lowQualScore : 111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 3333333333333333333333 1111111 333333333 1111111 11111 2 11 22222 33333333333333333333333333333333 11111 000000000000000000000000000000000 111111111 111111111 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 111111111111111111111 11111111 22222 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22 1
lowQualScore : 33 2 88 33 444 0 0 7777777777777777777777 2 2 444 55 33 1111111 555 333333333 8888 7 888 2222222 5555 99 666 3 44 99999 0 6 77777 7 33 00000 5555 66666666666666666666666666666666 2 444 22222 111111111111111111111111111111111 22 555 0 66 999999999 33 444444444 888888888 33 9999999 33 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 2 2 99 3 4 7777777777 888 666666666666666666666 333 666666 666666 77777777 777 33 2 2 99999 333 4444 2 2 666 2 999999 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 888 22 0 8
lowQualScore : .. . .. .. ... . . ...................... . . ... .. .. ....... ... ......... .... . ... ....... .... .. ... . .. ..... . . ..... . .. ..... .... ................................ . ... ..... ................................. .. ... . .. ......... .. ......... ......... .. ....... .. . ............................................................................... . . . .. . . .......... ... ..................... ... ...... ...... ........ ... .. . . ..... ... .... . . ... . ...... ................................................................................. ... .. . .
lowQualScore : 77 7 33 44 444 2 3 5555555555555555555555 5 5 555 99 44 6666666 222 111111111 8888 5 888 6666666 3333 00 555 5 22 77777 5 2 11111 0 66 88888 7777 11111111111111111111111111111111 7 777 00000 999999999999999999999999999999999 99 000 1 88 888888888 77 555555555 777777777 99 3333333 99 5 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 5 4 22 8 4 0000000000 444 111111111111111111111 777 000000 111111 22222222 888 88 1 1 22222 888 7777 7 2 111 2 111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 000 00 0 8
consensus : NGTGTCAGTCG--GCCA-TG-TTT--TCACTT---CGAGAAATTGAA-A--GT--A-CA-TT-----TACTGAA-AG-AAAA--ATTG--T--T-------GAAAAA--TCC-----CGC-ATTTGG--ATT-ATTTTC---TTG-------TGTTTG----G--AANGAAATTTTAA--CCACA-TTAGAGGT-AAG-----ATCAACTTCT-CTAGG----CA----T--C--------------G--------------AAT-G---AGGTG-----CATT----TATG---TTGTC-T-AGA--CTGAGANGG-AAA---TTG--GCAAC-------AAAGATTTG--TTTT--------CATTCT-G-----CAAA--CGCT-------CG--GCCGAGCACAG----GTCTGTAAT-GAT-ACTGATAG-TA-GGGTTCTATANCATNC--C-----A---C-CN-C-C----TAAT-ATGGGTGA-TAAT-AA-TTTTAGT-AGGGG---AT-----GGTAT-G-TATAGA---CC-C---C----C-ACTGT---TATTA--T---TAC------AGA-C------AA---A-TT-A-CCGG--TT-C-CTGT----GGG-CCGA---G-ATGCAGACGACATGC-----TCGACA------NNNNNGTGTTCATACGCTTAACAGACGTCTTACCACTTATAAACAAATATCATGAAAAATTTCT-----------AATGCTTTTTATTAAGGG-ATTGAAGAGTAAATG
Reference ( gi|4 ) : TGTGTCAGTCG--GCCA-TG-ATT--TCACTT---CGAGAAAGTGAA-A--GT--A-C--TT-----TGCTGAA-AG-AAAA--ATTG--T--T-------GAAAAA--TCC-----CTG-ATTTAG--ATT-ATTTTC---TTG-------TGTTTG----G--AATAAAATTTTAA--CCATA-TAAGAGGTAAAG-----ATCAATTTCT-TTAGT----CA----T--C--------------A--------------AAT-G---AGGTG-----CAGG----TATG---TTGTT-TTAGAAGCTTAGAAGG-AAA---TTG--GCAGC-------AAAGATTTG--TTTT--------CATTTT-G-----CAAA--CGCT-------CG--GCCGATCACAG----GTGTGTAAT-GAT-ACTGATCG-TA-GGCTTCTATAACATTC--T-----A---C-CA-T-C----TAAT-ATAGGTGA-TAAT-AG-TTTTTGT-AGGGG---GT-----GGTAT-G-TATATA---CT-C---C----C-ATTGT---TATTA--T---TAC------AGA-C------AA---A-TT-A-CCAA--AT-C-CTGT----GTG-CCGA---G-ATGCAGACGACATGT-----TCAACA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTT-----------AATACTTTTTGATAAGGG-ATTAAACAGTAAATGT
gi|11 : GTCTCAGT-G--GTCA-TG-GTT--TCACTT---CGAGAAAA--------------------------CTGAA-AG-AAAG--ATTG--T--T-------GAAAAT--TCC-----CAC-ATTTGA--ATT-ATTTTC---TTG-------TGTTTG----G--AAGGAAATTTTAA--CCACA-TTAGTAGT-AAG-----ATCAACTTCT-CTAGG----CA----T--T--------------G--------------GAT-T---AGGTG-----CATT----TATG---TCGT---------CTGAGATGG-AAA---TTG--ACATC-------AAAGATTTG--TTTC--------CATTCT-T-----CACA--CGCT-------CG--GCCGAGCACAA----GT---------AT-A--------TA-GGGTTCTATATCATAC--C-----A---CACACT-C----TAAT-ATGTGTGA-TAAT-AA-TTTCAGT-ATGGT---AT-----GGTAT---TACAAA---C--C---C----C-ACTG
gi|8 : gtataatcttcaagttagagGTGCTAGTCG--GCCA-TGTATT--------------GAAAGTACA-A------------T-----TACGGAA-TG-AAGAACATTG--T--T-------GAAAAT--TCC-----TTC-ATTGGG--ATT-AATTTC---TTG-------TGTTTG----GTTGGTAACA--TTAA--CCACA-TTAAAAGT-ATG-----ATCAACTTCT-CTAGG----CA----T--C--------------G--------------AAT-G---AGGTG-----CATG----TACGTAATTGTT-TTTG--GC------GG-AAA---TGG--TTAAC-------CAAGCTTTG--GTTTA-------CATTCT-G-----C
gi|9 : tatgctaaaaaaaaatgcaattcttgaatagattttcaattagaaatcataaacatcaaattattaaaaagtcgtacaatctggactttcaacagcttacttgtatattttttctctttatctaattgtaaatagcgtaggtataattactataatgtagtgaatcgGTGTCAGTCG--GTAG-TG--TT--TTACTT---CGAGAAATTGTA-T--GT--A-CA-TT-----TACTG-A-AG-AAAA--ATTG--T--T-------GAAAAC--TCCA----C---ATTTGG--ATT-ATGTTCAATTTG-------TGTTTG----T--AATGAA
gi|13 : tattcatctattattgtaaacagtgtaggtatattctttagagGTG-CAGTCG--ACCA-TG-CTTACTTACCT---CGAGAAATTGGACA--GT--C-CA-TT-----TACT--A-AG-CACA--CTTGAGTAGT-------GGAAAA---CG-----CTC-ATTTACT-ATT-ATTTTC---TTGCGCT---TGTTGG----A--AATA------CAA--CCAAA-T-AGAGGTTACA-----ATCA---TCT-AT-GT----CAAGATC--C--------------A--------------AGTCA---AAGTGTATTACAAG----TTTA---TTGTTGTCTGA-----AGAAGGCGGA---CCGAAGCAAC-------ACAGAT------------------------------CAAA--CGTT-------CGGCGCCGAGCGCAG----cgtgttaagatcgcctgagatagaaattggcaacaaagatttgctttcattctgcaaatgctcgaccgagcacaagttatgatgcacatatgcatggtgataataattttagcaggggatggtatgtaaagacccccgccgttgctattacaaataaaaagaaaataccggttcattgagggccgagatgcagaagacatgcttgaca
gi|18 : ttcagatccatctacaatattatagaaccacctaggatatagaatctttgaGTGCCAGTCA--GCCA-TG-CTG--TCACTT---C-----ATTGAA-A--GT--A-CA-AC-----TAATGAA-CG-AAGA--ATTG--C--T--------AAAAA--CCC-----CGC-ATTTGG--ATTAATCCTCGATCTG-------TGTTT
gi|19 : ttactaagaaagttgtacaatctgatttttaaacaggtaatatcttttcaaatttatctaatcgtaagcagagtaggtataattactatagGTGTCAGTTG--GCCT-TG--TT--TCAC-T---AAATAAAATTAA-A--GTAAA-T--TTA----TATTGAATAA-AAAA--AATG--T--TGG-----GGAAAA--TGC-----C-A-ATTTTGGAATT-GTTTTC---T---------TGTTTG----GT-AATActttgataatgttgatcaaatcacatcatggggttag
gi|25 : aattatttaagacagtagtacatccgaactttaaatattcatatatttcatattctcttatattatttgtacagcgaaggtatagatctttagagGTGTCAGTCG--GCCA-TG-TTT--TTACTT---CGAGAAAGTcttgg
gi|6 : taaatgaaatatcatagaaacatcaaattagtaacaaaagttgcacattctgaactataaaaattcaaaccttttcatattcctctattagtgcaagcagtgtaggtataatctttaagTGTCAGTCGCGGCCAATG-GTT--TCCCTTTTCCGAGAAATTGAA-AAGGT--A-CA-TT-----TACTGAA-AC-AAA----CTG--C--T-------GAAAAC--ACC---------ACTTTG--ATT-ATTTTC---TTG-------TGTTTG----G--AATGAAAGTTTAAACCCACA-TCATAGAT-AAG-----AT-AACCTCTCTCGGC----CA----T--C--------------C--------------AAT-G---AGATG-----AA-----------------T-TTGG--GC----------AA---TC-------C-------AAA-ATTTGCTTTTC--------CATTCTGG-----CAAA--CGCT-------T---GCCGA--ACA--------TATAAT-G----C---TTG-TA-TGGTCTTATACCA--C--C-----A---C-CT-C-C----CAAT-A----TGA-TAAT-A
gi|7 : catgttcatctactattgtacacagtgtaggttataatcttaaagaTCAGTCG--GCTA-TG-TTT--TCACTT---CGAGAA-------------------TT-----TAC-----AC-AAAC--ATTG--A--T-------GAAAAA--TCC-----C-----------ACA-ATTTTC---TTAAAAAATATGTTTG----G--AAGGAAATTTTAA--CCAAA-TTAGAGGTAAAGGTAAGATCAACTCCT-CTAGG----CA----T--C--------------G--------------AAT-G---GGGCG-----CATT----TATG---TTGTT-CGAGA---T-----GA-AAA---TTG--GCAAT-------AAATAGTTT--TTTT--------CATTCT-GCAATTCAAA--CGTT-------CG--GCCAAGCACAA----TTCTGTAAC-AA----TGATAG-CA-GGGTTCTATATCATAC--C-----ACACC-CA---C----TAAT-ATGGGTGA-TGAT-AA-TTTTAGT-AGGAG---ATNNNNNNNNNN-N-NNNNNN---NN-N---N----N-NNNNN---NNNNN--N---NNN------NNN-N------NN---N-NN-N-NNNN--NN-N-NNNN----NTG-CCGACATGCATGCAGACGACATGT-----TCaagaccggttctgtgggctgaagatgcagacgacatgttcgacaatgtttaatacgccacccaactttatacagcacatatcgtccaaaaatttccaatggattaaacagtaat
gi|3 : atctattattataaacaatgtaggtatTCAGTCG--GCTT-TG-TTT--TCATTT---CGAGAAATTGAA-A--GA--A-CA-TT-----TACTGAA-AG-AAAA--CTTG--T--T-------GAAAA---TCC-----CAC-ATTAAG--ATTCATTTT----TTG-------TGTTTG----G--AAGTAAATTTTAT--CAAAA-TTAGAGGT-AAG-----GTCAACTTCGATAAGTATTGCA----TAAC--------------AGAAAAAAAAAAAAGAAT-A---AGGTG-----CATT----TATG---TTTTC-TGAGA----TA----G-AAA---TTGA-GTA-C-------GAAAATTTA--TTTT---------------------------TGTT-------CG--GCCAA--GCAGTTTTTTTTTTAA---AT-ATTGACAG-TT-GGGTTCTATAACATTCAAC-----A---C-CC-T-C----TTCT-ATGGGTAC-TGAT-AA-TTTTAGT-ACGGG---AT-----GGATT-G-TATAGA---CC-C---C----CTACTGT---TATT---------C------AGA-T------AAAATA-TG-A-CCGG--TT-G-CTAT----GGG-CCGA---G-ATGAAGGCGACTTGC-----TCAACAANNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATTCT-----------AATGCTTTTAG-TAAGGG-ATTAAAGAG
gi|1 : attgtaaatcaaatagtctctaggatatcTCAGTCG--GCCA-TG-TTG--TCACTT---CCAGAAATTGAA-A--GT--A-CATTTAGGCCTACTGAA-CG-AA-----TTT--T--TTTTTTTTGAAAAA--TTC-----CGC-ATATTC--ATT-ATTTTG---CTA-------TATTTG----T--TTTCTAACATTGA--CCACA-TTAGAGGTGA-G-----ATCAACTTCT-CTAGA----CA----T--C--------------G--------------AAT-G---AGGTG-----CAGT----TATG---TTGT---------CTGAGACGG-AAA---CGA--GCAACAAAATTTAAAGATTTG--TTGT--------CATTCT-G-----CAAA--CGTT-------CG--GC--A--------------ATAAT-AAT-ATTAATAG-TA-GAGGTCTACACCATAC--C-----A---T-CC-C-C----TAATAAGGGGTAA-TGAT-AA-TTTTATT-AACTG---GT-----GATAT-GATAGAGA---C--C---A----T-ACTAT---TGTAA--T---TAC------AGA-TA-----AA---A-CT-A-CCAG--TT-T-TTGTGGGGGGG-GGGG---G-ATGCAGACTATATGC-----TCGACA-----------GTGTTCATACGCTTAACAGACGTCTTACCACTTATAAACAAATATCATGAAAACTTTTT-----------AATG-TTTTTATTAAAGG-GTTGAAAAGTAAATG
gi|2 : tatgctgaaaaagattaataaatgaattcttgaattgattgtcaattaaacatcataaatatcaaattagtaacaaagttgtactatctgaactttaatcaggcatttatccaatgctataaattaacagcttagaccggtataatctTCAGTCG--GCTT-TG-TTT--TCATTT---CGAGAAATTGAA-A--GA--AAC--TT-----TACTGAA-AG-AAAA--CTTG--T--T-------GAAAAA--TCC-----CAC-ATTAAG--ATTCATTTT-----TG-------TGTTTG----G--AAGTAAATTTTAT--CAAAA-TTAGAGGTAATG------TCAACTTCGATAAGTATTGCA----TAACAGAAAAAAAAAAAAA--------------AAT-GAATAGGTGC----CATT----TATG---TTTTC-TGAGGAAATTA-AAGA-AAGTTTTTG--G-AGTACCG---AAAAATTTA--CTTT----------TTT-----------------T-------CG--GCAG----CAGTTT-TTTTTTAA---AT-ATTGACAG-TT-GGGTTCTATAACATTCAAC-----A---C-CC-T-C----TTCT-AT-GGTAC-TGAT-AA-TTTTAGT-ACGAG---AG-----GAT-T-G-TATAGA---CC-C---C----T-ACTGT---TATT---------C------AGA-T------AAAATA-TG-A-CCGT--GT---CTAT----GGG-CCGA---G-ATGAAGGCGACTTGC-----TCAACAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATCTCT-----------AATGC--TTTAGTAAGGGTATTAAAGAGTAAATG
gi|24 : cgcattgtaaatcaaatagtctctagataatcCAGT-G--GACA-TG-CTG--CCACTT---CAAGAAATCGAA-A--GT--A-C----------------------AA--ATTG--T--T-------GAAAAA--TCC-----TAC-ATTTGG--AGA-GATTTC---TTG-------TGTTTG----
gi|12 : attgtaaacagcgtaggtatacaaccactacagtataaggAGTCA--ACCA-TG-TTC--TTACTT---AGAGAAATTGAA-A--GG--A-CA-TT-----TACTGAA-AG-AAA------G--T--T-------TTAAAA--TCC-----CAC-AGTTTG--ATT-ATT--C---TTG-------TATTTG----G--AGGGAATTTTGAA--CCACA-TTACAGAT-AAG-----ATCGACTTCT-CCAGG----CA----T--tttggtaatattacactgtgactacattctcggggtatc
gi|10 : gctgaacaagtttaataacccaactcttaattgtattgttaattaaattgtcatgaaacatcaaattattaacgaaagttgtacaatctgagctgtaaacattacattcaaatattttcataaatcattgtaaacagtgtatatagtattacgtaggtaataTCA--GCCA-TG-TTG--TTACTT---CGAGAAATTGAA-A--GT--A-C--------------AG-TG-AAAA--ATGA--T--T-------AAA------CC-----CTGCATTTGG--ATT-AATTTC---TTA-------TGTTTGTTTGGT-AATA-----TTAA--CTACA-TTAGAGGTAAGG-----ATCAAGGTCT-CTAGG----CA----T--C--------------G--------------TAT-G---AGGTG-----AATT----TATG---CTG-----AG----TGAGACGG-GAA---TGG--GCAAC-------CAAGTTTTG--TTCT--------CATTCT-G-----CAGACGCGCTAGACGTACG--GCCTAGCACAG----G-----AATCGGTCATTTATAG-TA-GGGATCTATGCCATAT--C-----A---C-CC-C-C----TGAT-A------A-TAAT-GA-TTTTAGT-A-GGT---GT-----GCTATGG-TATTGA---CC-C---C--------TGC---TGTTA--T---TGC------AGA-C------AA------------AA--TT-C-CTGT----GAG-CCGA---G-ATGCAGAtt
gi|26 : aG-GTT--TTACTT---CGAAGAAATGTA-T--GTT-A-A--TT-----TACTGAA-AGAAAAA--ATTGT-T--T-------GAAAAAACTCCAACATTTG-ATTTAT--GTC-AAAT-----TTG-------TGTTTG----G--
gi|27 : attatttaaacgagtgtagtatattctttagagttttcattcgtagtg-AG-CAAA--ATTG--T--T-------GAAAAA--TCC-----CAT-ATTCGG--ATT-ATTTTC---TTG-------TTTTTG----G--AAGAAAAATTTAA--CCGCGTTTAGAGGT-AAG-----ATCAAATTCT-CTAGA----CA----T--C--------------T--------------AAT-G---AGGTG-----CATT----TATG---TTGTC-T
gi|17 : TG-------TGTTTG----G--AAAGAGATTTTGC--CCAC-------CGT-ACG-----ATAAACTTCT-ATAGG----CA----T--C--------------A--------------AGT-G---AGGTG-----CA------T-TG---TTGga
gi|5 : AATTTTAT--CCACA-TTAGATTTAA-G-----ATCTATTC----TAGG----CA----T--C--------------A--------------AAT-G---AAGTG-----CAAAAATTTATG---TTGT---------CTGGGATGG-AAC---TAG--GCAAC-------AAAGATTTG--TTTT--------CAATCT-G-----CAgtgtccgatataacgctcaaccgaacacaagtctgtaataatgattgtagagttatcctaatatggatgataattttaatagtagatggtatatatagatcctcattgttattaccggtacagacaaaactaccgttcatgtgggctgagatgcagacga
gi|14 : attcccgcctaatcctttgagtagcttgcaatgaacagaacagtcaaaacgaactgcatatgcaatgttatgtataagaaaagagtgctagtgctgaaaacggttaataatcctactcttgcatggattgccaaataaatatcaaaaatatcaaattatcaacaaagttgtacaatctgaactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAT-----ATCAACTTCT-CTAGG----CA----T--T--------------T--------------AAT-G---TGGTG-----CATT----TAGT---TTGT---------CTGAGATGG-AAA---TTA--GCAA--------AAAGA-------------------A--TT-G-----CAAA--CGCT-------GG--GCCTAGCACAC----GTCTGTAAT-AAT-GGTAGTAGCTA-GAGTTCTATATCGTAC--C-----A---CACC-C-C----T--T-----GTGA-T-AC-AGATTTTAGT-AGGAG---AT-----GGTGT-G-CATCTA---GA-C---CCGGGC-ACTGT---GATTA--C---TAC------AGA-A------AA---A-TT-A-CCGC--TT-C-CTGT----GAA-CCGA---G-ATGCAGACGATATGT-----TCAACA------
gi|16 : ----CA----T--T--------------G--------------AAT-G---AGGAGT----CATT----TATG-----GTA-TGAGA----T-GAAGG-------TTG--GCAAC-------AAAGATTTG--CTTT--------TATTCT-G-----CAAA--CGCT-------CG--GCCGAGCACAT----GTCTGTAAT-AAT-A---ATAA-AA-GGCTTC---AATATCG--T-----A---C-CA-TACTCCATAAT-ATGGGTGATTGAT-AA-TTTTAGT-AGAAA---G-------------------A---CCGCG--C----C-ACTGT---TACTA--T---TAC------AGA-C------AA---A-TT-AGCCGG--TT-C-CAGT----AGG-CCGA---G-ATGCA-ACGATACGgtgttcgtacac
gi|20 : ctaaa--------------AAT-G---AGGTG-----TATA----TATG---TTGCC-T--GA--CATAGAA-----A---TTT--GCAAC-------AAAGATT-G--TTTTATTGCAGTTATTCT-G-----CAAA--CGCA-------AG--GC-GAGCACA--------TGTAAT-GA---CTG-----TA-GGGTT--ATA--------T-----A---C-C---------------------------------TTTGTTAGGGA---AC-----TGTAT-G-CATATA---TT-C---T----C-ACTGT---TAATA--A---TAT------AGA-C------AA---A----A-GTAATGGTAC-CTGC----AAG-ACGA---G-ATGCATATGACATGC-----TAGACA------act
gi|9 : CTGAGATAG-AAA---TTG--GCAAC-------AAAGATTTG--CTTT--------CATTCT-G-----CAAA--TGCT-------CG--ACCGAGCACAA----GT-TATGAT-G
gi|15 : tattcatctattattgtaaacagtgtaggtatattctttagaggtgtcagtcggtagtgttttacttcgagaaattgtatgtacatttactgaagaaaaattgttgaaaactccacatttggattatgttcaatttgtgtttgtaatgaacgtgttaagatcgcATTTG--CTTT--------CATTCT-G-----CAAA--TGCT-------CG--ACCGAGCACAA----GTCTG---T-GAT-AATGATAG-TA---CT--TATAGTGTTA--TGATGCA---C-AA-T-A----T-GC-ATGGGTGA-TAAT-AA-TTTTAGC-AGGGG---GT-----GGTAT-G-TATAGA---CC-C---C----C-GCTGT---TGCTA--T---TACAAATAAAGA-G------AA---A-AC-A-CCGG--TT-C-ATGA----GGG-CCGA---G-ATGCAGACGACATcacatatgcatggtgataataattttagcaggggatggtatgtaaagacccccgccgttgctattacaaataaaaagaaaataccggttcattgagggccgagatgcagaagacatgcttgaca
gi|17 : AA--CGCT-------CA--ACCGAACACAA----GTCTGTAAT-AA----TGATTG-TA-GAGT--------------T-----A---T-C----C----TAAT-ATGGATGA-TAA-----TTTTAAT-AGTAG---AT-----GGTAT-A-TATAGA---TC-C---T----C-ATTGT---TATTA--CCGGTAC------AGA-CA-----AA---A-CT-A-CC-G--TT-C-ATGT----GGG-CTGA---G-ATGCAGACGActgacatgtcgtgaatacgctaaccgactttagttgtattcggtctttgcagttac
gi|1 : tgtgtttggaaagagattttgcccaccgtacgataaacttctataggcatcaagtgaggtgcattgttggtgtccgatatTGTAAT---T-AC-AATAG-TATGGTCTCTATCATATC---------A---C-CA-G-T----TAAT-A-AAATTA-TCATTAC-CCCTTATTAGGGG---AT-----GGTATGG-TGTAGA---CC-T---C----T-ACTAT---TAATA--T---TA
gi|34 : tatgctgaaaaagattaataaatgaattcttgaattgattgtcaattaaacatcataaatatcaaattagtaacaaagttgtactatctgaactttaatcaggcatttatccaatgctataaattaacagcttagaccggtataatcttcagtcggccatgttgtcacttccagaaattgaaagtacatttaggcctactgaacgaattttttttttttgaaaaattccgcatattcattattttgctatatttgttttctaacattgaccacattagaggtgagatcaacttctctagacatcgaatgaggtgcagttatgttgtctgagacggaaacgagcaacaaaatttaaagatttgttgtcattctgcaaacgttcggcaataa-C----TAAT-ATGGATGA-CCAT-AA-TTTTAGT-AGGTG---AT-----GCCTC-T-TATAGA---AC-C---T----T-ACTGT---TATTATTT---TTT------AGA--------AA---A-TT-A-CCgataaaactaccagtttttgtggggggggggggatgcagactatatgctcgacagtgttcatacgcttaacagacgtcttaccacttataaacaaatatcatgaaaactttttaatgtttttattaaagggttgaaaagtaaatg
gi|9 : cGGTGA-TAAT-AA-TTTTAGC-AGGGG---AT-----GGTAT-G-TAAAGA---CC-C---C----C-GCCGT---TGCTA--T---TAC------AAA-TAAAAAGAA---A-AT-A-CCGG--TT-CATTGA----GGG-CCGA---G-ATGCAGAAGACATGC-----TTGACA------gttcactgta
gi|21 : tattcatctattattgtaaacagtgtaggtatattctttagaggtgtcagtcggtagtgttttacttcgagaaattgtatgtacatttactgaagaaaaattgttgaaaactccacatttggattatgttcaatttgtgtttgtaatgaacgtgttaagatcgcctgagatagaaattggcaacaaagatttgctttcattctgcaaatgctcgaccgagcacaagttatgatgcacatatgcatA-TACT-AA-TCTTAGT-ATAGG---AC-----AGTAC-G-TGCAGA---CC-G---A----T-ACTAT---TGTTA--A---TAC------AGGGT------AA---A-GT-A-CGGG--GT-C-CTG-----GTGGCCGA---G-ATGCAGATGAAATGC-----ACAACA------
gi|35 : aAAT-GA-TTTTATT-AGGGGTAAAT-----GGTAT-GGTATTGA---CC-C-----------TTAT---TATTA--T---TAC------AAA-CA-----AA---A-TT-A-CCA-----------T----GGA-CCGA---G-ATACAGACgtgttcatacgcttgaaagatttaaatgatttggtcattgtagttatcagaaaatatcaaatctcttagaataatgctttttattgaaggtgtaaattta
gi|38 : taaT-AGGGT---GT-----GGTTT-GGTATACA---CC-T---C----T-ACTATGAATATCA--G---TAT------AGA-CA-----AA---A-TT-A-C
gi|14 : atcct-AGGGGT--GT-----GGTAC-G--ATATAGAACT-CTAGC----T-ACTAC---CATTA--T---TAC------AGA-C------ataa
gi|7 : aatatcaacttctctaggcatttaatgtggtgcatttagtttgtctgagatggaaattagcaaaaagaattgcaaacgctgggcctagcacacGGGT---GT-----GGTAT-GATATAGA---AC-C---C----T-GCTAT---CATTG--T---TAC------AGA-tgtgatacagattttagtaggagatggtgtgcatctagacccgggcactgtgattactacagaaaaattaccgcttcctgtgaaccgagatgcagacgatatgttcaacagtgttcgtacac
gi|22 : atctattattataaacaatgtaggtattcagtcggctatgttttcacttcgagaatttacacaaacattgatgaaaaatcccacaattttcttaaaaaatatgtttggaaggaaattttaaccaaattagaggtaaaggtaagatcaactcctctaggcatcgaatggggcgcatttatgttgttcgagatgaaaattggcaataaatagtttttttcattctgcaattcaaacgttcggccaagcacaatT-----GGTAC-G-TATCGA---CC-C---C----C-ACTGT---TATTA--T---TAC------GCA-C------AC---A-CTCA-CCTG--TT-C-CTGT----GGG-CCGA---G-ATGCAGACGACATGCTCGACTCGACA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAATCAAATACTTTTTATCAAGGG-ATTGAACAGTAAATactaatatgggtgatgataattttagtaggagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgccgacatgcatgcagacgacatgttc
gi|40 : ---TAC------TGA-C------AA---AATT-A-CTGG--TT-C-CTGT----GGA-CTGA---G-CAGCAGACGACACGC-----TCAa
gi|32 : ------AA---A-TT-A-ACGG--TT-G-CTGA----AGG-TCGA---G-ATGCAGATGACATGC-----TCGACA------
gi|39 : a-TT-A-CCGG--TT-C-CTGT----GGG-CCGA---A-ATGCAACCGACATGT-----Ttgttcatacgccccgtgattcggtagttataagcaaaaatca
gi|6 : T-T-CTGT----GGG-CTGAA--G-ATGCAGACGACATGT-----TCGACA------agaaagggtccctacgcc
8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): CCAGCCCAATCCTTTAAATTGGCTAAATAGTGACTAATAAAACAGAACAGCCTTGGAACAGCACATGTATAGTAAAAGAAAAAAGGATTGCGCAATGCTGAAGAAATCTAATAATTATGTTCGTAAAGTGACTTTCAATTCGACATCATATTGCTTACAAAGTTGAACAATTTGAACTT
Unaligned ( gi|28 ): GGTAGGTAGCAGTTAACAGAACAGCCAAAATGCACAGCTTATACATGTATGACATCGTAAAAGAAACGAGTCCATAATCTAAAAAAAAGATTAATAATCCAACTCTTGAATGGA
Unaligned ( gi|29 ): TCAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTATTAGAGGATTGAAACGTAAATATAA
Unaligned ( gi|30 ): AAAATTCCCGCCTAATCCTTTGAGTGAGTTGCTATTAAAAATAGCCAAAAAAGAACACTTAATGTAAAGCCATATATGTTAAGAAAAACGTACTCATG
Unaligned ( gi|31 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTATAATTTCAAATAGCAAATGTAA
Unaligned ( gi|33 ): TAACAAAATTGTACAATTTGAACTGTAAACATTTAATTTGTTTTTATATTCATCTATAATGATTGTAAACAGTGTAGGTATAATTTTTG
Unaligned ( gi|36 ): GGAGTTGGTTAATAGTAAGGGCCTATACCATATCACCACCTTATATAAACACTTGGGTGATATGGTCGATACTCCCACCATTA
Unaligned ( gi|37 ): AATAATCCAACTCTTGAATGAATTGCCAATTAAATATCATGAACAAATAATTAAGTTGTACAATCTGAACTGTAAA
Alignments
lowQualScore : 444444444444444444444 1111111 77777777777777 22222222222222222222222222 1111 1 222222222222222 11111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111
lowQualScore : 33 2 33 444 2 33 0 777777 33 0 2 2 777777777777 55 33 33 444 6 2 2 7 9999999 7777777 0 1 33 2 2 777777 5 2 2 222222222222222222222 33 444 5 3333333 2 444 22222222222222 1 444 5555 0 33 33 8888888 33 99999999 2 2 66666 33 8888888 33 1 99999999999999999999999999 0 2 0 1 0000 0 2 5 2 0 111111111111111 2 0 444 0 666 33 2 55 2 2 666666 666666 66666666 777 6666 2 44 4 55555 555 6666 66666 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 666666 7 3 6 3
lowQualScore : .. . .. ... . .. . ...... .. . . . ............ .. .. .. ... . . . . ....... ....... . . .. . . ...... . . . ..................... .. ... . ....... . ... .............. . ... .... . .. .. ....... .. ........ . . ..... .. ....... .. . .......................... . . . . .... . . . . . ............... . . ... . ... .. . .. . . ...... ...... ........ ... .... . .. . ..... ... .... ..... .......................................................................................... . ...... . . . .
