lowQualScore : 11 1111 1111 222222222222222222 11111111 111111111 1111111111111111111 11111111111111 66666666666666666666666666666666666 22222
lowQualScore : 55 888888 444 0000 2 2 1 2 5555 2 33 99 33 0 444 33 666666 0 3333 4 4 444 888888888888888888 99999999 3 22 111111111 555555 0000000000000000000 22 1 22 44444444444444 2 1 2 0 1 22 2 66666666 00000000000000000000000000000000000 2 22222 4 0 9
lowQualScore : .. ...... ... .... . . . . .... . .. .. .. . ... .. ...... . .... . . ... .................. ........ . .. ......... ...... ................... .. . .. .............. . . . . . .. . ........ ................................... . ..... . . .
lowQualScore : 11 222222 777 6666 5 5 1 5 0000 2 11 11 22 3 111 22 888888 6 3333 8 8 111 222222222222222222 00000000 1 88 777777777 555555 2222222222222222222 44 7 55 00000000000000 0 5 1 3 8 99 2 88888888 44444444444444444444444444444444444 9 00000 1 4 1
consensus : TTATTTTCGT------G---TGG----ATA-C-AATG-ATGTA----TTTAT-T--CANGAG--ACATA---A--CTT------TCATGAATCAT---TATTTAT---TGCTCA---A---A-GTC---TTCTAT-------ATGTAA--GA------G--TT------TATTC------GCGAG-------A--ACTAAA-TTT--T----CGCG------A-ATGGCT-AGTCTCGCA--A-AA--T-----T----ACGC----GTA--AA-A-AT--T-N------TTCT-CGCAAATAA--AATGTGATTTACAGTA
Reference ( gi|7 ) : TTAGCTTTGT------G---TGG----ATA-C-AATG-ATGTA----TTTAT-T--CAAGAG--ACATA---A--CTT------TCATGAATCAT---CACTCAT---TGCTCA---A---A-ATC---ATCTAC-------ATGTAA--GA------A--TT------TATTT------GCAAA-------A--ACTAAA-TTT--T----CACA------A-ATGACT-AGTCTCACA--A-AA--T-----T----ACAT----GTA--AA-ACAT--T-T------TTCT-CACAAAAAC--AGTGTGATTTGCAGTA
gi|6 : TTATTTTCAC------G---TGG----ATA-C-AAGG-ATGTA----TCTAT-T--CA-------CTCA---A--CTT------TCACAAATCAT---TATTGAC---TGCT------------------TCTAC-------ATGCAA--GA------G--TT------TCTTC------ATAAG-------AGAACACAA-TTT--T----TGTA------A-AAGGCT-AGTCTTGCA--A-AA--T-----T----ACA------TA--AATATAT--CAT------TTCT-
gi|9 : ttatttcactagatcTTATTTTCGC------G---CTG----ATA-C-ACTG-ATGTG----TATAT-T--CACGAG--ATATA---C--CTT------TCTCGAATCAT---CATTTAT---TG-TTG---A---A-ATC---TTCTAT-------ATGTGC--AA------A--TTGACATGTATTC------CTGAG-------A--ACTATT-TTT--TTAGGCGTA------A-A-GACT-TTTCTTGCA--A-Atgctatgaacctaatgcatgc
gi|17 : tattgcaagactTTAGTTTGAT------G---TGG----ATA-C-AATG-ATGCA----AATGT-T--CAAGAGATATATA---A--CTT------TTGTGAATCAT----AATTAT---TGCTC----T---A-GTC---TTCTA------------GA--AA------ATTTT------TATT---------AAAAGTTAATA--ACTGAA-TTT--T----TGTG------A-ATtaaaatacgatttacattat
gi|3 : ctgtagaacgatttcatttcacaagatcTTATTTTTGT------G---TGG----A-----AAAG-ATGCA----CTTGC-T--CACAAG--ACAAA---T--CTT------TCATGAATCAT----AATTAT----------------A-GTT---AT-TGC-------A-GTAA---A------A--TT------GATTA------GTATG-------A--GTGAAA-TTTCGT----CAT----------TGGTA-AATCTCTCA--A-AA--T-----T----GTGC----ATA--AG-ACAA--T-TGGAATATTCT-TGCTAATAA--AATGTGATTTACAATAa
gi|31 : ttatttcatgagatcTTATTTTCGT------G---TGG----ATA-C-AATG-ATGTA----TTTGT-T--CAActttctacagaa
gi|2 : aactatttcatgagaccTTATTTTTGT------G---T------------AA-G-ATATC----TTTAT-T--CATGAG--ACATA---A--CTT------TTGTGAATGAT---TATCTAT---TGC-CA---ATTTA-GTC---TGCTAC-------AT-TAA--TG------T--TT------TATTCATATTAATAAG-------A--ACAAAA-TT---------ACATGTATTA-ATGGGT-ACTTCTGCA--A-GA--T-----T----GTGT----ATA--TG-TCAT--G-T------TT-T-TACAAAa
gi|1 : acactgggaattgtcacatgcctaaaaatactgtatatcactgttttgtgcgaccTACCTTTGTTTTCACG---TGA----ATATC-AATG-AGGTA----TTTAT-T--CATGAG--ACGTA---A--TGT------TTATCAATCAC---TATTTAT---TACTCA---A---G-A-C---TTCTGT-------GCGCAA--AC------G--TT------TATTT------GCGAG-------A--AATAGA-TTT--T----CTCC------A-ATGGTTAAGTCTCGCACTA-AA--T-----T----TCAC----GCA--Acatcattcttttt
gi|5 : ttttattttggtaTTTTT------G---TGG----ATA-C-AATGAATGTATGTTTCTGT-T--AAAAAG--GAATG---A--CTTCACAACTCAT---TCAT---TATTCAT---TGCGCA---T---A-GTCTTTCTCTAT-------ATGT-----A------A--CT------TATTT------GTGGA-------A--TCTAAA-TTT--T----CGTG------ATATGACT-AA---CACG--C-GA--T-----T----ATGG----ATA--AG---------T------GTCTACACAAATAA--AAT-TGATTC-CAGTAtgttgtgaataaaatgtaatttactgttttaaatgcacattgtattttcgtaatttgtacaaaacagtacttatgaacttgagacttgtaagcagttgtgtttacagc
gi|21 : cctgagcatTTTGC------GAGATGA----ATA-C-AATG-ATGGA----TTTAT-TTCCA------ACTTA---A--ATT------TCATGAATGAC---AATTTAT---TG-TTG---A---A-ATC---TTTTGT-------GTATAA--GA------G--TT------CATTC------ATTAG-------A--ACTAAA-ag
gi|27 : atcacatTTTGT------G---TGG----GTA-C-AGCG-ATGCA----TTTA--T--CACGAG--ACAAA---A--CTT------CTATGAA--AC---TACATATGTCTGCACA---A---A-A
gi|12 : TTTAA------G---TAG----TTA-C-AATG-ATGCA----TT-AT-T--C-------------------TT------ACGTG--TCAT---CAATTAT---TGCTC----A---T-GCC---TTCTAT-------GTGTAA--AC------G--TT------TATTC------ACGAT-------A--TATACA-TTT--T----CGCG------A-AGGGCT-AATTTCG-A--A-AA--------T----GTAT----GTA--
gi|20 : ttattttgccagaccttatGT------G---TGAGACCATA-C-AAGG-ATAAG----TTCAT-T--TAAAAG--ACTTT---A--ATT------TCATGAATTAT---TATTCCT---TGCTTA---A---ACCTT---ATATACCTATTATATTTTA--GA------G---T------TATTT------GCAAG-------A--ACTGAA-TAT--T----tttcgtattaaacgaacgcactgct
gi|19 : GT------G---TGAGACCATA-C-AAGG-ATAAG----TTCAT-T--TAAAAG--ACTTT---A--ATT------TCATGAATTAT---TATTCCT---TGCTTA---A---ACCTT---ATATACCTATTATATTTTA--GA------G---T------TATTT------GCAAG-------A--ACTGAA-TAT--T----
gi|11 : T------G---TGG----ATA-C-TATG-ATGTG----TTTAT-T--TATGAG--ACACA---A--CTT------TCATCAATCATTGATACTTAG---GGCTTA---A---G-A-A---ATCTATG------AGGTAG--GA------G--TT------AATTT------GCAAA-------A--ACT-AA-CTT--T----CGCG------A-ATTGCT-GTTTTCGCA--
gi|18 : acgttttattccatggagaccgtttgtcattttctagca---TGG----ATA----GTG-ATGTA----TTAATGT--CAAGAG--ACGTATTAA--CTT------T--------------ACT-GT---TTTTAA---A---A-GTC---TTCTAC-------CTATAA--AA------T--TT------TATCC----------------------CTAAA-CTT--T----TCCA------A-ATGGTT-AGCCTTACA--A-AA--T-----T----ACAC----ATATTAA-ATA------------TTCT-AGCAAAA-------GTGATTCACAGTAta
gi|4 : G----ATA-CGAAT---TGTA----TTTAT-T--GATGAG--GCATA---AAACTT------T-ATGAGTCAT---TATTTAT---TGCTTAGT-A---A-GTC---TTTTAG-------ATTTAA--AA------T--TT------TATTT------GTGAG-------A--ACTTAA-TAT--T----TGTG------A-ATGACT-AGTCTGGTG--A-AAATT-----T----GCATAA--ATA--AA-A----------------TT-CATAAAAATAAAATGTGGTTTA
