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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     agTGCA-ATC-AT-ATCATTTGTCTGC-AA----T-TA---CATTT-GATTTTTTTT-------T-------T-TA--AAAT--------GGCACT--TA-A-TTAC-AA-T-CAG-AAATagt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -ATCATTTGTCAGT-GA----A-TA---CACTA-AA-----TTTC------T-------A-CA--GA-------------AAT--T--C-TTTC-AA-C-CAA-AA--AG---TAAAT-T--CTTT-ATAT-TC-CT--------T-AT--AA-T---G-ACC-GCAATGTAACT-TGA-GG-ATC-CC-A----------ATG---TG--------CTG--TG---T--GTGG--G---GAAA-T
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Reference ( family-1613 )     :   CGAGGT--T-T--A-AACA-T-CTGTG---CT-----AT-AAAT----CTT-TT--AAT-TTTAA----CC-AGTTT--AT--GGT-CTT--GAGG-C--CTGGT-AC---ATTCTAT-----TTT--GTTT-------T-GG-TCG--TT--GA--AAATA-TAT-TGATAAAA--AA--A-GC--AAA-TTA----TAT---G--CTA----AAG-ACA----CG-----CCTG-ATCTAC-CGTGA----AA----TA----------GA-T-GCCGAAAA-TTG--C---AAT-GGAA-A-T--CAC---AATAGCG-AC--ACATA--A------AT--ACA--C-------A-AT-AATG-AC-T----G--A-------AATTA--G-T--GTGCA-ATCA-TA-TCATTTGTCTGT-AA----T-T-A---CACTT-GA-----TT------------T-------T-ANA--AAAT-GGCA-CT-TA-ATT-AC-AA-T-CAG-AAATA------GT---AAAT-T--CTCT-ATCTAG--TCT------T-AT--AA-T---G-A-C-GCAA--TCACTTGA-GGACC-GC-AT-CGTG--TTATG---CG---CC-CCCTG--TA---TTCAGGG--G-GAAA-TAA-C-T---CG-C---G-CT-G-CA-CT-CTGAGC--AATGTATCCC
gi|1                          :   CGAGGTCGT-T--ATAACA-TTCTGTAGTTCTTGAG-AT-AAATACATTTTGTT--AATGTTTAA----CCCAGTTTGGAT--GGTTCTTTGGAGG-CACCTGGT-AC---ATTCTATATCTATTT--GTTTTTTATTAT-GGTTCGGCTT--GA--AA--A-TAT-TGATGAAATTAA--A-GA--AAA---AGCACTAT---GC-CTATAATAAG-ACA----TA-----CCTG-
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                         caccAA-TTG--CGAGAAT-GGAG-A-TATCATCCGAATAGCG-AC--ACATA--GTCCGTTAT--ACG--CTATACCTA-ATGAATGCAC-TAGAAG--A-------GATTA--GATCGGTTCA-ATCAATAATCATTTGTCTGT-GAATTTT-T-A---CACGT-GA-----TTCTCTCTAAAATAT-------T-AAATCAAATAGGGG-CC-TA-ATTTAC-AA-TACAG-AA-TA------GTTATAACTAT--CTCA-ATATAGCGTCTGATCAAT-AC--AAGT---A-A-C-GCA---TCACTTGA-G-ACC-GC-AT-CG-GATTTATG---CGACCTC-CCTTGTTTAAGTTTCAGGGT-GTGAAATTAA-CAT---CG-C---G-Ctgtcccagaagctcctagcagggccatggtgatgagaacgatctagagtccgagtgtaacttaattgcgagaatggagatatcatccgaatagcgacacatagtccgttatacgctatacctaatgaatgcactagaagagattagatcggttcaatcaataatcatttgtctgtgaatttttacacgtgattctctctaaaatattaaatcaaataggggcctaatttacaatacagaatagttataactatctcaatatagcgtctgatcaatacaagtaacgcatcacttgagaccgcatcggatttatgcgacctcccttgtttaagtttcagggtgtgaaattaacatcgcgcgtgtgtagtcatacataatgcgactctctggcaatgtataccatta
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                             cacccgaggtcgttataacattctgtagttcttgagataaatacattttgttaatgtttaacccagtttggatggttctttggaggcacctggtacattctatatctatttgttttttattatggttcggcttgaaaatattgatgaaattaaagaaaaagcactatgcctataataagacatacctgtgtcccagaagctcctagcagggccatggtgatgagaacgatctagagtccgagtgtaacttT-T--CTCT-ATCTAG--TCT------T-ATAAAA-T---GAA-CGGCAA--TCCTTTGAGGGACCTGC-ATCCGTA--TTATG---CG---CC-CCT----TA---TTCAAGG--G-GGAA-TAACC-T---TGCC---GTCTGG-CA-CT-CGGAGCTAGATGTAACCCgtgtgtagtcatacataatgcgactctctggcaatgtataccatta
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       GG--G-GAAA-TAA-C-T---CG-C---G-CG-G-CA-CG-CTGAGT--AATGTATCCC
gi|2                          :   CGAGGT--T-T--ATAACA-A-CTGTG---TTTGCCGATTAAAT----CTT-TTGAAAT-TTTAAAC--CC-AGTTT--ATA-GGT-CTT--GAGG-C--CTGGT-ATTAAAATC-AT-----TTTTGGTTT-------T-GGGTCG--TT--GA--AAATAATAT-TGATAAAA--AAGAA-GC--AAAATTA----GA-------CTA----AAG-AC-----CGAGGTACCTG-AT-TAC-CGTGAGTATAAGATCTA----------GA-TAGCCGAAAA-TTGA-T---AATAGGAA-A-A--CAC---AATAGCG-AC--ACATA--G------AT--ATA--C-------A-AT-AA-G-AC-T----G--A-------ACTTA--G-A--GTGCA-ACCA-TA-TCATTTGTCTGT-AA----TAT-AAATCACTTGGA-----TT------------T-------TAAAA--AAAT-GGCA-CT-TAGATT-ACAAA-A-CAG-AATAA------GT---AAAGATAACTCT-ATCTAG--TCT------T-AT--AA-TACGG-A-C-GCAA--T------A-G-----AC-GT-CGTG--TTATGAACCG----C-CCCTG--TA---TTCAAGG--G---AA-TAA-C-TCGCCG-C---G-CG-G-CA-CT-CTGAGC--AATGTATCCCat
gi|3                          : ccCGAGGT--TGT--A-AACAAT-CTGTG---CT-----AT-AACT----CTT-T---AGG-TTTAAAAAACC-AGTTT--AT--GGT-CTT--GAGG-C--CTGGT-AT---AT-CTCT-----TTT--GTTT-------T-G--TCG--TT--GA--AAATA-TAT-TGATAAAA--AA--AAGC--AAA-TTA-----AT---G--CAA----AAG-ACAACCGCGT----CCTG-ATCTAC-CGTGA----AG----TATAAAGATCTAGA-T-GCCGAAA--TTG--C---AAT-GGAA-AAT--CAC---AATAGCGGAC--ACATAG-A------AT--ATAAAC-------A-AT-AATG-AC-T----GTGA-------AATTA--G-T--GGGCA-ATCA-TA-TCAGTTGTCTGT-AA----T-TTA---CACTT-GA-----TT------------T-------T-AAA--AAAT-GGCA-CT-TA-ATT-ACAAA-T-C-G-AAATA------GT---AAAT-T--CTCTGATCTAG--T-T------T-AT--AA-T---G-A-C-GCAA--TCACTTGA--GACC-GCAAT-CGTG---TATG---CG----C-CCCTG--TA---TTCA-GG--G-GAAA-TAA-C-T---CG-C---G-CG-GCCA-CTCCTGAG---AATGTATTCatt
gi|4                          :  cCGAGGT--T-T--A-AACA-T-CTGTG---CT------T-AAAT----CTT-TT--AAT-TCTAA----C--AGCTT--AT--GGT--TT--GAGG-C--CTGGT-AC---ATTCTAT-----TTT----TT-------T-GG-TCG--TT--AA--AAATA-TAT-TGATAAAA--AA--A-GC--AAA-TTA----TATAATG--CTA----AAG-ACA----C------CCTG-ATCTAC-----------------A----------GA-T-GCCGAAAA-TTG--C---AAT-GGAA-A-T--CAC---AATAGCG-AC--ACATA--A------AT--ACA--C-------A-AT-AATG-AC-T----G--A-------AATTA--G-T--GTGCATATCA-TA-TCATTTGTCTGT-AA----T-T-A---CACTT-GA-----TT------------T-------T-ATA--GAAT-GGCA-AT-TA-ATT-AC-AA-T-CAG-AAATA------GT---AAAT-T--CTCT-ATCTAG--TAT------T-AT--AA-T---G-A-C-GCAA--TCACTTGA-GGACC-GC-AT-CATA--TTATG---CG---CC-CCCTG--TA---TTCATGG--G-GAAA-TAA-C-T---CG-C---G-CT-G-CA-CT-CTGAGC--AATGTATCCCgccattcatcatt