lowQualScore : 44 5 22 111 5 44 3 222222 44 1 4 4 888888888888 66 22 22 555 8 4 4 1 2222222 2222222 1 0 99 9 9 777777 3 7 5 555555555555555555555 44 444 0 4444444 5 444 11111111111111 0 777 7777 1 77 77 7777777 44 11111111 5 5 22222 77 7777777 77 7 66666666666666666666666666 2 5 1 9 7777 7 9 0 5 8 222222222222222 4 2 111 7 555 11 2 33 2 2 444444 444444 11111111 444 7777 0 22 0 33333 888 6666 77777 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7 444444 3 3 7 2
consensus : NGTGTCAGTCG--GCCA-TGTTT--TCACTT---CGAGAAATTGAA-A--GTACATTTA------C--TGAA-AG-AA-------AAA--TTG--T--TGA--AAAA--TCCCACATTTGG-A-TT-ATTTT---C---TTG-------TGTTTGGAAGGAAATTTTAA--CCACA-TTAGAGG-T------AA-GATCAACT-TCTCTAGG-CATCG---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------TTTA-TG---TTGTCT-----G---CTGAGACGGA---AA----TTGGCA--AC--AAA-------GATTTG--TTT--------T-CATTCT-G-----CAAA--CGCT-------CG--GCCGAGCACAAG----TCTGT-----AATGATACTGATAG-TAGGGTTCTATACCATAC--CAC-CCC-C-TAATA-T--------G----GGTGA-TAATAATTTTAGTAGGGG---ATGGTAT-G-TA--TAGACC-C--CC-AC-TGTTATTA--T---TAC------AGA-C------AA---A-TT-A-CCG-GTTC-CTGTGG-----GCCGA---G----ATGCAGACGACATGCTC-----GACA-----------GTGTTCATACGCTTAACAGAC------------GT--C-TCGCTANTTATA-AGCAAATATCGT-N-------------AAAAATTTC------TAATGCTTTTTANTAAGGG-ATTAAANAGTAAATG
Reference ( family-1584 ) : NGTGTCAGTCG--GCCA-TGTTT--TCACTT---CGAGAAATTGAA-A--GTACATTTA------C--TGAA-AG-AA-------AAA--TTG--T--TGA--AAAA--TCCCGCATTTGG-A-TT-ATTTT---C---TTG-------TGTTTGGAANGAAATTTTAA--CCACA-TTAGAGG-T------AA-GATCAACT-TCTCTAGG-CATCG---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------TTTA-TG---TTGTCT----AGA--CTGAGANGGA---AA----TTGGCA--AC--AAA-------GATTTG--TTT--------T-CATTCT-G-----CAAA--CGCT-------CG--GCCGAGCACAGG----TCTGT-----AATGATACTGATAG-TAGGGTTCTATANCATNC--CAC-CNC-C-TAATA-T--------G----GGTGA-TAATAATTTTAGTAGGGG---ATGGTAT-G-TA--TAGACC-C--CC-AC-TGTTATTA--T---TAC------AGA-C------AA---A-TT-A-CCG-GTTC-CTGTGG-----GCCGA---G----ATGCAGACGACATGCTC-----GACA------NNNNNGTGTTCATACGCTTAACAGAC------------GT--C-TTACCACTTATA-AACAAATATCAT-G-------------AAAAATTTC------TAATGCTTTTTATTAAGGG-ATTGAAGAGTAAATG
gi|1 : TCAGTCG--GCCA-TGTTG--TCACTT---CCAGAAATTGAA-A--GTACATTTAGGCCTAC--TGAA-CG-AATTTTTTT-----TTT--T--TGA--AAAA--TTCCGCATATTC-A-TT-ATTTT---G---CTA-------TATTTGTTTTCTAACATTGA--CCACA-TTAGAGG-T------GA-GATCAACT-TCTCTAGA-CATCG---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------GTTA-TG---TTGTCT-----------GAGACGGA---AA----CGAGCA--AC--AAAATTTAAAGATTTG--TTG--------T-CATTCT-G-----CAAA--CGTT-------CG--GC-------AA---------T-----AATAATATTAATAG-TAGAGGTCTACACCATAC--CAT-CCC-C-TAATAAG--------G----GGTAA-TGATAATTTTATTAACTG---GTGATAT-GATA--GAGACC-A--T--AC-TATTGTAA--T---TAC------AGA-T------AA---AACT-A-CCA-GTTT-TTGTGG-----GGGGG---GGGGGATGCAGACTATATGCTC-----GACA-----------GTGTTCATACGCTTAACAGAC------------GT--C-TTACCACTTATA-AACAAATATCAT-G-------------AAAACTTTT------TAATG-TTTTTATTAAAGG-GTTGAAAAGTAAATG
gi|10 : tatgctgaaaaagattaataaatgaattcttgaattgattgtcaattaaacatcataaatatcaaattagtaacaaagttgtactatctgaactttaatcaggcatttatccaatgctataaattaacagcttagaccggtataatctTCA--GCCA-TGTTG--TTACTT---CGAGAAATTGAA-A--GTACAGT-----------------G-AA-------AAA--TGA--T--T-----AAA--CCCTGCATTTGG-A-TT-AATTT---C---TTA-------TGTTTGTTTGGTAATATTAA--CTACA-TTAGAGG-T------AAGGATCAAGG-TCTCTAGG-CATCG---------------------TA--TG---AGGTG-AA-------TTTA-TG---CTG-------AG----TGAGACGGG---AA----TGGGCA--AC--CAA-------GTTTTG--TTC--------T-CATTCT-G-----CAGACGCGCTAGACGTACG--GCCTAGCACAGGAA--TCGGT-----CAT-----TTATAG-TAGGGATCTATGCCATAT--CAC-CCC-C-TGATA-------------------A-TAATGATTTTAGTAGGTG----TGCTATGG-TA--TTGACC-C--CT-GC-TG---TTA--T---TGC------AGA-C------AA---A----------ATTC-CTGTGA-----GCCGA---G----ATGCAGA
gi|11 : aGTCTCAGT-G--GTCA-TGGTT--TCACTT---CGAGAAA-----------------A------C--TGAA-AG-AA-------AGA--TTG--T--TGA--AAAT--TCCCACATTTGA-A-TT-ATTTT---C---TTG-------TGTTTGGAAGGAAATTTTAA--CCACA-TTAGTAG-T------AA-GATCAACT-TCTCTAGG-CATTG---------------------GA--TT---AGGTG-CA-------TTTA-TG---TCGT-----------CTGAGATGGA---AA----TTGACA--TC--AAA-------GATTTG--TTT--------C-CATTCT-T-----CACA--CGCT-------CG--GCCGAGCACAAG----T-------------ATA--------TAGGGTTCTATATCATAC--CACACACTC-TAATA-T--------G----TGTGA-TAATAATTTCAGTATGGT---ATGGTAT---TA--CAAA-C-C--CC-AC-TG
gi|12 : gtataatcttcaagttagagAGTCA--ACCA-TGTTC--TTACTT---AGAGAAATTGAA-A--GGACATTTA------C--TGAA-AG-AA-------A------G--T--TTT--AAAA--TCCCACAGTTTG-A-TT-ATT-----C---TTG-------TATTTGGAGGGAATTTTGAA--CCACA-TTACAGA-T------AA-GATCGACT-TCTCCAGG-CAT
gi|13 : gctgaacaagtttaataacccaactcttaattgtattgttaattaaattgtcatgaaacatcaaattattaacgaaagttgtacaatctgagctgtaaacattacattcaaatattttcataaatcattgtaaacagtgtatatagtattacgtaggtaataGTG-CAGTCG--ACCA-TGCTTACTTACCT---CGAGAAATTGGACA--GTCCATTTA------C--T--A-AG-CA-------CAC--TTGAGTAGTGG--AAAA---CGCTCATTTACTA-TT-ATTTT---C---TTG-------CGCTTGT--TGGAAATACAA--CCAAA--TAGAGGTT------AC-AATCATCTATGTCAAG---ATCC---------------------AAGTCA---AAGTG-TATTACAAGTTTATTG---TTGTCTGA--AGA-----AGGCGGACCGAA-------GCA--AC--ACA-------GAT-------------------------------CAAA--CGTT-------CGGCGCCGAGCGCAGtt
gi|14 : ttcagatccatctacaatattatagaaccacctaggatatagaatctttga------AA-TATCAACT-TCTCTAGG-CATTT---------------------AA--TG---TGGTG-CA-------TTTA-GT---TTGT-----------CTGAGATGGA---AA----TTAGCA--A---AAA-------GA--------------------AT--T-G-----CAAA--CGCT-------GG--GCCTAGCACACG----TCTGT-----AATAATGGTAGTAGCTAGAGTTCTATATCGTAC--CACACCC-C-T--T-----------------GTGA-TACAGATTTTAGTAGGAG---ATGGTGT-G-CATCTAGACC-CGGGC-AC-TGTGATTA--C---TAC------AGA-A------AA---A-TT-A-CCG-CTTC-CTGTGA-----ACCGA---G----ATGCAGACGATATGTTC-----AACA-----------GTGTTCGTACAC
gi|15 : ATTTG--CTT--------T-CATTCT-G-----CAAA--TGCT-------CG--ACCGAGCACAAG----TCTGT--------GATAATGATAG-TA----CTTATAGTGTTA--TGA-TGC-A-CAATA-T--------GCATGGGTGA-TAATAATTTTAGCAGGGG---GTGGTAT-G-TA--TAGACC-C--CC-GC-TGTTGCTA--T---TACAAATAAAGA-G------AA---A-AC-A-CCG-GTTC-ATGAGG-----GCCGA---G----ATGCAGACGACAT-CT------GACA-------TGTCGTG--AATACGC-TAACCGAC------------
gi|16 : CTAAA-CATTG---------------------AA--TG---AGGAGTCA-------TTTA-TG---GTAT-------------GAGATGAA---GG----TTGGCA--AC--AAA-------GATTTG--CTT--------T-TATTCT-G-----CAAA--CGCT-------CG--GCCGAGCACATG----TCTGT-----AATAATA---ATAA-AAGGCTTCAATATCGTAC--CATACTC-CATAATA-T--------G----GGTGATTGATAATTTTAGTAG-----------------A--AAGACCGCG-CC-AC-TGTTACTA--T---TAC------AGA-C------AA---A-TT-AGCCG-GTTC-CAGTAG-----GCCGA---G----ATGCA-ACGATACGtttagttgtattcggtctttgcagttac
gi|17 : TG-------TGTTTGGAAAGAGATTTTGC--CCACC-------G-T------AC-GATAAACT-TCTATAGG-CATCA---------------------AG--TG---AGGTG-CA-------TTGT-TG---GTGTCact
gi|17 : AA--CGCT-------CA--ACCGAACACAAG----TCTGT-----AATAAT---GATTG-TAGAGTT-------AT----------C-C-TAATA-T--------G----GATGA-TAAT---TTTAATAGTAG---ATGGTAT-A-TA--TAGATC-C--TC-AT-TGTTATTA--CCGGTAC------AGA-CA-----AA---A-CT-A-CC--GTTC-ATGTGG-----GCTGA---G----ATGCAGACGAcgatataacgctcaaccgaacacaagtctgtaataatgattgtagagttatcctaatatggatgataattttaatagtagatggtatatatagatcctcattgttattaccggtacagacaaaactaccgttcatgtgggctgagatgcagacga
gi|18 : tgtgtttggaaagagattttgcccaccgtacgataaacttctataggcatcaagtgaggtgcattgttggtgtccgatatGTGCCAGTCA--GCCA-TGCTG--TCACTT---C-----ATTGAA-A--GTACAACTA------A--TGAA-CG-AA-------GAA--TTG--C--T-A--AAAA--CCCCGCATTTGG-A-TTAATCCT---CGATCTG-------TGTTT
gi|19 : ttactaagaaagttgtacaatctgatttttaaacaggtaatatcttttcaaatttatctaatcgtaagcagagtaggtataattactatagGTGTCAGTTG--GCCT-TGTTT---CACTA---AATAAAATT-AA-A--GTAAATTTA------TATTGAATAA-AA-------AAA--ATG--T--TGGGGAAAA--TGCCAATTTTGG-AATT-GTTTT---C---T---------TGTTTGGctttgataatgttgatcaaatcacatcatggggttag
gi|2 : aattatttaagacagtagtacatccgaactttaaatattcatatatttcatattctcttatattatttgtacagcgaaggtatagatctttagagTCAGTCG--GCTT-TGTTT--TCATTT---CGAGAAATTGAA-A--GAAACTTTA------C--TGAA-AG-AA-------AAC--TTG--T--TGA--AAAA--TCCCACATTAAG-A-TTCATTT--------TTG-------TGTTTGGAAGTAAATTTTAT--CAAAA-TTAGAGG-T------AA-TGTCAACT-TCGATAAG-TATTGCATAACAGAAAAAAAAAAAAAAA--TGAATAGGTGCCA-------TTTA-TG---TTTTCTGAGGAAA--TT---AAAGA---AAGTTTTTGG-AGTACCGAAA-------AATTTA--CTT--------T---TT-----------------TT-------CG--GC--AGCA---GTTTTTTTTT-----AA--ATATTGACAG-TTGGGTTCTATAACATTCAACAC-CCT-C-TTCTA-T-------------GGTAC-TGATAATTTTAGTACGAG---AGGAT-T-G-TA--TAGACC-C--CT-AC-TGTTATT---------C------AGA-T------AAAATA-TG-A-CCGTGT---CTATGG-----GCCGA---G----ATGAAGGCGACTTGCTC-----AACAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------------NN--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-N-------------NNNAATCTC------TAATGC--TTTAGTAAGGGTATTAAAGAGTAAATGtaatacttgg
gi|20 : cgcattgtaaatcaaatagtctctagataatc---------------------AA--TG---AGGTG-TA-------TATA-TG---TTGCCT-----GA--C----ATAGA---AA----TTTGCA--AC--AAA-------GA-TTG--TTTTATTGCAGT-TATTCT-G-----CAAA--CGCA-------AG--G-CGAGCACA--------TGT-----AATG--ACT----G-TAGGGTTATATACC
gi|20 : --------G----GGTTA-TA-TACCTTTGTTAGGGA---ACTGTAT-G-CA--TATATT-C--TC-AC-TGTTAATA--A---TAT------AGA-CA-----AA---A-GT-A-ATG-GTAC-CTGCAA-----GACGA---G----ATGCATATGACATGCTA-----GACA------tttgttagggaactgtatgcatatattctcactgttaataatatagacaaaagtaatggtacctgcaagacgagatgcatatgacatgctagaca
gi|21 : aatgaggtgtatatatgttgcctgacatagaaatttgcaacaaagattgttttattgcagttattctgcaaacgcaaggcgagcacatgtaatgactgtaA-TACTAATCTTAGTATAGG---ACAGTAC-G-TG--CAGACC-G--AT-AC-TATTGTTA--A---TAC------AGGGT------AA---A-GT-A-CGG-GGTC-CTGGTG-----GCCGA---G----ATGCAGATGAAATGCAC-----AACA-----------GTGTTCATACGCTTGAAAGATTTAAATGATTTGGT--CATTG-TAGTTATC-AGAAAATATC-------------------AAATCTCTTAGAATAATGCTTTTTATTGAAGG-
gi|22 : aTGGTAC-G-TA--TCGACC-C--CC-AC-TGTTATTA--T---TAC------GCA-C------AC---A-CTCA-CCT-GTTC-CTGTGG-----GCCGA---G----ATGCAGACGACATGCTCGACTCGACA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------------NN--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNAAAAAAT--C------AAATACTTTTTATCAAGGG-ATTGAACAGTAAATtgtaaattta
gi|24 : CAGT-G--GACA-TGCTG--CCACTT---CAAGAAATCGAA-A--GTACA-------------------------------AA--TTG--T--TGA--AAAA--TCCTACATTTGG-A-GA-GATTT---C---TTG-------TGTTTGa
gi|25 : attgtaaacagcgtaggtatacaaccactacagtataaggGTGTCAGTCG--GCCA-TGTTT--TTACTT---CGAGAAAtttggtaatattacactgtgactacattctcggggtatc
gi|26 : taaatgaaatatcatagaaacatcaaattagtaacaaaagttgcacattctgaactataaaaattcaaaccttttcatattcctctattagtgcaagcagtgtaggtataatctttaagTT--TTACTT---CGAAGAAATGTA-T--GTTAATTTA------C--TGAA-AGAAA-------AAA--TTGT-T--TGA--AAAAACTCCAACATTTGA-T-TT-ATGTCAAAT---TTG-------TGTTTGGgt
gi|27 : attatttaaacgagtgtagtatattctttagagttttcattcgtagtggg-AG-CA-------AAA--TTG--T--TGA--AAAA--TCCCATATTCGG-A-TT-ATTTT---C---TTG-------TTTTTGGAAGAAAAATTTAA--CCGCGTTTAGAGG-T------AA-GATCAAAT-TCTCTAGA-CATCT---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------TTTA-TG---TTGTCT----
gi|3 : TCAGTCG--GCTT-TGTTT--TCATTT---CGAGAAATTGAA-A--GAACATTTA------C--TGAA-AG-AA-------AAC--TTG--T--TGA--AAA---TCCCACATTAAG-A-TTCATTTT-------TTG-------TGTTTGGAAGTAAATTTTAT--CAAAA-TTAGAGG-T------AA-GGTCAACT-TCGATAAG-TATTGCATAACAGAAAAAAAAAAAAGAA--TA---AGGTG-CA-------TTTA-TG---TTTTCT-----------GAGATAGA---AA----TTGAGT--AC--GAA-------AATTTA--TTT--------T-T-------------------GTT-------CG--GCCAAGCA---G----TTTTTTTTTTAA--ATATTGACAG-TTGGGTTCTATAACATTCAACAC-CCT-C-TTCTA-T--------G----GGTAC-TGATAATTTTAGTACGGG---ATGGATT-G-TA--TAGACC-C--CCTAC-TGTTATT---------C------AGA-T------AAAATA-TG-A-CCG-GTTG-CTATGG-----GCCGA---G----ATGAAGGCGACTTGCTC-----AACAANNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------------NN--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-N-------------NNNAAATTC------TAATGC-TTTTAGTAAGGG-ATTAAAGAGga
gi|32 : attgtaaatcaaatagtctctaggatatc------AA---A-TT-A-ACG-GTTG-CTGAAG-----GTCGA---G----ATGCAGATGACATGCTC-----GACA------------TGTTCATACGCCC------C------------GTGAT-TCGGTAGTTATA-AGCAAAAATCA
gi|34 : aC-C-TAATA-T--------G----GATGA-CCATAATTTTAGTAGGTG---ATGCCTC-T-TA--TAGAAC-C--TT-AC-TGTTATTATTT---TTT------AGA--------AA---A-TT-A-CC--GTTCACTGT
gi|35 : AATGATTTTATTAGGGGTAAATGGTAT-GGTA--TTGACC-C--TT-A----TTATTA--T---TAC------AAA-CA-----AA---A-TT-A-CC---------ATGG-----ACCGA---G----ATACAGACa
gi|36 : taaTAATAG-TAAGGGCCTATACCATAT--CAC-CAC-C-TTATA-TAAACACTTG----GGTGA-TA
gi|38 : ggagttggtG----TCTAT-----ACTGATATTCATAG-TAGAGGTGTATACCAAAC--CAC-ACC-C-TAATA-tggtcgatactcccaccatta
gi|39 : atcctgtaatttt-TT-A-CCG-GTTC-CTGTGG-----GCCGA---A----ATGCAACCGACATGTTA-----GA-----------AAGGGTCCCTACGCa
gi|4 : GTGTCAGTCG--GCCA-TGATT--TCACTT---CGAGAAAGTGAA-A--GTAC-TTTG------C--TGAA-AG-AA-------AAA--TTG--T--TGA--AAAA--TCCCTGATTTAG-A-TT-ATTTT---C---TTG-------TGTTTGGAATAAAATTTTAA--CCATA-TAAGAGG-T------AAAGATCAATT-TCTTTAGT-CATCA---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------GGTA-TG---TTGTTTT---AGAAGCTTAGAAGGA---AA----TTGGCA--GC--AAA-------GATTTG--TTT--------T-CATTTT-G-----CAAA--CGCT-------CG--GCCGATCACAGG----TGTGT-----AATGATACTGATCG-TAGGCTTCTATAACATTC--TAC-CAT-C-TAATA-T--------A----GGTGA-TAATAGTTTTTGTAGGGG---GTGGTAT-G-TA--TATACT-C--CC-AT-TGTTATTA--T---TAC------AGA-C------AA---A-TT-A-CCA-AATC-CTGTGT-----GCCGA---G----ATGCAGACGACATGTTC-----AACA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------------NN--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-N-------------NNNNNNNTT------TAATACTTTTTGATAAGGG-ATTAAACAGTAAATGc
gi|40 : t---TAC------TGA-C------AA---AATT-A-CTG-GTTC-CTGTGG-----ACTGA---G----CAGCAGACGACACGCTC-----t
gi|5 : AATTTTAT--CCACA-TTAGATT-T------AA-GATCTATT----CTAGG-CATCA---------------------AA--TG---AAGTG-CAAAAA---TTTA-TG---TTGTCT----GG-------GATGGA---AC----TAGGCA--AC--AAA-------GATTTG--TTT--------T-CAATCT-G-----CAa
gi|6 : attcccgcctaatcctttgagtagcttgcaatgaacagaacagtcaaaacgaactgcatatgcaatgttatgtataagaaaagagtgctagtgctgaaaacggttaataatcctactcttgcatggattgccaaataaatatcaaaaatatcaaattatcaacaaagttgtacaatctgaactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGTCAGTCGCGGCCAATGGTT--TCCCTTTTCCGAGAAATTGAA-AAGGTACATTTA------C--TGAA-AC-AA-------A----CTG--C--TGA--AAA----CAC-CACTTTG-A-TT-ATTTT---C---TTG-------TGTTTGGAATGAAAGTTTAAACCCACA-TCATAGA-T------AA-GAT-AACC-TCTCTCGGCCATCC---------------------AA--TG---AGATG-AA-------TTT----------------------------GGGC---AA----TC-------C--AAA--------ATTTGCTTTT--------C-CATTCTGG-----CAAA--CGCT-------T---GCCGAACA----------TAT-----AATG---CT--T-G-TATGGTCTTATACCA--C--CAC-CTC-C-CAATA-----------------TGA-TAATAA
gi|6 : catgttcatctactattgtacacagtgtaggttataatcttaaaga---ATGGTCT---TA--TA--CC-A--CC-ACCTCCCAATA--T---GAT------A-A-T------AA---A-G--A-CCG-GTTC--TGTGG-----GCTGAA--G----ATGCAGACGACATGTTC-----GACA---------ATGT-TTAATACGC--------C------------AC--C-CAAC--TTTATACAGCACATATCGTCC-------------AAAAATTTC------CAATGagaccggttctgtgggctgaagatgcagacgacatgttcgacaatgtttaatacgccacccaactttatacagcacatatcgtccaaaaatttccaatggattaaacagtaat
gi|7 : catgttcatctactattgtacacagtgtaggttataatcttaaagatgtcagtcgcggccaatggtttcccttttccgagaaattgaaaaggtacatttactgaaacaaactgctgaaaacaccactttgattattttcttgtgtttggaatgaaagtttaaacccacatcatagataagataacctctctcggccatccaatgagatgaatttgggcaatccaaaatttgcttttccattctggcaaacgcttgccgaacatataatgcttgtTCAGTCG--GCTA-TGTTT--TCACTT---CGAGAA---------------TTTA------C-------AC-AA-------ACA--TTG--A--TGA--AAAA--TCCCACA-----------ATTTT---C---TTAAAAAATATGTTTGGAAGGAAATTTTAA--CCAAA-TTAGAGG-TAAAGGTAA-GATCAACT-CCTCTAGG-CATCG---------------------AA--TG---GGGCG-CA-------TTTA-TG---TTGT-----------TCGAGATGAA---AA----TTGGCA--AT--AAA-------TAGTTT--TTT--------T-CATTCT-GCAATTCAAA--CGTT-------CG--GCCAAGCACAAT----TCTGT-----AACAA---TGATAG-CAGGGTTCTATATCATAC--CACACCCAC-TAATA-T--------G----GGTGA-TGATAATTTTAGTAGGAG---ATNNNNN-N-NN--NNNNNN-N--NN-NN-NNNNNNNN--N---NNN------NNN-N------NN---N-NN-N-NNN-NNNN-NNNNNNNNNNTGCCGACATGC---ATGCAGACGACATGTTC-----gattaaacagtaat
gi|8 : atctattattataaacaatgtaggtatGTGCTAGTCG--GCCA-TGT-------------------ATTGAA-A--GTACAATTA------C--GGAA-TG-AA-------GAACATTG--T--TGA--AAAT--TCCTTCATTGGG-A-TT-AATTT---C---TTG-------TGTTTGGTTGGTAACATTAA--CCACA-TTAAAAG-T------AT-GATCAACT-TCTCTAGG-CATCG---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------TGTA-CGTAATTGTTT---------TT--GGCGGA---AA----TGGTTA--AC--CAA-------GCTTTG--GTT--------TACATTCT-G-----C
gi|9 : tatgctaaaaaaaaatgcaattcttgaatagattttcaattagaaatcataaacatcaaattattaaaaagtcgtacaatctggactttcaacagcttacttgtatattttttctctttatctaattgtaaatagcgtaggtataattactataatgtagtgaatcgGTGTCAGTCG--GTAG-TGTTT--T-ACTT---CGAGAAATTGTA-T--GTACATTTA------C--TG-A-AG-AA-------AAA--TTG--T--TGA--AAAC--T-CCACATTTGG-A-TT-ATGTT---CAATTTG-------TGTTTGTAATGAA
gi|9 : tattcatctattattgtaaacagtgtaggtatattctttagag--CTGAGATAGA---AA----TTGGCA--AC--AAA-------GATTTG--CTT--------T-CATTCT-G-----CAAA--TGCT-------CG--ACCGAGCACAAG----TT---------ATGATGC--ACA----------TAT-GCATG-----------G-TGATA-------------------A-TAA---TTTTAGCAGGGG---ATGGTAT-G-TA--AAGACC-C--CC-GC-CGTTGCTA--T---TAC------AAA-TAAAAAGAA---A-AT-A-CCG-GTTCATTGAGG-----GCCGA---G----ATGCAGAAGACATGCTT-----GACA------cgtgttaagatcgcctgagatagaaattggcaacaaagatttgctttcattctgcaaatgctcgaccgagcacaagttatgatgcacatatgcatggtgataataattttagcaggggatggtatgtaaagacccccgccgttgctattacaaataaaaagaaaataccggttcattgagggccgagatgcagaagacatgcttgaca
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): CCAGCCCAATCCTTTAAATTGGCTAAATAGTGACTAATAAAACAGAACAGCCTTGGAACAGCACATGTATAGTAAAAGAAAAAAGGATTGCGCAATGCTGAAGAAATCTAATAATTATGTTCGTAAAGTGACTTTCAATTCGACATCATATTGCTTACAAAGTTGAACAATTTGAACTT
Unaligned ( gi|28 ): GGTAGGTAGCAGTTAACAGAACAGCCAAAATGCACAGCTTATACATGTATGACATCGTAAAAGAAACGAGTCCATAATCTAAAAAAAAGATTAATAATCCAACTCTTGAATGGA
Unaligned ( gi|29 ): TCAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTATTAGAGGATTGAAACGTAAATATAA
Unaligned ( gi|30 ): AAAATTCCCGCCTAATCCTTTGAGTGAGTTGCTATTAAAAATAGCCAAAAAAGAACACTTAATGTAAAGCCATATATGTTAAGAAAAACGTACTCATG
Unaligned ( gi|31 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTATAATTTCAAATAGCAAATGTAA
Unaligned ( gi|33 ): TAACAAAATTGTACAATTTGAACTGTAAACATTTAATTTGTTTTTATATTCATCTATAATGATTGTAAACAGTGTAGGTATAATTTTTG
Unaligned ( gi|37 ): AATAATCCAACTCTTGAATGAATTGCCAATTAAATATCATGAACAAATAATTAAGTTGTACAATCTGAACTGTAAA
Alignments
lowQualScore : 444444444444444444444 1111111 444444444444 11111111 111111111111111111111111 111 22222222222222 11111111 44444444444444 5555555555555555555555555555555555 1111 111111 111
lowQualScore : 33 2 33 444 2 33 0 777777 33 0 2 2 777777777777 55 33 33 444 2 2 2 7 9999999 7777777 0 0 33 2 2 777777 5 2 2 222222222222222222222 33 444 5 3333333 2 444 111111111111 7777 444 5555 0 33 2 33 8888888 33 11111111 2 66666 33 8888888 33 777777777777777777777777 3 0 2 5555 5 77 33 000 2 1 22222222222222 2 0 444 0 666 33 2 55 2 2 666666 666666 66666666 777 6666 2 44 4 55555 555 6666 22222222222222 4 7777777777777777777777777777777777 5 5555 3 666666 000 3 5 1
lowQualScore : .. . .. ... . .. . ...... .. . . . ............ .. .. .. ... . . . . ....... ....... . . .. . . ...... . . . ..................... .. ... . ....... . ... ............ .... ... .... . .. . .. ....... .. ........ . ..... .. ....... .. ........................ . . . .... . .. .. ... . . .............. . . ... . ... .. . .. . . ...... ...... ........ ... .... . .. . ..... ... .... .............. . .................................. . .... . ...... ... . . .