gi|15 : cagtttgtgagacctttttctatat----TTTAC-A--CAAAA---ATACA---A--TTT------TCACAAACCAT---T-TTCAG---GTCTTC---A---A-GTC---TTTTAT-------ATTTAT--GA------A--TT------TATTT------GGTAG-------A--ATTAAA-TTT--T----CATG------A-ATGACT-AGTAACACA--ATAG--TATGCAT----AAAT----ATA--AA-A-AT--G-T------TTCT-CATAAATAA--AATGTGATTTtgc
gi|8 : T-T--CATAAG--ACATA---A--CCT------TTATGAATCAT---TATTTAT---CGCTGAATTA---A-GTC---GTCTAT-------ATATAG--GA------G--TT------TTTTG------GTGAA-------A--ACTAAT-TTT--T----------------GTG----AATCCTGTA--A-AA--T-----TTA--ACAT---------AG-ATAA--T-G------TTCT-TGCAGATAG--AATGTTATTTACAATA
gi|10 : ttttaatttgcgatacctgatttttcgcattgatGCTCA---A---T--TC---TTTTAT-------GTGTAAATGACTAAACG--TT------TATTC------ACAAG-------A--AGATAA-TTT--T----AACA------A-ATGGCT-AGCCTTGCA--A-AA--T-----T----GCTT----GTA--AATATGT--T-C------TTGC-CA-AAAAAA--GGTA-GATTTACAGTAca
gi|22 : TCTAT-------ATTTA---GA------G--TT------TATTC------ACCAG-------A--AATAA--TTT--T----TGTG------A-ACGGCT-GGTCTTGCA--A-AA--T-----T----ACA-------A--AA-G--------------TTCT-CGCAGTAAG--AGTG----TTACAGTAcaagagagatttaatggtgtcagtgtcacccgtgttcttctccacccagtttc
gi|13 : taagtttAT-------ATGTAA--GC------A--TT------TATTT------GTGAA-------A--ACTAAATTTT--T----CATG------A-ATGGTT-AGTCTCACA--A-AA--A-----T----A-AT----GC---GT-ACATAAT-G------TTTT-CGCAAATAA--AATTCGATTGATAGTAc
gi|29 : tttatttaagaaattgtataattcttcatatcgaggacatgaaaatactgcttcagtgtttcTAA--GA------G--TT------TATTT------GCGAA-------A--GCTAAA-TTT--T----CGCA------A-ATGA---AATCTCGCG--A-AA--G-----T----ACCC----GTA--A
gi|23 : T------TATGT------GTAAG-------A--ACTAAA-TTT--C----CGCT------G-ATGACC-AGTCTCATG--A-AA--T-----T----GTGC----G-A--AA-AAAT--T-G------TTTT-CCCACATAT--AATGTGATATACAGT
gi|24 : AA-------A--ACAAGA-TTT--T----CGTA------A-ATGACT-AATCTCGCA--T-CA--T-----T----ACACGTGAGTA--AA-G--------------TTCT-CATAAATAT--GATGTGGTTTACAG
gi|25 : A-------A--ACTTAT-TTT--T----CACA------A-ATGACC-ACTCTCACA--A-AA--C-----TAAACACAC----GTA--A--------T-G------TTTT-CACAAATGA--AATATGA-TTACAGTAaatct
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TCTATTTCATGACACTATTTTCACGAAGATACAATGATGTTTTGTTCATTTATCACAAATCAGTATTATGTAAAACATGCATAATTGCATATATGTATAAAAAAACACTTCTTTTAAATGGATTTAAGCTTATTGCATAAATCATATTTTCCTCTATGA
Unaligned ( gi|16 ): TTCTATATTTGAGTTTTATTCAACCAGAAATAATTTTTGTGAACGGCTGGTCTTGCAAAATTACAAAAGTTTCTGCAAGGATAAAGTGTACAGTACATTGTAGTGGGTTAGATTCACGTCACCTTCTTGCCACTGTCTTTTGTTCCACCGTTT
Unaligned ( gi|26 ): CTATTTCATGACACCTTATTTTCACGAAGATACAATGATGTTTTGTTCAATTTTCACAAATCAGTATACTGTAAAACATGC
Unaligned ( gi|28 ): TCTATTTCATGACACTATTTTCACGAAGATACAATGATGTTTTGTTCATTTATCACAAATCAGTAT
Unaligned ( gi|30 ): TTGTGAGCAATTGGTCTTGTAAATAAAATGTGATTCACAGTACTTTCTATCACAGA
Unaligned ( gi|32 ): TTGTAGTGGGACTAAGTGGGTTAGATTCACGTCAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111 11111111111111111 1111111111111 1111111111 333333333333333333
lowQualScore : 8888888 2 2 8888 2 2 2 55555 2 3333 1 44 999999999999999 22 2 777777 55555 333 333 22 2 888888888888 333 11111111111111111 4 8888888 555555 555555 1 1111111111111 2 1 333 00 1 2 4 22 1111111111 000000000000000000 2 33 2
lowQualScore : ....... . . .... . . . ..... . .... . .. ............... .. . ...... ..... ... ... .. . ............ ... ................. . ....... ...... ...... . ............. . . ... .. . . . .. .......... .................. . .. .
lowQualScore : 2222222 0 0 5555 0 0 0 00000 5 9999 8 33 333333333333333 88 0 888888 00000 555 555 88 1 999999999999 333 33333333333333333 5 2222222 222222 000000 7 6666666666666 2 7 000 99 9 0 0 88 5555555555 000000000000000000 7 22 5
consensus : TTATTTT-C----GCG-TG-G----ATA-C-AATGA-T-----GTAT----TTAT-T--CANGAG--AC---A---TAA--CT-T------TCAC-----GAATC---AT---TAT--T-TATTGCT-CA---A---AGTCTT---CTA---------T-A-----TGTA----A--GA------GTT------T-ATTC------G-C--GAGAACTAAA-TT---TTCGCGA-ATGGCT-AGTCTCGC-A--AAATTACGC------GTAA--A--A-AT-----T--GTTCTCGCAA--ATAAAATGT-GATTTACAGTA
Reference ( family-1614 ) : TTATTTT-C----GTG-TG-G----ATA-C-AATGA-T-----GTAT----TTAT-T--CANGAG--AC---A---TAA--CT-T------TCAT-----GAATC---AT---TAT--T-TATTGCT-CA---A---AGTCTT---CTA---------T-A-----TGTA----A--GA------GTT------T-ATTC------G-C--GAGAACTAAA-TT---TTCGCGA-ATGGCT-AGTCTCGC-A--AAATTACGC------GTAA--A--A-AT-----T--NTTCTCGCAA--ATAAAATGT-GATTTACAGTA
gi|1 : TTGTTTT-C----ACG-TG-A----ATATC-AATGA-G-----GTAT----TTAT-T--CATGAG--AC---G---TAA--TG-T------TTAT-----CAATC---AC---TAT--T-TATTACT-C----A---AGACTT---CTG---------T-G-----CGCA----A--AC------GTT------T-ATTT------G-C--GAGAAATAGA-TT---TTCTCCA-ATGGTTAAGTCTCGC-ACTAAATTTCAC------GCAA--------------T--GTT---GTGA--ATAAAATGT-AATTTACTGT
gi|10 : ttttattttggtatacctGCT-CA---A----TTCTT---TTA---------T-G-----TGTA----AATGACTAAACGTT------T-ATTC------A-C--AAGAAGATAA-TT---TTAACAA-ATGGCT-AGCCTTGC-A--AAATTGCTT------GTAA--A--T-AT--------GTTCTTGCCA--AAAAAAGGTAGATTTACAGTAtttaaatgcacattgtattttcgtaatttgtacaaaacagtacttatgaacttgagacttgtaagcagttgtgtttacagc
gi|11 : TCATTTT-CTAGCATG-TG-G----ATA-C-TATGA-T-----GTGT----TTAT-T--TATGAG--AC---A---CAA--CT-T------TCAT-----CAATC---ATTGATAC--T-TAGGGCT-TAAG-A---AA---T---CTA---------TGA-----GGTA----G--GA------GTT------A-ATTT------G-C--AAAAACT-AA-CT---TTCGCGA-ATTGCT-GTTTTCGC-A--caagagagatttaatggtgtcagtgtcacccgtgttcttctccacccagtttc
gi|12 : acgttttattccatggagaccgtttgTTATTTT-A----A-G-TA-G----TTA-C-AATGA-T-----GCA-----TTAT-T------------------------CT-T------ACGT-----G--TC---AT---CAA--T-TATTGCT-C----A---TGCCTT---CTA---------T-G-----TGTA----A--AC------GTT------T-ATTC------A-C--GATATATACA-TT---TTCGCGA-AGGGCT-AATTTCG--A--AAATta
gi|13 : ttattttgccagaccT----TTAT-T--TAAGAA--ATTGTA---TAA--TTCT------TCATATCGAGGA-C---AT---GAA--AATACTGCTTCA--------GTGTT---TCA---------T-A-----TGTA----A--GC------ATT------T-ATTT------G-T--GAAAACTAAATTT---TTCATGA-ATGGTT-AGTCTCACAA--AAATAATGC------GTAC--A--T-AA-----T--GTTTTCGCAA--ATAAAATTC-GATTGATAGTAgtatgtatttcgtattaaacgaacgcactgct
gi|14 : TATTTT-C----ACG-AA-G----ATA-C-AATGA-T-----GT-T----TTGT-T--CAT--------------------T-TA-----TCAC-----AAATC---AG---TAT--T-
gi|15 : tctatttcatgacacT----TTAC-A--CAAAA---AT---A---CAA--TT-T------TCAC-----AAACC---AT---T-T--T-CAGGTCT-TC---A---AGTCTT---TTA---------T-A-----TTTA----T--GA------ATT------T-ATTT------G-G--TAGAATTAAA-TT---TTCATGA-ATGACT-AGTAACAC-A--ATAGTATGCATAAATATAA--A--A-AT-----G--TTTCTCATAA--ATAAAATGT-GATTTatgtaaaacatgcataattgcatatatgtataaaaaaacacttcttttaaatggatttaagcttattgcataaatcatattttcctctatga
