-TAT-T-T-TACAAGAATTT
gi|6 : ttgaataggtaacatttttattaaaaataggtacGTCAAGG-TCACA---AGATCACA---CACCAT-TGCAATAA--A-TAAAA-------------G-----AC-CTTGC-TAT----------------A-AAGA-------------TAA--------G-AAA-CCC----G-TA---GCT-TTTA-CAGTTC---AAGAAATATATATGTA-AAGAATTTt
gi|7 : AAACTTTCAAGTCAAGG-TCACA---GGATCACATA-CACCAT-TGCATTAA--A-TAAAA-------------G-----GT-GTTGC-TGT----------------A-AAAA-------------TAT--------G-AAAGCTCTACATGTA---GCT-TATA-TAGTTC---AAGAGATATCT-G-TA-AAGAATTTtcctatttttcagcatatgtaaactttgatccc
gi|8 : A-------------G-----GT-CTTGC-TGT----------------A-AAA--------------TGTAAAACTCAG-AGAGCC-TATGT-TA---GAT-TACA-TACTTT---AAGAAATATCT-T-TA-AAGAATTTacat
gi|9 : AAACTTCAATGTCAAGG-TCACA---ACATCA--TA-CACCGT-AGCATCAT--A-TGAAA-------------G-----GT-CTTGC-AGG----------------A-AAGA-------------TAT--------T-AAAGCCCT---T------GCT-TATtcctatacaccagtatatgtaaaattttatccc