lowQualScore : 44 5 22 111 5 44 3 222222 44 1 4 4 888888888888 66 22 22 555 4 4 4 1 2222222 2222222 1 2 99 9 9 777777 3 7 5 555555555555555555555 44 444 0 4444444 5 444 555555555555 6666 777 7777 7 77 7 77 7777777 44 66666666 5 22222 77 7777777 77 999999999999999999999999 2 8 7 7777 3 33 77 111 5 4 66666666666666 4 2 111 7 555 11 2 33 2 2 444444 444444 11111111 444 7777 0 22 0 33333 888 6666 44444444444444 0 8888888888888888888888888888888888 7 5555 7 444444 999 0 7 0
consensus : NGTGTCAGTCG--GCCA-TGTTT--TCACTT---CGAGAAATTGAA-A--GTACATTTA------C--TGAA-AG-AA-------AAA--TTG--T--TGA--AAAA--TC-CCACATTTGG-A-TT-ATTTT---C---TTG-------TGTTTGGAAGGAAATTTTAA--CCACA-TTAGAGG-T------AA-GATCAACT-TCTCTAGG-CATCG---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------TTTA-TG---TTGTCT-----G-TG-AGAT---GGA---AA----TTGGCA--A-C--AAA-------GATTTG--TTTT--------CATTCT-G-----CAAA--CGCT-------CG--GCCGAGCACAAG----TCTGT-----AATGATA-TGATAG-TAGGGTTCTA----TACCAT--ACC--AC-C-CC-CTAATA--------TG----GGTGA-TAATAATTTTAGTAGGGG---ATGGTAT-G-TA--TAGACC-C--CC-AC-TGTTATTA--T---TACA------GA-C------AA---A-TT-A-CCG-GTTC-CTGTGG-----GCCGA---G----ATGCAGACGACATGCTCGACA-----------GT-GTTCA-TACGCTTAACAGAC------------GT--C-TCGCTAGTTATA-AGCAAATATCGTN-AAAAATTTC------TAATGCTTTTTANTAAGGG-ATTAAANAGTAAATG
Reference ( family-1584 ) : NGTGTCAGTCG--GCCA-TGTTT--TCACTT---CGAGAAATTGAA-A--GTACATTTA------C--TGAA-AG-AA-------AAA--TTG--T--TGA--AAAA--TC-CCACATTTGG-A-TT-ATTTT---C---TTG-------TGTTTGGAAGGAAATTTTAA--CCACA-TTAGAGG-T------AA-GATCAACT-TCTCTAGG-CATCG---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------TTTA-TG---TTGTCT-----GCTG-AGAC---GGA---AA----TTGGCA--A-C--AAA-------GATTTG--TTTT--------CATTCT-G-----CAAA--CGCT-------CG--GCCGAGCACAAG----TCTGT-----AATGATACTGATAG-TAGGGTTCTA----TACCAT--ACC--AC-C-CC-CTAATA--------TG----GGTGA-TAATAATTTTAGTAGGGG---ATGGTAT-G-TA--TAGACC-C--CC-AC-TGTTATTA--T---TACA------GA-C------AA---A-TT-A-CCG-GTTC-CTGTGG-----GCCGA---G----ATGCAGACGACATGCTCGACA-----------GT-GTTCA-TACGCTTAACAGAC------------GT--C-TCGCTANTTATA-AGCAAATATCGTN-AAAAATTTC------TAATGCTTTTTANTAAGGG-ATTAAANAGTAAATG
gi|1 : TCAGTCG--GCCA-TGTTG--TCACTT---CCAGAAATTGAA-A--GTACATTTAGGCCTAC--TGAA-CG-AATTTTTTT-----TTT--T--TGA--AAAA--TT-CCGCATATTC-A-TT-ATTTT---G---CTA-------TATTTGTTTTCTAACATTGA--CCACA-TTAGAGG-T------GA-GATCAACT-TCTCTAGA-CATCG---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------GTTA-TG---TTGTCT-----G----AGAC---GGA---AA----CGAGCA--A-C--AAAATTTAAAGATTTG--TTGT--------CATTCT-G-----CAAA--CGTT-------CG--GC-------AA---------T-----AATAATATTAATAG-TAGAGGTCTA----CACCAT--ACC--AT-C-CC-CTAATAA-------GG----GGTAA-TGATAATTTTATTAACTG---GTGATAT-GATA--GAGACC-A--T--AC-TATTGTAA--T---TACA------GA-T------AA---AACT-A-CCA-GTTT-TTGTGG-----GGGGG---GGGGGATGCAGACTATATGCTCGACA-----------GT-GTTCA-TACGCTTAACAGAC------------GT--C-TTACCACTTATA-AACAAATATCATG-AAAACTTTT------TAATG-TTTTTATTAAAGG-GTTGAAAAGTAAATG
gi|10 : tatgctgaaaaagattaataaatgaattcttgaattgattgtcaattaaacatcataaatatcaaattagtaacaaagttgtactatctgaactttaatcaggcatttatccaatgctataaattaacagcttagaccggtataatctTCA--GCCA-TGTTG--TTACTT---CGAGAAATTGAA-A--GTACAGT-----------------G-AA-------AAA--TGA--T--T-----AAA--CC-CTGCATTTGG-A-TT-AATTT---C---TTA-------TGTTTGTTTGGTAATATTAA--CTACA-TTAGAGG-T------AAGGATCAAGG-TCTCTAGG-CATCG---------------------TA--TG---AGGTG-AA-------TTTA-TG---CTG--------AGTG-AGAC---GGG---AA----TGGGCA--A-C--CAA-------GTTTTG--TTCT--------CATTCT-G-----CAGACGCGCTAGACGTACG--GCCTAGCACAGGAA--TCGGT-----CAT-----TTATAG-TAGGGATCTA----TGCCAT--ATC--AC-C-CC-CTGATA------------------A-TAATGATTTTAGTAGGTG----TGCTATGG-TA--TTGACC-C--CT-GC-TG---TTA--T---TGCA------GA-C------AA---A----------ATTC-CTGTGA-----GCCGA---G----ATGCAGA
gi|11 : aGTCTCAGT-G--GTCA-TGGTT--TCACTT---CGAGAAA-----------------A------C--TGAA-AG-AA-------AGA--TTG--T--TGA--AAAT--TC-CCACATTTGA-A-TT-ATTTT---C---TTG-------TGTTTGGAAGGAAATTTTAA--CCACA-TTAGTAG-T------AA-GATCAACT-TCTCTAGG-CATTG---------------------GA--TT---AGGTG-CA-------TTTA-TG---TCGT--------CTG-AGAT---GGA---AA----TTGACA--T-C--AAA-------GATTTG--TTTC--------CATTCT-T-----CACA--CGCT-------CG--GCCGAGCACAAG----T-------------ATA--------TAGGGTTCTA----TATCAT--ACC--ACACACT-CTAATA--------TG----TGTGA-TAATAATTTCAGTATGGT---ATGGTAT---TA--CAAA-C-C--CC-AC-TG
gi|12 : gtataatcttcaagttagagAGTCA--ACCA-TGTTC--TTACTT---AGAGAAATTGAA-A--GGACATTTA------C--TGAA-AG-AA-------A------G--T--TTT--AAAA--TC-CCACAGTTTG-A-TT-ATT-----C---TTG-------TATTTGGAGGGAATTTTGAA--CCACA-TTACAGA-T------AA-GATCGACT-TCTCCAGG-CAT
gi|13 : gctgaacaagtttaataacccaactcttaattgtattgttaattaaattgtcatgaaacatcaaattattaacgaaagttgtacaatctgagctgtaaacattacattcaaatattttcataaatcattgtaaacagtgtatatagtattacgtaggtaataGTG-CAGTCG--ACCA-TGCTTACTTACCT---CGAGAAATTGGACA--GTCCATTTA------C--T--A-AG-CA-------CAC--TTGAGTAGTGG--AAAA---C-GCTCATTTACTA-TT-ATTTT---C---TTG-------CGCTTGT-TGGAAA-TACAA--CCAAA--TAGAGGTT------AC-AATCATCTATGTCAAG---ATCC---------------------AAGTCA---AAGTG-TATTACAAGTTTATTG---TTGTCT-----GAAGAAGGC---GGACCGAA-------GCA--A-C--ACA-------GAT------------------------------CAAA--CGTT-------CGGCGCCGAGCGCAtt
gi|14 : ttcagatccatctacaatattatagaaccacctaggatatagaatctttga------AA-TATCAACT-TCTCTAGG-CATTT---------------------AA--TG---TGGTG-CA-------TTTA-GT---TTGT--------CTG-AGAT---GGA---AA----TTAGCA--A----AAA-------GA-------------------AT--T-G-----CAAA--CGCT-------GG--GCCTAGCACACG----TCTGT-----AATAATGGTAGTAGCTAGAGTTCTA----TATCGT--ACC--ACAC-CC-CT--T----------------GTGA-TACAGATTTTAGTAGGAG---ATGGTGT-G-CATCTAGACC-CGGGC-AC-TGTGATTA--C---TACA------GA-A------AA---A-TT-A-CCG-CTTC-CTGTGA-----ACCGA---G----ATGCAGACGATATGTTCAACA-----------GT-GTTCG-TACACg
gi|15 : ATTTG--CTTT--------CATTCT-G-----CAAA--TGCT-------CG--ACCGAGCACAAG----TCTGT--------GATAATGATAG-TAC--TTATAGTGTTATGAT--GC---AC--------AATA--------TGCATGGGTGA-TAATAATTTTAGCAGGGG---GTGGTAT-G-TA--TAGACC-C--CC-GC-TGTTGCTA--T---TACAAATAAAGA-G------AA---A-AC-A-CCG-GTTC-ATGAGG-----GCCGA---G----ATGCAGACGACAT-CT-GACAT----------GTCGTGAA-TACGC-TAACCGAC------------
gi|16 : CTAAA-CATTG---------------------AA--TG---AGGAGTCA-------TTTA-TG---GTAT----------G-AGAT---GAA---GG----TTGGCA--A-C--AAA-------GATTTG--CTTT--------TATTCT-G-----CAAA--CGCT-------CG--GCCGAGCACATG----TCTGT-----AATAATA---ATAA-AAGGCTTCAA----TATCGT--ACCATAC-T-CC-ATAATA--------TG----GGTGATTGATAATTTTAGTAG-----------------A--AAGACCGCG-CC-AC-TGTTACTA--T---TACA------GA-C------AA---A-TT-AGCCG-GTTC-CAGTAG-----GCCGA---G----ATGCA-ACGATACGtttagttgtattcggtctttgcagttac
gi|17 : TG-------TGTTTGGAAAGAGATTTTGC--CCACC-------G-T------AC-GATAAACT-TCTATAGG-CATCA---------------------AG--TG---AGGTG-CA-------TTGT-TG---GTGTCC-----Gact
gi|17 : AA--CGCT-------CA--ACCGAACACAAG----TCTGT-----AATAAT---GATTG-TAGAGTT-----------AT-------------C-CTAATA--------TG----GATGA-TAAT---TTTAATAGTAG---ATGGTAT-A-TA--TAGATC-C--TC-AT-TGTTATTA--CCGGTACA------GA-CA-----AA---A-CT-A-CC--GTTC-ATGTGG-----GCTGA---G----ATGCAGACGAatataacgctcaaccgaacacaagtctgtaataatgattgtagagttatcctaatatggatgataattttaatagtagatggtatatatagatcctcattgttattaccggtacagacaaaactaccgttcatgtgggctgagatgcagacga
gi|18 : tgtgtttggaaagagattttgcccaccgtacgataaacttctataggcatcaagtgaggtgcattgttggtgtccgatatGTGCCAGTCA--GCCA-TGCTG--TCACTT---C-----ATTGAA-A--GTACAACTA------A--TGAA-CG-AA-------GAA--TTG--C--T-A--AAAA--CC-CCGCATTTGG-A-TTAATCCT---CGATCTG-------TGTTT
gi|19 : ttactaagaaagttgtacaatctgatttttaaacaggtaatatcttttcaaatttatctaatcgtaagcagagtaggtataattactatagGTGTCAGTTG--GCCT-TGTTT---CACTA---AATAAAATT-AA-A--GTAAATTTA------TATTGAATAA-AA-------AAA--ATG--T--TGGGGAAAA--TG-CCAATTTTGG-AATT-GTTTT---C---T---------TGTTTGGctttgataatgttgatcaaatcacatcatggggttag
gi|2 : aattatttaagacagtagtacatccgaactttaaatattcatatatttcatattctcttatattatttgtacagcgaaggtatagatctttagagTCAGTCG--GCTT-TGTTT--TCATTT---CGAGAAATTGAA-A--GAAACTTTA------C--TGAA-AG-AA-------AAC--TTG--T--TGA--AAAA--TC-CCACATTAAG-A-TTCATTT--------TTG-------TGTTTGGAAGTAAATTTTAT--CAAAA-TTAGAGG-T------AA-TGTCAACT-TCGATAAG-TATTGCATAACAGAAAAAAAAAAAAAAA--TGAATAGGTGCCA-------TTTA-TG---TTTTCT-----GAGG-AAATTAAAGA---AAGTTTTTGG-AGTA-CCGAAA-------AATTTA--CTTT----------TT-----------------TT-------CG--GC--AGC---AGTTTTTTTTT-----AA--ATATTGACAG-TTGGGTTCTA----TAACATTCAAC--AC-C-CT-CTTCTA--------T-----GGTAC-TGATAATTTTAGTACGAG---AGGAT-T-G-TA--TAGACC-C--CT-AC-TGTTATT---------CA------GA-T------AAAATA-TG-A-CCGTGT---CTATGG-----GCCGA---G----ATGAAGGCGACTTGCTCAACAANNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNN------------NN--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NNNAATCTC------TAATGC--TTTAGTAAGGGTATTAAAGAGTAAATGtaatacttgg
gi|20 : cgcattgtaaatcaaatagtctctagataatc---------------------AA--TG---AGGTG-TA-------TATA-TG---TTGCCT-----G----ACAT---AGA---AA----TTTGCA--A-C--AAA-------GATT-G--TTTTATTGCAGTTATTCT-G-----CAAA--CGCA-------AG--GC-GAGCACA--------TGT-----AATGA--CTG-----TAGGGT--TA----TA---T--ACC-------------------------------------------TTTGTTAGGGA---ACTGTAT-G-CA--TATATT-C--TC-AC-TGTTAATA--A---TATA------GA-CA-----AA---A-GT-A-ATG-GTAC-CTGCAA-----GACGA---G----ATGCATATGACATGCTAGACA-----------
gi|21 : A-TACTAATCTTAGTATAGG---ACAGTAC-G-TG--CAGACC-G--AT-AC-TATTGTTA--A---TACA------GGGT------AA---A-GT-A-CGG-GGTC-CTGGTG-----GCCGA---G----ATGCAGATGAAATGCACAACA-----------GT-GTTCA-TACGCTTGAAAGATTTAAATGATTTGGT--CATTG-TAGTTATC-AGAAAATATC------AAATCTCTTAGAATAATGCTTTTTATTGAAGG-TGTAAA
gi|22 : aTGGTAC-G-TA--TCGACC-C--CC-AC-TGTTATTA--T---TACG------CA-C------AC---A-CTCA-CCT-GTTC-CTGTGG-----GCCGA---G----ATGCAGACGACATGCTCGACttta
gi|22 : -AAAAAT--C------AAATACTTTTTATCAAGGG-ATTGAACAGTAAATtcgacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaatcaaatactttttatcaagggattgaacagtaaata
gi|24 : tggtacgtatcgacccccactgttattattacgcacacactcacctgttcctgtgggccgagatgcagacgacatgctcgactcgacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaCAGT-G--GACA-TGCTG--CCACTT---CAAGAAATCGAA-A--GTACA-------------------------------AA--TTG--T--TGA--AAAA--TC-CTACATTTGG-A-GA-GATTT---C---TTG-------TGTTTGa
gi|25 : attgtaaacagcgtaggtatacaaccactacagtataaggGTGTCAGTCG--GCCA-TGTTT--TTACTT---CGAGAAAtttggtaatattacactgtgactacattctcggggtatc
gi|26 : taaatgaaatatcatagaaacatcaaattagtaacaaaagttgcacattctgaactataaaaattcaaaccttttcatattcctctattagtgcaagcagtgtaggtataatctttaagTT--TTACTT---CGAAGAAATGTA-T--GTTAATTTA------C--TGAA-AGAAA-------AAA--TTGT-T--TGA--AAAAACTC-CAACATTTGA-T-TT-ATGTCAAAT---TTG-------TGTTTGGgt
gi|27 : attatttaaacgagtgtagtatattctttagagttttcattcgtagtggg-AG-CA-------AAA--TTG--T--TGA--AAAA--TC-CCATATTCGG-A-TT-ATTTT---C---TTG-------TTTTTGGAAGAAAAATTTAA--CCGCGTTTAGAGG-T------AA-GATCAAAT-TCTCTAGA-CATCT---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------TTTA-TG---TTGTCT-----G
gi|3 : TCAGTCG--GCTT-TGTTT--TCATTT---CGAGAAATTGAA-A--GAACATTTA------C--TGAA-AG-AA-------AAC--TTG--T--TGA--AAA---TC-CCACATTAAG-A-TTCATTTT-------TTG-------TGTTTGGAAGTAAATTTTAT--CAAAA-TTAGAGG-T------AA-GGTCAACT-TCGATAAG-TATTGCATAACAGAAAAAAAAAAAAGAA--TA---AGGTG-CA-------TTTA-TG---TTTTCT-----G----AGAT---AGA---AA----TTGAGT--A-C--GAA-------AATTTA--TTTT--------T-------------------GTT-------CG--GCCAAGCA---G----TTTTTTTTTTAA--ATATTGACAG-TTGGGTTCTA----TAACATTCAAC--AC-C-CT-CTTCTA--------TG----GGTAC-TGATAATTTTAGTACGGG---ATGGATT-G-TA--TAGACC-C--CCTAC-TGTTATT---------CA------GA-T------AAAATA-TG-A-CCG-GTTG-CTATGG-----GCCGA---G----ATGAAGGCGACTTGCTCAACAANNNNNNNNN-NN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNN------------NN--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NNNAAATTC------TAATGC-TTTTAGTAAGGG-ATTAAAGAGa
gi|32 : attgtaaatcaaatagtctctaggatatc------AA---A-TT-A-ACG-GTTG-CTGAAG-----GTCGA---G----ATGCAGATGACATGCTCGACA------------T-GTTCA-TACGCCC------C------------GTGAT-TCGGTAGTTATA-AGCAAAAATC
gi|34 : aC-CTAATA--------TG----GATGA-CCATAATTTTAGTAGGTG---ATGCCTC-T-TA--TAGAAC-C--TT-AC-TGTTATTATTT---TTTA------GA--------AA---A-TT-A-CC--GTTCACTGTa
gi|35 : AATGATTTTATTAGGGGTAAATGGTAT-GGTA--TTGACC-C--TT-A----TTATTA--T---TACA------AA-CA-----AA---A-TT-A-CC---------ATGG-----ACCGA---G----ATACAGACa
gi|36 : taaTAATAG-TAAGGGCCTA----TACCAT--ATC--AC-C-AC-CTTATATAAACACTTG----GGTGA-TA
gi|38 : ggagttggtG----TCTAT-----ACTGATATTCATAG-TAGAGGTGTA----TACCAA--ACC--AC-A-CC-CTAATA--------tggtcgatactcccaccatta
gi|39 : atcctgtaatttt-TT-A-CCG-GTTC-CTGTGG-----GCCGA---A----ATGCAACCGACATGTTAGAAA-----------GG-GTCCC-TACGCa
gi|4 : GTGTCAGTCG--GCCA-TGATT--TCACTT---CGAGAAAGTGAA-A--GTAC-TTTG------C--TGAA-AG-AA-------AAA--TTG--T--TGA--AAAA--TC-CCTGATTTAG-A-TT-ATTTT---C---TTG-------TGTTTGGAATAAAATTTTAA--CCATA-TAAGAGG-T------AAAGATCAATT-TCTTTAGT-CATCA---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------GGTA-TG---TTGTTTTAGAAGCTT-AGAA---GGA---AA----TTGGCA--G-C--AAA-------GATTTG--TTTT--------CATTTT-G-----CAAA--CGCT-------CG--GCCGATCACAGG----TGTGT-----AATGATACTGATCG-TAGGCTTCTA----TAACAT--TCT--AC-C-AT-CTAATA--------TA----GGTGA-TAATAGTTTTTGTAGGGG---GTGGTAT-G-TA--TATACT-C--CC-AT-TGTTATTA--T---TACA------GA-C------AA---A-TT-A-CCA-AATC-CTGTGT-----GCCGA---G----ATGCAGACGACATGTTCAACANNNNN------NN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNN------------NN--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNTT------TAATACTTTTTGATAAGGG-ATTAAACAGTAAATGc
gi|40 : t---TACT------GA-C------AA---AATT-A-CTG-GTTC-CTGTGG-----ACTGA---G----CAGCAGACGACACGCTCt
gi|5 : AATTTTAT--CCACA-TTAGATT-T------AA-GATCTATT----CTAGG-CATCA---------------------AA--TG---AAGTG-CAAAAA---TTTA-TG---TTGTCT-----G----GGAT---GGA---AC----TAGGCA--A-C--AAA-------GATTTG--TTTT--------CAATCT-G-----CAa
gi|6 : attcccgcctaatcctttgagtagcttgcaatgaacagaacagtcaaaacgaactgcatatgcaatgttatgtataagaaaagagtgctagtgctgaaaacggttaataatcctactcttgcatggattgccaaataaatatcaaaaatatcaaattatcaacaaagttgtacaatctgaactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGTCAGTCGCGGCCAATGGTT--TCCCTTTTCCGAGAAATTGAA-AAGGTACATTTA------C--TGAA-AC-AA-------A----CTG--C--TGA--AAA----CACCAC-TTTG--A-TT-ATTTT---C---TTG-------TGTTTGGAATGAAAGTTTAAACCCACA-TCATAGA-T------AA-GAT-AACC-TCTCTCGGCCATCC---------------------AA--TG---AGATG-AA-------TTTG-------------------------------------------GGCA--ATC--CAA-------AATTTGCTTTTC--------CATTCTGG-----CAAA--CGCT-------T---GCCGAACA----------TAT-----AATG---CT--T-G-TATGGTCTTA----TACC----ACC--AC-C-TC-CCAATA----------------TGA-TAATAA
gi|6 : catgttcatctactattgtacacagtgtaggttataatcttaaaga---ATGGTCT---TA--TA--CC-A--CC-ACCTCCCAATA--T---GATA-------A-T------AA---A-G--A-CCG-GTTC--TGTGG-----GCTGAA--G----ATGCAGACGACATGTTCGACA-----------AT-GTTTAATACGC--------C------------AC--C-CAACT--TTATACAGCACATATCGTCCAAAAATTTC------CAAT-------------GG-ATTAAACAGTAAagaccggttctgtgggctgaagatgcagacgacatgttcgacaatgtttaatacgccacccaactttatacagcacatatcgtccaaaaatttccaatggattaaacagtaat
gi|7 : catgttcatctactattgtacacagtgtaggttataatcttaaagatgtcagtcgcggccaatggtttcccttttccgagaaattgaaaaggtacatttactgaaacaaactgctgaaaacaccactttgattattttcttgtgtttggaatgaaagtttaaacccacatcatagataagataacctctctcggccatccaatgagatgaatttgggcaatccaaaatttgcttttccattctggcaaacgcttgccgaacatataatgcttgtTCAGTCG--GCTA-TGTTT--TCACTT---CGAGAA---------------TTTA------C-------AC-AA-------ACA--TTG--A--TGA--AAAA--TC-CCACA-----------ATTTT---C---TTAAAAAATATGTTTGGAAGGAAATTTTAA--CCAAA-TTAGAGG-TAAAGGTAA-GATCAACT-CCTCTAGG-CATCG---------------------AA--TG---GGGCG-CA-------TTTA-TG---TTGT--------TCG-AGAT---GAA---AA----TTGGCA--A-T--AAA-------TAGTTT--TTTT--------CATTCT-GCAATTCAAA--CGTT-------CG--GCCAAGCACAAT----TCTGT-----AACAA---TGATAG-CAGGGTTCTA----TATCAT--ACC--ACAC-CCACTAATA--------TG----GGTGA-TGATAATTTTAGTAGGAG---ATNNNNN-N-NN--NNNNNN-N--NN-NN-NNNNNNNN--N---NNNN------NN-N------NN---N-NN-N-NNN-NNNN-NNNNNNNNNNTGCCGACATGC---ATGCAGACGACATGTTCt
gi|8 : atctattattataaacaatgtaggtatGTGCTAGTCG--GCCA-TGT-------------------ATTGAA-A--GTACAATTA------C--GGAA-TG-AA-------GAACATTG--T--TGA--AAAT--TC-CTTCATTGGG-A-TT-AATTT---C---TTG-------TGTTTGGTTGGTAACATTAA--CCACA-TTAAAAG-T------AT-GATCAACT-TCTCTAGG-CATCG---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------TGTA-CGTAATTGTTT------TT---GGC---GGA---AA----TGGTTA--A-C--CAA-------GCTTTG--GTTTA-------CATTCT-G-----C
gi|9 : tatgctaaaaaaaaatgcaattcttgaatagattttcaattagaaatcataaacatcaaattattaaaaagtcgtacaatctggactttcaacagcttacttgtatattttttctctttatctaattgtaaatagcgtaggtataattactataatgtagtgaatcgGTGTCAGTCG--GTAG-TGTTT--T-ACTT---CGAGAAATTGTA-T--GTACATTTA------C--TG-A-AG-AA-------AAA--TTG--T--TGA--AAAC--T--CCACATTTGG-A-TT-ATGTT---CAATTTG-------TGTTTGTAATGAA