gi|16 : TT---CTA---------T-A-----TTT--------GA------GTT------TTATTC------AAC--CAGAAATAA--TT---TTTGTGA-ACGGCT-GGTCTTGC-A--AAATTAC----------AA--A--A-GT---------TTCT-GCAAGGATAAAGTG------TACAGTA
gi|17 : TTAGTTT-G----ATG-TG-G----ATA-C-AATGA-T-----GCAA----ATGT-T--CAAGAGATAT---A---TAA--CT-T------TTGT-----GAATC---A----TAA--T-TATTGCT-C----T---AGTCTT---CTAGAAAATTTTT-A-----T-TA----A--AA------GTT------A-AT----------------AACTGAA-TT---TTTGTGA-ATcattgtagtgggttagattcacgtcaccttcttgccactgtcttttgttccaccgttt
gi|18 : ctgtagaacgatttcatttcacaagatc-TG-G----ATA----GTGA-T-----GTAT----TAATGT--CAAGAG--AC---GTATTAA--CT-T------T----------ACT---GT---T-T--T-TA-------A---A---AGTCTT---CTA---------C-C-----TATA----A--AA------TTT------T-ATCC----------------CTAAA-CT---TTTCCAA-ATGGTT-AGCCTTAC-A--AAATTACAC------ATAT--T--A-AA-----T--ATTCTAGCAA--A-A----GT-GATTCACAGTAa
gi|19 : ----GTG-TG-AGACCATA-C-AAGGA-T-----AAGT----TCAT-T--TAAAAG--AC---T---TTA--AT-T------TCAT-----GAATT---AT---TAT--T-CCTTGCT-TA---A---A-CCTT---ATA---------T-ACCTATTATATTTTA--GA------G-T------T-ATTT------G-C--AAGAACTGAA-TA---TT
gi|2 : TTATTTT-T----GTG-T-------------AA-GA-T-----ATCT----TTAT-T--CATGAG--AC---A---TAA--CT-T------TTGT-----GAATG---AT---TAT--C-TATTGC--CA---ATTTAGTCTG---CTA---------C-A-----T-TA----A--TG------TTT------T-ATTCATATTAA-T--AAGAACAAAA-TTACATGTATTA-ATGGGT-ACTTCTGC-A--AGATT--GT------GTAT--A--T-GTCA---T--GTTTTTACAA--ACA
gi|20 : acactgggaattgtcacatgcctaaaaatactgtatatcactgttttgtgcgacc----GTG-TG-AGACCATA-C-AAGGA-T-----AAGT----TCAT-T--TAAAAG--AC---T---TTA--AT-T------TCAT-----GAATT---AT---TAT--T-CCTTGCT-TA---A---A-CCTT---ATA---------T-ACCTATTATATTTTA--GA------G-T------T-ATTT------G-C--AAGAACTGAA-TA---TTtcattcttttt
gi|21 : ATTTTGC----GAGATG-A----ATA-C-AATGA-T-----GGAT----TTAT-TTCCA------AC---T---TAA--AT-T------TCAT-----GAATG---AC---AAT--T-TATTGTT-GA---A---A-TCTT---TTG---------T-G-----TATA----A--GA------GTT------C-ATTC------A-T--TAGAACTAAA-
gi|22 : atcac---A---AGTTTT---CTA---------T-A-----TTTA-------GA------GTT------T-ATTC------A-C--CAGAAATAA--TT---TTTGTGA-ACGGCT-GGTCTTGC-A--AAATTAC----------AA--A--A-----------GTTCTCGC-A--GTAAGA-GT-G--TTACAGTA
gi|23 : tT------T-ATGT------G-T--AAGAACTAAA-TT---TCCGCTG-ATGACC-AGTCTCAT-G--AAATTGTGC------GAAA--A--A-AT-----T--GTTTTCCCAC--ATATAATGT-GATATACAGTc
gi|24 : AAAACAAGA-TT---TTCGTAA-ATGACT-AATCTCGC-A--TCATTACAC------GTGAGTA--A-A---------GTTCTCATAA--ATATGATGT-GGTTTACAG
gi|26 : TTATTTT-C----ACG-AA-G----ATA-C-AATGA-T-----GT-T----TTGT-T--C-----------------AA--TT-T------TCAC-----AAATC---AG---TAT--aatct
gi|28 : ctatttcatgacaccTATTTT-C----ACG-AA-G----ATA-C-AATGA-T-----GT-T----TTGT-T--CAactgtaaaacatgc
gi|29 : tctatttcatgacacTA----A--GA------GTT------T-ATTT------G-C--GAAAGCTAAA-TT---TTCGCAA-ATGA---AATCTCGC-G--AAAGTACCC------GTAA--tttatcacaaatcagtat
gi|3 : TTATTTT-T----GTG-TG-G----A-----AAAGA-T-----GCAC----TTGC-T--CACAAG--AC---A---AAT--CT-T------TCAT-----GAATCATAAT---TATAGT-TATTGC-----------AGT----------------------------------A--AA------ATT------G-ATTA------G-T--ATGAGTGAAA--T---TTCGTCA-TTGGTA-AATCTCTC-A--AAATTGTGC------ATAA--GACA-ATTGGAAT--ATTCTTGCTA--ATAAAATGT-GATTTACAATA
gi|30 : ttatttcatgagatc--A-AT-----T--GGTCTTGTAA--ATAAAATGT-GATTCACAGTActttctacagaa
gi|31 : ttgtgagcTTATTTT-C----GTG-TG-G----ATA-C-AATGA-T-----GTAT----TTGT-T--CActttctatcacaga
gi|4 : aactatttcatgagaccTTTT-CT---ATA-TG------ATA-CGAAT---T-----GTAT----TTAT-T--GATGAG--GC---A---TAAAACT-T------T-AT-----GAGTC---AT---TAT--T-TATTGCT-TAGT-A---AGTCTT---TTA---------G-A-----TTTA----A--AA------TTT------T-ATTT------G-T--GAGAACTTAA-TA---TTTGTGA-ATGACT-AGTCTGGTGA--AAATT-TGC------ATAA--A--T-AA-----A--ATTCATAAAA--ATAAAATGT-GGTTTACaa
gi|5 : cagtttgtgagacctATTTT-T-----TG-TG-G----ATA-C-AATGAAT-----GTATGTTTCTGT-T--AAAAAG--GA---A---TGA--CT-TCACAACTCAT--------TC---AT---TAT--T-CATTGCG-CA---T---AGTCTTTCTCTA---------T-A-----TGTA----A-----------CT------T-ATTT------G-T--GGAATCTAAA-TT---TTCGTGATATGACT-AA-CACGC-----GATTATGG------ATAA--G-----------T--GTCTACACAA--ATAAAAT-T-GATTC-CAGTAtgc
gi|6 : cctgagcTTATTTT-C----ACG-TG-G----ATA-C-AAGGA-T-----GTAT----CTAT-T--C-------AC---T---CAA--CT-T------TCAC-----AAATC---AT---TAT--T-GACTG---------------CTT---CTA---------C-A-----TGCA----A--GA------GTT------T-CTTC------A-TAAGAGAACACAA-TT---TTTGTAA-AAGGCT-AGTCTTGC-A--AAATTA--C------ATAA--A--T-ATA----TCATTTCTTGCag
gi|7 : ttatttcactagatcTTAGCTT-T----GTG-TG-G----ATA-C-AATGA-T-----GTAT----TTAT-T--CAAGAG--AC---A---TAA--CT-T------TCAT-----GAATC---AT---CAC--T-CATTGCT-CA---A---AATCAT---CTA---------C-A-----TGTA----A--GA------ATT------T-ATTT------G-C--AAAAACTAAA-TT---TTCACAA-ATGACT-AGTCTCAC-A--AAATTACAT------GTAA--A--ACAT-----T--TTTCTCACAA--AAACAGTGT-GATTTGCAGTAtatgaacctaatgcatgc
gi|8 : TTTT-A----ATT-TGCG----ATA-C-C-TGA-TTTTTCGCAT----TGAT-TT-CATAAG--AC---A---TAA--CC-T------TTAT-----GAATC---AT---TAT--T-TATCGCT-GAATTA---AGTCGT---CTA---------T-A-----TATA----G--GA------GTT------T-TTTG------G-T--GAAAACT-AA-TT---TTTGTGA-A--------TCCTGT-A--AAATTTAAC------ATAG--A--T-AA-----T--GTTCTTGCAG--ATAGAATGT-TATTTACAATA
gi|9 : TTATTTT-C----GCG-CT-G----ATA-C-ACTGA-T-----GTGT----ATAT-T--CACGAG--AT---A---TAC--CT-T------TCTC-----GAATC---AT---CAT--T-TATTGTT-GA---A---A-TCTT---CTA---------T-A-----TGTG----C--AA------ATTGACATGT-ATTC------C-T--GAGAACT--A-TT---TTT---------------------------TTAGGC------GTAA--A--G-AC-----T--TTTCTTGCAA--ATAAAATAC-GATTTACATTAca
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): TTAAACTTATTTTTCACAAATGACCACTCTCACAAAACTAAACACACGTAATGTTTTCACAAATGAAATATGATTACAGTAT
Unaligned ( gi|27 ): TTTGTGTGGGTACAGCGATGCATTTATCACGAGACAAAACTTCTATGAAACTACATATGTCTGCACAAAA
Unaligned ( gi|32 ): TTGTAGTGGGACTAAGTGGGTTAGATTCACGTCAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111 22222222222 1111111111111 22222222222222222222222
lowQualScore : 777777 444 2 2 2 2 4444 2 22 6666666666666 33 4 333 2 777 33 00000000000 0 333 888888888 2 4 22 555555 555555 1 3333333333333 1 1 333 00 1 2 4 22 888 44444444444444444444444 2 33 2
lowQualScore : ...... ... . . . . .... . .. ............. .. . ... . ... .. ........... . ... ......... . . .. ...... ...... . ............. . . ... .. . . . .. ... ....................... . .. .