gi|5                          :   CGAGGT--T-TTAA-AACA-T-ATGTG---CT-----AT-AAAT----CTT-TT--AAT-TTTAA----CCCAGTTT--A---GGT-CTT--GAGGGC--CAGGT-AC---TATCTAT-----TTT--GTTT-------TTGG-TCG--TT--GA--AAA-------------AA--AA--A-GTTTAAA-TTA----T-T---G--CTA----AAG-ACA----CG-----CCTG-ATCTAC-AGTTATA--AAGATCTA----------GAAT-GCCGAAAA-TTGGGC---AAA-GGAAGA-T--CAC---AATAGCG-AC--ACATA--A------AT--ACA--C-------A-AC-AATG-AC-T----GA-A-------AATTAC-G-T--GTGTA-A-CA-TA-TCATTTGTCTGT-AA----T-T-A---CAC---------------------------------------------GCA-CT-TA---T-A--AG-T-----------------T---AAAT-T--CTCT-ATCTAGT-TCT------T-AT--AATT---G-A-C-GCAAC-TCACTTGAGGGACC-GC-AT-CGTA--TTATG---CG---CC-CCCTG--TA---TTCAGGGGTG-GAAA-TAATT-T---CG-C---G-CT-G-CA-CT-CT-AGC--ATTGTATCCC
gi|6                          :   ccAGGT--T-T--A-AACA-T-CTGTG---CT-----AT-AAAT----CTT-TT--AAT-TTTAA----CC-AGTTT--AT--GGT-CTT--GAGG-C--CTGGT-AT---A-TCTAT-----TTT--GTTT-------T-GG-TCG--TT--GA--AAATA-TAT-TGATAAAA--AA--A-GC--AAA-T------TAT---G--CTA----CAGTATA----AA--------G-ATC-------------------TA----------GA-T-GCCGAAAA-TTG--C---AAT-GGAA-A-T--GAC---AATAGCG-AC--ACATA--A------AT--ACA--A-------A-AT-AATG-AC-T----G--A-------AATTA--G-T--GTGCA-AACA-TA-TCATTTGTCTGT-AA----T-T-A---CACTT-GA-----TT------------TAAAAAAAA-AAA--AAAT-GGCA-CT-TA---T-AC-AA-T-CAG-AAATA------GT---AAAT-T--CTCT-ATCTAG--TCT------TAAT--AA-T---G-A-C-GCAA--TCA-TTGA-GA--C-GC-AT-CGT---TTAT----CG---CC-CCCT---TA---Tat
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Alignments
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Reference ( family-1613 )     :   CGAGGT--T-T--A-AACA-T-CTGTG---CT-----AT-AAAT----CTT-TT--AAT-TTTAA----CC-AGTTT--AT--GGT-CTT--GAGG-C--CTGGT-A-T---ATTCTAT-----TTT--GTTT-------T-GG-TCG--TT--GA--AAATA-TAT-TGATAAAA--AA--A-GC--AAA-TTA----TAT---G--CTA----AAGACA----CG-----CCTG-ATCTAC-CGT---GA-----AG------G--T-TAGA-T-GCCGAAAA-TTG--C---AAT-GGAA-A-T--CAC---AATAGCG-AC--ACATA--A------AT--ACA--C-------A-AT-AATG-AC-T----G--A-------AATTA--G-T--GTGCA-ATC-AT-ATCATTTGTCTGT-AA----T-T-A---CACTT-GA-----TT------------T-------T-ANA--AAAT-GGCA-CT-TA-A-TTAC-AA-T-CAG-AAATA------G---TAAAT-T--CTCT-ATCTA--G-TCT------T-AT--AA-T---G-A-C-GCAA--TCACTTGA-GGACC-GC-AT-CGTG--TTATG---CG---CC-CCCTG--TA---TTCAGGG--G-GAAA-TAA-C-T---CG-C---G-CT-G-CA-CT-CTGAGC--AATGTATCCC
gi|1                          :   CGAGGTCGT-T--ATAACA-TTCTGTAGTTCTTGAG-AT-AAATACATTTTGTT--AATGTTTAA----CCCAGTTTGGAT--GGTTCTTTGGAGG-CACCTGGT-A-C---ATTCTATATCTATTT--GTTTTTTATTAT-GGTTCGGCTT--GA--AA--A-TAT-TGATGAAATTAA--A-GA--AAA---AGCACTAT---GC-CTATAATAAGACA----TA-----CCTG-
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                          caccAA-TTG--CGAGAAT-GGAG-A-TATCATCCGAATAGCG-AC--ACATA--GTCCGTTAT--ACG--CTATACCTA-ATGAATGCAC-TAGAAG--A-------GATTA--GATCGGTTCA-ATCAATAATCATTTGTCTGT-GAATTTT-T-A---CACGT-GA-----TTCTCTCTAAAATAT-------T-AAATCAAATAGGGG-CC-TA-ATTTAC-AA-TACAG--AATA------GTTATAACTAT--CTCA-ATATAGCG-TCTGATCAAT-AC--AAGT---A-A-C-GC-A--TCACTTGA--GACC-GC-AT-CG-GATTTATG---CGACCTC-CCTTGTTTAAGTTTCAGGGT-GTGAAATTAA-CAT---CG-C---G-Ctgtcccagaagctcctagcagggccatggtgatgagaacgatctagagtccgagtgtaacttaattgcgagaatggagatatcatccgaatagcgacacatagtccgttatacgctatacctaatgaatgcactagaagagattagatcggttcaatcaataatcatttgtctgtgaatttttacacgtgattctctctaaaatattaaatcaaataggggcctaatttacaatacagaatagttataactatctcaatatagcgtctgatcaatacaagtaacgcatcacttgagaccgcatcggatttatgcgacctcccttgtttaagtttcagggtgtgaaattaacatcgcgcgtgtgtagtcatacataatgcgactctctggcaatgtataccatta
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                              cacccgaggtcgttataacattctgtagttcttgagataaatacattttgttaatgtttaacccagtttggatggttctttggaggcacctggtacattctatatctatttgttttttattatggttcggcttgaaaatattgatgaaattaaagaaaaagcactatgcctataataagacatacctgtgtcccagaagctcctagcagggccatggtgatgagaacgatctagagtccgagtgtaacttT-T--CTCT-ATCTA--G-TCT------T-ATAAAA-T---GAA-CGGCAA--TCCTTTGAGGGACCTGC-ATCCGTA--TTATG---CG---CC-CCT----TA---TTCAAGG--G-GGAA-TAACC-T---TGCC---GTCTGG-CA-CT-CGGAGCTAGATGTAACCCgtgtgtagtcatacataatgcgactctctggcaatgtataccatta
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      atTAC-AA-T-CAG-AAATACATGTAG---TATAT-T--CACT-ATCTA------------------------------------------------GATC-TC-AT-GGTG--CTGTG---CG---CC-ACCTG--TA---TCCAGGG--G-GTAA-TAA-C-T---CG-CTTTA-TT-A-CA-TT-TTTAAC--AGTG
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TGG-GGACC-GC-AA-CGTG--TTGCG---CA---CC-CCCTG--AA---TTCAGGA--G-AAAA-TAG-T-T---CG-C---G-CT-C-CATTT-TTGAAA--AATTTATCTC
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CTTGA-GGACC-GC-AT-CGTG--TTATG---CG---TC-CGCTG--TA---TTCAGGG--G-GAAA-TAA-C-T---CG-C---G-CG-G-CA-CT-CTGAGC--AATGTATCCCattgat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGCA-ATC-AT-ATCATTTGTCTGC-AA----T-T-A---CATTT-GATTTTTTT------------T-------T-TTA--AAAT-GGCA-CT-TA-A-TTAC-AA-T-CAG-AAATatt
gi|15                         :                                                                                       GT-CTT--GAGG-C--CTGGT-A-T---AT-CTAT-----TTT--GTTT-------C-AG-TCG--TT--GA--AAATA-TAT-TG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GG--G-GAAA-TAA-C-T---CG-C---G-CG-G-CA-CG-CTGAGT--AATGTATCCC