gi|9 : tattcatctattattgtaaacagtgtaggtatattctttagagCTG-AGAT---AGA---AA----TTGGCA--A-C--AAA-------GATTTG--CTTT--------CATTCT-G-----CAAA--TGCT-------CG--ACCGAGCACAAG----T-TAT-----GATGcgtgttaagatcgcctgagatagaaattggcaacaaagatttgctttcattctgcaaatgctcgaccgagcacaagttatgatgcacatatgcatggtgataataattttagcaggggatggtatgtaaagacccccgccgttgctattacaaataaaaagaaaataccggttcattgagggccgagatgcagaagacatgcttgaca
gi|9 : tattcatctattattgtaaacagtgtaggtatattctttagaggtgtcagtcggtagtgttttacttcgagaaattgtatgtacatttactgaagaaaaattgttgaaaactccacatttggattatgttcaatttgtgtttgtaatgaacgtgttaagatcgcATA--------TGCAT-GGTGA-TAATAATTTTAGCAGGGG---ATGGTAT-G-TA--AAGACC-C--CC-GC-CGTTGCTA--T---TACA------AA-TAAAAAGAA---A-AT-A-CCG-GTTCATTGAGG-----GCCGA---G----ATGCAGAAGACATGCTTGACA-----------cacatatgcatggtgataataattttagcaggggatggtatgtaaagacccccgccgttgctattacaaataaaaagaaaataccggttcattgagggccgagatgcagaagacatgcttgaca
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): CCAGCCCAATCCTTTAAATTGGCTAAATAGTGACTAATAAAACAGAACAGCCTTGGAACAGCACATGTATAGTAAAAGAAAAAAGGATTGCGCAATGCTGAAGAAATCTAATAATTATGTTCGTAAAGTGACTTTCAATTCGACATCATATTGCTTACAAAGTTGAACAATTTGAACTT
Unaligned ( gi|28 ): GGTAGGTAGCAGTTAACAGAACAGCCAAAATGCACAGCTTATACATGTATGACATCGTAAAAGAAACGAGTCCATAATCTAAAAAAAAGATTAATAATCCAACTCTTGAATGGA
Unaligned ( gi|29 ): TCAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTATTAGAGGATTGAAACGTAAATATAA
Unaligned ( gi|30 ): AAAATTCCCGCCTAATCCTTTGAGTGAGTTGCTATTAAAAATAGCCAAAAAAGAACACTTAATGTAAAGCCATATATGTTAAGAAAAACGTACTCATG
Unaligned ( gi|31 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTATAATTTCAAATAGCAAATGTAA
Unaligned ( gi|33 ): TAACAAAATTGTACAATTTGAACTGTAAACATTTAATTTGTTTTTATATTCATCTATAATGATTGTAAACAGTGTAGGTATAATTTTTG
Unaligned ( gi|37 ): AATAATCCAACTCTTGAATGAATTGCCAATTAAATATCATGAACAAATAATTAAGTTGTACAATCTGAACTGTAAA
Alignments
lowQualScore : 444444444444444444444 1111111 3333333333 1111111 11111111 11111111 333333333333 111 22222222222222 11111111 44444444444444 6666666666666666666666666666666 1111 111111 11
lowQualScore : 33 2 33 444 2 33 0 777777 33 0 2 2 777777777777 55 33 33 444 2 2 2 7 9999999 7777777 0 0 33 2 2 777777 5 2 2 222222222222222222222 33 444 5 3333333 2 444 1111111111 444 2 5555 0 33 33 2 2222222 33 11111111 2 66666 33 8888888 33 22222222 777777 666666666666 2 5555 5 77 33 000 2 1 2 00000000000000 2 0 444 0 444 33 2 2 55 2 2 666666 666666 88888888 777 4444 2 44 4 4444 55555 555 2 22222222222222 4 7777777777777777777777777777777 11 5 5555 3 666666 22 3 5 1
lowQualScore : .. . .. ... . .. . ...... .. . . . ............ .. .. .. ... . . . . ....... ....... . . .. . . ...... . . . ..................... .. ... . ....... . ... .......... ... . .... . .. .. . ....... .. ........ . ..... .. ....... .. ........ ...... ............ . .... . .. .. ... . . . .............. . . ... . ... .. . . .. . . ...... ...... ........ ... .... . .. . .... ..... ... . .............. . ............................... .. . .... . ...... .. . . .
lowQualScore : 44 5 22 111 5 44 3 222222 44 1 4 4 888888888888 66 22 22 555 4 4 4 1 2222222 2222222 1 2 99 9 9 777777 3 7 5 555555555555555555555 44 444 0 4444444 5 444 1111111111 777 7 7777 1 77 77 7 3333333 44 66666666 5 22222 77 7777777 77 66666666 777777 777777777777 5 7777 3 33 77 111 5 4 4 22222222222222 4 2 111 7 333 11 2 2 33 2 2 444444 444444 22222222 444 7777 0 22 0 2222 33333 888 1 44444444444444 0 1111111111111111111111111111111 22 0 5555 7 444444 77 0 7 0
consensus : NGTGTCAGTCG--GCCA-TGTTT--TCACTT---CGAGAAATTGAA-A--GTACATTTA------C--TGAA-AG-AA-------AAA--TTG--T--TGA--AAAA--TC-CCACATTTGG-A-TT-ATTTT---C---TTG-------TGTTTGGAAGGAAATTTTAA--CCACA-TTAGAGG-T------AA-GATCAACT-TCTCTAGG-CATCG---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------TTTA-TG---TTGTCT-----G-TGAGAT---GG-AAA----TTG--GCA--A-C-------AAAGATTTG--TTTT--------CATTCT-G-----CAAA--CGCT-------CG--GCCGAGCACAAG----TCTGT------AATA---AT-A-TG-ATAG-TAGGGTTCTA----TACCAT--ACC--AC-C-CC-CTAAT-A--------TG----GGTGA-TAATAATTTTAGTAGGGG---ATGGTAT-G-TA--TAGA-CC-C--CC-AC-TGTTATTA--T---TACA------GA-C------AA---A-TT-A-CCG-GTTC-CTGT----GG-----GCCGA---G-ATGCAGACGACATGCTCGACA-----------GT-GTTCA-TACGCTTAACAGAC------------GT--C-TCGCTAGTTATA-AGCAAATATCGTN-AAAAATTTC------TAATGCTTTTTANTAAGGG-ATTAAANAGTAAATG
Reference ( family-1584 ) : NGTGTCAGTCG--GCCA-TGTTT--TCACTT---CGAGAAATTGAA-A--GTACATTTA------C--TGAA-AG-AA-------AAA--TTG--T--TGA--AAAA--TC-CCACATTTGG-A-TT-ATTTT---C---TTG-------TGTTTGGAAGGAAATTTTAA--CCACA-TTAGAGG-T------AA-GATCAACT-TCTCTAGG-CATCG---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------TTTA-TG---TTGTCT-----G-TGAGAT---GG-AAA----TTG--GCA--A-C-------AAAGATTTG--TTTT--------CATTCT-G-----CAAA--CGCT-------CG--GCCGAGCACAAG----TCTGT------AATG---AT-A-TG-ATAG-TAGGGTTCTA----TACCAT--ACC--AC-C-CC-CTAAT-A--------TG----GGTGA-TAATAATTTTAGTAGGGG---ATGGTAT-G-TA--TAGA-CC-C--CC-AC-TGTTATTA--T---TACA------GA-C------AA---A-TT-A-CCG-GTTC-CTGT----GG-----GCCGA---G-ATGCAGACGACATGCTCGACA-----------GT-GTTCA-TACGCTTAACAGAC------------GT--C-TCGCTAGTTATA-AGCAAATATCGTN-AAAAATTTC------TAATGCTTTTTANTAAGGG-ATTAAANAGTAAATG
gi|1 : TCAGTCG--GCCA-TGTTG--TCACTT---CCAGAAATTGAA-A--GTACATTTAGGCCTAC--TGAA-CG-AATTTTTTT-----TTT--T--TGA--AAAA--TT-CCGCATATTC-A-TT-ATTTT---G---CTA-------TATTTGTTTTCTAACATTGA--CCACA-TTAGAGG-T------GA-GATCAACT-TCTCTAGA-CATCG---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------GTTA-TG---TTGTC--------TGAGAC---GG-AAA----CGA--GCA--A-CAAAATTTAAAGATTTG--TTGT--------CATTCT-G-----CAAA--CGTT-------CG--G-------CAA---------T------AATA---AT-ATTA-ATAG-TAGAGGTCTA----CACCAT--ACC--AT-C-CC-CTAATAA--------GG----GGTAA-TGATAATTTTATTAACTG---GTGATAT-G--A--TAGAGAC-C--AT-AC-TATTGTAA--T---TACA------GA-TA-----AA---A-CT-A-CCA-GTTT-TTGTGGGGGG-----GGGGG---G-ATGCAGACTATATGCTCGACA-----------GT-GTTCA-TACGCTTAACAGAC------------GT--C-TTACCACTTATA-AACAAATATCATG-AAAACTTTT------TAATG-TTTTTATTAAAGG-GTTGAAAAGTAAATG
gi|10 : tatgctgaaaaagattaataaatgaattcttgaattgattgtcaattaaacatcataaatatcaaattagtaacaaagttgtactatctgaactttaatcaggcatttatccaatgctataaattaacagcttagaccggtataatctTCA--GCCA-TGTTG--TTACTT---CGAGAAATTGAA-A--GTACAGT-----------------G-AA-------AAA--TGA--T--T-----AAA--CC-CTGCATTTGG-A-TT-AATTT---C---TTA-------TGTTTGTTTGGTAATATTAA--CTACA-TTAGAGG-T------AAGGATCAAGG-TCTCTAGG-CATCG---------------------TA--TG---AGGTG-AA-------TTTA-TG---CTG--A-----G-TGAGAC---GG-GAA----TGG--GCA--A-C-------CAAGTTTTG--TTCT--------CATTCT-G-----CAGACGCGCTAGACGTACG--GCCTAGCACAGGAA--TCGGT------CAT---------TT-ATAG-TAGGGATCTA----TGCCAT--ATC--AC-C-CC-CTGAT-A------------------A-TAATGATTTTAGTAGGTG----TGCTATGG-TA--TTGA-CC-C--CT-GC-TG---TTA--T---TGCA------GA-C------AA---A----------ATTC-CTGT----GA-----GCCGA---G-ATGCAGA
gi|11 : aGTCTCAGT-G--GTCA-TGGTT--TCACTT---CGAGAAA-----------------A------C--TGAA-AG-AA-------AGA--TTG--T--TGA--AAAT--TC-CCACATTTGA-A-TT-ATTTT---C---TTG-------TGTTTGGAAGGAAATTTTAA--CCACA-TTAGTAG-T------AA-GATCAACT-TCTCTAGG-CATTG---------------------GA--TT---AGGTG-CA-------TTTA-TG---TCGTC--------TGAGAT---GG-AAA----TTG--ACA--T-C-------AAAGATTTG--TTTC--------CATTCT-T-----CACA--CGCT-------CG--GCCGAGCACAAG----T-----------------AT-A---------TAGGGTTCTA----TATCAT--ACC--ACACACT-CTAAT-A--------TG----TGTGA-TAATAATTTCAGTATGGT---ATGGTAT---TA--CAAA--C-C--CC-AC-TG
gi|12 : gtataatcttcaagttagagAGTCA--ACCA-TGTTC--TTACTT---AGAGAAATTGAA-A--GGACATTTA------C--TGAA-AG-AA-------A------G--T--TTT--AAAA--TC-CCACAGTTTG-A-TT-ATT-----C---TTG-------TATTTGGAGGGAATTTTGAA--CCACA-TTACAGA-T------AA-GATCGACT-TCTCCAGG-CAT
gi|13 : gctgaacaagtttaataacccaactcttaattgtattgttaattaaattgtcatgaaacatcaaattattaacgaaagttgtacaatctgagctgtaaacattacattcaaatattttcataaatcattgtaaacagtgtatatagtattacgtaggtaataGTG-CAGTCG--ACCA-TGCTTACTTACCT---CGAGAAATTGGACA--GTCCATTTA------C--T--A-AG-CA-------CAC--TTGAGTAGTGG--AAAA---C-GCTCATTTACTA-TT-ATTTT---C---TTG-------CGCTTGT-TGGAAA-TACAA--CCAAA--TAGAGGTT------AC-AATCATCTATGTCAAG---ATCC---------------------AAGTCA---AAGTG-TATTACAAGTTTATTG---TTGTCT-----G--AAGAA---GGCGGA----CCGAAGCA--A-C-------ACAGAT------------------------------CAAA--CGTT-------CGGCGCCGAGCGCAtt
gi|14 : ttcagatccatctacaatattatagaaccacctaggatatagaatctttga------AA-TATCAACT-TCTCTAGG-CATTT---------------------AA--TG---TGGTG-CA-------TTTA-GT---TTGTC--------TGAGAT---GG-AAA----TTA--GCA--A---------AAAGA-------------------AT--T-G-----CAAA--CGCT-------GG--GCCTAGCACACG----TCTGT------AATA---ATGG-TA-GTAGCTAGAGTTCTA----TATCGT--ACC--ACAC-CC-CT--T-----------------GTGA-TACAGATTTTAGTAGGAG---ATGGTGT-G-CATCTAGA-CC-CGGGC-AC-TGTGATTA--C---TACA------GA-A------AA---A-TT-A-CCG-CTTC-CTGT----GA-----ACCGA---G-ATGCAGACGATATGTTCAACA-----------GT-GTTCG-TACACg
gi|15 : ATTTG--CTTT--------CATTCT-G-----CAAA--TGCT-------CG--ACCGAGCACAAG----TCTGT------GATA---AT----G-ATAG-TAC--TTATAGTGTTATGAT--GC---AC--------AAT-A--------TGCATGGGTGA-TAATAATTTTAGCAGGGG---GTGGTAT-G-TA--TAGA-CC-C--CC-GC-TGTTGCTA--T---TACAAATAAAGA-G------AA---A-AC-A-CCG-GTTC-ATGA----GG-----GCCGA---G-ATGCAGACGACAT-CT-GACAT----------GTCGTGAA-TACGC-TAACCGAC------------TT--------TAGTTGTA-
gi|16 : CTAAA-CATTG---------------------AA--TG---AGGAGTCA-------TTTA-TG-----GT-------A-TGAGAT---GA-AGG----TTG--GCA--A-C-------AAAGATTTG--CTTT--------TATTCT-G-----CAAA--CGCT-------CG--GCCGAGCACATG----TCTGT------AATA---AT-A----ATAA-AAGGCTTCAA----TATCGT--ACCATAC-T-CC-ATAAT-A--------TG----GGTGATTGATAATTTTAGTAG-----------------A--AAGA-CCGCG-CC-AC-TGTTACTA--T---TACA------GA-C------AA---A-TT-AGCCG-GTTC-CAGT----AG-----GCCGA---G-ATGCA-ACGATACGttcggtctttgcagttac
gi|17 : TG-------TGTTTGGAAAGAGATTTTGC--CCACC-------G-T------AC-GATAAACT-TCTATAGG-CATCA---------------------AG--TG---AGGTG-CA-------TTGT-TG---GTGTCC-----G-act
gi|17 : AA--CGCT-------CA--ACCGAACACAAG----TCTGT------AATA---AT----G-ATTG-TAGAGTT-----------AT-------------C-CTAAT-A--------TG----GATGA-TAAT---TTTAATAGTAG---ATGGTAT-A-TA--TAGA-TC-C--TC-AT-TGTTATTA--CCGGTACA------GA-CA-----AA---A-CT-A-CC--GTTC-ATGT----GG-----GCTGA---G-ATGCAGACGAatataacgctcaaccgaacacaagtctgtaataatgattgtagagttatcctaatatggatgataattttaatagtagatggtatatatagatcctcattgttattaccggtacagacaaaactaccgttcatgtgggctgagatgcagacga
gi|18 : tgtgtttggaaagagattttgcccaccgtacgataaacttctataggcatcaagtgaggtgcattgttggtgtccgatatGTGCCAGTCA--GCCA-TGCTG--TCACTT---C-----ATTGAA-A--GTACAACTA------A--TGAA-CG-AA-------GAA--TTG--C--T-A--AAAA--CC-CCGCATTTGG-A-TTAATCCT---CGATCTG-------TGTTT
gi|19 : ttactaagaaagttgtacaatctgatttttaaacaggtaatatcttttcaaatttatctaatcgtaagcagagtaggtataattactatagGTGTCAGTTG--GCCT-TGTTT---CACTA---AATAAAATT-AA-A--GTAAATTTA------TATTGAATAA-AA-------AAA--ATG--T--TGGGGAAAA--TG-CCAATTTTGG-AATT-GTTTT---C---T---------TGTTTGGctttgataatgttgatcaaatcacatcatggggttag
gi|2 : aattatttaagacagtagtacatccgaactttaaatattcatatatttcatattctcttatattatttgtacagcgaaggtatagatctttagagTCAGTCG--GCTT-TGTTT--TCATTT---CGAGAAATTGAA-A--GAAACTTTA------C--TGAA-AG-AA-------AAC--TTG--T--TGA--AAAA--TC-CCACATTAAG-A-TTCATTT--------TTG-------TGTTTGGAAGTAAATTTTAT--CAAAA-TTAGAGG-T------AA-TGTCAACT-TCGATAAG-TATTGCATAACAGAAAAAAAAAAAAAAA--TGAATAGGTGCCA-------TTTA-TG---TTTTCT-----GAGGAAATTAAAG-AAAGTTTTTG--G-AGTA-CCG-----AAAAATTTA--CTTT----------TT-----------------TT-------CG--GC--AGC---AGTTTTTTTTT------AA-----AT-ATTG-ACAG-TTGGGTTCTA----TAACATTCAAC--AC-C-CT-CTTCT-A--------T-----GGTAC-TGATAATTTTAGTACGAG---AGGAT-T-G-TA--TAGA-CC-C--CT-AC-TGTTATT---------CA------GA-T------AAAATA-TG-A-CCGTGT---CTAT----GG-----GCCGA---G-ATGAAGGCGACTTGCTCAACAANNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNN------------NN--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NNNAATCTC------TAATGC--TTTAGTAAGGGTATTAAAGAGTAAATGtaatacttgg
gi|20 : cgcattgtaaatcaaatagtctctagataatc---------------------AA--TG---AGGTG-TA-------TATA-TG---TTGCCT-----G---ACAT---AG-AAA----TTT--GCA--A-C-------AAAGATT-G--TTTTATTGCAGTTATTCT-G-----CAAA--CGCA-------AG--GC-GAGCACA--------TGT------AAT----------G-ACTG-TAGGGT--TA----TA---T--ACC--------------------------------------------TTTGTTAGGGA---ACTGTAT-G-CA--TATA-TT-C--TC-AC-TGTTAATA--A---TATA------GA-CA-----AA---A-GT-A-ATG-GTAC-CTGC----AA-----GACGA---G-ATGCATATGACATGCTAGACA-----------
gi|21 : A-TACTAATCTTAGTATAGG---ACAGTAC-G-TG--CAGA-CC-G--AT-AC-TATTGTTA--A---TACA------GGGT------AA---A-GT-A-CGG-GGTC-CTGG----TG-----GCCGA---G-ATGCAGATGAAATGCACAACA-----------GT-GTTCA-TACGCTTGAAAGATTTAAATGATTTGGT--CATTG-TAGTTATC-AGAAAATATC------AAATCTCTTAGAATAATGCTTTTTATTGAAGG-TGTAAA
gi|22 : aTGGTAC-G-TA--TCGA-CC-C--CC-AC-TGTTATTA--T---TACG------CA-C------AC---A-CTCA-CCT-GTTC-CTGT----GG-----GCCGA---G-ATGCAGACGACATGCTCGACttta
gi|22 : -AAAAAT--C------AAATACTTTTTATCAAGGG-ATTGAACAGTAAATtcgacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaatcaaatactttttatcaagggattgaacagtaaata
gi|24 : tggtacgtatcgacccccactgttattattacgcacacactcacctgttcctgtgggccgagatgcagacgacatgctcgactcgacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaCAGT-G--GACA-TGCTG--CCACTT---CAAGAAATCGAA-A--GTACA-------------------------------AA--TTG--T--TGA--AAAA--TC-CTACATTTGG-A-GA-GATTT---C---TTG-------TGTTTGa
gi|25 : attgtaaacagcgtaggtatacaaccactacagtataaggGTGTCAGTCG--GCCA-TGTTT--TTACTT---CGAGAAAtttggtaatattacactgtgactacattctcggggtatc
gi|26 : taaatgaaatatcatagaaacatcaaattagtaacaaaagttgcacattctgaactataaaaattcaaaccttttcatattcctctattagtgcaagcagtgtaggtataatctttaagTT--TTACTT---CGAAGAAATGTA-T--GTTAATTTA------C--TGAA-AGAAA-------AAA--TTGT-T--TGA--AAAAACTC-CAACATTTGA-T-TT-ATGTCAAAT---TTG-------TGTTTGGgt
gi|27 : attatttaaacgagtgtagtatattctttagagttttcattcgtagtggg-AG-CA-------AAA--TTG--T--TGA--AAAA--TC-CCATATTCGG-A-TT-ATTTT---C---TTG-------TTTTTGGAAGAAAAATTTAA--CCGCGTTTAGAGG-T------AA-GATCAAAT-TCTCTAGA-CATCT---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------TTTA-TG---TTGTCT-----G-
gi|3 : TCAGTCG--GCTT-TGTTT--TCATTT---CGAGAAATTGAA-A--GAACATTTA------C--TGAA-AG-AA-------AAC--TTG--T--TGA--AAA---TC-CCACATTAAG-A-TTCATTTT-------TTG-------TGTTTGGAAGTAAATTTTAT--CAAAA-TTAGAGG-T------AA-GGTCAACT-TCGATAAG-TATTGCATAACAGAAAAAAAAAAAAGAA--TA---AGGTG-CA-------TTTA-TG---TTTTCT-----G---AGAT---AG-AAA----TTG--AGT--A-C-------GAAAATTTA--TTTT--------T-------------------GTT-------CG--GCCAAGCA---G----TTTTTTTTTTAAAT----AT---TG-ACAG-TTGGGTTCTA----TAACATTCAAC--AC-C-CT-CTTCT-A--------TG----GGTAC-TGATAATTTTAGTACGGG---ATGGATT-G-TA--TAGA-CC-C--CCTAC-TGTTATT---------CA------GA-T------AAAATA-TG-A-CCG-GTTG-CTAT----GG-----GCCGA---G-ATGAAGGCGACTTGCTCAACAANNNNNNNNN-NN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNN------------NN--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NNNAAATTC------TAATGC-TTTTAGTAAGGG-ATTAAAGAGa
gi|32 : attgtaaatcaaatagtctctaggatatc------AA---A-TT-A-ACG-GTTG-CTGA----AG-----GTCGA---G-ATGCAGATGACATGCTCGACA------------T-GTTCA-TACGCCC------C------------GTGAT-TCGGTAGTTATA-AGCAAAAATC
gi|34 : aC-CTAAT-A--------TG----GATGA-CCATAATTTTAGTAGGTG---ATGCCTC-T-TA--TAGA-AC-C--TT-AC-TGTTATTATTT---TTTA------GA--------AA---A-TT-A-CC--GTTCACTGT----a
gi|35 : AATGATTTTATTAGGGGTAAATGGTAT-GGTA--TTGA-CC-C--TT-A----TTATTA--T---TACA------AA-CA-----AA---A-TT-A-CC---------AT----GG-----ACCGA---G-ATACAGACa
gi|36 : taa-TA-ATAG-TAAGGGCCTA----TACCAT--ATC--AC-C-AC-CTTAT-ATAAACACTTG----GGTGA-TA
gi|38 : ggagttggtG----TCTAT------ACTG---AT-A-TTCATAG-TAGAGGTGTA----TACCAA--ACC--AC-A-CC-CTAAT-A--------tggtcgatactcccaccatta
gi|39 : atcctgtaatttt-TT-A-CCG-GTTC-CTGT----GG-----GCCGA---A-ATGCAACCGACATGTTAGAAA-----------GG-GTCCC-TACGCa
gi|4 : GTGTCAGTCG--GCCA-TGATT--TCACTT---CGAGAAAGTGAA-A--GTAC-TTTG------C--TGAA-AG-AA-------AAA--TTG--T--TGA--AAAA--TC-CCTGATTTAG-A-TT-ATTTT---C---TTG-------TGTTTGGAATAAAATTTTAA--CCATA-TAAGAGG-T------AAAGATCAATT-TCTTTAGT-CATCA---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------GGTA-TG---TTGTTTTAGAAGCTTAGAA---GG-AAA----TTG--GCA--G-C-------AAAGATTTG--TTTT--------CATTTT-G-----CAAA--CGCT-------CG--GCCGATCACAGG----TGTGT------AATG---AT-ACTG-ATCG-TAGGCTTCTA----TAACAT--TCT--AC-C-AT-CTAAT-A--------TA----GGTGA-TAATAGTTTTTGTAGGGG---GTGGTAT-G-TA--TATA-CT-C--CC-AT-TGTTATTA--T---TACA------GA-C------AA---A-TT-A-CCA-AATC-CTGT----GT-----GCCGA---G-ATGCAGACGACATGTTCAACANNNNN------NN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNN------------NN--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNTT------TAATACTTTTTGATAAGGG-ATTAAACAGTAAATGc
gi|40 : t---TACT------GA-C------AA---AATT-A-CTG-GTTC-CTGT----GG-----ACTGA---G-CAGCAGACGACACGCTCt
gi|5 : AATTTTAT--CCACA-TTAGATT-T------AA-GATCTATT----CTAGG-CATCA---------------------AA--TG---AAGTG-CAAAAA---TTTA-TG---TTGTCT-----G---GGAT---GG-AAC----TAG--GCA--A-C-------AAAGATTTG--TTTT--------CAATCT-G-----CAa