lowQualScore : 999999 444 4 4 4 8 7777 1 99 0000000000000 11 4 999 2 888 11 66666666666 1 777 444444444 1 4 88 888888 555555 9 4444444444444 8 8 333 99 9 0 0 88 333 22222222222222222222222 5 22 5
consensus : TTATTTTC--GC--G---TGGATA-C-AATGA-TGTAT----TTAT-T--CANGAG--ACA---TAA--CTT-TCACGA---AT-CAT---TAT--TTATTGCT-CA---A---AGTCTT---CTA---------T-ATGTAA--GA------GTT------T-ATTC------G-C--GAGAACTAAA-TT---TTCGCGA-ATGGCT-AGTCTCGC-A--AAATTACGCGTA-----A--AA--AT--TG-----TTCTCGCAA--ATAAAATGT-GATTTACAGTA
Reference ( family-1614 ) : TTATTTTC--GC--G---TGGATA-C-AATGA-TGTAT----TTAT-T--CANGAG--ACA---TAA--CTT-TCACGA---AT-CAT---TAT--TTATTGCT-CA---A---AGTCTT---CTA---------T-ATGTAA--GA------GTT------T-ATTC------G-C--GAGAACTAAA-TT---TTCGCGA-ATGGCT-AGTCTCGC-A--AAATTACGCGTA-----A--AA--AT--TG-----TTCTCGCAA--ATAAAATGT-GATTTACAGTA
gi|1 : TTGTTTTC--AC--G---TGAATATC-AATGA-GGTAT----TTAT-T--CATGAG--ACG---TAA--TGT-TTATCA---AT-CAC---TAT--TTATTACT-C----A---AGACTT---CTG---------T-GCGCAA--AC------GTT------T-ATTT------G-C--GAGAAATAGA-TT---TTCTCCA-ATGGTTAAGTCTCGC-ACTAAATTTCACGCA-----A----------TG-----TT---GTGA--ATAAAATGT-AATTTACTGT
gi|10 : ttttattttggtatacctGCT-CA---A----TTCTT---TTA---------T-GTGTAAATGACTAAACGTT------T-ATTC------A-C--AAGAAGATAA-TT---TTAACAA-ATGGCT-AGCCTTGC-A--AAATTGCTTGTA-----A--AT--AT---G-----TTCTTGCCA--AAAAAAGGTAGATTTACAGTAtttaaatgcacattgtattttcgtaatttgtacaaaacagtacttatgaacttgagacttgtaagcagttgtgtttacagc
gi|11 : TCATTTTCTAGCATG---TGGATA-C-TATGA-TGTGT----TTAT-T--TATGAG--ACA---CAA--CTT-TCATCA---AT-CATTGATAC--TTAGGGCT-TAAG-A---AA---T---CTA---------TGAGGTAG--GA------GTT------A-ATTT------G-C--AAAAACT-AA-CT---TTCGCGA-ATTGCT-GTTTTCGC-A--caagagagatttaatggtgtcagtgtcacccgtgttcttctccacccagtttc
gi|12 : acgttttattccatggagaccgtttgTTATTTTA--A---G---TAGTTA-C-AATGA-TGCAT----T-AT-T--C----------------------TTACGT---GT-CAT---CAA--TTATTGCT-CA---T----GCCTT---CTA---------T-GTGTAA--AC------GTT------T-ATTC------A-C--GATATATACA-TT---TTCGCGA-AGGGCT-AATTTCG--A--AAATta
gi|13 : ttattttgccagaccTACTGCTTCA--------GTGTT---TCA---------T-ATGTAA--GC------ATT------T-ATTT------G-T--GAAAACTAAATTT---TTCATGA-ATGGTT-AGTCTCACAA--AAATAATGCGTA-----C--AT--AA--TG-----TTTTCGCAA--ATAAAATTC-GATTGATAGTAgtatgtatttcgtattaaacgaacgcactgct
gi|14 : tttatttaagaaattgtataattcttcatatcgaggacatgaaaaTATTTTC--AC--G---AAGATA-C-AATGA-TGT-T----TTGT-T--CAT-----------------TTATCACAA---AT-CAG---TAT--T
gi|15 : tctatttcatgacacT----TTAC-A--CAAAA---ATA---CAA--TTT-TCACAA---AC-CAT---T-T--TCAGGTCT-TC---A---AGTCTT---TTA---------T-ATTTAT--GA------ATT------T-ATTT------G-G--TAGAATTAAA-TT---TTCATGA-ATGACT-AGTAACAC-A--ATAGTATGCATAAATATA--AA--AA--TGT----TTCTCATAA--ATAAAATGT-GATTTatgtaaaacatgcataattgcatatatgtataaaaaaacacttcttttaaatggatttaagcttattgcataaatcatattttcctctatga
gi|16 : TT---CTA---------T-ATTT----GA------GTT------TTATTC------AAC--CAGAAATAA--TT---TTTGTGA-ACGGCT-GGTCTTGC-A--AAATTAC----A-----A--AA--GT---------TTCT-GCAAGGATAAAGTG------TACAGTA
gi|17 : TTAGTTTG--AT--G---TGGATA-C-AATGA-TGCAA----ATGT-T--CAAGAGATATA---TAA--CTT-TTGTGA---AT-CA----TAA--TTATTGCT-C----T---AGTCTT---CTAGAAAATTTTT-AT-TAA--AA------GTT------A-AT----------------AACTGAA-TT---TTTGTGA-ATcattgtagtgggttagattcacgtcaccttcttgccactgtcttttgttccaccgttt
gi|18 : ctgtagaacgatttcatttcacaagatc---TGGATA----GTGA-TGTAT----TAATGT--CAAGAG--ACGTATTAA--CTT-T--------AC-TGT---T-T--TTA-------A---A---AGTCTT---CTA---------C-CTATAA--AA------TTT------T-ATCC----------------CTAAA-CT---TTTCCAA-ATGGTT-AGCCTTAC-A--AAATTACACATA-----T--TA--AA--TA-----TTCTAGCAA--A-A----GT-GATTCACAGTAa
gi|2 : TTATTTTT--GT--G---T--------AA-GA-TATCT----TTAT-T--CATGAG--ACA---TAA--CTT-TTGTGA---AT-GAT---TAT--CTATTGC--CA---ATTTAGTCTG---CTA---------C-AT-TAA--TG------TTT------T-ATTCATATTAA-T--AAGAACAAAA-TTACATGTATTA-ATGGGT-ACTTCTGC-A--AGATT--GTGTA-----T--AT--GTCATG-----TTTTTACAA--ACA
gi|21 : acactgggaattgtcacatgcctaaaaatactgtatatcactgttttgtgcgaccTTTT--GC--GAGATGAATA-C-AATGA-TGGAT----TTAT-TTCCA------ACT---TAA--ATT-TCATGA---AT-GAC---AAT--TTATTGTT-GA---A---A-TCTT---TTG---------T-GTATAA--GA------GTT------C-ATTC------A-T--TAGAACTAAA-tcattcttttt
gi|22 : atcaca---A---AGTTTT---CTA---------T-ATTTA---GA------GTT------T-ATTC------A-C--CAGAAATAA--TT---TTTGTGA-ACGGCT-GGTCTTGC-A--AAATTAC----A-----A--AA-------G-----TTCTCGC-A--GTAAGA-GT-G--TTACAGTA
gi|23 : tT------T-ATGT------G-T--AAGAACTAAA-TT---TCCGCTG-ATGACC-AGTCTCAT-G--AAATTGTGCGAA-----A--AA--AT--TG-----TTTTCCCAC--ATATAATGT-GATATACAGTc
gi|24 : AAAACAAGA-TT---TTCGTAA-ATGACT-AATCTCGC-A--TCATTACACGTG-----AGTAA--A----G-----TTCTCATAA--ATATGATGT-GGTTTACAG
gi|26 : TTATTTTC--AC--G---AAGATA-C-AATGA-TGT-T----TTGT-T--C--------------AA--TTT-TCACAA---AT-CAG---TAT--aatct
gi|28 : ctatttcatgacaccTATTTTC--AC--G---AAGATA-C-AATGA-TGT-T----TTGT-T--CAT-----------------TTATCACAA---AT-CAG---TAT--actgtaaaacatgc
gi|29 : tctatttcatgacacTAA--GA------GTT------T-ATTT------G-C--GAAAGCTAAA-TT---TTCGCAA-ATGA---AATCTCGC-G--AAAGTACCCGTA-----A--
gi|3 : TTATTTTT--GT--G---TGGA-----AAAGA-TGCAC----TTGC-T--CACAAG--ACA---AAT--CTT-TCATGA---AT-CATAATTATAGTTATTGC-----------AGT-------------------------A--AA------ATT------G-ATTA------G-T--ATGAGTGAAA-TT---T-CGTCA-TTGGTA-AATCTCTC-A--AAATTGTGCATA-----A--GACAAT--TGGAATATTCTTGCTA--ATAAAATGT-GATTTACAATA
gi|30 : ttatttcatgagatcA--AT--TG-----GTCTTGTAA--ATAAAATGT-GATTCACAGTActttctacagaa
