lowQualScore : 111
lowQualScore : 2 2 4 777777777 22 111 2 2 2 333
lowQualScore : . . . ......... .. ... . . . ...
lowQualScore : 2 2 4 777777777 99 111 1 1 1 777
consensus : AGAGC-C-C-TG--G---G--AAAAA--AAG---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAATC
Reference ( gi|12 ) : AGAGC-C-C-TG--G---A--AAAAA--AAG---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAATC
gi|16 : AGAGC-C-C-TG--G---G--AAAGA--A-G---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAATC
gi|13 : AGAGC-C-C-TG--A---G--AAAAA--AAG---GAA-A-G-TGAG-TGAT---GAAAATC
gi|18 : AGAGC-C-C-TG--G---G--GAAAA---AG---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAATt
gi|4 : AGAGT-C-T-TGTTA---A--AAAAA--AAG---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAATC
gi|2 : cAGAGC-C-C-TGC-G---A--AAAAA--AAGAAGGAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAAt
gi|14 : cAGAAC-C-C-TG--G---A--AAA-A--AAG---GAA-A-GTTGAC-TGTT---GAAAATCatctt
gi|5 : cAGAGC-C-C-TG--C---A--AAAAA--AAGAAGGAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAA
gi|10 : cAGAGC-C-C-TG--G---G--GAAAA--AAG---GAA-T-GTAAAG-TGAT---GAAAATCtct
gi|11 : AGAAC-T-C-TA--G---G--GAAAA--AAG---GAA-A-GTTTAG-TGAT---GAAAATCt
gi|3 : cAGAGC-C-CCTG--C---A--AAAAA--AAGAAGGAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAA
gi|6 : AGAGCAC-C-TG--G---A--AAAAAGAAAG---GGA-ATGTTGAG-TGAT---GAAAtctt
gi|9 : AAAGC-C-C-TG--A---G--TGGAA--AAG---GAA-A-GTTGGG-TGAT---GGAAATCtct
gi|19 : cAGAGC-C-CCTG--G---G--GAAAA--AAG----AA-A-GTTGAG-TGAT---AAAt
gi|1 : AGAGC-CTC-TGC-G---A--AAAAG--AAG---GAACA-GTTGAGTTGATGCCGAAAATCt
gi|7 : GAAC-C-C-TG--GGGAA--AAAAG--AAG---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAATCttcg
gi|20 : GAGC-C-C-TG--G---A--AAA-----AG---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAA
gi|17 : GAGC-C-C-TG--G---G--GGGGA--AAG---GAA-A-ATTGAG-TGAT---GAAAATC
gi|15 : AGC-C-C-TG--G---GGGAAAAA--AAG---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAAT
gi|8 : aG--G---G--AAAAA--GAG---GAA-A-GTTGAA-TGAG---GAAAATC
Alignments
lowQualScore : 111
lowQualScore : 2 2 4 22 22 44 4444 000 2 2 2 333
lowQualScore : . . . .. .. .. .... ... . . . ...