gi|2                          :   CGAGGT--T-T--ATAACA-A-CTGTG---TTTGCCGATTAAAT----CTT-TTGAAAT-TTTAAAC--CC-AGTTT--ATA-GGT-CTT--GAGG-C--CTGGT-A-TTAAAATC-AT-----TTTTGGTTT-------T-GGGTCG--TT--GA--AAATAATAT-TGATAAAA--AAGAA-GC--AAAATTA----GA-------CTA----AAGAC-----CGAGGTACCTG-AT-TAC-CGT---GAGTATAAG------A--TCTAGA-TAGCCGAAAA-TTGA-T---AATAGGAA-A-A--CAC---AATAGCG-AC--ACATA--G------AT--ATA--C-------A-AT-AA-G-AC-T----G--A-------ACTTA--G-A--GTGCA-ACC-AT-ATCATTTGTCTGT-AA----TAT-AAATCACTTGGA-----TT------------T-------TAAAA--AAAT-GGCA-CT-TAGA-TTACAAA-A-CAG-AATAA------G---TAAAGATAACTCT-ATCTA--G-TCT------T-AT--AA-TACGG-A-C-GCAA--T------A-G-----AC-GT-CGTG--TTATGAACCG----C-CCCTG--TA---TTCAAGG--G---AA-TAA-C-TCGCCG-C---G-CG-G-CA-CT-CTGAGC--AATGTATCCCat
gi|3                          : ccCGAGGT--TGT--A-AACAAT-CTGTG---CT-----AT-AACT----CTT-T---AGG-TTTAAAAAACC-AGTTT--AT--GGT-CTT--GAGG-C--CTGGT-A-T---AT-CTCT-----TTT--GTTT-------T-G--TCG--TT--GA--AAATA-TAT-TGATAAAA--AA--AAGC--AAA-TTA-----AT---G--CAA----AAGACAACCGCGT----CCTG-ATCTAC-CGT---GA-----AGTATAAAGATC-TAGA-T-GCCGAAA--TTG--C---AAT-GGAA-AAT--CAC---AATAGCGGAC--ACATAG-A------AT--ATAAAC-------A-AT-AATG-AC-T----GTGA-------AATTA--G-T--GGGCA-ATC-AT-ATCAGTTGTCTGT-AA----T-TTA---CACTT-GA-----TT------------T-------T-AAA--AAAT-GGCA-CT-TA-A-TTACAAA-T-C-G-AAATA------G---TAAAT-T--CTCTGATCTA--G-T-T------T-AT--AA-T---G-A-C-GCAA--TCACTTGA--GACC-GCAAT-CGTG---TATG---CG----C-CCCTG--TA---TTCA-GG--G-GAAA-TAA-C-T---CG-C---G-CG-GCCA-CTCCTGAG---AATGTATTCatt
gi|4                          :  cCGAGGT--T-T--A-AACA-T-CTGTG---CT------T-AAAT----CTT-TT--AAT-TCTAA----C--AGCTT--AT--GGT--TT--GAGG-C--CTGGT-A-C---ATTCTAT-----TTT----TT-------T-GG-TCG--TT--AA--AAATA-TAT-TGATAAAA--AA--A-GC--AAA-TTA----TATAATG--CTA----AAGACA----C------CCTG-ATCTAC----------------------------AGA-T-GCCGAAAA-TTG--C---AAT-GGAA-A-T--CAC---AATAGCG-AC--ACATA--A------AT--ACA--C-------A-AT-AATG-AC-T----G--A-------AATTA--G-T--GTGCATATC-AT-ATCATTTGTCTGT-AA----T-T-A---CACTT-GA-----TT------------T-------T-ATA--GAAT-GGCA-AT-TA-A-TTAC-AA-T-CAG-AAATA------G---TAAAT-T--CTCT-ATCTA--G-TAT------T-AT--AA-T---G-A-C-GCAA--TCACTTGA-GGACC-GC-AT-CATA--TTATG---CG---CC-CCCTG--TA---TTCATGG--G-GAAA-TAA-C-T---CG-C---G-CT-G-CA-CT-CTGAGC--AATGTATCCCgccattcatcatt
gi|5                          :   CGAGGT--T-TTAA-AACA-T-ATGTG---CT-----AT-AAAT----CTT-TT--AAT-TTTAA----CCCAGTTT--A---GGT-CTT--GAGGGC--CAGGT-ACT---AT-CTAT-----TTT--GTTT-------TTGG-TCG--TT--GA--AAA-------------AA--AA--A-GTTTAAA-TTA----T-T---G--CTA----AAGACA----CG-----CCTG-ATCTAC-AGTTATAA-----AG------A--TCTAGAAT-GCCGAAAA-TTGGGC---AAA-GGAAGA-T--CAC---AATAGCG-AC--ACATA--A------AT--ACA--C-------A-AC-AATG-AC-T----GA-A-------AATTAC-G-T--GTGTA-A-C-AT-ATCATTTGTCTGT-AA----T-T-A---CAC---------------------------------------------GCA-CT-TA----TA--AG-T--------------------TAAAT-T--CTCT-ATCTA--GTTCT------T-AT--AATT---G-A-C-GCAAC-TCACTTGAGGGACC-GC-AT-CGTA--TTATG---CG---CC-CCCTG--TA---TTCAGGGGTG-GAAA-TAATT-T---CG-C---G-CT-G-CA-CT-CT-AGC--ATTGTATCCC
gi|6                          :   ccAGGT--T-T--A-AACA-T-CTGTG---CT-----AT-AAAT----CTT-TT--AAT-TTTAA----CC-AGTTT--AT--GGT-CTT--GAGG-C--CTGGT-A-T---A-TCTAT-----TTT--GTTT-------T-GG-TCG--TT--GA--AAATA-TAT-TGATAAAA--AA--A-GC--AAA-T------TAT---G--CTA----CAG----------------------TA----T---AA-----AG------A--TCTAGA-T-GCCGAAAA-TTG--C---AAT-GGAA-A-T--GAC---AATAGCG-AC--ACATA--A------AT--ACA--A-------A-AT-AATG-AC-T----G--A-------AATTA--G-T--GTGCA-AAC-AT-ATCATTTGTCTGT-AA----T-T-A---CACTT-GA-----TT------------TAAAAAAAA-AAA--AAAT-GGCA-CT-TA----TAC-AA-T-CAG-AAATA------G---TAAAT-T--CTCT-ATCTA--G-TCT------TAAT--AA-T---G-A-C-GCAA--TCA-TTGA-GA--C-GC-AT-CGT---TTAT----CG---CC-CCCT---TA---Tat
gi|7                          :              --A-AACA-T-CTGTG---CTG----AT-AAAT-----TT-TT--GA--TTTAT----CC-ACGTT--ATTAGGT-C-T--GAGG-C--CTGGTAA-T---ATTC-AT-----TTT--GGTT-------T-TG-TCG--TTTGGAATAAATA-TGTATGATAAAA--AAT-G-GC--AAA-TTA-----AT---GCACTT----AAGACA----CC-----TCTGCATCTACATAT---AA-----AG------A--TCTGAA-T-GCCGAAAATTTG--CGAAGAT-GAAA-A-----AC---AA-AAAG-ACAAACATAACA------ATTAGCA--C-------ACAT-AA-G-ACTT----G--AGACGAATAATTAGTG-T--GTGCA-ATC-AT-ATC-TTTATCTGTAAA----T-T-GAATCACTT-GA-----TT------------TA------A-ATA--AAAT-GGCAGCTGTA-A-TTAC-AAGT-CAGAAAATA------G---TAAA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tg--ACATA--A------AT--ATA------------ATCAATG-AC-A----A--T-------AATTA--T-T--ATGCA-GTC-AT-ACAATTTATCGGT-AA----T-T-A---CACTTAGT-----TT------------T-------T-ACT--AAAC------TT-TA-A-TTAC-AA-T-CAC-AA-TA------G---TAAAT-T--CTCT-ATCTA--G-TCT------T-AT--AG-T---G-A-A-ACAA--TCACTTGC-GAACC-GC-AA-CGTG--TTGTG---CG---CCGCCCTG--TA---TTCAGGG--G-GAAA-TAA-C-T---CG-C---G-CT-G-TA-Cat
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ag-ATCATTTGTCAGT-GA----A-T-A---CACTA-AA-----TT------------TC------T-ACA--GAA-----A-TT-C----TTTC-AA-C-CAA-AA--A------G---TAAAT-T--CTTT-ATAT---T-CCT------T-AT--AA-T---G-ACC-GCAATGTAACTTGA-GGATC-CC-AA-TGTG--CTGTG---TG---agt





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Reference ( family-1613 )     :   CGAGGT--T-T--A-AACA-T-CTGTG---CT-----AT-AAAT----CTT-TT--AAT-TTTAA----CC-AGTTT--AT--GGT-CTT--GAGG-C--CTGGT-A-T---ATTCTAT-----TTT--GTTT-------T-GG-TCG--TT--GA--AAATA-TAT-TGATAAAA--AA--A-GC--AAA-TTA----T---ATG--CTA----AAGACA----CG-----CCTG-ATCTAC-CGT-------AA-----AGATCTAGA-T-GCCGAA--------AA-TTG--C---AAT-GGAA-A-T--CAC---AATAGCG-AC--ACATA--A------AT--ACA--C-------A-AT-AATG-AC-T----G--A-------AATTA--G-T--GTGCA-ATC-AT-ATCATTTGTCTGT-AA----T-T-A---CACTT-GA-----TT------------T-------T-ANA--AAAT-GGCA-CT-TA-A-TTAC-AA-T-CAG-AAATA------G---TAAAT-T--CTCT-ATCTA--G-TCT------T-AT--AA-T---G-A-C-GCAA--TCACTTGA-GGACC-GC-AT-CGTG--TTATG---CG---CC-CCCTG--TA---TTCAGGG--G-GAAA-TAA-C-T---CG-C---G-CT-G-CA-CT-CTGAGC--AATGTATCCC