gi|31 : ttgtgagcTTATTTTC--GT--G---TGGATA-C-AATGA-TGTAT----TTGT-T--CActttctatcacaga
gi|4 : aactatttcatgagaccGATA-CGAAT---TGTAT----TTAT-T--GATGAG--GCA---TAAAACTT-T-ATGA---GT-CAT---TAT--TTATTGCT-TAGT-A---AGTCTT---TTA---------G-ATTTAA--AA------TTT------T-ATTT------G-T--GAGAACTTAA-TA---TTTGTGA-ATGACT-AGTCTGGTGA--AAATT-TGCATA-----A--AT--AA--AA-----TTCATAAAA--ATAAAATGT-GGTTTACaa
gi|5 : cagtttgtgagacctttttctatatATTTTT---T--G---TGGATA-C-AATGAATGTATGTTTCTGT-T--AAAAAG--GAA---TGA--CTT--CACAACTCATTCAT---TAT--TCATTGCG-CA---T---AGTCTTTCTCTA---------T-ATGTAA-----------CT------T-ATTT------G-T--GGAATCTAAA-TT---TTCGTGATATGACT-AA-CACGC-----GATTATGGATA-----A--G-------TG-----TCTACACAA--ATAAAAT-T-GATTC-CAGTAtgc
gi|6 : cctgagcTTATTTTC--AC--G---TGGATA-C-AAGGA-TGTAT----CTAT-T--C-------ACT---CAA--CTT-TCACAA---AT-CAT---TAT--TGACTG---------------CTT---CTA---------C-ATGCAA--GA------GTT------T-CTTC------A-TAAGAGAACACAA-TT---TTTGTAA-AAGGCT-AGTCTTGC-A--AAATTA--CATA-----A--AT--AT--ag
gi|7 : ttatttcactagatcTTAGCTTT--GT--G---TGGATA-C-AATGA-TGTAT----TTAT-T--CAAGAG--ACA---TAA--CTT-TCATGA---AT-CAT---CAC--TCATTGCT-CA---A---AATCAT---CTA---------C-ATGTAA--GA------ATT------T-ATTT------G-C--AAAAACTAAA-TT---TTCACAA-ATGACT-AGTCTCAC-A--AAATTACATGTA-----A--AAC-AT--TT-----TTCTCACAA--AAACAGTGT-GATTTGCAGTAatcatttcttgctatgaacctaatgcatgc
gi|8 : T-T--CATAAG--ACA---TAA--CCT-TTATGA---AT-CAT---TAT--TTATCGCT-GAATTA---AGTCGT---CTA---------T-ATATAG--GA------GTT------T-TTTG------G-T--GAAAACT-AA-TT---TTTGTGA-A--------TCCTGT-A--AAATTTAACATA-----G--AT--AA--TG-----TTCTTGCAG--ATAGAATGT-TATTTACAATA
gi|9 : ttttaatttgcgatacctgatttttcgcattgatTTATTTTC--GC--G---CTGATA-C-ACTGA-TGTGT----ATAT-T--CACGAG--ATA---TAC--CTT-TCTCGA---AT-CAT---CAT--TTATTGTT-GA---A---A-TCTT---CTA---------T-ATGTGC--AA------ATTGACATGT-ATTC------C-T--GAGAACT--A-TT---TTT---------------------------TTAGGCGTA-----A--AG--AC--TT-----TTCTTGCAA--ATAAAATAC-GATTTACATTAca
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GTGTGAGACCATACAAGGATAAGTTCATTTAAAAGACTTTAATTTCATGAATTATTATTCCTTGCTTAAACCTTATATACCTATTATATTTTAGAGTTATTTGCAAGAACTGAATATT
Unaligned ( gi|20 ): GTGTGAGACCATACAAGGATAAGTTCATTTAAAAGACTTTAATTTCATGAATTATTATTCCTTGCTTAAACCTTATATACCTATTATATTTTAGAGTTATTTGCAAGAACTGAATATT
Unaligned ( gi|25 ): TTAAACTTATTTTTCACAAATGACCACTCTCACAAAACTAAACACACGTAATGTTTTCACAAATGAAATATGATTACAGTAT
Unaligned ( gi|27 ): TTTGTGTGGGTACAGCGATGCATTTATCACGAGACAAAACTTCTATGAAACTACATATGTCTGCACAAAA
Unaligned ( gi|32 ): TTGTAGTGGGACTAAGTGGGTTAGATTCACGTCAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111 22222222222 1111111111111 22222222222222222222222
lowQualScore : 777777 444 2 2 2 2 4444 2 22 6666666666666 33 4 333 2 777 33 00000000000 0 333 888888888 2 4 22 555555 555555 1 3333333333333 1 1 333 00 1 2 4 22 888 44444444444444444444444 2 33 2
lowQualScore : ...... ... . . . . .... . .. ............. .. . ... . ... .. ........... . ... ......... . . .. ...... ...... . ............. . . ... .. . . . .. ... ....................... . .. .
lowQualScore : 999999 444 4 4 4 8 7777 1 99 0000000000000 11 4 999 2 888 11 66666666666 1 777 444444444 1 4 88 888888 555555 9 4444444444444 8 8 333 99 9 0 0 88 333 22222222222222222222222 5 22 5
consensus : TTATTTTC--GC--G---TGGATA-C-AATGA-TGTAT----TTAT-T--CANGAG--ACA---TAA--CTT-TCACGA---AT-CAT---TAT--TTATTGCT-CA---A---AGTCTT---CTA---------T-ATGTAA--GA------GTT------T-ATTC------G-C--GAGAACTAAA-TT---TTCGCGA-ATGGCT-AGTCTCGC-A--AAATTACGCGTA-----A--AA--AT--TG-----TTCTCGCAA--ATAAAATGT-GATTTACAGTA
Reference ( family-1614 ) : TTATTTTC--GC--G---TGGATA-C-AATGA-TGTAT----TTAT-T--CANGAG--ACA---TAA--CTT-TCACGA---AT-CAT---TAT--TTATTGCT-CA---A---AGTCTT---CTA---------T-ATGTAA--GA------GTT------T-ATTC------G-C--GAGAACTAAA-TT---TTCGCGA-ATGGCT-AGTCTCGC-A--AAATTACGCGTA-----A--AA--AT--TG-----TTCTCGCAA--ATAAAATGT-GATTTACAGTA
gi|1 : TTGTTTTC--AC--G---TGAATATC-AATGA-GGTAT----TTAT-T--CATGAG--ACG---TAA--TGT-TTATCA---AT-CAC---TAT--TTATTACT-C----A---AGACTT---CTG---------T-GCGCAA--AC------GTT------T-ATTT------G-C--GAGAAATAGA-TT---TTCTCCA-ATGGTTAAGTCTCGC-ACTAAATTTCACGCA-----A----------TG-----TT---GTGA--ATAAAATGT-AATTTACTGT
gi|10 : ttttattttggtatacctGCT-CA---A----TTCTT---TTA---------T-GTGTAAATGACTAAACGTT------T-ATTC------A-C--AAGAAGATAA-TT---TTAACAA-ATGGCT-AGCCTTGC-A--AAATTGCTTGTA-----A--AT--AT---G-----TTCTTGCCA--AAAAAAGGTAGATTTACAGTAtttaaatgcacattgtattttcgtaatttgtacaaaacagtacttatgaacttgagacttgtaagcagttgtgtttacagc
gi|11 : TCATTTTCTAGCATG---TGGATA-C-TATGA-TGTGT----TTAT-T--TATGAG--ACA---CAA--CTT-TCATCA---AT-CATTGATAC--TTAGGGCT-TAAG-A---AA---T---CTA---------TGAGGTAG--GA------GTT------A-ATTT------G-C--AAAAACT-AA-CT---TTCGCGA-ATTGCT-GTTTTCGC-A--caagagagatttaatggtgtcagtgtcacccgtgttcttctccacccagtttc
gi|12 : acgttttattccatggagaccgtttgTTATTTTA--A---G---TAGTTA-C-AATGA-TGCAT----T-AT-T--C----------------------TTACGT---GT-CAT---CAA--TTATTGCT-CA---T----GCCTT---CTA---------T-GTGTAA--AC------GTT------T-ATTC------A-C--GATATATACA-TT---TTCGCGA-AGGGCT-AATTTCG--A--AAATta
gi|13 : ttattttgccagaccTACTGCTTCA--------GTGTT---TCA---------T-ATGTAA--GC------ATT------T-ATTT------G-T--GAAAACTAAATTT---TTCATGA-ATGGTT-AGTCTCACAA--AAATAATGCGTA-----C--AT--AA--TG-----TTTTCGCAA--ATAAAATTC-GATTGATAGTAgtatgtatttcgtattaaacgaacgcactgct