lowQualScore : 1 1 2 88 88 88 2222 555 0 0 0 555
consensus : AGAGC-C-C-TG--GG--AAAAA--AA----G---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAATC
Reference ( family-1615 ) : AGAGC-C-C-TG--GG--AAAAA--AA----G---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAATC
gi|1 : AGAGC-CTC-TG--CG--AAAAAG-AA----G---GAACA-GTTGAGTTGATGCCGAAAATC
gi|10 : AGAGC-C-C-TG--GG--GAAAA--AA----G---GAA-T-GTAAAG-TGAT---GAAAATCttcg
gi|11 : AGAAC-T-C-TA--GG--GAAAA--AA----G---GAA-A-GTTTAG-TGAT---GAAAATCt
gi|12 : cAGAGC-C-C-TG--GA--AAAAA--AA----G---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAATC
gi|13 : AGAGC-C-C-TG--AG--AAAAA--AA----G---GAA-A-G-TGAG-TGAT---GAAAATC
gi|14 : AGAAC-C-C-TG--G---AAAAA--AA----G---GAA-A-GTTGAC-TGTT---GAAAATCt
gi|15 : cAGC-C-C-TG--GGGGAAAAA--AA----G---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAAT
gi|16 : aAGAGC-C-C-TG--GG--AAAGA--A-----G---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAATC
gi|17 : GAGC-C-C-TG--GG--GGGGA--AA----G---GAA-A-ATTGAG-TGAT---GAAAATC
gi|18 : AGAGC-C-C-TG--GG--GAAAA---A----G---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAAT
gi|19 : AGAGC-C-CCTG--GG--GAAAA--AA----G----AA-A-GTTGAG-TGAT---AAA
gi|2 : AGAGC-C-C-TG--CG--AAAAA--AAAGAAG---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAAt
gi|20 : cGAGC-C-C-TG--G-----AAA--AA----G---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAatctt
gi|3 : AGAGC-C-CCTG--CA--AAAAA--AA----GAAGGAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAA
gi|4 : AGAGT-C-T-TGTTAA--AAAAA--AA----G---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAATCtctt
gi|5 : cAGAGC-C-C-TG--CA--AAAAA--AA----GAAGGAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAt
gi|6 : cAGAGCAC-C-TG--GA--AAAAAGAAA----G---GGA-ATGTTGAG-TGAT---GAAAtct
gi|7 : GAAC-C-C-TG--GG--GAAAA--AA----GAAGGAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAATCtct
gi|8 : G--GG--AAAAA--GA----G---GAA-A-GTTGAA-TGAG---GAAAATC
gi|9 : caaagcctggAAAGC-C-C-TG--AG--TGGAA--AA----G---GAA-A-GTTGGG-TGAT---GGAAATC
Alignments
lowQualScore : 111
lowQualScore : 2 2 4 22 22 44 4444 000 2 2 2 333
lowQualScore : . . . .. .. .. .... ... . . . ...
lowQualScore : 1 1 2 88 88 88 2222 555 0 0 0 555
consensus : AGAGC-C-C-TG--GG--AAAAA--AA----G---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAATC
Reference ( family-1615 ) : AGAGC-C-C-TG--GG--AAAAA--AA----G---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAATC
gi|1 : AGAGC-CTC-TG--CG--AAAAAG-AA----G---GAACA-GTTGAGTTGATGCCGAAAATC
gi|10 : AGAGC-C-C-TG--GG--GAAAA--AA----G---GAA-T-GTAAAG-TGAT---GAAAATCttcg
gi|11 : AGAAC-T-C-TA--GG--GAAAA--AA----G---GAA-A-GTTTAG-TGAT---GAAAATCt
gi|12 : cAGAGC-C-C-TG--GA--AAAAA--AA----G---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAATC
gi|13 : AGAGC-C-C-TG--AG--AAAAA--AA----G---GAA-A-G-TGAG-TGAT---GAAAATC
gi|14 : AGAAC-C-C-TG--G---AAAAA--AA----G---GAA-A-GTTGAC-TGTT---GAAAATCt
gi|15 : cAGC-C-C-TG--GGGGAAAAA--AA----G---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAAT
gi|16 : aAGAGC-C-C-TG--GG--AAAGA--A-----G---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAATC
gi|17 : GAGC-C-C-TG--GG--GGGGA--AA----G---GAA-A-ATTGAG-TGAT---GAAAATC
gi|18 : AGAGC-C-C-TG--GG--GAAAA---A----G---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAAT
gi|19 : AGAGC-C-CCTG--GG--GAAAA--AA----G----AA-A-GTTGAG-TGAT---AAA
gi|2 : AGAGC-C-C-TG--CG--AAAAA--AAAGAAG---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAAt
gi|20 : cGAGC-C-C-TG--G-----AAA--AA----G---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAatctt
gi|3 : AGAGC-C-CCTG--CA--AAAAA--AA----GAAGGAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAA
gi|4 : AGAGT-C-T-TGTTAA--AAAAA--AA----G---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAATCtctt
gi|5 : cAGAGC-C-C-TG--CA--AAAAA--AA----GAAGGAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAt
gi|6 : cAGAGCAC-C-TG--GA--AAAAAGAAA----G---GGA-ATGTTGAG-TGAT---GAAAtct
gi|7 : GAAC-C-C-TG--GG--GAAAA--AA----GAAGGAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAATCtct
gi|8 : G--GG--AAAAA--GA----G---GAA-A-GTTGAA-TGAG---GAAAATC
gi|9 : caaagcctggAAAGC-C-C-TG--AG--TGGAA--AA----G---GAA-A-GTTGGG-TGAT---GGAAATC
blockSeqs : A . C TT GG GA AGAA AAG . T . .