gi|1                          :   CGAGGTCGT-T--ATAACA-TTCTGTAGTTCTTGAG-AT-AAATACATTTTGTT--AATGTTTAA----CCCAGTTTGGAT--GGTTCTTTGGAGG-CACCTGGT-A-C---ATTCTATATCTATTT--GTTTTTTATTAT-GGTTCGGCTT--GA--AA--A-TAT-TGATGAAATTAA--A-GA--AAA---AGCACT---ATGC-CTATAATAAGACA----TA-----CCTG-
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TGCA-ATC-AT-ATCATTTGTCTGC-AA----T-T-A---CATTT-GATTTTTTT------------T-------T-TTA--AAAT-GGCA-CT-TA-A-TTAC-AA-T-CAG-AAATatt
gi|15                         :                                                                                       GT-CTT--GAGG-C--CTGGT-A-T---AT-CTAT-----TTT--GTTT-------C-AG-TCG--TT--GA--AAATA-TAT-TG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             GG--G-GAAA-TAA-C-T---CG-C---G-CG-G-CA-CG-CTGAGT--AATGTATCCC
gi|2                          :   CGAGGT--T-T--ATAACA-A-CTGTG---TTTGCCGATTAAAT----CTT-TTGAAAT-TTTAAAC--CC-AGTTT--ATA-GGT-CTT--GAGG-C--CTGGT-A-TTAAAATC-AT-----TTTTGGTTT-------T-GGGTCG--TT--GA--AAATAATAT-TGATAAAA--AAGAA-GC--AAAATTA----G---A----CTA----AAGAC-----CGAGGTACCTG-AT-TAC-CGT-------GAGTATAAGATCTAGA-TAGCCGAA--------AA-TTGA-T---AATAGGAA-A-A--CAC---AATAGCG-AC--ACATA--G------AT--ATA--C-------A-AT-AA-G-AC-T----G--A-------ACTTA--G-A--GTGCA-ACC-AT-ATCATTTGTCTGT-AA----TAT-AAATCACTTGGA-----TT------------T-------TAAAA--AAAT-GGCA-CT-TAGA-TTACAAA-A-CAG-AATAA------G---TAAAGATAACTCT-ATCTA--G-TCT------T-AT--AA-TACGG-A-C-GCAA--T------A-G-----AC-GT-CGTG--TTATGAACCG----C-CCCTG--TA---TTCAAGG--G---AA-TAA-C-TCGCCG-C---G-CG-G-CA-CT-CTGAGC--AATGTATCCCat
gi|3                          : ccCGAGGT--TGT--A-AACAAT-CTGTG---CT-----AT-AACT----CTT-T---AGG-TTTAAAAAACC-AGTTT--AT--GGT-CTT--GAGG-C--CTGGT-A-T---AT-CTCT-----TTT--GTTT-------T-G--TCG--TT--GA--AAATA-TAT-TGATAAAA--AA--AAGC--AAA-TTA--------ATG--CAA----AAGACAACCGCGT----CCTG-ATCTAC-CGTGAAGTATAA-----AGATCTAGA-T-GCCGAA--------A--TTG--C---AAT-GGAA-AAT--CAC---AATAGCGGAC--ACATAG-A------AT--ATAAAC-------A-AT-AATG-AC-T----GTGA-------AATTA--G-T--GGGCA-ATC-AT-ATCAGTTGTCTGT-AA----T-TTA---CACTT-GA-----TT------------T-------T-AAA--AAAT-GGCA-CT-TA-A-TTACAAA-T-C-G-AAATA------G---TAAAT-T--CTCTGATCTA--G-T-T------T-AT--AA-T---G-A-C-GCAA--TCACTTGA--GACC-GCAAT-CGTG---TATG---CG----C-CCCTG--TA---TTCA-GG--G-GAAA-TAA-C-T---CG-C---G-CG-GCCA-CTCCTGAG---AATGTATTCatt
gi|4                          :  cCGAGGT--T-T--A-AACA-T-CTGTG---CT------T-AAAT----CTT-TT--AAT-TCTAA----C--AGCTT--AT--GGT--TT--GAGG-C--CTGGT-A-C---ATTCTAT-----TTT----TT-------T-GG-TCG--TT--AA--AAATA-TAT-TGATAAAA--AA--A-GC--AAA-TTA----TATAATG--CTA----AAGACA----C------CCTG-ATCTAC------------------------AGA-T-GCCGAA--------AA-TTG--C---AAT-GGAA-A-T--CAC---AATAGCG-AC--ACATA--A------AT--ACA--C-------A-AT-AATG-AC-T----G--A-------AATTA--G-T--GTGCATATC-AT-ATCATTTGTCTGT-AA----T-T-A---CACTT-GA-----TT------------T-------T-ATA--GAAT-GGCA-AT-TA-A-TTAC-AA-T-CAG-AAATA------G---TAAAT-T--CTCT-ATCTA--G-TAT------T-AT--AA-T---G-A-C-GCAA--TCACTTGA-GGACC-GC-AT-CATA--TTATG---CG---CC-CCCTG--TA---TTCATGG--G-GAAA-TAA-C-T---CG-C---G-CT-G-CA-CT-CTGAGC--AATGTATCCCgccattcatcatt
gi|5                          :   CGAGGT--T-TTAA-AACA-T-ATGTG---CT-----AT-AAAT----CTT-TT--AAT-TTTAA----CCCAGTTT--A---GGT-CTT--GAGGGC--CAGGT-ACT---AT-CTAT-----TTT--GTTT-------TTGG-TCG--TT--GA--AAA-------------AA--AA--A-GTTTAAA-TTA----T----TG--CTA----AAGACA----CG-----CCTG-ATCTAC-AGTTAT----AA-----AGATCTAGAAT-GCCGAA--------AA-TTGGGC---AAA-GGAAGA-T--CAC---AATAGCG-AC--ACATA--A------AT--ACA--C-------A-AC-AATG-AC-T----GA-A-------AATTAC-G-T--GTGTA-A-C-AT-ATCATTTGTCTGT-AA----T-T-A---CAC---------------------------------------------GCA-CT-TA----TA--AG-T--------------------TAAAT-T--CTCT-ATCTA--GTTCT------T-AT--AATT---G-A-C-GCAAC-TCACTTGAGGGACC-GC-AT-CGTA--TTATG---CG---CC-CCCTG--TA---TTCAGGGGTG-GAAA-TAATT-T---CG-C---G-CT-G-CA-CT-CT-AGC--ATTGTATCCC
gi|6                          :   ccAGGT--T-T--A-AACA-T-CTGTG---CT-----AT-AAAT----CTT-TT--AAT-TTTAA----CC-AGTTT--AT--GGT-CTT--GAGG-C--CTGGT-A-T---A-TCTAT-----TTT--GTTT-------T-GG-TCG--TT--GA--AAATA-TAT-TGATAAAA--AA--A-GC--AAA-T------T---ATG--CTA----CAG----------------------TA----T-------AA-----AGATCTAGA-T-GCCGAA--------AA-TTG--C---AAT-GGAA-A-T--GAC---AATAGCG-AC--ACATA--A------AT--ACA--A-------A-AT-AATG-AC-T----G--A-------AATTA--G-T--GTGCA-AAC-AT-ATCATTTGTCTGT-AA----T-T-A---CACTT-GA-----TT------------TAAAAAAAA-AAA--AAAT-GGCA-CT-TA----TAC-AA-T-CAG-AAATA------G---TAAAT-T--CTCT-ATCTA--G-TCT------TAAT--AA-T---G-A-C-GCAA--TCA-TTGA-GA--C-GC-AT-CGT---TTAT----CG---CC-CCCT---TA---Tat
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Reference ( family-1613 )     :   CGAGGT--T-T--A-AACA-T-CTGTG---CT-----AT-AAAT----CTT-TT--AAT-TTTAA----CC-AGTTT--AT--GGT-CTT--GAGG-C--CTGGT-A-T---ATTCTAT-----TTT--GTTT-------T-GG-TCG--TT--GA--AAATA-TAT-TGATAAAA--AA--A-GC--AAA-TTA----T---ATG--CTA----AAGACA----CG-----CCTG-ATCTAC-CGT-------AA-----AGATCTAGA-T-GCCGAA--------AA-TTG--C---AAT-GGAA-A-T--CAC---AATAGCG-AC--ACATA--A------AT--ACA--C-------A-AT-AATG-AC-T----G--A-------AATTA--G-T--GTGCA-ATC-AT-ATCATTTGTCTGT-AA----T-T-A---CACTT-GA-----TT------------T-------T-ANA--AAAT-GGCA-CT-TA-A-TTAC-AA-T-CAG-AAATA------G---TAAAT-T--CTCT-ATCTA--G-TCT------T-AT--AA-T---G-A-C-GCAA--TCACTTGA-GGACC-GC-AT-CGTG--TTATG---CG---CC-CCCTG--TA---TTCAGGG--G-GAAA-TAA-C-T---CG-C---G-CT-G-CA-CT-CTGAGC--AATGTATCCC