gi|14 : tttatttaagaaattgtataattcttcatatcgaggacatgaaaaTATTTTC--AC--G---AAGATA-C-AATGA-TGT-T----TTGT-T--CAT-----------------TTATCACAA---AT-CAG---TAT--T
gi|15 : tctatttcatgacacT----TTAC-A--CAAAA---ATA---CAA--TTT-TCACAA---AC-CAT---T-T--TCAGGTCT-TC---A---AGTCTT---TTA---------T-ATTTAT--GA------ATT------T-ATTT------G-G--TAGAATTAAA-TT---TTCATGA-ATGACT-AGTAACAC-A--ATAGTATGCATAAATATA--AA--AA--TGT----TTCTCATAA--ATAAAATGT-GATTTatgtaaaacatgcataattgcatatatgtataaaaaaacacttcttttaaatggatttaagcttattgcataaatcatattttcctctatga
gi|16 : TT---CTA---------T-ATTT----GA------GTT------TTATTC------AAC--CAGAAATAA--TT---TTTGTGA-ACGGCT-GGTCTTGC-A--AAATTAC----A-----A--AA--GT---------TTCT-GCAAGGATAAAGTG------TACAGTA
gi|17 : TTAGTTTG--AT--G---TGGATA-C-AATGA-TGCAA----ATGT-T--CAAGAGATATA---TAA--CTT-TTGTGA---AT-CA----TAA--TTATTGCT-C----T---AGTCTT---CTAGAAAATTTTT-AT-TAA--AA------GTT------A-AT----------------AACTGAA-TT---TTTGTGA-ATcattgtagtgggttagattcacgtcaccttcttgccactgtcttttgttccaccgttt
gi|18 : ctgtagaacgatttcatttcacaagatc---TGGATA----GTGA-TGTAT----TAATGT--CAAGAG--ACGTATTAA--CTT-T--------AC-TGT---T-T--TTA-------A---A---AGTCTT---CTA---------C-CTATAA--AA------TTT------T-ATCC----------------CTAAA-CT---TTTCCAA-ATGGTT-AGCCTTAC-A--AAATTACACATA-----T--TA--AA--TA-----TTCTAGCAA--A-A----GT-GATTCACAGTAa
gi|2 : TTATTTTT--GT--G---T--------AA-GA-TATCT----TTAT-T--CATGAG--ACA---TAA--CTT-TTGTGA---AT-GAT---TAT--CTATTGC--CA---ATTTAGTCTG---CTA---------C-AT-TAA--TG------TTT------T-ATTCATATTAA-T--AAGAACAAAA-TTACATGTATTA-ATGGGT-ACTTCTGC-A--AGATT--GTGTA-----T--AT--GTCATG-----TTTTTACAA--ACA
gi|21 : acactgggaattgtcacatgcctaaaaatactgtatatcactgttttgtgcgaccTTTT--GC--GAGATGAATA-C-AATGA-TGGAT----TTAT-TTCCA------ACT---TAA--ATT-TCATGA---AT-GAC---AAT--TTATTGTT-GA---A---A-TCTT---TTG---------T-GTATAA--GA------GTT------C-ATTC------A-T--TAGAACTAAA-tcattcttttt
gi|22 : atcaca---A---AGTTTT---CTA---------T-ATTTA---GA------GTT------T-ATTC------A-C--CAGAAATAA--TT---TTTGTGA-ACGGCT-GGTCTTGC-A--AAATTAC----A-----A--AA-------G-----TTCTCGC-A--GTAAGA-GT-G--TTACAGTA
gi|23 : tT------T-ATGT------G-T--AAGAACTAAA-TT---TCCGCTG-ATGACC-AGTCTCAT-G--AAATTGTGCGAA-----A--AA--AT--TG-----TTTTCCCAC--ATATAATGT-GATATACAGTc
gi|24 : AAAACAAGA-TT---TTCGTAA-ATGACT-AATCTCGC-A--TCATTACACGTG-----AGTAA--A----G-----TTCTCATAA--ATATGATGT-GGTTTACAG
gi|26 : TTATTTTC--AC--G---AAGATA-C-AATGA-TGT-T----TTGT-T--C--------------AA--TTT-TCACAA---AT-CAG---TAT--aatct
gi|28 : ctatttcatgacaccTATTTTC--AC--G---AAGATA-C-AATGA-TGT-T----TTGT-T--CAT-----------------TTATCACAA---AT-CAG---TAT--actgtaaaacatgc
gi|29 : tctatttcatgacacTAA--GA------GTT------T-ATTT------G-C--GAAAGCTAAA-TT---TTCGCAA-ATGA---AATCTCGC-G--AAAGTACCCGTA-----A--
gi|3 : TTATTTTT--GT--G---TGGA-----AAAGA-TGCAC----TTGC-T--CACAAG--ACA---AAT--CTT-TCATGA---AT-CATAATTATAGTTATTGC-----------AGT-------------------------A--AA------ATT------G-ATTA------G-T--ATGAGTGAAA-TT---T-CGTCA-TTGGTA-AATCTCTC-A--AAATTGTGCATA-----A--GACAAT--TGGAATATTCTTGCTA--ATAAAATGT-GATTTACAATA
gi|30 : ttatttcatgagatcA--AT--TG-----GTCTTGTAA--ATAAAATGT-GATTCACAGTActttctacagaa
gi|31 : ttgtgagcTTATTTTC--GT--G---TGGATA-C-AATGA-TGTAT----TTGT-T--CActttctatcacaga
gi|4 : aactatttcatgagaccGATA-CGAAT---TGTAT----TTAT-T--GATGAG--GCA---TAAAACTT-T-ATGA---GT-CAT---TAT--TTATTGCT-TAGT-A---AGTCTT---TTA---------G-ATTTAA--AA------TTT------T-ATTT------G-T--GAGAACTTAA-TA---TTTGTGA-ATGACT-AGTCTGGTGA--AAATT-TGCATA-----A--AT--AA--AA-----TTCATAAAA--ATAAAATGT-GGTTTACaa
gi|5 : cagtttgtgagacctttttctatatATTTTT---T--G---TGGATA-C-AATGAATGTATGTTTCTGT-T--AAAAAG--GAA---TGA--CTT--CACAACTCATTCAT---TAT--TCATTGCG-CA---T---AGTCTTTCTCTA---------T-ATGTAA-----------CT------T-ATTT------G-T--GGAATCTAAA-TT---TTCGTGATATGACT-AA-CACGC-----GATTATGGATA-----A--G-------TG-----TCTACACAA--ATAAAAT-T-GATTC-CAGTAtgc
gi|6 : cctgagcTTATTTTC--AC--G---TGGATA-C-AAGGA-TGTAT----CTAT-T--C-------ACT---CAA--CTT-TCACAA---AT-CAT---TAT--TGACTG---------------CTT---CTA---------C-ATGCAA--GA------GTT------T-CTTC------A-TAAGAGAACACAA-TT---TTTGTAA-AAGGCT-AGTCTTGC-A--AAATTA--CATA-----A--AT--AT--ag
gi|7 : ttatttcactagatcTTAGCTTT--GT--G---TGGATA-C-AATGA-TGTAT----TTAT-T--CAAGAG--ACA---TAA--CTT-TCATGA---AT-CAT---CAC--TCATTGCT-CA---A---AATCAT---CTA---------C-ATGTAA--GA------ATT------T-ATTT------G-C--AAAAACTAAA-TT---TTCACAA-ATGACT-AGTCTCAC-A--AAATTACATGTA-----A--AAC-AT--TT-----TTCTCACAA--AAACAGTGT-GATTTGCAGTAatcatttcttgctatgaacctaatgcatgc
gi|8 : T-T--CATAAG--ACA---TAA--CCT-TTATGA---AT-CAT---TAT--TTATCGCT-GAATTA---AGTCGT---CTA---------T-ATATAG--GA------GTT------T-TTTG------G-T--GAAAACT-AA-TT---TTTGTGA-A--------TCCTGT-A--AAATTTAACATA-----G--AT--AA--TG-----TTCTTGCAG--ATAGAATGT-TATTTACAATA
gi|9 : ttttaatttgcgatacctgatttttcgcattgatTTATTTTC--GC--G---CTGATA-C-ACTGA-TGTGT----ATAT-T--CACGAG--ATA---TAC--CTT-TCTCGA---AT-CAT---CAT--TTATTGTT-GA---A---A-TCTT---CTA---------T-ATGTGC--AA------ATTGACATGT-ATTC------C-T--GAGAACT--A-TT---TTT---------------------------TTAGGCGTA-----A--AG--AC--TT-----TTCTTGCAA--ATAAAATAC-GATTTACATTAca
blockSeqs : TAGCAT AGA . G A G GTTT G TC AGAGACGTATT AA A CTC T TGA AG TGAATTA TCT GAAAATTTT G G AT CTAAAC GACATG T CATATTAATA T T ACA T . A . GCT AGACAATTGGAATA T GG A
blockSeqs : AC . . . . A . . . AGAGATATAT . A . . AAT . TTAAGA . . . G . . . . CATAAG A . . . . G . ATG AATATAAAAATGT C . .