gi|6 : attcccgcctaatcctttgagtagcttgcaatgaacagaacagtcaaaacgaactgcatatgcaatgttatgtataagaaaagagtgctagtgctgaaaacggttaataatcctactcttgcatggattgccaaataaatatcaaaaatatcaaattatcaacaaagttgtacaatctgaactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGTCAGTCGCGGCCAATGGTT--TCCCTTTTCCGAGAAATTGAA-AAGGTACATTTA------C--TGAA-AC-AA-------A----CTG--C--TGA--AAA----CACCAC-TTTG--A-TT-ATTTT---C---TTG-------TGTTTGGAATGAAAGTTTAAACCCACA-TCATAGA-T------AA-GAT-AACC-TCTCTCGGCCATCC---------------------AA--TG---AGATG-AA-------TTTG----------------------------------------G--GCA--ATC-------CAAAATTTGCTTTTC--------CATTCTGG-----CAAA--CGCT-------T---GCCGAACA----------TAT------AATG---CT---T-----G-TATGGTCTTA----TACC----ACC--AC-C-TC-CCAAT-A----------------TGA-TAATAA
gi|6 : catgttcatctactattgtacacagtgtaggttataatcttaaaga---ATGGTCT---TA--TA---CC-A--CC-ACCTCCCAATA--T---GATA-------A-T------AA---A-G--A-CCG-GTTC--TGT----GG-----GCTGAA--G-ATGCAGACGACATGTTCGACA-----------AT-GTTTAATACGC--------C------------AC--C-CAACT--TTATACAGCACATATCGTCCAAAAATTTC------CAATG-------------G-ATTAAACAGTAAagaccggttctgtgggctgaagatgcagacgacatgttcgacaatgtttaatacgccacccaactttatacagcacatatcgtccaaaaatttccaatggattaaacagtaat
gi|7 : catgttcatctactattgtacacagtgtaggttataatcttaaagatgtcagtcgcggccaatggtttcccttttccgagaaattgaaaaggtacatttactgaaacaaactgctgaaaacaccactttgattattttcttgtgtttggaatgaaagtttaaacccacatcatagataagataacctctctcggccatccaatgagatgaatttgggcaatccaaaatttgcttttccattctggcaaacgcttgccgaacatataatgcttgtTCAGTCG--GCTA-TGTTT--TCACTT---CGAGAA---------------TTTA------C-------AC-AA-------ACA--TTG--A--TGA--AAAA--TC-CCACA-----------ATTTT---C---TTAAAAAATATGTTTGGAAGGAAATTTTAA--CCAAA-TTAGAGG-TAAAGGTAA-GATCAACT-CCTCTAGG-CATCG---------------------AA--TG---GGGCG-CA-------TTTA-TG---TTGTT--------CGAGAT---GA-AAA----TTG--GCA--A-T-------AAATAGTTT--TTTT--------CATTCT-GCAATTCAAA--CGTT-------CG--GCCAAGCACAAT----TCTGT------AACA------A-TG-ATAG-CAGGGTTCTA----TATCAT--ACC--ACAC-CCACTAAT-A--------TG----GGTGA-TGATAATTTTAGTAGGAG---ATNNNNN-N-NN--NNNN-NN-N--NN-NN-NNNNNNNN--N---NNNN------NN-N------NN---N-NN-N-NNN-NNNN-NNNN----NNNNNNTGCCGACATGCATGCAGACGACATGTTCt
gi|8 : atctattattataaacaatgtaggtatGTGCTAGTCG--GCCA-TGT-------------------ATTGAA-A--GTACAATTA------C--GGAA-TG-AA-------GAACATTG--T--TGA--AAAT--TC-CTTCATTGGG-A-TT-AATTT---C---TTG-------TGTTTGGTTGGTAACATTAA--CCACA-TTAAAAG-T------AT-GATCAACT-TCTCTAGG-CATCG---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------TGTA-CGTAATTGTTT-----T-T--GGC---GG-AAA----TGG--TTA--A-C-------CAAGCTTTG--GTTTA-------CATTCT-G-----C
gi|9 : tatgctaaaaaaaaatgcaattcttgaatagattttcaattagaaatcataaacatcaaattattaaaaagtcgtacaatctggactttcaacagcttacttgtatattttttctctttatctaattgtaaatagcgtaggtataattactataatgtagtgaatcgGTGTCAGTCG--GTAG-TGTTT--T-ACTT---CGAGAAATTGTA-T--GTACATTTA------C--TG-A-AG-AA-------AAA--TTG--T--TGA--AAAC--T--CCACATTTGG-A-TT-ATGTT---CAATTTG-------TGTTTGTAATGAA
gi|9 : tattcatctattattgtaaacagtgtaggtatattctttagag-TGAGAT---AG-AAA----TTG--GCA--A-C-------AAAGATTTG--CTTT--------CATTCT-G-----CAAA--TGCT-------CG--ACCGAGCACAAG----T-TAT------GATGCACAT-A-TGCATGG-Tcgtgttaagatcgcctgagatagaaattggcaacaaagatttgctttcattctgcaaatgctcgaccgagcacaagttatgatgcacatatgcatggtgataataattttagcaggggatggtatgtaaagacccccgccgttgctattacaaataaaaagaaaataccggttcattgagggccgagatgcagaagacatgcttgaca
gi|9 : tattcatctattattgtaaacagtgtaggtatattctttagaggtgtcagtcggtagtgttttacttcgagaaattgtatgtacatttactgaagaaaaattgttgaaaactccacatttggattatgttcaatttgtgtttgtaatgaacgtgttaagatcgccAT-A--------TGCAT-GGTGA-TAATAATTTTAGCAGGGG---ATGGTAT-G-TA--AAGA-CC-C--CC-GC-CGTTGCTA--T---TACA------AA-TAAAAAGAA---A-AT-A-CCG-GTTCATTGA----GG-----GCCGA---G-ATGCAGAAGACATGCTTGACA-----------gataataattttagcaggggatggtatgtaaagacccccgccgttgctattacaaataaaaagaaaataccggttcattgagggccgagatgcagaagacatgcttgaca
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): CCAGCCCAATCCTTTAAATTGGCTAAATAGTGACTAATAAAACAGAACAGCCTTGGAACAGCACATGTATAGTAAAAGAAAAAAGGATTGCGCAATGCTGAAGAAATCTAATAATTATGTTCGTAAAGTGACTTTCAATTCGACATCATATTGCTTACAAAGTTGAACAATTTGAACTT
Unaligned ( gi|28 ): GGTAGGTAGCAGTTAACAGAACAGCCAAAATGCACAGCTTATACATGTATGACATCGTAAAAGAAACGAGTCCATAATCTAAAAAAAAGATTAATAATCCAACTCTTGAATGGA
Unaligned ( gi|29 ): TCAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTATTAGAGGATTGAAACGTAAATATAA
Unaligned ( gi|30 ): AAAATTCCCGCCTAATCCTTTGAGTGAGTTGCTATTAAAAATAGCCAAAAAAGAACACTTAATGTAAAGCCATATATGTTAAGAAAAACGTACTCATG
Unaligned ( gi|31 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTATAATTTCAAATAGCAAATGTAA
Unaligned ( gi|33 ): TAACAAAATTGTACAATTTGAACTGTAAACATTTAATTTGTTTTTATATTCATCTATAATGATTGTAAACAGTGTAGGTATAATTTTTG
Unaligned ( gi|37 ): AATAATCCAACTCTTGAATGAATTGCCAATTAAATATCATGAACAAATAATTAAGTTGTACAATCTGAACTGTAAA
Alignments
lowQualScore : 444444444444444444444 1111111 3333333333 1111111 11111111 3333333333333 111111 111111111111111 11111111 44444444444444 6666666666666666666666666666666 1111 111111 11
lowQualScore : 33 2 33 444 2 33 0 777777 33 0 2 2 777777777777 55 33 33 444 2 2 2 7 9999999 7777777 0 0 33 2 2 777777 5 2 2 222222222222222222222 33 444 5 3333333 2 444 1111111111 444 2 5555 0 33 33 2 2222222 33 11111111 2 66666 33 8888888 33 666666 0 11 1111111111111 1 2 0 5555 5 66 33 111111 2 2 666666666666666 2 0 444 0 444 33 2 2 55 2 2 666666 666666 88888888 777 4444 2 44 4 4444 55555 555 2 22222222222222 4 7777777777777777777777777777777 11 5 5555 3 666666 22 3 5 1
lowQualScore : .. . .. ... . .. . ...... .. . . . ............ .. .. .. ... . . . . ....... ....... . . .. . . ...... . . . ..................... .. ... . ....... . ... .......... ... . .... . .. .. . ....... .. ........ . ..... .. ....... .. ...... . .. ............. . . . .... . .. .. ...... . . ............... . . ... . ... .. . . .. . . ...... ...... ........ ... .... . .. . .... ..... ... . .............. . ............................... .. . .... . ...... .. . . .
lowQualScore : 44 5 22 111 5 44 3 222222 44 1 4 4 888888888888 66 22 22 555 4 4 4 1 2222222 2222222 1 2 99 9 9 777777 3 7 5 555555555555555555555 44 444 0 4444444 5 444 1111111111 777 7 7777 1 77 77 7 3333333 44 66666666 5 22222 77 7777777 77 999999 5 22 8888888888888 9 5 4 3333 9 99 44 333333 2 4 888888888888888 4 2 111 7 333 11 2 2 33 2 2 444444 444444 22222222 444 7777 0 22 0 2222 33333 888 1 44444444444444 0 1111111111111111111111111111111 22 0 5555 7 444444 77 0 7 0
consensus : NGTGTCAGTCG--GCCA-TGTTT--TCACTT---CGAGAAATTGAA-A--GTACATTTA------C--TGAA-AG-AA-------AAA--TTG--T--TGA--AAAA--TC-CCACATTTGG-A-TT-ATTTT---C---TTG-------TGTTTGGAAGGAAATTTTAA--CCACA-TTAGAGG-T------AA-GATCAACT-TCTCTAGG-CATCG---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------TTTA-TG---TTGTCT-----G-TGAGAT---GG-AAA----TTG--GCA--A-C-------AAAGATTTG--TTTT--------CATTCT-G-----CAAA--CGCT-------CG--GCCGAGCACAAG--TCTGTAAT---AAT-A-T-G-ATAG-TAGGGTTCTA----TACCAT--ACC--AC-C-CC-CTAAT-A--------TG----GGTGA-TAATAATTTTAGTAGGGG---ATGGTAT-G-TA--TAGA-CC-C--CC-AC-TGTTATTA--T---TACA------GA-C------AA---A-TT-A-CCG-GTTC-CTGT----GG-----GCCGA---G-ATGCAGACGACATGCTCGACA-----------GT-GTTCA-TACGCTTAACAGAC------------GT--C-TCGCTAGTTATA-AGCAAATATCGTN-AAAAATTTC------TAATGCTTTTTANTAAGGG-ATTAAANAGTAAATG
Reference ( family-1584 ) : NGTGTCAGTCG--GCCA-TGTTT--TCACTT---CGAGAAATTGAA-A--GTACATTTA------C--TGAA-AG-AA-------AAA--TTG--T--TGA--AAAA--TC-CCACATTTGG-A-TT-ATTTT---C---TTG-------TGTTTGGAAGGAAATTTTAA--CCACA-TTAGAGG-T------AA-GATCAACT-TCTCTAGG-CATCG---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------TTTA-TG---TTGTCT-----G-TGAGAT---GG-AAA----TTG--GCA--A-C-------AAAGATTTG--TTTT--------CATTCT-G-----CAAA--CGCT-------CG--GCCGAGCACAAG--TCTGTAAT---AAT-A-T-G-ATAG-TAGGGTTCTA----TACCAT--ACC--AC-C-CC-CTAAT-A--------TG----GGTGA-TAATAATTTTAGTAGGGG---ATGGTAT-G-TA--TAGA-CC-C--CC-AC-TGTTATTA--T---TACA------GA-C------AA---A-TT-A-CCG-GTTC-CTGT----GG-----GCCGA---G-ATGCAGACGACATGCTCGACA-----------GT-GTTCA-TACGCTTAACAGAC------------GT--C-TCGCTAGTTATA-AGCAAATATCGTN-AAAAATTTC------TAATGCTTTTTANTAAGGG-ATTAAANAGTAAATG
gi|1 : TCAGTCG--GCCA-TGTTG--TCACTT---CCAGAAATTGAA-A--GTACATTTAGGCCTAC--TGAA-CG-AATTTTTTT-----TTT--T--TGA--AAAA--TT-CCGCATATTC-A-TT-ATTTT---G---CTA-------TATTTGTTTTCTAACATTGA--CCACA-TTAGAGG-T------GA-GATCAACT-TCTCTAGA-CATCG---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------GTTA-TG---TTGTC--------TGAGAC---GG-AAA----CGA--GCA--A-CAAAATTTAAAGATTTG--TTGT--------CATTCT-G-----CAAA--CGTT-------CG--G-------CAA-------TAAT---AAT-ATT-A-ATAG-TAGAGGTCTA----CACCAT--ACC--AT-C-CC-CTAATAA--------GG----GGTAA-TGATAATTTTATTAACTG---GTGATAT-G--A--TAGAGAC-C--AT-AC-TATTGTAA--T---TACA------GA-TA-----AA---A-CT-A-CCA-GTTT-TTGTGGGGGG-----GGGGG---G-ATGCAGACTATATGCTCGACA-----------GT-GTTCA-TACGCTTAACAGAC------------GT--C-TTACCACTTATA-AACAAATATCATG-AAAACTTTT------TAATG-TTTTTATTAAAGG-GTTGAAAAGTAAATG
gi|10 : tatgctgaaaaagattaataaatgaattcttgaattgattgtcaattaaacatcataaatatcaaattagtaacaaagttgtactatctgaactttaatcaggcatttatccaatgctataaattaacagcttagaccggtataatctTCA--GCCA-TGTTG--TTACTT---CGAGAAATTGAA-A--GTACAGT-----------------G-AA-------AAA--TGA--T--T-----AAA--CC-CTGCATTTGG-A-TT-AATTT---C---TTA-------TGTTTGTTTGGTAATATTAA--CTACA-TTAGAGG-T------AAGGATCAAGG-TCTCTAGG-CATCG---------------------TA--TG---AGGTG-AA-------TTTA-TG---CTG--A-----G-TGAGAC---GG-GAA----TGG--GCA--A-C-------CAAGTTTTG--TTCT--------CATTCT-G-----CAGACGCGCTAGACGTACG--GCCTAGCACAGGAATCGGTCAT---------T-T-ATAG-TAGGGATCTA----TGCCAT--ATC--AC-C-CC-CTGAT-A------------------A-TAATGATTTTAGTAGGTG----TGCTATGG-TA--TTGA-CC-C--CT-GC-TG---TTA--T---TGCA------GA-C------AA---A----------ATTC-CTGT----GA-----GCCGA---G-ATGCAGA
gi|11 : aGTCTCAGT-G--GTCA-TGGTT--TCACTT---CGAGAAA-----------------A------C--TGAA-AG-AA-------AGA--TTG--T--TGA--AAAT--TC-CCACATTTGA-A-TT-ATTTT---C---TTG-------TGTTTGGAAGGAAATTTTAA--CCACA-TTAGTAG-T------AA-GATCAACT-TCTCTAGG-CATTG---------------------GA--TT---AGGTG-CA-------TTTA-TG---TCGTC--------TGAGAT---GG-AAA----TTG--ACA--T-C-------AAAGATTTG--TTTC--------CATTCT-T-----CACA--CGCT-------CG--GCCGAGCACAAG--T-----AT---A--------------TAGGGTTCTA----TATCAT--ACC--ACACACT-CTAAT-A--------TG----TGTGA-TAATAATTTCAGTATGGT---ATGGTAT---TA--CAAA--C-C--CC-AC-TG
gi|12 : gtataatcttcaagttagagAGTCA--ACCA-TGTTC--TTACTT---AGAGAAATTGAA-A--GGACATTTA------C--TGAA-AG-AA-------A------G--T--TTT--AAAA--TC-CCACAGTTTG-A-TT-ATT-----C---TTG-------TATTTGGAGGGAATTTTGAA--CCACA-TTACAGA-T------AA-GATCGACT-TCTCCAGG-CAT
gi|13 : gctgaacaagtttaataacccaactcttaattgtattgttaattaaattgtcatgaaacatcaaattattaacgaaagttgtacaatctgagctgtaaacattacattcaaatattttcataaatcattgtaaacagtgtatatagtattacgtaggtaataGTG-CAGTCG--ACCA-TGCTTACTTACCT---CGAGAAATTGGACA--GTCCATTTA------C--T--A-AG-CA-------CAC--TTGAGTAGTGG--AAAA---C-GCTCATTTACTA-TT-ATTTT---C---TTG-------CGCTTGT-TGGAAA-TACAA--CCAAA--TAGAGGTT------AC-AATCATCTATGTCAAG---ATCC---------------------AAGTCA---AAGTG-TATTACAAGTTTATTG---TTGTCT-----G--AAGAA---GGCGGA----CCGAAGCA--A-C-------ACAGAT------------------------------CAAA--CGTT-------CGGCGCCGAGCGCAtt
gi|14 : ttcagatccatctacaatattatagaaccacctaggatatagaatctttga------AA-TATCAACT-TCTCTAGG-CATTT---------------------AA--TG---TGGTG-CA-------TTTA-GT---TTGTC--------TGAGAT---GG-AAA----TTA--GCA--A---------AAAGA-------------------AT--T-G-----CAAA--CGCT-------GG--GCCTAGCACACG--TCTGTAAT---AATGG-T-A-GTAGCTAGAGTTCTA----TATCGT--ACC--ACAC-CC-CT--T-----------------GTGA-TACAGATTTTAGTAGGAG---ATGGTGT-G-CATCTAGA-CC-CGGGC-AC-TGTGATTA--C---TACA------GA-A------AA---A-TT-A-CCG-CTTC-CTGT----GA-----ACCGA---G-ATGCAGACGATATGTTCAACA-----------GT-GTTCG-TACACg
gi|15 : ATTTG--CTTT--------CATTCT-G-----CAAA--TGCT-------CG--ACCGAGCACAAG--TCTGTGAT---AAT-----G-ATAG-TAC--TTATAGTGTTATGAT--GC---AC--------AAT-A--------TGCATGGGTGA-TAATAATTTTAGCAGGGG---GTGGTAT-G-TA--TAGA-CC-C--CC-GC-TGTTGCTA--T---TACAAATAAAGA-G------AA---A-AC-A-CCG-GTTC-ATGA----GG-----GCCGA---G-ATGCAGACGACAT-CT-GACAT----------GTCGTGAA-TACGC-TAACCGAC------------TT--------TAGTTGTA-
gi|16 : CTAAA-CATTG---------------------AA--TG---AGGAGTCA-------TTTA-TG-----GT-------A-TGAGAT---GA-AGG----TTG--GCA--A-C-------AAAGATTTG--CTTT--------TATTCT-G-----CAAA--CGCT-------CG--GCCGAGCACATG--TCTGTAAT---AAT-A-----ATAA-AAGGCTTCAA----TATCGT--ACCATAC-T-CC-ATAAT-A--------TG----GGTGATTGATAATTTTAGTAG-----------------A--AAGA-CCGCG-CC-AC-TGTTACTA--T---TACA------GA-C------AA---A-TT-AGCCG-GTTC-CAGT----AG-----GCCGA---G-ATGCA-ACGATACGttcggtctttgcagttac
gi|17 : TG-------TGTTTGGAAAGAGATTTTGC--CCACC-------G-T------AC-GATAAACT-TCTATAGG-CATCA---------------------AG--TG---AGGTG-CA-------TTGT-TG---GTGTCC-----G-act
gi|17 : AA--CGCT-------CA--ACCGAACACAAG--TCTGTAAT---AAT-----G-ATTG-TAGAGTT-----------AT-------------C-CTAAT-A--------TG----GATGA-TAAT---TTTAATAGTAG---ATGGTAT-A-TA--TAGA-TC-C--TC-AT-TGTTATTA--CCGGTACA------GA-CA-----AA---A-CT-A-CC--GTTC-ATGT----GG-----GCTGA---G-ATGCAGACGAatataacgctcaaccgaacacaagtctgtaataatgattgtagagttatcctaatatggatgataattttaatagtagatggtatatatagatcctcattgttattaccggtacagacaaaactaccgttcatgtgggctgagatgcagacga
gi|18 : tgtgtttggaaagagattttgcccaccgtacgataaacttctataggcatcaagtgaggtgcattgttggtgtccgatatGTGCCAGTCA--GCCA-TGCTG--TCACTT---C-----ATTGAA-A--GTACAACTA------A--TGAA-CG-AA-------GAA--TTG--C--T-A--AAAA--CC-CCGCATTTGG-A-TTAATCCT---CGATCTG-------TGTTT
gi|19 : ttactaagaaagttgtacaatctgatttttaaacaggtaatatcttttcaaatttatctaatcgtaagcagagtaggtataattactatagGTGTCAGTTG--GCCT-TGTTT---CACTA---AATAAAATT-AA-A--GTAAATTTA------TATTGAATAA-AA-------AAA--ATG--T--TGGGGAAAA--TG-CCAATTTTGG-AATT-GTTTT---C---T---------TGTTTGGctttgataatgttgatcaaatcacatcatggggttag
gi|2 : aattatttaagacagtagtacatccgaactttaaatattcatatatttcatattctcttatattatttgtacagcgaaggtatagatctttagagTCAGTCG--GCTT-TGTTT--TCATTT---CGAGAAATTGAA-A--GAAACTTTA------C--TGAA-AG-AA-------AAC--TTG--T--TGA--AAAA--TC-CCACATTAAG-A-TTCATTT--------TTG-------TGTTTGGAAGTAAATTTTAT--CAAAA-TTAGAGG-T------AA-TGTCAACT-TCGATAAG-TATTGCATAACAGAAAAAAAAAAAAAAA--TGAATAGGTGCCA-------TTTA-TG---TTTTCT-----GAGGAAATTAAAG-AAAGTTTTTG--G-AGTA-CCG-----AAAAATTTA--CTTT----------TT-----------------TT-------CG--GC--AGC---AG--TTTTTTTTTA-AAT-ATT-G-ACAG-TTGGGTTCTA----TAACATTCAAC--AC-C-CT-CTTCT-A--------T-----GGTAC-TGATAATTTTAGTACGAG---AGGAT-T-G-TA--TAGA-CC-C--CT-AC-TGTTATT---------CA------GA-T------AAAATA-TG-A-CCGTGT---CTAT----GG-----GCCGA---G-ATGAAGGCGACTTGCTCAACAANNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNN------------NN--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NNNAATCTC------TAATGC--TTTAGTAAGGGTATTAAAGAGTAAATGtaatacttgg
gi|20 : cgcattgtaaatcaaatagtctctagataatc---------------------AA--TG---AGGTG-TA-------TATA-TG---TTGCCT-----G---ACAT---AG-AAA----TTT--GCA--A-C-------AAAGATT-G--TTTTATTGCAGTTATTCT-G-----CAAA--CGCA-------AG--GC-GAGCACA------TGTAAT-----------G-ACTG-TAGGGT--TA----TA---T--ACC--------------------------------------------TTTGTTAGGGA---ACTGTAT-G-CA--TATA-TT-C--TC-AC-TGTTAATA--A---TATA------GA-CA-----AA---A-GT-A-ATG-GTAC-CTGC----AA-----GACGA---G-ATGCATATGACATGCTAGACA-----------
gi|21 : A-TACTAATCTTAGTATAGG---ACAGTAC-G-TG--CAGA-CC-G--AT-AC-TATTGTTA--A---TACA------GGGT------AA---A-GT-A-CGG-GGTC-CTGG----TG-----GCCGA---G-ATGCAGATGAAATGCACAACA-----------GT-GTTCA-TACGCTTGAAAGATTTAAATGATTTGGT--CATTG-TAGTTATC-AGAAAATATC------AAATCTCTTAGAATAATGCTTTTTATTGAAGG-TGTAAA
gi|22 : aTGGTAC-G-TA--TCGA-CC-C--CC-AC-TGTTATTA--T---TACG------CA-C------AC---A-CTCA-CCT-GTTC-CTGT----GG-----GCCGA---G-ATGCAGACGACATGCTCGACttta
gi|22 : -AAAAAT--C------AAATACTTTTTATCAAGGG-ATTGAACAGTAAATtcgacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaatcaaatactttttatcaagggattgaacagtaaata
gi|24 : tggtacgtatcgacccccactgttattattacgcacacactcacctgttcctgtgggccgagatgcagacgacatgctcgactcgacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaCAGT-G--GACA-TGCTG--CCACTT---CAAGAAATCGAA-A--GTACA-------------------------------AA--TTG--T--TGA--AAAA--TC-CTACATTTGG-A-GA-GATTT---C---TTG-------TGTTTGa
gi|25 : attgtaaacagcgtaggtatacaaccactacagtataaggGTGTCAGTCG--GCCA-TGTTT--TTACTT---CGAGAAAtttggtaatattacactgtgactacattctcggggtatc
gi|26 : taaatgaaatatcatagaaacatcaaattagtaacaaaagttgcacattctgaactataaaaattcaaaccttttcatattcctctattagtgcaagcagtgtaggtataatctttaagTT--TTACTT---CGAAGAAATGTA-T--GTTAATTTA------C--TGAA-AGAAA-------AAA--TTGT-T--TGA--AAAAACTC-CAACATTTGA-T-TT-ATGTCAAAT---TTG-------TGTTTGGgt
gi|27 : attatttaaacgagtgtagtatattctttagagttttcattcgtagtggg-AG-CA-------AAA--TTG--T--TGA--AAAA--TC-CCATATTCGG-A-TT-ATTTT---C---TTG-------TTTTTGGAAGAAAAATTTAA--CCGCGTTTAGAGG-T------AA-GATCAAAT-TCTCTAGA-CATCT---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------TTTA-TG---TTGTCT-----G-