gi|1                          :   CGAGGTCGT-T--ATAACA-TTCTGTAGTTCTTGAG-AT-AAATACATTTTGTT--AATGTTTAA----CCCAGTTTGGAT--GGTTCTTTGGAGG-CACCTGGT-A-C---ATTCTATATCTATTT--GTTTTTTATTAT-GGTTCGGCTT--GA--AA--A-TAT-TGATGAAATTAA--A-GA--AAA---AGCACT---ATGC-CTATAATAAGACA----TA-----CCTG-
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                      cacc-------AA-----CGATCTAGA-G-TCCGAGTGTAACTTAA-TTG--CGAGAAT-GGAG-A-TATCATCCGAATAGCG-AC--ACATA--GTCCGTTAT--ACG--CTATACCTA-ATGAATGCAC-TAGAAG--A-------GATTA--GATCGGTTCA-ATCAATAATCATTTGTCTGT-GAATTTT-T-A---CACGT-GA-----TTCTCTCTAAAATAT-------T-AAATCAAATAGGGG-CC-TA-ATTTAC-AA-TACAG--AATA------GTTATAACTAT--CTCA-ATATAGCG-TCTGATCAAT-AC--AAGT---A-A-C-GC-A--TCACTTGA--GACC-GC-AT-CG-GATTTATG---CGACCTC-CCTTGTTTAAGTTTCAGGGT-GTGAAATTAA-CAT---CG-C---G-Ctgtcccagaagctcctagcagggccatggtgatgagaacgatctagagtccgagtgtaacttaattgcgagaatggagatatcatccgaatagcgacacatagtccgttatacgctatacctaatgaatgcactagaagagattagatcggttcaatcaataatcatttgtctgtgaatttttacacgtgattctctctaaaatattaaatcaaataggggcctaatttacaatacagaatagttataactatctcaatatagcgtctgatcaatacaagtaacgcatcacttgagaccgcatcggatttatgcgacctcccttgtttaagtttcagggtgtgaaattaacatcgcgcgtgtgtagtcatacataatgcgactctctggcaatgtataccatta
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            cacccgaggtcgttataacattctgtagttcttgagataaatacattttgttaatgtttaacccagtttggatggttctttggaggcacctggtacattctatatctatttgttttttattatggttcggcttgaaaatattgatgaaattaaagaaaaagcactatgcctataataagacatacctgtgtcccagaagctcctagcagggccatggtgatgagT-T--CTCT-ATCTA--G-TCT------T-ATAAAA-T---GAA-CGGCAA--TCCTTTGAGGGACCTGC-ATCCGTA--TTATG---CG---CC-CCT----TA---TTCAAGG--G-GGAA-TAACC-T---TGCC---GTCTGG-CA-CT-CGGAGCTAGATGTAACCCgtgtgtagtcatacataatgcgactctctggcaatgtataccatta
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          atTAC-AA-T-CAG-AAATACATGTAG---TATAT-T--CACT-ATCTA------------------------------------------------GATC-TC-AT-GGTG--CTGTG---CG---CC-ACCTG--TA---TCCAGGG--G-GTAA-TAA-C-T---CG-CTTTA-TT-A-CA-TT-TTTAAC--AGTG
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGG-GGACC-GC-AA-CGTG--TTGCG---CA---CC-CCCTG--AA---TTCAGGA--G-AAAA-TAG-T-T---CG-C---G-CT-C-CATTT-TTGAAA--AATTTATCTC
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    CTTGA-GGACC-GC-AT-CGTG--TTATG---CG---TC-CGCTG--TA---TTCAGGG--G-GAAA-TAA-C-T---CG-C---G-CG-G-CA-CT-CTGAGC--AATGTATCCCattgat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TGCA-ATC-AT-ATCATTTGTCTGC-AA----T-T-A---CATTT-GATTTTTTT------------T-------T-TTA--AAAT-GGCA-CT-TA-A-TTAC-AA-T-CAG-AAATatt
gi|15                         :                                                                                       GT-CTT--GAGG-C--CTGGT-A-T---AT-CTAT-----TTT--GTTT-------C-AG-TCG--TT--GA--AAATA-TAT-TG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             GG--G-GAAA-TAA-C-T---CG-C---G-CG-G-CA-CG-CTGAGT--AATGTATCCC
gi|2                          :   CGAGGT--T-T--ATAACA-A-CTGTG---TTTGCCGATTAAAT----CTT-TTGAAAT-TTTAAAC--CC-AGTTT--ATA-GGT-CTT--GAGG-C--CTGGT-A-TTAAAATC-AT-----TTTTGGTTT-------T-GGGTCG--TT--GA--AAATAATAT-TGATAAAA--AAGAA-GC--AAAATTA----G---A----CTA----AAGAC-----CGAGGTACCTG-AT-TAC-CGT-------GAGTATAAGATCTAGA-TAGCCGAA--------AA-TTGA-T---AATAGGAA-A-A--CAC---AATAGCG-AC--ACATA--G------AT--ATA--C-------A-AT-AA-G-AC-T----G--A-------ACTTA--G-A--GTGCA-ACC-AT-ATCATTTGTCTGT-AA----TAT-AAATCACTTGGA-----TT------------T-------TAAAA--AAAT-GGCA-CT-TAGA-TTACAAA-A-CAG-AATAA------G---TAAAGATAACTCT-ATCTA--G-TCT------T-AT--AA-TACGG-A-C-GCAA--T------A-G-----AC-GT-CGTG--TTATGAACCG----C-CCCTG--TA---TTCAAGG--G---AA-TAA-C-TCGCCG-C---G-CG-G-CA-CT-CTGAGC--AATGTATCCCat
gi|3                          : ccCGAGGT--TGT--A-AACAAT-CTGTG---CT-----AT-AACT----CTT-T---AGG-TTTAAAAAACC-AGTTT--AT--GGT-CTT--GAGG-C--CTGGT-A-T---AT-CTCT-----TTT--GTTT-------T-G--TCG--TT--GA--AAATA-TAT-TGATAAAA--AA--AAGC--AAA-TTA--------ATG--CAA----AAGACAACCGCGT----CCTG-ATCTAC-CGTGAAGTATAA-----AGATCTAGA-T-GCCGAA--------A--TTG--C---AAT-GGAA-AAT--CAC---AATAGCGGAC--ACATAG-A------AT--ATAAAC-------A-AT-AATG-AC-T----GTGA-------AATTA--G-T--GGGCA-ATC-AT-ATCAGTTGTCTGT-AA----T-TTA---CACTT-GA-----TT------------T-------T-AAA--AAAT-GGCA-CT-TA-A-TTACAAA-T-C-G-AAATA------G---TAAAT-T--CTCTGATCTA--G-T-T------T-AT--AA-T---G-A-C-GCAA--TCACTTGA--GACC-GCAAT-CGTG---TATG---CG----C-CCCTG--TA---TTCA-GG--G-GAAA-TAA-C-T---CG-C---G-CG-GCCA-CTCCTGAG---AATGTATTCatt
gi|4                          :  cCGAGGT--T-T--A-AACA-T-CTGTG---CT------T-AAAT----CTT-TT--AAT-TCTAA----C--AGCTT--AT--GGT--TT--GAGG-C--CTGGT-A-C---ATTCTAT-----TTT----TT-------T-GG-TCG--TT--AA--AAATA-TAT-TGATAAAA--AA--A-GC--AAA-TTA----TATAATG--CTA----AAGACA----C------CCTG-ATCTAC------------------------AGA-T-GCCGAA--------AA-TTG--C---AAT-GGAA-A-T--CAC---AATAGCG-AC--ACATA--A------AT--ACA--C-------A-AT-AATG-AC-T----G--A-------AATTA--G-T--GTGCATATC-AT-ATCATTTGTCTGT-AA----T-T-A---CACTT-GA-----TT------------T-------T-ATA--GAAT-GGCA-AT-TA-A-TTAC-AA-T-CAG-AAATA------G---TAAAT-T--CTCT-ATCTA--G-TAT------T-AT--AA-T---G-A-C-GCAA--TCACTTGA-GGACC-GC-AT-CATA--TTATG---CG---CC-CCCTG--TA---TTCATGG--G-GAAA-TAA-C-T---CG-C---G-CT-G-CA-CT-CTGAGC--AATGTATCCCgccattcatcatt