blockSeqs : AT . . . . A . . . TGAGACAC . . . . . . CAATTT . . . G . . . . CAACC A . . . . . . ATG TATGTCATG C . .
blockSeqs : GT . . . . A . . . TGAGACAT . . . . . . TTAGTA . . . G . . . . CACA A . . . . . . ACA AAACATTT A . .
blockSeqs : GC . . . . C . . . CAAGACAA . . . . . . TCAA . . . T . . . . TGCA A . . . . . . GTG CATAATG T . .
blockSeqs : AC . . . . A . . . TGAGGCAT . . . . . . TCAT . . . T . . . . CACG G . . . . . . ACA TTAAATA C . .
blockSeqs : AC . . . . A . . . AAAGGAAT . . . . . . TTCA . . . A . . . . TGTG A . . . . . . ACC AAAATTG C . .
blockSeqs : GT . . . . A . . . AGAGACAT . . . . . . TTCA . . . A . . . . TGGT A . . . . . . GTG AGTAAAG C . .
blockSeqs : GT . . . . A . . . TAAGACAT . . . . . . TGAA . . . T . . . . CATT A . . . . . . ATG AATAAAA T . .
blockSeqs : AC . . . . A . . . CGAGATAT . . . . . . GCAT . . . T . . . . CACC A . . . . . . ACA GATAATG T . .
blockSeqs : GT . . . . A . . . AAAATAC . . . . . . TCAA . . . G . . . . TGTA A . . . . . . TAA AAGACTT T . .
blockSeqs : GC . . . . A . . . ACTT . . . . . . TGAA . . . G . . . . TGCG A . . . . . . AGG AATATG C . .
blockSeqs : A . . . . G . . . ACTC . . . . . . TCT . . . G . . . . AGTA A . . . . . . AC AAAGT C . .
blockSeqs : T . . . . . . . . T . . . . . . AA . . . A . . . . TGTG A . . . . . . AC AAAG T . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . . . . G . . . . TGTG T . . . . . . TG AGTG T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TGCA A . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . GGTG C . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . CCTG A . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : TCAA******* ** AANATTG****************
originalCons : TTATTTTC--GC--G---TGGATA-C-AATGA-TGTAT----TTAT-T--CANGAG--ACA---TAA--CTT-TCACGA---AT-CAT---TAT--TTATTGCT-CA---A---AGTCTT---CTA---------T-ATGTAA--GA------GTT------T-ATTC------G-C--GAGAACTAAA-TT---TTCGCGA-ATGGCT-AGTCTCGC-A--AAATTACGCGTA-----A--AA--AT--TG-----TTCTCGCAA--ATAAAATGT-GATTTACAGTA
finalCons : TTATTTTC--GC--G---TGGATA-C-AATGA-TGTAT----TTAT-T--CANGAG--ACA---TAA--CTT-TCACGA---AT-CAT---TAT--TTATTGCTCAA-------AGTCTT---CTA---------T-ATGTAA--GA------GTT------T-ATTC------G-C--GAGAACTAAA-TT---TTCGCGA-ATGGCT-AGTCTCGC-A--AAATTACGCGTAAANATTG----------------TTCTCGCAA--ATAAAATGT-GATTTACAGTA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GTGTGAGACCATACAAGGATAAGTTCATTTAAAAGACTTTAATTTCATGAATTATTATTCCTTGCTTAAACCTTATATACCTATTATATTTTAGAGTTATTTGCAAGAACTGAATATT
Unaligned ( gi|20 ): GTGTGAGACCATACAAGGATAAGTTCATTTAAAAGACTTTAATTTCATGAATTATTATTCCTTGCTTAAACCTTATATACCTATTATATTTTAGAGTTATTTGCAAGAACTGAATATT
Unaligned ( gi|25 ): TTAAACTTATTTTTCACAAATGACCACTCTCACAAAACTAAACACACGTAATGTTTTCACAAATGAAATATGATTACAGTAT
Unaligned ( gi|27 ): TTTGTGTGGGTACAGCGATGCATTTATCACGAGACAAAACTTCTATGAAACTACATATGTCTGCACAAAA
Unaligned ( gi|32 ): TTGTAGTGGGACTAAGTGGGTTAGATTCACGTCAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111 22222222222 1111111111111 22222222222222222
lowQualScore : 777777 444 2 2 2 2 4444 2 22 6666666666666 33 4 333 2 777 33 00000000000 0 333 888888888 2 4 22 555555 555555 1 3333333333333 1 1 333 00 1 2 4 22 888 2 22222222222222222 2 33 2
lowQualScore : ...... ... . . . . .... . .. ............. .. . ... . ... .. ........... . ... ......... . . .. ...... ...... . ............. . . ... .. . . . .. ... . ................. . .. .
lowQualScore : 999999 444 4 4 4 8 7777 1 99 0000000000000 11 4 999 2 888 11 66666666666 1 777 444444444 1 4 88 888888 555555 9 4444444444444 8 8 333 99 9 0 0 88 333 2 77777777777777777 5 22 5
consensus : TTATTTTC--GC--G---TGGATA-C-AATGA-TGTAT----TTAT-T--CANGAG--ACA---TAA--CTT-TCACGA---AT-CAT---TAT--TTATTGCT-CA---A---AGTCTT---CTA---------T-ATGTAA--GA------GTT------T-ATTC------G-C--GAGAACTAAA-TT---TTCGCGA-ATGGCT-AGTCTCGC-A--AAATTACGCGT-AAAN--AT-----TG-----TTCTCGCAA--ATAAAATGT-GATTTACAGTA
Reference ( family-1614 ) : TTATTTTC--GC--G---TGGATA-C-AATGA-TGTAT----TTAT-T--CANGAG--ACA---TAA--CTT-TCACGA---AT-CAT---TAT--TTATTGCT-CA---A---AGTCTT---CTA---------T-ATGTAA--GA------GTT------T-ATTC------G-C--GAGAACTAAA-TT---TTCGCGA-ATGGCT-AGTCTCGC-A--AAATTACGCGT-AAAN--AT-----TG-----TTCTCGCAA--ATAAAATGT-GATTTACAGTA
gi|1 : TTGTTTTC--AC--G---TGAATATC-AATGA-GGTAT----TTAT-T--CATGAG--ACG---TAA--TGT-TTATCA---AT-CAC---TAT--TTATTACT-C----A---AGACTT---CTG---------T-GCGCAA--AC------GTT------T-ATTT------G-C--GAGAAATAGA-TT---TTCTCCA-ATGGTTAAGTCTCGC-ACTAAATTTCACGC-AA-----------TG-----TT---GTGA--ATAAAATGT-AATTTACTGT
gi|10 : ttttattttggtatacctGCT-CA---A----TTCTT---TTA---------T-GTGTAAATGACTAAACGTT------T-ATTC------A-C--AAGAAGATAA-TT---TTAACAA-ATGGCT-AGCCTTGC-A--AAATTGCTTGT-AAAT--AT------G-----TTCTTGCCA--AAAAAAGGTAGATTTACAGTAtttaaatgcacattgtattttcgtaatttgtacaaaacagtacttatgaacttgagacttgtaagcagttgtgtttacagc
gi|11 : TCATTTTCTAGCATG---TGGATA-C-TATGA-TGTGT----TTAT-T--TATGAG--ACA---CAA--CTT-TCATCA---AT-CATTGATAC--TTAGGGCT-TAAG-A---AA---T---CTA---------TGAGGTAG--GA------GTT------A-ATTT------G-C--AAAAACT-AA-CT---TTCGCGA-ATTGCT-GTTTTCGC-A--caagagagatttaatggtgtcagtgtcacccgtgttcttctccacccagtttc
gi|12 : acgttttattccatggagaccgtttgTTATTTTA--A---G---TAGTTA-C-AATGA-TGCAT----T-AT-T--C----------------------TTACGT---GT-CAT---CAA--TTATTGCT-CA---T----GCCTT---CTA---------T-GTGTAA--AC------GTT------T-ATTC------A-C--GATATATACA-TT---TTCGCGA-AGGGCT-AATTTCG--A--AAATta
gi|13 : ttattttgccagaccTACTGCTTCA--------GTGTT---TCA---------T-ATGTAA--GC------ATT------T-ATTT------G-T--GAAAACTAAATTT---TTCATGA-ATGGTT-AGTCTCACAA--AAATAATGCGT-ACAT--AA-----TG-----TTTTCGCAA--ATAAAATTC-GATTGATAGTAgtatgtatttcgtattaaacgaacgcactgct