gi|3 : TCAGTCG--GCTT-TGTTT--TCATTT---CGAGAAATTGAA-A--GAACATTTA------C--TGAA-AG-AA-------AAC--TTG--T--TGA--AAA---TC-CCACATTAAG-A-TTCATTTT-------TTG-------TGTTTGGAAGTAAATTTTAT--CAAAA-TTAGAGG-T------AA-GGTCAACT-TCGATAAG-TATTGCATAACAGAAAAAAAAAAAAGAA--TA---AGGTG-CA-------TTTA-TG---TTTTCT-----G---AGAT---AG-AAA----TTG--AGT--A-C-------GAAAATTTA--TTTT--------T-------------------GTT-------CG--GCCAAGCA---G--TTTTTTTTTTAAAT-A-TTG-ACAG-TTGGGTTCTA----TAACATTCAAC--AC-C-CT-CTTCT-A--------TG----GGTAC-TGATAATTTTAGTACGGG---ATGGATT-G-TA--TAGA-CC-C--CCTAC-TGTTATT---------CA------GA-T------AAAATA-TG-A-CCG-GTTG-CTAT----GG-----GCCGA---G-ATGAAGGCGACTTGCTCAACAANNNNNNNNN-NN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNN------------NN--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NNNAAATTC------TAATGC-TTTTAGTAAGGG-ATTAAAGAGa
gi|32 : attgtaaatcaaatagtctctaggatatc------AA---A-TT-A-ACG-GTTG-CTGA----AG-----GTCGA---G-ATGCAGATGACATGCTCGACA------------T-GTTCA-TACGCCC------C------------GTGAT-TCGGTAGTTATA-AGCAAAAATC
gi|34 : aC-CTAAT-A--------TG----GATGA-CCATAATTTTAGTAGGTG---ATGCCTC-T-TA--TAGA-AC-C--TT-AC-TGTTATTATTT---TTTA------GA--------AA---A-TT-A-CC--GTTCACTGT----a
gi|35 : AATGATTTTATTAGGGGTAAATGGTAT-GGTA--TTGA-CC-C--TT-A----TTATTA--T---TACA------AA-CA-----AA---A-TT-A-CC---------AT----GG-----ACCGA---G-ATACAGACa
gi|36 : taa-T-A-ATAG-TAAGGGCCTA----TACCAT--ATC--AC-C-AC-CTTAT-ATAAACACTTG----GGTGA-TA
gi|38 : ggagttggtG--TCTATACT---GAT-A-T-TCATAG-TAGAGGTGTA----TACCAA--ACC--AC-A-CC-CTAAT-A--------tggtcgatactcccaccatta
gi|39 : atcctgtaatttt-TT-A-CCG-GTTC-CTGT----GG-----GCCGA---A-ATGCAACCGACATGTTAGAAA-----------GG-GTCCC-TACGCa
gi|4 : GTGTCAGTCG--GCCA-TGATT--TCACTT---CGAGAAAGTGAA-A--GTAC-TTTG------C--TGAA-AG-AA-------AAA--TTG--T--TGA--AAAA--TC-CCTGATTTAG-A-TT-ATTTT---C---TTG-------TGTTTGGAATAAAATTTTAA--CCATA-TAAGAGG-T------AAAGATCAATT-TCTTTAGT-CATCA---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------GGTA-TG---TTGTTTTAGAAGCTTAGAA---GG-AAA----TTG--GCA--G-C-------AAAGATTTG--TTTT--------CATTTT-G-----CAAA--CGCT-------CG--GCCGATCACAGG--TGTGTAAT---GAT-ACT-G-ATCG-TAGGCTTCTA----TAACAT--TCT--AC-C-AT-CTAAT-A--------TA----GGTGA-TAATAGTTTTTGTAGGGG---GTGGTAT-G-TA--TATA-CT-C--CC-AT-TGTTATTA--T---TACA------GA-C------AA---A-TT-A-CCA-AATC-CTGT----GT-----GCCGA---G-ATGCAGACGACATGTTCAACANNNNN------NN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNN------------NN--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNTT------TAATACTTTTTGATAAGGG-ATTAAACAGTAAATGc
gi|40 : t---TACT------GA-C------AA---AATT-A-CTG-GTTC-CTGT----GG-----ACTGA---G-CAGCAGACGACACGCTCt
gi|5 : AATTTTAT--CCACA-TTAGATT-T------AA-GATCTATT----CTAGG-CATCA---------------------AA--TG---AAGTG-CAAAAA---TTTA-TG---TTGTCT-----G---GGAT---GG-AAC----TAG--GCA--A-C-------AAAGATTTG--TTTT--------CAATCT-G-----CAa
gi|6 : attcccgcctaatcctttgagtagcttgcaatgaacagaacagtcaaaacgaactgcatatgcaatgttatgtataagaaaagagtgctagtgctgaaaacggttaataatcctactcttgcatggattgccaaataaatatcaaaaatatcaaattatcaacaaagttgtacaatctgaactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGTCAGTCGCGGCCAATGGTT--TCCCTTTTCCGAGAAATTGAA-AAGGTACATTTA------C--TGAA-AC-AA-------A----CTG--C--TGA--AAA----CACCAC-TTTG--A-TT-ATTTT---C---TTG-------TGTTTGGAATGAAAGTTTAAACCCACA-TCATAGA-T------AA-GAT-AACC-TCTCTCGGCCATCC---------------------AA--TG---AGATG-AA-------TTTG----------------------------------------G--GCA--ATC-------CAAAATTTGCTTTTC--------CATTCTGG-----CAAA--CGCT-------T---GCCGAACA--------TATA---------A-T-G-CTTG-TATGGTCTTA----TACC----ACC--AC-C-TC-CCAAT-A----------------TGA-TAATAA
gi|6 : catgttcatctactattgtacacagtgtaggttataatcttaaaga---ATGGTCT---TA--TA---CC-A--CC-ACCTCCCAATA--T---GATA-------A-T------AA---A-G--A-CCG-GTTC--TGT----GG-----GCTGAA--G-ATGCAGACGACATGTTCGACA-----------AT-GTTTAATACGC--------C------------AC--C-CAACT--TTATACAGCACATATCGTCCAAAAATTTC------CAATG-------------G-ATTAAACAGTAAagaccggttctgtgggctgaagatgcagacgacatgttcgacaatgtttaatacgccacccaactttatacagcacatatcgtccaaaaatttccaatggattaaacagtaat
gi|7 : catgttcatctactattgtacacagtgtaggttataatcttaaagatgtcagtcgcggccaatggtttcccttttccgagaaattgaaaaggtacatttactgaaacaaactgctgaaaacaccactttgattattttcttgtgtttggaatgaaagtttaaacccacatcatagataagataacctctctcggccatccaatgagatgaatttgggcaatccaaaatttgcttttccattctggcaaacgcttgccgaacatataatgcttgtTCAGTCG--GCTA-TGTTT--TCACTT---CGAGAA---------------TTTA------C-------AC-AA-------ACA--TTG--A--TGA--AAAA--TC-CCACA-----------ATTTT---C---TTAAAAAATATGTTTGGAAGGAAATTTTAA--CCAAA-TTAGAGG-TAAAGGTAA-GATCAACT-CCTCTAGG-CATCG---------------------AA--TG---GGGCG-CA-------TTTA-TG---TTGTT--------CGAGAT---GA-AAA----TTG--GCA--A-T-------AAATAGTTT--TTTT--------CATTCT-GCAATTCAAA--CGTT-------CG--GCCAAGCACAAT--TCTGTAAC---A---A-T-G-ATAG-CAGGGTTCTA----TATCAT--ACC--ACAC-CCACTAAT-A--------TG----GGTGA-TGATAATTTTAGTAGGAG---ATNNNNN-N-NN--NNNN-NN-N--NN-NN-NNNNNNNN--N---NNNN------NN-N------NN---N-NN-N-NNN-NNNN-NNNN----NNNNNNTGCCGACATGCATGCAGACGACATGTTCt
gi|8 : atctattattataaacaatgtaggtatGTGCTAGTCG--GCCA-TGT-------------------ATTGAA-A--GTACAATTA------C--GGAA-TG-AA-------GAACATTG--T--TGA--AAAT--TC-CTTCATTGGG-A-TT-AATTT---C---TTG-------TGTTTGGTTGGTAACATTAA--CCACA-TTAAAAG-T------AT-GATCAACT-TCTCTAGG-CATCG---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------TGTA-CGTAATTGTTT-----T-T--GGC---GG-AAA----TGG--TTA--A-C-------CAAGCTTTG--GTTTA-------CATTCT-G-----C
gi|9 : tatgctaaaaaaaaatgcaattcttgaatagattttcaattagaaatcataaacatcaaattattaaaaagtcgtacaatctggactttcaacagcttacttgtatattttttctctttatctaattgtaaatagcgtaggtataattactataatgtagtgaatcgGTGTCAGTCG--GTAG-TGTTT--T-ACTT---CGAGAAATTGTA-T--GTACATTTA------C--TG-A-AG-AA-------AAA--TTG--T--TGA--AAAC--T--CCACATTTGG-A-TT-ATGTT---CAATTTG-------TGTTTGTAATGAA
gi|9 : tattcatctattattgtaaacagtgtaggtatattctttagag-TGAGAT---AG-AAA----TTG--GCA--A-C-------AAAGATTTG--CTTT--------CATTCT-G-----CAAA--TGCT-------CG--ACCGAGCACAAG--T------------T-A-T-G-AT-G-CA---------------CAT--AT--------------GC-A--------TG-----GTGA-TAATAATTTTAGCAGGGG---ATGGTAT-G-TA--AAGA-CC-C--CC-GC-CGTTGCTA--T---TACA------AA-TAAAAAGAA---A-AT-A-CCG-GTTCATTGA----GG-----GCCGA---G-ATGCAGAAGACATGCTTGACA-----------cgtgttaagatcgcctgagatagaaattggcaacaaagatttgctttcattctgcaaatgctcgaccgagcacaagttatgatgcacatatgcatggtgataataattttagcaggggatggtatgtaaagacccccgccgttgctattacaaataaaaagaaaataccggttcattgagggccgagatgcagaagacatgcttgaca
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): CCAGCCCAATCCTTTAAATTGGCTAAATAGTGACTAATAAAACAGAACAGCCTTGGAACAGCACATGTATAGTAAAAGAAAAAAGGATTGCGCAATGCTGAAGAAATCTAATAATTATGTTCGTAAAGTGACTTTCAATTCGACATCATATTGCTTACAAAGTTGAACAATTTGAACTT
Unaligned ( gi|28 ): GGTAGGTAGCAGTTAACAGAACAGCCAAAATGCACAGCTTATACATGTATGACATCGTAAAAGAAACGAGTCCATAATCTAAAAAAAAGATTAATAATCCAACTCTTGAATGGA
Unaligned ( gi|29 ): TCAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTATTAGAGGATTGAAACGTAAATATAA
Unaligned ( gi|30 ): AAAATTCCCGCCTAATCCTTTGAGTGAGTTGCTATTAAAAATAGCCAAAAAAGAACACTTAATGTAAAGCCATATATGTTAAGAAAAACGTACTCATG
Unaligned ( gi|31 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTATAATTTCAAATAGCAAATGTAA
Unaligned ( gi|33 ): TAACAAAATTGTACAATTTGAACTGTAAACATTTAATTTGTTTTTATATTCATCTATAATGATTGTAAACAGTGTAGGTATAATTTTTG
Unaligned ( gi|37 ): AATAATCCAACTCTTGAATGAATTGCCAATTAAATATCATGAACAAATAATTAAGTTGTACAATCTGAACTGTAAA
Alignments
lowQualScore : 444444444444444444444 1111111 3333333333 1111111 11111111 3333333333333 111111 111111111111111 11111111 44444444444444 6666666666666666666666666666666 1111 111111 11
lowQualScore : 33 2 33 444 2 33 0 777777 33 0 2 2 777777777777 55 33 33 444 2 2 2 7 9999999 7777777 0 0 33 2 2 777777 5 2 2 222222222222222222222 33 444 5 3333333 2 444 1111111111 444 2 5555 0 33 33 2 2222222 33 11111111 2 66666 33 8888888 33 666666 0 11 1111111111111 1 2 0 5555 5 66 33 111111 2 2 666666666666666 2 0 444 0 444 33 2 2 55 2 2 666666 666666 88888888 777 4444 2 44 4 4444 55555 555 2 22222222222222 4 7777777777777777777777777777777 11 5 5555 3 666666 22 3 5 1
lowQualScore : .. . .. ... . .. . ...... .. . . . ............ .. .. .. ... . . . . ....... ....... . . .. . . ...... . . . ..................... .. ... . ....... . ... .......... ... . .... . .. .. . ....... .. ........ . ..... .. ....... .. ...... . .. ............. . . . .... . .. .. ...... . . ............... . . ... . ... .. . . .. . . ...... ...... ........ ... .... . .. . .... ..... ... . .............. . ............................... .. . .... . ...... .. . . .
lowQualScore : 44 5 22 111 5 44 3 222222 44 1 4 4 888888888888 66 22 22 555 4 4 4 1 2222222 2222222 1 2 99 9 9 777777 3 7 5 555555555555555555555 44 444 0 4444444 5 444 1111111111 777 7 7777 1 77 77 7 3333333 44 66666666 5 22222 77 7777777 77 999999 5 22 8888888888888 9 5 4 3333 9 99 44 333333 2 4 888888888888888 4 2 111 7 333 11 2 2 33 2 2 444444 444444 22222222 444 7777 0 22 0 2222 33333 888 1 44444444444444 0 1111111111111111111111111111111 22 0 5555 7 444444 77 0 7 0
consensus : NGTGTCAGTCG--GCCA-TGTTT--TCACTT---CGAGAAATTGAA-A--GTACATTTA------C--TGAA-AG-AA-------AAA--TTG--T--TGA--AAAA--TC-CCACATTTGG-A-TT-ATTTT---C---TTG-------TGTTTGGAAGGAAATTTTAA--CCACA-TTAGAGG-T------AA-GATCAACT-TCTCTAGG-CATCG---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------TTTA-TG---TTGTCT-----G-TGAGAT---GG-AAA----TTG--GCA--A-C-------AAAGATTTG--TTTT--------CATTCT-G-----CAAA--CGCT-------CG--GCCGAGCACAAG--TCTGTAAT---AAT-A-T-G-ATAG-TAGGGTTCTA----TACCAT--ACC--AC-C-CC-CTAAT-A--------TG----GGTGA-TAATAATTTTAGTAGGGG---ATGGTAT-G-TA--TAGA-CC-C--CC-AC-TGTTATTA--T---TACA------GA-C------AA---A-TT-A-CCG-GTTC-CTGT----GG-----GCCGA---G-ATGCAGACGACATGCTCGACA-----------GT-GTTCA-TACGCTTAACAGAC------------GT--C-TCGCTAGTTATA-AGCAAATATCGTN-AAAAATTTC------TAATGCTTTTTANTAAGGG-ATTAAANAGTAAATG
Reference ( family-1584 ) : NGTGTCAGTCG--GCCA-TGTTT--TCACTT---CGAGAAATTGAA-A--GTACATTTA------C--TGAA-AG-AA-------AAA--TTG--T--TGA--AAAA--TC-CCACATTTGG-A-TT-ATTTT---C---TTG-------TGTTTGGAAGGAAATTTTAA--CCACA-TTAGAGG-T------AA-GATCAACT-TCTCTAGG-CATCG---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------TTTA-TG---TTGTCT-----G-TGAGAT---GG-AAA----TTG--GCA--A-C-------AAAGATTTG--TTTT--------CATTCT-G-----CAAA--CGCT-------CG--GCCGAGCACAAG--TCTGTAAT---AAT-A-T-G-ATAG-TAGGGTTCTA----TACCAT--ACC--AC-C-CC-CTAAT-A--------TG----GGTGA-TAATAATTTTAGTAGGGG---ATGGTAT-G-TA--TAGA-CC-C--CC-AC-TGTTATTA--T---TACA------GA-C------AA---A-TT-A-CCG-GTTC-CTGT----GG-----GCCGA---G-ATGCAGACGACATGCTCGACA-----------GT-GTTCA-TACGCTTAACAGAC------------GT--C-TCGCTAGTTATA-AGCAAATATCGTN-AAAAATTTC------TAATGCTTTTTANTAAGGG-ATTAAANAGTAAATG
gi|1 : TCAGTCG--GCCA-TGTTG--TCACTT---CCAGAAATTGAA-A--GTACATTTAGGCCTAC--TGAA-CG-AATTTTTTT-----TTT--T--TGA--AAAA--TT-CCGCATATTC-A-TT-ATTTT---G---CTA-------TATTTGTTTTCTAACATTGA--CCACA-TTAGAGG-T------GA-GATCAACT-TCTCTAGA-CATCG---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------GTTA-TG---TTGTC--------TGAGAC---GG-AAA----CGA--GCA--A-CAAAATTTAAAGATTTG--TTGT--------CATTCT-G-----CAAA--CGTT-------CG--G-------CAA-------TAAT---AAT-ATT-A-ATAG-TAGAGGTCTA----CACCAT--ACC--AT-C-CC-CTAATAA--------GG----GGTAA-TGATAATTTTATTAACTG---GTGATAT-G--A--TAGAGAC-C--AT-AC-TATTGTAA--T---TACA------GA-TA-----AA---A-CT-A-CCA-GTTT-TTGTGGGGGG-----GGGGG---G-ATGCAGACTATATGCTCGACA-----------GT-GTTCA-TACGCTTAACAGAC------------GT--C-TTACCACTTATA-AACAAATATCATG-AAAACTTTT------TAATG-TTTTTATTAAAGG-GTTGAAAAGTAAATG
gi|10 : tatgctgaaaaagattaataaatgaattcttgaattgattgtcaattaaacatcataaatatcaaattagtaacaaagttgtactatctgaactttaatcaggcatttatccaatgctataaattaacagcttagaccggtataatctTCA--GCCA-TGTTG--TTACTT---CGAGAAATTGAA-A--GTACAGT-----------------G-AA-------AAA--TGA--T--T-----AAA--CC-CTGCATTTGG-A-TT-AATTT---C---TTA-------TGTTTGTTTGGTAATATTAA--CTACA-TTAGAGG-T------AAGGATCAAGG-TCTCTAGG-CATCG---------------------TA--TG---AGGTG-AA-------TTTA-TG---CTG--A-----G-TGAGAC---GG-GAA----TGG--GCA--A-C-------CAAGTTTTG--TTCT--------CATTCT-G-----CAGACGCGCTAGACGTACG--GCCTAGCACAGGAATCGGTCAT---------T-T-ATAG-TAGGGATCTA----TGCCAT--ATC--AC-C-CC-CTGAT-A------------------A-TAATGATTTTAGTAGGTG----TGCTATGG-TA--TTGA-CC-C--CT-GC-TG---TTA--T---TGCA------GA-C------AA---A----------ATTC-CTGT----GA-----GCCGA---G-ATGCAGA
gi|11 : aGTCTCAGT-G--GTCA-TGGTT--TCACTT---CGAGAAA-----------------A------C--TGAA-AG-AA-------AGA--TTG--T--TGA--AAAT--TC-CCACATTTGA-A-TT-ATTTT---C---TTG-------TGTTTGGAAGGAAATTTTAA--CCACA-TTAGTAG-T------AA-GATCAACT-TCTCTAGG-CATTG---------------------GA--TT---AGGTG-CA-------TTTA-TG---TCGTC--------TGAGAT---GG-AAA----TTG--ACA--T-C-------AAAGATTTG--TTTC--------CATTCT-T-----CACA--CGCT-------CG--GCCGAGCACAAG--T-----AT---A--------------TAGGGTTCTA----TATCAT--ACC--ACACACT-CTAAT-A--------TG----TGTGA-TAATAATTTCAGTATGGT---ATGGTAT---TA--CAAA--C-C--CC-AC-TG
gi|12 : gtataatcttcaagttagagAGTCA--ACCA-TGTTC--TTACTT---AGAGAAATTGAA-A--GGACATTTA------C--TGAA-AG-AA-------A------G--T--TTT--AAAA--TC-CCACAGTTTG-A-TT-ATT-----C---TTG-------TATTTGGAGGGAATTTTGAA--CCACA-TTACAGA-T------AA-GATCGACT-TCTCCAGG-CAT
gi|13 : gctgaacaagtttaataacccaactcttaattgtattgttaattaaattgtcatgaaacatcaaattattaacgaaagttgtacaatctgagctgtaaacattacattcaaatattttcataaatcattgtaaacagtgtatatagtattacgtaggtaataGTG-CAGTCG--ACCA-TGCTTACTTACCT---CGAGAAATTGGACA--GTCCATTTA------C--T--A-AG-CA-------CAC--TTGAGTAGTGG--AAAA---C-GCTCATTTACTA-TT-ATTTT---C---TTG-------CGCTTGT-TGGAAA-TACAA--CCAAA--TAGAGGTT------AC-AATCATCTATGTCAAG---ATCC---------------------AAGTCA---AAGTG-TATTACAAGTTTATTG---TTGTCT-----G--AAGAA---GGCGGA----CCGAAGCA--A-C-------ACAGAT------------------------------CAAA--CGTT-------CGGCGCCGAGCGCAtt
gi|14 : ttcagatccatctacaatattatagaaccacctaggatatagaatctttga------AA-TATCAACT-TCTCTAGG-CATTT---------------------AA--TG---TGGTG-CA-------TTTA-GT---TTGTC--------TGAGAT---GG-AAA----TTA--GCA--A---------AAAGA-------------------AT--T-G-----CAAA--CGCT-------GG--GCCTAGCACACG--TCTGTAAT---AATGG-T-A-GTAGCTAGAGTTCTA----TATCGT--ACC--ACAC-CC-CT--T-----------------GTGA-TACAGATTTTAGTAGGAG---ATGGTGT-G-CATCTAGA-CC-CGGGC-AC-TGTGATTA--C---TACA------GA-A------AA---A-TT-A-CCG-CTTC-CTGT----GA-----ACCGA---G-ATGCAGACGATATGTTCAACA-----------GT-GTTCG-TACACg
gi|15 : ATTTG--CTTT--------CATTCT-G-----CAAA--TGCT-------CG--ACCGAGCACAAG--TCTGTGAT---AAT-----G-ATAG-TAC--TTATAGTGTTATGAT--GC---AC--------AAT-A--------TGCATGGGTGA-TAATAATTTTAGCAGGGG---GTGGTAT-G-TA--TAGA-CC-C--CC-GC-TGTTGCTA--T---TACAAATAAAGA-G------AA---A-AC-A-CCG-GTTC-ATGA----GG-----GCCGA---G-ATGCAGACGACAT-CT-GACAT----------GTCGTGAA-TACGC-TAACCGAC------------TT--------TAGTTGTA-
gi|16 : CTAAA-CATTG---------------------AA--TG---AGGAGTCA-------TTTA-TG-----GT-------A-TGAGAT---GA-AGG----TTG--GCA--A-C-------AAAGATTTG--CTTT--------TATTCT-G-----CAAA--CGCT-------CG--GCCGAGCACATG--TCTGTAAT---AAT-A-----ATAA-AAGGCTTCAA----TATCGT--ACCATAC-T-CC-ATAAT-A--------TG----GGTGATTGATAATTTTAGTAG-----------------A--AAGA-CCGCG-CC-AC-TGTTACTA--T---TACA------GA-C------AA---A-TT-AGCCG-GTTC-CAGT----AG-----GCCGA---G-ATGCA-ACGATACGttcggtctttgcagttac
gi|17 : TG-------TGTTTGGAAAGAGATTTTGC--CCACC-------G-T------AC-GATAAACT-TCTATAGG-CATCA---------------------AG--TG---AGGTG-CA-------TTGT-TG---GTGTCC-----G-act
gi|17 : AA--CGCT-------CA--ACCGAACACAAG--TCTGTAAT---AAT-----G-ATTG-TAGAGTT-----------AT-------------C-CTAAT-A--------TG----GATGA-TAAT---TTTAATAGTAG---ATGGTAT-A-TA--TAGA-TC-C--TC-AT-TGTTATTA--CCGGTACA------GA-CA-----AA---A-CT-A-CC--GTTC-ATGT----GG-----GCTGA---G-ATGCAGACGAatataacgctcaaccgaacacaagtctgtaataatgattgtagagttatcctaatatggatgataattttaatagtagatggtatatatagatcctcattgttattaccggtacagacaaaactaccgttcatgtgggctgagatgcagacga
gi|18 : tgtgtttggaaagagattttgcccaccgtacgataaacttctataggcatcaagtgaggtgcattgttggtgtccgatatGTGCCAGTCA--GCCA-TGCTG--TCACTT---C-----ATTGAA-A--GTACAACTA------A--TGAA-CG-AA-------GAA--TTG--C--T-A--AAAA--CC-CCGCATTTGG-A-TTAATCCT---CGATCTG-------TGTTT
gi|19 : ttactaagaaagttgtacaatctgatttttaaacaggtaatatcttttcaaatttatctaatcgtaagcagagtaggtataattactatagGTGTCAGTTG--GCCT-TGTTT---CACTA---AATAAAATT-AA-A--GTAAATTTA------TATTGAATAA-AA-------AAA--ATG--T--TGGGGAAAA--TG-CCAATTTTGG-AATT-GTTTT---C---T---------TGTTTGGctttgataatgttgatcaaatcacatcatggggttag