gi|5                          :   CGAGGT--T-TTAA-AACA-T-ATGTG---CT-----AT-AAAT----CTT-TT--AAT-TTTAA----CCCAGTTT--A---GGT-CTT--GAGGGC--CAGGT-ACT---AT-CTAT-----TTT--GTTT-------TTGG-TCG--TT--GA--AAA-------------AA--AA--A-GTTTAAA-TTA----T----TG--CTA----AAGACA----CG-----CCTG-ATCTAC-AGTTAT----AA-----AGATCTAGAAT-GCCGAA--------AA-TTGGGC---AAA-GGAAGA-T--CAC---AATAGCG-AC--ACATA--A------AT--ACA--C-------A-AC-AATG-AC-T----GA-A-------AATTAC-G-T--GTGTA-A-C-AT-ATCATTTGTCTGT-AA----T-T-A---CAC---------------------------------------------GCA-CT-TA----TA--AG-T--------------------TAAAT-T--CTCT-ATCTA--GTTCT------T-AT--AATT---G-A-C-GCAAC-TCACTTGAGGGACC-GC-AT-CGTA--TTATG---CG---CC-CCCTG--TA---TTCAGGGGTG-GAAA-TAATT-T---CG-C---G-CT-G-CA-CT-CT-AGC--ATTGTATCCC
gi|6                          :   ccAGGT--T-T--A-AACA-T-CTGTG---CT-----AT-AAAT----CTT-TT--AAT-TTTAA----CC-AGTTT--AT--GGT-CTT--GAGG-C--CTGGT-A-T---A-TCTAT-----TTT--GTTT-------T-GG-TCG--TT--GA--AAATA-TAT-TGATAAAA--AA--A-GC--AAA-T------T---ATG--CTA----CAG----------------------TA----T-------AA-----AGATCTAGA-T-GCCGAA--------AA-TTG--C---AAT-GGAA-A-T--GAC---AATAGCG-AC--ACATA--A------AT--ACA--A-------A-AT-AATG-AC-T----G--A-------AATTA--G-T--GTGCA-AAC-AT-ATCATTTGTCTGT-AA----T-T-A---CACTT-GA-----TT------------TAAAAAAAA-AAA--AAAT-GGCA-CT-TA----TAC-AA-T-CAG-AAATA------G---TAAAT-T--CTCT-ATCTA--G-TCT------TAAT--AA-T---G-A-C-GCAA--TCA-TTGA-GA--C-GC-AT-CGT---TTAT----CG---CC-CCCT---TA---Tat
gi|7                          :              --A-AACA-T-CTGTG---CTG----AT-AAAT-----TT-TT--GA--TTTAT----CC-ACGTT--ATTAGGT-C-T--GAGG-C--CTGGTAA-T---ATTC-AT-----TTT--GGTT-------T-TG-TCG--TTTGGAATAAATA-TGTATGATAAAA--AAT-G-GC--AAA-TTA--------ATGCACTT----AAGACA----CC-----TCTGCATCTACATAT-------AA-----AGATCTGAA-T-GCCGAA--------AATTTG--CGAAGAT-GAAA-A-----AC---AA-AAAG-ACAAACATAACA------ATTAGCA--C-------ACAT-AA-G-ACTT----G--AGACGAATAATTAGTG-T--GTGCA-ATC-AT-ATC-TTTATCTGTAAA----T-T-GAATCACTT-GA-----TT------------TA------A-ATA--AAAT-GGCAGCTGTA-A-TTAC-AAGT-CAGAAAATA------G---TAAA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tg--ACATA--A------AT--ATA------------ATCAATG-AC-A----A--T-------AATTA--T-T--ATGCA-GTC-AT-ACAATTTATCGGT-AA----T-T-A---CACTTAGT-----TT------------T-------T-ACT--AAAC------TT-TA-A-TTAC-AA-T-CAC-AA-TA------G---TAAAT-T--CTCT-ATCTA--G-TCT------T-AT--AG-T---G-A-A-ACAA--TCACTTGC-GAACC-GC-AA-CGTG--TTGTG---CG---CCGCCCTG--TA---TTCAGGG--G-GAAA-TAA-C-T---CG-C---G-CT-G-TA-Cat
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ag-ATCATTTGTCAGT-GA----A-T-A---CACTA-AA-----TT------------TC------T-ACA--GAA-----A-TT-C----TTTC-AA-C-CAA-AA--A------G---TAAAT-T--CTTT-ATAT---T-CCT------T-AT--AA-T---G-ACC-GCAATGTAACTTGA-GGATC-CC-AA-TGTG--CTGTG---TG---agt


blockSeqs                     :         .  G TA T    AT      .    TGCCG  T    .      .  GA  T      AAAA  C     .   TA   .   .     G .      A C TAA AT T  .       TG    .       T  G   .   TG  AT     A   A        .   GA A  TT   A T TATAATG         .        AACCGCGT        C  C   CGTGAAGTATAA               TA       .         T   CGAA     A    G AT     .         G  AA     ACA        TA   AAC        C  C  T .  T GAGACGAAT           GT . .      T T .  .             A  .    A T AAT     G  TTTTT  TAAAAAAAA              T .     .    G  G  GA     A  G .   A  A  CATGTA .       A AA    G     GT     .      A  AA  TACG  A C G    TG        GG    T  A  C    .      AAC  C    G     .   .         GT .    .   C . CGC  C TTT T T  C  T  C     C  
blockSeqs                     :         .  . .  .    A       .    G      .    .      .  .   G      AC    .     .   A    .   .     . .      . . .   TT T  .       .     .       .  .   .   .   .      .   .        .   T  .  .    . T ATGCA           .        CGAGGTA         .  C   AGTTATAA                   AT       .         .   GGC      .    . A      .         .  .      GA         .    C          .  .  T .  . GTGA                C  . .      . C .  .             .  .    . . AAT     A  .      TTA                    A .     .    .  .  A      A  . .   .  A  .      .       . .     .     G      .      .  .   TT    . . .    C         GG    .  .  .    .      .    C    .     .   .         .  .    .   T . .    . .   . T  .  .  .     A  
blockSeqs                     :         .  . .  .    T       .    .      .    .      .  .   T      .     .     .   .    .   .     . .      . . .   TT T  .       .     .       .  .   .   .   .      .   .        .   .  .  .    . T TATG            .        ACG             .  C   ATATAA                     T        .         .   AT       .    . T      .         .  .      G          .    C          .  .  T .  . GAA                 .  . .      . T .  .             .  .    . . .       .  .      TAA                    A .     .    .  .  A      .  . .   .  T  .      .       . .     .     G      .      .  .   T     . . .    .         G     .  .  .    .      .    C    .     .   .         .  .    .   . . .    . .   . G  .  .  .     C  
blockSeqs                     :         .  . .  .    T       .    .      .    .      .  .   T      .     .     .   .    .   .     . .      . . .   T  T  .       .     .       .  .   .   .   .      .   .        .   .  .  .    . T ATG             .        ACC             .  C   TAA                        T        .         .   C        .    . T      .         .  .      A          .    C          .  .  T .  . GA                  .  . .      . T .  .             .  .    . . .       .  .      TCT                    T .     .    .  .  A      .  . .   .  A  .      .       . .     .     G      .      .  .   T     . . .    .         G     .  .  .    .      .    T    .     .   .         .  .    .   . . .    . .   . G  .  .  .     T  