blockSeqs : . . C . . . . AAG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . AAG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** ***
originalCons : AGAGC-C-C-TG--GG--AAAAA--AA----G---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAATC
finalCons : AGAGC-C-C-TG--GG--AAAAA--AA----G---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAATC
Alignments
lowQualScore : 111
lowQualScore : 2 2 4 22 22 44 4444 000 2 2 2 333
lowQualScore : . . . .. .. .. .... ... . . . ...
lowQualScore : 1 1 2 88 88 88 2222 555 0 0 0 555
consensus : AGAGC-C-C-TG--GG--AAAAA--AA----G---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAATC
Reference ( family-1615 ) : AGAGC-C-C-TG--GG--AAAAA--AA----G---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAATC
gi|1 : AGAGC-CTC-TG--CG--AAAAAG-AA----G---GAACA-GTTGAGTTGATGCCGAAAATC
gi|10 : AGAGC-C-C-TG--GG--GAAAA--AA----G---GAA-T-GTAAAG-TGAT---GAAAATCttcg
gi|11 : AGAAC-T-C-TA--GG--GAAAA--AA----G---GAA-A-GTTTAG-TGAT---GAAAATCt
gi|12 : cAGAGC-C-C-TG--GA--AAAAA--AA----G---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAATC
gi|13 : AGAGC-C-C-TG--AG--AAAAA--AA----G---GAA-A-G-TGAG-TGAT---GAAAATC
gi|14 : AGAAC-C-C-TG--G---AAAAA--AA----G---GAA-A-GTTGAC-TGTT---GAAAATCt
gi|15 : cAGC-C-C-TG--GGGGAAAAA--AA----G---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAAT
gi|16 : aAGAGC-C-C-TG--GG--AAAGA--A-----G---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAATC
gi|17 : GAGC-C-C-TG--GG--GGGGA--AA----G---GAA-A-ATTGAG-TGAT---GAAAATC
gi|18 : AGAGC-C-C-TG--GG--GAAAA---A----G---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAAT
gi|19 : AGAGC-C-CCTG--GG--GAAAA--AA----G----AA-A-GTTGAG-TGAT---AAA
gi|2 : AGAGC-C-C-TG--CG--AAAAA--AAAGAAG---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAAt
gi|20 : cGAGC-C-C-TG--G-----AAA--AA----G---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAatctt
gi|3 : AGAGC-C-CCTG--CA--AAAAA--AA----GAAGGAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAA
gi|4 : AGAGT-C-T-TGTTAA--AAAAA--AA----G---GAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAATCtctt
gi|5 : cAGAGC-C-C-TG--CA--AAAAA--AA----GAAGGAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAt
gi|6 : cAGAGCAC-C-TG--GA--AAAAAGAAA----G---GGA-ATGTTGAG-TGAT---GAAAtct
gi|7 : GAAC-C-C-TG--GG--GAAAA--AA----GAAGGAA-A-GTTGAG-TGAT---GAAAATCtct
gi|8 : G--GG--AAAAA--GA----G---GAA-A-GTTGAA-TGAG---GAAAATC
gi|9 : caaagcctggAAAGC-C-C-TG--AG--TGGAA--AA----G---GAA-A-GTTGGG-TGAT---GGAAATC