gi|2 : aattatttaagacagtagtacatccgaactttaaatattcatatatttcatattctcttatattatttgtacagcgaaggtatagatctttagagTCAGTCG--GCTT-TGTTT--TCATTT---CGAGAAATTGAA-A--GAAACTTTA------C--TGAA-AG-AA-------AAC--TTG--T--TGA--AAAA--TC-CCACATTAAG-A-TTCATTT--------TTG-------TGTTTGGAAGTAAATTTTAT--CAAAA-TTAGAGG-T------AA-TGTCAACT-TCGATAAG-TATTGCATAACAGAAAAAAAAAAAAAAA--TGAATAGGTGCCA-------TTTA-TG---TTTTCT-----GAGGAAATTAAAG-AAAGTTTTTG--G-AGTA-CCG-----AAAAATTTA--CTTT----------TT-----------------TT-------CG--GC--AGC---AG--TTTTTTTTTA-AAT-ATT-G-ACAG-TTGGGTTCTA----TAACATTCAAC--AC-C-CT-CTTCT-A--------T-----GGTAC-TGATAATTTTAGTACGAG---AGGAT-T-G-TA--TAGA-CC-C--CT-AC-TGTTATT---------CA------GA-T------AAAATA-TG-A-CCGTGT---CTAT----GG-----GCCGA---G-ATGAAGGCGACTTGCTCAACAANNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNN------------NN--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NNNAATCTC------TAATGC--TTTAGTAAGGGTATTAAAGAGTAAATGtaatacttgg
gi|20 : cgcattgtaaatcaaatagtctctagataatc---------------------AA--TG---AGGTG-TA-------TATA-TG---TTGCCT-----G---ACAT---AG-AAA----TTT--GCA--A-C-------AAAGATT-G--TTTTATTGCAGTTATTCT-G-----CAAA--CGCA-------AG--GC-GAGCACA------TGTAAT-----------G-ACTG-TAGGGT--TA----TA---T--ACC--------------------------------------------TTTGTTAGGGA---ACTGTAT-G-CA--TATA-TT-C--TC-AC-TGTTAATA--A---TATA------GA-CA-----AA---A-GT-A-ATG-GTAC-CTGC----AA-----GACGA---G-ATGCATATGACATGCTAGACA-----------
gi|21 : A-TACTAATCTTAGTATAGG---ACAGTAC-G-TG--CAGA-CC-G--AT-AC-TATTGTTA--A---TACA------GGGT------AA---A-GT-A-CGG-GGTC-CTGG----TG-----GCCGA---G-ATGCAGATGAAATGCACAACA-----------GT-GTTCA-TACGCTTGAAAGATTTAAATGATTTGGT--CATTG-TAGTTATC-AGAAAATATC------AAATCTCTTAGAATAATGCTTTTTATTGAAGG-TGTAAA
gi|22 : aTGGTAC-G-TA--TCGA-CC-C--CC-AC-TGTTATTA--T---TACG------CA-C------AC---A-CTCA-CCT-GTTC-CTGT----GG-----GCCGA---G-ATGCAGACGACATGCTCGACttta
gi|22 : -AAAAAT--C------AAATACTTTTTATCAAGGG-ATTGAACAGTAAATtcgacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaatcaaatactttttatcaagggattgaacagtaaata
gi|24 : tggtacgtatcgacccccactgttattattacgcacacactcacctgttcctgtgggccgagatgcagacgacatgctcgactcgacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaCAGT-G--GACA-TGCTG--CCACTT---CAAGAAATCGAA-A--GTACA-------------------------------AA--TTG--T--TGA--AAAA--TC-CTACATTTGG-A-GA-GATTT---C---TTG-------TGTTTGa
gi|25 : attgtaaacagcgtaggtatacaaccactacagtataaggGTGTCAGTCG--GCCA-TGTTT--TTACTT---CGAGAAAtttggtaatattacactgtgactacattctcggggtatc
gi|26 : taaatgaaatatcatagaaacatcaaattagtaacaaaagttgcacattctgaactataaaaattcaaaccttttcatattcctctattagtgcaagcagtgtaggtataatctttaagTT--TTACTT---CGAAGAAATGTA-T--GTTAATTTA------C--TGAA-AGAAA-------AAA--TTGT-T--TGA--AAAAACTC-CAACATTTGA-T-TT-ATGTCAAAT---TTG-------TGTTTGGgt
gi|27 : attatttaaacgagtgtagtatattctttagagttttcattcgtagtggg-AG-CA-------AAA--TTG--T--TGA--AAAA--TC-CCATATTCGG-A-TT-ATTTT---C---TTG-------TTTTTGGAAGAAAAATTTAA--CCGCGTTTAGAGG-T------AA-GATCAAAT-TCTCTAGA-CATCT---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------TTTA-TG---TTGTCT-----G-
gi|3 : TCAGTCG--GCTT-TGTTT--TCATTT---CGAGAAATTGAA-A--GAACATTTA------C--TGAA-AG-AA-------AAC--TTG--T--TGA--AAA---TC-CCACATTAAG-A-TTCATTTT-------TTG-------TGTTTGGAAGTAAATTTTAT--CAAAA-TTAGAGG-T------AA-GGTCAACT-TCGATAAG-TATTGCATAACAGAAAAAAAAAAAAGAA--TA---AGGTG-CA-------TTTA-TG---TTTTCT-----G---AGAT---AG-AAA----TTG--AGT--A-C-------GAAAATTTA--TTTT--------T-------------------GTT-------CG--GCCAAGCA---G--TTTTTTTTTTAAAT-A-TTG-ACAG-TTGGGTTCTA----TAACATTCAAC--AC-C-CT-CTTCT-A--------TG----GGTAC-TGATAATTTTAGTACGGG---ATGGATT-G-TA--TAGA-CC-C--CCTAC-TGTTATT---------CA------GA-T------AAAATA-TG-A-CCG-GTTG-CTAT----GG-----GCCGA---G-ATGAAGGCGACTTGCTCAACAANNNNNNNNN-NN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNN------------NN--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NNNAAATTC------TAATGC-TTTTAGTAAGGG-ATTAAAGAGa
gi|32 : attgtaaatcaaatagtctctaggatatc------AA---A-TT-A-ACG-GTTG-CTGA----AG-----GTCGA---G-ATGCAGATGACATGCTCGACA------------T-GTTCA-TACGCCC------C------------GTGAT-TCGGTAGTTATA-AGCAAAAATC
gi|34 : aC-CTAAT-A--------TG----GATGA-CCATAATTTTAGTAGGTG---ATGCCTC-T-TA--TAGA-AC-C--TT-AC-TGTTATTATTT---TTTA------GA--------AA---A-TT-A-CC--GTTCACTGT----a
gi|35 : AATGATTTTATTAGGGGTAAATGGTAT-GGTA--TTGA-CC-C--TT-A----TTATTA--T---TACA------AA-CA-----AA---A-TT-A-CC---------AT----GG-----ACCGA---G-ATACAGACa
gi|36 : taa-T-A-ATAG-TAAGGGCCTA----TACCAT--ATC--AC-C-AC-CTTAT-ATAAACACTTG----GGTGA-TA
gi|38 : ggagttggtG--TCTATACT---GAT-A-T-TCATAG-TAGAGGTGTA----TACCAA--ACC--AC-A-CC-CTAAT-A--------tggtcgatactcccaccatta
gi|39 : atcctgtaatttt-TT-A-CCG-GTTC-CTGT----GG-----GCCGA---A-ATGCAACCGACATGTTAGAAA-----------GG-GTCCC-TACGCa
gi|4 : GTGTCAGTCG--GCCA-TGATT--TCACTT---CGAGAAAGTGAA-A--GTAC-TTTG------C--TGAA-AG-AA-------AAA--TTG--T--TGA--AAAA--TC-CCTGATTTAG-A-TT-ATTTT---C---TTG-------TGTTTGGAATAAAATTTTAA--CCATA-TAAGAGG-T------AAAGATCAATT-TCTTTAGT-CATCA---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------GGTA-TG---TTGTTTTAGAAGCTTAGAA---GG-AAA----TTG--GCA--G-C-------AAAGATTTG--TTTT--------CATTTT-G-----CAAA--CGCT-------CG--GCCGATCACAGG--TGTGTAAT---GAT-ACT-G-ATCG-TAGGCTTCTA----TAACAT--TCT--AC-C-AT-CTAAT-A--------TA----GGTGA-TAATAGTTTTTGTAGGGG---GTGGTAT-G-TA--TATA-CT-C--CC-AT-TGTTATTA--T---TACA------GA-C------AA---A-TT-A-CCA-AATC-CTGT----GT-----GCCGA---G-ATGCAGACGACATGTTCAACANNNNN------NN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNN------------NN--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNTT------TAATACTTTTTGATAAGGG-ATTAAACAGTAAATGc
gi|40 : t---TACT------GA-C------AA---AATT-A-CTG-GTTC-CTGT----GG-----ACTGA---G-CAGCAGACGACACGCTCt
gi|5 : AATTTTAT--CCACA-TTAGATT-T------AA-GATCTATT----CTAGG-CATCA---------------------AA--TG---AAGTG-CAAAAA---TTTA-TG---TTGTCT-----G---GGAT---GG-AAC----TAG--GCA--A-C-------AAAGATTTG--TTTT--------CAATCT-G-----CAa
gi|6 : attcccgcctaatcctttgagtagcttgcaatgaacagaacagtcaaaacgaactgcatatgcaatgttatgtataagaaaagagtgctagtgctgaaaacggttaataatcctactcttgcatggattgccaaataaatatcaaaaatatcaaattatcaacaaagttgtacaatctgaactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGTCAGTCGCGGCCAATGGTT--TCCCTTTTCCGAGAAATTGAA-AAGGTACATTTA------C--TGAA-AC-AA-------A----CTG--C--TGA--AAA----CACCAC-TTTG--A-TT-ATTTT---C---TTG-------TGTTTGGAATGAAAGTTTAAACCCACA-TCATAGA-T------AA-GAT-AACC-TCTCTCGGCCATCC---------------------AA--TG---AGATG-AA-------TTTG----------------------------------------G--GCA--ATC-------CAAAATTTGCTTTTC--------CATTCTGG-----CAAA--CGCT-------T---GCCGAACA--------TATA---------A-T-G-CTTG-TATGGTCTTA----TACC----ACC--AC-C-TC-CCAAT-A----------------TGA-TAATAA
gi|6 : catgttcatctactattgtacacagtgtaggttataatcttaaaga---ATGGTCT---TA--TA---CC-A--CC-ACCTCCCAATA--T---GATA-------A-T------AA---A-G--A-CCG-GTTC--TGT----GG-----GCTGAA--G-ATGCAGACGACATGTTCGACA-----------AT-GTTTAATACGC--------C------------AC--C-CAACT--TTATACAGCACATATCGTCCAAAAATTTC------CAATG-------------G-ATTAAACAGTAAagaccggttctgtgggctgaagatgcagacgacatgttcgacaatgtttaatacgccacccaactttatacagcacatatcgtccaaaaatttccaatggattaaacagtaat
gi|7 : catgttcatctactattgtacacagtgtaggttataatcttaaagatgtcagtcgcggccaatggtttcccttttccgagaaattgaaaaggtacatttactgaaacaaactgctgaaaacaccactttgattattttcttgtgtttggaatgaaagtttaaacccacatcatagataagataacctctctcggccatccaatgagatgaatttgggcaatccaaaatttgcttttccattctggcaaacgcttgccgaacatataatgcttgtTCAGTCG--GCTA-TGTTT--TCACTT---CGAGAA---------------TTTA------C-------AC-AA-------ACA--TTG--A--TGA--AAAA--TC-CCACA-----------ATTTT---C---TTAAAAAATATGTTTGGAAGGAAATTTTAA--CCAAA-TTAGAGG-TAAAGGTAA-GATCAACT-CCTCTAGG-CATCG---------------------AA--TG---GGGCG-CA-------TTTA-TG---TTGTT--------CGAGAT---GA-AAA----TTG--GCA--A-T-------AAATAGTTT--TTTT--------CATTCT-GCAATTCAAA--CGTT-------CG--GCCAAGCACAAT--TCTGTAAC---A---A-T-G-ATAG-CAGGGTTCTA----TATCAT--ACC--ACAC-CCACTAAT-A--------TG----GGTGA-TGATAATTTTAGTAGGAG---ATNNNNN-N-NN--NNNN-NN-N--NN-NN-NNNNNNNN--N---NNNN------NN-N------NN---N-NN-N-NNN-NNNN-NNNN----NNNNNNTGCCGACATGCATGCAGACGACATGTTCt
gi|8 : atctattattataaacaatgtaggtatGTGCTAGTCG--GCCA-TGT-------------------ATTGAA-A--GTACAATTA------C--GGAA-TG-AA-------GAACATTG--T--TGA--AAAT--TC-CTTCATTGGG-A-TT-AATTT---C---TTG-------TGTTTGGTTGGTAACATTAA--CCACA-TTAAAAG-T------AT-GATCAACT-TCTCTAGG-CATCG---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------TGTA-CGTAATTGTTT-----T-T--GGC---GG-AAA----TGG--TTA--A-C-------CAAGCTTTG--GTTTA-------CATTCT-G-----C
gi|9 : tatgctaaaaaaaaatgcaattcttgaatagattttcaattagaaatcataaacatcaaattattaaaaagtcgtacaatctggactttcaacagcttacttgtatattttttctctttatctaattgtaaatagcgtaggtataattactataatgtagtgaatcgGTGTCAGTCG--GTAG-TGTTT--T-ACTT---CGAGAAATTGTA-T--GTACATTTA------C--TG-A-AG-AA-------AAA--TTG--T--TGA--AAAC--T--CCACATTTGG-A-TT-ATGTT---CAATTTG-------TGTTTGTAATGAA
gi|9 : tattcatctattattgtaaacagtgtaggtatattctttagag-TGAGAT---AG-AAA----TTG--GCA--A-C-------AAAGATTTG--CTTT--------CATTCT-G-----CAAA--TGCT-------CG--ACCGAGCACAAG--T------------T-A-T-G-AT-G-CA---------------CAT--AT--------------GC-A--------TG-----GTGA-TAATAATTTTAGCAGGGG---ATGGTAT-G-TA--AAGA-CC-C--CC-GC-CGTTGCTA--T---TACA------AA-TAAAAAGAA---A-AT-A-CCG-GTTCATTGA----GG-----GCCGA---G-ATGCAGAAGACATGCTTGACA-----------cgtgttaagatcgcctgagatagaaattggcaacaaagatttgctttcattctgcaaatgctcgaccgagcacaagttatgatgcacatatgcatggtgataataattttagcaggggatggtatgtaaagacccccgccgttgctattacaaataaaaagaaaataccggttcattgagggccgagatgcagaagacatgcttgaca
blockSeqs : CG A AC TTC C AG . AT T A GAACA AG AG GG AAC A T A A CGAT AAAAATA AC T T AAAGGT G A C CATAACAGAAAAAAAAAAAAA GT AAT T TTACAAG T TAA TTAGAAGCTT TAA C GTTT AA GT T CG CT ATTGCAGT G CAATT CG AGACGTA GC GGAATC CA TTAAATATTG A C GTGT C TC AT ACACT G . TAAACACTTGG T TAA GG TC . G GG T C CCGG AATAAA TAAAAAG AAT CTC G GT A . NNNNT CAT C ANNNNNNNNNNNN A TTGAAAGATTTAAATGATTTGGTCATTG AG C GTCC C TTAGAA CT G T G
blockSeqs : . . . . . . . . . . AAA T . . A . . . C AAAT . . . . . A . . CATAACAGAAAAAAAAAAAAG . . C AAAA . . TGAGG . . . . . . . . A . . . . . CGTC AA TAAATATTG A . . T TC . ACCCA A . TGCATGG . . GG . . . G . . TTT . CA AAT ATT . G A . . A . ANNNNNNNNNNN . NNNNNNNNNNNNNNNN NN . NNN C . CT T . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . AGA . . . T . . . C CAAT . . . . . . . . . . . . . . . AGTG . . . . . . . . . . . . . . AGTC GA AATGGTA A . . T . . ACCC A . TGT . . G . . . . . . T . CA . TT . G . . . . . NNNNNNN . NNNNNNNNNNNNNNNN AG . NNN T . CT T . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . CAC . . . A . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . TGA . . . . . . . . . . . . . . TGTC AA GATATTC A . . T . . CCC A . TGG . . G . . . . . . C . GT . AC . G . . . . . TGTC . NNNNNNNNNNNNNNNN NN . NNN N . C G . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . GAA . . . A . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . ATG . . . . . . . . . . . . . . AGTC AA GATACTG T . . T . . TCC A . TGG . . A . . . . . . T . CA . TT . G . . . . . GT . CCCGTGATTCGG AG . . T . C A . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . AAA . . . A . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . TTT . . . . . . . . . . . . . . AGTT TT AATG A . . A . . CCT T . TGG . . G . . . . . . T . C . CT . G . . . . . GT . TAACCGACTT NN . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AAC . . . A . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . TG . . . . . . . . . . . . . . GGTG AA AATA T . . A . . CCT T . TGG . . G . . . . . . A . A . TG . T . . . . . GG . CACCCAAC . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AAA . . . A . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . TG . . . . . . . . . . . . . . ATTC TT AATG A . . C . . CAC A . TAG . . G . . . . . . A . G . GT . G . . . . . AT .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AAA . . . A . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . TG . . . . . . . . . . . . . . AGT AC AATG A . . C . . ACC T . TGG . . G . . . . . . T . C . GT . G . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AAC . . . A . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . TG . . . . . . . . . . . . . . GTT AA TATG A . . A . . CAT A . TG . . G . . . . . . T . T . TG . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AAA . . . A . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . TG . . . . . . . . . . . . . . AGT AA ATG C . . C . . CTC A . TG . . T . . . . . . T . C . TT . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . ACA . . . A . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . CG . . . . . . . . . . . . . . . A TT T . . T . . C A . . . . G . . . . . . T . T . TT . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AAA . . . T . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A A A . . . . . . A . . . . N . . . . . . N . C . TT . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AA . . . C . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . G . . . . . . T . C . TT . N . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . TT . G . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . N . NN . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AT . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : ****** AAA********* ******* AGTC** AATG********* C******* **** CT
originalCons : NGTGTCAGTCG--GCCA-TGTTT--TCACTT---CGAGAAATTGAA-A--GTACATTTA------C--TGAA-AG-AA-------AAA--TTG--T--TGA--AAAA--TC-CCACATTTGG-A-TT-ATTTT---C---TTG-------TGTTTGGAAGGAAATTTTAA--CCACA-TTAGAGG-T------AA-GATCAACT-TCTCTAGG-CATCG---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------TTTA-TG---TTGTCT-----G-TGAGAT---GG-AAA----TTG--GCA--A-C-------AAAGATTTG--TTTT--------CATTCT-G-----CAAA--CGCT-------CG--GCCGAGCACAAG--TCTGTAAT---AAT-A-T-G-ATAG-TAGGGTTCTA----TACCAT--ACC--AC-C-CC-CTAAT-A--------TG----GGTGA-TAATAATTTTAGTAGGGG---ATGGTAT-G-TA--TAGA-CC-C--CC-AC-TGTTATTA--T---TACA------GA-C------AA---A-TT-A-CCG-GTTC-CTGT----GG-----GCCGA---G-ATGCAGACGACATGCTCGACA-----------GT-GTTCA-TACGCTTAACAGAC------------GT--C-TCGCTAGTTATA-AGCAAATATCGTN-AAAAATTTC------TAATGCTTTTTANTAAGGG-ATTAAANAGTAAATG
finalCons : NGTGTCAGTCG--GCCA-TGTTT--TCACTT---CGAGAAATTGAA-A--GTACATTTA------C--TGAA-AG-AAAAA---------TTG--T--TGA--AAAA--TC-CCACATTTGG-A-TT-ATTTT---C---TTG-------TGTTTGGAAGGAAATTTTAA--CCACA-TTAGAGG-T------AA-GATCAACT-TCTCTAGG-CATCG---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------TTTA-TG---TTGTCT-----G-TGAGAT---GG-AAA----TTG--GCA--A-C-------AAAGATTTG--TTTT--------CATTCT-G-----CAAA--CGCT-------CG--GCCGAGCACAAGTC--TGTAATAATG---------ATAG-TAGGGTTCTA----TACCAT--ACC--AC-C-CC-CTAAT-A--------TG----GGTGA-TAATAATTTTAGTAGGGG---ATGGTAT-G-TA--TAGA-CC-C--CC-AC-TGTTATTA--T---TACA------GAC-------AA---A-TT-A-CCG-GTTC-CTGT----GG-----GCCGA---G-ATGCAGACGACATGCTCGACA-----------GT-GTTCA-TACGCTTAACAGAC------------GT--C-TCGCTAGTTATA-AGCAAATATCGTN-AAAAATTTC------TAATGCTTTTTANTAAGGG-ATTAAANAGTAAATG
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): CCAGCCCAATCCTTTAAATTGGCTAAATAGTGACTAATAAAACAGAACAGCCTTGGAACAGCACATGTATAGTAAAAGAAAAAAGGATTGCGCAATGCTGAAGAAATCTAATAATTATGTTCGTAAAGTGACTTTCAATTCGACATCATATTGCTTACAAAGTTGAACAATTTGAACTT
Unaligned ( gi|28 ): GGTAGGTAGCAGTTAACAGAACAGCCAAAATGCACAGCTTATACATGTATGACATCGTAAAAGAAACGAGTCCATAATCTAAAAAAAAGATTAATAATCCAACTCTTGAATGGA
Unaligned ( gi|29 ): TCAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTATTAGAGGATTGAAACGTAAATATAA
Unaligned ( gi|30 ): AAAATTCCCGCCTAATCCTTTGAGTGAGTTGCTATTAAAAATAGCCAAAAAAGAACACTTAATGTAAAGCCATATATGTTAAGAAAAACGTACTCATG
Unaligned ( gi|31 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTATAATTTCAAATAGCAAATGTAA
Unaligned ( gi|33 ): TAACAAAATTGTACAATTTGAACTGTAAACATTTAATTTGTTTTTATATTCATCTATAATGATTGTAAACAGTGTAGGTATAATTTTTG
Unaligned ( gi|37 ): AATAATCCAACTCTTGAATGAATTGCCAATTAAATATCATGAACAAATAATTAAGTTGTACAATCTGAACTGTAAA
Alignments
lowQualScore : 111111 444444444444444444444 1111111 3333333333 11111111 1111111111111111111 111111 111111111111111 11111111 44444444444444 6666666666666666666666666666666 1111 111111 111
lowQualScore : 33 2 33 444 2 33 0 777777 33 0 2 2 88888888888 55 33 33 444 2 2 2 7 9999999 7777777 0 0 33 2 2 333333 2 2 222222222222222222222 33 444 5 3333333 2 444 1111111111 444 2 5555 0 33 33 2 33 8888888 33 11111111 2 66666 33 8888888 33 9999999999999999999 44 444 1 5555 0 5555 5 66 33 111111 2 999999999999999 2 0 444 0 666 33 2 55 2 2 666666 666666 66666666 777 6666 2 44 4 55555 555 6666 22222222222222 4 7777777777777777777777777777777 11 5 5555 3 666666 000 3 5 1
lowQualScore : .. . .. ... . .. . ...... .. . . . ........... .. .. .. ... . . . . ....... ....... . . .. . . ...... . . ..................... .. ... . ....... . ... .......... ... . .... . .. .. . .. ....... .. ........ . ..... .. ....... .. ................... .. ... . .... . .... . .. .. ...... . ............... . . ... . ... .. . .. . . ...... ...... ........ ... .... . .. . ..... ... .... .............. . ............................... .. . .... . ...... ... . . .