blockSeqs                     :         .  . .  .    T       .    .      .    .      .  .   T      .     .     .   .    .   .     . .      . . .   T  T  .       .     .       .  .   .   .   .      .   .        .   .  .  .    . T TTG             .        AC              .  .   .                          T        .         .   C        .    . T      .         .  .      A          .    A          .  .  T .  . GA                  .  . .      . A .  .             .  .    . . .       .  .      TT                     A .     .    .  .  A      .  . .   .  A  .      .       . .     .     G      .      .  .   T     . . .    .         G     .  .  .    .      .    C    .     .   .         .  .    .   . . .    . .   . G  .  .  .     C  
blockSeqs                     :              .  .    T       .    .      .    .      .  .   .      .     .     .   .    .   .     . .      . . .   T  .  .       .     .       .  .   .   .   .      .   .        .   .  .  .    . . GA              .        .               .                                 T        .         .   C        .    . .      .         .  .      A          .    C          .  .  . .  . GA                  .  . .      . T .  .             .  .    . . .       .  .      TT                     T .     .    .  .  A      .  . .   .  A  .      .       . .     .     G      .      .  .   T     . . .    .         G     .  .  .    .      .    C    .     .   .         .  .    .   . . .    . .   . G  .  .  .     C  
blockSeqs                     :                                                                                         .   .     . .      . . .   T  .  .       .     .       .  .   .   .   .      .   .                                                                                                                                                                 .      A          .    .          .  .  . .  . AT                  .  . .      . T .  .             .  .    . . .       .  .      TT                     C .     .    .  .  .      .  . .   .  A  .      .       . .     .     G      .      .  .   T     . . .    .         G     .  .  .    .      .    C    .     .   .         .  .    .   . . .    . .   . T  .  .  .     C  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           . . .  .             .  .    . . .       .  .      TT                     C .     .    .  .  .      .  . .   .  .  .      .       . .     .     T      .      .  .   T     . . .    .         G     .  .  .    .      .    C    .     .   .         .  .    .   . . .    . .   . T  .  .  .     .  
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Reference ( family-1613 )     :   CGAGGT--T-T--A-AACA-T-CTGTG---CT-----AT-AAAT----CTT-TT--AAT-TTTAA----CC-AGTTT--AT--GGT-CTT--GAGG-C--CTGGTA-------T----AT-CTATTTT--GTTT-------T-GG-TCG--TT--GAA--AATA-TAT-TGATAAAA--AA--A-GC--AAA-TTA----T---ATG-C--TA----AAGACA----CG-----CCTG-ATCTAC------G--TATAAAGATCTAGA-T-GCCGAA--------AA-TTG--C---AAT-GGAA-A-T--CAC---AATAGCG-AC--ACATA--A------AT--ACA--C-------A-AT-AATG-AC-T----G--A-------AATTA--G-T--GTGCA-ATC-AT-ATCATTTGTCTGT-AA----T-T-A---CACTT-GA-----TT------------T-------T-ANA--AAAT-GGCA-CT-TA-A-TTAC-AA-T-CAG-AAATA------G---TAAAT-T--CTCT-ATCTA--G-TCT------T-AT--AA-T---G-A-C-GCAA--TCACTTGA-GGACC-GC-AT-CGTG--TTATG---CG---CC-CCCTG--TA---TTCAGGG--G-GAAA-TAA-C-T---CG-C---G-CT-G-CA-CT-CTGAGC--AATGTATCCC
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gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                caccAACGATCTAGA-G-TCCGAGTGTAACTTAA-TTG--CGAGAAT-GGAG-A-TATCATCCGAATAGCG-AC--ACATA--GTCCGTTAT--ACG--CTATACCTA-ATGAATGCAC-TAGAAG--A-------GATTA--GATCGGTTCA-ATCAATAATCATTTGTCTGT-GAATTTT-T-A---CACGT-GA-----TTCTCTCTAAAATAT-------T-AAATCAAATAGGGG-CC-TA-ATTTAC-AA-TACAG--AATA------GTTATAACTAT--CTCA-ATATAGCG-TCTGATCAAT-AC--AAGT---A-A-C-GC-A--TCACTTGA--GACC-GC-AT-CG-GATTTATG---CGACCTC-CCTTGTTTAAGTTTCAGGGT-GTGAAATTAA-CAT---CG-C---G-Ctgtcccagaagctcctagcagggccatggtgatgagaacgatctagagtccgagtgtaacttaattgcgagaatggagatatcatccgaatagcgacacatagtccgttatacgctatacctaatgaatgcactagaagagattagatcggttcaatcaataatcatttgtctgtgaatttttacacgtgattctctctaaaatattaaatcaaataggggcctaatttacaatacagaatagttataactatctcaatatagcgtctgatcaatacaagtaacgcatcacttgagaccgcatcggatttatgcgacctcccttgtttaagtttcagggtgtgaaattaacatcgcgcgtgtgtagtcatacataatgcgactctctggcaatgtataccatta
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          cacccgaggtcgttataacattctgtagttcttgagataaatacattttgttaatgtttaacccagtttggatggttctttggaggcacctggtacattctatatctatttgttttttattatggttcggcttgaaaatattgatgaaattaaagaaaaagcactatgcctataataagacatacctgtgtcccagaagctcctagcagggccatggtgatgagT-T--CTCT-ATCTA--G-TCT------T-ATAAAA-T---GAA-CGGCAA--TCCTTTGAGGGACCTGC-ATCCGTA--TTATG---CG---CC-CCT----TA---TTCAAGG--G-GGAA-TAACC-T---TGCC---GTCTGG-CA-CT-CGGAGCTAGATGTAACCCgtgtgtagtcatacataatgcgactctctggcaatgtataccatta
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        atTAC-AA-T-CAG-AAATACATGTAG---TATAT-T--CACT-ATCTA------------------------------------------------GATC-TC-AT-GGTG--CTGTG---CG---CC-ACCTG--TA---TCCAGGG--G-GTAA-TAA-C-T---CG-CTTTA-TT-A-CA-TT-TTTAAC--AGTG
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TGG-GGACC-GC-AA-CGTG--TTGCG---CA---CC-CCCTG--AA---TTCAGGA--G-AAAA-TAG-T-T---CG-C---G-CT-C-CATTT-TTGAAA--AATTTATCTC
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CTTGA-GGACC-GC-AT-CGTG--TTATG---CG---TC-CGCTG--TA---TTCAGGG--G-GAAA-TAA-C-T---CG-C---G-CG-G-CA-CT-CTGAGC--AATGTATCCCattgat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TGCA-ATC-AT-ATCATTTGTCTGC-AA----T-T-A---CATTT-GATTTTTTT------------T-------T-TTA--AAAT-GGCA-CT-TA-A-TTAC-AA-T-CAG-AAATatt