gi|14 : tttatttaagaaattgtataattcttcatatcgaggacatgaaaaTATTTTC--AC--G---AAGATA-C-AATGA-TGT-T----TTGT-T--CAT-----------------TTATCACAA---AT-CAG---TAT--T
gi|15 : tctatttcatgacacT----TTAC-A--CAAAA---ATA---CAA--TTT-TCACAA---AC-CAT---T-T--TCAGGTCT-TC---A---AGTCTT---TTA---------T-ATTTAT--GA------ATT------T-ATTT------G-G--TAGAATTAAA-TT---TTCATGA-ATGACT-AGTAACAC-A--ATAGTATGCAT-AAAT--ATAAAAATGT----TTCTCATAA--ATAAAATGT-GATTTatgtaaaacatgcataattgcatatatgtataaaaaaacacttcttttaaatggatttaagcttattgcataaatcatattttcctctatga
gi|16 : TT---CTA---------T-ATTT----GA------GTT------TTATTC------AAC--CAGAAATAA--TT---TTTGTGA-ACGGCT-GGTCTTGC-A--AAATTAC-----AAAA--GT------------TTCT-GCAAGGATAAAGTG------TACAGTA
gi|17 : TTAGTTTG--AT--G---TGGATA-C-AATGA-TGCAA----ATGT-T--CAAGAGATATA---TAA--CTT-TTGTGA---AT-CA----TAA--TTATTGCT-C----T---AGTCTT---CTAGAAAATTTTT-AT-TAA--AA------GTT------A-AT----------------AACTGAA-TT---TTTGTGA-ATcattgtagtgggttagattcacgtcaccttcttgccactgtcttttgttccaccgttt
gi|18 : ctgtagaacgatttcatttcacaagatc---TGGATA----GTGA-TGTAT----TAATGT--CAAGAG--ACGTATTAA--CTT-T--------AC-TGT---T-T--TTA-------A---A---AGTCTT---CTA---------C-CTATAA--AA------TTT------T-ATCC----------------CTAAA-CT---TTTCCAA-ATGGTT-AGCCTTAC-A--AAATTACACAT-ATTA--AA-----TA-----TTCTAGCAA--A-A----GT-GATTCACAGTAa
gi|2 : TTATTTTT--GT--G---T--------AA-GA-TATCT----TTAT-T--CATGAG--ACA---TAA--CTT-TTGTGA---AT-GAT---TAT--CTATTGC--CA---ATTTAGTCTG---CTA---------C-AT-TAA--TG------TTT------T-ATTCATATTAA-T--AAGAACAAAA-TTACATGTATTA-ATGGGT-ACTTCTGC-A--AGATT--GTGT-ATAT--GTCA---TG-----TTTTTACAA--ACA
gi|21 : acactgggaattgtcacatgcctaaaaatactgtatatcactgttttgtgcgaccTTTT--GC--GAGATGAATA-C-AATGA-TGGAT----TTAT-TTCCA------ACT---TAA--ATT-TCATGA---AT-GAC---AAT--TTATTGTT-GA---A---A-TCTT---TTG---------T-GTATAA--GA------GTT------C-ATTC------A-T--TAGAACTAAA-tcattcttttt
gi|22 : atcaca---A---AGTTTT---CTA---------T-ATTTA---GA------GTT------T-ATTC------A-C--CAGAAATAA--TT---TTTGTGA-ACGGCT-GGTCTTGC-A--AAATTAC-----AAAA----------G-----TTCTCGC-A--GTAAGA-GT-G--TTACAGTA
gi|23 : tT------T-ATGT------G-T--AAGAACTAAA-TT---TCCGCTG-ATGACC-AGTCTCAT-G--AAATTGTGCGA-AAAA--AT-----TG-----TTTTCCCAC--ATATAATGT-GATATACAGTc
gi|24 : AAAACAAGA-TT---TTCGTAA-ATGACT-AATCTCGC-A--TCATTACACGT-GAGT--AA-----AG-----TTCTCATAA--ATATGATGT-GGTTTACAG
gi|26 : TTATTTTC--AC--G---AAGATA-C-AATGA-TGT-T----TTGT-T--C--------------AA--TTT-TCACAA---AT-CAG---TAT--aatct
gi|28 : ctatttcatgacaccTATTTTC--AC--G---AAGATA-C-AATGA-TGT-T----TTGT-T--CAT-----------------TTATCACAA---AT-CAG---TAT--actgtaaaacatgc
gi|29 : tctatttcatgacacTAA--GA------GTT------T-ATTT------G-C--GAAAGCTAAA-TT---TTCGCAA-ATGA---AATCTCGC-G--AAAGTACCCGT-AA
gi|3 : TTATTTTT--GT--G---TGGA-----AAAGA-TGCAC----TTGC-T--CACAAG--ACA---AAT--CTT-TCATGA---AT-CATAATTATAGTTATTGC-----------AGT-------------------------A--AA------ATT------G-ATTA------G-T--ATGAGTGAAA-TT---T-CGTCA-TTGGTA-AATCTCTC-A--AAATTGTGCAT-AAGACAAT-----TGGAATATTCTTGCTA--ATAAAATGT-GATTTACAATA
gi|30 : ttatttcatgagatc--AT-----TG-----GTCTTGTAA--ATAAAATGT-GATTCACAGTActttctacagaa
gi|31 : ttgtgagcaTTATTTTC--GT--G---TGGATA-C-AATGA-TGTAT----TTGT-T--CActttctatcacaga
gi|4 : aactatttcatgagaccGATA-CGAAT---TGTAT----TTAT-T--GATGAG--GCA---TAAAACTT-T-ATGA---GT-CAT---TAT--TTATTGCT-TAGT-A---AGTCTT---TTA---------G-ATTTAA--AA------TTT------T-ATTT------G-T--GAGAACTTAA-TA---TTTGTGA-ATGACT-AGTCTGGTGA--AAATT-TGCAT-AAAT--AA-----AA-----TTCATAAAA--ATAAAATGT-GGTTTACaa
gi|5 : cagtttgtgagacctttttctatatATTTTT---T--G---TGGATA-C-AATGAATGTATGTTTCTGT-T--AAAAAG--GAA---TGA--CTT--CACAACTCATTCAT---TAT--TCATTGCG-CA---T---AGTCTTTCTCTA---------T-ATGTAA-----------CT------T-ATTT------G-T--GGAATCTAAA-TT---TTCGTGATATGACT-AA-CACGC-----GATTATGGAT-AAG----------TG-----TCTACACAA--ATAAAAT-T-GATTC-CAGTAtgc
gi|6 : cctgagcTTATTTTC--AC--G---TGGATA-C-AAGGA-TGTAT----CTAT-T--C-------ACT---CAA--CTT-TCACAA---AT-CAT---TAT--TGACTG---------------CTT---CTA---------C-ATGCAA--GA------GTT------T-CTTC------A-TAAGAGAACACAA-TT---TTTGTAA-AAGGCT-AGTCTTGC-A--AAATTA--CAT-AAAT--AT-----ag
gi|7 : ttatttcactagatcTTAGCTTT--GT--G---TGGATA-C-AATGA-TGTAT----TTAT-T--CAAGAG--ACA---TAA--CTT-TCATGA---AT-CAT---CAC--TCATTGCT-CA---A---AATCAT---CTA---------C-ATGTAA--GA------ATT------T-ATTT------G-C--AAAAACTAAA-TT---TTCACAA-ATGACT-AGTCTCAC-A--AAATTACATGTAAAAC--AT-----TT-----TTCTCACAA--AAACAGTGT-GATTTGCAGTAatcatttcttgctatgaacctaatgcatgc
gi|8 : T-T--CATAAG--ACA---TAA--CCT-TTATGA---AT-CAT---TAT--TTATCGCT-GAATTA---AGTCGT---CTA---------T-ATATAG--GA------GTT------T-TTTG------G-T--GAAAACT-AA-TT---TTTGTGA-A--------TCCTGT-A--AAATTTAACAT-AGAT--AA-----TG-----TTCTTGCAG--ATAGAATGT-TATTTACAATA
gi|9 : ttttaatttgcgatacctgatttttcgcattgatTTATTTTC--GC--G---CTGATA-C-ACTGA-TGTGT----ATAT-T--CACGAG--ATA---TAC--CTT-TCTCGA---AT-CAT---CAT--TTATTGTT-GA---A---A-TCTT---CTA---------T-ATGTGC--AA------ATTGACATGT-ATTC------C-T--GAGAACT--A-TT---TTT---------------------------TTAGGCGT-AAAG--AC-----TT-----TTCTTGCAA--ATAAAATAC-GATTTACATTAca
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GTGTGAGACCATACAAGGATAAGTTCATTTAAAAGACTTTAATTTCATGAATTATTATTCCTTGCTTAAACCTTATATACCTATTATATTTTAGAGTTATTTGCAAGAACTGAATATT
Unaligned ( gi|20 ): GTGTGAGACCATACAAGGATAAGTTCATTTAAAAGACTTTAATTTCATGAATTATTATTCCTTGCTTAAACCTTATATACCTATTATATTTTAGAGTTATTTGCAAGAACTGAATATT
Unaligned ( gi|25 ): TTAAACTTATTTTTCACAAATGACCACTCTCACAAAACTAAACACACGTAATGTTTTCACAAATGAAATATGATTACAGTAT
Unaligned ( gi|27 ): TTTGTGTGGGTACAGCGATGCATTTATCACGAGACAAAACTTCTATGAAACTACATATGTCTGCACAAAA
Unaligned ( gi|32 ): TTGTAGTGGGACTAAGTGGGTTAGATTCACGTCAC