lowQualScore : 44 5 22 111 5 44 3 222222 44 1 4 4 44444444444 66 22 22 555 4 4 4 1 2222222 2222222 1 2 99 9 9 000000 7 5 555555555555555555555 44 444 0 4444444 5 444 7777777777 777 7 7777 1 77 77 7 77 7777777 44 66666666 5 77777 77 7777777 77 6666666666666666666 55 444 9 3333 4 3333 9 99 44 333333 2 111111111111111 4 2 111 7 555 11 2 33 2 2 444444 444444 11111111 444 7777 0 22 0 33333 888 6666 44444444444444 0 1111111111111111111111111111111 22 0 5555 7 444444 999 0 7 0
consensus : NGTGTCAGTCG--GCCA-TGTTT--TCACTT---CGAGAAATTGAA-A--GTACATTTA------C--TGAA-AG-AA-------AA--ATTG--T--TGA--AAAA--TC-CCACATTTGG-A-TT-ATTTT---C---TTG-------TGTTTGGAAGGAAATTTTAA--CCACA-TTAGAGG-TAA------GATCAACT-TCTCTAGG-CATCG---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------TTTA-TG---TTGTCT-----G-TGAGAT---GG-AAA----TTG--GCA--A-C--AAA-------GATTTG--TTTT--------CATTCT-GCAA-----A--CGCT-------CG--GCCGAGCACAAG--TCTGT------A---ATAAT---GATAG----TAGGGTTCTA----TACCAT--ACC--AC-C-CC-CTAATA--------TG----GGTGA-TAATAATTTTAGTAGGGG---ATGGTAT-G-TA--TAGACC-C--CC-AC-TGTTATTA--T---TACA------GA-C------AA---A-TT-A-CCG-GTTC-CTGTGG-----GCCGA---G----ATGCAGACGACATGCTCGACA-----------GT-GTTCA-TACGCTTAACAGAC------------GT--C-TCGCTAGTTATA-AGCAAATATCGTN-AAAAATTTC------TAATGCTTTTTANTAAGGG-ATTAAANAGTAAATG
Reference ( family-1584 ) : NGTGTCAGTCG--GCCA-TGTTT--TCACTT---CGAGAAATTGAA-A--GTACATTTA------C--TGAA-AG-AA-------AA--ATTG--T--TGA--AAAA--TC-CCACATTTGG-A-TT-ATTTT---C---TTG-------TGTTTGGAAGGAAATTTTAA--CCACA-TTAGAGG-TAA------GATCAACT-TCTCTAGG-CATCG---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------TTTA-TG---TTGTCT-----G-TGAGAT---GG-AAA----TTG--GCA--A-C--AAA-------GATTTG--TTTT--------CATTCT-GCAA-----A--CGCT-------CG--GCCGAGCACAAG--TCTGT------A---ATAAT---GATAG----TAGGGTTCTA----TACCAT--ACC--AC-C-CC-CTAATA--------TG----GGTGA-TAATAATTTTAGTAGGGG---ATGGTAT-G-TA--TAGACC-C--CC-AC-TGTTATTA--T---TACA------GA-C------AA---A-TT-A-CCG-GTTC-CTGTGG-----GCCGA---G----ATGCAGACGACATGCTCGACA-----------GT-GTTCA-TACGCTTAACAGAC------------GT--C-TCGCTAGTTATA-AGCAAATATCGTN-AAAAATTTC------TAATGCTTTTTANTAAGGG-ATTAAANAGTAAATG
gi|1 : TCAGTCG--GCCA-TGTTG--TCACTT---CCAGAAATTGAA-A--GTACATTTAGGCCTAC--TGAA-CG-AATTTTTTT-----TTT--T--TGA--AAAA--TT-CCGCATATTC-A-TT-ATTTT---G---CTA-------TATTTGTTTTCTAACATTGA--CCACA-TTAGAGG-TGA------GATCAACT-TCTCTAGA-CATCG---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------GTTA-TG---TTGTCT-----G---AGAC---GG-AAA----CGA--GCA--A-C--AAAATTTAAAGATTTG--TTGT--------CATTCT-GCAA-----A--CGTT-------CG--GC--A--ATAA-------T------A---ATATT---AATAG----TAGAGGTCTA----CACCAT--ACC--AT-C-CC-CTAATAA-------GG----GGTAA-TGATAATTTTATTAACTG---GTGATAT-GATA--GAGACC-A--T--AC-TATTGTAA--T---TACA------GA-T------AA---AACT-A-CCA-GTTT-TTGTGG-----GGGGG---GGGGGATGCAGACTATATGCTCGACA-----------GT-GTTCA-TACGCTTAACAGAC------------GT--C-TTACCACTTATA-AACAAATATCATG-AAAACTTTT------TAATG-TTTTTATTAAAGG-GTTGAAAAGTAAATG
gi|10 : tatgctgaaaaagattaataaatgaattcttgaattgattgtcaattaaacatcataaatatcaaattagtaacaaagttgtactatctgaactttaatcaggcatttatccaatgctataaattaacagcttagaccggtataatctTCA--GCCA-TGTTG--TTACTT---CGAGAAATTGAA-A--GTACAGT-----------------G-AA-------AA--ATGA--T--T-----AAA--CC-CTGCATTTGG-A-TT-AATTT---C---TTA-------TGTTTGTTTGGTAATATTAA--CTACA-TTAGAGG-TAAG-----GATCAAGG-TCTCTAGG-CATCG---------------------TA--TG---AGGTG-AA-------TTTA-TG---CTG--A-----G-TGAGAC---GG-GAA----TGG--GCA--A-C--CAA-------GTTTTG--TTCT--------CATTCT-GCAG-----ACGCGCTAGACGTACG--GCCTAGCACAGGAATCGGT------C---AT--T---TATAG----TAGGGATCTA----TGCCAT--ATC--AC-C-CC-CTGATA------------------A-TAATGATTTTAGTAGGTG----TGCTATGG-TA--TTGACC-C--CT-GC-TG---TTA--T---TGCA------GA-C------AA---A----------ATTC-CTGTGA-----GCCGA---G----ATGCAGA
gi|11 : aGTCTCAGT-G--GTCA-TGGTT--TCACTT---CGAGAAA-----------------A------C--TGAA-AG-AA-------AG--ATTG--T--TGA--AAAT--TC-CCACATTTGA-A-TT-ATTTT---C---TTG-------TGTTTGGAAGGAAATTTTAA--CCACA-TTAGTAG-TAA------GATCAACT-TCTCTAGG-CATTG---------------------GA--TT---AGGTG-CA-------TTTA-TG---TCGTC--------TGAGAT---GG-AAA----TTG--ACA--T-C--AAA-------GATTTG--TTTC--------CATTCT-TCAC-----A--CGCT-------CG--GCCGAGCACAAG--T--------------ATA--------------TAGGGTTCTA----TATCAT--ACC--ACACACT-CTAATA--------TG----TGTGA-TAATAATTTCAGTATGGT---ATGGTAT---TA--CAAA-C-C--CC-AC-TG
gi|12 : gtataatcttcaagttagagAGTCA--ACCA-TGTTC--TTACTT---AGAGAAATTGAA-A--GGACATTTA------C--TGAA-AG-AA-------A------G--T--TTT--AAAA--TC-CCACAGTTTG-A-TT-ATT-----C---TTG-------TATTTGGAGGGAATTTTGAA--CCACA-TTACAGA-TAA------GATCGACT-TCTCCAGG-CAT
gi|13 : gctgaacaagtttaataacccaactcttaattgtattgttaattaaattgtcatgaaacatcaaattattaacgaaagttgtacaatctgagctgtaaacattacattcaaatattttcataaatcattgtaaacagtgtatatagtattacgtaggtaataGTG-CAGTCG--ACCA-TGCTTACTTACCT---CGAGAAATTGGACA--GTCCATTTA------C--T--A-AG-CA-------CA--CTTGAGTAGTGG--AAAA---C-GCTCATTTACTA-TT-ATTTT---C---TTG-------CGCTTGT-TGGAAA-TACAA--CCAAA--TAGAGGTTAC------AATCATCTATGTCAAG---ATCC---------------------AAGTCA---AAGTG-TATTACAAGTTTATTG---TTGTCT-----G--AAGAA---GGCGGA----CCGAAGCA--A-C--ACA-------GAT-------------------------CAA-----A--CGTT-------CGGCGCCGAGCGCAtt
gi|14 : ttcagatccatctacaatattatagaaccacctaggatatagaatctttgaAA------TATCAACT-TCTCTAGG-CATTT---------------------AA--TG---TGGTG-CA-------TTTA-GT---TTGTC--------TGAGAT---GG-AAA----TTA--GCA--A----AAA-------GA-------------------AT--T-GCAA-----A--CGCT-------GG--GCCTAGCACACG--TCTGT------A---ATAAT---GGTAGTAGCTAGAGTTCTA----TATCGT--ACC--ACAC-CC-CT--T----------------GTGA-TACAGATTTTAGTAGGAG---ATGGTGT-G-CATCTAGACC-CGGGC-AC-TGTGATTA--C---TACA------GA-A------AA---A-TT-A-CCG-CTTC-CTGTGA-----ACCGA---G----ATGCAGACGATATGTTCAACA-----------GT-GTTCG-TACACg
gi|15 : ATTTG--CTTT--------CATTCT-GCAA-----A--TGCT-------CG--ACCGAGCACAAG--TCTGT------G---ATAAT---GATAG----TAC--TTATAGTGTTATGAT--GC---AC--------AATA--------TGCATGGGTGA-TAATAATTTTAGCAGGGG---GTGGTAT-G-TA--TAGACC-C--CC-GC-TGTTGCTA--T---TACAAATAAAGA-G------AA---A-AC-A-CCG-GTTC-ATGAGG-----GCCGA---G----ATGCAGACGACAT-CT-GACAT----------GTCGTGAA-TACGC-TAACCGAC------------TT--------TAGTTGTA-
gi|16 : CTAAA-CATTG---------------------AA--TG---AGGAGTCA-------TTTA-TG-----GT-------A-TGAGAT---GA-AGG----TTG--GCA--A-C--AAA-------GATTTG--CTTT--------TATTCT-GCAA-----A--CGCT-------CG--GCCGAGCACATG--TCTGT------A---ATAAT---AATAA----AAGGCTTCAA----TATCGT--ACCATAC-T-CC-ATAATA--------TG----GGTGATTGATAATTTTAGTAG-----------------A--AAGACCGCG-CC-AC-TGTTACTA--T---TACA------GA-C------AA---A-TT-AGCCG-GTTC-CAGTAG-----GCCGA---G----ATGCA-ACGATACGttcggtctttgcagttac
gi|17 : TG-------TGTTTGGAAAGAGATTTTGC--CCACC-------G-TAC------GATAAACT-TCTATAGG-CATCA---------------------AG--TG---AGGTG-CA-------TTGT-TG---GTGTCC-----G-act
gi|17 : A-----A--CGCT-------CA--ACCGAACACAAG--TCTGT------A---ATAAT---GATTG----TAGAGTT-----------AT-------------C-CTAATA--------TG----GATGA-TAAT---TTTAATAGTAG---ATGGTAT-A-TA--TAGATC-C--TC-AT-TGTTATTA--CCGGTACA------GA-CA-----AA---A-CT-A-CC--GTTC-ATGTGG-----GCTGA---G----ATGCAGACGAatataacgctcaaccgaacacaagtctgtaataatgattgtagagttatcctaatatggatgataattttaatagtagatggtatatatagatcctcattgttattaccggtacagacaaaactaccgttcatgtgggctgagatgcagacga
gi|18 : tgtgtttggaaagagattttgcccaccgtacgataaacttctataggcatcaagtgaggtgcattgttggtgtccgatatGTGCCAGTCA--GCCA-TGCTG--TCACTT---C-----ATTGAA-A--GTACAACTA------A--TGAA-CG-AA-------GA--ATTG--C--T-A--AAAA--CC-CCGCATTTGG-A-TTAATCCT---CGATCTG-------TGTTT
gi|19 : ttactaagaaagttgtacaatctgatttttaaacaggtaatatcttttcaaatttatctaatcgtaagcagagtaggtataattactatagGTGTCAGTTG--GCCT-TGTTT---CACTA---AATAAAATT-AA-A--GTAAATTTA------TATTGAATAA-AA-------AA--AATG--T--TGGGGAAAA--TG-CCAATTTTGG-AATT-GTTTT---C---T---------TGTTTGGctttgataatgttgatcaaatcacatcatggggttag
gi|2 : aattatttaagacagtagtacatccgaactttaaatattcatatatttcatattctcttatattatttgtacagcgaaggtatagatctttagagTCAGTCG--GCTT-TGTTT--TCATTT---CGAGAAATTGAA-A--GAAACTTTA------C--TGAA-AG-AA-------AA--CTTG--T--TGA--AAAA--TC-CCACATTAAG-A-TTCATTT--------TTG-------TGTTTGGAAGTAAATTTTAT--CAAAA-TTAGAGG-TAA------TGTCAACT-TCGATAAG-TATTGCATAACAGAAAAAAAAAAAAAAA--TGAATAGGTGCCA-------TTTA-TG---TTTTCT-----GAGGAAATTAAAG-AAAGTTTTTG--G-AGTA-CCGAAA-------AATTTA--CTTT----------TT-----------------TT-------CG--GC--AGC---AG--TTTTTTTTTA-A---ATATT---GACAG----TTGGGTTCTA----TAACATTCAAC--AC-C-CT-CTTCTA--------T-----GGTAC-TGATAATTTTAGTACGAG---AGGAT-T-G-TA--TAGACC-C--CT-AC-TGTTATT---------CA------GA-T------AAAATA-TG-A-CCGTGT---CTATGG-----GCCGA---G----ATGAAGGCGACTTGCTCAACAANNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNN------------NN--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NNNAATCTC------TAATGC--TTTAGTAAGGGTATTAAAGAGTAAATGtaatacttgg
gi|20 : cgcattgtaaatcaaatagtctctagataatc---------------------AA--TG---AGGTG-TA-------TATA-TG---TTGCCT-----G---ACAT---AG-AAA----TTT--GCA--A-C--AAA-------GATT-G--TTTTATTGCAGTTATTCT-GCAA-----A--CGCA-------AG--GC-GAGCACA------TGT------A---AT------GACTG----TAGGGT--TA----TA---T--ACC-------------------------------------------TTTGTTAGGGA---ACTGTAT-G-CA--TATATT-C--TC-AC-TGTTAATA--A---TATA------GA-CA-----AA---A-GT-A-ATG-GTAC-CTGCAA-----GACGA---G----ATGCATATGACATGCTAGACA-----------
gi|21 : A-TACTAATCTTAGTATAGG---ACAGTAC-G-TG--CAGACC-G--AT-AC-TATTGTTA--A---TACA------GGGT------AA---A-GT-A-CGG-GGTC-CTGGTG-----GCCGA---G----ATGCAGATGAAATGCACAACA-----------GT-GTTCA-TACGCTTGAAAGATTTAAATGATTTGGT--CATTG-TAGTTATC-AGAAAATATC------AAATCTCTTAGAATAATGCTTTTTATTGAAGG-TGTAAA
gi|22 : aTGGTAC-G-TA--TCGACC-C--CC-AC-TGTTATTA--T---TACG------CA-C------AC---A-CTCA-CCT-GTTC-CTGTGG-----GCCGA---G----ATGCAGACGACATGCTCGACttta
gi|22 : -AAAAAT--C------AAATACTTTTTATCAAGGG-ATTGAACAGTAAATtcgacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaaaatcaaatactttttatcaagggattgaacagtaaata
gi|24 : tggtacgtatcgacccccactgttattattacgcacacactcacctgttcctgtgggccgagatgcagacgacatgctcgactcgacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaCAGT-G--GACA-TGCTG--CCACTT---CAAGAAATCGAA-A--GTACA-------------------------------A--ATTG--T--TGA--AAAA--TC-CTACATTTGG-A-GA-GATTT---C---TTG-------TGTTTGa
gi|25 : attgtaaacagcgtaggtatacaaccactacagtataaggGTGTCAGTCG--GCCA-TGTTT--TTACTT---CGAGAAAtttggtaatattacactgtgactacattctcggggtatc
gi|26 : taaatgaaatatcatagaaacatcaaattagtaacaaaagttgcacattctgaactataaaaattcaaaccttttcatattcctctattagtgcaagcagtgtaggtataatctttaagTT--TTACTT---CGAAGAAATGTA-T--GTTAATTTA------C--TGAA-AGAAA-------AA--ATTGT-T--TGA--AAAAACTC-CAACATTTGA-T-TT-ATGTCAAAT---TTG-------TGTTTGGgt
gi|27 : attatttaaacgagtgtagtatattctttagagttttcattcgtagtggg-AG-CA-------AA--ATTG--T--TGA--AAAA--TC-CCATATTCGG-A-TT-ATTTT---C---TTG-------TTTTTGGAAGAAAAATTTAA--CCGCGTTTAGAGG-TAA------GATCAAAT-TCTCTAGA-CATCT---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------TTTA-TG---TTGTCT-----G-
gi|3 : TCAGTCG--GCTT-TGTTT--TCATTT---CGAGAAATTGAA-A--GAACATTTA------C--TGAA-AG-AA-------AA--CTTG--T--TGA--AAA---TC-CCACATTAAG-A-TTCATTTT-------TTG-------TGTTTGGAAGTAAATTTTAT--CAAAA-TTAGAGG-TAA------GGTCAACT-TCGATAAG-TATTGCATAACAGAAAAAAAAAAAAGAA--TA---AGGTG-CA-------TTTA-TG---TTTTCT-----G---AGAT---AG-AAA----TTG--AGT--A-C--GAA-------AATTTA--TTTT--------T-------------------GTT-------CG--GCCAAGCA---G--TTTTTTTTTTAA---ATATT---GACAG----TTGGGTTCTA----TAACATTCAAC--AC-C-CT-CTTCTA--------TG----GGTAC-TGATAATTTTAGTACGGG---ATGGATT-G-TA--TAGACC-C--CCTAC-TGTTATT---------CA------GA-T------AAAATA-TG-A-CCG-GTTG-CTATGG-----GCCGA---G----ATGAAGGCGACTTGCTCAACAANNNNNNNNN-NN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNN------------NN--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NNNAAATTC------TAATGC-TTTTAGTAAGGG-ATTAAAGAGa
gi|32 : attgtaaatcaaatagtctctaggatatc------AA---A-TT-A-ACG-GTTG-CTGAAG-----GTCGA---G----ATGCAGATGACATGCTCGACA------------T-GTTCA-TACGCCC------C------------GTGAT-TCGGTAGTTATA-AGCAAAAATC
gi|34 : aC-CTAATA--------TG----GATGA-CCATAATTTTAGTAGGTG---ATGCCTC-T-TA--TAGAAC-C--TT-AC-TGTTATTATTT---TTTA------GA--------AA---A-TT-A-CC--GTTCACTGTa
gi|35 : AATGATTTTATTAGGGGTAAATGGTAT-GGTA--TTGACC-C--TT-A----TTATTA--T---TACA------AA-CA-----AA---A-TT-A-CC---------ATGG-----ACCGA---G----ATACAGACa
gi|36 : taaT---AATAG----TAAGGGCCTA----TACCAT--ATC--AC-C-AC-CTTATATAAACACTTG----GGTGA-TA
gi|38 : ggagttggtG--TCTAT------ACTGATATT---CATAG----TAGAGGTGTA----TACCAA--ACC--AC-A-CC-CTAATA--------tggtcgatactcccaccatta
gi|39 : atcctgtaatttt-TT-A-CCG-GTTC-CTGTGG-----GCCGA---A----ATGCAACCGACATGTTAGAAA-----------GG-GTCCC-TACGCa
gi|4 : GTGTCAGTCG--GCCA-TGATT--TCACTT---CGAGAAAGTGAA-A--GTAC-TTTG------C--TGAA-AG-AA-------AA--ATTG--T--TGA--AAAA--TC-CCTGATTTAG-A-TT-ATTTT---C---TTG-------TGTTTGGAATAAAATTTTAA--CCATA-TAAGAGG-TAAA-----GATCAATT-TCTTTAGT-CATCA---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------GGTA-TG---TTGTTTTAGAAGCTTAGAA---GG-AAA----TTG--GCA--G-C--AAA-------GATTTG--TTTT--------CATTTT-GCAA-----A--CGCT-------CG--GCCGATCACAGG--TGTGT------A---ATGATACTGATCG----TAGGCTTCTA----TAACAT--TCT--AC-C-AT-CTAATA--------TA----GGTGA-TAATAGTTTTTGTAGGGG---GTGGTAT-G-TA--TATACT-C--CC-AT-TGTTATTA--T---TACA------GA-C------AA---A-TT-A-CCA-AATC-CTGTGT-----GCCGA---G----ATGCAGACGACATGTTCAACANNNNN------NN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNN------------NN--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNTT------TAATACTTTTTGATAAGGG-ATTAAACAGTAAATGc
gi|40 : t---TACT------GA-C------AA---AATT-A-CTG-GTTC-CTGTGG-----ACTGA---G----CAGCAGACGACACGCTCt
gi|5 : AATTTTAT--CCACA-TTAGATT-TAA------GATCTATT----CTAGG-CATCA---------------------AA--TG---AAGTG-CAAAAA---TTTA-TG---TTGTCT-----G---GGAT---GG-AAC----TAG--GCA--A-C--AAA-------GATTTG--TTTT--------CAATCT-GCAa
gi|6 : attcccgcctaatcctttgagtagcttgcaatgaacagaacagtcaaaacgaactgcatatgcaatgttatgtataagaaaagagtgctagtgctgaaaacggttaataatcctactcttgcatggattgccaaataaatatcaaaaatatcaaattatcaacaaagttgtacaatctgaactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGTCAGTCGCGGCCAATGGTT--TCCCTTTTCCGAGAAATTGAA-AAGGTACATTTA------C--TGAA-AC-AA-------A----CTG--C--TGA--AAA----CACCAC-TTTG--A-TT-ATTTT---C---TTG-------TGTTTGGAATGAAAGTTTAAACCCACA-TCATAGA-TAA------GAT-AACC-TCTCTCGGCCATCC---------------------AA--TG---AGATG-AA-------TTTG----------------------------------------G--GCA--ATC--CAA-------AATTTGCTTTTC--------CATTCTGGCAA-----A--CGCT-------T---GCCGAACAT--------------------ATAAT---GCTTG----TATGGTCTTA----TACC----ACC--AC-C-TC-CCAATA----------------TGA-TAATAA
gi|6 : catgttcatctactattgtacacagtgtaggttataatcttaaaga---ATGGTCT---TA--TA--CC-A--CC-ACCTCCCAATA--T---GATA-------A-T------AA---A-G--A-CCG-GTTC--TGTGG-----GCTGAA--G----ATGCAGACGACATGTTCGACA-----------AT-GTTTAATACGC--------C------------AC--C-CAACT--TTATACAGCACATATCGTCCAAAAATTTC------CAAT-------------GG-ATTAAACAGTAAagaccggttctgtgggctgaagatgcagacgacatgttcgacaatgtttaatacgccacccaactttatacagcacatatcgtccaaaaatttccaatggattaaacagtaat
gi|7 : catgttcatctactattgtacacagtgtaggttataatcttaaagatgtcagtcgcggccaatggtttcccttttccgagaaattgaaaaggtacatttactgaaacaaactgctgaaaacaccactttgattattttcttgtgtttggaatgaaagtttaaacccacatcatagataagataacctctctcggccatccaatgagatgaatttgggcaatccaaaatttgcttttccattctggcaaacgcttgccgaacatataatgcttgtTCAGTCG--GCTA-TGTTT--TCACTT---CGAGAA---------------TTTA------C-------AC-AA-------AC--ATTG--A--TGA--AAAA--TC-CCACA-----------ATTTT---C---TTAAAAAATATGTTTGGAAGGAAATTTTAA--CCAAA-TTAGAGG-TAAAGGTAAGATCAACT-CCTCTAGG-CATCG---------------------AA--TG---GGGCG-CA-------TTTA-TG---TTGTTC-----G---AGAT---GA-AAA----TTG--GCA--A-T--AAA-------TAGTTT--TTTT--------CATTCT-GCAATTCAAA--CGTT-------CG--GCCAAGCACAAT--TCTGT------A---ACAAT---GATAG----CAGGGTTCTA----TATCAT--ACC--ACAC-CCACTAATA--------TG----GGTGA-TGATAATTTTAGTAGGAG---ATNNNNN-N-NN--NNNNNN-N--NN-NN-NNNNNNNN--N---NNNN------NN-N------NN---N-NN-N-NNN-NNNN-NNNNNNNNNNTGCCGACATGC---ATGCAGACGACATGTTCt
gi|8 : atctattattataaacaatgtaggtatGTGCTAGTCG--GCCA-TGT-------------------ATTGAA-A--GTACAATTA------C--GGAA-TG-AA-------GAACATTG--T--TGA--AAAT--TC-CTTCATTGGG-A-TT-AATTT---C---TTG-------TGTTTGGTTGGTAACATTAA--CCACA-TTAAAAG-TAT------GATCAACT-TCTCTAGG-CATCG---------------------AA--TG---AGGTG-CA-------TGTA-CGTAATTGTTT-----T-T--GGC---GG-AAA----TGG--TTA--A-C--CAA-------GCTTTG--GTTTA-------CATTCT-GC
gi|9 : tatgctaaaaaaaaatgcaattcttgaatagattttcaattagaaatcataaacatcaaattattaaaaagtcgtacaatctggactttcaacagcttacttgtatattttttctctttatctaattgtaaatagcgtaggtataattactataatgtagtgaatcgGTGTCAGTCG--GTAG-TGTTT--T-ACTT---CGAGAAATTGTA-T--GTACATTTA------C--TG-A-AG-AA-------AA--ATTG--T--TGA--AAAC--T--CCACATTTGG-A-TT-ATGTT---CAATTTG-------TGTTTGTAATGAA
gi|9 : tattcatctattattgtaaacagtgtaggtatattctttagag-TGAGAT---AG-AAA----TTG--GCA--A-C--AAA-------GATTTG--CTTT--------CATTCT-GCAA-----A--TGCT-------CG--ACCGAGCACAAG--TT----------------AT---GAT-G----CA---------------CAT--AT--------------GCA--------TG-----GTGA-TAATAATTTTAGCAGGGG---ATGGTAT-G-TA--AAGACC-C--CC-GC-CGTTGCTA--T---TACA------AA-TAAAAAGAA---A-AT-A-CCG-GTTCATTGAGG-----GCCGA---G----ATGCAGAAGACATGCTTGACA-----------cgtgttaagatcgcctgagatagaaattggcaacaaagatttgctttcattctgcaaatgctcgaccgagcacaagttatgatgcacatatgcatggtgataataattttagcaggggatggtatgtaaagacccccgccgttgctattacaaataaaaagaaaataccggttcattgagggccgagatgcagaagacatgcttgaca
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): CCAGCCCAATCCTTTAAATTGGCTAAATAGTGACTAATAAAACAGAACAGCCTTGGAACAGCACATGTATAGTAAAAGAAAAAAGGATTGCGCAATGCTGAAGAAATCTAATAATTATGTTCGTAAAGTGACTTTCAATTCGACATCATATTGCTTACAAAGTTGAACAATTTGAACTT
Unaligned ( gi|28 ): GGTAGGTAGCAGTTAACAGAACAGCCAAAATGCACAGCTTATACATGTATGACATCGTAAAAGAAACGAGTCCATAATCTAAAAAAAAGATTAATAATCCAACTCTTGAATGGA
Unaligned ( gi|29 ): TCAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTATTAGAGGATTGAAACGTAAATATAA
Unaligned ( gi|30 ): AAAATTCCCGCCTAATCCTTTGAGTGAGTTGCTATTAAAAATAGCCAAAAAAGAACACTTAATGTAAAGCCATATATGTTAAGAAAAACGTACTCATG
Unaligned ( gi|31 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTATAATTTCAAATAGCAAATGTAA
Unaligned ( gi|33 ): TAACAAAATTGTACAATTTGAACTGTAAACATTTAATTTGTTTTTATATTCATCTATAATGATTGTAAACAGTGTAGGTATAATTTTTG
Unaligned ( gi|37 ): AATAATCCAACTCTTGAATGAATTGCCAATTAAATATCATGAACAAATAATTAAGTTGTACAATCTGAACTGTAAA