gi|15                         :                                                                                       GT-CTT--GAGG-C--CTGGTA-------T----AT-CTATTTT--GTTT-------C-AG-TCG--TT--GAA--AATA-TAT-TG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GG--G-GAAA-TAA-C-T---CG-C---G-CG-G-CA-CG-CTGAGT--AATGTATCCC
gi|2                          :   CGAGGT--T-T--ATAACA-A-CTGTG---TTTGCCGATTAAAT----CTT-TTGAAAT-TTTAAAC--CC-AGTTT--ATA-GGT-CTT--GAGG-C--CTGGTA-------TTAAAAT-C-ATTTTTGGTTT-------T-GGGTCG--TT--GAA--AATAATAT-TGATAAAA--AAGAA-GC--AAAATTA----G---A---C--TA----AAGAC-----CGAGGTACCTG-AT-TACCGTGA-G--TATAA-GATCTAGA-TAGCCGAA--------AA-TTGA-T---AATAGGAA-A-A--CAC---AATAGCG-AC--ACATA--G------AT--ATA--C-------A-AT-AA-G-AC-T----G--A-------ACTTA--G-A--GTGCA-ACC-AT-ATCATTTGTCTGT-AA----TAT-AAATCACTTGGA-----TT------------T-------TAAAA--AAAT-GGCA-CT-TAGA-TTACAAA-A-CAG-AATAA------G---TAAAGATAACTCT-ATCTA--G-TCT------T-AT--AA-TACGG-A-C-GCAA--T------A-G-----AC-GT-CGTG--TTATGAACCG----C-CCCTG--TA---TTCAAGG--G---AA-TAA-C-TCGCCG-C---G-CG-G-CA-CT-CTGAGC--AATGTATCCCat
gi|3                          : ccCGAGGT--TGT--A-AACAAT-CTGTG---CT-----AT-AACT----CTT-T---AGG-TTTAAAAAACC-AGTTT--AT--GGT-CTT--GAGG-C--CTGGTA-------T----AT-CTCTTTT--GTTT-------T-G--TCG--TT--GAA--AATA-TAT-TGATAAAA--AA--AAGC--AAA-TTA--------ATG-C--AA----AAGACAACCGCGT----CCTG-ATCTACCGTGAAG--TATAAAGATCTAGA-T-GCCGAA--------A--TTG--C---AAT-GGAA-AAT--CAC---AATAGCGGAC--ACATAG-A------AT--ATAAAC-------A-AT-AATG-AC-T----GTGA-------AATTA--G-T--GGGCA-ATC-AT-ATCAGTTGTCTGT-AA----T-TTA---CACTT-GA-----TT------------T-------T-AAA--AAAT-GGCA-CT-TA-A-TTACAAA-T-C-G-AAATA------G---TAAAT-T--CTCTGATCTA--G-T-T------T-AT--AA-T---G-A-C-GCAA--TCACTTGA--GACC-GCAAT-CGTG---TATG---CG----C-CCCTG--TA---TTCA-GG--G-GAAA-TAA-C-T---CG-C---G-CG-GCCA-CTCCTGAG---AATGTATTCatt
gi|4                          :  cCGAGGT--T-T--A-AACA-T-CTGTG---CT------T-AAAT----CTT-TT--AAT-TCTAA----C--AGCTT--AT--GGT--TT--GAGG-C--CTGGTA-------C----ATTCTATTTT----TT-------T-GG-TCG--TT--AAA--AATA-TAT-TGATAAAA--AA--A-GC--AAA-TTA----TATAATG-C--TA----AAGACA----C------CCTG-ATCTAC--------------------AGA-T-GCCGAA--------AA-TTG--C---AAT-GGAA-A-T--CAC---AATAGCG-AC--ACATA--A------AT--ACA--C-------A-AT-AATG-AC-T----G--A-------AATTA--G-T--GTGCATATC-AT-ATCATTTGTCTGT-AA----T-T-A---CACTT-GA-----TT------------T-------T-ATA--GAAT-GGCA-AT-TA-A-TTAC-AA-T-CAG-AAATA------G---TAAAT-T--CTCT-ATCTA--G-TAT------T-AT--AA-T---G-A-C-GCAA--TCACTTGA-GGACC-GC-AT-CATA--TTATG---CG---CC-CCCTG--TA---TTCATGG--G-GAAA-TAA-C-T---CG-C---G-CT-G-CA-CT-CTGAGC--AATGTATCCCgccattcatcatt
gi|5                          :   CGAGGT--T-TTAA-AACA-T-ATGTG---CT-----AT-AAAT----CTT-TT--AAT-TTTAA----CCCAGTTT--A---GGT-CTT--GAGGGC--CAGGTAC------T----AT-CTATTTT--GTTT-------TTGG-TCG--TT--GAA--AA-------------AA--AA--A-GTTTAAA-TTA----T----TG-C--TA----AAGACA----CG-----CCTG-ATCTAC------AGTTATAAAGATCTAGAAT-GCCGAA--------AA-TTGGGC---AAA-GGAAGA-T--CAC---AATAGCG-AC--ACATA--A------AT--ACA--C-------A-AC-AATG-AC-T----GA-A-------AATTAC-G-T--GTGTA-A-C-AT-ATCATTTGTCTGT-AA----T-T-A---CAC---------------------------------------------GCA-CT-TA----TA--AG-T--------------------TAAAT-T--CTCT-ATCTA--GTTCT------T-AT--AATT---G-A-C-GCAAC-TCACTTGAGGGACC-GC-AT-CGTA--TTATG---CG---CC-CCCTG--TA---TTCAGGGGTG-GAAA-TAATT-T---CG-C---G-CT-G-CA-CT-CT-AGC--ATTGTATCCC
gi|6                          :   ccAGGT--T-T--A-AACA-T-CTGTG---CT-----AT-AAAT----CTT-TT--AAT-TTTAA----CC-AGTTT--AT--GGT-CTT--GAGG-C--CTGGTA-------T----AT-CTATTTT--GTTT-------T-GG-TCG--TT--GAA--AATA-TAT-TGATAAAA--AA--A-GC--AAA-TTA----T-----G-C--TA--------CA----------------------------G--TATAAAGATCTAGA-T-GCCGAA--------AA-TTG--C---AAT-GGAA-A-T--GAC---AATAGCG-AC--ACATA--A------AT--ACA--A-------A-AT-AATG-AC-T----G--A-------AATTA--G-T--GTGCA-AAC-AT-ATCATTTGTCTGT-AA----T-T-A---CACTT-GA-----TT------------TAAAAAAAA-AAA--AAAT-GGCA-CT-TA----TAC-AA-T-CAG-AAATA------G---TAAAT-T--CTCT-ATCTA--G-TCT------TAAT--AA-T---G-A-C-GCAA--TCA-TTGA-GA--C-GC-AT-CGT---TTAT----CG---CC-CCCT---TA---Tat
gi|7                          :              --A-AACA-T-CTGTG---CTG----AT-AAAT-----TT-TT--GAT-TT-AT----CC-ACGTT--ATTAGGT-CT---GAGG-C--CTGGTAA------T----AT-TCATTTT--GGTT-------T-TG-TCG--TTTGGAATAAATA-TGTATGATAAAA--AAT-G-GC--AAA-TTA--------ATG-CACTT----AAGACA----CC-----TCTGCATCTAC------A--TATAAAGATCTGAA-T-GCCGAA--------AATTTG--CGAAGAT-GAAA-A-----AC---AA-AAAG-ACAAACATAACA------ATTAGCA--C-------ACAT-AA-G-ACTT----G--AGACGAATAATTAGTG-T--GTGCA-ATC-AT-ATC-TTTATCTGTAAA----T-T-GAATCACTT-GA-----TT------------TA------A-ATA--AAAT-GGCAGCTGTA-A-TTAC-AAGT-CAGAAAATA------G---TAAA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tg--ACATA--A------AT--ATA------------ATCAATG-AC-A----A--T-------AATTA--T-T--ATGCA-GTC-AT-ACAATTTATCGGT-AA----T-T-A---CACTTAGT-----TT------------T-------T-ACT--AAAC------TT-TA-A-TTAC-AA-T-CAC-AA-TA------G---TAAAT-T--CTCT-ATCTA--G-TCT------T-AT--AG-T---G-A-A-ACAA--TCACTTGC-GAACC-GC-AA-CGTG--TTGTG---CG---CCGCCCTG--TA---TTCAGGG--G-GAAA-TAA-C-T---CG-C---G-CT-G-TA-Cat
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ag-ATCATTTGTCAGT-GA----A-T-A---CACTA-AA-----TT------------TC------T-ACA--GAA-----A-TT-C----TTTC-AA-C-CAA-AA--A------G---TAAAT-T--CTTT-ATAT---T-CCT------T-AT--AA-T---G-ACC-GCAATGTAACTTGA-GGATC-CC-AA-TGTG--CTGTG---TG---agt